JPH05219950A - アースロバクター・プロトフォーミア(arthrobacter protophormiae)から入手可能な新規のタイプii制限エンドヌクレアーゼapo i及び該エンドヌクレアーゼの製造方法 - Google Patents

アースロバクター・プロトフォーミア(arthrobacter protophormiae)から入手可能な新規のタイプii制限エンドヌクレアーゼapo i及び該エンドヌクレアーゼの製造方法

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JPH05219950A
JPH05219950A JP4309473A JP30947392A JPH05219950A JP H05219950 A JPH05219950 A JP H05219950A JP 4309473 A JP4309473 A JP 4309473A JP 30947392 A JP30947392 A JP 30947392A JP H05219950 A JPH05219950 A JP H05219950A
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Derek Robinson
デレク・ロビンソン
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    • C12N9/1003Transferases (2.) transferring one-carbon groups (2.1)
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Abstract

(57)【要約】 【構成】 Arthrobacter protoph
ormiaeから入手可能な新規のタイプII制限エンド
ヌクレアーゼ。 【効果】 Apo Iとして示すこのエンドヌクレアー
ゼはヌクレオチド配列: 【化1】 を認識し且つ矢印で示した切断箇所を有する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、Arthrobact
er protophormiaeから入手可能な新規
のタイプII制限エンドヌクレアーゼApo I及び該エ
ンドヌクレアーゼを製造する方法に係わる。
【0002】
【従来の技術】制限エンドヌクレアーゼは、細菌中に天
然に存在する酵素群である。制限エンドヌクレアーゼ
は、他の夾雑細菌成分から精製すると、実験室において
DNA分子を正確なフラグメントに切断するのに使用す
ることができる。この特性によってDNA分子を固有に
同定し、構成遺伝子に分画化することができる。制限エ
ンドヌクレアーゼは現代遺伝子研究において不可欠なツ
ールであることが立証されている。制限エンドヌクレア
ーゼは、それによって遺伝子工学処理及び分析が実施さ
れる生化学的な“はさみ”である。
【0003】制限エンドヌクレアーゼは、DNA分子に
沿った特定のヌクレオチド配列(“認識配列”)を認識
し、それに結合することにより作用する。一旦結合する
と、制限エンドヌクレアーゼは分子を配列内またはその
片側で切断する。異なる制限エンドヌクレアーゼは異な
る認識配列に親和性を示す。制限エンドヌクレアーゼの
大部分はヌクレオチド4〜6個の長さの配列を認識する
が、最近、7〜8個の固有に特定されるヌクレオチドを
認識する制限エンドヌクレアーゼが幾つか単離された。
ほとんどの認識配列は二元対称軸を含み、ほとんどのケ
ースで全てのヌクレオチドは固有に特定される。しかし
ながら、縮退または緩和特異性を有しており、認識配列
内の1カ所以上にある複数塩基を認識する制限エンドヌ
クレアーゼもあるし、また非対称配列を認識する制限エ
ンドヌクレアーゼもある。配列5’GGCC3’を認識
するHaeIIIは、対称の非縮退認識配列を有する制限
エンドヌクレアーゼの例であり、5’(Pu)GCGC
(Py)3’を認識するHaeIIは、縮退または緩和認
識配列を有する制限エンドヌクレアーゼの例である。対
称配列を認識するエンドヌクレアーゼは一般に、認識部
位の内部または隣で対称に切断し、非対称配列を認識す
る制限エンドヌクレアーゼは、認識部位から1〜18ヌ
クレオチド離れたところで切断する傾向にある。これま
でに調査された数千の細菌種において125種以上の固
有制限エンドヌクレアーゼが同定されている。
【0004】細菌の種当たりの制限エンドヌクレアーゼ
の数は通常は少数である。エンドヌクレアーゼは、それ
らが誘導された細菌に従って名付けられる。例えば種H
aemophilus aegyptiusは、Hae
I、HaeII及びHaeIIIと名付けられた3種の制限
エンドヌクレアーゼを合成する。これらの酵素はそれぞ
れ配列(AT)GGCC(AT)、PuGCGCPy及
びGGCCを認識及び切断する。他方で、Escher
ichia coli RY13はただ1種の酵素Ec
oRIのみを合成し、この酵素は配列GAATTCを認
識する。
【0005】理論に制約されるつもりはないが、実際、
制限エンドヌクレアーゼは細菌細胞の安泰において保護
的な役割を果たしていると考えられる。制限エンドヌク
レアーゼがなければ細菌を破壊したりまたはそれらに寄
生するウイルス及びプラスミドのような外来DNA分子
による感染に制限エンドヌクレアーゼによって細菌は抵
抗し得る。制限エンドヌクレアーゼは、感染性DNA分
子に結合し且つそれらを認識配列が存在する各所で切断
することにより抵抗性を与える。結果的に分解して感染
性遺伝子の多くを不活性化し、DNAをエキソヌクレア
ーゼによる更なる分解に対して感受性にする。
【0006】細菌保護系の第2の成分は修飾メチラーゼ
である。かかる酵素は制限エンドヌクレアーゼと相補的
