JP2023021127A - ガンワクチン及びそれを用いた治療方法 - Google Patents

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Abstract

【課題】ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対するワクチンを提供すること。【解決手段】本願においては、ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対する保護を治療及び提供するワクチンが開示される。【選択図】なし

Description

技術分野
本明細書においては、ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対する保護を治療及び提供するワクチンが開示される。
関連出願の相互参照
本願は、２０１３年３月１５日出願の米国仮特許出願第６１／７９９，９５２号に対する優先権を主張するものである。この出願の全教示内容は、参照することで本明細書に組み込まれる。
背景
ガンは世界及び米国における主要な死因の一つであり、最も多い死因の第二位であって、全死亡の約四分の一を占める。ガンは正常な細胞から腫瘍細胞に変化した一つの細胞から起こる。かかる変化は多くの場合、前ガン性病巣から悪性腫瘍へと進行する多段階過程である。この進行には、加齢、遺伝性の寄与、並びに（例えば、紫外線及び電離放射線などの）物理的発ガン因子、（例えば、アスベスト、タバコの煙の成分などの）化学的発ガン因子、及び（例えば、ある種のウィルス、細菌、及び寄生虫などの）生物学的発ガン因子などの外的作因への曝露を始めとする、多くの因子が寄与する。
ガンの予防、診断及び治療は多くの異なる形態をとり得る。予防としては、（例えば、特定の遺伝子変異体などの）素因の検査、（例えば、喫煙、食生活、及び運動量などの）習慣の改変、並びに（例えば、ヒト乳頭腫ウィルス、Ｂ型肝炎ウィルスなどの）ウィルスに対するワクチン接種を挙げることができる。治療としては、化学療法、放射線療法、並びに腫瘍又はガン性組織の外科的除去を挙げることができる。多数の予防及び治療方法が利用可能であるにも拘わらず、かかる方法は多くの場合、身近なガンの効果的な予防及び／又は治療において、限定的な成功を収めるのみである。
従って、疾患の進行に対する保護の臨床上の管理を容易にするための、ガンの予防及び／又は治療用組成物及びガンの予防及び／又は治療方法の特定及び開発に対するニーズが存在する。更に、ガンに罹患した対象において、疾患の進行を遅延させる及び／又は死亡率を減少させるために、より有効な治療が求められている。
発明の概要
本発明は、もはや自己抗原ではなくなった、特定のガン又は特定のガンに関連する腫瘍に対する免疫応答を刺激する、１種又は複数種のガン抗原の核酸又はアミノ酸配列を含むワクチンに関する。上記ワクチンは、ＭＨＣクラスによる提示、Ｔ細胞による提示及び／若しくはその分化、Ｂ細胞による提示及び／若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び／又は分化のための信号伝達などの、免疫系における任意の構成要素の抑制を防止する抗ＰＤ－１抗体及び抗ＰＤＬ－１抗体などの免疫チェックポイント阻害剤を更に含むことができる。上記ワクチンの１種又は複数種のガン抗原は、１種又は複数種のアミノ酸配列、又はチロシナーゼ（Ｔｙｒ）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）のアミノ酸配列、チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、メラノーマ関連抗原４タンパク質（ＭＡＧＥＡ４）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、成長ホルモン放出ホルモン（Ｇｒｏｗｔｈ Ｈｏｒｍｏｎｅ Ｒｅｌｅａｓｅ Ｈｏｒｍｏｎｅ）（ＧＨＲＨ）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、ＭＡＲＴ－１／メラン－Ａ抗原（ＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、ガン・精巣抗原ＩＩ（ＮＹ－ＥＳＯ－２）のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、ＰＲＡＭＥのアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、ＷＴ１のアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、ｈＴＥＲＴのアミノ酸配列と９５％以上同一であるアミノ酸配列、若しくはそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸とすることができる。上記ワクチンは、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＣＡ、ＭＡＧＥ Ａ１、ｇｐ１００、ウィルス抗原、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される１種又は複数種の抗原をコードする核酸を更に含むことができる。
本発明は更に、それを必要とする対象におけるガンの予防又は治療方法であって、上記方法を必要とする対象に対して、特定のガンを治療又は予防するための、特定の数のガン抗原を含むワクチンを投与することを含む上記方法に関する。上記方法は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、膠芽腫を治療若しくは予防するために、ＣＭＶガン抗原を含むワクチンを投与すること、又は上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、膠芽腫を治療若しくは予防するために、ＣＭＶガン抗原を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、若しくはＳＴＥＡＰの１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、若しくはＳＴＥＡＰを、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６若しくはＨＰＶ １６ Ｅ７の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、ＨＰＶ １６ Ｅ６若しくはＨＰＶ １６ Ｅ７を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＰＶ ６、ＨＰＶ １１、若しくはＨＰＶ １６の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、ＨＰＶ ６、ＨＰＶ １１、若しくはＨＰＶ １６を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶ ＮＳ３４Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ、若しくはＨＣＶ ＮＳ４Ｂの１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶ ＮＳ３４Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ、若しくはＨＣＶ ＮＳ４Ｂを、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７若しくはＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７若しくはＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、あるいは、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＰＲＡＭＥ、ＷＴ－１、若しくはｈＴＥＲＴの１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、ＰＲＡＭＥ、ＷＴ－１、若しくはｈＴＥＲＴを、ガン抗原ＮＹ－ＥＳＯ－１若しくはＭＡＧＥ－Ａ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与することを含むことができ、投与ステップ（ａ）～（ｉ）を、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせることを更に含んでいてもよい。
ｐＴｙｒの構築を示す図である。 ｐＴｙｒの構築を示す図である。 ｐＴｙｒの構築を示す図である。 ｐＴｙｒの構築を示す図である。 ｐＴｙｒの構築を示す図である。 （Ａ）、（Ｂ）それぞれ、Ｔｙｒ ＤＮＡのワクチン接種による免疫化ストラテジー及び細胞媒介性免疫応答の誘導を示す図である。 コントロール及び免疫化マウスのｆｌｏｗ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ－ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｉｎｇ （ＦＡＣＳ）を示す図である。 免疫化マウス中のチロシナーゼ特異性抗体の誘導を示す図である。 それぞれ、コントロール及び免疫化マウスにおける、腫瘍負荷後のカプラン－マイヤー生存率曲線及び腫瘍容積曲線を示す図である。 免疫化及び非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ細胞数を示す図である。 ｐＶａｘ１及びｐＴｙｒによって免疫化されたマウスにおけるＭＤＳＣに対する染色を示す図である。 ＭＤＳＣによるＭＣＰ－１の分泌を示す図である。 ＭＤＳＣによるＭＣＰ－１の分泌を示す図である。 記載した動物の間におけるＴｙｒヌクレオチド配列の系統発生上の関係を示す図である。 （Ａ）（本明細書においてｐＧＸ１４１１としても知られる）ｐＰＲＡＭＥのプラスミドマップの概説図を示す図である。 （Ｂ）ＤＡＰＩを用いた核に対する、及びコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原に対する、ＲＤ及び２９３Ｔ細胞の染色を示す図である。 （Ｃ）非トランスフェクト細胞（「コントロール」）、ｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞（「ｐＶＡＸ」）、及びｐＰＲＡＭＥでトランスフェクトされた細胞（「ＰＲＡＭＥ－ｐＶＡＸ」）由来のライセート中のコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原に関するウェスタンブロッティングを示す図である。 マウス群に対してインターフェロン－ガンマ（ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｇａｍｍａ）（ＩＦＮ－γ）のスポット形成単位（ｓｐｏｔ ｆｏｒｍｉｎｇ ｕｎｉｔ）（ＳＦＵ）/１０6脾細胞をプロットしたグラフを示す図である。 マウス群に対してインターフェロン－ガンマ（ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｇａｍｍａ）（ＩＦＮ－γ）のスポット形成単位（ｓｐｏｔ ｆｏｒｍｉｎｇ ｕｎｉｔ）（ＳＦＵ）/１０6脾細胞をプロットしたグラフを示す図である。 （Ａ）（本明細書においてｐＧＸ１４０９としても知られる）ｐＮＹ－ＥＳＯ－１のプラスミドマップの概説図を示す図である。 （Ｂ）ＤＡＰＩを用いた核に対する、及びコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原に対する細胞の染色を示す図である。 （Ｃ）非トランスフェクト細胞（「コントロール」）、ｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞（「ｐＶＡＸ」）、及びｐＮＹ－ＥＳＯ－１でトランスフェクトされた細胞（「ｐＮＹ－ＥＳＯ－１」）由来のＲＤ及び２９３Ｔライセート中のコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原に関するウェスタンブロッティングを示す図である。 マウス群に対してインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）のスポット形成単位（ＳＦＵ）/１０6脾細胞をプロットしたグラフを示す図である。 マウス群に対してインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）のスポット形成単位（ＳＦＵ）/１０6脾細胞をプロットしたグラフを示す図である。 種々のガンとそれらの関連するガン抗原（複数可）の一部を示す概説図である。
詳細な説明
本発明は、特定のガン及び腫瘍に対してカスタマイズすることができるワクチンに関する。ワクチンに用いるために、チロシナーゼ（Ｔｙｒ）、メラノーマにおいて優先的に発現される抗原（ＰＲＡＭＥ）、チロシナーゼ関連タンパク質１（Ｔｙｒｐ１）、ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）、Ｂ型肝炎ウィルス抗原、ウィルムス腫瘍１抗原（ＷＴ－１）などの特定のガン関連抗原に対して抗原コンセンサス配列が設計され、カスタマイズされたワクチンに対して、特定のガンの予防及び治療を可能にした。例えば、チロシナーゼ抗原は、メラノーマの予防又は治療用のワクチンに用いることができる。本発明のワクチンは、治療を必要とする対象のガンの特定の予防又は治療のための特定のガン抗原の任意の組み合わせを提供することができる。
上記核酸及びそれによってコードされる組換えガン抗原のアミノ酸配列の一つの設計方法は、未変異のガン抗原の全体のアミノ酸配列中の、特定のアミノ酸を変更する変異を導入することによる。変異の導入は、当該ガン抗原が哺乳類の対象間で普遍的に適用することができない程に当該ガン抗原を大きく改変することはなく、好ましくはヒト又は犬の対象に適用することができるが、該変異の導入は、得られるアミノ酸配列が許容範囲を超える、すなわち、免疫応答を生起させるために外来抗原と見なされるのに十分な程度にガン抗原を変化させる。別な方法は、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも８５％であり９９％までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも９０％であり９８％までの配列同一性、より好ましくは少なくとも９３％であり９８％までの配列同一性、又は、一層より好ましくは少なくとも９５％であり９８％までの配列同一性を有する組換えガン抗原を作成することとし得る。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のアミノ酸配列同一性を有する。上記未変異のガン抗原は、特定のガン又はガン腫瘍に通常に関与する抗原である。ガン抗原によっては、該ガン抗原のコンセンサス配列は哺乳類全体にわたる、又は類の亜型内であり、又はウィルス株若しくは血清型全体にわたることができる。いくつかのガン抗原は、当該ガン抗原のアミノ酸配列の野生型から大幅には変わらない。いくつかのガン抗原は、種間で大きく異なる核酸／アミノ酸配列を有するため、コンセンサス配列を生起させることができない。これらの例においては、許容範囲を超えて免疫応答を生起させることとなる組換えガン抗原は、該組換えガン抗原が、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも８５％であり９９％までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも９０％であり９８％までの配列同一性、より好ましくは少なくとも９３％であり９８％までの配列同一性、一層より好ましくは少なくとも９５％であり９８％までの配列同一性を有する場合に生起される。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のアミノ酸配列同一性を有する。上述の取り組みは、最終的な組換えガン抗原が、上記で議論したような未変異ガン抗原のアミノ酸配列に対するパーセントで表した類似性を有するように、組み合わせることができる。
上記組換えガン抗原は、抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体の応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ａｌｐｈａ）（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができる。
上記ワクチンは、ＰＤ－１及びＰＤＬ－１などのチェックポイント阻害剤に対する抗体と更に組み合わせて、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の両方の刺激を増加させてもよい。抗ＰＤ－１又は抗ＰＤＬ－１抗体を用いることが、ＰＤ－１又はＰＤＬ－１がＴ細胞及び／又はＢ細胞の応答を抑制することを防止する。全体として、免疫系によって認識されるガン抗原を設計することが、ガン細胞による他の形態の免疫抑制に打ち勝つことを助け、これらのワクチンは、（抗ＰＤ－１及び抗ＰＤＬ－１抗体療法などの）抑制療法又は阻害療法と組み合わせて用い、更にＴ細胞及び／又はＢ細胞応答を増加させることができる。
１．定義
特に定義していない限り、本明細書で使用する全ての技術的用語及び科学的用語は、当業者が一般的に理解するものと同じ意味を有する。矛盾が生じる場合には、定義を含めて本明細書が優先となる。本発明の実施または試験において、本明細書中に記載されたものと同様または同等の方法及び材料を用いることはできるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。本明細書で言及する全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の引用文献は、引用によりそれらの全体が組み入れられる。なお、本明細書で開示した材料、方法、及び実施例は単なる例示であり、限定することを意図していない。本明細書で使用する用語は、特定の実施形態を記載することのみを目的とするものであり、限定することを意図しない。
本明細書で用いられる「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）（ｓ）」、「を含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）（ｓ）」、「を有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「を有する（ｈａｓ）」、「できる（ｃａｎ）」、「を含む（ｃｏｎｔａｉｎ）（ｓ）」という用語、及びその変形は、付加的な行為あるいは構造の可能性を妨げない、制限しない移行句、用語、又は単語であることを意図している。単数形である「ａ」、「ａｎｄ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上例外が明記されていない限り、複数形の意味を持つこともある。本開示は、明示的に記載されているかどうかに関わらず、本明細書に示される実施形態又は要素「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」、及び「から実質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」他の実施形態も企図する。
本明細書中の数値範囲の記述について、同程度の精度でその間に入る各数が明示的に企図される。例えば、６～９という範囲の場合、６及び９に加えて７及び８という数が企図され、６．０～７．０という範囲の場合、６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、及び７．０という数が明示的に企図される。
本明細書で用いられる「アジュバント」は、本明細書の以下に記載されるＤＮＡプラスミド及びコード核酸配列によりコードされる抗原の免疫原性を高めるために本明細書に記載のＤＮＡプラスミドワクチンに添加される任意の分子を意味する。
本明細書で用いられる「抗体」は、クラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、若しくはＩｇＥの抗体、又はその断片若しくは誘導体（Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄを含む）、並びにその一本鎖抗体、ダイアボディ、二重特異性抗体、二機能性抗体、及び誘導体を意味する。抗体は、哺乳動物の血清サンプルから単離された抗体、ポリクローナル抗体、親和性精製抗体、又はこれらの混合物のうち、所望のエピトープ又はそれに由来する配列に対する十分な結合特異性を示すものとすることができる。
本明細書で用いられる「コード配列」又は「コード化核酸」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸（ＲＮＡ又はＤＮＡ分子）を意味する。コード配列は、核酸の投与先である個体又は哺乳動物の細胞中の発現を誘導できるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントと機能的に連結した、開始及び終了シグナルを更に含むことができる。
本明細書で用いられる「相補体」又は「相補的」は、ある核酸が、ヌクレオチド間又は核酸分子のヌクレオチド類似体間のワトソン・クリック（例えば、Ａ-Ｔ／Ｕ及びＣ-Ｇ）又はフーグスティーン塩基対を表わすことができることを意味する。
本明細書で用いられる「コンセンサス」又は「コンセンサス配列」は、異なる生物由来の同一の遺伝子に関する、複数の配列のアライメント分析に基づくポリペプチド配列を意味する。コンセンサスポリペプチド配列をコードする核酸配列を調製することができる。コンセンサス配列を含むタンパク質及び／又はかかるタンパク質をコードする核酸分子を含むワクチンを用いて、抗原に対する幅広い免疫を誘導することができる。
本明細書で互換的に用いられる、「電気穿孔」、「電気透過処理」、「界面動電増強」（「ＥＰ」）は、生体膜に微細経路（細孔）を生じさせるための膜貫通電場パルスの使用を意味する。こうした微細経路の存在により、プラスミド、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、薬剤、イオン、及び水などの生体分子が、細胞膜の片側から他方の側に通過することが可能になる。
本明細書において核酸配列に関して用いられる「断片」は、本明細書記載の抗原と交差反応する哺乳類中における免疫応答を誘発することができるポリペプチドをコードする核酸配列、又はその一部を意味する。上記断片は、以下に述べるタンパク質断片をコードする種々のヌクレオチド配列の少なくとも１種より選択されるＤＮＡ断片とすることができる。断片は、以下に述べる核酸配列の１種又は複数種の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、以下に述べる核酸配列の少なくとも１種の、少なくとも２０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも３０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも４０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも６０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも７０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも８０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも９０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも１００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも１５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも２００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも２５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも３００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも３５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも４００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも４５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも５００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも５５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも６００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも６５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも７００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも７５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも８００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも８５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも９００のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも９５０のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも１０００のヌクレオチド又はそれ以上を含むことができる。
ポリペプチド配列に関して用いられる「断片」又は「免疫原性断片」は、本明細書記載の抗原と交差反応する哺乳類中における免疫応答を誘発することができるポリペプチドを意味する。上記断片は、以下の種々のアミノ酸配列の少なくとも１種より選択されるポリペプチド断片とすることができる。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％を含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスタンパク質の断片は、本明細書開示のタンパク質配列の、少なくとも２０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも３０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも４０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも５０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも６０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも７０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも８０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも９０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１００のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１１０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１２０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１３０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１４０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１５０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１６０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１７０のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも１８０のアミノ酸又はそれ以上を含むことができる。
本明細書で用いられる用語「遺伝子構築物」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むＤＮＡ分子又はＲＮＡ分子を指す。コード配列は、核酸分子の投与先である個体の細胞中の発現を誘導できるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントと機能的に連結した、開始及び終了シグナルを含む。本明細書で用いられる「発現可能な形態」という用語は、個体の細胞中に存在しているときにコード配列が発現するように、タンパク質をコードするコード配列に機能的に連結している必要な調節要素を含んでいる遺伝子構築物を指す。
本明細書において用いられる用語「相同性」は、相補性の程度を指す。部分的な相同性又は完全な相同性（すなわち、同一性）が存在し得る。完全に相補的な配列が標的核酸へハイブリダイズすることを少なくとも部分的に阻害する部分的に相補的な配列は、機能的用語「実質的に相同な」を用いて表される。ｃＤＮＡ又はゲノムクローンなどの二本鎖核酸配列に関して用いられる場合、本明細書において用いられる用語「実質的に相同な」とは、低ストリンジェンシー条件下で二本鎖核酸配列の鎖へハイブリダイズすることができるプローブを指す。一本鎖核酸配列に関して用いられる場合、本明細書において用いられる用語「実質的に相同な」とは、低ストリンジェンシー条件下で一本鎖核酸テンプレート配列へハイブリダイズすることができる（すなわち、該配列の補体である）プローブを指す。
本明細書において、２以上の核酸又はポリペプチド配列の文脈で用いられる「同一」又は「同一性」は、当該配列が指定領域にわたって指定の割合の同一残基を有することを意味する。この割合を計算するには、２の配列を最適に整列させ、指定領域にわたって２の配列を比較し、両配列の同一残基が発生する位置の数を確定して一致位置の数を得て、一致位置の数を指定領域の総位置数で割り、計算結果に１００を掛けることにより、配列同一性のパーセント値を得ることができる。２の配列の長さが異なるか、アライメントにより１又は複数の付着末端が生じ、指定の比較領域に単一配列のみが含まれる場合には、単一配列の残基を計算の分母に含めるが、分子には含めない。ＤＮＡとＲＮＡを比較する場合には、チミン（Ｔ）とウラシル（Ｕ）を同等と見なすことができる。同一性の計算は、手動で行なう、又はＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ ２．０等のコンピューター配列アルゴリズムを使用して行うことができる。
本明細書で用いられる「免疫応答」は、抗原の導入に応答して、宿主の免疫系、例えば哺乳動物の免疫系が活性化することを意味する。この免疫応答は、細胞性若しくは体液性の形態、又はその両方とすることができる。
本明細書で用いられる「核酸」又は「オリゴヌクレオチド」又は「ポリヌクレオチド」は、互いに共有結合している少なくとも２のヌクレオチドを意味する。一本鎖を表現することにより、相補鎖の配列も定義される。従って、核酸は、表現される一本鎖の相補鎖も包含する。ある核酸の多くの変異体を、所与の核酸として同一目的で使用できる。従って、核酸は、実質的に同一の核酸及びその相補体も包含する。一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列とハイブリダイズできるプローブを提供する。従って、核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブも包含する。
核酸は一本鎖又は二本鎖とすることができ、二本鎖と一本鎖の両方の配列の一部分を含むこともできる。核酸は、ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、又はハイブリッドとすることができ、核酸はデオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの組み合わせを含むことができ、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、及びイソグアニンを含む塩基の組み合わせを含むことができる。核酸は、化学合成法又は組換え法により取得できる。
本明細書で用いられる「機能的に連結」は、遺伝子と空間的に接続しているプロモーターの制御下で遺伝子が発現することを意味する。プロモーターは、その制御下にある遺伝子の５’（上流）又は３’（下流）に位置できる。プロモーターと遺伝子の間の距離は、プロモーターの派生元遺伝子において当該プロモーターが制御する遺伝子とプロモーターの間の距離とほぼ同一とすることができる。当技術分野で知られているように、プロモーター機能を失うことなく、この距離の変化に適応することができる。
本明細書で用いられる「ペプチド」、「タンパク質」、又は「ポリペプチド」は、アミノ酸の結合配列を意味することができ、天然、合成、又は、天然及び合成の修飾あるいはその組み合わせとすることができる。
本明細書で用いられる「プロモーター」は、核酸の細胞中発現を授与、活性化、又は増強することのできる合成分子又は天然由来分子を意味する。プロモーターは、発現を更に増強し、且つ／又は空間的発現及び／又はその一時的発現を改変する目的で、１又は複数の特定の転写調節配列を含むことができる。プロモーターは遠位のエンハンサーエレメント又は抑制エレメントを含むこともでき、このエンハンサーエレメント又は抑制エレメントは、転写開始部位から数千塩基対も離れた場所に位置できる。プロモーターは、ウィルス、細菌、真菌、植物、昆虫、及び動物を含む源に由来することができる。プロモーターは、発現が発生する細胞、組織、若しくは臓器に関して、若しくは発現が生じる発生段階に関して、恒常的若しくは差次的に遺伝子成分の発現を調節でき、又は、例えば生理的ストレス、病原体、金属イオン、誘発剤等の外部刺激に応答して遺伝子成分の発現を調節できる。プロモーターの代表例として、バクテリオファージＴ７プロモーター、バクテリオファージＴ３プロモーター、ＳＰ６プロモーター、ｌａｃオペレータープロモーター、ｔａｃプロモーター、ＳＶ４０後期プロモーター、ＳＶ４０初期プロモーター、ＲＳＶ-ＬＴＲプロモーター、ＣＭＶＩＥプロモーター、ＳＶ４０初期プロモーター、ＳＶ４０後期プロモーター、及びＣＭＶ ＩＥプロモーターが挙げられる。
「シグナルペプチド」及び「リーダー配列」は、本明細書で互換的に用いられ、本明細書に記載のタンパク質のアミノ末端に結合することができるアミノ酸配列を指す。一般に、シグナルペプチド／リーダー配列は、タンパク質の局在化を指示する。本明細書で使用するシグナルペプチド／リーダー配列は、タンパク質を産生する細胞からタンパク質を分泌し易くすることが好ましい。シグナルペプチド／リーダー配列は、細胞からの分泌時に、タンパク質（しばしば成熟タンパク質と呼ばれる）の残余から切断されることが多い。シグナルペプチド／リーダー配列は、タンパク質のアミノ末端（すなわち、Ｎ末端）に結合する。
