JPH1080284A - Hinc II制限エンドヌクレアーゼをコードするDNAセグメント - Google Patents
Hinc II制限エンドヌクレアーゼをコードするDNAセグメントInfo
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- JPH1080284A JPH1080284A JP9119913A JP11991397A JPH1080284A JP H1080284 A JPH1080284 A JP H1080284A JP 9119913 A JP9119913 A JP 9119913A JP 11991397 A JP11991397 A JP 11991397A JP H1080284 A JPH1080284 A JP H1080284A
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Abstract
ローニング。 【解決手段】Haemophilus influenzae Rc 由来のHinc I
I 制限エンドヌクレアーゼをコードするDNAセグメン
ト。
Description
ドヌクレアーゼをコードするDNAセグメントに関す
る。
エンドヌクレアーゼは、細菌中に天然に生起する酵素の
一種である。制限エンドヌクレアーゼを、混在する他の
細菌成分から精製した場合には、これを実験室で用いて
DNA分子を正確な断片に切断することができる。この
特性により、DNA分子を唯一のものとして同定するこ
とができ、またその構成遺伝子に分画することができ
る。制限エンドヌクレアーゼは、現代の遺伝子研究にお
ける不可欠の道具であることが立証されている。それら
は生化学的な「鋏」であって、それを用いて遺伝子工学
及び分析が行なわれる。
沿った特定のヌクレオチド配列(「認識配列」)を認識
し、これに結合することにより作用する。一旦結合する
と、それらは該配列内か又はその一方の側で分子を開裂
する。異なる制限エンドヌクレアーゼは異なる認識配列
に対して親和性を有する。百個以上の異なる制限エンド
ヌクレアーゼが、今日までに調べられた数百種の細菌種
の中から同定されている。
ヌクレアーゼしか有していない。エンドヌクレアーゼ
は、それらが由来する細菌に従って命名される。したが
って、例えばHaemophilus aegyptius は、Hae I、Hae
II、及びHae III と名づけられた3つの異なる制限エン
ドヌクレアーゼを合成する。これらの酵素は、それぞれ
配列(AT)GGCC(AT)、PuGCGCPy及びGGCCを認識し、開裂す
る。一方、Escherichiacoli RY13 は、配列GAATTCを認
識する一つの酵素EcoRIのみを合成する。
はないが、天然においては、制限エンドヌクレアーゼは
細菌細胞の繁栄に保護的役割を演じている。制限エンド
ヌクレアーゼにより、細菌を破壊するか又はこれに寄生
するウイルス及びプラスミドのような外来DNA分子に
よる感染に対し、細菌は抵抗することができる。制限エ
ンドヌクレアーゼは、認識配列が生起するたびに感染D
NA分子に結合しこれを開裂することにより、細菌に耐
性を付与する。その結果生じる破壊は感染遺伝子の多く
を不活性化し、そのDNAをエキソヌクレアーゼにより
さらに分解され易くする。
である。
相補的であって、細菌がそれ自身のDNAを保護し、そ
のDNAと外来感染DNAとを区別することができる手
段を提供する。修飾メチラーゼは対応する制限エンドヌ
クレアーゼと同じヌクレオチド認識配列を認識して結合
するが、DNAを破壊する代わりに、メチル基を付加す
ることによりその配列内のある又は他のヌクレオチドを
化学的に修飾する。メチル化後、認識配列はもはや制限
エンドヌクレアーゼによって結合されないか、あるいは
開裂されない。細菌細胞のDNAは、その修飾メチラー
ゼの活性によって常に十分に修飾され、したがって内因
性制限エンドヌクレアーゼの存在に対して完全に非感受
性である。制限エンドヌクレアーゼ認識及び攻撃に対し
て感受性であるDNAは、未修飾の、したがって同定可
能な外来DNAだけである。
遺伝子をクローン化し、慣用の精製技術によって得られ
るよりも大量に、該遺伝子がコードする蛋白質及び酵素
を産生することが可能である。制限エンドヌクレアーゼ
遺伝子のクローンを単離するためのキーポイントは、そ
れらが10-3〜10-4という低い頻度で生じる場合に、複雑
な「ライブラリー」中の該クローン、即ち「ショットガ
ン」法によって誘導されるクローンの集団を同定するた
めの簡単且つ確実な方法を開発することである。好まし
くは、望ましくない大多数のクローンは破壊され、望ま
しい少数のクローンは生存するというような方法を選択
する必要がある。
が増しつつある。第1のクローニング系は、制限エンド
ヌクレアーゼクローンを同定又は選択する手段としてバ
クテリオファージ感染を用いた[Hha II:Mann等、Gene
3:97〜112 (1978);EocRII:Kosykh等、Molec.gen.Ge
net 178:717 〜719 (1980);PstI:Walder等、 Proc.Na
t.Acad.Sci.USA 78 :1503〜1507(1981)]。細菌中に制
限−修飾系が存在すると、細菌はバクテリオファージに
よる感染に抵抗できるため、クローン化された制限−修
飾遺伝子を保有する細胞は、主として、ファージに晒さ
れていたライブラリーから生存細胞として選択的に単離
