JP6120767B2 - Her3に関連する生物学的材料 - Google Patents
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Description
−(本願で定義するように)HER3に対して指向している、かつ、HRGのHER3への結合を阻害又は遮断(完全に又は部分的に、さらに本願で説明する)することができるアミノ酸配列(さらに本願で説明する)、
−(本願で定義するように)HER3に対して指向している、かつ、HER3のヘテロ二量体化を阻害又は遮断(完全に又は部分的に、さらに本願で説明する)することができるアミノ酸配列(さらに本願で説明する)、
−(本願で定義するように)HER3に対して指向している、かつ、HER3のドメインIIに結合することができるアミノ酸配列、及び/又は
−(本願で定義するように)HER3に対して指向している、かつ、HER3リン酸化を阻害又は遮断(完全に又は部分的に、さらに本願で説明する)することができるアミノ酸配列(さらに本願で説明する)。
−免疫グロブリンフォールドを含むか、又は好適な条件(例えば、生理学的条件)下で、免疫グロブリンフォールドを形成することができ(すなわち、フォールディングにより)、すなわち、免疫グロブリン可変ドメイン(例えば、VH、VL又はVHHドメイン)を形成する、
かつ
−機能的抗原結合活性を含む免疫グロブリン可変ドメインを形成する(又は好適な条件下で形成することができる)(この意味では、機能的抗原結合部位を形成すべく、他の免疫グロブリン可変ドメインとの相互作用(例えばVH−VL相互作用)を必要としない)。
HER3(ヒト上皮成長因子レセプター3)は、ポリペプチド成長因子レセプターのErbB/HERサブファミリーに属し、これは、上皮成長因子(EGF)レセプター(EGFR、ErbB1、HER1)、neu発癌遺伝子生成物(ErbB2、HER2)、及び、より最近同定されたErbB3、HER3及びErbB4、HER4レセプタータンパク質(例えば、Plowman et al. (1990), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 4905-4909; Hynes et. al. (1994) Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer 1198, 165-184を参照のこと)を含む。HER3は、多様なリガンド、例えばヘレグリン及びニューレグリン1及び2に結合できるが、固有のチロシンキナーゼ活性を欠くことが知られている(そして、キナーゼ不活性であるために、このレセプターは、別のHERファミリーメンバー、例えばHER1、HER2又はHER4と二量体化した場合にだけシグナルトランスダクションを開始できる)。
本発明においては、数々の免疫グロブリン単一可変ドメイン(本願でさらに説明するとおり)であって、HER3に結合(特にHER3に特異的に結合、本願でさらに定義するとおり)、及び、(本願で定義するとおり)HER3媒介したシグナリングを調節、及び/又は、HER3の(いくつか又は全ての)生物学的作用を調節、及び/又は、HER3及び/又はHER3媒介シグナリングが関与する(いくつか又は全ての)生物学的機構/経路を調節(するために使用される)できる、免疫グロブリン単一可変ドメインが、同定及び特性決定(及び、適した場合には、ヒト化及び/又は配列最適化)されている。本発明により提供される免疫グロブリン単一可変ドメインは、かかる調節のために自体で使用されることができるだけでなく、さらに有利には、相互に(すなわち、多価性の、多特異性の及び/又はビパラトープ性のコンストラクトを提供すべく、さらに本願で説明するとおり)、及び/又は、他の残基、結合ドメイン又は結合ユニットと、かかる調節のために使用されることができるタンパク質、ポリペプチド又は(他の)化合物又はコンストラクトを提供すべく、連結/組み合わせされてよいことも見出されている。
癌(Sithanandam and Anderson review (2008) Cancer Gene Therapy 15(7), 413-448; 乳癌(Lemoine et. al. (1992) Br J Cancer 66, 1116-1121; Witton et al. (2003) J Pathol 200(3):290-297; Koutras et al (2010) Crit Rev Oncol Hematol.74(2):73-78);肺癌(Muelller-Tidow (2005) Cancer Res 65(5): 1778-1782; Timotheadou et al., (2007) Anticancer Res. 27 (6C):4481-4489);卵巣癌(Tanner et. al. (2006) J Clin Oncol 24(26): 4317-4323);前立腺癌(Lozano et.al.(2005) BMC Genomics 6:109; Soler et al., 2009. Int J Cancer 125(11):2565-2575): 膀胱癌(Rajkumar et. al. (1996) J Pathol, 179(4):381-385);脳癌(Addo-Yobo et. al. (2006) J Neuropathol Exp Neurol 65(8):769-775, Andersson et. al. (2004) Acta Neuropathol, 108(2): 135-142);レチノブラストーマ(Chakraborty et. al. (2007) Genomics 90(3):344-353);メラノーマ(Segal et. al. (2003) J Clin Oncol. 2003 May 1;21(9): 1775-1781; Schaefer et. al. (2004) Cancer Res 64:3395-3405; Reschke et al., 2008 Clin Cancer Res. 14(16):5188-97);結腸直腸癌(Grivas et. al. (2007) Eur J Cancer 43(17):2602-2611; Ciardiello et al. (1991) Proc Natl Acad Sci U S A. 88(17):7792-7796);膵癌(Friess et. al. (1995) Clin Cancer Res 1(11): 1413-20); Lemoine et al, 1992 J. Pathol.168: 269-273);胃癌(Sanidas (1993), Int J Cancer 54(6):935-40, Hayashi et. al. (2008) Clin Cancer Res 14(23):7843-7849; Hayashi et al., (2008) Clin Cancer Res. 14(23):7843-9);頭頸部癌(Funayama (1998) Oncology 55(2): 161-167, Erjala (2006) Clin Cancer Res 12(13):4103-4111);子宮頸癌(Fuchs et al., 2007 Anticancer Res.27(2):959-63);食道癌(Wei et al., 2007 Int J Oncol. 31(3):493-9.);及び/又は神経再生(Lindholm et. al. (2002) Exp Brain Res) 2002 Jan;142(l):81-90。
(本願で定義するとおり)HER3に対して指向している、かつ、リガンド結合を阻害又は遮断(完全に又は部分的に、さらに本願で説明する)、特にHRGのHER3への結合を阻害又は遮断(完全に又は部分的に、さらに本願で説明する)することができるアミノ酸配列(さらに本願で説明する)。これらアミノ酸配列は、本願では、「HRG遮断アミノ酸配列」又は「HRG遮断構成ブロック」とも称される。好ましくは、これらHRG遮断アミノ酸配列はISVであり(本願で説明するとおり)、この場合には、これらは「HRG遮断ISV」とも称される。
A)21F06様配列:「21F06様配列」、「21F06様ISV」又は「21F06様構成ブロック」は、次のものを含むISVとして定義されている(本願で説明するとおり):
a)(i)アミノ酸配列LNAMG(配列番号67)又は(ii)アミノ酸配列LNAMGと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR1、及び/又は
b)(i)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKG(配列番号97)、又は(ii)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR2、及び/又は
c)(i)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDS (配列番号127)、又は(ii)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDSと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDSと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR3、
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で定義するとおりであり、かつ、CDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、21F06様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(本願で説明するとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいてリン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
d)(i)アミノ酸配列LNAMG又は(ii)アミノ酸配列LNAMGと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかであるCDR1、及び/又は
e)(i)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKG、又は(ii)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかであるCDR2、及び/又は
f)(i)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDS、又は(ii)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDSと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDSと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかであるCDR3、及び/又は
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で定義するとおりであり、かつ、CDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、21F06様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(本願で説明するとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいてリン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。好ましくは、この特別に好ましい観点に応じた21F06様配列において、CDR1及びCDR2は、それぞれd)及びe)で定義されているとおりである;又は、CDR1及びCDR3は、それぞれd)及びf)で定義されているとおりである;又はCDR2及びCDR3は、それぞれe)及びf)で定義されているとおりである。より好ましくは、かかる21F06様配列において、CDR1、CDR2及びCDR3は全てそれぞれd)、e)及びf)で定義したとおりである。やはり、かかる21F06様配列において、CDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、21F06様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(上で説明したとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいてリン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
CDR1は、アミノ酸配列LNAMGである(CDR2及びCDR3は、それぞれe)及びf)で定義したとおりである);及び/又は、CDR2は、アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGである(CDR1及びCDR3は、それぞれd)及びf)で定義したとおりである);及び/又は、CDR3は、アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDSである(CDR1及びCDR2は、それぞれd)及びe)で定義したとおりである)。特に、21F06様配列が、この観点に応じている場合には:CDR1はアミノ酸配列LNAMGであり、CDR2はアミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGである(CDR3は、上でf)で定義されている);及び/又は、CDR1はアミノ酸配列LNAMGであり、CDR3はDTPPWGPMIYIESYDSである(CDR2は、上でe)で定義されている);及び/又は、CDR2はアミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGであり、CDR3はDTPPWGPMIYIESYDSである(CDR1は、上でd)で定義されている)。やはり、かかる21F06様配列において、CDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、21F06様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(上で説明したとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいてリン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
a)(i)アミノ酸配列SYPMS(配列番号60)又は(ii)アミノ酸配列SYPMSと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR1、及び/又は
b)(i)アミノ酸配列TVSPGGITTSYADSVKG(配列番号90)、又は(ii)アミノ酸配列TVSPGGITTSYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列TVSPGGITTSYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR2、及び/又は
c)(i)アミノ酸配列DLNN(配列番号120)、又は(ii)アミノ酸配列DLNNと少なくとも50%、例えば少なくとも75%の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DLNNと2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)をのいずれか含むか又は実質的にこれらからなるCDR3、
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で定義するとおりであり、かつ、CDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、04C07様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(本願で説明するとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいてリン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
d)(i)アミノ酸配列SYPMS又は(ii)アミノ酸配列SYPMSと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義される)であるCDR1、及び/又は
