JP4634615B2 - 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 - Google Patents
固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP4634615B2 JP4634615B2 JP2000601011A JP2000601011A JP4634615B2 JP 4634615 B2 JP4634615 B2 JP 4634615B2 JP 2000601011 A JP2000601011 A JP 2000601011A JP 2000601011 A JP2000601011 A JP 2000601011A JP 4634615 B2 JP4634615 B2 JP 4634615B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- group
- solid support
- oligonucleotide
- labeled
- label
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
- 0 BC(CC(C(C)COP(O*)(OC1C(COP(**(CC)*C2=CCCCCCCCC2)(O*)=O)OC(B)C1)=O)OP(O*)(OCC1OC(B)CC1O)=O)O Chemical compound BC(CC(C(C)COP(O*)(OC1C(COP(**(CC)*C2=CCCCCCCCC2)(O*)=O)OC(B)C1)=O)OP(O*)(OCC1OC(B)CC1O)=O)O 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Description
(発明の分野)
本発明は、一般に核酸化学の分野、および特に固体支持体上のオリゴヌクレオチドを標識するための方法および組成物に関する。標識試薬としては、ハイブリダイゼーション−安定化部分、蛍光色素、蛍光消光剤、エネルギー移動色素のセット、化学発光色素、金属ポルフィリン、アミノ酸、タンパク質、ペプチド、酵素およびアフィニティーリガンドが挙げられる。
【0002】
(参考文献)
Andrus,A.「Chemical methods for 5’non−isotopic labelling of PCR probes
and primers」(1995)in PCR 2:A Practical Approach,Oxford University Press,Oxford,39−54頁
Andrus,A.,McCollum,C.およびZon,G.「Automated system for polynucleotide synthesis and purification」米国特許第5,047,524号,1991年9月10日発行.
Andrus,A.,McCollum,C.およびZon,G.「Automated system for polynucleotide synthesis and purification」米国特許第5,262,530号,1993年12月16日発行.
Beaucage,S.およびIyer,R.「Advances in the synthesis of oligonucleotides by the phosphoramidite approach」,Tetrahedron 48:2223−2311(1992).
Bergot,B.,Chakerian,V.,Connell,C.,Eadie,J.,Fung,S.,Hershey,N.,Lee,L.,Menchen,S.およびWoo,S.「Spectrally resolvable rhodamine dyes for nucleic acid sequence determination」,米国特許第5,366,860号,1994年12月22日発行.
Blackburn,G.およびGait,M.編「DNA and RNA structure」Nucleic Acids in Chemistry and Biology,第2版(1996)Oxford University Press,15−81頁.
Bronstein,I.およびVoyta,J.,「Methods of using chemiluminescent 1,2−dioxetanes」米国特許第4,931,223号,1990年6月5日発行.
Bronstein,K.,Fortin,J.,Stanley,P.,Stewart,G.およびKricka,L.「Chemiluminescent and bioluminescent reporter gene assays」,Anal.Biochemistry 219:169−81(1994).
Cardullo,R.,Agrawal,S.,Flores,C.,Zamecnik,P.およびWolf,D.「Detection of nucleic acid hybridization by non−radiative fluorescence resonance energy transfer」,Proc.Natl.Acad.Sci.85:8790−8794(1988).
Caruthers,M.およびBeaucage,S.「Phosphoramidite compounds and processes」,米国特許第4,415,732号,1983年11月15日発行.
Caruthers, M.およびMatteucci,M.「Process for preparing polynucleotides」,米国特許第4,458,066号,1984年7月3日発行.
Clegg,R.「Fluorescence resonance energy transfer and nucleic acids」,Meth.Enzymol.211:353−388(1992).
Dib,C.Faure,S.,Fizames,C.,Samson,D.,Drouot,N.,Vignal,A.,Millasseau,P.,Marc,S.,Hazan,J.,Seboun,E.,Lathrop,M.,Gyapay,G.,Morissette,J.,Weissenbach J.「A comprehensive genetic map of the human genome based on 5,264 microsatellites」, Nature 380:6570:152−4(1996).
Dueholm,K.,Egholm,M.,Behrens,C.,Christensen,L.,Hansen,H.,Vulpius,T.,Petersen,K.,Berg,R.,Nielsen,P.およびBuchardt,O.「Synthesis of peptide nucleic acid monomers containing the four natural nucleobases:thymine,cytosine,adenine,and guanine and their oligomerization」,J.Org.Chem.59:5767−73(1994).
Egholm,M.,Buchardt,O.,Christensen,L.,Behrens,C.,Freier,S.,Driver,D.,Berg,R.およびKim,S.「PNA hybridizes to complementary oligonucleotides obeying the Watson−Crick hydrogen bonding rules」,Nature 365:566−68(1993).
Englisch,U.およびGauss,D.「Chemically modified oligonucleotides as probes and inhibitors」,Angew.Chem.Int.Ed.Engl.30:613−29(1991).
Flanagan,W.,Wagner,R.,Grant,D.,Lin,K.およびMatteucci,M.「Cellular penetration and antisense activity by a phenoxazine−substituted heptanucleotide」,Nature Biotech.17:48−52(1999).
Fodor,S.,Pirrung,M.,Read,J.,およびStryer,L.「Array of oligonucleotides on a solid substrate」,米国特許第5,445,934号,1995年8月29日発行.
Gong,B.およびYan,Y.「New DNA minor−groove binding molecules with high sequence−selectivities and binding affinities」,Biochem.and Biophys.Res.Comm.240:557−60(1997).
Grossman,P.,Bloch,W.,Brinson,E.,Chang,C.,Eggerding,F.,Fung,S.,Iovannisci,D.,Woo,S.およびWinn−Dean,E.「High−density multiplex detection of nucleic acid sequences:oligonucleotide ligation assay and sequence−coded separation」,Nucl.Acids Res.22:4527−4534(1994).
Hermanson,G.in Bioconjugate Techniques(1996)Academic Press,San Diego,40−55頁,643−671頁.
Ju,J.,Kheterpal,I.,Scherer,J.,Ruan,C.,Fuller,C.,Glazer,A.およびMathies,R.「Design and Synthesis of fluorescence energy transfer dye−labeled primers and their application for DNA sequencing and analysis」,Analytical Biochemistry 231:131−140(1995).
Keller,G.およびManak,M.,DNA Probes Second Edition (1993),Stockton Press,New York,121−23頁.
Kricka,L.,Nonisotopic DNA Probe Techniques(1992),Academic Press,San
Diego,3−28頁.
Kubista,M.およびSvanvik,N.「Probe for analysis of nucleic acids」,WO 97/45539,国際公開日1997年12月4日.
Kutyavin,I.,Lukhtanov,E.,Gamper,H.およびMeyer,R.「Covalently linked oligonucleotide minor groove binder conjugates」,WO 96/32496,国際公開日1996年10月17日.
Lee,L.,Spurgeon,S.,Rosenblum,B.「Energy transfer dyes with enhanced fluorescence」,米国特許第5,800,996号,1998年9月1日発行.
Lee,L.,Spurgeon,S.,Heiner,C.,Benson,S.,Rosenblum,B.,Menchen,S.,Graham,R.,Constantinescu,A.,Upadhya,KおよびCassel,M.「New energy transfer dyes for DNA sequencing」, Nucl. Acids Res. 25:2816−22 (1997).
Livak,K.,Flood,S.,Marmaro,J.,Giusti,W.およびDeetz,K.「Oligonucleotides with fluorescent dyes at opposite ends provide a quenched probe system useful for detecting PCR product and nucleic acid hybridization」,PCR Methods and Applications 4:357−362 (1995).
Livak, K., Flood, S. and Marmaro, J. 「Method for Detecting Nucleic Acid Amplification Using Self−Quenching Fluorescence Probe」, 米国特許第5,538,848号1996年7月23日発行.
Livak,K.,Flood,S.,Marmaro,J.およびMullah,K.「Self−quenching fluorescence probe」,米国特許第5,723,591号1998年3月3日発行.
Lukhtanov,E.,Kutyavin,I.,Gamper,H.およびMeyer,R.「Oligodeoxyribonucleotides with conjugated dihydropyrroloindole oligopeptides: Preparation and hybridization properties」, Bioconjugate Chem. 6:418−26 (1995).
Menchen,S.,Lee,L.,Connell,C.,Hershey,N.,Chakerian,V.,Woo,S.およびFung,S.「4,7−Dichlorofluorescein dyes as molecular probes」,米国特許第5,188,934号1993年2月23日発行.
Meyer,R.「Incorporation of modified bases in oligonucleotides」 in Protocols for Oligonucleotide Conjugates,S. Agrawal編(1994)Humana Press,Totowa,NJ,73−92頁.
Mullah,B.およびAndrus,A.「Automated synthesis of double dye−labeled oligonucleotides using tetramethylrhodamine (TAMRA) solid supports」,Tetrahedron Letters 38: 5751−5754 (1997).
Mullah,B.およびAndrus,A.「Solid support reagents for the direct synthesis of 3’−labeled polynucleotides」,米国特許第5,736,626号、1998年4月7日発行.
Mullah,B.,Livak,K.,Andrus,A.およびKenney,P.「Efficient synthesis of double dye−labeled oligodeoxyribonucleotide probes and their application in a real time PCR assay」,Nucl.Acids Res.26:1026−1031(1998).
Nelson,P.,Kent,M.およびMuthini,S.「Oligonucleotide labeling methods 3. Direct labeling of oligonucleotides employing a novel, non−nucleosidic,2−aminobutyl−1,3−propanediol backbone」,Nucl.Acids Res.20:6253−59(1992)
Nelson,P.「Multifunctional controlled pore glass reagent for solid phase oligonucleotide synthesis」,米国特許第5,141,813号、1992年8月25日発行.
Nielsen,P.,Egholm,M.,Berg,R.およびBuchardt,O.「Sequence−selective recognition of DNA by strand displacement with a thymidine−substituted polyamide」, Science 254:1497−1500 (1991).
Stanton,T.,Schindele,D.,Renzoni,G.,Pepich,B.,Anderson,N.,Clagett,J.およびOpheim,K.「Preparation and use of monomeric phthalocyanine reagents」WO 8804777,国際公開日:1998年6月30日.
Theisen,P.,McCollum,C.およびAndrus,A.「Fluorescent dye phosphoramidite labelling of oligonucleotides」,Nucleic Acid Symposium Series No. 27, Oxford University Press, Oxford,99−100頁(1992).
Tyagi,S.およびKramer,F.「Molecular Beacons: Probes that fluoresce upon hybridization」,Nature Biotechnology,14:303−08 (1996).
Van der Laan,A.,Brill,R.,Kuimelis,R.,Kuyl−Yeheskiely,E.,van Boom,J.,Andrus,A.およびVinayak,R.「A convenient automated solid−phase synthesis of PNA−(5’)−DNA−(3’)−PNA chimera」,Tetrahedron Lett.38:2249−52(1997).
Vinayak,R.,van der Laan,A.,Brill,R.,Otteson,K.,Andrus,A.,Kuyl−Yeheskiely,E.およびvan Boom,J.「Automated chemical synthesis of PNA−DNA chimera on a nucleic synthesizer」,Nucleosides & Nucleotides 16:1653−56(1997).
Wagner,T.およびPfleiderer,W.「An inverse approach in oligodeoxyribonucleotide synthesis」,Nucleosides & Nucleotides 16:1657−60(1997).
Woo,S.,Menchen,S.およびFung,S.「Rhodamine phosphoramidite compounds」,米国特許第5,231,191号、1993年7月27日発行.
