JP2002233388A - Ｃ型肝炎ウイルス遺伝子型の新しい配列及び治療及び診断用薬剤としてのその使用 - Google Patents

Ｃ型肝炎ウイルス遺伝子型の新しい配列及び治療及び診断用薬剤としてのその使用

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マエルテンス，ゲールト
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Abstract

(57)【要約】 （修正有） 【課題】Ｃ型肝炎ウィルス遺伝子型の新しい配列及び治
療及び診断用薬剤の提供 【解決手段】ヒト型肝炎ウィルス；ＨＣＶ３型のコア／
Ｅ１領域；及び／又はＨＣＶ３型のＮＳ３領域、及び／
又はＨＣＶ３型のＮＳ３／４領域；及び／又はＨＣＶ３
ａ型のＢＲ３６亜群のＮＳ５領域；コア領域内のヌクレ
オチド３７９で始まり、ＨＣＶａ型のコーディング領
域；及び／又はＨＣＶ４型のコーディング領域；及び／
又はＨＣＶ４型のコーディング領域；及び／又はＨＣＶ
５型のコーディング領域；からのヌクレオチド配列に対
応する８個以上の隣接ヌクレオチドを含む少なくとも１
つのポリ核酸を含んで成るか、又はこのポリ核酸より構
成され、しかもこのポリ核酸には上述の領域内に既知Ｈ
ＣＶ１型及び／又はＨＣＶ２型ゲノムを含み、かつ少な
くとも１つのヌクレオチドの差異を含む、ポリ核酸又は
その相補体、その組成物に関する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】本発明はＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）遺伝
子型の新しい配列及び治療及び診断用薬剤としての使用
に関する。
【０００２】本発明は、新しい２型亜型２ｄのコーディ
ング領域に対応する新しいヌクレオチド及びアミノ酸配
列、ＨＣＶ３ａ型に対応する型特異的配列、新しい亜型
３ｃのコーディング領域に対応する新しい配列及びＨＣ
Ｖ４型及び５型亜型５ａのコーディング領域に対応する
新しい配列；それらを調製するための方法、及び診断、
予防及び治療のためのその使用に関する。
【０００３】本発明の背景にある技術的問題点は、ＨＣ
Ｖ４型及び５型ならびにＨＣＶ２型及び３型の新しい変
異体のコア、Ｅ１、Ｅ２、ＮＳ３、ＮＳ４及びＮＳ５領
域の新しい型特異的配列を提供することにある。これら
の新しいＨＣＶ配列は、生物学的試料の中で２型及び／
又は３型及び／又は４型及び／又は５型のＨＣＶ遺伝子
型の存在を診断するのに有用である。さらに、これらの
新しい型特異的配列を利用可能とすることにより、ＨＣ
Ｖ検出の全体的感度を増大させることができ、同様に治
療目的にも役立つことがわかるはずである。
【０００４】Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）は、非Ａ非Ｂ
型肝炎の主要な原因であることがわかってきた。いくつ
かのプロトタイプ分離株の完全なゲノムを網羅するｃＤ
ＮＡクローンの配列が決定されている（Kato et al., 1
990; Choo et al., 1991; Okamoto et al., 1991; Okam
oto et al., 1992）。これらの分離株の比較は、ヌクレ
オチド配列内の可変性を用いて、約６８％の平均相同性
をもつ少なくとも２つの異なる遺伝子型、１型（ＨＣＶ
−１及びＨＣＶ−Ｊ）及び２型（ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−
Ｊ８）を区別することができるということを示してい
る。各型の中に、約７９％の平均相同性をもつ少なくと
も２つの亜型が存在する（例えばＨＣＶ−１及びＨＣＶ
Ｊで表わされる）。同じ亜型に属するＨＣＶゲノムは、
９０％以上の平均相同性を示す（Okamoto et al., 199
2）。しかしながらＨＣＶ−Ｔ分離株のＮＳ５領域の部
分的ヌクレオチドは、以前に公表された配列とせいぜい
６７％の相同性しか示さず、このことはさらにもう１つ
のＨＣＶ型の存在を表わしていた（Mori et. al., 199
2）。この３型の５′非翻訳領域（ＵＲ）、コア、ＮＳ
３及びＮＳ５領域の一部分が公表され、これはさらに３
つの主要な遺伝子型とその亜型の間の類似の進化上の距
離をさらに立証している（Chan et al.,1992) 。
【０００５】臨床的試料中の３型遺伝子型の同定は、Ｎ
Ｓ５領域に対する型特異的プライマーを用いたＰＣＲを
用いて達成できる。しかしながら、これが成功する度合
は、血清中に存在するウイルス力価及び配列可変性によ
って大きく左右される。従って、特に３型及び本発明に
記述されている新しい４型及び５型及び／又はＶ群（Ch
a et al., 1992）遺伝子型についての読取り枠内の型通
りのＰＣＲは、成功しないものと予想することができ
る。保持レベルの高い５′ＵＲ内の変異に基づく新しい
型分類システム（ＬｉＰＡ）は、５つの主要なＨＣＶ遺
伝子型及びその亜型を決定できることから（Stuyver et
al., 1993）、より有用なものであることが実証され
た。ネステッドＰＣＲでは４つのプライマーが新しい３
型、４型及び５型の遺伝子型の未知の配列と整合するこ
とが必要であるのに対して、高力価の分離株の選択によ
り、わずか２つのプライマーでクローニングするための
ＰＣＲフラグメントを得ることができる。
【０００６】５′の非翻訳領域（５′ＵＲ）の新しい配
列が、Bukh et al. (1992)によってリストアップされ
た。これらのうちのいくつかについてのＥ１領域に関し
て、最近記述されている（Bukh et al., 1993)、Bukh e
t al. (1992)により記述されたＤＫ１２及びＨＫ１０及
びChan et al (1991）により記述され３型として分類さ
れたＥ−ｂ１〜Ｅｂ８を含む一群の分離株に対して５′
ＵＲにおいて類似の配列を伴う分離株が、５′ＵＲ、Ｅ
１のカルボキシル末端部分及びＮＳ５領域においてIV群
としてCha et al (1992; WO92/19743)によって報告され
記述され、同様に、この出願の発明者によって分離株Ｂ
Ｒ５６のための５′ＵＲの中で記述され３型として分類
された（Stuyver et al., 1993）。
【０００７】本発明の目的は、ＨＣＶ感染の検出を可能
にする新しいＨＣＶヌクレオチド及びアミノ酸配列を提
供することにある。
【０００８】本発明のもう１つの目的は、ゲノムレベル
での型及び亜型に明確に結びつけられた異なる血清学的
群に、感染した生物学的流体を分類することを可能にす
る新しいヌクレオチド及びアミノ酸ＨＣＶ配列を提供す
ることにある。
【０００９】本発明のもう１つの目的は、ＨＣＶ検出速
度全体を改善する新しいヌクレオチド及びアミノ酸ＨＣ
Ｖ配列を提供することにある。
【００１０】本発明のもう１つの目的は、ＨＣＶワクチ
ン組成物の設計に有用な新しいＨＣＶ配列を提供するこ
とにある。
【００１１】本発明のもう１つの目的は、治療又は診断
のため、これらの新しいＨＣＶ配列によりコードされる
ポリペプチドに対して出現した抗体から成る薬学組成物
を提供することにある。
【００１２】本発明は、より特定的には、 − ＨＣＶ３型ゲノム配列、より特定的には次の領域の
いずれかの中の配列； − ＨＣＶ亜型３ａのコア／Ｅ１領域の位置４１７〜９
５７にまたがる領域、 − ＨＣＶ３型のＮＳ３領域の位置４６６４〜４７３０
にまたがる領域、 − ＨＣＶ３型のＮＳ３／４領域の位置４８９２〜５２
９２にまたがる領域、 − ＨＣＶ亜型３ａのＢＲ３６亜群のＮＳ５領域の８０
２３〜８２３５にまたがる領域、 − ＨＣＶ亜型３ｃのゲノム配列、さらに特定的には、
上述の領域のコーディング領域内の配列； − ＨＣＶ亜型２ｄゲノム配列、より特定的にはＨＣＶ
亜型２ｄのコーディング領域； − ＨＣＶ４型ゲノム配列、より特定的にはコーディン
グ領域、より特定的には亜型４ａ、４ｅ、４ｆ、４ｇ、
４ｈ、４ｉ及び４ｊのコーディング領域； − ＨＣＶ５型ゲノム配列、より特定的にはＨＣＶ５型
のコーディング領域、より特定的には、コア、Ｅ１、Ｅ
２、ＮＳ３及びＮＳ４をコードする領域、といったＨＣ
Ｖ配列の少なくとも１つから選択された少なくとも５
個、好ましくは８個以上の隣接ヌクレオチドを含む少な
くとも１つのポリ核酸を含むか又はこれより構成された
組成物に関し、ここで前記ヌクレオチド番号づけは、表
１に示されている通りのＨＣＶ核酸の番号づけの関係に
あるものであり、前記ポリ核酸には、上述の領域内に既
知のＨＣＶ（１型、２型及び３型）ポリ核酸配列と少な
くとも１つのヌクレオチドの差異を含むポリ核酸又はそ
の相補体を含んでいる。
【００１３】本発明のポリ核酸中のヌクレオチドの差異
には、このポリ核酸によりコードされた対応するアミノ
酸配列におけるアミノ酸の差異を伴っていてもいなくて
もよい。
【００１４】本発明の好ましい実施態様に従うと、本発
明は、ポリ核酸がＨＣＶポリタンパク質をコードするＨ
ＣＶヌクレオチド配列の少なくとも１部分に対応する少
なくとも５つ、好ましくは少なくとも８個のヌクレオチ
ドを含み、しかも前記ＨＣＶポリタンパク質がその配列
中に、表記がその１文字コードでアミノ酸残基を表わす
１つの文字とKato et al., 1990 に従ったアミノ酸番号
づけを表わす１つの番号で構成されている、次のアミノ
酸残基のうちの少なくとも１つを含んでいる状態で、Ｈ
ＣＶポリタンパク質をコードする少なくとも１つのポリ
核酸を含んで成る組成物に関する。
【００１５】L7, Q43, M44, S60, R67, Q70, T71, A79,
A87, N106, K115, A127, A190, S130, V134, G142, I1
44, E152, A157, V158, P165, S177又はY177, I178, V1
80又はE180又はF182, R184, I186, H187, T189, A190,
S191又はG191, Q192又はL192又はI192又はV192又はE19
2, N193又はH193又はP193, W194又はY194, H195, A197
又はI197又はV197又はT197, V202, I203又はL203, Q20
8, A210, V212, F214, T216, R217又はD217又はE217又
はV217, H218又はN218, H219又はV219又はL219, L227又
はI227, M231又はE231又はQ231, T232又はD232又はA232
又はK232, Q235又はI235, A237又はT237, I242, I246,
S247, S248, V249, S250又はY250, I251又はV251又はM2
51又はF251, D252, T254又はV254, L255又はV255, E256
又はA256, M258又はF258又はV258, A260又はQ260又はS2
60, A261, T264又はY264, M265, I266又はA266, A267,
G268又はT268, F271又はM271又はV271, I277, M280又は
H280,I284又はA284又はL84, V274, V291, N292 又は S2
92, R293 又はI293又は Y293,Q294 又はR294, L297又は
I297 又は Q297,A299又は K299 又は Q299,N303又はT3
03, T308 又は L308,T310又は F310 又は A310 又はD31
0又は V310, L313, G317 又は Q317, L333, S351, A35
8, A359, A363, S364, A366, T369, L373, F376, Q386,
I387, S392, I399, F402, I403, R405, D454, A461, A
463, T464, K484, Q500, E501, S521, K522, H524, N52
8, S531, S532, V534, F536, F537, M539, I546, C128
2, A1283,H1310, V1312, Q1321, P1368,V1372, V1373,
K1405, Q1406,S1409, A1424, A1429, C1435, S1436, S1
456, H1496, A1504, D1510, D1529, I1543, N1567, D15
56, N1567, M1572, Q1579, L1581, S1583, F1585, V159
5,E1606 又はT1606, M1611, V1612 又は L1612, P1630,
C1636, P1651, T1656又はI1656, L1663, V1667, V167
7, A1681, H1685, E1687, G1689, V1695, A1700, Q170
4, Y1705, A1713, A1714又はS1714, M1718, D1719, A17
21又はT1721, R1722,A1723 又は V1723, H1726 又はG17
26, E1730, V1732, F1735, I1736, S1737, R1738, T173
9, G1740, Q1741, K1742, Q1743, A1744, T1745,L1746,
E1747 又はK1747,T11749, A1750, T1751又はA1751, V1
753, N1755, K1756, A1757, P1758, A1759, H1762, T17
63, Y1764, P2645, A2647, K2650, K2653又はL2653, S2
664,N2673, F2680, K2681, L2686,H2692, Q2695又は L2
695又はI2695, V2712, F2715, V2719又は Q2719, T272
2, T2724, S2725, R2726, G2729, Y2735, H2739,I2748,
G2746又はI2746, I2748, P2752 又は K2752, P2754 又
はT2754, T2757又は P2757。
【００１６】上述の残基の各々は、コア、Ｅ１、Ｅ２、
ＮＳ３、ＮＳ４及びＮＳ５領域についてＨＣＶのその他
の型又は亜型の既知の配列と並べて比較した本発明の新
しいアミノ酸配列を示す図２、５、７、１１又は１２の
いずれかに見い出すことができる。
【００１７】より特定的に言うと、本発明に従った組成
物内に含まれるポリ核酸は、 − 図５に示されている通りの、ＨＣＶ亜型２ｄ、３型
（より特定的には亜型３ａ及び３ｃのための新しい配
列）、新しい４型亜型（より特定的には亜型４ａ、４
ｅ、４ｆ、４ｇ、４ｈ、４ｉ及び４ｊのための新しい配
列）及び５ａ型のコア／Ｅ１領域のアミノ酸位置１〜３
１９にまたがる新しい配列； − 図１２に示されている通りの、ＨＣＶ亜型５ａのＥ
１／Ｅ２領域のアミノ酸位置３２８〜５４６にまたがる
新しい配列； − 図７又は１１に示されている通りの、ＨＣＶ３型
（より特定的には新しい亜型３ａの配列）及び亜型５ａ
のＮＳ３／ＮＳ４領域のアミノ酸位置１５５６〜１７６
４にまたがる新しい配列； − 図２に示されている通りの、ＨＣＶ亜型２ｄ、３型
（より特定的には新しい亜型３ａ及び３ｃ）、新しい４
型亜型（より特定的には亜型４ａ、４ｅ、４ｆ、４ｇ、
４ｈ、４ｉ及び４ｊ）及び亜型５ａのＮＳ５領域のアミ
ノ酸位置２６４５〜２７５７にまたがる新しい配列 といった新しいＨＣＶアミノ酸配列をコードするＨＣＶ
配列の少なくとも１つから選択された隣接ヌクレオチド
の１配列に対応する少なくとも５個、好ましくは８個以
上の隣接ヌクレオチドを含んでいる。
【００１８】上述のＬｉＰＡシステムを用いて、高力価
の３型のＣ型肝炎ウイルスをもつブラジル人の献血者、
高力価の４型Ｃ型肝炎ウイルスをもつガボン人の患者及
び高力価のＨＣＶ５型感染を受けたベルギー人の患者が
選定された。これまで報告されたことのないコア、Ｅ
１、ＮＳ５及びＮＳ４領域内のヌクレオチド配列を本発
明の枠内で分析した。あらゆる４型分離株のコーディン
グ配列（コア領域を除く）が初めて本発明において報告
されている。新しい３型分離株についても、ＮＳ５ｂ領
域を分析した。ＮＳ５ｂ配列を決定した後、Mori et a
l. (1992)により記述されたＴａ及びＴｂ亜型との比較
が可能であり、３型配列を３ａ型遺伝子型として同定す
ることができた。新しい４型の分離株は、ＮＳ５及びＥ
１領域の中の得られた相同性に基づき１０個の亜型に分
類した。新しい２型及び３型配列も同様に、ベルギー及
びオランダで収集された血清からの以前に記述された２
型又は３型の亜型から区別できた。
【００１９】「ポリ核酸」という語は、完全ヌクレオチ
ド配列に対して少なくとも５つの隣接ヌクレオチド（例
えば少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１
３、１４、１５個又はそれ以上の隣接ヌクレオチド）を
含んでいてもよい１本鎖又は２本鎖の核酸配列を表す。
長さが約１００ヌクレオチドまでのポリ核酸は往々にし
てオリゴヌクレオチドとも呼ばれる。ポリ核酸は、デオ
キシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド、ヌクレオ
チド類似体又は修飾ヌクレオチドで構成されてもよい
し、或いは、治療目的のため適合させられていてもよ
い。ポリ核酸は、クローニング目的又はインビボ治療又
は予防のために使用することのできる２本鎖ｃＤＮＡク
ローンを含んでいてもよい。
【００２０】「ポリ核酸組成物」という語は、基本的に
前記ポリ核酸を含むあらゆる種類の組成物のことを言
う。この組成物は、診断用又は治療用のいずれのもので
もありうる。
【００２１】「〜に対応するヌクレオチド」という表現
は、特定のＨＣＶ配列内の指示されたヌクレオチド又は
領域内に対し相同性又は相補性をもつヌクレオチドのこ
とを言う。
【００２２】「コーディング領域」という語は、ＨＣＶ
ポリタンパク質をコードするＨＣＶゲノムの領域に対応
する。実際、これには、５′非翻訳領域及び３′非翻訳
領域を除いて完全なゲノムが含まれる。
【００２３】「ＨＣＶポリタンパク質」という語は、Ｈ
ＣＶ−Ｊ分離株のＨＣＶポリタンパク質のことを指す
（Kato et al., 1990)。位置３３０にあるアデニン残基
（Katoet al., 1990)は、ＨＣＶ−Ｊ及びその他の１ｂ
型分離株内の３，０１０個のアミノ酸、及びＨＣＶ−１
及びその他の１ａ型分離株内の３，０１１個のアミノ
酸、及び２型分離株ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８内の３，
０３３個のアミノ酸の長いＨＣＶポリタンパク質を開始
するＡＴＧコドンの第１の残基である（Okamoto etal.,
1992）。
【００２４】本発明ではこのアデニンは、核酸レベルで
位置１として呼ばれ、このメチオニンはアミノ酸レベル
で位置１と呼ばれる。１ａ型分離株は１つの余分なアミ
ノ酸をＮＳ５ａ領域内に含んでいることから、１ａ型及
び１ｂ型のコーディング配列はコア、Ｅ１、ＮＳ３及び
ＮＳ４領域の中の同一の番号づけを有するものの、表１
に示されているようにＮＳ５ｂ領域では異なっているこ
とになる。２型分離株は、１型分離株に比べてＥ２領域
内に４つの余分なアミノ酸を、又はＮＳ５領域内に１８
個の余分なアミノ酸を有し、表１に表わされているよう
にＮＳ３／４領域及びＮＳ５ｂ領域の中の１型分離株と
番号づけが異なることになる。
【００２５】
【表１】
【００２６】表１：その他のプロトタイプ分離株につい
て用いられている番号づけと、本発明で使用されている
ＨＣＶヌクレオチド及びアミノ酸番号づけシステム（*)
の比較。例えば、８３５２／８５６４は、Kato et al.
(1990)により記述されている通りのヌクレオチド８３５
２〜ヌクレオチド８５６４までの番号づけによって指定
された領域を表わす。本発明の番号づけシステムは、ポ
リタンパク質開始部位で始まることから、Kato et al.
