JP7417529B2 - ヌクレオチド前駆体、ヌクレオチド類似体およびこれを含むオリゴマー化合物 - Google Patents

ヌクレオチド前駆体、ヌクレオチド類似体およびこれを含むオリゴマー化合物 Download PDF

Info

Publication number
JP7417529B2
JP7417529B2 JP2020546480A JP2020546480A JP7417529B2 JP 7417529 B2 JP7417529 B2 JP 7417529B2 JP 2020546480 A JP2020546480 A JP 2020546480A JP 2020546480 A JP2020546480 A JP 2020546480A JP 7417529 B2 JP7417529 B2 JP 7417529B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
formula
group
compound
alkyl group
ether
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
JP2020546480A
Other languages
English (en)
Other versions
JPWO2019170731A5 (ja
JP2021517126A (ja
Inventor
アルミン・ホフマイスター
ケルスティン・ヤーン-ホフマン
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Sanofi SA
Original Assignee
Sanofi SA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Sanofi SA filed Critical Sanofi SA
Publication of JP2021517126A publication Critical patent/JP2021517126A/ja
Publication of JPWO2019170731A5 publication Critical patent/JPWO2019170731A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP7417529B2 publication Critical patent/JP7417529B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/547Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6558Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
    • C07F9/65583Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system each of the hetero rings containing nitrogen as ring hetero atom
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D405/00Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom
    • C07D405/02Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings
    • C07D405/04Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D413/00Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07D413/02Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings
    • C07D413/04Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/547Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6527Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07F9/6533Six-membered rings
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/547Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/655Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having oxygen atoms, with or without sulfur, selenium, or tellurium atoms, as the only ring hetero atoms
    • C07F9/6552Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having oxygen atoms, with or without sulfur, selenium, or tellurium atoms, as the only ring hetero atoms the oxygen atom being part of a six-membered ring
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/547Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6558Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
    • C07F9/65586Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system at least one of the hetero rings does not contain nitrogen as ring hetero atom
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/547Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6561Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings
    • C07F9/65616Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings containing the ring system having three or more than three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members, e.g. purine or analogs
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H15/00Compounds containing hydrocarbon or substituted hydrocarbon radicals directly attached to hetero atoms of saccharide radicals
    • C07H15/26Acyclic or carbocyclic radicals, substituted by hetero rings
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Nitrogen Condensed Heterocyclic Rings (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Plural Heterocyclic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Description

