JPH0296630A - 試料の調製方法 - Google Patents

試料の調製方法

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JPH0296630A
JPH0296630A JP63222924A JP22292488A JPH0296630A JP H0296630 A JPH0296630 A JP H0296630A JP 63222924 A JP63222924 A JP 63222924A JP 22292488 A JP22292488 A JP 22292488A JP H0296630 A JPH0296630 A JP H0296630A
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JP
Japan
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nucleic acid
cationic surfactant
solution
precipitate
nucleic acids
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Application number
JP63222924A
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English (en)
Inventor
Kenji Gushi
具志 研二
Yoshiteru Kobayashi
義輝 小林
Kazunari Hirayasu
一成 平安
Shuji Matsuura
脩治 松浦
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Fujifilm Wako Pure Chemical Corp
Original Assignee
Wako Pure Chemical Industries Ltd
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Publication date
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 [発明の利用分野] 本発明は1例えば遺伝子診断や病原性生物の感染の診断
等の臨床検査に用いられる核酸を含んでなる試料の調製
法と、それによって得られる核酸を含んでなる臨床検査
用試料に関する。
[発明の背景] 核酸は、生体内に於いて遺伝情報の保存、発現に関与す
る高分子物質であり、遺伝子を構成するデオキシリボ核
酸(以下、DNAと略記する。)及び遺伝子の形質発現
の担い手であるリボ核酸(以下、RNAと略記する。)
に大別される。
分子生物学の分野では、近年、生物体の機能や複製のメ
カニズムを解明するのに生物体の有する遺伝情報を明ら
かにすることが必須となり、それに伴い、組織或は体内
物質中に特定の遺伝情報を担う遺伝子(DNA)或は遺
伝情報を発現するための特定のRNA等の核酸が存在す
るか否かを判定したり、更には目的とする遺伝子を選択
した後採取する等、所謂、遺伝子のスクリーニングが頻
繁に行われるようになってきている。
このような目的に利用するために、各種の試料から核酸
の分離が行われている。この核酸の分離方法としては、
 1)ホモジナイザー等による機械的な分離法、2)界
面活性剤や蛋白質変性剤による化学的な分離法、3)酵
素を用いる生物学的な分離法、4)これらを組み合わせ
た分離法等が挙げられるが、核酸は鎖状の高分子物質で
あるので機械的に切衛され易く、一般には2)、3)或
は4)の方法が好ましく用いられている。例えば、2)
の方法により核酸の分離を行う方法としては、例えばド
デシル硫酸ナトリウム(SO5)、 N−ドデシルサル
コシン酸ナトリウム(Sarkosyl)等の陰イオン
界面活性剤、或は、例えばポリオキシエチレンオクチル
フェニルエーテル(商品名Triton x−100等
)、ポリオキシエチレンセチルエーテル(商品名Br1
j 58等)等の非イオン界面活性剤を含む溶液中に生
体試料を懸濁若しくは混合し、溶液中に核酸を遊離させ
た後、遊離した核酸を水飽和フェノール溶液、クロロホ
ルム溶液等を用いて精製する方法が一般に行われている
。また、陽イオン界面活性剤である臭化セチルトリメチ
ルアンモニウムが核酸と結合して沈殿性の複合体を形成
する性質を利用した植物のDNAやファージのDNAの
分離精製方法も知られている(M、G、阿urray 
 et  al、、  Nucleic  Ac1ds
  Re5each。
8、4321頁、 1980; G、Del Sal 
et al、、 Nucleic Aaids Re5
each、、1.1.10047頁、 1987: G
、Manfioletti et al、、 Nucl
eic Ac1ds Re5eaeh、 lfi、 2
873頁。
1988等)。
一方、核酸のスクリーニングは、臨床診断上も重要な意
味を持っている。例えば、遺伝病の早期詮所、癌の分子
レベルでの診断或はウィルス等の病原性生物の検出等、
特定の遺伝子等の核酸の同定検査を行うことは大きな意
義があり、実用化に向けての研究が進められている。
上記した如き核酸の同定検査法の具体的な例として1例
えば、同定したい病原性生物をニトロセルロース膜上に
植苗し、寒天培地上で生育したものを試料として、プロ
テイナーゼに処理、ホルムアミド−3DS処理を順次行
った後、標識DNAプローブを用いるハイブリダイゼイ
ション法等により同定を行う方法(吉川、臨床検査、 
、l!li!、 1824頁、 1985等)、固定化
した生体組織を試料として、プロテイナーゼに処理、ポ
リオキシエチレンオクチルフェニルエーテル処理を順次
行った後、標識DNAプローブを用いるハイブリダイゼ
イション法等により癌遺伝子の検出を行う方法(守内ら
臨床科学、 n、 1259頁、 1985等)、血清
を試料とし、プロテイナーゼに−5D S処理1次いで
水飽和フェノール溶液、クロロホルム溶液等による抽出
を行うことにより得られる核酸溶液を、ニトロセルロー
ス膜上に固定化した後、ハイブリダイゼイション法等に
より血清肝炎ウィルスの検出を行う方法(M、Berr
+ingar et al、、 J、 Medical
 VirolOgY+ L 57頁、 1982; J
、5cott、o et al、、 Hepatol’
gVt it 279頁、 1983等)等が実施され
ている。
これらの方法のうち、培養した病原性生物や固定化した
生体組織を試料として用いる方法は、操作が煩雑で且つ
同定に時間を要するところからスクリーニングの目的で
実施するにはあまり実用的ではない。
