JPH07508423A - C型肝炎ウイルス遺伝子型の新しい配列及び治療及び診断用薬剤としてのその使用 - Google Patents

C型肝炎ウイルス遺伝子型の新しい配列及び治療及び診断用薬剤としてのその使用

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JPH07508423A JP6523877A JP52387794A JPH07508423A JP H07508423 A JPH07508423 A JP H07508423A JP 6523877 A JP6523877 A JP 6523877A JP 52387794 A JP52387794 A JP 52387794A JP H07508423 A JPH07508423 A JP H07508423A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 C型肝炎ウィルス遺伝子型の新しい配列及び治療及び診断用薬剤としてのその使 用 本発明はC型肝炎ウィルス(HCV)遺伝子型の新しい配列及び治療及び診断用 薬剤としての使用に関する。
本発明は、新しい2型亜型2dのコーディング領域に対応する新しいヌクレオチ ド及びアミノ酸配列、HCVBa型に対応する型特異的配列、新しい亜型3cの コーディング領域に対応する新しい配列及びHCV4型及び5型亜型5aのコー ディング領域に対応する新しい配列;それらを調製するための方法、及び診断、 予防及び治療のためのその使用に関する。
本発明の背景にある技術的問題点は、HCV4型及び5型ならびにHCV 2型 及び3型の新しい変異体のコア、El、E2、NS3、NS4及びNS5領域の 新しい型特異的配列を提供することにある。これらの新しいHCV配列は、生物 学的試料の中で2型及び/又は3型及び/又は4型及び/又はS型のHCV遺伝 遺伝金型在を診断するのに有用である。さらに、これらの新しい型特異的配列を 利用可能とすることにより、HCV検出の全体的感度を増大させることができ、 同様に治療目的にも役立つことがわかるはずである。
C型肝炎ウィルス(HCV)は、非A非B型肝炎の主要な原因であることがわか ってきた。い(つかのプロトタイプ分離株の完全なゲノムを細粒するcDNAク ローンの配列が決定されている(Kat。
et al、、1990: Choo et al、、1991; Okamo to et al、、1991;Dkamoto et al、、 1992)  、これらの分離株の比較は、ヌクレオチド配列内の可変性を用いて、約68% の平均相同性をもつ少なくとも2つの異なる遺伝子型、l型(HCV−1及びH CV−J) 及び2型(HC−J6及びHC−J8)を区別することができると いうことを示している。各型の中に、約79%の平均相同性をもつ少なくとも2 つの亜型が存在する(例えばHCV−1及びHCVJで表わされる)。同じ亜型 に属するHCVゲノムは、90%以上の平均相同性を示す(Okamoto e t al、、 1992) oしかしながらHCV−T分離株のNS5領域の部 分的ヌクレオチドは、以前に公表された配列とせいぜい67%の相同性しか示さ ず、このことはさらにもう1つのHCV型の存在を表わしていた(Mori e t、 al、、 1992) aこの3型の5′非翻訳領域(LIR)、コア、 NS3及びNS5領域の一部分が公表され、これはさらに3つの主要な遺伝子型 とその亜型の間の類似の進化上の距離をさらに立証している(Chan et  al、。
1992)。
臨床的試料中の3型遺伝子型の同定は、NS5領域に対する型特異的プライマー を用いたPCRを用いて達成できる。しかしながら、これが成功する度合は、血 清中に存在するウィルス力価及び配列可変性によって太き(左右される。従って 、特に3型及び本発明に記述されている新しい4型及び5型及び/又はV群(C ha etal、、 1992)遺伝子型についての読取り枠内の型通りのPC Rは、成功しないものと予想することができる。保持レベルの高い5’UR内の 変異に基づく新しい型分類システム(L i PA)は、5つの主要なHCV遺 伝遺伝反型その亜型を決定できることがら(Stuyver et al、、  1993) 、より有用なものであることが実証された。ネステッドPCRでは 4つのプライマーが新しい3型、4型及び5型の遺伝子型の未知の配列と整合す ることが必要であるのに対して、高力価の分離株の選択により、わずか2つのプ ライマーでクローニングするためのPCRフラグメントを得ることができる。
5′の非翻訳領域(5’ UR)の新しい配列が、Bukh et al。
(1992)によってリストアツブされた。これらのうちのいくつかについての E1領域に関して、最近記述されている(Bukh et al、。
1993)、Bukh et al、(1992)により記述されたDK12及 びHKlo及びChan et al (1991)により記述され3型として 分類されたE−bl〜Eb8を含む一群の分離株に対して5’URにおいて類似 の配列を伴う分離株が、5′UR,Elのカルボキシル末端部分及びN35領域 においてIV群としてCha et al (1992; W092/1974 3)によって報告され記述され、同様に、この出願の発明者によって分離株BR 56のための5′URの中で記述され3型として分類された(Stuyver  et al、、 1993)。
本発明の目的は、HCV感染の検出を可能にする新しいHCVヌクレオチド及び アミノ酸配列を提供することにある。
本発明のもう1つの目的は、ゲノムレベルでの型及び亜型に明確に結びつけられ た異なる血清学的群に、感染した生物学的流体を分類することを可能にする新し いヌクレオチド及びアミノ酸HCV配列を提供することにある。
本発明のもう〕つの目的は、HCV検出速度全体を改善する新しいヌクレオチド 及びアミノ酸HCV配列を提供することにある。
本発明のもう1つの目的は、HCVCクワン組成物の設計に有用な新しいHCV 配列を提供することにある。
本発明のもう1つの目的は、治療又は診断のため、これらの新しいHCV配列に よりコードされるポリペプチドに対して出現した抗体から成る薬学組成物を提供 することにある。
本発明は、より特定的には、 −HCV3型ゲノム配列、より特定的には次の領域のいずれかの中の配列; −HCV亜型3aのコア/El領域の位置417〜957にまたがる領域、 −HCVB型のNS3領域の位置4664〜4730にまたがる領域、 −HCVB型のNS3/4領域の位置4892〜5292にまたがる領域、 −HCV亜型3a(7)BR36亜群のNS5領域の8023〜.8235にま たがる領域、 −HCV亜型3cのゲノム配列、 さらに特定的には、上述の領域のコーディング領域内の配列。
−HCVp型2dゲノム配列、より特定的にはHCV亜型2dのコーディング領 域。
−1イCV4型ゲノム配列、より特定的にはコーディング領域、より特定的には 亜型4a、4e、4f、4g、4h、41及び4Jのコーディング領域。
−HCV5型ゲノム配列、より特定的には)(CV S型のコーディング領域、 より特定的には、コア、El、E2、NS3及びNS4をコードする6頁域、 といったHCV配列の少なくとも1つから選択された少なくとも5個、好ましく は8個以上の隣接ヌクレオチドを含む少な(とも1つのポリ核酸を含むか又はこ れより構成された組成物に関し、ここで前記ヌクレオチド番号づけは、表1に示 されている通りのHCV核酸の番号づけの関係にあるものであり、前記ポリ核酸 には、上述の領域内に既知のHCV (1型、2型及び3型)ポリ核酸配列と少 なくとも1つのヌクレオチドの差異を含むポリ核酸又はその相補体を含んでいる 。
本発明のポリ核酸中のヌクレオチドの差異には、このポリ核酸によりコードされ た対応するアミノ酸配列におけるアミノ酸の差異を伴っていてもいなくてもよい 。
本発明の好ましい実施態様に従うと、本発明は、ポリ核酸がHCVポリタンパク 質なコードするH CVヌクレオチド配列の少なくとも1部分に対応する少なく とも5つ、好ましくは少なくとも8個のヌクレオチドを含み、しかも前記HCV ポリタンパク質がその配列中に、表記がその1文字コードでアミノ酸残基を表わ す1つの文字とKato et al、、 1990に従ったアミノ酸番号づけ を表わす1つの番号で構成されている、次のアミノ酸残基のうちの少なくとも1 つを含んでいる状態で、HCVポリタンパク質をコードする少なくとも1つのポ リ核酸を含んで成る組成物に関する。
L7. Q43. λ+44. 360. 1167、、Q70. 丁71.  A79. A87、 N106. K115゜A1.27. A1.90. S 13[]、 V134. G142. 1144. E152. A157.  V158. Pl、65゜5177又はY177、 1178. V180又は F180又はF182. R184,1186゜F187. Tl1lt9.  A190.5191又はG191. G192又はF192又は工192又はV 192又はF192. N193又は旧93又はF193. W2B5又はY1 94゜F195. A197又は1197又はv197又はT197. V2O 2,I2O3又はF203. G208. A210. V212. F214 . T216. R217又はD217又はE217又ハV217. )121 g又はN218. F219又はv219又はF219゜F227又はI227 . F231又はF231又は0231. T232又はD232又はA232 又はに232. G235又はI235. A237又はT237. I242 . I246゜5247.5248. V249.5250又はY250. I 251又はV3Si又はM251又ハF251. D252. T254又はV 254. F255又はV255. F256又はA256. F258又はF 258又はV258. A260又はG260又は5260゜A261. T2 64又はY264.ト1265.I266又はA266、 A267、 G26 8又は726g、 F271又はM 271又はV271. I277、F28 0又はF280. I284又はA284又はF84. V274. V291 . N292又は5292.R293又はI293又は”I’293. G29 4又はR294,F297又はI297又はG297゜A299又はに299又 はG299.N303又はT303. T30111又はF308゜T310又 バー31O又ハA31O又ハD31O又ハv310.F313.G317又はG 317. F333.5351.八35g、 A359. A363,5364 . A366、 T369゜I、373. F376、 03g6. 1387 . 5392. l399. F402. I403.R405,D454゜A 461. A463. T464.に484. G500. F501. 55 21.8522. NS24. N528゜S53]、5532.V534.F 536.F537.F539. l546.C,1282,A1283゜HI3 ]0.V1312. G1321. P136g、V1372. V1373.  K1405. QI406゜51409. A1424. Al429. C 1435,51436,51456,F1496.Al504゜01510.0 1529.11543,1i1567、C1556,N1567.1ll157 2.01579゜11581、31583. F1585. V1595. F 1606又はT1606. F1611. V1Si2又はF1612. F1 630. C1636,F1651. T1656又ハ11656. F166 3゜V1667、 V1677、 A1681. F1685.F1687.  G1689. V1695. A1700. G1704、 Y1705. A 1713. A1714又ハ51714. F1718. C1719,A17 21又ハT1721. R1722,A1723又はV1723. F1726 又はG1726. F1730゜V1732. F1735.11736.51 737. R1738,T1739. G1740. G1741゜K1742 . G1743. A1744. T1745. F1746. F1747又 はに1747゜T11749. A1750.丁1751又はA1751. V 1753. N1755. K1756゜A1757. F1758. A17 59. F1762. T1763. Y1764. F2645. A264 7゜K2650. R2653又はF2653.52664. N2673.  F2680. K2681. F2686゜+42692. G2695又は  F2695又は12695. V2712. F2715. V2719又i; t 02719. T2722. T2724.52725. R2726,G 2729. Y2735. F2739゜12748、 G2746又はI27 46. I2748. F2752又はに2752. F2754又はT275 4. T2757又はF2757゜上述の残基の各々は、コ乙E1.E2、NS 3、NS4及びNS5領域についてHCVのその他の型又は亜型の既知の配列と 並べて比較した本発明の新しいアミノ酸配列を示す図2.5.7.11 又ハ1 2 (7)イfれかに見い出すことができる。
より特定的に言うと、本発明に従った組成物内に含まれるポリ核酸は、 −図5に示されている通りの、HCV亜型2d、3型(より特定的には亜型3a 及び3cのための新しい配列)、新しい4型亜型(より特定的には亜型4a、4 e、4f、4g、4h、41及び4Jのための新しい配列)及び5a型のコア/ El領域のアミン酸位置1〜319にまたがる新しい配列;−図12に示されて いる通りの、HCV亜型5aのEl/E2領域のアミノ酸位置328〜546に またがる新しい配列;−図7又は11に示されている通りの、HCVB型(より 特定的には新しい亜型3aの配列)及び亜型5aのNS3/NS4領域のアミノ 酸位置1556〜1764にまたがる新しい配列;−図2に示されている通りの 、HCV亜型2d、3型(より特定的には新しい亜型3a及び3c)、新しい4 型亜型(より特定的には亜型4a、4e、4f、4g、4h、41及び4j)及 び亜型5aのN55B領域のアミノ酸位置2645〜2757にまたがる新しい 配列 といった新しいHCVアミノ酸配列配列−ドするHCV配列の少な(とも1つか ら選択された隣接ヌクレオチドの1配列に対応する少なくとも5@、好ましくは 8個以上の隣接ヌクレオチドを含んでいる。
上述のLiPAシステムを用いて、高力価の3型のC型肝炎ウィルスをもつブラ ジル人の献血者、高力価の4型C型肝炎ウイルスをもつガボン人の患者及び高力 価のHCV5型感染を受けたベルギー人の告者が選定された。これまで報告され たことのないコア、El、NS5及びNS4領域内のヌクレオチド配列を本発明 の枠内で分析した。あらゆる4型分離株のコーディング配列(コア領域を除く) が初めて本発明において報告されている。新しい3型分離株についても、N55 b領域を分析した。N S 5 b配列を決定した後、5lori et al 、(1992)により記述されたTa及びTb亜型との比較が可能であり、3型 配列を3a型遺伝子型として同定することができた。新しい4型の分離株は、N S5及びEl領域の中の得られた相同性に基づき10個の亜型に分類した。新し い2型及び3型配列も同様に、ベルギー及びオランダで収集された血清からの以 前に記述された2型又は3型の亜型がら区別できた。
「ポリ核酸」という語は、完全ヌクレオチド配列に対して少なくとも5つの隣接 ヌクレオチド(例えば少なくとも6.7.8.9.10.11.12.13.1 4.15個又はそれ以上の隣接ヌクレオチド)を含んでいてもよい1本鎖又は2 本鎖の核酸配列を表す。
長さが約100ヌクレオチドまでのポリ核酸は往々にしてオリゴヌクレオチドと も呼ばれる。ポリ核酸は、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド、ヌ クレオチド類似体又は修飾ヌクレオチドで(m成されてもよいし、或いは、治療 目的のため適合させられていてもよい。ポリ核酸は、クローニング目的又はイン ビボ治療又は予防のために使用することのできる2本!I CD N Aクロー ンを含んでいてもよい。
「ポリ核酸組成物」という語は、基本的に前記ポリ核酸を含むあらゆる種頌の組 成物のことを言う。この組成物は、診断用又は治療用のいずれのものでもありう る。
「〜に対応するヌクレオチド」という表現は、特定のHCVC列配の指示された ヌクレオチド又は領域内に対し相同性又は相補性をもつヌクレオチドのことを言 う。
「コーディング領域Jという語は、HCVポリタンパク質をコードするHCVゲ ノムの領域に対応する。実際、これには、5′非翻訳領域及び3゛非翻訳領域を 除いて完全なゲノムが含まれる。
rHCVポリタンパク質」という語は、HCV−J分離株のHCVポリタンパク 質のことを指す(Kato et al、、 1990)。位置330にあるア デニン残基(Kato et al、、 1990)は、HCV−J及びその他 の1b型分離株内の3.010個のアミノ酸、及びHCV−1及びその他の1a 型分離株内の3,011個のアミノ酸、及び2型分離株HC−J 6及びHC− J8内の3,033個のアミノ酸の長いHCVポリタンパク質を開始するATG コドンの第1の残基である(Okamoto et al、、 1992)。
本発明ではこのアデニンは、核酸レベルで位置1として呼ばれ、このメチオニン はアミノ酸レベルで位置1と呼ばれる。la型分離株は1つの余分なアミノ酸を N55a領域内に含んでいることから、la型及びlb型のコーディング配列は コア、El、NS3及びNS4領域の中の同一の番号づけを有するものの1表1 に示されているようにN55b領域では異なっていることになる。2型分離株は 、1型分離株に比べてE2領域内に4つの余分なアミノ酸を、又はNS5領域内 に18個の余分なアミノ酸を有し、表1に表わされているようにNS3/4領域 及びN55b領域の中の1型分離株と番号づけが異なることになる。
赴 表土 その他のプロトタイプ分離株について用いられている番号づけと、本発明 で使用されているHCVヌクレオチド及びアミノ酸番号づけシステム(°)の比 較。例えば、8352/8564は、Kato et al、(1990)によ り記述されている通りのヌクレオチド8352〜ヌクレオチド8564までの番 号づけによって指定された領域を表わす。本発明の番号づけシステムは、ポリタ ンパク質開始部位で始まることから、Kato et al、 (19901に より記述されている5 非翻訳領域の329個のヌクレオチドを差し引かなくて はならず、対応する領域はヌクレオチド8023 (r8352−329J)か ら8235 (r8564−329J )まで番号づけされる。
rHCV型」という語は、HCV−J分離株(にato et al、。
1990)の長いHCVポリタンパク質の第1のATGコドン又は第1のメチオ ニンで始まる前記番号づし士で、その群のその他の分離株のポリタンパク質に対 して、その完全ゲノムが核酸レベルで74%以上の相同性を示すか、そのヌクレ オチド位置7932と8271の間のNS5領域が核酸レベルで74%以上の相 同性を示すか、又はその完全HCVポリタンパク質がアミノ酸レベルで78%以 上の相同性を示すか、又は位置2645と2757のアミノ酸の間のNS5領域 がアミノ酸レベルで80%以上の相同性を示すHCV分離株の一群に対応する。
異なる型のHCVに属する分離株は、完全ゲノム全体にわたり、核酸レベルで7 4%未満、そしてアミノ酸レベルで78%未満の相同性を示す。同じ型に属する 分離株は、通常同じ亜型に属する場合、核酸レベルで約92%〜95%、アミノ 酸レベルで95〜96%の相同性を示し、同じ型に属するものの亜型が異なる分 離株は、好ましくは核酸レベルで約79%、アミノ酸レベルで85〜86%の相 同性を示す。
より好ましくはHCV型の定義は、以下に詳述されている通り、計算されたその ヌクレオチド距離に従ってHCV分離株の分類から結論される。
(1)ヌクレオチF 7935と8274 (Choo et al、、 19 91)又は8261と8600 (Kato et al、、 1990)又は 8342と8681 (Okamoto et al、、 199]、)の間の N55b61域内の核酸配列の系統分類分析に基づくと、同じHCV型に属する 分離株は0.34未満、通常は0.33未満、そしてさらに普通には0.32未 浦のヌクレオチド距離を示し、同じ亜型に属する分離株は、0.1:35未満、 通常は0.13未満、さらに普通には0.125未満のヌクレオチド距離を示し 、その結果、同型であるが異なる亜型に属する分離株は0.135〜0.34、 通常は0.1387〜0.2477、さらに普通には0.15〜0.32のヌク レオチド距離を示し、異なるHCV型に属する分離株は0.34以上、通常は0 .35以上、さらに普通には0.358以上、さらに普通には0.1384〜0 .2977のヌクレオチド距離を示す。
(2)ヌクレオチド378と957の間のコア/El領域の中の核酸配列の系統 分類分析に基づくと、同じHCV型に属する分離株は0.38未(@、通常は0 .37未満、より普通には0364未満のヌクレオチド距離を示し、同じ亜型に 属する分離株は0.17未濯、通常は0.16未満、さらに普通には0.15未 満、さらに普通には0.135未満、さらに普通には0.134未渦のヌクレオ チド距離を示し、結果として、同型であるが異なる亜型に属する分離株は015 〜038、通常は0.16〜0.37、さらに普通には0.17〜0.36、さ らに普通には0.133〜0379の範囲のヌクレオチド距離を示し、異なるH CV型に属する分離株は034.035.0.36以上、通常は0 365d上 、さらに普通には037以上のヌクレオチド足巨離を示す。
(3)ヌクレオチド4664と5292 (Choo et al、 、 19 91)又はヌクレオチド4993と5621 (にato et al、、 1 9901又はヌクレオチド5017と5645 (Okamoto et al 、 1991)の間のN S 3/N S 4領域内の核酸配列の系統分類分析 に基づくと、同じHCV型に属する分離株は0.35未満、通常は0.34未満 、さらに普通には0.33未満のヌクレオチド距離を示し、同じ亜型に属する分 離株は0.19未満、通常は0.18未満、さらに普通には0.17未満のヌク レオチド距離を示し、結果として同じ型ではあるが異なる亜型に属する分離株は 0.17〜0.35、通常は018〜0.34、さらに普通には0.19〜0. 33のヌクレオチド距離を示し、異なるH CV型に属する分離株は0.33以 上、通常は0.34以上、さらに普通には035以上のヌクレオチド距離を示す 。
2 ″″の11t −の1 ☆ PHYLIPプログラムDNAPISTにより作り出された数字は最小から 最大まで(平均±4W LI 1g差)として表わされている。同じ亜型に属す る分離株(「分離株」)、同じ型の異なる亜型に属する分離株(「亜型」)、及 び異なる型に属する分離株(「型」)のための系統分類距離が示されている。
利用可能な配列の比較系統分類分析において、ゲノムの異なる領域についての分 子の進化的距離の範囲は、系統分類推定パッケージPHYLIPバージョン3. 5CのDNA DISTプログラムを用いた19781の対比較に基づいて、計 算された(Felsenstein、 1993)結果を表2に示すが、各領域 の中の得られた大部分の距離が一定の分離株の分類と合致するものの、340b pのN55B領域の中の得られた範囲のみが重複せず、従って決定的なものであ ることを表わしている。ただし、本発明において実施されたとおり、一定の与え られた分離株の最終的分類の前に少なくとも2つの領域からの配列情報を得るこ とが好ましい。
異なる型のHCVに対する番号及びHCV型の学名の指定は、異なる型の発見の 年代に基づいている。本発明において使用される番号づけシステムは、なおも国 際的協定又は指針に従って変異する可能性がある。例えば、「4型」は「5型」 又は「6型」へと変更されるかもしれないのである。
「亜型」という語は、HCVポリタンパク質の開始コドンのアデニン残基で始ま っている前記番号づけが、同じ群のその他の分離株のゲノムの対応する部分に対 して、その完全ポリタンパク質が核酸及びアミノ酸の両レベルで90%以上の相 同性を示すか、又はそのヌクレオチド位置7932と8271の間のNS5領域 が核酸レベルで90%以上の相同性を示すHCV分離株の1群に対応する。同じ HCV型であるが異なる亜型に属する分離株は、核酸レベルで74%以上の、そ してアミノ酸レベルで78%以上の相同性を示す。
rBR36亜群」トイう語は、位置8o23か68235まで(7)NS5b領 域の中の配列番号1.3.5.7.9.11に表わされている通りの配列に対し て95%、好ましくは95.5%、最も好ましくは96%の相同性をもっ3a型 HCV分離株(BR36、BR33、BR34)の一群のことを表わす。
El、E2及びNS4領域などの極端に可変的な領域がポリタンパク質の完全ゲ ノムの平均的相同性よりも低い相同性を示すことを理解すべきである。
この基準を用いて、HCV分離株を少なくとも6つの型に分類することができる 。位置7932と8271の間のNS5の一部分を含むコーディング領域及び5 ’URの相同性に基づいて、l型、2型、3型及び4型の中に、1a、1b、2 a、2b、2c、2d、3a、3b、4a、4b、4c、4d、4e、4f、4 g、4h、41及び4Jといった複数の亜型を明らかに区別することができる。
報告された分離株の大部分及び本発明の型分類システムに従ったそれらの提案さ れた分類ならびにその他の提案された分類の口銭が、表3に示されている。
OKAMOTO140RI NAKAOCIIA プロトタイプIa I I  Pt GI HCV−1,1(CV−H,)IC−J12a III III  K2a GIII +ICJ62b IV IV に2b G11l IIc− u2c S83.ARG6.ARG8.110.T91132d NE92 3a V V K3 GIV E−bl、Ta、BR36,BR33,HDIO ,NZLI3b VT K3 GIV IICV−TR,Th4CGBll[) 、GB358.GB215.Z6.Z74d DXI3 4e GB+109−2.CAM[lOO,CAM7364f CAM622. CAMG27 6a IIKI、HK2.HK3.HK4「相補体」という語は、指示された配 列に相補的で、指示された配列にハイブリッド形成することのできるヌクレオチ ド配列のこと本発明の組成物は数多くの組合せを含むことができる。−例を挙げ ると、本発明の組成物は、以下のものを含むことができるニー 同じ領域からの 2つ(又はそれ以上の)核酸、又は、−同じ分離株又は異なる分離株について、 それぞれ異なる領域からの2つ(又はそれ以上の)核酸、 −又は、 (同じ分離株又は異なる分離株についての)少な(とも2つの異なる 領域から及び同じ領域からの核酸。
本発明は、より特定的には、上述の通りのポリ核酸組成物において、このポリ核 酸が以下のHCV3型ゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオチド配列に 対応している組成物に関するニー 図4に示されているような、コア/El領域 の位置417〜957にまたがる領域の中の、配列番号13.15.17.19 .21.23.25又は27 (HDIO,BR36又はBR33配列)に表わ されている通りの配列のいずれかに対して少なくとも67%、好ましくは69% 以上、最も好ましくは71%以上、さらに一層好ましくは73%以上の相同性を 有するHCVゲノム配列。
−図4に示されているような、E1領域の位置574〜957にまたがる領域の 中の、配列番号13.15.17.19.21.23.25又は27 (HDI O,BR36、又はBR33の配列)に表わされている通りの配列のいずれかに 対して少なくとも65%、好ましくは67%以上、最も好ましくは69%以上、 さらに好ましくは70%以上、最も好ましくは74%以上の相同性を有するHC Vゲノム配列; −図4に示されているような、コア領域の位置1〜378にまたがる領域の中の 、配列番号147 (HVCac型のコア領域の位置1〜346、配列BE98 を表わす)に表わされている通りの配列のいずれかに対して少な(とも79%、 より好ましくは少なくとも81%、最も好ましくは83%以上の相同性を有する HCVゲノム配列; −図4に示されているような、コア/El領域の位置417〜957にまたがる 領域の中の、配列番号13.15.17.19.21.23.25又は27 ( HDIO,BR36又はBR33配列)に表わされている通りの配列のいずれか に対して少なくとも74%、より好ましくは少なくとも76%、最も好ましくは 78%以上の相同性を有するHVCBa型のHCVゲノム配列、 −図4に示されているような、E1領域の位置574〜957にまたがる領域の 中の、配列番号13.15.17.19.21.23.25又は27(HDIO 1BR36又はBR33配列)に表わされている通りの配列のいずれかに対して 少なくとも74%、好ましくは76%以上、最も好ましくは78%以上の相同性 を有するHCVBa型のHCVゲノム配列。
−図6に示されているような、N S B fji域の位置4664〜4730 にまたがる領域の中の、配列番号29 (HCC153配列)に表わされている 通りの配列に対して735%以上、好ましくは74%以上、最も好ましくは75 %の相同性を有するHCVゲノム配列。
−図6又は10に示されているような、N S 3/N S 4領域の位置48 92〜5292にまたがる領域の中の、配列番号29.31.33.35.37 又は39 (HCC153、HDIO1BR36配列)に表わされている通りの 配列に対して70%以上、好ましくは72%以上、最も好ましくは74%以上の 相同性を有するHCVゲノム配列; −図1に示されているような、NS5領域の位置8023〜8235にまたがる 領域の中の、配列番号5.7.1.3,9又は11 (BR34、BR33、B R36配列)に表わされている通りの配列のいずれかに対して95%以上、好ま しくは95.5%以上、最も好ましくは96%以上の相同性を有するHCVBa 型のBR36の亜群のHCVゲノム配列。
−図1に示されているような、N35B領域の位置8023〜8192にまたが る領域の中の、配列番号5.7.1.3.9又は+1(BR34、BR33、B R36配列)に表わされている通りの配列のいずれかに対して96%以上、好ま しくは965%以上、最も好ましくは97%以上の相同性を有するHCV3a輩 のBR36亜群のHCVゲノム配列。
−図1に示されているような、N35B領域の位置7932〜8271にまたが る領域の中の、配列番号149 (BE98配夕)j)に表わされている通りの 配列に対して79%以上、より好ましくは81%以上、最も好ましくは83%以 上の相同性を有するものとして特徴づけられているHCV3c型のHCVゲノム 配列。
好ましくは上述のゲノムHCV配列は、上述の配列全てのコーディング領域から の配列を描いている。
ヌクレオチド距離分類システムに従うと(このヌクレオチド距離は前述の通りに 計算される)、前記組成物の前記配列は、以下のものから選択される。
−図4に示されている通り、コア/El領域の位置417〜957にまたがる領 域の中の、配列番号13.15.17.19.21.23.25又は27に表わ されている通りの配列のいずれかに対して0.44未満、好ましくは0.40未 満、最も好ましくは0.36未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づ けされているHCVゲノム配列;−図4に示されている通り、E1領域の位置5 74〜957にまたがる領域の中の、配列番号19.21.23.25又は27 に表わされている通りの配列のいずれかに対し5て0.53未満、好ましくは0 .49未浦、最も好ましくは0.45未満のヌクレオチド距離を荷するものとし て特徴づけされているHCVゲノム配列。
−図3に示されている通り、コア領域の位置1〜378にまたがる領域の中の、 配列番号147に表わされている通りの配列のいず才1かに対して0.15未満 、好ましくは0.13未満、最も好ましくは0.11未満のヌクレオチド距離を 有するものとして特徴づけされているHCVゲノム配列; −図4に示されている通り、コア/El領域の位!417〜957にまたがる領 域の中の、配列番号13.15.17.19.21.23.25又は27に表わ されている通りの配列のいずれかに対して03未浦、好ましくは0.26未満、 最も好ましくは0.22未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけさ れているHCVBa型のHCVゲノム配列;−図4に示されている通り、E1領 域の位MS74〜957にまたがる領域の中の、配列番号13.15.17.1 9.21.23.25又は27に表わされている通りの配列のいずれかに対して 、0.35未満、好ましくは0.3]未満、最も好ましくは0.27未南のヌク レオチド距離を有するものとして特徴づけされているHCVBa型のHCVゲノ ム配列ニー 図1に示されている通り、NS5領域の位置8023〜8235に またがる領域の中の、配列番号5.7.1.3.9又は11に表わされている通 りの配列のいずれかに対して、0.0423未渦、好ましくは0.042未満、 好ましくは0.0362未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づしプ されているH CV B a型のBR36亜君羊のHCVゲノム配列7 − 図1に示されている通り、N55B領域の位置7932〜8271にまたが る領域の中の、配列番号149に表わされている通りの配列にブーjして、02 55未満、好ましくは0.2S未満、より好ましくは021未渦、最も好ましく は○ 17のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているHCV3 c型のHCVゲノム配列。
本出願においては、NS4エピトープ領域に加えて、Cha et al。
(1992; W092/19743)により開示されているElのカルボキシ 末端シグナル−アンカー配列と重複しないE1タンパク質の抗原外ドメインをコ ードするE1配列及びNS5領域の一部分が、全て3a型(配列番号1.3.5 .7.9.11.13.15.17.19.21.23.25.27.29.3 1.35.37又は39)に属するBR33、BR34、BR36、HCCl3 3及びHDloという4つの異なる分離株について開示されている。
同様に、新しい亜型3cの配列(コア及びNS5領域内の分離株BE98の配列 番号147.149)も本発明の枠内に入る(図3及び1参照)。
最後(二本発明は又配列番号217に表わされている通りの新しい亜型3aの配 列にも関する(図1参照)。
同様に発明の範囲内に入るのは、上述の配列番号のいずれかに与えられていると おりのヌクレオチド配列のいずれかから選ばれたポリ核酸の配列変異体であり、 この配列変異体は主としてオリゴヌクレオチドの端部(3′又は5′)に単数又 は複数のヌクレオチドの欠失及び/又は挿入、又はい(つかの非必須ヌクレオチ ドとその他のヌクレオチド(修飾ヌクレオチド及び/又はイノシンを含む)の置 換を含んでおり、例えばl型又は2型の配列は、図1 (NS5領域)、図3( コア領域)、図4(コア/El領域)、図6及び10(NS3/NS4領域)に 示されている通りの3型の型特異的ヌクレオチドと共に、1型又は2型の配列の いくつかのヌクレオチドを置換することにより、3型配列へと修飾することが可 能である。
もう1つの実施態様に従うと、本発明はポリ核酸が以下のHCV5型ゲノム配列 のいずれかから選択されたヌクレオチド配列に対応している、上述のとおりのポ リ核酸組成物に関する。
−図9及び3に示されている通り、コア領域の位置1〜573にまたがる領域の 中の、配列番号41.43.45.47.49.51.53 (PC配列)又は 151 (BE95配列)に表わされている通りの配列のいずれかに刻して85 %以上、好ましくは86%以上、■も好ましくは87%以上の相同性を有するH CVゲノム配列。
−図4に示されている通り、Elの位置574〜957にまたがる領域の中の、 配列番号41.43.45.47.49.51.53 (PC配列)、]、53 又は155(BE95、BEIO○配列)に表わされている通りの配列のいずれ かに対して61%以上、好ましくは63%以上、より好ましくは65%以上、さ らにより好ましくは66%以上、最も好ましくは67%以上(例えば69及び7 1%)の相同性を有するHCVゲノム配列。
−図6又は10に示されているように、NS3領域の位置3856〜4209に またがる領域の中の、配列番号55.57.197又は199(PC配列)に表 わされている通りの配列のいずれかに対して765%以上、好ましくは77%以 上、最も好ましくは78%以上の相同性を有するHCVゲノム配列。
−図13に示されている通り、El/E2領域の位置980〜1179にまたが る領域の中の、配列番号157 (BE95配列)に表わされている通りの配列 と68%以上、好ましくは70%以上、最も好ましくは72%以上の相同性を有 するHCVゲノム配列; −図6又は10に示されている通り、NS4領域の位置4936〜5296にま たがる領域の中の、配列番号59又は61(PC配列)に表わされている通りの 配列のいずれかに対して57%以上、好ましくは59%以上、最も好ましくは6 1%以上の相同性を有するHCVゲノム配列ニー 図1に示されている通り、N 55B領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号159又 は161(BE95又はBE96の配列)に表わされている通りの配列のいずれ かに対して93%以上、好ましくは93.5%以上、最も好ましくは94%以上 の相同性を有するHCVゲノム配列。
好ましくは、上述のゲノムHCV配列は、上述の全ての配列のコーディング領域 からの配列を描いている。
ヌクレオチド距離分類システムに従うと(このヌクレオチド距離は、前述のとお りに計算される)、前記組成物の前記配列は、以下のものから選択されている ー 上述の5型配列に対し、E1領域について0.53未満、好ましくは051 未満、より好ましくは0.49未満のヌクレオチド距離。
−上述の5型置列に対し、コア領域について0.3未満、好ましくは0.28未 満、より好ましくはo、26未満のヌクレオチド距離ニ ー 上述の5型置列に対し、N55B領域について0.072未満、好ましくは 0.071未満、より好ましくは0.070未満のヌクレオチド距離。
Bukh et al (1992)により5’UR内で記されたSAI、SA 3及びSA7を含む1群の分離株と5’UR内の類似の配列をもつ分離株が、C ha et al、(1992; W092/19743)によりV群として報 告され、5’UR及びNS5領域の中の記述されている。この分離株の群は、本 発明に記されている通り5a型に属している(配列番号41.43.45.47 .49.51.53.55.57.59.61.151.153.155.15 7.159.161.197及び199)。
同様に本発明の範囲内に含まれるのは、上述の配列番号のいずれかに記されてい るとおりのヌクレオチド配列のいずれかから選択されたポリ核酸の配列変異体で あり、この配列変異体には、主としてオリゴヌクレオチドの末端(3′又は5′ )に単数又は複数のヌクレオチドの欠失及び/又は挿入、或いはいくつかの非必 須ヌクレオチド(すなわちHCVの異なる遺伝子型を区別するのに必須でないヌ クレオチド)のその他のヌクレオチド(修飾ヌクレオチド及び/又はイノシンを 含む)による置換が含まれており、例えば、1型又は2型の配列は、1型又は2 型の配列のい(つかのヌクレオチドを図3(コア領域)、図4(コア/El領域 )、図10(NS3/NS4領域)、図14 (El/E2領域)に示されてい る通りの5型の型特異的ヌクレオチドで置換することによって5型置列に修飾す ることが可能である。
Bukh et al (1992)により5’UR内で記述されている通りの 76及びZ7を含む分離株と類似する5′UR内の配列をもつBU74及びBU 79を含むもう1つの分離株の他の群が、本願の発明者によって5’UR内に記 述され新しい4型として分類された(Stuyver et al、、 199 3)。この群に属する複数の新しいガボン人の分離株のコア、El及びNS5配 列を含むコーディング配列が、本発明において開示されている(配列番号106 .108.110.112.114.116.118.120及び122)。
さらにもう1つの実施態様に従うと、本発明は、前記ポリ核酸が以下のHCV4 型ゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオチド配列に対応している、上述 の通りの組成物に関する。
−図4に示されている通り、配列番号118.120又は122(GB358、 GB549、GB809配列)に表わされている通りの配列のいずれかに対して 、位置574〜957にまたがるE1領域の中の66%以上、好ましくは68% 以上、最も好ましくは70%以上の相同性を有するHCVゲノム配列。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号118.120又は122(GB358、GB549、GB809 配列)に表わされている通りの配列のいずれかに対して71%以上、好ましくは 72%以上、最も好ましくは74%以上の相同性を有するHCVゲノム配−図4 に示されている通り、コア/El領域の位置1〜378にまたがる領域の中の、 配列番号163又は165(GB809、CAM600配列)に表わされている 通りの配列のいずれかに対して92%以上、好ましくは93%以上、最も好まし くは94%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;−図4に示されている通り 、El領域の位1379〜957にまたがる領域の中の、配列番号183.18 5又は187(GB116、GB215、GB809配列)に表わされている通 りの配列のいずれかに対して85%以上、好ましくは86%以上、より好ましく は865%以上、最も好ましくは87%以上、88%以上又は89%以上の相同 性を有するHCVゲノム配列(亜型4C)。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号189 (GB908配列)に表わされている通りの配列に対して 81%以上、好ましくは83%以上、最も好ましくは85%以上の相同性を有す るHCVゲノム配列(亜型4a)。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号167又は169 (CAM600、GB908配列)に表わされ ている通りの配列のいずれかに対して85%以上、好ましくは87%以上、最も 好ましくは89%以上の相同性を有するHCVゲノム配列(亜型4e)。