本開示は、低分子干渉RNA(siRNA)による、標的化された遺伝子サイレンシングの分野、より詳細には、siRNAにおいて使用されるヌクレオチド前駆体および類似体に関する。
特異的遺伝子の発現を制御するために合成オリゴヌクレオチドを使用する発想は、1970年代後半に遡り、このとき、短合成オリゴヌクレオチドを使用する標的化された遺伝子サイレンシングが最初に実証された(非特許文献1)。Stephensonの発見に続いて、遺伝子発現の調整についてのRNA干渉経路、およびこのプロセスにおけるsiRNAの役割の解明により、真核細胞における転写後遺伝子発現制御についての科学者の理解が大幅に拡大した。
合成オリゴヌクレオチドには、アンチセンスオリゴヌクレオチド(「ASO」)、antimiRおよびantagomiRのような一本鎖オリゴヌクレオチド、ならびにsiRNAのような二本鎖オリゴヌクレオチドが含まれる。ASOおよびsiRNAはいずれも、Watson-Crick塩基対合により標的RNAを結合することによって作用するが、それらの作用機序は異なる。アンチセンス技術において、ASOは、標的RNAとのDNA-RNA二本鎖を形成し、ブロッキング機序によってmRNA翻訳を阻害する、または標的化されたRNAのRNアーゼH依存性分解を引き起こす。RNA干渉技術において、siRNAは、RNA誘導サイレンシング複合体(「RISC」)に結合し、1つの鎖(「パッセンジャー鎖」または「センス鎖」)が外れ、残りの鎖(「ガイド鎖」または「アンチセンス鎖」)が、RISCと協働して相補的RNA(標的RNA)に結合し;結合すると、標的RNAは、RISCのRNAエンドヌクレアーゼアルゴノート(AGO)によって切断され、次いで、RNAエクソヌクレアーゼによってさらに分解される。
siRNA医薬を含むオリゴヌクレオチド医薬を開発するための最も大きな障壁としては、(i)化合物の不十分な安定性、(ii)標的細胞へのin vivo送達が低効率であること、ならびに(iii)「オフターゲット」遺伝子サイレンシングおよび意図しない免疫活性化のような副作用が挙げられる。これらの障壁のいくつかに対処するために、研究により種々のオリゴヌクレオチド化学修飾が試みられている。これらの修飾は、3つのカテゴリー、すなわち、(i)糖修飾、(ii)ヌクレオチド間結合修飾、および(iii)核酸塩基修飾に分類できる。
糖基への化学修飾には、リボース環の2’-炭素原子または2’-ヒドロキシ基での修飾が含まれる。2’-OMe(メトキシ)ヌクレオチド類似体は、最も幅広く使用される修飾のうちの1種である。2’-F(フルオロ)ヌクレオチドおよび2’-O-メトキシエチルヌクレオチドもまた、使用されている。大部分の糖改変は2’位に限局されるが、他の位置、例えば、4’位での修飾もまた報告されている(非特許文献2)。
糖基の他の化学修飾としては、いわゆるロックド核酸(「LNA」)を生じる、ヌクレオシドのリボーススキャフォールドの2’-酸素および4’-炭素を連結することが挙げられる。LNAはまた、二環式核酸と呼ばれ、増加したRNA結合親和性を有することが示されており(非特許文献3;非特許文献4)、得られた二本鎖オリゴヌクレオチドにおけるその溶融温度の大幅な上昇がもたらされる。しかしながら、8ヌクレオチドよりも長い完全LNA修飾オリゴマーは、凝集する傾向がある。LNA修飾の剛な性質とは対照的に、柔軟性の高い非ロックド核酸(「UNA」)修飾がまた、オリゴヌクレオチド医薬における適用のために開発されている。UNAヌクレオシドは、リボース糖のC2’-C3’結合を有さない。その開放鎖構造に起因して、UNAは、立体配置を拘束されず、オリゴヌクレオチドの柔軟性を調整するために使用されている(非特許文献5)。UNA挿入は、一部の場合には、二本鎖溶融温度(Tm)を1挿入当たり5℃~10℃低下させ得る。さらに、UNA挿入は、RISCによるアンチセンス鎖選択を促進し、siRNAガイド鎖のシード領域へのUNA修飾は、オフターゲット事象を低減させ得る(非特許文献6)。UNAおよびLNA含有siRNAは、非特許文献7によって報告されている。
さらに、拡張糖環系がまた、開発され、遺伝子サイレンシング技術に適用されている。そのような系としては、ヌクレオシドのリボース部分がモルホリン環によって置き換えられた6員モルホリノ環系が挙げられる。モルホリノベースのヌクレオシドは、モルホリンサブユニットの窒素原子により、それらを含むオリゴヌクレオチド内でヌクレオチド間結合を形成する。ホスホロジアミデートモルホリノベースのオリゴヌクレオチド(「PMO」)は、アンチセンス技術において使用されている(非特許文献8;非特許文献9)。しかしながら、相補的RNAへの低い結合親和性に起因して、アンチセンスPMOは、比較的長い、例えば、25塩基長である必要がある(非特許文献8)。モルホリノサブユニットの例はまた、特許文献1;特許文献2;特許文献3;特許文献4;および特許文献5に開示されている。
化学修飾はまた、3’-5’ホスホジエステル結合をより安定な部分で置き換えてヌクレアーゼ分解への感受性を低減することによって、ヌクレオチド間結合に対して実施できる。幅広く使用される修飾は、ホスホジエステル主鎖のホスホロチオエート結合による部分または完全置き換えであり、この場合、酸素原子に代えて硫黄原子が使用される。核酸に増加した生物学的安定性を付与する代替主鎖修飾は、ボラノホスフェート結合である。ボラノホスフェートオリゴヌクレオチドにおいて、非架橋ホスホジエステル酸素は等電子のボラン(-BH3)部分で置き換えられる。
しかしながら、ホスホロチオエートのような前述のホスホジエステル修飾の大部分は、ヌクレオチド間結合中にキラル亜リン酸を生じ、得られるオリゴヌクレオチドはジアステレオマー混合物となる。ジアステレオマーオリゴヌクレオチドの数は、各修飾ホスホジエステル結合の2倍であり得るため、得られるジアステレオマーの数は、修飾ホスホジエステル結合の数が増加するにつれて指数関数的に増加する。個々のジアステレオマーは、様々な程度のヌクレアーゼ耐性および標的mRNAへの様々なハイブリダイズ特性を示し得る。さらに、ジアステレオマー混合物の精製および化学分析は複雑である。したがって、一部の場合、ホスホロチオエートのようなホスホジエステル修飾および得られるジアステレオマーオリゴヌクレオチド混合物の使用を回避することが望ましい場合がある。
RNA干渉技術における他の大きな課題は、siRNAの標的化送達および細胞取込みである。細胞膜は、負電荷のリン脂質の二重層であり、やはり負電荷のsiRNAの進入障壁である。いくつかのグループは、GalNAc結合アシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)を発現し、エンドサイトーシスによりASGPR結合siRNA-GalNAcコンジュゲートを内部移行し得るN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)を使用して、それに結合したsiRNAを肝細胞に標的化している(例えば、非特許文献10を参照されたい)。
米国特許第5,034,506号 米国特許第5,166,315号 米国特許第5,185,444号 米国特許第5,698,685号 米国特許出願公開第US2016/0186174号
Stephensonら、1978、Proc Natl Acad Sci USA,75:285~288頁 Leydlerら、1995、Antisense Res Dev,5:161~174頁 Koshinら、1998、Tetrahedron,54:3607~3630頁 Prakashら、2011、Chem.Biodivers,8:1616~1641頁 Mangosら、2003、J Am Chem Soc,125:654~661頁 Vaishら、2011、Nucleic Acids Res,39:1823~1832頁 Bramsenら(2010、Nucleic Acids Research,38(17):5761~5773頁) Coreyら、2001、Genome Biology,2(5):reviews 1015.1-1015 Partridgeら、1996、Antisense Nucleic Acid Drug Dev,6:169~175頁 Nairら、2014、J Am Chem Soc,136:16958~16961頁
RNA干渉技術において進歩はあるものの、改善された安定性を有するsiRNAオリゴヌクレオチドおよびその標的細胞への送達の必要性が当分野において依然として存在している。
本出願は、式(I)の化合物
Figure 0007417529000001
(式中:
- Bは、複素環式核酸塩基であり;
- P1およびP2は各々独立して、H、反応性リン基(reactive phosphorus group)または保護基であり;
- Yは、O、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は:
・ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OもしくはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基、
・ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、または
・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中:
mは、0もしくは1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、C(=K)-N(Z3)(Z4)およびN(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OもしくSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基もしくは(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択されるか、
もしくは
R3は、細胞標的化部分である)
であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、-(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)
を開示する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、非置換(C1~C16)アルキル基であり、これには、メチル、イソプロピル、ブチル、オクチル、ヘキサデシルからなる群から選択されるアルキル基が含まれ、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、シクロヘキシル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、フェニル基によって置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、フェニル基によって置換されたメチル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、メチルおよびペンタデシルからなる群から選択され、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
式(I)の化合物の一部のさらなる実施形態では、Yは、NR1であり、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0または1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OまたはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、細胞標的化部分である)
であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、mは0であり、pは0であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、エチレン基であり、pは0であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、ペンチレン基であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、(C12)アルキレン基であり、X3およびX4はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、mは0であり、pは、1、2、3および4からなる整数の群から選択され、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、エチレン基であり、pは1であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、エチレン基であり、pは2であり、X1およびX2は、いずれも水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、エチレン基であり、pは3であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、エチレン基であり、pは4であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、mは1であり、pは0であり、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、ブチレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、(C11)アルキレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、メチレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、mは1であり、pは、1および2からなる整数の群から選択され、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、メチレン基であり、pは2であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R2は、メチレン基であり、pは1であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R3は、式(III)の化合物:
Figure 0007417529000002
(式中、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、
R4は、(C1~C6)-アルキルまたは(C6~C10)-アリール基であり;
A4は、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4は、上記の通り定義され、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である)
である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R3は、式(III)の化合物(式中、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、R4は、(C1~C6)-アルキルまたは(C6~C10)-アリール基であり;
A4は、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4は、上記の通り定義され、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である)
である。
式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R3は、式(III)の化合物(式中、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、R4は、メチル基であり、
A4は、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4およびR5の各々は、メチル基である)
である。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Bは、場合により保護されており、ピリミジン、置換ピリミジン、プリンおよび置換プリンからなる群から選択される。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、P1またはP2の一方は、O-4,4’-ジメトキシトリチル基であり、P1およびP2の他方は、H、反応性リン基または保護基であり、Y、B、Ra、Rb、RcおよびRdは、式(I)において定義された通りである。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、P1およびP2の一方は、2-シアノエチル-N,Nジイソプロピルホスホラミダイト基であり、P1およびP2の他方は、保護基であり、Y、B、Ra、Rb、RcおよびRdは、式(I)において定義された通りである。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、P1およびP2の一方は、2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスホラミダイト基であり、P1およびP2の他方は、O-4,4’-ジメトキシトリチル基であり、Y、B、Ra、Rb、RcおよびRdは、式(I)において定義された通りである。
本発明はまた、1つまたはそれ以上の式(II)のヌクレオチド:
Figure 0007417529000003
(式中:
- Bは、複素環式核酸塩基であり;
- L1およびL2の一方は、式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、L1およびL2の他方は、H、保護基、リン部分または式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、
- Yは、O、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は:
・ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OもしくはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基、
・ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、または
・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0もしくは1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、および-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OもしくはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基もしくは(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択されるか、
もしくは、R3は、細胞標的化部分である)
であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)
または薬学的に許容されるその塩を含むオリゴヌクレオチドに関する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、NR1であり、R1は、非置換(C1~C20)アルキル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、NR1であり、R1は、非置換(C1~C16)アルキル基であり、これには、メチル、イソプロピル、ブチル、オクチル、ヘキサデシルを含む群から選択されるアルキル基が含まれ、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、式(II)において定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、NR1であり、R1は、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基、ならびにL1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBから選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基である。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、NR1であり、R1は、シクロヘキシル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、式(II)において定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、NR1であり、R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、式(II)において定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、NR1であり、R1は、フェニル基によって置換されたメチル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、式(II)において定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、式(II)において定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、メチルおよびペンタデシルを含む群から選択され、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、式(II)において定義されたのと同じ意味を有する。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩において、Bは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリンおよび置換プリンを含む群から選択される。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物において、前記ヌクレオシド間連結基は独立して、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキル-ホスホネートおよびホスホラミデート主鎖連結基からなる群から選択される。
一部の実施形態では、前記オリゴヌクレオチドは、2~10個の式(II)の化合物を含む。
一部の実施形態では、前記オリゴヌクレオチドは、1つまたはそれ以上の標的化されたヌクレオチドを含む。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物において、R3は、式(III):
Figure 0007417529000004
(式中、A1、A2およびA3は、OHであり、
A4は、OHまたはNHC(=O)-R5であり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である)
のものである。
前記オリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物において、R3は、N-アセチル-ガラクトサミンである。
本発明はまた、本開示に記載の1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩を含む二本鎖オリゴヌクレオチドに関する。
本発明はまた、本開示に記載の1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩を含むsiRNAに関する。
本開示はまた、本明細書で示されるヌクレオチド前駆体、ヌクレオチド類似体、および一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドを得るための方法に関する。
lT3、lT3b、lT1およびlT1b-オーバーハングを有するsiRNA58~79のインビトロノックダウンを示す図である。縦軸:対照siRNAに対する、トランスフェクトされたHepG2細胞におけるAHA-1発現パーセント横軸:siRNA番号、濃度 追加のコレステロール置換を有するまたは有しないlT3-およびlT3b-オーバーハングを有するsiRNA29~55のインビトロノックダウンを示す図である。縦軸:対照に対する、トランスフェクトされたHepG2細胞におけるAHA-1発現パーセント横軸:siRNA番号 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与前後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与前後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺における、肝臓における相対的なTTR mRNA発現レベルを示す図である。縦軸:肝臓におけるTTR mRNA相対的発現+/-SD横軸:siRNA番号、用量 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺におけるTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:ng/mlで表される血清TTR濃度+/-SD横軸:siRNA番号、用量 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺における、肝臓における相対的なTTR mRNA発現レベルを示す図である。縦軸:肝臓におけるTTR mRNA相対的発現+/-SD横軸:siRNA番号、用量 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺におけるTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:ng/mlで表される血清TTR濃度+/-SD横軸:siRNA番号、用量 凡例に示されている物質のs.c.投与後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 凡例に示されている物質のs.c.投与後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺における、肝臓における相対的なTTR mRNA発現レベルを示す図である。縦軸:肝臓におけるTTR mRNA相対的発現+/-SD横軸:siRNA番号、用量 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺におけるTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:ng/mlで表される血清TTR濃度+/-SD横軸:siRNA番号、用量 凡例に示されている物質のs.c.投与後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 凡例に示されている物質のs.c.投与後の採血時点における相対的なTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:投与前に対するTTR血清レベル+/-SEM横軸:皮下投与後の日数 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺における、肝臓における相対的なTTR mRNA発現レベルを示す図である。縦軸:肝臓におけるTTR mRNA相対的発現+/-SD横軸:siRNA番号、用量 X軸ラベルに示されている物質のs.c.投与の48時間後の研究屠殺におけるTTRタンパク質血清レベルを示す図である。縦軸:ng/mlで表される血清TTR濃度+/-SD横軸:siRNA番号、用量
本開示の発明は、siRNAのような二本鎖オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドに組み込むことができる新規のヌクレオチド類似体を提供する。これらの類似体を含むオリゴヌクレオチドは、優れた生物活性、例えば、改善されたin vitro安定性およびin vivo作用持続時間を有する。改善されたオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子の発現をサイレンシングする(例えば、低減または除去する)のに有用である。特定の実施形態では、本発明は、目的のメッセンジャーRNA(mRNA)にハイブリダイズし得る、二本鎖RNA(dsRNA)、とりわけsiRNAに含まれる特定のヌクレオチド類似体を包含し、その結果、目的の標的遺伝子の発現が低減または遮断される。一部の実施形態では、本発明は、リボース糖環が6員複素環式環によって置き換えられたヌクレオチド類似体を提供する。以下でさらに詳細に記載される通り、6員複素環式基は、ジオキサンまたはモルホリノ環であり得る。複素環式基がモルホリノ環である場合、窒素原子は、置換または非置換のいずれかである。一部の実施形態では、6員複素環式基は、直鎖または環式基および/または標的化部分によって置換されていることがある。
定義
本明細書において使用される用語は、一般に、当技術分野におけるそれらの通常の意味を有する。本開示の主題の生成物および方法の記載におけるさらなる指針を提供するために、特定の用語を、以下、または本開示の他所で議論する。
以下の定義は、本開示の文脈に適用される:
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」および「その(the)」は、文脈によりそうでないことが明らかに述べられない限り、複数の参照を含む。
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、当技術分野の当業者に容易に知られる、それぞれの値についての通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメーターへの参照は、その値またはパラメーター自体を対象とする実施形態を含む(および記載する)。一部の実施形態では、「約」という用語は、所与の値の±10%を指す。しかしながら、問題の値が、ヌクレオチドのような分割できない対象物または分割されるとその正体を喪失すると考えられる他の対象物を指す場合は必ず、「約」は分割できない対象物の±1を指す。
本明細書に記載の本開示の態様および実施形態は、態様および実施形態を「有すること」、「含むこと」、「からなること」および「から本質的になること」を含むことが理解される。「有する」および「含む」という語、または「有する(has)」、「有すること」、「含む(coomrises)」もしくは「含むこと」のような変化形は、述べられた要素(例えば、物質の組成物または方法工程)の包含を意図するが、任意の他の要素の除外は意図しないと理解される。「からなること」という用語は、述べられた要素の包含、任意のさらなる要素の除外を意図する。「から本質的になること」という用語は、述べられた要素、および他の要素が本発明の基本的かつ新規の特徴に実質的に影響しない場合、おそらく他の要素の包含を意図する。
他に示されない限り、「アルキル」は、鎖中に1~20個(例えば、1~5個、1~10個、または1~15個)の炭素原子を有する、直鎖状であっても分枝状であってもよい脂肪族炭化水素基を意味する。「分枝状」は、1つまたはそれ以上のアルキル基、例えば、メチル、エチルまたはプロピル基が、直鎖状アルキル鎖に結合していることを意味する。例示的な直鎖状または分枝状アルキル基としては、メチル、エチル、n-プロピル、i-プロピル、n-ブチル、t-ブチル、n-ペンチル、3-ペンチル、オクチル、ノニルおよびデシルが挙げられる。
「シクロアルキル」は、上で定義された通りの環式飽和アルキル基を意味する。例は、これらに限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチルおよびシクロオクチルである。
「アルコキシ」は、-OR基(式中、Rは、シクロアルキル基を含む、上で定義された通りのアルキル基である)として定義される。例は、これらに限定されないが、メトキシ、エトキシ、1-プロポキシ、2-プロポキシ、ブトキシおよびペントキシである。
「ハロゲン原子」は、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素原子を指す。一部の実施形態では、フッ素または塩素原子が好ましいことがある。
他に示されない限り、「アリール」は、6~14個の炭素原子、例えば、6~10個の炭素原子の芳香族単環式または多環式炭化水素環系を意味する。例示的なアリール基としては、フェニルおよびナフチル基が挙げられる。
「複素環」または「複素環式」は、酸素、窒素、セレン、リンおよび硫黄の群から選択される少なくとも1個のヘテロ原子を含む飽和、部分不飽和、または不飽和炭素環式基を指す。窒素、セレン、リンまたは硫黄は、場合により酸化され、窒素は、場合により、4級化される。例えば、複素環は、環の少なくとも1員がヘテロ原子である安定な環であり得る。一部の実施形態では、複素環は、3~14、例えば、5~7または5~10員を有し得、1、2または複数の環を有し得る(すなわち、単、二または多環式環)。特定の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、窒素および硫黄である。ヘテロ原子の数は、例えば、1~3個まで様々であり得る。好適な複素環はまた、The Handbook of Chemistry and Physics、第76版、CRC Press,Inc.、1995~1996、2-25~2-26頁に開示されており、その開示は、参照によって本明細書に組み入れる。一部の実施形態では、複素環は非芳香族複素環であり、これらに限定されないが、ピロリジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキシラニル、テトラヒドロフラニル、ジオキソラニル、テトラヒドロピラニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ピペリジル、ピペラジニル、モルホリニル、ピラニル、イミダゾリニル、ピロリニル、ピラゾリニル、チアゾリジニル、テトラヒドロチオピラニル、ジチアニル、チオモルホリニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピリジル、ジヒドロピリジル、テトラヒドロピリニジニル、ジヒドロチオピラニルおよびアゼパニル、ならびにフェニル基との縮合から得られる縮合系が挙げられる。
「ヘテロアリール」は、5~14員(例えば、5~7員または5~10員)の芳香族複素環式環を指し、単、二または多環式環であり得る。ヘテロ原子の数は、典型的には、例えば、NおよびOから選択される1~3個のヘテロ原子で様々であり得る。ヘテロアリール基の例としては、ピロリル、ピリジル、ピラゾリル、チエニル、ピリミジニル、ピラジニル、テトラゾリル、インドリル、キノリニル、プリニル、イミダゾリル、チエニル、チアゾリル、ベンゾチアゾリル、フラニル、ベンゾフラニル、1,2,4-チアジアゾリル、オキサジアゾール、イソチアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、イソキノリル、ベンゾチエニル、イソベンゾフリル、ピラゾリル、カルバゾイル、ベンゾイミダゾリル、イソオキサゾリルおよびピリジル-N-オキシド、ならびにフェニル基との縮合から得られる縮合系が挙げられる。特定の実施形態では、ヘテロアリールは、NおよびOから選択される1つまたはそれ以上のヘテロ原子、例えば、1~3個のヘテロ原子を含む5または6員ヘテロアリールである。「アルキル」、「シクロアルキル」、「アルケニル」、「アルキニル」、「アリール」、「ヘテロアリール」および「ヘテロシクリル」はまた、2個の水素原子の除去によって形成される、対応する「アルキレン」、「シクロアルキレン」、「アルケニレン」、「アルキニレン」、「アリーレン」、「ヘテロアリーレン」および「ヘテロシクレン」を指す。
「複素環式核酸塩基」という用語は、核酸塩基が高分子構造に組み込まれる場合、その相補的核酸塩基または核酸塩基類似体(すなわち、核酸塩基の誘導体)との対形成においてWatson-Crick型水素結合を形成し、積層相互作用することが可能な任意の窒素含有複素環式部分を意味する。
他に示されない限り、「複素環式核酸塩基」という用語は、本明細書において、本開示による、場合により置換されたジオキサン環または場合により置換されたモルホリノ環に結合できる、場合により置換された窒素含有複素環式基を指す。一部の実施形態では、複素環式核酸塩基は、場合により置換されたプリン塩基または場合により置換されたピリミジン塩基から選択できる。「プリン塩基」という用語は、本明細書において、当業者によって理解される通りのその通常の意味で使用され、これには、その互変異性体が含まれる。同様に、「ピリミジン塩基」という用語は、本明細書において、当業者によって理解される通りのその通常の意味で使用され、これには、その互変異性体が含まれる。場合により置換されたプリン塩基の非限定リストには、プリン、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、キサンチン、アロキサンチン、7-アルキルグアニン(例えば、7-メチルグアニン)、テオブロミン、カフェイン、尿酸およびイソグアニンが含まれる。ピリミジン塩基の例としては、これらに限定されないが、シトシン、チミン、ウラシル、5,6-ジヒドロウラシルおよび5-アルキルシトシン(例えば、5-メチルシトシン)が挙げられる。複素環式核酸塩基の他の非限定例としては、ジアミノプリン、8-オキソ-N6アルキルアデニン(例えば、8-オキソ-N6メチルアデニン)、7-デアザキサンチン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、N4,N4-エタノシトシン、N6,N6-エタノ-2,6-ジアミノプリン、5-ハロウラシル(例えば、5-フルオロウラシルおよび5-ブロモウラシル)、プソドイソシトシン、イソシトシン、イソグアニン、1,2,4-トリアゾール-3-カルボキサミド、ならびにさらなる複素環式塩基を開示する参照によって本明細書に組み入れる米国特許第5,432,272号および米国特許第7,125,855号に記載の他の複素環式核酸塩基が挙げられる。一部の実施形態では、複素環式核酸塩基は、アミンまたはエノール保護基で場合により置換されていることがある。
1つまたはそれ以上の「保護基」という用語は、本明細書で使用される場合、分子中の既存の基が望ましくない化学反応を受けることを防止するために分子に付加される任意の原子または原子の基を指す。「保護基」は、化学合成の間の望ましくないまたは時宜を得ない反応から反応性基を保護することが当技術分野で公知の不安定な化学部分、例えば、ヒドロキシル、アミノおよびチオール基であり得る。保護基は、典型的には、他の反応性位置における反応の間、位置を保護するように選択的および/または直交性に使用され、次いで、除去されて非保護基をそのまままたはさらなる反応のために利用可能なままにすることができる。
保護基部分の例は、そのいずれも、好適な保護基を開示する限られた目的のために参照によって本明細書に組み入れるT.W.GreeneおよびP.G.M.Wuts、Protective Groups in Organic Synthesis、第3版、John Wiley&Sons、1999およびJ.F.W.McOmie、Protective Groups in Organic Chemistry Plenum Press、1973に記載されている。保護基部分は、それらが、特定の反応条件に安定であり、好都合な段階で、当技術分野において公知の方法論を使用して容易に除去されるように選択できる。
保護基の非限定的なリストには、ベンジル;置換ベンジル;アルキルカルボニルおよびアルコキシカルボニル(例えば、t-ブトキシカルボニル(BOC)、アセチルまたはイソブチリル);アリールアルキルカルボニルおよびアリールアルコキシカルボニル(例えば、ベンジルオキシカルボニル);置換メチルエーテル(例えば、メトキシメチルエーテル);置換エチルエーテル;置換ベンジルエーテル;テトラヒドロピラニルエーテル;シリル(例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル、t-ブチルジメチルシリル、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチル、[2-(トリメチルシリル)エトキシ]メチルまたはt-ブチルジフェニルシリル);エステル(例えば、安息香酸エステル);カルボネート(例えば、メトキシメチルカルボネート);スルホネート(例えば、トシレートまたはメシレート);非環式ケタール(例えば、ジメチルアセタール);環式ケタール(例えば、1,3-ジオキサン、1,3-ジオキソランおよび本明細書に記載のもの);非環式アセタール;環式アセタール(例えば、本明細書に記載のもの);非環式ヘミアセタール;環式ヘミアセタール;環式ジチオケタール(例えば、1,3-ジチアンまたは1,3-ジチオラン);オルトエステル(例えば、本明細書に記載のもの)ならびにトリアリールメチル基(例えば、トリチル;モノメトキシトリチル(MMTr);4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr);4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr);および本明細書に記載のもの)が含まれる。
好ましい保護基は、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bzl)、イソブチリル(iBu)、フェニルアセチル、ジメトキシトリチル(DMT)、メトキシトリチル(MMT)、トリフェニルメチル(Trt)、N,N-ジメチルホルムアミジンおよび2-シアノエチル(CE)を含む群から選択される。
他に指示されない限り、任意の保護基、アミノ酸および他の化合物についての略号は、それらの通常の使用法、認識される略号またはIUPAC-IUB生化学命名委員会(Biochem.11:942~944頁(1972)を参照されたい)に従う。本明細書で使用される場合、「固体支持体」(樹脂とも呼ばれる)という用語は、合成の間にオリゴヌクレオチドが結合する、典型的には直径50~200μmの不溶性粒子を意味する。多くの種類の固体支持体が使用されているが、細孔が制御されたガラス(CPG)およびポリスチレン(高架橋ポリスチレンビーズ)が特に有用であることが証明されている。細孔が制御されたガラスは、剛性および非膨張性であり、オリゴヌクレオチド合成が起こる深部細孔(孔径500~1000Å)を有する。従来のオリゴヌクレオチド合成のための固体支持体は、市販されており、典型的には、CPG固体支持体の場合、樹脂1グラム当たり20~40μmolのヌクレオシド担持量で製造される。ポリスチレンベースの固体支持体は、樹脂1グラム当たり300μmolまでのより高担持量を示す。標準的なヌクレオチドが結合済みの固体支持体材料が、市販されており、アミノ官能化CPGおよびポリスチレン材料が、本明細書に記載のビルディングブロックについて後で示される通り、非商用ビルディングブロックの合成のために使用されている。既に第1のヌクレオチドビルディングブロックが結合した固体支持体に代えて、市販のユニバーサル固体支持体材料を、本開示において後で記載する通り、使用できる。
本明細書で使用される場合、「リボヌクレオチド」または「ヌクレオチド」という用語には、以下でさらに詳述する通りの天然に存在するもしくは修飾ヌクレオチド、または代替の置換部分が含まれる。修飾ヌクレオチドは、天然に存在しないヌクレオチドであり、本明細書において「ヌクレオチド類似体」とも呼ばれる。当業者であれば、ヌクレオチド中のグアニン、シトシン、アデニン、ウラシルまたはチミンは、そのような置換部分を有するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドの塩基対形成特性を実質的に変更することなく、他の部分によって置き換えることができることを理解するであろう。例えば、限定なしに、その塩基としてイノシンを含むヌクレオチドは、アデニン、シトシンまたはウラシルを含むヌクレオチドと塩基対形成し得る。したがって、ウラシル、グアニンまたはアデニンを含むヌクレオチドは、本開示のヌクレオチド配列において、例えばイノシンを含むヌクレオチドによって置き換えることができる。そのような置換部分を含む配列は、本開示の実施形態に含まれる。
本明細書で使用される場合、「細胞標的化部分」は、(i)選択した標的受容体を発現する細胞に結合するsiRNAの特異性の増大を含む、選択した標的受容体(例えば、標的タンパク質)に結合するsiRNAの特異性の増大;(ii)標的細胞によるsiRNAの取込みの増加;および/または(iii)標的細胞に進入すると適切にプロセシングされるsiRNA能の増大、例えば輸送小胞から細胞質へのsiRNAの移行を促進することによる、例えば、siRNAの細胞内放出の増加を包含する、siRNAの増加した送達を確実にする分子基を意味する。したがって、細胞標的化部分は、オリゴヌクレオチドを特定の細胞、組織、器官などに方向付けるおよび/または送達するために使用される。ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体またはオリゴヌクレオチドに含まれる細胞標的化部分は、前記ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体またはオリゴヌクレオチドが、標的化されていない細胞型と比べて標的化された細胞型によって優先的に認識、結合、内部移行、プロセシング、活性化などされるような特性を前記ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体またはオリゴヌクレオチドに付与する。例えば、内皮細胞は、ペプチド細胞標的化部分Arg-Gly-Asp(RGD)に対する高い親和性を有し;がんおよび腎細胞は、葉酸部分を有する化合物と優先的に相互作用し;免疫細胞は、マンノースに対する親和性を有し;心筋細胞は、ペプチドWLSEAGPVVTVRALRGTGSW(配列番号118)に対する親和性を有する(例えば、Biomaterials ZV-8081-8087、2010を参照されたい)。他の細胞標的化/送達部分も、当技術分野において公知である。したがって、細胞標的化部分を含む化合物は、標的化された細胞型と優先的に相互作用し、これによって取込まれる。
細胞標的化部分には、細胞標的化ペプチド基および細胞標的化非ペプチド基が包含される。
本明細書で使用される場合、「標的細胞」または「標的化された細胞」は、目的の細胞を指す。細胞は、in vitro、in vivo、in situまたは生体組織もしくは器官内で見出すことができる。生体は、動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒト、最も好ましくはヒト患者であり得る。
本明細書で使用される場合、「TTR」という用語は、トランスチレチン遺伝子またはタンパク質を指す。本明細書で使用される場合、「TTR」という用語は、そのアミノ酸およびヌクレオチド配列を、例えば、受託番号CR456908でEMBLデータベースにおいて見出すことができるヒトTTR;そのアミノ酸およびヌクレオチド配列を、例えば、受託番号AAH24702でGenBankデータベースにおいて見出すことができるマウスTTRを含む。TTR mRNA配列のさらなる例は、例えば、GenBankにおいて容易に利用可能である。
本明細書で使用される場合、「AHA-1」という用語は、AHSA1遺伝子またはタンパク質を指す。本明細書で使用される場合、「AHA-1」という用語は、そのアミノ酸およびヌクレオチド配列を、例えば、受託番号AK300766でEMBLデータベースにおいて見出すことができるヒトAHSA-1を含む。
本明細書で使用される場合、「標的配列」は、第1次転写産物のRNAプロセシングの産物であるmRNAを含む、標的遺伝子のRNA転写物またはその部分に見出される連続ヌクレオチド配列を指す。
本明細書で使用される場合、他に示されない限り、「相補的」という用語は、第2のヌクレオチド配列(例えば、オリゴヌクレオチド)との関連で第1のヌクレオチド配列(例えば、オリゴヌクレオチド)を記載するのに使用される場合、当業者に理解される通り、第1のヌクレオチド配列が特定の条件下で第2のヌクレオチド配列とハイブリダイズし、二本鎖構造を形成する能力を指す。これには、第1または第2のヌクレオチド配列の全長にわたる、第1のヌクレオチド配列の第2のヌクレオチド配列への塩基対形成が含まれる。そのような配列は、本明細書において、互いに関して「完全相補的」と呼ぶことができる。本明細書において、第1の配列が第2の配列に関して「実質的に相補的」と呼ばれる場合、2つの配列は、完全に相補的であり得、またはそれらは70%以上のヌクレオチド同一性を有し得る一方、それらの最終標的に最適な条件下でハイブリダイズする能力を保持する。しかしながら、2つのオリゴヌクレオチドが、ハイブリダイゼーション時に、1つまたはそれ以上の一本鎖オーバーハングを形成するように設計されている場合、そのようなオーバーハングは、相補性の決定に関するミスマッチとみなされるべきではない。例えば、第2のオリゴヌクレオチドが第1のオリゴヌクレオチドに完全に相補的である21ヌクレオチドの配列を含む、長さ21ヌクレオチドの第1のオリゴヌクレオチドおよび長さ23ヌクレオチドの第2のオリゴヌクレオチドを含む二本鎖RNA(dsRNA)はなお、本開示の目的のために「完全に相補的」と呼ぶことができる。「相補的」配列はまた、それらがハイブリダイズする能力に関する上記の要件が満たされる限り、非Watson-Crick塩基対ならびに/または非天然および修飾ヌクレオチドから形成される塩基対を含むまたはそれらから完全に形成される。「相補的」、「完全に相補的」および「実質的に相補的」という用語は、それらの使用の文脈から理解される通り、dsRNAのセンス鎖およびアンチセンス鎖間、またはdsRNAのアンチセンス鎖および標的配列間の塩基マッチングに関して使用できる。本明細書で使用される場合、mRNA「の少なくとも一部に実質的に相補的」であるポリヌクレオチドは、目的のmRNAの連続部分に実質的に相補的であるポリヌクレオチドを指す。本明細書で使用される場合、「二本鎖RNA」または「dsRNA」という用語は、上で定義された通りの2つの逆平行かつ実質的に相補的な核酸鎖を含む二本鎖構造を有するリボ核酸分子の複合体を指す。二本鎖構造を形成する2つの鎖は、1つのより大きいRNA分子の異なる部分であってもよく、またはそれらは、別個のRNA分子であってもよい。別個のRNA分子の場合、そのようなdsRNAは、文献において短鎖干渉RNA(siRNA)と呼ばれることがある。2つの鎖が1つのより大きい分子の一部である、したがって、二本鎖構造を形成する第1の鎖の3’末端および第2の鎖の5’末端の間で中断されていないヌクレオチドの鎖で接続されている場合、接続しているRNA鎖は、「ヘアピンループ」、「短ヘアピンRNA」または「shRNA」と呼ばれる。2つの鎖が、二本鎖構造を形成する第1の鎖の3’末端および第2の鎖の5’末端の間で中断されていないヌクレオチドの鎖以外の方法で共有結合されている場合、連結構造は、「リンカー」と呼ばれる。RNA鎖は、同じまたは異なる数のヌクレオチドを有し得る。塩基対の最大数は、dsRNAの最短の鎖のオリゴヌクレオチドから二本鎖中に存在するオーバーハングを引いた数である。二本鎖構造に加えて、dsRNAは、1つまたはそれ以上のヌクレオチドオーバーハングを含み得る。加えて、本明細書で使用される場合、「dsRNA」という用語は、複数のヌクレオチドにおける実質的な修飾を含み、本明細書に開示されるまたは当技術分野で公知のすべての種類の修飾を含む、リボヌクレオチドへの化学修飾を含み得る。siRNA型の分子において使用される任意のそのような修飾は、本開示の目的のために「dsRNA」に包含される。一部の実施形態では、dsRNAにおけるヌクレオチド間結合は、例えば、本明細書に記載の通り、修飾されることがある。
本開示の範囲内において、核酸の2つの配列間の「パーセンテージ同一性」は、最適なアラインメント後に得られる、比較される2つの配列間の同一のヌクレオチド残基のパーセンテージを意味し、このパーセンテージは、純粋に統計的であり、2つの配列間の差はそれらの長さにわたってランダムに分布している。2つの核酸配列の比較は、それらを最適にアラインした後に配列を比較することによって伝統的に実施され、前記比較は、セグメントによってまたは「アラインメントウィンドウ」を使用することによって行うことができる。比較のための配列の最適なアラインメントは、手動による比較に加えて、SmithおよびWaterman(1981)の局所相同性アルゴリズムによって、NeddlemanおよびWunsch(1970)による局所相同性アルゴリズムによって、PearsonおよびLipman(1988)の類似探索法によって、またはこれらのアルゴリズムを使用したコンピュータソフトウェア(Wisconsin Genetics Software Package、Genetics Computer Group、575 Science Dr.、Madison、WIのGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA、または比較ソフトウェアBLAST NRもしくはBLAST Pによる)によって、実施できる。
2つの核酸配列間のパーセンテージ同一性は、比較するべき核酸配列が、2つの配列間の最適なアラインメントについて参照配列と比較される付加または欠失を有し得る2つの最適にアラインメントされた配列を比較することによって決定される。パーセンテージ同一性は、ヌクレオチド残基が、2つの配列間、好ましくは2つの完全配列間で同一である位置の数を決定し、同一位置の数をアラインメントウィンドウ中の位置の総数で割り、結果に100を掛けて、2つの配列間のパーセンテージ同一性を得ることによって計算される。
本明細書で意図される通り、参照配列との少なくとも70%ヌクレオチド同一性を有するヌクレオチド配列に、前記参照配列との少なくとも71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%および99%ヌクレオチド同一性を有するものが包含される。
一部の実施形態では、dsRNAは、例えば、デオキシリボヌクレオシドオーバーハング、dsRNAの二本鎖部分内の1つまたはそれ以上のデオキシリボヌクレオシドなどを含むデオキシリボヌクレオシドを含む修飾リボヌクレオシドを含む。しかしながら、どのような状況下でも、二本鎖DNA分子は「dsRNA]という用語に包含されないことが自明である。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチドオーバーハング」という用語は、dsRNAの第1の鎖の3’末端が第2の鎖の5’末端を超えて延びる場合、またはその逆も同様に、dsRNAの二本鎖構造から突き出る1つまたはそれ以上の不対ヌクレオチドを指す。「ブラント」または「平滑末端」は、dsRNAのその末端の不対ヌクレオチド、すなわち、ヌクレオチドオーバーハングが存在しないことを意味する。「平滑末端」dsRNAは、その全長にわたって二本鎖である、すなわち、分子のいずれの末端にもヌクレオチドオーバーハングが存在しないdsRNAである。明瞭性のために、dsRNAの鎖の3’末端および/または5’末端にコンジュゲートした化学キャップまたは非ヌクレオチド化学部分は、dsRNAがオーバーハングを有するかまたは平滑末端であるかの決定において考慮しない。
本明細書で使用される場合、dsRNAの「アンチセンス鎖」という用語は、標的配列に実質的に相補的である配列を含むdsRNAの鎖を指す。dsRNAの他の鎖は「センス鎖」である。
本明細書で使用される場合、「細胞に導入する」という用語は、当業者によって理解される通り、細胞への取込みまたは吸収を促進することを意味する。dsRNAの吸収または取込みは、非補助拡散もしくは活性細胞プロセスを通して、または補助剤もしくはデバイスによって生じ得る。この用語の意味は、in vitroにおける細胞に限定されず;dsRNAはまた、生存生物の一部である「細胞に導入される」こともある。そのような場合、細胞への導入は、生体への送達を含む。例えば、in vivo送達では、dsRNAは、組織部位に注射でき、または全身投与できる。in vivo送達はまた、ベータグルカン送達系によって媒介される(例えば、Tesz,G.J.ら、2011、Biochem J.436(2):351~62頁を参照されたい)。細胞へのin vitro導入は、当技術分野で公知の方法、例えば、エレクトロポレーションおよびリポフェクションを含む。さらなる手法は、本明細書の以下に記載されているか、または当技術分野で公知である。
本明細書で使用される場合、「発現を阻害する」または「発現の阻害」という用語は、それらが標的遺伝子を指す限り、標的遺伝子から転写されるmRNAの量の低下によって示される標的遺伝子の発現の少なくとも部分的な抑制を指す。本明細書で使用される場合、「阻害すること」という用語は、「低減すること」、「サイレンシング」、「下方調節すること」、「抑制すること」、「ノックダウン」および他の類似の用語と交換可能に使用され、任意のレベルの阻害を含む。阻害の程度は、通常、(((対照細胞中のmRNA)-(標的細胞中のmRNA))/(対照細胞中のmRNA))・100%に関して表される。あるいは、阻害の程度は、標的遺伝子転写に機能的に関連するパラメーター、例えば、細胞が分泌する標的遺伝子によってコードされるタンパク質の量、または特定の表現型、例えば、アポトーシスを示す細胞の数の低下に関して示すことができる。原理的に、標的遺伝子サイレンシングは、構築的にまたは遺伝子工学によってのいずれかで、および任意の適切なアッセイによって、標的を発現する任意の細胞において決定できる。しかしながら、所与のdsRNAが標的遺伝子の発現をある程度阻害し、したがって本開示に包含されるかを決定するために参照が必要である場合、以下の実施例で提供されるアッセイがそのような参照として役立つことになる。
本明細書で使用される場合、標的遺伝子発現の文脈で、「処置する」、「処置」などの用語は、標的遺伝子の発現によって媒介される病理プロセスからの解放またはその緩和を指す。本開示の文脈では、本明細書の以下で列挙される他の状態(標的発現によって媒介される病理プロセス以外)のいずれかに関する限り、「処置する」、「処置」などの用語は、そのような状態に関連する1つまたはそれ以上の徴候を軽減または緩和することを指す。
本明細書で使用される場合、疾患または障害に関する「予防する」または「進行を遅くする」という用語(およびその文法的変化形)は、例えば、疾患を有することが疑われる、または疾患を発症するリスクのある個体における、疾患の予防的処置に関する。予防には、これらに限定されないが、疾患の発病もしくは進行を防ぐもしくは遅らせること、および/または疾患の1つもしくはそれ以上の徴候を所望のもしくは病理未満のレベルで維持することが含まれ得る。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」および「予防有効量」という用語は、標的遺伝子発現によって媒介される病理プロセスまたは標的遺伝子の発現によって媒介される病理プロセスの明白な徴候の処置、予防または管理において治療利益をもたらす量を指す。治療有効である具体的な量は、通常の医師であれば容易に決定でき、標的遺伝子発現によって媒介される病理プロセスの種類および段階、患者の病歴および年齢、ならびに標的遺伝子によって媒介される生物学的プロセスを阻害する他の治療剤の投与のような因子に応じて変動し得る。
本明細書で使用される場合、「個体」または「対象」という用語は、哺乳動物である。哺乳動物としては、これらに限定されないが、飼育動物(例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌおよびウマ)、霊長類(例えば、ヒトおよび非ヒト霊長類、例えば、サル)、ウサギ、ならびにげっ歯類(例えば、マウスおよびラット)が挙げられる。一部の実施形態では、個体または対象は、ヒトである。
「ヌクレオシド間結合」、「ヌクレオシド間連結基」、「ヌクレオチド間結合」または「ヌクレオチド間連結基」という用語は、本明細書において交換可能に使用され、例えば、これらに限定されないが、ホスフェート、ホスフェートの類似体、ホスホロチオエート、ホスホネート、グアジニウム、ヒドロキシルアミン、ヒドロキシルヒドラジニル、アミド、カルバメート、アルキルおよび置換アルキル結合を含む、当技術分野で公知の通りの、2つのヌクレオシド(すなわち、複素環式塩基部分および糖部分)ユニット間の任意のリンカーまたは結合を指す。「ヌクレオシド間連結基」は、2つのヌクレオシド間、2つのヌクレオシド類似体間、またはヌクレオシドおよびヌクレオシド類似体の間の結合に関与し得る。
ヌクレオシド間結合は、核酸分子の主鎖を構成する。ヌクレオシド間連結基は、核酸分子に含まれる2つの隣接するヌクレオシド残基を連結する化学基を指し、これには、(i)2つの隣接するヌクレオシド残基を連結する化学基、(ii)ヌクレオシド残基と隣接するヌクレオシド類似体残基とを連結する化学基、および(iii)同一であってもよく別個であってもよい第1のヌクレオシド類似体残基と第2のヌクレオシド類似体残基とを連結する化学基が包含される。ヌクレオシド類似体残基には、本明細書で開示される式(II)の化合物が包含される。一態様では、本発明のsiNA分子のヌクレオチドは、第1のヌクレオチドの糖部分の3’炭素および第2のヌクレオチドの糖部分の5’炭素の間の結合(本明細書において、3’ヌクレオシド間結合と呼ぶ)により隣接するヌクレオチドに連結し得る。3’-5’ヌクレオシド間結合は、本明細書で使用される場合、2つの隣接するヌクレオシドユニットを連結するヌクレオシド間結合を指し、結合は、第1のヌクレオシドの糖部分の3’炭素および第2のヌクレオシドの糖部分の5’炭素の間である。別の態様では、本発明のsiNA分子のヌクレオチド(ヌクレオチド類似体を含む)は、第1のヌクレオチドの糖部分の2’炭素および第2のヌクレオチドの糖部分の5’炭素の間の結合(本明細書において、2’ヌクレオシド間結合と呼ぶ)により隣接するヌクレオチド(ヌクレオチド類似体を含む)に連結し得る。2’-5’ヌクレオシド間結合は、本明細書で使用される場合、2つの隣接するヌクレオシドユニットを連結するヌクレオシド間結合を指し、結合は、第1のヌクレオシドの糖部分の2’炭素および第2のヌクレオシドの糖部分の5’炭素の間である。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間連結基」という用語には、リンおよび非リン含有ヌクレオシド間連結基が包含される。
一部の実施形態では、リン含有ヌクレオシド間連結基には、通常3’-5’結合を有するホスホジエステル、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネートおよびキラルホスホネートを含むメチルおよび他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデートおよびアミノアルキルホスホラミデートを含むホスホラミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、ならびにボラノホスフェート、ならびにその2’-5’連結類似体が包含される。
上記リン含有ヌクレオシド間結合の調製を教示する代表的な米国特許としては、米国特許第3,687,808号;米国特許第4,469,863号;米国特許第4,476,301号;米国特許第5,023,243号;米国特許第5,177,196号;米国特許第5,188,897号;米国特許第5,264,423号;米国特許第5,276,019号;米国特許第5,278,302号;米国特許第5,286,717号;米国特許第5,321,131号;米国特許第5,399,676号;米国特許第5,405,939号;米国特許第5,453,496号;米国特許第5,455,233号;米国特許第5,466,677号;米国特許第5,476,925号;米国特許第5,519,126号;米国特許第5,536,821号;米国特許第5,541,306号;米国特許第5,550,111号;米国特許第5,563,253号;米国特許第5,571,799号;米国特許第5,587,361号;米国特許第5,194,599号;米国特許第5,565,555号;米国特許第5,527,899号;米国特許第5,721,218号;米国特許第5,672,697号および米国特許第5,625,050号が挙げられ、その各々は、参照によって本明細書に組み入れる。
一実施形態では、非ホスホジエステル主鎖結合は、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホネートおよびホスホラミデート主鎖連結基からなる群から選択される。
一実施形態では、リン含有ヌクレオシド間連結基には、ホスホジエステル、ホスホトリエステルおよびホスホロチオエートが包含される。
一部の実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、リン原子を含まない1つまたはそれ以上のヌクレオシド間連結基を含む。そのようなオリゴヌクレオチドとしては、これらに限定されないが、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間連結基、混合ヘテロ原子およびアルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間連結基、または1つもしくはそれ以上の短鎖ヘテロ原子もしくは複素環式ヌクレオシド間連結基によって形成されるものが挙げられる。これらには、シロキサン主鎖;スルフィド、スルホキシドおよびスルホン主鎖;ホルムアセチルおよびチオホルムアセチル主鎖;メチレンホルムアセチルおよびチオホルムアセチル主鎖;リボアセチル主鎖;アルケン含有主鎖;スルファメート主鎖;メチレンイミノおよびメチレンヒドラジノ主鎖;スルホネートおよびスルホンアミド主鎖;アミド主鎖を有するもの;ならびにN、O、SおよびCH2混合構成成分部を有する他のものが含まれる。上記の非リン含有ヌクレオシド間連結基の調製を教示する代表的な米国特許としては、これらに限定されないが、特許文献1;特許文献2;特許文献3;米国特許第5,214,134号;米国特許第5,216,141号;米国特許第5,235,033号;米国特許第5,264,562号;米国特許第5,264,564号;米国特許第5,405,938号;米国特許第5,434,257号;米国特許第5,466,677号;米国特許第5,470,967号;米国特許第5,489,677号;米国特許第5,541,307号;米国特許第5,561,225号;米国特許第5,596,086号;米国特許第5,602,240号;米国特許第5,610,289号;米国特許第5,602,240号;米国特許第5,608,046号;米国特許第5,610,289号;米国特許第5,618,704号;米国特許第5,623,070号;米国特許第5,663,312号;米国特許第5,633,360号;米国特許第5,677,437号;米国特許第5,792,608号;米国特許第5,646,269号および米国特許第5,677,439号が挙げられ、その各々は、参照によって本明細書に組み入れる。
一実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、非イオン性である1つまたはそれ以上の中性ヌクレオシド間連結基を含む。中性ヌクレオシド間連結基には、シロキサン(ジアルキルシロキサン)、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステルおよびアミドを含む非イオン性連結基が包含される(例えば:Carbohydrate Modifications in Antisense Research;Y.S.SanghviおよびP.D.Cook編、ACS Symposium Series 580;第3および4章(40~65頁)を参照されたい)。さらなる中性ヌクレオシド間連結基には、N、O、SおよびCH2混合構成成分部を含む非イオン性結合が包含される。
式(I)の化合物
本発明は、一般式(I)の化合物:
Figure 0007417529000005
(式中、
- Bは、複素環式核酸塩基であり;
- P1およびP2は各々独立して、H、反応性リン基または保護基であり;
- Yは、O、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は:
・ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OもしくはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換されていないまたは置換された(C1~C20)アルキル基、
・ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、または
・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0もしくは1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OもしくはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基もしくは(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択されるか、
もしくは
R3は、細胞標的化部分である)
であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、-(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)
に関する。
式(I)の化合物は、本開示の目的のために「ヌクレオチド前駆体」という用語に包含される。R3が存在し、細胞標的化部分を示す式(I)の化合物は、本開示の目的のために「標的化されたヌクレオチド前駆体」という用語に包含される。
本明細書で開示される式(I)および(II)の化合物には、その立体異性体が包含され、これには、式(I)および(II)の化合物の位置番号付けおよびキラル中心を示す以下の式:
Figure 0007417529000006
に具体的に記載される通りの、その(2S,6R)立体異性体およびその(2R,6R)立体異性体が含まれる。
本明細書において実施例で示される通り、オリゴヌクレオチドに組み込まれた場合、式(I)の化合物の(2S,6R)立体異性体および式(I)の化合物の(2R,6R)立体異性体は、標的mRNAの良好な阻害を可能にするsiRNAを生成する同じ能力を有する。
上記の通り、本発明者らは、オリゴヌクレオチドをサイレンシングする遺伝子を合成するため、とりわけ、siRNAを合成するためのビルディングブロックユニットとして有用である、ジオキサン環またはモルホリノ環のいずれかを含む特定の式(I)のヌクレオチド前駆体に想到した。
したがって、本明細書において「ジオキサン類似体」と呼ばれることもある式(I)の化合物の一部の実施形態では、YはOである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB1(式中、Bは式(I)において定義された通りである)、例えば、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT1と呼ばれる。
本明細書において「モルホリノ類似体」と呼ばれることもる式(I)の化合物の他の実施形態では、Yは、NH、NR1またはNC(=O)R1である。
式(I)のモルホリノ類似体において、窒素原子は、好ましくは官能化されて、得られるモルホリノ類似体含有オリゴヌクレオチド、とりわけ得られるモルホリノ類似体含有siRNAの特性が改善される。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、化合物は、細胞標的化部分を含まない本開示のモルホリノ類似体である。これらの実施形態によると、存在する場合、基R3は、細胞標的化部分を表さない。
したがって、式(I)のモルホリノ類似体の一部の好ましい実施形態では、Yは、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は、一般式(I)について定義された通りである。
一部の実施形態では、Yは、NR1であり、R1は:
・ ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OもしくはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基、または
・ ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、
・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0もしくは1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、-N(Z3)-C(=K)-Z4
(式中、
Kは、OもしくはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、水素原子、(C1~C6)-アルキル、(C1~C6)-アルコキシ、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基もしくは(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択される)
であり、
X1およびX2は各々独立して、水素原子、(C1~C6)アルキル基であり、
Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である。
本明細書において意図される通り、非置換アルキル基または置換アルキル基のいずれであってもよい(C1~C20)アルキル基には、C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19およびC20アルキル基が含まれる。
本明細書において意図される通り、非置換アルキル基または置換アルキル基のいずれであってもよい(C1~C6)アルキル基には、C1、C2、C3、C4、C5およびC6アルキル基が含まれる。
本明細書において意図される通り、非置換シクロアルキル基または置換シクロアルキル基のいずれであってもよい(C3~C8)シクロアルキル基には、C3、C4、C5、C6、C7およびC8シクロアルキル基が含まれる。
本明細書において意図される通り、非置換または置換複素環のいずれであってもよい(C3~C14)複素環には、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13およびC14複素環が含まれる。
本明細書において意図される通り、非置換アリール基または置換アリール基のいずれであってもよい(C6~C14)アリール基には、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13およびC14アリール基が含まれる。
本明細書において意図される通り、非置換ヘテロアリール基または置換ヘテロアリール基のいずれであってもよい(C5~C14)ヘテロアリール基には、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13およびC14ヘテロアリール基が含まれる。
YがNR1である式(I)の化合物の一部の実施形態では、R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義された通りである。
YがNR1であるこれらの実施形態の一部では、R1は、非置換(C1~C20)アルキル基である。
YがNR1である実施形態の一部では、R1は、非置換(C1~C16)アルキル基であり、これには、メチル、イソプロピル、ブチル、オクチル、ヘキサデシルを含む群から選択されるアルキル基が含まれ、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、メチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)について定義された通りである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB2と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT2と呼ばれる。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、イソプロピル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)について定義された通りである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB3と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合pre-lT3、Bがウラシル基からなる場合pre-lU3、Bがグアニル基からなる場合pre-lG3、Bがシトシル基からなる場合pre-lC3、Bがアデニル基からなる場合pre-lA3と呼ばれる。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、ブチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)について定義された通りである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB6と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT6と呼ばれる。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、オクチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)について定義された通りである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB7と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT7と呼ばれる。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、直鎖状C16アルキル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)について定義された通りである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB8と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT8と呼ばれる。
YがNR1である式(I)の化合物のさらなる実施形態では、R1は、一般式(I)において定義された通り置換された(C1~C20)アルキル基であり、これには、一般式(I)において定義された通り置換されたC1、C2またはC3アルキル基が含まれる。
これらのさらなる実施形態の一部では、R1は、ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基および(C5~C14)ヘテロアリール基から選択される1つまたはそれ以上の基によって置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
これらのさらなる実施形態の一部では、R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である式(I)の化合物の一部の実施形態では、R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基である。これらの実施形態は、YがNR1であり、R1が、アリール基によって置換されたメチレン基である式(I)の化合物を包含する。これらの実施形態はまた、YがNR1であり、R1が、フェニル基によって置換された(C1~C20)アルキル基である式(I)の化合物を包含する。
YがNR1である式(I)の化合物の一部の実施形態では、R1は、非置換フェニル基によって置換されたメチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は各々、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)において定義された通りである。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB5と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT5と呼ばれる。
YがNR1である式(I)の化合物のさらなる実施形態では、R1は、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基であり、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R1は、シクロヘキシルである。
YがNR1である式(I)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R1は、非置換シクロヘキシルであり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は各々、水素原子であり、P1およびP2は、一般式(I)について定義された通りである。
本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB4と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT4と呼ばれる。
式(I)のモルホリノ類似体の一部の他の実施形態では、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OまたはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、
R1は、ハロゲン原子または(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基であり、
P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがN-C(=O)-R1である実施形態の一部では、R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、これには、場合により置換された(C1~C15)アルキル基が含まれ、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがN-C(=O)-R1であるこれらの実施形態の一部によると、R1は、メチルおよびペンタデシル基を含む基から選択され、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する。
これらの実施形態は、Yが、N-C(=O)-R1であり、R1がメチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2が各々、水素原子を表し、B、P1およびP2が、一般式(I)において定義された通りである式(I)の化合物を包含する。
本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB9と呼ばれ、Bは、一般式(I)と同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド類似体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT9と呼ばれる。これらの実施形態はまた、YがN-C(=O)-R1であり、R1がペンタデシル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2が各々、水素原子を表し、B、P1およびP2が一般式(I)において定義された通りである式(I)の化合物を包含する。本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、pre-lB10と呼ばれ、Bは、一般式(I)におけるのと同じ意味を有し;例えば、本開示のそのようなヌクレオチド前駆体の実施形態は、Bがチミジニル基からなる場合、pre-lT10と呼ばれる。
式(I)の化合物において、Bは、複素環式核酸塩基部分である。本明細書で使用される場合、「複素環式核酸塩基」という用語は、ジオキサン環またはモルホリノ環に共有結合した、場合により置換された窒素含有複素環を指す。一部の実施形態では、複素環式核酸塩基は、場合により置換されたプリン塩基および場合により置換されたピリミジン塩基から選択できる。「プリン塩基」という用語は、本明細書において、当業者によって理解される通りのその通常の意味で使用され、その互変異性体を含む。同様に、「ピリミジン塩基」という用語は、本明細書において、当業者によって理解される通りのその通常の意味で使用され、その互変異性体を含む。場合により置換されたプリン塩基の非限定リストには、プリン、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、キサンチン、アロキサンチン、7-アルキルグアニン(例えば、7-メチルグアニン)、テオブロミン、カフェイン、尿酸およびイソグアニンが含まれる。ピリミジン塩基の例としては、これらに限定されないが、シトシン、チミン、ウラシル、5,6-ジヒドロウラシルおよび5-アルキルシトシン(例えば、5-メチルシトシン)が挙げられる。複素環式塩基の他の非限定例としては、ジアミノプリン、8-オキソ-N6アルキルアデニン(例えば、8-オキソ-N6メチルアデニン)、7-デアザキサンチン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、N44エタノシトシン、N<6>,N<6>-エタノ-2,6-ジアミノプリン、5-ハロウラシル(例えば、5-フルオロウラシルおよび5-ブロモウラシル)、プソドイソシトシン、イソシトシン、イソグアニン、1,2,4-トリアゾール-3-カルボキサミドおよびさらなる複素環式塩基を開示する限定された目的について参照によって本明細書に組み入れる米国特許第5,432,272号および米国特許第7,125,855号に記載される他の複素環式塩基が挙げられる。一部の実施形態では、複素環式塩基は、アミンまたはエノール保護基で場合により置換されていることがある。一部の実施形態では、Bは、存在する場合、そのアミノ基が、場合により保護基によって保護されたピリミジン、置換ピリミジン、プリンおよび置換プリンを含む群から選択される。
好ましい実施形態では、Bは、アデニン、チミン、ウラシル、グアニンおよびシトシン(すなわち、アデニル、チミニル、ウラシル、グアニルおよびシトシル基)を含む群から選択される。アデニン、グアニンおよびシトシンは、アミン保護基によって場合により保護されている。アミン保護基には、アシル基、例えば、ベンゾイル、フェニルアセチルおよびイソブチリル保護基またはホルムアミジン保護基、例えば、N,N-ジメチル-ホルムアミジンが包含される。
既に言及した通り、式(I)の化合物において、基P1およびP2は各々独立して、水素原子、反応性リン基または保護基である。
本明細書で使用される場合、「反応性リン基」は、ヌクレオチドユニットまたはヌクレオチド類似体ユニットに含まれるリン含有基を指し、これは、別の分子、とりわけ、別のヌクレオチドユニットまたは別のヌクレオチド類似体に含まれるヒドロキシル基またはアミン基と求核攻撃反応により反応し得る。一般に、そのような反応により、前記第1のヌクレオチドユニットまたは前記第1のヌクレオチド類似体ユニットを前記第2のヌクレオチドユニットまたは前記第2のヌクレオチド類似体ユニットに連結するエステル型ヌクレオシド間結合が生成される。
一部の実施形態では、反応性リン基は、天然ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ボラノホスフェート、ボラノチオホスフェート、ホスホネート、ハロゲン置換ホスホネートおよびホスフェート、ホスホラミデート、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、チオホスホジエステル、チオホスホトリエステル、ジホスフェートならびにトリホスフェートを含むがこれらに限定されないホスホラミダイト、Hホスホネート、アルキルホスホネート、ホスフェートまたはホスフェート模倣体からなる群から選択できる。保護基には、ヒドロキシル-、アミン-およびホスホラミダイト保護基が包含され、これは、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bzl)、ベンジル(Bn)、イソブチリル(iBu)、フェニルアセチル、ベンジルオキシメチルアセタール(BOM)、ベータ-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、メトキシメチルエーテル(MOM)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル(Piv)、テトラヒドロピラニル(THP)、トリフェニルメチル(Trt)、メトキシトリチル[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル](MMT)、ジメトキシトリチル、[ビス-(4-メトキシフェニル)フェニルメチル(DMT)、トリメチルシリルエーテル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリルエーテル(TBDMS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチルエーテル(TOM)、トリ-イソプロピルシリルエーテル(TIPS)、メチルエーテル、エトキシエチルエーテル(EE)N,N-ジメチルホルムアミジンおよび2-シアノエチル(CE)を含む群から選択できる。
Y、B、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2が一般式(I)について定義された通りである式(I)の化合物の一部の実施形態では、P1またはP2の一方は、O-4,4’-ジメトキシトリチル基(DMT)であり、P1およびP2の他方は、H、反応性リン基または保護基である。
Y、B、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2が一般式(I)について定義された通りである式(I)の化合物の一部の実施形態では、P1またはP2の一方は、2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスホラミダイト基であり、P1およびP2の他方は、保護基である。
Y、B、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2が一般式(I)について定義された通りである式(I)の化合物の一部の実施形態では、P1またはP2の一方は、2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスホラミダイト基であり、P1およびP2の他方は、O-4,4’-ジメトキシトリチル基である。さらに、Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基、好ましくはHまたは非置換(C1~C6)アルキル基である。
本明細書で使用される場合、(C1~C6)アルキル基には、C1、C2、C3、C4、C5およびC6アルキル基を含む群から選択されるアルキル基が包含される。
最も好ましい実施形態では、X1およびX2はいずれも、水素原子を表す。
最も好ましい実施形態では、Ra、Rb、RcおよびRdはいずれも、水素原子を表す。
標的化されたヌクレオチド類似体を含む式(I)の化合物の実施形態
本明細書において既に示した通り、本開示は、式(I)の化合物
(式中:
- Bは、複素環式核酸塩基であり;
- P1およびP2は各々独立して、H、反応性リン基または保護基であり;
- Yは、NR1であり、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0または1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OまたはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、細胞標的化部分である)であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)
を包含する。
これらの式(I)の化合物は、本開示において「標的化されたヌクレオチド前駆体」と呼ばれることがある化合物のより一般的なファミリーに包含される。基R3が存在し、細胞標的化部分を表すそのような式(I)の化合物は、本開示において、「式(I)の標的化されたヌクレオチド前駆体」または「標的化されたヌクレオチド前駆体(I)」と呼ばれることがある。
細胞標的化部分を表す基R3を含まない式(I)の化合物は、標的化されたヌクレオチド前駆体ではなく、本開示において「式(I)の標的化されていないヌクレオチド前駆体」または「標的化されていないヌクレオチド前駆体(I)」と呼ばれる。
式(I)の標的化されたヌクレオチド前駆体の一部の実施形態では、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、mは0であり、pは0であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。一部の実施形態では、R2はエチレン基であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。これらの実施形態の一部の他のものでは、R2はペンチレン基であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。一部の実施形態では、R2は(C12)アルキレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、mは0であり、pは、1、2、3および4からなる群から選択される整数であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。一部の実施形態では、R2はエチレン基であり、pは1であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。一部の実施形態では、R2はエチレン基であり、pは2であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。一部の実施形態では、R2はエチレン基であり、pは3であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。一部の実施形態では、R2はエチレン基であり、pは4であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、mは1であり、pは0であり、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。これらの実施形態の一部では、R2は、ブチレンであり、X1およびX2は各々、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである。これらの実施形態の一部のさらなるものでは、R2は、(C11)アルキレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである。これらの実施形態の一部のなおさらなるものでは、R2は、メチレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである。
R1が基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3である式(I)の化合物の一部の実施形態では、mは1であり、pは、1および2からなる整数の群から選択され、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである。これらの実施形態の一部では、R2は、メチレン基であり、pは2であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(I)について定義された通りである。これらの実施形態の一部の他のものでは、R2は、メチレン基であり、pは1であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(I)について定義された通りである。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、Ra、Rb、RcおよびRdは、水素原子である。
一般に、基R3には、本開示において示される任意の細胞標的化部分を含む当技術分野で公知の任意の細胞標的化部分が包含され、これには、本開示の標的化されたオリゴヌクレオチドの説明のために示される細胞標的化部分が含まれる。
式(I)の化合物の一部の実施形態では、R3は、式(III)
Figure 0007417529000007
(式中、
A1、A2およびA3は、OHまたはO-C(=O)-R4であり、R4は、(C1~C6)-アルキルまたは(C6~C10)-アリール基である)
のものである。
A4は、OH、O-C(=O)-R4、NHC(=O)-R5であり、R4は、上で定義された通りであり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である。
一部の好ましい実施形態では、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、R4は、(C1~C6)-アルキルまたは(C6~C10)-アリール基である。
一部の好ましい実施形態では、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、R4は、メチルまたはフェニル基である。
一部の好ましい実施形態では、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、R4は、メチルである。
一部の好ましい実施形態では、A4は、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4は、(C1~C6)アルキルまたは(C6~C10)-アリール基であり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である。
一部の好ましい実施形態では、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、R4は、メチルであり、A4は、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4およびR5の各々はメチルである。
一部の好ましい実施形態では、R3は、式(III-A)の3,4,6-トリ-O-アセチル-D-N-アセチルガラクトシルアミン:
Figure 0007417529000008
である。
本開示はまた、本明細書で示される式(I)の化合物であるヌクレオチド類似体前駆体を使用することによってオリゴヌクレオチドに導入された1つまたはそれ以上のヌクレオチド類似体を含むオリゴヌクレオチドに関する。
本開示の他所で詳述される通り、本発明は、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含む一本鎖および二本鎖オリゴヌクレオチド、とりわけsiRNAにさらに関する。
修飾オリゴヌクレオチド
本明細書で開示される式(I)の化合物は、二本鎖RNA(「dsRNA」)オリゴマーのモノマーユニット、とりわけsiRNAのモノマーユニットを含む、オリゴマー化合物のモノマーユニット、特にオリゴヌクレオチドのモノマーユニットとして想到されている「ヌクレオチド前駆体」とも呼ばれるヌクレオチド類似体ビルディングブロックである。式(I)の化合物において本明細書に記載のヌクレオチド前駆体のオリゴヌクレオチドへの導入により、式(II)の化合物として本明細書に記載のオリゴヌクレオチドの対応するモノマーユニットがもたらされる。
「オリゴマー化合物」および「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書において交換可能に使用できる。
したがって、本発明はまた、標的化されていない、標的化された、または標的化されていない、および標的化された1つまたはそれ以上の式(I)の化合物が組み込まれた、式(II)の化合物をもたらすオリゴヌクレオチドに関する。
本開示においてさらに詳述される通り、本発明によるオリゴヌクレオチドは、一本鎖形態または二本鎖形態のいずれかであり得る。
本発明は、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物:
Figure 0007417529000009
(式中、式(II)の各化合物について独立して:
- Bは、複素環式核酸塩基であり;
- L1およびL2の一方は、式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、L1およびL2の他方は、H、保護基、リン部分または式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、
- Yは、O、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は:
・ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)、-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OまたはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基、
・ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、
・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0または1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、および-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OまたはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基もしくは(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択されるか、
または
R3は、細胞標的化部分である)
であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)
または薬学的に許容されるその塩を含むオリゴヌクレオチドに関する。
本明細書に記載のオリゴヌクレオチドの一部の好ましい実施形態では、式(II)の化合物において、YはOである。
本明細書に記載の通りのオリゴヌクレオチドの一部の他の好ましい実施形態では、式(II)の化合物において、Yは、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は、一般式(I)について定義された通りである。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)、-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OまたはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、塩基または酸との付加塩の形態の、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)
から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基である。
YがNR1であるこれらの実施形態の一部では、R1は、非置換(C1~C20)アルキル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、一般式(II)または薬学的に許容されるその塩について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である実施形態の一部では、R1は、非置換(C1~C16)アルキル基であり、これには、メチル、イソプロピル、ブチル、オクチル、ヘキサデシルを含む群から選択されるアルキル基が含まれ、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、メチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)について定義された通りである。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、イソプロピル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)について定義された通りである。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、フェニル基で置換されたメチル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、一般式(II)または薬学的に許容されるその塩について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、ブチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)について定義された通りである。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、オクチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)について定義された通りである。
YがNR1である一部の実施形態では、R1は、直鎖状C16アルキル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1およびX2は、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)について定義された通りである。
YがNR1である式(II)の化合物のさらなる実施形態では、R1は、一般式(II)において定義された通り置換された(C1~C20)アルキル基であり、これには、一般式(II)において定義された通り置換されたC1、C2またはC3アルキル基が含まれる。
これらのさらなる実施形態の一部では、R1は、ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基および(C5~C14)ヘテロアリール基から選択される1つまたはそれ以上の基によって置換された(C1~C20)アルキル基である。
これらのさらなる実施形態の一部では、R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である式(II)の化合物の一部の実施形態では、R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基である。これらの実施形態は、YがNR1であり、R1が、アリール基によって置換されたメチレン基である式(II)の化合物を包含する。これらの実施形態はまた、YがNR1であり、R1が、フェニル基によって置換された(C1~C20)アルキル基である式(II)の化合物を包含する。
YがNR1である式(II)の化合物の一部の実施形態では、R1は、非置換フェニル基によって置換されたメチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rdは各々、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)において定義された通りである。
YがNR1である式(II)の化合物のさらなる実施形態では、R1は、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩のこれらのさらなる実施形態の一部では、R1は、シクロヘキシル基であり、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがNR1である式(II)の化合物のこれらのさらなる実施形態の一部では、R1は、非置換シクロヘキシルであり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は各々、水素原子であり、L1およびL2は、一般式(II)について定義された通りである。
式(II)のオリゴヌクレオチドの一部の他の実施形態では、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、(C1~C20)アルキル基であり、R1は、メチルおよびペンタデシルを含む群から選択され、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、一般式(II)または薬学的に許容されるその塩について定義されたのと同じ意味を有する。
式(II)のオリゴヌクレオチドの一部の他の実施形態では、Yは、N-C(=O)-R1であり、R1は、ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
Jは、OまたはSであり、
Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、
L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがN-C(=O)-R1である実施形態の一部では、R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であり、これには、場合により置換された(C1~C15)アルキル基が含まれ、L1、L2、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがN-C(=O)-R1である実施形態の一部では、R1は、非置換(C1~C20)アルキル基であり、これには、非置換(C1~C15)アルキル基が含まれ、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。
YがN-C(=O)-R1であるこれらの実施形態の一部によると、R1は、メチルおよびペンタデシルを含む群から選択され、L1およびL2およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する。これらの実施形態は、Yが、N-C(=O)-R1であり、R1がメチル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2が各々、水素原子を表し、B、L1およびL2が、一般式(II)において定義された通りである式(II)の化合物を包含する。これらの実施形態はまた、YがN-C(=O)-R1であり、R1がペンタデシル基であり、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2が各々、水素原子を表し、B、L1およびL2が一般式(II)において定義された通りである式(II)の化合物を包含する。
式(II)の化合物は、遊離塩基または酸との付加塩の形態で存在し得る。式(II)の化合物はまた、やはり本開示内であるその薬学的に許容される塩の形態で存在し得る。
式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含むオリゴヌクレオチドの実施形態
本明細書において既に示した通り、本開示はまた、塩基または酸との付加塩の形態である式(II)の化合物(式中、
- Bは、複素環式核酸塩基であり;
- L1およびL2の一方は、式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、L1およびL2の他方は、H、保護基、リン部分または式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり;
- Yは、NR1であり、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
mは、0または1を意味する整数であり、
pは、0~10の範囲の整数であり、
R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
Kは、OまたはSであり、
Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
R3は、細胞標的化部分である)であり、
- X1およびX2は各々独立して、水素原子、(C1~C6)アルキル基であり、
- Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)を包含する。
これらの式(II)の化合物は、本開示において「標的化されたヌクレオチド類似体」と呼ばれることがある化合物のより一般的なファミリーに包含される。
R1が基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3である式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体の一部の実施形態では、mは0であり、pは0であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(II)の化合物の一般定義における通りである。
一部の実施形態では、R2はエチレン基であり、X1およびX2はいずれも、水素原子であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rdは、式(II)の化合物の一般定義における通りである。
これらの実施形態の一部の他のものでは、R2はペンチレン基であり、X1およびX2はいずれも、水素原子であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rdは、式(II)の化合物の一般定義における通りである。
これらの実施形態の一部の他のものでは、R2は(C12)アルキレン基であり、X1およびX2はいずれも、水素原子であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rdは、式(II)の化合物の一般定義における通りである。
R1が基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3である式(II)の化合物の一部の実施形態では、mは0であり、pは、1、2、3および4からなる整数の群から選択され、R3は、細胞標的化部分であり、B、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(II)の化合物の一般定義における通りである。これらの実施形態の一部では、R2はエチレン基であり、pは1であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。これらの実施形態のなおさらなるものでは、R2はエチレン基であり、pは2であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。これらの実施形態のなおさらなるものでは、R2はエチレン基であり、pは3であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。これらの実施形態のなお他のものでは、R2はエチレン基であり、pは4であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である。
R1が基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3である式(II)の化合物の一部の実施形態では、mは1であり、pは0であり、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(II)の化合物の一般定義における通りである。
これらの実施形態の一部では、R2は、ブチレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、L1、L2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(II)について定義された通りである。
これらの実施形態の一部のさらなるものでは、R2は、(C11)アルキレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、L1、L2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(II)について定義された通りである。
これらの実施形態の一部のなおさらなるものでは、R2は、メチレンであり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、L1、L2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(II)について定義された通りである。
R1が基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3である式(II)の化合物の一部の実施形態では、mは1であり、pは、1および2からなる整数の群から選択され、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(II)の化合物の一般定義における通りである。
これらの実施形態の一部では、R2は、メチレン基であり、pは2であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(II)について定義された通りである。
これらの実施形態の一部の他のものでは、R2は、メチレン基であり、pは1であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(II)について定義された通りである。
一般に、基R3には、本開示において示される任意の細胞標的化部分を含む当技術分野で公知の任意の細胞標的化部分が包含され、これには、本開示の標的化されたオリゴヌクレオチドの説明のために示される細胞標的化部分が含まれる。
式(II)の化合物の一部の実施形態では、R3は、式(III):
Figure 0007417529000010
(式中、A1、A2およびA3は、OHであり、
A4は、OHまたはNHC(=O)-R5であり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である)
のものである。
一部の実施形態では、R3は、式(III-B)のN-アセチル-ガラクトサミン:
Figure 0007417529000011
である。
本開示によると、「GalNAc」または「N-アセチルガラクトサミン」への参照には、β形態:2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノースおよびアルファ形態:2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-ガラクトピラノースの両方が含まれる。ある特定の実施形態では、β形態:2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノースおよびアルファ形態:2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-ガラクトピラノースの両方は、交換可能に使用できる。
式(II)のオリゴヌクレオチドにおいて、Bは、複素環式核酸塩基部分である。本明細書で使用される場合、「複素環式核酸塩基」という用語は、ジオキサン環またはモルホリノ環に共有結合した、場合により置換された窒素含有複素環を指す。一部の実施形態では、複素環式核酸塩基は、場合により置換されたプリン塩基、場合により置換されたピリミジン塩基から選択できる。「プリン塩基」という用語は、本明細書において、当業者によって理解される通りのその通常の意味で使用され、その互変異性体を含む。同様に、「ピリミジン塩基」という用語は、本明細書において、当業者によって理解される通りのその通常の意味で使用され、その互変異性体を含む。場合により置換されたプリン塩基の非限定リストには、プリン、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、キサンチン、アロキサンチン、7-アルキルグアニン(例えば、7-メチルグアニン)、テオブロミン、カフェイン、尿酸およびイソグアニンが含まれる。ピリミジン塩基の例としては、これらに限定されないが、シトシン、チミン、ウラシル、5,6-ジヒドロウラシルおよび5-アルキルシトシン(例えば、5-メチルシトシン)が挙げられる。複素環式塩基の他の非限定例としては、ジアミノプリン、8-オキソ-N6アルキルアデニン(例えば、8-オキソ-N6メチルアデニン)、7-デアザキサンチン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、N44-エタノシトシン、N<6>,N<6>-エタノ-2,6-ジアミノプリン、5-ハロウラシル(例えば、5-フルオロウラシルおよび5-ブロモウラシル)、プソドイソシトシン、イソシトシン、イソグアニン、1,2,4-トリアゾール-3-カルボキサミド、ならびにさらなる複素環式塩基を開示するための、参照によって本明細書に組み入れる、米国特許第5,432,272号および米国特許第7,125,855号に記載の他の複素環式塩基が挙げられる。
一部の実施形態では、Bは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリンおよび置換プリンを含む群から選択される。
好ましい実施形態では、Bは、アデニン、チミン、ウラシル、グアニンおよびシトシン(すなわち、アデニル、チミニル、ウラシル、グアニルおよびシトシル基)を含む群から選択される。
既に言及した通り、式(II)のオリゴヌクレオチドにおいて、L1およびL2のうちの一方の基は、式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、L1およびL2のうちの他方の基は、H、保護基、または式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基である。
実施例において示される通り、式(I)の化合物は、相補的配列を有する第2のオリゴヌクレオチドと二本鎖を形成する第1のオリゴヌクレオチドに組み込まれた場合、得られたヌクレオチド類似体含有オリゴヌクレオチドのTm値の実質的な低下を示した。得られる二本鎖のTm値は、式(II)の化合物の数の増加につれて低下する。例示として、約74℃のTm値を有する出発21merオリゴヌクレオチドの場合、Tm値は、得られる修飾オリゴヌクレオチド内の種々の位置に位置する式(II)の5つの化合物を含む得られる修飾オリゴヌクレオチドについて、約50℃もの低さに低下し得る。したがって、Tm値の低下は、ジオキサン環を含む1つもしくはそれ以上の式(I)の化合物またはモルホリノ環を含む1つもしくはそれ以上の式(I)の化合物を組み込んだ場合に起こる。しかしながら、大半の実施形態では、そのような低下したTm値によりなお、所望の標的配列への得られるsiRNAのアンチセンス鎖のハイブリダイゼーション前の適切な二本鎖形成、次いで、RISC複合体の適切な二本鎖取込みが確実になる。
本明細書において実施例により、オリゴヌクレオチドは、1つまたはそれ以上の式(I)の化合物が組み込まれた場合、標的遺伝子の効果的な阻害を確実にするために必要とされる安定性を保有するsiRNA二本鎖構造を生成することが可能になることが示される。
まったく予想外であることに、実施例によりまた、式(II)の化合物が互いに、またはリボース含有ヌクレオチドと、従来のホスホジエステル結合により連結した場合、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含むsiRNA二本鎖の高代謝安定性が得られることが示される。式(II)の化合物が、オリゴヌクレオチド内で従来のホスホジエステル結合により連結し、siRNAの鎖を形成している場合、得られるsiRNA二本鎖は、ヌクレアーゼ分解に対して式(II)の化合物ではなくホスホロチオエート連結デオキシリボヌクレオチドを有する同じsiRNAよりも高い安定性を保有することが予想外に示された。この予想外の安定性の増加は、とりわけ、式(II)の化合物がそのセンス鎖の3’末端もしくは5’末端または3’末端および5’末端の両方のオーバーハングに存在するsiRNAを含む、式(II)の化合物がそのセンス鎖およびアンチセンス鎖のオーバーハングに存在するsiRNAの実施形態について示された。
ホスホジエステル結合により連結された場合、式(II)の化合物のこの代謝安定性の高い増加は、ホスホロチオエートのような修飾ヌクレオチド間連結亜リン酸基による安定化を回避できるため、明らかな技術的利点である。そのような非従来のホスホロチオエートはキラル中心を導入し、これは、得られるsiRNAの望ましくないジアステレオマー混合物をもたらすことが、本明細書において注記される。後者は、標的化された配列のsiRNA特異性を低下させ得、オフターゲット事象の増加につながる。本明細書において、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を有するsiRNAは、siRNAがトランスフェクション剤の非存在下で標的細胞によって内部移行された場合でさえ、in vitroにおける良好な標的遺伝子サイレンシング活性を有することも示される。実施例において開示される通り、式(II)の化合物の実施形態は、ピコモル濃度範囲のIC50値を有する標的遺伝子サイレンシング活性を示す。
加えて、モルホリン-窒素(GalNAc残基)に結合した標的化部分を有する1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を組み込む二本鎖オリゴヌクレオチドの本明細書に記載の実施例は、標的mRNAのin vivoノックダウンおよび対応するタンパク質レベルをもたらす、肝臓への頑強な送達を示す。
予想外なことに、1つの二本鎖オリゴヌクレオチド内で式(II)の標的化された化合物および式(II)の標的化されていない化合物を組み合わせた場合、二本鎖オリゴヌクレオチドのin vivo挙動(特に、in vivo作用持続時間)の大幅な改善が実証され;これはまた、センス鎖がホスホロチオエート基を含まない場合に示される。ホスホロチオエート安定化なしのアンチセンス鎖のオーバーハングとして式(II)の標的化されていない化合物のさらなる結合でさえ、得られるsiRNAの頑強なin vivo効力を示す。
センス鎖、アンチセンス鎖、またはセンスおよびアンチセンス鎖の両方、とりわけセンス鎖に組み込まれた1つまたはそれ以上の式(I)の化合物を有するsiRNAはまた、in vivoにおける効果的な標的遺伝子サイレンシング活性を示す。標的遺伝子サイレンシング活性は、(i)その中に存在する式(I)の化合物の実施形態、(ii)その中に存在する式(I)の化合物の数、および(iii)siRNAのセンス鎖またはアンチセンス鎖内の式(I)の化合物の位置に従って制御できる。重要なことに、組み込まれた1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を有するsiRNAは、siRNAが標的遺伝子サイレンシング効果を示すことが示されている用量範囲において、in vivo副作用を有さない。
例示の目的で、本開示を限定することなく、二本鎖オリゴヌクレオチドはまた、修飾されたセンスおよび/またはアンチセンス鎖に1つまたはそれ以上のヌクレオチドを含み得る。
修飾は、核酸または塩基の類似体の置換または挿入、および塩基、糖またはホスフェート部分の化学修飾から選択できる。選択された修飾は各々個々に、3’-末端デオキシチミン、2’-O-メチル、2’-デオキシ修飾、2’-デオキシ-フルオロ、2’-アミノ修飾、2’アルキル修飾、ホスホロチオエート修飾、ホルホラミデート修飾、5’-ホスホロチオエート基修飾、5’-ホスフェートもしくは5’-ホスフェート模倣体修飾およびコレステリル誘導体もしくはドデカン酸ビスデシルアミド基修飾中から選択でき、ならびに/または修飾ヌクレオチドは、ロックドヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチドもしくはヌクレオチドを含む非天然塩基のうちの任意の1つであり得る。好ましい実施形態のうちの1つは、2’-O-メチルである少なくとも1つの修飾および/または2’-デオキシ-フルオロである少なくとも1つの修飾であり得る。
修飾オリゴヌクレオチドの他の例としては、本明細書で使用される場合、以下の修飾のうちの1つまたはそれ以上を挙げることができる:修飾、例えば、非連結ホスフェート酸素の一方もしくは両方および/または連結ホスフェート酸素の一方もしくは両方の置き換え;ホスフェート部分の置き換え;天然に存在する塩基の修飾または置き換え;リボースホスフェート主鎖の置き換えまたは修飾;RNAの3’末端または5’末端の修飾、例えば、末端ホスフェート基の除去、修飾もしくは置き換え、または部分、例えば、蛍光標識部分の、RNAの3’もしくは5’末端のいずれかへのコンジュゲート。
式(I)の化合物の合成のための方法
式(I)の化合物は、本明細書の開示において例示される詳細な方法に従って調製できる。
本開示は、式(I-A)の化合物を調製するための方法であって:
a)式(X)の化合物
Figure 0007417529000012
(式中、Bは、複素環式核酸塩基であり、P1およびP2は各々独立して、本明細書において一般式(I)で定義された通りの保護基を表す)
と、過ヨウ素酸ナトリウム(NaIO4)のような酸化剤との反応による、式(X)の化合物の酸化の工程であって、それによって、以下の式(XI)の化合物:
Figure 0007417529000013
を得る前記工程、ならびに
b)式(X1)の化合物を、式(XII)
R1-NH2 (XII)
(式中、R1は、本明細書において一般式(I)で定義された通りである)
の化合物の存在下で、還元的アミノ化の工程にかけて、式(I-A):
Figure 0007417529000014
(式中、Bは、複素環式核酸塩基であり、P1およびP2は各々独立して、一般式(I)において定義された通りの保護基を表す)
得る工程
を含む方法に関する。
本開示はまた、式(I-B)の化合物を調製するための方法であって:
a)式(X)の化合物
Figure 0007417529000015
(式中、Bは、複素環式核酸塩基であり、P1およびP2は各々独立して、本明細書において一般式(I)において定義された通りの保護基を表す)
と、酸化剤、例えば、過ヨウ素酸ナトリウム(NaIO4)との反応による、式(X)の化合物の酸化の工程であって、それによって、以下の式(XI)の化合物:
Figure 0007417529000016
を得る工程、ならびに
b)式(XI)の化合物を、アミン、例えば、アンモニアまたは二ホウ酸化アンモニウムの存在下で還元的アミノ化の工程にかけて、式(XIII)の化合物
Figure 0007417529000017
を得る工程、
c)式(XIII)の化合物を、式(XIV)の化合物
Rl-C(=O)-OH (XIV)
(式中、R1は、本明細書において一般式(I)において定義された通りである)
の存在下で、アミドカップリングの工程にかけて、式(I-B)の化合物
Figure 0007417529000018
(式中、Bは、複素環式核酸塩基であり、P1およびP2は各々独立して、一般式(I)において定義された通りの保護基を表し、R1は、一般式(I)において定義された通りである)
を得る工程、
d)式(XIII)の化合物を、アルデヒドまたはケトンの存在下で、還元的アミノ化の工程にかけて、式(I-A)の化合物
Figure 0007417529000019
を得る工程
を含む方法に関する。
本開示はまた、式(I-C)の化合物
Figure 0007417529000020
を調製するための方法であって、式(XV)の化合物
Figure 0007417529000021
(式中、A1、A2、A3およびA4は、本明細書において式(III)または(III-A)で定義された通りであり、-Y-CHOは、還元的アミノ化反応によって、Xと等しい-Y-CH2に移行され、Xは、式-(CH2-CH2-O)p-R2-(式中、pおよびR2は、一般式(I)において定義された通りである)の基である)
を、式(XIII)の化合物
Figure 0007417529000022
(式中、P1、P2およびBは、本明細書において一般式(I)で定義された通りである)
と、還元的アミノ化によって反応させて、式(I-C)の化合物
Figure 0007417529000023
を得る工程を含む方法に関する。
上記方法は、本開示のスキーム2に例示されている。
本開示はまた、式(I-D)の化合物
Figure 0007417529000024
を得るための方法であって:
a)式(XVI)の化合物
Figure 0007417529000025
(式中、A1、A2、A3およびA4は、本明細書において式(III)または(III-A)で定義された通りであり、Xは、式-(CH2-CH2-O)p-R2-(式中、pおよびR2は、一般式(I)で定義された通りである)の基である)
を、式(XIII)の化合物
Figure 0007417529000026
(式中、P1、P2およびBは、本明細書において一般式(I)で定義された通りである)
と、ペプチドカップリング条件下で反応させて、式(I-D)の化合物を得る工程を含む方法に関する。
上記方法は、本開示のスキーム2に例示されている。
本開示は、式(I-E)の化合物を調製するための方法であって:
a)式(XI)の化合物
Figure 0007417529000027
(式中、P1、P2およびBは、一般式(I)において定義された通りである)を還元して、式(XVII)の化合物
Figure 0007417529000028
を得る工程、
b)式(XVII)の化合物を、スルホニル化剤(例えば、p-トルエン-スルホニルクロリドTs-Cl、メタンスルホニルクロリドMs-Cl)の存在下で移行させて、式(XVIII)の化合物
Figure 0007417529000029
(式中、Tsは、トシル基を表す)
を得る工程、
c)式(XVIII)の化合物を塩基性条件にかけて、式(I-E)の化合物
Figure 0007417529000030
を得る工程
を含む方法にさらに関する。
上記方法は、本開示のスキーム3に例示されている。
本開示はまた、式(I-E)の化合物を調製するための代替的な方法であって、
a)式(XVII)の化合物
Figure 0007417529000031
を、過剰のスルホニル化剤(例えば、p-トルエン-スルホニルクロリドTs-Cl、メタンスルホニルクロリドMs-Cl)の存在下で移行させて、式(XIX)の化合物
Figure 0007417529000032
(式中、Tsは、トシル基を表す)
を得る工程、
b)基P1の除去によって、式(XIX)の化合物を脱保護して、式(XX)の化合物
Figure 0007417529000033
を得る工程、
c)式(XX)の化合物を塩基性条件にかけて、式(XXI)の化合物
Figure 0007417529000034
を得る工程、および
d)トシル基を保護基P1によって置き換えて、式(I-E)の化合物
Figure 0007417529000035
を得る工程
を含む方法に関する。
上記方法は、本開示のスキーム3に例示されている。
式(I)、(I-A)、(I-B)、(I-C)、(I-D)および(I-E)の化合物は、本明細書において開示される以下のスキーム1~8に例示される詳細な方法に従って調製できる。
市販のリボース誘導体G1から開始して、2つの第一級OH基は、標準的な文献プロトコルに従う選択的ベンジル化によって分化できる。得られたベンジルエーテルG2の標準的な保護基修飾により、完全に保護されたリボース類似体G3がもたらされ、これは、核酸塩基B(例えば、T、U、CBzl、I、GiBu、ABzl)の存在下でグリコシル供与体として使用でき、ヌクレオシド誘導体G4が得られる(Tetrahedron、1998、54、3607~3630頁)。
Figure 0007417529000036
スキーム1:YがNである式(I)の化合物の合成
ヌクレオシド類似体G4で開始して、標準的な手順による保護基パターンの修飾により、2つの第一級アルコールに一般式(I)において定義された通りの直交性保護基P1およびP2、ならびにリボーススキャフォールドのC2’およびC3’に非保護OH基を有する中間体G5がもたらされる。G5化合物のジヒドロキシ官能基のcis配向により、酸化剤としてNaIO4を使用するC2’およびC3’間のC-C結合の酸化的切断が可能になる。得られたジアルデヒドは、一水和物G6として単離でき、これは、NaCNBH3のような還元剤との還元的アミノ化反応によって所望のモルホリンスキャフォールドに変換される。アンモニアまたは二ホウ酸アンモニウムのようなアミン基剤を使用することにより、モルホリンスキャフォールド中に遊離NH基を有するモルホリン中間体G7がもたらされる。例えば、NaCNBH3の存在下での対応するアルデヒドまたはケトンとの第2の還元的アミノ化反応により、R1が一般式(I)において定義された通りであるアルキル化モルホリンG8が得られる。あるいは、中間体G6は、適切なアミンR1-NH2(式中、R1は、一般式(I)において定義された通りである)の存在下での還元的アミノ化反応を受けることができ、アルキル化モルホリンG8が直接もたらされる。類似体アシル化モルホリンは、遊離モルホリンビルディングブロックG7および対応するカルボン酸R1-COOH間の標準的なペプチドカップリング反応によって得られ、アミド中間体G9が得られる。
化合物G7、G8およびG9は、本開示に記載の式(I)の化合物の実施形態からなる。
一般式(I)の化合物の形成のためのスキーム1に記載の合成と同様に、本明細書に記載の一般式(I)の標的化された化合物は、アミン試薬として中間体G7を使用する還元的アミノ化またはペプチドカップリング反応によって調製できる。
保護細胞標的化部分として過アセチル化N-アセチルガラクトサミンG11を使用して、一般式(I)の化合物の合成が、以下のスキーム2に記載される。
Figure 0007417529000037
スキーム2:アミド(G14)およびアミン(G15)結合、細胞標的化部分として保護GalNAcおよび異なるXリンカー基(ここで、Xは、(G13)のリンカー断片-Y-CHOから生成され、還元的アミノ化後、-Y-CH2-に変換される)による一般式(I)の化合物の合成。
以下では、Xは、一般式(I)の化合物において定義された通りの基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3に含まれる基-R2(OCH2-CH2)p-として定義される。
標準的なグリコシル化条件下でのω-ヒドロキシカルボン酸エステル(HO-X-COOBn)による過アセチル化GalNAc誘導体G11の処理により、エステル切断後、カルボン酸G12がもたらされ、これは、モルホリン誘導体G7の存在下、ペプチドカップリング条件下で所望のアミドG14を形成する。あるいは、ω-ヒドロキシ-ベンジルエーテル(HO-X-OBn)によるG11のグリコシル化により、ベンジルエーテル切断および対応するアルコールの酸化後、アルデヒド中間体G13がもたらされる。アミン成分としてモルホリンG7による還元的アミノ化によりアルキル化モルホリンG15が形成される。化合物G14およびG15は、本開示において記載の通りの式(I)の化合物である。
ジオキサン系列(YはOである)の一般式(I)の化合物への合成経路が、スキーム3に示される。
Figure 0007417529000038
スキーム3:YがOである一般式(I)の化合物への合成経路
既に記載のcisジオール中間体G5、およびビルディングブロックG6へのその酸化切断で開始し(スキーム1を参照)、水素化ホウ素ナトリウムのような還元剤での処理により、2’および3’-Cに2つの第一級OH基を有するジオール中間体G16がもたらされる。塩基性条件下で化学量論量のp-トルエンスルホニルクロリドのようなスルホニル化剤の存在下、2’-OH-官能基は、選択的にトシル化でき、モノトシレートG17が形成される。塩基性条件下で、例えば、MeOH中水性NaOHまたはNaOMeを使用して、G17は、3’-Cにおける遊離OH基による第一級トシレートの求核置換を受け、これにより、所望のジオキサンスキャフォールドG18が形成される。
化合物G18は、本開示に記載の通りの一般式(I)の化合物からなる。
あるいは、ジオール中間体G16は、例えば、過剰のp-トルエンスルホニルクロリドおよび増加した反応時間によりビス-スルホニル化でき、ビス-トシレートG19が得られる。直交性保護基P1またはP2の一方の脱保護の後、得られた第一級アルコールG20は、求核置換下でG17と同様に反応し(スキーム3を参照)、所望のジオキサンスキャフォールドG21が形成する。残留トシレートは、安息香酸ナトリウムで置き換えることができ、再度、第一級ヒドロキシル基において直交性保護基P1およびP2により完全に保護されたジオキサンスキャフォールドG18が得られる。
Figure 0007417529000039
スキーム4:YがOである式(I)の化合物の代替的合成
直交性保護基P1およびP2を有する記載の一般式(I)のビルディングブロック(G8、G9、G14、G15およびG18)は、最後に、対応するDMT保護ホスホラミダイトに変換され、自動化オリゴヌクレオチド合成におけるヌクレオチド前駆体としてのそれらの使用が可能になる。
この目的のために、完全に保護された一般式(I)の化合物(G8、G9、G14、G15およびG18)は、標準的な保護基修飾によってモノ-DMT-保護中間体G22に変換される。標準的なプロトコルによるG22ビルディングブロックの遊離OH基の亜リン酸化により、自動化オリゴヌクレオチド合成のためのヌクレオチド前駆体として最終DMT保護ホスホラミダイトG23が得られる。
Figure 0007417529000040
スキーム5:自動化オリゴヌクレオチド合成のための一般式(I)および(V)の化合物の最終ホスホラミダイトビルディングブロックの合成
化合物G23は、式(I)の化合物(式中、基P1はDMT保護基であり、基P2は、ホスホラミダイト基からなる反応性亜リン酸基である)である。
中間体G22をもたらす保護基修飾に依存して、一般構造(I)の化合物の(2S,6R)-および(2R,6R)-ジアステレオマーを合成できる。
Figure 0007417529000041
スキーム6:一般式(I)の化合物G23のジアステレオマー構造
オリゴヌクレオチド一本鎖の3’末端の開始ヌクレオチドは、自動化合成の第1のヌクレオチドスキャフォールドとして対応するホスホラミダイトG23と反応させる、ユニバーサル固体支持体材料(実験の部、オリゴヌクレオチドの合成を参照されたい)を用いた標準的な手順によって調製できる。
あるいは、本明細書に記載の一般式(I)の化合物の固体支持体材料は、一般スキーム7に示される通りに合成できる。
Figure 0007417529000042
スキーム7:自動化オリゴヌクレオチド合成のための一般式(I)の化合物の最終CPG(細孔が制御されたガラス)固体支持体材料の合成
アルコールG22は、無水コハク酸のようなアシル化剤によりアシル化され、対応するスクシネートG24が得られる。遊離カルボン酸部分は、ペプチドカップリング条件下で固体支持体材料(CPG:細孔が制御されたガラス)の遊離アミノ基とカップリングされ、所望の固体支持体G25が得られ、これは、自動化オリゴヌクレオチド合成の出発材料として使用できる。
ホスホラミダイトG23の合成のためのジアステレオ選択的経路(スキーム6を参照されたい)と同様に、両方のジアステレオマー系列の固体支持体G25を合成できる(スキーム8を参照されたい)。
Figure 0007417529000043
スキーム8:化合物G25のジアステレオマー構造
一般式(I’):
Figure 0007417529000044
(式中、T1およびT2は各々独立して、保護基、-C(=O)(CH2)r-COOHまたは-C(=O)(CH2)r-C(=O)NH-R7であり、R7は、固体支持体材料を表し、rは、2、3および4から選択される整数であり、
Y、B、X1、X2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)において定義された通りである)
で定義される通りの、スクシネート誘導体および一般式(I)の化合物の固体支持体材料もまた、本開示の対象である。
一部の実施形態では、T1およびT2の一方は、-C(=O)(CH2)r-COOHであり、他方は、保護基である。
一部の実施形態では、T1およびT2の一方は、-C(=O)(CH2)rC(=O)NH-R7であり、R7は、CPG固体支持体またはポリスチレン固体支持体であり、T1およびT2の他方は、保護基である。
一部の実施形態では、rは2である。
式(II)の化合物を含むオリゴヌクレオチドの調製
本明細書において「修飾オリゴヌクレオチド」と呼ばれることもある、本発明による使用のためのオリゴヌクレオチドは、最終オリゴヌクレオチドの成長鎖の選択された位置で組み込むために出発ビルディングブロックの一部として式(I)の1つまたはそれ以上の化合物を使用し、したがって、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含むオリゴヌクレオチドを生成することによる本明細書に記載の方法を含む任意の有用な技術に従って調製でき、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物は最終オリゴヌクレオチドの選択された位置に位置する。
式(I)の化合物は、本開示に記載の通りに合成できる。
