JP6273470B2 - 分子振動の表示方法 - Google Patents
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Description
図1は本発明にかかる分子振動の表示を実現するためのプログラム構成の例を示すブロック図であり、図2は図1のプログラム構成を実現するためのハードウェアの構成の例を示すブロック図である。まず先に、図2を中心としてハードウェアの構成を説明する。
図3は本実施の形態にかかる分子振動の表示方法を示すフローチャートである。図3において、まず、化合物に固有のスペクトルが表示される(第1ステップ:S1)。次に、そのスペクトルにおいてユーザによりピークの一つが選択される(第2ステップ:S2)。続いて、選択されたピークに対応する分子振動における一つ又は複数の原子の振動の向きと振幅を含む情報(原子振動情報)が表示される(第3ステップ:S3)。以下、各ステップの詳細について説明する。
まず、表示装置25にラマンスペクトルや赤外吸収スペクトルなど、化合物に固有のスペクトルを表示させる。図4は、表示装置25に表示させるスペクトルの一例である。ここでは、計算によって得られたラマンスペクトルを示している。図4の横軸は波数を示しており、縦軸はラマンスペクトルの相対的な強度を示している。
本実施の形態においてユーザに対して表示しようとする分子振動は、ラマンスペクトルの各ピークの波数に対して固有のものである。したがって、本実施の形態における分子振動の表示方法は、いずれの分子振動を表示するかを特定するためのステップとして、上述の第1ステップにおいて表示されたスペクトルのピークの一つをユーザが選択できる第2ステップを有する。以下、選択の一例について図6を用いて説明する。図6はラマンスペクトルのピーク値がユーザによって選択される様子を示す説明図である。
本実施の形態においてユーザに対して表示しようとしている分子振動は、分子に含まれる一つまたは複数の原子の振動を含むものであり、表示装置にはこれらの原子の振動の向きと振幅を含む情報(原子振動情報)が表示される。表示装置には、上述の第2ステップにおいて選択されたピークの波数に対して固有の分子振動(原子振動情報を含む)が表示されるため、ユーザが該当ピークに対応する分子振動を直感的かつ視覚的に把握しやすくなり、分光分析におけるマッチング評価を適切に行うことができるようになるものである。
図9に示すように、計算により算出された計算スペクトル(点線)と、ラマン分光装置で測定された実測スペクトル(実線)とを同一の表示装置の同じグラフ上に重ねて表示することにより両者を視覚的に比較することができ、それによって物質の同定作業が容易になる。より詳細には、図9(a)は、計算スペクトルとして離散的なラマンスペクトルデータ(式(1))を表示したものであり、図9(b)は、計算スペクトルとして上記式(4)を表示したものであり、(c)は、計算スペクトルとして下記式(6)を表示したものである。
2 スペクトル計算部
3 スペクトル蓄積部
3a 第1計算結果蓄積領域
3b 第2計算結果蓄積領域
4 たたみ込み積分部
5 表示指令部
6 可視情報生成部
24 入力装置
25 表示装置
at1,at2,at3 原子
PT マウスポインタ
vt1,vt2,vt3 ベクトル
S1 第1ステップ
S2 第2ステップ
S3 第3ステップ
Claims (10)
- 分子振動の表示方法であって、
化合物に固有のスペクトルを表示装置に表示させる第1ステップと、
表示されたスペクトルのピークの一つを選択する第2ステップと、
選択されたピークに対応する分子振動における一つまたは複数の原子の振動の向きと振幅を含む情報(以下、「原子振動情報」と記載する)を表示装置に表示させる第3ステップを有し、
前記第2ステップでは、前記スペクトルのピーク(極大位置)から所定の距離以下の位置にマウスポインタを置く、またはマウスポインタを置いてクリックすることにより当該ピークが選択されるものであり、マウスポインタの位置から前記所定の距離以内の範囲に2以上のピークが存在する場合には、マウスポインタの位置に最も近いピークが選択されることを特徴とする分子振動の表示方法。 - 分子振動の表示方法であって、
化合物に固有のスペクトルを表示装置に表示させる第1ステップと、
表示されたスペクトルのピークの一つを選択する第2ステップと、
選択されたピークに対応する分子振動における一つまたは複数の原子の振動の向きと振幅を含む情報(以下、「原子振動情報」と記載する)を表示装置に表示させる第3ステップを有し、
前記第1ステップでは、前記スペクトルは波数軸と強度軸を有する2次元グラフで表示され、
前記第2ステップでは、前記2次元グラフ上に置かれたマウスポインタの位置またはマウスポインタを置いてクリックされた位置との間の距離(波数軸方向)が最も近いピークが選択されることを特徴とする分子振動の表示方法。 - 前記第3ステップにおいて前記原子振動情報は、前記化合物の分子構造モデルを用いて表示される請求項1または2に記載の分子振動の表示方法。
- 前記原子振動情報は、前記分子構造モデルの各原子の配置位置を始点とするベクトルにより表示される請求項3に記載の分子振動の表示方法。
- 前記原子振動情報は、前記分子構造モデルの各原子の振動が動画により表示される請求項3に記載の分子振動の表示方法。
- 前記第3ステップにおいて、振幅が最も大きい一つまたは複数の原子が他の原子とは異なる色で表示される請求項3〜5のいずれかに記載の分子振動の表示方法。
- 前記第3ステップにおいて、振幅が最も大きい一つまたは複数の原子以外の原子は、半透明にて表示される請求項3〜6のいずれかに記載の分子振動の表示方法。
- 前記スペクトルは、ラマンスペクトルである請求項1〜7のいずれかに記載の分子振動の表示方法。
- 前記第1ステップにおいて表示されるスペクトルは、スペクトル強度のピーク値と当該ピーク値に対応する波数の値で構成される離散的なスペクトルデータ関数と、第1ピーク関数とをたたみ込み積分したものである請求項1〜8のいずれかに記載の分子振動の表示方法。
- 前記第1ステップにおいて表示されるスペクトルは、スペクトル強度のピーク値と、当該ピーク値に対応する波数の値で構成される離散的なスペクトルデータ関数と、第1ピーク関数と第2ピーク関数とをたたみ込み積分したものである請求項1〜8のいずれかに記載の分子振動の表示方法。
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