JP6994057B2 - Pha合成酵素をコードする遺伝子を複数有する微生物、およびそれを用いたphaの製造方法 - Google Patents
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- C08G63/02—Polyesters derived from hydroxycarboxylic acids or from polycarboxylic acids and polyhydroxy compounds
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Description
本実施例における遺伝子操作は、Molecular Cloning (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989)に記載されている方法で行うことができる。また、遺伝子操作に使用する酵素、クローニング宿主などは市場の供給者から購入し、その取扱説明書にしたがって使用することができる。なお、本実施例に用いられる酵素は、遺伝子操作に使用できるものであれば特に限定されない。
得られたPHAのモノマー組成分析はガスクロマトグラフィーによって測定した。得られたPHAあるいはその混合品約20mgに2mlの硫酸-メタノール混液(15:85)と2mlのクロロホルムを添加して密栓し、100℃で140分間加熱することによってメチルエステル化した。冷却後、これに1.5gの炭酸水素ナトリウムを少しずつ加えて中和し、炭酸ガスの発生がとまるまで放置した。4mlのジイソプロピルエーテルを添加してよく混合した後、遠心して、上清中の3HBメチルエステルと3HHメチルエステルの組成をキャピラリーガスクロマトグラフィーにより分析し、3HHモノマー比率を算出した。ガスクロマトグラフは島津製作所GC-17A、キャピラリーカラムはGLサイエンス社製NEUTRA BOND-1(カラム長25m、カラム内径0.25mm、液膜厚0.4μm)を用いた。キャリアガスとしてHeを用い、カラム入口圧100kPaとし、サンプルは1μlを注入した。温度条件は、初発温度100℃から200℃まで8℃/分の速度で昇温、さらに200℃から290℃まで30℃/分の速度で昇温した。
培養後精製して得られたPHAについて、示差走査熱量計(エスアイアイ・ナノテクノロジー(株)製DSC220)を用いて以下の方法でPHA混合比率を評価した。
DSC曲線において低温側の主吸熱ピーク(85~180℃の間で3つ以上のピークが見られる場合は最も高温側のピークを除いた中での最大ピーク)が示す融点をTm1、もっとも高温側の吸熱ピークが示す融点をTm2とする。当該DSC曲線において、吸熱ピーク全体の融解開始前のベースラインと融解終了後のベースラインを直線で結び、もっとも高温側の吸熱ピークと隣の吸熱ピークの間にある極大点から垂直方向に直線を引き、該二つの直線とDSC曲線に囲まれる領域の面積を、高温側の吸熱ピーク熱量として測定した。
当該DSC曲線において、吸熱ピーク全体の融解開始前のベースラインと融解終了後のベースラインを直線で結び、160℃で垂直方向に直線を引き、該二つの直線とDSC曲線に囲まれる160℃より高い部分の融解熱量を測定した。
培養後精製して得られたPHAについて、示差走査熱量計(エスアイアイ・ナノテクノロジー(株)製DSC220)を用いて以下の方法でPHA混合状態のアニール法による評価を行った。
得られたPHAの結晶化は、示差走査熱量計を用いて測定を行うことにより評価した。示差走査熱量測定において、2~5 mgのPHAを5℃から170℃まで10℃ /分で昇温して5分間保持したあと、170℃から5℃まで10℃/分で冷却した際に得られた発熱曲線における結晶化ピーク温度(Tc)および結晶化発熱量(Hc)から結晶化のし易さを評価した。結晶化ピーク温度(Tc)が高く、結晶化発熱量(Hc)が大きいほど結晶化が優れている。
得られたPHAの固化時間の測定は、小型混練機(DSM社製Xplore 5cc Micro-Compounder)を用いて行った。小型混練機のシリンダー設定温度150℃(実施例1~3、6、比較例1)または170℃(実施例9~11、比較例2)、スクリュ回転数100 rpmで3分間(実施例1~3、6、比較例1)または1分間(実施例9~11、比較例2)溶融混練した後、直径3 mmのノズルから溶融したストランド状のPHAを排出し、ストランド状のPHAを直ちに55℃(実施例1~3、6比較例1)または50℃(実施例9~11、比較例2)の湯浴中に浸漬させた際にストランドが完全に固化するまでに要する時間を固化時間とした。固化時間が短いほど結晶化が早く、固化性が改善されていることを示す。
まずphaZ6遺伝子の破壊を目的とし、遺伝子置換用プラスミドの作製を行った。C. necator H16株のゲノムDNAを鋳型とし、配列番号20および配列番号21で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。ポリメラーゼはKOD-plus(東洋紡社製)を用いた。同様に配列番号22および配列番号23で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。さらに、上記PCRで得られた2種DNA断片を鋳型とし、配列番号20および配列番号23で示したDNAをプライマーとしてPCRを行い、得られたDNA断片を制限酵素SmiIで消化した。このDNA断片を、特開2007-259708号公報に記載のベクターpNS2X-sacBをSmiIで消化したDNA断片と、DNAリガーゼ(Ligation High、東洋紡社製)を用いて連結し、phaZ6構造遺伝子より上流および下流のDNA配列を有する遺伝子破壊用プラスミドpNS2X-phaZ6(-+)を作製した。
