JP3727882B2 - 固体支持体への核酸固定化用担体 - Google Patents
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Description
背景技術
1.技術分野
本発明は、DNAチップの作製に使用される核酸固定化用担体に関する。また、本発明は、該担体への核酸の固定化方法、及び当該担体での標的核酸の検出方法に関する。
【0002】
2.関連技術
ゲノム解析技術の進展により、各種生物ゲノムの構造が解明されつつある。これと並行して、ゲノムの機能解析のための技術開発がすすめられている。このような状況で、DNAチップ(DNAマイクロアレイ)は注目されている技術である。DNAチップは、スライドガラス等の固相担体表面に多数の異なる遺伝子あるいはその断片(DNA断片)を固定化したマイクロアレイであり、遺伝子の発現、変異および多型性の解析に有用である。
【0003】
標的核酸の担体への固定化法は、DNAチップを作製するために必要な基本技術であり、DNAチップの作製には大きく分けて2通りの方法が使用されている。一つは、担体上に共有結合したリンカーの先端で核酸を化学合成する方法で、例えば、サイエンス(Science)、第251巻、767−773頁(1991)およびヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Nucleic Acids Research)、第20巻、1679−1684頁(1992)に記載されている。この方法でDNAはオリゴヌクレオチドに限られており、また、反応を制御するための特殊な装置を必要とし、一般的ではない。
【0004】
もう一つの方法は、予め合成されたDNAやPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)で調製されたDNA(PCR増幅産物)を担体に共有結合あるいは非共有結合させる方法で、例えば、サイエンス(Science)、第270巻、467−470頁(1995)およびヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Nucleic Acids Research)、第22巻、5456−5465頁(1994)に記載されている。
【0005】
非共有結合による固定化方法においては、SSC(塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム)等の塩溶液に溶解したDNA(またはRNA)をそのままあるいは変性処理した後、ポリリジンやポリエチレンイミン等の塩基性ポリカチオンでコートした、あるいはアミン含有シラン化合物(例えば、3−アミノプロピルトリエトキシシラン)でシラン処理したスライドガラスにスポットし、UV照射により固定化する。この方法によれば、どのようなDNA(またはRNA)も固定化することができるはずである。
【0006】
しかしながら、実際には、この方法では、オリゴヌクレオチドや短鎖DNA(0.3Kb未満)は固定化されにくい。また、長鎖DNA(0.3Kb超)を非共有結合する場合においても、洗浄やハイブリダイゼーションの工程でDNAが担体から剥離する可能性があり、標的核酸の検出感度を低下させる要因となり得る。
【0007】
さらには、非共有結合による固定化方法には、担体表面に残存する塩基性官能基(陽イオン)とプローブ核酸(陰イオン)との非特異的な結合により、バックグラウンドシグナルが高くなるという制約がある。残存するアミノ基をアセチル化(無水コハク酸などの無水物によるアミンのカルボン酸への転換)によりブロッキングする方法が知られているが、この転換は必ずしも完全ではない。
【0008】
核酸としては短鎖核酸、長鎖核酸、一本鎖核酸、二本鎖核酸、DNA、RNAを含む多くの種類があり、その各々の種類の核酸の固定化に適し、高感度で標的核酸の検出に使用することができる担体の開発が求められている。
【0009】
発明の概要
本発明の主な目的は、(1)高効率で核酸を固定化できる新規な核酸固定化用担体の作製;(2)核酸を固定化した担体(すなわち、作製されたDNAマイクロアレイ);(3)固定化核酸の製造方法;および(4)核酸を固定化した担体を用いる核酸の検出方法である。
