WO2005080404A1 - 核酸固相合成用シリルリンカー - Google Patents

核酸固相合成用シリルリンカー Download PDF

Info

Publication number
WO2005080404A1
WO2005080404A1 PCT/JP2005/002059 JP2005002059W WO2005080404A1 WO 2005080404 A1 WO2005080404 A1 WO 2005080404A1 JP 2005002059 W JP2005002059 W JP 2005002059W WO 2005080404 A1 WO2005080404 A1 WO 2005080404A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
group
solid
compound according
nucleic acid
compound
Prior art date
Application number
PCT/JP2005/002059
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Mitsuo Sekine
Kohji Seio
Akihiro Ohkubo
Original Assignee
Japan Science And Technology Agency
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Japan Science And Technology Agency filed Critical Japan Science And Technology Agency
Priority to CA002556593A priority Critical patent/CA2556593A1/en
Priority to EP05710111A priority patent/EP1721907A4/en
Priority to US10/590,267 priority patent/US7786296B2/en
Publication of WO2005080404A1 publication Critical patent/WO2005080404A1/ja

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/16Purine radicals
    • C07H19/173Purine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F7/00Compounds containing elements of Groups 4 or 14 of the Periodic System
    • C07F7/02Silicon compounds
    • C07F7/08Compounds having one or more C—Si linkages
    • C07F7/0896Compounds with a Si-H linkage
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06Pyrimidine radicals
    • C07H19/073Pyrimidine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical

Definitions

  • the present invention relates to a silyl linker that can be efficiently introduced into a solid support used for DNA synthesis.
  • Non-Patent Document 1 (Non-Patent Document 1).
  • this requires a long time, almost one day, to introduce the compound into the solid phase carrier, and its introduction efficiency is particularly low when introducing the compound into an HCP solid phase (34 mol / g) with a small total amount of amino groups. It was extremely low (6-8 mol / g), which was not sufficient in terms of practicality.
  • Non-Patent Document 1 Kobori, A .; Miyata, K .; Ushioda, ⁇ .; Seio, ⁇ .; Sekine, ⁇ ., Chemistry
  • an object of the present invention is to develop a silyl linker that can be efficiently introduced into a solid support.
  • the inventor has solved this problem by introducing a spacer to the conventional silyl linker, and has completed the present invention.
  • the present invention provides a compound represented by the following general formula (I) or a salt thereof or a silyl linker for solid phase synthesis of a nucleic acid:
  • Rl and R2 are an alkyl group or an aryl group, and (A) represents a part of the spacer. Show)
  • the present invention provides a compound as described above, wherein the compound is a nucleoside or a derivative thereof (for example, a compound in which the 5-position hydroxyl group of the sugar is protected with an appropriate protecting group) via an oxygen atom at the 3-position of the sugar. It relates to a 3'-terminal nucleoside unit formed by bonding.
  • the base constituting the nucleoside is thymine, there is no amino group, which is advantageous because it does not need to be protected when introduced into a solid phase.
  • the present invention also relates to any solid phase carrier known to those skilled in the art into which the 3'-terminal nucleoside unit or the silyl linker for nucleic acid solid phase synthesis has been introduced, particularly an HCP solid phase carrier.
  • the present invention also relates to a method for synthesizing a nucleic acid oligomer using the solid phase carrier of the present invention. This method is particularly advantageous for the synthesis of a nucleic acid oligomer containing a modified base which is unstable under basic conditions such as acetylsilyl cytosine.
  • novel silyl linker of the present invention can be cut out under neutral conditions, and the amount of the 3 'terminal nucleoside unit introduced into the solid support is 20-30 ⁇ mol / It could be improved to about g.
  • FIG. 1 shows the FIG. 1 reversed-phase 'anion exchange HPLC chart of d synthesized using Shirirurinka one [GC ae ATCAGC ae C ae TCAT ].
  • n represents a natural number, preferably 2-18). It is also possible for the alkylene group to have at least one other group, for example an ether linkage or a thioether linkage.
  • R1 and R2 which are arbitrary substituents known to those skilled in the art, may be present on a silyl group.
  • a silyl group For example, an alkyl group having 1 to 5 carbon atoms, or a benzyl group, a phenyl group, And aryl groups such as a naphthyl group.
  • the benzene ring skeleton of the compound of the present invention may have any substituent known to those skilled in the art.
  • the powerful substituent include an alkyl group having 114 carbon atoms, a halogeno group, a nitro group, a cyano group, and a methoxy group.
  • -CONH- and Si are bonded to the benzene ring skeleton at the para position.
  • any known salts or esters can be selected, for example, triethylammonium salt, tributylammonium salt, and ethyldiisopropylammonium.
  • salts such as salts, and esters such as cyanoethyl ester, aryl ester, and 4-trophenyl-ethyl ester.
  • the compound of the present invention can be easily synthesized by those skilled in the art by referring to the present specification, particularly, the descriptions in the following Examples and the like. Further, V and various conditions not described in this specification can be appropriately selected by those skilled in the art.
  • the resultant was diluted with black-mouthed form (100 mL), and extracted three times with 100% of a 5 wt% -sodium bicarbonate aqueous solution. Further, the organic layer was recovered, dried over anhydrous sodium sulfate, and filtered, and the solvent was distilled off under reduced pressure. The crude product was purified by silica gel column chromatography (1% pyridine), eluted with hexane using a gradient of 30-100% chloroform, and the solvent was distilled off. Then, it was dissolved in 30 mL of acetonitrile, DBU (1.7 mL, 11.2 mmol) was added thereto, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes.
  • DBU 1.7 mL, 11.2 mmol
  • the solid support was filtered, washed and dried with acetonitrile, and then added to a solution of acetic anhydride (0.5 ml) and DMAP (5 mg) dissolved in pyridin (4.5 mL). After stirring for 3 hours, the solid support was filtered again and washed with acetonitrile. The amount introduced into the solid support was determined by colorimetric determination of trityl groups (21 / z mol / g
  • the cyanoethyl group was removed with CN (500 ⁇ L). Wash the solid support with CH CN (1 mL x 3).
  • the solid support was treated for 1 hour with a reaction solution of TBAF (131 mg, 0.5 mmol) and acetic acid (24 ⁇ L, 0.5 mmol) dissolved in 500 ⁇ l of anhydrous THF to cut out DNA oligomers.
  • the resulting mixed solution was desalted using an S-mark-Pak C18 cartridge, further diluted with water, and analyzed using reverse phase / anion exchange HPLC.
  • the results obtained in the mass spectrometry of the compound are as follows: d [GC ac ATCAGC ac C ac TCAT], Mass (M- H) calcd 4017.72, found 4018.00.
  • silyl linker or the 3 ′ terminal nucleoside unit of the present invention it becomes possible to synthesize a DNA derivative having a basic and unstable functional group having various functions.