Woo,S.およびFung,S.「Solid support reagents for the synthesis of 3’−nitrogen containing polynucleotides」,米国特許第5,552,471号、1996年9月3日発行。
【0003】
(背景)
非同位体標識オリゴヌクレオチドは、多くの重要な分子生物学の適用(例えば、PCR増幅、DNA配列決定、遺伝子発現のアンチセンス転写および翻訳制御、遺伝分析ならびにDNAプローブベースの診断試験(Keller,1993;Kricka,1992)において不可欠の部分である。蛍光色素標識オリゴヌクレオチドの蛍光検出は、核酸配列検出アッセイ(例えば、TaqmanTM(Livak,1996)、分子標識(Molecular Beacon)(Tyagi,1996)、遺伝的連鎖マッピング(Dib,1996)、およびオリゴヌクレオチド連結アッセイ(Grossman,1994))の基礎である。
【0004】
合成オリゴヌクレオチドを標識化するための2つの一般的な方法が、確立されている。第1の方法(本明細書中では「2段階溶液標識化法」といわれる)において、求核的官能基(例えば、1級脂肪族アミン)が、オリゴヌクレオチド上の標識化結合部位(例えば、5’末端)に導入される。自動化固体支持体合成が完了した後、このオリゴヌクレオチドは支持体から切断され、そして全ての保護基は除去される。求核剤−オリゴヌクレオチドを、均一溶媒条件下で、求電子性部分を含む過剰の標識試薬(例えば、イソチオシアネートまたは活性化エステル(例えば、ヒドロキシスクシンイミド(NHS)))と反応させる(Hermanson,1996;Andrus,1995)。
【0005】
第2の代替の方法(本明細書中では直接標識化法」といわれる)において、標識は、合成の間、または前に、直接オリゴヌクレオチドに組み込まれる(Mullah,1998;Nelson,1992)。直接標識化法は、以下のような理由で望ましい。(i)合成後の反応工程を必要とせず、それにより標識化ポリヌクレオチドの合成を簡単にし、そして(ii)2段階溶液標識化法で代表的に遭遇する低反応収率(<60%)に関連する問題を避ける。この問題とは、すなわち:(a)過剰の標識からの標識化オリゴヌクレオチドの精製;(b)非標識化オリゴヌクレオチドからの標識化オリゴヌクレオチドの精製;(c)低生成物収率ならびに面倒な分析および精製手順に起因する高い費用、ならびに;(d)合成の間の求核的官能基の付加逆的なキャッピングである。
【0006】
特定の蛍光色素および他の標識は、5’標識化のためのホスホラミダイト試薬として官能化されてきた(Theisen,1992)。しかし、いくつかの標識(例えば、ジゴキシゲニン、ローダミン色素、およびシアニン色素)は、不安定過ぎて、過酷な条件ならびに試薬調製およびオリゴヌクレオチドの合成、切断および脱保護において使用される試薬に、耐えることができない。従って、このような標識が現在の固相合成プロトコルにおいて使用される場合にはかならず、あまり好ましくない2段階溶液標識化法を使用して結合されなければならない。
【0007】
従って、オリゴヌクレオチドおよびアナログを、それらが合成される固体支持体上に直接、迅速で、経済的、かつ化学的に不安定な官能基に適合する条件下で標識化するための、方法および試薬を提供することが所望される。
【0008】
(要旨)
本発明は、固体支持体上の標識化オリゴヌクレオチドの合成のための新規な方法および組成物に関する。
【0009】
第1の局面では、本発明は、以下の構造
【0010】
【化8】
を有する標識化固体支持体上の標識化オリゴヌクレオチドの合成のための方法を包含し、
ここでSは固体支持体であり、Aは切断可能なリンカーであり、Xは3以上の結合部位を有する部分であり、Lは標識であり、Yは求核剤(すなわち、O、NH、NRまたはS)そしてP1は酸で切断可能な保護基である。標識化固体支持体は、(1)YからP1を除去するための試薬、(2)Yを5’−ホスホラミダイト(3’保護ヌクレオシド)の5’位とカップリングさせるための試薬、(3)支持体上の任意の未反応部位(例えば、Y)を必要に応じてキャップするための試薬、および(4)任意のホスファイト連結を酸化するための試薬を用いて、循環様式で反応される。これらの4つの工程は、標識化されたオリゴヌクレオチド全体が合成されるまで繰り返される。
【0011】
合成が完了した後、標識化オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間ホスフェートおよび核酸塩基上の保護基は、このオリゴヌクレオチドを固体支持体上に残したまま脱保護によって除去され得る。あるいは、合成が完了した後、標識化オリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断され得、次いで脱保護され得る。
【0012】
第2の局面では、本発明は、以下の構造
【0013】
【化9】
を有する固体支持体に結合されるヌクレオシドを包含し、
ここでS、A、X、LおよびYは、上記に規定されるとおりであり、Rはホスフェート保護基またはホスホトリエステル置換基であり;Bは核酸塩基であり;P2は環外窒素保護基であり;そしてP3は酸に不安定な保護基である。
【0014】
第3の局面において、本発明は、以下の構造
【0015】
【化10】
を有する固体支持体に結合されるオリゴヌクレオチドを含み、
ここで変更し得る置換基は上記で規定されるとおりであり、そしてnは好ましくは約0〜100の整数である。
【0016】
第4の局面において、本発明は、
(i)求電子剤に変換され得る官能基を有する標識試薬(例えば、カルボン酸、スルホン酸、ホスホン酸またはリン酸)を反応させる工程、
(ii)固体支持体上のオリゴヌクレオチドを求核的官能基(例えば、アルコール、アミン、またはチオール)と反応させる工程、および
(iii)カップリング試薬を反応させる工程であって、これによりエステル、アミド、チオエステル、スルホンアミド、スルホネート、ホスホネート、ホスホラミデート、ホスホロチオエート、またはリン酸結合が形成される工程により、標識化オリゴヌクレオチドを合成するための方法を包含する。標識化法は、標識部位(5’末端、3’末端、核酸塩基、ヌクレオチド間連結、糖、アミノ、スルフィド、ヒドロキシル、およびカルボキシルを含む)においてオリゴヌクレオチドに対して実施され得る。標識化反応は、1つ以上のDNA、RNA、PNAおよび核酸アナログモノマーユニットを含むオリゴヌクレオチドに対して行われ得る。核酸アナログは、核酸塩基、糖、および/またはヌクレオチド間アナログであり得る。
【0017】
標識化オリゴヌクレオチドは、5’から3’の方向、または3’から5’の方向のいずれかで合成され得る。
【0018】
(好ましい実施形態の詳細な説明)
ここで本発明の好ましい実施形態を詳細に参照すると、これらの例は、添付の図面に図示される。本発明は、好ましい実施形態と共に記載されるが、これらは、その実施形態に本発明が限定されるということを意図されないことが理解される。対照的に、本発明は、上記の特許請求の範囲により規定される本発明の範囲内に含まれる代替物、改変物、および等価物を包含することを意図される。
【0019】
(I.定義)
他に記載されないかぎり、本明細書中で使用される場合、以下の用語および句は、以下の意味を有することが意図される。
【0020】
用語「核酸」、「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドモノマーまたはそれらのアナログのポリマーを意味し、それらの二重鎖および一重鎖の、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、α−アノマー形態などを含む。オリゴヌクレオチドは、1つ以上のDNA、RNAおよび核酸アナログモノマーユニットを含み得る。モノマーは、ヌクレオチド間連結(ホスホジエステル結合またはそれらのホスフェートアナログを含む)により連結され、対イオン(例えば、H+、NH4+、Na+)を伴う。オリゴヌクレオチドは、代表的に少数のモノマーユニット(例えば、5〜40)から数千のモノマーユニットまでの範囲である。オリゴヌクレオチドが文字の配列(例えば、「ATGCCTG」)により表される場合は必ず、ヌクレオチドは、5’から3’の順に、左から右であり、そして他に示されないかぎり、「A」は、デオキシアデノシン、「C」はデオキシシチジン、「G」はデオキシグアノシン、そして「T」はチミジンを示す。
【0021】
「ヌクレオシド」は、ペントースに1’位で連結したプリン核酸塩基、デアザプリン核酸塩基、またはピリミジン核酸塩基(例えば、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミン、デアザアデニン、デアザグアノシンなど)からなる化合物をいう。核酸塩基がプリンまたは7−デアザプリンである場合、ペントースはこの核酸塩基にプリンまたはデアザプリンの9位で結合され、そして核酸塩基がピリミジンである場合、ペントースは、この核酸塩基にピリミジンの1位で結合される。
【0022】
「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドのリン酸エステル(例えば、三リン酸エステル)をいい、ここで最も一般的なエステル化部位は、ペントースのC−5位に結合されるヒドロキシル基である。
【0023】
用語「ワトソン/クリック塩基対合」は、配列特異的水素結合により共に結合する、ヌクレオチドおよびそのアナログの特定の対(例えば、AはTおよびUと対になり、そしてGはCと対になる)のパターンをいう。
【0024】
用語「アナログ」とは、モノマーヌクレオチドアナログ単位から作製され、そして核酸に関連するいくつかの性質および特性を有する核酸のアナログをいう。核酸アナログは、改変された核酸塩基部分、改変された糖部分、および/または改変されたヌクレオチド間連結を有し得る(Englisch,1991)。糖およびヌクレオチド間部分が、2−アミノエチルグリシンアミド骨格ポリマーで置換された、好ましい核酸アナログのクラスは、ペプチド核酸PNAである(Nielsen,1991)。
【0025】
「結合部位」とは、リンカーが結合される部位をいう。
【0026】
「リンカー」とは、オリゴヌクレオチドを標識または固体支持体に接続する鎖を含む1つ以上の原子をいう。
【0027】
「キメラ」とは、本明細書中で使用される場合、1つ以上のヌクレオチド単位および1つ以上のヌクレオチドアナログ単位を含むオリゴヌクレオチドをいう。
【0028】
「低級アルキル」、「低級アルキレン」および「低級置換アルキレン」とは、1〜12個の炭素原子からなる直鎖、分枝、または環式の基をいう。
【0029】
「標識」とは、オリゴヌクレオチドに共有結合で結合される部分をいう。好ましい標識のクラスは、検出のためのシグナル(例えば、蛍光、化学ルミネセンス、および電気化学ルミネセンス)を生じる(Kricka,1992)。別の好ましい標識のクラスは、ハイブリダイゼーションを強化するか、安定化するか、または影響を及ぼすように作用する(例えば、インターカレーター、小溝バインダー(minor−groove binder)、および架橋官能基)(Blackburn,1996)。検出標識としては、蛍光色素(例えば、フルオレセインおよびローダミン誘導体)、シアニン色素(Kubista,1997)、化学ルミネセンス色素(Bronstein,1990;Bronstein,1994)およびエネルギー移動色素(Clegg,1992;Cardullo,1988)が挙げられるが、これらに限定されない。なお別の好ましい標識のクラスは、特異的または非特異的捕獲手段によって分子の分離または固定化をもたらすように作用する(Andrus,1995)。
【0030】
「検出」とは、標識の特性に基づいてオリゴヌクレオチドを検出すること、観察すること、または測定することをいう。
【0031】
「カップリング試薬」は、固体支持体上の求核性オリゴヌクレオチドと標識との間に、エステル結合、アミド結合、チオエステル結合、スルホンアミド結合、スルホネート結合、ホスホネート結合、ホスホラミデート結合、ホスホロチオエート結合、またはホスフェート結合を形成し得る任意の試薬、活性化剤、または添加剤を含む。
【0032】
(II.標識化支持体)
本発明の1つの局面は、標識化オリゴヌクレオチドの合成のための支持体を含む。本発明のこの局面にしたがった標識化支持体は、以下の構造:
【0033】
【化11】
を有し、
ここでSは一般にオリゴヌクレオチド合成に有用な固体支持体材料をいい、Aは切断可能なリンカーであり、Xは3以上の結合部位を有する部分であり、Lは標識であり、Yは求核剤(すなわち、O、NH、NRまたはS)であり、そしてP1は、酸で切断可能な保護基である。
【0034】
固体支持体は、モノマーユニットの連続的な結合のための不溶性媒質を提供する。不均一合成法の有意な利点は、液相中の過剰の試薬が、濾過により容易に除去され得、それにより各反応のまたは各サイクルの間の精製工程の必要性を排除することである。固体支持体の特徴(例えば、細孔サイズ、架橋含有量(cross−link content)、膨潤、粒子サイズ、および表面積)は、迅速な動態および高収率反応を生じるために、試薬の効率的な拡散を可能にするように最適化されるべきである。好ましい支持体材料としては、高架橋非膨潤ポリスチレン(Andrus,1993)、制御細孔ガラス(Caruthers,1984)、シリカ、シリカゲル、ポリアクリルアミド、磁気ビーズ(Stamm,1995)、ポリアクリレート、ヒドロキシエチルメタクリレート、ポリアミド,ポリエチレン,ポリエチレンオキシ、およびこのような物質のグラフトまたはコポリマーが挙げられる。固体支持体の物理的構成としては、小粒子、ビーズ、膜、フリット、非多孔性表面、スライド、プレート、ミクロ機械加工チップ、アルカンチオール−金層、アドレス可能アレイ、ベクター、プラスミド、またはポリヌクレオチド−固定化媒質が挙げられる(Fodor,1995)。いくつかの実施形態では、例えば、ウエル、隆起した領域、窪み、ピン、溝、ロッド、円筒の内壁または外壁などを伴った、支持体上で物理的に隔てられた合成領域のアレイを作製することが望ましい。
【0035】
切断可能なリンカーAは、以下のような任意の官能基を含み得る:(i)塩基性試薬により切断されるエステルおよび他の塩基に不安定なリンカー、(ii)フッ化物イオンのような求核剤により切断されるシリルエーテル、または(iii)ジスルフィド基およびジチオトレイトール(DTT)のような試薬を用いて酸化/還元条件下で切断される他の基。リンカーAの上記の例において切断される結合は、以下に矢印で示される。
【0036】
【化12】
部分Xは、リンカーA、標識L、およびオリゴヌクレオチドを介する固体支持体の結合のための結合部位を含む任意の基であり得る。
【0037】
標識Lは、オリゴヌクレオチドに共有結合で結合される任意の基または部分である。標識は、ハイブリダイゼーション安定化部分(例えば、小溝バインダー、インターカレーター、および架橋剤)、蛍光色素、蛍光消光剤、エネルギー移動色素セット、化学ルミネセンス色素、アミノ酸、タンパク質、ペプチド,酵素、および親和性リガンドを含み得る。
【0038】
Yは、炭素と比較して求核性の基(例えば、O、NH、NR、およびS)であり、そしてXをオリゴヌクレオチドに結合する。Yは、酸で切断可能な保護基P1を有し、DMT、MMT、トリチル、置換トリチル、ピクシル(pixyl)、またはトリアルキルシリルであり得る。この保護基P1は、オリゴヌクレオチド合成を開始するために求核剤Yから除去される。
【0039】
(III.標識化支持体の合成)
固体支持体Sは、リンカー単位(A−X−Y)が連結される反応性官能基を用いて誘導体化される。好ましくは、反応性官能基は、好ましくは1グラムにつき5〜100個のNH2を添加された1級アミノ基である。次いで、リンカー単位またはスペーサー(A−X−Y)は、固体支持体の反応性官能基に共有結合で結合される。A−X−Y上の第2の連結部位は、標識に結合する。A−X−Y上の第3の連結部位は、オリゴヌクレオチド鎖の合成を可能にする。代表的にAは、塩基性条件下(例えば、水酸化アンモニウム)で切断可能なエステル基を含み、オリゴヌクレオチド、およびこのオリゴヌクレオチドに結合される任意の標識からの固体支持体の分離を可能にする。
