JPH0732720B2 - 核酸塩基配列の分析方法、その方法を行うための担体、および担体の製造方法 - Google Patents

核酸塩基配列の分析方法、その方法を行うための担体、および担体の製造方法

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JPH0732720B2
JPH0732720B2 JP61041356A JP4135686A JPH0732720B2 JP H0732720 B2 JPH0732720 B2 JP H0732720B2 JP 61041356 A JP61041356 A JP 61041356A JP 4135686 A JP4135686 A JP 4135686A JP H0732720 B2 JPH0732720 B2 JP H0732720B2
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Description

【発明の詳細な説明】 デオキシリボ核酸(DNA)は4種類のヌクレオチド塩
基、アデニン、シトシン、グアニンおよびチミンから成
る2本の相補鎖を有する2本鎖分子である。2本のこの
DNA鎖は特定の塩基対、すなわちアデニン−チミンおよ
びシトシン−グアニンが水素結合により会合することに
よって一緒に結合される。DNAと関連するRNAはデオキシ
リボースの代わりにリボースを、そしてチミン基の代わ
りにウラシルを含有する。2本の相補鎖を形成する特異
的なDNA結合は、全ての生存細胞(特に染色体)の遺伝
情報を表わすDNA遺伝暗号へと導く。塩基配列が知られ
ているDNAまたはRNAは未知の遺伝物質の塩基配列を決定
するために、またはウイルスや細菌から成る遺伝物質を
同定する診断目的のために、バイオテクノロジーの分野
において使用される。DNA−またはRNA−ハイブリダイゼ
ーションを測定する一般方法は、放射性同位体または酵
素で標識したDNA−またはRNA−塩基配列を相補的な1本
鎖DNAまたはRNAに結合させ、その後その標識を検出する
ことに基づいている。多くの場合、セルロースまたは他
の多糖類がDNAを固定化するための固相として使用さ
れ、且つ標識DNAプローブのリセプター(受容体)とし
て作用している。
こうして、例えばアガロースゲルによる電気泳動を使っ
てDNA断片を分離し、分離した断片を変性して1本鎖と
なし、それらを拡散によってニトロセルース紙へ移行
させることが知られている〔E.M.サザン(Southern)の
ジャーナル・オブ・モレキュラー・バイオロジー(J.Mo
l.Bio.),98,503(1975)を参照されたい〕。その後、
分離した塩基配列は放射性同位体で標識した相補的塩基
配列(これらの標的に結合する)と共にインキュベート
することにより固定される。放射性同位体は写真乳剤を
活性化することによりその分布を記録される。さらに、
同じ目的のために、変性したDNAまたはまたはRNAをジア
ゾベンジル基によってセルロースへ共有結合させること
が知られている〔B.E.ノイズ(No−yes)およびG.R.ス
ターク(Stark)の細胞(Cell),,301(1975)を参
照されたい〕。
伝染性微生物からのDNAの塩基配列は、血清、骨髄また
は糞便などの試料中に存在しうる相補的DNAを測定する
ためのプローブとして診断目的に使用することができ
る。今日に至るまで、放射性同位体または酵素で標識し
た既知核酸配列のプローブがこの目的のために使用され
ている。
それに対して本発明の課題は、核酸の分析方法およびこ
れに利用できる検出用担体ならびに該担体の製造方法を
提供することであり、これによって核酸の分析、特に配
列の分析を未標識プローブを用いて行うことができる。
これらの課題は特許請求の範囲第1、7および12項で特
徴付けられた特色によって解決することができ、本発明
の更に詳しい特徴は他の請求項に記載されている。
本発明によると、光反射性の担体表面上に変性1本鎖DN
AまたはRNAが共有結合され、この担体が検出媒体とし
て、分析しようとする配列を有する変性核酸を含む被検
試料と接触される。試料中の変性した相補的核酸は担体
上に存在する特定の塩基配列の1本鎖核酸に結合し、そ