−図4に示されているフmす、E19頁1或の位置379〜957にまたかる領 域の中の、配列番号171又は173 (CAMG22、CAMG27配列)に 表わされている通りの配列のいずれかに対して79%以上、好ましくは81%以 上、最も好ましくは83%以上の相同性を有するHCVゲノム配列(亜型4f) 。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号175 (GB549配列)に表わされている通りの配列に対して 84%以上、好ましくは86%以上、最も好ましくは88%以上の相同性を有す るHCVゲノム配列(亜型4g); −図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号177 (GB438配列)に表わされている通りの配列に対して 83%以上、好ましくは85%以上、最も好ましくは87%以上の相同性を有す る、HCVゲノム配列(亜型4h); −図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号179 (CAR4/1205配列)に表わされている通りの配列 に対して76%以上、好ましくは78%以上、最も好ましくは80%以上の相同 性を有するHCVゲノム配列(亜型41)。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号181 (CAR4/901配列)に表わされている通りの配列に 対して84%以上、好ましくは86%以上、最も好ましくは88%以上の相同性 を有するHCVゲノム配列(亜型4J)。
−図4に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領 域の中の、配列番号106.108.1、10.112.114又は1 ]、6  (GB48.GB 116、GB215、GB358、GB549、GB80 9配列)に表わされている通りの配列のいずれかに対して73%以上、好ましく は75%以上、最も好ましくは77%以上の相同性を有するHCVゲノム配列ニ ー 図1に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる 領域の中の、配列番号106.108.110又は112 (GB48、GB1 16、GB215、GB358配列)に表わされている通りの配列のいずれかに 対して88%以上、好ましくは89%以上、最も好ましくは90%以上の相同性 を有するHCVゲノム配列(亜型4c)ニー 図1に示されている通り、NS5 領域の位置7932〜827〕にまたがる領域の中の、自己列番号116又は2 01(GB809又はCAM600配列)に表わされている通りの配列のいずれ かに対して88%以上、好ましくは89%以上、最も好ましくは90%以上の相 同性を有するHCVゲノム配列(亜型4e)ニ ー 図1に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる 領域の中の、配列番号203 (CAMG22配列)に表わされている通りの配 列に対して87%以上、好ましくは89%以上、最も好ましくは90%以上の相 同性を有する1−I CVゲノム配列(亜型4f)。
−図1に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領 域の中の、配列番号114 (GB549配列)に表わされている通りの配列に 対して85%以上、好ましくは87%以上、最も好ましくは89%以上の相同性 を有するHCVゲノム配列(亜型4g)ニ ー 図1に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる 領域の中の、配列番号207 (GB437配列)に表わされている通りの配列 に対して86%以上、好ましくは87%以上、より好ましくは88%以上、より 好ましくは89%以上の相同性を有するHCVゲノム配列(亜型4h)。
−図1に示されている通り、N35領域の位置7932〜8271にまたがる領 域の中の、配列番号209 (CAR4/1205配列)に表わされている通り の配列に対して84%以上、好ましくは86%以上、最も好ましくは88%以上 の相同性を有するHCVゲノム配列(亜型41)ニー 図1に示されている通り 、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号211  (CARI1501配列)に表わされている通りの配列に対して81%以上、 好ましくは83%以上、最も好ましくは85%以上の相同性を有するHCVゲノ ム配列(亜型4j)。
好ましくは、上述のゲノムHCV配列は、上述の配列全てのコーディング領域か らの配列を描いている。
ヌクレオチド距離分類システム(このヌクレオチド距離は前述のとおりに計算さ れる)に従うと、前記組成物の前記配列は、以下のものから選択される。
−図4に示されている通り、コア/El領域の位置1〜957にまたがる領域の 中の、配列番号118.120又は122に表わされている通りの配列のいずれ かに対して052.0.50.0.4880.0,46.0.44.0.43未 満、又は最も好ましくは0.42未満のヌクレオチド距離を有するものとして特 徴づけされているHCVゲノム配列(4型)。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号118.120又は122に表わされている通りの配列のいずれか に対して0.39.0.36.0.34.0.32未満、又は最も好ましくは0 .31未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているHC■ゲ ノム配列(4型)。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号183.185又は187に表わされている通りの配列のいずれか に対して0.27.026.024.022.0.20.0.18.0 〕7. 0162.016未満、又は最も好ましくは0.15未尚のヌクレオチ1へ距離 を有するものとして特徴づけされているHCVゲノム配列(亜型4C)。
−図4に示されている辿り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号189に表わされている通りの配列、こ7寸して0 30、0 2 8、0 26、0. 24、0.22.0.21未満、又は最も好ましくは0. 205未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているHCVゲ ノム配列(亜型4a)。
−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中 の、配列番号167又は169に表わされている通りの配列のいずれかに対して 0.26.0.25.0,23.0.21、o、19.0.17.0165未満 、又は最も好ましくは0.16未濶のヌクレオチド距離を有するものとして特徴 づけされているHCVゲノム配列(亜型4e);−区4に示されている通り、E 1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号171又は173 に表わされている通りの配列のいずれかに対して026.0.24.0.22. 0.20.0,18.0.16.0.15未満、又は最も好ましくは0.14未 満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているHCVゲノム配列 (亜型4f);−図4に示されている通り、E1領域の位置379〜957にま たがる領域の中の、配列番号175に表わされている通りの配列に対して020 .0.19.0.18.0.17未満、又は最も好ましくは0.16未満のヌク レオチド距離を有するものとして特徴づけされているH CVゲノム配列(亜型 4g);−図4に示されている通り、El領域の位置379〜957にまたがる 領域の中の、配列番号177に表わされている通りの配列に対して0.20.0 19.0.18.0.17未満、及び最も好ましくは0.16未Jiのヌクレオ チド距離を有するものとして特徴づけされているHCVゲノム配列(亜型4h) ;−図4に示されている通り、El領域の位置379〜957にまたがる領域の 中の、配列番号179に表わされている通りの配列に対1.てo、27、○、2 5.0.23.0.21未満、及び好ましくは0.16未満のヌクレオチド距離 を有するものとして特徴づけされているHCVゲノム配列(亜型4i);−図4 に示されている通り、E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配 列番号181に表わされている通りの配列に対し、てo、19.0.18.0. 17.0.165未満、及び最も好ましくは0.16未満のヌクレオチド距離を 何するものとして特徴づけされているHCVゲノム配列(亜型4j);−図1に 示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の 、配列番号106.108.110.112.114又は116に表わされてい る通りの配列のいずれかに対して035.0.34.0.32未満、及び最も好 ましくは0.30未浦のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされてい るHCVゲノム配列(4型);−図1に示されている通り、NS5領域の位置7 932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号l○6.108.110又は 112に表わされている通りの配列のいずれかに対して0.18.0.16.0 14.0.135、o、13.0.1275、又は最も好ましくは0.125未 満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているH CVゲノム配 列(亜型4c)。
−図1に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領 域の中の、配列番号116又は201に表わされている通りの配列のいずれかに 対して0.15.0.14.0.135.0.13未満、及び最も好ましくは0 .125未滴のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているHCV ゲノム配列(亜型4e);−図1に示されている通り、NS5領域の位置793 2〜8271にまたがる領域の中の、配列番号203に表わされている通りの配 列に対して0.15.0.14.0.135.0.13未満、又は最も好ましく は0.125未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているH CVゲノム配列(亜型4f)ニ ー 図1に示されている通り、N55領域の位置7932〜8271にまたがる 領域の中の、配列番号114に表わされている通りの配列に対して0.17.0 .16.0.15.0.14.0.13未満、又は最も好ましくは0125未満 のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされているHC■ゲノム配列( 亜型4g); −図1に示されている通り、NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領 域の中の、配列番号207に表わされてイル通りの配列に対してo、155.0 .15.0.145.0.14.0.135.013未痛、又は最も好ましくは 0.125未渦のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけされている)I CVゲノム配列(亜型4h)ニー 図1に示されている通り、NS5領域の位置 7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号209に表わされている通 りの配列に対してo、17.0.16、o、15、o、14.0.13未満、又 は最も好ましくは0.125未満ノヌクレオチド距離を有するものとして特徴づ けされているHCVゲノム配列(亜型41)ニ ー 図1に示されている通り、N55領域の位置7932〜8271にまたがる 領域の中の、西己列番号211に表わされている通りの配列に対して0.21. 0.20.0.19.0.18.0.17.0,16.0.15.0.14.0 .13未満、及び最も好ましくは0.125未満のヌクレオチド距離を有するも のとして特徴づけされているHCVゲノム配列(亜型4J)・ 同様に本発明の範囲内に含まれているのは、上述の配列番号のいずれかにおいて 与えられている通りのヌクレオチド配列のいずれかから選択されるポリ核酸の配 列変異体であり、この配列変異体には、主としてオリゴヌクレオチドの末端(3 ′又は5゛のいずれか)における羊数又は複数のヌクレオチドの欠失及び/又は 挿入、又はい(つかの非必須ヌクレオチド(すなわちHCVの異なる遺伝子型の 間で区別するのに必須でないヌクレオチド)のその他のヌクレオチド(修飾ヌク レオチド及び/又はイノシンを含む)による置換が含まれており、例えば、区3 (コア領域)、図4(コア/E16J域)、図101s3/NS4頭域)、図1 4 (El/E2領域)内に示されているような、4型の型特異的ヌクレオチド と1型又は2型の配列のい(つかのヌクレオチドを置換することによって、1型 又は2型の配列を、4型置列へと修飾することが可能である。
本発明は又、配列番号193 (GB724配列)に表わされている通りの配列 にも関する。
GB48、GB116、GB215、GB358、GB549及びGB809の NS5又はE1配列を並べて比較した後、これらの分離株は、明らかに4型の中 の3つの亜型に分類された:GB48、GB116、GB215及びGB358 は、4cと呼称される亜型に属し、GB549は亜型4gに、及びGB809は 亜型4eに属する。NS5では、GB809 (亜型4e)は、GB549(亜 型4g、79.7%)に対してよりも亜型4cの分離株(85,6−86,8% )に対しより高い核酸相同性を示し、一方、GB549はその他の両方の亜型に 対し類似の相同性を示した(亜型4cに対して78.8〜80%、亜型4eに対 して79.7%)。Elでは、亜型4cは、亜型4g及び4eに対して752% の等しい核酸相同性を示し、一方4g及び4eは78.4%の相同性を示した。
しかしながら、アミノ酸レベルでは、亜型4eは亜型4Cに対し正常な相同性( 80,2%)を示し、一方面型4gは4c (83,3%)及び4e (84, 1%)に対しより高い相同性を示した。
さらに5う1つの実施態様に従うと、本発明は、前記ポリ核酸が、以下のHCV 2d型ゲノム配列のいずれかから選択されているヌクレオチド配列に対応する、 上述の通りの組成物に関す−図4に示されている通り、コア/El領域の位置3 79〜957にまたがる領域の中の、配列番号(NE92)143に表わされて いる通りの配列に対して78%以上、好ましくは80%以上、最も好ましくは8 2%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −図4に示されている通り、位置574〜957にまたがる領域の中の、配列番 号143 (NE92)に表わされている通りの配列に対して74%以上、好ま しくは76%以上、最も好ましくは78%以上の相同性を有するHCVゲノム配 列。
−図1に示されている通り、N35B領域の位置7932〜8271にまたがる 領域の中の、配列番号145 (NE92)に表わされている通りの配列に対し て87%以上、好ましくは89%以上、最も好ましくは91%以上の相同性を有 するHCVゲノム配列。
好ましくは、上述のゲノムHCV配列は、上述の配列全てのコーディング領域か らの配列を描いている。
ヌクレオチド距離分類システム(このヌクレオチド距離は前述の通りに計算され る)に従うと、前記組成物の前記配列は、以下のものから選択される − 上述の配列のいずれかに対して、E1領域(574〜957)について0. 32未、満、々了ましくけ0.31未瀾、より好ましくは0.30未(満のヌク レオチド距離、−上述の配列のいずれかに対して、コア領域(1〜378)にっ いて0.08未満、好ましくは0.07未満、より好ましくは0.06未満のヌ クレオチド距離、 −上述の配列のいずれかに対して、N35B領域について0.15未満、好まし くは0.13未満、好ましくは0.12未満のヌクレオチド距離。
配列番号により表わされている通りの配列に対する相同性をもつ本発明に従った ポリ核酸配列は、型又は亜型特異的プライマーを用いた増幅、多少の差こそあれ 厳格な条件下での型又は亜型特異的プローブでのハイブリダイゼーション、血清 学的スクリーニング方法(例^ば4及び11)又はLiPA型分類システムを介 して当該技術分野において既知の技術のいずれかに従って特徴づけし分離するこ とができる。
当該例、図及び配列リストの中ではまだ描かれていない領域からの上述のゲノム のポリ核酸配列は、本発明の型又は亜型特異的配列からの適切なプライマーを用 いた増幅技術のような当該技術分野において既知の技術のいずれかにより得るこ とができる。
本発明は又、前記ポリ核酸が、プライマーが導かれる遺伝子型に属する成る種の 分離株の核酸を増幅するためのプライマーとして作用する可能性の高いものであ る、上述のとおりの組成物にも関する。
本発明のこの実施態様に従ったプライマーの一例は、表7に示されているような HCP、152である(配列番号79)。
「プライマー」という語は、コピーすべき核酸鎖に対し相補性をもつプライマー 伸長産物の合成のための開始点として作用することのできる一末鎖DNAオリゴ ヌクレオチド配列のことをいう。プライマーの長さ及び配列は伸長産物の合成を 引き出すのを許すようなものでなければならない。
好ましくは、プライマーは約5〜50個のヌクレオチドである。
特異的な長さ及び配列は、必要とされるDNA又はRNA標的の複雑さならびに 温度及びイオン強度のようなプライマーの使用条件によって左右されることにな る。
適切な増幅を保証するために増幅プライマーが対応する鋳型配列と正確に整合す る必要はないという事実は、文献の中で充分に証明されている(Kwok et  al、、 1990)。
使用される増幅方法は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR・5aikiet al 、、、 198g) 、リガーゼ連鎖反応(L CR: Landgren e t al、 。
1988HWu & Wal]ace、 1989; Barany、 199 1)、核酸配列ベースの増幅(NA S B A : Guatelli et  al、、 1990; Compton、 1991) 、転写ベースの増幅 システム(TA S : Kwoh et al、、 1989)、鎖移動増幅 (S D A ; Duck、1990; Walker et al、、 1 992)又はQβレプリカーゼを用いた増幅(Lizardi et al、、  1988; Lomeli et al、。
1.989)又はプライマー伸長を用いて核酸分子を増幅するためのその他のあ らゆる適切な方法のいずれかであってよい。増幅中、増幅された産物は、標識づ けされたプライマーを用いるか又は標識づけされたヌクレオチドを取り込むこと により、適切に標識づけすることができる。標識は、同位元素(32P、I5S など)又は非同位元素(ビオチン、ジゴキシゲニンなど)であってよい。増幅反 応は20〜80回、有利には30〜50回くり返される。
本発明は又、前記オリゴヌクレオチドが場合によって標識づけされているか又は 固体基材に付着されている状態で、前記ヌクレオチド配列を含む核酸の特異的検 出及び/又は型分類のためのハイブリダイゼーションプローブとして前記ポリ核 酸に作用できる、上述の通りの組成物にも関する。
「プローブ」という語は、検出すべきHCV遺伝子型の標的配列に対して相補的 な配列をもつ1本鎖配列特異的オリゴヌクレオチドのことを言う。
好ましくは、これらのプローブは長さが約5〜50ヌクレオチド、より好ましく は約10〜25ヌクレオチドである。
「固体支持体」という語は、そのハイブリダイゼーション特性を保持しているこ と及びハイブリダイゼーションの背景レベルが低い状態にとどまることを条件と して、オリゴヌクレオチドプローブと結合することのできるあらゆる基材のこと を言う。通常、固体基材は、マイクロタイクープレート、膜(例えばナイロン又 はニトロセルロース)又はマイクロスフェア(ビーズ)である。膜への適用又は 固定に先立って、固定を容易にしハイブリダイゼーション効果を改善するため核 酸プローブを修飾することが適当でありうる。かかる修飾は、ホモポリマーテー リング、脂肪族基、NH,基、SH基、カルボシキル基といった異なる反応基と の結合、又はビオチン又はハプテンとの結合を包含しつる。
本発明は又、単数又は複数のHCV遺伝子型の存在を検出するため、より特定的 には、それを含有している可能性の高い試料の中に存在する上述の通りのヌクレ オチド配列を有するHCV遺伝子型のいずれかの核酸の存在を検出するため、少 なくとも次の工程からなる上述の組成物の使用に関する。
(1)場合によって試料の核酸を抽出する工程(11)場合によって上述のプラ イマー又はその他のあらゆるHCV亜型2d、HC■3型、HCV4型、HCV 5型又は万能HCVプライマーの少なくとも1つを用いて核酸を増幅する工程; う)好ましくは固体基材に付着されている状態の上述の通りの単数又は複数のプ ローブを用いて適切な条件下で、核酸が場合によって増幅中又は増幅後に標識づ けされている状態で、場合によっては変性した条件下で、生物学的試料の核酸を ハイブリッド形成する工程。
(iv))l!i切な条件で洗浄する工程;(V)形成されたハイブリッドを検 出する工程;(vi)観察されたハイブリッド形成パターンから存在する単数又 は複数のHCV遺伝遺伝炉型在を推定する工程。
好ましくは、この技術は、コア又はN55B領域の中の実施することができる。
「核酸」という語は、又分析物鎖と言うこともでき、1本鎖又は2本鎖の核酸分 子に対応する。この分析物鎮ば、好ましくは玉鎖又は負鎮のRNA、cDNA又 は増幅したcDNAである。
「生物学的試料」という語は、HCV核酸を含むあらゆる生物学的試料(組織又 は流体)より特定的には血清又は血漿試料のことをいう。
r HCV亜型2dプライマーjという語は、試料中に存在するHCV亜型2d 配列を特異的に増幅するプライマーのことをいう(実施例の項及び図面参照)。
rHCVa型ブライツプライマー語は、試料中に存在するHCVB型配列を特異 的に増幅するプライマーのことをいう(実施例の項及び図面参照)。
rHCV4型ブライツプライマー語は、試料中に存在するHCV4型ゲノムを特 異的に増幅するプライマーのことをいう。
「万能HCVプライマー」という語は、HCVゲノムの保存された領域のいずれ かに対し相補的なオリゴヌクレオチド配列のことをいう。
r HCV S型プライマー」という語は、試料中に存在するHCVS型ゲノム を特異的に増幅するプライマーのことをいう。
「適切な」ハイブリダイゼーション及び/ICIC性というのは、厳格なものと して理解されるべきであり、当該技術分野において一般に知られているものであ る(例えばManiatis et al、、分子クローニング、その実験室マ ニュアル、New York、 Co1d Spring Harb又はLab 又はat又はy、 +982)。
しかしながら、ハイブリダイゼーションf容?Il (SSC,5SPEなど) に従って、これらのプローブは、充分な特異性を達成するためその適切な温度で ハイブリッド形成されるべきである。
「標識づけされた」という語は、標識づけされた核酸の使用のことを言う。これ には、5aiki et al、(1988)又はBej et al。
+1990)により例示されているような増幅のポリメラーゼ工程中又は当業者 にとって既知のその他のあらゆる方法によって取り込まれた櫻識づけされたヌク レオチドの使用が含まれる。
本発明の方法は、次の要素のうちの1つと、上述のとおりのプローブのいずれか を接触させる工程を含んでいる。
−ハイブリダイゼーションのために核酸が利用できる生物学的試料、 −又は、生物学的試料の中に含まれている精製された核酸−又は、精製された核 酸から誘導された単一のコピー、−又は、前記要素又は前記プローブが固体基材 に付着している状態で、精製された核酸から誘導されたita幅したコピー。
[観察されたハイブリダイゼーションパターンから単数又は複数のHCV遺伝遺 伝炉型在を推定する」という表現は、オリゴヌクレオチドプローブのパネルの結 合パターンを分析することによる試料中のHCVゲノムの存在の同定を意味する 。単一のプローブは、試料中の)(CVゲノムの存在又は不存在に関する有用な 情報を提供することができる。一方、HCVゲノムの変異体は、自然界に分散し ており、従ってどのプローブも特定のHCVゲノムだけを同定できるということ はまれである。むしろHCV遺伝遺伝炉型一性は異なるHCVゲノムの(異なる )セグメントに特異的であるオリゴヌクレオチドプローブのパネルの結合パター ンから推定することができる。これらのオリゴヌクレオチドプローブの選択に応 じて、各々の既知のHCVJ伝子型は、特異的組合せのプローブを使用した時の 特異的ハイブリダイゼーションパターンに対応することになる。
各9のHCV遺伝遺伝炉型様に、オリゴヌクレオチドプローブの選択にノ忘じて 司じプライマー増幅されたその(力のいずれかのHCV遺伝遺伝炉型区分されつ る。予想されるハイブリダイゼーションパターンの図式に対して単数又は複数の 未知のHCV配列を含む試料に対して正のハイブリッド形成力をもつプローブに ついて生成したパターンを比較することにより、この試料中に存在するHCV遺 伝遺伝炉型確に推定することができる。
本発明は、かくして、単数又は複数のハイブリダイゼーションプローブが配列番 号1.3、S、7.9.11.13.15.17.19.2]、23.25.2 7.29.31.33.35.37.39.41.43.45.47.49.5 1.53.55.57.59又は61.106.108.110.112.11 4.116.118.120.122.143.145.147.149.15 1.153.155.157.159.161.163.165,167.16 9.171.173.175.177.179.181.183.185.18 7.198、】91.193.195.197.199.201.203.20 5.207.209.211.213.215.217.222.269のうち のいずれか又はその配列変異体のうちのいずれかから選択されており、かかる配 列変異体には、主としてその末端(3゛又は5′)で、単数又は複数のヌクレオ チドの欠失及び/又は挿入したものを含む配列変異体、又はいくつかの非必須ヌ クレオチド(即ち遺伝子型間で弁別するのに必須でないヌクレオチド)をその他 のヌクレオチド(例えば修飾されたヌクレオチド又はイノシン)で置換したもの を含む配列変異体、又は上述のオリゴヌクレオチドプローブのいずれかの相補体 からなる前記配列変異体、又はデオキシリボヌクレオチドの代りにリボヌクレオ チドからなる前記変異体に関し、ここでこれら全ての前記変異体プローブをその 誘導原であるオリゴヌクレオチドプローブと同じ特異性でハイブリッド形成させ ることができるものであるという条件で上述の方法に関する。
増幅されたHCVゲノムを互いから区別するためには、HCVポリ核酸内に位置 づけされたHCV遺伝子型領域を標的にする一組の配列特異的DNAプローブに 対して、標的ポリ核酸をハイブリッド形成させる。
これらのプローブの大部分は、HCV遺伝遺伝定型特異的領域を標的にするが、 いくつかは複数のHCV遺伝遺伝定型しハイブリッド形成させることのできるも のである。
ハイブリダイゼーションi8M (SSC,5SPHなど)に応じて、これらの プローブが、充分な特異性に到達するためには、その適切な温度で厳格にハイブ リッド形成されなくてはならない。しかしながら、それらの末端(3′又は5′ )で1つ又は数個のヌクレオチドを付加又は欠失させることによって、又はいく つかの非必須ヌクレオチド(すなわち型間で区別するのに必須でないヌクレオチ ド)をその他のヌクレオチド(修飾ヌクレオチド又はイノシンを含む)によって 置換させるいずれかによって、DNAプローブをわずかに修飾することにより、 これらのプローブ又はその変異体を同じハイブリダイゼーション条件(すなわち 同じ温度及び同じハイブリダイゼーションイ容液)下で特異的にハイブリッド形 成させることができる。同様に、使用するプローブの量を変えることも又、より 特異的なハイブリダイゼーション結果を得るために有利でありうる。
この状況の下で、同じ長さのプローブはそれらのGC含量の如何にかかわらず、 TMAC1?容液内でほぼ同じ温度で特異的にハイブリッド形成することになる ということに留意すべきである(Jacobset al、、 198g) 。
試料中のオリゴヌクレオチドプローブと核酸配列との間で形成されたハイブリッ ドを検出する本発明の目的のために適切な検定方法には、従来のドツト−プロッ トフォーマット、サンドイツチハイブリグイゼーション又は逆ハイブリダイゼー ションといった当該技術において既知の検定フォーマットのいずれかを含む。例 えば、ドツトプロットフォーマットを用いて検出を達成することができ、この場 合、標識づけされていない増幅された試料が膜に結合され、膜は適切なハイブリ ダイゼーション及び洗浄条件下で少なくとも1つの憚識づけされたプローブと共 に取り込まれ、結合されたプローブの存在が監視される。
代賛的な好ましい方法は、増幅された配列に1つの標識が含まれる「逆」 ドツ トプロットフォーマットである。このフォーマットでは、標識づけされていない オリゴヌクレオチドプローブが固体支持体に結合され、適切な厳格なハイブリダ イゼーション及びそれに続く洗浄条件下で、標識づけされた試料に露呈される。
同様に、本発明に従ったオリゴヌクレオチドプローブと試料の核酸との間のハイ ブリッド形成に依存するその他のあらゆる検定方法も使用することができるとい うことも理LK4tべきである。
有利な実施態様に従うと、生物学的試料中に含まれている単数又は複数のHCV 遺伝遺伝定型出する方法には、固体支持体上に平行線として同定化されたオリゴ ヌクレオチドプローブと、生物学的試料から誘導された増幅されたHCV核酸コ ピーを接触させる工程が含まれている。
この有利な方法に従うと、プローブはラインプローブ検定(LiPA)フォーマ ットに固定化される。これは、平行線として複数のオリゴヌクレオチドプローブ (負又は正の対照オリゴヌクレオヂド)を適切に上に適用することのできる膜片 を用いた逆ハイブリダイゼーションフォーマット(Saiki et al、、  1989)である。
かくして本発明は又、平行線の形で支持体に結合された上述の単数又は複数のプ ローブを自らの表面上に支持している固体支持体、好ましくは膜片にも関する。
LiPAはきわめて迅速でユーザーが親しみやすいハイブリダイゼーション試験 である。結果は増幅の開始から4時間後に読みとることができる。増幅産物内に 通常非同位元素櫻識が取り込まれる増幅及びアルカリ性変性の後、増幅産物は膜 上でプローブと接触させられ、約1〜15時間ハイブリダイゼーションが実施さ れ、ハイブリッド形成されたポリ核酸が検出される。生じたハイブリダイゼーシ ョンパターンから、HCV型が目視によって、ただし好ましくは専用ソフトウェ アによって推定することができる。LiPA7オーマノトは、市販の走査用装置 と完全な適合性を有しており、かくして、結果の自動的解釈は非常に(3叩性の 高いものである。これらの利へ全てのためLiPAフォーマットは日常的セ・ン テイングにおけるl(CV 検出の使用に対して十分である。LjPAフォーマ ットは、異なるHCV遺伝遺伝定型在を検出するため特に有利であるはずである 。
本発明は又、既知のHCVゲノムとは異なる新規なHCV遺伝遺伝定型出し同定 するための方法に関し、次の工程を含む。
−上述の方法に従って、生物学的試料中に存在するヌクレオチドがどのHCV遺 伝遺伝定型するかを決定する工程;−表3に規定されているものと適合性のある ハイブリダイゼーションパターンを生じない試料を旺察する場合、検出すべき新 しいHCV遺伝遺伝定型常にハイブリッド形成するプローブに対応するHCVゲ ノム配列の部分を配列決定する工程。
本発明は又、それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在するHCV の単数又は複数の遺伝子型を検出するための、前述の通りの組成物の使用に関し 、次の工程を含む。
0)場合によって試料の核酸を抽出する工程;(I])上述の通りのプライマの 少なくとも1つで核酸を増幅する工程。
(11)増幅された産物を配列決定する工程:(1v)既知の全てのHCV配列 に対する比較により、決定された配列から存在するHCV遺伝遺伝定型定する工 程。
本発明は又、表3に示されている通りの既知のHCV (1型及び/又は2型及 び/又は3型)ポリタンパク質配列の対応する領域とは異なる少なくとも1つの アミノ酸を有する、上述のHCVゲノム配列のうちの少なくとも1つによってコ ードされている隣接アミノ酸配列に対応する、少なくとも5つのアミノ酸の隣接 配列を含む少なくとも1つのペプチド又はポリペプチド、又はその突然変異タン パク質から成る又はこれを含む組成物にも関する。
アミノ酸配列のレベルでは、1つのアミノ酸の差(既知のHCVアミノ酸配列配 列関係において)が必要であり、このことはすなわち、本発明のポリペプチドが 、1つのアミノ酸の差異を伴うヌクレオチドの差異(既知のHCVポリ核酸配列 との関係において)を有するポリ核酸に対応するということを意味している、と いう点に留意すべきである。
開示されているヌクレオチド配列(配列番号1〜62及び106〜123及び1 43〜218.223〜270参照)から推定される通りの新しいアミノ酸配列 は、NS4領域について1型及び2型のプロトタイプ配列とわずか59.9〜7 8%の相同性しか示さず、E1領域について1型及び2型のプロトタイプ配列と わずか53.9〜68.8%の相同性しか示さない。N54領域は、例えば欧州 特許公開明細書EP−A−0489968号で特徴づけされている、いくつかの エピトープを含んでいることがわかっており、又E1タンパク質はウィルスエン ベロープの一部として免疫攻撃を受けること及びエピトープを含むことが予想さ れることから、新しい3型、4型及び5型のNS4及びE1エピトープは一貫し て、1型及び2型の分離株内に存在するエピトープとは異なるだろう。このこと は、例4に示されているようなNS4合成ペプチドの型特異性及び例11内の組 換えE1タンパク質の型特異性によって例示される。
新しい亜型2d、型3.4及び5(配列番号1〜62及び106〜123及び1 43〜218.223及び270)アミノ酸配列を1a型、lb型、2a型及び 2b型のプロトタイプ配列と並べて比較した後、図5及び図7に示されている通 りに型及び亜型特異的可変領域を明確に記述することができる。
本発明のポリペプチドから誘導された突然変異クンB’y貿につ5sては、表4 が上述のとおりの突然変異タンパク質のいくつかのベースとなりつるアミノ酸置 換の概要を与えている。
本発明に従ったペプチドは、好ましくは少なくとも5つの隣接HCVアミノ酸、 ただし好ましくは本発明の新しいHCV配列の少な(とも8個、少なくとも10 個又は少なくとも15個の隣接アミノ酸(例えば少なくとも9.11.12.1 3.14.2Q又番よ25個のアミノ酸)を含んでいる。
本発明のポリペプチド、特にフラグメントは、従来の化学合成によって調製され つる。
この合成は、均質溶液内又は固体相の中で行なうことができる。
例えば、使用可能な均質な/8液中での合成技術は、E、 Wunshにより編 集されたr Methode der又はganischen chemieJ  (有機化学の方法)、第15−1巻、11巻、THIEME、 Stuttg art 1974.という本の中でHoubenweylによって記述されてい るものである。
本発明のポリペプチドは、「固相ペプチド合成J (IRL Press。
Oxf又はd、 1989)という題の本の中でAtherson及び5hep ardが記述した方法に従って固相内で調製することもできる。
本発明に従ったポリペプチドは、Maniatis et al、 、分子クロ ーニング 実験室マニュアル、 New York、 Co1d Spring  Harb又はLab又はat又はy、 1982)により記述されている通り の組換えDNA技術を用いて調製することができる。
本発明は、特に前記隣接前タリが以下のアミノ酸残基のうちの少なくとも1つを その配列中に含んでいる、上述の通りのポリペプチド又はペプチド組成物に関す る A7. G43. !1144. S60. R67、G70. T71. A 79.A87. N106. K115゜Al27. Al90. 5130.  F134. G142. 1144. EI52. A157. VI5g、 R165゜5177又!i ’l’177、l178. F180又はF180 又はF182. l’11g4. 1+86゜8187 、 T ] 39 、  、へ190. S19]又はG]、9]、、 G192又はA192又は11 92又:まν′192又はF192. N]93又はH] 93又はR193, W194又は+’194. H]95. A197又は■197又ハV197又 はT197゜V2O2,I2O3又ハL203. G208. A210. F 212. F214. T216. R217又ハ0217又ハE217又はF 217.)1218又はN218. )1219又ハV219又はA219.1 227又はI227. F231又はR231又はG231. T232又はD 232又はA232又はに232. G235又はI235. A237又はT 237. I242゜I246.5247.5248. F249.5250又 はF250. I251又は■251又はM 251又はF251. D252 . T254又はF254. A255又はF255. E25B又はA256 . F258又はF258又はF258.A260又はG26[]又は5260 ゜A261. T264又はF264. F265. I266又はA266、  A267、G268又はT268.F271又はF271又はF271. I 277、 F280又は)1280゜工284又+−1A284又はA84.  F274. F291. N292又は5292. R293又はT293又は F293. G294又はR294,A297又はT297又はG297. A 299又はに299又はG299. N303又はT303. T308又はL 30g、 T310又はF310又はA310又はD310又はF310゜A3 13. G317又はG317. A333.5351.A358. A359 . A363.5364゜A366、 T369. A373. F376、  G386. l387.5392. l399. F402. I403゜R4 05,D454. A461.A463. T464. K484. G500 . F501.5521. R522゜NS24.N52g、 5531.55 32. F534. F536. F537. NS39. l546. C1 282゜A12g3. F1310. VI312、G1321. R1368 ,F1372. F1373. K1405゜G1406. 51409. A 1424.Al429. C1435,5143B、3145B、)11496 ゜Al504. 01510. D1529. 11543. N1567.0 1556. N1567、N1572゜G1579. A1581.515g3 .F1585.F1595. F1606又はT1606. N1611゜F1 612又はA1612. R1630,C1636,R1651,T1656又 は11656゜A1663. F1667、 F1677、A1681.111 685、F1687.G161!9. F1695゜八1700. G1704 . F1705. 、A171.3. へ1714 又は51714. ト11 718. D1719゜A1721又は丁1721. R1722,A1723 又はPI723. F1726又はG]726. F1730. PI732.  F1735. l173B、51737. R1738,Tl739゜G17 40. G1741. K1742. G1743. A1744. T174 5. LL746. E1747又i1に1.747.11749. A175 0. T1751又はA1751. PI753. N1755゜に]756. A1757.P]75111.Al759.F1762.T1763.PI76 4.F2645゜A2647. R2650,に2653又はL2653.52 664. N2673. F2680. R2681゜L2686. F269 2. G2695又はL2695又は12B95. V2712. F2715 ゜V2719又はG2719. I2722. I2724.52725. R 2726,G2729. Y2735゜F2739. I2748. G274 6又はI2746. I274g、F2752又はK 2752 。