Abstract

 本発明の目的は、DNA等の核酸オリゴマー合成に使用する固相担体に効率よく導入できるシリルリンカーを開発することである。  本発明は、以下の一般式(I)で示される化合物又はその塩若しくはである核酸固相合成用シリルリンカー: H-(R1)Si(R2)-(C6H4)-CONH-(A)-COOH  (I) (式中、R1及びR2は、アルキル基又はアリール基であり、(A)はスペーサー部位を示す)、該化合物がヌクレオシド又はその誘導体の糖の3位に酸素原子を介して結合して成る、3’末端ヌクレオシドユニット、該3’末端ヌクレオシドユニットが導入されている固相担体、及び、該固相担体を用いる、核酸オリゴマーの合成方法に係る。

Description

核酸固相合成用シリルリンカ一
技術分野
[0001] 本発明は、 DNA合成に用いる固相担体に効率よく導入できるシリルリンカ一に関 する。
背景技術
[0002] 核酸関連研究の多様ィ匕が進む中で、酸ィ匕損傷 DNAオリゴマーや塩基性条件下で 不安定な官能基をもつ DNAオリゴマーなど通常の DNA合成で用いる塩基性条件( アンモニア処理)では分解してしまう機能性分子の迅速かつ高純度な合成が望まれ ている。
[0003] これまでに、中性条件で切り出しができるシリルリンカ一として、本発明者の一人であ る関根が開発した安息香酸型化合物である iP Si-C H -C(O)-型のものが知られて
2 6 4
いた (非特許文献 1)。しかし、これは固相担体への導入にほぼ 1日もの長い時間を 要し、又、その導入効率も、特にアミノ基総量が少ない HCP固相(34 mol/g)への 導入に場合には極めて低く(6-8 mol/g)、実用性の点で十分ではなかった。
[0004] 非特許文献 1 : Kobori, A.; Miyata, K.; Ushioda, Μ.; Seio, Κ.; Sekine, Μ., Chemistry
Letters, 2002, 16—17
発明の開示
発明が解決しょうとする課題
[0005] 従って、本発明は、固相担体に効率よく導入できるシリルリンカ一を開発することを目 的とする。発明者は鋭意研究の結果、従来のシリルリンカ一にさらにスぺーサーを導 入することによってこの課題を解決し、本発明を完成した。
課題を解決するための手段
[0006] 即ち、本発明は、以下の一般式 (I)で示される化合物又はその塩若しくはである核 酸固相合成用シリルリンカ一:
H- (Rl) Si (R2) - (C H ) - CONH- (A) - COOH (I)
6 4
(式中、 Rl及び R2は、アルキル基又はァリール基であり、(A)はスぺーサ一部位を 示す)
に係る。
[0007] 更に、本発明は、上記化合物がヌクレオシド又はその誘導体 (例えば、糖の 5位水 酸基が適当な保護基で保護されているもの等)の糖の 3位に酸素原子を介して結合 して成る、 3'末端ヌクレオシドユニットに係る。特に、ヌクレオシドを構成する塩基がチ ミンである場合には、ァミノ基がないので、固相への導入時に保護する必要がないの で有利である。
[0008] 又、本発明はこの 3'末端ヌクレオシドユニット又は核酸固相合成用シリルリンカ一 が導入されている、当業者に公知の任意の固相担体、特に HCP固相担体に係るも のである。又、本発明の固相担体を用いる核酸オリゴマーの合成方法にも係る。この 方法は、特に、ァセチルイ匕シトシンのような塩基性条件下では不安定な修飾塩基を 含む核酸オリゴマーの合成に有利である。
発明の効果
[0009] 本発明の新規シリルリンカ一は中性条件で切り出しができ、更に、 3'末端ヌクレオ シドユニットの固相担体への導入量を、 DNA合成において最適とされていた 20— 30 μ mol/g程度に飛躍的に向上することができた。
図面の簡単な説明
[0010] [図 1]シリルリンカ一を用いて合成した d[GCaeATCAGCaeCaeTCAT]の逆相'陰イオン 交換 HPLCのチャートを示す。
発明を実施するための最良の形態
[0011] 本発明化合物におけるスぺーサ一部位 (A)としては、所望の目的を達成することが できる限り、当業者に公知の任意のものを使用することが出来る。例えば、一般式 (II
) :
(CH ) n— (II)
2
(式中、 nは自然数、好ましくは 2— 18を示す)で示されるアルキレン基を挙げることが 出来る。アルキレン基中に、少なくとも一つのほかの基、例えば、エーテル結合又は チォエーテル結合を有することも可能である。