れにより形成される有機層の厚みの増加が反射担体表面
の反射特性を著しく変えるために光学測定によって検出
可能になる。この検出は担体表面での反射後の偏光の変
化、または干渉色の変化を測定することにより行われ
る。偏光状態を監視する場合、欧州特許第19088号また
は米国特許第4332476号の各明細書に記載される偏光解
析法、および同じく前記特許に記載される偏光解析装置
が試料表面の物理的性質を調べるために有利に使用され
る。担体表面で反射した光の干渉色の変化(有機層の厚
みの増加により起こる)を検出する場合、担体はその反
射面上に二重層、すなわち反射−非反射層を有するもの
が適しており、この二重層の上に既知塩基配列の核酸鎖
が固定化される。この種の特に適した担体はDE−OS第32
15484号に開示されている。
分析期間中に試験すべき試料と接触する検出媒体として
の適当な担体は好ましくは珪素表面またはアルミニウム
表面を有し、その上に官能基を有する水素化珪素の1つ
の層が施される。その後、この水素化珪素の層上に既知
のまたは決定済みの塩基配列を有する核酸鎖を化学的結
合、特に共有結合により固定化する。核酸を固定化する
ためには、多糖類(特にデキストラン)から成る中間層
をさらに施すことが有利である。
本発明は、核酸プローブ(性状、特に塩基配列が知られ
た核酸を含む)をその後の検出のためにもはや標識する
必要がないという利点を提供する。従って、本発明によ
れば、既知試料を未標識プローブを使って試験すること
ができる。このために必要な担体は簡単に作ることがで
き且つ単純な構造をしている。検出反応は例えば欧州特
許第19088号または米国特許第4332476号に示されるよう
な比較偏光解析装置(エリプソメーター)を使って簡単
な方法で行われる。この装置では、担体上に置かれたヌ
クレイン鎖の上に形成された相補的塩基配列を視覚化す
ることができ、こうして検出および測定が可能である。
このために、担体が既知の偏光解析装置内に試料として
挿入される。既知方法の場合に対して、本発明の場合は
比較的単純な構造の装置が必要とされる。
担体の反射面は好ましくは二酸化珪素または酸化アルミ
ニウムから成る。この上に官能性末端基を有する水素化
珪素の1つの層が施される。このために特に適する基は
アミノ基(NH2−)またはエポキシ基 である。水素化珪素層の反射面への結合はシラノール基
またはアルミニウムヒドロキシル基により自然に起こ
る。特定の既知結合塩基配列を有する変性核酸(DNAま
たはRNA)は、直接にジアゾベンジル基を介してまたは
多糖類(例えばデキストラン)から成る中間層を介し
て、水素化珪素層へ化学的に、特に共有結合により結合
される。
分析をう行う前に、試料を例えば0.5M水酸化ナトリウム
または類似の試薬を用いて変性し、続いて中和し、その
後相補的核酸鎖(特にDNA鎖またはRNA鎖)を徐々に結合
させる組成のハイブリダイゼーション緩衝液を加える。
この緩衝液は例えば50%ホルムアミド、0.05Mクエン酸
ナトリウム、0.1%硫酸ドデシル、1mM EDTA(エチレン
ジアミン四酢酸)またはそのナトリウム塩、0.02%アル
ブミンおよび2%デキストラン硫酸から成る。担体上に
共有結合で固定化されたヌクレイン鎖に試料中の相補的
核酸が結合すると、その担体表面上に形成される有機層
の厚みが増加する。通常の塩溶液および水で洗い、続い
て乾燥した後、増加した有機層の厚みを、すでに述べた
ように比較偏光解析法(米国特許第4332476号または欧
州特許第19088号参照)によって、あるいは例えばDE−O
S3215484に示されるように反射担体上の珪素酸化物から
成る二重層の干渉色の変化を測定することによって決定
または測定する。
核酸の塩基配列を分析する際に、検出媒体として使用さ
れる担体の製造法を、以下の実施例により詳細に説明す
る。これらの担体は光反射性表面を有し、この表面上に
変性DANまたはRNAの被膜が共有結合される。
実施例 1 入口栓および出口栓を備えた乾燥器内に、例えば蒸着に
よって表面に珪素またはアルミニウムを被覆した珪素小
板、ガラス小板またはウェーファー(Wafer)を配置し
た。乾燥器内の圧力を約10mmHgに下げ、温度を80℃に保
った。エポキシ水素化珪素を含有するフラスコを乾燥器