F2754又はI2754. I2757又はF2757゜なおここで、この表 記は、表1 (その他の分離株との比較)の中に示されているとおりのKato  et al、、 +990に従ったアミノ酸番号づけを表わす1つの番号と、 その1文字コードでアミノ酸残基な表わしている1つの文字とで構成されている 。同様に図2.5.7及びll内の番号づり(並べての比較アミノ酸配列)中の 番号づけも参り、召のこと。
本発明の特有で新しいアミノ酸残基の群の中で、以下の残基は、本発明に使用さ れるHCV分類システムに従って以下のHCV型に対し特異的であることがわか った。
−図5及び2に示されている通り、本発明のHCV亜型2d配列に対して特異的 であるG208. R217,F231.I235.I246. I264゜1 266、 A267、 F27!、 K299. L26g6.027]9゜− 図5に示さとている通り、本発明の)lcVB型のコア/El領域にス−1して 特異的であるG43.S60. R67、F1g2.1186. R187゜A 190. 5191. L192. PI94. V2O2,L203. V2 19. 0231. D232゜A237. I254. X280. G29 9. I303. L308.及び/又はL313 。
−図7に示されている通り、本発明のHCVB型配列のNS3/4領域に対して 特異的である01556. G1579. l1581.51584゜F158 5. F1606. PI612. F1630. C1636,T1656.  l1663. F1685゜F1687. G1689. PI695. P I705. A1713. A1714. A1721. PI723゜)+1 726. R173g、 G1743. A1744. F1747.1174 9. A1751. A1759及び/又はF1762゜ −図2に示されている通り、本発明のHCVB型のN55B領域に対して特異的 であるに2665. C2666、R2670゜−図5に示されている通り、本 発明のHCVdCVd型配列/E1領域に対して特異的であるL7. A79. 八127.5130. F152゜PI58. 5177又はPI77、PI8 0又はF180. R184,T189. G192又はF192又は1192 . N193又はF193.1197又はPI97. I2O3゜A210.  V212. F217.821g、 8219. L227. A232. V 249. I251又は1l1251. D252. L255又はV255.  F256. X258又はv258又はF258. A260又はG260.  X265. 丁268. V271. V274. X280、I284.  N292又は5292. G294. L297又はI297. I308.  A310又はD310又はV310又はI310.及びG317゜−図2に示さ れている通り、本発明のHCV4型配列のN55B領域に対シテ特異的であ6P 2645. R2650,K2653. G2656. V265g。
I266、!l、N2673又はN2673. R2681,F2686. C 2691,L2692゜G2695又はL2695又は12695. Y270 4. V2712. F2715゜V27]9. 12722.52725.G 2729. Y2735. G2746又はI2746゜F2752又はに27 52. G2753. F2754又はI2754. I2757又はF275 7 。
−図5に示されている通り、本発明のHCV4型配列のコア/E 1 %i域に 対して特異的であ6M44. G70. A87. N106. K115゜P I37. G142. PI65.117g、 F251. A299.N30 3. G317゜−図12に示されている通り、本発明のHCV5型配列のEl /E2領域に対して特異的であるL333.5351. A358. A359 . A363゜5364. A366、 I369. L373.F376、  G386. l387.5392. l399゜PI02. I403. R2 O3,D454. A461. A463.7464. X484. G500 ゜F501.5521. K522. )1524.N52g、 5532.  V534. F537. X539゜1546 + −図7に示されている通り、本発明のHCVS型配列のNS3/N 34 領域 に対して特異的であルC121112,A1283.PI312. G1321 ゜PI361(、PI372. K1405. QI406.5I409. A 1424. Al429. C1435゜5I436.51456. )114 96. A1504. C1510,01529,11543,N1567゜1 .1+572.PI595. T1606. X1611. l1612.11 656. PI667、 A1681゜A1700. t\1713,5171 4. X1718. C1719,T1721. R1722,A1723゜G 17こ6. F1735. R736,5I737. T1739. G174 0. K1742. 丁1745゜Ll、746. KI747. Al75C I、 PI753. N+755. Al757.01758. Tl763. 及び’I’1764; −刃2に示されている通り本発明のHCV 5車前列のN55B領域に対して特 異的であるt\2647. L2653.52674. F2680. I27 24゜R2726,’I’2730.++2739 ;−図5及び7に示されて いる通り、本発明のHCV3型及び5車前列に対して特異的であるA256.  P]63]、〜1677、 G1704゜F1730. PI732. G17 41及びT1751゜−図5及び2に示されている通り、本発明のHCV3型及 び4型配列に対して特異的であるI71. A157. I227. I237 . I240. Y250゜V3Si、 5260. X271. I2673 . I2722. I2748 。
−図5に示されている通り、本発明のHCV4型及びS型配列に対して特異的で あるPI92. PI94. A197. R249,5250,R294;− 図5に示されている通り、本発明のHCV4型及び亜型2d配列に対して特異的 であるI293 ; −図5に示されている通り、本発明のHCV3型、4型及び5車前列に対して特 異的であるD217及びR294;−図5に示されている通り、本発明のHCV 3型及び亜型2d配列に対して特異的であるし192; −図5に示されている通り、本発明のHCV3型、4型及び亜型2d配列に対し て特異的であるG191及びT197 。
−図5に示されている通り、本発明のHCV亜型2d及び5車前列に対して特異 的であるに232゜ なおここで、この表記は、その1文字コードによりアミノ酸を明白に表わしてい る1つの文字、及びKato et al、、 1990(その他の分離株との 比較について表1も参照のこと)ならびに図2 (NS5領域)、図5(コア/ El領域)、図7 (NS3/NS4領域)、312(El/E2領域)に従っ たアミノ酸番号づけを表わす1つの番号で構成されている。上注のアミノ酸のい (つかは、型又は亜型特異的エピトープの中に内含されていてもよい。
例えば、L1231 (5x内に検出されるもの)は、位置231におけるメチ オニンのことを言う。3型分離株内では同じ位置231にはグルタミン(Q)が 存在し、一方この位置は、1型分離株ではアルギニンにより又2型分離株ではリ ジン(K)又はアスパラギン(N)により占有されている(図5参照)。
本発明のこの実施態様に従ったペプチド又はポリペプチドは、場合によって標識 づけされていてもよいし、固体基材に付着されていてもよいし、或いは又ビオチ ンのような担体分子に結合されていても、又適切なアジュバントと混合されてい てもよい。
コアタンパク質的の可変的領域(図5中のV−CORE)は、血清学的型分類の ために役立つことが示されてきた(Machida etal、、 1992) 。この領域中の開示された5装置列の配列は、型特異的特徴を示す。アミノ酸7 0〜78からのペプチドは本発明の配列に対して以下の非反復配列を示す。
QPTGR3WGQ (配列番号93)R3EGRTSWAQ (配列番号22 0)及びRTEGRTSWAQ (配列番号221)もう1つの好ましい■−コ アにまたがる領域は、5RRQPIPRARRTEGR3WAQ (配列番号2 68)という配列を伴う亜型3Cの位置60〜78にまたがるペプチドである。
図5に示されている通り、4つの遺伝子型のE1アミノ酸配列を並べて比較した 後、5つの型特異的可変領域(Vl〜V5)を同定することができる。
領域V1はアミノ酸192〜203を包含し、これは、E1タンパク質のアミン 末端の10個のアミノ酸である。図5に示されている通りの以下の非反復配列を 推定することができる。
LEWRNTSGLYVL (配列番号83)VNYRNASGIYHI (配 列番号126)QHYRNISGIYHV (配列番号127)EHYRNAS GIYHI (配列番号128)IHYRNASGIYHI (配列番号224 )VPYRNASCdYHV (配列番号84)VNYRNASGIYHI ( 配列番号225)VNYRNASGVYHI (配列番号226)VNYHNT SGIYHL (配列番号227)QIIYRN八5GIYへIV (配列番号 228)QHYRNVSGIYHV (配列番号229)THYRNASDGY YI (配列番号230)LOVKNTSSSYMV (配列番号231)領域 ■2はアミノ酸213〜223を包含する。図5に示されている通り■2領域内 には、以下の非反復配列を見い出すことができる。
VYEADDVILHT(配列番号85)VYETEH)IILHL(配列番号 129)VYEADHHIMHL (配列番号130)VYETDHHILHL  (配列番号131)vyEADNLILHA (配列番号86)VWQLRA IVLHV (fitF列番号232)VYEADYHILHL(配列番号23 3)VYETDNHILHL(配列番号234)vyETENHIL)IL(配 列番号235)VFETVHHILHL(配列番号236)VFETEH旧LI IL(配列番号237)VFETDHHIMHL(配列番号238)VYETE NHILHL (配列番号239)VYEADALILHA (配列番号240 )領域■3はアミノ酸230〜242を包含する。図5カ)ら以下の非反復■3 領領域列を推定することができる。
VQDGNTSTCWTPV (配列番号87)VQDGNTS八CWTPVへ (配列番号241)VRVGNQSrtCWVAL (配列番号132)VRT GNTSRCWVPL (配列番号133)VRAGNVSRCWTPV (配 列番号134)EEKGNISIllCWrPV (配列番号242)VKTG NQSRCWV、AL (配列番号243)VRTGNQSRCWVAL (配 列番号244)〜“KTGNQSRいII′lAl4(配列番号245)〜’K TGNVSRCWIPL (配列番号247)〜’KTGNVSRCIYISL  (配列番号248)VRKDiiVSRCWVQI [配列番号249)7F i!或■4は、アミノ酸248〜257を包含してしする。図Sカ)ら以下の非 反復V 4 g+域配列を推定すること力≦できる。
VRYVGATTAS (配列番号89)APYIGAPLES (配列番号1 35)APYVGAPLES (配列番号136)AVSMDAPLES (配 列番号137)APSLGAVTAP (配列番号90)APSFGAVTAP  (配列番号250)VSQPGALTKG (配列番号251)VKYVGA TTAS (配列番号252)APYIGAPVES (配列番号253)AQ )ILNAPLES (配列番号254)SPYVGAPLEP (配列番号2 55)SPYAGAPLEP (配列番号256)APYLGAPLEP (配 列番号257)APYLGAPLES (配列番号258)APYVGAPLE S (配列番号259)VPYLG八PLTへ (配列番号260)APRLR APLSS (配列番号261)APYLGAPLTS (配列番号262)領 vi、V5はアミノ酸294〜303を包含している。図5から以下の非反復V 5領域ペプチドを推定することができる。
RPRRHQTVQT (配列番号91)QPRRHWTTQD (配列番号1 38)RPRRHWTTQD (配列番号139)RP RQ H、、’t T ’i鴇N(配列番号92)RPROHATVQD (配列番号263 )SPQ HHKFVQO(配列番号264)1’1PRRLWTTQE (配列番号26 5)PPRIHETTQD (配列番号266)アミノ配位!471〜484に またがる図12に示されている通りの5a型のE2領域(HVR−2)内の可変 領域も、同様に。
丁l5YANGSGPSDDK (配列番号267)という配列をもつ本発明に 従った好ましいペプチドである。
上述のペプチドリストはワクチン及び診断法の開発のため特に適している。
同様に本発明に含まれているのは、それらのペプチド鎖の中に上述のペプチドか ら誘導された少なくとも5つの隣接アミノ酸を含むあらゆる合成ペプチド又はポ リペプチドである。
特定の実施態様に従うと、本発明は、前記隣接配列が以下のHCVアミノ酸3型 配列のいずれかから選択されている、上述の組成物に関する。
−図5に示されている通り、コア/ E l fiIi域の位置140〜319 にまたがる領域の中の、配列番号14.16.18.20.22.24.26又 は28 (HDIO1BR36、BR33配列)に表わされている通りのアミノ 酸配列のいずれかに対して72%以上、好ましくは74%以上、より好ましくは 77%1フ、上、最も好ましくは80又は84%以上の相同性を有する配列。
−図5に示されている通り、位置192〜319にまたがるEl領域の中の、配 列番号14.16.18.20.22.24.26又は28 (HDIO,BR 36、BR33配列)に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して 70%以上、好ましくは72%以上、より好ましくは75%以上、最も好ましく は81%以上の相同性を有する配列; −図5に示されている通り、コア領域の位置1〜110にまたがる領域の中の、 配列番号148(3c型);BE98に表わされている通りのアミノ酸配列に対 して86%以上、好ましくは88%以上、最も好ましくは90%以上の相同性を 有する配列;−図7及び11に示されて、いる通り、NS3/NS4領域の位置 1646〜1764にまたがる領域の中の、配列番号30.32.34.36. 38又は40 (HCC153、HDlo、BR36配列)に表わされている通 りのアミノ酸配列のいずれかに対して76%以上、好ましくは78%以上、最も 好ましくは80%以上の相同性を有する配列。
−図5に示されている通り、コア/El領域の位置140〜319にまたがる領 域の中の、配列番号14.16.18.20.22.24.26又は28(HD IO1BR36、BR33配列)に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれ かに対して81%以上、好ましくは83%以上、最も好ましくは86%以上の相 同性を有する配列ニ ー 図5に示されている通り、位置192〜319にまたがるEl領域の中の、 配列番号14.16.18.20.22.24.26又は28 ()fDlo、 BR36、BR33配列)に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対 して81.5%以上、好ましくは83%以上、最も好ましくは86%以上の相同 性を有する配列。
−図2に示されている通り、N35B領域め位置2645〜2757にまたがる 領域の中の、配列番号150(3c型BE98)に表わされている通りのアミノ 酸配列に対して86%以上、好ましくは88%以上、最も好ましくは90%以上 の相同性を有する配列。
さらにもう1つの実施態様に従うと、本発明は、前記隣接配列が、以下のHCV アミノ酸4型配列のいずれがから選択されている、上述の組成物に関する。
−図5に示されている通り、コア/El領域の位置127〜319にまたがる領 域の中の、配列番号118.120及び122 (GB358、GB549、G B809配列)に表わされている通りのアミノ酸配列のいず才1かに対して80 %以上、好ましくは82%以上、最も好ましくは84%以上の相同性を有する配 列。
−図5に示されている通り、コア/El領域の位置140〜319にまたがる領 域の中の、配列番号118.120及び122 (GB358、GB549、G B809配列)に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して、位置 192〜319にまたがるE1領域の中の73%り上、好ましくは75%以上、 最も好ましくは78%以上の相同性を有する配列。
−刃5に示されている通り、Elの位1192〜319にまたがる領域の中の、 配列番号118.120又は122(GB358、GE549、GB809配列 )ニ表わサレテいル通すノアミノ酸配列のいずれかに対して85%以上、好まし くは86%以上、最も好ましくは87%以上の相同性を有する配列;−図2に示 されている通り、N55B領域の位置2645〜2757にまたがる領域の中の 、配列番号106.108.110.112.114又は116(GB48、G E1’16、GB215、GB358、GB549、GB809配列)に表わさ れている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して73%以上、好ましくは74% 以上、最も好ましくは75%以上の相同性を有する配列ニ ー 図5に示されている通り、コア/El領域の中の配列番号164又1f16 6(GB809及びCAM600配列)に表わされている通りの配列のいずれか を有する配列;−図5に示されている通り、E1領域の中の配列番号168.1 70.172.174.176.178.180,182.184.186.1 88又は190 (CAM600、GB809、CAMG22、CAMG 27 、GB549、GB438、CAR4/1205、CAR4/901、GB11 6、GB215、GB958、GB809−4配列)に表わされている通りの配 列のいずれかを有する配列。
−\1s5B領域の中の配列番号192.194.196.198.200.2 02.204.206.208.21. O1212(GB358、GB724 、BEloo、PC,CAM600、CAMG22など)に表わされている通り の配列のいずれかを有する配列。
上述の4型ペプチドポリペプチドには、Simmonds et al、。
(1993,EG−29,図5参照)に開示されているコア配列を除いていずれ かのHCV4型ポリタンパク質から選択された少な(とも1つのアミノ酸が含ま れる。
さらにもう1つの態様に従うと、本発明は、前記隣接配列が以下のHCVアミノ 酸5型配列のいずれかから選択される上述の通りの組成物に関する。
−図5に示されている通り、配列番号42.44.46.48.5o、52又は 54 (PC配列)及び配列番号152(BE95)に表わされている通りのア ミノ酸配列のいずれかに対し、コア位置1〜191にまたがる領域の中の93% 以上、好ましくは94%以上、最も好ましくは95%以上の相同性を有する配列 ; −図5に示されている通り、配列番号42.44.46.48.50.52又は 54 (PC配列)に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対し、E 1位置192〜319にまたがる傾城の中の73%以上、好ましくは74%以上 、最も好ましくは76%以上の相同性を有する配列ニ ー 図5に示されている通り、コア/El領域の位置1〜319にまたがる領域 の中の、配列番号、42.44.46.48.50.52.54.154.15 6(BE95、BEloo)(PC配列)に表わされている通りのアミノ酸配列 のいずれかに対して78%以上、好ましくは80%以上、最も好ましくは83% 以上の相同性を有する配列; −図7又は11に示されている通り、NS3領域の位置1286〜1403にま たがる領域の中の、配列番号56〜58(PC配列)に表わされているアミノ酸 配列のいずれかに対して90%以上、好ましくは91%以上、最も好ましくは9 2%以上の相同性を有する配列; −図7又は11に示されている通り、NS3/4領域の位置1646〜1764 にまたがる領域の中の、配列番号60又は62 (PC配列)に表わされている 通りのアミノ酸配列のいずれかに対して66%以上、より特定的には68%以上 、最も特定的には70%以上の相同性をもつ配列。
さらにもう1つの実施態様に従うと、本発明は、前記隣接配列が以下のHCVア ミノ酸2d型配列のいずれかから選択されている、上述の組成物に関する。
−図5に示されている通り、コア/El領域の位置1〜319にまたがる領域の 中の、配列番号144 (NE92)に表わされている通りのアミノ酸配列に対 して83%以上、好ましくは85%以上、最も好ましくは87%以上の相同性を 有する配列;−図12に示されている通り、配列番号144 (NE92)に表 わされている通りのアミノ酸配列に対して、E1位置192〜319にまたがる 領域の中の79%以上、好ましくは8】%以上、最も好ましくは84%以上の相 同性を有する配列。
−図2に示されている通り、N55B領域の位置2645〜2757にまたがる 領域の中の、配列番号146 (NE92)に表わされている通りのアミノ酸配 列に対して95%以上、より特定的には96%以上、最も特定的には97%以上 の相同性を有する配列。
本発明は又、組換えベクター、特にクローニング及び/又は発現のための組換え ベクターに関し、該組換えベクターは、ベクター配列、適切な原核、真核又はウ ィルスブロモ−クー配列とそれに続いて上述のヌクレオチド配列を含み、かつ該 組換えベクターは裸のDNAとして注入された時、原核又は真核宿主又は生きた 咄乳動物の中で、上述の通りのHCV2型及び/又はHCV3型及び/又は4型 及び/又はS型の誘導ポリペプチドのいずれか1つの発現を可能にし、そしてよ り特定的には、該組換えベクターは以下のアミノ酸位置にまたがる以下のHCV 2d型、3型、4型又は5型ポリペプチドのいずれかの発現を可能にするニー  位置lで始まり、位置70と326の間の領域内のいずれかの位置で終わるポリ ペプチド、より特定的には、コアタンパク質の発現のためには、位置1〜70、 位置1〜85、位置1〜120、位置1〜150、位置1〜191、位置1〜2 00にまたがるポリペプチド、そしてコア及びE1タンパク質の発現のために位 置1〜263、位置1〜326にまたがるポリペプチド。
−位置117と192の間の領域内のいずれかの位置で始まり、E〕の発現のた めには、位置263と326の間の領域内のいずれかの位置で終わるポリペプチ ド、又は推定上の膜アンカーが欠失した形態(位置264〜293±8アミノ酸 );−NS4領域の発現のために、位置1556と1688の間の領域内のいず れかの位置で始まり、位置1739〜1764の間の領域内のいずれかの位置で 終わるポリペプチド、より特定的にはNS4 a抗原の発現のために、位置16 58で始まり、位置1711で終わるポリペプチド、より特定的にはN54bタ ンパク質又はその一部の発現のために位置1712で始まり、位置1743と1 972の間、例えば1712−1743.1712−1764.1712−17 82.1712−1972.1712−1782及び1902−1972の間で 終わるポリペプチド。
「ベクター」という語は、プラスミド、コスミド、ファージ又はウィルスを含ん でもよい。
E、 coliのような細菌、又はS、 cerevisiaeのような真核細 胞、又は培養したを椎動物又は無を椎動物の宿主、例えば昆虫細胞、チャイニー ズハムスターの卵巣(CHO)、CO3,BHK、及びM D CK細胞の中で 本発明のポリペプチドを発現させるため、以下の工程が行なわれる、 −組換えベクターでの適切な細胞宿主の形質転換が、本発明のポリペプチドの1 つをコードするヌクレオチド配列に適切な制御要素、特に細胞宿主のポリメラー ゼにより認識されるプロモーターが、原核宿主の場合には、ヌクレオチド配列の 該細胞宿主内での発現を可能にする適切なリポソーム結合部位(RBS)の制御 下で挿入される。真核宿主の場合には、どんなシグナル配列又はブリ/プロ配列 でも提供することができ、或いは天然のHCVシグナル配列でも利用することが でき、例えばElの発現のためには、アミノ酸位置1]7及び170の間で始ま り、アミノ酸位置191で終わるシグナル配列が使用でき、NS4の発現のため には、アミノ酸位置1646と1659の間で始まるシグナル配列を使用するこ とができる。
−前記挿入物の発現を可能にする条件下での前記形質転換された細胞宿主の培養 。
本発明は又、前記ポリペプチドが、上述の通りの発現ベクターを用いて発現され た組換えポリペプチドである、上述の組成物にも関する。
本発明は又、免疫応答を生じさせるため、場合によって薬学的に受容可能なアジ ュバン)・を伴って、充分なmの組成物を投与することを含む、哨乳動物好まし くはヒトをHCVに対して免疫化するための方法において使用するための、上述 の通りの組成物、より特定的には、コア、El又はN S 4 (ii域から誘 導されたHCVB型ポリペプチド及び/又はHCV 4型及び/又はHCV5型 ポリペプチド及び/又はHCV 2 d型ポリペプチドを含むワクチン組成物に も関する。
本発明は又、上述の通りの方法を用いて上述の通りの組成物での免疫したとき産 生ずる抗体について、上述の通りのポリペプチドのいずれかと反応する抗体につ いて、及び好ましくはモノクローナル抗体である前記抗体にも関する。
本発明のモノクローナル抗体は、動物の牌細胞、特に本発明に従ったHCVポリ ペプチド又はその突然変異体、又は上述のとおりのそのフラグメント、又一方で は骨髄腫セルラインの細胞のフラグメントに対して免疫化された、マウス又はラ ットからの牌細胞から古典的方法に従って形成され、しかも動物の免疫化のため に当初用いられたポリペプチドを認識するモノクローナル抗体を産生ずるハイブ リドーマの能力によって選択される可能性の高いあらゆるハイブリドーマによっ て産生されつる。
本発明に包まれる抗体は、酵素、螢光又は放射線タイプの適切な標識により標識 づけされつる。
本発明のこの好ましい実施態様に従ったモノクローナル抗体は、H及びL鎖に対 しコードするマウス及び/又はヒトゲノムDNA配列の一部分から、又はH及び IJIに対しコードするcDNAクローンから出発して、組換えDNA技術を用 いて作られるマウスモノクローナル抗体の人体バージョンであってもよい。
代替的には、本発明のこの好ましい実施態様に従ったモノクローナル抗体は、ヒ トモノクローナル抗体であってよい。本発明の実施態様に従ったこれらの抗体は 又、3型、4型又は5型HCVで感染を受けているか又はHCVに対しワクチン 接種を受けた患者のヒト末梢血リンパ球から誘導することも可能である。このよ うなヒトモノクローナル抗体は、例えば重症複合型免疫不全(SCID)マウス のヒト末梢血リンパ球(PBL)再増殖によって調製可能である(最近のレビュ ーについては、Duchosal et al、、 1992を参照のこと)。
本発明は又、レベルトワークローニング方法(Persson et al、。
!991)による組換え抗体の選択のための、本発明のタンパク質、その突然変 異体又はそれから誘導されたペプチドの使用にも関する。
成る種の遺伝子型から誘導されたペプチドに向けられた抗体を、かかるHCV遺 伝子型の検出のため、或いは又冶療用薬剤として使用することができる。
本発明は又、それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在するHCV を検出するため、免疫検定に取込むための少な(とも以下の工程を含む上述の通 りの組成物の使用にも関する。
(1)前記ポリペプチドが、ビオチニル化されたポリペプチドであり、ストレプ トアビジン又はアビジン複合体を用いて固体基材に共有結合されている状態で、 免疫複合体の形成を可能にする適切な条件下で好ましくは固定化された形態で、 上述の通りの組成物のいずれかと、HCV抗体の存在について分析すべき生物学 的試料と接触させる工程。
(11)未結合成分を除去する工程。
(111)異種抗体が、適切な条件下で検出可能な憚識に接合された状!ルで、 分析すべき試料中に存在する抗体に特異的に結合するこの異fΦ抗体を用いで形 成された免疫複合体をインキュベートする工程。
(IV)目視で、又はプレシトメトリーを用いて、前記免疫複合体の存在を検出 し、観察されたハイブリダイゼーションパターンからだ在するHCV血清型を推 定する工程。
本発明は又、それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在する単数又 は複数のHCV血清型を検出するため、より特定的には1つの検定フォーマット に組合わされた検定すべき異なる型のEl及びNS4抗原又は抗体を検出するた め、血清学的分類検定に取り込むための、少なくとも次の工程を含む上述のとお りの組成物の使用にも関する。
い)免疫複合体の形成を可能にする適切な条件下で、固定された形態である上述 の組成物の少なくとも1つを、単数又は複数の血清型のHCV抗体又は抗原の存 在について分析すべき生物学的試料と接触させる工程。
(11)未結合成分を除去する工程; (111)異種抗体が、適切な条件下で検出可能な標識に接合された状態で、分 析すべき試料中に存在する抗体に特異的に結合するこの異種抗体を用いて形成さ れた免疫複合体をインキュベートする工程。
(1v)目視で、又はデンシトメトリーを用いて、前記免疫複合体の存在を検出 し、観察された結合パターンから単数又は複数の1(CV血清型の存在を推定す る工程。
本発明は又、上述の方法に従ってHCVの遺伝子型又は存在を決定するため、固 体基村上への固定化及び逆相ハイブリダイゼーション検定への取込み、好ましく は膜片のような固体支持体上への二11線としての固定化のための、上述の通り の組成物の使用にも関する。
従って、不発明は又、それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在す る、上述の通りのHCV遺伝遺伝金型在を検出するための次のものを含むキット に関する。
−場合によって、上述のプライマー又はその他のあらゆるHCV3型及び/又は HCV4型及び/又はHCV5型又は万能HCVプライマーの中から選ばれたい ずれかのプライマーを含む少なくとも1つのプライマー組成物、 −好ましくは固体基村上に、より好ましくは1つの同じ膜片上に固定化されてい る状態の、上述の通りの少なくとも1つのプローブ組成物、 − これらのプローブと場合によって増幅された産物との間のハイブリダイゼー ション反応が行なえるようにする緩衝液又はそれを作るのに必要な成分、 −上記ハイブリダイゼーションの結果得られたハイブリッドを検出するための手 段、 −場合によっては同様に、観察されたハイブリダイゼーションパターンから試料 中に存在するHCV遺伝遺伝金型定するための、自動化された走査及び解釈用装 置。
遺伝子型は又、形成された免疫複合体を検出するべ(、PCRにより後で増幅さ せることのできる、あらゆるポリヌクレオチド配列に連鎖されている上述の通り の型特異的抗体を用いて検出することも可能である(Immuno−PC:R, 5ano et al、、1992) ;本発明は又、それを含んでいる可能性 の高い生物学的試料の中に存在する上述の通りのHCV抗体の存在を検出するた め、次のものを含もキットに関する。
−好ましくは固定基材上に、より好ましくは1つの同じ膜片上に固定されている 状態の、好ましくはHCVI型、HCV2型又はその他HCV型からのその他の ポリペプチド又はペプチドと組合セタ形テの、上述の少なくとも1つのポリペプ チド組成物;−これらのポリペプチドと生物学的試料中に存在するHCVに対す る抗体との間の結合反応を可能にする緩衝液又はそれを作るのに必要な成分、 −上記結合反応によって形成された免疫複合体を検出するための手段、 −場合によっては同様に、観察された結合パターンから試料中に存在するHCV 遺伝遺伝金型定するための、自動化された走査及び解釈用装置。
A何公説朋 2± 配列番号1.5.9をもつクローンから推定された3a型分離株BR34、BR 36及びBR33,4型分離株GB48、GB116、GB215、GB358 、GB549、GB809、CAM600.CAMG22、GB438、CAR 4/1205、CAR11501(配列番号106、+08.110.112. 114.116.201.203.205.207.209及び211);ヌク レオチド7932〜8271の間の領域からの5a型分離株BE95及びBE9 6 (配列番号159及び161)及び2a型分離株NE92 (配列番号14 5)の各々についての共通配列と、分離株HCV−1、HCV−J、HC−J6 、HC−J8、T1及びT9の対応する領域からの既知の配列及び表3に示され ているその他の配列との並べての比較。
凱l 亜型3aクローンBR34(配列番号2.4)、BR36(配列番号6.8)及 びBR33(配列番号10.12)、亜型3CクローンBE98 (配列番号1 50)、及び4型クローンGB48(配列番号107)、GB116 (配列番 号109)、GB215(配列番号111)、GB358 (配列番号113) 、GB549(配列番号115) 、 GB8’09 (配列番号117);C AM600、CAMG22、GB438、CAR4/1205、CARi150 1(配列番号202.204.206.208.210.212);5a型クロ ーンBE95及びBE96 (配列番号160及び162);ならびにアミノ酸 2645〜2757の間の領域からの亜型2d分離株NE92 (配列番号14 6)からの図1に表わされている通りの核酸配列から推定されたアミノ酸配列と 、分離株HCV−I、HCV−J、HC−J6及びHC−J8、T1及びT9の 対応する領域からの既知の配列及び表3に示されている通りのその他の配列との 並べての比較。
2旦 ヌクレオチド位置1と500の間のコア領域内の分離株NE92.13E98、 GB358、GB809、CAM600.GB724、BE95 (配列番号1 43.147.191.163.165.193及び151)からの2d型、3 C型、4型及び5a型のヌクレオチド配列と、1型、2型、3型及び4型配列の 対応する領域からの既知の配列との並べての比較。
区A 亜型2d分離株NE92 (配列番号143)、4型分離株GB358(配列番 号118及び187)、GB549 (配列番号120及び175)及びGB8 09−2 (配列番号122及び169)、GB809−4、BG116、GB 215、CAM600、CAMG22、CAMG27、GB438、CAR4/ 1205、CAR4/901 (配列番号189.183.185、]67.1 71.173.177.179.181)のためのヌクレオチド配列、ヌクレオ チド379と957の間の領域からの亜型3a分離株HDIO,BR36及びB R33、(配列番号13.15.17 (HDIO))、19.21 (BR3 6)及び23.25又は27 (BR23)及び亜型5aの分離株BE95及び BEloo(配列番号143及び195)の各々のための配列と、l型及び2型 及び3型の対応する領域からの既知の配列との並べての比較。
2旦 位置1と319の間の領域からの分離株BR33、BR36、HDlo、GB3 58、GB549及びGB809、pc又はBE95、CAM600及びGB7 24 (配列番号14.20.24.119又は192.121.123又は1 64、S4又は152.16G及び194)のコア/El領域の新しいHCVヌ クレオチド配列から稚子されたアミノ酸配列と、1a型(HCV−1)、lb型 ()ICV−J)、2a型(l(C−JG)、2b型(HC−J8)、NZLI 、HCV −T R13a型(E−bl)の位置7−89.4a型(EG−29 )の位置8−88との並べての比較。
■−コア、コアタンパク質的の型特異的特徴を伴う可変領域;■1、E1タンパ ク質の可変領域1;■2、E1タンパク質の可変領域2.■3、Elタンパク質 の可変領域3:■4、Elタンパク質の可変領域4:■5、E1タンパク質の可 変領域5゜[1 ヌクレオチド4664〜5292の間のNS3/4領域からの配列番号29.3 1.33.35.37及び39をもつクローンから推定された分離株HCCL5 3、HDIO及びBR36のヌクレオチド配列と、分離株HCV −1、HCV −J、HC−J6及びHC−J8、EBI、EB2、EB6及びEB7の対応す る領域からの既知の配列との並べての比較。
分離株BR36(配列番号36.38及び40)及びBE95(配列番号270 )のNS3/NS4領域の新しいHCVヌクレオチド配列から推定されたアミノ 酸配列の並べての比較。N54−1は、N 34 領域の合成ペプチド1として 合成された領域を表わし、N54−5はNS4領域の合成ペプチド5として合成 された領域を表わし、N54−7は、N34領域の合成ペプチド7として合成さ れた領域を表わす。
7旦 I n n o −L I A t(CV A b II検定(Innogen etics) (左)上、及びN54−L I A試験上での3つのLiPA選 択された(Stuyver et al、、 1993) 3型血渭の反応性。
N54−LIA試験の場合、N54−1、N54−5及びN54−7ベブチドは 、表4に示されている通り、1型(HCV−1)、2型(HC−J6)及び3型 (BR36)プロトタイプ分離株配列に基づいて合成され、指示されている通り 、膜片上に平行線として適用された、1.血清BR33,2,血清HDIO13 血清DKH。
7旦 亜型5a分離株BE95の血清BE95 (PC−2−1(配列番号41)、P C−2−6(配列番号43)、PC−4−1(配列番号45)、PC−4−6( 配列番号47)、PCB−4(配列番号49)及びPC−3−8(配列番号51 ))から得られた、PCRフラグメントPC−2、PC−3及びPC−4から得 られたコア/E1クローンのヌクレオチド配列。
配列番号53をもつPCC/Elとして示された、分離株BE95のコア及びE 1領域についての共通配列が示されている。Y、C又はT、R,A又はG、S、 C又はG0区±旦 ヌクレオチド3856〜5292の間のNS3/4領域からの配列番号197及 び199(PC配列、配列番号55.57.59も同様に参照のこと)及び配列 番号35.37及び39 (BR36配列)をもつクローンのヌクレオチド配列 と、分離株HCV−1、HCV−J、H(、−J6及びHC−J8の対応する領 域からの既知の配列との並べての比較。
アミノ酸1286〜1764の間のNS3/4領域からの配列番号56及び58 をもつ亜型5aBE95分離株PCクローンのアミノ酸配列と、分離株HCV− 1、HCV−J、HC−J6及びHC−J8の対応する領域からの既知の配列と の並べての比較。
区土ユ 位置328〜546にまたがるEl/E2l/的の亜型5a分離株BE95 ( 配列番号158)のアミノ酸配列と、分離株HCV−1、HCV−J、HC−J 6、HC−J8、NZLI及びHCV−TRの相応する領域からの既知の配列( 表3参照)との並べての比較。
区上旦 El/E2l/的の亜型5a分離株BE95 (配列番号157)のヌクレオチ ド配列と1表3に示されている通りの既知のHCV配列との並べての比較。
夾忠固 仔11 HCV3型のN55b領域 一定数のブラジル人の献血者からのlNN0−LlPA HCV研究キット(S tuyer et al、1993)を用いて選択された3型fin IRは、 HCV抗(本ELSIA (InnotestHCVAbll ;Jnnoge netics) ”zひ/又はI N N OL I A HCV A b I I確認試験(Tnnogenetics)において腸性であった。第一回目のP CR反応後に陽性であった’S請(Stuyvcr et al、、 1993 )のみを、さらなる研究のために1呆1寺した。
逆転写及びネステノドPCR、RNAを504の血清から抽出し、記述された通 りに(Stuyver et al、、 1993) c D N A合成に付 した。このcDNAをPCRのための鋳型として用い、この合計体積は、各プラ イマーを10 pmolesずつと34の10XPfu緩衝液2 (Strat agene’)及び2.5UのPfuDNAポリメラーゼ(S tra tag ene )を含め50uとなるまで増大させた。1分間94°C11分間50” C及び2分間72°Cから成る45サイクルにわたりcDNAを増幅させた。増 幅させた産物を電気泳動により分離し、記述されている通りに隔離、クローニン グ及び配列を決定した(Stuyver et al、、 1993)。
以下の通り、公表された配列(Mori et al、、 1992)からNS 5領域内の3a型及び3b型に特異的なプライマーを選択した:3a型について 。
t(CPr l 61 (+ ) : 5−ACCGG八GGCへAGGAGA GTGATCTCCTCC−3’ (配列番号63)及び HCPr162 (1: 5 ’ −GGGCTGCTCTATCCTCATC GACGCCATC−3’ (配列番号3b型について。
HCPr l 63 (+ ) : 5 ’ −GCCAGAGGCTCGGA AGGCGATCAGCGCT−3°(配列番号65)及び HCPrl 64 (−) : 5 ’ −GAGCTGCTCTGTCCTC CTCGACGCCGCA−3’ (配列番号う1′ンブローブ倹定(L i  PA) (Stuyver et al、、 1993)を用いて、7つの高力 価3型血清を選択し、そのf&3a型についてはプライマーセットHCPr16 1/162、そして3b型についてはHCPr163/164を用いて分析した 。これらの血清のどれも3b型プライマーに対してポジティブでなかった。血清 BR36(BR36−23)、血ff1BR33(BR33−2)及び血清BR 34(BR34−4)の3a型プライマーを用いて得たN55PCRフラグメン トを、クローニングのために選択した。以下の配列を、PCRフラグメントがら 得た。
