JP6461943B2 - ナノポアを備えた高速分子検知 - Google Patents
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Description
磁石付きのナノポアアレイの近傍で磁気吸引ビーズを濃縮し;及び(c)ナノポアアレイで配列し、計数し、及び/または、選別する;ことを含む、分子を配列し、計数し、及び/または、選別するための方法を提供する。
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許、及び特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願の場合と同様に、同程度の参照により本明細書に導入され、具体的に、個別に、参照により導入したことを示す。
方法及びデバイス
ナノポアアレイ
マーカーエンティティは、ナノポアを通して流れる電流、及び/または、マーカーエンティティがナノポアを放出する(またはそれから除去される)電圧(例えば、降下電圧)に基づいて識別することができる。図5は、マーカーエンティティが時間をかけて、ナノポアを流れる電流を遮断する予言プロットを示す。電流は、ナノポア中のマーカーエンティティの非存在下でのベースラインレベル505である。電流は、異なるタグがナノポアに位置しているとき、異なる程度まで低下することができる(例えば、501、502、503、504)。降下電圧に基づくマーカーエンティティの検出について下記に説明する。
本開示の方法は、ナノポアアレイを有するマーカーエンティティを捕捉し、識別することを含むことができる。マーカーエンティティは、任意の分子または分子複合体であってもよいが、幾つかの場合では、それらは、ビーズに結合したポリマー(例えば、核酸またはペプチド)である。図7は、ビーズ715に結合した異なるポリマー(この場合、2つの異なるマーカー705及び710である)を有するマーカーエンティティの一例を示す。マーカーエンティティのポリマー部分は、ナノポア内に引き込むことができ、それらはナノポアを通って流れる電流を遮断する。各々異なるタイプのマーカーエンティティは、固有の電子署名を提供することができ、ここで、マーカーエンティティ720を含まないナノポアが、第一のマーカーエンティティ725を含むナノポアから区別され、それはマーカーエンティティ730を有する第二のナノポアからを区別される。
降下電圧
ナノポアを使用したマーカーエンティティを識別し、及び/または、計数するための方法及びデバイスが本明細書に提供される。幾つかの場合において、識別、及び/または、計数は、高速で、正確、及び/または、精密である。
本開示は、マーカーエンティティを選別するために使用することができるデバイス及び方法を提供する。幾つかの場合では、選別されたマーカーエンティティが収集される。マーカーエンティティは、それらの同一性に応じて別々のリザーバ内に収集することができる(例えば、ビニングする)。
幾つかの場合において、マーカーエンティティは、ナノポアアレイと接触してバルク溶液中で低濃度となるが(例えば、ナノポアによる捕捉率が適度に高いされる濃度以下)、磁気を使用して、ナノポアの近くに濃縮する(例えば、マーカーエンティティの捕捉及び識別の速度が適度に高くなるように)。幾つかの場合では、マーカーエンティティのビード部分(例えば、図9の935)は、磁性または常磁性である。幾つかの場合では、この方法は、磁石により提供することができる磁場を有するナノポアアレイ近傍のマーカーエンティティを濃縮することを含む(例えば、永久磁石または電磁石で)。
コンピュータシステム:
ナノポアセンサチップは、非ファラデーの高速モード(例えば、非ファラデーモード)動作用に最適化された電極金属で作成した。加工電極は、20フェムトファラド(fF)〜60fFの容量を有する個別の電極をもたらした。非ファラデー導電性塩溶液を、試験し、再現可能で適切な開放チャネル電流レベルを提供するように選択した。塩溶液は、容易に自由浮動マーカーエンティティを捕捉するのに十分な電圧を可能にした。ナノポアセンサチップのハードウェア及びソフトウェアは、高速モード動作のために修正された。ナノポアセンサチップの連続運転は、30分間、最小値5活性ポアで実証された。ポアは、少なくとも、毎秒2個の速度でマーカー(例えば、DNA)を捕捉した。マーカーが試験され、4つの異なるマーカーが1,800のマーカー捕捉を超える95%、若しくはそれ以上の精度で4つの異なる電流レベルを与えるように選択された。試験は5回繰り返された。
高速モードで動作することを可能にするナノポアの動作を作り出した。最少40ポアは、10回の連続試行から5回の試行で作成された。ポアは高速モードで動作可能であり、そして30分以上継続して最少20ポアを有する。チップは、高速モードで動作し、マーカーエンティティの計数を実証した。2つの異なるマーカーを含む溶液は、少なくとも20ポアの動作を高速モードで動作して読み出された。マーカーは,合計72,000の読み取りに対して、30分間、20ポアを毎秒2マーカーの速度で読み取った。予想される読み取り速度を期待比でチェックした。4つの異なるマーカーの降下電圧は、マーカーの長さがマーカーの電位プールを上昇させるために使用することができるかどうかを決定するために特徴付けられた。
264個の個別にアドレス指定可能なナノポアを有するナノポアアレイが提供された。約75個のナノポアは、配列目的のために動作した。4個の異なるマーカーエンティティの混合物が提供された。ナノポアの動作は、毎秒約4マーカーエンティティの割合で、マーカーエンティティを識別した。ナノポアアレイは、毎秒チップ当たり約300マーカーエンティティ、毎分チップ当たり約18,000マーカーエンティティ、または毎時間チップ当たり約1,080,000マーカーエンティティを読み込んだ。2時間では、ナノポアアレイは、チップ当たり約2,160,000マーカーエンティティを読み込んだ。
264個の個別にアドレス指定可能なナノポアを有するナノポアアレイが提供された。約75のナノポアが動作した。8個の異なったマーカーエンティティの混合物は、異なる尾部長さを有する幾つかのマーカーを備えていた。ナノポアアレイは、動作ナノポア当たり毎秒約1個の測度でマーカーエンティティを捕捉し、識別した。ナノポアアレイは、毎秒チップ当たり約75マーカーエンティティを読み込んだ。ナノポアアレイは、毎分チップ当たり、約4,500マーカーエンティティ、毎時間チップ当たり、約270,000マーカーエンティティ、または2時間で、チップ当たり、約540,000マーカーエンティティを読み込んだ。
132,000個の個別にアドレス指定可能なナノポアを有するナノポアアレイが提供された。約50,000のナノポアが動作した。4つの異なるマーカーエンティティの混合物が提供された。ナノポアは、動作ナノポア当たり毎秒約4個の速度でマーカーエンティティを捕捉し、識別した。ナノポアアレイは、毎秒チップ当たり、約200,000マーカーエンティティ、毎分チップ当たり、約12,000,000マーカーエンティティ、または1時間でチップ当たり、約720,000,000マーカーエンティティを読み込んだ。
132,000個の個別にアドレス指定可能なナノポアを有するナノポアアレイが提供された。約50,000のナノポアが動作した。8個の異なるマーカーエンティティの混合物は、幾つかの異なる尾部長さを有するマーカーを備えていた。ナノポアは、動作ナノポア当たり毎秒約1個の速度でマーカーエンティティを捕捉し、識別した。ナノポアアレイは、毎秒チップ当たり、約50,000マーカーエンティティ、毎分チップ当たり、約3,000,000マーカーエンティティ、または1時間で、チップ当たり、約180,000,000マーカーエンティティを読み込んだ。
132,000個の個別にアドレス指定可能なナノポアを有するナノポアアレイが提供された。アレイは、各々が約20,000ナノポアを有する4つのレーンに分割された。各レーンは、約7,500個の動作するナノポアを有し、異なるアッセイを実施することができた。32個の異なるマーカーエンティティの混合物が提供された。混合物を4つのレーン間で分割した。ナノポアは、動作ナノポア当たり、毎秒約4個の速度でマーカーエンティティを捕捉し、識別した。ナノポアアレイは、毎秒レーン当たり、約30,000マーカーエンティティ、毎分レーン当たり、約18,000,000マーカーエンティティ、または、1時間で、レーン当たり、約108,000,000マーカーエンティティを読み込んだ。
96個のウェルプレートは、各ウェルが1つのマーカーを捕捉するビーズを有するようにビーズを移入した。1個のサンプルから作成されたマーカーは、それらが特定のビーズに結合することを可能にする特別な結合サイトを有していた。各ビーズのために、8個の異なるマーカーが結合することができるように、マーカーの組合せを構成することができた。残りのマーカーは、他のビーズのための結合サイトを有していた。わずか8マーカーがそれぞれ異なるビーズのために許可されるように、マーカーエンティティのミックスが作成された。この例では、各ビードに対して8マーカー、及びウェル当たり8個のグループに分けられた768個の固有のマーカーに対して、96個のビーズが存在した。
Claims (63)
- 分子の計数、及び/または、選別方法であって、
a.ナノポアアレイを提供し、ここに、当該アレイの個別のナノポアは、隣接した検知電極により個別にアドレス指定が可能であり、
b.各々ヌクレオチドを含む複数のマーカーを提供し、ここに、ヌクレオチドの少なくとも2つが核酸サンプルにハイブリダイズし、そして前記マーカーは、個々の前記ナノポアにより捕捉され、前記検出電極を使用して、識別されることが可能であり、
前記マーカーが、
i)第一のプローブを核酸サンプルにハイブリダイズし、
ii)第二のプローブを、核酸サンプル上で第一のプローブがハイブリダイズした領域に隣接する領域にハイブリダイズし、
iii)第一のプローブを第二のプローブに連結して、組合せプローブを生成し、及び、
iv)組合せプローブをオリゴヌクレオチドに結合したビーズで捕捉し、ここに、オリゴヌクレオチドは、組合せプローブにハイブリダイズする、
ことにより生成されるものであり、
c.ナノポア当たり毎秒少なくとも1マーカーの速度で、前記ナノポアアレイで前記マーカーを捕捉し、識別し、並びに、
d.分子を計数、及び/または、選別する、
ことを含む、前記方法。 - 前記検知電極がファラデーモードで動作する、請求項1に記載の前記方法。
- 前記検知電極が非ファラデーモードで動作する、請求項1に記載の前記方法。
- 前記核酸サンプルが患者に由来する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーが、ナノポア当たり毎秒少なくとも4マーカーの速度で捕捉され、識別される、請求項1〜4のいずれか1項に記載の前記方法。
