JP5541415B2 - 分析データ処理方法及び装置 - Google Patents
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Description
本発明は、液体クロマトグラフ、ガスクロマトグラフ、キャピラリ電気泳動など試料成分を時間方向に分離する広義のクロマトグラフ分析装置により収集されたデータを処理するデータ処理方法及び装置に関し、特に、時間を分離要素とする1次元方向に試料中の成分を分離する手法と、質量分析、赤外分光測定、紫外可視分光測定など、試料に対して時間以外の分離要素により1次元以上の方向に分離した信号強度を取得する検出手法と、を組み合わせた分析装置により収集されたデータを処理するのに好適なデータ処理方法及び装置に関する。
液体クロマトグラフ(LC)、ガスクロマトグラフ(GC)、キャピラリ電気泳動(CE)などの成分分離手法と、質量分析(MS)手法とを組み合わせた、LC/MS、GC/MS、CE/MSなどによる分析では、試料に含まれる多数の成分を時間的に分離した上でその成分毎に質量分析データを取得することができる。そのため、多種多様な化合物が混じっている試料を効率良く分析することができ、近年、幅広い分野で利用されている。その反面、測定によって得られるデータの量はかなり多くなる。特に、多数の類似した試料の分析結果を比較するような評価を行う場合、試料毎に大量の質量分析データが得られるため、処理対象全体のデータ量は膨大なものとなり、網羅的な解析は困難である。この困難さを解決する解析手法の1つとして、従来、大量のデータを比較的簡便に解析可能な、判別分析、主成分分析、クラスター分析などの多変量解析が利用されている。
例えば非特許文献1、特許文献1などには、複数のサンプルについて得られたマススペクトルデータを主成分分析し、その結果をスコアプロット及びローディングプロットで示した例が開示されている。また、上記のように質量分析データを多変量解析するための汎用的なソフトウエアとしては、例えばスウェーデンのユーメトリクス(Umetrics)社製のSIMCA-P+、米国インフォメトリクス(Infometrix)社製のPirouette、などがよく知られており、これらは容易に入手可能である。ただし、測定データを上記のような多変量解析用のソフトウエアに読み込んで処理を行うためには、解析対象の測定データ(LC/MSであればマススペクトルデータ、クロマトグラムデータ)を予めテーブル形式、つまり1次元又は2次元(縦×横)配置の数値データにまとめる必要がある。
従来一般的に、赤外分光測定装置(IR)や核磁気共鳴装置(NMR)などを用いた分析では、多数の試料から収集されるデータを多変量解析して評価することがよく行われている。これは、IRやNMRではLC/MSやGC/MSと比較し、試料に対する測定によって得られるデータが単純であるからである。即ち、IRやNMRで得られる簡単な分析結果は1枚のグラフ、つまり、或る物理量(IRであれば波長、NMRであればケミカルシフト)に対する信号強度という1次元上の数値データとして表すことができる。したがって、複数の試料の分析結果を比較する場合、各試料に割り当てられた連番などの数値を1つの次元方向の変数とし、上記物理量を他の次元方向の変数として、その2次元テーブルの中に信号強度を数値で記載する形式で、測定データを1つのテーブルにまとめることが可能である。
これに対し、LC/MSやGC/MSなどで得られる測定データは、時間と質量電荷比(m/z)という2つの独立した分離要素の方向にそれぞれ分離された信号強度であり、それ自体が2次元上のデータである。したがって、複数の試料の分析結果を比較する場合には、上記の2次元上のデータを1次元化し、複数の試料に対する測定データを1つのテーブルにまとめる必要がある。
時間方向と質量電荷比方向という2次元上のデータを1次元化するために最も単純な方法は、複数の質量電荷比の中から特定の1つの質量電荷比を選択する、或いは、質量電荷比方向に全ての信号強度を積算する、といった方法である。これは、質量電荷比方向の変数を実質的に1つに固定する、つまり質量電荷比方向という次元を除くことを意味する。また、複数の質量電荷比の中から特定の1つの質量電荷比を選択することは、LC/MS(又はGC/MS)のデータの中から1枚の抽出イオンクロマトグラム(Extracted Ion Chromatogram=XIC)を選択することに相当し、全質量電荷比範囲に亘って質量電荷比方向に信号強度を積算することは、LC/MSのデータから1枚の全イオン電流クロマトグラム(Total Ion Current Chromatogram=TIC)を求めることに相当する。こうした方法では、後述するような1次元化のためのデータ処理演算における内部パラメータに依存する不確かさを軽減することができ、処理も簡単であるためハードウエアの負荷が軽く、処理に要する時間も短くて済むためにスループットが高い。
しかしながら、TICでは質量電荷比方向の情報は全て失われており、XICでは1つの質量電荷比情報は保存されているが他の質量電荷比に対する情報は全て失われており、いずれも質量電荷比方向の1次元の情報は実質的に欠損していると言える。このように2次元上のデータの一方の次元方向の情報が欠落した場合、その欠落した情報に複数の試料間の差異を特徴付ける重要な情報が含まれていると、多変量解析を行っても複数の試料の類似性や相違性を評価するために適切な結果が得られず、試料の比較を正確に行うことができないという問題がある。