フラグメントBR34−4から: BR34−4−20(配列番号1)、BR34−4−19(配列番号3)、 フラグメントBR36−23から: BR36−23−18 (配列番号5)、BR36−23−20(配列番号7) 、 フラグメントBR33−2から: BR33−2−17(配列番号9)、BR33−2−21(配列番号′11)。
既知の配列との配列番号1.5及び9をもつ配列の並べての比較が、図1に示さ れている。推定されたアミノ酸配列の並べての比較は、図2に示されている。3 つの分離株は互いに(約95%の相互相同性)モして3a型の公表された配列( Mori et al、、 19921に対して非常に近い関係をもっているが 、1型及び2型の配列に対しては退位に関連しているにすぎない(表5)。従っ て、LiPA選択された3型血清からのNS5配列が実際3型ゲノムがら誘導さ れていることが明確に実証されている。その上、5tuyver et al、 。
(1993)に記述されている通りにいかなる5’lJR配列も決定されなかっ た血ff1B R34のNS5領域を分析することにより、LiPAを用いた型 分類とヌクレオチド配列決定から推定される通りの遺伝子型分類の間には、さら に優れた相関関係が立証された。
12・HCVB刑のコア EISg HCV −1(Choo et at、、 1991)、HCV−J (にat o et al、。
1990)、 HC−J 6 (Okamoto et al、、 1991) 及びHC−J8(Okamoto et al、、 1992)の配列を並べて 比較した後、わずかな配列変異のこれらの領域の中のPCRプライマーを選択し た。プライマー)1cPr23(41:5−(:TCATGGGGTA(:AT TCCGCT−3’ (配列番号67)及びHCPr54 (−) : 5°− TATTACCAGTTCATCATCATATC:C(:A−3’ (配列番 号68)を、392DNA/RNA合成装置(Applied Bio−sys temsl上で合成した。このプライマーセットは、アミノ酸140〜319( にat。
et al、、 1990) ;コアのカルボキシ末端からの52個のアミノ酸 及びElの128個のアミノ酸(Kato et al、、 1990)をコー ドするヌクレオチド397〜957かもの配列を増幅するために選択された。増 幅産物BR36−9、BRR33−1及びHD 10−2を記述どおり(Stu yver et al、、 1993)にクローニングした。PCRフラグメン トから以下のクローンを得た。
フラグメントHDIO−2から。
HDIO−2−5(配列番号13)、HDI 0−2−14 (配列番号15) 、HDlo−2−21(配列番号17)フラグメントBR36−9から。
BR36−9−13(配列番号19)、BR36−9−20(配列番号21) フラグメントBR33−1から; BR33−1−10(配列番号23)、BR33−1−19(配列番号25)、 BR33−1−20(配列番号27)。
既知のE1配列との配列番号13.19及び23をもつ3型E1ヌクレオチド配 列(HDIO2BR36、BR33)の並べての比較が区4に示されている。血 7WHD10及びBR36からのE1クローン中には4つの変異が検出され、− 万BR33では2つしが発見されなかった。位置40(L−P)及び125(M −I)での突然変異を除いて、全てサイレントの3番目の文字の変異である。
1型及び2型のプロトタイプ配列をもっ3型E1領域(コア無し)の相同・注は 、表5に描かれている。
合計で、異なる3つの分離株のコア/El領域を網羅する8つのクローンを配列 決定し、図5に示されている通り、既知の遺伝子型(表3)とE1部分を比較し た。推定されたアミノ酸配列のコンピュータ解析の後、1b型との類比を通して (Hijikata et al、。
1991) L E W RN配列(位置192、図5)より前での分割を促進 する可能性のあるシグナル−アンカー配列がコアのカルボキシ末端で検出された 。HDIO−2クローンの1つにおけるL−P突然変異はこのシグナル−アンカ ー領域内にあり、シグナルペプチダーゼによる認識を損なう可能性がある(コン ピュータ予測)。かかる置喚の例は前述の配列中のこの位置には全く発見されな かったため、この突然変異は逆転写酵素又はPfuポリメラーゼの誤取り込みの 一占果こしでもたらされたものである可能性がある。同様にHCV1a型及び2 型にも存在する4つのアミノ末端冶在的N連珀グリコジル化部位は、3型におい ても保たれたままである。lb型の中のN−グリコジル化部位(aa250.  Kato et al、、 1990)は、この亜型の独特の特徴でありつづけ ている。位置279においてアスパラギン酸を含む推定上の膜内外領域(aa2 64〜293、コンピュータ予測)及び全てのE1システィンは、3つのHCV 型全ての中で保存されている。以下の超可変領域を明確に表わすことができる: aa192から203までのVl(番号づけはKato et al、 。
1990に従う)、V2 (213〜223)、V3 (230〜242)、V 4 (248〜257)及びV5 (294〜303)。
このような親水性領域は、宿主の防御メカニズムに露呈されていると考えられて いる。従ってこの可変性は、宿主の免疫応答によって誘発された。今日知られて いる全ての1b型分離株内の■4領域中及びHC−JBの■5領域(2b型)中 の付加的な推定上のN連鎖グリコジル化部位は、免疫応答のモジュレーションに さらに貢献する可能性がある。従って、3型及び4型置列についての本発明にお けるこの領域の分析は、将来のワクチン及び診断法の開発にとってきわめて重要 なものとなる、ElのV領域にあるエピトープの明確な描写において一助となる ものであった。
例3・HCVB利のNS3/NS4頒PN S 3 / N S 4境界領域に ついては、HCV −1(Choo et al、。
1991+、HCV −J (Kato et al、 、 1990)、HC −J 6 (Okamot。
et al、、、 1991)及びHC−J 8 (Okamoto et a l、 、 1992)の配列を並べて比較した後、はとんど配列可変性の無い領 域の中の以下のプライマーセットが選択された(クローニングを目的として付加 されたヌクレオチドについては小文字レタリングが使用されている)。
セットA。
ICPrl16(+): 5−ttttAAATACATCATGRCITGY ATG−3’(配列番号ICPr66(−)+ 5−ctattaTTGTAT cccRc丁GATGAARTTCCACAT−3’ (配列番)ICPrl1 6(+): 5’−ttttAAATACATCATGRCITGYATG−3 ’(配列番号ICPrl18(−): 5−actagtcgactaYTGI ATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3’(配列番号71) セットC2 ICPrl17(+)+ 5’−ttttAAATACATCGCIRCITG CATGCA−3’(配列番号1(CPr66(−): 5−ct、at、ta TTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT−3°(配列番HC Prl17(+)+ 5’−ttttAAATACATCGCIRCITGCA TGCA−3°(配列番号)ICPrl18(−): 5−actagtcga ctaYTGTATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列 番号71) セットE tlcPrl16(+): 5’−ttLtAAATACATCATGRCIT GYATG−3’(配列番号ICPrl19(−): actagtcgact aRTTIG(:IATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG−3゜(配 列番号73) セットF・ ICPrl17(+): 5−ttttAAATACATCGCIRCITGC ATGCA−3’(配列番号ICPrl19(−): actagtcgact aRTTIG(:IATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG−3゜(配 列番号73) セットG HCPr13+(+): 5’−ggaattctagaCCITCITGGG AYGARAYITGGAARTG−3’(配列番号74) t(CPr66M: 5’−ctattaTTGTATCCCRCTGATGA ARTTCCACAT−3°(配列番HCPr130(+): 5’−ggaa ttct、agACIGCITAYCARGCIACIGTI丁GYGC−3°  (配列番号75) ICPr66(−)+ 5’−ctattaTTGTATCCCRCTGATG AARTTCCACAT−3°(配列番11cPr134(+): 5°−CA TATAGATGCCCACTTCCTATC−3°(配列番号76))ICP r66(−): 5−ctattaTTGTATCCCRCTGATGAART TCCACAT−3°(配列番t4cPr131(+): 5’−ggaatt ctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG−3’(配 列番号74) HCPrl18M: 5−actagtcgactaYTGIATICCRCT IATRWARTTCCACAT−3゜(配列番号71) セットK。
ICPrl30(+)+ 5’−ggaattctagACIGCITAYCA RGCIACIGTITGYGC−3°(配列番号75) ICPrl18(−): 5°−actagtcgactaYTGIATICC RCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列番号71) セットL。
ICPrl34(+): 5−CATATAGATGCCCACTTCCTAT C−3’(配列番号76)ICPrl18(−): 5’−actagtcga ctaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3’(配列 番号71) セットM。
)1cPr3(+): 5’−GTGTGCCAGGACCATC−3’ (配 列番号77)及びtlcPr4(1: 5’−GACATGCATGTCATG ATGTA−3(配列番号78)セットN t(CPr3(+): 5’−GTGTGCC,AGGACCATC−3’ ( 配列番号77)及びtlcPrl18 (−): 5°−actagtcgac taYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列番 号71) セット○ tlcPr3(+): 5−GTGTGCCAGGACCATC−3°(配列番 号77)及び!1cPr66(−) : 5’−ctattaTTGTへTCC CI’1CTGATGAARTTCCACAT−3’ (配列番号70) 3型血2′i1から得られたランダムブライミングされたc D N A上では 、プライマーセットA、B、C,D、E、F、G、H1■、J、K、L、M及び NでいかなるPCR産物も得られなかった。プライマーセットOについては、フ ラグメントは3型血清から増幅できなかった。しかしながら、少数の弱可染色バ ンドを含むスミアが血清BR36から得られた。アガロースゲル上で300bp 前後の部域からtf’tMされクローニングされた複数のDNAフラグメントの 配列分析の後、わずか1つのクローンHCCl33 (配列番号29)のみがH CV情報を含むことが示された。プライマHCPr152を設計するのにこの配 列を使用した。
ひき続き、新しいプライマーセットPをいくつかの血清についてICPrl52 (+) : 5−TACGCCT(:TTCTATATCGGTTGGGGCC TG−3’ (配列番号79)及び ICPr66(i: 5’−CTATTATTGTATCCCRCTGATGA ARTTCCACAT−3’ (配列番号70) 血清BR36(BR36−20)及び血清HDIO(HDIO−1)から464 −bpのHCPr152/66フラグメントが得られた。以下のクローンをこれ らのPCR産物から得た:フラグメントHDIO−1から )(DIO−1−25(配列番号31)、HDIO−1−3(自己列番号33) 、 フラグメントBR36−20から。
BF’t36−20−164(配列番号35)、BR36−20−165(配列 番号37)、BR36−20−166(配列番号39)。
配列番号29.31.33.35.37又は39をもつクローンから得られたヌ クレオチド配列は、図6にその他の型のHCVのプロトタイプ分離株の配列と並 べて比較した状態で示されている。1つのサイレント第3文字変異に加えて、1 つの第2文字突然変異の結果として、BR36の推定されたアミノ酸配列(図7 )の位置175において1つのE−G置換がもたらされた。血清HDIOクロー ンは完全に同一であった。2つの3型分離株は、このNS4領域の中のほぼ94 %相同であった。その他の型との相同性は表5に示されている。
514・汗り 白・ペプチドに・ る−−NS4店 のNS4配列は1重要なエ ピトープクラスターについての情報を含んでいることから、又この領域に向かっ て抗体はほとんど交叉感受性を示さないと思われる(Chan et al、、  1991)ため、この領域に対する型特異的抗体応答を調査することは行なう 価値のあることであった。3つの遺伝子型HCV −1(Choo et al 、、 1991)、HC−J 6 (Okamoto et al、、 199 1)及びBR36(本発明)の各々について、アミノ酸1688及び1743の 間のエピトープ領域を網羅する3つの20− marペプチドを合成した(表6 に描かれている通り)。合成ペプチドを、膜片上に平行線として適用した。
lNN0−LIA HCVAbllキット(Innogenetics、 An twerplについて記述された手順に従って、抗−NS4抗体及び顕色の検出 を行なった。9050 Pep Sxnthisiger (Millip又は e)上でペプチド合成を行なった。15のLiPA選択された3型血清とのイン キュベーションの後、9つの試料は少なくとも2つの異なる型のNS4ペプチド に対して反応性を示したが、1型及び2型の2つのNS4型ペプチドに対しては 陰性(血清BR33及びHD30)又は不確定(血清DKH)であるのに対して 、3型ペプチドに対しては3つの血清(血清BR33、HD30及びDKH)に は明らかに陽性の反応が見られた;試験した3つの血清は抗NS4抗体に対して は陰性という試験結果であった(図8)。上述のとおり及び図8に示されている 通りの9つのペプチドでコーティングされた同じ膜片を用いて、38のl型面n (la型10個、lb型28個)、11の2型血清(2a型10個、2b型1個 )、12の38型血清及び2つの4型血清(LiPA手順により決定された通り )も同様にテストした。表8に示されている通り、血清は、NS4エピトープと 遺伝子型特異的な形で反応した。これらの結果は、魔人かの患者の血清の中に型 特異的抗NS4抗体を検出することができるということを立証している。このよ うな遺伝子型特異的合成ペプチドは、例えば上述のとおりの9つのペプチドの混 合物など、血清型分類検定を開発するために利用されつるか、又はHCV4型又 は6型遺伝子型から又はアミノ酸1688と1743の間の領域に対応する新し い遺伝子型からのNS4ペプチド、又はE1タンパク質又はその欠失突然変異体 と組合わされた6つの遺伝子型のうちの少なくとも1つのアミノ酸1688と1 743の間のNS4領域の合成ペプチド、又は少なくとも1つの遺伝子型の合成 E1ペプチドと組合わせることかできる。かかる組成物はさらには、例えばコア タンパク質のアミノ酸68と91の間の領域、又さらに好ましくはアミノ酸68 と78の間の領域を含む型特異的ペプチド又はタンパク質でさらに伸長すること ができる。さらに、このような型特異的抗原は、現在の診断用スクリーニング及 び確認検定及び/又はHCVワクチンを改善するために有利に使用することがで きる。
仔15・HCVS刑のコア びE1f+り唯一回のPCRによるフラグメントの クローニングを可能にする高力価のHCV RNAを検出することができるため 、前述の通り(Stuyver et al、、 1993)プロトタイブライ ンプローブ検定において陽性に反応した一群の血清から、試料BE95を選択し た。5型のいずれのコーディング領域からいかなる配列もまだ開示されたことが ないため、HCV −1(Choo et al、、 1991)、HCV−J (Kato et al、、 1990)、HC−16(Okamoto et  al、、 1991)、HC−J 8 (Okamoto et al、 、  1992)の配列及び本発明の新しい3型配列HDIO1BR33及びBR3 6(図5、例2参叩)を並べて比較した後、わずかな配列変異の領域の中のPC R増幅のための合成オリゴヌクレオチドを選択した。392DNA/RNA合成 装置(Applied Biosystems)上で、以下のプライマーセット を合成し11cPr52(+): 5’−atgTTGGGTAAGGTCAT CGATACCCT−3頁配列番号80)及び )tcPr341): 5−ctattaccAG丁丁CA丁C1へ丁CA丁A TCCCA−3° (配列番号セット2: HCPr41(+): 5−CCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTG CA−3°(配列番号81)及び HCPr40(−): 5°−ctattaAAGATAGAGAAAGAGC AACCGGG−3°(配列番号セット3 HCPr41(+): 5−C(:CGGGAGGTCTCGTAGACCGT GCA−3’ (配列番号81)及び HCPr54(−): 5−ccattaCCAGTTCATCATCATAT CCCA−3°(配列番号上述のとおり(Stuyver et al、、 1 993) 5型分離株PCの領域を増幅するため、3セツトのプライマーを用い た。E1領域を増幅するためにセット1を使用し、フラグメントPC−4が生成 された。セット2はコア領域を生成するべく設計され、そしてフラグメントPC −2を生成した。セット3はコア及びE1領域を増幅するために使用され、フラ グメントPC−3を生成した。これらのフラグメントを上述のとおりにクローニ ングした(Stuyver et al、、 1993) 、 P CRフラグ メントがら以下のクローンを得た フラグメントPC−2から。
PC−2−1(配列番号41)、PC−2−6(配列番号43)、 フラグメントPC−4から PC−4−1(配列番号45)、PC−4−6(配列番号47)、 フラグメントPC−3から。
PC−3−4(配列番号49)、PC−3−8(配列番号51)。
図9には、配列番号41.43.45.47.49及び51を伴う配列の並べて の比較が示されている。図5に描かれている通り3つのPCRフラグメントの各 々からクローニングされた2つのクローンの各々から、ヌクレオチド1と957 の間の領域と重複する共通アミノ酸配列(PCC/El;配列番号54)を推定 することができる(Kato et al、、 1990)。6つのクローンは 、互いに非常に近い関係をもっている。(約99.7%の相互相同性)。
図3には、コア/El領域からの既知のヌクレオチド配列との配列番号53又は 151 (分離株BE95からのPCC/El)を伴うヌクレオチド配列の並べ ての比較が示されている。クローンは、1型、2型、3型及び4型置列に対し遠 位に関連づけされているにすぎない(表5)。
例6:t(CVS刑のNS3 NS4領j9゛例5に記されている分離株BE9 5のNS3/NS4領域をクローニングするための2式みを行なった。HCV  −1(Choo et al。。
1991)、HCV −J (Kato et al、、 1991)、HC− J 6 (Okamot。
et、 al、、 1991)及びHC−J 8 (Okamoto et a l、、 1992)の配列、及び本発明の3型血清から得られた配列(配列番号 31.33.35.37及び39)を並べて比較した後、配列可変性がほとんど 無い領域の中の、以下のプライマーセットを選択した。クローニングを目的とし て付加されたヌクレオチドに対しては、小文字レタリングが用いられている。
セットA: HCPrl16(+): 5’−ttttAAATACATCATGRCITG YATG−3’(配列番号ICPr66(−): 5’−ctattaTTGT ATCCCRCTGATGAARTTCCA(:AT−3’ (配列番HCPr l16(+): 5°−ttttAAATACATCATGRCITGYATG −3’ (配列番号t+cPrl18(−) : 5°−actagtcgac taYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列番 号71) セットC9 HCPrl17(+l: 5−ttttAAATACATCGCIRCITGC ATGCA−3’(配列番号ICPr66(−): 5−ctattaT丁GT ATCC(:RCTGATGAARTTCCA(:AT−3’ (配列番)1c Prl17(+): 5’−ttttAAATACATCGCIRCITGCA TGCA−3’(配列番号HCPrllg(−): 5’−actagtcga ctaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列 番号71) セットE。
11cPrl16(+): 5°−ttttAAATACATCATGRCIT GYATG−3°(配列番号HCPrl19(−): actagtcgact aRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG−3’(配列 番号73) セットF。
HCPrl17(+): 5’−ttttAAATACATCGCIRCITG CATGCA−3°(配列番号HCPrl19(−): actagtcgac taRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG−3゜(配 列番号73) セットG: ICPr13f(+)+ 5’−ggaattctaga(:CITCITGG GAYGARAYITGGAARTG−3’(配列番号74) ICPr66(−): 5−ctattaTTGTATCCCRCTGATGA ARTTCCACAT−3’ (配列番tlcPr130 (+): 5°−g gaattctagACTGCITAYCARGCIACIGTITGYGC− 3° (6己列番号75) l+cPr66 (−) : 5°−ctattaTTGTATCCCRCTG ATGAARTTCCACAT−3’ (配列番HCPr13.l(+): 5 ’−C,へT、ATAGATGCCCACTTCCTATC−3°(配列番号7 6)ICPr66f−): 5°−ctattaTTG丁\TCCCRCTGA TGAARTTCCACAT−3°(配列番HCPr131f+): 5’−g gaattctagaCCTTCITGGGAYGARAYITGGAARTG −3’(配列番号74) HCPrllg(−): 5−actagtcgactaYTGI訂ICCRC TIATRWARTTCCACAT−3’(配列番号71) セットK。
1(CPr130(+): 5°−ggaattctagACIGCITAYC ARGCIACIGTITGYGC−3°(配列番号75) tlcPrl18(−)+ 5−actagtcgactaYTGIATICC RCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列番号71) セットL。
ICPr134(+l: 5°−CATATAGATGCCCACTTCCTA TC−3’ (配列番号76)HCPrllg(−): 5’−actagtc gactaYTGIATTCCRCTI訂RWARTTCCACAT−3゜(配 列番号71) セットM: ICPr3(+): 5’−GTGTGCCAGGACCATC−3°(配列番 号77)及びICPr4(−): 5’−GACATGCATGTCATGAT GTA−3°(配列番号78)セットN )ICPr3(+): 5’−GTGTGCCAGGACCATC−3°(配列 番号77)及びHCPrllg(−): 5°−actagtcgactaYT GIATICCRCTIATRWARTTCCACAT−3゜(配列番号71) セット0 ICPr3(+): 5’−GTGTGCCAGGACCATC−3°(配列番 号77)及びHCPr6G(−): 5−ctattaTTGTATCCCRC TGATGAARTTCCACAT−3’ (配列番号70) 3型血清から得られたランダムプライミングされたC D N A上では、プラ イマーセットA、B、C,D、E、F、G、H1工、J、K、L、M及びNを用 いていかなるPCR産物も得られなかった。
しかしながら、セット0は、予想された628の塩基対の代りに約1450塩基 対と見積もられたPCR人工フラグメントと思われるものを生成した。PCR人 工フラグメントが実験中にターゲティングされた遺伝子又はゲノムについての情 報を含んでいることは予想されないものの、フラグメントpc−iとC乎ばれた この人工フラグメントのクローニングに努力が払われた。フラグメントPC−1 から、以下のクローンが得られた: PC−1−37(配列番号59及び配列番号55)、PC−1−48(配列番号 61及び配列番号57)。
クローンの5′末端及び3′末端から得た配列は、配列番号55.57.59及 び61内に示されており、配列番号197及び199をもつ完全な配列は、図1 0でその他のHCV型のプロトタイプ分離株の配列と並べて比較した状態で示さ れており、推定されたアミノ酸配列の並べての比較は図11及び図7に示されて いる6驚くべきことに、PCR人工クローンはHCV情報を含んでいた。
HCVゲノム内の配列の位置は、クローニングされたPCR人工フラグメントの 見1責もられたサイズである1、437(固のヌクレオチドの隣接HCV配列と 適合性あるものである。プライマーHCP r66は、HCVゲノム内の予想さ れた位置で適正にブライミングした。従って、プライマーHCPr3は、HCV ゲノム内のその正当な位置より809ヌクレオチド上流の位置で偶発的に誤ブラ イミングしたにちがいない。S型のコーディング領域からはいかなる配列情報も 入手可能でないことから、これを予想することはできなかった。
17 ・ HCV5 汗りのE26 gHCVS型のE2領域の一部分を増幅す ることをねらいとした実験のため、血清BE95を選択した。
HCV−1(2)、HCV−J (1)、HC−J6 (3)及びHC−J8  (4)の配列を並べて比較した後、はとんど配列変異の無いこれらの領域の中の 、PCRプライマーを選んだ。
E2/NSI領域のアミノ末端領域を増幅するためプライマーHCPr109( +): 5°−TGGGATATGATGATGAACTGGTC−3’ I配 列番号141)及び)lcPr14(−)+ 5’−CCAGGTACAACC GAACCAATTGCC−3°(配列番号142)を組合わせ、392DNA /RNA合成装置(AppliedBiosystems)上で合成した。プラ イマーHCPr 109及びHCPr 14を用いて、E2アミノ末端をコード する領域からの492個の塩基とE1カルボキシ末端に対応する169個のヌク レオチドを含む、661bpのPCRフラグメントを生成させた。
図10では、既知の配列との配列番号158を伴う5型El/E2配列の並べて の比較が示されている。推定されたタンパク質配列を異なる遺伝子型(例12、 アミノ酸328〜546)と比較した。E1領域の中のは、追加の構造的に重要 なモチーフは全く見られなかった。E2のアミノ末端部分は、その他の遺伝子型 と比較したとき超可変であった。このE2領域内に6つのN−グリコジル化部信 金て及び7つのシスティン残基全てが保たれていた。並べての比較を保持するた めには、2型の場合のようにaa480と481の間ではなく、3a型の場合の ようにaa474と475の開に欠落を導入することが必要であった。
18 ・ HCV4 fFりのN55b 令 Pラインプローブ検定(LiPA 、 5tuyver et al、、 1993)を用いて選択された4型血清 GB48、GB116、GB215及びGB358、ならびにこのLiPAを用 いて型分類され得なかった血清GB549及びGB809 (万能プローブでハ イブリダイゼーションだけが観察された)を、ガボン人患者から選択した。5゛ 非翻訳領域についての第1回のPCR反応の後、これらの血清は全て陽性であり (Stuyver et al、、 1993) 、さらなる研究のためこれら を保持した。
血清からRNAを分離し、例1で記述されている通りにc DNAを合成した。
HCPr206(+)5’−TGGGGATCCCGTATGATACCCGC TGCTTTGA−3゛(配列番号124)及び tlcPr207(−): 5’−GGCGGAATTCCTGGTCATAG CCTCCGTGAA−3’ (配列番号125): といった公表された配列の並べての比較後、N55領域内の万能プライマーを選 択し、392DNA/RNA合成装置(AppliedBiosystesm) でこれを合成した。ラインプローブ検定(L i PA)を用いて、分類され得 なかった4つの高力価の4型血清及び2型血清を選択し、その後プライマーセッ トHCPr206/207で分析した。血清GB48 (GB48−3)、血清 GB1.16(GBl 16−3) 、血清GB215 (GB215−3)  、血清358(GB358−3)、血清GB549 (GB549−3)及び血 清GB809 (GB809−3)からのこれらのプライマーを用いて得られた NS5 PCRフラグメントをクローニングのために選択した。PCRフラグメ ントから以下の配列を得た:フラグメンf−GB48−3から:G’B48−3 −10 (配列番号106)、 フラグメントGB116−3がら: GB 116−3−5 (配列番号108 )、 フラグメントGB215−3から GB215−3−8 (配列番号110)、 フラグメントGB358−3から:GB358−3−3 (配列番号112)、 フラグメントGB549−3から+GB549−3−6 (配列番号114) フラグメントGB809−3から:GB809−3−1 (配列番号116) 図1に、既知の配列との、配列番号106.108.110.112.114及 び116をもつヌクレオチド配列の並べての比較が示されている。配列番号10 7.109.111.113.115及び117をもつ推定されたアミノ酸配列 と既知の配列の並べての比較が、図2に示されている。LiPAを用いて4型と して型分類された4つの分離株は互いに非常に密に関連しているが(約95%の 相互相同性)、1型、2型及び3型置列に対しては遠位にニーか関連していない (例えば、GB358はその他の遺伝子型と656〜67.7%の相同性を示す 、表4)。血清GB549及びGB809から得られた配列は同様に、遺伝子型 1.2、及び3と類似の相同性を示した(GB549については659〜68. 8%、GB809については65.0〜685%、表4)が、GB549又はG B809とGB48、GB116、GB215及びGB358から成る分離株の 群との間、又はGB549とGB809の間には、79.7〜868%の(往々 にして同じ型の亜型の間に見られる)中間的相同性が存在する。これらのデータ は、HCV遺伝子型4内の3つの新しい亜型の発見を表わしている。本発明にお いては、これら3つの亜型は、分離株GB48、GB116、GB215及びG B358に代表される亜型4C1分離株GB548に代表される亜型4g及び分 離株GB809に代表される亜型4eと呼称されている。NS5領域中の亜型の 間で観察された相同性は亜型4Cと4eの間のより近い関係を表わしていると思 われるが、El領域の中の観察された相同性は、亜型4g及び4eが最も近い関 係を示すことを表わしている(例8参p、召)。
イタ19 HCV4刑のコア/E16g3つの新しい4型亜型の各々から、コア /El領域の中のクローニング実験のため、1つの代表的血清を選択した。亜型 4C型から選択された分離株GB358と合わせて、GB549 (亜型4g) 及びGB809 (亜型4e)を分析した:合成オリゴヌクレオチド HCV−1(2)、HCV−J (1)、HC−J6 (3)及びHCJ8 ( 4)の配列を並べて比較した後、配列変異がほとんど無い領域の中のPCRプラ イマーを選択した。
プライマーHCPr52(+): 5’−atgTTGGGTAAGGTCAT CGATACCCT−3’。
HCPr23(+)+ 5−CTCATGGGGTACATTCCG(:T−3 °、及びHCPr54(−): 5°−CTATTACCAGTTCATCAT CATATCCC八−3゛、を、392DNA/RNA合成装置(Applie d Biosystems)で合成した。プライマーセットHCP r 23  / 54及びHCPr52154を使用したが、プライマーセットHCP r  52 / 54でのみPCRフラグメントを得ることができた。このプライマー セットは、アミノ酸127〜319すなわちコアのカルボキシ末端からの65個 のアミノ酸及びElの128(固のアミノ酸をコードするヌクレオチド379〜 957の配列を増幅した。増幅産物GB358−4、GB549−4及びGB8 09−4を例1で記述されているようにクローニングした。
以下のクローンをPCRフラグメントから得た;フラグメントGB358−4か ら:GB358−4−1 (配列番号118)、 フラグメントGB549−4から:GB549−4−3 (配列番号120)、 ’7ラグメントGB8o9−4から:GB809−4−3 (配列番号122) 。
既知の配列との、配列番号118.120及び122を伴う4型コア/Elヌク レオチド配列の並べての比較が図4に示されている。1型、2型、3型及び5型 プロトタイプ配列との4型E1領域(コア無し)の相同性は、表4に描かれてい る。非4型遺伝子型の代表的分離株では、53〜66%の相同性が見られた。異 なる亜型の間で4型内のEl領域の中の観察された相同性は、75.2〜78. 4%である。Simmonds et al、、 (1993)により描かれて いるエジプト人の4型分離株のコア領域の最近開示された配列(例えば図3中の EG−29)は、NSB領域内のガボン人の配列(本発明で描かれている通りの )との並べての比較を許容せず、コア配列から推定できるように異なる4型亜型 に属する可能性がある。配列番号119をもつ推定されたアミノ酸配列は、図5 のその他のプロトタイプ配列と並べて比較されている。ここでも型特異的変異は 、主として、本発明で呼称された可変V領域にあり、従って4型特異的アミノ酸 又は■領域は、HCV4型のための診断及び治療の手段となるだろう。
LLQ ♀しいHCV2汗す、3飛 び4升l 川のコア El び笠旦旦旦刊 鷹 試料NE92 (亜型2d)、BE98 (亜型3c)、CAM600及びGB 809 (亜型4e)、CAMG22及びCAMG27(亜型4f)、GB43 8 (亜型4h)、CAR4/1205亜型(4i)、CARI1501 (亜 型4j)、CAR1/901(49)及びGB724 (亜型49)を、前述の とおり(Stuyverej al、、 1993)陽極反応を起こしたものの プロトタイブラインプローブ検定で異某反応を示した一部の血清から選択した。
C/El領域の中のもう1つの5e型分離株B E 1. OOも分析し、さら に入・S5b領域の中のもう1つの5e型分離株BE96を分離した。
高力価のHCV FI N Aを検出することができ、唯一回のPCHによりフ ラグメントのクローニングが可能となった。これらの亜型のどのコーディング領 域からもいかなる配列も今だに開示されていないことから、HCV −1(Ch oo et al、、 1991)、HCV−J (Kat。
et al、、 1990)、HC−J 6 (Okamoto et al、  1991)、HC−J8(Okamoto et al、、 1992)の配 列及び本発明のその他の新しい配列を並べて比較した後、配列変異のほとんど無 い領域の中からPCR増幅のための合成オリゴヌクレオチドを選択した。
上述のプライマーセット1.2及び3(例5を参照)を用いたが、セット1の場 合にのみ、全ての分離株(BE98、GB724及びCARI1501を除く) からPCRフラグメントを得ることができた。このプライマーセットは、アミノ 酸127〜319すなわちコアのカルボキシ末端からの65のアミノ酸及びEl の128のアミノ酸をコードするヌクレオチド379〜957からの配列を増幅 した。セット3では、分離株NE92及びBE98からのコア/El領域を増幅 させることができ、セット2では、GB358、GB724、GB809及びC AM600のコア領域を増幅させることができた。例1に記述した通りに、増幅 産物をクローニングにした。以下のクローンがPCRフラグメントから得られた 。
分離株GB724からは、コア領域からの配列番号193をもつクローン、 分離株NE92からは、配列番号143をもつクローン、分離株BE98からは 、配列の一部が分析され、配列番号147が与えられているコア/ E 1 + 置載からのクローン、分離株CAIvT600からは、ズ3に示されている通り 、E1領域からの配列番号167又はコア/El領域からの配列番号165をも つクローン。
分離株CAMG22からは、図4に示されている通り、E1領域からの配列番号 171をもつクローン、分離株GB358からは、コア領域の中の配列番号19 1をもつクローン、 分離株CAMG27からは、コア/El領域からの配列番号173をもつクロー ン、 分離株GB438からは、コア/El領域からの配列番号177をもつクローン 、 分離株CAR4/1205からは、コア/El領域からの配列番号179をもつ クローン、 分離株CARI/901からは、コア/El領域からの配列番号181をもつク ローン。
分離株GB809からは、コア/El領域からの配列番号189をもつクローン GB809−4、コア/El領域からの配列番号169をもつクローンGB80 9−2、及びコア領域からの配列番号163をもつクローン、 そして、分離株l3E100がらは、図4に示されている通りコア/El領域か らの配列番号155をもつクローン。
図4では、既知のコア/El配列をもつこれらのコア/E1配列の並べての比較 が示されている。配列番号144.148.164.168.170.172. 174.178.180.182.190.192.194.156.166を もつ推定されたアミノ酸配列は、図5でその他のプロトタイプ配列と並べて比較 されている。ここでも又、型特異的変異は主として本発明で呼称されている可変 ■領域の中にあり、従って、2d型、3C型及び4型特異的アミノ酸又は■領域 は、HCV型(亜型)2d、3C又は異なる4型亜型のための診断及び治療の手 段となるだろう。
分離株NE92、BE98、CAM600.CAMG22、GB438、CAR 4/1205.CARI1501及びBE96(+)NS5b領域をプライマー HCPr206及びHCPr207 (表7)で増幅した。対応するクローンを クローニングし、例1にあるとおりに配列決定し、 (そのBE98が部分的に 配列決定された)対応する配列は以下の同定番号を受けた、NE92:配列番号 145 BE98 配列番号149 CAM600:配列番号201 CAMG22・配列番号203 G B 4.38 配列番号207 CAR4/1205 配列番号209 CARI1501 配列番号211 BE95:配列番号159 BE96:配列番号161 既知のN55b配列とのこれらのN55b配列の並べての比較が区1に示されて いる。配列番号146.150.202.204.206.208.210.2 12.160.162を伴う推定されたアミノ酸配列は、図2でその他のプロト タイプ配列と並べて比較されている。ここでも又、亜型特異的変異を観察するこ とができ、従って、2d型及び4型特異的アミノ酸又は■領域は、HCV型(亜 型)2d、3C又は異なる4型亜型のための診断及び治療の手段となるだろう。
イタ111 ・ E 1 の゛ 云 刑 白・ r\ 血 汗り 実E1タンパ ク質は、ヌクレオチド位置355〜978まで広がるコア/El領域(プライマ ーHCPr52及びHCPr54を含も前述の例の中で記述されているコア/E lクローン)を含むワクシニアウィルス構成体から発現され、HCVポリタンパ ク質のL119(イニシェークーメチニオンの後)からW326までのタンパク 質を発現した。発現されたタンパク質は、HCVポリタンパク質のアミノ酸19 1と192の間の分割により及び高マンノースタイプの炭水化物モチーフの付加 により、適当な宿主細胞(例えば、HeLa、RK13、HuTK−1HepG 2)の中での発現の時声、で修飾された。従って、C型肝炎患者からの血清での 検出を用いてウェスタンプロット上で30〜32kDaの糖タンパク質を観察す ることができた。
参考として、分離株HCV−Bから得られた遺伝子型1bクローンも同様に上述 のものと同一の方法で発現され、組換えワクシニアウィルスvvHCV−11A から発現された。
組換えワクシニアウィルスvvHCV−11Aから発現されたlb型タンパク質 を含む細胞ライゼートとの反応性について、104の遺伝子型分類された血清の パネルをまずテストし、野生型ワクシニアウィルス(rE 1/WTJ)で怒染 されたR K 1.3細胞の細胞ライゼートと比較した。ライゼートを、通常の ELISAマイクロタイタープレート(Nune maxis又はb)上にl/ 20の希釈液としてコーティングさせ、それぞれの血清の1/20希釈液と反応 させた。このパネルは、14の1a型、38の1b型、21の2型、21の3a 型及び9つの4型血清から成っていた。次に、ヒト抗体を、ペルオキシダーゼと 接合されたヤギ抗ヒトIgGにより検出し、酵素活性を検出した。El及び野生 型ライゼートの光学密度値を分割し、切り捨てとして因数2をとり上げた。結果 は表Aに与えられている。14の1a型血清のうち11(79%)、38の1b 型血清のうち25 (66%)、21のうち6(29%)、21のうち5(24 %)が反応し、9つの4型又は5型血清はいずれも反応しなかった(0%)。こ れらの実験は、l型に怒染した患者における1型E1タンパク質と反応する抗E l抗体の高い有病率(36152(69%))(La型又は1b型のいずれか) 。