【0040】
以下の(i)または(ii)ようにリンカーユニットA−X−Yは、固体支持体に結合され得る:
(i)ラベルLを有する1ユニット、または(ii)ラベルLを有さない1ユニット(ここで、ラベルLは、次いで、以下の反応:
【0041】
【化13】
によってリンカーXに結合する)。
【0042】
図2は、標識化支持体への例示的ルート(ii)を示し、ここで、このリンカー1(X−Y−P1)を、2(A−X−Y−P1)に変換し、そしてアミノメチル(高度に架橋されたポリスチレン)3に結合する。得られた生成物4を、5へと脱保護する。予め活性化されたラベル(例えば、TAMRA−NHS(5−カルボキシテトラメチルローダミンのN−ヒドロキシスクシンイミドエステル))を、5に共有結合させ、オリゴヌクレオチドの合成のために用意した、標識化支持体6を得る。
【0043】
標識化固体支持体の好ましい群は、構造6として示される(図2および以下)。
【0044】
【化14】
ここで、Sは、高度に架橋されたポリスチレンであるか、または制御細孔ガラスであり、Aは、以下:
【0045】
【化15】
であり、Xは、以下:
【0046】
【化16】
であり、Lは、小溝バインダー(minor−groove binder)(シアニン、蛍光色素、またはエネルギー移動色素のセット)であり、Yは、酸素であり、そしてP1は、DMTである。
【0047】
6のX中の不斉炭素を、標識化オリゴヌクレオチドのジアステレオ異性体に導く。これらの特定の異性体は、HPLCまたはキャピラリー電気泳動による分析の間に、個々のピークに分割しないとう利点を有する。ラベルをオリゴヌクレオチドに結合するための他のジアステレオマーリンカーは、分析において2重のピークとして例示される、ジアステレオマー分解を示し得る(Mullah,1998;Woo,1996)。6から調製された標識化オリゴヌクレオチドが、DNA配列(Lee,1997)、DNAフラグメント分析(Grossman,1994)およびPCR(Livak,1996)のようなプライマー伸長実験において使用される場合、フラグメントおよび増幅生成物が、データ分析を妨害するジアステレオマー群(population)に分割しないことによる同様な利点がある。
【0048】
(IV.5’から3’方向での標識化支持体上での標識化オリゴヌクレオチドの合成)
一般に、本発明の方法および組成物は、効率がよくかつ迅速なカップリングおよび出発ヌクレオチドモノマーの安定性のために好ましい、ホスホラミダイト合成法を利用する(Caruthers,1983;Beaucage,1983;Beaucage,1992)。ホスホラミダイト法は、固体支持体上で、最も一般的には、3’から5’方向へ(3’末端ヌクレオチドは、合成の開始時点で固体支持体に結合されている)、ヌクレオチドモノマーユニットのオリゴヌクレオチド成長鎖への周期的添加(cyclical addition)を必要とする。この方法は,通常オートメーション化した市販の合成機を利用して実施される(PE Biosystems,Caruthers,1984)。本発明の5’から3’方向への実施形態では、以下の構造7:
【0049】
【化17】
を有する5’ホスホラミダイト,3’保護ヌクレオシドモノマー(Wagner,1997)を、周期的に添加し、ここで、Rは、保護基または置換基(例えば、シアノエチル、メチル、低級アルキル、置換アルキル、フェニル、アリール、および置換アリール)であり;R1およびR2は、アミン置換基(例えば、イソプロピル、モルホリノ、メチル、エチル、低級アルキル、シクロアルキル、およびアリールであり;P2は、環外窒素保護基(例えば、ベンゾイル、イソブチリル、アセチル、フェノキシアセチル、アリールオキシアセチル、ジメチルホルムアミジン、ジアルキルホルムアミジンおよびジアルキルアセトアミジン)であり;ならびにP3は、酸ラベル保護基(例えば、DMT、MMT、ピキシル(pixyl)、トリチル、およびトリアルキルシリル)である。
【0050】
固体支持体に結合した5’末端および遊離の結合していない3’末端を有するオリゴヌクレオチドが、合成される。
【0051】
以下では、本発明おけるホスホラミダイト法を使用して、合成サイクルの工程を簡潔に記載する。第一に、固体支持体(例えば、6)は、プロトン酸(protic acid)(例えば、トリクロロ酢酸またはジクロロ酢酸)を用いて処理し、続くカップリング反応のために求核性(例えば、ヒドロキシル基)を有さない酸ラベル保護基(例えば、DMT)を除去する。次いで、活性化中間体は、5’−ホスホラミダイト,3−保護ヌクレオシドモノマー7および弱酸(例えば、テトラゾールなど)を、合成機の反応容器(合成カラム)に同時に添加することによって形成される。ヌクレオシドの付加は、典型的に、30〜300秒、好ましくは、約90秒内で完了する。次に、カップリング工程を実施し、この工程は、3’ヒドロキシル基のアシル化によるヌクレオシドの付加を受けない任意のオリゴヌクレオチド鎖で終結する。カップリングは、好ましくは、無水酢酸および1−メチルイミダゾールを用いて実施されるが、他のアシル化剤を使用してもよい。次いで、ヌクレオチド間の結合を、好ましい酸化剤としてヨウ素および酸素供与体として水を使用する酸化によって、ホスファイト(phosphite)からより安定なホスホトリエステルに変換し、以下の構造:
【0052】
【化18】
を得る。
【0053】
あるいは、ヌクレオチド間のホスファイトを酸化して、例えばホスホロチオエート(phosphorothioate)またはホスホラミダート(phosphoramidate)のようなヌクレオチド間アナログにし得る。酸化の後に、次の3’ヒドロキシル保護基(例えば、DMT)を、プロトン酸(例えば、トリクロロ酢酸またはジクロロ酢酸)を用いて除去し、そしてこのサイクルを鎖の伸長が完了するまで繰り返す(図1)。
【0054】
(V.固体支持体上でのオリゴヌクレオチドの合成後の標識化)
標識は、オリゴヌクレオチドおよび核酸アナログ上の種々の結合部位に結合され得、この標識としては、(i)末端(例えば、プローブの5’および/または3’末端)、(ii)ヌクレオチド間の結合、(iii)糖、あるいは(iv)核酸塩基が挙げられる。標識は、最も好都合におよび効率的に5’末端で標識部位が導入され、この標識部位は、最も少なくハイブリダイゼーションを不活性化させ、そして最もすくなく3’プライマー伸長反応と相互作用する(Kricka,1992;Hermanson,1996)。好ましい5’リンカー試薬は、構造8:
【0055】
【化19】
を有する、アミノ保護ホスホラミダイトであり、ここで、Rは、酸素保護基または置換基(例えば、シアノエチル、メチル、低級アルキル、置換アルキル、フェニル、アリール、または置換アリール)であり;そしてR1およびR2は、アミノ置換基(例えば、イソプロピル、モルホリノ、メチル、エチル、低級アルキル、シクロアルキル、またはアリールである。上記の試薬と、支持体に結合したオリゴヌクレオチドおよび弱酸の活性剤(例えば、テトラゾール)とのカップリングにより、モノメトキシトリチル(MMT)保護オリゴヌクレオチドを得る。ホスファイトの酸化の後に、MMT基は、同じ酸試薬(例えば、TCAまたはDCA)を用いてアミン基から除去され得、標識試薬とのカップリング反応のための反応性一級アミン求核性を示す。このヘキシルリンカーは、他のより短い不活性なリンカー(例えば、エチル)、またはより長いリンカー(例えば、ドデシル)に容易に置換され得、これらのリンカーはまた、アリール基および他の官能基を含む。あるいは、チオールまたはヒドロキシル求核性は、固体支持体に結合したオリゴヌクレオチド上の5’末端または他の部位に導入され得る。好ましいチオール保護ホスホラミダイト試薬は、9および10:
【0056】
【化20】
である。このような試薬を5’ヒドロキシル基に結合し、ホスフェートを酸化し、そしてチオール保護基を除去し、反応性チオール求核試薬を得る。得られた固体支持体に結合した5’連結求核性オリゴヌクレオチドは、は、以下:
【0057】
【化21】
にように示され得る。
【0058】
標識化反応は、以下の(i)〜(iv)の間で処理される:(i)固体支持体に結合したオリゴヌクレオチド(ここで、オリゴヌクレオチドは、反応性求核性官能基(例えば、HO、HNR、H2N、またはHS)を有する)、(ii)CO2H(カルボキシル)、SO3H(スルホネート)、RPO3H(ホスホネート)、またはOPO3H(ホスフェート)官能基を有するラベル、(iii)カップリング試薬、および(iv)溶媒または溶媒の混合物。この反応は、0〜100℃の間、好ましくは約20℃の周囲温度で処理され得る。
【0059】
好ましいカップリング試薬としては、以下が挙げられる:HATU(O−(7−アザベンゾトリアゾール−1−イル)−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート)、HBTU(O−ベンゾトリアゾール−1−イル)−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート)、TBTU(2(1H−ベンゾトリアゾール−1−イル)−1−1,3,3−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート)、TFFH(N,N’,N’’,N’’’ −テトラメチルウロニウム2−フルオロ−ヘキサフルオロホスフェート)、BOP(ベンゾトリアゾール−1−イルオキシトリス(ジメチルアミノ)ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート)、PyBOP(ベンゾトリアゾール−1−イル−オキシ−トリス−ピロリジノ−ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート)、EEDQ(2−エトキシ−1−エトキシカルボニル−1,2−ジヒドロ−キノリン)、DCC(ジクロロヘキシルカルボジイミド);DIPCDI(ジイソプロピルカルボジイミド)、HOBt(1−ヒドロキシベンゾトリアゾール)、N−ヒドロキシスクシンイミド、MSNT(1−(メシチレン−2−スルホニル)−3−ニトロ−1H−1,2,4−トリアゾール、およびアリールスルホニルハライド(例えば、トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド)。
【0060】
これによって、標識官能性の先の活性化または個々の活性化(「プレ(pre)活性化」)は、本発明の実施に必要ではない。例えば、本発明は、求核性オリゴヌクレオチドとの反応のために、カルボキシル基のNHSエステルの先の変換を必要としない。
【0061】
(VI.標識)
標識Lは、オリゴヌクレオチドまたは核酸アナログに共有結合した任意の部分であり得る。
【0062】
ラベルの好ましいクラスは、蛍光、化学発光、および電気化学発光(Kricka,1992)によって標識されたオリゴヌクレオチドの検出のためのシグナルを提供し得る、検出ラベルである。オリゴヌクレオチドをラベルするために有用である蛍光色素としては、フルオレセイン(Menchen,1993)、ローダミン(Bergot,1994)、シアニン(Kubista,1997)、およびポルフィリン金属錯体(Stanton,1988)が挙げられる。
【0063】
フルオレセイン色素の例としては、以下が挙げられる:6−カルボキシフルオレセイン(6−FAM)、2’,4’,1,4,−テトラクロロフルオレセイン(TET)、2’,4’,5’,7’,1,4−ヘキサクロロフルオレセイン(HEX)、2’,7’−ジメトキシ−4’,5’−ジクロロ−6−カルボキシローダミン(JOE)、2’−クロロ−5’−フルオロ−7’,8’−融合フェニル−1,4−ジクロロ−6−カルボキシフルオレセイン(NED)、2’−クロロ−7’−フェニル−1,4−ジクロロ−6−カルボキシフルオレセイン(VIC)、および(JODA)(図3および4)。5−カルボキシル、および他の位置異性体は、有用な検出特性を有し得る。1,4−ジクロロ置換基を有するフルオレセイン色素およびローダミン色素が、特に好ましい。
【0064】
標識の別の好ましいクラスは、消光部分を含む。消光部分の発光スペクトルは、近接した分子内または分子間蛍光色素と重なり、その結果、蛍光色素の蛍光は、実質的に、蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)によって減少するか、または消光する。蛍光色素と消光部分の両方で分子内で標識されるオリゴヌクレオチドは、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ(例えば、「TaqmanTM」エキソヌクレアーゼ切断PCRアッセイ(Livak,1998;Livak,1996))において有用である。
【0065】
特に好ましい消光物質としては、以下の(i)および(ii)が挙げられるが、これらに限定されない:(i)テトラメチル−6−カルボキシローダミン(TAMRA)、テトラプロパノ−6−カルボキシローダミン(ROX)からなる群から選択されるローダミン色素、および(ii)DABSYL、DABCYL、ニトロチアゾールブルーを含むシアニン色素、アントラキノン、マラカイトグリーン、ニトロチアゾール、およびニトロイミダゾールなど(図5)。
【0066】
本発明のフルオレセイン(左)およびローダミン(右)誘導体は、以下の一般構造および番号付け方式(numbering system):
【0067】
【化22】
を有し得、ここでXは、リンカーであり、そして1以上の番号付けされた位置で置換され得る。
【0068】
シアニン標識は、以下の構造:
【0069】
【化23】
を有し得、ここで、R1またはR2は、H、低級アルキル、低級アルキレン、低級置換アルキレン、フェニル、またはアリールであり;Zは、CR1R2、S、O、NH、またはN−R1であり、R3は、ニトロ、ハロ、スルホネート、ヒドロキシ、アミノ、低級アルキル、またはチオハロメチルであり、そしてn=0〜2である(Kubista,1997)。オリゴヌクレオチドを標識化するための結合部位Xは、R1、R2、またはR3であり得る。
【0070】
エネルギー移動色素は、オリゴヌクレオチドラベルの好ましいクラスである。エネルギー移動色素標識は、アクセプター色素に連結されるドナー色素を含む(Lee,1998)。例えば、レーザーからの第一波長の光が、ドナー色素(例えばFAM)によって吸収される。ドナー色素は、アクセプター色素によって吸収された励起エネルギーを発光する。アクセプター色素は、ドナー色素の吸収最大波長よりも約100nm大きい発光最大波長の第二波長で蛍光を発する。
【0071】
エネルギー移動ラベルのドナー色素およびアクセプター色素の部分は、ドナー色素(例えば、FAM)の4’または5’位置と、アクセプター色素の5−または6−カルボキシル基とを連結する、以下:
【0072】
【化24】
のようなリンカーによって結合され得る。
【0073】
ポルフィリン金属錯体はまた、オリゴヌクレオチドラベルの好ましいクラスである(Stanton、1988)。一例としては、以下:
【0074】
【化25】
に示される構造の、アルミニウムフタロシアニンテトラスルホネートである。
【0075】
別の好ましい標識のクラスは、化学発光化合物を含む。特に好ましくは、以下の構造:
【0076】
【化26】
を有する、1,2−ジオキサン化学発光部分(Bronstein,1994;Bronstein,1990)であり、ここで、R1は、水素またはハロゲンであり;R2は、ホスフェート、ガラクトシド、グルコシド、グルクロニド、トリアルキルシリルオキシ、アシルオキシ、または水素であり;R3は、メチル、エチル、および低級アルキルであり、そしてXは、オリゴヌクレオチドへのリンカーである。親和性リガンドとしては、ビオチン、2,4−ジニトロフェニル、ジゴキシゲニン、コレステロール、ポリエチレンオキシ、およびペプチドが挙げられる。
【0077】
