JPH021499A - 核酸又は核酸フラグメントを固相で酵素的に又は化学的及び酵素的に反応させるための担体及び核酸の固相合成法 - Google Patents

核酸又は核酸フラグメントを固相で酵素的に又は化学的及び酵素的に反応させるための担体及び核酸の固相合成法

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JPH021499A
JPH021499A JP1012052A JP1205289A JPH021499A JP H021499 A JPH021499 A JP H021499A JP 1012052 A JP1012052 A JP 1012052A JP 1205289 A JP1205289 A JP 1205289A JP H021499 A JPH021499 A JP H021499A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 産業上の利用分野 本発明は、核酸又は核酸フラグメントを固相で酵素的に
又は化学的及び酵素的に反応させるための不溶性ポリマ
ー担体に有する。
従来の技術 一般に、目的の核酸合成に当り、核酸フラグメン)、に
!IJち核酸全体の断片、オリゴマーもしくは単加俸會
化学的反応及び酵素的反応の組合せにより相互に連結す
る。例えは、デオキシリボ@M (DNA ) 2“合
成するために連鎖長約15〜60単位のオリゴデオキ7
リボヌクレオチドフラグメント會化学的に合成しかつこ
れら全5′−末端でホスホリル化後混もしかつDNA 
IJガーセ゛による酵素触媒反応において二本Ia核酸
に連結し、その際に各フラグメントの正しい配置は雑へ
形成に基づく相対するワトソン・クリック塩基対にニジ
、従って少なくとも部分的にフラグメントのオーバーラ
ツプにより達成される。
化学的に合成されたか又は酵素触媒反応において得らg
たオリコ9リボヌクレオチドを相応してRNA リガー
ゼにエフ結合してリボ核酸(RNA )を形成すること
ができる。同様にして、DNAフラグメントもRNAフ
ラグメントも含有する核酸も一本鎖として得られる。
以下核酸とは、bj能なすべての釉類及び形状のa酸で
ある。デオキンリボ核酸並ひにリボ核酸、かつまたデオ
キシリボ核酸の率シ:体及びリボ核酸の単量体から成る
混合ポリヌクレオチドであってよい。更に、核酸は一本
鎖とじて又は二本鎖として存在してよい。
核酸の部分又はフラグメントはヌクレオ7ド又はヌクレ
オチドのLうな単量体、また単m・体単位2〜100個
からのオリゴマーでめってよく、数百個の単量体単位含
有する丈に大きな重合体も可能である。
核酸フラグメントの酵素触媒反応による結合に関しては
、フラグメントの1つが重合体の不溶性担体に結合して
いると有利であることが明らかとなった。フラグメント
の1つがセルロースに結合している、DNAリガーゼに
よるDNAフラグメントの結合についてコツツアレリ(
C0ZZarellj )及びその他が報告した〔B1
0−chem、 Bjophys、 Res、 Com
m、  、 28巻、578〜586 v邊 (196
7年〕 〕 。
セルロース粒子に結合しているデオキシリボチミジンの
オリゴマー’!ll−DNAポリメラーゼのプライマー
及び鋳型として使用することか記載されている( T、
 M、 Jovin及びA、 Kornberg共著−
J、 Biol、 Chem、  、 243巻、25
0〜259′目(1968年ン〕。
セルロースに共有結合したオリゴデオキシリボヌクレオ
チドtターミナルデオキンリボヌクレオチシルート2/
スフエラーゼにより連鎖伸長することについて報告され
ている( U、 Ber−tazzoni及びその他共
著、 ” Bjochim、 Biophvs。
Acta  + 240巻、515〜521頁(197
1年)〕。
As /<ネト(Panet )及びH,()、コシナ
(Khorana )はポリデオキシリボチミジンをセ
ルロースに結合しかつこの担体結合核酸ヲリガーゼに工
9他のDNAフラグメントで伸長した。
この工うに生地したセルロース結合ポリヌクレオチド及
び短いプライマーで、DNAポリメラーゼ勿用いてポリ
ヌクレオチドの一部ケ複製した〔’ J、 Ejol、
 Chem、  、 249巻、5213〜5221自
(1974年ン〕。
と9わけ、固定化し一7C核酸フラグメントヲ酵素によ
る核酸@地並ひに全く一般的にその酵素反応に使用する
ことによる利点’rJ−1i!’i定化した反応生成物
が反応に必女な他の物質及び反応の間に生地した他の物
質から藺単に分陰される点に認めらnる。F9r望の反
応生成物を年比するためのこの簡単なT=J能性に基つ
いて、酵素及び/又は固定化されない丞負を過剰倉で使
用することにより、固定化反応生成物2例えは連鎖伸長
されfC生底物のエフ烏い収ぷへの平衡移動が達成され
、その除に引続いて行なう精製はそれによって者しく困
難になることはない。
膨潤性の不溶性ポリサツカリドのようなゲルは固定化さ
れた核酸又は核酸フラグメントの酵素触媒反応に好適な
担体であるが、このような材料は核酸を化学的方法で重
合体の不溶性担体で−8−成あるいは変化させるには全
く好適ではないO 例えは、一般にヌクレオシド又はヌクレオチドの工つな
相応する単量体から出発する核酸の作字的合成では、通
常、基本的には伸長化すべき核酸部分の活性化、場合に
よる生成物の単離。
新しいヌクレオシド又はヌクレオチドの添加及び縮合及
び生成物の単離という工程より取るサイクルを循環させ
る。
