JP5276367B2 - 多孔質樹脂ビーズおよびそれを用いる核酸の製造方法 - Google Patents
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Description
Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry(2000)
[1]第一の芳香族モノビニル化合物−ジビニル化合物−(メタ)アクリルアミド誘導体系共重合体を含む多孔質樹脂ビーズ。
[2]該共重合体が、カルボキシル基と脱水縮合反応により結合し得る官能基を有する第二の芳香族モノビニル化合物を構造単位として更に含む、[1]記載の多孔質樹脂ビーズ。
[3]該共重合体中の(メタ)アクリルアミド誘導体単位の含有量が0.3〜4mmol/gである、[1]記載の多孔質樹脂ビーズ。
[4]第二の芳香族モノビニル化合物単位が有する官能基がアミノ基又は水酸基である、[2]記載の多孔質樹脂ビーズ。
[5]該共重合体中のアミノ基又は水酸基の含有量が0.05〜1mmol/gである、[4]記載の多孔質樹脂ビーズ。
[6](メタ)アクリルアミド誘導体が、N−アルキル(メタ)アクリルアミド、N,N−ジアルキル(メタ)アクリルアミド、N−アルコキシ(メタ)アクリルアミド、2−(メタ)アクリルアミドアルカンスルホン酸、N−アルキロール(メタ)アクリルアミド、アクリルアミド、メタクリルアミド、ダイアセトンアクリルアミド、N,N−ジメチルアミノプロピルアクリルアミド、及びアクロイルモルホリンからなる群より選択される、[1]に記載の多孔質樹脂ビーズ。
[7]ジビニル化合物がジビニルベンゼンである、[1]に記載の多孔質樹脂ビーズ。
[8][1]〜[7]いずれかに記載の多孔質樹脂ビーズに開裂性のリンカーを介して結合したヌクレオシド、ヌクレオチド又はポリヌクレオチドにヌクレオチドを結合させ、伸長したポリヌクレオチドを得ることを特徴とする、核酸の製造方法。
これとは別に、測定試料を入れずに上記と同様の操作により、ブランクの測定を行う。
測定試料の水酸基量は以下の式(1)により算出される。但し、A(μmol/g)は測定試料の水酸基量であり、B(ml)はブランク測定における水酸化カリウム水溶液の滴定量であり、C(ml)は測定試料の測定における水酸化カリウム水溶液の滴定量であり、fは水酸化カリウム水溶液のファクターであり、M(g)は量り取った測定試料の重量である。
A=(B−C)×0.5(mol/l)×f×1000÷M …(1)
それ故、上述のような、保護されたカルボキシル基と脱水縮合反応によって結合し得る官能基を有する第二の芳香族モノビニル化合物を懸濁共重合し、これにより得られる共重合体を加水分解する方法が好ましい。
該分散安定剤の添加量は、特に限定されないが、好ましくは懸濁重合系の水の重量に対して0.01〜10重量%である。この値が過少となった場合は、懸濁重合の分散安定性が低下し得、多量の凝集物が生成する場合がある。この値が過大となった場合は、微小ビーズが多数生成する場合がある。
(1)ジクロロ酢酸等により、ビーズに結合したヌクレオシドスクシニルリンカーの5’−OHの保護基であるDMTをはずす脱トリチル化;
(2)テトラゾール等により活性化したヌクレオシドホスホロアミダイトを前記の5’−OHに結合するカップリング;
(3)アミダイトが結合しなかった5’−OHを無水酢酸等により保護するキャッピング;及び
(4)ヨウ素等により酸化して、リン酸トリエステルの形にする酸化。
(懸濁共重合)
500mLのセパラブルフラスコを、冷却機、撹拌機、窒素導入管を備えた恒温水槽に設置し、これにポリビニルアルコール(クラレ製)2.5g及び蒸留水250gを入れ、300rpmにて撹拌した。冷却水と窒素ガスを流して恒温水槽の温度を55℃に保ち、撹拌を継続してポリビニルアルコールを溶解した(溶液A)。一方、これとは別に、スチレン(和光純薬製)37g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)4g(0.41mmol/g)、ジビニルベンゼン(含有量55%、和光純薬製)7g(0.49mmol/g)、ダイアセトンアクリルアミド(和光純薬製)12g(1.18mmol/g)、2−エチルヘキサノール(和光純薬製)55g、イソオクタン(和光純薬製)25g、及び過酸化ベンゾイル(日本油脂製、25%含水)1gを混合し、これらを溶解した(溶液B)。得られた溶液Bを、溶液Aの入ったセパラブルフラスコに入れ、窒素雰囲気下、室温で、周速度2.0m/sで撹拌した後、80℃に昇温して24時間、懸濁共重合化を行った。
重合生成物を、蒸留水及びアセトン(和光純薬製)を用いて濾過洗浄を行い、全量約2Lになるようにアセトン中に分散させた。これを、超音波ホモジナザーにより分散した後、蒸留水及びアセトンを用いて濾過洗浄を行い、全量約1Lになるようにアセトン中に分散させた。
この分散液を静置して、ビーズ状の共重合体を沈澱させ、液を傾けても沈澱が乱れない程度になるまで静置した後、上清のアセトンを廃棄した。かかる沈澱に再びアセトンを加えて全量約1Lにして、再び静置した後、上清アセトンを廃棄する、という操作を12回繰返すことにより分級を行った。この分散液を濾過し、減圧乾燥することにより、粉末状のp−アセトキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−ダイアセトンアクリルアミド共重合体ビーズを得た。
