JPH069673A - ヌクレオシドの製造法 - Google Patents

ヌクレオシドの製造法

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JPH069673A
JPH069673A JP5064211A JP6421193A JPH069673A JP H069673 A JPH069673 A JP H069673A JP 5064211 A JP5064211 A JP 5064211A JP 6421193 A JP6421193 A JP 6421193A JP H069673 A JPH069673 A JP H069673A
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Abstract

(57)【要約】 【構成】 少なくとも二種のヌクレオシド及び/又はヌ
クレオシド類似体からの、天然若しくは合成のヌクレオ
シド、ヌクレオシド類似体又はオリゴヌクレオチド(そ
の塩基性分子に対しては、さらに式(I)〜(Ib):
で示される基などが結合している)をヌクレオチド単量
体はオリゴヌクレオチドから製造する方法であって、無
機又は有機窒素塩基の少なくとも触媒量の存在下に1な
いし30個の炭素原子を有する脂肪族、脂環式、芳香−
脂肪族又は芳香族アルコール、2ないし50個の炭素原
子を有するポリオール又は重合体ポリオールの過剰量と
を反応させて、式(I)〜(Ib)の基を−OH基に変
換することを特徴とする方法。 【化6】 【効果】 上記方法は、ヒドロゲンホスホナート又はヒ
ドロゲンホスフィナート基が他のアシル保護基に比較し
て高い選択性でアルコールに変換されるので、所定の反
応条件下で数日間経過した後でも、ヌクレオシド塩基の
保護基は除去されない利点を有する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、少なくとも二つの同一
若しくは異なるヌクレオシド単量体を含む、天然若しく
は合成ヌクレトシド、ヌクレオシド類似体又はオリゴヌ
クレオチドの製造法に関する。
【0002】
【従来の技術】一定の配列順序を有する多くのヌクレオ
チド類は、現在、亜リン酸トリエステル法で合成されて
いる。この方法において、オリゴヌクレオチドは3´−
末端から段階的に5´の方向に合成される。合成は5´
−水酸基及び、必要に応じて、そのヌクレオシド塩基に
保護基を有する3´−末端ヌクレオチドの結合で化学的
に不活性な固相への結合により開始する。次いで、5´
−水酸基の保護基が除去される。適当に保護されたヌク
レオシドの3´−ホスホルアミダイトとの反応は、ヌク
レオチド間の結合を形成する。得られた亜リン酸トリエ
ステルは、さらに所望のヌクレオチド間の結合に酸化さ
れる。次の合成サイクルは、固相に固定されたジヌクレ
オチドの5´−末端保護基の除去で始められる。この合
成サイクルは、固相に結合したオリゴヌクレオチドが得
られるまで繰り返される。合成は、ヌクレオシド塩基、
水酸基及びヌクレオチド間の結合での保護基の除去で終
わる(Caruthers, M. H., Science 230:281-285, 1985
)。ホスホルアミダイトの構造により、用いるヌクレ
オシド又はオリゴヌクレオチドは、代表的には式:
【0003】
【化2】 で示される基を含んでいる。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】この合成法の問題点
は、ホスホルアミダイトと固相に固定されたヌクレオシ
ド又はオリゴヌクレオチドの遊離の水酸基との間におけ
る縮合反応である。この反応工程において、水の除去が
厳密に保証されなければならない。無水溶媒の使用で
も、水の除去は完全に保証されない。このために、固相
オリゴヌクレオチド合成のカップリング工程において、
ヌクレオシドホスホルアミダイトのかなりの量は、ヌク
レオシドホスホルアミダイトの加水分解物、例えばヌク
レオシドシアノエチルヒドロゲンホスホナートに変換さ
れる。この最後に述べた化合物は、カップリング反応に
関与しない。それでもやはり、高いカップリング収率を
得るためには大過剰のホスホルアミダイトを用いること
が必要である。最新式のDNA合成装置においては、固
相に固定された水酸基組成物の量に比較して2ないし2
0倍過剰のヌクレオシドホスホルアミダイトが用いられ
る。ヌクレオチド結合の最高収率は、用いたホスホルア
ミダイトに対して20%である。用いたヌクレオシドの
少なくとも80%はヌクレオシドホスホルアミダイトの
加水分解物として棄てられる。この問題は使用する装置
の改良、例えば特殊な計量装置によっても完全に克服す
ることができない[参照:Chemische Rundschau Nr. 3
7, Seite 11(1992)]。
【0005】ベーリンガー(Boehringer, M. P., Eidge
noessische Technische Hochschuleの学位論文, ETH N
o. 9377, 1991)は、ヌクレオシド類似体のメチルホス
ホルアミダイトを水酸化ナトリウム溶液と反応させ、遊
離の水酸基を有するヌクレオシド類似体を得た。しかし
ながら、彼が用いた条件下では、ヌクレオシド塩基の保
護基は除去される。
【0006】プレドボジテレフら(Predvoditelev, D.
A., Tyuganova, M. A., Nifant'ev,E. E., Rogovin, Z.
A., Zh. Prikl. Khim. 40:171-177, 1967 )、ニフン
トエフら(Nifnt'ev, E. E., Predvoditelev, D. A., F
ursenko, I. V., Zh. Obsh. Khim. 51:2435-2441, 198
1)、トロエフ及びシメオノフ(Troev, K., Simeonov,
M., Phosphorus and Sulfur 19:363-367, 1984 )並び
にウェストハイマーら(Westheimer, F. H., Huang,
S., Covitz, F., J. Am. Chem. Soc. 110:181-185, 198
8 )が記載している非ヌクレオチドジアルキルホスファ
イト類のエステル交換反応法は、すべて、保護されたヌ
クレオシドに応用した場合、核酸塩基の保護基が容易に
除去される欠点を有している。これらの方法で必要とす
る高温は、熱分解反応、例えば保護基の熱脱離、特に脱
トリチル化が起こるので広範な用途には障害になる。
【0007】別な方法は、テトラキスベンジルオキシチ
タンでのルイス酸触媒エステル交換反応であり、適度の
収率で、40℃で72時間にわたって行なわれるが、チ
タン酸エステルが加水分解に敏感なのが特に不利である
(Froneman, M., Modro, T.A., Synthesis 201-204, 19
91 )。
【0008】
【課題を解決しようとする手段】予期しないことである
が、本発明はヌクレオシドヒドロゲンホスホナート類又
はヒドロゲンホスフィナート類を、ヒドロゲンホスホナ
ート又はヒドロゲンホスフィナートの官能基が存在して
いた位置に遊離の水酸基を有するヌクレオシドに変換す
る方法を提供するものである。本発明の方法では、ヒド
ロゲンホスホナート又はヒドロゲンホスフィナート基
は、他のアシル保護基に比較して高い選択性でアルコー
ルに変換される。除去の選択性は非常に高いので、所定
の反応条件下で数日間経過した後でも、ヌクレオシド塩
基の保護基は除去されない。さらに、この方法で高収率
が得られる。新規な方法は、手動又は自動のオリゴヌク
レオチド合成の型通りの連続操作の際に、標準の亜リン
酸トリエステル法によるヌクレオチドカップリングで起
こるヌクレオシドの過剰量を回収することを初めて可能
とするものである。
【0009】本発明は、天然若しくは合成のヌクレオシ
ド、ヌクレオシド類似体又は少なくとも二種のそのよう
なヌクレオシド及び/又はヌクレオシド類似体からのオ
リゴヌクレオチド〔その塩基性分子は核酸塩基Bの非置
換若しくは置換した基及び式R1 −O−(式中、R1
保護基である)の保護された水酸基を含むか、又は水酸
基の酸素原子に直接結合するか若しくは固体担体に結合
基を介して結合しており、その塩基性分子には、上記の
基以外に、式(I)、(Ia)又は(Ib):
【0010】
【化3】
【0011】で示される基が結合している〕をヌクレオ
シド単量体又はオリゴヌクレオチドから製造する方法で
あって、不活性有機溶媒の存在又は非存在下かつ4ない
し10のpK値を有する無機塩基又は有機窒素塩基の少
なくとも触媒量の存在下に、該ヌクレオシド又は該オリ
ゴヌクレオチドと、1ないし30個の炭素原子を有する
脂肪族、脂環式、芳香−脂肪族又は芳香族アルコール、
2ないし50個の炭素原子を有するポリオール又は重合
体ポリオールの過剰量とを反応させて、式(I)、(I
a)又は(Ib)の基を−OH基に変換することを特徴
とする方法を提供するものである。
【0012】式(I)、(Ia)及び(Ib)の基は、
ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドの3´若しくは5
´−位に結合することができるが、一方R1 O−基又は
固体担体は5´若しくは3´−位に結合する。式(I)
の基は5´−位に、式(Ib)の基は3´−位に、そし
て式(Ia)の基は3´若しくは5´−位に結合するの
が好ましい。
【0013】好適にヌクレオチド結合が連結する第二級
水酸基を有し、本発明の方法に用いるのに適した、多く
のヌクレオシド、ヌクレオシド類似体又はオリゴヌクレ
オチドは、公知であり、例えばタウンゼント(Townsen
t, L. B., Hrsg., Chemistryof Nucleosides and Nucle
otides 1, Pleum Press, New York, 1988 )に記載され
ており、又は公知の方法で製造することができる。全く
一般的に、これらの化合物は、核酸塩基を含み、−O−
又は−S−で中断された開鎖状のC−構造あるいは炭素
環式又はO−若しくはS−複素環構造であってよい。
【0014】開状鎖の炭素構造は、代表的には3ないし
12個、好適には3ないし6個の炭素原子を有してい
る。炭素環及び複素環構造は、3ないし12個、好適に
は3ないし8個、最も好適には4又は5個の環員炭素原
子を有する単環系である。これらは5ないし16個、好
適には8ないし16個の炭素原子を有する双環又は三環
系であってもよい。この構造は、さらに置換基、代表的
には保護されたOH基を含んでいてもよい。
【0015】核酸塩基Bがプリン基又はその類似体であ
る場合には、それは式(II)、(IIa)、(IIb)、(II
c)、(IId)又は(IIe):
【0016】
【化4】
【0017】(式中、R7 はH、Cl、Br、NH2
はOHであり;R8 、R9 及びR10は、それぞれ互いに
独立して、H、OH、SH、NH2 、NHNH2 、NH
OH、NH0(1ないし12個の炭素原子を有する)ア
ルキル、F、Cl、Br、アルキル、ヒドロキシアルキ