ただし非1型血清における有病率の低さ又は不在(11152(21%))を、 明確に示している。
表A 表A(つづき) その後分離株BR36(3a型)及びBE95 (5a型)のコア/Elクロー ンを、それぞれウィルスv v HCV −62及びvvHCV−63へと組換 えさせた。その後、組換えウィルスvvHCV−62及びvvHCV−63の感 染を受けたRK13細胞から得られた細胞ライゼート上で、遺伝子型分類された 血清パネルをテストした。試験は上述の通りに行なわれ、結果は以下の表(表B )内に与えられている。これらの結果から、いく分かの交叉反応が起こる(持に l型と3型の間)ものの、一定の与えられた血清について得られた値が通常その 相同性Elタンパク質上でもう1つの遺伝子型のElタンパク質上よりも高いも のであることが明らかにわかる。5型血清については、1型又は3型E1タンパ ク賀上で5つの血清のいずれも反応性を示さず、一方5つのうち3つはその相同 性5型タンパク質上で試験したとき抗−E1抗体を含むことが示された。従って この単純な試験システムにおいて、多数の血清がすでに血清型分類できる。型特 異的NS4エピトープ又はHCVポリタンパク質のその他の型特異的部分から誘 導されたエピトープに対する反応性と組合わせて、主要なHCV型を識別するた めの血清型分類検定を開発することが可能である。交叉反応性の問題を克服する ためには、当業者であれば交叉反応性エピトープの位置を決定することかでき( 例えば合成ペプチドとの反応性の競合を用いて)、又交叉反応をひき起こすエピ トープを、血清型分類に含まれるべき組成物の外に置くこともできるし、或いは 又交又反応抗:′下を競合してしのぐべく試料の中に希釈剤を含み入れることも てき表B 六旦ユ2づ立と 参考文献 Barany F (1991)、クローニングされた熱安定性リガーゼを用い た遺伝病検出及びDNA増幅。Proc Natl Acad Sci USA  88:189−193゜ Bej A、 Mahbubani M、 Miller R,Di Ce5a re J、 Haff L、 At1as R(1990)水中の病原菌及び指 榎生物の検出のための多重PCR増幅及び固定化された捕獲プローブ。Mol  Ce1l Probes 4:353−365゜ Bukh J、 Purcell R,Miller R(1992)、 C型 肝炎ウィルスの5゛非コーデイング領域の配列分析。Rroc Natl Ac ad Sci USA 89:4942−4946゜ Bukh J、 Purcell R,Miller R(1993)、少な( とも12の遺伝子型・・・PNAS 90.8234−8238゜Cha T、  Beal E、 Irvine B、 Kolberg J、 Chien  D、 Kuo G、 Urdea M(1992)、関係はあるものの全く異な るC型肝炎ウィルスの遺伝子型が少なくとも5つ存在する。Proc Natl  Acad Sci USA 89: 7144−Chan S−W、 Sim monds P、 McOmish F、 Yap P、 Mitchell  R,Dow B。
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(C)市: Ghent (E)国 Be1g1u+n (F)郵便番号・B−9052 (2ン SEQ ID 脚 J の 1青 報 。
iBl型 核酸 (C)鎮の数 一本鎮 CDン トポロジー a jJ状 (ii)配列のj1類−CDNA (iiil ハイボセティカル N。
(1x)配列の特徴 20 25 コ0 CTG GTCGTG GTG GC′T GAG AGT 213F2)SE Q ID 漱2の情報 (i)配列の特徴 (’A)長さ 71アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直角状 (iil配列のfl類 蛋白 (xil配列の記載:SEQ ID No、2!2)SEQ ID k3の情報 (1)配列の特徴。
(八)長さ 213塩基対 fBl型 核酸 [C)鎖の数 −重鎮 (D)トポロジー 直角状 (11)配列の種gI:cDNA iviii 直接の起、原 (B)クローン +311313−23−18(1>)配列の特徴 lAン名前/記号 CD5 fB)ff在位置 l 213 (xl)配列の記載+SEQ 10 N11L3:CTG GTCGTCGTG  GCT GAG AGT 213(2)SEQ ID Na、4の情報 [i)配列の特徴 (A)長さ 71アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー [鎖状 (11)配列の11類 蛋白 (xi)配列の記載+SEQ ID No、4!2)SEQ ID No、5の 情報 1)配列の特徴 (A)長さ 213塩基対 FB+型 核酸 (C)flの数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種fl:cDNA tiii)ハイボセティカル・NO (λ11)アンチセンス No (viil IF接の起源 (B)クローン BR36−23−18(1X)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 」 2J3 (xi)配列の記載 SEQ ID 1k5Leu Val Val Val  Ala Glu 5er(2)SEQ ID No、6の情報 (D)トポロジー 直鎖状 Leu Thr Glu Arg Leu Tyr Cys Gly Gly  Pro Met Phe Asn Ser Lym GlyAla Gin C YG Gly Tyr Arg Arg Cys Arg Ala Ser G ly Val Leu Pro Thr20 25 3Q Leu Val Val val Ala Glu 5er(2)SEQ ID  も7の情報・ (i)配列の特徴 (A)長さ 213塩基対 fBl型 核酸 (Cン珀の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の!1gM+cDNA (目])ハイボセティカル、N0 (iiil アンチセンス N。
(tiii 直接の起源 (B)クローン BR36−23−20(ix)配列の特徴 fA)名前/記号 CD5 (B)存在位ra: 1..213 (xi)配列の記載 SEQ ID k7t2)SEQ ID :司 8 の  1青 Iυ(+)配シリの特徴 Nj)lk!*ノ(7)[ff 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID 1k8(2)SEQ ID 恥9の情報・ (1)配列の特徴 (A)長さ 213塩基対 (Bl 型 (臭酸 (C)1真の数 一本に貞 (D)トポロジー 直鎖状 (ハン配列のIl類 cDNA (iii)パイボセティカル N。
(iiil アンチセンス N。
(1χ)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (Il)ff在位置: 1..213 (xi)配列の記載 SEQ ID No、9(xil 5EQtlENCE  DESCRτPT工ON: SEOよりNO+9を品 GCCGCA GGCC TCCGG AACCCG GACTTr CTr GTr TGCGGA G AT GAT 192Lys Ala Ala Gly Leu 入rg As n Pro AIIP Phe Leu Val Cys Giy Asp A s■ So 55 60 (2)SEQ ID 隘10の情報: (1)配列の特徴・ (A)長さ、71アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載:SEQ ro No、I(ILeuThr Glu Ar g Lau Tyr Cys Gly Gly Pro MeF、Ph@Aan  Ser Lye Glylo 15 Ala Gin Cys Gly ’I”7r Arg Arg Cys Ar g Ala ser Gly Val Leu Pro T■■ ser Dhe Gly Asn Thr Ila Thr Cys Tyr工 le LyaAla Thr Ala Ala Ala〕5 40 45 LYli Ala Ala GIY Leu Arg Asn Pro A11 p Dhe Leu Val C78GLy Alp AlIp so ss 6゜ (2)SEQ ID No、11の情報(B)型核酸 (C)鎖の数 一本題 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のlff1類 cDNA fiiil ハイボセティカル N。
(Bl n在位fil: 1..213(xl)配列の記載 SEQ ID 1 4o、1ITTG G丁CG丁G GTG GCT GAG AGT 213[ 2)SEQ ID 胤12の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 71アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (目)配列の(l額・蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID 磁12(2ン5EQIDNv、I3の情帖 (il配列の特徴 (A)長さ 541塩基列 (I3)型 咳酸 (CI珀の数 一本!ハ (D)トポロジー I!鎖状 (11)配tllのlIQ+cDNA (目l)ハイボセティカル N。
(口I)アンチセンス N。
fviil 直接の起源。
(B) りa−:/: HDI 0−2−5(Lx)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 2..541 (xi)配列の記載 SEQ ID lio、13GGA CACCい A丁G  OCT 541GlyHxs八rLjMetAユa (2] SEQ 10 隘14の情報・(i)配列のn徴 (A)長さ 180アミノ酸 CB+型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 “(ii) !2列の11頚、蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID N114!2)SEQ JD −め35の 情報 (1)配列の特徴 (A )長さ 541塩基対 ([3)型 核酸 IC)jHの数 一本M (D)トポロジー 面m状 (11)配列のfl類 cDNA fiiil ハイボセティカル N。
(出)アンチセンス N。
(viil 直接の起源・ (B)クローンl HD I O−2−14(1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 2 541 (xi)配列の記載 SEQ ID )h151CAA ACG GTCCAG  ACCTGT AACTGCTCA CTG TACCCA GGCCAT  CTT TCA 526Gin Thr Val Gコn Thr Cys l +n Cys Ser Leu Tyr Pro Gly Hia Leu 5 er160 16;S 170 175 (2)SEQ ID 漱16の情報 (1)配列の特徴。
(A)長さ 180アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー、直鎮状 (ii)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記!lt:SEQ ID &16Pro Ala Ala Se r Leu Glu Trp Arg Asn 丁hr Ser Gly Le u Tyr Val LauHls Arg Mae 八1a (2+SEQ ID lio、I7の情報(1)配列の特徴 FA)長さ 541塩基対 fBj型 核酸 (C)鎖の数 −末鎖 (D)トポロジー・直鎖状 (ii)配列の種類 cDNA fiii)ハイボセテイカル N。
(l入)配列の特徴 (A+名前/記号 CD5 (B)存在位置 2 541 (xl)配列の記載 SEQ ID No、17CAT CCA GCA GC T AGT CTA GAG TGG CGG AACACG TCT GGC CTCTACGTC190GGA CACCGA ATG GCT 541(2 )SEQ ID 胤18の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 180アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類、蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID IIa18(2ン SEQ I D 八h 19 のt−「報(1)配列の特徴。
(A)長さ 541塩基対 CB+型 核酸 (Cン鎖の数 −重鎮 CD)トポロジー、直鎖状 (ii) 配列の橿q : c D N At1iil ハイボセティヵル N 。
Ni1l アンチセンス No (viil 直接の起源 (B)クローン BR35〜9−13 (Lx)配列の特徴 (A)名前/記号I CD5 (B)存在位置 2 541 (xi)配列の記載+SEQ ID k19(2)SEQ ID K20の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 180アミノ酸 (E)型−アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (凡)配列の)鳳が 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID NcL20:ValGlyAlaProV aIGlyGlyValAlaArgAlat、euAlaHisGlyVaユ 10 1S Arg Ala Leu Glu Asp Gly工1e Asn Pha A la Thr Gly Asn Leu Pro GIYCys Ser Ph e Ser工1e Phe Lau Leu Ala Leu Phe Ser  Cys Leu X1e HlsThr Asn ASpCys Ser A sn Ser Ser工1e Val Tyr Glu Ala Asp As p Va111e Leu His Thr Pro Gly Cys工le  Pro Cys Val Gin Asp Guy Asn ThrSer T hr Cys Trp Thr Pro Val Thr Pro Thr V al Ala VaILys ’TYr Valloo 105 110 Gly Ala Thr Thr Ala Ser 工1e 八rg Ser  His Val Asp Leu Leu Val Gly115 λ20 1 25 Val Phe Leu Val Gly Gin Ala Phe Thr  Phe Arg Pro Arg Arg +lis G1■ 丁hr Val Gin Thr Cys Asn Cys Ser Leu  TYr Pro Gly His L@u Ser Glyユ65 170 1 75 (2)SEQ ID 隨21の情報 (1)配列の特徴。
(A)長さ・541塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎮 (D)トポロジー 直鎮状 (ii)配列の種類 cDNA iiii)ハイボセティカル・N0 fiiil アンチセンス N。
tviil II接の起源 CB+ クローン BR36−9−20(1x)配列の特徴 (A)名lTi1/記号 CD5 (B)仔在位1i:2..541 (xl)配列の記載 SEQ ID No、21GTCGGA GCA ACC ACCGCT TCG ATA CGCAGT CAT GTG GACC’r A TTA GTG 382GGA CAT CGA ATG GcT 541 (2)SEQ fD No、22の情報Fi)配列の特徴5 (A)長さ 180アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 fノ1)配列の種類 蛋白 [xi)配列の記載 SEQ ID &22(2)SEQ ID 胤23の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ・541塩基対 (B)型 核酸 fc)fJIの数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 cDNA fiiil ハイボセティカル N0 fiii)アンチセンス N。
fviii 直接の起源 (B)クローン BR33−1−10 (ix)配列の特徴 FA)名iiI/記号 CD5 FB)r#在位ffi:2..541 (xl)配列の記!!:SEQ ID N1123Ala val Phe L eu Val Gly Gin pea Phe Thr Phe Arg P ro Arg Arg )li■ (2)SEQ ID 麹24の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 180アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記fi!+SEQ 10 No、24Giy Ala Thr  Thr Ala Ser Ile Arg Ser )lis Val Asp  Leu Leu Val Gl■ (2)SEQ ID 漱25の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 541塩基対 (Bl型 核酸 (C)鎖の敬 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (]】)配列の種類 cDNA ijiil ハイボセティカル NO (口])アンチセンス N。
(〜・11)直接の起源 (B)クローン BR33−1−19 (ix)I′に!列の特徴 (Δ)名前/記号 CD5 fB)存在位置 2 541 (X])配列の記載 S E Q I D No、 25GT↑ ATT CT G CACGCG CCCGGCTG丁GTA CCT TGT GTCCAG  GACGGCAAT 286GGA CAT CGA ATG GCT 54 1Gly His Arg Meh Ala(2)SEQ ID No、26の 情報(i) 1lli!列の特徴 (A)長さ 180アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (DM−ボロジー 直鎖状 (目ン配列のfI類 蛋白 (xi)配列の記1i!:SEQ ID lTh26Thr ASn Asp  CySSer Asn Ser Ser Ile Val Tyr Glu A la Asp Asp Va165 70 ’15 80 Ser Thr Cys Trp 丁hr Pro Val Thr Pro  Thr Val Ala Val Arg Tyr Valloo 10S 1 10 (2ン SEQ ID No、 27 のtll!1i(il配列の特徴 [AI IIcさ 541 I!!基対FB)型 核酸 (CンI負の数、一本鎮 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の積fl:cDNA fiiil ハイボセティカル NO [1ii1 アンチセンス N。
(ν11)直接の起源。
(B)クローン BR33−1−20 (ix)配列の特徴 (AI 名 前 / ご己 )号 CD5FB)存在位置 2 541 (xi)配列の記載 S E Q T D No、 27(2)SEQ ID  No、28の111III(λ)配列の特徴 (Al長さ 180アミノ酸 FB)型 アミノ酸 (D)トポロジー iII鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xil配列の記!!:SEQ ID k28:工1e Leu His Al a Pro Gly Cys Val Pro Cys Val Glr+ A sp Gly Amn Th■ Ser Thr Cys Trp Thr Pro Val Thr Pro  Thr Val Ala Val Arg Tyr Valloo 105 1 10 Gly Ala 丁hr Thr Ala Ser 工1e Arg Ser  Hls val Asp Leu Leu Val (il■ llS 120 125 Val Phe Leu Val Gly Gin Ala Phe Thr  Ph@Arg Pro Arg Arg His G1n145 150 15 5 11i0 Thr Val Gin Thr Cys Asn Cys Ser Leu  Tyr Pro Gly His Lau !ier Gl■ HLs Arg HecAla (2)SEQ ID \29の情報 fxi)配列の記載 SEQ ID No29Ser Trp Asp Glu  Meセ Trp Lye Cym 1.11u VaL Ar9 Lau ム ys pro ’rnr k+1lu So 55 60 (2)SEQ ID lio、30の情報(illlii’列の特徴 (A>長さ 95アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー If鎖状 (l])配列の種類 蛋白 (xiン配列の記D:SEQ rD l&、30+(2)SEQ ID lio 、31の情報(1)配列の特徴 fA)長さ 401塩基対 CB、)型核酸 (C)鎖の数 一本市 (D)トポロジー 直角状 (]」)配列の種類 cDNA fiiil ハイボセティカル N。
1iiii アンチセンス NO (ルlJj 直接の起源 (B) クローン+HDIO−1−25(Lx)配列の特徴 Cys Met Ser Ala Asp Leu Glu Val 丁hr  Thr Ser Thr Trp Val L<u LeuGin Phe L Yll Gly Lys Val Leu Gly Leu L@u Gin  Ar9 Ala Thr Gin G1■ (2)SEQ ID 隘36の情報。
(i)配列の特徴。
(A)長さ、133アミノ酸 CB)型 アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xil配列の記載 SEQ ID 8136Pro Asp LYII Gl u Val Leu Tyr Gin Gin Tyr Asp Glu Me t Glu Glu Cy■ Phe Lys Gly Lys VaI Leu Gly Leu Leu  Gin Arg Ala Thr Gin Gin G1n(2)SEQ ID  No、37 の 1青 報(i)配Til+の特徴 (Al長さ 401塩基対 (Bj型 杉酸 tC>鎖の数 −木IrI (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の橿gi : c D N A(iiil ハイボセティカル N 。
fiiil アンチセンス N。
fviil Ii接の起源 (B)クローン BR36−20−166(IX)配列のm徴 (A1名前/記号: CD5 (B)存在位1・3..401 (xi)配列の記載 SEQ ID &37;GCCTTT TGG CACA AG CAT 401F2)SEQ ID No、38の情報(Al長さ 13 3アミノ酸 (Bン型、アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のfl″B 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID lio、38(21SEQIDNo、39 のイーTfli:〔1)配列の特徴 fA)長さ 401塩基対 (B)型核酸 (C)鎖の数 −木鎖 (D)トポロジー 直鎮状 iiijIM列の種KIl:cDNA 1iii) ハイボセティカル N。
1iii1 アンチセンス N。
(viil 直接の起源 CB)クローン BR36−20−165,1X)配列の特徴 (八)名Iii/X己号 CD5 (I3)存在!M万 3 401 (\1)配5りの記載 S E Q I D :’;Q、 39(2ISEQ  ID 局40の情死 (il配列の特徴 (A)長さ 133アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋0 (xil配列の記!+SEQ ID 尚、40CyS Met SCr Ala  Asp Leu Glu Val 丁hr Thr Ser Thr Trp  Val Leu Leu20 2S 10 Pro Asp Lyg Glu Val Leu Tyr Gin Gin  Tyr Asp Glu Me仁Glu Glu CysSer (lain  Ala Ala Pro T′yr X1e Glu Gin Ala Gln  Val工1e Ala His GPn Phe Lys Glu Lys val Leu Gly Leu Leu  Gin Arg Ala Thr Gin Gin G1nPhe Trp H iSLys His(21SEQ ID No、41の1六報(Bl型 核酸 (C)鎖の数 −重鎮 (D)トポロジー 直鎖状 (xl)配列の記載 SEQ ID No、41(2)SEQ 10 陶42の 情報 (])配列の特徴 (A)長さ 169アミノ酸 (Bj型 アミノ酸 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (λ])配列の記e : S E Q I D No 42TYr Pro T rp Pro Leu Tyr Ala Asn Glu Gly Leu G uy Trp Ala Gay Trpas 90 95 Arg Arg Lys Ser Arg Asn Leu Gly Lys  Val 11e Asp 丁hr Lau Thr CysGIY phe A la Asp Leu Met Gly Tyr工le Pro Leu Va l Gly Gly Pro X1eGly Gly Val Ala Arg  Ala Leu Ala )us Gly Val 八rg Val Leu  Glu Asp145 150 15S 工60 (2)SEQ ID Nα43の情報 (B)型核酸 fcl頂の数 一本領 (D)トポロジー 直fハ状 (\])配51[の記載 SEQ ID No、43(2)SEQ ID No 、44の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 16つアミノ酸 (13)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の1類 蛋白 (xi)配列の記載 S E Q I D No、 44Leu L@u Se r Pro Arg Gly Ser Arg Pro Ain Trp Gl y Pro Ain Asp Pr。
λoo zos xx。
(2)SEQ ID 胤45の情報; (i)配列の特徴: FA)長さ 580塩基対 (Bl型、核酸 (C1鎖の数 −重鎮 (D)トポロジー、直鎮状 (11)配列の種gI:cDNA (目l)ハイボセティヵル N。
fiiil アンチセンス No iviil直接の起源 (B)クローン+PC−4−1 (ixl配列の特徴 fA1名ii”l/bE号:CD5 (B)存在位置 2 58゜ (xi)配列の記載l5EQ ID &45TC丁 GCA GTT CCCT ACCGA MT GCCTCT GGG ATT TAT CAT GTT  ACCAAT 238Ser Aha Val Pro Tyr Arg As n Ala 5er Gly工1e Tyr )Iis Val Thr Ju +■ (2)SEQ ID No、46の情報[B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 丁hr Cys Gly Phe Ala Asp Leu Met Gly  Tyr 工le I’ro Leu Val Gly Gl■ lo 15 Pro Ile Gly Gly Val Ala Arg Ala Leu  Aha His Gly Val Arg Val LeuGlu Asp G ly Val Asn Tyr Ala Thr −Gly Asn Leu  Pro Gly Cys Ser Ph■ A1aシalProTyrArgAllllAlaSetGly11eTyr1 4isVaユThrAjnAjp65 70 75 [10 (2)SEQ ID 隘47の清報 (1)配列の特徴 (A+長さ 580塩基対 fBl型核酸 (C)鎮の数 −重鎖 (D)トポロン−直鎮状 (ii) 配列の橿21:cDNA :’ i i i l ハイボセティカル N。
(iii) 7ンチセンス N。
(〜・ii)直接のt!源 (B)クローン PC−4−6 (ix)lj己列の↑寺徴 (〜)名Ii?i/記号 CD5 (I3)存在位置 2 580 (xl)配列の記載 SEQ TD !1o47CCCご:CATT GSG  GGこ GTCGCA AGG GCT GTCCCA CへCGGT GTG  AGG GTC94Gly Pro X1e Gly Gly Val Al a 八rg Ala tau 八la His Gly Val Arg Va 120 25 3O f2)SEQ ID No、48の情報(1)配列の特徴 fA)長さ 193アミノ酸 FB)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 ii)配′91 ノIm 類 蛋白 ’xii配列の記載 SEQ ID No、48Thr Cys Gly Ph e Ala Asp Lau Met Gly Tyr X1e Pro Le u val Gly GlyS 1o 1s (2)SEQ rD No、49の情報(1)配列の特徴 (A+長さ 959塩基対 (n)型核酸 (C)鎖の数 一本積 (D)トポロン−直鎖状 (11)配列の種類 cDNA 1iii)ハイボセテイノJル NO (口l)アンチセンス N。
(ν11)直接の起11η (Bl クローン pc−こ−4 (ix)配列の特徴・ (A)名前/記号 CD5 CB)存在位31: 3..959 (xl)配列の記載 SEQ ID &49jtAc CGT CGCCCA  CAG GACCTCMG TTCCCG GGCGGT GGT CAG A TCGTr 95GGCGGA GTr TACiTG TrG CCG CG CAGG GGCCCT AGG ATG GGT GTG CGC143CC T ATT CCCAAG GCG CGCCAG CCCACG GGCCG G TCCTGG GGT CAA CCC239ATCTTT ATT CT T GCT CTr CTCTCG TGT CTCACCGTr CCG G CCTCT GCA 57511e Phe 工le Leu Ala Leu  Leu Ser Cys Leu Thr Val Pro Ala Ser  Ala(2)SEQ ID No、50の情報[i)配列の特徴 (A)長さ 319アミノ酸 (13)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の+I類 蛋白 (X])配列の記載 SEQ ID No、50Gly Val Tyr LC u Leu Pro Arg 八rq GIY pro Arg Met Gl y Val Arg 八1aThr Arg Lys Thr Ser Glu  Arg Ser Gin Pro Arg Gly Arg Arg Gin  Pr。
Leu Leu Ser Pro Arg Gly Ser Arg Pro  Asn Trp Gly Pro Asn Asp Pr。
Phe Ile Leu Ala Leu Leu !9er Cys Leu  Thr Val Pro Ala Ser Ala Va■ (2)SEQ ID Na、51の情報(五〕配列の特徴 fA)長さ 959塩基対 (B)型 核酸 (C1鎖の数 一本積 (D)トポロジー IIM状 (11)配列の種類 cDNA iiiil ハイボセティカル N。
1iii1 アンチセンス N。
fviil 直接の起源 CB)クローン PC−3−8 (ix)配列の特徴 (A)名前/記号・CD5 (Bl存在位!・3..959 (xi)配列の記載 SEQ ID &51GTT CCCTACCGA AA T GCCTCT GGG ATT TAT CAT GTT ACCAAT  CAT TGC!i2]Val Pro Tyr Arg Asn Ala S er Gly 工1a Tyr )Iis Val 丁hr Asn Asp  Cy■ (2)SEQ ID No、52の情報。
(1ン配列の特徴 (A+長さ 319アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (1])配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ ID Na52tyr Pro Trp Pro  Leu Tyr Ala Asn Glu Gly Leu Gly Trp  Ala C1y Trpas 90 95 Arg Arg Lys Ser Arg ASI’l Leu Qly Ly s Val 工1e Asp Thr Leu Thr C凾a Gly Phe Ala Asp Leu Mee Gly Tyr Ile  Pro Leuνal Gly Gly Pro Va1Gly Gly Va l 八la Arg Ala Leu Ala HLs Gly Val Ar g Val Leu C1u Asp145 150 15S lf+0 Gly Val Asn Tyr Pro Thr Gly Asn Leu  pro Gly Cys Ser Phe Ser工1eユ65 110 17 s Gly Cysνal Pro Cys Val Mee Thr Gly A sn Val ser Arg Cys Trp Va1Pro Leu Ar g Arg 八la Val 八sp Tyr Leu Ala Gly Gl y Ala Ala Leu Cys21;0 265 270 Asn Cys Ser Ile Tyr Ser Gly H4s Val  丁hr Gly )Iia Arg Met Ala30S 310 :llS +2)SEQIDNo、53のイ^tσ(I)配pHの特徴 (・X)長さ・959塩基幻 1 B ) 型 核酸 iC)鎮の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (目)配ワ11の種類 CD N A ijiil ハイボセティカル No (ii工)アンチセンス No (xl)配列の記載 SEQ ID 1h53:GACGGCC;TCA GC cTATTCCCAAGGCGCGCCAGCCCACGGG CCGGTCC TGG 0GTCkACCCf 240 CGG丁GCAGkA CTGCAACTGT TCCATrTACA GTG GCCATGT TACCC;GCCACCGGATGGC` 959 (2ンSEQ 10 No、54の情報(i)配列の特徴 (A)長さ 319アミノ酸 tn)型 アミノ酸 CD)トポロジー 直鎖状 (目)配列の種類 蛋白 (χ1)配rl)lの記載 S E Q I D No、 54Arg Arg  Pro Gin Asp Val Lys Phe Pro Gly Gly  Gly Gin X1e Val Gly(viil 1i接の起源。
(B)存在位置 1 354 (xr)配列の記載 SEQ より No、55(2] SEQ ID 陶56 の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 118アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本積 (D)トポロジー 直鎖状 (]1)配列の種類 蛋白 (xil配り11の記載 SEQ ID h、56Asp Gin Ala G lu Thr Ala Gly Ala Arg Lsu Val Val L eu Ala Thr XaaLY8 Asn Cys Asp Glu Le u[2)SEQ ID No、57の情報(1)配列の特徴 (A+長さ 354塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本m (D) トポロン−直鎮状 +11)配列の種1B : c D N 、A11ii1 ハイゴζセティカル  N0iiii1 アンチセンス N。
(〜・口)直接の12源 (B)クローン PC−1−48 (ユ\)配列の特徴 (へ)名前/記号 CD5 LB)5在喧TL: 1..354 txi)f+”’りの記fIiI: S E Q T D No、 57AAG GSTGCTAGSCAτC−、CATC77こ丁GCCAT7CCkkG八A AAAjtTC;TGATGAAC1T3S4(2)SEQ ! D No、5 8の情報(1配rりの;う徴 (B)型 アミノ酸 F C) IJの数 一本積 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (y、λ)配列の記載 SEQ ID tjw5B+(2)SEQIDNo、5 9の1llll+(])配列の特徴 +A)長さ 357塩基対 (Bj型核酸 (C1鎖の数 −重鎮 (D)トポロジー IIf1′(状 (11)配列の1頌 cDNA (コロ)ハイボセティカル N。
(10)アンチセンス N。
1vii)直接の起源 (13)クローン PC−1−37 (1x)配列の特徴 L A l 名 Ii1/ 二己 号 cps(B)存在位置・l 357 (xi)配列の記載 SEQ ID hia59:(21SECID No、6 0の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 128アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ Ip lk60Met Ala Phe Met  Sar Pro Asp Leu Glu ValIle Thr Xaa  Thr Trp ValLeu Val Gly Gly Val VaIAl a Thr Leu Xaa Xaa Tyr Cys Leu Thr Va 1Gly Ser Val Ala Xle Val Gly Arg IIs  Ile Leu 5er Gly Lys Pro AlaGly Gin  Phe Lys Glu Lys Val L、eu Gly Phe Ile  ser Thr Thr Gly Gi■ Its 90 95 LYS Ala Glu 丁hr Leu Lys Pro Ala Ala  Thr Ser Val Trp Asn Lys Alaloo 105 1 10 A5p Gln Phe Trp Xaa 丁hr Tyr Met Trp  Asn Phe Ile ser cly Xle G1n(2)SEQ ID  No61の情報 (i)配列の特徴 Glu CyS Ser Ala ser L!u Pro iyr Met  Asp GLu Thr Arg Ala Ile Ala(A)長さ 357 塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の1jl: cDNA [1ii1 ハイボセティカル N。
fiiil アンチセンス No tviil 直接の起源 (B)クローン PC−1−48 (五X)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置+ 1..357 (×1)配列の記載+SEQ ID 1k61(2)SEQ ID 陶62の情 報 (1)配列の特徴 (A+長さ 128アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の!!類 蛋白 (xil配列の記載 SEQ ID No、62(xi)配列の記載 SEQ  ID &、6465 70 1+ 5v Gly Gin Phe Lys Glu Lys val Lau aly  Pha Ile ser Thr Thr cly G1nGGGCTGCTC T ATCCTCA丁CG ACGCCATC28(2)SEQ ID No、 65の情報(B)型 核酸 (xl)配列の記載 S E Q I D No、 67CTCATGGGGT  A(ATTCCGCT(2)SEQ 10 N11.68の情報[B)型 核 酸 (xiン配列の記載 SEQ ID llo、68CTATTACCAG TT CATCATCA TATCCCAfiii)ハイボセティカル YES (iiil アンチセンス・N。
(1x)配列の特徴 (A)名前/記号 m1sc feature(B)存在位置 1 28 (D)他の情報 挿準名=”HCVプライマーHCPrl16− (xi)配列の記載:SEQ ID No、69(Bンnジ在CM:1..28 FD)他の慣f[i:tli名= −HCV7ライv−HCPr I 18” (xil配列の記載 SEQ 10 No、71ACTAGTCGACTAYT GATCCRcTATjlWjLjlT丁 CCACA丁(2)SEQ ID  陽72の情報 (1)12列の特徴 (A)長さ 25塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本M tiii)ハイボセティカル YES (×1)配列の記載:SEQ ID No、72’ITTTAAATAc AT CGCRCTにC入子GCA(2)SEQ ID 歯73の情報 (1)配列の特徴 (Al 長さ 36塩基対 (B)型 核酸 tC)鎖の敬 一本鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ロ)配列のII 類: D N A (genolIicl(IX)配りすの 特徴 (、へ ) 名 前 /Xa 号 m1sc feature(xi)配列の紀 u : S E Q I D 、’io、 73ACτAGTC[;ACTAR TTGCA丁A GCCvRTTCAT CCAYTG 36(2)SEQ I D 嵐74の情報 (Bl型・核酸 (xl)配列の記載 SEQ ID k74GGAATTCTAG ACCTC 丁GGGA YGAJLAYTGGA jtJ2TG 34(2ン5EQIDN o、75の+m転:(1)配列の特徴。