であり、細菌が自分のDNAを保護し且つそれを外来の
感染性DNAと区別し得る手段を与える。修飾メチラー
ゼは、対応する制限エンドヌクレアーゼと同じヌクレオ
チド認識配列を認識し且つそれに結合するが、DNAを
切断する代わりに、配列内のどこかのヌクレオチドを、
メチル基を付加することにより化学的に修飾する。メチ
ル化されると、認識配列はもはや制限エンドヌクレアー
ゼによって結合も切断もされなくなる。細菌細胞のDN
Aは、修飾メチラーゼの活性によって常に十分に修飾さ
れており、従って、内在の制限エンドヌクレアーゼの存
在に対しては全く非感受性である。制限エンドヌクレア
ーゼの認識及び攻撃に対して感受性であるのは、未修飾
の、従って同定可能な外来DNAのみである。
【0007】1000種以上の制限エンドヌクレアーゼ
が細菌株から単離されている。これらのうち、125種
以上が固有の配列を認識し、残りは共通の認識特異性を
有する。同じヌクレオチド配列を認識する制限エンドヌ
クレアーゼは“アイソシゾマー”と称されている。アイ
ソシゾマーの認識配列は同じであるが、切断部位〔例え
ばXmaI v.SmaI,Endow,et a
l.,J.Mol.Biol.112:521(197
7);Waalwaijk,et al.,Nucle
ic Acids Res.5:3231(197
8)〕及び種々の部位での切断率〔XhoI v.Pa
eR7I,Gingeras,et al.,Pro
c.Natl.Acad.Sci.U.S.A.80:
402(1983)〕については変化し得る。
【0008】新規のタイプII制限エンドヌクレアーゼは
継続的に必要とされている。多数の特定のヌクレオチド
配列を認識するタイプII制限エンドヌクレアーゼが現在
利用可能であるが、新規の配列を認識する新規の制限エ
ンドヌクレアーゼは遺伝子操作により多大な機会と可能
性を与える。新規の固有エンドヌクレアーゼの各々によ
って、科学者は、これが与える全ての機会を利用してD
NAを新たな箇所で正確に切断することができる。
【0009】
【課題を解決するための手段】本発明は、本明細書にお
いては“Apo I”と表記するArthrobact
er protophormiae NEB番号723
から入手可能な新規の制限エンドヌクレアーゼを提供
し、このエンドヌクレアーゼは、(1)下記のごとき二
重鎖DNA分子中のヌクレオチド配列PuAATTPy
を認識し、
【0010】
【化2】 〔ここで、Puはグアニンまたはアデニンを表してお
り、Pyはシトシンまたはチミンを表わしており、Aは
アデニンを表しており、Tはチミンを表している〕 (2)矢印で示したように5’側から1番目と2番目の
塩基の間のホスホジエステル結合において前記配列を切
断して、4つの塩基からなる5’延長部を生成し、
(3)Apo Iは、次のDNAにおいてかっこ内に示
す数の認識部位を有する:pUC19(1)、pBR3
22(1)、phiX174(7)、M13mp18
(11)、T7(13)、λ(58)及びAdeno2
(29)。
【0011】本発明は更に、新規の制限エンドヌクレア
ーゼApo Iの製造方法にも係わる。1つの方法は、
Arthrobacter protophormia
を、Apo Iを発現させるのに適した条件下で培養
し、培養細胞を回収し、そこから無細胞抽出物を得、制
限エンドヌクレアーゼApo Iを無細胞抽出物から単
離及び回収することからなる。もう1つの方法では、
rthrobacter protophormiae
由来のDNAを含むライブラリーを構築し、Apo I
修飾メチラーゼをコードするDNAを含むクローンを単
離し、それらをスクリーニングしてApo I制限エン
ドヌクレアーゼ遺伝子をも含むクローンを同定すること
によって、Apo I R−M系をクローン化する。A
po IエンドヌクレアーゼをコードするDNAを含む
宿主細胞を、Apo Iを発現させるのに適した条件下
で培養し、培養細胞を回収し、そこから無細胞抽出物を
得、制限エンドヌクレアーゼApo Iを無細胞抽出物
から単離及び回収することにより、組換えApo Iを
得ることもできる。
【0012】本発明のエンドヌクレアーゼの認識配列
は、phiX174をApo Iを用いて完全消化する
ことにより決定した。得られたフラグメントのサイズは
アガロースゲル電気泳動によって決定した。実験で認め
られたフラグメントサイズは、2680、1325、5
50、320、225及び170塩基対であった。5’
PuAATTPy3’における切断によって生成される
であろうフラグメントのコンピューター計算〔Deve
reaux J.,et al.,(1984)NAR
12:387−395〕による数及びサイズは269
0、1290、554、326、239、185及び1
02塩基対であり、認められたフラグメントと相関して
いる。認識配列を更に試験するため、他の6種のDNA
分子をApo Iを用いて消化し、1.0%アガロース
ゲルを使用して電気泳動した。これらのDNA分子はp
UC19、pBR322、M13mp18、T7、λ及
びAdeno−2であって、それぞれ1、1、11、1
3、58及び29個のPuAATTPy配列を含んでい
た。得られたDNAフラグメントの実験で認められた数
及びサイズは、5’PuAATTPy3’における切断
により生成されるであろうコンピューター推定フラグメ
ントと一致した。このデータから本発明者らは、Apo
Iは配列5’PuAATTPy3’を認識すると結論
付けた。
【0013】Apo I認識配列内の切断点は、Apo
I切断から得られる末端塩基配列のジデオキシ配列分
析法(dideoxy sequencing ana
lysis)〔Sanger,F.et al.,(1
977) PNAS 74:5463−5467,Br
own,N.L.,et al.,(1980) J.