ル、アミノアルキル(そのヒドロキシル及びアミノ基は
非置換又は保護基で置換されてもよい)、アルコキシ若
しくは1ないし12個の炭素原子を有するアルキルチオ
又はフェニル、ベンジル、1ないし20個の炭素原子を
有する第一級アミノ若しくは2ないし30個の炭素原子
を有する第二級アミノであり;そして、R11はH、C1
−C4 アルキルである)で示される基である。
【0018】第一級アミノは、好適には1ないし12
個、最も好適には1ないし6個の炭素原子を含み、第二
級アミノは、好適には2ないし12個、最も好適には2
ないし6個の炭素原子を含む。
【0019】好適に1ないし6個の炭素原子を含む、ア
ルキル、アルコキシ、アルキルチオ、ヒドロキシアルキ
ル及びアミノアルキルの代表例は、メチル、エチル、プ
ロピルの異性体、ブチル、ペンチル、ヘキシル、ヘプチ
ル、オクチル、ノニル、デシル、ウンデシル及びドデシ
ル、並びに相当するアルコキシ、アルキルチオ、ヒドロ
キシアルキル及びアミノアルキル基である。アルキル、
アルコキシ、アルキルチオ、ヒドロキシアルキル及びア
ミノアルキルは、最も好適には1ないし4個の炭素原子
を含む。好ましいアルキル、アルコキシ、アルキルチ
オ、ヒドロキシアルキル及びアミノアルキル基は、メチ
ル、エチル、n−及びイソプロピル、n−、iso−及
びtert−ブチル、メトキシ、エトキシ、メチルチオ
及びエチルチオ、アミノメチル、アミノエチル並びにヒ
ドロキシメチル及びヒドロキシエチルである。
【0020】第一級アミノ及び第二級アミノは、代表的
には式R1415N[式中、R14はH、又は独立してR15
の意義を有し;そしてR15は1ないし20個、好適には
1ないし12個、最も好適には1ないし6個の炭素原子
を有する、アルキル、アミノアルキル又はヒドロキシア
ルキル;カルボキシアルキル又はカルボアルコキシアル
キル(そのカルボアルコキシ基は、2ないし8個の炭素
原子を有し、そのアルキル分は1ないし6個、好適には
1ないし4個の炭素原子を有する);2ないし20個、
好適には2ないし12個、最も好適には2ないし6個の
炭素原子を有するアルケニル;フェニル、モノ−若しく
はジ(C1 −C4 アルキルフェニル若しくはC1 −C4
アルコキシ)フェニル、ベンジル、モノ−若しくはジ
(C1 −C4 アルキルベンジル若しくはC1 −C4 アル
コキシ)ベンジル;又は1,2−、1,3−若しくは
1,4−イミダゾリル−C1 −C6 アルキルであるか;
又はR14とR15は、一緒になって、テトラ−若しくはペ
ンタメチレン、3−オキサ−1,5−ペンチレン、−C
2 −NR16−CH2 CH2 −又は−CH2 CH2 −N
16−CH2 CH2 −(式中、R16はH又はアルキルで
ある)である]の基である。アミノアルキルのアミノ基
は、一つ又は二つのC1 −C4 アルキル又はC1-C4
ドロキシアルキル基で置換されていてもよい。ヒドロキ
シアルキルの水酸基は、C1 −C4 アルキルでエーテル
化されていてもよい。
【0021】アルキルの例は上記のものである。アミノ
アルキルの代表例は、アミノメチル、アミノエチル、1
−アミノプロプ−2−イル又は−3−イル、1−アミノ
−ブタ−2−イル又は−3−イル又は−4−イル、N−
メチル−又はN,N−ジメチル又はN−エチル−又は
N,N−ジエチル又はN−2−ヒドロキシエチル−又は
N,N−ジ−2−ヒドロキシエチルアミノメチル又は−
アミノエチル又は−アミノプロピル又は−アミノブチル
である。ヒドロキシアルキル基の例は、ヒドロキシメチ
ル、1−ヒドロキシエタ−2−イル、1−ヒドロキシプ
ロプ−2−又は−3−イル、1−ヒドロキシ−ブタ−2
−イル、−3−イル又は−4−イルである。カルボキシ
アルキル基の例は、カルボキシメチル、カルボキシエチ
ル、カルボキシプロピル及びカルボキシブチルであり;
そして、カルボアルコキシアルキル基の例は、メチル又
はエチルでエステル化された該カルボキシアルキル基で
ある。アルケニルは、代表的にはアリル、ブタ−1−エ
ン−3−イル又は−4−イル、ペンタ−3−又は−4−
エン−1−イル又は−2−イル、ヘキサ−3−又は−4
−又は−5−エン−1−イル又は−2−イルである。ア
ルキルフェニル、アルコキシフェニル及びアルキルベン
ジルの代表例は、メチルフェニル、ジメチルフェニル、
エチルフェニル、ジエチルフェニル、メチルベンジル、
ジメチルベンジル、エチルベンジル、ジエチルベンジ
ル、メトキシフェニル、ジメトキシフェニル、エトキシ
フェニル、ジエトキシフェニル、メトキシベンジル、ジ
メトキシベンジル、エトキシベンジル、ジエトキシベン
ジルである。アルキル分が好適には2ないし4個の炭素
原子を有するイミダゾリルアルキルは、代表的には1,
2−、1,3−若しくは1,4−イミダゾリルエチル又
は−n−プロピル又は−n−ブチルである。R16は、好
適にはH、メチル又はエチルである。
【0022】第一級アミノ及び第二級アミノの好適な例
は、メチルアミノ、エチルアミノ、ジメチルアミノ、ジ
エチルアミノ、アリルアミノ、モノ−又はジ(1−ヒド
ロキシエタ−2−イル)アミノ、フェニルアミノ及びベ
ンジルアミノ、アセチルアミノ及びベンゾイルアミノで
ある。
【0023】本発明の好適な実施態様において、R7
水素である。本発明の別の好適な実施態様において、R
10は水素である。本発明のさらに別の好適な実施態様に
おいて、R8 及びR9 は、それぞれ互いに独立して、
H、F、Cl、Br、OH、SH、NH2 、NHOH、
NHNH2 、メチルアミノ、ジメチルアミノ、ベンゾイ
ルアミノ、メトキシ、エトキシ及びメチルチオである。
【0024】プリン系類似体の代表例は、プリンに加え
て、アデニン、N−メチルアデニン、N−ベンジルアデ
ニン、2−メチルアデニン、2−メチルチオアデニン、
2−アミノアデニン、3−カルバアデニン、7−カルバ
アデニン、1−カルバアデニン、6−ヒドロキシプリ
ン、2−アミノ−6−クロロプリン、2−アミノ−6−
メチルチオプリン、2−アミノ−6−ヒドロキシプリ
ン、3−カルバ−6−クロロプリン、グアニン、2−メ
チルグアニンである。アデニン、2−アミノアデニン及
びグアニンは、特に好ましい。
【0025】核酸塩基が類似のピリミジン基である場
合、該基は好適には式(III )、(III a)及び(III
b):
【0026】
【化5】
【0027】(式中、R11はH又はC1 −C4 アルキル
であり、R12、R13及びR30は、それぞれ互いに独立し
て、好適な意義を含めてR8 に関して述べた意義を有
し;そして式(III b)のNH2 の水素原子は、C1
6 アルキル又はベンゾイルで置換されていてもよい)
で示されるウラシル、チミン及びシトシンの基並びに式
(III )、(III a)及び(III b)の基のジヒドロ誘
導体である。好適には、R12はH、C1 −C6 アルキル
又はヒドロキシアルキル、F、Cl、Br、NH2、ベ
ンゾイルアミノ、モノ−又はジC1 −C6 アルキルアミ
ノであり、そしてR13は好適にはH、C1 −C6 アルキ
ル、C1 −C6 アルコキシ、C1 −C6 ヒドロキシアル
キル、F、Cl、Br、NH2 、ベンゾイルアミノ又は
モノ−若しくはジC1 −C6 アルキルアミノである。
【0028】R11は好適にはH又はメチルである。R12
は好適にはH、F、Cl、Br、NH2 、NHCH3
N(CH32 又はC1 −C4 アルキルである。R13
好適にはH、C1 −C4 アルキル、さらに特にメチル又
はNH2 、NHCH3 若しくは(CH32 Nである
【0029】ピリミジン類似体の代表例は、ウラシル、
チミン、シトシン、5−フルオロウラシル、5−クロロ
ウラシル、5−ブロモウラシル、ジヒドロウラシル、プ
ソイドウラシル、1−メチルプソイドウラシル、5−メ
チルウラシル、3−メチルシトシン及び5−メチルシト
シンである。
【0030】本発明の範囲内で、保護基は化学において
通常の公知の保護基を意味するものと解されるべきであ
る。そのような保護基の例は、C1 −C8 アルキル;単
環又は双環のC7 −C12アラルキル;単環又は双環のC
7 −C12アラルコキシ;単環又は双環のC7 −C12ハロ
アラルキル;ジフェニルメチル;1ないし4個のメチル
又はメトキシ基で置換されたジフェニルメチル;トリフ
ェニルメチル;1ないし6個のメチル又はメトキシ基又
は1ないし3個のtert−ブチル基で置換されたトリ
フェニルメチル;フェニル又はナフチルで置換されたキ
サンテニル;−Si(R4 )(R5 )(R6 )[式中、
(R4 )、(R5 )及び(R6 )は、それぞれ互いに独
立して、C1 −C20アルキル、ベンジル又はフェニルで
ある];R−C(O)−(式中、RはC1 −C6 アルキ
ル;ベンジル;メチル、メトキシ又はハロゲンで置換さ
れたベンジル;C1 −C12アルコキシ;フルオレンで置
換されたC1 −C12アルコキシ;フェノキシ;メチル、
メトキシ又はハロゲンで置換されたフェノキシ;ベンジ
ルオキシ;メチル、メトキシ又はハロゲンで置換された
ベンジルオキシ;R17−SO2 −(式中、R17はC1
12アルキル、C5−C6 シクロアルキル、フェニル、
1 −C12アルキル又はハロゲンで置換されたフェニ
ル、ベンジル又はC1 −C12アルキル若しくはハロゲン
で置換されたベンジル);非置換又は直鎖若しくは分岐
状の、C1 −C6 アルキル若しくはC1−C6 ハロアル
キル、ハロゲン、C1 −C6 アルコキシ、C1 −C6
ルキルチオ、ニトロ及びシアノよりなる群から選ばれた
一つ又は一つ以上の基で置換された,C1 −C12アルコ
キシアセチル又はフェノキシアセチルである。
【0031】C1 −C8 アルキルの代表例は、メチル、
エチル、n−及びイソプロピル、n−、iso−及びt
ert−ブチルであり;単環のC7 −C12アラルキルの
代表例は、ベンジル、メチルベンジル及びジメチルベン
ジルであり;単環又は双環のC7 −C12アラルコキシの
代表例は、メトキシベンジル及びジメトキシベンジルで
あり;単環又は双環のC7 −C12ハロアルキルの例はブ
ロモベンジルであり;置換したジフェニルメチルの代表
例は、ジ(メチルフェニル)メチル、ジ(ジメチルフェ
ニル)メチル、ジ(メトキシフェニル)メチル及びジ
(ジメトキシフェニル)メチルであり;置換したトリフ
ェニルメチルの代表例は、トリ(メチルフェニル)メチ
ル、トリ(ジメチルフェニル)メチル、トリ(メトキシ
フェニル)メチル、トリ(ジメトキシフェニル)メチ
ル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル及びト
リス−p−tert−ブチルフェニルメチルであり;シ
リル基の代表例は、トリフェニルシリル、トリメチルシ
リル、トリエチルシリル、トリ−n−プロピルシリル、
イソプロピルジメチルシリル、tert−ブチルジメチ
ルシリル、tert−ブチルジフェニルシリル、n−オ
クチルジメチルシリル、(1,1,2,2−テトラメチ
ルエチル)ジメチルシリルであり;R−C(O)−基の
例は、アセチル、トリフルオロアセチル、プロパノイ
ル、ブタノイル、ペンタノイル、ヘキサノイル、ベンゾ