核酸合成のそのような化学的方法の一部あるいは先金自
動化は1相法の尋人により達成された。その際に、伸長
すべき核酸フラグメントは不溶性担体に固定されている
。1成長する”核酸部分の画定化によシ、その都度固相
を単に洗浄することによシ所望の反応生成物を精製する
ことができる。’c+J溶性の反LE、成分子(支)相
と接触させかつ反応の終結後に洗浄して除去する。
短いDNANラフメントを化学的に合成するための固相
として枚葉紙の形(ディスク“dj sks“)のセル
ロースを使用することが記載されている( R,Fra
nk及びその他共著、″’ Nucl、 AcjdsR
es、+11巻、4365〜4377自(1983年)
〕。しかし紙、セルロース及び一般にすべてのポリサツ
カリドは、合成サイクルが妨害されない1うに核酸又は
核酸フラグメントの固定に会費ではないすべての反応、
8:基。
例えはヒドロキフル基*m断しなけれはならないという
基本的な欠点に有する。担持材料として使われるポリサ
ツカリドの、ヌクレオチドアンカーとして会費ではない
すべての反応、性基の完全な遮断は不可能であり、反応
サイクル會なん回も繰り返す際に例えば屯裂形底により
そのような固体の膨潤性担体の巨視的搗造がしはしは変
化し、それ故初めは到達しかたい反応性基も反より&分
にとって接近し易くなりかつ反応の経過を妨害したシあ
るーは副反応を惹起し得るのでなおさらのことである。
特に核酸のイビ学合欣に担持材料として紙を使用する場
合には故多くの誤まった配列が生じ得る。丈に、長時間
の薬剤の負荷で紙が何つ不十分な機械的安定性が機械的
な合成において国難をもたらし、それ故従来は塩基20
〜25個より多くの配列は缶底されなかった。
膨潤性(は体では反応性媒体に応じて材料の膨潤もしく
は縮イヒにエフ者しく長い洗浄時間及び反応−時間が生
じ得る。丈に、拡散性の問題も起り得る。これらの欠点
のために、通常は非膨潤性担体を作字反応に、待に核酸
又は核酸フラグメントの合成に使用する。このための常
用の材料はシリカゲルである。シリカゲルは核酸の化学
的@賊にしはしは使われる不溶性担体である。
この材料は独々の孔径の広範な分布と不規則な孔栴造’
(+−有する。
化学的かつま7′c#素的反応工程の適用下に二本鎖D
NA勿台戟するために、孔径10CI01のシリカゲル
である7ラクトクル(Fractosil]1000R
と、デキストラン直鎖をN、N’ −メチレン−ビス(
アクリルアミド)で三元架橋することにエリ得られる親
水性のrル形成性の、即ち膨潤性材料であるセファクリ
ル(8epha−cryl) −50ORとが、担持材
料としてのその適性に1殉して比較された[ Z、 H
ostomsky及びに smrt共者、 ” Nuc
leic Ac1ds ResearchSymp、 
8er、  # 18巻、241〜244良(1987
年〕〕。その際に、非膨潤性シリカゲルがrル形成性担
体に比べて酵素反応、連結もしくは最終apHの担付胴
科から遊離を部分的に又は完全に阻害することが餡めら
nた〇それ故、不溶性のポリマー担持材料で核酸又は核
酸フラグメントを反応させるための化学的方法及び酵素
的方法を組合せて適用するための担持材料に対して、化
学的反応に当っては膨潤性担体の欠点t1gl避しかつ
有利に酵素反応に使用することのできるという資求が依
然として今日もなお存在する。
発明が解決しようとする腺租 不発明の線順は、前記の嶽件全すべて?M7′Cす、核
酸又はa酸フラグメントを固相で#素的に又は化学的及
び酵素的に反応させるのに好適な担体を開示することで
あった。
課N?解決するための手段 この課題は、本発明によジ待粁訪求の範囲に記載の発明
により解決される。
核酸又は硫酸フラグメントの化学的及び酵素的反応のた
めの本発明による担体は、場合により核酸化学で常用の
保護基含有する核酸又は核酸の部分が固定さnている、
不治性で非膨潤性又はほぼ非膨潤性の多孔性重合体より
成9、その際に油9合体の孔は一定範囲の規定された大
きさ’kNする。孔は、一方では酵素が固定された反応
すべき核酸又は核酸フラグメントに殆んど妨害されずに
到達するぐらい大きくなければならす、また他方ではで
きるたけ小さな担持材料でできるたり多くの核酸分子t
−質換し得るように、担体が多数の反応位置全供給する
大きな表面積を有するぐらい孔は小さくなけれはならな
いOこの点で1一定の大きさ1400〜10000xの
孔七有する担体が優れていることが明らかになった。孔
がほぼ一定の大きさ2000〜5000X、特に250
0又エク大きく5000スまでである重合体が優れてお
り、その際に”規定された”大きさの最大誤差は記載の
数値の±10%でるる。
これらの孔径条件を満たしかつその組成によって、核酸
の化学的及び#素的反応に必要な薬剤に対して耐性であ
るような重合体が手や又に自動的に笑施することのでき
る、例えは核酸の合成のエラな化学的かつ1だ酵素的反
応に極めて好適であることが明らかになり予想外であっ
た。特に担体重合体が、酵素反応の媒体としての水溶液
2%に緩衝溶液上中空から排除しない材料であると、リ
ガーゼによる連結又は例えは制限酵素による核酸又は核
酸フラグメントの切断のような酵素反応が迅速かつ完全
に進行する。
優れfc担体重合体として、無機材料9%に主に珪素原
子及び酸素原子より成るものを使用する。
a峨又はar411.フラグメントの化学的反応及び特
に酵素的反応には制御された孔径約6000スのガラス
が特に好適であることが明らかになった・ ポリマー担持材料の種類が、核酸又は核酸フラグメント