さらに染色体上のphaJ4b遺伝子の上流にphaJ4b遺伝子の発現を強化するための発現調節配列を挿入することを目的とし、発現調節配列挿入用プラスミドを作製した。C. necator H16株のゲノムDNAを鋳型とし、配列番号32および配列番号33で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。ポリメラーゼはKOD-plusを用いた。同様に配列番号34および配列番号35で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。さらに同様に、配列番号36および配列番号37で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。上記PCRで得られた3種のDNA断片を鋳型とし、配列番号32および配列番号35で示したDNAをプライマーとしてPCRを行い、得られた断片をSmiIで消化した。このDNA断片を、pNS2X-sacBをSmiIで消化したDNA断片と、DNAリガーゼを用いて連結し、phaJ4b構造遺伝子より上流のDNA配列、phaC1プロモーターとphaC1SD配列からなる発現調節配列、およびphaJ4b構造遺伝子配列を有するDNA挿入用プラスミドpNS2X-sacB+phaJ4bU-REP-phaJ4bを作製した。
製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株に導入するためのPHB生産用プラスミドpCUP2-REP-phaCReを作製した。
製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株に導入するためのPHB生産用プラスミドpCUP2-PJ4a-phaCReを作製した。
製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株に導入するためのPHB生産用プラスミドpCUP2-Plac-phaCReを作製した。
PHBHとPHBを共生産する菌株の作製を目的とし、製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株を親株とし、製造例3~5記載のプラスミドのいずれかを導入した菌株を作製した。
染色体上のphaJ4a遺伝子の上流に発現調節配列を挿入することを目的とし、発現調節配列挿入用プラスミドを作製した。C. necator H16株のゲノムDNAを鋳型とし、配列番号46および配列番号47で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。ポリメラーゼはKOD-plusを用いた。同様に配列番号48および配列番号49で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。さらにプラスミドpKK388-1(CLONTECH社製)を鋳型とし、配列番号50および配列番号51で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。上記PCRで得られた3種のDNA断片を鋳型とし、配列番号46および配列番号49で示したDNAをプライマーとしてPCRを行い、得られた断片をSmiIで消化した。このDNA断片を、pNS2X-sacBをSmiIで消化したDNA断片と、DNAリガーゼを用いて連結し、phaJ4a構造遺伝子より上流のDNA配列、trpプロモーターとphaC1SD配列からなる発現調節配列、およびphaJ4a構造遺伝子配列を有するDNA挿入用プラスミドpNS2X-sacB+phaJ4aU-trp-phaJ4aを作製した。
製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株のphaZ1遺伝子を欠失した領域に、PHB生産用の遺伝子発現カセットを導入することを目的とし、DNA挿入用プラスミドを作製した。まずプラスミドpCUP2-Plac-phaCReを鋳型とし、配列番号63および配列番号39で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。得られた断片をEcoRIおよびSpeIで消化し、pNS2X-sacB-dZ1ULをMunIおよびSpeIで消化したDNA断片と、DNAリガーゼを用いて連結し、phaZ1構造遺伝子より上流のDNA配列、lacプロモーターおよびphaC1SD(REP-SD)からなる発現調節配列、phaCRe構造遺伝子配列、およびphaZ1構造遺伝子より下流のDNA配列を有するDNA挿入用プラスミドpNS2X-sacB-dZ1UL-Plac-phaCReを作製した。