【0010】
本発明を概説すれば、本発明の第1の発明は、核酸の結合のために表面にポリアニオンを有する核酸固定化用担体に関する。1つの好ましい態様においてポリアニオンはポリアクリル酸であるが、いずれものポリアニオンを使用することができる。
【0011】
本発明の第2の発明は共有結合を介する核酸の担体への固定化を含む。好ましい方法はカルボン酸官能基の活性化エステルへの転換を含む。次いで、活性化エステルをアミン修飾核酸と反応させる。
【0012】
本発明の第1、第2の発明の態様において、担体は非多孔性表面であり、ガラスが好適である。
【0013】
本発明の第3の発明は核酸が固定化された担体であって、ポリアニオンの活性化エステル型を介して核酸が担体に共有結合している、核酸が固定化された担体に関する。本発明の第3の発明の態様において、ポリアニオンは好ましくはポリアクリル酸であり、好ましい活性化エステルは、カルボジイミドカップリングを介してポリアニオンおよびペンタフルオロフェノールから調製されるペンタフルオロフェノールエステルである。
【0014】
本発明の第4の発明は核酸の担体への固定化方法であって、ポリアニオンの活性化エステル誘導体でコートした担体を、アミン修飾核酸と接触させる、核酸の担体への固定化方法に関する。本発明の第4の発明の態様において、ポリアニオンは好ましくはポリアクリル酸であり、担体は好ましくは非多孔性であり、非多孔性担体としてはガラスが好適である。
【0015】
本発明の第4の発明の態様において、核酸は活性化エステル誘導体と反応性を有する官能基で修飾された核酸であり、好ましくは核酸をアミノ基で修飾する。
【0016】
本発明の第5の発明は、限定するものではないが、下記工程を包含することを特徴とする被検体(または試料)中の標的核酸の検出方法に関する:
a)核酸固定化用担体がポリアニオンの活性化エステル誘導体となる工程であって、ポリアニオンはスライドガラスの表面に事前に共有結合されている;
b)上記活性化エステル誘導体と、当該エステル誘導体と反応性を有する官能基で修飾された核酸とを反応させる工程;
c)担体に固定化された核酸(標的核酸)と、相補的な核酸(プローブ核酸)とをハイブリダイズさせる工程;
d)ハイブリダイズした核酸を検出する工程。
【0017】
本発明の第6の発明は、限定するものではないが、下記工程を包含することを特徴とする被検体中の核酸の検出方法に関する:
a)担体の活性化エステル誘導体と、当該活性化エステル誘導体と反応性を有する官能基で修飾された核酸とを反応させる工程;
b)担体に固定化された核酸と、相補的な核酸とをハイブリダイズさせる工程;
c)ハイブリダイズした核酸を検出する工程。
【0018】
詳細な説明
ポリアニオンとは2個以上の負電荷を含むポリマーである。
【0019】
核酸なる用語は、オリゴヌクレオチド、メッセンジャーRNA、アンチセンス、プラスミドDNA、プラスミドDNAの部分、またはウイルス(ウイルスDNA)、直鎖DNAもしくは染色体DNA由来遺伝物質の形態の、デオキシリボ核酸(DNA)およびリボ核酸(RNA)を包含する。
【0020】
恒湿器は固定された湿度範囲に維持できるいずれかのチャンバーである。
【0021】
本発明における核酸を固定化する担体は、DNAチップやバイオセンサーに使用出来るものであれば特に限定はないが、好ましくは、非多孔性でなめらかな表面を有する支持体からなり、スライドガラスまたはシリカビーズのような材料が好適に使用出来る。
【0022】
1つの態様において、担体表面にポリアニオンと反応できる官能基(この場合アミノ基)を与えるように担体を3−アミノプロピルトリエトキシシランで処理する。ガラス担体の表面に官能基を導入できるいずれかのシランを本発明において使用することができる。次いで、ポリアニオンを、カルボジイミドカップリング反応を介して担体のシラン処理した表面に共有結合させることができる。
【0023】
ポリアニオンは、プローブ核酸との非特異的結合(静電的)を妨げる効果のある、カルボキシル基、リン酸基、硫酸基等の酸性官能基を有し、担体表面に共有結合され、ポリアクリル酸、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸およびポリリン酸が好適に用いられる。これらのポリアニオンを、カルボジイミド(またはその他の活性化エステル)化学反応を介して担体のシラン処理した表面に結合させる。