ラ変換するための化学的方法と酵素的方法とを組合せて
通用する際の本発明による担体の有利な使用可能性にと
って決定的である。
例えは、核酸連鎖の化学的合成の終結後にこの核酸上便
用した同相から分離しかつ酵素的連鎖伸長のために他の
担持材料を選択する必要かない。損失の多い分離反応及
び結合反応を本発明による担体を用いて回避することが
できる。酵素的反応には本発明による担体が特に好適で
ある。
核酸又は核酸フラグメントを様々の方法で担持材料に固
定させることかでさる。しかしながら、担体が核酸の固
相合成に当って、不治性で非膨尚性の多孔性lL付体に
共有結合している、場合によっては核酸化学で常用の保
護基を有する核酸フラグメントを含有する場合は特に有
利である。その際に、核酸の化学的合成のために、公知
のようにたいていの場合相応する核酸の保護されていて
もよい単蓋体から出発するが、オリゴマー會使用するこ
ともできる。酵素的反応では、しはしは比較的大きな少
酸フラグメントがポリマー担持材料に結合している。し
かし小さな核酸フラグメントのM素的反応もしばしは全
く同様に可能でるることは当然である。
優扛た実施堰の本発明による担体では核酸フラグメント
はスペーサー忙介してl+i体に結合している。スペー
サーとしては多数の物質が挙けられ、当業者が該当する
反応に応じて選択することができる。轡に、その選択の
ための視点は、化学的反応かつ”また酵素的反応のその
都度選択された反応条件に対する安定性でめる。化学的
核酸合成法のうち今日最も多く使われるホスファイト法
に関しては、場合によりv;、酸化学で常用の保護基を
有する反応させるべき核酸又は核酸の部分がアミノデロ
ビルンリルースペー結合していると特に有利であること
が明らかになった。特に、一般式1: 〔式中ポリマーは、2500久ニジも大きく5ooo久
まで1%に約5ooo久の制御された孔径を有するガラ
スであり、R及びyは同じη1又rL14なっていでよ
< + Cl−6−アルキル又はポリマーを表わし、か
つNukl、は場合により少数化学で常用の保護基を有
する核酸フラグメン)1−表わす〕の担体が組合せ九核
酸の化学的及び酵素的合成に優れていることが判明した
これにぶり、特に酵素的反応を有利に実施することかで
きる。
Nuklにエフ表わされるa敗フラグメントはそれぞれ
のヌクレオチドであっても又は単量体単位2〜100個
からのオリゴマーであってもあるいは数百個の単量体単
位金有するより大きな重合体であってもよい。
核酸フラグメントのNukl、としては、酵素的反応に
は特にヌクレオチド6〜30個からのオリゴヌクレオチ
ドが有効であることが判明した〇ヌクレオチド15〜2
5個からのオリゴヌクレオチドが特に優れている。
M、J、シャイト(Gajt )編、T、アトキンメン
(Atkinson )及びM、スミス(Sm1th 
)共著。
6オリゴヌクレオチド・シンシシズーア・デラクテカル
・アプローチ(Oligonucletide 5yn
−theSjs −a practical appr
oach )”、45〜49頁(IRLプレス、オック
スフォード、ワシントンD、 C!、在、1984年ン
に記載の方法と同様にして、その工つな全く優れた担体
は制御された孔径ガラス3000 X (CP() 3
000゜5erva社、西ドイツ国ハイデルベルク在ン
のアミンfoピルイヒ及び3′−末端でp−ニトロフェ
ニルスクシニルにエフ置換され、場合により核酸イヒ学
で常用の保護基ケ有する相応する核酸7ラグメ/トとの
反応にLジ製造することができる。ポリマー担持側科1
g当ジ核酸又は核酸フラグメント約1μmot〜60μ
motの負荷密度で製造することができる。負荷密度5
〜11μmotの担体が特に浚れている。
不発明の他の目的は、同相法による核酸の合成法であり
、その際に固相として、孔が主として規定された大きさ
1400〜100001を刹する不浴性の非膨潤性の多
孔性重合体を使用する。孔は殊に制御さγした大きさ2
000〜5000え1%に25001よジ犬きく so
o。
久まで勿有する。
同相法とは、不均一に進行するすべての核酸の合成法で
あり、即ち場合にLクシ酸化学で常用の保護基?!″有
するヌクレオ7ド又はヌクレオチドのような単量体もし
くは数個の単量体単位りり成り、場合にニジ同様に保護
されている核酸フラグメントである核酸の部分を不溶性
担持材料に固定し、化学的及び酵素的反応により又は酵
素的反応たけによシ単麺体単位1個以上を伸長しかつ合
成の終結後に最終核酸?場合により固相から分離する。
ジ酸の作字的合成には、リン醒ジエステル法。
リン酸トリエステル法及びホスファイト法が常法であり
、その際に2つの後者の方法及びこのうちの特にホスフ
ァイト法が核酸の固相合成に有利であることか明らかに
なった。
化学的方法により、約60イーまでの年蚕体単位からの
オリゴヌクレオチドを最も良好に合成することができ、
これを酵素的方法により既に技術水準の説明に記載した
ように数百個の単量体単位からの核酸に伸長することが
できる。例えは、常用の酵素はキナーゼ、ポリメラーゼ
及びリガーゼである。固相で最終的に合成された核酸上
担持材料から分離するためにも酵素1例えは制限エンド
ヌクレアーゼを使用することができる。
従来、化学的方法工程と酵素的方法工程上官む、場合に
より自動化し得る有効な核酸の合成は、膨潤性固相全使
用する場合は不十分な機械的安定性、長い洗浄−及び反
応時間差ひに場合により起る副反応という欠点を甘受し
、あるいは非膨向性同相全使用する場合は使用した酵素
が場合により阻害され、それ故不完全な反応を甘受する