[0012] シリル基上には当業者に公知の任意の置換基である R1及び R2があってもよぐ例 えば、炭素原子数 1一 5を有するアルキル基、又は、任意の位置で、該アルキル基、 ニトロ基、シァノ基、ハロゲノ基、又はアルコキシ基で置換されていても良い、ベンジ ル基、フエ-ル基、及びナフチル基のようなァリール基を挙げることが出来る。
[0013] 更に、本発明化合物のベンゼン環骨格が当業者に公知の任意の置換基を有する ものであっても良い。力かる置換基の例としては、炭素原子数 1一 4を有するアルキル 基、ハロゲノ基、ニトロ基、シァノ基、及びメトキシ基力 成る群力 選択される。尚、 - CONH-と Siはベンゼン環骨格にパラの位置で結合している。
[0014] 本発明化合物の塩若しくはエステルとしては当業者に公知の任意のもの力 選択 することができ、例えば、トリェチルアンモニゥム塩、トリブチルアンモニゥム塩、及び ェチルジイソプロピルアンモ-ゥム塩等の塩、並びに、シァノエチルエステル、ァリル エステル、及び 4 -トロフエ-ルェチルエステル等のエステルを挙げることが出来る
[0015] 本発明の化合物は、本明細書、特に以下の実施例の記載等を参照することによつ て、当業者であれば容易に合成することが出来る。また、本明細書に記載されていな V、諸条件は当業者が適宜選択することができる。
実施例
[0016] 以下、実施例に則して本発明を更に詳しく説明する。尚、本発明の技術的範囲は 以下の実施例によって何ら制限されるものではない。
[0017] 実施例 1 :シリルリンカ一の合成
4-ジイソプロビルシラニルベンゾイルク口ライド(2)
4-ジイソプロビルシラ-ル安息香酸 1 (6.7 g, 28.4 mmol)と塩化チォ -ル(3.2 mL,
42.6 mmol)を混合し、 2時間加熱還流を行った。その後、目的物を減圧蒸留
(ImmHg, 102-104°C)により単離精製した (5.6 g, 77 %)。この NMRデータは以下のと おりである。
[0018] JH NMR (CDCl ): 0.95—1.06 (m, 12H), 1.21—1.29 (m, 2H), 3.99 (t, 1H, J = 3.1 Hz),
3
7.64 (d, 2H, J = 7.8 Hz), 8.03 (d, 2H, J = 7.8 Hz).
13C NMR (CDCl ): 10.7, 18.5, 18.7, 130.0, 133.6, 135.9, 144.5, 168.3.
3
[0019] 4^4- (ジイソプロピルシラニル)ベンゾイノレアミノ 1ブタン酸(3) 4-アミノブタン酸(910 mg, 8.94 mmol)を溶解させた IN水酸化ナトリウム水溶液(9 mL)に、ジイソプロピルシラ -ルベンゾイルク口ライド 2 (1.7 g, 6.7 mmol)をカ卩え、 8時 間撹拌をおこなった。続いて、この水溶液に 12N塩酸を pH力 ¾になるまでカ卩え、 400 mLの CH C1を用いて抽出、有機層を回収した。この有機層を無水硫酸ナトリウムで
2 2
乾燥してろ過し、溶媒を減圧留去させた。 目的物の単離精製はシリカゲルカラムクロ マトグラフィーを用いて行った。クロ口ホルムに 0-3%メタノールのグラジェントをかけて 溶出し、溶媒を留去し目的の白色固体を得た (1.4 g, 65 %)。この NMRデータは以下 のとおりである。
[0020] JH NMR (CDCl ): 0.93—1.06 (m, 12H), 1.16—1.25 (m, 2H), 1.94 (t, 2H, J = 4.1 Hz),
3
2.45 (t, 2H, J = 6.9 Hz), 3.50 (dd, 2H, J = 6.5 Hz, J = 9.7 Hz), 3.93 (t, IH, J =3.1
Hz), 6.77 (brs, IH), 7.54 (d, 2H, J = 8.1 Hz), 7.72 (d, 2H, J = 8.1 Hz).
13C NMR (CDCl ): 10.5, 17.9, 18.3, 18.4, 24.3, 31.6, 39.5, 57.9, 77.2, 125.8,
3
134.3, 135.3, 138.6, 168.3, 176.6.
[0021] 4-Γ4- (ジイソプロピルシラ -ル)ベンゾィルァミノ Ίブタン酸 2-シァノエチルエステル
141