- 複数の前記マーカーが、少なくとも4個の異なるマーカーを含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーが、少なくとも4つの異なる長さの尾部を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーが前記ナノポアを放出する電圧に基づいて、前記マーカーを識別する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記ナノポアから前記捕捉されたマーカーを放出することを更に含む、請求項1〜8のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記複数のマーカーは、選別すべきマーカーを含み、ここに、選別すべき前記マーカーがナノポア内に捕捉され、識別され、そして維持され、及び、
選別すべき前記マーカー以外のマーカーは、捕捉され、識別され、前記ナノポアから放出される、
請求項1〜9のいずれか1項に記載の前記方法。 - 選別すべき前記マーカーがグループとして放出され、収集される、請求項10に記載の前記方法。
- 検出すべき前記マーカーの数を、ナノポアにより捕捉され、識別された前記マーカーの残りの数で割った比が、閾値を超えて上昇するとき、選別すべき前記マーカーが、グループとして放出される、請求項10に記載の前記方法。
- 前記マーカーの総数の0.05%未満を含むマーカーを定量することを、更に、含む、請求項1〜12のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び識別が、少なくとも、時間当たり100万マーカーを捕捉し、識別することを含む、請求項1〜13のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記速度が、時間当たり少なくとも1億マーカーである、請求項1〜14のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記速度が、時間当たり少なくとも10億マーカーである、請求項1〜14のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び/または、識別は、マーカーの少なくとも8個の異なるタイプを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び/または、識別は、マーカーの少なくとも32個の異なるタイプを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び/または、識別は、マーカーの少なくとも100個の異なるタイプを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び/または、識別は、マーカーの少なくとも500個の異なるタイプを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び/または、識別は、マーカーの少なくとも500個の異なるタイプを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記ナノポアアレイが、異なるサンプル方法を実施できる複数の領域を有するように構成されている、請求項1〜21のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーが、個々のナノポアを通して流れる電流、及び/または、前記マーカーがナノポアを放出する電圧、に基づいて識別される、請求項1〜22のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーがそれぞれ、ビーズに結合した一本鎖の核酸分子を含む、請求項1〜23のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、核酸サンプル中の核酸配列のコピー数多型を決定することを含む、請求項1〜24のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、0.05%以下であるコピー数の差異を検出することを含む、請求項25に記載の前記方法。
- 更に、核酸サンプル中の相対的なRNA発現レベルを定量することを含む、請求項1〜26のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、核酸サンプルのELISAアッセイを実施することを含む、請求項1〜27のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記第一プローブが、20〜50の間のヌクレオチドで構成される、請求項1〜28のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記第二プローブが、20〜50の間のヌクレオチドで構成される、請求項1〜29のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記第一プローブがビオチンを含む、請求項1〜30のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記ビーズが磁性である、請求項1〜31のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、磁場を持つ前記ナノポアレイに隣接または近接して前記マーカーを濃縮させることを含む、請求項32に記載の前記方法。
- 分子の計数、及び/または、選別方法であって、
a.ナノポアアレイを提供し、ここに、当該アレイの個々のナノポアは、非ファラデーモードで動作する隣接した検知電極によりアドレス指定可能であり、
b.個別のナノポアにより捕捉できる複数のマーカーを提供し、及び検知電極を用いて識別し、前記マーカーが、
i)第一のプローブを核酸サンプルにハイブリダイズし、
ii)第二のプローブを、核酸サンプル上で第一のプローブがハイブリダイズした領域に隣接する領域にハイブリダイズし、
iii)第一のプローブを第二のプローブに連結して、組合せプローブを生成し、及び
iv)組合せプローブをオリゴヌクレオチドに結合したビーズで捕捉し、ここに、オリゴヌクレオチドは、組合せプローブにハイブリダイズする、
ことにより生成されるものであり、及び、
c.ナノポア当たり毎秒少なくとも1マーカーの速度で、前記ナノポアアレイで前記マーカーを捕捉し、識別し、並びに、
d.分子を計数、及び/または、選別する、
ことを含む、前記方法。 - 前記マーカーが、ナノポア当たり毎秒少なくとも4マーカーの速度で捕捉され、識別される、請求項34に記載の前記方法。
- 複数の前記マーカーが、少なくとも4つの異なるマーカーを含む、請求項34または35に記載の前記方法。
- 前記マーカーが、少なくとも4つの異なる長さの尾部を含む、請求項34〜36のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーがナノポアを放出する電圧に基づいて識別される、請求項34〜37のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、ナノポアから捕捉したマーカーを解放することを含む、請求項34〜38のいずれか1項に記載の前記方法。
- 複数のマーカーは、選別すべきマーカーを含み、ここで、選別すべきマーカーは、ナノポア内で、捕捉し、識別し、及び保持し、
そして、選別すべきマーカー以外のマーカーは、ナノポアから捕捉し、識別し、及び解放する、
請求項34〜39のいずれか1項に記載の前記方法。 - 選別すべきマーカーはグループとして解放され、収集される、請求項40に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの数をナノポアにより捕捉され、識別されたマーカーの残存数で割った比率が閾値を超えるとき、選別すべきマーカーはグループとして解放される、請求項40に記載の前記方法
- 更に、前記マーカー総数の0.05%未満を含むマーカーを定量することを含む、請求項34〜42のいずれか1項に記載の前記方法
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び識別が、時間当たり少なくとも100万マーカーを捕捉し、識別することを含む、請求項34〜43のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記速度が、時間当たり少なくとも、1億マーカーである、請求項34〜43のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記速度が、時間当たり少なくとも、10億マーカーである、請求項34〜43のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉、及び識別が、少なくとも8個の異なるタイプのマーカーを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項34〜46のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉し、及び識別が、少なくとも32個の異なるタイプのマーカーを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項34〜46のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉し、及び識別が、少なくとも100個の異なるタイプのマーカーを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項34〜46のいずれか1項に記載の前記方法。
- 選別すべきマーカーの捕捉し、及び識別が、少なくとも500個の異なるタイプのマーカーを計数し、及び/または、選別することを含む、請求項34〜46のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記ナノポアアレイは、異なるサンプルの前記方法を実行することができる複数の領域を有するように構成されている、請求項34〜50のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーが、個々のナノポアを通して流れる電流、及び/または、前記マーカーがナノポアを放出する電圧に基づいて識別される、請求項34〜51のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記マーカーが、それぞれ、ビーズに結合した一本鎖の核酸分子を含む、請求項34〜52のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、核酸サンプル中の核酸配列のコピー数多型を含む、請求項34〜53のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、0.05%以下であるコピー数の差異を検出することを含む、請求項54に記載の前記方法。
- 更に、核酸サンプル中の相対的なRNA発現レベルを定量することを含む、請求項34〜55のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、核酸サンプルのELISAアッセイを実施することを含む、請求項34〜56のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記第一プローブが、20〜50の間のヌクレオチドで構成される、請求項34〜57のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記第二プローブが、20〜50の間のヌクレオチドで構成される、請求項34〜58のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記第一プローブがビオチンを含む、請求項34〜59のいずれか1項に記載の前記方法。