【0024】
これらのポリアニオンコートした担体に標的核酸を固定化するためには、ポリアニオンの酸性官能基を活性化しておく(活性化エステルを形成させる)必要がある。例えば、カルボキシル基であればペンタフルオロフェノールを、リン酸基であればイミダゾールエステルを、活性化エステル誘導体として使用することができる。
【0025】
担体に固定化する核酸としては、特に限定はなく、合成オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたはそれらの誘導体のいずれも使用することができる。これらの核酸(DNAまたはRNA)は一本鎖、二本鎖のいずれの形態も使用することができる。該誘導体としては、担体表面への固定化を可能にする修飾を有していれば特に制限はないが、例えば、DNAの5’末端がアミノ基、チオール基、リン酸基、アルデヒド基で修飾された誘導体を例示することができる。また、修飾した5’末端に架橋剤や、スぺーサーとしてのリンカー、例えばアルキルアミン等を付加した誘導体も使用することが出来る。本発明においては、5’末端の修飾はオリゴヌクレオチドのような短鎖核酸の固定化に特に有効である。種々の官能基またはシグナル基(signaling group)を導入するように共有結合により修飾されたいずれの核酸を使用することもでき、MirusのLabelIT試薬を使用して核酸を修飾してもよい。
【0026】
前記修飾核酸を、0.01〜2.0mg/ml、好ましくは0.1〜1.0mg/mlとなるように、固定化に好適な溶液、例えば、20mM MOPS(3−モルホリノプロパンスルホン酸)緩衝液(pH7.5)、あるいは50mM炭酸緩衝液(pH9.5)に溶解し、そのままあるいは変性処理した後、表面処理してエステル官能基を活性化した前記担体と接触させることにより、所望の核酸を担体に固定化することができる。すなわち、前記DNA溶液をマイクロピペットやDNAチップ作製装置(DNAアレイヤー)を用いて前記表面処理して活性化されたエステル官能基を有する担体に一定量ずつスポットする。恒湿器中に30〜60分保持した後、2%SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)、蒸留水の順で洗浄する。さらに、必要とあれば核酸を固定化した担体を室温で0.3N NaOHに5分間、あるいは沸騰水中に2分間浸漬して核酸を変性させ、蒸留水、無水エタノールの順で洗浄、乾燥させる。この処理によって、核酸と未反応の活性化エステル基は、カルボン酸部分に加水分解される(すなわち負に荷電する)。これらの酸性基は、プローブ核酸と担体との非特異的な静電結合を妨げるので、一般的には、ポリリジンスライドに必要な無水コハク酸ブロッキング操作が省略できる。これらの酸性基はまたバックグラウンドシグナルを低下させる。
【0027】
このようにして担体に固定化された核酸量は、蛍光標識した核酸を用いて測定することができる。標識標的核酸の共有結合による固定化操作を行い、残存する蛍光シグナルを検出することができる。本発明の固定化方法は、固定化効率が高く、固定化された核酸はハイブリダイゼーションの条件下で剥離することはないので(核酸は担体に共有結合しているので)、遺伝子の発現レベル、変異、多型性等の高感度検出に利用することが出来る。
【0028】
担体(例えばDNAチップ)に共有結合した標的核酸の検出には、一般的なハイブリダイゼーション方法が用いられる。プローブ核酸を蛍光色素(またはその他のシグナル基)で標識し、アルカリ、または熱変性した後、ハイブリダイゼーション溶液に加え、その5〜20μlをアレイ表面に滴下し、その上に空気がはいらないようにカバーガラスをのせ、これを恒湿器に入れ、適当な温度で適当な時間保持した後カバーガラスをはずし、スライドガラスを十分洗浄し、水滴を除いて蛍光スキャナー(蛍光リーダー)で蛍光シグナルを検出する。
【0029】
本発明のポリアニオンコートしたスライドガラスは核酸を効率良く固定化できる。共有結合したポリアニオンによって担体の表面に形成された三次元マトリックスにより、核酸の固定化量が多くなる。
