SU809866A1

SU809866A1 - Способ удалени цианэтильной защитной группы с производных моно-и олигонуклеотидов

Info

Publication number: SU809866A1
Application number: SU792793503A
Authority: SU
Inventors: С.И. Беликов; Ю.А. Горбунов; С.Г. Попов
Original assignee: Всесоюзный Научно-Исследовательский Институт Молекулярной Биологии
Priority date: 1979-05-14
Filing date: 1979-05-14
Publication date: 1982-03-30

Description

Изобретение относится к области ⁴химического синтеза фрагментов нуклеиновых кислот, а именно, к способу удаления цианэтильной концевой защитной группы фосфата с производных моно-и олигонуклеотидов общей формулы: ⁵ ί , * 9 *9

Rat no-p-o)_m-n-o-p-och₂ch_zn, OR.OR где N⁴ - защищенный нуклеозид,

R - фенил или хлорфенил,

R’ - монометокситритильная или диметокситритильная 5 “0“ защитная группа;

п - целое число от 0 до 20. ¹⁵

Известен способ удаления цианэтильной защитной группы, основанный на обработке производных моно-и олигонуклеотидов 0,1 н раствором аммиака в метаноле при комнатной температуре в течение 15 мин рJ.

Известен также способ, основанный на обработке 0,1 н раствором NaOH в водном диоксане при комнатной температуре в течение 30 с f2^.

Однако указанные способы не обладают селективностью, т.е. приводят к частичному удалению других зищитных групп и требуют необходимости хроматографической очистки целевого продукта.

Существенно увеличивается селективность удаления цианэтильной группы в известном способе, основанном на обработке производных моно-и олигонуклеотидов 2%-ным раствором триэтиламина в пиридине при комнатной температуре £3~|- Процесс осуществляется в течение 4 ч.

Недостатком данного способа является большая длительность процесса.

Целью изобретения является упро щение процесса за счет -ускорения про цесса удаления цианэтильной защитной группы при сохранении селективности.

Поставленная цель достигается при реализации описываемого способа, заключающегося в том, что производные моно-и олигонуклеотидов приведенной выше формулы обрабатывают 50%-ным раствором триэтиламина в ацетонитриле при 20-б0^йС. Время реакции 15 - 5 мин. Выход целевого продукта количественный. ₍

Пример 1. Поручение 5 -0монометокситритил, N-бензоилдезоксиаденозин 3'-0-(М-хлорфенил)-фосфата, ю

К 0,5 ммоль 5'-0-монометокситритил, N-бензоилдезоксиаденозин-З -0(И-хлорфенил) (цианэтил) фосфата добавляют при перемешивании смёсь 25 мл безводного ацетонитрила и 15 мл триэтиламина. Смесь выдерживают при комнатной температуре 1 ч и упаривают раствор в вакууме. Выход полученного хроматографически чистого продукта количественный. Продукт ₂₀ анализируют методом тонкослойной хроматографии на силикагеле в системе ацетонитрил - вода 9:1, Re продукта 0,4. , ^Пример 2. Получение 5-0- ₂₅ диметокситритил N-бензоилдезоксицитидин-3-(^-хлорфенил) фосфата. , ммол. 5-0-диметокситритил-Мбензоил дезоксицитидин-3-(И-хлорфенил) (цианэтил) фосфата смешивают ₃₀с 50 мл ацетонитрила и 50 мл триэтиламина и нагревают смесь до 50 С в течение 15 мин. Затем раствор упаривают в вакууме. Выход хроматографически чистого продукта количественный. R£ 0,4 в системе ацетонитрил - вода 9:1.

Применение изобретения от 4 до 16 раз сокращает время удаления циан- ₄₀этильной защитной группы с производных моно-и олигонуклеотидов и тем самым значительно ускоряет синтез олигонуклеотидов. <

Пример 3. Получение 5^Г-0- *5 диметокситритил М-изобутирил дезоксигуанилил(3'Э5') N-изобутирил дезоксигуанозин 3'-0-(И-хлорфенил) фосфата (D МТ rd I buG ± i buG + ОСЕ) .

К 0,2 ммол 5¹-0-диметокситритил 50 N-изобутирил дезоксигуанилил (3^5') N-изобутирил дезоксигуанозин З¹О-(h-хлорфенил) цианэтилфосфата приливают смесь 10 мл ацетонитрила и 10 мл триэтиламина, выдержи- 55 вают при 20°С 1 ч и затем упаривают раствор в вакууме. Выход полученного хроматографически чистого продукта количественный. R^ 0,27 в системе ацетонитрил - вода (9:1).

Пример 4. Удаление цианэтильной защитной группы с пентадекануклеотида состава: D)ATrd(ibUG5> +bZC+I+T?T+-T+bzA-4-biC+ bzC+ibuG + + T+fcxA+t> Z.ATT+ОС Е).

0,05 ммоль £3000 оптических единиц (OE^g хроматографически чистого пентадекануклеотида I)/ATrd(ib(jG + TibuG+Т+Т+-Т лЬхАт

T ibuG +T+bzA?bzA+TWCE) смешивают с 10 мл смеси триэтиламин-ацетонитрил (1:1 V/V) и выдерживают при 20 С 1 ч. Затем раствор упаривают в , вакууме. Выход продукта .DMTrd (.ibuG +ibuG +bzC тТ+Т+Т? rbzA +bzC + bzCTibuG +TVbzA+bzA4 <ΐΤ + ρΗ) 90%, определенный методом ..TCX в системе ацетонитрил - вода

R^0,24 в системе ацетонитрил - вода (9:1). Символом ± для кратности обоз начена межнуьяеотидная фосфотриэфирпая связь.