本明細書中で、ハイブリダイゼーション安定化部分として言及される、別の好ましい標識のクラスとしては、小溝バインダー、挿入剤(intercalator)、ポリカチオン(例えば、ポリリジンおよびスペルミン)、ならびに架橋官能基が挙げられるが、これらに限定されない。ハイブリダイゼーション安定化部分は、塩基対の安定性(すなわち、親和性)、またはハイブリダイゼーションの速度を増加させ、このことは、二重鎖の高温融解温度Tmによって例示される。ハイブリダイゼーション安定化部分は、塩基対の特異性を増加させるのに役に立ち、このことは、完全に相補的なオリゴヌクレオチドと標的配列との間の大きなTmの違いによって例示され、得られた二重鎖は、一以上のワトソン/クリック塩基対の不整合を含む(Blackburn,1996)。好ましい小溝バインダーとしては、Hoechst 33258、CDPI1-3、MGB1、ネトロプシン(netropsin)、およびジスタマイシン(distamycin)(図6)が挙げられる。小溝バインダーの例は、CDPI3(Kutyavin,1996;Lukhtanov,1995)であり、これは、以下の構造:
【0078】
【化27】
を有し、ここで、Xは、リンカーまたはオリゴヌクレオチドの標識化のための結合部位である。オリゴヌクレオチドに標識化された場合、小溝バインダーは、いくつかのまたは実質的にほとんどの標的配列に対するハイブリダイゼーションの親和性および特異性を増加させ得る(Blackburn,1996,337〜46頁)。
【0079】
(VII.核酸アナログ)
オリゴヌクレオチドは、核酸塩基、糖、および/またはヌクレオチド間の部分に対する改変体を有する、種々の核酸アナログを含み得る。
【0080】
好ましい核酸塩基アナログ改変体としては、以下が上げられるが、これらに限定されない:C−5−アルキルピリミジン、2−チオピリミジン、2,6−ジアミノプリン、C−5−プロピンピリミジン、フェノキサジン(Flanagan,1999)、7−デアザプリン、イソシチジン、偽イソシチジン、イソグアノシン、4(3H)−ピリミドン、ヒポキサンチン、8−オキソプリンおよび普遍塩基(universal base)(Meyer,1994)。
【0081】
1以上のヌクレオシドにおいて、好ましい糖アナログ改変体としては、2’−または3’−改変体が挙げられるが、これらに限定されない。ここで、2’−または3’−位置は、水素、ヒドロキシ、メトキシ、エトキシ、アルキルオキシ、イソプロポキシ、ブトキシ、イソブトキシ、メトキシエチル、アルコキシ、フェノキシ、アジド、アミノ、アルキルアミノ、フルオロ、クロロ、およびブロモである。
【0082】
他の好ましい糖アナログ改変としては、4’−α−アノマーヌクレオチド、1’−α−アノマーヌクレオチド、2’−分枝基−リボヌクレオチド、および2’−O−分枝基−リボヌクレオチドが挙げられる。以下の構造は、いくつかの好ましい2’−糖改変を示す。
【0083】
【化28】
1つ以上のヌクレオチドの間の好ましいヌクレオチド間アナログとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:(i)ヌクレオチド間連結の酸素の、硫黄、炭素、または窒素による置換、および(ii)硫黄、カルボキシレート、およびアミンの、ヌクレオチド間ホスホジエステル連結。他の好ましいヌクレオチド間アナログとしては:2−アミノエチルグリシン(PNA)、2’−5’−連結、逆転した3’−3’連結、逆転した5’−5’連結、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、非架橋N−置換ホスホラミデート、アルキル化ホスホチオエステルの分枝構造、および3’−N−ホスホラミデートが挙げられる。
【0084】
本発明の特に好ましいアナログは、ペプチド−核酸(PNA)オリゴマーであり、ここで、天然のホスホジエステル−デオキシリボース骨格は、N−(2−アミノエチル)−グリシン(ペプチド様ユニット)で置換されている(Nielsen、1991)。PNAオリゴマーは、Watson/Crick塩基対形成によって、プローブのクランプ特異的部分の相補的配列と、塩基対形成し得る。PNAおよびPNA/DNAキメラは、市販の自動化合成機で、市販の試薬を用いて、従来の方法を使用して合成され得る(Dueholm、1994;Vinayak、1997;Van der Laan、1997)。
【0085】
(VIII.支持体からの標識オリゴ体の切断および脱保護)
合成後に、オリゴヌクレオチドは、固体支持体から除かれ得るか、または切断反応によって固体支持体から除去もしくは分離され得る。固体支持体からオリゴヌクレオチドを除くことが望ましい。なぜなら、いくつかの核酸ハイブリダイゼーションアッセイは、固体支持体(例えば、非多孔質表面、平坦な表面のアレイ、埋包またはカプセル化された粒子、あるいは水性媒体中に懸濁した粗い粒子の構成のもの)に共有結合したオリゴヌクレオチドを使用するからである。
【0086】
オリゴヌクレオチドは、塩基(例えば、水酸化アンモニウム、tert−ブチルアミン、メチルアミン、エチルアミン、炭酸カリウム、または水酸化ナトリウム)を使用して、支持体から切断され得る。切断および脱保護に適した溶液は、メタノール:tert−ブチルアミン:水(1:1:2、v:v:v)の混合物である(Woo、1993)。切断溶液はまた、オリゴヌクレオチド含有溶液を高温(例えば、55〜85℃)で1〜16時間の間加熱する際に、リン酸保護基(例えば、シアノエチル)、および核酸塩基の環外アミン上の保護基を除去する。
【0087】
別の好ましい切断方法は、ジスルフィドリンカーAの、還元的切断または酸化的切断であり、ここでAは、以下:
−(CH2)n−S−S−(CH2)n−
であり、ここでnは、1〜12である。好ましい切断試薬は、ジチオトレイトール(DTT)である。
【0088】
別の好ましい切断方法は、シリルエーテル連結Aのフッ化物イオン切断であり、ここでAは、以下:
【0089】
【化29】
であり、ここでRは、1〜20個の炭素原子の低級アルキルである。好ましい切断試薬としては、テトラブチルアンモニウムフルオリドおよびフッ化水素/トリエチルアミンが挙げられる。
【0090】
(IX.実施例)
本発明は、以下の実施例を考慮することによって、さらに明らかとなる。この実施例は、本発明の純粋な例示であることを意図され、そして本発明の範囲をいかなる様式においても限定しないことを意図される。
【0091】
(実施例1. ポリスチレン支持体−リンカー−TAMRA6の合成)
無水ジグリコール酸(64mg、0.55mmol)の、CH2Cl2(5ml)中の溶液を、Et3N(67mg、0.66mmol)、4−ジメチルアミノピリジン(34mg、0.28mmol)および化合物1(400mg、0.55mmol)のCH2Cl2(15ml)中の混合物に、0℃、アルゴン下で添加した(図2)。この添加の終了後(10分)に、氷浴を取り除き、そして反応混合物を室温で1時間撹拌した。この反応混合物をCH2Cl2(30ml)で希釈し、そして5%水性クエン酸(1×50ml)および飽和ブライン(2×50ml)で洗浄した。有機層を乾燥し(MgSO4)、そしてエバポレートして、泡状物を得た。この生成物を、CHCl3−EtOHグラジエント(2〜10%EtOH)で溶出してシリカゲルのカラムクロマトグラフィーで精製した。適切な画分を合わせ、そしてエバポレートして、化合物2を無色の泡状物として得た(260mg、56%)。1H NMR(CDCl3)d:1.20(m,2H)、1.39(m,2H)、1.58(m,2H)、2.18(t,J=7.5Hz,2H)、2.90〜3.25(m,4H)、3.80(s,6H)、3.86(s,4H)、4.00〜4.40(m,6H)、4.85(分離されないt,1H)、5.92(d,J=7.2Hz,1H)、6.75(d,J=8.1Hz,4H)、7.20〜7.40(m,13H)、7.52(d,J=7.2Hz,2H)、7.69(d,J=7.2Hz,2H)。
【0092】
高度に架橋したポリスチレン3(1000Å、10μmol/gアミン負荷、1g、10μmol)を、DMF(10ml)中の化合物2(17mg、20μmol)、HOBt(3mg、20μmol)、HBTU(8mg、20μmol)、およびジイソプロピルエチルアミン(8mg、60μmol)で、wirst作動振盪機で4時間、室温で処理し、4を得た。支持体を、DMF(3×10ml)、CH3CN(2×10ml)およびCH2Cl2(1×10ml)で洗浄し、そして高減圧下で一晩乾燥した。ニンヒドリンアッセイは、支持体に残った0.5μmol/gのアミンを示した。支持体を、THF(10%溶液、5ml)中の無水酢酸/ルチジンおよびTHF(16%溶液、5mL)中の1−メチルイミダゾールで2時間室温でキャップした。支持体4をCH3CN(3×10ml)およびCH2Cl2(1×10ml)で洗浄した。トリチルカチオンアッセイは、ポリスチレン支持体上の化合物2の9.2μmol/g負荷を与えた。支持体4を、DMF(3×10ml、各洗浄10分)中の20%ピペリジンで処理して、Fmoc保護基を除去して支持体5を与え、これをDMF(3×10ml)、CH3CN(2×10ml)、およびCH2Cl2(1×10ml)で洗浄し、そして減圧下で一晩乾燥した。支持体5(1g、9.2μmol)を、DMF(10mL)中のTAMRA−NHSエステル(15mg、28.5μmol)およびEt3N(8.6mg、85μmol)で、室温で36時間、振盪機上で処理し、支持体6(L=TAMRA)を得た。この支持体を、DMF(3×10ml)、CH3CN(2×10ml)およびCH2Cl2(1×10ml)で洗浄し、そして高減圧下で24時間乾燥した。ニンヒドリン試験は、支持体上に残った0.5μmol/g未満のアミンを示した。この支持体を、THF(10%溶液、5ml)中の無水酢酸/ルチジンおよびTHF(16%溶液、5ml)中の1−メチルイミダゾールで1時間キャップし、次いでCH3CN(3×10ml)、CH2Cl2(2×10ml)で洗浄し、そして高減圧下で24時間乾燥した。トリチルカーボンアッセイは、ポリスチレン支持体−リンカー−TAMRA6について、8.8μmol/gの最終負荷を示した。
【0093】
(実施例2. 標識支持体6上のFAM−M13−21プライマーの合成)
(FAM−M13−21プライマーの合成)
5’FAM−TGTAAAACGACGGCCAGT3’ 配列番号1
を、ABI 396 DNA/RNA合成機(Perkin−Elmer Co.)で、0.2μモルスケールで、FAM標識したポリスチレン支持体6(図2、L=6−カルボキシフルオレセインFAM、S=ポリスチレン)を用いて構築した。標準的な0.2μmol CEサイクルを、全ての5’−ホスホラミダイト、3’−DMTホスホラミダイトヌクレオシド7(Glen Research)のカップリングについて25秒から90秒へとカップリング時間を増加させることによって、改変した。5’→3’の方向の合成が完了した後に、FAM−M13−21プライマーを切断し、そしてMeOH:t−BuNH2:H2O(1:1:2)中65℃で3時間脱保護した。このプライマーを、従来の手段(すなわち、アニオン交換HPLC)によって分析し、そしてDNA配列決定において使用した。
【0094】
(実施例3. 固体支持体上のアミノ−207av 18マーオリゴヌクレオチドの、TAMRA−CO2Hでの標識)
5’TCACAGTCTGATCTCGAT3’の合成を、ABI 394 DNA/RNA合成機(Perkin−Elmer Co.)で、0.2μモルスケールで、非標識ポリスチレン支持体を用いて3’→5’の方向で、5’−DMT、3’−ホスホラミダイトヌクレオシド(Abz、Gdmf、Cbz、T)を用いて実施した。アミノリンカーホスホラミダイト試薬8(Glen Research)を、最終モノマーとしてカップリングし、そしてCH2Cl2中の3%トリクロロ酢酸で脱トリチル化した。5’−アミノ−207avオリゴヌクレオチドを保有する合成カラムを、合成機から取り外した。2つのルアーチップ型1mlシリンジを、この合成カラムの各端部に取り付けた。1つのシリンジを、500μlの乾燥ジメチルホルムアミド(DMF)中の10.7mg(25μモル)のTAMRA−CO2Hで満たした。第二のシリンジを、250μlの1:1のDMF:CH3CN中の9.25mg(25μモル)のHBTUおよび9μl(50μモル)のジイソプロピルエチルアミンで満たした。これらのシリンジ内のカップリング剤を、各プランジャーを連続的に押下することによって、カラムを通過させた。約1分間、徹底的に混合した後に、このアセンブリを約15分間静置し、カップリング反応を進行させた。試薬を1つのシリンジに引き込み、そして処分した。この合成カラムを5mlの1:1のDMF:CH3CN、5mlのCH3CNで洗浄し、そして1mlのMeOH:t−BuNH2:H2O(1:1:2)で処理して、TAMRA−N−207av:
5’TAMRA−N−TCACAGTCTGATCTCGAT3’ 配列番号2
を支持体から切断した。TAMRA−N−207avを含有する上清を加熱し、そして65℃で3時間脱保護して、全ての保護基を除去した。TAMRA−N−207avを、逆相HPLCおよびMALDI−TOF質量分析によって分析し、これらで均一な純度および同一性を確認した。
【0095】
(実施例4. チオール−オリゴヌクレオチドのCDPI3−CO2Hでの標識化)
5’TCACAGTCTGATCTCGAT3’の合成を、ABI 394 DNA/RNA合成機(Perkin−Elmer Co.)で、0.2μモルスケールで、非標識ポリスチレンを用いて3’→5’の方向で、5’−DMT、3’−ホスホラミダイトヌクレオシド(Abz、Gdmf、Cbz、T)を用いて実施する。チオールリンカーホスホラミダイト試薬10を、最終モノマーとしてカップリングし、そしてDMF中の硝酸銀で脱トリチル化する。5’−チオール−207avオリゴヌクレオチドを保有する合成カラムを、合成機から取り外す。2つのルアーチップ型1mlシリンジを、この合成カラムの各端部に取り付ける。1つのシリンジを、500μlの乾燥ジメチルホルムアミド(DMF)中の15mg(25μモル)のCDPI3−CO2H(図6、X=OH)で満たす。第二のシリンジを、250μlの1:1のDMF:CH3CN中の9.25mg(25μモル)のHBTUおよび9μl(50μモル)のジイソプロピルエチルアミンで満たす。これらのシリンジ内のカップリング剤を、各プランジャーを連続的に押下することによって、カラムを通過させる。約1分間、徹底的に混合した後に、このアセンブリを約15分間静置し、カップリング反応を進行させる。試薬を1つのシリンジに引き込み、そして処分する。この合成カラムを5mlの1:1のDMF:CH3CN、5mlのCH3CNで洗浄し、そして1mlのMeOH:t−BuNH2:H2O(1:1:2)で処理して、CDPI3−S−207av:
5’CDPI3−S−TCACAGTCTGATCTCGAT3’ 配列番号3
を支持体から切断する。CDPI3−N−207avを含有する上清を加熱し、そして65℃で3時間脱保護して、全ての保護基を除去した。CDPI3−S−207avを、逆相HPLCによって分析し、均一な純度を確認した。MALDI−TOF質量分析による分析は、同一性を確認した。
【0096】
(実施例5. 固体支持体上の5’アミノ−SG1オリゴヌクレオチドの、NTB−CO2Hでの標識)
5’ATGCCCTCCCCCATGCCATCCTGCGT3’の合成を、ABI 394 DNA/RNA合成機(Perkin−Elmer Co.)で、0.2μモルスケールで、非標識ポリスチレン支持体を用いて3’→5’の方向で、5’−DMT、3’−ホスホラミダイトヌクレオシド(Abz、Gdmf、Cbz、T)を用いて実施した。アミノ−リンカーホスホラミダイト試薬8(Glen Research)を、最終モノマーとしてカップリングし、そしてCH2Cl2中の3%トリクロロ酢酸で脱トリチル化した。5’−アミノ−SG1オリゴヌクレオチドを保有する合成カラムを、合成機から取り外した。2つのルアーチップ型1mlシリンジを、この合成カラムの各端部に取り付けた。1つのシリンジを、500μlの乾燥ジメチルホルムアミド(DMF)中の11mg(25μモル)のNTB−CO2Hで満たした。第二のシリンジを、250μlの1:1のDMF:CH3CN中の9.25mg(25μモル)のHBTUおよび9μl(50μモル)のジイソプロピルエチルアミンで満たした。これらのシリンジ内のカップリング剤を、各プランジャーを連続的に押下することによって、カラムを通過させた。約1分間、徹底的に混合した後に、このアセンブリを約15分間静置し、カップリング反応を進行させた。試薬を1つのシリンジに引き込み、そして処分した。この合成カラムを5mlの1:1のDMF:CH3CN、5mlのCH3CNで洗浄し、そして1mlのMeOH:t−BuNH2:H2O(1:1:2)で処理して、NTB−N−SG1:
5’NTB−N−ATGCCCTCCCCCATGCCATCCTGCGT3’ 配列番号4
を支持体から切断した。NTB−SG1を含有する上清を加熱し、そして65℃で3時間脱保護して、全ての保護基を除去した。NTB−SG1を、逆相HPLCによって分析し、均一な純度を確認した。MALDI−TOF質量分析による分析は、8390.27の分子量を与え、これは同一性を確認した。
【0097】
(実施例6. 固体支持体上のSG1の、NTB−ホスフェートおよびMSNTでの標識)
5’ATGCCCTCCCCCATGCCATCCTGCGT3’の合成を、ABI 394 DNA/RNA合成機(Perkin−Elmer Co.)で、0.2μモルスケールで、非標識ポリスチレンを用いて3’→5’の方向で、5’−DMT、3’−ホスホラミダイトヌクレオシド(Abz、Gdmf、Cbz、T)を用いて実施した。5’末端ヒドロキシル基を、CH2Cl2中の3%トリクロロ酢酸で脱トリチル化した。5’−ヒドロキシル−SG1オリゴヌクレオチドを保有する合成カラムを、合成機から取り外した。2つのルアーチップ型1mlシリンジを、この合成カラムの各端部に取り付けた。1つのシリンジを、500μlの乾燥DMF中の12mg(25μモル)のNTB−リン酸で満たした。第二のシリンジを、250μlのDMF中の7.5mg(25μモル)のMSNTおよび9μl(50μモル)のジイソプロピルエチルアミンで満たした。これらのシリンジ内のカップリング剤を、各プランジャーを連続的に押下することによって、カラムを通過させた。約1分間、徹底的に混合した後に、このアセンブリを約60分間静置し、カップリング反応を進行させた。試薬を1つのシリンジに引き込み、そして処分した。この合成カラムを5mlの1:1のDMF:CH3CN、5mlのCH3CNで洗浄し、そして1mlのMeOH:t−BuNH2:H2O(1:1:2)で処理して、NTB−P−SG1:
5’NTB−P−ATGCCCTCCCCCATGCCATCCTGCGT3’ 配列番号5
を支持体から切断した。NTB−P−SG1を含有する上清を加熱し、そして65℃で3時間脱保護して、全ての保護基を除去した。NTB−P−SG1を、逆相HPLCおよびMALDI−TOF質量分析によって分析し、これらで均一な純度および同一性を確認した。
【0098】
(実施例7. 固体支持体上のPNAの、MGB1での標識化)
PNAおよびPNA/DNAキメラの自動化合成を、ABI Model 394 DNA/RNA合成機または433Aペプチド合成機(Perkin−Elmer Co.)を使用して、合成機の製造業者の使用者の手引き、ならびにEgholm、1993に記載される一般的手順に従って、実施した。
【0099】
PNAを、2〜5μモルスケールで、MBHA(メチルベンズヒドリルアミン)リンカー、高負荷ポリスチレン支持体上で、そして標準的な合成技術ならびに核酸塩基(Abz、Gbz、Cibu、T)および第一級アミノ(MMT、FmocまたはBoc)保護基を用いて、本質的に以前に報告されたように(Dueholm、1994)、合成した。5μモルスケールにおいて3mlの反応容器を使用し、全反応容量は440mlである。
【0100】
PNAを、MBHA固体支持体上のカルボキシ末端リジンで、t−Boc−lys(Fmoc)で予備付加することにより、調製した。カルボキシ末端アミドを有するPNAを、MBHA支持体上で直接か、またはt−Boc T PNAモノマーで予備負荷されたMBHA支持体上でのいずれかで、合成した。全ての樹脂を、0.1〜0.25mモル/gに負荷した。スペーサーであるO,2−(2−アミノエトキシ)酢酸が、Fmocでアミノ保護されたシントンとして、カップリングされ得る。1つ以上のスペーサーOユニットが、PNA配列における可撓性の非塩基対形成ヒンジ領域として働く。
【0101】
PNA/DNAキメラ合成のために使用する支持体は、ヒドロキシメチル安息香酸リンカーを有する、非膨潤性の高架橋ポリスチレンビーズである(Vinayak、1997)。キメラ合成のためのPNAモノマーは、第一級アミノ保護のためにMMT基を使用する。第一工程において、各々DMF/CH3CN、1/1に溶解したモノマーHATUおよびDIPEAを、反応カートリッジに連続的に送達する、16分後、キャッピング試薬を送達する。PNAの第一級アミノ官能基が移動または環化する傾向を最小化するために、最後のMMT基の除去の後に、そのアミノ末端をアセチル化する。DNA部分およびPNA部分を連結するための試薬、ならびにキメラ合成、切断、脱保護、および精製のための他の手順は、記載された(Van der Laan、1997)。このアプローチにおいて、キメラを単一のカートリッジ内および単一の合成機において、連続的に作製し得る。
【0102】
固体支持体上のPNAオリゴマーH2N−TCCTCCTT(1μモル)を、上記手順により合成した。ポリスチレン支持体上のPNAを、MGB1−CO2H(5mg、10μモル、図6、Gong、1997)、HATU(10μモル)、5μl DIEAおよび100μl DMFの混合物と反応させ、そして室温で1時間静置した。次いで、この支持体をDMFおよびCH2Cl2で洗浄し、室温で1時間TFMSA(トリフルオロメタンスルホン酸)で切断し、そしてエーテル中で沈殿させて、MGB1−PNAを得た:
MGB1−TCCTCCTT 配列番号6
MGB1−PNAを、逆相HPLCおよびMALDI−TOF質量分析により分析し、均一な純度および同一性を確認した。
【0103】
(実施例8. 固体支持体上のPNAの、CDPI3での標識化)
実施例9と同じ手順および試薬によって、Fmoc−CDPIの3つの連続的なカップリング(図6、Lukhtanov、1995)で、CDPI3をPNA H2N−TCCTCCTTに結合させ、CDPI3標識化PNAを得た。Fmocで保護したCDPIモノマーユニット1,2−ジヒドロ−(3H)−ピロロ[3,2−e]インドール−7−カルボキシレート(5mg、0.012mmole)を、100μl NMPに溶解し、そして0.95当量のHATU(DMF中0.2M)および2当量のDIEA(DMF中0.4m)で活性化した。室温で1時間後、活性化したFmoc−CDPI溶液を、支持体に結合したPNAに添加し、そして室温でさらに1時間、カップリングさせた。このカップリングに続いて、この支持体を20mlのDMFで洗浄した。この樹脂支持体を1:4のピペリジン:DMFで室温で10分間処理することによって、Fmocを除去した。このカップリングおよび脱保護のサイクルを、さらに2回繰り返し、合計で3つの手動カップリングとした。次いで、この支持体をDMFおよびCH2Cl2で洗浄し、続いてTFMSA(トリフルオロメタンスルホン酸)を用いて室温で1時間切断し、続いて粗製CDPI3−PNAをエーテルで沈殿させた:
CDPI3−TCCTCCTT 配列番号7
CDPI3−PNAを、逆相HPLCおよびMALDI−TOF質量分析により分析し、均一な純度および同一性を確認した。
【0104】
(実施例9. Taqman自己クエンチプローブの標識化支持体6上への標識化)
オリゴヌクレオチド5’FAM−CCTGCAGGCCCGTGCCCGT3’を、ABI 394 DNA/RNA合成機で、0.2μモルスケールで、FAM標識したポリスチレン支持体6(図2、L=6−カルボキシフルオレセインFAM、S=ポリスチレン)を用いて合成した。標準的な0.2μmol CEサイクルを、全ての5’−ホスホラミダイト、3’−DMTホスホラミダイトヌクレオシド(Glen Research)のカップリングについて25秒から90秒へとカップリング時間を増加させることによって、改変した。5’→3’の方向の合成の完了後に、アミノ−リンカーホスホラミダイト試薬8(Glen Research)を、最終モノマーとして3’末端にカップリングし、そしてCH2Cl2中3%トリクロロ酢酸で脱トリチル化した。固体支持体上に3’−アミノ,5’−FAMオリゴヌクレオチドを保有する合成カラムを、合成機から取り外した。2つのルアーチップ型1mlシリンジを、この合成カラムの各端部に取り付けた。1つのシリンジを、500μlの乾燥ジメチルホルムアミド(DMF)中の10.7mg(25μモル)のTAMRA−CO2Hで満たした。第二のシリンジを、250μlの1:1のDMF:CH3CN中の9.25mg(25μモル)のHBTUおよび9μl(50μモル)のジイソプロピルエチルアミンで満たした。これらのシリンジ内のカップリング剤を、各プランジャーを連続的に押下することによって、カラムを通過させた。約1分間、徹底的に混合した後に、このアセンブリを約15分間静置し、カップリング反応を進行させた。試薬を1つのシリンジに引き込み、そして処分した。この合成カラムを5mlの1:1のDMF:CH3CN、5mlのCH3CNで洗浄し、そして1mlのMeOH:t−BuNH2:H2O(1:1:2)で処理して、5’−FAM,3’−N−TAMRA Taqman自己クエンチプローブ:
5’FAM−CCTGCAGGCCCGTGCCCGT−N−TAMRA3’ 配列番号8
を支持体から切断した。このプローブを含有する上清を加熱し、そして65℃で3時間脱保護して、全ての保護基を除去した。このプローブを、逆相HPLCおよびMALDI−TOF質量分析によって分析し、均一な純度および同一性を確認した。
【0105】
全ての刊行物および特許出願は、各個々の刊行物または特許出願が、具体的かつ個々に本明細書中に参考として援用されることが示されたと同程度まで、本明細書中に参考として援用される。
【0106】
ほんの数個の実施形態が上に詳細に記載されたが、分子生物学および化学の分野の当業者は、本開示の教示から逸脱することなく、好ましい実施形態において多数の変更が可能であることを、明白に理解する。全てのこのような変更は、上記の特許請求の範囲内に含まれることが意図される。
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1は、5’末端において標識化支持体に結合されるオリゴヌクレオチドを示す。
【図2】 図2は、支持体−リンカー−標識試薬への合成経路1〜6を示す。
【図3】 図3は、蛍光色素標識:FAM、TET、HEX、JOE、NED、VICを示す。
【図4】 図4は、蛍光色素標識:dJON、dR139、JODAおよびエネルギー移動ドナーFAMを示す。
【図5】 図5は、蛍光消光剤標識:TAMRA、ROX、DABCYL、DABSYL、NTBを示す。
【図6】 図6は、小溝バインダー標識:MGB1、CDPIモノマー、CDPI3を示す。
【図7】 図7は、支持体上の5’−アミノヘキシルオリゴヌクレオチドへのHBTUカップリング試薬を用いるTAMRA標識化試薬のカップリングを示す。
Claims (18)
- 標識された固体支持体上の5’標識化オリゴヌクレオチドの5’から3’への合成のための方法であって、以下:
a)以下の構造:
Sは、固体支持体であり;
Aは、シリルエーテル、およびジスルフィド基からなる群より選択されるか、または切断可能なリンカーであるか、または
AとXとは一緒になってエステル部分を形成し;
Xは、3つ以上の結合部位を有する部分であり;
Lは、標識であり;
Yは、酸素、NH、NR(ここでRは、1〜12炭素原子からなる直鎖、分枝または環式のアルキル基、置換アルキル、アリールおよび置換アリールからなる群から選択される)ならびにイオウからなる群から選択され;そして
P1は、DMT、MMT、トリチル、置換トリチル、ピキシルおよびトリアルキルシリルからなる群から選択される、酸により切断可能な保護基である、工程
b)標識した固体支持体を酸と反応させ、DMT、MMT、トリチル、置換トリチル、ピキシルおよびトリアルキルシリルからなる群から選択される、該酸により切断可能な保護基であるP1を除去する工程;および
c)5’−ホスホロアミダイト、3’保護ヌクレオシドおよび活性化剤を添加し、これによりYと該ヌクレオシドの5’末端との間で結合を形成する工程、
を包含する、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、以下:
d)前記固体支持体上の任意の未反応部位をキャップする工程;および
e)酸化剤を添加する工程、
をさらに包含する、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、以下:
d)前記固体支持体上の任意の未反応部位をキャップする工程;
e)酸化剤を添加する工程;および
f)標識化オリゴヌクレオチドが完全に合成されるまで、前記工程b)から工程e)を繰り返す工程、
をさらに包含する、方法。 - 前記標識化オリゴヌクレオチドを脱保護する工程をさらに包含する、請求項3に記載の方法。
- 前記固体支持体から前記標識化オリゴヌクレオチドを切断する工程および該標識化オリゴヌクレオチドを脱保護する工程をさらに包含する、請求項3に記載の方法。
- 前記固体支持体Sが、ポリスチレン、制御細孔ガラス、シリカゲル、シリカ、ポリアクリルアミド、磁気ビーズ、ポリアクリレート、ヒドロキシエチルメタクリレート、ポリアミド、ポリエチレン、ポリエチレンオキシならびにこれらのコポリマーおよびグラフトからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記固体支持体Sの形態が、小さな粒子、ビーズ、膜、フリット、スライド、プレート、微細加工されたチップ、アルカンチオール−金層、非多孔質表面、アドレス可能なアレイおよびポリヌクレオチドを固定した媒体からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記標識Lが、ハイブリダイゼーション−安定化部分、蛍光色素、蛍光消光剤、エネルギー移動色素のセット、化学発光色素、アミノ酸、タンパク質、ペプチド、酵素およびアフィニティーリガンドからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法であって、ここで前記5’−ホスホロアミダイト、3’保護したヌクレオシドモノマーが、以下の構造:
Rは、シアノエチル、1〜12炭素原子からなる直鎖、分枝または環式のアルキル基、置換アルキル、アリールおよび置換アリールからなる群から選択され;
R1およびR2は、イソプロピル、モルホリノ、低級アルキル、シクロアルキルおよびアリールからなる群から独立して選択され;
P2は、ベンゾイル、イソブチリル、アセチル、フェノキシアセチル、およびジメチルホルムアミジンからなる群から選択される環外窒素保護基であり;そして
P3は、DMT、MMT、ピキシル、トリチルおよびトリアルキルシリルからなる群から選択される酸不安定な保護基である、
方法。 - 請求項3に記載の方法であって、前記オリゴヌクレオチドが、1つ以上のDNA,RNAおよび核酸アナログモノマーユニットを含み、ここで、該核酸アナログは、核酸塩基アナログ、糖アナログおよびヌクレオチド間アナログからなる群から選択される、方法。
- 前記核酸塩基アナログが、C−5−アルキルピリミジン、2,6−ジアミノプリン、2−チオピリミジン、C−5−プロピンピリミジン、フェノキサジン、7−デアザプリン、イソシチジン、偽イソシチジン、イソグアノシン、ヒポキサンチン、8−オキソプリンおよび普遍塩基からなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記糖アナログが、2’−O−アルキル−リボヌクレオチド、2’−O−メチル−リボヌクレオチド、2’−O−アリル−リボヌクレオチド、2’−アリル−リボヌクレオチド、2’−ハロ−リボヌクレオチド、2’−O−メトキシチル−リボヌクレオチド、2’−分枝基−リボヌクレオチド、2’−O−分枝基−リボヌクレオチド、4’−α−アノマーヌクレオチドおよび1’−α−アノマーヌクレオチドからなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記ヌクレオチド間アナログが、2−アミノエチルグリシン(PNA)、2’−5’−結合、逆転3’−3’結合、逆転5’−5’結合、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、非架橋N−置換ホスホラミデート、アルキル化ホスホトリエステル分枝構造および3’−N−ホスホラミデートからなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