一方、血清等の生体体液や生体組織等の試料から分離し
た核酸を、ニトロセルロース膜、ナイロン膜等の疎水性
の固相上に固定化したものを用いて、種々の核酸同定検
査を行う方法は、比較的操作が簡便で短時間で実施でき
るところから、遺伝子診断や病原性生物の感染の診断の
ための核酸同定検査の今後の主流となってくると考えら
れている。しかしながら、この方法に於いても、上記し
た如き従来から行われている分離方法により生体試料か
ら分離された核酸を試料として用いた場合には、ニトロ
セルロース膜、ナイロン膜等の疎水性の固相上に固定化
する際に、核酸の固定化率が著しく低下して、核酸の同
定に支障をきたす場合がしばしばあった。
[発明の目的] 本発明は、上記した如き状況に鑑みなされたもので1例
えば遺伝子診断や病原性生物の感染の診断等の臨床検査
に用いられる核酸を含んでなる試料の効果的な調製法と
それによって得られた試料を用いた診断精度の高い遺伝
子診断法及び病原性生物の感染の診断法を提供すること
を目的とする。
[発明の構成] 本発明は、生体試料を陽イオン界面活性剤を含有する溶
液と混合して生体試料中の核酸を陽イオン界面活性剤と
の複合体として沈殿させ1次いでこの沈殿物を分取して
高塩溶液に溶解し、然る後陽イオン界面活性剤を除去す
ることにより調製することを特徴とする。核酸を含んで
成る臨床検査用試料の調製方法及びそれによって得られ
る核酸を含んで成る臨床検査用試料の発明である。
また、本発明は、生体試料を陽イオン界面活性剤を含有
する溶液と混合して生体試料中の核酸を陽イオン界面活
性剤との複合体として沈殿させ、次いでこの沈殿物を分
取して高塩溶液に溶解し、然る後陽イオン界面活性剤を
除去することを特徴とする。生体試料からの脂質及び脂
質蛋白成分を実質的に含まない核酸の分離方法及びそれ
によって得られる脂質及び脂質蛋白成分を実質的に含ま
ない核酸の発明である。
更にまた、本発明は、生体試料より核酸を分離し1分離
された核酸を疎水性の固相上に固定化した後、固定化さ
れた核酸中に特定の遺伝子或は核酸由来のものが含まれ
ているか否かを検査することにより行う、遺伝子診断法
又は病原性生物の感染の診断法に於いて、生体試料を陽
イオン界面活性剤を含有する溶液と混合して生体試料中
の核酸を陽イオン界面活性剤との複合体として沈殿させ
次いでこの沈殿物を分取して高塩溶液に溶解し。
然る後陽イオン界面活性剤を除去することにより得られ
る核酸を含んで成る試料を疎水性の固相上に固定化する
ことを特徴とする遺伝子診断法又は病原性生物の感染の
診断法の発明である。
本発明者らは、遺伝子或は核酸診新法又は病原性生物の
感染の診断法に於いて、生体試料から分離された核酸を
ニトロセルロース膜、ナイロン膜等の疎水性の固相上に
固定化する際に、その固定化が阻害され目的の核酸の検
出効率が低下する場合があるところから、その原因につ
き鋭意研究の結果、その原因が生体試料から核酸と共に
分離されてくるトリグリセライド、リポ蛋白、コレステ
ロール等の脂質及び脂質蛋白成分であることを見出した
。そこで本発明者らは、生体試料より核酸を分離する際
に脂質及び脂質蛋白成分が混入するのを防止し得る核酸
の分離方法につき鋭意研究の結果、生体試料を陽イオン
界面活性剤を含有する溶液(以下、分離溶液と略記する
。)と混合し、生体試料中に含まれる核酸を陽イオン性
界面活性剤との複合体として沈殿させ、この沈殿物を分
離して高塩溶液に溶解し、然る後に陽イオン界面活性剤
を除去すれば、生体試料に由来する脂質及び脂質蛋白成
分を実質的に含まない核酸が得られることを見出し本発
明を完成するに至った。
本発明に於いて用いられる陽イオン界面活性剤としでは
、一般に陽イオン界面活性剤として知られているもので
あれば特に限定されることなく挙げられるが、例えばオ
クタデシルアミン#酸塩。
テトラデシルアミン酢酸颯、ステアリルアミン酢酸塩、
ラウリルアミン酢酸塩、ラウリルジェタノールアミン塩
酸塩等のアルキルアミン塩、例えば猛化オクタデシルト
リメチルアンモニウム、@化ドデシルトリメチルアンモ
ニウム、塩化セチルトリメチルアンモニウム、臭化セチ
ルトリメチルアンモニウム、塩化ラウリルトリメチルア
ンモニウム、メチル硫酸ラルリルトリメチルアンモニウ
ム。
塩化ベンザルコニウム、塩化テトラデシルジメチルベン
ジルアンモニウム、@化オクタデシルジメチルベンジル
アンモニウム、塩化ラウリルジメチルベンジルアンモニ
ウム等の第4級アンモニウム塩、例えば塩化ラウリルピ
リジニウム、塩化ステアリルアミドメチルピリジニウム
等のアルキルピリジニウム塩等が好ましく挙げられる。
これらの陽イオン界面活性剤は、生体試料より核酸を遊
離させ且つその核酸と複合体を形成し得る濃度範囲で分
離溶液中含有されていればよく、特に限定されないが、
分離溶液中の濃度として、通常0.001〜5%1/V
%の範囲で、好ましくは0.O1〜2 W/V%の範囲
で用いられる。また、これら陽イオン界面活性剤を、単
独で或は2種以上組み合わせて用いる等は任意である。
本発明に於いて用いられる分離溶液(W4イオン界面活
性剤を含有する溶液)の成分としては、上記した如き陽
イオン界面活性剤以外に、例えば硼酸、リン酸、トリス
(ヒドロキシメチル)アミノメタン(Tris) 、グ
ツド(Good’s)等の緩衝剤、例えばエチレンジア
ミン四酢酸(EDTA)等のDNaseの阻害剤、例え
ばジエチルピロカーボネート、ヒト脂質由来RNase
インヒビター等のRNaseの阻害剤等が挙げられる。
また、要すれば、例えば塩化ナトリウム、塩化カリウム
、塩化マグネシウム。
塩化リチウム等の塩類等、更に要すれば、核酸の分離効
率を良くする目的で添加される、例えばプロテア−ゼ類 や、例えば子牛肝臓DNA、サケ精子tRNA。
酵母RNA等の担体用核酸類等が添加されていてもよい
。これらの分離溶液中の濃度としては、核酸と陽イオン
界面活性剤との複合体の形成を妨げない範囲であれば特
に限定されないが、緩衝剤は通常1〜500 m凡の範
囲が好ましく用いられ、阻害剤は、阻害剤の種類により
異なるため一概には規定できないが、例えばEDTAを
用いる場合には通常1〜200mMの範囲が好ましく用
いられる。また、塩類は通常1〜500mMの範囲で、
プロテアーゼ類は通常1μg/ml及至long/ml
の範囲で、担体用核酸類は通常1〜50μg / m 
1.の範囲で夫々必要に応じて添加される。また、分離
溶液のpHとしては。
核酸と陽イオン界面活性剤との複合体の形成を妨げない
範囲であれば特に限定されないが、通常2〜12の範囲
、好ましくは7〜・9の範囲が選択される。
本発明に於いて核酸と陽イオン界面活性剤との複合体を
溶解するために用いられる高塩溶液としては、核酸と陽
イオン界面活性剤との複合体を元の核酸と陽イオン界面