FA)長さ 311!1基対 (B)型 核酸 (Cンinの数 一本積 (1x)配列の特徴 (A)名前/記号 m1sCfeature(xi)配911の記!、SEQ  ID 1h75GCAATT二TAG ACGCTAYCARGCACC;TT GYG C31(2)SEQ TD No、76の+N ta(1)自己ジ1j の特d文 FA)長さ 23塩基対 fT3)型 核酸 (C)fAの数、一本絹 (D)トポロジー・直鎖状 (工1)配列の橿n : D N A (genomicl(iiil ハイボ セティカルl YES(xi)配列の記載 SEQ ID K76:CATAT AGATG CCCACTrCCT A丁C23(21SEQ ID 1k77 の情報。
(i)配列の特徴 (Al長さ 16塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本積 (D)トポロジー4@鎖状 (11)配列の種FIT : D N A (genomiclfiiil ハ イボセティカル YESfiiil アンチセンス YES (ix)配列の特徴 (A)名前/記号 m1sc feature(B)n在位11 28 (xiン配列の記載 S E Q T D No、 77GTGTGCCAGG  ACCATC161)SEQ ID k78の情報 fIN型核酸 FC)j#の数 一本絹 fiiil ハイボセティカル YESfiii)アンチセンス YES (ix)配列の特徴 (A>名前/記号 m1sc feature(B)存在位置 1..28 (xl)配列の記載+SEQ ID k7B、GACATGCATG TCAT GATGTA 20(21SEQ ID No、79の情報(B)型 核酸 (xl)配列の記載 SEQ ID N1179TACGCCTCTT CTA TATCGGT TGGGGCCTG 29f2)SEQ ID 隨80の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 26塩基対 (B)型核酸 (C) fAの数 一本積 (D)トポロジー、直鎮状 (11)配列の種類 D N A (genomic)(iiil ハイボセテ ィカル YES(iii)アンチセンス N。
(xil配列の記載 SEQ ID 1k80:ATGTTGGG丁A AGG TCATCGA TACCCT 26(2ンSEQ ID No、81の情報( B)型 核酸 (C1鎖の数 一本積 (xl)配列の記載 SEQ ID No、81CCCGGGAGGT CTC GTAGACCGTGCA 25(2)SEQ ID No、82の情報(B) 型 核酸 (xl)配列の記ti:sEQ ID No、82CTATrAAAGA TA GAGAAAGA GCAACCGGG 2G(2+SEQ ID 胤83の情 報 (i)配列の特徴、 (Al長さ・12アミノ酸 FB)型 アミノ酸 (C)鎖の数・一本絹 (D)トポロジー+[鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (iji)ハイボセティカル N。
(viii)蛋白中の位置 (B)染色体上の位置 HCVCaO21領域の192〜203の位置 (xi)配列の配fli:SEQ ID 1k83(2)SEQ ID No、 84の情報(i)配列の特徴: (Al長さ 12アミノ酸 CB+型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本積 CD)トポロジー 直鎮状 (ii)配列の種類 ペプチド fiiil ハイボセティカル No (xi)配列のgIl!ff:SEQ ID No、8412)SEQ ID  NQ85の情報 (D)トポロジー iIi鎮状 (ii)配列の種類 ペプチド fiii)ハイボセティカル No (viiil蛋白中の位置 (B)染色体上の位置 HCV型3の■2領域の213〜223の位置 (xl)配列の記載 SEQ ID Th85val Tyr Glu A11 l A11lll Asp Val 工1e Leu His Thr(21S EQrDlh86のイR111(1)配列の特徴 (△)長さ 11アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ロ)配列のIn類 ペプチド (iiil ハイボセティカル N。
(viii)蛋白中の位置 (Bl染色体上の位置 HCV型5のV2領域の213〜233の位置 (xl)配列の記載 SEQ ID &86(2) SEQ、I D No、8 7の情報(])配列の特徴 (A)長さ 13アミノ酸 fB)型 アミノ酸 (C)鎮の数 一本1n (D)トポロジー 直鎮状 (1])配列の11類 ペプチド (iii)ハイボセティカル N。
(viii)蛋白中の位置 ([3)染色体上の位置 II CV型3のV3領域の230〜242の位置 (Xl)配列の記載 SEQ ID )h87f2)SEQ ID 石88の情 報 (1)配列の特徴 (A)長さ 13アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −末鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の讐l類 ペプチド fiii)ハイボセティカル No (viiil蛋白中の位置 [B)染色体上の位置 HCV型5の■3領域の230〜242の位置 (Xl)配列の記載 SEQ ID 漱88゜(2)SEQ ID No、89 の情報。
(1)配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −末鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のIn類 ペプチド (iii)ハイボセティカル No (V目1)蛋白中の位置 (B)染色体上の位y!1.HcV!!l!3の■4領域の248〜257の位 置 (×1)配列の記載 SEQ ID 高、89(2)SEQ ID 尚90の1 ^転 (i)配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −末鎖 (D)トポロジー 直fハ状 (11)配列の種類 ペプチド fiiil ハイボセティカル N。
248〜257の位1 (xi)配列の記載 SEQ ID No、90(2)SECTD No、91 の情報 (])配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −末鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のIn類 ペプチド 1iii1 ハイボセテイカル N。
(xl)配列の記!!:SEQ ID m、91j2)S)二〇ID1to、9 2の情幸υ(i)配列の特徴 (Cj鎖の数 一本鎖 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列のン量類 へブチド 1iii1 ハイボセテイカル N。
! xi)配列の記載 S IE Q I D ”lo 92Arg Pro  Arg Gln Him Ala 丁hr Val Gin Asn(2)SE Q ID 魔93の情報 (i)配列の特徴・ (A)長さ 9アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −末鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド tiiil ハイボセティカル+N0 (viiil蛋白中の位置 (B)染色体上の位置 HCV型5の70〜78の位置(xl)配列の記載 S EQ ID ITh、93(2)SEQ ’ID No94の情報(il配列の 特徴 (A)長さ 8アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −木tn (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (iiil ハイボセティカル No (vl)起源 (C)個体 単離クローン名 BR33及びBR36(viijl蛋白中の位置 (B)染色体上の位fit + HCV型3の■3領域の230〜237の位! (Xl)配列の記載 SEQ ID No、94(2’)SEQ TD No9 5の情報(1)配ソリの↑寺徴 (A)長さ 8アミノ酸 fB)型 アミノ酸 (C)frIの数 一本鎖 (D)トポロジー、直鎖状 (xi)配列の記載+SEQ ID 随95:(2)SEQ ID No、96 の情報。
(B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー atII状 (iil配列の11顆 ペプチド (ii工)ハイボセテイカル、N0 (xl)配列の記[:SEQ rp lb、96f2)SEQ ID 11o、 97の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 20アミノ酸 (B)型 アミノ酸 FC)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の1!顎 へブチド fiii)ハイボセティカル N。
(X旬配列の記載 SEQ ID K97(2)SEQ ID 歯98の情報・ (i)配列の特徴 (A)長さ 20アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー+i[鎖状 (11)配列の!1顆 ペプチド 1iii1 ハイボセティカル No (xi)配列の記載 SEQ ID No、98Leu Gly Gly Ly s Pro Ala Leu Val Pro AJp Lys Glu Va l Leu Tyr GlnGin Tyr Asp Glu (2)SEQ ID No、99の情報(])配列の特徴 (A)長さ 20アミノ酸 fBl型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のIis顆 ペプチド fiiil ハイボセティカル N。
fviiilゲノム中の位置 (B)染色体上の位置 1712〜1731の位置(xl)配列の記載 SEQ  ID lto、99Ser Gin Ala Ala Pro Tyr 工1 a Glu Gin Ala Gin Val工1e Ala )Iis G1 nPhe Lys Glu Lys [2)SEQ ID 胤】00の清報 (il配列の特徴。
(A)長さ、20アミノ酸 (Il)型 アミノ酸 FC)鎖の数 一本川 (D) トポロジー atM状 (11)配列の!IQ ペプチド fiiil ハイボセティカル No (vi)起源 (C1個体・単離クローン名 BR36(ν1ii)ゲノム中の位置 fE)染色体上の位:JIHCV型3117)1724−1743ノ位!(xi ) 配列f) 記載 SEQ ID Na、100(2)SEQ ID No、 lOIの情報(1)配列の特徴 (A)長さ 20アミノ酸 (n)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のIIn ペプチド 1iii1 ハイボセティカル N。
(vl)起源 (C)個体 量離りローン名 HDIO(×1)配列の記載 SEQ ID 隔 1011ie Ala 84s Gin Phe Lys Glu Lys工1 e Leu Gly Leu Leu Gin Arg Alalo 1s (2)SEQ ID 隘102の情報:(1)配列の特徴 (Al長さ・20アミノ酸 CB)型 アミノ酸 (C)鎖の数、一本川 (D)トポロジー、直鎖状 [ii)配列のギ重類 ペプチド tiiil ハイボセティカル N。
(xil配列の記載:SEQ ID No、l02(2)SEQ ID No、 103の情報・(1)配列の特徴 (A) !%さ 20アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (C)須の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の種類 ペプチド (iiil ハイボセティカル No (xl)配列の記i1:S[Q ID Na103(l SEQ rD 励10 4の111報fi)配列の特徴 (tX )長さ 20アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (xi)配列の記載 SEQ ID 1k104(2)SEQ ID 陽105 の1青報(i)配列の特徴 (A+長さ 20アミノ酸 fIl)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のfI類 ペプチド fiiiンハイボセティカル N。
(xi)配列の記載 SEQ TD k10511e Ala Gly Gin  Phe Lys Glu Lys Val Leu Gly Phe Zle  5er Thr Thrlo 1s cly Gin Lys Ala (2+SEQ ID 陳106の情報 (B)型 核酸 fiiil アンチセンス・N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (Bl存在位置 2..340 (xi)配列の記*:SEQ ID 1k106F2)SEQ ID 随107 の情報 (目)配列の種類 蛋白 Cys Cys Asp Leu Glu Pro Glu Ala Arg  LylIAla Ile Thr Ala Leu ThrGlu Ar9 L eu Tyr valGly Gly Pro Met His Asn Se r Ly8 GIY AMP LeuCys Gly Tyr Arg Arg  Cys Arg Ala 5er Gly Val Tyr Thr Thr  Ser Pheso ss g。
Ala C1y Leu Arg A+p Cys Thr Met Leu  Val Cya Gly Asp Amp Leu Va1(2)SEQ ID  漱108の情報 (il配列の特徴 (A)長さ 340塩基対 (13)型 核酸 (C)鎮の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 cDNA (iii)ハイボセティカル N。
(1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (Bl W正位置 2 340 (xl)配すリの記載 S E Q I D No、 I 08(2)SEQ  ID 隘109の1陶報。
(i)配列の特徴 (、l長さ 123アミノ酸 (B)型、アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (x1〕配列の記載 SEQ ID N1109CYS Cys Asp Le u Glu Pro Glu Ala Ar(l Arg Ala 工1a T hr Ala Leu Th■ Glu Arg Leu Tyr Val Gly Gly Pro Met  His A++n 5er Arg Gly Asp Le■ CysGuyTyrArgArgCysArgAlaSerGlyValTyr ThrThrSerPheにly Asn Thr Leu Thr Cys  Tyr Leu Lys Ala Ser Ala Ala 工IC八rg A laAlaGlyLeuArgAspCysthrMe仁LeuシaユCysG lyAspAspLeuValθ5 90 95 (2)SEQ ID 恥〕10の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ、340塩基対 (BJ型・核酸 〔C〕鎖の数−一本鎖 (D)トポロジー;直鎖状 (ii)配列の種類: cDNA +1iil ハイボセティカル NO [ii五)アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A1名前/記号: CD5 (Bl存在位置:2..340 (xi)配列の記載:SEQ ID No、110:(2)SEQ ID No 、lllの情報(D)トポロジー 直鎖状 (1工)配列の種類、蛋白 Cys Cys Asp Leu Glu Pro Glu Ala Arg  Lys val Xle Thr Ala Leu Thr20 2S 30 GluArgLeuTyrValGlyGlyProMatH4sAsnSer LysGlyAspLauCys Gly Tyr Arg Arg Cyg  Arg Ala Ser Gly Val Tyr Thr Thr Ser  pheso ss 、 60 Gly Asn Thr Leu Thr Cys Tyr Leu Lys  Ala Ser Ala Ala !is Arg A1mSer 01YLe u ArgAsp Cyg Thr Met Leu Val Tyr Gly  Ajp Amp Leu Valfls 90 95 (2)SEQ ID 隔112の情報・(i)配列の特徴 (A)長さ 340塩基対 fBl型 核酸 FC)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種D:cDNA (iiil ハイボセティカル N。
fA)名前/記号 CD5 (B)存在位fil:2..340 (xl)配列の記載 SEQ ID llo、112CTCCACT GTA  ACCGAA MG GACATCAGG G↑CGAG GAG GAG G 丁G TAT 46SerThrValThrGluLyeAspZlekrg ValGluGluGluVa上フ’yr5 10 1s Gly Ala (lよ)配列の1重類・蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID K113C’ys C’)’If Asp  Leu Glu pro Glu Ala Arg L7B Ala lie  Thr Ala Leu@Thr 20 25 :1O (2)SEQ ID 陶114の情報 (1)配列の特徴。
(A+長さ+340jll基対 CB)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー、直鎖状 (iiJ配列の種類: cDNA iiii)ハイボセティカル・No (iiil アンチセンス N。
(viil 直接の起源 (B)クローンl GB549−3−6(1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 FB)存在位置 2 340 (χよ)配列の記u:sEQ ID No、l14・(2)SEQ ID 胤1 15の情報:(1)配列の特徴 (A)長さ、113アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロン−直鎖状 (ユ1)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記!fsEQ ID 81115(i)配列の特徴 (A+長さ 340塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本1n (D))−ボロジー 直鎮状 (1])配列の種Tn : c D N A11ii)ハイボセティヵル N。
(目1)アンチセンス N。
(viil ii接の起源 (B)クローン GB809−3−1 (1x)配列の特徴。
(A1名前/記号 CD5 (B)存在位置 2 340 (xl)配列の記載 SEQ ID 1hl16:CTCCACT CTG A CT GAG AGA GACATCMG GTCGAA GAA GAA G TCTAT 46Ual Val Ile Ala Glu Ser Gly  Gly Val Glu Glu Asp Lyg Arg Ala 1.e■ (2)SEQ ID Nよ117の情報(i)配列の特徴 (A )長さ 113アミノ酸 (I3)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 (ii)fk!列の!I類 蛋白 (xi)配列の記載 S E Q I D No、 l l 7C)’s Cy s Asp Leu にlu Pro Glu Ala Arg Lys Va l X1e Ala Ala Leu Th■ [2)SEQ TD No、l 18の情報fi)配列の特徴 (A)長さ 574塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー i+!鎖状 (11)配列の種類 c D N A 11ii1 ハイボセティカル N。
1iii)アンチセンス N。
(viil 直接の起源 fB)クローン GB358−4−1 (ix)配列の特徴 (Aiiil1I/記号 CD5 (B)存在位て 1 574 (xl)配列の記載 SEQ ID1io、1.]、8S;IG GACccc  ATCAhT TATCCG ACA GGG檎T CTr CCCGGT  TGCTロー0144TCT ATCTTCCTCTTCG(J CTT CT T TCG TGCCTG AC’T GTT CCCAce TCG 192 Ser Ile Phe Leu Leu Ala Leu Leu Ser  Cys Leu Thr Val Pro 丁hr 5erTrp Val A la Lau Thr Pro Thr Val Ala Ala Pro T yr Ile Gly Ala Pr。
LeuGluSerLeuArgSer)liSValAspLeuML!eV alGlyAlaAlaThr(2)SEQ ID No、119の情報(i) 配列の特徴 (A+長さ 191アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の11類 蛋白 (xl)配列の記ii:sEQ JD l!+、l19S:r ml+ Phe  Leu Leu 八la Leu Leu Ser Cys Leu Thr  Val Pro Thr Ser(2)SEQ TD Na、120の情報( i)配列の特徴 (A)長さ 574塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖のI −重鎖 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の種類 cDNA (目1)ハイボセティカル N。
(iiil アンチセンス N。
1viil 直接の起ン原 (B)クローン GB549−4−3 (zxン配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在住方 1 574 (入1)配列の記載 SEQ ID −120(2)SEQ ID Na、12 ]の情報(1)配列の特徴 (A)長さ +91アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 (l])配列の+l類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ ID No121(xi)配列の記載 SEQ  ID 11a132(2)SEQ ID 1k133の情報:(i)配列の特徴 (A)長さ・13アミノ酸 (B)型、アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 CD)トポロジー・直鎖状 (ii) lk!列の種類 ペプチド fiiil ハイボセティヵル No (vi)起源・ (A)有機体 アミノ酸 (C)個体 単離クローン名 GB549(xl)配列の記elsEQ ID  Na13:1(2ンSEQ ID )io、l34の情報(1)配列の特徴。
(A)長さ+13アミノ“酸 (B)型・アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (ロ)配列の1類 ペプチド (iiil ハイボセティヵル=NO (vl)起源 (All撮像体アミノ酸 (C)個体 単離クローン名 GB809(xl)配列の記載 SEQ ID  Na、l34(2)SEQ ID −135の情報 (1)配列の特徴 FA)長さ 10アミノ酸 fBl型 アミノ酸 (C)鎮の数 一本川 CD)トポロジー r!1M状 (ii)配列の種類・ペプチド (iiil ハイボセティカル・N。
(vi)起源。
(Al有撮体 アミノ酸 (C)個体・単離クローン名 GB35B(xi)配列の記n:sEQ ID  m135:(2)SEQ ID 随136の情報・(1)配列の特徴 (Al長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド [1ii1 ハイボセティカル No (vi)起源 (A)有機体 アミノ酸 FC1個体・単離クローン名:GB549(xl)配列の記載:SEQ !D  N1136:(2)SEQ ID 隔137の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎮の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド fiiil ハイボセティカル No (vrン起iクチ (Al有(鏝体 アミノ酸 (C1個体・星離クローン名 GB809(xi)配列の記載 SEQ ID  No、137(2)SEQ ID No、138の1n転(1)配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (B)型;アミノ酸 (C)jjlの数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類・ペプチド fiii)ハイボセティカル No (vl)起源。
(A)有機体 アミノ酸 (C)個体・単離クローン名 GB35B及びGB80(xil配列の記載 S EQ rD Nb、+38+(21SEQ ID 歯139の情報 (+)配列の特徴 FA)長さ、lOアミノ酸 (I3)型 アミノ酸 IC)iNの数 一本川 (Dン トポロジー 直鎖状 (11)配列のII類 ペプチド fiiil ハイボセティカル N。
(vl)起源。
(A)有機体 アミノ酸 (C)個体・i離りローン名 GI3549fxi)配列の記載 SEQ )D  k139(2)SEQ より No、140の情報(i)配列の特徴 (、へ)長さ 10ア〉ノ酸 tB’l型 アミノ酸 tC+珀の数 一本川 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の11顆 ペプチド 1iii)ハイボセティカル N。
fvi)起源 (xi) 配列ノia載: SEQ rD &、140(A)長さ、23塩基対 (Bl型:核酸 (C)#JIの数 一本川 (D)トポロジー・直鎮状 (11)配列の種類: cDNA fiiil ハイボセティヵル N。
fiiil アンチセンス N。
(xi)配列の記載 SEQ ID N1141TGGGATATGA TGA TGAACTG GTC2〕(2)SEQ ID Na、142の情死(1)配 列の特徴 (Δ)長さ、24塩基対 (B)型 核酸 FC)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の種Q:cDNA (1λ1)ハイボセティカル N。
1iii17ンfセンス: YES (×1)配列の記載 SEQ ID 1k142CCAGGTACAA CCG AACCAAT TGCC24(2)SEQ ID No、143の1^報(] )配列の特徴 L A)長さ 957塩基ガ (B)型 核酸 fc)鎖の敬 一本川 (D)トボロノー 直鎖状 (11)配列の種類・cDNA (iiil ハイボセティカル No (xi)配列の記載 SEQ ID &、143(2)SEQ TD 園144 の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 319アミノ酸 fBl型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ TD No、144(A)長さ 113アミノ酸 (B)型・アミノ酸 (D)トポロジー 1XfJI状 (ロ)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記11i:SEQ rD &146−Ala Gly Ile  11e Ala Pro Thr Met Leu Val Cym Gly  Asp Asp Leu Val(2)SEQ ID No、147の情報(1 )配列の特徴 (Al長さ 345塩基対 (B)型・核酸 (C)鎖の数 一本題 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の種類 cDNA fiiil ハイボセティカル No (10)アンチセンス No (1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (Bll存在重塁l 345 (ix)配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide。
(B)存在位置 】 342 (xi)配列の記載 SEQ ID No、147:ATG AGCACA C TT CCT AJLA CCA CAA AGA AAA ACCJLAA  AGA AACACCAAC48Met Ser Thr Leu Pro L ys Pro Gin Arg Lys Thr LyIIArg Asn T hr Asn(21SEQ ID 1k14Bの情報(1)配列の特徴 (Al長さ 115アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 CD)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID No、148+Thr Leu Gly  Pro Tyr Mee Gly Met Arg Ala Ala Gly  Gly Gin Gly GlyGlu Asp GlyLys Asn Ty r Ala Thr Gly Agn Leu Pro Gly Cys Se r Phe(2)SEQ ID No、122の情報(1)配列の特徴 (A )長さ 574塩基対 fBj型核酸 (C1鎮の数 −木鎮 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のIIE:cDNA (iiil ハイボセティカル N0 iiii1 アンチセンス N。
(viil 直接の起源 (B)クローン GB809−4−3 (ixj配列の特徴 (Aj名fi?t/記号 CD5 fB)n在位′:rL: 1..574(xl)配列の記載 SEQ ID N o、I22Ace TGCGGCTrCGCCGACC′TCATG GGA  TACATCCCG CTCGTG GGCGCC4eThr Cys Gly  Phe Ala Ajp Leu Me仁 cly Tyr Il@ Pro  Leu Val Gly AlaGCT GAG CACTACCGG AA T G(T TCG GGCATC’rAT CACATCACCAAT GA C240TGG ACG CCG GTA ACA CCT ACG GTG  GCT GCCGTA TCCATOGACGCT CCG 384CTCGA G TCCTTCCGG CGG CAT GTG GACCTA ATG G TA GGT OCG GCCACC432GTG GGG CAG ATG  TTCACCTic CAG CCG CGT CGCCACTGG ACCA CG CAG 528GAT 70丁 MT TGCTCCATCTAT AC T GGCCAT ATCAce GGCCACAGG A 574(2)SE Q ID 隔123の情報 (il配列の特徴 fA]長さ 191アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D ) ト ボ ロ ジ − 直 汀+4人(1])配列のIIN類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ ID IIN、123Thr Cys Gly  Phe Al、a Asp Leu Met Gly Tyr Ile Pro  1.eu Val Gly A撃■ lo 15 (2)SEQ rD 11o、I24の情報(i)配列の特徴 FA)長さ 31塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロジー 11!鎖状 (11)配列の種類 D N A (genomiel(iiil ハイボセテ ィカル NO (■)アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 +A)名前/記号 m1sc feature(B)存在位ra: 1..31 fD+他の情報 (累準名=“HCVプライマー+(CP r 206− (xl)配列の記載 SEQ ID lio、124TGGGGATCCCGT ATGATACCcccrccrrra A 31(2)SEQ ID 漱12 5の情報 (])配列の特r!!!。
(A)長さ 30塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数、一本鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の種類 D N A (geno++1c)(五11)ハイボセテ ィカル N。
(iiil アンチセンス YES (ixン配列の特徴7 (A)名前/記号 m1sc featureFB)存在位置 1 30 (D)他の情報 標準名=”HCVプライマーHCPr207+ (xl)配列の記載 SEQ ID No、125;GGCGGAATTCCT GGTCATAG CCTCCGTG入A 30(2)SEQ TD No、1 26の情報(]ン配列の特徴 (Al長さ・12アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の1m顆 ペプチド tiiil ハイボセティカル N。
(vi)起源 (A)有機体 アミノ酸 (C)個体 羊雌クローン名 GB35B(xi)配列の記載 SEQ rD  1k126(2) SEQ ID No、I27(7)11H[1(i)配列の 特徴 (Al長さ 12アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロジー 直鎖状 (l])配列の11類 ペプチド (2)SEQ ID No、149の情報(1)配列の特徴 +Al長さ、280塩基対 (+31型 核酸 (Chillの数 一本領 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 cDNA (1x)配列の特徴 (A1名前/記号 CD5 (B)存在位fi+ 2..280 (1x)配列の特徴。
(A1名前/記号:mat peptidefB)存在位置 2 277 (xl)配列の記載 SEQ ID Na、149(21SEQ ID rす1 50のす々報(1)配列の特徴 +A+長さ 93アミノ酸 (E)型・アミノ酸 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載:SEQ ID N1150:(2)SEQIDNo、15 1の1+1幸Fi5(1ン配列の特徴 (A)長さ 499塩基りj (B)型 核酸 (C)鎗の数 一本領 (D)トポロジー @鎖状 (11)配列の種類 cDNA (iiil ハイボセティカル N。
(山)アンチセンス N。
(ixン配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 fB)存在位1!: ]、 、 499[ixl配列の特徴 (、へ)名前/記号 mat peptide(B)存在位置 1 496 (xi)配列の記ta:sEQ ID k151(2)SEQ ID No、1 52の情報(i)配列の特徴 (A)長さ 166アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ ID No、I52丁hr Arg Lys T hr Ser Glu Arg Ser Gin Pro Arg Gly A rg Arg Gin Pr。
So 55 60 (2)SEQ ID 漱153の情報:(1)配列の特徴 (Al長さ 579塩基対 (Bl型・核酸 (C)1員の数・一本領 (D) トポロジー、直鎖状 (ii)配列の種類: cDNA (iiil ハイボセティカル N0 fiiil アンチセンス No (1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 1..579 (ix)配列の特徴・ (A1名前/記号 mat peptide(B)存在位置 1 576 (Xl)配列の記!!:SEQ ID 漱153GAG GACGGG GTA  AACTAT CCA ACA GGG MT TrA CCCGGT TG CTCT TrC144Glu Asp Gly Val Asn Tyr P ro Thr GLy Asn Leu Pro Gly Cys S@r P heTCT ATCTTT ATr CTT GCT CTT CTCTCG  TGT CTG ACCGTT CCG GCCTCT 192TGCCCA  MCTCT TCCATA GTCTAT GAG GCA GAT MCCT G ATCCTA CAC2HGCA CCT GGT TGCGTG CCT  TGT GTCATG ACA GGT MT GTG AGT AGA T GC336TGG GTCCM ATT ACCCCT ACA CTG TC A GCCCCG AGCCTCGGA GCA GTC384ACG GCT  CCT CTr CGG AGA GCCGTr GAC丁ACCTA GC G GGA GGG GOT GCC4]2[2+SEQ ID 励154の情 報 (])配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 FB+型 アミノ酸 (D)トポロジー 直m状 (]A1配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID No、154Pro Val Gly G ly Val Ala Arg Ala Lsu Ala)11m Gly V al Arg Val Leu(2+SEQ ID K155の情報 (])配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロン−1直鎮状 (ii)配列の種類 cDNA (iiil ハイボセテイカル N。
fiiil アンチセンス N。
(]X)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 1 579 (1x)配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide(Ill)存在位置 1 576 (xl)配列の記載 SEQ ID &155(2)SEQ ID No、15 6の情報(1)配列の特徴・ (A)長さ 193アミノ酸 (Bj型 アミノ酸 (D)トポロジー、直鎖状 (iiン配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID h15s+Cys Pro Asn Se r Ser Ile Val Tyr Glu Ala Amp Jup Le u Ile Leu )li■ as 90 95 Leu Cys Sar Ala Leu Tyr Val Gly Asp  八la CyII Gly Ala Leu Phe Le■ ISo 1ss 160 Val Gly Gin Met Phe Thr Tyr Arg Pro  Arg Gin )fig Ala Thrνal G1n1GS 170 1 75 Asp Cys Asn Cys Ser Ile Tyr Ser Gly  His Val Thr aly His Gin M@セ1eo 18s z s。
(21SEQ 10 南157の情報 FA)長さ 530塩基対 (C1鎮の数 一本絹 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 cDNA fjjj)ハイボセティヵル N。
(A)名前/記号 mat peptide丁SC丁GS CACTA丁 CC CCCA CGG CCG TGCGGA GTG GTG CCA GCCC AA GAG 527Cys Trp His Tyr Pro Pro Ar g pro Cys Gly Val Val Pro Ala Gin Gl u(21SEQ ID Ikh158の情報。
(i)配列の特徴 (A)長さ・176アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D2 トポロジー6厘鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (×1)配列の記載 SEQ ID lb、15BVal Xよe Asp f f1e Xle la Gly ser His Trp Gly Val L eu Phe 八la Ala20 25 :l1 0Ar Thr Ala Leu Agn Cys Asn Asp Ser  Leu Gin Thr Gly Phe Xle Alaユ00 105 L IO Gly Leu Phe Tyr Tyr His Lys Phe Mn S er aer GIY Cys Pro Asp Arglle Ser Ty r Ala Asn 工le Ser Gly Pro Ser 八sp As p Lys Pro T’yr Cy■ 150 Ass 160 Trp )115 Tyr Pro Pro Arg Pro Cys Gly  Val Val Pro Ala Gin Glu ViP 165 X7Q 175 !2)SEQ ID 尚159の11t報(1)配列の特徴 fA)長さ 340塩基対 (D)トポロジー:直鎮状 (D)トポロジー=1[鎖状 Ala 工1e Cys Glu Ser Gin Gly Thr HiJ  Glu Asp Glu Jua Asn Lau Argloo 105 1 10 LeuL、euSerProArgGuy、9erArgProSer丁rpG ユyProxsnA!IPPr。