場合にのみ可能である。いくつかのこれらの欠点を回避
するために、化学的な合成工程を非膨崗性担持材料上で
及び酵素的曾厄工程を膨潤性材料上で実施することがで
きた。しかし、これは合成の間に担持材料金52:換し
かつ損失の多い分離−及び連結反応を実施しなければな
らないことを意味した。
場合にエフ保護基を有する核酸フラグメントを不溶性で
非膨潤性の多孔性重合体に固定し、この固定化核酸フラ
グメン)k他の核酸フラグメントに工9伸長しかつ場合
により最終核酸を不溶性重合体から外端するという工程
より成る本発明方法にこれらの欠点を有していない。こ
れは化学的方法と酵素的方法と全組合せた核酸橋築に好
適で、極めて有利である。化学的な合成工程と酵素的な
合成工程と全組合せる際に担持材料′I&:交換する必
要がない。この方法は酵素的なV;、O合成には特に好
適である。
本発明では担持材料として主に珪素原子及び酸素原子よ
り成る重合体が優れており、これは大きな機械的安定性
並ひにその高い永久多孔度及び低い膨側多孔度により優
れている。特に規定さ扛た孔径1400〜10000に
のガラスが該当する。特に、規定された孔径約2000
〜5000又、殊に2500又より大きく5000又1
でのガラス、%に制御さ扛た孔径がノロ000久のもの
が、場合により目動化i」能な固相法の非膨國性多孔性
材料として44月である後れ友?+質を示す。軸に、核
酸又は核酸フラグメントの固定化への適性及び固相に結
合したこのような物質の酵素基質としての適性′?t@
調すべきである。
残酸フラグメントを実に様々に担持材料に固定すること
ができる。しかし、場合により保循基を有していてもよ
い秩緻フラグメントを不溶性の非膨潤性重合体に、殊に
スペーサー勿介して共有結合させると有利であり、その
際にスペーサーとしては該当する反応条件に応じて当業
者が選択することのできる多数の物質が該当する。場合
により@酸作字で常用の保護基により保臆されていても
よい核酸フラグメントが例えは(02H50) 381
−0− (CHg ) 3−Na3にエクアミノデロを
介して担持材料に結合する場合に待に有利であることが
明らかになった。この点で前記の一般式Iの担体は本発
明方法に特に好適でめる。
七の際に、酵素による阻害は認められない。
これは翁にポリヌクレオチドキナーゼ、 DNA −ポ
リメラーゼ、 RNA−及びDNA −IJガーゼ並び
制限エンドヌクレアーゼに該当する。それ故、本発明方
法は固定化され友核酸又は核酸フラグメントの#素層媒
作用反応に特に好適である。
そのぶつな#素的反応の例は次の通りでおる:オリゴヌ
クレオチドフラグメントの酵素的ホスホリル化1例えば
T4−ポリヌクレオチドキナーゼによるオリゴデオキシ
チミジレートの反応。
オリゴヌクレオチドへのDNAフラグメントの連結1例
えは対向鎖フラグメントの存在においてDNAリガーゼ
によるオリゴデオキシチミジレートの連結。
6′−リボ末端を有するDNA 7ラグメンh錨1定化
オリゴヌクレオチド、例えばオリゴデオキゾチミゾレー
トにRNA !jガーゼにエリー本鎖結合することにエ
フ連鎖伸長。
固定化RNA −DNA−ハイブリッド銀金、一般的に
使用口」能なプライマーオリゴヌクレオチド、例えはオ
リゴデオキシアデニレートのD在ICおいてフレノウD
NAポリメラーゼによV複製、又は 固定化オリゴヌクレオチド二本鎖’k IIJ限酵素に
より切断。
本発明の他の目的は、主に1400〜10000穴の規
定された孔径(I−1する不溶性で非膨@注の多孔性重
合体を核酸又は核酸フラグメント?固定什するための担
持材料として使用することであり、特に担体に固定した
そのような化合物を1固相で核酸又は核酸フラグメント
を酵素的に又は作字的及び酵素的に反応させるために使
用する場合である。そのような重合体は核酸會構築する
ための合成の自動化に使用するのにも好適である。それ
というのも重合体は烏い機械的安定性及び交換さ0る試
薬及び溶剤による耐久的な負荷可能性により優れている
からでるる。しかし前記の重合体はM素的反応の担体と
して特に好適でめる。七tしというのも反応が妨害され
ずに進行するからである。
無機重合体1%に主に珪素原子及び酸素原子より取るも
のか優れている。そのような重合体か規矩された大きさ
2000〜5000X、殊に2500Xよりも太きく5
000穴までの孔?有すると有利である。制御された孔
径約60LlOik有するガラスは特に有利であること
が明らかになった。
そのような広孔径の非膨潤性重合体は、それが簡単に洗
出可能であり、それ故試薬の過剰分及び溶剤を良好に除
去し得るのでイヒ学曾瓜に好適である。史に、本発明に
よる担持材料にj、九(11−学的縮合工程で非常に高
いほぼ定を的収ぶが達成される。
本発明にニジ広孔径の非膨潤性重合体全担跨材料で核酸
を禍築しあるいは分離するための酵素反応に使用すると
特に有利であることが明らかになった。
実施例 次に本発明を実施例に↓り詳説するが、これによって限
定されるものではない。
実施例で使用する略語: Trjg   )リス(ヒドロキシメチル)−アミンメ
タン ジチオトレイトール アデノシン−5′−トリホスフエート エチレンジアミン−テトラ酢酸 1分間当りの放射カウント数 4−(2−ヒドロキシエチル)−1 TT TP ED’I’A 09m gPES −ピペラジンーエタンスルホン酸 ジメチルスルホキ7ド ポリエチレングリコール トリス/ EDTA緩衝液 午血清アルブミン 5′位でジメトキシトリチル基で置換 されたデオキシチミジン 1−(メ7テレンスルホニル)−3 −二トロー1.2.4−トリアゾー ル dNTP   デソキシヌクレオンドトリホス7エート TEA   )リエテルアミン 例  1 固定化(dT)+oオリコ9ヌクレオチド幻 固定化j