- 前記ビーズが磁性である、請求項34〜60のいずれか1項に記載の前記方法。
- 更に、磁場を有する前記ナノポアアレイに隣接し、または近接して、前記マーカーを濃縮することを含む、請求項61に記載の前記方法。
- 捕捉された組合せプローブが、ナノポアの近傍で磁気的に提示され、または濃縮されるものである、請求項1〜62のいずれか1項に記載の方法。
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GB201406155D0 (en) | 2014-04-04 | 2014-05-21 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Method |
CN106460061B (zh) | 2014-04-04 | 2020-03-06 | 牛津纳米孔技术公司 | 在双链核酸分子的两端使用纳米孔和锚分子来表征所述双链核酸的方法 |
GB201418469D0 (en) | 2014-10-17 | 2014-12-03 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Method |
EP3353194B1 (en) | 2015-09-22 | 2023-08-30 | F. Hoffmann-La Roche AG | Ompg variants |
EP3368178A4 (en) * | 2015-10-30 | 2019-04-17 | Universal Sequencing Technology Corporation | METHODS AND SYSTEMS FOR REGULATING DNA, RNA AND OTHER BIOLOGICAL MOLECULES CROSSING NANOPORES |
CN109963949A (zh) * | 2016-09-15 | 2019-07-02 | 豪夫迈·罗氏有限公司 | 使用具有杂合模式刺激的电压模式的基于纳米孔的测序 |
CN113227772A (zh) * | 2018-07-23 | 2021-08-06 | 纽约市哥伦比亚大学信托人 | 用于生物标志物检测的单分子电子多重纳米孔免疫测定 |
US20200326325A1 (en) * | 2019-04-12 | 2020-10-15 | Lisa Diamond | Nanosensor chip with compound nanopores |
Family Cites Families (206)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US2656508A (en) | 1949-08-27 | 1953-10-20 | Wallace H Coulter | Means for counting particles suspended in a fluid |
US4121192A (en) | 1974-01-31 | 1978-10-17 | Gte Sylvania Incorporated | System and method for determining position and velocity of an intruder from an array of sensors |
US4859945A (en) | 1988-05-03 | 1989-08-22 | Elscint Ltd. | Optimized signal to noise ratio |
US5198543A (en) | 1989-03-24 | 1993-03-30 | Consejo Superior Investigaciones Cientificas | PHI29 DNA polymerase |
US5302509A (en) | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
EP0450060A1 (en) | 1989-10-26 | 1991-10-09 | Sri International | Dna sequencing |
JPH04236295A (ja) | 1991-01-18 | 1992-08-25 | Sharp Corp | 強誘電性液晶組成物及び液晶素子 |
US5756355A (en) | 1992-04-22 | 1998-05-26 | Ecole Polytechnique Federale De Lausanne | Lipid membrane sensors |
GB9208733D0 (en) | 1992-04-22 | 1992-06-10 | Medical Res Council | Dna sequencing method |
GB9315847D0 (en) | 1993-07-30 | 1993-09-15 | Isis Innovation | Tag reagent and assay method |
US5457342A (en) | 1994-03-30 | 1995-10-10 | Herbst, Ii; Gerhardt G. | Integrated circuit cooling apparatus |
FR2722294B1 (fr) | 1994-07-07 | 1996-10-04 | Lyon Ecole Centrale | Procede d'analyse qualitative et/ou quantitative de substances biologiques presentes dans un milieu liquide conducteur et capteurs biochimiques d'affinite utilises pour la mise en oeuvre de ce procede |
JP2986381B2 (ja) | 1994-08-16 | 1999-12-06 | インターナショナル・ビジネス・マシーンズ・コーポレイション | 電子チップ温度制御装置及び方法 |
US5912155A (en) | 1994-09-30 | 1999-06-15 | Life Technologies, Inc. | Cloned DNA polymerases from Thermotoga neapolitana |
US6014213A (en) | 1994-12-12 | 2000-01-11 | Visible Genetics Inc. | High dynamic range apparatus for separation and detection of polynucleotide fragments |
US6362002B1 (en) | 1995-03-17 | 2002-03-26 | President And Fellows Of Harvard College | Characterization of individual polymer molecules based on monomer-interface interactions |
US5795782A (en) | 1995-03-17 | 1998-08-18 | President & Fellows Of Harvard College | Characterization of individual polymer molecules based on monomer-interface interactions |
US20120160687A1 (en) | 1995-03-17 | 2012-06-28 | President And Fellows Of Harvard College | Characterization of individual polymer molecules based on monomer-interface interactions |
US5780231A (en) | 1995-11-17 | 1998-07-14 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA extension and analysis with rolling primers |
US6261797B1 (en) | 1996-01-29 | 2001-07-17 | Stratagene | Primer-mediated polynucleotide synthesis and manipulation techniques |
JP4124377B2 (ja) | 1996-06-06 | 2008-07-23 | ソレクサ・インコーポレイテッド | コードアダプターの連結による配列決定 |
US5981733A (en) | 1996-09-16 | 1999-11-09 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Apparatus for the chemical synthesis of molecular arrays |
US6699719B2 (en) | 1996-11-29 | 2004-03-02 | Proteomic Systems, Inc. | Biosensor arrays and methods |
JPH10187253A (ja) | 1996-12-27 | 1998-07-14 | Ando Electric Co Ltd | 光半導体素子の温度制御装置 |
US6046005A (en) | 1997-01-15 | 2000-04-04 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group |
US5876936A (en) | 1997-01-15 | 1999-03-02 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators |
US5804386A (en) | 1997-01-15 | 1998-09-08 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Sets of labeled energy transfer fluorescent primers and their use in multi component analysis |
EP2208789B1 (en) | 1997-03-12 | 2015-07-22 | Applied Biosystems, LLC | DNA polymerases having improved labeled nucleotide incorporation properties |
US6002263A (en) | 1997-06-06 | 1999-12-14 | Cascade Microtech, Inc. | Probe station having inner and outer shielding |