本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、オーバーハングを有するもしくは有さない二本鎖であり得、または少なくとも二本鎖部分を含み得る。二本鎖修飾オリゴヌクレオチドは、第1のヌクレオチド配列(例えば、ヌクレオチドセンス配列)および第1のヌクレオチド配列に相補的であり、それにハイブリダイズする第2のヌクレオチド配列(例えば、ヌクレオチドアンチセンス配列)を含むオリゴヌクレオチド一本鎖から形成でき、第2のヌクレオチド配列はまた、その阻害が求められる標的RNA配列に相補的である。これらの実施形態によると、第1のヌクレオチド配列および第2のヌクレオチド配列は、修飾オリゴヌクレオチド内の別々の鎖上にあってもよく;または同じ鎖上にあるが、第1のヌクレオチド配列が第2のヌクレオチド配列にハイブリダイズすると、ヘアピンループが形成されるように、スペーサーもしくは適切な長さのさらなるヌクレオチド配列によって分離されていてもよい。
一部の実施形態では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、一本鎖であり、siRNAのような二本鎖RNAのセンスまたはアンチセンス鎖のいずれかを含み得る。
1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含むもののような本発明のオリゴヌクレオチドは、当技術分野で公知のプロトコルを使用して化学合成できる。例えば、Caruthersら、1992、Methods in Enzymology,211:3~19頁;Thompsonら、国際PCT公開第WO99/54459号;Wincottら、1995、Nucleic Acids Res.,23:2677~2684頁;Wincottら、1997、Methods Mol.Bio.,74:59頁;Brennanら、1998、Biotechnol Bioeng.,61:33~45頁;およびBrennan、米国特許第6,001,311号を参照されたい。オリゴヌクレオチドの合成では、5’末端のジメトキシトリチルおよび3’末端のホスホラミダイトのような、一般的な核酸保護およびカップリング基が使用される。ある特定の実施形態では、式(II)の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、米国特許第6,995,259号;米国特許第6,686,463号;米国特許第6,673,918号;米国特許第6,649,751号;米国特許第6,989,442号;および米国特許第7,205,399号に記載の方法に従って、合成、脱保護および分析される。非限定合成例では、小規模合成が、394 Applied Biosystems,Inc./Thermo Fischer Scientific Inc.合成機で行われる。
あるいは、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、別々に合成し、例えば、合成および/または脱保護後のライゲーションによって(Mooreら、1992、Science 256:9923頁;Draperら、国際PCT公開第WO93/23569号;Shabarovaら、1991、Nucleic Acids Research 19:4247頁;Bellonら、1997、Nucleosides & Nucleotides,16:951頁;Bellonら、1997、Bioconjugate Chem.,8:204頁)またはハイブリダイゼーションによって、合成後に一緒に合わせることができる。本開示による種々の修飾オリゴヌクレオチドはまた、Scaringeら、米国特許第5,889,136号;米国特許第6,008,400号;および米国特許第6,111,086号の教示を使用して合成できる。
二本鎖RNA(dsRNA)
本発明の重要な側面は、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含む修飾オリゴヌクレオチドの調製を可能にする式(I)の化合物を提供することである。修飾オリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチド、例えば、選択された標的mRNAに特異的にハイブリダイズするsiRNAを生成するために使用できる。
式(II)のオリゴマー化合物は、(i)その中に含まれるヌクレオチドモノマーユニットの大部分に含まれるリボース糖部分、および(ii)その中に含まれる核酸塩基の種類を考慮して、「リボ核酸」または「RNA」と呼ばれることがある。したがって、本開示のある特定の態様は、目的のmRNAを標的とする二本鎖リボ核酸(dsRNA)分子に関する。本発明のdsRNAは、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含む修飾オリゴヌクレオチドを含み得る。
一部の実施形態では、dsRNAは、2つの鎖、第1の配列を含むセンス鎖および第2の配列を含むアンチセンス鎖を含み、第1の鎖および第2の鎖は、二本鎖構造を形成するのに十分相補的である。一部の実施形態では、センス鎖は、アンチセンス鎖の第2の配列と実質的に相補的または完全に相補的である第1の配列を含む。一部の実施形態では、アンチセンス鎖の第2の配列は、標的配列、例えば、標的遺伝子から転写されるmRNAの配列に、実質的に相補的または完全に相補的である。
一部の実施形態では、dsRNAのセンス鎖およびアンチセンス鎖は、2つの別々の分子である。一部の実施形態では、二本鎖領域が、2つの別々の分子のセンス鎖の第1の配列とアンチセンス鎖の第2の配列との間に形成される。一部の実施形態では、dsRNAは、siRNAである。一部の実施形態では、2つの別々の分子は、互いに共有結合していない。一部の実施形態では、2つの別々の分子は、互いに共有結合している。一部の実施形態では、2つの別々の分子は、ヘアピンループ以外の方法で互いに共有結合している。一部の実施形態では、2つの別々の分子は、連結構造(本明細書において「共有リンカー」と呼ばれる)を介して互いに共有結合している。
一部の実施形態では、センスおよびアンチセンス鎖の各々は、9~36ヌクレオチド長の範囲であり得る。例えば、各鎖は、12~30ヌクレオチド長、14~30ヌクレオチド長、15~30ヌクレオチド長、25~30ヌクレオチド長、27~30ヌクレオチド長、15~26ヌクレオチド長、15~23ヌクレオチド長、15~22ヌクレオチド長、15~21ヌクレオチド長、15~20ヌクレオチド長、15~19ヌクレオチド長、15~18ヌクレオチド長、15~17ヌクレオチド長、17~30ヌクレオチド長、17~23ヌクレオチド長、17~21ヌクレオチド長、17~19ヌクレオチド長、18~30ヌクレオチド長、18~26ヌクレオチド長、18~25ヌクレオチド長、18~23ヌクレオチド長、18~22ヌクレオチド長、18~21ヌクレオチド長、18~20ヌクレオチド長、19~30ヌクレオチド長、19~25ヌクレオチド長、19~24ヌクレオチド長、19~23ヌクレオチド長、19~22ヌクレオチド長、19~21ヌクレオチド長、19~20ヌクレオチド長、20~30ヌクレオチド長、20~26ヌクレオチド長、20~25ヌクレオチド長、20~24ヌクレオチド長、20~23ヌクレオチド長、20~22ヌクレオチド長、20~21ヌクレオチド長、21~30ヌクレオチド長、21~26ヌクレオチド長、21~25ヌクレオチド長、21~24ヌクレオチド長、21~23ヌクレオチド長、または21~22ヌクレオチド長であり得る。一部の実施形態では、各鎖は、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35ヌクレオチド長以上である。一部の実施形態では、各鎖は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または36ヌクレオチド長以下である。つまり、各鎖は、下限が上限未満である、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または36の上限、および9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35の、独立して選択される下限を有するヌクレオチド長範囲のうちの任意のものであり得る。一部の実施形態では、各鎖は、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または36ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖は、同じ数のヌクレオチド長である。一部の実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖は、異なる数のヌクレオチド長である。
オーバーハング
一部の実施形態では、本開示のdsRNAは、センスおよびアンチセンス鎖の一方または両方の3’末端、5’末端またはその両方の末端に1つまたはそれ以上のオーバーハングを含む。一部の実施形態では、1つまたはそれ以上のオーバーハングにより、オーバーハング中のPS基のより少ない数で安定性が改善される。
一部の実施形態では、オーバーハングは、1つもしくはそれ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、または6つ以上のヌクレオチドを含む。例えば、オーバーハングは、1~8ヌクレオチド、2~8ヌクレオチド、3~8ヌクレオチド、4~8ヌクレオチド、5~8ヌクレオチド、1~5ヌクレオチド、2~5ヌクレオチド、3~5ヌクレオチド、4~5ヌクレオチド、1~4ヌクレオチド、2~4ヌクレオチド、3~4ヌクレオチド、1~3ヌクレオチド、2~3ヌクレオチド、または1~2ヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、オーバーハングは、1、2、3、4、5または6ヌクレオチド長である。
一部の実施形態では、本開示のオーバーハングは、1つまたはそれ以上のリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本開示のオーバーハングは、1つまたはそれ以上のデオキシリボヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、オーバーハングは、1つまたはそれ以上のチミンを含む。一部の実施形態では、dsRNAは、アンチセンス鎖の3’末端に位置するオーバーハングを含む。一部の実施形態では、dsRNAは、アンチセンス鎖の5’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、アンチセンス鎖の3’末端に位置するオーバーハングおよびアンチセンス鎖の5’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、センス鎖の3’末端に位置するオーバーハングを含む。一部の実施形態では、dsRNAは、センス鎖の5’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、センス鎖の3’末端に位置するオーバーハングおよびセンス鎖の5’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、dsRNAのセンス鎖およびアンチセンス鎖の両方の3’末端に位置するオーバーハングを含む。
一部の実施形態では、dsRNAは、アンチセンス鎖の5’末端に位置するオーバーハングを含む。一部の実施形態では、dsRNAは、アンチセンス鎖の3’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、アンチセンス鎖の5’末端に位置するオーバーハングおよびアンチセンス鎖の3’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、センス鎖の5’末端に位置するオーバーハングを含む。一部の実施形態では、dsRNAは、センス鎖の3’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、センス鎖の5’末端に位置するオーバーハングおよびセンス鎖の3’末端に平滑末端を含む。一部の実施形態では、dsRNAは、dsRNAの両方の鎖に位置するオーバーハングを含む。
一部の実施形態では、オーバーハングは、アンチセンス鎖よりも長いセンス鎖の結果である。一部の実施形態では、オーバーハングは、センス鎖よりも長いアンチセンス鎖の結果である。一部の実施形態では、オーバーハングは、付着末端である同じ長さのセンスおよびアンチセンス鎖の結果である。一部の実施形態では、オーバーハングは、標的mRNAとのミスマッチを形成する。一部の実施形態では、オーバーハングは、標的mRNAに相補的である。
一部の実施形態では、本開示のdsRNAは、第1の配列を含むセンス鎖、および第2の配列を含むアンチセンス鎖を含み、第1および第2の配列は、実質的に相補的または相補的である。一部の実施形態では、第1および第2の配列は、実質的に相補的または相補的であり、dsRNAの二本鎖領域を形成する。一部の実施形態では、dsRNAの二本鎖領域は、9~36ヌクレオチド対の長さである。例えば、二本鎖領域は、12~30ヌクレオチド対の長さ、14~30ヌクレオチド対の長さ、15~30ヌクレオチド対の長さ、15~26ヌクレオチド対の長さ、15~23ヌクレオチド対の長さ、15~22ヌクレオチド対の長さ、15~21ヌクレオチド対の長さ、15~20ヌクレオチド対の長さ、15~19ヌクレオチド対の長さ、15~18ヌクレオチド対の長さ、15~17ヌクレオチド対の長さ、17~30ヌクレオチド対の長さ、27~30ヌクレオチド対の長さ、17~23ヌクレオチド対の長さ、17~21ヌクレオチド対の長さ、17~19ヌクレオチド対の長さ、18~30ヌクレオチド対の長さ、18~26ヌクレオチド対の長さ、18~25ヌクレオチド対の長さ、18~24ヌクレオチド対の長さ、18~23ヌクレオチド対の長さ、18~22ヌクレオチド対の長さ、18~21ヌクレオチド対の長さ、18~20ヌクレオチド対の長さ、19~30ヌクレオチド対の長さ、19~25ヌクレオチド対の長さ、19~24ヌクレオチド対の長さ、19~23ヌクレオチド対の長さ、19~22ヌクレオチド対の長さ、19~21ヌクレオチド対の長さ、19~20ヌクレオチド対の長さ、20~30ヌクレオチド対の長さ、20~26ヌクレオチド対の長さ、20~25ヌクレオチド対の長さ、20~24ヌクレオチド対の長さ、20~23ヌクレオチド対の長さ、20~22ヌクレオチド対の長さ、20~21ヌクレオチド対の長さ、21~30ヌクレオチド対の長さ、21~26ヌクレオチド対の長さ、21~25ヌクレオチド対の長さ、21~24ヌクレオチド対の長さ、21~23ヌクレオチド対の長さ、または21~22ヌクレオチド対の長さであり得る。一部の実施形態では、dsRNAの二本鎖領域は、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35ヌクレオチド対以上の長さである。一部の実施形態では、dsRNAの二本鎖領域は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または36ヌクレオチド対以下の長さである。つまり、dsRNAの二本鎖領域は、下限が上限未満である、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または36の上限、および9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35の、独立して選択される下限を有するヌクレオチド対の長さ範囲のうちの任意のものであり得る。一部の実施形態では、二本鎖領域は、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35または36ヌクレオチド対の長さである。1つよりも多いdsRNAが使用される場合、各dsRNAの二本鎖領域は、1つまたはそれ以上のさらなるdsRNAと同じ長さであっても異なる長さであってもよい。
二本鎖RNA(dsRNA)における式(II)の化合物の位置
本明細書において実施例で例示される通り、式(II)のヌクレオチド類似体は、二本鎖オリゴヌクレオチドの各鎖の種々の位置、つまり、二本鎖リボヌクレオチドの各鎖の種々の位置に存在し得る。
基R3が存在し、細胞標的化部分を表す式(II)の化合物は、本開示において、「式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体」または「標的化されたヌクレオチド類似体(II)」と呼ばれることがある。
細胞標的化部分を表す基R3を含まない式(II)の化合物は、標的化されたヌクレオチド類似体ではなく、本開示において「式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体」または「標的化されていないヌクレオチド類似体(II)」と呼ばれる。
式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体の位置
特定の実施形態では、式(II)のヌクレオチド類似体は、dsRNAの核酸鎖の3’末端、5’末端、または3’末端および5’末端の両方、例えば、siRNAの核酸鎖の3’末端または5’末端に位置する。これらの特定の実施形態の一部では、式(II)のヌクレオチド類似体は、dsRNAの核酸鎖の3’末端にのみ位置し、例えば、siRNAの核酸鎖の3’末端のみに位置する。
これらの特定の実施形態の一部では、式(II)のヌクレオチド類似体は、siRNAのセンス鎖の3’末端に位置する。一部の他の実施形態では、式(II)のヌクレオチド類似体は、siRNAのアンチセンス鎖の3’末端に位置する。なお他の実施形態では、式(II)のヌクレオチド類似体は、siRNAのセンス鎖の3’末端およびsiRNAのアンチセンス鎖の3’末端の両方に位置する。
これらの特定の実施形態の一部では、式(II)のヌクレオチド類似体は、(i)siRNAのセンス鎖の3’末端および5’末端の両方に位置し、(ii)siRNAのアンチセンス鎖の3’末端に位置する。
一部の実施形態では、2~10個(例えば、2~5個)の式(II)のヌクレオチド類似体が、オリゴヌクレオチド中に存在する。本明細書で使用される場合、2~10個の式(II)のヌクレオチド類似体には、2、3、4、5、6、7、8、9、および10個の式(II)のヌクレオチド類似体が包含される。
式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体の位置
本明細書において実施例で例示される通り、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、二本鎖オリゴヌクレオチドの各鎖の種々の位置に存在し得る。例えば、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、核酸鎖の3’末端、5’末端または5’末端、例えば、siRNAの核酸鎖の3’末端または5’末端に位置する。これらの実施形態の一部では、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、siRNAのセンス鎖の3’末端または5’末端に位置する。
一部の好ましい実施形態では、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、dsRNA、例えば、siRNAのオーバーハングに位置する。例えば、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、オーバーハング、例えば、siRNAのセンス鎖の5’オーバーハングに位置する。
一部の実施形態では、2~10個(例えば、2~5個)の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体が、オリゴヌクレオチド中に存在する。本明細書で使用される場合、2~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体には、2、3、4、5、6、7、8、9、および10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体が包含される。
標的化されたオリゴヌクレオチド
本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも式(II)のヌクレオチド類似体を含み、前記オリゴヌクレオチド内の標的化されたヌクレオチドに含まれる細胞標的化部分をさらに含む、オリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態では、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドに含まれる標的化されたヌクレオチドは、式(II)の構造を有する。したがって、一部の実施形態では、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドは、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含む。
一部の他の実施形態では、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドに含まれる標的化されたヌクレオチドは、当技術分野で公知である標的化されたヌクレオチドの中から選択される。したがって、一部の実施形態では、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドは、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、および式(II)とは異なる構造を有する1つまたはそれ以上の標的化されたヌクレオチドを含む。
なお他の実施形態では、標的化されたオリゴヌクレオチドには、(i)1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、および(ii)1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含むものが包含される。
本開示の他所で開示される通り、式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体には、YがOである実施形態、YがNR1である実施形態、YがNHである実施形態、およびYがN-C(=O)-R1である実施形態が包含される。標的化されていないヌクレオチドには、特に、式(II)のヌクレオチド類似体(式中、Yは、NR1およびN-C(=O)-R1からなる群から選択され、R1は、基-C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、m、pおよびR2は、一般式(II)について開示される通りに定義され、R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基および(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択される)である)が包含される。
本開示の他所で開示される通り、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、細胞標的化部分として基R3を有する。細胞標的化部分は、本開示の他所で開示される。
一部の実施形態では、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドである。
一部の他の実施形態では、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチドである。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含み、これは、前記オリゴヌクレオチド鎖の種々の位置、例えば、その内部および/または3’末端もしくは5’末端に位置し得る。
本明細書で使用される場合、ヌクレオチド類似体は、(i)前記ヌクレオチド類似体が、3’末端または5’末端に位置するヌクレオチドである場合、または(ii)前記ヌクレオチド類似体が、前記オリゴヌクレオチド鎖の3’末端または5’末端に位置する末端ヌクレオチドを有する連続ヌクレオチド類似体の連続鎖に含まれるヌクレオチドである場合、オリゴヌクレオチド鎖の前記3’末端または5’末端に位置すると定義される。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、前記オリゴヌクレオチド鎖の3’末端もしくは5’末端のいずれか、またはその両方の末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含む。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、前記鎖の3’末端もしくは5’末端のいずれか、または前記鎖内の1つもしくはそれ以上の他の位置に位置する1~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含む。
一部の実施形態では、前記標的化されたオリゴヌクレオチドは、前記オリゴヌクレオチド鎖内の種々の位置、例えば、内部および/またはその3’末端もしくは5’末端に位置し得る1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体をさらに含む。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、(A)前記オリゴヌクレオチド鎖の3’末端もしくは5’末端のいずれか、またはその両方の末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、ならびに(B)前記オリゴヌクレオチド鎖の3’末端もしくは5’末端のいずれか、またはその両方の末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含み、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体および式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体は、前記オリゴヌクレオチド鎖内の別個の位置に位置する。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、前記鎖の3’末端または5’末端のいずれかに位置する1~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含む。一部の実施形態では、前記標的化されたオリゴヌクレオチドは、前記オリゴヌクレオチド鎖の反対側の末端に位置する1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体をさらに含む。したがって、これらの実施形態によると、オリゴヌクレオチド鎖の選択された末端の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個であり得る。これらの実施形態の一部によると、オリゴヌクレオチド鎖の選択された末端の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体の数は、存在する場合、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個であり得る。
特定の実施形態では、前記1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は互いに連結されて、オリゴヌクレオチドの鎖の選択された末端でこれらの標的化されたヌクレオチド類似体の連続鎖を形成する。
特定の実施形態では、前記1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである標的化されたオリゴヌクレオチドの鎖の5’末端に位置する。これらの実施形態の一部では、5’末端ヌクレオチドは、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体である。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、その3’末端または5’末端のいずれかに、とりわけ1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含む末端の反対側の末端に、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む。
一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチドのいずれかである、本開示による標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチド鎖は、3’末端または5’末端のいずれかに1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含み、好ましくは、その反対側の末端に1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む。したがって、これらの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖の選択された末端の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個であり得る。これらの実施形態の一部によると、オリゴヌクレオチド鎖の選択された末端の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体の数は、存在する場合、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10個であり得る。
特定の実施形態では、前記1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体は互いに連結されて、オリゴヌクレオチドの鎖の選択された末端でこれらの標的化されていないヌクレオチド類似体の連続鎖を形成する。
特定の実施形態では、前記1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体は、標的化されたオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖の3’末端に位置する。さらなる実施形態では、3’末端ヌクレオチドは、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体である。
したがって、本開示は、(i)1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、好ましくは1~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含む一本鎖の標的化されたオリゴヌクレオチドを包含し、これは、オリゴヌクレオチド鎖中で連続し得、前記一本鎖の標的化されたオリゴヌクレオチドの5’末端に位置する。これらの実施形態の一部では、前記一本鎖の標的化されたオリゴヌクレオチドは、(ii)1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、例えば、1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体をさらに含み、これは、オリゴヌクレオチド鎖中で連続し得、前記一本鎖の標的化されたオリゴヌクレオチドの3’末端に位置する。
(i)その5’末端に3つの式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、および(ii)その3’末端に2つの式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む一本鎖の標的化されたオリゴヌクレオチドの例示が、本明細書の実施例において開示される。
本開示はまた、(i)第1の鎖が、上記の通りの、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体および1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む標的化されたオリゴヌクレオチドであり、(ii)第2の鎖が、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体および1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む別の標的化されたオリゴヌクレオチドである、二本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。
本開示は、少なくとも1つのその鎖が、上記の通りの標的化されたオリゴヌクレオチド、例えば、上記の通りの、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体および1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む標的化されたオリゴヌクレオチドであり、(ii)第2の鎖が、標的化されていないオリゴヌクレオチドまたは標的化されたオリゴヌクレオチドのいずれかである、二本鎖オリゴヌクレオチドをさらに包含する。
本開示はまた、(i)第1の鎖が、上記の通りの、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体および1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む標的化されたオリゴヌクレオチドであり、(ii)第2の鎖が、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含む標的化されていないオリゴヌクレオチドである、二本鎖オリゴヌクレオチドをさらに包含する。
本開示はまた:
- (i)その5’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、および(ii)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、ならびに
- 標的化されていないオリゴヌクレオチドまたは標的化されたオリゴヌクレオチドのいずれかであるアンチセンス鎖
を含むsiRNAを記載する。
本開示はまた:
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、および
- 式(II)のヌクレオチド類似体を含まないアンチセンス鎖
を含むsiRNAを記載する。
本開示は:
- (i)その5’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、および(ii)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、ならびに
- その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むアンチセンス鎖
を含むsiRNAをさらに記載する。
本開示は:
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、および
- 最も好ましくは、式(II)の標的化されていない類似体も標的化された類似体も含まないアンチセンス鎖
を含むsiRNAをさらに記載する。
本開示は:
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、および
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むアンチセンス鎖
を含むsiRNAをさらに記載する。
本開示は:
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、および(ii)その5’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、
- 最も好ましくは、式(II)の標的化されていない類似体も標的化された類似体も含まないアンチセンス鎖
を含むsiRNAをさらに記載する。
本開示は:
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、および(ii)その5’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むセンス鎖、
- (i)その3’末端に位置する1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むアンチセンス鎖
を含むsiRNAをさらに記載する。
本開示は:
- 最も好ましくは、式(II)の標的化されていない類似体も標的化された類似体も含まないセンス鎖、
- (i)1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体、とりわけ1~10個の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むアンチセンス鎖
を含むsiRNAをさらに記載する。
標的化されたオリゴヌクレオチドのさらなる実施形態
1つまたはそれ以上の式(II)の化合物、とりわけ1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されていないヌクレオチド類似体を含むオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドを標的細胞または細胞受容体タンパク質に対して標的化することを可能にする1つまたはそれ以上の修飾ヌクレオチド(「標的化されたヌクレオチド」)をさらに含み得る。例えば、オリゴヌクレオチドは、一方または両方のオリゴヌクレオチド鎖が、1つまたはそれ以上の式(II)の化合物を含み、一方または両方のオリゴヌクレオチド鎖が、1つまたはそれ以上の標的化されたヌクレオチドをさらに含む、二本鎖である。そのような二本鎖オリゴヌクレオチドはまた、本開示の目的のために「dsRNAコンジュゲート」と呼ばれることがある。
標的化されたヌクレオチド
式(II)に基づく標的化されたオリゴヌクレオチドの一部の実施形態では、標的化リガンド(例えば、細胞標的化部分)は、モルホリノ基の窒素原子に直接共有結合している。一部の他の実施形態では、リガンドは、リンカー基を介してモルホリノ基の窒素原子に共有結合している。例として、式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体は、例えば、式(II)の化合物(式中、Yは、NR1であり、R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、L1、L2、m、p、R2、X1、X2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(II)について定義された通りである)を含み得る。
細胞標的化部分
本明細書において標的化されたヌクレオチドは、特定の細胞または組織を標的とする1つまたはそれ以上のリガンドに連結し得る。そのようなリガンドは、「細胞標的化部分」とも呼ばれる。リガンドには、特異的細胞標的化を改善する、オリゴヌクレオチドの細胞内部移行を改善する、および/または細胞間mRNA標的化を改善することによって、得られるオリゴヌクレオチド、例えば、siRNAの細胞への送達の効率を増加させる任意の分子基が包含される。リガンドは、受容体特異的ペプチド、受容体特異的タンパク質(例えば、モノクローナル抗体または融合タンパク質)、および受容体特異的小分子リガンド(例えば、GalNAc基のような炭水化物)を含む群から選択できる。
リガンドは、天然に存在してもよく、または組換えもしくは合成であってもよい。例えば、リガンドは、タンパク質、炭水化物、リポ多糖、脂質、合成ポリマー、ポリアミン、アルファ螺旋ペプチド、レクチン、ビタミンまたは補因子であり得る。一部の実施形態では、リガンドは、1種またはそれ以上の色素、架橋剤、多環式芳香族炭化水素、ペプチドコンジュゲート(例えば、RGDペプチド、アンテナペディアペプチド、Tatペプチド)、ポリエチレングリコール(PEG)、酵素、ヘプテン、輸送/吸収促進剤、合成リボヌクレアーゼ(例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミンもしくはイミダゾールクラスター)、ヒト血清アルブミン(HSA)またはLDLである。
例として、リガンドは、1種またはそれ以上のタンパク質、糖タンパク質、ペプチドまたは共リガンドへの特異的親和性を有する分子であり得る。そのようなリガンドとしては、甲状腺刺激ホルモン、メラニン細胞刺激ホルモン、糖タンパク質、界面活性タンパク質A、ムチン炭化水素、ラクトース(例えば、多価ラクトース)、ガラクトース(例えば、多価ガラクトース)、N-アセチル-ガラクトサミン(例えば、多価N-アセチル-ガラクトサミン)、N-アセチル-グルコサミン(例えば、多価N-アセチル-グルコサミン)、マンノース(例えば、多価マンノース)、フコース(例えば、多価フコース)、グリコシル化ポリアミノ酸、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタメート、ポリアスパルテート、脂質、コレステロール、ステロイド、胆汁酸、葉酸、ビタミンB12およびビオチンが挙げられる。
一部の実施形態では、細胞標的化部分は、1種またはそれ以上の色素、架橋剤、多環式芳香族炭化水素、ペプチドコンジュゲート(例えば、アンテナペディアペプチド、Tatペプチド)、ポリエチレングリコール(PEG)、酵素、ヘプテン、輸送/吸収促進剤、合成リボヌクレアーゼ(例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミンもしくはイミダゾールクラスター)、ヒト血清アルブミン(HSA)またはLDLである。
一部の実施形態では、リガンドは、1種またはそれ以上のコレステロール誘導体または親油性部分であり得る。任意の親油性化合物としては、限定なしに、コレステロールもしくはコレステロール誘導体;コール酸;ビタミン(例えば、葉酸、ビタミンA、ビタミンE(トコフェロール)、ビオチン、ピリドキサール;飽和および不飽和の両方を含む胆汁もしくは脂肪酸コンジュゲート(例えば、ラウロイル(C12)、ミリストイル(C14)およびパルミトイル(C16)、ステアロイル(C18)およびドコサニル(C22)、リトコール酸および/もしくはリトコール酸オレイルアミンコンジュゲート(リトコール-オレイル、C43);高分子主鎖もしくはスキャフォールド(例えば、PEG、トリエチレングリコール(TEG)、ヘキサエチレングリコール(HEG)、ポリ(乳酸-コ-グリコール酸)(PLGA)、ポリ(ラクチド-コ-グリコリド)(PLG)、流体力学ポリマー;ステロイド(例えば、ジヒドロテストステロン);テルペン(例えば、トリテルペン);カチオン性脂質もしくはペプチド;ならびに/または脂質もしくは脂質ベースの分子が挙げられる。そのような脂質または脂質ベースの分子は、血清タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン(HSA)に結合し得る。脂質ベースのリガンドは、コンジュゲートの標的組織への結合を調節(例えば、制御)するために使用できる。例えば、より強力にHSAに結合する脂質または脂質ベースのリガンドは、腎臓を標的としにくく、したがって、身体から除去されにくい。標的組織は、肝臓の実質細胞を含む肝臓であり得る。
ポリアミノ酸、トランスフェリン、細胞標的化リガンドまたは部分はまた、肝細胞などの特異的細胞型に対する受容体に結合する抗体であり得る。例示的な細胞受容体特異的モノクローナル抗体は、Xiaら(2009、Mol Pharm,63(3):747~75l頁);Cuellarら(2015、Nucleic Acids Research,43(2):1189~1203頁);Baumerら(2016、Nat Protocol,11(1):22~36頁);Ibtejahら(2017、Clin Immunol,176:122~130頁);およびSugoら(2016、J Control Release,237:1~13頁)に記載されているものである。
細胞標的化リガンドまたは部分にはまた、一価または多価(例えば、三価)GAlNAc基、例えば、Prakashら(2015、Bioorg Med Chem Lett,25(19):4l27~4l30頁);Zuら(2016、Mol Ther - Nucleic Acids,e317,doi:10.1038/mnta.2016.26);Zimmermannら(2017、Mol Ther,25(1):71~78頁);Shemeshら(2016、Mol Ther Nucleic Acids,5:e319-doi:10.1038/mnta.2016.31);Huangら(2016、Mol Ther - Nucleic Acids,6:116~132頁);Rozemaら(2007、Proc Natl Acad Sci USA,104(32):12982~12987頁);Rajeevら(2015、Chembiochem,16(6):903~908頁);およびNairら(2014、J Am Chem Soc,136(49):16958~16961頁)に開示されているものが包含される。
修飾dsRNAの調製
本開示のdsRNAは、1つまたはそれ以上のリガンド、部分またはコンジュゲートに化学的/物理的に連結し得る。一部の実施形態では、dsRNAは、リンカーを介して1つまたはそれ以上のリガンドにコンジュゲート/結合している。例えば、多価分枝状リンカーを含む、当技術分野で公知の任意のリンカーを使用できる。リガンドをdsRNAにコンジュゲートすることにより、その分布が変化し、その細胞吸収および/もしくは特定の組織への標的化および/もしくは1つもしくはそれ以上の特異的細胞型(例えば、肝細胞)による取込みが向上し、ならびに/またはdsRNA剤の寿命が向上し得る。一部の実施形態では、疎水性リガンドは、dsRNAにコンジュゲートして、細胞膜を通した直接浸透および/または細胞(例えば、肝細胞)による取込みが促進される。
dsRNAコンジュゲートの一部の実施形態では、1つまたはそれ以上のヌクレオチドは、標的化部分保有基を含み得、例えば、1つまたはそれ以上のヌクレオチドは、標的化部分がおそらく連結基を介してヌクレオチド主鎖に共有結合した標的化部分保有基を含む。これらの実施形態によると、dsRNAの1つまたはそれ以上のヌクレオチドは、標的化部分を含む標的化部分保有基にコンジュゲートされ、標的化部分は、組成物の細胞内送達を向上するリガンド(例えば、細胞浸透部分または作用物質)であり得る。
本開示のリガンドコンジュゲートdsRNAならびにリガンド分子保有配列特異的結合ヌクレオシドおよびヌクレオチドは、例えば、標準的なヌクレオチド前駆体、または既に連結部分を有するヌクレオチドもしくはヌクレオシドコンジュゲート前駆体、リガンド-ヌクレオチド、または既にリガンド分子を有するヌクレオシドコンジュゲート前駆体、または非ヌクレオシドリガンド保有ビルディングブロックを利用する好適なDNA合成機でのアセンブリによるものを含む、当技術分野で公知の任意の方法によってアセンブルできる。
本開示のリガンドコンジュゲートdsRNAは、例えば、連結分子のdsRNAへの結合に由来するもののようなペンダント反応性官能基を有するdsRNAの使用によるものを含む、当技術分野で公知の任意の方法によって合成できる。一部の実施形態では、この反応性オリゴヌクレオチドは、市販のリガンド、種々の保護基のうちの任意のものを有して合成されたリガンド、またはそれに結合した連結部分を有するリガンドと直接反応させることができる。一部の実施形態では、方法は、リガンドと適切にコンジュゲートされ、固体支持体材料にさらに結合していてもよいヌクレオシドモノマーの使用によって、リガンドコンジュゲートdsRNAの合成を促進する。一部の実施形態では、dsRNAの3’末端に結合したアラルキルリガンドを有するdsRNAは、まず、細孔が制御されたガラスの支持体にアミノアルキル基を介してモノマービルディングブロックを共有結合し;次いで、ヌクレオチドを、標準的な固相合成技術により、固体支持体に結合したモノマービルディングブロックに結合することによって調製される。モノマービルディングブロックは、ヌクレオシドまたは固相合成と適合性である他の有機化合物であり得る。
組成物
本開示のある特定の態様は、本明細書に記載の通りのdsRNAを含む組成物(例えば、医薬組成物)に関する。一部の実施形態では、組成物(例えば、医薬組成物)は、薬学的に許容される担体をさらに含む。一部の実施形態では、組成物(例えば、医薬組成物)は、標的化された遺伝子の発現または活性と関連する疾患または障害を処置するために有用である。
例えば、非経口送達を介して肝臓に送達するために製剤化された組成物を含む本開示の組成物(例えば、医薬組成物)は、送達方法に基づいて製剤化される。
本開示の組成物(例えば、医薬組成物)は、標的化された遺伝子の発現を阻害するのに十分な投与量で投与できる。一部の実施形態では、dsRNAの好適な用量は、レシピエントの体重1kg当たり0.01mg~400mgの範囲である。
当業者であれば、疾患または障害の重症度、以前の処置、健康状態および/または対象の年齢、ならびに存在している1つまたはそれ以上の他の疾患を含むがこれらに限定されない特定の因子が、対象を効果的に処置するために必要とされる投与量およびタイミングに影響を与え得ることを認識するであろう。さらに、治療有効量の医薬組成物による対象の処置には、単回処置または一連の処置が含まれ得る。有効投与量および本明細書に開示される通りのdsRNAのin vivo半減期は、従来の方法論を使用して、または適切な動物モデルを使用したin vivo試験に基づいて推定できる。
本開示のdsRNA分子は、薬学的に許容される担体または希釈剤中で製剤化できる。薬学的に許容される担体は、液体または固体であってもよく、所望のバルク、粘稠度および他の適当な輸送および化学特性をもたらすことを念頭に計画された投与方式により選択できる。例えば、水、食塩水、結合剤(例えば、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキプロピルメチルセルロース)、充填剤(例えば、ラクトースおよび他の糖、ゼラチンまたは硫酸カルシウム)、潤滑剤(例えば、デンプン、ポリエチレングリコールまたは酢酸ナトリウム)、崩壊剤(例えば、デンプンまたはデンプングリコール酸ナトリウム)、カルシウム塩(例えば、硫酸カルシウム、塩化カルシウム、リン酸カルシウムなど)、および湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウム)を含む任意の公知の薬学的に許容される担体または希釈剤を使用できる。
本開示のdsRNA分子は、他の分子、分子構造または核酸の混合物と混合、封入、コンジュゲートまたは他に会合されたdsRNAを含む組成物(例えば、医薬組成物)に製剤化できる。例えば、本明細書に記載の通りの1つまたはそれ以上のdsRNAを含む組成物は、他の治療剤、例えば、他の脂質低下剤(例えば、スタチン)を含み得る。一部の実施形態では、組成物(例えば、医薬組成物)は、送達ビヒクル(本明細書に記載の通り)をさらに含む。
ベクターおよびdsRNA送達
本開示のdsRNAは、直接または間接的に送達できる。一部の実施形態では、dsRNAは、dsRNAを含む組成物(例えば、医薬組成物)を、対象に投与することによって直接送達される。一部の実施形態では、dsRNAは、本明細書に記載の1つまたはそれ以上のベクターを投与することによって間接的に送達される。
送達
本開示のdsRNAは、例えば、核酸分子を送達する方法をdsRNAとの使用のために適合することによるもの(例えば、Akhtar,S.ら(1992)Trends Cell.Biol.2(5):139~144頁;WO94/02595を参照されたい)を含む当技術分野で公知の任意の方法によって、または当技術分野で公知のさらなる方法(例えば、Kanasty R.ら(2013)Nature Materials 12:967~977頁;Wittrup,A.およびLieberman,J.(2015)Nature Reviews Genetics 16:543~552頁;Whitehead,K.ら(2009)Nature Reviews Drug Discovery 8:129~138頁;Gary,D.ら(2007)121(1-2):64~73頁;Wang.J.ら(2010)AAPSJ.12(4):492~503頁;Draz,M.ら(2014)Theranostics 4(9):872~892頁;Wan,C.ら(2013)Drug Deliv.And Transl.Res.4(1):74~83頁;Erdmann,V.A.およびBarciszewski,J.(編)(2010)「RNA Technologies and Their Applications」、Springer- Verlag Berlin Heidelberg,DOI 10.1007/978-3-642-12168-5;およびXu,C.およびWang,J.(2015)Asian Journal of Pharmaceutical Sciences 10(1):1~12頁を参照されたい)を介して送達できる
一部の実施形態では、本開示のdsRNAは、dsRNAを含む送達ビヒクルによって送達される。一部の実施形態では、送達ビヒクルは、リポソーム、リポプレックス、複合体またはナノ粒子である。
リポソーム製剤
リポソームは、親油性材料から形成される膜および水性の内部部分を有する単層または多層小胞である。一部の実施形態では、リポソームは、1つまたはそれ以上の球形の二層中に配置された両親媒性脂質で構成される小胞である。水性部分は、送達される組成物を含む。カチオン性リポソームは、細胞壁に融合できるという利点を有する。リポソームの利点としては、例えば、天然リン脂質から得られたリポソームは生体適合性および生分解性であること;リポソームは、広範囲の水溶性および脂溶性薬物を組み込むことができること;リポソームは、それらの内部コンパートメント中で封入薬を代謝および分解から保護できること(Rosoff、in Pharmaceutical Dosage Forms、Lieberman、RiegerおよびBanker(編)、1988、Marcel Dekker,Inc.、New York、N.Y.、第1巻、245頁)が挙げられる。リポソーム製剤の調製において考慮される重要な事項は、脂質表面電荷、小胞サイズおよびリポソームの水性体積である。例えば、操作されたカチオン性リポソームおよび立体安定化リポソームを、dsRNAの送達のために使用できる。例えば、Podestaら(2009)Methods Enzymol.464、343~54頁;米国特許第5,665,710号を参照されたい。
核酸-脂質粒子
一部の実施形態では、本開示のdsRNAは、脂質製剤中に完全に封入されて、例えば、核酸-脂質粒子、例えば、SPLP、pSPLPまたはSNALPが形成される。本明細書で使用される場合、「SNALP」という用語は、SPLPを含む安定な核酸-脂質粒子を指す。本明細書で使用される場合、「SPLP」という用語は、脂質小胞内に封入されたプラスミドDNAを含む核酸-脂質粒子を指す。核酸-脂質粒子、例えば、SNALPは、典型的には、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、コレステロールおよび粒子の凝集を防ぎ、循環時間を増加させる脂質(例えば、PEG-脂質コンジュゲート)を含む。SNALPおよびSPLPは、静脈内(i.v.)注射後に延長された循環寿命を示し、遠位部位(例えば、投与部位から物理的に離れた部位)に蓄積するため、合成用途に有用である。SPLPは、「pSPLP」を含み、これには、PCT公開第WO00/03683号に示される封入縮合剤-核酸複合体が含まれる。
一部の実施形態では、核酸-脂質粒子中に存在する場合、dsRNAは、水溶液中でのヌクレアーゼによる分解に抵抗性である。核酸-脂質粒子およびその調製方法は、例えば、米国特許第5,976,567号;米国特許第5,981,501号;米国特許第6,534,484号;米国特許第6,586,410号;米国特許第6,815,432号;およびPCT公開第WO96/40964号に開示されている。
一部の実施形態では、核酸-脂質粒子は、カチオン性脂質を含む。当技術分野で公知の任意のカチオン性脂質またはその混合物を使用できる。一部の実施形態では、核酸-脂質粒子は、非カチオン性脂質を含む。当技術分野で公知の任意の非カチオン性脂質またはその混合物を使用できる。一部の実施形態では、核酸-脂質粒子は、コンジュゲート脂質を含む(例えば、凝集を防ぐために)。当技術分野で公知の任意のコンジュゲート脂質を使用できる。
さらなる製剤
dsRNA分子をin vivoで成功裡に送達するために考慮することが重要な因子としては:(1)送達される分子の生物学的安定性、(2)非特異的影響を防ぐこと、および(3)標的組織における送達された分子の蓄積が挙げられる。dsRNAの非特異的影響は、例えば、調剤の組織への直接注射もしくは埋込み、または局所投与することによる、局所投与によって最小にできる。疾患の処置のためにdsRNAを全身投与するために、dsRNAは、修飾してもよく、または薬物送達系を使用して送達してもよく;いずれの方法も、in vivoにおけるエンドヌクレアーゼおよびエクソヌクレアーゼによるdsRNAの急速な分解を防ぐように作用する。RNAまたは薬学担体の修飾によりまた、dsRNA組成物の標的組織への標的化が可能になり、望ましくないオフターゲット効果が回避できる。上記の通り、dsRNA分子は、コレステロールのような親油性基への化学コンジュゲーションによって修飾して、細胞取込みを向上し、分解を防ぐことができる。一部の実施形態では、dsRNAは、薬物送達系、例えば、ナノ粒子、デンドリマー、ポリマー、リポソームまたはカチオン性送達系を使用して送達される。正電荷のカチオン性送達系により、dsRNA分子(負電荷)の結合が促進され、また、負電荷の細胞膜における相互作用が向上して、細胞によるdsRNAの効果的な取込みが可能になる。カチオン性脂質、デンドリマーまたはポリマーは、dsRNAに結合するか、またはdsRNAを包む小胞もしくはミセルを形成するように誘導できる(例えば、Kim S.H.ら(2008)Journal of Controlled Release 129(2):107~116頁を参照されたい)。小胞またはミセルの形成により、全身投与される場合、dsRNAの分解がさらに防止される。カチオン-dsRNA複合体を作製および投与するための方法は、当技術分野で公知である。一部の実施形態では、dsRNAは、全身投与のためのシクロデキストリンとの複合体を形成する。
dsRNAを使用する方法
本開示のある特定の態様は、哺乳動物において標的化された遺伝子の発現を阻害するための方法であって、有効量の1つもしくはそれ以上の本開示のdsRNA、1つもしくはそれ以上の本開示のベクター、または1つもしくはそれ以上の本開示のdsRNAを含む本開示の組成物(例えば、医薬組成物)を投与することを含む方法に関する。本開示のある特定の態様は、1つまたはそれ以上の標的遺伝子により媒介される疾患または障害を処置および/または予防する方法であって、1つもしくはそれ以上の本開示のdsRNAおよび/または本開示の1つもしくはそれ以上のベクターおよび/または1つもしくはそれ以上の本開示のdsRNAを含む組成物(例えば、医薬組成物)を投与することを含む方法に関する。一部の実施形態では、対象において標的遺伝子発現を下方調節することにより、対象において標的化された遺伝子により媒介される疾患または障害の1つまたはそれ以上の徴候が緩和される。
一部の実施形態では、対象における標的遺伝子の発現は、処置前レベルと比較して、処置後に少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約99%、または約100%阻害される。一部の実施形態では、標的遺伝子の発現は、処置前レベルと比較して、処置後に少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約4.5倍、少なくとも約5倍、少なくとも約5.5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約6.5倍、少なくとも約7倍、少なくとも約7.5倍、少なくとも約8倍、少なくとも約8.5倍、少なくとも約9倍、少なくとも約9.5倍、少なくとも約10倍、少なくとも約25倍、少なくとも約50倍、少なくとも約75倍、少なくとも約100倍阻害される。一部の実施形態では、標的遺伝子は、対象の肝臓において阻害される。
一部の実施形態では、対象はヒトである。一部の実施形態では、対象は標的遺伝子により媒介される障害または疾患を有するまたは診断されている。一部の実施形態では、対象は、標的遺伝子により媒介される障害または疾患を有することが疑われる。一部の実施形態では、対象は、標的遺伝子により媒介される障害または疾患を発症するリスクがある。
本開示の要旨から理解される通り、本明細書に記載の通りのdsRNAは、それに含まれる1つまたはそれ以上の式(II)のヌクレオチド類似体の存在をその主な特徴とし、この式(II)のヌクレオチド類似体は、その「糖類様」基の特定の構造特徴を有する。本明細書に記載の通りのdsRNAは、一般に、目的の標的核酸に含まれる選択された核酸配列を標的にすることが想到される。とりわけ、siRNAからなる本明細書に記載のdsRNAの実施形態は、目的の標的核酸に含まれる核酸配列と特異的にハイブリダイズするアンチセンス鎖を含む。本明細書に記載のdsRNAまたは組成物(例えば、医薬組成物)は、標的遺伝子により媒介される障害または疾患の処置における使用のためであり得る。特に、本明細書に記載のdsRNAまたは組成物(例えば、医薬組成物)、とりわけ、1つまたはそれ以上の標的化されたヌクレオチド類似体、とりわけ、1つまたはそれ以上の式(II)の標的化されたヌクレオチド類似体を含むdsRNA、は、肝臓標的化が必要とされる標的遺伝子により媒介される障害または疾患の処置における使用のためであり得る。
本開示のある特定の態様はまた、肝細胞に核酸を送達する方法であって、肝細胞を本明細書に記載のdsRNAと接触させることを含む方法に関する。
本明細書に記載のdsRNAまたは組成物(例えば、医薬組成物)は、静脈内、筋肉内、皮下、肺内、経皮および気道(エアロゾル)投与を含む、経口または非経口経路を制限なしに含む、当技術分野で公知の任意の手段によって投与できる。典型的には、高脂血症を有する哺乳動物を処置する場合、dsRNA分子は、非経口手段により全身投与される。一部の実施形態では、dsRNAおよび/または組成物は、皮下投与によって投与される。一部の実施形態では、dsRNAおよび/または組成物は、静脈内投与によって投与される。一部の実施形態では、dsRNAおよび/または組成物は、肺内投与によって投与される。
dsRNAの処置または予防効果は、疾患ステータスの1つまたはそれ以上のパラメーターの統計的に有意な改善がある場合、またはそうでない場合に予想されるであろう徴候の悪化または発症がないことによって証明される。例えば、疾患の測定可能なパラメーターの少なくとも10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%またはそれ以上の好都合な変化は、効果的な処置を示し得る。所与のdsRNAまたはdsRNAを含む組成物の効力はまた、当技術分野で公知の所与の疾患または障害のための実験動物モデルを使用して判断できる。実験動物モデルを使用した場合、処置の効力は、マーカーまたは徴候の統計的に有意な減少が観察される場合に証明される。
キットおよび製品
本開示のある特定の態様は、上記の通りの標的遺伝子により媒介される障害または疾患の処置および/または予防ために有用な本明細書に記載の通りの1つまたはそれ以上のdsRNA、ベクターまたは組成物(例えば、医薬組成物)を含む製品またはキットに関する。製品またはキットは、容器、および容器上のまたは容器に添付されたラベルまたは添付文書をさらに含み得る。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、IV溶液バッグなどが挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックのような種々の材料から形成できる。容器は、それ自体でまたは別の組成物と組み合わせて、疾患の処置または予防に効果的である組成物を保持し、無菌アクセスポートを有し得る(例えば、容器は、皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグまたはバイアルであり得る)。組成物中の少なくとも1種の活性剤は、本明細書に記載のdsRNAである。ラベルまたは添付文書は、組成物が標的により媒介される障害または疾患を処置するために使用されることを示す。さらに、製品またはキットは、(a)本明細書に記載のdsRNAを含む組成物を含む第1の容器;および(b)第2の治療剤を含む組成物を含む第2の容器を含み得る。本開示のこの実施形態の製品またはキットは、特定の疾患を処置するために組成物を使用できることを示す添付文書をさらに含み得る。あるいは、またはさらに、製品またはキットは、注射用静菌水(BWFI)、リン酸緩衝食塩水、リンゲル溶液およびデキストロース溶液のような薬学的に許容される担体を含む第2の(または第3の)容器をさらに含み得る。製品またはキットは、他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針およびシリンジを含む、商用および使用者の観点から望ましい他の材料をさらに含み得る。
核酸配列は、本明細書、とりわけ本明細書の実施例に開示されており、これは参照として役立つ。同じ配列はまた、特許事項の目的のための標準要件に従って体裁を整えられた配列リストに提示される。標準配列リストとの配列ミスマッチの場合、本明細書に記載の配列が参照されることになる。
本開示を限定することなく、本開示のいくつかの実施形態を、例示の目的で以下に記載する。
使用される略語:
- AcOH:酢酸
- FA:ギ酸
- ACN:アセトニトリル
- DCM:ジクロロメタン
- DMA:ジメチルアセトアミド
- DCE:ジクロロエタン
- DMF:ジメチルホルムアミド
- DMSO:ジメチルスルホキシド
- EtOAc:酢酸エチル
- EtOH:エタノール
- Et2O:ジエチルエーテル
- iPrOH:イソプロパノール
- THF:テトラヒドロフラン
- MeOH:メタノール
- NMP:N-メチル-2-ピロリドン
- PE:石油エーテル
- Pyr:ピリジン
- iPr:イソプロピル
- cHex:シクロヘキシル
- MTB:メチル-tert.-ブチル
- DIPEA:ジイソプロピルエチルアミン
- DMAP:4-(ジメチルアミノ)-ピリジン
- HBTU:(2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルウロニウム-ヘキサフルオロホスフェート)
- TBTU:O-(ベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート
- DDTT:3-((N,N-ジメチル-アミノメチリデン)アミノ)-3H-1,2,4-ジチアゾール-5-チオン
- NEt3:トリエチルアミン
- NEM:N-エチル-モルホリン
- BSA:N,O-ビス-トリメチルシリルアセトアミド
- TMSOTf:トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル
- Ts:p-トルエンスルホニル
- Tf:トリフルオロメタンスルホニル
- トリフルオロメタンスルホネート
- TFA:トリフルオロ酢酸
- DCA:ジクロロ酢酸
- TEA:トリエチルアンモニウム
- TIPS:トリイソプロピルシリル
- TBDMS:tert-ブチルジメチルシリル
- DMT:4,4’-ジメトキシトリチル
- Bzl:ベンゾイル
- Bn:ベンジル
- BOM:ベンジルオキシメチル
- Ac:アセチル
iBu:イソブチリル
- Boc:tert-ブチルオキシカルボニル
- Fmoc:フルオレニルメチルオキシカルボニル
- Fmoc-OSu:N-(9-フルオレニルメトキシカルボニルオキシ)スクシンイミド
- CE:シアノエチル
- CPG:制御細孔ガラス
- T:チミン
- U:ウラシル
- C:シトシン
- A:アデニン
- G:グアニン
- I:ヒポキサンチン
- TBOM:N-ベンジルオキシメチル-チミン
- UBOM:N-ベンジルオキシメチル-ウラシル
- UBzl:N-ベンゾイル-ウラシル
- CBzl:N-ベンゾイル-シトシン
- ABzl:N-ベンゾイル-アデニン
- GiBu:N-イソブチリル-グアニン
- GalNAc:D-N-アセチルガラクトサミン
- FR:流速
- HPLC:高圧液体クロマトグラフィー
- MS-TOF:飛行時間型質量分析
- LC-MS:高圧液体クロマトグラフィー-質量分析
- Rt:保持時間
- RT:室温
- Hal:ハロゲン
- ELSD:蒸発光散乱検出器
- quant.:定量的
- sat.:飽和
- i. vac.:真空中
- n.d.:決定せず
- TLC:薄層クロマトグラフィー
- h:時間
- min:分
- Tm:融解温度
- r:リボヌクレオチド
- d:デスオキシ-リボヌクレオチド
- m:2’-OMe-ヌクレオチド
- f:2’-デスオキシ-フルオロ-ヌクレオチド
- -ss:センス鎖
- as:アンチセンス鎖
- -ds:二本鎖
- chol:コレステロール
- PO:ホスホジエステル結合
- *またはPS:ホスホロチオエート結合
- mpk:mg/kg
- M:モル濃度
- #:番号、n°
- FBS:ウシ胎児血清
- ATP:アデノシン-三リン酸
- pre-lB:前駆体ヌクレオチド
- pre-lgB:標的化された前駆体ヌクレオチド
- lB:ヌクレオチド類似体
- lgB:標的化されたヌクレオチド類似体
命名法は、IUPAC規則に従って規定されている。
A.XがNである式(I)のヌクレオチド類似体の合成
別段の指示がない限り、以下のLC-MS方法が使用されている:
A:
カラム:Waters ACQUITY UPLC BEH C18、1.7μm、2.1×50mm
溶離液:(H2O+0.05%FA)/(ACN+0.035%FA) 95:5(0分)~5:95(2分)~5:95(2.6分)~95:5(2.7分)~95:5(3.0分)、0.9ml/分 55℃。
B-1:
カラム:Phenomenex Luna C18、3.0μm、2.0×10mm
溶離液:(H2O+0.05%TFA)/ACN 93:7(0分)~5:95(1.20分)~5:95 ACN(1.40分)~93:7(1.50分);1.1ml/分、室温。
B-2:
カラム:Phenomenex Luna C18、3.0μm、2.0×10mm
溶離液:(H2O+0.05%TFA)/ACN 93:7(0分)~5:95(1.00分)~5:95 ACN(1.45分)~93:7(1.50分);1.1ml/分、室温。
B-3:
カラム:Phenomenex Luna C18、3.0μm、2.0×10mm
溶離液:(H2O+0.05%TFA)/ACN 20:80(0分)~5:95(0.60分)~5:95 ACN(1.45分)~80:20(1.50分);1.1ml/分、室温。
C:
カラム:Waters ACQUITY UPLC BEH C18、1.7μm、2.1×50mm
溶離液:(H2O+0.05%FA)/(ACN+0.035%FA) 98:2(0分)~98:2(0.2分)~2:98(3.8分)~2:98(4.3分)~98:2(4.5分)、1.0ml/分、55℃。
D:
カラム:Chromolith@Flash RP-18E 2×25mm
溶離液:(H2O+0.0375%TFA)/(ACN+0.01875%TFA) 95:5(0分)~5:95(0.80分)~5:95(1.20分)~95:5(1.21分)~95:5(1.55分)、1.5ml/分、50℃。
E:
カラム:Kinetex EVO C18E 2.1×30mm、5μm
溶離液:(H2O+0.0375%TFA)/(ACN+0.01875%TFA) 95:5(0分)~5:95(0.80分)~5:95(1.20分)~95:5(1.21分)~95:5(1.55分)、1.5ml/分、50℃。
〔実施例A.1〕
合成スキーム1
Figure 0007417529000045
1a:[(2S,3S,4R,5R)-4-アセトキシ-3-ベンジルオキシ-2-(ベンジルオキシメチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メチルアセテート
出発物質G3 42.5g(87.4mmol)およびチミン22.3g(174.7mmol)を、アルゴン雰囲気下で乾燥ACN500mlに溶解した。BSA106.6g(128.2ml、524.1mmol)を添加した後、溶液を80℃で1時間撹拌した。溶液を50℃に冷却した後、TMSOTf31.8g(25.9ml、141.5mmol)を添加し、加熱を80℃で1時間続けた。溶媒を真空中で蒸発させ、残留物をEtOAcに溶解し、飽和NaHCO3溶液、H2Oおよび飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、有機層を蒸発させ、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中10~100%酢酸エチル)により精製して、所望のチミジン誘導体1aを無色泡状物(40.9g、84.7%)として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.82
イオン化方法:ES-:[M-H]-=551.3
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 8.55 (s, 1H) 7.51-7.17 (m, 12H), 6.23 (d, J=5.27 Hz, 1H), 5.44 (t, J=5.65 Hz, 1H), 4.72-4.35 (m, 6H), 4.19 (d, J=12.17 Hz, 1H), 3.79 (d, J=10.16 Hz, 1H), 3.53 (d, J=10.16 Hz, 1H) 2.17-2.06 (m, 6H), 1.55 (d, J=0.75 Hz, 3H).
1b:[(2S,3S,4R,5R)-4-アセトキシ-3-ベンジルオキシ-2-(ベンジルオキシメチル)-5-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-テトラヒドロフラン-2-イル]メチルアセテート
G3 10.0g(20.55mmol)およびウラシル3.49g(30.8mmol)を、乾燥ACN200mlに溶解した。BSA20.09g(30.15ml、123.3mmol)を添加した後、溶液を81℃で1時間撹拌した。溶液を0℃に冷却した後、TMSOTf7.48g(6.10ml、33.3mmol)を添加し、混合物を65℃に加熱した。撹拌をこの温度で1時間続け、そのときに完全な変換が達成された。室温で、飽和NaHCO3溶液500mlを添加し、混合物をEtOAc500mlで抽出した。有機層を分離し、H2Oおよび飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、粗生成物をシリカゲル(n-ヘプタン中20~100%EtOAc)上で精製して、保護ヌクレオシド類似体1bを収率82.3%(9.11g)で無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.82
イオン化方法:ES+:[M+H]+=539.1
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 8.97 (s, 1H), 7.66 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.38-7.35 (m, 10H), 6.19 (d, J=4.0 Hz, 1H), 5.38-5.30 (m, 2H), 4.63 (d, J=12.0 Hz, 1H), 4.46-4.41 (m, 5H), 4.19 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.79 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.51 (d, J=12.0 Hz, 1H), 2.12 (s, 3H), 2.07 (s, 3H).
1c:[(2S,3S,4R,5R)-4-アセトキシ-3-ベンジルオキシ-2-(ベンジルオキシメチル)-5-[2-(2-メチルプロパノイル-アミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]テトラヒドロフラン-2-イル]メチルアセテート
DCE6.68l中の化合物G3(148.5g、0.30mol)の溶液に、N-イソブチリル-グアニン(135g、0.61mol)およびBSA(311.85mL、1.2mol)をN2雰囲気下、15℃で添加した。混合物を85℃で3時間撹拌した。次いで、TMSOTf(183.4g、0.90mol)を85℃で添加し、撹拌を3時間続け、そのときにTLCは完全な変換を示した。混合物を室温に冷却し、飽和NaHCO3溶液6.5lに注ぎ入れた。有機層を分離し、水相をDCM5lで2回抽出した。有機層を合わせ、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、濃縮した。得られた粗生成物を分取HPLC(0.1%TFA/ACN)により精製して、化合物1c(128g、64%)を白色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.09 (s, 1H), 11.62 (s, 1H), 8.14 (s, 1H), 7.41-7.30 (m, 10H), 6.12 (d, J=6.4 Hz, 1H), 5.90 (t, J1=J2 =5.6 Hz, 1H), 4.71 (d, J=5.2 Hz, 1H), 4.63-4.55 (m, 4H), 4.34 (d, J=5.6 Hz, 1H), 4.23 (d, J=5.6 Hz, 1H), 3.71-3.66 (m, 2H), 3.18 (d, J=4.8 Hz, 1H), 2.76-2.51 (m, 1H), 2.05 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.20-1.12 (s, 6H).
1d:[(2S,3S,4R,5R)-4-アセトキシ-3-ベンジルオキシ-2-(ベンジルオキシメチル)-5-(6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-テトラヒドロフラン-2-イル]メチルアセテート
G3 10.0g(20.55mmol)および核酸塩基としてのヒポキサンチン3.32g(23.66mmol)から出発して、1cについて記載したプロトコールに従って表題化合物を合成した。シリカゲル精製(n-ヘプタン中10~100%EtOAc/MeOH(9:1))した後、表題化合物1dを無色泡状物(9.53g、81.1%)として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.73
イオン化方法:ES+:[M+H]+=563.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.42 (s, 1H), 8.22 (s, 1H), 8.01 (s, 1H), 7.25 -7.39 (m, 10H), 6.21 (d, J=4.89 Hz, 1H), 5.90 - 5.97 (m, 1H), 4.78 (d, J=5.75 Hz, 1H), 4.45 - 4.61 (m, 4H), 4.32 - 4.41 (m, 1H), 4.17 - 4.25 (m, 1H), 3.59 - 3.74 (m, 2H), 2.04 (m, 3H), 1.98 (m, 3H).
1e:[(2S,3S,4R,5R)-4-アセトキシ-5-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-3-ベンジルオキシ-2-(ベンジルオキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]メチルアセテート
DCE6.56l中の化合物G3(164g、0.337mol)およびN-ベンゾイルアデニン(121g、0.506mol)の混合物に、BSA(274g、1.348mol)を室温で滴下添加し、混合物を90℃で1.5時間撹拌した。TMSOTf(225g、1.011mol)を40~50℃で滴下添加した後、混合物を90℃で1時間撹拌した。混合物を飽和NaHCO3溶液15lでクエンチし、層を分離した。水層をEtOAc3lで2回抽出し、合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。粗生成物をフラッシュクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:2)により精製して、化合物1eを黄色油状物としてのアノマー混合物(224.4g)として得た。混合物を2回の逆相フラッシュクロマトグラフィー(中性)により精製して、純粋な化合物1e(75.5g、33.7%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.25 (s, 1H), 8.72 (s, 1H), 8.62 (s, 1H), 8.05 (d, J=7.40 Hz, 2H), 7.71-7.62 (m, 1H), 7.60-7.50 (m, 2H), 7.43-7.21 (m, 10H), 6.38 (d, J=4.77 Hz, 1H), 6.12 (t, J=5.33 Hz, 1H), 4.88 (d, J=5.77 Hz, 1H), 4.63 (s, 2H), 4.56-4.45 (m, 2H), 4.41 (d, J=11.92 Hz, 1H), 4.25 (d, J=11.80 Hz, 1H), 3.75-3.59 (m, 2H), 2.06 (s, 3H), 2.00 (s, 3H).
2a:1-[(2R,3R,4S,5R)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
THF/EtOH(4:1)500ml中の1a40.9g(74.0mmol)の溶液に、NaOH水溶液(2N)221.9ml(443.8mmol)を0℃で添加した。氷浴を取り外した後、混合物を2時間撹拌して完全な変換に到達させた。溶液を、2N HCl溶液を添加することにより0℃で中性pHにした。溶媒を真空中で濃縮し、残った水相をDCM250mlで2回抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、脱保護生成物2a34.8g(定量的)を得、これをさらに精製することなく以下の工程で使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.64
イオン化方法:ES+:[M+H]+=469.2
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 9.24-8.77 (m, 1H), 7.45 (br s, 1H), 7.41-7.30 (m, 8H), 7.27 (br d, J=7.78 Hz, 2H), 6.04 (br d, J=4.02 Hz, 1H), 4.86 (br d, J=11.67 Hz, 1H), 4.63-4.51 (m, 3H), 4.45-4.31 (m, 2H), 4.31-3.96 (m, 1H), 3.84 (br d, J=11.29 Hz, 1H), 3.76-3.64 (m, 2H), 3.58 (d, J=10.42 Hz, 1H), 2.96-2.62 (m, 1H), 1.63-1.51 (m, 3H).
2b:1-[(2R,3R,4S,5R)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
1b9.10g(16.9mmol)を、THF/EtOH(3:1)240mlに溶解した。0℃で、1M NaOH溶液8.49ml(84.5mmol)を添加し、溶液を撹拌し、室温に到達させた。1時間後、pH7に到達するまでクエン酸を添加し、溶媒を蒸発させた。水性残留物をEtOAcで抽出した。有機層を分離し、飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去して、粗生成物7.66g(99.7%)を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.63
イオン化方法:ES+:[M+H]+=455.1
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.29 (s, 1H), 7.69 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.27 - 7.41 (m, 10H), 5.88 (d, J=5.7 Hz, 1H), 5.57 (d, J=7.2 Hz, 1H), 5.37 (d, J=8.1 Hz, 1H), 4.98 (t, J=5.4 Hz, 1H), 4.80 (d, J=11.7 Hz, 1H), 4.46 - 4.58 (m, 3H), 4.27 - 4.37 (m, 1H), 4.00 -4.14 (m, 1H), 3.50 - 3.69 (m, 4H).
2c:N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
THF/EtOH(4:1)1.7l中の化合物1c(72g、0.11mol)の溶液に、1M NaOH溶液(443mL)を0℃で滴下添加した。溶液を0℃で1時間撹拌して完全な変換に到達させた。pHを、1N HClを添加することにより7に調整し、溶媒を除去した。残留物をH2O(500mL)に溶解し、DCM3×500mlで抽出した。有機層を合わせ、無水Na2SO4で脱水し、濃縮して、化合物2c(113g、定量的)を無色固体として得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.07(s,1H), 11.66 (s, 1H), 8.10 (s, 1H), 7.42-7.30 (m, 10H), 5.92 (d, J=6.8 Hz, 1H) , 4.99 (s, 1H) , 4.87-4.84 (m, 2H), 4.63 (d, J =15.6 Hz, 1H), 4.56 (s, 2H), 4.24 (d, J=4.8 Hz, 1H), 3.69-3.62 (m, 4H), 2.76-2.73 (m, 1H), 1.13-1.04 (m, 7H).
2d:9-[(2R,3R,4S,5R)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-プリン-6-オン
2bについて記載した手順に従って、1d9.34g(16.65mmol)を脱保護して、表題化合物2d7.76g(97.4%)を粗生成物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.53
イオン化方法:ES+:[M+H]+=479.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) d[ppm]: 8.16 (s, 1H), 7.97 - 8.04 (m, 1H), 7.27 - 7.41 (m, 10H), 5.97 (d, J=5.75 Hz, 1H), 5.75 (s, 1H), 5.03 (br s, 1H), 4.79 - 4.92 (m, 2H), 4.47 -4.62 (m, 3H), 4.24 - 4.34 (m, 1H), 3.55 - 3.70 (m, 4H).
2e:N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
2bについて記載した手順に従って、1e144g(216mmol)を脱保護して、表題化合物2e126g(定量的、粗製)を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.23 (s, 1H), 8.73 (s, 1H), 8.59 (s, 1H), 8.05 (br d, J=7.46 Hz, 2H), 7.71-7.63 (m, 1H), 7.61-7.52 (m, 2H), 7.49-7.23 (m, 10H), 6.16 (d, J=5.75 Hz, 1H), 5.85 (d, J=7.46 Hz, 1H), 5.14-4.99 (m, 2H), 4.86 (d, J=11.86 Hz, 1H), 4.63 (d, J=11.74 Hz, 1H), 4.53 (s, 2H), 4.38 (d, J=5.14 Hz, 1H), 3.79-3.57 (m, 4H).
3a:1-[(2R,3R,4S,5S)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発化合物2a34.7g(74.2mmol)およびイミダゾール16.8g(244.7mmol)を、乾燥DCM300mlに溶解した。室温で、DCM200ml中のTIPS-クロリド16.2g(18.0ml、81.6mmol)の溶液を添加し、反応物を19時間撹拌した。EtOHでクエンチした後、溶媒を蒸発させ、残留物をEtOAcに溶解した。有機溶液をH2O、1N HCl、H2Oおよび飽和NaHCO3溶液、続いて飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物(47.1g)をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中10~100%EtOAc)により精製して、所望のTIPS保護生成物3aを無色泡状物(37.5g、80.9%)として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.22
イオン化方法:ES+:[M+H]+=625.3
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 8.52 (s, 1H), 7.35-7.13 (m, 11H), 5.88 (d, J=3.89 Hz, 1H), 4.72-4.63 (m, 1H), 4.60-4.51 (m, 1H), 4.46 (s, 2H), 4.34-4.26 (m, 1H), 4.22 (d, J=6.27 Hz, 1H), 3.90 (d, J= 10.92 Hz, 1H), 3.77 (d, J=1.00 Hz, 2H), 3.63-3.51 (m, 2H), 1.52 (d, J=0.88 Hz, 3H), 1.12-0.90 (m, 21H).
3b:1-[(2R,3R,4S,5S)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)テトラヒドロフラン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
2b7.66g(16.8mmol)から出発して、3aについてのプロトコールに記載した通りに表題化合物を製造して、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中20~80%EtOAc)の後に、所望のシリル化生成物3b8.69g(84.5%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.23
イオン化方法:ES+:[M+H]+=611.2
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 9.04 (s, 1H), 7.63 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.37-7.34 (m, 8H), 7.26-7.24 (m, 2H), 5.96 (d, J=4.0 Hz, 1H), 5.37 (d, J=8.0 Hz, 1H), 4.77 (d, J=12.0 Hz, 1H), 4.62 (d, J=12.0 Hz, 1H), 4.49 (s, 2H), 4.26 (d, J=8.0 Hz, 1H), 3.83 (dd, J=8.0, 10.0 Hz, 2H), 3.63 (dd, J=8.0, 10.0 Hz, 2H), 1.15-1.04 (m, 21H).
3c:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
無水DCM(1568mL)中の化合物2c(75g、133mmol)の溶液に、イミダゾール(38g、559mmol)およびTIPSCl(35.9g、186mmol)をN2雰囲気下、0℃で添加した。10~15℃で12時間撹拌した後、溶液を氷水(2L)に注ぎ入れ、DCM(3×1.5l)で抽出した。有機層を合わせ、ブライン(1l)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、濃縮した。残留物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 2:1~EtOAc)により精製して、表題化合物3c65g(68%)を白色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.07 (s,1H), 11.61 (s, 1H), 8.14 (s, 1H), 7.37-7.22 (m, 10H), 5.89 (d, J=6.8 Hz, 1H), 5.72 (d, J=5.6 Hz, 1H) , 4.94-4.93 (m, 2H) , 4.90-4.53 (m, 3H), 4.19 (d, J=4.4 Hz, 1H), 3.92-3.88 (m, 2H), 3.85-3.71(m, 2H), 2.78-2.71 (m, 1H), 1.13-1.05 (m, 6H), 1.00-0.94 (m, 21H).
3d:9-[(2R,3R,4S,5S)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-プリン-6-オン
2d7.75g(16.2mmol)から出発して、3aについてのプロトコールに記載した通りに表題化合物を製造して、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc/MeOH(9:1))の後に、所望のシリル化生成物3d8.60g(83.6%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.19
イオン化方法:ES+:[M+H]+=635.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.38 (br s, 1H), 8,22 (s, 1H), 8,03 (s, 1H), 7.26 -7.39 (m, 10H), 5.94 (d, J=6.85 Hz, 1H), 5.67 (d, J=6.48 Hz, 1H), 4.98 - 4.74 (m, 2H), 4.61 -4.48 (m, 3H), 4.24 (d, J=4.89 Hz, 1H), 3.97 - 3.82 (m, 2H), 3.69 (s, 2H), 0.80 - 1.18 (m, 21H).
3e:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)テトラヒドロフラン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
DCM1.35l中の化合物2e(135g、0.232mol)およびイミダゾール(47.4g、0.696mol)の混合物に、DCM1.35l中のTIPSCl(80.6g、0.418mol)の溶液を室温で添加した。混合物を24時間撹拌した。EtOH400mlでクエンチした後、混合物を水1.5lで洗浄した。水層をEtOAc1lで2回抽出し、合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。粗生成物をフラッシュクロマトグラフィー(PE/EtOAc 2:1)により精製して、シリルエーテル3e(145g、84.8%)を白色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.23 (s, 1H), 8.74 (s, 1H), 8.63 (s, 1H), 8.06 (d, J=7.28 Hz, 2H), 7.71-7.62 (m, 1H), 7.60-7.51 (m, 2H), 7.44-7.23 (m, 10H), 6.13 (d, J=6.78 Hz, 1H), 5.77 (d, J=6.40 Hz, 1H), 5.21-5.10 (m, 1H), 4.94 (d, J=11.92 Hz, 1H), 4.66-4.50 (m, 3H), 4.30 (d, J=4.77 Hz, 1H), 4.00-3.86 (m, 2H), 3.74 (s, 2H), 1.11-0.89 (m, 21H).
4a:1-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
オートクレーブ内で、EtOH100ml中のビス-ベンジルエーテル3a13.4g(21.4mmol)の溶液を脱気し、アルゴンでパージした。触媒量のPd(OH)2(炭素上20%)を添加した後、溶液を4barのH2雰囲気下に1時間セットした。Pd触媒を濾別し、濾液を蒸発させて、所望の脱ベンジル化生成物9.74g(定量的)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.84
イオン化方法:ES+:[M+H]+=445.3
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 8.85 (s, 1H), 7.25 (d, J=1.00 Hz, 1H), 5.58 (d, J=6.15 Hz, 1H), 4.71-4.61 (m, 1H), 4.51-4.44 (m, 1H), 4.02-3.95 (m, 1H), 3.94-3.89 (m, 1H), 3.88-3.77 (m, 3H), 3.76-3.67 (m, 1H), 3.22 (br dd, J=6.71, 3.83 Hz, 1H), 1.93 (d, J=1.00 Hz, 3H), 1.00 - 1.24 (m, 21H).
4b:1-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
3b8.69g(14.2mmol)から出発して、4aについてのプロトコールに記載した通りに表題化合物を製造して、所望の生成物4b6.21g(定量的、粗製)を得、これを精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.78
イオン化方法:ES+:[M+H]+=431.1
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.29 (s, 1H), 7.91 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.87 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.69 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.28 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.12 (t, J=4.0 Hz, 1H), 5.00 (d, J=4.0 Hz, 1H), 4.19(dd, J=8.0, 12.0 Hz, 1H), 4.05(t, J=4.0 Hz, 2H), 3.81(dd, J=8.0, 12.0 Hz, 2H), 3.62 (d, J=4.0 Hz, 2H), 1.05-1.00 (m, 21H).
4c:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
無水DCM(300mL)中の化合物3c(95g、0.132mol)の溶液に、BCl3(921mL)をN2雰囲気下、-70℃で添加した。反応溶液を-75~-60℃の間で2時間撹拌し、そのときに完全な変換がTLCにより検出された。混合物に、MeOH中NH3の飽和溶液およそ200mlを添加した。pHを10~11に調整し、溶媒を減圧下で除去した。粗生成物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 20:1~4:1)により精製して、脱ベンジル化生成物4c(51g、収率、71.6%)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.86 (s, 2H), 8.27 (s, 1H), 5.83 (d, J=7.2 Hz, 1H), 5.42 (s, 1H), 5.06 (s, 2H), 4.64 (s, 1H) , 4.17 (d, J=4.0 Hz, 1H), 3.89 (d, J=10.8 Hz, 1H), 3.79 (d, J=10.4 Hz, 1H), 3.67 (s, 2H), 2.80-2.73 (m, 1H), 1.17-1.08 (m, 6H), 1.02-0.92 (m, 21H).
4d:9-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]-1H-プリン-6-オン
出発化合物3d8.59g(13.53mmol)を、DCM200mlに溶解した。-70~-50℃に冷却した後、トルエン中BCl3の1M溶液74.4ml(74.4mmol)を15分間かけて添加した。-70℃でさらに15分間撹拌した後、冷却浴を取り外し、撹拌を室温でさらに30分間続けた。次いで、反応溶液をMeOH中NH3の7M溶液180ml中に滴下添加した。20分間撹拌した後、混合物を蒸発させ、残留物をDCM/iPrOH(4:1)100mlに溶解した。飽和NaHCO3溶液で洗浄した後、層を分離し、水層をDCM/iPrOH(4:1)で3回抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、濾過し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)により精製して、表題化合物4d4.14g(67.3%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.74
イオン化方法:ES-:[M-H]-=453.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.38 (m, 1H), 8.33 (s, 1H), 8.07 (s, 1H), 5.87 (d, J=7.34 Hz, 1H), 5.37 (d, J=6.97 Hz, 1H), 5.01 - 5.14 (m, 2H), 4.64 - 4.76 (m, 1H), 4.15 -4.20 (m, 1H), 3.81 - 3.93 (m, 2H), 3.65 (d, J=5.14 Hz, 2H), 0.94 - 1.14 (m, 21H).
4e:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
DCM620ml中の化合物3e(31g、42.0mmol)の溶液に、BCl3(252mL、0.252mol)を-70℃で滴下添加した。混合物をN2下、-70℃で30分間撹拌し、15℃に加温した。この温度でさらに30分間撹拌した後、温度を-20℃未満に保ちながら反応混合物をMeOH中7M NH3600mlに慎重に注ぎ入れた。蒸発させた後、残留物をDCM/iPrOH(4:1)3lに溶解し、水1lおよび飽和NaHCO3溶液で洗浄した。合わせた水層をDCM/iPrOH(4:1)2×1lで抽出し、合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:4)により精製して、化合物4e(16.9g、収率72.2%)を白色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.23 (s, 1H), 8.77 (s, 1H), 8.72 (s, 1H), 8.06 (d, J=7.28 Hz, 2H), 7.70-7.61 (m, 1H), 7.60-7.51 (m, 2H), 6.06 (d, J=7.53 Hz, 1H), 5.48 (d, J=6.90 Hz, 1H), 5.22-5.11(m, 2H), 4.93-4.83 (m, 1H), 4.24 (t, J=4.77 Hz, 1H), 3.92 (q, J=10.67 Hz, 2H), 3.78-3.62 (m, 2H), 1.14-1.01 (m, 21H).
5a:1-[(2R,6S)-3,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発物質4a2.93g(6.6mmol)を、アセトン/H2O(4:1)120mlに溶解した。H2O50ml中のNaIO41.69g(7.9mmol)の溶液を添加し、混合物を室温で1時間撹拌した。沈殿物を濾別し、濾液を真空中で濃縮した。残った水溶液をEtOAc200mlで抽出した。有機層をH2Oおよび飽和NaCl溶液で洗浄した後、これをMgSO4で脱水し、溶媒を減圧下で除去して、所望の生成物2.86g(94.1%)を無色固体として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法B-1:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.04
イオン化方法:ES+:[M+H-H2O]+=443.2
5b:1-[(2R,6S)-3,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
4b6.21g(14.4mmol)から出発して、4aに記載したプロトコールに従って表題化合物を作製して、所望の生成物5b6.38g(99%)を粗生成物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法B-1:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.00
イオン化方法:ES+:[M+H-H2O]+=429.5
5c:N-[9-[(2R,6S)-3,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
アセトン(485ml)および水(145ml)の混合溶媒中の化合物4c(25g、46mmol)の溶液に、水(150ml)中のNaIO4(13.9g、65mmol)の溶液を25℃で添加し、混合物を12時間撹拌した。溶媒を真空中で蒸発させた後、残留物をEtOAc(500ml)に溶解し、飽和NaHCO3溶液(500ml)およびブライン(500ml)で洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、粗製の5c(25.7g、定量的)を白色固体として得、これをさらに精製することなく使用した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.05 (br s, 1H), 11.79 (s, 1H), 8.17 (s, 1H), 7.52 (d, J=5.62 Hz, 1H), 6.23 (s, 1H), 5.34 (d, J=5.62 Hz, 1H), 5.23 (s, 1H), 4.46 (d, J=9.54 Hz, 1H), 4.15-4.04 (m, 1H), 3.93 (d, J=9.78 Hz, 1H), 3.85 (d, J= 10.03 Hz, 1H), 3.71 (d, J= 10.03 Hz, 1H), 2.85-2.66 (m, 1H), 1.12 (d, J=6.85 Hz, 6H), 1.07-0.95 (m, 21H).
5d:9-[(2R,6S)-3,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-1H-プリン-6-オン
出発物質4d4.14g(9.1mmol)を、アセトン/H2O(4:1)120mlに溶解した。H2O50ml中のNaIO42.63g(12.3mmol)の溶液を添加し、混合物を室温で18時間撹拌した。沈殿物を濾別し、濾液を真空中で濃縮した。残った水溶液に、飽和NaHCO3溶液100mlを添加し、水層をDCM/iPrOH(4:1)100mlで2回抽出した。有機層をMgSO4で脱水し、溶媒を減圧下で除去して、所望の生成物5d4.27g(99.7%)を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.82
イオン化方法:ES+:[M+H-H2O]+=453.3
6a:1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
無水MeOH(527ml)中の化合物5a(31g、67mmol)の溶液に、(NH4227・4H2O(19.5g、74mmol)をN2雰囲気下、室温で添加した。混合物を2時間撹拌し、続いてAcOH(8.08g、134mmol)、4Åモレキュラーシーブ(62g)およびNaBH3CN(8.44g、134mmol)を添加した。TLCが出発物質の完全な消費を示すまで、混合物をN2雰囲気下、室温で12時間撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物を水(200ml)に溶解し、DCM(3×200ml)で抽出した。合わせた有機層をNa2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 50:1~10:1)により精製して、化合物6a(19.5g、67%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.27 (br s, 1H), 7.71-7.52 (m, 1H), 5.90-5.68 (m, 1H), 4.68-4.46 (m, 1H), 4.05-3.83 (m, 2H), 3.40 (br d, J=5.38 Hz, 2H), 2.83 (br d, J=9.78 Hz, 1H), 2.79-2.72 (m, 1H), 2.66 (br d, J= 12.96 Hz, 2H),1.79 (s, 3H), 1.22-0.83 (m, 23H).
6c:N-[9-[(2R,6S)-6(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
化合物5c25.7g(46.4mmol)から出発して、6aについて記載したプロトコールに従って表題化合物を合成して、所望のモルホリン6cを無色固体(7.5g、30.6%)として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.56 (br s, 1H), 8.13 - 8.25 (m, 1H), 5.67 - 5.81 (m, 2H), 4.56 (br s, 1H), 4.08 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 3.83 (br d, J=9.29 Hz, 1H), 3.39 - 3.48 (m, 2H), 3.10 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 2.65 - 2.93 (m, 4H), 1.12 (br d, J=6.60 Hz, 7H), 0.96 -1.07 (m, 21H).
7a:1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(6aから)
無水MeOH(390ml)中の化合物6a(19.5g、45.7mmol)の溶液に、4Åモレキュラーシーブ(39g)、アセトン(13.25g、228mmol)およびNaBH3CN(14.4g、228mmol)をN2雰囲気下、室温で添加した。2時間撹拌した後、混合物をAcOH(約2.0ml)でpH=5~6に調整し、撹拌を12時間続け、そのときに出発物質の完全な消費がTLCにより検出された。溶媒を真空中で除去し、残留物を水(500ml)に溶解した。DCM(3×500ml)で抽出した後、有機層を合わせ、Na2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。シリカゲルクロマトグラフィー(DCM/MeOH 50:1~10:1)により精製した後、表題化合物7aを無色固体(17g、81%)として得た。
7a:1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン(5aから)
出発化合物5a2.85g(6.2mmol)、NEt31.26g(1.74ml、12.4mmol)、AcOH3.73g(3.56ml、61.9mmol)およびイソプロピルアミン924mg(1.34ml、15.5mmol)を、乾燥MeOH60mlに溶解した。室温で、シアノ水素化ホウ素ナトリウム1.64g(24.8mmol)を添加し、溶液を60℃で2時間撹拌した。室温まで冷却した後、反応混合物を飽和NaHCO3溶液100mlに注ぎ入れ、溶媒を減圧下で濃縮した。残った水相をEtOAcで抽出し、これを飽和NaHCO3溶液および飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を蒸発させ、粗生成物(3.0g)をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中10~80%酢酸エチル)により精製して、所望のモルホリン7a1.76g(60.7%)を無色固体として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.80
イオン化方法:ES+:[M+H]+=470.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.30 (s, 1H), 7.63 (s, 1H), 5.77 (dd, J= 10.42, 2.89 Hz, 1H), 4.61 (t, J=5.90 Hz, 1H), 4.00 (d, J=9.29 Hz, 1H), 3.74 (d, J=9.03 Hz, 1H), 3.53-3.41 (m, 2H), 2.83-2.63 (m, 3H), 2.26 (br d, J= 11.29 Hz, 1H), 2.21-2.07 (m, 1H), 1.80 (s, 3H), 1.14-1.00 (m, 21H), 0.97 (d, J=6.53 Hz, 6H).
7b:1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン(5bから)
MeOH150ml中の5b(6.38g、14.3mmol)の溶液に、AcOH8.62g(8.23ml、142.8mmol)、NEt32.90g(3.98ml、28.6mmol)およびイソプロピルアミン2.13g(3.09ml、35.7mmol)を室温で添加した。1時間後、シアノ水素化ホウ素ナトリウム3.78g(57.1mmol)を添加し、撹拌を室温で1時間、続いて65℃でさらに1時間続けた。混合物を室温に冷却し、飽和NaHCO3溶液150mlを添加し、MeOHを真空中で蒸発させた。水溶液をEtOAc350mlで抽出し、有機層を飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)により精製して、表題化合物7b3.18g(48.9%)を無色固体として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.76
イオン化方法:ES+:[M+H]+=456.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.32 (b s, 1H), 7.77 (d, J=8.07 Hz, 1H), 5.75 (dd, J=9.90, 2.81 Hz, 1H), 5.61 (d, J=8.07 Hz, 1H), 4.62 (t, J=5.93 Hz, 1H), 3.99 (d, J=9.29 Hz, 1H), 3.74 (d, J=9.17 Hz, 1H), 3.45 (dd, J=10.33, 6.05 Hz, 2H), 2.82 (br d, J=10.27 Hz, 1H), 2.64 - 2.77 (m, 2H), 2.24 (d, J=11.37 Hz, 1H), 2.03 - 2.13 (m, 1H), 1.00 - 1.10 (m, 21H), 0.96 (m, 6H).
7c:N-[9-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド(6cから)
6c7.5g(14.0mmol)から出発して、7a(6aから)について記載したプロトコールに従って表題化合物を合成した。シリカゲル(PE/EtOAc 4:1~1:1)上で最終精製した後、7cを無色固体(5.13g、63%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.09 (s, 1H), 11.56 (s, 1H), 8.22 (s, 1H), 5.80 (dd, J=9.79, 2.76 Hz, 1H), 4.60 (t, J=6.27 Hz, 1H), 4.09 (d, J=8.78 Hz, 1H), 3.71 (d, J=8.78 Hz, 1H), 3.48 (d, J=6.27 Hz, 2H), 2.98 (br d, J=10.04 Hz, 1H), 2.89-2.65 (m, 3H), 2.43 (t, J = 10.42 Hz, 1H), 2.34 (d, J=11.29 Hz, 1H), 1.13 (d, J=6.78 Hz, 6H), 1.08-1.01 (m, 21H), 0.99 (d, J=6.27 Hz, 6H).
7d:9-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-1H-プリン-6-オン(5dから)
出発化合物5d4.27g(9.1mmol)を、MeOH100mlに溶解した。NEt31.84g(2.53ml、18.1mmol)、AcOH5.44g(5.19ml、90.6mmol)およびイソプロピルアミン808mg(1.17ml、13.6mmol)を添加した後、溶液を室温で1時間撹拌した。シアノ水素化ホウ素ナトリウム1.80g(27.2mmol)を添加し、反応物を室温で30分間、60℃でさらに30分間撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。反応混合物に、飽和NaHCO3溶液100mlを添加し、MeOHを蒸発させた。残った水相をEtOAc250mlで抽出した。有機層を飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)により精製して、表題化合物7dを無色固体(2.68g、61.7%)として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.80
イオン化方法:ES+:[M+H]+=480.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.35 (br s, 1H), 8.31 (s, 1H), 8.06 (s, 1H), 5.91 (dd, J=9.90, 2.81 Hz, 1H), 4.57 (t, J=6.05 Hz, 1H), 4.11 (d, J=9.05 Hz, 1H), 3.77 (d, J=9.05 Hz, 1H), 3.40 - 3.50 (m, 2H), 2.94 - 3.02 (m, 1H), 2.67 - 2.87 (m, 2H), 2.54 - 2.63 (m, 1H), 2.33 (d, J=11.37 Hz, 1H), 0.97 - 1.11 (m, 27H).
〔実施例A.2〕
合成スキーム2
Figure 0007417529000046
8:[(2S,6R)-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-4-イソプロピル-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質7b6.00g(13.2mmol)を、乾燥ピリジン80mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル2.80g(2.32ml、19.75mmol)を添加し、反応物を20時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を蒸発させた後、残留物をEtOAcに溶解し、10%クエン酸溶液2×100ml、H2O、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した。有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、表題化合物7.99g(定量的)を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.23
イオン化方法:ES+:[M+H]+=560.5
9:[(2S,6R)-6-(4-アミノ-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-4-イソプロピル-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発化合物8(粗製物7.99g、13.2mmol)を、乾燥ACN200mlに溶解した。NEt322.88g(31.4ml、223.8mmol)および1H-1,2,4-トリアゾール11.13g(158.0mmol)を添加した後、溶液を0℃に冷却し、激しく撹拌しながら乾燥ACN50ml中のPOCl36.06g(3.68ml、39.5mmol)の溶液を添加した。氷浴を取り外し、溶液を2時間撹拌した。減圧下で、溶媒約200mlを蒸発させ、残った溶液を飽和NaCHO3溶液/H2O(1:1)500mlに注ぎ入れた。水性混合物をDCM150mlで3回抽出し、合わせた有機抽出物をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗中間体(9.1g、黄色泡状物)をACN200mlに溶解し、アンモニア水溶液(32%)100mlを添加した。反応溶液を室温で18時間撹拌し、そのときに完全な変換が達成された。溶媒を減圧下で除去し、H2O100mlを残留物に添加した。DCM2×200mlで抽出し、有機相をMgSO4で脱水し、溶媒を蒸発させて、粗化合物9 7.65g(定量的)を得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.02
イオン化方法:ES-:[M-H]-=557.4
10:[(2S,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-4-イソプロピル-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発化合物9 7.64g(13.2mmol)を、乾燥ピリジン130mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル2.90g(2.40ml、20.5mmol)を添加し、溶液を20時間撹拌し、そのときに完全な変換が達成された。溶媒を蒸発させた後、残留物をEtOAcに溶解し、10%クエン酸溶液2×100ml、H2O、飽和NaHOC3およびNaCl溶液で洗浄した。有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、粗生成物8.88gを得、これをシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、表題化合物(10)6.69g(76.7%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.29
イオン化方法:ES-:[M-H]-=661.5
7f:N-[1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
化合物10 3.63g(5.48mmol)を、ピリジン/EtOH(2:1)45mlに溶解した。0℃で、1M NaOH溶液27.4ml(27.4mmol)を添加した。溶液を0℃で30分間、室温でさらに3時間撹拌して完全な変換を達成した。pHを、クエン酸一水和物(およそ2.0g)を添加することにより約6に調整した。有機溶媒を35℃で除去し、水溶液をEtOAcで抽出した。有機相を10%クエン酸溶液150ml、H2O、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で3回洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を蒸発させた。得られた粗生成物(2.73g、黄色泡状物)をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中10~70%EtOAc)により精製して、表題化合物(7f)2.25g(73.4%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.89
イオン化方法:ES+:[M+H]+=559.5
〔実施例A.3〕
合成スキーム3
Figure 0007417529000047
11:[(2S,6R)-4-イソプロピル-6-(6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質7d2.68g(5.59mmol)、DIPEA2.53g(3.42ml、19.55mmol)およびDMAP0.34g(2.79mmol)を、乾燥DCM50mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル1.18g(0.97ml、8.38mmol)を添加し、反応物を18時間撹拌して完全な変換を達成した。MeOH20mlを添加した後、溶媒を蒸発させ、残留物をEtOAcに溶解し、10%クエン酸溶液2×100ml、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した。有機層相をMgSO4で脱水し、蒸発させて、表題化合物(11)3.47g(定量的、粗製)を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.18
イオン化方法:ES+:[M+H]+=584.4
12:[(2S,6R)-6-(6-クロロプリン-9-イル)-4-イソプロピル-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発化合物11(粗製物2.86g、4.90mmol)、N,N-ジメチルアニリン(1.28g、1.34ml、10.53mmol)およびテトラエチルアンモニウムクロリド(1.24g、7.35mmol)を、乾燥ACN30mlに溶解した。撹拌しながら、POCl31.70g(1.03ml、11.07mmol)を室温で添加し、溶液を3時間還流させた。室温に冷却した後、混合物を飽和NaHCO3溶液150mlに注ぎ入れ、固体NaHCO33.0gをさらに添加した。反応物を30分間撹拌し、DCM100mlで抽出した。層を分離し、水相をDCM50mlで2回抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲル(n-ヘプタン中0~50%EtOAc)上で精製した後、表題化合物12 1.52g(51.4%)を薄黄色泡状物として単離することができた。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.33
イオン化方法:ES+:[M+H]+=602.4
13:[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-イソプロピル-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
クロロプリン12(1.54g、2.56mmol)、ベンズアミド(646mg、3.84mmol)およびCs2CO3(1.25g、3.84mmol)を、ジオキサン30mlに溶解した。Pd(OAc)2(43mg、191.8μmol)およびキサントホス(111mg、191.8μmol)を添加した後、反応溶液をアルゴン下、100℃で1時間撹拌して完全な変換を達成した。反応物を室温に冷却し、EtOAc50mlで希釈した。溶液を濾過し、濾液を真空中で蒸発させた。粗生成物(2.48g)をシリカゲル(n-ヘプタン中10~100%EtOAc)上で精製して、所望の化合物13 1.29g(73.4%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.26
イオン化方法:ES+:[M+H]+=687.6
7e:N-[9-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
ベンゾエート13 1.00g(1.46mmol)を、7fについて記載したプロトコールに従って鹸化した。クロマトグラフィー精製することなく、表題化合物7e731mg(86.2%、粗製)を薄黄色泡状物として単離することができた。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.97
イオン化方法:ES+:[M+H]+=583.5
〔実施例A.4〕
合成スキーム4
Figure 0007417529000048
14a:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
第一級アルコール7a810mg(1.7mmol)およびNEt3873mg(1.20ml、8.6mmol)を、DCM30mlに溶解した。室温で、DMT-Cl716mg(2.1mmol)を添加し、反応物を室温で2時間撹拌した。DMT-Clをさらに0.6当量添加し、終夜撹拌した後、反応物は完全な変換を示した。粗生成物の溶液をシリカカラムに直接移し、n-ヘプタン中0~65%EtOAcで精製して、所望の生成物(14a)1.19g(89.0%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.38
イオン化方法:ES+:[M+H]+=772.5
14b:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
7b1.00g(2.2mmol)およびDIPEA1.42g(1.92ml、11.0mmol)を、DCM30mlに溶解した。DMT-クロリド948mg(2.7mmol)を添加し、反応物を室温で終夜撹拌して完全な変換を達成した。Isolute吸着剤を添加した後、有機溶媒を除去し、固体物質をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~75%EtOAc)上で精製して、DMT保護生成物(14b)1.61g(96.8%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.34
イオン化方法:ES+:[M+H]+=758.3
14c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
出発化合物7c1.00g(1.77mmol)を、14aについて記載したプロトコールに従って保護した。シリカゲル(DCM中0~5%MeOH)上で精製した後、所望の生成物(14c)を黄色泡状物(1.46g、94.8%)として単離した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.66
イオン化方法:ES+:[M+H]+=867.6
14e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発物質7e950mg(1.63mmol)を、DCM/ピリジン(1:1)10mlに溶解した。DCM20ml中のDMT-Cl733mg(2.12mmol)の溶液を添加した後、反応物を1.5時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を蒸発させた後、残留物をEtOAcに溶かし、H2Oで洗浄し、10%クエン酸溶液および飽和NaHCO3溶液で2回洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前処理;n-ヘプタン中0~50%EtOAc)上で精製して、DMT-エーテル14e1.20g(83.2%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.38
イオン化方法:ES-:[M-H]-=883.5
14f:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
出発物質7f2.25g(4.02mmol)を、14eについてのプロトコールに従って乾燥ピリジン中で保護した。シリカ上での最終クロマトグラフィー(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前処理;n-ヘプタン中0~80%EtOAc)の後、表題化合物(14f)3.35g(96.9%)を黄色泡状物として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.40
イオン化方法:ES+:[M+H]+=861.6
15a:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
TIPS保護モルホリン14a1.18g(1.5mmol)およびトリエチルアミン6.74g(9.26ml、66.0mmol)を、THF30mlに溶解した。室温で、NEt3・3HF12.23g(12.4ml、73.6mmol)を添加し、反応物を65℃で1時間撹拌した。室温で終夜静置した後、NMP10mlを添加し、反応物を65℃でさらに14時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で濃縮し、残ったNMP溶液をH2O/飽和NaHCO3溶液混合物(1:2)に添加した。水溶液をEtOAcで抽出し、有機層をH2Oおよび飽和NaCl溶液で3回洗浄した。MgSO4で脱水した後、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中1%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中10~100%酢酸エチル)により精製して、脱シリル化生成物15a645mg(68.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.67
イオン化方法:ES+:[M+H]+=616.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.53 - 7.58 (m, 1H), 7.41 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.20 - 7.31 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.82 (dd, J=9.66, 2.93 Hz, 1H), 4.61 (br s, 1H), 3.67 - 3.79 (m, 8H), 3.07 (s, 1H), 2.97 - 3.10 (m, 1H), 2.80 (br d, J=9.78 Hz, 1H), 2.63 - 2.76 (m, 2H), 2.17 - 2.31 (m, 2H), 1.69 (s, 3H), 0.95 (d, J=6.60 Hz, 6H).
15b:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
14b1.60g(2.1mmol)を、NMP20mlに溶解した。NEt34.73g(6.50ml、46.3mmol)およびNEt3・3HF8.41g(8.50ml、50.6mmol)を添加した後、混合物を室温で15時間、続いて65℃で5時間撹拌した。混合物を室温まで冷却し、続いて飽和NaHCO3溶液250mlおよびH2O250mlを添加した。EtOAc250mlで抽出した後、有機層をH2O(2×)および飽和NaCl溶液で洗浄した。有機相をMgSO4で脱水し、シリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、所望のアルコール15bを無色泡状物(1.16g、91.1%)として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.63
イオン化方法:ES+:[M+H]+=602.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (br s, 1H), 7.63 (d, J=8.07 Hz, 1H), 7.40 (br d, J=7.82 Hz, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.88 (d, J=8.56 Hz, 4H), 5.81 (br d, J=7.34 Hz, 1H), 5.62 (d, J=8.07 Hz, 1H), 4.62 (br s, 1H), 3.78 - 3.95 (m, 1H), 3.68 - 3.76 (m, 7H), 3.11 (d, J=9.05 Hz, 1H), 2.96 (br d, J=9.05 Hz, 1H), 2.82 (br d, J=10.27 Hz, 1H), 2.60 - 2.76 (m, 2H), 2.10 - 2.22 (m, 2H), 0.94 (d, J=6.36 Hz, 6H).
15c:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
TIPS保護アルコール14c1.44g(1.66mmol)を、THF17mlに溶解した。65%Pyr.・HF溶液1.27g(1.15ml、8.30mmol)を添加した後、反応混合物を室温で1時間撹拌した。激しく撹拌しながら、NaHCO30.9gおよびH2O10mlを添加し、撹拌を2時間続けた。THFを除去し、水溶液をDCM/iPrOH(4:1)で10回抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、15c0.83g(70.1%、粗製)を得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.11
イオン化方法:ES-:[M-H]-=709.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.09 (s, 1H), 11.67 (s, 1H), 8.05 (s, 1H), 7.38 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.18 - 7.30 (m, 7H), 6.85 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.92 (dd, J=8.99, 3.00 Hz, 1H), 4.64 (t, J=5.14 Hz, 1H), 3.71 - 3.84 (m, 8H), 2.90 - 3.08 (m, 3H), 2.55 - 2.83 (m, 4H), 2.31 - 2.47 (m, 1H), 1.12 (dd, J=6.79, 3.36 Hz, 6H), 0.96 (d, J=6.48 Hz, 6H).
15e:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発化合物14e1.20g(1.35mmol)およびNEt31.91g(2.63ml、18.90mmol)を、THF20mlに溶解した。NEt3・3HF3.59g(3.63ml、21.60mmol)を添加した後、溶液を65℃で加熱し、続いてさらなるNEt30.95g(1.32ml、9.45mmol)およびNEt3・3HF1.80g(1.82ml、10.8mmol)を添加した。完全な変換が達成されるまで(およそ10時間)反応混合物を65℃で撹拌した。室温に冷却した後、混合物をH2O/飽和NaHCO3溶液(1:1)150mlに注ぎ入れ、30分間撹拌した。水溶液を50DCMで3回抽出し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中10~100%EtOAc)の後、脱保護生成物15e835mg(84.9%)を無色泡状物として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.74
イオン化方法:ES+:[M+H]+=729.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.21 (br s, 1H), 8.74 (s, 1H), 8.54 (s, 1H), 8.04 (d, J=7.62 Hz, 2H), 7.62 - 7.67 (m, 1H), 7.52 - 7.58 (m, 2H), 7.37 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.15 - 7.29 (m, 7H), 6.82 (d, J=7.95 Hz, 4H), 6.16 (dd, J=9.17, 2.93 Hz, 1H), 4.67 (t, J=5.20 Hz, 1H), 3.86 - 3.96 (m, 1H), 3.79 (dd, J=11.00, 5.87 Hz, 1H), 3.69 - 3.73 (m, 6H), 3.01 - 3.15 (m, 2H), 2.90 - 2.99 (m, 2H), 2.68 - 2.84 (m, 2H), 2.40 (m, 1H), 1.00 (d, J=6.60 Hz, 6H).
15f:N-[1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
出発化合物14f3.35g(3.88mmol)を、15eについて記載した通りにNEt3・3HFで処理した。70℃で20時間の反応時間の後、完全な変換が達成された。15eの通りの後処理および最終精製をして、表題化合物15f2.57g(93.7%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.79
イオン化方法:ES+:[M+H]+=705.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.28 (br s, 1H), 8.10 (br d, J=7.58 Hz, 1H), 8.00 (d, J=7.69 Hz, 2H), 7.58 - 7.67 (m, 1H), 7.51 (t, J=7.64 Hz, 2H), 7.21 - 7.43 (m, 10H), 6.89 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.93 (dd, J=9.41, 2.69 Hz, 1H), 4.66 (t, J=5.26 Hz, 1H), 3.91 (dd, J=10.94, 4.22 Hz, 1H), 3.71 - 3.77 (m, 7H), 3.19 (d, J=9.05 Hz, 1H), 2.92 - 3.06 (m, 2H), 2.65 - 2.79 (m, 2H), 2.18 (d, J=11.49 Hz, 1H), 2.07 (t, J= 10.21 Hz, 1H), 0.95 (d, J=6.36 Hz, 6H).
16a:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
乾燥DCM15ml中の15a624mg(1.0mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン401.0mg(513μl、3.0mmol)の溶液に、2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルクロロホスホルアミダイト370.9mg(349.6μl、1.5mmol)をアルゴン雰囲気下、室温で添加した。1時間撹拌した後、反応物を、n-ブタノール200μlを添加することによりクエンチし、撹拌を10分間続けた。反応溶液をH2Oで洗浄し、水相をDCMで1回抽出した。有機層をMgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中10~100%メチル-tert.ブチルエーテル)により精製して、所望のホスホルアミダイト(ジアステレオマーの混合物)16a668mg(80.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法B-2:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.82
イオン化方法:ES+:[M]+=733.1(M-iPr2N+OH+H+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.37,11.36 (2 x s, 1H), 7.60, 7.56 (2 x s, 1H), 7.41 (m, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.83 - 6.90 (m, 4H), 5.88 (m, 1H), 3.84 - 4.05 (m, 2H), 3.74 (s, 6H), 3.54 - 3.73 (m, 2H), 3.40 - 3.54 (m, 2H), 3.14 (m, 1H), 2.95 - 3.05 (m, 1H), 2.57 - 2.84 (m, 5H), 2.15 - 2.37 (m, 2H), 1.76, 1.73 (2 x s, 3H), 0.93 - 1.14 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,1, 147,6.
16b:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル
16aについて記載したプロトコールに従って表題化合物を製造した。第一級アルコール15b1.95g(3.2mmol)から出発して、シリカゲル(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~80%EtOAc)上で精製した後、所望のホスホルアミダイト16b1.70g(65.7%)を無色泡状物として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.85
イオン化方法:ES+:[M]+=719.2(M-iPr2N+OH+H+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (br s, 1H), 7.67, 7.63 (2 x d, J=8.19 Hz, 1H), 7.35 - 7.44 (m, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.84 - 6.89 (m, 4H), 5.81 - 5.89 (m, 1H), 5.67, 5.63 (2 x d, J=8.13 Hz, 1H), 3.89 - 4.08 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.54 - 3.72 (m, 2H), 3.41 -3.54 (m, 2H), 3.16 (d, J=9.05 Hz, 1H), 2.96 (t, J=9.05 Hz, 1H), 2.84 (br d, J=10.15 Hz, 1H), 2.55 - 2.76 (m, 4H), 2.10 - 2.33 (m, 2H), 0.89 - 1.12 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,3, 147,6.
16c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
アルコール15c100mg(141μmol)、モレキュラーシーブ(4Å)0.2gおよびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド12.7mg(70μmol)を、乾燥DCM2.5mlに溶解した。Ar雰囲気下で、2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロ-ジアミダイト42.8mg(45μl、138μmol)を添加し、溶液を室温で2時間撹拌して完全な変換を達成した。飽和NaHCO3溶液を添加した後、有機相を分離し、水相をDCMで抽出した。合わせた有機層を飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(DCM+0.5%NEt3で事前調整、DCM中0~10%MeOH)上で精製して、表題化合物(16c)87mg(67.9%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.50、2.52
イオン化方法:ES+:[M-iPr2N+OH+H]+=828.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.08 (br s, 1H), 11.62 (br s, 1H), 8.09, 8.04 (2 x s, 1H), 7.33 - 7.40 (m, 2H), 7.18 - 7.29 (m, 7H), 6.81 - 6.87 (m, 4H), 5.91 (m, 1H), 3.93 -4.07 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.54 - 3.72 (m, 2H), 3.39 - 3.50 (m, 2H), 3.11 (m, 1H), 2.92 -3.07 (m, 2H), 2.54 - 2.81 (m, 6H), 2.26 - 2.38 (m, 1H), 0.94 - 1.16 (m, 18H), 0.83 - 0.91 (m, 6H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,5, 146,7.
16e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
15e820mg(1.13mmol)およびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド584mg(3.38mmol)を、乾燥DCM20mlに溶解した。Ar雰囲気下で、2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト524mg(1.69mmol)を添加し、溶液を室温で撹拌した。終夜撹拌した後、H2O50mlを添加し、層を分離した。水層をDCM30mlで1回抽出し、合わせた有機相をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%MTB-エーテル/DCM(1:1))により精製して、表題化合物(16e)913mg(87.3%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.19 (s, 1H), 8.76, 8.74 (2 x s, 1H), 8.61, 8.59 (2 x s, 1H), 8.04 (d, J=8.09 Hz, 2H), 7.64 (t, J=7.37 Hz, 1H), 7.51 - 7.60 (m, 2H), 7.37 (m, 2H), 7.16 - 7.28 (m, 7H), 6.77 - 6.84 (m, 4H), 6.19 (m, 1H), 3.98 - 4.15 (m, 2H), 3.71 (2 x s, 6H), 3.56 - 3.69 (m, 2H), 3.41 - 3.56 (m, 2H), 3.03 - 3.17 (m, 2H), 2.89 - 3.01 (m, 2H), 2.74 - 2.88 (m, 2H), 2.70 (t, J=6.15 Hz, 1H), 2.59 (m, 1H), 2.36 (m, 1H), 0.92 - 1.18 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,0, 146,7.
16f:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
第一級アルコール15f550mg(0.78mmol)を、16eについて記載したプロトコールに従ってホスフィチル化した。シリカゲル(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%MTB-エーテル/DCM(1:1))上でクロマトグラフィー精製した後、16f560mg(79.3%)を無色泡状物として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.29 (br s, 1H), 8.12 (2 x d, J=7.50 Hz, 1H), 7.98 - 8.04 (m, 2H), 7.63 (t, J=7.40 Hz, 1H), 7.48 - 7.55 (m, 2H), 7.36 - 7.45 (m, 3H), 7.21 - 7.35 (m, 7H), 6.88 (2 x d, J=8.89, 4H), 5.95, 6.01 (2 x m, 1H), 3.89 - 4.14 (m, 2H), 3.74, 3.75 (2 x s, 6H), 3.55 - 3.72 (m, 2H), 3.39 - 3.55 (m, 2H), 3.24 (d, J=8.85 Hz, 1H), 2.93 -3.05 (m, 2H), 2.68 - 2.87 (m, 3H), 2.55 - 2.64 (m, 1H), 2.10 - 2.23 (m, 2H), 0.90 - 1.22 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,4, 146,7.
〔実施例A.5〕
合成スキーム5
Figure 0007417529000049
17a:[(2S,6R)-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
遊離アルコール7a810mg(1.7mmol)を、DCM20mlに溶解した。DIPEA1.14g(1.45ml、8.6mmol)および塩化ベンゾイル294mg(243μl、2.1mmol)を添加した後、溶液を室温で2時間撹拌した。完全な変換に到達させるために、さらなる塩化ベンゾイル0.2当量を添加し、撹拌を18時間続けた。反応溶液を、n-ヘプタン中0~65%EtOAcで溶出するシリカゲルカラムに直接移した。ベンゾイル化生成物17a726mg(73.3%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.29
イオン化方法:ES+:[M+H]+=574.3
17b:[(2S,6R)-6-(3-ベンゾイル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-4-イソプロピル-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
第一級アルコール7b1.45g(3.18mmol)を、17aに記載した通りに塩化ベンゾイルで処理して、モノ-およびジベンジル化生成物の混合物を得た。したがって、反応混合物を蒸発させ、粗生成物をピリジン30mlに溶解した。塩化ベンゾイル565mg(3.98mmol)および触媒量のDMAPを添加した後、反応溶液を室温で4時間撹拌した。溶媒を蒸発させた後、残留物をEtOAcに溶解し、10%クエン酸および飽和NaCl溶液で洗浄した。有機層をMgSO4で脱水し、溶媒を除去した。シリカ上での最終クロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~35%EtOAc)により、ジベンゾイル化生成物17b1.64g(77.8%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.67
イオン化方法:ES+:[M+H]+=664.4
17c:[(2S,6R)-4-イソプロピル-6-[2-(2-メチルプロパノイルアミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発化合物7c0.89g(1.58mmol)を、ピリジン30mlに溶解した。塩化ベンゾイル246mg(203μl、1.73mmol)を添加した後、反応溶液を室温で終夜撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。H2Oで洗浄した後、有機相を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。シリカ(DCM中0~5%MeOH)上で最終精製して、表題化合物17cを無色泡状物(1.01g、95.4%)として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.28
イオン化方法:ES+:[M+H]+=669.2
18a:[(2R,6R)-2-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
THF15ml中の17a720mg(1.25mmol)の溶液を、ピリジン-フッ化水素1.34g(1.22ml、8.8mmol)で処理した。室温で1時間撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO3溶液で処理してpH7.5に到達させた。溶媒を減圧下で濃縮し、水溶液をDCMで2回抽出した。有機層をMgSO4で脱水し、溶媒を除去した。粗生成物をトルエン50mlと2回共蒸留し、残った残留物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、所望の生成物(18a)502mg(95.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.30
イオン化方法:ES+:[M+H]+=418.2
18b:[(2R,6R)-6-(3-ベンゾイル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル17b1.64g(2.47mmol)を、18aについて記載したプロトコールに従って脱シリル化して、所望の生成物18b1.33gを粗生成物として得、これをクロマトグラフィー精製することなく次の工程に使用した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.81
イオン化方法:ES+:[M+H]+=508.2
18c:[(2R,6R)-2-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-6-[2-(2-メチルプロパノイルアミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
17c1.0g(1.49mmol)を、DMF10mlに溶解した。NEt31.53g(2.10ml、15.0mmol)およびNEt3・3HF1.48g(1.49ml、9.0mmol)を添加した後、反応溶液を90℃で2時間撹拌した。混合物を室温に冷却した後、NaHCO32.5gおよびH2O10mlを添加し、反応混合物を2時間撹拌した。溶媒を真空中で蒸発させ、残留物を、DCM/iPrOH25mlに溶解し、H2Oで洗浄した。有機相を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(DCM中0~10%MeOH)上で精製して、脱シリル化生成物18c245mg(32.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.45
イオン化方法:ES+:[M+H]+=513.1
18e:[(2R,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル13 1.23g(1.79mmol)を、18aについて記載したプロトコールに従って脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)の後に、表題化合物(18e)939mg(98.8%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.60
イオン化方法:ES-:[M-H]-=529.3
18f:[(2R,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル10 3.63g(5.48mmol)を、18aについて記載したプロトコールに従って脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中5%MeOH)の後に、表題化合物(18f)2.45(88.4%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.53
イオン化方法:ES+:[M+H]+=507.3
19a:[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発化合物18a497mg(1.2mmol)を、DCM15mlに溶解した。DIPEA502mg(643μl、3.8mmol)およびDMT-Cl659mg(1.90mmol)を添加した後、反応溶液を室温で2時間撹拌した。反応混合物を真空中で蒸発させ、粗生成物をシリカゲル(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製した。DMT保護生成物19aを無色泡状物(779mg、90.9%)として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.14
イオン化方法:ES+:[M+H]+=720.4
19b:[(2R,6R)-6-(3-ベンゾイル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
第一級アルコール18b1.30g(2.41mmol)およびNEt3492mg(676μl、4.82mmol)を、DCM20mlに溶解した。DMT-Cl925mg(2.65mmol)を添加した後、反応物を室温で6時間撹拌し、続いてさらなるDMT-Cl925mg(2.65mmol)を添加した。反応物を72時間撹拌した。n-プロパノール2.0mlを添加した後、溶液を10分間撹拌した。混合物をH2Oで洗浄し、有機層を分離した。MgSO4で脱水した後、溶媒を真空中で除去した。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~25%EtOAc)により精製して、所望のDMT-エーテル19b1.74g(89.2%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.25
イオン化方法:ES+:[M+H]+=810.3
19c:[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-[2-(2-メチルプロパノイルアミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発アルコール18c240mg(468μmol)を、DCM5.0mlに溶解した。NEt395.7mg(131.5μl、936μmol)およびDMT-Cl180mg(515μmol)を添加した後、反応物を室温で3日間撹拌して完全な変換を達成した。n-プロパノール2.0mlを添加した後、溶液を10分間撹拌した。混合物をH2Oで洗浄し、有機層を分離した。MgSO4で脱水した後、溶媒を真空中で除去した。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~25%EtOAc)により精製して、所望のDMT-エーテル19c303mg(79.4%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.93
イオン化方法:ES-:[M-H]-=813.2
19e:[(2R,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質18e934mg(1.76mmol)を、DMC/ピリジン(1:1)20mlに溶解した。DMT-Cl974mg(2.82mmol)を添加した後、反応溶液を室温で17時間撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解し、H2O、2×10%クエン酸、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した。有機相をMgSO4で脱水し、蒸発させた。得られた粗生成物(1.77g)を、EtOAc/ジエチルエーテル(1:2)20mlに溶解した。n-ペンタン40mlを添加した後、沈殿物を遠心分離し、上澄み液を廃棄した。沈殿手順をさらに2回繰り返して、所望のDMT-エーテル19eを無色固体として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.07
イオン化方法:ES-:[M-H]-=831.5
19f:[(2R,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
18f2.45g(4.84mmol)を、ピリジン40mlに溶解した。DMT-Cl2.51g(7.26mmol)を添加した後、反応混合物を室温で4日間撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解し、H2O、2×10%クエン酸、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した。有機相をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲル(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、表題化合物19f3.69g(94.3%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.14
イオン化方法:ES-:[M-H]-=807.4
20a:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
ベンゾイルエステル19a(775mg、1.1mmol)を、THF-メタノール(4:1)20mlに溶解した。室温で、2N NaOH水溶液4.31ml(8.6mmol)を添加し、反応物を90分間撹拌した。クエン酸一水和物を添加することにより、pHを7~8の間に調整し、次いで溶媒を減圧下で除去した。残留物をDCMおよびH2Oに溶かした。有機層を分離し、水相をDCMで抽出した。合わせた有機相をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中5~100%EtOAc)により精製して、所望の生成物(20a)663mg(定量的)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.73
イオン化方法:ES+:[M+H]+=616.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.29 (s, 1H), 7.60 (d, J=1.10 Hz, 1H), 7.39 (d, J=6.93 Hz, 2H), 7.19 - 7.33 (m, 7H), 6.88 (d, J=8.68 Hz, 4H), 5.60 (dd, J=9.96, 2.87 Hz, 1H), 4.64 (t, J=5.93 Hz, 1H), 3.74 (m, 6H), 3.53 - 3.60 (m, 1H), 3.44 - 3.52 (m, 1H), 3.32 - 3.37 (m, 1H), 3.09 (d, J=8.56 Hz, 1H), 2.76 (br d, J=11.62 Hz, 1H), 2.61 - 2.72 (m, 2H), 2.37 (d, J=11.49 Hz, 1H), 2.10 (t, J=10.45 Hz, 1H), 1.78 (s, 3H), 0.84 - 0.96 (m, 6H).
20b:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
出発化合物19b1.40g(1.73mmol)を、MeOH80mlに溶解した。室温で、MeOH中NaOMeの0.5M溶液13.83ml(6.91mmol)を添加し、反応溶液を2時間撹拌して完全な変換を達成した。クエン酸0.92gを添加した後、溶媒を除去した。残留物をH2Oに溶かし、水性混合物をDCM/iPrOH(4:1)で3回抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、所望の化合物20b0.85g(81.2%、粗製)を得、これをさらに精製することなく以下の工程で使用した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.04
イオン化方法:ES+:[M+H]+=602.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.31 (s, 1H), 7.75 (d, J=8.07 Hz, 1H), 7.39 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.10 - 7.33 (m, 8H), 6.88 (d, J=8.31 Hz, 4H), 5.55 - 5.64 (m, 2H), 4.66 (t, J=5.93 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.57 (dd, J=11.31, 6.79 Hz, 1H), 3.46 (br dd, J= 11.25, 5.14 Hz, 1H), 3.08 (d, J=8.56 Hz, 1H), 2.54 - 2.79 (m, 3H), 2.32 - 2.39 (m, 1H), 1.95 - 2.13 (m, 1H), 0.86 - 0.98 (m, 6H).
20c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
出発物質19c260mg(319μmol)を、EtOH10mlに溶解した。1M NaOH溶液1.0ml(1.0mmol)を添加した後、溶液を室温で4時間撹拌して完全な変換を達成した。溶液を1M HClで中和し、溶媒を真空中で除去した。残留物をH2Oに溶解し、DCMで抽出した。有機相を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。シリカ(DCM中0~10%MeOH)上で最終精製して、所望のアルコール20c114mg(50.3%)を黄色固体として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.36
イオン化方法:ES-:[M-H]-=709.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.08 (s, 1H), 11.52 (s, 1H), 8.20 (s, 1H), 7.35 -7.43 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.83 - 6.92 (m, 4H), 5.56 (dd, J=9.60, 2.75 Hz, 1H), 4.59 - 4.66 (m, 1H), 3.73 (2 x s, 6H), 3.51 - 3.62 (m, 2H), 3.43 - 3.50 (m, 1H), 2.88 - 3.02 (m, 3H), 2.70 - 2.82 (m, 2H), 2.30 - 2.39 (m, 1H), 1.11 (m, 6H), 1.01 (d, J=6.48 Hz, 3H), 0.97 (d, J=6.48 Hz, 3H).
20e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発化合物19e(1.27g、1.52mmol)を、EtOH/ピリジン(1:1)14mlに溶解した。0℃で、1M NaOH溶液7.59ml(15.19mmol)を添加し、反応混合物を室温で1.5時間撹拌した。pHを、クエン酸一水和物(958mg)を添加することにより7に調整した後、H2O70mlおよびEtOAcを添加した。有機層を分離し、10%クエン酸溶液(3×)、H2O、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、有機相を蒸発させて、粗生成物1.08gを無色泡状物として得、これをEtOAc/ジエチルエーテル(1:1)20mlに溶解した。n-ペンタン40mlを添加した後、沈殿物を遠心分離し、上澄み液を廃棄した。沈殿手順をさらに2回繰り返して、表題化合物(20e)964mg(87.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.42
イオン化方法:ES-:[M-H]-=727.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.18 (s, 1H), 8.71 (s, 1H), 8.69 (s, 1H), 8.05 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.61 - 7.68 (m, 1H), 7.56 (t, J=7.58 Hz, 2H), 7.45 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.28 - 7.36 (m, 6H), 7.20 - 7.28 (m, 1H), 6.90 (dd, J=8.99, 2.26 Hz, 4H), 5.89 (dd, J=9.84, 2.63 Hz, 1H), 4.69 (t, J=5.99 Hz, 1H), 3.75 (s, 6H), 3.45 - 3.61 (m, 3H), 3.24 - 3.30 (m, 1H), 3.00 (br d, J=10.15 Hz, 1H), 2.85 (br d, J=11.62 Hz, 1H), 2.60 - 2.78 (m, 2H), 2.45 - 2.55 (m, 1H), 0.98 (br d, J=6.48 Hz, 3H), 0.95 (br d, J=6.48 Hz, 3H).
20f:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
19f3.68g(4.55mmol)を、20eについて記載した手順に従って鹸化した。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中20~100%EtOAc)により精製して、20f1.72g(53.5%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.81
イオン化方法:ES-:[M-H]-=703.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.24 (s, 1H), 8.29 (d, J=7.46 Hz, 1H), 8.01 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.62 (t, J=7.40 Hz, 1H), 7.51 (t, J=7.70 Hz, 2H), 7.20 - 7.41 (m, 10H), 6.88 (dd, J=8.99, 2.38 Hz, 4H), 5.68 (dd, J=9.35, 2.38 Hz, 1H), 4.71 (t, J=6.11 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.58 - 3.69 (m, 1H), 3.48 - 3.58 (m, 1H), 3.35 - 3.43 (m, 1H), 3.11 (d, J=8.56 Hz, 1H), 2.79 - 2.95 (m, 2H), 2.66 - 2.76 (m, 1H), 2.39 - 2.47 (m, 1H), 1.91 - 2.00 (m, 1H), 0.96 (d, J=6.54 Hz, 3H), 0.94 (d, J=6.54 Hz, 3H).
21a:3-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]-オキシプロパンニトリル
出発物質20a764mg(1.2mmol)を、16a(スキーム4)についてのプロトコールに従って、所望のホスホルアミダイト21aに変換した。842mg(83.2%、ジアステレオマーの混合物)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.34, 11.32 (2 x s, 1H), 7.59, 7.54 (2 x d, J=1.10 Hz, 1H), 7.36 - 7.43 (m, 2H), 7.20 - 7.34 (m, 7H), 6.89 (m, 4H), 5.59 - 5.75 (m, 1H), 3.44 -3.95 (m, 6H), 3.74 (s, 6H), 3.36 (m, 1H), 3.22 (m, 1H), 2.60 - 2.85 (m, 5H), 2.36 (m, 1H), 2.18 (m, 1H), 1.78 (2 x d, J=8.69 Hz, 3H), 0.83 - 1.17 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,6, 148,3.
21b:3-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル
16bについてのプロトコールに従って、対応するアルコール20b1.36g(2.26mmol)から出発して、表題化合物21bを合成した。表題化合物1.09g(60.1%)を無色泡状物として単離した。
LCMS-方法B-1:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.80
イオン化方法:ES+:[M-NiPr2+OH+H]+=718.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.32 (br s, 1H), 7.71, 7.66 (2 x s, J= 8.13 Hz, 1H), 7.35 - 7.42 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.83 - 6.92 (m, 4H), 5.60 - 5.70 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.43 - 3.95 (m, 6H), 3.29 - 3.39 (m, 1H), 3.22 (m, 1H), 2.59 - 2.83 (m, 5H), 2.33 (m, 1H), 2.13 (m, 1H), 0.84 - 1.21 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,5, 148,3.
21c:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
16cの合成について記載したプロトコールに従って、出発化合物20c40mg(56μmol)から、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%メチル-tert-ブチルエーテル、カラムはn-ヘプタン+1%NEt3で事前調整)の後に、所望のホスホルアミダイト21c23mg(44.9%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.57
イオン化方法:ES+:[M-NiPr2+OH+H]+=828.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.70 - 12.30 (b s, 1H), 11.53 (b s, 1H), 8.05 (s, 1H), 7.35 - 7.45 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.82 - 6.91 (m, 4H), 5.54 - 5.68 (m, 1H), 3.80 - 3.93 (m, 0.5H), 3.73, 3.72 (2 x s, 6H), 3.68 - 3.76 (m, 1.5H), 3.60 - 3.67 (m, 2H), 3.35 -3.60 (m, 4H), 3.12 (m, 1H), 2.57 - 2.98 (m, 7H), 0.92 - 1.13 (m, 24H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147.6, 147.4.
21e:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
20e950mg(1.30mmol)から出発して、16e(スキーム4)について記載したプロトコールに従って表題化合物を製造して、21e1.10g(91.0%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.19 (br s, 1H), 8.73, 8.71 (2 x s, 1H), 8.63, 8.59 (2 x s, 1H), 8.04 (d, J=7.65 Hz, 2H), 7.64 (t, J=7.34 Hz, 1H), 7.55 (t, J=7.43 Hz, 2H), 7.44 (d, J=7.78 Hz, 2H), 7.21 - 7.35 (m, 7H), 6.86 - 6.93 (m, 4H), 5.89 - 5.99 (m, 1H), 3.80 -4.15 (m, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.63 - 3.72 (m, 2H), 3.31 - 3.60 (m, 5H), 3.01 (br d, J=10.79 Hz, 1H), 2.66 - 2.90 (m, 4H), 2.59 - 2.64 (m, 1H), 2.42 - 2.47 (m, 1H), 0.91 - 1.12 (m, 18H). 31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,6, 147,5.
21f:N-[1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-イソプロピル-モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
20f620mg(0.88mmol)から出発して、16e(スキーム4)について記載したプロトコールに従って表題化合物を製造して、21f681mg(85.5%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) d[ppm]: 11.28 (br s, 1H), 8.12 - 8.23 (2 x d, J= 7.47 Hz, 1H), 8.01 (d, J=7.65 Hz, 2H), 7.58 - 7.67 (m, 1H), 7.51 (t, J=7.58 Hz, 2H), 7.35 - 7.42 (m, 3H), 7.20 - 7.35 (m, 7H), 6.83 - 6.93 (m, 4H), 5.71 - 5.80 (2 x dd, J=9.49, 2.54 Hz, 1H), 3.44 - 4.00 (m, 6H), 3.74 (s, 6H), 3.38 (m, 1H), 3.24 - 3.33 (m, 1H), 2.60 - 2.94 (m, 5H), 2.33 -2.48 (m, 1H), 2.01 - 2.09 (m, 1H), 1.02 - 1.23 (m, 12H), 0.83 - 1.00 (m, 6H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,5, 147,4.
〔実施例A.6〕
合成スキーム6
Figure 0007417529000050
22a:1-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
無水ピリジン240ml中の出発化合物4a23.7g(53.4mmol)の溶液に、DMT-Cl23.13g(80mmol)をN2雰囲気下、室温で添加した。12時間撹拌した後、溶媒を真空中で除去し、残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 10:1~1:1)により精製して、所望のDMT保護生成物(22a)16.3g(41%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.34 (s, 1H), 7.50 (d, J=0.75 Hz, 1H), 7.42-7.37 (m, 2H), 7.32 (t, J=7.53 Hz, 2H), 7.29-7.22 (m, 6H), 6.90 (dd, J=8.91, 2.13 Hz, 4H), 5.89 (d, J=7.28 Hz, 1H), 5.45 (d, J=6.53 Hz, 1H), 5.15 (d, J=5.02 Hz, 1H), 4.48-4.39 (m, 1H), 4.31 (t, J=5.14 Hz, 1H), 3.86-3.80 (m, 1H), 3.74 (s, 6H), 1.28 (s, 3H), 0.98-0.83 (m, 22H).
22b:1-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
無水ピリジン750ml中の化合物4b(75g、174mmol)の溶液に、DMT-Cl(70.8g、209mmol)をN2雰囲気下、室温で添加した。混合物を12時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で除去し、残留物を水500mlで希釈し、EtOAc3×500mlで抽出した。有機層をブラインで洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。得られた粗生成物をシリカゲル上でのフラッシュクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1~EtOAc/MeOH 20:1)により精製して、22b80g(62.6%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (s, 1H), 7.61 (d, J=8.28 Hz, 1H), 7.42-7.36 (m, 2H), 7.32 (t, J=7.65 Hz, 2H), 7.28-7.19 (m, 5H), 6.90 (d, J=8.03 Hz, 4H), 5.83 (d, J=6.53 Hz, 1H), 5.48 (d, J=6.02 Hz, 1H), 5.27 (d, J=8.03 Hz, 1H), 5.21 (d, J=5.27 Hz, 1H), 4.33-4.26 (m, 1H), 4.22 (q, J=6.02 Hz, 1H), 3.89-3.79 (m, 2H), 3.74 (s, 6H), 3.24 (d, J=10.04 Hz, 1H), 1.01-0.84 (m, 21H).
22c:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパン-アミド
22bについて記載したプロトコールに従って、4c55.8g(103mmol)をピリジン中DMT-Clで保護して、22c50.0g(57.4%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.12 (br s, 1H), 11.67 (br s, 1H), 7.99-7.83 (m, 1H), 7.38 (br d, J=7.28 Hz, 2H), 7.32-7.13 (m, 8H), 6.84 (dd, J=8.78, 2.26 Hz, 4H), 5.86 (d, J=7.03 Hz, 1H), 5.70-5.45 (m, 1H), 5.18 (br s, 1H), 4.73-4.62 (m, 1H), 4.25 (br d, J=4.77 Hz, 1H), 3.97 (br d, J=10.29 Hz, 1H), 3.84 (br d, J=10.29 Hz, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.20 (br d, J=10.04 Hz, 1H), 2.76 (dt, J=13.61, 6.87 Hz, 1H), 1.12 (d, J=6.78 Hz, 6H), 1.01-0.87 (m, 21H).
22e:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
22bについて記載したプロトコールに従って、4e57.0g(102mmol)をピリジン中DMT-Clで保護して、22eを無色固体(70.0%)として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.22 (s, 1H), 8.68-8.58 (m, 1H), 8.49 (s, 1H), 8.05 (d, J=7.28 Hz, 2H), 7.70-7.60 (m, 1H), 7.59-7.50 (m, 2H), 7.43 (d, J=7.28 Hz, 2H), 7.33-7.17 (m, 7H), 6.86 (dd, J=8.91, 1.38 Hz, 4H), 6.00 (d, J=7.28 Hz, 1H), 5.53 (d, J=6.78 Hz, 1H), 5.32 (d, J=4.89 Hz, 1H), 5.00-4.87 (m, 1H), 4.34 (t, J=4.89 Hz, 1H), 4.08-4.04 (m, 1H), 3.98 (d, J=10.79 Hz, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.40 (d, J=9.54 Hz, 1H), 3.30 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 1.12-0.93 (m, 21H).
23a:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
アセトン/H2O(3:1)250ml中の出発物質22a12.6g(16.9mmol)の溶液に、H2O(60ml)中のNaIO45.05g(23.6mmol)の水溶液を室温で滴下添加した。混合物を12時間撹拌して完全な変換に到達させ、氷水500mlに注ぎ入れた。混合物をDCM500mlで3回抽出した。有機層を合わせ、ブラインで洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、所望の生成物23a11.20g(87%)を白色泡状物として得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.62-11.33 (m, 1H), 7.80-7.65 (m, 1H), 7.57-7.38 (m, 3H), 7.33-7.13 (m, 9H), 6.88-6.73 (m, 5H), 6.08-5.86 (m, 1H), 5.71-5.51 (m, 1H), 5.24-5.06 (m, 1H), 5.01-4.94 (m, 1H), 4.29-4.16 (m, 1H), 3.75-3.70 (m, 7H), 3.34-3.24 (m, 1H), 3.06-2.81 (m, 1H), 2.02-1.59 (m, 2H), 1.03 (m, 1H), 1.09-0.74 (m, 21H).
23b:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
23aについて記載したプロトコールに従って、ジオール22b77.0g(105mmol)から、表題化合物23b80g(定量的、粗生成物)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.67-11.36 (m, 1H), 7.87-7.77 (m, 1H), 7.76-7.67 (m, 1H), 7.55-7.41 (m, 2H), 7.39-7.20 (m, 8H), 6.94-6.81 (m, 4H), 5.94-5.87 (m, 1H), 5.78-5.63 (m, 1H), 5.59-5.51 (m, 1H), 5.25-5.08 (m, 1H), 5.07-4.99 (m, 1H), 4.32-4.20 (m, 1H), 3.82-3.70 (m, 6H), 3.34-3.26 (m, 1H), 3.15-3.04 (m, 1H), 2.95-2.86 (m, 1H), 1.14-0.81 (m, 22H).
23c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
23aについて記載したプロトコールに従って、ジオール22c50.0g(59mmol)から、表題化合物23c47g(96.1%、粗生成物)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.25-12.06 (m, 1H), 11.78-11.55 (m, 1H), 8.19 (d, J=8.78 Hz, 1H), 7.44 (br d, J=7.28 Hz, 1H), 7.38 (br d, J=6.53 Hz, 1H), 7.34-7.14 (m, 10H), 6.99 (d, J=6.78 Hz, 1H), 6.90-6.71 (m, 5H), 6.05-5.98 (m, 1H), 5.74 (d, J=7.78 Hz, 1H), 5.61-5.53 (m, 1H), 5.48 (q, J=6.78 Hz, 1H), 5.24-5.17 (m, 1H), 5.06 (d, J=6.53 Hz, 1H), 4.35-4.22 (m, 1H), 3.83 (br d, J=11.54 Hz, 1H), 3.72 (d, J=3.26 Hz, 7H), 3.27 (br d, J=9.29 Hz, 1H), 3.29-3.23 (m, 1H), 3.12-3.04 (m, 1H), 2.91-2.75 (m, 1H), 1.22-0.76 (m, 29H).
23e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
23aについて記載したプロトコールに従って、ジオール22e78.0g(90.6mmol)から、表題化合物23e75.2g(94.6%、粗生成物)を白色固体として得た。
MS (m/z) = 876,2 [M+H]+
24a:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
無水MeOH44ml中の出発化合物23a2.6g(3.4mmol)の溶液に、(NH4247.4H2O0.98g(3.7mmol)をN2雰囲気下、室温で添加した。混合物を2時間撹拌し、続いてAcOH0.45g(6.8mmol)、4Åモレキュラーシーブ5.0gおよびNaBH3CN0.47g(6.8mmol)を添加した。室温で12時間撹拌した後、TLCは、出発物質が完全に消費されたことを示した。溶媒を真空中で除去し、残留物をシリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 4:1~1:1)により精製して、所望のモルホリン24a1.59g(64%)を白色泡状物として得た。
MS (m/z) = 752,5 [M+Na]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.39 (s, 1H), 7.62 (s, 1H), 7.43 (br d, J=7.28 Hz, 2H), 7.33-7.23 (m, 8H), 6.84 (d, J=8.78 Hz, 5H), 5.86 (br dd, J=9.91, 2.64 Hz, 1H), 5.89-5.81 (m, 1H), 4.13 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 3.96 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 3.72 (d, J=0.75 Hz, 6H), 3.06 (br d, J=9.29 Hz, 1H), 2.97 (br d, J=9.03 Hz, 1H), 2.93-2.78 (m, 2H), 2.76-2.57 (m,
3H), 1.76 (s, 3H), 0.98-0.87 (m, 22H).
24b:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
無水MeOH85ml中の化合物23b(5.0g、6.7mmol)の溶液に、(NH4247・4H2O(1.93g、7.6mmol)をN2雰囲気下、25℃で添加した。混合物を2時間撹拌し、続いてAcOH0.80g(13.4mmol)、4Åモレキュラーシーブ10gおよびNaBH3CN0.84g(13.4mmol)を添加した。12時間撹拌した後、混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮した。残留物を氷水で希釈し、EtOAc50mlで3回抽出した。有機層を合わせ、ブラインで洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。粗生成物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 10:1~1:1)により精製して、表題化合物24bを白色泡状物(94%)として得た。
MS (m/z) = 738,5 [M+H]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.44 (br s, 1H), 7.75 (d, J=8.07 Hz, 1H), 7.45 (br d, J=7.34 Hz, 2H), 7.37-7.20 (m, 7H), 6.89 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.88 (br dd, J=10.03, 2.45 Hz, 1H), 5.73 (d, J=8.07 Hz, 1H), 4.17 (br d, J=9.78 Hz, 1H), 4.11-4.02 (m, 2H), 3.77 (d, J=0.73 Hz, 6H), 3.12 (br d, J=9.05 Hz, 1H), 3.02-2.83 (m, 3H), 2.70-2.58 (m, 2H), 1.06-0.90 (m, 21H).
24c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
24bについて記載したプロトコールに従って、出発物質23c7.0g(8.2mmol)をモルホリン化合物24cに変換し、これを、シリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 5:1~1:1)の後に、無色泡状物(73.2%)として単離した。
MS (m/z) = 825,2 [M+H]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.12 (br s, 1H), 11.59 (s, 1H), 8.15 (s, 1H), 7.40 (br d, J=7.03 Hz, 2H), 7.30-7.12 (m, 7H), 6.81 (br d, J=7.78 Hz, 4H), 5.83 (dd, J=9.66, 3.14 Hz, 1H), 4.23 (br d, J=9.03 Hz, 1H), 3.92 (br d, J=9.03 Hz, 1H), 3.72 (d, J=2.76 Hz, 6H), 2.97 - 3.18 (m, 3H), 2.96-2.86 (m, 2H), 2.80 (dt, J=13.55, 6.78 Hz, 1H), 2.67 (br d, J=12.05 Hz, 1H), 1.13 (t, J=6.15 Hz, 6H), 1.03-0.82 (m, 22H).
24e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
24bについて記載したプロトコールに従って、出発物質23e5.0g(5.7mmol)をモルホリン化合物24eに変換し、これを、シリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:4)の後に、無色泡状物(73.4%)として単離した。
MS (m/z) = 843,1 [M+H]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.22 (br s, 1H), 8.75 (s, 1H), 8.66 (s, 1H), 8.05 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.70-7.62 (m, 1H), 7.60-7.51 (m, 2H), 7.38 (br d, J=6.97 Hz, 2H), 7.26-7.16 (m, 7H), 6.78 (d, J=8.93 Hz, 4H), 6.16 (dd, J=10.03, 2.81 Hz, 1H), 4.26 (d, J=9.66 Hz, 1H), 4.10-3.98 (m, 1H), 3.71 (d, J=0.73 Hz, 6H), 3.28 (br d, J=10.64 Hz, 1H), 3.16 (br d, J=9.17 Hz, 1H), 3.06 (br d, J=9.17 Hz, 1H), 2.98-2.90 (m, 2H), 2.79 (br d, J=12.47 Hz, 1H), 1.10-0.82 (m, 21H).
〔実施例A.7〕
合成スキーム7
Figure 0007417529000051
25:tert-ブチル(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート
DCM500ml中のモルホリン24b(50g、69.8mmol)およびDIPEA(18g、139.7mol)の混合物に、Boc2O(22.9g、104.8mol)を室温で滴下添加した。24時間撹拌した後、溶媒を真空中で除去し、残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1)により精製して、化合物25(60g、収率93%)を白色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.58 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.45 (d, J=7.2 Hz, 2H), 7.33-7.26 (m, 7H), 6.85-6.81 (m, 4H), 6.02-5.98 (dd, J=10.0 3.6 Hz, 1H), 5.77 (d, J=8.0 Hz, 1H), 4.24-4.11 (m, 2H), 3.99 (d, J=9.6 Hz, 1H), 3.80 (s, 1H), 3.75 (m, 1H), 3.28-3.20 (m, 2H), 3.08 (d, J=12.8 Hz, 1H), 2.69 (t, J=11.4 Hz, 1H), 1.48 (m, 9H), 1.03-0.95 (m, 21H).
26:tert-ブチル(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[2-オキソ-4-(1,2,4-トリアゾール-1-イル)ピリミジン-1-イル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート
ACN650ml中の1H-1,2,4-トリアゾール(65g、0.94mol)の混合物に、POCl3(49.79g、0.31mol)を30℃で滴下添加した。0℃に冷却した後、DIPEA(198g、1.53mol)を滴下添加し、撹拌を0℃で30分間続けた。同じ温度で、出発物質25(32g、39.21mmol)を混合物に一度に添加し、氷浴を取り外し、反応物を30℃で3時間撹拌した。混合物を、EtOAc/水(1:2)の混合溶媒3lに注ぎ入れた。分離した後、有機層を飽和NaHCO3溶液500mlおよびブラインで洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、粗化合物26(40g)を黄色油状物として得、これをさらに精製することなく次の工程に使用した。
MS (m/z) = 867,5 [M+H]+
27:tert-ブチル-(2S,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート
ジオキサン380ml中のベンズアミド(38g、0.31mol)の混合物に、NaH(12.8g、0.31mol)を0℃で少量ずつ添加した。30℃で30分間撹拌した後、トリアゾール26(40g、39.21mmol、粗製)を一度に添加し、混合物を30℃で1時間撹拌した。反応物を飽和NH4Cl溶液24lでクエンチし、EtOAc3lで抽出した。有機層を水2lおよびブラインで洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、粗化合物54gを黄色油状物として得た。最終シリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 2:1)により、27 20.4g(56.6%)を黄色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.31 (br s, 1H), 8.20 (br d, J=7.21 Hz, 1H), 8.01 (br d, J=7.46 Hz, 2H), 7.70-7.59 (m, 1H), 7.58-7.48 (m, 2H), 7.47-7.36 (m, 3H), 7.34-7.16 (m, 7H), 6.87 (br d, J=7.70 Hz, 4H), 5.96 (br dd, J=10.09, 2.63 Hz, 1H), 4.12 (br d, J= 11.25 Hz, 1H), 4.00-3.83 (m, 3H), 3.74 (s, 6H), 3.28-3.16 (m, 2H), 3.06 (br d, J=9.17 Hz, 2H), 1.55-1.32 (m, 9H), 1.11-0.80 (m, 21H).
28:N-[1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
DCM93ml中の27(13.5g、14.70mmol)の溶液に、TFA31mlを0℃で滴下添加した。反応物を30℃で16時間撹拌した。飽和NaHCO3溶液でpH=7~8に中和した後、有機層を分離し、水相をDCM100mlで2回抽出した。合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(EtOAc/EtOH=30:1)により精製して、28(2.7g、収率35.6%)を黄色泡状物として、対応するトリフルオロ-酢酸エステルを副生成物(4.78g、53.1%)として得、これをTHF186mlおよびEtOH62mlの混合溶媒に溶解した。0℃で、1M NaOH水溶液75.8mlを添加した。2分間撹拌した後、溶液を飽和クエン酸溶液で中和し、H2O300mlで希釈し、EtOAc300mlで抽出した。有機層をブラインで洗浄し、Na2SO4で脱水し、蒸発させた。シリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc/EtOH 30:1)により精製して、28 5.2g(68.5%)を白色固体として得た。
MS (m/z) = 517,4 [M+H+]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.26 (br s, 1H), 8.28 (d, J=7.53 Hz, 1H), 8.01 (d, J=7.28 Hz, 2H), 7.67-7.58 (m, 1H), 7.57-7.47 (m, 2H), 7.34 (d, J=7.40 Hz, 1H), 5.86 (dd, J=9.66, 2.64 Hz, 1H), 4.64 (br s, 1H), 4.01-3.90 (m, 2H), 3.46 (br s, 2H), 3.05 (dd, J=11.98, 2.57 Hz, 1H), 3.11-3.00 (m, 1H), 2.87-2.75 (m, 1H), 2.74-2.63 (m, 1H), 2.40-2.27 (m, 1H), 1.15-0.99 (m, 21H).
29:9H-フルオレン-9-イルメチル(2S,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(ヒドロキシメチル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート
DMF70ml中のモルホリン28(13.55mmol)7.0g(13.55mmol)の溶液に、Fmoc-N-ヒドロキシ-スクシンイミドエステル5.5g(16.26mmol)を0℃で少量ずつ添加した。16時間撹拌した後、溶液を水100mlに注ぎ入れ、EtOAc30mlで3回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。シリカ(PE/EtOAc 1:2)上で最終精製して、化合物29 10.0g(定量的)を黄色固体として得た。
MS (m/z) = 739,4 [M+H]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.26 (br s, 1H), 8.33 (br s, 1H), 8.02 (br d, J=7.46 Hz, 2H), 7.90 (d, J=7.58 Hz, 2H), 7.64 (br t, J=7.40 Hz, 3H), 7.57-7.49 (m, 2H), 7.48-7.40 (m, 3H), 7.39-7.30 (m, 2H), 6.11-5.79 (m, 1H), 4.98 (t, J=6.05 Hz, 1H), 4.52-4.12 (m, 4H), 3.89-3.69 (m, 2H), 3.54 (br s, 3H), 3.21-3.07 (m, 1H), 3.04-2.77 (m, 1H), 1.11-0.89 (m, 21H).
30:9H-フルオレン-9-イルメチル-(2S,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート
ピリジン140ml中の化合物29(13.9g、18.83mmol)の溶液に、DMT-Cl12.75g(37.62mmol)を25℃で添加した。混合物を25℃で16時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を蒸発させた後、残留物をEtOAc200mlに溶解し、水100mlおよびブラインで洗浄した。有機相をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1)により精製して、化合物30 17.3g(88.1%)を黄色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.32 (br s, 1H), 8.21 (br s, 1H), 8.02 (br d, J=7.58 Hz, 2H), 7.88 (br s, 2H), 7.76-7.60 (m, 3H), 7.59-7.50 (m, 2H), 7.42 (br d, J=7.21 Hz, 5H), 7.38-7.19 (m, 9H), 6.89 (br d, J=8.44 Hz, 4H), 6.19-5.85 (m, 1H), 4.28 (br s, 4H), 3.91 (br d, J=8.80 Hz, 2H), 3.75 (s, 6H), 3.23 (br s, 1H), 3.10 (br d, J=9.05 Hz, 3H), 1.06-0.78 (m, 21H).
24f:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
DCM85ml中の30 8.4g(8.07mmol)の溶液に、ピペリジン17mlを室温で添加した。完全な変換(およそ20分)後、反応溶液を飽和NH4Cl溶液で洗浄した。水相をDCMで抽出し、合わせた有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:4)により精製して、表題化合物24f4.7g(71.2%)を白色泡状物として得た。
MS (m/z) = 819,4 [M+H]+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.31 (br s, 1H), 8.18 (d, J=7.58 Hz, 1H), 8.01 (br d, J=7.34 Hz, 2H), 7.67-7.58 (m, 1H), 7.57-7.47 (m, 2H), 7.42 (br d, J=7.46 Hz, 3H), 7.34-7.15 (m, 7H), 6.86 (br d, J=8.56 Hz, 4H), 6.04-5.89 (m, 1H), 4.18 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 4.07 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 3.73 (d, J=1.34 Hz, 6H), 3.15 (br d, J=9.17 Hz, 1H), 3.05 (br d, J=10.15 Hz, 1H), 2.97 (br d, J=9.17 Hz, 1H), 2.88 (br d, J=12.47 Hz, 1H), 2.62 (br d, J=12.47 Hz, 1H), 2.46 (br s, 1H), 1.08-0.83 (m, 21H).
〔実施例A.8〕
合成スキーム8
Figure 0007417529000052
化合物31a~31fを製造する還元的アミノ化反応のための一般手順A
モルホリン24a1.0g(1.4mmol)をMeOH25mlに溶解し、続いてモレキュラーシーブ(4Å)2.0g、NEt3560mg(769μl、5.5mmol)、AcOH827mg(789μl、13.7mmol)および対応するアルデヒドまたはケトン1.0~3.0当量を添加した。15分間撹拌した後、シアノ水素化ホウ素ナトリウム344mg(5.5mmol)を30分ごとに4回に分けて添加し、反応物を室温で6時間撹拌した。終夜静置した後、混合物を濾過し、濾液を飽和NaHCO3溶液25mlで希釈した。MeOHを蒸発させ、水相をDCM/iPrOH(5:1)50mlで抽出した。さらに濾過した後、有機相を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。得られた粗生成物をさらに精製することなく次の工程で使用した。
31a:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-メチル-6-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Aに従って、ホルムアルデヒド3.0当量(37%水溶液)を使用して、表題化合物31a1.0gを粗生成物として単離し、さらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.29
イオン化方法:ES+:[M+H]+=744.3
31b:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ブチル-6-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Aに従って、ブチルアルデヒド2.0当量を使用して、表題化合物31b1.19gを粗生成物として単離し、さらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.41
イオン化方法:ES+:[M+H]+=786.7
31c:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-オクチル-6-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Aに従って、オクタナール2.0当量を使用して、表題化合物31c1.35gを粗生成物として単離し、さらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.66
イオン化方法:ES+:[M+H]+=842.7
31d:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヘキサデシル-6-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Aに従って、ヘキサデカナール1.0当量を使用して、表題化合物31d1.58gを粗生成物として単離し、さらに精製することなく使用した。
31e:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Aに従って、シクロヘキサノン1.25当量を使用して、表題化合物31e1.14gを粗生成物として単離し、さらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.45
イオン化方法:ES+:[M+H]+=812.5
31f:1-[(2R,6S)-4-ベンジル-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピル-シリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Aに従って、ベンズアルデヒド1.25当量を使用して、表題化合物31f1.12gを粗生成物として単離し、さらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.37
イオン化方法:ES+:[M+H]+=821.4
31g:1-[(2R,6S)-4-アセチル-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発化合物24a1.0g(1.4mmol)を、DCM25mlに溶解した。AcOH103mg(99μl、1.7mmol)、HBTU779mg(2.1mmol)およびジイソプロピル-エチルアミン903mg(1.19ml、6.9mmol)を添加した後、反応混合物を室温で4時間撹拌して完全な変換を達成した。反応溶液をH2O25mlで洗浄し、有機層を分離した。MgSO4で脱水した後、溶媒を蒸発させ、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)により精製して、表題化合物31g1.06g(定量的)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.20
イオン化方法:ES-:[M-H]-=770.2
31h:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヘキサデカノイル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
31gのためのプロトコールに従って、出発化合物24a1.0g(1.4mmol)およびパルミチン酸を、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~20%MeOH)の後に、表題化合物31h1.14g(86%)に変換した。
化合物32a~32hを製造する脱シリル化反応のための一般手順B
粗生成物31a~31hを、NMP12mlに溶解した。NEt32.1g(2.9ml、20.6mmol)およびNEt3・3HF1.14g(1.15ml、6.9mmol)を添加した後、反応混合物を90℃で2時間撹拌した。室温まで冷却した後、溶液を飽和NaHCO3溶液に注ぎ入れ、EtOAcで2回抽出した。有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。残留物をアセトニトリル/H2Oに溶解し、凍結乾燥した。得られた粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、所望の化合物32a~32hを得た。
32a:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-メチル-モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31aから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32a543mg(66.0%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.59
イオン化方法:ES+:[M+H]+=588.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.37 (s, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.85 (dd, J=9.78, 2.93 Hz, 1H), 4.63 (t, J=5.32 Hz, 1H), 3.70 - 3.78 (m, 7H), 3.65 (m, 1H), 2.96 - 3.06 (m, 2H), 2.81 (br d, J=9.29 Hz, 1H), 2.63 - 2.74 (m, 1H), 2.21 (s, 3H), 2.06 - 2.16 (m, 1H), 1.97 - 2.04 (m, 1H), 1.67 (s, 3H).
32b:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ブチル-6-(ヒドロキシ-メチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31bから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32b753mg(85.5%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.75
イオン化方法:ES+:[M+H]+=630.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.20 - 7.34 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.68 Hz, 4H), 5.85 (dd, J=9.66, 2.93 Hz, 1H), 4.62 (t, J=5.14 Hz, 1H), 3.70 - 3.78 (m, 7H), 3.65 (m, 1H), 2.96 - 3.09 (m, 2H), 2.86 (br d, J=9.05 Hz, 1H), 2.71 - 2.80 (m, 1H), 2.31 (br t, J=7.15 Hz, 2H), 1.99 - 2.22 (m, 2H), 1.67 (s, 3H), 1.20 - 1.45 (m, 4H), 0.88 (m, 3H).
32c:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-4-オクチル-モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31cから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32c751mg(78.2%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.99
イオン化方法:ES+:[M+H]+=686.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (b s, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.19 - 7.34 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.68 Hz, 4H), 5.84 (dd, J=9.72, 2.87 Hz, 1H), 4.61 (t, J=5.14 Hz, 1H), 3.69 - 3.82 (m, 7H), 3.64 (m, 1H), 2.97 - 3.14 (m, 2H), 2.82 - 2.91 (m, 1H), 2.70 - 2.76 (m, 1H), 2.30 (br t, J=7.09 Hz, 2H), 1.98 - 2.21 (m, 2H), 1.67 (s, 3H), 1.33 -1.46 (m, 2H), 1.26 (m, 10H), 0.81 - 0.92 (m, 3H).
32d:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヘキサデシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31dから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32d677mg(60.6%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.44
イオン化方法:ES+:[M+H]+=798.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.18 - 7.34 (m, 7H), 6.86 (m, 4H), 5.84 (m, 1H), 4.61 (m, 1H), 3.69 - 3.80 (m, 7H), 3.64 (m, 1H), 2.97 - 3.07 (m, 2H), 2.85 (br d, J=8.80 Hz, 1H), 2.68 - 2.77 (m, 1H), 2.24 -2.35 (m, 2H), 1.99 - 2.20 (m, 2H), 1.67 (s, 3H), 1.35 - 1.46 (m, 2H), 1.23 (s, 26H), 0.82 -0.88 (m, 3H).
32e:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31eから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32e701mg(76.4%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.75
イオン化方法:ES+:[M+H]+=656.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (s, 1H), 7.55 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.18 - 7.33 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.93 Hz, 4H), 5.81 (m, 1H), 4.59 (t, J=5.20 Hz, 1H), 3.72 - 3.78 (m, 7H), 3.66 (m, 1H), 3.03 (m, 2H), 2.84 (br d, J=9.41 Hz, 1H), 2.66 - 2.73 (m, 1H), 2.23 - 2.39 (m, 3H), 1.64 - 1.78 (m, 4H), 1.68 (s, 3H), 0.99 - 1.27 (m, 6H).
32f:1-[(2R,6R)-4-ベンジル-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシ-メチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31fから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32f591mg(63.6%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.94
イオン化方法:ES+:[M+H]+=664.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.33 (s, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.18 - 7.39 (m, 14H), 6.86 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.86 (dd, J=9.66, 2.93 Hz, 1H), 4.62 (t, J=5.20 Hz, 1H), 3.83 (dd, J=10.94, 4.46 Hz, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.66 (dd, J=11.00, 5.99 Hz, 1H), 3.47 - 3.61 (m, 2H), 3.01 (s, 2H), 2.72 - 2.84 (m, 2H), 2.22 - 2.31 (m, 1H), 2.14 - 2.21 (m, 1H), 1.66 (s, 3H).
32g:1-[(2R,6R)-4-アセチル-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシ-メチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31gから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32g600mg(69.6%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.77
イオン化方法:ES-:[M-H]-=614.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.43 (s, 1H), 7.64 (s, 0.65H), 7.58 (s, 0.35H), 7.36 - 7.47 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.84 - 6.91 (m, 4H), 5.88 (dd, J=10.58, 2.75 Hz, 0.35H), 5.74 - 5.80 (m, 0.65H), 5.00 (t, J=4.40 Hz, 0.65H), 4.63 (t, J=4.83 Hz, 0.35H), 4.39 (br d, J=10.88 Hz, 0.65H), 4.22 (br d, J=13.33 Hz, 0.35H), 3.89 (m, 0.35H), 3.74 (s, 6.65H), 3.42 - 3.65 (m, 2H), 3.35 - 3.41 (m, 1H), 3.00 - 3.12 (m, 2H), 2.83 - 2.98 (m, 1H), 2.03 (m, 3H), 1.73 (s, 3H).
32h:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヘキサデカノイル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
一般手順Bに従って、粗生成物31hから出発して、最終シリカゲル精製(DCM中0~5%MeOH)により、表題化合物32h874mg(76.9%、2工程)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.33
イオン化方法:ES+:[M+H]+=304.3(DMT+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.42 (br s, 1H), 7.61, 7.57 (2 x s, 1H), 7.41 (m, 2H), 7.20 - 7.34 (m, 7H), 6.87 (m, 4H), 5.84 (m, 0.5H), 5.77 (m, 0.5H), 4.95 (m, 0.5H), 4.64 (m, 0.5H), 4.40 (m, 0.5H), 4.24 (m, 0.5H), 3.95 (m, 0.5H), 3.69 -3.84 (m, 0.5H), 3.74 (s, 6H), 3.41 - 3.62 (m, 2H), 3.00 - 3.15 (m, 2H), 2.22 - 2.40 (m, 2H), 1.72 (s, 3H), 1.47 (br s, 2H), 1.23 (br s, 26H), 0.82 - 0.90 (m, 3H).
ホスホルアミダイト33a~33hの製造のための一般手順C
出発物質32a~32h(1.0mmol)およびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド(3.0mmol)を、乾燥DCM25mlに溶解した。2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピル-ホスホロジアミダイト(1.5mmol)を添加した後、溶液をアルゴン雰囲気下、室温で撹拌した。1.5時間後、反応溶液をH2O50mlで洗浄した。層を分離し、水相をDCMで抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%メチル-tert.-ブチルエーテル、カラムはn-ヘプタン+1%NEt3で事前調整)により精製して、最終ホスホロアミダイト33a~33hを得た。
33a:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-メチル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32a(540mg、0.92mmol)を表題化合物33aに変換し、これを無色泡状物(568mg、78.5%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (br s, 1H), 7.54, 7.52 (2 x s, 1H), 7.35 -7.44 (m, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.86 (d, J=8.85 Hz, 4H), 5.90 (m, 1H), 4.02 (m, 1H), 3.79 - 3.92 (m, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.39 - 3.64 (m, 4H), 2.98 - 3.12 (m, 2H), 2.66 - 2.84 (m, 3H), 2.53 - 2.64 (m, 1H), 2.23, 2.21 (2 x s, 3H), 1.99 - 2.18 (m, 2H), 1.72, 1.69 (2 x s, 3H), 0.91 - 1.12 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,9, 147,7.
33b:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ブチル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32b(750mg、0.98mmol)を表題化合物33bに変換し、これを無色泡状物(569mg、70.2%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (br s, 1H), 7.57, 7.54 (2 x s, 1H), 7.35 -7.44 (m, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.86 (d, J=8.78 Hz, 4H), 5.90 (m, 1H), 3.83 - 4.01 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.53 - 3.64 (m, 2H), 3.39 - 3.52 (m, 2H), 3.06 - 3.15 (m, 1H), 2.96 - 3.05 (m, 1H), 2.73 - 2.90 (m, 2H), 2.63 - 2.70 (m, 1H), 2.59 (m, 1H), 2.24 - 2.48 (m, 2H), 1.99 -2.19 (m, 2H), 1.73, 1.70 (2 x s, 3H), 1.27 - 1.42 (m, 4H), 0.95 - 1.18 (m, 12H), 0.87 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,4, 147,0.
33c:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-4-オクチル-モルホリン-2-イル]メトキシジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32c(745mg、1.0mmol)を表題化合物33cに変換し、これを無色泡状物(537mg、60.6%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.37, 11.36 (2 x s, 1H), 7.56, 7.53 (2 x s, 1H), 7.40 (m, 2H), 7.20 - 7.31 (m, 7H), 6.86 (d, J=8.72 Hz, 4H), 5.89 (m, 1H), 3.75 - 4.02 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.53 - 3.63 (m, 2H), 3.41 - 3.52 (m, 2H), 3.10 (m, 1H), 2.95 - 3.05 (m, 1H), 2.73 - 2.89 (m, 2H), 2.52 - 2.69 (m, 2H), 2.23 - 2.41 (m, 2H), 1.98 - 2.18 (m, 2H), 1.73, 1.70 (2 x s, 3H), 1.14 - 1.49 (m, 12H), 0.96 - 1.11 (m, 12H), 0.85 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,3, 147,1.
33d:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヘキサデシル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]-オキシプロパンニトリル
一般手順Cに従って、32d(675mg、0.77mmol)を表題化合物33dに変換し、これを無色泡状物(608mg、79.1%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (br s, 1H), 7.56, 7.53 (2 x s, 1H), 7.37 -7.42 (m, 2H), 7.19 - 7.31 (m, 7H), 6.86 (d, J=8.85 Hz, 4H), 5.89 (m, 1H), 3.82 - 4.02 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.53 - 3.63 (m, 2H), 3.39 - 3.52 (m, 2H), 3.07 - 3.13 (m, 1H), 2.95 - 3.05 (m, 1H), 2.71 - 2.90 (m, 2H), 2.62 - 2.68 (m, 1H), 2.58 (m, 1H), 2.23 - 2.39 (m, 2H), 1.96 -2.18 (m, 2H), 1.73, 1.70 (2 x s, 3H), 1.13 - 1.45 (m, 28H), 0.96 - 1.13 (m, 12H), 0.82 - 0.88 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,3, 147,1.
33e:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32e(695mg、0.86mmol)を表題化合物33eに変換し、これを無色泡状物(560mg、76.2%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36, 11.35 (2 x br s, 1H), 7.57, 7.54 (2 x s, 1H), 7.37 - 7.43 (m, 2H), 7.21 - 7.31 (m, 7H), 6.86 (d, J=8.85 Hz, 4H), 5.86 (m, 1H), 3.87 - 4.02 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.53 - 3.65 (m, 2H), 3.40 - 3.52 (m, 2H), 3.12 (m, 1H), 3.00 (m, 1H), 2.79 - 2.88 (m, 1H), 2.64 - 2.77 (m, 2H), 2.54 - 2.63 (m, 1H), 2.23 - 2.41 (m, 3H), 1.64 - 1.73 (s, 7H), 0.91 - 1.25 (m, 18H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,2, 146,7.
33f:3-[[(2S,6R)-4-ベンジル-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32f(589mg、0.78mmol)を表題化合物33fに変換し、これを無色泡状物(668mg、99.0%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.34 (s, 1H), 7.54, 7.53 (2 x s, 1H), 7.19 - 7.39 (m, 14H), 6.80 - 6.89 (m, 4H), 5.92 (m, 1H), 4.10 (dd, J=9.94, 7.56 Hz, 0.5H), 4.01 (m, 0.5H), 3.93 (m, 0.5H), 3.85 (m, 0.5H), 3.73 (s, 6H), 3.35 - 3.64 (m, 6H), 3.03 - 3.12 (m, 2H), 2.98 (d, J=9.10 Hz, 1H), 2.72 - 2.91 (m, 2H), 2.62 - 2.69 (m, 1H), 2.12 - 2.26 (m, 2H), 1.71, 1.70 (2 x s, 3H), 0.97 - 1.10 (m, 9H), 0.91 (d, J=6.71 Hz, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,2.
33g:3-[[(2S,6R)-4-アセチル-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32g(598mg、0.89mmol)を表題化合物33gに変換し、これを無色泡状物(728mg、定量的)として単離した。粗生成物の精製を、tert.-ブチル-メチルエーテル10mlに溶解し、n-ペンタン40mlを添加することにより行った。沈殿物を遠心分離し、上澄み液を廃棄した。この洗浄手順をさらに2回繰り返した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.41 (br s, 1H), 7.56 - 7.71 (m, 1H), 7.35 - 7.46 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.82 - 6.91 (m, 4H), 5.79 - 5.97 (m, 1H), 4.27 - 4.45 (m, 1H), 3.53 - 3.97 (m, 4H), 3.73 (s, 6H), 3.32 - 3.50 (m, 4H), 3.02 - 3.19 (m, 2H), 2.80 - 3.00 (m, 1H), 2.55 - 2.74 (m, 2H), 1.99 - 2.09 (m, 3H), 1.69 - 1.81 (m, 3H), 1.04 - 1.13 (m, 9H),
0.97 - 1.03 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,9, 146,9, 146,8, 146,5.
33h:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-ヘキサデカノイル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-プロパンニトリル
一般手順Cに従って、32h(872mg、1.03mmol)を表題化合物33hに変換し、これを無色泡状物(915mg、87.7%)として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.42, 11.40 (2 x s, 1H), 7.55 - 7.71 (m, 1H), 7.40 (m, 2H), 7.18 - 7.34 (m, 7H), 6.82 - 6.91 (m, 4H), 5.73 - 5.99 (m, 1H), 4.27 - 4.50 (m, 1H), 3.98 (m, 0.5H), 3.75 - 3.85 (m, 1.5H), 3.73 (s, 6H), 3.53 - 3.65 (m, 2H), 3.37 - 3.52 (m, 2H), 3.02 - 3.25 (m, 2H), 2.82 - 3.00 (m, 1H), 2.67 (m, 1H), 2.58 (m, 1H), 2.21 - 2.48 (m, 2H), 1.69 - 1.80 (m, 3H), 1.49 (br s, 2H), 1.18 - 1.31 (m, 26H), 1.04 - 1.12 (m, 6H), 0.92 -1.03 (m, 6H), 0.82 - 0.89 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,7, 147,3, 147,2, 146,7.
〔実施例A.9〕
合成スキーム9
Figure 0007417529000053
90b:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
MeOH(450ml)中の24b(25g、33mmol)、シクロヘキサノン(16.1g、165mmol)および4ÅMS(30g)の混合物に、AcOHを添加して、pHを25℃で5~6の間に調整した。40℃で1時間撹拌した後、NaBH3CN(10.3g、165mmol)を40℃で少量ずつ添加した。撹拌を12時間続けて完全な変換を達成した。混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮した。残留物をEtOAc(1500ml)で希釈し、H2O(2×500ml)および飽和NaCl溶液(500ml)で洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 2:1)により精製して、90b28g(82%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.42 (br s, 1H), 7.71 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.41 (br d, J=7.5 Hz, 2H), 7.31 - 7.19 (m, 7H), 6.85 (d, J=8.8 Hz, 4H), 5.82 (br dd, J=2.6, 9.8 Hz, 1H), 5.73 (d, J=8.1 Hz, 1H), 4.14 (br d, J=8.9 Hz, 1H), 3.93 (br d, J=8.8 Hz, 1H), 3.74 (d, J=2.0 Hz, 6H), 3.13 (br d, J=9.4 Hz, 1H), 2.99 - 2.83 (m, 2H), 2.72 (br d, J=10.8 Hz, 1H), 2.31 - 2.17 (m, 3H), 1.78 - 1.48 (m, 5H), 1.32 - 1.09 (m, 6H), 1.01 - 0.83 (m, 21H).
91b:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
THF(280ml)中の化合物90b(28g、35.1mmol)の溶液に、NEt3(35g、351mmol)およびNEt3・3HF(56.3g、351mmol)を室温で添加した。N2雰囲気下、70℃で16時間撹拌した後、完全な脱保護がTLCにより検出された。混合物を真空中で濃縮し、残留物をEtOAc(500ml)で希釈した。有機溶液を水(2×200ml)および飽和NaCl溶液(200ml)で洗浄し、Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:2)により精製して、表題化合物91b20g(88.8%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.41 (br s, 1H), 7.66 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.47 -7.40 (m, 2H), 7.36 - 7.21 (m, 7H), 6.92 (br d, J=8.7 Hz, 4H), 5.84 (br dd, J=2.3, 9.4 Hz, 1H), 5.65 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 4.67 (br s, 1H), 3.88 (br d, J=10.9 Hz, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.72 (br d, J=10.5 Hz, 1H), 3.15 (br d, J=9.0 Hz, 1H), 3.10 - 2.96 (m, 2H), 2.91 (br d, J=9.8 Hz, 1H), 2.73 (br d, J=11.5 Hz, 1H), 2.35 - 2.18 (m, 3H), 1.73 (br s, 4H), 1.32 - 1.10 (m, 9H).
92b:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]-オキシプロパンニトリル
DCM(150ml)中の91b(14g、22.4mmol)の溶液に、DIPEA(11.5g、89.8mmol)および3-[クロロ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル(6.9g、29.2mmol)をアルゴン雰囲気下で添加した。溶液を13℃で0.5時間撹拌して完全な変換を達成した。反応混合物を真空中でおよそ50mlの体積に濃縮し、シリカ(PE/EtOAc 2:1)上で精製して、92b12.0g(65.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.60
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=759.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) 11.34 (br s, 1H), 7.59 - 7.69 (2 x d, J= 8.0 Hz, 1H), 7.35 -7.44 (m, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (m, 4H), 5.84 (m, 1H), 5.59 - 5.68 (2 x d, J=8.1 Hz, 1H), 3.99 - 4.09 (m, 1H), 3.93 (m, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.54 - 3.68 (m, 2H), 3.40 - 3.53 (m, 2H), 3.16 (br d, J=8.9 Hz, 1H), 2.96 (t, J=9.5 Hz, 1H), 2.88 (m, 1H), 2.66 - 2.80 (m, 2H), 2.60 (m, 1H), 2.15 - 2.35 (m, 3H), 1.69 (m, 4H), 1.53 (m, 1H), 0.95 - 1.21 (m, 17H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,4, 146,7.
90c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
90bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質24c35g(42.4mmol)から、シリカゲル精製(PE/EtOAc 1:1)の後に、所望の生成物90c32g(64.7%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法D:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.18
イオン化方法:ES+:[M+H]+=907.5
91c:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
91bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質90c32g(35.3mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:2)の後に、所望の生成物91c21g(79%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.10 (s, 1H), 11.68 (s, 1H), 8.04 (s, 1H), 7.38 (d, J=7.3 Hz, 2H), 7.31 - 7.20 (m, 7H), 6.85 (d, J=8.7 Hz, 4H), 5.91 (dd, J=3.1, 8.8 Hz, 1H), 4.63 (t, J=5.2 Hz, 1H), 3.87 - 3.78 (m, 1H), 3.74 (s, 7H), 3.06 - 2.94 (m, 3H), 2.84 -2.65 (m, 3H), 2.43 (d, J=11.6 Hz, 1H), 2.37 - 2.28 (m, 1H), 2.37 - 2.28 (m, 1H), 1.72 (br s, 4H), 1.56 (br d, J=10.8 Hz, 1H), 1.27 - 1.02 (m, 13H).
92c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-シクロヘキシル-モルホリン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
92bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質91c20g(26.6mmol)から、室温で15分間の反応時間およびシリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1)の後に、所望の生成物92c20g(79%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.70、2.73
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=868.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) 12.08 (br s, 1H), 11.63 (br s, 1H), 8.07, 8.03 (2 x s, 1H), 7.37 (d, J=8.2 Hz, 2H), 7.18 - 7.29 (m, 7H), 6.79 - 6.87 (m, 4H), 5.89 (m, 1H), 3.92 - 4.11 (m, 2H), 3.72 - 3.74 (m, 6H), 3.55 - 3.72 (m, 2H), 3.38 - 3.51 (m, 2H), 3.10 (m, 1H), 2.96 -3.05 (m, 2H), 2.66 - 2.93 (m, 4H), 2.55 - 2.62 (m, 1H), 2.27 - 2.45 (m, 2H), 1.71 (m, 4H), 1.55 (m, 1H), 0.83 - 1.29 (m, 23H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,5, 146,7.
90e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
90bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質24e58g(68.8mmol)から、シリカゲル精製(PE/EtOAc 2:1)の後に、所望の生成物90e49g(77%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.21 (br s, 1H), 8.77 (s, 1H), 8.66 (s, 1H), 8.06 (br d, J=7.2 Hz, 2H), 7.68 - 7.61 (m, 1H), 7.60 - 7.52 (m, 2H), 7.38 (dd, J=1.6, 7.8 Hz, 2H), 7.26 - 7.15 (m, 7H), 6.76 (dd, J=3.1, 9.0 Hz, 4H), 6.16 (dd, J=3.1, 9.7 Hz, 1H), 4.29 (d, J=9.0 Hz, 1H), 3.95 (d, J=8.8 Hz, 1H), 3.70 (d, J=1.0 Hz, 6H), 3.17 - 3.02 (m, 3H), 2.94 (d, J=9.3 Hz, 1H), 2.83 (br d, J=11.1 Hz, 1H), 2.36 - 2.30 (m, 1H), 1.82 - 1.70 (m, 4H), 1.55 (br d, J=11.2 Hz, 1H), 1.34 - 1.15 (m, 8H), 1.04 - 0.91 (m, 23H).
91e:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
91bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質90e49g(53.0mmol)から、12時間の反応時間およびシリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:2)の後に、所望の生成物91e38g(88%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法D:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.94
イオン化方法:ES+:[M+H]+=769.4
92e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-シクロヘキシル-モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
92bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質91e22g(31.2mmol)から、室温で15分間の反応時間およびシリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1)の後に、所望の生成物92e22.3g(80.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.78
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=886.6
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) 11.18 (s, 1H), 8.75, 8.73 (2 x s, 1H), 8.59, 8.57 (2 x s, 1H), 8.04 (d, J=7.8 Hz, 2H), 7.64 (t, J=7.3 Hz, 1H), 7.55 (t, J=7.6 Hz, 2H), 7.37 (m, 2H), 7.17 - 7.27 (m, 7H), 6.77 - 6.84 (m, 4H), 6.18 (m, 1H), 3.97 - 4.17 (m, 2H), 3.71 (m, 6H), 3.56 - 3.71 (m, 2H), 3.43 - 3.56 (m, 2H), 2.92 - 3.15 (m, 4H), 2.78 - 2.91 (m, 1H), 2.70 (t, J=6.0 Hz, 1H), 2.55 - 2.62 (m, 1H), 2.31 - 2.47 (m, 2H), 1.74 (m, 4H), 1.55 (m, 1H), 0.90 - 1.29 (m, 17H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,0, 146,7.
〔実施例A.10〕
合成スキーム10
Figure 0007417529000054
93:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-4-(1,2,4-トリアゾール-1-イル)ピリミジン-2-オン
ACN(415ml)中の1,2,4-トリアゾール(41.5g、0.601mol)の混合物に、POCl3(30.58g、0.20mol)を20℃で滴下添加した。0℃で、DIPEA(126g、0.977mol)を慎重に添加し、撹拌を0℃で5時間続け、続いて出発物質90b(20g、25.0mmol)を一度に添加した。溶液を20℃で3時間撹拌して完全な変換を達成した。反応混合物をEtOAc(500ml)および水(1l)に注ぎ入れた。有機層を分離し、水相をEtOAc(2×200ml)で抽出した。合わせた有機相を飽和NaHCO3(500ml)および飽和NaCl溶液(500ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、表題化合物93(29g、粗製)を黄色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
90f:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
ジオキサン(310ml)中のベンズアミド(30.3g、0.251mol)の溶液に、NaH(10g、251mmol)を0℃で少量ずつ添加した。20℃で30分間撹拌した後、トリアゾール93(29g、粗生成物25.0mmol)を添加し、撹拌を2時間続けて完全な変換を達成した。反応混合物をEtOAc(500ml)および飽和NH4Cl溶液(81)に注ぎ入れた。水層を分離し、EtOAc(2×500ml)で抽出した。合わせた有機相を水(2×500ml)および飽和NaCl溶液(500ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EA 5:1)により精製して、90f(16g、70.8%)を黄色泡状物として得た。
LCMS-方法E:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.16
イオン化方法:ES+:[M+H]+=901.6
91f:N-[1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
91bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質90f40g(44.4mmol)から、16時間の反応時間およびシリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1)の後に、所望の生成物91f24g(72.7%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法E:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.92
イオン化方法:ES+:[M+H]+=745.3
92f:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-シクロヘキシル-モルホリン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
92bの合成について記載したプロトコールに従って、出発物質91f16g(22.8mmol)から、室温で15分間の反応時間およびシリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:1)の後に、所望の生成物92f17g(65.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.92
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=862.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) 11.29, 11.26 (2 x br s, 1H), 8.14, 8.09 (2 x br d, J=7.6 Hz, 1H), 8.01 (br d, J=7.8 Hz, 2H), 7.63 (m, 1H), 7.51 (t, J=7.3 Hz, 2H), 7.35 - 7.45 (m, 3H), 7.21 - 7.34 (m, 7H), 6.88 (m, 4H), 5.96 (m, 1H), 3.94 - 4.15 (m, 2H), 3.74 (s, 6H), 3.55 -3.69 (m, 2H), 3.41 - 3.53 (m, 2H), 3.19 - 3.28 (m, 1H), 2.95 - 3.08 (m, 2H), 2.66 - 2.92 (m, 2H), 2.52 - 2.64 (m, 1H), 2.32 (m, 1H), 2.13 - 2.28 (m, 2H), 1.70 (m, 4H), 1.54 (m, 1H), 0.91 - 1.27 (m, 17H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,5, 146,7.
〔実施例A.11〕
合成スキーム11
Figure 0007417529000055
94a:1-[(2R,6S)-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
DMT-エーテル90a5.09g(6.26mmol)を、ジオキサン類似体40eの合成について記載したプロトコールに従って、ジクロロ酢酸で脱保護した。シリカ(DCM中0~10%MeOH)上でクロマトグラフィー精製した後、所望の生成物94aを無色泡状物(3.07g、96.0%)として単離した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.47
イオン化方法:ES+:[M+H]+=510.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.29 (s, 1H), 7.61 (s, 1H), 5.75 (dd, J=9.9, 2.7 Hz, 1H), 4.60 (t, J=6.0 Hz, 1H), 3.97 (d, J=9.3 Hz, 1H), 3.77 (d, J=9.3 Hz, 1H), 3.38 - 3.53 (m, 2H), 2.78 (m, 2H), 2.15 - 2.38 (m, 3H), 1.78 (s, 3H), 1.65 - 1.76 (m, 4H), 1.50 - 1.59 (m, 1H), 1.13 - 1.27 (m, 5H), 0.99 - 1.13 (m, 21H).
95a:[(2S,6R)-4-シクロヘキシル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソ-プロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質94a3.05g(6.0mmol)を、乾燥ピリジン60mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル1.06g(877.6μl、7.5mmol)およびDMAP745.9mg(6.0mmol)を添加し、溶液を4時間撹拌した。追加の塩化ベンゾイル212.0mg(175.5μl、1.5mmol)を添加した後、溶液を終夜撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。溶液を5%クエン酸、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。シリカ(DCM中0~5%MeOH)上で精製して、ベンゾエート95a3.05g(83.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.57
イオン化方法:ES+:[M+H]+=614.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.32 (s, 1H), 7.97 - 8.02 (m, 2H), 7.68 (s, 1H), 7.52 - 7.58 (m, 2H), 7.47 - 7.49 (m, 1H), 5.80 (dd, J=9.9, 2.9 Hz, 1H), 4.40 (d, J=11.3 Hz, 1H), 4.31 (d, J=11.4 Hz, 1H), 4.17 (d, J=9.4 Hz, 1H), 3.95 (d, J=9.4 Hz, 1H), 2.95 (br d, J=11.5 Hz, 1H), 2.87 (br d, J=10.0 Hz, 1H), 2.44 (br d, J=11.4 Hz, 1H), 2.33 (m, 2H), 1.69 - 1.80 (m, 4H), 1.66 (s, 3H), 1.52 - 1.60 (m, 1H), 1.13 - 1.31 (m, 5H), 0.96 - 1.12 (m, 21H).
96a:[(2R,6R)-4-シクロヘキシル-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル95a3.0g(4.89mmol)を、DMF15mlに溶解した。NEt37.49g(73.3mmol、10.29ml)およびNEt3・3HF6.03g(36.7mmol、6.10ml)を添加した後、溶液を75℃で2時間撹拌して完全な変換を達成した。反応物を室温に冷却し、5%NaHCO3溶液100mlで洗浄した。濾過した後、水溶液をDCMで抽出した。有機層を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)により精製して、所望の脱保護生成物96a1.23g(55.0%)を得たが、これは、遊離OH基へのベンゾイルエステル移動の結果として生じた約20%の異性体不純物を含有していた。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.63
イオン化方法:ES+:[M+H]+=458.4
97a:[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロ-ヘキシル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質96a2.05g(4.48mmol)を、乾燥ピリジン40mlに溶解した。室温で、DCM10ml中のDMT-Cl1.64g(4.70mmol)の溶液を滴下添加し、反応溶液を終夜撹拌した。iPrOH5mlを添加した後、反応溶液を蒸発させ、残留物をDCMに溶解した。有機溶液をMgSO4で脱水し、蒸発させた。得られた粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)により精製し、続いてHPLC(カラム:Chiralcel OZ-H/140、250×4.6mm、1.0ml/分、30℃;溶離液:MeOH/EtOH 1:1)により第2の精製を行って、表題化合物97a1.05g(30.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.17
イオン化方法:ES-:[M-H]-=758.6
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.31 (s, 1H), 7.73 - 7.79 (m, 2H), 7.63 - 7.71 (m, 1H), 7.46 - 7.54 (m, 3H), 7.35 (d, J=7.1 Hz, 2H), 7.16 - 7.28 (m, 7H), 6.79 (dd, J=8.9, 3.6 Hz, 4H), 5.65 (dd, J=9.9, 2.9 Hz, 1H), 4.50 (d, J=11.3 Hz, 1H), 4.40 (d, J=11.1 Hz, 1H), 3.69 (d, J=1.59 Hz, 6H), 3.55 (d, J=8.6 Hz, 1H), 3.01 (d, J=11.4 Hz, 1H), 2.81 (d, J=9.9 Hz, 1H), 2.66 - 2.69 (m, 1H), 2.23 - 2.39 (m, 2H), 1.61 - 1.78 (m, 4H), 1.68 (s, 3H), 1.51 - 1.60 (m, 1H), 0.98 - 1.30 (m, 5H).
98a:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシ-メチル)モルホリン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
ベンゾイルエステル97a1.0g(1.32mmol)を、EtOH/Pyr.(5:1)12mlに溶解した。0℃で、2M NaOH溶液6.58ml(13.16mmol)を添加した。冷却浴を取り外した後、反応溶液を室温で1時間撹拌して完全な変換を達成した。溶液をH2O50mlで希釈し、EtOAcで抽出した。有機層を分離し、10%クエン酸、5%NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水し、溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~50%EtOAc)上で精製して、表題化合物98a325mg(37.7%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.33
イオン化方法:ES+:[M+H]+=656.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.28 (s, 1H), 7.58 (d, J=1.0 Hz, 1H), 7.39 (d, J=7.5 Hz, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.8 Hz, 4H), 5.56 (dd, J=9.9, 2.7 Hz, 1H), 4.65 (t, J=6.0 Hz, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.58 (dd, J=11.4, 6.9 Hz, 1H), 3.50 (dd, J=11.3, 5.0 Hz, 1H), 3.35 (d, J=8.7 Hz, 1H), 3.10 (d, J=8.6 Hz, 1H), 2.68 - 2.83 (m, 2H), 2.42 (d, J=11.6 Hz, 1H), 2.22 (m, 1H), 2.14 (t, J=10.4 Hz, 1H), 1.78 (s, 3H), 1.58 - 1.71 (m, 4H), 1.53 (br d, J=12.2 Hz, 1H), 1.00 - 1.32 (m, 5H).
99a:3-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロ-ヘキシル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)-ホスファニル]-オキシプロパンニトリル
出発物質98a320mg(488μmol)を、乾燥DCM6mlに溶解した。アルゴン雰囲気下で、iPr2NH-テトラゾール44mg(244μmol)および2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト190mg(601μmol)を添加し、溶液を室温で終夜撹拌した。H2O50mlおよびDCMを添加した後、有機層を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン+1%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、所望のホスホルアミダイト99a322mg(78.6%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法B-2:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.83
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=773.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.32, 11.30 (2 x br s, 1H), 7.57, 7.52 (2 x d, J=1.0 Hz, 1H), 7.38 (m, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.84 - 6.91 (m, 4H), 5.68, 5,59 (2 x m, 1H), 3.89 (m, 0.5H), 3.59 - 3.78 (m, 3.5H), 3.73 (s, 6H), 3.46 - 3.57 (m, 2H), 3.35 (m, 1H), 3.22 (m, 1H), 2.66 - 2.84 (m, 4H), 2.40 (m, 1H), 2.17 - 2.28 (m, 2H), 1.78, 1.76 (2 x s, 3H), 1.56 - 1.72 (m, 4H), 1.47 - 1.56 (m, 1H), 1.00 - 1.31 (m, 17H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,6, 147,5.
94e:N-[9-[(2R,6S)-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
DMT-エーテル90e2.18g(2.36mmol)を、ジオキサン類似体40eの合成について記載したプロトコールに従って、ジクロロ酢酸で脱保護した。シリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上でクロマトグラフィー精製した後、所望の生成物94eを無色泡状物(1.14g、77.5%)として単離した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.94
イオン化方法:ES+:[M+H]+=623.7
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.17 (s, 1H), 8.74 (s, 1H), 8.70 (s, 1H), 8.04 (br d, J=7.3 Hz, 2H), 7.65 (m, 1H), 7.55 (t, J=7.1 Hz, 2H), 6.10 (m, 1H), 4.60 (m, 1H), 4.14 (m, 1H), 3.88 (m, 1H), 3.45 (br d, J=6.2 Hz, 2H), 3.12 (m, 1H), 2.77 - 2.93 (m, 2H), 2.45 (m, 1H), 2.35 (m, 1H), 1.76 (m, 4H), 1.56 (br d, J=11.5 Hz, 1H), 1.16 - 1.33 (m, 4H), 0.99 - 1.15 (m, 22H).
95e:[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-シクロヘキシル-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質94e1.13g(1.8mmol)を、乾燥ピリジン20mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル334.9mg(276.5μl、2.4mmol)およびDMAP223.9mg(1.8mmol)を添加し、溶液を3時間撹拌した。追加の塩化ベンゾイル103.0mg(85.1μl、0.7mmol)を添加した後、溶液を、完全な変換が達成されるまで撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。溶液をH2O、2×10%クエン酸、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。シリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、ベンゾエート95e877mg(66.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.65
イオン化方法:ES+:[M+H]+=727.8
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.15 (m, 1H), 8.71 (s, 1H), 8.61 (s, 1H), 8.02 (d, J=7.3 Hz, 2H), 7.92 (d, J=7.4 Hz, 2H), 7.59 - 7.69 (m, 2H), 7.48 - 7.58 (m, 4H), 6.15 (m, 1H), 4.24 - 4.40 (m, 3H), 3.99 (m, 1H), 3.17 (m, 1H), 2.98 - 3.10 (m, 2H), 2.60 (m, 1H), 2.42 (m, 1H), 1.70 - 1.90 (m, 4H), 1.57 (br d, J=12.1 Hz, 1H), 1.16 - 1.32 (m, 4H), 0.99 - 1.14 (m, 22H).
96e:[(2R,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-シクロヘキシル-2-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル95e870mg(1.2mmol)を、45eについて記載したプロトコールに従って脱保護した。クロマトグラフィー精製(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)した後、96eを無色泡状物(616mg、90.2%)として単離した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.90
イオン化方法:ES+:[M+H]+=571.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.13 (s, 1H), 8.70 (s, 1H), 8.56 (s, 1H), 8.02 (br d, J=7.3 Hz, 2H), 7.93 (m, 2H), 7.65 (m, 2H), 7.48 - 7.59 (m, 4H), 6.16 (dd, J=8.7, 3.0 Hz, 1H), 4.97 (br s, 1H), 4.21 - 4.38 (m, 2H), 3.89 (br d, J=10.5 Hz, 1H), 3.80 (br d, J=10.2 Hz, 1H), 3.15 (m, 1H), 3.05 (m, 1H), 2.93 (br d, J=11.6 Hz, 1H), 2.63 (m, 1H), 2.37 - 2.44 (m, 1H), 1.65 - 1.82 (m, 4H), 1.57 (br d, J=11.7 Hz, 1H), 1.13 - 1.32 (m, 4H), 1.01 - 1.13 (m, 1H).
97e:[(2R,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-モルホリン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質96e610mg(1.1mmol)を乾燥ピリジン30mlに溶解し、蒸発させた。この手順を3回繰り返した。次いで、化合物を乾燥ピリジン30mlに溶解し、続いてNEt3162.7mg(223.6μl、1.6mmol)およびDMT-Cl554.4mg(1.6mmol)を添加した。反応溶液を室温で終夜撹拌し、そのときに完全な変換が達成された。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。H2O、10%クエン酸(2×)、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した後、有機相をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させ、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、DMT-エーテル97e807mg(86.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.26
イオン化方法:ES+:[M+H]+=873.8
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.17 (br s, 1H), 8.69 (s, 1H), 8.60 (s, 1H), 8.02 (m, 2H), 7.73 (m, 2H), 7.64 (m, 2H), 7.54 (m, 2H), 7.47 (m, 2H), 7.39 (m, 2H), 7.18 -7.28 (m, 7H), 6.75 - 6.84 (m, 4H), 5.95 (dd, J=9.4, 2.9 Hz, 1H), 4.44 (m, 2H), 3.65 - 3.72 (m, 7H), 3.44 (m, 1H), 3.02 - 3.14 (m, 2H), 2.94 (br t, J=10.3 Hz, 1H), 2.67 (m, 1H), 2.41 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 1.66 - 1.83 (m, 4H), 1.57 (br d, J=11.62 Hz, 1H), 1.13 - 1.29 (m, 4H), 1.01 - 1.12 (m, 1H).
98e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-シクロヘキシル-6-(ヒドロキシメチル)モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
化合物63eについて記載したプロトコールに従って、97e800mg(0.9mmol)を2M NaOH溶液で鹸化した。クロマトグラフィー精製(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)した後、所望の化合物98e634mg(90.0%)を無色泡状物として単離した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.69
イオン化方法:ES-:[M-H]-=767.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.18 (br s, 1H), 8.69 (s, 1H), 8.66 (s, 1H), 8.04 (d, J=7.7 Hz, 2H), 7.64 (m, 1H), 7.55 (t, J=7.6 Hz, 2H), 7.44 (d, J=7.5 Hz, 2H), 7.27 - 7.34 (m, 6H), 7.22 (m, 1H), 6.89 (dd, J=9.1, 2.6 Hz, 4H), 5.84 (dd, J=9.9, 2.7 Hz, 1H), 4.68 (br t, J=5.8 Hz, 1H), 3.74, 3.73 (2 x s, 6H), 3.47 - 3.63 (m, 3H), 3.28 (m, 1H), 3.03 (br d, J=9.9 Hz, 1H), 2.86 (br d, J=11.6 Hz, 1H), 2.72 (t, J=10.5 Hz, 1H), 2.53 (m, 1H), 2.24 - 2.34 (m, 1H), 1.61 - 1.73 (m, 4H), 1.54 (br d, J=11.4 Hz, 1H), 1.00 - 1.30 (m, 5H).
99e:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-4-シクロヘキシル-モルホリン-2-イル]プリン-6-イル]-ベンズアミド
出発化合物98e625mg(813μmol)を、43eについて記載したプロトコールに従ってホスフィチル化して、所望のホスホルアミダイト99e710mg(90.1%)を無色固体として得た。
LCMS-方法B-3:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.63
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH-ABzl+=647.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.16 (br s, 1H), 8.72, 8.70 (2 x s, 1H), 8.60, 8.57 (2 x s, 1H), 8.04 (d, J=8.1 Hz, 2H), 7.63 (m, 1H), 7.55 (m, 2H), 7.44 (m, 2H), 7.20 - 7.36 (m, 7H), 6.85 - 6.94 (m, 4H), 5.83 - 5.95 (m, 1H), 3.83 - 3.95 (m, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.34 -3.73 (m, 7H), 3.00 - 3.11 (m, 2H), 2.76 - 2.92 (m, 2H), 2.71, 2.62 (2 x m, 2H), 2.23 - 2.39 (m, 1H), 1.59 - 1.77 (m, 4H), 1.47 - 1.58 (m, 1H), 0.99 - 1.30 (m, 14H), 0.90 - 0.97 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,5, 147,3.
B.XがOである式(I)のヌクレオチド類似体の合成
〔実施例B.1〕
合成スキーム12
Figure 0007417529000056
34a:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
DMF728ml中の化合物4a(72.75g、0.164mmol)の混合物に、BOM-Cl44.6g(0.285mol)およびDBU50g(0.327mol)を-30℃で添加した。混合物を-15℃~-30℃で3時間撹拌して完全な変換を達成した。混合物を飽和NaHCO3溶液(2l)に注ぎ入れ、EtOAc(3×1l)で抽出した。合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(DCM/MeOH 20:1)により精製して、BOM保護生成物34a62.7g(67.7%)を黄色油状物として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 8.67-8.55 (m, 4H), 7.70 (tt, J=7.64, 1.77 Hz, 2H), 7.52-7.20 (m, 10H), 5.69-5.62 (m, 1H), 5.52-5.44 (m, 1H), 4.74-4.54 (m, 2H), 4.51-4.42 (m, 1H), 4.11-3.63 (m, 6H), 2.01-1.84 (m, 4H), 1.30-0.85 (m, 21H).
