JP4385135B2 - マルチ遺伝子転写活性測定システム - Google Patents
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Description
また、本発明は、生体細胞内の遺伝子転写活性を、赤色、橙色、緑色または青色発光タンパクを用いて検出するシステムで用いられる遺伝子およびポリペプチドに関する。
タンパクの遺伝子発現の定量的且つ時間的な動態変化解析を行うことが重要ではあるが、従来のレポータ技術では一つの遺伝子転写活性を解析することが中心である。しかし、最近、ホタル発光タンパク遺伝子にA転写活性領域を、同時にウミシイタケ発光タンパク遺伝子にB転写活性領域を挿入、細胞内に2つの遺伝子構築物を導入することで2つの転写活性を測定するシステム(デュアルアッセイシステム、Promega社)が市販されている。しかし、この方法は、別々の発光基質をそれぞれ加えることで、転写活性を測定するシステムであり、同時に2つの活性が測定できず、また、測定できる転写活性は2つである。さらに、ホタルルシフェラーゼを使用しているため、pHにより波長が変化し、正確な測定が難しい。
細胞内では複数の情報が行き交っており、複数の転写活性を、定量的に測定する技術の構築が必須である。例えば、ヒト体内時計では、24時間のリズムを発信するPer遺伝子は、Clock、BMAL遺伝子産物によって制御される。そのため、体内時計を正確に評価するためには複数、少なくとも3種類の転写活性測定が必須である。これまで、個々の遺伝子転写活性の測定がホタル発光タンパクレポータ遺伝子で行われているが、一つの遺伝子転写動態しか観察しておらず、体内時計関連遺伝子発現の相互関係は不明なままである。
がん化は、がん遺伝子(オンコジーン)の活性化に伴って引き起こされる細胞の異常増殖、或いは腫瘍抑制遺伝子の不活性化に伴って起きる制御から開放された細胞の異常増殖によって進行する。そのため、がん化因子やがん化の細胞内情報伝達を評価するためには、がん遺伝子、腫瘍抑制遺伝子及び細胞分裂マーカー遺伝子の遺伝子転写活性を測定することが望ましい。しかしながら、従来法では一つの遺伝子転写動態しか観察できず、3種類の遺伝子転写活性を評価できないため、がん化における3つの相互関係は充分に理解されていない。
遺伝子の転写は、遺伝子産物上流のプロモータ領域といわれる遺伝子配列上に存在する特定の配列に、遺伝子の発現を抑制、或いは促進しようとする物質が結合することによって引き起こされる。E−ボックスやcAMP結合部位などが、その代表例である。遺伝子転写活性は、プロモータ領域のある長さをレポータ遺伝子上流に挿入して測定する。さらに、そこで有効と考えられた特定配列を合成、レポータ遺伝子上流に挿入し、特定配列の効果を検証する。特定配列の転写制御効果を検証するには、同時にオリジナルのプロモータ領域の転写活性とその効果を標準化できる転写活性を併せて評価する必要がある。しかしながら、従来法では一つの遺伝子転写動態しか観察しておらず、転写活性制御特定配列を充分に評価できない。
発光タンパク類は細胞内の遺伝子転写活性を直接観察する手段として有効であり、遺伝子発現検出モニター蛋白質として利用されている。発光タンパクは多種多彩であるが、その多様性に着目した転写活性測定用レポータ遺伝子はない。発光色の異なる発光タンパク遺伝子をレポータ遺伝子として、異なる転写活性領域を哺乳類細胞に挿入すれば複数の転写活性を測定できる。鉄道虫由来の赤色発光タンパクは最も発光波長が長く、ホタルやヒカリコメツキ由来発光タンパクに比べて識別が容易で、また、赤色であることから細胞透過性も高い。しかしながら、例えば鉄道虫由来の赤および緑発光タンパクの発現は現在成功しているのは大腸菌であり(US2002/0119542−A1)、ヒトを含む哺乳類細胞でシステムとして成功した例はない。
また、鉄道虫発光タンパク遺伝子の構造を改変することで哺乳類細胞において発現させることが可能にした例もある(WO2003/016839)。
発光タンパクとして、イリオモテボタル由来の発光タンパク質も知られている。
イリオモテボタル由来緑色発光タンパクの発現は現在成功しているのは大腸菌であり(Ohmiya,Y.Sumiya,M.Viviani,VR.and Ohba N.;Comparative aspects of a luciferase molecule from the Japanese luminous beetle Rhagophthalmus ohba.Sci.Rept.Yokosuka City Mus..47,31−38,2000)、この配列をもとにイリオモテボタル由来橙色発光タンパクが作られ、これも大腸菌での発現には成功した(Viviani,VR.,Uchida,A.,Suenaga,N.,Ryufuku M.and Ohmiya Y.:Thr−226 is a key−residue for bioluminescence spectra determination in beetle luciferases.Biochem Biophys Res Commun 280,1286−1291,2001)。さらに、発光タンパクとして渦鞭毛藻やウミシイタケ由来の青色発光タンパクも知られている。
