JP2002371095A - ヌクレオシドホスホロアミダイト化合物 - Google Patents

ヌクレオシドホスホロアミダイト化合物

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JP2002371095A
JP2002371095A JP2001180445A JP2001180445A JP2002371095A JP 2002371095 A JP2002371095 A JP 2002371095A JP 2001180445 A JP2001180445 A JP 2001180445A JP 2001180445 A JP2001180445 A JP 2001180445A JP 2002371095 A JP2002371095 A JP 2002371095A
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 効率的な核酸合成を可能にする核酸合成試薬
を提供する。 【解決手段】 下記の一般式(I): 【化1】 (式中、R1はリン酸保護基を表し、R2は窒素原子上
に炭素数1から5の同一若しくは異なるアルキル基がふた
つ結合したジアルキルアミノ基〔ふたつのアルキル基が
互いに結合して環を形成してもよい〕、又はモルホリン
−1−イル基を表し、R3はアルコキシ基を有していて
もよいトリチル基を表し、R4は水素又はO−R5〔但
し、R5はtert-ブチリルジメチルシリル基、テトラヒ
ドロピラン−2−イル基、4−メトキシテトラヒドロピ
ラン−4−イル基、又はトリイソプロピルシリルオキシ
メチル基を表す。〕を表し、Bは保護基を有していても
よい核酸塩基の残基を表す。)で表されるヌクレオシド
ホスホロアミダイト化合物。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、新規なヌクレオシ
ドホスホロアミダイト化合物に関する。この化合物は、
核酸合成試薬として使用することができる。
【0002】
【従来の技術】化学的に合成されたオリゴデオキシリボ
核酸(オリゴDNA)は、遺伝子クローニングのプロー
ブ、遺伝子発現解析用プローブ、アンチセンスオリゴヌ
クレオチド等種々の用途に用いられている。DNA化学
合成は現代の生命工学、生命科学の進展に必須な技術で
ある。現在のオリゴデオキシリボヌクレオチド化学合成
はホスホロアミダイト法により行われている。この方法
においては、用いるホスホロアミダイトユニットの5’
水酸基を適切な保護基を用いて保護することが必須であ
る。現在主として用いられている5’水酸基の保護基は
4,4’−ジメトキシトリチル基(DMTr基)であ
る。DMTr基は弱酸性条件下、迅速に除去可能である
ためDNA化学合成に用いられている。しかしここで用
いる酸性条件のため、長鎖DNA 合成においてプリン
ヌクレオシドのN−グリコシド結合の切断(デプリネー
ション)が問題となる。
【0003】DNA化学合成におけるもうひとつの問題
点はオリゴヌクレオチド鎖の伸長に時間がかかることで
ある。現在のDNA化学合成は(1)アミダイトユニッ
トと5’末端水酸基とのカップリング(2)未反応水酸
基の保護(3)インターヌクレオシド結合の酸化(4)
5’末端DMTr基の除去。の4工程からなっている。
しかし、長鎖オリゴDNAを合成するためにはその合成
に要する時間を少しでも短縮することが経済的にも有利
である。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、オリゴDN
A化学合成における上記ふたつの問題点、すなわち (1)DMTr基を脱保護する酸性条件下でのデプリネ
ーション (2)DNA化学合成が時間を要する工程であること、
を同時に解決することを目的とするものである。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明者は、上記課題を
解決するため鋭意検討を重ねた結果、5’水酸基の保護
基としてDMTr基に替わり上記の(3)インターヌク
レオシド結合の酸化工程で同時に脱保護可能な保護基を
用いることにより、上記の(4)5’DMTr基の除去
工程を省略できることを見出し、更に、そのような保護
基として、スルフェニルエステル型保護基が使用できる
ことを見出し、これらの知見に基づき、本発明を完成す
るに至った。
【0006】即ち、本発明は、下記の一般式(I):
【0007】
【化8】 (式中、R1はリン酸保護基を表し、R2は窒素原子上
に炭素数1から5の同一若しくは異なるアルキル基がふた
つ結合したジアルキルアミノ基〔ふたつのアルキル基が
互いに結合して環を形成してもよい〕、又はモルホリン
−1−イル基を表し、R3はアルコキシ基を有していて
もよいトリチル基を表し、R4は水素又はO−R5〔但
し、R5はtert-ブチリルジメチルシリル基、テトラヒ
ドロピラン−2−イル基、4−メトキシテトラヒドロピ
ラン−4−イル基、又はトリイソプロピルシリルオキシ
メチル基を表す。〕を表し、Bは保護基を有していても
よい核酸塩基の残基を表す。)で表されるヌクレオシド
ホスホロアミダイト化合物である。
【0008】
【発明の実施の形態】以下、本発明を詳細に説明する。
【0009】本発明のヌクレオシドホスホロアミダイト
化合物(以下、単に「本化合物」という。)は、下記の
一般式(I):
【0010】
【化9】 で表される。
【0011】式中のR1、R2、R3、R4、及びBは
以下の基を表す。
【0012】R1は、リン酸保護基を表す。リン酸保護
基としては、ホスホロアミダイト法に使用されるもので
あればどのようなものでもよいが、メチル基、2−シア
ノエチル基、2−トリメチルシリルエチル基などを好ま
しい基として挙げることができる。
【0013】R2は、窒素原子上に炭素数1から5の同一
若しくは異なるアルキル基がふたつ結合したジアルキル
アミノ基〔ふたつのアルキル基が互いに結合して環を形
成してもよい〕、又はモルホリン−1−イル基を表す。
このようなジアルキルアミノ基としては、ジイソプロピ
ルアミノ基、又はジメチルアミノ基などを挙げることが
できる。
【0014】R3はアルコキシ基を有していてもよいト
リチル基を表す。より具体的には、下記の一般式(I
I):
【0015】
【化10】 (式中、R6、R7、R8は互いに同一または異なっ
て、水素、炭素数1から10のアルコキシ基を表す。)で
表される基を表す。一般式(II)で表される基の中で好
ましい基としては、トリチル基、4−メトキシトリチル
基、4,4’−ジメトキシトリチル基などを挙げること
ができる。
【0016】R4は水素又はO−R5を表す。ここで、
R5はtert-ブチリルジメチルシリル基、テトラヒドロ
ピラン−2−イル基、4−メトキシテトラヒドロピラン
