JP2024526957A - 精製タンパク質組成物および生成方法 - Google Patents

精製タンパク質組成物および生成方法 Download PDF

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ランジャン パトナイク，
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Abstract

本開示は、菌体外ポリサッカリドおよびオフフレーバー成分を含む不要な副生成物を実質的に含まない組換えタンパク質を生成するための方法を提供する。精製方法は、アニオン性樹脂、カチオン交換樹脂、凝集剤、吸着剤および／または酵素での処理を含む。上記組換えタンパク質および上記副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞の発酵によって生成され得る。上記組換えタンパク質および上記副生成物を含む組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するために予め処理され得る。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０２１年７月２３日出願の米国仮出願第６３／２２５，３８８号および２０２１年７月２３日出願の米国仮出願第６３／２２５，４１０号（これらの各々の内容は、その全体において参考として援用される）に基づく利益を主張している。
背景
理想的には、消費用組換えタンパク質の組成物は、不要の製造成分、汚染物質、ならびに他の微生物成分および副生成物を含まない。場合によっては、組換え微生物細胞は、測定可能な量の不要の副生成物を合成し、これらは、市販の製品を生産する場合に、所望の消費用組換えタンパク質から単離されなければならない。このような不要の副生成物を実質的に含まない消費用組換えタンパク質を生成するための未だ満たされていないニーズが残っている。
要旨
本開示は、本明細書で開示される不要な副生成物を実質的に含まない消費用組換えタンパク質を生成するための方法を提供する。
本開示の一局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しないアニオン性樹脂を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
本開示の別の局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
本開示のさらなる局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
本開示のさらなる局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１種またはこれより多くの成分を可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
一局面において、本開示は、消費用組成物を調製するための方法を提供する。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質を消化するかまたは上記ＥＰＳを消化するかいずれかの酵素を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
別の局面において、本開示は、任意の本明細書で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
さらに、本明細書で開示される任意の組成物または方法は、任意の本明細書で開示される組成物または方法に適用可能である。言い換えると、本明細書で記載される任意の局面または実施形態は、本明細書で開示されるとおりの任意の他の局面または実施形態と組み合わされ得る。
本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲において特に示される。本発明の特徴および利点のよりよい理解は、本発明の原理が利用される例証的な実施形態を示す以下の詳細な説明および添付の図面を参照することによって得られる。
図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。 図１～図１０は、本開示のタンパク質生成物または精製ＥＰＳを生成するための方法を図示するフロー図である。
図１１は、上記で列挙される代表的な交換樹脂を使用する組換えタンパク質の分離を示すクロマトグラムである。黒の線は、タンパク質を示す２８０ｎｍの吸光度トレースである。
図１２は、例証的なタンパク質の精製のためにＳＰ ４００樹脂を使用するプロセスのクロマトグラムである。ｎ＝３、破線は、伝導度を示す。
図１３は、例証的なタンパク質の精製のためのＳＰ ４００およびＳｅｐｒａｇｅｎ Ｓ樹脂（２．７５：１．２５比）の組み合わせを使用するプロセスのクロマトグラムである。ｎ＝３、破線は、伝導度を示す。
図１４Ａは、例証的なタンパク質の精製のためのアニオン交換Ｃａｐｔｏ Ｑ樹脂を使用するプロセスにおける画分のクロマトグラムである。始めの２つの丸みのあるピークを有する曲線は、タンパク質溶離（２８０ｎｍ）を示し、角張った線はプロセスで使用された溶離緩衝液Ｂを示し、曲線は、プロセス中の使用を示し、最後のピークを有する曲線は、伝導度を示す（予測されるとおり、伝導度は、タンパク質溶離中に高く、ＣＩＰ溶離中に非常に高い）。
図１４Ｂは、図１４Ａに示される画分のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルである。レーン２は供給であり、レーン３はフロースルーであり、レーン４は溶離であり、レーン５は定置洗浄（ＣＩＰ）である。
図１５は、実施例４における試験からの上清の吸収スペクトルを示すチャートである。ｐＨが高いほど、全体的に吸光度がより高いことが示された。これは、タンパク質がｐＨ４よりｐＨ６においてより安定であることを示す。しかし、ｐＨ４．０では、試験した種々の吸着剤にわたって、Ｂｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５は、吸光度において最も大きな低下を示した。３５０ｎｍでは、上から下に、曲線は、Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００；フィルター助剤なし、ｐＨ４； ＥＺ ＤＥ － Ｃｅｌｉｔｅ ５４５の重ね合わせ － フィルター助剤なし、ｐＨ６； ＤＩＡＯＮ ＨＰＡ２５Ｌ － Ｃｈｉｔｏｓａｎ ８５％ 脱アセチル化の重ね合わせ；およびＢｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５である。
図１６は、実施例４から生成した上清のＥＰＳ分析を示すグラフである。
図１７は、実施例４からの上清の目的のタンパク質の分析を示すグラフである。
図１８は、コントロールおよび種々の再処理方法を比較する。五角形の中心コアの周りの曲線は、最も中性の好ましいタンパク質生成物である。味に関するデータ（五角形の右側に向いている）については、最も成績が悪いものはコントロールであり；次いで、熱および真空；次いで、イオン交換（ＩＥＸ）、熱、および真空；次いで、エタノールであり；最も成績がよかったものは、イオン交換であった。外観に関するデータ（最も上）に関しては、最も成績の悪いものは、熱および真空；次いで、コントロール；次いで、ＩＥＸ、熱および真空；次いで、イオン交換；最も成績がよかったものは、エタノールであった。
詳細な説明
本開示は、本明細書で開示される不要な副生成物を実質的に含まない消費用組換えタンパク質を生成するための方法を提供する。
組換えタンパク質が酵母細胞（例えば、Ｐｉｃｈｉａ）を発酵することによって生成される場合、上記組換え細胞は、組換え細胞副生成物も同様に生成することが発見された。上記組換え細胞副生成物成分は、例えば、組換え細胞副生成物が菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）である場合、組換えタンパク質とほぼ等しい割合で生成され得る。これは、生じるタンパク質生成物または消費用組成物において、より低い濃度の組換えタンパク質を生じる。いくつかの場合には、タンパク質生成物または消費用組成物中での組換え細胞副生成物の存在は、このましくない味覚を有し得る。さらに、タンパク質生成物または消費用組成物中での組換え細胞副生成物の存在は、上記組換え細胞副生成物を欠いているタンパク質生成物または消費用組成物に対して、異なる特性（例えば、密度、粘性、ゲル化、および風味）を有する。よって、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物（例えば、ＥＰＳおよび／またはオフフレーバー成分）を含む組成物を処理して、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための方法が、必要とされる。
樹脂ベースの精製
本開示の局面は、組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程；上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記組換え細胞副生成物に実質的に結合しない樹脂を含む工程；および上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程を包含する。この方法では、上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）またはオフフレーバー成分である。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的方法は、図１に示される。この局面の方法は、発酵プロセス中に生成される任意の細胞外生成物を分離するために使用され得る。上記組換え細胞副生成物（例えば、ＥＰＳまたはオフフレーバー成分）分子は、天然ではイオン性ではなく、イオン交換カラム中をフロースルーする。
実施形態において、上記樹脂は、アニオン交換体であるか、または上記樹脂は、カチオン交換樹脂である。いくつかの場合には、上記カチオン交換体は、強カチオン交換樹脂または弱カチオン交換樹脂である。いくつかの実施形態において、上記強カチオン交換樹脂は、スルホネートタイプ樹脂であるか、または上記弱カチオン交換樹脂は、カルボキシメチルタイプ樹脂である。
タンパク質を結合し得る任意の市販の樹脂が、使用され得る。
本開示の一局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しないアニオン性樹脂を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するように改変されない。
一部の実施形態において、上記アニオン樹脂は、強アニオン交換樹脂または弱アニオン交換樹脂である。
種々の実施形態において、上記アニオン樹脂は、Ｃａｐｔｏ Ｑ樹脂、ＤＥＡＥタイプ弱アニオン交換体、トリメチルアミノエチル基を有する樹脂、トリエチルアミノエチル基を有する樹脂、四級アミン基を有する樹脂のうちの１またはこれより多くのものである。
いくつかの実施形態において、上記アニオン樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素である。
実施形態において、上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する。
一部の実施形態において、上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である。
種々の実施形態において、上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている。
実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する。
一部の実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。
種々の実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む。
いくつかの実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
一部の実施形態において、上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる。
種々の実施形態において、熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する。
いくつかの実施形態において、上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである。
実施形態において、上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである。
一部の実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である。
種々の実施形態において、上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む。
いくつかの実施形態において、上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、例えば、過酸化水素の添加を包含する酸化工程をさらに受ける。
一部の実施形態において、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である。
実施形態において、上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンノースを含む。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む。
実施形態において、上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンナンである。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される。
実施形態において、上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される。
一部の実施形態において、上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である。
種々の実施形態において、上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である。
実施形態において、上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである。
一部の実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である。
種々の実施形態において、上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態において、上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する。
実施形態において、上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む。
一部の実施形態において、上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む。
種々の実施形態において、上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む。
いくつかの実施形態において、上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む。
実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する上記工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質または上記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤、ならびに／あるいはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む。
別の局面において、本開示は、任意の上記で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
本開示の別の局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
一部の実施形態において、上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、強カチオン交換樹脂、例えば、スルホプロピル－、スルホメチル－、もしくはスルホネート－タイプの樹脂、および／または弱カチオン交換樹脂、例えば、カルボキシメチルタイプ樹脂を含む。
種々の実施形態において、上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、ポリスチレンジビニルベンゼン、ポリメタクリレートもしくはセルロースもしくは架橋デキストランもしくは架橋アガロースまたは親水性ポリマーでコーティングされた無機物質を含む。
いくつかの実施形態において、上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、約５０μｍ～約２００μｍの粒度を有する、ならびに／または約５０～約１００ｇ タンパク質／Ｌ 樹脂のタンパク質結合能を有する。
実施形態において、上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、Ｃｙｔｉｖａ Ｃａｐｔｏ Ｓ、ＨＰ２０、Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００、Ｓｅｐｒａｇｅｎ Ｓ、ＳＰ２０、および／またはＭｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＥＸＥ３４９を含む。
一部の実施形態において、上記処理する工程は、２種のカチオン性樹脂を含み、ここで上記２種のカチオン性樹脂は、１：５～５：１、１：４～４：１、１：３～３：１、１：２～２：１、または１：１の比にある。
種々の実施形態において、上記２種の樹脂は、ＳＰ４００およびＳｅｐｒａｇｅｎ Ｓであり、約３：１、例えば、２．７５：１．２５の比にある。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より低いｐＨを有し、これは、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨを下げることによって達成される。
一部の実施形態において、上記１種またはこれより多くのカチオン性樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素であり、いくつかの場合には、上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する。
種々の実施形態において、上記１種またはこれより多くのカチオン性樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素であり、いくつかの場合には、上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である。
いくつかの実施形態において、上記上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている。
一部の実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する。
種々の実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。
いくつかの実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程およびダイアフィルトレーション処理をさらに含む。
実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
種々の実施形態において、上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、いくつかの場合には、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる。
いくつかの実施形態において、熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する。
実施形態において、上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである。
一部の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである。
種々の実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である。
いくつかの実施形態において、上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む。
実施形態において、上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、例えば、過酸化水素の添加を包含する酸化工程をさらに受ける。
種々の実施形態において、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記生成物における上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、マンノースを含む。
実施形態において、上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、マンナンである。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される。
一部の実施形態において、上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される。
種々の実施形態において、上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である。
いくつかの実施形態において、上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである。
実施形態において、上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である。
一部の実施形態において、上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである。
種々の実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である。
いくつかの実施形態において、上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである。
実施形態において、上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む。
種々の実施形態において、上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む。
いくつかの実施形態において、上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む。
実施形態において、上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する上記工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質または上記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤、ならびに／あるいはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む。
別の局面において、本開示は、任意の上記で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
種々の実施形態において、上記樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素である。いくつかの場合には、上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動するか、あるいは上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である。種々の場合には、上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む。
実施形態において、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するために予め処理され、非タンパク質低分子を除去するために予め処理されている。いくつかの場合には、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する。実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。
いくつかの実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む。実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