イル、メチルベンゾイル、メトキシベンゾイル、クロロ
ベンゾイル、ブロモベンゾイル、メトキシ−又はエトキ
シカルボニル、n−又はイソプロポキシカルボニル又は
n−、iso−又はtert−ブトキシカルボニル又は
フェノキシカルボニル、ベンジルオキシカルボニル、メ
チル−又はメトキシ−又はクロロフェノキシカルボニル
又はクロロベンジルオキシカルボニル又は9−フルオレ
ニルメトキシカルボニルであり;R17−SO2 −基の例
は、メチルフェニルスルホニル、エチルフェニルスルホ
ニル、プロピルフェニルスルホニル、ブチルフェニルス
ルホニル、フェニルフェニルスルホニル、ベンジルフェ
ニルスルホニル、p−ブロモフェニルスルホニル、p−
メトキシフェニルスルホニル及びp−メチルフェニルス
ルホニルであり;そしてアルコキシアセチル及びフェノ
キシアセチルの代表例は、メトキシアセチル、エトキシ
アセチル、フェノキシアセチル、(p−メチルフェノキ
シ)アセチル、(p−tert−ブチルフェノキシ)ア
セチルである。アミジンの保護基は、また、核酸塩基に
頻用されるものである。
【0032】ヌクレオシド及びオリゴヌクレオシドは、
結合基により固体担体に共有結合的に結合され得る。適
切な担体は、代表的にはシリカゲル、調整多孔質ガラ
ス、ポリスチレン、ポリアクリルアミド、ポリウレタン
類、ポリオレフィン類、メラミン、ポリアミド類、ポリ
エステル類、ポリエーテル類、ポリアルコール類、シク
ロデキストリン、セルロース及びエーテル化又はアシル
化されたセルロース誘導体類、グリコーゲン、澱粉、キ
チン及びキトサンである。担体を選択することにより、
結合基はジカルボン酸類、ジウレタン類又はアルコキシ
シリルウレタン類から誘導することができる。
【0033】本発明の方法は、追加の溶媒の存在で行な
うことができる。追加の溶媒がない場合、新規な方法に
用いられるアルコール、ポリオール又は重合体ポリオー
ルは、液体である限り、溶媒である。適切な追加の溶媒
は、反応バッチにおいて、アルコール、ポリオール又は
重合体ポリオールと競合しない溶媒である。これらの溶
媒は、単独又は少なくとも二つの溶媒の混合物として用
いることができる。ポリオール類の場合、ポリオールの
膨潤によってアルコール基をこの方法に利用できるよう
にする溶媒又は可溶化剤を用いることも可能である。こ
のような溶媒の代表例は、エーテル類、ハロゲン化炭化
水素類、カルボキサミド類、ラクタム類、スルホキシド
類、スルホン類、芳香族炭化水素類、ニトリル類、脂肪
族及び脂環式炭化水素類、好適にはエーテル類、ハロゲ
ン化炭化水素類、ニトリル類、カルボキサミド類及びラ
クタム類よりなる群から選ばれる溶媒である。本発明の
範囲内での可溶化剤は、好都合には、塩類、例えば酢酸
アンモニウム及び炭酸水素アンモニウムである。
【0034】特に適切なエーテル類は、ジブチルエーテ
ル、テトラヒドロフラン、ジオキサン、エチレングリコ
ールジエチル及びジメチルエーテル、ジエチレングリコ
ールジメチルエーテル、ジエチレングリコールジエチル
エーテル又はトリエチレングリコールジメチルエーテ
ル、好適にはテトラヒドロフラン、メチル−tert−
ブチルエーテル、ジブチルエーテル、ジイソプロピルエ
ーテル又はジオキサンである。特に適切なハロゲン化炭
化水素類は、ジクロロメタン、クロロホルム、1,2−
ジクロロエタン、1,1,1−トリクロロエタン及び
1,1,2,2−テトラクロロエタンである
【0035】有用なアミド類はN−アルキル化又はN−
ジアルキル化アミド類である。代表例は、N,N−ジメ
チルホルムアミド、N,N−ジエチルホルムアミド、
N,N−ジメチルアセトアミド、テトラメチル尿素及び
ヘキサメチルホスホルトリアミドである。
【0036】好適なラクタム類は、γ−ブチロラクタ
ム、ε−カプロラクタム、N−メチルピロリドン、N−
アセチルピロリドン及びN−メチルカプロラクタムより
なる群から選ばれるラクタムである。
【0037】本発明の範囲内でさらに適切な溶媒は、ジ
メチルスルホキシド、ジメチルスルホン、ジエチルスル
ホン、トリメチレンスルホン、テトラメチレンスルホ
ン、ベンゼン、置換したベンゼン、好適にはクロロベン
ゼン、o−ジクロロベンゼン、1,2,4−トリクロロ
ベンゼン、ニトロベンゼン、トルエン及びキシレン、ア
セトニトリル、プロピオニトリル、ベンゾニトリル、フ
ェニルアセトニトリル、ペンタン、石油エーテル、ヘキ
サン、シクロヘキサン及びメチルシクロヘキサンであ
る。
【0038】本発明の方法で用いられる脂肪族、脂環
式、芳香−脂肪族又は芳香族アルコール、ポリオール又
は重合体ポリオールは、以下においてアクセプターに属
するものとする。
【0039】1ないし20個、好適には1ないし12
個、最も好適には1ないし6個の炭素原子を有するアル
カノール、代表的にはメタノール、エタノール、n−及
びイソプロパノール、n−、iso−及びtert−ブ
タノール、ペンタノール、ヘキサノール、エチレングリ
コール、ジエチレングリコールモノメチル及びモノエチ
ルエーテルよりなる群からの例を用いるのが好都合であ
る。本発明の方法に用いられるアルコール類の好ましい
下位の群は、C1 −C4 アルカノール類を含む。メタノ
ールを用いるのが特に好ましい。
【0040】5ないし12個、好適には5ないし8個の
環員炭素原子を有する、アルキル置換のシクロアルカノ
ール、代表的にはシクロペンタノール、シクロヘキサノ
ール、メチルシクロヘキサノール、シクロヘプタノール
及びシクロオクタノールよりなる群から選ばれたものも
また適している。
【0041】さらに適切なアクセプターの例は、7ない
し30個、好適には7ないし20個の炭素原子を有する
芳香−脂肪族アルコール類、好適には非置換又はアルキ
ル−若しくはアルコキシ置換のベンジルアルコール及び
β−フェニルエタノールよりなる群から好適に選ばれた
もの;6ないし30個、好適には6ないし12個の炭素
原子を有する芳香族アルコール、好適にはフェノール及
び非置換又はアルキル−若しくはアルコキシ置換のナフ
トールよりなる群から好適に選ばれたもの;2ないし2
0個の炭素原子を有するポリオール類、好適にはエチレ
ングリコール、プロピレングリコール、ブタンジオー
ル、ペンタンジオール、ヘキサンジオール、シクロヘキ
サンジオール、ジヒドロキシメチルシクロヘキサン、ジ
エチレングリコール、トリエチレングリコール、ポリエ
チレングリコール、トリメチロールプロパン、ペンタエ
リトリトール、ジペンタエリトリトール、グリセロール
及び糖類よりなる群から好適に選ばれたもの;重合体ポ
リオール、好適にはポリビニルアルコール、多糖類並び
にポリアクリラート類及びポリメタクリラート類よりな
る群から選ばれたものである。アルキル及びアルコキシ
置換基は、好適に1ないし4個の炭素原子を有する。
【0042】本発明の範囲内で、糖類のアクセプター
は、代表的には単、二、三、四及び五糖類のような単糖
及びオリゴ糖を意味するものと解されるべきである。本
発明の好適な実施態様において、単糖及びオリゴ糖はア
ルドース類又はケトース類である。本発明の特に好適な
実施態様において、単糖類はアルドペントース類、アル
ドヘキソース類、ケトペントース類又はケトヘキソース
類である。
【0043】アルドペントースは、代表的にはD−リボ
ース、D−アラビノース、D−キシロース又はD−リキ
ソースであり;アルドヘキソースは、代表的にはD−ア
ロース、D−アルトロース、D−グルコース、D−マン
ノース、D−グロース、D−イドース、D−ガラクトー
ス又はD−タロースであり;ケトペントースは、代表的
にはD−リブロース又はD−キシルロースであり;ケト
ヘキソースは、代表的にはD−プシコース、D−フルク
トース、D−ソルボース又はD−タガトースである。
【0044】二糖類は、代表的にはトレハロース、マル
トース、イソマルトース、セロビオース、ゲンチビオー
ス、サッカロース又はラクトースである。
【0045】三糖類は、代表的にはラフィノースであ
る。
【0046】多糖類は、代表的にはセルロース、澱粉、
デキストラン、グリコーゲン、フラクタン類、イヌリ
ン、マンナン類、キシラン類及びアラビナン類である。
【0047】本発明の実施において用いられる無機塩基
は、好適には塩基性の金属酸化物、重金属酸化物及び水
酸化物よりなる群から選択される塩基であり、好適には
SiO2 又は塩基性アルミナである。
【0048】さらに適切な無機塩基は、エステル交換反
応が求核性触媒の条件下で行なわれ、緩衝系の組成物で
あってよい塩基である。好適には、無機塩基は、アルコ
ール類又は反応混合物に可溶な、金属若しくはアンモニ
ウムのフッ化物又は金属若しくはアンモニウムのアルド
キシマート、ケトキシマート、ヒドロキソマート、スル
ファート、ホスファート、ホスホナート、ピロホスファ
ート、スルファマート、ニトライト、ニトラート及びス
ルホナートであり、金属は好適にはアルカリ金属イオ
ン、例えばNa+ 、Li+ 、K+ 、Rb+ 及びCs+
ある。金属の、アルドキシマート、ケトキシマート、ヒ
ドロキソマート、スルファマート、スルホナート及びホ
スホナートは、水素原子、C1 −C6 アルキル基あるい
は非置換又はハロゲン、C1 −C4 アルキル、C1 −C
4 アルコキシ、シアノ若しくはニトロで置換されたフェ
ニル基を有していてもよい。フッ化アンモニウムは、好
適にはフッ化テトラ(C1 −C6 アルキル)アンモニウ
ム、代表的にはフッ化テトラ(n−ブチル)アンモニウ
ム・HFである。別な例は、CsF、KF、CH3 −C
(O)−NH−O- 及びMg(CF3 CO)2 である。
特にこれらの求核性塩基を、有機窒素塩基と一緒に、好
都合には触媒量で用いることが有利であることが分っ
た。
【0049】特に有用な有機の窒素塩基は、芳香族アミ
ン、芳香族のN−複素環及びN−C1 −C4 アルキルモ
ルホリンよりなる群から選ばれる塩基である。代表的な
例は、イミダゾール、ピリジン、N−メチルモルホリ
ン、アニリン及びo−ジアミノベンゼン並びにポリビニ
ルピリジンである。
【0050】本発明の方法に用いられる塩基の量は、触
媒量ないし大量、代表的には当量又は過剰量までの範囲
である。本発明の範囲内での触媒量は、ヌクレオシド又
はヌクレオチド1モルに基づいて、0.01ないし20
モル%、好都合には0.1ないし10モル%、好適には
0.1ないし5モル%の範囲である。
【0051】本発明の方法で、式(I)の基のモル当量
当りアクセプターの水酸基の100モル当量以上100
0モル当量又はそれ以上の過剰量までを用いるのが好ま
しい。
【0052】新規な方法は、ヌクレオシド又はヌクレオ
チドの1モルに基づいて、0.01ないし20モル%、
好都合には0.1ないし10モル%、好適には0.1な
いし5モル%のルイス酸をさらに使用することによって
実質的に促進させることができる。得られる高い反応速
度は、相当な利点である。適切に用いられてよいルイス
酸は、金属塩(LiCl)、ホウ酸塩又は有機金属錯体
である。この新規な方法において、有機窒素塩基、求核
性無機塩基及びルイス酸の併用は、高い選択性が得られ
るので特に有利である。
【0053】反応は、好都合には、−20℃ないし+5