4-[4- (ジイソプロピルシラ -ル)ベンゾィルァミノ]ブタン酸 3 (1.3 g, 4.1 mmol)と 2- シァノエタノール(548 n 8.1 mmol),トリェチルァミン(828 L, 6.1 mmol)を溶解さ せたピリジン溶液(20 mL)に縮合剤 Ν,Ν-ビス(2-ォキソ -3-ォキサゾリジ-ル)-ホスフ イン酸クロリド BOP- C1 (1.5 g, 6.1 mmol)を加えた。室温で 3時間撹拌後、水(5 mL) を加えた。 5分後、クロ口ホルム (200 mL)で希釈後、 5wt%-炭酸水素ナトリウム水溶液 150mlで 3回抽出操作を行った。さらに、有機層を回収し無水硫酸ナトリウムで乾燥し てろ過し、溶媒を減圧留去させた。この粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー により精製し、クロ口ホルムに 0-3%メタノールのグラジェントをかけて溶出し、溶媒を留 去し目的物を得た (1.2 g,79%)0この NMRデータは以下のとおりである。
[0022] 1H NMR (CDC1 ): 0.89—1.00 (m, 12H), 1.15—1.21 (m, 2H), 1.89 (t, 2H, J = 6.9 Hz),
3
2.40 (t, 2H, J = 7.0 Hz), 2.62 (t, 2H, J = 6.2 Hz), 3.42 (dd, 2H, J = 6.6 Hz, J = 12.8 Hz), 3.89 (t, IH, J =3.0 Hz), 4.18 (t, 2H, J =6.2 Hz), 6.99 (brs, IH), 7.49 (d, 2H, J = 7.6 Hz), 7.72 (d, 2H, J = 7.8 Hz). C NMR (CDC1 ): 10.4, 17.8, 18.3, 18.4, 24.4, 31.2, 39.1, 58.5, 77.2, 116.7,
3
125.7, 134.7, 135.3, 138.4, 167.4, 172.4.
[0023] 5 ' -O- (4,4' -ジメトキシトリチル) -チミジン- 3 ' -0-ジイソプロビルシリル- 4-ベンゾィル アミノブタン酸トリェチルアンモニゥム(6)
4-[4- (ジイソプロピルシラ -ル)ベンゾィルァミノ]ブタン酸 2-シァノエチルエステ ル 4 (1.1 g, 2.9 mmol)を無水 CH CI 15mLに溶解し、 1,3-ジクロロ- 4,4-ジメチルヒダン
2 2
トイン(1.2 g, 5.9 mmol)をカ卩えた。室温 30分の撹拌の後、この反応溶液を 5,- 0- (4,4, -ジメトキシトリチル)チミジン(3.2 g, 5.9 mmol)とイミダゾール(2.0 g, 29.4 mmol)を溶 解させた無水 CH CI 10mLに加えた。室温で 30分撹拌後、水(5 mL)を加えた。 5分
2 2
後、クロ口ホルム (100 mL)で希釈後、 5wt%-炭酸水素ナトリウム水溶液 100mlで 3回抽 出操作を行った。さらに、有機層を回収し無水硫酸ナトリウムで乾燥してろ過し、溶媒 を減圧留去させた。この粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(1%ピリジン) により精製し、へキサンに 30-100%クロ口ホルムのグラジェントをかけて溶出し、溶媒を 留去した。その後、ァセトニトリル 30 mLに溶解し、 DBU (1.7 mL, 11.2 mmol)をカ卩えて 、室温で 30分間撹拌した。その後、 0.5 Mの炭酸トリェチルアンモ -ゥムバッファー 100 mLを加え、クロ口ホルム 100 mLで抽出を行った。さら〖こ、有機層を回収し無水硫 酸ナトリウムで乾燥してろ過し、溶媒を減圧留去させた。この粗生成物をシリカゲル力 ラムクロマトグラフィーにより精製し、クロ口ホルムに 1%のトリエチルァミンを混合し、
0-3%メタノールのグラジェントをかけて溶出し、溶媒を留去し目的物を得た (1.5 g, 54%)。この NMRデータは以下のとおりである。
[0024] 1H NMR (CDC1 ): 0.92—1.08 (m, 12H), 1.18—1.30 (m, 11H), 1.49 (s, 3H), 1.93 (t,
3