−4−イル基、又はトリイソプロピルシリルオキシメチ
ル基を表す。
【0017】Bは保護基を有していてもよい核酸塩基の
残基を表す。核酸塩基は、核酸の合成に使用されるもの
であればどのようなものでもよく、また、保護基も核酸
の合成に使用されるものであればどのようなものでもよ
い。好ましい核酸塩基の残基としては、下記の一般式
(III)、(IV)、(V)、(VI)、又は(VII):
【0018】
【化11】
【0019】
【化12】
【0020】
【化13】
【0021】
【化14】
【0022】
【化15】 で表される基を例示することができる。式中のR9は水
素又はアミノ基の保護基を表す。アミノ基の保護基とし
ては、ベンゾイル基、4−メトキシベンゾイル基、アセ
チル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル
基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル基、4−
tert−ブチルフェノキシアセチル基、4−イソプロピル
フェノキシアセチル基などを例示することができる。
【0023】本化合物は、デオキシヌクレオシドホスホ
ロアミダイド化合物(式(I)中のR4が水素)とリボ
ヌクレオシドホスホロアミダイト化合物(式(I)中の
R4がOR5)の両者を含む。デオキシヌクレオシドホ
スホロアミダイド化合物については、以下の合成法1−
1又は合成法1−2により合成することができる。 (合成法1−1) 式(VIII):
【0024】
【化16】 (式中のR3及びBは前記の通りである。)で表される
化合物と文献公知の方法によって得られる式(IX):
【0025】
【化17】 (式中のR1及びR2は前記の通りである。)で表され
る化合物とを反応を阻害しない溶媒たとえばピリジン、
N,N−ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリド
ン、アセトン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテ
ル、1,4−ジオキサン、ジクロロメタン、1,2−ジ
クロロエタン、クロロホルム、酢酸エチル、ジメチルス
ルホキシド、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン等に
溶解し、有機塩基例えばピリジン、2,6−ジメチルピ
リジン、2,4,6−トリメチルピリジン、N−メチル
イミダゾール、トリエチルアミン、トリブチルアミン、
N,N−ジイソプロピルエチルアミン、1,8−ジアザ
ビシクロ[5.4.0]−7−ウンデセン等の存在下、
−78℃から室温℃で5分間から72時間撹拌すること
により式(I)で表される化合物を得る。 (合成法1−2)式(VIII)で表される化合物と文献公
知の方法によって得られる式(X):
【0026】
【化18】 (式中のR1及びR2は前記の通りである。)で表され
る化合物を反応を阻害しない溶媒例えばピリジン、N,
N−ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリドン、ア
セトン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、1,
4−ジオキサン、ジクロロメタン、1,2−ジクロロエ
タン、クロロホルム、酢酸エチル、ジメチルスルホキシ
ド、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン等に溶解し、
1H−テトラゾール、1H−テトラゾール ジイソプロ
ピルアンモニウム等の存在下−78℃から室温℃で5分
間から72時間撹拌することにより式(I)で表される
化合物を得る。
【0027】これらの方法で合成中間体として用いた式
(VIII)で表される化合物は以下の中間体合成法1−1
又は中間体合成法1−2により合成可能である。 (中間体合成法1−1)市販もしくは文献公知の方法に
より得られる式(XI):
【0028】
【化19】 (式中のBは前記の通りである。)で表される化合物と
式(XII):
【0029】
【化20】 (式中のR3は前記の通りである。)で表される化合物
を、反応を阻害しない溶媒たとえばピリジン、N,N−
ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリドン、アセト
ン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、1,4−
ジオキサン、ジクロロメタン、1,2−ジクロロエタ
ン、クロロホルム、酢酸エチル、ジメチルスルホキシ
ド、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン等に溶解し、
有機塩基例えばピリジン、2,6−ジメチルピリジン、
2,4,6−トリメチルピリジン、N−メチルイミダゾ
ール、トリエチルアミン、トリブチルアミン、N,N−
ジイソプロピルエチルアミン、1,8−ジアザビシクロ
[5.4.0]−7−ウンデセン等、もしくは無機塩基
すなわち水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸ナト
リウム、炭酸カリウム、炭酸セシウム、フッ化セシウ
ム、水素化ナトリウム、水素化カリウム等、もしくは有
機金属化合物例えば、n−ブチルリチウム、sec−ブ
チルリチウム、t−ブチルリチウム、リチウム N,N
−ジイソプロピルアミド、リチウム 2,6−ジメチル
ピペリジド、リチウム ヘキサメチルジシラジド、ナト
リウム ヘキサメチルジシラジド、メチルマグネシウム
ブロミド、エチルマグネシウム ブロミド、フェニル
マグネシウムブロミド、t−ブチルマグネシウム ブロ
ミド等の存在下、または非存在下−78℃から100℃
で5分間から72時間撹拌することにより式(VIII)で
表される化合物を得る。
【0030】ここで用いた式(XII)で表される化合物
は式(XIII):
【0031】
【化21】 (式中R3は前記の通りである)で表される化合物と塩
素化試薬例えば塩素、塩化スルフリル、N−クロロスク
シミド、1,3−ジクロロ−5,5ジメチルヒダントイ
ン等とを反応を阻害しない溶媒たとえばN,N−ジメチ
ルホルムアミド、N−メチルピロリドン、アセトン、テ
トラヒドロフラン、ジエチルエーテル、1,4−ジオキ
サン、ジクロロメタン、1,2−ジクロロエタン、クロ
ロホルム、酢酸エチル、ジメチルスルホキシド、アセト
ニトリル、ベンゼン、トルエン等に溶解し、有機塩基例
えばピリジン、2,6−ジメチルピリジン、2,4,6
−トリメチルピリジン、N−メチルイミダゾール、トリ
エチルアミン、トリブチルアミン、N,N−ジイソプロ
ピルエチルアミン、1,8−ジアザビシクロ[5.4.