4in体デオキ7チミジンの合成a)担持材料コンドロ
ールド・ボア・グラス(CPG ) (5erva社、
西ドイツ国、ハイデルベルク在) アミノプロピル化: MSO EG E SA MTrdT MSN’r 担持材料のアミノプロピル化はマッテウチ(Matte
uccj )及びカルーサーズ(Caruthers)
共著、 ” J、 Ampr、 Chem、 8oc、
  、 1Q 3巻。
6185〜6191貞(1981年ンと同様に行なった
パッチ: cpa 1400もしくはC’PG 300
0g 6−アミツデロビルートリエトキ7 7ラン          2.6M トリメチルクロルンラン  6九 CPG 1400もしくはCPG 3000 ’k ト
ルエン50m中で6−アミツデロビルートリエトキクシ
ランと反応させることにより官能性にする。
反応混合物を室温で12時間振盪し、引続いて18時間
還流下に沸騰加熱する。担体を吸引線取しかつ1回当v
20mbのトルエンで6回、1回当り20m番のメタノ
ールで3回及び1回当92Qmbの50%−メタノール
水浴液で2回洗浄する。CP() 2−晩水性メタノー
ル溶液中で振盪する。准相七分離しかつCPG ’i 
1回当り201uのメタノールで2回洗浄する。引続い
てC’PG を初めに空気乾燥し、次に真空乾燥する。
ガラスの反応しなかったヒドロキシル基は無γピリジン
10n中のトリエチルアミンランとの反応にエフmmす
る。懸濁液上−晩振盪し、引続いて吸引濾取しかつガラ
スを1回当920mのメタノールで5回及び1回当ジ2
Qmbのジエチルエーテルで6回洗浄する。空中乾燥後
にアミノプロピル化CPG w A空中で完全乾燥する
5’−0−DMTr −3’−0−スクシニルーヌクレ
オンド: 前記文献記載の方法と同様にして、 DMTrdT           2.5 mmoL
無水コハク酸        2.OmmoA(2QO
〜) バッチを室己で12時間情押し、その後で薄層クロマト
グラフィにより試験する。十分な変換率でピリジン全除
去しかつ残渣をジクロルメタン60m中に溶解する。こ
のジクロルメタン漬液を氷冷し′fc10%−水性クエ
ン酸に対して振出し、引続いて有@布を1回当ジ15t
ttbの水で2回洗浄する。ジクロルメタン層葡硫酸ナ
トリウム上で乾燥させた後で、浴液を1歓式蒸発器で濃
縮しかつ石油エーテル25 Q tnb中で析出させる
。沈殿を吸引歯数しかつ1回当り2Qmgの石油エーテ
ルで21俊洗浄する。収率は理論前の90%である。
p−ニトロフェニルエステル(’J 生成:前記文献記
載の方法と同様にして、 無水ピリジン         5計 上反応させる。5’ −0−DMTrで保護されたデオ
キシチミジンをピリジン中に溶解し、2回無水化しかつ
DMAP並びに無水コ/Sり#!ヲ加える。
無水ジオキサン 6M 無水ピリジン         0.2Mを反応させる
。5′−〇−ジメトキシトリチルー6′−〇−スクシニ
ル−デオキシチミジンをピリジン含有ジオキサン溶液中
に溶解しかつDCC’(H箔加する。初めは泄明な溶液
から、短時間でシンクロヘキシル尿素が沈殿する。2時
間の反応後に、反応混合物全薄層クロマトグラフィによ
り試験する。シンクロヘキシル尿素を濾別しかつaS 
* *直ちに予めV@製した担持材料と反応させる。
活性エステルとアミノプロピル化担体との反応: 11記文献と同様にして、 担持材料          2.5g無水ジメチルホ
ルムアミ)”   8ms無水トリエチルアミン   
  1rrL8無水酢酸           1rI
L6無水ピリジン         5 me;を反応
させる。アミノプロピル化CPG 七ゾメチルホルムア
ミド中に懸濁させる。単量体のニトロフェニル−活性エ
ステルの俗液金范加し、トリエチルアミンを加えかつ反
応混合物を注意深〈振盪する。12時間の反応後に担体
勿吸引濾取しかクシメチルホルムアミド、メタノール及
びジエチルエーテルで洗う。仝気乾燥後に物質を真空中
で貯蔵する。
未反応アミノ基のマスキングは無水ピリジン中の無水酢
酸との反応により行なう。触媒としてDMAP k加え
る。60分後に担体を吸引濾取し、メタノールで洗い、
空中及び真壁中で乾燥する。
b)担持材料セルロースもしくはセファロース有機担持
制科’!11−3’ −0−スク7ニル化ヌクレオンド
で負荷: R,フランク(prank )及びその他共著。
” Nucl、 Ac1ds Res、  + 11巻
、4365〜4677向(1983年ンと同様にして、
ミシン i  mmoL 1−メチルイミダ1戸−ル     0.2fi&無水
ピリジン          150ffizピリジン
            5QmLクロロホルム   
       50mbエーテル          
   5(Jnt乙無水p[2OrLl t反応させる。
担持材料に1回当り約201uの無水ピリジン全6回加
えかつ無水化する。その後、61− o −スクシニル
化ヌクレオ/ド、 MINT及び1−メチルイミダ・t
−ルを絡加しかつバッチ?室温で6時間振盪する。この
間に黒く呈色した反比、耐液全7ユレ/り(5chle
nk )のフリット中で殆んど担持から吸引症別しかつ
畑持桐料全ピリジン、クロロホルム及びエーテルで白色
になるまで洗浄しかつ乾燥させる。未反応のヒドロキフ
ル基金遮断するために、担体をピリジンB□tL。