2H, J = 6.3 Hz), 2.35-2.47 (m, 4H), 3.42 (d, 2H, J = 7.3 Hz), 3.45-3.75 (m, 8H), 3.78 (s, 6H), 4.14 (s, 1H), 4.64 (s, 1H), 6.44 (t, 1H, J = 6.8 Hz), 6.80 (d, 4H, J = 7.6 Hz), 7.18-7.80 (m, 14H).
[0025] 実施例 2 :固相担体 (7)の調製
十分乾燥させたハイリークロスリンクポリスチレン(HCP)固相担体(500mg 52 μ mol) 、 5, -O- (4,4, -ジメトキシトリチル), 3, -0- (ジイソプロビルシリル- 4-ベンゾィルアミノブ タン酸トリェチルアンモ-ゥム)チミジン 3-9 (260 ^ mol)そして DCC (268 1.3mmol)を ジクロロメタン (5 mL)に溶かし、室温 12時間撹拌した。反応後、固相担体をろ過し、 ァセトニトリルでの洗浄 ·乾燥を行った後、無水酢酸(0.5ml)と DMAP (5 mg)をピリジ ン(4.5 mL)に溶力した溶液に加えた。 3時間撹拌を行った後、固相担体を再度ろ過 し、ァセトニトリルで洗浄した。固相担体への導入量は、トリチル基の比色定量より求 めた (21 /z mol/g
以上の各合成ステップを以下の化 1及び化 2にまとめて示した。
[化 1]
Figure imgf000008_0001
3 65% 4 79%
[0027] [化 2]
Figure imgf000009_0001
21 mmol/g
[0028] 実施例 3:シリルリンカ一を用いた DNA合成
一部のシトシン塩基部位のァミノ基がァセチルイ匕された DNA13量体 d[GCae ATCAGCacCacTCAT]の合成をおこなった。尚,このァセチル基はアンモニア程度の 弱い塩基性条件で不安である。しかし,このァセチルイ匕されたシトシン塩基はグァ- ン塩基とワトソン一クリック型の塩基対を形成でき、これを含む DNAオリゴマーは天然 型のシトシン塩基より二重鎖形成能が高 、と 、う特殊な性質をもって 、る。
[0029] DNAオリゴマーの自動合成機による合成は、 HCP固相担体 7 (1 μ mol, 21 μ mo/g) を Applied Biosystem Inc.(ABI)の DNA/RNA Synthesizer 392に用いておこなった。合 成各鎖伸長サイクルは、以下の表に示すとおりである。
[0030] [表 1] Step operation Reagent(s) time, (min)
1 washing CH3CN 0.2
2 detritylation 3% CI3CCOOH / CH2CI2 1.5
3 washing CH3CN 0.4
4 coupling 0.1 M amidite + 0.2M HOtfBt in CH3CN-NMP (15:1 , v/v) 1.0
5 washing CH3CN 0.2
6 coupling 0.1 amidite + 0.2M HOtfBt in CH3CN-NMP (15:1 , v/v) 1.0
7 washing CH3CN 0.2
8 oxidation 0.1 I2 in Py-H20-THF (20:2:78, v/v/v) 0.5
9 washing CH3CN 0.4
[0031] 続いて、 DMTr基を 1分間の 3% trichloroacetic acid in CH CI (2 mL)で除去し、 CH
2 2 2
CI (1 mL x 3), CH CN (1 mL x 3)で固相担体を洗浄した。その後、 10% DBU in CH
2 3 3
CN (500 μ L)でシァノエチル基を除去した。 CH CN (1 mL x 3)で固相担体を洗浄し
3
た後に、 TBAF (131 mg, 0.5 mmol)と酢酸 (24 μ L, 0.5mmol)を無水 THF 500 μしに 溶かした反応溶液で固相担体を 1時間処理し、 DNAオリゴマーの切り出しを行った。 得られた混合溶液を S印- Pak C18カートリッジを用いて、脱塩後、さらに水で希釈し、 逆相 ·陰イオン交換 HPLCを用いて解析をした。得られた化合物の質量分析に結果 は以下のとおりである: d[GCacATCAGCacCacTCAT], Mass (M- H) calcd 4017.72, found 4018.00。
産業上の利用可能性
[0032] 本発明のシリルリンカ一又は 3'末端ヌクレオシドユニットを用いることによって、塩基 性で不安定な様々な機能をもつ官能基をもつ DNA誘導体の合成できるようになる。