【0030】
本発明の核酸が固定化された担体によって、核酸のシグナル検出が高感度で低バックグランドとなる。標的核酸と未反応のポリアニオンの活性化エステル誘導体は加水分解によりポリアニオンになり、負荷電のプローブ核酸の担体への非特異的結合は阻止される。
【0031】
本発明によれば、(1)標的核酸(オリゴヌクレオチドを含む)が高い効率で担体に固定化され、(2)固定化後のブロッキング操作が省略でき、(3)標的核酸と担体との非特異的な結合が最小限に抑えられ、(4)ポリアニオン処理による三次元効果でハイブリダイゼーションの効率が高まる等の結果として、高感度で標的核酸が検出ができる。
【0032】
実施例
以下の実施例により、さらに詳細に本発明を説明するが、本発明は実施例の範囲に限定されるものではない。
【0033】
実施例1
(1)標準DNAとして、それぞれ配列表の配列番号1及び2に示す2種類のファージDNA断片(それぞれ1.0Kbおよび0.3Kbで、後者は前者の一部)をPCRにより調製した。
【0034】
すなわち、ファージDNAを鋳型として配列表の配列番号3に示すプライマーSと配列表の配列番号4に示すプライマーA1000の組み合わせと、プライマーSと配列表の配列番号5に示すプライマーA300の組み合わせでそれぞれPCRを行った。その後、各増幅断片をQiaquick PCR purification kit 96(キアゲン社製)を用い、添付説明書に従って精製した。カラムからのDNAの溶出は蒸留水にて行い、凍結乾燥により濃縮した。
【0035】
各DNA断片を20mM MOPS緩衝液(pH7.5)に溶解し、GMS417アレイヤー(Genetic MicroSystems社製)を用いて表面にアミノ基を有する市販のスライドガラス上にアレイを作製した。スライドガラスは、DNAチップ作製に広く用いられている、ポリ−L−リジンをコートしたPOLY−PREP−SLIDES(シグマ社製、以下PLLコートスライドガラスと略す)およびアミノアルキルシラン系のMASコートスライドガラス(松浪硝子工業社製、以下MASコートスライドガラスと略す)を用いた。スポットは、サイズ150μm、間隔375μmに設定し、同一DNAを5スポットずつ整列させた。
【0036】
DNAのスポット後、各スライドガラスを37℃、湿度90%の恒温恒湿器中に1時間保持した後、60mJ/cm2でUVクロスリンクした。このスライドガラスを0.2%SDSで1回、蒸留水で2回洗浄後、1,000rpm程度の低速遠心分離により水分を除去した後、風乾した。このように前処理したスライドガラスは、蒸留水で十分洗浄した後、沸騰水浴中で3分間煮沸後、氷冷エタノールにさらすことによりDNAを変性し、低速遠心分離によりエタノールを除去後、風乾し、デシケーター中に保存した。
【0037】
スライドガラスの一部を無水コハク酸処理し、担体表面の遊離アミノ基をスクシニル化によりブロッキングした。1.5gの無水コハク酸を89.5mlのN−メチル−2−ピロリドンに溶解後、9mlの1Mホウ酸緩衝液(pH8.0)を混和し、ブロッキング溶液を調製した。スライドガラスをブロッキング溶液に室温で20分間浸した。このように処理したスライドガラスは、蒸留水で十分洗浄した後、沸騰水浴中で3分間煮沸後、氷冷エタノールにさらすことによりDNAを変性し、低速遠心分離によりエタノールを除去後、風乾し、デシケーター中に保存した。
【0038】
(2)アミノアルキルシラン処理した市販スライドガラス(In situ PCR glass slides、PEバイオシステムズ社製、以下AASスライドガラスと略す)を2.5% グルタルアルデヒド溶液に1時間浸漬した後、蒸留水で3回洗浄し、風乾させ、アルデヒド基でコートしたスライドガラスを得た。
【0039】