され得る。しかしながら、この方法はその有用性に限界
があることが判明した。即ち、クローン化された制限−
修飾遺伝子は常に十分なファージ耐性を発現して選択的
な生存を授けるわけではないことが判明した。
ン(plasmid-borne) として最初に特性化された、E.coli
にクローニングプラスミドを移入する系を含む[EcoRV:
Bougueleret 等、 Nucleic Acids Res.12:3659〜3676(1
984);PaeR7:Gingeras とBrooks,Proc.Natl.Acad.Sci.US
A 80:402〜406 (1983);Theriault とRoy,Gene19:355〜
359 (1982);Pvu II:Blumenthal等、J.Bacteriol. 16
4:501〜509,(1985)]。
するために使用される方法は、活性メチラーゼ遺伝子を
選択することを含む[例えば、EPO 特許第 193,413号
(1986年 9月 3日公表)、及びBsuRI:Kiss等、Nucleic
Acid Res.13:6403〜6421(1985)参照]。制限及び修飾遺
伝子は近接して結合する傾向があるため、両遺伝子を含
有するクローンは、正に一方の遺伝子について選択する
ことによりしばしば単離され得る。メチル化活性につい
ての選択により、常に完全な制限−修飾系が得られるわ
けではないけれども、その代わりに時々、メチラーゼ遺
伝子のみが得られる[BspRI:Szomolanyi等、Gene
10:219〜225(1980) ;BcnI:Janulaitis 等、Gene2
0:197〜204 (1982);BsuRI:KissとBaldauf,Gene 2
1: 111〜119(1983);並びにMspI:Walder等、J.Bio
l.Chem.258:1235〜1241(1983)]。
考えられる障害は、前もって修飾によって防御されてい
ない宿主にエンドヌクレアーゼ遺伝子を導入しようとす
る際に生じる。メチラーゼ遺伝子とエンドヌクレアーゼ
遺伝子が単一クローンとして一緒に導入される場合に
は、エンドヌクレアーゼが宿主DNAを開裂する機会を
有する前に、メチラーゼは宿主DNAを保護的に修飾し
なければならない。したがって、時として、それら遺伝
子を引き続いて、即ち先ずメチラーゼ遺伝子、次いでエ
ンドヌクレアーゼ遺伝子をクローン化することが唯一可
能であるかもしれない。制限−修飾系のクローニングに
対する別の障害は、E.coliのいくつかの株がシトシン又
はアデニン修飾に対して逆反応するという発見にある;
それらの株はメチル化シトシン[Raleigh とWilson,Pro
c.Natl. Acad.Sci., USA 83:9070〜9074(1986)]、又
はメチル化アデニン[Heitman とModel,J.Bact.,196:32
43〜3250(1987)]を含有するDNAを破壊する系を有す
る。シトシン特異性又はアデニン特異性メチラーゼ遺伝
子は、単独であっても、あるいはそれらに対応するエン
ドヌクレアーゼ遺伝子と一緒であっても、これらの株中
で容易にクローン化できない。この問題を回避するため
には、これらの系を欠くE.coliの突然変異株(McrA- 及
びMcrB- 又は Mrr- )を用いる必要がある。
度は低いが修飾メチラーゼは、実験室でDNAを特性づ
け且つ再配列するための有用な道具であるため、組換え
DNA技術により、これらの酵素を大量に合成する細菌
株を得ることは商業的に利益となる。このような菌株
は、精製の仕事を簡単にし、同時に商業的に有益な量で
生産する手段を提供するので、有用である。
influenzae(NEB 株#126, 寄託番号第 53876号としてAT
CCに寄託されている)のHinc II 制限エンドヌクレアー
ゼ遺伝子及び修飾メチラーゼ遺伝子を含有するクローン
に由来する、DNA配列GTPy↓PuACを認識し且
つ矢印で最初の5′PyとPuの間に示されているよう
に開裂する酵素である制限エンドヌクレアーゼHinc II
をコードするDNAセグメントを提供する。
が挿入された組換えDNAベクターを提供する。
Landy, Ruesdisueli, Robinson及びRoss, Biochemistr
y, 13:2134〜2142(1974);Kelly とSmith,J.Mol.Bio
l.,51:393〜409 (1970);Roy とSmith,J.Mol.Biol.,8
1:427〜444 (1973);Roy とSmith, J.Mol.Biol.81: 44
5〜459 (1973);Smith とWilcox,J.Mol.Biol., 51:379
〜391(1970)。これらの記載内容は参考として本明細書
中に含めるものとする。
い方法は、Haemophilus influenzaeRc から得たDNA
を含有するライブラリーを形成し、Hinc II 修飾メチラ
ーゼに関してコードするDNAを含有するクローンを単
離し、Hinc II 制限エンドヌクレアーゼ遺伝子をも含有
するクローンを同定するためにこれらの間でスクリーニ
ングすることより成る。
遺伝子をクローニングし、それによって生じるクローン
から制限エンドヌクレアーゼHinc II を製造することが
できる。
択を用いることにより、発現されるHinc II 制限及びメ
チラーゼ遺伝子を含有するということに基づいてクロー
ンが選択されたという事実を利用する。このようなクロ