Mol.Biol.140:43−148〕によって決
定した。適当なプライマーと一緒にM13mp18を鋳
型として使用し、4種の標準的なジデオキシDNA配列
化反応を実施し、ジデオキシ停止反応を含まない第5反
応はApo I部位を通して伸長した。第5反応は、熱
処理によってクレノウDNAポリメラーゼを不活性化す
ることにより停止させた。Apo Iを第5反応に加え
た。切断産物は、配列5’GAATTC3’内の5’P
uと一緒に移動する単一バンドをもたらした。Apo
I消化に次いでクレノウを付加すると、最も3’側のT
残基と一緒に移動する4ヌクレオチド分だけ長いバンド
をもたらした。これらの結果から、Apo Iは、矢印
で示したように、両ストランド上で5’から3’の方向
で最初のプリン残基の後ろで認識配列を切断し、5’に
突き出す4つの塩基を対称に作り出す。
【0014】
【化3】 本発明の酵素は更に下記の特性を有する: (a)NaCl濃度:最適塩濃度は50mM NaCl
であり、相対活性は、0mM NaClにおいては25
%、100mM NaClにおいては50%であった; (b)温度:活性は、37℃または60℃より50℃に
おいてより高かった; (c)安定性:1mgのλファージを50℃で16時間
で完全に切断するのに、0.13単位(定義は後述す
る)のApo Iが必要であった。65℃で20分間前
処理しても、40単位のApo Iを完全に不活性化す
ることはできなかった。
【0015】本発明によれば、Apo Iは、Arth
robacter protophormiae株NE
B番号723を培養し、細胞からエンドヌクレアーゼを
回収することにより得られる。Arthrobacte
r protophormiae NEB番号723の
試料は1991年8月30日付けでAmericanT
ype Culture Collectionに寄託
されており、寄託番号ATCC55228を有する。
【0016】本発明の酵素を回収するために、A.pr
otophormiaeを任意の適当な技術を使用して
増殖させることができる。例えばA.protopho
rmiaeは、10g/lのトリプトン、5g/lの酵
母抽出物、10g/lのNaCl、1g/lのデキスト
ロース、1g/lのMgCl2・6H2O(pH7.2)
からなる培地中で、振盪及び通気しながら30℃でイン
キュベートすることにより増殖させ得る。対数増殖後期
の細胞を遠心分離によって回収し、即座に破壊するかま
たは−70℃で凍結保管する。
【0017】Apo I酵素はA.protophor
miae細胞から次のように単離するのが好ましい。即
ち、細胞ペーストを緩衝液中に懸濁させ、超音波、高圧
分散または酵素消化によって処理して、緩衝液によって
エンドヌクレアーゼを抽出する。次いで無傷の細胞また
は細胞破片を遠心分離によって取り除き、Apo Iを
含む無細胞抽出物を生成する。次いでApo Iエンド
ヌクレアーゼを、イオン交換クロマトグラフィー、アフ
ィニティークロマトグラフィー、分子ふるいクロマトグ
ラフィーまたはこれらの方法の組合せによって無細胞抽
出物から精製し、本発明のエンドヌクレアーゼを得る。
【0018】本発明の酵素は、この酵素をコードする遺
伝子はArthrobacterProtophorm
iaeゲノムDNAからクローニングされているので、
組換えDNA技術によって製造することもできる。Ap
o I制限エンドヌクレアーゼ及びメチラーゼ遺伝子の
全コード配列はプラスミドpKLApoIRM11−6
から誘導することができる。このプラスミドは1991
年10月7日付けでAmerican Type Cu
lture Collection(ATCC)に寄託
されており、ATCC番号75119を有する。
【0019】本発明は、Apo I制限遺伝子及び修飾
遺伝子のクローン並びにかかるクローンから産生される
制限エンドヌクレアーゼApo Iにも係わる。Apo
I遺伝子は、Apo I修飾またはメチラーゼ遺伝子
を含み且つそれを発現することを基準に選択された所定
のクローンがApo I制限遺伝子をも含むことを利用
する方法によってクローン化される。このようなクロー
ンのDNAは、invitroでApo I制限エンド
ヌクレアーゼによる消化に耐性を示す。この消化耐性に
よって、Apo Iメチラーゼ及び制限エンドヌクレア
ーゼをコードするクローンを選択的に単離する手段が得
られる。
【0020】実用化するのに好ましい本発明の実現態様
を説明するために以下の実施例を与える。実施例は説明
のためのものであり、本発明は、特許請求の範囲に記載
の事項のほかには制限されないことを理解されたい。
【0021】
【実施例】実施例1 Arthrobacter protophormia
からのApo Iの精製Arthrobacter protophormia
株NEB番号723を、10g/lのトリプトン、5
g/lの酵母抽出物、5g/lのNaClからなる培地
(pH7.2に調整したもの)中で増殖させた。細胞
を、通気及び振盪しながら30℃で対数増殖後期までイ
ンキュベートした。細胞を遠心分離によって回収し、得
られた細胞ペーストを−70℃で凍結保存した。