製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株のphaZ1遺伝子を欠失した領域に、PHB生産用の遺伝子発現カセットを導入することを目的とし、DNA挿入用プラスミドを作製した。まずC. necator H16株のゲノムDNAを鋳型とし、配列番号64および配列番号39で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。得られた断片をMunIおよびSpeIで消化し、pNS2X-sacB-dZ1ULをMunIおよびSpeIで消化したDNA断片と、DNAリガーゼを用いて連結し、phaZ1構造遺伝子より上流のDNA配列、REP-SDMからなる発現調節配列、phaCRe構造遺伝子配列、およびphaZ1構造遺伝子より下流のDNA配列を有するDNA挿入用プラスミドpNS2X-sacB-dZ1UL-SDM-phaCReを作製した。
製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株のphaZ1遺伝子を欠失した領域に、PHB生産用の遺伝子発現カセットを導入することを目的とし、DNA挿入用プラスミドを作製した。pCUP2-Plac-phaCReを鋳型とし、配列番号44および配列番号67で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。同様に配列番号66および配列番号45で示したDNAをプライマーとしてPCRを行った。上記PCRで得られた2種のDNA断片を鋳型とし、配列番号44および配列番号45で示したDNAをプライマーとしてPCRを行い、得られた断片をMunIで消化した。このDNA断片を、pNS2X-sacB-dZ1UL-SDM-phaCReをMunIで消化したDNA断片と、DNAリガーゼを用いて連結し、phaZ1構造遺伝子より上流のDNA配列、lacN19プロモーターおよびREP-SDMからなる発現調節配列、phaCRe構造遺伝子配列、およびphaZ1構造遺伝子より下流のDNA配列を有するDNA挿入用プラスミドpNS2X-sacB-dZ1UL-PlacN19SDM-phaCReを作製した。
製造例6で得られたKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株を以下の条件で培養、精製し、PHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、10.1モル%であった。
菌株は以下のように培養した。
培養経時および培養終了時、培養ブロスをサンプリングし、遠心分離によって菌体を回収、エタノールで洗浄後真空乾燥し、乾燥菌体を取得した。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6/pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例6で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-PJ4a-phaCRe株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、11.5モル%であった。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例6で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-REP-phaCRe株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、9.9モル%であった。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例7で作製したKNK-005 Ptrp-phaJ4a ΔphaZ1::PJ4a-phaCReΔphaZ2,6株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、11.5モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析を行った。得られた結果を表1に示した。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例6で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-REP-phaCRe株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。但し、培養時の炭素源として乳化PFADの代わりに、パームダブルオレイン油を使用した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、11.5モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析を行った。得られた結果を表1に示した。また、得られたPHA混合品のDSC曲線を図2に示す。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例8で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1::Plac-phaCRe ΔphaZ2,6株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。但し、培養にはカナマイシンを添加しない培地を使用し、培養時の炭素源として乳化PFADの代わりに、パーム油を使用した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、11.0モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析を行った。