ーンは、Hinc II 制限エンドヌクレアーゼによるin vit
ro消化に耐性である。
が好適にクローン化され、発現される本明細書記載の方
法は、以下の段階を包含する: (1) Haemophilus influenzae Rc 株のゲノムDNAを精
製する。
レアーゼのような制限エンドヌクレアーゼを用いて十分
に消化する。
BIIOI(ATCC 67901)のようなクローニングベクター
のBgl II クローニング部位、又は pUC19(ATCC 3725
4)もしくは pBR322 (ATCC 37017) もしくは pACY
C177(ATCC 37031)の BamHI部位に連結し、その混合
物を用いてE.coli RR1細胞のmrr-株のような適切な
宿主細胞を形質転換する。
リン、テトラサイクリン、又はクロラムフェニコールの
ような、形質転換細胞を選択する培地上にプレーティン
グする。インキュベーションした後、形質転換コロニー
を一緒に集めて単一培養物とし、即ち、細胞ライブラリ
ーを形成する。
から全部精製して、プラスミドライブラリーを作る。
によりHaemophilus influenzae Rc から調製したHinc I
I 制限エンドヌクレアーゼを用いてプラスミドライブラ
リーを完結するまで消化する。Hinc II 消化は非修飾メ
チラーゼ非含有クローンを特異的に破壊し、Hinc II メ
チラーゼクローンの相対的頻度を増大させる。
ような適切な宿主に形質転換し戻し、選択培地上にプレ
ーティングすることにより形質転換体を取り出す。コロ
ニーを取り上げ、Hinc II 修飾遺伝子の存在に関してそ
れらのDNAを分析する、すなわちコロニーが保有する
プラスミドを精製し、Hinc II エンドヌクレアーゼと共
にインキュベートしてプラスミドが消化に耐性であるか
否かを調べる。全細胞DNA(染色体及びプラスミドの
DNA)も精製し、Hinc II 制限エンドヌクレアーゼと
共にインキュベートする。Hinc II 修飾遺伝子を保有す
るクローンのDNAは十分に修飾されねばならず、さら
にプラスミドDNAと全てのDNAはともに実質的に消
化に耐性であるべきである。
る Haemophilus influenzae Rc 細胞からHinc II 制限エン
ドヌクレアーゼを産生させる。この細胞を、アンピシリ
ンを含有する富裕培地中に入れ、発酵槽内で増殖させ
る。
nc II 制限エンドヌクレアーゼ活性を含有する粗細胞抽
出物を得る。
を含有する粗細胞抽出物を標準イオン交換及びアフィニ
ティークロマトグラフィ技術により精製する。
アーゼはSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動上では
均質で、分子量27,000ダルトン、ラムダDNAで力価測
定した場合、約 250,000単位/蛋白質1mgの比活性を有
している。
配列を得て、その蛋白質配列に基づいてDNAオリゴプ
ローブを作製する。
nzae Rc ゲノムに対するエンドヌクレアーゼの位置をマ
ップ化する。
NAを、Hind III制限エンドヌクレアーゼのような制限
エンドヌクレアーゼを用いて十分に消化する。
BIIHI.2のようなクローニングベクターのHind I
IIクローニング部位、又は pUC19、 pBR 322、もし
くは pACYC 177のHind III部位に連結し、その混合
物を用いて E.coli RR1細胞のような適切な宿主細胞
を形質転換する。
リン、ストレプトマイシン、又はクロラムフェニコール
のような、形質転換細胞を選択する培地上にプレーティ
ングする。インキュベーション後、形質転換コロニーを
一緒に集めて単一培養物とし、細胞ライブラリーを形成
する。
ーから全部そっくり精製し、プラスミドライブラリーを
作る。
son 等が記載したと同様の方法によりHaemophilus infl
uenzae Rc から調製したHinc II 制限エンドヌクレアー
ゼを用いて完結するまで消化する。Hinc II 消化は未修
飾、メチラーゼ非含有クローンを特異的に破壊し、Hinc
II メチラーゼクローンの相対的頻度を増大させる。
ような適切な宿主に形質転換し戻し、選択培地上にプレ
ーティングすることにより形質転換体を取り出す。コロ
ニーを摘み取り、Hinc II 修飾遺伝子の存在に関してそ
れらのDNAを分析する、すなわちコロニーが保有する
プラスミドを精製し、Hinc II 制限エンドヌクレアーゼ
を用いてインキュベートして、プラスミドが消化に耐性
であるか否かを調べる。全細胞DNA(染色体及びプラ
スミドのDNA)も精製し、Hinc II 制限エンドヌクレ
アーゼを用いてインキュベートする。Hinc II 修飾遺伝
子を保有するクローンのDNAは十分に修飾されねばな
らないし、さらにプラスミドDNA及び全てのDNAは
ともに実質的に消化に耐性でなければならない。
有するクローンを、Hinc II メチラーゼ遺伝子を保有す
ることが確定されたクローンの粗抽出物を調製し、Hinc
II 制限エンドヌクレアーゼ活性に関して粗抽出物をア
ッセイすることにより、同定する。粗細胞抽出物の中の
Hinc II 活性レベルは、クローン p(pBIIHI.2)
Hinc II RM−8.0-A1の細胞1g当たり約1,000 単位
であると確定される。
伝子を含有するHind III断片を HindIII 開裂及び脱リ
ン酸化 pUC19中にサブクローニングした。
に関して陽性である組み換えプラスミド p(pUC19) Hi