これに対し、非特許文献2、3には、LC/MSにより収集されたデータに対し、ピーク検出・選択、ノイズ除去、強度計算(ノーマライズなど)等の複雑なデータ処理演算を実行して不要なデータを削除したり統合したりすることにより、2次元上のデータを1次元化し、複数の試料に対しそれぞれ得られた測定データを2次元テーブルに落とし込み、これを主成分分析する例が開示されている。また、カナダのフェノメノム・ディスカバリーズ社(Phenomenome Discoveries Inc.)が提供しているメタボロミクス解析ソフトウエアであるプロファイラ(ProfilerTM)には、ピークピッキング、スムージング、キャリブレイションなどを含むデータ変換処理を行うことにより、MSn分析が可能であるLC/MSで収集されたデータを2次元テーブルの形式にまとめる機能が搭載されている。
しかしながら、このように複雑なデータ処理演算を行おうとするとハードウエアの負荷が重くなるため、高性能のCPUや大容量のRAMを用意する必要があり、処理のスループットも下がる。また、上記のようなデータ処理演算を行う際には予め用意された演算パラメータが使用されるが、そのパラメータによって多変量解析結果に大きな差異が生じる場合がある。また、ピークピッキングなどを行った場合、その処理の過程で元の情報の欠落が生じるため、それにより試料の差異が多変量解析結果に正確に反映されないことがある。そうしたことから、煩雑なデータ処理を行ったにも拘わらず、試料の比較を正確に行うことができない場合がある。
また、LC、GCといった成分分離手法では、同一物質が溶出する時間が測定条件(分離条件)や装置状態によって変動し易い。測定条件を全く同一にしたとしても、実際に多数回の測定を実行すると、同一物質の溶出時間が変動するということもよく起こる。異なる試料に対する測定結果を比較する際に、上記のような溶出時間のばらつきがあると適切な比較処理が行えないため、同一物質の溶出時間が揃うようにクロマトグラムデータの時間軸調整を行うのが一般的である。時間軸調整は、調整対象のクロマトグラムデータを時間軸方向に移動させたり時間軸を拡大・縮小したりすることで行われる。こうした調整に伴い、クロマトグラムのデータ先頭部分や末端部分がずれてしまうと、データの欠損が発生することになる。
図9はこのデータ欠損を模式的に示した概念図である。図9(a)はA1、A2なる2つのクロマトグラムデータの先頭部及び末端部が揃っている状態であり、この場合にはデータ欠損はない。図9(b)は一方のデータを移動させたために、先頭部ではA1に対応するA2が存在せず、末端部ではA2に対応するA1が存在しない状態である。図9(c)は一方のデータの時間軸を拡大、他方のデータの時間軸を縮小させたために、先頭部、末端部ともにA1に対応するA2が存在しない状態である。このようなデータ欠損が発生した状態のままで多変量解析処理などを実行してしまうと、データの先頭部や末尾部において試料間に差異があるとして誤認識されるおそれがある。
米久保、ほか2名、「最新の飛行時間型質量分析計LCT PremierTMの特徴と食品メタボロームへの応用」、クロマトグラフィー(Chromatography)、クロマトグラフィー科学会、第27巻、第2号(2006年)
サンスター(Tim P. Sangster)、ほか4名、「インベスティゲイション・オブ・アナリティカル・バリエイション・イン・メタボノミック・アナリシス・ユージング・リキッド・クロマトグラフィ/マス・スペクトロメトリー(Investigation of analytical variation in metabonomic analysis using liquid chromatography/mass spectrometry)」、ラピッド・コミュニケイション・イン・マス・スペクトロメトリー(Rapid Commun. Mass Spectrom.)、2007、 21、 p.2965-2970
シャヤン(Li Xiayan)、他1名、「アドバンシズ・イン・セパレイション・サイエンス・アプライド・トゥー・メタボノミクス(Advances in separation science applied to metabonomics)」、エレクトロフォレシス(Electrophoresis)、2008、 29、 p.3724-3736
本発明は上記課題に鑑みて成されたものであり、その主な目的は、LC/MSやGC/MSなどの分析装置を用い多数の試料に対して収集された測定データが持つ情報を有効に利用しつつ、試料間の比較、つまり類似性や相違性などに関する正確な情報を得ることができる分析データ処理方法及び装置を提供することにある。
上記課題を解決するために成された第1発明は、1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理方法であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整ステップと、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを削除するデータ整形ステップと、
c)前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成ステップと、
を有することを特徴としている。
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整ステップと、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを削除するデータ整形ステップと、
c)前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成ステップと、