の入口に接続し、そして入口栓を開放した。これにより
珪素またはアルミニウムを被覆した珪素小板またはガラ
ス小板の表面に蒸留によって水素化珪素を付着させ、約
2時間以内にエポキシ−活性化表面を形成した。次に、
被覆基体を12%2−アミノ−チオフェノール/アセトン
溶液中に浸漬し、長時間すなわち約10時間インキュベー
ター内に保持した。その後、この被覆基体を洗浄し、使
用するまで水の中で保存した。次に、被覆基体を亜硝酸
ナトリウム250μg/mlを含有する1M塩酸中に4℃で1時
間浸漬し、洗浄して湿った室内で保存した。単離した純
粋なDNAは25mM燐酸緩衝液に溶解して90℃に加熱し、こ
の溶液の容量の4倍量のジメチルスルホキシドを加え、
そしてこの溶液を層状基体の表面に約10時間滴下してイ
ンキュベートした。その後、小板形の層状基体を再度洗
浄し、アルブミン溶液(10μg/ml)中でインキュベート
して非特異的吸着に対してこの表面を不活性化すること
により後処理を行った。
実施例 2 実施例1のようにして、小板状担体をエポキシ水素化珪
素またアミノ水素化珪素で処理した。次に20%デキスト
ラン水溶液中でインキュベートすることにより、エポキ
シ−またはアミノ−活性表面にデキストランを結合させ
た。これは前記表面上に厚さが20〜40Åのデキストラン
被膜を形成させた。また別の方法として、セファデック
スG25カラムで脱塩したpH8.0の0.01%過沃素酸ナトリウ
ムと共にインキュベートすることにより、約10時間かけ
てアミノ水素化珪素を被覆した表面上にデキストランを
被覆することができる。その後、pH5.0の0.1M酢酸緩衝
液中で0.1%水素化硼素ナトリウム溶液と共にインキュ
ベートして、結合したデキストランを安定化させた。次
いで、0.1M水酸化ナトリウム(10ml)および1,4−ブタ
ンジオールジグリシジルエーテル(1ml)を約10時間の
間小板状担体に被覆し、続いて12%2−アミノ−チオフ
ェノール/アセトン溶液をさらに約10時間の間この小板
担体に加えた。その後、小板状担体は水の中で保存し
た。単離した純粋なDNAまたはRNAは、実施例1のように
して亜硝酸処理後の小板状担体へ固定化させた。
実施例 3 次に、小板状担体は水(10ml)中の酢酸ナトリウム0.2g
および塩化1−〔m−ニトロベンジルオキシ)メチル〕
ピリジニウム1g含有溶液と共にインキュベートするため
に処理し、続いてオーブン内70℃で、次に140℃で約1
時間乾燥した。その後、20%亜二チオン酸ナトリウム溶
液中でこの担体をインキュベートし、そして水で洗浄し
た。さらに、250μg/mlの亜硝酸ナトリウムを含有する1
M塩酸に4℃で約1時間浸漬し、洗浄し、そして湿った
室内で保存した。最後に、単離した純粋なDNAまたはRNA
を溶解し、実施例1のようにしてインキュベーションす
ることにより上記の処理担体へ固定化させた。
第1〜3図は小板の形をした担体の具体例を示す略図で
ある。ここでは基体上のそれぞれの層の配列順位のみを
示し、図示される層の厚さの関係は実際に使用するスケ
ールに一致していない。
第1図において、例えば珪素またはガラスから成る基体
1の上に、反射面として作用する二酸化珪素層2(この
層は酸化アルミニウム層であってもよい)が配置され
る。この層2の上に官能性エポキシ基またはアミノ基を
有する水素化珪素層3が存在する。この上面に層4が存
在し、層4には1本鎖核酸(例えばDNA)が担体上に固
定化されて存在する。
第2図に示す担体の具体例は実質的に第1図と同じであ
るが、水素化珪素層3と固定化した変性1本鎖核酸を有
する層4との間に多糖類層5(特にデキストラン層)が
配置されるという点で異なっている。
第3図に示す具体例では、反射面が二重層となるように
形成され、基体1の上に存在する第一の層2′は一酸化
珪素から成り、そして第二の層2は二酸化珪素から成っ
ている。この二重層の機能はDE−OS第3215484号に詳し
く記載されている。
【図面の簡単な説明】
第1図乃至第3図は小板の形をした本発明担体の具体例
を示す略図である。 1:基体、2:二酸化珪素層または酸化アルミニウム層、
2′:一酸化珪素層、3:水素化珪素層、4:固定化核酸を
含む層、5:多糖類層

