JP4907514B2 - 効率的にターゲット分子を探索する方法 - Google Patents

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Description

本発明は、リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる新規固相担体、該固相担体を用いる各種方法、該固相担体の製造方法、並びにリガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体の改良方法などを提供する。
近年、分子間相互作用を基盤とした手法を用い、ある特定の分子に特異的な相互作用を有する分子を探索する試み、あるいは相互作用を詳細に検討する研究が盛んに行われている。これは具体的には、低分子−低分子、低分子−高分子、あるいは高分子−高分子間の片方の分子を固相担体に固定し、両分子間での相互作用を測定する研究、あるいはそれに基づいて目的とするターゲット(固相担体に固定化した分子に特異相互作用を有する分子)を精製する研究に代表される。分子間相互作用を基盤とした各種手法の例としては、後者の例としての1)アフィニティー樹脂を用いたターゲット研究、前者の例としての2)表面プラズモン共鳴(Surface Plasmon Resonanse:SPR)や水晶発振子(quartz crystalmicrobalance(QCM))を応用した方法が有名である。
1)の例としては、1989年のシュライバー教授によるアフィニティー樹脂を用いた免疫抑制剤FK506の結合タンパク質FKBP(FK506 binding proteins)の発見(FK506の細胞内結合タンパク質としてのFKBP12の発見、Nature,1989年10月26日,第341巻,p.758−760)、および引き続き行われたFK506−FKBP複合体によるFK506薬効メカニズムにおけるカルシニューリン阻害作用の発見(Cell,1991年8月23日,第66巻,第4号,p.807−815)や、抗癌剤Trapoxinのターゲットタンパク質としてのHDACの発見(Science,1996年4月19日,第272巻,p.408−411)等が有名である。
また2)の例としては、固相担体として金薄膜を利用し、化合物あるいはタンパク質等とそれと特異的に相互作用するタンパク質等との相互作用を詳細に検討できるBIACORE(商品名)が有名である。
しかし、これまではアフィニティー樹脂等の合成では固相担体上にリガンドを結合させ、未反応官能基は例えばアセチル基等によりキャッピングさせることによって行われてきた。その際、固相担体が親水性の場合には、得られる固相担体表面におけるリガンドの周囲は親水的環境となる。そのため、ターゲット分子とリガンドの結合が本来疎水的環境で効率的に形成されるような場合には(例えば、膜蛋白質とリガンドの相互作用、非常に脂溶性の基質をリガンドとする酵素とリガンドの相互作用)、ターゲット分子とリガンドとの結合にとって不利になり、結果として目的蛋白質の探索が見逃されてきた経緯がある。事実、我々の調査によると、これまでアフィニティー樹脂によるターゲット蛋白質の発見は全てターゲット蛋白質が細胞質蛋白質である場合に限られており、膜結合蛋白質(membrane associated protein)の発見はなされていない。
本発明の目的は、疎水性の高いターゲット分子、例えば膜結合蛋白質を吸着可能な固相担体を提供することである。本発明の目的はまた、膜結合蛋白質等の疎水性の高いターゲット分子に限らず、任意のターゲット分子に対し至適化された固相担体を提供することである。
我々は、上記のような問題を解決すべく鋭意検討したところ、固相担体に対するリガンド固定化量を意図的に下げ、適切に選択した疎水性物質を残りの部分にキャッピングし(即ち、固相担体に対するリガンド及び疎水性物質の結合密度を調節し)、疎水的環境を固相表面上に人工的に構築することにより、上記の問題を解決することに成功した。また、本技術は、同様な概念に基づき表面プラズモン共鳴を応用した方法等の測定技術においても、従来困難であった上記のようなリガンドとターゲット分子の相互作用を効率的に行うことも可能とすると考えられる。なお、固相担体に対するリガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節により、並びに/あるいは適切なキャッピング剤の選択により、リガンドのターゲット分子への結合を可能にする、あるいはリガンドのターゲット分子への結合量を増加させるという知見は、本発明者らが知る限りこれまで報告されていない。
以上に基づき、本発明者らは、本発明を完成するに至った。即ち、本発明は下記の通りである:
〔1〕リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体であって、
ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質が調節された、固相担体。
〔2〕固相担体表面の疎水的性質の調節が、リガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節によりなされるものである、上記〔1〕の固相担体。
〔3〕固相担体表面の疎水的性質の調節が、キャッピング剤の選択によりなされるものである、上記〔1〕の固相担体。
〔4〕固相担体表面の疎水的性質の調節が、リガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節、並びにキャッピング剤の選択によりなされるものである、上記〔1〕の固相担体。
〔5〕ターゲット分子が蛋白質である、上記〔1〕の固相担体。
〔6〕蛋白質が膜結合蛋白質である、上記〔5〕の固相担体。
〔7〕キャッピング剤が疎水性物質であり、該疎水性物質(但し、固定用官能基を除く)のLOGPがCLOGPとして算出した場合、3以上である、上記〔6〕の固相担体。
〔8〕疎水性物質が、下記一般式(I):
−X (I)
〔式中、Rは置換又は無置換の炭化水素基、及び置換又は無置換の複素環基からなる群より選ばれる疎水性部分であり、Xは、固相担体上の固定用官能基と結合したとき、−CO−NH−、−CO−O−、−NH−CH−、−NH=CH−、−CH−O−、−SO−NH−、−S−CH−、−S(O)−CH−、−SO−CH−及び−SO−O−からなる群より選択される接合部位を形成する固定用官能基である〕で表される化合物である、上記〔7〕の固相担体。
〔9〕キャッピング剤がステアリン酸又はその誘導体である、上記〔7〕の固相担体。
〔10〕固相担体が、樹脂、金属又はガラスである、上記〔1]の固相担体。
〔11〕リガンドの結合率r(%)、並びキャッピング剤の結合率r(%)
が、下記条件式を満たす、上記〔7〕の固相担体:
10≦r<90 且つ 10<r≦90
ここで、r+r≦100。
〔12〕リガンドの結合率r(%)、並びキャッピング剤の結合率r(%)
が、下記条件式を満たす、上記〔7〕の固相担体:
10≦r〈70 且つ 30<r≦90
ここで、r+r≦100。
〔13〕ターゲット分子の濃縮、あるいは単離又は精製方法であって、
リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体に、ターゲット分子を含む試料を接触させ、該固相担体に吸着したターゲット分子を回収することを含み、
該固相担体が、ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質が調節されたものである、方法。
〔14〕特定のターゲット分子の固相担体への選択的吸着方法であって、
リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体と、疎水性が異なる少なくとも2種のターゲット分子を含む試料とを接触させ、該少なくとも2種のターゲット分子のうち、疎水性がより高いターゲット分子をより選択的に固相担体に吸着させることを含み、
該固相担体が、疎水性がより高いターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいは疎水性がより高いターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質が調節されたものである、方法。
〔15〕リガンドとそのターゲット分子との相互作用の解析方法であって、
リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体に、リガンドを介してそのターゲット分子を結合させ、リガンドとターゲット分子との相互作用を測定することを含み、
該固相担体が、ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質が調節されたものである、方法。
〔16〕リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体の製造方法であって、
ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質を調節しつつ、リガンド及びキャッピング剤を固相担体に固定化することを含む、製造方法。
〔17〕下記の工程(a)〜(c)を含む、上記〔16〕の製造方法:
(a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
(b)ターゲット分子の種類に応じて、リガンド及びキャッピング剤の結合密度を決定する工程;
(c)工程(b)で決定された結合密度に従い、工程(a)で選択されたリガンド及びキャッピング剤を固相担体に固定化する工程。
〔18〕下記の工程(a)〜(c)を含む、上記〔16〕の製造方法:
(a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
(b)ターゲット分子の種類に応じて、固相担体に固定化すべきキャッピング剤を選択する工程;
(c)工程(a)で選択されたリガンド、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤を固相担体に固定化する工程。
〔19〕下記の工程(a)〜(d)を含む、上記〔16〕の製造方法:
(a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
(b)ターゲット分子の種類に応じて、固相担体に固定化すべきキャッピング剤を選択する工程;
(c)ターゲット分子の種類、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤の疎水性に応じて、リガンド及びキャッピング剤の結合密度を決定する工程;
(d)工程(c)で決定された結合密度に従い、工程(a)で選択されたリガンド、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤を固相担体に固定化する工程。
〔20〕リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体の改良方法であって、
ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とする、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させる、固相担体表面の疎水的性質を評価することを含む、改良方法。
〔21〕下記の工程(a)〜(c)を含む、上記〔20〕の改良方法:
(a)リガンド及びキャッピング剤の結合密度が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
(b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
(c)(b)の比較結果に基づき、リガンド及びキャッピング剤の結合密度に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程。
〔22〕下記の工程(a)〜(c)を含む、上記〔20〕の改良方法:
(a)キャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
(b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
(c)(b)の比較結果に基づき、キャッピング剤の種類に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程。
〔23〕下記の工程(a)〜(c)を含む、上記〔20〕の改良方法:
(a)リガンド及びキャッピング剤の結合密度、並びにキャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
(b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
(c)(b)の比較結果に基づき、リガンド及びキャッピング剤の結合密度、並びにキャッピング剤の種類に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程。
本発明によれば、疎水性の高いターゲット分子、例えば膜結合蛋白質を吸着可能な固相担体の提供が可能となる。また、本発明によれば、疎水性の高いターゲット分子に限らず、任意のターゲット分子に対し至適化された固相担体の提供が可能となる。かかる固相担体は、カラム充填剤(例えば、クロマトグラフィー用)、水晶発振子(quartz crystal microbalance)、アレイ(例えば、マイクロアレイ等のジーンチップ)、表面プラズモン共鳴(SPR)用チップ等として有用であり得る。
図1は、リガンド(ケトプロフェン)固定化樹脂(Toyopearl、AffiGel)に対するCOX1の結合能の解析結果を示す。
図2は、COX1への結合能を有する、AffiGelに対するリガンド(ケトプロフェン)及びキャッピング剤(ステアリン酸)の結合密度の解析結果を示す。
図3は、COX1への結合能を有する、Toyopearlに対するリガンド(ケトプロフェン)及びキャッピング剤(アセチル、ステアリン酸)の結合密度の解析結果を示す。
本発明は、リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体を提供する。本発明の固相担体は、ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質が調節されたものであり得る。本発明者らは、固相担体表面の疎水的性質を適宜調節することにより、ターゲット分子のリガンドへの結合が可能となること、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量が増加することを発見し、かかる特徴を有する固相担体の開発に成功した。
リガンド及びターゲット分子とは、互いに特異的な相互作用を有する組合せを意図するものであって、当該組合せのうち、片方をリガンドとして固相担体に固定化すれば他方がターゲット分子となり、即ち、いずれを固相担体に固定化するかによって、それらの呼称は相互に変更され得る。リガンドに特異的な相互作用を有するターゲット分子は1種類とは限らず、また同様にターゲット分子に特異的な相互作用を有するリガンドも1種類とは限らない。
「特異的な相互作用」とは、特定のリガンド(特定のターゲット分子)のみを特異的に認識して結合するような特性を発揮する作用であり、アゴニスト又はアンタゴニストに対する特異的受容体、基質に対する酵素、そして例えばFK506(リガンド)に対するFK506結合蛋白質(ターゲット分子)、ステロイドホルモンに対するステロイドホルモン受容体(例、dexamethosoneとglucocorticoid receptor)、抗癌剤trapoxinに対するHDAC等の関係が「特異的な相互作用」に該当する。
固相担体に固定化されるリガンドは特に限定されず、低分子化合物であっても高分子化合物であってもよいが低分子化合物が好ましい。ここで、低分子化合物とは、約1000未満の分子量を有する化合物であり、例えば、医薬品として使用し得る有機化合物及びその誘導体、天然由来の化合物及びその誘導体、プロモーター/エンハンサー等のエレメント上に存在する蛋白質結合部位等の小さな核酸分子、ペプチド、糖質(例、単糖、二糖、オリゴ糖)、金属などが挙げられるが、好ましくは医薬品として使用し得る有機化合物及びその誘導体である。また、高分子化合物とは、約1000以上の分子量を有する化合物であり、例えば、蛋白質、核酸分子、多糖類などが挙げられる。リガンドは、公知の物質であれば、商業的に入手可能か、あるいは各種文献に準じて調製することができる。また、新規な物質についても、当分野で通常実施される有機合成における各種の反応、あるいは生物学的又は遺伝子工学的手法を利用することによって適宜調製することが可能である。
ターゲット分子は特に限定されず、固相担体に固定化されるリガンドと同様であり、上述した低分子化合物であっても高分子化合物であってもよいが高分子化合物が好ましい。なかでも、蛋白質が好ましい。
キャッピング剤とは、リガンドが結合していない固相担体表面上の反応性官能基と反応し、保護する物質であって、リガンドと異なるものをいう。キャッピング剤としては、上記の通りの物質である限り特に限定されないが、リガンドとは異なる疎水性を有する物質が好ましい。固相担体への固定化に用いるキャッピング剤は1種類であってもよいし、2種類以上の混合物であってもよい。キャッピング剤は、公知の物質であれば、商業的に入手可能か、あるいは各種文献に準じて調製することができる。また、新規な物質についても、当分野で通常実施される有機合成における各種の反応を利用することによって適宜調製することが可能である。
リガンド及びキャッピング剤が固定化される固相担体は、特に限定されないが、その使用目的、即ち、ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とする、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるのに好適な固相担体が選択される。材質としては、例えば、樹脂、ガラス、金属(例えば、金、銀、鉄、シリコン)が挙げられる。これらの固相担体は、いかなる形状のものであってもよく、例えば板状、ビーズ状、薄膜状、糸状、コイル状等が挙げられる。例えば、樹脂からなるビーズであればカラムに充填することによりその後の操作を簡便にし、また、金属の薄膜であれば、表面プラズモン共鳴によるBIACORE等の担体として使用できる。ガラスプレートもまた好ましい。
本発明で使用される固相担体としては、上述の通り特に限定されるものではないが、合成樹脂が好ましい。合成樹脂としては、例えば、糖誘導体樹脂、メタクリレート樹脂、ポリスチレン樹脂、アクリルアミド樹脂、アクリル酸樹脂、ポリエチレン樹脂、ポリイソプロピレン樹脂などが挙げられる。糖誘導体樹脂としては、例えば、アガロース誘導体、セファロース誘導体が挙げられる。メタクリレート樹脂としては、モノマー成分として、例えば、メチル(メタ)アクリレート、エチル(メタ)アクリレート、プロピル(メタ)アクリレート、ブチル(メタ)アクリレート、2−エチルヘキシル(メタ)アクリレート、ラウリル(メタ)アクリレート、ステアリル(メタ)アクリレート、シクロヘキシル(メタ)アクリレート、2−ヒドロキシエチル(メタ)アクリレート、2−プロピル(メタ)アクリレート、クロロ−2−ヒドロキシエチル(メタ)アクリレート、ジエチレングリコールモノ(メタ)アクリレート、メトキシエチル(メタ)アクリレート、グリシジル(メタ)アクリレート、ジシクロペンタニル(メタ)アクリレート、ジシクロペンテニル(メタ)アクリレートおよびイソボルニル(メタ)アクリレートからなる群より選択される1又は2以上から構成されるもの等を挙げることができる。
固相担体表面の疎水的性質の調節は、例えば、固相担体に対するリガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節により行うことができる。リガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節は、例えば、固相担体表面上の反応性官能基に対するリガンド及びキャッピング剤の結合率の調節により行うことができる。リガンドの結合率は、ターゲット分子及び固相担体の種類に応じて適宜変更され得るが、例えば約1〜99%、好ましくは約5〜95%、より好ましくは約10〜90%、さらにより好ましくは約20〜80%、最も好ましくは約30〜70%であり得る。また、リガンド及びキャッピング剤の固定化に必要とされる複数の反応性官能基を提供するような物質を、固相担体表面上の反応性官能基に導入することで、固相担体表面上におけるリガンド及びキャッピング剤からなる結合物の総密度自体を向上させることもできる。
固相担体表面の疎水的性質の調節はまた、キャッピング剤の選択により行うことができる。例えば、ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合には、疎水性の高いキャッピング剤が選択され、ターゲット分子が親水性の高い分子である場合には、親水性の高いキャッピング剤が選択される。
固相担体へのリガンド並びにキャッピング剤の固定化は、通常当分野で実施される公知の方法及びそれらを適宜組み合わせた方法によって実施され、例えばアミド結合や、シッフ塩基形成、C−C結合、エステル結合、チオール基を介した結合、水素結合、疎水相互作用等の共有結合あるいは非共有結合による固定化が挙げられる。いずれも当分野で公知の材料ならびに反応により実施される。個々の結合は、通常当分野で実施される反応を利用して実施される。簡便且つ確実な手段としてアミド結合形成反応を利用する方法が挙げられる。本反応は、例えば「ペプチド合成の基礎と実験」(ISBN 4−621−02962−2、丸善、昭和60年初版)に従って実施できる。各反応に用いられる試薬や溶媒については当分野で通常用いられるものが利用でき、採用する結合反応によって適宜選択される。リガンド及びキャッピング剤が固相担体に固定化されたか否かは、反応前後の固相担体表面上のアミノ基の定量(例えばニンヒドリン試験)によって測定される反応率から確認することができる。また、リガンド及びキャッピング剤の結合率は、加える試薬の等量関係を変化させることにより調節できる。具体的には、例えばリガンドを固相担体上の官能基に対し0.5等量反応系に加え、加えたリガンドが充分固相担体と反応する程度の過剰の試薬を加えることによって50%リガンド固定化担体を合成できる。また、この時残存する未反応官能基量を適当な方法によって定量することによってより詳細なリガンド結合率を求めることもできる。一方、キャッピング反応は残存する官能基に対し、過剰量のキャッピング試薬を反応させることによって達成できる。
