JPH08266290A - フサリウムオキシスポラムからのペニシリンvアミドヒドロラーゼ遺伝子 - Google Patents
フサリウムオキシスポラムからのペニシリンvアミドヒドロラーゼ遺伝子Info
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Abstract
又は一部をコードする核酸分子に関する。 【解決手段】 フサリウムオキシスポラムのPVAのす
べて又は一部をコードする核酸配列より成る単離された
核酸分子に関する。
Description
子は、ペニシリンV(フェノキシ−メチルペニシリン)
の6−アミノペニシラン酸(6−APA)への酵素的加
水分解のために使用される。6−APAは半合成ペニシ
リンの製造のために使用される活性ベータラクタム核で
ある。種々のペニシリンVアミドヒドロラーゼ(PV
A)酵素が、真菌、ストレプトミセスおよび細菌で見い
だされている(ローウェ(Lowe)ら、1986,B
iotechnol.Lett.8:151−15
6))。PVA酵素活性は、ローウェ(Lowe)らに
よりフサリウムオキシスポラム(Fusarium o
xysporum)の株から記載されているが、酵素は
単離も精製もされていない。本発明は、フサリウムオキ
シスポラム435株のすべてまたは一部をコードする単
離された核酸分子に関する。PVA遺伝子は、クローン
化され配列決定されそして発現されている。
ラム435株からのプロモーター、PVA遺伝子のすべ
てまたは一部を含有する発現ベクター、および/または
新規プロモーターに関し:そして該発現ベクターを含有
する宿主細胞に関する。さらに別の面において、本発明
は特にインデューサーとしてのフェノキシアセテートの
存在下でのPVAの産生に関する。図1−完全なPVA
酵素の6つのペプチド断片のアミノ酸配列。N−末端の
アミノ酸配列は、配列番号1であり、ペプチドAのアミ
ノ酸配列は配列番号2であり、ペプチドB1のアミノ酸
配列は配列番号3であり、ペプチドB2のアミノ酸配列
は配列番号4であり、ペプチドCのアミノ酸配列は配列
番号5であり、ペプチドDのアミノ酸配列は配列番号6
であり、ペプチドEのアミノ酸配列は配列番号7であ
る。
のオリゴヌクレオチドのセットが、ペプチドC(配列番
号5)からの7つのアミノ酸の逆転写により得られた。
7つのアミノ酸配列は、配列番号8であり、配列番号8
から逆転写されたDNA配列は、配列番号9であり、配
列番号9に相補的なDNA配列は配列番号10であり、
オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号11である。
A N−末端アミノ酸配列は配列番号12であり、25
85翻訳アミノ酸配列は配列番号13であり、2585
DNA配列は配列番号14であり、2585−M DN
A配列は配列番号15であり、2585−FL翻訳アミ
ノ酸配列は配列番号12と同一であり、コード鎖の25
85−FL DNA配列は配列番号16であり、鋳型鎖
(すなわち、コード鎖に相補的)の2585−FL D
NA配列は配列番号17である。すべてのヌクレオチド
配列(配列番号17を除く)は、左から右に5′から
3′へ示してある。
ムPVA遺伝子のクローニングの略図。図6及び7−P
VA cDNA(配列番号18)と対応するアミノ酸配
列(配列番号19)。下線を引いたDNA配列(塩基対
1348から1368配列番号20)は、20量体プロ
ーブ(配列番号11)に相補的である。星印は停止コド
ンを示す。
号21)と対応するアミノ酸配列(配列番号22)。プ
ロモーターは塩基対番号1〜240(配列番号23)で
ある。最初の星印は、転写開始コドンを示し、2番目の
星印は停止コドンを示す。図10−pWB19Nの作成
の略図。図11−pSJC62の作成の略図。図12−
pBMFXPVA6の作成の略図。図13−pBMFX
PVA7の作成の略図。図14−pF020の作成の略
図。図15−pF020−Pの作成の略図。図16−p
BMPVA−Pの作成の略図。図17−pF020−M
の作成の略図。図18−pBMPVA−Mの作成の略
図。図19−pBMPVA−P/DAA02の作成の略
図。図20−pBMPVA−M/DAA04の作成の略
図。
usarium oxysporum)のPVAのすべ
てまたは一部をコードする核酸配列よりなる単離された
核酸分子に関する。好ましくは核酸分子はDNA分子で
あり、核酸配列はDNA配列である。本明細書において
すべてのDNA配列は、左から右への配向が通常の5′
から3′への方向である式で表される(ただし、図3に
示す配列番号17は除く)。さらに好ましいのは、実質
的に図6と7に示すヌクレオチド配列(特に、配列番号
18と配列番号21)のすべてまたは一部を有するDN
A配列;またはこれらのDNA配列の1つに相補的なD
NA配列;またはこれらのDNA配列の1つに相補的な
DNA配列とハイブリダイズするDNA配列である。好
ましくはこのDNA配列は緊縮条件下でハイブリダイズ
する。「緊縮性条件」とは、本明細書の「好適な実施態
様の詳細な例」に記載した条件と同等以上に緊縮性であ
る条件である。PVAの一部をコードするヌクレオチド
配列(例えば、DNA配列)の場合は、このヌクレオチ
ド配列は少なくとも約20ヌクレオチドの長さであるこ
とが好ましい。
ブと配列番号23のプロモーターである。本発明のPV
A分子は、必ずしも触媒として活性である必要はない。
例えば、触媒として不活性なPVAまたはその断片は、
その蛋白に対する抗体を作成するのに有用である。また
本発明は、修飾された配列も包含する。本出願で使用さ
れる「修飾」という用語は、ヌクレオチドまたはポリペ
プチド配列について言及する時は、天然に見いだされる
野性型配列とは異なるヌクレオチドまたはポリペプチド
配列を意味する。
々の方法を用いて得られる。少なくとも3つの主要な方
法が使用される: (1)該配列を含有するゲノムDNAまたは相補的DN
A(cDNA)からの2本鎖DNA配列の単離、(2)
DNA配列の化学合成;そして(3)ポリメラーゼチェ
イン反応(PCR)によるDNA配列の合成。
部をコードするDNA配列を同定するために、ゲノムD
NAまたはcDNAライブラリーがスクリーニングされ
る。例えば、PVAのすべてまたは一部をコードするD
NA配列を同定するために、フサリウムオキシスポラム
(F.oxysporum)のゲノムDNAライブラリ
ーがスクリーニグされる。ゲノムDNAまたはcDNA
ライブラリーをスクリーニングするために種々の方法を
使用することができる。
ドする標的ゲノムDNAまたはcDNAに存在する配列
と同じ配列を有する標識された1本鎖DNAプローブ配
列は、1本鎖型に変性されたゲノムDNAまたはcDN
Aのクローン化コロニー上で行われるDNA/DNAハ
イブリダイゼーション法に使用することができる。ゲノ
ムDNAまたはcDNAライブラリーはまた、イムノブ
ロッティング法を用いてPVAのすべてまたは一部をコ
ードするゲノムDNAまたはcDNAについてスクリー
ニングすることができる。
イゼーション法に適した典型的なスクリーニング法で
は、通常ベクター内に含有されているゲノムDNAライ
ブラリーまたはcDNAライブラリーが最初に寒天平板
に広げられ、次にクローンがフィルター膜(例えば、ニ
トロセルロース膜)に移される。次にPVAのすべてま
たは一部をコードするゲノムDNAまたはcDNAを含
有するクローンを同定するために、DNAプローブはク
ローンにハイブリダイズされるか、または抗体がクロー
ンに結合される。
たは一部をコードする本発明のDNA配列は、化学的に
合成される。例えば、PVAをコードするDNA配列
は、100塩基オリゴヌクレオチドのシリーズとして合
成され、これが(適当な末端制限部位または相補的な末
端配列を介して)連続的に結合されて、ヌクレオチドの
正しい線状の配列が生成する。
たは一部をコードするDNA配列は、PCRを用いて合
成される。簡単に説明すると、標的DNA配列の反対の
鎖にハイブリダイズする少なくとも15塩基対の長さの
合成DNAオリゴヌクレオチド対(PCRプライマー)
が、標的配列上でDNAの介在領域を酵素的に増幅する
のに使用される。鋳型の熱変性、プライマーのアニーリ
ング、そしてアニーリングされたプライマーの3′末端
のDNAポリメラーゼによる伸長のサイクルを繰り返し
て、PCRプライマーの5′末端により規定される断片
が増幅される。ホワイト(White)ら、Trend
s Genet.5,185−189(1989)を参
照。
法において使用される。本DNA配列の最も明白な使用
法は、ペニシリンVから6−APAへの変換に有用なP
VAを調製することである。しかしこれらは、PVAに
関連する蛋白をコードする他のDNA配列をハイブリダ
イゼーションにより選択するように、蛋白のcDNAや
ゲノムDNAをスクリーニングするためのDNAプロー
ブとして、使用することもできる。さらにPVAのすべ
てまたは一部をコードする本発明のDNA配列は、フサ
リウムオキシスポラム(Fusarium oxysp
orum)以外の生物からのPVA分子をコードするD
NA配列をハイブリダイゼーションにより選択するため
の、他のcDNAおよびゲノムDNAライブラリーをス
クリーニングするためのDNAプローブとして使用する
ことができる。
発明のDNA配列はまた、種々の突然変異体を調製する
ために修飾(すなわち、突然変異)することもできる。
このような突然変異は、縮重性(すなわち、突然変異に
より、突然変異コドンによりコードされるアミノ酸配列