(1990)により記述されている５′非翻訳領域の３２９個
のヌクレオチドを差し引かなくてはならず、対応する領
域はヌクレオチド８０２３（「８３５２−３２９」）か
ら８２３５（「８５６４−３２９」）まで番号づけされ
る。
【００２７】「ＨＣＶ型」という語は、ＨＣＶ−Ｊ分離
株（Kato et al., 1990)の長いＨＣＶポリタンパク質の
第１のＡＴＧコドン又は第１のメチオニンで始まる前記
番号づけで、その群のその他の分離株のポリタンパク質
に対して、その完全ゲノムが核酸レベルで７４％以上の
相同性を示すか、そのヌクレオチド位置７９３２と８２
７１の間のＮＳ５領域が核酸レベルで７４％以上の相同
性を示すか、又はその完全ＨＣＶポリタンパク質がアミ
ノ酸レベルで７８％以上の相同性を示すか、又は位置２
６４５と２７５７のアミノ酸の間のＮＳ５領域がアミノ
酸レベルで８０％以上の相同性を示すＨＣＶ分離株の一
群に対応する。異なる型のＨＣＶに属する分離株は、完
全ゲノム全体にわたり、核酸レベルで７４％未満、そし
てアミノ酸レベルで７８％未満の相同性を示す。同じ型
に属する分離株は、通常同じ亜型に属する場合、核酸レ
ベルで約９２％〜９５％、アミノ酸レベルで９５〜９６
％の相同性を示し、同じ型に属するものの亜型が異なる
分離株は、好ましくは核酸レベルで約７９％、アミノ酸
レベルで８５〜８６％の相同性を示す。
【００２８】より好ましくはＨＣＶ型の定義は、以下に
詳述されている通り、計算されたそのヌクレオチド距離
に従ってＨＣＶ分離株の分類から結論される。
【００２９】（１）ヌクレオチド７９３５と８２７４
（Choo et al., 1991)又は８２６１と８６００（Kato e
t al., 1990)又は８３４２と８６８１（Okamoto et a
l., 1991）の間のＮＳ５ｂ領域内の核酸配列の系統分類
分析に基づくと、同じＨＣＶ型に属する分離株は０．３
４未満、通常は０．３３未満、そしてさらに普通には
０．３２未満のヌクレオチド距離を示し、同じ亜型に属
する分離株は、０．１３５未満、通常は０．１３未満、
さらに普通には０．１２５未満のヌクレオチド距離を示
し、その結果、同型であるが異なる亜型に属する分離株
は０．１３５〜０．３４、通常は０．１３８７〜０．２
４７７、さらに普通には０．１５〜０．３２のヌクレオ
チド距離を示し、異なるＨＣＶ型に属する分離株は０．
３４以上、通常は０．３５以上、さらに普通には０．３
５８以上、さらに普通には０．１３８４〜０．２９７７
のヌクレオチド距離を示す。
【００３０】（２）ヌクレオチド３７８と９５７の間の
コア／Ｅ１領域の中の核酸配列の系統分類分析に基づく
と、同じＨＣＶ型に属する分離株は０．３８未満、通常
は０．３７未満、より普通には０．３６４未満のヌクレ
オチド距離を示し、同じ亜型に属する分離株は０．１７
未満、通常は０．１６未満、さらに普通には０．１５未
満、さらに普通には０．１３５未満、さらに普通には
０．１３４未満のヌクレオチド距離を示し、結果とし
て、同型であるが異なる亜型に属する分離株は０．１５
〜０．３８、通常は０．１６〜０．３７、さらに普通に
は０．１７〜０．３６、さらに普通には０．１３３〜
０．３７９の範囲のヌクレオチド距離を示し、異なるＨ
ＣＶ型に属する分離株は０．３４、０．３５、０．３６
以上、通常は０．３６５以上、さらに普通には０．３７
以上のヌクレオチド距離を示す。
【００３１】（３）ヌクレオチド４６６４と５２９２(C
hoo et al., 1991）又はヌクレオチド４９９３と５６２
１（Kato et al., 1990)又はヌクレオチド５０１７と５
６４５（Okamoto et al, 1991)の間のＮＳ３／ＮＳ４領
域内の核酸配列の系統分類分析に基づくと、同じＨＣＶ
型に属する分離株は０．３５未満、通常は０．３４未
満、さらに普通には０．３３未満のヌクレオチド距離を
示し、同じ亜型に属する分離株は０．１９未満、通常は
０．１８未満、さらに普通には０．１７未満のヌクレオ
チド距離を示し、結果として同じ型ではあるが異なる亜
型に属する分離株は０．１７〜０．３５、通常は０．１
８〜０．３４、さらに普通には０．１９〜０．３３のヌ
クレオチド距離を示し、異なるＨＣＶ型に属する分離株
は０．３３以上、通常は０．３４以上、さらに普通には
０．３５以上のヌクレオチド距離を示す。
【００３２】
【表２】
【００３３】ＰＨＹＬＩＰプログラムＤＮＡＰＩＳＴに
より作り出された数字は最小から最大まで（平均±標準
偏差）として表わされている。同じ亜型に属する分離株
（「分離株」）、同じ型の異なる亜型に属する分離株
（「亜型」）、及び異なる型に属する分離株（「型」）
のための系統分類距離が示されている。
【００３４】利用可能な配列の比較系統分類分析におい
て、ゲノムの異なる領域についての分子の進化的距離の
範囲は、系統分類推定パッケージＰＨＹＬＩＰバージョ
ン３．５ＣのＤＮＡ ＤＩＳＴプログラムを用いた１９
７８１の対比較に基づいて、計算された（Felsenstein,
1993)結果を表２に示すが、各領域の中の得られた大部
分の距離が一定の分離株の分類と合致するものの、３４
０bpのＮＳ５領域の中の得られた範囲のみが重複せず、
従って決定的なものであることを表わしている。ただ
し、本発明において実施されたとおり、一定の与えられ
た分離株の最終的分類の前に少なくとも２つの領域から
の配列情報を得ることが好ましい。
【００３５】異なる型のＨＣＶに対する番号及びＨＣＶ
型の学名の指定は、異なる型の発見の年代に基づいてい
る。本発明において使用される番号づけシステムは、な
おも国際的協定又は指針に従って変異する可能性があ
る。例えば、「４型」は「５型」又は「６型」へと変更
されるかもしれないのである。
【００３６】「亜型」という語は、ＨＣＶポリタンパク
質の開始コドンのアデニン残基で始まっている前記番号
づけが、同じ群のその他の分離株のゲノムの対応する部
分に対して、その完全ポリタンパク質が核酸及びアミノ
酸の両レベルで９０％以上の相同性を示すか、又はその
ヌクレオチド位置７９３２と８２７１の間のＮＳ５領域
が核酸レベルで９０％以上の相同性を示すＨＣＶ分離株
の１群に対応する。同じＨＣＶ型であるが異なる亜型に
属する分離株は、核酸レベルで７４％以上の、そしてア
ミノ酸レベルで７８％以上の相同性を示す。
【００３７】「ＢＲ３６亜群」という語は、位置８０２
３から８２３５までのＮＳ５ｂ領域の中の配列番号１、
３、５、７、９、１１に表わされている通りの配列に対
して９５％、好ましくは９５．５％、最も好ましくは９
６％の相同性をもつ３ａ型ＨＣＶ分離株（ＢＲ３６、Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３４）の一群のことを表わす。
【００３８】Ｅ１、Ｅ２及びＮＳ４領域などの極端に可
変的な領域がポリタンパク質の完全ゲノムの平均的相同
性よりも低い相同性を示すことを理解すべきである。
【００３９】この基準を用いて、ＨＣＶ分離株を少なく
とも６つの型に分類することができる。位置７９３２と
８２７１の間のＮＳ５の一部分を含むコーディング領域
及び５′ＵＲの相同性に基づいて、１型、２型、３型及
び４型の中に、１ａ、１ｂ、２ａ、２ｂ、２ｃ、２ｄ、
３ａ、３ｂ、４ａ、４ｂ、４ｃ、４ｄ、４ｅ、４ｆ、４
ｇ、４ｈ、４ｉ及び４ｊといった複数の亜型を明らかに
区別することができる。報告された分離株の大部分及び
本発明の型分類システムに従ったそれらの提案された分
類ならびにその他の提案された分類の概観が、表３に示
されている。
【００４０】
【表３】
【００４１】「相補体」という語は、指示された配列に
相補的で、指示された配列にハイブリッド形成すること
のできるヌクレオチド配列のことを言う。
【００４２】本発明の組成物は数多くの組合せを含むこ
とができる。一例を挙げると、本発明の組成物は、以下
のものを含むことができる： − 同じ領域からの２つ（又はそれ以上の）核酸、又
は、 − 同じ分離株又は異なる分離株について、それぞれ異
なる領域からの２つ（又はそれ以上の）核酸、 − 又は、（同じ分離株又は異なる分離株についての）
少なくとも２つの異なる領域から及び同じ領域からの核
酸。
【００４３】本発明は、より特定的には、上述の通りの
ポリ核酸組成物において、このポリ核酸が以下のＨＣＶ
３型ゲノム配列のいずれかから選択されたヌクレオチド
配列に対応している組成物に関する：
【００４４】− 図４に示されているような、コア／Ｅ
１領域の位置４１７〜９５７にまたがる領域の中の、配
列番号１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は
２７（ＨＤ１０、ＢＲ３６又はＢＲ３３配列）に表わさ
れている通りの配列のいずれかに対して少なくとも６７
％、好ましくは６９％以上、最も好ましくは７１％以
上、さらに一層好ましくは７３％以上の相同性を有する
ＨＣＶゲノム配列；
【００４５】− 図４に示されているような、Ｅ１領域
の位置５７４〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号
１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は２７
（ＨＤ１０、ＢＲ３６、又はＢＲ３３の配列）に表わさ
れている通りの配列のいずれかに対して少なくとも６５
％、好ましくは６７％以上、最も好ましくは６９％以
上、さらに好ましくは７０％以上、最も好ましくは７４
％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【００４６】− 図４に示されているような、コア領域
の位置１〜３７８にまたがる領域の中の、配列番号１４
７（ＨＶＣ３ｃ型のコア領域の位置１〜３４６、配列Ｂ
Ｅ９８を表わす）に表わされている通りの配列のいずれ
かに対して少なくとも７９％、より好ましくは少なくと
も８１％、最も好ましくは８３％以上の相同性を有する
ＨＣＶゲノム配列；
【００４７】− 図４に示されているような、コア／Ｅ
１領域の位置４１７〜９５７にまたがる領域の中の、配
列番号１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は
２７（ＨＤ１０、ＢＲ３６又はＢＲ３３配列）に表わさ
れている通りの配列のいずれかに対して少なくとも７４
％、より好ましくは少なくとも７６％、最も好ましくは
７８％以上の相同性を有するＨＶＣ３ａ型のＨＣＶゲノ
ム配列、
【００４８】− 図４に示されているような、Ｅ１領域
の位置５７４〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号
１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は２７
（ＨＤ１０、ＢＲ３６又はＢＲ３３配列）に表わされて
いる通りの配列のいずれかに対して少なくとも７４％、
好ましくは７６％以上、最も好ましくは７８％以上の相
同性を有するＨＣＶ３ａ型のＨＣＶゲノム配列；
【００４９】− 図６に示されているような、ＮＳ３領
域の位置４６６４〜４７３０にまたがる領域の中の、配
列番号２９（ＨＣＣ１５３配列）に表わされている通り
の配列に対して７３．５％以上、好ましくは７４％以
上、最も好ましくは７５％の相同性を有するＨＣＶゲノ
ム配列；
【００５０】− 図６又は１０に示されているような、
ＮＳ３／ＮＳ４領域の位置４８９２〜５２９２にまたが
る領域の中の、配列番号２９、３１、３３、３５、３７
又は３９（ＨＣＣ１５３、ＨＤ１０、ＢＲ３６配列）に
表わされている通りの配列に対して７０％以上、好まし
くは７２％以上、最も好ましくは７４％以上の相同性を
有するＨＣＶゲノム配列；
【００５１】− 図１に示されているような、ＮＳ５領
域の位置８０２３〜８２３５にまたがる領域の中の、配
列番号５、７、１、３、９又は１１（ＢＲ３４、ＢＲ３
３、ＢＲ３６配列）に表わされている通りの配列のいず
れかに対して９５％以上、好ましくは９５．５％以上、
最も好ましくは９６％以上の相同性を有するＨＣＶ３ａ
型のＢＲ３６の亜群のＨＣＶゲノム配列；
【００５２】− 図１に示されているような、ＮＳ５領
域の位置８０２３〜８１９２にまたがる領域の中の、配
列番号５、７、１、３、９又は１１（ＢＲ３４、ＢＲ３
３、ＢＲ３６配列）に表わされている通りの配列のいず
れかに対して９６％以上、好ましくは９６．５％以上、
最も好ましくは９７％以上の相同性を有するＨＣＶ３ａ
型のＢＲ３６亜群のＨＣＶゲノム配列；
【００５３】− 図１に示されているような、ＮＳ５領
域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配
列番号１４９（ＢＥ９８配列）に表わされている通りの
配列に対して７９％以上、より好ましくは８１％以上、
最も好ましくは８３％以上の相同性を有するものとして
特徴づけられているＨＣＶ３ｃ型のＨＣＶゲノム配列。
【００５４】好ましくは上述のゲノムＨＣＶ配列は、上
述の配列全てのコーディング領域からの配列を描いてい
る。
【００５５】ヌクレオチド距離分類システムに従うと
（このヌクレオチド距離は前述の通りに計算される）、
前記組成物の前記配列は、以下のものから選択される。
【００５６】− 図４に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置４１７〜９５７にまたがる領域の中の、配列
番号１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は２
７に表わされている通りの配列のいずれかに対して０．
４４未満、好ましくは０．４０未満、最も好ましくは
０．３６未満のヌクレオチド距離を有するものとして特
徴づけされているＨＣＶゲノム配列；
【００５７】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置５７４〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
９、２１、２３、２５又は２７に表わされている通りの
配列のいずれかに対して０．５３未満、好ましくは０．
４９未満、最も好ましくは０．４５未満のヌクレオチド
距離を有するものとして特徴づけされているＨＣＶゲノ
ム配列；
【００５８】− 図３に示されている通り、コア領域の
位置１〜３７８にまたがる領域の中の、配列番号１４７
に表わされている通りの配列のいずれかに対して０．１
５未満、好ましくは０．１３未満、最も好ましくは０．
１１未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づ
けされているＨＣＶゲノム配列；
【００５９】− 図４に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置４１７〜９５７にまたがる領域の中の、配列
番号１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は２
７に表わされている通りの配列のいずれかに対して０．
３未満、好ましくは０．２６未満、最も好ましくは０．
２２未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づ
けされているＨＣＶ３ａ型のＨＣＶゲノム配列；
【００６０】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置５７４〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
３、１５、１７、１９、２１、２３、２５又は２７に表
わされている通りの配列のいずれかに対して、０．３５
未満、好ましくは０．３１未満、最も好ましくは０．２
７未満のヌクレオチド距離を有するものとして特徴づけ
されているＨＣＶ３ａ型のＨＣＶゲノム配列；
【００６１】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置８０２３〜８２３５にまたがる領域の中の、配列
番号５、７、１、３、９又は１１に表わされている通り
の配列のいずれかに対して、０．０４２３未満、好まし
くは０．０４２未満、好ましくは０．０３６２未満のヌ
クレオチド距離を有するものとして特徴づけされている
ＨＣＶ３ａ型のＢＲ３６亜群のＨＣＶゲノム配列；
【００６２】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１４９に表わされている通りの配列に対して、０．
２５５未満、好ましくは０．２５未満、より好ましくは
０．２１未満、最も好ましくは０．１７のヌクレオチド
距離を有するものとして特徴づけされているＨＣＶ３ｃ
型のＨＣＶゲノム配列。
【００６３】本出願においては、ＮＳ４エピトープ領域
に加えて、Cha et al. (1992; WO92/19743）により開示
されているＥ１のカルボキシ末端シグナル−アンカー配
列と重複しないＥ１タンパク質の抗原外ドメインをコー
ドするＥ１配列及びＮＳ５領域の一部分が、全て３ａ型
（配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１
７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３
５、３７又は３９）に属するＢＲ３３、ＢＲ３４、ＢＲ
３６、ＨＣＣ１５３及びＨＤ１０という４つの異なる分
離株について開示されている。
【００６４】同様に、新しい亜型３ｃの配列（コア及び
ＮＳ５領域内の分離株ＢＥ９８の配列番号１４７、１４
９）も本発明の枠内に入る（図３及び１参照）。
【００６５】最後に、本発明は又配列番号２１７に表わ
されている通りの新しい亜型３ａの配列にも関する（図
１参照）。
【００６６】同様に発明の範囲内に入るのは、上述の配
列番号のいずれかに与えられているとおりのヌクレオチ
ド配列のいずれかから選ばれたポリ核酸の配列変異体で
あり、この配列変異体は主としてオリゴヌクレオチドの
端部（３′又は５′）に単数又は複数のヌクレオチドの
欠失及び／又は挿入、又はいくつかの非必須ヌクレオチ
ドとその他のヌクレオチド（修飾ヌクレオチド及び／又
はイノシンを含む）の置換を含んでおり、例えば１型又
は２型の配列は、図１（ＮＳ５領域）、図３（コア領
域）、図４（コア／Ｅ１領域）、図６及び１０（ＮＳ３
／ＮＳ４領域）に示されている通りの３型の型特異的ヌ
クレオチドと共に、１型又は２型の配列のいくつかのヌ
クレオチドを置換することにより、３型配列へと修飾す
ることが可能である。
【００６７】もう１つの実施態様に従うと、本発明はポ
リ核酸が以下のＨＣＶ５型ゲノム配列のいずれかから選
択されたヌクレオチド配列に対応している、上述のとお
りのポリ核酸組成物に関する。
【００６８】− 図９及び３に示されている通り、コア
領域の位置１〜５７３にまたがる領域の中の、配列番号
４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３（ＰＣ配
列）又は１５１（ＢＥ９５配列）に表わされている通り
の配列のいずれかに対して８５％以上、好ましくは８６
％以上、最も好ましくは８７％以上の相同性を有するＨ
ＣＶゲノム配列；
【００６９】− 図４に示されている通り、Ｅ１の位置
５７４〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号４１、
４３、４５、４７、４９、５１、５３（ＰＣ配列）、１
５３又は１５５（ＢＥ９５、ＢＥ１００配列）に表わさ
れている通りの配列のいずれかに対して６１％以上、好
ましくは６３％以上、より好ましくは６５％以上、さら
により好ましくは６６％以上、最も好ましくは６７％以
上（例えば６９及び７１％）の相同性を有するＨＣＶゲ
ノム配列；
【００７０】− 図６又は１０に示されているように、
ＮＳ３領域の位置３８５６〜４２０９にまたがる領域の
中の、配列番号５５、５７、１９７又は１９９（ＰＣ配
列）に表わされている通りの配列のいずれかに対して７
６．５％以上、好ましくは７７％以上、最も好ましくは
７８％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【００７１】− 図１３に示されている通り、Ｅ１／Ｅ
２領域の位置９８０〜１１７９にまたがる領域の中の、
配列番号１５７（ＢＥ９５配列）に表わされている通り
の配列と６８％以上、好ましくは７０％以上、最も好ま
しくは７２％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【００７２】− 図６又は１０に示されている通り、Ｎ
Ｓ４領域の位置４９３６〜５２９６にまたがる領域の中
の、配列番号５９又は６１（ＰＣ配列）に表わされてい
る通りの配列のいずれかに対して５７％以上、好ましく
は５９％以上、最も好ましくは６１％以上の相同性を有
するＨＣＶゲノム配列；
【００７３】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１５９又は１６１（ＢＥ９５又はＢＥ９６の配列）
に表わされている通りの配列のいずれかに対して９３％
以上、好ましくは９３．５％以上、最も好ましくは９４
％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列。
【００７４】好ましくは、上述のゲノムＨＣＶ配列は、
上述の全ての配列のコーディング領域からの配列を描い
ている。
【００７５】ヌクレオチド距離分類システムに従うと
（このヌクレオチド距離は、前述のとおりに計算され
る）、前記組成物の前記配列は、以下のものから選択さ
れている：
【００７６】− 上述の５型配列に対し、Ｅ１領域につ
いて０．５３未満、好ましくは０．５１未満、より好ま
しくは０．４９未満のヌクレオチド距離； − 上述の５型配列に対し、コア領域について０．３未
満、好ましくは０．２８未満、より好ましくは０．２６
未満のヌクレオチド距離； − 上述の５型配列に対し、ＮＳ５領域について０．０
７２未満、好ましくは０．０７１未満、より好ましくは
０．０７０未満のヌクレオチド距離。
【００７７】Bukh et al (1992）により５′ＵＲ内で記
されたＳＡ１、ＳＡ３及びＳＡ７を含む１群の分離株と
５′ＵＲ内の類似の配列をもつ分離株が、Cha et al.
(1992; WO92/19743）によりＶ群として報告され、５′
ＵＲ及びＮＳ５領域の中の記述されている。この分離株
の群は、本発明に記されている通り５ａ型に属している
（配列番号４１、４３、４５、４７、４９、５１、５
３、５５、５７、５９、６１、１５１、１５３、１５
５、１５７、１５９、１６１、１９７及び１９９）。
【００７８】同様に本発明の範囲内に含まれるのは、上
述の配列番号のいずれかに記されているとおりのヌクレ
オチド配列のいずれかから選択されたポリ核酸の配列変
異体であり、この配列変異体には、主としてオリゴヌク
レオチドの末端（３′又は５′）に単数又は複数のヌク
レオチドの欠失及び／又は挿入、或いはいくつかの非必
須ヌクレオチド（すなわちＨＣＶの異なる遺伝子型を区
別するのに必須でないヌクレオチド）のその他のヌクレ
オチド（修飾ヌクレオチド及び／又はイノシンを含む）
による置換が含まれており、例えば、１型又は２型の配
列は、１型又は２型の配列のいくつかのヌクレオチドを
図３（コア領域）、図４（コア／Ｅ１領域）、図１０
（ＮＳ３／ＮＳ４領域）、図１４（Ｅ１／Ｅ２領域）に
示されている通りの５型の型特異的ヌクレオチドで置換
することによって５型配列に修飾することが可能であ
る。
【００７９】Bukh et al (1992）により５′ＵＲ内で記
述されている通りのＺ６及びＺ７を含む分離株と類似す
る５′ＵＲ内の配列をもつＢＵ７４及びＢＵ７９を含む
もう１つの分離株の他の群が、本願の発明者によって
５′ＵＲ内に記述され新しい４型として分類された（St
uyver et al., 1993）。この群に属する複数の新しいガ
ボン人の分離株のコア、Ｅ１及びＮＳ５配列を含むコー
ディング配列が、本発明において開示されている（配列
番号１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１
６、１１８、１２０及び１２２）。
【００８０】さらにもう１つの実施態様に従うと、本発
明は、前記ポリ核酸が以下のＨＣＶ４型ゲノム配列のい
ずれかから選択されたヌクレオチド配列に対応してい
る、上述の通りの組成物に関する。
【００８１】− 図４に示されている通り、配列番号１
１８、１２０又は１２２（ＧＢ３５８、ＧＢ５４９、Ｇ
Ｂ８０９配列）に表わされている通りの配列のいずれか
に対して、位置５７４〜９５７にまたがるＥ１領域の中
の６６％以上、好ましくは６８％以上、最も好ましくは
７０％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【００８２】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
１８、１２０又は１２２（ＧＢ３５８、ＧＢ５４９、Ｇ
Ｂ８０９配列）に表わされている通りの配列のいずれか
に対して７１％以上、好ましくは７２％以上、最も好ま
しくは７４％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【００８３】− 図４に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１〜３７８にまたがる領域の中の、配列番号
１６３又は１６５（ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００配列）に
表わされている通りの配列のいずれかに対して９２％以
上、好ましくは９３％以上、最も好ましくは９４％以上
の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【００８４】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
８３、１８５又は１８７（ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ８０９配列）に表わされている通りの配列のいずれか
に対して８５％以上、好ましくは８６％以上、より好ま
しくは８６．５％以上、最も好ましくは８７％以上、８
８％以上又は８９％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム
配列（亜型４ｃ）；
【００８５】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
８９（ＧＢ９０８配列）に表わされている通りの配列に
対して８１％以上、好ましくは８３％以上、最も好まし
くは８５％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列（亜
型４ａ）；
【００８６】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
６７又は１６９（ＣＡＭ６００、ＧＢ９０８配列）に表
わされている通りの配列のいずれかに対して８５％以
上、好ましくは８７％以上、最も好ましくは８９％以上
の相同性を有するＨＣＶゲノム配列（亜型４ｅ）；
【００８７】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７１又は１７３（ＣＡＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７配列）に
表わされている通りの配列のいずれかに対して７９％以
上、好ましくは８１％以上、最も好ましくは８３％以上
の相同性を有するＨＣＶゲノム配列（亜型４ｆ）；
【００８８】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７５（ＧＢ５４９配列）に表わされている通りの配列に
対して８４％以上、好ましくは８６％以上、最も好まし
くは８８％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列（亜
型４ｇ）；
【００８９】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７７（ＧＢ４３８配列）に表わされている通りの配列に
対して８３％以上、好ましくは８５％以上、最も好まし
くは８７％以上の相同性を有する、ＨＣＶゲノム配列
（亜型４ｈ）；
【００９０】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７９（ＣＡＲ４／１２０５配列）に表わされている通り
の配列に対して７６％以上、好ましくは７８％以上、最
も好ましくは８０％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム
配列（亜型４ｉ）；
【００９１】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
８１（ＣＡＲ４／９０１配列）に表わされている通りの
配列に対して８４％以上、好ましくは８６％以上、最も
好ましくは８８％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配
列（亜型４ｊ）；
【００９２】− 図４に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１０６、１０８、１１０、１１２、１１４又は１１
６（ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、ＧＢ３５８、
ＧＢ５４９、ＧＢ８０９配列）に表わされている通りの
配列のいずれかに対して７３％以上、好ましくは７５％
以上、最も好ましくは７７％以上の相同性を有するＨＣ
Ｖゲノム配列；
【００９３】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１０６、１０８、１１０又は１１２（ＧＢ４８、Ｇ
Ｂ１１６、ＧＢ２１５、ＧＢ３５８配列）に表わされて
いる通りの配列のいずれかに対して８８％以上、好まし
くは８９％以上、最も好ましくは９０％以上の相同性を
有するＨＣＶゲノム配列（亜型４ｃ）；
【００９４】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１１６又は２０１（ＧＢ８０９又はＣＡＭ６００配
列）に表わされている通りの配列のいずれかに対して８
８％以上、好ましくは８９％以上、最も好ましくは９０
％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列（亜型４
ｅ）；
【００９５】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２０３（ＣＡＭＧ２２配列）に表わされている通り
の配列に対して８７％以上、好ましくは８９％以上、最
も好ましくは９０％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム
配列（亜型４ｆ）；
【００９６】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１１４（ＧＢ５４９配列）に表わされている通りの
配列に対して８５％以上、好ましくは８７％以上、最も
好ましくは８９％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配
列（亜型４ｇ）；
【００９７】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２０７（ＧＢ４３７配列）に表わされている通りの
配列に対して８６％以上、好ましくは８７％以上、より
好ましくは８８％以上、より好ましくは８９％以上の相
同性を有するＨＣＶゲノム配列（亜型４ｈ）；
【００９８】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２０９（ＣＡＲ４／１２０５配列）に表わされてい
る通りの配列に対して８４％以上、好ましくは８６％以
上、最も好ましくは８８％以上の相同性を有するＨＣＶ
ゲノム配列（亜型４ｉ）；
【００９９】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２１１（ＣＡＲ１／５０１配列）に表わされている
通りの配列に対して８１％以上、好ましくは８３％以
上、最も好ましくは８５％以上の相同性を有するＨＣＶ
ゲノム配列（亜型４ｊ）。
【０１００】好ましくは、上述のゲノムＨＣＶ配列は、
上述の配列全てのコーディング領域からの配列を描いて
いる。
【０１０１】ヌクレオチド距離分類システム（このヌク
レオチド距離は前述のとおりに計算される）に従うと、
前記組成物の前記配列は、以下のものから選択される。
【０１０２】− 図４に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号
１１８、１２０又は１２２に表わされている通りの配列
のいずれかに対して０．５２、０．５０、０．４８８
０、０．４６、０．４４、０．４３未満、又は最も好ま
しくは０．４２未満のヌクレオチド距離を有するものと
して特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（４型）；
【０１０３】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
１８、１２０又は１２２に表わされている通りの配列の
いずれかに対して０．３９、０．３６、０．３４、０．
３２未満、又は最も好ましくは０．３１未満のヌクレオ
チド距離を有するものとして特徴づけされているＨＣＶ
ゲノム配列（４型）；
【０１０４】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
８３、１８５又は１８７に表わされている通りの配列の
いずれかに対して０．２７、０．２６、０．２４、０．
２２、０．２０、０．１８、０．１７、０．１６２、
０．１６未満、又は最も好ましくは０．１５未満のヌク
レオチド距離を有するものとして特徴づけされているＨ
ＣＶゲノム配列（亜型４ｃ）；
【０１０５】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
８９に表わされている通りの配列に対して０．３０、
０．２８、０．２６、０．２４、０．２２、０．２１未
満、又は最も好ましくは０．２０５未満のヌクレオチド
距離を有するものとして特徴づけされているＨＣＶゲノ
ム配列（亜型４ａ）；
【０１０６】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
６７又は１６９に表わされている通りの配列のいずれか
に対して０．２６、０．２５、０．２３、０．２１、
０．１９、０．１７、０．１６５未満、又は最も好まし
くは０．１６未満のヌクレオチド距離を有するものとし
て特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４ｅ）；
【０１０７】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７１又は１７３に表わされている通りの配列のいずれか
に対して０．２６、０．２４、０．２２、０．２０、
０．１８、０．１６、０．１５未満、又は最も好ましく
は０．１４未満のヌクレオチド距離を有するものとして
特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４ｆ）；
【０１０８】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７５に表わされている通りの配列に対して０．２０、