本明細書で用いられる、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、例えば核酸の複合混合物において、第１の核酸配列（例えばプローブ）が第２の核酸配列（例えば標的）とハイブリダイズする際の条件を意味する。ストリンジェントな条件は配列に依存するため、状況によって異なる。ストリンジェントな条件は、所定のイオン強度ｐＨにおける特定の配列に対する融点（Ｔｍ）より約５～１０℃低くなるように選択することができる。Ｔｍは、（規定のイオン強度、ｐＨ、及び核酸濃度下で）標的に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度とすることができる（標的配列は過剰に存在するので、Ｔｍにおいて、プローブの５０％が平衡状態で占有される）。ストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３において約１．０Ｍ未満のナトリウムイオン、例えば約０．０１～１．０Ｍのナトリウムイオン濃度（又は他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド）では最低約３０℃、長いプローブ（例えば約５０ヌクレオチド超）では最低約６０℃とすることができる。ストリンジェントな条件は、ホルムアミド等の不安定化剤の添加によって達成することもできる。選択的又は特異的ハイブリダイゼーションの場合、陽性シグナルはバックグラウンドハイブリダイゼーションの少なくとも２～１０倍とすることができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件例には、以下の条件が含まれる：５０％ホルムアミド、５倍ＳＳＣ、及び１％ＳＤＳ、４２℃でのインキュベート。又は、５倍ＳＳＣ、１％ＳＤＳ、６５℃でのインキュベート、０．２倍ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中６５℃での洗浄。
本明細書で用いられる「対象」は、本明細書に記載のワクチンで免疫を得ることを望むか又は必要とする哺乳類を意味する。哺乳類は、ヒト、チンパンジー、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、マウス、又はラットとすることができる。
本明細書で用いられる、「実質的に相補的」は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１８０、２７０、３６０、４５０、５４０個、又はそれ以上のヌクレオチド又はアミノ酸の領域にわたって、第１の配列が第２の配列の相補体と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であること、あるいは、２つの配列がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味する。
本明細書で用いられる、「実質的に同一」は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１８０、２７０、３６０、４５０、５４０個又はそれ以上のヌクレオチド又はアミノ酸の領域にわたって、第１の配列と第２の配列が少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であること、あるいは、核酸に関して、第１の配列が第２の配列の相補体と実質的に相補的である場合を意味する。
本明細書で用いられる、「治療」又は「治療する」は、疾患を予防するか、抑制するか、抑圧するか又は完全に除去することで動物を疾患から防御することを意味することができる。疾患を予防することは、その疾患の発症前に動物に本発明のワクチンを投与することを含む。疾患を抑制することは、その疾患の誘導後でその疾患の臨床的出現前に、動物に本発明のワクチンを投与することを含む。疾患を抑圧することは、その疾患の臨床的出現後に、動物に本発明のワクチンを投与することを含む。
核酸に関して本明細書で用いられる、「変異体」は、（ｉ）基準ヌクレオチド配列の一部分もしくは断片；（ｉｉ）基準ヌクレオチド配列もしくはその一部分の相補体；（ｉｉｉ）基準核酸もしくはその相補体と実質的に同一の核酸；又は（ｉｖ）ストリンジェントな条件下で、基準核酸、その相補体、もしくはその実質的に同一の配列とハイブリダイズする核酸を意味する。
ペプチド又はポリペプチドに関して用いられる、「変異体」は、アミノ酸の挿入、欠失、又は保存的置換によりアミノ酸配列が異なっているが、少なくとも１つの生物活性を保持しているものである。また、変異体は、基準タンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有し、少なくとも１つの生物活性を保持するアミノ酸配列を有するタンパク質も意味することができる。アミノ酸の保存的置換、すなわち、あるアミノ酸を類似特性（例えば、荷電領域の親水性、程度、及び分布）の別のアミノ酸に置換することは、当技術分野では、通常は軽微な変化を伴うものと認識されている。こうした軽微な変化は、当技術分野で理解されているように、アミノ酸の疎水性親水性指標（ｈｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ ｉｎｄｅｘ）を検討することにより部分的に特定できる。Ｋｙｔｅら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５～１３２（１９８２）。アミノ酸の疎水性親水性指標は、その疎水性と電荷の考察に基づく。類似の疎水性親水性指標を有するアミノ酸は置換可能であり、その後もタンパク質機能を維持することが当技術分野において公知である。一態様において、±２の疎水性親水性指標を有するアミノ酸が置換される。アミノ酸の親水性を用いて、生物機能を保持したタンパク質となる置換を明らかにすることもできる。ペプチドに関連してアミノ酸の親水性を検討することにより、そのペプチドの局所的な最大平均親水性を計算でき、抗原性及び免疫原性とよく相関すると報告されている有用な尺度となる。米国特許第４，５５４，１０１号（この文献は、参照により全体が本明細書に組み入れられる）。当技術分野で理解されているように、類似の親水性値を有するアミノ酸を置換すると、例えば免疫原性等の生物活性を保持したペプチドが得られる。親水性値が互いに±２以内のアミノ酸を用いて、置換を実施できる。アミノ酸の疎水性指標及び親水性値の両方とも、そのアミノ酸の特定の側鎖の影響を受ける。こうした知見と一致して、生物機能に適合するアミノ酸置換とは、アミノ酸の相対的類似性、特に当該アミノ酸の側鎖の相対的類似性に依存するものと理解されており、この相対的類似性は、疎水性、親水性、電荷、サイズ、その他の特性により明らかになる。
変異体は、完全遺伝子配列又はその断片の全長にわたって実質的に同一な核酸配列であってもよい。核酸配列は、遺伝子配列又はその断片の全長にわたって８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一であってもよい。変異体は、アミノ酸配列又はその断片の全長にわたって実質的に同一なアミノ酸配列であってもよい。アミノ酸配列は、アミノ酸配列又はその断片の全長にわたって８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一であってもよい。
本明細書で用いられる、「ベクター」は、複製起点を含む核酸配列を意味する。ベクターは、ウィルスベクター、バクテリオファージ、細菌人工染色体、又は酵母人工染色体とすることができる。ベクターは、ＤＮＡベクター又はＲＮＡベクターとすることができる。ベクターは、自己複製過剰染色体ベクター、及び好ましくは、ＤＮＡプラスミドである。ベクターは、１種又は複数種の非相同核酸配列を含有する又は包含することができる。
２．ワクチン
本発明は抗ガンワクチンに関する。該ワクチンは１種又は複数種のガン抗原を含むことができる。該ワクチンは腫瘍の増殖を防止することができる。該ワクチンは腫瘍の増殖を低減することができる。該ワクチンは腫瘍細胞の転移を防止することができる。上記ガン抗原に応じて、該ワクチンは、肝ガン、前立腺ガン、メラノーマ、血液ガン、頭頚部ガン、膠芽腫、再発性呼吸器乳頭腫症、肛門ガン、子宮頸ガン及び脳ガンを治療することを対象とすることができる。
上記ワクチンの開発における第一歩は、免疫系によって認識されず、自己抗原であるガン抗原を特定することである。特定されたガン抗原を、免疫系によって認識されるようにするために、自己抗原から外来抗原へと変化させる。組換えガン抗原の核酸及びアミノ酸配列の、自己抗原から外来抗原への再設計は、免疫系による抗原の許容範囲を超える。許容範囲を超えるために、下記に記載するようないくつかの再設計手段をガン抗原に対して適用することができる。
上記ワクチンの組換えガン抗原は自己抗原とは認識されず、従って許容範囲を超える。許容範囲の逸脱は、抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体の応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができる。
特定の実施形態において、上記ワクチンは、以下を誘導することにより、腫瘍排除を媒介する又は腫瘍細胞の増殖を防止することができる。すなわち、（１）単球走化性タンパク質－１（ｍｏｎｏｃｙｔｅ ｃｈｅｍｏａｔｔｒａｃｔａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ－１）（ＭＣＰ－１）の生成を阻止し、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ｍｙｅｌｏｉｄ ｄｅｒｉｖｅｄ ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ ｃｅｌｌ）（ＭＤＳＣ）を阻害し、腫瘍の増殖を抑制する抗体を生成するためのＢ細胞応答を介する体液性免疫応答、（２）腫瘍細胞を攻撃し、死滅させるためのＣＤ８+などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ）（ＣＴＬ）の増加、（３）ヘルパーＴ細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ－γ及びＴＦＮ－αを介した炎症性反応の増加、あるいは、好ましくは上記項目の全てである。上記ワクチンは、無腫瘍生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、及び４５％増加させることができる。上記ワクチンは、腫瘍の大きさを免疫化後に３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％低減することができる。上記ワクチンは、単球走化性タンパク質－１（ＭＣＰ―１）、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。上記ワクチンは、腫瘍生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％増加させることができる。
上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象における細胞性免疫応答を、該ワクチンを投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象における細胞性免疫応答を、該ワクチンを投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象におけるインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）濃度を、該ワクチンを投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象におけるＩＦＮ－γ濃度を、該ワクチンを投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
上記ワクチンはＤＮＡワクチンとすることができる。ＤＮＡワクチンは、米国特許第５，５９３，９７２号、第５，７３９，１１８号、第５，８１７，６３７号、第５，８３０，８７６号、第５，９６２，４２８号、第５，９８１，５０５号、第５，５８０，８５９号、第５，７０３，０５５号、及び第５，６７６，５９4号に開示され、これらは参照により全体が本明細書に組み入れられる。上記ＤＮＡワクチンは、該ワクチンが染色体中に統合されることを阻害する要素又は反応剤を更に含むことができる。
上記ワクチンは１種又は複数種のガン抗原のＲＮＡとすることができる。該ＲＮＡワクチンは細胞中に導入することができる。
上記ワクチンは、それらに限定されないが、例えば、米国特許第４，５１０，２４５号、第４，７９７，３６８号、第４，７２２，８４８号、第４，７９０，９８７号、第４，９２０，２０９号、第５，０１７，４８７号、第５，０７７，０４４号、第５，１１０，５８７号、第５，１１２，７４９号、第５，１７４，９９３号、第５，２２３，４２４号、第５，２２５，３３６号、第５，２４０，７０３号、第５，２４２，８２９号、第５，２９４，４４１号、第５，２９４，５４８号、第５，３１０，６６８号、第５，３８７，７４４号、第５，３８９，３６８号、第５，４２４，０６５号、第５，４５１，４９９号、第５，４５３，３６４号、第５，４６２，７３４号、第５，４７０，７３４号、第５，４７４，９３５号、第５，４８２，７１３号、第５，５９１，４３９号、第５，６４３，５７９号、第５，６５０，３０９号、第５，６９８，２０２号、第５，９５５，０８８号、第６，０３４，２９８号、第６，０４２，８３６号、第６，１５６，３１９号及び第６，５８９，５２９号に記載されるワクチンなどの、弱毒生ワクチン、抗原を送達するための組換えベクターを用いたワクチン、サブユニットワクチン、及び糖タンパク質ワクチンとすることができ、上記特許はそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる。
本発明のワクチンは、当該ワクチン自体が疾病や死を引き起こすことのないように安全であること；疾病に対して防御するものであること；中和抗体を誘導すること；Ｔ細胞の防御応答を誘導すること；並びに投与が容易であり、副作用が少なく、生物学的に安定であり、及び用量当たりのコストが低いことなどの、有効なワクチンに求められる特徴を有することができる。上記ワクチンは、以下に議論するガン抗原を含有することにより、これらの特徴のいくつか又は全てを達成することができる。
より詳細に後述するように、上記ワクチンは、１種又は複数種の免疫チェックポイント分子の１種又は複数種の阻害剤（すなわち、免疫チェックポイント阻害剤）を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＨＣクラスによる提示、Ｔ細胞による提示及び／若しくはその分化、Ｂ細胞による提示及び／若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び／若しくは分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する、任意の核酸又はタンパク質である。これもより詳細に後述するように、上記ワクチンは、ＰＤ－１及びＰＤＬ－１などのチェックポイント阻害剤に対する抗体と更に組み合わせて、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の両方の刺激を増加させてもよい。抗ＰＤ－１又は抗ＰＤＬ－１抗体を用いることが、ＰＤ－１又はＰＤＬ－１がＴ細胞及び／又はＢ細胞の応答を抑制することを防止する。
ａ．ガン抗原
上記ワクチンは１種又は複数種のガン抗原を含むことができる。該ガン抗原は核酸配列、アミノ酸配列、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ガン抗原にペプチド結合によって連結したリンカー又はタグ配列をコードする更なる配列を含むことができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。ガン抗原は組換えガン抗原とすることができる。
上記核酸及びそれによってコードされる組換えガン抗原のアミノ酸配列の一つの設計方法は、未変異のガン抗原の全体のアミノ酸配列中の、特定のアミノ酸を変更する変異を導入することによる。変異の導入は、当該ガン抗原が哺乳類の対象間で普遍的に適用することができない程に当該ガン抗原を大きく改変することはなく、好ましくはヒト又は犬の対象に適用することができるが、該変異の導入は、得られるアミノ酸配列が許容範囲を超える、すなわち、免疫応答を生起させるために外来抗原と見なされるのに十分な程度にガン抗原を変化させる。別な方法としては、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも８５％であり９９％までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも９０％であり９８％までの配列同一性、より好ましくは少なくとも９３％であり９８％までの配列同一性、又は、一層より好ましくは少なくとも９５％であり９８％までの配列同一性を有する組換えガン抗原を作成することとし得る。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のアミノ酸配列同一性を有する。上記未変異のガン抗原は、特定のガン又はガン腫瘍に通常に関与する抗原である。ガン抗原によっては、該ガン抗原のコンセンサス配列は哺乳類全体にわたる、又は類の亜型内であり、又はウィルス株若しくは血清型全体にわたることができる。いくつかのガン抗原は、当該ガン抗原のアミノ酸配列の野生型から大幅には変わらない。いくつかのガン抗原は、種間で大きく異なる核酸／アミノ酸配列を有するため、コンセンサス配列を生起させることができない。これらの例においては、許容範囲を超えて免疫応答を生起させることとなる組換えガン抗原は、該組換えガン抗原が、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも８５％であり９９％までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも９０％であり９８％までの配列同一性、より好ましくは少なくとも９３％であり９８％までの配列同一性、又は、一層より好ましくは少なくとも９５％であり９８％までの配列同一性を有する場合に生起される。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のアミノ酸配列同一性を有する。上述の取り組みは、最終的な組換えガン抗原が、上記で議論したような未変異ガン抗原のアミノ酸配列に対するパーセントで表した類似性を有するように、組み合わせることができる。
上記ガン抗原は１種又は複数種の以下の抗原である：チロシナーゼ（Ｔｙｒ）、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）、チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）、メラノーマ関連抗原４タンパク質（ＭＡＧＥＡ４）、成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ）のアミノ酸配列、ＭＡＲＴ－１／メラン－Ａ抗原（ＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ）のアミノ酸配列、ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）、ガン・精巣抗原ＩＩ（ＮＹ－ＥＳＯ－１）、及びＰＲＡＭＥ。上記ワクチンは、チロシナーゼ（Ｔｙｒ）、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）、チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）、メラノーマ関連抗原４タンパク質（ＭＡＧＥＡ４）、成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ）のアミノ酸配列、ＭＡＲＴ－１／メラン－Ａ抗原（ＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ）のアミノ酸配列、ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）、ガン・精巣抗原ＩＩ（ＮＹ－ＥＳＯ－１）、ＰＲＡＭＥ、ウィルス抗原、又はそれらの組み合わせをコードするポリヌクレオチド配列を含むＤＮＡワクチンとすることができる。上記ウィルス抗原は、１種又は複数種の以下のウィルス由来の抗原である：Ｂ型肝炎ウィルス（例えば、コアタンパク質及び表面タンパク質）、Ｃ型肝炎ウィルス（例えば、非構造タンパク質（ＮＳ）３４Ａ（ＮＳ３４Ａ）、ＮＳ５Ａ、ＮＳ５Ｂ、ＮＳ４Ｂ）及びヒト乳頭腫ウィルス（Ｈｕｍａｎ Ｐａｐｉｌｌｏｍａ Ｖｉｒｕｓ）（ＨＰＶ）６、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、及びＨＰＶ１８。
（１）チロシナーゼ（Ｔｙｒ）
本発明のワクチンはガン抗原チロシナーゼ（Ｔｙｒ）、その断片、又はその変異体を含むことができる。チロシナーゼは、微生物及び植物及び動物の組織中に見出すことができる、チロシンヒドロキシラーゼ及びドーパオキシダーゼ触媒活性を有する銅含有酵素である。詳細には、チロシナーゼは、チロシンなどのフェノールの酸化によりメラニン又はその他の色素の生成を触媒する。ＴＹＲ遺伝子の変異が、哺乳類における眼皮膚白皮症をもたらし、ＴＹＲ遺伝子の非病理学的遺伝子多型が皮膚の色素沈着の変化に寄与する。
更に、メラノーマなどのガン又は腫瘍において、チロシナーゼは無制御になり、メラニン合成の増加に繋がり得る。従って、チロシナーゼはメラノーマに関連するガン抗原であり得る。メラノーマに罹患した対象において、チロシナーゼは細胞傷害性Ｔ細胞認識の標的となり得る。しかしながら、いくつかの例において、（メラノーマを始めとする）ガン又は腫瘍に対する免疫応答が抑制され、腫瘍形成及び／又は増殖を支援する微小環境をもたらし、従って疾患進行に繋がり得る。
免疫抑制は骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）により助長されることが可能であり、該ＭＤＳＣは未成熟マクロファージ、顆粒球、樹状細胞、及び骨髄細胞の混合集団である。骨髄細胞は骨髄前駆細胞及び未成熟の骨髄細胞（ｉｍｍａｔｕｒｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌ）（ＩＭＣ）の不均質集団であり得る。ＭＤＳＣのマーカーとしては、Ｇｒ－１及びＣＤ１１ｂの発現（すなわち、Ｇｒ－１+及びＣＤ１１ｂ+細胞）を挙げることができる。
ＭＤＳＣの循環は慢性感染に起因して増加し、ＭＤＳＣ数の拡大は自己免疫及び炎症に関連し得る。特に、ＭＤＳＣの増殖（腫瘍又はガン性組織中での存在）が腫瘍の増殖並びに免疫検出からの回避及び／又は免疫調節を助長し、それ故に、ＭＤＳＣは抗ガンワクチンに対する免疫応答に影響し得る。
ＭＤＳＣはＧタンパク質シグナル伝達調整因子２（Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｇ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ２）（Ｒｇｓ２）によって調節され、Ｒｇｓ２は腫瘍由来のＭＤＳＣ中で高度に発現し得る。Ｒｇｓ２はまた、例えば骨髄細胞などの種々の細胞中で広範に発現し得る。腫瘍を有するマウス由来のＭＤＳＣは、腫瘍を有さないマウス由来のＭＤＳＣと異なる作用を示し得る。かかる相違の一つは、ケモカインＭＣＰ－１生成の上方制御であることが可能であり、ＭＣＰ－１はＭＤＳＣにより分泌される。ＭＣＰ－１は、ＣＣＲ２、単球上に存在するＧタンパク質共役受容体（Ｇ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＧＰＣＲ）、内皮細胞、及びＴ細胞を通じたシグナル伝達により、細胞遊走を促進し得る。従って、ＭＣＰ－１は内皮細胞の遊走を引き起こし、それによって血管新生を促進し得る。中和抗体を介したＭＣＰ－１の阻止が血管新生を阻害することができ、従って、腫瘍の転移の低減及び生存率の増加に繋げることができる。このように、ＭＣＰ－１は血管新生因子と考えることができる。ＭＤＳＣはＭＣＰ－１分泌の他に増殖因子を分泌し、それによって更に腫瘍の増殖に寄与し得る。
Ｔｙｒ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
本明細書において実証されるように、Ｔｙｒ抗原は、ガン細胞又は腫瘍細胞（例えば、メラノーマ細胞）に対する抗原特異性Ｔ細胞及び高力価抗体応答を誘導する。詳細には、Ｔｙｒ抗原は、（１）単球走化性タンパク質－１（ＭＣＰ―１）の生成を阻止し、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を阻害し、腫瘍の増殖を抑制する抗体を生成するためのＢ細胞応答を介する体液性免疫応答、（２）腫瘍細胞を攻撃し、死滅させるためのＣＤ８+などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の増加、（３）ヘルパーＴ細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ－γ及びＴＦＮ－αを介した炎症性反応の増加、あるいは、好ましくは上記項目の全てを誘導することによる、免疫媒介性の腫瘍排除のための重要な標的である。このように、Ｔｙｒ抗原（例えば、コンセンサスＴｙｒ抗原であり、より詳細には後述）を含むワクチンが、ガン又は腫瘍組織内に存在するＭＤＳＣ数を低減することにより免疫抑制を防止し、ＭＣＰ－１の生成又は分泌を低減することによりガン又は腫瘍組織の血管新生を阻止するため、これらのワクチンによって、腫瘍形成及び腫瘍増殖に対して防御免疫応答が提供される。従って、如何なる利用者も、腫瘍の形成、腫瘍の転移、及び腫瘍の増殖に対して広範な免疫を提供するＴｙｒ抗原を含むように、本発明のワクチンを設計することができる。
Ｔｙｒ抗原は、該抗原を、対抗する抗Ｔｙｒ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。Ｔｙｒ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。Ｔｙｒ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｅ）（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＴｙｒ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＴｙｒ抗原は核酸配列 配列番号１とすることができ、配列番号１はアミノ酸配列 配列番号２をコードする。配列番号１はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＴｙｒタンパク質をコードする。コンセンサスＴｙｒタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴｙｒタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原は、配列番号１に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原は、配列番号２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原は、配列番号２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、Ｔｙｒコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、Ｔｙｒコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＴｙｒコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記Ｔｙｒコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記Ｔｙｒコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＴｙｒタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１の断片に関する。断片は、配列番号１の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号１の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号１の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＴｙｒタンパク質のアミノ酸配列は配列番号２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴｙｒタンパク質のアミノ酸配列は配列番号２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴｙｒタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号２に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号２と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号２の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号２の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号２の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号２に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号２の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号２に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（２）チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）
本発明のワクチンは、ガン抗原チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＴＹＲＰ１は、ＴＹＲＰ１遺伝子によりコードされ、７５ｋＤａの膜貫通型糖タンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。ＴＹＲＰ１は、チロシナーゼと同様に、小眼球症関連転写因子（Ｍｉｃｒｏｐｈｔｈａｌｍｉａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ）（ＭＩＴＦ）に結合し得るＭボックスと呼ばれるｍｏｄｉｆｉｅｄを含み、ＭＩＴＦは色素沈着、細胞の増殖及び分化において、メラニン形成細胞内における中心的な役割を果たす。ＴＹＲＰ１はチロシナーゼの安定化を助けることが可能であり、ヘテロ二量体を形成することが可能であり、該二量体はチロシナーゼ媒介性の細胞毒性を弱毒化することによりメラニン形成細胞の早期の死を防止し得る。
チロシナーゼに関して上述した通り、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ－１）はまた、メラニン形成細胞のメラニンの合成及び色素機構に関与し、メラノーマに罹患した対象における免疫系によって認識され得る。従って、ＴＹＲＰ－１はメラノーマに関連する抗原であり得る。
ＴＹＲＰ－１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＴＹＲＰ－１抗原は、該抗原を、対抗する抗ＴＹＲＰ－１免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＴＹＲＰ－１抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＴＹＲＰ－１抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＴＹＲＰ－１抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原は核酸配列 配列番号３とすることができ、配列番号３はアミノ酸配列 配列番号４をコードする。配列番号３はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質をコードする。コンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原は、配列番号３に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原は、配列番号４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ－１抗原は、配列番号４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＴＹＲＰ－１コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＴＹＲＰ－１コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＴＹＲＰ－１コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＴＹＲＰ－１コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＴＹＲＰ－１コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＴＹＲＰ－１タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号３の断片に関する。断片は、配列番号３の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号３の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号３の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号４に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号４と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスＴＹＲＰ－１タンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号４の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号４の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号４の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号４に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号４の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号４に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（３）チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）
本発明のワクチンは、ガン抗原チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２、ドーパクロムトートメラーゼ（ｄｏｐａｃｈｒｏｍｅ ｔａｕｔｏｍｅｒａｓｅ）（ＤＣＴ）としても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＴＹＲＰ２／ＤＣＴは、ＴＹＲＰ２／ＤＣＴ遺伝子によりコードされ、５１９のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。ＴＹＲＰ２／ＤＣＴは、チロシナーゼ及びＴＹＲＰ１と協同して、メラニン形成細胞中でのＬ－チロシンのメラニンへの転化において機能を果たす、十分に特徴付けされたメラニン形成細胞特異性酵素である。ＤＣＴは、詳細には、メラニン前駆体であるＬ－ドーパクロムの５，６－ジヒドロインドール－２－カルボン酸（５，６－ｄｉｈｙｄｒｏｉｎｄｏｌｅ－２－ｃａｒｂｏｘｙｌｉｃ ａｃｉｄ）（ＤＨＩＣＡ）への互変異性化を触媒し、ＤＨＩＣＡは続いて、（上述したように）ＴＹＲＰ１によって酸化され、ユーメラニンを形成する。研究により、ＴＹＲＰ２／ＤＣＴは、ＤＮＡ損傷性薬剤に対する特異性を有する、メラノーマ細胞の薬剤耐性の媒介物であり得ることが示されている。ＴＹＲＰ２／ＤＣＴはメラノーマ中で高度に発現することが度々報告されていることから、このメラニン形成細胞特異性酵素は、種々の抗ガンＤＮＡ損傷性薬剤に対するメラノーマの固有の耐性表現型に寄与する重要な役割を果たしている。