本発明は、細胞内の複数の転写活性を、同時、或いは同時期に測定、定量化できるレポータ遺伝子の構築及び最適化、さらに本レポータ遺伝子群を用いたマルチ遺伝子転写活性測定システムを開発し、生命科学での細胞機能解析、更には病態の治療,検査及び新薬開発に利用することを目的とする。
また、本発明は、哺乳類細胞・動物において鉄道虫赤色または緑色発光タンパク遺伝子をより安定に転写され、安定に翻訳される遺伝子構築体を作成することを目的とする。
さらに、本発明は、哺乳類細胞・動物においてイリオモテボタル橙色または緑色発光タンパク遺伝子をより安定に転写され、安定に翻訳される遺伝子構築体を作成することを目的とする。
これにより、安定に哺乳類細胞・動物での遺伝子転写活性の変化を測定、可視化できる。
図2は、哺乳類細胞発現用ベクターの構造とHela細胞における発光活性を示す。
図3は、哺乳類培養細胞で生産された鉄道虫由来赤色、緑色発光タンパクの発光スペクトルを示す。
図4は、哺乳類培養細胞で生産された鉄道虫由来赤色、緑色発光タンパクの細胞内寿命を示す。
図5は、哺乳類細胞で生産された赤、緑色発光タンパクの同時発光スペクトルと色識別に用いたフィルターの特性(光の透過率)を示す。
図6は、赤、緑色発光タンパクの発光反応曲線と発光活性測定時間を示す。
図7は、赤、緑色発光タンパクの存在比と発光活性(図5のフィルターを用いた場合)を示す。
図8は、マルチ転写活性測定の実際・赤、緑色発光タンパクの光より同時に2つの転写活性を測定、青色発光タンパクの光によって標準遺伝子の転写活性を測定、2つの転写活性を標準化した結果を示す。
図9は、哺乳類細胞で生産された赤、緑、青色発光タンパクの同時発光スペクトルと色識別に用いたフィルターの特性(光の透過率)を示す。
図10は、赤、緑色発光タンパクの示す転写活性は連続的に2つの転写活性をモニターした結果を示す。
図11は、一次スクリーニングで多検体を網羅的に解析する例を示す。
図12は、二次スクリーニングで個別事象を評価する例を示す。
図13は、本発明の鉄道虫赤色発光タンパク遺伝子変異体(配列番号7)と鉄道虫野生型赤色発光タンパク遺伝子(配列番号3)とのDNA配列の相同性を示す。
図14は、最大発光波長630nmの本発明の鉄道虫赤色発光タンパク遺伝子変異体(配列番号7)と最大発光波長622nmのWO2003/016839(配列番号6)の鉄道虫赤色発光タンパク遺伝子変異体とのDNA配列の相同性を示す。
図15は、野生型、変異体鉄道虫赤色発光タンパクの発光活性の違いを示す。
図16は、哺乳類細胞(マウス由来NIH3T3細胞(太線))導入作成した、変異体(配列番号7)と昆虫カイコ細胞(細線)で作成した鉄道虫野生型(配列番号3)の発光スペクトルを示す。
図17は、イリオモテボタル緑色発光タンパク遺伝子の変異型(配列番号10)と野生型(配列番号8)とのDNA配列の相同性を示す。
図18は、イリオモテボタル緑色発光タンパク野生型、変異体及びイリオモテボタル橙色発光タンパク野生型、変異体の発光活性の違いを示す。
図19は、ホタルルシフェリン1つの基質で3つの遺伝子発現を検出する方法の概略を示す。本実施形態の方法は、3つの転写活性を赤、橙、緑色で伝え、それぞれを光の色識別することで測定する。
図20は、哺乳類細胞で発現したイリオモテボタル緑、橙、鉄道虫赤色発光タンパク混合物の発光スペクトルと設定された分割フィルターの透過曲線である。
図21は、2色発光タンパク((A)緑−赤、(B)緑−橙、(C)橙−赤色発光タンパクの組み合わせ)存在比と発光活性(図22に示したフィルターを用いた場合)を示す。
図22は、3色発光タンパク((A)赤色発光タンパクを1として緑−橙色発光タンパク、(B)橙色発光タンパクを1として緑−赤色発光タンパク、(C)緑色発光タンパクを1として橙−赤色発光タンパク)の存在比と発光活性(図20に示したフィルターを用いた場合)を示す。
さらに、本発明者は,a)余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変えること、b)cDNAの配列を、昆虫のコドンユーセージ(コドンの使用頻度の偏り)を哺乳類用に変え、さらにc)使用上、制限酵素部位が多いことで応用が限定されることからそのcDNAを変えることで、本来哺乳類細胞中でほとんど或いは全く発現しない発光タンパクにおいて、哺乳類細胞中での転写が容易に行えることを見出した。
本発明は、以下のポリペプチド、遺伝子、遺伝子構築物、哺乳類細胞、該哺乳類細胞を使用する薬物のスクリーニング方法および各プロモータの転写活性をマルチに測定するシステムを提供するものである。
1.哺乳類細胞安定発現化された鉄道虫由来赤色及び緑色発光タンパク、並びにイリオモテボタル由来の緑色及び橙色発光タンパクからなる群から選ばれる少なくとも1種の発光タンパクをコードするDNAであって、該DNAは、a)哺乳類細胞の余分な転写因子の結合配列がなく、哺乳類用のコドンユーセージを有することを特徴とするDNA.