を有することを特徴としている。
また上記課題を解決するために成された第2発明は、上記第1発明に係る分析データ処理方法におけるデータ整形ステップに代えて、時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを無効化するデータ整形ステップを有することを特徴とする。
ここでいう「無効化」とは、例えばデータが無効であることを示すフラグ等の標識を付加しておいて、テーブル中に数値が存在しても該数値を解析等の実効的な処理に使用しないようにすることを意味する。したがって、この「無効化」は解析等の実効的な処理の上では、データの削除と同じである。
また上記課題を解決するために成された第3発明は、上記第1発明に係る分析データ処理方法におけるデータ整形ステップに代えて、時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、データ欠損部と同じ時間範囲であってデータが欠損していない他のクロマトグラムデータを利用して前記欠損部のデータを補う処理を実行するデータ整形ステップを有することを特徴とする。
第3発明に係る分析データ処理方法においてデータ整形ステップは、例えばデータが欠損していない、比較分析対象である他の試料のクロマトグラムデータの平均値を用い、欠損部のデータを埋めるようにすればよい。ただし、こうして補充したデータは分析により取得されたデータではないから、その旨が識別可能であるように別途フラグ等の標識を付しておくことが好ましい。
第4発明に係る分析データ処理装置は、第1発明に係る分析データ処理方法を具現化する装置であり、1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理装置であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整手段と、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを削除するデータ整形手段と、
c)前記データ整形手段により先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成手段と、
を備えることを特徴としている。
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整手段と、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを削除するデータ整形手段と、
c)前記データ整形手段により先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成手段と、
を備えることを特徴としている。
第5発明に係る分析データ処理装置は、第2発明に係る分析データ処理方法を具現化する装置であり、上記第4発明に係る分析データ処理装置におけるデータ整形手段に代えて、時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを無効化するデータ整形手段を備えることを特徴とする。
第6発明に係る分析データ処理装置は、第3発明に係る分析データ処理方法を具現化する装置であり、上記第4発明に係る分析データ処理装置におけるデータ整形手段に代えて、時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、データ欠損部と同じ時間範囲であってデータが欠損していない他のクロマトグラムデータを利用して前記欠損部のデータを補う処理を実行するデータ整形手段を備えることを特徴とする。
第1乃至第6発明において、クロマトグラムデータは、例えば液体クロマトグラフ、ガスクロマトグラフ、薄膜クロマトグラフ、キャピラリ電気泳動などの分離手段と、質量分析装置、紫外可視分光光度計、フォトダイオードアレイ分光光度計、赤外分光測定装置、核磁気共鳴装置、示差屈折率計などの検出器と、を組み合わせた構成の分析装置から得られたデータである。例えば検出器が質量分析装置である場合、クロマトグラムは、質量電荷比を問わないトータルイオンクロマトグラム、特定の質量電荷比における抽出イオンクロマトグラムのほか、ベースピーククロマトグラム(Base Peak Chromatogram)、マスデフェクトクロマトグラム(Mass Defect Chromatogram)、アイソトピックフィルタードクロマトグラム(Isotopic Filterd Chromatogram)、ニュートラルロスクロマトグラム(Neutral-loss Chromatogram)などが考えられる。
例えば複数の試料からそれぞれ得られたクロマトグラムデータを比較分析する際に、第1乃至第3発明に係る分析データ処理方法において、時間軸調整ステップでは、各試料のクロマトグラムデータに対し同一成分の出現時間(保持時間)ができるだけ一致するように時間軸を調整する。この時間軸調整は時間軸の移動や拡大・縮小であるため、元のクロマトグラムデータの先頭・末尾の時間が一致していたとしても時間軸調整後のクロマトグラムデータの先頭・末尾の時間にはずれが生じる。そのずれのために、一部のクロマトグラムデータの先頭部及び/又は末尾部では、或る時間のデータが存在しない、つまり欠損した状態となる。データ整形ステップでは、こうした欠損部の影響を軽減するために、比較分析対象である全ての試料のクロマトグラムデータについて、データ欠損があるような時間範囲のデータを削除したり無効化することで実質的に削除したりする。或いは、データを削除する代わりに、欠損したデータを有意な他のデータを利用して補充する。