活性剤とに完全に解離させ得るものであれば、含まれて
いる塩の種類やその濃度は特に限定されないが、例えば
塩化ナトリウム、酢酸アンモニウム、#酸ナトリウム等
の0.6〜2Mの溶液が好ましく用いられる。
本発明に於いて、核酸と陽イオン界面活性剤との複合体
を溶解した高塩溶液(以下、核酸高塩溶液と略記する。
)中から陽イオン界面活性剤を除去する方法としては、
例えば核酸高塩溶液に、エチルアルコール、イソプロピ
ルアルコール等のアルコール類を添加し、核酸を特異的
に沈殿させることにより陽イオン界面活性剤と分離する
方法や核酸高塩溶液中の陽イオン界面活性剤をクロロホ
ルム、ジエチルエーテル等の有機溶媒により抽出する方
法等が挙げられる。尚、界面活性剤を分離した後、必要
に応じて、再溶解→再沈澱等の精製操作を繰り返す等は
任意である。
本発明に於いて用い得る生体試料としては、同定したい
核酸が含まれていると考えられるものであれば特に限定
することなく挙げられるが、具体的には1例えば血液、
血清、血漿、M液、精液。
唾液、涙、尿、糞便1組織(生検、側体材料)。
末梢血の白血球分画等が挙げられるが1本発明の調製方
法或は分離方法は、特に脂質及び脂質蛋白成分を多く含
む血液、血清、血漿、w液、精液等の生体試料からの核
酸を含んで成る臨床検査用試料の調製、或は核酸の分離
に特に効果的である。
本発明のvRig方法により調製された核酸を含んでな
る試料或は本発明の分離方法により分離された核酸は、
核酸同定検査用、ポリメラーゼチエイン リアクシコン
法(PCR法)用等の核酸として利用し得るが、特に核
酸同定検査の目的に用いた場合には、脂質及び脂質蛋白
成分が殆ど含まれていない点が大きな利点となる。即ち
、先にも述べたように、核酸の同定検iを行う際には1
通常ニトロセルロース膜、ナイロン膜、酵素免疫測定法
(EIJSA)用のプラスチックプレート等の疎水性の
固相上に試料の核酸を固定化するが、この際に脂質及び
脂質蛋白成分が共存していると、上記した如き固相への
核酸の固定化が妨げられ、目的の核酸の検出精度が著し
く低下する場合があるが、本発明のlJR製方法により
調製した核酸を含んで成る試料或は本発明の分離方法に
より分離した核酸中には、脂質及び脂質蛋白成分が殆ど
含まれていないので、このような現象は殆ど生じない。
本発明の詮所方法は、本発明のm製方法により調製した
核酸を含んで成る試料を、核酸同定検査のために用いる
点が大きな特徴であり、それ以外の核酸同定検査を行う
ための操作法や、そのために用いられる試薬類、或は操
作時の温度yPH等の諸条件は自体公知の方法に従って
これを行うことで足りる。即ち、本発明の方法によりa
l製された試料をニトロセルローズ膜、ナイロン膜、酵
素免疫測定法(ELISA)用のプラスチックプレート
等の疎水性の固相上に固定化する場合にはドントプロツ
ター等を用いる自体公知の固定化方法(C,Kafto
s、et al、、 Nuc、 Ac1ds Res、
、、Z、 1541頁、1979; S、Tomas、
Pro、Naj:、Acad、Sci、USA、77、
5201頁、1980等)或はELISA法に於いて行
われる自体公知の固定化方法(酵素免疫測定法、北用常
廣ら編、共立出版(株)、 1987等)に準じて行え
ば足りるし。
固定化された核酸中に目的の核酸が含まれているか否か
の検出は、目的の核酸と相補的なDNAプローブを用い
る自体公知のハイブリダイゼンション法(N、 Ren
tz et al、、 Nucle4c Ac1ds 
Res、、 fg。
3435頁、1984;A、D、Nyegaard a
t al、、Biochem、Bi。
phys、Res、comsun、、、u、 98頁、
 1963等)tel、は目的の核酸に特異的な抗体を
用いる免疫学的測定法(酵素免疫測定法、北用常廣ら編
、共立出版(株)、1987等)等に準じてこれを行え
ば足りる。
ハイブリダイゼンション法に於いて用いられるDNAプ
ローブは、目的とする核酸に応じて、それと相補的なり
NAに自体公知のDNAのw識法(T、Maniati
s et al+、Mo1ecular C1onin
z、 Co1d Spring Harbor Lab
oratory、 1982等)に準じて適当なW*を
行ったものを用いれば足りる。
DNAプローブに用いられる、目的の核酸に相補的なり
NAは自体公知のDNAのmia方法(T、Mania
tiset al、、Mo1ecular C1oni
nz、 Co1d 5prin(Harb。
r Laboratory、 1982等)に準じて調
製したものを用いれば足りる。
また、上記のハイブリダイゼイション法に於いては、ハ
イブリダイゼイシゴン用の市販試薬である、ラベザイム
ーPODセット(和光純薬工業(株)陽) 、ニックト
ランスレイジョンキット(ベセスダ リサーチラボラト
リーズ社ml) 、ブルーシーンキット(ベセスダリサ
ーチラボラトリーズ社I!1)等を利用して実施するこ
とも当然可能である。
本発明の、核酸を含んで成る試料の調製方法は、生体試
料を陽イオン界面活性剤で処理する点に大きな特徴を有
するが、陽イオン界面活性剤の代りに陰イオン界面活性
剤や非イオン界面活性剤を用いても本発明の如き効果、
即ち、本発明の調製法で調製した核酸を含んで成る試料
中には、脂質及び脂質蛋白成分を多く含む生体試料から
調製した場合でも、これら脂質及び脂質蛋白成分が殆ど
混入されてこないという効果は得られない。
尚、陽イオン界面活性剤は、植物のDNAや培養された
ファージのDNAの分離精製等の目的で用いられている
例はあるが、本発明の如く、生体試料、とりわけ脂質及
び脂質蛋白成分を多く含む血液、血清、血漿、髄液、精
液等の生体試料からの核酸の分離に利用された例はこれ
までにない。
以下に実験例及び実施例を挙げて、本発明を更に具体的
に説明するが1本発明はこれらにより何ら限定されるも
のではない。
[実施例] 実験例1゜ 新鮮ヒト血清に、B型肝炎ウィルス(以下、 HBVと
略記する。)由来(7)DNA (tF、)IBVDN
Aと略記する。)を添加したものを、プロテイナーゼK
及びS D Sを含む溶液で処理した後、水飽和フェノ
ール溶液処理、クロロホルム処理をして試料溶液を得た
。これをニトロセルロース膜上に常法に従って固定化し
、ハイブリダイゼイション法によりHBVDNAの検出
を行ったところ、検出感度が著しく低下する試料が見出
された。そこでこのような現象が生じる原因について検
討を行った。
(試料) 上記の実験時に、HBVDNAの検出感度が著しく低下
したヒト血清()IBVI)NAは未含有、)を試料と
した。
(核酸溶液) 試料100μlと、50mM酢酸ナトリウム緩衝液[p
H6,5,5mM EDTA、 1.0%SOS、5.