０．１９、０．１８、０．１７未満、又は最も好ましく
は０．１６未満のヌクレオチド距離を有するものとして
特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４ｇ）；
【０１０９】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７７に表わされている通りの配列に対して０．２０、
０．１９、０．１８、０．１７未満、及び最も好ましく
は０．１６未満のヌクレオチド距離を有するものとして
特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４ｈ）；
【０１１０】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
７９に表わされている通りの配列に対して０．２７、
０．２５、０．２３、０．２１未満、及び好ましくは
０．１６未満のヌクレオチド距離を有するものとして特
徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４ｉ）；
【０１１１】− 図４に示されている通り、Ｅ１領域の
位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１
８１に表わされている通りの配列に対して０．１９、
０．１８、０．１７、０．１６５未満、及び最も好まし
くは０．１６未満のヌクレオチド距離を有するものとし
て特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４ｊ）；
【０１１２】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１０６、１０８、１１０、１１２、１１４又は１１
６に表わされている通りの配列のいずれかに対して０．
３５、０．３４、０．３２未満、及び最も好ましくは
０．３０未満のヌクレオチド距離を有するものとして特
徴づけされているＨＣＶゲノム配列（４型）；
【０１１３】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１０６、１０８、１１０又は１１２に表わされてい
る通りの配列のいずれかに対して０．１８、０．１６、
０．１４、０．１３５、０．１３、０．１２７５、又は
最も好ましくは０．１２５未満のヌクレオチド距離を有
するものとして特徴づけされているＨＣＶゲノム配列
（亜型４ｃ）；
【０１１４】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１１６又は２０１に表わされている通りの配列のい
ずれかに対して０．１５、０．１４、０．１３５、０．
１３未満、及び最も好ましくは０．１２５未満のヌクレ
オチド距離を有するものとして特徴づけされているＨＣ
Ｖゲノム配列（亜型４ｅ）；
【０１１５】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２０３に表わされている通りの配列に対して０．１
５、０．１４、０．１３５、０．１３未満、又は最も好
ましくは０．１２５未満のヌクレオチド距離を有するも
のとして特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４
ｆ）；
【０１１６】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１１４に表わされている通りの配列に対して０．１
７、０．１６、０．１５、０．１４、０．１３未満、又
は最も好ましくは０．１２５未満のヌクレオチド距離を
有するものとして特徴づけされているＨＣＶゲノム配列
（亜型４ｇ）；
【０１１７】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２０７に表わされている通りの配列に対して０．１
５５、０．１５、０．１４５、０．１４、０．１３５、
０．１３未満、又は最も好ましくは０．１２５未満のヌ
クレオチド距離を有するものとして特徴づけされている
ＨＣＶゲノム配列（亜型４ｈ）；
【０１１８】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２０９に表わされている通りの配列に対して０．１
７、０．１６、０．１５、０．１４、０．１３未満、又
は最も好ましくは０．１２５未満のヌクレオチド距離を
有するものとして特徴づけされているＨＣＶゲノム配列
（亜型４ｉ）；
【０１１９】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号２１１に表わされている通りの配列に対して０．２
１、０．２０、０．１９、０．１８、０．１７、０．１
６、０．１５、０．１４、０．１３未満、及び最も好ま
しくは０．１２５未満のヌクレオチド距離を有するもの
として特徴づけされているＨＣＶゲノム配列（亜型４
ｊ）。
【０１２０】同様に本発明の範囲内に含まれているの
は、上述の配列番号のいずれかにおいて与えられている
通りのヌクレオチド配列のいずれかから選択されるポリ
核酸の配列変異体であり、この配列変異体には、主とし
てオリゴヌクレオチドの末端（３′又は５′のいずれ
か）における単数又は複数のヌクレオチドの欠失及び／
又は挿入、又はいくつかの非必須ヌクレオチド（すなわ
ちＨＣＶの異なる遺伝子型の間で区別するのに必須でな
いヌクレオチド）のその他のヌクレオチド（修飾ヌクレ
オチド及び／又はイノシンを含む）による置換が含まれ
ており、例えば、図３（コア領域）、図４（コア／Ｅ１
領域）、図１０（ＮＳ３／ＮＳ４領域）、図１４（Ｅ１
／Ｅ２領域）内に示されているような、４型の型特異的
ヌクレオチドと１型又は２型の配列のいくつかのヌクレ
オチドを置換することによって、１型又は２型の配列
を、４型配列へと修飾することが可能である。
【０１２１】本発明は又、配列番号１９３（ＧＢ７２４
配列）に表わされている通りの配列にも関する。
【０１２２】ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、ＧＢ
３５８、ＧＢ５４９及びＧＢ８０９のＮＳ５又はＥ１配
列を並べて比較した後、これらの分離株は、明らかに４
型の中の３つの亜型に分類された：ＧＢ４８、ＧＢ１１
６、ＧＢ２１５及びＧＢ３５８は、４ｃと呼称される亜
型に属し、ＧＢ５４９は亜型４ｇに、及びＧＢ８０９は
亜型４ｅに属する。ＮＳ５では、ＧＢ８０９（亜型４
ｅ）は、ＧＢ５４９（亜型４ｇ、７９．７％）に対して
よりも亜型４ｃの分離株（８５．６−８６．８％）に対
しより高い核酸相同性を示し、一方、ＧＢ５４９はその
他の両方の亜型に対し類似の相同性を示した（亜型４ｃ
に対して７８．８〜８０％、亜型４ｅに対して７９．７
％）。Ｅ１では、亜型４ｃは、亜型４ｇ及び４ｅに対し
て７５．２％の等しい核酸相同性を示し、一方４ｇ及び
４ｅは７８．４％の相同性を示した。しかしながら、ア
ミノ酸レベルでは、亜型４ｅは亜型４ｃに対し正常な相
同性（８０．２％）を示し、一方亜型４ｇは４ｃ（８
３．３％）及び４ｅ（８４．１％）に対しより高い相同
性を示した。
【０１２３】さらにもう１つの実施態様に従うと、本発
明は、前記ポリ核酸が、以下のＨＣＶ２ｄ型ゲノム配列
のいずれかから選択されているヌクレオチド配列に対応
する、上述の通りの組成物に関する。
【０１２４】− 図４に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列
番号（ＮＥ９２）１４３に表わされている通りの配列に
対して７８％以上、好ましくは８０％以上、最も好まし
くは８２％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【０１２５】− 図４に示されている通り、位置５７４
〜９５７にまたがる領域の中の、配列番号１４３（ＮＥ
９２）に表わされている通りの配列に対して７４％以
上、好ましくは７６％以上、最も好ましくは７８％以上
の相同性を有するＨＣＶゲノム配列；
【０１２６】− 図１に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置７９３２〜８２７１にまたがる領域の中の、配列
番号１４５（ＮＥ９２）に表わされている通りの配列に
対して８７％以上、好ましくは８９％以上、最も好まし
くは９１％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列。
【０１２７】好ましくは、上述のゲノムＨＣＶ配列は、
上述の配列全てのコーディング領域からの配列を描いて
いる。
【０１２８】ヌクレオチド距離分類システム（このヌク
レオチド距離は前述の通りに計算される）に従うと、前
記組成物の前記配列は、以下のものから選択される：
【０１２９】− 上述の配列のいずれかに対して、Ｅ１
領域（５７４〜９５７）について０．３２未満、好まし
くは０．３１未満、より好ましくは０．３０未満のヌク
レオチド距離、
【０１３０】− 上述の配列のいずれかに対して、コア
領域（１〜３７８）について０．０８未満、好ましくは
０．０７未満、より好ましくは０．０６未満のヌクレオ
チド距離、
【０１３１】− 上述の配列のいずれかに対して、ＮＳ
５領域について０．１５未満、好ましくは０．１３未
満、好ましくは０．１２未満のヌクレオチド距離。
【０１３２】配列番号により表わされている通りの配列
に対する相同性をもつ本発明に従ったポリ核酸配列は、
型又は亜型特異的プライマーを用いた増幅、多少の差こ
そあれ厳格な条件下での型又は亜型特異的プローブでの
ハイブリダイゼーション、血清学的スクリーニング方法
（例えば４及び１１）又はＬｉＰＡ型分類システムを介
して当該技術分野において既知の技術のいずれかに従っ
て特徴づけし分離することができる。
【０１３３】当該例、図及び配列リストの中ではまだ描
かれていない領域からの上述のゲノムのポリ核酸配列
は、本発明の型又は亜型特異的配列からの適切なプライ
マーを用いた増幅技術のような当該技術分野において既
知の技術のいずれかにより得ることができる。
【０１３４】本発明は又、前記ポリ核酸が、プライマー
が導かれる遺伝子型に属する或る種の分離株の核酸を増
幅するためのプライマーとして作用する可能性の高いも
のである、上述のとおりの組成物にも関する。
【０１３５】本発明のこの実施態様に従ったプライマー
の一例は、表７に示されているようなＨＣＰr １５２で
ある（配列番号７９）。
【０１３６】「プライマー」という語は、コピーすべき
核酸鎖に対し相補性をもつプライマー伸長産物の合成の
ための開始点として作用することのできる一本鎖ＤＮＡ
オリゴヌクレオチド配列のことをいう。プライマーの長
さ及び配列は伸長産物の合成を引き出すのを許すような
ものでなければならない。
【０１３７】好ましくは、プライマーは約５〜５０個の
ヌクレオチドである。特異的な長さ及び配列は、必要と
されるＤＮＡ又はＲＮＡ標的の複雑さならびに温度及び
イオン強度のようなプライマーの使用条件によって左右
されることになる。
【０１３８】適切な増幅を保証するために増幅プライマ
ーが対応する鋳型配列と正確に整合する必要はないとい
う事実は、文献の中で充分に証明されている（Kwok et
al.,1990)。
【０１３９】使用される増幅方法は、ポリメラーゼ連鎖
反応（ＰＣＲ：Saiki et al., 1988）、リガーゼ連鎖反
応（ＬＣＲ：Landgren et al., 1988; Wu & Wallace, 1
989;Barany, 1991)、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢ
Ａ：Guatelli et al., 1990;Compton, 1991）、転写ベ
ースの増幅システム（ＴＡＳ：Kwoh et al., 1989)、鎖
移動増幅（ＳＤＡ；Duck, 1990; Walker et al., 1992)
又はＱβレプリカーゼを用いた増幅（Lizardi et al.,
1988; Lomeli et al., 1989)又はプライマー伸長を用い
て核酸分子を増幅するためのその他のあらゆる適切な方
法のいずれかであってよい。増幅中、増幅された産物
は、標識づけされたプライマーを用いるか又は標識づけ
されたヌクレオチドを取り込むことにより、適切に標識
づけすることができる。標識は、同位元素（32Ｐ、35Ｓ
など）又は非同位元素（ビオチン、ジゴキシゲニンな
ど）であってよい。増幅反応は２０〜８０回、有利には
３０〜５０回くり返される。
【０１４０】本発明は又、前記オリゴヌクレオチドが場
合によって標識づけされているか又は固体基材に付着さ
れている状態で、前記ヌクレオチド配列を含む核酸の特
異的検出及び／又は型分類のためのハイブリダイゼーシ
ョンプローブとして前記ポリ核酸に作用できる、上述の
通りの組成物にも関する。
【０１４１】「プローブ」という語は、検出すべきＨＣ
Ｖ遺伝子型の標的配列に対して相補的な配列をもつ１本
鎖配列特異的オリゴヌクレオチドのことを言う。
【０１４２】好ましくは、これらのプローブは長さが約
５〜５０ヌクレオチド、より好ましくは約１０〜２５ヌ
クレオチドである。
【０１４３】「固体支持体」という語は、そのハイブリ
ダイゼーション特性を保持していること及びハイブリダ
イゼーションの背景レベルが低い状態にとどまることを
条件として、オリゴヌクレオチドプローブと結合するこ
とのできるあらゆる基材のことを言う。通常、固体基材
は、マイクロタイタープレート、膜（例えばナイロン又
はニトロセルロース）又はマイクロスフェア（ビーズ）
である。膜への適用又は固定に先立って、固定を容易に
しハイブリダイゼーション効果を改善するため核酸プロ
ーブを修飾することが適当でありうる。かかる修飾は、
ホモポリマーテーリング、脂肪族基、ＮＨ2 基、ＳＨ
基、カルボシキル基といった異なる反応基との結合、又
はビオチン又はハプテンとの結合を包含しうる。
【０１４４】本発明は又、単数又は複数のＨＣＶ遺伝子
型の存在を検出するため、より特定的には、それを含有
している可能性の高い試料の中に存在する上述の通りの
ヌクレオチド配列を有するＨＣＶ遺伝子型のいずれかの
核酸の存在を検出するため、少なくとも次の工程からな
る上述の組成物の使用に関する。 （ｉ）場合によって試料の核酸を抽出する工程 （ii）場合によって上述のプライマー又はその他のあら
ゆるＨＣＶ亜型２ｄ、ＨＣＶ３型、ＨＣＶ４型、ＨＣＶ
５型又は万能ＨＣＶプライマーの少なくとも１つを用い
て核酸を増幅する工程； （iii）好ましくは固体基材に付着されている状態の上
述の通りの単数又は複数のプローブを用いて適切な条件
下で、核酸が場合によって増幅中又は増幅後に標識づけ
されている状態で、場合によっては変性した条件下で、
生物学的試料の核酸をハイブリッド形成する工程； （iv）適切な条件で洗浄する工程； （ｖ）形成されたハイブリッドを検出する工程； （vi）観察されたハイブリッド形成パターンから存在す
る単数又は複数のＨＣＶ遺伝子型の存在を推定する工
程。
【０１４５】好ましくは、この技術は、コア又はＮＳ５
領域の中の実施することができる。
【０１４６】「核酸」という語は、又分析物鎖と言うこ
ともでき、１本鎖又は２本鎖の核酸分子に対応する。こ
の分析物鎖は、好ましくは正鎖又は負鎖のＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡ又は増幅したｃＤＮＡである。
【０１４７】「生物学的試料」という語は、ＨＣＶ核酸
を含むあらゆる生物学的試料（組織又は流体）より特定
的には血清又は血漿試料のことをいう。
【０１４８】「ＨＣＶ亜型２ｄプライマー」という語
は、試料中に存在するＨＣＶ亜型２ｄ配列を特異的に増
幅するプライマーのことをいう（実施例の項及び図面参
照）。
【０１４９】「ＨＣＶ３型プライマー」という語は、試
料中に存在するＨＣＶ３型配列を特異的に増幅するプラ
イマーのことをいう（実施例の項及び図面参照）。
【０１５０】「ＨＣＶ４型プライマー」という語は、試
料中に存在するＨＣＶ４型ゲノムを特異的に増幅するプ
ライマーのことをいう。
【０１５１】「万能ＨＣＶプライマー」という語は、Ｈ
ＣＶゲノムの保存された領域のいずれかに対し相補的な
オリゴヌクレオチド配列のことをいう。
【０１５２】「ＨＣＶ５型プライマー」という語は、試
料中に存在するＨＣＶ５型ゲノムを特異的に増幅するプ
ライマーのことをいう。
【０１５３】「適切な」ハイブリダイゼーション及び洗
浄条件というのは、厳格なものとして理解されるべきで
あり、当該技術分野において一般に知られているもので
ある（例えばManiatis et al.,分子クローニング、その
実験室マニュアル、New York, Cold Spring Harb又は L
ab又はat又はy, 1982)。
【０１５４】しかしながら、ハイブリダイゼーション溶
液（ＳＳＣ、ＳＳＰＥなど）に従って、これらのプロー
ブは、充分な特異性を達成するためその適切な温度でハ
イブリッド形成されるべきである。
【０１５５】「標識づけされた」という語は、標識づけ
された核酸の使用のことを言う。これには、Saiki et a
l. (1988）又はBej et al. (1990）により例示されてい
るような増幅のポリメラーゼ工程中又は当業者にとって
既知のその他のあらゆる方法によって取り込まれた標識
づけされたヌクレオチドの使用が含まれる。
【０１５６】本発明の方法は、次の要素のうちの１つ
と、上述のとおりのプローブのいずれかを接触させる工
程を含んでいる。 − ハイブリダイゼーションのために核酸が利用できる
生物学的試料、 − 又は、生物学的試料の中に含まれている精製された
核酸− 又は、精製された核酸から誘導された単一のコ
ピー、 − 又は、前記要素又は前記プローブが固体基材に付着
している状態で、精製された核酸から誘導された増幅し
たコピー。「観察されたハイブリダイゼーションパター
ンから単数又は複数のＨＣＶ遺伝子型の存在を推定す
る」という表現は、オリゴヌクレオチドプローブのパネ
ルの結合パターンを分析することによる試料中のＨＣＶ
ゲノムの存在の同定を意味する。単一のプローブは、試
料中のＨＣＶゲノムの存在又は不存在に関する有用な情
報を提供することができる。一方、ＨＣＶゲノムの変異
体は、自然界に分散しており、従ってどのプローブも特
定のＨＣＶゲノムだけを同定できるということはまれで
ある。むしろＨＣＶ遺伝子型の同一性は異なるＨＣＶゲ
ノムの（異なる）セグメントに特異的であるオリゴヌク
レオチドプローブのパネルの結合パターンから推定する
ことができる。これらのオリゴヌクレオチドプローブの
選択に応じて、各々の既知のＨＣＶ遺伝子型は、特異的
組合せのプローブを使用した時の特異的ハイブリダイゼ
ーションパターンに対応することになる。各々のＨＣＶ
遺伝子型も同様に、オリゴヌクレオチドプローブの選択
に応じて同じプライマと増幅されたその他のいずれかの
ＨＣＶ遺伝子型から区分されうる。予想されるハイブリ
ダイゼーションパターンの図式に対して単数又は複数の
未知のＨＣＶ配列を含む試料に対して正のハイブリッド
形成力をもつプローブについて生成したパターンを比較
することにより、この試料中に存在するＨＣＶ遺伝子型
を明確に推定することができる。
【０１５７】本発明は、かくして、単数又は複数のハイ
ブリダイゼーションプローブが配列番号１、３、５、
７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、
２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４
１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５
７、５９又は６１、１０６、１０８、１１０、１１２、
１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１４３、１
４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５
７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６
９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８
１、１８３、１８５、１８７、１９８、１９１、１９
３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０
５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１
７、２２２、２６９のうちのいずれか又はその配列変異
体のうちのいずれかから選択されており、かかる配列変
異体には、主としてその末端（３′又は５′）で、単数
又は複数のヌクレオチドの欠失及び／又は挿入したもの
を含む配列変異体、又はいくつかの非必須ヌクレオチド
（即ち遺伝子型間で弁別するのに必須でないヌクレオチ
ド）をその他のヌクレオチド（例えば修飾されたヌクレ
オチド又はイノシン）で置換したものを含む配列変異
体、又は上述のオリゴヌクレオチドプローブのいずれか
の相補体からなる前記配列変異体、又はデオキシリボヌ
クレオチドの代りにリボヌクレオチドからなる前記変異
体に関し、ここでこれら全ての前記変異体プローブをそ
の誘導原であるオリゴヌクレオチドプローブと同じ特異
性でハイブリッド形成させることができるものであると
いう条件で上述の方法に関する。
【０１５８】増幅されたＨＣＶゲノムを互いから区別す
るためには、ＨＣＶポリ核酸内に位置づけされたＨＣＶ
遺伝子型領域を標的にする一組の配列特異的ＤＮＡプロ
ーブに対して、標的ポリ核酸をハイブリッド形成させ
る。
【０１５９】これらのプローブの大部分は、ＨＣＶ遺伝
子型の型特異的領域を標的にするが、いくつかは複数の
ＨＣＶ遺伝子型に対しハイブリッド形成させることので
きるものである。
【０１６０】ハイブリダイゼーション溶液（ＳＳＣ、Ｓ
ＳＰＥなど）に応じて、これらのプローブが、充分な特
異性に到達するためには、その適切な温度で厳格にハイ
ブリッド形成されなくてはならない。しかしながら、そ
れらの末端（３′又は５′）で１つ又は数個のヌクレオ
チドを付加又は欠失させることによって、又はいくつか
の非必須ヌクレオチド（すなわち型間で区別するのに必
須でないヌクレオチド）をその他のヌクレオチド（修飾
ヌクレオチド又はイノシンを含む）によって置換させる
いずれかによって、ＤＮＡプローブをわずかに修飾する
ことにより、これらのプローブ又はその変異体を同じハ
イブリダイゼーション条件（すなわち同じ温度及び同じ
ハイブリダイゼーション溶液）下で特異的にハイブリッ
ド形成させることができる。同様に、使用するプローブ
の量を変えることも又、より特異的なハイブリダイゼー
ション結果を得るために有利でありうる。この状況の下
で、同じ長さのプローブはそれらのＧＣ含量の如何にか
かわらず、ＴＭＡＣ１溶液内でほぼ同じ温度で特異的に
ハイブリッド形成することになるということに留意すべ
きである（Jacobset al., 1988) 。
【０１６１】試料中のオリゴヌクレオチドプローブと核
酸配列との間で形成されたハイブリッドを検出する本発
明の目的のために適切な検定方法には、従来のドット−
ブロットフォーマット、サンドイッチハイブリダイゼー
ション又は逆ハイブリダイゼーションといった当該技術
において既知の検定フォーマットのいずれかを含む。例
えば、ドットブロットフォーマットを用いて検出を達成
することができ、この場合、標識づけされていない増幅
された試料が膜に結合され、膜は適切なハイブリダイゼ
ーション及び洗浄条件下で少なくとも１つの標識づけさ
れたプローブと共に取り込まれ、結合されたプローブの
存在が監視される。
【０１６２】代替的な好ましい方法は、増幅された配列
に１つの標識が含まれる「逆」ドットブロットフォーマ
ットである。このフォーマットでは、標識づけされてい
ないオリゴヌクレオチドプローブが固体支持体に結合さ
れ、適切な厳格なハイブリダイゼーション及びそれに続
く洗浄条件下で、標識づけされた試料に露呈される。同
様に、本発明に従ったオリゴヌクレオチドプローブと試
料の核酸との間のハイブリッド形成に依存するその他の
あらゆる検定方法も使用することができるということも
理解すべきである。
【０１６３】有利な実施態様に従うと、生物学的試料中
に含まれている単数又は複数のＨＣＶ遺伝子型を検出す
る方法には、固体支持体上に平行線として固定化された
オリゴヌクレオチドプローブと、生物学的試料から誘導
された増幅されたＨＣＶ核酸コピーを接触させる工程が
含まれている。
【０１６４】この有利な方法に従うと、プローブはライ
ンプローブ検定（ＬｉＰＡ）フォーマットに固定化され
る。これは、平行線として複数のオリゴヌクレオチドプ
ローブ（負又は正の対照オリゴヌクレオチド）を適切に
上に適用することのできる膜片を用いた逆ハイブリダイ
ゼーションフォーマット（Saiki et al., 1989）であ
る。
【０１６５】かくして本発明は又、平行線の形で支持体
に結合された上述の単数又は複数のプローブを自らの表
面上に支持している固体支持体、好ましくは膜片にも関
する。
【０１６６】ＬｉＰＡはきわめて迅速でユーザーが親し
みやすいハイブリダイゼーション試験である。結果は増
幅の開始から４時間後に読みとることができる。増幅産
物内に通常非同位元素標識が取り込まれる増幅及びアル
カリ性変性の後、増幅産物は膜上でプローブと接触させ
られ、約１〜１．５時間ハイブリダイゼーションが実施
され、ハイブリッド形成されたポリ核酸が検出される。
生じたハイブリダイゼーションパターンから、ＨＣＶ型
が目視によって、ただし好ましくは専用ソフトウエアに
よって推定することができる。ＬｉＰＡフォーマット
は、市販の走査用装置と完全な適合性を有しており、か
くして、結果の自動的解釈は非常に信頼性の高いもので
ある。これらの利点全てのためＬｉＰＡフォーマットは
日常的セッティングにおけるＨＣＶ検出の使用に対して
十分である。ＬｉＰＡフォーマットは、異なるＨＣＶ遺
伝子型の存在を検出するため特に有利であるはずであ
る。
【０１６７】本発明は又、既知のＨＣＶゲノムとは異な
る新規なＨＣＶ遺伝子型を検出し同定するための方法に
関し、次の工程を含む。 − 上述の方法に従って、生物学的試料中に存在するヌ
クレオチドがどのＨＣＶ遺伝子型に属するかを決定する
工程； −表３に規定されているものと適合性のあるハイブリダ
イゼーションパターンを生じない試料を観察する場合、
検出すべき新しいＨＣＶ遺伝子型の異常にハイブリッド
形成するプローブに対応するＨＣＶゲノム配列の部分を
配列決定する工程。
【０１６８】本発明は又、それを含んでいる可能性の高
い生物学的試料の中に存在するＨＣＶの単数又は複数の
遺伝子型を検出するための、前述の通りの組成物の使用
に関し、次の工程を含む。 （ｉ）場合によって試料の核酸を抽出する工程； （ii）上述の通りのプライマの少なくとも１つで核酸を
増幅する工程； （iii）増幅された産物を配列決定する工程； （iv）既知の全てのＨＣＶ配列に対する比較により、決
定された配列から存在するＨＣＶ遺伝子型を推定する工
程。
【０１６９】本発明は又、表３に示されている通りの既
知のＨＣＶ（１型及び／又は２型及び／又は３型）ポリ
タンパク質配列の対応する領域とは異なる少なくとも１
つのアミノ酸を有する、上述のＨＣＶゲノム配列のうち
の少なくとも１つによってコードされている隣接アミノ
酸配列に対応する、少なくとも５つのアミノ酸の隣接配
列を含む少なくとも１つのペプチド又はポリペプチド、
又はその突然変異タンパク質から成る又はこれを含む組
成物にも関する。
【０１７０】アミノ酸配列のレベルでは、１つのアミノ
酸の差（既知のＨＣＶアミノ酸配列との関係において）
が必要であり、このことはすなわち、本発明のポリペプ
チドが、１つのアミノ酸の差異を伴うヌクレオチドの差
異（既知のＨＣＶポリ核酸配列との関係において）を有
するポリ核酸に対応するということを意味している、と
いう点に留意すべきである。
【０１７１】開示されているヌクレオチド配列（配列番
号１〜６２及び１０６〜１２３及び１４３〜２１８、２
２３〜２７０参照）から推定される通りの新しいアミノ
酸配列は、ＮＳ４領域について１型及び２型のプロトタ
イプ配列とわずか５９．９〜７８％の相同性しか示さ
ず、Ｅ１領域について１型及び２型のプロトタイプ配列
とわずか５３．９〜６８．８％の相同性しか示さない。
ＮＳ４領域は、例えば欧州特許公開明細書ＥＰ−Ａ−０
４８９９６８号で特徴づけされている、いくつかのエ
ピトープを含んでいることがわかっており、又Ｅ１タン
パク質はウイルスエンベロープの一部として免疫攻撃を
受けること及びエピトープを含むことが予想されること
から、新しい３型、４型及び５型のＮＳ４及びＥ１エピ
トープは一貫して、１型及び２型の分離株内に存在する
エピトープとは異なるだろう。このことは、例４に示さ
れているようなＮＳ４合成ペプチドの型特異性及び例１
１内の組換えＥ１タンパク質の型特異性によって例示さ
れる。
【０１７２】新しい亜型２ｄ、型３、４及び５（配列番
号１〜６２及び１０６〜１２３及び１４３〜２１８、２
２３及び２７０）アミノ酸配列を１ａ型、１ｂ型、２ａ
型及び２ｂ型のプロトタイプ配列と並べて比較した後、
図５及び図７に示されている通りに型及び亜型特異的可
変領域を明確に記述することができる。
【０１７３】本発明のポリペプチドから誘導された突然
変異タンパク質については、表４が上述のとおりの突然
変異タンパク質のいくつかのベースとなりうるアミノ酸
置換の概要を与えている。
【０１７４】本発明に従ったペプチドは、好ましくは少
なくとも５つの隣接ＨＣＶアミノ酸、ただし好ましくは
本発明の新しいＨＣＶ配列の少なくとも８個、少なくと
も１０個又は少なくとも１５個の隣接アミノ酸（例えば
少なくとも９、１１、１２、１３、１４、２０又は２５
個のアミノ酸）を含んでいる。
【０１７５】
【表４】
【０１７６】本発明のポリペプチド、特にフラグメント
は、従来の化学合成によって調製されうる。この合成
は、均質溶液内又は固体相の中で行なうことができる。
【０１７７】例えば、使用可能な均質な溶液中での合成
技術は、E. Wunshにより編集された「Methode der 又は
ganischen chemie」（有機化学の方法）、第１５−Ｉ
巻、II巻、THIEME, Stuttgart 1974, という本の中でHo
ubenweylによって記述されているものである。
【０１７８】本発明のポリペプチドは、「固相ペプチド
合成」（IRL Press,Oxf 又はd, 1989)という題の本の中
でAtherson及びShepard が記述した方法に従って固相内
で調製することもできる。
【０１７９】本発明に従ったポリペプチドは、Maniatis
et al.,分子クローニング：実験室マニュアル, New Yo
rk, Cold Spring Harb又はLab 又はat又はy, 1982)によ
り記述されている通りの組換えＤＮＡ技術を用いて調製
することができる。
【０１８０】本発明は、特に前記隣接配列が以下のアミ
ノ酸残基のうちの少なくとも１つをその配列中に含んで
いる、上述の通りのポリペプチド又はペプチド組成物に
関する： L7, Q43, M44, S60, R67, Q70, T71, A79, A87, N106,
K115, A127, A190, S130, V134, G142, I144, E152, A1
57, V158, P165, S177又はY177, I178, V180又はE180又
はF182, R184, I186, H187, T189, A190, S191又は G19
1, Q192 又は L192 又はI192又はV192又は E192, N193
又は H193 又は P193, W194 又は Y194,H195, A197 又
は I197 又は V197 又は T197,V202, I203又は L203, Q
208, A210, V212,F214, T216, R217又はD217又はE217又
はV217, H218又はN218, H219又はV219又はL219, L227又
はI227, M231又はE231又はQ231, T232又はD232又はA232
又はK232, Q235又はI235, A237又はT237, I242, I246,
S247, S248, V249, S250又はY250, I251又はV251又はM2
51又はF251, D252, T254又はV254, L255又はV255,E256
又はA256, M258又はF258又はV258, A260又はQ260又はS2
60, A261, T264又はY264, M265, I266又はA266, A267,G
268 又は T268,F271又はM271又はV271, I277, M280又は
H280, I284又はA284又はL84, V274, V291, N292 又は S
292, R293 又は I293 又はY293, Q294又は R294, L297
又は I297 又はQ297, A299又はK299又は Q299, N303 又
は T303, T308 又は L308, T310 又はF310又は A310 又
は D310 又は V310,L313, G317又は Q317, L333, S351,
A358, A359, A363, S364,A366, T369, L373, F376, Q3
86, I387, S392, I399, F402, I403, R405, D454, A46
1, A463, T464, K484, Q500, E501, S521, K522, H524,
N528, S531, S532, V534, F536, F537, M539, I546, C
1282, A1283, H1310, V1312, Q1321, P1368, V1372, V1
373, K1405,Q1406, S1409, A1424, A1429, C1435, S143
6, S1456, H1496,A1504, D1510, D1529, I1543, N1567,
D1556, N1567, M1572, Q1579, L1581, S1583, F1585,
V1595, E1606又はT1606, M1611, V1612 又は L1612, P1
630, C1636, P1651, T1656又はI1656,L1663, V1667, V1
677, A1681, H1685, E1687, G1689,V1695, A1700, Q170
4, Y1705, A1713, A1714 又はS1714, M1718, D1719, A1
721又はT1721, R1722, A1723 又は V1723, H1726 又はG
1726, E1730, V1732, F1735, I1736, S1737, R1738, T1
739, G1740, Q1741, K1742,Q1743, A1744, T1745, L174
6, E1747 又はK1747, I1749, A1750, T1751又はA1751,
V1753, N1755,K1756,A1757, P1758, A1759, H1762, T17
63, Y1764, P2645, A2647, K2650, K2653 又は L2653,
S2664, N2673, F2680, K2681, L2686, H2692, Q2695 又
はL2695 又はI2695, V2712, F2715,V2719 又は Q2719,
T2722, T2724, S2725, R2726, G2729,Y2735, H2739, I2
748, G2746 又は I2746, I2748, P2752又は K2752, P27
54 又はT2754, T2757又はP2757.