e)(i)アミノ酸配列TVSPGGITTSYADSVKG、又は(ii)アミノ酸配列TVSPGGITTSYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列TVSPGGITTSYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義される)のいずれかであるCDR2、及び/又は
f)(i)アミノ酸配列DLNN、又は(ii)アミノ酸配列DLNNと少なくとも50%、例えば少なくとも75%の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DLNNと2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義される)のいずれかであるCDR3、
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で定義するとおりであり、かつ、CDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、04C07様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(本願で説明するとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいてリン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
a)(i)アミノ酸配列LNAMA(配列番号58)又は(ii)アミノ酸配列LNAMAと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR1、及び/又は
b)(i)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKG(配列番号88)、又は(ii)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR2、及び/又は
c)(i)アミノ酸配列SSVTRGSSDY(配列番号118)、又は(ii)アミノ酸配列SSVTRGSSDYと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列SSVTRGSSDYと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかを含むか又は実質的にこれらからなるCDR3、
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で定義するとおりであり、かつ、その中でCDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、17B05様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(本願で説明するとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいて(トランス)リン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、及び/又は、(ヘテロ)二量体化の遮断又は阻害活性を有する(EGFRリガンド(EGF)誘発されたHER3リン酸化アッセイにより決定されるとおり)、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
d)(i)アミノ酸配列LNAMA又は(ii)アミノ酸配列LNAMAと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかであるCDR1、及び/又は
e)(i)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKG、又は(ii)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかであるCDR2、及び/又は
f)(i)アミノ酸配列SSVTRGSSDY、又は(ii)アミノ酸配列SSVTRGSSDYと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列SSVTRGSSDYと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義するとおり)のいずれかであるCDR3;
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で説明するとおりであり、かつ、その中でCDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、17B05様ISVが遮断活性を有する、例えば、HER3へのHRG結合を部分的に又は完全に遮断する(上で説明したとおり)、及び/又は、HER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいて(トランス)リン酸化の活性を遮断又は能力を阻害する、及び/又は(ヘテロ)二量体化の遮断又は阻害活性を有する(EGFRリガンド(EGF)誘発されたHER3リン酸化アッセイにより決定されるとおり)、ものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
a)(i)アミノ酸配列INAMG(配列番号61)又は(ii)アミノ酸配列INAMGと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)を含むか又は実質的にこれらからなるCDR1、及び/又は
b)(i)アミノ酸配列LITSSDTTDYAESVEG (配列番号91)、又は(ii)アミノ酸配列LITSSDTTDYAESVEGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列LITSSDTTDYAESVEGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)を含むか又は実質的にこれらからなるCDR2、及び/又は
c)(i)アミノ酸配列DHYSMGVPEKRVIM(配列番号121)、又は(ii)アミノ酸配列DHYSMGVPEKRVIMと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DHYSMGVPEKRVIMと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)を含むか又は実質的にこれらからなるCDR3;
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で説明するとおりであり、かつ、その中でCDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、18G11様ISVがドメインII結合活性、リン酸化の遮断活性又は阻害能をHER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイにおいて有するものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
d)(i)アミノ酸配列INAMG又は(ii)アミノ酸配列INAMGと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義したとおりである)であるCDR1、及び/又は
e)(i)アミノ酸配列LITSSDTTDYAESVEG、又は(ii)アミノ酸配列LITSSDTTDYAESVEGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列LITSSDTTDYAESVEGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)であるCDR2、及び/又は
f)(i)アミノ酸配列DHYSMGVPEKRVIM、又は(ii)アミノ酸配列DHYSMGVPEKRVIMと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DHYSMGVPEKRVIMと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)であるCDR3;
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で説明するとおりであり、かつ、その中でCDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、18G11様ISVがドメインII結合活性、リン酸化の遮断活性又は阻害能をHER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイにおいて有するものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
a)(i)アミノ酸配列INAMA(配列番号63)又は(ii)アミノ酸配列INAMAと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)を含むか又は実質的にこれらからなるCDR1、及び/又は
b)(i)アミノ酸配列EITAGGSTNYADSVKG(配列番号93)、又は(ii)アミノ酸配列EITAGGSTNYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列EITAGGSTNYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)を含むか又は実質的にこれらからなるCDR2、及び/又は
c)(i)アミノ酸配列DHYTTWDRRSAY(配列番号123)、又は(ii)アミノ酸配列DHYTTWDRRSAYと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DHYTTWDRRSAYと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)を含むか又は実質的にこれらからなるCDR3;
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で説明するとおりであり、かつ、その中でCDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、34C07様ISVがドメインII結合活性、リン酸化の遮断活性又は阻害能をHER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいて有するものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
d)(i)アミノ酸配列INAMA又は(ii)アミノ酸配列INAMAと3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)であるCDR1、及び/又は
e)(i)アミノ酸配列EITAGGSTNYADSVKG、又は(ii)アミノ酸配列EITAGGSTNYADSVKGと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列EITAGGSTNYADSVKGと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)であるCDR2、及び/又は
f)(i)アミノ酸配列DHYTTWDRRSAY、又は(ii)アミノ酸配列DHYTTWDRRSAYと少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%又は95%超の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は(iii)アミノ酸配列DHYTTWDRRSAYと7、6、5、4、3、2又は1つのアミノ酸相違のみを有するアミノ酸配列(本願で定義する)のいずれかであるCDR3;
その際、かかるISV中に存在するフレームワーク配列は、さらに本願で説明するとおりであり、かつ、その中でCDR1、CDR2及びCDR3は好ましくは、34C07様ISVがドメインII結合活性、リン酸化の遮断活性又は阻害能をHER3リン酸化アッセイ及び/又はpAKTリン酸化アッセイ及び/又はERK1/2リン酸化アッセイにおいて有するものである(これら全ては上で説明したとおりである)。
−解離定数(KD)10-5〜10-12モル/リットル以下、好ましくは10-7〜10-12モル/リットル以下、より好ましくは10-8〜10-12モル/リットル(すなわち、会合定数(KA)105〜1012リットル/モル以上、好ましくは107〜1012リットル/モル以上、より好ましくは108〜1012リットル/モル)でHER3に結合する;
及び/又は:
−102M-1s-1〜107M-1s-1、好ましくは103M-1s-1〜107M-1s-1、より好ましくは104M-1s-1〜107M-1s-1、例えば105M-1s-1〜107M-1s-1のkon速度でHER3に結合する;
及び/又は:
−1s-1(t1/2=0.69s)〜10-6s-1(複数の日のt1/2でもってほぼ不可逆的な複合体を提供する)、好ましくは10-2s-1〜10-6s-1、より好ましくは10-3s-1〜10-6s-1、例えば10-4s-1〜10-6s-1のkoff速度でHER3に結合する。
FRl−CDRl−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4
[式中、FR1〜FR4は、それぞれフレームワーク領域1〜4を指し、そしてCDR1〜CDR3は、それぞれ相補性決定領域1〜3を指し、その中で、1以上の特徴残基は本願でさらに定義するとおりである]。
FRl−CDRl−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4
[式中、FR1〜FR4は、それぞれフレームワーク領域1〜4を指し、そしてCDR1〜CDR3は、それぞれ相補性決定領域1〜3を指し、その中で、フレームワーク配列は本願でさらに定義するとおりである]。
FRl−CDRl−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4
[式中、FR1〜FR4は、それぞれフレームワーク領域1〜4を指し、そしてCDR1〜CDR3は、それぞれ相補性決定領域1〜3を指し、その中で、それぞれ次のことが該当する:
i)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、以下の表B−2で言及する特徴残基から選択される。これらナノボディ中で、CDR配列は一般に本願でさらに定義するとおりである。]。
−(本願で定義するとおり)HER3に対して指向している、かつ、配列番号12−26のアミノ酸配列(表A1、参照)の少なくとも1つと少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、例えば90%又は95%、又はそれより高い配列同一性を有するアミノ酸配列。これらアミノ酸配列は、さらに、HER3への同源リガンド(cognate ligand)の結合を中和する、及び/又は、HER3への結合のための同源リガンドと競合する、及び/又は、HER3上のヘテロ二量体化部位(本願で定義するとおり)に対して指向している、ものであってよい;
−HER3への配列番号12−26(表A−1、参照)の少なくとも1のアミノ酸配列の結合を交差遮断する(本願で定義するとおり)及び/又はHER3への結合のために配列番号12−26(表A−1、参照)のアミノ酸配列少なくとも1と競合する、アミノ酸配列。やはり、これらアミノ酸配列は、さらに、HER3への同源リガンドの結合を中和する、及び/又は、HER3への結合のための同源リガンドと競合する、及び/又は、HER3上のヘテロ二量体化部位(本願で定義するとおり)に対して指向している、ものであってよい;
これらアミノ酸配列は、本願でさらに説明するとおりであってよい(かつ、例えばナノボディであってよい)、また同様に、1以上のかかるアミノ酸配列を含有する本発明のポリペプチド(これは、本願でさらに説明するとおりであってよい、かつ、例えば、本願で説明するとおり、二特異性及び/又はビパラトープ性ポリペプチドであってよい)及びかかるアミノ酸配列及びポリペプチドをコードする核酸配列であってよい。かかるアミノ酸配列及びポリペプチドは、いかなる天然に発生するリガンドをも含まない。
−HER1、HER2及び/又はHER4に比較してHER3について特異的である、本発明のアミノ酸配列;