配列表の配列番号6に示した配列を有し、5’末端に鎖長6のアルキルアミノリンカー(PEバイオシステムズ社製)を結合させた24塩基長のオリゴヌクレオチド(以下、NH2−Fオリゴと称す)をDNA合成機を用いて合成し、10mMとなるように20mM MOPS緩衝液(pH7.5)に溶解した。実施例1−(1)と同様にして、この合成DNAをGMS417アレイヤーを用いてグルタルアルデヒド処理スライドガラスにスポットした。スポット後のスライドガラスは、0.2%SDSで2分間洗浄後、蒸留水で連続的に洗浄した。担体のアルデヒド基とDNAのアミノ基との共有結合によるシッフ塩基を安定なアミンに還元するために、スライドガラスを0.25%の水素化ホウ素ナトリウム(和光純薬社製)を含んだPBS−100%エタノール(体積比3:1)に5分間浸漬した後、乾燥させた。
【0040】
(3)ポリアニオンの固体支持体への共有結合
顕微鏡用スライドガラスを、2M硝酸、2M水酸化ナトリウム、純水、およびアセトン中で、それぞれ10分間ずつ超音波処理することにより洗浄した。4%となるように3−アミノプロピルトリエトキシシランを95%エタノールに溶解し、先に洗浄したスライドガラスをこの溶液中で2分間アミノシラン化した後、100℃で10分間保持することにより、スライドガラス表面をアミノプロピルシラン化した。次に、5mg/mlとなるようにポリアクリル酸をジメチルホルムアミドに溶解し、さらに、4.0g/100mlとなるように1−[3−(ジメチルアミノ)プロピル]−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(以下EDCと略す)を加えた。アミノシラン化した上記スライドガラスをこの溶液に一晩浸し、ジメチルホルムアミド、メタノール、純水、およびアセトンでリンスした。このポリアクリル酸コートスライドガラスを減圧下で乾燥させた。
【0041】
(4)ポリアニオンコート固体支持体の活性化
以下のようにしてポリアクリル酸コートスライドガラスを活性化エステルコートスライドガラスとした。1.8gのペンタフルオロフェノール、2.0gのEDC、および13mgのジメチルアミノピリジンを50mlのジメチルホルムアミドに溶解した。実施例1−(3)で調製したポリアクリル酸コートスライドガラスを、この溶液に5時間浸した後、ジメチルホルムアミドおよび塩化メチレンでリンス後、減圧下で乾燥させ、デシケーター中で保存した。
【0042】
実施例2
(1)実施例1−(1)と同様にして、2つのサイズのλファージDNA断片(1.0Kbおよび0.3Kb)を調製した。この合成において、5’末端に鎖長6のアルキルアミノリンカー(PEバイオシステムズ社製)を結合させた、アミン含有プライマーSを用いることにより、末端にアミノ基を有するDNA断片を増幅した。精製後の各アミン含有DNA断片を、終濃度0.5mg/mlとなるように20mM MOPS緩衝液(pH7.5)に溶解し、実施例1−(4)の方法により活性化した活性化エステルコートスライドガラス上に、3個ずつスポットした。なお、コントロールとして、PLLコートスライドガラスにも同じアレイを作製した。
【0043】
DNAをスポットした活性化エステルコートスライドガラスは、37℃、湿度90%の恒温恒湿器(東京理化器械:アイラKCL1000型)中に30分間保持した後、室温の0.2%SDS中で保持して余分な塩を洗浄し、次いで蒸留水で洗浄した。その後、0.3N NaOHに5分間浸漬してDNAを変性させ、蒸留水で十分洗浄後、1,000rpm程度の遠心分離により乾燥させ、デシケータ中に保存した。
【0044】
(2)ハイブリダイゼーション
それぞれのスライドガラスで作製した核酸アレイを、蛍光色素で標識した核酸プローブとハイブリダイズさせ、観察した。各DNAアレイを、50%ホルムアミド、0.2%SDS、5×デンハルト溶液、0.1mg/mlサケ精子DNA、および6×SSCからなるプレハイブリダイゼーション緩衝液中で、42℃で1時間のプレハイブリダイゼーションに供した。
【0045】
上記実施例1−(1)で調製した1.0KbλファージDNA断片を、Label ITR Cy5TM Labeling Kit(Mirus社製)を用いて、添付説明書にしたがってCy5TMで標識した後、エタノール沈殿によって精製した。このCy5TM標識核酸プローブを、終濃度が20、2、あるいは0.2ng/mlとなるようにプレハイブリダイゼーション緩衝液で希釈し、95℃で2分間加熱し室温まで冷却した後、遠心分離により不溶物を除去した。ハイブリダイゼーション溶液約5μlを核酸アレイ上に滴下し、泡が入らないようにカバーガラスで覆った後、恒湿器に入れ42℃で20時間保温した。室温の2×SSC溶液中でカバーガラスを外し、0.2%SDSを含む2×SSC中で、65℃で5分間、55℃で30分間を2回洗浄した。その後、室温の0.05×SSCで10分間洗浄し、1,000rpm程度の遠心分離により水分を除去後、風乾した。