【０１８１】なおここで、この表記は、表１（その他の
分離株との比較）の中に示されているとおりのKato et
al., 1990 に従ったアミノ酸番号づけを表わす１つの番
号と、その１文字コードでアミノ酸残基を表わしている
１つの文字とで構成されている。同様に図２、５、７及
び１１内の番号づけ（並べての比較アミノ酸配列）中の
番号づけも参照のこと。
【０１８２】本発明の特有で新しいアミノ酸残基の群の
中で、以下の残基は、本発明に使用されるＨＣＶ分類シ
ステムに従って以下のＨＣＶ型に対し特異的であること
がわかった。
【０１８３】− 図５及び２に示されている通り、本発
明のＨＣＶ亜型２ｄ配列に対して特異的であるQ208, R2
17, E231, I235, I246, T264, I266, A267, F271, K29
9, L2686, Q2719；
【０１８４】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ３型のコア／Ｅ１領域に対して特異的であるQ43, S
60, R67, F182, I186, H187,A190,S191, L192, W194, V
202, L203, V219, O231, D232,A237,T254, M280, Q299,
T303, L308,及び／又はL313；
【０１８５】− 図７に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ３型配列のＮＳ３／４領域に対して特異的であるD1
556, Q1579, L1581, S1584, F1585, E1606, V1612, P16
30, C1636, T1656, L1663, H1685, E1687, G1689, V169
5, Y1705, A1713, A1714, A1721, V1723, H1726, R173
8, Q1743, A1744, E1747, I1749, A1751, A1759及び／
又はH1762;
【０１８６】− 図２に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ３型のＮＳ５領域に対して特異的であるK2665, D26
66, R2670;
【０１８７】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ４型配列のコア／Ｅ１領域に対して特異的であるL
7, A79, A127, S130, E152,V158, S177又はY177, V180
又はE180, R184, T189, Q192又はE192又はI192, N193又
はH193, I197又はV197, I203, A210, V212, E217, H21
8, H219, L227, A232, V249, I251又はM251, D252, L25
5又は V255, E256, M258 又はV258又はF258, A260又はQ
260, M265, T268, V271, V274, M280, I284, N292又は
S292, Q294, L297 又はI297, T308, A310又はD310又はV
310又はT310, 及びG317；
【０１８８】− 図２に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ４型配列のＮＳ５領域に対して特異的であるP2645,
K2650, K2653, G2656, V2658,T2668, N2673又はN2673,
K2681, H2686, D2691, L2692,Q2695 又はL2695 又はI2
695, Y2704, V2712, F2715, V2719, I2722, S2725, G27
29, Y2735, G2746又はI2746, P2752又は K2752, Q2753,
P2754又は T2754, T2757 又はP2757;
【０１８９】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ４型配列のコア／Ｅ１領域に対して特異的であるM4
4, Q70, A87, N106, K115,V137, G142, P165, I178, F2
51, A299, N303, Q317;
【０１９０】− 図１２に示されている通り、本発明の
ＨＣＶ５型配列のＥ１／Ｅ２領域に対して特異的である
L333, S351, A358, A359, A363, S364, A366, T369, L3
73, F376, Q386, I387, S392, I399, F102, I403, R40
5, D454, A461, A463, T464, K484, Q500, E501, S521,
K522, H524, N528, S532, V534, F537, M539, I546；
【０１９１】− 図７に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ５型配列のＮＳ３／ＮＳ４領域に対して特異的であ
るC1282, A1283, V1312, Q1321, P1368, V1372, K1405,
Q1406, S1409, A1424, A1429, C1435, S1436, S1456,
H1496, A1504, D1510, D1529,I1543, N1567, M1572, V1
595, T1606, M1611, L1612, I1656, V1667, A1681, A17
00, A1713, S1714, M1718, D1719, T1721, R1722, A172
3, G1726, F1735, I1736, S1737, T1739, G1740, K174
2, T1745, L1746, K1747, A1750, V1753, N1755,A1757,
D1758, T1763, 及びY1764;
【０１９２】− 図２に示されている通り本発明のＨＣ
Ｖ５型配列のＮＳ５領域に対して特異的であるA2647, L
2653, S2674, F2680, T2724,R2726, Y2730, H2739 ；
【０１９３】− 図５及び７に示されている通り、本発
明のＨＣＶ３型及び５型配列に対して特異的であるA25
6, P1631, V1677, Q1704,E1730, V1732, Q1741 及びT17
51;
【０１９４】− 図５及び２に示されている通り、本発
明のＨＣＶ３型及び４型配列に対して特異的であるT71,
A157, I227, T237, T240, Y250,V251, S260, M271, T2
673, T2722, I2748 ；
【０１９５】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ４型及び５型配列に対して特異的であるV192, Y19
4, A197, P249, S250, R294；
【０１９６】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ４型及び亜型２ｄ配列に対して特異的であるI293；
【０１９７】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ３型、４型及び５型配列に対して特異的であるD217
及びR294；
【０１９８】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ３型及び亜型２ｄ配列に対して特異的であるL192；
【０１９９】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ３型、４型及び亜型２ｄ配列に対して特異的である
G191及びT197；
【０２００】− 図５に示されている通り、本発明のＨ
ＣＶ亜型２ｄ及び５型配列に対して特異的であるK232。
【０２０１】なおここで、この表記は、その１文字コー
ドによりアミノ酸を明白に表わしている１つの文字、及
びKato et al., 1990(その他の分離株との比較について
表１も参照のこと）ならびに図２（ＮＳ５領域）、図５
（コア／Ｅ１領域）、図７（ＮＳ３／ＮＳ４領域）、図
１２（Ｅ１／Ｅ２領域）に従ったアミノ酸番号づけを表
わす１つの番号で構成されている。上述のアミノ酸のい
くつかは、型又は亜型特異的エピトープの中に内含され
ていてもよい。例えば、Ｍ２３１（５型内に検出される
もの）は、位置２３１におけるメチオニンのことを言
う。３型分離株内では同じ位置２３１にはグルタミン
（Ｑ）が存在し、一方この位置は、１型分離株ではアル
ギニンにより又２型分離株ではリジン（Ｋ）又はアスパ
ラギン（Ｎ）により占有されている（図５参照）。
【０２０２】本発明のこの実施態様に従ったペプチド又
はポリペプチドは、場合によって標識づけされていても
よいし、固体基材に付着されていてもよいし、或いは又
ビオチンのような担体分子に結合されていても、又適切
なアジュバントと混合されていてもよい。
【０２０３】コアタンパク質内の可変的領域（図５中の
Ｖ−ＣＯＲＥ）は、血清学的型分類のために役立つこと
が示されてきた（Machida et al., 1992）。この領域中
の開示された５型配列の配列は、型特異的特徴を示す。
アミノ酸７０〜７８からのペプチドは本発明の配列に対
して以下の非反復配列を示す。 QPTGRSWGQ（配列番号９３） RSEGRTSWAQ（配列番号２２０） 及びRTEGRTSWAQ（配列番号２２１） もう１つの好ましいＶ−コアにまたがる領域は、 SRRQPIPRARRTEGRSWAQ（配列番号２６８） という配列を伴う亜型３ｃの位置６０〜７８にまたがる
ペプチドである。
【０２０４】図５に示されている通り、４つの遺伝子型
のＥ１アミノ酸配列を並べて比較した後、５つの型特異
的可変領域（Ｖ１〜Ｖ５）を同定することができる。
【０２０５】領域Ｖ１はアミノ酸１９２〜２０３を包含
し、これは、Ｅ１タンパク質のアミノ末端の１０個のア
ミノ酸である。図５に示されている通りの以下の非反復
配列を推定することができる： LEWRNTSGLYVL（配列番号８３） VNYRNASGIYHI（配列番号１２６） QHYRNISGIYHV（配列番号１２７） EHYRNASGIYHI（配列番号１２８） IHYRNASGIYHI（配列番号２２４） VPYRNASGIYHV（配列番号８４） VNYRNASGIYHI（配列番号２２５） VNYRNASGVYHI（配列番号２２６） VNYHNTSGIYHL（配列番号２２７） QHYRNASGIYHV（配列番号２２８） QHYRNVSGIYHV（配列番号２２９） IHYRNASDGYYI（配列番号２３０） LOVKNTSSSYMV（配列番号２３１）
【０２０６】領域Ｖ２はアミノ酸２１３〜２２３を包含
する。図５に示されている通りＶ２領域内には、以下の
非反復配列を見い出すことができる。 VYEADDVILHT（配列番号８５） VYETEHHILHL（配列番号１２９） VYEADHHIMHL（配列番号１３０） VYETDHHILHL（配列番号１３１） VYEADNLILHA（配列番号８６） VWQLRAIVLHV（配列番号２３２） VYEADYHILHL（配列番号２３３） VYETDNHILHL（配列番号２３４） VYETENHILHL（配列番号２３５） VFETVHHILHL（配列番号２３６） VFETEHHILHL（配列番号２３７） VFETDHHIMHL（配列番号２３８） VYETENHILHL（配列番号２３９） VYEADALILHA（配列番号２４０）
【０２０７】領域Ｖ３はアミノ酸２３０〜２４２を包含
する。図５から以下の非反復Ｖ３領域配列を推定するこ
とができる。 VQDGNTSTCWTPV（配列番号８７） VQDGNTSACWTPV（配列番号２４１） VRVGNQSRCWVAL（配列番号１３２） VRTGNTSRCWVPL（配列番号１３３） VRAGNVSRCWTPV（配列番号１３４） EEKGNISRCWIPV（配列番号２４２） VKTGNQSRCWVAL（配列番号２４３） VRTGNQSRCWVAL（配列番号２４４） VKTGNQSRCWIAL（配列番号２４５） VKTGNVSRCWIPL（配列番号２４７） VKTGNVSRCWISL（配列番号２４８） VRKDNVSRCWVQI（配列番号２４９）
【０２０８】領域Ｖ４は、アミノ酸２４８〜２５７を包
含している。図５から以下の非反復Ｖ４領域配列を推定
することができる。 VRYVGATTAS（配列番号８９） APYIGAPLES（配列番号１３５） APYVGAPLES（配列番号１３６） AVSMDAPLES（配列番号１３７） APSLGAVTAP（配列番号９０） APSFGAVTAP（配列番号２５０） VSQPGALTKG（配列番号２５１） VKYVGATTAS（配列番号２５２） APYIGAPVES（配列番号２５３） AQHLNAPLES（配列番号２５４） SPYVGAPLEP（配列番号２５５） SPYAGAPLEP（配列番号２５６） APYLGAPLEP（配列番号２５７） APYLGAPLES（配列番号２５８） APYVGAPLES（配列番号２５９） VPYLGAPLTS（配列番号２６０） APHLRAPLSS（配列番号２６１） APYLGAPLTS（配列番号２６２）
【０２０９】領域Ｖ５はアミノ酸２９４〜３０３を包含
している。図５から以下の非反復Ｖ５領域ペプチドを推
定することができる。 RPRRHQTVQT（配列番号９１） QPRRHWTTQD（配列番号１３８） RPRRHWTTQD（配列番号１３９） RPRQHATVQN（配列番号９２） RPRQHATVQD（配列番号２６３） SPQHHKFVQD（配列番号２６４） RPRRLWTTQE（配列番号２６５） PPRIHETTQD（配列番号２６６）
【０２１０】アミノ酸位置４７１〜４８４にまたがる図
１２に示されている通りの５ａ型のＥ２領域（ＨＶＲ−
２）内の可変領域も、同様に、 TISYANGSGPSDDK（配列番号２６７） という配列をもつ本発明に従った好ましいペプチドであ
る。
【０２１１】上述のペプチドリストはワクチン及び診断
法の開発のため特に適している。
【０２１２】同様に本発明に含まれているのは、それら
のペプチド鎖の中に上述のペプチドから誘導された少な
くとも５つの隣接アミノ酸を含むあらゆる合成ペプチド
又はポリペプチドである。
【０２１３】特定の実施態様に従うと、本発明は、前記
隣接配列が以下のＨＣＶアミノ酸３型配列のいずれかか
ら選択されている、上述の組成物に関する。
【０２１４】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１４０〜３１９にまたがる領域の中の、配列
番号１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６又は２
８（ＨＤ１０、ＢＲ３６、ＢＲ３３配列）に表わされて
いる通りのアミノ酸配列のいずれかに対して７２％以
上、好ましくは７４％以上、より好ましくは７７％以
上、最も好ましくは８０又は８４％以上の相同性を有す
る配列；
【０２１５】− 図５に示されている通り、位置１９２
〜３１９にまたがるＥ１領域の中の、配列番号１４、１
６、１８、２０、２２、２４、２６又は２８（ＨＤ１
０、ＢＲ３６、ＢＲ３３配列）に表わされている通りの
アミノ酸配列のいずれかに対して７０％以上、好ましく
は７２％以上、より好ましくは７５％以上、最も好まし
くは８１％以上の相同性を有する配列；
【０２１６】− 図５に示されている通り、コア領域の
位置１〜１１０にまたがる領域の中の、配列番号１４８
（３ｃ型）；ＢＥ９８に表わされている通りのアミノ酸
配列に対して８６％以上、好ましくは８８％以上、最も
好ましくは９０％以上の相同性を有する配列；
【０２１７】− 図７及び１１に示されている通り、Ｎ
Ｓ３／ＮＳ４領域の位置１６４６〜１７６４にまたがる
領域の中の、配列番号３０、３２、３４、３６、３８又
は４０（ＨＣＣ１５３、ＨＤ１０、ＢＲ３６配列）に表
わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して７
６％以上、好ましくは７８％以上、最も好ましくは８０
％以上の相同性を有する配列；
【０２１８】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１４０〜３１９にまたがる領域の中の、配列
番号１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６又は２
８（ＨＤ１０、ＢＲ３６、ＢＲ３３配列）に表わされて
いる通りのアミノ酸配列のいずれかに対して８１％以
上、好ましくは８３％以上、最も好ましくは８６％以上
の相同性を有する配列；
【０２１９】− 図５に示されている通り、位置１９２
〜３１９にまたがるＥ１領域の中の、配列番号１４、１
６、１８、２０、２２、２４、２６又は２８（ＨＤ１
０、ＢＲ３６、ＢＲ３３配列）に表わされている通りの
アミノ酸配列のいずれかに対して８１．５％以上、好ま
しくは８３％以上、最も好ましくは８６％以上の相同性
を有する配列；
【０２２０】− 図２に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置２６４５〜２７５７にまたがる領域の中の、配列
番号１５０（３ｃ型ＢＥ９８）に表わされている通りの
アミノ酸配列に対して８６％以上、好ましくは８８％以
上、最も好ましくは９０％以上の相同性を有する配列。
【０２２１】さらにもう１つの実施態様に従うと、本発
明は、前記隣接配列が、以下のＨＣＶアミノ酸４型配列
のいずれかから選択されている、上述の組成物に関す
る。
【０２２２】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１２７〜３１９にまたがる領域の中の、配列
番号１１８、１２０及び１２２（ＧＢ３５８、ＧＢ５４
９、ＧＢ８０９配列）に表わされている通りのアミノ酸
配列のいずれかに対して８０％以上、好ましくは８２％
以上、最も好ましくは８４％以上の相同性を有する配
列；
【０２２３】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１４０〜３１９にまたがる領域の中の、配列
番号１１８、１２０及び１２２（ＧＢ３５８、ＧＢ５４
９、ＧＢ８０９配列）に表わされている通りのアミノ酸
配列のいずれかに対して、位置１９２〜３１９にまたが
るＥ１領域の中の７３％以上、好ましくは７５％以上、
最も好ましくは７８％以上の相同性を有する配列；
【０２２４】− 図５に示されている通り、Ｅ１の位置
１９２〜３１９にまたがる領域の中の、配列番号１１
８、１２０又は１２２（ＧＢ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ
８０９配列）に表わされている通りのアミノ酸配列のい
ずれかに対して８５％以上、好ましくは８６％以上、最
も好ましくは８７％以上の相同性を有する配列；
【０２２５】− 図２に示されている通り、ＮＳ５領域
の位置２６４５〜２７５７にまたがる領域の中の、配列
番号１０６、１０８、１１０、１１２、１１４又は１１
６（ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、ＧＢ３５８、
ＧＢ５４９、ＧＢ８０９配列）に表わされている通りの
アミノ酸配列のいずれかに対して７３％以上、好ましく
は７４％以上、最も好ましくは７５％以上の相同性を有
する配列；
【０２２６】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の中の配列番号１６４又は１６６（ＧＢ８０９及び
ＣＡＭ６００配列）に表わされている通りの配列のいず
れかを有する配列；
【０２２７】− 図５に示されている通り、Ｅ１領域の
中の配列番号１６８、１７０、１７２、１７４、１７
６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８
又は１９０（ＣＡＭ６００、ＧＢ８０９、ＣＡＭＧ２
２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ５４９、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４
／１２０５、ＣＡＲ４／９０１、ＧＢ１１６、ＧＢ２１
５、ＧＢ９５８、ＧＢ８０９−４配列）に表わされてい
る通りの配列のいずれかを有する配列； − ＮＳ５領域の中の配列番号１９２、１９４、１９
６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０
８、２１０、２１２（ＧＢ３５８、ＧＢ７２４、ＢＥ１
００、ＰＣ、ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２など）に表わ
されている通りの配列のいずれかを有する配列。
【０２２８】上述の４型ペプチドポリペプチドには、Si
mmonds et al., (1993, EG-29,図５参照）に開示されて
いるコア配列を除いていずれかのＨＣＶ４型ポリタンパ
ク質から選択された少なくとも１つのアミノ酸が含まれ
る。
【０２２９】さらにもう１つの態様に従うと、本発明
は、前記隣接配列が以下のＨＣＶアミノ酸５型配列のい
ずれかから選択される上述の通りの組成物に関する。
【０２３０】− 図５に示されている通り、配列番号４
２、４４、４６、４８、５０、５２又は５４（ＰＣ配
列）及び配列番号１５２（ＢＥ９５）に表わされている
通りのアミノ酸配列のいずれかに対し、コア位置１〜１
９１にまたがる領域の中の９３％以上、好ましくは９４
％以上、最も好ましくは９５％以上の相同性を有する配
列；
【０２３１】− 図５に示されている通り、配列番号４
２、４４、４６、４８、５０、５２又は５４（ＰＣ配
列）に表わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに
対し、Ｅ１位置１９２〜３１９にまたがる領域の中の７
３％以上、好ましくは７４％以上、最も好ましくは７６
％以上の相同性を有する配列；
【０２３２】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１〜３１９にまたがる領域の中の、配列番
号、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、１５
４、１５６（ＢＥ９５、ＢＥ１００）（ＰＣ配列）に表
わされている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して７
８％以上、好ましくは８０％以上、最も好ましくは８３
％以上の相同性を有する配列；
【０２３３】− 図７又は１１に示されている通り、Ｎ
Ｓ３領域の位置１２８６〜１４０３にまたがる領域の中
の、配列番号５６〜５８（ＰＣ配列）に表わされている
アミノ酸配列のいずれかに対して９０％以上、好ましく
は９１％以上、最も好ましくは９２％以上の相同性を有
する配列；
【０２３４】− 図７又は１１に示されている通り、Ｎ
Ｓ３／４領域の位置１６４６〜１７６４にまたがる領域
の中の、配列番号６０又は６２（ＰＣ配列）に表わされ
ている通りのアミノ酸配列のいずれかに対して６６％以
上、より特定的には６８％以上、最も特定的には７０％
以上の相同性をもつ配列。
【０２３５】さらにもう１つの実施態様に従うと、本発
明は、前記隣接配列が以下のＨＣＶアミノ酸２ｄ型配列
のいずれかから選択されている、上述の組成物に関す
る。
【０２３６】− 図５に示されている通り、コア／Ｅ１
領域の位置１〜３１９にまたがる領域の中の、配列番号
１４４（ＮＥ９２）に表わされている通りのアミノ酸配
列に対して８３％以上、好ましくは８５％以上、最も好
ましくは８７％以上の相同性を有する配列；
【０２３７】− 図１２に示されている通り、配列番号
１４４（ＮＥ９２）に表わされている通りのアミノ酸配
列に対して、Ｅ１位置１９２〜３１９にまたがる領域の
中の７９％以上、好ましくは８１％以上、最も好ましく
は８４％以上の相同性を有する配列；− 図２に示され
ている通り、ＮＳ５領域の位置２６４５〜２７５７にま
たがる領域の中の、配列番号１４６（ＮＥ９２）に表わ
されている通りのアミノ酸配列に対して９５％以上、よ
り特定的には９６％以上、最も特定的には９７％以上の
相同性を有する配列。
【０２３８】本発明は又、組換えベクター、特にクロー
ニング及び／又は発現のための組換えベクターに関し、
該組換えベクターは、ベクター配列、適切な原核、真核
又はウイルスプロモーター配列とそれに続いて上述のヌ
クレオチド配列を含み、かつ該組換えベクターは裸のＤ
ＮＡとして注入された時、原核又は真核宿主又は生きた
哺乳動物の中で、上述の通りのＨＣＶ２型及び／又はＨ
ＣＶ３型及び／又は４型及び／又は５型の誘導ポリペプ
チドのいずれか１つの発現を可能にし、そしてより特定
的には、該組換えベクターは以下のアミノ酸位置にまた
がる以下のＨＣＶ２ｄ型、３型、４型又は５型ポリペプ
チドのいずれかの発現を可能にする：
【０２３９】− 位置１で始まり、位置７０と３２６の
間の領域内のいずれかの位置で終わるポリペプチド、よ
り特定的には、コアタンパク質の発現のためには、位置
１〜７０、位置１〜８５、位置１〜１２０、位置１〜１
５０、位置１〜１９１、位置１〜２００にまたがるポリ
ペプチド、そしてコア及びＥ１タンパク質の発現のため
に位置１〜２６３、位置１〜３２６にまたがるポリペプ
チド；
【０２４０】− 位置１１７と１９２の間の領域内のい
ずれかの位置で始まり、Ｅ１の発現のためには、位置２
６３と３２６の間の領域内のいずれかの位置で終わるポ
リペプチド、又は推定上の膜アンカーが欠失した形態
（位置２６４〜２９３±８アミノ酸）；
【０２４１】− ＮＳ４領域の発現のために、位置１５
５６と１６８８の間の領域内のいずれかの位置で始ま
り、位置１７３９〜１７６４の間の領域内のいずれかの
位置で終わるポリペプチド、より特定的にはＮＳ４ａ抗
原の発現のために、位置１６５８で始まり、位置１７１
１で終わるポリペプチド、より特定的にはＮＳ４ｂタン
パク質又はその一部の発現のために位置１７１２で始ま
り、位置１７４３と１９７２の間、例えば１７１２−１
７４３、１７１２−１７６４、１７１２−１７８２、１
７１２−１９７２、１７１２−１７８２及び１９０２−
１９７２の間で終わるポリペプチド。
【０２４２】「ベクター」という語は、プラスミド、コ
スミド、ファージ又はウイルスを含んでもよい。
【０２４３】E. coli のような細菌、又はS. cerevisia
e のような真核細胞、又は培養した脊椎動物又は無脊椎
動物の宿主、例えば昆虫細胞、チャイニーズハムスター
の卵巣（ＣＨＯ）、ＣＯＳ、ＢＨＫ、及びＭＤＣＫ細胞
の中で本発明のポリペプチドを発現させるため、以下の
工程が行なわれる： − 組換えベクターでの適切な細胞宿主の形質転換が、
本発明のポリペプチドの１つをコードするヌクレオチド
配列に適切な制御要素、特に細胞宿主のポリメラーゼに
より認識されるプロモーターが、原核宿主の場合には、
ヌクレオチド配列の該細胞宿主内での発現を可能にする
適切なリボソーム結合部位（ＲＢＳ）の制御下で挿入さ
れる。真核宿主の場合には、どんなシグナル配列又はプ
リ／プロ配列でも提供することができ、或いは天然のＨ
ＣＶシグナル配列でも利用することができ、例えばＥ１
の発現のためには、アミノ酸位置１１７及び１７０の間
で始まり、アミノ酸位置１９１で終わるシグナル配列が
使用でき、ＮＳ４の発現のためには、アミノ酸位置１６
４６と１６５９の間で始まるシグナル配列を使用するこ
とができる。 − 前記挿入物の発現を可能にする条件下での前記形質
転換された細胞宿主の培養。
【０２４４】本発明は又、前記ポリペプチドが、上述の
通りの発現ベクターを用いて発現された組換えポリペプ
チドである、上述の組成物にも関する。
【０２４５】本発明は又、免疫応答を生じさせるため、
場合によって薬学的に受容可能なアジュバントを伴っ
て、充分な量の組成物を投与することを含む、哺乳動物
好ましくはヒトをＨＣＶに対して免疫化するための方法
において使用するための、上述の通りの組成物、より特
定的には、コア、Ｅ１又はＮＳ４領域から誘導されたＨ
ＣＶ３型ポリペプチド及び／又はＨＣＶ４型及び／又は
ＨＣＶ５型ポリペプチド及び／又はＨＣＶ２ｄ型ポリペ
プチドを含むワクチン組成物にも関する。
【０２４６】本発明は又、上述の通りの方法を用いて上
述の通りの組成物での免疫したとき産生する抗体につい
て、上述の通りのポリペプチドのいずれかと反応する抗
体について、及び好ましくはモノクローナル抗体である
前記抗体にも関する。
【０２４７】本発明のモノクローナル抗体は、動物の脾
細胞、特に本発明に従ったＨＣＶポリペプチド又はその
突然変異体、又は上述のとおりのそのフラグメント、又
一方では骨髄腫セルラインの細胞のフラグメントに対し
て免疫化された、マウス又はラットからの脾細胞から古
典的方法に従って形成され、しかも動物の免疫化のため
に当初用いられたポリペプチドを認識するモノクローナ
ル抗体を産生するハイブリドーマの能力によって選択さ
れる可能性の高いあらゆるハイブリドーマによって産生
されうる。
【０２４８】本発明に包まれる抗体は、酵素、螢光又は
放射線タイプの適切な標識により標識づけされうる。
【０２４９】本発明のこの好ましい実施態様に従ったモ
ノクローナル抗体は、Ｈ及びＬ鎖に対しコードするマウ
ス及び／又はヒトゲノムＤＮＡ配列の一部分から、又は
Ｈ及びＬ鎖に対しコードするｃＤＮＡクローンから出発
して、組換えＤＮＡ技術を用いて作られるマウスモノク
ローナル抗体の人体バージョンであってもよい。
【０２５０】代替的には、本発明のこの好ましい実施態
様に従ったモノクローナル抗体は、ヒトモノクローナル
抗体であってよい。本発明の実施態様に従ったこれらの
抗体は又、３型、４型又は５型ＨＣＶで感染を受けてい
るか又はＨＣＶに対しワクチン接種を受けた患者のヒト
末梢血リンパ球から誘導することも可能である。このよ
うなヒトモノクローナル抗体は、例えば重症複合型免疫
不全（ＳＣＩＤ）マウスのヒト末梢血リンパ球（ＰＢ
Ｌ）再増殖によって調製可能である（最近のレビューに
ついては、Duchosal et al., 1992 を参照のこと）。
【０２５１】本発明は又、レペルトワークローニング方
法（Persson et al., 1991）による組換え抗体の選択の
ための、本発明のタンパク質、その突然変異体又はそれ
から誘導されたペプチドの使用にも関する。
【０２５２】或る種の遺伝子型から誘導されたペプチド