Claims

請求の範囲
[I] 以下の一般式 (I)で示される化合物又はその塩若しくはエステルである核酸固相合 成用シリルリンカ一:
H- (Rl) Si (R2) - (C H ) - CONH- (A) - COOH (I)
6 4
(式中、 Rl及び R2は、アルキル基又はァリール基であり、(A)はスぺーサ一部位を 示す)。
[2] スぺーサ一部位 (A)力 — (CH ) n-: (nは自然数を示す)で示されるアルキレン基で
2
ある、請求項 1記載の化合物。
[3] nが 2— 18である、請求項 2記載の化合物。
[4] アルキレン基中に、少なくとも一つのエーテル結合又はチォエーテル結合を有する、 請求項 2又は 3に記載の化合物。
[5] R1及び R2が炭素原子数 1一 5を有するアルキル基である、請求項 1一 4のいずれか 一項に記載の化合物。
[6] R1及び R2のァリール基力 アルキル基、ニトロ基、シァノ基、ハロゲノ基、又はメトキ シ基で置換されている、請求項 1一 4のいずれか一項に記載の化合物。
[7] ベンゼン環骨格が置換基を有する、請求項 1一 6のいずれか一項に記載の化合物。
[8] ベンゼン環骨格の置換基が炭素原子数 1一 4を有するアルキル基、ハロゲノ基、 -ト 口基、シァノ基、及びメトキシ基から成る群から選択される、請求項 7記載の化合物。
[9] 請求項 1一 8のいずれか一項に記載の化合物がヌクレオシド又はその誘導体の糖の
3位に酸素原子を介して結合して成る、 3 '末端ヌクレオシドユニット。
[10] ヌクレオシドを構成する塩基がチミンである、請求項 9記載の 3 '末端ヌクレオシドュ- ッ卜。
[II] 5 ' -0- (4,4' -ジメトキシトリチル) -チミジン- 3, -0-ジイソプロビルシリル- 4-ベンゾィル アミノブタン酸トリェチルアンモ -ゥムである請求項 10記載の化合物。
[12] 請求項 9記載の 3 '末端ヌクレオシドユニットが導入されている固相担体。
[13] 3 '末端ヌクレオシドユニットが 20— 30 mol/gの割合で導入されている、請求項 12記 載の固相担体。
[14] HCP固相担体である、請求項 12又は 13記載の固相担体。
[15] 請求項 12、 13又は 14に記載の固相担体を用いる、核酸オリゴマーの合成方法。
[16] 核酸オリゴマーが修飾塩基を含むものである、請求項 15記載の合成方法。
PCT/JP2005/002059 2004-02-25 2005-02-10 核酸固相合成用シリルリンカー WO2005080404A1 (ja)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CA002556593A CA2556593A1 (en) 2004-02-25 2005-02-10 Silyl linker for solid-phase synthesis of nucleic acid
EP05710111A EP1721907A4 (en) 2004-02-25 2005-02-10 SILYL-LINKER FOR THE SOLID PHASE SYNTHESIS OF NUCLEIC ACID
US10/590,267 US7786296B2 (en) 2004-02-25 2005-02-10 Silyl linker for solid-phase synthesis of nucleic acid