チロシナーゼに関して上述した通り、チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ－２）もまた、メラニンの合成に関与し、メラノーマに罹患した対象における免疫系によって認識され得る。更に、ＴＹＲＰ－２はメラノーマ細胞における薬剤耐性を媒介し得る。従って、ＴＹＲＰ－２はメラノーマに関連する抗原であり得る。
ＴＹＲＰ－２抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＴＹＲＰ－２抗原は、該抗原を、対抗する抗ＴＹＲＰ－２免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＴＹＲＰ－２抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＴＹＲＰ－２抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＴＹＲＰ－２抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原は核酸配列 配列番号５とすることができ、配列番号５はアミノ酸配列 配列番号６をコードする。配列番号５はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＴＹＲＰ－２タンパク質をコードする。コンセンサスＴＹＲＰ－２タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－２タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原は、配列番号５に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原は、配列番号６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ－２抗原は、配列番号６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＴＹＲＰ－２コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＴＹＲＰ－２コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＴＹＲＰ－２コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＴＹＲＰ－２コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＴＹＲＰ－２コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＴＹＲＰ－２タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号５の断片に関する。断片は、配列番号５の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号５の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号５の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＴＹＲＰ－２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ－２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ－２タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号２に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号６の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号６の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号６に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号６の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号６に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（４）メラノーマ関連抗原４（Ｍｅｌａｎｏｍａ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ａｎｔｉｇｅｎ ４）（ＭＡＧＥＡ４）
本発明のワクチンは、ガン抗原メラノーマ関連抗原４（ＭＡＧＥＡ４）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＭＡＧＥ－Ａ４は、ＭＡＧＥ－Ａ４遺伝子によりコードされ、３１７のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、雄の生殖細胞及び消化器ガン、食道ガン及び肺ガンなどの種々の組織型の腫瘍細胞中で発現する。ＭＡＧＥ－Ａ４は、腫瘍性タンパク質、ガンキリンに結合する。このＭＡＧＥ－Ａ４に特異的な結合はそのＣ末端により媒介される。研究により、外因性ＭＡＧＥ－Ａ４は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて、ガンキリン過剰発現細胞の接着非依存性増殖を部分的に阻害することができ、ヌードマウスにおいて、これらの細胞から転位した腫瘍の形成を阻害することができることが示されている。この阻害はＭＡＧＥ－Ａ４とガンキリンとの間の結合に依存し、ガンキリンとＭＡＧＥ－Ａ４との間の相互作用がガンキリン媒介性の発ガンを阻害することを示唆している。腫瘍組織中でのＭＡＧＥの発現は腫瘍の発生の原因ではなくその結果であり、ＭＡＧＥ遺伝子は、初期の腫瘍細胞を標的にして破壊することにより、免疫過程に関与するように思われる。
メラノーマ関連抗原４（ＭＡＧＥＡ４）は、胚発生並びに腫瘍の形質転換及び／又は進行に関与し得る。ＭＡＧＥＡ４は通常、精巣及び胎盤において発現する。しかしながら、ＭＡＧＥＡ４は、多くの異なる種類の腫瘍、例えば、メラノーマ、頭頚部扁平上皮ガン、肺ガン、及び乳ガンにおいて発現し得る。従って、ＭＡＧＥＡ４は種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＭＡＧＥＡ４抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＭＡＧＥＡ４抗原は、該抗原を、対抗する抗ＭＡＧＥＡ４免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＭＡＧＥＡ４抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＭＡＧＥＡ４抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は核酸配列 配列番号７とすることができ、配列番号７はアミノ酸配列 配列番号８をコードする。配列番号７はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質をコードする。コンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は、配列番号７に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は、配列番号８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は、配列番号８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＭＡＧＥＡ４タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号７の断片に関する。断片は、配列番号７の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号７の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号７の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質のアミノ酸配列は配列番号８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質のアミノ酸配列は配列番号８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号８に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号８と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号８の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号８の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号８の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号８に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号８の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号８に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（５）成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ）
本発明のワクチンは、ガン抗原成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ、成長ホルモン放出因子（ｇｒｏｗｔｈ－ｈｏｒｍｏｎｅ－ｒｅｌｅａｓｉｎｇ ｆａｃｔｏｒ）（ＧＲＦ又はＧＨＲＦ）又はソマトクリニンとしても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＧＨＲＨは、視床下部の弓状核で生成される４４アミノ酸ペプチドホルモンである。ＧＨＲＨは視床下部により分泌され、脳下垂体からの成長ホルモンの放出、成長、代謝、及び体の構造の調節剤の放出を刺激する。ＧＨＲＨはまた成長ホルモンの生成物も刺激する。ＧＨＲＨの拮抗物質は、例えば、骨肉腫、膠芽腫、前立腺ガン、腎臓ガン、膵臓ガン、結腸直腸ガン、及び乳ガンなどの種々のガンの増殖を阻害する。従って、ＧＨＲＨは種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＧＨＲＨ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＧＨＲＨ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＧＨＲＨ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＧＨＲＨ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＧＨＲＨ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＧＨＲＨ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＧＨＲＨ抗原は核酸配列 配列番号９とすることができ、配列番号９はアミノ酸配列 配列番号１０をコードする。配列番号９はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＧＨＲＨタンパク質をコードする。コンセンサスＧＨＲＨタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原は、配列番号９に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＧＨＲＨコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＧＨＲＨタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号９の断片に関する。断片は、配列番号９の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号９の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号９の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＧＨＲＨタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１０である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＧＨＲＨタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１０である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＧＨＲＨタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１０に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１０と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１０の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号１０の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１０の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１０に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１０の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（６）ＭＡＲＴ－１／メラン－Ａ
本発明のワクチンは、ガン抗原ＭＡＲＴ－１（メラン－Ａとしても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＭＡＲＴ－１は、ＭＬＡＮＡ遺伝子によりコードされ、１１８のアミノ酸のタンパク質であり、単一の膜貫通ドメインを含有し、殆どのメラノーマ細胞中で発現する。ＭＡＲＴ－１は構造タンパク質と複合体を形成し、その発現、安定性、輸送及び、メラノソームの構造及び成熟に必要なプロセシングに影響を与える。従って、ＭＡＲＴ－１は哺乳類の色素沈着を調節するために必要不可欠である。メラノソームの成熟における欠陥が、ガンに対する罹患性と結び付けられてきた。ＭＡＲＴ－１は、それに限定されないが、メラノーマを始めとする多数のガンにおいて発現し得る。
Ｔ細胞によって認識されるメラノーマ抗原（ｍｅｌａｎｏｍａ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ）（ＭＡＲＴ－１）としても知られるメラン－Ａは、メラニン形成細胞の分化抗原であり、正常な皮膚、網膜、及びメラニン形成細胞中に存在し得る。メラン－Ａは小胞体及びメラノソームと関連付けることができる。メラン－Ａは、メラノーマ細胞上の抗原として細胞傷害性Ｔ細胞によって認識され得るが、例えば、明細胞肉腫及びメラニン性神経線維腫などの、メラニン形成細胞起源又はその分化を有する（すなわち、細胞がメラノソームを有する。）その他の腫瘍にも関連し得る。従って、メラン－Ａは、メラノソームを有する細胞由来の種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
メラン－Ａ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
メラン－Ａ抗原は、該抗原を、対抗する抗メラン－Ａ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。メラン－Ａ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。メラン－Ａ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスメラン－Ａ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン－Ａ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスメラン－Ａ抗原は核酸配列 配列番号１１とすることができ、配列番号１１はアミノ酸配列 配列番号１２をコードする。配列番号１１はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスメラン－Ａタンパク質をコードする。コンセンサスメラン－Ａタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスメラン－Ａタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン－Ａ抗原は、配列番号１１に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスメラン－Ａ抗原は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスメラン－Ａ抗原は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、メラン－Ａコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、メラン－Ａコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のメラン－Ａコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記メラン－Ａコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記メラン－Ａコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のメラン－Ａコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるメラン－Ａタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１１の断片に関する。断片は、配列番号１１の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号１１の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号１１の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスメラン－Ａタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスメラン－Ａタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスメラン－Ａタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１２に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１２と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１２の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号１２の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１２の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１２に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１２の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（７）ＮＹ－ＥＳＯ－１
本発明のワクチンは、ガン抗原ニューヨーク食道ガン－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＣＴＡＧ１とも呼ばれる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＮＹ－ＥＳＯ－１は、ＣＴＡＧ１Ｂ遺伝子によりコードされ、グリシンに富むＮ末端領域及び極端に疎水性のＣ末端領域を有する１８０のアミノ酸の長鎖タンパク質である。ＮＹ－ＥＳＯ－１は、正常な組織中では発現が制限されるが、ガンにおいて多くの場合発生する。ＮＹ－ＥＳＯ－１は、それらに限定されないが、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、メラノーマ、非小細胞性肺ガン、卵巣ガン、膵臓ガン、滑膜ガン及び前立腺ガンを始めとする多数のガンにおいて発現し得る。
ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）は精巣及び卵巣で発現し得る。ＮＹ－ＥＳＯ－１は種々のガンに関連し、体液性免疫応答を誘導し得る。ガン又は腫瘍に罹患した対象はＮＹ－ＥＳＯ－１に対する免疫原性をもつようになり得る。従って、ＮＹ－ＥＳＯ－１は種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与した対象におけるインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）の濃度を、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与した対象におけるＩＦＮ－γ濃度を、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、該抗原を、対抗する抗ＮＹ－ＥＳＯ－１免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は核酸配列 配列番号１３とすることができ、配列番号１３はアミノ酸配列 配列番号１４をコードする。配列番号１３はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質をコードする。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、配列番号１３に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１３の断片に関する。断片は、配列番号１３の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号１３の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号１３の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１４に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１４と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１４の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号１４の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１４の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１４に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１４の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（８）ＮＹ－ＥＳＯ－２
本発明のワクチンは、ガン抗原ニューヨーク食道ガン－２（ＮＹ－ＥＳＯ－２；ガン・精巣抗原２、ＥＳＯ２、及びＬＡＧＥ１としても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＮＹ－ＥＳＯ－２は、ガン・精巣抗原のＥＳＯ／ＬＡＧＥファミリーに属する自己免疫原性腫瘍抗原である。ＮＹ－ＥＳＯ－２は、メラノーマ、乳ガン、膀胱ガン及び前立腺ガンを始めとする多数のガンにおいて発現することが可能であり、通常は精巣において発現する。加えて、ＮＹ－ＥＳＯ－２は、メラノーマ、非小細胞性肺ガン、膀胱ガン、前立腺ガン及び頭頸部ガンの腫瘍試料の２５～５０％に観察され得る。ＮＹ－ＥＳＯ－２をコードする遺伝子はまた、メラノーマ特異性細胞傷害性Ｔリンパ球によって認識される腫瘍抗原である、ＣＡＭＥＬと名付けられたタンパク質をコードする別な読み取り枠も含有する。
ＮＹ－ＥＳＯ－１と同様に、ＮＹ－ＥＳＯ－２は精巣及び卵巣で発現し得る。ＮＹ－ＥＳＯ－２もまた、種々のガンに関連し、ガン又は腫瘍に罹患した対象において免疫原性となり得る。従って、ＮＹ－ＥＳＯ－２は多数の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与した対象におけるインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）の濃度を、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与した対象におけるＩＦＮ－γ濃度を、ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、該抗原を、対抗する抗ＮＹ－ＥＳＯ－２免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＮＹ－ＥＳＯ－２抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は核酸配列 配列番号１５とすることができ、配列番号１５はアミノ酸配列 配列番号１６をコードする。配列番号１はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質をコードする。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、配列番号１５に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、配列番号１６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原は、配列番号１６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＮＹ－ＥＳＯ－２コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１５の断片に関する。断片は、配列番号１５の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号１５の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号１５の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１６に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１６と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１６の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号１６の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１６の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１６に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１６の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１６に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（９）ＰＲＡＭＥ
本発明のワクチンは、ガン抗原ＰＲＡＭＥ、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＰＲＡＭＥは、ＰＲＡＭＥ遺伝子によってコードされ、５０９のアミノ酸から構成されるタンパク質であり、精巣、胎盤、子宮内膜、卵巣、副腎中、並びにメラノーマ、肺ガン、腎臓ガン、及び頭頚部ガン由来の組織中で発現する。ＰＲＡＭＥはまた、成人及び小児の急性白血病並びに多発性骨髄腫においても発現する。ＰＲＡＭＥは、ＨＬＡ－Ａ２４によって提供される場合、細胞傷害性応答を誘発することができる免疫原性ナノペプチドを含有する。研究により、培養された細胞中におけるＰＲＡＭＥの過剰発現が、より遅い増殖速度の原因であるカスパーゼ非依存の細胞死を誘導することが示されている。他の研究により、ＰＲＡＭＥの過剰発現はまた、レチノイン酸受容体（ｒｅｔｉｎｏｉｃ ａｃｉｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＲＡＲ）のシグナル伝達に拮抗することによって増殖又は生存を利し、腫瘍化の過程に原因として関与することが実証されている。ＲＡＲシグナル伝達の妨害により、細胞の増殖、発生及び分化の調節が損なわれる。
ＰＲＡＭＥは、ガン・精巣抗原ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、及びＧＡＧＥに類似した発現パターン、すなわち精巣における発現を有し得る。しかしながら、ＰＲＡＭＥはヒトメラノーマ及び急性白血病において発現し得る。ＰＲＡＭＥは細胞溶解性Ｔリンパ球によって認識され得る。従って、ＰＲＡＭＥはメラノーマ及び白血病に関連する抗原であり得る。
ＰＲＡＭＥ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象におけるインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）の濃度を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象におけるＩＦＮ－γ濃度を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ－γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
ＰＲＡＭＥ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＲＡＭＥ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＲＡＭＥ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＲＡＭＥ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は核酸配列 配列番号１７とすることができ、配列番号１７はアミノ酸配列 配列番号１８をコードする。配列番号１７はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質をコードする。コンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は、配列番号１７に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は、配列番号１８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は、配列番号１８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＰＲＡＭＥタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１７の断片に関する。断片は、配列番号１７の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号１７の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号１７の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１８に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１８と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１８の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号１８の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１８の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１８に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１８の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１８に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（１０）ＰＳＡ
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性抗原（ＰＳＡ；γ－セミノタンパク質又はカリクレイン－３（ｋａｌｌｉｋｒｅｉｎ－３）（ＫＬＫ３）としても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＰＳＡは前立腺上皮細胞及び前立腺ガン細胞によって生成されるアンドロゲン制御セリンプロテアーゼであり、ＫＬＫ３遺伝子によってコードされる。ＰＳＡは前立腺ガンの血清マーカーとしてしばしば用いられる。ＰＳＡは組織カリクレインファミリーの一員であり、活性な酵素を放出する酵素前駆体の開裂後に、精液の凝塊物中のセミノゲリンを開裂し、それによって精液を溶解して精子を自由に泳がせる。加えて、ＰＳＡの酵素活性は亜鉛濃度によって調節される、すなわち高い亜鉛濃度はＰＳＡの酵素活性を阻害する。
ＰＳＡ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＳＡ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＳＡ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＳＡ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＳＡ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＳＡ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＳＡＰ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／又は１種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１１）ＰＳＭＡ
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性膜抗原（ｐｒｏｓｔａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｅｍｂｒａｎｅ ａｎｔｉｇｅｎ）（ＰＳＭＡ；グルタミン酸カルボキシペプチダーゼＩＩ（Ｇｌｕｔａｍａｔｅ ｃａｒｂｏｘｙｐｅｐｔｉｄａｓｅ ＩI）（ＧＣＰＩＩ）、Ｎ－アセチル－Ｌ－アスパルチル－Ｌ－グルタマートペプチダーゼＩ（Ｎ－ａｃｅｔｙｌ－Ｌ－ａｓｐａｒｔｙｌ－Ｌ－ｇｌｕｔａｍａｔｅ ｐｅｐｔｉｄａｓｅ Ｉ）（ＮＡＡＬＡＤａｓｅ Ｉ）、及びＮＡＡＧペプチダーゼとしても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＰＳＭＡは葉酸ヒドロラーゼ１（ｆｏｌａｔｅ ｈｙｄｒｏｌａｓｅ １）（ＦＯＬＨ１）遺伝子によってコードされる。ＰＳＭＡは膜中及び細胞外空間中に存在することが知られている亜鉛金属酵素である。ＰＳＭＡはヒト前立腺において高度に発現し、前立腺ガンにおいて上方制御される。ＰＳＭＡはまた、腎臓、乳房、及び結腸の固形腫瘍などのその他のガンにおいて過剰発現することも知られている。