この本発明のアミノ酸配列は、本願でさらに説明するとおりであってよい(かつ、例えばナノボディであってよい)、また同様に、1以上のかかるアミノ酸配列を含有する本発明のポリペプチド(これは、本願でさらに説明するとおりであってよい、かつ、例えば、本願で説明するとおり、二特異性及び/又はビパラトープ性であってよい)及びかかるアミノ酸配列及びポリペプチドをコードする核酸配列であってよい。かかるアミノ酸配列及びポリペプチドは、いかなる天然に発生するリガンドをも含まない。
i)配列番号12−26のアミノ酸配列(表A−1、参照)の少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する。この観点において、表B−1も参照され、この表は、配列番号12−26(表A−1、参照)のナノボディの、フレームワーク1配列(配列番号42−56)、フレームワーク2配列(配列番号72−88)、フレームワーク3配列(配列番号102−116)及びフレームワーク4配列(配列番号132−146)を列記する(フレームワーク1配列の位置1−4及び27−30にあるアミノ酸残基に関しては、以下のコメントも参照される。こうして、アミノ酸同一性の程度の決定のために、これら残基は好ましくは無視される);
かつ、その中で、
ii)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、上の表B−2で言及する特徴残基から選択される。
i)配列番号12−26(表A−1、参照)の1のアミノ酸配列のヒト化変異体である、及び/又は
ii)配列番号12−26のアミノ酸配列(表A−1、参照)の少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する;
かつ、その中で、
i)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、上の表B−2で言及する特徴残基から選択される。
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
又はこれらの任意の好適な組み合わせ。
i) b)及び/又はc)に応じたかかるアミノ酸配列における任意のアミノ酸置換が、好ましくは、相応する、a)に応じたアミノ酸配列に比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり)、
及び/又は
ii) b)及び/又はc)に応じたアミノ酸配列が、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、アミノ酸欠失又は挿入を含まない(相応する、a)に応じたアミノ酸)に比較して)、
及び/又は
iii) b)及び/又はc)に応じたアミノ酸配列が、自体既知である親和性成熟の技術1以上を用いた親和性成熟により、a)に応じたアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列であってよい。
i) e)及び/又はf)に応じたかかるアミノ酸配列における任意のアミノ酸置換が、好ましくは、相応するd)に応じたアミノ酸配列に比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり)、
及び/又は
ii) e)及び/又はf)に応じたアミノ酸配列が、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、アミノ酸欠失又は挿入を含まない(相応する、d)に応じたアミノ酸配列に比較して)、
及び/又は
iii) e)及び/又はf)に応じたアミノ酸配列が、自体既知である親和性成熟の技術1以上を用いた親和性成熟により、d)に応じたアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列であってよい。
i) h)及び/又はi)に応じたかかるアミノ酸配列における任意のアミノ酸置換が、好ましくは、相応するg)に応じたアミノ酸配列に比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり)、
及び/又は
ii) h)及び/又はi)に応じたアミノ酸配列が、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、アミノ酸欠失又は挿入を含まない(相応する、g)に応じたアミノ酸配列に比較して)、
及び/又は
iii) h)及び/又はi)に応じたアミノ酸配列が、自体既知である親和性成熟の技術1以上を用いた親和性成熟により、g)に応じたアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列であってよい。
i)配列番号57−71のアミノ酸配列、
ii)配列番号87−101のアミノ酸配列、及び
iii)配列番号117−131のアミノ酸配列、
又はこれらの任意の好適な組み合わせ。
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
その場合に、(i)アミノ酸残基の第1の伸長部が、a)、b)又はc)に応じた1のアミノ酸配列に相応する場合には、アミノ酸残基の第2の伸長部は、d)、e)、f)、g)、h)又はi)に応じたアミノ酸配列の1に相応する、(ii)アミノ酸残基の第1の伸長部が、d)、e)又はf)に応じた1のアミノ酸配列に相応する場合には、アミノ酸残基の第2の伸長部は、a)、b)、c)、g)、h)又はi)に応じたアミノ酸配列の1に相応する、又は、(iii)アミノ酸残基の第1の伸長部が、g)、h)又はi)に応じた1のアミノ酸配列に相応する場合には、アミノ酸残基の第2の伸長部は、a)、b)、c)、d)、e)又はf)に応じたアミノ酸配列の1に相応する。
i)配列番号57−71のアミノ酸配列、
ii)配列番号87−101のアミノ酸配列、及び
iii)配列番号117−131のアミノ酸配列、
その場合に、(i)アミノ酸残基の第1の伸長部が、配列番号57−71のアミノ酸配列の1に相応する場合には、アミノ酸残基の第2の伸長部は、配列番号87−101又は配列番号117−131のアミノ酸配列の1に相応する、(ii)アミノ酸残基の第1の伸長部が、配列番号87−101のアミノ酸配列の1に相応する場合には、アミノ酸残基の第2の伸長部は、配列番号57−71又は配列番号117−131のアミノ酸配列の1に相応する、又は、(iii)アミノ酸残基の第1の伸長部が、配列番号117−131のアミノ酸配列の1に相応する場合には、アミノ酸残基の第2の伸長部は、配列番号57−71又は配列番号87−101のアミノ酸配列の1に相応する。
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
アミノ酸残基の第2の伸長部が次のものからなる群から選択されている:
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び、アミノ酸残基の第3の伸長部が次のものからなる群から選択されている:
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び/又は
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び/又は
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、又は、かかるアミノ酸配列の任意の好適なフラグメント。
−HER3に対して指向している2つのアミノ酸配列(特にかつ好ましくはISV)、これは、同じか又は異なっていてよく、好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−2つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおりであり、かつ、これは異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、特にかつ好ましくは、2のHRG遮断ISV(本願で定義するとおりであり、これはやはり異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−2つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおりであり、かつ、これは異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、特にかつ好ましくは、2の二量体化遮断ISV(本願で定義するとおりであり、これはやはり異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−2つのドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおりであり、かつ、これは異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、特にかつ好ましくは、2のドメインII結合ISV(本願で定義するとおりであり、これはやはり異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおりであり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、やはり本願で定義するとおり)及び1の他のアミノ酸配列(特にかつ好ましくはISV以外のもの)であってHER3に対して指向しており(本願で定義するとおり)、かつ、HRG遮断アミノ酸配列(又はISV)でないもの、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおりであり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、やはり本願で定義するとおり)及び1の他のアミノ酸配列(特にかつ好ましくはISV以外のもの)であってHER3に対して指向しており(本願で定義するとおり)、かつ、二量体化遮断アミノ酸配列(又はISV)でないもの、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおりであり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、やはり本願で定義するとおり)及び1の他のアミノ酸配列(特にかつ好ましくはISV以外のもの)であってHER3に対して指向しており(本願で定義するとおり)、かつ、ドメインII結合アミノ酸配列(又はISV)でないもの、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、やはり本願で定義するとおり)及び1の二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、すなわち、本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、やはり本願で定義するとおり)及び1のドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、すなわち、本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、やはり本願で定義するとおり)及び1のドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、すなわち、本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
及び、かかるポリペプチド(このうちいくつの限定しない例は本願の開示に基づいて当業者に明らかである)は本発明の更なる観点を形成する。
−HER3に対して指向している1つのアミノ酸配列(特にかつ好ましくは1のISV)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり)、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり)、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり)、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−HER3に対して指向している2つのアミノ酸配列(特にかつ好ましくは1のISV)(同じか又は異なっていてよい)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−2つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、特にかつ好ましくは2のHRG遮断ISV(本願で定義するとおり、やはり異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−2つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、特にかつ好ましくは2の二量体化遮断ISV(本願で定義するとおり、やはり異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−2つのドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)、特にかつ好ましくは2のドメインII結合ISV(本願で定義するとおり、やはり異なっていてよいが、しかし好ましくは同じである)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、本願でも定義する)及び1の他のアミノ酸配列(特にかつ好ましくは1の他のISV)であってHER3に対して指向しており(本願で定義するとおり)、かつ、HRG遮断アミノ酸配列(又はISV)でない、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、本願でも定義する)及び1の他のアミノ酸配列(特にかつ好ましくは1の他のISV)であってHER3に対して指向しており(本願で定義するとおり)、かつ、二量体化遮断アミノ酸配列(又はISV)でない、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、本願でも定義する)及び1の他のアミノ酸配列(特にかつ好ましくは1の他のISV)であってHER3に対して指向しており(本願で定義するとおり)、かつ、ドメインII結合アミノ酸配列(又はISV)でない、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、本願でも定義する)及び1の二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、本願でも定義する)、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つのHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、本願でも定義する)及び1のドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、本願でも定義する)、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
−1つの二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、本願でも定義する)及び1のドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、本願でも定義する)、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結してよい(本願で説明するとおり);
及び、かかるポリペプチド(このうちいくつの限定しない例は本願の開示に基づいて当業者に明らかである、例えば、いくつかは以下の表A−2に列記してある)もまた本発明の更なる観点を形成する。
a)1のHRG遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のHRG遮断ISV、本願でも定義する)及び1の二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、本願でも定義する)を含むか又は実質的にこれらからなる、かつ、任意に、さらに、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミン、例えばAlb−8/Alb−11に対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)を含む、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり)。かかるポリペプチドは、例えば、限定することなく、1の17B05様配列、1の21F06様配列、及び、血清アルブミン結合ISV、例えばAlb−8を含んでよく、これは、任意に、相互に1以上の好適なスペーサー又はリンカーを介して好適に連結している。かかるポリペプチドの特定の好ましいが、限定しない例は、HER3MS00135(配列番号282)であるか、又は、次のことが該当する:
b)1の二量体化遮断アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1の二量体化遮断ISV、本願でも定義する)及び1のドメインII結合アミノ酸配列(本願で定義するとおり、特にかつ好ましくは1のドメインII結合ISV、本願でも定義する)、及び、前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミン、例えばAlb−8/Alb−11に対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)を含むか又は実質的にこれらからなる、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり)。かかるポリペプチドは、例えば、限定することなく、1の17B05様配列、1の18G11様配列、及び、血清アルブミン結合ISV、例えばAlb−8を含んでよく、任意に、相互に1以上の好適なスペーサー又はリンカーを介して好適に連結している。かかるポリペプチドの特定の好ましいが、限定しない2つの例は、HER3MS00212(配列番号319)及びHER3MS00215(配列番号322)である。
−2つの21F06様配列(本願で定義するとおり、かつ、これは同じか又は異なっていてよい)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの04C07様配列(本願で定義するとおり、かつ、これは同じか又は異なっていてよい)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの17B05様配列(本願で定義するとおり、かつ、これは同じか又は異なっていてよい)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの18G11様配列(本願で定義するとおり、かつ、これは同じか又は異なっていてよい)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの34C07様配列(本願で定義するとおり、かつ、これは同じか又は異なっていてよい)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1の04C07様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1の17B05様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1の18G11様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1の34C07様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び1の17B05様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び1の18G11様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び1の34C07様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び1の18G11様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び1の34C07様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの18G11様配列(本願で定義するとおり)及び1の34C07様配列(本願で定義するとおり)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
及び、かかるポリペプチド(このうちいくつの限定しない例は本願の開示に基づいて当業者に明らかである、例えば、いくつかは以下の表A−2に列記してある)はやはり本発明の更なる観点を形成する。
−2つの21F06様配列(本願で定義するとおり、かつ、これは同じか又は異なっていてよい)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの04C07様配列(本願で定義するとおり、かつこれは同じか又は異なっていてよい)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの17B05様配列(本願で定義するとおり、かつこれは同じか又は異なっていてよい)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの18G11様配列(本願で定義するとおり、かつこれは同じか又は異なっていてよい)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−2つの34C07様配列(本願で定義するとおり、かつこれは同じか又は異なっていてよい)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1つの18G11様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1つの34C07様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び1つの18G11様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの04C07様配列(本願で定義するとおり)及び1つの34C07様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び1つの18G11様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び1つの34C07様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
−1つの18G1様配列(本願で定義するとおり)及び1つの34C07様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり);
及び、やはり、かかるポリペプチド(このうちいくつの限定しない例は本願の開示に基づいて当業者に明らかである、例えば、いくつかは以下の表A−2に列記してある)はやはり本発明の更なる観点を形成する。
a)1つの21F06様配列(本願で定義するとおり)及び1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミン、例えばAlb−8に対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり)。かかるポリペプチドの特定の好ましいが、限定しない例は、HER3MS00135(配列番号282)である、又は
b)1つの17B05様配列(本願で定義するとおり)及び1つの18G11様配列(本願で定義するとおり)及び前記アミノ酸配列の半減期を増加させる基、残基、部分又は結合ユニット(好ましくは、血清タンパク質、特に血清アルブミン、例えばAlb−8に対して指向しているISV、又は、血清タンパク質、特に血清アルブミンに対して指向しているペプチド)、これは好適には、直接的に又は1以上の好適なリンカー又はスペーサーを用いて連結している(本願で説明するとおり)。かかるポリペプチドの特定の好ましいが、限定しない2つの例は、HER3MS00212(配列番号319)及びHER3MS00215(配列番号322)である。
a)ポリペプチドHER3MS00135(配列番号282)、また同様に、HER3MS00135(配列番号282)との配列同一性少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%及び95%まで又はそれ以上(例えば98%、99%又はそれより多い)を有するポリペプチド、その際、かかるポリペプチド中に存在する21F06様配列及び17B05様配列は好ましくは本願で説明するとおりである;
a)ポリペプチドHER3MS00212(配列番号319)、また同様に、HER3MS00212(配列番号319)との配列同一性少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%及び95%まで又はそれ以上(例えば98%、99%又はそれより多い)を有するポリペプチド、その際、かかるポリペプチド中に存在する18G11様配列及び17B05様配列は好ましくは本願で説明するとおりである;
c)ポリペプチドHER3MS00215(配列番号322)、また同様に、HER3MS00215(配列番号322)との配列同一性少なくとも80%、例えば少なくとも85%、例えば少なくとも90%及び95%まで又はそれ以上(例えば98%、99%又はそれより多い)を有するポリペプチド、その際、かかるポリペプチド中に存在する18G11様配列及び17B05様配列は好ましくは本願で説明するとおりである。
a)アミノ酸配列のセット、コレクション又はライブラリーの提供、及び
b)HER3に結合できる及び/又はHER3に親和性を有するアミノ酸配列について、アミノ酸配列の前記セット、コレクション又はライブラリーのスクリーニング、
及び
c)HER3に結合できる及び/又はHER3に親和性を有する1又は複数のアミノ酸配列の単離。
a)アミノ酸配列を発現する細胞のコレクション又はサンプルの提供、
b)HER3に結合できる及び/又はHER3に親和性を有するアミノ酸配列を発現する細胞について細胞の前記コレクション又はサンプルのスクリーニング、
及び
c)(i)前記アミノ酸配列の単離又は(ii)前記細胞から前記アミノ酸配列をコードする核酸配列の単離、その後に、前記アミノ酸配列の発現。
a)アミノ酸配列をコードする核酸のセット、コレクション又はライブラリーの提供、
b)HER3に結合できる及び/又はHER3に親和性を有するアミノ酸配列をコードする核酸について、核酸配列の前記セット、コレクション又はライブラリーのスクリーニング、
及び
c)前記核酸配列の単離、その後に、前記アミノ酸配列の発現。
a)アミノ酸配列をコードする核酸のセット、コレクション又はライブラリーの提供、
b)HER3に結合できる及び/又はHER3に親和性を有する、及び、本発明のISV又はナノボディ(例えば、配列番号12−26)(表A−1)又は本発明のヒト化したISV又はナノボディが交差遮断されているか又は交差遮断している、アミノ酸配列をコードする核酸について、核酸配列の前記セット、コレクション又はライブラリーのスクリーニング、及び
c)前記核酸配列の単離、その後に、前記アミノ酸配列の発現。
本説明、実施例及び特許請求の範囲においては次のことが該当する。
−HER3に対する増加した親和性及び/又はアビディティ、その際、一価のフォーマット、多価のフォーマット(例えば、二価のフォーマット)及び/又は多特異性フォーマット(例えば、本願で以下に説明する多特異性フォーマットの1)のいずれかにある、
−多価フォーマット(例えば二価フォーマット)におけるフォーマッティングのための良好な好適性、
−多特異性フォーマット(例えば、本願で以下に説明する多特異性フォーマットの1)におけるフォーマッティングのための良好な好適性、
−「ヒト化」置換に対する改善された好適性又は感受性(本願で定義するとおり)、
−少ない免疫原性、その際、一価のフォーマット、多価のフォーマット(例えば、二価のフォーマット)及び/又は多特異性フォーマット(例えば、本願で以下に説明する多特異性フォーマットの1)のいずれかにある、
−増加した安定性、その際、一価のフォーマット、多価のフォーマット(例えば、二価のフォーマット)及び/又は多特異性フォーマット(例えば、本願で以下に説明する多特異性フォーマットの1)のいずれかにある、
−HER3に対する増加した選択性、その際、一価のフォーマット、多価のフォーマット(例えば、二価のフォーマット)及び/又は多特異性フォーマット(例えば、本願で以下に説明する多特異性フォーマットの1)のいずれかにある、
−異なる種からのHER3との、減少したか、又は所望の場合には、増加した交差反応性、
及び/又は
−一価のフォーマット、多価のフォーマット(例えば、二価のフォーマット)及び/又は多特異性フォーマット(例えば、本願で以下に説明する多特異性フォーマットの1)のいずれかにある、医薬用途(予防用途及び/又は療法用途)及び/又は診断用途(イメージング用途を含むが、これに限定されない)に所望される、1以上の他の改善された特性。
−ISV又はナノボディは、HER3に解離定数(KD)10-5〜10-12モル/リットル以下、好ましくは10-7〜10-12モル/リットル以下、より好ましくは10-8〜10-12モル/リットル以下(すなわち、会合定数(KA)105〜1012リットル/モル以上、好ましくは107〜1012リットル/モル以上、より好ましくは108〜1012リットル/モル以上)でもって結合することができる;
及び/又は:
−ISV又はナノボディは、HER3にkon速度102M-1s-1〜約107M-1s-1、好ましくは103M-1s-1〜107M-1s-1、より好ましくは104M-1s-1〜107M-1s-1、例えば105M-1s-1〜107M-1s-1でもって結合することができる;
及び/又は:
−ISV又はナノボディは、HER3にkoff速度1s-1(t1/2=0.69s)〜10-6s-1(複数日数のt1/2ではほぼ不可逆な複合体を提供する)、好ましくは10-2s-1〜10-6s-1、より好ましくは10-3s-1〜10-6s-1、例えば10-4s-1〜10-6s-1でもって結合することができる。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び/又は
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び/又は
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
又は、かかるアミノ酸配列の任意の好適なフラグメント。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
又は、かかるアミノ酸配列の任意の好適なフラグメント。
i)b)及び/又はc)に応じたかかるCDRにおける任意のアミノ酸置換が、好ましくは、a)に応じた相応するCDRに比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり);
及び/又は
ii)b)及び/又はc)に応じたCDRが、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、a)に応じた相応するCDRに比較してアミノ酸欠失又は挿入を含まない;
及び/又は
iii)b)及び/又はc)に応じたCDRは、自体既知である親和性成熟の技術1以上を用いた親和性成熟により、a)に応じたCDRに由来するCDRであってよい。
i)e)及び/又はf)に応じたかかるCDRにおける任意のアミノ酸置換が、好ましくは、d)に応じた相応するCDRに比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり);
及び/又は
ii)e)及び/又はf)に応じたCDRが、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、d)に応じた相応するCDRに比較して、アミノ酸欠失又は挿入を含まない;
及び/又は
iii)e)及び/又はf)に応じたCDRは、自体既知である親和性成熟の技術1以上を用いた親和性成熟により、d)に応じたCDRに由来するCDRであってよい。
i)h)及び/又はi)に応じたかかるCDRにおける任意のアミノ酸置換が、好ましくは、g)に応じた相応するCDRに比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり);
及び/又は
ii)h)及び/又はi)に応じたCDRが、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、g)に応じた相応するCDRに比較して、アミノ酸欠失又は挿入を含まない;
及び/又は
iii)h)及び/又はi)に応じたCDRは、自体既知である親和性成熟の技術1以上を用いた親和性成熟により、g)に応じたCDRに由来するCDRであってよい。
i)かかるCDR中の任意のアミノ酸置換が好ましくは、表B−1中で言及する相応するCDR配列に比較して、保存アミノ酸置換である(本願で説明するとおり);
及び/又は
ii)任意のかかるCDR配列が、好ましくはアミノ酸置換のみを含み、かつ、表B−1に言及する相応するCDRに比較して、アミノ酸欠失又は挿入を含まない;
及び/又は
iii)任意のかかるCDR配列は、特に、表B−1に言及する相応するCDR配列から出発して、自体既知である親和性成熟の技術を用いて取得される。
(1)表B−1中に言及されるCDR1配列の1と80%超の配列同一性を有するCDR1配列、表B−1に言及される(が、異なる組み合わせに属する)CDR2配列の1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するCDR2配列、及び、表B−1中に言及される(が、異なる組み合わせに属する)CDR3配列の1と80%超の配列同一性を有するCDR3配列;又は、
(2)表B−1中に言及されるCDR1配列の1、CDR2配列、及び、表B−1中に列記されるCDR3配列の1と80%超の配列同一性を有するCDR1配列、又は、(3)CDR1配列、表B−1に列記されるCDR2配列の1と80%超の配列同一性を有するCDR2配列、及び、CDR2配列と同じ組み合わせに属する表B−1に言及されるCDR3配列と3、2又は1のアミノ酸相違を有するCDR3配列。
(a)1以上の保存アミノ酸置換、及び/又は
(b)1以上の置換、その際、特定の位置にある「ラクダ科」アミノ酸残基は、前記位置で生じる異なる「ラクダ科」アミノ酸残基により置換され、これに関して、例えば、PCT/EP2008/066365(WO09/068627として2009年6月4日公開)からの表A−6〜A−9が参照され、前記公開物は、野生型VHH中の各アミノ酸位置として発生する種々のラクダ科残基について言及する。かかる置換は、野生型VHHにおける特徴位置で発生する別のアミノ酸残基と共に特徴位置で発生するアミノ酸残基の好適な置換を含んでもよい(これに関しては、例えば、PCT/EP2008/066365からの表A−6〜A−9が参照される)、及び/又は
(c)前記タンパク質の(他の)特性を改善する1以上の置換、例えば、タンパク質の貯蔵下の長期間安定性及び/又は特性を改善する置換。これらは、例示的にかつ限定することなく、(例えばメチオニン残基の)酸化事象を防止又は減少させる、ピログルタミン酸形成を防止又は減少させる、及び/又は、アスパラギン酸又はアスパラギン(例えば、DG、DS、NG又はNSモチーフ)のイソマー化又は脱アミド化を防止又は減少させる置換であってよい。かかる置換については、例えば、国際出願WO09/095235が参照され、これは、一般に、単一免疫グロブリン可変ドメインを、かかる置換により安定化する方法に関し、また、いくつかの特定の例の好適な置換をも説明する(例えば、4〜5頁及び10〜15頁を参照のこと)。かかる置換の一例は、NNモチーフを用いて位置82a及び82bのNSモチーフを置換することであってよい。
−解離定数(KD):10-5〜10-12モル/リットル以下、好ましくは10-7〜10-12モル/リットル以下、より好ましくは10-8〜10-12モル/リットル(すなわち、会合定数(KA)105〜1012リットル/モル以上、好ましくは107〜1012リットル/モル以上、より好ましくは108〜1012リットル/モル)でHER3に結合する、
及び/又は:
−kon速度:102M-1s-1〜約107M-1s-1、好ましくは103M-1s-1〜107M-1s-1、より好ましくは104M-1s-1〜107M-1s-1、例えば105M-1s-1〜107M-1s-1でHER3に結合する、
及び/又は:
−koff速度:1s-1(t1/2=0.69s)〜10-6s-1(複数の日のt1/2でもってほぼ不可逆的な複合体を提供する)、好ましくは10-2s-1〜10-6s-1、より好ましくは10-3s-1〜10-6s-1、例えば10-4s-1〜10-6s-1でHER3に結合する。
a)ナノボディ配列のセット、コレクション又はライブラリーの提供、及び
b)HER3に結合できる及び/又は親和性を有するナノボディ配列について、ナノボディ配列の前記セット、コレクション又はライブラリーのスクリーニング、
及び、
c)HER3に結合できる及び/又は親和性を有する前記1又は複数のナノボディの単離。
a)免疫グロブリン配列を発現するラクダ科の種由来の細胞のコレクション又はサンプルの提供、
b)HER3に結合できる及び/又は親和性を有する免疫グロブリン配列を発現する細胞(i)及び重鎖抗体を発現する細胞(ii)について細胞の前記コレクション又はサンプルのスクリーニング、その際、サブステップ(i)及び(ii)は、HER3に結合できる及び/又は親和性を有する重鎖抗体を発現する少なくとも1の細胞を提供すべく、実質的に単一スクリーニング工程として、又は、2つの別個のスクリーニング工程として任意の好適な順番で、実施されてよい、
及び
c)(i)前記細胞から前記重鎖抗体中に存在するVHH配列の単離、又は、(ii)前記細胞から前記重鎖抗体中に存在するVHH配列をコードする核酸配列の単離、その後、前記VHHドメインの発現。
a)重鎖抗体又はナノボディ配列をコードする核酸配列のセット、コレクション又はライブラリーの提供、
b)HER3に結合できる及び/又は親和性を有する重鎖抗体又はナノボディ配列をコードする核酸配列について、核酸配列の前記セット、コレクション又はライブラリーのスクリーニング、
及び
c)前記核酸配列の単離、その後、それぞれ前記重鎖抗体中に存在するVHH配列の発現又は前記ナノボディ配列の発現。
−N末端にMet残基を、例えば異種宿主細胞又は宿主生物中への発現の結果として含んでよい、
−合成の際の宿主細胞からのナノボディの分泌を指向させるシグナル配列又はリーダー配列を形成してよい。好適な分泌リーダーペプチドは、当業者に明らかであり、かつ、本願でさらに説明するとおりである。通常、かかるリーダー配列は、ナノボディのN末端に連結されるが、本発明はその最も広い意味合いにおいてそれに限定されない、
−ナノボディが、特異的な器官、組織、細胞、又は部分又は細胞コンパートメントに対して指向する及び/又は侵透するか又は侵入することを可能にする、及び/又はナノボディが、生物学的バリヤー、例えば細胞膜、細胞層、例えば、上皮細胞層、腫瘍(固形腫瘍含む)又は脳血液関門に侵入するか又は横切ることを可能にする、配列又はシグナルを形成してよい。かかるアミノ酸配列の例は、当業者に明らかであり、かつ、WO08/020079の112頁のパラグラフc)に言及されているものを含む、
−「タグ」、例えば、ナノボディの精製を可能又は容易化するアミノ酸配列又は残基を、例えば、前記配列又は残基に対して指向している親和性技術を用いて、形成してよい。その後、前記配列又は残基は、ナノボディ配列を提供すべく、(例えば、化学的又は酵素的開裂により)除去されてよい(この目的には、タグは、任意に、開裂可能なリンカー配列を介してナノボディ配列に連結しているか又は開裂可能なモチーフを有していてよい)。かかる残基のいくつかの好ましいが、限定しない例は、複数のヒスチジン残基、グルタチオン残基及びmycタグである(例えば、WO06/12282の配列番号31を参照のこと)、
−官能化している及び/又は官能基の取付のための部位として機能できる1以上のアミノ酸残基であってよい。好適なアミノ酸残基及び官能基は、当業者に明らかであり、かつ、本発明のナノボディの誘導体について本願で言及されたアミノ酸残基及び官能基を含むが、これらに限定されない。
その最も簡易な形では、本発明の三特異性ポリペプチドは、本発明の三価ポリペプチド(本願で定義する)であり、これは、HER3に対して指向している第1ナノボディ、第2抗原に対して指向している第2ナノボディ及び第3抗原に対して指向している第3ナノボディを含み、その際、前記の第1、第2及び第3ナノボディは、任意に、1以上の、特に1以上の、とりわけ2のリンカー配列を介して連結されていてよい。
。
FcRnへの血清アルブミンの結合に関与しない(ヒト)血清アルブミン上のアミノ酸残基に結合できるナノボディ(例えば、WO06/0122787を参照のこと);
血清アルブミンのドメインIIIの部分を形成しない血清アルブミン上のアミノ酸残基に結合できるナノボディ(例えば、WO06/0122787を参照のこと);
増加した半減期を有するか又は提供できるナノボディ(例えば、Ablynx N.Vによる、本願で言及するWO08/028977を参照のこと);
少なくとも1の種の哺乳類由来の血清アルブミンと、特に少なくとも1の種の霊長類(例えば、限定することなく、マカカ属からのサル(例えば、特に、カニクイザル(Macaca fascicularis)及び/又はアカゲザル(Macaca mulatto)及びバブーン(Papio ursinus))と交差反応性であるヒト血清アルブミンに対するナノボディ(例えば、Ablynx N.VによるWO08/028977を参照のこと);
pH非依存性に血清アルブミンに結合できるナノボディ(例えば、Ablynx N.Vによる、本願で言及するWO2008/043821を参照のこと)、及び/又は、
条件付き結合剤であるナノボディ(例えば、Ablynx N.V.によるWO08/043822を参照のこと)。
i)本発明のアミノ酸配列、ISV、ナノボディ又はポリペプチドをコードする核酸(本願では、「本発明の核酸」とも称される)の、好適な宿主細胞又は宿主生物(本願では、「本発明の宿主」とも称される)における、又は、別の好適な発現システムにおける発現、その後、任意に、
ii)こうして得られた本発明のアミノ酸配列、ISV、ナノボディ又はポリペプチドの単離及び/又は精製。特に、かかる方法は、次の工程を含んでよい:
i)本発明の宿主が、本発明の少なくとも1のアミノ酸配列、ISV、ナノボディ及び/又はポリペプチドを発現及び/又は生産するような条件下で本発明の宿主の培養及び/又は維持、任意に、その後、
ii)こうして得られた本発明のアミノ酸配列、ISV、ナノボディ又はポリペプチドの単離及び/又は精製。
i)少なくとも1の本発明の核酸、これは、次のものに操作可能に結合している、
ii)1以上の調節要素、例えばプロモーター及び任意に好適なターミネーター、
及び任意に
iii)自体既知の遺伝子コンストラクトの1以上の更なる要素
を含み、
その際、「操作可能に結合」及び「操作可能に連結」との用語は、WO08/020079の131−134頁に記載の意味合いを有し、「調節要素」、「プロモーター」、「ターミネーター」及び「更なる要素」とは、WO08/020079の131−134頁に説明されるとおりであり、かつ、遺伝子コンストラクトはさらにWO08/020079の131−134頁に説明されるとおりであってよい。
好ましい観点:
観点A−1:HER3に対して指向している及び/又はHER3に特異的に結合できる免疫グロブリン単一可変ドメイン。
i)配列番号12−26の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する、
かつ、その中で、
ii)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、表B−2で言及する特徴残基から選択される。
i)配列番号12−26の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する、
かつ、その中で、
ii)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、表B−2で言及する特徴残基から選択される。
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
又はこれらの任意の好適な組み合わせ。かかる免疫グロブリン単一可変ドメインは、特に、観点A−1〜A−22のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメインであってよい。
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
この場合に、(i)アミノ酸残基の第1伸長部が、a)、b)又はc)に応じたアミノ酸配列の1に相応する場合には、アミノ酸残基の第2伸長部が、d)、e)、f)、g)、h)又はi)に応じたアミノ酸配列の1に相応し、(ii)アミノ酸残基の第1伸長部が、d)、e)又はf)に応じたアミノ酸配列の1に相応する場合には、アミノ酸残基の第2伸長部が、a)、b)、c)、g)、h)又はi)に応じたアミノ酸配列の1に相応し、又は、(iii)アミノ酸残基の第1伸長部が、g)、h)又はi)に応じたアミノ酸配列の1に相応する場合には、アミノ酸残基の第2伸長部が、a)、b)、c)、d)、e)又はf)に応じたアミノ酸残基の1に相応する。かかる免疫グロブリン単一可変ドメインは、特に、観点A−1〜A−22、B−1又はB−2のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメインであってよい。
a)配列番号57−71のアミノ酸配列、
b)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
c)配列番号57−71のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
アミノ酸残基の第2の伸長部が次のものからなる群から選択されている:
d)配列番号87−101のアミノ酸配列、
e)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
f)配列番号87−101のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列、
及び、アミノ酸残基の第3の伸長部が次のものからなる群から選択されている:
g)配列番号117−131のアミノ酸配列、
h)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列、
i)配列番号117−131のアミノ酸配列少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有するアミノ酸配列。かかる免疫グロブリン単一可変ドメインは、特に、観点A−1〜A−22及び/又はB−1〜B−4のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメインであってよい。
i)配列番号12−26の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する、
かつ、その中で、
ii)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、表B−2で言及する特徴残基から選択される。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
b)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
c)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び/又は
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
e)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
f)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び/又は
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
h)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
i)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
b)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1の少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
c)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
e)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
f)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
b)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
i)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン。かかる免疫グロブリン単一可変ドメインは、好ましくはHER3に対して指向しており、及び/又は、HER3に特異的に結合できる免疫グロブリン単一可変ドメインである。また、かかる免疫グロブリン単一可変ドメインは、好ましくは、観点A−1〜A−22、C−1〜C−4、D−1〜D−6及び/又はE−1〜E−13のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメインである。
i)配列番号12−26の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する、
かつ、その中で、
ii)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、表B−2で言及する特徴残基から選択される。
i)配列番号12−26の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1つと少なくとも80%のアミノ酸同一性を有し、その中で、アミノ酸同一性の程度を決定する目的のために、CDR配列を形成するアミノ酸残基は無視する、
かつ、その中で、
ii)好ましくは、Kabat numberingに応じた位置11、37、44、45、47、83、84、103、104及び108にある1以上のアミノ酸残基は、表B−2で言及する特徴残基から選択される。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
b)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
c)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び/又は
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
e)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
f)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び/又は
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
h)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
i)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン。
−CDR1が、次のものからなる群から選択される:
a)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
b)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
c)配列番号57〜71の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び
−CDR2が、次のものからなる群から選択される:
d)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
e)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
f)配列番号87〜101の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
及び
−CDR3が、次のものからなる群から選択される:
g)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン、
h)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメイン少なくとも1と少なくとも80%のアミノ酸同一性を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン、
i)配列番号117〜131の免疫グロブリン単一可変ドメインの少なくとも1と3、2又は1のアミノ酸相違を有する免疫グロブリン単一可変ドメイン。
a)好適な宿主細胞又は宿主生物中に又は別の好適な発現システム中に、観点M−1に応じた核酸又はヌクレオチド配列、又は、観点M−2に応じた遺伝子コンストラクトを発現させる工程、
任意にその後、
b)こうして得られた、観点A−1〜A−22、B−1〜B−7、C−1〜C−4、D−1〜D−6、E−1〜E−13、F−1〜F−25又はG−1のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメイン、観点H−1〜H−22のいずれかに応じたVHH、観点K−1〜K−19のいずれかに応じたポリペプチド、観点L−1〜L−21のいずれかに応じた化合物又はコンストラクト、又は、観点L−22又はL−23のいずれかに応じた一価コンストラクトを単離及び/又は精製する工程。
a)観点A−1〜A−22、B−1〜B−7、C−1〜C−4、D−1〜D−6、E−1〜E−13、F−1〜F−25又はG−1のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメイン、観点H−1〜H−22のいずれかに応じたVHH、観点K−1〜K−19のいずれかに応じたポリペプチド、観点L−1〜L−21のいずれかに応じた化合物又はコンストラクト、又は、観点L−22又はL−23のいずれかに応じた一価コンストラクトを宿主又は宿主細胞が発現及び/又は生産する条件下で、観点N−1に応じた宿主又は宿主細胞を培養及び/又は維持する工程、
任意にその後、
b)こうして得られた、観点A−1〜A−22、B−1〜B−7、C−1〜C−4、D−1〜D−6、E−1〜E−13、F−1〜F−25又はG−1のいずれかに応じた免疫グロブリン単一可変ドメイン、観点H−1〜H−22のいずれかに応じたVHH、観点K−1〜K−19のいずれかに応じたポリペプチド、観点L−1〜L−21のいずれかに応じた化合物又はコンストラクト、又は、観点L−22又はL−23のいずれかに応じた一価コンストラクトを単離及び/又は精製する工程。
a)免疫グロブリン単一可変ドメインをコードする核酸のセット、コレクション又はライブラリーの提供、
b)HER3に結合できる及び/又はHER3に親和性を有する、かつ、本発明の免疫グロブリン単一可変ドメイン(例えば配列番号12−26)(表A−1)又は本発明のヒト化した免疫グロブリン単一可変ドメインが交差遮断されているか又は交差遮断している免疫グロブリン単一可変ドメイン、又は、本発明のヒト化免疫グロブリン単一可変ドメイン、又は、本発明のポリペプチド又はコンストラクト、例えば配列番号147−327、より好ましくはHER3MS00135(配列番号282)、HER3MS00212(配列番号319)又はHER3MS00215(配列番号322)(表A−2参照)をコードする核酸配列について核酸配列の前記セット、コレクション又はライブラリーのスクリーニングをする工程、
c)前記核酸配列の単離、その後に、前記免疫グロブリン単一可変ドメインの発現をする工程。
実施例1:材料
1.1 hHER3 ECD(=ヒトHER3細胞外ドメイン)−配列番号4
ヒトHER3細胞外ドメインをコードする遺伝子を、in vitro合成により作成した。オープンリーディングフレームは、HER3遺伝子の同族のシグナルペプチドのコード配列、その後の、細胞外ドメイン(ECD)の624アミノ酸、及び、C末端の6ヒスタグを含んだ(配列番号4参照)。この遺伝子を、pEAK12d発現ベクター(Edge Biosystems)中にクローニングした。HER3 ECDを、HEK293−EBNA細胞(Invitrogen)の一過的トランスフェクションにより生産した。簡単にいうと、DMEM:F12培地(4ml/Lのインスリン−トランスフェリン−セレン−Xサプリメント及び1%のウシ胎児血清(全てInvitrogen)を含む)中の懸濁成長に適合させた細胞をプラスミドDNA及びポリエチレンイミン(PEI, PolySciences)の混合物でインキュベーションした。90分後に、トランスフェクションした細胞を1:1でFreestyle培地(Invitrogen)中で希釈し、そして、160rpmでの撹拌下で5%のCO2インキュベーター中のオービタルシェーカー上に37℃で配置した。上清を6日後に回収し、0.22μmのメンブランカートリッジ(Millipore)を通じて滅菌フィルター処理した。組み換えタンパク質を、Niイオンを負荷したPoros 20 MC金属キレート親和性クロマトグラフィカラム(Applied Biosystems)で、その後、GE HealthcareからのHiLoad Superdex 75 prepgrade 16/60カラムでPBS中でサイズ排除クロマトグラフィカラムにより精製した。
cynoHER3配列を、RT−PCR及びcDNA配列決定により決定した。オープンリーディングフレームは、cHER3遺伝子の同族のシグナルペプチドのコード配列、その後の、細胞外ドメイン(ECD)の624アミノ酸、及び、C末端の6ヒスタグを含んだ(配列番号3)。この遺伝子を、pEAK12d発現ベクター(Edge Biosystems)中にクローニングした。
ヒトHER3配列(配列番号1)を合成により生産し、それぞれpcDNA3.1及び pcDNA5/FRT(Invitrogen)中にクローニングした。最終発現プラスミドpcDNA3.1-hHER3を、HER3発現するトランスフェクションした細胞株を作成すべく使用した。
HEK293 T細胞(DSMZ)を、Fugene HD(Roche)をトランスフェクション剤として使用して、pcDNA3.1-hHER3を用いて一過的トランスフェクションした。トランスフェクションした細胞を、ラマを免疫化するために使用した。チャイニーズハムスター卵巣細胞(ATCC)をpcDNA3.1-hHER3でトランスフェクションし、単一細胞ソーティングし、かつ、HER3特異的モノクローナル抗体(R&D Systems)及びFACS分析を用いて細胞を染色することにより、高度かつ均質なHER3発現について選択した。1のクローンを選択し、ヒトHER2(配列番号9)をコードするpcDNA3.1-hygroでトランスフェクションし、HER2/HER3ダブルトランスフェクション細胞を獲得した。細胞を単一細胞ソーティングし、そして、HER2特異的モノクローナル抗体(R&D Systems)及びFACS分析を用いた細胞の染色により、クローンを高度かつ均質なHER2発現で選択した。これら細胞を、結合及び競合実験において使用した。
2.1免疫化
the Ethical Committee of the Faculty of Veterinary Medicine (University Ghent, Belgium)の承認を得た後に、標準プロトコルに応じて8匹のラマを免疫化した。3匹のラマ(340、342、345)に、自家作成したHER3-ECD(ECD;細胞外ドメイン)配列番号4の筋肉内注射4回を隔週(biweekly)の間隔で、用量100、50、25及び25マイクログラムで行った。5匹のラマ(419、420、421、429、430)に、2×107の一過的にトランスフェクションしたHEK293−HER3細胞の皮下注射4回を隔週の間隔で行った。
免疫化手順の終了時に、全ての動物から血清試料を回収し、ELISAによりHER3に対する免疫応答の誘発を評価した。要するに、組み換えヒトHER3/Fcキメラを、96ウェルMaxisorpプレート(Nunc, Wiesbaden, Germany)中で固定化させた。血清希釈の遮断及び添加後に、特異的に結合した免疫グロブリンを、ラマIgG1、IgG2又はIgG3に特異的なモノクローナル抗体及びウサギ抗マウスホースラディッシュペルオキシダーゼコンジュゲートを用いて検出した。著しいHER3特異的免疫応答が全ての動物において観察された。この抗体応答は両者とも慣用かつ重鎖だけの抗体B細胞レパートリーにより高められ、というのも、特異的に結合した免疫グロブリンは、慣用のラマIgG1抗体又は重鎖だけのラマIgG2及びIgG3抗体を特異的に認識する抗体を用いて検出されることができるからである。
末梢血由来単核細胞を、製造者支持に従って、Ficoll-Hypaqueを用いて血液試料から調製した。これら細胞から及びリンパ節から抽出した全RNAを、ナノボディをコードする遺伝子フラグメントを増幅するための、RT−PCRのための出発材料として使用した。これらフラグメントを、ファージミドベクターpAX50中にクローニングした。ファージを、標準的プロトコル(Phage Display of Peptides and Proteins: A Laboratory Manual, Academic Press; 1st edition (October 28, 1996))に応じて調製し、更に使用するまでフィルター滅菌後4℃で貯蔵した。全部で、8つのライブラリーが構築され(340、342、345、419、420、421、429及び430)、ライブラリーサイズは3×108〜8.5×108であり、インサートのパーセンテージは91〜100%であった。
ヒトHER3を認識するナノボディを同定するために、ファージライブラリーを、溶解性ビオチン化HER3−ECD(配列番号4)でインキュベーションした。タンパク質を実施例1に説明するとおりに生産し、Sulfo-NHS-LC-Biotin (Pierce)を用いてビオチン化した。ビオチン化HER3及びファージの複合体を溶液からストレプトアビジンコートした磁気ビーズ上で捕捉した。PBS/0.05% Tween 20を用いた強力な洗浄後に、結合したファージを1mg/mlのトリプトシン又は1μMのHRG(R&D systems)の添加により溶出した。ファージライブラリー340、342及び345を、溶解性ビオチン化ヒトHER3−ECD(0.1〜100nM)で、ファージライブラリー419、420、421、429及び430を、溶解性ビオチン化ヒトHER3−ECD(1−10−100−1000nM)で2回の連続的なラウンドにおいてインキュベーションした。これら選択のアウトプットを、濃縮係数(コントロールに相対的に溶出物中に存在するファージの数)について分析し、かつ、これらの第1のラウンドのアウトプットからの個々のクローンを取り出した。全てのファージライブラリーを、チャイニーズハムスター卵巣細胞(ATCC)又はラクダ細胞株(CAKI細胞;Nguyen et al.2001. Adv. Immunol. 79: 261-296))であってhHER3(hHER3=ヒトHER3=配列番号1)で又はhHER2及びhHER3(hHER2=ヒトHER2=配列番号9)(5×106細胞)でトランスフェクションしたものも用いて2回の連続的なラウンドにおいてインキュベーションもした。第3の選択戦略は、HER3特異的ナノボディ(04C07及び21F06、10μg/ml)でのプレートコーティング、HER3−ECD(5−100nM)の捕捉及び異なるエピトープへのファージ結合の濃縮のためのファージライブラリーの添加からなった。トリプシンをファージを溶出すべく使用し、アウトプットを、同じか又は代わりのナノボディを用いてコーティングしたプレート上の第2ラウンドの選択のためのインプットとして使用した。個々のクローンを、異なる選択条件から回収した。
hHER3へのナノボディの結合能を決定すべく、周辺質抽出物を、細胞ベース結合FACSアッセイ(FACS Array, BectonDickinson)においてスクリーニングした。試料を、hHER3又はhHER2/hHER3でトランスフェクションしたチャイニーズハムスター卵巣細胞とインキュベーションし、FACS緩衝液で洗浄し、抗c−myc−特異的抗体(Serotec)を用いてナノボディの結合を検出した。hHER3へのナノボディ結合を同定した。
ナノボディのHRG1−β1(hHRG=ヒトヘレグリン)遮断能を決定するために、周辺質抽出物を、FMAT技術(Applied Biosystems, Foster City, CA)を用いた細胞ベース競合アッセイにおいてスクリーニングした。HRG1−β1−EGF(R&D Systems, #396-HB, Accession # NP_039250)をA647でラベル化し、ナノボディの存在下でhHER2/hHER3でトランスフェクションしたチャイニーズハムスター卵巣細胞とインキュベーションした。全FL1シグナル中の減少は、ラベル化HRG1−β1の結合が周辺質抽出物中に存在するナノボディにより遮断されていることを示す。ナノボディを、100%遮断から遮断なしまでにわたる、リガンド−レセプター相互作用の遮断の様々なレベルで同定した。HER3結合及びHRG1−β1競合スクリーニングに基づいて、HER3ナノボディのセットを選択し、かつ配列決定した。配列分析により、HER3特異的ナノボディの204個の異なるファミリーが明らかになった。
抗HER3ナノボディを含む周辺質抽出物のオフ速度を、Biacore T100機器を用いて表面プラズモン共鳴分析(SPR)により測定した。ヒトHER3−ECD(配列番号4)をCMセンサーチップ表面にアミンカップリングを介して活性化のためにEDC/NHSを、不活性化のためにエタノールアミンHClを用いて共有結合させた。HER3特異的ナノボディを含む周辺質抽出物を流速45μml/分で2分間注入し、チップ結合抗原への結合を可能にさせた。次に、周辺質抽出物なしの結合緩衝液をチップへと同じ流速で送入し、結合したナノボディの自然な解離を可能にさせた。異なる周辺質抽出物から得られたセンサーグラムから、koff値(kd)を計算した。
HER3リン酸化を遮断する能力を有するHER3特異的ナノボディを同定すべく、周辺質抽出物を血清不足にしたMCF−7細胞で、その後5nMのHRG1−β1−EGF刺激で15分間インキュベーションした。細胞ライセートが作成され、HER3のリン酸化をDuoSet 1C human phospho-HER3 ELISA (R&D systems, DYC 1769-2)を用いて測定した。ナノボディを、100%遮断から阻害なしまでにわたる、リガンド誘発pHER3阻害の様々なレベルで同定した。
6つのHER3特異的ナノボディをビオチン化し、かつ、アルファスクリーン及び/又はFACS競合アッセイにおいて使用し、ナノボディファミリーを異なるエピトープビンへとグループ分けする。FACSアッセイにおいて、HER3特異的ナノボディを含む周辺質抽出物を6つのビオチン化ナノボディのうちの1の存在下でインキュベーションした(使用した濃度は表C−2に示されている)。インキュベーション混合物を引き続き、HER2/HER3トランスフェクションしたCHO細胞に添加した。インキュベーション90分後、細胞を洗浄し、ビオチン化ナノボディの結合をストレプトアビジンPEを用いて検出した。この得られた蛍光シグナルを、周辺質抽出物ナノボディなしにビオチン化ナノボディが細胞に添加された条件から得られたシグナルに比較した。
説明したスクリーニングアッセイをもとにして、15つのナノボディを更なる特性決定のために選択した。これらナノボディは、13つの異なるファミリー及び5つの異なるエピトープビンに属する。配列は表A−1中に示される(配列番号12−26)。
5つの異なるエピトープビンに属する14つの精製したナノボディの結合能を、ELISA中で決定した。96ウェルプレートをhHER3−ECD(1μg/ml)でコーティングした。500nMから開始して6pMと低下する各ナノボディの希釈系列を試験し、かつ、マウス抗c−myc(Roche)及び抗−マウス−HRP(Dako cytomation)を用いて検出した。全てのナノボディはhHER3−ECDに結合し、かつ、こうして得られたEC50値を表C−3に示す。
親和性測定を、Biacore T100機器を用いて、抗ヒトFc抗体(GE Healthcare)をCMセンサーチップ表面にアミンカップリングを介して、活性化のためにEDC/NHSを、不活性化のためにエタノールアミンHClを用いてコーティングさせることにより、実施した。HER3−Fc(R&D systems, 348-RB 5μg/ml;120s;10μl/分)を注入して、このコーティングした抗Fc抗体により捕捉させた。次いで、精製したナノボディを流速10μml/分で2分間注入し、チップ結合抗原への結合を可能にさせた。次に、ナノボディなしの結合緩衝液をチップへと同じ流速で送入し、結合したナノボディの自然な解離を可能にさせた。キネティックパラメーターkon値(ka)、koff値(kd)、及びKD値を、異なるナノボディについて獲得したセンサーグラムから計算した(表C−4)。
** ヘテロ曲線(Heterogenous curve):主たる相互作用(84%)の結果を示す。
選択した精製したナノボディの結合能をELISAにおいて決定した。96ウェルプレートをcHER3−ECD(1μg/ml)(配列番号4)でコーティングした。500nMから開始して6pMと低下する各ナノボディの希釈系列を試験し、かつ、マウス抗c−myc(Roche)及び抗−マウス−HRP(Dako cytomation)を用いて検出した。全てのナノボディはcynoHER3−ECDに結合し、かつ、こうして得られたEC50値を表C−5に示す。
精製したナノボディのオフ標的結合(Off-target binding)を、FACSにより、ヒトHER1(配列番号8)、ヒトHER2(配列番号9)、又はヒトHER4(配列番号10)でトランスフェクションしたチャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO)へのその結合能の測定により評価した。トランスフェクションしてない細胞を、細胞バックグラウンドに対する結合を確認するために使用した。精製したHER3特異的ナノボディ(2000−666−222nM)を2×105細胞に添加し、30分間4℃でインキュベーションし、かつ、マウス抗c−myc(Serotec)及びヤギ抗マウス−PE(Jackson Immune-Research Laboratories)を用いて検出した。ポリクローナル抗体(抗HER1、R&D Systems AF231;抗HER2、R&D Systems AF1129;抗HER4、R&D Systems AF1131)の結合をポジティブコントロールとして使用した。低レベル結合が、HER2へのナノボディ21B02に関して観察され、その一方で、他の精製したナノボディはHER1、HER2及びHER4トランスフェクションした細胞へは結合しなかった(表C−6)。
異なるエピトープビンへのナノボディの分類は、精製及び更なる特性決定のためにナノボディを選択するために重要な尺度であった(実施例2.9及び3参照)。ビオチン化ナノボディ04C07(4C07とも称される)、21B02、23F05、18E08、17C08及び04F10(4F10とも称される)を用いたFACS競合アッセイを、14つの選択された精製したナノボディの3つの異なる濃度(400、100及び25nM)を用いて繰り返した。グループ1及びグループ2に属するナノボディは、極めて類似するが、ナノボディ04F10と競合するその能力において異なる(表C−7)。グループ3及びグループ4のナノボディもまた、極めて類似するが、04F10及び17C08と競合するその能力において異なる。1のエピトープグループに分類されたナノボディは、同一のエピトープに結合すると考えられるが、その一方で、異なるエピトープグループのナノボディは、部分的に重複している(グループ1−2及びグループ3−4)又は重複しないエピトープに結合すると考えられる。
−ニワトリHer3:AA1−25ヒト、AA26−642ニワトリ(配列番号2)、
−キメラニワトリHer3−ヒトドメイン1:AA1−206ヒト、AA207−642ニワトリ(配列番号5)、
−キメラニワトリHer3−ヒトドメイン2:AA1−25ヒト、AA26−206ニワトリ、AA207−328ヒト、AA329−642ニワトリ(配列番号6)、
−キメラニワトリHer3−ヒトドメイン4:AA1−25ヒト、AA26−495ニワトリ、AA496−642ヒト(配列番号7)。
精製したHER3特異的ナノボディのHRG1−β1競合能をFACS競合実験においてhHER3でトランスフェクションしたチャイニーズハムスター卵巣細胞(CHO、FlpIn, Invitrogen)を用いて決定した。600nMから開始して0.03nM及び0.8nMのHRG1−β1−EGF(R&D systems, #396-HB)へと低下させた各ナノボディの希釈系列を、細胞(2×105)に添加し、90分間の間4℃でインキュベーションした。FACS緩衝液での細胞の洗浄後、検出をヤギ抗HRG ECD(R&D systems)及びロバ抗ヤギPE(Jackson ImmunoRe search Laboratories)を用いて実施した。ナノボディは、HER3結合に関してHRG1−β1−EGFとの完全な競合を示し、但し、ナノボディ18E08及び18G11は競合せず、ナノボディ17C08はナノボディ濃度600nMで部分的にのみ遮断した(75%)。この得られたIC50値を表C−8に示す。エピトープグループ3に、そしてより少ない程度でグループ4にも属するナノボディのより低いHRG1−β1遮断能は、作用機序としてのドメイン2へのその結合及びHERトランスリン酸化の遮断に一致している。
リガンド誘発したHER3リン酸化及び下流シグナリング阻害における一価ナノボディの効力を決定するために、ナノボディを以下に説明するとおりの細胞ベースアッセイにおいて試験した。
MCF−7細胞をナノボディでプレインキュベーションし、上で説明したとおり刺激した。細胞ライセートを、製造者の指示に応じて、Phospho-Akt (Ser473) Whole Cell Lysate Kit (MSD, # K151CAD)及びPhospho-ERKl/2 Whole Cell Lysate Kit (MSD, # K111DWD)において試験した(表C−10)。
MDA MB468(ATCC HTB 132)及びCHO HER2/HER3細胞を血清不足にし、上で説明したように処理した(50ng/ml HRG1−β1 EGFドメインでMDA MB468刺激;100ng/ml HRG1−β1 EGFドメインでCHO HER2/HER3細胞刺激)。細胞ライセートをpHER3 ECLAにおいて試験した(表C−9)。
HRG1−β1依存性細胞移動を阻害するためのナノボディの能力を以下のアッセイにおいて評価した。A431細胞(CRL 1555)を、ナノボディの存在下で(段階希釈;666nMで開始)、HTS Fluoroblock 96ウェルプレートインサート(BD Falcon #351164)において播種した。培地+500nM HRG1−β1細胞外ドメイン(R&D Systems, #377-HB)をこのボトムウェルに添加した。移動した細胞をカルセインAMで染色し、蛍光をプレートリーダーにより検出した。リガンド依存性癌細胞移動を阻害するナノボディが同定できた(表C−11)。
多特異性に関する構造的要求は、異なる標的エピトープへの同時の結合を可能にすべく十分な柔軟性でもって2以上の結合ドメインを一緒に融合させること及び/又は異なる作用機序(リガンド結合遮断及びHER二量体化遮断)でもって結合ドメインを1の分子に組み合わせることである。
EGFRリガンド誘発したHER3リン酸化阻害における一価ナノボディの効力を決定するために、ナノボディを以下に説明するとおりの細胞ベースアッセイにおいて試験した。
HER3へのHRG結合を遮断し、かつ、HER3のヘテロ二量体化も遮断する、半減期延長したナノボディ生成物を作成すべく、一価リードパネル(lead panel)ナノボディ(4C07、17C08、18G11、21F06、34C07及び17B05)を二価及び多価分子へとフォーマット化した。
リガンド誘発したHER3リン酸化及びEGFR/Her3及びHer2/Her3トランスリン酸化の阻害における多価ナノボディの効力を決定するために、以下に説明するとおり、ナノボディを細胞ベースアッセイにおいて試験した。MCF−7細胞におけるリガンド誘発したpHER3(phosphoHER3)の阻害(細胞ベースの電気化学発光アッセイ(ECLA)):MCF−7細胞(ATCC HTB 22)を血清不足にさせ、37℃、5%CO2中で60分間血清不含媒体中でナノボディを用いてプレインキュベーションした(段階希釈、開始濃度666nM又は167nM)。細胞を50ng/mlのHRG1−β1 EGFドメイン(R&D Systems, #396-HB)で10分間刺激し、上清を廃棄し、細胞を、冷たいNP−40溶解緩衝液(1% NP−40、20mM Tris、pH8.0、137mM NaCl、10%グリセロール、2mM EDTA、プロテアーゼ阻害剤カクテルセットIII(Calbiochem)、ホスファターゼ阻害剤カクテルセットII(Calbiochem))中で溶解させた。MA6000 96ウェルプレート(MSD, # L15XB)を、3%のブロックA(MSD)でPBS、pH7.4、0.05% Tween 20中で遮断し、かつ、HER3特異的捕捉抗体(R&D Systems, # MAB3481)でコーティングした。細胞溶解物を添加し、2時間室温(RT)でインキュベーションした。ビオチン化抗ホスホチロシン抗体(R&D Systems, # BAM1676)及びスルホタグストレプトアビジン試薬(MSD, #R32AD)を検出のために使用した(表C−14)。EGFR/HER3及びHER2/HER3トランスリン酸化の阻害:MDA MB468(ATCC HTB 132)及びCHO HER2/HER3細胞を血清不足にし、上で説明したように処理した(50ng/ml HRG1−β1 EGFドメインでMDA MB468刺激;100ng/ml HRG1−β1 EGFドメインでCHO HER2/HER3細胞刺激)。細胞溶解物をpHER3 ECLAにおいて試験した(表C−14)。
1の構成ブロックとして17B05を含む親の多価ナノボディ、Alb11、及び、第2のHER3ナノボディ(04C07、18G11、21F06、34C07又は17B05)を、EGFRリガンド誘発したHer3リン酸化を遮断するためのその能力について試験した。全ての17B08を含む親の多価ナノボディは、一価17B05に関して実証したように、CHO EGFR/HER3細胞においてTGFα誘発したpHER3を有効に遮断した。
HER3インターナリゼーションに対するHER3特異的ナノボディの作用を、MCF−7及びMALME−3M細胞を用いて評価した。細胞を濃度105細胞/mlの濃度で6ウェルプレート中に播種し、細胞インキュベーター中で37℃で2日間インキュベーションした。次いで、100nMのナノボディを5μMのHSA(Sigma, A8763)あり又はなしで添加し、細胞を2時間4℃又は37℃でインキュベーションした。コントロールMAb1を有するウェル及びいかなるナノボディ又はMAbも有さないウェルを、それぞれポジティブ及びネガティブコントロールとして考慮した。細胞洗浄後、これらを回収し、抗HER3(R&D systems, #AF234)及びロバ抗ヤギPE(Jackson ImmunoResearch Laboratories)で染色した。試料をFACSアレイ(Becton Dickinson)を用いて測定し、パーセンテージインターナリゼーションを、4℃でのネガティブコントロール条件中のものと37℃条件にあるものとのHER3表面発現の得られたシグナルを比較することにより決定した。いずれの一価ナノボディもHER3インターナリゼーションを誘発できなかったが、その一方で、二価17B05は17.8%インターナリゼーションを誘発した。二価18G11、34C07、4C07及び21F06は60−70%インターナリゼーションを誘発し、これは、ポジティブコントロールMAb1(57%インターナリゼーション)よりもわずかに高かった。ビパラトープ性のコンストラクトによるHER3インターナリゼーションの誘発は、そのそれぞれの組成に依存した。21F06がコンストラクト中に存在する場合にはインターナリゼーションは観察されなかった。21F06なしのコンストラクトにおいては、インターナリゼーション(40−70%)は、N末端位置に17B05又は04C07が局在する場合にだけ観察された。同一の結果は、両方の細胞株で獲得された。
ナノボディ4C07、17B05、21F06、18G11及び34C07を、更に配列最適化のために考慮した。これは、親のナノボディ配列が、ヒトVH3−JH生殖細胞系コンセンサス配列により同一であるナノボディ配列を生じるために突然変異されるプロセスである。ナノボディとヒトVH3−JH生殖細胞系コンセンサスの間で異なるFRにおいて、いわゆる特徴残基を除き、特異的なアミノ酸は、タンパク質構造、活性及び安定性が完全なままに維持されるように、ヒトの対応物へと変更されている。親のナノボディアミノ酸配列は、ナノボディのラマIGHV生殖細胞系アミノ酸配列(ラマIGHV生殖細胞系に対するナノボディのBlastP分析からのトップヒットとして同定されている)へとアラインメントされてもおり、かつ、特定の場合には、ラマ生殖細胞系に対する突然変異が、ナノボディの安定化を増加させるため導入され、これはラマ化と定義される。加えて、後翻訳修飾(Post Translational Modifications、脱アミド化、異性体化、メチオニン酸化としてのPTM)のための可能性のある部位は、化学的安定性を保証するために変更されている。この分析は2回のラウンドで発生し、第1のラウンドではベーシック変異体での単一突然変異及び組み合わせ突然変異が評価された。これら結果に基づき、許容可能な置換が第2ラウンド変異体で組み合わされ、これは更に特性決定される。
組み合わせを、HER3へのHRG結合を遮断する配列最適化ナノボディ(21F06、04C07及び17B05)、HER3ヘテロ二量体化を遮断するナノボディ(17B05)及びHER3のドメインIIへ結合するナノボディ(18G11)から作成した。ALB半減期延長部は、中央(Nb1−ALB−Nb2)中に又はC末端位置(Nb1−Nb2−ALB)に局在していた。異なる構成ブロックを2つの9GSリンカー又は35GSリンカーと連結した。このコンストラクトを、タグなしタンパク質としてのピキア・パストリスにおいて生産し、MEPハイパーセル又はタンパク質A親和性クロマトグラフィにより精製し、その後脱塩した。コピー数スクリーンを実施し、小スケール培養物に基づいて最高コピー数を有するクローンに関して発現収量を予想した(表C−25)。予期された収量に対するナノボディ構成ブロックの位置及びリンカー長さのわずかな影響が観察された。
HER3インターナリゼーションに対する、HLEを用いたHER3特異的多価配列最適化ナノボディの作用を、以前の例において説明したとおり、MCF−7及びMALME−3M細胞を用いて評価した。21F06が多価コンストラクト中に存在する場合にはインターナリゼーションは観察されなかった。21F06なしのコンストラクトにおいては、インターナリゼーション(36−71%)は、N末端位置に17B05又は04C07が存在する場合にだけ観察された。この結果(表C−26)は、両方の細胞株において同一であった。コンストラクトHER3M00209は、ALB11に連結された配列最適化された17B05からなり、インターナリゼーションを示さなかった。これら結果は、親の多価コンストラクトで得られたものに類似し、かつ、選択された多価パネルが異なる作用機序を有する分子を含有したことを示唆する。2つのコントロール抗体をインターナリゼーションアッセイにおいても試験し、そして、これらは両者HER3のインターナリゼーションを誘発した。
リガンド誘発したHER3リン酸化及びEGFR/HER3及びHER2/HER3トランスリン酸化の阻害における多価配列最適化ナノボディの効力を決定するために、以下に説明するとおり、ナノボディを、以下に説明するとおり、細胞ベースアッセイにおいて試験した。
MDA MB468(ATCC HTB 132)及びCHO HER2/HER3細胞を血清不足にし、上で説明したように処理した(50ng/ml HRG1−β1 EGFドメインでMDA MB468刺激;100ng/ml HRG1−β1 EGFドメインでCHO HER2/HER3細胞刺激)。細胞ライセートをpHER3 ECLAにおいて試験した(表C−27)。
下流シグナリングの阻害(pAkt/pERK1/2):MCF−7細胞におけるリガンド誘発したpAKT及びpERK(phosphoHER3)の阻害(細胞ベースの電気化学発光アッセイ(ECLA)):MCF−7細胞(ATCC HTB 22)を血清不足にさせ、37℃、5%CO2中で60分間血清不含媒体中でナノボディを用いてプレインキュベーションした(段階希釈、開始濃度666nM又は167nM)。細胞を50ng/mlのHRG1−β1EGFドメイン(R&D Systems, #396-HB)で10分間刺激し、上清を廃棄し、細胞を、冷たいNP−40溶解緩衝液(1% NP−40、20mM Tris、pH8.0、137mM NaCl、10%グリセロール、2mM EDTA、プロテアーゼ阻害剤カクテルセットIII(Calbiochem)、ホスファターゼ阻害剤カクテルセットII(Calbiochem))中で溶解させた。細胞ライセートを、製造者の指示に応じて、Phospho-Akt (Ser473) Whole Cell Lysate Kit (MSD, # K151CAD)及びPhospho-ERKl/2 Whole Cell Lysate Kit (MSD, # K111DWD)において試験した(表C−28)。フォーマット化した配列最適化ナノボディは、HRG誘発した、HER3の下流シグナリングを有効に遮断できた。
EGFRリガンド誘発したHER3リン酸化阻害における多価配列最適化ナノボディの効力を決定するために、ナノボディを以下に説明するとおりの細胞ベースアッセイにおいて試験した。
HRG1−β1依存性細胞移動を阻害するためのフォーマット化した配列最適化ナノボディの能力を以下のアッセイにおいて評価した。A431細胞(CRL 1555)を、ナノボディの存在下で(段階希釈;666nMで開始)、HTSFluoroblock 96ウェルプレートインサート(BD Falcon #351164)において播種した。培地+500nM HRG1−β1細胞外ドメイン(R&D Systems, #377-HB)をボトムウェルに添加した。移動した細胞をカルセインAMで染色し、蛍光をプレートリーダーにより検出した。ナノボディHER3MS00135、HER3MS00212及びHER3MS00215は、A431細胞移動を有効に阻害した(表C−30)。全ての試験したフォーマット化した配列最適化ナノボディは、リガンド誘発した細胞移動を有効に遮断する。
HLEを用いた多価HER3特異的ナノボディのオフ標的結合を、ELISAプレートにコーティングした、Fc−HER1(R&D Systems, 344-ER)、Fc−HER2(R&D Systems, 1129-ER)及びFc−HER4(R&D Systems, 1131-ER)へのその結合能を測定することにより評価した。濃度500nMで開始するナノボディの連続希釈を試験し、ビオチン化ALB特異的ナノボディ02H05及びストレプトアビジン−HRP(Dako, P0397)を用いて検出を行った。Fc−HER3(R&D Systems, 348-RB)への結合を、HER3特異的ナノボディのためのポジティブコントロールとして使用した。ポリクローナル抗体 抗HER1(R&D Systems, AF231)、抗HER2(R&D Systems, AF1129)、抗HER3(R&D Systems, AF234)及び抗HER4(R&D Systems, AF1131)を、プレート上のHERコーティングの品質コントロールとして使用した。図3A〜3Dの結果は、多価配列最適化ナノボディがHER3に結合する(図3B)が、他のHERタンパク質には結合しない(図3A、3C及び3D)ことを示す。
HLEを用いた多価配列最適化HER3特異的ナノボディの種交差反応性を、ヒトHER3、マウスHER3又はカニクイザルHER3でトランスフェクションしたチャイニーズハムスター卵巣Flp−In細胞へのこれら分子の結合能をFACSにより測定することにより分析した。濃度1μMで開始する段階希釈を細胞でインキュベーションし、ビオチン化ALB特異的ナノボディ02H05及びストレプトアビジン−PE(BD Pharmingen, 554061)を用いて検出を行った。得られたEC50値は、ヒトHER3への結合をマウスHER3又はカニクイザルHER3と比較すると、最大で4.4倍異なり、このことは、ヒト、マウス及びカニクイザルHER3の間の交差反応性を示唆する(表C−31)。
ヒト、マウス及びカニクイザル血清アルブミンへのALB 11半減期延長を有する3つの多価配列最適化HER3特異的ナノボディの結合親和性を、Biacoreを用いて表面プラズモン共鳴を用いて決定した。ヒト(Sigma#A3782)、カニクイザル(自家製造)及びマウス(Sigma#A3559)由来の血清アルブミンを、活性化のためにEDC/NHSを、不活性化のためにエタノールアミンHClを用いて、アミンカップリングを介してセンサーチップ表面に共有結合させた。ナノボディを流速45μml/分で2分間注入し、チップ結合抗原への結合を可能にさせた。次に、結合緩衝液をチップへと同じ流速で送入し、結合したナノボディの自然な解離を可能にさせた。キネティックパラメーターkon値(ka)、koff値(kd)、及びKD値を、異なるナノボディについて獲得したセンサーグラムから計算した(表C−32)。
フォーマット化した配列最適化ナノボディは、MCF−7(上の実施例21)及び他のもの、例えばB×PC3膵臓癌細胞株及びBT−474乳癌細胞株に示すとおりに、ヒト癌細胞株におけるpHER3及び下流シグナリングを有効に阻害した。
フォーマット化した配列最適化ナノボディの効力を評価するために、ヒト肺癌のA549異種移植モデルをヌードマウス中で確立し、腫瘍成長の阻害を複数用量で評価した。T細胞欠失ヌード/ヌードマウス(NIHを起源とする6週齢メスマウス、異種交配、アルビノバックグラウンド)を、異種移植研究のためにCharles River Laboratories (Wilmington, MA)から購入した。A549細胞(ATCC、CCL−185)を、培養培地(RPMI、10%FBS;L−グルタミン、37℃、5%CO2)中で成長させた。マウスに5E+6細胞を100μlPBS中で右横に皮下注射した。初期腫瘍成長及び体重を観察した。13日後に腫瘍は平均体積174mm3に達し、マウスを10個のグループにランダム化した。マウスに3日ごとに、それぞれナノボディHER3MS00135、HER3MS00212又はHER3MS00215を1mg/kg、3mg/kg又は10mg/kgを腹腔内投与した。Alb11を10mg/kgでコントロールとして使用した。PBSをビヒクルコントロールとして使用した。処置期間は20日間であった。腫瘍体積及び体重を週2回記録した。パーセントの体重データをOne Way ANOVAにより分析し、その後、コントロールに対するDunnett'の事後比較をした。腫瘍体積データを、Repeated Measures ANOVAにより分析し、その後、事後Bonferrioni対式比較をした(α=0.05)。
Claims (15)
- ヒトHER3(配列番号1)にそれぞれ特異的に結合できる、少なくとも2つの免疫グロブリン単一可変ドメイン(ISVs)を含むタンパク質又はポリペプチドにおいて、前記タンパク質又はポリペプチドが、
a)1つの、17B05−様配列であるISV、及び
b)少なくとも1つの、21F06−様配列であるISV
を含み、
前記17B05−様配列は、
i)アミノ酸配列LNAMA(配列番号58)又はアミノ酸配列LNAMAの第1番目及び第5番目のアミノ酸に相当するアミノ酸の群から選択されたアミノ酸の2又は1つのアミノ酸置換のみを有するアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR1、
ii)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKG(配列番号88)及びSITRVGSTRYADSAKGからなる群から選択されたアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR2、及び
iii)アミノ酸配列SSVTRGSSDY(配列番号118)を含むか又はこれからなるCDR3を含み、
前記21F06−様配列は、
i)アミノ酸配列LNAMG(配列番号67)又はアミノ酸配列LNAMGの第1番目及び第5番目のアミノ酸に相当するアミノ酸の群から選択されたアミノ酸の2又は1つのアミノ酸置換のみを有するアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR1;
ii)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKG(配列番号97)又はアミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKGの第6番目及び第7番目のアミノ酸に相当するアミノ酸の群から選択されたアミノ酸の2又は1つのアミノ酸置換のみを有するアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR2;及び
iii)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDS(配列番号127)又はアミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDSの第8番目、第15番目及び第16番目のアミノ酸に相当するアミノ酸の群から選択されたアミノ酸の2又は1つのアミノ酸置換のみを有するアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR3;を含む、前記タンパク質又はポリペプチド。 - 請求項1記載のタンパク質又はポリペプチドにおいて、
a)前記17B05−様配列は、
i)アミノ酸配列LNAMG(配列番号67)、LNAMA(配列番号58)、INAMG(配列番号61)及びINAMA(配列番号63);
からなる群から選択されたアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR1;
ii)アミノ酸配列GIFGVGSTRYADSVKG(配列番号88)及びSITRVGSTRYADSAKGからなる群から選択されたアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR2;
及び
iii)アミノ酸配列SSVTRGSSDY(配列番号118)を含むか又はこれからなるCDR3;を含み、かつ、
b)前記21F06−様配列は、
i)アミノ酸配列LNAMG(配列番号67)、LNAMA(配列番号58)、INAMG(配列番号61)及びINAMA(配列番号63)からなる群から選択されたアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR1;
ii)アミノ酸配列AIDWSDGNKDYADSVKG(配列番号97)、AIDWSEGNKDYADSVKG、AIDWSYGNKDYADSVKG、AIDWSEGNKDYADSVKG及びAIDWSDANKDYADSVKGからなる群から選択されたアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR2;及び
iii)アミノ酸配列DTPPWGPMIYIESYDS(配列番号127)、DTPPWGPLIYIESYDS、DTPPWGPFIYIESYDS、DTPPWGPYIYIESYDS、DTPPWGPLIYIESYDS、DTPPWGPMIYIESYQS、DTPPWGPMIYIESYES、DTPPWGPMIYIESYDD、DTPPWGPMIYIESYDE及びDTPPWGPMIYIESYDTからなる群から選択されたアミノ酸配列のいずれかを含むか又はいずれかからなるCDR3;を含む、前記タンパク質又はポリペプチド。 - 増加した半減期を有している請求項1又は2記載のタンパク質又はポリペプチド。
- タンパク質又はポリペプチド中へと血清タンパク質に結合できるペプチド又は結合ユニットを含めることにより、増加した半減期を有している請求項1から3のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド。
- ヒト血清アルブミンに結合するISVを含む請求項1から4のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド。
- 配列番号282及び配列番号199からなる群から選択されている請求項1から5のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド。
- HER3MS00135(配列番号282)と少なくとも90%の配列同一性を有する請求項1から6のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド。
- 前記17B05−様配列が、配列番号13であり、前記21F06−様配列が、配列番号22である請求項1から7のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド。
- タンパク質又はポリペプチドを、HER3(配列番号1)への結合に関し、請求項1から10のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチドと競合させる工程を含む、HER3(配列番号1)への結合に関し、請求項1から10のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチドを競合させる方法。
- 請求項1から10のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチドをコードする核酸。
- 請求項1から10および12のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド又は核酸を含む医薬組成物。
- 癌又は神経再生に関連する疾病の療法における使用のための、請求項1から10および12のいずれか1項記載のタンパク質又はポリペプチド又は核酸。
- 癌が、乳癌、肺癌、卵巣癌、前立腺癌、膀胱癌、脳癌、レチノブラストーマ、メラノーマ、結腸直腸癌、膵癌、胃癌、頭頸部癌、子宮頸癌、及び/又は食道癌である、請求項14記載のタンパク質又はポリペプチド又は核酸。
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