2.哺乳類がヒトであり、配列番号7、10、11及び16からなる群から選ばれる少なくとも1種のヌクレオチド配列を有することを特徴とする項1に記載のDNA。
3.鉄道虫またはイリオモテボタル由来発光タンパクをコードするDNAの哺乳類における発現を可能にする方法であって、
a)余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変更する工程
b)cDNAの配列において、昆虫のコドンユーセージを哺乳類用に変更する工程、さらに任意に
c)使用上、制限酵素部位が多いことで応用が限定されることからそのcDNAを変更する工程
を有することを特徴とする方法。
4.発光タンパクのアミノ酸配列を変更しないことを特徴とする項3に記載の方法。
5.最大発光波長が630nmである発光タンパクであって、以下のいずれかで表されるポリペプチド:
(i)配列番号4のアミノ酸配列を有するポリペプチド
(ii)配列番号4の配列において、1または複数個のアミノ酸が置換、付加、欠失してなるポリペプチド
6.哺乳類細胞で発現されてなる項5に記載のポリペプチド。
7.最大発光波長が535〜635nmであって、発光波長が測定条件に実質的に依存しない光を発光する1または2以上の発光タンパク遺伝子を哺乳類細胞で安定発現可能なように組み込んでなる遺伝子構築物。
8.最大発光波長が535〜635nmであって、発光波長が測定条件に実質的に依存しない光を発光する1または2以上の発光タンパク遺伝子とともに最大発光波長が460〜520nmの1または2以上の発光タンパク遺伝子を組み込んでなる、3以上の発光タンパク遺伝子を哺乳類細胞で安定発現可能である項7に記載の遺伝子構築物。
9.前記発光タンパク遺伝子が、哺乳類細胞で安定発現化された鉄道虫由来赤色、緑色発光タンパクおよびイリオモテボタル由来の緑色、橙色発光タンパクからなる群から選ばれる少なくとも1種の発光タンパクをコードする遺伝子である項7に記載の遺伝子構築物。
10.翻訳を効率化するエレメント及び/又はmRNAの安定化エレメントを含む項7に記載の遺伝子構築物。
11.発光波長が測定条件に実質的に依存しない光を発光する1または2以上の発光タンパク遺伝子と、必要に応じて発光波長が測定条件に実質的に依存しない他の発光波長の光を発光する発光タンパク遺伝子を各々別個のプロモータの制御下に組み込んでなり、2種以上の発光タンパクによる各発光を分別して測定可能である遺伝子構築物。
12.項7〜11のいずれかに記載の遺伝子構築物を含む発現ベクター。
13.項7〜11のいずれかに記載の遺伝子構築物または項8に記載の発現ベクターで形質転換された哺乳類細胞。
14.発光波長が測定条件に実質的に依存しない相互に分別可能な光を発光する2以上の発光タンパク遺伝子を別個のプロモータの制御下に哺乳類細胞で安定発現可能なように組み込んだ哺乳類細胞。
15.2以上の前記発光タンパクは、最大発光波長が535〜635nmであって、1つの発光基質で発光可能である項13または14に記載の哺乳類細胞。
16.鉄道虫由来赤色発光タンパク遺伝子を含み、さらに鉄道虫由来緑色発光タンパク遺伝子、イリオモテボタル由来の緑色発光タンパク遺伝子及び橙色発光タンパク遺伝子並びに青色発光タンパク遺伝子からなる群から選ばれる少なくとも2種を各々別個のプロモータの制御下に含む項15に記載の哺乳類細胞。
17.発光波長が測定条件に実質的に依存しない相互に分別可能な光を発光する3以上の発光タンパク遺伝子を別個のプロモータの制御下に哺乳類細胞で安定発現可能なように組み込んでなる項14に記載の哺乳類細胞。
18.別個のプロモータの制御下にある3以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にあり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある項14に記載の哺乳類細胞。
19.別個のプロモータの制御下にある3以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にあり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある項14に記載の哺乳類細胞。
20.別個のプロモータの制御下にある4以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にあり、第3の発光タンパク質が外的因子を受容するタンパクのプロモータであり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある項14に記載の哺乳類細胞。
21.別個のプロモータの制御下にある4以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にあり、第3の発光タンパク質が外的因子を受容するタンパクのプロモータであり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある項14に記載の哺乳類細胞。
22.別個のプロモータの制御下にある2個の前記発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にある項14に記載の哺乳類細胞。
23.別個のプロモータの制御下にある2個の前記発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にある項14に記載の哺乳類細胞。
24.項18〜21のいずれかに記載の哺乳類細胞の培養液中に薬物候補化合物を存在させて該哺乳類細胞を培養する工程、該候補化合物の存在下及び非存在下で前記発光タンパク量を定量する工程、少なくとも1つの発光タンパクに連結された少なくとも1つの評価対象プロモータに対する該候補化合物の影響を評価する工程を包含する薬物のスクリーニング方法。
25.項13〜23のいずれかの哺乳類細胞の培養環境を変化させて、発光波長が測定条件に依存しない相互に分別可能な光を発光する2以上の発光タンパクの発現量を評価することにより、培養環境変化の前後における各発光タンパクに結合された各プロモータの転写活性をマルチに測定するシステム。
26.2以上の発光タンパクの発現量を同時に測定する項23に記載のシステム。
27.3以上の発光タンパクの発現量を測定可能である項23に記載のシステム。