34b:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,3R,4S,5S)-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
34aについて記載したプロトコールに従って、出発化合物4b24g(0.056mol)から、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM/MeOH 20:1~10:1)の後に、34b22.0g(71.7%)を無色固体として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 8.02 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.34-7.31 (m, 5H), 5.95 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.85 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.35-5.32 (m, 3H), 5.08 (d, J=4.0 Hz, 1H), 4.59 (s, 2H), 4.50 (d, J=4.0 Hz, 1H), 4.24-4.19 (m, 2H), 4.09 (t, J=4.0 Hz, 1H), 3.83 (s, 2H), 3.65 (t, J=4.0 Hz, 2H), 1.03-1.02 (m, 21H).
35a:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発物質34a7.42g(13.1mmol)をピリジン40mlと2回共蒸留し、DCM/ピリジン(4:1)150mlに溶解した。DMT-Cl4.77g(13.8mmol)を添加した後、溶液を室温で65時間撹拌した。溶液をクエン酸水溶液(10%)、続いてH2O、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で2回洗浄した。有機相を分離し、MgSO4で脱水し、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、所望の生成物35a8.50g(74.7%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.34
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=889.5
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.46-7.40 (m, 1H), 7.35-7.12 (m, 14H), 6.75 (d, J=7.91 Hz, 4H), 6.04 (d, J=5.52 Hz, 1H), 5.53-5.37 (m, 2H), 4.67-4.54 (m, 2H), 4.46-4.37 (m, 2H), 3.89 (d, J=10.29 Hz, 1H), 3.76-3.68 (m, 7H), 3.62 (d, J=10.16 Hz, 1H), 3.52 (br d, J=8.41 Hz, 1H), 3.40-3.33 (m, 1H), 3.17 (d, J=10.16 Hz, 1H), 1.44 (s, 3H), 1.05-0.85 (m, 21H).
35b:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
乾燥DMF230ml中の化合物34b(21.0g、38mmol)の溶液に、DIPEA(9.8g、76mmol)およびDMT-Cl(15.4g、45.6mmol)を室温で添加した。反応溶液をN2雰囲気下で4時間撹拌した。EtOH30mlを添加した後、溶媒を減圧下で除去し、残留物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 10:1~1:1)により精製して、35b19.0g(58.5%)を黄色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.72 (d, J=8.0 Hz, 1H), 6.90 (d, J=8.0 Hz, 4H), 7.39-7.24 (m, 14H), 5.89 (d, J=8.0 Hz, 1H), 3.51 (d, J=8.0 Hz, 1H), 5.37-5.24 (m, 4H), 4.58 (s, 2H), 4.34 (t, J=4.0 Hz, 1H), 4.24 (dd, J=12.0, 8.0 Hz, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.40 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.29 (d, J=1 2.0 Hz, 1H), 1.19-0.86 (m, 21H).
35c:N-[9-[(2R,3R,4S,5S)-5-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,4-ジヒドロキシ-5-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
無水ピリジン/DCM(1/4)314ml中の4c(24g、44.5mmol)の溶液に、DMT-Cl(18g、53.4mmol)をN2雰囲気下、0℃で添加した。15℃で2時間撹拌した後、混合物を氷水500mlに注ぎ入れ、DCM(3×300ml)で抽出した。合わせた有機層をブライン(300ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。粗生成物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 50:1~10:1)により精製して、35c37.4g(定量的)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.09 (s,1H), 11.65 (s,1H), 7.93 (s, 1H), 7.37-7.34 (m, 2H), 7.27 (m, 7H), 6.85-6.83 (m, 4H), 5.86 (d, J=7.2 Hz, 1H), 5.60 (d, J=6.8 Hz, 1H), 5.20 (s, 1H), 4.67-4.64 (m, 1H), 4.26-4.24 (m, 1H), 3.98-3.95 (m, 1H), 3.84 (d, J =10.4 Hz, 1H), 3.38-3.34 (m, 2H), 3.20-3.18 (m, 1H), 2.80-2.74 (m, 1H), 1.13-0.95 (m, 6H), 0.93-0.90 (m, 21H).
36a:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
アセトン/水(3:1)400ml中の35a(20g、23.07mmol)の溶液に、水100ml中のNaIO4(6.9g、32.29mmol)の溶液を室温で添加した。16時間撹拌した後、溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAc(300ml)に溶解し、飽和NaHCO3(200ml)およびブライン(200ml)で洗浄した。有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、36aを黄色泡状物として得、これをさらに精製することなく次の工程に使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.30、2.32(2つの異性体)
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=905.5
36b:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
35b20g(23.5mmol)を、36aについて記載したプロトコールに従って、表題化合物36bに変換した(18.6g、粗製)。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.23、2.25(2つの異性体)
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=891.4
36c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-3,5-ジヒドロキシ-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
アセトン/H2O(5:1)694ml中の35c(30g、35.7mmol)の溶液に、H2O240ml中のNaIO4(10.62g、50mmol)の溶液を0℃で添加した。15℃で12時間撹拌した後、混合物を氷水200mlに注ぎ入れ、DCM(3×200ml)で抽出した。有機層を合わせ、ブライン(300ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、真空中で濃縮して、36c(30g、粗製)を黄色泡状物として得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
37a:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(1R)-1-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]-2-ヒドロキシ-エチル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
EtOH320ml中の化合物36a(粗生成物、23.07mmol)の溶液に、NaBH4(1.05g、27.68mmol)を室温で少量ずつ添加した。混合物を終夜撹拌し、溶媒を真空中で除去した。残留物をEtOAc(500ml)に溶解し、飽和NaHCO3溶液(500ml)およびブライン(500ml)で洗浄した。有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。カラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 20:1)の後、37a12.0g(48%)を黄色泡状物として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.31
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=891.5
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.52-7.06 (m, 20H), 6.80-6.65 (m, 5H), 6.08 (dd, J=7.03, 3.76 Hz, 1H), 5.44-5.25 (m, 1H), 4.64-4.46 (m, 2H), 3.85-3.63 (m, 12H), 3.60-3.40 (m, 2H), 3.35.3.22 (m, 2H), 2.95-2.66 (m, 2H), 1.80 (s, 3H), 1.51 (s, 3H), 1.03-0.81 (m, 23H).
37b:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(1R)-1-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]-2-ヒドロキシ-エチル]ピリミジン-2,4-ジオン
EtOH250ml中の36b15.35g(17.7mmol、粗製)の溶液に、NaBH4818mg(21.2mmol)を室温で添加した。反応物を16時間撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。有機溶液をH2O、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した後、有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、37b14.85g(98.3%)を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.23
イオン化方法:ES+:[M]+=303.2(DMT+
37c:N-[9-[(1R)-1-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシ-メチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]-2-ヒドロキシ-エチル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
無水EtOH400ml中の36c(30g、35mmol)の溶液に、NaBH4(1.6g、42mmol)を15~20℃で添加した。4時間撹拌した後、pHを、10%クエン酸溶液(約25ml)を使用することにより7に調整した。溶媒を真空中で濃縮し、残留物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 20:1~10:1)により精製して、37c22.0g(74.5%)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.06 (s,1H), 11.71 (s,1H), 8.04 (s, 1H), 7.37-7.28 (m, 3H), 7.26-7.19 (m, 11H), 6.87-6.83 (m, 4H), 6.09 (d, J1 =5.6 Hz, J2=5.6 Hz, 1H), 5.22 (d, J =5.6 Hz, 1H), 4.75 (d, J1=4.8 Hz, J2 =4.8 Hz, 1H), 3.85-3.84 (m, 2H), 3.74-3.70 (m, 9H), 3.68-3.49 (m, 2H), 3.14 (m, 1H), 2.99-2.81 (m, 1H), 1.15-1.12 (m, 6H), 0.80-0.79 (m, 21H).
38a:[(2R)-2-[3-(ベンジルオキシメチル)-5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル]-2-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]エチル]4-メチルベンゼンスルホネート
DCM108ml中の37a(10.8g、12.43mmol)、NEt3(3.14g、31.07mmol)およびDMAP(1.52g、12.43mmol)の溶液に、DCM54ml中のTs-Cl(1.9g、9.94mmol)の溶液を15℃で添加した。混合物を2時間撹拌し、続いてさらなるTs-Cl500mgを添加し、DCM5mlに溶解した。15℃でさらに1時間撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO3溶液(200ml)およびブライン(200ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 2:1)により精製して、38a(10g、78.7%)を黄色油状物として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.74-7.43 (m, 2H), 7.34-7.00 (m, 18H) 6.84-6.64 (m, 4H), 6.42-6.24 (m, 1H), 5.43-5.15 (m, 2H), 5.00-4.72 (m, 1H), 4.63-4.47 (m, 2H), 4.21-3.90 (m, 2H), 3.83-3.56 (m, 10H), 3.29-3.11 (m, 1H), 2.44-2.19 (m, 4H), 1.89-1.64 (m, 3H), 1.07-0.71 (m, 21H).
38b:[(2R)-2-[3-(ベンジルオキシメチル)-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル]-2-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]エチル]4-メチルベンゼンスルホネート
Ts-Cl1.2当量を使用することにより、38aについてのプロトコールに従って、37b3.0g(3.5mmol)を38bに変換した。シリカゲル(PE/EtOAc 10:1~2:1)上で最終精製した後、表題化合物(38b)2.0g(57%)を無色泡状物として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.65-7.56 (m, 3H), 7.35-7.18 (m, 16H), 6.84-6.80 (m, 4H), 6.37-6.36 (m, 1H), 5.74 (s, 2H), 5.64 (d, J=12.0 Hz, 1H), 5.23-5.18 (m, 2H), 4.93-4.91 (m, 1H), 4.52 (s, 2H), 4.18-4.09 (m, 2H), 3.71 (s, 6H), 3.23-3.01 (m, 4H), 2.34 (s, 3H), 0.96-0.79 (m, 21H).
38c:[(2R)-2-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]-2-[2-(2-メチルプロパノイルアミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]エチル]4-メチルベンゼンスルホネート
無水DCM537ml中の37c(31.5g、40.8mmol)の溶液に、NEt3(10.3g、102mmol)およびDMAP(4.98g、40.8mmol)をN2雰囲気下、0℃で添加した。10分後、Ts-Cl(9.3g、49mmol)を混合物に0℃で添加し、撹拌を15~20℃で6時間続けた。溶媒を蒸発させ、残留物をカラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 20:1~10:1)により精製して、38c(30g、73.7%)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.03 (s,1H), 11.59 (s,1H), 8.11 (s, 2H), 7.09 (s, 1H), 7.50-7.49 (m, 2H), 7.31-7.16 (m, 12H), 6.87-6.86 (m, 4H), 6.59-6.58 (m, 2H), 6.31 (s, 1H), 4.96 (s, 1H), 4.62 (s, 1H), 4.37 (s, 1H), 4.04 (s, 2H), 3.66-3.61 (m, 4H), 3.59-3.51 (m, 1H), 3.12-3.03 (m, 2H), 2.95 (s, 6H), 2.79-2.61 (m, 1H), 2.33 (s, 3H), 1.20-1.11 (m, 7H), 0.86-0.79 (m, 21H).
39a:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
無水THF343mlおよびMeOH343ml中の化合物38a(10.5g、10.26mmol)の混合物に、2M NaOHの溶液(74mL、147.47mmol)を15℃で添加した。混合物を65℃で3時間撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。混合物をクエン酸水溶液(10%)で中和し、真空中で濃縮した。残留物をEtOAc(700ml)に溶解し、飽和NaHCO3溶液(700ml)で洗浄した。有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 5:1)により精製して、表題化合物39a(4.9g、49.1%)を黄色油状物として得た。
MS (m/z) = 873,4 (M+Na)
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.62-7.18 (m, 19H), 6.82 (br d, J=8.66 Hz, 4H), 6.10 (dd, J=10.04, 3.39 Hz, 1H), 5.53 (s, 1H), 4.74 (s, 1H), 4.26-4.15 (m, 1H), 4.04-3.88 (m, 2H), 3.81 (d, J=1.00 Hz, 7H), 3.72-3.59 (m, 1H), 3.31-3.12 (m, 3H), 1.94-1.80 (m, 3H), 1.17-0.78 (m, 23H).
39b:3-(ベンジルオキシメチル)-1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
MeOH250ml中の化合物38b(1.0g、1.0mmol)の溶液に、NaOMe(2.5g、45.0mmol)を添加した。混合物をN2雰囲気下、50℃で3時間加熱し、そのときにTLCは完全な変換を示した。溶媒を減圧下で除去し、残留物をシリカゲル上でのカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 10:1~3:1)により精製して、39b(0.27g、33%)を白色泡状物として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.54 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.39-7.37 (m, 2H), 7.35-7.30 (m, 6H), 7.28-7.26 (m, 3H), 7.24-7.22 (m, 1H), 6.85 (d, J=8.0 Hz, 4H), 6.05 (dd, J=12.0, 4.0 Hz, 1H), 5.79 (d, J=12.0 Hz, 1H), 5.49 (s, 2H), 4.72 (s, 2H), 4.20 (d, J=8.0 Hz, 1H), 4.0 (dd, J=12.0, 4.0 Hz, 1H), 3.94 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.86 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.79 (s, 6H), 3.56 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.22-3.12 (m, 3H), 1.10-0.95 (m, 21H).
39c:2-アミノ-9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピル-シリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-1H-プリン-6-オン
MeOH616ml中の化合物38c(28g、28mmol)の溶液に、5M NaOH151ml(758mmol)を15~20℃で滴下添加した。混合物を60~70℃の間で30分間撹拌して完全な変換を達成した。混合物を0℃に冷却し、pHを、10%クエン酸溶液(約200ml)を使用して7に調整した。溶媒を30℃で濃縮し、残った水相をDCM(3×500ml)で抽出した。合わせた有機層をブライン(500ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濃縮した。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 20:1~10:1)により精製して、39c(18g、79%)を黄色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 10.71 (m, 1H), 7.91 (m,1H), 7.41-7.40 (m, 2H), 7.27-7.20 (m, 12H), 6.82-6.50 (m, 6H), 6.50 (s, 1H), 5.88-5.85 (m, 1H), 4.17-4.14 (m, 1H), 3.96-3.89 (m, 1H), 3.80 (m, 2H), 3.74-3.72 (m, 10H), 3.69-3.61 (m, 1H), 3.10-3.08 (m, 1H), 2.41-2.58 (m, 1H), 0.94-0.91 (m, 21H).
40a:1-[(2R,6R)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
EtOAc55.5ml中の化合物39a(3.7g、4.35mmol)の溶液に、Pd(OH)2/C(2g、炭素上20%および水中50%)およびトリクロロ酢酸(1.42g、8.70mmol)を添加した。反応混合物をH2(15psi)下、15℃で1時間撹拌して完全な変換を達成した。混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮して、粗製の脱ベンジル化および脱トリチル化した中間体を黄色油状物として得、これをMeOH90mlに溶解した。NEt3(1.14g、11.28mmol)を15℃で添加した後、溶液を終夜撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。溶媒を真空中で除去し、残留物をカラムクロマトグラフィー(DCM/MeOH 50:1)により精製して、表題化合物40a950mg(51.0%)を白色泡状物として得た。
MS (m/z) = 451,2 (M+Na)
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.22 (s, 1H), 7.26-7.17 (m, 1H), 6.06-5.93 (m, 1H), 5.52 (d, J=8.16 Hz, 1H), 4.39-4.25 (m, 1H), 4.08 (d, J=11.92 Hz, 1H), 4.01-3.90 (m, 1H), 3.85 (d, J=9.29 Hz, 1H), 3.74 (s, 2H), 3.56-3.49 (m, 1H), 3.31 (dd, J=11.29, 10.29 Hz, 1H), 2.32-2.10 (m, 1H), 2.02-1.89 (m, 3H), 1.32-0.96 (m, 17H).
40b:1-[(2R,6R)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
39b9.5g(11.4mmol)から出発して、40aについて記載したプロトコールに従って、表題化合物40bを合成した。シリカゲル(PE/EtOAc 10:1~1:1)上で精製した後、40b4.0g(86%)を白色泡状物として単離した。
MS (m/z) = 415,0 (M+H)
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.74 (br. s., 1H), 7.47 (d, J=8.03 Hz, 1H), 6.02-5.97 (m, 1H), 5.85-5.78 (m, 1H), 5.50 (br. s., 1H), 4.32-4.26 (m, 1H), 4.08 (d, J=12.05 Hz, 1H), 4.03-3.96 (m, 1H), 3.85 (d, J=9.29 Hz, 1H), 3.73 (s, 2H), 3.51 (d, J=12.05 Hz, 1H), 3.27 (t, J=10.67 Hz, 1H), 1.19-1.09 (m, 21H).
41:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発化合物40a(683mg、1.5mmol)を、乾燥DCM30mlに溶解した。室温で、NEt3753mg(1.03ml、7.4mmol)およびDMT-Cl616mg(1.8mmol)を添加し、反応物を16時間撹拌し、そのときに出発物質の変換が完了した。反応溶液を蒸発させ、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、DMT保護生成物41 990mg(91.0%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.31
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=753.4
42:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発物質41 985mg(1.35mmol)を、THF40mlに溶解した。NEt35.95g(8.18ml、58.25mmol)およびNEt3・3HF10.80g(10.92ml、65.0mmol)を添加した後、反応物を、完全な変換が検出されるまで(およそ16時間)65℃で撹拌した。溶媒を除去し、残留物をH2O/飽和NaHCO3溶液(1:2)400mlに注ぎ入れた。水性混合物をDCM(2×50ml)で2回抽出した。有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させて、粗生成物956mgを得、これをシリカ(n-ヘプタン中1%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中10~100%EtOAc)上で精製した。所望のアルコール42 760mg(98.2%)を無色泡状物として単離した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.86
イオン化方法:ES+:[M]+=303.1(DMT+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.41 (s, 1H), 7.56 - 7.61 (m, 1H), 7.40 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.56 Hz, 4H), 5.90 (dd, J=10.09, 3.36 Hz, 1H), 4.79 (t, J=5.20 Hz, 1H), 3.70 - 3.85 (m, 10H), 3.62 (d, J=11.74 Hz, 1H), 3.49 (t, J=10.76 Hz, 1H), 2.97 - 3.12 (m, 2H), 1.70 (s, 3H).
43a:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル
出発物質42 669mg(1.2mmol)およびDIPEA415mg(530μl、3.1mmol)を、DCM10mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルクロロホスホルアミダイト384mg(361μl、1.6mmol)を0℃で添加し、溶液を室温に到達させながら1時間撹拌した。完全な変換を達成するために、追加のDIPEA0.5当量および2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルクロロホスホルアミダイトを添加し、反応物をさらに2時間撹拌した。n-ブタノール200μlを添加した後、反応物を10分間撹拌した。溶液をH2O50mlで洗浄した。水層を分離し、DCM50mlで抽出した。有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。残留物をジエチルエーテル30mlに溶解し、n-ペンタン100ml中に-30℃で滴下添加した。沈殿物を濾過し、真空中で乾燥させて、所望の生成物723mg(80.1%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.40 (s, 1H), 7.63, 7.60 (2 x s, 1H), 7.36 - 7.45 (m, 2H), 7.21 - 7.34 (m, 7H), 6.84 - 6.90 (m, 4H), 5.93 - 6.03 (m, 1H), 3.76 - 4.04 (m, 4H), 3.74 (s, 6H), 3.42 - 3.71 (m, 6H), 2.98 - 3.12 (m, 2H), 2.58 - 2.74 (m, 2H), 1.75, 1.72 (2 x s, 3H), 0.95 - 1.14 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,8, 148,7.
44:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
無水ピリジン150ml中の39c(14.18g、18.8mmol)の溶液に、TMSCl(15.22g、141mmol)をN2雰囲気下、0℃で添加した。室温で2時間撹拌した後、2-メチルプロパノイルクロリド(2.18g、20.6mmol)を0℃で添加し、撹拌を室温で2時間続けて完全な変換を達成した。EtOH20mlを添加した後、混合物をさらに10分間撹拌した。溶液を氷水(500ml)に注ぎ入れ、DCM(3×500ml)で抽出した。合わせた有機層を10%クエン酸水溶液(2×500ml)、飽和NaHCO3溶液(300ml)およびブライン(200ml)で洗浄し、無水Na2SO4で脱水し、濃縮した。粗生成物を分取HPLC(0.1%FA/ACN)により精製して、44 9.5g(61.2%)を白色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.08 (s, 2H), 7.39-7.26 (m, 2H), 7.25-7.19 (m, 8H), 6.80 (d, J=8.0 Hz, 4H), 5.79 (d, J=1.6 Hz, 1H), 4.18-4.12 (m, 1H), 3.99-3.81 (m, 4H), 3.72 (s, 7H), 3.69 (d, J=10 Hz, 1H), 3.11 (d, J=11.2 Hz, 1H), 2.93 (d, J=10.4 Hz, 1H), 2.72 (s, 1H), 1.11-1.08 (m, 7H), 1.01-0.91 (m, 21H).
45:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
44 1.33g(1.61mmol)を、DMF16mlに溶解した。NEt31.65g(2.26ml、16.1mmol)およびNEt3・3HF1.32g(1.34ml、8.05mmol)を添加した後、溶液を90℃で2時間撹拌した。反応混合物を室温に冷却し、続いてNaHCO32.5gおよびH2O10mlを添加した。2時間撹拌した後、混合物を蒸発させ、残留物をDCM/iPrOH(4:1)25mlに溶解し、シリカ(DCM中0~10%MeOH)上で精製して、表題化合物45 0.83g(76.5%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.33
イオン化方法:ES+:[M+H]+=670.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.11 (br s, 1H), 11.66 (s, 1H), 8.11 (s, 1H), 7.37 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.18 - 7.29 (m, 7H), 6.84 (dd, J=8.93, 2.69 Hz, 4H), 5.98 (dd, J=8.31, 4.40 Hz, 1H), 4.81 (t, J=5.26 Hz, 1H), 3.90 - 4.02 (m, 2H), 3.67 - 3.86 (m, 4H), 3.72 (s, 6H), 3.04 (d, J=9.54 Hz, 1H), 2.96 (m, 1H), 2.75 - 2.81 (m, 1H), 1.11 (t, J=6.66 Hz, 6H).
43c:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
アルコール45 100mg(149μmol)、モレキュラーシーブ(4Å)0.2gおよびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド13.5mg(75μmol)を、乾燥DCM2.5mlに溶解した。Ar雰囲気下で、2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロ-ジアミダイト45.5mg(48μl、146μmol)を添加し、溶液を室温で2時間撹拌して完全な変換を達成した。飽和NaHCO3溶液を添加した後、有機相を分離し、水相をDCMで1回洗浄した。合わせた有機層を飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(DCM+0.5%NEt3で事前調整、DCM中0~10%MeOH)上で精製して、表題化合物(43c)95mg(73.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.34、2.36
イオン化方法:ES+:[M]+=787.2(M-iPr2N+OH+H+
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.09 (br s, 1H), 11.61, 11.58 (2 x s, 1H), 8.13, 8.08 (2 x s, 1H), 7.35 (m, 2H), 7.18 - 7.28 (m, 7H), 6.80 - 6.85 (m, 4H), 5.97 (m, 1H), 3.95 - 4.07 (m, 4H), 3.56 - 3.94 (m, 4H), 3.72 (s, 6H), 3.36 - 3.54 (m, 2H), 2.96 - 3.11 (m, 2H), 2.68 - 2.82 (m, 2H), 2.59 (m, 1H), 0.96 - 1.15 (m, 12H), 0.83 - 0.90 (m, 6H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,1, 147,9.
〔実施例B.2〕
合成スキーム13
Figure 0007417529000057
46:[(2R)-2-[3-(ベンジルオキシメチル)-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル]-2-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(p-トリルスルホニルオキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]エチル]4-メチルベンゼンスルホネート
出発物質37b14.80g(17.31mmol)を、乾燥ピリジン120mlに溶解した。室温で、Ts-Cl13.33g(69.23mmol)を添加し、反応物を室温で撹拌した。23時間後、DMAP1.0g(8.2mmol)を添加し、撹拌をさらに24時間続けた。追加のTs-Cl6.67g(34.62mmol)を添加し、反応混合物を48時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を除去し、残留物をEtOAcに溶解した。有機溶液をH2O、クエン酸水溶液(10%)、飽和NaHCO3溶液およびブラインで洗浄した。MgSO4で脱水し、溶媒を蒸発させて、粗生成物を得、これをシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中20~50%EtOAc)上で精製して、46 12.0g(59.6%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.33
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=1185.5
47:[(2R)-2-[3-(ベンジルオキシメチル)-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル]-2-[(1S)-1-(ヒドロキシメチル)-1-(p-トリルスルホニルオキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]エチル]4-メチルベンゼンスルホネート
DCM240ml中の46 12.0g(10.31mmol)の溶液を、DCA26.87g(17.22ml、206.28mmol)で処理した。溶液を室温で30分間撹拌して完全な変換を達成した。有機溶液を飽和NaHCO3溶液で洗浄し、層を分離した。水相をDCMで2回洗浄し、合わせた有機層をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100EtOAc)上で精製して、表題化合物47 7.84g(88.3%)を橙色油状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.19
イオン化方法:ES+:[M+H]+=861.3
48:[(2S,6R)-6-[3-(ベンジルオキシメチル)-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチル4-メチルベンゼンスルホネート
47 7.83g(9.09mmol)を、乾燥MeOH250mlに溶解した。ナトリウムメトキシド22.11g(409、18mmol)を添加した後、溶液を50℃で撹拌した。2.5時間後、溶媒を除去し、残留物をEtOAcに溶解した。有機溶液をH2O、およびブラインで洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中20~100%エチル)上で精製して、所望のジオキサン48を無色泡状物(3.84g、61.3%)として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.20
イオン化方法:ES+:[M+H]+=689.3
49:[(2R,6R)-6-[3-(ベンジルオキシメチル)-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
出発化合物48 3.84g(5.57mmol)を、DMF200mlに溶解した。安息香酸ナトリウム2.03g(13.94mmol)を添加した後、溶液を150℃で24時間撹拌して完全な変換を達成した。反応混合物を室温に冷却し、溶媒を真空中で除去した。残留物をEtOAcに溶解し、H2Oおよびブラインで2回洗浄した。MgSO4で脱水し、溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、49 2.63g(73.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.24
イオン化方法:ES+:[M+H]+=639.3
50:[(2R,6R)-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
MeOH65ml中の49 2.62g(4.10mmol)の溶液に、Pd(OH)2(炭素上20%)144mg(0.21mmol)をアルゴン雰囲気下で添加した。溶液をH2でパージした後、反応混合物を4barのH2雰囲気下、室温で撹拌した。1時間後、触媒を濾過し、濾液を減圧下で蒸発させた。粗生成物(2.11g)をMeOH40mlに溶解し、NEt33.63g(5.0ml、35.87mmol)を添加した。溶液を室温で30分間撹拌して完全な変換を達成した。pHを、クエン酸水溶液(10%)を使用して7に調整した後、溶媒を除去し、残留物をEtOAcに溶解した。クエン酸水溶液(10%)および飽和NaHCO3溶液で洗浄した後、有機相をMgSO4で脱水し、蒸発させて、50 1.97g(99.3%、粗製)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.12
イオン化方法:ES+:[M+H]+=519.3
51:[(2R,6R)-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-2-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
50 980mg(1.89mmol)を、乾燥THF35mlに溶解した。室温で、ピリジン-HF(65%)7.20g(6.55ml、47.24mmol)を添加し、溶液を1.5時間撹拌した。さらなるピリジン-HF(65%)7.20gを添加した後、撹拌を5時間続け、そのときに完全な変換が検出された。固体NaHCO3(およそ24g)を添加した後、反応物を1.5時間撹拌した。無機塩を濾別し、濾液を蒸発させた。粗生成物をシリカ(DCM中0~5%MeOH)上で精製して、表題化合物51(494mg、72.2%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.22
イオン化方法:ES+:[M+H]+=363.1
52:[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
DCM20ml中の51 490mg(1.35mmol)の溶液に、DIPEA874mg(1.18ml、6.76mmol)およびDMT-Cl584mg(1.69mmol)を室温で添加した。16時間撹拌した後、溶液を蒸発させ、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、所望のDMT-エーテル52 894mg(99.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.96
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=687.2
53:1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
52 888mg(1.34mmol)を、THF20mlおよびMeOH5mlに溶解した。0℃で、2M NaOH溶液6.68ml(13.36mmol)を添加し、溶液を室温に到達させながら1時間撹拌した。0℃まで冷却した後、クエン酸水溶液(10%)12mlを添加し、混合物をEtOAcで抽出した。有機層を分離し、飽和NaHCO3溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去した。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%(EtOAc+5%MeOH))上で精製して、53 730mg(97.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.78
イオン化方法:ES-:[M-H]-=559.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.42 (br s, 1H), 7.67 (d, J=8.07 Hz, 1H), 7.39 (d, J=6.95 Hz, 2H), 7.19 - 7.33 (m, 7H), 6.85 - 6.90 (m, 4H), 5.89 (dd, J=10.03, 3.18 Hz, 1H), 5.66 (d, J=8.07 Hz, 1H), 4.80 (t, J=5.26 Hz, 1H), 3.70 - 3.83 (m, 10H), 3.55 (d, J=11.62 Hz, 1H), 3.44 (m, 1H), 3.08 (d, J=9.41 Hz, 1H), 2.97 (d, J=9.41 Hz, 1H).
43b:3-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル
出発化合物53 725mg(1.29mmol)およびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド122mg(0.71mmol)を、乾燥DCM20mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロ-ジアミダイト429mg(452μl、1.43mmol)を室温で添加し、溶液を16時間撹拌した。さらなるジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド122mg(0.71mmol)および2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト429mg(452μl、1.43mmol)を添加した後、撹拌を2時間続けて完全な変換を達成した。溶媒を除去し、残留物をEtOAcに溶解し、H2Oおよび飽和NaHCO3溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を蒸発させ、粗生成物をジエチルエーテル25mlに溶解した。撹拌しながら、有機溶液をn-ペンタン150ml中に滴下した。沈殿物を濾過し、真空中40℃で乾燥させて、表題化合物43b751mg(76.3%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.39 (br s, 1H), 7.65 - 7.73 (m, 1H), 7.34 - 7.43 (m, 2H), 7.19 - 7.34 (m, 7H), 6.84 - 6.90 (m, 4H), 5.95 (m, 1H), 5.66 (m, 1H), 3.92 - 4.10 (m, 2H), 3.78 - 3.91 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.41 - 3.68 (m, 6H), 3.11 (m, 1H), 2.98 (m, 1H), 2.70 (m, 1H), 2.61 (m, 1H), 0.94 - 1.14 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,9, 148,7.
〔実施例B.3〕
合成スキーム14
Figure 0007417529000058
54:[(2S,6R)-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
40b2.66g(6.42mmol)を、乾燥ピリジン35mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル1.37g(1.13ml、9.62mmol)を滴下添加し、溶液を16時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。10%クエン酸水溶液(2×)、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した後、有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、54 2.0g(60.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.02
イオン化方法:ES+:[M+H]+=519.4
55:[(2S,6R)-6-(4-アミノ-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
乾燥ACN中の54 1.99g(3.61mmol)の溶液に、NEt36.28g(8.63ml、61.43mmol)および1H-1,2,4-トリアゾール3.06g(43.36mmol)を添加した。反応混合物を0℃に冷却し、激しく撹拌しながら、乾燥ACN15ml中のPOCl31.66g(1.01ml、10.84mmol)の溶液を滴下添加した。1時間後、溶媒を真空中で除去し、残留物に、飽和NaHCO3/H2O混合物(1:1)150mlを添加した。水性混合物をDCMで3回抽出し、合わせた有機層をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗生成物を乾燥ACN50mlに溶解し、続いてNH3水溶液(32%)50mlを添加した。終夜(17時間)撹拌した後、溶液を濃縮し、残った水性混合物をDCM(2×100ml)で抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させて、55 1.93g(定量的、粗生成物)を薄黄色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.59
イオン化方法:ES+:[M+H]+=518.4
56:[(2S,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
55 1.93g(3.72mmol)を、乾燥ピリジン30mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル0.79g(0.66ml、5.59mmol)を滴下添加し、溶液を18時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。10%クエン酸水溶液(2×)、飽和NaHCO3およびNaCl溶液で洗浄した後、有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、56 1.91g(82.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.27
イオン化方法:ES+:[M+H]+=622.5
57:N-[1-[(2R,6R)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
56 952mg(1.53mmol)を、EtOH/ピリジン(1:1)20mlに溶解した。0℃で、1M NaOH溶液9.19ml(9.19mmol)を添加し、溶液を0℃で3時間撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。クエン酸一水和物(およそ650mg、H2O15mlに溶解)を使用して、pHを6にした。有機溶媒を蒸発させた後、水層をEtOAcで抽出した。有機相をクエン酸水溶液(10%)、H2Oおよび飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水し、蒸発させた後、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、表題化合物57 678mg(85.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.72
イオン化方法:ES+:[M+H]+=518.2
58:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
57 673mg(1.30mmol)を、DCM/ピリジン(1:1)20mlに溶解した。DMT-Cl719mg(2.08mmol)を室温で添加した後、溶液を2時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、残留物をEtOAcに溶解した。2×クエン酸水溶液(10%)および飽和NaHCO3溶液で洗浄した後、有機層をMgSO4で脱水し、真空中で濃縮した。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~70%EtOAc)上で精製して、DMT-エーテル58 975mg(91.5%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.61
イオン化方法:ES-:[M-H]-=818.4
59:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
58 970mg(1.18mmol)およびNEt31.68g(2.31ml、16.56mmol)を、THF20mlに溶解した。NEt3・3HF3.15g(3.18ml、18.93mmol)を添加した後、反応物を65℃で48時間撹拌して完全な変換を達成した。室温に冷却した後、混合物を飽和NaHCO3溶液200mlに注ぎ入れ、1.5時間撹拌した。DCM2×100mlで抽出した後、合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。シリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で最終精製して、59 745mg(94.9%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.61
イオン化方法:ES+:[M+H]+=664.3
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.31 (br s, 1H), 8.13 (br d, J=7.15 Hz, 1H), 8.00 (d, J=7.66 Hz, 2H), 7.63 (t, J=7.38 Hz, 1H), 7.51 (t, J=7.79 Hz, 2H), 7.36 - 7.42 (m, 3H), 7.22 - 7.33 (m, 7H), 6.87 - 6.91 (m, 4H), 6.03 (dd, J=9.72, 3.12 Hz, 1H), 4.84 (t, J=5.50 Hz, 1H), 3.94 (dd, J=11.19, 3.12 Hz, 1H), 3.84 - 3.89 (m, 1H), 3.72 - 3.81 (m, 8H), 3.56 (d, J=11.92 Hz, 1H), 3.33 - 3.38 (m, 1H), 3.16 (d, J=9.35 Hz, 1H), 3.02 (d, J=9.17 Hz, 1H).
43d:N-[1-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
出発化合物59 715mg(1.08mmol)およびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド559mg(3.23mmol)を、乾燥DCM20mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロ-ジアミダイト502mg(529μl、1.62mmol)を室温で添加し、溶液を16時間撹拌して完全な変換を達成した。H2O40mlを添加した後、有機層を分離し、水相をDCMで抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+1.0%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%MTB-エーテル/DCM(1:1))上で精製して、表題化合物43d887mgを無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.30 (br s, 1H), 8.15 (2 x d, J=7.53 Hz, 1H), 8.00 (m, 2H), 7.63 (m, 1H), 7.51 (m, 2H), 7.20 - 7.44 (m, 10H), 6.89 (br d, J=8.72 Hz, 4H), 6.03 - 6.13 (m, 1H), 3.78 - 4.17 (m, 4H), 3.74 (s, 6H), 3.35 - 3.71 (m, 6H), 3.20 (m, 1H), 3.03 (m, 1H), 2.89 (m, 1H), 2.72 (m, 1H), 0.89 - 1.22 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 148,2, 147,7.
〔実施例B.4〕
合成スキーム15
Figure 0007417529000059
60:[(2S,6R)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
化合物54について記載したプロトコールに従って、40a1.0g(2.33mmol)から、シリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上での精製の後に、ベンゾイル化生成物60 1.24g(86.4%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.10
イオン化方法:ES-:[M-H]-=531.6
61a:[(2S,6R)-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
60 1.07g(2.01mmol)を、THF20mlに溶解した。室温で、ピリジン-HF(65%)1.53g(1.39ml、10.03mmol)を添加し、混合物を18時間撹拌した。さらなるピリジン-HF(65%)3.06g(2.78ml、20.06mmol)を添加した後、溶液を65℃で5時間撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。反応混合物を飽和NaHCO3溶液250mlに注ぎ入れた。1時間撹拌した後、混合物をDCM(3×50ml)で抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、61a680mg(90.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.46
イオン化方法:ES-:[M-H]-=375.3
61d:[(2S,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
化合物61aについて記載したプロトコールに従って、ピリジン-HF10.0当量を使用して、56 952mg(1.53mmol)から、61d471mg(66.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.89
イオン化方法:ES+:[M+H]+=466.1
62a:[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
61a675mg(1.79mmol)を、DCM/ピリジン(1:1)10mlに溶解した。DCM15ml中のDMT-Cl806mg(2.33mmol)の溶液を添加した後、反応溶液を室温で5.5時間撹拌し、続いてさらなるDMT-Cl403mg(1.17mmol)を添加した。撹拌を18時間続け、そのときに完全な変換が検出された。溶媒を蒸発させ、残留物をEtOAcに溶解した。クエン酸水溶液(10%)および飽和NaHCO3溶液で2回洗浄した後、有機層をMgSO4で脱水し、真空中で濃縮した。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、DMT-エーテル62a1.15g(94.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.76
イオン化方法:ES-:[M-H]-=677.3
62d:[(2R,6R)-6-(4-ベンズアミド-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
62aについて記載したプロトコールに従って、出発化合物61d467mg(1.00mmol)をDMT保護して、62d677mg(87.9%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.95
イオン化方法:ES-:[M-H]-=766.4
63a:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-5-メチル-ピリミジン-2,4-ジオン
出発化合物62a(580mg、0.85mmol)を、THF/MeOH(4:1)25mlに溶解した。室温で、2M NaOH溶液4.27ml(8.55mmol)を添加し、反応物を30分間撹拌した。固体クエン酸一水和物および飽和NaHCO3溶液を使用して、pHを7にした。有機溶媒を真空中で除去し、水相をDCM(2×30ml)で抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水した。蒸発させた後、表題化合物63a481mg(98.0%、粗製)を無色固体として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.82
イオン化方法:ES-:[M-H]-=573.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (s, 1H), 7.63 (s, 1H), 7.39 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.89 (d, J=8.31 Hz, 4H), 5.75 (m, 1H), 4.83 (t, J=5.81 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.57 - 3.72 (m, 4H), 3.51 - 3.56 (m, 2H), 3.20 - 3.29 (m, 2H), 1.79 (d, J=0.86 Hz, 3H).
63d:N-[1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
62d672mg(0.88mmol)を、EtOH/ピリジン(1:1)20mlに溶解した。0℃で、1M NaOH溶液5.25ml(5.25mmol)を添加し、反応物を1時間撹拌した。クエン酸水溶液を使用して、pHを7にした。EtOAc200mlおよびH2Oを添加した後、有機相を分離し、クエン酸水溶液(10%)、H2OおよびNaCl溶液で2回洗浄した。MgSO4で脱水し、溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、表題化合物63d555mg(95.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.49
イオン化方法:ES-:[M-H]-=662.3
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.28 (br s, 1H), 8.31 (br d, J=6.79 Hz, 1H), 8.00 (d, J=7.66 Hz, 2H), 7.63 (t, J=7.43 Hz, 1H), 7.52 (t, J=7.79 Hz, 2H), 7.39 (m, 3H), 7.21 -7.33 (m, 7H), 6.87 - 6.91 (m, 4H), 5.80 (dd, J=9.81, 3.21 Hz, 1H), 4.89 (t, J=5.96 Hz, 1H), 3.85 (dd, J=11.19, 3.12 Hz, 1H), 3.79 (m, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.64 (d, J=11.92 Hz, 1H), 3.59 (m, 2H), 3.26 - 3.30 (m, 2H), 3.20 (t, J=10.55 Hz, 1H).
64a:3-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル
43aについて記載したプロトコールに従って、出発化合物63a380mg(0.66mmol)をホスホロアミダイト64aに移した。ジエチルエーテル/n-ペンタンから沈殿させた後、表題化合物(64a)342mg(66.7%)を無色固体として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.40, 11.39 (2 x s, 1H), 7.63, 7.61 (2 x s, 1H), 7.40 (m, 2H), 7.21 - 7.35 (m, 7H), 6.83 - 6.96 (m, 4H), 5.77 - 5.87 (m, 1H), 3.36 - 3.90 (m, 17H), 3.12 - 3.28 (m, 1H), 2.66 - 2.77 (m, 2H), 1.81 - 1.79 (2 x s, 3H), 1.02 - 1.17 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,5, 148,1.
64d:N-[1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]-2-オキソ-ピリミジン-4-イル]ベンズアミド
43dについて記載したプロトコールに従って、出発物質63d525mg(0.79mmol)をホスホロアミダイト64dに移した。シリカ(n-ヘプタン+1.0%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%MTB-エーテル/DCM(1:1))上でクロマトグラフィー精製した後、表題化合物(64d)620mg(90.7%)を無色泡状物として単離した。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.31 (br s, 1H), 8.22 (m, 1H), 8.01 (d, J=7.59 Hz, 2H), 7.57 - 7.69 (m, 1H), 7.52 (m, 2H), 7.39 (m, 3H), 7.20 - 7.34 (m, 7H), 6.86 - 6.92 (m, 4H), 5.88 (m, 1H), 3.39 - 3.95 (m, 11H), 3.74 (s, 6H), 3.26 - 3.34 (m, 0.5H), 3.17 -3.24 (m, 0.5H), 2.71 - 2.77 (m, 1H), 2.64 - 2.69 (m, 1H), 1.03 - 1.24 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,5, 147,3.
〔実施例B.5〕
合成スキーム16
Figure 0007417529000060
65:1-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
出発物質50 980mg(1.89mmol)を、THF/MeOH(4:1)40mlに溶解した。0℃で、2M NaOH溶液9.45ml(18.90mmol)を添加し、反応物を0℃で1時間撹拌した。溶液を、固体クエン酸(およそ1.33g)を添加することによりpH7にした。有機溶媒を真空中で除去し、水性残留物をEtOAc100mlで抽出した。有機層を分離し、飽和NaHCO3溶液で洗浄し、MgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカ(DCM中0~5%MeOH)上で精製して、65 603mg(77.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.90
イオン化方法:ES+:[M+H]+=415.3
66:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
65 597mg(1.44mmol)およびDIPEA931mg(1.26ml、7.20mmol)を、DCM20mlに溶解した。DMT-Cl622mg(1.80mmol)を添加した後、溶液を室温で22時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で除去し、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、DMT-エーテル66 860mg(83.3%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.25
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=739.4
67:1-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]ピリミジン-2,4-ジオン
66 854mg(1.19mmol)を、NMP17ml中のNEt35.26g(7.23ml、51.49mmol)およびNEt3・3HF9.55g(9.66ml、57.46mmol)の溶液に添加した。65℃で2時間撹拌した後、反応物を室温で終夜放置した。反応溶液をH2O/飽和NaHCO3溶液(1:1)450mlに注ぎ入れ、溶液をEtOAc2×100mlで抽出した。合わせた有機層をH2Oおよび飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン+0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中10~100%EtOAc)上で精製して、表題化合物67 666mg(99.7%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.76
イオン化方法:ES+:[M+Na]+=583.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.37 (s, 1H), 7.79 (d, J=8.07 Hz, 1H), 7.35 -7.45 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.89 (2 x d, J=8.93, 4H), 5.72 (dd, J= 10.09, 3.24 Hz, 1H), 5.62 - 5.68 (m, 1H), 4.84 (t, J=5.75 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.71 (m, 2H), 3.47 - 3.63 (m, 3H), 3.14 - 3.30 (m, 3H).
64b:3-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(2,4-ジオキソピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシプロパンニトリル
出発化合物67 650mg(1.16mmol)およびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド110mg(0.64mmol)を、乾燥DCM16mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロ-ジアミダイト396mg(418μl、1.28mmol)を室温で添加し、溶液を16時間撹拌した。溶媒を除去し、残留物をEtOAcに溶解し、H2Oおよび飽和NaHCO3溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を蒸発させ、粗生成物をメチル-tert.-ブチルエーテル15mlに溶解した。撹拌しながら、有機溶液をn-ペンタン120ml中に滴下した。沈殿物を濾過し、真空中40℃で乾燥させて、表題化合物64b827mg(93.7%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.39 (br s, 1H), 7.74 (m, 1H), 7.35 - 7.44 (m, 2H), 7.18 - 7.35 (m, 7H), 6.84 - 6.92 (m, 4H), 5.73 - 5.86 (m, 1H), 5.67 (m, 1H), 3.54 - 3.89 (m, 7H), 3.74 (s, 6H), 3.35 - 3.53 (m, 4H), 3.12 - 3.28 (m, 1H), 2.62 - 2.76 (m, 2H), 1.02 -1.16 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,5, 148,1.
〔実施例B.6〕
合成スキーム17
Figure 0007417529000061
1g:[(2S,3S,4R,5R)-4-アセトキシ-3-ベンジルオキシ-2-(ベンジルオキシメチル)-5-(6-クロロプリン-9-イル)テトラ-ヒドロフラン-2-イル]メチルアセテート
炭水化物ビルディングブロックG3 12.60g(25.9mmol)および6-クロロ-プリン6.19g(38.9mmol)を、乾燥ACN175mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、DBU12.07g(11.84ml、77.7mmol)およびTMSOTf23.26g(18.99ml、103.6mmol)を0℃で添加した。氷浴を取り外し、反応物を室温で1時間、80℃でさらに1時間撹拌し、そのときに完全な変換が検出された。溶液を室温に冷却し、飽和NaHCO3溶液500mlに注ぎ入れた。1時間激しく撹拌した後、水溶液をEtOAc300mlで抽出した。有機層を分離し、飽和NaHCO3溶液/H2O(1:1)および飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物(15.78g)をシリカゲル(n-ヘプタン中10~100%EtOAc)上で精製して、表題化合物1g12.31g(81.8%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.57
イオン化方法:ES-:[M-H+FA]-=625.1
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.80 (s, 1H), 8.75 (s, 1H), 7.16 - 7.39 (m, 10H), 6.38 (d, J=4.2 Hz, 1H), 6.10 (dd, J=5.6, 4.3 Hz, 1H), 4.86 (d, J=5.1 Hz, 1H), 4.54 - 4.68 (m, 2H), 4.37 - 4.47 (m, 3H), 4.24 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.69 (d, J=10.1 Hz, 1H), 3.60 (d, J=10.1 Hz, 1H), 2.05 (s, 3H), 1.99 (s, 3H).
2g:(2R,3R,4S,5R)-2-(6-アミノプリン-9-イル)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-5-(ヒドロキシ-メチル)テトラヒドロフラン-3-オール
クロロプリンリボシド1g12.30g(21.2mmol)を、ACN40mlに溶解した。アンモニア水溶液(35%)68.0g(77.2ml、1.40mol)を添加した後、反応溶液をオートクレーブ内に移し、70℃で18時間加熱した。反応混合物を蒸発させ、水性残留物をDCM/イソプロパノール(4:1)150mlで3回抽出した。有機層を合わせ、MgSO4で脱水し、蒸発させて、粗生成物9.37gを得、これをACN400mlから再結晶して、アデノシン類似体2g6.92g(68.5%)を無色固体として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[mm]=1.69
イオン化方法:ES+:[M+H]+=477.9
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.22 (s, 1H), 8.12 (s, 1H), 7.24 - 7.42 (m, 12H), 6.01 (d, J=5.7 Hz, 1H), 5.72 (d, J=7.3 Hz, 1H), 5.01 (br t, J=5.1 Hz, 1H), 4.91 - 4.98 (m, 1H), 4.84 (d, J=11.9 Hz, 1H), 4.60 (d, J=11.7 Hz, 1H), 4.51 (s, 2H), 4.34 (d, J=5.3 Hz, 1H), 3.57 - 3.72 (m, 4H).
2e:N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-4-ベンジルオキシ-5-(ベンジルオキシメチル)-3-ヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)-テトラヒドロフラン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
2g6.91g(14.5mmol)を、アルゴン雰囲気下でピリジン100mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル10.17g(8.41ml、72.4mmol)を添加し、反応物を1時間撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物をH2Oに溶解し、EtOAcで抽出した。有機層を分離し、1N HCl(2×250ml)、H2O(1×200ml)、飽和NaHCO3溶液(2×200ml)および飽和NaCl溶液(1×200ml)で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物(14.66g、黄色泡状物)をピリジン/EtOH(1:1)140mlに溶解した。室温で、2N NaOH108.5ml(217.1mmol)を添加し、反応混合物を30分間撹拌した。AcOH11mlを添加した後、反応溶液を真空中で濃縮した。残留物をH2O200mlで処理し、EtOAc200mlで抽出した。有機層を1N HCl(2×200ml)、H2O(1×200ml)および飽和NaHCO3溶液(1×200ml)で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物(9.0g)をシリカ(n-ヘプタン中20~100%MeOH/EtOAc(9:1))上で精製して、表題化合物2e7.25g(86.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.12
イオン化方法:ES+:[M+H]+=582.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.19 (s, 1H), 8.72 (s, 1H), 8.58 (s, 1H), 8.05 (br d, J=7.3 Hz, 2H), 7.64 (br t, J=7.3 Hz, 1H), 7.52 - 7.60 (br t, 2H), 7.25 - 7.44 (m, 10H), 6.15 (d, J=5.6 Hz, 1H), 5.82 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.99 - 5.08 (m, 2H), 4.86 (d, J=11.9 Hz, 1H), 4.62 (d, J=11.9 Hz, 1H), 4.52 (s, 2H), 4.38 (d, J=5.1 Hz, 1H), 3.59 - 3.74 (m, 4H).
〔実施例B.7〕
合成スキーム18
Figure 0007417529000062
37e:N-[9-[(1R)-1-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]-2-ヒドロキシ-エチル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発物質23e3.55g(4.1mmol)を、エタノール60mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、水素化ホウ素ナトリウム285.5mg(7.4mmol)を添加し、混合物を室温で2時間撹拌した。反応混合物を0℃に冷却した後、クエン酸50mlを添加し、続いて飽和NaHCO3溶液を添加してpH7を達成した。溶媒を真空中で除去し、水性残留物をH2Oで希釈し、EtOAcで抽出した。有機層を分離し、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカ(DCM中0~5%MeOH)上で精製して、所望のジオール37e2.15gを薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.21
イオン化方法:ES+:[M+H]+=862.7
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.14 (s, 1H), 8.66 (s, 1H), 8.47 (s, 1H), 8.05 (br d, J=7.3 Hz, 2H), 7.61 - 7.67 (m, 1H), 7.51 - 7.60 (m, 2H), 7.36 (d, J=7.3 Hz, 2H), 7.27 (br t, J=7.6 Hz, 2H), 7.17 - 7.23 (m, 5H), 6.83 (dd, J=9.0, 3.0 Hz, 4H), 6.43 (t, J=5.7 Hz, 1H), 5.17 (t, J=5.7 Hz, 1H), 4.63 (t, J=4.7 Hz, 1H), 3.76 - 3.99 (m, 2H), 3.55 - 3.76 (m, 10H), 3.17 - 3.26 (m, 1H), 3.05 (d, J=9.7 Hz, 1H), 0.78 - 1.02 (m, 21).
38e:[(2R)-2-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-2-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-1-(ヒドロキシメチル)-2-トリイソプロピルシリルオキシ-エトキシ]エチル]4-メチル-ベンゼンスルホネート
ジオール37e2.15g(2.5mmol)を、DCM60mlに溶解した。室温で、NEt3891.4mg(1.22ml、8.7mmol)、p-トルエンスルホニルクロリド503.8mg(2.6mmol)およびDMAP30.8mg(0.25mmol)を添加し、溶液を0.5時間撹拌した。2および4時間後に追加のp-トルエンスルホニルクロリド167.9mg(0.9mmol)を添加した後、溶液をさらに15時間撹拌して完全な変換を達成した。H2O150mlを添加した後、有機層を分離し、MgSO4で脱水した。溶媒を除去し、得られた粗生成物(2.56g)38eをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.46
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1014.8
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.20 (br s, 1H), 8.53 (s, 1H), 8.43 (s, 1H), 8.04 -8.10 (m, 2H), 7.62 - 7.70 (m, 1H), 7.54 - 7.60 (m, 2H), 7.43 - 7.48 (m, 2H), 7.12 - 7.35 (m, 11H), 6.77 - 6.86 (m, 4H), 6.58 (m, 1H), 4.80 (m, 1H), 4.59 (m, 1H), 4.35 (m, 1H), 3.73 (s, 3H), 3.72 (s, 3H), 3.50 - 3.67 (m, 4H), 3.21 (m, 1H), 3.09 (m, 1H), 2.35 (s, 3H), 0.82 (br s, 21H).
39e:9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-アミン
ジオキサン50ml中のトシレート38e2.45g(2.4mmol)の溶液に、2M NaOH36.16ml(72.3mmol)を添加した。80℃で2時間撹拌した後、反応混合物を室温に冷却し、有機溶媒を蒸発させた。水性残留物に、H2O250mlおよびDCM150ml、続いて酢酸4.5mlを添加した。有機層を分離し、飽和NaHCO3溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカ(DCM中0~50%MeOH/EtOAc(1:1))上で精製して、ジオキサン39e1.22g(68.6%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.41
イオン化方法:ES+:[M+H]+=740.6
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.33 (s, 1H), 8.16 (s, 1H), 7.11 - 7.45 (m, 11H), 6.72 - 6.79 (m, 4H), 6.13 (m, 1H), 4.13 - 4.26 (m, 2H), 4.04 (m, 1H), 3.93 (m, 1H), 3.5 (m, 1H), 3.71 (s, 3H), 3.70 (s, 3H), 3.66 (br d, J=11.6 Hz, 1H), 3.06 (d, J=9.5 Hz, 1H), 2.92 (d, J=9.5 Hz, 1H), 0.88 - 0.95 (m, 21H).
44e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
ジオキサン39e1.84g(2.5mmol)を、アルゴン雰囲気下で乾燥ピリジン30mlに溶解した。室温で、塩化ベンゾイル1.05g(867μl、7.5mmol)を添加し、反応物を3時間撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物をH2Oに溶解し、EtOAcで抽出した。有機層を分離し、クエン酸溶液(10%)(2×100ml)、H2O(1×100ml)および飽和NaHCO3溶液(1×100ml)で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物(2.61g、黄色泡状物)をピリジン/EtOH(1:1)40mlに溶解した。0℃で、2N NaOH7.46ml(14.9mmol)を添加し、反応混合物を30分間撹拌した。AcOH864μlを添加した後、反応溶液を真空中で濃縮した。残留物をH2O100mlで処理し、EtOAc100mlで抽出した。有機層を分離し、クエン酸溶液(10%)(2×100ml)、H2O(1×100ml)、飽和NaHCO3溶液(1×100ml)および飽和NaCl溶液(1×100ml)で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物(2.19g)をシリカ(n-ヘプタン中0~70%EtOAc)上で精製して、表題化合物44e1.72g(82.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.56
イオン化方法:ES-:[M-H]-=842.8
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.26 (br s, 1H), 8.77 (s, 1H), 8.68 (s, 1H), 8.05 (m, 2H), 7.64 (br t, J=7.3 Hz, 1H), 7.56 (m, 2H), 7.37 (dd, J=7.8, 1.5 Hz, 2H), 7.13 - 7.28 (m, 7H), 6.76 (dd, J=8.9, 1.7 Hz, 4H), 6.28 (dd, J=10.1, 3.4 Hz, 1H), 4.20 - 4.36 (m, 2H), 4.12 (m, 1H), 3.84 - 3.99 (m, 2H), 3.64 - 3.75 (m, 7H), 3.06 (m, 1H), 2.96 (m, 1H), 0.88 -1.06 (m, 21H).
45e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
シリルエーテル44e1.10g(1.3mmol)を、NMP20mlに溶解した。NEt3・HF3.47g(3.50ml、20.9mmol)およびNEt31.85g(2.54ml、18.2mmol)を添加した後、反応溶液を65℃で18時間撹拌した。室温に冷却した後、飽和NaHCO3溶液250mlおよびEtOAc150mlを添加し、混合物を30分間撹拌した。有機層を分離し、飽和NaHCO3溶液で洗浄し、飽和NaCl溶液で2回洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(0.5%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、45e852mg(95.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.43
イオン化方法:ES+:[M+H]+=688.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.22 (br s, 1H), 8.75 (s, 1H), 8.59 (s, 1H), 8.04 (d, J=7.6 Hz, 2H), 7.64 (t, J=7.1 Hz, 1H), 7.55 (t, J=7.6 Hz, 2H), 7.38 (d, J=7.6 Hz, 2H), 7.14 - 7.32 (m, 7H), 6.80 (m, 4H), 6.26 (dd, J=9.8, 3.3 Hz, 1H), 4.85 (t, J=5.4 Hz, 1H), 4.29 (t, J=10.6 Hz, 1H), 4.09 (dd, J=11.1, 3.2 Hz, 1H), 3.73 - 3.90 (m, 4H), 3.72 (s, 3H), 3.71 (s, 3H), 3.03 (m, 1H), 2.95 (m, 1H).
43e:N-[9-[(2R,6S)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発物質45e848mg(1.2mmol)およびジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド640mg(3.7mmol)を、乾燥DCM25mlに溶解した。アルゴン雰囲気下、2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト574.7mg(1.9mmol)を室温で添加した。16時間後、H2O50mlを添加した。有機層を分離し、水相をDCMで抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、溶媒を真空中35℃で除去した。粗生成物をEtOAc/ジエチルエーテル(1:1)10mlに溶解し、n-ペンタン40mlを添加した。沈殿物を遠心分離により収集し、溶媒を廃棄した。沈殿手順を3回繰り返して、Speedvac上で乾燥した後に、所望の生成物43e991mg(90.5%)を無色固体として得た。
LCMS-方法B-3:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.61
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=805.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm] 11.21 (br s, 1H), 8.76, 8.74 (2 x s, 1H), 8.63, 8.61 (2 x s, 1H), 8.04 (d, J=7.3 Hz, 2H), 7.65 (t, J=7.3 Hz, 1H), 7.55 (m, 2H), 7.37 (br d, J=8.3 Hz, 2H), 7.14 - 7.30 (m, 7H), 6.75 - 6.86 (m, 4H), 6.30 (m, 1H), 4.27 (m, 1H), 3.85 - 4.17 (m, 4H), 3.61 - 3.80 (m, 9H), 3.49 (m, 2H), 3.08 (m, 1H), 2.98 (dd, J=9.1, 7.1 Hz, 1H), 2.72 (m, 1H), 2.62 (m, 1H), 1.04 - 1.14 (m, 6H), 1.02 (m, 3H), 0.93 (d, J=6.8 Hz, 3H). 31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,7, 147,6.
〔実施例B.8〕
合成スキーム19
Figure 0007417529000063
40c:N-[9-[(2R,6R)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
無水DCM190ml中のDMT-エーテル44(9.5g、11.5mmol;合成スキーム12を参照)の溶液に、DCAA(29.7g、230mmol)をN2雰囲気下、0℃で滴下添加した。室温で30分間撹拌した後、TLCは完全な変換を示した。混合物を飽和NaHCO3溶液(100ml)で中和し、DCM(3×200ml)で抽出した。有機層を合わせ、飽和NaCl溶液(200ml)で洗浄した。無水Na2SO4で脱水した後、有機溶液を蒸発させ、粗生成物を分取HPLC(ACN、0.1%FA)により精製して、所望の生成物40c9.5g(61.2%)を白色固体として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.68
イオン化方法:ES+:[M+H]+=524.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.10 (br s, 1H), 11.53 (br s, 1H), 8.21 (s, 1H), 5.88 (dd, J=9.8, 3.3 Hz, 1H), 4.75 (t, J=6.0 Hz, 1H), 4.06 (d, J=9.5 Hz, 1H), 3.98 (dd, J=11.4, 3.3 Hz, 1H), 3.86 (d, J=11.7 Hz, 1H), 3.74 - 3.83 (m, 2H), 3.61 (d, J=11.7 Hz, 1H), 3.46 (d, J=6.1 Hz, 2H), 2.79 (m, 1H), 1.00 - 1.16 (m, 27H).
60c:[(2S,6R)-6-[2-(2-メチルプロパノイルアミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質40c2.80g(5.35mmol)を、乾燥ピリジン20mlに溶解した。塩化ベンゾイル949mg(784μl、6.68mmol)およびDMAP667mg(5.35mmol)を添加した後、反応溶液を室温で4時間撹拌した。さらなる塩化ベンゾイル189mg(157μl、1.37mmol)を添加し、反応物を終夜撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解し、5%クエン酸水溶液、5%NaHCO3水溶液および飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、有機層を蒸発させ、粗生成物をシリカゲル(DCM中0~10%MeOH)上で精製して、ベンゾイルエステル60c3.33g(99.2%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.06
イオン化方法:ES+:[M+H]+=628.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.84 (s, 1H), 11.58 (s, 1H), 8.09 (s, 1H), 7.79 -7.86 (m, 2H), 7.56 - 7.64 (m, 1H), 7.41 - 7.49 (m, 2H), 5.89 (dd, J=5.9 Hz, 3.4 Hz, 1H), 4.18 - 4.32 (m, 3H), 4.07 (m, 1H), 3.77 - 4.02 (m, 4H), 2.79 (m, 1H), 0.93 - 1.21 (m, 27H).
61c:[(2S,6R)-2-(ヒドロキシメチル)-6-[2-(2-メチルプロパノイルアミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル60c3.30g(5.26mmol)を、DMF33mlに溶解した。NEt38.06g(78.9mmol、11.1ml)およびNEt3・3HF6.49g(39.4mmol、6.56ml)を添加した後、溶液を75℃で2時間撹拌して完全な変換を達成した。反応物を室温に冷却し、5%NaHCO3溶液100mlで洗浄した。濾過した後、水溶液をDCMで抽出した。有機層を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をHPLC(カラム:Chiralcel OD-H/74、250×4.6mm、1.0ml/分、30℃;溶離液:ヘプタン/EtOH 5:2)により精製して、所望の生成物61c1.20g(48.4%)を無色固体として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.40
イオン化方法:ES+:[M+H]+=472.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.89 (s, 1H), 11.67 (s, 1H), 8.08 (s, 1H), 7.87 (d, J=7.7 Hz, 2H), 7.62 (t, J=7.2 Hz, 1H), 7.47 (t, J=7.6 Hz, 2H), 5.92 (dd, J=6.6, 3.3 Hz, 1H), 5.11 (t, J=5.7 Hz, 1H), 4.14 - 4.26 (m, 3H), 4.03 (dd, J=12.0, 3.4 Hz, 1H), 3.90 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.79 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.70 (m, 2H), 2.79 (七重線, J=6.8 Hz, 1H), 1.15 (d, J=6.9 Hz, 3H), 1.11 (d, J=6.7 Hz, 3H).
62c:[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[2-(2-メチルプロパノイル-アミノ)-6-オキソ-1H-プリン-9-イル]-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
第一級アルコール61c1.20g(2.55mmol)を、乾燥ピリジン25mlに溶解した。NEt3647mg(6.36mmol、891μl)およびDMT-Cl1.78g(5.09mmol)を添加し、溶液を室温で1時間、続いて80℃で4時間撹拌した。室温に冷却した後、MeOH1mlを添加し、溶液をEtOAcで希釈した。有機溶液を10%クエン酸水溶液および飽和NaCl溶液で洗浄した。有機相をMgSO4で脱水した後、溶媒を蒸発させ、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)により精製して、所望のDMT-エーテル62c1.97g(定量的)を薄黄色固体として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.75
イオン化方法:ES+:[M+H]+=774.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.78 (s, 1H), 11.53 (s, 1H), 8.06 (s, 1H), 7.50 -7.55 (m, 2H), 7.31 - 7.41 (m, 5H), 7.14 - 7.29 (m, 7H), 6.81 (br d, J=8.9 Hz, 2H), 6.77 (d, J=8.9 Hz, 2H), 5.72 (m, 1H), 4.19 - 4.35 (m, 3H), 4.01 - 4.11 (m, 3H), 3.66 (s, 3H), 3.63 (s, 3H), 3.34 (d, J=8.8 Hz, 1H), 3.16 (d, J=8.7 Hz, 1H), 2.75 (m, 1H), 1.13 (d, J=6.9 Hz, 3H), 1.08 (d, J=6.7 Hz, 3H).
63c:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
ベンゾイルエステル62c1.97g(2.55mmol)を、EtOH/ピリジン(3:1)40mlに溶解した。2M NaOH溶液12.9ml(25.8mmol)を添加した後、混合物を室温で30分間撹拌して完全な変換を達成した。クエン酸(固体)で中和した後、EtOHを真空中で除去し、残留物をEtOAc50mlおよびH2O25mlで希釈した。沈殿物を濾過により除去し、濾液から、有機層を分離し、飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカ(DCM中0~5%MeOH)上で精製して、表題化合物63c0.99g(58.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.46
イオン化方法:ES+:[M+H]+=670.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.10 (s, 1H), 11.52 (s, 1H), 8.19 (s, 1H), 7.20 -7.42 (m, 9H), 6.85 - 6.93 (m, 4H), 5.62 (dd, J=9.7, 3.3 Hz, 1H), 4.81 (br t, 1H), 3.91 - 3.99 (m, 2H), 3.74 (s, 3H), 3.73 (s, 3H), 3.65 - 3.76 (m, 1H), 3.41 - 3.59 (m, 4H), 3.15 (d, J=9.1 Hz, 1H), 2.77 (m, 1H), 1.13 (m, 6H).
64c:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]-6-オキソ-1H-プリン-2-イル]-2-メチル-プロパンアミド
出発物質63c985mg(1.47mmol)を、乾燥DCM30mlに溶解した。アルゴン雰囲気下で、iPr2NH-テトラゾール133mg(735μmol)および2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト571mg(1.84mmol、602μl)を添加し、溶液を室温で終夜撹拌した。H2O50mlおよびDCMを添加した後、有機層を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン+1%NEt3で事前調整、n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、所望のホスホルアミダイト64c1.07g(83.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.42
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=787.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 12.08 (br s, 1H), 11.55 (br s, 1H), 8.06, 8.05 (2 x s, 1H), 7.18 - 7.44 (m, 9H), 6.82 - 6.94 (m, 4H), 5.65 (m, 1H), 3.66 - 4.01 (m, 3H), 3.73 (s, 3H), 3.72 (s, 3H), 3.35 - 3.65 (m, 6H), 3.21 - 3.29 (m, 1H), 2.72 - 2.83 (m, 1H), 2.59 -2.72 (m, 2H), 0.90 - 1.22 (m, 20H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,7, 147,3.
40e:N-[9-[(2R,6R)-6-(ヒドロキシメチル)-6-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
DMT-エーテル44e615mg(729μmol)を、DCM25mlに溶解した。ジクロロ酢酸949mg(608μl、7.3mmol)を添加した後、反応混合物を1分間撹拌して完全な変換を達成した。反応溶液を飽和NaHCO3溶液100mlで洗浄した。有機層を分離し、水相をDCM35mlで2回抽出した。合わせた有機抽出物をMgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、所望の生成物40e302mg(76.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.70
イオン化方法:ES+:[M+H]+=542.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.20 (s, 1H), 8.75 (s, 1H), 8.69 (s, 1H), 8.04 (d, J=7.5 Hz, 2H), 7.65 (m, 1H), 7.55 (m, 2H), 6.23 (m, 1H), 4.75 (t, J=6.1 Hz, 1H), 4.01 -4.12 (m, 3H), 3.94 (d, J=9.9 Hz, 1H), 3.86 (d, J=11.9 Hz, 1H), 3.65 (d, J=11.7 Hz, 1H), 3.44 (m, 2H), 1.10 - 1.17 (m, 3H), 1.04 - 1.09 (m, 18H).
60e:[(2S,6R)-6-[6-(ジベンゾイルアミノ)プリン-9-イル]-2-(トリイソプロピルシリルオキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
乾燥ピリジン10ml中の遊離アルコール40e299mg(552μmol)の溶液に、塩化ベンゾイル94.0mg(77.7μl、662.3μmol)を室温で添加した。18時間後、溶媒を5mlの体積に濃縮し、さらなる塩化ベンゾイル94.0mgを添加した。室温でさらに60分後、追加の塩化ベンゾイル282mgを添加し、溶液を終夜撹拌した。溶媒を除去し、残留物をH2OおよびEtOAcで処理した。有機層を分離し、クエン酸溶液(10%)、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で2回洗浄した。MgSO4で脱水した後、溶媒を除去し、粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上で精製して、60e405mg(97.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.49
イオン化方法:ES+:[M+H]+=750.7
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.74 (s, 1H), 8.62 (s, 1H), 7.92 - 7.97 (m, 2H), 7.74 - 7.79 (m, 4H), 7.42 - 7.67 (m, 9H), 6.28 (dd, J=9.4, 3.4 Hz, 1H), 4.22 - 4.35 (m, 4H), 4.16 (m, 1H), 4.01 (m, 2H), 3.78 (m, 1H), 1.06 - 1.14 (m, 3H), 0.97 - 1.05 (m, 18H).
61e:[(2S,6R)-6-[6-(ジベンゾイルアミノ)プリン-9-イル]-2-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
シリルエーテル60e402mg(536μmol)を、45eについて記載したプロトコールを使用して脱保護した。シリカ(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)上でクロマトグラフィー精製した後、所望の生成物61e194mg(61.0%)を無色泡状物として単離した。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.22
イオン化方法:ES+:[M+H]+=594.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 8.71 (s, 1H), 8.59 (s, 1H), 7.97 (m, 2H), 7.77 (m, 4H), 7.43 - 7.67 (m, 9H), 6.27 (m, 1H), 5.14 (m, 1H), 4.20 - 4.36 (m, 3H), 4.12 (m, 1H), 3.95 (m, 1H), 3.75 - 3.91 (m, 3H).
62e:[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[6-(ジベンゾイルアミノ)-プリン-9-イル]-1,4-ジオキサン-2-イル]メチルベンゾエート
出発物質61e190mg(320μmol)を乾燥ピリジン10mlに溶解し、蒸発させた。この手順を3回繰り返した。次いで、化合物を乾燥ピリジン10mlに溶解し、続いてNEt348.7mg(66.9μl、480μmol)およびDMT-Cl166mg(480μmol)を添加した。室温で終夜撹拌した後、さらなるNEt397.4mgおよびDMT-Cl332mgを添加し、溶液をさらに18時間撹拌して完全な変換を達成した。溶媒を真空中で除去し、残留物をEtOAcに溶解した。H2O、クエン酸溶液(2×)、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した後、有機相をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させ、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~100%EtOAc)により精製して、DMT-エーテル62e216mg(75.3%)を薄黄色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.17
イオン化方法:ES+:[M+H]+=896.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) 8.75 (s, 1H), 8.61 (s, 1H), 7.73 - 7.80 (m, 7H), 7.65 (m, 1H), 7.58 (m, 2H), 7.42 - 7.50 (m, 6H), 7.36 - 7.41 (m, 2H), 7.22 - 7.29 (m, 6H), 6.78 - 6.84 (m, 4H), 6.07 (m, 1H), 4.36 (m, 2H), 4.22 (m, 1H), 3.99 - 4.14 (m, 2H), 3.84 (d, J=11.9 Hz, 1H), 3.68 (s, 6H), 3.44 - 3.57 (m, 2H).
63e:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(ヒドロキシメチル)-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発物質62e(213mg、238μmol)を、EtOH/ピリジン(3:1)8mlに溶解した。2M NaOH1.19ml(2.4mmol)を0℃で添加した後、溶液を0℃で10分間、室温で60分間撹拌して完全な変換を達成した。クエン酸一水和物166mgを添加し、続いてH2O50mlおよびEtOAc50mlを添加した。有機層を分離し、10%クエン酸溶液(2×)、H2O、飽和NaHCO3および飽和NaCl溶液で洗浄した。MgSO4で脱水した後、粗生成物をシリカ(DCM中0~100%アセトン)上で精製して、63e134mg(82.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.44
イオン化方法:ES+:[M+H]+=688.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) 11.21 (br s, 1H), 8.72 (s, 1H), 8.67 (s, 1H), 8.04 (m, 2H), 7.65 (m, 1H), 7.55 (m, 2H), 7.45 (m, 2H), 7.29 - 7.37 (m, 6H), 7.23 (m, 1H), 6.91 (dd, J=9.0, 2.0 Hz, 4H), 6.01 (m, 1H), 4.84 (t, J=5.9 Hz, 1H), 3.94 - 4.02 (m, 2H), 3.83 (m, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.68 - 3.73 (m, 1H), 3.49 - 3.55 (m, 2H), 3.38 (m, 2H).
64e:N-[9-[(2R,6R)-6-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-1,4-ジオキサン-2-イル]プリン-6-イル]ベンズアミド
出発化合物63e131mg(190μmol)を、その立体異性体43eについて記載したプロトコールに従ってホスフィチル化して、所望のホスホルアミダイト64eを定量的収率で得た。
LCMS-方法B-3:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=0.61
イオン化方法:ES+:[M+H-iPr2N+OH]+=805.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.20 (br s, 1H), 8.74, 8.73 (2 x s, 1H), 8.62, 8.60 (2 x s, 1H), 8.05 (d, J=7.4 Hz, 2H), 7.65 (m, 1H), 7.55 (m, 2H), 7.45 (d, J=7.3 Hz, 2H), 7.29 - 7.36 (m, 6H), 7.24 (m, 1H), 6.91 (m, 4H), 6.06 (m, 1H), 3.99 - 4.14 (m, 2H), 3.62 -3.90 (m, 11H), 3.37 - 3.62 (m, 5H), 2.71 (m, 1H), 2.64 (m, 1H), 1.06 - 1.13 (m, 6H), 1.03 (d, J=6.7 Hz, 3H), 0.97 (m, 3H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,7, 147,6.
式(III)の標的化されたヌクレオチド類似体の合成
〔実施例C.1〕
合成スキーム20
Figure 0007417529000064
69:[(3aR,5R,6R,7R,7aR)-6,7-ジアセトキシ-2-メチル-5,6,7,7a-テトラヒドロ-3aH-ピラノ[3,2-d]オキサゾール-5-イル]メチルアセテート
DCE200ml中のD-ガラクトサミンペンタアセテート(68)20.0g(51.4mmol)の溶液に、TMSOTf17.1g(77.1mmol)を30℃で滴下添加した。混合物を50℃に2時間加熱した。室温で終夜静置した後、完全な変換が検出された。混合物を水1l中のNaHCO3(8.63g、102.8mmol)の溶液によりクエンチし、DCM2×500mlで抽出した。合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、表題化合物69(粗製)19.0gを得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法A:
ELSD:Rt[分]=0.90
イオン化方法:ES+:[M+H]+=330.1
70g:12-ベンジルオキシドデカン-1-オール
1,12-ドデカンジオール14.05g(68.76mmol)を、乾燥DMF150mlに溶解した。0℃で、NaH(60%)2.75g(68.76mmol)を30分間かけて4回に分けて添加した。氷浴を取り外し、溶液を室温で3時間撹拌し、続いて乾燥DMF50ml中の臭化ベンジル10.0g(6.99ml、57.33mmol)の溶液を0℃で添加した。反応物を室温で終夜撹拌した。さらなるNaH(60%)1.99g(49.8mmol)を添加した後、撹拌を4時間続けた。反応混合物を氷水500mlに注ぎ入れ、ジエチルエーテルおよびEtOAcで抽出した。有機層を飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をシリカ(n-ヘプタン中0~60%EtOAc)上で精製して、表題化合物70g6.91g(41.2%)を白色固体として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.09
イオン化方法:ES+:[M+H]+=293.3
化合物71a~71gの製造のための一般手順D
乾燥DCE(200ml/50.0mmol)およびアルコール70a~70g(1.10当量)中のオキサゾリン69(1.0当量)の溶液に、モレキュラーシーブ4Å(20.0g)を添加した。室温で、TMSOTf(0.5当量)を滴下添加し、溶液を、完全な変換が達成されるまで撹拌した。反応物を、H2O400ml中のNaHCO3(2.0当量)の溶液を添加することによりクエンチした。有機相を分離し、水層をDCM2×100mlで抽出した。合わせた有機抽出物をNa2SO4で脱水し、真空中で濃縮した。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、グリコシド71a~70gを得た。
71a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(2-ベンジルオキシエトキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 17.0g(51.37mmol)および70a8.6g(56.56mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィー(PE/EtOAc 1:2)の後に、表題化合物71a18.87g(76.4%)を黄色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.83 (d, J=9.29 Hz, 1H), 7.41-7.20 (m, 5H), 5.22 (d, J=3.30 Hz, 1H), 4.98 (dd, J= 11.25, 3.42 Hz, 1H), 4.58 (d, J=8.44 Hz, 1H), 4.52-4.43(m, 2H), 4.03 (s, 2H), 3.96-3.80 (m, 2H), 3.69-3.49 (m, 3H), 2.12-2.08 (m, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.74 (s, 3H).
71b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-(2-ベンジルオキシエトキシ)エトキシ]-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 14.0g(42.5mmol)および70b7.5g(38.2mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィーの後に、表題化合物71b10.6g(48%)を黄色油状物として得た。
MS:イオン化方法:ES+:[M+H]+=526.3
71c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-(2-ベンジルオキシエトキシ)エトキシ]-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 16.0g(48.6mmol)および70c14.0g(58.3mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィーの後に、表題化合物71c15.6g(57%)を無色油状物として得た。
MS:イオン化方法:ES+:[M+H]+=570.1
71d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-(2-ベンジルオキシエトキシ)-エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 19.0g(51.4mmol)および70d17.5g(61.7mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィーの後に、表題化合物71d10.0g(32%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.79 (d, J=9.3 Hz, 1H), 7.40-7.25 (m, 5H), 5.27-5.20 (m, 1H), 5.22 (d, J=3.3 Hz, 1H), 4.98 (dd, J=3.4, 11.2 Hz, 1H), 4.49 (s, 2H), 4.08-3.99 (m, 3H), 3.94-3.75 (m, 2H), 3.62-3.43 (m, 16H), 2.15-2.07 (m, 3H), 2.00 (s, 3H), 1.90 (s, 3H), 1.78 (s, 3H).
71e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-(2-ベンジルオキシエトキシ)-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 35.0g(64.2mmol、純度60%)および70e23.2g(70.6mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィーの後に、表題化合物71e13.4g(32%)を黄色油状物として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.44-7.29 (m, 5H), 6.63 (d, J=9.29 Hz, 1H), 5.33 (d, J=2.76 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=11.17, 3.39 Hz, 1H), 4.80 (d, J=8.66 Hz, 1H), 4.58 (s, 2H), 4.33-4.01 (m, 4H), 3.98-3.80 (m, 3H), 3.77-3.54 (m, 20H), 2.18-2.16 (m, 3H) 1.99 (s, 6H) 1.87 (s, 3H).
71f:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(5-ベンジルオキシペントキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 1.69g(5.13mmol)および70f1.10g(1.09ml、5.39mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)の後に、表題化合物71f2.60g(96.7%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.36-7.28 (m, 6H), 5.24 (d, J= 12.0 Hz, 1H), 5.37 (d, J= 2.4 Hz, 1H), 5.34-5.31 (m, 1H), 4.71 (d, J= 8.0 Hz, 1H), 4.51 (s, 2H), 4.17-4.14 (m, 2H), 3.93-3.90 (m, 3H), 3.50-3.47 (m, 3H), 2.15 (s, 3H), 2.06 (s, 3H), 1.92 (s, 3H), 1.68 (s, 3H), 1.66-1.61 (m, 4H) , 1.48-1.44 (m, 2H).
71g:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(12-ベンジルオキシドデコキシ)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Dに従って、69 4.16g(12.62mmol)および70g4.43g(15.14mmol)から、シリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc中10~100%DCM)の後に、表題化合物71g5.69g(72.6%)を薄黄色油状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.07
イオン化方法:ES+:[M+H]+=622.4
化合物72a~72gの製造のための一般手順E
ベンジルエーテル71a~gを、THFに溶解した(370ml中40mmol)。Pd/C(10%、50%H2Oを含有)5gを添加した後、混合物を、完全な脱ベンジル化が観察されるまでH2雰囲気(15psi)下、室温で撹拌した。混合物を濾過し、濾液を真空中で蒸発させた。シリカ上で最終精製して、所望の表題化合物72a~gを得た。
72a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(2-ヒドロキシエトキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Eに従って、71a18.87g(39.19mmol)から、シリカ(EtOAc/MeOH 10:1)上での精製の後に、72a11.6g(75.8%)を無色固体として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.81 (br d, J=9.03 Hz, 1H), 5.22 (br d, J=2.38 Hz, 1H), 4.98 (br dd, J=10.98, 2.57 Hz, 1H), 4.66-4.44 (m, 2H), 4.04 (s, 3H), 3.94-3.79 (m, 1H), 3.68 (br d, J=4.64 Hz, 1H), 3.49 (br s, 3H), 2.11 (s, 3H), 2.01 (s, 3H), 1.90 (s, 3H), 1.78 (s, 3H).
72b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Eに従って、71b10.6g(20.1mmol)から、さらに精製することなく72b8.0g(92.0%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.80 (d, J=9.2 Hz, 1H), 5.22 (d, J=3.3 Hz, 1H), 4.98 (dd, J=3.4, 11.3 Hz, 1H), 4.64-4.53 (m, 2H), 4.11-4.00 (m, 3H), 3.94-3.83 (m, 1H), 3.82-3.73 (m, 1H), 3.61 (dt, J=3.2, 7.1 Hz, 1H), 3.56-3.46 (m, 4H), 3.44-3.38 (m, 2H), 2.11 (s, 3H), 2.01 (s, 3H), 1.90 (s, 3H), 1.78 (s, 3H).
72c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Eに従って、71c15.6g(27.4mmol)をEtOAc/THF(1:1)200mlの混合溶媒中で水素化して、さらに精製することなく72c11.0g(84.6%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.80 (d, J=9.2 Hz, 1H), 5.22 (d, J=3.3 Hz, 1H), 4.98 (dd, J=3.4, 11.2 Hz, 1H), 4.62-4.52 (m, 2H), 4.09-4.00 (m, 4H), 3.89 (td, J=8.9, 11.0 Hz, 1H), 3.82-3.74 (m, 1H), 3.63-3.56 (m, 1H), 3.55-3.46 (m, 8H), 3.45-3.39 (m, 2H), 2.11 (s, 3H), 2.01 (s, 3H), 1.91-1.88 (m, 3H), 1.78 (s, 3H), 1.18 (t, J=7.1 Hz, 1H).
72d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]-エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Eに従って、71d10.0g(16.3mmol)を100EtOAc中で水素化して、さらに精製することなく72d8.7g(93.0%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.80 (d, J=9.2 Hz, 1H), 5.22 (d, J=3.3 Hz, 1H), 4.97 (dd, J=3.4, 11.2 Hz, 1H), 4.62-4.53 (m, 2H), 4.09-3.98 (m, 4H), 3.89 (td, J=9.0, 10.9 Hz, 1H), 3.82-3.75 (m, 1H), 3.63-3.56 (m, 1H), 3.55-3.46 (m, 12H), 3.42 (d, J=5.0 Hz, 2H), 2.11 (s, 3H), 2.00 (s, 3H), 1.92-1.87 (m, 3H), 1.78 (s, 3H).
72e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]-エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Eに従って、71e12.4g(18.9mmol)を250EtOAc中で水素化して、シリカ(DCM/MeOH 15:1)上での最終精製の後に、72e9.7g(83.9%)を黄色油状物として得た。
1H-NMR (CDC13, 400 MHz) δ[ppm]: 6.96 (br d, J=9.29 Hz, 1H), 5.35-5.32 (m, 1H), 5.05 (dd, J=11.17, 3.39 Hz, 1H), 5.09-5.02 (m, 1H), 4.74 (d, J=8.66 Hz, 1H), 4.27 (dt, J=11.04, 8.97 Hz, 1H), 4.20-4.11 (m, 2H), 4.01-3.91 (m, 3H), 3.84-3.59 (m, 21H), 2.95 (br s, 2H), 2.17-2.15 (m, 3H), 2.05 (s, 3H), 2.01-1.98 (m, 6H).
72f:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(5-ヒドロキシペントキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
71f2.50g(4.77mmol)を、完全な変換が達成されるまで、4barのH2雰囲気下、室温で、Pd(OH)2/C(20%)168mg(239μmol)の存在下、THF13ml中で水素化した。反応混合物を濾過し、濾液を蒸発させて、表題化合物72f2.08g(定量的、粗製)を得た。
LCMS-方法A:
ELSD:Rt[分]=1.15
イオン化方法:ES-:[M-H+ギ酸]-=478.2
72g:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(12-ヒドロキシドデコキシ)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]メチルアセテート
ベンジルエーテル71g5.69g(9.14mmol)を、72fについて記載したプロトコールに従って水素化して、表題化合物72g4.79g(98.5%)を無色油状物として得、これは白色針状物に結晶化した。
LCMS-方法A:
ELSD:Rt[分]=1.72
イオン化方法:ES+:[M-H++=532.3
73a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(2-オキソエトキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
DCM10ml中の出発物質72a0.75g(1.92mmol)の溶液に、1,1,1-トリアセトキシ-1,1-ジヒドロ-1,2-ベンゾヨードキソール-3(1H)-オン(デス-マーチンペルヨージナン)6.77g(4.97ml、2.40mmol)を添加した。溶液を室温で2時間撹拌した後、溶媒を除去し、残留物をシリカ(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:2)上で精製して、表題化合物73a591mg(79.2%)を得た。
LCMS-方法C:
ELSD Rt[分]=0.86
イオン化方法:ES+:[M+H]+=390.2
73b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-(2-オキソエトキシ)エトキシ]テトラヒドロ-ピラン-2-イル]メチルアセテート
73aについて記載したプロトコールに従って、72b1.0g(2.30mmol)を1,1,1-トリアセトキシ-1,1-ジヒドロ-1,2-ベンゾヨードキソール-3(1H)-オン(デス-マーチンペルヨージナン)8.12g(5.96ml、2.87mmol)で酸化した。シリカ(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:2)上で最終精製して、表題化合物73b1.0g(定量的)を得た。
LCMS-方法B2:
MS TIC Rt[分]=0.35
イオン化方法:ES+:[M+H]+=434.1
73c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-(2-オキソエトキシ)エトキシ]エトキシ]-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
DMSO596mg(542μl、7.59mmol)を、乾燥DCM11mlに溶解した。-60℃に冷却した後、乾燥DCM中塩化オキサリルの2M溶液1.75ml(3.50mmol)を添加し、撹拌を10分間続け、続いて乾燥DCM11ml中のアルコール72c1.40g(2.92mmol)の溶液を添加した。混合物を-60℃でさらに10分間撹拌し、NEt32.97g(4.08ml、29.2mmol)を添加した。冷却浴を取り外し、反応混合物を室温に到達させた。完全な変換後、溶液をDCM25mlで希釈し、飽和NaHCO3溶液で洗浄した。有機層を分離し、MgSO4で脱水し、溶媒を除去して、所望のアルデヒド(73c)1.27g(91.1%、粗製)を無色油状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
LCMS-方法B2:
ELSD Rt[分]=1.66
イオン化方法:ES+:[M+H]+=478.2
73d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-(2-オキソエトキシ)エトキシ]エトキシ]-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
73cについて記載したプロトコールに従って、アルコール72d1.10g(2.10mmol)を酸化して、アルデヒド73d0.99g(90.3%、粗製)を無色油状物として得た。
LCMS-方法C:
ELSD Rt[分]=1.69
イオン化方法:ES+:[M+H]+=522.2
73e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-(2-オキソエトキシ)エトキシ]-エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
73cについて記載したプロトコールに従って、アルコール72e1.10g(1.94mmol)を酸化して、アルデヒド73e1.10g(定量的、粗製)を無色油状物として得た。
LCMS-方法A:
ELSD Rt[分]=1.50
イオン化方法:ES+:[M+H]+=566.4
73f:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(5-オキソペントキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
73cについて記載したプロトコールに従って、アルコール72f2.05g(4.73mmol)を酸化して、アルデヒド73f2.05g(定量的、粗製)を無色油状物として得た。
LCMS-方法A:
ELSD Rt[分]=1.19
イオン化方法:ES-:[M-H+ギ酸]-=476.2
73g:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-(12-オキソドデコキシ)テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
73cについて記載したプロトコールに従って、アルコール72g2.20g(4.14mmol)を酸化して、アルデヒド73g2.19g(99.9%、粗製)を無色油状物として得た。
LCMS-方法A:
ELSD Rt[分]=1.79
イオン化方法:ES-:[M-H+ギ酸]-=574.3
化合物74a~74gの合成のための一般手順F
出発アルデヒド73a~73e1.0当量を、MeOH(20ml/1.0mmol)に溶解した。室温で、モレキュラーシーブ(4Å)5g、NEt34.0当量およびAcOH10.0当量を添加し、続いてモルホリン24a1.0当量を添加した。反応溶液を15分間撹拌し、シアノ水素化ホウ素ナトリウム4.0当量を2時間かけて(4回に分けて)添加した。反応物を室温で終夜撹拌して完全な変換を達成した。混合物を濾過し、濾液を飽和NaHCO3溶液50mlに注ぎ入れた。MeOHを蒸発させ、水性混合物をDCMで2回抽出した。有機層をMgSO4で脱水し、溶媒を真空中で除去し、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物74a~74gを得た。
74a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-4-イル]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73a580mg(745μmol)から、一般手順Fおよびシリカ(DCM中0~10%MeOH)上での最終精製に続いて、表題化合物74a510mg(62.1%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.30
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1104.0
74b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピル-シリルオキシメチル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73b500mg(577μmol)から、一般手順Fおよびシリカ(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:1)上での最終精製に続いて、表題化合物74b352mg(53.2%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.27
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1148.0
74c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73c900mg(1.88mmol)から、一般手順Fおよびシリカ(DCM中0~10%MeOH)上での最終精製に続いて、表題化合物74c1.34g(59.5%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.29
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1189.9
74d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73d840mg(1.61mmol)から、一般手順Fおよびシリカ(DCM中0~10%MeOH)上での最終精製に続いて、表題化合物74d835mg(42.0%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.30
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1235.8
74e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソ-プロピルシリルオキシメチル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73e1.09g(1.54mmol、純度80%)から、一般手順Fおよびシリカ(DCM中0~10%MeOH)上での最終精製に続いて、表題化合物74e1.12g(56.8%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.20
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1279.9
74f:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[5-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-4-イル]ペントキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73f1.0g(2.32mmol)から、一般手順Fおよびシリカ(DCM中0~10%MeOH)上での最終精製に続いて、表題化合物74f2.18g(82.1%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.44 (s, 1H), 7.84-7.77 (m, 1H), 7.62 (s, 1H), 7.42 (d, J= 7.6 Hz, 2H), 7.33-7.18 (m, 8H), 6.84 (d, J= 8.8 Hz, 4H), 5.88 (dd, J= 2.4, 10.0 Hz, 1H), 5.22 (d, J= 3.6 Hz, 1H), 4.98 (dd, J= 3.2, 11.2 Hz, 1H), 4.52-4.47 (m, 1H), 4.11 (d, J = 9.6 Hz, 1H), 4.07-3.97 (m, 4H), 3.93-3.83 (m, 2H), 3.80-3.65 (m, 8H), 3.47-3.38 (m, 1H), 3.11 (d, J = 9.2 Hz, 1H), 2.97 (d, J= 9.2 Hz, 1H), 2.90 (d, J=8.8 Hz, 1H), 2.79 (d, J = 11.2 Hz, 1H), 2.29 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 2.14-2.04 (m, 5H), 2.02-1.95 (m, 3H), 1.90 (s, 3H), 1.82-1.73 (m, 6H), 1.57-1.22 (m, 6H), 1.01-0.83 (m, 21H).