一実施形態では、ターゲット分子は疎水性の高い分子であり得る。疎水性の高い分子としては、例えば細胞内疎水性蛋白質、膜結合蛋白質等の疎水性蛋白質が挙げられる。
本明細書中で使用される場合、「細胞内疎水性蛋白質」とは、細胞中に存在する疎水性が高い蛋白質を意味する。3〜40kDa以上の細胞内蛋白質の多くは、ある程度疎水的環境にしないとリガンドとうまく相互作用しないことが知られている。本発明の固相担体は、ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合に有用であり、従って、ある程度の疎水的環境を要するターゲット分子であっても吸着し得る。このような細胞内疎水性蛋白質としては、例えば、細胞内小器官中に存在する蛋白質(例えば、核内蛋白質)、細胞質蛋白質が挙げられる。
「膜結合蛋白質(membrane associated protein)」とは、細胞膜、核膜、ミトコンドリア膜、小胞体膜等の生体膜に部分的に埋包されている蛋白質、及び該生体膜を貫通している蛋白質、並びに膜近傍に一過的に集積する蛋白質(一過的且つ直接的に膜に結合する蛋白質、及び膜に結合している他の物質(例えば、蛋白質又は蛋白質複合体)に結合することで一過的に膜近傍に集積する蛋白質)であり得る。本発明の固相担体は、ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合に有用であり、従って、生体膜に部分的に埋包されている蛋白質、及び該生体膜を貫通している蛋白質のみならず、膜近傍に一過的に集積する蛋白質であっても吸着し得るが、ターゲット分子の疎水性がより高い場合に特に有用と考えられることから、膜結合蛋白質のなかでも、生体膜に部分的に埋包されている蛋白質、及び該生体膜を貫通している蛋白質がより好ましい。膜結合蛋白質としては、例えば、受容体、酵素、チャネル、トランスポーター、ポンプが挙げられる。
ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合、本発明の固相担体は、キャッピング剤として疎水性物質が固定化されたものであり得る。また、このような場合、本発明の固相担体は、必要に応じて、固相担体表面上におけるキャッピング剤の結合密度がリガンドの結合密度よりも相対的に高くなり得る。
本明細書中で使用される場合、「疎水性物質」とは、リガンドと共に固相担体に固定化されたとき、リガンド周囲の環境をより疎水性にし、それにより、疎水性の高い化合物(ターゲット分子)のリガンドへの結合を可能とする、あるいは該化合物のリガンドへの結合量を増加させる物質であって、リガンドとは異なるものをいう。疎水性の程度は、一般的に疎水性パラメーターによって表すことができるが、本発明においては「疎水性物質」の疎水性は、分配係数、具体的にはLOGPによって規定することができる。LOGPの算出には、簡便には、CLOGP(化合物の疎水性パラメーターを計算機によって見積もるソフトによって得られる予測値;例えばCorwin/Leo’s program(CLOGP,Daylight Chemical Information System Co.,Ltd)を使用して計算できる)等が利用されるが、疎水性のパラメーターはCLOGPに限定されるものではない。CLOGPが大きい程、疎水性が高いことを意味する。リガンド周囲の環境をより疎水性にし、以って疎水性の高い化合物(ターゲット分子)のリガンドへの結合を促進するという目的の達成に鑑みると、本発明の疎水性物質のLOGPは、CLOGPとして算出した場合、例えば2.5以上、好ましくは3.5以上、より好ましくは4.5以上、さらにより好ましくは5.5以上、最も好ましくは6.5又は7以上であり得る。本発明の疎水性物質のLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、疎水性物質の合成の容易性という観点から、例えば30以下、好ましくは20以下、より好ましくは15以下であり得る。より詳細には、このような疎水性物質としては、飽和脂肪酸(例えば、アラキジン酸、ステアリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、デカン酸)、不飽和脂肪酸(例えば、アラキドン酸、リノール酸、リノレン酸、オレイン酸)、界面活性剤(例えば、NP−40)、胆汁酸(例えば、コール酸、デオキシコール酸、ケノデオキシコール酸、リトコール酸)、あるいはそれらの誘導体(反応性誘導体)などが挙げられる。例えば、誘導体は、後述する置換基Aにより誘導体化されたものであり得る。
しかしながら、疎水性物質に含まれる部分のうち、固相担体への固定化に使用される官能基は、多くの場合、疎水性物質の固相担体への固定化後、固定前と同一構造ではない。例えば、疎水性物質が疎水性部分(R)及び−COOHを有し、固相担体が−NHを有する場合、疎水性物質の固相担体への固定化はアミド結合により達成され得るが、固定化後の疎水性物質は−COOHではなく−CO−を有する。即ち、固相担体表面におけるリガンド周囲への疎水的環境の提供に寄与するのは、疎水性部分(R)及び−COOHではなく、疎水性部分(R)及び−CO−である。従って、固相担体上のリガンド周囲への疎水的環境の提供、即ち、固相担体への固定化後の疎水性の程度が重要であるという観点から、疎水性物質の疎水性は、固相担体への固定化に使用される官能基をも含めた疎水性物質全体により表現するよりもむしろ、固相担体への固定化後も構造が保存されている部分構造により表現することがより適切である。このような観点から、疎水性物質は、疎水性部分R、及び固定用官能基Xにより、下記一般式(I)で表すことができる:
−X (式I)
疎水性部分(R)とは、疎水性物質から固定用官能基を除いた部分であって、疎水性物質の疎水性を担う部分をいう。疎水性部分(R)のLOGPは、CLOGPとして算出した場合、例えば3以上、好ましくは4以上、より好ましくは5以上、さらにより好ましくは6以上、最も好ましくは7又は8以上であり得る。疎水性部分(R)のLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、疎水性物質の合成の容易性という観点から、例えば30以下、好ましくは20以下、より好ましくは15以下であり得る。なお、疎水性物質が複数の反応性官能基を有し、固相担体への固定化の際にそれらの反応性官能基のうち任意の1つを利用する場合、疎水性物質(固定用官能基を除く)のLOGPの算出は、任意の1つの反応性官能基を欠いた部分構造のLOGPの平均値によるものとする。
疎水性部分(R)は、上述のLOGPを有する限り特に限定されないが、より詳細には、置換又は無置換の炭化水素基、及び置換又は無置換の複素環基が挙げられる。置換又は無置換の炭化水素基、及び置換又は無置換の複素環基における総炭素数は、例えば9以上、好ましくは9〜99、より好ましくは12〜70、さらにより好ましくは15〜50であり得る。
における「置換又は無置換の炭化水素基」としては、例えば、置換又は無置換の鎖状炭化水素基(例えば、置換又は無置換のアルキル基、置換又は無置換のアルケニル基、置換又は無置換のアルキニル基)、置換又は無置換の環状炭化水素基(例えば、置換又は無置換のアリール基、置換又は無置換のシクロアルキル基、置換又は無置換のシクロアルケニル基、置換又は無置換のシクロアルキニル基)が挙げられる。
における「置換又は無置換のアルキル基」としては、置換基を有していてもよいアリール基、置換基を有していてもよいアルコキシ基、置換基を有していてもよいアミド基、置換基を有していてもよいシクロアルキル基、置換基を有していてもよいヘテロアリール基、置換基を有していてもよいカルボニル基、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、及び水酸基からなる群より選択される1以上(例えば1〜5、好ましくは1〜3、より好ましくは1又は2)の置換基(これらの置換基を、以下必要に応じて「置換基A」と省略する)で置換されたアルキル基又は無置換のアルキル基を意図する。
における「置換又は無置換のアルキル基」の「アルキル基」としては、例えば、ノナニル、デカニル、ウンデカニル、ドデカニル、トリデカニル、テトラデカニル、ペンタデカニル、ヘキサデカニル、ヘプタデカニル、オクタデカニル等が挙げられる。
「置換基を有していてもよいアリール基」における「置換基」としては、アルキル基(上述と同義)、炭素数6〜10のアリール基(例えばフェニル、1−ナフチル、2−ナフチル等)、炭素数7〜30のアラルキル基(例えば、ベンジル、フェネチル等)、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、水酸基、アミノ基、炭素数1〜30のアルコキシ基(例えば、メトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、tert−ブトキシ)、カルボキシル基等が挙げられる。「置換基を有していてもよいアリール基」における「アリール基」としては、例えばフェニル、1−ナフチル、2−ナフチル等の炭素数6〜10のアリール基が挙げられる。
「置換基を有していてもよいアルコキシ基」における「置換基」としては、炭素数6〜10のアリール基(例えばフェニル、1−ナフチル、2−ナフチル等)、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、水酸基、アミノ基、カルボキシル基等が挙げられる。「置換基を有していてもよいアルコキシ基」における「アルコキシ基」としては、例えばメトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、tert−ブトキシ等の炭素数1〜30のアルコキシ基が挙げられる。
「置換基を有していてもよいアミド基」における「置換基」としては、炭素数1〜30のアルキル基(例えば、メチル、エチル、プロピル)、炭素数7〜30のアラルキル基(例えば、ベンジル、フェネチル)、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、水酸基、アミノ基、炭素数1〜30のアルコキシ基(例えば、メトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、tert−ブトキシ)、カルボキシル基等が挙げられる。