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明の発光タンパクは、2つ以上の発光タンパク由来の発光量を測定し、それらの相対比率を算出することが重要であるので、2つ以上の発光タンパクについて発光波長が測定条件(例えばpH)に実質的に依存しない光を発光することが必要である。
本明細書において、「発光波長が測定条件に実質的に依存しない」とは、pH、温度、濃度などが変化しても、最大発光波長の変動が3nm以下、好ましくは2nm以下、さらに好ましくは1nm以下、特に好ましくは0.5nm以下である。最大発光波長の変化量がこの範囲内であれば、複数の発光タンパク質の発現量をフィルター等で分離して定量する場合、相互の発光タンパク質の比率がほとんど変化しないため好ましい。
本明細書において、「相互に分別可能な光を発光する2以上の発光タンパク」とは、例えばフィルター(カラーフィルター、バンドパスフィルターなど)を用いて相互の光の発光量の比率を測定可能であることを意味する。例えば、鉄道虫由来の赤色、緑色発光タンパク、イリオモテボタル由来の橙色、緑色発光タンパクなどは、フィルターを使用することにより、緑色同士を除き、相互の光の発光量の比率を測定可能である。相互の光の発光量の比率を測定可能であるためには、フィルターの性能や各発光スペクトルのピーク形状にもよるが、最大発光波長が通常20nm以上、好ましくは30nm以上、より好ましくは40nm以上、特に好ましくは50nm以上離れているのが好ましい。
本発明で使用される好ましい発光タンパクは、鉄道虫由来の緑〜赤(その変異体を含む、最大発光波長:535〜635nm、例えば540〜630nm)の発光タンパク、ヒカリコメツキムシのオレンジ〜緑(その変異体を含む、最大発光波長:530〜600nm)の発光タンパク、イリオモテホタルのオレンジ〜緑(その変異体を含む、最大発光波長:550〜590nm)の発光タンパクなどが挙げられる。例えば鉄道虫の場合、赤色最大発光波長622nmと緑色最大発光波長545nmの発光タンパクが知られているが(US2002/0119542−A1)、この2種以外にも540〜635nmの間の光を発光する多数の発光タンパクが存在していることを本発明者は確認しており、これらの発光タンパクは、全て使用可能である。例えば、鉄道虫由来の最大発光波長622nm(昆虫または大腸菌で発現)の赤色発光タンパクは、哺乳類細胞中で発現すると最大発光波長が630nmにシフトすることを本発明者は確認した。この最大発光波長630nmの鉄道虫由来の赤色発光タンパクは、本発明者により初めて発見された。
複数の発光タンパクを用いる場合、発光された各々の光をフィルター等を用いて分別して測定するためには、最大発光波長が20nm以上、好ましくは30nm以上、より好ましくは40nm以上、特に50nm以上離れているのが望ましい。この程度の最大発光波長の分離があれば、例えば各最大波長間のフィルターを使用し、フィルターの前後での各発光の透過率を測定して換算することで、各発光の発光量を同時に定量することができる。
例えば、図20の各発光タンパクの最大発光波長は、赤(630nm)、橙(580nm)、緑(550nm)であり、これらは十分に分けることができる。
特に、最大発光波長がある程度離れている複数の発光タンパクを有する鉄道虫、イリオモテボタルなどに由来する発光タンパクを使用する場合、1つの発光基質(例えば鉄道虫、イリオモテボタル、ヒカリコメツキムシ由来の発光タンパクではホタルルシフェリンを使用できる)を使用して、共発現させた複数の発光タンパクに由来する発光量の同時定量が可能であり、各プロモータの発現量の比を正確に測定することができる。また、発光波長が測定条件(例えばpH)に依存しない光を発光する発光タンパクとして、青色に発光するウミシイタケ・ルシフェラーゼ、渦鞭毛藻の各種ルシフェラーゼ(全配列或いはドメイン1,ドメイン2,ドメイン3などの発光ドメインを含む;特開2002−335961;Li L.,Hong R.,Hasting JW.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1997)94,8954)、ウミボタル・ルシフェラーゼをさらに組み合わせて使用することができる。鉄道虫、イリオモテボタル、ヒカリコメツキムシ由来の発光タンパクを使用すると、ホタルルシフェリンを使用できるので、バックグラウンドを低くすることが可能である。また、渦鞭毛藻のルシフェラーゼとルシフェリンの組み合わせについても、バックグラウンドが低く好ましい。
本発明の好ましい実施形態の1つにおいて、鉄道虫、イリオモテボタルの発光タンパクを使うことで1種類のルシフェリンでも少なくとも3つのプロモータの発現量の定量が可能である(例えば鉄道虫の赤色発光タンパクと、イリオモテボタルの橙色及び緑色発光タンパク)(VR.Viviani,A.Uchida,N.Suenaga,M.Ryufuku & Y.Ohmiya:Thr−226 is a key−residue for bioluminescence spectra determination in beetle luciferases(2001)Biochem.Biophys.Res.Communi.280,1286−1291)。また、青色ルシフェラーゼ(ウミシイタケ、渦鞭毛藻またはウミボタルの各ルシフェラーゼ)を合わせて4種以上は可能である。上手なフィルター設定により540−635nm(緑から赤色)、好ましくは540−630nmの中で複数の発現解析は可能であり、さらに基質の違う青色の発光タンパクにより1種類を加えることができる。よって、発光タンパクの同時測定としては、同じルシフェリンで3つ以上、違うルシフェリンも用いて4つ以上の同時定量が可能である。
従来、哺乳類細胞で発現可能な発光タンパクとして、ウミシイタケ・ルシフェラーゼ、ホタルルシフェラーゼが知られていた。しかしながら、ホタルルシフェラーゼは細胞破砕液のpHによって発光する光の色が緑〜黄色に変化するため、2種以上の発光タンパクの発現量を比較する場合、正確性に欠ける欠点があった。ウミシイタケ・ルシフェラーゼに由来する青色の発光は、発光波長が測定条件に実質的に依存しない光を発光する点で望ましいが、ホタルルシフェラーゼと組み合わせた測定系では、ホタルルシフェリンを用いた定量とウミシイタケルシフェリンを用いた定量の両方を別個に実施する必要があるため、簡便性、正確性に欠ける欠点があった。