ＰＳＭＡ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＳＭＡ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＳＭＡ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＳＭＡ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＳＭＡ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＳＭＡＰ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／又は１種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１２）ＳＴＥＡＰ
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺の６回膜貫通上皮抗原（ｓｉｘ－ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ａｎｔｉｇｅｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｒｏｓｔａｔｅ）（ＳＴＥＡＰ）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＳＴＥＡＰはＳＴＥＡＰ１遺伝子によってコードされる金属還元酵素である。ＳＴＥＡＰは前立腺組織において広く発現し、ガン細胞中で上方制御される。ＳＴＥＡＰは６回膜貫通タンパク質であることが予測され、細胞－細胞間結合に存在する細胞表面抗原である。
ＳＴＥＡＰ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＳＴＥＡＰ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＳＴＥＡＰ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＳＴＥＡＰ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＳＴＥＡＰ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＳＴＥＡＰ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／又は１種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１３）ＰＳＣＡ
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性幹細胞抗原（ｐｒｏｓｔａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ａｎｔｉｇｅｎ）（ＰＳＣＡ）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＰＳＣＡはグリコシルホスファチジルイノシトール（ｇｌｙｃｏｓｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ）（ＧＰＩ）固着細胞表面タンパク質であり、アンドロゲン応答遺伝子によってコードされる。ＰＳＣＡはＧＰＩ固着細胞表面抗原のＴｈｙ－１／Ｌｙ－６ファミリーの一員である。ＰＳＣＡは前立腺ガン、膀胱ガン、及び膵臓ガンを始めとする多くのガンにおいて上方制御される。
ＰＳＣＡ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＳＣＡ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＳＣＡ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＳＣＡ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＳＣＡ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＳＣＡ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／又は１種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１４）ｈＴＥＲＴ
本発明のワクチンは、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、その断片、又はその変異体を含むことができる。ｈＴＥＲＴは、テロメアの末端にＴＴＡＧＧＧタグを合成して、染色体欠失に起因する細胞死を防止するヒトテロメラーゼ逆転写酵素である。過剰増殖性細胞はｈＴＥＲＴの異常な高発現を有し得る。ｈＴＥＲＴの異常な高発現は、ＨＣＶ及びＨＰＶに感染した過剰増殖性細胞においても起こり得る。従って、ＨＣＶ及びＨＰＶの両方に対する免疫療法は、異常な水準でｈＴＥＲＴを発現する細胞を標的とすることにより強化することができる。ＨＣＶ及びＨＰＶ抗原は後により詳細に議論する。ｈＴＥＲＴガン抗原は更に、２０１３年１２月２３日出願の米国特許出願第１４／１３９，６６０号により規定することができ、該出願はその全体が参照により組み入れられる。
加えて、ｈＴＥＲＴ遺伝子をトランスフェクトされた樹状細胞中のｈＴＥＲＴの発現は、抗原特異性形態でＣＤ８+細胞傷害性Ｔ細胞を誘導し、ＣＤ４+Ｔ細胞を誘発することができる。従って、老化を遅延させ、選択した抗原を提示する抗原提示細胞（ａｎｔｉｇｅｎ ｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ ｃｅｌｌ）（ＡＰＣ）の能力を持続させるための、ＡＣＰ内におけるｈＴＥＲＴの発現の使用を、本明細書に記載の方法などにおける免疫療法上の方法に用いることができる。
ｈＴＥＲＴ抗原は、それらに限定されないが、メラノーマ、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症（ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｐａｐｉｌｌｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＲＲＰ）、肛門ガン、頭頚部ガン、及び血液ガンを始めとする任意の数のガンに関連し得る又は発現し得る。従って、上記ワクチンは、本明細書に記載のｈＴＥＲＴ抗原を含む場合、それらに限定されないが、メラノーマ、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門ガン、頭頚部ガン、及び血液ガンを始めとする任意の数のガンに罹患した対象を治療するために用いることができる。
ｎＴＥＲＴ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ｈＴＥＲＴ抗原は、該抗原を、対抗する抗ｈＴＥＲＴ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ｈＴＥＲＴ抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。ｈＴＥＲＴ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原のそれぞれのアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、非相同な核酸配列とすることができる及び／又は１種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、野生型のｈＴＥＲＴ抗原対比で、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列中の１又は複数のアミノ酸又は残基を、それぞれ別なアミノ酸又は残基で置き換える、すなわち置換するように変異させることができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、野生型のｈＴＥＲＴ抗原に比較して、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列中の１又は複数の残基をそれぞれ別な残基で置き換える、すなわち置換するように変異させ、それによって、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸、ｈＴＥＲＴ抗原若しくはコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原、又はそれらの組み合わせを投与された哺乳類において、免疫系を、もはやｈＴＥＲＴを認容するものではなくすことができる。ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、野生型のｈＴＥＲＴ抗原対比で、ｈＴＥＲＴ抗原又はコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列中のアルギニン５８９、アスパラギン酸１００５、又はアルギニン５８９及びアスパラギン酸１００５の両方をチロシン残基で置き換える、すなわち置換するように変異させることができる。
ｈＴＥＲＴ抗原は核酸配列 配列番号２３とすることができ、配列番号２３はアミノ酸配列 配列番号２４をコードする。配列番号２３はＩｇＥリーダー配列に連結するｈＴＥＲＴタンパク質をコードする。ｈＴＥＲＴタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、ｈＴＥＲＴタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／又はＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、ｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号２３に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、ｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。ｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ｈＴＥＲＴタンパク質に相同なタンパク質、ｈＴＥＲＴタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。配列に対する９５％までの相同性、配列に対する９６％までの相同性、配列に対する９７％までの相同性、配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のｈＴＥＲＴタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ｈＴＥＲＴタンパク質の免疫原性断片、及び上記ｈＴＥＲＴタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のｈＴＥＲＴ配列に対する８０％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する８５％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９０％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９１％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９２％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９３％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９４％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９５％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９６％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９７％までの同一性、全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９８％までの同一性、及び全長のｈＴＥＲＴ配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるＨＴＥＲＴタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号２３の断片に関する。断片は、配列番号２３の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％とすることができる。断片は、配列番号２３の断片に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％相同であることができる。断片は、配列番号２３の断片に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、ｈＴＥＲＴタンパク質のアミノ酸配列は配列番号２４である。ＩｇＥリーダーに連結したｈＴＥＲＴタンパク質のアミノ酸配列は配列番号２４である。ＩｇＥリーダーに連結したｈＴＥＲＴタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号２４に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示されるタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示されるタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示されるタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示されるタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示されるタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号２４と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４に示される全長アミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。タンパク質の断片は、タンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。配列番号２４の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号２４の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号２４の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号１８に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して９６％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して９７％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して９８％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して９９％の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号２４の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号２４に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４５以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７５以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１６２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１６８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１７４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１９２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１９８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２０４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２２２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２２８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２３４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２５２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２５８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２６４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２８２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２８８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２９４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３１２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３１８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３２４０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３００以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３６０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３４２０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３４８０以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、ＩｇＥリーダー配列に対するコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２３の断片は、ＩｇＥリーダー配列に対するコード配列を含まない。
断片は、６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において７５未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において９０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１５０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２１０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２７０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において４２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において４８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において５４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において６００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において６６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において７２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において７８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において８４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において９００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において９６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１０２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１０８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１１４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１２００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１２６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１３２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１３８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１４４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１５００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１５６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１６２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１６８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１７４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１８００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１８６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１９２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において１９８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２０４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２１００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２１６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２２２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２２８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２３４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２４００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２４６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２５２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２５８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２６４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２７００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２７６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２８２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２８６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において２９４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３０００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３０６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３１２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３１８０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３２４０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３３００未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３３６０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３４２０未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において３４８０未満のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態において３５１０未満のヌクレオチドを含むことができる。
配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３９０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４５０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５１０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５７０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６００以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６３０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６９０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７５０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７８０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８１０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８４０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８７０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９００以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９３０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９６０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９９０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０２０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０５０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０８０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１１０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１４０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１７０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２００以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２３０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２６０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２９０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３２０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３５０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３８０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４１０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４４０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４７０以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５００以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、ＩｇＥリーダー配列に対するコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号２４の断片は、ＩｇＥリーダー配列に対するコード配列を含まない。
断片は、２４未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において３０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において３６未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において４２未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において４８未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において５４未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において６０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において７２未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において９０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１２０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１５０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１８０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において２１０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において２４０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において２６０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において２９０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において３２０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において３５０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において３８０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において４１０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において４４０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において４７０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において５００未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において５３０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において５６０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において５９０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において６２０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において６５０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において６８０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において７１０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において７４０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において７７０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において８００未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において８３０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において８６０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において８９０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において９２０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において９５０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において９８０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１０１０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１０４０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１０７０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１２００未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１２３０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１２６０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１２９０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１３２０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１３５０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１３８０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１４１０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１４４０未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において１４７０未満のアミノ酸、及びいくつかの実施形態において１５００未満のアミノ酸を含むことができる。
（１５）ＭＡＧＥ Ａ１
本発明のワクチンは、ガン抗原メラノーマ関連抗原１（ｍｅｌａｎｏｍａ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｔｉｇｅｎ １）（ＭＡＧＥ Ａ１）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ＭＡＧＥ Ａ１は、ＭＡＧＥ Ａ１遺伝子によりコードされ、２８０のアミノ酸のタンパク質であり、腫瘍細胞及び生殖細胞によって発現されることのみが見出されている。ＭＡＧＥ Ａ１が正常な生体組織中で抑制されることは、ＤＮＡのメチル化に基づく。これらの遺伝子は、多くの種類の腫瘍において、ゲノム全体での脱メチル化過程の中で活性になり、これが多くの場合腫瘍の発生を伴う。詳細には、悪性形質転換の間に、これらの遺伝子が活性化され、発現し、免疫系によって認識され攻撃を受ける抗原性標的になり得る。従って、ＭＡＧＥ遺伝子は、一部の初期の腫瘍細胞を標的として免疫破壊することによって免疫過程に関与する。ＭＡＧＥ Ａ１は、それらに限定されないが、メラノーマ、肺ガン及び食道扁平上皮ガンを始めとする多くのガンにおいて発現し得る。
ＭＡＧＥ Ａ１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
（１６）ＷＴ１
本発明のワクチンは、ガン抗原ウィルムス腫瘍１（Ｗｉｌｍ’ｓ ｔｕｍｏｒ １）（ＷＴ１）、その断片、その変異体を含むことができる。ＷＴ１は、プロリン／グルタミンリッチＤＮＡ－結合領域をＮ末端に、且つ、４の亜鉛フィンガーモチーフをＣ―末端に含む転写因子である。ＷＴ１は、泌尿生殖器系の正常な発達に関与しており、多くの因子、例えば、腫瘍抑制因子として知られるｐ５３、及び細胞毒性薬による治療後に多数の部位でＷＴ１を切断するセリンプロテアーゼＨｔｒＡ２と相互作用する。
ＷＴ１の変異は、腫瘍形成または癌形成、例えば、ウィルムス腫瘍またはＷＴ１を発現する腫瘍をもたらし得る。ウィルムス腫瘍は、それらに限定されないが、例えば、肝組織、尿路系組織、リンパ組織、及び肺組織などの他の組織に転移する前に片方又は両方の腎臓に形成されることが多い。従って、ウィルムス腫瘍は、転移性腫瘍と考えることができる。ウィルムス腫瘍は、通常、低年齢の子供（例えば、５歳未満）に散発型及び遺伝型の両方で起こる。ＷＴ１ガン抗原は更に、２０１３年１２月２３日出願のＰＣＴ／ＵＳ１３／７５１４１に規定され、該出願はこれにより、参照によりその全体が組み入れられる。
ＷＴ－１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
従って、上記ワクチンを用いて、ウィルムス腫瘍を患っている対象を治療することができる。上記ワクチンを、それらに限定されないが、メラノーマ、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門ガン、頭頚部ガン、及び血液ガンを始めとする任意の数のガンに罹患した対象の治療に用いることができる。上記ワクチンを用いて、ＷＴ１を発現するガン又は腫瘍を有する対象を治療して、対象内におけるかかる腫瘍の発症を防ぐこともできる。ＷＴ１抗原は、天然の「正常」ＷＴ１遺伝子とは異なり得るため、ＷＴ１抗原発現腫瘍に対して治療又は予防を提供することができる。従って、天然ＷＴ１遺伝子とは異なるＷＴ１抗原配列（すなわち、変異ＷＴ１遺伝子又は変異ＷＴ１配列）が本明細書において提供される。
天然ＷＴ１遺伝子の転写産物は、様々なｍＲＮＡに加工され、得られたタンパク質は、免疫応答を誘導する価値が全て同じではない。本明細書に記載の変異ＷＴ１遺伝子により、選択的処理を避け、１つの全長転写産物を産生し、エフェクターＴ及びＢ細胞応答がより強く誘導される。第１の変異ＷＴ１配列は、改変ジンクフィンガーを有するＣＯＮ ＷＴ１、すなわち、ＣｏｎＷＴ１－Ｌと称される。配列番号１９は、改変ジンクフィンガーを有するＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１をコードする核酸配列である。配列番号２０は、改変ジンクフィンガーを有するＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１のアミノ酸配列である。第２の変異ＷＴ１配列は、ジンクフィンガーを有しないＣＯＮ ＷＴ１、すなわち、ＣｏｎＷＴ１－Ｓと称される。配列番号２１は、ジンクフィンガーを有しないＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１をコードする核酸配列である。配列番号２２は、改変ジンクフィンガーを有しないＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１のアミノ酸配列である。
ＷＴ１抗原は、２以上の種由来のコンセンサス抗原（又は免疫原）配列であり得る。ＷＴ１抗原は、コンセンサス配列、及び／又は、改良発現用の改変を含み得る。改変には、コドン最適化、ＲＮＡ最適化、翻訳開始を増大させるためのコザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）の付加、及び／又は、ＷＴ１抗原の免疫原性を増大させるための免疫グロブリンリーダー配列の付加を含み得る。ＷＴ１抗原は、それらに限定されないが、例えば、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）シグナルペプチド又は免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）シグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを含み得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、血球凝集素（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ）（ＨＡ）タグを含み得る。ＷＴ１コンセンサス抗原は、対応するコドン最適化ＷＴ１抗原よりもより強く広範な細胞性及び／又は体液性免疫応答を誘発するように設計されていてもよい。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、１又は複数のジンクフィンガーに１又は複数の変異を含み、それにより対応するコドン最適化ＷＴ１抗原よりもより強く広範な細胞性及び／又は体液性免疫応答を誘発することができる。上記１又は複数の変異は、１又は複数のジンクフィンガーで亜鉛イオンに配位する１種又は複数種のアミノ酸の置換であり得る。亜鉛イオンに配位する１種又は複数種のアミノ酸は、ＣＣＨＨモチーフであり得る。従って、いくつかの実施形態において、上記１又は複数の変異は、ＣＣＨＨモチーフの１、２、３、又は４全てのアミノ酸の置換であり得る。
他の実施形態において、上記１又は複数の変異は、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７が、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４が、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基であるものである。特に、上記１又は複数の変異は、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４が、グリシン（Ｇ）であるものである。
他の実施形態において、１又は複数のジンクフィンガーがＷＴ１コンセンサス抗原から除去され得る。１、２、３、又は４全てのジンクフィンガーがＷＴ１コンセンサス抗原から除去され得る。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０をコードする核酸配列番号１９であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号１９に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する核酸配列であり得る。他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。
さらに他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７は、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４は、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基である。他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４は、グリシン（Ｇ）である。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０のアミノ酸配列であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得るが、但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７は、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４は、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基である。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４は、グリシン（Ｇ）である。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２をコードする核酸配列番号２１であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２１に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する核酸配列であり得る。他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２のアミノ酸配列であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。
配列番号２０及び配列番号２２の免疫原性断片が得られる。免疫原性断片は、配列番号２０及び／又は配列番号２２の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、配列番号２０の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％を含み得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７が免疫原性断片に存在する場合、これらの残基は、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４が免疫原性断片に存在する場合、これらの残基は、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基である。他の実施形態において、免疫原性断片は、配列番号２０の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％を含み得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４が免疫原性断片に存在する場合、これらの残基は、グリシン（Ｇ）である。
いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列を含まない。
配列番号２０及び２２の免疫原性断片に同一性を有するアミノ酸配列をもつタンパク質の免疫原性断片が得られる。かかる断片は、配列番号２０及び／又は配列番号２２に９５％以上の同一性を有するタンパク質の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性断片に９６％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性断片に９７％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性断片に９８％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性断片に９９％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、ＩｇＥリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号１９及び配列番号２１の免疫原性断片に関する。免疫原性断片は、配列番号１９及び／又は配列番号２１の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、ＩｇＥリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
配列番号１９及び配列番号２１の免疫原性断片に同一性を有するヌクレオチド配列を持つ核酸の免疫原性断片が得られる。かかる断片は、配列番号１９及び／又は配列番号２１に９５％以上の同一性を有する核酸の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性断片に９６％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性断片に９７％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性断片に９８％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性断片に９９％以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、ＩｇＥリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
（１７）ｇｐ１００
本発明のワクチンは、ガン抗原糖タンパク質１００（ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ １００）（ｇｐ１００；Ｔｒｐ２及びプレメラノソームタンパク質（ｐｒｅｍｅｌａｎｏｓｏｍｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）（ＰＭＥＬ）としても知られる）、その断片、又はその変異体を含むことができる。ｇｐ１００はＰＭＥＬ遺伝子によりコードされる。ｇｐ１００は、段階ＩからＩＩへのメラノソームの成熟に関与する際に、メラノソームの生合成において中心的な役割を果たす、６６１のアミノ酸から構成される７０ｋＤａの１型膜貫通糖タンパク質である。ｇｐ１００は多胞体内に線条を形成させ、プレメラノソームの生合成に直接関与する。ｇｐ１００は成熟したメラノソームに比較してプレメラノソームにおいて富化されるが、増殖する新生のメラニン形成細胞により及び腫瘍の増殖の間に過剰発現する。ｇｐ１００タンパク質は、メラノーマ患者の末梢血由来及び腫瘍浸潤リンパ球由来の細胞傷害性Ｔリンパ球によって認識される、種々の免疫原性エピトープを含む。
ｇｐ１００抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
（１８）ウィルス抗原
上記ガン抗原はウィルス抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。上記ウィルス抗原はＢ型肝炎ウィルス、Ｃ型肝炎ウィルス、又はヒト乳頭腫ウィルス（ＨＰＶ）由来の抗原とすることができる。ＨＰＶとしては、後述するように、ＨＰＶ６、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、又はＨＰＶ１８とすることができる。
上記ウィルス抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又は腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－１０及びＴＦＧ－βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ－１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する１種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
（ａ）Ｂ型肝炎ウィルス抗原
上記ウィルス抗原はＢ型肝炎ウィルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）（ＨＢＶ）由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。ＨＢＶ抗原は肝ガンに関連し、又は肝ガンを発生させ得る。いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原は、プラスミド（複数可）などの、ＨＢＶ由来の１種又は複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子（複数可）とすることができる。ＨＢＶ抗原は、全長であるか又は全長タンパク質の免疫原性断片とすることができる。
ＨＢＶ抗原はコンセンサス配列及び／又は発現を向上させるための１又は複数の改変を含むことができる。上記改変コンセンサス配列には、構築物の免疫原性を増加させるためのコドン最適化、ＲＮＡ最適化、及び高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を始めとする遺伝的改変を含めることができる。コンセンサスＨＢＶ抗原は、ＩｇＥ又はＩｇＧシグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチド等のシグナルペプチドを含んでいてもよく、いくつかの実施形態において、ＨＡタグを含んでいてもよい。該免疫原は、相当するコドン最適化免疫原よりもより強力でより広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計することができる。
ＨＢＶ抗原はＨＢＶコアタンパク質、ＨＢＶ表面タンパク質、ＨＢＶ ＤＮＡポリメラーゼ、遺伝子ＸによりコードされるＨＢＶタンパク質、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせとすることができる。ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ａコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｂコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｃコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｄコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｅコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｆコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｇコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｈコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ａ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｂ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｃ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｄ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｅ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｆ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｇ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｈ表面タンパク質、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせとすることができる。ＨＢＶ抗原はコンセンサスＨＢＶコアタンパク質、又はコンセンサスＨＢＶ表面タンパク質とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＡコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ａコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＢコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｂコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＣコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｃコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＤコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｄコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＥコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｅコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＦコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｆコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＧコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｇコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型ＨコンセンサスコアＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｈコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ａ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｂ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｃ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｄ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｅ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｆ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｇ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサス表面ＤＮＡ配列構築物、ＨＢＶ遺伝子型Ｈ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、又はＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
（ｂ）Ｃ型肝炎ウィルス抗原
上記ウィルス抗原はＣ型肝炎ウィルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。ＨＣＶ抗原は肝ガンに関連し、又は肝ガンを発生させ得る。いくつかの実施形態において、ＨＣＶ抗原は、プラスミド(複数可)などの、ＨＣＶ由来の１種又は複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子(複数可)とすることができる。ＨＣＶ抗原は、全長であるか又は全長タンパク質の免疫原性断片とすることができる。
ＨＣＶ抗原はコンセンサス配列及び／又は発現を向上させるための１又は複数の改変を含むことができる。上記改変コンセンサス配列には、コドン最適化、ＲＮＡ最適化、及び構築物の免疫原性を増加させるための高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を始めとする遺伝的改変を含めることができる。コンセンサスＨＣＶ抗原は、ＩｇＥ又はＩｇＧシグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチド等のシグナルペプチドを含んでいてもよく、いくつかの実施形態においてＨＡタグを含んでいてもよい。該免疫原は、相当するコドン最適化免疫原よりもより強力でより広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計することができる。
ＨＣＶ抗原は、ＨＣＶヌクレオカプシドタンパク質（すなわち、コアタンパク質）、ＨＣＶエンベローブタンパク質（例えば、Ｅ１及びＥ２）、ＨＣＶ非構造タンパク質（例えば、ＮＳ１、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、及びＮＳ５ｂ）、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせとすることができる。
（ｃ）ヒト乳頭腫ウィルス
上記ウィルス抗原はＨＰＶ由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ１６型、１８型、３１型、３３型、３５型、４５型、５２型、及び５８型由来とすることができ、これらは子宮頸ガン、直腸ガン、及び／又はその他のガンを発生させる。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ６型及び／又は１１型由来とすることができ、これらは尖圭コンジロームを発生させ、頭頚部ガンの原因であることが知られている。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ１６型及び／又は１８型由来とすることができ、これらは子宮頸ガンを発生させる。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ６型、１１型及び／又は１６型由来とすることができ、これらはＲＲＰ及び肛門ガンを発生させる。ＨＰＶガン抗原は更に、２００７年７月３０日出願の米国特許第８，１６８，７６９号、２０１０年１月２１日出願の米国特許第８，３８９，７０６号、２０１１年１０月２１日出願の米国特許出願第１３／２７１，５７６号、及び２０１３年３月１２日出願の米国特許出願第６１／７７７，１９８号によって規定され、これらのそれぞれは、その全体が参照により組み入れられる。
ＨＰＶ抗原は、各ＨＰＶ型由来のＨＰＶ Ｅ６又はＥ７ドメインとすることができる。例えば、ＨＰＶ１６型（ＨＰＶ１６）に関し、ＨＰＶ１６抗原はＨＰＶ１６ Ｅ６抗原、ＨＰＶ１６ Ｅ７抗原、それらの断片、変異体、又は組み合わせを含むことができる。同様に、ＨＰＶ抗原はＨＰＶ６ Ｅ６及び／若しくはＥ７、ＨＰＶ１１ Ｅ６及び／若しくはＥ７、ＨＰＶ１６ Ｅ６及び／若しくはＥ７、ＨＰＶ１８ Ｅ６及び／若しくはＥ７、ＨＰＶ３１ Ｅ６及び／若しくはＥ７、ＨＰＶ３３ Ｅ６及び／若しくはＥ７、ＨＰＶ５２ Ｅ６及び／若しくはＥ７、又はＨＰＶ５８ Ｅ６及び／若しくはＥ７、それらの断片、変異体あるいは組み合わせとすることができる。
（ｄ）ヘルペスウィルス
上記ウィルス抗原はヘルペスウィルス抗原であってもよい。ヘルペスウィルス抗原はＣＭＶ、ＨＳＶ１、ＨＳＶ２、ＶＺＶ、ＣｅＨＶ１、ＥＢＶ、ロゼオロウィルス、カポジ肉腫関連ヘルペスウィルス、又はＭｕＨＶの群より選択される抗原とすることができ、好ましくはＣＭＶ、ＨＳＶ１、ＨＳＶ２、ＣｅＨＶ１及びＶＺＶとすることができる。
コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＢ（配列番号２６）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＭ（配列番号２８）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＮ（配列番号３０）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＨ（配列番号３２）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＬ（配列番号３４）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＯ（配列番号３６）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ１２８（配列番号３８）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ１３０（配列番号４０）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ－１３１Ａ（配列番号４２）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ－８３（ｐｐ６５）（配列番号４４）。
配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、又は配列番号４４をコードする配列を含む核酸配列。上記コンセンサスアミノ酸配列をコードする核酸分子が生起される。ワクチンは、ヒトにおける安定性及び発現を最適化するために生起されるこの配列の群より選択される１種又は複数種の免疫原性タンパク質のコンセンサス版をコードする１種又は複数種の核酸配列を含んでいてもよい。コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＢをコードする核酸配列（配列番号２５）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＭをコードする核酸配列（配列番号２７）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＮをコードする核酸配列（配列番号２９）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＨをコードする核酸配列（配列番号３１）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＬをコードする核酸配列（配列番号３３）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ｇＯをコードする核酸配列（配列番号３５）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ１２８をコードする核酸配列（配列番号３７）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ１３０をコードする核酸配列（配列番号３９）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ－１３１Ａをコードする核酸配列（配列番号４１）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ－ＵＬ－８３（ｐｐ６５）をコードする核酸配列（配列番号４３）。上記核酸配列は更に５’末端に連結するコード化ＩｇＥリーダーを有することができる。
臨床分離物からの進化的分岐及び一般的な流通しているヒト株の中での広範な遺伝的差異の観点から、各免疫原性タンパク質に対するコンセンサスアミノ酸配列が生起された。ｇＢ、ｇＭ、ｇＨ、ｇＬ、ｇＥ、ｇＩ、ｇＫ、ｇＣ、ｇＤ、ＵＬ１２８、ＵＬ１３０、ＵＬ－１３１Ａ及びＵＬ－８３（ｐｐ６５）に対するコンセンサスアミノ酸配列は、ヒト臨床分離物由来の配列に基づくものであった。ｇＮタンパク質の大きな進化的分岐により、コンセンサス配列は、血液検査で最も陽性を示すｇＮ－４を代表する、７種の血清型の１種（ｇＮ－４ｃ）のみから生起された。同様に、ｇＯの場合には、特定の血清型が、ｇＮ－４ｃ血清型に連結するという報告から、コンセンサスアミノ酸配列は、８種の血清型の１種（ｇＯ－５）から生起された。
上述のように、上記ヘルペスウィルス抗原はコンセンサスヘルペスウィルスとすることができる。コンセンサスヘルペスウィルス抗原はシグナルペプチドを備えていてもよい。いくつかの実施形態において、ＩｇＥリーダーがＮ末端に連結する。本明細書に記載のように、コンセンサス配列のＮ末端に連結するシグナルペプチドに言及する場合には、詳細には、当該コンセンサス配列のＮ末端Ｘａａ残基がシグナルペプチドによって置換された実施形態を含むことが意図される。すなわち、本明細書において用いられるＸａａとは、任意のアミノ酸を指す又はアミノ酸を指さないことが意図される。配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４に示される本明細書に記載のコンセンサス配列を含むタンパク質は、Ｎ末端Ｘａａを有さない配列を含んでいてもよい。
それぞれの特定の例において、ヘルペスウィルス免疫原性タンパク質コンセンサス配列のＮ末端に、ＩｇＥリーダー配列を含むアミノ酸配列が生起された。いくつかの実施形態において、２種以上のヘルペスウィルス抗原が、タンパク質分解開裂部位によって互いに連結した融合タンパク質として発現する核酸構築物が提供される。フューリンタンパク質分解開裂部位は、構築物によって発現される融合タンパク質においてヘルペスウィルス抗原に連結し得るタンパク質分解開裂部位の例である。上記ヘルペスファミリーのウィルスガン抗原は更に、米国特許出願第１３／９８２，４５７号に開示される任意の抗原とすることができ、該出願の内容はその全体が参照により組み入れられる。
３．免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたワクチン
上記ワクチンは、１種又は複数種の免疫チェックポイント分子の１種又は複数種の阻害剤（すなわち、免疫チェックポイント阻害剤）を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＨＣクラスによる提示、Ｔ細胞による提示及び／若しくはその分化、Ｂ細胞による提示及び／若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び／又は分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する任意の核酸又はタンパク質である。
かかる阻害剤は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列又はタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は酵素基剤、タンパク質若しくは核酸に結合するリガンド（又はその類似体）、あるいは生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば８００ドルトン未満の有機又は無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列はタンパク質、ペプチド、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
いくつかの実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は、抗原、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせをコードする１種又は複数種の核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は抗原、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
ａ．免疫チェックポイント分子
免疫チェックポイント分子は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列又はタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は、酵素基剤、タンパク質若しくは核酸に結合するリガンド（又はその類似体）、又は生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば８００ドルトン未満の有機又は無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
（１）ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１
免疫チェックポイント分子は、プログラムされた細胞死タンパク質１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ ｐｒｏｔｅｉｎ １）（ＰＤ－１）、プログラムされた細胞死リガンド１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ ｌｉｇａｎｄ １）（ＰＤ－Ｌ１）、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせであり得る。ＰＤ－１はＰＤＣＤ１遺伝子によってコードされる細胞表面タンパク質である。ＰＤ－１は免疫グロブリンスーパーファミリーの一員であり、Ｔ細胞及びプロＢ細胞上で発現し、従ってこれらの細胞の運命及び／又は分化に寄与する。特に、ＰＤ－１はＴ細胞調節剤のＣＤ２８／ＣＴＬＡ－４ファミリーの１型膜タンパク質であり、Ｔ細胞受容体（Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＴＣＲ）シグナルを負に制御し、それによって免疫応答を負に制御する。ＰＤ－１はＣＤ８＋Ｔ細胞応答を負に制御し、従ってＣＤ８媒介性の細胞傷害性を阻害し、腫瘍の増殖を高め得る。
ＰＤ－１は２種のリガンドＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２を有し、これらはＢ７ファミリーの一員である。ＰＤ－Ｌ１は、マクロファージ及び樹状細胞（ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌ）（ＤＣ）上でＬＰＳ及びＧＭ－ＣＳＦ処理に応答し、またＴ細胞及びＢ細胞上でＴＣＲ及びＢ細胞受容体シグナル伝達に際して、上方制御される。ＰＤ－Ｌ１は骨髄腫、肥満細胞腫、及びメラノーマを始めとする多くの腫瘍細胞系によって発現される。
ｂ．抗免疫チェックポイント分子抗体
上述のように、免疫チェックポイント阻害剤は抗体とすることができる。上記抗体は抗原（すなわち、上記の免疫チェックポイント分子）と結合又は反応することができる。従って、上記抗体は、抗免疫チェックポイント分子抗体又は免疫チェックポイント分子抗体と見なし得る。上記抗体は、 に含まれる核酸配列によりコードすることができる。
上記抗体としては、重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを挙げることができる。上記重鎖ポリペプチドとしては、可変重鎖（ｖａｒｉａｂｌｅ ｈｅａｖｙ ｃｈａｉｎ）（ＶＨ）領域及び／又は少なくとも１種の定常重鎖（Ｃｏｎｓｔａｎｔ ｈｅａｖｙ ｃｈａｉｎ）（ＣＨ）領域を含むことができる。上記少なくとも１種の定常重鎖領域としては、定常重鎖領域１（ＣＨ１）、定常重鎖領域２（ＣＨ２）、及び定常重鎖領域３（ＣＨ３）、及び／又はヒンジ領域を挙げることができる。
いくつかの実施形態において、上記重鎖ポリペプチドはＶＨ領域及びＣＨ１領域を含むことができる。その他の実施形態において、上記重鎖ポリペプチドはＶＨ領域、ＣＨ１領域、ヒンジ領域、ＣＨ２領域、及びＣＨ３領域を含むことができる。
上記重鎖ポリペプチドは相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）（「ＣＤＲ」）セットを含むことができる。上記ＣＤＲセットはＶＨ領域の３の高度可変領域を含むことができる。これらのＣＤＲは、重鎖ポリペプチドのＮ末端から発して、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」によって示される。重鎖ポリペプチドのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３は抗原への結合又は抗原の認識に寄与することができる。
上記軽鎖ポリペプチドは可変軽鎖（ｖａｒｉａｂｌｅ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ）（ＶＬ）領域及び／又は定常軽鎖（ｃｏｎｓｔａｎｔ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ）（ＣＬ）領域を含むことができる。軽鎖ポリペプチドは相補性決定領域（「ＣＤＲ」）セットを含むことができる。上記ＣＤＲセットはＶＬ領域の３の高度可変領域を含むことができる。これらのＣＤＲは、軽鎖ポリペプチドのＮ末端から発して、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」と表される。軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３は抗原への結合又は抗原の認識に寄与することができる。
上記抗体は、それぞれ、ＣＤＲに土台を提供し、ＣＤＲの互いの相対的な空間的関係を規定する重鎖及び軽鎖フレームワーク（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ）（「ＦＲ」）セットの間に組み付けられた重鎖及び軽鎖相補性決定領域（「ＣＤＲ」）セットを含み得る。ＣＤＲセットは、重鎖又は軽鎖Ｖ領域の３の高度可変領域を含むことができる。これらの領域は、重鎖又は軽鎖ポリペプチドのＮ末端から発して、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」と表される。従って、抗原結合部位は、各重鎖及び軽鎖Ｖ領域由来のＣＤＲセットを含む６のＣＤＲを含むことができる。
上記抗体は免疫グロブリン（Ｉｇ）とすることができる。Ｉｇは、例えば、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＧとすることができる。上記免疫グロブリンは重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを含むことができる。免疫グロブリンの重鎖ポリペプチドはＶＨ領域、ＣＨ１領域、ヒンジ領域、ＣＨ２領域、及びＣＨ３領域を含むことができる。免疫グロブリンの軽鎖ポリペプチドはＶＬ領域及びＣＬ領域を含むことができる。
加えて、タンパク質分解酵素パパインはＩｇＧ分子を優先的に開裂していくつかの断片を生成し、その内の２つ（Ｆ（ａｂ）断片）はそれぞれ無傷の抗原結合部位を含む共有結合性ヘテロ二量体を含む。酵素ペプシンはＩｇＧ分子を開裂してＦ（ａｂ’）2断片を始めとするいくつかの断片を与えることができ、Ｆ（ａｂ’）2は両方の抗原結合部位を含む。従って、上記抗体はＦａｂ又はＦ（ａｂ’）2とすることができる。Ｆａｂは上記重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを含むことができる。Ｆａｂの重鎖ポリペプチドは上記ＶＨ領域及びＣＨ１領域を含むことができる。Ｆａｂの軽鎖ポリペプチドは上記ＶＬ領域及びＣＬ領域を含むことができる。
上記抗体は多クローン性又は単クローン性とすることができる。上記抗体はキメラ抗体、一本鎖抗体、親和性成熟抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、又は完全なヒト抗体とすることができる。上記ヒト化抗体は、１種又は複数種の非ヒト種由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）及びヒト免疫グロブリン分子由来のフレームワーク領域を有する所望の抗原に結合する非ヒト種由来の抗体とすることができる。
（１）ＰＤ－１抗体
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＰＤ－１抗体（本明細書においては「ＰＤ－１抗体」とも呼ばれる）、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。ＰＤ－１抗体はニボルマブとすることができる。上記抗ＰＤ－１抗体はＰＤ－１活性を阻害し、それによって腫瘍又はガンに対する免疫応答を誘導し、誘発し、又は増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
（２）ＰＤ－Ｌ１抗体
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＰＤ－Ｌ１抗体（本明細書においては「ＰＤ－Ｌ１抗体」とも呼ばれる）、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記抗ＰＤ－Ｌ１抗体はＰＤ－Ｌ１活性を阻害し、それによって腫瘍又はガンに対する免疫応答を誘導し、誘発し、又は増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
４．ワクチン構築物及びプラスミド
上記ワクチンは、上述の抗原及び／又は抗体をコードする核酸構築物又はプラスミドを含むことができる。上記核酸構築物又はプラスミドは、１種又は複数種の非相同な核酸配列を含む又は含有することができる。本明細書においては、上述の抗原及び／又は抗体をコードする核酸配列を含むことができる遺伝子構築物が提供される。上記遺伝子構築物は、機能する染色体外分子として細胞内に存在する。上記遺伝子構築物は、動原体、末端小粒又はプラスミド若しくはコスミドを含む線状微小染色体とすることができる。上記遺伝子構築物は、１種又は複数種の非相同な核酸配列を含む又は含有することができる。
上記遺伝子構築物は、上述の抗原及び／又は抗体を任意の順に発現するプラスミドの形態であることができる。
上記遺伝子構築物はまた、組換えアデノウィルス、組換えアデノウィルス関連ウィルス及び組換えワクチニアを始めとする組換えウィルスベクターのゲノムの一部であることもできる。上記遺伝子構築物は、弱毒化された生きた微生物中の遺伝物質又は細胞中で生きている組換え微生物ベクターの一部とすることができる。
上記遺伝子構築物は、核酸のコード配列の遺伝子発現のための調節エレメントを含むことができる。上記調節エレメントはプロモーター、エンハンサー、開始コドン、終止コドン、又はポリアデニル化シグナルとすることができる。
上記核酸配列は、ベクターとすることができる遺伝子構築物を作成することができる。上記ベクターは、哺乳類の細胞中で、哺乳類における免疫応答を誘発するために有効な量で、上述の抗原及び／又は抗体を発現することを可能にすることができる。上記ベクターは組換え体とすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び／又は抗体をコードする非相同な核酸を含むことができる。上記ベクターはプラスミドとすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び／又は抗体をコードする核酸により細胞にトランスフェクトするために有用であることができ、該トランスフェクション後に、該トランスフェクトされた宿主細胞は培養され、上述の抗原及び／又は抗体の発現が起こる条件下に維持される。
安定性及び高い水準での発現のために、コード配列を最適化することができる。いくつかの例において、分子内結合に起因して形成される二次構造などのＲＮＡの二次構造形成を低減するために、コドンが選択される。
上記ベクターは、上述の抗原及び／又は抗体をコードする非相同な核酸を含むことができ、１種又は複数種のガン抗原コード配列（複数可）の上流とすることができる開始コドンと、上述の抗原及び／又は抗体のコード配列（複数可）の下流とすることができる終止コドンとを更に含むことができる。上記開始コドン及び終止コドンは、上述の抗原及び／又は抗体のコード配列（複数可）とインフレームとすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び／又は抗体のコード配列（複数可）に機能的に連結するプロモーターを含むことができる。上述の抗原及び／又は抗体のコード配列（複数可）に機能的に連結するプロモーターは、シミアンウィルス４０（ｓｉｍｉａｎ ｖｉｒｕｓ ４０）（ＳＶ４０）由来のプロモーター、マウス乳腺ガンウィルス（ｍｏｕｓｅ ｍａｍｍａｒｙ ｔｕｍｏｒ ｖｉｒｕｓ）（ＭＭＴＶ）プロモーター、ウシ免疫不全ウィルス（ｂｏｖｉｎｅ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＢＩＶ）長末端反復（ｌｏｎｇ ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｐｅａｔ）（ＬＴＲ）プロモーターなどのヒト免疫不全ウィルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）プロモーター、モロニーウィルスプロモーター、トリ白血病ウィルス（ａｖｉａｎ ｌｅｕｋｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＡＬＶ）プロモーター、ＣＭＶ前初期プロモーター、エプスタイン・バー・ウィルス（Ｅｐｓｔｅｉｎ Ｂａｒｒ ｖｉｒｕｓ）（ＥＢＶ）プロモーター、又はラウス肉腫ウィルスＲｏｕｓ ｓａｒｃｏｍａ ｖｉｒｕｓ（ＲＳＶ）プロモーターなどのサイトメガロウィルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）プロモーターとすることができる。上記プロモーターは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、又はヒトメタロチオネインなどのヒト遺伝子からのプロモーターとすることもできる。上記プロモーターは、筋肉又は皮膚特異性プロモーターなどの組織特異性プロモーターとすることができ、天然若しくは合成とすることができる。かかるプロモーターの例は、米国特許出願公開第ＵＳ２００４０１７５７２７号に記載され、その内容は全体として本明細書に組み入れられる。
上記ベクターは、ポリアデニル化シグナルを含むことができ、該シグナルは、上述の抗原及び／又は抗体のコード配列（複数可）の下流とすることができる。ポリアデニル化シグナルは、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナル、ＬＴＲポリアデニル化シグナル、ウシ成長ホルモン（ｂｏｖｉｎｅ ｇｒｏｗｔｈ ｈｏｒｍｏｎｅ）（ｂＧＨ）ポリアデニル化シグナル、ヒト成長ホルモン（ｈｕｍａｎ ｇｒｏｗｔｈ ｈｏｒｍｏｎｅ）（ｈＧＨ）ポリアデニル化シグナル、又はヒトβ－グロビンポリアデニル化シグナルとすることができる。ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルは、ｐＣＥＰ４ベクター（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）由来のポリアデニル化シグナルとすることができる。
上記ベクターはまた、上述の抗原及び／又は抗体の上流にエンハンサーも含むことができる。上記エンハンサーはＤＮＡ発現にとって必要なものとすることができる。上記エンハンサーはヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン又はＣＭＶ、ＨＡ、ＲＳＶ又はＥＢＶなどのウィルスエンハンサーとすることができる。ポリヌクレオチド機能エンハンサーは、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，９６２，４２８号、及びＷＯ９４／０１６７３７に記載されており、それぞれの内容は参照により全体が組み入れられる。
上記ベクターは、当該ベクターを染色体外に維持し、且つ、細胞中でベクターの複数のコピーを産生するために、哺乳類の複製起点も含むこともできる。上記ベクターはインビトロジェン（サンディエゴ、カリフォルニア州）からのｐＶＡＸ１、ｐＣＥＰ４又はｐＲＥＰ４とすることができ、これらは、エプスタイン・バー・ウィルスの複製起点と、核抗原ＥＢＮＡ－１のコード領域とを含むことができ、統合しないで高いコピー数のエピソーム複製を生起させることができる。上記ベクターは、ｐＶＡＸ１又は本明細書に記載の変異体プラスミドなどの改変を伴うｐＶａｘ１変異体とすることができる。変異体ｐＶａｘ１プラスミドは骨格ベクタープラスミドｐＶＡＸ１（インビトロジェン、カールスバッド、カリフォルニア州）の２９９８塩基対の変異体である。ＣＭＶプロモーターは塩基１３７～７２４に位置する。Ｔ７プロモーター／促進部位は塩基６６４～６８３にある。マルチクローニングサイトは塩基６９６～８１１にある。ウシＧＨポリアデニル化シグナルは塩基８２９～１０５３にある。カナマイシン耐性遺伝子は塩基１２２６～２０２０にある。ｐＵＣオリジンは塩基２３２０～２９９３にある。
インビトロジェンより入手可能なｐＶＡＸ１の配列に基づいて、本明細書に示されるプラスミド１～６に対する骨格として用いられるｐＶＡＸ１の配列中に、以下の変異が見出された。
Ｃ＞Ｇ２４１ ＣＭＶプロモーター中
Ｃ＞Ｔ １９４２ 骨格、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル（ｂｏｖｉｎｅ ｇｒｏｗｔｈ ｈｏｒｍｏｎｅ ｐｏｌｙａｄｅｎｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｇｎａｌ）（ｂＧＨｐｏｌｙＡ）の下流
Ａ＞－２８７６ 骨格、カナマイシン遺伝子の下流
Ｃ＞Ｔ ３２７７ ｐＵＣ複製起点（Ｏｒｉ）高コピー数変異（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １９８５を参照のこと）
Ｇ＞Ｃ ３７５３ ＲＮＡＳｅＨ部位の上流のｐＵＣ Ｏｒｉの非常に末端
骨格中、ＣＭＶプロモーターの上流で、塩基対２、３及び４がＡＣＴからＣＴＧに変化している。
上記ベクターの骨格はｐＡＶ０２４２とすることができる。上記ベクターは、複製欠損アデノウィルス５型（Ａｄ５）ベクターとすることができる。
上記ベクターは、調節配列も含むこともでき、これは、当該ベクターを投与された哺乳類又はヒト細胞中での遺伝子発現に十分に適することができる。本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原配列は、宿主細胞内においてコード配列をより効率的に転写することができるコドンを含むことができる。
上記ベクターは、ｐＳＥ４２０（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア）とすることができ、それを大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（Ｅ．Ｃｏｌｉ）中でのタンパク質産生のために用いることができる。上記ベクターは、ｐＹＥＳ２（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）とすることもでき、それを酵母のサッカロマイセス・セレビシエ株でのタンパク質産生に用いることができる。上記ベクターは、ＭＡＸＢＡＣ（商標）完全バキュロウィルス発現系（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）のものとすることもでき、それを昆虫細胞中でのタンパク質産生に用いることができる。上記ベクターはまた、ｐｃＤＮＡ Ｉ又はｐｃＤＮＡ３（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）とすることもでき、それを哺乳類細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣（Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ）（ＣＨＯ）細胞中でのタンパク質産生に用いてもよい。上記ベクターは、常法によりタンパク質を産生するための発現ベクター又は系、及びＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ ａｎｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ（１９８９）を始めとする、容易に入手可能な出発物質とすることができ、Ｓａｍｂｒｏｏｋらは全体が参照により組み入れられる。
いくつかの実施形態において、上記ベクターは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、及び／又は１７の１種又は複数種の核酸配列を含むことができる。
５．ワクチンの医薬組成物
上記ワクチンは医薬組成物の形態とすることができる。該医薬組成物は上記ワクチンを含むことができる。上記医薬組成物は約５ナノグラム～約１０ｍｇの上記ワクチンの上記ＤＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は約２５ナノグラム～約５ｍｇの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約５０ナノグラム～約１ｍｇの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約０．１～約５００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１～約３５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約５～約２５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１０～約２００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１５～約１５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２０～約１００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２５～約７５マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３０～約５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３５～約４０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１００～約２００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１０マイクログラム～約１００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２０マイクログラム～約８０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２５マイクログラム～約６０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３０マイクログラム～約５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３５マイクログラム～約４５マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約０．１～約５００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約１～約３５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約２５～約２５０マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約１００～約２００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含有する。
いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５又は１００ナノグラムの上記ワクチンのＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は少なくとも１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、２２０、２２５、２３０、２３５、２４０、２４５、２５０、２５５、２６０、２６５、２７０、２７５、２８０、２８５、２９０、２９５、３００、３０５、３１０、３１５、３２０、３２５、３３０、３３５、３４０、３４５、３５０、３５５、３６０、３６５、３７０、３７５、３８０、３８５、３９０、３９５、４００、４０５、４１０、４１５、４２０、４２５、４３０、４３５、４４０、４４５、４５０、４５５、４６０、４６５、４７０、４７５、４８０、４８５、４９０、４９５、５００、６０５、６１０、６１５、６２０、６２５、６３０、６３５、６４０、６４５、６５０、６５５、６６０、６６５、６７０、６７５、６８０、６８５、６９０、６９５、７００、７０５、７１０、７１５、７２０、７２５、７３０、７３５、７４０、７４５、７５０、７５５、７６０、７６５、７７０、７７５、７８０、７８５、７９０、７９５、８００、８０５、８１０、８１５、８２０、８２５、８３０、８３５、８４０、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９５、９００、９０５、９１０、９１５、９２０、９２５、９３０、９３５、９４０、９４５、９５０、９５５、９６０、９６５、９７０、９７５、９８０、９８５、９９０、９９５又は１０００マイクログラムの上記ワクチンのＤＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は少なくとも１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５若しくは１０ｍｇ又はそれを超える上記ワクチンのＤＮＡを含むことができる。
いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５又は１００ナノグラム以下の上記ワクチンのＤＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、２２０、２２５、２３０、２３５、２４０、２４５、２５０、２５５、２６０、２６５、２７０、２７５、２８０、２８５、２９０、２９５、３００、３０５、３１０、３１５、３２０、３２５、３３０、３３５、３４０、３４５、３５０、３５５、３６０、３６５、３７０、３７５、３８０、３８５、３９０、３９５、４００、４０５、４１０、４１５、４２０、４２５、４３０、４３５、４４０、４４５、４５０、４５５、４６０、４６５、４７０、４７５、４８０、４８５、４９０、４９５、５００、６０５、６１０、６１５、６２０、６２５、６３０、６３５、６４０、６４５、６５０、６５５、６６０、６６５、６７０、６７５、６８０、６８５、６９０、６９５、７００、７０５、７１０、７１５、７２０、７２５、７３０、７３５、７４０、７４５、７５０、７５５、７６０、７６５、７７０、７７５、７８０、７８５、７９０、７９５、８００、８０５、８１０、８１５、８２０、８２５、８３０、８３５、８４０、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９５、９００、９０５、９１０、９１５、９２０、９２５、９３０、９３５、９４０、９４５、９５０、９５５、９６０、９６５、９７０、９７５、９８０、９８５、９９０、９９５、又は１０００マイクログラム以下の上記ワクチンのＤＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５又は１０ｍｇ以下の上記ワクチンのＤＮＡを含むことができる。
上記医薬組成物は、用いられる投与様式に従って、製剤目的の他の剤を更に含むことができる。医薬組成物が注射可能な医薬組成物である場合、該組成物は無菌であり、発熱因子を有さず、且つ微粒子を有さない。等張性の製剤が好ましく用いられる。一般的に、等張性のための添加剤としては、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール及びラクトースを挙げることができる。いくつかの場合、リン酸緩衝生理食塩水などの等張溶液が好ましい。安定化剤としてはゼラチン及びアルブミンが挙げられる。いくつかの実施形態において、上記製剤に血管収縮剤が添加される。
上記ワクチンは、薬学的に許容しうる賦形剤を更に含むことができる。薬学的に許容しうる賦形剤は、ビヒクル、アジュバント、担体、又は希釈剤としての機能的分子とすることができる。薬学的に許容しうる賦形剤は、界面活性剤を含みうるトランスフェクション促進剤、例えば免疫刺激複合体（ｉｍｍｕｎｅ－ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ）（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Ａを始めとするＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体、スクアレン及びスクアレンなどの小胞、ヒアルロン酸、脂質、リポソーム、カルシウムイオン、ウィルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、若しくはナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤とすることができる。
上記トランスフェクション促進剤は、ポリ－Ｌ－グルタマート（ＬＧＳ）を始めとするポリアニオン、ポリカチオン、又は脂質である。トランスフェクション促進剤は、ポリ－Ｌ－グルタマートであり、より好ましくは、ポリ－Ｌ－グルタマートは、６ｍｇ／ｍｌ未満の濃度でワクチン中に存在する。トランスフェクション促進剤は、界面活性剤、例えば免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Ａを始めとするＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体並びにスクアレン及びスクアレンなどの小胞を含むことができ、ヒアルロン酸を用いて、遺伝子構築物と一体化させて投与することもできる。いくつかの実施形態において、上記ＤＮＡベクターワクチンは、トランスフェクション促進剤、例えば脂質、レシチンリポソームまたはＤＮＡリポソーム混合物（例えば、Ｗ０９３２４６４０参照）などの当該技術分野で公知の他のリポソームを始めとするリポソーム、カルシウムイオン、ウィルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、又はナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤を含むことができる。好ましくは、トランスフェクション促進剤は、ポリ－Ｌ－グルタマート（ＬＧＳ）を始めとするポリアニオン、ポリカチオン、又は脂質である。ワクチン中のトランスフェクション剤の濃度は、４ｍｇ／ｍｌ未満、２ｍｇ／ｍｌ未満、１ｍｇ／ｍｌ未満、０．７５０ｍｇ／ｍｌ未満、０．５００ｍｇ／ｍｌ未満、０．２５０ｍｇ／ｍｌ未満、０．１００ｍｇ／ｍｌ未満、０．０５０ｍｇ／ｍｌ未満、又は０．０１０ｍｇ／ｍｌ未満である。
薬学的に許容可能な賦形剤は、アジュバントとすることができる。該アジュバントは、別のプラスミドから発現される他の遺伝子であることが可能であり、又は、上記ワクチン中に上記プラスミドと組み合わせてタンパク質として送達される。上記アジュバントはα－インターフェロン（ＩＦＮ－α）、β－インターフェロン（ＩＦＮ－β）、γ－インターフェロン、血小板由来増殖因子（ｐｌａｔｅｌｅｔ ｄｅｒｉｖｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ）（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ－ＣＳＦ、上皮成長因子（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ）（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘因性ケモカイン（ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｔ ｃｅｌｌ－ａｔｔｒａｃｔｉｎｇ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ）（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｔｈｙｍｕｓ－ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ）（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ｍｕｃｏｓａｅ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ）（ＭＥＣ）、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＭＨＣ、ＣＤ８０、欠失され、且つ、ＩｇＥ由来のシグナルペプチドを任意に含むシグナル配列を有するＩＬ-１５を始めとするＣＤ８６からなる群より選択することができる。アジュバントは、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２８、ＣＴＡＣＫ、ＴＥＣＫ、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ－ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、又はそれらの組み合わせとすることができる。代表的な実施形態において、アジュバントはＩＬ－１２である。