AU8586298A (en) | 1997-07-25 | 1999-02-16 | University Of Massachusetts | Designed protein pores as components for biosensors |
SE9703958D0 (sv) | 1997-10-29 | 1997-10-29 | Pacesetter Ab | Method and device for determination of concentration |
EP0921196A1 (en) | 1997-12-02 | 1999-06-09 | Roche Diagnostics GmbH | Modified DNA-polymerase from carboxydothermus hydrogenoformans and its use for coupled reverse transcription and polymerase chain reaction |
DE19810879A1 (de) | 1998-03-13 | 1999-09-16 | Roche Diagnostics Gmbh | Polymerasenchimären |
CA2325399A1 (en) | 1998-03-23 | 1999-09-30 | Invitrogen Corporation | Modified nucleotides and methods useful for nucleic acid sequencing |
US6485703B1 (en) | 1998-07-31 | 2002-11-26 | The Texas A&M University System | Compositions and methods for analyte detection |
US6210896B1 (en) | 1998-08-13 | 2001-04-03 | Us Genomics | Molecular motors |
US6217731B1 (en) | 1998-10-21 | 2001-04-17 | Spectrumedix Corporation | Method and apparatus for monitoring and displaying the status of a parallel capillary electrophoresis device |
US6267872B1 (en) | 1998-11-06 | 2001-07-31 | The Regents Of The University Of California | Miniature support for thin films containing single channels or nanopores and methods for using same |
AU3691700A (en) | 1998-12-11 | 2000-07-03 | Symyx Technologies, Inc. | Sensor array-based system and method for rapid materials characterization |
US6232075B1 (en) | 1998-12-14 | 2001-05-15 | Li-Cor, Inc. | Heterogeneous assay for pyrophosphate detection |
US6082115A (en) | 1998-12-18 | 2000-07-04 | National Semiconductor Corporation | Temperature regulator circuit and precision voltage reference for integrated circuit |
NO986133D0 (no) | 1998-12-23 | 1998-12-23 | Preben Lexow | FremgangsmÕte for DNA-sekvensering |
US20030054360A1 (en) | 1999-01-19 | 2003-03-20 | Larry Gold | Method and apparatus for the automated generation of nucleic acid ligands |
CA2366289A1 (en) | 1999-03-25 | 2000-09-28 | Radoje T. Drmanac | Solution-based methods and materials for sequence analysis by hybridization |
US7056661B2 (en) | 1999-05-19 | 2006-06-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for sequencing nucleic acid molecules |
US6399335B1 (en) | 1999-11-16 | 2002-06-04 | Advanced Research And Technology Institute, Inc. | γ-phosphoester nucleoside triphosphates |
US6383749B2 (en) | 1999-12-02 | 2002-05-07 | Clontech Laboratories, Inc. | Methods of labeling nucleic acids for use in array based hybridization assays |
US6916665B2 (en) | 2000-02-11 | 2005-07-12 | The Texas A&M University System | Biosensor compositions and methods of use |
US6616895B2 (en) | 2000-03-23 | 2003-09-09 | Advanced Research Corporation | Solid state membrane channel device for the measurement and characterization of atomic and molecular sized samples |
US6413792B1 (en) | 2000-04-24 | 2002-07-02 | Eagle Research Development, Llc | Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same |
US6936702B2 (en) | 2000-06-07 | 2005-08-30 | Li-Cor, Inc. | Charge-switch nucleotides |
AU2001278517A1 (en) | 2000-08-03 | 2002-02-18 | F. Hoffman-La Roche Ag | Nucleic acid binding compounds containing pyrazolo(3,4-d)pyrimidine analogues of purin-2,6-diamine and their uses |
AU2001286963A1 (en) | 2000-08-30 | 2002-03-13 | University Of Rochester | Method of performing reverse transcription reaction using reverse transcriptase encoded by non-ltr retrotransposable element |
US6627748B1 (en) | 2000-09-11 | 2003-09-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Combinatorial fluorescence energy transfer tags and their applications for multiplex genetic analyses |
US20060057565A1 (en) | 2000-09-11 | 2006-03-16 | Jingyue Ju | Combinatorial fluorescence energy transfer tags and uses thereof |
EP1322785A4 (en) | 2000-09-11 | 2005-11-09 | Univ Columbia | COMBINATION FLUORESCENCE ENERGY TRANSFER INDICATORS AND USES THEREOF |
CA2425112C (en) | 2000-10-06 | 2011-09-27 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Massive parallel method for decoding dna and rna |
US20030027140A1 (en) | 2001-03-30 | 2003-02-06 | Jingyue Ju | High-fidelity DNA sequencing using solid phase capturable dideoxynucleotides and mass spectrometry |
US6800933B1 (en) | 2001-04-23 | 2004-10-05 | Advanced Micro Devices, Inc. | Integrated circuit cooling device |
US6686997B1 (en) | 2001-08-27 | 2004-02-03 | Raytheon Company | Apparatus and a method for pulse detection and characterization |
US7052839B2 (en) | 2001-08-29 | 2006-05-30 | Amersham Biosciences Corp | Terminal-phosphate-labeled nucleotides and methods of use |
US7223541B2 (en) | 2001-08-29 | 2007-05-29 | Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. | Terminal-phosphate-labeled nucleotides and methods of use |
US7727722B2 (en) | 2001-08-29 | 2010-06-01 | General Electric Company | Ligation amplification |
JP4318296B2 (ja) | 2001-08-29 | 2009-08-19 | ジーイー・ヘルスケア・バイオサイエンス・コーポレイション | 標識ヌクレオシドポリホスフェート |