テーブル作成ステップでは、比較分析対象の各クロマトグラムデータのデータ値を例えば縦方向に時間順に並べて1次元的なテーブルを作成し、その時間順方向と直交する横方向に比較分析対象のクロマトグラムデータ、つまり上記1次元的なテーブルを並べることにより2次元的なテーブルを作成する。
第1乃至第3発明に係る分析データ処理方法において、好ましくは、試料に含まれる複数の成分を時間方向に分離するクロマトグラフ分離手段と、該クロマトグラフ分離手段により時間方向に成分分離された試料に対して時間以外の別のパラメータの次元方向の信号強度をそれぞれ取得する検出器と、を具備する分析装置を用いて収集された、複数の試料に対するクロマトグラムデータを処理する分析データ処理方法において、
異なる試料に対し同一のパラメータにおけるクロマトグラムデータを比較分析対象として、前記時間軸調整ステップ及び前記データ整形ステップによる処理を実施し、
前記テーブル作成ステップは、試料毎に、前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後のクロマトグラムデータを、前記パラメータが同一である毎にまとめて、時間方向に連結して1次元的なテーブルを作成する1次元テーブル作成ステップと、該1次元デーブル作成ステップで作成されたそれぞれ異なる試料に対する1次元テーブルを、時間方向と直交する方向に配置することにより、2次元テーブルを作成する2次元テーブル作成ステップと、を含むようにすることができる。
異なる試料に対し同一のパラメータにおけるクロマトグラムデータを比較分析対象として、前記時間軸調整ステップ及び前記データ整形ステップによる処理を実施し、
前記テーブル作成ステップは、試料毎に、前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後のクロマトグラムデータを、前記パラメータが同一である毎にまとめて、時間方向に連結して1次元的なテーブルを作成する1次元テーブル作成ステップと、該1次元デーブル作成ステップで作成されたそれぞれ異なる試料に対する1次元テーブルを、時間方向と直交する方向に配置することにより、2次元テーブルを作成する2次元テーブル作成ステップと、を含むようにすることができる。
上記「パラメータ」とは検出器の種類に依存するものであり、例えば質量分析装置では質量電荷比、紫外可視分光光度計やフォトダイオードアレイ分光光度計では波長、核磁気共鳴装置ではケミカルシフトがパラメータとなる。上記好ましい方法によれば、例えば1つの試料に対して複数の質量電荷比それぞれに対して取得された抽出イオンクロマトグラムデータが1次元テーブルに整理され、複数の試料に対する抽出イオンクロマトグラムデータが2次元テーブルに整理される。
以上の処理により、例えば分析装置がLC/MSやGC/MSである場合には、複数の試料に対するマススペクトルデータ、クロマトグラムデータが、2次元テーブルの形式に変換されることになる。このように2次元テーブルにまとめられた数値を多変量解析ソフトウエアに読み込ませてデータ処理を行うことにより、時間方向の情報と質量電荷比方向の情報とを共に反映した網羅的な解析結果を得ることができる。もちろん、一般的な多変量解析ソフトウエアで実現される機能を本発明に取り込むことにより、2次元テーブルへのデータ変換処理から多変量解析処理までを連続的に行うことができる。
本発明に係る分析データ処理方法及び装置によれば、比較分析を行いたい複数のクロマトグラムデータの時間軸調整を行った結果、データの先頭部や末尾部に欠損が生じた場合であっても、試料間の差異や類似性、或いは同一試料に対する異なる検出器の結果の差異や類似性を求めるための解析処理の際に、一部のデータが欠損していることに起因する異常な結果の導出を回避することができる。それにより、複数のクロマトグラムの比較分析を高い精度で実施することが可能となる。
本発明に係る分析データ処理方法及び該方法が実施される分析データ処理装置の一形態について、その分析データ処理装置を備えるLC−MS分析システムを例に挙げて説明する。図1はこのLC−MS分析システムの概略ブロック構成図である。
図1において、試料チェンジャ1は予め用意された複数の試料を、制御部4による制御の下に順次選択して液体クロマトグラフ(LC)部2に導入する。LC部2は分離用のカラムを含み、試料チェンジャ1から与えられた試料をカラムに導入し、カラムを通過する間に試料中の各種成分を時間的に分離させて順次、質量分析(MS)部3に送り込む。
図示しないが、MS部3は例えば、エレクトロスプレイイオン源等の大気圧イオン源と、イオントラップと、飛行時間型質量分析器と、イオン検出器とを備えるイオントラップ飛行時間型質量分析装置(IT−TOFMS)である。このMS部3において、LC部2から導入された溶出液中の試料成分はイオン化され、生成されたイオンは一旦イオントラップに保持される。保持されたイオンはイオントラップにおいて一定の運動エネルギーを付与されて飛行時間型質量分析器に送り込まれ、飛行空間を飛行する間に質量電荷比に応じてイオンは分離され、イオン検出器において順に検出される。
MS部3で得られた検出信号はデータ処理部7に入力されてデジタルデータに変換され、データ記憶部を含むデータ収集部71に全て保存される。その後、制御部4の指示の下に、データ収集部71から所定のデータが読み出されてクロマトグラム作成部72において抽出イオンクロマトグラム(以下「XIC」と略す)等の各種クロマトグラムが作成され、クロマトグラム修正部73において時間軸補正及びそれに伴い発生するデータ欠損の補正がなされる。さらに、テーブル作成処理部74により、複数の試料に対して取得されたマススペクトルデータ、クロマトグラムデータが1枚のテーブル(2次元上のデータ)にまとめられる。このテーブルが制御部4を介して表示部6の表示画面上に表示されるとともに、解析処理部75に取り込まれ、差異解析等のデータ処理が実行されて解析結果が得られ、この結果が制御部4を介して表示部6の表示画面上に表示される。
制御部4は試料チェンジャ1、LC部2、MS部3、及びデータ処理部7の動作を制御するとともに、ユーザインターフェイスとしての操作部5や表示部6を介して、分析者の操作を受け付ける一方、上述したスコアプロット等の分析結果を出力する。なお、制御部4及びデータ処理部7の機能の大部分は、所定の制御/処理ソフトウエアを搭載したパーソナルコンピュータにより具現化することができる。
本実施例のLC−MSシステムにおいて、測定対象である複数の試料はほぼ同じ成分を含んだ類似した試料である。また、含まれる成分の種類は基本的に既知である。質量電荷比は分析条件などに影響を受けない物質固有の情報であるから、含有成分の種類が既知であることは、観測対象の質量電荷比も既知であることを意味する。そこで、分析者は予め複数の測定対象の質量電荷比を測定条件の1つとして操作部5から入力した上で、測定実行を指示する。ここでは、測定対象の質量電荷比として、m/z100,101,120,130,…が設定されたものとする。これにより、制御部4の制御の下にMS部3では、m/z100,101,120,130,…のSIM(選択イオンモニタリング)測定が繰り返し実行される。
測定が開始されると、試料チェンジャ1は決められた順序で試料を選択し、該試料をLC部2に送り込む。LC部2は試料中の成分を時間的に分離し、MS部3は上記設定された複数の質量電荷比に対するSIM測定を繰り返す。1つの試料に対するLC/MS測定が終了したならば、試料チェンジャ1は次の試料を選択してLC部2に送り込み、LC部2及びMS部3は上記と同様に測定を実行する。こうして複数の試料の全てについてLC/MS測定を実行し、データ収集部71はそれらデータを一旦格納する(ステップS1)。
次に、クロマトグラム作成部72は、試料毎に、観測対象の質量電荷比に対するXICを作成する(ステップS2)。例えば、観測対象の質量電荷比の数が8であれば、1つの試料当たり8枚のXICが作成される(図2参照)。クロマトグラム修正部73は異なる試料に対する同一質量電荷比のXICに現れるピーク波形を比較し、その類似性から同一成分の由来のピークを識別する。そして、同一成分の保持時間ずれを算出し、このずれを修正するようにXICの時間軸を補正する(ステップS3)。この保持時間ずれは、LC部2における移動相の流速のばらつき、カラムの温度のばらつき、など成分分離特性に影響を与える要因のばらつきにより生じるものであり、任意の1つの試料に対するXICを基準として他のXICの時間軸を移動させたり拡大・縮小したりすることにより、クロマトグラム上に現れる各成分の保持時間がほぼ揃うようにする。
クロマトグラム修正部73では続いて、各試料の複数のXICに対し、測定目的等に応じた波形処理を実行する。例えばXICのベースラインを求めて該ベースラインを除去したり、XIC上の信号強度をノーマライズしたりする(ステップS4)。ノーマライズする場合には、例えば各XICにおいて信号強度の最大値や分散、標準偏差などを求め、それを基準として各信号強度値をノーマライズ(規格化)すればよい。
上記のXICの時間軸補正の結果、図9(b)、(c)に示したように、各クロマトグラムデータの先頭や末尾が不揃いになる場合がある。その場合、クロマトグラムデータの先頭部、末尾部の一方又は両方で、対応する時間に他のクロマトグラムデータが存在しないデータ欠損が発生する。そこで、クロマトグラム修正部73ではクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部におけるデータ欠損を補正する処理を実施する(ステップS5)。具体的な処理手法については後述する。
続いて、テーブル作成処理部74は、複数の試料についての時間軸補正・XICデータを2次元テーブル形式にまとめる。具体的には次の手順で処理を行う。
図4(a)に示したような、或る1つの試料における1つの質量電荷比に対するXICを構成するデータは、時間軸上の各時間(保持時間)毎の信号強度値を示すデータである。そこで、1つの試料において各XIC毎に、時間の変化に対してデータ値(信号強度値)を1次元方向に並べた1次元のテーブルを作成する。図4(b)はm/z100のXICについて1次元テーブルを作成した例である。
他の質量電荷比(m/z101,120,130,…)のXICについても同様の1次元のテーブルが作成されるから、これら複数の1次元テーブルを質量電荷比の小さい順(又は大きい順)でテーブル中の信号強度値の並びの方向(つまり時間軸方向)に連結する(ステップS6)。図4(c)は試料1についての異なる質量電荷比に対する1次元テーブルを連結した例である。このとき、1次元方向(図4(c)の縦方向)において、信号強度値は測定条件等によって変動し得る情報である保持時間ではなく、物質に固有の情報である質量電荷比毎に集約されている。
同様に、試料毎にそれぞれ複数のXICを構成する信号強度値が1次元方向に配置された1次元のテーブルを作成する。そして、全ての試料について、試料に付された番号の順に、上記の1次元テーブルを他方の次元方向に並べることで、図4(d)に示したような2次元テーブルの形式にまとめる(ステップS7)。即ち、図4(d)に示した2次元テーブルは、縦方向の1つの列が、1つの試料における全てのXICの信号強度データである。また、その1つの列の中では、同じ質量電荷比に対する信号強度値が隣接してかためられている。一方、横方向の1つの行は、或る1つの質量電荷比で且つ或る1つの時間における全試料の信号強度データである。