が変化する)であるか、または非縮重性(すなわち、突
然変異は、突然変異コドンによりコードされるアミノ酸
配列を変化させない)である。これらの修飾DNA配列
は、例えば突然変異により、コードされたポリペプチド
中の1つまたはそれ以上のアミノ酸が欠失、置換、挿
入、または添加されるように、当業者に公知の種々の方
法を用いて、PVA DNA配列を突然変異することに
より調製することができる。例えばモリナガ(Mori
naga)ら、Bio/Technol.2,636−
639(1984)、テイラー(Taylor)ら、N
ucl.Acids Res.13,8749−876
4(1985)およびクンケル(Kunkel)、Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA 82,4
82−492(1985)に記載の部位特異的突然変異
誘発法を使用することができる。さらに、市販の業者か
ら部位特異的突然変異誘発用のキットが購入できる。例
えば部位特異的突然変異誘発を行うためのキットは、ア
マーシャム社(Amersham Corp.)(アー
リントン・ハイツ、イリノイ州)から購入できる。さら
に、セイヤーズ(Sayers)ら、Nucl.Aci
ds Res.16,791−802(1988)に記
載の、破壊、欠失および端切り取り法(truncat
ion)を使用してもよい。縮重または非縮重突然変異
のいずれも、本発明のポリペプチドの産生または使用に
有効である。例えば、これらの突然変異は、より高レベ
ルの産生、容易な精製を可能にし、追加の制限エンドヌ
クレアーゼ認識部位を提供する。すべてのこのような修
飾DNAやポリペプチド分子は、本発明の範囲内に含有
される。
新規のプロモーター(配列番号23)に関する。本発明
の新規のプロモーターは、他の有用な蛋白またはポリペ
プチドをコードする他の公知のDNA配列とともに使用
することができる。本発明はさらに、PVAのすべてま
たは一部をコードするDNA配列および/またはPVA
のプロモーターよりなる発現ベクターに関する。この発
現ベクターは好ましくは、実質的に図6または7に記載
のヌクレオチド配列を有するDNA配列の1つのすべて
または一部を含有する。さらに好ましいのは、PVAの
すべてまたは一部をコードするDNA配列に機能的に結
合している1つまたはそれ以上の制御DNA配列よりな
る発現ベクターである。この意味で使用される時、「機
能的に結合している」という用語は、制御DNA配列
が、PVAのすべてまたは一部をコードするDNA配列
の複製および/または発現を支配することができること
を意味する。
ばしば「プラスミド」の型であり、これは環状2本鎖D
NAループであることを意味し、これはベクター型では
染色体に結合している。しかし本発明は、同等の機能を
示し後に当該分野で公知になる他の型の発現ベクターを
包含すると考えられる。
的には、複製開始点、DNA配列の前(すなわち、上
流)に位置するプロモーター(好ましくは配列番号23
のプロモーター)、そしてその後に続く、PVA、D−
アミノ酸オキシダーゼ、モノクローナル抗体、インスリ
ン、インターフェロン、表皮増殖因子、成長ホルモンな
どのような構造蛋白のすべてまたは一部をコードするD
NA配列を含有する。構造蛋白のすべてまたは一部をコ
ードするDNA配列の後には、転写停止配列や残りのベ
クターが続く。発現ベクターはまた、当該分野で公知の
他のDNA配列、例えば安定性リーダー配列(発現生成
物に安定性を与える)、分泌リーダー配列(発現生成物
を分泌させる)、構造遺伝子の発現を修飾(例えば、増
殖培地中の栄養物質の有無により)させる配列、形質転
換された細胞中で表現型の選択を可能にするマーカー配
列、安定性成分(例えば、プラスミドに有糸分裂の安定
性を与えるセントロメア)、および制限エンドヌクレア
ーゼによる切断のための部位を提供する配列などの、当
該分野で公知の他のDNA配列を包含する。実際に使用
される発現ベクターの性状は、使用される宿主細胞と融
和性のあるものでなければならない。例えば、真菌細胞
系でクローニングされる時は、発現ベクターは、真菌細
胞のゲノムから単離されたプロモーター(例えば、アス
ペルギルスニヅランス(Aspergillus ni
dulans)のtrpCプロモーター、およびフサリ
ウムオキシスポラム(Fusarium oxyspo
rum)からのPVAプロモーター)を含有すべきであ
る。いくつかの発現ベクターは、真菌宿主中で自己複製
プラスミドのインビボ産生を促進する、真菌性の自己複
製性配列(ARS;例えば、フサリウムオキシスポラム
(Fusarium oxysporum)およびサッ
カロミセスセレビッシェ(Saccharomyces
cerevisiae)からのARS)を含有しても
よい。本発明の真菌発現ベクターは、真菌性ARSを含
有せず、従ってプラスミドが宿主細胞に入ると、これは
宿主細胞中に組み込まれることが好ましい。このような
組み込みは、遺伝的安定性が増強するため好ましい。本
発明で企図される発現ベクターは、本発明のPVA D
NA配列の、大腸菌(Escherichia col
i)内での複製、真菌細胞内での組み込みおよび好まし
くは発現を支配することができる。大腸菌の種々の宿主
中の適当な複製開始点には、例えばColE1プラスミ
ド複製開始点がある。適当なプロモーターには、例えば
アスペルギルスニヅランス(Aspergillus
nidulans)からのtrpCプロモーター、フサ
リウムオキシスポラム(F.oxysporum)から
のPVAプロモーター、および大腸菌からのneo−r
遺伝子プロモーターがある。適当な停止配列には、例え
ばアスペルギルスニヅランス(A.nidulans)
からのtrpCターミネーター、フサリウムオキシスポ
ラム(F.oxysporum)のPVAターミネータ
ー、大腸菌からのneo−r遺伝子ターミネータがあ
る。発現ベクターは、選択性マーカーをコードする配列
を含有することが好ましい。選択性マーカーは好ましく
は抗生物質耐性である。選択性マーカーとしては、フレ
オマイシン耐性(真菌細胞用)、アンピシリン耐性およ
びネオマイシン耐性(細菌用)を使用することが便利で
ある。これらの物質のすべては当該分野で公知であり、
市販されている。
DNA配列を含有するpBMFXPVA6と命名された
発現ベクター(本明細書中で後述、または図10に記
載)、またはpBMFXPVA6の同定用性状を有する
発現ベクターである。またpWB19N,pSJC6
2,pBMFXPVA7,pBMFXPVA−P、そし
てpBMFXPVA−M(それぞれ本明細書中で後述、
または図8,9,11,14および16に記載)と命名
された発現ベクター、またはpWB19N,pSJC6
2、pBMFXPVA7,pBMFXPVA−P、そし
てpBMFXPVA−Mの同定用性状を有する発現ベク
ターである。
PおよびpBMFXPVA−Mを含有する宿主細胞大腸
菌DH5α株は、ブダペスト条約に従って1994年1
2月14日にアメリカンタイプカルチャーコレクション
(American Type Culture Co
llection)(ロックヴィル(Rockvill
e)、メリーランド州)に寄託され、それぞれ整理番号
ATCC69721,69722および69720を与
えられた。
適当な発現ベクターは、当該分野で標準的公知の組換え
DNA技術を用いて作成され、その多くはサムブルーク
(Sambrook)ら、分子クローニング:実験室マ
ニュアル(Molecular Cloning:A
Laboratory Manual)(第2版)、コ
ールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー(Col
d Spring Harbor Laborator
y)、コールド・スプリング・ハーバー(Cold S
pring Harbor)、ニューヨーク(198
9)に記載されている。
一部をコードするDNA配列、および/または配列番号
23のプロモーターよりなる発現ベクターを含有する宿
主細胞に関する。本発明は、好ましくは実質的に図6ま
たは7に記載のヌクレオチド配列を有するDNA配列の
1つのすべてまたは一部よりなる発現ベクターを含有す
る。さらに好適なものは、PVAのすべてまたは一部を
コードするDNA配列の複製および/または発現を支配
することができ、該DNA配列に機能的に結合している
1つまたはそれ以上のDNA配列よりなる発現ベクター
を含有する宿主細胞である。追加的に含有されるもの
は、触媒活性のないPVA分子をコードするように修飾
された(例えば、破壊、欠失または端の切断)DNA配
列よりなる発現ベクターを含有する宿主細胞である。適
当な宿主細胞には、真核宿主細胞および原核宿主細胞
(例えば、大腸菌細胞)がある。適当な真核宿主細胞に
は、例えばセファロスポリウムアクレモニウム(Cep
halosporium acremonium)、フ
サリウムオキシスポラム(Fusarium oxys
porum)およびペニシリウムクリソゲナム(Pen
icillium chrysogenum)細胞があ
る。
ムオキシスポラム(Fusarium oxyspor
um)株である。発現ベクターは、当該分野で公知の種
々の方法により宿主細胞に導入される。例えば、宿主細
胞のトランスフェクションは、ポリエチレングリコール
介在プロトプラスト形質転換法により行われる。しかし
宿主細胞に発現ベクターを導入する他の方法(例えば、
電気穿孔法、ビオリスティックインジェクション(bi
olistic injection)、またはプロト
プラスト融合)も使用することができる。
れば、宿主細胞は、大量の目的のポリペプチド(好適な
例では、PVAのすべてまたは一部をコードするポリペ
プチド分子)の発現を可能にする条件下で培養される。
PVAのすべてまたは一部をコードするDNA配列を含
有する発現ベクターを含有する宿主細胞は、以下の一般
的アプローチの1つまたはそれ以上の方法を使用して同
定される:(a)DNA−DNAハイブリダイゼーショ
ン;(b)マーカー遺伝子機能の有無;(c)宿主細胞
中のPVAのmRNA転写体の産生により測定した転写
レベルの評価;(d)遺伝子生成物の免疫学的検出;
(e)比色的検出;そして(f)酵素測定法(酵素測定
法は好ましい同定方法である)。第1のアプローチで
は、PVAのすべてまたは一部をコードするDNA配列
の存在が、DNA配列に相補的なプローブを用いてDN
A−DNAまたはRNA−DNAハイブリダイゼーショ
ンにより検出される。
ー宿主系が同定され、ある種のマーカー遺伝子機能(例
えば、抗生物質への耐性、抗真菌剤への耐性、ウラシル
プロトトロフィー)の有無に基づき選択される。マーカ
ー遺伝子はPVAコード配列を制御するのに使用される
プロモーターと同じであるかまたは異なるプロモーター
の制御下で、PVAのすべてまたは一部をコードするD
NA配列と同じプラスミドの中に入れられる。誘導体ま
たは選択に応答したマーカー遺伝子の発現は、PVAの
すべてまたは一部をコードするDNA配列を有する全組
換え発現ベクターの存在を示す。
ション測定法によりPVAmRNA転写体の産生が評価
される。例えば、ポリアデニル化RNAは単離され、ノ
ーザンブロットまたはRNA配列に相補的なプローブを
用いるヌクレアーゼ保護測定法により分析される。ある
いは、宿主細胞が核酸が抽出され、このようなプローブ
への結合について測定される。
たは一部の発現を、例えばウェスタンブロット解析によ
り免疫学的に評価する。第5のアプローチでは、PVA
蛋白の発現は、相補性解析により評価される。例えば、
この酵素が欠如していることが公知の細胞中で、培地プ
レート上で無色の基質であるフェノキシ−p−ニトロア
ニリドの黄色のp−ニトロアニリンへの酵素的加水分解
についてPVA活性の発現が検出される。
知の方法を用いてPVA酵素活性が測定される。例え
ば、本明細書の「好適な実施態様の詳細な実施例」欄に
記載の測定法が使用される。本発明の発現ベクター、プ
ラスミドまたはDNA分子のDNA配列は、当該分野で
公知の種々の方法により測定される。例えば、サンガー
(Sanger)ら、Proc.Natl.Acad.
Sci.USA 74,5463−5467(197
7)、またはProc.Natl.Acad.Sci.
USA 74,560−564(1977)に記載のマ
クサム−ギルバート(Maxam−Gilbert)法
が使用される。
もすべての発現ベクターやDNA制御配列が等しく作用
はしないことは理解すべきである。同じ発現系に対して
もすべての宿主細胞が等しく作用はしない。しかし当業
者は本明細書に記載の指示を用いることにより不要な実
験をすることなく、かつ本発明の範囲を逸脱することな
く、発現ベクター、DNA制御配列、および宿主細胞の
選択をすることができるであろう。
できる発現ベクターを含有する宿主細胞を培養すること
よりなる、PVAの産生方法に関する。好ましくは発現
ベクターは、pBMFXPVA6またはpBMFXPV
A7である。驚くべきことに、インデューサーとして作
用するフェノキシアセテートの存在下では、PVAの産
生が実質的に増加することが発見された。
部よりなるポリペプチド分子に関し、該ポリペプチド分
子は好ましくは、実質的に図6または7に記載のアミノ
酸配列の1つのすべてまたは一部を有する。PVAの一
部よりなる分子の場合は、ポリペプチド分子は少なくと
も10アミノ酸の長さであることが好ましい。本明細書
で同定されるアミノ酸残基は、天然のL−型である。標
準的ポリペプチド命名法(J.Biol.Chem.2
43,3557−3559(1969))に従って、ア
ミノ酸残基の略語を以下の対応表に示す。
への配向がアミノ末端からカルボキシ末端への通常の方
向にある。本発明のポリペプチドは、合成法(すなわ
ち、公知の方法により、その成分アミノ酸からのポリペ
プチドの化学合成法)より、得られる。例えば、ヒュー
トン(Houghton)ら、Proc.Natl.A
cad.Sci.82,5131−5135(198
5)に記載の固相法を使用してもよい。PVAのすべて
または一部をコードするDNA配列を発現する原核また
は真核宿主細胞中に産生させるか、またはPVAのすべ
てまたは一部をコードするDNA配列によりコードされ
るmRNAのインビトロ翻訳により、ポリペプチドを得
ることが好ましい。例えば、図6または7のDNA配列
は、前述のPCR法を用いて合成され、適当な発現ベク
ター中に挿入され、次にこれを用いて適当な宿主細胞を
形質転換する。次に組換え宿主細胞を培養してPVAを
産生する。これらの方法によりポリペプチドを産生する
方法は当該分野で公知であり、本明細書中に記載されて
いる。
単離され、種々の精製法を用いてある程度まで精製され
る。例えば、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過
クロマトグラフィーおよび免疫アフィニティクロマトグ
ラフィーのようなクロマトグラフィー法を使用してもよ
い。6−APAを調製する以外に、本発明のポリペプチ
ドは種々の他の方法で使用することができる。例えばこ
のポリペプチドを用いて、公知の方法でポリペプチドに
結合することができるポリクローナル抗体またはモノク
ローナル抗体を調製することができる。これらの抗体は
次に、試料(例えば、細胞試料)中のポリペプチドを、
免疫測定法(例えば、ラジオイムノアッセイまたは酵素
免疫定量法)を用いて、検出するのに使用できる。これ
らの抗体はまた、本発明のポリペプチドを精製し種々の
供給源から単離するための親和性クロマトグラフィーに
使用することもできる。
Aと測定されるアミノ酸配列を用いて規定されてきた。
ほとんどのアミノ酸配列と停止シグナルに2つ以上のコ
ドンが存在する遺伝子コードの縮重のため、図6と7に
記載のアミノ酸配列と同じ配列をコードする他のDNA
配列を、本発明のポリペプチドの産生に使用することも
できる。さらに、これらのDNAおよびアミノ酸配列の
アレレ(対立遺伝子)の変化も天然に存在するか、また
は当該分野で公知の方法を用いて意図的に導入される。
これらの変種は、全体の配列の中の1つまたはそれ以上
のアミノ酸の差異、または該配列のなかの1つまたはそ
れ以上のアミノ酸の欠失、挿入、転換または添加により
証明される。このようなアミノ酸の置換は、例えば関与
するアミノ酸の極性、電化、溶解性、疎水性、親水性お
よび/または両親媒性の類似に基づき行われる。例え
ば、陰性荷電のアミノ酸にはアスパラギン酸、グルタミ
ン酸があり、陽性荷電のアミノ酸にはリジンやアルギニ
ン非荷電性の極性の頭部基または類似の親水性値の非極
性頭部基を有するアミノ酸には、ロイシン、イソロイシ
ン、バリン、グリシン、アラニン、アスパラギン、グル
タミン、セリン、スレオニン、フェニルアラニン、チロ
シンがある。他の考えられる変更としては、前述のポリ
ペプチドの塩やエステル、および前述のポリペプチドの
前駆体、例えばN−末端置換基を有する前駆体(例え
ば、使用されるメチオニン、N−ホルミルメチオニン、
およびリーダー配列)がある。すべてのこのような変更
は本発明の範囲内に含まれる。
これらの実施例は本発明を限定するものではなく、本発
明をさらに理解しやすくするものである。好適な実施態様の詳細な例 実施例において、微生物株、プラスミド、緩衝液、増殖
培地および共通の方法は以下に記載の通りである。微生物株とプラスミド 使用したプラスミド、細菌株および真菌株を、表1に示
す。
%ディフコバクト酵母エキス、0.5%塩化ナトリウ
ム。 ルリア寒天:1.5%ディフコバクト寒天を細くしたル
リアブロス。 SOC培地:2%ディフコバクトトリプトン、0.5%
ディフコバクト酵母エキス、10mM Nacl,2.5
mM KCl。オートクレーブ後、100分の1量の1M
MgCl2 ,1M MgSO4 、および20%グルコ
ースを培地に加える。
4%ファーマメディア(Pharmamedia)(ト
レーダープロテイン(Trader Protei
n)、メンフィス、テネシー州)、0.3%(NH4 )
2 SO4 ,0.75%KH2 PO 4 ,0.75%K2 H
PO4 ,10N NaOHでpH6.8に調整。PVA産
生培地:0.4%フェノキシアセテートを補足したフサ
リウム栄養増殖培地。
塩酸(pH7.4),1mM EDTA。 トリス−アセテート電気泳動緩衝液(TAE):40mM
トリス−酢酸(pH8.0),1mM EDTA。 20×SSC:3M NaCl,0.3Mクエン酸ナト
リウム、10N NaOH。
液:1%フィコール、0.2%ポリビニルピロリドン、
1%ウシ血清アルブミン(BSA)。 30×NET:4.5M NaCl,0.45Mトリス
−塩酸(pH7.5)、30mM EDTA。
プラスミドDNA抽出は、サムブルーク(Sambro
ok)ら、1989、分子クローニング:実験室マニュ
アル(Molecular Cloning:A La
boratory Manual)、第2版、コールド
・スプリング・ハーバー・ラボラトリー(Cold S
pring Harbor Laboratory)、
CSH、ニューヨークに記載の方法を使用した。すべて
の制限酵素とDNA修飾酵素は、市販の業者から得た。
これらは製造業者の指示に従って使用した。他のしばし
ば使用した方法を以下に記載する。
リアブロス400ml中に接種し、37℃でOD600 が
0.6になるまで振盪して増殖させた。細胞を氷上で1
5分間冷却して、冷ロータ中で7,000×gで10分
間遠心分離して集めた。細胞ペレットを0℃の水200
mlで2回洗浄し、0℃の10%グリセロール10mlで1
回洗浄した。細胞ペレットを、10%グリセロール中で
0℃で1mlの容量で再懸濁した。細胞懸濁液をドライア
イス上で1.5mlのポリプロピレンチューブ中で40μ
lの一定分量で、−70℃で凍結して保存した。
上に置いた。TE中約2−3μlのDNAまたは結合混
合物を細胞に加え、静かに混合し氷の上に1分間置い
た。次に混合物を、あらかじめ冷却した0.2mlの電気
穿孔キュベット(バイオラッド(Bio−Rad)カタ
ログ#165−2086、バイオラッド・ラボラトリー
ズ社(Bio−Rad Laboratories I
nc.))に移した。バイオラッド・ジーン・パルサー
(Bio−Rad Gene Pulser)装置(バ
イオラッド(Bio−Rad)カタログ#165−20
75)を、キャパシタンス25μF、電圧2.5KVに設
定した。パルスコントローラー(ThePulse C
ontroller)(バイオラッド(Bio−Ra
d)カタログ#165−2098)は、抵抗200オー
ムに設定した。これらの条件下でキュベットに1回パル
スをかけた。電気穿孔法の後、SOC培地1mlをキュベ
ットに加えた。パウツールピペットを用いて細胞懸濁液
を17×100mmポリプロピレンチューブに移し、37
℃で1時間インキュベートした。細胞を選択培地の上に
広げた(ネオマイシンとアンピシリンをそれぞれ40μ
g/mlまたは100μg/mlで含有するルリア寒天)。
sporum)株を、20mlのポテトデキストロースブ
ロス(PDB;ディフコラボラトリーズ(Difco
Laboratories)中で24℃で培養した。ミ
クロコニディア(Microconidia)を、30
μmメッシュの層のナイロンフィルター(スペクトラ/
メッシュナイロンN(Spectra/Mesh Ny
lonN)、スペクトラムメディカル・インダストリー
ズ社(Spectrum Medical Indus
tries,Inc.)を通して濾過した。ミクロコニ
ディアを室温で1500×gで8分間遠心分離してペレ
ットにした。ミクロコニディアを無菌蒸留水で2回洗浄
した。約1×1010ミクロコニディアを、100mlのP
DB中で24℃で15時間振盪として発芽させた。発芽
したミクロコニディアを、無菌の50ml円錐管で室温で
1500×gで8分間遠心分離して集めた。ペレットを
O緩衝液(1.4M MgSO4 ,50mMクエン酸ナト
リウム、pH5.8)で2回洗浄した。発芽したミクロコ
ニディアを、2%ノボザイム(Novozyme)(ビ
オスパシフィック社(Bios Pacific, I
nc.))を含有するO緩衝液20mlで、24℃で1〜
2時間処理した。90%以上のプロトプロストが生成し
た時、混合物を2つの15mlの円錐管中で900×gで
4℃で30分間遠心分離した。プロトプロストを懸濁液
の上から静かにピペットで取り、T緩衝液(1.2Mソ
ルビトール、50mM CaCl2 ,10mMトリス−塩
酸、pH7.4)中で4℃で2回洗浄した。プロトプロス
トを、6%ポリエチレングリコール−400と1%ジメ
チルスルホキシドを含有するT緩衝液中で1×109 /
mlで懸濁した。プロトプロストを一定分量ずつ1.5ml
のポリプロピレンチューブに入れてドライアイスで凍結
し、−70℃で保存した。
mMにヌクレアーゼインヒビターであるオーリントリカル
ボキシテート(aurintoricarboxyla
te)を添加してプロトプロストを形質転換した。10
μlのTE中10〜20μlのプラスミドDNAを、2
00μlのプロトプロスト懸濁液に加え、氷上で30分
間インキュベートした。60%ポリエチレングリコール
−4000/50mMCaCl2 の溶液を2つを200μ
lで1つを800μlで加え(各添加の間に静かに攪拌
した)、氷上で30分間インキュベートした。次に10
mlの1.2Mソルビトール/0.5×PDBを加えて、
静かに攪拌した。プロトプロストを4℃で900×gで
8分間遠心分離してペレットにした。このペレットを、
1.2Mソルビトール/0.5×PDB0.5mlに懸濁
した。0.1mlのプロトプロスト懸濁物を、新たに2層
に注いであった1.2Mソルビトール/0.1×PDB
/1.5%寒天平板上に広げた。最下層は75μg/ml
のフレオマイシンを含有する12.5mlの培地を含有
し、これを上層の12.5mlの培地に静かに分散させ
た。プレートを24℃で7日間インキュベートした。2
0μg/mlのフレオマイシンを含有する1×PDA培地
上で増殖と、プラスミドDNAプローブとDNAドット
−ブロットハイブリダイゼーションにより、形質転換体
が証明された。
出 フサリウムプロトプロスト形質転換欄で記載したように
フサリウムプロトプロストを調製した。懸濁物の上部か
らプロトプロストを集め4℃のT緩衝液に再懸濁し、プ
ロトプロストを4mlの溶解緩衝液〔0.7M NaC
l,10mMトリス−塩酸、pH8.0,10mM EDTA
および1%ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)〕に再懸
濁し、静かに混合し37℃で5分間インキュベートし
た。0.7MNaCl中10%ヘキサドシルトリメチル
アンモニウム(CTAB)0.1mlを、プロトプロスト
溶解物に加え、静かに混合し65℃で15分間インキュ
ベートした。等量のクロロホルム:イソアミルアルコー
ル混合物(24:1)を加えることにより、染色体DN
Aを抽出した。水溶液を集め、0.6mlのイソプロパノ
ールを加えて、染色体DNAを沈殿させた。1500×
gで5分間室温で遠心分離して染色体DNAを集めた。
DNAを70%エタノールで1回洗浄し、真空下で乾燥
した。DNAを200μgのリボヌクレアーゼA(EC
3.1.27.5、シグマ・ケミカル社(Sigma
Chemical CO.))を含有するTE1mlに再
懸濁し、37℃で20分間インキュベートした。最終濃
度400μg/mlになるようにプロテイナーゼK溶液の
調製物(EC3.4.21.14、ベーリンガー・マン
ハイム社(Boehringer Mannheim,
GmbH))を加え、DNA溶液を37℃で20分間イ
ンキュベートした。0.1mlの3M NaClを加え、
等量のフェノール:クロロホルム:イソアミルアルコー
ル(25:24:1)混合物で2回抽出した。水溶液を
集め、2部のエタノールを加えて染色体DNAを沈殿さ
せた。次にDNAを、室温で1500×gで5分間遠心
分離して集めた。DNAを70%エタノールで1回洗浄
し、真空下で乾燥し、1mlのTEに再懸濁した。
からDNAプローブを作成し、ニックトランスレーショ
ンシステム(Nick Translation Sy
stem)(ライフテクノロジーズ社(Life Te
chnologies,Inc.))を使用してα−32
P−dCTP(アマーシャム社(Amersham C
orp.))で標識した。T4ポリヌクレオチドキナー
ゼ酵素を用いてγ−32P−ATP(アマーシャム社(A
mersham Corp.))でオリゴヌクレオチド
プローブをリン酸化した。標識プローブの各使用の前
に、DNAプローブを100℃で5分間加熱変性させ、
氷で2分間急速に冷却した。
ゼーション 0.4M NaOH,10mM EDTAとともに総液量
0.4mlでDNA試料を100℃で10分間熱変性さ
せ、真空下でドット−ブロット装置(ミニフォールド
(Minifold)、シュレイヒャー・アンド・シュ
ネル社(Schleicher & Schnell
Inc.))を用いて、バイオラッドゼータプローブG
T膜(Bio−Rad Zeta−probe GT
membrane)(バイオラッド・ラボラトリーズ社
(Bio−Rad Laboratories In
c.))またはニトロセルロース膜(ミニフォールド
(Minifold)、シュレイヒャー・アンド・シュ
ネル社(Schleicher &Schnell I
nc.))にのせた。ハイブリダイゼーションオーブン
中(ラボラトリー・プロダクツ・セールズ社(Labo
ratory Products Sales,In
c.))でハイブリダイゼーションを行なった。ゼータ
プローブGT膜をビンに入れ、5mlのハイブリダイゼー
ション緩衝液(0.5M Na2 HPO4 ,pH7.2、
7%SDS)で65℃で2時間攪拌してプレハイブリダ
イゼーションした。次に溶液を5mlの新たに調製したハ
イブリダイゼーション緩衝液と交換した。標識DNAを
添加し、16〜24時間65℃で攪拌しながらハイブリ
ダイゼーションを行なった。ハイブリダイズした膜を、
それぞれ40mM Na2 HPO4 (pH7.2)と5%S
DSを含有する緩衝液中で65℃で30分間2回洗浄し
た。次に膜を、それぞれ40mM Na2 HPO4 (pH
7.2)と1%SDSを含有する緩衝液中で65℃で2
回洗浄した。ニトロセルロース膜を使用した時、ハイブ
リダイゼーションは同様の条件で行なった(ただし、ハ
イブリダイゼーション緩衝液の組成は、6×SSC,5
×デンハルト溶液、10mMリン酸カリウム(pH7.
2)、0.1%SDSおよび250μg/mlの変性サケ
精子である)。ハイブリダイズした膜を、2×SSC−
0.1%SDSでそれぞれ65℃で30分間2回洗浄
し、次に0.1×SSC−0.1%SDSでそれぞれ6
5℃で30分間2回洗浄した。オリゴヌクレオチドプロ
ーブを使用した場合は、ハイブリダイゼーションと洗浄
の温度は50℃に維持した。洗浄後、オートラジオグラ
フィーのために膜をコダックXAR−5X線フィルム
(イーストマン・コダック社(Eastman Kod
ak Co.))に露光させた。
完全に消化し、0.25μg/mlの臭化エチジウムを含
有するTAE緩衝液中の0.8%アガロースゲルで電気
泳動した。サムブルーク(Sambrook)らが記載
したようにゲルを酸で処理して脱プリンをして、アルカ
リで変性し、中和し、バイオラッドモデル785真空ブ
ロッター(Bio−Rad Model 785 Va
ccumBlotter)(バイオラッドカタログ#1
65−5000)を用いて、バイオラッドゼータプロー
ブGT膜またはニトロセルロース膜に移した。DNAハ
イブリダイゼーションとオートラジオグラフィーは前述
のように行なった。
測定法 フサリウムオキシスポラム(Fusarium oxy
sporum)株のコニディア(conidia)を、
1週令のポテトデキストロース寒天(PDA、ディフコ
ラボラトリーズ(Difco Laboratorie
s))プレートの表面を5mlの無菌蒸留水で洗浄して単
離した。コニディア溶液0.5mlを、125mlフラスコ
内のフサリウム栄養増殖培地25mlに接種した。栄養培
養物をロータリーシェーカー(250rpm )で24℃で
72時間増殖させ、陰性培養物の0.2mlを、125ml
フラスコ内の25mlのPVA産生培地に接種した。培養
はロータリーシェーカーで24℃で144時間行なっ
た。
衝液(pH7.5)で希釈した。適切に希釈した培養物1
mlを、25mMリン酸カリウム(pH7.5)中の3%ペニ
シリンV1mlに加えた。反応混合物を35℃で15分間
振盪し、1mlの6%(w/v)トリクロロ酢酸(TC
A)溶液を加えて反応を停止させた。混合物を1500
×gで8分間遠心分離した。1部の100%メタノール
中1%p−DABと6部の氷酢酸:水:1N NaOH
混合物(40:19:1)を混合して作成した3mlのp
−ジメチルアミノベンズアルデヒド(p−DAB)使用
溶液に、清澄な上澄液1mlを加えた。混合物を室温で5
分間インキュベートし、波長415nmで光学密度を測定
した。100μg/mlの6−APA 1mlとp−DAB
使用溶液3mlを含有する対照チューブの、415nmの光
学密度は0.27であった。酵素活性(IU/ml)は、4
15nmの光学密度の読みに希釈率を掛け、0.34を掛
けて計算される。ペニシリンVアミドヒドロラーゼ活性
は国際単位(IU)として表し、1単位は、上記測定条件
下で1分間につき1μモルのペニシリンVの変換に等し
い。
た。これは分子量65キロダルトンの糖蛋白である。精
製した酵素を臭化シアンで消化した。セファデックスG
−100による臭化シアン消化PVAのゲル濾過クロマ
トグラフィーにより、6つの断片(A,B1,B2,
C,D、およびE)が精製された。自動化エドマン(E
dman)分解法(フンカピラーとフード(Hunka
piller and Hood),1983,Sci
ence 219:650−659)により、6つのペ
プチド断片と完全なPVA分子のN−末端アミノ酸配列
を決定した。得られたペプチド配列情報は図1に示す通
りである。実施例2 ペニシリンVアミダーゼcDNAクローニング 1.フサリウムオキシスポラム(Fusarium o
xysporum)435株からのmRNAの抽出 フサリウムオキシスポラム(Fusarium oxy
sporum)435株を、PVA産生培地中で増殖さ
せ、再懸濁したイソシアン酸グアニン緩衝液で洗浄し、
超音波をかけて細胞を破砕した。CsClクッション
(グリシン(Glicin)ら、1974,Bioch
em.13:2633−2637)を介して、遠心分離
により総RNAを単離した。mRNAはオリゴ(dT)
クロマトグラフィー(サムブルーク(Sambroo
k)ら、1989、分子クローニング:実験室マニュア
ル(Molecular Cloning:A Lab
oratory Manual)、第2版)、続いてシ
ョ糖密度勾配法により調製した。各分画のmRNAを、
インビトロ翻訳と免疫沈降法により測定した。
ーの調製 グブラー−ホフマン法(グブラーとホフマン(Gubl
er and Hoffman)、1983,Gene
25:263−269)により相補的DNA(cDN
A)を調製した。最初の鎖は、3μg mRNA、50
mMトリス−塩酸(pH7.5)、65mM KCl,3mM
MgCl2 ,10mM DTT,0.5μgオリゴ(d
T)、2.5μgアクチノマイシンD、1mMずつの4つ
のdNTPおよび2単位のマウス白血病ウイルス(ML
V)逆転写酵素を含有する、50μlの反応混合物中で
合成した。反応物を0℃で3分間インキュベートし、次
に20℃で5分間および37℃で1時間インキュベート
した。反応の最後に2μlの0.5M EDTAと5μ
lの3M NaClを加えた。混合物をフェノール/ク
ロロホルムで抽出し、2倍量のエタノールで沈殿させ
た。2番目の鎖は、RNaseH,DNAポリメラー
ゼ、およびDNAリガーゼを用いる、修復合成反応で調
製した。最初の鎖から得られたDNAを、20mMトリス
−塩酸(pH7.5),5mM MgCl2 ,10mM硫酸ア
ンモニウム、100mM KCl,150μMβ−NA
D,40μMずつの4つのdNTP,5μgのBSA、
1単位の大腸菌RNaseH,20単位のDNAポリメ
ラーゼI、そして1単位の大腸菌DNAリガーゼを含有
する100μlの修復緩衝液に溶解した。混合物を12
℃で1時間インキュベートし、次に20℃で1時間イン
キュベートした。反応の最後に、10μlの3M Na
Clを加え、混合物をフェノール/クロロホルムで抽出
した。DNAを2倍量のエタノールで沈殿させた。末端
デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ(TdT)
とdCTPを用いて、cDNAをCテイルとした。Cテ
イルとしたcDNA 1ngをアニーリングし、Gテイル
としたプラスミドpUC19の25ngに結合させた。結
合したDNAを用いて、大腸菌中で形質転換しcDNA
ライブラリーを調製した。
C−末端の近くの7つのアミノ酸(配列番号8)から、
4つのヌクレオチドプローブ(図2、配列番号11)の
セットを得た。 4.PVA cDNAクローンの同定と全長cDNAの
作成 cDNAライブラリーのコロニーを、縮重オリゴヌクレ
オチドプローブ(図2、配列番号11)でスクリーニン
グした。ハイブリダイゼーション緩衝液(6×NET/
10×デンハルト/1%SDS)中の32P末端標識プロ
ーブへの50℃でハイブリダイゼーションさせて、コロ
ニーブロットをスクリーニングした。ハイブリダイズし
た膜を室温で2回、各2×NET−0.1%SDSで3
0分間洗浄し、0.5×NET−0.1%SDSで50
℃で30分間洗浄した。強くハイブリダイズするコロニ
ー(#362)を選択してさらに試験した。これは50
0塩基対の挿入体を含有し、これはライブラリーを研究
するためのプローブとして使用した。第2のクローン
(#2585)は1.7kbの挿入体を含有し、このプロ
ーブに強くハイブリダイズした。PVAのN−末端アミ
ノ酸配列を挿入体の5′末端の翻訳物と比較すると、5
アミノ酸を除く成熟酵素の全コード配列がクローン化さ
れていた(図3)。部位特異的突然変異誘発により5′
末端にPstI制限部位を作成して、#2585−Mを
作成した。合成リンカーを加えて#2585−Mクロー
ンを全長cDNAクローン2585−FLに変換した
(図3と4)。
DNA配列解析 マクサム−ギルバート(Maxam−Gilbert)
法(マクサムとギルバート(Maxam and Gi
lbert)、1977,Proc.Natl.Aca
d.Sci.USA 74,560−564)により、
cDNA挿入体2585−FLの両鎖の配列を決定し
た。挿入体は、55,000ダルトンの蛋白をコードす
る1521塩基対(bp)のオープンリーディングフレ
ームを含有する(図6及び7)。完全なPVA分子およ
び臭化シアン消化ペプチド断片のN−末端からのすべて
のアミノ酸配列データは、この配列中に見いだされる。
20量体オリゴヌクレオチドプローブ(配列番号11)
に対応するこの領域(塩基対1348〜1368、配列
番号20)は、図6で下線を引いてある。
435株からの高分子量染色体DNAを、いくつかの制
限酵素で消化し、TAE緩衝液中の0.6%アガロース
ゲルで電気泳動し、ニトロセルロースに移した。258
5挿入体DNAから調製したプローブを、サザンブロッ
トにハイブリダイズして、PVA遺伝子を含有する断片
のサイズを決定した。この遺伝子は約12kbのEcoR
I断片上にあった。
(ATCC67366)から得られ、ネオマイシン耐性
遺伝子中のNcoI部位は、部位特異的突然変異誘発に
より除去されている。プラスミドpBM11/M5 D
NAをHindIII とSmaIで消化した。HindII
I 切断物の5′突出末端を、大腸菌DNAポリメラーゼ
Iのクレノウ断片を用いて平滑末端に変換した。このD
NA混合物を0.8%調整用アガロースゲルで電気泳動
にかけた。ネオマイシン耐性遺伝子を含有する1.3kb
断片をゲルから切り出し、100Vで室温で1時間電気
溶出させた。得られた溶出液を集め、等量のTE飽和フ
ェノールで3回抽出した。0.3M NaClの存在下
でエタノール沈殿により水層からDNAを回収した。D
NA断片の回収物をアガロースゲル電気泳動で解析し
た。pUC19プラスミドDNA(ヤニッシュ−ペロン
(Yanisch−Perron)ら、1985,Ge
ne,33:103−119)をBspHIで切断し、
クレノウ断片で5′突出末端を平滑末端に変換した。ポ
リリンカー部位と複製開始点を含有する1.6kbの断片
(塩基対番号2639〜番号2686および番号1〜番
号1526)を単離し、結合緩衝液(50mMトリス−塩
酸、pH7.6,10mM MgCl2 ,1mM ATP,1
mM DTT,5%ポリエチレングリコール−8000)
とT4 DNAリガーゼの存在下で、1.3kbネオマイ
シン耐性遺伝子断片に結合させた。
名)を、大腸菌DH5α細胞中に電気穿孔させた。ネオ
マイシン耐性コロニーを、pWB19N(クレノウで充
填したHindIII 部位とBspHI部位の結合点に1
つの回復したBspHI部位を有する)の存在について
スクリーニングした。コロニーはまた、アンピシリン感
受性とX−galプレート上のβ−ガラクトシダーゼ活
性のα−相補性についてスクリーニングした。pWB1
9Nの作成を図10に記載する。
グ フサリウムオキシスポラム(F.oxysporum)
435株からの高分子量染色体DNAの100μgを、
EcoRIで切断した。このDNAをTAE緩衝液中の
0.6%アガロースゲルで電気泳動した。11.5kb〜
12kbのサイズのDNAをゲルから切り出し、100V
で室温で1時間電気溶出を行なった。得られた溶出液を
集め、等量のTE飽和フェノールで3回抽出した。0.
3M NaClの存在下でエタノール沈殿により水層か
らDNAを回収した。次に約12kbのDNA断片をpW
B19Nベクターにクローン化して、pF021(図
5)を作成した。pF021 DNAの制限解析によ
り、クローン化断片は全PVA遺伝子を含有し、PVA
コード配列の上流に追加の3.7kbそして下流に6.8
kbを含有することが判明した。
ート(Maxam−Gilbert)法(図7)により
配列決定した。cDNAとゲノム配列は、cDNAクロ
ーンで合成リンカーが挿入されている5′末端のコドン
を使用している以外は、同一であった。ゲノムクローン
では、追加の315塩基対の配列情報が5′末端で得ら
れた。このデータは、PVA mRNAの翻訳が図7の
塩基241で始まること、そして25アミノ酸シグナル
配列を含有する「プレ−PVA」が合成され、次に切断
されてPVA酵素の分泌型を形成することを示唆する。
転写開始部位はS1マッピング法により決定された(バ
ークとシャープ(Berk and Sharp),1
977,Cell 12:721−732,;サムブル
ーク(Sambrook)ら、1989、分子クローニ
ング:実験室マニュアル(Molecular Clo
ning:A LaboratoryManual)、
第2版)。これは塩基162およびその近傍に存在す
る。この部位と塩基241の間には、ATG翻訳開始シ
グナルの可能性のあるものはなかった。
ら、1989,Fungul Genet.Lett.
36:790−81)は、細菌ハイグロマイシンB耐性
遺伝子の転写を支配する、アスペルギルスニヅランス
(Aspergillus nidulans)のtr
pCプロモーター配列を有する。pES200 DNA
をEcoRIとClaI酵素で切断した;5′突出末端
をクレノウ断片で平滑末端に変換した。アガロースゲル
電気泳動で1250塩基対のtrpCプロモーター断片
を単離し、電気溶出により回収した。プラスミドpUT
715(ジェイン(Jain)ら、1992,Mol.
Ge.Genet.234:489−493)は、スト
レプトアロテイチャスヒンヅスタヌス(Strepto
alloteichus hindustanus)か
らのプロモーターのないフレオマイシン耐性遺伝子を有
するプロモータープローブベクターである。pUT71
5 DNAをEcoRVで消化し、1250塩基対のt
rpCプロモーター断片に結合させた。結合混合物を大
腸菌DH5αに形質転換し、得られたプラスミドをpU
T715/trpCと命名した。pUT715/trp
C DNAをBamHIとBglII酵素で消化した。t
rpCプロモーターとフレオマイシン耐性遺伝子よりな
る2.4kbの断片を、アガロースゲル電気泳動により単
離した。pWB19N DNAをBamHI酵素で切断
し、2.4kb断片に結合させた。得られたプラスミドを
pSJC62と命名した(図11)。
(F.oxysporum)435株のゲノムDNAか
らの約12kbのEcoRI断片の挿入体を有する。pF
O21 DNAをSalI酵素で切断し、T4 DNA
リガーゼで再び環状化した。得られたプラスミドpFO
23は、pFO21からの非コードフサリウムDNAの
5.8kb欠失を有する(図5)。
断した。アスペルギルス(Aspergillus)t
rpCプロモーターとフレオマイシン耐性遺伝子よりな
る得られた2.4kb断片を単離した。pFO23 DN
AをEcoRIとXbaI酵素で消化した。DNA混合
物をアガロースゲルで分離した。PVA遺伝子を含有す
る7.9kb断片を単離し、アスペルギルス(Asper
gillus)trpCプロモーターとフレオマイシン
耐性遺伝子よりなる2.4kb断片に結合させた。得られ
たプラスミドをpBMFXPVA6と命名した(図1
2)。
で切断した。粘着末端を、クレノウ断片で平滑末端に変
換した。DNA混合物をアガロースゲルで分離し、PV
A遺伝子を含有する4.3kb断片を単離した。pBMF
XPVA6 DNAをXbaIで切断し、クレノウ断片
で処理した。線状化したpBMFXPVA6 DNAを
pBMFXPVA7からの4.3kb PVA遺伝子断片
に結合させた(図13)。
nidulans)のtrpCプロモーターにより制御
されるフレオマイシン耐性遺伝子を添加して、pFO2
3(図5)から組換えプラスミドpBMFXPVA6を
得た(図12)。組換えプラスミドpBMFXPVA7
は、PVA遺伝子の2番目のコピーを添加してpBMF
XPVA6から得られた(図13)。これらの組換えプ
ラスミドを、ポリエチレングリコール介在プロトプロス
ト形質転換(ポウェルとキストラー(Powell a
nd Kistler),1990,J.Bacter
iol.172:3163−3171)により、PVA
遺伝子の異種宿主(フサリウムオキシスポラム(F.o
xysporum)の異なる亜種)である、ATCC1
6332株(フサリウムオキシスポラム・リコペルシシ
種(F.oxysporum f.sp.lycope
rsici))に導入した。フレオマイシン耐性形質転
換体のDNA解析により、形質転換DNAが宿主染色体
中に取り込まれていることが確認された。ここで、この
ポリエチレングリコール介在プロトプロスト形質転換プ
ロトコールではフサリウムオキシスポラム(F.oxy
sporum)435株は形質転換されなかった。
せ、PVA活性について測定した。フサリウムオキシス
ポラム(F.oxysporum)435株は、20IU
/mlを産生した。非形質転換ATCC16322株は
1.0IU/ml産生し、pBMFXPVA6プラスミド
(1つのPVA遺伝子)を有する形質転換体は10IU/
ml産生し、pBMFXPVA7(2つのPVA遺伝子)
を有する形質転換体は130IU/ml産生した(表3)。
全体として、異種宿主で発現されるPVA活性は、フサ
リウムオキシスポラム(F.oxysporum)4.
3kb断片に対して5倍増加した。
の存在下でフサリウムオキシスポラム(F.oxysp
orum)435株と同じ程度に誘導される(表4)。
より誘導可能である。フサリウムオキシスポラム(F.
oxysporum)中での外来遺伝子発現に使用する
ために、発現ベクターはPVA転写および翻訳制御領域
(制御領域と呼ぶ)から作成されるようである。以下の
作成体は、細胞内蛋白の発現のためのプラスミドpBM
PVA−Pと分泌性蛋白の発現のためのプラスミドpB
MPVA−Mを作成するのに使用された。
した。DNA混合物をアガロースゲルで分離した。PV
A遺伝子の5′末端の上流に転写および翻訳制御配列を
含有する2.1kb断片を単離した。pF023をXho
IとHind1II 酵素で切断した。PVA遺伝子の後半
を含有する1.5kb DNA断片をゲル精製した。両断
片をHindIII とBamHI部位でpUC19に結合
させた。得られたプラスミドをpFO210と命名し
た。pF020の作成を図14に模式的に示す。
Technol.2:636−639)の部位特異的突
然変異誘発を用いて、PVA遺伝子の翻訳開始部位にM
luI部位を作成した(配列番号21の塩基対番号24
1) ATGCGCGTC(配列番号24) 部位特異的突然変異誘発 ATACGCGTC(配列番号25) MluI部位
HI切断によるPVA遺伝子のコード領域の除去と、P
VAプロモーター支配下で発現される遺伝子のコード配
列による置換を可能にする。15量体の突然変異原生オ
リゴヌクレオチド(GGCACTATACGCGTC配
列番号26)を合成した。pF020−Pの作成は図1
5に模式的に示した。2μgのpF020をXmaIで
消化し、続いて細菌性アルカリ性ホスファターゼ(BA
P)で処理して、得られた断片Iの自己結合を防いだ。
2μgのpF020をEcoRIとSphIで切断し
て、突然変異標的領域(例えば、PVA遺伝子の上流の
領域)を除去した。得られた5kbの断片(断片II)をゲ
ル精製した。等量の断片IとIIを200倍モル過剰の1
5量体突然変異原生オリゴヌクレオチドに混合した。混
合物中のDNA断片を完全に変性させるために、混合物
を100℃で3分間インキュベートした。変性後、混合
物を段階的に徐々に冷却し、変性したDNA断片を再度
アニーリングさせた。この再アニーリングの間、元々の
断片IとIIに加えて、2つの新しいDNA、DNA−a
とDNA−bが作成された。15量体の突然変異原生オ
リゴヌクレオチドは標的領域の2つの鎖の1つにのみ相
補的なため、図13に示すようにこのオリゴヌクレオチ
ドは環状DNAの2つの分子種のうちの1つにのみハイ
ブリダイズしてヘテロ2本鎖を形成した。このDNAを
クレノウ断片、T4 DNAリガーゼそして4つのdN
TPでインキュベートした。この処理により、開いた環
状DNAが閉じた環状DNAに変換された。反応後、混
合物を大腸菌DH5αの形質転換に使用した。形質転換
体のプラスミドDNAを、MluI切断解析によりスク
リーニングした。プラスミドpF020−Pを、Mlu
I部位の作成についてスクリーニングした。
BamHI部位を有するため、pUC19ベクターの領
域からBamHI部位を除去する必要がある。pF02
0−Pを制限量のBamHI酵素で処理して、部分切断
条件を作成し、次にEcoRIで切断した。5′突出断
片をクレノウ断片で充填した。6.3kb断片をゲル精製
し、T4 DNAリガーゼで結合させ、DH5αに形質
転換させた。得られたプラスミドpBMPVA−P(図
16)は、PVAプロモーターの支配下でMluI/B
amHI部位で目的の遺伝子のコード配列を挿入するた
めの発現ベクターとして使用することができる。
SmaI部位を作成した(アミノ酸24〜25、配列番
号22) AACAAA/GGCAAC(配列番号27) N K G N (配列番号28) 部位特異的突然変異誘発 AACCCC/GGGAAC(配列番号29) SmaI部位 SmaI部位の作成は、PVA分泌シグナル配列の後に
コード配列の挿入を可能にし、これにより発現された蛋
白の分泌が可能になる。28量体の突然変異原生オリゴ
ヌクレオチド (GCAGCTCCCAACCCCGGGAACGAT
GATT、配列番号30)が合成された。
この方法は、pF020−Pの作成と同様である。プラ
スミドpF020をXmaIで切断し、次にBAP処理
して断片Iを作成した。次にpF020をSphIとH
indIII で消化して、標的領域と除去し、6kb断片II
を作成した。ヘテロ2本鎖作成とDNA伸長の条件はp
F020−P作成と同様であった。形質転換体のプラス
ミドDNAを、追加のSmaI部位の作成についてスク
リーニングした。
害する2つのBamHI部位と2つのSmaI部位を有
する。pUC19の領域から余分のBamHI部位とS
maI部位を除去する必要がある。pF020−MをB
amHIで部分的に切断し、次にEcoRIで切断し
た。粘着末端をクレノウ断片で充填した。
菌のDH5α中に形質転換した。得られたプラスミドp
BMPVA−M(図18)は、PVAプロモーターの支
配下でSmaI/BamHI部位に目的の遺伝子のコー
ド配列を挿入するための、分泌性発現ベクターとして使
用することができる。
伝子の発現 トリオゴノプシスバリアビリス(Trigonopsi
s variabilis)からクローン化したD−ア
ミノ酸オキシダーゼ遺伝子を、フサリウムPVA発現ベ
クターにより発現される外来遺伝子の例として使用し
た。 1.pBMPVA−PによるD−アミノ酸オキシダーゼ
遺伝子の発現 トリオゴノプシスバリアビリス(Trigonopsi
s variabilis)のD−アミノ酸オキシダー
ゼ(DAAO)遺伝子は、ブリストル−マイアーズスク
イブ(Bristol−Myers Sqibb)の科
学者らによりクローン化された。DNA配列解析は、コ
ード配列の5′末端の近傍に38塩基対のイントロンが
存在することを示した。オリゴヌクレオチド部位特異的
突然変異誘発法を用いて、イントロンを除去し、DAA
O遺伝子の翻訳開始部位にNcoI部位を作成した。従
ってDAAOコード配列と700塩基対の3′非転写領
域を合わせたものは、2.1kb NcoI/BamHI
断片として精製することができる。
luI切断により処理し、粘着末端をクレノウ断片で充
填した。次にDNAをBamHIで切断した。PVAプ
ロモーター領域を含有する4.7kb断片をゲル精製し
た。DAAO遺伝子断片をDAAO遺伝子の2.1kb
NcoI−クレノウ/BamHI断片と結合させて、p
BMPVA−P/DAA01を作成した。NdeI切断
とプラスミドpBMPVA−P/DAA01のクレノウ
充填により、3.4kbのPVAプロモーター/DAAO
遺伝子融合断片が調製された。この断片をpSJC62
DNAとクレノウ充填したXbaI部位中に挿入し
た。得られたプラスミドをpBMPVA−P/DAA0
2と命名した。全作成体の概略図は図19に示す。
ト形質転換により、pBMPVA−P/DAA02 D
NAをATCC16322株中に導入した。形質転換体
をフレオマイシン耐性から選択した。いくつかの形質転
換体をPVA産生培地で増殖させ、D−アミノ酸オキシ
ダーゼ活性について測定した。結果は、D−アミノ酸オ
キシダーゼ遺伝子がATCC16322形質転換体中で
0.2−0.8IU/mlのレベルで発現されたことを示し
た。
オキシダーゼ遺伝子の発現 プラスミドpBMPVA−M DNAをSmaIとBa
mHI酵素で切断した。PVAプロモーター領域とPV
A分泌性シグナル配列を含有する4.8kb断片を、ゲル
精製した。DAAO遺伝子断片をNcoI切断とムング
豆(mungbean)ヌクレアーゼ処理により調製し
て、5′粘着末端を除去し、DAAO遺伝子の正しいリ
ーディングフレームを維持し、次にBamHI消化して
2.1kb断片を作成した。4.8kb PVAプロモータ
ー/シグナル配列断片を2.1kb DAAO遺伝子断片
に結合させて、プラスミドpBMPVA−M/DAA0
3を作成した。pBMPVA−M/DAA03 DNA
をNdeIで切断し、5′粘着末端をクレノウ断片で充
填した。3.5kb PVAプロモーター−シグナル配列
/DAAO遺伝子融合断片を精製し、クレノウ充填Xb
aI部位でpSJC62 DNAに挿入した。得られた
プラスミドをpBMPVA−M/DAA04と命名した
(図20)。
ATCC16322株中に形質転換させた。いくつかの
フレオマイシン耐性形質転換体を、D−アミノ酸オキシ
ダーゼ活性について測定した。不幸にも、どの形質転換
体もD−アミノ酸オキシダーゼ活性を示さなかった。p
BMPVA−MベクターによるD−アミノ酸オキシダー
ゼ遺伝子の発現の欠失は、D−アミノ酸オキシダーゼ酵
素の細胞内性によるものかも知れない。細胞内蛋白をコ
ードする遺伝子は発現することができず、分泌性発現系
により細胞外に移することができないことは広く認識さ
れている(モデルとラッセル(Model and R
ussel)、1990,Cell 61:739−7
41)。たとえ遺伝子が細胞内で発現されても、PVA
シグナル配列の結合がD−アミノ酸オキシダーゼ活性を