0]−7−ウンデセン等、もしくは無機塩基すなわち水
酸化ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸ナトリウム、炭
酸カリウム、炭酸セシウム、フッ化セシウム、水素化ナ
トリウム、水素化カリウム等、もしくは有機金属化合物
例えば、n−ブチルリチウム、sec−ブチルリチウ
ム、t−ブチルリチウム、リチウム N,N−ジイソプ
ロピルアミド、リチウム 2,6−ジメチルピペリジ
ド、リチウム ヘキサメチルジシラジド、ナトリウム
ヘキサメチルジシラジド、メチルマグネシウム ブロミ
ド、エチルマグネシウム ブロミド、フェニルマグネシ
ウムブロミド、t−ブチルマグネシウムブロミド等の存
在下、または非存在下−78℃から100℃で5分間か
ら72時間撹拌することにより得られる。
【0032】ここで用いた式(XIII)で表される化合物
は文献公知の方法を用いて得るか、もしくは文献公知の
方法で得られる式(XIV):
【0033】
【化22】 (式中のR3は前記の通りである)で表される化合物と
硫化試薬例えば五硫化リン、ローソン試薬等を反応を阻
害しない溶媒たとえばN,N−ジメチルホルムアミド、
N−メチルピロリドン、アセトン、テトラヒドロフラ
ン、ジエチルエーテル、1,4−ジオキサン、ジクロロ
メタン、1,2−ジクロロエタン、クロロホルム、酢酸
エチル、ジメチルスルホキシド、アセトニトリル、ベン
ゼン、トルエン等に溶解し室温から100℃で5分間か
ら72時間撹拌することにより得られる。 (中間体合成法1−2) 式(XV):
【0034】
【化23】 (式中のR3及びBは前記の通りであり、R10、R1
1、R12は同一または異なって、メチル基、エチル
基、イソプロピル基、t−ブチル基、又はフェニル基を
表す。)で表される化合物とフッ素化試薬例えばテトラ
ブチルアンモニウム フルオリド、テトラエチルアンモ
ニウム フルオリド、トリエチルベンジルアンモニウム
フルオリド、フッ化水素、フッ化水素−ピリジン、フッ
化水素−トリエチルアミン複合体、トリエチルアミンー
3フッ化水素複合体、フッ化セシウム等とを反応を阻害
しない溶媒たとえばN,N−ジメチルホルムアミド、N
−メチルピロリドン、アセトン、テトラヒドロフラン、
ジエチルエーテル、1,4−ジオキサン、ジクロロメタ
ン、1,2−ジクロロエタン、クロロホルム、酢酸エチ
ル、ジメチルスルホキシド、アセトニトリル、ベンゼ
ン、トルエン等に溶解し室温から100℃で5分間から
72時間撹拌することにより式(VIII)で表される化合
物を得る。
【0035】ここで用いた式(XV)で表される化合物は
式(XVI):
【0036】
【化24】 (式中のR10、R11、R12及びBは前記の通りで
ある。)で表される化合物と式(XII)で表される化合
物とを反応を阻害しない溶媒例えばN,N−ジメチルホ
ルムアミド、N−メチルピロリドン、テトラヒドロフラ
ン、ジエチルエーテル、1,4−ジオキサン、ジメチル
スルホキシド、ベンゼン、トルエン等に溶解し有機金属
化合物例えば、n−ブチルリチウム、sec−ブチルリ
チウム、t−ブチルリチウム、リチウムN,N−ジイソ
プロピルアミド、リチウム2,6−ジメチルピペリジ
ド、リチウムヘキサメチルジシラジド、ナトリウムヘキ
サメチルジシラジド、メチルマグネシウムブロミド、エ
チルマグネシウムブロミド、フェニルマグネシウムブロ
ミド、t−ブチルマグネシウムブロミド等の存在下−7
8℃から100℃で5分間から72時間撹拌することに
より得られる。
【0037】ここで用いた式(XVI)で表される化合物
は式(XI)で表される化合物と式(XVII):
【0038】
【化25】 (式中のR10、R11及びR12は前記の通りであ
り、R13は塩素、臭素、ヨウ素、又はトリフルオロメ
タンスルホニルオキシ基等を表す。)で表される化合物
を、反応を阻害しない溶媒たとえばN,N−ジメチルホ
ルムアミド、N−メチルピロリドン、アセトン、テトラ
ヒドロフラン、ジエチルエーテル、1,4−ジオキサ
ン、ジクロロメタン、1,2−ジクロロエタン、クロロ
ホルム、酢酸エチル、ジメチルスルホキシド、アセトニ
トリル、ベンゼン、トルエン等に溶解し、有機塩基例え
ばピリジン、2,6−ジメチルピリジン、2,4,6−
トリメチルピリジン、N−メチルイミダゾール、イミダ
ゾール、トリエチルアミン、トリブチルアミン、N,N
−ジイソプロピルエチルアミン、1,8−ジアザビシク
ロ[5.4.0]−7−ウンデセン等、もしくは無機塩
基すなわち水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸ナ
トリウム、炭酸カリウム、炭酸セシウム、フッ化セシウ
ム、水素化ナトリウム、水素化カリウム等、もしくは有
機金属化合物例えば、n−ブチルリチウム、sec−ブ
チルリチウム、t−ブチルリチウム、リチウム N,N
−ジイソプロピルアミド、リチウム 2,6−ジメチル
ピペリジド、リチウムヘキサメチルジシラジド、ナトリ
ウムヘキサメチルジシラジド、メチルマグネシウム ブ
ロミド、エチルマグネシウム ブロミド、フェニルマグ
ネシウムブロミド、t−ブチルマグネシウム ブロミド
等の存在下、または非存在下−78℃から100℃で5
分間から72時間撹拌することにより得られる。また、
式(XVI)で表される化合物は文献公知の方法により得
られる式(XVIII):
【0039】
【化26】 (式中、R14、R15は同一または異なって水素又は
メトキシ基を表す。)で表される化合物と式(XVII)で
表される化合物とを反応を阻害しない溶媒たとえばN,
N−ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリドン、ア
セトン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、1,
4−ジオキサン、ジクロロメタン、1,2−ジクロロエ
タン、クロロホルム、酢酸エチル、ジメチルスルホキシ
ド、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン等に溶解し、
有機塩基例えばピリジン、2,6−ジメチルピリジン、
2,4,6−トリメチルピリジン、N−メチルイミダゾ
ール、イミダゾール、トリエチルアミン、トリブチルア
ミン、N,N−ジイソプロピルエチルアミン、1,8−
ジアザビシクロ[5.4.0]−7−ウンデセン等、も
しくは無機塩基すなわち水酸化ナトリウム、水酸化カリ
ウム、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、炭酸セシウム、
フッ化セシウム、水素化ナトリウム、水素化カリウム
等、もしくは有機金属化合物例えば、n−ブチルリチウ
ム、sec−ブチルリチウム、t−ブチルリチウム、リ
チウム N,N−ジイソプロピルアミド、リチウム
2,6−ジメチルピペリジド、リチウム ヘキサメチル
ジシラジド、ナトリウム ヘキサメチルジシラジド、メ
チルマグネシウム ブロミド、エチルマグネシウム ブ
ロミド、フェニルマグネシウムブロミド、t−ブチルマ
グネシウム ブロミド等の存在下、または非存在下−7
8℃から100℃で5分間から72時間撹拌して式(XI
X):
【0040】
【化27】 (式中のR10、R11、R12、R14、R15、及
びBは前記の通りである。)で表される化合物を得、つ
いでこの式(XIX)で表される化合物と酸例えば塩酸、
硫酸、硝酸、酢酸、リン酸、p−トルエンスルホン酸、
メタンスルホン酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、ト
リフルオロ酢酸等を、反応を阻害しない溶媒たとえば
N,N−ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリド
ン、アセトン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテ
ル、1,4−ジオキサン、ジクロロメタン、1,2−ジ