74g:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[12-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピル-シリルオキシメチル)モルホリン-4-イル]ドデコキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
出発アルデヒド73g2.19g(4.13mmol)から、一般手順Fおよびシリカ(n-ヘプタン中0~100%MeOH/EtOAc(9:1))上での最終精製に続いて、表題化合物74g4.84g(94.3%)を無色泡状物として得た。
LCMS-方法B-2:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.14
イオン化方法:ES+:[(M+2H)/2]+=622.5
化合物75a~gおよび81a~eの合成のための一般手順G
TIPS保護出発化合物74a~e(80a~e、スキーム22を参照)1.0当量を、NMP(14ml/1.0mmol)に溶解した。トリエチルアミン15.0当量およびNEt3・3HF6.0当量を添加した後、反応混合物を、完全な変換が達成されるまで90℃で撹拌した。溶液を室温に冷却した後、飽和NaHCO3溶液を添加し、混合物をEtOAcで3回抽出した。合わせた有機層を飽和NaCl溶液で洗浄し、MgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗生成物をシリカ上で精製して、脱保護生成物75a~g(81a~e、スキーム22を参照)を得た。
75a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74a850mg(770μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物75a401mg(55.0%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.16
イオン化方法:ES+:[M+H]+=947.8
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.37 (s, 1H), 7.78 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.52 Hz, 2H), 7.18 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.99 Hz, 4H), 5.85 (dd, J=9.90, 3.12 Hz, 1H), 5.20 (d, J=3.48 Hz, 1H), 4.96 (dd, J=11.19, 3.48 Hz, 1H), 4.57 (t, J=5.32 Hz, 1H), 4.52 (d, J=8.44 Hz, 1H), 3.99 - 4.06 (m, 3H), 3.79 - 3.91 (m, 2H), 3.72 - 3.76 (m, 7H), 3.66 (dd, J=11.10, 5.78 Hz, 1H), 3.59 (dt, J=11.51, 5.52 Hz, 1H), 3.00 (s, 2H), 2.90 (br d, J=9.35 Hz, 1H), 2.76 (br d, J=11.55 Hz, 1H), 2.51 - 2.60 (m, 2H), 2.25 (d, J=11.37 Hz, 1H), 2.17 (t, J=10.64 Hz, 1H), 2.04 (m, 3H), 1.97 (m, 3H), 1.88 (s, 3H), 1.70 (s, 3H), 1.69 (s, 3H).
75b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74b720mg(635μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物75b527mg(83.7%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.12
イオン化方法:ES+:[M+H]+=991.9
1H-NMR DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.79 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.55 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.70 Hz, 2H), 7.21 - 7.31 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.85 (br d, J=7.34 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.30 Hz, 1H), 4.98 (dd, J=11.19, 3.30 Hz, 1H), 4.61 (br s, 1H), 4.54 (d, J=8.62 Hz, 1H), 3.99 - 4.04 (m, 3H), 3.83 - 3.90 (m, 1H), 3.72 - 3.79 (m, 8H), 3.55 - 3.67 (m, 2H), 3.48 - 3.55 (m, 4H), 3.01 (s, 2H), 2.90 (br d, J=10.09 Hz, 1H), 2.80 (br d, J=12.10 Hz, 1H), 2.51 - 2.55 (m, 2H), 2.27 (br d, J=11.74 Hz, 1H), 2.15 - 2.21 (m, 1H), 2.09 (s, 3H), 1.98 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.76 (s, 3H), 1.67 (s, 3H).
75c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74c1.25g(1.05mmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物75c630mg(58.0%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.11
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1035.6
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.77 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.55 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.20 - 7.31 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.62 Hz, 4H), 5.85 (dd, J=9.72, 3.12 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.48 Hz, 1H), 4.97 (dd, J=11.19, 3.30 Hz, 1H), 4.60 (t, J=5.41 Hz, 1H), 4.54 (d, J=8.62 Hz, 1H), 4.00 - 4.06 (m, 3H), 3.84 - 3.91 (m, 1H), 3.71 - 3.77 (m, 8H), 3.59 - 3.67 (m, 1H), 3.42 - 3.57 (m, 9H), 3.01 (s, 2H), 2.92 (br d, J=9.54 Hz, 1H), 2.80 (br d, J=11.55 Hz, 1H), 2.51 - 2.56 (m, 2H), 2.27 (d, J=11.55 Hz, 1H), 2.17 (t, J= 10.45 Hz, 1H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.76 (m, 3H), 1.67 (m, 3H).
75d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-[(2R,6R)-2-(ヒドロキシ-メチル)-2-[[(4-ヒドロキシフェニル)-(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74d780mg(631μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc/DCM 1:1~EtOAc/DCM/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物75d450mg(66.1%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.12
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1079.7
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.77 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.55 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.20 - 7.31 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.84 (dd, J=9.72, 3.12 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.48 Hz, 1H), 4.97 (dd, J=11.28, 3.39 Hz, 1H), 4.60 (t, J=5.32 Hz, 1H), 4.55 (d, J=8.44 Hz, 1H), 4.00 - 4.06 (m, 3H), 3.85 - 3.91 (m, 1H), 3.72 - 3.78 (m, 8H), 3.61 - 3.66 (m, 1H), 3.55 - 3.60 (m, 1H), 3.43 - 3.54 (m, 12H), 3.00 (s, 2H), 2.92 (br d, J=8.99 Hz, 1H), 2.81 (br d, J=11.19 Hz, 1H), 2.51 - 2.56 (m, 2H), 2.28 (d, J=11.74 Hz, 1H), 2.15 - 2.21 (m, 1H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.67 (s, 3H).
75e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74e1.10g(860μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)の後に、表題化合物75e437mg(45.3%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.72
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1121.6
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.77 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.53 -7.56 (m, 1H), 7.40 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.19 - 7.31 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.93 Hz, 4H), 5.85 (dd, J=9.66, 2.93 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.42 Hz, 1H), 4.97 (dd, J=11.25, 3.42 Hz, 1H), 4.53 -4.62 (m, 2H), 4.03 (s, 3H), 3.83 - 3.93 (m, 1H), 3.72 - 3.82 (m, 8H), 3.44 - 3.66 (m, 18H), 2.98 - 3.04 (m, 2H), 2.92 (br d, J=8.80 Hz, 1H), 2.77 - 2.86 (m, 1H), 2.52 - 2.57 (m, 2H), 2.25 - 2.32 (m, 1H), 2.18 (br t, J=10.51 Hz, 1H), 2.10 (m, 3H), 1.99 (m, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.67 (s, 3H).
75f:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[5-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]ペントキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74f2.15g(1.88mmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)の後に、表題化合物75f1.21g(65.0%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.69
イオン化方法:ES+:[M+H]+=989.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.79 (d, J=9.29 Hz, 1H), 7.51 -7.58 (m, 1H), 7.40 (d, J=7.34 Hz, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.44 Hz, 4H), 5.84 (dd, J=9.90, 2.93 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.42 Hz, 1H), 4.96 (dd, J=11.25, 3.42 Hz, 1H), 4.58 -4.65 (m, 1H), 4.48 (d, J=8.44 Hz, 1H), 3.98 - 4.06 (m, 3H), 3.80 - 3.94 (m, 1H), 3.63 - 3.78 (m, 9H), 3.34 - 3.45 (m, 1H), 2.97 - 3.08 (m, 2H), 2.87 (br d, J=9.05 Hz, 1H), 2.74 (br d, J=11.49 Hz, 1H), 2.24 - 2.33 (m, 2H), 2.01 - 2.17 (m, 5H), 1.98 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.76 (s, 3H), 1.67 (s, 3H), 1.35 - 1.54 (m, 4H), 1.23 - 1.35 (m, 2H).
75g:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[12-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]ドデコキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Gに従って、TIPS-エーテル74g4.83g(3.88mmol)を脱保護して、さらに精製することなく表題化合物75g3.03g(71.7%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.89
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1085.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (s, 1H), 7.79 (d, J=9.29 Hz, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.40 (d, J=7.46 Hz, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.87 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.84 (dd, J=9.72, 2.87 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.30 Hz, 1H), 4.96 (dd, J=11.25, 3.30 Hz, 1H), 4.61 (t, J=5.14 Hz, 1H), 4.48 (d, J=8.44 Hz, 1H), 3.98 - 4.07 (m, 3H), 3.82 - 3.91 (m, 1H), 3.61 - 3.78 (m, 9H), 3.35 - 3.44 (m, 1H), 2.96 - 3.08 (m, 2H), 2.86 (br d, J=9.17 Hz, 1H), 2.66 - 2.77 (m, 1H), 2.30 (br t, J=7.09 Hz, 2H), 2.01 - 2.16 (m, 5H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.76 (m, 3H), 1.67 (m, 3H), 1.36 - 1.48 (m, 4H), 1.20 - 1.31 (br s, 16H).
化合物76a~gおよび82a~eの合成のための一般手順H
出発アルコール75a~e(81a~e、スキーム22を参照)1.0当量およびジイソプロピル-アンモニウムテトラゾリド6.0当量を、乾燥DCM(33ml/1.0mmol)に溶解した。アルゴン雰囲気下、2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト3.0当量を室温で滴下添加し、溶液を、完全な変換が達成されるまで撹拌した。反応物をH2O(25ml)でクエンチし、有機層を分離した。水相をDCMで抽出し、合わせた有機抽出物をMgSO4で脱水した。溶媒を蒸発させた後、粗生成物を酢酸エチル/ジエチルエーテル(1:1)およそ10mlに溶解し、n-ペンタン40mlを添加した。沈殿物を遠心分離し(2分、10℃、4400upm)、液体層を廃棄した。沈殿物の精製を3回繰り返した。speedvac上で乾燥した後、表題化合物76a~g(82a~e、スキーム22を参照)を無色固体として単離した。
76a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75a401mg(423μmol)をホスフィチル化して、表題化合物76a430mg(88.5%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (br s, 1H), 7.78 (d, J=9.03 Hz, 1H), 7.52, 7.55 (2 x s, 1H), 7.35 - 7.44 (m, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.81 - 6.90 (m, 4H), 5.86 - 5.92 (m, 1H), 5.20 (m, 1H), 4.95 (2 x t, 3.12 Hz, 1H), 4.50 (m, 1H), 3.96 - 4.08 (m, 4H), 3.77 -3.93 (m, 3H), 3.73 (s, 6H), 3.38 - 3.67 (m, 5H), 2.87 - 3.11 (m, 3H), 2.72 - 2.83 (m, 1H), 2.52 - 2.70 (m, 4H), 2.13 - 2.36 (m, 2H), 1.93 - 2.04 (m, 6H), 1.85 - 1.91 (m, 3H), 1.67 -1.76 (m, 6H), 0.94 - 1.13 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,7, 147,5.
76b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロ-ピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75b527mg(532μmol)をホスフィチル化して、表題化合物76b528mg(83.4%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (br s, 1H), 7.79 (d, J=9.16, 1H), 7.55 (2 x s, 1H), 7.35 - 7.43 (m, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.82 - 6.90 (m, 4H), 5.84 - 5.93 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.98 (m, 1H), 4.54 (m, 1H), 3.95 - 4.09 (m, 5H), 3.71 - 3.92 (m, 3H), 3.73 (s, 6H), 3.39 - 3.64 (m, 9H), 2.96 - 3.12 (m, 2H), 2.77 - 2.96 (m, 2H), 2.63 - 2.73 (m, 1H), 2.52 - 2.63 (m, 2H), 2.16 - 2.35 (m, 2H), 2.09 (s, 3H), 1.98, 1.99 (2 x s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.76 (s, 3H) 1.72, 1.69 (2 x s, 3H), 0.91 - 1.14 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,6, 147,4.
76c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)-ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]-エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75c630mg(609μmol)をホスフィチル化して、表題化合物76c698mg(92.8%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (br s, 1H), 7.76 (m, 1H), 7.56, 7.53 (2 x s, 1H), 7.39 (m, 2H), 7.19 - 7.33 (m, 7H), 6.82 - 6.91 (m, 4H), 5.84 - 5.93 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.97 (m, 1H), 4.55 (m, 1H), 3.96 - 4.09 (m, 4H), 3.70 - 3.91 (m, 4H), 3.73 (s, 6H), 3.40 - 3.63 (m, 13H), 2.98 - 3.08 (m, 2H), 2.79 - 2.96 (m, 2H), 2.64 - 2.73 (m, 1H), 2.52 - 2.62 (m, 2H), 2.17 - 2.34 (m, 2H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (m, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.78 (m, 3H), 1.72, 1.70 (2 x s, 3H), 0.91 - 1.25 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,6, 147,4.
76d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)-ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]-エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75d450mg(417μmol)をホスフィチル化して、表題化合物76d460mg(86.2%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: (br s, 1H), 7.77 (d, J=9.22 Hz, 1H), 7.56, 7.53 (2 x s, 1H), 7.35 - 7.43 (m, 2H), 7.19 - 7.33 (m, 7H), 6.82 - 6.90 (m, 4H), 5.84 - 5.93 (m, 1H), 5.22 (m, 1H), 4.97 (m, 1H), 4.56 (m, 1H), 3.97 - 4.09 (m, 4H), 3.68 - 3.96 (m, 4H), 3.73 (s, 6H), 3.37 - 3.66 (m, 17H), 2.79 - 3.08 (m, 4H), 2.64 - 2.71 (m, 1H), 2.52 - 2.62 (m, 2H), 2.17 - 2.35 (m, 2H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.72, 1.69 (2 x s, 3H), 0.89 - 1.22 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,6, 147,4.
76e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)-ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]エトキシ]-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75e495mg(441μmol)をホスフィチル化して、表題化合物76e589mg(定量的)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 (br s, 1H), 7.77 (d, J=9.16 Hz, 1H), 7.56, 7.53 (2 x s, 1H), 7.35 - 7.43 (m, 2H), 7.18 - 7.33 (m, 7H), 6.86 (br d, J=8.78 Hz, 4H), 5.84 -5.93 (m, 1H), 5.22 (dm, 1H), 4.97 (m, 1H), 4.56 (m, 1H), 3.96 - 4.10 (m, 4H), 3.72 - 3.95 (m, 4H), 3.73 (s, 6H), 3.41 - 3.63 (m, 21H), 2.79 - 3.08 (m, 4H), 2.64 - 2.72 (m, 1H), 2.53 - 2.61 (m, 2H), 2.14 - 2.33 (m, 2H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.72, 1.69 (2 x s, 3H), 0.93 - 1.12 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,6, 147,4.
76f:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[5-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]ペントキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75f1.17g(1.18mmol)をホスフィチル化して、表題化合物76f1.32g(94.1%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.36 (br s, 1H), 7.78 (2 x d, J=9. 19, 1H), 7.57, 7.54 (2 x s, 1H), 7.36 - 7.44 (m, 2H), 7.19 - 7.32 (m, 7H), 6.86 (br d, J=8.78 Hz, 4H), 5.89 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.96 (m, 1H), 4.48 (m, 1H), 3.94 - 4.09 (m, 4H), 3.81 - 3.93 (m, 2H), 3.66 - 3.75 (m, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.53 - 3.66 (m, 2H), 3.37 - 3.51 (m, 3H), 3.07 - 3.13 (m, 1H), 2.95 - 3.05 (m, 1H), 2.84 - 2.92 (m, 1H), 2.77 (m, 1H), 2.63 - 2.71 (m, 1H), 2.52 - 2.62 (m, 1H), 2.23 - 2.39 (m, 2H), 2.02 - 2.16 (m, 2H), 2.10 (s, 3H), 1.99, 1.98 (2 x s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.76 (s, 3H), 1.73, 1.70 (2 x s, 3H), 1.35 - 1.56 (m, 4H), 1.22 - 1.33 (m, 2H), 0.93 - 1.13 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,4, 147,1.
76g:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[12-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]ドデコキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Hに従って、出発アルコール75g1.52g(1.40mmol)をホスフィチル化して、表題化合物76g1.55g(86.3%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.37 (br s, 1H), 7.80 (d, J=9.22 Hz, 1H), 7.57, 7.54 (2 x s, 1H), 7.36 - 7.45 (m, 2H), 7.20 - 7.32 (m, 7H), 6.86 (d, J=8.85 Hz, 4H), 5.86 -5.93 (m, 1H), 5.22 (m, 1H), 4.97 (m, 1H), 4.49 (m, 1H), 3.82 - 4.09 (m, 6H), 3.74 (s, 6H), 3.65 - 3.72 (m, 1H), 3.54 - 3.64 (m, 2H), 3.36 - 3.52 (m, 3H), 3.06 - 3.14 (m, 1H), 2.96 -3.06 (m, 1H), 2.73 - 2.91 (m, 2H), 2.64 - 2.71 (m, 1H), 2.53 - 2.61 (m, 1H), 2.20 - 2.39 (m, 2H), 2.03 - 2.16 (m, 2H), 2.11 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.90 (s, 3H),1.77 (s, 3H), 1.73, 1.71 (2 x s, 3H), 1.35 - 1.52 (m, 4H), 1.17 - 1.32 (m, 16H), 0.97 - 1.14 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,3, 147,1.
〔実施例C.2〕
合成スキーム21
Figure 0007417529000065
78a:ベンジル2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシアセテート
DCE160ml中の出発化合物68(16g、41.1mmol)およびベンジル2-ヒドロキシ-アセテート77a(13.6g、82.2mmol)の混合物に、Sc(OTf)3(1.41g、2.88mmol)を添加した。溶液を90℃で16時間撹拌して完全な変換を達成した。反応混合物を飽和NaHCO3200mlに注ぎ入れ、DCM3×100mlで抽出した。合わせた有機相を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、濾液を真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE:EtOAc 1:1)、次いで逆相フラッシュクロマトグラフィー(中性)により精製して、表題化合物78a12.0g(60%)を黄色油状物として得た。
MS [M+H]+ (m/z) = 496,0
79a:2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシ酢酸
EtOAc150ml中の化合物78a(12g、24.2mmol)の混合物に、Pd/C(3g、炭素上10%および50%の含水率)を25℃で添加した。混合物を、完全な変換が達成されるまで、H2雰囲気(15psi)下、室温で12時間撹拌した。混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮して、79a(9.2g、93%)を無色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.93 (br d, J=8.7 Hz, 1H), 5.22 (d, J=3.4 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=3.3, 11.1 Hz, 1H), 4.63 (d, J=8.5 Hz, 1H), 4.10 (br d, J=4.9 Hz, 2H), 4.05-3.99 (m, 3H), 3.94 - 3.85 (m, 2H), 2.14-2.10 (m, 3H), 2.02-1.99 (m, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.79 (s, 3H).
78c:ベンジル2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラ-ヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]アセテート
化合物78aについて記載したプロトコールに従って、68 14.6g(37.6mmol)およびベンジル2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]アセテート77c19.1g(75.2mmol)から、表題化合物78c12.0g(54.8%)を薄黄色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.75 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.50-7.27 (m, 5H), 5.21 (d, J=3.30 Hz, 1H,) 5.15 (s, 2H), 4.97 (dd, J=11.19, 3.36 Hz, 1H), 4.57 (d, J=8.44 Hz, 1H), 4.19 (s, 2H), 4.04-4.00 (m, 3H), 3.88 (dt, J=10.97, 8.94 Hz, 1H), 3.81-3.71 (m, 1H), 3.63-3.48 (m, 7H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.77 (s, 3H).
79c:2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]酢酸
EtOAc400ml中のベンジルエステル78c(12.0g、20.6mmol)の溶液に、Pd/C(2g、炭素上10%および50%の含水率)を添加した。混合物をH2雰囲気(15psi)下、室温で12時間撹拌した。反応混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮して、79c8.5g(83.7%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.78 (d, J=9.17 Hz, 1H), 5.22 (d, J=3.42 Hz, 1H), 4.98 (dd, J=11.13, 3.42 Hz, 1H), 4.59 (d, J=8.44 Hz, 1H), 4.10-3.98 (m, 5H), 3.89 (dt, J=11.00, 8.93 Hz, 1H), 3.78 (dt, J=11.16, 4.63 Hz, 1H), 3.65-3.46 (m, 7H), 2.11 (s, 3H), 2.01 (s, 3H), 1.90 (s, 3H), 1.78 (s, 3H).
78b:ベンジル2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシエトキシ]アセテート
DCE100ml中の化合物77b(7.0g、21.2mmol)およびオキサゾリン69(6.7g、31.9mmol)の混合物に、4Åシーブ(10g)を25℃で添加した。混合物を1.5時間撹拌し、続いてTMSOTf(2.3g、10.6mmol)を添加した。室温で12時間撹拌した後、反応溶液を飽和NaHCO3溶液200mlに注ぎ入れ、DCM3×100mlで抽出した。合わせた有機相を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物を逆相フラッシュクロマトグラフィーにより精製して、化合物78b(4.0g、36%)を黄色油状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.68 (d, J=9.2 Hz, 1H), 7.29-7.16 (m, 5H), 5.12 -5.05 (m, 1H), 5.02 (s, 2H), 4.89-4.79 (m, 1H), 4.43 (d, J=8.4 Hz, 1H), 4.06 (d, J=1.6 Hz, 2H), 3.92-3.85 (m, 3H), 3.81-3.64 (m, 2H), 3.55-3.41 (m, 3H), 1.97 (s, 3H), 1.87-1.84 (m, 3H), 1.78-1.74 (m, 3H), 1.65-1.57 (m, 3H).
79b:2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]酢酸
EtOAc100ml中の化合物78b(6.0g、11.1mmol)の混合物に、Pd/C(0.6g、炭素上10%および50%の含水率)を室温で添加した。混合物をH2(15psi)下で12時間撹拌して完全な変換を達成した。反応混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮して、表題化合物79b5.0g(96%)を白色泡状物として得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 7.83 (d, J=9.3 Hz, 1H), 5.22 (d, J=3.4 Hz, 1H), 4.97 (dd, J=3.4, 11.2 Hz, 1H), 4.57 (d, J=8.6 Hz, 1H), 4.06-4.02 (m, 3H), 4.01 (s, 2H), 3.89 (td, J=8.9, 11.1 Hz, 1H), 3.83-3.77 (m, 1H), 3.66-3.52 (m, 3H), 2.13-2.07 (m, 3H), 2.02- 1.98 (m, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.78 (s, 3H).
78d:ベンジル5-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシペンタノエート
DCE4l中の(D)-2-デスオキシ-2-アミノ-ガラクトシル-ペンタアセテート68(387g、0.968mol)の溶液に、TMSOTf(322g、1.452mol)を15℃で滴下添加した。混合物を50℃で1.5時間加熱し、次いで30℃で終夜撹拌した。反応混合物を飽和NaHCO3溶液4lに注ぎ入れ、DCM1lで2回抽出した。合わせた有機層を無水Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をDCE4lに溶解し、ベンジル-5-ヒドロキシペンタノエート77d(302g、1.452mol)および粉末モレキュラーシーブ(4Å)300gを15℃で添加した。1時間撹拌した後、TMSOTf(107.4g、0.484mol)を15℃で滴下添加した。懸濁液を15℃で終夜撹拌して完全な変換を達成した。反応混合物を飽和NaHCO3溶液4lに注ぎ入れ、濾過し、DCM1lで2回抽出した。合わせた有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をカラムクロマトグラフィー(PE/EtOAc 3:1)により精製して、所望の生成物(240g、46%)を無色油状物として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 7.47-7.30 (m, 5H), 5.74 (br d, J=8.5 Hz, 1H), 5.36 (d, J=2.8 Hz, 1H), 5.30-5.23 (m, 1H), 5.17-5.07 (m, 2H), 4.65 (d, J=8.4 Hz, 1H), 4.20-4.08 (m, 3H), 4.02-3.94 (m, 1H), 3.94-3.85 (m, 2H), 3.50 (td, J=6.1, 9.9 Hz, 1H), 2.49-2.32 (m, 2H), 2.15 (s, 3H), 2.05 (s, 3H), 2.01 (s, 3H), 1.92 (s, 3H), 1.78-1.56 (m, 4H).
79d:5-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタン酸
MeOH2.5l中のベンジルエステル78d(240g、0.447mol)の溶液に、Pd/C(24g、炭素上10%、含水率50%)を添加した。混合物をH2(15psi)下、15℃で終夜撹拌した。反応混合物を濾過し、濾液を真空中で濃縮して、79d196g(97%)を白色固体として得た。
1H-NMR (CDCl3, 400 MHz) δ[ppm]: 6.19 (d, J=8.8 Hz, 1H), 5.37 (d, J=3.1 Hz, 1H), 5.30 (dd, J=3.4, 11.2 Hz, 1H), 4.69 (d, J=8.3 Hz, 1H), 4.16 (m, 1H), 3.98-3.92 (m, 2H), 3.57-3.48 (m, 2H), 2.40-2.30 (m, 2H), 2.18-2.15 (s, 3H), 2.06 (s, 3H), 2.02 (s, 3H), 1.99-1.94 (s, 3H), 1.76-1.59 (m, 4H).
77e:ベンジル12-ヒドロキシドデカノエート
12-ヒドロキシドデカン酸5.0g(22.4mmol)を、DMF100mlに溶解した。臭化ベンジル4.5g(3.15ml、25.8mmol)および重炭酸カリウム3.37g(33.6mmol)を添加した後、混合物を20時間撹拌した。溶媒を真空中で除去し、残留物をジエチルエーテルに溶解した。H2Oで洗浄した後、水相を分離し、ジエチルエーテルで抽出した。合わせた有機層をMgSO4で脱水し、シリカゲルクロマトグラフィー(n-ヘプタン中0~30%EtOAc)により精製して、所望のベンジルエステル5.70g(82.9%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.04
イオン化方法:ES+:[M+H]+=307.2
78e:ベンジル12-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシドデカノエート
68 2.20g(5.7mmol)から出発して、78dについて記載したプロトコールに従って、表題化合物78e2.0g(55.9%)を合成した。70℃で4時間、室温でさらに16時間撹拌した後、77eによる完全なグリコシル化を達成した。最終精製を、n-ヘプタン中0~100%EtOAc/DCM(1:1)で溶出するシリカゲル上で行った。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.99
イオン化方法:ES+:[M+H]+=636.5
79e:12-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシドデカン酸
ベンジルエステル78e2.0g(3.2mmol)を、THF20mlに溶解した。Pd(炭素上10%)167mg(157μmol)を添加した後、反応混合物をH2でパージし、4barのH2圧で水素化した。4時間後、Pd触媒を濾別し、濾液を真空中で蒸発させた。粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~20%MeOH、10%AcOH)により精製して、カルボン酸79e1.67g(97.3%)を得た。
LCMS-方法A:
ELSD:Rt[分]=1.68
イオン化方法:ES+:[M+H]+=546.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.79 (br s, 1H), 7.67 (d, J=9.17 Hz, 1H), 5.08 (d, J=3.42 Hz, 1H), 4.83 (dd, J= 11.25, 3.42 Hz, 1H), 4.35 (d, J=8.44 Hz, 1H), 3.84 - 3.95 (m, 3H), 3.73 (m, 1H), 3.56 (m, 1H), 3.44 - 3.51 (m, 1H), 3.28 (m, 1H), 1.97 (s, 3H), 1.87 (s, 3H), 1.76 (s, 3H), 1.63 (s, 3H), 1.28 - 1.39 (m, 4H), 1.11 (s, 14H).
〔実施例C.3〕
合成スキーム22
Figure 0007417529000066
化合物80a~80eの合成のための一般手順J
カルボン酸(79a~e、1.0~1.2当量)およびモルホリン化合物24a(1.0当量)を、DCM(20ml/1.0mmol)に溶解した。HBTU1.5当量およびDIPEA3.0当量を添加した後、反応物を室温で18時間撹拌して完全な変換を達成した。反応溶液を飽和NaCHO3および飽和NaCl溶液で洗浄した。有機層をMgSO4で脱水し、溶媒を蒸発させた。粗生成物をシリカ上で精製して、所望のアミドを無色固体として得た。
80a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリルオキシ-メチル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Jに従って、カルボン酸79a400mg(986μmol、1.2当量)から、シリカ(DCM/EtOAc 1:1中0~10%DCM/EtOAc/MeOH 10:10:1)上での精製の後に、表題化合物80a530mg(57.7%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.15
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1115.9
80b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピル-シリルオキシメチル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Jに従って、カルボン酸79b406mg(904μmol、1.1当量)から、シリカ(DCM/EtOAc 1:1中0~10%DCM/EtOAc/MeOH 10:10:1)上での精製の後に、表題化合物80b590mg(61.8%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.16
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1160.0
80c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Jに従って、カルボン酸79c406mg(822μmol、1.2当量)から、シリカ(DCM/EtOAc 1:1中0~10%DCM/EtOAc/MeOH 10:10:1)上での精製の後に、表題化合物80c413mg(50.0%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=3.17
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1204.0
80d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[5-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-4-イル]-5-オキソ-ペントキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Jに従って、カルボン酸79d750mg(1.68mmol、1.0当量)から、シリカ(DCM中0~5%MeOH)上での精製の後に、表題化合物80d1.76g(90.6%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.16
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1157.5
80e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[12-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2-(トリイソプロピルシリル-オキシメチル)モルホリン-4-イル]-12-オキソ-ドデコキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順Jに従って、カルボン酸79e897mg(1.64mmol、1.2当量)から、シリカ(DCM中0~5%MeOH)上での精製の後に、表題化合物80e1.46g(84.5%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.25
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1255.6
81a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順G(スキーム20を参照)に従って、TIPS-エーテル80a530mg(474μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM/EtOAc 1:1中0~10%DCM/EtOAc/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物81a380mg(83.4%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.29
イオン化方法:ES-:[M-H]-=959.9
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.44 (br s, 1H), 7.83 - 7.88 (m, 0.4H), 7.78 (br d, J=9.17 Hz, 0.6H), 7.64 (s, 1H), 7.39 - 7.44 (m, 2H), 7.21 - 7.32 (m, 7H), 6.85 - 6.90 (m, 4H), 5.88 - 5.93 (m, 0.4H), 5.83 (m, 0.6H), 5.19 - 5.23 (m, 1H), 4.90 - 5.02 (m, 1.6H), 4.53 -4.62 (m, 1.4H), 21 4.42 (br d, J=14.12 Hz, 0.6H), 4.32 - 4.39 (m, 1H), 4.20 - 4.31 (m, 1.4H), 3.81 - 4.07 (m, 6H), 3.72 - 3.79 (m, 7H), 3.47 - 3.65 (m, 2H), 2.99 - 3.11 (m, 2H), 2.88 - 2.97 (m, 1H), 2.10, 2.04 (2 x s, 3H), 1.99, 1.97 (2 x s, 3H), 1.88 (s, 3H), 1.73, 1.72 (m, 6H).
81b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順G(スキーム20を参照)に従って、TIPS-エーテル80b670mg(577μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM/EtOAc 1:1中0~10%DCM/EtOAc/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物81b504mg(86.9%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.30
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1003.9
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.42 (br s, 1H), 7.80 (d, J=9.35 Hz, 1H), 7.64, 7.60 (2 x s, 1H), 7.39 - 7.44 (m, 2H), 7.19 - 7.35 (m, 7H), 6.85 - 6.90 (m, 4H), 5.87 - 5.93 (m, 0.4H), 5.82 (br d, J=8.07 Hz, 0.6H), 5.21 (br s, 1H), 4.94 - 5.00 (m, 1.6H), 4.64 - 4.70 (m, 0.4H), 4.54 - 4.58 (m, 1H), 4.33 - 4.39 (m, 0.6H), 4.11 - 4.26 (m, 2.4H), 4.00 - 4.05 (m, 3.4H), 3.78 - 3.94 (m, 2.6H), 3.74 (m, 6H), 3.42 - 3.70 (m, 6H), 3.07 - 3.11 (m, 1H), 2.89 -3.05 (m, 2H), 2.04 - 2.12 (m, 3H), 1.97 - 2.01 (m, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.71 - 1.78 (m, 6H).
81c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順G(スキーム20を参照)に従って、TIPS-エーテル80c410mg(340μmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM/EtOAc 1:1中0~10%DCM/EtOAc/MeOH 5:5:1)の後に、表題化合物81c285mg(79.9%)を得た。
LCMS-方法C:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.31
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1047.9
1H-NMR (DMSO-d6, 600 MHz) δ[ppm]: 11.43 (br s, 1H), 7.76 (m, 1H), 7.57 - 7.65 (m, 1H), 7.42 (m, 2H), 7.21 - 7.32 (m, 7H), 6.85 - 6.90 (m, 4H), 5.88 - 5.94 (m, 0.4H), 5.82 (m, 0.6H), 5.21 (m, 1H), 4.94 - 4.99 (m, 1.6H), 4.63 - 4.69 (m, 0.4H), 4.57 (m, 1H), 4.36 (m, 0.6H), 4.16 - 4.26 (m, 2H), 4.09 - 4.15 (m, 0.4H), 3.99 - 4.05 (m, 3H), 3.85 - 3.92 (m, 2H), 3.69 - 3.79 (m, 8H), 3.45 - 3.62 (m, 9H), 3.06 - 3.10 (m, 1H), 2.88 - 3.06 (m, 2H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.88 (s, 3H), 1.76 (br s, 3H), 1.73 (s, 3H).
81d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[5-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-5-オキソ-ペントキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順G(スキーム20を参照)に従って、TIPS-エーテル80d1.75g(1.51mmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)の後に、表題化合物81d1.17g(77.3%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.80
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1001.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.43 (s, 1H), 7.78 (m, 1H), 7.64, 7.58 (2 x b s, 1H), 7.41 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.88 (m, 4H), 5.85 (m, 0.4H), 5.77 (m, 0.6H), 5.21 (m, 1H), 4.92 - 5.01 (m, 1.6H), 4.61 - 4.67 (m, 0.4H), 4.45 - 4.52 (m, 1H), 4.37 - 4.45 (m, 0.6H), 4.21 - 4.29 (m, 0.4H), 3.67 - 4.07 (m, 12H), 3.32 - 3.64 (m, 4H), 2.81 - 3.14 (m, 3H), 2.27 - 2.38 (m, 2H), 2.06 - 2.12 (m, 3H), 1.96 - 2.01 (m, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.76 (m, 3H), 1.72 (m, 3H), 1.49 (br s, 4H).
81e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[12-[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-(ヒドロキシメチル)-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-モルホリン-4-イル]-12-オキソ-ドデコキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順G(スキーム20を参照)に従って、TIPS-エーテル80e1.45g(1.15mmol)を脱保護して、シリカゲルクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)の後に、表題化合物81e1.10g(86.6%)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.96
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1099.6
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.42 (br s, 1H), 7.79 (d, J=9.29 Hz, 1H), 7.63, 7.57 (2 x s, 1H), 7.41 (m, 2H), 7.20 - 7.34 (m, 7H), 6.87 (m, 4H), 5.84 (m, 0.4H), 5. 77 (m, 0.6H), 5.21 (m, 1H), 4.91 - 5.01 (m, 1.6H), 4.61 - 4.68 (m, 0.4H), 4.48 (m, 1H), 4.39 (m, 0.6H), 4.24 (m, 0.4H), 3.98 - 4.06 (m, 3H), 3.66 - 3.90 (m, 3H), 3.74 (s, 6H), 3.56 (m, 1H), 3.36 - 3.50 (m, 2H), 2.77 - 3.16 (m, 2H), 2.22 - 2.39 (m, 2H), 2.10 (m, 3H), 1.99 (m, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.76 (m, 3H), 1.72 (m, 3H), 1.39 - 1.56 (m, 4H), 1.18 - 1.32 (br s, 16H).
82a:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順H(スキーム20を参照)に従って、出発アルコール81a380mg(395μmol)から、表題化合物82a434mg(94.4%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.41 (b s, 1H), 7.72 - 7.90 (m, 1H), 7.60 - 7.71 (m, 1H), 7.35 - 7.48 (m, 2H), 7.17 - 7.33 (m, 7H), 6.82 - 6.95 (m, 4H), 5.78 - 6.05 (m, 1H), 5.16 - 5.26 (m, 1H), 4.91 - 5.03 (m, 1H), 4.55 - 4.64 (m, 1H), 4.10 - 4.54 (m, 3H), 3.52 -4.08 (m, 16H), 3.36 - 3.50 (m, 2H), 2.85 - 3.18 (m, 3H), 2.57 - 2.72 (m, 2H), 2.07 (m, 3H), 1.98 (m, 3H), 1.88 (m, 3H), 1.68 - 1.78 (m, 6H), 0.89 - 1.22 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,2, 147,1, 146,8, 146,3.
82b:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]テトラ-ヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順H(スキーム20を参照)に従って、出発アルコール81b500mg(497μmol)から、表題化合物82b575mg(95.9%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.40 (br s, 1H), 7.79 (br d, J=9.22 Hz, 1H), 7.63 (m, 1H), 7.40 (br s, 2H), 7.20 - 7.34 (m, 7H), 6.83 - 6.91 (m, 4H), 5.80 - 6.03 (m, 1H), 5.22 (m, 1H), 4.96 (m, 1H), 4.56 (m, 1H), 4.08 - 4.43 (m, 4H), 4.03 (s, 3H), 3.52 - 3.91 (m, 16H), 3.38 - 3.50 (m, 2H), 2.86 - 3.18 (m, 3H), 2.52 - 2.75 (m, 2H), 2.07 (m, 3H), 1.99 (m, 3H), 1.90 (m, 3H), 1.68 - 1.81 (m, 6H), 0.89 - 1.22 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,2, 147,2, 147,13, 147,06.
82c:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[2-[2-[2-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]-エトキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順H(スキーム20を参照)に従って、出発アルコール81c285mg(272μmol)から、表題化合物82c317mg(93.5%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.40 (br s, 1H), 7.77 (m, 1H), 7.60 - 7.71 (m, 1H), 7.40 (m, 2H), 7.21 - 7.33 (m, 7H), 6.87 (m, 4H), 5.82 - 5.99 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.97 (m, 1H), 4.57 (m, 1H), 4.09 - 4.39 (m, 3H), 3.97 - 4.08 (m, 3H), 3.34 - 3.95 (m, 20H), 2.90 - 3.18 (m, 3H), 2.56 - 2.73 (m, 2H), 2.10 (m, 3H), 2.07 (m, 3H), 1.99 (m, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.71 - 1.80 (m, 6H), 0.89 - 1.22 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 148,1, 147,3, 147,2, 147,0.
82d:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[5-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシメチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-5-オキソ-ペントキシ]テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順H(スキーム20を参照)に従って、出発アルコール81d1.0g(997μmol)から、表題化合物82d1.19g(99.2%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.41 (br s, 1H), 7.74 - 7.81 (m, 1H), 7.58 - 7.70 (m, 1H), 7.40 (m, 2H), 7.20 - 7.33 (m, 7H), 6.87 (m, 4H), 5.79 - 5.93 (m, 1H), 5.21 (br s, 1H), 4.96 (m, 1H), 4.31 - 4.52 (m, 2H), 3.96 - 4.08 (m, 4H), 3.53 - 3.94 (m, 6H), 3.73 (s, 6H), 3.34 - 3.50 (m, 4H), 3.02 - 3.19 (m, 1H), 2.83 - 3.01 (m, 1H), 2.56 - 2.74 (m, 2H), 2.52 - 2.54 (m, 1H), 2.26 - 2.43 (m, 2H), 2.10, 2.08 (2 x s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.71 - 1.79 (m, 6H), 1.41 - 1.69 (m, 4H), 0.89 - 1.12 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,9, 147,1, 147,0, 146,7.
82e:[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-[12-[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシ-メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-4-イル]-12-オキソ-ドデコキシ]テトラ-ヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
一般手順H(スキーム20を参照)に従って、出発アルコール81e557mg(506μmol)から、表題化合物82e396mg(60.2%)を得た。
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.35 - 11.48 (m, 1H), 7.76 - 7.84 (m, 1H), 7.56 -7.70 (m, 1H), 7.33 - 7.45 (m, 2H), 7.21 - 7.33 (m, 7H), 6.87 (m, 4H), 5.77 - 5.96 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.93 - 5.01 (m, 1H), 4.31 - 4.51 (m, 2H), 3.94 - 4.11 (m, 4H), 3.53 - 3.92 (m, 4H), 3.73 (m, 6H), 3.33 - 3.49 (m, 3H), 3.03 - 3.21 (m, 2H), 2.83 - 2.99 (m, 1H), 2.62 - 2.72 (m, 1H), 2.21 - 2.48 (m, 2H), 2.10 (m, 3H), 1.99 (m, 3H), 1.89 (m, 3H), 1.71 - 1.82 (m, 6H), 1.45 (br s, 4H), 1.14 - 1.30 (m, 18H), 0.83 - 1.13 (m, 12H).
31P-NMR (DMSO-d6, 162 MHz) δ[ppm]: 147,7, 147,3, 147,2, 146,7.
C.オリゴヌクレオチド合成のための固体支持体ビルディングブロックの合成
合成スキーム23
Figure 0007417529000067
スクシネート83a~bおよび84a~bの製造のための一般手順K
出発化合物(15a、42、20a、63a、1.0当量)、DIPEA(5.0当量)およびDMAP(0.25当量)を、乾燥DCM(20ml/1.0mmol)に溶解した。無水コハク酸5.0当量を添加した後、溶液を室温で終夜(およそ16時間)撹拌して完全な変換を達成した。H2Oを添加した後、有機層を分離し、クエン酸の水溶液(10%)および飽和NaHCO3溶液で1回洗浄した。MgSO4で脱水した後、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィーにより精製した。生成物画分を収集し、NEt31.0当量を添加した。溶媒を真空中で蒸発させた後、生成物を無色泡状物(NEt3塩)として単離した。
83a:4-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸(NEt3塩)
一般手順Kに従って、15a146mg(237μmol)から、シリカ(DCM/NEt3 99.5:0.5で事前調整、DCM中0~20%MeOH)上での精製の後に、所望のスクシネート83a112mg(57.9%、NEt3塩)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.85
イオン化方法:ES+:[M+H]+=716.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.34 (br s, 1H), 7.57 (s, 1H), 7.20 - 7.39 (m, 9H), 6.88 (dd, J=8.99, 2.75 Hz, 4H), 5.81 (dd, J=9.84, 2.75 Hz, 1H), 4.57 (d, J=11.00 Hz, 1H), 4.32 (d, J=11.13 Hz, 1H), 3.73 (s, 6H), 3.08 (d, J=9.05 Hz, 1H), 2.95 (d, J=8.93 Hz, 1H), 2.76 (m, 3H), 2.40 - 2.48 (m, 6H), 2.22 - 2.37 (m, 6H), 1.74 (s, 3H), 0.76 - 0.97 (m, 15H).
83b:4-[[(2S,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Kに従って、42 75mg(131μmol)から、所望のスクシネート83b73mg(71.9%、部分的にNEt3塩)を得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.85
イオン化方法:ES-:[M-H]-=673.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.38 (br s, 1H), 7.58 (s, 1H), 7.20 - 7.38 (m, 9H), 6.88 (dd, J=8.93, 3.06 Hz, 4H), 5.89 (dd, J=10.03, 3.30 Hz, 1H), 4.62 (d, J=11.61 Hz, 1H), 4.33 (d, J=11.74 Hz, 1H), 3.76 - 3.92 (m, 2H), 3.73 (s, 6H), 3.51 - 3.63 (m, 2H), 3.03 (d, J=9.17 Hz, 1H), 2.95 (d, J=9.05 Hz, 1H), 2.58 - 2.68 (m, 2H), 2.31 - 2.41 (m, 2H), 1.73 (s, 3H).
84a:4-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-4-イソプロピル-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸(NEt3塩)
一般手順Kに従って、20a78mg(127μmol)から、シリカ(DCM/NEt3 99.5:0.5で事前調整、DCM中0~20%MeOH)上での精製の後に、所望のスクシネート84a50mg(48.3%、NEt3塩)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.86
イオン化方法:ES+:[M+H]+=716.2
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.32 (br s, 1H), 7.54 - 7.58 (m, 1H), 7.20 - 7.39 (m, 9H), 6.89 (d, J=8.80 Hz, 4H), 5.64 (dd, J=10.03, 2.93 Hz, 1H), 4.19 (d, J=11.25 Hz, 1H), 4.09 (d, J=11.13 Hz, 1H), 3.74 (s, 6H), 3.42 (br d, J=8.80 Hz, 2H), 3.15 (m, 1H), 2.86 (br d, J=11.37 Hz, 1H), 2.69 - 2.77 (m, 2H), 2.44 (q, J=7.13 Hz, 6H), 2.28 - 2.40 (m, 5H), 2.16 - 2.25 (m, 1H), 1.78 (s, 3H), 0.89 - 0.98 (m, 15H).
84b:4-[[(2R,6R)-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-1,4-ジオキサン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Kに従って、63a69mg(119μmol)から、所望のスクシネート84b63mg(68.2%、部分的にNEt3塩)を得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.82
イオン化方法:ES-:[M-H]-=673.3
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ[ppm]: 11.39 (br s, 1H), 7.62 (s, 1H), 7.20 - 7.39 (m, 9H), 6.90 (d, J=8.93 Hz, 4H), 5.78 (dd, J=10.21, 3.36 Hz, 1H), 4.23 (d, J=11.25 Hz, 1H), 4.10 (d, J=11.25 Hz, 1H), 3.68 - 3.80 (m, 8H), 3.51 - 3.59 (m, 1H), 3.20 - 3.51 (m, 5H), 2.45 - 2.52 (m, 2H), 1.79 (s, 3H).
CPG固体支持体85a~bおよび86a~bの製造のための一般手順L
CPG固体支持体物質を真空中35℃で2時間乾燥させた。DMF(8ml、0.125mmol)中のスクシネート(83a、83b、84a、84b)1.0当量、TBTU1.2当量およびN-エチル-モルホリン1.2当量の溶液を室温で1時間撹拌し、次いでCPG固体支持体1.0当量(遊離アミノ30μmol/g、500Å)を含有するファルコンチューブ内に移した。DMF20mlで希釈した後、混合物を室温で24時間振盪した。固体支持体を濾過し、MeOH30ml(3×)、アセトン30ml(3×)およびジエチルエーテル30ml(3×)で洗浄した。
乾燥させた後、固体支持体を、ファルコンチューブ内において、キャッピング試薬A(THF、2,6-ルチジン、無水酢酸 8:1:1 v/v/v)15mlおよびキャッピング試薬B(N-メチルイミダゾール、THF 1:9 v/v)15mlで1時間処理した。上記の通り濾過および洗浄した後、固体物質を真空中35℃で2時間乾燥させた。ローディングは測光的に決定した。
85a:スクシネート83aのCPG上の固体支持体
スクシネート83a105mg(128.5μmol)を、一般手順Lに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)4.28gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体85a30.1μmol/g(4.25g)であると決定した。
85b:スクシネート83bのCPG上の固体支持体
スクシネート83b63mg(81μmol)を、一般手順Lに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)2.32gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体85b32.8μmol/g(2.31g)であると決定した。
86a:スクシネート84aのCPG上の固体支持体
スクシネート84a44mg(54μmol)を、一般手順Lに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)1.80gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体86a30.4μmol/g(1.76g)であると決定した。
86b:スクシネート84bのCPG上の固体支持体
スクシネート84b54mg(70μmol)を、一般手順Lに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)1.99gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体86b36.1μmol/g(2.00g)であると決定した。
〔実施例D.2〕
合成スキーム24
Figure 0007417529000068
スクシネート87a~eの合成のための一般手順M
出発化合物(75f、75g、75e、81d、81e、1.0当量)を、乾燥DCM(120ml、1.0mmol)に溶解した。無水コハク酸2.0当量およびDMAP3.0当量を添加した後、溶液を、完全な変換が達成されるまで室温で撹拌した。クエン酸の冷水溶液(10%)を添加し、有機相を分離し、MgSO4で脱水し、蒸発させた。粗生成物をACN/H2O(1:1)に溶解し、凍結乾燥して、粗生成物を無色泡状物として得、これをさらに精製することなく使用した。
87a:4-[[(2S,6R)-4-[5-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラ-ヒドロピラン-2-イル]オキシペンチル]-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Mに従って、75f50mg(51μmol)から、所望のスクシネート87a54mg(98.1%、粗製)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.82
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1089.7
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz): 12.19 (br s, 1H), 11.33 (s, 1H), 7.79 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.19 - 7.39 (m, 9H), 6.81 - 6.91 (m, 4H), 5.82 (dd, J=9.78, 2.57 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.30 Hz, 1H), 4.96 (dd, J=11.25, 3.30 Hz, 1H), 4.61 (d, J=11.25 Hz, 1H), 4.49 (d, J=8.44 Hz, 1H), 4.27 (d, J=11.49 Hz, 1H), 3.96 - 4.08 (m, 3H), 3.82 - 3.95 (m, 1H), 3.68 -3.76 (m, 7H), 3.36 - 3.49 (m, 2H), 3.05 (d, J=8.80 Hz, 1H), 2.96 (d, J=8.93 Hz, 1H), 2.81 -2.92 (m, 2H), 2.25 - 2.41 (m, 5H), 2.05 - 2.17 (m, 5H), 1.98 (s, 3H), 1.88 (s, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.72 (s, 3H), 1.36 - 1.56 (m, 4H), 1.22 - 1.34 (m, 2H).
87b:4-[[(2S,6R)-4-[12-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)-テトラヒドロピラン-2-イル]オキシドデシル]-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Mに従って、75g50mg(46μmol)から、所望のスクシネート87b55mg(99.8%、粗製)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=2.03
イオン化方法:ES+:[M+H]+=1187.8
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz): 12.20 (br s, 1H), 11.33 (s, 1H), 7.79 (d, J=9.29 Hz, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.20 - 7.39 (m, 9H), 6.88 (dd, J=8.99, 2.87 Hz, 4H), 5.81 (dd, J=9.78, 2.69 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.30 Hz, 1H), 4.96 (dd, J=11.19, 3.48 Hz, 1H), 4.60 (d, J=11.37 Hz, 1H), 4.48 (d, J=8.56 Hz, 1H), 4.26 (d, J=11.25 Hz, 1H), 3.97 - 4.06 (m, 3H), 3.82 - 3.91 (m, 1H), 3.66 - 3.75 (m, 7H), 3.37 - 3.45 (m, 2H), 3.04 (br d, J=8.80 Hz, 1H), 2.93 - 2.99 (m, 1H), 2.80 - 2.88 (m, 2H), 2.25 - 2.41 (m, 5H), 2.05 - 2.20 (m, 5H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.76 (s, 3H), 1.72 (s, 3H), 1.44 (m, 4H), 1.24 (br s, 16H).
87c:4-[[(2S,6R)-4-[5-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラ-ヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイル]-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Mに従って、81d150mg(150μmol)から、所望のスクシネート87c95mg(57.6%、粗製)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.78
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1101.4
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz): 12.20 (br s, 1H), 11.37 - 11.43 (m, 1H), 7.74 - 7.81 (m, 1H), 7.58 - 7.65 (m, 1H), 7.18 - 7.42 (m, 9H), 6.90 (m, 4H), 5.75 - 5.92 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.96 (m, 1H), 4.50 (m, 1H), 4.07 - 4.46 (m, 3H), 4.02 (s, 3H), 3.81 - 3.99 (m, 2H), 3.74 (s, 7H), 3.36 - 3.49 (m, 2H), 3.15 (m, 1H), 2.93 - 3.08 (m, 2H), 2.31 - 2.43 (m, 8H), 2.10, 2.07 (2 x s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.72 - 1.79 (m, 6H), 1.51 (br s, 4H).
87d:4-[[(2S,6R)-4-[12-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)-テトラヒドロピラン-2-イル]オキシドデカノイル]-2-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Mに従って、81e150mg(150μmol)から、所望のスクシネート87d102mg(62.3%、粗製)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.92
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1199.5
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz): 12.17 (br s, 1H), 11.36 - 11.45 (m, 1H), 7.79 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.58 - 7.65 (m, 1H), 7.17 - 7.45 (m, 9H), 6.84 - 6.94 (m, 4H), 5.76 - 5.89 (m, 1H), 5.21 (m, 1H), 4.96 (m, 1H), 4.48 (m, 1H), 4.08 - 4.45 (m, 3H), 3.97 - 4.05 (m, 3H), 3.80 -3.97 (m, 2H), 3.63 - 3.79 (m, 7H), 3.34 - 3.46 (m, 2H), 2.87 - 3.20 (m, 3H), 2.29 - 2.44 (m, 8H), 2.06 - 2.14 (m, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.84 - 1.94 (m, 3H), 1.68 - 1.84 (m, 6H), 1.45 (br s, 4H), 1.24 (br s, 12H).
87e:4-[[(2S,6R)-4-[2-[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシ-メチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]エチル]-2-[[ビス(4-メトキシ-フェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)モルホリン-2-イル]-メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
一般手順Mに従って、75e50mg(44.5μmol)から、所望のスクシネート87e54mg(99.2%、粗製)を得た。
LCMS-方法A:
UV波長[nm]=220:Rt[分]=1.81
イオン化方法:ES-:[M-H]-=1221.7
1H-NMR (DMSO-d6, 400 MHz): 12.19 (b s, 1H), 11.33 (s, 1H), 7.77 (d, J=9.17 Hz, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.20 - 7.39 (m, 9H), 6.88 (dd, J=8.93, 3.18 Hz, 4H), 5.81 (dd, J=9.90, 2.69 Hz, 1H), 5.21 (d, J=3.30 Hz, 1H), 4.97 (dd, J=11.25, 3.42 Hz, 1H), 4.62 (d, J= 11.49 Hz, 1H), 4.56 (d, J=8.56 Hz, 1H), 4.26 (d, J=11.49 Hz, 1H), 4.03 (s, 3H), 3.83 - 3.95 (m, 1H), 3.71 -3.82 (m, 7H), 3.42 - 3.58 (m, 16H), 2.88 - 3.04 (m, 4H), 2.53 - 2.62 (m, 2H), 2.23 - 2.41 (m, 7H), 2.10 (s, 3H), 1.99 (s, 3H), 1.89 (s, 3H), 1.77 (s, 3H), 1.71 (s, 3H).
CPG固体支持体88a~eの製造のための一般手順N
CPG固体支持体物質を真空中35℃で2時間乾燥させた。DMF(10ml/0.100mmol)中のスクシネート(87a~e)1.0当量、HBTU1.5当量およびDIPEA5.0当量の溶液を室温で10分間撹拌し、続いてCPG固体支持体(遊離アミノ30μmol/g、500Å)1.0当量を添加した。混合物を室温で24時間振盪した。固体支持体を濾過し、DCM20ml、DCM/MeOH(10:1)およびジエチルエーテル30mlで2回洗浄した。乾燥させた後、固体支持体を、ファルコンチューブ内において、キャッピング試薬A(THF、2,6-ルチジン、無水酢酸 8:1:1 v/v/v)15mlおよびキャッピング試薬B(N-メチルイミダゾール、THF 1:9 v/v)15mlで1時間処理した。上記の通り濾過および洗浄した後、固体物質を真空中35℃で2時間乾燥させた。ローディングは測光的に決定した。
88a:スクシネート87aのCPG上の固体支持体
スクシネート87a50mg(46μmol)を、一般手順Nに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)1.53gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体88a24.2μmol/gであると決定した。
88b:スクシネート87bのCPG上の固体支持体
スクシネート87b52mg(44μmol)を、一般手順Nに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)1.45gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体88b22.3μmol/gであると決定した。
88c:スクシネート87cのCPG上の固体支持体
スクシネート87c90mg(82μmol)を、一般手順Nに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)2.72gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体88c28.7μmol/gであると決定した。
88d:スクシネート87dのCPG上の固体支持体
スクシネート87d100mg(83μmol)を、一般手順Nに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)2.76gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体88d32.0μmol/gであると決定した。
88e:スクシネート87eのCPG上の固体支持体
スクシネート87e55mg(45μmol)を、一般手順Nに従って、CPG固体支持体(遊離アミン30μmol/g)1.50gに固定化した。最終ローディングは、固体支持体88e29.2μmol/gであると決定した。
本明細書による化合物のいくつかの実施例の化学構造を以下の表に例示する;本明細書およびスキームへの対応、ならびに立体化学を示す。表Aは、オリゴヌクレオチド合成のためのホスホルアミダイトヌクレオチド類似体のいくつかの実施例を示し;表Bは、オリゴヌクレオチド合成のためのヌクレオチド類似体のいくつかの固体支持体を示す。
(2S,6R)ジアステレオマー系列において、ヌクレオチド前駆体としてのホスホルアミダイトは「pre-l」と略記され、ヌクレオチド類似体は「l」と略記され、これに核酸塩基および数字が続き、これは式(I)および(II)におけるY基を指定する。両方の立体化学を区別するために、類似体(2R,6R)-ジアステレオ異性体は追加の「b」で示される。固体支持体については、略語「CPG-l」が上記の通りの追加の情報とともに使用される。標的化されたヌクレオチド前駆体、標的化されたヌクレオチド類似体および固体支持体は、上記の通りに略記されるが、「l」の代わりに「lg」が用いられる。
Figure 0007417529000069
Figure 0007417529000070
Figure 0007417529000071
Figure 0007417529000072
Figure 0007417529000073
Figure 0007417529000074
Figure 0007417529000075
Figure 0007417529000076
Figure 0007417529000077
Figure 0007417529000078
ヌクレオチド類似体ならびに標的化されたヌクレオチドおよび類似体を含むsiRNAの合成
オリゴヌクレオチド合成およびsiRNA製造
すべてのオリゴヌクレオチドは、ABI394合成装置で合成した。5’-O-ジメトキシトリチル-チミジン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-tert-ブチルジメチルシリル-ウラシル-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-tert-ブチルジメチルシリル-N4-シチジン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-tert-ブチルジメチルシリル-N6-ベンゾイル-アデノシン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-tert-ブチルジメチルシリル-N2-イソブチリル-グアノシン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-メチル-ウラシル-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-メチル-N4-シチジン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-メチル-N6-ベンゾイル-アデノシン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-O-メチル-N2-イソブチリル-グアノシン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-デスオキシ-フルオロ-ウラシル-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-デスオキシ-フルオロ-N4-シチジン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイト、5’-O-ジメトキシトリチル-2’-デスオキシ-フルオロ-N6-ベンゾイル-アデノシン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイトおよび5’-O-ジメトキシトリチル-2’-デスオキシ-フルオロ-N2-イソブチリル-グアノシン-3’-O-(N,N-ジイソプロピル-2-シアノエチル)-ホスホルアミダイトのような標準的な保護基を有する市販の(Sigma Aldrich)DNA-、RNA-、2’-OMe-RNAおよび2’-デスオキシ-F-RNA-ホスホルアミダイト、ならびに対応する固体支持体物質(CPG-500Å、ローディング40μmol/g、ChemGenes)を、自動オリゴヌクレオチド合成に使用した。3’末端コレステロールコンジュゲートには、固体支持体3’-コレステロールSynBase(商標)CPG1000(link technologies)32μmol/gを使用した。
ホスホルアミダイトビルディングブロックをアセトニトリル中0.1M溶液として使用し、5-(ビス-3,5-トリフルオロメチルフェニル)-1H-テトラゾール(activator42、アセトニトリル中0.25M、Sigma Aldrich)で活性化した。200sの反応時間を標準的なホスホルアミダイトカップリングに使用した。表Aに列挙した本明細書に記載のホスホルアミダイトの場合、300sのカップリング時間を適用した。キャッピング試薬として、THF中無水酢酸(ABI用capA、Sigma Aldrich)およびTHF中N-メチルイミダゾール(ABI用capB、Sigma Aldrich)を使用した。酸化試薬として、THF/ピリジン/水中ヨウ素(0.02M;ABI用酸化剤、Sigma Aldrich)を使用した。代替として、PS酸化を、ピリジン/アセトニトリル(1:1)中3-((N,N-ジメチル-アミノメチリデン)アミノ)-3H-1,2,4-ジチアゾール-5-チオン(DDTT)の0.05M溶液を用いて達成した。DMT保護基の脱保護を、DCM中ジクロロ酢酸(DCA deblock、Sigma Aldrich)を使用して行った。固体支持体からの最終切断および脱保護(アシルおよびシアノエチル保護基)を、NH3(32%水溶液/エタノール、v/v 3:1)を用いて達成した。NMP/NEt3/NEt3・3HF(3:1.5:2)による処理を、TBDMS脱保護に適用した。
3’末端に本明細書に記載のモルホリノまたはジオキサンビルディングブロックを有するオリゴヌクレオチドを、表Bに示した固体支持体物質上で、またはユニバーサルリンカー固体支持体(CPG-500Å、ローディング39μmol/g、AM Chemicals LLC)および表Aに示した対応するホスホルアミダイト上で合成した。
粗生成物をHPLCにより分析し、一本鎖の精製をイオン交換または分取HPLC法により実行した。
イオン交換:AKTA精製装置(Thermo Fisher Scientific DNAPac PA200半分取イオン交換カラム、8μm粒子、幅22mm×長さ250mm)。
緩衝液A:H2O1.50l、NaClO42.107g、EDTA438mg、TRIS1.818g、尿素540.54g、pH7.4。
緩衝液B:H2O1.50l、NaClO4105.34g、EDTA438mg、TRIS1.818g、尿素540.54g、pH7.4。オリゴヌクレオチドの単離を、4体積のエタノールの添加および-20℃での貯蔵により誘発される沈殿により達成した。
分取HPLC:Agilent1100シリーズ分取HPLC、(Waters XBridge(登録商標)BEH C18 OBD(商標)分取カラム130Å、5μm、10mm×100mm)。溶離液:アセトニトリル/水中酢酸トリエチルアンモニウム(0.1M)。凍結乾燥した後、生成物を2.5M NaCl溶液1.0mlおよびH2O4.0mlに溶解した。エタノール20mlを添加して-20℃で18時間貯蔵することにより沈殿させた後に、対応するNa+塩を単離した。
一本鎖の最終分析をLC/MS-TOF法により行った。結果を表Cに示す。
二本鎖形成のために、等モル量のセンスおよびアンチセンス鎖を、1×PBS緩衝液中で混合し、85℃に10分間加熱し、ゆっくりと室温まで冷却した。siRNA二本鎖の最終分析をLC/MS-TOF法により行った。結果を表Dに示す。
インビトロ生物学的アッセイの物質および方法
m-決定
PBS緩衝液(1×PBS)中siRNAの1.0μM溶液を、1℃/分の加熱速度で20~90℃にて分光光度計(Jasco V-650)において加熱した。吸光度を260nmで測定し、対応する温度に対してプロットした。90℃に到達した後、溶液を1℃/分の同じ速度で20℃まで冷却し、加熱冷却サイクルを繰り返した。融解温度を、2つの加熱曲線の変曲点の平均値として計算した。
細胞および組織培養
ヒトHepG2細胞を37℃、5%CO2および95%RHで増殖させ、10%FBSを補充したMEM培地(ThermoFisher、カタログ番号41090)中で培養した。
Seglen、P.O.(1976):Preparation of Isolated Rat Liver Cells;Methods in Cell Biology、13:29~83から適合させたプロトコールに基づいて、実験を行う前に雌性C57BL/6マウスからの初代肝細胞を新たに単離した。単離した肝細胞のプレーティングを、2mMグルタミン(ThermoFisher、カタログ番号25030)、ペニシリン-ストレプトマイシン(ThermoFisher、カタログ番号15140)100U/ml、デキサメタゾン(Sigma、カタログ番号D1756)1μg/ml、1×ITS溶液(ThermoFisher、カタログ番号41400)および5%FBSを補充したWilliams’E培地(ThermoFisher、カタログ番号22551)中、37℃、5%CO2および95%RHで3~5時間行った。プレーティングの後、培地を、1%FBSの補充以外はプレーティング培地と同一である培養培地に交換した。48または72時間のインキュベーション期間中に、さらなる培地交換は行わなかった。
製造業者の指示書に従ってヘパリンナトリウム(BD、Heidelberg、ドイツ)で被覆したVacutainerチューブに収集した3人の健常ドナー由来の血液およそ16mLから、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。
siRNAトランスフェクション
HepG2細胞におけるノックダウン実験のために、20,000細胞/ウェルを、コラーゲンI被覆96ウェルプレート(Coming、カタログ番号356407)中で使用した。リバーストランスフェクションセットアップにおいて製造業者のプロトコールに従ってリポフェクタミンRNAiMAXトランスフェクション試薬(ThermoFisher)0.2μl/ウェルを使用して、細胞に、示した濃度のAHA-1siRNAをトランスフェクトし、培地交換することなく48時間インキュベートした。通常、N=4の技術的反復を試験サンプルごとに行った。
ヒトPBMCのトランスフェクションのために、無血清RPMI培地(ThermoFisher、カタログ番号11875)総体積150μL中、96ウェル(N=2)当たりリポフェクタミン2000 0.3μLを用いて、100nMのsiRNAを、PBMC1×105個に24時間リバーストランスフェクトした。
IC50測定
初代の新たなマウス肝細胞におけるIC50測定のために、コラーゲンI被覆96ウェルプレート中の細胞30,000個を、10倍希釈ステップを使用する1μM~1pMの範囲の濃度でsiRNAを用いる遊離取り込み条件下、48時間インキュベートした。各siRNAについての半最大阻害濃度(IC50)を、Biostat-Speed統計計算ツールを適用することにより計算した。結果は、RatkovskyおよびReedy(1986)による4パラメータロジスティックモデルを使用して得た。調整は、SAS v9.1.3ソフトウェアにおいてLevenberg-Marquardtアルゴリズムを使用する非線形回帰により得た。
mRNA発現分析
siRNAトランスフェクションまたは遊離siRNA取り込みの48時間後、手順中のDNase工程を含む製造業者のプロトコールに従ったPromegaのSV96全RNA単離システム(カタログ番号Z3500)の使用法により、細胞RNAを回収した。
cDNA合成のために、ThermoFisher製の逆転写酵素キット(カタログ番号N8080234)を使用した。RNA30ngからのcDNA合成を、総体積12μl中、10×RT緩衝液1.2μl、MgCl2(25mM)2.64μl、dNTPs(10mM)2.4μl、ランダムヘキサマー(50μM)0.6μl、オリゴ(dT)16(50μM)0.6μl、RNase阻害剤(20U/μl)0.24μlおよびMultiscribe(50U/μl)0.3μlを使用して実行した。サンプルを25℃で10分間、42℃で60分間インキュベートした。95℃に5分間加熱することにより、反応を停止させた。
ヒトAHA-1およびマウスTTR mRNAレベルを、ThermoFisher TaqManユニバーサルPCRマスターミックス(カタログ番号4305719)ならびにTaqMan遺伝子発現アッセイHs00201602_m1およびMm00443267_m1をそれぞれ使用して、qPCRにより定量した。PCRを、以下のPCR条件下、ABI Prism7900を用いて技術的に二重に実行した:50℃で2分間、95℃で10分間、95℃15秒と60℃1分とを40サイクル。PCRは、1回の反応で標的遺伝子を検出し、第2の反応で正規化のためのハウスキーピング遺伝子(ヒト/マウスRPL37A)を検出する、単純PCRとしてセットアップした。PCR反応のための最終体積を1×PCRマスターミックスで12.5μlとし、RPL37Aプライマーを最終濃度50nMおよびプローブ200nMで使用した。ΔΔCt法を適用して、標的転写物の相対的発現レベルを計算した。標的遺伝子発現の百分率を、LV2またはLV3非サイレンシングsiRNA対照配列のレベルに基づく正規化により計算した。
IFNα決定
IFNαタンパク質濃度を、ヒトPBMCの上清において以下の通り定量した:細胞培養上清25μLを、MesoScale Discoveryの技術に基づく自己確立電気化学発光アッセイを適用してpan IFNαモノクローナル捕捉抗体(MT1/3/5、Mabtech)を使用する、IFNα濃度の測定に使用した。代替として、ヒトIFNα2aアイソフォーム特異的アッセイ(カタログ番号K151VHK)を、MesoScaleのU-PLEXプラットフォームに基づいて、かつ供給業者のプロトコールに従って適用した。
細胞毒性
マウスTTR siRNAの細胞毒性は、各サンプルにおける細胞生存性/毒性の比率を決定することにより、遊離取り込み条件下での初代の新たなマウス肝細胞30,000個とのインキュベーションの72時間後に測定した。細胞生存性は、製造業者のプロトコールに従ってCellTiter-Gloアッセイ(Promega、カタログ番号G7570)を使用する細胞内ATP含量の決定により測定した。細胞毒性は、製造業者のプロトコールに従ってLDHアッセイ(Sigma、カタログ番号11644793001)を使用して上清において測定した。
ヌクレアーゼ安定性
siRNAを、50%マウス血清においてヌクレアーゼ安定性について試験した。この目的のために、マウス血清(Sigma、カタログ番号M5905)160μLを、37℃で0、8、24、32、48、56、72、80および96時間キュベートした。各時点で、反応物21μLを取り出し、停止溶液23μL(停止溶液3,000μLについて:組織および細胞溶解溶液(Epicentre、カタログ番号MTC096H)1123μL、20mg/mLプロテイナーゼK(Sigma、カタログ番号P2308)183μL、水1694μL)で65℃にて30分間クエンチした。Waters2695分離モジュールおよび2487デュアル吸光度検出器上でのHPLC分析の前に、RNaseを含まない水33μLを各サンプルに添加した。溶液50μLを、DNAPac PA200分析カラム(Thermo Scientific、カタログ番号063000)および以下の勾配を使用するHPLCにより分析した:
Figure 0007417529000079
〔実施例1〕
融点により測定される例示的siRNAの安定性
AHA-1(siRNA-1)を標的とするsiRNA配列において、センス鎖のすべてのrU-ヌクレオチドを、iPr-モルホリン-Uヌクレオチド類似体lU3およびlU3bにより連続的に置き換えた。センス鎖の3’末端から出発し、ホスホルアミダイトビルディングブロックとしてpre-lU3bを使用する、連続的な置き換えにより、修飾センス鎖ss2(1個のlU3b)~ss6(5個のlU3b)を得、これを未修飾アンチセンス鎖as1とアニーリングして、lU3b修飾二本鎖siRNA-2~siRNA-6(表1~3)を得た。ヌクレオチド前駆体としてpre-lU3を使用する類似体ジアステレオマー系列により、対応する二本鎖siRNA-9~siRNA13(表1~3)を得た。
Figure 0007417529000080
Figure 0007417529000081
Figure 0007417529000082
siRNAのTm値を、本開示において指定した物質および方法に従って測定した。未修飾siRNA-1の融点は73.6℃で測定された。2’-OMe修飾アンチセンス鎖を使用することにより、予期された、わずかに上昇した融解温度76.8℃(siRNA-7)を得た。第1のrU-ヌクレオチドをlU3b-類似体で置き換えることにより、Tm値にわずかな減少が生じた。表3におけるデータは、追加のlU3b-組み入れごとに、融解温度がさらに低下し、結果として、5個のlU3b-ビルディングブロックを組み入れたsiRNA-6では50.2℃のTm値となったことを示している。siRNA-6におけるアンチセンス鎖を2’-OMe類似体に変えた(siRNA-8)結果として、融解温度が上昇することはなかった。
モルホリンの2位で反対の立体化学を有するlU3-系列において、同様の結果が得られた。表3におけるデータは、同数のlU3b-またはlU3-ビルディングブロックを対応するsiRNAのセンス鎖に組み入れたsiRNA(siRNA-2およびsiRNA-9、siRNA-3およびsiRNA-10、siRNA-4およびsiRNA-11、siRNA-5およびsiRNA-12、siRNA-6およびsiRNA-13ならびにsiRNA-8およびsiRNA-14)と比較すると、両系列における融解温度はほぼ同一であったことを示している。
これらの結果は、iPr-モルホリン-UベースのビルディングブロックlU3bおよびlU3により、対応するsiRNAの融解温度がそれらの未修飾対応物と比較して低下することを実証している。lU3b-またはlU3-ヌクレオチドの数を増加させると、Tm値の低下が大きくなる。lU3b-およびlU3-構造につながるモルホリン足場における2つのジアステレオマー配向の間に有意差はない。
ジオキサン系におけるウリジン類似体を使用して、同様の評価を実行した(表4~6)。ルシフェラーゼ配列に基づいて、未修飾siRNA(siRNA-15)の融解温度を74℃で決定した。センス鎖(ss13)において、すべてのrU-ヌクレオチドを以下のものにより連続的に置き換えた:
・センス鎖(ss14~ss19)において1~6個のlU1b-ビルディングブロックを有する二本鎖siRNA-16~siRNA-21をもたらす、lU1b-ヌクレオチド、または
・センス鎖(ss20~ss25)において1~6個のlU1-ビルディングブロックを有する二本鎖siRNA-22~siRNA-27をもたらす、lU1-ヌクレオチド。
Figure 0007417529000083
Figure 0007417529000084
Figure 0007417529000085
表6におけるデータは、センス鎖においてジオキサンベースのヌクレオチドビルディングブロックlU1bまたはlU1の数が増加すると、得られるsiRNAは、対応する融解温度が連続的に低下し、lU1b-系列におけるsiRNA-21およびlU1修飾siRNAにおけるsiRNA-27で最小値になったことを示している。
表3および6における結果は、iPr-モルホリン-U-またはジオキサン-U-ヌクレオチド(lU3b、lU3、lU1bおよびlU1)をsiRNA-センス鎖へ組み入れることが、二本鎖安定性の低下につながり、これが融解温度の低下につながることを実証している。iPr-モルホリン-またはジオキサン-Uビルディングブロックの数が多いほど、Tm値およびsiRNA分子の二本鎖安定性は低くなる。両系列における立体化学(lU3b対lU3およびlU1b対lU1)に対する有意な依存性はない。
〔実施例2〕
時間における例示的siRNAの安定性
表7~10は、使用した対照配列を含む。
Figure 0007417529000086
Figure 0007417529000087
Figure 0007417529000088
iPr-モルホリン-T-およびジオキサン-Tビルディングブロックの両方のジアステレオマー異性体(pre-lT3、pre-lT3b、pre-lT1およびpre-lT1b)を、AHA1-配列におけるセンス鎖の3’および5’末端ならびにアンチセンス鎖の3’末端でオーバーハングとして結合させた。一本鎖のセンスおよびアンチセンス鎖配列を、表10および11にそれぞれ列挙する。対応するsiRNAを表12に示す。対照siRNAとして、標準的なdT-PS-dT-安定化分子(siRNA-7)を使用した。PO連結修飾siRNA(表9)と直接比較するために、部分的または完全PO架橋オーバーハングを有する類似体対照(siRNA-28およびsiRNA-56)を合成した。
修飾siRNA(siRNA-58~siRNA-79)のマウス血清における安定性を、標準的なdT-PS-dT-オーバーハング(siRNA-7)ならびに部分的PO架橋類似体siRNA-28および-56と比較した。安定性は、50%マウス血清中での24時間インキュベーション後にHPLC法により検出することができるアンチセンス鎖の量により決定した。これを0時間-インキュベーションにおける初期量に対する%値として列挙する。得られたアンチセンス鎖量(%)を表13に列挙する。
Figure 0007417529000089
Figure 0007417529000090
Figure 0007417529000091
Figure 0007417529000092
Figure 0007417529000093
Figure 0007417529000094
表13から分かるように、試験条件下、対照siRNAの中で、2個のホスホチオエート-安定化dT-dTオーバーハングを有するsiRNA-7のみが、24時間のインキュベーション後に有意な量のアンチセンス(15%)を示した。類似体分子である、アンチセンス鎖(as2)においてPS基を1個だけ有するsiRNA-28、およびPS基を有しないsiRNA-56は、選択された時点で、検出可能な量のアンチセンス鎖を示さなかった。
対照的に、すべてのlTlT-修飾siRNA(siRNA-58~-79)は、24時間後に有意な量のアンチセンス鎖を示した。その量は、対照分子siRNA-7で観察された量に匹敵したが、lT-修飾二本鎖はすべて、lTlT-オーバーハング(lT=lT3、lT3b、lT1およびlT1b)において追加のPS-安定化なしで合成された。さらに、siRNA-修飾のいくつかは、dT-PS-dT-安定化対照化合物siRNA-7で観察された量の約2倍のアンチセンス量を示した。例は、siRNA-61、-66および-72であり、これらはすべて、センスおよびアンチセンス鎖で二本鎖のlT-オーバーハング(lT3、lT3bおよびlT1)を有し、全siRNA配列においてPS基を有しない。加えて、lT3-安定化分子であるsiRNA-59およびsiRNA-62は、予想外に高い安定性を示したが、siRNA-59が、センス鎖およびdT-PS-dT-安定化アンチセンス鎖(as2)の3’および5’末端でlT3-オーバーハングを含有する一方、siRNA-62は、同じセンス鎖を有するが、アンチセンス鎖(as10)の3’末端にてlT3-オーバーハングでさらに安定化されていることを強調しなければならない。同様の安定化は、対応するlT3b-修飾を有するsiRNA-67において達成されている。
表13における結果は、標準的なdT-PS-dT(siRNA-7)3’-オーバーハングをlT-lT-オーバーハング(lT=lT3、lT3b、lT1および多少顕著さが劣るlT1b)で置き換えることにより、siRNA安定性が、lT-オーバーハング内の追加のPS基なしに有意に増大することを実証している。化合物安定性のさらなる増大は、センス鎖の5’末端でlT-lT-オーバーハングを使用することによってもまだ達成することができる。
図1から分かるように、アンチセンス鎖の3’末端で一本鎖のlT-オーバーハングを有するもの(siRNA-60、-65、-71および-77)を除いて、すべての化合物がヒトHepG2細胞において依然として強力であった。lT1、lT1b、lT3-またはlT3b-オーバーハングを有するすべてのsiRNA(siRNA29~siRNA55)を、IFNα中アッセイおよび細胞毒性アッセイで試験したが、これらは免疫刺激または細胞生存性に対して何らの影響も示さなかった。
〔実施例3〕
本開示による修飾siRNAによる標的遺伝子のインビトロ阻害
表14~18に含まれる配列を使用した(ヌクレオチド類似体lT3およびlT3bを含有するオーバーハングで合成したAHA1-配列)。
Figure 0007417529000095
Figure 0007417529000096
Figure 0007417529000097
Figure 0007417529000098
Figure 0007417529000099
説明
AHA-1配列に基づいて、センス鎖における3’末端オーバーハングを、pre-lT3-またはpre-lT3b-ヌクレオチド前駆体を使用して結合した。両方のヌクレオチド類似体について、追加のコレステロール置換基を有するいくつかの実施例化合物(オリゴヌクレオチド合成の章を参照)において、8個までのlT3-またはlT3b-ヌクレオチドをセンス鎖に結合した。両系列についての合成したセンス鎖を、表14(lT3含有3’-オーバーハング)および表17(lT3b含有3’-オーバーハング)に列挙する。
上記センス鎖をアンチセンス鎖as2およびas4(表15を参照)と合わせて、対応する二本鎖siRNA-29~siRNA-44(lT3-オーバーハング、表16)およびsiRNA-45~siRNA-55(lT3b-オーバーハング、表18)を得た。
得られたsiRNAを、濃度5nMでヒトHepG2細胞においてトランスフェクトした。AHA1-mRNA濃度を48時間後に決定した。
図2から分かるように、AHA-1対照siRNAである、siRNA-7およびsiRNA-28は、90~95%の間で同様のmRNA-ノックダウンを示す。これらの分子と比較して、lT3-またはlT3b-修飾を有するほとんどすべてのsiRNAは、>85%阻害で満足のいくノックダウン挙動を依然として示す。3’末端に追加のコレステロール置換基を有する、アンチセンス鎖としてas4を有するsiRNAのみが、阻害効力の有意な損失を示す一方、修飾センス鎖を有するすべてのsiRNAは、極めて高いインビトロノックダウンを依然として示す。驚くべきことに、lT3-またはlT3b-ヌクレオチドの数は、対応するsiRNAの阻害効力に違いをもたらさない。3’-オーバーハングとして8個のlT3-またはlT3b-ヌクレオチドを有するsiRNA(siRNA-34およびsiRNA-48)であっても、AHA1-mRNAのロバストなダウンレギュレーションを示す。センス鎖での3’-オーバーハングにおける追加のコレステロール置換基の結合もまた、分子の効力において有意な変化を示さない。
lT3-またはlT3b-オーバーハングを有するすべてのsiRNA(siRNA29~siRNA55)を、IFNα中アッセイおよび細胞毒性アッセイで試験したが、これらは免疫刺激または細胞生存性に対して何らの影響も示さなかった。
〔実施例4〕
本開示による修飾siRNAによる標的遺伝子発現のインビボ阻害
表19~21に含まれる配列を使用した。
Figure 0007417529000100
Figure 0007417529000101
Figure 0007417529000102
インビボ実施例4.1:
GalNAc-siRNAコンジュゲートのインビボ活性の実証、およびRNA干渉活性に対するGalNAc結合用の異なるsiRNAビルディングブロックの影響の比較
方法:
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=5の群にてsiRNA1-1~siRNA1-12またはPBS(模擬対照)2.5mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成を、表19~表21に列挙する。図1.1に示すように、投与前後に血液サンプルを採取した。siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
結果
図3a/bから分かるように、センス鎖の二重PS-安定化3’末端を有しないsiRNA(siRNA1-1、siRNA1-3、siRNA1-6およびsiRNA1-9)は、極めて弱いノックダウンのみを示し、およそ2週間以内にベースラインに戻る。
対照的に、残りのすべての分子において、3個のlgT-ヌクレオチド(lgT=lgT1、lgT2、lgT3、lgT4およびlgT5)の結合は、TTR-標的mRNAのロバストなノックダウンをもたらし、したがって肝細胞中へのロバストな送達をもたらす。全く予想外であるが、lgT-siRNA-コンジュゲートは、それらのインビボ作用持続時間と、GalNAc標的化リガンドがlgT-足場のモルホリン窒素原子にそれにより結合するリンカー単位との間に、興味深いSARを示す。加えて、センス鎖へのlgT-足場の結合部位の間で興味深い相関作用を推論することができる(3’末端対5’末端)。
5’末端結合には、3’末端コンジュゲートに優る明らかな利点がある。図3a/bに示すように、例えばlgT1およびlgT3の5’末端結合(siRNA1-5およびsiRNA1-8)は、それらの3’末端類似体(それぞれsiRNA1-7およびsiRNA1-10)よりも有意に長い作用持続時間を示す。
加えて、モルホリン-とGalNAcとの間のリンカーがより長いと、それらのより短い類似体よりも働きが弱くなり、例えばC12-アルキル-連結lgT4-足場を有するsiRNA1-11は、lgT3-ビルディングブロックにおいてC5-アルキルリンカーを有する類似体siRNA1-8よりも短い作用持続時間を示すことが見出された。両方がセンス鎖の5’末端で結合している場合、より短いlgT3-ヌクレオチド類似体を使用することに明らかな利益がある。
加えて、モルホリン-およびGalNAc-部分の間にPEG型リンカーを有するlgT5含有siRNA1-4は、極めて魅力的なインビボ効力および作用持続時間を示した。
インビボ実施例4.2:
インビボ実施例4.1からの選択化合物の用量依存的インビボ活性および急性毒性評価
方法
動物研究
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=6(0.5および2.5mpkについて)またはn=4(20mpkについて)の群にて、siRNAまたはPBS(模擬対照)0.5、2.5または20mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成は、表19~表21で参照される。動物を、処置の48時間後に屠殺し、血液を血液学的分析、臨床化学のために採取し、臓器を回収し、秤量した。血球計数をscil Vet動物用血球計数装置で実行し、臨床化学分析をRoche Cobasシステムで実行した。
研究後分析
siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
肝臓組織を、DNase消化を含む全RNA抽出(RNAeasy Mini Kit、Qiagen)により、RT-qPCR分析のために処理した。TTR(TaqManアッセイID Mm00443267_m1)および参照mRNA(Actb(TaqManアッセイID4352341E)、Gapdh(TaqManアッセイID4308313))を、ABI Prism7900システム上でqPCRにより定量し、続いてオリゴ-dTおよびランダムヘキサマープライム化cDNA合成を行った。ΔΔCt法を適用して、標的転写物の相対的発現レベルを計算した。
20mpk処置群(+PBS)の右上の肝葉、脾臓および腎臓をホルマリン固定し、標準的なH&E染色に続いて異常について病理学的に評価した。
結果(図4および5を参照)
タンパク質およびmRNAレベルの両方が、投与の48時間後に用量依存的に、すべての試験された活性siRNAにより低減した。mRNAおよびタンパク質低減は、平行して起こった。試験された活性物質の中で、siRNA1-4、1-5および1-8の間では有意差は観察されなかった一方、siRNA1-10は、特に処置用量0.5および2.5mpkで、前者のものと比較してわずかに顕著さが劣る効能を示した。これは、図4に示す縦断的研究からの観察に一致する。
処置および用量依存的影響は、標準的な血液学および肝臓/腎臓臨床化学アッセイにおいて観察されなかった。また、有意の処置依存的な、血清サイトカインの変質、および臓器または体重への影響も、屠殺において観察されなかった。すべての偏差が正常な生理学的範囲または正常な動物間変動性内であった。肝臓、脾臓および腎臓の組織病理学的評価には所見がなかった。
化合物siRNA1-1~siRNA1-12の初代マウス肝細胞におけるインビトロノックダウン結果を表22に要約する:
Figure 0007417529000103
lgT-オーバーハングを有するすべてのsiRNA(siRNA1-1~siRNA1-12)を、IFNα中アッセイおよび細胞毒性アッセイで試験したが、これらは免疫刺激または細胞生存性に対して何らの影響も示さなかった。
〔実施例5〕
本開示による修飾siRNAによる標的遺伝子発現のインビボ阻害
インビボ実施例5.1:
GalNAc-siRNAコンジュゲートのインビボ活性の実証、ならびにRNA干渉活性に対する異なる二本鎖配置および組合せの影響の比較。
方法
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=5の群にて、GalNAc-siRNA(インビボ実施例1との比較のためにsiRNA1-8について+2.5mpk)またはPBS(模擬対照)1mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成を、表23~表25に列挙する。図6に示すように、投与前後に血液サンプルを採取した。siRNA標的TTRを、市のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
Figure 0007417529000104
Figure 0007417529000105
Figure 0007417529000106
結果
センス鎖の5’末端にlgT3-オーバーハングのみを有し、センスまたはアンチセンス鎖の3’末端に追加のlT-オーバーハング(lT=lT1~lT9)を有しない対照siRNA1-8と比較して、図6a/bは、センス鎖の3’末端にlT3の追加の結合を有するsiRNA2-5が、5’末端にも3’末端にもPS基を有しないセンス鎖を使用して、対照siRNA1-8と同等のインビボ性能を示すことを示しており、ここでsiRNA1-8は3’末端に2個のPS基をさらに有している。
センス鎖の3’末端およびアンチセンス鎖の3’末端にlT4-lT4-オーバーハングを有し、ここでもまた、アンチセンス鎖as2-5のlT4-結合部位で2個のPS基が減少している、siRNA2-7で、さらなる進展を達成することができた。ここでもまたsiRNA2-7は、センスおよびアンチセンス鎖における共通のPS安定化パターンで、siRNA1-8と同等のインビボ効力および作用持続時間を示す。
インビボ実施例5.2:
用量依存的インビボ活性および急性毒性評価を、インビボ実施例5.1から選択した化合物について決定した。
方法
動物研究
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=6(0.5および2.5mpkについて)またはn=5(25mpkについて)の群にて、siRNAまたはPBS(模擬対照)0.5、2.5または25mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成は、表23~表25で参照される。動物を、処置の48時間後に屠殺し、血液を血液学的分析、臨床化学のために採取し、臓器を回収し、秤量した。血液学的血球計数をscil Vet動物用血球計数装置で実行し、臨床化学分析をRoche Cobasシステムで実行した。
研究後分析
siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
肝臓組織を、DNase消化を含む全RNA抽出(RNAeasy Mini Kit、Qiagen)により、RT-qPCR分析のために処理した。TTR(TaqManアッセイID Mm00443267_m1)および参照mRNA(Actb(TaqManアッセイID4352341E)、Gapdh(TaqManアッセイID4308313))を、ABI Prism7900システム上でqPCRにより定量し、続いてオリゴ-dTおよびランダムヘキサマープライム化cDNA合成を行った。ΔΔCt法を適用して、標的転写物の相対的発現レベルを計算した。
25mpk処置群(+PBS)の右上の肝葉、脾臓および腎臓をホルマリン固定し、標準的なH&E染色に続いて異常について病理学的に評価した。
結果(図7および8を参照)
タンパク質およびmRNAレベルの両方が、投与の48時間後に用量依存的に、すべての試験されたsiRNAにより低減した。mRNAおよびタンパク質低減は、平行して起こった。試験された活性物質の中で、siRNA1-8および2-5の間では有意差は観察されなかった一方、siRNA2-7は、特に処置用量0.5および2.5mpkで、前者のものと比較してわずかに顕著さが劣る効能となる傾向を示した。
処置用量依存的影響は、標準的な血液学および肝臓/腎臓臨床化学アッセイにおいて観察されなかった。また、有意の処置依存的な、血清サイトカインの変質、および臓器または体重への影響も、屠殺において観察されなかった。すべての偏差が正常な生理学的範囲または正常な動物間変動性内であった。肝臓および脾臓の組織病理学的評価には所見がなかった。
化合物siRNA2-2~siRNA2-13について初代マウス肝細胞において得られたインビトロノックダウン結果を表26に要約する:
Figure 0007417529000107
lgT-およびlT-オーバーハングを有するすべてのsiRNA(siRNA1-8、siRNA2-2~siRNA2-13)を、IFNα中アッセイおよび細胞毒性アッセイで試験したが、これらは免疫刺激または細胞生存性に対して何らの影響も示さなかった。
インビトロ安定性
表27に示すように、PS-安定化センスまたはアンチセンス3’末端をlT-オーバーハングの結合により置き換えることが、インビトロ安定性の増大につながっている。
Figure 0007417529000108
表27において、「X」は、両方の鎖のうちの1つの残りの量が50%未満であることを意味する。
すべてのlT-修飾siRNAは、32時間の対照化合物siRNA1-8と同じ安定性を少なくとも示す。ここでもまた、lT-オーバーハングが結合している、siRNA番号2-2~2-13における末端は、追加のPS-安定化を全く含まない。センス鎖の3末端修飾をPS-安定化から二重lT3-オーバーハングに変えることにより(siRNA2-5)、32時間から56時間に有意に安定性が増大する。両方の鎖の3’末端にlT4-オーバーハングを結合することでも、siRNA2-7は48時間に増加した。
〔実施例6〕
本開示による修飾siRNAによる標的遺伝子発現のインビボ阻害
Figure 0007417529000109
Figure 0007417529000110
Figure 0007417529000111
インビボ実施例6.1:
PEG-GalNAc-siRNAコンジュゲートのインビボ活性の実証、およびRNA干渉活性に対する異なるPEG-GalNAcビルディングブロックの影響の比較。
方法
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=6の群にて、PEG-GalNAc-siRNAまたはPBS(模擬対照)5mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成を、表28~表30に列挙する。図9a/bに示すように、投与前後に血液サンプルを採取した。siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
結果(図9a/bを参照)
ここでもまた、5’末端におけるlgT-ビルディングブロック(lgT=lgT5、lgT6、lgT7、lgT8およびlgT9)の結合(siRNA3-6~siRNA3-10)には、類似体3’末端対応物(siRNA3-1~siRNA3-5)に優る明らかな利益がある。TTR-mRNAの明らかなノックダウンを既に示している、lgT3含有siRNA1-8と比較して、PEG型類似体siRNA3-7およびsiRNA3-8は、改善された作用持続時間を30日後に示している。lgT6およびlgT7が、モルホリン-NおよびGalNAc-部分の間に、より長いリンカーを含有しているので、これは予想外の結果である。連結単位のPEG構造は、対応するsiRNAのインビボ効力に対して正の効果を有すると思われる。
センス鎖の5’末端におけるlgT3-結合(ss1-8)を3’末端における追加のlT4-lT4-オーバーハング(ss3-11)と組み合わせることにより、作用持続時間のさらなる改善を達成した。センス鎖にPS基を残すことなく、対応するsiRNA3-11は、作用持続時間においてさらなる改善を示し、上記インビボ研究において最も強力な化合物であった。
これらの結果は、モルホリン-ヌクレオチド類似体が、肝臓siRNA標的化のためのGalNAc置換ヌクレオチド類似体(lgT)として使用される場合、インビボで有益な特性を示すことを明らかに示している。これらの三重lgT置換siRNAを、同じセンス鎖の3’末端において二重lT-オーバーハングで修飾する場合、さらなる利益を達成することができる。この第2の修飾は、明らかに改善された作用持続時間につながる(siRNA1-8対siRNA3-11を参照)。
インビボ実施例6.2:
インビボ実施例6.1から選択した化合物の用量依存的インビボ活性および急性毒性評価
方法
動物研究
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=6(0.5および2.5mpkについて)またはn=5(25mpkについて)の群にて、siRNAまたはPBS(模擬対照)0.5、2.5または25mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成は、表25~表27で参照される。動物を、処置の48時間後に屠殺し、血液を血液学的分析、臨床化学のために採取し、臓器を回収し、秤量した。血液学的血球計数をscil Vet動物用血球計数装置で実行し、臨床化学分析をRoche Cobasシステムで実行した。
研究後分析
siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
肝臓組織を、DNase消化を含む全RNA抽出(RNAeasy Mini Kit、Qiagen)により、RT-qPCR分析のために処理した。TTR(TaqManアッセイID Mm00443267_m1)および参照mRNA(Actb(TaqManアッセイID4352341E)、Gapdh(TaqManアッセイID4308313))を、ABI Prism7900システム上でqPCRにより定量し、続いてオリゴ-dTおよびランダムヘキサマープライム化cDNA合成を行った。ΔΔCt法を適用して、標的転写物の相対的発現レベルを計算した。
25mpk処置群(+PBS)の右上の肝葉、脾臓および腎臓をホルマリン固定し、標準的なH&E染色に続いて異常について病理学的に評価した。
結果(図10および11を参照)
タンパク質およびmRNAレベルの両方が、投与の48時間後に用量依存的に、すべての試験された活性siRNAにより低減した。mRNAおよびタンパク質低減は、平行して起こった。試験された活性物質の中では、いかなる用量でも、タンパク質またはmRNAレベルのいずれにおいても有意差は観察されなかった。
化合物siRNA3-1~siRNA3-11の初代マウス肝細胞におけるインビトロノックダウン結果を表31に要約する。
処置用量依存的影響は、標準的な血液学および肝臓/腎臓臨床化学アッセイにおいて観察されなかった。また、有意の処置依存的な、血清サイトカインの変質、および臓器または体重への影響も、屠殺において観察されなかった。すべての偏差が正常な生理学的範囲または正常な動物間変動性内であった。肝臓および脾臓の組織病理学的評価には所見がなかった。
Figure 0007417529000112
lgT-またはlgT-およびlT-オーバーハングを有するすべてのsiRNA(siRNA1-8、siRNA3-1~siRNA3-11)を、IFNα中アッセイおよび細胞毒性アッセイで試験したが、これらは免疫刺激または細胞生存性に対して何らの影響も示さなかった。
〔実施例7〕
本開示による修飾siRNAによる標的遺伝子発現のインビボ阻害
インビボ実施例7.1:
Figure 0007417529000113
Figure 0007417529000114
Figure 0007417529000115
方法
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=6の群にて、siRNAまたはPBS(模擬対照)1mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成を、表32~表34に列挙する。図12a/bに示すように、投与前後に血液サンプルを採取した。siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
表34に列挙したsiRNA-コンジュゲートのインビボ活性の実証、およびそれらのRNAi活性の比較
結果(図12a/12bを参照)
2つの陽性対照siRNA4-1およびsiRNA4-2を比較することにより、初期のホスホチオエート安定化と比較して、センス鎖の3’末端におけるlT4-lT4-オーバーハングに明らかな利益があることが確認される。
siRNA4-1における3個のlgT3-ビルディングブロックを、モルホリン環とGalNAc標的化部分との間にPEG型リンカーを有するlgT6-またはlgT7-類似体に交換することにより、作用持続時間をさらに改善することができた(siRNA4-3およびsiRNA4-4を参照)。
予想外であるが、siRNA4-4とsiRNA4-5との比較により、センス鎖のlT4-lT4-3’末端-安定化がこれらの位置で追加のホスホチオエート基を有する場合に作用持続時間がさらに増加することはないことが示される(ss4-5を参照)。
インビボ実施例7.2:
インビボ実施例7.1からの選択化合物の用量依存的インビボ活性および急性毒性評価
方法
動物研究
C57BL/6Nマウス(雌性20~22g;Charles River、ドイツ)を、n=6(0.5および2.5mpkについて)またはn=5(25mpkについて)の群にて、siRNAまたはPBS(模擬対照)0.5、2.5または25mpkの単回用量で皮下処置した。投与された化合物の配列および化学組成は、表32~表34で参照される。動物を、処置の48時間後に屠殺し、血液を血液学的分析、臨床化学のために採取し、臓器を回収し、秤量した。血液学的血球計数をscil Vet動物用血球計数装置で実行し、臨床化学分析をRoche Cobasシステムで実行した。
研究後分析
siRNA標的TTRを、市販のELISAアッセイ(Alpco Diagnostics、カタログ番号:41-PALMS-E01)により血清から定量した。
肝臓組織を、DNase消化を含む全RNA抽出(RNAeasy Mini Kit、Qiagen)により、RT-qPCR分析のために処理した。TTR(TaqManアッセイID Mm00443267_m1)および参照mRNA(Actb(TaqManアッセイID4352341E)、Gapdh(TaqManアッセイID4308313))を、ABI Prism7900システム上でqPCRにより定量し、続いてオリゴ-dTおよびランダムヘキサマープライム化cDNA合成を行った。ΔΔCt法を適用して、標的転写物の相対的発現レベルを計算した。
25mpk処置群(+PBS)の右上の肝葉、脾臓および腎臓をホルマリン固定し、標準的なH&E染色に続いて異常について病理学的に評価した。
結果(図13および14を参照):
タンパク質およびmRNAレベルの両方が、投与の48時間後に用量依存的に、すべての試験された活性siRNAにより低減した。mRNAおよびタンパク質低減は、平行して起こった。試験された活性物質の中では、いかなる用量でも、タンパク質またはmRNAレベルのいずれにおいても有意差は観察されなかった。
処置用量依存的影響は、標準的な血液学および肝臓/腎臓臨床化学アッセイにおいて観察されなかった。また、有意の処置依存的な、血清サイトカインの変質、および臓器または体重への影響も、屠殺において観察されなかった。すべての偏差が正常な生理学的範囲または正常な動物間変動性内であった。肝臓および脾臓の組織病理学的評価には所見がなかった。
化合物siRNA4-1~siRNA4-11の初代マウス肝細胞におけるインビトロノックダウン結果を表35に要約する:
Figure 0007417529000116
それぞれ160および558pMのIC50値を示す、陽性対照siRNA4-1(=siRNA1-8)およびsiRNA4-2(=siRNA3-11)と比較して、新しい類似体であるsiRNA4-3~siRNA4-11は、同じ範囲である111pM(siRNA4-6)~545pM(siRNA4-5)の間でインビトロ効力を示す。lT-またはlA-オーバーハングを有するまたは有しないlgT-オーバーハングを有するすべてのsiRNA(siRNA4-1~siRNA4-11)を、IFNα中アッセイおよび細胞毒性アッセイで試験したが、これらは免疫刺激または細胞生存性に対して何らの影響も示さなかった。
収集したすべてのデータ(インビボおよびインビトロ)に基づいて、ヌクレオチド類似体lgT7およびlT4を、対応するsiRNAの肝臓標的化および3’末端安定化のために選択した。
〔実施例8〕
本開示に記載の修飾オリゴヌクレオチドの分析データ
8.1.一本鎖オリゴヌクレオチドの分析結果
8.1.1.-センス鎖
Figure 0007417529000117
Figure 0007417529000118
Figure 0007417529000119
Figure 0007417529000120
Figure 0007417529000121
8.1.2.アンチセンス鎖
Figure 0007417529000122
8.2.二本鎖オリゴヌクレオチドの分析結果
Figure 0007417529000123
Figure 0007417529000124
Figure 0007417529000125
Figure 0007417529000126