カチオン交換カラムＳＰ４００を使用する組換えタンパク質の精製を示す例証的クロマトグラムは、図１１に示される。カラムに結合される上記組換えタンパク質は、溶離ゾーン１および２（それぞれ、８分および１１分で始まる）において溶離された。より具体的には、溶離ゾーン２における画分は、装填中の非結合ピーク（およそ５分）、定置洗浄中の結合した生成物ピーク（ＣＩＰ；およそ１６分）、および溶離ゾーン１における他の緩く結合したタンパク質（およそ８分）から分離された目的の組換えタンパク質である。
いくつかの実施形態において、図１または図７に示されるプロセスのバリエーションは、上記組換え細胞副生成物不純物（例えば、ＥＰＳまたはオフフレーバー成分）とともに、宿主細胞タンパク質を溶離するために、供給を適用する前に、溶離緩衝液１中で上記カラムを平衡化することである。
図１または図７に示されるプロセスの別のバリエーションでは、上記濃縮工程は省略され、精密濾過した（ｍｉｃｒｏｆｉｌｔｅｒｅｄ）発酵上清を、溶離緩衝液１中で平衡化したカラムへと装填し；それによってカラム装填工程において、上記組換え細胞副生成物（例えば、ＥＰＳまたはオフフレーバー成分）、低分子不純物、および宿主細胞タンパク質を分離する。
タンパク質分離および細胞内タンパク質分離のためのプロセスは、文献中に記載されている。例えば、米国特許第１０，８５７，４８３号および同第９，８２１，２４９号を参照のこと；これらの各々の内容は、その全体において本明細書に参考として援用される。
疎水性溶媒または両親媒性溶媒ベースの精製
本開示の一局面は、組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程；上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離する条件下で上記組成物を処理する工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程を包含する。この方法では、上記組換え細胞副生成物は、オフフレーバー成分である。実施形態において、上記組成物を処理する工程は、 上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離する疎水性溶媒または両親媒性溶媒の使用を包含する。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的方法は、図６に示される。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換え細胞の発酵によって生成されている。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するために予め処理されている。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、非タンパク質低分子を除去するために予め処理されている。いくつかの場合には、非タンパク質低分子を除去する処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。非タンパク質低分子を除去する処理は、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含し得る。
いくつかの実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む。いくつかの場合には、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記オフフレーバー成分の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成し得る。
種々の実施形態において、上記オフフレーバー成分の量が低減した上記タンパク質生成物は、上記組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物に対するオフフレーバー成分の量において、少なくとも５０％低減を含む。いくつかの場合には、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するオフフレーバー成分において少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。いくつかの場合には、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
酵素ベースの精製
一局面において、本開示は、消費用組成物を調製するための方法を提供する。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質を消化するかまたは上記ＥＰＳを消化するかいずれかの酵素を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的な方法は、図２および図８に示される。この局面の方法は、発酵プロセス中に生成される任意の細胞外生成物を分離するために使用され得る。
実施形態において、上記酵素は、上記組換えタンパク質を消化するか、または上記組換え細胞副生成物を消化するかのいずれかである。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するように改変されない。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するために改変される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、約６である。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より低いｐＨを有する。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、ｐＨを下げることによって達成される。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質を消化する酵素は、ペプシンまたはトリプシンである。
種々の実施形態において、上記消化された組換えタンパク質は、１０ｋＤａ膜を有する限外濾過システムを通って透過する。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳを消化する酵素は、マンナーゼ、セルラーゼ、またはグルカナーゼである。
実施形態において、消化されていない組換えタンパク質は、５ｋＤａ膜を有する限外濾過システムによって濃縮される。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、クロマトグラフィーシステムをさらに包含する。
種々の実施形態において、上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する。
いくつかの実施形態において、上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である。
実施形態において、上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている。
種々の実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する。
いくつかの実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。
実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む。
一部の実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
いくつかの実施形態において、上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、いくつかの場合には、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる。
実施形態において、熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する。
一部の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである。
種々の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである。
いくつかの実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である。
実施形態において、上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む。
一部の実施形態において、上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、酸化工程をさらに受ける。
いくつかの実施形態において、上記酸化工程は、過酸化水素の添加を包含する。
実施形態において、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である。
実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンノースを含む。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む。
実施形態において、上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンナンである。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される。
いくつかの実施形態において、上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される。
実施形態において、上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である。
一部の実施形態において、上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である。
いくつかの実施形態において、上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである。
実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である。
一部の実施形態において、上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである。
種々の実施形態において、上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む。
実施形態において、上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む。
一部の実施形態において、上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む。
種々の実施形態において、上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないカチオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む。
別の局面において、本開示は、任意の上記で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
熱ベースの精製
本開示の一局面は、組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程；上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離する条件下で上記組成物を処理する工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程を包含する。この方法では、上記組換え細胞副生成物は、オフフレーバー成分である。
種々の実施形態において、上記組成物を処理する工程は熱の使用を包含し、いくつかの場合には、上記熱は、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離し、いくつかの場合には、上記熱は、上記組換え細胞副生成物が揮発し、ガス状組換え細胞副生成物が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的な方法は、図６に示される。
実施形態において、上記組成物は、熱が加えられる間に撹拌され得る。
いくつかの実施形態において、真空は、熱が加えられるのと同時に適用され得る。いくつかの場合には、上記真空は、上記ガス状組換え細胞副生成物の除去を促進する。
種々の場合には、上記温度は、８０℃までである。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換え細胞の発酵によって生成されている。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するために予め処理されている。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、非タンパク質低分子を除去するために予め処理されている。いくつかの場合には、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含し得る。
いくつかの実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の縫縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに包含する。いくつかの場合には、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記オフフレーバー成分の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成し得る。
種々の実施形態において、上記オフフレーバー成分の量が低減した上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するオフフレーバー成分の量において、少なくとも５０％低減を含む。いくつかの場合には、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対する上記オフフレーバー成分において、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。いくつかの場合には、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
吸着剤ベースの精製
本開示のさらなる局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程を包含する。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的な方法は、図３および図９に示される。この局面の方法は、発酵プロセス中に生成される任意の細胞外生成物を分離するために使用され得る。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するために改変されない。
実施形態において、上記吸着剤は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌している組換え細胞を含む培養培地に添加される。
いくつかの実施形態において、上記吸着剤が上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分にいったん結合すると、上記吸着剤は、上記組換えタンパク質から分離される。
種々の実施形態において、上記吸着剤は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に結合する場合、ストレーナー、濾過装置で、および／または遠心分離によって、上記組換えタンパク質から単離される。
いくつかの実施形態において、上記方法は、上記培養培地に、再び吸着剤を追加する工程をさらに包含する。
実施形態において、上記吸着剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去と同時に、バイオマス分離供給タンクに、および上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に提供される。
いくつかの実施形態において、上記吸着剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去後に提供される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている。
いくつかの実施形態において、吸着剤は、例えば、メタクリレートもしくはシリカ骨格を含む樹脂および／または疎水性吸着剤を含むか、またはＤＥＡＥタイプ弱アニオン交換体である。
実施形態において、上記吸着剤は、Ｄｏｗ Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＳＤ２、Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｄｉａｉｏｎ ＨＰ２０、Ｃｅｌｉｔｅ ５４５、Ｂｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５、ＤＩＡＩＯＮ ＨＰＡ２５Ｌ、Ｃｈｉｔｏｓａｎ ８５％ 脱アセチル化、ＥＺ ＤＥ、超純粋珪藻土、またはＲｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００である。
いくつかの実施形態において、上記吸着剤は、カラム中に提供され、例えば、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって、作動される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、クロマトグラフィーシステムをさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動するか、あるいは上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である。
実施形態において、上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている。
種々の実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する。
いくつかの実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。
実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む。
一部の実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
いくつかの実施形態において、上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、いくつかの場合には、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる。
実施形態において、熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する。
一部の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである。
種々の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである。
いくつかの実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である。
実施形態において、上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む。
一部の実施形態において、上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、酸化工程をさらに受ける。
いくつかの実施形態において、上記酸化工程は、過酸化水素の添加を包含する。
実施形態において、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である。
実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンノースを含む。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む。
実施形態において、上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンナンである。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される。
いくつかの実施形態において、上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される。
実施形態において、上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である。
一部の実施形態において、上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である。
いくつかの実施形態において、上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである。
実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である。
一部の実施形態において、上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである。
種々の実施形態において、上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む。
実施形態において、上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む。
一部の実施形態において、上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む。
種々の実施形態において、上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないカチオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉｉ）上記組換えタンパク質もしくは上記ＥＰＳを消化する酵素、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む。
別の局面において、本開示は、任意の上記で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
実施形態において、上記吸着剤が上記組換え細胞副生成物に可逆的に結合した後、上記吸着剤は、発酵培地から分離される。いくつかの場合には、上記吸着剤は、ストレーナーまたは他の濾過装置で分離される。種々の場合には、上記発酵培地には、吸着剤が再び追加される。
別の局面において、本開示は、任意の上記で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
凝集剤ベースの精製
本開示のさらなる局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程を包含する。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的な方法は、図４または図１０に示される。この局面の方法は、発酵プロセス中に生成される任意の細胞外生成物を分離するために使用され得る。
実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するために改変されない。
実施形態において、上記凝集剤は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌している組換え細胞を含む培養培地に添加される。
いくつかの実施形態において、上記凝集剤が上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分にいったん結合すると、上記凝集剤は、上記組換えタンパク質から分離される。
種々の実施形態において、上記凝集剤は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に結合する場合、ストレーナー、濾過装置で、および／または遠心分離によって、上記組換えタンパク質から単離される。
いくつかの実施形態において、上記方法は、上記培養培地に再び凝集剤を追加する工程をさらに包含する。
実施形態において、上記凝集剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去と同時に、バイオマス分離供給タンクに、および上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に提供される。
いくつかの実施形態において、上記凝集剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去後に提供される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている。
いくつかの実施形態において、上記凝集剤は、アニオン性凝集剤または中性凝集剤である。