不活性化するかも知れない。従ってpBMPVA−Mベ
クターは、やはり他の分泌性蛋白遺伝子の発現に有用で
ある。
ノ酸配列を示す。
す。
す。
る(図6の続き)。
示す。
(図8の続き)。
を示す。
を示す。
Claims (71)
- 【請求項1】 配列番号19または22のアミノ酸配列
をコードする配列を有する、単離された核酸分子。 - 【請求項2】 配列番号19または22のアミノ酸配列
をコードする核酸配列に相補的な配列を有する、単離さ
れた核酸分子。 - 【請求項3】 配列番号19または22のアミノ酸配列
をコードする核酸配列に相補的な配列を有する核酸にハ
イブリダイズすることができる配列を有する、単離され
た核酸分子。 - 【請求項4】 DNA分子である、請求項1記載の核酸
分子。 - 【請求項5】 DNA分子である、請求項2記載の核酸
分子。 - 【請求項6】 DNA分子である、請求項3記載の核酸
分子。 - 【請求項7】 配列番号19のアミノ酸配列をコードす
る配列を有する、単離されたDNA分子。 - 【請求項8】 配列番号19のアミノ酸配列をコードす
る核酸配列に相補的な配列を有する核酸にハイブリダイ
ズすることができる配列を有する、単離されたDNA分
子。 - 【請求項9】 配列番号22のアミノ酸配列をコードす
る配列を有する、単離されたDNA分子。 - 【請求項10】 配列番号22のアミノ酸配列をコード
する核酸配列に相補的な配列を有する核酸にハイブリダ
イズすることができる配列を有する、単離されたDNA
分子。 - 【請求項11】 配列番号18のヌクレオチド配列を有
する単離されたDNA分子。 - 【請求項12】 配列番号21のヌクレオチド配列を有
する単離されたDNA分子。 - 【請求項13】 配列番号11のヌクレオチド配列を有
する単離されたDNA分子。 - 【請求項14】 配列番号23のヌクレオチド配列を有
する単離されたDNA分子。 - 【請求項15】 配列番号14,15,16、または1
7のヌクレオチド配列を有する単離されたDNA分子。 - 【請求項16】 配列番号9または10のヌクレオチド
配列を有する単離されたDNA分子。 - 【請求項17】 配列番号26または30のヌクレオチ
ド配列を有する単離されたDNA分子。 - 【請求項18】 配列番号1,2,3,4,5,6,
8、または12のアミノ酸配列を有する単離されたポリ
ペプチド。 - 【請求項19】 配列番号1または12のアミノ酸配列
を有する、請求項18記載のポリペプチド。 - 【請求項20】 配列番号19または22のアミノ酸配
列の一部をコードする核酸配列よりなる、発現ベクタ
ー。 - 【請求項21】 配列番号19のアミノ酸配列をコード
するDNA配列よりなる、請求項20記載の発現ベクタ
ー。 - 【請求項22】 配列番号22のアミノ酸配列をコード
するDNA配列よりなる、請求項20記載の発現ベクタ
ー。 - 【請求項23】 さらに複製開始点、プロモーター、お
よび転写停止配列よりなる、請求項20記載の発現ベク
ター。 - 【請求項24】 さらに選択性マーカー配列よりなる、
請求項23記載の発現ベクター。 - 【請求項25】 選択性マーカーはフレオマイシン(p
hleomycin)耐性である。請求項24記載の発
現ベクター。 - 【請求項26】 真菌染色体に取り込まれることができ
る、請求項23記載の発現ベクター。 - 【請求項27】 配列番号18また21のDNA配列を
有する、請求項20記載の発現ベクター。 - 【請求項28】 プラスミドである、請求項20記載の
発現ベクター。 - 【請求項29】 配列番号23のDNA配列を有するプ
ロモーターよりなる発現ベクター。 - 【請求項30】 さらに複製開始点、構造蛋白をコード
するDNA、および転写停止配列よりなる、請求項29
記載の発現ベクター。 - 【請求項31】 構造蛋白をコードするDNAはPVA
をコードする、請求項30記載の発現ベクター。 - 【請求項32】 選択性マーカー配列よりなる、請求項
30記載の発現ベクター。 - 【請求項33】 選択性マーカーはフレオマイシン耐性
である。請求項32記載の発現ベクター。 - 【請求項34】 真菌染色体に取り込まれることができ
る、請求項30記載の発現ベクター。 - 【請求項35】 pBMFXPVA6という名称の発現
ベクター。 - 【請求項36】 pBMFXPVA7という名称の発現
ベクター。 - 【請求項37】 pBMPVA−Pという名称の発現ベ
クター。 - 【請求項38】 pBMPVA−Mという名称の発現ベ
クター。 - 【請求項39】 請求項20記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項40】 請求項23記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項41】 請求項25記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項42】 請求項26記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項43】 請求項27記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項44】 請求項28記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項45】 請求項29記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項46】 請求項30記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項47】 請求項31記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項48】 請求項32記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項49】 請求項33記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項50】 請求項34記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項51】 請求項35記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項52】 請求項36記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項53】 請求項37記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項54】 請求項38記載の発現ベクターを含有
する宿主細胞。 - 【請求項55】 真核細胞性である、請求項39記載の
宿主細胞。 - 【請求項56】 真核細胞性である、請求項45記載の
宿主細胞。 - 【請求項57】 フサリウム(Fusarium)種で
ある、請求項39記載の宿主細胞。 - 【請求項58】 フサリウム(Fusarium)種で
ある、請求項45記載の宿主細胞。 - 【請求項59】 フサリウムオキシスポラム(Fusa
rium oxysporum)である、請求項39記
載の宿主細胞。 - 【請求項60】 フサリウムオキシスポラム(Fusa
rium oxysporum)である、請求項45記
載の宿主細胞。 - 【請求項61】 フサリウムオキシスポラム(Fusa
rium oxysporum)である、請求項51記
載の宿主細胞。 - 【請求項62】 フサリウムオキシスポラム(Fusa
rium oxysporum)である、請求項52記
載の宿主細胞。 - 【請求項63】 フサリウムオキシスポラム(Fusa
rium oxysporum)である、請求項53記
載の宿主細胞。 - 【請求項64】 フサリウムオキシスポラム(Fusa
rium oxysporum)である、請求項54記
載の宿主細胞。 - 【請求項65】 大腸菌(Escherichia c
oli)ATCC69720の生物学的に純粋な培養
物。 - 【請求項66】 大腸菌(Escherichia c
oli)ATCC69721の生物学的に純粋な培養
物。 - 【請求項67】 大腸菌(Escherichia c
oli)ATCC69772の生物学的に純粋な培養
物。 - 【請求項68】 ポリペプチドが発現される条件下で請
求項39記載の宿主細胞を培養することよりなる、配列
番号19または22のアミノ酸配列を有するポリペプチ
ドの産生方法。 - 【請求項69】 フェノキシアセテートの存在下で培養
することにより発現が誘導される、請求項68記載の方
法。 - 【請求項70】 ポリペプチドが発現される条件下で請
求項45記載の宿主細胞を培養することよりなる、ポリ
ペプチドの産生方法。 - 【請求項71】 フェノキシアセテートの存在下で培養
することにより発現が誘導される、請求項70記載の方
法。
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