本発明者は、ウミシイタケ・ルシフェラーゼ、ホタルルシフェラーゼ以外の発光タンパクとして鉄道虫発光タンパクに着目してこれを哺乳類細胞で発現させることを試みたが、通常の発現系では、鉄道虫発光タンパクを哺乳類細胞で発現させることはできなかった。これが、現在まで、ウミシイタケ・ルシフェラーゼ、ホタルルシフェラーゼ以外の発光タンパクが哺乳類細胞、特にヒト細胞で発現されてこなかった理由であると考えられる。
本発明者のこれまでの知見によると、本発明の好ましい1つの実施形態において、鉄道虫発光タンパク、イリオモテボタル発光タンパク、ヒカリコメツキ発光タンパクを実用化する上で重要なのは、鉄道虫発光タンパク遺伝子、イリオモテボタル発光タンパク遺伝子、ヒカリコメツキ発光タンパク遺伝子が安定に転写されて、安定に翻訳されることである。本発明の実施例で行った手法では、転写されたmRNAを安定化して翻訳回数を増やせば実用化が可能となることを証明した。つまりこの場合、グロブリンイントロンを挿入することでmRNAの寿命を延ばし、そして、コザック配列を挿入し翻訳回数を増やすことで、鉄道虫発光タンパク遺伝子の発現を哺乳類細胞で発現させることが初めて可能になった。
本発明の好ましい他の実施形態の更なる手法としては、例えばmRNAのコピー数を増やすことであるので、例えばcDNAの配列を、昆虫のコドンユーセージ(コドンの使用頻度の偏り)を哺乳類用に変えること、さらには、余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変えること、さらに使用上、制限酵素部位が多いことで応用が限定されることからそのcDNAを変えることが挙げられる。このような手法も、鉄道虫発光タンパク、イリオモテボタル発光タンパクの哺乳類細胞内での発現に有効であった。特にコドンユーセージ(コドンの使用頻度の偏り)を哺乳類用に変えること、さらには、余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変えることは有効である。
cDNAの配列の変更は、以下の点を1)〜4)の順に考慮して行うことができる:
1)発光タンパクのアミノ酸配列はできるだけ変更しないのがよい(好ましくは全く変更しない);
2)次に、余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変更する;
3)さらに、cDNAの配列において、昆虫のコドンユーセージを哺乳類用に変更する;
4)必要に応じてさらに、制限酵素部位をなくすようにcDNA配列を変更する。
上記は、鉄道虫由来の発光タンパク、イリオモテボタル発光タンパクの発現について記載したが、ヒカリコメツキムシなどの他の生物由来の発光タンパクについても同様に当てはまると考えられる。
本明細書において、「発光タンパク」は、ルシフェラーゼなど、ルシフェリン光化学反応を触媒する発光酵素群を包含し、発光タンパクにはエクオリンのようなものも含まれる。また、ルシフェリンの構造を変化させることにより発光作用を有するような、触媒作用(ルシフェリンを酸化して発光物質に変換する作用)の弱いタンパク質も、発光波長が測定条件(例えばpH)に実質的に依存しない限り本発明の発光タンパクに含まれ得る。
発光タンパクとしては、同一の発光基質で発光する2以上の発光タンパクの組み合わせが望ましい。測定条件により発光波長が実質的に変化せず、且つ、同一の発光基質で発光する好ましい発光タンパクとしては、鉄道虫由来の赤色発光タンパクおよび鉄道虫由来の緑色発光タンパク、或いは540〜635nm程度、好ましくは540〜630nm程度の範囲の発光波長を有する鉄道虫由来の他の発光タンパク、さらにはイリオモテボタル由来の緑色発光タンパクおよびイリオモテボタル由来の橙色発光タンパクが好ましく例示され、これ以外にも、ヒカリコメツキムシ由来の(530〜600nm程度)発光タンパク、が例示される。特に、鉄道虫由来の赤色/緑色発光タンパク、イリオモテボタル由来の橙色/緑色発光タンパクは、発光タンパク量が同一であれば発光強度も同程度であるので、プロモータの転写活性をマルチに定量するのに好都合である。
本発明において、哺乳類としては、ヒト、ウシ、ウマ、ヒツジ、サル、ブタ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギ、イヌが挙げられ、好ましくはヒトである。
少なくとも2つの発光タンパク遺伝子は、同一の発光基質で異なる色を発光し、細胞内寿命が同程度であるのがよく、この点でも鉄道虫由来の赤色/緑色発光タンパク、イリオモテボタル由来の橙色/緑色発光タンパクは好ましく、特に鉄道虫由来の赤色発光タンパク、イリオモテボタル由来の橙色/緑色発光タンパクは好ましい。
さらに、本発明で使用する発光波長が測定条件(例えばpH)により変化しない少なくとも1つ、好ましくは少なくとも2つの発光タンパク及びこの標準化のための他の発光タンパクの各々異なる発光色は、フィルターで分離可能であることが、各発光色の簡単な装置での定量のために好ましい。例えば鉄道虫由来の赤色/緑色発光タンパクは図5に示されるように、フィルターを用いて容易に分離できるので好ましい。さらに、鉄道虫由来の赤色/緑色発光タンパクとウミシイタケ由来或いは渦鞭毛藻由来発光タンパク(最大発光波長474〜480nm)の組み合わせは、例えば図10に示されるように2つのフィルターを使用することにより容易に分離できるので特に好ましい。さらに、鉄道虫由来赤色、イリオモテボタル緑色/橙色発光タンパク遺伝子は、2つのフィルターを使用して相互に分離することができる(図19)
上記のように鉄道虫由来の発光タンパクは、大腸菌では発現することが知られているが、哺乳類細胞、特にヒト細胞での発現系は知られていない。実際、ヒト細胞で鉄道虫由来の発光タンパク(赤、緑)の発現を試みると、図2および実施例1に示すように哺乳類細胞では代表的な発現プロモータであるSV40やCMVプロモータを単独に用いても発現を誘導することができない。また、イリオモテボタルの場合にも、公知の配列自体では発現レベルが低すぎて実用的ではないが、本発明の変異体は野生型のルシフェラーゼと比較して44倍(緑色)及び57倍(橙色)の発現レベルを有し、十分に実用性を有する。本発明の好ましい実施形態では、発光スペクトルの中からフィルター等を用いて、特定の色の発光タンパクの発現量を評価するため、野生型の発現量では充分に活用できない。