Claims (31)

  1. 式(I)の化合物:
    Figure 0007417529000127
    (式中、
    - Bは、複素環式核酸塩基であり;
    - P1およびP2は各々独立して、H、反応性リン基または保護基であり、
    反応性リン基は、ホスホラミダイト、Hホスホネート、アルキルホスホネート、またはホスフェートであって、任意選択的に、反応性リン基は、天然ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ボラノホスフェート、ボラノチオホスフェート、ホスホネート、ハロゲン置換ホスホネートおよびホスフェート、ホスホラミデート、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、チオホスホジエステル、チオホスホトリエステル、ジホスフェートならびにトリホスフェートからなる群から選択され、
    保護基は、ヒドロキシル-保護基であって、任意選択的に、保護基は、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bzl)、ベンジル(Bn)、イソブチリル(iBu)、フェニルアセチル、ベンジルオキシメチルアセタール(BOM)、ベータ-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、メトキシメチルエーテル(MOM)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル(Piv)、テトラヒドロピラニル(THP)、トリフェニルメチル(Trt)、メトキシトリチル[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル](MMT)、ジメトキシトリチル(DMT)、トリメチルシリルエーテル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリルエーテル(TBDMS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチルエーテル(TOM)、トリ-イソプロピルシリルエーテル(TIPS)、メチルエーテル、エトキシエチルエーテル(EE)N,N-ジメチルホルムアミジンおよび2-シアノエチル(CE)からなる群から選択され;
    - Yは、O、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は:
    ・ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
    Jは、OもしくはSであり、
    Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基、
    ・ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、または
    ・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中:
    mは、0または1を意味する整数であり、
    pは、0~10の範囲の整数であり、
    R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)もしくは-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
    Kは、OもしくはSであり、
    Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つもしくはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
    R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基および(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択されるか、
    もしくは
    R3は、細胞標的化部分である)
    であり、
    - X1およびX2は各々独立して、水素原子、または(C1~C6)アルキル基であり、
    - Ra、Rb、RcおよびRdの各々は独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)。
  2. Yは、NR1であり、
    - R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、非置換(C1~C16)アルキル基であり、これには、メチル、イソプロピル、ブチル、オクチル、ヘキサデシルからなる群から選択されるアルキル基が含まれるか、または
    - R1は、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基であるか、または
    - R1は、シクロヘキシル基であるか、または
    - R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、フェニル基によって置換された(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、フェニル基によって置換されたメチル基であり、
    P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義された通りである、請求項1に記載の式(I)の化合物。
  3. Yは、N-C(=O)-R1であり、
    - R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、メチルおよびペンタデシルからなる群から選択され、
    P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびBは、一般式(I)について定義されたのと同じ意味を有する、請求項1に記載の式(I)の化合物。
  4. Yは、NR1であり、R1は、-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
    mは、0または1を意味する整数であり、
    pは、0~10の範囲の整数であり、
    R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)、-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
    Kは、OまたはSであり、
    Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
    R3は、細胞標的化部分である)であり、
    - X1およびX2は各々独立して、水素原子、または(C1~C6)アルキル基であり、
    - Ra、Rb、RcおよびRdは独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である、
    請求項1に記載の式(I)の化合物。
  5. R1は、基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3であり、mは0であり、pは0、1、2、3または4であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2およびR2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである、請求項4に記載の式(I)の化合物。
  6. - R2はエチレン基であり、pは0であるか、または
    - R2はペンチレン基であるか、または
    - R2は(C12)アルキレン基であり、
    X1およびX2はいずれも、水素原子である、請求項4に記載の式(I)の化合物。
  7. R2はエチレン基であり、pは1、2、3または4であり、X1およびX2はいずれも、水素原子である、請求項5に記載の式(I)の化合物。
  8. mは1であり、pは0、1または2であり、R3は、細胞標的化部分であり、R2、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、式(I)の化合物の一般定義における通りである、請求項4に記載の式(I)の化合物。
  9. R2は、
    - ブチレン、
    - (C11)アルキレン、または
    - メチレン
    であり、X1およびX2はいずれも、水素原子を表し、B、P1、P2、Ra、Rb、RcおよびRdは、一般式(I)について定義された通りである、請求項8に記載の式(I)の化合物。
  10. R2は、メチレン基であり、pは1または2であり、R3は、細胞標的化部分であり、B、P1、P2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2は、一般式(I)について定義された通りである、請求項4に記載の式(I)の化合物。
  11. R3は、式(III)の化合物:
    Figure 0007417529000128
    (式中、A1、A2およびA3は、O-C(=O)-R4であり、
    R4は、(C1~C6)アルキルまたは(C6~C10)アリール基であり、特に、R4はメチル基であり;
    A4は、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4は、上で定義された通りであり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基であり、特に、R4およびR5はメチル基である)
    である、請求項4~10のいずれか1項に記載式(I)の化合物。
  12. R3は、3,4,6-トリ-O-アセチル-D-N-アセチルガラクトシルアミンである、請求項11に記載の式(I)の化合物。
  13. Bは、場合により保護されており、ピリミジン、置換ピリミジン、プリンおよび置換プリンを含む群から選択される、請求項1~12のいずれか1項に記載の式(I)の化合物。
  14. - P1またはP2の一方は、O-4,4’-ジメトキシトリチル基であり、P1およびP2の他方は、H、反応性リン基もしくは保護基であるか、または
    - P1およびP2の一方は、2-シアノエチル-N,Nジイソプロピルホスホラミダイト基であり、P1およびP2の他方は、保護基であるか、または
    - P1およびP2の一方は、2-シアノエチル-N,Nジイソプロピルホスホラミダイト基であり、P1およびP2の他方は、O-4,4’-ジメトキシトリチル基であり、
    Y、B、X1、X2、Ra、Rb、RcおよびRdは、請求項1において定義された通りである、請求項1~13のいずれか1項に記載の式(I)の化合物。
  15. (II)の化合物:
    Figure 0007417529000129
    (式中:
    - Bは、複素環式核酸塩基であり;
    - L1およびL2の一方は、式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であり、L1およびL2の他方は、H、保護基、リン部分または式(II)の化合物とオリゴマー化合物とを連結するヌクレオシド間連結基であって、
    保護基は、ヒドロキシル-保護基であって、任意選択的に、保護基は、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bzl)、ベンジル(Bn)、イソブチリル(iBu)、フェニルアセチル、ベンジルオキシメチルアセタール(BOM)、ベータ-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、メトキシメチルエーテル(MOM)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル(Piv)、テトラヒドロピラニル(THP)、トリフェニルメチル(Trt)、メトキシトリチル[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル](MMT)、ジメトキシトリチル(DMT)、トリメチルシリルエーテル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリルエーテル(TBDMS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチルエーテル(TOM)、トリ-イソプロピルシリルエーテル(TIPS)、メチルエーテル、エトキシエチルエーテル(EE)N,N-ジメチルホルムアミジンおよび2-シアノエチル(CE)からなる群から選択され、
    リン部分は、ホスホラミダイト、Hホスホネート、アルキルホスホネート、またはホスフェートであって、任意選択的に、リン部分は、天然ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ボラノホスフェート、ボラノチオホスフェート、ホスホネート、ハロゲン置換ホスホネートおよびホスフェート、ホスホラミデート、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、チオホスホジエステル、チオホスホトリエステル、ジホスフェートならびにトリホスフェートからなる群から選択され、
    - Yは、O、NH、NR1またはN-C(=O)-R1であり、R1は:
    ・ハロゲン原子、(C1~C6)アルキル基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基、(C5~C14)ヘテロアリール基、-O-Z1、-N(Z1)(Z2)、-S-Z1、-CN、-C(=J)-O-Z1、-O-C(=J)-Z1、-C(=J)-N(Z1)(Z2)および-N(Z1)-C(=J)-Z2(式中、
    Jは、OまたはSであり、
    Z1およびZ2の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C20)アルキル基、
    ・ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基、
    ・基-[C(=O)]m-R2-(O-CH2-CH2)p-R3(式中、
    mは、0または1を意味する整数であり、
    pは、0~10の範囲の整数であり、
    R2は、(C1~C6)アルキル基、-O-Z3、-N(Z3)(Z4)、-S-Z
    3、-CN、-C(=K)-O-Z3、-O-C(=K)-Z3、-C(=K)-N(Z3)(Z4)または-N(Z3)-C(=K)-Z4(式中、
    Kは、OまたはSであり、
    Z3およびZ4の各々は独立して、H、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基である)によって場合により置換された(C1~C20)アルキレン基であり、
    R3は、水素原子、(C1~C6)アルキル基、(C1~C6)アルコキシ基、(C3~C8)シクロアルキル基、(C3~C14)複素環、(C6~C14)アリール基もしくは(C5~C14)ヘテロアリール基からなる群から選択されるか、
    または、R3は、細胞標的化部分である)
    であり、
    - X1およびX2は各々独立して、水素原子、または(C1~C6)アルキル基であり、
    - Ra、Rb、RcおよびRdは独立して、Hまたは(C1~C6)アルキル基である)
    または薬学的に許容されるその塩を含むオリゴヌクレオチド。
  16. Yは、NR1であり、
    - R1は、非置換(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、非置換(C1~C16)アルキル基であり、これには、メチル、イソプロピル、ブチル、オクチル、ヘキサデシルを含む群から選択されるアルキル基が含まれるか、または
    - R1は、ハロゲン原子および(C1~C6)アルキル基から選択される1つまたはそれ以上の基によって場合により置換された(C3~C8)シクロアルキル基であるか、または
    - R1は、シクロヘキシル基であるか、または
    - R1は、(C6~C14)アリール基によって置換された(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、フェニル基によって置換されたメチル基であり、
    L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、一般式(II)について定義されたのと同じ意味を有する1つもしくはそれ以上の式(II)の化合物、または薬学的に許容されるその塩を含む、請求項15に記載のオリゴヌクレオチド。
  17. YはN-C(=O)-R1であり、
    - R1は、場合により置換された(C1~C20)アルキル基であるか、または
    - R1は、メチルおよびペンタデシルを含む群から選択され、
    L1、L2、Ra、Rb、Rc、Rd、X1、X2、R2、R3およびBは、請求項15において定義されたのと同じ意味を有する1つもしくはそれ以上の式(II)の化合物、または薬学的に許容されるその塩を含む、請求項15に記載のオリゴヌクレオチド。
  18. Bは、ピリミジン、置換ピリミジン、プリンおよび置換プリンを含む群から選択される1つもしくはそれ以上の式(II)の化合物、または薬学的に許容されるその塩を含む、請求項15に記載のオリゴヌクレオチド。
  19. ヌクレオシド間連結基は独立して、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホネートおよびホスホラミデート主鎖連結基からなる群から選択される1つもしくはそれ以上の式(II)の化合物、または薬学的に許容されるその塩を含む、請求項15に記載のオリゴヌクレオチド。
  20. 2~10個の式(II)の化合物、および/または、1つまたはそれ以上の標的化されたヌクレオチド類似体、または薬学的に許容されるその塩を含む、請求項15に記載のオリゴヌクレオチド。
  21. R3が、式(III):
    Figure 0007417529000130
    (式中、A1、A2およびA3は、OHであり、
    A4は、OHまたはNHC(=O)-R5であり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)-アルキル基である)
    のもの、または薬学的に許容されるその塩であり、特に、R3は、N-アセチル-ガラクトサミンまたは薬学的に許容されるその塩である、請求項15~20のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド。
  22. 二本鎖オリゴヌクレオチドであって、請求項15~21のいずれか1項において定義された通りの1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩を含む前記二本鎖オリゴヌクレオチド。
  23. 低分子干渉RNA(siRNA)であって、請求項15~21のいずれか1項において定義された通りの1つまたはそれ以上の式(II)の化合物または薬学的に許容されるその塩を含む前記低分子干渉RNA。
  24. 式(I-A)の化合物
    Figure 0007417529000131
    を調製するための方法であって、
    a)式(X)の化合物
    Figure 0007417529000132
    (式中、Bは、複素環式核酸塩基であり、P1およびP2は各々独立して、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りの保護基を表す)
    、酸化剤との反応による、式(X)の該
    化合物の酸化の工程であって、それによって、以下の式(XI)の化合物:
    Figure 0007417529000133
    を得る前記工程、ならびに
    b)式(XI)の化合物を、式(XII)の化合物
    R1-NH2 (XII)
    (式中、R1は、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)
    の存在下で還元的アミノ化の工程にかけて、式(I-A)の化合物:
    Figure 0007417529000134
    (式中、Bは、複素環式核酸塩基であり、P1およびP2は各々独立して、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りの保護基を表す)
    を得る工程
    を含む前記方法。
  25. 過酸化剤がヨウ素酸ナトリウム(NaIO 4 )である、請求項24に記載の方法。
  26. 式(I-C)の化合物:
    Figure 0007417529000135
    を調製するための方法であって、
    a)式(XV)の化合物
    Figure 0007417529000136
    (式中、
    - A1、A2およびA3は、OHまたはO-C(=O)-R4であり、
    R4は、(C1~C6)アルキルまたは(C6~C10)アリール基であり;
    - A4は、OH、O-C(=O)-R4またはNHC(=O)-R5であり、R4は、上で定義された通りであり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基であり、
    - Y-CHOは、還元的アミノ化反応によって、Xと等しい-Y-CH2-に移行され、Xは、式-(CH2-CH2-O)p-R2-(式中、pおよびR2は、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)の基である)
    を、式(XIII)の化合物
    Figure 0007417529000137
    (式中、P1、P2およびBは、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)
    と、還元的アミノ化によって反応させて、式(I-C)の化合物
    Figure 0007417529000138
    を得る工程
    を含む前記方法。
  27. 式(I-D)の化合物
    Figure 0007417529000139
    を得るための方法であって、
    式(XVI)の化合物
    Figure 0007417529000140
    (式中、
    - A1、A2およびA3は、OHまたはO-C(=O)-R4であり、
    R4は、(C1~C6)アルキルまたは(C6~C10)アリール基であり;
    - A4は、OH、O-C(=O)-R4、またはNHC(=O)-R5であり、R4は、上で定義された通りであり、R5は、ハロゲン原子によって場合により置換された(C1~C6)アルキル基であり、
    - Xは、式-(CH2-CH2-O)p-R2-(式中、pおよびR2は、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)の基である)
    を、式(XIII)の化合物
    Figure 0007417529000141
    (式中、P1、P2およびBは、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)
    と、ペプチドカップリング条件下で反応させて、式(I-D)の化合物を得る工程
    を含む前記方法。
  28. 式(I-E)の化合物を調製するための方法であって、
    a)式(XI)の化合物
    Figure 0007417529000142
    (式中、P1、P2およびBは、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)を還元して、式(XVII)の化合物
    Figure 0007417529000143
    を得る工程、
    b)式(XVII)の該化合物を、p-トルエン-スルホニルクロリドTs-Clの存在下で反応させて、式(XVIII)の化合物
    Figure 0007417529000144
    (式中、Tsは、トシル基を表す)
    を得る工程、ならびに
    c)式(XVIII)の化合物を塩基性条件にかけて、式(I-E)の化合物
    Figure 0007417529000145
    を得る工程
    を含む前記方法。
  29. 式(I-E)の化合物を調製するための方法であって、
    a)式(XVII)の化合物
    Figure 0007417529000146
    (式中、P1、P2およびBは、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)
    を、過剰のp-トルエン-スルホニルクロリド(Ts-Cl)の存在下で反応させて、式(XIX)の化合物
    Figure 0007417529000147
    (式中、Tsは、トシル基を表す)
    を得る工程、
    b)基P1の除去によって、式(XIX)の化合物を脱保護して、式(XX)の化合物
    Figure 0007417529000148
    を得る工程、
    c)式(XX)の化合物を塩基性条件にかけて、式(XXI)の化合物
    Figure 0007417529000149
    を得る工程、および
    d)トシル基を保護基P1によって置き換えて、式(I-E)の化合物
    Figure 0007417529000150
    を得る工程
    を含む前記方法。
  30. 式(I’)の化合物:
    Figure 0007417529000151
    (式中、T1およびT2は各々独立して、保護基、-C(=O)(CH2)r-COOHまたは-C(=O)(CH2)r-C(=O)NH-R7であり、
    R7は、固体支持体材料を表し、rは、2、3および4から選択される整数であって、
    保護基は、ヒドロキシル-保護基であって、任意選択的に、保護基は、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bzl)、ベンジル(Bn)、イソブチリル(iBu)、フェニルアセチル、ベンジルオキシメチルアセタール(BOM)、ベータ-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、メトキシメチルエーテル(MOM)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル(Piv)、テトラヒドロピラニル(THP)、トリフェニルメチル(Trt)、メトキシトリチル[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル](MMT)、ジメトキシトリチル(DMT)、トリメチルシリルエーテル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリルエーテル(TBDMS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチルエーテル(TOM)、トリ-イソプロピルシリルエーテル(TIPS)、メチルエーテル、エトキシエチルエーテル(EE)N,N-ジメチルホルムアミジンおよび2-シアノエチル(CE)からなる群から選択され
    Y、B、X1、X2、Ra、Rb、RcおよびRdは、請求項1に記載の一般式(I)において定義された通りである)。
  31. T1およびT2の一方は、C(=0)(CH2)r-C(=0)NH-R7であり、
    R7は、CPG固体支持体またはポリスチレン固体支持体であり、
    T1およびT2の他方は、保護基であり、rは2である、請求項30に記載の式(I’)の化合物。
JP2020546480A 2018-03-07 2019-03-06 ヌクレオチド前駆体、ヌクレオチド類似体およびこれを含むオリゴマー化合物 Active JP7417529B2 (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP18305239.8 2018-03-07
EP18305239 2018-03-07
EP18306497.1 2018-11-15
EP18306497 2018-11-15
PCT/EP2019/055546 WO2019170731A1 (en) 2018-03-07 2019-03-06 Nucleotide precursors, nucleotide analogs and oligomeric compounds containing the same