- 以下の式:
Sは、固体支持体であり;
Aは、シリルエーテル、およびジスルフィド基からなる群より選択される、切断可能なリンカーであるか、または
AとXとは一緒になってエステル部分を形成し;
Xは、3つ以上の結合部位を有する部分であり;
Lは、標識であり;
Yは、O、NH、NRおよびSからなる群から選択され;
Rは、シアノエチル、1〜12炭素原子からなる直鎖、分枝または環式のアルキル基、置換アルキル、アリールおよび置換アリールからなる群から選択され;
P2は、ベンゾイル、イソブチリル、アセチル、フェノキシアセチル、およびジメチルホルムアミジンからなる群から選択される環外窒素保護基であり;そして
P3は、DMT、MMT、トリチル、置換トリチル、ピキシルおよびトリアルキルシリルからなる群から選択される酸不安定な保護基である、
固体支持体。 - 以下の式:
nは、0〜100の整数であり;
Sは、固体支持体であり;
Aは、シリルエーテル、およびジスルフィド基からなる群より選択される、切断可能なリンカーであるか、または
AとXとは一緒になってエステル部分を形成し;
Xは、3つ以上の結合部位を有する部分であり;
Lは、標識であり;
Yは、O、NH、NRおよびSからなる群から選択され;
Rは、シアノエチル、1〜12炭素原子からなる直鎖、分枝または環式のアルキル基、置換アルキル、アリールおよび置換アリールからなる群から選択され;
P2は、ベンゾイル、イソブチリル、アセチル、フェノキシアセチル、およびジメチルホルムアミジンからなる群から選択される環外窒素保護基である、
固体支持体。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US09/256,340 US6255476B1 (en) | 1999-02-22 | 1999-02-22 | Methods and compositions for synthesis of labelled oligonucleotides and analogs on solid-supports |
US09/256,340 | 1999-02-22 | ||
PCT/US2000/004213 WO2000050432A2 (en) | 1999-02-22 | 2000-02-18 | Synthesis of labelled oligonucleotides on solid-supports |
Related Child Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007030190A Division JP2007131642A (ja) | 1999-02-22 | 2007-02-09 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
JP2007030189A Division JP2007131641A (ja) | 1999-02-22 | 2007-02-09 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2002537401A JP2002537401A (ja) | 2002-11-05 |
JP4634615B2 true JP4634615B2 (ja) | 2011-02-16 |
Family
ID=22971883
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2000601011A Expired - Fee Related JP4634615B2 (ja) | 1999-02-22 | 2000-02-18 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
JP2007030189A Pending JP2007131641A (ja) | 1999-02-22 | 2007-02-09 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
JP2007030190A Pending JP2007131642A (ja) | 1999-02-22 | 2007-02-09 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
JP2011011460A Withdrawn JP2011084573A (ja) | 1999-02-22 | 2011-01-21 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
Family Applications After (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007030189A Pending JP2007131641A (ja) | 1999-02-22 | 2007-02-09 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
JP2007030190A Pending JP2007131642A (ja) | 1999-02-22 | 2007-02-09 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
JP2011011460A Withdrawn JP2011084573A (ja) | 1999-02-22 | 2011-01-21 | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (5) | US6255476B1 (ja) |
EP (1) | EP1155027B1 (ja) |
JP (4) | JP4634615B2 (ja) |
AT (1) | ATE251174T1 (ja) |
AU (1) | AU773864B2 (ja) |
CA (1) | CA2353047C (ja) |
DE (1) | DE60005646T2 (ja) |
DK (1) | DK1155027T3 (ja) |
ES (1) | ES2204537T3 (ja) |
WO (1) | WO2000050432A2 (ja) |
Families Citing this family (95)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6881570B1 (en) * | 1998-12-15 | 2005-04-19 | Fuji Photo Film Co., Ltd. | Test piece and quantitative method and apparatus for an organism-oriented substance |
US6255476B1 (en) * | 1999-02-22 | 2001-07-03 | Pe Corporation (Ny) | Methods and compositions for synthesis of labelled oligonucleotides and analogs on solid-supports |
JP3957118B2 (ja) * | 1999-05-18 | 2007-08-15 | 富士フイルム株式会社 | 試験片およびこの試験片からの画像情報読取装置 |
AU5285800A (en) | 1999-05-24 | 2000-12-12 | Invitrogen Corporation | Method for deblocking of labeled oligonucleotides |
US7183405B2 (en) * | 1999-06-25 | 2007-02-27 | Syn Gen, Inc. | Compositions and methods for labeling oligonucleotides |
US7211390B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-05-01 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US7244559B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-07-17 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US6451588B1 (en) * | 2000-06-30 | 2002-09-17 | Pe Corporation (Ny) | Multipartite high-affinity nucleic acid probes |
JP3398366B2 (ja) * | 2000-08-09 | 2003-04-21 | 富士写真フイルム株式会社 | Dna分析用マイクロアレイの製造方法 |
US6559279B1 (en) | 2000-09-08 | 2003-05-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Process for preparing peptide derivatized oligomeric compounds |
DE60140317D1 (de) * | 2000-12-14 | 2009-12-10 | Gen Probe Inc | Verfahren und kits zur verbesserung der hybridisierungsraten von polynukleotiden |
US6534646B2 (en) | 2001-06-04 | 2003-03-18 | Barrskogen, Inc. | Oligonucleotide labeling reagents |
US6448016B1 (en) * | 2001-06-12 | 2002-09-10 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Army | Nucleotide sequences for detection of Bacillus anthracis |
US20050009022A1 (en) * | 2001-07-06 | 2005-01-13 | Weiner Michael P. | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
US20030054396A1 (en) * | 2001-09-07 | 2003-03-20 | Weiner Michael P. | Enzymatic light amplification |
US6902921B2 (en) | 2001-10-30 | 2005-06-07 | 454 Corporation | Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase |
US6956114B2 (en) | 2001-10-30 | 2005-10-18 | '454 Corporation | Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase |
US20050124022A1 (en) * | 2001-10-30 | 2005-06-09 | Maithreyan Srinivasan | Novel sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase |
US6946245B2 (en) | 2001-12-04 | 2005-09-20 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Oligonucleotides and methods for detecting hepatitis C viral nucleic acids |
US6686162B2 (en) | 2001-12-04 | 2004-02-03 | Quest Diagnostics Investments, Incorporated | Oligonucleotides and methods for detecting Borrelia burgdorferi |
DE10206616A1 (de) * | 2002-02-15 | 2003-09-04 | Qiagen Gmbh | Verfahren zur Reduktion der Background-Kontamination nach Markierungsreaktionen |
CA2498320A1 (en) * | 2002-09-20 | 2004-04-01 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Anthraquinone quencher dyes, their methods of preparation and use |
US6913890B2 (en) * | 2002-12-18 | 2005-07-05 | Palo Alto Research Center Incorporated | Process for preparing albumin protein conjugated oligonucleotide probes |
US20060292438A1 (en) * | 2002-12-23 | 2006-12-28 | Applera Corporation; Applied Biosystems Group | Heteroconfigurational Polynucleotides and Methods of Use |
US20080015349A1 (en) * | 2003-01-24 | 2008-01-17 | Third Wave Technologies, Inc. | Oligonucleotide production |
JP4480715B2 (ja) * | 2003-01-29 | 2010-06-16 | 454 コーポレーション | 二重末端シーケンシング |
US7575865B2 (en) * | 2003-01-29 | 2009-08-18 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
EP1466919A1 (en) * | 2003-04-05 | 2004-10-13 | Roche Diagnostics GmbH | Nucleotide analogs with six membered rings |
CA2463719A1 (en) * | 2003-04-05 | 2004-10-05 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Nucleotide analogs with six membered rings |
US7439341B2 (en) * | 2003-11-14 | 2008-10-21 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Fluorescence quenching azo dyes, their methods of preparation and use |
US20050153300A1 (en) * | 2004-01-09 | 2005-07-14 | Quest Diagnostics Incorporated | Methods and compositions for the detection of mucolipidosis IV mutations |
US20050214779A1 (en) * | 2004-03-29 | 2005-09-29 | Peck Bill J | Methods for in situ generation of nucleic acid arrays |
EP1627926A1 (en) * | 2004-08-19 | 2006-02-22 | Roche Diagnostics GmbH | A method to reduce false positive results |