クロロエタン、クロロホルム、酢酸エチル、ジメチルス
ルホキシド、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン、
水、メタノール、エタノール、イソプロピルアルコール
もしくはこれらの混合溶媒等に溶解し−78℃から10
0℃で5分間から72時間撹拌して得られる。
【0041】リボヌクレオシドホスホロアミダイト化合
物については、以下の合成法2−1又は2−2により合
成することができる。 (合成法2−1) 式(XX):
【0042】
【化28】 (式中のR3、R5及びBは前記の通りである。)で表
される化合物と式(IX)で表される化合物とを反応を阻
害しない溶媒例えばピリジン、N,N−ジメチルホルム
アミド、N−メチルピロリドン、アセトン、テトラヒド
ロフラン、ジエチルエーテル、1,4−ジオキサン、ジ
クロロメタン、1,2−ジクロロエタン、クロロホル
ム、酢酸エチル、ジメチルスルホキシド、アセトニトリ
ル、ベンゼン、トルエン等に溶解し、有機塩基例えばピ
リジン、2,6−ジメチルピリジン、2,4,6−トリ
メチルピリジン、N−メチルイミダゾール、トリエチル
アミン、トリブチルアミン、N,N−ジイソプロピルエ
チルアミン、1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]−
7−ウンデセン等の存在下、−78℃から室温℃で5分
間から72時間撹拌することにより式(I)で表される
化合物を得る。 (合成法2−2)式(XX)で表される化合物と式(X)
で表される化合物を反応を阻害しない溶媒例えばピリジ
ン、N,N−ジメチルホルムアミド、N−メチルピロリ
ドン、アセトン、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテ
ル、1,4−ジオキサン、ジクロロメタン、1,2−ジ
クロロエタン、クロロホルム、酢酸エチル、ジメチルス
ルホキシド、アセトニトリル、ベンゼン、トルエン等に
溶解し、1H−テトラゾール、1H−テトラゾール ジ
イソプロピルアンモニウム等の存在下−78℃から室温
℃で5分間から72時間撹拌することにより式(I)で
表される化合物を得る。
【0043】これらの方法で合成中間体として用いた式
(XX)で表される化合物は以下の中間体合成法2−1に
より合成可能である。 (中間体合成法2−1) 式(XXI):
【0044】
【化29】 (式中のR3、R5、及びBは前記の通りであり、R1
6は3−ヒドロキシ−1,1,3,3,−テトライソプ
ロピルジシロキサン−1−イル基、又はジ−tert−ブチ
ルヒドロキシシリル基を表す。)で表される化合物を適
当な溶媒(例えば、テトラヒドロフラン等)に溶解し、
フッ素化剤(例えば、テトラブチルアンモニウムフルオ
リド、トリエチルアミントリハイドロフルオリド、フッ
化水素ピリジン)及び酸(例えば、酢酸、塩酸、硫酸)
を単独もしくは任意の混合比の混合試薬として反応させ
ることにより、式(XX)で表される化合物が得られる。
また、式(XXI)で表される化合物を水や適当な有機溶
媒に溶解し、適当なアルカリ(例えば、水酸化ナトリウ
ム、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、テトラブチルアン
モニウムヒドロキシド、水酸化リチウム等)と反応させ
ることによっても、式(XX)で表される化合物が得られ
る。
【0045】ここで用いた式(XXI)で表される化合物
は式(XXII):
【0046】
【化30】 (式中のR5、R16、及びBは前記の通りである)で
表される化合物と式(XII)で表される化合物とを反応
を阻害しない溶媒例えばN,N−ジメチルホルムアミ
ド、N−メチルピロリドン、テトラヒドロフラン、ジエ
チルエーテル、1,4−ジオキサン、ジメチルスルホキ
シド、ベンゼン、トルエン等に溶解し有機金属化合物例
えば、n−ブチルリチウム、sec−ブチルリチウム、
t−ブチルリチウム、リチウムN,N−ジイソプロピル
アミド、リチウム2,6−ジメチルピペリジド、リチウ
ムヘキサメチルジシラジド、ナトリウムヘキサメチルジ
シラジド、メチルマグネシウムブロミド、エチルマグネ
シウムブロミド、フェニルマグネシウムブロミド、t−
ブチルマグネシウムブロミド等の存在下−78℃から1
00℃で5分間から72時間撹拌することにより得られ
る。
【0047】ここで用いた式(XXII)で表される化合物
は式(XXIII):
【0048】
【化31】 (式中のR5及びBは前記の通りであり、R17は1,
1,3,3−テトライソプロピルジシロキサン−1,3
−ジイル基、又はジ−tert−ブチルシランジイル基を表
す。)で表される化合物を適当な溶媒(例えば、テトラ
ヒドロフラン等)に溶解し、フッ素化剤(例えば、テト
ラブチルアンモニウムフルオリド、トリエチルアミント
リハイドロフルオリド、フッ化水素ピリジン)及び酸
(例えば、酢酸、塩酸、硫酸)を単独もしくは任意の混
合比の混合試薬として反応させることにより得られる。
また、式(XXIII)で表される化合物を水や適当な有機
溶媒に溶解し、適当なアルカリ(例えば、水酸化ナトリ
ウム、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、テトラブチルア
ンモニウムヒドロキシド、水酸化リチウム等)と反応さ
せることによっても得られる。
【0049】ここで用いた式(XXIII)で表される化合
物は、式(XXIV):
【0050】
【化32】 (式中のB及びR17は前記の通りである。)で表され
る化合物から以下の処理を行うことにより得ることがで
きる。 R5がtert-ブチリルジメチルシリル基である場合:式
(XXIV)で表される化合物を、N,N−ジメチルホルム
アミド等の溶媒に溶かし、tert-ブチリルジメチルシリ
ルクロリド及びイミダゾールと反応させる。 R5がテトラヒドロピラン−2−イル基である場合:式
(XXIV)で表される化合物を、適当な溶媒に溶解又は無
溶媒条件下でパラトルエンスルホン酸等を酸触媒とし
て、3,4−ジヒドロ−2H−ピランと反応させる。 R5が4−メトキシテトラヒドロピラン−4−イル基で
ある場合:式(XXIV)で表される化合物を、適当な溶媒
に溶解又は無溶媒条件下でパラトルエンスルホン酸等を
酸触媒として、5,6−ジヒドロ−4−メトキシ−2H
−ピランと反応させる R5がトリイソプロピルシリルオキシメチル基である場
合:式(XXIV)で表される化合物を、ジクロロメタン等
の反応を阻害しない溶媒に溶かし、トリイソプロピルシ
リルオキシメチルクロリド及びエチルジイソプロピルア
ミン等の有機アミンと反応させる。
【0051】ここで用いた式(XXIV)で表される化合物
は、式(XXV):
【0052】
【化33】 (式中のBは前記の通りである。)で表される化合物
を、適当な溶媒(例えば、N,N−ジメチルホルムアミ
ド、ピリジン等)に溶かし、硝酸銀、過塩素酸銀、トリ
フルオロメタンスルホン酸銀等の非存在下若しくは存在
下で、1,3−ジクロロ−1,1,3,3−テトライソ
プロピルジシロキサン、ジ−tert−ブチルジクロロシロ
キサン、ジ−tert−ブチルシリルビス(トリフルオロメ
タンスルホン酸)などと反応させることにより得ること
ができる。
【0053】ここで用いた式(XXV)で表される化合物
は文献記載の方法に従い合成可能である。合成方法の一
例として以下の方法を例示できる。天然のリボヌクレオ
シドの水酸基をクロロトリメチルシラン、ピリジンなど
で保護し、その後、酸塩化物や酸無水物などで核酸塩基
のアミノ基を保護する。この際、1−ヒドロキシベンゾ
トリアゾールや4−ジメチルアミノピリジン等の一般的
にアシル化の際に用いる触媒を添加してもよい。溶媒は
反応を阻害しないもの、例えば、ピリジン等を用いる。
次に、水酸化ナトリウム、アンモニア水、アミンなどの
アルカリやその水溶液、またはトリフルオロ酢酸、酢
酸、塩酸等の酸やその水溶液により水酸基の保護基を脱
保護する。この際、適当な有機溶媒を加えてもよい。以