0mg/mlプロテイナーゼK(メルク社製)含有。以
下、 SA緩街液と略記する。コにHBVDNA (武
田薬品工業(株)社中央研究所より入手)を200μg
/mlとなるように添加した溶液100μlとを混合し
、65℃で1時間保温した。
この溶液に水飽和フェノール200μlを加え、5分間
激しく振盪した後、更にクロロホルムとイソアミルアル
コールとの混合液(24:1) 200μlを加えて、
5分間激しく振盪した。この混合液を12.000rp
mで15分間遠心後、上層(水7111)を分取し、こ
れに3M酢酸ナトリウム緩衝液(pH6,5)50μl
を加えてよく混合した。この混液に冷エタノール(−2
0℃)500μlを加えて混合し、−20℃で15分間
静置した。これを12,0OOrp+mで20分間遠心
した後、上清を除き、沈殿を真空中で乾燥した。この沈
殿を10mM Tris′ali液(PH8,0,1m
M EDTA含有。
以下、 TE緩衝液と略記する。)100μlに溶解し
て。
核酸溶液とした。
尚、 HBVDN、Aを含まないSA緩街液を用いて同
様の操作を行って、対照溶液を得た。
(■り定操作) 分光光度計(ベックマン社製、DO−40型)を用いて
、核酸溶液及び対照溶液の吸取曲線を測定した。
澗定結果を第2図−a及びbに示す。尚、第2図のaは
核酸溶液により得られた結果を、bは対照溶液により得
られた結果を夫々示す。
第2図−aの吸取曲線に於いては、HBVDNA由来の
ピーク(280nm)以外の夾雑物があることを示すシ
ョルダー(27Onm付近)が観察され、そのショルダ
ーの位置は、第2図−すの吸収曲線の270nn+付近
のピーク位置とほぼ一致した。また、図には示していな
いが、試料として、精製水を用いて対照溶液のaI調製
法同様に処理することにより得られた溶液では、240
〜280nnにかけてのピークは観察されなかった。
このことから、本実験例の核酸溶液の調製法によれば、
ヒト血清から核酸以外の成分も抽出されてくることが判
る。
ヒト血清中の成分のうち、 27Onm付近に吸取を持
ち、本実験例の核酸溶液のa製法により抽出される可能
性があるものとして、脂質並びに脂質蛋白成分が予想さ
れた。
そこで、ヒト血清の代りにヒト由来β−リボ蛋白(和光
純薬工業(株)製、以下−LPと略記する。
)の50OB/ml溶液と、ニワトリ卵黄由来トリグリ
セライド(和光純薬工業(株)製、以下、TGと略記す
る。)の100+aに/+al溶液を試料として、対照
溶液の調製法により、LP対照溶液とTG対照溶液を陽
製し、各々の吸収曲線を採取した。結果を第3図−a及
びbに示す。尚、第3図−aはLP対照溶液により得ら
れた結果を、第3図−bはTG対照溶液により得られた
結果を夫々示す。
この結果から明らかな如<、LP溶液やTO温溶液試料
とした場合、本実験例の調製法により得られる溶液中に
は、 27Onm付近にピークを有する成分が抽出され
ていることが判る。また、LP溶液やTO温溶液組成か
ら考えて、このピークはLPやTG等の脂質並びに脂!