ここで、上記ステップS5で実施されるデータ欠損補正処理を具体的に説明する。いま、データ欠損補正処理を行わずにステップS6、S7のテーブル作成処理を実行したとすると、2次元テーブルは図5に示すようになる。図5では、試料1については保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータ(信号強度値)が存在するが、試料2については保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しており、それを埋めるために便宜的に「0」データが挿入されている。また、試料3については保持時間1.1〜1.2の時間範囲のデータが欠損しており、それを埋めるために便宜的に「0」データが挿入されている。即ち、図5において太点線で囲んだ範囲がデータ欠損部分である。これは、クロマトグラムデータの先頭部であるが、末尾部においても同様にデータ欠損は発生し得る。
そこで、ステップS5では次の3つの処理のいずれかを行うことによって、後述する差異解析などの結果に影響が出ないようにデータ欠損部を補正する。
(1)データ欠損がある時間範囲のデータを、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて削除する。
図5に示した例でいえば、試料2について保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しているから、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータを削除する。即ち、データの先頭の保持時間は1.1でなく1.5となる。図6は、ステップS5において上記(1)のデータ欠損部補正処理がなされたXICに対し2次元テーブルを作成した結果を示す図である。図6から分かるように、この場合には、データ欠損部が存在したこと自体が2次元テーブル上に現れない。
(1)データ欠損がある時間範囲のデータを、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて削除する。
図5に示した例でいえば、試料2について保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しているから、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータを削除する。即ち、データの先頭の保持時間は1.1でなく1.5となる。図6は、ステップS5において上記(1)のデータ欠損部補正処理がなされたXICに対し2次元テーブルを作成した結果を示す図である。図6から分かるように、この場合には、データ欠損部が存在したこと自体が2次元テーブル上に現れない。
(2)データ欠損がある時間範囲のデータを、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて無効化する。具体的には、データとしては削除しないものの、通常の数値の代わりに実際上起こり得ない数値や特殊記号を挿入したり、或いは、無効データであることを示すフラグを付加したりすることによって、それらを自動解析又は分析者による解析に利用できないようにする。
図5に示した例でいえば、試料2について保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しているから、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータを図7に示すように特殊記号*に変更する。図7から分かるように、この場合には、データ欠損部が存在したことが2次元テーブルから把握可能である。
図5に示した例でいえば、試料2について保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しているから、全ての試料のクロマトグラムデータにおいて保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータを図7に示すように特殊記号*に変更する。図7から分かるように、この場合には、データ欠損部が存在したことが2次元テーブルから把握可能である。
(3)欠損している部分のデータ(図5において太点線で囲まれている部分のデータ)を、欠損していないデータから計算等により求めたデータに置き換える。例えば、同保持時間の他の試料に対するデータの平均値を求め、欠損した部分の「0」データに代えてこの平均値データを挿入する。
図5に示した例でいえば、試料2について保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しているから、図8に示すように、保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損していない他の試料のクロマトグラムデータから平均値を求め、これを欠損したデータに代えて挿入する。なお、こうして求めたデータと元のデータとの識別が可能であるように、前者には特定のフラグを付加するとよい。図8では特殊記号*をデータに付加している。
図5に示した例でいえば、試料2について保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損しているから、図8に示すように、保持時間1.1〜1.4の時間範囲のデータが欠損していない他の試料のクロマトグラムデータから平均値を求め、これを欠損したデータに代えて挿入する。なお、こうして求めたデータと元のデータとの識別が可能であるように、前者には特定のフラグを付加するとよい。図8では特殊記号*をデータに付加している。