上のような合成法により式(XXV)で表される化合物を
合成できる。
【0054】本化合物は、DNA、RNA、ホスホロチ
オエートなどの核酸及びその類似物質の合成試薬として
使用することができる。本化合物を用いた核酸等の合成
は、既存の核酸合成試薬を用いた場合と同様の方法で行
うことができる。例えば、オリゴデオキシヌクレオチド
の合成は、文献公知の方法により自分で調整するかもし
くは市販品として入手可能な式(XXVI):
【0055】
【化34】 で表される固相担体と保護ヌクレオシドがリンカーで結
合した化合物を原料として、以下の反応式1に従って行
うことができる。また反応式1の工程のすべてを市販の
DNA自動合成基を用いて行うこともできる。 (反応式1) 工程1:酸処理 工程2:本化合物+活性化剤+反応溶媒 工程3:キャップ化剤添加 工程4:酸化剤添加 (工程2、3、4は所望のオリゴデオキシヌクレオチド
の鎖長から1を引いた回数繰り返し行う。) 工程5:切り出し剤添加 工程6:精製操作反応式1に記載されている化合物及び
試薬のうち、本化合物及び酸化剤以外については、オリ
ゴDNA合成に一般的に使用されているものであれば特
に限定されない。保護ヌクレオシドとしては、式(XXV
I)中のR18が4,4’−ジメトキシトリチル基を表
し、Zがチミン−1−イル、N−ベンゾイルシトシン
−1−イル、N−アセチルシトシン−1−イル、N
−ベンゾイルアデニン−9−イル、N−フェノキシア
セチルアデニン−9−イル、N−イソブチリルグアニ
ン−9−イル、N−フェノキシアセチルグアニン−9
−イルで表される保護ヌクレオシド等を例示することが
できる。固相担体としては、コントロールドポアグラス
(CPG)、ポリスチレン等を例示することができる。
式(XXVI)中のリンカーで表される基としては、3−ア
ミノプロピルやロング−チェーンアルキルアミノ(LC
AA)等を例示することができる。酸としては、トリフ
ルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸等を1から
5%の濃度になるようにジクロロメタン、クロロホル
ム、1,2−ジクロロエタン等の有機溶媒に溶解した溶
液等を例示することができる。反応溶媒としては、アセ
トニトリル、テトラヒドロフラン等、活性化剤としては
1H−テトラゾール、5−エチルチオテトラゾール、
3,4−ジクロロイミダゾール、3,4−ジシアノイミ
ダゾール、ベンゾトリアゾールトリフラート、イミダゾ
ールトリフラート等を例示することができる。キャップ
化試薬としては、4−ジメチルアミノピリジンやN−メ
チルイミダゾールをピリジン、アセトニトリル、テトラ
ヒドロフラン等の任意の混合溶媒に0.05から1Mの
濃度になるように溶かした溶液と無水酢酸もしくは無水
メトキシ酢酸等とを適当な混合比で混合した溶液等を例
示することができる。切り出し剤としては、濃アンモニ
ア水、濃アンモニア水と反応を阻害しない有機溶媒例え
ばエタノール、メタノール、イソプロピルアルコール等
を任意の比率で混合した溶液、あるいは有機塩基例え
ば、トリエチルアミン、N,N−ジイソプロピルエチル
アミン、1,8ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ
−7−エン等を反応を阻害しない有機有機溶媒例えばメ
タノール、エタノール、イソプロピルアルコール、アセ
トニトリル、テトラヒドロフランの単独溶媒もしくは任
意の比率の混合溶媒に溶解した溶液等を例示することが
できる。酸化剤としてはヨウ素をピリジン、水、アセト
ニトリル、テトラヒドロフラン等の無機溶媒や有機溶媒
もしくはそれらの任意の混合溶媒に0.05から2Mの
濃度になるように溶解した溶液等を例示することができ
る。
【0056】合成したオリゴヌクレオチドの精製はC8
からC18の逆相カラムクロマトグラフィー、C8から
C18逆相カートリッジカラム、陽イオン交換カラムク
ロマトグラフィー、陰イオン交換カラムクロマトグラフ
ィーなどの方法を単独で、もしくは高速液体クロマトグ
ラフィー装置との組み合わせにより用いて行う。この際
溶出溶媒としては例えばアセトニトリル、メタノール、
エタノール、イソプロピルアルコール、水等の単独溶媒
もしくは任意の比率の混合溶媒等があげられる。この場
合添加物としてリン酸ナトリウム、リン酸カリウム、塩
化ナトリウム、塩化カリウム、酢酸アンモニウム、酢酸
トリエチルアンモニウム、酢酸ナトリウム、酢酸カリウ
ム、トリス塩酸、エチレンジアミン四酢酸等を1mMか
ら2Mの濃度で添加したり、溶液のpHを1から9の範
囲で調整することもできる。この方法で単離精製し収率
1%から99%で得ることができる。
【0057】
【実施例】(実施例1)(2−シアノエトキシ)(5’−O−トリフェニルメタ
ンスルフェニルチミジン−3’−O−イル)N,N−ジ
イソプロピルホスホロアミダイト
【0058】
【化35】 5’−O−トリフェニルメタンスルフェニルチミジン
(520mg,1.0mmol)をジクロロメタン(5
ml)に溶解し、ここにN,N−ジイソプロピルエチル
アミン(593 μl,3.4 mmol)とクロロ
(2−シアノエトキシ)(N,N−ジイソプロピルアミ
ノ)ホスフィン(483 μl,2.2mmol)を加
え室温で70分反応を行った。反応系をクロロホルム
(30ml)で希釈し、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液
(30ml)で3回洗浄した。有機層を無水硫酸マグネ
シウムで乾燥し、溶媒を減圧下留去した。残渣をシリカ
ゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル
=7:3から1:1)で精製し表題化合物(425 m
g,60%)を得た。
【0059】H−NMR(CDCl,270MH
z)1.18−1.29(m,12H),8.27(1
H,br,NH),1.90(3H,s),2.00
(1H,m),2.35(1H,m),2.53(1
H,t,J=6.3Hz),3.44−3.78(6
H,m),3.91(1H,s),4.24(1H,
m),6.26(1H,m),7.26−7.34(1
5H,m),7.47(1H,s);31P−NMR
(CDCl,109.4MHz)δ149.4,14
9.7. (実施例2)(2−シアノエトキシ){5’−O−(4−メトキシフ
ェニル)ジフェニルメタンスルフェニルチミジン−3’
−O−イル}N,N−ジイソプロピルホスホロアミダイ
【0060】
【化36】 5’−O−{4−(メトキシフェニル)ジフェニルメタ
ンスルフェニル}チミジン(550 mg,1.0 m
mol)をジクロロメタン(5ml)に溶解し、N,N
−ジイソプロピルエチルアミン(401 μl,2.3
mmol)とクロロ(2−シアノエトキシ)(N,N
−ジイソプロピルアミノ)ホスフィン(325 μl,
1.5mmol)を加え室温で60分反応を行った。反
応系をクロロホルム(30ml)で希釈し、飽和炭酸水
素ナトリウム水溶液(30ml)で3回洗浄した。有機
層を無水硫酸マグネシウムで乾燥し、溶媒を減圧下留去
した。残渣をジエチルエーテル−ジイソプロピルエーテ
ル(5 ml−20 ml)に溶解し、10%炭酸ナト
リウム水溶液(30 ml)で15回洗浄した。有機層
を無水硫酸マグネシウムで乾燥後溶媒を減圧下留去し、
表題化合物(613mg,82%)を得た。
【0061】H−NMR(CDCl,270MH
z)1.18−1.29(m,12H),1.90(3
H,s),2.00(1H,m),2.35(1H,
m),2.53(1H,t,J=6.3Hz),2.6
0(1H,t,J=6.3 Hz),3.38−3.7
7(7H,m),3.80(3H,s),4.24(1
H,m),6.26(1H,m),6.83(2H,
d,J=7.6 Hz),7.22−7.43(12
H,m),7.49,7.45(1H,d,J= 1
0.6 Hz)8.32(1H,br,NH);31
−NMR(CDCl3,109.4MHz)δ149.