nc II RM-5.7-4及び p(pUC19) Hinc II RM-5.7-1
0 を含有するクローンは、 pUC19のHind IIIクローニ
ング部位に挿入される単一の3.0kb Hind IIIDNA断片
を含有する。
る多数の制限エンドヌクレアーゼ部位をこのプラスミド
上でマップ化したが、それを第3図に示す。遺伝子の位
置は、欠失サブクローニング(deletion subcloning )
と、プローブとしてDNAオリゴマーを用いるSouthern
ハイブリダイゼーションによるマッピングとにより決定
した。
ラスミド p(pUC19) Hinc II RM-5.7-10上にHinc II
制限及び修飾遺伝子を保有する細胞から産生させる。
その細胞を発酵槽内で、アンピシリンを含む富裕培地中
で増殖させる。
Hinc II 制限エンドヌクレアーゼ活性を含有する粗細胞
抽出物を得る。
を含有する粗細胞抽出物を標準イオン交換及びアフィニ
ティークロマトグラフィ技術により精製する。
アーゼは、SDSポリアクリルアミド電気泳動上では均
質であって、分子量は27,000ダルトン、ラムダDNAで
力価測定すると蛋白質1mg当たり約250,000 単位の比活
性を示すことが判明している。
るための好ましい態様を示しているけれども、上記アプ
ローチが当業界に公知の技術に従って可変可能であるこ
とは当業者には明らかであろう。
飾−制限遺伝子のクローニングおよびHind II 制限エン
ドヌクレアーゼの製造にも同様に用いることができる
が、この場合、但し段階(1) のゲノムDNAは Haemoph
ilus influenzae Rd株から得られ、また段階(15)ではCl
a I又はEcoRIのような制限エンドヌクレアーゼを用い
てゲノムDNAを消化するのがよい。すなわち、Hind I
I 制限エンドヌクレアーゼ遺伝子をクローニングする方
法は、以下の段階からなる。
プラスミドDNAからライブラリーを形成する; (b) Hind II 修飾遺伝子を含有するクローンを単離す
る; (c) 制限エンドヌクレアーゼ蛋白質を精製して、蛋白質
配列を得る; (d) DNAシーケンシングを通してエンドヌクレアーゼ
の方向を決定し、メチラーゼクローン内における該エン
ドヌクレアーゼの位置を定め、 Haemophilusinfluenzae
Rd ゲノム内におけるエンドヌクレアーゼの位置を定め
る; (e) b〜dの段階で得られるデータに基づいてライブラ
リーを形成する; (f) Hind II 修飾及び制限遺伝子を含有するクローンを
単離する。
発明の実施態様を説明するために示す。本実施例は説明
のためのものであり、本発明は、これらの実施例に限定
されるものではないと理解されたい。
ae Rc 細胞を解凍し、Corning プラスチックチューブ
(50ml)に入れた 0.1M Tris−HCl,pH7.1, 0.1M
EDTA(25ml)に再懸濁した。上記緩衝液35mlにリゾ
チーム60mgを溶解した溶液を2本の50mlプラスチックチ
ューブに分け、等量(15ml)の細胞懸濁液を各々に加え
た。その溶液を37℃で15分間インキュベートした。20%
保存溶液からSDSを加えて、SDSの最終濃度を1%
に調整した。プロティナーゼK(20mg/mlで保存) 200
μlを加え、37℃で1時間インキュベートした。溶液
は、この時点では粘質性で且つ拡散性であるように見え
たが、透明ではなかった。チューブ(各1ml)に10%S
DS/8%サルコシル2mlを加え、55℃で2時間加熱し
た。サンプルは依然として粘質であったが、全体的に透
明ではなかった。サンプルをTE(10mM Tris −HC
l,pH 7.1,1mMEDTA)(2l)に対して、1回の
TE交換を含めて計16時間透析した。透析後、等量のT
E(pH 8.0)で希釈してCsCl勾配液用に溶液(98m
l)を調製し、これを2つに分け、各々にCsCl98.0
gと5mg/ml臭化エチジウム1mlを添加した。20本のチ
ューブを、Ti70ローター中で44,000rpm で48時間回転
させた。バンドを取り出し、水飽和イソブタノールで抽
出した。その溶液を前記と同じ緩衝液(4l)に対して
透析し、次いでフェノール及びクロロホルムで抽出した
(各1回)。この溶液を再度透析してフェノールを除去
し、次いで電気泳動にかけた。
断して、以下のような全体的消化を達成した。:10mMTr
is pH7.5,10mMMgCl2 ,100mM NaCl,10mMメル
カプトエタノール緩衝液に 100μg/mlで溶解したDN
A 300μlを3本のチューブに分配した。そのチューブ
に50単位のBgl II を加えた。そのチューブを37℃で1
時間インキュベートし、次いでフェノール/クロロホル
ムで抽出して、エタノール沈澱した。ペレットを10mMト
リス塩酸,1mMEDTA,pH 8.0, 300μl中に再溶解
し、各10μlをアガロースゲル電気泳動で分析した。
に pBIIOI(EcoRI部位にBglII リンカーを挿
入した pBR 322)に連結した:10.0μg のBgl II 消
化 Haemophilus influenzae Rc DNA(100 μl)を
2.0 μg のBgl II 開裂及び脱リン酸化 pBIIOI
(20.0μl)と混合して、エタノール沈澱した。DNA
を12,000gで、4℃で15分間遠心分離し、70%エタノー
ル 100μlで1回洗浄した。そのDNAを99μlの1×
連結緩衝液(50mM Tris, pH7.5, 10mM MgCl2,10m