に向けられた抗体を、かかるＨＣＶ遺伝子型の検出のた
め、或いは又治療用薬剤として使用することができる。
【０２５３】本発明は又、それを含んでいる可能性の高
い生物学的試料の中に存在するＨＣＶを検出するため、
免疫検定に取込むための少なくとも以下の工程を含む上
述の通りの組成物の使用にも関する。 （ｉ）前記ポリペプチドが、ビオチニル化されたポリペ
プチドであり、ストレプトアビジン又はアビジン複合体
を用いて固体基材に共有結合されている状態で、免疫複
合体の形成を可能にする適切な条件下で好ましくは固定
化された形態で、上述の通りの組成物のいずれかと、Ｈ
ＣＶ抗体の存在について分析すべき生物学的試料と接触
させる工程； （ii）未結合成分を除去する工程； （iii）異種抗体が、適切な条件下で検出可能な標識に
接合された状態で、分析すべき試料中に存在する抗体に
特異的に結合するこの異種抗体を用いて形成された免疫
複合体をインキュベートする工程； （iv）目視で、又はデンシトメトリーを用いて、前記免
疫複合体の存在を検出し、観察されたハイブリダイゼー
ションパターンから存在するＨＣＶ血清型を推定する工
程。
【０２５４】本発明は又、それを含んでいる可能性の高
い生物学的試料の中に存在する単数又は複数のＨＣＶ血
清型を検出するため、より特定的には１つの検定フォー
マットに組合わされた検定すべき異なる型のＥ１及びＮ
Ｓ４抗原又は抗体を検出するため、血清学的分類検定に
取り込むための、少なくとも次の工程を含む上述のとお
りの組成物の使用にも関する。 （ｉ）免疫複合体の形成を可能にする適切な条件下で、
固定された形態である上述の組成物の少なくとも１つ
を、単数又は複数の血清型のＨＣＶ抗体又は抗原の存在
について分析すべき生物学的試料と接触させる工程； （ii）未結合成分を除去する工程； （iii）異種抗体が、適切な条件下で検出可能な標識に
接合された状態で、分析すべき試料中に存在する抗体に
特異的に結合するこの異種抗体を用いて形成された免疫
複合体をインキュベートする工程； （iv）目視で、又はデンシトメトリーを用いて、前記免
疫複合体の存在を検出し、観察された結合パターンから
単数又は複数のＨＣＶ血清型の存在を推定する工程。
【０２５５】本発明は又、上述の方法に従ってＨＣＶの
遺伝子型又は存在を決定するため、固体基材上への固定
化及び逆相ハイブリダイゼーション検定への取込み、好
ましくは膜片のような固体支持体上への平行線としての
固定化のための、上述の通りの組成物の使用にも関す
る。
【０２５６】従って、本発明は又、それを含んでいる可
能性の高い生物学的試料の中に存在する、上述の通りの
ＨＣＶ遺伝子型の存在を検出するための次のものを含む
キットに関する。 −場合によって、上述のプライマー又はその他のあらゆ
るＨＣＶ３型及び／又はＨＣＶ４型及び／又はＨＣＶ５
型又は万能ＨＣＶプライマーの中から選ばれたいずれか
のプライマーを含む少なくとも１つのプライマー組成
物、 −好ましくは固体基材上に、より好ましくは１つの同じ
膜片上に固定化されている状態の、上述の通りの少なく
とも１つのプローブ組成物、 −これらのプローブと場合によって増幅された産物との
間のハイブリダイゼーション反応が行なえるようにする
緩衝液又はそれを作るのに必要な成分、 −上記ハイブリダイゼーションの結果得られたハイブリ
ッドを検出するための手段、 −場合によっては同様に、観察されたハイブリダイゼー
ションパターンから試料中に存在するＨＣＶ遺伝子型を
推定するための、自動化された走査及び解釈用装置。
【０２５７】遺伝子型は又、形成された免疫複合体を検
出するべく、ＰＣＲにより後で増幅させることのでき
る、あらゆるポリヌクレオチド配列に連鎖されている上
述の通りの型特異的抗体を用いて検出することも可能で
ある（Immuno-PCR, Sano et al., 1992)；
【０２５８】本発明は又、それを含んでいる可能性の高
い生物学的試料の中に存在する上述の通りのＨＣＶ抗体
の存在を検出するため、次のものを含むキットに関す
る。 −好ましくは固定基材上に、より好ましくは１つの同じ
膜片上に固定されている状態の、好ましくはＨＣＶ１
型、ＨＣＶ２型又はその他ＨＣＶ型からのその他のポリ
ペプチド又はペプチドと組合せた形での、上述の少なく
とも１つのポリペプチド組成物； −これらのポリペプチドと生物学的試料中に存在するＨ
ＣＶに対する抗体との間の結合反応を可能にする緩衝液
又はそれを作るのに必要な成分、 − 上記結合反応によって形成された免疫複合体を検出
するための手段、 − 場合によっては同様に、観察された結合パターンか
ら試料中に存在するＨＣＶ遺伝子型を推定するための、
自動化された走査及び解釈用装置。
【０２５９】
【実施例】例１：ＨＣＶ３型のＮＳ５ｂ領域 一定数のブラジル人の献血者からのＩＮＮＯ−ＬｉＰＡ
ＨＣＶ研究キット（Stuyer et al., 1993)を用いて選
択された３型血清は、ＨＣＶ抗体ＥＬＳＩＡ（Innotest
ＨＣＶＡｂII；Innogenetics）及び／又はＩＮＮＯ−Ｌ
ＩＡ ＨＣＶＡｂII確認試験（Innogenetics）において
陽性であった。第一回目のＰＣＲ反応後に陽性であった
血清（Stuyver et al., 1993）のみを、さらなる研究の
ために保持した。逆転写及びネステッドＰＣＲ；ＲＮＡ
を５０μlの血清から抽出し、記述された通りに（Stuyv
er et al., 1993）ｃＤＮＡ合成に付した。このｃＤＮ
ＡをＰＣＲのための鋳型として用い、この合計体積は、
各プライマーを１０pmolesずつと３μlの１０×Ｐｆｕ
緩衝液２（Stratagene）及び２．５ＵのＰｆｕＤＮＡポ
リメラーゼ（Stratagene）を含め５０μlとなるまで増
大させた。１分間９４℃、１分間５０℃及び２分間７２
℃から成る４５サイクルにわたりｃＤＮＡを増幅させ
た。増幅させた産物を電気泳動により分離し、記述され
ている通りに隔離、クローニング及び配列を決定した
（Stuyver et al., 1993）。以下の通り、公表された配
列（Mori et al., 1992)からＮＳ５領域内の３ａ型及び
３ｂ型に特異的なプライマーを選択した： ３ａ型について： HCPr161(+):5'-ACCGGAGGCCAGGAGAGTGATCTCCTCC-3'（配
列番号６３）及びHCPr162(-):5'-GGGCTGCTCTATCCTCATCG
ACGCCATC-3'（配列番号６４） ３ｂ型について： HCPr163(+):5'-GCCAGAGGCTCGGAAGGCGATCAGCGCT-3'（配
列番号６５）及びHCPr164(-):5'-GAGCTGCTCTGTCCTCCTCG
ACGCCGCA-3'（配列番号６６） ラインプローブ検定（ＬｉＰＡ）（Stuyver et al., 19
93）を用いて、７つの高力価３型血清を選択し、その後
３ａ型についてはプライマーセットＨＣＰｒ１６１／１
６２、そして３ｂ型についてはＨＣＰｒ１６３／１６４
を用いて分析した。これらの血清のどれも３ｂ型プライ
マーに対してポジティブでなかった。血清ＢＲ３６（Ｂ
Ｒ３６−２３）、血清ＢＲ３３（ＢＲ３３−２）及び血
清ＢＲ３４（ＢＲ３４−４）の３ａ型プライマーを用い
て得たＮＳ５ ＰＣＲフラグメントを、クローニングの
ために選択した。以下の配列を、ＰＣＲフラグメントか
ら得た： フラグメントＢＲ３４−４から：ＢＲ３４−４−２０
（配列番号１）、ＢＲ３４−４−１９（配列番号３）、 フラグメントＢＲ３６−２３から：ＢＲ３６−２３−１
８（配列番号５）、ＢＲ３６−２３−２０（配列番号
７）、 フラグメントＢＲ３３−２から：ＢＲ３３−２−１７
（配列番号９）、ＢＲ３３−２−２１（配列番号１
１）。既知の配列との配列番号１、５及び９をもつ配列
の並べての比較が、図１に示されている。推定されたア
ミノ酸配列の並べての比較は、図２に示されている。３
つの分離株は互いに（約９５％の相互相同性）そして３
ａ型の公表された配列（Mori et al., 1992)に対して非
常に近い関係をもっているが、１型及び２型の配列に対
しては遠位に関連しているにすぎない（表５）。従っ
て、ＬｉＰＡ選択された３型血清からのＮＳ５配列が実
際３型ゲノムから誘導されていることが明確に実証され
ている。その上、Stuyver et al., (1993)に記述されて
いる通りにいかなる５′ＵＲ配列も決定されなかった血
清ＢＲ３４のＮＳ５領域を分析することにより、ＬｉＰ
Ａを用いた型分類とヌクレオチド配列決定から推定され
る通りの遺伝子型分類の間には、さらに優れた相関関係
が立証された。
【０２６０】例２：ＨＣＶ３型のコア／Ｅ１領域 ＨＣＶ−１（Choo et al., 1991)、ＨＣＶ−Ｊ（Kato e
t al., 1990)、ＨＣ−Ｊ６（Okamoto et al,, 1991）及
びＨＣ−Ｊ８（Okamoto et al., 1992）の配列を並べて
比較した後、わずかな配列変異のこれらの領域の中のＰ
ＣＲプライマーを選択した。プライマーHCPr23(+):5'-C
TCATGGGGTACATTCCGCT-3'（配列番号６７）及びHCPr54
(-):5'-TATTACCAGTTCATCATCATATCCCA-3'（配列番号６
８）を、３９２ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置（Applied Bio-
systems)上で合成した。このプライマーセットは、アミ
ノ酸１４０〜３１９（Katoet al., 1990) ；コアのカル
ボキシ末端からの５２個のアミノ酸及びＥ１の１２８個
のアミノ酸（Kato etal., 1990)をコードするヌクレオ
チド３９７〜９５７からの配列を増幅するために選択さ
れた。増幅産物ＢＲ３６−９、ＢＲＲ３３−１及びＨＤ
１０−２を記述どおり（Stuyver et al., 1993）にクロ
ーニングした。ＰＣＲフラグメントから以下のクローン
を得た： フラグメントＨＤ１０−２から：ＨＤ１０−２−５（配
列番号１３）、ＨＤ１０−２−１４（配列番号１５）、
ＨＤ１０−２−２１（配列番号１７） フラグメントＢＲ３６−９から；ＢＲ３６−９−１３
（配列番号１９）、ＢＲ３６−９−２０（配列番号２
１） フラグメントＢＲ３３−１から；ＢＲ３３−１−１０
（配列番号２３）、ＢＲ３３−１−１９（配列番号２
５）、ＢＲ３３−１−２０（配列番号２７）。 既知のＥ１配列との配列番号１３、１９及び２３をもつ
３型Ｅ１ヌクレオチド配列（ＨＤ１０、ＢＲ３６、ＢＲ
３３）の並べての比較が図４に示されている。血清ＨＤ
１０及びＢＲ３６からのＥ１クローン中には４つの変異
が検出され、一方ＢＲ３３では２つしか発見されなかっ
た。位置４０（Ｌ〜Ｐ）及び１２５（Ｍ〜Ｉ）での突然
変異を除いて、全てサイレントの３番目の文字の変異で
ある。１型及び２型のプロトタイプ配列をもつ３型Ｅ１
領域（コア無し）の相同性は、表５に描かれている。合
計で、異なる３つの分離株のコア／Ｅ１領域を網羅する
８つのクローンを配列決定し、図５に示されている通
り、既知の遺伝子型（表３）とＥ１部分を比較した。推
定されたアミノ酸配列のコンピュータ解析の後、１ｂ型
との類比を通して（Hijikata et al., 1991)ＬＥＷＲＮ
配列（位置１９２、図５）より前での分割を促進する可
能性のあるシグナル−アンカー配列がコアのカルボキシ
末端で検出された。ＨＤ１０−２クローンの１つにおけ
るＬ−Ｐ突然変異はこのシグナル−アンカー領域内にあ
り、シグナルペプチダーゼによる認識を損なう可能性が
ある（コンピュータ予測）。かかる置換の例は前述の配
列中のこの位置には全く発見されなかったため、この突
然変異は逆転写酵素又はＰｆｕポリメラーゼの誤取り込
みの結果としてもたらされたものである可能性がある。
同様にＨＣＶ１ａ型及び２型にも存在する４つのアミノ
末端潜在的Ｎ連鎖グリコシル化部位は、３型においても
保たれたままである。１ｂ型の中のＮ−グリコシル化部
位（aa250, Kato et al., 1990）は、この亜型の独特の
特徴でありつづけている。位置２７９においてアスパラ
ギン酸を含む推定上の膜内外領域（ａａ２６４〜２９
３、コンピュータ予測）及び全てのＥ１システインは、
３つのＨＣＶ型全ての中で保存されている。以下の超可
変領域を明確に表わすことができる：ａａ１９２から２
０３までのＶ１（番号づけはKato et al., 1990 に従
う）、Ｖ２（２１３〜２２３）、Ｖ３（２３０〜２４
２）、Ｖ４（２４８〜２５７）及びＶ５（２９４〜３０
３）。このような親水性領域は、宿主の防御メカニズム
に露呈されていると考えられている。従ってこの可変性
は、宿主の免疫応答によって誘発された。今日知られて
いる全ての１ｂ型分離株内のＶ４領域中及びＨＣ−Ｊ８
のＶ５領域（２ｂ型）中の付加的な推定上のＮ連鎖グリ
コシル化部位は、免疫応答のモジュレーションにさらに
貢献する可能性がある。従って、３型及び４型配列につ
いての本発明におけるこの領域の分析は、将来のワクチ
ン及び診断法の開発にとってきわめて重要なものとな
る、Ｅ１のＶ領域にあるエピトープの明確な描写におい
て一助となるものであった。
【０２６１】例３：ＨＣＶ３型のＮＳ３／ＮＳ４領域 ＮＳ３／ＮＳ４境界領域については、ＨＣＶ−１（Choo
et al., 1991)、ＨＣＶ−Ｊ（Kato et al., 1990)、Ｈ
Ｃ−Ｊ６（Okamoto et al., 1991）及びＨＣ−Ｊ８（Ok
amoto et al., 1992）の配列を並べて比較した後、ほと
んど配列可変性の無い領域の中の以下のプライマーセッ
トが選択された（クローニングを目的として付加された
ヌクレオチドについては小文字レタリングが使用されて
いる）； セットＡ： HCPr116(+): 5'-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3'（配列番号６９） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＢ： HCPr116(+): 5'-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3'（配列番号６９） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＣ： HCPr117(+): 5'-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3'（配列番号７２） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＤ： HCPr117(+): 5'-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3'（配列番号７２） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＥ： HCPr116(+): 5'-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3'（配列番号６９） HCPr119(-): actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3'( 配列番号７３ ） セットＦ： HCPr117(+): 5'-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3'（配列番号７２） HCPr119(-): actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3'( 配列番号７３ ） セットＧ： HCPr131(+): 5'-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3' （配列番号７４ ） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＨ： HCPr130(+): 5'-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3'（配列番号７５） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＩ： HCPr134(+): 5'-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3'（配列番号７６） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＪ： HCPr131(+): 5'-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3' （配列番号７４ ） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＫ： HCPr130(+): 5'-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3'（配列番号７５） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＬ： HCPr134(+): 5'-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3'（配列番号７６） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＭ： HCPr3(+): 5'-GTGTGCCAGGACCATC-3'（配列番号７７）及び HCPr4(-): 5'-GACATGCATGTCATGATGTA-3（配列番号７８） セットＮ： HCPr3(+): 5'-GTGTGCCAGGACCATC-3'（配列番号７７）及び HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＯ： HCPr3(+): 5'-GTGTGCCAGGACCATC-3'（配列番号７７）及び HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０）
【０２６２】３型血清から得られたランダムプライミン
グされたｃＤＮＡ上では、プライマーセットＡ、Ｂ、
Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ及びＮで
いかなるＰＣＲ産物も得られなかった。プライマーセッ
トＯについては、フラグメントは３型血清から増幅でき
なかった。しかしながら、少数の弱可染色バンドを含む
スミアが血清ＢＲ３６から得られた。アガロースゲル上
で３００bp前後の部域から精製されクローニングされた
複数のＤＮＡフラグメントの配列分析の後、わずか１つ
のクローンＨＣＣ１５３（配列番号２９）のみがＨＣＶ
情報を含むことが示された。プライマＨＣＰｒ１５２を
設計するのにこの配列を使用した。
【０２６３】ひき続き、新しいプライマーセットＰをい
くつかの血清についてテストした。 セットＰ： HCPr152(+): 5'-TACGCCTCTTCTATATCGGTTGGGGCCTG-3'
（配列番号７９）及びHCPr66(-): 5'-CTATTATTGTATCCCR
CTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） 血清ＢＲ３６（ＢＲ３６−２０）及び血清ＨＤ１０（Ｈ
Ｄ１０−１）から４６４−bpのＨＣＰｒ１５２／６６フ
ラグメントが得られた。以下のクローンをこれらのＰＣ
Ｒ産物から得た： フラグメントＨＤ１０−１から：ＨＤ１０−１−２５
（配列番号３１）、ＨＤ１０−１−３（配列番号３
３）、 フラグメントＢＲ３６−２０から：ＢＲ３６−２０−１
６４（配列番号３５）、ＢＲ３６−２０−１６５（配列
番号３７）、ＢＲ３６−２０−１６６（配列番号３
９）。 配列番号２９、３１、３３、３５、３７又は３９をもつ
クローンから得られたヌクレオチド配列は、図６にその
他の型のＨＣＶのプロトタイプ分離株の配列と並べて比
較した状態で示されている。１つのサイレント第３文字
変異に加えて、１つの第２文字突然変異の結果として、
ＢＲ３６の推定されたアミノ酸配列（図７）の位置１７
５において１つのＥ−Ｇ置換がもたらされた。血清ＨＤ
１０クローンは完全に同一であった。２つの３型分離株
は、このＮＳ４領域の中のほぼ９４％相同であった。そ
の他の型との相同性は表５に示されている。
【０２６４】例４：型特異的ペプチドに対する抗−ＮＳ
４応答の分析 ＮＳ４配列は、重要なエピトープクラスターについての
情報を含んでいることから、又この領域に向かって抗体
はほとんど交叉感受性を示さないと思われる（Chan et
al., 1991)ため、この領域に対する型特異的抗体応答を
調査することは行なう価値のあることであった。３つの
遺伝子型ＨＣＶ−１（Choo et al., 1991)、ＨＣ−Ｊ６
（Okamoto et al., 1991）及びＢＲ３６（本発明）の各
々について、アミノ酸１６８８及び１７４３の間のエピ
トープ領域を網羅する３つの２０−mer ペプチドを合成
した（表６に描かれている通り）。合成ペプチドを、膜
片上に平行線として適用した。ＩＮＮＯ−ＬＩＡ ＨＣ
ＶＡｂIIキット（Innogenetics, Antwerp)について記述
された手順に従って、抗−ＮＳ４抗体及び顕色の検出を
行なった。9050 Pep Sxnthisiger (Millip又はe)上でペ
プチド合成を行なった。１５のＬｉＰＡ選択された３型
血清とのインキュベーションの後、９つの試料は少なく
とも２つの異なる型のＮＳ４ペプチドに対して反応性を
示したが、１型及び２型の２つのＮＳ４型ペプチドに対
しては陰性（血清ＢＲ３３及びＨＤ３０）又は不確定
（血清ＤＫＨ）であるのに対して、３型ペプチドに対し
ては３つの血清（血清ＢＲ３３、ＨＤ３０及びＤＫＨ）
には明らかに陽性の反応が見られた；試験した３つの血
清は抗ＮＳ４抗体に対しては陰性という試験結果であっ
た（図８）。上述のとおり及び図８に示されている通り
の９つのペプチドでコーティングされた同じ膜片を用い
て、３８の１型血清（１ａ型１０個、１ｂ型２８個）、
１１の２型血清（２ａ型１０個、２ｂ型１個）、１２の
３ａ型血清及び２つの４型血清（ＬｉＰＡ手順により決
定された通り）も同様にテストした。表８に示されてい
る通り、血清は、ＮＳ４エピトープと遺伝子型特異的な
形で反応した。これらの結果は、幾人かの患者の血清の
中に型特異的抗ＮＳ４抗体を検出することができるとい
うことを立証している。このような遺伝子型特異的合成
ペプチドは、例えば上述のとおりの９つのペプチドの混
合物など、血清型分類検定を開発するために利用されう
るか、又はＨＣＶ４型又は６型遺伝子型から又はアミノ
酸１６８８と１７４３の間の領域に対応する新しい遺伝
子型からのＮＳ４ペプチド、又はＥ１タンパク質又はそ
の欠失突然変異体と組合わされた６つの遺伝子型のうち
の少なくとも１つのアミノ酸１６８８と１７４３の間の
ＮＳ４領域の合成ペプチド、又は少なくとも１つの遺伝
子型の合成Ｅ１ペプチドと組合わせることができる。か
かる組成物はさらには、例えばコアタンパク質のアミノ
酸６８と９１の間の領域、又さらに好ましくはアミノ酸
６８と７８の間の領域を含む型特異的ペプチド又はタン
パク質でさらに伸長することができる。さらに、このよ
うな型特異的抗原は、現在の診断用スクリーニング及び
確認検定及び／又はＨＣＶワクチンを改善するために有
利に使用することができる。
【０２６５】例５：ＨＣＶ５型のコア及びＥ１領域 唯一回のＰＣＲによるフラグメントのクローニングを可
能にする高力価のＨＣＶ ＲＮＡを検出することができ
るため、前述の通り（Stuyver et al., 1993）プロトタ
イプラインプローブ検定において陽性に反応した一群の
血清から、試料ＢＥ９５を選択した。５型のいずれのコ
ーディング領域からいかなる配列もまだ開示されたこと
がないため、ＨＣＶ−１（Choo et al., 1991)、ＨＣＶ
−Ｊ（Kato et al., 1990)、ＨＣ−１６（Okamoto et a
l., 1991）、ＨＣ−Ｊ８（Okamoto et al., 1992）の配
列及び本発明の新しい３型配列ＨＤ１０、ＢＲ３３及び
ＢＲ３６（図５、例２参照）を並べて比較した後、わず
かな配列変異の領域の中のＰＣＲ増幅のための合成オリ
ゴヌクレオチドを選択した。３９２ＤＮＡ／ＲＮＡ合成
装置（Applied Biosystems）上で、以下のプライマーセ
ットを合成した： セット１： HCPr52(+): 5'-atgTTGGGTAAGGTCATCGATACCCT-3'（配列
番号８０）及び HCPr54(-): 5'-ctattaCCAGTTCATCATCATATCCCA-3'（配列
番号７８） セット２： HCPr41(+): 5'-CCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTGCA-3'（配列番
号８１）及び HCPr40(-): 5'-ctattaAAGATAGAGAAAGAGCAACCGGG-3'（配
列番号８２） セット３： HCPr41(+): 5'-CCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTGCA-3'（配列番
号８１）及び HCPr54(-): 5'-ccattaCCAGTTCATCATCATATCCCA-3'（配列
番号７８） 上述のとおり（Stuyver et al., 1993）５型分離株ＰＣ
の領域を増幅するため、３セットのプライマーを用い
た。Ｅ１領域を増幅するためにセット１を使用し、フラ
グメントＰＣ−４が生成された。セット２はコア領域を
生成するべく設計され、そしてフラグメントＰＣ−２を
生成した。セット３はコア及びＥ１領域を増幅するため
に使用され、フラグメントＰＣ−３を生成した。これら
のフラグメントを上述のとおりにクローニングした（St
uyver et al., 1993）、ＰＣＲフラグメントから以下の
クローンを得た： フラグメントＰＣ−２から：ＰＣ−２−１（配列番号４
１）、ＰＣ−２−６（配列番号４３）、 フラグメントＰＣ−４から：ＰＣ−４−１（配列番号４
５）、ＰＣ−４−６（配列番号４７）、 フラグメントＰＣ−３から：ＰＣ−３−４（配列番号４
９）、ＰＣ−３−８（配列番号５１）。 図９には、配列番号４１、４３、４５、４７、４９及び
５１を伴う配列の並べての比較が示されている。図５に
描かれている通り３つのＰＣＲフラグメントの各々から
クローニングされた２つのクローンの各々から、ヌクレ
オチド１と９５７の間の領域と重複する共通アミノ酸配
列（ＰＣ Ｃ／Ｅ１；配列番号５４）を推定することが
できる（Kato et al., 1990)。６つのクローンは、互い
に非常に近い関係をもっている。（約９９．７％の相互
相同性）。図３には、コア／Ｅ１領域からの既知のヌク
レオチド配列との配列番号５３又は１５１（分離株ＢＥ
９５からのＰＣ Ｃ／Ｅ１）を伴うヌクレオチド配列の
並べての比較が示されている。クローンは、１型、２
型、３型及び４型配列に対し遠位に関連づけされている
にすぎない（表５）。
【０２６６】例６：ＨＣＶ５型のＮＳ３／ＮＳ４領域 例５に記されている分離株ＢＥ９５のＮＳ３／ＮＳ４領
域をクローニングするための試みを行なった。ＨＣＶ−
１（Choo et al., 1991)、ＨＣＶ−Ｊ（Kato et al., 1
991)、ＨＣ−Ｊ６（Okamoto et al., 1991）及びＨＣ−
Ｊ８（Okamotoet al., 1992）の配列、及び本発明の３
型血清から得られた配列（配列番号３１、３３、３５、
３７及び３９）を並べて比較した後、配列可変性がほと
んど無い領域の中の、以下のプライマーセットを選択し
た；クローニングを目的として付加されたヌクレオチド
に対しては、小文字レタリングが用いられている。 セットＡ： HCPr116(+): 5'-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3'（配列番号６６） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＢ： HCPr116(+): 5'-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3'（配列番号６９） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＣ： HCPr117(+): 5'-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3'（配列番号７２） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＤ： HCPr117(+): 5'-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3'（配列番号７２） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＥ： HCPr116(+): 5'-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3'（配列番号６９） HCPr119(-): actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3'（配列番号７３ ） セットＦ： HCPr117(+): 5'-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3'（配列番号７２） HCPr119(-): actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3'（配列番号７３ ） セットＧ： HCPr131(+): 5'-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3' （配列番号７４ ） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＨ： HCPr130(+): 5'-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3'（配列番号７５） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＩ： HCPr134(+): 5'-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3'（配列番号７６） HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） セットＪ： HCPr131(+): 5'-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3' （配列番号７４ ） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＫ： HCPr130(+): 5'-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3'（配列番号７５） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＬ： HCPr134(+): 5'-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3'（配列番号７６） HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＭ： HCPr3(+): 5'-GTGTGCCAGGACCATC-3'（配列番号７７）及び HCPr4(-): 5'-GACATGCATGTCATGATGTA-3'（配列番号７８） セットＮ： HCPr3(+): 5'-GTGTGCCAGGACCATC-3'（配列番号７７）及び HCPr118(-): 5'-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3' （配列番号７ １） セットＯ： HCPr3(+): 5'-GTGTGCCAGGACCATC-3'（配列番号７７）及び HCPr66(-): 5'-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3'（配列番号７０） ３型血清から得られたランダムプライミングされたｃＤ