WO2006052842A2 (en) | 2004-11-09 | 2006-05-18 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Methods for diagnosis of myelodysplastic syndromes (mds) |
CA2601554A1 (en) * | 2005-05-20 | 2006-11-30 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Compounds and methods for labeling oligonucleotides |
WO2007024798A2 (en) | 2005-08-22 | 2007-03-01 | Applera Corporation | Apparatus, system, and method using immiscible-fluid-discrete-volumes |
ES2332139T3 (es) | 2005-11-23 | 2010-01-27 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Polinucleotidos con mimetico de fosfato. |
WO2007106907A2 (en) * | 2006-03-15 | 2007-09-20 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Nucleic acid monomers with 2'-chemical moieties |
EP2001871B1 (en) * | 2006-03-31 | 2014-07-16 | Applied Biosystems, LLC | Rhodamine-labeled oligonucleotides |
CA2649770C (en) | 2006-04-18 | 2017-08-15 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mutated acvr1 for diagnosis and treatment of fibrodysplasia ossificans progressiva (fop) |
US8859752B2 (en) | 2006-04-18 | 2014-10-14 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | SIRNA-based therapy of Fibrodyplasia Ossificans Progressiva (FOP) |
US7759062B2 (en) * | 2006-06-09 | 2010-07-20 | Third Wave Technologies, Inc. | T-structure invasive cleavage assays, consistent nucleic acid dispensing, and low level target nucleic acid detection |
US20080153135A1 (en) * | 2006-12-20 | 2008-06-26 | Liu Timothy Z | Methods and apparatus for conducting amplification reactions on high density hydrophilic patterned microplates |
US20080153134A1 (en) * | 2006-12-22 | 2008-06-26 | Willy Wiyatno | Methods and apparatus for generating hydrophilic patterning of high density microplates using an amphiphilic polymer |
US20080268440A1 (en) * | 2007-04-26 | 2008-10-30 | Liu Timothy Z | Biomolecule immobilization on surface via hydrophobic interactions |
EP2036897B1 (en) * | 2007-09-04 | 2017-10-18 | Roche Diagnostics GmbH | Stable rhodamine labeling reagent |
JP2010540900A (ja) | 2007-09-18 | 2010-12-24 | アプライド バイオシステムズ インコーポレイテッド | 集光機構のための方法、システムおよび装置 |
US20090139311A1 (en) * | 2007-10-05 | 2009-06-04 | Applied Biosystems Inc. | Biological Analysis Systems, Devices, and Methods |
JP5365005B2 (ja) * | 2008-01-17 | 2013-12-11 | 富士通株式会社 | 中性で切断可能な核酸合成用レジン |
WO2009117327A2 (en) | 2008-03-15 | 2009-09-24 | Hologic, Inc. | Compositions and methods for analysis of nucleic acid molecules during amplification reactions |
JP5438922B2 (ja) * | 2008-06-25 | 2014-03-12 | 日東電工株式会社 | 核酸の製造方法 |
US8097412B2 (en) * | 2008-07-12 | 2012-01-17 | Biodiagnostics, Inc. | DNA-based test for detection of annual and intermediate ryegrass |
EP2192198A1 (en) | 2008-12-01 | 2010-06-02 | Biotype AG | Novel combination of fluorescent dyes for the detection of nucleic acids |
US9347092B2 (en) * | 2009-02-25 | 2016-05-24 | Roche Molecular System, Inc. | Solid support for high-throughput nucleic acid analysis |
US20110146418A1 (en) * | 2009-10-02 | 2011-06-23 | Brevnov Maxim G | Sample Preparation Devices and Methods |
WO2011066330A2 (en) * | 2009-11-24 | 2011-06-03 | Life Technologies Corporation | Selective amplification of polynucleotide sequences |
US9506057B2 (en) | 2010-03-26 | 2016-11-29 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Modifications for antisense compounds |
EP2553123B1 (en) | 2010-03-26 | 2016-08-24 | Integrated DNA Technologies, Inc. | Methods for enhancing nucleic acid hybridization |
EP3578205A1 (en) | 2010-08-06 | 2019-12-11 | ModernaTX, Inc. | A pharmaceutical formulation comprising engineered nucleic acids and medical use thereof |
WO2012033848A1 (en) | 2010-09-07 | 2012-03-15 | Integrated Dna Technologies, Inc. | Modifications for antisense compounds |
HUE058896T2 (hu) | 2010-10-01 | 2022-09-28 | Modernatx Inc | N1-metil-pszeudo-uracilt tartalmazó ribonukleinsavak és azok felhasználásai |
JP2014511687A (ja) | 2011-03-31 | 2014-05-19 | モデルナ セラピューティクス インコーポレイテッド | 工学操作された核酸の送達および製剤 |
US9777332B2 (en) | 2011-03-31 | 2017-10-03 | St. Jude Children's Research Hospital | Methods and compositions for identifying minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia |
JP5808025B2 (ja) * | 2011-08-12 | 2015-11-10 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | アミノ化オリゴヌクレオチド用固相担体 |
US9464124B2 (en) | 2011-09-12 | 2016-10-11 | Moderna Therapeutics, Inc. | Engineered nucleic acids and methods of use thereof |
RU2648950C2 (ru) | 2011-10-03 | 2018-04-02 | Модерна Терапьютикс, Инк. | Модифицированные нуклеозиды, нуклеотиды и нуклеиновые кислоты и их применение |
EP2791160B1 (en) | 2011-12-16 | 2022-03-02 | ModernaTX, Inc. | Modified mrna compositions |
WO2013119956A1 (en) | 2012-02-09 | 2013-08-15 | Life Technologies Corporation | Conjugated polymeric particle and method of making same |
US9254311B2 (en) | 2012-04-02 | 2016-02-09 | Moderna Therapeutics, Inc. | Modified polynucleotides for the production of proteins |
AU2013243951A1 (en) | 2012-04-02 | 2014-10-30 | Moderna Therapeutics, Inc. | Modified polynucleotides for the production of secreted proteins |
US9283287B2 (en) | 2012-04-02 | 2016-03-15 | Moderna Therapeutics, Inc. | Modified polynucleotides for the production of nuclear proteins |
US9572897B2 (en) | 2012-04-02 | 2017-02-21 | Modernatx, Inc. | Modified polynucleotides for the production of cytoplasmic and cytoskeletal proteins |
US8859098B2 (en) * | 2012-05-18 | 2014-10-14 | Lord Corporation | Acrylic adhesion promoters |
EP2906725A4 (en) | 2012-10-15 | 2016-07-20 | Sudhir Sinha | METHOD FOR GENETIC DETECTION WITH MIXED GENETIC ELEMENTS: MULTIPLEXED DNA ANALYSIS SYSTEM |
EP2922554B1 (en) | 2012-11-26 | 2022-02-23 | ModernaTX, Inc. | Terminally modified rna |
WO2014158628A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-10-02 | Hologic, Inc. | Compositions and methods for analysis of nucleic acid molecules |
US8980864B2 (en) | 2013-03-15 | 2015-03-17 | Moderna Therapeutics, Inc. | Compositions and methods of altering cholesterol levels |
WO2015034928A1 (en) | 2013-09-03 | 2015-03-12 | Moderna Therapeutics, Inc. | Chimeric polynucleotides |
WO2015048744A2 (en) | 2013-09-30 | 2015-04-02 | Moderna Therapeutics, Inc. | Polynucleotides encoding immune modulating polypeptides |
EA201690675A1 (ru) | 2013-10-03 | 2016-08-31 | Модерна Терапьютикс, Инк. | Полинуклеотиды, кодирующие рецептор липопротеинов низкой плотности |
US20150132256A1 (en) * | 2013-10-19 | 2015-05-14 | Trovagene, Inc. | Detecting and monitoring mutations in histiocytosis |
CA2926722A1 (en) * | 2013-10-19 | 2015-04-23 | Trovagene, Inc. | Detecting mutations in disease over time |
EP3146094B1 (en) * | 2014-05-23 | 2019-08-28 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Oligonucleotide probe inversion process for in situ synthesized probe arrays |
US20170204152A1 (en) | 2014-07-16 | 2017-07-20 | Moderna Therapeutics, Inc. | Chimeric polynucleotides |
WO2016014846A1 (en) | 2014-07-23 | 2016-01-28 | Moderna Therapeutics, Inc. | Modified polynucleotides for the production of intrabodies |
EP3317426B1 (en) | 2015-07-02 | 2020-01-15 | Life Technologies Corporation | Conjugation of carboxyl functional hydrophilic beads |