得られた結果を表1および表2に示した。また、アニール法による評価を行った結果、高温側の吸熱ピーク熱量は4.5 J/gであった。このアニール法により求められた高温側熱量の数値から、別途作成した検量線(共生産品を擬似的に再現したPHBH/PHB混合品を、同様にアニール法により高温側熱量を測定)により、PHB含有量の推定値を求めたところ、4.2重量%と、アニール処理を行わない場合のDSC結果により求められた数値と一致することが確認された。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1::Plac-phaCRe ΔphaZ2,6株に代えて、製造例9で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1::PlacN15SDM-phaCReΔphaZ2,6株を用いて、実施例6と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、10.8モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析を行った。得られた結果を表1に示した。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1::Plac-phaCRe ΔphaZ2,6株に代えて、製造例10で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1::Plac19SDM-phaCReΔphaZ2,6株を用いて、実施例6と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、10.3モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析を行った。得られた結果を表1に示した。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例2で作製したKNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6株を用いて、実施例1と同様の方法でPHAを生産した。得られたPHAすなわちPHBHの3HHモノマー比率は、10.4モル%であった。さらに、得られたPHAについてPHA混合比率の分析、結晶化の評価、固化時間の測定を行った。得られた結果を表1および表2に示した。なお、得られたPHAのDSC曲線を図3に示す。吸熱ピークは143℃程度で終了し、PHBを生産していないため、高温側の吸熱ピークは存在しないことがわかる。
製造例1で作製したKNK-005 ΔphaZ1,2,6株に導入するための、PHB生産用プラスミドpCUP2-PlacUV5-phaCReを作製した。
PHBHとPHBを共生産する菌株の作製を目的とし、製造例1で作製したKNK-005 ΔphaZ1,2,6株を親株とし、製造例3および11記載のプラスミドのいずれかを導入した菌株を作製した。
製造例1で作製したKNK-005 ΔphaZ1,2,6株のphaZ1遺伝子を欠失した領域に、PHB生産用の遺伝子発現カセットを導入した株を作製した。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCRe株に代えて、製造例12で作製したKNK-005 ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-REP-phaCRe株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、4.8モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析、アニール法による評価、固化時間の測定を行った。得られた結果を表3に示した。また、得られたPHA混合品のDSC曲線を図4に、アニール法によるアニール処理後のDSC曲線を図5に示す。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCReに代えて、製造例12で作製したKNK-005 ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-PlacUV5-phaCRe株を用いて、実施例1と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、3.7モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析、アニール法による評価、固化時間の測定を行った。得られた結果を表3に示した。また、得られたPHA混合品のDSC曲線を図6に、アニール法によるアニール処理後のDSC曲線を図7に示す。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1::Plac-phaCRe ΔphaZ2,6株に代えて、製造例13で作製したKNK-005 ΔphaZ1::Plac-phaCReΔphaZ2,6株を用いて、実施例6と同様の方法でPHA混合品を生産した。得られたPHA混合品の3HHモノマー比率は、4.1モル%であった。さらに、得られたPHA混合品についてPHA混合比率の分析、アニール法による評価、固化時間の測定を行った。得られた結果を表3に示した。