ffl白成分に由来するものと考えられた。
実験例26 実験例1の結果から、実験例1の調製方法により核酸溶
液を調製した場合には、試料である血清から核酸以外の
成分が抽出されてくることが判明し、それが脂質並びに
脂質蛋白成分である可能性が示唆された。
そこで、核酸のニトロセルロース膜への固定化を妨害す
る物質が、脂質並びに脂質蛋白成分であるか否かについ
て検討を行った。
(試料) 以下のものを試料とした。
・100B/dl グルコース溶液 ・1 mg/dl  ヘパリン溶液 ・1m区/di  グリコーゲン溶液 ・400B/di L P溶液(和光純薬工業(株)製
)・100mg/dl T G溶液(和光純薬工業(株
)製)(操作法) i)核酸溶液のmg! 上記の試料と所定の)IBVDNAを含むSA緩街液を
用いた以外は、実験例1と同様の操作により核酸溶液を
得た。
尚、試料の代りに滅菌水を用いて同様の操作を行い対照
溶液を得た。
i i ) 核111のニトロセルロース膜への固定化
核酸を一本鎖とするために、上記の方法により得られた
核酸溶液に、IN NaOH溶液50μlを添加し、1
0分間静置後、IMTris緩衝液(pH8,0,1゜
5MNaC1含有)100μlと0.5N HCI溶液
(2,5M NaC1含有)100μmを添加して中和
した。
得られた溶液全量を直ちに、ドツトプロッターにセット
しておいたニトロセルロース膜[シュライヒ&シュエル
社m−axssc溶液(0,9M NaC1及び90m
Mクエン酸二ナトリウム 含有)で予め@潤済]上に、
サンプルウヱルを通じて乗せた後、アスピレータ−によ
り吸引して、膜を完全に通過させた。膜をプロッターか
ら取り出し、風乾した後、80℃で2時間加熱し、−本
tRDNAをニトロセルロース膜上に固定化した。
fii)DNAプローブの調製 陽 B V D N Aとハイブリダイズし得るDNA
プローブとして、以下のものを調製した。
HB V D N^を、ニックトランスレイジョンキッ
ト(ベセスダ リサーチ ラボラトリーズ社11ff)
の現品説明書に記載の方法に従ってビオチンw識したも
のをDNAプローブとして用いた。
jv)DNAプローブとのハイブリダイゼイションii
で得た一本鎖DNAを固定化したニトロセルロース膜を
、50%ホルムアミド、10Xデンハルト溶液(0,2
%フィコール、0.2%ポリビニルピロリドン。
0.2%牛血清アルブミン含有) 、 0.1%SDS
を含む4XSET緩債液(120mM Tris−HC
I緩衝液、P)18.0.600mM NaC1,4m
M ED丁A含有) 20+alに浸潤し、37℃で1
時間静置した。その後、50%ホルムアミド、2×デン
ハルト溶液(0,04%フィコール、0.04%ポリビ
ニルピロリドン、0.04%牛血清アルブミン含有)、
6%ポリエチレングリコール6000.0.1%sos
、 i、。
Oug酵母RNAを含む4XSET緩暫液2mlと共に
ポリ袋中に密封し、37℃で1時間静置し、プレハイブ
リダイズさせた。次いで、これに、上記iiiで調製し
たDNAプローブ10μmを100℃、5分間処理によ
り変性させ、氷上で4℃に急冷したものを添加し、37
℃で4時間ハイブリダイゼイション反応を進行、させた
ハイブリダイゼイション反応終了後、ニトロセルロース
膜を取り出し、65℃で、100mM Tris−HC
I緩衝液(PH7,5,3%牛血清アルブミン及び0.
15MNaC1含有) 100m1を用いて1時間連続
洗浄し、未反応のDNAプローブを除去した。
v)HBVDNAの検出 ivで得たDNAプローブでハイブリダイゼイションさ
せたニトロセルロース膜を、ブルーシーンキット(ベセ
スダ リサーチ ラボラトリーズ社製)の現品説明書に
記載の方法に従って処理し、染色を行った。
(結果) 結果を第4図に示す。
この結果から明らかな如く、グルコース、ヘパリン及び
グリコーゲンの各溶液を試料として得られた核酸溶液で
は核酸のニトロセルロース膜への固定化に影響は見られ
なかったが、LP及びTGの各溶液を試料として得られ
た核酸溶液では核酸のニトロセルロース膜への固定化が
妨げられていることが判る。特にLP溶液を試料として
得られた核酸溶液に於いては、 DNAプローブのニト
ロセルロース膜への非特異的な吸着が観察され、核酸溶
液中にLPが共存した場合には、特定の核酸の検出に特
に影響が大きいことが判った。
実験例3.陽イオン界面活性剤を用いた核酸溶液のIJ
R製 核酸と反応して沈殿性の複合物を生ずることが知られて
いる陽イオン界面活性剤を使用して核酸の精製を行い、
試料中の脂質並びに脂質蛋白成分が分離できるか否かを
検討した。
(試料) 実験例1で用いたヒト血清(HBVDNAは未含有。)
及びLP溶液(500mg/di)を試料とした。
(核酸溶液) 試料50μm、200mM Tris−HCI緩衝液[
PH8,0,100mM EDTA、0.2%臭化セチ
ルトリメチルアンモニウム(陽イオン界面活性剤。以下
、CTABと略記する。) 、 10mM NaC1含
有。以下、TCEfiW液と略記する。 3100μm
、及び子牛肝臓t、RN^を50μ2/耐含むTE緩衝
液50μmとを混合し、室温で10分間静置した。この
溶液を12,0OOrp+nで10分間遠心後、上清を
除去し、得られた沈殿を1.2M NaC1溶液200
μmに溶解した9これにイソプロピルアルコール500
μlを加えて混合後、10分間室温で静置した。この混
液を12.000rpmで20分間遠心した後、上清を
除き、沈殿を真空中で乾燥した。この沈殿をTE緩衝液
100μmに溶解して、核酸溶液とした。
尚、試料としてLP溶液を用い、子牛肝臓由来tRNA
を含まないTE緩賃液を用いて同様の操作を行って、対
照溶液を得た。
(1!l定操作) 実験例1と同様の操作により行った。
(結果) 結果を第5図−a、b及びCに示す。尚、第5図−aは
ヒト血清を試料として調製した核酸溶液により得られた
結果を、第5図−bはLP溶液を試料として調製した核
酸溶液により得られた結果を、第5図−Cは対照溶液に
より得られた結果を夫々示す。
この結果から明らかな如く、陽イオン界面活性剤CTA
Bを用いる本実験例の方法により核酸を分離した場合に
は、ニトロセルロース膜或はナイロン膜への核酸の固定
化を阻害する脂質並びに脂質蛋白成分が核酸と共に分離
されてくるのを防止できることが示唆された。
実験例4゜ 実験例3の結果に基づき、陽イオン界面活性剤であるC
TABを用いた方法により生体試料から核酸を分離した
場合の、ニトロセルロース膜或はナイロン膜への核酸の
固定化効率を調べ、従来法であるSDS或はポリオキシ
エチレンオクチルフェニルエーテル(POPE)を界面
活性剤として用いる方法により核酸を分離した場合のそ
れとの比較を行った。
(試料) 実験例1で用いたヒト血清(HBVDNAは未含有。)
を試料とした。
(核酸溶液の調製) f)CTABを用いた方法(CTAB法)試料50μm
、400mM Tris−HCIfl N液(pH8,