「置換基を有していてもよいシクロアルキル基」における「置換基」としては、炭素数1〜30のアルキル基(例えば、メチル、エチル、プロピル)、炭素数7〜30のアラルキル基(例えば、ベンジル、フェネチル)、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、水酸基、アミノ基、炭素数1〜30のアルコキシ基(例えばメトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、tert−ブトキシ等が挙げられる)、カルボキシル基等が挙げられる。「置換基を有していてもよいシクロアルキル基」における「シクロアルキル基」としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロオクチル等の炭素数3〜30のシクロアルキル基が挙げられる。
「置換基を有していてもよいヘテロアリール基」における「置換基」としては、炭素数1〜30のアルキル基(例えば、メチル、エチル、プロピル)、炭素数7〜30のアラルキル基(例えば、ベンジル、フェネチル等)、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、水酸基、アミノ基、炭素数1〜30のアルコキシ基(例えばメトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、tert−ブトキシ)、カルボキシル基等が挙げられる。「置換基を有していてもよいヘテロアリール基」における「ヘテロアリール基」としては、チアゾリル、アミノチアゾリル、フラニル、チオフェニル、ピロリル、インドリル等が挙げられる。
「置換基を有していてもよいカルボニル基」における「置換基」としては、炭素数1〜30のアルキル基(例えば、メチル、エチル、プロピル)、炭素数7〜30のアラルキル基(例えば、ベンジル、フェネチル)、ハロゲン原子(例えば塩素原子、ヨウ素原子、臭素原子、フッ素原子)、水酸基、アミノ基、炭素数1〜30のアルコキシ基(例えば、メトキシ、エトキシ、n−プロポキシ、イソプロポキシ、n−ブトキシ、イソブトキシ、sec−ブトキシ、tert−ブトキシ)、カルボキシル基等が挙げられる。
における「置換又は無置換のアルケニル基」としては、置換基Aで置換されたアルケニル基又は無置換のアルケニル基を意図する。Rにおける「置換又は無置換のアルケニル基」の「アルケニル基」としては、例えば、ノネニル、デセニル、ウンデセニル、ドデセニル、トリデセニル、テトラデセニル、ペンタデセニル、ヘキサデセニル、ヘプタデセニル、オクタデセニル等が挙げられる。
における「置換又は無置換のアルキニル基」としては、置換基Aで置換されたアルキニル基又は無置換のアルキニル基を意図する。Rにおける「置換又は無置換のアルキニル基」の「アルキニル基」としては、例えば、ノニニル、デシニル、ウンデシニル、ドデシニル、トリデシニル、テトラデシニル、ペンタデシニル、ヘキサデシニル、ヘプタデシニル、オクタデシニル等が挙げられる。
における「置換又は無置換のアリール基」としては、置換基Aで置換されたアリール基又は無置換のアリール基を意図する。Rにおける「置換又は無置換のアリール基」の「アリール基」としては、例えば、フェニル、1−ナフチル、2−ナフチル等が挙げられる。
における「置換又は無置換のシクロアルキル基」としては、置換基Aで置換されたシクロアルキル基又は無置換のシクロアルキル基を意図する。Rにおける「置換又は無置換のシクロアルキル基」の「シクロアルキル基」としては、例えば、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、シクロノナニルが挙げられる。また、Rにおける「置換又は無置換のシクロアルキル基」の「シクロアルキル基」としては、複数のシクロアルキル基が縮合した基(例えば、ステロイド骨格を有する化合物)をも含む。
における「置換又は無置換のシクロアルケニル基」、「置換又は無置換のシクロアルキニル基」としては、置換基Aで置換されたシクロアルケニル基又はシクロアルキニル基、あるいは無置換のシクロアルケニル基又はシクロアルキニル基を意図する。
における「置換又は無置換の複素環基」としては、置換基Aで置換された複素環基又は無置換の複素環基を意図する。Rにおける「置換又は無置換の複素環基」の「複素環基」としては、例えば、非芳香族複素環基、芳香族複素環基が挙げられる。
における「置換又は無置換の非芳香族複素環基」の「非芳香族複素環基」としては、炭素原子、並びに窒素原子、硫黄原子及び酸素原子から選ばれる1〜3個のヘテロ原子を含む非芳香族複素基を意図し、例えば、ピロリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピラゾリジニル、モルホリノ等が挙げられる。
における「置換又は無置換の芳香族複素環基」の「芳香族複素環基」としては、炭素原子、並びに窒素原子、硫黄原子及び酸素原子から選ばれる1〜3個のヘテロ原子を含む芳香族複素基を意図し、例えば、チエニル、フリル、ピリジル、キノリル、イソキノリル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、インドリル等が挙げられる。
固定用官能基(X)とは、キャッピング剤(例えば、疎水性物質)及びリガンドにおいて固相担体への固定化に使用される官能基をいう。固定用官能基は、固相担体との結合を可能とする限り特に限定されず、固相担体上の固定用官能基(Y)と結合したとき、−CO−NH−、−CO−O−、−NH−CH−、−NH=CH−、−CH−O−、−SO−NH−、−S−CH−、−S(O)−CH−、−SO−CH−及び−SO−O−からなる群より選択される接合部位を形成するものであり得る。固定用官能基(X)、固定用官能基(Y)は上記接合部位を形成する限り特に限定さない。例えば、接合部位が−CO−NH−である場合、固定用官能基(X)が−CO−OHであり、固定用官能基(Y)が−NHであってもよく、固定用官能基(X)が−NHであり、固定用官能基(Y)が−COOHであってもよい。当業者であれば、上記接合部位を形成する固定用官能基(X)及び(Y)の組合せを適宜決定できる。
また、疎水性物質として、上記(式I)の疎水性部分Rに親水性部分が結合しているものの、全体として疎水的な物質を用いることもできる。かかる物質は、疎水性部分のみならず親水性部分をも有し、且つ全体として疎水性を示すため、仮想細胞膜として機能し得ると考えられる。このような物質としては、親水性部分として、糖(例えば、単糖、二糖、オリゴ糖)及びその誘導体(例えば、デオキシ糖、ウロン酸)、PEG誘導体、ポリOH誘導体(例えば、酒石酸)が疎水性部分Rに結合したものが挙げられる。
本発明で使用され得る疎水性物質の例を、分子量、並びに全体構造及び部分構造(疎水性部分)のCLOGPとともに以下に示す。なお、奇数番号が疎水性物質の全体構造に対応し、それに続く偶数番号が疎水性物質の部分構造(疎水性部分)に対応する。CLOGPの計算は、CLOGP version4.0(Daylight社)により行った。
本発明の固相担体は、例えば、ターゲット分子が疎水性の高い分子であり、且つリガンドが疎水性の低いものである場合にさらに有用である。生体内では疎水性の高いターゲット分子と疎水性の低いリガンドも相互作用対を形成し得、該相互作用対に起因するシグナルが生物学的に重要な役割を果たし得ると考えられるが、このような相互作用対はこれまでなかなか発見することができなかった。その一因としては、リガンドを合成樹脂にできる限り固定し、且つアセチル基によりキャッピングすることが従来主流であったため、疎水性が十分ではない樹脂(膜結合蛋白質等の疎水性の高い化合物を取得するに際し、多くの場合、樹脂の疎水性は十分ではない)を固相担体として使用した場合では、ターゲット分子として疎水性の低い分子を取得することは可能であったものの、疎水性の高い分子を取得することは困難であったためと考えられる。しかしながら、ターゲット分子として疎水性の高い分子を取得するためには、固相担体表面の疎水的性質を変更させることが重要であるということ、並びに固相担体表面の疎水的性質を変更させるためには、例えば、リガンド及びキャッピング剤(疎水性物質)の結合密度を調節すればよいこと、及び/あるいは適切なキャッピング剤を選択すればよいことを本発明者らが見出したことにより、合成樹脂の種類によらずに、ターゲット分子として疎水性の高い分子を取得することが可能となった。
上述の通り、本発明の固相担体は、ターゲット分子が疎水性の高い分子であり、且つリガンドが疎水性の低いものである場合に特にその有用性を発揮する。リガンドの疎水性は、疎水性物質等の疎水性と同様に、分配係数、具体的にはLOGPによって規定することができる。ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合、本発明の固相担体が特にその有用性を発揮するリガンドの疎水性は特に限定されるものではないが、CLOGPとして算出した場合、例えば5以下、好ましくは4.5以下、より好ましくは4以下、さらにより好ましくは3.5以下、最も好ましくは3、2.5又は2以下であり得る。リガンドのLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、例えば0以上であり得る。
しかしながら、疎水性物質において上述したと同様の理由により、リガンドの疎水性は、固相担体への固定化に使用される官能基(固定用官能基)をも含めたリガンド全体の疎水性により表現するよりもむしろ、固相担体への固定化後も構造が保存されている部分構造の疎水性により表現することが適切である。このような観点から、リガンド(固定用官能基を除く)のLOGPは、CLOGPとして算出した場合、特に限定されるものではないが、例えば4.5以下、好ましくは4以下、より好ましくは3.5以下、さらにより好ましくは3以下、最も好ましくは2.5、2又は1.5以下であり得る。リガンド(固定用官能基を除く)のLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、例えば0以上であり得る。なお、リガンドが複数の反応性官能基を有し、固相担体への固定化の際にそれらの反応性官能基のうち任意の1つを利用する場合、リガンド(固定用官能基を除く)のLOGPの算出は、任意の1つの反応性官能基を欠いた部分構造のLOGPの平均値によるものとする。
ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合、本発明の固相担体表面上の疎水的性質はまた、リガンドの結合率(r)、キャッピング剤の結合率(r)により下記の通り規定することもできる。ここで、結合率とは、固相担体表面上の利用可能な全ての固定用官能基に占める、リガンド又はキャッピング剤が結合した固定用官能基の百分率を示す。固相担体表面上の利用可能な全ての固定用官能基に対してリガンド及びキャッピング剤が結合したときにr+r=100であるとする。
a≦r<b 且つ c<r≦d