KNK-005 REP-phaJ4b ΔphaZ1,2,6 / pCUP2-Plac-phaCReに代えて、製造例1で作製したKNK-005 ΔphaZ1,2,6株を用いて、実施例1と同様の方法でPHAを生産した。得られたPHAすなわちPHBHの3HHモノマー比率は、4.8モル%であった。さらに、得られたPHAについてPHA混合比率の分析、アニール法による評価、固化時間の測定を行った。得られた結果を表3に示した。また、得られたPHAのDSC曲線を図8に示す。
Claims (10)
- 共重合PHA(A)を合成するAeromonas属由来のPHA合成酵素をコードする遺伝子と、前記共重合PHA(A)より融点が10℃以上高いPHA(B)を合成するPHA合成酵素をコードする遺伝子の両方を有し、Cupriavidus属である微生物を培養することによって、融点の10℃以上異なる2種類以上のPHAを前記微生物の細胞内で同時に生産する工程を含む、PHA混合品の製造方法であって、
PHA(B)が、3-ヒドロキシ酪酸のホモポリマーであるか、又は、3-ヒドロキシ酪酸をポリマーユニットとして99モル%以上含む共重合PHAであり、
PHA(B)を合成するPHA合成酵素をコードする遺伝子が、配列番号4で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする遺伝子、または前記アミノ酸配列に対して90%以上の配列同一性を有し、且つPHA合成酵素活性を有するタンパク質をコードする遺伝子であり、
共重合PHA(A)が、少なくとも3-ヒドロキシ酪酸と3-ヒドロキシヘキサン酸をモノマーユニットとして含有する共重合体であり、3-ヒドロキシヘキサン酸をモノマーユニットとして3モル%以上含有し、
共重合PHA(A)を合成するAeromonas属由来のPHA合成酵素をコードする遺伝子が、配列番号1で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする遺伝子、または前記アミノ酸配列に対して90%以上の配列同一性を有し、且つPHA合成酵素活性を有するタンパク質をコードする遺伝子であり、
前記PHA混合品における共重合PHA(A)とPHA(B)の合計量に対するPHA(B)の量が、0.1重量%以上50重量%以下である、PHA混合品の製造方法。 - 共重合PHA(A)が、3-ヒドロキシヘキサン酸をモノマーユニットとして8モル%以上含有する共重合体である請求項1に記載のPHA混合品の製造方法。
- 得られるPHA混合品が、DSC曲線において、85~180℃の間で少なくとも2つの吸熱ピークを示し、最も高温側の吸熱ピークの熱量が0.2~20 J/gである、請求項1又は2に記載のPHA混合品の製造方法。
- 共重合PHA(A)が、3-ヒドロキシヘキサン酸をモノマーユニットとして3モル%以上8モル%未満含有する共重合体である請求項1に記載のPHA混合品の製造方法。
- 得られるPHA混合品が、DSC曲線において、85~180℃の間で1つの吸熱ピークしか示さず、160℃より高い部分の吸熱量が0.5~12 J/gである、請求項1~2,4のいずれか1項に記載のPHA混合品の製造方法。
- 共重合PHA(A)を合成するAeromonas属由来のPHA 合成酵素をコードする遺伝子と、前記共重合PHA(A)より融点が10℃以上高いPHA(B)を合成するPHA合成酵素をコードする遺伝子の両方を有し、Cupriavidus属である微生物であって、
PHA(B)が、3-ヒドロキシ酪酸のホモポリマーであるか、又は、3-ヒドロキシ酪酸をポリマーユニットとして99モル%以上含む共重合PHAであり、
PHA(B)を合成するPHA合成酵素をコードする遺伝子が、配列番号4で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする遺伝子、または前記アミノ酸配列に対して90%以上の配列同一性を有し、且つPHA合成酵素活性を有するタンパク質をコードする遺伝子であり、
共重合PHA(A)が、少なくとも3-ヒドロキシ酪酸と3-ヒドロキシヘキサン酸をモノマーユニットとして含有する共重合体であり、3-ヒドロキシヘキサン酸をモノマーユニットとして3モル%以上含有し、
共重合PHA(A)を合成するAeromonas属由来のPHA合成酵素をコードする遺伝子が、配列番号1で表されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする遺伝子、または前記アミノ酸配列に対して90%以上の配列同一性を有し、且つPHA合成酵素活性を有するタンパク質をコードする遺伝子である、微生物。 - 微生物がCupriavidus necatorである請求項6に記載の微生物。
- PHA(B)を合成するPHA合成酵素が、3-ヒドロキシ酪酸のホモポリマーを合成するPHA合成酵素である、請求項6又は7に記載の微生物。
- さらに、R体特異的エノイル-CoAヒドラターゼをコードする遺伝子を有しており、当該R体特異的エノイル-CoAヒドラターゼをコードする遺伝子の発現が強化されている請求項6~8いずれか1項記載の微生物。
- さらに、phbA遺伝子および/またはbktB遺伝子を有しており、当該phbA遺伝子の発現が抑制されている、および/または、当該bktB遺伝子の発現が強化されている、請求項6~9いずれか1項記載の微生物。
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