【0022】上記で得られた細胞ペースト262gを溶
かし、100mM NaClに調整した3培量の緩衝液
A(20mM Tris−HCl,0.1mM EDT
A,6mM 2−メルカプトエタノール,5%グリセロ
ール,pH8.0)中に懸濁させた。細胞懸濁液をGa
ulinプレスに12,000PSIで6回通した。細
胞1g当たり約31mgのタンパク質が遊離した。溶解
物を4℃で40分間遠心した。上清はpH7.3で90
0mlあった。砕片重量は160gであった。上清は
7,200,000単位のApo Iを含んでいた。
【0023】上清液を、100mM NaClに調整し
た緩衝液Aで平衡化しておいた353mlのDEAE−
セファロースカラム(Pharmacia)に添加し
た。流出液はバッチ回収した。カラムを、100mM
NaClに調整した緩衝液A400mlで洗浄した。流
出液及び洗浄液を合わせた。合わせたDEAE流出液及
び洗浄液プールは1300ml中に2,600,000
単位のApo Iを含んでいた。DEAEカラムを、2
リットルの緩衝液A中100mM〜700mMNaCl
直線濃度勾配を用いて溶出した。追加Apo I活性は
勾配の34〜41%に溶出した。1,600,000単
位のApo I活性を含む200mlをプールし、10
0mM NaClに調整した緩衝液Aで透析した。
【0024】DEAE流出液及び洗浄液プールを、10
0mM NaClに調整した緩衝液Aで平衡化しておい
た59mlのヘパリン−セファロースカラムに添加し
た。カラムを、100mM NaClに調整した300
mlの緩衝液Aを用いて洗浄した。酵素を、600ml
の緩衝液A中100mM〜1M NaCl直線濃度勾配
を用いて溶出させた。フラクションのApo I及びエ
キソヌクレアーゼ活性について試験した。Apo I活
性は勾配の56〜68%に溶出した。エキソヌクレアー
ゼ活性の大部分は勾配の0〜58%に溶出した。DEA
Eカラムに結合したプールを上述のごとく添加し、洗浄
し、ヘパリン−セファロースカラムから溶出させた。両
ヘパリン−セファロースカラム精製から得たApo I
活性を含む画分をプールし、100mM NaClに調
整した緩衝液B(20mM KPO4,6mM 2−メ
ルカプトエタノール,0.1mM EDTA,5%グリ
セロール,pH6.7)で透析した。
【0025】200mgのタンパク質を含む200ml
の透析物を、100mM NaClに調整した緩衝液B
で平衡化しておいた17mlのWhatmanホスホセ
ルロースカラムに添加した。カラムを、100mM N
aClに調整した100mlの緩衝液Bで洗浄した。酵
素を、200mlの緩衝液B中100mM〜1M Na
Cl直線濃度勾配を用いて溶出した。Apo I活性は
勾配の38〜53%に溶出した。50ml中に3,20
0,000単位のApo Iを含むホスホセルロースプ
ールを、50mM NaClに調整した緩衝液C(20
mM KPO4,6mM 2−メルカプトエタノール,
0.1mM EDTA,5%グリセロール,pH6.
3)で透析した。エキソヌクレアーゼ活性の大部分は勾
配の約35%に溶出した。
【0026】100mgのタンパク質を含む透析物を3
つの等量のアリコートに分け、3つの別個の7.5MM
ID TSK−GEL ヘパリン−5PW(TosoH
aas)カラムに添加した。これらのカラムは、50m
M NaClに調整した緩衝液Cで平衡化しておいた。
タンパク質溶液は、70mlの緩衝液C中の50mM〜
0.7M NaCl直線濃度勾配を用いて溶出させた。
Apo I活性は0.6M NaClに溶出した。エキ
ソヌクレアーゼ活性の大部分は0.43M NaClに
溶出した。3つのカラム実験から集めた4mlのApo
Iは1,600,000単位を含んでいた。このプー
ルを緩衝液Bで50mM NaClに希釈した。
【0027】希釈したヘパリン−5PWを、50mM
NaClに調整した緩衝液Bで平衡化しておいたWCX
7μm HPLCカラム(Custom LC,In
c)に添加した。タンパク質溶液を、50mlの緩衝液
B中50mM〜0.6M NaCl直線濃度勾配を用い
て溶出させた。Apo I活性は0.42M NaCl
に溶出した。Apo I活性をプールし、夾雑DNA結
合タンパク質、エキソヌクレアーゼ及びエンドヌクレア
ーゼを実質的に含まないことが判った。安定剤としてウ
シ血清アルブミンを終濃度200μg/mlまで加え、
Apo Iを保存緩衝液(50mM NaCl,20m
M Tris−HCl,0.1mM EDTA,1.0
mM ジチオトレイトール,50%グリセロール,pH
7.5)に対して透析した。この最終的なApo Iは
実質的に純粋であり、1,500,000単位を含んで
おり、20%の回収率であった。
【0028】活性評価 Apo I活性: アッセイすべき画分の試料1μl
を、100μg/mlのウシ血清アルブミンを補充した
25μlの基質反応緩衝液(0.5μgのλファージD
NAを含む、50mM NaCl,10mM Tris
−HCl,10mM MgCl2,1mM ジチオトレ
オトール,pH7.9)に加えた。酵素反応物を50℃