3,149.7. (実施例3)(2−シアノエトキシ){5’−O−ビス(4−メトキ
シフェニル)フェニルメタンスルフェニルチミジン−
3’−O−イル}N,N−ジイソプロピルホスホロアミ
ダイト
【0062】
【化37】 5’−O−{4−(メトキシフェニル)ジフェニルメタ
ンスルフェニル}チミジンをジクロロメタンに溶解し、
N,N−ジイソプロピルエチルアミンとクロロ(2−シ
アノエトキシ)(N,N−ジイソプロピルアミノ)ホス
フィンを加え室温で反応を行った。反応系をクロロホル
ムで希釈し、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で3回洗浄
した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥し、溶媒を
減圧下留去した。残渣をジエチルエーテル−ジイソプロ
ピルエーテルに溶解し、10%炭酸ナトリウム水溶液で
15回洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥
後溶媒を減圧下留去し、表題化合物を得た。
【0063】H−NMR(CDCl,270MH
z)1.18−1.29(m,12H),1.90(3
H,s),2.00(1H,m),2.35(1H,
m),2.54(1H,t,J=6.3Hz),2.6
1(1H,t,J=6.3 Hz),3.38−3.7
7(7H,m),3.94(6H,s),4.26(1
H,m),6.28(1H,m),6.83(4H,
d,J=7.2 Hz),7.23−7.34(9H,
m),7.50,7.47(1H,d,J= 10.9
Hz),8.14(1H,br,NH);31P−N
MR(CDCl3,109.4MHz)δ149.4,
149.7. (原料合成例1)(4−メトキシフェニル)ジフェニルメタンチオール
【0064】
【化38】 (4−メトキシフェニル)ジフェニルメタノール(12
4 g,0.43 mol)をトルエン(2000 m
l)に溶解し、ここにローソン試薬(104g,0.2
4 mol)を加え75℃まで昇温した。反応終了後、
反応系を室温に戻した後水(1000 ml)で1回洗
浄した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥し、溶媒
を減圧留去した後残渣をシリカゲルカラムクロマトグラ
フィー(ヘキサン)で精製し表題化合物(80 g,6
1%)を得た。
【0065】H−NMR(CDCl,270MH
z)δ3.01(1H,s),3.78(3H,s),
6.80(2H,d,J=8.9 Hz),7.15
(2H,d,J=8.9 Hz),7.21−7.27
(12H,m). (原料合成例2)ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタンチオール
【0066】
【化39】 ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタノール(1
5 g,46.8 mmol)をトルエン(300 m
l)に溶解し、ここにローソン試薬(10.3g,2
3.4 mmol)を加え75℃まで昇温した。反応終
了後、反応系を室温に戻した後水(300 ml)で2
回洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥し、
溶媒を減圧留去した後残渣をシリカゲルカラムクロマト
グラフィー(ヘキサン)で精製し表題化合物(5.4
g,34%)を得た。 IR(KBr) 1607,1504,1487,1445,1300,
1250,1180,1028,816,781,70
0,577cm−1 (原料合成例3)(4−メトキシフェニル)ジフェニルメタンスルフェニ
ルクロリド
【0067】
【化40】 (4−メトキシフェニル)ジフェニルメタンチオール
(5.0 g,16.3mmol)を1,4−ジオキサ
ン(50 ml)に溶解し、ここに5,5−ジメチル−
1,3−ジクロロヒダントイン(1.6g,8.1 m
mol)を加え室温で撹拌した。反応終了後、反応系を
ジエチルエーテル(100 ml)で希釈し、飽和食塩
水(100 ml)で2回、飽和炭酸水素ナトリウム水
溶液(100 ml)で5回洗浄した。有機層を無水硫
酸マグネシウムで乾燥し、溶媒を減圧下留去した。残渣
に酢酸エチルを加えて、生じた結晶を瀘取し、表題化合
物(2.5 g,45%)を得た。
【0068】H−NMR(CDCl,270MH
z)δ3.81(3H,s),6.85(2H,d,J
=8.9 Hz),7.23(2H,d,J=10.2
Hz),7.34−7.35(12H,m). (原料合成例4)ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタンスルフェ
ニルクロリド
【0069】
【化41】 ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタンチオール
をトルエンに溶解し、ここにローソン試薬を加え75℃
まで昇温した。反応終了後、反応系を室温に戻した後、
水で2回洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾
燥し、溶媒を減圧留去した後残渣をシリカゲルカラムク
ロマトグラフィーで精製し表題化合物を得た。 (原料合成例5)5’−O−トリフェニルメタンスルフェニル−3’−O
−t−ブチルジメチルシリルチミジン
【0070】
【化42】 3’−O−t−ブチルジメチルシリルチミジン(2.0
g,5.6 mmol)をテトラヒドロフラン(16
ml)に溶解し、ここにリチウムヘキサメチルジシラ
ジド(2.0 g,12.3 mmol)を加え室温で
25分間撹拌した。ここにトリフェニルメタンスルフェ
ニルクロリド(1.7 g,5.6 mmol)を加え
室温下30時間撹拌後、反応系を酢酸エチル(50 m
l)で希釈し、水(50 ml)1回洗浄した。有機層
を無水硫酸マグネシウムで乾燥し、溶媒を減圧下留去し
残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサ
ン:酢酸エチル=4:1)で精製し表題化合物(1.8
g,51%)を得た。
【0071】H−NMR(CDCl,270MH
z)δ0.10(6H,s),0.93(9H,s),
1.92−1.20(1H,m),2.02(3H,
s),2.25(1H,m),3.56(1H,dd,
J=3.3 Hz,J=11.2Hz),3.60(1