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2004-049303 2004-02-25
JP2004049303A JP4550447B2 (ja) 2004-02-25 2004-02-25 核酸固相合成用シリルリンカー

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2005080404A1 true WO2005080404A1 (ja) 2005-09-01

Family

ID=34879540

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/JP2005/002059 WO2005080404A1 (ja) 2004-02-25 2005-02-10 核酸固相合成用シリルリンカー

Country Status (5)

Country Link
US (1) US7786296B2 (ja)
EP (1) EP1721907A4 (ja)
JP (1) JP4550447B2 (ja)
CA (1) CA2556593A1 (ja)
WO (1) WO2005080404A1 (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009154432A2 (ko) * 2008-06-20 2009-12-23 주식회사 엘지화학 신규의 겔화제, 이를 포함하는 겔액정, 및 상기 겔액정을 함유하는 액정 소자

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010053993A1 (en) 2008-11-04 2010-05-14 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Heterobifunctional polymers and methods for layer-by-layer construction of multilayer films
US9006345B2 (en) 2011-03-25 2015-04-14 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Heterotrifunctional molecules and methods for the synthesis of dendrimeric materials
JP6028979B2 (ja) * 2012-01-30 2016-11-24 日東電工株式会社 核酸固相合成用リンカー及び担体

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3831173A (en) 1969-12-17 1974-08-20 Massachusetts Inst Technology Ground radar system
GB2247381B (en) 1987-08-28 1992-08-05 Sensormatic Electronics Corp An electronic article surveillance system
US5576624A (en) 1989-01-12 1996-11-19 Bhc Consulting Pty Ltd. Pulse induction time domain metal detector
US5457394A (en) 1993-04-12 1995-10-10 The Regents Of The University Of California Impulse radar studfinder
US6600320B2 (en) 1996-03-25 2003-07-29 The Johns Hopkins University Apparatus with movable receiver coil array for locating a buried metallic object
US6362737B1 (en) 1998-06-02 2002-03-26 Rf Code, Inc. Object Identification system with adaptive transceivers and methods of operation
AUPP097297A0 (en) 1997-12-17 1998-01-15 Paltoglou, George Dr Metal detector method and apparatus
JP2001244308A (ja) 2000-02-25 2001-09-07 Mitsubishi Electric Corp 高周波信号用のプローブ
US6617856B1 (en) 2002-02-15 2003-09-09 Radiodetection Limited Electronic marker locator system and method
US6954072B1 (en) 2002-08-22 2005-10-11 Seba Dynatronic Messund Ortungstechnik Gmbh Procedure and device for radiating and detecting the plurality of frequencies of electronic markers
US6927577B2 (en) 2003-09-23 2005-08-09 The Johns Hopkins University Digital nulling pulse inductive metal detector
US6977504B2 (en) 2003-12-31 2005-12-20 Calypso Medical Technologies, Inc. Receiver used in marker localization sensing system using coherent detection
US7285958B2 (en) 2004-01-15 2007-10-23 Metrotech Corporation, Inc. Method and apparatus for digital detection of electronic markers using frequency adaptation
US7444120B2 (en) 2004-05-11 2008-10-28 Sensormatic Electronics Corporation Active transmitter ringdown for switching power amplifier