ＮＡ上では、プライマーセットＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、
Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ及びＮを用いていかな
るＰＣＲ産物も得られなかった。しかしながら、セット
Ｏは、予想された６２８の塩基対の代りに約１４５０塩
基対と見積もられたＰＣＲ人工フラグメントと思われる
ものを生成した。ＰＣＲ人工フラグメントが実験中にタ
ーゲティングされた遺伝子又はゲノムについての情報を
含んでいることは予想されないものの、フラグメントＰ
Ｃ−１と呼ばれたこの人工フラグメントのクローニング
に努力が払われた。フラグメントＰＣ−１から、以下の
クローンが得られた：ＰＣ−１−３７（配列番号５９及
び配列番号５５）、ＰＣ−１−４８（配列番号６１及び
配列番号５７）。クローンの５′末端及び３′末端から
得た配列は、配列番号５５、５７、５９及び６１内に示
されており、配列番号１９７及び１９９をもつ完全な配
列は、図１０でその他のＨＣＶ型のプロトタイプ分離株
の配列と並べて比較した状態で示されており、推定され
たアミノ酸配列の並べての比較は図１１及び図７に示さ
れている。驚くべきことに、ＰＣＲ人工クローンはＨＣ
Ｖ情報を含んでいた。ＨＣＶゲノム内の配列の位置は、
クローニングされたＰＣＲ人工フラグメントの見積もら
れたサイズである１，４３７個のヌクレオチドの隣接Ｈ
ＣＶ配列と適合性あるものである。プライマーＨＣＰｒ
６６は、ＨＣＶゲノム内の予想された位置で適正にプラ
イミングした。従って、プライマーＨＣＰｒ３は、ＨＣ
Ｖゲノム内のその正当な位置より８０９ヌクレオチド上
流の位置で偶発的に誤プライミングしたにちがいない。
５型のコーディング領域からはいかなる配列情報も入手
可能でないことから、これを予想することはできなかっ
た。
【０２６７】例７：ＨＣＶ５型のＥ２領域 ＨＣＶ５型のＥ２領域の一部分を増幅することをねらい
とした実験のため、血清ＢＥ９５を選択した。ＨＣＶ−
１（２）、ＨＣＶ−Ｊ（１）、ＨＣ−Ｊ６（３）及びＨ
Ｃ−Ｊ８（４）の配列を並べて比較した後、ほとんど配
列変異の無いこれらの領域の中の、ＰＣＲプライマーを
選んだ。Ｅ２／ＮＳ１領域のアミノ末端領域を増幅する
ためプライマーHCPr109(+): 5'-TGGGATATGATGATGAACTGG
TC-3'（配列番号１４１）及びHCPr14(-): 5'-CCAGGTACA
ACCGAACCAATTGCC-3'（配列番号１４２）を組合わせ、３
９２ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置（Applied Biosystems）上
で合成した。プライマーＨＣＰｒ１０９及びＨＣＰｒ１
４を用いて、Ｅ２アミノ末端をコードする領域からの４
９２個の塩基とＥ１カルボキシ末端に対応する１６９個
のヌクレオチドを含む、６６１bpのＰＣＲフラグメント
を生成させた。図１０では、既知の配列との配列番号１
５８を伴う５型Ｅ１／Ｅ２配列の並べての比較が示され
ている。推定されたタンパク質配列を異なる遺伝子型
（例１２、アミノ酸３２８〜５４６）と比較した。Ｅ１
領域の中のは、追加の構造的に重要なモチーフは全く見
られなかった。Ｅ２のアミノ末端部分は、その他の遺伝
子型と比較したとき超可変であった。このＥ２領域内に
６つのＮ−グリコシル化部位全て及び７つのシステイン
残基全てが保たれていた。並べての比較を保持するため
には、２型の場合のようにａａ４８０と４８１の間では
なく、３ａ型の場合のようにａａ４７４と４７５の間に
欠落を導入することが必要であった。
【０２６８】例８：ＨＣＶ４型のＮＳ５ｂ領域 ラインプローブ検定（LiPA, Stuyver et al., 1993）を
用いて選択された４型血清ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ
２１５及びＧＢ３５８、ならびにこのＬｉＰＡを用いて
型分類され得なかった血清ＧＢ５４９及びＧＢ８０９
（万能プローブでハイブリダイゼーションだけが観察さ
れた）を、ガボン人患者から選択した。５′非翻訳領域
についての第１回のＰＣＲ反応の後、これらの血清は全
て陽性であり（Stuyver et al., 1993）、さらなる研究
のためこれらを保持した。血清からＲＮＡを分離し、例
１で記述されている通りにｃＤＮＡを合成した。 HCPr206(+): 5'-TGGGGATCCCGTATGATACCCGCTGCTTTGA-3'
（配列番号１２４）及び HCPr207(-): 5'-GGCGGAATTCCTGGTCATAGCCTCCGTGAA-3'
（配列番号１２５）； といった公表された配列の並べての比較後、ＮＳ５領域
内の万能プライマーを選択し、３９２ＤＮＡ／ＲＮＡ合
成装置（Applied Biosystesm）でこれを合成した。ライ
ンプローブ検定（ＬｉＰＡ）を用いて、分類され得なか
った４つの高力価の４型血清及び２型血清を選択し、そ
の後プライマーセットＨＣＰｒ２０６／２０７で分析し
た。血清ＧＢ４８（ＧＢ４８−３）、血清ＧＢ１１６
（ＧＢ１１６−３）、血清ＧＢ２１５（ＧＢ２１５−
３）、血清３５８（ＧＢ３５８−３）、血清ＧＢ５４９
（ＧＢ５４９−３）及び血清ＧＢ８０９（ＧＢ８０９−
３）からのこれらのプライマーを用いて得られたＮＳ５
ＰＣＲフラグメントをクローニングのために選択し
た。ＰＣＲフラグメントから以下の配列を得た： フラグメントＧＢ４８−３から：ＧＢ４８−３−１０
（配列番号１０６）、 フラグメントＧＢ１１６−３から：ＧＢ１１６−３−５
（配列番号１０８）、 フラグメントＧＢ２１５−３から：ＧＢ２１５−３−８
（配列番号１１０）、 フラグメントＧＢ３５８−３から：ＧＢ３５８−３−３
（配列番号１１２）、 フラグメントＧＢ５４９−３から：ＧＢ５４９−３−６
（配列番号１１４） フラグメントＧＢ８０９−３から：ＧＢ８０９−３−１
（配列番号１１６） 図１に、既知の配列との、配列番号１０６、１０８、１
１０、１１２、１１４及び１１６をもつヌクレオチド配
列の並べての比較が示されている。配列番号１０７、１
０９、１１１、１１３、１１５及び１１７をもつ推定さ
れたアミノ酸配列と既知の配列の並べての比較が、図２
に示されている。ＬｉＰＡを用いて４型として型分類さ
れた４つの分離株は互いに非常に密に関連しているが
（約９５％の相互相同性）、１型、２型及び３型配列に
対しては遠位にしか関連していない（例えば、ＧＢ３５
８はその他の遺伝子型と６５．６〜６７．７％の相同性
を示す、表４）。血清ＧＢ５４９及びＧＢ８０９から得
られた配列は同様に、遺伝子型１、２、及び３と類似の
相同性を示した（ＧＢ５４９については６５．９〜６
８．８％、ＧＢ８０９については６５．０〜６８．５
％、表４）が、ＧＢ５４９又はＧＢ８０９とＧＢ４８、
ＧＢ１１６、ＧＢ２１５及びＧＢ３５８から成る分離株
の群との間、又はＧＢ５４９とＧＢ８０９の間には、７
９．７〜８６．８％の（往々にして同じ型の亜型の間に
見られる）中間的相同性が存在する。これらのデータ
は、ＨＣＶ遺伝子型４内の３つの新しい亜型の発見を表
わしている。本発明においては、これら３つの亜型は、
分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５及びＧＢ３５
８に代表される亜型４ｃ、分離株ＧＢ５４８に代表され
る亜型４ｇ及び分離株ＧＢ８０９に代表される亜型４ｅ
と呼称されている。ＮＳ５領域中の亜型の間で観察され
た相同性は亜型４ｃと４ｅの間のより近い関係を表わし
ていると思われるが、Ｅ１領域の中の観察された相同性
は、亜型４ｇ及び４ｅが最も近い関係を示すことを表わ
している（例８参照）。
【０２６９】例９：ＨＣＶ４型のコア／Ｅ１領域 ３つの新しい４型亜型の各々から、コア／Ｅ１領域の中
のクローニング実験のため、１つの代表的血清を選択し
た。亜型４ｃ型から選択された分離株ＧＢ３５８と合わ
せて、ＧＢ５４９（亜型４ｇ）及びＧＢ８０９（亜型４
ｅ）を分析した： 合成オリゴヌクレオチド：ＨＣＶ−１（２）、ＨＣＶ−
Ｊ（１）、ＨＣ−Ｊ６（３）及びＨＣＪ８（４）の配列
を並べて比較した後、配列変異がほとんど無い領域の中
のＰＣＲプライマーを選択した。プライマーHCPr52(+):
5'-atgTTGGGTAAGGTCATCGATACCCT-3', HCPr23(+): 5'-C
TCATGGGGTACATTCCGCT-3', 及びHCPr54(-): 5'-CTATTACC
AGTTCATCATCATATCCCA-3'. を、３９２ＤＮＡ／ＲＮＡ合
成装置（Applied Biosystems）で合成した。プライマー
セットＨＣＰｒ２３／５４及びＨＣＰｒ５２／５４を使
用したが、プライマーセットＨＣＰｒ５２／５４でのみ
ＰＣＲフラグメントを得ることができた。このプライマ
ーセットは、アミノ酸１２７〜３１９すなわちコアのカ
ルボキシ末端からの６５個のアミノ酸及びＥ１の１２８
個のアミノ酸をコードするヌクレオチド３７９〜９５７
の配列を増幅した。増幅産物ＧＢ３５８−４、ＧＢ５４
９−４及びＧＢ８０９−４を例１で記述されているよう
にクローニングした。以下のクローンをＰＣＲフラグメ
ントから得た： フラグメントＧＢ３５８−４から：ＧＢ３５８−４−１
（配列番号１１８）、 フラグメントＧＢ５４９−４から：ＧＢ５４９−４−３
（配列番号１２０）、 フラグメントＧＢ８０９−４から：ＧＢ８０９−４−３
（配列番号１２２）。 既知の配列との、配列番号１１８、１２０及び１２２を
伴う４型コア／Ｅ１ヌクレオチド配列の並べての比較が
図４に示されている。１型、２型、３型及び５型プロト
タイプ配列との４型Ｅ１領域（コア無し）の相同性は、
表４に描かれている。非４型遺伝子型の代表的分離株で
は、５３〜６６％の相同性が見られた。異なる亜型の間
で４型内のＥ１領域の中の観察された相同性は、７５．
２〜７８．４％である。Simmonds et al., (1993）によ
り描かれているエジプト人の４型分離株のコア領域の最
近開示された配列（例えば図３中のＥＧ−２９）は、Ｎ
ＳＢ領域内のガボン人の配列（本発明で描かれている通
りの）との並べての比較を許容せず、コア配列から推定
できるように異なる４型亜型に属する可能性がある。配
列番号１１９をもつ推定されたアミノ酸配列は、図５の
その他のプロトタイプ配列と並べて比較されている。こ
こでも型特異的変異は、主として、本発明で呼称された
可変Ｖ領域にあり、従って４型特異的アミノ酸又はＶ領
域は、ＨＣＶ４型のための診断及び治療の手段となるだ
ろう。
【０２７０】例１０：新しいＨＣＶ２型、３型及び４型
亜型のコア／Ｅ１及びＮＳ５ｂ領域試料ＮＥ９２（亜型
２ｄ）、ＢＥ９８（亜型３ｃ）、ＣＡＭ６００及びＧＢ
８０９（亜型４ｅ）、ＣＡＭＧ２２及びＣＡＭＧ２７
（亜型４ｆ）、ＧＢ４３８（亜型４ｈ）、ＣＡＲ４／１
２０５亜型（４ｉ）、ＣＡＲ１／５０１（亜型４ｊ）、
ＣＡＲ１／９０１（４？）及びＧＢ７２４（亜型４？）
を、前述のとおり（Stuyver et al., 1993）陽極反応を
起こしたもののプロトタイプラインプローブ検定で異常
反応を示した一群の血清から選択した。Ｃ／Ｅ１領域の
中のもう１つの５ａ型分離株ＢＥ１００も分析し、さら
にＮＳ５ｂ領域の中のもう１つの５ａ型分離株ＢＥ９６
を分離した。高力価のＨＣＶ ＲＮＡを検出することが
でき、唯一回のＰＣＲによりフラグメントのクローニン
グが可能となった。これらの亜型のどのコーディング領
域からもいかなる配列も今だに開示されていないことか
ら、ＨＣＶ−１（Choo et al.,1991)、ＨＣＶ−Ｊ（Kat
o et al., 1990)、ＨＣ−Ｊ６（Okamoto et al, 199
1)、ＨＣ−Ｊ８（Okamoto et al., 1992）の配列及び本
発明のその他の新しい配列を並べて比較した後、配列変
異のほとんど無い領域の中からＰＣＲ増幅のための合成
オリゴヌクレオチドを選択した。上述のプライマーセッ
ト１、２及び３（例５を参照）を用いたが、セット１の
場合にのみ、全ての分離株（ＢＥ９８、ＧＢ７２４及び
ＣＡＲ１／５０１を除く）からＰＣＲフラグメントを得
ることができた。このプライマーセットは、アミノ酸１
２７〜３１９すなわちコアのカルボキシ末端からの６５
のアミノ酸及びＥ１の１２８のアミノ酸をコードするヌ
クレオチド３７９〜９５７からの配列を増幅した。セッ
ト３では、分離株ＮＥ９２及びＢＥ９８からのコア／Ｅ
１領域を増幅させることができ、セット２では、ＧＢ３
５８、ＧＢ７２４、ＧＢ８０９及びＣＡＭ６００のコア
領域を増幅させることができた。例１に記述した通り
に、増幅産物をクローニングにした。以下のクローンが
ＰＣＲフラグメントから得られた。分離株ＧＢ７２４か
らは、コア領域からの配列番号１９３をもつクローン、
分離株ＮＥ９２からは、配列番号１４３をもつクロー
ン、分離株ＢＥ９８からは、配列の一部が分析され、配
列番号１４７が与えられているコア／Ｅ１領域からのク
ローン、分離株ＣＡＭ６００からは、図３に示されてい
る通り、Ｅ１領域からの配列番号１６７又はコア／Ｅ１
領域からの配列番号１６５をもつクローン。分離株ＣＡ
ＭＧ２２からは、図４に示されている通り、Ｅ１領域か
らの配列番号１７１をもつクローン、分離株ＧＢ３５８
からは、コア領域の中の配列番号１９１をもつクロー
ン、分離株ＣＡＭＧ２７からは、コア／Ｅ１領域からの
配列番号１７３をもつクローン、分離株ＧＢ４３８から
は、コア／Ｅ１領域からの配列番号１７７をもつクロー
ン、分離株ＣＡＲ４／１２０５からは、コア／Ｅ１領域
からの配列番号１７９をもつクローン、分離株ＣＡＲ１
／９０１からは、コア／Ｅ１領域からの配列番号１８１
をもつクローン、分離株ＧＢ８０９からは、コア／Ｅ１
領域からの配列番号１８９をもつクローンＧＢ８０９−
４、コア／Ｅ１領域からの配列番号１６９をもつクロー
ンＧＢ８０９−２、及びコア領域からの配列番号１６３
をもつクローン、そして、分離株ＢＥ１００からは、図
４に示されている通りコア／Ｅ１領域からの配列番号１
５５をもつクローン。図４では、既知のコア／Ｅ１配列
をもつこれらのコア／Ｅ１配列の並べての比較が示され
ている。配列番号１４４、１４８、１６４、１６８、１
７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１９
０、１９２、１９４、１５６、１６６をもつ推定された
アミノ酸配列は、図５でその他のプロトタイプ配列と並
べて比較されている。ここでも又、型特異的変異は主と
して本発明で呼称されている可変Ｖ領域の中にあり、従
って、２ｄ型、３ｃ型及び４型特異的アミノ酸又はＶ領
域は、ＨＣＶ型（亜型）２ｄ、３ｃ又は異なる４型亜型
のための診断及び治療の手段となるだろう。分離株ＮＥ
９２、ＢＥ９８、ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４
３８、ＣＡＲ４／１２０５，ＣＡＲ１／５０１及びＢＥ
９６のＮＳ５ｂ領域をプライマーＨＣＰｒ２０６及びＨ
ＣＰｒ２０７（表７）で増幅した。対応するクローンを
クローニングし、例１にあるとおりに配列決定し、（そ
のＢＥ９８が部分的に配列決定された） 対応する配列は以下の同定番号を受けた： ＮＥ９２：配列番号１４５ ＢＥ９８：配列番号１４９ ＣＡＭ６００：配列番号２０１ ＣＡＭＧ２２：配列番号２０３ ＧＢ４３８：配列番号２０７ ＣＡＲ４／１２０５：配列番号２０９ ＣＡＲ１／５０１：配列番号２１１ ＢＥ９５：配列番号１５９ ＢＥ９６：配列番号１６１ 既知のＮＳ５ｂ配列とのこれらのＮＳ５ｂ配列の並べて
の比較が図１に示されている。配列番号１４６、１５
０、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１
２、１６０、１６２を伴う推定されたアミノ酸配列は、
図２でその他のプロトタイプ配列と並べて比較されてい
る。ここでも又、亜型特異的変異を観察することがで
き、従って、２ｄ型及び４型特異的アミノ酸又はＶ領域
は、ＨＣＶ型（亜型）２ｄ、３ｃ又は異なる４型亜型の
ための診断及び治療の手段となるだろう。
【０２７１】例１１：抗Ｅ１抗体の遺伝子型特異的反応
性（血清型分類） Ｅ１タンパク質は、ヌクレオチド位置３５５〜９７８ま
で広がるコア／Ｅ１領域（プライマーＨＣＰｒ５２及び
ＨＣＰｒ５４を含む前述の例の中で記述されているコア
／Ｅ１クローン）を含むワクシニアウイルス構成体から
発現され、ＨＣＶポリタンパク質のＬ１１９（イニシエ
ーターメチニオンの後）からＷ３２６までのタンパク質
を発現した。発現されたタンパク質は、ＨＣＶポリタン
パク質のアミノ酸１９１と１９２の間の分割により及び
高マンノースタイプの炭水化物モチーフの付加により、
適当な宿主細胞（例えば、ＨｅＬａ、ＲＫ１３、ＨｕＴ
Ｋ−、ＨｅｐＧ２）の中での発現の時点で修飾された。
従って、Ｃ型肝炎患者からの血清での検出を用いてウエ
スタンブロット上で３０〜３２kDa の糖タンパク質を観
察することができた。参考として、分離株ＨＣＶ−Ｂか
ら得られた遺伝子型１ｂクローンも同様に上述のものと
同一の方法で発現され、組換えワクシニアウイルスｖｖ
ＨＣＶ−１１Ａから発現された。組換えワクシニアウイ
ルスｖｖＨＣＶ−１１Ａから発現された１ｂ型タンパク
質を含む細胞ライゼートとの反応性について、１０４の
遺伝子型分類された血清のパネルをまずテストし、野生
型ワクシニアウイルス（「Ｅ１／ＷＴ」）で感染された
ＲＫ１３細胞の細胞ライゼートと比較した。ライゼート
を、通常のＥＬＩＳＡマイクロタイタープレート（Nune
maxis又はb)上に１／２０の希釈液としてコーティング
させ、それぞれの血清の１／２０希釈液と反応させた。
このパネルは、１４の１ａ型、３８の１ｂ型、２１の２
型、２１の３ａ型及び９つの４型血清から成っていた。
次に、ヒト抗体を、ペルオキシダーゼと接合されたヤギ
抗ヒトＩｇＧにより検出し、酵素活性を検出した。Ｅ１
及び野生型ライゼートの光学密度値を分割し、切り捨て
として因数２をとり上げた。結果は表Ａに与えられてい
る。１４の１ａ型血清のうち１１（７９％）、３８の１
ｂ型血清のうち２５（６６％）、２１のうち６（２９
％）、２１のうち５（２４％）が反応し、９つの４型又
は５型血清はいずれも反応しなかった（０％）。これら
の実験は、１型に感染した患者における１型Ｅ１タンパ
ク質と反応する抗Ｅ１抗体の高い有病率（３６／５２
（６９％））（１ａ型又は１ｂ型のいずれか）、ただし
非１型血清における有病率の低さ又は不在（１１／５２
（２１％））を、明確に示している。
【０２７２】
【表５】
【０２７３】
【表６】
【０２７４】その後分離株ＢＲ３６（３ａ型）及びＢＥ
９５（５ａ型）のコア／Ｅ１クローンを、それぞれウイ
ルスｖｖＨＣＶ−６２及びｖｖＨＣＶ−６３へと組換え
させた。その後、組換えウイルスｖｖＨＣＶ−６２及び
ｖｖＨＣＶ−６３の感染を受けたＲＫ１３細胞から得ら
れた細胞ライゼート上で、遺伝子型分類された血清パネ
ルをテストした。試験は上述の通りに行なわれ、結果は
以下の表（表Ｂ）内に与えられている。これらの結果か
ら、いく分かの交叉反応が起こる（特に１型と３型の
間）ものの、一定の与えられた血清について得られた値
が通常その相同性Ｅ１タンパク質上でもう１つの遺伝子
型のＥ１タンパク質上よりも高いものであることが明ら
かにわかる。５型血清については、１型又は３型Ｅ１タ
ンパク質上で５つの血清のいずれも反応性を示さず、一
方５つのうち３つはその相同性５型タンパク質上で試験
したとき抗−Ｅ１抗体を含むことが示された。従ってこ
の単純な試験システムにおいて、多数の血清がすでに血
清型分類できる。型特異的ＮＳ４エピトープ又はＨＣＶ
ポリタンパク質のその他の型特異的部分から誘導された
エピトープに対する反応性と組合わせて、主要なＨＣＶ
型を識別するための血清型分類検定を開発することが可
能である。交叉反応性の問題を克服するためには、当業
者であれば交叉反応性エピトープの位置を決定すること
ができ（例えば合成ペプチドとの反応性の競合を用い
て）、又交叉反応をひき起こすエピトープを、血清型分
類に含まれるべき組成物の外に置くこともできるし、或
いは又交叉反応抗体を競合してしのぐべく試料の中に希
釈剤を含み入れることもできる。
【０２７５】
【表７】
【０２７６】
【表８】
【０２７７】
【表９】
【０２７８】
【表１０】
【０２７９】
【表１１】
【０２８０】
【表１２】
【０２８１】
【参考文献】Barany F (1991).クローニングされた熱安
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【配列表】
【表１３】
【表１４】
【表１５】
【表１６】
【表１７】
【表１８】
【表１９】
【表２０】
【表２１】
【表２２】
【表２３】
【表２４】
【表２５】
【表２６】
【表２７】
【表２８】
【表２９】
【表３０】
【表３１】
【表３２】
【表３３】
【表３４】
【表３５】
【表３６】
【表３７】
【表３８】
【表３９】
【表４０】
【表４１】
【表４２】
【表４３】
【表４４】
【表４５】
【表４６】
【表４７】
【表４８】
【表４９】
【表５０】
【表５１】
【表５２】
【表５３】
【表５４】
【表５５】
【表５６】
【表５７】
【表５８】
【表５９】
【表６０】
【表６１】
【表６２】
【表６３】
【表６４】
【表６５】
【表６６】
【表６７】
【表６８】
【表６９】
【表７０】
【表７１】
【表７２】
【表７３】
【表７４】
【表７５】
【表７６】
【表７７】
【表７８】
【表７９】
【表８０】
【表８１】
【表８２】
【表８３】
【表８４】
【表８５】
【表８６】
【表８７】
【表８８】
【表８９】
【表９０】
【表９１】
【表９２】
【表９３】
【表９４】
【表９５】
【表９６】
【表９７】
【表９８】
【表９９】
【表１００】
【表１０１】
【表１０２】
【表１０３】
【表１０４】
【表１０５】
【表１０６】
【表１０７】
【表１０８】
【表１０９】
【表１１０】
【表１１１】
【表１１２】
【表１１３】
【表１１４】
【表１１５】
【表１１６】
【表１１７】
【表１１８】
【表１１９】
【表１２０】
【表１２１】
【表１２２】
【表１２３】
【表１２４】
【表１２５】
【表１２６】
【表１２７】
【表１２８】
【表１２９】
【表１３０】
【表１３１】
【表１３２】
【表１３３】
【表１３４】
【表１３５】
【表１３６】
【表１３７】
【表１３８】
【表１３９】
【表１４０】
【表１４１】
【表１４２】
【表１４３】
【表１４４】
【表１４５】
【表１４６】
【表１４７】
【表１４８】
【表１４９】
【表１５０】
【表１５１】
【表１５２】
【表１５３】
【表１５４】
【表１５５】
【表１５６】
【表１５７】
【表１５８】
【表１５９】
【表１６０】
【表１６１】
【表１６２】
【表１６３】
【表１６４】
【表１６５】
【表１６６】
【表１６７】
【表１６８】
【表１６９】
【表１７０】
【表１７１】
【表１７２】
【表１７３】
【表１７４】
【表１７５】
【表１７６】
【表１７７】
【表１７８】
【表１７９】
【表１８０】
【表１８１】
【表１８２】
【表１８３】
【表１８４】
【表１８５】
【表１８６】
【表１８７】
【表１８８】
【表１８９】
【表１９０】
【表１９１】
【表１９２】
【表１９３】
【表１９４】
【表１９５】
【表１９６】
【表１９７】
【表１９８】
【表１９９】
【表２００】
【表２０１】
【表２０２】
【表２０３】
【表２０４】
【表２０５】
【表２０６】
【表２０７】
【表２０８】
【表２０９】
【表２１０】
【図面の簡単な説明】
【図１−１】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−２】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−３】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−４】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−５】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−６】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−７】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−８】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−９】配列番号１、５、９をもつクローンから推
定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−１０】配列番号１、５、９をもつクローンから
推定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−１１】配列番号１、５、９をもつクローンから
推定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−１２】配列番号１、５、９をもつクローンから
推定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−１３】配列番号１、５、９をもつクローンから
推定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図１−１４】配列番号１、５、９をもつクローンから
推定された３ａ型分離株ＢＲ３４、ＢＲ３６及びＢＲ３
３；４型分離株ＧＢ４８、ＧＢ１１６、ＧＢ２１５、Ｇ
Ｂ３５８、ＧＢ５４９、ＧＢ８０９、ＣＡＭ６００、Ｃ
ＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２０５、ＣＡＲ
１／５０１（配列番号１０６、１０８、１１０、１１
２、１１４、１１６、２０１、２０３、２０５、２０
７、２０９及び２１１）；ヌクレオチド７９３２〜８２
７１の間の領域からの５ａ型分離株ＢＥ９５及びＢＥ９
６（配列番号１５９及び１６１）及び２ｄ型分離株ＮＥ
９２（配列番号１４５）の各々についての共通配列と、
分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ
８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域からの既知の配列及び
表３に示されているその他の配列との並べての比較。
【図２−１】亜型３ａクローンＢＲ３４（配列番号２、
４）、ＢＲ３６（配列番号６、８）及びＢＲ３３（配列
番号１０、１２）、亜型３ｃクローンＢＥ９８（配列番
号１５０）、及び４型クローンＧＢ４８（配列番号１０
７）、ＧＢ１１６（配列番号１０９）、ＧＢ２１５（配
列番号１１１）、ＧＢ３５８（配列番号１１３）、ＧＢ
５４９（配列番号１１５）、ＧＢ８０９（配列番号１１
７）；ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡ
Ｒ４／１２０５、ＣＡＲ１／５０１（配列番号２０２、
２０４、２０６、２０８、２１０、２１２）；５ａ型ク
ローンＢＥ９５及びＢＥ９６（配列番号１６０及び１６
２）；ならびにアミノ酸２６４５〜２７５７の間の領域
からの亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４６）から
の図１に表わされている通りの核酸配列から推定された
アミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−Ｉ、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ
−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域か
らの既知の配列及び表３に示されている通りのその他の
配列との並べての比較。
【図２−２】亜型３ａクローンＢＲ３４（配列番号２、
４）、ＢＲ３６（配列番号６、８）及びＢＲ３３（配列
番号１０、１２）、亜型３ｃクローンＢＥ９８（配列番
号１５０）、及び４型クローンＧＢ４８（配列番号１０
７）、ＧＢ１１６（配列番号１０９）、ＧＢ２１５（配
列番号１１１）、ＧＢ３５８（配列番号１１３）、ＧＢ
５４９（配列番号１１５）、ＧＢ８０９（配列番号１１
７）；ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡ
Ｒ４／１２０５、ＣＡＲ１／５０１（配列番号２０２、