500mLのセパラブルフラスコを、冷却機、撹拌機、及び窒素導入管を備えた恒温水槽に設置し、これにp−アセトキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−ダイアセトンアクリルアミド共重合体ビーズの粉末20g及びエタノール100gを入れて、撹拌し、分散させた。次いで、水酸化ナトリウム1gを蒸留水50gに溶解して得られた水溶液をこれに添加した後、75℃に昇温し、6時間、加水分解反応を行った。反応終了後、得られた反応混合物を塩酸で中和した後、蒸留水及びアセトンを用いて濾過洗浄を行った。この分散液を濾過し、減圧乾燥することにより、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−ダイアセトンアクリルアミド共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
単量体として、スチレン(和光純薬製)40g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)4g(0.41mmol/g)、ジビニルベンゼン(含有量55%、和光純薬製)7g(0.49mmol/g)、N,N−ジメチルアクリルアミド(和光純薬製)9g(1.51mmol/g)を用いた点、及び有機溶媒として、2−エチルヘキサノール(和光純薬製)65g、イソオクタン(和光純薬製)25gを用いた点を除いては、実施例1と同様にして、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−N,N−ジメチルアクリルアミド共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
単量体として、スチレン(和光純薬製)31g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)4g(0.41mmol/g)、ジビニルベンゼン(含有量55%、和光純薬製)7g(0.49mmol/g)、N−イソプロピルアクリルアミド(和光純薬製)18g(2.65mmol/g)を用いた点、及び有機溶媒として、1−デカノール(和光純薬製)78gを用いた点を除いては、実施例1と同様にして、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−N−イソプロピルアクリルアミド共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
単量体として、スチレン(和光純薬製)37g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)4g(0.41mmol/g)、ジビニルベンゼン(含有量55%、和光純薬製)7g(0.49mmol/g)、N−メトキシメチルメタクリルアミド(ワコーケミカル製)12g(1.55mmol/g)を用いた点、及び有機溶媒として、2−エチルヘキサノール(和光純薬製)55g、イソオクタン(和光純薬製)25gを用いた点を除いては、実施例1と同様にして、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−N−メトキシメチルメタクリルアミド共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
単量体として、スチレン(和光純薬製)25g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)4g(0.41mmol/g)、ジビニルベンゼン(含有量55%、和光純薬製)7g(0.49mmol/g)、N−イソプロピルアクリルアミド(和光純薬製)12g(1.77mmol/g)、メタクリロニトリル(和光純薬)12gを用いた点、及び1−デカノール(和光純薬製)72gを用いた点を除いては、実施例1と同様にして、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン−N−イソプロピルアクリルアミド−メタクリロニトリル共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
単量体として、スチレン(和光純薬製)40g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)6g(0.62mmol/g)、ジメタクリル酸トリエチレングリコール(新中村化学工業製、商品名NKエステル3G)9g(0.52mmol/g)、N,N−ジメチルアクリルアミド(和光純薬製)5g(0.84mmol/g)を用いた点、及び有機溶媒として、1−デカノール(和光純薬製)84gを用いた点を除いては、実施例1と同様にして、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジメタクリル酸トリエチレングリコール−N,N−ジメチルアクリルアミド共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
単量体として、スチレン(和光純薬製)49g、p−アセトキシスチレン(アルドリッチ製)4g(0.41mmol/g)、ジビニルベンゼン(含有量55%、和光純薬製)7g(0.49mmol/g)を用いた点、及び2−エチルヘキサノール(和光純薬製)52g、イソオクタン(和光純薬製)23gを用いた点を除いては、実施例1と同様にして、p−ヒドロキシスチレン−スチレン−ジビニルベンゼン共重合体からなる多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を得た。
(固相合成用担体の物性測定)
実施例1〜6、及び比較例1で得られた多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体について以下の物性測定を行った。
(1)メジアン粒子径
測定試料を50v/v%エタノール液中で超音波分散した。この分散液を、50v/v%エタノール液を分散媒に用いたレーザー回折/散乱式粒度分布装置LA−920(堀場製作所製)により測定した。
(2)メジアン細孔径