H,dd,J=3.0 Hz,J=11.2Hz),
3,77(1H,m),4.15(1H,m),6.3
4(1H,t,J=6.3Hz),7.36−7.47
(12H,m),7.56(1H,s),8.26(1
H,br). (原料合成例6)5’−O−(4−メトキシフェニル)ジフェニルメタン
スルフェニル−3’−O−t−ブチルジメチルシリルチ
ミジン
【0072】
【化43】 3’−O−t−ブチルジメチルシリルチミジン(356
mg,1.0 mmol)をテトラヒドロフラン(7
ml)に溶解し、ここにリチウムヘキサメチルジシラ
ジド(1.53 g,2.2 mmol)を加え室温で
25分間撹拌した。ここに(4−メトキシフェニル)ジ
フェニルメタンスルフェニルクロリド(545 mg,
1.6 mmol)を加え室温下1時間撹拌後、反応系
に濃アンモニア水(1 ml)を加え室温で5分間撹拌
した。反応系を酢酸エチル(20ml)で希釈し、飽和
食塩水(20 ml)で3回洗浄した後、有機層を無水
硫酸マグネシウムで乾燥し、溶媒を減圧下留去した。残
渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン:
酢酸エチル=4:1)で精製し表題化合物(490 m
g,74%)を得た。
【0073】H−NMR(CDCl,270MH
z)δ0.01(6H,s),0.83(9H,s),
1.91(4H,m),2.14(1H,m),3.4
0(1H,d),3.52(1H,d),3,69(1
H,m),3.81(3H,s),4.08(1H,
m),6.25(1H,t,J=5.9 Hz),6.
83(2H,d,J=8.2 Hz),7.23−7.
35(12H,m),7.48(1H,s),8.33
(1H,br). (原料合成例6)5’−O−ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタ
ンスルフェニル−3’−O−t−ブチルジメチルシリル
チミジン
【0074】
【化44】 3’−O−t−ブチルジメチルシリルチミジンをテトラ
ヒドロフランに溶解し、ここにリチウムヘキサメチルジ
シラジドを加え室温で25分間撹拌した。ここにビス
(4−メトキシフェニル)ジフェニルメタンスルフェニ
ルクロリドを加え室温下1時間撹拌後、反応系に濃アン
モニア水を加え室温で5分間撹拌した。反応系を酢酸エ
チルで希釈し、飽和食塩水で3回洗浄した後、有機層を
無水硫酸マグネシウムで乾燥し、溶媒を減圧下留去し
た。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製
し表題化合物を得た。 (原料合成例7)5’−O−トリフェニルメタンスルフェニルチミジン
【0075】
【化45】 5’−O−トリフェニルメタンスルフェニル−3’−O
−t−ブチルジメチルシリルチミジン(1.8g,2.
9 mmol)をテトラヒドロフラン(15ml)に溶
解し、ここにテトラブチルアンモニウムフルオリド(8
34 mg,3.2 mmol)と酢酸(192 m
g,3.2 mmol)を加え、室温で一晩撹拌した。
反応系に水(100 ml)を加え、酢酸エチル(12
0 ml)で1回抽出した後、有機層を水(100 m
l)で2回洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾
燥した後、溶媒を減圧下留去した残渣をシリカゲルカラ
ムクロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=1:1
−4:6)で精製し、表題化合物(1.1 g,73
%)を得た。
【0076】H−NMR(CDCl,270MH
z)δ1.85(4H,m),2.14(1H,m),
3.29(1H,dd,J=11.7 Hz,J=1.
6 Hz),3.50(1H,dd,J=11.7 H
z,3.9 Hz),3,61(1H,m),3.92
(1H,m),6.15(1H,t,J=7.8 H
z),7.10−7.32(15H,m),7.40
(1H,s),8.12(1H,br). (原料合成例8)5’−O−(4−メトキシフェニル)ジフェニルメタン
スルフェニルチミジン
【0077】
【化46】 5’−O−(4−メトキシフェニル)ジフェニルメタン
スルフェニル−3’−O−t−ブチルジメチルシリルチ
ミジン(792 mg,1.2mmol)をテトラヒド
ロフラン(4 ml)に溶解し、ここにテトラブチルア
ンモニウムフルオリド(390 mg,1.5 mmo
l)を加え、室温で1時間撹拌した。反応系を酢酸エチ
ル(30 ml)で希釈し、飽和食塩水(20 ml)
で3回洗浄した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥
した後、溶媒を減圧下留去した残渣をシリカゲルカラム
クロマトグラフィー(ヘキサン:酢酸エチル=4:6)
で精製し、表題化合物(505 mg,75%)を得
た。
【0078】H−NMR(CDCl,270MH
z)δ1.95(3H,m),2.00(1H,m),
2.25(1H,m),3.42(1H,d,J=1
1.7Hz),3.62(1H,dd,J= Hz,J
=2.3 Hz),3,73(1H,m),3.82
(3H,s),4.07(1H,m),6.26(1
H,t,J=6.6 Hz),6.85(2H,d,J
=8.6 Hz),7.24−7.35(12H,
m),7.51(1H,s),8.33(1H,b
r). (原料合成例9)5’−O−ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタ
ンスルフェニルチミジン
【0079】
【化47】 5’−O−ビス(4−メトキシフェニル)フェニルメタ
ンスルフェニル−3’−O−t−ブチルジメチルシリル
チミジンをテトラヒドロフランに溶解し、ここにテトラ
ブチルアンモニウムフルオリドを加え、室温で1時間撹
拌した。反応系を酢酸エチルで希釈し、飽和食塩水で洗
浄した。有機層を無水硫酸マグネシウムで乾燥した後、
溶媒を減圧下留去した残渣をシリカゲルカラムクロマト
グラフィーで精製し、表題化合物を得た。 (参考例1)(2−シアノエトキシ){5’−O−(4
−メトキシフェニル)ジフェニルメタンスルフェニルチ
ミジン−3’−O−イル}N,N−ジイソプロピルホス
ホロアミダイトを用いたペンタチミジル酸の合成 ペンタチミジル酸は以下の工程に従い合成した。 (1)市販の5’−O−4,4’−ジメトキシトリチル
チミジンを担持したCPG固相担体(11 mg,0.