有用なアジュバントとすることができる他の遺伝子としては、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－ｌａ、ＭＩＰ－１ｐ、ＩＬ－８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ－セレクチン、Ｐ－セレクチン、Ｅ－セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ－１、ＭａｄＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１、ＶＬＡ－１、Ｍａｃ－１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＡＭ－２、ＩＣＡＭ－３、ＣＤ２、ＬＦＡ－３、Ｍ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＬ－４、変異体型ＩＬ－１８、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ－７、神経成長因子、血管内皮細胞増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｌｔ、Ａｐｏ－１、ｐ５５、ＷＳＬ－１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ－３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ－ｊｕｎ、Ｓｐ－１、Ａｐ－１、Ａｐ－２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ－１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ－Ｒ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２及びその機能的断片をコードするものが挙げられる。
６．特定のガン治療用の組み合わせワクチン
上記ワクチンは、特定のガン又は腫瘍を治療するための上述のガン抗原の、種々の組み合わせの形態とすることができる。１種又は複数種のガン抗原の組み合わせに応じて、種々のガン又はその他の腫瘍の種類がワクチンによる標的とし得る。これらのガンとしては、メラノーマ、血液ガン（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンを挙げることができる。図１５は、特定のガンを治療するために用い得る抗原の特定の組み合わせの例を示す。
ａ．メラノーマ
上記ワクチンは、メラノーマを治療又は予防するために、チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、又はＧＰ１００－Ｔｒｐ２などの１種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、メラノーマの治療又は予防のために、ガン抗原チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、又はＧＰ１００－Ｔｒｐ２の１種又は複数種を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩのいずれかの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、メラノーマの治療又は予防に適用し得る。
ｂ．頭頸部ガン
上記ワクチンは、頭頸部ガンを治療又は予防するために、ガン抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７を含むことができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、頭頸部ガンの治療又は予防のために、ガン抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩのいずれかの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、頭頸部ガンの治療又は予防に適用し得る。
ｃ．再発性呼吸器乳頭種症／肛門ガン
上記ワクチンは、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンを治療又は予防するために、ＨＰＶ ６、ＨＰＶ１１、又はＨＰＶ １６などの１種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンの治療又は予防のために、ガン抗原ＨＰＶ ６、ＨＰＶ１１、又はＨＰＶ１６の１種又は複数種を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンの治療又は予防に適用し得る。
ｄ．子宮頸ガン
上記ワクチンは、子宮頸ガンを治療又は予防するために、ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７又はＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７などの１種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、子宮頸ガンの治療又は予防のために、ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７又はＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７などのガン抗原の１種又は複数種を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、子宮頸ガンの治療又は予防に適用し得る。
ｅ．肝ガン
上記ワクチンは、肝ガンを治療又は予防するために、ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶＮＳ３４Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ｂ、又はＨＣＶＮＳ４Ｂなどの１種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、肝ガンの治療又は予防のために、ガン抗原ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶＮＳ３４Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ｂ、又はＨＣＶＮＳ４Ｂの１種又は複数種を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、肝ガンの治療又は予防に適用し得る。
ｆ．膠芽腫
上記ワクチンは、膠芽腫を治療又は予防するために、ＣＭＶを含むことができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、膠芽腫の治療又は予防のために、ＣＭＶをガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、膠芽腫の治療又は予防に適用し得る。
ｇ．前立腺
上記ワクチンは、前立腺ガンを治療又は予防するために、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、又はＳＴＥＡＰなどの１種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる（図１５を参照のこと）。該ワクチンは更に、前立腺ガンの治療又は予防のために、ガン抗原ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、又はＳＴＥＡＰの１種又は複数種を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、又はＷＴＩの１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、前立腺ガンの治療又は予防に適用し得る。
ｈ．血液ガン（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）
上記ワクチンは、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンを治療又は予防するために、ＰＲＡＭＥ、ＷＴ－１、ｈＴＥＲＴなどの１種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる（図５１を参照のこと）。該ワクチンは更に、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンの治療又は予防のために、ガン抗原ＰＲＡＭＥ、ＷＴ－１、ｈＴＥＲＴの１種又は複数種を、ガン抗原ＮＹ－ＥＳＯ－１、又はＭＡＧＥ－Ａ１の１種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンの治療又は予防に適用し得る。
７．ワクチン接種方法
本明細書では、上述の１種又は複数種のガン抗原の遺伝子構築物及びタンパク質を供給するための医薬製剤を用いるガンの治療又は予防方法が提供され、該医薬製剤は、上記遺伝子構築物及びタンパク質を、特定の有効な免疫原であって、それに対抗して１種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を誘導することができる免疫原とするエピトープを含む。治療上の及び／又は予防上の免疫応答を誘導するために、ワクチンの投与方法、すなわちワクチン接種方法を提供することができる。上記ワクチン接種過程は、哺乳類において、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を生起させることができる。上記ワクチンを個体に投与し、哺乳類の免疫系の活性を調節し免疫応答を高めることができる。上記ワクチンの投与は、細胞内で発現し、その上で、免疫系が細胞性応答、体液性応答、又は細胞性応答及び体液性応答を認識及び誘導する細胞表面に送達される核酸分子としての、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原のトランスフェクションとすることができる。本明細書で議論されるワクチンを哺乳類に投与することにより、哺乳類において、上記ワクチンの投与を用いて、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を誘導又は誘発することができる。
哺乳類への上記ワクチンの投与、及びその上での上記ベクターの哺乳類の細胞内への送達に当たり、トランスフェクトされた細胞は、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原を発現し分泌することとなる。これらの分泌されるタンパク質、すなわち合成抗原は免疫系によって異物として認識され、免疫系は、上記１種又は複数種のガン抗原に対して作成される抗体、及び上記１種又は複数種のガン抗原に特異的に対抗するＴ細胞応答を含み得る免疫応答を開始することとなる。いくつかの例において、本明細書において議論されるワクチンを接種された哺乳類は予備刺激された免疫系を有することとなり、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原を負荷された場合、上記予備刺激された免疫系が、後続の本明細書開示のガン抗原を、体液性免疫応答、細胞性免疫応答、又は体液性及び細胞性免疫応答の両方のいずれかを通じて、速やかに取り除くことができることとなる。上記ワクチンを個体に対して投与し、当該個体の免疫系の活性を調節し、それによって免疫応答を高めることができる。
ワクチンのＤＮＡの投与方法は米国特許第４，９４５，０５０号及び第５，０３６，００６号に記載され、これらの両方は、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。
哺乳類内で免疫応答を誘発するために、哺乳類に上記ワクチンを投与することができる。哺乳類は、ヒト、非ヒト霊長類、牛、豚、羊、ヤギ、レイヨウ、バイソン、水牛、ウシ属、鹿、ハリネズミ、象、ラマ、アルパカ、マウス、ラット、又はニワトリとすることができ、好ましくはヒト、牛、豚、又はニワトリである。
上記ワクチンの用量は、１μｇ～１０ｍｇ－活性成分／ｋｇ－体重／回とすることができ、２０μｇ～１０ｍｇ－成分／ｋｇ－体重／回とすることができる。上記ワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、又は３１日毎に投与することができる。有効な治療のためのワクチン投与の回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回又はそれを超える回数とすることができる。
ａ．ワクチンによる免疫応答の生起方法
上記ワクチンを用いて、哺乳類における、治療上の又は予防上の免疫応答を含む免疫応答を生起させることができる。上記免疫応答は、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原に向かう抗体及び／又はキラーＴ細胞を生起させる。かかる抗体及びＴ細胞は単離することができる。
いくつかの実施形態は、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答の生起方法を提供し、該方法は個体に対して上記ワクチンを投与することを含む。いくつかの実施形態は、１種又は複数種の上述のガン抗原を発現するガン又は腫瘍に対する、個体への予防的なワクチン接種方法を提供し、該方法は上記ワクチンを投与することを含む。いくつかの実施形態は、１種又は複数種の上記ガン抗原を発現するガン又は腫瘍に罹患した個体への治療上のワクチン接種方法を提供し、該方法は上記ワクチンを投与することを含む。上記ワクチンの投与に先立つ、本明細書開示の１種又は複数種のガン抗原を発現するガン又は腫瘍の診断は、常法によって行うことができる。
ｂ．上記ワクチンによるガン治療方法
上記ワクチンを用いて、哺乳類又はそれを必要とする対象のガン又は腫瘍（例えば、メラノーマ、頭頚部ガン、子宮頸ガン、肝ガン、前立腺ガン、血液ガン、食道扁平上皮ガン、胃ガン）に反応性を有する又はこれに向かう免疫応答を、哺乳類において生起又は誘発することができる。誘発された免疫応答はガン又は腫瘍の増殖を防止することができる。
上記誘発された免疫応答は、ガン細胞又は腫瘍細胞の転移を防止及び／又は低減することができる。従って、上記ワクチンを、該ワクチンを投与される哺乳類又は対象におけるガン又は腫瘍を治療及び／又は予防する方法に用いることができる。上記ワクチン中に用いられる抗原に応じて、治療されるガン又は腫瘍に基づく腫瘤としては、それらに限定されないが、メラノーマ、血液ガン（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンなどの任意の種類のガンとすることができる。
いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、（１）単球走化性タンパク質－１（ＭＣＰ－１）の生成を妨害する抗体を生起させ、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を阻止し、腫瘍の増殖を抑制するＢ細胞応答を介する体液性免疫、（２）腫瘍細胞を攻撃して死滅させるＣＤ８+などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の増加、（３）Ｔヘルパー細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ－γ及びＴＦＮ－αを介した炎症反応の増加、あるいは、好ましくは上記の全てを含むことにより、腫瘍細胞の除去を媒介し、又は腫瘍細胞の増殖を防止することができる。
いくつかの実施形態において、上記免疫応答は、上記ワクチンを投与された対象における種々の組織又は系（例えば、脳又は神経系等）に対する損傷又はその炎症を引き起こすことのない、体液性免疫応答及び／又は抗原特異性細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を生起させることができる。
いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象において、無腫瘍生存率を増加させることができる、腫瘍量を低減することができる、腫瘍生存率を増加させることができる、又はそれらの組み合わせである。投与されたワクチンは、対象において、無腫瘍生存率を２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％増加させることができる。投与されたワクチンは、免疫化後の対象において、腫瘍量を２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、及び７０％低減することができる。投与されたワクチンは、対象における単球走化性タンパク質－１（ＭＣＰ－１）、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象におけるガン又は腫瘍組織内のＭＣＰ－１の増加を防止及び阻止し、それにより対象におけるガン又は腫瘍組織の血管新生を低減することができる。
投与されたワクチンは、対象において、腫瘍生存率を２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、及び７０％増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記ワクチンを末梢に投与して（より詳細に後述する）、当該ワクチンを投与された対象において損傷を与える又は疾病若しくは死を引き起こすことなく、上記１種又は複数種のガン抗原を発現するガン又は腫瘍を除去する、すなわち削除するために、ガン若しくは腫瘍細胞又はガン若しくは腫瘍組織を標的とする抗原特異性免疫応答を確立することができる。
投与されたワクチンは、対象における細胞性免疫応答を約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象における細胞性免疫応答を約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
投与されたワクチンは、対象におけるインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）濃度を約５０倍～約６０００倍、約５０倍～約５５００倍、約５０倍～約５０００倍、約５０倍～約４５００倍、約１００倍～約６０００倍、約１５０倍～約６０００倍、約２００倍～約６０００倍、約２５０倍～約６０００倍、又は約３００倍～約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象におけるＩＦＮ－γ濃度を、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、又は６０００倍増加させることができる。
上記ワクチンの用量は、１μｇ～１０ｍｇ－活性成分／ｋｇ－体重／回とすることができ、２０μｇ～１０ｍｇ－成分／ｋｇ－体重／回とすることができる。上記ワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、又は３１日毎に投与することができる。有効な治療のためのワクチン投与の回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０回とすることができる。
（１）ＰＤ－１及び／又はＰＤ－Ｌ１抗体との併用療法
本発明はまた、上述のワクチンを用いる哺乳類における免疫応答の増加方法にも関する。上述のワクチンは、上記ガン抗原並びに上述のＰＤ１抗体及び／又はＰＤＬ１抗体を含むことができる。上記組み合わせは単一の製剤中であることもでき、又は別個であって続けて投与することもできる（初めにガン抗原、その後にＰＤ１抗体若しくはＰＤＬ１抗体、又は初めにＰＤ１抗体若しくはＰＤＬ１抗体、その後にガン抗原のいずれであってもよい）。いくつかの実施形態において、上記ガン抗原は、ＰＤ－１抗体又はＰＤ－Ｌ１抗体を対象に投与する約３０秒、１分、２分、３分、４分、５分、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分、０．２５時間、０．５時間、０．７５時間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、９６時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、又は８週前に投与することができる。他の実施形態において、ＰＤ－１抗体又はＰＤ－Ｌ１抗体は、上記ガン抗原を対象に投与する約約３０秒、１分、２分、３分、４分、５分、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分、０．２５時間、０．５時間、０．７５時間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、９６時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、又は８週前に投与することができる。
上記ガン抗体とＰＤ１抗体又はＰＤＬ１抗体との組み合わせは、上記ガン抗体のみを含むワクチンよりもより効率的に免疫系を誘導する。このより効率的な免疫応答は、特定のガンの治療及び／又は予防において高い効能を提供する。上記ワクチンにおいてＰＤＬ１抗体又はＰＤ１抗体と組み合わせて用いられる上記抗原に応じて、治療されるガン又は腫瘍に基づく腫瘤としては、それらに限定されないが、メラノーマ、血液ガン（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンなどの任意の種類のガンとすることができる。
いくつかの実施形態において、上記免疫応答を約０．５倍～約１５倍、約０．５倍～約１０倍、又は約０．５倍～約８倍増加させることができる。あるいは、上記ワクチンを投与された対象における免疫応答を、少なくとも約０．５倍、少なくとも約１．０倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２．０倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３．０倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４．０倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５．０倍、少なくとも約５．５倍、少なくとも約６．０倍、少なくとも約６．５倍、少なくとも約７．０倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約８．０倍、少なくとも約８．５倍、少なくとも約９．０倍、少なくとも約９．５倍、少なくとも約１０．０倍、少なくとも約１０．５倍、少なくとも約１１．０倍、少なくとも約１１．５倍、少なくとも約１２．０倍、少なくとも約１２．５倍、少なくとも約１３．０倍、少なくとも約１３．５倍、少なくとも約１４．０倍、少なくとも約１４．５倍、又は少なくとも約１５．０倍増加させることができる。
更に他の代わりの実施形態において、上記ワクチンを投与された対象における上記免疫応答を、約５０％～１５００約％、約５０％～約１０００％、又は約５０％～約８００％増加させることができる。他の実施形態において、上記ワクチンを投与された対象における上記免疫応答を、少なくとも約５０％、少なくとも約１００％、少なくとも約１５０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２５０％、少なくとも約３００％、少なくとも約３５０％、少なくとも約４００％、少なくとも約４５０％、少なくとも約５００％、少なくとも約５５０％、少なくとも約６００％、少なくとも約６５０％、少なくとも約７００％、少なくとも約７５０％、少なくとも約８００％、少なくとも約８５０％、少なくとも約９００％、少なくとも約９５０％、少なくとも約１０００％、少なくとも約１０５０％、少なくとも約１１００％、少なくとも約１１５０％、少なくとも約１２００％、少なくとも約１２５０％、少なくとも約１３００％、少なくとも約１３５０％、少なくとも約１４５０％、又は少なくとも約１５００％増加させることができる。
上記ワクチンの用量は、１μｇ～１０ｍｇ－活性成分／ｋｇ－体重／回とすることができ、２０μｇ～１０ｍｇ－成分／ｋｇ－体重／回とすることができる。上記ワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、又は３１日毎に投与することができる。有効な治療のためのワクチン投与の回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０回とすることができる。
（２）メラノーマ
上記ワクチンを用いて、哺乳類又はそれを必要とする対象において、メラノーマに対して反応性を有する又はメラノーマに向かう、哺乳類における免疫応答を生起させる又は誘発させることができる。誘発される免疫応答はメラノーマの増殖を防止することができる。誘発される免疫応答はメラノーマの増殖を低減することができる。誘発される免疫応答はメラノマーマ由来のガン細胞又は腫瘍細胞の転移を防止及び／又は低減することができる。従って、上記ワクチンは、当該ワクチンを投与される哺乳類又は対象において、メラノーマを治療する及び／又は予防する方法に用いることができる。
いくつかの実施形態において、上記投与されたワクチンは、（１）単球走化性タンパク質－１（ＭＣＰ－１）の生成を阻止する抗体を生起させ、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を阻害し、メラノーマの増殖を抑制するＢ細胞応答を介する体液性免疫、（２）メラノーマ細胞を攻撃して死滅させるＣＤ８+などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の増加、（３）Ｔヘルパー細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ－γ及びＴＦＮ－αを介した炎症反応の増加、あるいは、好ましくは上記の全てを含むことにより、メラノーマ細胞の除去を媒介し、又はメラノーマ細胞の増殖を防止することができる。
いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象において、無メラノーマ生存率を増加させることができ、メラノーマ量を低減することができ、メラノーマ生存率を増加させることができ、又はそれらの組み合わせである。投与されたワクチンは、対象において、無メラノーマ生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、及び４５％増加させることができる。投与されたワクチンは、免疫化後の対象において、メラノーマ量を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％低減することができる。投与されたワクチンは、対象における単球走化性タンパク質－１（ＭＣＰ－１）、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象におけるメラノーマ組織内においてＭＣＰ－１の増加を防止及び阻止し、それによって対象におけるメラノーマ組織の血管新生を低減することができる。投与されたワクチンは、対象において、メラノーマ生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％増加させることができる。
８．投与経路
上記ワクチン又は医薬組成物を、経口、非経口、舌下、経皮、経直腸、経粘膜、局所、吸入、口腔投与、胸腔内、静脈内、動脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、鼻内、髄腔内、及び関節内、又はそれらの組み合わせを始めとする異なる経路で投与することができる。獣医学的使用では、通常の獣医学的実践に従い、上記組成物を適切に許容しうる配合剤として投与することができる。獣医は、特定の動物に最も適した投与レジメン及び投与経路を、容易に決定することができる。上記ワクチンを、伝統的なシリンジ、針なし注射装置、「微粒子衝撃遺伝子銃」、又は他の物理的方法、例えば電気穿孔法（ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ）（「ＥＰ」）、「水力学的方法」、又は超音波により投与することができる。
ｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔法、リポソーム介在法、ナノ粒子促進法、組換えアデノウィルス、組換えアデノウィルス関連ウィルス及び組換えワクシニアウィルスなどの組換えベクターを用いる、及び用いないＤＮＡ注入（ＤＮＡワクチン投与とも称される）を含むいくつかの周知の技術により哺乳類に上記ワクチンの上記ベクターを投与することができる。上記ワクチンの上記１種又は複数種のガン抗原は、ｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔を伴うＤＮＡ注入により投与することができる。
ａ．電気穿孔法
上記ワクチン又は医薬組成物は電気穿孔によって投与することができる。上記ワクチンの電気穿孔による投与は、細胞膜に可逆的な孔を形成させるのに効果的なエネルギーパルスを、哺乳動物の所望の組織に送達するように構成することができる電気穿孔装置を用いて達成することができ、好ましくは、エネルギーパルスは、ユーザーにより入力されたプリセット電流に近い定電流である。電気穿孔装置は、電気穿孔構成要素及び電極アセンブリ又はハンドルアセンブリを含むことができる。電気穿孔構成要素は、制御器、電流波形発生器、インピーダンステスター、波形ロガー、入力要素、ステータス報告要素、コミュニケーションポート、メモリー要素、電源、及び電源スイッチを始めとする電気穿孔装置の１種又は複数種の様々な要素を含み、それらを組み込むことができる。電気穿孔は、プラスミドによる細胞のトランスフェクションを容易化するｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔装置、例えばＣＥＬＬＥＣＴＲＡ（登録商標）ＥＰシステム（Ｉｎｏｖｉｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、ブルーベル、ペンシルベニア州）又はＥｌｇｅｎエレクトロポレーター（Ｉｎｏｖｉｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）を用いて達成することができる。
本発明のＤＮＡワクチンの投与を促進することができる電気穿孔装置及び電気穿孔法の例としては、内容が全体として参照により本明細書に組み入れられた、Ｄｒａｇｈｉａ－Ａｋｌｉらによる米国特許第７，２４５，９６３号、Ｓｍｉｔｈらにより提出された米国特許公開第２００５／００５２６３０号に記載されたそれらのものが挙げられる。ＤＮＡワクチンの投与を促進するのに用いることができる他の電気穿孔装置及び電気穿孔法としては、その全体として参照により本明細書に組み入れられた、２００６年１０月１７日出願の米国特許仮出願第６０／８５２，１４９号及び２００７年１０月１０日出願の同第６０／９７８，９８２号に対して３５ＵＳＣ １１９（ｅ）による利益を主張する、２００７年１０月１７日出願の同時係属中及び共有の米国特許出願第１１／８７４０７２号に提供されたものが挙げられる。
Ｄｒａｇｈｉａ－Ａｋｌｉらによる米国特許第７，２４５，９６３号には、体内又は植物内の選択された組織の細胞中への生体分子の導入を促進するためのモジュラー電極システム及びその使用が記載されている。該モジュラー電極システムは、複数の針電極、皮下注射針、プログラム可能な定電流パルス制御器から複数の針電極への導電的連結を提供する電気コネクター、及び電源を含むことができる。オペレーターが、支持構造上に搭載された複数の針電極を掴み、体内又は植物内の選択された組織にそれらをしっかりと挿入することができる。その後、皮下注射針を介して、生体分子を選択された組織へ投与する。プログラム可能な定電流パルス制御器を活性化して、定電流の電気パルスを複数の針電極に印加する。印加された定電流電気パルスは、複数の電極間での細胞への生体分子導入を促進する。米国特許第７，２４５，９６３号の全体的内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
Ｓｍｉｔｈらにより提出された米国特許公開第２００５／００５２６３０号には、体内又は植物内の選択された組織の細胞中への生体分子導入を効果的に促進するために用いることができる電気穿孔装置が記載されている。該電気穿孔装置は、操作がソフトウエア又はファームウエアに特定される電気運動装置（ｅｌｅｃｔｒｏ－ｋｉｎｅｔｉｃ ｄｅｖｉｃｅ）（「ＥＫＤ装置」）を備える。ＥＫＤ装置は、ユーザー制御に基づく一列の電極とパルスパラメータ入力との間で一連のプログラム可能な定電流パルスパターンを生成し、電流波形データの保存及び取得を可能にする。電気穿孔装置は、針電極、注射針用の中央注入チャネル、及び取外し可能なガイドディスクのアレイを有する交換可能な電極ディスクも備える。米国特許公開第２００５／００５２６３０号の全体的内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
米国特許第７，２４５，９６３号及び米国特許公開第２００５／００５２６３０号に記載された電極アレイ及び方法は、筋肉などの組織だけでなく、他の組織又は臓器にも深く浸透させるように適合させることができる。電極アレイの形態によって、注射針（ｔｏ ｄｅｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍ ｔｈｅ ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅ ｏｆ ｃｈｏｉｃｅ)が、標的臓器にも完全に挿入され、電極によって予め描かれた領域の標的組織に垂直に注射投与される。米国特許第７，２４５，９６３号及び米国特許公開第２００５／００５２６３号に記載された電極は、好ましくは２０ｍｍ長及び２１ゲージである。
加えて、電気穿孔装置及びその使用を組み込んだいくつかの実施形態で予期される通り、以下の特許：１９９３年１２月２８日発行の米国特許第５，２７３，５２５号、２０００年８月２９日発行の米国特許第６，１１０，１６１号、２００１年７月１７日発行の同第６，２６１，２８１号、２００５年１０月２５日発行の同第６，９５８，０６０号、及び２００５年９月６日発行の米国特許第６，９３９，８６２号に記載された電気穿孔装置が存在する。更に、種々の装置のいずれかを用いたＤＮＡの投与に関係する２００４年２月２４日発行の米国特許第６，６９７，６６９号、及びＤＮＡの注入の方法が注目された２００８年２月５日発行の米国特許第７，３２８，０６４号に提示される主題を含む特許が、本明細書で企図される。先の特許は、全体として参照により組み入れられる。
９．ワクチンの製剤方法
本明細書において、本明細書で議論するワクチンを構成するＤＮＡプラスミドの製造方法が提供される。上記ＤＮＡプラスミドを、哺乳類の発現プラスミドへの最終的なサブクローニングステップの後、当該技術分野で公知の方法を用いて、大規模発酵タンクでの細胞培養物に接種するために用いることができる。
ＥＰ装置で用いられる本発明のＤＮＡプラスミドは、公知の装置及び技術の組み合わせを用いて調合又は製造することができるが、該ＤＮＡプラスミドは、好ましくは、２００７年５月２３日出願の米国特許出願公開第２００９０００４７１６号に記載される最適化されたプラスミド製造技術を用いて製造される。いくつかの例において、これらの研究で用いたＤＮＡプラスミドは、１０ｍｇ／ｍＬ以上の濃度で調合することができる。該製造技術はまた、米国特許出願第６０／９３９７９２号に記載されたものに加えて、２００７年７月３日発行の許諾対象特許である米国特許第７，２３８，５２２号に記載されたものを始めとする、当業者に公知の様々な装置及びプロトコルも含む又は組み入れている。先に参照した出願及び特許である、米国特許出願第６０／９３９，７９２号及び米国特許第７，２３８，５２２号はそれぞれが、それらの全体がこれらにより組み入れられる。
本発明は、以下の非限定的な実施例によって示される多くの態様を有する。
１０．実施例
ｐＴｙｒの構築
図１Ａ及び図９に示すように、チロシナーゼ（Ｔｙｒ）は多くの異なる生物中に存在し得る。従って、図１Ａに示される生物由来のＴｙｒに相当する配列を整列させ、コンセンサスＴｙｒに関して最も共通性のあるアミノ酸及び／又はヌクレオチドを選択することによりコンセンサスＴｙｒを生成させた。各生物に関する相当するＴｙｒ配列はＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）より入手した。このように、上記コンセンサスＴｙｒは、種を跨いでＴｙｒ配列の保存要素を反映していた。
上記コンセンサスＴｙｒをコードする核酸配列を、ＩｇＥリーダー配列を含むように適合させた。詳細には、ＩｇＥリーダー配列を、フレーム中、コンセンサスＴｙｒ核酸配列の上流に融合させた（図１Ｂ）。次に、得られた配列をｐＶａｘ１発現ベクター中に挿入し、コザック配列がＩｇＥリーダー配列及びコンセンサスＴｙｒをコードする核酸配列の前に位置するように、チロシナーゼ構築物すなわちプラスミド（ｐＴｙｒ）を作成した。