ここで、r+r≦100。
ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合、a〜dは特に限定されるものではないが、例えば、固相担体として糖誘導体樹脂を使用した場合、aは、例えば1%、好ましくは5%、より好ましくは10%、さらにより好ましくは20%、最も好ましくは30%、40%又は50%であり得、bは、例えば99%、好ましくは95%、より好ましくは90%、さらにより好ましくは80%、最も好ましくは70%であり得、cは、例えば1%、好ましくは5%、より好ましくは10%、さらにより好ましくは20%、最も好ましくは30%であり得、dは、例えば99%、好ましくは95%、より好ましくは90%、さらにより好ましくは80%、最も好ましくは70%、60%又は50%であり得る。また、固相担体としてメタクリレート樹脂を使用した場合、aは、例えば1%、好ましくは3%、より好ましくは5%、さらにより好ましくは7%、最も好ましくは10%であり得、bは、例えば30%、好ましくは25%、より好ましくは20%であり得、cは、例えば70%、好ましくは75%、より好ましくは80%であり得、dは、例えば99%、好ましくは97%、より好ましくは95%、さらにより好ましくは93%、最も好ましくは90%であり得る。
ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合、本発明の固相担体表面上の疎水的性質はさらに、下記の数式(I)により規定することもできる。
CLOGPAVE=(CLOGP×r+CLOGP×r)/100(数式I)
ここで、r+r≦100
CLOGPAVE:平均CLOGP
CLOGP:リガンド(固定用官能基を除く)のCLOGP
CLOGP:キャッピング剤(固定用官能基を除く)のCLOGP
:リガンドの結合率
:キャッピング剤の結合率。
ターゲット分子が疎水性の高い分子である場合、上記の数式(I)において、CLOGPAVEは、特に限定されるものではないが、例えば3以上、好ましくは3.5以上、より好ましくは4以上、さらにより好ましくは4.5以上、最も好ましくは5、5.5又は6以上であり得る。
別の実施形態では、ターゲット分子は疎水性の低い分子であり得る。疎水性の低い分子としては、例えば、細胞内親水性蛋白質、分泌蛋白質等の親水性蛋白質が挙げられる。
本明細書中で使用される場合、「細胞内親水性蛋白質」とは、上記細胞内疎水性蛋白質以外の、細胞中に存在する疎水性が低い蛋白質を意味する。本発明の固相担体は、ターゲット分子が疎水性の低い分子であっても有用である。このような細胞内親水性蛋白質としては、例えば、細胞内小器官中に存在する蛋白質(例えば、核内蛋白質)、細胞質蛋白質が挙げられる。
「分泌蛋白質」とは、血中に分泌される蛋白質を意味し、例えば、ホルモン、酵素等が挙げられる。
ターゲット分子が疎水性の低い分子である場合、本発明の固相担体は、キャッピング剤として親水性物質が固定化されたものであり得る。また、このような場合、本発明の固相担体は、必要に応じて、固相担体表面上におけるキャッピング剤の結合密度がリガンドの結合密度よりも相対的に高くなり得る。
本明細書中で使用される場合、「親水性物質」とは、リガンドと共に固相担体に固定化されたとき、リガンド周囲の環境をより親水性にし、それにより、親水性の高い化合物(ターゲット分子)のリガンドへの結合を可能とする、あるいは該化合物のリガンドへの結合量を増加させる物質であって、リガンドとは異なるものをいう。リガンド周囲の環境をより親水性にし、以って親水性の高い化合物(ターゲット分子)のリガンドへの結合を促進するという目的の達成に鑑みると、本発明の親水性物質のLOGPは、CLOGPとして算出した場合、例えば2.5未満、好ましくは2未満、より好ましくは1.5未満、さらにより好ましくは1未満であり得る。本発明の親水性物質のLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、例えば−0.5以上であり得る。より詳細には、このような親水性物質としては、例えば、炭素数1〜6のカルボン酸(例えば、酢酸、酪酸)、糖(例えば、単糖、二糖、オリゴ糖)、PEG誘導体、ポリOH誘導体(例えば、酒石酸)あるいはそれらの誘導体(反応性誘導体)などが挙げられる。例えば、誘導体は、上述した置換基Aにより誘導体化されたものであり得る。
親水性物質はまた、疎水性物質で上述したと同様の観点から、親水性部分R、及び固定用官能基Xにより、下記一般式(I)(固定用官能基Xは、上述と同様)で表すことができる:
−X (式I)
親水性部分(R)とは、疎水性物質から固定用官能基を除いた部分であって、親水性物質の親水性を担う部分をいう。親水性部分(R)のLOGPは、CLOGPとして算出した場合、例えば3未満、好ましくは2.5未満、より好ましくは2未満、さらにより好ましくは1.5未満であり得る。親水性部分(R)のLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、例えば0以上であり得る。なお、親水性物質が複数の反応性官能基を有し、固相担体への固定化の際にそれらの反応性官能基のうち任意の1つを利用する場合、親水性物質(固定用官能基を除く)のLOGPの算出は、任意の1つの反応性官能基を欠いた部分構造のLOGPの平均値によるものとする。
親水性部分(R)は、上述のLOGPを有する限り特に限定されないが、より詳細には、置換又は無置換の炭化水素基、及び置換又は無置換の複素環基が挙げられる。置換又は無置換の炭化水素基、及び置換又は無置換の複素環基における総炭素数は、決して限定されるものではないが、例えば6以下、好ましくは4以下であり得る。炭化水素基及び複素環基の置換基は、疎水性の条件を満たすように、例えば、置換基Aから適宜選択され得る。
本発明の固相担体は、例えば、ターゲット分子が疎水性の低い分子であり、且つリガンドが疎水性の高いものである場合にさらに有用である。生体内では疎水性の低いターゲット分子と疎水性の高いリガンドも相互作用対を形成し得、該相互作用対に起因するシグナルが生物学的に重要な役割を果たし得ると考えられるが、このような相互作用対はこれまでなかなか発見することができなかった。その一因としては、リガンドを合成樹脂にできる限り固定し、且つアセチル基によりキャッピングすることが従来主流であったため、疎水性が十分に低くない樹脂を固相担体として使用した場合では、疎水性の低いターゲット分子を取得することは困難であったためと考えられる。しかしながら、ターゲット分子として疎水性の低い分子を取得するためには、固相担体表面の疎水的性質を変更させることが重要であるということ、並びに固相担体表面の疎水的性質を変更させるためには、例えば、リガンド及びキャッピング剤(疎水性物質)の結合密度を調節すればよいこと、及び/あるいは適切なキャッピング剤を選択すればよいことを本発明者らが見出したことにより、合成樹脂の種類によらずに、ターゲット分子として疎水性の低い分子を取得することが可能となった。
上述の通り、本発明の固相担体は、ターゲット分子が疎水性の低い分子であり、且つリガンドが疎水性の高いものである場合に特にその有用性を発揮する。リガンドの疎水性は、疎水性物質等の疎水性と同様に、分配係数、具体的にはLOGPによって規定することができる。ターゲット分子が疎水性の低い分子である場合、本発明の固相担体が特にその有用性を発揮するリガンドの疎水性は特に限定されるものではないが、CLOGPとして算出した場合、例えば2.5以上、好ましくは3.5以上、より好ましくは4.5以上、さらにより好ましくは5.5以上、最も好ましくは6.5以上であり得る。リガンドのLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、例えば30以下、好ましくは20以下、より好ましくは15以下であり得る。
しかしながら、疎水性物質で上述したと同様の理由により、リガンドの疎水性は、固相担体への固定化に使用される官能基(固定用官能基)をも含めたリガンド全体の疎水性により表現するよりもむしろ、固相担体への固定化後も構造が保存されている部分構造の疎水性により表現することが適切である。このような観点から、リガンド(固定用官能基を除く)のLOGPは、CLOGPとして算出した場合、特に限定されるものではないが、例えば3以上、好ましくは4以上、より好ましくは5以上、さらにより好ましくは6以上、最も好ましくは7以上であり得る。リガンド(固定用官能基を除く)のLOGPはまた、CLOGPとして算出した場合、例えば30以下、好ましくは20以下、より好ましくは15以下であり得る。
ターゲット分子が疎水性の低い分子である場合、本発明の固相担体表面上の疎水的性質はまた、リガンドの結合率(r)、キャッピング剤の結合率(r)により下記の通り規定することもできる。
a≦r<b 且つ c<r≦d
ここで、r+r≦100。
ターゲット分子が疎水性の低い分子である場合、a〜dは特に限定されるものではないが、例えば、aは、例えば1%、好ましくは5%、より好ましくは10%、さらにより好ましくは20%、最も好ましくは40%であり得、bは、例えば99%、好ましくは95%、より好ましくは90%、さらにより好ましくは80%、最も好ましくは60%であり得、cは、例えば1%、好ましくは5%、より好ましくは10%、さらにより好ましくは20%、最も好ましくは40%であり得、dは、例えば99%、好ましくは95%、より好ましくは90%、さらにより好ましくは80%、最も好ましくは60%であり得る。
ターゲット分子が疎水性の低い分子である場合、本発明の固相担体表面上の疎水的性質はさらに、下記の数式(I)により規定することもできる。
CLOGPAVE=(CLOGP×r+CLOGP×r)/100(数式I)
ここで、r+r≦100
(CLOGPAVE、CLOGP、CLOGP、r、rはそれぞれ上記と同様)
ターゲット分子が疎水性の低い分子である場合、上記の数式(I)において、CLOGPAVEは、特に限定されるものではないが、例えば3未満、好ましくは2.5未満、より好ましくは2未満、さらにより好ましくは1.5未満であり得る。
本発明はまた、本発明の固相担体を使用する種々の方法を提供する。例えば、本発明は、本発明の固相担体を使用する、ターゲット分子の濃縮、あるいは単離又は精製方法を提供する。本発明の濃縮、あるいは単離又は精製方法は、例えば、ターゲット分子を含む試料を本発明の固相担体に接触させ、該固相担体に吸着したターゲット分子を回収することを含む。特に限定されるものではないが、例えば、本発明の固相担体を充填したカラムを用いる場合には、試料は液状とするのが好ましい。該試料と本発明の固相担体とを接触させる方法は、ターゲット分子が試料中に存在する場合に本発明の固相担体上でリガンドとターゲット分子が特異的相互作用によって結合することができる限り特に限定されない。例えば、本発明の固相担体をカラムに充填して用いる場合には、液状にした試料をカラムに添加し、カラム内を通すことにより簡便に実施され得る(カラム法)。また、簡便には、本発明の固相担体と試料とを一定時間混合することによって実施できる(バッチ法)。カラムへのアプライ量、流速、溶出(回収)処理、混合時間等は、アフィニティークロマトグラフィーで通常行われている条件に基づいて実施できる。