US7256019B2 (en) | 2001-08-29 | 2007-08-14 | Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. | Terminal phosphate blocked nucleoside polyphosphates |
US7033762B2 (en) | 2001-08-29 | 2006-04-25 | Amersham Biosciences Corp | Single nucleotide amplification and detection by polymerase |
US20070020622A1 (en) | 2001-09-14 | 2007-01-25 | Invitrogen Corporation | DNA Polymerases and mutants thereof |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
AU2003251286B2 (en) | 2002-01-23 | 2007-08-16 | The University Of Utah Research Foundation | Targeted chromosomal mutagenesis using zinc finger nucleases |
US20030166282A1 (en) | 2002-02-01 | 2003-09-04 | David Brown | High potency siRNAS for reducing the expression of target genes |
US6952651B2 (en) | 2002-06-17 | 2005-10-04 | Intel Corporation | Methods and apparatus for nucleic acid sequencing by signal stretching and data integration |
US7948041B2 (en) | 2005-05-19 | 2011-05-24 | Nanomix, Inc. | Sensor having a thin-film inhibition layer |
US7074597B2 (en) | 2002-07-12 | 2006-07-11 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Multiplex genotyping using solid phase capturable dideoxynucleotides and mass spectrometry |
DE10238843B8 (de) | 2002-08-20 | 2008-01-03 | Infineon Technologies Ag | Halbleiterbauelement |
EP1540908A4 (en) | 2002-08-27 | 2009-07-01 | Univ Florida | OPTIMIZATION OF THE TREATMENT OF MULTIDIMENSIONAL CHRONOLOGICAL SERIES FOR THE WARNING AND PREDICTION OF CONVULSIVE CRISES |
US7355216B2 (en) | 2002-12-09 | 2008-04-08 | The Regents Of The University Of California | Fluidic nanotubes and devices |
WO2004055160A2 (en) | 2002-12-13 | 2004-07-01 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Biomolecular coupling methods using 1,3-dipolar cycloaddition chemistry |
JP4896708B2 (ja) | 2003-02-05 | 2012-03-14 | ジーイー・ヘルスケア・バイオサイエンス・コーポレイション | 新規リンカー類を有する末端リン酸標識ヌクレオチド類 |
WO2004071155A2 (en) | 2003-02-05 | 2004-08-26 | Amersham Biosciences Corp | Solid phase sequencing |
CA2517216A1 (en) | 2003-02-28 | 2004-10-07 | Brown University | Nanopores, methods for using same, methods for making same and methods for characterizing biomolecules using same |
US7745116B2 (en) | 2003-04-08 | 2010-06-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Composition and method for nucleic acid sequencing |
GB0308851D0 (en) | 2003-04-16 | 2003-05-21 | Lingvitae As | Method |
WO2005003722A2 (en) | 2003-06-13 | 2005-01-13 | North Carolina State University | Nanotube structures having a surfactant bilayer inner wall coating |
US8233959B2 (en) | 2003-08-22 | 2012-07-31 | Dexcom, Inc. | Systems and methods for processing analyte sensor data |
US6880345B1 (en) | 2003-11-04 | 2005-04-19 | Intel Corporation | Cooling system for an electronic component |
US7019346B2 (en) | 2003-12-23 | 2006-03-28 | Intel Corporation | Capacitor having an anodic metal oxide substrate |
US20050186576A1 (en) | 2004-02-19 | 2005-08-25 | Intel Corporation | Polymer sequencing using selectively labeled monomers and data integration |
JP4107269B2 (ja) | 2004-02-23 | 2008-06-25 | ソニー株式会社 | 固体撮像装置 |
EP1730307A4 (en) | 2004-03-03 | 2008-11-05 | Univ Columbia | PHOTOSPACTABLE FLUORESCENZ NUCLEOTIDES FOR DNA SEQUENCING ON A MEASUREMENT BASED BY STATION-SPECIFIC COUPLING SCHEME CONSTRUCTED CHIP |
US7279337B2 (en) | 2004-03-10 | 2007-10-09 | Agilent Technologies, Inc. | Method and apparatus for sequencing polymers through tunneling conductance variation detection |
US7238485B2 (en) | 2004-03-23 | 2007-07-03 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and apparatus for characterizing polynucleotides |
US20050221351A1 (en) | 2004-04-06 | 2005-10-06 | Affymetrix, Inc. | Methods and devices for microarray image analysis |
US20050239134A1 (en) | 2004-04-21 | 2005-10-27 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Combinatorial selection of phosphorothioate single-stranded DNA aptamers for TGF-beta-1 protein |
JP2006004079A (ja) | 2004-06-16 | 2006-01-05 | Sony Corp | 記憶装置 |
US6880346B1 (en) | 2004-07-08 | 2005-04-19 | Giga-Byte Technology Co., Ltd. | Two stage radiation thermoelectric cooling apparatus |
AT501510B1 (de) | 2004-07-19 | 2009-05-15 | Univ Wien Tech | Dezentrale fehlertolerante taktgenerierung in vlsi chips |
GB2431013B (en) | 2004-07-23 | 2008-05-21 | Electronic Bio Sciences Llc | Method and apparatus for sensing a time varying current passing through an ion channel |
JP5190263B2 (ja) | 2004-08-13 | 2013-04-24 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | 超高スループットの光学−ナノ細孔dna読み取りプラットフォーム |
US20060057585A1 (en) | 2004-09-10 | 2006-03-16 | Mcallister William H | Nanostepper/sensor systems and methods of use thereof |
GB0422733D0 (en) | 2004-10-13 | 2004-11-17 | Lingvitae As | Method |
US20060105461A1 (en) | 2004-10-22 | 2006-05-18 | May Tom-Moy | Nanopore analysis system |
US7867716B2 (en) | 2004-12-21 | 2011-01-11 | The Texas A&M University System | High temperature ion channels and pores |
GB0505971D0 (en) | 2005-03-23 | 2005-04-27 | Isis Innovation | Delivery of molecules to a lipid bilayer |