0,200mM EDTA含有)50μl、1ooop
、 toopg又は10pgの11BVDNA ヲ含t
7TE緩街液50μl及び、100 p g/ml 子
牛肝臓flRNA、 0.4% CTAB及び40mM
 NaClを含む溶液50μlとを混合し、室温で10
分間静置した。この溶液を12.OOOrpmで10分
間遠心後、上滑を除去し、得られた沈殿を1..2M 
NaC1溶液200μmに溶解した。
これにイソプロピルアルコール500μmを加えて混合
後、10分間室温で静置した。この混液を1.2,00
0rpmで20分間遠心した後、上清を除き、沈殿を再
び1.2M NaC1溶液200μ■に溶解した。これ
に水飽和フェノール溶液200μmを加え5分間激しく
渦動した後、更にクロロホルムとイソアミルアルコール
の混M(24:1)200μmを加え5分間激しく渦動
した。この混合液を12.OOOrpmで20分間遠心
した後、上NI(水N)を分取し、冷エタノール(−2
0℃)500μmを加えてよく混合し、−20℃で一夜
放置した。これをを12,000rp+o、20分間、
4℃で遠心し。
核酸を沈殿として口取した。得られた沈殿に701の冷
エタノール溶液(−20℃)500μmを加え、軽く渦
動して沈殿物を洗浄した後、 12,000rpi、1
0分間、4℃で遠心した。得られた沈殿を真空中で乾燥
し、この沈殿をTEJilff液50μmに溶解して、
CTAB法による核酸溶液とした。
1i)SO3を用いた方法(SDS法)試料50μm、
1100Op、 1100p又はIOpg ノ陽BVD
NAを含むTE緩街液50μm及び50℃1M#酸ナト
リウム緩衝液(PH6,5,5mM EDTA、1.0
% 50S、 25pg/ml子牛肝臓DNA、50 
p g/ra1子牛肝臓し陽N^及び5mz#nlプロ
テイナーゼに含有)100μmを混合し、65℃で1時
間静置した。これに水飽和フェノール溶液200μmを
加え5分間激しく渦動した後、更にクロロホルムとイソ
アミルアルコールの混液C24:1)200μJを加え
5分間激しく渦動した。この混合液を12.000rp
陽+で20分間遠心した後、上NI(水#)を分取し、
冷エタノール(−20℃)500μmを加えてよく混合
し、−20℃で一夜放置した。これをを12,000r
pm、20分間、4℃で遠心し、核酸を沈殿として口取
した。得られた沈殿に70%の冷エタノール溶液(−2
0℃) SOOμmを加え、軽く渦動して沈殿物を洗浄
した後、 12.OOOrpm、 10分間、4℃で遠
心した。
得られた沈殿を真空中で乾燥し、この沈殿をTE緩街液
50μmに溶解して、SO5法による核酸溶液とした。
jii)POPEを用いた方法(POPE法)iiで用
いた50mに酢酸ナトリウム緩衝液に含まれる1、0%
SOSを1.0%POPEとした以外は、 iiと同じ
試薬を用い同様の操作により、POPE法による核酸溶
液を調製した。
iv)標準核酸溶液 TE緩街液50μmに、 HBVDNAを11000p
、 1100p又は10pg含むようにm製したものを
標準核酸溶液とした。
(核酸の固定化法) 実験例2と同様の操作法によりニトロセルロース膜上に
固定化した。
(DNAプローブの調製) 実験例2と同様の操作法により調製した。
(ハイブリダイゼイシゴン及び染色) 実験例2と同様の操作法により行った。
(結果) 結果を第1図に示す。
この結果から明らかな如<、505又はPOPEを用い
る方法により調製された核酸溶液を泪いた場合には、核
酸のニトロセルロース膜上への固定化が阻害されている
ことが判る。一方、本発明に係るCTAB法により調製
された核酸溶液を用いた場合には、標準核酸溶液を用い
た場合と同等な結果が得られ、 10pにのHBVDN
Aを検出し得ることが判る。
実施例1.B型肝炎患者血清中の)IBVDNAの検出
(試料) B型肝炎患者血清及び、陽BVDNAを含むプラスミド
(pHBV933)の制限酵素EcoRI切断断片(約
3 、200塩基対)をヒト正常血清(HBVDNA末
含有)50μl当りに400pに、 200pに、 1
00Pにt 50pgとなるように添加したものを試料
とした。
i)核酸溶液の調製 試料50μm、滅菌水94μm、400mM Tris
緩街液(pH8,0,200mM EDTA含有)50
μm、サケ精子しRNAのl mg/a+1溶液2μm
及び50%CTAB溶液(0,5MNaC1含有)4μ
mをよく渦動(vortexed) L/た後、室温で
10分間静置した。
これを、12,000rpmで10分間遠心し、得られ
た沈殿物を1.2M NaC1水溶液200μmに溶解
した。この溶液にイソプロピルアルコール500μmを
添加し。
室温で10分間静置した後、12 、000rpmで1
0分間遠心した。得られた沈殿を1.2M NaC1水
溶液200μlに溶解した。この溶液に水飽和フェノー
ル200μlを加え、5分間激しく振盪した後、更にク
ロロホルムとイソアミルアルコールとの混合液(24:
1) 200μmを加えて、5分間激しく振盪した。こ
の混合液を12,000rpmで15分間遠心後、上層
(水層)を分取し、これに3M酢酸ナトリウム緩衝液(
pH6,5) 50μlを加えてよく混合した。この混
液に冷エタノール(−20℃)500μlを加えて混合
し5−20℃で15分間静置した。これを12,000
rpmで20分間遠心した後、上清を除き、沈殿を真空
中で乾燥した。この沈殿をTE緩街液50μmに溶解し
て、核酸溶液とした。
ii)核9のニトロセルロース膜への固定化得られた核
酸を一本鎖とするために、iで得た核酸溶液に、IN 
NaOH溶液50μlを添加し、10分間静置後、IM
Tris緩衝液(pH8,0,1,5M NaC1含有
)100μlと0.5N 陽cI溶液(2,5M Na
C1含有)100μmを添加して中和した。
得られた溶液全量を直ちに、ドツトプロッターにセット
しておいたニトロセルロース膜[シュライヒ&シュエル
社製、6 X SSC溶液(0,9M NaC1及び9
0mM クエン酸三ナトリウム含有)で予め湿潤済]上
に、サンプルウヱルを通じて乗せた後、膜を完全に通過
させた。膜をプロッターから取り出し、風乾した後、8
0℃で2時間加熱し、−本領DNAをニトロセルロース
膜上に固定化した。
1ii)DNAプローブのIM製 HB V D N Aとハイブリダイズし得るDNAプ
ローブとして、以下のものを調製した。
常法により調製したHBVDNAの長鎖を組み込んだM
13ファージDNAを1μg含む水溶液20μmを95
〜100℃の水浴中に5分間静置した後、ラベザイムー
POD (和光純薬工業(株)製のラベザイムーPOD
セット中のDNA標識用試薬)20μmと錦グルタルア
ルデヒド6μmを添加し、37℃で約10分間結合反応
させてDNAプローブを得た。
1v)DNAプローブとのハイブリダイゼイションii
で得た一本鎖DNAを固定化したニトロセルロース膜を
、50%ホルムアミド、10×デンハルト溶液(0,2
%フィコール、0.2%ポリビニルピロリドン及び0.