M DTT,0.5mM ATP)に再懸濁し、T4DNAリ
ガーゼ1μlを加えて、その混合液を16℃で16時間イン
キュベートした。2.5 及び 5.0μlのアリコートを用い
て、以下のように E.coli RR1株を形質転換した:各
アリコートを200μlの氷冷コンピテント E.coli RR
1細胞と混合し、30分間氷上に放置した。42℃で2分間
ヒートショック後、細胞を1mlのLuria ブロス(L−ブ
ロス)で希釈して、37℃で1時間増殖させた。
培養物を遠心分離し、 250μl容量に再懸濁して、 100
μg/mlアンピシリンを含有する Luria−寒天(L−寒
天)平板上にプレーティングした。37℃で一晩インキュ
ベーションした後、平板を取り出して約5000コロニーを
抗生物質を含むLB25ml中に掻き出した。プラスミドD
NAを以下と同様にしてこれらの細胞から調製した、す
なわち細胞を遠心分離によりペレット化し、3gの細胞
ペーストを25mMトリス塩酸、10mMEDTA、 pH8.0 及
び50mMグルコースより成る14ml液に再懸濁した。その懸
濁液にリゾチーム4.0 mg/mlを溶解して、25℃で5分間
インキュベートした。1%ドデシル硫酸ナトリウム及び
0.2NNaOHのアリコート27mlを加え、その後その溶液
を混合して、0℃で5分間インキュベートした。氷冷3
M酢酸カリウム(pH 4.8)20mlを加えてゲノムDNAを
沈澱させ、10秒間静かに攪拌し、5分間氷上に放置し
て、12,000×gで10分間遠心分離した。上澄を取り出し
て、等容量のフェノール/クロロホルム(1:1)で抽
出した。10,000×gで5分間遠心分離して各層に分離し
た。上層を取り出して等容量のクロロホルムで抽出し
た。10,000gで5分間遠心分離して層に分けた。上層を
取り出して、2容積のエタノールを加えて核酸を沈澱し
た。12,000×gで20分間遠心分離して沈澱物を採集し
た。そのペレットを70%エタノールで1回洗浄し、前記
と同様に再ペレット化した。そのペレットを真空乾燥し
て、8mlの10mMトリス塩酸,1mM EDTA,pH8.0 液
中に再懸濁した。 8.9gの塩化セシウムを加え、0.9 ml
の臭化エチジウム(5mg/ml)溶液を加えて、塩化セシ
ウム−臭化エチジウム平衡密度遠心分離用にDNA溶液
を調製した。そのDNA溶液を44,000rpm で48時間遠心
分離し、その結果生じたDNAのプラスミドバンドを18
g針付注射器で取り出した。臭化エチジウムは、等容量
のCsCl−水飽和イソプロパノールを用いて抽出する
ことにより除去した。
ム(1:1)を用いて抽出し、エタノール沈澱した。そ
の結果得られたDNAペレットを10mMトリス塩酸、1mM
EDTA,pH8.0 の液10mlに再懸濁した。
ー:2μg(30.0μl)のプラスミドライブラリーを60
μlの制限エンドヌクレアーゼ消化緩衝液(10mM Tris
pH 7.5,10mM MgCl2 ,10mMメルカプトエタノー
ル,100mM NaCl及び 100μgのウシ血清アルブミ
ン)中に希釈した。 100単位(3μl)のHinc II 制限
エンドヌクレアーゼを加え、チューブを37℃で2時間イ
ンキュベートし、その時点で7U(1μl)の仔ウシ腸
ホスファターゼを加えて、その反応液をさらに30分間イ
ンキュベートした。この反応混合液のアリコート2μl
及び4μlを氷冷コンピテント E.coli RR1細胞と混
合し、形質転換して、平板培地上に置き、一次ライブラ
リーの場合と同様に一晩増殖した。
れたコロニーを取り上げて、アンピシリン及びテトラサ
イクリンを含むLB寒天平板上に置いた。 ampR 及び t
etR であった18個のコロニーを10ml培養物中で増殖さ
せ、それらが保有するプラスミドを、BirnboimとDoly
(Nucleic Acids Res.7:1513(1979))の方法から採用し
た以下に示すミニプレプ(miniprep)精製法により調製
した。
理した: 1.5mlの一晩培養した培養物を 6,000×gで5
分間ペレット化した。その上清をデカントして除き、細
胞ペレットを1mg/mlのリゾチームを含有する25mM Tri
s,10mM EDTA,50mMグルコース,pH8.0 の 150μl
液中に再懸濁した。室温で5分後、0.2M NaOH,1
%SDSを 200μl加え、そのチューブを振盪して細胞
を溶解し、次いで氷上に放置した。5分後、3M酢酸ナ
トリウム,pH4.8 を 150μl加え、振盪して、さらに5
分間氷上に放置した。生じた沈澱物を12,000×gで4℃
で10分間遠心した。その上清を取り出して、等容量のフ
ェノール/クロロホルム(1:1)で抽出した。10,000
×gで5分間遠心分離することにより各層に分離した。
その上清を 880μlのエタノールを含有する遠心チュー
ブ中に注ぎ入れ、混合した。室温で10分後、その遠心チ
ューブを12,000×gで10分間回転し、沈澱した核酸をペ
レット化した。その上清を捨て、ペレットを1mlの70%
エタノール−水で再び洗浄して再ペレット化し、室温で
30分間真空乾燥した。一旦乾燥させた後、ペレットを、
20μg/mlのRNase を含む50μl溶液(10mM Tris,1
mM EDTA, pH8.0 )中に再懸濁し、37℃で1時間
インキュベートして、RNAを消化した。
て消化することにより、プラスミドミニプレプを分析し
た。
プラスミドの10%は、Hinc II に耐性であり、また約6.