鉄道虫由来の発光タンパク(赤、緑)遺伝子配列は、US2002/0119542−A1に開示され、US2002/0119542−A1の赤色発光タンパク遺伝子(誤りを有する)を配列番号5に示す。鉄道虫由来の発光タンパクの正しい塩基配列を配列番号1(緑色発光タンパク遺伝子)と配列番号3(赤色発光タンパク遺伝子)に示し、正しいアミノ酸配列を配列番号2(緑色発光タンパク)および配列番号4(赤色発光タンパク)に示す。
本発明の発光タンパク遺伝子としては、野生型又は変異型発光タンパク遺伝子をそのまま使用することもでき、該発光タンパク遺伝子とストリンジェントな条件下にハイブリダイズし得るDNA、該発光タンパクの1又は複数のアミノ酸が置換、付加、欠失または挿入され、且つ発光タンパク活性を有するポリペプチドをコードするDNAを該発光タンパク遺伝子として使用することが可能である。
1つの好ましい実施形態において、本発明者は様々な発現系を検討することにより、発光タンパクの哺乳類細胞での安定発現のためには、翻訳を効率化するエレメント及び/又はmRNAの安定化エレメントを遺伝子構築物に導入することが重要であることを見出した。翻訳を効率化するエレメントとしては、kozak配列(Ko)などが例示され、mRNAの安定化エレメントとしては、β−globin intron IIなどが例示される。発光タンパクを哺乳類細胞中で安定に発現するためには、特に、(β−グロビンイントロンII)−(コザック配列)−(赤/緑色発光タンパク)の部分構造が好ましい。また、cDNAの配列を、昆虫のコドンユーセージ(コドンの使用頻度の偏り)を哺乳類用に変えること、さらには、余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変えることも発光タンパクの哺乳類細胞での安定発現のために好ましいことを確認した。
一つの好ましい実施形態において、本発明の遺伝子構築物には発光タンパク遺伝子、該遺伝子の上流側にプロモータ、翻訳を効率化するエレメント及び/又はmRNAの安定化エレメントを含み、さらにエンハンサ、IRES、SV40pA、薬剤耐性遺伝子(Neorなど)を含み得る。
本発明の好ましい遺伝子構築物の例を以下に示す。
(1)(CMVエンハンサ)−(ニワトリβアクチンプロモータ)−(β−グロビンイントロンII)−(コザック配列)−(赤、緑色発光タンパク)−(SV40ポリA配列)
(2)(CMVエンハンサ)−(ニワトリβアクチンプロモータ)−(β−グロビンイントロンII)−(コザック配列)−(赤、緑色発光タンパク)−(IRES)−(Neo遺伝子)−(SV40ポリA配列)
本発明の遺伝子構築物は、そのままで哺乳類細胞に導入してもよいが、ベクター(例えばプラスミドやウイルスベクターを含む)に組み込んで哺乳類細胞に導入するのが好ましい。遺伝子構築物に複数の発光タンパクを発現可能に組み込んだ場合には、1つの遺伝子構築物または発現ベクターを哺乳類細胞に導入すればよいが、1つの遺伝子構築物に1つの発光タンパクを組み込んだ場合には、複数の遺伝子構築物または発現ベクターを同時にまたは逐次的に哺乳類細胞に常法に従って導入すればよい。
本発明のシステムにより同時測定が望ましい遺伝子の組み合わせとしては、
・時計遺伝子(Per遺伝子、Clock遺伝子、BMAL遺伝子など)
・癌遺伝子(がん遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、細胞分裂マーカー遺伝子など)
・病気(病態対応遺伝子、生死感受アポトーシス遺伝子、ホルモン遺伝子など)
・定常発現遺伝子(アクチン遺伝子、GAPDH(グリセルアルデヒドリン酸デヒドロゲナーゼ)遺伝子、サル由来SV40ウイルス遺伝子など)
などが例示される。
本発明は、以下のような応用が可能である。
(1)一次スクリーニング:多検体を網羅的に解析することを想定して、同時に3つ以上の情報を得ることは重要である。当然、複数の組み合わせが考えられる。創薬を考えた場合、その薬の効果はプラスの面を評価するだけでなく、マイナスの毒性も評価する必要がある。さらに、2つの遺伝子転写レベルの変化は細胞自体の状況を反映することから、細胞の状況を現す一定発現プロモータをコントロールにするのが好ましい。よって、創薬スクリーニングでは、以下のような組み合わせが例示される。
なお、表1、表2において、赤色/青色/緑色発光タンパクは単なる例示であり、橙色発光タンパクを含めた他の発光タンパクあるいは組み合わせを使用できることは言うまでもない。特に、鉄道虫とイリオモテボタルの赤色/橙色/緑色発光タンパクの組み合わせは、ホタルルシフェリンで同時測定が可能であるので特に好ましい。
また、各色の発光タンパクを任意に選択することができる。
この場合、毒性評価と定常発現は薬剤評価対象プロモータのコントロールとなることから、一つのベクターで構築することも有用(必須ではない)であり、このベクターを入れた細胞自体がスクリーニング用の基本細胞となる。
この場合、偽プロモータと定常発現プロモータはスクリーニング対象プロモータのコントロールとなることから、一つのベクターで構築することも有用(必須ではない)であり、このベクターを入れた細胞自体がスクリーニング用の基本細胞となる。
赤/橙/緑の組み合わせは表1、表2であらわされるスクリーニングを一つの基質を用いて達成することが可能である。つまり青色発光タンパクを橙色発光タンパクで代用するのである。この場合、一つの基質で測定が行うことが出来、より簡便な方法となる。また、青色発光タンパクを測定するためには細胞を破砕する必要があるが、ホタルルシフェリンは濃度勾配的に生きた細胞中に浸透し発光するので、生きた細胞のまま3つの発光を測定することが出来る。よって、細胞を破砕することなくスクリーニングが出来る特徴がある。
一方、赤/橙/緑/青の組み合わせは、例えば環境ホルモンの評価など、外的な因子も同時に評価できるという利点があり、外的な因子の及ぼす細胞内の複数の遺伝子転写活性の変化を測定できる。例えば、外的な因子を直接捕捉する受容体の発現をモニターすることが挙げられる。
この場合、外的因子を受容するタンパク、それによって直接影響を受けるタンパク、さらには細胞自体の安全性を評価でき、これらを定常発現プロモータのタンパクのコントロールで標準化できることで、外的な因子が細胞に与える情報を正確に評価することができることから一つのベクターで構築することも有用(必須ではない)であり、このベクターを入れた細胞自体がスクリーニング用の基本細胞となる。
一次スクリーニングの例を図11に示す。