本発明はまた、本発明の固相担体を使用する、特定のターゲット分子の固相担体への選択的吸着方法を提供する。本発明の選択的吸着方法は、例えば、リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体と、疎水性が異なる少なくとも2種のターゲット分子を含む試料とを接触させ、該少なくとも2種のターゲット分子のうち、疎水性がより高いターゲット分子をより選択的に固相担体に吸着させることを含む。疎水性が異なる少なくとも2種のターゲット分子を含む試料は、例えば、疎水性の高いターゲット分子(例えば、膜結合蛋白質)、及び疎水性の低いターゲット分子(例えば、親水性蛋白質)の双方を含む試料であり得る。固相担体表面の疎水性性質が調節された本発明の固相担体を、疎水性の高いターゲット分子(例えば、膜結合蛋白質)、及び疎水性の低いターゲット分子(例えば、親水性蛋白質)の双方を含む試料に接触させることにより、疎水性の高いターゲット分子、又は疎水性の低いターゲット分子のいずれかを本発明の固相担体により選択的に吸着させることが可能となる。本発明の選択的吸着方法は、吸着したターゲット分子を本発明の固相担体から解離させ、解離したターゲット分子を回収することをさらに含むこともできる。
本発明はさらに、本発明の固相担体を使用する、リガンドとそのターゲット分子との相互作用の解析方法を提供する。本発明の解析方法は、例えば、リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体に、リガンドを介してそのターゲット分子を結合させ、リガンドとターゲット分子との相互作用(例えば、相互作用の様式、相互作用の強度)を測定することを含む。リガンドとターゲット分子との相互作用の測定は、自体公知の方法により行うことができ、例えば、免疫学的方法(例えば、免疫沈降法、ウェスタンブロッティング)、クロマトグラフィー、マススペクトラム、アミノ酸シーケンス、NMR、表面プラズモン共鳴、あるいはこれらの方法の組合せなどが用いられ得る。
本発明はまた、本発明の固相担体の製造方法を提供する。本発明の製造方法は、例えば、ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、リガンド並びにキャッピング剤の結合密度を調節しつつ、リガンド並びにキャッピング剤を固相担体に固定化することを含む。
一実施形態では、本発明の製造方法は、下記の工程(a)〜(c)を含む(製造方法I):
(a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
(b)ターゲット分子の種類に応じて、リガンド及びキャッピング剤の結合密度を決定する工程;
(c)工程(b)で決定された結合密度に従い、工程(a)で選択されたリガンド及びキャッピング剤を固相担体に固定化する工程。
本発明の製造方法Iの工程(a)では、固相担体に固定化すべきリガンドが選択される。用いられる固相担体及びリガンドは、上述の通りである。
本発明の製造方法Iの工程(b)では、ターゲット分子の種類に応じて、リガンド及びキャッピング剤の結合密度が決定される。リガンド及びキャッピング剤の結合密度は、リガンド及びキャッピング剤の相対的比率、並びに/あるいはリガンド及びキャッピング剤からなる固相担体への結合物の総密度という観点から決定され得る。例えば、ターゲット分子として疎水性の高い化合物又は疎水性の低い化合物のいずれを意図するかにより、結合密度は適宜変更され得る。また、結合密度を決定する際、必要に応じて、リガンドの疎水性、及び/又は固相担体の種類も考慮され得る。例えば、ターゲット分子として疎水性の高い化合物を意図し、且つ固定化に用いる固相担体の疎水性が低い場合、キャッピング剤の疎水性がリガンドのそれよりも高ければ、より多くのキャッピング剤を固相担体に固定化すべきと決定され得る。
本発明の製造方法Iの工程(c)では、工程(b)で決定された結合密度に従い、工程(a)で選択されたリガンド及びキャッピング剤が固相担体に固定化される。リガンド及びキャッピング剤の固定化は、自体公知の方法により行うことができ、例えば、上述の方法が用いられ得る。
別の実施形態では、本発明の製造方法は、下記の工程(a)〜(c)を含む(製造方法II):
(a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
(b)ターゲット分子の種類に応じて、固相担体に固定化すべきキャッピング剤を選択する工程;
(c)工程(a)で選択されたリガンド、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤を固相担体に固定化する工程。
なお、本発明の製造方法IIの工程(a)、(c)は、本発明の製造方法Iの工程(a)、(c)と同様に行われ得る。
本発明の製造方法IIの工程(b)では、ターゲット分子の種類に応じて、固相担体に固定化すべきキャッピング剤が選択される。例えば、ターゲット分子として疎水性の高い化合物を選択した場合には、キャッピング剤として適切な疎水性物質が選択され得、ターゲット分子として疎水性の低い化合物を選択した場合には、キャッピング剤として適切な親水性物質が選択され得る。また、キャッピング剤を選択する際、必要に応じて、リガンドの疎水性、及び/又は固相担体の種類も考慮され得る。
さらに別の実施形態では、本発明の製造方法は、本発明の製造方法I及びIIを同時に行うものであり得る。かかる製造方法は、下記の工程(a)〜(d)を含む(製造方法III):
(a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
(b)ターゲット分子の種類に応じて、固相担体に固定化すべきキャッピング剤を選択する工程;
(c)ターゲット分子の種類、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤の疎水性に応じて、リガンド及びキャッピング剤の結合密度を決定する工程;
(d)工程(c)で決定された結合密度に従い、工程(a)で選択されたリガンド、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤を固相担体に固定化する工程。
本発明はさらに、リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体の改良方法を提供する。本発明の改良方法は、例えば、ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とする、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させる、固相担体表面の疎水的性質を評価することを含む。
一実施形態では、本発明の改良方法は、下記の工程(a)〜(c)を含む(改良方法I):
(a)リガンド及びキャッピング剤の結合密度が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
(b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
(c)(b)の比較結果に基づき、リガンド及びキャッピング剤の結合密度に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程。
本発明の改良方法Iの工程(a)では、リガンド及びキャッピング剤の結合密度が異なる少なくとも2種の固相担体がターゲット分子と接触される。リガンド及びキャッピング剤の結合密度が異なる少なくとも2種の固相担体は、リガンド及びキャッピング剤の相対的比率、並びに/あるいはリガンド及びキャッピング剤からなる固相担体への結合物の総密度が異なるものであり得る。固相担体とターゲット分子との接触は、自体公知の方法により行うことができ、例えば、上述した方法が用いられ得る。ターゲット分子は、疎水性の高い化合物であっても疎水性の低い化合物であってもよい。また、ターゲット分子は、該分子を含む試料(例えば、生体試料)の形態で、固相担体に接触されてもよい。
本発明の改良方法Iの工程(b)では、リガンド及びキャッピング剤の結合密度が異なる少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量が決定され、比較される。固相担体に対するターゲット分子の吸着量の決定は、自体公知の方法により行うことができ、例えば、免疫学的方法(例えば、免疫沈降法、ウェスタンブロッティング)、クロマトグラフィー、マススペクトラム、表面プラズモン共鳴等の定量法が用いられ得る。なお、吸着量の決定、比較は、1種類のターゲット分子にのみ行われてもよいが、複数のターゲット分子について行うこともできる。例えば、ターゲット分子として疎水性の高い化合物、及び疎水性の低い化合物の双方が見出される場合、それぞれについて、吸着量が決定され、比較され得る。
本発明の改良方法Iの工程(c)では、上記(b)の比較結果に基づき、リガンド及びキャッピング剤の結合密度に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件が決定される。本工程によれば、リガンド及びキャッピング剤の好ましい相対的比率、並びに/あるいはリガンド及びキャッピング剤からなる固相担体への結合物の好ましい総密度が決定され得る。
別の実施形態では、本発明の改良方法は、下記の工程(a)〜(c)を含む(改良方法II):
(a)キャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
(b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
(c)(b)の比較結果に基づき、キャッピング剤の種類に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程。
本発明の改良方法IIの工程(a)では、キャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子がそれぞれ接触される。本発明の改良方法IIの工程(a)は、本発明の改良方法Iと同様に行われ得る。
本発明の改良方法IIの工程(b)では、キャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量が決定され、比較される。例えば、ターゲット分子として疎水性の高い化合物を選択した場合には、固相担体は、キャッピング剤として疎水性が異なる疎水性物質が固定化されてなるものであり得、ターゲット分子として疎水性の低い化合物を選択した場合には、キャッピング剤として疎水性が異なる親水性物質が固定化されてなるものであり得る。