5 μmol)をグラスフィルターに入れ、1%トリフ
ルオロ酢酸のジクロロメタン溶液(0.5 ml)で3
回洗浄した。 (2)固相担体をアセトニトリル(0.5 ml)で3
回洗浄した。 (3)反応容器にアセトニトリル(0.13 ml)を
加え、ここに(2−シアノエトキシ){5’−O−(4
−メトキシフェニル)ジフェニルメタンスルフェニルチ
ミジン−3’−O−イル}N,N−ジイソプロピルホス
ホロアミダイト(7.5 mg,10μmol)と1H
−テトラゾール(2.8 mg,40μmol)を加え
室温で1分間振盪した。 (4)上清を流しだし、固相担体をアセトニトリルで3
回洗浄した。 (5)反応容器に0.1 M ジメチルアミノピリジン
のピリジン溶液と無水酢酸とを体積比9:1で混合した
溶液を加え、室温で2分間振盪した。 (6)上清を流しだし、固相担体をアセトニトリルで3
回洗浄した。 (7)反応容器にヨウ素をピリジンとアセトニトリルと
水とを9:10:1の体積比で混合した溶媒に0.5M
になるように溶解した溶液を加え、室温で2分間振盪し
た。 (8)(3)から(7)の操作を合計4回繰り返した。 (9)反応容器に濃アンモニア水を加え室温で30分振
盪した。 (10)上清を集め減圧下濃縮した。 (11)残渣を逆相高速液体クロマトグラフィー(Wa
ters μBondasphere,アセトニトリ
ル:0.1M酢酸アンモニウム=0:100から30:
70、30分の均等勾配)で精製して目的物を得た。:
保持時間12.5分、MALDI TOF−MASS
[M+1]=1455。 (参考例2)(2−シアノエトキシ){5’−O−(4
−メトキシフェニル)ジフェニルメタンスルフェニルチ
ミジン−3’−O−イル}N,N−ジイソプロピルホス
ホロアミダイトを用いたペンタチミジル酸ホスホロチオ
エートの合成 ペンタチミジル酸ホスホロチオエートは以下の工程に従
い合成した。 (1)市販の5’−O−4,4’−ジメトキシトリチル
チミジンを担持したCPG固相担体(11 mg,0.
5 μmol)をグラスフィルターに入れ、1%トリフ
ルオロ酢酸のジクロロメタン溶液(0.5 ml)で3
回洗浄した。 (2)固相担体をアセトニトリル(0.5 ml)で3
回洗浄した。 (3)反応容器にアセトニトリル(0.13 ml)を
加え、ここに(2−シアノエトキシ){5’−O−(4
−メトキシフェニル)ジフェニルメタンスルフェニルチ
ミジン−3’−O−イル}N,N−ジイソプロピルホス
ホロアミダイト(7.5 mg,10μmol)と1H
−テトラゾール(2.8 mg,40μmol)を加え
室温で1分間振盪した。 (4)上清を流しだし、固相担体をアセトニトリルで3
回洗浄した。 (5)反応容器に0.1 M ジメチルアミノピリジン
のピリジン溶液と無水酢酸とを体積比9:1で混合した
溶液を加え、室温で2分間振盪した。 (6)上清を流しだし、固相担体をアセトニトリルで3
回洗浄した。 (7)反応容器に0.5 M テトラエチルチウラムジ
スルフィドのアセトニトリル溶液を加え、室温で15分
間振盪した。 (8)上清を流しだし、固相担体をアセトニトリルで3
回洗浄した。 (9)反応容器にヨウ素をピリジンとアセトニトリルと
水とを9:10:1の体積比で混合した溶媒に0.5M
になるように溶解した溶液を加え、室温で2分間振盪し
た。 (10)(3)から(9)の操作を合計4回繰り返し
た。 (11)反応容器に濃アンモニア水を加え室温で30分
振盪した。 (12)上清を集め減圧下濃縮した。 (13)残渣を逆相高速液体クロマトグラフィー(Wa
ters μBondasphere,アセトニトリ
ル:0.1M酢酸アンモニウム=0:100から30:
70、30分の均等勾配)で精製して目的物を得た。
【0080】
【発明の効果】本発明は、新規なヌクレオシドホスホロ
アミダイド化合物を提供する。この化合物を核酸合成試
薬として用いることにより、煩雑でかつデプリネーショ
ンを起こすおそれのあるDMTr基の脱保護工程を省略
することができるようになる。

Claims (5)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 下記の一般式(I): 【化1】 (式中、R1はリン酸保護基を表し、R2は窒素原子上
    に炭素数1から5の同一若しくは異なるアルキル基がふた
    つ結合したジアルキルアミノ基〔ふたつのアルキル基が
    互いに結合して環を形成してもよい〕、又はモルホリン
    −1−イル基を表し、R3はアルコキシ基を有していて
    もよいトリチル基を表し、R4は水素又はO−R5〔但
    し、R5はtert-ブチリルジメチルシリル基、テトラヒ
    ドロピラン−2−イル基、4−メトキシテトラヒドロピ
    ラン−4−イル基、又はトリイソプロピルシリルオキシ
    メチル基を表す。〕を表し、Bは保護基を有していても
    よい核酸塩基の残基を表す。)で表されるヌクレオシド
    ホスホロアミダイト化合物。
  2. 【請求項2】 一般式(I)におけるR1が、メチル
    基、2−シアノエチル基、又は2−トリメチルシリルエ
    チル基である請求項1記載のヌクレオシドホスホロアミ
    ダイト化合物。
  3. 【請求項3】 一般式(I)におけるR3が、下記の一
    般式(II): 【化2】 (式中、R6、R7、R8は互いに同一または異なっ
    て、水素、炭素数1から10のアルコキシ基を表す。)で
    表される基である請求項1又は2記載のヌクレオシドホ
    スホロアミダイト化合物。
  4. 【請求項4】 一般式(I)におけるBが、下記の一般
    式(III)、(IV)、(V)、(VI)、又は(VII): 【化3】 【化4】 【化5】 【化6】 【化7】 (式中、R9は、ベンゾイル基、4−メトキシベンゾイ
    ル基、アセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソ
    ブチリル基、フェニルアセチル基、フェノキシアセチル
    基、4−tert−ブチルフェノキシアセチル基、又は4−
    イソプロピルフェノキシアセチル基を表す。)で表され
    る基である請求項1乃至3のいずれか一項に記載のヌク
    レオシドホスホロアミダイト化合物。
  5. 【請求項5】 一般式(I)におけるR1が2−シアノ
    エチル基で、R2がジイソプロピルアミノ基で、R3が
    トリチル基、4−メトキシトリチル基、又は4,4’−
    ジメトキシトリチル基で、R4が水素で、Bがチミン−
    1−イル基である請求項1記載のヌクレオシドホスホロ
    アミダイト化合物。
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