US7767493B2 (en) | 2005-06-14 | 2010-08-03 | John Trezza | Post & penetration interconnection |
WO2007002204A2 (en) | 2005-06-21 | 2007-01-04 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Pyrosequencing methods and related compostions |
JP2008546424A (ja) | 2005-06-28 | 2008-12-25 | アジェンコート パーソナル ジェノミクス コーポレイション | 修飾ポリヌクレオチドを作製する方法および配列決定する方法 |
JP4524652B2 (ja) | 2005-07-06 | 2010-08-18 | ソニー株式会社 | Ad変換装置並びに半導体装置 |
US20070048745A1 (en) * | 2005-08-30 | 2007-03-01 | Joyce Timothy H | Systems and methods for partitioned nanopore analysis of polymers |
US7405281B2 (en) | 2005-09-29 | 2008-07-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor |
WO2007041621A2 (en) | 2005-10-03 | 2007-04-12 | Xingsheng Sean Ling | Hybridization assisted nanopore sequencing |
US7397232B2 (en) | 2005-10-21 | 2008-07-08 | The University Of Akron | Coulter counter having a plurality of channels |
US7982029B2 (en) | 2005-10-31 | 2011-07-19 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Synthesis of four color 3′O-allyl, modified photocleavable fluorescent nucleotides and related methods |
WO2007053719A2 (en) | 2005-10-31 | 2007-05-10 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Chemically cleavable 3'-o-allyl-dntp-allyl-fluorophore fluorescent nucleotide analogues and related methods |
EP1957983A4 (en) | 2005-11-21 | 2010-03-24 | Univ Columbia | MULTIPLEX DIGITAL IMMUNOCAPTURE USING LIBRARY OF PHOTOCLIVABLE MASS MARKERS |
EP2311982A1 (en) | 2005-12-12 | 2011-04-20 | The Government of the United States of America as represented by the Secretary of the Department of Health and Human Services | Method of sequencing nucleic acids |
EP1963530B1 (en) | 2005-12-22 | 2011-07-27 | Pacific Biosciences of California, Inc. | Active surface coupled polymerases |
CA2633524A1 (en) | 2005-12-22 | 2007-07-05 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerases for nucleotide analogue incorporation |
US8002712B2 (en) | 2006-01-26 | 2011-08-23 | Meka Vikas V | Breath and breath condensate analysis system and associated methods |
US7368668B2 (en) | 2006-02-03 | 2008-05-06 | Freescale Semiconductor Inc. | Ground shields for semiconductors |
US20070298511A1 (en) | 2006-04-27 | 2007-12-27 | The Texas A&M University System | Nanopore sensor system |
US7777505B2 (en) | 2006-05-05 | 2010-08-17 | University Of Utah Research Foundation | Nanopore platforms for ion channel recordings and single molecule detection and analysis |
US7446017B2 (en) | 2006-05-31 | 2008-11-04 | Freescale Semiconductor, Inc. | Methods and apparatus for RF shielding in vertically-integrated semiconductor devices |
US8889348B2 (en) | 2006-06-07 | 2014-11-18 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | DNA sequencing by nanopore using modified nucleotides |
BRPI0603825A (pt) | 2006-09-19 | 2008-05-06 | Syngenta Protecao De Cultivos | composição reguladora de crescimento de brotos em plantações de fumo, método de controle de crescimento de brotos em plantações de fumo e uso de uma quantidade eficaz de flumetralin, pelo menos um solvente e pelo menos um tensoativo |
AU2007309504B2 (en) | 2006-10-23 | 2012-09-13 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing |
US7883869B2 (en) | 2006-12-01 | 2011-02-08 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Four-color DNA sequencing by synthesis using cleavable fluorescent nucleotide reversible terminators |
US7902345B2 (en) | 2006-12-05 | 2011-03-08 | Sequenom, Inc. | Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry |
EP2092322B1 (en) | 2006-12-14 | 2016-02-17 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale fet arrays |
US8003319B2 (en) | 2007-02-02 | 2011-08-23 | International Business Machines Corporation | Systems and methods for controlling position of charged polymer inside nanopore |
EP2126588A1 (en) | 2007-02-20 | 2009-12-02 | Oxford Nanopore Technologies Limited | Formation of lipid bilayers |
CA2684801C (en) | 2007-04-04 | 2017-10-10 | The Regents Of The University Of California | Compositions, devices, systems, and methods for using a nanopore |
WO2008124706A2 (en) * | 2007-04-06 | 2008-10-16 | Arizona Board Of Regents Acting For And On Behalf Of Arizona State University | Devices and methods for target molecule characterization |
EP2158476B8 (en) | 2007-05-08 | 2019-10-09 | Trustees of Boston University | Chemical functionalization of solid-state nanopores and nanopore arrays and applications thereof |
CA2691364C (en) | 2007-06-19 | 2020-06-16 | Stratos Genomics, Inc. | High throughput nucleic acid sequencing by expansion |
US20090073293A1 (en) | 2007-06-27 | 2009-03-19 | Yoel Yaffe | CMOS image sensors with increased dynamic range and methods of operating the same |
JP4929090B2 (ja) | 2007-07-26 | 2012-05-09 | パナソニック株式会社 | 固体撮像装置およびその駆動方法 |
US8278047B2 (en) | 2007-10-01 | 2012-10-02 | Nabsys, Inc. | Biopolymer sequencing by hybridization of probes to form ternary complexes and variable range alignment |