２０４、２０６、２０８、２１０、２１２）；５ａ型ク
ローンＢＥ９５及びＢＥ９６（配列番号１６０及び１６
２）；ならびにアミノ酸２６４５〜２７５７の間の領域
からの亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４６）から
の図１に表わされている通りの核酸配列から推定された
アミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−Ｉ、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ
−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域か
らの既知の配列及び表３に示されている通りのその他の
配列との並べての比較。
【図２−３】亜型３ａクローンＢＲ３４（配列番号２、
４）、ＢＲ３６（配列番号６、８）及びＢＲ３３（配列
番号１０、１２）、亜型３ｃクローンＢＥ９８（配列番
号１５０）、及び４型クローンＧＢ４８（配列番号１０
７）、ＧＢ１１６（配列番号１０９）、ＧＢ２１５（配
列番号１１１）、ＧＢ３５８（配列番号１１３）、ＧＢ
５４９（配列番号１１５）、ＧＢ８０９（配列番号１１
７）；ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡ
Ｒ４／１２０５、ＣＡＲ１／５０１（配列番号２０２、
２０４、２０６、２０８、２１０、２１２）；５ａ型ク
ローンＢＥ９５及びＢＥ９６（配列番号１６０及び１６
２）；ならびにアミノ酸２６４５〜２７５７の間の領域
からの亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４６）から
の図１に表わされている通りの核酸配列から推定された
アミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−Ｉ、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ
−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域か
らの既知の配列及び表３に示されている通りのその他の
配列との並べての比較。
【図２−４】亜型３ａクローンＢＲ３４（配列番号２、
４）、ＢＲ３６（配列番号６、８）及びＢＲ３３（配列
番号１０、１２）、亜型３ｃクローンＢＥ９８（配列番
号１５０）、及び４型クローンＧＢ４８（配列番号１０
７）、ＧＢ１１６（配列番号１０９）、ＧＢ２１５（配
列番号１１１）、ＧＢ３５８（配列番号１１３）、ＧＢ
５４９（配列番号１１５）、ＧＢ８０９（配列番号１１
７）；ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡ
Ｒ４／１２０５、ＣＡＲ１／５０１（配列番号２０２、
２０４、２０６、２０８、２１０、２１２）；５ａ型ク
ローンＢＥ９５及びＢＥ９６（配列番号１６０及び１６
２）；ならびにアミノ酸２６４５〜２７５７の間の領域
からの亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４６）から
の図１に表わされている通りの核酸配列から推定された
アミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−Ｉ、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ
−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域か
らの既知の配列及び表３に示されている通りのその他の
配列との並べての比較。
【図２−５】亜型３ａクローンＢＲ３４（配列番号２、
４）、ＢＲ３６（配列番号６、８）及びＢＲ３３（配列
番号１０、１２）、亜型３ｃクローンＢＥ９８（配列番
号１５０）、及び４型クローンＧＢ４８（配列番号１０
７）、ＧＢ１１６（配列番号１０９）、ＧＢ２１５（配
列番号１１１）、ＧＢ３５８（配列番号１１３）、ＧＢ
５４９（配列番号１１５）、ＧＢ８０９（配列番号１１
７）；ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡ
Ｒ４／１２０５、ＣＡＲ１／５０１（配列番号２０２、
２０４、２０６、２０８、２１０、２１２）；５ａ型ク
ローンＢＥ９５及びＢＥ９６（配列番号１６０及び１６
２）；ならびにアミノ酸２６４５〜２７５７の間の領域
からの亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４６）から
の図１に表わされている通りの核酸配列から推定された
アミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−Ｉ、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ
−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域か
らの既知の配列及び表３に示されている通りのその他の
配列との並べての比較。
【図２−６】亜型３ａクローンＢＲ３４（配列番号２、
４）、ＢＲ３６（配列番号６、８）及びＢＲ３３（配列
番号１０、１２）、亜型３ｃクローンＢＥ９８（配列番
号１５０）、及び４型クローンＧＢ４８（配列番号１０
７）、ＧＢ１１６（配列番号１０９）、ＧＢ２１５（配
列番号１１１）、ＧＢ３５８（配列番号１１３）、ＧＢ
５４９（配列番号１１５）、ＧＢ８０９（配列番号１１
７）；ＣＡＭ６００、ＣＡＭＧ２２、ＧＢ４３８、ＣＡ
Ｒ４／１２０５、ＣＡＲ１／５０１（配列番号２０２、
２０４、２０６、２０８、２１０、２１２）；５ａ型ク
ローンＢＥ９５及びＢＥ９６（配列番号１６０及び１６
２）；ならびにアミノ酸２６４５〜２７５７の間の領域
からの亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４６）から
の図１に表わされている通りの核酸配列から推定された
アミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−Ｉ、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ
−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８、Ｔ１及びＴ９の対応する領域か
らの既知の配列及び表３に示されている通りのその他の
配列との並べての比較。
【図３−１】ヌクレオチド位置１と５００の間のコア領
域内の分離株ＮＥ９２、ＢＥ９８、ＧＢ３５８、ＧＢ８
０９、ＣＡＭ６００、ＧＢ７２４、ＢＥ９５（配列番号
１４３、１４７、１９１、１６３、１６５、１９３及び
１５１）からの２ｄ型、３ｃ型、４型及び５ａ型のヌク
レオチド配列と、１型、２型、３型及び４型配列の対応
する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図３−２】ヌクレオチド位置１と５００の間のコア領
域内の分離株ＮＥ９２、ＢＥ９８、ＧＢ３５８、ＧＢ８
０９、ＣＡＭ６００、ＧＢ７２４、ＢＥ９５（配列番号
１４３、１４７、１９１、１６３、１６５、１９３及び
１５１）からの２ｄ型、３ｃ型、４型及び５ａ型のヌク
レオチド配列と、１型、２型、３型及び４型配列の対応
する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図３−３】ヌクレオチド位置１と５００の間のコア領
域内の分離株ＮＥ９２、ＢＥ９８、ＧＢ３５８、ＧＢ８
０９、ＣＡＭ６００、ＧＢ７２４、ＢＥ９５（配列番号
１４３、１４７、１９１、１６３、１６５、１９３及び
１５１）からの２ｄ型、３ｃ型、４型及び５ａ型のヌク
レオチド配列と、１型、２型、３型及び４型配列の対応
する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図３−４】ヌクレオチド位置１と５００の間のコア領
域内の分離株ＮＥ９２、ＢＥ９８、ＧＢ３５８、ＧＢ８
０９、ＣＡＭ６００、ＧＢ７２４、ＢＥ９５（配列番号
１４３、１４７、１９１、１６３、１６５、１９３及び
１５１）からの２ｄ型、３ｃ型、４型及び５ａ型のヌク
レオチド配列と、１型、２型、３型及び４型配列の対応
する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図３−５】ヌクレオチド位置１と５００の間のコア領
域内の分離株ＮＥ９２、ＢＥ９８、ＧＢ３５８、ＧＢ８
０９、ＣＡＭ６００、ＧＢ７２４、ＢＥ９５（配列番号
１４３、１４７、１９１、１６３、１６５、１９３及び
１５１）からの２ｄ型、３ｃ型、４型及び５ａ型のヌク
レオチド配列と、１型、２型、３型及び４型配列の対応
する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図４−１】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−２】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−３】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−４】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−５】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−６】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−７】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−８】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−９】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１０】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１１】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１２】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１３】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１４】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１５】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１６】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１７】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１８】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−１９】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−２０】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−２１】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−２２】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−２３】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図４−２４】亜型２ｄ分離株ＮＥ９２（配列番号１４
３）、４型分離株ＧＢ３５８（配列番号１１８及び１８
７）、ＧＢ５４９（配列番号１２０及び１７５）及びＧ
Ｂ８０９−２（配列番号１２２及び１６９）、ＧＢ８０
９−４、ＢＧ１１６、ＧＢ２１５、ＣＡＭ６００、ＣＡ
ＭＧ２２、ＣＡＭＧ２７、ＧＢ４３８、ＣＡＲ４／１２
０５、ＣＡＲ４／９０１（配列番号１８９、１８３、１
８５、１６７、１７１、１７３、１７７、１７９、１８
１）のためのヌクレオチド配列、ヌクレオチド３７９と
９５７の間の領域からの亜型３ａ分離株ＨＤ１０、ＢＲ
３６及びＢＲ３３、（配列番号１３、１５、１７（ＨＤ
１０））、１９、２１（ＢＲ３６）及び２３、２５又は
２７（ＢＲ２３）及び亜型５ａの分離株ＢＥ９５及びＢ
Ｅ１００（配列番号１４３及び１９５）の各々のための
配列と、１型及び２型及び３型の対応する領域からの既
知の配列との並べての比較。
【図５−１】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−２】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−３】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−４】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−５】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−６】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−７】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−８】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−９】位置１と３１９の間の領域からの分離株Ｂ
Ｒ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４９
及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及び
ＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は１
９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、１
６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌク
レオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−１０】位置１と３１９の間の領域からの分離株
ＢＲ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４
９及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及
びＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は
１９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、
１６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌ
クレオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図５−１１】位置１と３１９の間の領域からの分離株
ＢＲ３３、ＢＲ３６、ＨＤ１０、ＧＢ３５８、ＧＢ５４
９及びＧＢ８０９、ＰＣ又はＢＥ９５、ＣＡＭ６００及
びＧＢ７２４（配列番号１４、２０、２４、１１９又は
１９２、１２１、１２３又は１６４、５４又は１５２、
１６６及び１９４）のコア／Ｅ１領域の新しいＨＣＶヌ
クレオチド配列から推定されたアミノ酸配列と、１ａ型
（ＨＣＶ−１）、１ｂ型（ＨＣＶ−Ｊ）、２ａ型（ＨＣ
−ＪＧ）、２ｂ型（ＨＣ−Ｊ８）、ＮＺＬ１、ＨＣＶ−
ＴＲ、３ａ型（Ｅ−ｂ１）の位置７−８９、４ａ型（Ｅ
Ｇ−２９）の位置８−８８との並べての比較。Ｖ−コ
ア、コアタンパク質内の型特異的特徴を伴う可変領域；
Ｖ１、Ｅ１タンパク質の可変領域１；Ｖ２、Ｅ１タンパ
ク質の可変領域２；Ｖ３、Ｅ１タンパク質の可変領域
３；Ｖ４、Ｅ１タンパク質の可変領域４；Ｖ５、Ｅ１タ
ンパク質の可変領域５。
【図６−１】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−２】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−３】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−４】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−５】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−６】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−７】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図６−８】ヌクレオチド４６６４〜５２９２の間のＮ
Ｓ３／４領域からの配列番号２９、３１、３３、３５、
３７及び３９をもつクローンから推定された分離株ＨＣ
ＣＬ５３、ＨＤ１０及びＢＲ３６のヌクレオチド配列
と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨ
Ｃ−Ｊ８、ＥＢ１、ＥＢ２、ＥＢ６及びＥＢ７の対応す
る領域からの既知の配列との並べての比較。
【図７−１】分離株ＢＲ３６（配列番号３６、３８及び
４０）及びＢＥ９５（配列番号２７０）のＮＳ３／ＮＳ
４領域の新しいＨＣＶヌクレオチド配列から推定された
アミノ酸配列の並べての比較。ＮＳ４−１は、ＮＳ４領
域の合成ペプチド１として合成された領域を表わし、Ｎ
Ｓ４−５はＮＳ４領域の合成ペプチド５として合成され
た領域を表わし、ＮＳ４−７は、ＮＳ４領域の合成ペプ
チド７として合成された領域を表わす。
【図７−２】分離株ＢＲ３６（配列番号３６、３８及び
４０）及びＢＥ９５（配列番号２７０）のＮＳ３／ＮＳ
４領域の新しいＨＣＶヌクレオチド配列から推定された
アミノ酸配列の並べての比較。ＮＳ４−１は、ＮＳ４領
域の合成ペプチド１として合成された領域を表わし、Ｎ
Ｓ４−５はＮＳ４領域の合成ペプチド５として合成され
た領域を表わし、ＮＳ４−７は、ＮＳ４領域の合成ペプ
チド７として合成された領域を表わす。
【図７−３】分離株ＢＲ３６（配列番号３６、３８及び
４０）及びＢＥ９５（配列番号２７０）のＮＳ３／ＮＳ
４領域の新しいＨＣＶヌクレオチド配列から推定された
アミノ酸配列の並べての比較。ＮＳ４−１は、ＮＳ４領
域の合成ペプチド１として合成された領域を表わし、Ｎ
Ｓ４−５はＮＳ４領域の合成ペプチド５として合成され
た領域を表わし、ＮＳ４−７は、ＮＳ４領域の合成ペプ
チド７として合成された領域を表わす。
【図７−４】分離株ＢＲ３６（配列番号３６、３８及び
４０）及びＢＥ９５（配列番号２７０）のＮＳ３／ＮＳ
４領域の新しいＨＣＶヌクレオチド配列から推定された
アミノ酸配列の並べての比較。ＮＳ４−１は、ＮＳ４領
域の合成ペプチド１として合成された領域を表わし、Ｎ
Ｓ４−５はＮＳ４領域の合成ペプチド５として合成され
た領域を表わし、ＮＳ４−７は、ＮＳ４領域の合成ペプ
チド７として合成された領域を表わす。
【図７−５】分離株ＢＲ３６（配列番号３６、３８及び
４０）及びＢＥ９５（配列番号２７０）のＮＳ３／ＮＳ
４領域の新しいＨＣＶヌクレオチド配列から推定された
アミノ酸配列の並べての比較。ＮＳ４−１は、ＮＳ４領
域の合成ペプチド１として合成された領域を表わし、Ｎ
Ｓ４−５はＮＳ４領域の合成ペプチド５として合成され
た領域を表わし、ＮＳ４−７は、ＮＳ４領域の合成ペプ
チド７として合成された領域を表わす。
【図８】Ｉｎｎｏ−ＬＩＡＨＣＶ ＡｂII検定（Innoge
netics）（左）上、及びＮＳ４−ＬＩＡ試験上での３つ
のＬｉＰＡ選択された（Stuyver et al., 1993）３型血
清の反応性。ＮＳ４−ＬＩＡ試験の場合、ＮＳ４−１、
ＮＳ４−５及びＮＳ４−７ペプチドは、表４に示されて
いる通り、１型（ＨＣＶ−１）、２型（ＨＣ−Ｊ６）及
び３型（ＢＲ３６）プロトタイプ分離株配列に基づいて
合成され、指示されている通り、膜片上に平行線として
適用された、１．血清ＢＲ３３、２．血清ＨＤ１０、
３．血清ＤＫＨ。
【図９−１】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−２】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−３】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−４】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−５】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−６】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−７】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−８】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−９】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図９−１０】亜型５ａ分離株ＢＥ９５の血清ＢＥ９５
（ＰＣ−２−１（配列番号４１）、ＰＣ−２−６（配列
番号４３）、ＰＣ−４−１（配列番号４５）、ＰＣ−４
−６（配列番号４７）、ＰＣ３−４（配列番号４９）及
びＰＣ−３−８（配列番号５１））から得られた、ＰＣ
ＲフラグメントＰＣ−２、ＰＣ−３及びＰＣ−４から得
られたコア／Ｅ１クローンのヌクレオチド配列。配列番
号５３をもつＰＣ Ｃ／Ｅ１として示された、分離株Ｂ
Ｅ９５のコア及びＥ１領域についての共通配列が示され
ている。Ｙ、Ｃ又はＴ、Ｒ、Ａ又はＧ、Ｓ、Ｃ又はＧ。
【図１０−１】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−２】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−３】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−４】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−５】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−６】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−７】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−８】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−９】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間の
ＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（ＰＣ
配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこと）
及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）をも
つクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−１、
ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する領域
からの既知の配列との並べての比較。
【図１０−１０】ヌクレオチド３８５６〜５２９２の間
のＮＳ３／４領域からの配列番号１９７及び１９９（Ｐ
Ｃ配列、配列番号５５、５７、５９も同様に参照のこ
と）及び配列番号３５、３７及び３９（ＢＲ３６配列）
をもつクローンのヌクレオチド配列と、分離株ＨＣＶ−
１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の対応する
領域からの既知の配列との並べての比較。
【図１１−１】アミノ酸１２８６〜１７６４の間のＮＳ
３／４領域からの配列番号５６及び５８をもつ亜型５ａ
ＢＥ９５分離株ＰＣクローンのアミノ酸配列と、分離株
ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の
対応する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図１１−２】アミノ酸１２８６〜１７６４の間のＮＳ
３／４領域からの配列番号５６及び５８をもつ亜型５ａ
ＢＥ９５分離株ＰＣクローンのアミノ酸配列と、分離株
ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の
対応する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図１１−３】アミノ酸１２８６〜１７６４の間のＮＳ
３／４領域からの配列番号５６及び５８をもつ亜型５ａ
ＢＥ９５分離株ＰＣクローンのアミノ酸配列と、分離株
ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、ＨＣ−Ｊ６及びＨＣ−Ｊ８の
対応する領域からの既知の配列との並べての比較。
【図１２−１】位置３２８〜５４６にまたがるＥ１／Ｅ
２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ９５（配列番号１５８）
のアミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、Ｈ
Ｃ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ８、ＮＺＬ１及びＨＣＶ−ＴＲの相
応する領域からの既知の配列（表３参照）との並べての
比較。
【図１２−２】位置３２８〜５４６にまたがるＥ１／Ｅ
２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ９５（配列番号１５８）
のアミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、Ｈ
Ｃ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ８、ＮＺＬ１及びＨＣＶ−ＴＲの相
応する領域からの既知の配列（表３参照）との並べての
比較。
【図１２−３】位置３２８〜５４６にまたがるＥ１／Ｅ
２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ９５（配列番号１５８）
のアミノ酸配列と、分離株ＨＣＶ−１、ＨＣＶ−Ｊ、Ｈ
Ｃ−Ｊ６、ＨＣ−Ｊ８、ＮＺＬ１及びＨＣＶ−ＴＲの相
応する領域からの既知の配列（表３参照）との並べての
比較。
【図１３−１】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−２】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−３】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−４】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−５】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−６】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−７】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−８】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−９】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株ＢＥ
９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３に
示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−１０】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株Ｂ
Ｅ９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３
に示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
【図１３−１１】Ｅ１／Ｅ２領域内の亜型５ａ分離株Ｂ
Ｅ９５（配列番号１５７）のヌクレオチド配列と、表３
に示されている通りの既知のＨＣＶ配列との並べての比
較。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ０７Ｋ 14/18 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ ４Ｈ０４５ 16/08 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/68 33/50 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/576 Ｚ 33/50 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/576 Ａ６１Ｋ 37/02 (72)発明者 スタイフェル，リーベン ベルギー国、ベー−9340 レーデ、ホーグ ストラート 27 Ｆターム(参考） 2G045 AA25 AA40 CA25 CA26 CB21 DA36 FB02 FB03 4B024 AA01 AA14 BA80 CA01 CA09 4B063 QA01 QA13 QA18 QQ10 QQ52 QR08 QR55 QR62 QS25 QS34 4C084 AA02 AA06 AA07 BA22 CA53 CA56 NA14 ZA751 ZB331 ZC781 4C086 AA01 EA16 MA06 NA14 ZA75 ZB33 4H045 AA10 AA11 BA10 CA02 EA20 EA50