5℃、好適には15℃ないし35℃の温度範囲、最も好
適には室温で行なわれる。
【0054】反応は、好都合には、アルコールと塩基の
溶液又は混合物に、式(I)、(Ia)及び(Ib)の
基を有するヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを加
え、そして反応を終結させることによって行なわれる。
所望の化合物を単離するには、不溶の組成物があれば濾
過して除き、次いで溶媒を除去する。残渣は結晶化又は
クロマトグラフィーのような常法により精製することが
できる。新規な方法の特に有利な実施態様において、オ
リゴヌクレオチド合成からの排溶液は、大過剰に用いら
れたヌクレオチド組成物を回収するためにアルコールと
塩基の溶液又は混合物に直接加えられる。この方法で、
式(I)、(Ia)又は(Ib)の基を有する化合物を
含む排溶液は、反応溶液又は反応混合物に戻されるの
で、反応の開始時には非常に大過剰の塩基が存在し、上
記の排溶液の酸組成物を中和することができる。反応の
過程で塩基の濃度は減少する、そして必要な場合には補
充することができる。これらの酸組成物は、好適には亜
リン酸トリエステル法によるヌクレオチド縮合に有効な
テトラゾール又はその他の酸類であってよい。
【0055】反応混合物の後処理のため、生成した亜リ
ン酸エステル類は、通常の酸化剤、例えばI2 /H2
/ピリジン又はS8 /ピリジンで処理することができ、
相当するリン酸エステル又はチオリン酸エステルを生成
する。反応溶液を蒸留すると、逆反応はもはや起こるこ
となく、所望の生成物の単離には、クロマトグラフ法を
行なわず抽出法が有効なことが多い。
【0056】クエン酸緩衝溶液(pH約3〜4)で抽出
して有機窒素塩基、例えばイミダゾールを除去するのが
有利であることが分った。水性媒体で後処理する場合、
ほとんど完全な分離及び良好な相分離が行なわれる。
【0057】新規な方法の特定の実施態様において、ヌ
クレオシド又はオリゴヌクレオチドが固体担体に結合
し、H−ホスホナート又はH−ホスフィナート基を含
み、有機窒素塩基の存在下に反応する場合、シアノエタ
ノールがアクセプターとして用いられる。この反応の実
施態様において、弱塩基性のイオン交換ポリマーと不可
逆的に反応するビスシアノエチルホスファイト又はシア
ノエチルメチルホスフィナートが生成する。得られたリ
ン化合物は塩を形成してイオン交換体に結合し、同時
に、生成したアクリロニトリルはイオン交換体に保持さ
れる。この方法の実施態様において、エステル交換反応
に際しての逆反応は避けられ、特に大過剰のアクセプタ
ーの使用を避けることができる。
【0058】
【実施例】以下の実施例により、本発明をさらに詳細に
説明する。実施例2、5及び7で用いた溶離溶液は次の
ようにして得た:固相のオリゴヌクレオチド合成反応器
からの排溶液は、ガオらの方法(Gao, H.,Gaffney, B.
L., Jones, R. A., Tetrahedron Lett., 1991)に準じ
て集めた。反応器から出た後、ヌクレオシドによって分
離された排溶液を、メタノール/アセトニトリル(2:
1)溶液50mlに直接加えた。
【0059】実施例1: ジメトキシトリチルチミジン−3´−イル−β−シアノ
エチルホスホロジイソプロピルアミダイトから5´−ジ
メトキシトリチルチミジンの製造 アセトニトリル4mlに溶解したジメトキシトリチルチミ
ジン−3´−イル−β−シアノエチルホスホロジイソプ
ロピルアミダイト360mg(0.48mmol)の溶液に、
テトラゾール270mg(3.86mmol)と水9μl
(0.5mmol)を加えた。5分後、ホスホロアミダイト
の加水分解は終了し、5´−ジメトキシトリチルチミジ
ン−3´−シアノエチルヒドロゲンホスホナートを得
た。この溶液にメタノール4mlとイミダゾール350mg
を加え、24時間後、反応溶液を減圧下に蒸留して濃縮
し、得られた白黄色の固体をジクロロメタン50mlに
とった。水50ml及び炭酸水素ナトリウム水溶液50
mlで抽出した後、有機相を硫酸ナトリウムで乾燥した。
塩及び残存しているイミダゾールを濾別した。濾液を蒸
留して濃縮し、粗生成物をフラッシュクロマトグラフィ
ー(Still, W. C., Kahn,M., Mitra, A., J. Org. Che
m. 43:2923, 1978)により分離した。生成物の画分を併
せ、濃縮し、ジクロロメタン50mlにとり、1M 炭酸水
素トリエチルアンモニウム溶液50mlで抽出した。有機
相を硫酸ナトリウムで乾燥した。塩を濾別し、濾液を減
圧下に1mlの容量まで濃縮した。濃縮した生成物の溶液
を、室温でn−ペンタン50mlに加えて沈殿させた。n
−ペンタン200mlを加え、−20℃に冷却して沈殿を
完結させた。沈殿物を濾過により捕集し、n−ペンタン
50mlで洗浄し、P410/KOH上で真空乾燥した。
5´−ジメトキシトリチルチミジン431mg(82.5
%)を固体として得た。。
【0060】実施例2: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液から5´−ジメ
トキシトリチルチミジンの製造 DNA合成の過程で反応器中に生成した5´−ジメトキ
トリチルチミジン−3´−イル−β−シアノエチルホス
ホナート0.24mmolを含む排溶液100mlを、イミダ
ゾール1gを含むメタノール溶液50ml中に加えた。反
応終了後、反応溶液を減圧下に濃縮乾燥し、得られた白
黄色固体をジクロロメタン100mlにとった。NaH2
PO4 /NaHPO4 の1M 溶液(pH5.5)100
mlで三回抽出した後、水層を併せ、ジクロロメタン50
mlで抽出した。有機相を併せ、次いで炭酸水素ナトリウ
ム飽和水溶液100mlで二回抽出した。炭酸水素ナトリ
ウム相をジクロロメタン50mlで抽出し、すべての有機
相を併せ、硫酸ナトリウムで乾燥した。つづく再結晶は
ベンゼン5mlを用い−20℃に冷却して行った。次い
で、n−ヘキサン50mlを加え、−20℃で20時間結
晶化を続けた。沈澱物を濾取し、n−ヘキサン50mlで
洗浄し、P410/KOH上で真空乾燥した。5´−ジ
メトキシトリチルチミジン131mg(合成器中のヌクレ
オチド間カップリング100%の乾燥固体の99%)を
得た。
【0061】実施例3: N2 −イソブチリル−5´−ジメトキシトリチル−2´
−デオキシグアノシン−3´−イル−β−シアノエチル
ホスホロジイソプロピルアミダイトからN2 −イソブチ
リル−5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシグア
ノシンの製造 アセトニトリル8mlに溶解したN2 −イソブチリル−5
´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシグアノシン−
3´−イル−β−シアノエチルホスホロジイソプロピル
アミダイト839mg(1mmol)の溶液に、テトラゾール
350mg(5mmol)と水18μ l(1mmol)を加えた。
5分後、ホスホロアミダイトの加水分解は終了し、5´
−ジメトキシトリチルグアノシン−3´−イル−シアノ
エチルヒドロゲンホスホナートを得た。この溶液にメタ
ノール4mlとイミダゾール350mgを加えた。24時間
後、反応溶液を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた白黄
色の固体をジクロロメタン50mlにとった。水50ml及
び炭酸水素ナトリウム水溶液50mlで抽出した後、有機
相を硫酸ナトリウムで乾燥した。塩及び残存しているイ
ミダゾールを濾別し、濾液を蒸留して濃縮し、粗生成物
をフラッシュクロマトグラフィーに付して分離した。生
成物の画分を併せ、濃縮した。濃縮物をジクロロメタン
50mlにとり、炭酸水素トリエチルアンモニウムの1M
溶液50mlで抽出した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥
した。塩を濾別し、濾液を減圧下に1mlの容量まで濃縮
した。濃縮した生成物の溶液を、室温でn−ペンタン5
0mlに加えて沈殿させた。さらにn−ペンタン450ml
を加え、−20℃に冷却して沈殿を完結させた。沈殿物
を濾取し、n−ペンタン100mlで洗浄し、P410
KOH上で真空乾燥した。N2 −イソブチリル−5´−
ジメトキシトリチル−2´−デオキシグアノシン577
mg(乾燥固体の90.3%)を得た。
【0062】実施例4: N6 −ベンゾイル−5´−ジメトキシトリチル−2´−
デオキシアデノシン−3´−イル−β−シアノエチルホ
スホロジイソプロピルアミダイトからN6 −ベンゾイル
−5´−デオキシアデノシンの製造 アセトニトリル8mlに溶解したN6 −ベンゾイル−5´
−ジメトキシトリチル−2´−デオキシアデノシン−3
´−イル−β−シアノエチルホスホロジイソプロピルア
ミダイト857mg(1mmol)の溶液に、テトラゾール3
50mg(5mmol)と水18μ l(1mmol)を加えた。5
分後、ホスホロアミダイトの加水分解は終了し、5´−
ジメトキシトリチルアデノシン−3´−シアノエチルヒ
ドロゲンホスホナートを得た。この溶液にメタノール4
mlとイミダゾール350mgを加え、24時間後、反応溶
液を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた白黄色の固体を
ジクロロメタン50mlにとった。水50ml及び炭酸水素
ナトリウム水溶液50mlで抽出した後、有機相を硫酸ナ
トリウムで乾燥した。塩及び残存しているイミダゾール
を濾別し、濾液を蒸留して濃縮し粗生成物をフラッシュ
クロマトグラフィーに付して分離した。生成物の画分を
併せ、濃縮した。濃縮物をジクロロメタン50mlにと
り、炭酸水素トリエチルアンモニウムの1M 溶液50ml
で抽出した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥した。塩を
濾別し、濾液を減圧下に1mlの量まで濃縮した。濃縮し
た生成物の溶液を、室温でn−ペンタン50mlに加えて
沈殿させた。さらにn−ペンタン450mlを加え、次い
で−20℃に冷却して沈殿を完結させた。沈殿物を濾取
し、n−ペンタン100mlで洗浄し、P410/KOH
上で真空乾燥した。N6 −ベンゾイル−5´−ジメトキ
シトリチル−2´−デオキシアデノシン562mg(乾燥
固体の85.5%)を得た。
【0063】実施例5: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液のN6 −ベンゾ
イル−5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシアデ
ノシンからN6 −ベンゾイル−5´−ジメトキシトリチ
ル−2´−デオキシアデノシンの製造 DNA合成の過程で反応器中に生成したN6 −ベンゾイ
ル−5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシアデノ
シン−3´−イル−β−シアノエチルホスホナート0.