AU2008307485A1 (en) * | 2007-10-02 | 2009-04-09 | President And Fellows Of Harvard College | Capture, recapture, and trapping of molecules with a nanopore |
EP4310194A2 (en) | 2007-10-19 | 2024-01-24 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Design and synthesis of cleavable fluorescent nucleotides as reversible terminators for dna sequencing by synthesis |
EP2209911B1 (en) | 2007-10-19 | 2013-10-16 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Dna sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators and a deoxyinosine analogue with a reversible terminator group |
CN101910410A (zh) | 2007-10-23 | 2010-12-08 | 斯特拉托斯基因公司 | 通过间隔进行高通量核酸测序 |
GB0724736D0 (en) | 2007-12-19 | 2008-01-30 | Oxford Nanolabs Ltd | Formation of layers of amphiphilic molecules |
US20110165652A1 (en) | 2008-01-14 | 2011-07-07 | Life Technologies Corporation | Compositions, methods and systems for single molecule sequencing |
WO2009092035A2 (en) * | 2008-01-17 | 2009-07-23 | Sequenom, Inc. | Methods and compositions for the analysis of biological molecules |
US7989928B2 (en) | 2008-02-05 | 2011-08-02 | Advanced Semiconductor Engineering Inc. | Semiconductor device packages with electromagnetic interference shielding |
US8022511B2 (en) | 2008-02-05 | 2011-09-20 | Advanced Semiconductor Engineering, Inc. | Semiconductor device packages with electromagnetic interference shielding |
EP2255014A4 (en) | 2008-02-12 | 2011-05-18 | Pacific Biosciences California | COMPOSITIONS AND METHODS FOR USE IN ANALYTICAL REACTIONS |
US8652781B2 (en) | 2008-02-12 | 2014-02-18 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Cognate sampling kinetics |
US20090215050A1 (en) | 2008-02-22 | 2009-08-27 | Robert Delmar Jenison | Systems and methods for point-of-care amplification and detection of polynucleotides |
US7973146B2 (en) | 2008-03-26 | 2011-07-05 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Engineered fluorescent dye labeled nucleotide analogs for DNA sequencing |
EP2107040B1 (en) | 2008-03-31 | 2011-10-26 | Sony Deutschland Gmbh | A method of fabricating a membrane having a tapered pore |
WO2009145828A2 (en) | 2008-03-31 | 2009-12-03 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Two slow-step polymerase enzyme systems and methods |
AU2009251883B2 (en) | 2008-03-31 | 2014-09-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Generation of modified polymerases for improved accuracy in single molecule sequencing |
US9127259B2 (en) | 2008-03-31 | 2015-09-08 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Enzymes resistant to photodamage |
US8420366B2 (en) | 2008-03-31 | 2013-04-16 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Generation of modified polymerases for improved accuracy in single molecule sequencing |
US8999676B2 (en) | 2008-03-31 | 2015-04-07 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Recombinant polymerases for improved single molecule sequencing |
CN102124018A (zh) | 2008-04-29 | 2011-07-13 | 生命科技公司 | 可维持从核苷酸模板酶促合成双链核苷酸的非天然聚合酶底物及其使用的方法 |
US8940142B2 (en) | 2008-05-05 | 2015-01-27 | The Regents Of The University Of California | Functionalized nanopipette biosensor |
US20100122907A1 (en) | 2008-05-06 | 2010-05-20 | Government of the United States of America, | Single molecule mass or size spectrometry in solution using a solitary nanopore |
US7906371B2 (en) | 2008-05-28 | 2011-03-15 | Stats Chippac, Ltd. | Semiconductor device and method of forming holes in substrate to interconnect top shield and ground shield |
US20100025238A1 (en) | 2008-07-31 | 2010-02-04 | Medtronic Minimed, Inc. | Analyte sensor apparatuses having improved electrode configurations and methods for making and using them |
AU2009288696A1 (en) | 2008-09-05 | 2010-03-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Sequencing by cognate sampling |
US8481264B2 (en) | 2008-09-19 | 2013-07-09 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Immobilized nucleic acid complexes for sequence analysis |
US8921046B2 (en) | 2008-09-19 | 2014-12-30 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Nucleic acid sequence analysis |
US8063469B2 (en) | 2008-09-30 | 2011-11-22 | Infineon Technologies Ag | On-chip radio frequency shield with interconnect metallization |
US20100301398A1 (en) | 2009-05-29 | 2010-12-02 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
WO2010053820A1 (en) | 2008-10-29 | 2010-05-14 | Trustees Of Boston University | Sequence preserved dna conversion |
US8486630B2 (en) | 2008-11-07 | 2013-07-16 | Industrial Technology Research Institute | Methods for accurate sequence data and modified base position determination |
WO2010062903A2 (en) | 2008-11-26 | 2010-06-03 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Genomic sequencing using modified protein pores and ionic liquids |
WO2010123594A2 (en) | 2009-01-15 | 2010-10-28 | Children's Medical Center Corporation | Device for filtration of fluids there through and accompanying method |