【0046】
ハイブリダイゼーション後の核酸アレイをGMS418アレイスキャナー(GMS社製)を用いて、測定波長:635nm、励起波長:660nmで読み取った。検出されたシグナルの強度を画像解析ソフトウエアImaGene(バイオディスカバリー社製)を用いて解析した。その結果を表1にまとめて示した。
【0047】
【表1】
【0048】
表1で明らかなように、すべてのプローブ濃度において、いずれのサイズの固定化されたDNAのシグナルも活性化エステルコートスライドガラスの方がPLLコートスライドガラスと比較して強かった。すなわち、標的PCR増幅核酸断片の検出において、活性化エステルコートスライドガラスを用いて作製したDNAチップは、従来の(PLL)コートスライドガラス上で作製したものより強いシグナルを与えることが示された。
【0049】
実施例3
(1)オリゴヌクレオチドDNAアレイを有するDNAチップの作製
配列表の配列番号6に示した配列を有し、5’末端を鎖長6のアルキルアミノリンカー(PEバイオシステムズ社製)で修飾した24塩基長のオリゴヌクレオチド(以下、NH2−Fオリゴと称す)、および水酸基を含むように5’末端を修飾したオリゴヌクレオチド(以下、OH−Fオリゴと称す)の2つを、それぞれDNA合成機を用いて調製した。さらに、該オリゴヌクレオチドに相補的な配列番号7に示した配列を有し、5’末端にCy3TMを結合させた24塩基長のオリゴヌクレオチド(以下、Cy3−Rオリゴと称す)、及びこれらのオリゴヌクレオチドと無関係な配列で配列番号14で示される配列を有する5’末端にアルキルアミノリンカーを結合させた24塩基長のオリゴヌクレオチド(以下、NH2−Nオリゴと称す)の2つを合成した。
【0050】
OH−Fオリゴ、NH2−Fオリゴ、およびNH2−Nオリゴを20mM MOPS緩衝液(pH7.5)に、5、50、および500μMの濃度となるようにそれぞれ溶解し、実施例1−(4)記載と同様な方法で活性化した活性化エステルコートスライドガラスに整列させた。なおこの時、各DNA配列を7スポットずつ整列させた。スポット後、実施例2記載のようにスライドガラスを洗浄、乾燥し、オリゴヌクレオチドチップとした。なお、コントロールとして、実施例1−(2)に記載の方法で、同じオリゴヌクレオチドのアレイをグルタルアルデヒド処理スライドガラスに作製した。
【0051】
(2)オリゴヌクレオチドチップのハイブリダイゼーション
それぞれのスライドガラスで作製したオリゴヌクレオチドチップを、先に調製したCy3−Rオリゴをプローブとしてハイブリダイズさせ、その蛍光シグナルを観察した。すなわち、1mMのCy3−Rオリゴ、0.2%SDS、5×デンハルト溶液、0.1mg/mlサケ精子DNA、および6×SSCからなるハイブリダイゼーション溶液約5μlをオリゴヌクレオチドアレイにそれぞれ添加し、泡が入らないようにカバーガラスで覆った後、恒湿器に入れ42℃で20時間保温した。室温の2×SSC溶液中でカバーガラスを外し、室温の2×SSC中で10分間の洗浄を2回行い、1,000rpm程度の低速遠心分離により水分を除去後、風乾した。ハイブリダイゼーション後のオリゴDNAチップの全蛍光をGMS418アレイスキャナーを用いて、測定波長:635nm、励起波長:660nmで測定し、検出されたシグナルの強度を画像解析ソフトウエアImaGeneを用いて解析した。その結果を表2にまとめて示した。
【0052】
【表2】
【0053】
表2で明らかなように、活性化エステルコートスライドガラスでは、5’末端にアミノ基を有するオリゴヌクレオチドのスポットの方がアミノ基を持たないオリゴヌクレオチドのスポットより強いシグナルを示し、スライドガラス上の活性化エステル基とオリゴヌクレオチドのアミノ基が反応していることが確認された。いずれのオリゴヌクレオチドにおいても、活性化エステルコートスライドガラスに作製したスポットの方が、グルタルアルデヒド処理スライドガラスのものよりシグナル強度は強くなった。