(2)二次スクリーニング:絞られた薬剤効果、或いはプロモータ情報の評価を想定、3つ以上の情報を得ることは重要である。創薬などでは、薬剤の効果が複数想定される場合も多い、まずは細胞状態の変化を表す遺伝子、薬剤の一過的な影響(例えば毒性、ショック応答など)を知ること、そして、実際の効果を知ることも重要である。例えば表3,表4に示されるような時計関連薬剤効果の評価システムを例示できる。
特に上記のように、一つの基質で生きた細胞のまま3つの発光を測定することが出来る。よって、細胞を破砕することなく時計軸に従って薬剤の効果を評価出来る特徴がある。
また、同じ細胞に対して、一連の操作を行うことで、複数の操作の組み合わせ(履歴)に対する薬剤の効果を評価出来る。
二次スクリーニングの例を図12に示す。
上記のように、2種以上、特に3種以上、あるいは4種以上のプロモータの発現量を、好ましくは同時に評価することで、1つのプロモータに対する作用を評価する場合に、活性、毒性等の標準化、或いは偽情報の標準化を行うことができる。
さらに、哺乳類において複数の遺伝子の発現が複雑に関連した現象を解明する場合にも、本発明のシステムは極めて有用である。
本発明の特に好ましい実施形態では、鉄道虫由来の赤色、緑色発光タンパク遺伝子、イリオモテボタル由来の緑色、橙色発光タンパク遺伝子及び青色発光タンパク遺伝子を用いて3つまたは4つの遺伝子転写活性を同時定量化するための方法・システムを提供する.本システムを使用することで、細胞内の複数の転写活性を同時に測定することができる。これらは病態の治療,検査及び新薬開発に利用が可能である.
この際、赤、緑、橙、青色に特化したフィルターを用いて、発光活性を測定することで、色識別が行われ、細胞内で行われる複数の転写を同時に測定でき、従来、1つの転写活性の変化情報では判断が容易でなかった細胞内の変化について、同時に多くの情報を引き出すことができ、各種病態の治療及び新薬開発への利用も可能となる。
本発明において、別個のプロモータの制御下にある2個の発光タンパク遺伝子を有し、
i)第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にある哺乳類細胞;あるいは、
ii)第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にある請求項14に記載の哺乳類細胞
は、これら哺乳類細胞に、1以上の発光タンパク遺伝子を評価対象のプロモータの制御下に組み込んだ遺伝子構築物をさらに導入して、薬物スクリーニング用の哺乳類細胞を製造するための中間体細胞として有用である。
それぞれの遺伝子を培養繊維芽細胞NIH3T3細胞にリポフェクタミンを用いて導入、24時間後の細胞内の発光活性を測定した(図15)。発光活性の測定には基質として発光基質混合溶液(東洋ビーネット社製)を、発光測定装置はアトー(株)製AB−2000を用いた。サンプルは細胞抽出液50μLにピッカジーン50μLを加えた。その結果、CMV−Red、SV40−Red(−SKL)では1000RLU前後であるが、CMV−REDm、SV40−REDm(−SKL)において2x107−4x107RLUの値を示した。また、図15に示すように、CAG−Redでも高い活性は認められていたが、変異体を用いることで2倍程度の活性上昇が認められた。SKL配列は活性上昇に有効な方法と考えられていたが、数%の活性上昇に留まった。これらの結果、CAGおよびREDmは哺乳類遺伝子発現解析用レポータ遺伝子として有用であることが明らかとなった。実施例10の手法で鉄道虫発光タンパクの哺乳類細胞での安定発現化が可能であることから、同様な手順で鉄道虫緑色発光タンパクの遺伝子配列を改変した(配列番号16)。改変配列は野生型に比べて16箇所の転写因子結合部位を改変し、相同性が76%となっている。
1)転写因子結合部位の15箇所(20個のDNA配列)を変更(表7)、
2)コドン使用頻度を哺乳類により近くするために322個のDNA配列を変更(表8)、
3)一般的な制限酵素部位30箇所(49個のDNA配列内2箇所は転写因子結合部位と同じ)を変更(表9)。
表8,9中、RoLWTは野生型イリオモテボタル発光タンパクを示し、RoLmは変異型イリオモテボタル発光タンパクを示す。
得られた変異型のイリオモテボタル緑色発光タンパクの遺伝子配列を配列番号10に、アミノ酸配列を配列番号14に各々示す。また、変異型のイリオモテボタル橙色発光タンパクの遺伝子配列を配列番号11に、アミノ酸配列を配列番号15に各々示す。
変異型のイリオモテボタル緑色発光タンパクの遺伝子配列(配列番号10)と天然型のイリオモテボタル緑色発光タンパクの遺伝子配列(配列番号8)との相同性は76.0%である(図17)
緑色は薬剤の効果を感知する。よって、A1カラムの薬剤は疾患に効果があるが、致死的に働く、A2カラムの薬剤はA1に比べてほぼ同様な効果があり、且つA1に比べて安全であると評価できる。
には、プロモーター配列ライブラリーから得られた未知機能のプロモーターの活性をレポートする、偽プロモーター配列を青色発光タンパクに挿入、非特異的な効果を評価する。プロモーターターゲットが定まらない薬剤のターゲット部位をスクリーニングする。よって、ある薬剤に対してA1カラムの選択プロモーターでは一見効果があるが、青色で判断すると非特異的な可能性がある、A2カラムではA1と同様な効果があり、且つ青色で判断する限り非特異的ではない。
くか、或いは何時投与することが重要であるかを評価できる。青色発光タンパクは人の体内時計の日周を現すプロモーターで最大値は昼間12時に対応、緑色発光タンパクは薬剤の一過的な影響を、赤色発光タンパクは薬剤が最終的に働くプロモーター領域を想定する。青色の朝6時に薬剤を投与すると、そのショックで1時間後に薬剤に対する影響を示す緑色が一過的に立ち上がるが、その影響は数時間で消え、お昼ぐらいから薬剤の効果が緩やかに立ち上がることがわかる。この結果から、投与時間の設計、薬剤の影響と効果を適切なものにする創薬が可能となる。
Claims (21)
- 哺乳類細胞安定発現化された鉄道虫由来赤色及び緑色発光タンパク、並びにイリオモテボタル由来の緑色及び橙色発光タンパクからなる群から選ばれる少なくとも1種の発光タンパクをコードするDNAであって、該DNAは、1)哺乳類細胞の余分な転写因子の結合配列がなく、哺乳類用のコドンユーセージを有し、哺乳類がヒトであり、配列番号7、10及び11からなる群から選ばれる少なくとも1種のヌクレオチド配列を有することを特徴とするDNA.