テーブル作成処理部74において上記のような2次元テーブル形式にまとめられた信号強度データが解析処理部75に入力されると、解析処理部75は予め決められた差異解析や多変量解析を実行し、試料の類似性や相違性を示す結果を表示部6に出力する(ステップS8)。解析処理部75が主成分分析を行うものである場合には、読み込んだ信号強度データに基づいて試料毎にスコアとローディングとを求め、それぞれの分散図を作成してこれを出力する。これにより、分析者は複数の試料の類似性や相違性の評価を行うことができる。
解析処理部75において差異解析を行う際には、異なる試料に対する同保持時間のデータ同士の差分を利用するが、図6や図7に示した例では、データ欠損がある時間範囲についての差異解析は行われないので、データ欠損が解析結果に影響することはない。また、図8に示した例では、データ欠損がある時間範囲についての差異解析も行われるが、欠損部が0データではなく他の試料に対するデータに近い値となるので、解析結果への影響を抑制することができる。
なお、上記実施例では、図4(b)に示したクロマトグラムデータは或る1つの質量電荷比に対するXICの信号強度データで、多数の質量電荷比に対するXICの信号強度データを用いることで図4(c)に示す1次元テーブルを作成するようにしていたが、そのクロマトグラムの一部又は全部をXICではない他の態様のクロマトグラムに置き換えることができる。
例えば、複数の質量電荷比に対するXICの差分をとった差分クロマトグラム、複数の質量電荷比に対するXICを加算した又は所定の質量電荷比範囲に亘る全てのXICを加算した加算クロマトグラムなどとしてもよい。例えば、図4(c)の例においてm/z100、m/z101の2つのXICを示すデータに代えて、両方のXICを加算した、つまりm/z=100+101に対するクロマトグラムを示すデータとしてもよい。このような変換を行っても、質量電荷比という次元の情報は欠損しない。
また、質量分析装置において作成されるクロマトグラムとしてはTICやXICが一般的であるが、そのほかに、様々な態様のクロマトグラムが作成されるから、そうしたクロマトグラムを構成するデータを図4(c)に示した1次元テーブルに含むようにしてもよい。こうしたクロマトグラムとして、例えばイオン量が最大のピークを集めたベースピーククロマトグラム、マスデフェクトクロマトグラム、アイソトピックフィルタードクロマトグラム、ニュートラルロスクロマトグラムなどが含まれる。なお、これらクロマトグラムの一部は、MS部3においてイオンを開裂させることで生成されるプリカーサイオンの質量分析を行うことにより収集されるデータに基づくものであることは当然である。
また上記実施例は本発明をLC−MS分析システムに適用したものであるが、LCの代わりに、同様に時間方向に成分分離が可能なGC、CEを用いてもよいことは明らかである。
また、試料に対する測定データを取得する検出器としてMS以外の様々な分析装置を用いることができることも明らかである。例えば、検出器として紫外可視分光光度計やフォトダイオードアレイ検出器を用いた場合には、複数の波長毎に信号強度の時間的変化を測定することができるから、波長毎にクロマトグラムを作成することができ、複数の試料に対する複数の波長のクロマトグラムデータを上記と同様の方法で2次元テーブル化することができる。
また、上記説明では、複数の試料に対するクロマトグラムデータを比較するために、異なる試料に対するクロマトグラムデータをテーブルの横方向に並べたが、同一試料に対し異なる検出器でそれぞれ取得したクロマトグラムを比較するために本発明を用いることもできる。具体的には、例えば、同一試料に対し質量分析装置で取得したTICと紫外可視分光光度計で取得した各波長におけるクロマトグラムとを比較するために、これらクロマトグラムデータが配列された1次元テーブルを横方向に並べて2次元化するようにしてもよい。このように、比較対象のクロマトグラムの種類はユーザが任意に選ぶことができるが、どのようなクロマトグラムが選ばれた場合でも、本発明によれば、時間軸調整の結果生じたデータ欠損の影響をなくすような処理が行われ、クロマトグラムの正確な比較が可能となる。
また、上記実施例は本発明の一例にすぎず、上記記載以外でも、本発明の趣旨の範囲で適宜に変更、修正、追加を行っても本願請求の範囲に包含されることは当然である。
1…試料チェンジャ
2…液体クロマトグラフ(LC)部
3…質量分析(MS)部
4…制御部
5…操作部
6…表示部
7…データ処理部
71…データ収集部
72…クロマトグラム作成部
73…クロマトグラム修正部
74…テーブル作成処理部
75…解析処理部
2…液体クロマトグラフ(LC)部
3…質量分析(MS)部
4…制御部
5…操作部
6…表示部
7…データ処理部
71…データ収集部
72…クロマトグラム作成部
73…クロマトグラム修正部
74…テーブル作成処理部
75…解析処理部
Claims (8)
- 1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理方法であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整ステップと、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを削除するデータ整形ステップと、