測定試料0.2gを水銀ポロシメーターPoreMaster60−GT(QuantaChrome Co.製)に投入し、水銀接触角140°、水銀表面張力480dyn/cmの条件下、水銀圧入法により測定した。
(3)水酸基量
測定試料0.5〜2gをフラスコに量り取り、アセチル化試薬(無水酢酸25gとピリジンを加えて全量100mLにしたもの)0.5mL及びピリジン4.5mLを正確に添加した。フラスコ中の混合物を95〜100℃にて2時間保持した後、室温まで放冷してから蒸留水1mLを加えた。次いで、アセチル化において消費されなかった無水酢酸を10分間加熱して分解して、フラスコ中の全量をビーカーに移し、蒸留水で全量150mLに希釈した後、0.5Nの水酸化カリウム水溶液にて滴定を行った。又、これとは別に、かかる測定試料を加えずに上記と同様の操作で滴定を行った(ブランク測定)。測定試料の水酸基量(mmol/g)は以下の式(1)により算出した。A(mmol/g)は測定試料の水酸基量であり、B(mL)はブランク測定における水酸化カリウム水溶液の滴定量であり、C(mL)は測定試料の測定における水酸化カリウム水溶液の滴定量であり、fは水酸化カリウム水溶液のファクターであり、M(g)は量り取った測定試料の重量である。
A(mmol/g)=(B−C)×0.5(mol/L)×f÷M ・・・(1)
(4)アクリルアミド誘導体構造単位の含有量
測定試料2〜3mgを白金パンに入れてミクロ天秤で秤量したものについて、全窒素分析装置TN−110(三菱化学製)にてアクリルアミド誘導体構造単位の含有量の測定を行った。得られたN濃度(重量%)から以下の式(2)により、アクリルアミド誘導体構造単位Dの含有量(mmol/g)を算出した。
Dの含有量(mmol/g)=(N濃度(重量%)×10)/(N分子量×D中のN数)・・(2)
実施例1〜6、及び比較例1で得られた多孔質樹脂ビーズの固相合成用担体を用いて、以下のようにしてRNAの合成、及び合成したRNAの評価を行った。
固相合成用担体1g、DMT−dT−3’−succinate(Beijing OM Chemicals製)0.095g、HBTU(Novabiochem製)0.045g、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(アルドリッチ製)0.038ml、及びアセトニトリル(和光純薬製)10mlを混合し、撹拌下、室温にて12時間反応させ、アセトニトリルを用いて濾過洗浄した後、乾燥させた。これにCapA(20%無水酢酸/80%アセトニトリル)2.5ml、CapB(20%N−メチルイミダゾール/30%ピリジン/50%アセトニトリル)2.5ml、4−ジメチルアミノピリジン(アルドリッチ製)0.025g、アセトニトリル(和光純薬製)5mlを混合し、撹拌下、室温にて12時間反応させ、アセトニトリルを用いて濾過洗浄した後、減圧乾燥させてDMT−dT−3’−succinateを結合した固相合成用担体を得た。DMT−dT−3’−succinateの結合量は、p−トルエンスルホン酸/アセトニトリル溶液を用いて脱保護したDMT基の吸光度測定(412nm)により算出した。
上記の方法により得られた、DMT−dT−3’−succinateを結合した固相合成用担体10mgを合成カラムに供し、Applied Biosystems 3400 DNA合成機(アプライドバイオシステムズ製)に供して合成スケール1μmol、DMT−offの条件にて核酸(dT×1mer)+rA、rG、rC、rUの混合配列×21mer)の合成を行った。合成後、カラムを乾燥させた後、固相合成用担体から核酸を切り出して塩基アミノ基の脱保護を行い、固相合成用担体をフィルター濾過により分離した後、濾液をUV吸光度測定(260nm)を行い、核酸のOD収量(核酸合成量に相等)を決定した。次に、濾液を乾燥した後、得られたRNAの2’水酸基の脱保護を行い、HPLC測定(ウォーターズ製)によりFull−length%(目的の配列長をもつRNAの割合)を算出した。結果を表1に示す。
Claims (8)
- 第一の芳香族モノビニル化合物−水酸基を有する第二の芳香族モノビニル化合物−ジビニル化合物−(メタ)アクリルアミド誘導体系共重合体を含む多孔質樹脂ビーズからなる核酸を合成するための固相合成用担体。
- 該共重合体中の(メタ)アクリルアミド誘導体単位の含有量が0.3〜4mmol/gである、請求項1記載の固相合成用担体。
- 該共重合体中の水酸基の含有量が0.05〜1mmol/gである、請求項1又は2記載の固相合成用担体。
- (メタ)アクリルアミド誘導体が、N−アルキル(メタ)アクリルアミド、N,N−ジアルキル(メタ)アクリルアミド、N−アルコキシ(メタ)アクリルアミド、2−(メタ)アクリルアミドアルカンスルホン酸、N−アルキロール(メタ)アクリルアミド、アクリルアミド、メタクリルアミド、ダイアセトンアクリルアミド、N,N−ジメチルアミノプロピルアクリルアミド、及びアクロイルモルホリンからなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の固相合成用担体。
- ジビニル化合物がジビニルベンゼンである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の固相合成用担体。
- 第一の芳香族モノビニル化合物が、スチレンである、請求項1〜5のいずれか1項に記載の固相合成用担体。
- 第二の芳香族モノビニル化合物が、ヒドロキシスチレンである、請求項1〜6のいずれか1項に記載の固相合成用担体。
- 請求項1〜7いずれかに記載の固相合成用担体に開裂性のリンカーを介して結合したヌクレオシド、ヌクレオチド又はポリヌクレオチドにヌクレオチドを結合させ、伸長したポリヌクレオチドを得ることを特徴とする、核酸の製造方法。
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