2%牛血清アルブミン含有)を含むブロッキング溶液2
0m1に浸潤し、37℃で1時間静置した。
その後、ブロッキング溶液から取り出し、50%ホルム
アミド、2xデンハルト溶液(0,04%フィコール、
0.04%ポリビニルピロリドン、 0.04%牛血清
アルブミン)、4XSET溶液(0,6M NaC1及
び4mMEDTAを含有する0、IM TristlN
I液)を含むプレーハイブリダイゼイション溶液1ml
に移し換え、37℃で1時間静置した。次いで、これに
、上記iiiで調製したDNAプローブ全量を、調製後
直ちに添加し、37℃で4時間ハイブリダイゼイション
反応を進行させた。
ハイブリダイゼイション反応終了後、ニトロセルロース
膜を取り出し、50%ホルムアミド、0.4%SOS、
1xSSC溶液(0,15M NaC1及び15陽IM
クエン酸三ナトリウム)を含む洗浄液50m1で30分
間洗浄する操作を2回繰り返し、更に、lX5SC溶液
(0,15M NaC1及び15mM クエン酸三ナト
リウム) 50m1で30分間洗浄する操作を2回繰り
返し、未反応のDNAプローブを除去した。
v)tlBVDNAの検出 現品説明書の記載に従って、ラベザイムーPODセット
を以下のように使用してHBVDNAの検出を行った。
尚、発色液としては、3.3’、5.5’−テトラメチ
ルベンジジン(TMBZ) /エタノール溶液を用いた
ivで得た、DNAプローブでハイブリダイゼイション
させたニトロセルロース膜を、酵素反応緩衝液20腫1
に浸し、 TMBZ/エタノール溶液1履1を添加して
よく攪拌した。次いで、30%過酸化水素水IOμmを
添加して良く攪拌し、室温で20分間発色させた。
この結果、B型肝炎患者血清からは全てHBVDNAを
検出し、ヒト正常血清では非特異的な発色は観察されな
かった。また、ヒト正常血清にIf B V D N 
Aを添加した試料を用いた結果、sopgの)IBVD
NAが検出可能であることが判った。
また、ニトロセルロース膜に代えて、ナイロン膜を用い
た場合にも同様の結果が得られた。
実施例2゜ (試料) B型肝炎患者血清2検体を試料とした。
(核酸溶液の調wJ) 試料100μmに−200mM Tris−HCI緩街
液(pHg、o。
100mM EDTA、25 p g/ml子牛肝臓由
来tRNA、 0.2%CTAB、 lomM NaC
1含有)100μmを加えて混合後、室温に5分間静置
した。これを12.000rpmで5分間遠心し、得ら
れた沈殿を1.2M NaC1溶液200μlに溶解し
た。これにエタノール500μ]を加えて混合し、室温
に5分間静置した後、12,0OOrp+*で5分間遠
心し、得られた沈殿に70%エタノール溶液500μm
を加えて軽く攪拌した。これを、再度12,000rp
mで5分間遠心し、得られた沈殿を真空中で乾燥した後
、 Ba1−31ヌクレアーゼにューイングランドバイ
オ ラボラトリイズ社It) 10単位(unjjs)
を含むBal緩衝液(20+nM Tris−HC1l
lfl液、pH8゜0.12d MgCl2.12mM
 CaCl2.600mM NaC1及び1mMEDT
A含有)250μmを加え、沈殿を溶解した後、37℃
で1時間静置した1次に、この溶液にエタノール500
μlを加え、室温で5分間静置後、12,000rp園
で5分間遠心した。得られた沈殿に70%エタノール溶
液500μmを加えて軽く攪拌し、再度12.00Or
pmで5分間遠心し、沈殿を真空中で乾燥した後。
TE緩衝液50μmに溶解して、Ba1−31処理核酸
溶液を得た。
また、 Ba1−31ヌクレアーゼを含まないBal緩
衝液を用いた以外は上記と同じ試薬を用い、同様の操作
法によりBa1−31末処理核酸溶液を得た。
以下、実験例2と同様の処理により、HBVDNAの検
出を行った。
(結果) 結果を第6図に示す。
この結果から明らかな如く、本発明のtM製方法により
調製された核酸溶液中には、 DNAプローブと非特異
的に反応する成分は含まれていないことが判る。
[発明の効果] 以上述べた如く、本発明は、例えば遺伝子診断や病原性
生物の感染の診断等の臨床検査に用いられる核酸を含ん
で成る試料の効果的な調製法を提供するものであり、本
発明の調製法により生体試料から調製された核酸を含ん
でなる試料中には生体試料中に含まれる脂質及び脂質蛋
白成分が殆ど混入されていないので、例えばこれをニト
ロセルロース膜、ナイロン膜等の疎水性の固相上に固定
化したものを用いて、常法により種々の核酸同定検査を
行った場合には、核酸のニトロセルロース膜、ナイロン
膜等の疎水性の固相上への固定化率を向上し、遺伝子診
断や病原性生物の感染の診断を精度良く行うことが出来
る点に顕著な効果を奏するものであり、斯業に貢献する
ところ大なる発明である。
【図面の簡単な説明】
ff1図は、実験例4に於いて得られた。各種核酸溶液
をニトロセルロース膜へ固定化した場合の、B型肝炎ウ
ィルスのデオキシリボ核酸(以下、 HBνDNAと略
記する。)の検出結果を示したものである。 第2図は、実験例1に於いて得られた吸収曲線を示すも
のであり、aは核酸溶液により得られた結果を、bは対
照溶液により得られた結果を夫々示す。 第3図は、実験例1に於いて得られた吸収曲線を示すも
のであり、aは対照β−リボ蛋白(以下、LPと略記す
る。)溶液により得られた結果を、bは対照トリグリセ
ライド(以下、TGと略記する。)溶液により得られた
結果を夫々示す。 第4図は、実験例2に於いて得られた、グルコ−ス、ヘ
パリン、グリコーゲン、LP又はTOの各溶液を試料と
して得られた核酸溶液をニトロセルロース膜へ固定化し
た場合の、HBVDNAの検出結果を示したものである
。 第5図は、実験例3に於いて得られた吸収曲線を示すも
のであり、aはヒト血清を試料として調製した核酸溶液
