JP3258630B2 - 生物学的媒体中のタンパク質フラグメントの測定のためのアッセイ - Google Patents

生物学的媒体中のタンパク質フラグメントの測定のためのアッセイ

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Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、生物学的媒体中の
タンパク質フラグメントを検出するための方法に関す
る。より詳しくは、それは、タイプIIコラーゲンのコラ
ゲナーゼ切断に起因するコラーゲンフラグメントを定量
するための方法に関する。
【0002】
【従来の技術】関節軟骨の生理学的ターンオーバーは、
合成と分解との間の精巧な平衡状態を表わす。それは、
成人における軟骨の正常な成長及び増殖、並びに維持の
特徴である。正味の軟骨損失は、リウマチ様関節炎及び
変形性関節症の特徴である。それは、生活の不能性及び
低特性に強く関係している。リウマチ様関節炎及び変形
性関節症における軟骨破壊は、現在、臨床的徴候及び放
射線的発見の組合せに基づいて診断される。関節軟骨に
対する損傷は、放射線的に検出され得るずっと前に、疾
病において初期に発生し;損傷は、広範且つたぶん可逆
的な軟骨損失が存在した後でのみ、放射線的に検出され
る。従って、臨床医は軟骨損傷の初期診断のための生化
学的マーカーを有することが決定的に重要なことであ
り、その結果、治療は、広範な損傷が生じる前、初期に
開始され得る。
【0003】タイプIコラーゲンがほとんど他の組織、
たとえば皮膚、骨、靱帯及び腱の細胞外マトリックスの
原線維構成を形成するように、タイプIIコラーゲンは、
軟骨マトリックスのフィブリルの大部分を構成する。そ
れらのコラーゲンは、きつく巻かれたトリプルヘリック
スから構成されており、これはメタロプロテイナーゼコ
ラゲナーゼにより単に切断されてポリアクリルアミドゲ
ル電気泳動により同定できる3/4及び1/4長のα−
鎖フラグメントを生成することができる。
【0004】関節疾患の間の関節軟骨の破壊は、一部、
フィブリルタイプIIコラーゲン及び集合プロテオグリカ
ンから主に構成される細胞外マトリックスの分解によ
る。関節軟骨において、タイプIIコラーゲンフィブリル
は引張り強さを担当し、そしてプロテオグリカンは正常
な連結及び機能のために必要な圧縮剛性を提供する。そ
れらの結合組織成分が劣化される正確な機構は、まだ十
分には理解されていない。哺乳類においては、重要な機
構は、ヘリカル(生来的)コラーゲンを部位−特異的に
切断できる酵素群であるコラゲナーゼを包含する。
【0005】発明の要約 本発明は、タンパク質フラグメント、好ましくはタイプ
IIコラーゲンのコラゲナーゼ切断に起因するコラーゲン
フラグメントについて生物学的媒体をモニターするため
の方法を含んで成り、ここでこの方法は、前記生物学的
媒体と捕捉抗体とを接触せしめ、ここで該捕捉抗体は配
列番号1及び2として配列表に示される配列に対して活
性であり;前記生物学的媒体と検出抗体とを接触せし
め、ここで該検出抗体は配列番号3及び4として配列表
に示される配列に対して活性であり;そして最後に、当
業者によく知られている標準の技法を用いて、前記捕捉
抗体及び検出抗体に対して結合したコラーゲンフラグメ
ントの量を検出することを含んで成る。
【0006】当業者は、前記抗体と前記生物学的媒体と
を接触する順序は逆にされ得ることを認識するであろ
う。従って、もう1つの観点においては、本発明は、タ
ンパク質フラグメントについて生物学的媒体をモニター
するための方法を含んで成り、ここで前記方法は、前記
生物学的媒体と捕捉抗体とを接触せしめ、ここで該捕捉
抗体は配列番号3及び4として配列表に示される配列に
対して活性であり;前記生物学的媒体と検出抗体とを接
触せしめ、ここで該検出抗体は配列番号1及び2として
配列表に示される配列に対して活性であり;そして前記
捕捉抗体及び検出抗体に対して結合したコラーゲンフラ
グメントの量を検出する;ことを含んで成る。
【0007】好ましい観点において、本発明は、関節軟
骨のコラゲナーゼ切断により生成されるコラーゲンフラ
グメントであるタンパク質フラグメントの検出のための
方法、及びより具体的には、前記タンパク質フラグメン
トがタイプIIコラーゲンのコラゲナーゼ切断から生成さ
れるような方法を提供する。さらにもう1つの観点にお
いては、本発明は、関節軟骨から生成されるコラーゲン
フラグメントについて生物学的媒体をモニターするため
の第3方法を提供し、ここでこの方法は、前記生物学的
媒体と配列番号3及び4として配列表に示される配列に
対して活性である抗体とを接触せしめ;そして前記抗体
に対して結合したコラーゲンフラグメントの量を検出す
ることを含んで成る。
【0008】広い観点においては、本発明は、生物学的
媒体と、配列番号3及び4として配列表に示される配列
を含むタンパク質フラグメントを認識し、そしてそれに
結合できる抗体とを接触せしめ;そして前記抗体に対し
て結合したタンパク質フラグメントの量を検出すること
を含んで成る、タンパク質フラグメントについて生物学
的媒体をモニターするための方法を提供する。
【0009】本発明は、モノクローナル抗体である捕捉
抗体を提供する。本発明はまた、モノクローナル抗体で
ある検出抗体も提供する。本発明は、配列番号5として
配列表に示されるVH 配列、及び配列番号6として配列
表に示されるVL 配列を有する、9A4と称するモノク
ローナル抗体を提供する。本発明は、それぞれ、配列表
に示される配列番号7及び8に対応する、p9A4IC
AT7−1(ATCC98593)(ATCC ; American
Type Culture Collection, 10801 University Blvd., M
anassas, Virginia 20110-2209 USA)のscFv9A4
及びp9A4IF−5(ATCC98592)に関連す
るが、しかし配列において必ずしも同一ではない遺伝子
操作された抗体である抗体を提供する。
【0010】本発明は、配列番号9として配列表に示さ
れるようなp5109CscFv7(ATCC9859
4)のscFv5109に関連するが、しかし配列にお
いて必ずしも同一ではない遺伝子操作された抗体である
抗体を提供する。本発明は、配列番号10として配列表
に示されるVH 配列、及び配列番号11として配列表に
示されるVL 配列を有する、5109と称するモノクロ
ーナル抗体を提供する。
【0011】本発明は、配列番号10として配列表に示
されるVH 配列、及び配列番号11として配列表に示さ
れるVL 配列を有する、5109と称する抗体を用いて
タンパク質フラグメントを検出するための方法を提供す
る。もう1つの観点において、本発明は、配列番号1又
は2として配列表に示される構造から実質的に成るペプ
チドに対して結合するモノクローナル抗体を生成する、
ATCC HB−12436の識別特徴を有するハイブ
リドーマ細胞系を提供する。
【0012】もう1つの観点において、本発明は、配列
番号3又は4として配列表に示される構造から実質的に
成るペプチドに対して結合するモノクローナル抗体を生
成する、ATCC HB−12435の識別特徴を有す
るハイブリドーマ細胞系を提供する。さらにもう1つの
観点においては、本発明は、配列番号1又は2として配
列表に示される構造から実質的に成るペプチドに対して
結合する9A4に関連する遺伝子操作された抗体を生成
するE.コリ培養物を提供する。もう1つの観点におい
ては、本発明は、配列番号3又は4として配列表に示さ
れる構造から実質的に成るペプチドに対して結合する5
109に関連する遺伝子操作された抗体を生成するE.
コリ培養物を提供する。
【0013】さらにもう1つの観点においては、本発明
は、個々の半分の抗体がそのそれぞれの結合パートナー
を認識する、抗体9A4及び5109のハイブリダイゼ
ーションにより生成される二元特異的抗体を提供する。
もう1つの観点においては、本発明は、VL (510
9)−リンカー−VH (5109)−リンカー−V
L (9A4)−リンカー−VH (9A4)形で抗体9A
4及び5109のVL 及びVH ドメイン及びそれらの同
等物を組合することによって生成される前記抗体の遺伝
子操作された組合せである二元特異的抗体を供給する。
【0014】本発明はさらに、生物学的媒体を上記二元
特異的抗体9A4/5109とを接触せしめ;そして前
記抗体に対して結合したコラーゲンフラグメントの量を
検出することを含んで成る、生物学的媒体におけるコラ
ーゲンフラグメントをモニターするための方法を提供す
る。本発明はまた、抗体5109及び9A4の遺伝子的
に修飾された変異体から生成される二元特異的抗体も供
給する。
【0015】本発明の特定の記載 タイプIIコラーゲンは、関節軟骨にその引張り強さ及び
剪断耐性を与える構造タンパク質である。それはまた、
圧縮耐性を付与し、そしてそのようにすることで、浸透
的に加圧された軟骨の形を直接的に決定するプロテオグ
リカンの包含のための構造的基礎を提供する。従って、
タイプIIコラーゲンの構造的完全性は、関節軟骨の物性
及び耐久性の主要決定因子である。
【0016】関節軟骨の進行性不全は、関節疾患の顕著
な特徴の1つである。その不全がタイプIIコラーゲン構
造の変化に基づいている場合、タイプIIコラーゲンの分
解を特異的に測定する方法を有することが好都合であ
る。関節軟骨からのタイプIIコラーゲンのフラグメント
が、そのタイプIIコラーゲンが分解するにつれて、滑
液、リンパ、血液及び尿中に開放される。生き残ったフ
ラグメントの測定は、関節疾患の開始を検出し、そして
疾患の進行を測定するためにタイプIIコラーゲン分解を
モニターするための方法を提供する。さらに、疾病の
間、タイプIIコラーゲン分解に対する治療の効果を測定
することもまた有用である。
【0017】種々の方法が、コラーゲン分解をモニター
するために使用されて来た。哺乳類組織においては、コ
ラゲナーゼは、タイプIIコラーゲンの分解に関与する律
速的細胞外酵素であると思われる(1)。3/4及び1
/4断片へのコラーゲンのコラゲナーゼ断片化は早く1
967年に同定されており(2,3)、そしてタイプII
コラーゲンの分解に関与する現在同定された3種の哺乳
類コラゲナーゼが存在する(4,5)。1つの酵素は、
タイプIIコラーゲンのさらなる断片化に関与する。フィ
ブリルコラーゲンのリソソーム分解は、骨及び肝臓にお
いて知られている(6,7)。コラーゲンは高いヒドロ
キシプロリン含有率により特徴づけられる数種のタンパ
ク質の1つであるので、尿ヒドロキシプロリンの測定が
コラーゲンターンオーバーの測定として試験されて来た
(8)。
【0018】しかしながら、タイプI及びタイプIII コ
ラーゲンは一般的に皮膚、骨及び結合組織において多量
に見出されるので、前記方法は特定の身体成分、たとえ
ば骨から特定タイプのコラーゲン又はコラーゲンのいづ
れかの分解を測定するために有用でないことが見出され
ており、そしてそれはヒドロキシプロリンの毎日の尿分
泌中の非常に小さな部分のみを提供するのでタイプIIコ
ラーゲンをモニターするためには価値がない(8)。従
って、コラーゲンの分解又はコラーゲンそれ自体をモニ
ターするための努力が、免疫学的方法に向けられて来
た。
【0019】抗体は、コラーゲンタイプ及び切断部位に
対して特異的なコラーゲンフラグメントを識別すること
ができ、そしてコラーゲン分解の特定の態様をモニター
することができる可能性がある(9)。ポリクローナル
及びモノクローナル抗体は、タイプI及びIII コラーゲ
ン又はそれらのフラグメントに対して調製され;そして
タイプI及びIII コラーゲンのコラーゲン分解生成物の
ためのアッセイ法が用意されて来た;たとえばEyre
(10)を参照のこと。タイプIIコラーゲンの分解生成
物に対する抗体を生成する比較的少数の方法が報告され
ている。
【0020】ポリクローナル及びモノクローナル抗体
が、タイプIIコラーゲンに対して調製されて来た(9,
11−13)。それらの抗体は、コラーゲンフラグメン
トの定量測定よりもむしろ無傷の(intact)タイプIIコ
ラーゲンの検出のために利用されて来た。しかしなが
ら、Eyre(14)は、架橋残基を含むタイプIIコラーゲ
ンフラグメントに対するモノクローナル抗体を調製し、
そして彼の発行された特許に類似するタイプIIコラーゲ
ン特異的類似配列を含む架橋フラグメントに基づいてタ
イプIIコラーゲンの分解についてのアッセイを開発した
(10)。Dodge 及びPoole は、他のコラーゲンと反応
しない変性されたタイプIIコラーゲンに対するポリクロ
ーナル抗体を調製した(15,16)。
【0021】エピトープが配列決定され、そして後に、
Hollander 及びPoole (17,18,19)は、モノク
ローナル抗体を用いて、配列番号12及び13として配
列表に示される配列を有するタイプIIコラーゲンフラグ
メントに対する競争抗体アッセイ法を用意した。Billin
ghurstなど(20)は、タイプIIコラーゲン(配列番号
2として配列表に示される配列を有する)のコラーゲン
切断部位ネオエピトープに対するポリクローナル抗体を
調製し、そして競争タイプIIコラーゲンアッセイを開発
した。Srinivas,Barrach 及びChichester(21−2
3)は、抗原としてタイプIIコラーゲンの臭化シアンフ
ラグメントを用いてタイプIIコラーゲンアッセイのため
の複数のモノクローナル抗体を調製した。
【0022】抗体と反応性のエピトープは同定されなか
ったが(24)、それらはタイプIIコラーゲンをアッセ
イすることができる。本発明は、タイプIIコラーゲン代
謝の2種のタイプのアッセイを提供する。両アッセイ
は、タイプIIコラーゲンの特定の配列に対する、まだ調
製されたことがない抗体(ポリクローナル、モノクロー
ナル又は遺伝子操作された抗体)に基づいている。前記
配列、すなわちC−末端で1つの残基が欠失している、
配列番号3として配列表に示される配列は、酸性残基に
富んでいる。
【0023】哺乳類細胞外アスパルチルエンドペプチダ
ーゼ又はグルタミルエンドペプチダーゼは記載されたこ
とがないので、酸性残基に富んでいるコラーゲンフラグ
メントは、さらなる代謝に対して生き残り、そして体液
中での測定のために利用できるはずである。それらの残
基又はそれらの残基を含むコラーゲンフラグメントに対
する抗体が、コラーゲン代謝物の生成方法に関係なく、
体液中のタイプIIフラグメントの一般的検出方法を提供
するであろう。この発明は、モノクローナル抗体510
9、及びタイプIIコラーゲン配列に対して特異的であ
り、そして前記配列を含むコラーゲンフラグメントに対
して結合する遺伝子操作された5109の変異体を提供
する。
【0024】第1アッセイは、タイプIIコラーゲンの分
解を評価するための一般的な方法である。このアッセイ
は、C−末端で1つの残基が欠失している、配列番号3
として配列表に示される配列、及びその密接に関係する
類似物の量を定量化するための一般的な競争方法を提供
する。第2のアッセイに関しては、配列番号14として
配列表に示される配列に対して向けられる追加の抗体が
調製された。グリシン(配列番号14の残基9)上に遊
離C−末端カルボキシル基が存在する。この配列は、コ
ラゲナーゼがタイプIIコラーゲンを分解する場合に得ら
れ、そして従って、それはネオエピトープとして分類さ
れ、すなわちそれは生来の配列(配列番号15として配
列表に示される配列は−GPOGPQG/LAG−(こ
こで、コラゲナーゼが垂直バーで分解する)と続く)に
おいて存在しないが、しかしコラーゲンがコラゲナーゼ
により分解される場合に生じる。
【0025】その配列に対するポリクローナル抗体はこ
れまで報告されている(21)。モノクローナル抗体9
A4及びそれからの遺伝子操作された誘導体は、配列番
号2として配列表に示されるネオエピトープ配列と反応
するが、しかし切断されていないタイプIIコラーゲン又
はタイプIコラーゲンとは反応しない。そのネオエピト
ープ配列は、コラゲナーゼにより切断される場合、タイ
プIIコラーゲンに対してユニークであるが、相同及び弱
い交差反応性の配列(配列表に示されるような配列番号
16)は、コラゲナーゼにより切断される場合、タイプ
Iコラーゲンにおいて生成される。
【0026】これはまた、タイプIII コラーゲンのため
にも真実であり;それは、コラゲナーゼにより切断され
る場合、配列番号2として配列表に示される弱い交差反
応性の配列を生成する。従って、ネオエピトープ抗体は
タイプIIコラーゲンに対する十分な特異性を欠いてお
り、そして単独で使用される場合、コラゲナーゼによる
タイプIIコラーゲンの切断を選択的に検出できない。し
かしながら、抗体5109及び抗体9A4がサンドイッ
チアッセイにおいて組合される場合、それらの2種の抗
体は、コラゲナーゼにより生成されるタイプIIコラーゲ
ン代謝物を選択的に検出することができる。
【0027】さらに、このサンドイッチタイプのアッセ
イがこの発明において提供する利点は、9A4のみに基
づく単純な競争アッセイよりも100〜1000倍の感
度の増強が現在、達成され得ることである。従って、本
発明に記載される抗体を有するサンドイッチアッセイ型
式は、これまで記載されたことがない、正常状態及び病
的状態でのコラゲナーゼによるタイプIIコラーゲン代謝
をモニターするためのユニークな方法を提供する。コラ
ーゲンタイプを区別する必要がない限り、抗体9A4
は、単独で、タイプI又はタイプIIもしくはタイプIII
コラーゲンのコラゲナーゼ切断されたフラグメントの検
出のために使用される新規モノクローナル抗体である。
【0028】定義 免疫グロブリン (Ig):アミノ酸配列及びグルコシル
化の程度に依存して、約23KDの2つのL鎖及び約53
〜70KDの2つのH鎖から構成される天然の四量体タン
パク質。その四量体タンパク質の多量体もまた形成され
る(IgM及びIgA)。2種類のL鎖、すなわちカッ
パ(κ)及びラムダ(λ)鎖、並びにいくつかの種類の
H鎖、すなわちガンマ(γ)、ミュ(μ)、アルファ
(α)、デルタ(δ)及びエプシロン(ε)鎖が存在す
る。
【0029】またそれらのサブクラスも存在する。個々
の鎖は、L鎖又はH鎖のいづれであろうと、2つの部分
から構成されている。いづれかの鎖のN−末端から開始
する第1の部分は、可変ドメインと呼ばれる。L鎖のC
−末端半分はL鎖の不変領域と呼ばれ、そしてそれはL
鎖がκ又はλ型のいづれかである主要決定因子である。
H鎖の不変領域は、C−末端のH鎖のほぼ3/4を含ん
で成り、そして免疫グロブリン分子(IgG1 ,Ig
M、等)の種類を決定し、すなわちχH鎖はIgGに対
応し、そしてμH鎖はIgMに対応する。
【0030】L 及びVH :L鎖の可変ドメイン
(VL )及びH鎖の可変ドメイン(VH )のアミノ酸配
列は一緒になって、免疫グロブリン分子の結合特異性及
び結合(KD)定数を決定する。その可変ドメインは、L
鎖の長さのほぼ半分及びH鎖の長さのほぼ1/4を含ん
で成り、そして両鎖に関しては、鎖のN−末端で開始す
る。可変領域は、相補的決定領域又はCDRとして知ら
れている3種の超可変セグメントをそれぞれ含む。
【0031】CDR及びFR:個々の可変ドメイン、V
L 又はVH は次の3種のCDRから構成される:CDR
1,CDR2及びCDR3。CDRの前、それらの間、
又はそれらの後の介在配列セグメントは、フレームワー
クセグメント(FR)として知られている。個々のVL
及びVH は、次の4種のFRセグメントから構成され
る:FR1,FR2,FR3及びFR4。
【0032】Vκ及びVλ:VL ドメインは、その不変
領域(Cκ又はCλ)がL鎖の生産性転位(productive
rearrangement)の間に使用されることに依存して、κ
又はλのいづれかである(VJCκ又はVJCλ)。抗体 :抗体は、タンパク質、糖タンパク質、ウィルス細
胞、キャリヤーに結合される化学物質及び他の物質によ
るチャレンジに応答して免疫系のB−細胞により生産さ
れる特定の免疫グロブリン分子である。抗体は、単純に
は、その結合パートナーが知られている免疫グロブリン
分子である。抗体が結合する物質は抗原と呼ばれる。そ
のような抗体のその抗原への結合は高度区別され、そし
てH及びL鎖の可変ドメインにおけるアミノ酸配列の変
化により生成され得る多数の特異性に注目すべきであ
る。
【0033】ポリクローナル抗体:通常の免疫化は、同
じ抗原に対する広範囲の種類の抗体を導く。個々のBリ
ンパ球は通常、一定のアミノ酸配列の1つの免疫グロブ
リン分子を生成するが、免疫応答において、多くのBリ
ンパ球は、抗原と反応する免疫グロブリン分子、すなわ
ち抗体を生産するよう刺激される。それらの異なった抗
体は、結合の精巧な特異性及び親和性において差異をも
たらす、免疫グロブリンの可変領域における異なったア
ミノ酸配列により特徴づけられる。そのような抗体は、
免疫応答に利用される異なった免疫グロブリン分子に見
出される種々のアミノ酸配列から生じる種々の結合特異
性及び結合定数を強調するためにポリクローナル抗体と
呼ばれる。
【0034】モノクローナル抗体(MAb):単一の抗
体分子を生成するBリンパ球は、抗体産生不滅細胞系、
すなわちハイブリドーマを誘導するために、不滅Bリン
パ球細胞系、すなわち骨髄腫とハイブリダイズされ得
る。そのような形成されたハイブリッドは、選択、希
釈、サブクローニング及び再増殖により単一の遺伝子株
に分離され、そして従って、個々の株は単一の遺伝子系
を表わす。それは、特異な配列の単一の抗体を生成す
る。そのような細胞系により生成される抗体は、その純
粋な遺伝子血統を表わし、そして混合された遺伝子バッ
クグラウド、すなわち複数のB細胞から生成されるポリ
クローナル抗体からそれを区別する“モノクローナル抗
体”又はMAbと呼ばれる。MAbは純粋な化学試薬で
あるので、それは免疫試験において一定の均等な結果を
提供する。さらに、MAbは不滅細胞系により生成され
るので、試薬供給は制限的でない。それらの理由のため
に、MAbは、診断目的のためにポリクローナル抗体よ
りも、より好ましい。
【0035】遺伝子操作された抗体:抗体の結合特異性
はL及びH鎖の可変領域がもたらすので、抗体は不変領
域を変更し、又は除去するために遺伝子操作され得、そ
して正しく行なわれる場合、それは異なった性質及び分
子量を有するが、しかし同じか又は非常に類似する抗原
結合特性も有する抗体分子をもたらすことができる。た
とえば、VL 及びVH 遺伝子は、クローン化され得、そ
してそれらの間の適切なリンカーを用いてアセンブルさ
れ得る(又はVH 及びVL )。そのような新しい遺伝子
操作された分子は、一本鎖抗体(scFvとして略され
る)と呼ばれ、そして典型的には、精製、安定性、トラ
フィキング、検出、等において助けるためのリンカーの
設計及び他の配列の付加に依存して、25〜28KDの分
子量を有する。
【0036】一本鎖抗体の多量体はまた、リンカーの適
切な使用により製造することができ、この場合には個々
のVH ,VL 対の順序が変更できる。さらに、所望の抗
原結合特性を保持する、VL 及びVH 領域のアミノ酸配
列のいくらかの変更が行なわれ得る。抗原に対する結合
特異性を保持し、且つ特定の必要要件を満たすよう調整
された無限の種類の遺伝子操作された抗体が元の抗体配
列から誘導され得る。遺伝子操作された抗体の他の例
は、Fab,F(ab′)2 、キメラ抗体、ヒト化抗
体、等を包含するが、但しそれらだけには限定されな
い。総説として、Winter G and Milstein C,“Man-made
Antibodies ”, Nature 1991 ; 349, 243-299を参照の
こと。
【0037】二元特異的抗体:通常、IgG抗体は、2
種の同一のL鎖及びH鎖を有する。従って、免疫グロブ
リン分子に2つの同一の抗体結合部位が存在する。これ
に対して、二元特異的抗体は、2つの特異性を有する単
一の免疫グロブリン分子である。それは、個々のハイブ
リドーマは異なった抗原特異性を有する2種のモノクロ
ーナル抗体産生ハイブリドーマ細胞系の融合、及びその
組成が個々の融合パートナーからの1つのL鎖及び1つ
のH鎖から構成される四量体である抗体を生成する細胞
系(クアドローマ(quadroma))についての選択により
製造することができる。
【0038】クアドローマにより生産される抗体は、個
々の親特異的な1つのL鎖及び1つのH鎖のみを有し、
そして個々のH/L鎖対のための1つの結合部位を有
し、そして二元特異性であり、すなわちそれは異なった
特異性の2種の結合部位を有する。二元特異的抗体はま
た、遺伝子構築によっても製造され得る。それは1つの
抗体分子のVL −リンカー−VH に追加のリンカーを通
して連結されるもう1つの抗体のVL −リンカー−VH
を含むことができる。VL 及びVH の順序は変更され得
るが、しかし最終結果は二元特異的抗体である。
【0039】エピトープ:抗原の大きさ、構造及びコン
ホメーションに依存して、抗体は完全な構造体の小さな
部分にのみ結合することができる。抗体が結合する抗原
分子の部分がそのエピトープと呼ばれる。異なる抗体
は、同じ抗原上の異なるエピトープに位置づけられ得
る。
【0040】ネオエピトープ:抗原は、特定の抗体に結
合できないよう隠されているエピトープを有することが
ある。しかしながら、抗原におけるコンホメーション変
化は、その分子の表面の部分の折たたみをほぐすか又は
被覆を除去することによりエピトープの出現を引き起こ
すことができる。これは今や、エピトープへの抗体の結
合を可能にする。もう1つの観点においては、抗原に対
する酵素の作用は、抗体が結合できる新しいエピトープ
の出現を引き起こすことができる。たとえば、タンパク
質分解酵素による切断の後、新しいN−末端及び新しい
C−末端配列が生成される。そのエピトープは親分子に
は観察されないので、そして親分子におけるいくつかの
変化の後、エピトープが現わされ、そして今や、抗体を
結合できるので、それはネオエピトープと呼ばれる。
【0041】生物学的媒体:これは、抗原を含み、そし
てこの方法によりアッセイするために注目されるいづれ
かの生物学的流体として定義され得る。これは、血液、
滑液、尿、脊髄液、細気管支洗浄液、リンパ、膿の硝子
体液、組織の抽出物、組織培養上清液、軟骨の抽出物、
等を包含する。生物学的媒体はヒトサンプルに限定され
る必要はなく、また、上記例に類似する態様で類似する
種類の動物媒体(マウス、ラット、ハムスター、テンジ
クネズミ、イヌ及びウシが試験されて来た)から得られ
る。
【0042】イムノアッセイ:特定の分子又は1組の相
同分子であり得る物質を認識するために抗体の結合特性
の使用に基づく物質(複雑な生物学的物質、たとえばタ
ンパク質、又は単純な化学物質)についてのアッセイ。
このアッセイは、1又は複数の抗体を包含できる。直接的なアッセイ :抗体が、生物学的検体(細胞、組
織、組織断片、等)中の抗原に対して、あるいは固体表
面に吸着されているか又は化学的に結合されている抗原
に対して直接的に結合する。抗体自体は通常、抗原に対
して結合される抗体の量の決定を可能にするためにラベ
ルされる。あるいは、抗体(ここで、一次抗体と称す
る)は、その一次抗体の結合が生じたことを示すであろ
うラベルされた二次抗体により検出される。
【0043】競争アッセイ:単一の抗体分子の結合特性
に基づくアッセイ。典型的には、ラベルされた抗原が、
未知の抗原と競争するために使用され、そして未知の抗
原の量が、ラベルされた抗原のいかに多くが未知の抗原
により置換されるかにより決定される。ラベルは、放射
性、光学的、酵素、螢光偏光、螢光消光性ラベル、又は
他のラベルであり得る。抗体は一元特異的又は二元特異
的であり得る。
【0044】サンドイッチアッセイ:これは、両抗体が
抗原と結合する2種の抗体及びそれらの間の抗原を含む
三量体免疫複合体又はサンドイッチを形成する二重抗体
アッセイである。1つの抗体は、検出表面又はチャンバ
ーに免疫複合体を局在化するために使用される。この抗
体は捕捉抗体と称する。他の抗体は、免疫複合体の検出
を可能にするであろうラベルを担持する。それは検出抗
と呼ばれる。免疫複合体が形成されない(抗原が存在
しない)場合、捕捉抗体は、検出抗体を検出器に運ぶこ
とができない。抗原が存在する場合、免疫複合体が形成
され、そして捕獲細胞が検出抗体と連結され、その結
果、免疫複合体における検出抗体の量が存在する抗原の
量に定量的に関連する。
【0045】アッセイは、多くの手段により形式に従っ
て配列され得る。たとえば、捕捉抗体は、測定装置に免
疫複合体を局在化する手段として、固体表面に化学的に
結合され、又はビオチニル化を通してアビジン様分子、
たとえばアビジン、ストレプトアビジン、ニュートロア
ビジン、磁気粒子又はビーズに結合されたストレプタビ
ジン又はアビジン−被覆の表面に、非特異的に吸着され
得る。検出抗体は放射性ラベルされ得、又はそれは、E
LISA(酵素−結合免疫アッセイ)として配列される
場合、種々の可能な酵素的増幅系、たとえばホースラデ
ィシュペルオキシダーゼ(HRP)、アルカリホスファ
ターゼ(AP)、ウレアーゼ、等を有することができ
る。それは、免疫複合体における検出抗体の量を決定す
るために、電気化学、光学、螢光又は他の検出方法を有
することができる。
【0046】検出装置における免疫複合体を捕獲するた
めの種々の方法、及び免疫複合体の量を測定するための
種々の検出システムを用いてのサンドイッチアッセイに
おいて、2種の抗体が一対にされる多くの例が誘導され
得ることが見出され得る。分子生物学的技法 :VH 及びVL −コード領域のヌクレ
オチド配列が今や、本発明の抗体のために提供されてい
るので、当業者は、VH 及びVL 領域をコードする完全
な遺伝子及び完全に機能的な抗体をインビトロで生成す
ることができる。
【0047】それは、付加されるH鎖及びL鎖の不変領
域を有するいづれか一定の種類の免疫グロブリン分子と
して生成され得、又はそれは、適切に付加された標識と
共にリンカーにより連結されたVH 及びVL を有するs
cFvとして生成され得る。構成された遺伝子は、発現
プラスミドに遺伝子挿入体を供給するために、従来の組
換え技法により構築され得る。その後、プラスミドが宿
主細胞中で発現され得、ここで宿主細胞は細菌、たとえ
ばE.コリ(E.coli)又はバチルス(Bacillus)
種、酵母細胞、たとえばピチア パストリス(Pichia p
astoris)であり得、又は哺乳類細胞系、たとえばSp2
/0,Ag8又はCHO細胞において発現され得る。
【0048】略語 核酸、アミノ酸、ペプチド、保護基、活性基及び類似す
る成分は、短縮される場合、IUPACIUB(Commission on
Biological Nomenclature)又は関係する分野での実務に
従って短縮される。
【0049】標準の略語 HPLC:高圧液体クロマトグラフィー SDS−PAGE:ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリ
ルアミドゲル電気泳動 PCR:ポリメラーゼ連鎖反応 Oligo:オリゴヌクレオチド RT:室温、約22℃。
【0050】試薬: EDTA:エチレンジアミン四酢酸 SDS:ドデシル硫酸ナトリウム TW−20:Tween−20 NFDM:脱脂ドライミルク DPBS:ダルベッコのリン酸緩衝溶液 Bt:ビオチニル化された HAT:ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン含
有培地 HT:ヒポキサンチン、チミジン含有培地 HRP:ホースラディシュペルオキシダーゼ
【0051】免疫グロブリン様分子又は鎖 VH :H鎖の可変領域 VL :L鎖の可変領域 scFv:VL 及びVH を含む一本鎖抗体 核酸 RNA:リボ核酸 DNA:デオキシリボ核酸 cDNA:相補的DNA mRNA:メッセンジャーRNA 核酸塩基
【0052】
【表1】 アミノ酸−一文字コード:三文字コード:完全な名称
【0053】
【表2】
【0054】参考文献 1. Harris ED. Jr. Krane S. Collagenases, N Engl J
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【0061】
【実施例】例1.モノクローナル抗体9A4の製造及び
特性決定 Balb/cマウス(Jackson Laboratories, Bar Harbor, M
E)を、まず、KLHマレイミド(Pierce Chemical, Ro
ckford, IL)に共有結合され、そして、配列番号17と
して配列表に示される配列を有するペプチド(Anaspec,
San Jose, CA)により完全フロイトアジュバント(DIFC
O Detroit, MI)と共に免疫化した。力価が1:100,
000になるまで、マウスを、不完全フロイトアジュバ
ント(DIFCO, Detroit, MI)を用いて約5カ月間、毎月
追加免疫した。
【0062】マウスを、融合の10日前、i.v.追加
免疫した。脾臓細胞を集め、そして50%のPEG−1
450(ATCC)を用いて、P3X63Ag8.65
3(アメリカン・タイプ・カルチュア・コレクションA
TCC,Bethesda, MD)に由来する非−Ig分泌細胞
系により融合した。それらを、15%ウシ胎児血清(Hy
clone, Provo, Utah)を有するHAT培地(Sigma, St.
Louis, MO)を含む96ウェルマイクロタイタープレー
トに106 個の細胞/ウェルでプレートした。10日
後、ウェルをELISAによりスクリーンした。
【0063】陽性の抗体産生ウェルの同定のために、1
0ng/mlのビオチニル化されたペプチド(Bt−AEG
PPGPQG)を、ストレプトアビジン(10μg/m
l)被覆されたプレート(Pierce Chemical)に添加し、
そして個々のハイブリドーマ上清液2μlを、0.05
%のTW−20(Sigma)を含むDPBS(Gibco, Grand
Island, NY)100μlに添加した。Elisa陽性ウ
ェルを、ウサギ抗−マウスIgG−HRP(Jackson Im
muno Research, West Grone, PA)により検出した。
【0064】ELISAにおける陽性ウェルを、BIAcor
e 上での2回目の選択にゆだねた。BIAevaluation バー
ジョン2.1ソフトウェア(Pharmacia Biosensor, Pis
cataway, NJ)を用いて決定されるようなBIAcore 上での
遅いオフ−速度(off−rate)を有する抗体を生
成するウェルを捜した。100μg/mlでのストレプト
アビジン(Pierce Chemical)を、Pharmacia Amine Coup
ling Kit(PharmaciaBiosenson)を用いて、カルボキシ
ル化されたデキストラン−被覆されたバイオセンサーチ
ップ(Pharmacia Biosensor)に、pH4.0で、5μl/
分の流速で35分間、接合した。典型的には、2000
RUを添加した。
【0065】配列表に示されるような配列番号14の1
の残基上でビオチニル化されたペプチド(100ng/m
l)を、100μl/分の流速で10秒間、ストレプト
アビジンチップ上に通した。抗体を含む候補体上清液
を、前記チップ上に通し(2μl/分で30秒間)、そ
して添加された抗体の量に注目した。緩衝液をHBS
(Pharmacia Biosensor)に代え、そして解離速度を次の
80秒間、注目した。
【0066】チップを0.1NのHClにより、個々の
実験の間、30秒間、清浄し、残留抗体を除去し、そし
ていづれかの非特異的結合を清浄した。そのオフ−速度
を、BIAevaluation 動力学分析ソフトウェアバージョン
2.1を用いて決定した。最も遅いオフ−速度を有する
クローンを、さらなる分析のために選択した。それらの
クローンは、9A4,11F2及び3H10を含んでい
た。
【0067】それらのクローンのさらなる特性決定を次
の通りに実施した:タイプIコラーゲン、コラゲナーゼ
により切断されたタイプIコラーゲン、タイプIIコラー
ゲン、及びコラゲナーゼにより切断されたタイプIIコラ
ーゲンから成る4種の調製物を、BIA2000装置上
で別々の流動細胞にそれぞれカップリングした。それら
を、Pharmacia Amine Coupling Kit (Pharmacia Biosen
sor)を用いて、カルボキシル化されたデキストラン被覆
されたバイオセンサーチップ(Pharmacia Biosensor)
に、pH4.0で、5μl/分の流速で35分間、接合し
た。前記4種の流動細胞を、それぞれ8000,700
0,4000及び4000RUに添加した。
【0068】細胞を0.1NのHClにより洗浄し、実
験の間、いづれかのカップリングされなかった材料を清
浄し、そしていづれかの残留抗体を清浄した。すべての
抗体調製物を、Protein Gクロマトグラフィー(Pharma
cia Biotechnology, Piscataway, NJ)により精製し、そ
して10μg/mlで実施した。4種の表面の個々に対す
る合計の結合を記録した。コラゲナーゼ切断されたタイ
プIIコラーゲンに対する選択的結合を示し(タイプI=
11RU;タイプII=280RU)、そして切断されて
いないコラーゲンに対する有意な結合を欠いている(タ
イプI=3RU;タイプII=6RU)ので、抗体9A4
を選択した。
【0069】5%ウシ胎児血清(Hyclone)を有するHT
培地(Sigma)においての制限希釈による3回のサブクロ
ーニングの後、安定した9A4モノクローナルハイブリ
ドーマを得た。それを、ATCC−HB−12436と
してアメリカン・タイプ・カルチュア・コレクションに
寄託した。
【0070】例2.モノクローナル抗体5109の製造
及び特性決定 Balb/cマウスを、まず、KLHマレイミド(Pierce Che
mical, Rockford, IL)に共有結合され、そして配列番号
18として配列表に示される配列を有するペプチド(An
aspec, San Jose, CA)により、完全フロイトアジュバン
ト(DIFCO Detroit, MI)と共に免疫化した。力価が1:
100,000になるまで、マウスを、不完全フロイト
アジュバント(DIFCO, Detroit, MI)を用いて約5カ月
間、毎月追加免疫した。マウスを、融合の10日前、
i.v.追加免疫した。
【0071】脾臓細胞を集め、そして50%のPEG−
1450(ATCC)を用いて、P3X63Ag8.653細胞に由
来する非−Ig分泌細胞系により融合した。それらを、
15%ウシ胎児血清(Hycione, Provo, Utah)を有する
HAT培地(Sigma, St. Louis, MO)を含む96ウェル
マイクロタイタープレートに106 個の細胞/ウェルで
プレートした。10日後、ウェルをElisaによりス
クリーンした。
【0072】陽性の抗体産生ウェルの同定のために、1
0ng/mlのビオチニル化されたペプチド(配列表に示さ
れるような配列番号19の残基1上でビオチニル化され
ている)を、ストレプトアビジン(10μg/ml)被覆
されたプレート(Pierce Chemical)に添加し、そして個
々のハイブリドーマ上清液2μlを、0.05%のTW
−20(Sigma)を含むDPBS(Gibco, Grand Island,
NY)100μlに添加した。ELISA陽性ウェルを、
ウサギ抗−マウスIgG−HRP(Jackson Immuno Res
earch, West Grone, PA)により検出した。
【0073】陽性ウェルを、BIAcore 上で最も遅いオフ
−速度を付与する抗体を有したウェルについて、BIAcor
e 上での2回目の選択にゆだねた。100μg/mlでの
ストレプトアビジン(Pierce Chemical)を、Pharmacia
Amine Coupling Kit(Pharmacia Biosensor)を用いて、
カルボキシル化されたデキストラン−被覆されたバイオ
センサーチップ(Pharmacia Biosensor)に、pH4.0
で、5μl/分の流速で35分間、接合した。典型的に
は、2000RUを添加した。配列表に示されるような
配列番号19の残基1上でビオチニル化されたペプチド
(100ng/ml)を、100μl/分の流速で10秒
間、ストレプトアビジンチップ上に通した。
【0074】抗体を含む上清液を、前記チップ上に通し
(2μl/分で30秒間)、そして添加された抗体の量
に注目した。緩衝液をHBS(Pharmacia Biosensor)に
変え、そして解離速度を次の80秒間、注目した。チッ
プを0.1NのHClにより、個々の実験の間、30秒
間、洗浄して残留抗体を除去し、そしていづれかの非特
異的結合を洗浄除去した。そのオフ−レートを、BIAeva
luation ソフトウェアバージョン2.1を用いて決定し
た。遅いオフ−レートを有するクローンを捜した。MA
b5109をさらなる分析のために選択した。
【0075】タイプIコラーゲン、コラゲナーゼにより
切断されたタイプIコラーゲン、タイプIIコラーゲン、
及びコラゲナーゼにより切断されたタイプIIコラーゲン
から成る4種の調製物を、4つのチャネルのBIAcore の
単一のチャネルにそれぞれカップリングした。それら
を、Pharmacia Amine Coupling Kit(Pharmacia Biosen
sor)を用いて、カルボキシル化デキストランで被覆され
たバイオセンサーチップ(Pharmacia Biosensor)に、pH
4.0で、5μl/分の流速で35分間、接合した。前
記4種のフローセルに、それぞれ8000,7000,
4000及び4000RUを添加した。セルを0.1N
のHClにより洗浄して、すべてのカップリングされな
かった材料を除去し、そして実験の間のすべての特異的
材料を除去した。
【0076】すべての抗体調製物を、Protein G クロマ
トグラフィー(Pharmacia Biotechnology, Piscataway,
NJ)により精製し、そして10μg/mlで実施した。4
種の表面の個々に対する合計の結合を記録した。コラゲ
ナーゼ切断されたコラーゲンに対する選択的結合を示す
が(切断されたタイプI=23RU;切断されたタイプ
II=173RU)、しかし切断されていないコラーゲン
に対する有意な結合を欠いている(タイプI=23R
U;タイプII=15RU)ので、抗体5109を選択し
た。5%ウシ胎児血清(Hyclone)を有するHT培地(S
igma)での制限希釈による9回のサブクローニング
の後、安定した5109モノクローナルハイブリドーマ
を得た。それを、ATCC−HB−12435としてア
メリカン・タイプ・カルチュア・コレクションに寄託し
た。
【0077】例3.捕捉抗体として9A4及び検出抗体
としてモノクローナル5109を用いてのサンドイッチ
アッセイの説明 モノクローナル抗体9A4(捕捉抗体)を、0.05M
の硼酸ナトリウム緩衝液(pH8.5)中10μg/mlの
9A4を有するNunc Maxisorp (VWR, Boston MA)96−
ウェルプレートに、100μl/ウェルで添加し(但
し、対照ウェル4.5及び6については、表1を参照の
こと)、そして4℃で18〜48時間インキュベートし
た。
【0078】プレートを、0.05%のTW−20(Si
gma)を含むDPBS(DPBS/TW−20)により3
度洗浄し;200μl/ウェルを用いた。プレート中の
ウェルを、新しく調製された100μl/ウェルの、D
PBS(NFDM DPBS)に溶解された1%脱脂ド
ライミルク(NFDM)により、RTで1時間インキュ
ベートしてブロックした。使用の日の間、氷上に維持し
た。そのブロック溶液を捨て、ウェルを200μlのD
PBS/TW−20により1度すすいだ。
【0079】ペプチド130を、表3に示される濃度に
0.1%のNFDM DPBSにより希釈した。ペプチ
ド130は、配列番号20として配列表に示される配列
を有し、そしてAnaspec Inc.(San Jose, CA)により合
成され、そして精製された。ペプチド130(配列番号
20)の希釈溶液、適切な希釈度での検体、及び対照
を、表3に示されるようにマイクロタイタープレートの
特定のウェル中に配置した。
【0080】
【表3】
【0081】
【表4】
【0082】ウェルを200μl/ウェルのDPBS
TW−20により3度洗浄した。ビオチン−接合されM
Ab5109(Bt−5109)を、すべてのペプチド
130(配列番号20)含有ウェル、すべてのサンプル
ウェル、及びすべての対照ウェル(1,2及び5を除
く)に添加した。0.1%NFDM DPBS中、1μ
g/mlでの5109−Bt(100μl/ウェル)を個
々のウェルに添加し、そしてプレートを37℃で40分
間インキュベートした。
【0083】注:MAb5109を、1mgのMAb51
09当たり37μgのビオチン−N−ヒドロキシスクシ
ンアミド(Pierce Chemical)を用いて2時間ビオチニル
化し、そして次に、10KDのカット−オフ透析用カセッ
ト(Pierce Chemical)を用いて一晩、透析した。ウェル
を200μl/ウェルのDPBS TW−20により3
度洗浄した。HRP(Jackson Immuno Research)接合マ
ウスモノクローナル抗−ビオチン抗体を、0.1%のN
FDM DPBS中に1/5000に希釈し、そして1
00μl/ウェルをすべてのウェルに添加し、そしてR
Tで30分間インキュベートした。
【0084】ウェルを、200μl/ウェルのDPBS
TW−20により3度洗浄した。100μl/ウェル
の1段階Turbo (3,3′,5,5′−テトラメチルベ
ンジジンを使用できる;Pierce Chemical)を個々のウェ
ルに添加し、そしてRTで約10分間インキュベートし
た。色の進行を2NのH2 SO4 により停止した。結果
を、450nmで分光光度計上で読み取った。
【0085】
【表5】
【0086】ペプチド130の濃度及び450nmでの得
られる光学密度読み取り(表5)から、標準曲線を構成
した(図1)。他の適切なペプチド又はコラーゲンフラ
グメントを置換し、図1に類似する標準曲線を調製する
ことができる。単位は、標準のモル等量により表わされ
た。この場合、単位は、ペプチド130(配列番号2
0)のnM当量であった。
【0087】曲線の直線部分にわたって、回帰線を用い
て、データを適合せしめた。この場合、標準曲線は、濃
度が対数尺度(例におけるように、図1)で与えられる
場合、0.735nMと0.46nMとの間で直線的であ
り、そして回帰曲線を、その曲線の直線部分を用いて得
た。その直線部分の外側に存在するサンプルに関して、
濃度をグラフから読み取り、又はサンプルを曲線の標準
部分内に入るよう希釈することができ、又はそれらは検
出の限界以下に存在する。
【0088】対数(nM)とOD450との間の回帰線
は、0.029OD450/対数(nM)の傾斜及び0.
024OD450の切片を与える。未知のサンプルを実
験する場合、検量線が、サンプルの光学密度からコラゲ
ナーゼ−生成されたタイプIIフラグメントの濃度を決定
するために使用され得る。次の等式が使用され得る: 対数(濃度)=(サンプルOD450−切片)/傾斜
【0089】サンプル:この場合、滑液の未知サンプル
が、0.229のOD450を有した。従って、 対数(濃度)=(サンプルOD450−0.024)/
0.029=−0.949である。真数を取る場合、
におけるフラグメントの濃度は、0.112nMであ
る。
【0090】例4.捕捉抗体としてモノクローナル抗体
5109及び検出抗体として9A4を用いてのサンドイ
ッチアッセイの説明 モノクローナル抗体5109(捕捉抗体)を、0.05
Mの硼酸ナトリウム緩衝液(pH8.5)中10μg/ml
の5109を有するNunc Maxisorp (VWR, Boston, MA)
96−ウェルプレートに100μl/ウェルで添加し
(但し、対照ウェル4,5及び6については、表6を参
照のこと)、そして4℃で18〜48時間インキュベー
トした。
【0091】プレートを、200μl/ウェルのDPB
S TW−20により3度洗浄した。プレート中のウェ
ルを、100μl/ウェルの新しく調製されたDPBS
に溶解された1%(NFDM)により、RTで1時間イ
ンキュベートしてブロックした。そのブロック溶液を捨
て、そしてウェルを200μlのDPBS/TW−20
により1度すすいだ。
【0092】ペプチド130(配列番号20)を、0.
1%のNFDM DPBSにより表6に示される濃度に
希釈した。ペプチド130は、配列番号20として配列
表に示される配列を有し、そしてAnaspec Inc.(Sun Jo
se, CA)により合成され、そして精製されたものであ
る。ペプチド130(配列番号20)の希釈溶液、適切
な希釈度での未知の検体、及び対照を、表6に示される
ようにマイクロタイタープレートの特定のウェル中に配
置した。
【0093】
【表6】
【0094】
【表7】
【0095】ウェルを200μl/ウェルのDPBS
TW−20により3度洗浄した。ビオチン−接合された
MAb9A4(Bt−9A4)を、すべてのペプチド1
30(配列番号20)含有ウェル、すべてのサンプルウ
ェル、及びすべての対照ウェル(1,2及び5を除く)
に添加した。0.1%NFDM DPBS中、1μg/
mlの9A4−Bt(100μl/ウェル)を個々のウェ
ルに添加し、そしてプレートを37℃で40分間インキ
ュベートした。
【0096】注:9A4を、1mgのMAb9A4当たり
37μgのビオチン−N−ヒドロキシスクシンアミド
(Pierce Chemical)を用いて2時間ビオチニル化し、そ
して次に、10KDのカット−オフ透析用カセット(Pier
ce Chemical)を用いて一晩、透析した。ウェルを200
μl/ウェルのDPBS TW−20により3度洗浄し
た。HRP(Jackson Immuno Research)接合マウスモノ
クローナル抗−ビオチン抗体を、0.1%のNFDM
DPBSにより1/5000に希釈し、そしてその10
0μl/ウェルをすべてのウェルに添加し、そしてRT
で30分間インキュベートした。
【0097】ウェルを、200μl/ウェルのDPBS
TW−20により3度洗浄した。100μl/ウェル
の1段階Turbo (3,3′,5,5′−テトラメチルベ
ンジジンを使用できる;Pierce Chemical)を個々のウェ
ルに添加し、そしてRTで約10分間インキュベートし
た。発色を2NのH2 SO4 により停止した。結果を、
450nmで分光光度計上で読み取った。
【0098】
【表8】
【0099】ペプチド130(配列番号20)の濃度及
び450nmでの得られる光学密度読み取りから、標準曲
線を構成した。再び、他の適切なペプチド又はコラーゲ
ンフラグメントを用いて、標準曲線を調製することがで
きる。必要とされる単位は、標準のモル等量により表わ
された。この場合、単位は、ペプチド130(配列番号
20)のnM当量であった。
【0100】曲線の直線部分にわたって、回帰線を用い
て、データを適合せしめた。この場合、標準曲線は、濃
度が対数尺度(図におけるように)で与えられる場合、
0.3125nMと0.0195nMとの間で直線であり、
そして回帰曲線を、その曲線の直線部分を用いて得た。
その直線部分の外側に存在するサンプルについては、濃
度をグラフから読み取り、又はサンプルを曲線の標準部
分内に入るよう希釈することができ、又はサンプルにお
けるコラーゲンフラグメントの濃度は検出限界以下であ
り得る。対数(nM)とOD450nmとの間の回帰線は、
0.42OD450/対数(nM)の傾斜及び0.70O
D450nmの切片を与える。サンプルを実験する場合、
検量線が、サンプルの光学密度からコラーゲンフラグメ
ントの濃度を決定するために使用され得る。
【0101】サンプル:この場合、関節炎患者からのヒ
ト尿の未知サンプルが、0.124のOD450を有し
た。従って、 対数(濃度)=(サンプルOD450−0.70)/
0.42=−1.36である。真数を取る場合、尿中の
フラグメントの濃度は、0.44nMである。もう1つの
場合、標準曲線は0.249の傾斜及び0.638の切
片を与えた。ヒト変形性関節症血漿の未知のサンプル
は、0.172のOD450nMを有した。変形性関節症
血漿のサンプルは、68pMの濃度を有した。
【0102】例5.抗体5109は、競争アッセイにお
いてタイプIIコラーゲンフラグメントの量を測定するた
めに直接的に使用され得る 濃度分析の適応において(BIAapplications Handbook,
Pharmacia Biosensor,June, 1994 Edition, p.6-2〜6-
9), 100 μg/mlでのストレプトアビジン(Pierce Che
mical, Rockford, IL)を、カルボキシル化されたデキス
トラン被覆されたバイオセンサーチップ(Pharmacia Bi
osensor)に、pH4.0で、5μl/分の流速で35分
間、Pharmacia Amine Coupling Kit(Pharmacia Biosen
sor)を用いて接合した。
【0103】典型的には、2000RUを添加した。配
列番号19として配列表に示される配列を有するビオチ
ニル化されたペプチド(100ng/ml)を、ストレプト
アビジンチップ上に、5μl/分の流速で2分間通し;
144RUのペプチドをそのストレプトアビジン表面に
添加した。6.3μg/mlの濃度でのMAb5109
を、単独で、又は標準濃度のペプチド054(配列番号
19)と組合せて、又は5109及び未知の量のコラー
ゲンフラグメントを有するサンプルの希釈溶液の混合物
を、10μl/分の流速で1分間、ペプチド表面上に通
した。
【0104】個々の曲線についての会合相の直線部分の
傾斜を、BIAevaluationバージョン2.1
ソフトウェアにより分析した。傾斜に対する競争ペプチ
ド054(配列番号19)の標準曲線を構成した。サン
プルにおけるコラーゲンエピトープの量を、エピトープ
の量を計算するために標準曲線の傾斜に対するサンプル
の傾斜の比較により決定した。個々の注入間で、チップ
は、0.1NのHClにより30秒間、洗浄され、抗体
が除去された。
【0105】
【表9】 回帰線の傾斜=−26.36 y−切片=−176
【0106】サンプル:ウシ鼻軟骨のコラゲナーゼ−3
MMP13消化物の上清液。2倍、4倍及び8倍希釈さ
れたサンプルを、BIAcore チップ上に通した。054
(配列番号19)ペプチドに関するコラーゲンの計算さ
れた量を決定した。その結果は、表10の第4列に与え
られる。力価により掛け算した後、コラーゲンのモル濃
度(M)を、ペプチド054(配列番号19)標準によ
り決定することができる。
【0107】
【表10】
【0108】希釈度についての訂正の後、結果(最後の
列)の一致が、未知のサンプルの3種の別々の希釈度か
ら計算された値(最後の列のすぐ前)の一致により示さ
れる。75nMのタイプ4コラーゲンフラグメントの平均
値が、ウシ鼻軟骨上清液に関して得られる。
【0109】例6.9A4に関連する遺伝子操作された
抗体の調製 遺伝子操作された抗体及び生物学的活性又は有意義な分
子としてのそれらの続く評価についての基礎は、親抗体
のVL 及びVH ドメインのクローニング、アセンブリー
コンフィグレーション、及び特性決定である。本発明者
は、対象抗体のVL 及びVH 構造配列、及び本発明に記
載される抗原に対する活性結合部位を形成する特定のV
L −VH 組合せの独自性を決定した。
【0110】9A4可変領域遺伝子をクローニングする
前、親9A4 IgG1抗体の可変ドメインの部分のタ
ンパク質配列を決定する必要があり、その結果、その可
変ドメインがクローン化される場合、正しい可変ドメイ
ンが実際的に得られ、そして骨髄腫融合パートナーに由
来する他のドメイン又はハイブリドーマの生成に使用さ
れるB−細胞からの不活性偽遺伝子ではないことが確か
められ得る。ローラーボトルにおいて9A4ハイブリド
ーマを増殖することによって、9A4 IgG1を含む
培養上清液を生成した。上清液を二塩基性リン酸ナトリ
ウムによりpH7.5に調節し、そして塩濃度を3Mの塩
化ナトリウムにより150mMの最終濃度に調節した。
【0111】濾過された(0.2μ)上清液を、15ml
の層体積のプロテインGカラム(Pharmacia)に、20ml
/分の流速で通した。150mMのNaCl溶液によりカ
ラムをさらに洗浄した後、抗体を100mMのグリシン
(pH3.1)により溶出した。抗体が、マウス免疫グロ
ブリンイソタイプ分類キット(Boehringer Mannheim, I
ndianapolis, IN)から抗−血清を用いてイソタイプ分類
され、そしてカッパL鎖を有するIgG1種類のネズミ
抗体であることが見出された。
【0112】いくつかの単離されたタンパク質がそれら
のアミノ末端で“ブロックされている”ことが観察され
た。“ブロックされた”とは、ポリペプチド鎖のアミノ
末端でのアミノ酸残基の構造が、細胞の作用又はなんら
かの自発的な化学変化により、そのポリペプチド鎖がエ
ドマン分解に対して耐性であるように、翻訳後に化学的
に修飾されていることを意味する。エドマン分解法は、
タンパク質のアミノ酸配列を決定するために過去40年
間にわたって日常使用されて来た化学的方法である。配
列決定機又はタンパク質配列決定機として知られる実験
用器具により通常、自動化されたエドマン分解技法の使
用は、タンパク質生化学の当業者によく知られた標準の
方法である。
【0113】ブロッキングの通常の態様は、アミノ−末
端グルタミニル残基のピログルタミル残基への転換であ
る。これは、α−アミノ基とδ−カルボキシル基との間
に新しいアミド連鎖が形成されてグルタミニル残基の環
化が生じるので、エドマン反応に近づきにくい構造が形
成されるためである。そのような環境下で、タンパク質
のアミノ末端からの配列情報を得る可能性は、化学的又
は酵素的方法によるピログルタミル残基の除去に依存す
る。重要な方法は、ピログルタミル残基を除去するため
に、ピログルタメートアミノペプチダーゼ(EC3.
4.19.3)と呼ばれる酵素を使用することである。
【0114】溶液で存在するか、又は膜材料、たとえば
PVDF(ポリビニリデン ジフルオリド)に電気ブロ
ットされ得る前記ブロックされたタンパク質を、自動化
されたエドマン法によりアミノ酸配列の好都合な決定を
可能にするために十分な量のタンパク質が脱ブロックさ
れるまで、ピログルタメート アミノペプチダーゼの溶
液により処理する。このための典型的な例は、次のもの
に記載されている:Fowler EF, Moyer M, Krishna RG,
Chin CCQ and Wold F. (1995) “Removal of N-Termina
l Blocking Groups from Proteins ”, Current Protoc
ols in ProteinScience., pp.11.7.1-11.7.17 (eds. Co
ligan JE, Dunn BM, Ploegh HL, Speicher DW., & Wing
field PT.), John Wiley, New York 。
【0115】本発明においては、MAb9A4のH及び
L鎖を、サンプル緩衝液中の還元剤(β−メルカプトエ
タノール)の使用により、SDS−ポリアクリルアミド
ゲル電気泳動により分離した。電気泳動に続いて、ゲル
中のポリペプチドをPVDF膜に電気ブロットし、そし
てクーマシーブリリアントブルーR−250による染色
により検出した。次に、9A4のH及びL鎖を含むバン
ドをブロットから切り出し、そしてピログルタメートア
ミノペプチダーゼにより別々に処理した。個々の場合、
この処理に続いて、エドマン分解によりアミノ末端配列
情報を得ることが可能であることがわかった。配列決定
を、Perkin-Elmer Applied BiosystemsModel 494 Proci
se タンパク質配列決定機上で実施した。
【0116】タンパク質からの内部(すなわち、N−末
端ではない)アミノ酸配列情報を得ることが所望される
場合、タンパク質のブロットされたサンプルをトリプシ
ンにより消化し、そしてその得られる消化物を、続いて
配列決定され得る個々のペプチドを供給するために、H
PLCにより分別した。前記研究の特徴は次の通りであ
った:
【0117】ピログルタメートアミノペプチダーゼ(P
GAP)によるN−末端脱ブロック 抗体(9A4)を、トリス−Gly4−20%ポリアク
リルアミドゲル(Novex,San Diego)上
でSDS−PAGEによりその構成成分のH及びL鎖に
分離した。次に、それをProBlott(Perkin-Elmer Appli
ed Biosystems,Foster City, CA)上に電気ブロット
し、そしてバンドをPonceau S (Sigma)染色により可視
化した。
【0118】9A4のL鎖を含む膜を切り出し、そして
次の成分を含む緩衝液において30分間インキュベート
した:0.1Mのリン酸ナトリウム、10mMのNa2
DTA,5mMのジチオエリトリトール、5%のグリセロ
ール、及び0.1%の還元されたTriton X−1
00。ピログルタメートアミノペプチダーゼ(20mg)
(Boehringer Mannheim, Indianapolis, IN)をバイアル
に添加し、その内容物を軽く混合し、そして反応物を3
7℃で一晩インキュベートした。膜を取り出し、そして
水により十分に洗浄し、すべての塩、界面活性剤及び酵
素を除去した。次に、膜を、製造業者により提供される
説明に従って、N−末端配列分析のためにApplied Bios
ystems Model 494タンパク質配列決定機(Perkin-E
lmer)に配置した。H鎖を、L鎖についてと同じ態様で
処理した。次のN−末端配列結果が得られた:
【0119】
【表11】
【0120】上記で得られたN−末端配列データの他
に、9A4抗体L鎖の内部配列決定も、Fernandez J, A
ndrews L, Mische SM, Anal Biochem 1994;218:112-117
により開発された方法に従って実施した。9A4L鎖に
対応する4種のバンドを、0.1Mのトリス−HCl
(pH8.8)中、ProBlottから切り出し、そして10%
アセトニトリル、及び還元されたTriton X−1
00を含む緩衝液において30分間インキュベートし
た。
【0121】Sequencing Grade Modified Trypsin
(0.2mg)(Promega, Madison, WI)を添加し、そし
てバンドを37℃で一晩インキュベートした。得られる
ペプチドを、60%アセトニトリル、0.1%TFA,
2 Oにより洗浄し、そして音波処理することによって
膜から抽出した。ペプチドを、Vydac C18218TP
カラム(1.0×250cm)(Vydac, Hesperia, CA)上
でRP−HPLCにより分離した。ピークを眼で見て、
手で集め、そして選択されたピークを、上記のようなMo
del 494 タンパク質配列決定機上で自動化されたエドマ
ン配列決定により分析した。
【0122】ペプチドフラグメントについての次のN−
末端配列が得られた:
【表12】
【0123】9A4L鎖(VL −Cカッパ)アミノ酸配
列(クローン化されたVL (下記を参照のこと)及びネ
ズミCカッパ(Kabat EA, Wutt, Perry HM, Botlesman
KS及びFoeller C,“Sequences of Proteins of Immunol
ogical Interest, U.S. Department of Health and Hum
an Services, NIH, 5th Edition,出版#91-3242, 1991か
ら得られた)のDNA配列決定に起因する配列と、エド
マン分解により得られた配列との比較)。
【0124】
【表13】
【0125】下線のアミノ酸は、自動化されたエドマン
配列決定により配列決定されている。クローン化された
DNAから得られる配列は、上記に示される元の抗体タ
ンパク質のフラグメントからのアミノ酸配列と比較され
る場合、クローン化された遺伝子が9A4 VL に関し
て正しい遺伝子であることを示す。上記アミノ酸106
★は、J1ジャームラインセグメントにおいて、通常L
ys残基であるが、しかし9A4 VL について上記に
示されるIle残基に突然変異されている。アミノ酸1
06はVL ドメインの末端を示し、そしてアミノ酸10
7(Arg)は、Cカッパドメインの開始を示す。
【0126】MAb9A4のVL 及びVH 配列のクロー
ニング及び決定 9A4ハイブリドーマ細胞系を、5%ウシ胎児血清(H
yclone)を含むHT培地(Sigma)中で増殖せしめ
た。mRNAを、製造業者のプロトコールに従って、Ph
armacia Quick Prep mRNA Extraction Kit(Pharmacia)
を用いて、1×107 個の細胞を含む細胞ペレットから
抽出した。次に、cDNAを、製造業者により提供され
るプロトコールに従って、Boehminger Mannheim's cDNA
Kit(Indianapolis, IN)を用いて、両VL 及びVH
伝子セグメントについて合成した。
【0127】VL cDNA反応(MLKと称す)に使用
され、そして配列番号21として配列表に示されるオリ
ゴヌクレオチドは、ネズミL鎖カッパ領域に対して特異
的であり、そしてVH cDNA反応に使用されるオリゴ
ヌクレオチドは、MHGと称するネズミH鎖γ領域のC
H 2ドメインにおけるセグメントに対して特異的であっ
た。MHGの配列は、配列番号22として配列表に示さ
れる。
【0128】このオリゴヌクレオチドを、すべての4種
のネズミIgGイソタイプ、たとえばIgG1,IgG
2a,IgG2b及びIgG3に対してアニーリングす
るよう設計した。配列番号22のヌクレオチド5でIg
G1についての1つの塩基のミスマッチが存在するが、
しかしこれはcDNAのアニーリング及び続くその生成
を妨げないことが当業者に明らかであろう。 注:オリゴヌクレオチドは、Oligos Etc (Wilsonville,
OR), Genosys (The Woodlands, TX) 又はPerkin-Elmer
Applied Biosystems (Foster City, CA) により合成さ
れた。
【0129】アミノ末端のアミノ酸配列データを用い
て、次の通りに、PCRにより正しい9A4 VH 遺伝
子を単離するために可能なオリゴヌクレオチドを生成し
た。配列番号5の残基1〜20に対応するVH について
上記に示される20個のアミノ酸配列に基づいて、及び
分泌された抗体H鎖の成熟形のアミノ末端アミノ酸が実
際、Gln残基であることを仮定して、既知の抗体の配
列と、9A4 VH の配列とを、Kabat データベ
ース、Sequences of Proteins of ImmunologicalIntere
st, Volume II, 1991を用いて、比較した。
【0130】9A4の最初の20個のアミノ酸と適合す
る抗体VH ドメインは、次のものを包含する:MAb264
(Nottenburg C, St. John T. and Weissman IL, J Immu
nol.1987; 139, 1718-1726); MAbRFT2 (Heinrich G, Gr
am H, Hocher HP, SchreierMH, Ryffel B, Akbar A, Am
lot PL, and Janossy G, J Immunol 1989; 143: 3589-3
597).及びMAb2H1 (Li Y-W, Lawrie DK, Thammana D, Mo
ore GP and ShearmanCW, Mol Immunol 1990; 27: 303-3
11) 。
【0131】成熟抗体のアミノ末端に対応する元のDN
A配列を得ることが重要であるので、5′PCRオリゴ
ヌクレオチドは、シグナルペプチドセグメントにおい
て、アミノ末端から5′側(上流)をアニールするよう
企画されるべきである。9A4VH の最初の20個のア
ミノ酸が同一である、上記3種のすべての抗体のDNA
配列は、既知のシグナルペプチドのDNA配列及びアミ
ノ酸配列を有した。それらのDNA配列は下記に示され
る(下線のヌクレオチドは、配列間での差異を示す):
【0132】
【表14】
【0133】それらの配列は、その対応する抗体のVHS
のためのシグナルペプチド中のアミノ酸−11〜−17
をコードする。従って、5′オリゴヌクレオチド、すな
わちMHMISCは、純粋な9A4 VH を単離するよ
う企画された。MHMISCの配列は、配列番号26と
して配列表に示される。9A4 VL を単離するため
に、一連の5種の縮重オリゴヌクレオチドの組を、既知
のネズミカッパL鎖のリーダーペプチドセグメントにア
ニーンルにするよう企画した。それらのオリゴヌクレオ
チドは、5種の別々のPCR増幅に使用された(下記を
参照のこと)。5種の縮重オリゴヌクレオチドの組の配
列は、DOWChemical Company(Midland, MI)により供給
され、そしてそれにより認識される。真実の9A4 V
L を付与する5′オリゴヌクレオチド組はMK3であ
り、この配列は、配列番号27として配列表に示され
る。それらのオリゴヌクレオチドは、シグナルペプチド
中の残基−8〜−14をコードする。
【0134】VL 及びVH PCRのための逆方向プライ
マーを、配列番号28として配列表に示される、MIG
G1CH1と呼ばれるネズミIgG1H鎖不変領域(C
H 1ドメインからの)、及び配列番号29として配列表
に示される、MLKNと呼ばれるカッパL鎖の不変領域
の既知配列から設計した。それらのオリゴヌクレオチド
は、cDNA合成に使用される3′プライマーに対して
増幅された(上流)。アニーリングセグメントは、配列
番号29のヌクレオチド10で始まる。
【0135】9A4のVH 及びVL 遺伝子を、上記に記
載されるその対応するオリゴヌクレオチド及び0.41
μgの9A4ハイブリドーマcDNAを用いて、PCR
により増幅した。PCRを、生来のTaqポリメラーゼ
を含むGene Amp(R) Kit (Perkin Elmer)を用いて設定
し、そして製造業者の規定に従って使用した。変性、ア
ニーリング及び重合の温度は、VH PCRに関して、そ
れぞれ45秒、45秒、及び60秒間で94℃、55℃
及び72℃であり、そしてVL PCRに関しては、アニ
ーリング温度は60℃に変えられた。
【0136】PCRは36サイクル実施され、そして7
分間72℃の最終重合、続いて4℃で維持された。PC
R生成物を、配列決定ベクターpCR2.1(Invitrog
en,Carisbad, CA)にクローン化し、そしてVL 及びV
H のDNA配列及び推定アミノ酸配列を決定し、そして
確かめるために配列決定した。配列決定のために使用さ
れるオリゴヌクレオチドは、UNIVLSEQ−5′及
びTERMSEQ(−)であり、そしてそれぞれ配列番
号30及び31として配列表に示されている。
【0137】9A4のVH 及びVL に対応するDNA配
列及びアミノ酸配列は、それぞれ、配列番号5及び6と
して配列表に示される。9A4のVH 及びVL の推定ア
ミノ酸配列は、それぞれ、配列番号32及び33として
配列表に別々に示されている。驚くべきことには、オリ
ゴヌクレオチドMHMISC(配列番号26)が、9A
4のIgG1のタンパク質配列決定により決定された成
熟タンパク質VH の最初の20個のアミノ酸に正確に対
応するVH 配列を都合良く供給した。5′PCRオリゴ
ヌクレオチドMHMISC(配列番号26)のすぐ近く
の3′側での9A4のVH のリーダーペプチドセグメン
トにおけるDNA配列は、MAb2H1のその対応する
セグメントに対してほとんど同一であり、そして従っ
て、2H1と同じジャームラインVH 遺伝子にたぶん由
来している。
【0138】VH 領域における2種の抗体間のアミノ酸
配列にわずか3種差異が存在し;CDR1において1つ
の、CDR2において1つの及びFR3において1つの
差異が存在する。それらは、たぶん、それらの2種の抗
体のための親和性成熟工程の間に生じた体細胞突然変異
であり、そしてそれらのそれぞれの標的物のための個々
の抗体の特異性及び親和性を定義することに役割を演じ
ることができる。9A4のVH は、ネズミJH 2連結セ
グメントを利用し、そして配列番号32の残基103
(CDR3内の)〜115をコードする。
【0139】9A4可変H鎖は、KabatのマウスI
gH鎖ファミリーIIに属する。(ここで同定されたVH
遺伝子は、http://immuno. bme. nwu. edu/famgroup. h
tmlでのKabat Databaseから入手された)。9A4のV
H H鎖(配列番号5)は、Database ID番号
001246に最も密接に類似する。それらの2種のV
H 遺伝子にわずか2つの差異が存在し、1つはFR1に
おいて存在し(サイレント突然変異)、そして他の1つ
はCDR1において存在し、ここでアミノ酸位置34で
(配列番号32)、9A4はIleを有し、そして00
1246はMetを有する。それらの遺伝子の両者はま
た、同じ生殖系VH にたぶん由来する。
【0140】本発明者は、9A4のVH ジャームライン
遺伝子に関連する他の抗体におけるVH 遺伝子を請求
し、ここで前記VH 遺伝子生成物がこの他の抗体のVL
と生産性VL −VH 対を形成する場合、それは9A4に
類似する態様(特異性及び親和性)で結合する。9A4
L 遺伝子及び推定アミノ酸配列は、それぞれ配列番
号6及び33として配列表に示される。9A4のVL
伝子の推定アミノ酸配列は、上記に示されるような純粋
な9A4 L鎖のタンパク質配列決定からのすべてのペ
プチドフラグメントと適合する。
【0141】9A4可変L鎖は、Kabat's Mouse Kappa
Family XI に属し、そしてDatabaseID Number 006306
に最も類似する。7種のアミノ酸差異をもたらす10の
ヌクレオチドミスマッチが存在する。それらの差異のう
ち2つは、FR1において、他の2つはCDR2におい
て、他の1つはFR3において、そして他の2つはCD
R3において生じる。それらの変化の大部分はCDRに
おいて生じるので、それらの2つの遺伝子は、同じか又
は少なくとも非常に類似する生殖系VL に由来すること
によって、たぶん関連している。
【0142】本発明者は、9A4のVL ジャームライン
遺伝子に由来するか又はそれに関連する他の抗体におけ
るVL 遺伝子を請求し、ここで前記VL 遺伝子生成物が
この他の抗体のVH と生産性抗体VL −VH 対を形成す
る場合、それは9A4に類似する態様(特異性及び親和
性)で結合する。本発明者はまた、VL 及びVH の両者
が、本明細書に開示される9A4 VL及びVH ジャー
ムライン遺伝子に由来する抗体を請求し、ここで前記V
L 及びV H 遺伝子生成物が生産性VL −VH 対を形成す
る場合、9A4からのこの他の又は異なった抗体は9A
4に類似する態様(特異性及び親和性)で実質的に結合
する。
【0143】本発明者は、現在、本発明の9A4抗体の
遺伝子操作されたバージョンを企画し、そして構成する
基礎を有する。2つの例(両一本鎖抗体(scFv))
が下記に示される。1つの場合、その企画は、ベクター
pCANTAB6におけるV H −リンカー−VL −HI
S−MYC標識であり、そして他の場合、scFvが異
なったリンカーにより反対の方向に構成され、すなわち
ベクターpATDFLAGにおけるVL −リンカー−V
H −FLAG標識が構成される。それらの例は、制限を
意味するものではないが、しかし当業者にとって、9A
4の新しく特徴づけられたVL 及びVH ドメイン(配列
番号5及び6)が、前に記載された抗体型、たとえばF
ab′、又はVドメインのいくらかの決定的部分を用い
る新規の形状を得るために一部又は全体で使用され得る
ことが明らかであろう。
【0144】pCANTAB6中の9A4 scFv
(VH −リンカー−VL )の構成 SOEing(オーバーラップ延長によるスプライシン
グ)PCRプライマーを用いて、scFv抗体中へのV
H 及びVL フラグメントのアセンブリーを調製した。2
つのプライマーを、VH 領域のために企画し、そしてPe
rkin Elmerから入手し:その5′末端で、SfiI部位
を付加し、そして3′末端で、(Gly4 Ser)3
ンカーを有するオーバーラップ配列を付加した。5′V
H プライマーは、9A4VH5CANと呼ばれ、そして
3′VH プライマーは9A4H3CANと呼ばれ、それ
らは配列表における配列番号34及び35に対応する。
【0145】VL のために、Gly4 Serリンカー領
域中にオーバーラップする5′末端プライマー、及びN
otI制限部位を組込む3′プライマーを企画し、そし
てまた、Perkin Elmerから入手した。5′プライマーは
9A4VL5CANと呼ばれ、そして3′VL プライマ
ーは9A4VL3CANILEと呼ばれ、それらは配列
表における配列番号36及び37に対応する。
【0146】VH 及びVL DNA成分をPCRにより増
幅し、そして続いて、アセンブリー、すなわちSOE−
PCR段階により連結した。SOE−PCR反応に続い
て、−700bpであることが同定された、アガロースゲ
ルにおけるバンドを切り出し、そしてQIAquick Gel Pur
ification Kit (QIAgen)を用いて、製造業者の説明書に
従ってゲル精製した。得られるDNAをSfiI及びN
otIにより消化し、そして同じ制限酵素によりまた消
化されたpCANTAB6ベクターDNA(Cambridge
Antibody Technology, Melbourne, Cambridgeshire, UK
から得られた)と共に連結に使用した。次に、連結され
たDNAを用いて、成分E.コリTG1細胞をエレクト
ロポレーションにより形質転換した。成分E.コリTG
1細胞を生成するための基本的なプロトコールは、次の
通りであった:
【0147】2Lの円錐形フラスコにおける37℃に前
もって暖められた500mlの2YT培地(Bio101, LaJo
lla, CA)を、TG1細胞の新鮮な一晩の培養物2.5ml
により接種した。それらを、600nmでのODが通常、
1〜1.5時間後、0.2〜0.25になるまで、37
℃で激しいエアレーション(300rpm)を伴って増殖し
た。フラスコを氷上で30分間急冷し次に250mlの遠
心分離管中に注ぎ、そして前もって急冷(4℃)された
Sorvall遠心分離機において4,000rpm で1
5分間、回転せしめ、細胞をペレット化した。細胞を元
の体積の予備急冷された水に再懸濁し、そして上記のよ
うにして再び回転せしめ、細胞をペレット化した。
【0148】前記細胞を、元の半分の体積、すなわち2
50mlの予備急冷された水に再懸濁し、そして氷上に3
分間放置し、上記のように再懸濁し、そして再び回転せ
しめた。次に、細胞を20mlの予備急冷された10%グ
リセロールに再懸濁し、予備急冷された50mlのFal
con管に移し、氷上に15分間放置し、そして遠心分
離機において、3,500rpm で4℃で10分間遠心分
離した。最終的に、細胞を、1.0〜2.5mlの予備急
冷された10%グリセロールに再懸濁し、そしてエレク
トロポレーション段階に直接的に使用した。
【0149】連結されたDNA(9A4 VH −L−V
L −SfiI/NotIを含む25〜250ngのpCA
NTAB6−SfiI/NotIベクター)を、次の通
りに、成分E.コリTG1細胞中にエレクトロポレート
した:連結されたDNAを、標準のプロトコールに従っ
て、エタノール沈殿せしめた。DNAペレットを、10
μlの脱イオン化された無菌蒸留水に溶解した。DNA
(合計細胞体積の10%までの)を、100μlの細胞
に添加し、そして予備急冷されたエレクトロポレーショ
ンキャベット(Biorad)に移し、そして氷上に放
置した。
【0150】エレクトロポレーションGene Pulser 装置
(Biorad)パラメーターを、25μFD,2.5kV
に設定し、そしてパルスコントローラーを200ohm
sに設定した。組織を含むキュベットを乾燥せしめ、エ
レクトロポレーションチャンバーに配置し、そして1回
パルスした。3.5〜4.8m秒の範囲での時定数を、
典型的には得た。エレクトロポレートされた細胞をすぐ
に、2%グルコースにより補充された2YT培地1mlに
より希釈した。細胞を15mlのFalcon管に移し、
そして37℃で1時間、振盪した。
【0151】形質転換された細胞混合物(20〜100
0μl)を、2YT,2%グルコース及び100μg/
mlのアンピシリンを含む適切なサイズの培地プレート
(2YTAG)上にプレートした。最初に、読取り外に
下流配列を配置する、NotI部位で5個の塩基の挿入
を有するクローンを得た(p9A4ICAT3−2)。
これを補正するために、9A4NOTFIX3(この配
列は、配列番号38として配列表に示されている)と呼
ばれる新規のオリゴヌクレオチドを製造した。
【0152】アニーリングオリゴヌクレオチドのための
標的物としてp9A4ICAT3−2を含むE.コリ細
胞を用いてのPCR増幅を、Advantage Klen Taq Polym
erase Mix (Clontech, Palo Alto, CA)を用いて、製造
業者のプロトコールに従って実施した。アニーリングオ
リゴヌクレオチド(それぞれ35pモル)は、9A4N
OTFIX3及びpUC19Rであった。pUC19R
の配列は配列番号39として配列表に示され;それはS
fiI部位から上流をアニールする。
【0153】PCRサイクル(Perkin Elmer Cetus Mod
el 9600 熱サイクラーを用いて)を次の通りに設定し
た:最初のサイクルに関しては、94℃で1分間のDN
Aの変性、60℃で45秒間のアニーリング、及び68
℃で1.5分間の重合であった。サイクル2〜31に関
しては、同じ温度及び時間が使用されたが、但し変性時
間は30秒に減じられた。最終サイクル(32)に関し
ては、重合を5分間、設定し、この後、サイクラーがサ
ンプルを4℃に冷却した。
【0154】TA クローニングシステム(Invitroge
n)を用いて、製造業者により提案されるプロトコール
に従って、プラスミドpCR2.1において得られるP
CR生成物をクローン化した。12の白色のコロニー
を、上記のようなKlen Taqポリメラーゼを用いてのPC
Rにより、オリゴヌクレオチド M13 Forward 及びM13
Reverse (Invitrogen)を用いて挿入体についてスクリー
ンした。3つのコロニーが、アガロースゲル電気泳動上
で正しいサイズの挿入体を生成した。
【0155】9A4 VH −リンカー−VL 構造体につ
いての正しいDNA配列を有するそれらのコロニーの1
つを、さらなる研究のために選択した。scFv遺伝子
を含むDNA挿入体を、SfiI及びNotIによるp
CR2.1誘導体の液化により得、QIAquick Gel Extra
ction キットを用いて精製し、そして同じ制限酵素によ
り消化されたpCANTAB6ベクターにより連結し
た。DNAを上記のようにして成分E.コリTG1細胞
中にエレクトロポレートし、そして活性scFvを含む
p9A4ICAT7−1(ATCC 98593)と称
するクローンをもたらした。
【0156】この9A4 scFvのDNA配列は配列
番号7として配列表に示され、そしてそのアミノ酸配列
は配列番号40として別々に示されている。配列番号7
の位置29で始まるGTGコドンは、開始コドン(Me
t)であることを注目すること。使用される配列決定オ
リゴヌクレオチドは、それぞれ配列番号39及び41と
して配列表に示されるpUC19R及びFDTETSE
Qであった。
【0157】scFv抗体についてのDNA及びアミノ
酸配列の特定の特徴については、配列表における配列番
号7及び40についての情報を参照のこと。遺伝子操作
された9A4 VH −リンカー−VL 型scFv抗体を
E.コリTG1細胞において発現し、そして前記抗体を
NTA−Niアガロース(QIAgen)アフィニティ
ークロマトグラフィー、続いてSuperdex75ゲ
ル濾過クロマトグラフィーを用いて精製し、モノマーs
cFv種を単離した。scFvの親抗原への結合性を、
BIAcore上で評価した(下記を参照のこと)。プ
ラスミドpA4ICAT7−1を含むE.コリを、AT
CC 98593としてアメリカン・タイプ・カルチュ
ア・コレクションに寄託した。
【0158】pATDFLAG中の9A4 scFv
(VL −リンカー−VH )の構成 SOEing オリゴヌクレオチドをまた、p9A4I
CAT7−1において上記に示される例に対して反対の
形状、すなわちVL −リンカー−VH の形状で、VH
びVL フラグメントのPCR−SOEアセンブリーを調
製した。2種のプライマーをVL −リンカー領域のため
に企画し;その5′末端で、NcoI部位が付加され、
そして3′末端で、配列番号42として配列表に示され
る25個のアミノ酸のリンカー配列を有するオーバーラ
ップする配列(Pantoliano MW, Bird RE, Johnson S, A
sel ED, Dodd SW, Wood JF, and Hardman KD, Biochemi
stry 1991; 30: 10117-10125)が付加された。5′VL
プライマーは、9A4VL5ATDと命名され、そして
3′VL プライマーは9A4VL3ATDILEと命名
された。それらのオリゴヌクレオチドの配列は、それぞ
れ配列番号43及び44として配列表に示される。
【0159】VH'に関しては、リンカー領域中へのオー
バーラップを有する5′末端プライマー及び付加された
NheI部位を有する3′末端PCRプライマーを企画
した。5′VH プライマーは9A4VH5ATDと命名
され、そして3′VH プライマーは9A4VH3ATD
と命名された。それらのオリゴヌクレオチドの配列は、
それぞれ配列番号45及び46として配列表に示され
る。
【0160】VL 及びVH 成分をPCRにより増幅し
た。次に、VL 及びVH を、オリゴヌクレオチド9A4
VL5ATD(配列番号44)及び9A4VLH3AT
D(配列番号46)を用いて、SOE−PCRによりリ
ンカー領域に連結した。約700bpの正しいサイズでの
DNAを、1%アガロースゲルから切り出し、そしてQ
IAquickゲル溶出キットを用いて溶出した。
【0161】得られるDNAを、5′末端で制限酵素N
coI及び3′末端でNheIによりそれらの末端で修
正した。これを、同じ制限酵素により処理された発現ベ
クターpATDFLAG(PCT WO93/1223
1)により連結した。コンピテントE.コリDH5α細
胞を製造業者のプロトコールに従って前記連結により形
質転換し、そして選択剤として20μg/mlのクロラム
フェニコールを含む寒天プレート上にプレートした。ク
ローンのうち2種を配列決定した。p9A4IF−3及
びp9A4IF−69は、PCR又は構成誤差を有さな
かった。配列決定オリゴヌクレオチドは、UNIVLS
EQ−5′(配列番号30)及びTERMSEQ(−)
(配列番号31)であった。
【0162】p9A4IF−5を含むE.コリを、構築
された9A4 scFv抗体のさらなる研究及び発現の
ために選択した。このscFvのDNA配列は配列番号
8として配列表と示されており、そして誘導されたアミ
ノ酸配列は配列番号47として別に示されている。VL
−L−VH −FLAG9A4 scFv、たとえばシグ
ナルペプチド、リンカー及び標識の位置の特定の特徴
は、配列番号8及び47についての情報として配列表に
与えられている。記載される構築された抗体は、E.コ
リからだけでなく、他の生物、たとえばP.パストリス
(P. pastoris)、バキュロウィルス(Baculovirus)、バ
チルス(Bacillus)種、哺乳類細胞、等(但し、これら
だけには限定されない)からも発現され得ることは、当
業者に明らかであろう。
【0163】E.コリからのこのscFv生成物の発現
及び精製のために、20μg/mlのクロラムフェニコー
ルを含むLBブイヨンの1〜2Lの培養物を、37℃で
一晩増殖せしめた。細胞を、GS−3ローターを用いて
Sorvall遠心分離機によりペレット化した。M2
アフィニティーカラム(Kodak, New Haven, CT)(上記
配列に示されるFLAGエピトープに対して特異的であ
る)を用いてのアフィニティークロマトグラフィーのた
めの調製においては、ペレット化されたE.コリ細胞
を、トリス/EDTA/スクロース培地において処理
し、細胞周辺画分を単離し、又は最少量のDPBS緩衝
液において直接的に音波処理した(Soniprep音
波処理機)。
【0164】アフィニティーカラムを、粗scFvサン
プルの負荷の後、DPBSにより広範に洗浄し、いづれ
かの結合されなかった材料を除去した。scFv抗体を
0.1Mのグリシン−HCl(pH3.1)を用いて溶出
した。モノマーを、Superdex−75ゲル濾過ク
ロマトグラフィー(Pharmacia)により単離し
た。抗体は、SDS−PAGEにより均質であると判断
され、そしてクーマシーブリリアントブルーR−250
により染色した。抗体をOD280nmで分光光度計によ
り定量化し、ここで1.4の吸光度が、1.0cmの通過
の長さの石英キュベットを用いて、1.0mg/mlのsc
Fvに等しいものとして定義された。プラスミドp9A
4IF−5を含むE.コリを、ATCC−98592と
してアメリカン・タイプ・カルチュア・コレクションに
寄託した。
【0165】抗原に対する結合性を、p9A4ICAT
7−1及びp9A4IF−5 scFv精製された両遺
伝子生成物についてBIAcore 上で次の通りに評価した。
ストレプトアビジンチップを、上記例1におけるよう
に、配列番号14のビオチニル化されたペプチドにより
負荷した。両scFv構成物が抗原を結合することが示
され、すなわち1.2×10-7MのKを伴って結合する
親9A4 IgGに比較して、9A4 IF−5 sc
Fvは1.1×10-7MのKを有する。9A4ICAT
7−1 scFvに関しては、オフ−レートは1.2×
10-3/秒であり、比較して9A4 IgG(親抗体)
のその速度は1.76×10-2/秒であった。それらの
データは、構築された抗体の親和性が親抗体よりも少な
くとも良好であることを示す。
【0166】BIAcoreにより決定される特異性及
び動力学的データにより明示されるように、上記9A4
L 及びVH ドメインを含む2種の構築された抗体は
上記例3及び4に記載される定量測定アッセイにおいて
それらを用いるための所望する特徴を有する。親9A4
抗体の親和性及び特異性を有する、本明細書に開示され
る9A4 VL 及びVH のいくらか又はすべてを含んで
成る他の構築された抗体は、従って、本発明の範囲内に
あると見なされる。
【0167】例7.5109に関連する遺伝子操作され
た抗体の調製 5109可変領域遺伝子をクローニングする前、親51
09抗体の可変ドメインの一部のタンパク質配列を決定
することが必要であり、その結果、可変ドメインがクロ
ーン化される場合、正しい可変ドメインが実際に得ら
れ、そして骨髄腫融合パートナーに由来するか又はハイ
ブリドーマの生成に使用されるB細胞からの不活性偽遺
伝子に由来する他のドメインが得られないことが確証さ
れ得る。5109を含む培養上清液を、ローラーボトル
において5109ハイブリドーマを増殖することによっ
て生成した。
【0168】上清液を二塩基性リン酸ナトリウムにより
pH7.5に調節し、そして塩濃度を、150mMの最終濃
度になるよう、3Mの塩化ナトリウムにより調節した。
濾過された(0.2μ)上清液を、15mlの層体積のPr
otein G (Pharmacia)に、20ml/分の流速で通した。
150mMのNaCl溶液によりカラムをさらに洗浄した
後、抗体を100mMのグリシン(pH3.1)により溶出
した。抗体を、マウス免疫グロブリンイソタイプ分類キ
ット(Boehringer Mannheim)から抗−血清を用いてイソ
タイプ分類し、そしてカッパL鎖不変ドメインを有する
IgG1種類のネズミ抗体であることが見出された。
【0169】本発明においては、MAb5109のH及
びL鎖は、サンプル緩衝液への還元剤(β−メルカプト
エタノール)の使用によりSDS−PAGEにより分離
された。電気泳動に続いて、ゲル中のポリペプチドをP
VDF膜に電気ブロットし、そしてクーマシーブリリア
ントブルーR−250による染色により検出した。次
に、5109のH及びL鎖を含むバンドを切り出し、そ
してエドマン分解にゆだねた。配列決定を、Perkin-Elm
er Applied Biosystems Model 494 Procise タンパク質
配列決定機上で、製造業者のプロトコールに従って実施
した。得られたH及びL鎖の配列決定は表15に示され
ており、そしてVH に関しては、配列番号48の残基1
〜40、及びVL に関しては、配列番号49の残基1〜
39に対応する。
【0170】
【表15】
【0171】推定上のアミノ酸が( )により示され
る。注:VL における位置22及びV H における位置2
3は通常Cysであり、そしてエドマン分解により決定
され得ない。
【0172】MAb5109のVL 及びVH 配列のクロ
ーニング及び決定 5109ハイブリドーマ細胞系を、5%ウシ胎児血清
(Hyclone)を有するHT培地(Sigma)に
おいて増殖せしめた。細胞をペレット化し(2.5×1
7 個の細胞/ペレット)、そして使用まで−80℃で
凍結した。mRNAの抽出(OligotexTM Direct mRNA K
it;QIAGEN)を、製造業者の説明書に従って実施した。次
に、cDNAを、Boehringer Mannheim's First-strand
cDNA Synthesis Kit を用いて、VL 及びVH 領域のた
めに合成した。VL cDNA反応に使用されるオリゴヌ
クレオチドはネズミL鎖カッパ領域(MLK)に対して
特異的であり、そしてVH cDNA反応に使用されるオ
リゴヌクレオチド、すなわちMHGはネズミH鎖CH
γ領域におけるセグメントに対して特異的である。オリ
ゴヌクレオチドMLK及びMHGの配列は、それぞれ配
列番号21及び22として配列表に示される。
【0173】PCRプライマーを、エドマン分解により
L 及びVH のために得られたアミノ酸配列に基づい
て、H及びL鎖の分泌された成熟形のN−末端配列のた
めに企画した。5′VH プライマー及び5′VL プライ
マーの配列が、それぞれ、51−09VH 5′NDe及
び51−09VL 5′NDeと命名され、そして配列番
号50及び51として配列表に示される。
【0174】逆方向プライマーを、IgG1 H鎖不変
領域(CH 1ドメインにおけるセグメントに対して)、
及びカッパL鎖の不変領域の既知の配列から企画した。
それらの3′オリゴヌクレオチドの両者は、cDNAを
生成するために使用される元のオリゴヌクレオチドの
5′(上流)である。MIGG1CH1と称する3′V
H プライマー、及びMULK2と称する3′VL プライ
マーは、それぞれ配列番号28及び52として配列表に
示される。
【0175】VL 及びVH のためのそれらの得られるP
CR生成物をpCR2.1中に連結し、そして代表的な
クローンを、続くDNA配列決定のために選択した。D
NA配列決定を、製造業者により提供されるプロトコー
ルに従って設定され、そして操作されるApplied Biosys
tems Model 373 Stretch Sequencerに基づいて実施し
た。DNA配列決定のために、Invitrogenから市販され
ている配列決定オリゴヌクレオチドM13F及びM13
Rを用い、それらの配列は配列番号53及び54として
配列表に示される。
【0176】5109VL 及びVH 成熟アミノ末端につ
いてエドマン分解により決定された最初の21個のアミ
ノ酸は、PCRによりここでクローン化されたそれらの
対応する遺伝子のDNA配列に由来するそれらの対応す
るアミノ酸配列に対して同一であることが見出された。
5109VH 及びVL ドメインのDNA及び誘導された
アミノ酸配列は、それぞれ配列番号10及び11として
配列表に示される。5109VH 及びVL のアミノ酸配
列は、それぞれ配列番号48及び49として配列表に示
される。前記DNAは、示されるように、PCRアニー
リングオリゴヌクレオチドに対応するV L 及びVH セグ
メントの個々のアミノ末端セグメントにおいて正しいア
ミノ酸をコードするが、元のハイブリドーマDNAにお
いて存在したような、それらのオリゴヌクレオチドに対
応する抗体アミノ酸セグメントのための正確なコドンは
凝う余地のないことが注目されるべきである。
【0177】5109可変H鎖は、Kabat's Mouse Ig
H鎖Family XIVに最も関連し、そしてDatabase
ID番号002754に最も密接に類似する。14種
のアミノ酸差異をもたらす、それらの2つのVH 遺伝子
間に24のヌクレオチド差異が存在する。それらの2つ
の遺伝子が同じジャームライン遺伝子に由来しないこと
は、この高い数の差異にたぶん基づかれている。しかし
ながら、前記2つの遺伝子は同じ生殖系に由来し、そし
て両者はインビボ親和性成熟工程において重度に突然変
異誘発され、そしてその得られる分岐が増幅された可能
性がある。その5109は、どちらかといえば、Thr
残基(配列番号10の位置328及び330)をコード
するが、しかし5109においては、ala残基(配列
番号48の位置110)であるコーダーにおける突然変
異誘発を有するJH 3連結セグメント遺伝子を利用し
た。
【0178】本発明者は、5109VH ジャームライン
遺伝子に関連する他の抗体におけるVH 遺伝子を請求
し、ここでそのVH 遺伝子生成物がこの他の抗体のVL
と生産性抗体VL −VH 対を形成する場合、それは51
09に類似する態様(特異性及び親和性)で結合する。
前記5109は、配列番号11として配列表に示される
ようなアミノ酸102〜112をコードするJ5連結セ
グメントを利用した。この抗体のためのCDR3は、そ
こに含まれるCys−94残基のために、比較的まれで
ある。CDR3は、配列番号11又は49の残基94か
ら102まで延びる。
【0179】配列番号49のCys−94は、別の遺伝
子構造体においてSer残基により置換された。このs
cFvバージョンは、親Cys−94残基を有するsc
Fvに匹敵する活性を有することが見出された。配列番
号11及び49のAla−83は、PCR誤差のため
に、親配列のFR3におけるVal−83と置換され
た。保存性差異として、それは、遺伝子操作された生成
物の活性に影響を及ぼすことに関して重要でないように
思われ、そして従って、下記scFv構造体のVLにお
いて前方への担持を可能にされた。突然変異は、配列番
号9のヌクレオチド738で生じ、そして配列番号63
の位置215でのAlaをもたらし、もちろん、当業者
によれば、このPCR誤差がまた、相互関連しており、
そして元のVal残基がこの位置で得られたことは明ら
かであろう。
【0180】5109VL は、Kabat's Mouse Kappa Fa
mily VI に属し、そしてDatabase ID Number 0058
41,005842,005843及び005844に
最も類似する。それらのデータベースにおける4種の抗
体は、それらのヌクレオチド配列において同一であり、
その結果、5109VL との比較が同時にそれらの4種
のすべてに対して行なわれ得る。8種のアミノ酸差異を
もたらす、12のヌクレオチド不適性が存在する。これ
らの差異の1つは、FR1で、他の3つはCDR1で、
他の1つはFR2で、他の1つはCDR2で、他の1つ
はFR3で、他の1つはCDR3で生じる。それらの変
更はVL じゅうに存在するが、しかしCDRに対して集
中され、そして8種の差異のうち5がそれらの超可変セ
グメントに存在する。従って、たぶん、それらの遺伝子
は同じか又は少なくともひじょうに類似する生殖系VL
に由来することによって関連していると思われる。
【0181】本発明者は、5109VL ジャームライン
遺伝子に関連する他の抗体におけるVL 遺伝子を請求
し、ここで前記VL 遺伝子生成物がこの他の抗体のVH
と生産性抗体VL −VH 対を形成する場合、それは51
09に類似する態様(特異性及び親和性)で結合する。
本発明者は、VL 及びVH の両者が、この特許に開示さ
れる、5109VL 及びVH ジャームライン遺伝子に由
来する抗体をまた請求し、ここで前記VL 及びVH 遺伝
子生成物が生産性VL −VH 対を形成する場合、510
9からのこの他の又は異なった抗体は、5109に類似
する態様(特異性及び親和性)で実質的に結合する。
【0182】pUC119中の5109 scFv構築
された抗体(VH−リンカー−VL)の構成 SOEing(オーバーラップ延長によるスプライシン
グ)PCRプライマーを用いて、VH 及びVL 成分のア
センブリーを調製した。5109scFv構成に使用さ
れるオリゴヌクレオチドのすべては、Beckman Oligo 10
00M DNA 合成機(Fullerton, CA)を用いて内部で合成さ
れた。5109VH5′,5109VH3′,5109
VL5′,5109VL3′SER及び5109VL
3′CYSと呼ばれるそれらの5種のPCRプライマー
は、それぞれ配列番号55,56,57,58及び59
として配列表に示される。
【0183】オリゴヌクレオチド5109VL3′Se
r(配列番号58)を用いて、配列番号49のCys−
94をSer−94(配列番号63の位置225でのC
ys残基に対応する)に変更し、その得られるscFv
の安定性を実質的に改良した。他のプライマー、すなわ
ち5109VL3′Cys(配列番号59)を、元のC
ys配列を保持するために、また製造した。SOEin
g反応に続いて、DNAをPCRにより増幅し、そして
その生成物を配列の確認のために直接的に配列決定し
た。
【0184】DNA配列を、Applied Biosystems Model
373 Stretch Sequencing Unitを用いて、製造業者の説
明書に従って確かめた。次のオリゴヌクレオチドを、p
UC119中に直接的に連結される可能性ある5109
scFv構築された抗体の配列決定のために使用した:
/pUC19R,MycSeq10,Gly4Ser
5′,Gly4Ser3′;それらの配列はそれぞれ配
列番号39,60,61及び62として配列表に示され
る。pCR2.1ベクター中に連結されるそれらの51
09DNAカセットに関しては、InVitrogen
から購入されたM13F及びM13Rオリゴヌクレオチ
ド(配列番号52及び53)を、2つの内部オリゴヌク
レオチドとして、配列番号61及び62と共に、配列プ
ライミング反応のために使用した。
【0185】pUC19中に直接的に連結されたクロー
ンは、多数のPCR誤差を含んだ。しかしながら、許容
できるクローン(H55)を、pCR2.1ベクターに
おいて同定した。次に、この構造体を、SfiI及びN
otIによりscFvを消化することによってサブクロ
ーン化し、そして同様にして消化されたpUC19に連
結した。クローンを、pUC19R及びMycSeq1
0オリゴヌクレオチド(配列番号39及び60)を用い
てPCR増幅により挿入体についてスクリーンした。3
つのクローンを、配列決定のために提出した。所望する
配列を有する1つのクローンを同定し、そしてp510
9CscFv7(ATCC98594)と命名し;その
DNA及び誘導されたアミノ酸配列は、それぞれ配列番
号9及び63として配列表に示される。この構築された
抗体の配列特徴は、配列番号63についての情報セクシ
ョンに与えられる。
【0186】新規の一本鎖構造体が親分子の結合性質を
保持することを確かめるために、5109scFvを、
E.コリにおいて発現し、そして精製した。100μg
/mlのアンピシリン及び2%グルコースを含む2YT開
始培地(50ml)を、−80℃のグリセロールストック
50μlにより接種した。培養物を30℃で、300rp
m で、振盪しながらインキュベートした。100μg/
mlのアンピシリン及び0.1%グルコースにより補充さ
れた2YT培地を含む6個の2lフラスコの個々を、前
記一晩の開始培養物5mlにより接種した。培養物を、濁
るまで30℃でインキュベートし、そして続いて、1mM
の最終濃度までIPTGイソプロピルB−D−チオガラ
クトピラノシド(Boehringer Maunheim)を添加すること
によって誘発した。培養物を、scFvの生成のために
さらに4時間、増殖せしめた。細胞を5000xgで10
分間、遠心分離した。細胞ペレットを、処理するまで、
−20℃で貯蔵した。
【0187】scFv精製のために、細胞ペレットを、
TES(0.2Mのトリス−HCl,0.5mMのEDT
A,0.5Mのスクロース)に再懸濁した。再懸濁に続
いて、プロテアーゼインヒビター(Complete Protease
Inhibitor Cocktail, Boehringer Mannheim)を含む上記
TES緩衝液の1:5希釈溶液を添加した。この調製物
を4℃で30分間、インキュベートせしめた。インキュ
ベーションに続いて、細胞を12,000xgで15分
間、ペレット化した。MgCl2 をその上清液に添加
し、5mMの最終濃度にした。Ni−NTAアガロース
(QIAgen)を、300mMのNaCl,15mMのイ
ミダゾール、0.2%Triton−X,pH7.4を含
むPBSにより1度洗浄した。
【0188】次に、洗浄されたアガロースを添加し、そ
してそのスラリーを4℃で30分間インキュベートし
た。次に、Ni−NTAアガロースビーズ及びscFv
を、前記のようにして4度洗浄した。次に、scFv
を、250mMのイミダゾールを含む洗浄緩衝液により溶
出した。その溶出物をNAP−25カラム(Pharmacia-
Biotech, Uppsala, Sweden)上で脱塩し、そしてCentri
prep濃縮装置(Amicon, Beverly, MA)を用いて濃縮し
た。生成物をSDS−PAGE上で電気泳動にかけ、そ
して銀染色により可視化した。p5109CscFv7
(Cys)及びp5109SscFvA9(Ser)に
ついてのその得られたscFv生成物は、それぞれ、約
15%及び75%の純度であった。
【0189】Origenの方法論(Technical manual, Orig
en Instrument, Igen Corporation,Gaithersburg, MD)
を用いて、5109scFv種によるビオチニル化され
たペプチド225(配列番号64として配列表に示され
る配列を有する)への結合性を測定した。ペプチド22
5は、Anaspecにより調製された。ペプチド22
5を、800μg/mlのストレプトアビジン被覆された
磁気ビーズ(Dynabeads, Igen, Gathersburg, MD)に添
加し、その最終濃度を10nMにし、そして15分間イン
キュベートした。新規の遺伝子操作されたscFv抗体
を、ペプチド/ビース溶液に30分間、振盪しながら添
加した。
【0190】9E10抗−myc標識ルテニル化MAb
を、200μlのIgenアッセイ緩衝液(Igen, Gait
hersburg, MD)に添加し、そしてECLシグナルをOrig
en Instrument (Igen)上で読み取った。MAb 9E1
0を生成し、そしてATCCから得られた9E10細胞
系から精製した。MAbを、N−ヒドロキシスクシンア
ミド誘導体Origen TAG-NHS Ester(Igen)を用いて、製
造業者の説明書に従ってルテニル化した。5109sc
Fvの不存下で、2995ECL単位のバックグラウン
ドシグナルを得た。
【0191】5109scFv Cys構造体(p51
09CscFv7)の添加は、536,997ECL単
位をもたらした。Ser構造体(p5109SscFv
A9)の添加は、694,253ECL単位をもたらし
た。それらの結果は、両5109scFvが生物学的に
活性であり、そしてMAb5109と同じコラーゲン関
連ペプチドフラグメントに結合されることを示す。p5
109CscFvA9を含むE.コリの培養物を、AT
CC−98594としてアメリカン・タイプ・カルチュ
ア・コレクションに寄託した。
【0192】Origen技法により決定された特異性
データは、上記5109VL 及びV H ドメインを含む構
築された抗体が、上記例3及び4に記載される定量測定
アッセイにそれを用いるための所望する特徴を有するこ
とを示す。従って、親5109抗体の親和性及び特異性
を有する、本明細書に開示される5109VL 及びV H
のいくらか又はすべてを含んで成る他の構築された抗体
は、本発明の請求の範囲にあると思われる。
【0193】9A4及び5109VL 及びVH ドメイン
の組合せを含んで成る構築された抗体、たとえば510
9VL −リンカー−5109VH −リンカー−9A4V
L −リンカー−9A4VH −Tagの二元特異的scF
vダイマーはまた、上記例3及び4における唯一の抗体
試薬として有用であることがまた注目されるべきであ
る。その差異は、単一の二元特異的試薬が、9A4及び
5109を別々に用いることによりもむしろ一段階EL
ISAに使用され得ることであろう。当業者にとって、
本発明の抗体の可変ドメインを含んで成る多くの遺伝的
組成物が、種々の二元特異的分子を製造するために連結
して使用され、そして従って、例3及び4に示されるア
ッセイを単純にすることは明らかである。そのような分
子の結合活性により、アッセイの全体の感度がまた、有
意に改良され得る。
【0194】例8.本発明の抗体に関連する抗体のアミ
ノ酸配列における突然変異又は差異は、親抗体の結合性
質(親和性及び特異性)及び従って有用性を保持するこ
とができる。これは、9A4 VH のCDR3における
一連の変異体の生成により下記に示される。当業者にと
って、9A4及び5109の両者の同じ生殖系VL 及び
H遺伝子の他の領域における他の突然変異が、本発明
に開示される元の抗体に対して同じか又は良好な結合性
質の抗体を付与することができることは明らかである。
【0195】9A4 VH CDR3領域変異体の生成 上記例6に示されるp9A4ICAT7−1と称する、
9A4 scFvのpCANTAB6誘導体を、CDR
3セグメント及びそのCDR3に密接に隣接するVernie
r 残基における変異体を生成するために、開始材料とし
て使用した。突然変異のために標的化されるCDR3
H 領域の親DNA配列は、配列番号7のヌクレオチド
383〜409を含んで成る。それらのヌクレオチドに
対応する誘導されたアミノ酸は、配列番号40の残基9
7〜105である。CDR3は残基99で始まり、そし
て104で終結する。
【0196】この領域においてランダム突然変異を導入
するために、VH 及びVL 領域を、2回のPCRにより
別々に増幅した。最初のPCRにおいては、オリゴヌク
レオチド(Oligos Etc. から得られた)pUC19R
(配列番号39)、及び9A4MUT(配列番号65と
して配列表に示される)を用いて、VH 部分を増幅し、
ここで9A4MUTは突然変異を導入したオリゴヌクレ
オチドであった。
【0197】9A4MUT(配列番号65)におけるヌ
クレオチド25〜51は、10%スパイクされた。換言
すれば、書かれたような配列は、個々の位置25〜51
で付加されたヌクレオチドの90%を占め、そして個々
の位置25〜51における他の3種のヌクレオチドは、
それぞれ3.3%で、成長するオリゴヌクレオチド鎖に
導入された。これは、オリゴヌクレオチド合成の分野に
おいて良く知られている方法により達成された。
【0198】ランダムヌクレオチドは実際、定義された
領域に導入された事実が下記に論ぜられるであろう。第
2PCRは、2種のオリゴヌクレオチド(Oligos Etc.
からまた得られた)9A4L5(配列番号66)及びF
DTETSEQ(配列番号41)を用いた。これは、
3′末端でp9A4ICAT7−1におけるNotI部
位までのリンカーVL 部分、及び最初のPCRからの突
然変異誘発されたVH PCR生成物との続くアニーリン
グ及びアセンブリーを可能にする、5′末端でV H 中に
オーバーラップする部分を生成した。
【0199】PCRは次の通りに設定された。変異体V
H のためには、それぞれ50pモルのオリゴヌクレオチ
ドpUC19R(配列番号39)及び9A4MUT(配
列番号65)を、100μlの反応に使用した。鋳型D
NA標的物は、SNAP(Invitrogen)精製されたプラ
スミドDNA−p9A4ICAT7−1のアリコートで
あった。Taqポリメラーゼ(Perkin Elmer)が、30
サイクルのPCRに使用された。変性、アニーリング及
びポリメラーゼ反応時間及び温度は、それぞれ、94℃
で1分間、55℃で1分間、及び72℃で2分間であっ
た。
【0200】30回目のサイクルに関しては、重合反応
が、反応を4℃に冷却する前、合計10分間、延長され
た。VH 種とオーバーラップするVL に関しては、PC
Rは、Klen Taqポリメラーゼ(Clontech)及びTaqポ
リメラーゼ(Perkin Elmer)の両者を用いて設定され
た。DNA生成物を、QIAgenゲル抽出キットによ
り精製した。突然変異誘発されたVH 及びVL のための
PCRアセンブリー反応は、それぞれ精製されたPCR
生成物のアリコート(1〜2μl)を用いて、合計25
サイクル行なわれ、ここで2回の温度サイクル、すなわ
ち94℃で1分間、65℃で4分間、及び最後に4℃で
の維持が存在した。オリゴヌクレオチドはこの段階のた
めには使用されなかった。
【0201】突然変異誘発された9A4アセンブリーの
PCR通過のためには、5μlの精製されていないアセ
ンブリー反応を、鋳型として、及びオリゴヌクレオチド
pUC19R(配列番号39)及びFDTETSEQ
(配列番号41)をアニーリングプライマーとして使用
した。正しいサイズの生成物が約900bpで観察され、
そしてQIAgenゲル抽出キットを用いて精製され
た。突然変異誘発された9A4 scFv挿入体をSf
iI及びNotIにより処理し、同じ制限酵素により切
断されたpCANTAB6ベクターDNAとの連結のた
めに調製した。連結の後、DNA混合物をエタノール沈
殿せしめ、そして24μlの脱イオン化された滅菌蒸留
水に溶解した。コンピテントE.コリTG1細胞の調製
及びエレクトロポレーションを、例6に記載されるよう
にして行なった。
【0202】12回の別々のエレクトロポレーションを
実施し、そして最後にプールし、そしてプレートした。
合計1.5×106 個のクローンを得、そしてグリセロ
ールストックとして−80℃で貯蔵した。12のクロー
ンのランダムサンプリングは、それらのクローン(1つ
のクローンは配列データを付与しなかった)のうち9つ
のクローンが、オリゴヌクレオチドFDTETSEQ
(配列番号41)及びpUC19R(配列番号39)を
用いてPCRによりスクリーンされる場合、挿入体を有
することを示した。それらの挿入体をQIAgenキッ
トを用いて精製し、そしてCDR3VH における配列を
決定した。その配列決定データの結果は下記に示され
る。“親配列”のDNA配列は、配列番号7のヌクレオ
チド383〜409として配列表に示される。
【0203】
【表16】
【0204】上記コホートにおける突然変異は、個々の
クローンに関して1〜6の数で変化し、そしてそれらは
種々の位置で生じる。突然変異は、N(=ヌクレオチド
は割り当てられ得なかった)以上の種々のクローンにお
いて太字の下線で示されている。このランダム態様で調
べられた8個のクローンのうちわずか1つのクローン
(9A4MUT−12)が、親アミノ酸配列を付与し
た。上記に示される結果のランダム性に基づいて、良好
な突然変異誘発されたライブラリーを生成した。従っ
て、ビオチン選択が、9A4のためのエピトープである
ペプチド040(配列番号14)に対する結合体を見出
すために実施された。
【0205】下記で得られる抗体についてのビオチン選
択の説明 約100μlの突然変異誘発されたライブラリーストッ
クのアリコートを、100μg/mlのアンピシリン及び
2%グルコースを含む2YT培地25mlに添加した。そ
の培養物を、37℃で約60分間、又は細胞が中間対数
値(OD600nm=0.5〜1.0)に達するまでインキ
ュベートした。次に、M13K07ヘルパーファージ
(Pharmacia, Uppsala, Sweden)を前記培養物に添加
し、5×10 8pfu/mlの濃度にした。次に、ヘルパーフ
ァージを用いて、37℃で20分間、振盪しないで、及
び次に、37℃でさらに25分間、200rpm で振盪し
て培養物を感染せしめた。
【0206】感染された細胞を、50mlの円錐形遠心分
離管に移し、そして3000rpm で10分間、ペレット
化した。細胞を、100μg/mlのアンピシリン及び5
0μg/mlのカナマイシンを含む2YT培地に再懸濁し
た。この培養物を新しい250mlのフラスコに移し、そ
して30℃で2時間インキュベートし、この間、ファー
ジ粒子が生成された。細胞を、14,000rpm で2分
間の遠心分離により除去した。次に、ファージのアリコ
ート(1ml)を、PBS及びNFDMを、1×PBS及
び3%NFDMの最終濃度まで添加することによって、
室温で30分ブロックした。これは、1mlのファージ
に、6×PBS,18%NFDMの溶液200μlを添
加することによって達成された。ビオチニル化されたペ
プチド040(配列番号14)を、10pM〜1μMの
濃度範囲でファージ溶液に添加した。
【0207】その溶液をRTで60分間インキュベート
した。ストレプトアビジン被覆された磁気ビーズ(Dyna
l, Oslo, Norway)を、PBS中、3%NFDMにおい
て、ずっと振盪しながら、RTでブロックした。インキ
ュベーションに続いて、ストレプトアビジンビーズを磁
石により管の側面で捕獲し、そしてブロック溶液を注意
して吸い出した。次に、結合したペプチドを有するブロ
ックされたファージを、ストレプトアビジンビーズに添
加し、そして15分間、ずっと振盪しながら、RTでイ
ンキュベートした。ビーズ複合体を磁気的に捕獲し、そ
して結合されなかったファージを注意して吸い出した。
【0208】磁結合されたビーズ複合体を、0.1%T
W−20を含むPBSにより4度及びPBSのみで4
度、洗浄した。最終捕獲に続いて、ビーズ複合体を、P
BS中、100mMのトリエチルアミン溶液100μlに
再懸濁し、そして等体積の1Mのトリス(pH7.4)に
より中和した。次に、中間一対数相のE.コリTG1細
胞(10ml)を、100μlのビーズ複合体により感染
せしめた。感染を、37℃で20分間、振盪しないで、
及び次に、37℃でさらに25分間、200rpmで振盪
しながら進行せしめた。
【0209】次に、感染された細胞をペレット化し、新
しい2YT培地500μlに再懸濁し、そして100μ
g/mlのアンピシリン及び2%グルコースを含む243
×243mmの2YT寒天プレート上にプレートした。プ
レートを30℃で一晩インキュベートした。約16時間
の増殖に続いて、コロニーを剥ぎ取ることにより回収
し、そして液体培養物を接種するために使用した。前記
工程を最少2回及び最大5回の選択のためにくり返し
た。ビオチン選択から回収されたクローンを増殖せし
め、scFvの生成のために誘発され、前記scFvを
下記に概略されているプロトコールに従って精製した。
【0210】低張ショック法を用いてのscFv変異体
クローンの調製 培養物をペレット化し、そして0.8mlの氷冷却された
TES緩衝液(0.2Mのトリス−HCl,0.5nMの
EDTA,0.5Mのスクロース)に再懸濁した。TE
S(1.2mlの氷冷却された1:5の希釈溶液)を添加
し、そして培養物を氷上で30分間インキュベートし
た。細胞を4℃で14,000rpm (30分間)でペレ
ット化した。scFv上清液を、10μlの1.0Mの
MgCl2を含む新しい管に添加した。200μlのN
TA−アガロース(QIAgen)を、50mMのリン酸
ナトリウム、pH=8.0,500mMのNaCl,20mM
のイミダゾール及び0.1%TW−20を含むリン酸イ
ミダゾール洗浄緩衝液中で洗浄することによって調製し
た。
【0211】scFv上清液を、NTA−アガロースに
添加し、そして4℃で約30分間インキュベートした。
scFvを含むNTA−アガロースを回転せしめ、そし
て溶出緩衝液500体積を添加した。前記溶出緩衝液
は、50mMのリン酸ナトリウム、pH8.0,500mMの
NaCl及び250mMのイミダゾールから成った。溶出
物を回転せしめ、そして遠心分離し、NTA−アガロー
スを除去した。scFv上清液を、それをNAP−5カ
ラム(Pharmacia)上に、製造業者の説明書に
従って通すことによって緩衝液交換した。scFv構造
体に関してのオフ−レートの測定。
【0212】scFv構造体についてのオフ−レート
を、BIAeraluation バージョン2.1ソフトウェアによ
る、BIAcore (Pharmacia Biosensor)上で得られた解離
データの分析により測定した。BIAcoreに基づく
データを得るために、BIAcoreチップ上のストレ
プトアビジン表面を、例1に記載のようにして調製し
た。ビオチニル化されたペプチド(配列番号14)を、
約2〜11RU/表面の範囲のRU密度にするよう、調
製されたストレプトアビジン表面に結合せしめた。より
低いレベルの誘導体化は、多量の輸送物が流出物である
場合に得られる誤ったオフ−レートを得ることの回避を
助けるであろう。精製されたscFvを、60秒間、構
造体の結合を可能にするためにそれらの表面上に注入し
た。次に、PBS緩衝液のみを交換し、そしてscFv
の解離を、さらに280秒間、進行せしめた。オフ−レ
ートを、それらの解離データから計算した。
【0213】
【表17】 注:クローンICAT7−1及びIF−5は、親配列を
有するCDR3領域を示す。変更が、標的物の結合を保
持しながら、親抗体のアミノ酸配列において行なわれ得
ることは、上記データから明らかである。上記抗体のオ
フ−レーンの差異は大きさの程度内であるが、突然変異
のための抗体VH 又はVL の異なった領域を標的化し、
又は9A4又は5109と同じ生殖系VL 及びVH 遺伝
子に由来するVL 及び/又はVH ドメインを有する、免
疫化により得られた異なった抗体を見出すことによっ
て、上記例6及び7に開示される親抗体に関して種々の
又は増強された結合性質を有する抗体を発見することが
できる。
【0214】
【配列表】
(1)一般情報: (iii)配列の数:66 (2)配列1についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:7個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0215】(2)配列番号2についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:7個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:3 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである
【0216】(2)配列番号3についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:10個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0217】(2)配列番号4についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:10個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:3 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである
【0218】(2)配列番号5についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:408個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:cDNA (vi)起源 (A)生物名:Mus muscaris (iv)特徴: (A)名称/キー:シグナルペプチド (B)位置:−11〜−1 (C)同定法:他の免疫グロブリンシグナル配列に類似
する、疎水性 (D)他の情報:免疫グロブリン9A4 VH 領域 (xi)配列:配列番号5: TTC CTG ATG GCA GCT GCC CAA AGT ATC CAA GCA CAG ATC CAG TTG GTG 48 Phe Leu Met Ala Ala Ala Gln Ser Ile Gln Ala Gln Ile Gln Leu Val -10 -5 1 5 CAG TCT GGT CCT GAG CTG AAG AAG CCT GGA GAG ACA GTC AAG ATC TCC 96 Gln Ser Gly Pro Glu Leu Lys Lys Pro Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser 10 15 20 TGC AAG GCT TCT GGT TAT ACC TTC ACA GAC TAT TCA ATA CAC TGG GTG 144 Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val 25 30 35 AAG CAG GCT CCA GGA AAG GGT TTA AAG TGG ATG GGC TGG ATA AAC ACT 192 Lys Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr 40 45 50 GAG ACT GGT GAG CCA ACA TAT GCA GAT GAC TTC AAG GGA CGG TTT GCC 240 Glu Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala 55 60 65 TTC TCT TTG GAA ACC TCT GCC AGC ACT GCC TAT TTG CAG ATC AAC AAC 288 Phe Ser Leu Glu Thr Ser Ala Ser Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn 70 75 80 85 CTC AAA AAT GAG GAC ACG GCT ACA TAT TTC TGT GCT AGG GGC GGT AGC 336 Leu Lys Asn Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Gly Ser 90 95 100 CTT GAC TAC TGG GGC CAA GGC ACC ACT CTC ACA GTC TCC TCA GCC AAA 384 Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Ala Lys 105 110 115 ACG ACA CCC CCA TCT GTC TAT CCA 408 Thr Thr Pro Pro Ser Val Tyr Pro 120 125
【0219】(2)配列番号6についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:359個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:cDNA (vi)起源 (A)生物名:Mus muscaris (iv)特徴: (A)名称/キー:シグナル配列 (B)位置:−7〜−1 (C)同定法:他の免疫グロブリンシグナル配列に類似
する、疎水性 (D)他の情報:免疫グロブリン9A4 VL 領域 (xi)配列:配列番号6: CC TCA GTC ATA CTG TCC AGA GGA 23 Ser Val Ile Leu Ser Arg Gly -5 CAA ATT GTT CTC ACC CAG TCT CCA GTA TTC ATG TCT GCA TCT CCA GGG 71 Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Val Phe Met Ser Ala Ser Pro Gly 1 5 10 15 GAG AAG GTC ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT GTA AGT TAC ATG 119 Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met 20 25 30 TAC TGG TAC CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA CTC CTG ATT CAT 167 Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Ser Ser Pro Arg Leu Leu Ile His 35 40 45 GCC ACA TCC AAC CTG GCT TCT GGA GTC CCT GTT CGC TTC AGT GGC GGT 215 Ala Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Val Arg Phe Ser Gly Gly 50 55 60 GGG TCT GGG ACC TCT TAC TCT CTC ACA ATC AGC CGA ATG GAG GCT GAA 263 Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Arg Met Glu Ala Glu 65 70 75 80 GAT GCT GCC ACT TAT TAC TGT CAG CAG TGG AGA AGT TAT ACA CGG ACG 311 Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Arg Ser Tyr Thr Arg Thr 85 90 95 TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAA ATC ATA CGG GCT GAT GCT GCA CCA 359 Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Ile Arg Ala Asp Ala Ala Pro 100 105 110
【0220】(2)配列番号7についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:883個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:DNA (iv)特徴: (A)名称/キー:シグナル配列 (B)位置:−22〜−1 (C)同定法:他のシグナル配列に類似する、疎水性 (xi)配列:配列番号7: AAGCTTTGGA 10 GCCTTGGAGA TTTTCAAC GTG AAA AAA TTA TTA TTC GCA ATT CCT TTA GTT 61 Met Lys Lys Leu Leu Phe Ala Ile Pro Leu Val -20 -15 GTT CCT TTT TAT GCG GCC CAG CCG GCC ATG GCC CAG ATC CAG TTG GTG 109 Val Pro Phe Tyr Ala Ala Gln Pro Ala Met Ala Gln Ile Gln Leu Val -10 -5 1 5 CAG TCT GGT CCT GAG CTG AAG AAG CCT GGA GAG ACA GTC AAG ATC TCC 157 Gln Ser Gly Pro Glu Leu Lys Lys Pro Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser 10 15 20 TGC AAG GCT TCT GGT TAT ACC TTC ACA GAC TAT TCA ATA CAC TGG GTG 205 Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val 25 30 35 AAG CAG GCT CCA GGA AAG GGT TTA AAG TGG ATG GGC TGG ATA AAC ACT 253 Lys Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr 40 45 50 GAG ACT GGT GAG CCA ACA TAT GCA GAT GAC TTC AAG GGA CGG TTT GCC 301 Glu Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala 55 60 65 TTC TCT TTG GAA ACC TCT GCC AGC ACT GCC TAT TTG CAG ATC AAC AAC 349 Phe Ser Leu Glu Thr Ser Ala Ser Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn 70 75 80 85 CTC AAA AAT GAG GAC ACG GCT ACA TAT TTC TGT GCT AGG GGC GGT AGC 397 Leu Lys Asn Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Gly Ser 90 95 100 CTT GAC TAC TGG GGC CAA GGC ACC ACT CTC ACA GTC TCC TCA GGT GGA 445 Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Gly Gly 105 110 115 GGC GGT TCA GGC GGA GGT GGC AGC GGC GGT GGC GGA TCG CAA ATT GTT 493 Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ile Val 120 125 130 CTC ACC CAG TCT CCA GTA TTC ATG TCT GCA TCT CCA GGG GAG AAG GTC 541 Leu Thr Gln Ser Pro Val Phe Met Ser Ala Ser Pro Gly Glu Lys Val 135 140 145 ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT GTA AGT TAC ATG TAC TGG TAC 589 Thr Met Thr Cys Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met Tyr Trp Tyr 150 155 160 165 CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA CTC CTG ATT CAT GCC ACA TCC 637 Gln Gln Lys Pro Gly Ser Ser Pro Arg Leu Leu Ile His Ala Thr Ser 170 175 180 AAC CTG GCT TCT GGA GTC CCT GTT CGC TTC AGT GGC GGT GGG TCT GGG 685 Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Val Arg Phe Ser Gly Gly Gly Ser Gly 185 190 195 ACC TCT TAC TCT CTC ACA ATC AGC CGA ATG GAG GCT GAA GAT GCT GCC 733 Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Arg Met Glu Ala Glu Asp Ala Ala 100 205 210 ACT TAT TAC TGT CAG CAG TGG AGA AGT TAT ACA CGG ACG TTC GGT GGA 781 Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Arg Ser Tyr Thr Arg Thr Phe Gly Gly 215 220 225 GGC ACC AAG CTG GAA ATC ATA GCG GCC GCA CAT CAT CAT CAC CAT CAC 829 Gly Thr Lys Leu Glu Ile Ile Ala Ala Ala His His His His His His 230 235 240 245 GGG GCC GCA GAA CAA AAA CTC ATC TCA GAA GAG GAT CTG AAT GGG GCC 877 Gly Ala Ala Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Asn Gly Ala 250 255 260 GCA TAG 883 Ala
【0221】(2)配列番号8についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:1340個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:DNA (iv)特徴: (A)名称/キー:シグナル配列 (B)位置:−22〜−1 (C)同定法:他のシグナル配列に類似する、疎水性 (xi)配列:配列番号8: CTCATGTTTG ACAGCTTATC ATCGATGAAT TCCATCACTT CCCTCCGTTC ATTTGTCCCC 60 GGTGGAAACG AGGTCATCAT TTCCTTCCGA AAAAACGGTT GCATTTAAAT CTTACATATA 120 TAATACTTTC AAAGACTACA TTTGTAAGAT TTGATGTTTG AGTCGGCTGA AAGATCGTAC 180 GTACCAATTA TTGTTTCGTG ATTGTTCAAG CCATAACACT GTAGGGATAG TGGAAAGAGT 240 GCTTCATCTG GTTACGATCA ATCAAATATT CAAACGGAGG GAGACGATTT TG ATG AAA 298 Met Lys TAC CTA TTG CCT ACG GCA GCC GCT GGA TTG TTA TTA CTC GCT GCC CAA 346 Tyr Leu Leu Pro Thr Ala Ala Ala Gly Leu Leu Leu Leu Ala Ala Gln -20 -15 -10 -5 CCA GCC ATG GCC CAA ATT GTT CTC ACC CAG TCT CCA GTA TTC ATG TCT 394 Pro Ala Met Ala Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Val Phe Met Ser 1 5 10 GCA TCT CCA GGG GAG AAG GTC ACC ATG ACC TGC AGT GCC AGC TCA AGT 442 Ala Ser Pro Gly Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Ser Ala Ser Ser Ser 15 20 25 GTA AGT TAC ATG TAC TGG TAC CAG CAG AAG CCA GGA TCC TCC CCC AGA 490 Val Ser Tyr Met Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Ser Ser Pro Arg 30 35 40 CTC CTG ATT CAT GCC ACA TCC AAC CTG GCT TCT GGA GTC CCT GTT CGC 538 Leu Leu Ile His Ala Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Val Arg 45 50 55 60 TTC AGT GGC GGT GGG TCT GGG ACC TCT TAC TCT CTC ACA ATC AGC CGA 586 Phe Ser Gly Gly Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Arg 65 70 75 ATG GAG GCT GAA GAT GCT GCC ACT TAT TAC TGT CAG CAG TGG AGA AGT 634 Met Glu Ala Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Arg Ser 80 85 90 TAT ACA CGG ACG TTC GGT GGA GGC ACC AAG CTG GAA ATC ATA CTT AGT 682 Tyr Thr Arg Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Ile Leu Ser 95 100 105 GCG GAC GAT GCG AAA AAG GAT GCT GCG AAG AAG GAT GAC GCT AAG AAA 730 Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys Lys Asp Asp Ala Lys Lys 110 115 120 GAC GAT GCT AAA AAG GAC CTC GAG ATC CAG TTG GTG CAG TCT GGT CCT 778 Asp Asp Ala Lys Lys Asp Leu Glu Ile Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro 125 130 135 140 GAG CTG AAG AAG CCT GGA GAG ACA GTC AAG ATC TCC TGC AAG GCT TCT 826 Glu Leu Lys Lys Pro Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser 145 150 155 GGT TAT ACC TTC ACA GAC TAT TCA ATA CAC TGG GTG AAG CAG GCT CCA 874 Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val Lys Gln Ala Pro 160 165 170 GGA AAG GGT TTA AAG TGG ATG GGC TGG ATA AAC ACT GAG ACT GGT GAG 922 Gly Lys Gly Leu Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr Glu Thr Gly Glu 175 180 185 CCA ACA TAT GCA GAT GAC TTC AAG GGA CGG TTT GCC TTC TCT TTG GAA 970 Pro Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala Phe Ser Leu Glu 190 195 200 ACC TCT GCC AGC ACT GCC TAT TTG CAG ATC AAC AAC CTC AAA AAT GAG 1018 Thr Ser Ala Ser Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn Leu Lys Asn Glu 205 210 215 220 GAC ACG GCT ACA TAT TTC TGT GCT AGG GGC GGT AGC CTT GAC TAC TGG 1066 Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Gly Ser Leu Asp Tyr Trp 225 230 235 GGC CAA GGC ACC ACT CTC ACA GTC TCC TCA GCT AGC GAC TAC AAG GAC 1114 Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Ala Ser Asp Tyr Lys Asp 240 245 250 GAT GAT GAC AAA TAAAAACCTA GCGATGAATC CGTCAAAACA TCATCTTACA 1166 Asp Asp Asp Lys 255 TAAAGTCACT TGGTGATCAA GCTCATATCA TTGTCCGGCA ATGGTGTGGG CTTTTTTTGT 1226 TTTCTATCTT TAAAGATCAT GTGAAGAAAA ACGGGAAAAT CGGTCTGCGG GAAAGGACCG 1286 GGTTTTTGTC GAAATCATAG GCGAATGGGT TGGATTGTGA CAAAATTCGG ATCC 1340
【0222】(2)配列番号9についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:907個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:DNA (iv)特徴: (A)名称/キー:シグナル配列 (B)位置:−22〜−1 (C)同定法:他のシグナル配列に類似する、疎水性 (xi)配列:配列番号9: AAGCTTTGGA 10 GCCTTGGAGA TTTTCAAC GTG AAA AAA TTA TTA TTC GCA ATT CCT TTA GTT 61 Met Lys Lys Leu Leu Phe Ala Ile Pro Leu Val -20 -15 GTT CCT TTT TAT GCG GCC CAG CCG GCC ATG GCC GAA GTG CAG CTG GTG 109 Val Pro Phe Tyr Ala Ala Gln Pro Ala Met Ala Glu Val Gln Leu Val -10 -5 1 5 GAG TCT GGG GGA GGC TCA GTG CAG CCT GGA GGG TCC CTG AAA CTC TCC 157 Glu Ser Gly Gly Gly Ser Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Lys Leu Ser 10 15 20 TGT GCA GCC TCT GGA TTC ACT TTC AAT ACC TAC GGC ATG TCT TGG GTT 205 Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Thr Tyr Gly Met Ser Trp Val 25 30 35 CGC CAG ACT CCA GAC AAG AGG CTG GAG TGG GTC GCA ACC ATT AAT AGT 253 Arg Gln Thr Pro Asp Lys Arg Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Asn Ser 40 45 50 AAT GGT GGT CTC ACC TTT TAT GCA GAC AGT GTG AAG GGC CGA TTC ACC 301 Asn Gly Gly Leu Thr Phe Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr 55 60 65 ATT TCC AGA GAC AAT GCC AAA AAC ACC CTG TAT CTG CAA ATG AAC AGG 349 Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Arg 70 75 80 85 CTG AAG TCT GGG GAC TCA GGC ATG TAT TAC TGT GTA AGA GGA TAT AGT 397 Leu Lys Ser Gly Asp Ser Gly Met Tyr Tyr Cys Val Arg Gly Tyr Ser 90 95 100 AAT TAC GCT CGC TGG GGC CAA GGG GCG CTG GTC ACT GTC TCG AGT GGT 445 Asn Tyr Ala Arg Trp Gly Gln Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser Gly 105 110 115 GGA GGC GGT TCA GGC GGA GGT GGC AGC GGC GGT GGC GGA TCG TCT GAT 493 Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Ser Asp 120 125 130 GTT GTG ATG ACC CAA ACT CCA CTC ACT TTG TCG GTT ACC ATT GGA CAA 541 Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Thr Leu Ser Val Thr Ile Gly Gln 135 140 145 TCA GCC TCC ATC TCT TGC AAG TCA AGT CAG AGC CTC TTA GGT AGT GAT 589 Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Gly Ser Asp 150 155 160 165 GGA TTG ACA TAT TTG ATT TGG TTG TTG CAG AGG CCA GGC CAG TCT CCA 637 Gly Leu Thr Tyr Leu Ile Trp Leu Leu Gln Arg Pro Gly Gln Ser Pro 170 175 180 AAG CGC CTA ATC TTT CTG GTG TCT GAA TTG GAC TCT GGA GTC CCT GAC 685 Lys Arg Leu Ile Phe Leu Val Ser Glu Leu Asp Ser Gly Val Pro Asp 185 190 195 AGG TTC ACT GGC AGT GGA TCA GGG ACA GAT TTC ACA CTG AAA ATC AGC 733 Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser 200 205 210 AGA GCG GAG GCT GAA GAT TTG GGA GTT TAT TAT TGC TGC CAA GGT ACA 781 Arg Ala Glu Ala Glu Asp Leu Gly Val Tyr Tyr Cys Cys Gln Gly Thr 215 220 225 CAT TTT CCT CAC ACG TTC GGT GCT GGG ACC AAG CTG GAG CTG AAA GCG 829 His Phe Pro His Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys Ala 230 235 240 245 GCC GCA GAA CTA AAA CTC ATC TCA GAA GAG GAT CTG AAT GGG GCC GCA 877 Ala Ala Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Asn Ala Ala Ala 250 255 260 CAT CAC CAC CAT CAC CAT TAATAAGAAT TC 907 His His His His His His 265
【0223】(2)配列番号10についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:348個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:cDNA (iv)特徴: (A)名称/キー:モノクローナル抗体5109VH (B)位置:1〜116 (xi)配列:配列番号10: GAA GTG CAG CTG GTG GAG TCT GGG GGA GGC TCA GTG CAG CCT GGA GGG 48 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ser Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 TCC CTG AAA CTC TCC TGT GCA GCC TCT GGA TTC ACT TTC AAT ACC TAC 96 Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Thr Tyr 20 25 30 GGC ATG TCT TGG GTT CGC CAG ACT CCA GAC AAG AGG CTG GAG TGG GTC 114 Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Thr Pro Asp Lys Arg Leu Glu Trp Val 35 40 45 GCA ACC ATT AAT AGT AAT GGT GGT CTC ACC TTT TAT GCA GAC AGT GTG 192 Ala Thr Ile Asn Ser Asn Gly Gly Leu Thr Phe Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 AAG GGC CGA TTC ACC ATT TCC AGA GAC AAT GCC AAA AAC ACC CTG TAT 240 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 CTG CAA ATG AAC AGG CTG AAG TCT GGG GAC TCA GGC ATG TAT TAC TGT 288 Leu Gln Met Asn Arg Leu Lys Ser Gly Asp Ser Gly Met Tyr Tyr Cys 85 90 95 GTA AGA GGA TAT AGT AAT TAC GCT CGC TGG GGC CAA GGG GCG CTG GTC 336 Val Arg Gly Tyr Ser Asn Tyr Ala Arg Trp Gly Gln Gly Ala Leu Val 100 105 110 ACT GTC TCT GCA 348 Thr Val Ser Ala 115
【0224】(2)配列番号11についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:336個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:cDNA (iv)特徴: (A)名称/キー:モノクローナル抗体5109VL (B)位置:1〜112 (xi)配列:配列番号11: GAT GTT GTG ATG ACC CAA ACT CCA CTC ACT TTG TCG GTT ACC ATT GGA 48 Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Thr Leu Ser Val Thr Ile Gly 1 5 10 15 CAA TCA GCC TCC ATC TCT TGC AAG TCA AGT CAG AGC CTC TTA GGT AGT 96 Gln Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Gly Ser 20 25 30 GAT GGA TTG ACA TAT TTG ATT TGG TTG TTG CAG AGG CCA GGC CAG TCT 144 Asp Gly Leu Thr Tyr Leu Ile Trp Leu Leu Gln Arg Pro Gly Gln Ser 35 40 45 CCA AAG CGC CTA ATC TTT CTG GTG TCT GAA TTG GAC TCT GGA GTC CCT 192 Pro Lys Arg Leu Ile Phe Leu Val Ser Glu Leu Asp Ser Gly Val Pro 50 55 60 GAC AGG TTC ACT GGC AGT GGA TCA GGG ACA GAT TTC ACA CTG AAA ATC 240 Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile 65 70 75 80 AGC AGA GTG GAG GCT GAA GAT TTG GGA GTT TAT TAT TGC TGC CAA GGT 288 Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Leu Gly Val Tyr Tyr Cys Cys Gln Gly 85 90 95 ACA CAT TTT CCT CAC ACG TTC GGT GCT GGG ACC AAG CTG GAG CTG AAA 336 Thr His Phe Pro His Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys 100 105 110
【0225】(2)配列番号12についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:13個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:2 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:8 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:11 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (xi)配列:配列番号12: Ala Xaa Gly Glu Asp Gly Arg Xaa Gly Pro Xaa Gly Pro 1 5 10
【0226】(2)配列番号13についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:9 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:15 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:18 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (xi)配列:配列番号13: Gly Lys Val Gly Pro Ser Gly Ala Xaa Gly Glu Asp Gly Arg Xaa Gly 1 5 10 15 Pro Xaa Gly Pro 20
【0227】(2)配列番号14についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:9個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0228】(2)配列番号15についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:10個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:3 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (ix)特徴: (A)名称/キー:切断部位 (B)位置:7 (D)他の情報:コラゲナーゼは残基7のCOOH側上
で切断する
【0229】(2)配列番号16についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:7個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0230】(2)配列番号17についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:10個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0231】(2)配列番号18についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:10個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0232】(2)配列番号19についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:9個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド
【0233】(2)配列番号20についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:19個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (xi)配列:配列番号20: Gly Glu Pro Gly Asp Asp Gly Pro Ser Gly Ala Glu Gly Pro Pro Gly 1 5 10 15 Pro Gln Gly
【0234】(2)配列番号21についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号21: GGTGAAGTTG ATGTCTTGTG 20
【0235】(2)配列番号22についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:23個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号22: GACCTTGCAT TTGAACTCCT TGC 23
【0236】(2)配列番号23についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号23: GGCTGTGGAA CTTGCTATTC 20
【0237】(2)配列番号24についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号24: GGGTGTGGAC CTTGCCATTC 20
【0238】(2)配列番号25についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号25: GGGTGTGGAC CTTGCTATTC 20
【0239】(2)配列番号26についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号26: GGSTGTGGAM CTTGCYATTC 20
【0240】(2)配列番号27についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:18個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号27: GCTTCCTGCT AATCAKTG 18
【0241】(2)配列番号28についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:21個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号28: GGCAGCAGAT CCAGGGGCCA G 21
【0242】(2)配列番号29についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:33個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号29: GGGAAAGCTT GTTAACTGCT CACTGGATGG TGG 33
【0243】(2)配列番号30についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:22個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号30: CTATTGCCTA CGGCAGCCGC TG 22
【0244】(2)配列番号31についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号31: CACATGATCT TTAAAGATAG 20
【0245】(2)配列番号32についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:136個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:9A4 VH シグナルペプチドの部
分 (B)位置:−11〜−1 (C)同定法:他のネズミ免疫グロブリンとの比較 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質9A4 VH (B)位置:1〜115 (C)同定法:アミノ末端配列決定、他のネズミ免疫グ
ロブリンとの比較 (ix)特徴: (A)名称/キー:ネズミIgG1 CH 1ドメインの
開始 (B)位置:116〜125 (C)同定法:他のネズミIgG1免疫グロブリンとの
比較 (xi)配列:配列番号32: Phe Leu Met Ala Ala Ala Gln Ser Ile Gln Ala Gln Ile Gln Leu Val -10 -5 1 5 Gln Ser Gly Pro Glu Leu Lys Lys Pro Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser 10 15 20 Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val 25 30 35 Lys Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr 40 45 50 Glu Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala 55 60 65 Phe Ser Leu Glu Thr Ser Ala Ser Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn 70 75 80 85 Leu Lys Asn Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Gly Ser 90 95 100 Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Ala Lys 105 110 115 Thr Thr Pro Pro Ser Val Tyr Pro 120 125
【0246】(2)配列番号33についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:119個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:9A4 VL シグナルペプチドの部
分 (B)位置:−7〜−1 (C)同定法:他のネズミ免疫グロブリンとの比較 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質9A4 VL (B)位置:1〜106 (C)同定法:アミノ末端配列決定、他のネズミ免疫グ
ロブリンとの比較 (ix)特徴: (A)名称/キー:ネズミL鎖不変カッパドメインの開
始 (B)位置:107〜112 (C)同定法:他のネズミカッパL鎖免疫グロブリンと
の比較 (xi)配列:配列番号33: Ser Val Ile Leu Ser Arg Gly Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Val -5 1 5 Phe Met Ser Ala Ser Pro Gly Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Ser Ala 10 15 20 25 Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Ser 30 35 40 Ser Pro Arg Leu Leu Ile His Ala Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val 45 50 55 Pro Val Arg Phe Ser Gly Gly Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr 60 65 70 Ile Ser Arg Met Glu Ala Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln 75 80 85 Trp Arg Ser Tyr Thr Arg Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile 90 95 100 105 Ile Arg Ala Asp Ala Ala Pro 110
【0247】(2)配列番号34についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:47個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号34: GAGGAGGCCC AGCCGGCCAT GGCCCAGATC CAGTTGGTGC AGTCTGG 47
【0248】(2)配列番号35についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:61個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号35: GCCGCTGCCA CCTCCGCCTG AACCGCCTCC ACCACTCGAG ACTGTGAGAG TGGTGCCTTG 60 G 61
【0249】(2)配列番号36についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:56個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号36: GGTTCAGGCG GAGGTGGCAG CGGCGGTGGC GGATCGCAAA TTGTTCTCAC CCAGTC 56
【0250】(2)配列番号37についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:38個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号37: GAAGGACGCC GGCGTATGAT TTCCAGCTTG GTGCCTCC 38
【0251】(2)配列番号38についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:36個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号38: AAGAAGCGGC CGCTATGATT TCCAGCTTGG TGCCTC 36
【0252】(2)配列番号39についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:23個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号39: AGCGGATAAC AATTTCACAC AGG 23
【0253】(2)配列番号40についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:284個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:pCANTAB6シグナルペプチド (B)位置:−22〜−1 (C)同定法:疎水性 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質9A4 scFv,
H −リンカー−V L −標識 (B)位置:1〜262 (ix)特徴: (A)名称/キー:9A4 VH (B)位置:1〜115 (ix)特徴: (A)名称/キー:(Gly4 ,Ser)3 リンカー (B)位置:116〜130 (ix)特徴: (A)名称/キー:9A4 VL (B)位置:131〜236 (ix)特徴: (A)名称/キー:His tag (B)位置:240〜245 (ix)特徴: (A)名称/キー:myc tag (B)位置:249〜258 (xi)配列:配列番号40: Met Lys Lys Leu Leu Phe Ala Ile Pro Leu Val Val Pro Phe Tyr Ala -20 -15 -10 Ala Gln Pro Ala Met Ala Gln Ile Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu -5 1 5 10 Leu Lys Lys Pro Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly 15 20 25 Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val Lys Gln Ala Pro Gly 30 35 40 Lys Gly Leu Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr Glu Thr Gly Glu Pro 45 50 55 Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala Phe Ser Leu Glu Thr 60 65 70 Ser Ala Ser Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn Leu Lys Asn Glu Asp 75 80 85 90 Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Gly Ser Leu Asp Tyr Trp Gly 95 100 105 Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly 110 115 120 Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro 125 130 135 Val Phe Met Ser Ala Ser Pro Gly Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Ser 140 145 150 Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly 155 160 165 170 Ser Ser Pro Arg Leu Leu Ile His Ala Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly 175 180 185 Val Pro Val Arg Phe Ser Gly Gly Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu 190 195 200 Thr Ile Ser Arg Met Glu Ala Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln 205 210 215 Gln Trp Arg Ser Tyr Thr Arg Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu 220 225 230 Ile Ile Ala Ala Ala His His His His His His Gly Ala Ala Glu Gln 235 240 245 250 Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Asn Gly Ala Ala 255 260
【0254】(2)配列番号41についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:21個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号41: GTCGTCTTTC CAGACGTTAG T 21
【0255】(2)配列番号42についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:25個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (xi)配列:配列番号42: Leu Ser Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys Lys Asp Asp Ala 5 10 15 Lys Lys Asp Asp Ala Lys Lys Asp Leu 20 25
【0256】(2)配列番号43についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:34個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号43: GAGGAGCCAT GGCCCAAATT GTTCTCACCC AGTC 34
【0257】(2)配列番号44についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:79個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号44: CTTTCTTAGC GTCATCCTTC TTCGCAGCAT CCTTTTTCGC ATCGTCCGCA CTAAGCTTGA 60 TTTCCAGCTT GGTGCCTCC 79
【0258】(2)配列番号45についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:70個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号45: CTGCGAAGAA GGATGACGCT AAGAAAGACG ATGCTAAAAA GGACCTCGAG ATCCAGTTGG 60 TGCAGTCTGG 70
【0259】(2)配列番号46についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:36個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号46: GAGGAAGCTA GCTGAGGAGA CTGTGAGAGT GGTGCC 36
【0260】(2)配列番号47についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:278個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:pATDFLAGシグナルペプチド
(pel B) (B)位置:−22〜−1 (C)同定法:疎水性 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質9A4 scFv,
L −リンカー−V H −FLAG標識 (B)位置:1〜256 (ix)特徴: (A)名称/キー:9A4 VL (B)位置:1〜106 (ix)特徴: (A)名称/キー:205Cリンカー (B)位置:107〜131 (ix)特徴: (A)名称/キー:9A4 VH (B)位置:132〜246 (ix)特徴: (A)名称/キー:FLAG標識 (B)位置:249〜256 (xi)配列:配列番号47: Met Lys Tyr Leu Leu Pro Thr Ala Ala Ala Gly Leu Leu Leu Leu Ala -20 -15 -10 Ala Gln Pro Ala Met Ala Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Val Phe -5 1 5 10 Met Ser Ala Ser Pro Gly Glu Lys Val Thr Met Thr Cys Ser Ala Ser 15 20 25 Ser Ser Val Ser Tyr Met Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Ser Ser 30 35 40 Pro Arg Leu Leu Ile His Ala Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro 45 50 55 Val Arg Phe Ser Gly Gly Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile 60 65 70 Ser Arg Met Glu Ala Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp 75 80 85 90 Arg Ser Tyr Thr Arg Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Ile 95 100 105 Leu Ser Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys Lys Asp Asp Ala 110 115 120 Lys Lys Asp Asp Ala Lys Lys Asp Leu Glu Ile Gln Leu Val Gln Ser 125 130 135 Gly Pro Glu Leu Lys Lys Pro Gly Glu Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys 140 145 150 Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Ser Ile His Trp Val Lys Gln 155 160 165 170 Ala Pro Gly Lys Gly Leu Lys Trp Met Gly Trp Ile Asn Thr Glu Thr 175 180 185 Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys Gly Arg Phe Ala Phe Ser 190 195 200 Leu Glu Thr Ser Ala Ser Thr Ala Tyr Leu Gln Ile Asn Asn Leu Lys 205 210 215 Asn Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Ala Arg Gly Gly Ser Leu Asp 220 225 230 Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Leu Thr Val Ser Ser Ala Ser Asp Tyr 235 240 245 250 Lys Asp Asp Asp Asp Lys 255
【0261】(2)配列番号48についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:116個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質5109 VH (B)位置:1〜116 (xi)配列:配列番号48: Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ser Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Thr Tyr 20 25 30 Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Thr Pro Asp Lys Arg Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Thr Ile Asn Ser Asn Gly Gly Leu Thr Phe Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Arg Leu Lys Ser Gly Asp Ser Gly Met Tyr Tyr Cys 85 90 95 Val Arg Gly Tyr Ser Asn Tyr Ala Arg Trp Gly Gln Gly Ala Leu Val 100 105 110 Thr Val Ser Ala 115
【0262】(2)配列番号49についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:112個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質5109 VL (B)位置:1〜112 (xi)配列:配列番号49: Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Thr Leu Ser Val Thr Ile Gly 1 5 10 15 Gln Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Gly Ser 20 25 30 Asp Gly Leu Thr Tyr Leu Ile Trp Leu Leu Gln Arg Pro Gly Gln Ser 35 40 45 Pro Lys Arg Leu Ile Phe Leu Val Ser Glu Leu Asp Ser Gly Val Pro 50 55 60 Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile 65 70 75 80 Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Leu Gly Val Tyr Tyr Cys Cys Gln Gly 85 90 95 Thr His Phe Pro His Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys 100 105 110
【0263】(2)配列番号50についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:24個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号50: GAAGTGCAGC TGGTGGAGTC TGGG 24
【0264】(2)配列番号51についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:20個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号51: GATGTTGTGA TGACCCAAAC 20
【0265】(2)配列番号52についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:24個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号52: CTGATCAGTC CAACTGTTCA GGAC 24
【0266】(2)配列番号53についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:17個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号53: GTAAAACGAC GGCCAG 16
【0267】(2)配列番号54についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:17個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号54: CAGGAAACAG CTATGAC 17
【0268】(2)配列番号55についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:49個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号55: GAAGAGCGGC CCAGCCGGCC ATGGCCGAAG TGCAGCTGGT GGAGTCTGG 49
【0269】(2)配列番号56についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:74個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号56: CGATCCGCCA CCGCCGCTGC CACCTCCGCC TGAACCGCCT CCACCACTCG AGACAGTGAC 60 CAGCGCCCCT TGGC 74
【0270】(2)配列番号57についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:66個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号57: GGTTCAGGCG GAGGTGGCAG CGGCGGTGGC GGATCGTCTG ATGTTGTGAT GACCCAAACT 60 CCACTC 66
【0271】(2)配列番号58についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:87個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号58: GGAAGGAGCG GCCGCTTTCA GCTCCAGCTT GGTCCCAGCA CCGAACGTGT GAGGAAAATG 60 TGTACCTTGG GAGCAATAAT AAACTCC 87
【0272】(2)配列番号59についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:36個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号59: GGAAGGAGCG GCCGCTTTCA GCTCCAGCTT GGTAGC 36
【0273】(2)配列番号60についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:21個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号60: CTCTTCTGAG ATGAGTTTTT G 21
【0274】(2)配列番号61についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:18個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号61: GAGGCGGTTC AGGCGGAG 18
【0275】(2)配列番号62についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:18個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号62: GATCCGCCAC CGCCGCTG 18
【0276】(2)配列番号63についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:289個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:タンパク質 (ix)特徴: (A)名称/キー:pCANTAB6シグナルペプチド (B)位置:−22〜−1 (C)同定法:疎水性 (ix)特徴: (A)名称/キー:成熟タンパク質5109scFv,
H −リンカー−V L −標識 (B)位置:1〜267 (ix)特徴: (A)名称/キー:5109VH (B)位置:1〜116 (ix)特徴: (A)名称/キー:リンカー (B)位置:117〜132 (ix)特徴: (A)名称/キー:5109VL (B)位置:133〜244 (ix)特徴: (A)名称/キー:myc標識 (B)位置:248〜257 (ix)特徴: (A)名称/キー:His標識 (B)位置:262〜267 (xi)配列:配列番号63: Met Lys Lys Leu Leu Phe Ala Ile Pro Leu Val Val Pro Phe Tyr Ala -20 -15 -10 Ala Gln Pro Ala Met Ala Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly -5 1 5 10 Ser Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly 15 20 25 Phe Thr Phe Asn Thr Tyr Gly Met Ser Trp Val Arg Gln Thr Pro Asp 30 35 40 Lys Arg Leu Glu Trp Val Ala Thr Ile Asn Ser Asn Gly Gly Leu Thr 45 50 55 Phe Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn 60 65 70 Ala Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Arg Leu Lys Ser Gly Asp 75 80 85 90 Ser Gly Met Tyr Tyr Cys Val Arg Gly Tyr Ser Asn Tyr Ala Arg Trp 95 100 105 Gly Gln Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly 110 115 120 Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Ser Asp Val Val Met Thr Gln 125 130 135 Thr Pro Leu Thr Leu Ser Val Thr Ile Gly Gln Ser Ala Ser Ile Ser 140 145 150 Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Gly Ser Asp Gly Leu Thr Tyr Leu 155 160 165 170 Ile Trp Leu Leu Gln Arg Pro Gly Gln Ser Pro Lys Arg Leu Ile Phe 175 180 185 Leu Val Ser Glu Leu Asp Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly Ser 190 195 200 Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Ala Glu Ala Glu 205 210 215 Asp Leu Gly Val Tyr Tyr Cys Cys Gln Gly Thr His Phe Pro His Thr 220 225 230 Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys Ala Ala Ala Glu Gln Lys 235 240 245 250 Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu Asn Ala Ala Ala His His His His His 255 260 265 His
【0277】(2)配列番号64についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:21個のアミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ペプチド (ix)特徴: (A)名称/キー:修飾され、且つ通常でないアミノ酸 (B)位置:17 (D)他の情報:“Xaa”は4Hypである (xi)配列:配列番号64: Glu Lys Gly Glu Pro Gly Asp Asp Ala Pro Ser Gly Ala Glu Gly Pro 5 10 15 Xaa Gly Pro Gln Gly 20
【0278】(2)配列番号65についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:62個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ix)特徴: (A)名称/キー:スパイクされたヌクレオチド (B)位置:25〜51 (C)他の情報:スパイキングのレベル=10% (xi)配列:配列番号65: GACTGTGAGA GTGGTGCCTT GGCCCCAGTA GTCAAGGCTA CCGCCCCTAG CACAGAAATA 60 TG 62
【0279】(2)配列番号66についての情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:26個の塩基対 (B)型:核酸 (C)鎖の数:一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号66: GCCAAGGCAC CACTCTCACA GTCTCC 26
【図面の簡単な説明】
【図1】9A4捕獲/Bt−5109サンドイッチEl
isaについての標準曲線を示す。
【図2】5109捕獲/Bt−9A4検出サンドイッチ
アッセイについての標準曲線を示す。
【図3】ペプチド054(配列番号18)による510
9結合の阻害についての標準曲線を示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI C12N 15/02 C12R 1:91) 15/09 C12N 5/00 B G01N 33/577 15/00 C //(C12N 15/09 ZNAA C12R 1:91) C12R 1:91) (72)発明者 ピーター スティーブン メゼス アメリカ合衆国,コネチカット 06371, オールド ライム,クラークス レーン 7 (72)発明者 イバン ジョージ オッターネス アメリカ合衆国,コネチカット 06340, グロートン,モニュメント ストリート 241 ナンバー 5 (56)参考文献 R.Clark Billinghu rst等,J.Clin.Inves t.,99(7),p.1534− (58)調査した分野(Int.Cl.7,DB名) G01N 33/53 C07K 16/18 C07K 16/42 C12N 1/21 C12N 5/10 C12N 15/02 C12N 15/09 G01N 33/577 C12N 15/09

Claims (26)

    (57)【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 タンパク質フラグメントについて生物学
    的媒体をモニターするための方法であって; 前記生物学的媒体と捕捉抗体とを接触せしめ、ここで該
    捕捉抗体は配列番号1及び2として配列表に示される配
    列に対して活性であり; 前記生物学的媒体と検出抗体とを接触せしめ、ここで該
    検出抗体は配列番号3及び4として配列表に示される配
    列に対して活性であり;そして前記捕獲及び検出抗体に
    対して結合したコラーゲンフラグメントの量を検出し;
    あるいは、 前記生物学的媒体と捕捉抗体とを接触せしめ、ここで該
    捕捉抗体は配列番号3及び4として配列表に示される配
    列に対して活性であり; 前記生物学的媒体と検出抗体とを接触せしめ、ここで該
    検出抗体は配列番号1及び2として配列表に示される配
    列に対して活性であり;そして前記捕獲及び検出抗体に
    対して結合したコラーゲンフラグメントの量を検出す
    る; ことを含んで成る方法。
  2. 【請求項2】 前記タンパク質フラグメントが、関節軟
    骨のコラゲナーゼ切断により生成されるコラーゲンフラ
    グメントである請求項1記載の方法。
  3. 【請求項3】 前記タンパク質フラグメントが、タイプ
    IIコラーゲンのコラゲナーゼ切断から生成される請求項
    2記載の方法。
  4. 【請求項4】 タンパク質フラグメントについて生物学
    的媒体をモニターするための方法であって; 前記生物学的媒体と、配列番号3及び4として配列表に
    示される配列に対して活性である5109と称する抗体
    とを接触せしめ;そして前記抗体に対して結合したタン
    パク質の量を検出する; ことを含んで成る方法であって、前記5109と称する
    抗体が、ハイブリドーマATCC HB−12435に
    より生産されるモノクローナル抗体、あるいは配列番号
    10及び48として配列表に示されるV H 配列並びに配
    列番号11及び49として配列表に示されるV L 配列を
    有する遺伝子操作された抗体であること を特徴とする方
    法。
  5. 【請求項5】 前記タンパク質フラグメントがコラーゲ
    ンフラグメントである請求項4記載の方法。
  6. 【請求項6】 前記捕捉抗体及び検出抗体がモノクロー
    ナル抗体である請求項1記載の方法。
  7. 【請求項7】 前記捕捉抗体及び検出抗体がモノクロー
    ナル抗体である請求項2記載の方法。
  8. 【請求項8】 前記捕捉抗体が遺伝子操作された抗体で
    ある請求項1記載の方法。
  9. 【請求項9】 前記検出抗体が遺伝子操作された抗体で
    ある請求項1記載の方法。
  10. 【請求項10】 9A4と称する前記捕捉抗体が、配列
    番号5及び32として配列表に示されるVH 配列、並び
    に配列番号6及び33として配列表に示されるVL 配列
    を有する請求項1記載の方法。
  11. 【請求項11】 5109と称する前記検出抗体が、配
    列番号10及び48として配列表に示されるVH 配列、
    並びに配列番号11及び49として配列表に示されるV
    L 配列を有する請求項1記載の方法。
  12. 【請求項12】 配列番号5及び32として配列表に示
    されるVH 配列、並びに配列番号6及び33として配列
    表に示されるVL 配列を有する、9A4と称する抗体。
  13. 【請求項13】 配列番号10及び48として配列表に
    示されるVH 配列、並びに配列番号11及び49として
    配列表に示されるVL 配列を有する、5109と称する
    抗体。
  14. 【請求項14】 配列番号1又は2として配列表に示さ
    れる構造から実質的に成るペプチドに対して結合する特
    異的結合パートナーを生成する、ATCCHB−124
    36の識別特徴を有する細胞系。
  15. 【請求項15】 配列番号3又は4として配列表に示さ
    れる構造から実質的に成るペプチドに対して結合する特
    異的結合パートナーを生成する、ATCCHB1243
    5の識別特徴を有する細胞系。
  16. 【請求項16】 それぞれATCC−98593及びA
    TCC−98592の特徴を有するE.コリp9A4I
    CAT7−1又はp9A4IF−5により発現される遺
    伝子操作された抗体9A4形。
  17. 【請求項17】 抗体5109の代わりに置換され得、
    そしてATCC−98594の特徴を有するE.コリp
    5109CscFvに由来するような遺伝子操作された
    抗体5109形。
  18. 【請求項18】 個々の半分の抗体がそのそれぞれの結
    合パートナーを認識する、抗体9A4及び5109のハ
    イブリダイゼーションにより生成される二元特異的抗
    体。
  19. 【請求項19】L (5109)−リンカー−VH
    (5109)−リンカー−VL (9A4)−リンカー−
    H (9A4)形で抗体9A4及び5109のVL 及び
    H ドメイン又はそれらの同等物を組合すことによって
    生成される前記抗体の遺伝子操作された組合せである二
    元特異的抗体。
  20. 【請求項20】 生物学的媒体におけるコラーゲンフラ
    グメントをモニターするための方法であって、前記生物
    学的媒体と、請求項22記載の二元特異的抗体9A4/
    5109とを接触せしめ;そして前記抗体に対して結合
    されるコラーゲンフラグメントの量を検出する; ことを含んで成る方法。
  21. 【請求項21】 抗体5109及び9A4の遺伝子操作
    された変異体から生成される請求項19に記載の二元特
    異的抗体。
  22. 【請求項22】 抗体9A4及び5109の対応するV
    L 及びVH と同じジャームライン遺伝子に由来するVL
    及びVH 遺伝子により抗体9A4又は5109に関連し
    ており、そしてその変更は配列中に存在するが、しかし
    L −VH 変異体の組合せが抗体9A4又は5109の
    結合特性を維持している抗体。
  23. 【請求項23】 配列番号1もしくは2に示される配列
    に対して活性な抗体、又は配列番号3もしくは4に示さ
    れる配列に対して活性な抗体であって、検出を促進する
    ためにラベルされる抗体。
  24. 【請求項24】 前記ラベルが、放射性、光学的、酵
    素、螢光偏光又は螢光消光ラベルである請求項23記載
    の抗体。
  25. 【請求項25】 配列番号1もしくは2に示される配列
    に対して活性な抗体、又は配列番号3もしくは4に示さ
    れる配列に対して活性な抗体であって、抗体の捕獲を促
    進するためにラベルされる抗体。
  26. 【請求項26】 前記ラベルが、ビオチン又は磁気粒子
    である請求項25記載の抗体。
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