Claims (30)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 下記のＨＣＶゲノム配列： − コア／Ｅ１領域の位置５７４〜９５７にまたがる領
    域の中の、配列番号１１８、１２０又は１２２に表され
    ているとおりの配列のいずれかに対する位置５７４〜９
    ５７にまたがるＥ１領域における少なくとも６６％以上
    の相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − 位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番
    号１１８、１２０又は１２２に表されているとおりの配
    列のいずれかに対して少なくとも７１％以上の相同性を
    有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１８３、１８５又は１８７に表されている
    とおりの配列のいずれかに対して少なくとも８５％以上
    の相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１８９に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８１％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１６７又は１６９に表されているとおりの
    配列のいずれかに対して少なくとも８５％以上の相同性
    を有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７１又は１７３に表されているとおりの
    配列のいずれかに対して少なくとも７９％以上の相同性
    を有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７５に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８４％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７７に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８３％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７９に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも７６％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１８１に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８４％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１０６、１０８、１１０、１１２、
    １１４又は１１６に表されているとおりの配列のいずれ
    かに対して少なくとも７３％以上の相同性を有するＨＣ
    Ｖゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１０６、１０８、１１０又は１１２
    に表されているとおりの配列のいずれかに対して少なく
    とも８８％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１１６又は２０１に表されていると
    おりの配列のいずれかに対して少なくとも８８％以上の
    相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２０３に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８７％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１１４に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８５％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２０７に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８６％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２０９に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８４％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２１１に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８１％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、のいずれかから選択された８個
    以上の隣接するヌクレオチドを含有するＨＣＶ４型に特
    有であるヌクレオチド配列を有するＨＣＶポリ核酸又は
    その相補体であって、上記ポリ核酸が、上記ＨＣＶゲノ
    ム配列のいずれかに由来する少なくとも１個の特有ヌク
    レオチドを含有し、そして上記ＨＣＶ４型が、表１に示
    されている通りのヌクレオチド配列番号づけを用いて位
    置７９３２〜８２７１にまたがるＮＳ５遺伝子ヌクレオ
    チド配列の１部分との比較によって分類される、ＨＣＶ
    ポリ核酸。
  2. 【請求項２】 − コア／Ｅ１領域の位置５７４〜９５
    ７にまたがる領域の中の、配列番号１１８、１２０又は
    １２２に表されているとおりの配列のいずれかに対する
    位置５７４〜９５７にまたがるＥ１領域において少なく
    とも６６％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − 位置３７９〜９５７にまたがる領域の中の、配列番
    号１１８、１２０又は１２２に表されているとおりの配
    列のいずれかに対して少なくとも７１％以上の相同性を
    有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１８３、１８５又は１８７に表されている
    とおりの配列のいずれかに対して少なくとも８５％以上
    の相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１８９に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８１％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１６７又は１６９に表されているとおりの
    配列のいずれかに対して少なくとも８５％以上の相同性
    を有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７１又は１７３に表されているとおりの
    配列のいずれかに対して少なくとも７９％以上の相同性
    を有するＨＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７５に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８４％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７７に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８３％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１７９に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも７６％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の中
    の、配列番号１８１に表されているとおりの配列のいず
    れかに対して少なくとも８４％以上の相同性を有するＨ
    ＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１０６、１０８、１１０、１１２、
    １１４又は１１６に表されているとおりの配列のいずれ
    かに対して少なくとも７３％以上の相同性を有するＨＣ
    Ｖゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１０６、１０８、１１０又は１１２
    に表されているとおりの配列のいずれかに対して少なく
    とも８８％以上の相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１１６又は２０１に表されていると
    おりの配列のいずれかに対して少なくとも８８％以上の
    相同性を有するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２０３に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８７％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号１１４に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８５％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２０７に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８６％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２０９に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８４％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の中の、配列番号２１１に表されているとおりの配列
    のいずれかに対して少なくとも８１％以上の相同性を有
    するＨＣＶゲノム配列、からなる群より選択されるＨＣ
    Ｖ４型ポリ核酸、又はその相補体であって、上記ポリ核
    酸が、上記ＨＣＶゲノム配列のいずれかに由来する少な
    くとも１個の特有ヌクレオチドを含有するか又はその相
    補体であり、そして上記ＨＣＶ４型が、表１に示されて
    いる通りのヌクレオチド配列番号づけを用いて位置７９
    ３２〜８２７１にまたがるＮＳ５遺伝子ヌクレオチド配
    列の１部分との比較によって分類される、ＨＣＶ４型ポ
    リ核酸。
  3. 【請求項３】 配列が、 − コア／Ｅ１領域の位置５７４〜９５７にまたがる領
    域の配列番号１１８、１２０又は１２２、 − コア／Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領
    域の配列番号１１８、１２０又は１２２、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１８３、１８５又は１８７、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１８９、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１６７又は１６９、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１７１又は１７３、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１７５、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１７７、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１７９、 − Ｅ１領域の位置３７９〜９５７にまたがる領域の配
    列番号１８１、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号１０６、１０８、１１０、１１２、１１４
    又は１１６、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号１０６、１０８、１１０又は１１２、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号１１６又は２０１、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号２０３、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号１１４、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号２０７、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号２０９、 − ＮＳ５領域の位置７９３２〜８２７１にまたがる領
    域の配列番号２１１、 のいずれかに示されている通りのＨＣＶゲノム配列に特
    有である８個以上の連続ヌクレオチドを含むＨＣＶ４型
    ポリ核酸又はその相補体であって、上記ポリ核酸が、上
    記ＨＣＶゲノム配列のいずれかに由来する少なくとも１
    個の特有ヌクレオチドを含有し、そして上記ＨＣＶ４型
    が、表１に示されている通りのヌクレオチド配列番号づ
    けを用いて位置７９３２〜８２７１にまたがるＮＳ５遺
    伝子ヌクレオチド配列の１部分との比較によって分類さ
    れる、ＨＣＶ４型ポリ核酸。
  4. 【請求項４】 請求項１〜３いずれか１項記載のＨＣＶ
    ４型配列に由来するポリ核酸であって、上記ポリ核酸
    が、プライマーが由来する遺伝子型に属する所定のアイ
    ソレートのＨＣＶ４型核酸を特異的に増幅するためのプ
    ライマーとして作用することができる、ポリ核酸。
  5. 【請求項５】 請求項１〜３いずれか１項記載のＨＣＶ
    ４型配列に由来するポリ核酸であって、上記ポリ核酸
    が、ＨＣＶ４型核酸の特異的検出及び/又はＨＣＶ４型
    の分類のためのハイブリダイゼーションプローブとして
    作用することができる、ポリ核酸。
  6. 【請求項６】 少なくとも下記工程： （ｉ）請求項５記載の１個以上のプローブを用いて適切
    な条件下で、生物学的サンプルの核酸をハイブリダイズ
    させること、（ii）適切な条件下で洗浄すること、（ii
    i）形成されたハイブリッドを検出すること、（iv）観
    察されたハイブリダイゼーションパターンから存在する
    １種以上のＨＣＶ遺伝子型の存在を推測することを含
    む、１種以上のＨＣＶ遺伝子型を含んでいる可能性の高
    い生物学的サンプル中に存在する、１種以上のＨＣＶ遺
    伝子型の存在をインビトロで検出するための、請求項１
    〜５いずれか１項記載のポリ核酸の使用。
  7. 【請求項７】 請求項６の工程の前にサンプル核酸を抽
    出する工程を含む、１種以上のＨＣＶ遺伝子型を含んで
    いる可能性の高い生物学的サンプルに存在する、１種以
    上のＨＣＶ遺伝子型の存在をインビトロで検出するため
    の、請求項６記載のポリ核酸の使用。
  8. 【請求項８】 請求項５の工程の前に、サンプル核酸を
    抽出する工程、及び請求項４記載のプライマー又は他の
    ＨＣＶ２型、ＨＣＶ３型、ＨＣＶ４型、ＨＣＶ５型若し
    くは万能ＨＣＶプライマーの少なくとも１種以上を用い
    て核酸を増幅する工程を含む、１種以上のＨＣＶ遺伝子
    型を含んでいる可能性の高い生物学的サンプルに存在す
    る１種以上のＨＣＶ遺伝子型の存在をインビトロで検出
    するための、請求項７記載のポリ核酸の使用。
  9. 【請求項９】 請求項１〜３いずれか１項記載のポリ核
    酸のいずれかによってコードされるＨＣＶポリタンパク
    質の少なくとも５個のアミノ酸の連続配列をその配列の
    中に含んでいるペプチド又はポリペプチド。
  10. 【請求項１０】 上記連続配列が、下記のアミノ酸残
    基： Ｌ７、Ｔ７１、Ａ７９、Ａ１２７、Ｓ１３０、Ｅ１５
    ２、Ａ１５７、Ｖ１５８、Ｓ１７７、Ｙ１７７、Ｖ１８
    ０、Ｅ１８０、Ｒ１８４、Ｔ１８９、Ｇ１９１、Ｑ１９
    ２、Ｉ１９２、Ｖ１９２、Ｅ１９２、Ｎ１９３、Ｈ１９
    ３、Ｙ１９４、Ｈ１９５、Ａ１９７、Ｉ１９７、Ｖ１９
    ７、Ｔ１９７、Ｉ２０３、Ａ２１０、Ｖ２１２、Ｆ２１
    ４、Ｔ２１６、Ｄ２１７、Ｅ２１７、Ｖ２１７、Ｈ２１
    ８、Ｎ２１８、Ｈ２１９、Ｌ２２７、Ｉ２２７、Ｍ２３
    １、Ｔ２３２、Ａ２３２、Ｑ２３５、Ｔ２３７、Ｉ２４
    ２、Ｓ２４８、Ｖ２４９、Ｓ２５０、Ｙ２５０、Ｉ２５
    １、Ｖ２５１、Ｍ２５１、Ｄ２５２、Ｌ２５５、Ｖ２５
    ５、Ｅ２５６、Ｍ２５８、Ｆ２５８、Ｖ２５８、Ａ２６
    ０、Ｑ２６０、Ｓ２６０、Ｍ２６５、Ｇ２６８、Ｔ２６
    ８、Ｍ２７１、Ｖ２７１、Ｉ２７７、Ｈ２８０、Ｉ２８
    ４、Ａ２８４、Ｌ２８４、Ｖ２７４、Ｖ２９１、Ｎ２９
    ２、Ｓ２９２、Ｉ２９３、Ｑ２９４、Ｒ２９４、Ｌ２９
    ７、Ｉ２９７、Ｔ３０８、Ｔ３１０、Ａ３１０、Ｄ３１
    ０、Ｖ３１０、Ｇ３１７、Ｐ２６４５、Ｋ２６５０、Ｋ
    ２６５３、Ｇ２６５６、Ｔ２６６８、Ｎ２６７３、Ｋ２
    ６８１、Ｈ２６８６、Ｄ２６９１、Ｌ２６９２、Ｑ２６
    ９５、Ｌ２６９５、Ｉ２６９５、Ｖ２７１２、Ｆ２７１
    ５、Ｖ２７１９、Ｉ２７２２、Ｓ２７２５、Ｇ２７２
    ９、Ｙ２７３５、Ｉ２７４８、Ｇ２７４６、Ｉ２７４
    ６、Ｉ２７４８、Ｐ２７５２、Ｋ２７５２、Ｐ２７５
    ４、Ｔ２７５４、Ｔ２７５７又はＰ２７５７ の少なくとも１個をその配列の中に含む、請求項９記載
    のペプチド又はポリペプチドであって、上記表記は、そ
    の１文字コードによってアミノ酸残基を表わす文字と表
    １におけるアミノ酸番号づけを表わす番号とで構成され
    ている、ペプチド又はポリペプチド。
  11. 【請求項１１】 上記連続配列が、下記のＨＣＶアミノ
    酸配列： − 位置１２７〜３１９にまたがる領域の中の配列番号
    １１８、１２０又は１２２に表されているとおりのアミ
    ノ酸配列のいずれかと８０％を超える相同性を有する配
    列、 − 位置１２７〜３１９にまたがる領域の中の配列番号
    １１８、１２０又は１２２に表されているとおりのアミ
    ノ酸配列のいずれかと位置１９２〜３１９にまたがるＥ
    １領域における７３％を超える相同性を有する配列、 − 位置１９２〜３１９にまたがる領域の中の配列番号
    １１８、１２０又は１２２に表されているとおりのアミ
    ノ酸配列のいずれかと８５％を超える相同性を有する配
    列、のいずれかから選択される、請求項９又は１０記載
    のペプチド又はポリペプチド。
  12. 【請求項１２】 上記連続配列が、下記のペプチド： ＲＳＥＧＲＴＳＷＡＱ （配列番号２２０） ＲＴＥＧＲＴＳＷＡＱ （配列番号２２１） ＶＮＹＲＮＡＳＧＩＹＨＩ （配列番号１２６） ＱＨＹＲＮＩＳＧＩＹＨＶ （配列番号１２７） ＥＨＹＲＮＡＳＧＩＹＨＩ （配列番号１２８） ＶＮＹＲＮＡＳＧＩＹＨＩ （配列番号２２５） ＶＮＹＲＮＡＳＧＶＹＨＩ （配列番号２２６） ＱＨＹＲＮＡＳＧＩＹＨＶ （配列番号２２８） ＱＨＹＲＮＶＳＧＩＹＨＶ （配列番号２２９） ＩＨＹＲＮＡＳＤＧＹＹＩ （配列番号２３０） ＶＹＥＴＥＨＨＩＬＨＬ （配列番号１２９） ＶＹＥＡＤＨＨＩＭＨＬ （配列番号１３０） ＶＹＥＴＤＨＨＩＬＨＬ （配列番号１３１） ＶＹＥＡＤＹＨＩＬＨＬ （配列番号２３３） ＶＹＥＴＤＮＨＩＬＨＬ （配列番号２３４） ＶＹＥＴＥＮＨＩＬＨＬ （配列番号２３５） ＶＹＥＴＥＮＨＩＬＨＬ （配列番号２３９） ＶＲＶＧＮＱＳＲＣＷＶＡＬ （配列番号１３２） ＶＲＴＧＮＴＳＲＣＷＶＰＬ （配列番号１３３） ＶＲＡＧＮＶＳＲＣＷＴＰＶ （配列番号１３４） ＶＫＴＧＮＱＳＲＣＷＶＡＬ （配列番号２４３） ＶＲＴＧＮＱＳＲＣＷＶＡＬ （配列番号２４４） ＡＰＹＩＧＡＰＬＥＳ （配列番号１３５） ＡＰＹＶＧＡＰＬＥＳ （配列番号１３６） ＡＶＳＭＤＡＰＬＥＳ （配列番号１３７） ＡＰＹＩＧＡＰＶＥＳ （配列番号２５３） ＡＱＨＬＮＡＰＬＥＳ （配列番号２５４） ＳＰＹＶＧＡＰＬＥＰ （配列番号２５５） ＳＰＹＡＧＡＰＬＥＰ （配列番号２５６） ＡＰＹＬＧＡＰＬＥＳ （配列番号２５８） ＡＰＹＶＧＡＰＬＥＳ （配列番号２５９） ＶＰＹＬＧＡＰＬＴＳ （配列番号２６０） ＡＰＨＬＲＡＰＬＳＳ （配列番号２６１） ＡＰＹＬＧＡＰＬＴＳ （配列番号２６２） ＱＰＲＲＨＷＴＴＱＤ （配列番号１３８） ＲＰＲＲＨＷＴＴＱＤ （配列番号１３９） から選択される、請求項９〜１１いずれか１項記載のペ
    プチド又はポリペプチド。
  13. 【請求項１３】 ベクター配列、適切な原核、真核又は
    ウイルスプロモーター配列、続いて請求項１〜３いずれ
    か１項記載のポリ核酸配列を含む組換えベクターであっ
    て、上記組換えベクターが、裸のＤＮＡとして注入され
    たとき、原核若しくは真核宿主、又は生きた哺乳動物の
    中で、請求項９〜１２いずれか１項記載のＨＣＶ４型に
    由来するポリペプチドの発現を可能にする組換えベクタ
    ー。
  14. 【請求項１４】 下記アミノ酸位置にまたがる下記ＨＣ
    Ｖ４型ポリペプチド： − 位置１で始まり、そしてコアタンパク質の発現につ
    いては位置７０〜３２６、またコア及びＥ１タンパク質
    の発現については位置１〜２６３の領域内のいずれかの
    位置で終わる、ポリペプチド、 − 位置１１７〜１９２の間の領域のいずれかの位置で
    始まりそしてＥ１の発現については２６３〜３２６の領
    域のいずれかの位置で終わるか、又は推定の膜アンカー
    が欠失した形態である（位置２６４〜２９３±８アミノ
    酸）ポリペプチドのいずれかの発現を可能にする、請求
    項１３記載の組換えベクター。
  15. 【請求項１５】 下記のアミノ酸位置にまたがる下記の
    ＨＣＶ４型ポリペプチド： − Ｅ１の発現については位置１１９〜３２６のポリペ
    プチド、又は推定の膜アンカーが欠失した形態である
    （位置２６４〜２９３±８アミノ酸）ポリペプチドのい
    ずれかの発現を可能にする、請求項１４記載の組換えベ
    クター。
  16. 【請求項１６】 上記ポリペプチドが、請求項１３〜１
    ５いずれか１項記載の発現ベクターによって発現される
    組換えポリペプチドである、請求項９〜１２いずれか１
    項記載のポリペプチド。
  17. 【請求項１７】 上記ペプチド又はポリペプチドの十分
    量を投与し免疫応答を生ずることを含む、ＨＣＶに対し
    て哺乳動物を免疫化するための方法における使用のため
    の、請求項９〜１２いずれか１項記載のペプチド又はポ
    リペプチド。
  18. 【請求項１８】 医薬的に許容可能なアジュバントとと
    もに上記ペプチド又はポリペプチドの十分量を投与し免
    疫応答を生ずることを含む、ＨＣＶに対して哺乳動物を
    免疫化するための方法における使用のための、請求項９
    〜１２いずれか１項記載のペプチド又はポリペプチド。
  19. 【請求項１９】 請求項１７又は１８記載の方法によっ
    て、請求項９〜１２いずれか１項記載のペプチド又はポ
    リペプチドを用いた免疫化で産生される抗体であって、
    請求項９〜１２いずれか１項記載のポリペプチドのいず
    れかと特異的に反応する、抗体。
  20. 【請求項２０】 少なくとも下記工程： （ｉ）請求項９〜１２又は１６記載のペプチド又はポリ
    ペプチドのいずれかとＨＣＶ抗体の存在を分析すべき生
    物学的サンプルを接触させること、（ii）結合していな
    い成分を除去すること、（iii）適切な条件下で、検出
    可能なラベルとコンジュゲートしている異種抗体と、分
    析すべきサンプル中に存在する抗体と特異的に結合する
    この異種抗体とで形成される免疫複合体をインキュベー
    トすること、（iv）視覚的に又はデンシトメトリーによ
    って上記免疫複合体の存在を検出し、そしてＨＣＶの存
    在を推定することを含む、ＨＣＶを含んでいる可能性の
    高い生物学的サンプルにおけるＨＣＶの存在をインビト
    ロで検出するための方法。
  21. 【請求項２１】 少なくとも下記工程： （ｉ）ポリペプチドがビオチン化ポリペプチドの形態で
    あり、そしてポリペプチドがストレプトアビジン又はア
    ビジン複合体によって固体基質に共有結合されている、
    請求項９〜１２又は１６記載のペプチド又はポリペプチ
    ドのいずれかをＨＣＶ抗体の存在について分析すべき生
    物学的サンプルと接触させること、（ii）結合していな
    い成分を除去すること、（iii）適切な条件下で検出可
    能なラベルとコンジュゲートしている異種抗体と、分析
    すべきサンプル中に存在する抗体と特異的に結合するこ
    の異種抗体とで形成される免疫複合体をインキュベート
    すること、（iv）視覚的に又はデンシトメトリーによっ
    て上記免疫複合体の存在を検出し、そしてＨＣＶの存在
    を推定することを含むＨＣＶを含んでいる可能性の高い
    生物学的サンプルにおけるＨＣＶの存在をインビトロで
    検出するための方法。
  22. 【請求項２２】 少なくとも下記工程： （ｉ）免疫複合体の形成を可能にする適切な条件下での
    固定化形態における、請求項９〜１２、又は１６記載の
    少なくとも１種以上のペプチド又はポリペプチドと、１
    種以上の血清型のＨＣＶ抗体又は抗原の存在について分
    析すべき生物学的サンプルを接触させること、（ii）結
    合していない成分を除去することを含む、ＨＣＶを含ん
    でいる可能性の高い生物学的サンプルにおける１種以上
    の血清型のＨＣＶの存在を検出するための血清型アッセ
    イに組み込むための、請求項９〜１２、１６、１７又は
    １８いずれか１項記載のペプチド又はポリペプチドの使
    用。
  23. 【請求項２３】 − 少なくとも１種の請求項５記載の
    プローブ組成物 − バッファー、又はこのプローブと上記ＨＣＶ遺伝子
    型との間のハイブリダイゼーション反応を可能にするバ
    ッファーを生産するために必要な成分 − 上記ハイブリダイゼーションから得られたハイブリ
    ッドを検出しそして観察されたハイブリダイゼーション
    パターンからサンプルに存在するＨＣＶ遺伝子型を推定
    するための手段、を含む、ＨＣＶを含んでいる可能性の
    高い生物学的サンプルに存在するＨＣＶ遺伝子型の存在
    を測定するためのキット。
  24. 【請求項２４】 − 請求項４記載のプライマー、ＨＣ
    Ｖ４型プライマー又は万能ＨＣＶプライマーから選択さ
    れたいずれかのプライマーを含有する少なくとも１種の
    プライマー組成物、 − 請求項５記載の少なくとも１種のプローブ組成物、 − バッファー、又はこのプローブと上記増幅産物との
    間のハイブリダイゼーション反応を可能にするバッファ
    ーを生産するために必要な成分 − 上記ハイブリダイゼーションから得られたハイブリ
    ッドを検出しそして観察されたハイブリダイゼーション
    パターンからサンプルに存在するＨＣＶ遺伝子型を推定
    するための手段、を含む、ＨＣＶ遺伝子型を含んでいる
    可能性の高い生物学的サンプルに存在するＨＣＶ遺伝子
    型の存在を測定するためのキット。
  25. 【請求項２５】 − 請求項９〜１２又は１６いずれか
    １項記載の少なくとも１種のペプチド又はポリペプチ
    ド、 − バッファー、又はペプチド又はポリペプチドと生物
    学的サンプルに存在するＨＣＶに対する抗体との間の結
    合反応を可能にするバッファーを生産するために必要な
    成分、 − 上記結合反応において形成される免疫複合体を検出
    するための手段を含む、ＨＣＶを含んでいる可能性の高
    い生物学的サンプルに存在するＨＣＶ抗体の存在を測定
    するためのキット。
  26. 【請求項２６】 下記工程： （ｉ）サンプル核酸を用意すること、（ii）請求項１〜
    ３いずれか１項記載のポリ核酸を増幅すること、（ii
    i）請求項１〜３いずれか１項記載のポリ核酸の配列を
    決定することを含む、生物学的サンプルに存在するＨＣ
    Ｖ遺伝子型をインビトロで検出又はスクリーニングする
    ための方法。
  27. 【請求項２７】 下記工程： （ｉ）サンプル核酸を用意すること、（ii）請求項１〜
    ３いずれか１項記載のポリ核酸を特異的に増幅するこ
    と、を含む、生物学的サンプルに存在するＨＣＶ遺伝子
    型を検出又はスクリーニングするための方法。
  28. 【請求項２８】 請求項１〜５いずれか１項記載のポリ
    核酸を含むＨＣＶ遺伝子型の存在を測定するためのキッ
    ト。
  29. 【請求項２９】 請求項１〜５いずれか１項記載のポリ
    核酸を含む組成物。
  30. 【請求項３０】 請求項９〜１２又は１６いずれか１項
    記載のペプチド又はポリペプチドを含む組成物。
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