82mmolを含む排溶液300mlを、イミダゾール1gを
含むメタノール溶液50mlに加えた。反応終了後、反応
溶液を減圧下に濃縮乾燥し、得られた白黄色の固体をジ
クロロメタン100mlにとった。NaH2 PO4 /Na
HPO4の1M 溶液(pH5.5)100mlで三回抽出
後、水相を併せ、ジクロロメタン50mlで抽出した。有
機相を併せ、次いで炭酸水素ナトリウム飽和水溶液10
0mlで二回抽出した。炭酸水素ナトリウム層をジクロロ
メタン50mlで抽出し、すべての有機相を併せた。併せ
た有機相を硫酸ナトリウムで乾燥し、濾液を蒸留して濃
縮し、粗生成物をフラッシュクロマトグラフィーに付し
て分離した。生成物の画分を併せ、濃縮した。濃縮物を
ジクロロメタン50mlにとり、炭酸水素トリメチルアン
モニウムの1M 溶液50mlで抽出した。有機相を硫酸ナ
トリウムで乾燥した。塩を濾別し、減圧下に1mlの容量
まで濃縮した。濃縮した生成物溶液を、室温でn−ペン
タン50mlに加えて沈澱させた。n−ペンタン200ml
を加えて、次いで−20℃に冷却して沈澱を完結させ
た。沈澱物を濾取し、n−ペンタン50mlで洗浄し、P
410/KOH上で真空乾燥した。N6 −ベンゾイル−
5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシアデノシン
380mg(合成器内のヌクレオチドカップリング化合物
の乾燥固体の75.5%)を得た。
【0064】実施例6: N4 −ベンゾイル−5´−ジメトキシトリチル−2´−
デオキシシチジン−3´−イル−β−シアノエチルホス
ホロジイソプロピルアミダイトからN4 −ベンゾイル−
5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシシチジンの
製造 アセトニトリル8mlにとったN4 −ベンゾイル−5´−
ジメトキシトリチル−2´−デオキシシチジン−3´−
イル−β−シアノエチルホスホロジイソプロピルアミダ
イト833mg(1mmol)の溶液に、テトラゾール350
mg(5mmol)と水18μl (1mmol)を加えた。5分
後、ホスホロアミダイトの加水分解は終了し 、5´−
ジメトキシトリチルシチジン−3´−イル−シアノエチ
ルヒドロゲンホスホナートを得た。この溶液にメタノー
ル4mlとイミダゾール350mgを加えた。24時間後、
反応溶液を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた白黄色の
固体をジクロロメタン50mlにとった。水50ml及び炭
酸水素ナトリウム水溶液50mlで抽出した後、有機相を
硫酸ナトリウムで乾燥した。塩及び残存しているイミダ
ゾールを濾別した。濾液を蒸留して濃縮し、粗生成物を
フラッシュクロマトグラフィーに付して分離した。生成
物の画分を併せ、濃縮した。濃縮物をジクロロメタン5
0mlにとり、炭酸水素トリエチルアンモニウムの1M 溶
液50mlで抽出した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥し
た。塩を濾別し、濾液を1mlの容量まで減圧下に濃縮し
た。濃縮した生成物の溶液を、室温でn−ペンタン50
mlに加えて沈殿させた。さらにn−ペンタン450mlを
加え、−20℃に冷却して沈殿を完結させた。沈殿物を
濾取し、n−ペンタン100mlで洗浄し、P410/K
OH上で真空乾燥した。N4 −ベンゾイル−5´−ジメ
トキシトリチル−2´−デオキシシチジン527mg(乾
燥固体の83.2%)を得た。
【0065】実施例7: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液からN4 −ベン
ゾイル−5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシシ
チジンの製造 DNA合成の過程で反応器中に生成したN4 −ベンゾイ
ル−5´−ジメトキシトリチル−2´−デオキシシチジ
ン−3´−イル−β−シアノエチルホスホナート0.2
7mmolを含む排溶液100mlをイミダゾール1gを含む
メタノール溶液50ml中に加えた。反応終了後、反応溶
液を減圧下に濃縮乾燥し、得られた白黄色の固体をジク
ロロメタン100mlに加えた。NaH2 PO4 /NaH
PO4 の1M 溶液(pH5.5)100mlで三回抽出
後、水相を併せ、ジクロロメタン50mlで抽出した。有
機相を併せ、次いで炭酸水素ナトリウム飽和水溶液10
0mlで二回抽出した。炭酸水素ナトリウム相をジクロロ
メタン50mlで抽出し、すべての有機相を併せた。併せ
た有機相を硫酸ナトリウムで乾燥し、蒸留して濃縮し、
粗生成物をフラッシュクロマトグラフィーに付して分離
した。生成物の画分を併せ、濃縮した。濃縮物をジクロ
ロメタン50mlにとり、炭酸水素トリメチルアンモニウ
ムの1M 溶液50mlで抽出した。有機相を硫酸ナトリウ
ムで乾燥した。塩を濾別し、濾液を1mlの容量まで減圧
下に濃縮した。濃縮した生成物溶液を、室温でn−ペン
タン50mlに加えて沈澱させた。n−ペンタン200ml
を加え、次いで−20℃に冷却して沈澱を完結させた。
沈澱物を濾取し、n−ペンタン50mlで洗浄し、P4
10/KOH上で真空乾燥した。N4 −ベンゾイル−5´
−ジメトキシトリチル−2´−デオキシシチジン163
mg(合成器内のヌクレオチドカップリング化合物の乾燥
固体の91.5%)を得た。
【0066】実施例8: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液からN−メチル
−N−(5´−ジメトキシトリチル−3´−デオキシチ
ミジン−3´−イル)−(5´−デオキシチミジン−5
´−イル)アセトアミドの製造 DNA合成の過程で反応器中に形成されたN−メチル−
N−(5´−ジメトキシトリチル−3´−デオキシチミ
ジン−3´−イル)−(3´−シアノエチル−H−ホス
ホニル−5´−デオキシチミジン−5´−イル)アセト
アミド160mgを含む排溶液5mlを、イミダゾール1g
のメタノール溶液50mlに加えた。反応を20〜25℃
で3日間行った。反応混合物を水5mlで希釈した。次い
で、この反応混合物にヨウ素30g、水20ml、ピリジ
ン200ml及びテトラヒドロフラン750mlの溶液を、
褐色のヨウ素の色が少なくとも5分間残っているような
量まで加えた。次いで、反応混合物を減圧下に蒸留して
濃縮し、得られた黄色固体を40%NaHCO3 水溶液
100ml及び酢酸エチル50mlよりなる乳濁液にとっ
た。水相を分離し、有機相を炭酸水素ナトリウム水溶液
50mlで二回抽出した。水相を併せ、もう一度酢酸エチ
ル10mlで抽出した。有機相を併せ、MgSO4 の1M
水溶液50mlで二回抽出し、無水硫酸ナトリウム2gで
乾燥した。塩を濾別し、濾液を減圧下で濃縮乾固した。
固体をCHCl3 /メタノール(9:1)5mlにとり、
この溶液をシリカゲルカラムクロマトグラフィーに付し
た。生成物の画分を併せ、高真空で乾燥した。N−メチ
ル−N−(5´−ジメトキシトリチル−3´−デオキシ
チミジン−3´−イル)−(5´−デオキシチミジン−
5´−イル)アセトアミドを、無色の泡状物として40
mg(理論量の31%)の収量で得た。
【0067】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[ppm]): 8.8(2
s, NH); 7.7(s, 1H, H6); 7.45-7.2(DMTr); 7.09(s, 1
H, H6); 6.82(2m, 4H, DMTr): 6.33(t, 1H, 1'); 6.15
(t, 1H, 1'); 5.26, 4.95(m, 1H, NRCH3の 3',2個の回
転異性体 3:1); 4.25-4(m, 2H); 3.75(s, 6H, DMTr);
3.63, 3.4, 3.25(3m, 4H); 2.9, 2.85(2s, 3H, NRCH3
のCH3,2個の回転異性体 3:1); 2.65-2(m); 1.88(2H);
1.8(1H, 2s, CH3 5, 2個の回転異性体 3:1); 1.5(1H);
1.45(2H, 2s, CH3 5,2個の回転異性体 1:3).
【0068】実施例9: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液から5´−ジメ
トキシトリチル−N6 −ピバロイル−2´−[1−(2
−フルオロフェニル)−4−メトキシピペリジン−4−
イル]アデノシンの製造 DNA合成の過程で反応器中に形成された(5´−ジメ
トキシトリチル−N6−ピバロイル−2´−[1−(2
−フルオロフェニル)−4−メトキシピペリジン−4−
イル]アデノシン−3´−イル)−3´−シアノエチル
−H−ホスホナート160mgを含む排溶液5mlを、イミ
ダゾール1gのメタノール溶液50mlに加えた。反応を
20〜25℃で3日間行った。反応混合物を水5mlで希
釈した。次いで、この反応混合物にヨウ素30g、水2
0ml、ピリジン200ml及びテトラヒドロフラン750
mlの溶液を、褐色のヨウ素の色が少なくとも5分間残っ
ているような量まで加えた。次いで、反応混合物を減圧
下に蒸留して濃縮し、得られた黄色固体を40%NaH
CO3 水溶液100ml及び酢酸エチル50mlよりなる乳
濁液にとった。水相を分離し、有機相を炭酸水素ナトリ
ウム水溶液50mlで二回抽出した。水相を併せ、もう一
度酢酸エチル10mlで抽出した。有機相を併せ、MgS
4 の1M 水溶液50mlで二回抽出し、無水硫酸ナトリ
ウム2gで乾燥した。塩を濾別し、濾液を減圧下で濃縮
乾固し、粗生成物320mgを得た。固体をCHCl3
メタノール(9:1)5mlにとり、この溶液をシリカゲ
ルカラムクロマトグラフィーに付した。生成物の画分を
併せ、高真空で乾燥した。生成物の5´−ジメトキシト
リチル−N6 −ピバロイル−2´−[1−(2−フルオ
ロフェニル)−4−メトキシピペリジン−4−イル]ア
デノシンは黄色の油状物として沈澱し、223mg(理論
量の58%)の収量であった。
【0069】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[ppm]): 8.69
(s, 1H, adenine); 8.48(s, 1H,アデニン); 8.2(s, 1H,
アデニン); 7.5-7.2(m, 9H, DMTr); 7.12-6.88(m, 4H,
2-フルオロフェニル); 6.83(2m, 2H, DMTr); 6.25(d, 1
H, 1'); 5.35(m); 4.43(m, 1H); 4.3(m, 1H); 3.76(s,
6H); 3.5, 3.38(2m, 2H, 5'); 3.15(m, 1H, Fpmp); 2.
96(m, 2H, Fpmp); 2.78(s, 3H,Fpmpの CH3, m, 1H, Fpm
p); 2.15-1.75(m,4H, Fpmp); 1.4(9H).