無水酢酸20成及びDMAP 1 &からの混会物40
ahと2時間振盪する。その後、材料を再びピリジン、
クロロホルム及びエーテルで洗いかつ乾燥させる。
C)担体負荷の測定 担体の単蚕体負荷はジメトキ7トリチル(DMTr )
カチオンの色を分光測光法により定置することVCCシ
タ定する。試料1卿を採取しDMTrカチオンを酸処理
により遊離しかつ498nmで吸元度七測定する。デオ
キシリボヌクレオシド負荷は次式により引算する: tr it (InQ) ヌクレオチド×μmot /担体I Eaoa −7X 10’ cm” mmoL−”次の
負荷が測定されfc= B)  CPG−(dTzo) eセルロース−(d’
r20)及びセファロース−(dTzo)の合成 a)  CPG−(dTzo)の合成 前記のAJで製造したデオ牛7チミジン(6′末端ンで
負荷さnているCPG材料それぞれ20〜5DjnQ’
lf:、緊締系により固定されかつSAM 1−シンセ
サイず−(BioSparch社〕と結合している鋼カ
ラム又はカートリッジ中に装填する。
試桑: 睨トリチル:ジクロルメタン中の3%−トリクロロ酢酸 縮   合  : R−イ、ヶ。ピtvQ DMTrd
Tp”(NR2、Mp )無水アセトニトリ ル10Rδ中のテトラを戸−ル 50rnq 無水アセトニトリル 酸  化 :テトラヒドロフラン125mb。
水12.5彫及びピリジンIIu 中の沃素500 mQ キャッグ形成: TEA 12.5 at 、アセトニ
トリル75計及び1−メチル− イミダゾール4 ml中の無水酢 酸12.5ffiδ 洗浄工程  :無水アセトニトリル 1サイクルの各工程は次のように進行する:1、脱トリ
チル: ジクロルメタン中の6%−トリクロロ酢酸を、ジメトキ
7トリチル基金脱離するために2〜6分間担袴材料を通
してボンデ供給する。赤色の脱トリチル浴液を試料捕集
器中に取シかつ収ぶ測定のために使うことかできる。
2、洗浄: 痕跡蓋の酸をアセトニトリルで洗うことにより除去する
3、縮合: 活性化可能なヌクレオシド(DMTrdTp”(NR2
゜Me) 、 R−インデロビルノのうち縮合サイクル
1回当v50響を濃度5011Q/meで貯蔵容器中へ
予め装入し、その容器から縮合サイクルの間にテトラゾ
ール溶液と混合して該単せ体を1分間でカラム中全ポン
プで通す。引続いて、反応性単友体を収率の改良に当り
8分間チューブ全弁してカラムrボンデ循環させる。
4、洗浄: 過jlelJilで使用し友反応成分tアセトニトリル
で数分間洗浄することにより除去する。
5、酸化: 沃素溶液を2分間カラム中全ポンプ循環することにより
亜リン酸トリエステルの6価のリンが51曲のリンに酸
化される。
3、洗浄: 酸化浴液上アセトニトリルで洗うことにより除去する。
Zキャップ形成(未反応ヒドロキフル基のマスキング)
: キャップ形成溶液を2分間担持材料中をポンプ供給する
8、洗浄: キャップ形成溶液を、アセトニトリルで洗うことにエフ
反応混合物から除去する。
SAMシンセサイザー中での合成サイクルの進行には約
25分間を景する。
b)セルロース−(dTzo )及びセファロース(d
T)2oの合成 セルロース及びセファロース材料ではa)に挙げ友洗浄
工程を約2倍の時間に延長した(−般に2〜6分間を約
5分間にン。脱トリチル後に、アセトニトリルで洗浄す
る前にジクロルメタンによる付加的な洗浄工程が必要で
あり、これにエリ担持材料中に存在する痕跡蓋の酸金先
金に除去することができる(ジクロルメタンで2分間洗
浄)。
C)負荷密度 SAM 1合成装置中で独々の担持材料を用いて(dT
20)−オリゴヌクレオチドを製造すると次のよりに負
荷された: 保趨基(DMTr及びメトキンノの脱離後、オリゴヌク
レオチドは固相に残りかつ試桑及び有機溶剤の除去後に
酵素反応に使用するまで乾燥しかつ冷ML庫に保存した
d)保繰基の脱離 DMTr保護基の脱離 合成する際に、DMTr基を塩化メチレン中の2%−ト
リクロロ酢酸會用いて2分間でもしくは塩化メチレン中
の6チージクロロ酢酸を用いて6分間で脱離する。生成
物音アフイニテイクロマトグラフイ処理せずに精製する
場合は、合成装置中で直ちにオリゴヌクレオチドの脱ト
リチルを行なう。アブイエティクロマトグラフィ精製後
では、オリゴヌクレオチドからのDMTr保護基の脱1
1iは80チー酢[’に用いて60分間処理することに
より行なう。凍結乾燥後に水金2回添加し、かつ改めて
凍結乾燥する。DMTr基全エーテルで抽出しかつ生成
物を蒸発濃縮する。
ホスフェートのメトキシ基の脱離: メトキシ基の脱離は、チオフェノール/ TEA/ジオ
キサン−1:2:2からの新しく自製した溶液で担体を
45分間処理することにより行なう。引続いて液相全分
離しかつ担体をメタノール1rILtで6回及びジエチ
ルエーテル1勘で6回洗浄する。
担体に結合し九オリゴチミジレートの化学合成の代りに
、担体に結合したオリゴヌクレオチド?混合塩基組成に
より合成することも可能である。
例  2 固定化(dT)20オリゴヌクレオチドの#素的5′−
ホスホリル化 例1からの(PG 3000− (dT2o)100β
I(約500 pmot、 5’−OH末端1nmot
)にキナーゼ緩衝液(400mMトリス−塩酸緩衝液p
H7−6,100mM塩化マグネシウム、 10 mM
DTT 、 50チーグリセリン)1μl、γ−32P
−ATP lμ!並びに100μM冷ATP浴液1μj
T4−ポリヌクレオチドキナーゼ1μl”を加えかつ再
蒸留した水金装入して全谷力(10μlにする。反応混
合物t−15分間67℃で恒温保持する。引続いて遊!