制限酵素分析により、コンセンサスＴｙｒ核酸配列のｐＶａｘ１への挿入を確認した。図１Ｃに示すように、ＤＮＡアガロースゲル（すなわち、ＢａｍＨ１／Ｘｈｏ１と名付けられたレーン）上でコンセンサスＴｙｒ核酸配列はｐＶａｘ１プラスミドから分離され、これにより、ｐＶａｘ１ベクターはコンセンサスＴｙｒ核酸配列を含有することを確認した。
ＨｅＬａ細胞をｐＴｙｒによりトランスフェクトすることにより、コンセンサスＴｙｒの発現を確認した。ヒト抗Ｔｙｒ抗体によるウェスタンブロッティングにより、ＨｅＬａ細胞中のコンセンサスＴｙｒタンパク質の発現を確認した(図１Ｄ)。ＧＰＦ染色により、トランスフェクトされたＨｅＬａ細胞中のコンセンサスＴｙｒタンパク質の発現を更に確認した(図１Ｅ)。上記ウェスタンブロッティング及び染色実験の両方において、
ｐＴｙｒのワクチン接種が細胞媒介性免疫応答を誘導した
上記ｐＴｙｒを用いてマウスにワクチン接種し、ｐＴｙｒにより細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。図２Ａに示す免疫ストラテジーを用いて、Ｃ５７／Ｂ６マウスを免疫化した。一部のマウスがｐＶａｘ１によって免疫化された一方、他のマウスはｐＴｙｒによって免疫化された。ｐＴｙｒによって免疫化したマウスを更に以下の群：（１）ｐＴｙｒの５μｇ投与、（２）ｐＴｙｒの２０μｇ投与、（３）ｐＴｙｒの３０μｇ投与、及び（４）ｐＴｙｒの６０μｇ投与に分けた。
上記免疫化ストラテジーの３５日目において、Ｃ５７Ｂ／６マウスより脾細胞を単離し、インターフェロン－γ（ＩＦＮ－γ）の誘導をＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析により評価した。図２Ｂに示すように、ｐＴｙｒの２０μｇ投与が最も高い濃度のＩＦＮ－γを誘導した。
更に、ｐＴｙｒに対する細胞性免疫応答を、免疫化したＢａｌｂ／ｃマウス及びＣ５７Ｂ／６マウスにおいて評価した。マウスをｐＶａｘ１又はｐＴｙｒのいずれかによって免疫化した。３回目の免疫化の２週後に脾細胞を単離し、コンセンサスＴｙｒペプチドにより刺激した。刺激後に、ＩＦＮ－γ分泌脾細胞の数を、１種について３組の刺激剤ウェル中のスポット数の平均として算出した。このアッセイは、Ｃ５７／Ｂ６マウスがｐＴｙｒワクチン接種に対して好適であったことを示した（データは示さず）。
ｐＴｙｒワクチン接種はサイトカイン、ＩＦＮ－γ及びＴＮＦ－αを増加させた
ｐＴｙｒ及びｐＶａｘ１によって免疫化されたマウスにおいてサイトカインの生成を調べた。マウスを図２Ａに示すストラテジーを用いて免疫化した。該免疫化ストラテジーの３５日目に、免疫化マウスから単離した細胞をＴｙｒペプチドで終夜刺激した。刺激後に、ＦＡＣＳにより多機能応答の分析を測定した。詳細には、上記分析はＣＤ８+及びＣＤ４+Ｔ細胞を調べた。ＦＡＣＳは、サイトカインＩＬ－２、ＴＮＦ－α、及びＩＦＮ－γ陽性のＴ細胞の同定が可能であった。ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスに比較して、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスにおいては、ＣＤ４４ｈｉ細胞の内、相当な割合のＣＤ８+Ｔ細胞がＩＦＮ－γを生成した（図３）。
ｐＴｙｒワクチン接種に応答してＴｙｒ特異性抗体が生成される
ｐＴｙｒをワクチン接種したマウスにおける体液性免疫応答を調べた。詳細には、Ｃ５７ＢＩ／６マウス（ｎ＝４）をｐＴｙｒ又はｐＶａｘ１のいずれかによって、２週の間隔で３回免疫化した。各免疫化は２０μｇ／筋内注射及びこれに続くＭＩＤ－ＥＰを用いた電気穿孔により構成した。３回目の免疫化後（すなわち、３５日目）にマウスより血清を採取し、全ＩｇＧ特異性ＨＲＰ標識二次抗体を用いたＥＬＩＳＡによって抗体力価を測定した。血清は図４Ａに示すように希釈した。図４Ａに示すように、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスによって、Ｔｙｒに対する特異性抗体が生成した。なお、図４Ａにおいて、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表し、図４Ａにおいて、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスは白抜きの三角で表す。
更に、免疫化マウス由来の血清を生理食塩水で１：２０、１：４０、１：８０、１：１６０、１：３２０、及び１：６４０で希釈した。各血清希釈液を、Ｔｙｒペプチドが入った個々のウェルに１種について３組で添加した（５０μｌ／ウェル）。９０日目及び１２０日目での再検査において、全ての免疫化群のマウスに関して、免疫前血清と比較してＴｙｒ特異性力価のピークの増加が検知された。各一連の希釈ポイントにおける３組の独立した実験の代表的な結果を図４Ｂに示す。これらのデータは、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスにおいて、ｐＴｙｒによる免疫化がＴｙｒ特異性抗体の生成を誘導することを更に示した。
ｐＴｒｙをワクチン接種したマウスは腫瘍負荷に対して生存率が増加する
ｐＴｙｒを更に分析し、ｐＴｙｒワクチン接種が腫瘍からの保護を提供し得るかを決定した。詳細には、Ｃ５７ＢＩ／６マウス（群当たり１０頭）をｐＴｙｒ又はｐＶａｘ１のいずれかによって、２週の間隔で免疫化した。各免疫化は２０μｇ／筋内注射及びこれに続くＭＩＤ－ＥＰを用いた電気穿孔により構成した。３回目の免疫化の１週後（すなわち、３５日目）に、免疫化マウスに、腫瘍の径が２００ｍｍ2を超えるまで皮内にＢ１６メラノーマを負荷した。
続いて、免疫化マウスの群における無腫瘍生存率及び腫瘍容積を評価した。図５Ａ（カプラン－マイヤー生存率曲線）に示すように、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは、ｐＶａｘ１をワクチン接種したマウスに比較して、無腫瘍生存率が向上し（すなわち、腫瘍負荷後４０日目以降４０％）（ｐ＝０．０５）、ｐＶａｘ１をワクチン接種したマウスは、腫瘍負荷後２０日目までに全て死亡した。ｐＴｙｒによって免疫化したマウスはまた、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスに比較して腫瘍容積も低下した（すなわち、約５０％）（図５Ｂ）。なお、図５Ａ及び５Ｂの両方に関して、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスは塗り潰した四角で表し、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表す。従って、これらのデータは、ｐＴｙｒワクチン接種がメラノーマに対する保護、すなわち無腫瘍生存率の増加及び腫瘍容積の低下を提供することを示した。
ｐＴｙｒをワクチン接種したマウス由来の腫瘍においてＭＤＳＣ数が減少する
ｐＴｙｒによって免疫化したマウス及び非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ数を調べ、ｐＴｙｒのワクチン接種が、それぞれの群のマウス由来の腫瘍中のＭＤＳＣ濃度を変化させるかを調査した。詳細には、免疫化マウス及び非免疫化マウスにおいてＧｒ－１＋及びＣＤ１１ｂ＋細胞の割合を調べた。
図６及び７に示すように、ｐＴｙｒによって免疫化したマウス由来の腫瘍内においては、非免疫化マウスと比較して、ＭＤＳＣ濃度が顕著に低下した（ｐ＝０．０００４）。非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ数のパーセンテージは４０．００±４．８２６であった。ｐＴｙｒによって免疫化したマウスＭＤＳＣ数のパーセンテージは５．１０３±０．７７１８であった。従って、これらのデータは、ｐＴｙｒによる免疫化が、ｐＴｙｒをワクチン接種したマウスの腫瘍内のＭＤＳＣ数を低減させたことを示した。
ｐＴｙｒワクチン接種によりＭＣＰ－１濃度が低下する
ＭＤＳＣはサイトカインＭＣＰ－１を分泌することが可能であり、ＭＣＰ－１は内皮細胞の遊走による血管形成すなわち血管新生を促進する。上述のｐＴｙｒのワクチン接種の腫瘍中のＭＤＳＣ濃度に対する効果を前提として、ｐＴｙｒのワクチン接種後にＭＣＰ－１濃度を調べた。
図８Ａに示すように、Ｂ１６メラノーマ内のＭＤＳＣはＭＣＰ－１を分泌し得る。従って、ｐＴｙｒによって免疫化したマウス及びｐＶａｘ１によって免疫化したマウスにＢ１６メラノーマを負荷し、ｐＴｙｒ免疫化がＭＣＰ－１濃度を変化させるかを調べた。ナイーブ・マウスを更なるコントロールとして含めた。負荷後に、ＭＤＳＣを腫瘍組織から直接単離し、ＭＣＰ－１サイトカイン濃度をＥＬＩＳＡにより分析した。実験は１種３組で行い、２回繰り返した。
図８Ｂに示すように、Ｂ１６メラノーマ又は腫瘍組織内のＭＤＳＣは顕著にＭＣＰ－１を分泌した（ｐＶａｘ１で免疫化したマウスを参照のこと）。しかしながら、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは、ＭＣＰ－１濃度の顕著な増加はなかった。むしろ、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスにおけるＭＣＰ－１濃度は、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスよりも約３分の１の低さであった。従って、これらのデータは、ｐＴｙｒのワクチン接種が、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスの腫瘍内のＭＤＳＣによるＭＣＰ－１分泌の水準を低減することを示した。
ｐＰＲＡＭＥの構築
ＰＲＡＭＥに関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドｐＶＡＸ（本明細書においてｐＶＡＸ１としても知られる）のＢａｍＨＩ及びＸｈｏＩ制限酵素部位に挿入し、ｐＧＸ１４１１（本明細書においてｐＰＲＡＭＥとしても知られる）を得た（図１０Ａを参照のこと）。
ｐＰＲＡＭＥがコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原の発現をもたらすことを確認するために、ｐＶＡＸ及びｐＰＲＡＭＥをＲＤ細胞及び２９３Ｔ細胞中にトランスフェクトした。ＤＡＰＩを用いて細胞核を染色し、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原も蛍光染色した。この染色を、ＤＡＰＩとコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原の染色との組み合わせと共に図１０Ｂに示す。これらの染色により、ＰＲＡＭＥコンセンサス抗原がｐＰＲＡＭＥから発現され、ｐＶＡＸでトランフェクトされた細胞中ではコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原が検知されなかったこと（すなわち、負のコントロール）が実証された。
加えて、トランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティング分析を用いて、トランスフェクトされた細胞中のコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原の発現を確認した(図１０Ｃ)。非トランスフェクト細胞及びｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞を負のコントロールとして用いた（図１０Ｃの、それぞれ「コントロール」及び「ｐＶＡＸ」と名付けられたレーンを参照のこと）。図１０Ｃにおいて、β－アクチンの検知をローディング・コントロールとして用いた。まとめとして、トランスフェクトされた細胞の染色及びトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティングにより、ベクターｐＰＲＡＭＥが細胞内でのコンセンサスＰＲＡＭＥ抗体の発現をもたらすことが実証された。
ｐＰＲＡＭＥのワクチン接種に対するインターフェロン－ガンマ応答
上述のｐＰＲＡＭＥを用いてマウスにワクチン接種し、ｐＰＲＡＭＥによって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを群に分けた。第１の群はナイーブであり、ｐＰＲＡＭＥを接種されなかった。第２、第３、第４、第５、及び第６の群のマウスは、それぞれ５μｇ、１０μｇ、１５μｇ、２５μｇ、及び５０μｇのｐＰＲＡＭＥの接種を受けた。
免疫化後に、上記Ｃ５７ＢＬ／６マウスより脾細胞を単離し、ＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析によりインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）の誘導について評価した。図１１Ａ及び１１Ｂに示すように、各ｐＰＲＡＭＥの投与によって、負の対照であるナイーブ・マウスとは異なり、ＩＦＮ－γの生成又は分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約３０００倍～約４５００倍ＩＦＮ－γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードするｐＰＲＡＭＥのワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したＩＦＮ－γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
ｐＮＹ－ＥＳＯ－１の構築
ＮＹ－ＥＳＯ－１に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドｐＶＡＸ（本明細書においてｐＶＡＸ１としても知られる）のＢａｍＨＩ及びＸｈｏＩ制限酵素部位に挿入し、ｐＧＸ１４０９（本明細書においてｐＮＹ－ＥＳＯ－１としても知られる）を得た（図１２Ａを参照のこと）。
ｐＮＹ－ＥＳＯ－１がコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原の発現をもたらすことを確認するために、ｐＶＡＸ及びｐＮＹ－ＥＳＯ－１を細胞中にトランスフェクトした。ＤＡＰＩを用いて細胞核を染色し、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原も蛍光染色した。この染色を、ＤＡＰＩとコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原の染色との組み合わせと共に図１２Ｂに示す。これらの染色により、ＮＹ－ＥＳＯ－１コンセンサス抗原がｐＮＹ－ＥＳＯ－１から発現され、ｐＶＡＸでトランフェクトされた細胞中ではコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原が検知されなかったこと（すなわち、負のコントロール）が実証された。
更に、２９３Ｔ及びＲＤのトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティング分析を用いて、トランスフェクトされた細胞中のコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原の発現を確認した(図１２Ｃ)。非トランスフェクト細胞及びｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞を負のコントロールとして用いた（図１２Ｃの、それぞれ「コントロール」及び「ｐＶＡＸ」と名付けられたレーンを参照のこと）。図１２Ｃにおいて、α－アクチンの検知をローディング・コントロールとして用いた。まとめとして、トランスフェクトされた細胞の染色及びトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティングにより、ベクターｐＮＹ－ＥＳＯ－１が細胞内でのコンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗体の発現をもたらすことが実証された。
ｐＮＹ－ＥＳＯ－１のワクチン接種に対するインターフェロン－ガンマ応答
上述のｐＮＹ－ＥＳＯ－１を用いてマウスにワクチン接種し、ｐＮＹ－ＥＳＯ－１によって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを群に分けた。第１の群はナイーブであり、ｐＮＹ－ＥＳＯ－１を接種されなかった。第２及び第３の群のマウスは、それぞれ２５μｇ及び５０μｇのｐＮＹ－ＥＳＯ－１の接種を受けた。
免疫化後に、上記Ｃ５７ＢＬ／６マウスより脾細胞を単離し、ＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析によりインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）の誘導について評価した。図１３に示すように、各ｐＰＲＡＭＥの投与によって、負の対照であるナイーブ・マウスとは異なり、ＩＦＮ－γの生成又は分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約７００倍～約１１００倍ＩＦＮ－γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－１抗原をコードするｐＮＹ－ＥＳＯ－１のワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したＩＦＮ－γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
ｐＮＹ－ＥＳＯ－２のワクチン接種に対するインターフェロン－ガンマ応答
ＮＹ－ＥＳＯ－２に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドｐＶＡＸ（本明細書においてｐＶＡＸ１としても知られる）のマルチクローニング部位に挿入し、ｐＮＹ－ＥＳＯ－２を得た。
このｐＮＹ－ＥＳＯ－２を用いてマウスにワクチン接種し、ｐＮＹ－ＥＳＯ－２により細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを群に分けた。第１の群はナイーブであり、ｐＮＹ－ＥＳＯ－２を接種されなかった。第２及び第３の群のマウスは、それぞれ２５μｇ及び５０μｇのｐＮＹ－ＥＳＯ－２の接種を受けた。
免疫化後に、上記Ｃ５７ＢＬ／６マウスより脾細胞を単離し、ＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析によりインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）の誘導について評価した。図１４に示すように、各ｐＮＹ－ＥＳＯ－２の投与によって、負の対照であるナイーブ・マウスとは異なり、ＩＦＮ－γの生成又は分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約４００倍～約５００倍ＩＦＮ－γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスＮＹ－ＥＳＯ－２抗原をコードするｐＮＹ－ＥＳＯ－２のワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したＩＦＮ－γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
前述の詳細な説明及び添付の実施例は単に例証であり、添付された特許請求の範囲及びそれらの等価物によってのみ定義される本発明の範囲の限定としてみなすべきではないことが理解される。
開示された実施形態に対する、様々な変更及び修正は当業者に明白であろう。そのような変更及び修正は、本発明の化学構造、代替物、誘導体、中間体、合成物、組成物、製剤又は使用の方法に関するものを限定することなく含み、本発明の精神及び範囲から逸脱することなく行うことができる。

Claims (24)

  1. （ａ）以下からなる群より選択される１種又は複数種のアミノ酸配列をコードする核酸、
    （ｉ）チロシナーゼ（Ｔｙｒ）のアミノ酸配列（配列番号２）、
    （ｉｉ）チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）のアミノ酸配列（配列番号４）、
    （ｉｉｉ）チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）のアミノ酸配列（配列番号６）、
    （ｉｖ）メラノーマ関連抗原４タンパク質（ＭＡＧＥＡ４）のアミノ酸配列（配列番号８）、
    （ｖ）成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ）のアミノ酸配列（配列番号１０）、
    （ｖｉ）ＭＡＲＴ－１／メラン－Ａ抗原（ＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ）のアミノ酸配列（配列番号１２）、
    （ｖｉｉ）ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）のアミノ酸配列（配列番号１４）、
    （ｖｉｉｉ）ガン・精巣抗原ＩＩ（ＮＹ－ＥＳＯ－２）のアミノ酸配列（配列番号１６）、
    （ｉｘ）ＰＲＡＭＥのアミノ酸配列（配列番号１８）、
    （ｘ）ＷＴ１のアミノ酸配列（配列番号２０）、
    （ｘｉ）ＷＴＩのアミノ酸配列（配列番号２２）、及び
    （ｘｉｉ）ｈＴＥＲＴのアミノ酸配列（配列番号２４）、
    （ｂ）以下からなる群より選択される１種又は複数種のアミノ酸配列をコードする核酸、
    （ｉ）チロシナーゼ（Ｔｙｒ）のアミノ酸配列（配列番号２）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｉｉ）チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）のアミノ酸配列（配列番号４）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｉｉｉ）チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）のアミノ酸配列（配列番号６）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｉｖ）メラノーマ関連抗原４タンパク質（ＭＡＧＥＡ４）のアミノ酸配列（配列番号８）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｖ）成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ）のアミノ酸配列（配列番号１０）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｖｉ）ＭＡＲＴ－１／メラン－Ａ抗原（ＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ）のアミノ酸配列（配列番号１２）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｖｉｉ）ガン・精巣抗原（ＮＹ－ＥＳＯ－１）のアミノ酸配列（配列番号１４）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｖｉｉｉ）ガン・精巣抗原ＩＩ（ＮＹ－ＥＳＯ－２）のアミノ酸配列（配列番号１６）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｉｘ）ＰＲＡＭＥのアミノ酸配列（配列番号１８）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｘ）ＷＴ１のアミノ酸配列（配列番号２０）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、
    （ｘｉ）ＷＴ１のアミノ酸配列（配列番号２２）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、及び
    （ｘｉｉ）ｈＴＥＲＴのアミノ酸配列（配列番号２４）と９５％以上同一であるアミノ酸配列、又は
    （ｃ）（ａ）及び（ｂ）の組み合わせ
    を含むワクチン。
  2. ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＣＡ、ＭＡＧＥ Ａ１、ｇｐ１００、ウィルス抗原、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される１種又は複数種の抗原をコードする核酸を更に含む、請求項１に記載のワクチン。
  3. 前記ウィルス抗原がＢ型肝炎ウィルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウィルス（ＨＣＶ）、又はヒト乳頭腫ウィルス（ＨＰＶ）由来の抗原である、請求項２に記載のワクチン。
  4. 前記ＨＢＶ抗原がＨＢＶコア抗原若しくはＨＢＶ表面抗原、又はそれらの組み合わせである、請求項３に記載のワクチン。
  5. 前記ＨＣＶ抗原がＨＣＶ ＮＳ３４Ａ抗原、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ抗原、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ抗原、ＨＣＶ ＮＳ４Ｂ抗原、又はそれらの組み合わせである、請求項３に記載のワクチン。
  6. 前記ＨＰＶ抗原がＨＰＶ ６ Ｅ６型抗原、ＨＰＶ ６ Ｅ７型抗原、ＨＰＶ １１ Ｅ６型抗原、ＨＰＶ １１ Ｅ７抗原、ＨＰＶ １６ Ｅ６抗原、ＨＰＶ １６ Ｅ７抗原、ＨＰＶ １８ Ｅ６抗原、ＨＰＶ １８ Ｅ７抗原、又はそれらの組み合わせである、請求項３に記載のワクチン。
  7. 抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫チェックポイント阻害剤を更に含む、請求項１に記載のワクチン。
  8. 前記核酸の分子が、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、及び配列番号２３からなる群より選択される１種又は複数種のヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載のワクチン。
  9. 前記核酸がプラスミドである、請求項１に記載のワクチン。
  10. 前記核酸が１種又は複数種のプラスミドである、請求項１に記載のワクチン。
  11. アジュバントを更に含む、請求項１に記載のワクチン。
  12. 前記アジュバントがＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２８、又はＲＡＮＴＥＳである、請求項１１に記載のワクチン。
  13. それを必要とする対象におけるガンの治療方法であって、請求項１に記載のワクチンを前記対象に投与することを含む前記治療方法。
  14. 投与が電気穿孔ステップを含む、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記対象に免疫チェックポイント阻害剤を投与することを更に含む、請求項１３に記載の方法。
  16. 前記免疫チェックポイント阻害剤が抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１５に記載の方法。
  17. 前記ワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤が単一の製剤中で前記対象に投与される、請求項１５に記載の方法。
  18. 前記ワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤が別個に前記対象に投与される、請求項１５に記載の方法。
  19. 前記ガンが、メラノーマ、頭頚部ガン、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門ガン、血液ガン、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１３に記載の方法。
  20. 配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号１と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号３と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号５と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号７と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号９と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号１１と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号１３と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号１５と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号１７と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号１９と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号２１と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号２３と９５％以上同一であるヌクレオチド配列、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される１種又は複数種のヌクレオチド配列を含む核酸分子。
  21. 前記ヌクレオチド配列がプラスミドである、請求項２０に記載の核酸分子。
  22. 前記ヌクレオチド配列が１種又は複数種のプラスミドである、請求項２１に記載の核酸分子。
  23. 配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号４と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号６と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号８と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号１０と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号１２と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号１４と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号１６と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号１８と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号２０と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号２２と９５％以上同一であるアミノ酸配列、配列番号２４と９５％以上同一であるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される１種又は複数種のアミノ酸配列を含むアミノ酸分子。
  24. それを必要とする対象におけるガンの予防又は治療方法であって、
    （ａ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、膠芽腫を治療若しくは予防するために、ＣＭＶガン抗原を含むワクチンを投与すること、又は前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、ＣＭＶガン抗原を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｂ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、若しくはＳＴＥＡＰの１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、若しくはＳＴＥＡＰを、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｃ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｄ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６若しくはＨＰＶ １６ Ｅ７の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、ＨＰＶ １６ Ｅ６若しくはＨＰＶ １６ Ｅ７を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｅ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、若しくはＧＰ－１００を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｆ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＰＶ ６、ＨＰＶ １１、若しくはＨＰＶ １６の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、ＨＰＶ ６、ＨＰＶ １１、若しくはＨＰＶ １６を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｇ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶ ＮＳ３４Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ、若しくはＨＣＶ ＮＳ４Ｂの１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶ ＮＳ３４Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ、若しくはＨＣＶ ＮＳ４Ｂを、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    （ｈ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７若しくはＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７の１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７若しくはＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７を、ガン抗原ｈＴＥＲＴ、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１若しくはＷＴ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、あるいは
    （ｉ）前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原ＰＲＡＭＥ、ＷＴ－１、若しくはｈＴＥＲＴの１種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、ＰＲＡＭＥ、ＷＴ－１、若しくはｈＴＥＲＴを、ガン抗原ＮＹ－ＥＳＯ－１若しくはＭＡＧＥ－Ａ１のいずれかの１種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
    を含み、
    投与ステップ（ａ）～（ｉ）を、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせることを更に含んでいてもよい、前記治療方法。
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