本発明の改良方法IIの工程(c)では、上記(b)の比較結果に基づき、キャッピング剤の種類に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件が決定される。例えば、ターゲット分子が疎水性の高い化合物である場合、リガンド及び固相担体の種類にもよるが、より疎水性の高い疎水性物質またはより疎水性の低い疎水性物質が好ましいのかが決定され得る。
さらに別の実施形態では、本発明の改良方法は、本発明の改良方法I及びIIを同時に行うものであり得る。かかる改良方法は、下記の工程(a)〜(d)を含む(改良方法III):
(a)リガンド及びキャッピング剤の結合密度、並びにキャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
(b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
(c)(b)の比較結果に基づき、リガンド及びキャッピング剤の結合密度、並びにキャッピング剤の種類に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程。
本明細書中で挙げられた特許および特許出願明細書を含む全ての刊行物に記載された内容は、本明細書での引用により、その全てが明示されたと同程度に本明細書に組み込まれるものである。
以下に実施例を挙げ、本発明を更に詳しく説明するが、本発明は下記実施例等に何ら制約されるものではない。
製造例1:リガンド及びキャッピング剤固定化固相担体の作製
(1)ケトプロフェン及びステアリン酸固定化樹脂(AffiGel)の作製
Affigel−50%ケトプロフェン+50%ステアリン酸の作製
Affi−Gel 102Gel(cat.153−2401,BIO−RAD)1.2ml(14.4μmol)をDMF10mlにて5回洗浄後、乾燥DMF10mlを加え、室温にて1時間攪拌した。ケトプロフェン(1.8mg,7.2μmol)、WSCD(cat.1020,ペプチド研究所)(5.0μl,28.8μmol)、HOBt(cat.1022,ペプチド研究所)(3.9mg,28.8μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄した。ニンヒドリンテストを行った結果、ケトプロフェンの担持率は約50%であった。
本樹脂を乾燥DMF10mlにて置換し、ステアリン酸(8.2mg,28.8μmol)、WSCD(6.1μl,34.6μmol)、HOBt(4.7mg,34.6μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄した。本サンプルの一部をサンプリング後、ニンヒドリンテストを行った結果、残存アミンは観測されなかった。20%無水酢酸DMF溶液にて30分間室温にて攪拌し、DMFにて5回洗浄後、20%エタノール溶液10ml×5にて洗浄し、目的のケトプロフェン及びステアリン酸固定化樹脂(Affigel−50%ケトプロフェン+50%ステアリン酸)を得た。
同様の方法で加える試薬量をコントロールすることによって、Affigel−60%ケトプロフェン+40%ステアリン酸、Affigel−70%ケトプロフェン+30%ステアリン酸、Affigel−80%ケトプロフェン+20%ステアリン酸、Affigel−90%ケトプロフェン+10%ステアリン酸を得た。
Affigel−100%ケトプロフェンの作製
Affi−Gel 102Gel(cat.153−2401,BIO−RAD)1.0ml(12μmol)をDMF10mlにて5回洗浄後、乾燥DMF10mlを加え、室温にて1時間攪拌した。ケトプロフェン(12.2mg,48μmol)、WSCD・HCl(11.0mg,57.6μmol)、HOBt(7.8mg,57.6μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄後、ニンヒドリンテストを行った結果、定量的に目的の化合物を得た。樹脂をDMFにて5回洗浄後、20%無水酢酸DMF溶液にて30分間室温で攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄後、20%エタノール溶液10ml×5にて洗浄し目的のAffigel−100%ケトプロフェンを得た。
Affigel−ステアリン酸の作製
Affi−Gel 102Gel(cat.153−2401,BIO−RAD)1.2ml(14.4μmol)をDMF10mlにて5回洗浄後、乾燥DMF10mlを加え、室温にて1時間攪拌した。ステアリン酸(16.4mg,57.6μmol)、WSCD(cat.1020,ペプチド研究所)(12.1μl,57.6μmol),HOBt(cat.1022,ペプチド研究所)(9.4mg,57.6μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄後、ニンヒドリンテストを行った結果、定量的に目的の化合物を得た。樹脂をDMFにて5回洗浄後、20%無水酢酸DMF溶液にて30分間室温で攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄後、20%エタノール溶液10ml×5にて洗浄し目的のAffigel−C18を得た。
(2)ケトプロフェン及びステアリン酸固定化樹脂(Toyopearl)の作製
TOYO−20%ケトプロフェン+80%C18の作製
TOYOPEARL(AF−Amino−650M;cat.no08039TOSOH)500μl(50μmol)をDMF5mlにて洗浄後、ジクロロメタン5mlにて洗浄した。乾燥ジクロロメタン5mlを加え、室温にて1時間攪拌した。Ketoprofen(2.54mg,10μmol)、PyBOP(26mg,50μmol),ジイソプロピルエチルアミン(17.5μl,100μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄した。引き続き樹脂を乾燥ジクロロメタン5mlにて置換し、ステアリン酸(28.4mg,100μmol)、PyBOP(104mg,200μmol)、ジイソプロピルエチルアミン(35μl,200μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄後、ニンヒドリンテストを行った結果、定量的に残存アミンをステアリン酸にて固定化した樹脂を得た。20%無水酢酸DMF溶液にて30分間室温にて攪拌し、DMFにて5回洗浄後、20%エタノール溶液10ml×5にて洗浄し、目的のケトプロフェン及びステアリン酸固定化樹脂(TOYO−20%ケトプロフェン+80%ステアリン酸)を得た。
同様の方法にてTOYO−10%ケトプロフェン+90%ステアリン酸、TOYO−30%ケトプロフェン+70%ステアリン酸、TOYO−60%ケトプロフェン+40%ステアリン酸を合成した。
(3)ケトプロフェン及びアセチル固定化樹脂(Toyopearl)の作製
TOYO−20%ケトプロフェン+80%アセチルの作製
TOYOPEARL(AF−Amino−650M;cat.no08039,TOSOH)500μl(50μmol)をDMF5mlにて洗浄後、ジクロロメタンにて同様に洗浄した。乾燥ジクロロメタン5mlを加え、室温にて1時間攪拌した。ケトプロフェン(2.54mg,10μmol)、PyBOP(26mg,50μmol)、ジイソプロピルエチルアミン(17.5μl,100μmol)を加え、室温にて一昼夜攪拌した。樹脂をDMFにて5回洗浄した。引き続き、20%無水酢酸DMF溶液5mlにて30分間室温にて攪拌し、残存するアミノ基をアセチル基で保護した。樹脂をDMFにて5回洗浄後、20%エタノール溶液10ml×5にて洗浄し、目的のケトプロフェン及びアセチル固定化樹脂(TOYO−20%ケトプロフェン+80%Ac)を得た。
同様の方法にてTOYO−10%ケトプロフェン+90%アセチル、TOYO−30%ケトプロフェン+70%アセチル、TOYO−60%ケトプロフェン+40%アセチル、YOYO−100%ケトプロフェンを得た。
実施例1:ケトプロフェン固定化樹脂に対するCOX1の結合能の解析
(1)COX1含有lysateの調製
E.coliをbuffer A(0.5%Tween20 and 300μM DDC含有Tris−HCl,pH8.0)を用い通常法で調整したlysate(蛋白量:1.5mg/ml)1mlに市販のCOX1(ovine)(cayman cat no.60100)10μgを加えサンプルとした。
(2)ケトプロフェン固定化樹脂に対するCOX1の結合能の解析
ケトプロフェン固定化樹脂10μlとLysate 1mlを4℃で一昼夜静かに振とうした。樹脂を1,2000×gにて遠心し、上清を捨て残された樹脂をbuffer A(1ml)にて5回洗浄後、20μlのSDS用ローディングバッファー(nakalai cat.No;30566−22,2−ME(2−メルカプトエタノール)含有電気泳動用サンプルバッファー溶液(2x))を加え、25℃で10分間攪拌した。こうして得られたサンプル液を市販のSDSゲル(BioRad ready Gel J,10%SDS,cat.No;161−J321)で分離し、そのSDSゲルを解析した。
その結果、疎水的環境(Toyopearl)ではケトプロフェン固定化樹脂はCOX1と結合したが(図1のA)、親水的環境(AffiGel)ではケトプロフェン固定化樹脂はCOX1と結合できなかった(図1のB)。しかしながら、Affigel表面をステアリン酸キャッピングに供し、疎水的環境を提供することによって、AffiGelはCOX1に対する結合能を獲得することが明らかとなった(図1のC)。なお、ステアリン酸のみ固定化した樹脂はCOX1と結合しなかった(図1のD)。
以上より、キャッピング剤としてステアリン酸を用いて疎水的環境を提供するように改変することにより、親水的な樹脂が膜結合蛋白質と結合し得ることが示された。
実施例2:COX1への結合能を有する、AffiGelに対するリガンド及びキャッピング剤の結合密度の解析
実施例1の結果より、リガンド及びキャッピング剤固定化樹脂へのターゲット分子の結合には、キャッピング剤の種類のみならず、リガンド及びキャッピング剤の結合密度が重要である可能性が考えられた。そこで、リガンドとしてケトプロフェン、キャッピング剤としてステアリン酸、及び膜結合蛋白質としてCOX1を再度用い、COX1への結合能を有する、AffiGelに対するケトプロフェン及びステアリン酸の結合密度を解析した。なお、COX1含有lysateは実施例1と同様に調製したものを用い、また、結合密度が異なるケトプロフェン及びステアリン酸固定化AffiGelは、製造例1に準じて作製したものを用いた。
その結果、ケトプロフェン及びステアリン酸の結合密度を調節して樹脂表面上の疎水的性質を改変することにより、COX1結合能を獲得できることが明らかとなった(図2)。
以上より、リガンド及びキャッピング剤の結合密度を調節して固相担体表面の疎水的性質を改変することにより、疎水性の低い固相担体が、疎水性の高いターゲット分子に対する結合能を獲得することが示された。
実施例3:COX1への結合能を有する、Toyopearlに対するリガンド及びキャッピング剤の結合密度の解析