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
GRENIER-LOUSTALUT M.F. ET AL: "Mechanisms and kinetics of polymerization of thermoplastic polyimides. II. Study of bridged dianhydride/aromatic amine systems", JOURNAL OF POLYMER SCIENCE PART A POLYMER CHEMISTRY, vol. 31, no. 12, 1993, pages 3049 - 3063, XP002056855 *
KOBORI A. ET AL: "A New Silyl Ether-Type Linker Useful for the Automated Synthesis of Oligonucleotides Having Base-Labile Protecting Groups", CHEMISTRY LETTERS, no. 1, 2002, pages 16 - 17, XP002988712 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009154432A2 (ko) * 2008-06-20 2009-12-23 주식회사 엘지화학 신규의 겔화제, 이를 포함하는 겔액정, 및 상기 겔액정을 함유하는 액정 소자
WO2009154432A3 (ko) * 2008-06-20 2010-04-01 주식회사 엘지화학 신규의 겔화제, 이를 포함하는 겔액정, 및 상기 겔액정을 함유하는 액정 소자
US8557141B2 (en) 2008-06-20 2013-10-15 Lg Chem, Ltd. Gelling agent, a liquid crystal gel comprising the same, and a liquid crystal device comprising the liquid crystal gel

Also Published As

Publication number Publication date
JP2005239604A (ja) 2005-09-08
CA2556593A1 (en) 2005-09-01
US7786296B2 (en) 2010-08-31
EP1721907A1 (en) 2006-11-15
EP1721907A4 (en) 2009-09-16
JP4550447B2 (ja) 2010-09-22
US20080051571A1 (en) 2008-02-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CA2627216C (en) Polynucleotide labelling reagent
JP2519406B2 (ja) 保護剤を結合したオリゴヌクレオチド連鎖を含む新規化合物、及び該新規化合物の製造方法
AU777049B2 (en) Xylo-LNA analogues
JP3488435B2 (ja) 5’−修飾オリゴヌクレオチド
WO2004013154A1 (en) Method for preparing oligonucleotides
KR101437824B1 (ko) 올리고뉴클레오티드의 합성
JPH0468320B2 (ja)
WO2005080404A1 (ja) 核酸固相合成用シリルリンカー
AU2006316903B8 (en) Polynucleotide labelling reagent
JPH1180190A (ja) 人工核酸およびその製造方法、デオキシリボフラノース化合物、リボフラノース化合物およびこれらの製造方法
JP4709959B2 (ja) ヌクレオシドホスホロアミダイト化合物
JP7298866B2 (ja) 核酸合成用固相担体及びそれを用いた核酸の製造方法
EP4349846A1 (en) Chimeric nucleic acid oligomer including phosphorothioate and boranophosphate, and method for producing same
JP4628686B2 (ja) ホスホロアミダイトを含む3’末端ヌクレオシドユニット
JP4015136B2 (ja) フェノール骨格を有するデオキシリボース誘導体および光応答性ヌクレオチド
JP5105404B2 (ja) 水素結合性置換基を有する8−置換グアノシン誘導体及びそれを含むオリゴヌクレオチド
JPH0374239B2 (ja)
JP2006076905A (ja) 光反応性核酸及び可逆的核酸光連結又は開裂方法
JPH07165786A (ja) 5位置換ウリジン類、その製造方法及びその用途
JPH0753587A (ja) オリゴヌクレオチドの合成法
JP2004099532A (ja) オリゴヌクレオチド合成法
JPS6284097A (ja) 保護されたオリゴヌクレオチドの製造法
AU2005315631A1 (en) Synthesis of phosphitylated compounds using a quaternary heterocyclic activator
JPS6363695A (ja) ヌクレオシドホスホロチオイツトを用いたオリゴヌクレオチドの固相合成法
JP2005229894A (ja) 核酸固相合成用担体及びそれを用いた核酸合成法

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): AE AG AL AM AT AU AZ BA BB BG BR BW BY BZ CA CH CN CO CR CU CZ DE DK DM DZ EC EE EG ES FI GB GD GE GH GM HR HU ID IL IN IS KE KG KP KR KZ LC LK LR LS LT LU LV MA MD MG MK MN MW MX MZ NA NI NO NZ OM PG PH PL PT RO RU SC SD SE SG SK SL SY TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN YU ZA ZM ZW

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): BW GH GM KE LS MW MZ NA SD SL SZ TZ UG ZM ZW AM AZ BY KG KZ MD RU TJ TM AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HU IE IS IT LT LU MC NL PL PT RO SE SI SK TR BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application
WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2005710111

Country of ref document: EP

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2556593

Country of ref document: CA

WWP Wipo information: published in national office

Ref document number: 2005710111

Country of ref document: EP

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 10590267

Country of ref document: US

WWP Wipo information: published in national office

Ref document number: 10590267

Country of ref document: US