Claims (14)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】試験すべき核酸が分析の間中固体担体に固
    定化される核酸、特にデオキシリボ核酸(DNA)または
    リボ核酸(RNA)の塩基配列の分析方法であって、変性
    核酸を含む試験すべき液体試料を、特定の塩基配列を有
    する核酸鎖を化学的に結合させた担体の光反射表面と、
    接触させることから成り、その際試料中に存在する変性
    核酸の相補的塩基配列が担体表面に存在する核酸鎖との
    ハイブリダイゼーションによって結合され、それにより
    形成された担体表面上の有機層の厚みの増加を光学的に
    測定することから成る分析方法。
  2. 【請求項2】反射担体表面の反射特性の変化から厚みの
    増加を測定する、特許請求の範囲第1項記載の方法。
  3. 【請求項3】偏光の解析により厚みの増加を測定する、
    特許請求の範囲第1項記載の方法。
  4. 【請求項4】干渉の測定により厚みの増加を測定する、
    特許請求の範囲第2項記載の方法。
  5. 【請求項5】比較偏光の解析により厚みの増加を測定す
    る、特許請求の範囲第3項記載の方法。
  6. 【請求項6】一酸化珪素および二酸化珪素から成る二重
    層を有する反射表面における光の反射中の干渉の変化か
    ら厚みの増加を測定する、特許請求の範囲第4項記載の
    方法。
  7. 【請求項7】核酸の結合による担体表面の光反射特性の
    変化を光学機器によって測定しうるように担体表面が形
    成されており、その担体表面に特定の塩基配列を有する
    核酸鎖が化学的に結合している、核酸塩基配列の光学的
    分析用担体。
  8. 【請求項8】核酸鎖が共有結合によって担体表面に結合
    している、特許請求の範囲第7項記載の担体。
  9. 【請求項9】担体の基体が珪素またはガラスから成る、
    特許請求の範囲第7または8項記載の担体。
  10. 【請求項10】担体基体がその光反射表面上に二酸化珪
    素層または酸化アルミニウム層を有し、前記層の上に官
    能基を有する水素化珪素の層が配置され、この水素化珪
    素層に核酸鎖が共有結合している、特許請求の範囲第7
    〜9項のいずれか1項に記載の担体。
  11. 【請求項11】核酸鎖が多糖類から成る中間層を介して
    反射担体表面に共有結合している、特許請求の範囲第7
    〜10項のいずれか1項に記載の担体。
  12. 【請求項12】水素化珪素が官能基としてアミノ基また
    はエポキシ基を有する、特許請求の範囲第10項記載の担
    体。
  13. 【請求項13】担体表面が光を反射するように形成され
    ており、その担体表面に特定の塩基配列を有する核酸鎖
    が化学的に結合している核酸塩基配列の光学的分析用担
    体の製造方法であって、 官能基を有する水素化珪素を担体の反射表面上に蒸着し
    て付着させ、続いて純粋な核酸を溶解している緩衝液か
    らその上にインキュベーションによって核酸鎖を固定化
    することから成る方法。
  14. 【請求項14】活性化された水素化珪素の層上にインキ
    ュベーションによって核酸鎖を固定化する前に、多糖類
    の層を水溶液から付着させる、特許請求の範囲第13項記
    載の方法。
JP61041356A 1985-02-26 1986-02-26 核酸塩基配列の分析方法、その方法を行うための担体、および担体の製造方法 Expired - Lifetime JPH0732720B2 (ja)

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Application Number Priority Date Filing Date Title
DE3506703.9 1985-02-26
DE3506703A DE3506703C1 (de) 1985-02-26 1985-02-26 Verfahren zur Sequenzanalyse von Nucleinsaeuren,insbesondere der Desoxyribonucleinsaeure (DNA) und der Ribonucleinsaeure (RNA),sowie Traeger zur Durchfuehrung des Verfahrens und Verfahren zur Herstellung des Traegers

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPS61227591A JPS61227591A (ja) 1986-10-09
JPH0732720B2 true JPH0732720B2 (ja) 1995-04-12

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ID=6263575

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JP61041356A Expired - Lifetime JPH0732720B2 (ja) 1985-02-26 1986-02-26 核酸塩基配列の分析方法、その方法を行うための担体、および担体の製造方法

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JP (1) JPH0732720B2 (ja)
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