実施例1及び2の結果より見出された、リガンド及びキャッピング剤固定化樹脂へのターゲット分子の結合には、キャッピング剤の種類、並びにリガンド及びキャッピング剤の結合密度が重要であるという知見を、樹脂の種類を変更してさらに確認することにした。そこで、リガンドとしてケトプロフェン、キャッピング剤としてステアリン酸又はアセチル、及び膜結合蛋白質としてCOX1を用い、COX1への結合能を有する、Toyopearlに対するリガンド及びキャッピング剤の結合密度を解析した。なお、COX1含有lysateは実施例1と同様に調製したものを用い、また、結合密度が異なるケトプロフェン及びステアリン酸又はアセチル固定化Toyopealは、製造例1に準じて作製したものを用いた。
その結果、Toyopealにおいてもリガンドの結合密度を下げ、且つアセチルキャッピングを行い表面をより親水的にすることにより、COX1結合能を喪失した(図3)。また、キャッピング剤をステアリン酸に変更することにより、COX1結合能は保たれた(図3)。
本実施例並びに実施例1及び2の結果より、ターゲット分子に対する結合能を有する固相担体を作製するためには、ターゲット分子の種類に応じた、キャッピング剤の種類の選択、並びに/あるいはリガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節により、固相担体表面の疎水的性質を調節することが重要であることが示された。
本発明によれば、疎水性の高いターゲット分子、例えば膜結合蛋白質を吸着可能な固相担体の提供が可能となる。また、本発明によれば、疎水性の高いターゲット分子に限らず、任意のターゲット分子に対し至適化された固相担体の提供が可能となる。かかる固相担体は、カラム充填剤(例えば、クロマトグラフィー用)、水晶発振子(quartz crystal microbalance)、アレイ(例えば、マイクロアレイ等のジーンチップ)、表面プラズモン共鳴(SPR)用チップ等として用いられ得る。
本出願は、平成17年1月28日に日本で出願された特願2005−22119を基礎としており、その内容は本明細書中に援用される。

Claims (11)

  1. リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体であって、
    ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質が調節され
    固相担体表面の疎水的性質の調節が、リガンド及びキャッピング剤の結合密度の調節、並びにキャッピング剤の選択によりなされるものである、固相担体。
  2. ターゲット分子が蛋白質である、請求項1記載の固相担体。
  3. 蛋白質が膜結合蛋白質である、請求項記載の固相担体。
  4. キャッピング剤が疎水性物質であり、該疎水性物質(但し、固定用官能基を除く)のLOGPがCLOGPとして算出した場合、3以上である、請求項記載の固相担体。
  5. 疎水性物質が、下記一般式(I):
    −X (I)
    〔式中、Rは置換又は無置換の炭化水素基、及び置換又は無置換の複素環基からなる群より選ばれる疎水性部分であり、Xは、固相担体上の固定用官能基と結合したとき、−CO−NH−、−CO−O−、−NH−CH−、−NH=CH−、−CH−O−、−SO−NH−、−S−CH−、−S(O)−CH−、−SO−CH−及び−SO−O−からなる群より選択される接合部位を形成する固定用官能基である〕で表される化合物である、請求項記載の固相担体。
  6. キャッピング剤がステアリン酸又はその誘導体である、請求項記載の固相担体。
  7. 固相担体が、樹脂、金属又はガラスである、請求項1記載の固相担体。
  8. リガンドの結合率r(%)、並びキャッピング剤の結合率r(%)が、下記条件式を満たす、請求項記載の固相担体:
    10≦r<90 且つ 10<r≦90
    ここで、r+r≦100。
  9. リガンドの結合率r(%)、並びキャッピング剤の結合率r(%)が、下記条件式を満たす、請求項記載の固相担体:
    10≦r<70 且つ 30<r≦90
    ここで、r+r≦100。
  10. リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体の製造方法であって、
    ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とするように、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させるように、固相担体表面の疎水的性質を調節しつつ、リガンド及びキャッピング剤を固相担体に固定化することを含み、
    下記の工程(a)〜(d)を含む、製造方法
    (a)固相担体に固定化すべきリガンドを選択する工程;
    (b)ターゲット分子の種類に応じて、固相担体に固定化すべきキャッピング剤を選択する工程;
    (c)ターゲット分子の種類、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤の疎水性に応じて、リガンド及びキャッピング剤の結合密度を決定する工程;
    (d)工程(c)で決定された結合密度に従い、工程(a)で選択されたリガンド、及び工程(b)で選択されたキャッピング剤を固相担体に固定化する工程
  11. リガンド及びキャッピング剤が固定化されてなる固相担体の改良方法であって、
    ターゲット分子のリガンドへの結合を可能とする、あるいはターゲット分子のリガンドへの結合量を増加させる、固相担体表面の疎水的性質を評価することを含み、
    下記の工程(a)〜(c)を含む、改良方法
    (a)リガンド及びキャッピング剤の結合密度、並びにキャッピング剤の種類が異なる少なくとも2種の固相担体に、ターゲット分子をそれぞれ接触させる工程;
    (b)該少なくとも2種の固相担体に対するターゲット分子の吸着量を決定し、比較する工程;
    (c)(b)の比較結果に基づき、リガンド及びキャッピング剤の結合密度、並びにキャッピング剤の種類に関して、より多量のターゲット分子が固相担体に吸着する条件を決定する工程
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Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2570183A1 (en) * 2011-09-15 2013-03-20 InstrAction GmbH Sorbent comprising on its surface an aliphatic unit for the purification of organic molecules

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2003329685A (ja) * 2003-04-07 2003-11-19 Fuji Photo Film Co Ltd プローブ分子が固定された検出具の処理方法及び水性処理液
WO2004025297A1 (ja) * 2002-07-30 2004-03-25 Reverse Proteomics Research Institute Co., Ltd. 固相担体上における分子間の非特異相互作用の抑制方法
WO2004040305A1 (ja) * 2002-10-31 2004-05-13 Reverse Proteomics Research Institute Co., Ltd. 化合物の固相担体への固定化方法
JP2004271514A (ja) * 2003-02-18 2004-09-30 Fuji Photo Film Co Ltd バイオセンサー
JP2005017233A (ja) * 2003-06-27 2005-01-20 Sumitomo Precision Prod Co Ltd 生化学反応体の検出方法とバイオチップ

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9218131D0 (en) * 1992-08-26 1992-10-14 Slater James H A method of marking a liquid
DE19812688A1 (de) * 1998-03-23 1999-09-30 Basf Ag Verfahren zur Herstellung von festen Dosierungsformen
US20020119579A1 (en) * 1998-07-14 2002-08-29 Peter Wagner Arrays devices and methods of use thereof
US20030066998A1 (en) * 2001-08-02 2003-04-10 Lee Howard Wing Hoon Quantum dots of Group IV semiconductor materials
US6878523B2 (en) * 2002-05-08 2005-04-12 Gentel Bio Surfaces, Inc. Molecular interaction assays on a solid surface
WO2004074452A2 (en) * 2003-02-19 2004-09-02 The Regents Of The University Of California Multiplex mapping of protein interactions
CN1969190A (zh) * 2004-04-20 2007-05-23 爱默蕾大学 多峰性纳米结构,其制造方法以及其使用方法

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004025297A1 (ja) * 2002-07-30 2004-03-25 Reverse Proteomics Research Institute Co., Ltd. 固相担体上における分子間の非特異相互作用の抑制方法
WO2004040305A1 (ja) * 2002-10-31 2004-05-13 Reverse Proteomics Research Institute Co., Ltd. 化合物の固相担体への固定化方法
JP2004271514A (ja) * 2003-02-18 2004-09-30 Fuji Photo Film Co Ltd バイオセンサー
JP2003329685A (ja) * 2003-04-07 2003-11-19 Fuji Photo Film Co Ltd プローブ分子が固定された検出具の処理方法及び水性処理液
JP2005017233A (ja) * 2003-06-27 2005-01-20 Sumitomo Precision Prod Co Ltd 生化学反応体の検出方法とバイオチップ

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