2kb の長さのBgl II 断片を保有することが判明した。
その後、これらのプラスミドは、Hinc II 修飾メチラー
ゼ遺伝子のみを保有し、制限エンドヌクレアーゼ遺伝子
を保有しないことが示された。観察されたプラスミドの
他の90%はHinc II に耐性でなく、擬似断片を含有して
いたか、あるいは再連結されたベクターであった。
チラーゼ遺伝子を保有するものとして上記(セクション
7)で同定されたクローンを、Hinc II 制限エンドヌク
レアーゼ遺伝子に関しても調べた。これは以下の通りに
実施した:一晩培養したものの残留部分を用いて、エン
ドヌクレアーゼ活性を調べた。これは以下の通りに実施
した: エンドヌクレアーゼアッセイ: 10×制限エンドヌクレアーゼ緩衝液:100mM Tris,pH7.
5 ,100mM MgCl2,100mM 2−メルカプトエタノー
ル,1M NaCl。
0rpmで5分間遠心分離することにより、1mlから細胞を
ペレット化した。上清を捨て、ペレットを1mlの超音波
処理用緩衝液(10mM Tris, pH7.5,100mM NaCl,5
mM DTT,0.1mM EDTA)中に再懸濁し、10秒間ず
つ2回静かに超音波処理して、細胞を破砕した。チュー
ブをミクロ遠心分離機内で4℃で10分間回転し、その上
清を細胞抽出物として用いた。1μl及び5μlの抽出
物を、1×制限エンドヌクレアーゼ緩衝液50μlに溶解
したラムダDNA1μgを用いて、37℃で15分間インキ
ュベートした。試験したクローンはいずれもエンドヌク
レアーゼ活性を示さなかった。
uenzae Rc から得たHinc II エンドヌクレアーゼを、発
酵槽内で、以下の成分より成るTRY−YEブロス培地
中、37℃で増殖させた:トリプトン(10.0g/l);酵
母菌抽出物(5.0 g/l);NaCl(2.0 g/l);
K2 HPO4 (4.4 g/l);ブドウ糖(2.0 g/
l);ウシのヘミン(10mg/l);NAD;DPN(2.
0 mg/l)。遠心分離により細胞を集め、新鮮なものを
使用するために細胞ペーストを−70℃で保存する。
胞を 400mlの超音波処理用緩衝液(20mM K2 PO4 ,
pH 7.3,0.1mM EDTA,10mM β−メルカプトエタノ
ール,0.1M NaCl)中に再懸濁する。
トで2分間。氷上で5分間冷却。3回実施)、懸濁細胞
1ml当たり約50mgの可溶性蛋白質が放出された。
遠心分離することにより除去する。
6.9,100mM NaCl,及び10mM 2−メルカプトエタ
ノールで平衡化されたホスフォセルロースカラム(5×
5cm)(Whatman P −11)に載置する。そのカラムを2
倍カラム容量の上記緩衝液で洗浄する。カラムからの流
出物を単一フラスコ中に採集する。Hinc II エンドヌク
レアーゼはそのカラムに保持され、0.3 M〜0.6M Na
Clで溶出する。大半の活性画分をプールし、20mM K
2 PO4 ,pH7.3 ,0.1mM EDTA,10mM β−メルカ
プトエタノール,0.1M KClに対して透析する。
ルを、20mM K2 PO4 ,pH7.4 ,0.1mM EDTA,10
mMβ−メルカプトエタノール,0.1M KClで平衡化さ
れたヘリパン−セファロースCL−6Bカラム( 2.5×
2.5cm )に載置し、2倍カラム容量の同一緩衝液で洗浄
する。0.1M〜1.0MのKCl(総容量 700ml)の直線的勾
配を展開し、カラムに適用する。10mlずつの画分を採集
する。その画分を、ラムダDNAに対するHinc II 制限
エンドヌクレアーゼ活性の存在に関してアッセイする。
その活性画分をプールし、 100容量の緩衝液(10mM K
2 PO4 ,pH7.3,0.1mM EDTA,10mM β−メルカ
プトエタノール,0.1M KCl)に対して透析する。
1ml Mono Q FPLC カラム(Pharmacia )に載置し、緩
衝液S(20mM K2 PO4 ,pH6.9 ,10mM β−メルカ
プトエタノール,0.05M KCl)で洗浄し、50mMから0.