iI5′−ヒドロキシル基の定量的ホスホリル化に当F
) 1mM ATP 1μ1tl−添加し、史に67℃
で15分間反応させる。反応の終結は反応浴液1Dpl
当?) 25 D mM EDTA 浴液1μlの添加
により行なう。
反応パッチ: 次に、未結合の反応成分及び緩衝液全除去するために、
担体を1回当!00.I M +、1ン酸水素二カリウ
ム溶液500μノで5回洗浄する。洗浄効ihチェレン
コフ測定により試験する。担体に残留し7’(残留放射
能量はこの方法で5xio5〜2−4 X 10’ c
pm テあ谷。
32pは半減期14日間で壊変する。チェレンコフ測定
により1分間当りの壊変(cpm )全測定する。これ
は通常のシンチレーション計数器で行なう。放射能量8
X105〜2.4 X 10’cpmにより、担持材料
に固定されたオリゴ9ヌクレオチド中の放射性ホスフェ
ートの−fit’に確定することができる。引続き、“
冷い” ATPの添加により完全にホスホリル化ヒされ
るので、放射能量により、キナーゼ反応が行なわれ九の
かどうか、めるいは担体中のイロ」らかの汚染により又
は塩によりもしくはオリゴヌクレオチドの不純性により
妨害され友かどうかが明らかである。高い放射能量が有
利である。それというのもオリゴヌクレオチドを長時間
にわたって可視化することができるからである。担体/
オリゴヌクレオチドに対するキナーゼによる作用がすべ
ての他の醇素肚媒作用反応の前提である。
担体を多すに(500μy〜1〜)に使用する場合、全
容t40μlで作業し、初期のATP濃度は100μM
であり、15分後には10mMATP 浴液1μA!ヲ
加える。反応温度及び反応時間は同じである。
CPG結合のオリゴチミジレートの代りに、CPG 3
000に結合した。混合塩基組成?有するオリデヌクレ
オチドt−酵素的にホスホツル什することもできる。
例  3 DNAリガーゼによる固定化DNAフラグメントの酵素
的結合 例2からのCP() 3000に共有結合した、5′末
端でホスホリル化されたオリゴチミジレートを初めに水
15μぎ及びDNA Uガーゼ/緩衝液(760mM 
)リス/塩酸−緩衝液、 pH7,6。
1Q mM塩化マグネシウム、 1 rriMATP 
) ?htl中でオリゴアデニレート及び6′末端とし
てオリゴチミジレートを有する固定化されていない他の
オリゴ9ヌクレオチドと一緒に100℃に6分1jJl
加熱しかつ続いて室温に保冷することにニジ雑種形成す
る。1mM ATP 1μl及びDNAリガーゼ2μl
k加えかつ反応混合物を20°Cで2〜24時間恒1晶
保付する。
反応バツテ: 表: DNAリガーゼ反応 収率k i)1+1定するために、試料を採取しく懸濁
液2μl)、30分間のアンモニア処理により担体から
分離しかつ凍結乾燥させる。引続いて、10〜20俤変
性ポリアクリルアミドrル、0.4朋でr/l/1!を
気泳動を行ない、オートラジオグラムの作成後生放物バ
ンド全切断しかつ0.5M酢酸アンモニワム、 1mM
 EDTA″″Cグル溶離して、チェレンコフ比収側定
により変換率を確定する。
CPG結合した、5′末端ホスホリル化第1.+ !”
チミジレートの代ジに、CPG3000に結合した、混
合塩基組成を有する5′末端ホスホリル化オリゴヌクレ
オチドtDNAリガーゼにより好適なオリゴ9ヌクレオ
チドと連結することもできる。
例  4 固定イヒDNA 7 tグメントとリボ末端會有するデ
オキ7オリゴヌクレオチドとのRNA l/ガーゼによ
る酵素的連結 使用するすべての緩衝液及び溶液全初めにオートクレー
ブにかけ、滅菌濾過する0 例2からの固定化し′fc5′末端ホスホリル化工イコ
サチミジレート100μgに、6′−リポ末端を有する
デオキ7オリゴヌクレオチドを加えかつ凍結乾燥する。
引続いて100μM ATP溶Q15#、10mMスペ
ルミン4μA、100mM塩化マグネシウム溶液4μ!
及びI QQmMDTT溶液4μllk添加しかつ凍結
乾燥させる。
5 Q Q mM HEPES 2μl及びDMSO3
μl’を加え、短時間振盪させ、その佐40チポリエチ
レングリコール溶液10μl並びにRNA I)ガーゼ
5μlを装填する。反応混合物を室温で4″8時間恒は
保書する。
反応バッチ: 実施した反応: 反応後に、担体を1回当ジ500μl OTg(i Q
 mM )リス/塩酸−緩衝液、 pH7,5。
2.5 mM EDTA )で6回洗浄し、試料を採取
し、アンモ1ア処理によp担体から分離しかつ10〜2
0多のポリアクリルアミドデルでrルミ気泳動にLり分
離する。例6のDNA l/ガーゼ反応法と同様にして
デル溶離後の収率をチェレンコフ比軟測定にエフ測定す
る。
初めのRNA 1,1ガ一ゼ反応後に他のRNA 17
ガ一ゼ反応?f−Th施する場合、初めにヒドロキシル
末端を有するDNA末端の定汝的ホスホリル化?行なわ
なけれはならない。このために、RNAリガーゼ反応か
らの試楽紮除去するために担体?!?フェノール化すべ
きであるニ ーフェノ−# 500μlの添加、60秒間混合、1分
間遠心分離、フェノール相の除去;−フェノール/クロ
ロホルムー1:1500μlo添加、60秒間混合、1
分間遠心分離。
有機相の除去; −インアミルアルコール/クロロホルム−1:25 5
00μlの添加、60秒間混合。
1分間遠心分離、有機相の除去、短時間蒸発。
次いで改めてT 4− & !Jヌクレオチドキナーゼ
によりホスホリル化することによジ、担体の放射能は再
度1〜2X 106cpm−CI>l)かつ5′末端は
ホスホリル化ヒされている。引続いて実施したRNA 
!jガーゼによる他の一本鎖結合により、固定されたオ
リゴマーとしてオリがヌクレオチド(dT)20P及び
dT2o(dN)4eApk 官有する担体試料100
例では次の反応が行なわれる:べ く 例  5 固定化オリゴヌクレオチドk DNAポリメラーゼ(フ
レノウフラグメントノにエフ複製一般に使用可能なプラ
イマーオリがヌクレオチド(dA)1o〜18ヲ再蒸留
水16μ!及びニックトランスレー7ヨン緩衝液(50
0mM トリス/塩酸−緩Iji[、pH7,2、10
0mM硫酸マグネ7クム+ 1 mM DTT 、 5
00 pi / pig ESA ) 3μl中で例1
からの固定化エイコサチミジレートで雑鴇形成する。そ
のために、100°Cに6分間加熱しかつ注意深く室温
に冷却させる。
1[1mMデオキヌクレオシドトリホスフエート5 μ
i (その都度2.5 mM dATP 、 dGTP
 、 dC’TP及びdT’I’P k含む)及びα−
3”P −dATP 3μl並ひにDNAポリメラーゼ
のフレノウフラグメント6μjの添加後、担体に固定さ