CGGCGGAGGTCCCGCAACCTCiGGTAAGGTCATCGA TACCCTAACATGC384(2)SEQ ID 隘164の情報。
(lン配列の特徴。
(A)長さ・166アミノ酸 (Bン型 アミノ酸 (D)トポロジー lX鎖状 (λl)配列の1重類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID &、+64Cily Gly Val A la Ar9 kla Leu A11l H工s Gly Val Arg  A1龜Val Glu Am■ [2)SEQ ID lb、165の情報。
(1)配列の特徴 (A)長さ 499塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロジー 直鎖状 fii)5i!列の1類: D N A (genoIIicl(iiil ハ イボセティカル No (1目)アンチセンス・No (xil配列の記載 SEQ ID PkL165GGGA丁CAATT AT GCAACAG 499(2)SEQ ID 尚166の情報 (」)配列の特徴 (A)長さ 126アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ ID )k+、166Met Ser Thr  Asn Pro Lys Pro Gin Arg Lys Thr Lys  Arg Asn Thr Asn[2)SEQ ID 崗167の1冑報(i) 配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (B)型 核酸 (C)鎮の数 一本領 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 c DNA fiiil ハイボセティカル N0 1iii)アンチセンス N。
(ix)12列の特徴 (A1名前/記号: CD5 (Bl存在位置 1 579 jixン配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide(B)存在位2: 1..579 (xil配列の記載 SEQ 10 &、167GAA GACGGG ATC AA丁 TAT GCA ACA GにG AACCTT CCCGGT TG CTCCT’l’T 144Glu Asp Gly X1e Asn Tyr  Ala 丁hr Gly Asn Leu Pro Gly Cym !;e r Ph■ (21SECID No、’168の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー [鎮状 (1工)配列の種類 蛋白 (×1)配列の記載 SEQ ID lio、lI38Pro Val Gly  Gly Val Ala Arg A11IL@u Ala )lis Gl y Val Arg Alm VmP Ser Ile Phe Leu Leu Ala Leu Leu !;er  Cys Leu Thr Val Pro Thr 5e■ Cys Pro Asn Ala Ser X1e Val Tyr Glu  Thr Glu Asn )Iis Ile Leu Hi■ 145 150 1ss 1g。
(2)SEQ ID No、169の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 fBl型 核酸 (CI鎖の数 一本絹 (D)トポロン−直鎮状 (11)配列の種EI:、cDNA (iiil ハイボセティカル N。
(1日)アンチセンス N。
(1x)配列の特徴 fA1名前/記号 CD5 (13)存在位置 1 579 (ixl配列の特徴 (A+名前/記号 mat peptide(B+存在位置 1 576 (xi)配列の記載:SEQ ID m169:GGCGTr AACTAT  CGCMT GCT TCG GGCGTT TAT CACATCACCAA CGAC240CTCCCA GGG 丁GCGTA CCCTGT GTG  AAG ACCGGG AACCAG TCG CGG TGT 336CTC GAG CCCTrG COG CGCGAT GTG GACCTG ATG  GTA GGT GCT GCCACC432Val Gly Gin He ePhs Thr Phe Gin Pro Arg Arg )lis Tr p Thr Thr Gin(21SEQ ID No、170の情報(i)配 列の特徴。
(A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 t ii>配列の種類を蛋白 (xi)配列の記載+SEQ ID No、170:g5 90 95 [2)SEQ ID Ilo、17]の情報fil配列の特徴 C・\)長さ 5791!基対 (I3)型 核酸 fl珀の敬 一本M (D)トポロジー 直鎖状 fii)52列ノj*Tn : c D N Afiiil ハイボセティカル  N。
[1ii1 アンチセンス:NO (Lx)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 1 579 [ix)配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide(B+存在位置 1..576 (xi)配列の記載 SEQ ID N1171:丁GG GTA GCCTT G ACCCCCACG CTG GCCGCG CCA TACCTT GG CGCT CCA :184CTCGAG TCCATG CGG CGT C ACGTG GAT TTG ATCGTG GGCACT GCT ACA  432GAG TGCAAT Tr TCCACCTAT CCG GGCCA CATCACG GGT CAT AGA ATO576(2)SEQ ID  隘172の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (BJ型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類:蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID h172:1a (2)SEQ ID 胤173の情報。
(1)配列の特徴。
(A)長さ、579塩基対 (B)型 核酸 (C) illの数 一本鎖 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 cDNA (iiil ハイボセティカル N0 fiiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号: CD5 (B)存在位置 1 579 (1x)配列の特徴 (A1名前/記号:mat peptide(B)存在位置 1 576 (×1)配列の記載 SEQ ID Na173+CTT GAG TCCAT G CGA CGT CAT G丁G CAT 丁TOATG GTA GGC ACT GCCACA 432Leu Glu Set Met Arg Ar g )Iis Val ju+p Leu Met Val Gly Thr  Ala T■■ (21SEQ ID 胤174の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー I[鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID 1k174Ser 1ie Phe Le u Leu Ala Leu Leu Ser Cys Leu Thr Va l Pro Ala 5erLeu Glu 5er Mej Arg Arg  I(is Vlll Alp Leu Met Val Gly Thr U aτhr(2)SEQ ID 随175の情報:(1)配列の特徴 (A)長さ、579塩基対 (Bl型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列の種類 cDNA fiii)ハイボセティカル N0 fiii)アンチセンス NO (ix)配列の特徴 (A)名前/記号 CDS [D)存在位置 1. 、 E+79 (1x)配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide(B)存在位置 l 576 (xl)配列の記載 SEQ ID、No、175Alll Gin )Iis  Tyr Arg Asn工1e ser Gly Ile Tyr Hlm  Val Thr jlun J浮■ 65 70 75 g。
Thr Cys Gly Phe ALa Asp Leu Met Gly  Tyr Ile Pro L@u Val Gly A1m(xl)配列の記載  SEQ ID 1k179(2)SEQ TD l&+、l80(7)jff tli(i)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ii) 配列0) I! jJI 蛋白(xi) 配列のDE載:SEQ I D k180Ala Ile Hxs Tyr Arg Asn Ala Se r Asp Gly Tyr T’yr 11e 丁hr Asn As■ C’)’5 Pro ASn Ser Ser IleゾaITyr Glu  Ala Glu Asn His工1e Leu )lisTrp Val A la Leu Thr Pro Thr Leu Ala Ala Pro H ls Leu Arg A11l PrB AlaCysSerAlaPhe丁yrIleGlyAspLeuCymGユy GlyVaユPhaLeu150 1ss 160 Ala Gly Gin Leu Phe 丁hr Xla Axg pro  八rg Xle His Glu Thr Thr G1n1g5 170 1 75 (2)SEQ ID No、181の情報(i)配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のII頚 cDNA (1目)ハイボセティカル No fiiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 FB)存在位置 l 578 (xi)配列の記載 SEQ ID l&t181CCTGCAGCCA CC CTTTGC″rCTGCCCTCTACGTCGGAGACCTCTG↑GG AGG ?にTCTTCCTA@480 G丁GGGACAGA TGTTCACC’TT CCAGCCGCGCCGC CACTGGA CCACTCAGGA C’T’GCAAbTCC540 (2)SEQ ID 陽182の情報。
(i)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (Dン トポロジー 直m状 (11)配列の種類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ ID k+82:;1la A2)SEQ ID 胤183の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (B)型 核酸 (C1鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー・直鎖状 (11)配列の種類 cDNA (iiil ハイボセティカル N0 tiiil アンチセンス N。
Nx)1に!列の特徴・ (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 1..579 (1x)配列の特徴 FA)名前/記号 mat peptide(B)#在位fi: ]、、579 (xil配列の記載+SEQ ID No、183+Mee cys Ser  Ala Lau T’yr !l@Gly Asp Lau Cys Gly  Gly Leu Phe Lauλ45 150 155 160 Val Glu Ser Phe Arg Arg His Val Alp  Met Meセ Val Gly AユIIAユaThr1301コ5140 Asp Cys Asn Cys Ser Ile Tyr Ala Gly  )lis Ile Thr Gly His Gly Ma■ (2)SEQ ID 勤187の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (B)型 核酸 (CンInの数 一本鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のfl類 cDNA fiiil ハイボセティヵル N。
fiiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴。
(A)名前/記号 CD5 (B)存在位M: 1..579 (1x)配列の特徴。
[A)名前/記号 mat peptide(B)存在位置 1 576 (xi)2列(7)12載:SEQ rDNO,l87GCCGTCAACTA T CGCMT GCCTCG GGCATCTAT CACATCACCAA T GAC240Ala Val Asn Tyr Arg ksn Ala  Ser Gly Ile Tyr )14++ 工ie Thr Axn Ai P (2)SEQ ID 漱1BBの1青報(1)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (X])配列の記載 SEQ ID 1h188Ala Val Asn Ty r Arg Ajn Ala Ser Gly rle T′yr His I le Thr Aan A1Pp 65 70 7S 9Q (2)SEQ ID No、189 の 1陶 報(i)配列の特徴 +A)長さ 5791B基対 fBl型核酸 (C)鎖の数 一本領 (D)トポロジー 直鎮状 fii)配列の種類 cDNA (iii)ハイボセティカル N。
(目1.1 アンチセンス N。
(1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (Bl存在泣装 l 579 (ix)配列の才寺徴 (A)名前/記号 mat peptidejB)存在位置 1 576 (xi)配列の記載 S E Q I D No、 l 89(2)SEQ I D No、I90の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー III珀状 (11)配列の1類 蛋白 (xl)配列の記載:SEQ ID Na190:Thr Cys Gly P he Jua Asp Leu Met Gly Tyr Ile Pro L au Val Gly Aha5 工0 15 Pro Val Gly Gly VaI Ala 八rg Ala Leu  八la His Gly Val Arg Ala Van20 25 コ0 clu Asp Gly Xle Asn Tyr Ala Thr Gly  Asn Leu Pro Gly Cys Sat Phe3S 40 45 ser 11e Phe Leu Leu Ala Leu Leu Ser  Cym Leu Thr Val Pro Ala gerAlll Glu  His Tyr Arg Asn Aha Ser Gly Xle Tyr  Rig Zle Thr Agr+ A鰍■ Cys pro 入sn Ser Ser Val VaI Tyr Glu  Thr Asp His HLs 工1e Leu )Ii■ ss so 5s Leu pro Gly Cy++ VaIPro Cys val Arg  Ala Gly Asn Val 9er Arg Cysloo 105 1 10 Trp Thr Pro VaIThr Pro Thr Val Ala A la Val Ser Met Asp Ala Pr。
Val Cys Ser Val Leu Tyr Val Gly ju+p  Leu Cy++ Gly Gly Na Phe La■ 145 150 Ass 160 Val Giy Gin Mee Phe Thr Phe Gin Pro  Arg Arg HLs Trp Thr Thr GinL6S 170 1 7S ALp Cys Asn CyS Ser Ile Tyr Thr Gly  )lis 工1e Thr Gly His Arg Me■ (2)SEQ ID No191の1り報(△)長さ 289塩基対 (D)トポロジー 直tI′I4人 (]1)配列のIfI類 cDNA (iiil ハイボセティカル No [B)存在位置 1..2139 1ie Pro Lys Ala Arg Arg Ser Glu C1y  Arg Ser Trp Ala Gin Pro Gly(2)SEQ ID  陽193の情報;(Δ)長さ 498塩基対 fc)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (A1名萌/記号 CD5 (B)存在位置 1 49B (A)名前/記号 mat peptide(B)存在位ffi: 1..49 5 (xi)配列の記載 SEQ JD 胤193:TT CTG TCT CC’ T CGCGGCTCT CGG CCA TCT TGG GGCCCA A AT GAT CCC33U Leu Leu Ser Pro Arg Gly Ser Arg Pro  5er Trp Gly Pro Ain Asp Pr。
(X])配列の記載 SEQ ID N11L194+Gly Gly Val  Ala Arg Ala Leu Ala 1(is Gly Val Ar g Ala Val Glu Am■ 145 150 155 1fiO (2)SEQ ID 漱195の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (BJ型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のxl類 cDNA (1口)ハイボセティカル N。
fiiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A1名前/記号 CD5 (Bl存在位fi: i、、579 (1x)配列の特徴 (A1名前/記号 mat peptide(I3)存在位置 1 576 (xl)配列の記載 SEQ ID No、195+GCA CCT GGCT GCGTG CCT TGT GTCAGG AAA GAT AAT GTG  AにT AGG TGC336Ala Pro Gly Cys Val P ro Cys Val Arg Lys Asp Ash Val Ser A r9 eyeloo 105 工10 7GG GTCCAA ATT ACCCCCACG CTG TCA GCC CCG AGCTTCGGA GCA GTC384ACG GCT CCCC TT CGG AGA GCCGTr GAT TACTTG CTG GGA  GGG GCT GCC432CTCTGCTCCGCG TrA TACG TT GGA GACGCG 丁GT GGG GCA CTA TrT TT G 480G丁A GGCCAA ATG TTCACCTAT AGG CC T CGCCAG CAT GCT ACG GTG CAG 528(2)S EQ ID 階196の情報・(1)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型、アミノ酸 (D)トポロジー II鎖状 (11)配列のfl類 蛋白 (xil配列の記載 5IEQ ID 1h196Trp Val Gin I le Thr Pro Thr Leu Ser Ala Pro Ser P he Gly 八la Va1(2)SEQ ID 恥197の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 579塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ロ)配列の4顕 cDNA tiiil ハイボセティカル N0 tiiij アンチセンス NO (ix)配列の特徴 (A1名前/記号 CD5 (B)存在位置 1 579 (1x)配列の特徴 i A )名前/記号 mat peptideFB)存在位ffi: 1.. 576 (xi)配列の記載 SEQ ID 患197τCT ATCTACCTCTT G GCA CTT CTCTCG TGCCTG ACT GTT CCCA CCTCG 192Ser IIs Tyr Leu Leu Ala Leu  Leu Ser Cys Leu Thr Val Pro Thr 5er so ss g。
(2)SEQ ID k198の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 193アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (iil配列の1重類 蛋白 (X])配列の記載 SEQ ID Na、I98て=;1uAspGiyIl eAsnT”、’rAla7hrGlyAsnLeuProGIYCyBSer PheCCCCCCAGCT GGOACACAAT GTGGAAATGCA TGCTCCGTCTCAAACCGAC)l’r’rAAcTGfc 102 0 CA1020CAG AAACTCTGjJL GCCGGCAGCCACGT CTGTGT GGAACAAGGCTGAGCAGT’rb1440 TGGllCCACAT ACATGTGGAA CTTCATCAGT GG GATACMT MTAC1485[2)SEQ ID 隔198の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 484アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 fc)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列のIle類 蛋白 (xl)配列の記載 SEQ 10 N119BCys Ala Arg 丁h rXユe Thr 丁hr Gly Ala Ser 11e Thr T′y r Ser Thr TyrGly Lys Phe Leu Ala Asp  Gly Gly Cys Ser Gly Gly Ala His Asp  Va1Gly Arg Ala ff1e Pro Leu 八la Phe  工le Lys Gly Gly Arg )lis LAu lPe 100 ユ05 ユニ0 PheCysHxsSerLysLysI−YSC’/5AspGluLeuA laLYSGinLeuThr11S 120 125 、 Val Ile pro Thr Thr Gly Asp Val Va l Val CyB Ser Thr Asp Ala L■■ Asp Arg Glu Val Leu Tyr Gin Gin Phe  A+、p Glu Met Glu Glu Cys 5e■ Trp Xaa 丁hr Tyr (2) SEQ I D No、199の情報A丁CACCJIAGT ACA TTATGGCTTGCATG丁CT GCGGACTTGG AGGTCAT TACCAJICACTTfG 1140 GTTCTGGTGG GGGGCGTTGT GGCGGCCCTG GCG GCCTACT GCTTGAcGGT GGGfrCQGsA 1200 GCCATAGTCG GTAGGATCAT CCTCTCTGGG AAA CCTGCCA TCATTCCCGA TAGGGAGGbA 1260 TTATACCAGCAATITGATGAGATGGAGGAGTGCTCG GCCTCGTTGCCCTATATGGAeGAG132O Ser Leu Gly Val Asn Ala Val Ala Tyr  Tyr Arg Gly Leu Asp Val AlaGly Van V al Ala Ala Leu A1.a Ala Tyr Cys Leu  Thr Val Gly Ser va■ :l[lS 390 395 400 Ala Ser Leu Pro Tyr Met: Asp Glu Thr  Arg Ala 工le Ala Gly Gln Ph■ (2)SEQ ID No、201の情報(i)配列の特徴 (A)長さ:340塩基対 FB)型 核酸 FC)鎖の数、−重鎖 (D)トポロジー、1!鎖状 (11)配列の種間 cDNA fiiil ハイボセティカル N。
fiii)アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号 CDS [B]存在位置:2..340 (1x)配列の特徴 (A1名前/記号 mat peptide(B)存在位置 2 337 (xl)配列の記!!+SEQ ID 1k201GTCGTCATCGCT  GM AGCGGT GGCGTCGAG GAG GACAAG CGA G CCCTC334(2)SEQ ID No、202の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 113アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID lk、202(2)SEQ ID No、 203の1111報(1)配rりの特徴 (A )長さ 340塩基列 [B)型 核酸 (C)鎮の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎮状 (ii)配りりノ!IYn : c D N A(ix)配列の特徴: (A)名前/記号: CD5 (Bl存在位置 2 340 (1x)配列の特徴 (A1名前/記号 mat peptide(B)存在位置 2 337 (xi)配列の記載 SEQ ID N1203(2)SEQ TD Iio、 204の情報。
(])配列の特徴 (A) !:+さ 113アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のxl類 蛋白 (xi)!&タリの記載 SEQ ID k204Cys Cys Asp L eu Glu Pro Glu Thr Arg Lys Val Zle s er Ala Leu Thr(2) SEQ ID k205 の T陶 報 (i)配列の特徴 (A+長さ 340塩基対 fB)型 核酸 (C)鎖の数 一本積 (D)トポロジー Ll!鎖状 (ii)配列の種類 cDNA (iii)ハイボセティカル N。
(口1)アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B) 存在位fl:2..340 [ixl配列の特徴 fA)名前/記号 mat peptide(B)存在位置 2 337 (xil 配列)記載 SEQ ID No、205(2+SEQ ID 隨2 06の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 113アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (X])配列の記載:SEQ ID Na206+Ser Thr Val 丁 hr Glu Arg Asp Zle Arg Thr Glu Glu G lu Xle Tyr G1nCys Cys Asp Leu Glu Pr o Glu Ala Arg Lys Val Ile Ser 八la Le u ThrGlu Arg Leu Tyr Val Gly Gly Pro  Met Tyr Asn Ser Lys Gly AI+p Le■ (1)配列の特徴 [A)長さ 340塩基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 一本M (D)トポロジー 直鎮状 filロピタ■1の午呼0! (A):1%さ 113アミノ酸 (B)型、アミノ酸 (D)トポロジー I[鎖状 C11)配列の種類 蛋白 丁ATGCACAACAGCAAGG(iAG ACCTGTGTGG CAT CCGTAGA TGCCGCGCGA GCGGCGTrsA 180 (2)SEQ ID 1k210(7)情報。
(i)配列の特徴; (A)長さ 113アミノ酸 CB)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の1m類 cDNA (iii)ハイボセティカル No (iiil アンチセンス、No (X])配列の記載 SEQ ID 陽210(2+ SEQ ID No、2 1147NIIi(i)配列の特徴 (A)長さ 340塩基列 fB)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロン−直tri状 (11)配列の1重類 cDNA (iii)ハイボセティカルーN。
fiiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A1名前/記号 CD5 fB)存在位置 1..340 (xi)配列の記載 SEQ ID m211[2)SEQ ID 胤212の 情報・(1)配列の特徴 (A)長さ 113アミノ酸 (B)型、アミノ酸 (C1鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 cDNA (iiil ハイボセティカル N。
[jiil アンチセンス N。
(xi)配列の記載 SEQ ID 1k212fxil SEQυENCE  DESCR工p丁1ON+ SEQ XD NOi 212Gly Asn T hr Leu Thr Cys Tyr Leu Lys Ala Thr A la Ala Thr Arg Ala(2)SEQ ID NCL213の情 報(i)配列の特徴 (A)長さ 340塩基対 (B)型 核酸 (C1litの数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎮状 (ii)配列の種類 cDNA (iiil ハイボセティカル No (iiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位j!l:2..340 + ix)配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide++3)存在位置 2 337 (×1)配列の記載 SEQ ID No、213”” GCG AAG CT CCAG GACTGCACG ATG CTCGTG TGCGGG GAC GACCTT 286AlaAhaLy=LeuGinASpCysThrMe tL@uValCysGlyAspAspLeuθ0 85 90 95 GTCGTr ATCTGT GM AGCGCG GGA ACCCAA G AG GACGCG GCG AGCCTA 334(2)SEQ ID 隘2 】4の情報 (1)配列の特徴・ (A)長さ 113アミノ酸 (B)型、アミノ酸 CD)トポロジー・直鎖状 (ii)配列の種類 蛋白 (xi)配列の記載 SEQ ID lt、214(2)SEQ ID No、 215の情報(1)配列の特徴 FA)長さ 3401基対 (B)型 核酸 (C)鎖の数 −重鎮 (D ) トポO; −IIfl’l状(]工)配列のII類 cDNA (iiil ハイボセティカル N。
fiiil アンチセンス N。
(1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置+2..340 (ix)配列の特徴: (A1名前/記号 mat peptide(B)存在位置:2..340 (xl)配列の記載:SEQ rD Na215:(xi)配列の記載 SEQ  ID 8m216(2)SEQ ID 漱217の情報 (i)配列の特徴 (A)長さ、3401基対 CB)型 核酸 (C)131の数 一本鎖 〔D)トポロジー 直鎮状 (Jl)配列の種類 cDNA fiiil ハイボセティカル No (1x)配列の特徴 (A)名前/記号 CD5 (B)存在位置 2 340 (ix)配列の特徴 (A)名前/記号 mat peptide(B) tf在位置 2 340 (×1)配列の記載 SEQ ID 1k211(2)SEQ ID 隘218 の情報 (1)配列の特徴 fA)長さ 113アミノ酸 fB)型 アミノ酸 (D)トポロジー 直鎮状 (11)配列のII類 蛋白 (X])配列の記載 SEQ ID 1k21BAla Gly Leu Ar g Asn Pro ASp Phe Leu val CYs Gly A! Ip ASp Leu VaP (21SEQ ID 隘219の情報。
(i)配列の特徴。
(A)長さ、10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本鎖 (D)トポロジー lf鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID &219:(1)配列の特徴 (A+長さ 10アミノ酸 (Bン型 アミノ酸 (C)tJIの数、一本鎖 (1])配列の11類 ペプチド (2)SEQ ID 胸221の情報 (B)型 アミノ酸 [ii)配列の種類 ペプチド (xl)配列の記!!l5EQ ID No、221fEl型 核酸 (C1鎖の数、−重鎖 (D)トポロジー、直鎖状 (ii)配列の種jl:cDNA (iiil ハイボセティカル N0 fiiil アンチセンス N。
(ix)配列の特徴 (A)名前/記号・CD5 (B)存在位置 3 629 (1x)配列の特徴 (A+名前/記号 mat pepticle(B)存在位置 3 629 (xl)配列の記載 SEQ ID ITh、222AAG CAT g2S Lys H工5 (2)SEQ ID 尚223の情報。
(1)配列の特徴 FA)長さ 209アミノ酸 (13)型二アミノ酸 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 蛋白 (χi)5’!”lの記載 SEQ ID 1k223・(Al長さ、12アミ ノ酸 Val Leu GLy Leu Leu Gin Arg Ma Tht G in Gin Gin Ala Val X1e Glulo、 +aζ 19 0 (長J苗゛I8〕区 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (iil配列の種類 ベブチド (xi)配列の記載 SEQ ID &229f2)SEQ ID 漱230の 情報:(1)配列の特徴。
(A)長さ 12アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (Coilの数 −重鎖 (D)トポロジー、直鎖状 (ii)配列の種類、ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID lla、230[2)SEQ ID 隘2 31の情報。
(i)配列の特徴 fA)長さ 12アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)蹟の数・−重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のII類 ペプチド (xl)配列の記載 SEQ ID Na23+Leu Gin Val Ly s Asn Thr Ser Ser Ser Tyr Me仁Val(2)S EQ ID No、232の憤轄(1)配列の特徴 [A)長さ 11アミノ酸 (B)型 アミノ酸 fc)fJliの数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (ロ)配列の種類 ペプチド (×1)配列の記載 SEQ ID No、232(xi)配列の記載 SEQ  ID 随236゜特表千7−508423 (84) (i)配列の特徴 (A)長さ、11アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −木調 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類、ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID ff1233(2)SEQ ID 隘23 4の情報・(i)配列の特徴・ (A)長さ 11アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (C)鎖の数 −重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (×1)配列の記載 SEQ ID No、234(2)SEQ TD 尚23 5の情報。
(1)配列の特徴 (A)長さ 11アミノ酸 (E)型 アミノ酸 (C)鎖の数・−重鎖 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (x1〕配列の記載 SEQ ID N1235(2)SEQ ID 隘236 の1^報(i)配列の特徴 (Δ)長さ +1アミノ酸 (131型 アミノ酸 (C)鎖の数 −木調 (D)トポロジー 直鎖状 (ロ)配列の種類 ペプチド (2)SEQ ID 阻240の情報 (2)SEQ ID No、237の情報(り配列の特徴 (A)長さ 11アミノ酸 (Bl型 アミノ酸 (A)長さ:1】アミノ酸 (Bl型、アミノ酸 (C)lの数 −木調 (D)トポロジー・直鎖状 (11)配列の種類、ペプチド (11)配列の種類 ペプチド (xl)配列の記載 SEQ ID )h243+(2)SEQ ID +41 +、244の情報:(1)配列の特徴 (A)長さ 13アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載+SEQ ID 1k244(2)SEQ ID No′2 45の情報(1)配列の特徴 (A+長さ 13アミノ酸 (Il)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の種類 ペプチド (xl)配列の記載 SEQ ID No、245:42)SEQ ID No 、246の情報(1)配列の特徴 (A)長さ 13アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 fD)l−ボロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド 〔Xl)配列の記載 SEQ ID No、246Val Lys Thr G ly Asn Gin Ser Arg Cys Trp Ile Ala L eu(2)SEQ ID 漱247の情報:(i)配列の特徴 (A)長さ、13アミノ酸 (B)型・アミノ酸 (C)鎖の数、一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載:SEQ ID N1247:val Lys Thr G ly Asn ser Val Arg Cys Trp X1e Pro L eu(2)SEQ ID 魔248の情報。
(i)配列の特徴 (A)長さ 13アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C1鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xl)配列の記載 SEQ 1.D &248:(2)SEQ ID 患24 9の情報 (1)配列の特徴 (A)長さ 13アミノ酸 (illj型 アミノ酸 (C1鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直11状 (11)配列の種類 ペプチド (Xl)配列の記載 SEQ ID No、249F2+SEQ ID No、 250の情報(1)配列の特徴 (A+長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎮の数 一本川 (D)トポロジー lf鎮状 (11)配列の種類 ペプチド (xl)配列の記載 SEo 10 &250:(2)SEQ ID 胤251 の情報。
(1)配列の特徴 (A)長さ 1oアミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎮状 (ii)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID 陽、251(2)SEQ ID 隔252 の情報 (1)配列の特徴・ (△)長さ 】0アミノ酸 FB)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (1])配列の1重類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID No、252Val Ly+ Tyr V al Gly Ala Thr Thr 八la 5er(21SEQ TD  No、253の情報(i)配列の特徴 fA)長さ 10アミノ酸 iB)型 アミノ酸 iC)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎮状 (1ユJ配列の!種類 ペプチド (xl)配r11の記載 SEQ ID No、253Ala Pro Tyr  工1e Gly Ala Pro VaL C1u 5er(2)SEQ I D 隨254の情報。
(i)配列の特徴。
(A)長さ+lOアミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID 8w254(2] SEQ ID 隨25 5の情報−(1)配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)lの数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (1工)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID 陶、255Ser Pro Tyr Va l Gly Ala Pro Leu Glu Pr。