で5〜30分間の表記した時間だけインキュベートし
た。7.0μlの停止溶液(50%グリセロール,50
mM EDTA pH8.0,及び0.02%ブロモフ
ェノールブルー)を加えることにより反応を停止させ
た。反応混合物を1.0%アガロースゲルに添加し、電
気泳動した。得られたバンドを標準DNA長と比較して
同定した。
【0029】エキソヌクレアーゼ活性: 5μlのタン
パク質溶液試料を、100μg/mlのウシ血清アルブ
ミンを補充した50μlの緩衝液(25μg/mlの3
HDNAを含む、50mM NaCl,10mM Tr
is−HCl,10mMMgCl2,1mM ジチオト
レイトール,pH7.9)に加えた。酵素反応物を50
℃で1〜4時間の表記した時間だけインキュベートし
た。
【0030】単位の定義: 1単位のApo Iは1μ
gのλファージDNAを50℃、1時間で完全に切断す
る。
【0031】最適緩衝液条件: 最適Apo I活性に
対して次の緩衝液を使用した:100μg/mlのウシ
血清アルブミンを補充した、0.5μgのλファージD
NAを含む50mM NaCl,10mM Tris−
HCl,10mM MgCl2,1mM ジチオトレイ
トール,pH7.9。
【0032】実施例II Apo I制限エンドヌクレアーゼ及びメチラーゼ遺伝
子のクローニング 1.DNA精製: Arthrobacter pro
tophormiaeのDNAを調製するため、5gの
細胞ペーストを、10mlの25%スクロース,50m
M Tris−HCl pH8.0中に懸濁させ、5m
lの0.25MEDTA pH8.0と、3mlの0.
25M Tris pH8.0中の10mg/mlリゾ
チームとを加えた。懸濁液を氷上に1時間維持し、12
mlの1% Triton X−100,50mM T
ris pH8.0,67mMEDTAを溶液に加え、
2時間37℃に維持した。細胞溶解は不完全であり、D
NA溶液を64時間4℃に維持した。SDSを0.1%
まで加え、溶液を30mlのフェノールで抽出し、(予
め0.5M Tris pH8.0を用いて平衡化して
おき)、30mlのクロロホルムで抽出した。エマルジ
ョンを15,000rpmで10分間遠心して固体砕片
を除去した。清澄上清を透析チューブに入れ、DNA緩
衝液(10mM Tris pH8.0,1mM ED
TA pH8.0)を4回替えて透析した。透析した溶
液を、終濃度100mg/mlのRNaseを用いて3
7℃で1時間消化した。次いで5M NaClを終濃度
0.4Mまで加え且つ0.55容量のイソプロピルアル
コールを加えることによりDNAを沈澱させた。沈澱し
たDNAをガラス棒上に巻き付け、空気乾燥し、次いで
DNA緩衝液中に終濃度約100μg/mlまで再溶解
し、4℃で保管した。
【0033】2.部分消化: 以下のように精製DNA
をBglIIを用いて切断して部分消化した:50mM
Tris pH7.9,10mM MgCl2,100
mMNaCl及び1mM DTT中にDNAを50μg
/mlで含む溶液0.45mlを1つの100μlアリ
コートと7つの50μlアリコートとに分けた。100
μl試験管に40単位のBglIIを入れ、DNA1μg
当たり8.0単位の酵素を与えた。第1の試験管から5
0μlを取り出して第2の試験管に移し、4単位Bgl
II/μgし、同様にして次の試験管には一つ前の試験管
の半分の量のBglIIを与えた。試験管を37℃で1時
間インキュベートし、次いで72℃で10分間熱処理
し、それぞれから10μlずつ採取してアガロースゲル
電気泳動によって分析した。中程度の、不完全な消化を
示す試験管を、完全な消化を示す試験とは別々に、クロ
ーニング源としてプールした。
【0034】3.連結: フラグメント化したDNAを
pBR322に以下のように連結した:2.0μgのB
glII完全または部分消化A.protophormi
aeDNA(40μl)を1.0μgのBamHI切断
及び脱リン酸化pBR322(10μl)と混合した。
10μlの10倍濃連結ミックス(500mM Tri
s,pH7.8,100mM MgCl2,200mM
DTT,10mMATP,500mg/ml ウシ血
清アルブミン)を加え、更に44μlの無菌蒸留水を終
容積100μlまで加えた。3.75μlのT4 DN
Aリガーゼを加え、混合物を17℃で一晩インキュベー
トし、次いで10μlのクロロホルムを加えることによ
り殺菌した。BglII完全及び部分消化プールの各々か
ら得た約32μlの連結DNAを使用してE.coli
株RR1を次のように形質転換した:64μlのDNA
(32μlのBglII完全連結プール+32μlのBg
lII部分連結プール)を0.5mlのSSC/CaCl
2(50mM NaCl,5mM クエン酸ナトリウ
ム,67mM CaCl2)と氷上で混合し、1.0m
lの氷冷コンピテントE.coli RR1(hsd
--,ATCC番号31343)細胞を加えた。43
℃で6分間インキュベートした後、8mlのLuria
ブロス(Lブロス)を加えることにより細胞を希釈し、
37℃で4時間インキュベートした。
【0035】4.一次細胞ライブラリー: 形質転換細
胞培養液を軽く遠心し、上清は捨て、細胞を1.0ml
のLブロス中に再懸濁させた。200μl分を、100
μg/mlのアンピシリンを含むLuria寒天(L寒
天)プレート上に塗り付けた。37℃で一晩インキュベ
ートした後、各プレートを2.5mlの10mM Tr
is pH7.5,10mM MgCl2で浸し、形質
転換コロニーをまとめて掻き取り、それをプールして一
次細胞ライブラリーを形成した。
【0036】5.一次プラスミドライブラリー: 以下
のように一次プラスミドライブラリーを調製した:
2.5mlの一次細胞ライブラリーを、100μg/m
lのアンピシリンを含む500mlのLブロス中に接種
した。培養液を37℃で一晩振盪し、4000rpmで
5分間遠心した。上清は捨て、細胞ペレットを、10m
lの25%スクロース,50mM Tris pH8.
0中に室温で再懸濁させた。5mlの0.25M ED
TA,pH8.0を加え、更に0.25M Tris,
pH8.0中に10mg/mlリゾチームを含む溶液3
mlを加えた。溶液を氷上に1時間放置し、次いで12
mlの溶菌ミックス(1% TritonX−100,
50mM Tris,pH8.0,67mM EDT
A)をピペットで強く入れ、細胞懸濁液を静かにかきま
わして溶解させた。溶解後、混合液を50mlのプラス
チック遠心管に移し、17000rpm、4℃で45分
間遠心した。上清をピペットで取り出した。20.0g
の固体CsClを計って50mlのねじ蓋付きプラスチ
ック試験管に入れ、22.0gの上清をピペットで試験
管に入れ、混合した。1.0mlのエチジウムブロミド
溶液(10mM Tris,pH8.0,1mM ED
TA,100mM NaCl中の5mg/mlエチジウ
ムブロミド)を混合物に加えた。溶液を2つの5/8イ
ンチ×3インチポリアロマー(polyallome
r)遠心管に移し、封止した。これらの遠心管をBec
kman Ti70ローターにおいて44000rp
m、17℃で42時間遠心した。プラスミドを回収する
ため、遠心管の頂部にメスで孔を空け、2つのDNA蛍
光バンドのうちの下方を紫外光下にシリンジによって回
収した。両管から得た下方バンドをねじ蓋付きガラス試
験管内に集め、同量の水飽和氷冷N−ブタノールを用い
て4回抽出することによりエチジウムブロミドを除去し
た。
【0037】抽出後の溶液を透析チューブに移し、DN
A緩衝液を4回替えて24時間透析した。次いで、透析
したDNA溶液を計量済みの50ml無菌遠心管に移
し、その容積を測定した。5M NaClを終濃度0.
4Mまで加え、2容量のイソプロパノールを加えて混合
した。溶液を−20℃で一晩置くとDNAが沈澱した。
沈澱後、溶液を15000rpm、4℃で15分間遠心
し、上清を捨てた。試験管を試験管台に放置して15分
間空気乾燥し、次いでDNAペレットを500μlのD
NA緩衝液中に溶解し、−20℃で保管した。このよう
に調製したプラスミドのDNA濃度は約30μg/ml
であることが判った。
【0038】6.プラスミドプールの消化: 以下のよ
うにBglII一次プラスミドプールを消化して非Apo
Iメチラーゼクローンを破壊した: 1.0μg(3
5μl)のプラスミドDNAを、容積45μl中の50
mM Tris pH7.9,10mM MgCl2
1mM DTT,100mM NaCl,100μg/
ml BSAと混合し、Apo IをDNA1μg当た
り16u/μgまで加えた。試験管を37℃で2時間イ
ンキュベートした。10分間で72℃まで加熱すること
により反応物を不活性化させ、次いで氷上に5分間置い
た。1μl(10単位)のCIAP(仔ウシ腸アルカリ
性ホスファターゼ)を加え、試験管を37℃に1時間維
持した。
【0039】7.形質転換: 試験管から得た12.5
μlの試料を使用してE.coliRR1を形質転換し
た。中間的な希釈及び増殖処理はせずに熱処理の直後
に、細胞/DNA混合物を、100μg/mlアンピシ
リンを含むL寒天プレート上に置いた。37℃で一晩イ
ンキュベートした後、プレートを調査した。プラスミド
ライブラリーをApo Iを用いて消化し、次いでCI
APを用いて処理すると、形質転換体の数は103分の
1以下に低下したことが判った。14個の別個のコロニ
ーをプレートからピックアップし、アンピシリンを含む
Lブロス10ml中に各コロニーを接種してミニ培養液
を調製し、更に、アンピシリンを含むL寒天プレート上
に線状接種してマスターストックを調製した。
【0040】8.生存個体の分析: セクション7で得
られた約14個の生存コロニーを10mlの培養液中で
増殖させ(セクション7)、それらが保有するプラスミ
ドを、Birnboin及びDoly〔Nucleic
Acids Res.7:1513(1979)〕の
方法を適合させた以下のミニプレップ精製方法によって
調製した。
【0041】ミニプレップ方法:各培養液を5000r
pmで5分間遠心し、上清は捨て、細胞ペレットを、1
mg/mlのリゾチームを含む1.0mlの25mM
Tris,10mM EDTA,50mM グルコー
ス,pH8.0中に再懸濁させた。室温で1分後、2.
0mlの0.2M NaOH,1% SDSを各試験管
に加え、試験管を振盪して細胞を溶解した。一旦溶液が
透明になったなら、1.5mlの3M 酢酸ナトリウ
ム,pH4.8を各々に加えて振盪した。形成された沈
澱物を15000rpm、4℃で10分間遠心分離し
た。各上清を、3mlのイソプロパノールを含む遠心管
に入れ、混合した。室温で10分後、遠心管を1500
0rpmで10分間遠心し、沈澱した核酸をペレット化
した。上清は捨て、ペレットを室温で30分間空気乾燥
した。一旦乾燥したら、ペレットを850μlの10m
M Tris,1mM EDTA,pH8.0中に再懸
濁させた。75μlの5M NaClを各々に加え、溶
液を、575μlの氷冷イソプロパノールを含むエッペ
ンドルフ試験管に移し、再び室温で10分間沈澱させ
た。試験管をマイクロ遠心機内で45秒間遠心し、上清
は捨て、ペレットを空気乾燥した。次いでペレットを、
100μg/mlのRNaseを含む500μlの10
mM Tris,1mM EDTA,pH8.0中に溶
解し、37℃で1時間インキュベートしてRNAを消化
した。まず50μlの5M NaCl、次いで350μ
lのイソプロパノールを加えることによりDNAをもう
一度沈澱させた。室温で1分後、45秒間遠心すること
によりDNAを遠心分離し、上清は捨て、ペレットを、
10mM Tris,1mM EDTA,pH8.0の
最終溶液150μl中に再溶解した。次いで、Apo
Iを用いて消化することによりプラスミドミニプレップ
を分析した。
【0042】9.メチラーゼ遺伝子クローン: 分析し
たプラスミドの大部分はApo Iによる消化に感受性
であり、Arthrobacter protopho
rmiae DNAのランダムなフラグメントを保有し
ていることが判った。かかるプラスミドは疑似生存体で
あり、重要ではないので捨てた。14のうち4つがAp
o I消化に対して耐性であった。pBR322 Bg
lIIライブラリー由来のこれら4つのプラスミドのうち
の1つは、Apo Iに耐性であるだけでなく、約4.
8kbのBglIIフラグメント(図1参照)も保有して
おり、従ってApo I修飾メチラーゼ遺伝子のみなら
ず制限エンドヌクレアーゼ遺伝子をも保有していること
が判った。
【0043】10.制限遺伝子クローン:Apo I修
飾メチラーゼ遺伝子を保有していると同定された上記B
glIIクローン(セクション9)をE.coli株MM
294(ATCC 33625)に移入した。BglII
クローンは、in vitro制限エンドヌクレアーゼ
アッセイによってApo I制限エンドヌクレアーゼ遺
伝子を保有していることが判った。
【0044】エンドヌクレアーゼアッセイ: エンドヌ
クレアーゼ活性を評価するため、2種の溶液を調製し
た: (i)10倍濃制限エンドヌクレアーゼ緩衝液:500
mM Tris,pH7.9,100mM MgC
2,10mM DTT,1000mM NaCl,及
び(ii)消化反応ミックス:40μlのファージT7
DNA(250μg/ml),45μl 10倍濃制限
エンドヌクレアーゼ緩衝液,25μg/mlDNAとな
るまでの361μlの蒸留水。
【0045】細胞抽出物を以下のように調製した:試験
すべきクローンの培養液100mlを、100μg/m
lのアンピシリンを含むLブロス中で37℃で一晩増殖
させ、4000rpmで5分間遠心することにより細胞
をペレット化した。上清は捨て、ペレットを、3mlの
超音波処理用緩衝液(75mM KPO4 pH7.