せたオリゴヌクレオチドの複製を開始する。
反応バツチ: 行なわγした反応: aノ (dAハロ20 D pmoll kクレノウボ
リメラーゼ2μの存在において例4からのCPG 30
00− dT20− rA(dA2T、、)に雑種形成
して伸長する。
その反応の結果の測定は1回当り500μlのTE (
10mM )リス/ HCl−緩衝液、 0.25mM
EDTA 、 p)18.0 )で5回洗浄し穴径でチ
ェレンコフ比軟測定にエフ行なう: hasσの相体Ccpm) : 4140 D複製後の
担体(cpm) : 243850変性後の担体(cp
m): 52570変性後の上澄み(cpm、) : 
184330b)オリゴヌクレオチドプライマーとして
、例5 aJからの変性後の上澄みからのオリゴアデノ
7ン生成物約1nmot(0,D、 0.25)及びク
レノウ〆リメラーゼ15μl’a−例5 a)と同様に
して使用する。
複製結果はグル電気泳動にエフ測定する。2つの試料A
及びBi測測定る: A:担体試料のアンモニア処理後のバンド結果:均一な
配列約14 mar〜30 mar20 mor及び3
 Q merは強力なバンド勿示すB:担体変性後のバ
ンド(上澄みのみン結果:均一な配列約14 mer〜
30 mar例  6 担体力・らオリゴヌクレオチド二本鎖全切断するための
制限酵素の使用 例5からのフレノウ反応後のCPG 3000−dT2
o−rA(dA、T〕)f使用する。
バッチを全谷亀20μlで実施する。例5がらの担体試
料約25μ9 (DNA /ポリメジーゼ反応からのバ
ッチの”/a)に水16μ/l−加え、低塩(Low−
qalt )制限エンドヌクレアーゼ緩衝液(10mM
 ?リス/塩酸緩衝液、 P)(7,5。
10mM塩化マグネシウム、 i mM DTT ) 
2 Ill及びEcoRI 2μlを添加する。このバ
ッチt67゛Cで1時間恒記保持する。
反応バッチ: 切断の結果は、試料を担体から切断しかつキナーゼ処理
した後で試料を分けて、If)L/電気泳岬にエフ試験
する。第1試料分は熱変性し、第2試料分は直ちにアン
モニア処理により切断する(固定化配列並ひに雑種形成
により結合し次起動に貧有する)。切断したオリゴヌク
レオチドからセファデックスG50−カラム(パスツー
ルピペット)を介して溶離剤として再蒸留水。
p)18’を用いて脱塩する。先金容重で溶離し7′c
試料勿凍結乾燥しかつ溶液中のオリゴヌクレオチドに関
して記載した方法によりホスホリル化する。切断結果全
試験するにはポリアクリルアミドゲル全使用する。
すべてが使用しfC30marよりも思い生成物が得ら
れる。制限酵素の妨害は認められない。
例  7 DNAフラグメント’i DNAリガーゼ七用いて膨潤
性担体に結合しているオリゴヌクレオチドに連結 反応バツチ: 記載した収率は放射性標識した、担体のオリゴヌクレオ
チドの変換率に関してである。
使用しfc6釉の担持材料はT4−PN−キナーゼによ
る処理及びDNA ljガーゼ反応の際に比奴すること
ができる。しかしながら両方の膨潤件担体は、使用し友
反応成分(使用した放射性標識したATPを洗出する際
に明瞭に見える)から分離するのに非常に困難であった
。長い洗浄工程後でもrルミ気泳動の際に非共有結合の
放射性ホスフェート分が存在していた。
DNA ’)ガーゼ反応の際に、3種の担体で収率上比
較することができ几・しかしCPG 3000を使った
化学合成は良好であるので、CPG3000での所望の
連結生成物(dT)、s。の収率は明らかに良好である
セルロース製の濾板は化学合成の際に、担持材料の機械
的負荷により新しいヒドロキシル基が発生して短い連鎖
長の配列が形成さ肛るという問題を有する。これはトリ
チル色の増強により認められる。
最も間踊なのはセファロースCLでの化学合成である。
担体が著しく膨潤性であるので、反応工程の間の洗浄工
程を著しく長時間にわたって行なわなけれはならない。
合成の自動イと′に実施するのは非常に困難である。更
に、セルロースの場合と同様にトリチル色の増強が聴め
られ、それ故、最終生成物が著しく強く生じていても、
この場合にも相同の生瓜物列が生じる。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、核酸化学で常用の保護基を有していてもよい核酸又
    は核酸フラグメント1個又は数個が固定している不溶性
    で非膨潤性の多孔性重合体より成る、核酸又は核酸フラ
    グメントを固相で酵素的に又は化学的及び酵素的に反応
    させるための担体において、重合体の孔が基本的に一定
    の大きさ1400〜10000Åを有することを特徴と
    する核酸又は核酸フラグメントを固相で酵素的に又は化
    学的及び酵素的に反応させるための担体。 2、血合体が主にSi原子及び酸素原子より構成されて
    いる請求項1記載の担体。 3、重合体が2500Åを上廻り5000Åまでの規定
    された孔径を有するガラスである請求項2記載の方法。 4、保護基を有していてもよい核酸フラグメントが重合
    体に共有的に固定されている請求項1から3までのいず
    れか1項記載の担体。 5、保護基を有していてもよい核酸フラグメントがアミ
    ノプロピルシリルスペーサー: ▲数式、化学式、表等があります▼を介して重合体に固
    定され ている請求項4記載の担体。 6、保護基を有していてもよい核酸フラグメントを不溶
    性で非膨潤性の多孔性通合体に固定し、この固定化核酸
    フラグメントを他の核酸フラグメントで伸長し、かつ最
    後に生成核酸を不溶性重合体から分離してもよく、この
    ようにして、核酸を酵素的に又は化学的及び酵素的に固
    相合成する方法において、重合体としてその孔が基本的
    に規定された大きさ1400〜10000Å又であるも
    のを使用することを特徴とする核酸の固相合成法。 7、重合体として、2500Åよりも大きくかつ500
    0Åまでの規定された孔径を有するガラスを使用する請
    求項6記載の方法。
JP1012052A 1988-01-23 1989-01-23 核酸又は核酸フラグメントを固相で酵素的に又は化学的及び酵素的に反応させるための担体及び核酸の固相合成法 Expired - Lifetime JPH0631310B2 (ja)

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DE3801987.6 1988-01-23

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