(2)SEQ ID も256の情報 (])配列の特徴 FA)長さ lOアミノ酸 FB)型 アミノ酸 FC+鎖の数 一本川 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xl)配列の記載 SEQ ID Ib、256Ser Pro 丁yr A la Gly Ala Pro Leu Glu Pr。
(2)SEQ ID No、257の情報(1)配列の特徴 〔A)長さ 10アミノ酸 (B)型二アミノ酸 (C)鎖の数・−木調 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID 1kL257:(2)SEQ ID 阻2 58の11I報・(11)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載 SEQ ID Na251(xl)配列の記載 SEQ  ID k259(2) SEQ ID k26(1)jlHli(i)配列の特 徴 (xi)配列の記載 SEQ ID &260;(2)SEQ ID l&h2 61の情報;(1)配列の特徴 (A)長さ 10アミノ酸 (Bl型・アミノ酸 (C)鎖の数・−木調 (D)トポロジー、直鎖状 (11)配列の種類 ペプチド (xil配列の記t!+SEQ ID b261:Ala Pro His L eu Arg Ala Pro Leu Ser 5er(2)SEQ ID  隘262の情報:(i)配列の特徴 FA)長さ 10アミノ酸 (13)型 アミノ酸 (C)鎖の数 −木調 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載−5EQ ID &262F2)SEQ ID 勘263の 情報。
(1)配列の特徴 (A)長さ lOアミノ酸 (B)型 アミノ酸 (C)蹟の数 −木調 (D)トポロジー 直鎖状 (11)配列のIIn・ペプチド (xil配列の記載 SEQ ID N1263(11)配列の種類 ペプチド (A)長さ 】0アミノ酸 (B)型・アミノ酸 (C)11の数 −木調 (D)トポロジー 直鎖状 (ii)配列の種類 ペプチド (xi)配列の記載n5EQ ID I&L267:(2)SEQ ID 隘2 68の情報 5 10 1s TAC1443 屯Ω、OUO弓二ρ二〇u Ll [J’Om づ田弓づ田司弓m弓mΩΩU− −−−−へへへへへαへへへM M m M M t’l m M rq rq  mra箇n特表千7−508423 (88) ロ ′;ニニしUつニクク0000づづづ貞づmmrommmmmづ■DO’  −= M A f−NきへへへへヘヘN M M l”’l M m M M  M M M m m l−’1 t−’T m特表平7−508423 (9G ) 特表千7−508423 (91) 弓、O,rIuu づ二β二〇U○℃ 弓づ屯田弓部づ田づ屯田づ田弓迫Ωし一 一一一−へへへへへへヘヘ M M F’T I”l I”l l”l I”I  FI M FI M T”l M M M +−’I l 特表千7−508423 (92) u匹狙ユーエ剋U皿■4 ム王仄e2二(y±江四已5 GB48 4c −D−−E−−KRP−G−GBllg 4c −D−−E− 一幻郡−G−GB21S 4c −D−−E−一獄−GVGB35B4c −D −E−沿仏−G−GBE!09 4e −G−−E−−KRA−G−CAM60 0 4e −G−−E−−KRA−G−G22 4f −D−−E−−RRA− G−CARI1501 4j −−−−E−−PXTX−PBE95 5a − Q−TH−−E−−−−−BE965a −Q−TH−E−N−−−CHRIE I 5a −Q−TH−−に−一−−−CHR195a −Q−TH−−E−C −−V1二づコづづ1二U○0■β・β・づ 屯二屯二℃Φ勺DIJtJのω0 ・0・づ+++GN(ト)FI Fl r’+ M豐すリぐ!い −−へヘヘr q l’l’l F1m豐ぐぐすぐい狩表千7−508423 (g3) 弓で弓田弓の二 屯Ω℃ 田田田■Ω 勺000■0J14J−■二一一一一+  、−t F−1−へヘヘ M Fl m M円 9寸すぐぐす寸!寸す豐Q  ■Q 11cJI <<<< で叩でt奈坏で 甲で 特表千7−508423 (96) ○○■1111111111す01lj <<<1 ■ 1 日 1 < ■  I << 1111 111特表平7−508423 (98) ■17−LH11l−I 1 ! ■ 1− ■ 1111 111く<■く○ くQく■くく■くQO■■ ■■■11111 ■ l 1 ■ I I 11 11 Q 1 Q特表千7−508423 (99) ば) tzrl″I口r+ 1111 1l−11−I IL)L)1−+(J E− @ Ol lFi ure 5 − Continued 2HCVI 1a  RGSRPSWGPTDPRRRSRNLGKVIDTLHCVJ 1b HCJ6 2a −−−−−−−−−N−−−H−−−−V−−−−−−−HC J8 2b −−−−−T−−−−−−−H−−−−−−R−−−−INE92  2d −−−−−−−−−−−−−H−−−−−−−−−−−−NZLl 3 a −−−−−−−−−N−−−−−−−−−−−−−−−−HCV−TR3b  −−−−−−一−−N−−−−−−−−F−−−−−−−BE98 3c − −−−−−−−−N−−−−−GB809 4e −−−−−−−一−N−−一 −−−−−−−−−−−−−CAM600 4e −X−−X=−−N−−−X −−−−−−−−−−−−GB724 4? −−−−−−−−−N−−−−− −−−−−−−−−−−BE95 5a −−−−−N−−−N−−−−に−− −−−−−−一−−0 C) Fi ure 6− continuecl 7BR36−20−164 BR36−20−166 BR36−20−165 特表千7−508423 (105) p 特表千7−508423 (106) INNO−LIA NS4 LIA HCV AbII Figure 8 勺、DnjΩ中勺づ づβ田りづ田1) づDづD■弓田H−ヘヘlj’l L r1−+−I HへへいいM −一〜へいいm兵1 フロントページの続き (51) Int、 Ct、’ 識別記号 庁内整理番号GOIN 33157 6 Z 7055−2J(81)指定国 EP(AT、BE、CH,DE。
DK、ES、FR,GB、GR,IE、IT、LU、MC,NL、PT、SE) 、0A(BF、BJ、CF、CG、 CI、 CNi、 GA、 GN、 ML 、 MR,NE、SN。
TD、TG)、AT、AU、BB、BG、BR,BY。
CA、 CH,CN、 CZ、 DE、 DK、 ES、 F I、 GB、G E、HU、JP、KG、KP、KR,KZ、LK、LU、LV、 MD、MG、 MN、MW、NL、N09NZ、PL、PT、R○、 RU、SD、SE、SI 、 SK、TJ、TT、UA、US、UZ、VNI

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.次のHCV配列のうちの少なくとも1つから選択された、8個又はそれ以上 の隣接するヌクレオチドを含む少なくとも1つのポリ核酸又はその相補体を含む か又はこれより構成される組成物であって、 −HCV3型ゲノム配列、より特定的には、次の領域のいずれかの中の配列 −HCV亜型3aのコア/E1領域の位置417〜957にまたがる領域、 −HCV3型のNS3領域の位置4664〜4730にまたがる領域、 −HCV3型のNS3/4領域の位置4892〜5292にまたがる領域、 −HCV亜型3aのNS5領域の位置8023〜8235にまたがる領域、 −HCV亜型3cのゲノム配列 −HCV亜型2dのゲノム配列、 −HCV4型ゲノム配列、 −HCV亜型5aのコーディング領域、前記ヌクレオチド番号づけが表1に示さ れている通りのHCV核酸の番号づけの関係にあるものであり、前記ポリ核酸が 上述の領域内に既知のHCVポリ核酸配列と少なくとも1つのヌクレオチドの差 異を含んでいるポリ核酸又は組成物。 2.前記ポリ核酸が、次のHCVゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオ チド配列に対応するものである請求の範囲第1項に記載の組成物。 −コア/E1領域の位置417〜957にまたがる領域の中の、配列番号13、 15、17、19、21、23、25又は27に表わされている通りの配列のい ずれかに対して少なくとも67%、好ましくは69%以上、最も好ましくは71 %以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −E1領域の位置574〜957にまたがる領域の中の、配列番号19、21、 23、25又は27に表わされてしる通りの配列のいずれかに対して少なくとも 65%、好ましくは67%以上、最も好ましくは69%以上の相同性を有するH CVゲノム配列; −コア領域の位置1〜378にまたがる領域の中の、配列番号147に表わされ ている通りの配列のいずれかに対して少なくとも79%、より好ましくは少なく とも81%、最も好ましくは83%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;− コア/E1領域の位置417〜957にまたがる領域の中の、配列番号13、1 5、17、19、21、23、25又は27に表わされている通りの配列のいず れかに対して少なくとも74%、より好ましくは少なくとも76%、最も好まし くは78%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;−Ei領域の位置574〜 957にまたがる領域の中の、配列番号13、15、17、19、21、23、 25又は27に表わされている通りの配列のいずれかに対して少なくとも74% 、好ましくは76%以上、最も好ましくは78%以上の相同性を有するHCVゲ ノム配列; −NS3領域の位置4664〜4730にまたがる領域の中の、配列番号29に 表わされている通りの配列のいずれかに対して73.5%以上、好ましくは74 %以上、最も好ましくは75%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;−NS 3/NS4領域の位置4892〜5292にまたがる領域の中の、配列番号29 、31、33、35、37又は39に表わされている通りの配列のいずれかに対 して70%以上、好ましくは72%以上、最も好ましくは74%以上の相同性を 有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置8023〜8235にまたがる領域の中の、配列番号5、7 、1、3、9又は11に表わされている通りの配列のいずれかに対して95%以 上、好ましくは95.5%以上、最も好ましくは96%以上の相同性を有するH CVゲノム配列: −NS5B領域の位置8023〜8192にまたがる領域の中の、配列番号5、 7、1、3、9又は11に表わされている通りの配列のいずれかに対して96% 以上、好ましくは96.5%以上、最も好ましくは97%以上の相同性を有する HCV3a型のBR36亜群のHCVゲノム配列: −NS5B領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号14 9に表わされている通りの配列に対して79%以上、好ましくは81%以上、最 も好ましくは83%以上の相同性を有するHCVゲノム配列。 3.前記ポリ核酸が、次のHCVゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオ チド配列に対応しているものである、請求の範囲第1項に記載の組成物。 −コア領域の位置1〜573にまたがる領域の中の、配列番号41、43、45 、47、49、51、53又は151に表わされている通りの配列のいずれかに 対して85%以上、好ましくは86%以上、最も好ましくは87%以上の相同性 を有するHCVゲノム配列; −E1領域の位置574〜957にまたがる領域の中の、配列番号41、43、 45、47、49、51、53、153又は155に表わされている通りの配列 のいずれかに対して61%以上、好ましくは63%以上、最も好ましくは65% 以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS3領域の位置3856〜4209にまたがる領域の中の、配列番号55、 57、197又は199に表わされている通りの配列のいずれかに対して76. 5%以上、好ましくは77%以上、最も好ましくは78%以上の相同性を有する HCVゲノム配列; −E1/E2領域の位置980〜1179にまたがる領域の中の、配列番号15 7に表わされている通りの配列と68%以上、好ましくは70%以上、最も好ま しくは72%以上の相同性を有するHCVゲノム配列: −NS4領域の位置4936〜5296にまたがる領域の中の、配列番号59又 は61に表わされている通りの配列のいずれかに対して57%以上、好ましくは 59%以上、最も好ましくは61%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;− NS5B領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号159 又は161に表わされている通りの配列のいずれかに対して93%以上、好まし くは93.5%以上、最も好ましくは94%以上の相同性を有するHCVゲノム 配列。 4.前記ポリ核酸が、次のHCVゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオ チド配列に対応するものである、請求の範囲第1項に記載の組成物。 −コア/E1領域の位置1〜957にまたがる領域の中の、配列番号118、1 20又は122に表わされている通りの配列のいずれかに対して、位置574〜 957にまたがるE1領域の中の66%以上、好ましくは68%以上、最も好ま しくは70%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号118、120又は12 2に表わされている通りの配列のいずれかに対して71%以上、好ましくは72 %以上、最も好ましくは74%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;−E1 領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号183、185又は 187に表わされている通りの配列のいずれかに対して85%以上、好ましくは 86%以上、最も好ましくは86.5%以上の相同性を有するHCVゲノム配列 ;−E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号189に表 わされている通りの配列に対して81%以上、好ましくは83%以上、最も好ま しくは85%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号167又は1 69に表わされている通りの配列のいずれかに対して85%以上、好ましくは8 7%以上、最も好ましくは89%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;−E 1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号171又は173 に表わされている通りの配列のいずれかに対して79%以上、好ましくは81% 以上、最も好ましくは83%以上の相同性を有するHCVゲノム配列;−E1領 域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号175に表わされてい る通りの配列に対して84%以上、好ましくは86%以上、最も好ましくは88 %以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号177に表わ されている通りの配列に対して83%以上、好ましくは85%以上、最も好まし くは87%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号179に表わ されている通りの配列に対して76%以上、好ましくは78%以上、最も好まし くは80%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号181に表わ されている通りの配列に対して84%以上、好ましくは86%以上、最も好まし くは88%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号106 、108、110、112、114又は116に表わされている通りの配列のい ずれかに対して73%以上、好ましくは75%以上、最も好ましくは77%以上 の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号106 、108、110又は112に表わされている通りの配列のいずれかに対して8 8%以上、好ましくは89%以上、最も好ましくは90%以上の相同性を有する HCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号116 又は201に表わされている通りの配列のいずれかに対して88%以上、好まし くは89%以上、最も好ましくは90%以上の相同性を有するHCVゲノム配列 ;−NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号20 3に表わされている通りの配列に対して87%以上、好ましくは89%以上、最 も好ましくは90%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号114 に表わされている通りの配列に対して85%以上、好ましくは87%以上、最も 好ましくは89%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、列列番号207 に表わされている通りの配列に対して86%以上、好ましくは87%以上、最も 好ましくは88%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号209 に表わされている通りの配列に対して84%以上、好ましくは86%以上、最も 好ましくは88%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号211 に表わされている通りの配列に対して81%以上、好ましくは83%以上、最も 好ましくは85%以上の相同性を有するHCVゲノム配列。 5.前記ポリ核酸が、次のHCVゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオ チド配列に対応しているものである、請求の範囲第1項に記載の組成物。 −コア/E1領域の位置379〜957にまたがる領域の中の、配列番号143 に表わされている通りの配列に対して78%以上、好ましくは80%以上、最も 好ましくは82%以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −位置574〜957にまたがる領域の中の、配列番号143に表わされている 通りの配列に対して74%以上、好ましくは76%以上、最も好ましくは78% 以上の相同性を有するHCVゲノム配列; −NS5B領域の位置7932〜8271にまたがる領域の中の、配列番号14 5に表わされている通りの配列に対して87%以上、好ましくは89%以上、最 も好ましくは91%以上の相同性を有するHCVゲノム配列。 6.前記ポリ核酸が、プライマーが導かれる遺伝子型に属する或る種の分離株の 核酸を増幅するためのプライマーとして作用する可能性の高いものである、請求 の範囲第1項乃至第5項のいずれか1項に記載の組成物。 7.前記ポリ核酸が、前記オリゴヌクレオチドが場合によって標識づけされてい るか又は固体基材に付着されている状態で、前記ヌクレオチド配列を含む核酸の 特異的検出及び/又は型分類のためのハイブリダイゼーションプローブとして作 用しうるものである、請求の範囲第1項乃至第5項のいずれか1項に記載の組成 物。 8.単数又は複数のHCV遺伝子型の存在をインビトロで検出するため、より特 定的には、それを含有している可能性の高い生物学的試料の中に存在する請求の 範囲第1項乃至第5項のいずれか1項に記載のヌクレオチド配列を有するHCV 遺伝子型のいずれかの核酸の存在を検出するため、少なくとも次の工程を含む、 請求の範囲第1項乃至第7項のいずれか1項に記載の組成物の使用。 (i)場合によって試料の核酸を抽出する工程;(ii)場合によって、請求の 範囲第6項に記載のプライマー又はその他のあらゆるHCV2型、HCV3型、 HCV4型、HCV5型又は万能HCVプライマーの少なくとも1つを用いて核 酸を増幅する工程; (iii)好ましくは固体基材に付着されている状態の請求の範囲第7項に記載 の単数又は複数のプローブを用いて、適切な条件下で、核酸が場合によって増幅 中又は増幅後に標識づけされている状態で、場合によっては変性した条件下で、 生物学的試料の核酸をハイブリッド形成する工程; (iv)適切な条件で洗浄する工程; (v)形成されたハイブリッドを検出する工程;(vi)観察されたハイブリッ ド形成パターンから存在する単数又は複数のHCV遺伝子型の存在を推定する工 程。 9.請求の範囲第1項乃至第5項のいずれか1項に記載のポリ核酸のいずれかに よってコードされたHCVポリタンパク質の少なくとも5つのアミノ酸の隣接す る配列をその配列の中に含んでいる、少なくとも1つのペプチド又はポリペプチ ドで構成されているか又はこれを含む組成物。 10.表記がその1文字コードでアミノ酸残基を表わす文字と表1に示されてい る通りのKato et al.,1990に従ったアミノ酸番号づけを表わす 番号で構成されている、次のアミノ酸残基のうちの少なくとも1つを、前記隣接 配列がその配列の中に含んでいる請求の範囲第9項に記載の組成物。 L7,Q43,M44,S60,R67,Q70,T71,A79,A87,N 106,K115,A127,A190,A130,V134,G142,I1 44,E152,A157,V158,P165,S177又はY177,I1 78,V180又はE180又はF182,R184,I186,H187,T 189,A190,A191又はG191,Q192又はL192又はI192 又はV192又はE192,N193又はH193又はP193,W194又は Y194,H195,A197又はI197又はV197又はT197,V20 2,I203又はL203,Q208,A210,V212,F214,T21 6,R217又はD217又はE217又はV217,H218又はN218, H219又はV219又はL219,L227又はI227,M231又はE2 31又はQ231,T232又はD232又はA232又はK232,Q235 又はI235,A237又はT237,I242,I246,A247,S24 8,V249,S250又はY250,I251又はV251又はM251又は F251,D252,T254又はV254,L255又はV255,E256 又はA256,M258又はF258又はV258,A260又はQ260又は S260,A261,T264又はY264,M265,I266又はA266 ,A267,G268又はT268,F271又はM271又はV271,I2 77,M280又はH280,I284】又はA284又はL84,V274, V291,N292又はS292,R293又はI293又はY293,Q29 4又はR294,L297又はI297又はQ297,A299又はK299又 はQ299,N303又はT303,T308又はL308,T310】又はF 310又はA310又はD310又はV310,L313,G317又はQ31 7,L333,S351,A358,A359,A363,S364,A366 ,T369,L373,F376,Q386,I387,S392,I399, F402,I403,R405,D454,A461,A463,T464,K 484,Q500,E501,S521,K522,H524,N528,S5 31,S532,V534,F536,F537,M539,I546,C12 82,A1283,H1310,V1312,O1321,P1368,V13 72,V1373,K1405,Q1406,S1409,A1424,A14 29,C1435,A1436,S1456,H1496,A1504,D15 10,D1529,I1543,N1567,D1556,N1567,M15 72,Q1579,L1581,S1583,F1585,V1595,E16 06又はT1606,M1611,V1612又はL1612,P1630,C 1636,P1651,T1656又はI1656,L1663,V1667, V1677,A1681,H1685,E1687,G1689,V1695, A1700,Q1704,Y1705,A1713,A1714又はS1714 ,M1718,D1719,A1721又はT1721,R1722,A172 3又はV1723,H1726又はG1726,E1730,V1732,F1 735,I1736,S1737,R1738,T1739,G1740,Q1 741,K1742,Q1743,A1744,T1745,L1746,E1 747又はK1747,Q1749,A1750,T1751又はA1751, V1753,N1755,K1756,A1757,P1758,A1759, H1762,T1763,Y1764,P2645,A2647,K2650, K2653又はL2653,S2664,N2673,F2680,K2681 ,L2686,H2692,Q2695又はL2695又はI2695,V27 12,F2715,V2719又はO2719,T2722,T2724,S2 725,R2726,G2729,Y2735,H2739,I2743、G2 746又はI2646,I2748,P2752又はK2752,P2754又 はT2754,T2757又はP2757.11.前記隣接配列が、次のHCV アミノ酸配列のいずれかから選択されたものである、請求の範囲第9項又は第1 0項に記載の組成物。 −コア/E1領域の位置140〜319にまたがる領域の中の、配列番号14、 16、18、20、22、24、26又は28に表わされている通りのアミノ酸 配列のいずれかに対して72%以上、好ましくは74%以上、最も好ましくは7 7%以上の相同性を有する配列; −位置192〜319にまたがるE1領域の中の、配列番号14、16、18、 20、22、24、26又は28に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれ かに対して70%以上、好ましくは72%以上、最も好ましくは75%以上の相 同性を有する配列; −コア領域内の位置1〜110にまたがる領域の中の、配列番号148に表わさ れている通りのアミノ酸配列に対して86%以上、好ましくは88%以上、最も 好ましくは90%以上の相同性を有する配列; −NS3/NS4領域の位置1646〜1764にまたがる領域の中の、配列番 号30、32、34、36、38又は40に表わされている通りのアミノ酸配列 のいずれかに対して76%以上、好ましくは78%以上、最も好ましくは80% 以上の相同性を有する配列; −位置192〜319にまたがるE1領域の中の、配列番号14、16、18、 20、22、24、26又は28に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれ かに対して81.5%以上、好ましくは83%以上、最も好ましくは86%以上 の相同性を有する配列; −NS5B領域の位置2645〜2757にまたがる領域の中の、配列番号15 0に表わされている通りのアミノ酸配列に対して86%以上、好ましくは88% 以上、最も好ましくは90%以上の相同性を有する配列。 12.前記隣接配列が、次のHCVアミノ酸配列のいずれかから選択されたもの である、請求の範囲第9項又は第10項に記載の組成物。 −位置127〜319にまたがる領域の中の、配列番号118、120及び12 2に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して80%以上、好まし くは82%以上、最も好ましくは84%以上の相同性を有する配列; −位置127〜319にまたがる領域の中の、配列番号118、120及び12 2に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して、位置192〜31 9にまたがるE1領域の中の73%以上、好ましくは75%以上、最も好ましく は78%以上の相同性を有する配列; −位置192〜319にまたがる領域の中の、配列番号118、120及び12 2に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して85%以上、好まし くは86%以上、最も好ましくは87%以上の相同性を有する配列。 13.前記隣接配列が、次のHCVアミノ酸配列のいずれかから選択されたもの である、請求の範囲第9項又は第10項に記載の組成物。 −配列番号42、44、46、48、50、52、54又は152に表わされて いる通りのアミノ酸配列のいずれかに対して、コア位置1〜191にまたがる領 域の中の93%以上、好ましくは94%以上、最も好ましくは95%以上の相同 性を有する配列; −配列番号42、44、46、48、50、52、54、154又は156に表 わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して、E1位置192〜319 にまたがる領域の中の73%以上、好ましくは74%以上、最も好ましくは76 %以上の相同性を有する配列; −配列番号56〜58に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して 90%以上、好ましくは91%以上、最も好ましくは92%以上の相同性を有す ることを特徴とする、NS3領域の位置1286〜1403にまたがる配列;− 配列番号60又は62に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して 66%以上、より特定的には68%以上、最も特定的には70%以上の相同性を 有することを特徴とする、NS3/4領域の位置1646〜1764にまたがる 配列。 14.前記隣接配列が、次のHCVアミノ酸配列のいずれかから選択されたもの である、請求の範囲第9項又は第10項に記載の組成物。 −配列番号144に表わされている通りのアミノ酸配列に対して、コア位置1〜 319にまたがる領域の中の83%以上、好ましくは85%以上、最も好ましく は87%以上の相同性を有する配列; −配列番号144に表わされている通りのアミノ酸配列に対して、E1位置19 2〜319にまたがる領域の中の79%以上、好ましくは81%以上、最も好ま しくは84%以上の相同性を有する配列; −NS5B領域の位置2645〜2757にまたがる領域の中の、配列番号14 6に表わされている通りのアミノ酸配列に対して95%以上、より特定的には9 6%以上、最も特定的には97%以上の相同性を有する配列。 15.前記配列が、次のペプチドから選択されたものである、請求の範囲第9項 〜14項のいずれか1項に記載の組成物。 【配列があります】(配列番号93) 【配列があります】(配列番号220)【配列があります】(配列番号221) 【配列があります】(配列番号268)【配列があります】(配列番号83) 【配列があります】(配列番号126)【配列があります】(配列番号127) 【配列があります】(配列番号128)【配列があります】(配列番号224) 【配列があります】(配列番号84) 【配列があります】(配列番号225)【配列があります】(配列番号226) 【配列があります】(配列番号227)【配列があります】(配列番号228) 【配列があります】(配列番号229)【配列があります】(配列番号230) 【配列があります】(配列番号231)【配列があります】(配列番号85) 【配列があります】(配列番号129)【配列があります】(配列番号130) 【配列があります】(配列番号131)【配列があります】(配列番号86) 【配列があります】(配列番号232)【配列があります】(配列番号233) 【配列があります】(配列番号234)【配列があります】(配列番号235) 【配列があります】(配列番号236)【配列があります】(配列番号237) 【配列があります】(配列番号238)【配列があります】(配列番号239) 【配列があります】(配列番号240)【配列があります】(配列番号87) 【配列があります】(配列番号241)【配列があります】(配列番号132) 【配列があります】(配列番号133)【配列があります】(配列番号134) 【配列があります】(配列番号242)【配列があります】(配列番号243) 【配列があります】(配列番号244)【配列があります】(配列番号245) 【配列があります】(配列番号247)【配列があります】(配列番号248) 【配列があります】(配列番号249)【配列があります】(配列番号89) 【配列があります】(配列番号135)【配列があります】(配列番号136) 【配列があります】(配列番号137)【配列があります】(配列番号90) 【配列があります】(配列番号250)【配列があります】(配列番号251) 【配列があります】(配列番号252)【配列があります】(配列番号253) 【配列があります】(配列番号254)【配列があります】(配列番号255) 【配列があります】(配列番号256)【配列があります】(配列番号257) 【配列があります】(配列番号258)【配列があります】(配列番号259) 【配列があります】(配列番号260)【配列があります】(配列番号261) 【配列があります】(配列番号262)【配列があります】(配列番号91) 【配列があります】(配列番号138)【配列があります】(配列番号139) 【配列があります】(配列番号92) 【配列があります】(配列番号263)【配列があります】(配列番号264) 【配列があります】(配列番号265)【配列があります】(配列番号266) 【配列があります】(配列番号267)16.ベクター配列、適切な原核、真核 又はウイルスプロモーター配列とそれに続いて請求の範囲第1項〜第5項に記載 のヌクレオチド配列を含み、かつ裸のDNAとして注入された時、原核又は真核 宿主、又は生きた哺乳動物の中で、請求の範囲第9項乃至第15項のいずれか1 項に記載のHCV2型及び/又はHCV3型及び/又は4型及び/又は5型の誘 導されたポリペプチドのいずれか1つの発現を可能にする、特にクローニング及 び/又は発現のための組換えベクター、及びより特定的には、次のアミノ酸位置 にまたがるHCV2型、HCV3型、4型又は5型のポリペプチドのいずれかの 発現を可能にする組換えベクター。 −位置1で始まり、位置70と326の間の領域内のいずれかの位置で終わるポ リペプチド、より特定的には、コアタンパク質の発現のために位置1〜70、位 置1〜85、位置1〜120、位置1〜150、位置1〜191、位置1〜20 0、並びにコア及びE1タンパク質の発現のために位置1〜263、位置1〜3 26にまたがるポリペプチド; −位置117と192の間の領域内のいずれかの位置で始まり、位置263と3 26の間、より特定的にはE1の発現のために位置119と326の間の領域内 のいずれかの位置で終わるポリペプチド、又は推定上の膜アンカーが欠失した形 態(位置264〜293±8アミノ酸); −NS4領域の発現のために、位置1556と1688の間の領域内のいずれか の位置で始まり、位置1739と1764の間の領域内のいずれかの位置で終わ るポリペプチド、より特定的にはNS4a抗原の発現のために、位置1658で 始まり、位置1711で終わるポリペプチド、より特定的にはNS4bタンパク 質又はその一部の発現のために、位置1712で始まり、位置1743と197 2の間、例えば1712−1743、1712−1764、1712−1782 、1712−1972、1712−1782及び1902−1972の間で終わ るポリペプチド。 17.前記ポリペプチドが、請求の範囲第16項に記載の発現ベクターを用いて 発現される組換えポリペプチドである、請求の範囲第9項乃至第15項のいずれ か1項に記載の組成物。 18.免疫応答を生成するため、場合によっては薬学的に受容可能なアジュバン トを伴って、充分な量の組成物を投与することを含む、哺乳動物好ましくはヒト をHCVに対して免疫化するための方法において使用するための、請求の範囲第 9項〜15項又は16項のいずれか1項に記載の組成物、より特定的にはE1、 コア又はNS4領域から誘導されたHCV3型ポリペプチド及び/又は4型及び /又は5型及び/又は2d型ポリペプチドを含むワクチン組成物。 19.請求の範囲第9項〜15項、17項又は18項のいずれか1項に記載のポ リペプチドのいずれかと反応性をもち、請求の範囲第18項に記載の方法を用い て、請求の範囲第9項〜15項、17項又は18項のいずれか1項に記載の組成 物を用いて免疫化したとき産生する抗体。 20.それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在するHCVをイン ビトロで検出するための方法であって、少なくとも次の工程を含む方法。 (i)HCV抗体の存在について分析すべき生物学的試料を、ポリペプチドが好 ましくはビオチニル化されたポリペプチドの形態をしており、そしてストレプト アビジン又はアビジン複合体を用いて固体基材に共有結合されている状態で、好 ましくは免疫複合体の形成を可能にする適切な条件下で固定化された形態で、請 求の範囲第9項〜15項、17項又は18項のいずれか1項に記載の組成物のい ずれかと接触させる工程; (ii)未結合成分を除去する工程; (iii)異種抗体が、適切な条件下で検出可能な標識に接合されている状態で 、分析すべき試料中に存在する抗体に特異的に結合するこの異種抗体を用いて形 成された免疫複合体をインキュベートする工程; (iv)目視で、又はデンシトメトリーを用いて前記免疫複合体の存在を検出し 、観察されたハイブリダイゼーションパターンから存在するHCV血清型を推定 する工程。 21.それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在する、単数又は複 数のHCV血清型を検出するため、より特定的には1つの検定フォーマットに組 合された検出すべき異なる型のE1及びNS4抗原又は抗体を検出するため、血 清学的型分類検定に取り込むための少なくとも次の工程を含む、請求の範囲第9 項〜15項、17項又は18項のいずれか1項に記載の組成物の使用。 (i)前記ポリペプチドが、好ましくはビオチニル化されたポリペプチドの形態 をしており、そしてストレプトアビジン又はアビジン複合体を用いて固体基材に 共有結合されている状態で、免疫複合体の形成を可能にする適切な条件下で、固 定化された形態である、請求の範囲第9項〜15項、17項又は18項のいずれ か1項に記載の組成物の少なくとも1つを、単数又は複数の血清型のHCV抗体 又は抗原の存在について分析すべき生物学的試料と接触させる工程、 (ii)未結合成分を除去する工程、 (iii)異種抗体が、適切な条件下で検出可能な標識に接合された状態で、分 析すべき試料中に存在する抗体に特異的に結合するこの異種抗体を用いて形成さ れた免疫複合体をインキュベートする工程、 (iv)目視で、又はデンシトメトリーを用いて、前記免疫複合体の存在を検出 し、観察された結合パターンから存在するHCV血清型を推定する工程。 22.それを含んでいる可能性の高い生物学的試料の中に存在する、請求の範囲 第1項〜5項のいずれか1項に記載のHCV遺伝子型の存在を検出するための、 次のものを含むキット。 −場合によって、請求の範囲第6項に記載のプライマー又はその他のあらゆるH CV2型及び/又はHCV3型及び/又はHCV4型及び/又はHCV5型又は 万能HCVプライマーの中から選ばれたいずれかのプライマーを含む少なくとも 1つのプライマー組成物、 −好ましくは固体基材上に、より好ましくは1つの同じ膜片上に固定化されてい る状態の、好ましくはHCV1型、2型又はその他の型のHCVからのその他の ポリペプチド又はペプチドと組合せた形での、請求の範囲第7項に記載の少なく とも1つのプローブ組成物、 −これらのプローブと場合によって増幅された産物との間のハイブリダイゼーシ ョン反応が行なえるようにする緩衝液又はそれを作るのに必要な成分、 −上記ハイブリダイゼーションの結果得られたハイブリッドを検出するための手 段、 −場合によっては同様に、観察されたハイブリダイゼーションパターンから試料 中に存在するHCV遺伝子型を推定するための、自動化された走査及び解釈用装 置。 23.それを含んでいる可能性の高い生物学的試料中に存在する、請求の範囲第 9項〜15項、17項又は18項のいずれか1項に記載のHCV抗体の存在を検 出するため、次のものを含むキット。 −好ましくは固定基材上に、より好ましくは1つの同じ膜片上に固定化されてい る状態の、請求の範囲第9項〜15項、17項又は18項のいずれか1項に記載 の少なくとも1つのポリペプチド組成物、 −これらのポリペプチドと生物学的試料中に存在するHCVに対する抗体との間 の結合反応を可能にする緩衝液又はそれを作るのに必要な成分、 −上記結合反応によって形成された免疫複合体を検出するための手段、 −場合によっては同様に、観察された結合パターンから試料中に存在するHCV 遺伝子型を推定するための、自動化された走査及び解釈用装置。
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