【0054】
実施例4
ポリアクリル酸の三次元効果
異なる長さの蛍光標識核酸をスポットした核酸アレイのハイブリダイゼーションシグナルを、固定化された単位核酸長当たりのシグナルとして算出した。ヒトトランスフェリンレセプター(以下TFRと略す)cDNA断片は以下の方法で調製した。常法によりヒトK562細胞株(大日本製薬社製)よりmRNAを抽出し、TFRのcDNAを調製した。得られたcDNAをテンプレートとして、TFR(GenBank No.X01060)に特異的な、配列表の配列番号8及び9に示すプライマーS7とAS7を用いて、4,738bpのPCR産物を得た。これをpT7Blueベクター(ノバジェン社製)に接続し、組換え体プラスミドpT7TFRを得た。このpT7TFRをテンプレートとして、片方のプライマーをローダミンX(PEバイオシステムズ社製:以下ROXと略す)で5’末端標識したプライマーを用いてPCRを行い、鎖長の異なる蛍光標識PCR断片を調製した。すなわち、ROX標識S7(配列番号8)とAS4(配列番号10)、AS3(配列番号11)、AS2(配列番号12)、あるいはAS1(配列番号13)のプライマー対でそれぞれPCRを行い、1.0、0.5、0.2、および0.1kbの断片を調製した。
【0055】
精製後の各DNA断片は20mM MOPS緩衝液(pH7.5)に溶解した後、Amino Label ITR試薬を用いてアミノ化した。すなわち、精製DNA溶液に、ジメチルスルホキシドに溶解したAmino Label ITR試薬を重量比で5分の1量添加し、37℃で1時間保温した。アミノ化した各DNAは、エタノール沈殿法により精製した。
【0056】
Amino Label IT試薬は国際公開公報WO98/52961記載の方法に従い、蛍光基をアミノ基に換え調製した。
【0057】
アミノ化TFR断片を、終濃度0.5mg/mlとなるように20mM MOPS緩衝液(pH7.5)に溶解し、実施例1−(4)のようにして活性化した活性化エステルコートスライドガラス上に、実施例1−(1)の方法により各配列7点ずつスポットした。スポット後、実施例3記載のように洗浄、乾燥した。なお、コントロールとして、実施例1−(1)に記載の方法で、同じアレイをMASコートスライドガラスを用いて作製し、固定化処理後、遊離アミノ基の無水コハク酸ブロッキングを行ったものと、ブロッキング処理を行わないものを作製した。
【0058】
それぞれのスライドガラスで作製したDNAチップを、ROXと異なる蛍光波長を有するCy5で標識したDNAプローブとハイブリダイズさせ、そのシグナルを観察した。すなわち、上記のように調製した1.0KbのTFR断片を、Cy5 Label ITR Kit(Mirus社製)を用いて、添付説明書にしたがってCy5TMで標識した。
【0059】
20ng/mlCy5標識DNAプローブ、0.2%SDS、5×デンハルト溶液、0.1mg/mlサケ精子DNA、および6×SSCからなるハイブリダイゼーション溶液約5μlをチップ上のDNAが固定されている領域にそれぞれ添加し、カバーガラスで覆った後、恒湿器に入れ65℃で20時間保温した。室温の2×SSC溶液中でカバーガラスを外し、0.2%SDSを含む2×SSC中で、65℃で5分間、55℃で30分間を2回洗浄した。その後、室温の0.05×SSCで10分間洗浄し、1,000rpm程度の低速遠心分離により水分を除去後、風乾した。
【0060】
ハイブリダイゼーション後のDNAチップは、GMS418アレイスキャナーを用いて、アレイDNAの末端ROX標識の蛍光シグナルおよびハイブリダイゼーションプローブのCy5標識の蛍光シグナルをそれぞれ測定し、得られた画像を画像解析ソフトウエアImaGeneを用いて解析し、蛍光シグナルを数値化した。そして、各サイズのDNAごとに、Cy5のシグナル強度をROXのシグナル強度で割った値を単位DNA当たりのシグナル強度とした。その結果を表3に示した。なお、MASコートスライドガラスで作製したDNAチップのうち、遊離アミノ基のブロッキング処理しなかったDNAチップは、バックグラウンドが高く、シグナルの定量ができなかった。
【0061】
【表3】
【0062】