10M までの直線勾配のKCl40mlをS緩衝液中で展開
し、カラムに適用する。1mlずつの画分を採集し、 Hin
cII制限エンドヌクレアーゼ活性の存在に関してアッセ
イする。
画分を1mlポリCat −A FPLCカラム(Pharmacia )に
載置し、緩衝液S(20mM K2 PO4 ,pH6.9 ,10mM
β−メルカプトエタノール,0.05M KCl)で洗浄し、
50mMから0.10M までの直線勾配のKCl40mlをS緩衝液
中で展開し、カラムに適用する。1mlずつの画分を収集
し、Hinc II 制限エンドヌクレアーゼ活性の存在に関し
てアッセイする。最も活性の高い2つの画分は均質であ
る。エンドヌクレアーゼは、蛋白質1mg当たり約250,00
0単位の比活性を示し、SDS−ポリアクリルアミドゲ
ル上での分子量は27,000ダルトンであった。
ーゼをApplied Biosystemsモデル470A気相蛋白質シ
ーケンサーに掛けてアミノ末端蛋白質配列決定を行っ
た。最初の24残基を分解した。その結果得られた配列を
以下に示す:XFIKPIXQDINXXLIGQKVKXXKX(蛋白質配列の
1文字コードの説明は表1に示した。)。
用いて14mer オリゴマーを作製した:5′ATH GGN CAR
AAA GT3′(H=A,C,又はT;N=A,C,G又は
T;R=A又はG)。
−10.5−1上のエンドヌクレアーゼのアミノ末端の位置
をマッピングした。このオリゴマーを用いて、蛋白質配
列を立証するDNA配列が得られたし、また以下の配列
を用いて作製される25−mer オリゴマーに特有の配列が
示された:5′ATG AGT TTC ATA AAA CCT ATT TAT C
3′。この25−mer オリゴマーを用いて、エンドヌクレ
アーゼの方向を決定する助けとなり、さらにエンドヌク
レアーゼのアミノ末端の位置及び p( pBIIOI)Hi
ncM−10.5−1に存在するエンドヌクレアーゼ遺伝子部
分を明確にするDNA配列を得た。25−mer オリゴマー
を用いて、Haemophilus influenzae Rc ゲノムの種々の
制限断片にエンドヌクレアーゼ遺伝子をマッピングし
た。ベクターDNAに対して作製された配列特異性オリ
ゴマー、及びメチラーゼ遺伝子内に位置することが公知
の欠失クローンを用いて、メチラーゼ遺伝子の方向が、
エンドヌクレアーゼ遺伝子の方向が決定されたのと同じ
方法で決定された。
て、精製 Haemophilus influenzae RcゲノムDNA
(段階(1) 同様に調製される)を、以下の通りに、Hind
IIIを用いて限定消化した:10mM Tris,pH7.5,10mM M
gCl2 ,100mM NaCl,10mMメルカプトエタノール
緩衝液中に 100μg/mlの濃度で溶解したDNA溶液 3
00μlを1本のチューブ中に分配した。そのチューブに
50単位のHind IIIを加えた。チューブを37℃で1時間イ
ンキュベートし、次いでフェノール/クロロホルムで抽
出して、エタノールで沈澱した。そのペレットを10mMト
リス塩酸,1mM EDTA,pH8.0 の 300μl液に再溶
解し、各10μlをアガロースゲル電気泳動で分析した。
に pBIIHI.2(Pvu II 部位に挿入されたHpaI
リンカーと、EcoRI部位に挿入されたBgl II リンカ
ーを有する pNO1523)に連結した:10.0μgのHind I
II消化Haemophilus influenzaeRc DNA(100μl) を
2.0 μgのHind III−開裂及び脱リン酸化 pBIIH
I.2(20μl)と混合し、エタノールで沈澱した。そ
のDNAを12,000gで、4℃で15分間遠心分離し、70%
エタノール 100μlで1回洗浄した。そのDNAを1×
連結緩衝液(50mM Tris, pH7.5,10mM MgCl2 ,10mM
DTT,0.5mM ATP)99μlに再懸濁してT4DN
Aリガーゼ1μlを加え、その混合液を16℃で16時
間インキュベートした。 2.5μl及び5.0 μlのアリコ
ートを用いて、以下の通りに E.coli RR1株を形質転
換した:各アリコートを 200μlの氷冷コンピテント
E.coli RR1細胞と混合し、氷上に30分間放置した。4
2℃での2分間ヒートショックした後、細胞を1mlのLur
ia ブロス(L−ブロス)で希釈し、37℃で1時間増殖
した。
らに1段階加えた方法で調製した:段階(18)から得られ
たデータに基づいて、配列特異性25−mer オリゴマー
(段階(19))を用いてライブラリーをプローブし、エ
ンドヌクレアーゼ及びメチラーゼ遺伝子を含有すると思
われる適当なサイズのHind III断片を探した。この断片
は一次細胞ライブラリー中に存在した。
ー:段階(5) と同様に調製した。
たコロニーを取り出し、アンピシリンを含むLB寒天平
板上と、アンピシリン及びストレプトマイシンを含むL
B寒天平板上にプレーティングした。
を10mlの培養物中で増殖し、それらが保有するプラスミ
ドを、段階(6) に記載のミニプリープ精製法によって調
製した。続いてプラスミドミニプリープをHinc II 及び
Hind IIIで消化して分析した。
プラスミドの27%はHinc II に耐性であり、また約3.0k
b の長さのHind III断片を保有することが判明した。こ
れらのプラスミドは、その後、Hinc II 修飾メチラーゼ
遺伝子及び制限エンドヌクレアーゼ遺伝子の両方を保有
することが示された。これらのプラスミドも、各々、1
つ又はそれ以上の擬似断片を保有することが判明した。
観察されたプラスミドの他の63%はHinc II に耐性でな
く、また擬似断片を含有するかあるいは再連結されたベ
クターであった。
チラーゼ遺伝子を保有するものとして上記(階段(24))
で同定されたクローンを、Hinc II 制限エンドヌクレア
ーゼ遺伝子に関しても調べた。これは、段階(8) に記載
の通りに実施した。調べたクローンはすべて、エンドヌ