実施形態において、上記凝集剤は、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １０８、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １０９、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １１０、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １１１もしくはＴｒａｍｆｌｏｃ １２０、Ｍａｇｎａｆｌｏｃ ３３３、Ｍａｇｎａｆｌｏｃ ３５５、またはＧｕｓｍｅｒ Ｄｉｖｅｒｇａｎ、Ｄｕｐｏｎｔ Ｐｏｌｙｏｘ、Ｃｅｌｉｔｅ ５４５、Ｂｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５、ＤＩＡＩＯＮ ＨＰＡ２５Ｌ、Ｃｈｉｔｏｓａｎ ８５％ 脱アセチル化、ＥＺ ＤＥ、超純粋珪藻土、あるいはＲｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００である。
いくつかの実施形態において、上記凝集剤は、カラム中に提供される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、クロマトグラフィーシステムをさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、あるいは上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である。
実施形態において、上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む。
一部の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている。
種々の実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する。
いくつかの実施形態において、非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む。
実施形態において、上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む。
一部の実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される。
いくつかの実施形態において、上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、いくつかの場合には、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる。
実施形態において、熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する。
一部の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである。
種々の実施形態において、上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである。
いくつかの実施形態において、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である。
実施形態において、上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む。
一部の実施形態において、上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、酸化工程をさらに受ける。
いくつかの実施形態において、上記酸化工程は、過酸化水素の添加を包含する。
実施形態において、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む。
実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む。
一部の実施形態において、上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である。
実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンノースを含む。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む。
実施形態において、上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む。
一部の実施形態において、上記ＥＰＳは、マンナンである。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される。
いくつかの実施形態において、上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される。
実施形態において、上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である。
一部の実施形態において、上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである。
種々の実施形態において、上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である。
いくつかの実施形態において、上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである。
実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である。
一部の実施形態において、上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである。
種々の実施形態において、上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む。
実施形態において、上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む。
一部の実施形態において、上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む。
種々の実施形態において、上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む。
いくつかの実施形態において、上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないカチオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉｉ）上記組換えタンパク質もしくは上記ＥＰＳを消化する酵素、ならびに／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む。
別の局面において、本開示は、任意の上記で開示される方法によって得られる消費用組成物を提供する。
タンパク質生成物およびタンパク質含有消費用組成物
本開示の別の局面は、任意の本明細書で開示される方法によって調製されるタンパク質生成物である。
本開示のさらに別の局面は、任意の本明細書で開示されるタンパク質生成物を含む消費用組成物である。
一局面において、本開示は、食料品における使用のための本明細書で開示される消費用組成物を提供する。
実施形態において、上記消費用組成物は、少なくとも１種の消費用成分をさらに含む。いくつかの場合には、上記消費用成分は、溶媒、例えば、水、炭酸水、アルコール、ジュース、および任意の他の市販の飲料である。
実施形態において、上記タンパク質生成物を含み、上記組換え細胞副生成物の量が低減した上記消費用組成物は、上記組換え細胞副生成物の量が低減していない等価な消費用組成物に対して１またはこれより多くの異なる特性を有する。
実施形態において、上記特性としては、密度、粘性、ゲル硬度、咀嚼性、泡沫能力、泡沫安定性、溶解度、透明性、質感、起泡性、ホイッピング、滲出性（ｓｅｅｐｉｎｇ）、ゲル化、清澄化、凝固、コーティング、結晶化制御、乾燥、食用包装フィルム、仕上げ、風味、強化、凍結能、光沢、湿潤性（ｈｕｍｅｃｔａｎｃｙ）、絶縁、保湿性、食感、ｐＨ安定性、タンパク質富化、豊富さ、貯蔵寿命延長、構造、軟化作用、質感、濃化、水結合、油結合、褐変、乳化、窒素：炭素比および／または抗微生物活性が挙げられる。いくつかの場合には、上記異なる特性は、上記特性における所望の増大を含むか、または異なる特性は、上記特性のおける所望の減少を含む。
本開示の一局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）またはオフフレーバー成分である工程；上記組換えタンパク質および上記ＥＰＳまたはオフフレーバー成分を分離する条件下で上記組成物を処理する工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記ＥＰＳの量が低減したタンパク質生成物を得る工程および／または上記分離したＥＰＳを収集し、それによって上記組換えタンパク質の量が低減したＥＰＳ生成物を得る工程；ならびに上記タンパク質生成物または上記ＥＰＳ生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程を包含する。この方法では、上記処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しない樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質もしくは上記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸収剤、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤を含む。
組換え細胞副生成物を収集するための方法
本明細書で開示される局面または実施形態のうちのいずれかにおいて、方法は、上記分離した組換え細胞副生成物を収集する工程をさらに包含し得る。いくつかの場合には、上記方法は、上記分離した組換え細胞副生成物を濃縮および／または精製し、それによって上記組換えタンパク質の量が低減したＥＰＳ生成物を得る工程をさらに包含する。
組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を生成し、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を分離するための例証的な方法は、図５に示される。この局面の方法は、発酵プロセス中に生成される任意の細胞外生成物を収集するために使用され得る。
一局面において、本開示は、任意の本明細書で開示される方法によって生成される菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）生成物を提供する。
別の局面において、本開示は、任意の本明細書で開示される菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）生成物を含む消費用組成物を提供する。
実施形態において、上記消費用組成物は、少なくとも１種の消費用成分をさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記消費用組成物は、食料品としての使用のためのものである。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、消費者に栄養補給を提供する。
実施形態において、上記ＥＰＳは、消費者の消化管細胞への病原体の結合を防止することによって、消費者の消化管の健康状態を改善する。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、有利な消化管微生物叢を促進することによって、消費者の消化管の健康状態を改善する。
本開示の一局面は、消費用組成物を調製するための方法である。上記方法は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）である工程；上記組換えタンパク質および上記ＥＰＳを分離する条件下で上記組成物を処理する工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記ＥＰＳの量が低減したタンパク質生成物を得る工程および／または上記分離したＥＰＳを収集し、それによって上記組換えタンパク質の量が低減したＥＰＳ生成物を得る工程；ならびに上記タンパク質生成物または上記ＥＰＳ生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程を包含する。この方法では、上記処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しない樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質もしくは上記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸収剤、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤を含む。
本開示の方法の特徴
実施形態において、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物における組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、いくつかの場合には、上記比は、約１：１である。
いくつかの実施形態において、上記組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対する組換え細胞副生成物の量において少なくとも５０％低減を含む。いくつかの場合には、上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対する組換え細胞副生成物の量において、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する。
種々の実施形態において、上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、上記組換え細胞副生成物を含む。いくつかの場合には、上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、上記組換え細胞副生成物を含む。
実施形態において、上記ＥＰＳまたはオフフレーバー成分は、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳまたはオフフレーバー成分は、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である。いくつかの場合には、上記組換えタンパク質および上記組換え細胞副生成物を含む上記組成物に存在する上記ＥＰＳまたはオフフレーバー成分は、上記組換え細胞の細胞壁に組み込まれるよりむしろ、上記組換え細胞から分泌されている。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する。
実施形態において、上記ＥＰＳは、マンノースを含む。いくつかの場合には、上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む。
いくつかの実施形態において、上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィー-、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む。ＥＰＳは、ｐｂ結合カラムを使用する方法を使用して定量され得る。分析用ＨｙｐｅｒＲＥＺ ＸＰ Ｐｂ＋＋カラム（８μｍ、３００×７．７ｍｍ、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉ．）は、測定のために使用され得る。このカラムは、流速０．６ｍＬ／分で作動され、屈折率検出器でモニターされるＵｌｔｉＭａｔｅ ３０００システム（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉ．）において水で溶離される。
種々の実施形態において、上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む。
実施形態において、上記ＥＰＳは、マンナンである。
いくつかの実施形態において、上記組換え細胞は、ＥＰＳを発現および／または分泌する細胞であり、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される。
種々の実施形態において、上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される。一部の場合には、上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である。一部の場合には、上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである。
実施形態において、上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である。一部の場合には、上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である。卵は、世界中でほぼ不可欠な食品成分である。卵および卵成分には、巨大な市場が存在する。卵は、高タンパク質および機能性食品内容物（ｎｕｔｒａｃｅｕｔｉｃａｌ ｃｏｎｔｅｎｔ）を提供し、牛乳と組み合わせて完全食品として考察されてきた。しかし、卵は、貯蔵寿命が限られており、感染性病原体を持ち込む傾向にある。全世界の人々、特に小児は、食物アレルギーと診断されているか、または彼らに卵を消費させないようにする食事制限を受けたりしている。また、卵の産業規模での生産の生産性を改善するために、非人道的な鶏の飼育条件に加えて、成長ホルモンの使用が導入されている。現在の卵代用品には、大きな限界がある。その製品はいずれも、起泡性およびゲル化への用途には拡張されない。パッケージにおける生成物組成は、時間を経るにつれて不安定になる。
一部の場合には、上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである。種々の場合には、上記卵白タンパク質は、ＯＶＡ、ＯＶＤ、ＯＶＴ、またはＯＶＬである。一部の場合には、上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する。
本明細書で開示される任意の組成物または方法は、任意の本明細書で開示される組成物または方法に適用可能である。言い換えると、本明細書で記載される任意の局面または実施形態は、本明細書で開示されるとおりの任意の他の局面または実施形態と組み合わされ得る。
定義
用語「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、当業者によって決定される場合に、特定の値に関する許容可能な誤差範囲内を意味する。これは、その値がどのようにして測定または決定されるか、例えば、その測定システムの限界に一部依存する。例えば、「約」は、当該分野の実務によれば、１または１より大きい標準偏差内を意味し得る。あるいは、「約」は、所定の値の２０％まで、１５％まで、１０％まで、５％まで、または１％までの範囲を意味し得る。あるは、特に、生物学的システムまたはプロセスに関して、その用語は、ある値の一桁以内、好ましくは５倍以内、およびより好ましくは２倍以内を意味し得る。特定の値が本出願および特許請求の範囲において記載される場合、別段述べられなければ、特定の値に関する許容可能な誤差範囲内を意味する用語「約」が、想定されるべきである。
配列同一性（例えば、パーセント相補性を評価する目的で）は、任意の適切なアラインメントアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（例えば、ワールドワイドウェブサイトにおいてｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．ｈｔｍｌで入手可能なＥＭＢＯＳＳ Ｎｅｅｄｌｅ ａｌｉｇｎｅｒを、必要に応じてデフォルト設定とともに参照のこと）、ＢＬＡＳＴアルゴリズム（例えば、ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉで入手可能なＢＬＡＳＴアラインメントツールを、必要に応じてデフォルト設定とともに参照のこと）、およびＳｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム（例えば、ワールドワイドウェブサイトにおいてｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｗａｔｅｒ／ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．ｈｔｒｎｌで入手可能なＥＭＢＯＳＳ Ｗａｔｅｒ ａｌｉｇｎｅｒを、必要に応じてデフォルト設定とともに参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない）によって測定され得る。最適なアラインメントは、デフォルトパラメーターを含め、選択されたアルゴリズムの任意の適切なパラメーターを使用して評価され得る。
用語「鳥類（ｂｉｒｄ）」とは、飼い慣らされた鳥類および飼い慣らされていない鳥類（例えば、野生など）の両方を含む。鳥類としては、家禽（ｐｏｕｌｔｒｙ）、家禽（ｆｏｗｌ）、水鳥、猟鳥、走禽類（例えば、飛べない鳥）、ニワトリ（Ｇａｌｌｕｓ ｄｏｍｅｓｔｉｃｕｓ）、ウズラ、シチメンチョウ、カモ、ダチョウ（Ｓｔｒｕｔｈｉｏ ｃａｍｅｌｕｓ）、ソマリダチョウ（Ｓｔｒｕｔｈｉｏ ｍｏｌｙｂｄｏｐｈａｎｅｓ）、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、エミュー（Ｄｒｏｍａｉｕｓ ｎｏｖａｅｈｏｌｌａｎｄｉａｅ）、アメリカレア（Ｒｈｅａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）、ダーウィンレア（Ｒｈｅａ ｐｅｎｎａｔａ）、およびキウイが挙げられるが、これらに限定されない。インビボで得られるかまたはインビトロで培養される生物学的実体の組織、細胞、およびそれらの子孫はまた、包含される。鳥類は産卵し得る。
本明細書で使用される場合、用語「消費用組成物（ｃｏｎｓｕｍａｂｌｅ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ）」または「消費用生成物（ｃｏｎｓｕｍａｂｌｅ ｐｒｏｄｕｃｔ）」とは、組換えタンパク質または組換えタンパク質および他の成分を含む組成物を含み、（例えば、食べる、咀嚼する、飲む、味わう、摂取する、または嚥下することによって）消費され得る組成物または生成物に言及する。消費用生成物としては、非限定的例として、食料品、飲料品、栄養補助食品、食品添加物、医薬品（ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｐｒｏｄｕｃｔ）、および衛生生成物が挙げられる。食料品としては、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングが挙げられるが、これらに限定されない。飲料品としては、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料が挙げられるが、これらに限定されない。栄養補助食品としては、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品が挙げられるが、これらに限定されない。消費用生成物または消費用組成物の消費者は、任意の動物（飼い慣らされた動物（例えば、家畜）およびヒトが挙げられる）である。
消費用生成物を処理して、処理された消費用生成物を形成することとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：凍結、冷却、加熱、焼成、焼き付け、炙る、茹でる、脱色、パッケージング、缶詰加工、漂白、富化、乾燥、圧縮、製粉、混合、部分的に調理する（ｐａｒｃｏｏｋｉｎｇ）、調理する、プルーフィング（ｐｒｏｏｆｉｎｇ）、マリネする、カットする、スライスする、賽の目切りにする、粉砕する、細かく切る、切り刻む、シェークする、芯抜きする、らせん状に切る（ｓｐｉｒａｌｉｚｉｎｇ）、延ばす（ｒｏｌｌｉｎｇ）、汁を搾る、裏漉しする、濾過する、練る、泡立てる（ｗｈｉｓｋｉｎｇ）、強くかき混ぜる、ホイッピング（ｗｈｉｐｐｉｎｇ）、すりおろす、詰め物をする、皮をむく、種を取り除く、燻す、塩漬けする（ｃｕｒｉｎｇ）、塩蔵する（ｓａｌｔｉｎｇ）、保存する、ピクルスにする、発酵させる、均質化する、低温殺菌する、滅菌する、安定化する、ブレンドする、ピューレにする、栄養価を強化する、精製する（ｒｅｆｉｎｉｎｇ）、水素化する、熟成させる、保存期間の延長、または酵素を添加する。
本明細書で使用される場合、用語「溶媒（ｓｏｌｖｅｎｔ）」とは、組成物または組成物の１つもしくはこれより多くの構成要素（例えば、タンパク質）と混合され得る、あるいはそれらを溶解するために使用され得る液体をいう。溶媒の非限定的な例としては、水、エタノールおよびイソプロパノールが挙げられる。この溶媒は、飲用に適したものであり得る。溶媒は、水であり得る。水の非限定的な例としては、精製水、蒸留水、二重蒸留水、脱イオン水、蒸留脱イオン水、飲用水、井戸水、水道水、湧水、瓶詰め飲用水、炭酸水、ミネラルウォーター、フレーバーウォーター、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。溶媒は、２種またはこれより多くの別個の溶媒の組み合わせであり得る。
さらなる実施形態
実施形態１．消費用組成物を調製するための方法であって、上記方法は、
組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しないアニオン性樹脂を含む工程；
上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
を包含する方法。
実施形態２．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である、実施形態１に記載の方法。
実施形態３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である、実施形態１または実施形態２に記載の方法。
実施形態４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、実施形態１に記載の方法。
実施形態５．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する、実施形態１～４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するように改変されない、実施形態５に記載の方法。
実施形態７．上記アニオン樹脂は、強アニオン交換樹脂または弱アニオン交換樹脂である、実施形態１～６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８．上記アニオン樹脂は、Ｃａｐｔｏ Ｑ樹脂、ＤＥＡＥタイプ弱アニオン交換体、トリメチルアミノエチル基を有する樹脂、トリエチルアミノエチル基を有する樹脂、四級アミン基を有する樹脂のうちの１またはこれより多くのものである、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９．上記アニオン樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素である、実施形態１～８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０．上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、実施形態９に記載の方法。
実施形態１１．上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、実施形態９に記載の方法。
実施形態１２．上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、実施形態１１に記載の方法。
実施形態１３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、実施形態４～１２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１５．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、実施形態１３または実施形態１４に記載の方法。
実施形態１６．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態１６に記載の方法。
実施形態１８．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９．上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、実施形態１７または実施形態１８に記載の方法。
実施形態２０．熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、実施形態１９に記載の方法。
実施形態２１．上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、実施形態１～２０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２．上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、実施形態１７～２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４．上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む、実施形態１７～２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５．上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、実施形態１７～２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、例えば、過酸化水素の添加を包含する酸化工程をさらに受ける、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７．組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８．上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、実施形態２７に記載の方法。
実施形態２９．上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３０．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３１．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３２．上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３３．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３４．上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、実施形態１～３３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３５．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３６．上記ＥＰＳは、マンノースを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３７．上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３８．上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、実施形態１～３７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態３９．上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、実施形態１～３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４０．上記ＥＰＳは、マンナンである、実施形態１～３９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４１．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、実施形態１～４０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４２．上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、実施形態１～４１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４３．上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、実施形態４１または実施形態４２に記載の方法。
実施形態４４．上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、実施形態４３に記載の方法。
実施形態４５．上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、実施形態１～４４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４６．上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、実施形態４５に記載の方法。
実施形態４７．上記タンパク質は、卵白タンパク質である、実施形態４５に記載の方法。
実施形態４８．上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、実施形態４７に記載の方法。
実施形態４９．上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、実施形態４７または実施形態４８に記載の方法。
実施形態５０．上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５１．上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、実施形態５０に記載の方法。
実施形態５２．上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、実施形態５０に記載の方法。
実施形態５３．上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、実施形態５０に記載の方法。
実施形態５４．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する上記工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質または上記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤、ならびに／あるいはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、実施形態１～５３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５５．実施形態１～５４のいずれか１つに記載の方法によって得られる消費用組成物。
実施形態５６．消費用組成物を調製するための方法であって、上記方法は、
組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂を含む工程；
上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
を包含する方法。
実施形態５７．上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、強カチオン交換樹脂、例えば、スルホプロピル－、スルホメチル－、もしくはスルホネート－タイプの樹脂、および／または弱カチオン交換樹脂、例えば、カルボキシメチルタイプ樹脂を含む、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５８．上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、ポリスチレンジビニルベンゼン、ポリメタクリレートもしくはセルロースもしくは架橋デキストランもしくは架橋アガロースまたは親水性ポリマーでコーティングされた無機物質を含む、実施形態５６または実施形態５７に記載の方法。
実施形態５９．上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、約５０μｍ～約２００μｍの粒度を有する、ならびに／または約５０～約１００ｇ タンパク質／Ｌ 樹脂のタンパク質結合能を有する、実施形態５６～５８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態60．上記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、Ｃｙｔｉｖａ Ｃａｐｔｏ Ｓ、ＨＰ２０、Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００、Ｓｅｐｒａｇｅｎ Ｓ、ＳＰ２０、および／またはＭｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＥＸＥ３４９を含む、実施形態５６～５９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６１．上記処理する工程は、２種のカチオン性樹脂を含み、ここで上記２種のカチオン性樹脂は、１：５～５：１、１：４～４：１、１：３～３：１、１：２～２：１、または１：１の比にある、実施形態５６～６０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６２．上記２種の樹脂は、ＳＰ４００およびＳｅｐｒａｇｅｎ Ｓであり、約３：１、例えば、２．７５：１．２５の比にある、実施形態６１に記載の方法。
実施形態６３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、実施形態５６～６２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より低いｐＨを有し、これは、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨを下げることによって達成される、実施形態５６～６３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６５．上記１種またはこれより多くのカチオン性樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素であり、ここで上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、実施形態５６～６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６６．上記１種またはこれより多くのカチオン性樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素であり、ここで上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、実施形態５６～６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６７．上記上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、実施形態６６に記載の方法。
実施形態６８．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、実施形態６２～６７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態６９．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する、実施形態６８に記載の方法。
実施形態７０．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、実施形態６８または実施形態６９に記載の方法。
実施形態７１．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程およびダイアフィルトレーション処理をさらに含む、実施形態５６～７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７２．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態７１に記載の方法。
実施形態７３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態５６～７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７４．上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、実施形態７２または実施形態７３に記載の方法。
実施形態７５．熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、実施形態７４に記載の方法。
実施形態７６．上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、実施形態５６～７５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７７．上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、実施形態５６～７６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７８．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、実施形態７２～７７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７９．上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む、実施形態７２～７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８０．上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、実施形態７２～７９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８１．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、例えば、過酸化水素の添加を包含する酸化工程をさらに受ける、実施形態５６～８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８２．組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記生成物における上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、実施形態５６～８１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８３．上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、実施形態８２に記載の方法。
実施形態８４．上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態８３に記載の方法。
実施形態８５．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態５６～８４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８６．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む、実施形態５６～８５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８７．上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、実施形態５６～８６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８８．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である、実施形態５６～８７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８９．上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、実施形態５６～８８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９０．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、実施形態５６～８９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９１．上記ＥＰＳは、マンノースを含む、実施形態５６～９０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９２．上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、実施形態５６～９１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９３．上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、実施形態５６～９２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９４．上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、実施形態５６～９３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９５．上記ＥＰＳは、マンナンである、実施形態５６～９４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９６．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、実施形態５６～９５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９７．上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、実施形態５６～９６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９８．上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、実施形態９６または実施形態９７に記載の方法。
実施形態９９．上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、実施形態９８に記載の方法。
実施形態１００．上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、実施形態５６～９９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０１．上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、実施形態１００に記載の方法。
実施形態１０２．上記タンパク質は、卵白タンパク質である、実施形態１００に記載の方法。
実施形態１０３．上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、実施形態１０２に記載の方法。
実施形態１０４．上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、実施形態１０２または実施形態１０３に記載の方法。
実施形態１０５．上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、実施形態５６～１０４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０６．上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、実施形態１０５に記載の方法。
実施形態１０７．上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、実施形態１０５に記載の方法。
実施形態１０８．上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、実施形態１０５に記載の方法。
実施形態１０９．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する上記工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質または上記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤、ならびに／あるいはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、実施形態５６～１０８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１０．実施形態５６～１０９のいずれか１つに記載の方法によって得られる消費用組成物。
実施形態１１１．消費用組成物を調製するための方法であって、上記方法は、
組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤を含む工程；
上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
を包含する方法。
実施形態１１２．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である、実施形態１１１または実施形態１１２に記載の方法。
実施形態１１４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する、実施形態１１１～１１３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１５．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するように改変されない、実施形態１１４に記載の方法。
実施形態１１６．上記凝集剤は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌している組換え細胞を含む培養培地に添加される、実施形態１１１～１１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１７．上記凝集剤が上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分にいったん結合すると、上記凝集剤は、上記組換えタンパク質から分離される、実施形態１１１～１１６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１８．上記凝集剤は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に結合する場合、ストレーナー、濾過装置で、および／または遠心分離によって、上記組換えタンパク質から単離される、実施形態１１７に記載の方法。
実施形態１１９．上記培養培地に、再び凝集剤を追加する工程をさらに包含する、実施形態１１８に記載の方法。
実施形態１２０．上記凝集剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去と同時に、バイオマス分離供給タンクに、および上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に提供される、実施形態１１１～１１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２１．上記凝集剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去後に提供される、実施形態１１１～１１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２２．種上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、実施形態１２１に記載の方法。
実施形態１２３．上記凝集剤は、アニオン性凝集剤または中性凝集剤である、実施形態１１１～１２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２４．上記凝集剤は、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １０８、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １０９、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １１０、Ｔｒａｍｆｌｏｃ １１１もしくはＴｒａｍｆｌｏｃ １２０、Ｍａｇｎａｆｌｏｃ ３３３、Ｍａｇｎａｆｌｏｃ ３５５、またはＧｕｓｍｅｒ Ｄｉｖｅｒｇａｎ、Ｄｕｐｏｎｔ Ｐｏｌｙｏｘ、Ｃｅｌｉｔｅ ５４５、Ｂｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５、ＤＩＡＩＯＮ ＨＰＡ２５Ｌ、Ｃｈｉｔｏｓａｎ ８５％ 脱アセチル化、ＥＺ ＤＥ、超純粋珪藻土、あるいはＲｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００である、実施形態１１１～１２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２５．上記凝集剤は、カラム中に提供される、実施形態１１１～１２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２６．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、クロマトグラフィーシステムをさらに含む、実施形態１１１～１２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２７．上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、あるいは上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、実施形態１２６に記載の方法。
実施形態１２８．上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、実施形態１２７に記載の方法。
実施形態１２９．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、実施形態１２１～１２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３０．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する、実施形態１２９に記載の方法。
実施形態１３１．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、実施形態１２９または実施形態１３０に記載の方法。
実施形態１３２．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む、実施形態１１１～１３１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３３．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態１３２に記載の方法。
実施形態１３４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態１１１～１３１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３５．上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、実施形態１３３または実施形態１３４に記載の方法。
実施形態１３６．熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１３７．上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、実施形態１１１～１３６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３８．上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、実施形態１１１～１３７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３９．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４０．上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む、実施形態１３３～１３９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４１．上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、実施形態１３３～１４０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４２．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、酸化工程をさらに受ける、実施形態１１１～１４１のいずれか１つに記載の方法。実施形態１４３．上記酸化工程は、過酸化水素の添加を包含する、実施形態１４２に記載の方法。
実施形態１４４．組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、実施形態１１１～１４３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４５．上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、実施形態１４４に記載の方法。
実施形態１４６．上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態１４５に記載の方法。
実施形態１４７．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態１１１～１４６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４８．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む、実施形態１１１～１４７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１４９．上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、実施形態１１１～１４８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５０．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である、実施形態１１１～１４９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５１．上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、実施形態１１１～１５０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５２．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、実施形態１１１～１５１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５３．上記ＥＰＳは、マンノースを含む、実施形態１１１～１５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５４．上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、実施形態１１１～１５３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５５．上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、実施形態１１１～１５４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５６．上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、実施形態１１１～１５５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５７．上記ＥＰＳは、マンナンである、実施形態１１１～１５６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５８．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、実施形態１１１～１５７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１５９．上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、実施形態１１１～１５８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６０．上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、実施形態１５８または実施形態１５９に記載の方法。
実施形態１６１．上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、実施形態１６０に記載の方法。
実施形態１６２．上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、実施形態１１１～１６１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６３．上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、実施形態１６２に記載の方法。
実施形態１６４．上記タンパク質は、卵白タンパク質である、実施形態１６３に記載の方法。
実施形態１６５．上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、実施形態１６４に記載の方法。
実施形態１６６．上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、実施形態１６４または実施形態１６５に記載の方法。
実施形態１６７．上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、実施形態１１１～１６６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６８．上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、実施形態１６７に記載の方法。
実施形態１６９．上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、実施形態１６７に記載の方法。
実施形態１７０．上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、実施形態１６７に記載の方法。
実施形態１７１． 上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないカチオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉｉ）上記組換えタンパク質もしくは上記ＥＰＳを消化する酵素、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、実施形態１１１～１７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７２．実施形態１１１～１７１のいずれか１つに記載の方法によって得られる消費用組成物。
実施形態１７３．消費用組成物を調製するための方法であって、上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に可逆的に結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程を包含する方法。
実施形態１７４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である、実施形態１７３に記載の方法。
実施形態１７５．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である、実施形態１７３または実施形態１７４に記載の方法。
実施形態１７６．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する、実施形態１７３～１７５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７７．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するために改変されない、実施形態１７６に記載の方法。
実施形態１７８．上記吸着剤は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌している組換え細胞を含む培養培地に添加される、実施形態１７３～１７７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７９．上記吸着剤が上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分にいったん結合すると、上記吸着剤は、上記組換えタンパク質から分離される、実施形態１７３～１７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８０．上記吸着剤は、上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に結合する場合、ストレーナー、濾過装置で、および／または遠心分離によって、上記組換えタンパク質から単離される、実施形態１７９に記載の方法。
実施形態１８１．上記培養培地に、再び吸着剤を追加する工程をさらに包含する、実施形態１８０に記載の方法。
実施形態１８２．上記吸着剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去と同時に、バイオマス分離供給タンクに、および上記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に提供される、実施形態１７３～１８１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８３．上記吸着剤は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスの除去後に提供される、実施形態１７３～１８１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、実施形態１８３に記載の方法。
実施形態１８５．吸着剤は、例えば、メタクリレートもしくはシリカ骨格を含む樹脂および／または疎水性吸着剤を含むか、またはＤＥＡＥタイプ弱アニオン交換体である、実施形態１７３～１８４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８６．上記吸着剤は、Ｄｏｗ Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＳＤ２、Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｄｉａｉｏｎ ＨＰ２０、Ｃｅｌｉｔｅ ５４５、Ｂｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５、ＤＩＡＩＯＮ ＨＰＡ２５Ｌ、Ｃｈｉｔｏｓａｎ ８５％ 脱アセチル化、ＥＺ ＤＥ、超純粋珪藻土、またはＲｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００である、実施形態１７３～１８５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８７．上記吸着剤は、カラム中に提供され、例えば、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって、作動される、実施形態１７３～１８６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８８．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、クロマトグラフィーシステムをさらに含む、実施形態１７３～１８７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８９．上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動するか、あるいは上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、実施形態１８８に記載の方法。
実施形態１９０．実施形態において、上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、実施形態１８９に記載の方法。
実施形態１９１．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、実施形態１８３～１９０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９２．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する、実施形態１９１に記載の方法。
実施形態１９３．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、実施形態１９１または実施形態１９２に記載の方法。
実施形態１９４．上記方法は、好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む、実施形態１７３～１９３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９５．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態１９４に記載の方法。
実施形態１９６．種々の実施形態において、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態１７３～１９３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１９７．上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、実施形態１９５または実施形態１９６に記載の方法。
実施形態１９８．実施形態において、熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、実施形態１９７に記載の方法。
実施形態１９９．上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、実施形態１７３～１９８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２００．上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、実施形態１７３～１９９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０１．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、実施形態１９５～２００のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０２．上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む、実施形態１９５～２０１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０３．上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、実施形態１９５～２０２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、酸化工程をさらに受ける、実施形態１７３～２０３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０５．上記酸化工程は、過酸化水素の添加を包含する、実施形態２０４に記載の方法。
実施形態２０６．組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、実施形態１７３～２０５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０７．上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、実施形態２０６に記載の方法。
実施形態２０８．上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態２０７に記載の方法。
実施形態２０９．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態１７３～２０８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１０．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む、実施形態１７３～２０９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１１．上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、実施形態１７３～２１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１２．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である、実施形態１７３～２１１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１３．上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、実施形態１７３～２１２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１４．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、実施形態１７３～２１３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１５．上記ＥＰＳは、マンノースを含む、実施形態１７３～２１４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１６．上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、実施形態１７３～２１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１７．上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、実施形態１７３～２１６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１８．上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、実施形態１７３～２１７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１９．上記ＥＰＳは、マンナンである、実施形態１７３～２１８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２０．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、実施形態１７３～２１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２１．上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、実施形態１７３～２２０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２２．上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、実施形態２２０または実施形態２２１に記載の方法。
実施形態２２３．上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、実施形態２２２に記載の方法。
実施形態２２４．上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、実施形態１７３～２２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２２５．上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、実施形態２２４に記載の方法。
実施形態２２６．実施形態において、上記タンパク質は、卵白タンパク質である、実施形態２２５に記載の方法。
実施形態２２７．上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、実施形態２２６に記載の方法。
実施形態２２８．上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、実施形態２２６または実施形態２２７に記載の方法。
実施形態２２９．上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、実施形態１７３～２２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３０．上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、実施形態２２９に記載の方法。
実施形態２３１．上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、実施形態２２９に記載の方法。
実施形態２３２．上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、実施形態２２９に記載の方法。
実施形態２３３．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないカチオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉｉ）上記組換えタンパク質もしくは上記ＥＰＳを消化する酵素、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、実施形態１７３～２３２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２３４．実施形態１７３～２３３のいずれか１つに記載の方法によって得られる消費用組成物。
実施形態２３５．消費用組成物を調製するための方法であって、上記方法は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで上記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程であって、ここで上記処理する工程は、上記組換えタンパク質を消化するかまたは上記ＥＰＳを消化するかいずれかの酵素を含む工程；上記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および上記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、を包含する方法。
実施形態２３６．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、細胞培養培地である、実施形態２３５に記載の方法。
実施形態２３７．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である、実施形態２３５または実施形態２３６に記載の方法。
実施形態２３８．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、実施形態２３５に記載の方法。
実施形態２３９．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する、実施形態２３５～２３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４０．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するように改変されない、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４１．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、上記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するために改変される、実施形態２３９に記載の方法。
実施形態２４２．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、約６である、実施形態２４０に記載の方法。
実施形態２４３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、上記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より低いｐＨを有する、実施形態２３５～２３８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４４．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物のｐＨは、ｐＨを下げることによって達成される、実施形態２４３に記載の方法。
実施形態２４５．上記組換えタンパク質を消化する酵素は、ペプシンまたはトリプシンである、実施形態２３５～２４４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４６．上記消化された組換えタンパク質は、１０ｋＤａ膜を有する限外濾過システムを通って透過する、実施形態２４５に記載の方法。
実施形態２４７．上記ＥＰＳを消化する酵素は、マンナーゼ、セルラーゼ、またはグルカナーゼである、実施形態２３５～２４４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２４８．消化されていない組換えタンパク質は、５ｋＤａ膜を有する限外濾過システムによって濃縮される、実施形態２４７に記載の方法。
実施形態２４９．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、クロマトグラフィーシステムをさらに包含する、実施形態２３５～２４８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５０．上記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、実施形態２４９に記載の方法。
実施形態２５１．上記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、上記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、実施形態２４９に記載の方法。
実施形態２５２．上記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、実施形態２５１に記載の方法。
実施形態２５３．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、実施形態２４５～２５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５４．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物を濃縮する工程を包含する、実施形態２５３に記載の方法。
実施形態２５５．非タンパク質低分子を除去する上記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、実施形態２５３または実施形態２５４に記載の方法。
実施形態２５６．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、上記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む、実施形態２３５～２５５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５７．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態２５６に記載の方法。
実施形態２５８．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物ならびに／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された上記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、実施形態２３５～２５５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５９．上記熱処理は、上記組換えタンパク質および上記オフフレーバー成分を分離し、上記熱は、上記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、実施形態２５７または実施形態２５８に記載の方法。
実施形態２６０．熱が加えられるのと同時に真空が適用され、上記真空は、上記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、実施形態２５９に記載の方法。
実施形態２６１．上記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、実施形態２３５～２６０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６２．上記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、実施形態２３５～２６１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６３．好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する上記タンパク質含有組成物、上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物、ならびに／または上記熱処理中に上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、実施形態２５７～２６２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６４．上記方法は、上記熱処理中の撹拌を含む、実施形態２５７～２６３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６５．上記熱処理および／または乾燥する工程は、上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、実施形態２５７～２６４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６６．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物および／または上記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した上記タンパク質生成物は、酸化工程をさらに受ける、実施形態２３５～２６５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６７．上記酸化工程が、過酸化水素の添加を包含する、実施形態２６６に記載の方法。
実施形態２６８．組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物中の上記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、実施形態２３５～２６７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２６９．上記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を含む上記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、実施形態２６８に記載の方法。
実施形態２７０．上記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態２６９に記載の方法。
実施形態２７１．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、実施形態２３５～２７０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７２．上記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、上記オフフレーバー成分を含む、実施形態２３５～２７１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７３．上記タンパク質生成物中の上記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、実施形態２３５～２７２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７４．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、上記組換えタンパク質から概して分離不能である、実施形態２３５～２７３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７５．上記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、実施形態２３５～２７４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７６．上記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、実施形態２３５～２７５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７７．上記ＥＰＳは、マンノースを含む、実施形態２３５～２７６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７８．上記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、実施形態２３５～２７７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２７９．上記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、実施形態２３５～２７８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８０．上記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、実施形態２３５～２７９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８１．上記ＥＰＳは、マンナンである、実施形態２３５～２８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８２．上記組換えタンパク質および上記複数の組換え細胞副生成物を発現する上記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、実施形態２３５～２８１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８３．上記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、実施形態２３５～２８２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８４．上記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、実施形態２８２または実施形態２８３に記載の方法。
実施形態２８５．上記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、実施形態２８４に記載の方法。
実施形態２８６．上記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、実施形態２３５～２８５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２８７．上記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、実施形態２８６に記載の方法。
実施形態２８８．上記タンパク質は、卵白タンパク質である、実施形態２８７に記載の方法。
実施形態２８９．上記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、実施形態２８８に記載の方法。
実施形態２９０．上記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される上記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、実施形態２８８または実施形態２８９に記載の方法。
実施形態２９１．上記タンパク質生成物を含む上記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、実施形態２３５～２９０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２９２．上記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、実施形態２９１に記載の方法。
実施形態２９３．上記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、実施形態２９１に記載の方法。
実施形態２９４．上記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、実施形態２９１に記載の方法。
実施形態２９５．上記組換えタンパク質を上記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で上記組成物を処理する工程は、ｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないカチオン性樹脂、ｉｉ）上記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ上記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉｉ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤、および／またはｉｖ）上記ＥＰＳに結合しかつ上記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、実施形態２３５～２９４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２９６．本開示は、実施形態２３５～２９５のいずれか１つに記載の方法によって得られる消費用組成物。
さらに、本明細書で記載される上記の実施形態は、上記で開示されるとおりの任意の他の実施形態と組み合わされ得る。
実施例１： 組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するための樹脂の使用
本開示の（例えば、図１に示されるとおりの）方法を使用して、組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製した。この実施例では、組換え卵白タンパク質を使用した。
表１（以下）は、上記組換え細胞副生成物の量を低減するための樹脂ベースの（例えば、クロマトグラフィー）精製プロセスの使用前および使用後の代表的な組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む組成物を示す。
Figure 2024526957000002
上記精製タンパク質をさらに使用して、市販の卵白に類似の特有のゲル化特性を明らかに示し、それによって卵ベースのレシピにおいて卵に取って代わる製剤を可能にした。
表２（以下）は、濃縮組成物（上記組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む）および精製タンパク質生成物（上記組換え細胞副生成物の量が低減している）の比較を示し、さらに種々の機能的特性が以下の表中に示される。
Figure 2024526957000003
顕著なことには、上記組換え細胞副生成物（例えば、ＥＰＳ）を除去すると、例証的な消費用組成物／食料品のゲル硬度および咀嚼性が相対的に低減した。
表３（以下）は、さらに種々の機能的特性に関して、濃縮組成物（上記組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む）および市販の卵代用品の機能的特性の比較を示す。
Figure 2024526957000004
驚くべきことに、濃縮組成物（上記組換えタンパク質および組換え細胞副生成物を含む）のゲル化特性は卵白粉末に等しいことが発見された。これは、ゲル化には、不純物の寄与が顕著であることを示す。さらに、起泡性および泡沫保持特性を、表２に示した。従って、高い泡沫用途のためには、消費用組成物中の上記組換え細胞副生成物の量を具体的に調整することが好ましいと思われる。
精製組換えオボアルブミンタンパク質生成物を、種々の量の上記組換え細胞副生成物（例えば、ＥＰＳまたはオフフレーバー成分）と合わせて、生成物特性の変化を決定した。
スルホプロピル、スルホメチル、スルホネートを有する樹脂を、この方法において使用し得る。骨格は、代表的には、５０～２００μｍの間の代表的な粒度を有する非タンパク質結合物質（例えば、メタクリレートまたはセルロース）である。リガンド密度は、５０～１００ｇ タンパク質／Ｌ 樹脂の間のタンパク質結合能に適応させる。
実施例２： 組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するための樹脂の別の使用
本開示の（例えば、図１または図７に示されるとおりの）別の方法を使用して、組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製した。この実施例では、組換え卵白タンパク質を使用した。
歴史的なＰｈｉｌｌｉｐｓ Ｐｅｔｒｏｌｅｕｍ株ＮＲＲＬ Ｙ－１１４３０に由来するＰｉｃｈｉａ Ｐａｓｔｏｒｉｓ株を、例証的なタンパク質（ここではオボムコイド）および強いメタノール誘導性プロモーターを発現する形質転換で非メタノール利用（ｍｕｔＭ）表現型を生成するように設計した。これらの形質転換株を、複合型糖質を濾過可能なサイズへと低減する表面ディスプレイ酵素を添加することによってさらに改変した。配列決定によって、この株がいかなる抗生物質マーカーも、原核生物ベクター複製起点配列をも含まないことが確認された。
その得られた株を、発酵条件において、約ｐＨ５の高密度増殖条件で増殖させた。発酵条件下での約３６時間の増殖後に、そのｐＨを約ｐＨ６へと上昇させ、例証的なタンパク質の発現を、培養物へのメタノールの添加によって誘導した。発酵ブロスを遠心分離して（卓上遠心分離機 － Ａｖａｎｔ Ｊ１８ローター Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒを使用する）、細胞を除去した。これに続いて、０．２μｍ 中空ファイバー膜濾過を使用して上清を濾過して、宿主タンパク質および細胞デブリを除去した。次いで、そのタンパク質溶液を、５ｋＤａ限外濾過膜を使用して３０ｇ／Ｌ タンパク質を超えるように濃縮し、広範にダイアフィルトレーションを行って、有機性および無機性の不純物の大部分を除去した。その得られたタンパク質濃縮物を、シトレートを使用してｐＨ３．５へと調節し、クロマトグラフィーカラム上に装填した。このカラムには、カチオン交換樹脂（ＳＰ４００， Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｊａｐａｎ）を充填した。そのクロマトグラフィー工程を、およそ２２℃でダウンフローモードにおいて、ＡＫＴＡ Ｅｘｐｌｏｒｅｒ ９００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）およびＵｎｉｃｏｒｎインターフェースソフトウェア（バージョン５．１１）で行った。上記クロマトグラフィー方法は概して、平衡化工程、装填（フロースルー）工程、非結合タンパク質を除去する洗浄工程、生成物を除去する溶離工程、定置洗浄（ＣＩＰ）工程および再生工程からなった。各工程における溶離のカラム容積および使用した緩衝液を、以下の表４に示す。
Figure 2024526957000005
溶離プロフィールを図１２に示す。
この実施例および他の実施例において、以下の用語を使用する： 「平衡化」は、カラムの予備装填であり、「フロースルー」は、ＵＦダイアフィルトレーションを行った濃縮物がカラムを通過する場合に、ゲルでレーン３として示され、最小の生成物喪失であるそのカラムを通過する物質であり、「溶離」は、目的のタンパク質が豊富な画分（例えば、図１４のゲルではレーン４）であり、クロマトグラムの最大ピークであり、「ＣＩＰ」は、洗浄溶液溶離である。
代替の方法では、上記カラムには、２種の樹脂の特有の混合物が充填される。ＳＰ４００（Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｊａｐａｎ）およびＳｅｐｒａｇｅｎ Ｓ（Ｓｅｐｒａｇｅｎ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）は、２．７５：１．２５の比にある。その緩衝液組成およびカラム容積を、表４に示されるように維持する。その溶離プロフィールを図１３に示す。
スルホプロピル、スルホメチル、スルホネートを有する樹脂は、この方法で使用され得る。骨格は、代表的には、５０～２００μｍの間の代表的な粒度を有する非タンパク質結合物質（例えば、メタクリレートまたはセルロース）である。リガンド密度は、５０～１００ｇ タンパク質／Ｌ 樹脂の間のタンパク質結合能に適応させる。
実施例３： 組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するためのアニオン性樹脂
実施例２では、カラムに、カチオン性樹脂を充填した。本実施例では、カラムに、アニオン交換ｃａｐｔｏ Ｑ樹脂（Ｃｙｔｉｖａ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ）を充填する。その緩衝液組成およびカラム容積は、表５に示されるように維持される。供給は、ここではｐＨ改変されておらず、そのプロセスをかなり単純化していることに注意のこと。供給は、ここではｐＨ改変されておらず、そのプロセスをかなり単純化していることに注意のこと。
Figure 2024526957000006
溶離プロフィールを図１４Ａに示し、タンパク質画分を示すゲルを図１４Ｂに示す。
トリメチルアミノエチル、トリエチルアミノエチル、四級アミン基を有する樹脂を。この実施例に記載される方法において使用し得る。
実施例４： 組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を調製するための吸着剤または凝集剤の使用
上記の実施例３に従って調製されたタンパク質濃縮物を、多数の吸着剤および凝集剤でさらに試験した。使用した手順は、以下のとおりであった： ０．０５ｇの試験吸着剤または凝集剤を、５０ｍＬ ファルコンチューブ中に秤量した。５ｍＬのタンパク質濃縮物を、上記試験吸着剤または凝集剤に添加した。次いで、そのチューブをローラーシェイカー上に１時間配置し、続いて、３２１４ｇで３０分間遠心分離した。次いで、その上清を、吸光度、タンパク質およびＥＰＳに関して試験した。各物質を、二連で試験した。試験した吸着剤および凝集剤のリストは、以下のとおりである。コントロール（ｐＨ６）、コントロール（ｐＨ４）、Ｃｅｌｉｔｅ ５４５、Ｂｅｎｔｏｎｉｔｅ ＢＥ１２５、ＤＩＡＩＯＮ ＨＰＡ２５Ｌ、Ｃｈｉｔｏｓａｎ ８５％ 脱アセチル化、ＥＺ ＤＥ（珪藻土）、超純粋珪藻土、Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００（ｐＨ ４）。この試験に関する吸光度スペクトルを図１５に示す。顕著なことには、Ｒｅｌｉｚｏｒｂは機能しなかった。なぜならそれは、ｐＨ４．０では不純物よりむしろタンパク質を結合したからである。より高いｐＨでは、この樹脂は、全てを溶離すると予測される。
さらなるデータを、図１６および図１７に示す。これらの図は、コントロール（ブランク）と比較して、ＨＰＡ２５Ｌおよびキトサンが、より多くのＥＰＳを吸着し、タンパク質をほとんど吸着しないのに対して、ｐＨ４では、ＳＰ ４００は、タンパク質を吸着し、ＥＰＳを吸着しないことを示す。珪藻土（ＤＥ）は、タンパク質およびＥＰＳの両方を区別なしに吸着する。
実施例５： ＥＰＳを抽出するための凝集剤の使用
Ｐｉｃｈｉａ Ｐａｓｔｏｒｉｓ株を、発酵条件において、約ｐＨ５の高密度増殖条件で増殖させる。発酵条件下での約３６時間の増殖後に、そのｐＨを約ｐＨ６へと上昇させ、目的のタンパク質の発現を、培養物へのメタノールの添加によって誘導する。発酵の最後に、凝集剤を、１０～１００ｍｇ／Ｌの濃度においてブロスに添加する。そのブロスを混合し、室温または４℃で６時間保持して、培地中のグルコースの完全な利用および上記凝集剤が機能することを可能にする。凝固剤をこの時点で添加し得る。その発酵ブロスを、遠心分離して（卓上遠心分離機 － Ａｖａｎｔ Ｊ１８ローター Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒを使用する）、細胞および上記ＥＰＳ様化合物を除去する。これに続いて、０．２μｍ 中空ファイバー膜濾過を使用して上清を濾過して、宿主タンパク質および細胞デブリを除去する。次いで、そのタンパク質溶液を、５ｋＤａ限外濾過膜を使用して３０ｇ／Ｌ タンパク質を超えるように濃縮し、広範にダイアフィルトレーションを行って、有機性および無機性の不純物の大部分を除去する。その得られた混合物を、乾燥する前に、最後の微生物低減工程のために精密濾過するか、または熱処理する。この方法の工程を、図４または図１０に図示する。
実施例６： ＥＰＳを消化する酵素の使用
Ｐｉｃｈｉａ Ｐａｓｔｏｒｉｓ株を、発酵条件において、約ｐＨ５の高密度増殖条件で増殖させる。発酵条件下での約３６時間の増殖後に、そのｐＨを約ｐＨ６へと上昇させ、目的のタンパク質の発現を、培養物へのメタノールの添加によって誘導する。この時点で、ＥＰＳ消化酵素（例えば、グルカナーゼ）をリアクターに添加する。これは、上記ＥＰＳ分子がシステム中に分泌されると、それらを分解する。最終発酵ブロスを、遠心分離して（卓上遠心分離機 － Ａｖａｎｔ Ｊ１８ローター Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒを使用する）。細胞を除去する。これに続いて、０．２μｍ 中空ファイバー膜濾過を使用して上清を濾過して、宿主タンパク質および細胞デブリを除去する。次いで、そのタンパク質溶液を、５ｋＤａ限外濾過膜を使用して３０ｇ／Ｌ タンパク質を超えるように濃縮し、広範にダイアフィルトレーションを行って、有機性および無機性の不純物の大部分を除去する。上記ＥＰＳ分解酵素を、遠心分離においておよび／またはＭＦ工程においてバイオマスとともに除去する。その得られた混合物を、乾燥させる前に最後の微生物低減工程のために精密濾過するか、または熱処理する。この方法の工程を図２または図８に図示する。
実施例７： ＥＰＳを抽出する吸着剤の使用
Ｐｉｃｈｉａ Ｐａｓｔｏｒｉｓ株を、発酵条件において、約ｐＨ５の高密度増殖条件で増殖させる。発酵条件下での約３６時間の増殖後に、そのｐＨを約ｐＨ６へと上昇させ、目的のタンパク質の発現を、培養物へのメタノールの添加によって誘導する。発酵の最後に、上記ブロスを混合し、室温または４℃において６時間保持して、培地中のグルコースの完全な利用を可能にする。その発酵ブロスを遠心分離して（卓上遠心分離機 － Ａｖａｎｔ Ｊ１８ローター Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒを使用する）、細胞を除去する。次いで、遠心分離からの分離液（ｃｅｎｔｒａｔｅ）を、上記吸着剤で予めコーティングしたフィルターに通過させ、上記ＥＰＳ様化合物を除去する。フィルターを使用する場合、上記吸着剤を水中で懸濁して、フィルターを通過させると、フィルター上に均一な層が作製される。これに続いて、上記分離液をフィルターに通過させる。これは、同じ吸着剤を充填したカラムでも行われ得る。この工程に続いて、０．２μｍ 中空ファイバー膜濾過を使用して上清を濾過して、宿主タンパク質および細胞デブリを除去する。次いで、そのタンパク質溶液を、５ｋＤａ限外濾過膜を使用して３０ｇ／Ｌ タンパク質を超えるように濃縮し、広範にダイアフィルトレーションを行って、有機性および無機性の不純物の大部分を除去する。その得られた混合物を、乾燥する前に、最後の微生物低減工程のために精密濾過するか、または熱処理する。この方法の工程を図３または図９に図示する。
実施例８： 不利な特性の除去
次いで、実施例２に記載される方法において得られるタンパク質濃縮物を、濃縮物溶液中で約４０％ ｗ／ｖ濃度に達するように硫酸アンモニウムを添加することによって沈殿させた。次いで、その沈殿物を遠心分離して（卓上遠心分離機 － Ａｖａｎｔ Ｊ１８ローター Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒを使用する）、タンパク質を除去した。次いで、そのタンパク質を、ＤＩ水を使用して１０％ ｗ／ｖ 溶液になるように再懸濁した。次いで、この溶液を、１ｍＳ／ｃｍ未満の最終伝導度になるようにＤＩ水でダイアフィルトレーションを行った。次いで、上記ダイアフィルトレーションを行ったタンパク質を、０．２μｍ膜を通して精密濾過し、凍結乾燥させる。これらのタンパク質は、「小規模調製物」といわれる。
大規模発酵に関しては、発酵の最後に、そのブロスを８℃へと冷却して、酵母の代謝を遅らせた。遠心分離の前に、そのブロスを、２５％ ｖ／ｖの充填された細胞容積に達するように希釈した。次いで、その酵母細胞を遠心分離によって除去し、その上清を貯蔵し、次の工程へと移った。この工程は、発酵完了して８時間以内に完了し、冷却が完了する前に開始し得る。大きく十分な表面積および固体収容量のある適切なディスクスタック遠心分離（ｄｉｓｃ ｓｔａｃｋ ｃｅｎｔｒｉｆｕｇｅ）を、この目的で使用する。良好な分離を示す、上清のバルクＯＤ６００測定値は、好ましくは、＜０．９ ＡＵである。その分離液を、０．２μｍ濾過を経るさらなる清澄化のために収集した。その０．２μｍ濾過を、濃縮およびダイアフィルトレーション工程の両方を伴うタンジェンシャルフローモードで実行する。濃縮工程中に、その保持容積は、約６～９倍低減する。より高収量を達成するために、その保持物を、１０ダイア容積（ｄｉａｖｏｌｕｍｅ）の水で連続してダイアフィルトレーションを行う。０．２μｍ ＴＦＦからの等価物を、その最初の容積からおよそ５０ｇ／Ｌ タンパク質濃度へと６～８倍濃縮する。その最終保持物は、色が濃緑色であった。次いで、この保持物を、６～８ＤＶのＤＩ水でダイアフィルトレーションを行った。次いで、そのダイアフィルトレーションを行った保持物を、０．２μｍ ＭＦフィルターを使用して滅菌濾過し、入口温度およそ１６５℃および８０℃を超えない出口温度で噴霧乾燥させる。上記膜は、タンパク質用途のために設計した親水性ポリエチレンスルホンであり得る。その温度を、そのプロセス全体を通じて１０℃において維持した。これらのタンパク質を、「大規模調製物」という。
上記のプロセスは、乾燥前に濃緑色の溶液を生じる。それを脱色および脱臭するために、酸化工程を利用し得る。ダイアフィルトレーションを行う前のその保持物のｐＨを、８５％ ｖ／ｖ リン酸を使用して４へと低減した。次いで、３５％ ｖ／ｖ 過酸化水素を、その最終溶液を３％ ｖ／ｖ 過酸化水素混合物へと飽和するようにゆっくりと添加した。次いで、その混合物を、泡沫が出ることを防止するためにゆっくりと混合しながら、タンク中に６時間保持した。次いで、そのｐＨを、濃水酸化ナトリウムを使用して６に戻し、続いて、ダイアフィルトレーション、滅菌濾過および乾燥を行った。これらのタンパク質サンプルを、「実施例Ａ」サンプルという。
発酵の最後および実施例Ａのプロセスの最後からのサンプルを、ＧＣ－ＭＳを使用して分析した。観察された顕著な風味および臭気化合物を、表６（以下）に列挙する。
Figure 2024526957000007
小規模調製物および大規模調製物からの得られたタンパク質保持物を、ｐＨに関して調節し、クロマトグラフィーカラムに装填した。このカラムに、カチオン交換樹脂（ＳＰ４００， Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｊａｐａｎ）を充填した。上記クロマトグラフィー工程を、およそ２２℃でダウンフローモードにおいて、ＡＫＴＡ Ｅｘｐｌｏｒｅｒ ９００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）およびＵｎｉｃｏｒｎインターフェースソフトウェア（バージョン５．１１）で行った。クロマトグラフィー方法は概して、平衡化工程、装填（フロースルー）工程、非結合タンパク質を除去する洗浄工程、生成物を除去する溶離工程、定置洗浄（ＣＩＰ）工程および再生工程からなった。各工程における溶離のカラム容積および使用した緩衝液を、上記の表４に示し、溶離プロフィールを図１２に示す。
次いで、上記カラムからの溶離画分を濃縮し、ダイアフィルトレーションを行って、上記溶離緩衝液の塩を除去する。次いで、このストリームを、０．２μｍ膜を使用して精密濾過し、乾燥させる。これらのサンプルを、「実施例Ｂ」サンプルという。
次いで、酸化したサンプルおよび酸化していないサンプルを、極性のＳｔａｂｉｌｗａｘ－ＤＡカラムを使用してＧＣ－ＭＳで試験した。使用したサンプル調製は、ＳＰＭＥであり、分析は、ＭＳデータおよびヒト嗅覚臭気試験（ｈｕｍａｎ ｏｌｆａｃｔｏｒｙ ｏｄｏｒ ｔｅｓｔｉｎｇ）からなった。小規模タンパク質調製物の結果については、以下の表７を参照のこと：
Figure 2024526957000008
大規模タンパク質調製物の結果については、以下の表８を参照のこと：
Figure 2024526957000009
表７に列挙される化合物の大部分は、実施例Ａサンプルと実施例Ｂサンプルとを比較すると低減される。これは、大規模調製物での表８においてさらに明らかである。
上記で生成した実施例Ｂサンプルを、種々の処理を使用してさらに再処理して、官能特性における改善をチェックした。試験した処理は、以下のとおりであった：
エタノール洗浄： 噴霧乾燥したプロテイン粉末を、５０ｇ／Ｌの固体濃度に達するように、１０％ｖ／ｖ エタノール溶液中に再懸濁した。その溶液を、磁性式撹拌子を使用して周囲温度で１時間撹拌し、次いで、４～５ ＤＶのＤＩ水で５ｋＤａ膜に対してダイアフィルトレーションを行った。その保持物を滅菌濾過し、乾燥させた。
イオン交換（ＩＥＸ）： 噴霧乾燥したプロテイン粉末を、５０ｇ／Ｌの固体濃度に達するように、ＤＩ水中に再懸濁した。実施例５に記載されるプロセスを、このタンパク質溶液で反復した。
熱および真空： 噴霧乾燥したプロテイン粉末を、５０ｇ／Ｌの固体濃度に達するように、ＤＩ水中に再懸濁した。次いで、そのタンパク質溶液を、５０～５８℃へと加熱し、低真空（７５～１５０トル）の下で１時間維持した。次いで、その溶液を、滅菌濾過し、乾燥させた。
ＩＥＸ、熱および真空： これは、種々の精製法を一緒に組み合わせる直交アプローチであった。次いで、実施例５からの生成物を、５０ｇ／Ｌの固体濃度に達するように、ＤＩ水中に再懸濁した。そのタンパク質溶液を、５０～５８℃へと加熱し、低真空（７５～１５０トル）の下で１時間維持した。次いで、その溶液を、滅菌濾過し、乾燥させた。
水中で６％ ｗ／ｖ 溶液の外観、食感および後味に基づいてこれらのサンプルに対して行った官能分析を、図１８において分析した。酸化されていない調製物のイオン交換プロセスは、再処理コントロールの最良のバージョンを生じた。グラフの中央は、水の官能プロフィールを表す。
援用の表示
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、各個々の刊行物、特許、または特許出願が具体的にかつ個々に参考として援用されることが示されるのと同程度まで、本明細書に参考として援用される。参考として援用される刊行物および特許または特許出願が本明細書に含まれる開示と矛盾する程度まで、本明細書はいかなるそのような矛盾する資料に取って代わるおよび／または優先することが意図される。

Claims (113)

  1. 消費用組成物を調製するための方法であって、前記方法は、
    組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで前記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
    前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する工程であって、ここで前記処理する工程は、前記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ前記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しないアニオン性樹脂を含む工程；
    前記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
    前記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
    を包含する方法。
  2. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、細胞培養培地である、請求項１に記載の方法。
  3. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を含む細胞培養培地である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、請求項１に記載の方法。
  5. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、前記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より高いｐＨを有する、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物のｐＨは、前記組換えタンパク質のｐＩより高いｐＨを達成するように改変されない、請求項５に記載の方法。
  7. 前記アニオン樹脂は、強アニオン交換樹脂または弱アニオン交換樹脂である、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
  8. 前記アニオン樹脂は、Ｃａｐｔｏ Ｑ樹脂、ＤＥＡＥタイプ弱アニオン交換体、トリメチルアミノエチル基を有する樹脂、トリエチルアミノエチル基を有する樹脂、四級アミン基を有する樹脂のうちの１またはこれより多くのものである、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
  9. 前記アニオン樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素である、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
  10. 前記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、請求項９に記載の方法。
  11. 前記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、前記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、請求項９に記載の方法。
  12. 前記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、請求項４～１２のいずれか１項に記載の方法。
  14. 非タンパク質低分子を除去する前記処理は、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物を濃縮する工程を包含する、請求項１３に記載の方法。
  15. 非タンパク質低分子を除去する前記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、請求項１３または請求項１４に記載の方法。
  16. 好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、前記分離した組換えタンパク質の濃縮工程および／またはダイアフィルトレーション処理をさらに含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する前記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物ならびに／または前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された前記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
  19. 前記熱処理は、前記組換えタンパク質および前記オフフレーバー成分を分離し、前記熱は、前記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、請求項１７または請求項１８に記載の方法。
  20. 熱が加えられるのと同時に真空が適用され、前記真空は、前記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、請求項１９に記載の方法。
  21. 前記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、請求項１～２０のいずれか１項に記載の方法。
  22. 前記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、請求項１～２１のいずれか１項に記載の方法。
  23. 好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する前記タンパク質含有組成物、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物、ならびに／または前記熱処理中に前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した前記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、請求項１７～２２のいずれか１項に記載の方法。
  24. 前記方法は、前記熱処理中の撹拌を含む、請求項１７～２３のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記熱処理および／または乾燥する工程は、前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、請求項１７～２４のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物および／または前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した前記タンパク質生成物は、例えば、過酸化水素の添加を包含する酸化工程をさらに受ける、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
  27. 組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物中の前記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、請求項１～２６のいずれか１項に記載の方法。
  28. 前記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、請求項１～２９のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、前記オフフレーバー成分を含む、請求項１～３０のいずれか１項に記載の方法。
  32. 前記タンパク質生成物中の前記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、請求項１～３１のいずれか１項に記載の方法。
  33. 前記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、前記組換えタンパク質から概して分離不能である、請求項１～３２のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、請求項１～３３のいずれか１項に記載の方法。
  35. 前記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、請求項１～３４のいずれか１項に記載の方法。
  36. 前記ＥＰＳは、マンノースを含む、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
  37. 前記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
  38. 前記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、請求項１～３７のいずれか１項に記載の方法。
  39. 前記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、請求項１～３８のいずれか１項に記載の方法。
  40. 前記ＥＰＳは、マンナンである、請求項１～３９のいずれか１項に記載の方法。
  41. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を発現する前記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、請求項１～４０のいずれか１項に記載の方法。
  42. 前記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、請求項１～４１のいずれか１項に記載の方法。
  43. 前記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、請求項４１または請求項４２に記載の方法。
  44. 前記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、請求項１～４４のいずれか１項に記載の方法。
  46. 前記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記タンパク質は、卵白タンパク質である、請求項４５に記載の方法。
  48. 前記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、請求項４７に記載の方法。
  49. 前記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される前記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、請求項４７または請求項４８に記載の方法。
  50. 前記タンパク質生成物を含む前記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、請求項１～４９のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、請求項５０に記載の方法。
  53. 前記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、請求項５０に記載の方法。
  54. 前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する前記工程は、ｉ）前記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ前記ＥＰＳに実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂、ｉｉ）前記組換えタンパク質または前記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）前記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ前記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤、ならびに／あるいはｉｖ）前記ＥＰＳに結合しかつ前記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、請求項１～５３のいずれか１項に記載の方法。
  55. 請求項１～５４のいずれか１項に記載の方法によって得られる消費用組成物。
  56. 消費用組成物を調製するための方法であって、前記方法は、
    組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで前記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
    前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する工程であって、ここで前記処理する工程は、前記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ前記複数の組換え細胞副生成物に実質的に結合しない１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂を含む工程；
    前記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
    前記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
    を包含する方法。
  57. 前記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、強カチオン交換樹脂、例えば、スルホプロピル－、スルホメチル－、もしくはスルホネート－タイプの樹脂、および／または弱カチオン交換樹脂、例えば、カルボキシメチルタイプ樹脂を含む、請求項５６に記載の方法。
  58. 前記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、ポリスチレンジビニルベンゼン、ポリメタクリレートもしくはセルロースもしくは架橋デキストランもしくは架橋アガロースまたは親水性ポリマーでコーティングされた無機物質を含む、請求項５６または請求項５７に記載の方法。
  59. 前記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、約５０μｍ～約２００μｍの粒度を有する、ならびに／または約５０～約１００ｇ タンパク質／Ｌ 樹脂のタンパク質結合能を有する、請求項５６～５８のいずれか１項に記載の方法。
  60. 前記１種またはこれより多くのカチオン交換樹脂は、Ｃｙｔｉｖａ Ｃａｐｔｏ Ｓ、ＨＰ２０、Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＳＰ４００、Ｓｅｐｒａｇｅｎ Ｓ、ＳＰ２０、および／またはＭｉｔｓｕｂｉｓｈｉ Ｒｅｌｉｚｏｒｂ ＥＸＥ３４９を含む、請求項５６～５９のいずれか１項に記載の方法。
  61. 前記処理する工程は、２種のカチオン性樹脂を含み、ここで上記２種のカチオン性樹脂は、１：５～５：１、１：４～４：１、１：３～３：１、１：２～２：１、または１：１の比にある、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。
  62. 前記２種の樹脂は、ＳＰ４００およびＳｅｐｒａｇｅｎ Ｓであり、約３：１、例えば、２．７５：１．２５の比にある、請求項６１に記載の方法。
  63. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を分泌した組換え細胞を欠いている、請求項５６～６２のいずれか１項に記載の方法。
  64. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、前記組換えタンパク質の等電点（ｐＩ）より低いｐＨを有し、これは、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物のｐＨを下げることによって達成される、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の方法。
  65. 前記１種またはこれより多くのカチオン性樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素であり、ここで前記クロマトグラフィーシステムは、アキシャルフローカラムもしくはラジアルフローカラムもしくは遠心式カラムでのバッチモードにおいて、または膜クロマトグラフィーカラムの使用によって作動する、請求項５６～６４のいずれか１項に記載の方法。
  66. 前記１種またはこれより多くのカチオン性樹脂は、クロマトグラフィーシステムの構成要素であり、ここで前記クロマトグラフィーシステムは、複数のカラムを並列に含む連続モードで作動し、前記カラムへの供給は、クロマトグラフィープロセスにおける種々の工程（例えば、平衡化、装填、溶離、および洗浄）が同時に起こるように切り替え可能である、請求項５６～６４のいずれか１項に記載の方法。
  67. 前記前記連続モードは、疑似移動床（ＳＭＢ）またはイオンセパレーター（例えば、ＩＳＥＰ（登録商標））システムを含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物は、組換え細胞を含む使用済みバイオマスを除去するように予め処理されている、および／または非タンパク質低分子を除去するように予め処理されている、請求項６２～６７のいずれか１項に記載の方法。
  69. 非タンパク質低分子を除去する前記処理は、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物を濃縮する工程を包含する、請求項６８に記載の方法。
  70. 非タンパク質低分子を除去する前記処理は、ダイアフィルトレーション緩衝液を含む、請求項６８または請求項６９に記載の方法。
  71. 好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有するタンパク質含有組成物を生成するために、前記分離した組換えタンパク質の濃縮工程およびダイアフィルトレーション処理をさらに含む、請求項５６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  72. 好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する前記タンパク質含有組成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、請求項７１に記載の方法。
  73. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物および／または前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減された前記タンパク質生成物はさらに、熱処理および／または乾燥される、請求項５６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  74. 前記熱処理は、前記組換えタンパク質および前記オフフレーバー成分を分離し、前記熱は、前記オフフレーバー成分が揮発し、ガス状オフフレーバー成分が除去可能であるようにする温度および持続時間で加えられる、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  75. 熱が加えられるのと同時に真空が適用され、前記真空は、前記ガス状オフフレーバー成分の除去を促進する、請求項７４に記載の方法。
  76. 前記オフフレーバー成分は、酸、アルコール、アルデヒド、芳香族物質、エステル、またはケトンである、請求項５６～７５のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記オフフレーバー成分は、（Ｅ）－２－ノネナール；１－ドデセン；１－ヘキサノール、２－エチル－；１－ヘキセン－３－オン；１－オクテン－３－オン；２，３－ブタンジオン；２－ブタノン；２－メチルブタナール；２－メチルプロパナール；２－プロパノン；２－ウンデカノン；３－メチルブタナール；アセトアルデヒド；ベンゼン エタノール；ベンジルアルコール；ブタナール、３－メチル－；クロロトルエン；ノナン酸；ｐ－クレゾール；またはプロパン酸、２－メチル－、３－ヒドロキシ－２，４，４－トリメチルペンチルエステルである、請求項５６～７６のいずれか１項に記載の方法。
  78. 好ましいｐＨおよび／もしくはイオン条件を有する前記タンパク質含有組成物、前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物、ならびに／または前記熱処理中に前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した前記タンパク質生成物の温度は、８０℃まで、例えば、約５０℃～約６０℃である、請求項７２～７７のいずれか１項に記載の方法。
  79. 前記方法は、前記熱処理中の撹拌を含む、請求項７２～７８のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記熱処理および／または乾燥する工程は、前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した乾燥タンパク質生成物を生成する、請求項７２～７９のいずれか１項に記載の方法。
  81. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物および／または前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減した前記タンパク質生成物は、例えば、過酸化水素の添加を包含する酸化工程をさらに受ける、請求項５６～８０のいずれか１項に記載の方法。
  82. 組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を含む前記生成物における前記組換え細胞副生成物 対 組換えタンパク質の比は、約１：３～約３：１である、請求項５６～８１のいずれか１項に記載の方法。
  83. 前記タンパク質生成物は、組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む前記組成物に対するＥＰＳの量および／またはオフフレーバー成分の量において少なくとも２５％低減、少なくとも３０％低減、少なくとも３５％低減、少なくとも４０％低減、少なくとも４５％低減、少なくとも５０％低減、少なくとも５５％低減、少なくとも６０％低減、少なくとも６５％低減、少なくとも７０％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも７５％低減、少なくとも８０％低減、少なくとも９０％低減、または少なくとも９５％低減を有する、請求項８２に記載の方法。
  84. 前記タンパク質生成物の重量のうちの約１０％未満は、組換え細胞副生成物を含む、請求項８３に記載の方法。
  85. 前記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満は、組換え細胞副生成物を含む、請求項５６～８４のいずれか１項に記載の方法。
  86. 前記タンパク質生成物の重量のうちの約５％未満、約１％未満、約０．１％未満、または約０．０１％未満は、前記オフフレーバー成分を含む、請求項５６～８５のいずれか１項に記載の方法。
  87. 前記タンパク質生成物中の前記オフフレーバー成分は、標準的消費者に実質的に検出不能である、請求項５６～８６のいずれか１項に記載の方法。
  88. 前記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用する場合に、前記組換えタンパク質から概して分離不能である、請求項５６～８７のいずれか１項に記載の方法。
  89. 前記ＥＰＳは、本来組換え細胞の細胞壁の構成要素である、請求項５６～８８のいずれか１項に記載の方法。
  90. 前記ＥＰＳは、サイズ排除クロマトグラフィーカラムによって特徴づけられる場合、約１３ｋＤａ～約２７ｋＤａの見かけ上のサイズを有する、請求項５６～８９のいずれか１項に記載の方法。
  91. 前記ＥＰＳは、マンノースを含む、請求項５６～９０のいずれか１項に記載の方法。
  92. 前記ＥＰＳは、Ｎ－アセチルグルコサミンおよび／またはグルコースをさらに含む、請求項５６～９１のいずれか１項に記載の方法。
  93. 前記ＥＰＳは、ガスクロマトグラフィーと、直列して質量分析計とによって分析される場合、約９１ ｍｏｌ％ マンノース、約５ ｍｏｌ％ Ｎ－アセチルグルコサミン、および約３ ｍｏｌ％ グルコースを含む、請求項５６～９２のいずれか１項に記載の方法。
  94. 前記ＥＰＳは、α（１，６）結合骨格とともに、α（１，２）結合分枝および／またはα（１，３）結合分枝を含む、請求項５６～９３のいずれか１項に記載の方法。
  95. 前記ＥＰＳは、マンナンである、請求項５６～９４のいずれか１項に記載の方法。
  96. 前記組換えタンパク質および前記複数の組換え細胞副生成物を発現する前記組換え細胞は、真菌細胞（例えば、糸状菌または酵母）、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、または哺乳動物細胞から選択される、請求項５６～９５のいずれか１項に記載の方法。
  97. 前記組換え細胞タイプは、Ａｒｘｕｌａ ｓｐｐ．、Ａｒｘｕｌａ ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉ、Ｐｉｃｈｉａ ｓｐｐ．、Ｐｉｃｈｉａ ａｎｇｕｓｔａ、Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｓｐｐ．、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｇａｒｉｃｕｓ ｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｇｌｏｅｏｓｐｏｒｉｏｄｅｓ、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｓｐｐ．、Ｅｎｄｏｔｈｉａ ｐａｒａｓｉｔｉｃａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｓｐｐ．、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃａｎｅｓｃｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ） ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｆｕｎｉｃｕｌｏ ｓｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓｐｐ．、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｏｒｙｚａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｓｐｐ．、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｌｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｕｓから選択される、請求項５６～９６のいずれか１項に記載の方法。
  98. 前記真菌は、Ｐｉｃｈｉａ種である、請求項９６または請求項９７に記載の方法。
  99. 前記Ｐｉｃｈｉａ種は、Ｋｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐｈａｆｆｉｉまたはＫｏｍａｇａｔａｅｌｌａ ｐａｓｔｏｒｉｓである、請求項９８に記載の方法。
  100. 前記組換えタンパク質は、酵素、栄養タンパク質、食品成分、または食品添加物である、請求項５６～９９のいずれか１項に記載の方法。
  101. 前記酵素は、ペプシノゲンまたはペプシンである、請求項１００に記載の方法。
  102. 前記タンパク質は、卵白タンパク質である、請求項１００に記載の方法。
  103. 前記卵白タンパク質は、オボアルブミン（ＯＶＡ）、オボムコイド（ＯＶＤ）、オボトランスフェリン（ＯＶＴ）、リゾチーム（ＯＶＬ）、オボムチン、オボグロブリンＧ２、オボグロブリンＧ３、オボインヒビター、オボグリコプロテイン、フラボプロテイン、オボマクログロブリン、オボスタチン、シスタチン、アビジン、オボアルブミン関連プロテインＸ、またはオボアルブミン関連プロテインＹ、およびこれらの任意の組み合わせである、請求項１０２に記載の方法。
  104. 前記卵白タンパク質は、鳥類、例えば、ニワトリ、ウズラ、シチメンチョウ、ヒメコンドル、ハチドリ、カモ、ダチョウ、ガチョウ、カモメ、ホロホロ鳥、キジ、またはエミューにおいて本来的に生成される前記卵白タンパク質と少なくとも８０％同一（例えば、約８５％、９０％、または９５％同一）の配列を有する、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記タンパク質生成物を含む前記消費用組成物は、食料品、飲料品、または栄養補助食品を含む、請求項５６～１０４のいずれか１項に記載の方法。
  106. 前記食料品は、焼き菓子（例えば、ケーキ、マフィン、クッキー、パン、ベーグル、ペイストリー、ドーナツ）、スクランブル、オムレツ、キッシュ、パスタ、麺、クレープ、ワッフル、ドウ、バッター、クッキードウ、ミートローフ、ミートボール， ハンバーガー、動物飼料、フルーツ、野菜、豆腐、ビーンカード、チーズ、魚介類、食肉、アイスクリーム、マヨネーズ、カスタード、プリン、スフレ、エマルジョン、泡沫、メレンゲ、フロスティング、菓子類、マシュマロ、マジパン、スープ、調味料、ソース、香辛料、乳製品、およびドレッシングを含む、請求項１０５に記載の方法。
  107. 前記飲料品は、ソフトドリンク、フレーバーウォーター、ジュース、スポーツドリンク、エナジードリンク、スムージー、シェーク、アルコール飲料（例えば、ワイン、日本酒、ビール、スピリッツ）、カクテル、リキュール、炭酸飲料、カフェイン含有飲料、コーヒー、ココア、茶、エッグノッグ、および乳飲料を含む、請求項１０５に記載の方法。
  108. 前記栄養補助食品は、マルチビタミン、ホールフードサプリメント、ダイエットサプリメント、ハーブサプリメント、プロテインブレンド、増量剤、直ぐ飲めるプロテイン、プロテインバー、プロテインシェーク、プロテイン粉末、プロテインショット、プロテインアイソレート、エナジーバー、エナジージェル、エナジーチュウ、エナジーフォーミュラ、持久力フォーミュラ、エナジーサプリメント、健康補助食品、スポーツ健康補助食品、乳児用調整乳（例えば、粉末または液体）、および食事代替品を含む、請求項１０５に記載の方法。
  109. 前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する前記工程は、ｉ）前記組換えタンパク質に可逆的に結合しかつ前記ＥＰＳに実質的に結合しないアニオン性樹脂、ｉｉ）前記組換えタンパク質または前記ＥＰＳを消化する酵素、ｉｉｉ）前記ＥＰＳに可逆的に結合しかつ前記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤、ならびに／あるいはｉｖ）前記ＥＰＳに結合しかつ前記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤のうちの１種またはこれより多くのものをさらに含む、請求項５６～１０８のいずれか１項に記載の方法。
  110. 請求項５６～１０９のいずれか１項に記載の方法によって得られる消費用組成物。
  111. 消費用組成物を調製するための方法であって、前記方法は、
    組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで前記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
    前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する工程であって、ここで前記処理する工程は、前記複数の組換え細胞副生成物のうちの１またはこれより多くの成分に可逆的に結合しかつ前記組換えタンパク質に実質的に結合しない凝集剤を含む工程；
    前記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
    前記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
    を包含する方法。
  112. 消費用組成物を調製するための方法であって、前記方法は、
    組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで前記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
    前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する工程であって、ここで前記処理する工程は、前記複数の組換え細胞副生成物のうちの１種またはこれより多くの成分を可逆的に結合しかつ前記組換えタンパク質に実質的に結合しない吸着剤を含む工程；
    前記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
    前記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
    を包含する方法。
  113. 消費用組成物を調製するための方法であって、前記方法は、
    組換えタンパク質および複数の組換え細胞副生成物を含む組成物を得る工程であって、ここで前記組換え細胞副生成物は、菌体外ポリサッカリド（ＥＰＳ）およびオフフレーバー成分を含む工程；
    前記組換えタンパク質を前記複数の組換え細胞副生成物から分離する条件下で前記組成物を処理する工程であって、ここで前記処理する工程は、前記組換えタンパク質を消化するかまたは前記ＥＰＳを消化するかいずれかの酵素を含む工程；
    前記分離した組換えタンパク質を収集し、それによって前記複数の組換え細胞副生成物の量が低減したタンパク質生成物を得る工程；および
    前記タンパク質生成物を含む消費用組成物を製剤化する工程、
    を包含する方法。
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