により得られた結果を、bはLP溶液を試料として!I
J製した核酸溶液により得られた結果を、Cは対照溶液
により得られた結果を夫々示す。 第6図は、実施例2に於いて得られた、Ba1−31ヌ
クレアーゼにより処理した場合と処理しなかった場合の
核酸溶液をニトロセルロース膜へ固定化した場合の、陽
BVDNAの検出結果を示したものである。 雄羊 CTAB汰 SDS滅 POPE六 図面の浄U・ 第1図 HBVDNA ○ ■ ○ ○ ○ 本MJ量(pg) ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ 特許出願人  和光純薬工業株式会社 図面の浄書 第4図 H[3VDNA添7陽irc■) 0.1  0 ′A滴 、スルコースジV琢之 ヘパリン簿ス ク゛ソコーγ゛゛ン序才( LP浮べ TGJ! ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ 図面の浄書 手 続 ン1−11 正 書 (方式) : Bat−3i 又クレア?ビー拠理 ○ Ba1−31又クンア一申哩 ■ ○ ■ 1、事件の表示 昭和63年 特許塵 第222924号2、発明の名称 試料の調製方法 3、補正をする者 事件との関係 特許出願人 〒 541 住所 大阪府大阪市中央区道峰町3丁目1番2号連絡先
 特許線(東京)TE’L03−270−85715、
補正の対象 図面。 6、補正の内容 (1)第1図を別紙の如く補正する。 (2)第4図を別紙の如く補正する。 (3)第6図を別紙の如く補正する。 以 平成元年12月4日 上

Claims (14)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)生体試料を陽イオン界面活性剤を含有する溶液と
    混合して生体試料中の核酸を陽イオン界面活性剤との複
    合体として沈殿させ、次いでこの沈殿物を分取して高塩
    溶液に溶解し、然る後陽イオン界面活性剤を除去するこ
    とにより調製することを特徴とする、核酸を含んで成る
    臨床検査用試料の調製方法。
  2. (2)陽イオン界面活性剤が第4級アンモニウム塩であ
    る請求項1に記載の調製方法。
  3. (3)第4級アンモニウム塩が臭化セチルトリメチルア
    ンモニウムである請求項2に記載の調製方法。
  4. (4)生体試料を陽イオン界面活性剤を含有する溶液と
    混合して生体試料中の核酸を陽イオン界面活性剤との複
    合体として沈殿させ、次いでこの沈殿物を分取して高塩
    溶液に溶解し、然る後陽イオン界面活性剤を除去するこ
    とにより調製した核酸を含んで成る臨床検査用試料。
  5. (5)陽イオン界面活性剤が第4級アンモニウム塩であ
    る請求項4に記載の臨床検査用試料。
  6. (6)第4級アンモニウム塩が臭化セチルトリメチルア
    ンモニウムである請求項5に記載の臨床検査用試料。
  7. (7)生体試料を陽イオン界面活性剤を含有する溶液と
    混合して生体試料中の核酸を陽イオン界面活性剤との複
    合体として沈殿させ、次いでこの沈殿物を分取して高塩
    溶液に溶解し、然る後陽イオン界面活性剤を除去するこ
    とを特徴とする、生体試料からの脂質及び脂質蛋白成分
    を実質的に含まない核酸の分離方法。
  8. (8)陽イオン界面活性剤が第4級アンモニウム塩であ
    る請求項7に記載の分離方法。
  9. (9)第4級アンモニウム塩が臭化セチルトリメチルア
    ンモニウムである請求項8に記載の分離方法。
  10. (10)生体試料を陽イオン界面活性剤を含有する溶液
    と混合して生体試料中の核酸を陽イオン界面活性剤との
    複合体として沈殿させ、次いでこの沈殿物を分取して高
    塩溶液に溶解し、然る後陽イオン界面活性剤を除去する
    ことにより得られた、脂質及び脂質蛋白成分を実質的に
    含まない核酸。
  11. (11)陽イオン界面活性剤が第4級アンモニウム塩で
    ある請求項10に記載の核酸。
  12. (12)第4級アンモニウム塩が臭化セチルトリメチル
    アンモニウムである請求項11に記載の核酸。
  13. (13)生体試料より核酸を分離し、分離された核酸を
    疎水性の固相上に固定化した後、固定化された核酸中に
    特定の遺伝子或は核酸由来のものが含まれているか否か
    を検査することにより行う、遺伝子診断法又は病原性生
    物の感染の診断法に於いて、生体試料を陽イオン界面活
    性剤を含有する溶液と混合して生体試料中の核酸を陽イ
    オン界面活性剤との複合体として沈殿させ、次いでこの
    沈殿物を分取して高塩溶液に溶解し、然る後陽イオン界
    面活性剤を除去することにより得られる核酸を含んで成
    る試料を疎水性の固相上に固定化することを特徴とする
    遺伝子診断法又は病原性生物の感染の診断法。
  14. (14)陽イオン界面活性剤が第4級アンモニウム塩で
    ある請求項13に記載の診断法。(15)第4級アンモ
    ニウム塩が臭化セチルトリメチルアンモニウムである請
    求項14に記載の診断法。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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JPH04232624A (ja) * 1990-09-28 1992-08-20 Internatl Business Mach Corp <Ibm> 光ディスクドライブ作動装置およびフォーカス獲得実行方法

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