クレアーゼ活性を有していた。
ンドヌクレアーゼを含有することが判明した。これらの
クローンは、いずれかの方向に1グラムの湿潤細胞ペー
スト当たり約 1,000単位のHinc II 制限エンドヌクレア
ーゼを合成することが判明した。
−8.0 −A1を用いて同一遺伝子系E.coli株を形質転換
し、表現型McrA,McrBまたはmrr によって生じる潜
在的効果を探索した。このRMクローンはいかなる mrr
+ 株中にも形質転換できず、したがって増殖不可能であ
ることが知見された。
−8.0 −A1から得られる3.0kb のHind III断片を、以
下の方法で、ゲル調製(gel prep)し、Hind IIIで切断
され且つ脱リン酸化された pUC19との連結反応に用い
た: 250ngの2.7kb ゲル調製断片(20μl)を 100n
g( 1μl)のHind III−切断及び脱リン酸化 pUC1
9と混合し、エタノール沈澱した。そのDNAを12,
000gで、4℃で15分間遠心分離し、70%エタノール
100μlで1回洗浄した。DNAを1×連結緩衝液(50
mMTris, pH7,5, 10mM MgCl2 ,10mM DTT,0.5
mM ATP)10μlに再懸濁して、1μlのT4 DN
Aリガーゼを加え、その混合液を16℃で16時間インキュ
ベートした。5.0 μlのアリコートを用いて、以下の通
り E.coli RR1株を形質転換した:各アリコートを 2
00μlの氷冷コンピテント E.coli RR1細胞と混合
し、氷上に30分間放置した。42℃で2分間ヒートショッ
クした後、細胞を1mlのLuria ブロス(L−ブロス)で
希釈し、37℃で1時間増殖した。形質転換細胞培養物を
遠心分離し、 250μl容量に再懸濁し、 100μg/mlの
アンピシリンを含む Luria−寒天(L−寒天)平板上に
プレーティングした。37℃で一晩インキュベーションし
た後、コロニーを摘み取ってアンピシリンを含むLB寒
天上にプレーティングし、37℃で一晩インキュベートし
た。 ampR である18個のコロニーを10ml培養物中で培養
し、それらが保有するプラスミドを、段階(6) に記載の
ミニプレプ精製法によって調製した。引き続いて、プラ
スミドミニプレプを、Hinc II 及びHind IIIで消化して
分析した。
プラスミドの50%以上がHinc II 消化に耐性であり、ま
た約3.0kb の長さのHind III断片を保有することが判明
した。これらのプラスミドは、その後、Hinc II 修飾メ
チラーゼ遺伝子及び制限エンドヌクレアーゼ遺伝子の両
方を保有することが示された。残りのプラスミドは、再
連結された pUC19であった。
チラーゼ遺伝子を保有するものとして上記(段階(28))
で同定されたクローンは、Hinc II 制限エンドヌクレア
ーゼ遺伝子に関しても調べた。これは、段階(8) に記載
の通りに実施した。試験したクローンはすべて、エンド
ヌクレアーゼ活性を示した。
ンドヌクレアーゼを含有することが判明した。これらの
クローンは、 p(pUC19) Hinc II RM−5.7 −10(N
EB#520)では方向Aに湿潤細胞ペースト1g当た
り約80,000単位のHinc II 制限エンドヌクレアー
ゼを合成し、 p(pUC19) Hinc II RM−5.7 −4では
方向Bに湿潤細胞ペースト1g当たり 2,000単位のHinc
II 制限エンドヌクレアーゼを合成することが判明し
た。
メチラーゼをコードする遺伝子を保有する組換えプラス
ミド p(pUC) Hinc II RM−10−5.7 (NEB#520 )を
形質転換によりE.coliRR1株中に移入した。段階(28)
におけると同様の同一遺伝子系株を形質転換するに際し
ては、 p(pUC) Hinc II RM−10−5.7 (NEB#520 )
はこれらの株中に形質転換可能であったが、しかし10ml
以上の液体培養物中では増殖不可能であった。
更を加えて)、Hinc II エンドヌクレアーゼを調製し、
細胞を以下の成分より成るLBブロス培地中で培養し
た:10g/lのカゼイン加水分解物;5g/lの酵母菌
抽出物;10g/lのNaCl;1g/lの塩化マグネシ
ウム・6水和物;1g/lのブドウ糖; 100mg/lのア
ンピシリン。pHはNaOHで7.2 に調節する。精製され
たエンドヌクレアーゼは1mgの蛋白質につき約 250,000
単位の比活性を示すことが判明した。
クローニングするための概要を示す。
製造するための概要を示す。
び修飾メチラーゼをコードするHaemophilus influenzae
Rc から得た3.0kb Hind III断片の制限地図である。そ
の断片を pBIIHI.2(ATCC 67902)のHind III部
位中にクローン化して p( pBIIHI.2)Hinc II
RM−8.0 −A1を作製し、続いて pUC19(ATCC 372
54)中にサブクローン化して p(pUC19) Hinc II RM
−5.7 −4及び p(pUC19) Hinc II RM−5.7 −10を
作った。
4及び p(pUC19) Hinc II RM−5.7 −10(NEB#520
)を保有するE.coli RR1(ATCC 31343)の細胞抽出
物中のHinc II 制限エンドヌクレアーゼ活性を立証する
アガロースゲル電気泳動の写真である。
Claims (2)
- 【請求項1】 DNA配列: GTPy↓PuAC を認識し且つ最初の5′PyとPuとの間を矢印によっ
て示されるように切断するHaemophilus influenzae Rc
由来のHinc II 制限エンドヌクレアーゼをコードし、以
下に示されるような制限部位を含むことを特徴とするD
NAセグメント。 【化1】 - 【請求項2】 請求項1に記載のDNAセグメントが挿
入された組換えDNAベクター。
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