- 鉄道虫またはイリオモテボタル由来発光タンパクをコードするDNAの哺乳類における発現を可能にする方法であって、
1)余分な転写因子が結合しないように、cDNAの配列を変更する工程
2)cDNAの配列において、昆虫のコドンユーセージを哺乳類用に変更する工程、さらに任意に
3)使用上、制限酵素部位が多いことで応用が限定されることからそのcDNAを変更する工程
を有し、哺乳類がヒトであり、DNAが配列番号7、10及び11からなる群から選ばれる少なくとも1種のヌクレオチド配列を有することを特徴とする方法。 - 最大発光波長が535〜635nmであって、発光波長が測定条件に実質的に依存しない光を発光する1または2以上の発光タンパク遺伝子を哺乳類細胞で安定発現可能なように組み込んでなる遺伝子構築物であって、哺乳類がヒトであり、配列番号7、10及び11からなる群から選ばれる少なくとも1種のヌクレオチド配列を有する遺伝子構築物。
- 3以上の発光タンパク遺伝子を哺乳類細胞で安定発現可能である請求項3に記載の遺伝子構築物。
- 翻訳を効率化するエレメント及び/又はmRNAの安定化エレメントを含む請求項3に記載の遺伝子構築物。
- 請求項3〜5のいずれかに記載の遺伝子構築物を含む発現ベクター。
- 請求項3〜5のいずれかに記載の遺伝子構築物または請求項6に記載の発現ベクターで形質転換された哺乳類細胞。
- 発光波長が測定条件に実質的に依存しない相互に分別可能な光を発光する2以上の発光タンパク遺伝子を別個のプロモータの制御下に哺乳類細胞で安定発現可能なように組み込んだ哺乳類細胞であって、前記発光タンパク遺伝子が配列番号7、10及び11からなる群から選ばれる少なくとも1種のヌクレオチド配列を有することを特徴とする哺乳類細胞。
- 2以上の前記発光タンパクは、最大発光波長が535〜635nmであって、1つの発光基質で発光可能である請求項7または8に記載の哺乳類細胞。
- 配列番号7で示される鉄道虫由来赤色発光タンパク遺伝子を含み、さらに配列番号10で示されるイリオモテボタル由来の緑色発光タンパク遺伝子及び配列番号11で示されるイリオモテボタル由来の橙色発光タンパク遺伝子並びに青色発光タンパク遺伝子からなる群から選ばれる少なくとも2種を各々別個のプロモータの制御下に含む請求項9に記載の哺乳類細胞。
- 発光波長が測定条件に実質的に依存しない相互に分別可能な光を発光する3以上の発光タンパク遺伝子を別個のプロモータの制御下に哺乳類細胞で安定発現可能なように組み込んでなる請求項10に記載の哺乳類細胞。
- 別個のプロモータの制御下にある3以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にあり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある請求項10又は11に記載の哺乳類細胞。
- 別個のプロモータの制御下にある3以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にあり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある請求項10又は11に記載の哺乳類細胞。
- 別個のプロモータの制御下にある4以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にあり、第3の発光タンパク質が外的因子を受容するタンパクのプロモータであり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある請求項8に記載の哺乳類細胞。
- 別個のプロモータの制御下にある4以上の発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にあり、第3の発光タンパク質が外的因子を受容するタンパクのプロモータであり、残りの1以上の発光タンパク遺伝子が評価対象のプロモータの制御下にある請求項8に記載の哺乳類細胞。
- 別個のプロモータの制御下にある2個の前記発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が毒性評価プロモータの制御下にある請求項8に記載の哺乳類細胞。
- 別個のプロモータの制御下にある2個の前記発光タンパク遺伝子を有し、第1の発光タンパク遺伝子が定常発現プロモータの制御下にあり、第2の発光タンパク遺伝子が偽プロモータの制御下にある請求項8に記載の哺乳類細胞。
- 請求項12〜15のいずれかに記載の哺乳類細胞の培養液中に薬物候補化合物を存在させて該哺乳類細胞を培養する工程、該候補化合物の存在下及び非存在下で前記発光タンパク量を定量する工程、少なくとも1つの発光タンパクに連結された少なくとも1つの評価対象プロモータに対する該候補化合物の影響を評価する工程を包含する薬物のスクリーニング方法。
- 請求項8〜15のいずれかの哺乳類細胞の培養環境を変化させて、発光波長が測定条件に依存しない相互に分別可能な光を発光する2以上の発光タンパクの発現量を評価することにより、培養環境変化の前後における各発光タンパクに結合された各プロモータの転写活性をマルチに測定するシステム。
- 2以上の発光タンパクの発現量を同時に測定する請求項19に記載のシステム。
- 3以上の発光タンパクの発現量を測定可能である請求項19に記載のシステム。
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