c)前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成ステップと、
を有することを特徴とする分析データ処理方法。 - 1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理方法であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整ステップと、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを無効化するデータ整形ステップと、
c)前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成ステップと、
を有することを特徴とする分析データ処理方法。 - 1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理方法であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整ステップと、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、データ欠損部と同じ時間範囲であってデータが欠損していない他のクロマトグラムデータを利用して前記欠損部のデータを補う処理を実行するデータ整形ステップと、
c)前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成ステップと、
を有することを特徴とする分析データ処理方法。 - 請求項1〜3のいずれかに記載の分析データ処理方法であって、
試料に含まれる複数の成分を時間方向に分離するクロマトグラフ分離手段と、該クロマトグラフ分離手段により時間方向に成分分離された試料に対して時間以外の別のパラメータの次元方向の信号強度をそれぞれ取得する検出器と、を具備する分析装置を用いて収集された、複数の試料に対するクロマトグラムデータを処理する分析データ処理方法において、
異なる試料に対し同一のパラメータにおけるクロマトグラムデータを比較分析対象として、前記時間軸調整ステップ及び前記データ整形ステップによる処理を実施し、
前記テーブル作成ステップは、試料毎に、前記データ整形ステップにより先頭部及び末尾部の処理が施された後のクロマトグラムデータを、前記パラメータが同一である毎にまとめて、時間方向に連結して1次元的なテーブルを作成する1次元テーブル作成ステップと、該1次元デーブル作成ステップで作成されたそれぞれ異なる試料に対する1次元テーブルを、時間方向と直交する方向に配置することにより、2次元テーブルを作成する2次元テーブル作成ステップと、を含むことを特徴とする分析データ処理方法。 - 請求項4に記載の分析データ処理方法であって、
前記検出器は質量分析装置であり、前記パラメータは質量電荷比であることを特徴とする分析データ処理方法。 - 1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理装置であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整手段と、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを削除するデータ整形手段と、
c)前記データ整形手段により先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成手段と、
を備えることを特徴とする分析データ処理装置。 - 1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理装置であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整手段と、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、その比較分析対象である複数のクロマトグラムデータについてデータ欠損がある時間範囲のデータを無効化するデータ整形手段と、
c)前記データ整形手段により先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成手段と、
を備えることを特徴とする分析データ処理装置。 - 1つの試料に対して得られた複数のクロマトグラムデータ又は複数の試料に対しそれぞれ得られた複数のクロマトグラムデータを処理する分析データ処理装置であって、
a)前記複数のクロマトグラムデータの中で比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、同一成分の出現時間が揃うように時間軸を調整する時間軸調整手段と、
b)時間軸調整済みの比較分析対象である複数のクロマトグラムデータの先頭部及び末尾部において同一時間に対するデータが欠損しているクロマトグラムデータが存在する場合に、データ欠損部と同じ時間範囲であってデータが欠損していない他のクロマトグラムデータを利用して前記欠損部のデータを補う処理を実行するデータ整形手段と、
c)前記データ整形手段により先頭部及び末尾部の処理が施された後の比較分析対象である複数のクロマトグラムデータに対し、各クロマトグラムデータのデータ値を縦方向又は横方向に時間順に並べ、その時間順方向と直交する横方向又は縦方向に比較分析対象のクロマトグラムデータを並べるように2次元的なテーブルを作成するテーブル作成手段と、
を備えることを特徴とする分析データ処理装置。
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