о ί) -0-Р-0 I . OR

Claims

(5) СПОСОБ УДАЛЕНИЯ ЦИАНЭТИЛЬНОЙ ЗАЩИТНОЙ ГРУППЫ С ПРОИЗВОДНЫХ МОНО-И ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ 8 что производны заключающегос в том, моно-и олигонуклеотидов приведенной выше формулы обрабатывают раствором триэтиламина в ацетонитриле при 20-60 С. Врем реакции 15 60 мин. Выход целевого продукта коли чественный. Пример 1. Получение 5 -0монометокситритил , N-бензоилдезокси аденозин 3 -О-(И-хлорфенил)-фосфата К 0,5 ммоль 5 -0-монометокситритил , N-бензоилдезоксиаденозин-з -0 (И-хлорфенил) (цианэтил) фосфата добавл ют при перемешивании смесь 25 мл безводного ацетонитрила и 25 мл триэтиламина. Смесь выдерживаю при комнатной температуре 1 ч и упа вают раствор в вакууме. Выход полученного хроматографически чистого продукта количественный. Продукт анализируют методом тонкослойной хроматографии на силикагеле в системе ацетонитрил - вода 9:1, Rn продукта 0,., Пример 2. Получение 5-0диметокситритил N-бензоилдезоксицитидин-3-С -хлорфенил ) фосфата. , 1 ммол. 5-0-диметокситритил-Нбензоил дезоксицитидин-3-(1 -хлорфенил ) (цианэтил) фосфата смешивают с 50 мл ацетонитрила и 50 мл триэтиламина и нагревают смесь до 50 С в течение 15 мин. Затем раствор упа ривают в вакууме. Выход хроматографически чистого продукта количественный . R 0,1 в системе ацетонитрил - вода 9:1. Применение изобретени от j до 1 раз сокращает врем удалени цианэтильной защитной группы с производ ных моно-и олигонуклеотидов и тем самым значительно ускор ет синтез олигонуклеотидов.i Пример 3. Получение з-Одиметокситритил М-изобутирил дезокс гуанилил () N-изобутирил дезокс гуанозин З-О-(И-хлорфенил) фосфата (D MTrdibuG ±ibuG tOCE) . К 0,2 ммол 5 -0-диметокситритил N-изобутирил дезоксигуанилил () N-изобутирил дезоксигуанозин 3 -О-(-хлорфенил) цианэтилфосфа та приливают смесь 10 мл ацетонитри ла и 10 мл триэтиламина, выдерживают при 20 С 1 ч и затем упаривают раствор в вакууме. Выход полученного хроматографически чистого продукта : 4 количественный. Rf:0,27 в системе ацетонитрил - вода (9:1). Пример k. Удаление цианэтильНой защитной группы с пёнтадекануклеотида состава: DWOtdCibUG + bZAi-t3ZC: : b C ibuGT TTbTLA :; 13ZA1 T 4.ОСЕ). 0,05 ммоль 3000 оптических единиц (OE)2gQ хроматографически чистого пентадекануклеотида р/ЛТУ;6(1ЪиС + 4:ibuGi + fazCl.T4.T4-TibzAT ituQ T -bxAfbzA+Tl-OCE) смешивают с 10 мл смеси триэтиламин-ацетонитрил (1:1 V/V) и выдерживают при 20 С 1 ч. Затем раствор упаривают в вакууме. Выход продукта ..DMTrd (it)UCi tvitiuG 4-bz.C T+T+T 13ZA 1bzC:f1azCTibuQ+Т+Ъг.АтЬгА ;T4:ph) 30%, определенный методом тех в системе ацетонитрил - вода R$ 0,2k в системе ацетонитрил - вода (9:1). Символом 1 дл кратности обозначена межнуллеотидна фосфотриэфирна св зь. -0-Р-О . OR Формула изобретени Способ удалени цианэтильной защитной группы с производных монои олигонуклеотидов общей формулы: ка(,Й-о -рOCHj-CH , N, где N R R -защищенный нуклеозид, -,фенил или хлррфенил, -монометокситритильна или диметокситритильна защитна группа; п целое число от О до 20; путем обработки их триэтиламином в среде органического растворител , отличающийс тем, что, с целью упрощени процесса, использут раствор триэтиламина в цетонитриле и реакцию провод т при температуре 20-60 с. 5 Источники информации, прин тые во внимание при экспертизе 1 .KGrzeskowl k I.Stawinski M, WiewiorowskU Новые подходы дл защиты защищенных S-эфирных нуклеоТИДОВ , вл ющихс промежуточными в синтезе олигонуклеотидов, Bull. Acadl Pd.Sci. Serie Chimignes, 23, 6.i 95-510, (1375). 098666
2. К. Itakura, N. Katagiri, C.P.Bahe, R.H.WIrjhtman, S.A., Improved.triester approach,for the sinthesis of pentadecathymidylle 5 acid, I.Am. Chem.Soc., 97,7325, 1975.
3. A.K.Sood, S.A.Navang A new method for the sinthesis of polythimidylfc by modification of triester method, Nucl.acid. Res., ° -(8) c. 2757-2765, 1977 (прототип).