【0070】実施例10: 5´−ジメトキシトリチル−2´−[1−(2−フルオ
ロフェニル)−4−メトキシピペリジン−4−イル]ウ
リジン−3´−イル−シアノエチルホスホロジイソプロ
ピルアミダイトの加水分解液から5´−ジメトキシトリ
チル−2´−[1−(2−フルオロフェニル)−4−メ
トキシピペリジン−4−イル]ウリジンの製造;メタノ
ール及びKFとのエステル交換反応、I2 アクセプター
ではなく抑止溶液としてI2 /H2 Oを後処理において
使用 アセトニトリルに溶解した5´−ジメトキシトリチル−
2´−[1−(2−フルオロフェニル)−4−メトキシ
ピペリジン−4−イル]ウリジン−3´−イル−シアノ
エチル−H−ホスホナート0.138mmol及びテトラゾ
ール0.694mmolの溶液10mlを、KFの0.1M メ
タノール溶液50mlに加えた。反応は、20〜25℃で
2日間で終了した。反応混合物を水5mlで希釈した。次
いで、この反応混合物にヨウ素30g、水20ml、ピリ
ジン200ml及びテトラヒドロフラン750mlの溶液
を、褐色のヨウ素の色が少なくとも5分間残っているよ
うな量まで加えた。次いで、反応混合物を減圧下に蒸留
して濃縮し、得られた黄色固体を水50mlと酢酸エチル
50mlよりなる乳濁液にとった。有機相を併せ、水50
mlで四回抽出した。水相を併せ、酢酸エチル10mlでも
う一度抽出した。有機相を併せ、NaCl飽和溶液50
mlで抽出し、無水硫酸ナトリウム2gで乾燥した。塩を
濾別して濾液を濃縮した。得られた固体物を酢酸エチル
5−10mlにとり、この溶液をn−ペンタン200mlに
ゆっくりと加えた。生成物は白色の無定形沈澱として析
出した。沈澱物を濾過により捕集し、n−ペンタン50
mlで洗浄し、P410/KOH上で24時間真空乾燥
し、5´−ジメトキシトリチル−2´−[1−(2−フ
ルオロフェニル)−4−メトキシピペリジン−4−イ
ル]ウリジンの67.7mg(理論量の75%)を得た。
【0071】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[ppm]): 7.75
(d, 1H, H6); 7.45-7.15(m, 9H,DMTr); 7.1-6.75(m, 4
H, Fpmp, 2m, 4H, DMTr); 6.15(d, 1H, 1'); 5.2(d, 1
H, H5);4.74(m, 1H, 2'); 4.33(m, 1H, 3'); 4.15(m, 1
H, 4'); 3.76(s, 6H,DMTr); 3.38(m, 2H, 5'); 3.12(s,
3H, Fpmpの CH3); 3.2-2.8(m, 4H, Fpmp); 2.15-1.8
(m, 4H).
【0072】実施例11: 5´−ジメトキシトリチル−N4 −ベンゾイル−2´−
[1−(2−フルオロフェニル)−4−メトキシピペリ
ジン−4−イル]シチジン−3´−イル−シアノエチル
ホスホロジイソプロピルアミダイトの加水分解物から5
´−ジメトキシトリチル−N4 −ベンゾイル−2´−
[1−(2−フルオロフェニル)−4−メトキシピペリ
ジン−4−イル]シチジンの製造 アセトニトリルに溶解した5´−ジメトキシトリチル−
4 −ベンゾイル−2´−[1−(2−フルオロフェニ
ル)−4−メトキシピペリジン−4−イル]シチジン−
3´−イル−シアノエチル−H−ホスホナート0.12
9mmol及びテトラゾール0.645mmolの溶液10mlを
KFの0.1M メタノール溶液50mlに加えた。反応は
20〜25℃で2日間で終了した。反応混合物を水5ml
で希釈し、ヨウ素30g、水20ml、ピリジン200ml
とテトラヒドロフラン750mlの溶液を、褐色のヨウ素
に色が少なくとも5分間残っているような量まで加え
た。反応混合物を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた黄
色固体を水50mlと酢酸エチル50mlよりなる乳濁液に
とった。有機相を併せ、水50mlで四回抽出した。水相
を併せ、もう一度酢酸エチル10mlで抽出した。有機相
を併せ、NaCl飽和水溶液10mlで抽出し、無水硫酸
ナトリウム2gで乾燥した。塩を濾別して濾液を濃縮し
た。得られた固体を酢酸エチル5〜10mlにとり、この
溶液をn−ペンタン200mlにゆっくりと加えた。生成
物は白色無晶形沈澱として析出した。この沈澱物を濾取
し、n−ペンタン50mlで洗浄し、P410/KOH上
で24時間真空乾燥して、5´−ジメトキシトリチル−
4 −ベンゾイル−2´−[1−(2−フルオロフェニ
ル)−4−メトキシピペリジン−4−イル]シチジン8
3mg(理論量の80%)を得た。
【0073】1H-NMR(CDCl3,基準=TMS, d[ppm]): 8.28
(d, 1H); 7.82(d, 2H, Bz); 7.6-7.23(m, 14H, Bz, DMT
r, C); 7.03-6.77(d, 4H, DMTr, 2d, 4H, Fpmp); 4.66
(t, 1H, 1'); 4.38(t, 1H, 2'); 4.17(m, 1H, 3'); 3.7
4(s, 6H, DMTr); 3.48(m, 2H, 5'); 3.25-2.85(s, 3H,
Fpmp, m, 4H, Fpmp); 2.18-1.95(m, 4H,Fpmp). 19F-N
MR(CDCl3, 基準=TFA, d[ppm]): -123.5.
【0074】実施例12: 5´−ジメトキシトリチル−N4 −(4−tert−ブ
チルフェノキシアセチル)−2´−デオキシシチジン−
3´−イル−シアノエチルホスホロジイソプロピルアミ
ダイトの加水分解物から5´−ジメトキシトリチル−N
4 −(4−tert−ブチルフェノキシアセチル)−2
´−デオキシシチジンの製造 5´−ジメトキシトリチル−N4 −(4−tert−ブ
チルフェノキシアセチル)−2´−デオキシシチジン−
3´−イル−シアノエチル−H−ホスホナートの加水分
解物からの5´−ジメトキシトリチル−N4 −(4−t
ert−ブチルフェノキシアセチル)−2´−デオキシ
シチジン200mgを含むアセトニトリル溶液4mlを、K
Fの0.2Mメタノール溶液40mlに加えた。脱ホスフ
ィチル化(dephosphitylation) を20〜25℃で4時間
行なった。この反応混合物にピリジン1ml、次いで硫黄
50mg加えた。反応混合物を20〜25℃で60分撹拌
し、濾過し、氷水100mlに加えた。得られた乳濁液を
酢酸エチル30mlで三回抽出した。有機相を併せ、Na
Cl飽和水溶液50mlで抽出し、無水硫酸ナトリウム2
gで乾燥した。塩を濾別して濾液を減圧下に濃縮乾固し
た。この固形物を酢酸エチル10mlにとり、この溶液を
n−ヘキサン300mlにゆっくりと加えた。生成物は白
色の無定形沈澱として析出した。この沈殿物を濾過によ
り捕集し、n−ペンタン50mlで洗浄し、P410/K
OH上で24時間真空乾燥して、5´−ジメトキシトリ
チル−N4 −(4−tert−ブチルフェノキシアセチ
ル)−2´−デオキシシチジン112.8mg(理論量の
72.1%)を得た。
【0075】実施例13: イミダゾールによるエステル交換、抑止剤はI2 /水、
クエン酸緩衝液による後処理:オリゴヌクレオチド合成
反応器の排溶液から5´−ジメトキシトリチル−3´−
(3−N−トリフルオロアセチルアミノプロピル)−2
´−デオキシウリジンの製造 DNA合成の過程で反応容器中に形成された5´−ジメ
トキシトリチル−3´(3−N−トリフルオロアセチル
アミノプロピル)−2´−デオキシウリジン−3´−イ
ル−シアノエチル−H−ホスホナート120mgを含む排
溶液5mlを、メタノール50ml当りイミダゾール1gを
含む溶液80mlに加えた。反応を20〜25℃で3日間
行い、水8mlで希釈した。次いで、この反応溶液に、ヨ
ウ素30g、水20ml、ピリジン200ml及びテトラヒ
ドロフラン750mlよりなる溶液を、褐色のヨウ素の色
が少なくとも5分間残っているような量まで加えた。反
応混合物を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた黄色の固
体をpH3〜4の緩衝液50mlと酢酸エチル40mlより
なる乳濁液にとった。緩衝液は、水1リットル当りNa
OH24g、クエン酸117g及び塩化ナトリウム35
gからなる。イミダゾールを含む水相を分離し、有機相
を緩衝溶液50mlで二回抽出した。次いで、有機相を炭
酸水素ナトリウム飽和水溶液、塩化ナトリウム飽和水溶
液で順次抽出した。有機相を脱水硫酸ナトリウム2gで
乾燥した。塩を濾別し、濾液を濃縮した。得られた固体
を酢酸エチル5〜10mlにとり、この溶液をn−ペンタ
ン250mlにゆっくりと加えた。生成物は白色の無定形
沈澱として析出した。この沈殿物を濾過により捕集し、
n−ペンタン50mlで洗浄し、P410/KOH上で2
4時間真空乾燥して5´−ジメトキシトリチル−3´−
(3−N−トリフルオロアセチルアミノプロピル)−2
´−デオキシウリジン80mg(理論量の86%)を得
た。
【0076】1H-NMR(CDCl3,基準=TMS, d[ppm]): 7.45-
6.9(m, 9H, DMTr); 6.73(2m, 4H, DMTr); 6.48(t, 1H,
1'); 4.56(m, 1H, 3'); 4.04(m, 1H, 4'); 3.7(s, 6H,
DMTr);3.5-3.4(2m); 3.35-3.25(2m, 2H, 5'); 2.97(s,
2H, NH2); 2.47-2.37(m, 1H,2'); 2.35-2.2(m, 1H,
2'); 1.82(m, 1H); 1.6(m, 1H); 1.45-1.15(m, 4H, ア
ミノプロピル).
【0077】実施例14: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液から5´−ジメ
トキシトリチル−3´−(プロピン−1−イル)−2´
−デオキシウリジンの製造 DNA合成の過程で反応器中に形成された5´−ジメト
キシトリチル−3´−(プロピン−1−イル)−2´−
デオキシウリジン−3´−イル−シアノエチル−H−ホ
スホナート250mgを含む排溶液5mlを、メタノール5
0ml当りイミダゾール1gを含む溶液67mlに加えた。
反応を20〜25℃で3日間行い、反応混合物を水8ml
で希釈した。次いで、この反応混合物に、ヨウ素30
g、水20ml、ピリジン200ml及びテトラヒドロフラ
ン750mlよりなる溶液を、褐色のヨウ素の色が少なく
とも5分間残っているような量まで加えた。反応混合物
を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた黄色の固体をpH
3〜4の緩衝液50mlと酢酸エチル40mlよりなる乳濁
液にとった。緩衝液は、水1リットル当りNaOH24
g、クエン酸117g及び塩化ナトリウム35gからな
る。イミダゾールを含む水相を分離し、有機相を緩衝溶
液50mlで二回抽出した。次いで、有機相を炭酸水素ナ
トリウム飽和水溶液、塩化ナトリウム飽和水溶液で順次
抽出した。有機相を無水硫酸ナトリウム2gで乾燥し
た。塩を濾別し、濾液を濃縮した。得られた固体を酢酸
エチル5〜10mlにとり、この溶液をn−ペンタン25
0mlにゆっくりと加えた。生成物は白色の無定形沈澱と
して析出した。この沈殿物を濾過により捕集し、n−ペ
ンタン50mlで洗浄し、P410/KOH上で24時間
真空乾燥して5´−ジメトキシトリチル−3´−(プロ
ピン−1−イル)−2´−デオキシウリジン125mg
(理論量の68%)を得た。
【0078】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[ppm]): 7.95
(s, 1H, NH); 7.4-7.15(10H, DMTr);6.78(2s, 4H, DMT
r); 6.24(t, 1H, 1'); 4.5(m, 3'); 4.06(m, 4'); 3.73
(s, 6H, DMTr); 3.28(m, 2H, 5'); 2.43(m, 1H, 2');
2.22(m, 1H, 2'); 1.61(s, 3H,プロピルのCH3 ).