表3で明らかなように、いずれの長さのDNA断片においても活性化エステルコートスライドガラスに作製したスポットの方が、MASコートスライドガラスに作製したものより単位DNA当たりのシグナル強度は強くなった。この結果は、活性化エステルコートスライドガラスによってハイブリダイゼーションの効率がより良くになることを示す。共有結合したポリアニオンによって作り出される三次元格子により、結合した標的核酸の接近がより多くなり得る。
【0063】
実施例5
実施例2−(1)と同様にして、DNA断片の末端にアミノ基が付加した1.0Kbおよび0.3Kbの2種のλファージDNA断片を調製した。得られたDNAの一部を、実施例4記載の方法で、Amino Label ITR試薬を用いてさらにアミノ化した。各DNA断片を、終濃度0.5 mg/mlとなるように20 mM MOPS緩衝液(pH7.5)に溶解し、活性化エステルコートスライドガラスおよびMASコートスライドガラス上に各DNA断片あたりそれぞれ7箇所ずつスポットした。
【0064】
それぞれのスライドガラスで作製した核酸アレイを、蛍光Cy3標識DNAプローブとハイブリダイズさせ、そのシグナルを解析した。すなわち、上記のように調製した1.0Kbのλファージ断片を、Label ITR Cy3 Labeling Kit(Mirus社製)を用いて、添付説明書にしたがってCy3で標識した。このCy3標識DNAプローブを使用して実施例4記載の方法でハイブリダイゼーションおよび洗浄を行った。
【0065】
ハイブリダイゼーション後のDNAチップの蛍光(すなわち、シグナル強度)を、GMS418アレイスキャナーを用いて測定波長:532nm、励起波長:570nmで測定し、得られた画像を画像解析ソフトウエアImaGeneを用いてシグナル強度を数値化した。MASコートスライドガラス上のスポットのシグナルを100とした相対蛍光強度を求めた。その結果を表4に示した。
【0066】
【表4】
【0067】
表4で明らかなように、活性化エステルコートスライドガラスのシグナル強度は、いずれのDNA断片のスポットにおいてもMASコートスライドガラスより強く、特に、300bpの短鎖DNA断片においてMASスライドガラスより顕著にシグナルが強くなった。
【0068】
活性化エステルコートスライドガラスにスポットした場合では標的をさらにアミン修飾した方がアミン修飾しないものより強いシグナルが得られ、Amino Label ITRを用いたアミノ化修飾は、活性化エステルコートスライドガラスへの標的の結合の増加に有効であることが示された。
【0069】
上記の実施例は本発明の原理の例示である。さらに当業者にとって多数の変形および変更は容易であるので、本発明を上記の特定の構成、操作に限定するものではない。従って、全ての適切な変形および等価物は本発明の範囲内にある。
Claims (10)
- ポリアニオンを共有結合させた担体表面に前記ポリアニオンと結合した核酸が固定化された核酸検出用担体であって、前記核酸とは未反応のポリアニオンの酸性基が担体表面に存在することを特徴とする核酸検出用担体。
- ポリアニオンがポリアクリル酸からなる請求項1記載の担体。
- 固体支持体が非多孔性である請求項1記載の担体。
- 固体支持体がガラスからなる請求項3記載の担体。
- 下記工程を包含することを特徴とする核酸の担体への固定化方法:
a)担体表面にポリアニオンを共有結合させる工程;
b)ポリアニオンの酸性基を活性化エステルに活性化する工程;
c)前記担体に核酸を接触させ、核酸を担体に固定化する工程;
d)未反応の活性化エステルを加水分解して酸性基にする工程。 - ポリアニオンがポリアクリル酸からなる請求項5記載の方法。
- 固体支持体が非多孔性である請求項5記載の方法。
- 固体支持体がガラスからなる請求項7記載の方法。
- 核酸が活性化エステルとの反応のためにアミノ基を含む請求項5記載の方法。
- 下記工程を包含することを特徴とする被検体中の試料核酸の検出方法:
a)請求項1記載の核酸検出用担体上の固定化核酸に相補的な試料核酸をハイブリダイズさせる工程;
b)ハイブリダイズした試料核酸を検出する工程。
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