JPH1045796A - タンパク質の部位特異的断片化方法 - Google Patents
タンパク質の部位特異的断片化方法Info
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Abstract
断片化方法を提供することを課題とする。 【解決手段】 ペプチド内に、リジン−システイン残基
を導入し、ついでシステインをシアノ化した。次いで、
該ペプチドを弱アルカリで処理すると、リジンのε−ア
ミノ基が求核基として、リジンとシアノシステインによ
るペプチド結合上のカルボニル炭素を攻撃し、リジン−
シアノシステインのペプチド結合の切断が効率的に引き
起こされた。
Description
分野、特にタンパク質の断片化の効率化に属する。
物細胞の中で生産させること、即ち、遺伝子工学技術を
用いて異種生物で目的遺伝子を発現させることは生産効
率の上で非常に効果的であり、近年盛んになってきてい
る(K.Itakura, T.Hirose, Drea, R. A. Riggs, H.L.He
yneker, F.Bolivar, H.W.Boyer, Science, 198,1056-1
063 (1977))。その中でも、「アフィニティーハンド
ル」技術は、異種細胞での発現が困難であったり、目的
タンパク質及びペプチドを精製することが困難な場合、
非常に有効である(M.Iwakura, K.Furusawa, T.Kokubu,
S.Ohashi, Y.Tanaka, Y.ahimura, K.Tsuda, J.Biochem
istry, 111, 37-45(199))。アフィニティーハンドル技
術は、「ハンドルタンパク質」と目的タンパク質又はペ
プチドを含む融合タンパク質を作製し、融合タンパク質
の発現およびそれに引き続く高度精製を行った後、目的
のタンパク質もしくはペプチドを切り出すことにより達
成できる。融合タンパク質から目的物を切り出す方法と
しては、配列特異的な切断方法が要求される。現在、配
列特異的な切断をするためにトリプシン(M.Iwakura,
K.Furusawa, T.Kokubu, S.Ohashi, Y.Tanaka, Y.ahimur
a, K.Tsuda, J.Biochemistry, 111, 37-45(199)、コラ
ゲナーゼ(J.Germino、D.Bastia, Proc.Natl.Acad.Sci.
USA 81, 4692-4696(1984))、リジンエンドペプチダー
ゼ(G.Allen, C.A.Paynter, M.D.Winter, J.Cell.Sci.
3,29-38(1985))、血液凝固因子Xa(K.Nagai, H.C.Th
ogersen, Nature, 309,810-812(1984))などのタンパク
質分解酵素の利用、ブロムシアンによるメチオニン部位
での切断(K.Itakura, T.Hirose, Drea, R. A. Riggs,
H.L.Heyneker, F.Bolivar, H.W.Boyer, Science, 198,
1056-1063 (1977))、などが利用されている。しかし、
タンパク質分解酵素を利用する場合は、用いる酵素によ
っては反応効率に問題があり、さらにコストの面でも問
題があった。また、化学的手段を用いる場合は、その反
応条件として特殊な有機溶媒を用いたり、また時間がか
かることや、副反応が無視できないことなどに問題があ
った。
位の特異性の高さおよび反応条件として水溶液を利用で
きることなどから、シアノシステインを介して切断する
方法(G.R.Jacobson, M.H.Schaffer, G.R.Stark, T.C.V
anaman, J.Biological Chemistry, 248, 6583-6591(197
3))に着目した。この方法は、切断カ所としてシステイ
ン部位に特定できること、弱アルカリ性条件の水溶液中
で室温で効果的に行うことができることから、目的タン
パク質もしくはペプチドに損傷を与えることなく分離で
きることに利点がある。この方法は、また、特異的にタ
ンパク質の断片化を行うことも可能にし、その断片化ペ
プチドの効果的な利用も考えられ、タンパク質の断片化
方法としては非常に興味深い方法である。しかしなが
ら、シアノシステインを介する方法は、副反応として、
シアノシステイン自体がβ−脱離反応によりデヒドロア
ラニンに転換することが知られており(Y.Degani, A.Pa
tchornik, Biochemistry, 13, 1-11(1974))、これによ
り切断反応の効率低下が起こることが問題であった。本
発明は、シアノシステインを介する切断方法に含まれる
副反応を解消し、効率的なタンパク質の部位特異的断片
化方法を提供することを課題とする。
て切断する方法は、弱アルカリ条件下において、水酸基
が求核試薬として作用し、シアノシステイン残基が環化
することにより、シアノシステインのアミノ末端側でペ
プチドの切断を引き起こさせる方法である(図1反応
1)。
基としても作用し、β−脱離反応によってシアノシステ
インがデヒドロアラニンに転換することによりペプチド
の切断効率の低下が起きるという問題点が存在していた
(図1、反応2)。そこで、本発明者らは、この副反応
を抑制して切断効率の向上を図るべく鋭意研究を行っ
た。
基の一つ前のアミノ酸に由来するカルボニル炭素を求核
的に攻撃することによりおこるペプチド鎖の切断反応で
あり、反応2は、水酸基が酸・塩基触媒として働くこと
により、チオシアノ基が脱離するβ−脱離反応で、シア
ノシステイン残基がデヒドロアラニンに転換する反応で
ある。そこで、本発明者等は、反応1において、N末端
側においてシアノシステイン残基に隣接するアミノ酸の
側鎖に水酸基より求核性が強い反応基を導入する事を考
えた。即ち、リジンのε−アミノ基は、一級アミンであ
り、アルカリ性条件下に強い求核性を有することから、
発明者らは、シアノシステインの前にリジン残基を挿入
することを想到した。そして、リジン−シアノシステイ
ン配列を有するペプチドを実際に製造し、この配列を有
するペプチドは、反応2のβ−脱離反応が著しく低下
し、切断反応が選択的に起こることを見出し、本発明を
完成した。
ノシステイン残基に隣接してリジン残基を配し、リジン
のε−アミノ基を求核基として作用させ、ペプチドの切
断反応を行なわせることに特徴を有する。「リジンのε
−アミノ基によるリジン−シアノシステイン配列のペプ
チド結合を構成するカルボニル炭素原子への分子内求核
攻撃」が、「水酸基による分子間の求核攻撃」(図1、
反応1)及び「酸塩基触媒反応」(図1、反応2)より
も優先的に起こることにより、切断が効率よく行われ
る。
システイン配列におけるシステインをシアノ化する過程
を含むペプチドの切断方法」に関する。
計により、目的とする切断部位としてタンパク質中に
「リジン−システイン配列」を導入し、導入したリジン
のε−アミノ基を求核基として利用し、β−脱離反応を
抑制することにより、効率的なタンパク質の断片化方法
を提供するものである。本発明において、「リジン−シ
ステイン配列」をタンパク質中に導入する方法として
は、該配列の導入後のタンパク質に対応する合成遺伝子
を作製する方法、部位特異的変異技術を利用する方法
(T.A.Kunkel, T.D.Robert, R.A.Zarkour, Methods in
Enzymology vol.154, 367-382(1987))等、当業者に周
知の方法が挙げられる。「リジン−システイン配列」の
導入位置には、特に制限はなく、タンパク質を切断すべ
き所望の位置に導入することが可能である。
タンパク質を生産するためには、上記合成遺伝子を適当
な発現ベクターに組み込み、大腸菌、枯草菌、酵母、放
線菌、動物細胞、植物細胞などの宿主に導入して、該宿
主内で発現させる方法が挙げられる。ここで、用いられ
る発現ベクターには、特に制限はないが、pBR322
由来のプラスミド、pUC由来のプラスミド、ラムダフ
ァージ由来のプラスミドなどのベクターを用いると好適
である。また、宿主に、該ベクターを導入する方法とし
ては、形質転換法、リポソーム法、レトロウイルスを利
用する方法、電気浸透法などが挙げられる。
レンチプレス、ホモジェナイザー、超音波細胞破砕など
による可溶化処理、各種塩基を含んだ緩衝液による抽出
処理、酸またはアルカリによる可溶化もしくは沈殿処
理、更には有機溶媒による抽出もしくは沈殿処理、硫安
などによる塩析、透析、メンブレンフィルターなどを用
いた限外濾過、ゲル濾過クロマトグラフィー、イオン交
換クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、向流
分配クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィ
ー、等電点電気泳動もしくはゲル電気泳動などを適宜組
み合わせて行うことが可能である。
フヒドリル基のシアノ化は、文献(J.Wood, & N. Catsi
mpoolas, J. biological Chemistry, 233, 2887(1963))
記載の方法に従い, スルフヒドリル基のシアンによる直
接的酸化、スルフヒドリル基の2−ニトロ−5−チオシ
アノ安息香酸 (NTCB)による直接的修飾反応(Y.Degani,
A.Patchornik, Biochemistry, 13, 1-11(1974))な
ど、当業者に周知の方法によって行うことができる。NT
CBを用いたシステインのスルフヒドリル基のシアノ化
は、pH7〜9の間で効率よく行うことができ、且つ、
遊離するが、チオニトロ安息香酸(thionitrobenzoat
e)の412nmの吸光度の増加(分子吸光係数=1
3,600)でシアノ化の反応効率を調べることができ
る。
0)に、室温で行うことができる。
フィーを連結した質量分析装置を用いて、生成物を質量
数で同定・帰属し、定量することにより行うことができ
る。実施例における生成物の同定・帰属・定量は、「L
C10A型高速液体クロマトグラフィー」(島津製作所
製)を連結した「PE Sciex API III質量分析装置」(パ
ーキンエルマー社製)を用いて行ったが、生成物を正確
に同定・帰属・定量できる方法であればどのような方法
で行ってもよく、本発明が反応の追跡方法に制限される
ことはないことは明らかである。
リシン-(S-シアノ)L-システイン-L-アラニン(以
下,「acA-A-K-cC-A」と略す。質量=530)の
切断反応。
チドとして、「acA-A-K-cC-A」を用いて、切断反
応を行った。0.05Mリン酸と0.1Mホウ酸からなる緩衝
液(pHは、7〜10まで変動させた)に、終濃度1mg
/mlとなるように「acA-A-K-cC-A」を加え、室温
で3時間反応させた。本反応の場合、N末端側において
シアノシステインに隣接するアミノ酸がリジンであるた
め、図1の反応3が生じる。反応1、反応2及び反応3
の反応生成物(それぞれ生成物1、生成物2、生成物
3)の質量数は、それぞれ、331、471及び313
である。この結果を表1にそれぞれ示す。
率が顕著に上昇し、かつ副反応であるペプチドの切断が
生じない反応2、即ちβ-脱離反応の生成が顕著に抑制
された。
L-アラニン-L-アラニン-グリシン-(S-シアノ)L-
システイン-L-アラニン(以下、「acY-A-A-G-cC
-A」と略す。質量=622)の切断反応 対照実験として、リジン−シアノシステインを含まない
ペプチドを用いて、切断反応を行った。0.05Mリン酸と
0.1Mホウ酸からなる緩衝液(pHは、7〜10まで変
動させた)に、終濃度1mg/mlとなるように「acY-A-
A-G-cC-A」を加え、室温で3時間反応させた。本
反応の場合、N末端側においてシアノシステインに隣接
するアミノ酸がグリシンであるため、図1の反応3は、
起こり得ない。即ち、反応経路は、図1で示される反応
1及び反応2のみである。また、それぞれの反応生成物
(生成物1、生成物2)の質量数は、423及び563
である。この結果を表2にそれぞれ示す。
が、ペプチド結合上のカルボニル炭素に対して求核攻撃
を行う、反応1が主反応となって、ペプチドの切断が起
こり、acY-A-A-G(質量数=423)と2-イミノチ
アゾリジン-4-カルボキシル-アラニン(2-iminothiazol
idine-4-carboxylyl-alanine)が生成した。また、水酸
基が塩基として作用しβ-脱離反応が起こる結果、ペプ
チドの切断が生じない反応2が副反応となり、N-アセ
チル-L-アラニン-L-アラニン-グリシン-L-デヒドロ
アラニン−L-アラニン(以下、「acY-A-A-G-dA-
A」と略す。質量数=563)が生成した。
特異的切断 システインを含まないジヒドロ葉酸還元酵素(AS−D
HFRと略す)の77番目のセリンもしくは111番目
のチロシンをそれぞれシステイン残基に転換した酵素タ
ンパク質(S77C−DHFR及びY111C−DHF
Rと略す)を用いて部位特異的切断を行った。
号:1に示す。
C−DHFR及びY111C−DHFRのうち、システ
イン残基に転換されたアミノ酸残基のN末端側に隣接す
るアミノ酸残基はそれぞれリジンおよびロイシン残基で
ある。このことから、S77C−DHFR及びY111
C−DHFRのシステイン残基のスルフヒドリル基をシ
アノ化して得られるタンパク質(それぞれ、「S77c
C−DHFR」及び「Y111cC−DHFR」と略
す)においては、S77cC−DHFRは「リジン−シ
アノシステイン」配列を含むが、Y111cC−DHF
RRにおいては、「リジン−シアノシステイン」配列を
含まない。そこで、S77cC−DHFR及びY111
cC−DHFRを作製して、その切断効率を比較した。
FRの作製は、遺伝子工学的に行った。すでに、AS−
DHFRの遺伝子が既知であり(M.Iwakura, B.E.Jones,
J.Luo, C.R.Matthews, J.Biochemistry 117, 480-488
(1995)に記載)、該遺伝子の塩基配列を配列番号:2に
示す。なお、AS−DHFRの遺伝子は、「pTZDH
FR20」と名付けられたプラスミドに組み込まれてい
る(M.Iwakura, B.E.Jones, J.Luo, C.R.Matthews, J.Bi
ochemistry 117, 480-488(1995)に記載。)。
アミノ酸であるセリンをシステインに変換できるように
2本のDNA、5'-GTTACCTGGGTTAAATGCG-3'(配列番
号:3:配列番号:2の塩基配列の214〜231番目に対応
するが、229〜231番目に対応する配列はシステインに対
応する塩基配列に置換してある)及び5'-TCGACGCATTTAA
CCCAG-3'(配列番号:4:配列番号2の塩基配列の219
〜236番目に対応するアンチセンスであるが、229〜231
番目に対応する配列はシステインに対応する塩基配列に
置換してある)を合成して、「pTZDHFR20」中
のAS−DHFRの遺伝子部分のBstEIIとSalI制限酵素
部位の間の配列と置き換えた。置き換えることより生成
した遺伝子は、S77C−DHFRをコードし、また、
このことにより生成した組換えプラスミドを大腸菌に導
入することにより、S77C−DHFRを大腸菌菌体中
に大量発現できた。この大腸菌を、3リッターの培地
(15gの食塩、15gの酵母エキス、24グラムのト
リプトン、30mgのアンピシリンナトリウムを含んで
いる)で、37度で一晩培養し、湿重量6グラムの菌体
を得た。この菌体の無細胞抽出液に、ストレプトマイシ
ン硫酸処理、硫安分画、メソトレキセートアフィニティ
ークロマトグラフィー及びDEAEトヨパールカラムクロマ
トグラフィーにより、均一にまで酵素タンパク質を精製
し、約100mgの均一なS77C−DHFRが得られ
た。
チロシンをシステインに変換するために2本のDNA、
5'-AGCTTTGCCTGACGCATAT-3'(配列番号:5:配列番号
2の塩基配列の326〜344番目に対応するが、331〜333番
目に対応する配列はシステインに対応する塩基配列に置
換してある)及び5'-CGATATGCGTCAGGCAA-3'(配列番
号:6:配列番号2の塩基配列の329〜346番目に対応す
るアンチセンスであるが、331〜333番目に対応する配列
はシステインに対応する塩基配列に置換してある)を合
成して、「pTZDHFR20」中のAS−DHFRの
遺伝子部分のHindIIIとClaI制限酵素部位の間の配列と
置き換えた。置き換えることより生成した遺伝子は、Y
111C−DHFRをコードし、また、このことにより
生成した組換えプラスミドを大腸菌に導入することによ
り、Y111C−DHFRを大腸菌菌体中に大量発現で
きた。上記、S77C−DHFRの精製と全く同様の手
法で酵素精製を行うことにより、約50mgの均一なY
111C−DHFRが得られた。
−DHFRのシステイン残基のスルフヒドリル基のシア
ノ化反応は、6Mの塩酸グアニジンと5mMのエチレン
ジアミン4酢酸を含むTris−塩酸緩衝液、pH7.
4中で、室温で4時間反応させることにより行った。反
応生成物を、逆相高速液体クロマトグラフィー装置(ウ
オーターズ社製HPLC装置)を用いて、「YMCD−
ODS−5」(20mmx250mm)カラムを用いて
10%のアセトニトリルの直線濃度勾配を用いて溶出す
ることによりシアノ化されたタンパク質を分離・精製し
た。シアノ化の収率は、S77cC−DHFRとY11
1cC−DHFRそれぞれで、67%および75%であ
った。
cC−DHFRの切断反応は、6Mの塩酸グアニジンと
5mMのエチレンジアミン4酢酸を含むTris−塩酸
緩衝液(pH9.4)中で、室温で一晩行った。切断反
応生成物を、「LC10A型高速液体クロマトグラフィ
ー」(島津製作所製)を連結した「PE Sciex API III質
量分析装置」(パーキンエルマー社製)を用いて解析し
た。その結果、表3及び表4に示す結果が得られた。
ンパク質であるY111cC−DHFRでは、70%の
生成物がβ-脱離反応(反応2)の生成物(表4、生成
物2)であったのに対して、「リジン−シアノシステイ
ン」配列を含ませることにより、β-脱離反応の生成物
(表3、生成物2)を6%にまで抑えることができた。
この結果は、分子内に「リジン−シアノシステイン」配
列が存在することにより、非常に効率の良い切断が起こ
ることを示している。
位特異的断片化方法が提供された。本発明によるタンパ
ク質の断片化は、タンパク質の機能単位の分離、ひいて
は抗体作製のためのエピトープの分離など幅広い応用が
可能である。従って、本発明は、発酵工業、医薬品工業
などの分野において有効利用が期待される。
応の模式図である。
Claims (1)
- 【請求項1】 ペプチド内のリジン−システイン配列に
おけるシステインをシアノ化する過程を含むペプチドの
切断方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP20371296A JP3950495B2 (ja) | 1996-08-01 | 1996-08-01 | タンパク質の部位特異的断片化方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP20371296A JP3950495B2 (ja) | 1996-08-01 | 1996-08-01 | タンパク質の部位特異的断片化方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH1045796A true JPH1045796A (ja) | 1998-02-17 |
JP3950495B2 JP3950495B2 (ja) | 2007-08-01 |
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ID=16478608
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP20371296A Expired - Lifetime JP3950495B2 (ja) | 1996-08-01 | 1996-08-01 | タンパク質の部位特異的断片化方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2007091907A1 (en) | 2006-02-09 | 2007-08-16 | Instytut Biochemii I Biofizyki Pan | Method of hydrolysis of peptide bond |
-
1996
- 1996-08-01 JP JP20371296A patent/JP3950495B2/ja not_active Expired - Lifetime
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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WO2007091907A1 (en) | 2006-02-09 | 2007-08-16 | Instytut Biochemii I Biofizyki Pan | Method of hydrolysis of peptide bond |
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---|---|
JP3950495B2 (ja) | 2007-08-01 |
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