【0079】実施例15: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液から5´−ジメ
トキシトリチル−3´−(3−トリフルオロアセチルア
ミノプロピン−1−イル)−2´−デオキシウリジンの
製造 DNA合成の過程で反応器中に形成された5´−ジメト
キシトリチル−3´−(3−トリフルオロアセチルアミ
ノプロピン−1−イル)−2´−デオキシウリジン−3
´−イル−シアノエチル−H−ホスホナート250mgを
含む排溶液5mlを、メタノール50ml当りイミダゾール
1gを含む溶液78mlに加えた。反応を20〜25℃で
3日間行い、反応混合物を水7.8mlで希釈した。次い
で、この反応混合物に、ヨウ素30g、水20ml、ピリ
ジン200ml及びテトラヒドロフラン750mlよりなる
溶液を、褐色のヨウ素の色が少なくとも5分間残ってい
るような量まで加えた。反応混合物を減圧下に蒸留して
濃縮し、得られた黄色の固体をpH3〜4の緩衝液50
mlと酢酸エチル40mlよりなる乳濁液にとった。緩衝液
は、水1リットル当りNaOH24g、クエン酸117
g及び塩化ナトリウム35gからなる。イミダゾールを
含む水相を分離し、有機相を緩衝溶液50mlで二回抽出
した。次いで、有機相を炭酸水素ナトリウム飽和水溶
液、塩化ナトリウム飽和水溶液50mlで順次抽出した。
有機相を無水硫酸ナトリウム2gで乾燥した。塩を濾別
し、濾液を濃縮した。得られた固体を酢酸エチル5〜1
0mlにとり、この溶液をn−ペンタン250mlにゆっく
りと加えた。生成物は白色の無定形沈澱として析出し
た。この沈殿物を濾過により捕集し、n−ペンタン50
mlで洗浄し、P410/KOH上で24時間真空乾燥し
て5´−ジメトキシトリチル−3´−(3−トリフルオ
ロアセチルアミノプロピン−1−イル)−2´−デオキ
シウリジン113mg(理論量の73%)を得た。
【0080】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[ppm]): 8.15
(s, 1H, NH); 7.4-7.15(10H, DMTr,H6); 6.26(t, 1H,
1'); 4.53(m, 1H, 3'); 3.97(m, 2H, 5'); 3.73(s, 6H,
DMTr); 3.3(m, 2H, プロピルのCH2 ); 2.48(m, 1H,
2'); 2.25(m, 1H, 2').
【0081】実施例16: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液からN−(5´
−ジメトキシトリチル−3´デオキシチミジン−3´−
イル)−N−プロピル−(3´−デオキシチミジン−5
´−イル)アセトアミドの製造 DNA合成の過程で反応器中に形成されたN−(5´−
ジメトキシトリチル−3´−デオキシチミジン−3´−
イル)−N−プロピル−(3´−デオキシチミジン−3
´−シアノエチル−H−ホスホニル−5´−イル)アセ
トアミド200mgを含む排溶液5mlを、メタノール50
ml当りイミダゾール1gを含む溶液78mlに加えた。反
応を20〜25℃で7日間行い、反応混合物を水20ml
で希釈した。次いで、この反応混合物に、ヨウ素30
g、水20ml、ピリジン200ml及びテトラヒドロフラ
ン750mlよりなる溶液を、褐色のヨウ素の色が少なく
とも5分間残っているような量まで加えた。反応混合物
を減圧下に蒸留して濃縮し、得られた黄色の固体をpH
3〜4の緩衝液50mlと酢酸エチル40mlよりなる乳濁
液にとった。緩衝液は、水1リットル当りNaOH24
g、クエン酸117g及び塩化ナトリウム35gよりな
る。イミダゾールを含む水相を分離し、有機相を緩衝溶
液50mlで二回抽出した。次いで、有機相を炭酸水素ナ
トリウム飽和水溶液、塩化ナトリウム飽和水溶液50ml
で順次抽出した。有機相を無水硫酸ナトリウム2gで乾
燥した。塩を濾別し、濾液を濃縮した。得られた固体を
酢酸エチル5〜10mlにとり、この溶液をn−ペンタン
600mlにゆっくりと加えた。生成物は白色の無定形沈
澱として析出した。この沈殿物を濾取し、n−ペンタン
50mlで洗浄し、P410/KOH上で24時間真空乾
燥してN−(5´−ジメトキシトリチル−3´−デオキ
シチミジン−3´−イル)−N−プロピル−(3´−デ
オキシチミジン−5´−イル)アセトアミド107mg
(理論量の66%)を得た。
【0082】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[ppm]): 7.65
(s, 1H, H6); 7.4-7.15(m, 9H, DMTr); 7.1(s, 1H, H
6); 6.77(2s, 4H, DMTr); 6.53(t, 1H, 1'); 6.13(t, 1
H, 1');4.28(m, 1H, 3'); 4.1(m, 2H, 3', 4'); 3.72
(s, 6H, DMTr, m, 1H); 3.52(m,1H, 4'); 3.5(d, 1H);
3.15-2.85(m, 3H, 5', アセトアミドのCH2 ); 2.56(m,1
H, 2'); 2.45-2.25(m, 3H, 2', プロピルのCH2 ); 2.2-
2.1(2H, 2'); 1.83(s, 3H, CH3 5); 1.45(s, 3H, CH3 5);
1.22(m, 2H, プロピルのCH2); 0.73(t, 3H, プロピル
のCH2).
【0083】実施例17: オリゴヌクレオチド合成反応器の排溶液から5´−ジメ
トキシトリチル−2´−プロピル−5−メチルウリジン
の製造 DNA合成の過程で反応器に形成された5´−ジメトキ
シトリチル−2´−プロピル−5−メチルウリジン−3
´−イル−シアノエチル−H−ホスホナート400mgを
含む排溶液5mlを、メタノール50ml当りイミダゾール
1gを含む溶液100mlに加えた。反応を20〜25℃
で7日間行い、反応混合物を水20mlで希釈した。次い
で、この反応混合物に、ヨウ素30g、水20ml、ピリ
ジン200ml及びテトラヒドロフラン750mlよりなる
溶液を、褐色のヨウ素の色が少なくとも5分間残ってい
るような量まで加えた。反応混合物を減圧下に蒸留して
濃縮し、得られた黄色の固体をpH3〜4の緩衝液50
mlと酢酸エチル40mlよりなる乳濁液にとった。緩衝液
は、水1リットル当りNaOH24g、クエン酸117
g及び塩化ナトリウム35gよりなる。イミダゾールを
含む水相を分離し、有機相を緩衝溶液50mlで二回抽出
した。次いで、有機相を炭酸水素ナトリウム飽和水溶
液、塩化ナトリウム飽和水溶液50mlで順次抽出した。
有機相を無水硫酸ナトリウム2gで乾燥した。塩を濾別
し、濾液を濃縮乾固した。得られた固体をP410/K
OH上で24時間真空乾燥して、5´−ジメトキシトリ
チル−2´−プロピル−5−メチルウリジン258mg
(理論量の86%)を黄色油状物として得た。
【0083】1H-NMR(CDCl3, 基準=TMS, d[PPM]): 8.45
(s, 1H, NH); 7.57(s, 1H, H6); 7.45-7.15(m, 9H, DMT
r); 6.75(2s, 4H, DMTr); 5.9(d, 1H, 1'); 4.38(m, 1
H, 3'); 4.0(m, 1H, 4'); 3.95(m, 1H, 2'); 3.72(s, 6
H, DMTr); 3.8-3.4(m, 2H,プロピル); 3.6-3.3(4m, 2H,
5'); 1.56(m, 2H, プロピル); 1.88(t, 3H,プロピル).