EP2391726B1 (en) * | 2009-01-29 | 2015-09-23 | Stratos Genomics Inc. | High throughput nucleic acid sequencing by expansion and related methods |
GB0905140D0 (en) | 2009-03-25 | 2009-05-06 | Isis Innovation | Method |
EP2411536B1 (en) | 2009-03-27 | 2014-09-17 | Nabsys, Inc. | Methods for analyzing biomolecules and probes bound thereto |
ES2469092T3 (es) * | 2009-04-01 | 2014-06-17 | Dxterity Diagnostics Incorporated | Amplificación de sondas dependiente de ligamiento químico (CLPA) |
US8986928B2 (en) * | 2009-04-10 | 2015-03-24 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Nanopore sequencing devices and methods |
US20130053252A1 (en) | 2009-09-25 | 2013-02-28 | President & Fellows Of Harvard College | Nucleic acid amplification and sequencing by synthesis with fluorogenic nucleotides |
AU2010301128B2 (en) | 2009-09-30 | 2014-09-18 | Quantapore, Inc. | Ultrafast sequencing of biological polymers using a labeled nanopore |
EP2507387B1 (en) | 2009-12-01 | 2017-01-25 | Oxford Nanopore Technologies Limited | Biochemical analysis instrument and method |
US8324914B2 (en) | 2010-02-08 | 2012-12-04 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for characterizing a molecule |
US20110287414A1 (en) | 2010-02-08 | 2011-11-24 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for identifying a portion of a molecule |
AU2011213234B2 (en) | 2010-02-08 | 2015-05-14 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Systems and methods for manipulating a molecule in a nanopore |
US9605307B2 (en) | 2010-02-08 | 2017-03-28 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for forming a nanopore in a lipid bilayer |
US20110192723A1 (en) | 2010-02-08 | 2011-08-11 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for manipulating a molecule in a nanopore |
US20120052188A1 (en) | 2010-02-08 | 2012-03-01 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for assembling a lipid bilayer on a substantially planar solid surface |
CA3116307C (en) | 2010-02-23 | 2023-10-17 | University Of Washington | Artificial mycolic acid membranes |
CN102918166A (zh) * | 2010-03-30 | 2013-02-06 | 波士顿大学董事会 | 用于纳米孔解链依赖性核酸测序的工具和方法 |
JP5764296B2 (ja) | 2010-03-31 | 2015-08-19 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 生体ポリマーの特性解析法 |
US8652779B2 (en) | 2010-04-09 | 2014-02-18 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Nanopore sequencing using charge blockade labels |
EP3190193A1 (en) | 2010-07-14 | 2017-07-12 | The Curators Of The University Of Missouri | Nanopore-facilitated single molecule detection of nucleic acids |
US8859201B2 (en) | 2010-11-16 | 2014-10-14 | Nabsys, Inc. | Methods for sequencing a biomolecule by detecting relative positions of hybridized probes |
CN107083421A (zh) | 2010-12-17 | 2017-08-22 | 纽约哥伦比亚大学理事会 | 使用经修饰的核苷酸和纳米孔检测的dna边合成边测序 |
GB2500360B (en) * | 2010-12-22 | 2019-10-23 | Genia Tech Inc | Nanopore-based single DNA molecule characterization, identification and isolation using speed bumps |
US9581563B2 (en) | 2011-01-24 | 2017-02-28 | Genia Technologies, Inc. | System for communicating information from an array of sensors |
US9110478B2 (en) | 2011-01-27 | 2015-08-18 | Genia Technologies, Inc. | Temperature regulation of measurement arrays |
WO2012121756A1 (en) | 2011-03-04 | 2012-09-13 | Quantapore, Inc. | Apparatus and methods for performing optical nanopore detection or sequencing |
US20130040827A1 (en) * | 2011-08-14 | 2013-02-14 | Stephen C. Macevicz | Method and compositions for detecting and sequencing nucleic acids |
WO2013109970A1 (en) | 2012-01-20 | 2013-07-25 | Genia Technologies, Inc. | Nanopore based molecular detection and sequencing |
US8541849B2 (en) | 2012-02-14 | 2013-09-24 | Genia Technologies, Inc. | Noise shielding techniques for ultra low current measurements in biochemical applications |
EP3540077B1 (en) | 2012-02-16 | 2021-01-27 | Genia Technologies, Inc. | Methods for creating bilayers for use with nanopore sensors |
US8986629B2 (en) | 2012-02-27 | 2015-03-24 | Genia Technologies, Inc. | Sensor circuit for controlling, detecting, and measuring a molecular complex |
US10029915B2 (en) | 2012-04-04 | 2018-07-24 | International Business Machines Corporation | Functionally switchable self-assembled coating compound for controlling translocation of molecule through nanopores |
JP6456816B2 (ja) | 2012-04-09 | 2019-01-23 | ザ・トラスティーズ・オブ・コランビア・ユニバーシティー・イン・ザ・シティー・オブ・ニューヨーク | ナノ細孔の調製方法およびその使用 |
GB2557509A (en) * | 2012-06-08 | 2018-06-20 | Pacific Biosciences California Inc | Modified base detection with nanopore sequencing |
US9494554B2 (en) | 2012-06-15 | 2016-11-15 | Genia Technologies, Inc. | Chip set-up and high-accuracy nucleic acid sequencing |
EP3674412A1 (en) | 2012-06-20 | 2020-07-01 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Nucleic acid sequencing by nanopore detection of tag molecules |
CN202854093U (zh) | 2012-09-21 | 2013-04-03 | 清华大学 | 基于石墨烯纳米孔-微腔-固态纳米孔结构的dna测序装置 |
-
2014
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