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2021517126A JP2021517126A (ja) 2021-07-15
JPWO2019170731A5 JPWO2019170731A5 (ja) 2022-03-07
JP7417529B2 true JP7417529B2 (ja) 2024-01-18

Family

ID=65724384

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2020546480A Active JP7417529B2 (ja) 2018-03-07 2019-03-06 ヌクレオチド前駆体、ヌクレオチド類似体およびこれを含むオリゴマー化合物

Country Status (5)

Country Link
US (1) US11897911B2 (ja)
EP (1) EP3762395A1 (ja)
JP (1) JP7417529B2 (ja)
CN (1) CN112105625A (ja)
WO (1) WO2019170731A1 (ja)

Families Citing this family (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019170731A1 (en) 2018-03-07 2019-09-12 Sanofi Nucleotide precursors, nucleotide analogs and oligomeric compounds containing the same
US20220025367A1 (en) 2018-11-23 2022-01-27 Sanofi Novel rna compositions and methods for inhibiting angptl8
JP2022546040A (ja) 2019-08-27 2022-11-02 サノフイ Pcsk9を阻害するための組成物および方法
EP4025582A1 (en) * 2019-09-05 2022-07-13 Sanofi Oligonucleotides containing nucleotide analogs
CN116887842A (zh) 2020-10-16 2023-10-13 赛诺菲 用于抑制angptl3的新型rna组合物和方法
WO2022079221A1 (en) 2020-10-16 2022-04-21 Sanofi Rna compositions and methods for inhibiting lipoprotein(a)
CN116368146A (zh) 2020-10-20 2023-06-30 赛诺菲 脱唾液酸糖蛋白受体的新型配体
WO2024002006A1 (zh) * 2022-06-27 2024-01-04 大睿生物医药科技(上海)有限公司 具有增强的稳定性的核苷酸替代物
WO2024073732A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Modified double-stranded rna agents

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004044245A1 (en) 2002-11-05 2004-05-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds having modified bases for binding to adenine and guanine and their use in gene modulation
WO2011005860A2 (en) 2009-07-07 2011-01-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 5' phosphate mimics

Family Cites Families (79)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US186174A (en) 1877-01-09 Improvement in rotary churns
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
EP0406309A4 (en) 1988-03-25 1992-08-19 The University Of Virginia Alumni Patents Foundation Oligonucleotide n-alkylphosphoramidates
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5194599A (en) 1988-09-23 1993-03-16 Gilead Sciences, Inc. Hydrogen phosphonodithioate compositions
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5721218A (en) 1989-10-23 1998-02-24 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides with inverted polarity
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5177198A (en) 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
US5665710A (en) 1990-04-30 1997-09-09 Georgetown University Method of making liposomal oligodeoxynucleotide compositions
US5192749A (en) * 1990-05-21 1993-03-09 Syntex (U.S.A.) Inc. 4'-substituted nucleosides
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
DK0541722T3 (da) 1990-08-03 1996-04-22 Sterling Winthrop Inc Forbindelser og fremgangsmåder til inhibering af genekspression
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
JPH06505704A (ja) 1990-09-20 1994-06-30 ギリアド サイエンシズ,インコーポレイテッド 改変ヌクレオシド間結合
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US5672697A (en) 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
US5792608A (en) 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
JPH08500481A (ja) 1992-05-11 1996-01-23 リボザイム・ファーマシューティカルズ・インコーポレーテッド ウイルスの複製を阻害するための方法および薬剤
US5977343A (en) 1992-05-14 1999-11-02 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Synthesis, deprotection, analysis and purification of RNA and ribozymes
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
JPH07509133A (ja) 1992-07-17 1995-10-12 リボザイム・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド 動物疾患の処置のための方法および剤
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
ATE160572T1 (de) 1993-03-31 1997-12-15 Sanofi Sa Oligonucleotide mit amidverkettungen die phosphoesterverkettungen einsetzen
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5646269A (en) 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
US5981501A (en) 1995-06-07 1999-11-09 Inex Pharmaceuticals Corp. Methods for encapsulating plasmids in lipid bilayers
DE69634084T2 (de) 1995-06-07 2005-12-08 Inex Pharmaceuticals Corp. Herstellung von lipid-nukleinsäure partikeln duch ein hydrophobische lipid-nukleinsäuree komplexe zwischenprodukt und zur verwendung in der gentransfer
US7422902B1 (en) 1995-06-07 2008-09-09 The University Of British Columbia Lipid-nucleic acid particles prepared via a hydrophobic lipid-nucleic acid complex intermediate and use for gene transfer
US5889136A (en) 1995-06-09 1999-03-30 The Regents Of The University Of Colorado Orthoester protecting groups in RNA synthesis
US6001311A (en) 1997-02-05 1999-12-14 Protogene Laboratories, Inc. Apparatus for diverse chemical synthesis using two-dimensional array
US6054576A (en) 1997-10-02 2000-04-25 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Deprotection of RNA
US6111086A (en) 1998-02-27 2000-08-29 Scaringe; Stephen A. Orthoester protecting groups
CA2326823A1 (en) 1998-04-20 1999-10-28 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid molecules with novel chemical compositions capable of modulating gene expression
JP2002520038A (ja) 1998-07-20 2002-07-09 アイネックス ファーマシューティカルズ コーポレイション リポソームカプセル化核酸複合体
US6995259B1 (en) 1998-10-23 2006-02-07 Sirna Therapeutics, Inc. Method for the chemical synthesis of oligonucleotides
AU8695901A (en) 2000-09-01 2002-03-13 Ribozyme Pharm Inc Methods for synthesizing nucleosides, nucleoside derivatives and non-nucleoside derivatives
MY134070A (en) 2001-01-22 2007-11-30 Isis Pharmaceuticals Inc Nucleoside derivatives as inhibitors of rna-dependent rna viral polymerase
US7205399B1 (en) 2001-07-06 2007-04-17 Sirna Therapeutics, Inc. Methods and reagents for oligonucleotide synthesis
US6989442B2 (en) 2002-07-12 2006-01-24 Sirna Therapeutics, Inc. Deprotection and purification of oligonucleotides and their derivatives
ES2351674T3 (es) * 2006-01-27 2011-02-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en la posición 6.
JP6005628B2 (ja) * 2010-04-28 2016-10-12 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. 修飾ヌクレオシド、その類似体、およびこれらから調製されるオリゴマー化合物
WO2015179742A1 (en) 2014-05-23 2015-11-26 Genzyme Corporation Multiple oligonucleotide moieties on peptide carrier
US20160186174A1 (en) 2014-12-29 2016-06-30 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Substituted morpholino compounds analogs thereof and oligomeric compounds prepared therefrom
JP2018530587A (ja) * 2015-10-16 2018-10-18 モデルナティエックス インコーポレイテッドModernaTX,Inc. mRNAキャップ類似体およびmRNAキャッピングの方法
IL291323B2 (en) * 2016-07-15 2023-09-01 Am Chemicals Llc Solid non-nucleoside supports and phosphoramidite building blocks for oligonucleotide synthesis
WO2019170731A1 (en) 2018-03-07 2019-09-12 Sanofi Nucleotide precursors, nucleotide analogs and oligomeric compounds containing the same
EP4025582A1 (en) 2019-09-05 2022-07-13 Sanofi Oligonucleotides containing nucleotide analogs

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004044245A1 (en) 2002-11-05 2004-05-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds having modified bases for binding to adenine and guanine and their use in gene modulation
WO2011005860A2 (en) 2009-07-07 2011-01-13 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 5' phosphate mimics

Also Published As

Publication number Publication date
US20210115075A1 (en) 2021-04-22
CN112105625A (zh) 2020-12-18
EP3762395A1 (en) 2021-01-13
WO2019170731A1 (en) 2019-09-12
US11897911B2 (en) 2024-02-13
JP2021517126A (ja) 2021-07-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7417529B2 (ja) ヌクレオチド前駆体、ヌクレオチド類似体およびこれを含むオリゴマー化合物
US20220372063A1 (en) Oligonucleotides containing nucleotide analogs
EP3183260B1 (en) Modified oligonucleotides and methods for their synthesis
TW201904587A (zh) 寡核苷酸組合物及其使用方法
TW201908483A (zh) 寡核苷酸組合物及其使用方法
AU2005327517B2 (en) Oligonucleotides comprising a non-phosphate backbone linkage
JP2021502120A (ja) 細胞におけるlpaの発現を抑制するための核酸
CN111050806A (zh) 寡核苷酸组合物及其使用方法
AU2014219019B2 (en) Short interfering nucleic acid (siNA) molecules containing a 2&#39; internucleoside linkage
KR20190040033A (ko) 가역적으로 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물 및 그의 용도
US20240092819A1 (en) Novel ligands for asialoglycoprotein receptor
JP2022507282A (ja) 細胞におけるlpaの発現を抑制するための核酸
US20230159922A1 (en) Modified oligomeric compounds and uses thereof
Watts The medicinal chemistry of antisense oligonucleotides
CN116802295A (zh) 用于抑制中枢神经系统中的基因表达的组合物和方法
WO2022098990A1 (en) Targeted conjugates comprising modified sirna
WO2023245061A2 (en) Lipid conjugates for the delivery of therapeutic agents to cns tissue
AU2022280863A9 (en) Rnai agents for inhibiting expression of mucin 5ac (muc5ac), compositions thereof, and methods of use
TW202417628A (zh) 糖原病Ia型治療藥
CN116916963A (zh) 具有二胺支架的用于靶向递送治疗剂的多价配体簇
CN117836006A (zh) 用于递送治疗活性剂的配体缀合物

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20220225

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20220225

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20230221

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20230216

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20230519

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20230822

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20231122

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20231212

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20240105

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 7417529

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150