【0084】実施例18: アクセプターアルコールとしてメタノールを用いたポリ
マー上での亜リン酸のエステル交換反応 チミジン−5´−イル−シアノエチル−H−ホスホナー
トで誘導体化し、36mmol/gの密度にヌクレオシドを
結合させた調整多孔質ガラス(CPG)685mgを、N
−メチルモルホリンの2%メタノール溶液10mlと反応
させた。ヌクレオシドは、スクシニル基によりCPGと
3´−OH基に共有結合的に結合した。1時間後、固相
137mgのサンプルを反応混合物から除去した。担体を
アセトニトリル2mlで四回洗浄し、ヨウ素30g、水2
0ml、ピリジン200ml及びテトラヒドロフラン750
mlと1時間反応させた。次いで、固相をアセトニトリル
2mlで十回、次にジエチルエーテル2mlで十回洗浄し
た。担体を乾燥し、55〜60℃でアンモニアの濃水溶
液で処理した。もはやヌクレオシドの存在しない固体担
体を濾過して除去した。濾液を最初に凍結乾燥してから
酢酸トリメチルアンモニウムの0.1M 溶液(pH7)
にとり、HPLCで分析した。5´−チミジンモノホス
ファート、チミジン及びチミジン−5´−メチルホスフ
ァートの混合物が検出された。チミジン−5´−ホスフ
ァートは、抽出物からヨウ素酸化及びアンモニア分解に
よって生成した。チミジン−5´−メチルホスファート
は、チミジン−5´−イル−メチル−H−ホスホナート
の脱ホスフィチル化の中間体から、酸化及び加水分解処
理の過程で生成した。チミジンは、サクシニル基−結合
基の鹸化後、ポリマーと結合したチミジンの脱ホスフィ
チル化の生成物から生成した。残りの担体に上記の酸化
及び加アンモニア分解処理を36時間行った。チミジン
のみを担体の濾液から得た。
【0085】実施例19: アクセプターアルコールとしてシアノエタノールを用い
るポリマー上での亜リン酸のエステル交換反応 チミジン−5´−イル−シアノエチル−H−ホスホナー
トで誘導体化され、36mmol/gの密度にヌクレオシド
を結合させた調整多孔質ガラス(CPG)139mgを、
N−メチルモルホリンの10%シアノエタノール溶液1
0mlと反応させた。ヌクレオシドは、スクシニル基によ
りCPGと3´−OH基に共有結合的に結合した。10
0分後、担体をアセトニトリル2mlで四回洗浄し、ヨウ
素30g、水20ml、ピリジン200ml及びテトラヒド
ロフラン750mlと1時間反応させた。次いで、固相を
アセトニトリル2mlで十回、次にジエチルエーテル2ml
で十回洗浄した。担体を乾燥し、55〜60℃で濃アン
モニア水溶液で処理した。もはやヌクレオシドの存在し
ない担体を濾別した。濾液を最初に凍結乾燥してから酢
酸トリメチルアンモニウムの0.1M 溶液(pH7)に
とり、HPLCで分析した。5´−チミジンモノホスフ
ァートとチミヂジンの比が3:97の混合物が検出され
た。チミジン−5´−ホスファートは、抽出物からヨウ
素酸化及び加アンモニア分解によって生成した。チミジ
ンは、サクシニル基−結合基の鹸化後、ポリマーと結合
したチミジンの脱ホスフィチル化の生成物から生成し
た。
【0086】実施例20: アクセプターアルコールとしてメタノールを用い、ジト
リフルオロ酢酸マグネシウム(Mg(OTf)2 )の存
在下、ポリマー上でのエステル交換反応 チミジン−5´−イル−シアノエチル−H−ホスホナー
トで誘導体化され、36mmol/gの密度にヌクレオシド
を結合させた調整多孔質ガラス(CPG)139mgを、
N−メチルイミダゾール:メタノール(1:9)にとっ
たMg(OTf)2の0.1M 溶液10mlと反応させ
た。ヌクレオシドは、スクシニル基によりCPGと3´
−OH基に共有結合的に結合された。30分後、担体を
アセトニトリル2mlで四回洗浄し、ヨウ素30g、水2
0ml、ピリジン200ml及びテトラヒドロフラン750
mlと1時間反応させた。次いで、固相をアセトニトリル
2mlで十回、次にジエチルエーテル2mlで十回洗浄し
た。担体を乾燥し、55〜60℃で濃アンモニア水溶液
で処理した。もはやヌクレオシドの存在しない担体を濾
別した。濾液を最初に凍結乾燥してから酢酸トリメチル
アンモニウムの0.1M溶液(pH7)にとり、HPL
Cで分析した。チミジン及びチミジン−5´−イル−メ
チルホスファートの混合物が検出された。チミジン−5
´−メチルホスファートは、ヨウ素酸化及び加水分解の
過程で、チミジン−5´−イル−メチル−H−ホスホナ
ートの脱ホスフィチル化の中間体から生成した。チミジ
ンは、スクシニル基−結合基の鹸化後、ポリマーと結合
したチミジンの脱ホスフィチル化の生成物から生成し
た。チミジンのチミジン−5´−イル−メチルホスファ
ートに対する比は97:3であった。
【0087】実施例21: アクセプターアルコールとしてシアノエタノールを用
い、LiClの存在下、ポリマー上での亜リン酸のエス
テル交換反応 チミジン−5´−イル−シアノエチル−H−ホスホナー
トで誘導体化し、36mmol/gの密度にヌクレオシドを
結合させた調整多孔質ガラス(CPG)139mgを、N
−メチルモルホリン:シアノエタノール(1:9)にと
ったLiClの0.1M溶液10mlと反応させた。ヌク
レオシドは、スクシニル基によりCPGと3´−OH基
に共有結合的に結合した。30分後、担体をアセトニト
リル2mlで四回洗浄し、ヨウ素30g、水20ml、ピリ
ジン200ml及びテトラヒドロフラン750mlと1時間
反応させた。次いで、固相をアセトニトリル2mlで十
回、次にジエチルエーテル2mlで十回洗浄した。担体を
乾燥し、55〜60℃で濃アンモニア水溶液で処理し
た。もはやヌクレオシドの存在しない担体を濾別した。
濾液を最初に凍結乾燥してから酢酸トリメチルアンモニ
ウムの0.1M 溶液(pH7)にとり、HPLCで分析
した。チミヂジン及びチミジン−5´−ホスファートの
混合物が検出された。チミジン−5´−ホスファート
は、ヨウ素酸化及び加アンモニア分解によって抽出物か
ら生成した。チミジンは、スクシニル基−結合基の鹸化
後、ポリマーと結合したチミジンの脱ホスフィチル化の
生成物から生成した。チミジンのチミジン−5´−ホス
ファートに対する比は98:2であった。

Claims (36)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 天然若しくは合成のヌクレオシド、ヌク
    レオシド類似体又は少なくとも二種のそのようなヌクレ
    オシド及び/又はヌクレオシド類似体からのオリゴヌク
    レオチド〔その塩基性分子は核酸塩基Bの非置換若しく
    は置換した基及び式R1 −O−(式中、R1 は保護基で
    ある)の保護された水酸基を含むか、又は水酸基の酸素
    原子に直接結合するか若しくは固体担体に結合基を介し
    て結合しており、その塩基性分子には、上記の基以外
    に、式(I)、(Ia)又は(Ib): 【化1】 で示される基が結合している〕をヌクレオシド単量体又
    はオリゴヌクレオチドから製造する方法であって、不活
    性有機溶媒の存在又は非存在下かつ4ないし10のpK
    値を有する無機塩基又は有機窒素塩基の少なくとも触媒
    量の存在下に、該ヌクレオシド又は該オリゴヌクレオチ
    ドと、1ないし30個の炭素原子を有する脂肪族、脂環
    式、芳香−脂肪族又は芳香族アルコール、2ないし50
    個の炭素原子を有するポリオール又は重合体ポリオール
    の過剰量とを反応させて、式(I)、(Ia)又は(I
    b)の基を−OH基に変換することを特徴とする方法。
  2. 【請求項2】 溶媒がエーテル類、ハロゲン化炭化水素
    類、カルボキサミド類、ラクタム類、スルホキシド類、
    スルホン類、芳香族炭化水素類、ニトリル類、脂肪族及
    び脂環式炭化水素類よりなる群から選ばれる請求項1記
    載の方法。
  3. 【請求項3】 溶媒がエーテル類、ハロゲン化炭化水素
    類、ニトリル類、カルボキサミド類及びラクタム類より
    なる群から選ばれる請求項2記載の方法。
  4. 【請求項4】 溶媒がテトラヒドロフラン又はジオキサ
    ンである請求項3記載の方法。
  5. 【請求項5】 溶媒がアセトニトリル、プロピオニトリ
    ル、ベンゾニトリル及びフェニルアセトニトリルよりな
    る群より選ばれる請求項2記載の方法。
  6. 【請求項6】 脂肪族、脂環式、芳香−脂肪族又は芳香
    族アルコール、ポリオール又は重合体ポリオールが、式
    (I)の基のモル当量当り少なくとも100モル当量な
    いし1000モル当量までの過剰量で存在する請求項1
    記載の方法。
  7. 【請求項7】 反応が温度範囲−20℃ないし+55℃
    で行なわれる請求項1記載の方法。
  8. 【請求項8】 反応が温度範囲−15℃ないし35℃で
    行なわれる請求項7記載の方法。
  9. 【請求項9】 反応が室温で行なわれる請求項8記載の
    方法。
  10. 【請求項10】 アルコールが1ないし20個の炭素原
    子を有するアルカノールである請求項1記載の方法。
  11. 【請求項11】 アルコールが1ないし12個の炭素原
    子を有するアルカノールである請求項10記載の方法。
  12. 【請求項12】 アルコールが1ないし6個の炭素原子
    を有するアルカノールである請求項11記載の方法。
  13. 【請求項13】 アルコールがメタノール、エタノー
    ル、n−及びイソプロパノール、n−、iso−及びt
    ert−ブタノール、ペンタノール、ヘキサノール、エ
    チレングリコール、ジエチレングリコールモノメチル及
    びモノエチルエーテルよりなる群から選ばれる請求項1
    0記載の方法。
  14. 【請求項14】 アルコールが1ないし4個の炭素原子
    を有するアルカノールである請求項10記載の方法。
  15. 【請求項15】 アルコールがメタノールである請求項
    14記載の方法。
  16. 【請求項16】 アルコールが5ないし12個の炭素原
    子を有するシクロアルカノールである請求項1記載の方
    法。
  17. 【請求項17】 アルコールが5ないし8個の炭素原子
    を有するシクロアルカノールである請求項16記載の方
    法。
  18. 【請求項18】 アルコールがシクロペンタノール、シ
    クロヘキサノール、メチルシクロヘキサノール、シクロ
    ヘプタノール及びシクロオクタノールよりなる群から選
    ばれる請求項16記載の方法。
  19. 【請求項19】 アルコールが7ないし30個の炭素原
    子を有する芳香−脂肪族アルコールである請求項1記載
    の方法。
  20. 【請求項20】 アルコールが7ないし20個の炭素原
    子を有する芳香−脂肪族アルコールである請求項19記
    載の方法。
  21. 【請求項21】 アルコールが非置換又はアルキル若し
    くはアルコキシ置換の、ベンジルアルコール及びβ−フ
    ェニルエタノールよりなる群から選ばれる請求項19記
    載の方法。
  22. 【請求項22】 アルコールが6ないし30個の炭素原
    子を有する芳香族アルコールである請求項1記載の方
    法。
  23. 【請求項23】 アルコールが6ないし12個の炭素原
    子を有する芳香族アルコールである請求項19記載の方
    法。
  24. 【請求項24】 アルコールがフェノール、ナフトール
    あるいは非置換及びアルキル−若しくはアルコキシ置換
    の、フェノール又はナフトールよりなる群から選ばれる
    請求項22記載の方法。
  25. 【請求項25】 ポリオールが2ないし20個の炭素原
    子を有する請求項1記載の方法。
  26. 【請求項26】 ポリオールがエチレングリコール、プ
    ロピレングリコール、ブタンジオール、ペンタンジオー
    ル、ヘキサンジオール、シクロヘキサンジオール、ジヒ
    ドロメチルシクロヘキサン、ジエチレングリコール、ト
    リエチレングリコール、ポリエチレングリコール、トリ
    メチロールプロパン、ペンタエリトリトール、ジペンタ
    エリトリトール、グリセロール及び糖類よりなる群から
    選ばれる請求項25記載の方法。
  27. 【請求項27】 重合体ポリオールがポリビニルアルコ
    ール、多糖類並びにヒドロキシアルキルポリアクリラー
    ト類及びヒドロキシアルキルポリメタクリラート類より
    なる群から選ばれる請求項1記載の方法。
  28. 【請求項28】 無機塩基が塩基性の、金属酸化物、重
    金属酸化物及び水酸化物よりなる群から選ばれる請求項
    1記載の方法。
  29. 【請求項29】 無機塩基が塩基性アルミナである請求
    項28記載の方法。
  30. 【請求項30】 無機塩基が塩基性二酸化ケイ素である
    請求項28記載の方法。
  31. 【請求項31】 塩基の触媒量が0.01ないし20%
    モルの範囲である請求項1記載の方法。
  32. 【請求項32】 有機窒素塩基が芳香族アミン、芳香族
    N−複素環及びN−アルキルモルホリンよりなる群から
    選ばれる請求項1記載の方法。
  33. 【請求項33】 塩基がイミダゾール、ピリジン、ポリ
    ビニルピリジン、N−メチルモルホリン、アニリン及び
    o−ジアミノベンゼンよりなる群から選ばれる請求項3
    2記載の方法。
  34. 【請求項34】 ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド
    が固体担体に結合されている請求項1記載の方法。
  35. 【請求項35】 反応を求核的に触媒する無機塩基の触
    媒量が、更に用いられる請求項1記載の方法。
  36. 【請求項36】 ルイス酸の触媒量が更に用いられる請
    求項1記載の方法。
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