0,10mM BME,0.1mM EDTA)中に再
懸濁させた。一旦再懸濁したら、10mg/mlのリゾ
チームを含む超音波処理用緩衝液0.3mlを加えた。
懸濁液をかきまわし、氷上に1時間放置した。1mlの
試料をエッペンドルフ試験管に移し、2回の20秒間バ
ーストで静かに超音波処理して細胞を破壊した。試験管
をマイクロ遠心機において5分間遠心し、上清を細胞抽
出物として使用した。抽出物を分析するため、消化反応
ミックスを4つの試験管に、第1試験管には75μl、
残りの3つの試験管にはそれぞれ50μlずつ分配し
た。3μlの抽出物を第1試験管に加え、混合した。第
1試験管から25μlを取り出し、第2試験管に移して
混合する等とした。第1試験管は、DNA1μg当たり
約1.5μlの抽出物を受取り、第2試験管は0.5μ
l/μg、第3試験管は0.15μl/μg、及び第4
試験管は0.05μl/μgを受け取ったことになる。
それぞれ50μlを含む試験管を50℃で1時間インキ
ュベートし、次いで各試料20μlをゲル電気泳動によ
って分析した。抽出物の力価は、湿潤細胞ペースト1g
当たり1×103単位以上のApo I制限エンドヌク
レアーゼであることが判った。
【0046】11.Apo Iエンドヌクレアーゼは、
Apo I修飾遺伝子及びエンドヌクレアーゼ遺伝子を
保有する組換えプラスミドpKLApoIRM11−6
から、発酵器においてアンピシリンを含むリッチ培地中
で増殖させることにより製造することができる。そして
細胞を遠心分離によって回収し、超音波処理によって破
壊して、Apo Iエンドヌクレアーゼ活性を含む粗細
胞抽出物を得る。
【0047】Apo Iエンドヌクレアーゼを含む粗細
胞抽出物は、アフィニティークロマトグラフィーまたは
イオン交換クロマトグラフィーのような標準的な生成物
精製技術によって精製する。
【図面の簡単な説明】
【図1】Apo I制限エンドヌクレアーゼ及び修飾メ
チラーゼをコードするArthrobacter由来の
4.8kb BglIIフラグメントの制限マップであ
る。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.5 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 //(C12N 9/16 C12R 1:06) (C12N 9/12 C12R 1:06) (72)発明者 デレク・ロビンソン アメリカ合衆国、マサチユーセツツ・ 01921、ボツクスフオード、ヒルサイド・ ロード・25 (72)発明者 キース・ランネン アメリカ合衆国、マサチユーセツツ・ 01929、エセツクス、ウインスロツプ・ス トリート・20 (54)【発明の名称】 アースロバクター・プロトフォーミア(ARTHROBACTER PROTOPHORMIA E)から入手可能な新規のタイプII制限エンドヌクレアーゼAPO I及び該エンドヌクレア ーゼの製造方法

Claims (12)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 二重鎖デオキシリボ核酸分子中の塩基配
    列: 【化1】 を認識し且つ矢印で示された切断部位を示す、Arth
    robacter protophormiae(AT
    CC番号55228)から入手可能な実質的に純粋なタ
    イプII制限エンドヌクレアーゼ。
  2. 【請求項2】 二重鎖デオキシリボ核酸λcI857を
    58カ所で、adeno−2を29カ所で、及びpBR
    322を1カ所で切断する請求項1に記載のタイプII制
    限エンドヌクレアーゼ。
  3. 【請求項3】 Arthrobacter proto
    phormiaeの試料を、前記エンドヌクレアーゼの
    産生に好ましい条件下で培養し、前記エンドヌクレアー
    ゼをそこから単離することからなる、請求項1に記載の
    タイプII制限エンドヌクレアーゼを得る方法。
  4. 【請求項4】 前記制限エンドヌクレアーゼがArth
    robacter protophormiae(AT
    CC番号55228)から精製されている請求項1に記
    載のタイプII制限エンドヌクレアーゼ。
  5. 【請求項5】 前記制限エンドヌクレアーゼが、該制限
    エンドヌクレアーゼをコードするDNA配列を含む形質
    転換宿主から精製されている請求項1に記載のタイプII
    制限エンドヌクレアーゼ。
  6. 【請求項6】 ベクターpKLApoIRM11−6か
    ら入手可能である、Apo I制限エンドヌクレアーゼ
    をコードする単離DNA。
  7. 【請求項7】 Apo I制限エンドヌクレアーゼをコ
    ードするDNAセグメントが挿入されたベクターを含む
    組換えDNAベクター。
  8. 【請求項8】 ベクターpKLApoIRM11−6か
    ら入手可能である、Apo I制限エンドヌクレアーゼ
    及びメチラーゼをコードする単離DNA。
  9. 【請求項9】 請求項8に記載の単離DNAを含むクロ
    ーニングベクター。
  10. 【請求項10】 pKLApoIRM11−6を含む請
    求項9に記載のクローニングベクター。
  11. 【請求項11】 請求項7、9または10のいずれか一
    項に記載のクローニングベクターによって形質転換され
    た宿主細胞。
  12. 【請求項12】 請求項7、9または10のいずれか一
    項に記載のベクターを用いて形質転換された宿主細胞
    を、該エンドヌクレアーゼの発現に適した条件下で培養
    することからなる、Apo I制限エンドヌクレアーゼ
    を生産する方法。
JP4309473A 1991-10-25 1992-10-23 アースロバクター・プロトフォーミア(arthrobacter protophormiae)から入手可能な新規のタイプii制限エンドヌクレアーゼapo i及び該エンドヌクレアーゼの製造方法 Pending JPH05219950A (ja)

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