WO2017007774A1 (en) * | 2015-07-06 | 2017-01-12 | Life Technologies Corporation | Substrates and methods useful in sequencing |
US10695735B2 (en) | 2015-08-18 | 2020-06-30 | Centrillion Technology Holdings Corporation | Probe inversion process for in situ synthesized probe arrays |
CN106467913B (zh) * | 2015-08-18 | 2021-07-20 | 生捷科技控股公司 | 用于原位合成探针阵列的探针倒转方法 |
BR112020021218A2 (pt) | 2018-04-18 | 2021-03-02 | St. Jude Children's Research Hospital | ensaios de genotipagem para identificar mutações em xaf1 |
US11384376B2 (en) | 2018-05-31 | 2022-07-12 | Roche Molecular Systems, Inc. | Reagents and methods for post-synthetic modification of nucleic acids |
BR112022026056A2 (pt) * | 2020-06-22 | 2023-03-07 | Illumina Cambridge Ltd | Nucleosídeos e nucleotídeos com grupo bloqueador 3? acetal |
KR20230056683A (ko) | 2020-07-23 | 2023-04-27 | 라이프 테크놀로지스 코포레이션 | 생물학적 분석에 사용하기 위한 에너지 전달 염료 접합체 |
CN116323965A (zh) | 2020-07-23 | 2023-06-23 | 生命技术公司 | 使用染料的用于生物分析的组合物、系统和方法 |
CN116333006A (zh) * | 2023-04-07 | 2023-06-27 | 苏州欧利生物医药科技有限公司 | 一种带有荧光标记物的寡核苷酸的固相合成方法 |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5367066A (en) | 1984-10-16 | 1994-11-22 | Chiron Corporation | Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites |
US4965349A (en) | 1987-12-24 | 1990-10-23 | Applied Biosystems, Inc. | Method of synthesizing oligonucleotides labeled with ammonia-labile groups on solid phase supports |
US5141813A (en) | 1989-08-28 | 1992-08-25 | Clontech Laboratories, Inc. | Multifunctional controlled pore glass reagent for solid phase oligonucleotide synthesis |
US5290925A (en) * | 1990-12-20 | 1994-03-01 | Abbott Laboratories | Methods, kits, and reactive supports for 3' labeling of oligonucleotides |
US5371241A (en) | 1991-07-19 | 1994-12-06 | Pharmacia P-L Biochemicals Inc. | Fluorescein labelled phosphoramidites |
JPH0649100A (ja) * | 1992-05-06 | 1994-02-22 | Eastman Kodak Co | カルボキシル化基体への化合物の結合方法 |
US5552471A (en) | 1994-08-17 | 1996-09-03 | The Perkin-Elmer Corporation | Solid support reagents for the synthesis of 3'-Nitrogen containing polynucleotides |
WO1996007667A1 (de) * | 1994-09-02 | 1996-03-14 | Novartis Ag | Oligonukleotidkonjugate, zusammensetzungen und verfahren zur spaltung von ribonukleinsäuren |
US5908926A (en) * | 1995-03-16 | 1999-06-01 | Duke University | 5'to 3' nucleic acid synthesis using 3'-photoremovable protecting group |
US5736626A (en) * | 1996-01-29 | 1998-04-07 | The Perkin-Elmer Corporation | Solid support reagents for the direct synthesis of 3'-labeled polynucleotides |
US6255476B1 (en) * | 1999-02-22 | 2001-07-03 | Pe Corporation (Ny) | Methods and compositions for synthesis of labelled oligonucleotides and analogs on solid-supports |
JP2007161641A (ja) * | 2005-12-14 | 2007-06-28 | Pola Chem Ind Inc | 液体洗浄料 |
-
1999
- 1999-02-22 US US09/256,340 patent/US6255476B1/en not_active Expired - Lifetime
-
2000
- 2000-02-18 WO PCT/US2000/004213 patent/WO2000050432A2/en active IP Right Grant
- 2000-02-18 AT AT00911866T patent/ATE251174T1/de not_active IP Right Cessation
- 2000-02-18 CA CA002353047A patent/CA2353047C/en not_active Expired - Fee Related
- 2000-02-18 DE DE60005646T patent/DE60005646T2/de not_active Expired - Lifetime
- 2000-02-18 JP JP2000601011A patent/JP4634615B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2000-02-18 DK DK00911866T patent/DK1155027T3/da active
- 2000-02-18 ES ES00911866T patent/ES2204537T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2000-02-18 AU AU33691/00A patent/AU773864B2/en not_active Ceased
- 2000-02-18 EP EP00911866A patent/EP1155027B1/en not_active Expired - Lifetime
-
2001
- 2001-03-20 US US09/813,378 patent/US6316610B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2001-11-07 US US10/010,717 patent/US6525183B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2003
- 2003-02-20 US US10/371,985 patent/US6835827B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2004
- 2004-12-06 US US11/006,467 patent/US20050191660A1/en not_active Abandoned
-
2007
- 2007-02-09 JP JP2007030189A patent/JP2007131641A/ja active Pending
- 2007-02-09 JP JP2007030190A patent/JP2007131642A/ja active Pending
-
2011
- 2011-01-21 JP JP2011011460A patent/JP2011084573A/ja not_active Withdrawn
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2007131642A (ja) | 2007-05-31 |
US20020165389A1 (en) | 2002-11-07 |
EP1155027A2 (en) | 2001-11-21 |
ES2204537T3 (es) | 2004-05-01 |
CA2353047C (en) | 2009-01-20 |
ATE251174T1 (de) | 2003-10-15 |
DE60005646D1 (de) | 2003-11-06 |
AU773864B2 (en) | 2004-06-10 |
US6316610B2 (en) | 2001-11-13 |
WO2000050432A2 (en) | 2000-08-31 |
US20030191303A1 (en) | 2003-10-09 |
JP2007131641A (ja) | 2007-05-31 |
WO2000050432A3 (en) | 2001-02-01 |
DK1155027T3 (da) | 2003-12-29 |
JP2002537401A (ja) | 2002-11-05 |
US20050191660A1 (en) | 2005-09-01 |
AU3369100A (en) | 2000-09-14 |
US6255476B1 (en) | 2001-07-03 |
JP2011084573A (ja) | 2011-04-28 |
CA2353047A1 (en) | 2000-08-31 |
EP1155027B1 (en) | 2003-10-01 |
DE60005646T2 (de) | 2004-08-05 |
US6525183B2 (en) | 2003-02-25 |
US20010014735A1 (en) | 2001-08-16 |
US6835827B2 (en) | 2004-12-28 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4634615B2 (ja) | 固体支持体上での標識化オリゴヌクレオチドおよびアナログの合成のための方法および組成物 | |
CA2627216C (en) | Polynucleotide labelling reagent | |
US5908926A (en) | 5'to 3' nucleic acid synthesis using 3'-photoremovable protecting group | |
CA2353801A1 (en) | Template-dependent ligation with pna-dna chimeric probes | |
WO1996006105A1 (en) | Novel n-4 modified pyrimidine deoxynucleotides and oligonucleotide probes synthesized therewith | |
WO1989012642A1 (fr) | Derives de nucleosides utilisables pour la synthese d'oligonucleotides marques, oligonucleotides obtenus a partir de ces derives et leur synthese | |
AU2006316903B8 (en) | Polynucleotide labelling reagent | |
JPH0371437B2 (ja) | ||
JP4229470B2 (ja) | オリゴヌクレオチドn3’→p5’ホスホルアミデートの固相合成 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20051222 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20060123 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20060207 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060616 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20060809 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20060823 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20060830 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20070209 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20070319 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20070612 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20070719 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20070810 |
|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712 Effective date: 20090618 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20091013 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20091019 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20091109 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20091112 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100922 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20101119 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20131126 Year of fee payment: 3 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |