JP2023021127A - ガンワクチン及びそれを用いた治療方法 - Google Patents
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Abstract
【課題】ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対するワクチンを提供すること。【解決手段】本願においては、ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対する保護を治療及び提供するワクチンが開示される。【選択図】なし
Description
技術分野
本明細書においては、ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対する保護を治療及び提供するワクチンが開示される。
本明細書においては、ガン治療用組成物及びガンの治療方法、特には、腫瘍の増殖に対する保護を治療及び提供するワクチンが開示される。
関連出願の相互参照
本願は、2013年3月15日出願の米国仮特許出願第61/799,952号に対する優先権を主張するものである。この出願の全教示内容は、参照することで本明細書に組み込まれる。
本願は、2013年3月15日出願の米国仮特許出願第61/799,952号に対する優先権を主張するものである。この出願の全教示内容は、参照することで本明細書に組み込まれる。
背景
ガンは世界及び米国における主要な死因の一つであり、最も多い死因の第二位であって、全死亡の約四分の一を占める。ガンは正常な細胞から腫瘍細胞に変化した一つの細胞から起こる。かかる変化は多くの場合、前ガン性病巣から悪性腫瘍へと進行する多段階過程である。この進行には、加齢、遺伝性の寄与、並びに(例えば、紫外線及び電離放射線などの)物理的発ガン因子、(例えば、アスベスト、タバコの煙の成分などの)化学的発ガン因子、及び(例えば、ある種のウィルス、細菌、及び寄生虫などの)生物学的発ガン因子などの外的作因への曝露を始めとする、多くの因子が寄与する。
ガンは世界及び米国における主要な死因の一つであり、最も多い死因の第二位であって、全死亡の約四分の一を占める。ガンは正常な細胞から腫瘍細胞に変化した一つの細胞から起こる。かかる変化は多くの場合、前ガン性病巣から悪性腫瘍へと進行する多段階過程である。この進行には、加齢、遺伝性の寄与、並びに(例えば、紫外線及び電離放射線などの)物理的発ガン因子、(例えば、アスベスト、タバコの煙の成分などの)化学的発ガン因子、及び(例えば、ある種のウィルス、細菌、及び寄生虫などの)生物学的発ガン因子などの外的作因への曝露を始めとする、多くの因子が寄与する。
ガンの予防、診断及び治療は多くの異なる形態をとり得る。予防としては、(例えば、特定の遺伝子変異体などの)素因の検査、(例えば、喫煙、食生活、及び運動量などの)習慣の改変、並びに(例えば、ヒト乳頭腫ウィルス、B型肝炎ウィルスなどの)ウィルスに対するワクチン接種を挙げることができる。治療としては、化学療法、放射線療法、並びに腫瘍又はガン性組織の外科的除去を挙げることができる。多数の予防及び治療方法が利用可能であるにも拘わらず、かかる方法は多くの場合、身近なガンの効果的な予防及び/又は治療において、限定的な成功を収めるのみである。
従って、疾患の進行に対する保護の臨床上の管理を容易にするための、ガンの予防及び/又は治療用組成物及びガンの予防及び/又は治療方法の特定及び開発に対するニーズが存在する。更に、ガンに罹患した対象において、疾患の進行を遅延させる及び/又は死亡率を減少させるために、より有効な治療が求められている。
発明の概要
本発明は、もはや自己抗原ではなくなった、特定のガン又は特定のガンに関連する腫瘍に対する免疫応答を刺激する、1種又は複数種のガン抗原の核酸又はアミノ酸配列を含むワクチンに関する。上記ワクチンは、MHCクラスによる提示、T細胞による提示及び/若しくはその分化、B細胞による提示及び/若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び/又は分化のための信号伝達などの、免疫系における任意の構成要素の抑制を防止する抗PD-1抗体及び抗PDL-1抗体などの免疫チェックポイント阻害剤を更に含むことができる。上記ワクチンの1種又は複数種のガン抗原は、1種又は複数種のアミノ酸配列、又はチロシナーゼ(Tyr)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)のアミノ酸配列、チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、メラノーマ関連抗原4タンパク質(MAGEA4)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、成長ホルモン放出ホルモン(Growth Hormone Release Hormone)(GHRH)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、MART-1/メラン-A抗原(MART-1/Melan-A)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、ガン・精巣抗原II(NY-ESO-2)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、PRAMEのアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、WT1のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、hTERTのアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、若しくはそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸とすることができる。上記ワクチンは、PSA、PSMA、STEAP、PSCA、MAGE A1、gp100、ウィルス抗原、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される1種又は複数種の抗原をコードする核酸を更に含むことができる。
本発明は、もはや自己抗原ではなくなった、特定のガン又は特定のガンに関連する腫瘍に対する免疫応答を刺激する、1種又は複数種のガン抗原の核酸又はアミノ酸配列を含むワクチンに関する。上記ワクチンは、MHCクラスによる提示、T細胞による提示及び/若しくはその分化、B細胞による提示及び/若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び/又は分化のための信号伝達などの、免疫系における任意の構成要素の抑制を防止する抗PD-1抗体及び抗PDL-1抗体などの免疫チェックポイント阻害剤を更に含むことができる。上記ワクチンの1種又は複数種のガン抗原は、1種又は複数種のアミノ酸配列、又はチロシナーゼ(Tyr)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)のアミノ酸配列、チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、メラノーマ関連抗原4タンパク質(MAGEA4)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、成長ホルモン放出ホルモン(Growth Hormone Release Hormone)(GHRH)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、MART-1/メラン-A抗原(MART-1/Melan-A)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、ガン・精巣抗原II(NY-ESO-2)のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、PRAMEのアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、WT1のアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、hTERTのアミノ酸配列と95%以上同一であるアミノ酸配列、若しくはそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列をコードする核酸とすることができる。上記ワクチンは、PSA、PSMA、STEAP、PSCA、MAGE A1、gp100、ウィルス抗原、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される1種又は複数種の抗原をコードする核酸を更に含むことができる。
本発明は更に、それを必要とする対象におけるガンの予防又は治療方法であって、上記方法を必要とする対象に対して、特定のガンを治療又は予防するための、特定の数のガン抗原を含むワクチンを投与することを含む上記方法に関する。上記方法は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、膠芽腫を治療若しくは予防するために、CMVガン抗原を含むワクチンを投与すること、又は上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、膠芽腫を治療若しくは予防するために、CMVガン抗原を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原PSA、PSMA、若しくはSTEAPの1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、PSA、PSMA、若しくはSTEAPを、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原HPV 16 E6若しくはHPV 16 E7の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、HPV 16 E6若しくはHPV 16 E7を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原HPV 6、HPV 11、若しくはHPV 16の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、HPV 6、HPV 11、若しくはHPV 16を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、ガン抗原HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCV NS34A、HCV NS5A、HCV NS5B、若しくはHCV NS4Bの1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCV NS34A、HCV NS5A、HCV NS5B、若しくはHCV NS4Bを、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原HPV 16 E6/E7若しくはHPV 18 E6/E7の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、HPV 16 E6/E7若しくはHPV 18 E6/E7を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、あるいは、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原PRAME、WT-1、若しくはhTERTの1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、上記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、PRAME、WT-1、若しくはhTERTを、ガン抗原NY-ESO-1若しくはMAGE-A1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与することを含むことができ、投与ステップ(a)~(i)を、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせることを更に含んでいてもよい。
詳細な説明
本発明は、特定のガン及び腫瘍に対してカスタマイズすることができるワクチンに関する。ワクチンに用いるために、チロシナーゼ(Tyr)、メラノーマにおいて優先的に発現される抗原(PRAME)、チロシナーゼ関連タンパク質1(Tyrp1)、ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)、B型肝炎ウィルス抗原、ウィルムス腫瘍1抗原(WT-1)などの特定のガン関連抗原に対して抗原コンセンサス配列が設計され、カスタマイズされたワクチンに対して、特定のガンの予防及び治療を可能にした。例えば、チロシナーゼ抗原は、メラノーマの予防又は治療用のワクチンに用いることができる。本発明のワクチンは、治療を必要とする対象のガンの特定の予防又は治療のための特定のガン抗原の任意の組み合わせを提供することができる。
本発明は、特定のガン及び腫瘍に対してカスタマイズすることができるワクチンに関する。ワクチンに用いるために、チロシナーゼ(Tyr)、メラノーマにおいて優先的に発現される抗原(PRAME)、チロシナーゼ関連タンパク質1(Tyrp1)、ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)、B型肝炎ウィルス抗原、ウィルムス腫瘍1抗原(WT-1)などの特定のガン関連抗原に対して抗原コンセンサス配列が設計され、カスタマイズされたワクチンに対して、特定のガンの予防及び治療を可能にした。例えば、チロシナーゼ抗原は、メラノーマの予防又は治療用のワクチンに用いることができる。本発明のワクチンは、治療を必要とする対象のガンの特定の予防又は治療のための特定のガン抗原の任意の組み合わせを提供することができる。
上記核酸及びそれによってコードされる組換えガン抗原のアミノ酸配列の一つの設計方法は、未変異のガン抗原の全体のアミノ酸配列中の、特定のアミノ酸を変更する変異を導入することによる。変異の導入は、当該ガン抗原が哺乳類の対象間で普遍的に適用することができない程に当該ガン抗原を大きく改変することはなく、好ましくはヒト又は犬の対象に適用することができるが、該変異の導入は、得られるアミノ酸配列が許容範囲を超える、すなわち、免疫応答を生起させるために外来抗原と見なされるのに十分な程度にガン抗原を変化させる。別な方法は、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも85%であり99%までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも90%であり98%までの配列同一性、より好ましくは少なくとも93%であり98%までの配列同一性、又は、一層より好ましくは少なくとも95%であり98%までの配列同一性を有する組換えガン抗原を作成することとし得る。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、95%、96%、97%、98%又は99%のアミノ酸配列同一性を有する。上記未変異のガン抗原は、特定のガン又はガン腫瘍に通常に関与する抗原である。ガン抗原によっては、該ガン抗原のコンセンサス配列は哺乳類全体にわたる、又は類の亜型内であり、又はウィルス株若しくは血清型全体にわたることができる。いくつかのガン抗原は、当該ガン抗原のアミノ酸配列の野生型から大幅には変わらない。いくつかのガン抗原は、種間で大きく異なる核酸/アミノ酸配列を有するため、コンセンサス配列を生起させることができない。これらの例においては、許容範囲を超えて免疫応答を生起させることとなる組換えガン抗原は、該組換えガン抗原が、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも85%であり99%までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも90%であり98%までの配列同一性、より好ましくは少なくとも93%であり98%までの配列同一性、一層より好ましくは少なくとも95%であり98%までの配列同一性を有する場合に生起される。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、95%、96%、97%、98%又は99%のアミノ酸配列同一性を有する。上述の取り組みは、最終的な組換えガン抗原が、上記で議論したような未変異ガン抗原のアミノ酸配列に対するパーセントで表した類似性を有するように、組み合わせることができる。
上記組換えガン抗原は、抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体の応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(tumor necrosis factor alpha)(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(regulatory T cell)(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができる。
上記ワクチンは、PD-1及びPDL-1などのチェックポイント阻害剤に対する抗体と更に組み合わせて、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の両方の刺激を増加させてもよい。抗PD-1又は抗PDL-1抗体を用いることが、PD-1又はPDL-1がT細胞及び/又はB細胞の応答を抑制することを防止する。全体として、免疫系によって認識されるガン抗原を設計することが、ガン細胞による他の形態の免疫抑制に打ち勝つことを助け、これらのワクチンは、(抗PD-1及び抗PDL-1抗体療法などの)抑制療法又は阻害療法と組み合わせて用い、更にT細胞及び/又はB細胞応答を増加させることができる。
1.定義
特に定義していない限り、本明細書で使用する全ての技術的用語及び科学的用語は、当業者が一般的に理解するものと同じ意味を有する。矛盾が生じる場合には、定義を含めて本明細書が優先となる。本発明の実施または試験において、本明細書中に記載されたものと同様または同等の方法及び材料を用いることはできるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。本明細書で言及する全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の引用文献は、引用によりそれらの全体が組み入れられる。なお、本明細書で開示した材料、方法、及び実施例は単なる例示であり、限定することを意図していない。本明細書で使用する用語は、特定の実施形態を記載することのみを目的とするものであり、限定することを意図しない。
特に定義していない限り、本明細書で使用する全ての技術的用語及び科学的用語は、当業者が一般的に理解するものと同じ意味を有する。矛盾が生じる場合には、定義を含めて本明細書が優先となる。本発明の実施または試験において、本明細書中に記載されたものと同様または同等の方法及び材料を用いることはできるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。本明細書で言及する全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の引用文献は、引用によりそれらの全体が組み入れられる。なお、本明細書で開示した材料、方法、及び実施例は単なる例示であり、限定することを意図していない。本明細書で使用する用語は、特定の実施形態を記載することのみを目的とするものであり、限定することを意図しない。
本明細書で用いられる「を含む(comprise)(s)」、「を含む(include)(s)」、「を有する(having)」、「を有する(has)」、「できる(can)」、「を含む(contain)(s)」という用語、及びその変形は、付加的な行為あるいは構造の可能性を妨げない、制限しない移行句、用語、又は単語であることを意図している。単数形である「a」、「and」、及び「the」は、文脈上例外が明記されていない限り、複数形の意味を持つこともある。本開示は、明示的に記載されているかどうかに関わらず、本明細書に示される実施形態又は要素「を含む(comprising)」、「からなる(consisting of)」、及び「から実質的になる(consisting essentially of)」他の実施形態も企図する。
本明細書中の数値範囲の記述について、同程度の精度でその間に入る各数が明示的に企図される。例えば、6~9という範囲の場合、6及び9に加えて7及び8という数が企図され、6.0~7.0という範囲の場合、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、及び7.0という数が明示的に企図される。
本明細書で用いられる「アジュバント」は、本明細書の以下に記載されるDNAプラスミド及びコード核酸配列によりコードされる抗原の免疫原性を高めるために本明細書に記載のDNAプラスミドワクチンに添加される任意の分子を意味する。
本明細書で用いられる「抗体」は、クラスIgG、IgM、IgA、IgD、若しくはIgEの抗体、又はその断片若しくは誘導体(Fab、F(ab’)2、Fdを含む)、並びにその一本鎖抗体、ダイアボディ、二重特異性抗体、二機能性抗体、及び誘導体を意味する。抗体は、哺乳動物の血清サンプルから単離された抗体、ポリクローナル抗体、親和性精製抗体、又はこれらの混合物のうち、所望のエピトープ又はそれに由来する配列に対する十分な結合特異性を示すものとすることができる。
本明細書で用いられる「コード配列」又は「コード化核酸」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸(RNA又はDNA分子)を意味する。コード配列は、核酸の投与先である個体又は哺乳動物の細胞中の発現を誘導できるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントと機能的に連結した、開始及び終了シグナルを更に含むことができる。
本明細書で用いられる「相補体」又は「相補的」は、ある核酸が、ヌクレオチド間又は核酸分子のヌクレオチド類似体間のワトソン・クリック(例えば、A-T/U及びC-G)又はフーグスティーン塩基対を表わすことができることを意味する。
本明細書で用いられる「コンセンサス」又は「コンセンサス配列」は、異なる生物由来の同一の遺伝子に関する、複数の配列のアライメント分析に基づくポリペプチド配列を意味する。コンセンサスポリペプチド配列をコードする核酸配列を調製することができる。コンセンサス配列を含むタンパク質及び/又はかかるタンパク質をコードする核酸分子を含むワクチンを用いて、抗原に対する幅広い免疫を誘導することができる。
本明細書で互換的に用いられる、「電気穿孔」、「電気透過処理」、「界面動電増強」(「EP」)は、生体膜に微細経路(細孔)を生じさせるための膜貫通電場パルスの使用を意味する。こうした微細経路の存在により、プラスミド、オリゴヌクレオチド、siRNA、薬剤、イオン、及び水などの生体分子が、細胞膜の片側から他方の側に通過することが可能になる。
本明細書において核酸配列に関して用いられる「断片」は、本明細書記載の抗原と交差反応する哺乳類中における免疫応答を誘発することができるポリペプチドをコードする核酸配列、又はその一部を意味する。上記断片は、以下に述べるタンパク質断片をコードする種々のヌクレオチド配列の少なくとも1種より選択されるDNA断片とすることができる。断片は、以下に述べる核酸配列の1種又は複数種の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、又は少なくとも95%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、以下に述べる核酸配列の少なくとも1種の、少なくとも20のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも30のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも40のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも50のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも60のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも70のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも80のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも90のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも100のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも150のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも200のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも250のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも300のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも350のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも400のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも450のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも500のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも550のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも600のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも650のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも700のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも750のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも800のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも850のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも900のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも950のヌクレオチド又はそれ以上、少なくとも1000のヌクレオチド又はそれ以上を含むことができる。
ポリペプチド配列に関して用いられる「断片」又は「免疫原性断片」は、本明細書記載の抗原と交差反応する哺乳類中における免疫応答を誘発することができるポリペプチドを意味する。上記断片は、以下の種々のアミノ酸配列の少なくとも1種より選択されるポリペプチド断片とすることができる。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、又は少なくとも95%を含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスタンパク質の断片は、本明細書開示のタンパク質配列の、少なくとも20のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも30のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも40のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも50のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも60のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも70のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも80のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも90のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも100のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも110のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも120のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも130のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも140のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも150のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも160のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも170のアミノ酸又はそれ以上、少なくとも180のアミノ酸又はそれ以上を含むことができる。
本明細書で用いられる用語「遺伝子構築物」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むDNA分子又はRNA分子を指す。コード配列は、核酸分子の投与先である個体の細胞中の発現を誘導できるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントと機能的に連結した、開始及び終了シグナルを含む。本明細書で用いられる「発現可能な形態」という用語は、個体の細胞中に存在しているときにコード配列が発現するように、タンパク質をコードするコード配列に機能的に連結している必要な調節要素を含んでいる遺伝子構築物を指す。
本明細書において用いられる用語「相同性」は、相補性の程度を指す。部分的な相同性又は完全な相同性(すなわち、同一性)が存在し得る。完全に相補的な配列が標的核酸へハイブリダイズすることを少なくとも部分的に阻害する部分的に相補的な配列は、機能的用語「実質的に相同な」を用いて表される。cDNA又はゲノムクローンなどの二本鎖核酸配列に関して用いられる場合、本明細書において用いられる用語「実質的に相同な」とは、低ストリンジェンシー条件下で二本鎖核酸配列の鎖へハイブリダイズすることができるプローブを指す。一本鎖核酸配列に関して用いられる場合、本明細書において用いられる用語「実質的に相同な」とは、低ストリンジェンシー条件下で一本鎖核酸テンプレート配列へハイブリダイズすることができる(すなわち、該配列の補体である)プローブを指す。
本明細書において、2以上の核酸又はポリペプチド配列の文脈で用いられる「同一」又は「同一性」は、当該配列が指定領域にわたって指定の割合の同一残基を有することを意味する。この割合を計算するには、2の配列を最適に整列させ、指定領域にわたって2の配列を比較し、両配列の同一残基が発生する位置の数を確定して一致位置の数を得て、一致位置の数を指定領域の総位置数で割り、計算結果に100を掛けることにより、配列同一性のパーセント値を得ることができる。2の配列の長さが異なるか、アライメントにより1又は複数の付着末端が生じ、指定の比較領域に単一配列のみが含まれる場合には、単一配列の残基を計算の分母に含めるが、分子には含めない。DNAとRNAを比較する場合には、チミン(T)とウラシル(U)を同等と見なすことができる。同一性の計算は、手動で行なう、又はBLAST、BLAST 2.0等のコンピューター配列アルゴリズムを使用して行うことができる。
本明細書で用いられる「免疫応答」は、抗原の導入に応答して、宿主の免疫系、例えば哺乳動物の免疫系が活性化することを意味する。この免疫応答は、細胞性若しくは体液性の形態、又はその両方とすることができる。
本明細書で用いられる「核酸」又は「オリゴヌクレオチド」又は「ポリヌクレオチド」は、互いに共有結合している少なくとも2のヌクレオチドを意味する。一本鎖を表現することにより、相補鎖の配列も定義される。従って、核酸は、表現される一本鎖の相補鎖も包含する。ある核酸の多くの変異体を、所与の核酸として同一目的で使用できる。従って、核酸は、実質的に同一の核酸及びその相補体も包含する。一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列とハイブリダイズできるプローブを提供する。従って、核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブも包含する。
核酸は一本鎖又は二本鎖とすることができ、二本鎖と一本鎖の両方の配列の一部分を含むこともできる。核酸は、DNA、ゲノムDNA、cDNA、RNA、又はハイブリッドとすることができ、核酸はデオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの組み合わせを含むことができ、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、及びイソグアニンを含む塩基の組み合わせを含むことができる。核酸は、化学合成法又は組換え法により取得できる。
本明細書で用いられる「機能的に連結」は、遺伝子と空間的に接続しているプロモーターの制御下で遺伝子が発現することを意味する。プロモーターは、その制御下にある遺伝子の5’(上流)又は3’(下流)に位置できる。プロモーターと遺伝子の間の距離は、プロモーターの派生元遺伝子において当該プロモーターが制御する遺伝子とプロモーターの間の距離とほぼ同一とすることができる。当技術分野で知られているように、プロモーター機能を失うことなく、この距離の変化に適応することができる。
本明細書で用いられる「ペプチド」、「タンパク質」、又は「ポリペプチド」は、アミノ酸の結合配列を意味することができ、天然、合成、又は、天然及び合成の修飾あるいはその組み合わせとすることができる。
本明細書で用いられる「プロモーター」は、核酸の細胞中発現を授与、活性化、又は増強することのできる合成分子又は天然由来分子を意味する。プロモーターは、発現を更に増強し、且つ/又は空間的発現及び/又はその一時的発現を改変する目的で、1又は複数の特定の転写調節配列を含むことができる。プロモーターは遠位のエンハンサーエレメント又は抑制エレメントを含むこともでき、このエンハンサーエレメント又は抑制エレメントは、転写開始部位から数千塩基対も離れた場所に位置できる。プロモーターは、ウィルス、細菌、真菌、植物、昆虫、及び動物を含む源に由来することができる。プロモーターは、発現が発生する細胞、組織、若しくは臓器に関して、若しくは発現が生じる発生段階に関して、恒常的若しくは差次的に遺伝子成分の発現を調節でき、又は、例えば生理的ストレス、病原体、金属イオン、誘発剤等の外部刺激に応答して遺伝子成分の発現を調節できる。プロモーターの代表例として、バクテリオファージT7プロモーター、バクテリオファージT3プロモーター、SP6プロモーター、lacオペレータープロモーター、tacプロモーター、SV40後期プロモーター、SV40初期プロモーター、RSV-LTRプロモーター、CMVIEプロモーター、SV40初期プロモーター、SV40後期プロモーター、及びCMV IEプロモーターが挙げられる。
「シグナルペプチド」及び「リーダー配列」は、本明細書で互換的に用いられ、本明細書に記載のタンパク質のアミノ末端に結合することができるアミノ酸配列を指す。一般に、シグナルペプチド/リーダー配列は、タンパク質の局在化を指示する。本明細書で使用するシグナルペプチド/リーダー配列は、タンパク質を産生する細胞からタンパク質を分泌し易くすることが好ましい。シグナルペプチド/リーダー配列は、細胞からの分泌時に、タンパク質(しばしば成熟タンパク質と呼ばれる)の残余から切断されることが多い。シグナルペプチド/リーダー配列は、タンパク質のアミノ末端(すなわち、N末端)に結合する。
本明細書で用いられる、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、例えば核酸の複合混合物において、第1の核酸配列(例えばプローブ)が第2の核酸配列(例えば標的)とハイブリダイズする際の条件を意味する。ストリンジェントな条件は配列に依存するため、状況によって異なる。ストリンジェントな条件は、所定のイオン強度pHにおける特定の配列に対する融点(Tm)より約5~10℃低くなるように選択することができる。Tmは、(規定のイオン強度、pH、及び核酸濃度下で)標的に相補的なプローブの50%が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度とすることができる(標的配列は過剰に存在するので、Tmにおいて、プローブの50%が平衡状態で占有される)。ストリンジェントな条件は、塩濃度が、pH7.0~8.3において約1.0M未満のナトリウムイオン、例えば約0.01~1.0Mのナトリウムイオン濃度(又は他の塩)であり、温度が、短いプローブ(例えば10~50ヌクレオチド)では最低約30℃、長いプローブ(例えば約50ヌクレオチド超)では最低約60℃とすることができる。ストリンジェントな条件は、ホルムアミド等の不安定化剤の添加によって達成することもできる。選択的又は特異的ハイブリダイゼーションの場合、陽性シグナルはバックグラウンドハイブリダイゼーションの少なくとも2~10倍とすることができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件例には、以下の条件が含まれる:50%ホルムアミド、5倍SSC、及び1%SDS、42℃でのインキュベート。又は、5倍SSC、1%SDS、65℃でのインキュベート、0.2倍SSC、0.1%SDS中65℃での洗浄。
本明細書で用いられる「対象」は、本明細書に記載のワクチンで免疫を得ることを望むか又は必要とする哺乳類を意味する。哺乳類は、ヒト、チンパンジー、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、マウス、又はラットとすることができる。
本明細書で用いられる、「実質的に相補的」は、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、180、270、360、450、540個、又はそれ以上のヌクレオチド又はアミノ酸の領域にわたって、第1の配列が第2の配列の相補体と少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であること、あるいは、2つの配列がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味する。
本明細書で用いられる、「実質的に同一」は、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、180、270、360、450、540個又はそれ以上のヌクレオチド又はアミノ酸の領域にわたって、第1の配列と第2の配列が少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であること、あるいは、核酸に関して、第1の配列が第2の配列の相補体と実質的に相補的である場合を意味する。
本明細書で用いられる、「治療」又は「治療する」は、疾患を予防するか、抑制するか、抑圧するか又は完全に除去することで動物を疾患から防御することを意味することができる。疾患を予防することは、その疾患の発症前に動物に本発明のワクチンを投与することを含む。疾患を抑制することは、その疾患の誘導後でその疾患の臨床的出現前に、動物に本発明のワクチンを投与することを含む。疾患を抑圧することは、その疾患の臨床的出現後に、動物に本発明のワクチンを投与することを含む。
核酸に関して本明細書で用いられる、「変異体」は、(i)基準ヌクレオチド配列の一部分もしくは断片;(ii)基準ヌクレオチド配列もしくはその一部分の相補体;(iii)基準核酸もしくはその相補体と実質的に同一の核酸;又は(iv)ストリンジェントな条件下で、基準核酸、その相補体、もしくはその実質的に同一の配列とハイブリダイズする核酸を意味する。
ペプチド又はポリペプチドに関して用いられる、「変異体」は、アミノ酸の挿入、欠失、又は保存的置換によりアミノ酸配列が異なっているが、少なくとも1つの生物活性を保持しているものである。また、変異体は、基準タンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有し、少なくとも1つの生物活性を保持するアミノ酸配列を有するタンパク質も意味することができる。アミノ酸の保存的置換、すなわち、あるアミノ酸を類似特性(例えば、荷電領域の親水性、程度、及び分布)の別のアミノ酸に置換することは、当技術分野では、通常は軽微な変化を伴うものと認識されている。こうした軽微な変化は、当技術分野で理解されているように、アミノ酸の疎水性親水性指標(hydropathic index)を検討することにより部分的に特定できる。Kyteら、J.Mol.Biol.157:105~132(1982)。アミノ酸の疎水性親水性指標は、その疎水性と電荷の考察に基づく。類似の疎水性親水性指標を有するアミノ酸は置換可能であり、その後もタンパク質機能を維持することが当技術分野において公知である。一態様において、±2の疎水性親水性指標を有するアミノ酸が置換される。アミノ酸の親水性を用いて、生物機能を保持したタンパク質となる置換を明らかにすることもできる。ペプチドに関連してアミノ酸の親水性を検討することにより、そのペプチドの局所的な最大平均親水性を計算でき、抗原性及び免疫原性とよく相関すると報告されている有用な尺度となる。米国特許第4,554,101号(この文献は、参照により全体が本明細書に組み入れられる)。当技術分野で理解されているように、類似の親水性値を有するアミノ酸を置換すると、例えば免疫原性等の生物活性を保持したペプチドが得られる。親水性値が互いに±2以内のアミノ酸を用いて、置換を実施できる。アミノ酸の疎水性指標及び親水性値の両方とも、そのアミノ酸の特定の側鎖の影響を受ける。こうした知見と一致して、生物機能に適合するアミノ酸置換とは、アミノ酸の相対的類似性、特に当該アミノ酸の側鎖の相対的類似性に依存するものと理解されており、この相対的類似性は、疎水性、親水性、電荷、サイズ、その他の特性により明らかになる。
変異体は、完全遺伝子配列又はその断片の全長にわたって実質的に同一な核酸配列であってもよい。核酸配列は、遺伝子配列又はその断片の全長にわたって80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であってもよい。変異体は、アミノ酸配列又はその断片の全長にわたって実質的に同一なアミノ酸配列であってもよい。アミノ酸配列は、アミノ酸配列又はその断片の全長にわたって80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%同一であってもよい。
本明細書で用いられる、「ベクター」は、複製起点を含む核酸配列を意味する。ベクターは、ウィルスベクター、バクテリオファージ、細菌人工染色体、又は酵母人工染色体とすることができる。ベクターは、DNAベクター又はRNAベクターとすることができる。ベクターは、自己複製過剰染色体ベクター、及び好ましくは、DNAプラスミドである。ベクターは、1種又は複数種の非相同核酸配列を含有する又は包含することができる。
2.ワクチン
本発明は抗ガンワクチンに関する。該ワクチンは1種又は複数種のガン抗原を含むことができる。該ワクチンは腫瘍の増殖を防止することができる。該ワクチンは腫瘍の増殖を低減することができる。該ワクチンは腫瘍細胞の転移を防止することができる。上記ガン抗原に応じて、該ワクチンは、肝ガン、前立腺ガン、メラノーマ、血液ガン、頭頚部ガン、膠芽腫、再発性呼吸器乳頭腫症、肛門ガン、子宮頸ガン及び脳ガンを治療することを対象とすることができる。
本発明は抗ガンワクチンに関する。該ワクチンは1種又は複数種のガン抗原を含むことができる。該ワクチンは腫瘍の増殖を防止することができる。該ワクチンは腫瘍の増殖を低減することができる。該ワクチンは腫瘍細胞の転移を防止することができる。上記ガン抗原に応じて、該ワクチンは、肝ガン、前立腺ガン、メラノーマ、血液ガン、頭頚部ガン、膠芽腫、再発性呼吸器乳頭腫症、肛門ガン、子宮頸ガン及び脳ガンを治療することを対象とすることができる。
上記ワクチンの開発における第一歩は、免疫系によって認識されず、自己抗原であるガン抗原を特定することである。特定されたガン抗原を、免疫系によって認識されるようにするために、自己抗原から外来抗原へと変化させる。組換えガン抗原の核酸及びアミノ酸配列の、自己抗原から外来抗原への再設計は、免疫系による抗原の許容範囲を超える。許容範囲を超えるために、下記に記載するようないくつかの再設計手段をガン抗原に対して適用することができる。
上記ワクチンの組換えガン抗原は自己抗原とは認識されず、従って許容範囲を超える。許容範囲の逸脱は、抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体の応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができる。
特定の実施形態において、上記ワクチンは、以下を誘導することにより、腫瘍排除を媒介する又は腫瘍細胞の増殖を防止することができる。すなわち、(1)単球走化性タンパク質-1(monocyte chemoattractant protein-1)(MCP-1)の生成を阻止し、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞(myeloid derived suppressor cell)(MDSC)を阻害し、腫瘍の増殖を抑制する抗体を生成するためのB細胞応答を介する体液性免疫応答、(2)腫瘍細胞を攻撃し、死滅させるためのCD8+などの細胞傷害性Tリンパ球(cytotoxic T lymphocyte)(CTL)の増加、(3)ヘルパーT細胞応答の増加、及び(4)IFN-γ及びTFN-αを介した炎症性反応の増加、あるいは、好ましくは上記項目の全てである。上記ワクチンは、無腫瘍生存率を30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、及び45%増加させることができる。上記ワクチンは、腫瘍の大きさを免疫化後に30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、及び60%低減することができる。上記ワクチンは、単球走化性タンパク質-1(MCP―1)、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。上記ワクチンは、腫瘍生存率を30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、及び60%増加させることができる。
上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象における細胞性免疫応答を、該ワクチンを投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象における細胞性免疫応答を、該ワクチンを投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象におけるインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)濃度を、該ワクチンを投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記ワクチンは、該ワクチンを投与した対象におけるIFN-γ濃度を、該ワクチンを投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
上記ワクチンはDNAワクチンとすることができる。DNAワクチンは、米国特許第5,593,972号、第5,739,118号、第5,817,637号、第5,830,876号、第5,962,428号、第5,981,505号、第5,580,859号、第5,703,055号、及び第5,676,594号に開示され、これらは参照により全体が本明細書に組み入れられる。上記DNAワクチンは、該ワクチンが染色体中に統合されることを阻害する要素又は反応剤を更に含むことができる。
上記ワクチンは1種又は複数種のガン抗原のRNAとすることができる。該RNAワクチンは細胞中に導入することができる。
上記ワクチンは、それらに限定されないが、例えば、米国特許第4,510,245号、第4,797,368号、第4,722,848号、第4,790,987号、第4,920,209号、第5,017,487号、第5,077,044号、第5,110,587号、第5,112,749号、第5,174,993号、第5,223,424号、第5,225,336号、第5,240,703号、第5,242,829号、第5,294,441号、第5,294,548号、第5,310,668号、第5,387,744号、第5,389,368号、第5,424,065号、第5,451,499号、第5,453,364号、第5,462,734号、第5,470,734号、第5,474,935号、第5,482,713号、第5,591,439号、第5,643,579号、第5,650,309号、第5,698,202号、第5,955,088号、第6,034,298号、第6,042,836号、第6,156,319号及び第6,589,529号に記載されるワクチンなどの、弱毒生ワクチン、抗原を送達するための組換えベクターを用いたワクチン、サブユニットワクチン、及び糖タンパク質ワクチンとすることができ、上記特許はそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる。
本発明のワクチンは、当該ワクチン自体が疾病や死を引き起こすことのないように安全であること;疾病に対して防御するものであること;中和抗体を誘導すること;T細胞の防御応答を誘導すること;並びに投与が容易であり、副作用が少なく、生物学的に安定であり、及び用量当たりのコストが低いことなどの、有効なワクチンに求められる特徴を有することができる。上記ワクチンは、以下に議論するガン抗原を含有することにより、これらの特徴のいくつか又は全てを達成することができる。
より詳細に後述するように、上記ワクチンは、1種又は複数種の免疫チェックポイント分子の1種又は複数種の阻害剤(すなわち、免疫チェックポイント阻害剤)を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、MHCクラスによる提示、T細胞による提示及び/若しくはその分化、B細胞による提示及び/若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び/若しくは分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する、任意の核酸又はタンパク質である。これもより詳細に後述するように、上記ワクチンは、PD-1及びPDL-1などのチェックポイント阻害剤に対する抗体と更に組み合わせて、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の両方の刺激を増加させてもよい。抗PD-1又は抗PDL-1抗体を用いることが、PD-1又はPDL-1がT細胞及び/又はB細胞の応答を抑制することを防止する。
a.ガン抗原
上記ワクチンは1種又は複数種のガン抗原を含むことができる。該ガン抗原は核酸配列、アミノ酸配列、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はDNA、RNA、cDNA、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ガン抗原にペプチド結合によって連結したリンカー又はタグ配列をコードする更なる配列を含むことができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。ガン抗原は組換えガン抗原とすることができる。
上記ワクチンは1種又は複数種のガン抗原を含むことができる。該ガン抗原は核酸配列、アミノ酸配列、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はDNA、RNA、cDNA、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ガン抗原にペプチド結合によって連結したリンカー又はタグ配列をコードする更なる配列を含むことができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。ガン抗原は組換えガン抗原とすることができる。
上記核酸及びそれによってコードされる組換えガン抗原のアミノ酸配列の一つの設計方法は、未変異のガン抗原の全体のアミノ酸配列中の、特定のアミノ酸を変更する変異を導入することによる。変異の導入は、当該ガン抗原が哺乳類の対象間で普遍的に適用することができない程に当該ガン抗原を大きく改変することはなく、好ましくはヒト又は犬の対象に適用することができるが、該変異の導入は、得られるアミノ酸配列が許容範囲を超える、すなわち、免疫応答を生起させるために外来抗原と見なされるのに十分な程度にガン抗原を変化させる。別な方法としては、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも85%であり99%までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも90%であり98%までの配列同一性、より好ましくは少なくとも93%であり98%までの配列同一性、又は、一層より好ましくは少なくとも95%であり98%までの配列同一性を有する組換えガン抗原を作成することとし得る。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、95%、96%、97%、98%又は99%のアミノ酸配列同一性を有する。上記未変異のガン抗原は、特定のガン又はガン腫瘍に通常に関与する抗原である。ガン抗原によっては、該ガン抗原のコンセンサス配列は哺乳類全体にわたる、又は類の亜型内であり、又はウィルス株若しくは血清型全体にわたることができる。いくつかのガン抗原は、当該ガン抗原のアミノ酸配列の野生型から大幅には変わらない。いくつかのガン抗原は、種間で大きく異なる核酸/アミノ酸配列を有するため、コンセンサス配列を生起させることができない。これらの例においては、許容範囲を超えて免疫応答を生起させることとなる組換えガン抗原は、該組換えガン抗原が、その相当する未変異のガン抗原に対する、少なくとも85%であり99%までのアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも90%であり98%までの配列同一性、より好ましくは少なくとも93%であり98%までの配列同一性、又は、一層より好ましくは少なくとも95%であり98%までの配列同一性を有する場合に生起される。いくつかの例において、上記組換えガン抗原は、その相当する未変異のガン抗原に対する、95%、96%、97%、98%又は99%のアミノ酸配列同一性を有する。上述の取り組みは、最終的な組換えガン抗原が、上記で議論したような未変異ガン抗原のアミノ酸配列に対するパーセントで表した類似性を有するように、組み合わせることができる。
上記ガン抗原は1種又は複数種の以下の抗原である:チロシナーゼ(Tyr)、チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)、チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)、メラノーマ関連抗原4タンパク質(MAGEA4)、成長ホルモン放出ホルモン(GHRH)のアミノ酸配列、MART-1/メラン-A抗原(MART-1/Melan-A)のアミノ酸配列、ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)、ガン・精巣抗原II(NY-ESO-1)、及びPRAME。上記ワクチンは、チロシナーゼ(Tyr)、チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)、チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)、メラノーマ関連抗原4タンパク質(MAGEA4)、成長ホルモン放出ホルモン(GHRH)のアミノ酸配列、MART-1/メラン-A抗原(MART-1/Melan-A)のアミノ酸配列、ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)、ガン・精巣抗原II(NY-ESO-1)、PRAME、ウィルス抗原、又はそれらの組み合わせをコードするポリヌクレオチド配列を含むDNAワクチンとすることができる。上記ウィルス抗原は、1種又は複数種の以下のウィルス由来の抗原である:B型肝炎ウィルス(例えば、コアタンパク質及び表面タンパク質)、C型肝炎ウィルス(例えば、非構造タンパク質(NS)34A(NS34A)、NS5A、NS5B、NS4B)及びヒト乳頭腫ウィルス(Human Papilloma Virus)(HPV)6、HPV11、HPV16、及びHPV18。
(1)チロシナーゼ(Tyr)
本発明のワクチンはガン抗原チロシナーゼ(Tyr)、その断片、又はその変異体を含むことができる。チロシナーゼは、微生物及び植物及び動物の組織中に見出すことができる、チロシンヒドロキシラーゼ及びドーパオキシダーゼ触媒活性を有する銅含有酵素である。詳細には、チロシナーゼは、チロシンなどのフェノールの酸化によりメラニン又はその他の色素の生成を触媒する。TYR遺伝子の変異が、哺乳類における眼皮膚白皮症をもたらし、TYR遺伝子の非病理学的遺伝子多型が皮膚の色素沈着の変化に寄与する。
本発明のワクチンはガン抗原チロシナーゼ(Tyr)、その断片、又はその変異体を含むことができる。チロシナーゼは、微生物及び植物及び動物の組織中に見出すことができる、チロシンヒドロキシラーゼ及びドーパオキシダーゼ触媒活性を有する銅含有酵素である。詳細には、チロシナーゼは、チロシンなどのフェノールの酸化によりメラニン又はその他の色素の生成を触媒する。TYR遺伝子の変異が、哺乳類における眼皮膚白皮症をもたらし、TYR遺伝子の非病理学的遺伝子多型が皮膚の色素沈着の変化に寄与する。
更に、メラノーマなどのガン又は腫瘍において、チロシナーゼは無制御になり、メラニン合成の増加に繋がり得る。従って、チロシナーゼはメラノーマに関連するガン抗原であり得る。メラノーマに罹患した対象において、チロシナーゼは細胞傷害性T細胞認識の標的となり得る。しかしながら、いくつかの例において、(メラノーマを始めとする)ガン又は腫瘍に対する免疫応答が抑制され、腫瘍形成及び/又は増殖を支援する微小環境をもたらし、従って疾患進行に繋がり得る。
免疫抑制は骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)により助長されることが可能であり、該MDSCは未成熟マクロファージ、顆粒球、樹状細胞、及び骨髄細胞の混合集団である。骨髄細胞は骨髄前駆細胞及び未成熟の骨髄細胞(immature myeloid cell)(IMC)の不均質集団であり得る。MDSCのマーカーとしては、Gr-1及びCD11bの発現(すなわち、Gr-1+及びCD11b+細胞)を挙げることができる。
MDSCの循環は慢性感染に起因して増加し、MDSC数の拡大は自己免疫及び炎症に関連し得る。特に、MDSCの増殖(腫瘍又はガン性組織中での存在)が腫瘍の増殖並びに免疫検出からの回避及び/又は免疫調節を助長し、それ故に、MDSCは抗ガンワクチンに対する免疫応答に影響し得る。
MDSCはGタンパク質シグナル伝達調整因子2(Regulator of G-protein signaling 2)(Rgs2)によって調節され、Rgs2は腫瘍由来のMDSC中で高度に発現し得る。Rgs2はまた、例えば骨髄細胞などの種々の細胞中で広範に発現し得る。腫瘍を有するマウス由来のMDSCは、腫瘍を有さないマウス由来のMDSCと異なる作用を示し得る。かかる相違の一つは、ケモカインMCP-1生成の上方制御であることが可能であり、MCP-1はMDSCにより分泌される。MCP-1は、CCR2、単球上に存在するGタンパク質共役受容体(G-protein coupled receptor)(GPCR)、内皮細胞、及びT細胞を通じたシグナル伝達により、細胞遊走を促進し得る。従って、MCP-1は内皮細胞の遊走を引き起こし、それによって血管新生を促進し得る。中和抗体を介したMCP-1の阻止が血管新生を阻害することができ、従って、腫瘍の転移の低減及び生存率の増加に繋げることができる。このように、MCP-1は血管新生因子と考えることができる。MDSCはMCP-1分泌の他に増殖因子を分泌し、それによって更に腫瘍の増殖に寄与し得る。
Tyr抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
本明細書において実証されるように、Tyr抗原は、ガン細胞又は腫瘍細胞(例えば、メラノーマ細胞)に対する抗原特異性T細胞及び高力価抗体応答を誘導する。詳細には、Tyr抗原は、(1)単球走化性タンパク質-1(MCP―1)の生成を阻止し、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞(MDSC)を阻害し、腫瘍の増殖を抑制する抗体を生成するためのB細胞応答を介する体液性免疫応答、(2)腫瘍細胞を攻撃し、死滅させるためのCD8+などの細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の増加、(3)ヘルパーT細胞応答の増加、及び(4)IFN-γ及びTFN-αを介した炎症性反応の増加、あるいは、好ましくは上記項目の全てを誘導することによる、免疫媒介性の腫瘍排除のための重要な標的である。このように、Tyr抗原(例えば、コンセンサスTyr抗原であり、より詳細には後述)を含むワクチンが、ガン又は腫瘍組織内に存在するMDSC数を低減することにより免疫抑制を防止し、MCP-1の生成又は分泌を低減することによりガン又は腫瘍組織の血管新生を阻止するため、これらのワクチンによって、腫瘍形成及び腫瘍増殖に対して防御免疫応答が提供される。従って、如何なる利用者も、腫瘍の形成、腫瘍の転移、及び腫瘍の増殖に対して広範な免疫を提供するTyr抗原を含むように、本発明のワクチンを設計することができる。
Tyr抗原は、該抗原を、対抗する抗Tyr免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。Tyr抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。Tyr抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスTyr抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスTyr抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスTyr抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスTyr抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスTyr抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(immunoglobulin E)(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスTyr抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスTyr抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスTyr抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスTyr抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスTyr抗原は核酸配列 配列番号1とすることができ、配列番号1はアミノ酸配列 配列番号2をコードする。配列番号1はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスTyrタンパク質をコードする。コンセンサスTyrタンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスTyrタンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスTyr抗原は、配列番号1に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスTyr抗原は、配列番号2に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスTyr抗原は、配列番号2に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、Tyrコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、Tyrコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のTyrコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記Tyrコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記Tyrコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のTyrコンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のコンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のTyrコンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のTyrコンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるTyrタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号1の断片に関する。断片は、配列番号1の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号1の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号1の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスTyrタンパク質のアミノ酸配列は配列番号2である。IgEリーダーに連結したコンセンサスTyrタンパク質のアミノ酸配列は配列番号2である。IgEリーダーに連結したコンセンサスTyrタンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号2に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号2と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号2に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号2の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号2の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号2の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号2に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号2の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号2に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(2)チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)
本発明のワクチンは、ガン抗原チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)、その断片、又はその変異体を含むことができる。TYRP1は、TYRP1遺伝子によりコードされ、75kDaの膜貫通型糖タンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。TYRP1は、チロシナーゼと同様に、小眼球症関連転写因子(Microphthalmia Transcription Factor)(MITF)に結合し得るMボックスと呼ばれるmodifiedを含み、MITFは色素沈着、細胞の増殖及び分化において、メラニン形成細胞内における中心的な役割を果たす。TYRP1はチロシナーゼの安定化を助けることが可能であり、ヘテロ二量体を形成することが可能であり、該二量体はチロシナーゼ媒介性の細胞毒性を弱毒化することによりメラニン形成細胞の早期の死を防止し得る。
本発明のワクチンは、ガン抗原チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)、その断片、又はその変異体を含むことができる。TYRP1は、TYRP1遺伝子によりコードされ、75kDaの膜貫通型糖タンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。TYRP1は、チロシナーゼと同様に、小眼球症関連転写因子(Microphthalmia Transcription Factor)(MITF)に結合し得るMボックスと呼ばれるmodifiedを含み、MITFは色素沈着、細胞の増殖及び分化において、メラニン形成細胞内における中心的な役割を果たす。TYRP1はチロシナーゼの安定化を助けることが可能であり、ヘテロ二量体を形成することが可能であり、該二量体はチロシナーゼ媒介性の細胞毒性を弱毒化することによりメラニン形成細胞の早期の死を防止し得る。
チロシナーゼに関して上述した通り、チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP-1)はまた、メラニン形成細胞のメラニンの合成及び色素機構に関与し、メラノーマに罹患した対象における免疫系によって認識され得る。従って、TYRP-1はメラノーマに関連する抗原であり得る。
TYRP-1抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
TYRP-1抗原は、該抗原を、対抗する抗TYRP-1免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。TYRP-1抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。TYRP-1抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスTYRP-1抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスTYRP-1抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスTYRP-1抗原は核酸配列 配列番号3とすることができ、配列番号3はアミノ酸配列 配列番号4をコードする。配列番号3はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスTYRP-1タンパク質をコードする。コンセンサスTYRP-1タンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスTYRP-1タンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスTYRP-1抗原は、配列番号3に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスTYRP-1抗原は、配列番号4に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスTYRP-1抗原は、配列番号4に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、TYRP-1コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、TYRP-1コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のTYRP-1コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記TYRP-1コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記TYRP-1コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のTYRP-1コンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるTYRP-1タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号3の断片に関する。断片は、配列番号3の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号3の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号3の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスTYRP-1タンパク質のアミノ酸配列は配列番号4である。IgEリーダーに連結したコンセンサスTYRP-1タンパク質のアミノ酸配列は配列番号4である。IgEリーダーに連結したコンセンサスTYRP-1タンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号4に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号4と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号4に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスTYRP-1タンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号4の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号4の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号4の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号4に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号4の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号4に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(3)チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)
本発明のワクチンは、ガン抗原チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2、ドーパクロムトートメラーゼ(dopachrome tautomerase)(DCT)としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。TYRP2/DCTは、TYRP2/DCT遺伝子によりコードされ、519のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。TYRP2/DCTは、チロシナーゼ及びTYRP1と協同して、メラニン形成細胞中でのL-チロシンのメラニンへの転化において機能を果たす、十分に特徴付けされたメラニン形成細胞特異性酵素である。DCTは、詳細には、メラニン前駆体であるL-ドーパクロムの5,6-ジヒドロインドール-2-カルボン酸(5,6-dihydroindole-2-carboxylic acid)(DHICA)への互変異性化を触媒し、DHICAは続いて、(上述したように)TYRP1によって酸化され、ユーメラニンを形成する。研究により、TYRP2/DCTは、DNA損傷性薬剤に対する特異性を有する、メラノーマ細胞の薬剤耐性の媒介物であり得ることが示されている。TYRP2/DCTはメラノーマ中で高度に発現することが度々報告されていることから、このメラニン形成細胞特異性酵素は、種々の抗ガンDNA損傷性薬剤に対するメラノーマの固有の耐性表現型に寄与する重要な役割を果たしている。
本発明のワクチンは、ガン抗原チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2、ドーパクロムトートメラーゼ(dopachrome tautomerase)(DCT)としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。TYRP2/DCTは、TYRP2/DCT遺伝子によりコードされ、519のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。TYRP2/DCTは、チロシナーゼ及びTYRP1と協同して、メラニン形成細胞中でのL-チロシンのメラニンへの転化において機能を果たす、十分に特徴付けされたメラニン形成細胞特異性酵素である。DCTは、詳細には、メラニン前駆体であるL-ドーパクロムの5,6-ジヒドロインドール-2-カルボン酸(5,6-dihydroindole-2-carboxylic acid)(DHICA)への互変異性化を触媒し、DHICAは続いて、(上述したように)TYRP1によって酸化され、ユーメラニンを形成する。研究により、TYRP2/DCTは、DNA損傷性薬剤に対する特異性を有する、メラノーマ細胞の薬剤耐性の媒介物であり得ることが示されている。TYRP2/DCTはメラノーマ中で高度に発現することが度々報告されていることから、このメラニン形成細胞特異性酵素は、種々の抗ガンDNA損傷性薬剤に対するメラノーマの固有の耐性表現型に寄与する重要な役割を果たしている。
チロシナーゼに関して上述した通り、チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP-2)もまた、メラニンの合成に関与し、メラノーマに罹患した対象における免疫系によって認識され得る。更に、TYRP-2はメラノーマ細胞における薬剤耐性を媒介し得る。従って、TYRP-2はメラノーマに関連する抗原であり得る。
TYRP-2抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
TYRP-2抗原は、該抗原を、対抗する抗TYRP-2免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。TYRP-2抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。TYRP-2抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスTYRP-2抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスTYRP-2抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスTYRP-2抗原は核酸配列 配列番号5とすることができ、配列番号5はアミノ酸配列 配列番号6をコードする。配列番号5はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスTYRP-2タンパク質をコードする。コンセンサスTYRP-2タンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスTYRP-2タンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスTYRP-2抗原は、配列番号5に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスTYRP-2抗原は、配列番号6に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスTYRP-2抗原は、配列番号6に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、TYRP-2コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、TYRP-2コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のTYRP-2コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記TYRP-2コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記TYRP-2コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のTYRP-2コンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるTYRP-2タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号5の断片に関する。断片は、配列番号5の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号5の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号5の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスTYRP-2タンパク質のアミノ酸配列は配列番号6である。IgEリーダーに連結したコンセンサスTYRP-2タンパク質のアミノ酸配列は配列番号6である。IgEリーダーに連結したコンセンサスTYRP-2タンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号2に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号6と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号6に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号6の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号6の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号6の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号6に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号6の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号6に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(4)メラノーマ関連抗原4(Melanoma-associated Antigen 4)(MAGEA4)
本発明のワクチンは、ガン抗原メラノーマ関連抗原4(MAGEA4)、その断片、又はその変異体を含むことができる。MAGE-A4は、MAGE-A4遺伝子によりコードされ、317のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、雄の生殖細胞及び消化器ガン、食道ガン及び肺ガンなどの種々の組織型の腫瘍細胞中で発現する。MAGE-A4は、腫瘍性タンパク質、ガンキリンに結合する。このMAGE-A4に特異的な結合はそのC末端により媒介される。研究により、外因性MAGE-A4は、in vitroにおいて、ガンキリン過剰発現細胞の接着非依存性増殖を部分的に阻害することができ、ヌードマウスにおいて、これらの細胞から転位した腫瘍の形成を阻害することができることが示されている。この阻害はMAGE-A4とガンキリンとの間の結合に依存し、ガンキリンとMAGE-A4との間の相互作用がガンキリン媒介性の発ガンを阻害することを示唆している。腫瘍組織中でのMAGEの発現は腫瘍の発生の原因ではなくその結果であり、MAGE遺伝子は、初期の腫瘍細胞を標的にして破壊することにより、免疫過程に関与するように思われる。
本発明のワクチンは、ガン抗原メラノーマ関連抗原4(MAGEA4)、その断片、又はその変異体を含むことができる。MAGE-A4は、MAGE-A4遺伝子によりコードされ、317のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、雄の生殖細胞及び消化器ガン、食道ガン及び肺ガンなどの種々の組織型の腫瘍細胞中で発現する。MAGE-A4は、腫瘍性タンパク質、ガンキリンに結合する。このMAGE-A4に特異的な結合はそのC末端により媒介される。研究により、外因性MAGE-A4は、in vitroにおいて、ガンキリン過剰発現細胞の接着非依存性増殖を部分的に阻害することができ、ヌードマウスにおいて、これらの細胞から転位した腫瘍の形成を阻害することができることが示されている。この阻害はMAGE-A4とガンキリンとの間の結合に依存し、ガンキリンとMAGE-A4との間の相互作用がガンキリン媒介性の発ガンを阻害することを示唆している。腫瘍組織中でのMAGEの発現は腫瘍の発生の原因ではなくその結果であり、MAGE遺伝子は、初期の腫瘍細胞を標的にして破壊することにより、免疫過程に関与するように思われる。
メラノーマ関連抗原4(MAGEA4)は、胚発生並びに腫瘍の形質転換及び/又は進行に関与し得る。MAGEA4は通常、精巣及び胎盤において発現する。しかしながら、MAGEA4は、多くの異なる種類の腫瘍、例えば、メラノーマ、頭頚部扁平上皮ガン、肺ガン、及び乳ガンにおいて発現し得る。従って、MAGEA4は種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
MAGEA4抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
MAGEA4抗原は、該抗原を、対抗する抗MAGEA4免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。MAGEA4抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。MAGEA4抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスTyr抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスMAGEA4抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスMAGEA4抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスMAGEA4抗原は核酸配列 配列番号7とすることができ、配列番号7はアミノ酸配列 配列番号8をコードする。配列番号7はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスMAGEA4タンパク質をコードする。コンセンサスMAGEA4タンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスMAGEA4タンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスMAGEA4抗原は、配列番号7に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスMAGEA4抗原は、配列番号8に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスMAGEA4抗原は、配列番号8に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、MAGEA4コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、MAGEA4コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のMAGEA4コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記MAGEA4コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記MAGEA4コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のMAGEA4コンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるMAGEA4タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号7の断片に関する。断片は、配列番号7の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号7の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号7の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスMAGEA4タンパク質のアミノ酸配列は配列番号8である。IgEリーダーに連結したコンセンサスMAGEA4タンパク質のアミノ酸配列は配列番号8である。IgEリーダーに連結したコンセンサスMAGEA4タンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号8に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号8と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号8に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号8の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号8の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号8の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号8に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号8の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号8に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(5)成長ホルモン放出ホルモン(GHRH)
本発明のワクチンは、ガン抗原成長ホルモン放出ホルモン(GHRH、成長ホルモン放出因子(growth-hormone-releasing factor)(GRF又はGHRF)又はソマトクリニンとしても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。GHRHは、視床下部の弓状核で生成される44アミノ酸ペプチドホルモンである。GHRHは視床下部により分泌され、脳下垂体からの成長ホルモンの放出、成長、代謝、及び体の構造の調節剤の放出を刺激する。GHRHはまた成長ホルモンの生成物も刺激する。GHRHの拮抗物質は、例えば、骨肉腫、膠芽腫、前立腺ガン、腎臓ガン、膵臓ガン、結腸直腸ガン、及び乳ガンなどの種々のガンの増殖を阻害する。従って、GHRHは種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
本発明のワクチンは、ガン抗原成長ホルモン放出ホルモン(GHRH、成長ホルモン放出因子(growth-hormone-releasing factor)(GRF又はGHRF)又はソマトクリニンとしても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。GHRHは、視床下部の弓状核で生成される44アミノ酸ペプチドホルモンである。GHRHは視床下部により分泌され、脳下垂体からの成長ホルモンの放出、成長、代謝、及び体の構造の調節剤の放出を刺激する。GHRHはまた成長ホルモンの生成物も刺激する。GHRHの拮抗物質は、例えば、骨肉腫、膠芽腫、前立腺ガン、腎臓ガン、膵臓ガン、結腸直腸ガン、及び乳ガンなどの種々のガンの増殖を阻害する。従って、GHRHは種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
GHRH抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
GHRH抗原は、該抗原を、対抗する抗GHRH免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。GHRH抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。GHRH抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスGHRH抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスGHRH抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスGHRH抗原は核酸配列 配列番号9とすることができ、配列番号9はアミノ酸配列 配列番号10をコードする。配列番号9はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスGHRHタンパク質をコードする。コンセンサスGHRHタンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスGHRHタンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスGHRH抗原は、配列番号9に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスGHRH抗原は、配列番号10に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスGHRH抗原は、配列番号10に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、GHRHコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、GHRHコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のGHRHコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記GHRHコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記GHRHコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のGHRHコンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のGHRHコンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のGHRHコンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるGHRHタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号9の断片に関する。断片は、配列番号9の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号9の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号9の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスGHRHタンパク質のアミノ酸配列は配列番号10である。IgEリーダーに連結したコンセンサスGHRHタンパク質のアミノ酸配列は配列番号10である。IgEリーダーに連結したコンセンサスGHRHタンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号10に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号10と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号10に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号10の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号10の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号10の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号10に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号10の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号10に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(6)MART-1/メラン-A
本発明のワクチンは、ガン抗原MART-1(メラン-Aとしても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。MART-1は、MLANA遺伝子によりコードされ、118のアミノ酸のタンパク質であり、単一の膜貫通ドメインを含有し、殆どのメラノーマ細胞中で発現する。MART-1は構造タンパク質と複合体を形成し、その発現、安定性、輸送及び、メラノソームの構造及び成熟に必要なプロセシングに影響を与える。従って、MART-1は哺乳類の色素沈着を調節するために必要不可欠である。メラノソームの成熟における欠陥が、ガンに対する罹患性と結び付けられてきた。MART-1は、それに限定されないが、メラノーマを始めとする多数のガンにおいて発現し得る。
本発明のワクチンは、ガン抗原MART-1(メラン-Aとしても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。MART-1は、MLANA遺伝子によりコードされ、118のアミノ酸のタンパク質であり、単一の膜貫通ドメインを含有し、殆どのメラノーマ細胞中で発現する。MART-1は構造タンパク質と複合体を形成し、その発現、安定性、輸送及び、メラノソームの構造及び成熟に必要なプロセシングに影響を与える。従って、MART-1は哺乳類の色素沈着を調節するために必要不可欠である。メラノソームの成熟における欠陥が、ガンに対する罹患性と結び付けられてきた。MART-1は、それに限定されないが、メラノーマを始めとする多数のガンにおいて発現し得る。
T細胞によって認識されるメラノーマ抗原(melanoma antigen recognized by T cells)(MART-1)としても知られるメラン-Aは、メラニン形成細胞の分化抗原であり、正常な皮膚、網膜、及びメラニン形成細胞中に存在し得る。メラン-Aは小胞体及びメラノソームと関連付けることができる。メラン-Aは、メラノーマ細胞上の抗原として細胞傷害性T細胞によって認識され得るが、例えば、明細胞肉腫及びメラニン性神経線維腫などの、メラニン形成細胞起源又はその分化を有する(すなわち、細胞がメラノソームを有する。)その他の腫瘍にも関連し得る。従って、メラン-Aは、メラノソームを有する細胞由来の種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
メラン-A抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
メラン-A抗原は、該抗原を、対抗する抗メラン-A免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。メラン-A抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。メラン-A抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスメラン-A抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン-A抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスメラン-A抗原は核酸配列 配列番号11とすることができ、配列番号11はアミノ酸配列 配列番号12をコードする。配列番号11はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスメラン-Aタンパク質をコードする。コンセンサスメラン-Aタンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスメラン-Aタンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン-A抗原は、配列番号11に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスメラン-A抗原は、配列番号12に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスメラン-A抗原は、配列番号12に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、メラン-Aコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、メラン-Aコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のメラン-Aコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記メラン-Aコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記メラン-Aコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のメラン-Aコンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるメラン-Aタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号11の断片に関する。断片は、配列番号11の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号11の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号11の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスメラン-Aタンパク質のアミノ酸配列は配列番号12である。IgEリーダーに連結したコンセンサスメラン-Aタンパク質のアミノ酸配列は配列番号12である。IgEリーダーに連結したコンセンサスメラン-Aタンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号12に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号12と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号12に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号12の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号12の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号12の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号12に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号12の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号12に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(7)NY-ESO-1
本発明のワクチンは、ガン抗原ニューヨーク食道ガン-1(NY-ESO-1、CTAG1とも呼ばれる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。NY-ESO-1は、CTAG1B遺伝子によりコードされ、グリシンに富むN末端領域及び極端に疎水性のC末端領域を有する180のアミノ酸の長鎖タンパク質である。NY-ESO-1は、正常な組織中では発現が制限されるが、ガンにおいて多くの場合発生する。NY-ESO-1は、それらに限定されないが、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、メラノーマ、非小細胞性肺ガン、卵巣ガン、膵臓ガン、滑膜ガン及び前立腺ガンを始めとする多数のガンにおいて発現し得る。
本発明のワクチンは、ガン抗原ニューヨーク食道ガン-1(NY-ESO-1、CTAG1とも呼ばれる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。NY-ESO-1は、CTAG1B遺伝子によりコードされ、グリシンに富むN末端領域及び極端に疎水性のC末端領域を有する180のアミノ酸の長鎖タンパク質である。NY-ESO-1は、正常な組織中では発現が制限されるが、ガンにおいて多くの場合発生する。NY-ESO-1は、それらに限定されないが、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、メラノーマ、非小細胞性肺ガン、卵巣ガン、膵臓ガン、滑膜ガン及び前立腺ガンを始めとする多数のガンにおいて発現し得る。
ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)は精巣及び卵巣で発現し得る。NY-ESO-1は種々のガンに関連し、体液性免疫応答を誘導し得る。ガン又は腫瘍に罹患した対象はNY-ESO-1に対する免疫原性をもつようになり得る。従って、NY-ESO-1は種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
NY-ESO-1抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
NY-ESO-1抗原は、NY-ESO-1抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、NY-ESO-1抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、NY-ESO-1抗原は、NY-ESO-1抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、NY-ESO-1抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
NY-ESO-1抗原は、NY-ESO-1抗原を投与した対象におけるインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)の濃度を、NY-ESO-1抗原を投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、NY-ESO-1抗原は、NY-ESO-1抗原を投与した対象におけるIFN-γ濃度を、NY-ESO-1抗原を投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
NY-ESO-1抗原は、該抗原を、対抗する抗NY-ESO-1免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。NY-ESO-1抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。NY-ESO-1抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスNY-ESO-1抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスNY-ESO-1抗原は核酸配列 配列番号13とすることができ、配列番号13はアミノ酸配列 配列番号14をコードする。配列番号13はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスNY-ESO-1タンパク質をコードする。コンセンサスNY-ESO-1タンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスNY-ESO-1タンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスNY-ESO-1抗原は、配列番号13に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスNY-ESO-1抗原は、配列番号14に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスNY-ESO-1抗原は、配列番号14に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、NY-ESO-1コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、NY-ESO-1コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のNY-ESO-1コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記NY-ESO-1コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記NY-ESO-1コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のNY-ESO-1コンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるNY-ESO-1タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号13の断片に関する。断片は、配列番号13の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号13の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号13の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスNY-ESO-1タンパク質のアミノ酸配列は配列番号14である。IgEリーダーに連結したコンセンサスNY-ESO-1タンパク質のアミノ酸配列は配列番号14である。IgEリーダーに連結したコンセンサスNY-ESO-1タンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号14に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号14と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号14に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号14の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号14の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号14の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号14に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号14の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号14に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(8)NY-ESO-2
本発明のワクチンは、ガン抗原ニューヨーク食道ガン-2(NY-ESO-2;ガン・精巣抗原2、ESO2、及びLAGE1としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。NY-ESO-2は、ガン・精巣抗原のESO/LAGEファミリーに属する自己免疫原性腫瘍抗原である。NY-ESO-2は、メラノーマ、乳ガン、膀胱ガン及び前立腺ガンを始めとする多数のガンにおいて発現することが可能であり、通常は精巣において発現する。加えて、NY-ESO-2は、メラノーマ、非小細胞性肺ガン、膀胱ガン、前立腺ガン及び頭頸部ガンの腫瘍試料の25~50%に観察され得る。NY-ESO-2をコードする遺伝子はまた、メラノーマ特異性細胞傷害性Tリンパ球によって認識される腫瘍抗原である、CAMELと名付けられたタンパク質をコードする別な読み取り枠も含有する。
本発明のワクチンは、ガン抗原ニューヨーク食道ガン-2(NY-ESO-2;ガン・精巣抗原2、ESO2、及びLAGE1としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。NY-ESO-2は、ガン・精巣抗原のESO/LAGEファミリーに属する自己免疫原性腫瘍抗原である。NY-ESO-2は、メラノーマ、乳ガン、膀胱ガン及び前立腺ガンを始めとする多数のガンにおいて発現することが可能であり、通常は精巣において発現する。加えて、NY-ESO-2は、メラノーマ、非小細胞性肺ガン、膀胱ガン、前立腺ガン及び頭頸部ガンの腫瘍試料の25~50%に観察され得る。NY-ESO-2をコードする遺伝子はまた、メラノーマ特異性細胞傷害性Tリンパ球によって認識される腫瘍抗原である、CAMELと名付けられたタンパク質をコードする別な読み取り枠も含有する。
NY-ESO-1と同様に、NY-ESO-2は精巣及び卵巣で発現し得る。NY-ESO-2もまた、種々のガンに関連し、ガン又は腫瘍に罹患した対象において免疫原性となり得る。従って、NY-ESO-2は多数の腫瘍に関連する抗原であり得る。
NY-ESO-2抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
NY-ESO-2抗原は、NY-ESO-2抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、NY-ESO-2抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、NY-ESO-2抗原は、NY-ESO-2抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、NY-ESO-2抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
NY-ESO-2抗原は、NY-ESO-2抗原を投与した対象におけるインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)の濃度を、NY-ESO-2抗原を投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、NY-ESO-2抗原は、NY-ESO-2抗原を投与した対象におけるIFN-γ濃度を、NY-ESO-2抗原を投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
NY-ESO-2抗原は、該抗原を、対抗する抗NY-ESO-2免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。NY-ESO-2抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。NY-ESO-2抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスNY-ESO-2抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスNY-ESO-2抗原は核酸配列 配列番号15とすることができ、配列番号15はアミノ酸配列 配列番号16をコードする。配列番号1はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスNY-ESO-2タンパク質をコードする。コンセンサスNY-ESO-2タンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスNY-ESO-2タンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスNY-ESO-2抗原は、配列番号15に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスNY-ESO-2抗原は、配列番号16に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスNY-ESO-2抗原は、配列番号16に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、NY-ESO-2コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、NY-ESO-2コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のNY-ESO-2コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記NY-ESO-2コンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記NY-ESO-2コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のNY-ESO-2コンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるNY-ESO-2タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号15の断片に関する。断片は、配列番号15の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号15の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号15の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスNY-ESO-2タンパク質のアミノ酸配列は配列番号16である。IgEリーダーに連結したコンセンサスNY-ESO-2タンパク質のアミノ酸配列は配列番号16である。IgEリーダーに連結したコンセンサスNY-ESO-2タンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号16に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号16と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号16に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号16の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号16の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号16の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号16に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号16の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号16に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(9)PRAME
本発明のワクチンは、ガン抗原PRAME、その断片、又はその変異体を含むことができる。PRAMEは、PRAME遺伝子によってコードされ、509のアミノ酸から構成されるタンパク質であり、精巣、胎盤、子宮内膜、卵巣、副腎中、並びにメラノーマ、肺ガン、腎臓ガン、及び頭頚部ガン由来の組織中で発現する。PRAMEはまた、成人及び小児の急性白血病並びに多発性骨髄腫においても発現する。PRAMEは、HLA-A24によって提供される場合、細胞傷害性応答を誘発することができる免疫原性ナノペプチドを含有する。研究により、培養された細胞中におけるPRAMEの過剰発現が、より遅い増殖速度の原因であるカスパーゼ非依存の細胞死を誘導することが示されている。他の研究により、PRAMEの過剰発現はまた、レチノイン酸受容体(retinoic acid receptor)(RAR)のシグナル伝達に拮抗することによって増殖又は生存を利し、腫瘍化の過程に原因として関与することが実証されている。RARシグナル伝達の妨害により、細胞の増殖、発生及び分化の調節が損なわれる。
本発明のワクチンは、ガン抗原PRAME、その断片、又はその変異体を含むことができる。PRAMEは、PRAME遺伝子によってコードされ、509のアミノ酸から構成されるタンパク質であり、精巣、胎盤、子宮内膜、卵巣、副腎中、並びにメラノーマ、肺ガン、腎臓ガン、及び頭頚部ガン由来の組織中で発現する。PRAMEはまた、成人及び小児の急性白血病並びに多発性骨髄腫においても発現する。PRAMEは、HLA-A24によって提供される場合、細胞傷害性応答を誘発することができる免疫原性ナノペプチドを含有する。研究により、培養された細胞中におけるPRAMEの過剰発現が、より遅い増殖速度の原因であるカスパーゼ非依存の細胞死を誘導することが示されている。他の研究により、PRAMEの過剰発現はまた、レチノイン酸受容体(retinoic acid receptor)(RAR)のシグナル伝達に拮抗することによって増殖又は生存を利し、腫瘍化の過程に原因として関与することが実証されている。RARシグナル伝達の妨害により、細胞の増殖、発生及び分化の調節が損なわれる。
PRAMEは、ガン・精巣抗原MAGE、BAGE、及びGAGEに類似した発現パターン、すなわち精巣における発現を有し得る。しかしながら、PRAMEはヒトメラノーマ及び急性白血病において発現し得る。PRAMEは細胞溶解性Tリンパ球によって認識され得る。従って、PRAMEはメラノーマ及び白血病に関連する抗原であり得る。
PRAME抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
PRAME抗原は、PRAME抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、PRAME抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、PRAME抗原は、PRAME抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、PRAME抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
PRAME抗原は、PRAME抗原を投与した対象におけるインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)の濃度を、PRAME抗原を投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、PRAME抗原は、PRAME抗原を投与した対象におけるIFN-γ濃度を、PRAME抗原を投与していない対象におけるIFN-γ濃度と比較して、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
PRAME抗原は、該抗原を、対抗する抗PRAME免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。PRAME抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。PRAME抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスPRAME抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPRAME抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスPRAME抗原は核酸配列 配列番号17とすることができ、配列番号17はアミノ酸配列 配列番号18をコードする。配列番号17はIgEリーダー配列に連結するコンセンサスPRAMEタンパク質をコードする。コンセンサスPRAMEタンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスPRAMEタンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスPRAME抗原は、配列番号17に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスPRAME抗原は、配列番号18に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスPRAME抗原は、配列番号18に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、PRAMEコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、PRAMEコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する95%までの相同性、コンセンサス配列に対する96%までの相同性、コンセンサス配列に対する97%までの相同性、コンセンサス配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のPRAMEコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記PRAMEコンセンサスタンパク質の免疫原性断片、及び上記PRAMEコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のPRAMEコンセンサス配列に対する80%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する85%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する90%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する91%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する92%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する93%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する94%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する95%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する96%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する97%までの同一性、全長のPRAMEコンセンサス配列に対する98%までの同一性、及び全長のPRAMEコンセンサス配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるPRAMEタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号17の断片に関する。断片は、配列番号17の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号17の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号17の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスPRAMEタンパク質のアミノ酸配列は配列番号18である。IgEリーダーに連結したコンセンサスPRAMEタンパク質のアミノ酸配列は配列番号18である。IgEリーダーに連結したコンセンサスPRAMEタンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号18に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号18と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号18に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質の断片は、コンセンサスタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号18の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号18の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号18の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号18に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号18の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号18に示されるアミノ酸配列に対して80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
(10)PSA
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性抗原(PSA;γ-セミノタンパク質又はカリクレイン-3(kallikrein-3)(KLK3)としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。PSAは前立腺上皮細胞及び前立腺ガン細胞によって生成されるアンドロゲン制御セリンプロテアーゼであり、KLK3遺伝子によってコードされる。PSAは前立腺ガンの血清マーカーとしてしばしば用いられる。PSAは組織カリクレインファミリーの一員であり、活性な酵素を放出する酵素前駆体の開裂後に、精液の凝塊物中のセミノゲリンを開裂し、それによって精液を溶解して精子を自由に泳がせる。加えて、PSAの酵素活性は亜鉛濃度によって調節される、すなわち高い亜鉛濃度はPSAの酵素活性を阻害する。
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性抗原(PSA;γ-セミノタンパク質又はカリクレイン-3(kallikrein-3)(KLK3)としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。PSAは前立腺上皮細胞及び前立腺ガン細胞によって生成されるアンドロゲン制御セリンプロテアーゼであり、KLK3遺伝子によってコードされる。PSAは前立腺ガンの血清マーカーとしてしばしば用いられる。PSAは組織カリクレインファミリーの一員であり、活性な酵素を放出する酵素前駆体の開裂後に、精液の凝塊物中のセミノゲリンを開裂し、それによって精液を溶解して精子を自由に泳がせる。加えて、PSAの酵素活性は亜鉛濃度によって調節される、すなわち高い亜鉛濃度はPSAの酵素活性を阻害する。
PSA抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
PSA抗原は、該抗原を、対抗する抗PSA免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。PSA抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。PSA抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスPSA抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスPSA抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPSA抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスPSA抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスPSA抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスPSA抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスPSA抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスPSAP抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPSA抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスPSA抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び/又は1種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
(11)PSMA
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性膜抗原(prostate specific membrane antigen)(PSMA;グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII(Glutamate carboxypeptidase II)(GCPII)、N-アセチル-L-アスパルチル-L-グルタマートペプチダーゼI(N-acetyl-L-aspartyl-L-glutamate peptidase I)(NAALADase I)、及びNAAGペプチダーゼとしても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。PSMAは葉酸ヒドロラーゼ1(folate hydrolase 1)(FOLH1)遺伝子によってコードされる。PSMAは膜中及び細胞外空間中に存在することが知られている亜鉛金属酵素である。PSMAはヒト前立腺において高度に発現し、前立腺ガンにおいて上方制御される。PSMAはまた、腎臓、乳房、及び結腸の固形腫瘍などのその他のガンにおいて過剰発現することも知られている。
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性膜抗原(prostate specific membrane antigen)(PSMA;グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII(Glutamate carboxypeptidase II)(GCPII)、N-アセチル-L-アスパルチル-L-グルタマートペプチダーゼI(N-acetyl-L-aspartyl-L-glutamate peptidase I)(NAALADase I)、及びNAAGペプチダーゼとしても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。PSMAは葉酸ヒドロラーゼ1(folate hydrolase 1)(FOLH1)遺伝子によってコードされる。PSMAは膜中及び細胞外空間中に存在することが知られている亜鉛金属酵素である。PSMAはヒト前立腺において高度に発現し、前立腺ガンにおいて上方制御される。PSMAはまた、腎臓、乳房、及び結腸の固形腫瘍などのその他のガンにおいて過剰発現することも知られている。
PSMA抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
PSMA抗原は、該抗原を、対抗する抗PSMA免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。PSMA抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。PSMA抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスPSMAP抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスPSMA抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び/又は1種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
(12)STEAP
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺の6回膜貫通上皮抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate)(STEAP)、その断片、又はその変異体を含むことができる。STEAPはSTEAP1遺伝子によってコードされる金属還元酵素である。STEAPは前立腺組織において広く発現し、ガン細胞中で上方制御される。STEAPは6回膜貫通タンパク質であることが予測され、細胞-細胞間結合に存在する細胞表面抗原である。
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺の6回膜貫通上皮抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate)(STEAP)、その断片、又はその変異体を含むことができる。STEAPはSTEAP1遺伝子によってコードされる金属還元酵素である。STEAPは前立腺組織において広く発現し、ガン細胞中で上方制御される。STEAPは6回膜貫通タンパク質であることが予測され、細胞-細胞間結合に存在する細胞表面抗原である。
STEAP抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
STEAP抗原は、該抗原を、対抗する抗STEAP免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。STEAP抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。STEAP抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスSTEAP抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスSTEAP抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び/又は1種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
(13)PSCA
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性幹細胞抗原(prostate specific stem cell antigen)(PSCA)、その断片、又はその変異体を含むことができる。PSCAはグリコシルホスファチジルイノシトール(glycosylphosphatidylinositol)(GPI)固着細胞表面タンパク質であり、アンドロゲン応答遺伝子によってコードされる。PSCAはGPI固着細胞表面抗原のThy-1/Ly-6ファミリーの一員である。PSCAは前立腺ガン、膀胱ガン、及び膵臓ガンを始めとする多くのガンにおいて上方制御される。
本発明のワクチンは、ガン抗原前立腺特異性幹細胞抗原(prostate specific stem cell antigen)(PSCA)、その断片、又はその変異体を含むことができる。PSCAはグリコシルホスファチジルイノシトール(glycosylphosphatidylinositol)(GPI)固着細胞表面タンパク質であり、アンドロゲン応答遺伝子によってコードされる。PSCAはGPI固着細胞表面抗原のThy-1/Ly-6ファミリーの一員である。PSCAは前立腺ガン、膀胱ガン、及び膵臓ガンを始めとする多くのガンにおいて上方制御される。
PSCA抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
PSCA抗原は、該抗原を、対抗する抗PSCA免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。PSCA抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。PSCA抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスPSCA抗原のアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスPSCA抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び/又は1種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
(14)hTERT
本発明のワクチンは、ガン抗原hTERT、その断片、又はその変異体を含むことができる。hTERTは、テロメアの末端にTTAGGGタグを合成して、染色体欠失に起因する細胞死を防止するヒトテロメラーゼ逆転写酵素である。過剰増殖性細胞はhTERTの異常な高発現を有し得る。hTERTの異常な高発現は、HCV及びHPVに感染した過剰増殖性細胞においても起こり得る。従って、HCV及びHPVの両方に対する免疫療法は、異常な水準でhTERTを発現する細胞を標的とすることにより強化することができる。HCV及びHPV抗原は後により詳細に議論する。hTERTガン抗原は更に、2013年12月23日出願の米国特許出願第14/139,660号により規定することができ、該出願はその全体が参照により組み入れられる。
本発明のワクチンは、ガン抗原hTERT、その断片、又はその変異体を含むことができる。hTERTは、テロメアの末端にTTAGGGタグを合成して、染色体欠失に起因する細胞死を防止するヒトテロメラーゼ逆転写酵素である。過剰増殖性細胞はhTERTの異常な高発現を有し得る。hTERTの異常な高発現は、HCV及びHPVに感染した過剰増殖性細胞においても起こり得る。従って、HCV及びHPVの両方に対する免疫療法は、異常な水準でhTERTを発現する細胞を標的とすることにより強化することができる。HCV及びHPV抗原は後により詳細に議論する。hTERTガン抗原は更に、2013年12月23日出願の米国特許出願第14/139,660号により規定することができ、該出願はその全体が参照により組み入れられる。
加えて、hTERT遺伝子をトランスフェクトされた樹状細胞中のhTERTの発現は、抗原特異性形態でCD8+細胞傷害性T細胞を誘導し、CD4+T細胞を誘発することができる。従って、老化を遅延させ、選択した抗原を提示する抗原提示細胞(antigen presenting cell)(APC)の能力を持続させるための、ACP内におけるhTERTの発現の使用を、本明細書に記載の方法などにおける免疫療法上の方法に用いることができる。
hTERT抗原は、それらに限定されないが、メラノーマ、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症(recurrent respiratory papillomatosis)(RRP)、肛門ガン、頭頚部ガン、及び血液ガンを始めとする任意の数のガンに関連し得る又は発現し得る。従って、上記ワクチンは、本明細書に記載のhTERT抗原を含む場合、それらに限定されないが、メラノーマ、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症(RRP)、肛門ガン、頭頚部ガン、及び血液ガンを始めとする任意の数のガンに罹患した対象を治療するために用いることができる。
nTERT抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
hTERT抗原は、該抗原を、対抗する抗hTERT免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。hTERT抗原は全長翻訳産物、その変異体、その断片又はそれらの組み合わせを含むことができる。hTERT抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するRNA転写物に関して最適化することができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びRNAとすることができる。いくつかの実施形態において、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列(例えば、GCC ACC)を含むことができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン(例えば、TGA TGA)を含むことができる。
hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列もコードすることができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりhTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原のそれぞれのアミノ酸配列に連結するように、IgEリーダー配列を更にコードすることができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸はまた、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、IgEリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、非相同な核酸配列とすることができる及び/又は1種又は複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、野生型のhTERT抗原対比で、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原のアミノ酸配列中の1又は複数のアミノ酸又は残基を、それぞれ別なアミノ酸又は残基で置き換える、すなわち置換するように変異させることができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、野生型のhTERT抗原に比較して、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原のアミノ酸配列中の1又は複数の残基をそれぞれ別な残基で置き換える、すなわち置換するように変異させ、それによって、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸、hTERT抗原若しくはコンセンサスhTERT抗原、又はそれらの組み合わせを投与された哺乳類において、免疫系を、もはやhTERTを認容するものではなくすことができる。hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原をコードする核酸は、野生型のhTERT抗原対比で、hTERT抗原又はコンセンサスhTERT抗原のアミノ酸配列中のアルギニン589、アスパラギン酸1005、又はアルギニン589及びアスパラギン酸1005の両方をチロシン残基で置き換える、すなわち置換するように変異させることができる。
hTERT抗原は核酸配列 配列番号23とすることができ、配列番号23はアミノ酸配列 配列番号24をコードする。配列番号23はIgEリーダー配列に連結するhTERTタンパク質をコードする。hTERTタンパク質はIgEリーダー配列及びHAタグに連結することができる。その他の実施形態において、hTERTタンパク質は、IgEリーダー配列及び/又はHAタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び/又は該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、hTERT抗原は、配列番号23に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、hTERT抗原は、配列番号24に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。hTERT抗原は、配列番号24に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、hTERTタンパク質に相同なタンパク質、hTERTタンパク質の免疫原性断片、及び相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。配列に対する95%までの相同性、配列に対する96%までの相同性、配列に対する97%までの相同性、配列に対する98%までの相同性及び99%までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の5’末端に連結するIgEリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のhTERTタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記hTERTタンパク質の免疫原性断片、及び上記hTERTタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列に関する。全長のhTERT配列に対する80%までの同一性、全長のhTERT配列に対する85%までの同一性、全長のhTERT配列に対する90%までの同一性、全長のhTERT配列に対する91%までの同一性、全長のhTERT配列に対する92%までの同一性、全長のhTERT配列に対する93%までの同一性、全長のhTERT配列に対する94%までの同一性、全長のhTERT配列に対する95%までの同一性、全長のhTERT配列に対する96%までの同一性、全長のhTERT配列に対する97%までの同一性、全長のhTERT配列に対する98%までの同一性、及び全長のhTERT配列に対する99%までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性断片及び本明細書に示されるHTERTタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性断片をコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、IgEリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号23の断片に関する。断片は、配列番号23の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%とすることができる。断片は、配列番号23の断片に対して少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%相同であることができる。断片は、配列番号23の断片に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であることができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、断片は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、hTERTタンパク質のアミノ酸配列は配列番号24である。IgEリーダーに連結したhTERTタンパク質のアミノ酸配列は配列番号24である。IgEリーダーに連結したhTERTタンパク質のアミノ酸配列はHAタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号24に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示されるタンパク質配列に対して95%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示されるタンパク質配列に対して96%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示されるタンパク質配列に対して97%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示されるタンパク質配列に対して98%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示されるタンパク質配列に対して99%の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号24と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して80%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して85%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して90%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して91%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して92%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して93%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して94%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して95%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して96%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して97%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して98%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号24に示される全長アミノ酸配列に対して99%同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はIgEリーダーを有しない。タンパク質の断片は、タンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。配列番号24の免疫原性断片を提供することができる。免疫原性断片は、配列番号24の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号24の免疫原性断片に対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号18に対して95%以上相同であるタンパク質の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して96%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して97%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して98%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるタンパク質配列の免疫原性断片に対して99%の相同性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号24の免疫原性断片と同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性断片を提供することができる。かかる免疫原性断片は、配列番号24に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であるタンパク質の、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%又は少なくとも99%を含むことができる。いくつかの実施形態において、断片は、例えば、IgEリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、断片はリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、断片は、例えばIgEリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のN末端へのシグナルペプチド又はリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド/リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のN末端メチオニンを置換する。
配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、30以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、45以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、60以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、75以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、90以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、120以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、150以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、180以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、210以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、240以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、270以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、300以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、360以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、420以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、480以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、540以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、600以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、300以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、660以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、720以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、780以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、840以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、900以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、960以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1020以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1080以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1140以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1200以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1260以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1320以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1380以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1440以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1500以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1560以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1620以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1680以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1740以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1800以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1860以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1920以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1980以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2040以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2100以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2160以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2220以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2280以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2340以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2400以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2460以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2520以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2580以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2640以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2700以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2760以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2820以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2880以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、2940以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3000以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3060以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3120以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3180以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3240以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3300以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3360以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3420以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、3480以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、IgEリーダー配列に対するコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号23の断片は、IgEリーダー配列に対するコード配列を含まない。
断片は、60未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において75未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において90未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において120未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において150未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において180未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において210未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において240未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において270未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において300未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において360未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において420未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において480未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において540未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において600未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において660未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において720未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において780未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において840未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において900未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において960未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1020未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1080未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1140未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1200未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1260未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1320未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1380未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1440未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1500未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1560未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1620未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1680未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1740未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1800未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1860未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1920未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において1980未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2040未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2100未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2160未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2220未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2280未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2340未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2400未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2460未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2520未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2580未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2640未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2700未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2760未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2820未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2860未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において2940未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3000未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3060未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3120未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3180未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3240未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3300未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3360未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3420未満のヌクレオチド、いくつかの実施形態において3480未満のヌクレオチド、及びいくつかの実施形態において3510未満のヌクレオチドを含むことができる。
配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、15以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、18以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、21以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、24以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、30以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、36以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、42以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、48以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、54以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、60以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、66以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、72以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、90以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、120以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、150以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、180以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、210以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、240以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、270以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、300以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、330以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、360以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、390以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、420以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、450以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、480以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、510以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、540以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、570以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、600以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、630以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、660以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、690以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、720以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、750以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、780以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、810以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、840以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、870以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、900以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、930以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、960以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、990以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1020以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1050以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1080以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1110以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1140以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1170以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1200以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1230以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1260以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1290以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1320以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1350以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1380以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1410以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1440以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1470以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、好ましくは免疫優性エピトープをコードする配列を含む、1500以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、IgEリーダー配列に対するコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態において、配列番号24の断片は、IgEリーダー配列に対するコード配列を含まない。
断片は、24未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において30未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において36未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において42未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において48未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において54未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において60未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において72未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において90未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において120未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において150未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において180未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において210未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において240未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において260未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において290未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において320未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において350未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において380未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において410未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において440未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において470未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において500未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において530未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において560未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において590未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において620未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において650未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において680未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において710未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において740未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において770未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において800未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において830未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において860未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において890未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において920未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において950未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において980未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1010未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1040未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1070未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1200未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1230未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1260未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1290未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1320未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1350未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1380未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1410未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1440未満のアミノ酸、いくつかの実施形態において1470未満のアミノ酸、及びいくつかの実施形態において1500未満のアミノ酸を含むことができる。
(15)MAGE A1
本発明のワクチンは、ガン抗原メラノーマ関連抗原1(melanoma-associated antigen 1)(MAGE A1)、その断片、又はその変異体を含むことができる。MAGE A1は、MAGE A1遺伝子によりコードされ、280のアミノ酸のタンパク質であり、腫瘍細胞及び生殖細胞によって発現されることのみが見出されている。MAGE A1が正常な生体組織中で抑制されることは、DNAのメチル化に基づく。これらの遺伝子は、多くの種類の腫瘍において、ゲノム全体での脱メチル化過程の中で活性になり、これが多くの場合腫瘍の発生を伴う。詳細には、悪性形質転換の間に、これらの遺伝子が活性化され、発現し、免疫系によって認識され攻撃を受ける抗原性標的になり得る。従って、MAGE遺伝子は、一部の初期の腫瘍細胞を標的として免疫破壊することによって免疫過程に関与する。MAGE A1は、それらに限定されないが、メラノーマ、肺ガン及び食道扁平上皮ガンを始めとする多くのガンにおいて発現し得る。
本発明のワクチンは、ガン抗原メラノーマ関連抗原1(melanoma-associated antigen 1)(MAGE A1)、その断片、又はその変異体を含むことができる。MAGE A1は、MAGE A1遺伝子によりコードされ、280のアミノ酸のタンパク質であり、腫瘍細胞及び生殖細胞によって発現されることのみが見出されている。MAGE A1が正常な生体組織中で抑制されることは、DNAのメチル化に基づく。これらの遺伝子は、多くの種類の腫瘍において、ゲノム全体での脱メチル化過程の中で活性になり、これが多くの場合腫瘍の発生を伴う。詳細には、悪性形質転換の間に、これらの遺伝子が活性化され、発現し、免疫系によって認識され攻撃を受ける抗原性標的になり得る。従って、MAGE遺伝子は、一部の初期の腫瘍細胞を標的として免疫破壊することによって免疫過程に関与する。MAGE A1は、それらに限定されないが、メラノーマ、肺ガン及び食道扁平上皮ガンを始めとする多くのガンにおいて発現し得る。
MAGE A1抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
(16)WT1
本発明のワクチンは、ガン抗原ウィルムス腫瘍1(Wilm’s tumor 1)(WT1)、その断片、その変異体を含むことができる。WT1は、プロリン/グルタミンリッチDNA-結合領域をN末端に、且つ、4の亜鉛フィンガーモチーフをC―末端に含む転写因子である。WT1は、泌尿生殖器系の正常な発達に関与しており、多くの因子、例えば、腫瘍抑制因子として知られるp53、及び細胞毒性薬による治療後に多数の部位でWT1を切断するセリンプロテアーゼHtrA2と相互作用する。
本発明のワクチンは、ガン抗原ウィルムス腫瘍1(Wilm’s tumor 1)(WT1)、その断片、その変異体を含むことができる。WT1は、プロリン/グルタミンリッチDNA-結合領域をN末端に、且つ、4の亜鉛フィンガーモチーフをC―末端に含む転写因子である。WT1は、泌尿生殖器系の正常な発達に関与しており、多くの因子、例えば、腫瘍抑制因子として知られるp53、及び細胞毒性薬による治療後に多数の部位でWT1を切断するセリンプロテアーゼHtrA2と相互作用する。
WT1の変異は、腫瘍形成または癌形成、例えば、ウィルムス腫瘍またはWT1を発現する腫瘍をもたらし得る。ウィルムス腫瘍は、それらに限定されないが、例えば、肝組織、尿路系組織、リンパ組織、及び肺組織などの他の組織に転移する前に片方又は両方の腎臓に形成されることが多い。従って、ウィルムス腫瘍は、転移性腫瘍と考えることができる。ウィルムス腫瘍は、通常、低年齢の子供(例えば、5歳未満)に散発型及び遺伝型の両方で起こる。WT1ガン抗原は更に、2013年12月23日出願のPCT/US13/75141に規定され、該出願はこれにより、参照によりその全体が組み入れられる。
WT-1抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
従って、上記ワクチンを用いて、ウィルムス腫瘍を患っている対象を治療することができる。上記ワクチンを、それらに限定されないが、メラノーマ、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症(RRP)、肛門ガン、頭頚部ガン、及び血液ガンを始めとする任意の数のガンに罹患した対象の治療に用いることができる。上記ワクチンを用いて、WT1を発現するガン又は腫瘍を有する対象を治療して、対象内におけるかかる腫瘍の発症を防ぐこともできる。WT1抗原は、天然の「正常」WT1遺伝子とは異なり得るため、WT1抗原発現腫瘍に対して治療又は予防を提供することができる。従って、天然WT1遺伝子とは異なるWT1抗原配列(すなわち、変異WT1遺伝子又は変異WT1配列)が本明細書において提供される。
天然WT1遺伝子の転写産物は、様々なmRNAに加工され、得られたタンパク質は、免疫応答を誘導する価値が全て同じではない。本明細書に記載の変異WT1遺伝子により、選択的処理を避け、1つの全長転写産物を産生し、エフェクターT及びB細胞応答がより強く誘導される。第1の変異WT1配列は、改変ジンクフィンガーを有するCON WT1、すなわち、ConWT1-Lと称される。配列番号19は、改変ジンクフィンガーを有するWT1抗原CON WT1をコードする核酸配列である。配列番号20は、改変ジンクフィンガーを有するWT1抗原CON WT1のアミノ酸配列である。第2の変異WT1配列は、ジンクフィンガーを有しないCON WT1、すなわち、ConWT1-Sと称される。配列番号21は、ジンクフィンガーを有しないWT1抗原CON WT1をコードする核酸配列である。配列番号22は、改変ジンクフィンガーを有しないWT1抗原CON WT1のアミノ酸配列である。
WT1抗原は、2以上の種由来のコンセンサス抗原(又は免疫原)配列であり得る。WT1抗原は、コンセンサス配列、及び/又は、改良発現用の改変を含み得る。改変には、コドン最適化、RNA最適化、翻訳開始を増大させるためのコザック配列(例えば、GCC ACC)の付加、及び/又は、WT1抗原の免疫原性を増大させるための免疫グロブリンリーダー配列の付加を含み得る。WT1抗原は、それらに限定されないが、例えば、免疫グロブリンE(IgE)シグナルペプチド又は免疫グロブリンG(IgG)シグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを含み得る。いくつかの実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、血球凝集素(hemagglutinin)(HA)タグを含み得る。WT1コンセンサス抗原は、対応するコドン最適化WT1抗原よりもより強く広範な細胞性及び/又は体液性免疫応答を誘発するように設計されていてもよい。
WT1コンセンサス抗原は、1又は複数のジンクフィンガーに1又は複数の変異を含み、それにより対応するコドン最適化WT1抗原よりもより強く広範な細胞性及び/又は体液性免疫応答を誘発することができる。上記1又は複数の変異は、1又は複数のジンクフィンガーで亜鉛イオンに配位する1種又は複数種のアミノ酸の置換であり得る。亜鉛イオンに配位する1種又は複数種のアミノ酸は、CCHHモチーフであり得る。従って、いくつかの実施形態において、上記1又は複数の変異は、CCHHモチーフの1、2、3、又は4全てのアミノ酸の置換であり得る。
他の実施形態において、上記1又は複数の変異は、配列番号20の残基312、317、342、及び347が、システイン(C)以外の任意の残基であり、配列番号20の残基330、334、360、及び364が、ヒスチジン(H)以外の任意の残基であるものである。特に、上記1又は複数の変異は、配列番号20の残基312、317、330、334、342、347、360、及び364が、グリシン(G)であるものである。
他の実施形態において、1又は複数のジンクフィンガーがWT1コンセンサス抗原から除去され得る。1、2、3、又は4全てのジンクフィンガーがWT1コンセンサス抗原から除去され得る。
WT1コンセンサス抗原は、配列番号20をコードする核酸配列番号19であり得る。いくつかの実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号19に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有する核酸配列であり得る。他の実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号20に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。
さらに他の実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号20に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。但し、配列番号20の残基312、317、342、及び347は、システイン(C)以外の任意の残基であり、配列番号20の残基330、334、360、及び364は、ヒスチジン(H)以外の任意の残基である。他の実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号20に記載の核酸配列の全長にわたって少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。但し、配列番号20の残基312、317、330、334、342、347、360、及び364は、グリシン(G)である。
WT1コンセンサス抗原は、配列番号20のアミノ酸配列であり得る。いくつかの実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号20に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。WT1コンセンサス抗原は、配列番号20に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列であり得るが、但し、配列番号20の残基312、317、342、及び347は、システイン(C)以外の任意の残基であり、配列番号20の残基330、334、360、及び364は、ヒスチジン(H)以外の任意の残基である。いくつかの実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号20に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。但し、配列番号20の残基312、317、330、334、342、347、360、及び364は、グリシン(G)である。
WT1コンセンサス抗原は、配列番号22をコードする核酸配列番号21であり得る。いくつかの実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号21に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有する核酸配列であり得る。他の実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号22に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。
WT1コンセンサス抗原は、配列番号22のアミノ酸配列であり得る。いくつかの実施形態において、WT1コンセンサス抗原は、配列番号22に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。
配列番号20及び配列番号22の免疫原性断片が得られる。免疫原性断片は、配列番号20及び/又は配列番号22の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%を含み得る。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、配列番号20の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%を含み得る。但し、配列番号20の残基312、317、342、及び347が免疫原性断片に存在する場合、これらの残基は、システイン(C)以外の任意の残基であり、配列番号20の残基330、334、360、及び364が免疫原性断片に存在する場合、これらの残基は、ヒスチジン(H)以外の任意の残基である。他の実施形態において、免疫原性断片は、配列番号20の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%を含み得る。但し、配列番号20の残基312、317、330、334、342、347、360、及び364が免疫原性断片に存在する場合、これらの残基は、グリシン(G)である。
いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、免疫グロブリンE(IgE)リーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列を含まない。
配列番号20及び22の免疫原性断片に同一性を有するアミノ酸配列をもつタンパク質の免疫原性断片が得られる。かかる断片は、配列番号20及び/又は配列番号22に95%以上の同一性を有するタンパク質の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%を含み得る。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1タンパク質配列の免疫原性断片に96%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1タンパク質配列の免疫原性断片に97%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1タンパク質配列の免疫原性断片に98%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1タンパク質配列の免疫原性断片に99%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、IgEリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号19及び配列番号21の免疫原性断片に関する。免疫原性断片は、配列番号19及び/又は配列番号21の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%を含み得る。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、IgEリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
配列番号19及び配列番号21の免疫原性断片に同一性を有するヌクレオチド配列を持つ核酸の免疫原性断片が得られる。かかる断片は、配列番号19及び/又は配列番号21に95%以上の同一性を有する核酸の少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、又は少なくとも99%を含み得る。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1核酸配列の免疫原性断片に96%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1核酸配列の免疫原性断片に97%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1核酸配列の免疫原性断片に98%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のWT1核酸配列の免疫原性断片に99%以上の同一性を有する免疫原性断片に関する。いくつかの実施形態において、免疫原性断片は、リーダー配列、例えば、IgEリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性断片はリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
(17)gp100
本発明のワクチンは、ガン抗原糖タンパク質100(glycoprotein 100)(gp100;Trp2及びプレメラノソームタンパク質(premelanosome protein)(PMEL)としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。gp100はPMEL遺伝子によりコードされる。gp100は、段階IからIIへのメラノソームの成熟に関与する際に、メラノソームの生合成において中心的な役割を果たす、661のアミノ酸から構成される70kDaの1型膜貫通糖タンパク質である。gp100は多胞体内に線条を形成させ、プレメラノソームの生合成に直接関与する。gp100は成熟したメラノソームに比較してプレメラノソームにおいて富化されるが、増殖する新生のメラニン形成細胞により及び腫瘍の増殖の間に過剰発現する。gp100タンパク質は、メラノーマ患者の末梢血由来及び腫瘍浸潤リンパ球由来の細胞傷害性Tリンパ球によって認識される、種々の免疫原性エピトープを含む。
本発明のワクチンは、ガン抗原糖タンパク質100(glycoprotein 100)(gp100;Trp2及びプレメラノソームタンパク質(premelanosome protein)(PMEL)としても知られる)、その断片、又はその変異体を含むことができる。gp100はPMEL遺伝子によりコードされる。gp100は、段階IからIIへのメラノソームの成熟に関与する際に、メラノソームの生合成において中心的な役割を果たす、661のアミノ酸から構成される70kDaの1型膜貫通糖タンパク質である。gp100は多胞体内に線条を形成させ、プレメラノソームの生合成に直接関与する。gp100は成熟したメラノソームに比較してプレメラノソームにおいて富化されるが、増殖する新生のメラニン形成細胞により及び腫瘍の増殖の間に過剰発現する。gp100タンパク質は、メラノーマ患者の末梢血由来及び腫瘍浸潤リンパ球由来の細胞傷害性Tリンパ球によって認識される、種々の免疫原性エピトープを含む。
gp100抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
(18)ウィルス抗原
上記ガン抗原はウィルス抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。上記ウィルス抗原はB型肝炎ウィルス、C型肝炎ウィルス、又はヒト乳頭腫ウィルス(HPV)由来の抗原とすることができる。HPVとしては、後述するように、HPV6、HPV11、HPV16、又はHPV18とすることができる。
上記ガン抗原はウィルス抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。上記ウィルス抗原はB型肝炎ウィルス、C型肝炎ウィルス、又はヒト乳頭腫ウィルス(HPV)由来の抗原とすることができる。HPVとしては、後述するように、HPV6、HPV11、HPV16、又はHPV18とすることができる。
上記ウィルス抗原は抗原特異性T細胞及び/又は高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するガン又は腫瘍に向かう又はこれに反応性を有する免疫応答を誘導する又は誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、又は細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導される又は誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン-ガンマ(IFN-γ)及び/又は腫瘍壊死因子アルファ(TNF-α)の誘導又は分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導される又は誘発される免疫応答は、それらに限定されないが、例えば、MHCによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性T細胞(Tregs)、PD-L1、FasL、IL-10及びTFG-βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、CTLA-4、PD-1、MDSC、MCP-1、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍又はガンの増殖を促進する1種又は複数種の免疫抑制因子を低減又は阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
(a)B型肝炎ウィルス抗原
上記ウィルス抗原はB型肝炎ウィルス(Hepatitis B virus)(HBV)由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。HBV抗原は肝ガンに関連し、又は肝ガンを発生させ得る。いくつかの実施形態において、HBV抗原は、プラスミド(複数可)などの、HBV由来の1種又は複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子(複数可)とすることができる。HBV抗原は、全長であるか又は全長タンパク質の免疫原性断片とすることができる。
上記ウィルス抗原はB型肝炎ウィルス(Hepatitis B virus)(HBV)由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。HBV抗原は肝ガンに関連し、又は肝ガンを発生させ得る。いくつかの実施形態において、HBV抗原は、プラスミド(複数可)などの、HBV由来の1種又は複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子(複数可)とすることができる。HBV抗原は、全長であるか又は全長タンパク質の免疫原性断片とすることができる。
HBV抗原はコンセンサス配列及び/又は発現を向上させるための1又は複数の改変を含むことができる。上記改変コンセンサス配列には、構築物の免疫原性を増加させるためのコドン最適化、RNA最適化、及び高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を始めとする遺伝的改変を含めることができる。コンセンサスHBV抗原は、IgE又はIgGシグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチド等のシグナルペプチドを含んでいてもよく、いくつかの実施形態において、HAタグを含んでいてもよい。該免疫原は、相当するコドン最適化免疫原よりもより強力でより広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計することができる。
HBV抗原はHBVコアタンパク質、HBV表面タンパク質、HBV DNAポリメラーゼ、遺伝子XによりコードされるHBVタンパク質、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせとすることができる。HBV抗原はHBV遺伝子型Aコアタンパク質、HBV遺伝子型Bコアタンパク質、HBV遺伝子型Cコアタンパク質、HBV遺伝子型Dコアタンパク質、HBV遺伝子型Eコアタンパク質、HBV遺伝子型Fコアタンパク質、HBV遺伝子型Gコアタンパク質、HBV遺伝子型Hコアタンパク質、HBV遺伝子型A表面タンパク質、HBV遺伝子型B表面タンパク質、HBV遺伝子型C表面タンパク質、HBV遺伝子型D表面タンパク質、HBV遺伝子型E表面タンパク質、HBV遺伝子型F表面タンパク質、HBV遺伝子型G表面タンパク質、HBV遺伝子型H表面タンパク質、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせとすることができる。HBV抗原はコンセンサスHBVコアタンパク質、又はコンセンサスHBV表面タンパク質とすることができる。
いくつかの実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型AコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Aコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Aコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型BコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Bコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Bコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型CコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Cコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Cコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型DコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Dコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Dコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型EコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Eコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Eコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型FコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Fコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Fコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型GコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Gコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Gコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型HコンセンサスコアDNA配列構築物、HBV遺伝子型Hコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Hコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Aコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型A表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Aコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Bコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型B表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Bコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Cコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型C表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Cコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Dコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型D表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Dコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Eコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型E表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Eコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Fコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型F表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Fコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Gコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型G表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Gコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、HBV抗原はHBV遺伝子型Hコンセンサス表面DNA配列構築物、HBV遺伝子型H表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したIgEリーダー配列、又はHBV遺伝子型Hコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
(b)C型肝炎ウィルス抗原
上記ウィルス抗原はC型肝炎ウィルス(Hepatitis C virus)(HCV)由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。HCV抗原は肝ガンに関連し、又は肝ガンを発生させ得る。いくつかの実施形態において、HCV抗原は、プラスミド(複数可)などの、HCV由来の1種又は複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子(複数可)とすることができる。HCV抗原は、全長であるか又は全長タンパク質の免疫原性断片とすることができる。
上記ウィルス抗原はC型肝炎ウィルス(Hepatitis C virus)(HCV)由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。HCV抗原は肝ガンに関連し、又は肝ガンを発生させ得る。いくつかの実施形態において、HCV抗原は、プラスミド(複数可)などの、HCV由来の1種又は複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子(複数可)とすることができる。HCV抗原は、全長であるか又は全長タンパク質の免疫原性断片とすることができる。
HCV抗原はコンセンサス配列及び/又は発現を向上させるための1又は複数の改変を含むことができる。上記改変コンセンサス配列には、コドン最適化、RNA最適化、及び構築物の免疫原性を増加させるための高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を始めとする遺伝的改変を含めることができる。コンセンサスHCV抗原は、IgE又はIgGシグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチド等のシグナルペプチドを含んでいてもよく、いくつかの実施形態においてHAタグを含んでいてもよい。該免疫原は、相当するコドン最適化免疫原よりもより強力でより広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計することができる。
HCV抗原は、HCVヌクレオカプシドタンパク質(すなわち、コアタンパク質)、HCVエンベローブタンパク質(例えば、E1及びE2)、HCV非構造タンパク質(例えば、NS1、NS2、NS3、NS4a、NS4b、NS5a、及びNS5b)、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせとすることができる。
(c)ヒト乳頭腫ウィルス
上記ウィルス抗原はHPV由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。HPV抗原はHPV16型、18型、31型、33型、35型、45型、52型、及び58型由来とすることができ、これらは子宮頸ガン、直腸ガン、及び/又はその他のガンを発生させる。HPV抗原はHPV6型及び/又は11型由来とすることができ、これらは尖圭コンジロームを発生させ、頭頚部ガンの原因であることが知られている。HPV抗原はHPV16型及び/又は18型由来とすることができ、これらは子宮頸ガンを発生させる。HPV抗原はHPV6型、11型及び/又は16型由来とすることができ、これらはRRP及び肛門ガンを発生させる。HPVガン抗原は更に、2007年7月30日出願の米国特許第8,168,769号、2010年1月21日出願の米国特許第8,389,706号、2011年10月21日出願の米国特許出願第13/271,576号、及び2013年3月12日出願の米国特許出願第61/777,198号によって規定され、これらのそれぞれは、その全体が参照により組み入れられる。
上記ウィルス抗原はHPV由来の抗原、その断片、又はその変異体とすることができる。HPV抗原はHPV16型、18型、31型、33型、35型、45型、52型、及び58型由来とすることができ、これらは子宮頸ガン、直腸ガン、及び/又はその他のガンを発生させる。HPV抗原はHPV6型及び/又は11型由来とすることができ、これらは尖圭コンジロームを発生させ、頭頚部ガンの原因であることが知られている。HPV抗原はHPV16型及び/又は18型由来とすることができ、これらは子宮頸ガンを発生させる。HPV抗原はHPV6型、11型及び/又は16型由来とすることができ、これらはRRP及び肛門ガンを発生させる。HPVガン抗原は更に、2007年7月30日出願の米国特許第8,168,769号、2010年1月21日出願の米国特許第8,389,706号、2011年10月21日出願の米国特許出願第13/271,576号、及び2013年3月12日出願の米国特許出願第61/777,198号によって規定され、これらのそれぞれは、その全体が参照により組み入れられる。
HPV抗原は、各HPV型由来のHPV E6又はE7ドメインとすることができる。例えば、HPV16型(HPV16)に関し、HPV16抗原はHPV16 E6抗原、HPV16 E7抗原、それらの断片、変異体、又は組み合わせを含むことができる。同様に、HPV抗原はHPV6 E6及び/若しくはE7、HPV11 E6及び/若しくはE7、HPV16 E6及び/若しくはE7、HPV18 E6及び/若しくはE7、HPV31 E6及び/若しくはE7、HPV33 E6及び/若しくはE7、HPV52 E6及び/若しくはE7、又はHPV58 E6及び/若しくはE7、それらの断片、変異体あるいは組み合わせとすることができる。
(d)ヘルペスウィルス
上記ウィルス抗原はヘルペスウィルス抗原であってもよい。ヘルペスウィルス抗原はCMV、HSV1、HSV2、VZV、CeHV1、EBV、ロゼオロウィルス、カポジ肉腫関連ヘルペスウィルス、又はMuHVの群より選択される抗原とすることができ、好ましくはCMV、HSV1、HSV2、CeHV1及びVZVとすることができる。
上記ウィルス抗原はヘルペスウィルス抗原であってもよい。ヘルペスウィルス抗原はCMV、HSV1、HSV2、VZV、CeHV1、EBV、ロゼオロウィルス、カポジ肉腫関連ヘルペスウィルス、又はMuHVの群より選択される抗原とすることができ、好ましくはCMV、HSV1、HSV2、CeHV1及びVZVとすることができる。
コンセンサスタンパク質HCMV-gB(配列番号26)、コンセンサスタンパク質HCMV-gM(配列番号28)、コンセンサスタンパク質HCMV-gN(配列番号30)、コンセンサスタンパク質HCMV-gH(配列番号32)、コンセンサスタンパク質HCMV-gL(配列番号34)、コンセンサスタンパク質HCMV-gO(配列番号36)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL128(配列番号38)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL130(配列番号40)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL-131A(配列番号42)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL-83(pp65)(配列番号44)。
配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、又は配列番号44をコードする配列を含む核酸配列。上記コンセンサスアミノ酸配列をコードする核酸分子が生起される。ワクチンは、ヒトにおける安定性及び発現を最適化するために生起されるこの配列の群より選択される1種又は複数種の免疫原性タンパク質のコンセンサス版をコードする1種又は複数種の核酸配列を含んでいてもよい。コンセンサスタンパク質HCMV-gBをコードする核酸配列(配列番号25)、コンセンサスタンパク質HCMV-gMをコードする核酸配列(配列番号27)、コンセンサスタンパク質HCMV-gNをコードする核酸配列(配列番号29)、コンセンサスタンパク質HCMV-gHをコードする核酸配列(配列番号31)、コンセンサスタンパク質HCMV-gLをコードする核酸配列(配列番号33)、コンセンサスタンパク質HCMV-gOをコードする核酸配列(配列番号35)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL128をコードする核酸配列(配列番号37)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL130をコードする核酸配列(配列番号39)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL-131Aをコードする核酸配列(配列番号41)、コンセンサスタンパク質HCMV-UL-83(pp65)をコードする核酸配列(配列番号43)。上記核酸配列は更に5’末端に連結するコード化IgEリーダーを有することができる。
臨床分離物からの進化的分岐及び一般的な流通しているヒト株の中での広範な遺伝的差異の観点から、各免疫原性タンパク質に対するコンセンサスアミノ酸配列が生起された。gB、gM、gH、gL、gE、gI、gK、gC、gD、UL128、UL130、UL-131A及びUL-83(pp65)に対するコンセンサスアミノ酸配列は、ヒト臨床分離物由来の配列に基づくものであった。gNタンパク質の大きな進化的分岐により、コンセンサス配列は、血液検査で最も陽性を示すgN-4を代表する、7種の血清型の1種(gN-4c)のみから生起された。同様に、gOの場合には、特定の血清型が、gN-4c血清型に連結するという報告から、コンセンサスアミノ酸配列は、8種の血清型の1種(gO-5)から生起された。
上述のように、上記ヘルペスウィルス抗原はコンセンサスヘルペスウィルスとすることができる。コンセンサスヘルペスウィルス抗原はシグナルペプチドを備えていてもよい。いくつかの実施形態において、IgEリーダーがN末端に連結する。本明細書に記載のように、コンセンサス配列のN末端に連結するシグナルペプチドに言及する場合には、詳細には、当該コンセンサス配列のN末端Xaa残基がシグナルペプチドによって置換された実施形態を含むことが意図される。すなわち、本明細書において用いられるXaaとは、任意のアミノ酸を指す又はアミノ酸を指さないことが意図される。配列番号26、28、30、32、34、36、38、40、42、44に示される本明細書に記載のコンセンサス配列を含むタンパク質は、N末端Xaaを有さない配列を含んでいてもよい。
それぞれの特定の例において、ヘルペスウィルス免疫原性タンパク質コンセンサス配列のN末端に、IgEリーダー配列を含むアミノ酸配列が生起された。いくつかの実施形態において、2種以上のヘルペスウィルス抗原が、タンパク質分解開裂部位によって互いに連結した融合タンパク質として発現する核酸構築物が提供される。フューリンタンパク質分解開裂部位は、構築物によって発現される融合タンパク質においてヘルペスウィルス抗原に連結し得るタンパク質分解開裂部位の例である。上記ヘルペスファミリーのウィルスガン抗原は更に、米国特許出願第13/982,457号に開示される任意の抗原とすることができ、該出願の内容はその全体が参照により組み入れられる。
3.免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたワクチン
上記ワクチンは、1種又は複数種の免疫チェックポイント分子の1種又は複数種の阻害剤(すなわち、免疫チェックポイント阻害剤)を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、MHCクラスによる提示、T細胞による提示及び/若しくはその分化、B細胞による提示及び/若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び/又は分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する任意の核酸又はタンパク質である。
上記ワクチンは、1種又は複数種の免疫チェックポイント分子の1種又は複数種の阻害剤(すなわち、免疫チェックポイント阻害剤)を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、MHCクラスによる提示、T細胞による提示及び/若しくはその分化、B細胞による提示及び/若しくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカイン又は免疫細胞の増殖及び/又は分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する任意の核酸又はタンパク質である。
かかる阻害剤は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、DNA、RNA、cDNA、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列又はタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は酵素基剤、タンパク質若しくは核酸に結合するリガンド(又はその類似体)、あるいは生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば800ドルトン未満の有機又は無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列はタンパク質、ペプチド、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
いくつかの実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は、抗原、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせをコードする1種又は複数種の核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は抗原、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
a.免疫チェックポイント分子
免疫チェックポイント分子は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、DNA、RNA、cDNA、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列又はタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は、酵素基剤、タンパク質若しくは核酸に結合するリガンド(又はその類似体)、又は生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば800ドルトン未満の有機又は無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
免疫チェックポイント分子は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、DNA、RNA、cDNA、それらの変異体、それらの断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列又はタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は、酵素基剤、タンパク質若しくは核酸に結合するリガンド(又はその類似体)、又は生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば800ドルトン未満の有機又は無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。
(1)PD-1及びPD-L1
免疫チェックポイント分子は、プログラムされた細胞死タンパク質1(programmed cell death protein 1)(PD-1)、プログラムされた細胞死リガンド1(programmed cell death ligand 1)(PD-L1)、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせであり得る。PD-1はPDCD1遺伝子によってコードされる細胞表面タンパク質である。PD-1は免疫グロブリンスーパーファミリーの一員であり、T細胞及びプロB細胞上で発現し、従ってこれらの細胞の運命及び/又は分化に寄与する。特に、PD-1はT細胞調節剤のCD28/CTLA-4ファミリーの1型膜タンパク質であり、T細胞受容体(T cell receptor)(TCR)シグナルを負に制御し、それによって免疫応答を負に制御する。PD-1はCD8+T細胞応答を負に制御し、従ってCD8媒介性の細胞傷害性を阻害し、腫瘍の増殖を高め得る。
免疫チェックポイント分子は、プログラムされた細胞死タンパク質1(programmed cell death protein 1)(PD-1)、プログラムされた細胞死リガンド1(programmed cell death ligand 1)(PD-L1)、それらの断片、それらの変異体、又はそれらの組み合わせであり得る。PD-1はPDCD1遺伝子によってコードされる細胞表面タンパク質である。PD-1は免疫グロブリンスーパーファミリーの一員であり、T細胞及びプロB細胞上で発現し、従ってこれらの細胞の運命及び/又は分化に寄与する。特に、PD-1はT細胞調節剤のCD28/CTLA-4ファミリーの1型膜タンパク質であり、T細胞受容体(T cell receptor)(TCR)シグナルを負に制御し、それによって免疫応答を負に制御する。PD-1はCD8+T細胞応答を負に制御し、従ってCD8媒介性の細胞傷害性を阻害し、腫瘍の増殖を高め得る。
PD-1は2種のリガンドPD-L1及びPD-L2を有し、これらはB7ファミリーの一員である。PD-L1は、マクロファージ及び樹状細胞(dendritic cell)(DC)上でLPS及びGM-CSF処理に応答し、またT細胞及びB細胞上でTCR及びB細胞受容体シグナル伝達に際して、上方制御される。PD-L1は骨髄腫、肥満細胞腫、及びメラノーマを始めとする多くの腫瘍細胞系によって発現される。
b.抗免疫チェックポイント分子抗体
上述のように、免疫チェックポイント阻害剤は抗体とすることができる。上記抗体は抗原(すなわち、上記の免疫チェックポイント分子)と結合又は反応することができる。従って、上記抗体は、抗免疫チェックポイント分子抗体又は免疫チェックポイント分子抗体と見なし得る。上記抗体は、 に含まれる核酸配列によりコードすることができる。
上述のように、免疫チェックポイント阻害剤は抗体とすることができる。上記抗体は抗原(すなわち、上記の免疫チェックポイント分子)と結合又は反応することができる。従って、上記抗体は、抗免疫チェックポイント分子抗体又は免疫チェックポイント分子抗体と見なし得る。上記抗体は、 に含まれる核酸配列によりコードすることができる。
上記抗体としては、重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを挙げることができる。上記重鎖ポリペプチドとしては、可変重鎖(variable heavy chain)(VH)領域及び/又は少なくとも1種の定常重鎖(Constant heavy chain)(CH)領域を含むことができる。上記少なくとも1種の定常重鎖領域としては、定常重鎖領域1(CH1)、定常重鎖領域2(CH2)、及び定常重鎖領域3(CH3)、及び/又はヒンジ領域を挙げることができる。
いくつかの実施形態において、上記重鎖ポリペプチドはVH領域及びCH1領域を含むことができる。その他の実施形態において、上記重鎖ポリペプチドはVH領域、CH1領域、ヒンジ領域、CH2領域、及びCH3領域を含むことができる。
上記重鎖ポリペプチドは相補性決定領域(complementarity determining region)(「CDR」)セットを含むことができる。上記CDRセットはVH領域の3の高度可変領域を含むことができる。これらのCDRは、重鎖ポリペプチドのN末端から発して、それぞれ「CDR1」、「CDR2」、及び「CDR3」によって示される。重鎖ポリペプチドのCDR1、CDR2、及びCDR3は抗原への結合又は抗原の認識に寄与することができる。
上記軽鎖ポリペプチドは可変軽鎖(variable light chain)(VL)領域及び/又は定常軽鎖(constant light chain)(CL)領域を含むことができる。軽鎖ポリペプチドは相補性決定領域(「CDR」)セットを含むことができる。上記CDRセットはVL領域の3の高度可変領域を含むことができる。これらのCDRは、軽鎖ポリペプチドのN末端から発して、それぞれ「CDR1」、「CDR2」、及び「CDR3」と表される。軽鎖ポリペプチドのCDR1、CDR2、及びCDR3は抗原への結合又は抗原の認識に寄与することができる。
上記抗体は、それぞれ、CDRに土台を提供し、CDRの互いの相対的な空間的関係を規定する重鎖及び軽鎖フレームワーク(framework)(「FR」)セットの間に組み付けられた重鎖及び軽鎖相補性決定領域(「CDR」)セットを含み得る。CDRセットは、重鎖又は軽鎖V領域の3の高度可変領域を含むことができる。これらの領域は、重鎖又は軽鎖ポリペプチドのN末端から発して、それぞれ「CDR1」、「CDR2」、及び「CDR3」と表される。従って、抗原結合部位は、各重鎖及び軽鎖V領域由来のCDRセットを含む6のCDRを含むことができる。
上記抗体は免疫グロブリン(Ig)とすることができる。Igは、例えば、IgA、IgM、IgD、IgE、及びIgGとすることができる。上記免疫グロブリンは重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを含むことができる。免疫グロブリンの重鎖ポリペプチドはVH領域、CH1領域、ヒンジ領域、CH2領域、及びCH3領域を含むことができる。免疫グロブリンの軽鎖ポリペプチドはVL領域及びCL領域を含むことができる。
加えて、タンパク質分解酵素パパインはIgG分子を優先的に開裂していくつかの断片を生成し、その内の2つ(F(ab)断片)はそれぞれ無傷の抗原結合部位を含む共有結合性ヘテロ二量体を含む。酵素ペプシンはIgG分子を開裂してF(ab’)2断片を始めとするいくつかの断片を与えることができ、F(ab’)2は両方の抗原結合部位を含む。従って、上記抗体はFab又はF(ab’)2とすることができる。Fabは上記重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを含むことができる。Fabの重鎖ポリペプチドは上記VH領域及びCH1領域を含むことができる。Fabの軽鎖ポリペプチドは上記VL領域及びCL領域を含むことができる。
上記抗体は多クローン性又は単クローン性とすることができる。上記抗体はキメラ抗体、一本鎖抗体、親和性成熟抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、又は完全なヒト抗体とすることができる。上記ヒト化抗体は、1種又は複数種の非ヒト種由来の相補性決定領域(CDR)及びヒト免疫グロブリン分子由来のフレームワーク領域を有する所望の抗原に結合する非ヒト種由来の抗体とすることができる。
(1)PD-1抗体
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗PD-1抗体(本明細書においては「PD-1抗体」とも呼ばれる)、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。PD-1抗体はニボルマブとすることができる。上記抗PD-1抗体はPD-1活性を阻害し、それによって腫瘍又はガンに対する免疫応答を誘導し、誘発し、又は増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗PD-1抗体(本明細書においては「PD-1抗体」とも呼ばれる)、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。PD-1抗体はニボルマブとすることができる。上記抗PD-1抗体はPD-1活性を阻害し、それによって腫瘍又はガンに対する免疫応答を誘導し、誘発し、又は増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
(2)PD-L1抗体
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗PD-L1抗体(本明細書においては「PD-L1抗体」とも呼ばれる)、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記抗PD-L1抗体はPD-L1活性を阻害し、それによって腫瘍又はガンに対する免疫応答を誘導し、誘発し、又は増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗PD-L1抗体(本明細書においては「PD-L1抗体」とも呼ばれる)、その変異体、その断片、又はそれらの組み合わせとすることができる。上記抗PD-L1抗体はPD-L1活性を阻害し、それによって腫瘍又はガンに対する免疫応答を誘導し、誘発し、又は増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
4.ワクチン構築物及びプラスミド
上記ワクチンは、上述の抗原及び/又は抗体をコードする核酸構築物又はプラスミドを含むことができる。上記核酸構築物又はプラスミドは、1種又は複数種の非相同な核酸配列を含む又は含有することができる。本明細書においては、上述の抗原及び/又は抗体をコードする核酸配列を含むことができる遺伝子構築物が提供される。上記遺伝子構築物は、機能する染色体外分子として細胞内に存在する。上記遺伝子構築物は、動原体、末端小粒又はプラスミド若しくはコスミドを含む線状微小染色体とすることができる。上記遺伝子構築物は、1種又は複数種の非相同な核酸配列を含む又は含有することができる。
上記ワクチンは、上述の抗原及び/又は抗体をコードする核酸構築物又はプラスミドを含むことができる。上記核酸構築物又はプラスミドは、1種又は複数種の非相同な核酸配列を含む又は含有することができる。本明細書においては、上述の抗原及び/又は抗体をコードする核酸配列を含むことができる遺伝子構築物が提供される。上記遺伝子構築物は、機能する染色体外分子として細胞内に存在する。上記遺伝子構築物は、動原体、末端小粒又はプラスミド若しくはコスミドを含む線状微小染色体とすることができる。上記遺伝子構築物は、1種又は複数種の非相同な核酸配列を含む又は含有することができる。
上記遺伝子構築物は、上述の抗原及び/又は抗体を任意の順に発現するプラスミドの形態であることができる。
上記遺伝子構築物はまた、組換えアデノウィルス、組換えアデノウィルス関連ウィルス及び組換えワクチニアを始めとする組換えウィルスベクターのゲノムの一部であることもできる。上記遺伝子構築物は、弱毒化された生きた微生物中の遺伝物質又は細胞中で生きている組換え微生物ベクターの一部とすることができる。
上記遺伝子構築物は、核酸のコード配列の遺伝子発現のための調節エレメントを含むことができる。上記調節エレメントはプロモーター、エンハンサー、開始コドン、終止コドン、又はポリアデニル化シグナルとすることができる。
上記核酸配列は、ベクターとすることができる遺伝子構築物を作成することができる。上記ベクターは、哺乳類の細胞中で、哺乳類における免疫応答を誘発するために有効な量で、上述の抗原及び/又は抗体を発現することを可能にすることができる。上記ベクターは組換え体とすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び/又は抗体をコードする非相同な核酸を含むことができる。上記ベクターはプラスミドとすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び/又は抗体をコードする核酸により細胞にトランスフェクトするために有用であることができ、該トランスフェクション後に、該トランスフェクトされた宿主細胞は培養され、上述の抗原及び/又は抗体の発現が起こる条件下に維持される。
安定性及び高い水準での発現のために、コード配列を最適化することができる。いくつかの例において、分子内結合に起因して形成される二次構造などのRNAの二次構造形成を低減するために、コドンが選択される。
上記ベクターは、上述の抗原及び/又は抗体をコードする非相同な核酸を含むことができ、1種又は複数種のガン抗原コード配列(複数可)の上流とすることができる開始コドンと、上述の抗原及び/又は抗体のコード配列(複数可)の下流とすることができる終止コドンとを更に含むことができる。上記開始コドン及び終止コドンは、上述の抗原及び/又は抗体のコード配列(複数可)とインフレームとすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び/又は抗体のコード配列(複数可)に機能的に連結するプロモーターを含むことができる。上述の抗原及び/又は抗体のコード配列(複数可)に機能的に連結するプロモーターは、シミアンウィルス40(simian virus 40)(SV40)由来のプロモーター、マウス乳腺ガンウィルス(mouse mammary tumor virus)(MMTV)プロモーター、ウシ免疫不全ウィルス(bovine immunodeficiency virus)(BIV)長末端反復(long terminal repeat)(LTR)プロモーターなどのヒト免疫不全ウィルス(human immunodeficiency virus)(HIV)プロモーター、モロニーウィルスプロモーター、トリ白血病ウィルス(avian leukosis virus)(ALV)プロモーター、CMV前初期プロモーター、エプスタイン・バー・ウィルス(Epstein Barr virus)(EBV)プロモーター、又はラウス肉腫ウィルスRous sarcoma virus(RSV)プロモーターなどのサイトメガロウィルス(cytomegalovirus)(CMV)プロモーターとすることができる。上記プロモーターは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、又はヒトメタロチオネインなどのヒト遺伝子からのプロモーターとすることもできる。上記プロモーターは、筋肉又は皮膚特異性プロモーターなどの組織特異性プロモーターとすることができ、天然若しくは合成とすることができる。かかるプロモーターの例は、米国特許出願公開第US20040175727号に記載され、その内容は全体として本明細書に組み入れられる。
上記ベクターは、ポリアデニル化シグナルを含むことができ、該シグナルは、上述の抗原及び/又は抗体のコード配列(複数可)の下流とすることができる。ポリアデニル化シグナルは、SV40ポリアデニル化シグナル、LTRポリアデニル化シグナル、ウシ成長ホルモン(bovine growth hormone)(bGH)ポリアデニル化シグナル、ヒト成長ホルモン(human growth hormone)(hGH)ポリアデニル化シグナル、又はヒトβ-グロビンポリアデニル化シグナルとすることができる。SV40ポリアデニル化シグナルは、pCEP4ベクター(インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州)由来のポリアデニル化シグナルとすることができる。
上記ベクターはまた、上述の抗原及び/又は抗体の上流にエンハンサーも含むことができる。上記エンハンサーはDNA発現にとって必要なものとすることができる。上記エンハンサーはヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン又はCMV、HA、RSV又はEBVなどのウィルスエンハンサーとすることができる。ポリヌクレオチド機能エンハンサーは、米国特許第5,593,972号、同第5,962,428号、及びWO94/016737に記載されており、それぞれの内容は参照により全体が組み入れられる。
上記ベクターは、当該ベクターを染色体外に維持し、且つ、細胞中でベクターの複数のコピーを産生するために、哺乳類の複製起点も含むこともできる。上記ベクターはインビトロジェン(サンディエゴ、カリフォルニア州)からのpVAX1、pCEP4又はpREP4とすることができ、これらは、エプスタイン・バー・ウィルスの複製起点と、核抗原EBNA-1のコード領域とを含むことができ、統合しないで高いコピー数のエピソーム複製を生起させることができる。上記ベクターは、pVAX1又は本明細書に記載の変異体プラスミドなどの改変を伴うpVax1変異体とすることができる。変異体pVax1プラスミドは骨格ベクタープラスミドpVAX1(インビトロジェン、カールスバッド、カリフォルニア州)の2998塩基対の変異体である。CMVプロモーターは塩基137~724に位置する。T7プロモーター/促進部位は塩基664~683にある。マルチクローニングサイトは塩基696~811にある。ウシGHポリアデニル化シグナルは塩基829~1053にある。カナマイシン耐性遺伝子は塩基1226~2020にある。pUCオリジンは塩基2320~2993にある。
インビトロジェンより入手可能なpVAX1の配列に基づいて、本明細書に示されるプラスミド1~6に対する骨格として用いられるpVAX1の配列中に、以下の変異が見出された。
C>G241 CMVプロモーター中
C>T 1942 骨格、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル(bovine growth hormone polyadenylation signal)(bGHpolyA)の下流
A>-2876 骨格、カナマイシン遺伝子の下流
C>T 3277 pUC複製起点(Ori)高コピー数変異(Nucleic Acid Research 1985を参照のこと)
G>C 3753 RNASeH部位の上流のpUC Oriの非常に末端
骨格中、CMVプロモーターの上流で、塩基対2、3及び4がACTからCTGに変化している。
上記ベクターの骨格はpAV0242とすることができる。上記ベクターは、複製欠損アデノウィルス5型(Ad5)ベクターとすることができる。
上記ベクターは、調節配列も含むこともでき、これは、当該ベクターを投与された哺乳類又はヒト細胞中での遺伝子発現に十分に適することができる。本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原配列は、宿主細胞内においてコード配列をより効率的に転写することができるコドンを含むことができる。
上記ベクターは、pSE420(インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア)とすることができ、それを大腸菌(Escherichia coli)(E.Coli)中でのタンパク質産生のために用いることができる。上記ベクターは、pYES2(インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州)とすることもでき、それを酵母のサッカロマイセス・セレビシエ株でのタンパク質産生に用いることができる。上記ベクターは、MAXBAC(商標)完全バキュロウィルス発現系(インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州)のものとすることもでき、それを昆虫細胞中でのタンパク質産生に用いることができる。上記ベクターはまた、pcDNA I又はpcDNA3(インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州)とすることもでき、それを哺乳類細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣(Chinese hamster ovary)(CHO)細胞中でのタンパク質産生に用いてもよい。上記ベクターは、常法によりタンパク質を産生するための発現ベクター又は系、及びSambrookら、Molecular Cloning and Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor(1989)を始めとする、容易に入手可能な出発物質とすることができ、Sambrookらは全体が参照により組み入れられる。
いくつかの実施形態において、上記ベクターは、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、及び/又は17の1種又は複数種の核酸配列を含むことができる。
5.ワクチンの医薬組成物
上記ワクチンは医薬組成物の形態とすることができる。該医薬組成物は上記ワクチンを含むことができる。上記医薬組成物は約5ナノグラム~約10mgの上記ワクチンの上記DNAを含むことができる。いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は約25ナノグラム~約5mgの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約50ナノグラム~約1mgの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約0.1~約500マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約1~約350マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約5~約250マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約10~約200マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約15~約150マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約20~約100マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約25~約75マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約30~約50マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約35~約40マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約100~約200マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約10マイクログラム~約100マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約20マイクログラム~約80マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約25マイクログラム~約60マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約30マイクログラム~約50マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約35マイクログラム~約45マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約0.1~約500マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約1~約350マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約25~約250マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約100~約200マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。
上記ワクチンは医薬組成物の形態とすることができる。該医薬組成物は上記ワクチンを含むことができる。上記医薬組成物は約5ナノグラム~約10mgの上記ワクチンの上記DNAを含むことができる。いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は約25ナノグラム~約5mgの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約50ナノグラム~約1mgの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約0.1~約500マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約1~約350マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約5~約250マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約10~約200マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約15~約150マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約20~約100マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約25~約75マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約30~約50マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約35~約40マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約100~約200マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約10マイクログラム~約100マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約20マイクログラム~約80マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約25マイクログラム~約60マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約30マイクログラム~約50マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約35マイクログラム~約45マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約0.1~約500マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約1~約350マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約25~約250マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約100~約200マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含有する。
いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95又は100ナノグラムの上記ワクチンのDNAを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は少なくとも1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、205、210、215、220、225、230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320、325、330、335、340、345、350、355、360、365、370、375、380、385、390、395、400、405、410、415、420、425、430、435、440、445、450、455、460、465、470、475、480、485、490、495、500、605、610、615、620、625、630、635、640、645、650、655、660、665、670、675、680、685、690、695、700、705、710、715、720、725、730、735、740、745、750、755、760、765、770、775、780、785、790、795、800、805、810、815、820、825、830、835、840、845、850、855、860、865、870、875、880、885、890、895、900、905、910、915、920、925、930、935、940、945、950、955、960、965、970、975、980、985、990、995又は1000マイクログラムの上記ワクチンのDNAを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は少なくとも1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5若しくは10mg又はそれを超える上記ワクチンのDNAを含むことができる。
いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95又は100ナノグラム以下の上記ワクチンのDNAを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、205、210、215、220、225、230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320、325、330、335、340、345、350、355、360、365、370、375、380、385、390、395、400、405、410、415、420、425、430、435、440、445、450、455、460、465、470、475、480、485、490、495、500、605、610、615、620、625、630、635、640、645、650、655、660、665、670、675、680、685、690、695、700、705、710、715、720、725、730、735、740、745、750、755、760、765、770、775、780、785、790、795、800、805、810、815、820、825、830、835、840、845、850、855、860、865、870、875、880、885、890、895、900、905、910、915、920、925、930、935、940、945、950、955、960、965、970、975、980、985、990、995、又は1000マイクログラム以下の上記ワクチンのDNAを含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5又は10mg以下の上記ワクチンのDNAを含むことができる。
上記医薬組成物は、用いられる投与様式に従って、製剤目的の他の剤を更に含むことができる。医薬組成物が注射可能な医薬組成物である場合、該組成物は無菌であり、発熱因子を有さず、且つ微粒子を有さない。等張性の製剤が好ましく用いられる。一般的に、等張性のための添加剤としては、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール及びラクトースを挙げることができる。いくつかの場合、リン酸緩衝生理食塩水などの等張溶液が好ましい。安定化剤としてはゼラチン及びアルブミンが挙げられる。いくつかの実施形態において、上記製剤に血管収縮剤が添加される。
上記ワクチンは、薬学的に許容しうる賦形剤を更に含むことができる。薬学的に許容しうる賦形剤は、ビヒクル、アジュバント、担体、又は希釈剤としての機能的分子とすることができる。薬学的に許容しうる賦形剤は、界面活性剤を含みうるトランスフェクション促進剤、例えば免疫刺激複合体(immune-stimulating complexes)(ISCOMS)、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Aを始めとするLPS類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体、スクアレン及びスクアレンなどの小胞、ヒアルロン酸、脂質、リポソーム、カルシウムイオン、ウィルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、若しくはナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤とすることができる。
上記トランスフェクション促進剤は、ポリ-L-グルタマート(LGS)を始めとするポリアニオン、ポリカチオン、又は脂質である。トランスフェクション促進剤は、ポリ-L-グルタマートであり、より好ましくは、ポリ-L-グルタマートは、6mg/ml未満の濃度でワクチン中に存在する。トランスフェクション促進剤は、界面活性剤、例えば免疫刺激複合体(ISCOMS)、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Aを始めとするLPS類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体並びにスクアレン及びスクアレンなどの小胞を含むことができ、ヒアルロン酸を用いて、遺伝子構築物と一体化させて投与することもできる。いくつかの実施形態において、上記DNAベクターワクチンは、トランスフェクション促進剤、例えば脂質、レシチンリポソームまたはDNAリポソーム混合物(例えば、W09324640参照)などの当該技術分野で公知の他のリポソームを始めとするリポソーム、カルシウムイオン、ウィルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、又はナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤を含むことができる。好ましくは、トランスフェクション促進剤は、ポリ-L-グルタマート(LGS)を始めとするポリアニオン、ポリカチオン、又は脂質である。ワクチン中のトランスフェクション剤の濃度は、4mg/ml未満、2mg/ml未満、1mg/ml未満、0.750mg/ml未満、0.500mg/ml未満、0.250mg/ml未満、0.100mg/ml未満、0.050mg/ml未満、又は0.010mg/ml未満である。
薬学的に許容可能な賦形剤は、アジュバントとすることができる。該アジュバントは、別のプラスミドから発現される他の遺伝子であることが可能であり、又は、上記ワクチン中に上記プラスミドと組み合わせてタンパク質として送達される。上記アジュバントはα-インターフェロン(IFN-α)、β-インターフェロン(IFN-β)、γ-インターフェロン、血小板由来増殖因子(platelet derived growth factor)(PDGF)、TNFα、TNFβ、GM-CSF、上皮成長因子(epidermal growth factor)(EGF)、皮膚T細胞誘因性ケモカイン(cutaneous T cell-attracting chemokine)(CTACK)、上皮胸腺発現ケモカイン(epithelial thymus-expressed chemokine)(TECK)、粘膜関連上皮ケモカイン(mucosae-associated epithelial chemokine)(MEC)、IL-12、IL-15、MHC、CD80、欠失され、且つ、IgE由来のシグナルペプチドを任意に含むシグナル配列を有するIL-15を始めとするCD86からなる群より選択することができる。アジュバントは、IL-12、IL-15、IL-28、CTACK、TECK、血小板由来増殖因子(PDGF)、TNFα、TNFβ、GM-CSF、上皮成長因子(EGF)、IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-12、IL-18、又はそれらの組み合わせとすることができる。代表的な実施形態において、アジュバントはIL-12である。
有用なアジュバントとすることができる他の遺伝子としては、MCP-1、MIP-la、MIP-1p、IL-8、RANTES、L-セレクチン、P-セレクチン、E-セレクチン、CD34、GlyCAM-1、MadCAM-1、LFA-1、VLA-1、Mac-1、pl50.95、PECAM、ICAM-1、ICAM-2、ICAM-3、CD2、LFA-3、M-CSF、G-CSF、IL-4、変異体型IL-18、CD40、CD40L、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、IL-7、神経成長因子、血管内皮細胞増殖因子、Fas、TNF受容体、Flt、Apo-1、p55、WSL-1、DR3、TRAMP、Apo-3、AIR、LARD、NGRF、DR4、DR5、KILLER、TRAIL-R2、TRICK2、DR6、カスパーゼICE、Fos、c-jun、Sp-1、Ap-1、Ap-2、p38、p65Rel、MyD88、IRAK、TRAF6、IkB、不活性NIK、SAP K、SAP-1、JNK、インターフェロン応答遺伝子、NFkB、Bax、TRAIL、TRAILrec、TRAILrecDRC5、TRAIL-R3、TRAIL-R4、RANK、RANKリガンド、Ox40、Ox40リガンド、NKG2D、MICA、MICB、NKG2A、NKG2B、NKG2C、NKG2E、NKG2F、TAP1、TAP2及びその機能的断片をコードするものが挙げられる。
6.特定のガン治療用の組み合わせワクチン
上記ワクチンは、特定のガン又は腫瘍を治療するための上述のガン抗原の、種々の組み合わせの形態とすることができる。1種又は複数種のガン抗原の組み合わせに応じて、種々のガン又はその他の腫瘍の種類がワクチンによる標的とし得る。これらのガンとしては、メラノーマ、血液ガン(例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫)、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンを挙げることができる。図15は、特定のガンを治療するために用い得る抗原の特定の組み合わせの例を示す。
上記ワクチンは、特定のガン又は腫瘍を治療するための上述のガン抗原の、種々の組み合わせの形態とすることができる。1種又は複数種のガン抗原の組み合わせに応じて、種々のガン又はその他の腫瘍の種類がワクチンによる標的とし得る。これらのガンとしては、メラノーマ、血液ガン(例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫)、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンを挙げることができる。図15は、特定のガンを治療するために用い得る抗原の特定の組み合わせの例を示す。
a.メラノーマ
上記ワクチンは、メラノーマを治療又は予防するために、チロシナーゼ、PRAME、又はGP100-Trp2などの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、メラノーマの治療又は予防のために、ガン抗原チロシナーゼ、PRAME、又はGP100-Trp2の1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIのいずれかの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、メラノーマの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、メラノーマを治療又は予防するために、チロシナーゼ、PRAME、又はGP100-Trp2などの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、メラノーマの治療又は予防のために、ガン抗原チロシナーゼ、PRAME、又はGP100-Trp2の1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIのいずれかの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、メラノーマの治療又は予防に適用し得る。
b.頭頸部ガン
上記ワクチンは、頭頸部ガンを治療又は予防するために、ガン抗原HPV 16 E6/E7を含むことができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、頭頸部ガンの治療又は予防のために、ガン抗原HPV 16 E6/E7を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIのいずれかの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、頭頸部ガンの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、頭頸部ガンを治療又は予防するために、ガン抗原HPV 16 E6/E7を含むことができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、頭頸部ガンの治療又は予防のために、ガン抗原HPV 16 E6/E7を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIのいずれかの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、頭頸部ガンの治療又は予防に適用し得る。
c.再発性呼吸器乳頭種症/肛門ガン
上記ワクチンは、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンを治療又は予防するために、HPV 6、HPV11、又はHPV 16などの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンの治療又は予防のために、ガン抗原HPV 6、HPV11、又はHPV16の1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンを治療又は予防するために、HPV 6、HPV11、又はHPV 16などの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンの治療又は予防のために、ガン抗原HPV 6、HPV11、又はHPV16の1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、再発性呼吸器乳頭種症又は肛門ガンの治療又は予防に適用し得る。
d.子宮頸ガン
上記ワクチンは、子宮頸ガンを治療又は予防するために、HPV 16 E6/E7又はHPV 18 E6/E7などの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、子宮頸ガンの治療又は予防のために、HPV 16 E6/E7又はHPV 18 E6/E7などのガン抗原の1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、子宮頸ガンの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、子宮頸ガンを治療又は予防するために、HPV 16 E6/E7又はHPV 18 E6/E7などの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、子宮頸ガンの治療又は予防のために、HPV 16 E6/E7又はHPV 18 E6/E7などのガン抗原の1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、子宮頸ガンの治療又は予防に適用し得る。
e.肝ガン
上記ワクチンは、肝ガンを治療又は予防するために、HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCVNS34A、HCVNS5A、HCVNS5B、又はHCVNS4Bなどの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、肝ガンの治療又は予防のために、ガン抗原HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCVNS34A、HCVNS5A、HCVNS5B、又はHCVNS4Bの1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、肝ガンの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、肝ガンを治療又は予防するために、HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCVNS34A、HCVNS5A、HCVNS5B、又はHCVNS4Bなどの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、肝ガンの治療又は予防のために、ガン抗原HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCVNS34A、HCVNS5A、HCVNS5B、又はHCVNS4Bの1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、肝ガンの治療又は予防に適用し得る。
f.膠芽腫
上記ワクチンは、膠芽腫を治療又は予防するために、CMVを含むことができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、膠芽腫の治療又は予防のために、CMVをガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、膠芽腫の治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、膠芽腫を治療又は予防するために、CMVを含むことができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、膠芽腫の治療又は予防のために、CMVをガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、膠芽腫の治療又は予防に適用し得る。
g.前立腺
上記ワクチンは、前立腺ガンを治療又は予防するために、PSA、PSMA、又はSTEAPなどの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、前立腺ガンの治療又は予防のために、ガン抗原PSA、PSMA、又はSTEAPの1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、前立腺ガンの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、前立腺ガンを治療又は予防するために、PSA、PSMA、又はSTEAPなどの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図15を参照のこと)。該ワクチンは更に、前立腺ガンの治療又は予防のために、ガン抗原PSA、PSMA、又はSTEAPの1種又は複数種を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1、又はWTIの1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、前立腺ガンの治療又は予防に適用し得る。
h.血液ガン(例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫)
上記ワクチンは、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンを治療又は予防するために、PRAME、WT-1、hTERTなどの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図51を参照のこと)。該ワクチンは更に、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンの治療又は予防のために、ガン抗原PRAME、WT-1、hTERTの1種又は複数種を、ガン抗原NY-ESO-1、又はMAGE-A1の1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンの治療又は予防に適用し得る。
上記ワクチンは、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンを治療又は予防するために、PRAME、WT-1、hTERTなどの1種又は複数種のガン抗原を組み合わせることができる(図51を参照のこと)。該ワクチンは更に、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンの治療又は予防のために、ガン抗原PRAME、WT-1、hTERTの1種又は複数種を、ガン抗原NY-ESO-1、又はMAGE-A1の1種又は複数種と組み合わせることができる。ガン抗原の他の組み合わせもまた、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液ガンの治療又は予防に適用し得る。
7.ワクチン接種方法
本明細書では、上述の1種又は複数種のガン抗原の遺伝子構築物及びタンパク質を供給するための医薬製剤を用いるガンの治療又は予防方法が提供され、該医薬製剤は、上記遺伝子構築物及びタンパク質を、特定の有効な免疫原であって、それに対抗して1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を誘導することができる免疫原とするエピトープを含む。治療上の及び/又は予防上の免疫応答を誘導するために、ワクチンの投与方法、すなわちワクチン接種方法を提供することができる。上記ワクチン接種過程は、哺乳類において、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を生起させることができる。上記ワクチンを個体に投与し、哺乳類の免疫系の活性を調節し免疫応答を高めることができる。上記ワクチンの投与は、細胞内で発現し、その上で、免疫系が細胞性応答、体液性応答、又は細胞性応答及び体液性応答を認識及び誘導する細胞表面に送達される核酸分子としての、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原のトランスフェクションとすることができる。本明細書で議論されるワクチンを哺乳類に投与することにより、哺乳類において、上記ワクチンの投与を用いて、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を誘導又は誘発することができる。
本明細書では、上述の1種又は複数種のガン抗原の遺伝子構築物及びタンパク質を供給するための医薬製剤を用いるガンの治療又は予防方法が提供され、該医薬製剤は、上記遺伝子構築物及びタンパク質を、特定の有効な免疫原であって、それに対抗して1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を誘導することができる免疫原とするエピトープを含む。治療上の及び/又は予防上の免疫応答を誘導するために、ワクチンの投与方法、すなわちワクチン接種方法を提供することができる。上記ワクチン接種過程は、哺乳類において、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を生起させることができる。上記ワクチンを個体に投与し、哺乳類の免疫系の活性を調節し免疫応答を高めることができる。上記ワクチンの投与は、細胞内で発現し、その上で、免疫系が細胞性応答、体液性応答、又は細胞性応答及び体液性応答を認識及び誘導する細胞表面に送達される核酸分子としての、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原のトランスフェクションとすることができる。本明細書で議論されるワクチンを哺乳類に投与することにより、哺乳類において、上記ワクチンの投与を用いて、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答を誘導又は誘発することができる。
哺乳類への上記ワクチンの投与、及びその上での上記ベクターの哺乳類の細胞内への送達に当たり、トランスフェクトされた細胞は、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原を発現し分泌することとなる。これらの分泌されるタンパク質、すなわち合成抗原は免疫系によって異物として認識され、免疫系は、上記1種又は複数種のガン抗原に対して作成される抗体、及び上記1種又は複数種のガン抗原に特異的に対抗するT細胞応答を含み得る免疫応答を開始することとなる。いくつかの例において、本明細書において議論されるワクチンを接種された哺乳類は予備刺激された免疫系を有することとなり、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原を負荷された場合、上記予備刺激された免疫系が、後続の本明細書開示のガン抗原を、体液性免疫応答、細胞性免疫応答、又は体液性及び細胞性免疫応答の両方のいずれかを通じて、速やかに取り除くことができることとなる。上記ワクチンを個体に対して投与し、当該個体の免疫系の活性を調節し、それによって免疫応答を高めることができる。
ワクチンのDNAの投与方法は米国特許第4,945,050号及び第5,036,006号に記載され、これらの両方は、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。
哺乳類内で免疫応答を誘発するために、哺乳類に上記ワクチンを投与することができる。哺乳類は、ヒト、非ヒト霊長類、牛、豚、羊、ヤギ、レイヨウ、バイソン、水牛、ウシ属、鹿、ハリネズミ、象、ラマ、アルパカ、マウス、ラット、又はニワトリとすることができ、好ましくはヒト、牛、豚、又はニワトリである。
上記ワクチンの用量は、1μg~10mg-活性成分/kg-体重/回とすることができ、20μg~10mg-成分/kg-体重/回とすることができる。上記ワクチンは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、又は31日毎に投与することができる。有効な治療のためのワクチン投与の回数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10回又はそれを超える回数とすることができる。
a.ワクチンによる免疫応答の生起方法
上記ワクチンを用いて、哺乳類における、治療上の又は予防上の免疫応答を含む免疫応答を生起させることができる。上記免疫応答は、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に向かう抗体及び/又はキラーT細胞を生起させる。かかる抗体及びT細胞は単離することができる。
上記ワクチンを用いて、哺乳類における、治療上の又は予防上の免疫応答を含む免疫応答を生起させることができる。上記免疫応答は、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に向かう抗体及び/又はキラーT細胞を生起させる。かかる抗体及びT細胞は単離することができる。
いくつかの実施形態は、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原に対する免疫応答の生起方法を提供し、該方法は個体に対して上記ワクチンを投与することを含む。いくつかの実施形態は、1種又は複数種の上述のガン抗原を発現するガン又は腫瘍に対する、個体への予防的なワクチン接種方法を提供し、該方法は上記ワクチンを投与することを含む。いくつかの実施形態は、1種又は複数種の上記ガン抗原を発現するガン又は腫瘍に罹患した個体への治療上のワクチン接種方法を提供し、該方法は上記ワクチンを投与することを含む。上記ワクチンの投与に先立つ、本明細書開示の1種又は複数種のガン抗原を発現するガン又は腫瘍の診断は、常法によって行うことができる。
b.上記ワクチンによるガン治療方法
上記ワクチンを用いて、哺乳類又はそれを必要とする対象のガン又は腫瘍(例えば、メラノーマ、頭頚部ガン、子宮頸ガン、肝ガン、前立腺ガン、血液ガン、食道扁平上皮ガン、胃ガン)に反応性を有する又はこれに向かう免疫応答を、哺乳類において生起又は誘発することができる。誘発された免疫応答はガン又は腫瘍の増殖を防止することができる。
上記ワクチンを用いて、哺乳類又はそれを必要とする対象のガン又は腫瘍(例えば、メラノーマ、頭頚部ガン、子宮頸ガン、肝ガン、前立腺ガン、血液ガン、食道扁平上皮ガン、胃ガン)に反応性を有する又はこれに向かう免疫応答を、哺乳類において生起又は誘発することができる。誘発された免疫応答はガン又は腫瘍の増殖を防止することができる。
上記誘発された免疫応答は、ガン細胞又は腫瘍細胞の転移を防止及び/又は低減することができる。従って、上記ワクチンを、該ワクチンを投与される哺乳類又は対象におけるガン又は腫瘍を治療及び/又は予防する方法に用いることができる。上記ワクチン中に用いられる抗原に応じて、治療されるガン又は腫瘍に基づく腫瘤としては、それらに限定されないが、メラノーマ、血液ガン(例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫)、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンなどの任意の種類のガンとすることができる。
いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、(1)単球走化性タンパク質-1(MCP-1)の生成を妨害する抗体を生起させ、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞(MDSC)を阻止し、腫瘍の増殖を抑制するB細胞応答を介する体液性免疫、(2)腫瘍細胞を攻撃して死滅させるCD8+などの細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の増加、(3)Tヘルパー細胞応答の増加、及び(4)IFN-γ及びTFN-αを介した炎症反応の増加、あるいは、好ましくは上記の全てを含むことにより、腫瘍細胞の除去を媒介し、又は腫瘍細胞の増殖を防止することができる。
いくつかの実施形態において、上記免疫応答は、上記ワクチンを投与された対象における種々の組織又は系(例えば、脳又は神経系等)に対する損傷又はその炎症を引き起こすことのない、体液性免疫応答及び/又は抗原特異性細胞傷害性Tリンパ球(CTL)応答を生起させることができる。
いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象において、無腫瘍生存率を増加させることができる、腫瘍量を低減することができる、腫瘍生存率を増加させることができる、又はそれらの組み合わせである。投与されたワクチンは、対象において、無腫瘍生存率を20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、及び60%増加させることができる。投与されたワクチンは、免疫化後の対象において、腫瘍量を20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、及び70%低減することができる。投与されたワクチンは、対象における単球走化性タンパク質-1(MCP-1)、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象におけるガン又は腫瘍組織内のMCP-1の増加を防止及び阻止し、それにより対象におけるガン又は腫瘍組織の血管新生を低減することができる。
投与されたワクチンは、対象において、腫瘍生存率を20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、及び70%増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記ワクチンを末梢に投与して(より詳細に後述する)、当該ワクチンを投与された対象において損傷を与える又は疾病若しくは死を引き起こすことなく、上記1種又は複数種のガン抗原を発現するガン又は腫瘍を除去する、すなわち削除するために、ガン若しくは腫瘍細胞又はガン若しくは腫瘍組織を標的とする抗原特異性免疫応答を確立することができる。
投与されたワクチンは、対象における細胞性免疫応答を約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象における細胞性免疫応答を約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
投与されたワクチンは、対象におけるインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)濃度を約50倍~約6000倍、約50倍~約5500倍、約50倍~約5000倍、約50倍~約4500倍、約100倍~約6000倍、約150倍~約6000倍、約200倍~約6000倍、約250倍~約6000倍、又は約300倍~約6000倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象におけるIFN-γ濃度を、約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、450倍、500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍、1000倍、1100倍、1200倍、1300倍、1400倍、1500倍、1600倍、1700倍、1800倍、1900倍、2000倍、2100倍、2200倍、2300倍、2400倍、2500倍、2600倍、2700倍、2800倍、2900倍、3000倍、3100倍、3200倍、3300倍、3400倍、3500倍、3600倍、3700倍、3800倍、3900倍、4000倍、4100倍、4200倍、4300倍、4400倍、4500倍、4600倍、4700倍、4800倍、4900倍、5000倍、5100倍、5200倍、5300倍、5400倍、5500倍、5600倍、5700倍、5800倍、5900倍、又は6000倍増加させることができる。
上記ワクチンの用量は、1μg~10mg-活性成分/kg-体重/回とすることができ、20μg~10mg-成分/kg-体重/回とすることができる。上記ワクチンは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、又は31日毎に投与することができる。有効な治療のためのワクチン投与の回数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10回とすることができる。
(1)PD-1及び/又はPD-L1抗体との併用療法
本発明はまた、上述のワクチンを用いる哺乳類における免疫応答の増加方法にも関する。上述のワクチンは、上記ガン抗原並びに上述のPD1抗体及び/又はPDL1抗体を含むことができる。上記組み合わせは単一の製剤中であることもでき、又は別個であって続けて投与することもできる(初めにガン抗原、その後にPD1抗体若しくはPDL1抗体、又は初めにPD1抗体若しくはPDL1抗体、その後にガン抗原のいずれであってもよい)。いくつかの実施形態において、上記ガン抗原は、PD-1抗体又はPD-L1抗体を対象に投与する約30秒、1分、2分、3分、4分、5分、10分、15分、20分、25分、30分、35分、40分、45分、50分、55分、60分、0.25時間、0.5時間、0.75時間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、84時間、96時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、31日、1週、2週、3週、4週、5週、6週、7週、又は8週前に投与することができる。他の実施形態において、PD-1抗体又はPD-L1抗体は、上記ガン抗原を対象に投与する約約30秒、1分、2分、3分、4分、5分、10分、15分、20分、25分、30分、35分、40分、45分、50分、55分、60分、0.25時間、0.5時間、0.75時間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、84時間、96時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、31日、1週、2週、3週、4週、5週、6週、7週、又は8週前に投与することができる。
本発明はまた、上述のワクチンを用いる哺乳類における免疫応答の増加方法にも関する。上述のワクチンは、上記ガン抗原並びに上述のPD1抗体及び/又はPDL1抗体を含むことができる。上記組み合わせは単一の製剤中であることもでき、又は別個であって続けて投与することもできる(初めにガン抗原、その後にPD1抗体若しくはPDL1抗体、又は初めにPD1抗体若しくはPDL1抗体、その後にガン抗原のいずれであってもよい)。いくつかの実施形態において、上記ガン抗原は、PD-1抗体又はPD-L1抗体を対象に投与する約30秒、1分、2分、3分、4分、5分、10分、15分、20分、25分、30分、35分、40分、45分、50分、55分、60分、0.25時間、0.5時間、0.75時間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、84時間、96時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、31日、1週、2週、3週、4週、5週、6週、7週、又は8週前に投与することができる。他の実施形態において、PD-1抗体又はPD-L1抗体は、上記ガン抗原を対象に投与する約約30秒、1分、2分、3分、4分、5分、10分、15分、20分、25分、30分、35分、40分、45分、50分、55分、60分、0.25時間、0.5時間、0.75時間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、84時間、96時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日、31日、1週、2週、3週、4週、5週、6週、7週、又は8週前に投与することができる。
上記ガン抗体とPD1抗体又はPDL1抗体との組み合わせは、上記ガン抗体のみを含むワクチンよりもより効率的に免疫系を誘導する。このより効率的な免疫応答は、特定のガンの治療及び/又は予防において高い効能を提供する。上記ワクチンにおいてPDL1抗体又はPD1抗体と組み合わせて用いられる上記抗原に応じて、治療されるガン又は腫瘍に基づく腫瘤としては、それらに限定されないが、メラノーマ、血液ガン(例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫)、肺ガン腫、食道扁平上皮ガン、膀胱ガン、結腸直腸ガン、食道ガン、胃ガン、肝細胞ガン、頭頚部ガン、脳ガン、肛門ガン、非小細胞性肺ガン、膵臓ガン、滑液ガン、前立腺ガン、精巣ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚ガン及び胃ガンなどの任意の種類のガンとすることができる。
いくつかの実施形態において、上記免疫応答を約0.5倍~約15倍、約0.5倍~約10倍、又は約0.5倍~約8倍増加させることができる。あるいは、上記ワクチンを投与された対象における免疫応答を、少なくとも約0.5倍、少なくとも約1.0倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2.0倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3.0倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4.0倍、少なくとも約4.5倍、少なくとも約5.0倍、少なくとも約5.5倍、少なくとも約6.0倍、少なくとも約6.5倍、少なくとも約7.0倍、少なくとも約7.5倍、少なくとも約8.0倍、少なくとも約8.5倍、少なくとも約9.0倍、少なくとも約9.5倍、少なくとも約10.0倍、少なくとも約10.5倍、少なくとも約11.0倍、少なくとも約11.5倍、少なくとも約12.0倍、少なくとも約12.5倍、少なくとも約13.0倍、少なくとも約13.5倍、少なくとも約14.0倍、少なくとも約14.5倍、又は少なくとも約15.0倍増加させることができる。
更に他の代わりの実施形態において、上記ワクチンを投与された対象における上記免疫応答を、約50%~1500約%、約50%~約1000%、又は約50%~約800%増加させることができる。他の実施形態において、上記ワクチンを投与された対象における上記免疫応答を、少なくとも約50%、少なくとも約100%、少なくとも約150%、少なくとも約200%、少なくとも約250%、少なくとも約300%、少なくとも約350%、少なくとも約400%、少なくとも約450%、少なくとも約500%、少なくとも約550%、少なくとも約600%、少なくとも約650%、少なくとも約700%、少なくとも約750%、少なくとも約800%、少なくとも約850%、少なくとも約900%、少なくとも約950%、少なくとも約1000%、少なくとも約1050%、少なくとも約1100%、少なくとも約1150%、少なくとも約1200%、少なくとも約1250%、少なくとも約1300%、少なくとも約1350%、少なくとも約1450%、又は少なくとも約1500%増加させることができる。
上記ワクチンの用量は、1μg~10mg-活性成分/kg-体重/回とすることができ、20μg~10mg-成分/kg-体重/回とすることができる。上記ワクチンは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、又は31日毎に投与することができる。有効な治療のためのワクチン投与の回数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10回とすることができる。
(2)メラノーマ
上記ワクチンを用いて、哺乳類又はそれを必要とする対象において、メラノーマに対して反応性を有する又はメラノーマに向かう、哺乳類における免疫応答を生起させる又は誘発させることができる。誘発される免疫応答はメラノーマの増殖を防止することができる。誘発される免疫応答はメラノーマの増殖を低減することができる。誘発される免疫応答はメラノマーマ由来のガン細胞又は腫瘍細胞の転移を防止及び/又は低減することができる。従って、上記ワクチンは、当該ワクチンを投与される哺乳類又は対象において、メラノーマを治療する及び/又は予防する方法に用いることができる。
上記ワクチンを用いて、哺乳類又はそれを必要とする対象において、メラノーマに対して反応性を有する又はメラノーマに向かう、哺乳類における免疫応答を生起させる又は誘発させることができる。誘発される免疫応答はメラノーマの増殖を防止することができる。誘発される免疫応答はメラノーマの増殖を低減することができる。誘発される免疫応答はメラノマーマ由来のガン細胞又は腫瘍細胞の転移を防止及び/又は低減することができる。従って、上記ワクチンは、当該ワクチンを投与される哺乳類又は対象において、メラノーマを治療する及び/又は予防する方法に用いることができる。
いくつかの実施形態において、上記投与されたワクチンは、(1)単球走化性タンパク質-1(MCP-1)の生成を阻止する抗体を生起させ、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞(MDSC)を阻害し、メラノーマの増殖を抑制するB細胞応答を介する体液性免疫、(2)メラノーマ細胞を攻撃して死滅させるCD8+などの細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の増加、(3)Tヘルパー細胞応答の増加、及び(4)IFN-γ及びTFN-αを介した炎症反応の増加、あるいは、好ましくは上記の全てを含むことにより、メラノーマ細胞の除去を媒介し、又はメラノーマ細胞の増殖を防止することができる。
いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象において、無メラノーマ生存率を増加させることができ、メラノーマ量を低減することができ、メラノーマ生存率を増加させることができ、又はそれらの組み合わせである。投与されたワクチンは、対象において、無メラノーマ生存率を30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、及び45%増加させることができる。投与されたワクチンは、免疫化後の対象において、メラノーマ量を30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、及び60%低減することができる。投与されたワクチンは、対象における単球走化性タンパク質-1(MCP-1)、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。いくつかの実施形態において、投与されたワクチンは、対象におけるメラノーマ組織内においてMCP-1の増加を防止及び阻止し、それによって対象におけるメラノーマ組織の血管新生を低減することができる。投与されたワクチンは、対象において、メラノーマ生存率を30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、及び60%増加させることができる。
8.投与経路
上記ワクチン又は医薬組成物を、経口、非経口、舌下、経皮、経直腸、経粘膜、局所、吸入、口腔投与、胸腔内、静脈内、動脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、鼻内、髄腔内、及び関節内、又はそれらの組み合わせを始めとする異なる経路で投与することができる。獣医学的使用では、通常の獣医学的実践に従い、上記組成物を適切に許容しうる配合剤として投与することができる。獣医は、特定の動物に最も適した投与レジメン及び投与経路を、容易に決定することができる。上記ワクチンを、伝統的なシリンジ、針なし注射装置、「微粒子衝撃遺伝子銃」、又は他の物理的方法、例えば電気穿孔法(electroporation)(「EP」)、「水力学的方法」、又は超音波により投与することができる。
上記ワクチン又は医薬組成物を、経口、非経口、舌下、経皮、経直腸、経粘膜、局所、吸入、口腔投与、胸腔内、静脈内、動脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、鼻内、髄腔内、及び関節内、又はそれらの組み合わせを始めとする異なる経路で投与することができる。獣医学的使用では、通常の獣医学的実践に従い、上記組成物を適切に許容しうる配合剤として投与することができる。獣医は、特定の動物に最も適した投与レジメン及び投与経路を、容易に決定することができる。上記ワクチンを、伝統的なシリンジ、針なし注射装置、「微粒子衝撃遺伝子銃」、又は他の物理的方法、例えば電気穿孔法(electroporation)(「EP」)、「水力学的方法」、又は超音波により投与することができる。
in vivo電気穿孔法、リポソーム介在法、ナノ粒子促進法、組換えアデノウィルス、組換えアデノウィルス関連ウィルス及び組換えワクシニアウィルスなどの組換えベクターを用いる、及び用いないDNA注入(DNAワクチン投与とも称される)を含むいくつかの周知の技術により哺乳類に上記ワクチンの上記ベクターを投与することができる。上記ワクチンの上記1種又は複数種のガン抗原は、in vivo電気穿孔を伴うDNA注入により投与することができる。
a.電気穿孔法
上記ワクチン又は医薬組成物は電気穿孔によって投与することができる。上記ワクチンの電気穿孔による投与は、細胞膜に可逆的な孔を形成させるのに効果的なエネルギーパルスを、哺乳動物の所望の組織に送達するように構成することができる電気穿孔装置を用いて達成することができ、好ましくは、エネルギーパルスは、ユーザーにより入力されたプリセット電流に近い定電流である。電気穿孔装置は、電気穿孔構成要素及び電極アセンブリ又はハンドルアセンブリを含むことができる。電気穿孔構成要素は、制御器、電流波形発生器、インピーダンステスター、波形ロガー、入力要素、ステータス報告要素、コミュニケーションポート、メモリー要素、電源、及び電源スイッチを始めとする電気穿孔装置の1種又は複数種の様々な要素を含み、それらを組み込むことができる。電気穿孔は、プラスミドによる細胞のトランスフェクションを容易化するin vivo電気穿孔装置、例えばCELLECTRA(登録商標)EPシステム(Inovio Pharmaceuticals,Inc.、ブルーベル、ペンシルベニア州)又はElgenエレクトロポレーター(Inovio Pharmaceuticals,Inc.)を用いて達成することができる。
上記ワクチン又は医薬組成物は電気穿孔によって投与することができる。上記ワクチンの電気穿孔による投与は、細胞膜に可逆的な孔を形成させるのに効果的なエネルギーパルスを、哺乳動物の所望の組織に送達するように構成することができる電気穿孔装置を用いて達成することができ、好ましくは、エネルギーパルスは、ユーザーにより入力されたプリセット電流に近い定電流である。電気穿孔装置は、電気穿孔構成要素及び電極アセンブリ又はハンドルアセンブリを含むことができる。電気穿孔構成要素は、制御器、電流波形発生器、インピーダンステスター、波形ロガー、入力要素、ステータス報告要素、コミュニケーションポート、メモリー要素、電源、及び電源スイッチを始めとする電気穿孔装置の1種又は複数種の様々な要素を含み、それらを組み込むことができる。電気穿孔は、プラスミドによる細胞のトランスフェクションを容易化するin vivo電気穿孔装置、例えばCELLECTRA(登録商標)EPシステム(Inovio Pharmaceuticals,Inc.、ブルーベル、ペンシルベニア州)又はElgenエレクトロポレーター(Inovio Pharmaceuticals,Inc.)を用いて達成することができる。
本発明のDNAワクチンの投与を促進することができる電気穿孔装置及び電気穿孔法の例としては、内容が全体として参照により本明細書に組み入れられた、Draghia-Akliらによる米国特許第7,245,963号、Smithらにより提出された米国特許公開第2005/0052630号に記載されたそれらのものが挙げられる。DNAワクチンの投与を促進するのに用いることができる他の電気穿孔装置及び電気穿孔法としては、その全体として参照により本明細書に組み入れられた、2006年10月17日出願の米国特許仮出願第60/852,149号及び2007年10月10日出願の同第60/978,982号に対して35USC 119(e)による利益を主張する、2007年10月17日出願の同時係属中及び共有の米国特許出願第11/874072号に提供されたものが挙げられる。
Draghia-Akliらによる米国特許第7,245,963号には、体内又は植物内の選択された組織の細胞中への生体分子の導入を促進するためのモジュラー電極システム及びその使用が記載されている。該モジュラー電極システムは、複数の針電極、皮下注射針、プログラム可能な定電流パルス制御器から複数の針電極への導電的連結を提供する電気コネクター、及び電源を含むことができる。オペレーターが、支持構造上に搭載された複数の針電極を掴み、体内又は植物内の選択された組織にそれらをしっかりと挿入することができる。その後、皮下注射針を介して、生体分子を選択された組織へ投与する。プログラム可能な定電流パルス制御器を活性化して、定電流の電気パルスを複数の針電極に印加する。印加された定電流電気パルスは、複数の電極間での細胞への生体分子導入を促進する。米国特許第7,245,963号の全体的内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
Smithらにより提出された米国特許公開第2005/0052630号には、体内又は植物内の選択された組織の細胞中への生体分子導入を効果的に促進するために用いることができる電気穿孔装置が記載されている。該電気穿孔装置は、操作がソフトウエア又はファームウエアに特定される電気運動装置(electro-kinetic device)(「EKD装置」)を備える。EKD装置は、ユーザー制御に基づく一列の電極とパルスパラメータ入力との間で一連のプログラム可能な定電流パルスパターンを生成し、電流波形データの保存及び取得を可能にする。電気穿孔装置は、針電極、注射針用の中央注入チャネル、及び取外し可能なガイドディスクのアレイを有する交換可能な電極ディスクも備える。米国特許公開第2005/0052630号の全体的内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
米国特許第7,245,963号及び米国特許公開第2005/0052630号に記載された電極アレイ及び方法は、筋肉などの組織だけでなく、他の組織又は臓器にも深く浸透させるように適合させることができる。電極アレイの形態によって、注射針(to deneurological system the biomolecule of choice)が、標的臓器にも完全に挿入され、電極によって予め描かれた領域の標的組織に垂直に注射投与される。米国特許第7,245,963号及び米国特許公開第2005/005263号に記載された電極は、好ましくは20mm長及び21ゲージである。
加えて、電気穿孔装置及びその使用を組み込んだいくつかの実施形態で予期される通り、以下の特許:1993年12月28日発行の米国特許第5,273,525号、2000年8月29日発行の米国特許第6,110,161号、2001年7月17日発行の同第6,261,281号、2005年10月25日発行の同第6,958,060号、及び2005年9月6日発行の米国特許第6,939,862号に記載された電気穿孔装置が存在する。更に、種々の装置のいずれかを用いたDNAの投与に関係する2004年2月24日発行の米国特許第6,697,669号、及びDNAの注入の方法が注目された2008年2月5日発行の米国特許第7,328,064号に提示される主題を含む特許が、本明細書で企図される。先の特許は、全体として参照により組み入れられる。
9.ワクチンの製剤方法
本明細書において、本明細書で議論するワクチンを構成するDNAプラスミドの製造方法が提供される。上記DNAプラスミドを、哺乳類の発現プラスミドへの最終的なサブクローニングステップの後、当該技術分野で公知の方法を用いて、大規模発酵タンクでの細胞培養物に接種するために用いることができる。
本明細書において、本明細書で議論するワクチンを構成するDNAプラスミドの製造方法が提供される。上記DNAプラスミドを、哺乳類の発現プラスミドへの最終的なサブクローニングステップの後、当該技術分野で公知の方法を用いて、大規模発酵タンクでの細胞培養物に接種するために用いることができる。
EP装置で用いられる本発明のDNAプラスミドは、公知の装置及び技術の組み合わせを用いて調合又は製造することができるが、該DNAプラスミドは、好ましくは、2007年5月23日出願の米国特許出願公開第20090004716号に記載される最適化されたプラスミド製造技術を用いて製造される。いくつかの例において、これらの研究で用いたDNAプラスミドは、10mg/mL以上の濃度で調合することができる。該製造技術はまた、米国特許出願第60/939792号に記載されたものに加えて、2007年7月3日発行の許諾対象特許である米国特許第7,238,522号に記載されたものを始めとする、当業者に公知の様々な装置及びプロトコルも含む又は組み入れている。先に参照した出願及び特許である、米国特許出願第60/939,792号及び米国特許第7,238,522号はそれぞれが、それらの全体がこれらにより組み入れられる。
本発明は、以下の非限定的な実施例によって示される多くの態様を有する。
10.実施例
10.実施例
pTyrの構築
図1A及び図9に示すように、チロシナーゼ(Tyr)は多くの異なる生物中に存在し得る。従って、図1Aに示される生物由来のTyrに相当する配列を整列させ、コンセンサスTyrに関して最も共通性のあるアミノ酸及び/又はヌクレオチドを選択することによりコンセンサスTyrを生成させた。各生物に関する相当するTyr配列はGenBank(NCBI)より入手した。このように、上記コンセンサスTyrは、種を跨いでTyr配列の保存要素を反映していた。
図1A及び図9に示すように、チロシナーゼ(Tyr)は多くの異なる生物中に存在し得る。従って、図1Aに示される生物由来のTyrに相当する配列を整列させ、コンセンサスTyrに関して最も共通性のあるアミノ酸及び/又はヌクレオチドを選択することによりコンセンサスTyrを生成させた。各生物に関する相当するTyr配列はGenBank(NCBI)より入手した。このように、上記コンセンサスTyrは、種を跨いでTyr配列の保存要素を反映していた。
上記コンセンサスTyrをコードする核酸配列を、IgEリーダー配列を含むように適合させた。詳細には、IgEリーダー配列を、フレーム中、コンセンサスTyr核酸配列の上流に融合させた(図1B)。次に、得られた配列をpVax1発現ベクター中に挿入し、コザック配列がIgEリーダー配列及びコンセンサスTyrをコードする核酸配列の前に位置するように、チロシナーゼ構築物すなわちプラスミド(pTyr)を作成した。
制限酵素分析により、コンセンサスTyr核酸配列のpVax1への挿入を確認した。図1Cに示すように、DNAアガロースゲル(すなわち、BamH1/Xho1と名付けられたレーン)上でコンセンサスTyr核酸配列はpVax1プラスミドから分離され、これにより、pVax1ベクターはコンセンサスTyr核酸配列を含有することを確認した。
HeLa細胞をpTyrによりトランスフェクトすることにより、コンセンサスTyrの発現を確認した。ヒト抗Tyr抗体によるウェスタンブロッティングにより、HeLa細胞中のコンセンサスTyrタンパク質の発現を確認した(図1D)。GPF染色により、トランスフェクトされたHeLa細胞中のコンセンサスTyrタンパク質の発現を更に確認した(図1E)。上記ウェスタンブロッティング及び染色実験の両方において、
pTyrのワクチン接種が細胞媒介性免疫応答を誘導した
上記pTyrを用いてマウスにワクチン接種し、pTyrにより細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。図2Aに示す免疫ストラテジーを用いて、C57/B6マウスを免疫化した。一部のマウスがpVax1によって免疫化された一方、他のマウスはpTyrによって免疫化された。pTyrによって免疫化したマウスを更に以下の群:(1)pTyrの5μg投与、(2)pTyrの20μg投与、(3)pTyrの30μg投与、及び(4)pTyrの60μg投与に分けた。
上記pTyrを用いてマウスにワクチン接種し、pTyrにより細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。図2Aに示す免疫ストラテジーを用いて、C57/B6マウスを免疫化した。一部のマウスがpVax1によって免疫化された一方、他のマウスはpTyrによって免疫化された。pTyrによって免疫化したマウスを更に以下の群:(1)pTyrの5μg投与、(2)pTyrの20μg投与、(3)pTyrの30μg投与、及び(4)pTyrの60μg投与に分けた。
上記免疫化ストラテジーの35日目において、C57B/6マウスより脾細胞を単離し、インターフェロン-γ(IFN-γ)の誘導をIFN-γ ELISpot分析により評価した。図2Bに示すように、pTyrの20μg投与が最も高い濃度のIFN-γを誘導した。
更に、pTyrに対する細胞性免疫応答を、免疫化したBalb/cマウス及びC57B/6マウスにおいて評価した。マウスをpVax1又はpTyrのいずれかによって免疫化した。3回目の免疫化の2週後に脾細胞を単離し、コンセンサスTyrペプチドにより刺激した。刺激後に、IFN-γ分泌脾細胞の数を、1種について3組の刺激剤ウェル中のスポット数の平均として算出した。このアッセイは、C57/B6マウスがpTyrワクチン接種に対して好適であったことを示した(データは示さず)。
pTyrワクチン接種はサイトカイン、IFN-γ及びTNF-αを増加させた
pTyr及びpVax1によって免疫化されたマウスにおいてサイトカインの生成を調べた。マウスを図2Aに示すストラテジーを用いて免疫化した。該免疫化ストラテジーの35日目に、免疫化マウスから単離した細胞をTyrペプチドで終夜刺激した。刺激後に、FACSにより多機能応答の分析を測定した。詳細には、上記分析はCD8+及びCD4+T細胞を調べた。FACSは、サイトカインIL-2、TNF-α、及びIFN-γ陽性のT細胞の同定が可能であった。pVax1によって免疫化したマウスに比較して、pTyrによって免疫化したマウスにおいては、CD44hi細胞の内、相当な割合のCD8+T細胞がIFN-γを生成した(図3)。
pTyr及びpVax1によって免疫化されたマウスにおいてサイトカインの生成を調べた。マウスを図2Aに示すストラテジーを用いて免疫化した。該免疫化ストラテジーの35日目に、免疫化マウスから単離した細胞をTyrペプチドで終夜刺激した。刺激後に、FACSにより多機能応答の分析を測定した。詳細には、上記分析はCD8+及びCD4+T細胞を調べた。FACSは、サイトカインIL-2、TNF-α、及びIFN-γ陽性のT細胞の同定が可能であった。pVax1によって免疫化したマウスに比較して、pTyrによって免疫化したマウスにおいては、CD44hi細胞の内、相当な割合のCD8+T細胞がIFN-γを生成した(図3)。
pTyrワクチン接種に応答してTyr特異性抗体が生成される
pTyrをワクチン接種したマウスにおける体液性免疫応答を調べた。詳細には、C57BI/6マウス(n=4)をpTyr又はpVax1のいずれかによって、2週の間隔で3回免疫化した。各免疫化は20μg/筋内注射及びこれに続くMID-EPを用いた電気穿孔により構成した。3回目の免疫化後(すなわち、35日目)にマウスより血清を採取し、全IgG特異性HRP標識二次抗体を用いたELISAによって抗体力価を測定した。血清は図4Aに示すように希釈した。図4Aに示すように、pTyrによって免疫化したマウスによって、Tyrに対する特異性抗体が生成した。なお、図4Aにおいて、pTyrによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表し、図4Aにおいて、pVax1によって免疫化したマウスは白抜きの三角で表す。
pTyrをワクチン接種したマウスにおける体液性免疫応答を調べた。詳細には、C57BI/6マウス(n=4)をpTyr又はpVax1のいずれかによって、2週の間隔で3回免疫化した。各免疫化は20μg/筋内注射及びこれに続くMID-EPを用いた電気穿孔により構成した。3回目の免疫化後(すなわち、35日目)にマウスより血清を採取し、全IgG特異性HRP標識二次抗体を用いたELISAによって抗体力価を測定した。血清は図4Aに示すように希釈した。図4Aに示すように、pTyrによって免疫化したマウスによって、Tyrに対する特異性抗体が生成した。なお、図4Aにおいて、pTyrによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表し、図4Aにおいて、pVax1によって免疫化したマウスは白抜きの三角で表す。
更に、免疫化マウス由来の血清を生理食塩水で1:20、1:40、1:80、1:160、1:320、及び1:640で希釈した。各血清希釈液を、Tyrペプチドが入った個々のウェルに1種について3組で添加した(50μl/ウェル)。90日目及び120日目での再検査において、全ての免疫化群のマウスに関して、免疫前血清と比較してTyr特異性力価のピークの増加が検知された。各一連の希釈ポイントにおける3組の独立した実験の代表的な結果を図4Bに示す。これらのデータは、pTyrによって免疫化したマウスにおいて、pTyrによる免疫化がTyr特異性抗体の生成を誘導することを更に示した。
pTryをワクチン接種したマウスは腫瘍負荷に対して生存率が増加する
pTyrを更に分析し、pTyrワクチン接種が腫瘍からの保護を提供し得るかを決定した。詳細には、C57BI/6マウス(群当たり10頭)をpTyr又はpVax1のいずれかによって、2週の間隔で免疫化した。各免疫化は20μg/筋内注射及びこれに続くMID-EPを用いた電気穿孔により構成した。3回目の免疫化の1週後(すなわち、35日目)に、免疫化マウスに、腫瘍の径が200mm2を超えるまで皮内にB16メラノーマを負荷した。
pTyrを更に分析し、pTyrワクチン接種が腫瘍からの保護を提供し得るかを決定した。詳細には、C57BI/6マウス(群当たり10頭)をpTyr又はpVax1のいずれかによって、2週の間隔で免疫化した。各免疫化は20μg/筋内注射及びこれに続くMID-EPを用いた電気穿孔により構成した。3回目の免疫化の1週後(すなわち、35日目)に、免疫化マウスに、腫瘍の径が200mm2を超えるまで皮内にB16メラノーマを負荷した。
続いて、免疫化マウスの群における無腫瘍生存率及び腫瘍容積を評価した。図5A(カプラン-マイヤー生存率曲線)に示すように、pTyrによって免疫化したマウスは、pVax1をワクチン接種したマウスに比較して、無腫瘍生存率が向上し(すなわち、腫瘍負荷後40日目以降40%)(p=0.05)、pVax1をワクチン接種したマウスは、腫瘍負荷後20日目までに全て死亡した。pTyrによって免疫化したマウスはまた、pVax1によって免疫化したマウスに比較して腫瘍容積も低下した(すなわち、約50%)(図5B)。なお、図5A及び5Bの両方に関して、pVax1によって免疫化したマウスは塗り潰した四角で表し、pTyrによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表す。従って、これらのデータは、pTyrワクチン接種がメラノーマに対する保護、すなわち無腫瘍生存率の増加及び腫瘍容積の低下を提供することを示した。
pTyrをワクチン接種したマウス由来の腫瘍においてMDSC数が減少する
pTyrによって免疫化したマウス及び非免疫化マウスにおけるMDSC数を調べ、pTyrのワクチン接種が、それぞれの群のマウス由来の腫瘍中のMDSC濃度を変化させるかを調査した。詳細には、免疫化マウス及び非免疫化マウスにおいてGr-1+及びCD11b+細胞の割合を調べた。
pTyrによって免疫化したマウス及び非免疫化マウスにおけるMDSC数を調べ、pTyrのワクチン接種が、それぞれの群のマウス由来の腫瘍中のMDSC濃度を変化させるかを調査した。詳細には、免疫化マウス及び非免疫化マウスにおいてGr-1+及びCD11b+細胞の割合を調べた。
図6及び7に示すように、pTyrによって免疫化したマウス由来の腫瘍内においては、非免疫化マウスと比較して、MDSC濃度が顕著に低下した(p=0.0004)。非免疫化マウスにおけるMDSC数のパーセンテージは40.00±4.826であった。pTyrによって免疫化したマウスMDSC数のパーセンテージは5.103±0.7718であった。従って、これらのデータは、pTyrによる免疫化が、pTyrをワクチン接種したマウスの腫瘍内のMDSC数を低減させたことを示した。
pTyrワクチン接種によりMCP-1濃度が低下する
MDSCはサイトカインMCP-1を分泌することが可能であり、MCP-1は内皮細胞の遊走による血管形成すなわち血管新生を促進する。上述のpTyrのワクチン接種の腫瘍中のMDSC濃度に対する効果を前提として、pTyrのワクチン接種後にMCP-1濃度を調べた。
MDSCはサイトカインMCP-1を分泌することが可能であり、MCP-1は内皮細胞の遊走による血管形成すなわち血管新生を促進する。上述のpTyrのワクチン接種の腫瘍中のMDSC濃度に対する効果を前提として、pTyrのワクチン接種後にMCP-1濃度を調べた。
図8Aに示すように、B16メラノーマ内のMDSCはMCP-1を分泌し得る。従って、pTyrによって免疫化したマウス及びpVax1によって免疫化したマウスにB16メラノーマを負荷し、pTyr免疫化がMCP-1濃度を変化させるかを調べた。ナイーブ・マウスを更なるコントロールとして含めた。負荷後に、MDSCを腫瘍組織から直接単離し、MCP-1サイトカイン濃度をELISAにより分析した。実験は1種3組で行い、2回繰り返した。
図8Bに示すように、B16メラノーマ又は腫瘍組織内のMDSCは顕著にMCP-1を分泌した(pVax1で免疫化したマウスを参照のこと)。しかしながら、pTyrによって免疫化したマウスは、MCP-1濃度の顕著な増加はなかった。むしろ、pTyrによって免疫化したマウスにおけるMCP-1濃度は、pVax1によって免疫化したマウスよりも約3分の1の低さであった。従って、これらのデータは、pTyrのワクチン接種が、pTyrによって免疫化したマウスの腫瘍内のMDSCによるMCP-1分泌の水準を低減することを示した。
pPRAMEの構築
PRAMEに関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスPRAME抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドpVAX(本明細書においてpVAX1としても知られる)のBamHI及びXhoI制限酵素部位に挿入し、pGX1411(本明細書においてpPRAMEとしても知られる)を得た(図10Aを参照のこと)。
PRAMEに関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスPRAME抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドpVAX(本明細書においてpVAX1としても知られる)のBamHI及びXhoI制限酵素部位に挿入し、pGX1411(本明細書においてpPRAMEとしても知られる)を得た(図10Aを参照のこと)。
pPRAMEがコンセンサスPRAME抗原の発現をもたらすことを確認するために、pVAX及びpPRAMEをRD細胞及び293T細胞中にトランスフェクトした。DAPIを用いて細胞核を染色し、コンセンサスPRAME抗原も蛍光染色した。この染色を、DAPIとコンセンサスPRAME抗原の染色との組み合わせと共に図10Bに示す。これらの染色により、PRAMEコンセンサス抗原がpPRAMEから発現され、pVAXでトランフェクトされた細胞中ではコンセンサスPRAME抗原が検知されなかったこと(すなわち、負のコントロール)が実証された。
加えて、トランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティング分析を用いて、トランスフェクトされた細胞中のコンセンサスPRAME抗原の発現を確認した(図10C)。非トランスフェクト細胞及びpVAXでトランスフェクトされた細胞を負のコントロールとして用いた(図10Cの、それぞれ「コントロール」及び「pVAX」と名付けられたレーンを参照のこと)。図10Cにおいて、β-アクチンの検知をローディング・コントロールとして用いた。まとめとして、トランスフェクトされた細胞の染色及びトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティングにより、ベクターpPRAMEが細胞内でのコンセンサスPRAME抗体の発現をもたらすことが実証された。
pPRAMEのワクチン接種に対するインターフェロン-ガンマ応答
上述のpPRAMEを用いてマウスにワクチン接種し、pPRAMEによって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。C57BL/6マウスを群に分けた。第1の群はナイーブであり、pPRAMEを接種されなかった。第2、第3、第4、第5、及び第6の群のマウスは、それぞれ5μg、10μg、15μg、25μg、及び50μgのpPRAMEの接種を受けた。
上述のpPRAMEを用いてマウスにワクチン接種し、pPRAMEによって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。C57BL/6マウスを群に分けた。第1の群はナイーブであり、pPRAMEを接種されなかった。第2、第3、第4、第5、及び第6の群のマウスは、それぞれ5μg、10μg、15μg、25μg、及び50μgのpPRAMEの接種を受けた。
免疫化後に、上記C57BL/6マウスより脾細胞を単離し、IFN-γ ELISpot分析によりインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)の誘導について評価した。図11A及び11Bに示すように、各pPRAMEの投与によって、負の対照であるナイーブ・マウスとは異なり、IFN-γの生成又は分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約3000倍~約4500倍IFN-γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスPRAME抗原をコードするpPRAMEのワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したIFN-γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
pNY-ESO-1の構築
NY-ESO-1に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドpVAX(本明細書においてpVAX1としても知られる)のBamHI及びXhoI制限酵素部位に挿入し、pGX1409(本明細書においてpNY-ESO-1としても知られる)を得た(図12Aを参照のこと)。
NY-ESO-1に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドpVAX(本明細書においてpVAX1としても知られる)のBamHI及びXhoI制限酵素部位に挿入し、pGX1409(本明細書においてpNY-ESO-1としても知られる)を得た(図12Aを参照のこと)。
pNY-ESO-1がコンセンサスNY-ESO-1抗原の発現をもたらすことを確認するために、pVAX及びpNY-ESO-1を細胞中にトランスフェクトした。DAPIを用いて細胞核を染色し、コンセンサスNY-ESO-1抗原も蛍光染色した。この染色を、DAPIとコンセンサスNY-ESO-1抗原の染色との組み合わせと共に図12Bに示す。これらの染色により、NY-ESO-1コンセンサス抗原がpNY-ESO-1から発現され、pVAXでトランフェクトされた細胞中ではコンセンサスNY-ESO-1抗原が検知されなかったこと(すなわち、負のコントロール)が実証された。
更に、293T及びRDのトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティング分析を用いて、トランスフェクトされた細胞中のコンセンサスNY-ESO-1抗原の発現を確認した(図12C)。非トランスフェクト細胞及びpVAXでトランスフェクトされた細胞を負のコントロールとして用いた(図12Cの、それぞれ「コントロール」及び「pVAX」と名付けられたレーンを参照のこと)。図12Cにおいて、α-アクチンの検知をローディング・コントロールとして用いた。まとめとして、トランスフェクトされた細胞の染色及びトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティングにより、ベクターpNY-ESO-1が細胞内でのコンセンサスNY-ESO-1抗体の発現をもたらすことが実証された。
pNY-ESO-1のワクチン接種に対するインターフェロン-ガンマ応答
上述のpNY-ESO-1を用いてマウスにワクチン接種し、pNY-ESO-1によって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。C57BL/6マウスを群に分けた。第1の群はナイーブであり、pNY-ESO-1を接種されなかった。第2及び第3の群のマウスは、それぞれ25μg及び50μgのpNY-ESO-1の接種を受けた。
上述のpNY-ESO-1を用いてマウスにワクチン接種し、pNY-ESO-1によって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。C57BL/6マウスを群に分けた。第1の群はナイーブであり、pNY-ESO-1を接種されなかった。第2及び第3の群のマウスは、それぞれ25μg及び50μgのpNY-ESO-1の接種を受けた。
免疫化後に、上記C57BL/6マウスより脾細胞を単離し、IFN-γ ELISpot分析によりインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)の誘導について評価した。図13に示すように、各pPRAMEの投与によって、負の対照であるナイーブ・マウスとは異なり、IFN-γの生成又は分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約700倍~約1100倍IFN-γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスNY-ESO-1抗原をコードするpNY-ESO-1のワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したIFN-γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
pNY-ESO-2のワクチン接種に対するインターフェロン-ガンマ応答
NY-ESO-2に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドpVAX(本明細書においてpVAX1としても知られる)のマルチクローニング部位に挿入し、pNY-ESO-2を得た。
NY-ESO-2に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクター又はプラスミドpVAX(本明細書においてpVAX1としても知られる)のマルチクローニング部位に挿入し、pNY-ESO-2を得た。
このpNY-ESO-2を用いてマウスにワクチン接種し、pNY-ESO-2により細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。C57BL/6マウスを群に分けた。第1の群はナイーブであり、pNY-ESO-2を接種されなかった。第2及び第3の群のマウスは、それぞれ25μg及び50μgのpNY-ESO-2の接種を受けた。
免疫化後に、上記C57BL/6マウスより脾細胞を単離し、IFN-γ ELISpot分析によりインターフェロン-ガンマ(IFN-γ)の誘導について評価した。図14に示すように、各pNY-ESO-2の投与によって、負の対照であるナイーブ・マウスとは異なり、IFN-γの生成又は分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約400倍~約500倍IFN-γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスNY-ESO-2抗原をコードするpNY-ESO-2のワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したIFN-γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
前述の詳細な説明及び添付の実施例は単に例証であり、添付された特許請求の範囲及びそれらの等価物によってのみ定義される本発明の範囲の限定としてみなすべきではないことが理解される。
開示された実施形態に対する、様々な変更及び修正は当業者に明白であろう。そのような変更及び修正は、本発明の化学構造、代替物、誘導体、中間体、合成物、組成物、製剤又は使用の方法に関するものを限定することなく含み、本発明の精神及び範囲から逸脱することなく行うことができる。
Claims (24)
- (a)以下からなる群より選択される1種又は複数種のアミノ酸配列をコードする核酸、
(i)チロシナーゼ(Tyr)のアミノ酸配列(配列番号2)、
(ii)チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)のアミノ酸配列(配列番号4)、
(iii)チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)のアミノ酸配列(配列番号6)、
(iv)メラノーマ関連抗原4タンパク質(MAGEA4)のアミノ酸配列(配列番号8)、
(v)成長ホルモン放出ホルモン(GHRH)のアミノ酸配列(配列番号10)、
(vi)MART-1/メラン-A抗原(MART-1/Melan-A)のアミノ酸配列(配列番号12)、
(vii)ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)のアミノ酸配列(配列番号14)、
(viii)ガン・精巣抗原II(NY-ESO-2)のアミノ酸配列(配列番号16)、
(ix)PRAMEのアミノ酸配列(配列番号18)、
(x)WT1のアミノ酸配列(配列番号20)、
(xi)WTIのアミノ酸配列(配列番号22)、及び
(xii)hTERTのアミノ酸配列(配列番号24)、
(b)以下からなる群より選択される1種又は複数種のアミノ酸配列をコードする核酸、
(i)チロシナーゼ(Tyr)のアミノ酸配列(配列番号2)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(ii)チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1)のアミノ酸配列(配列番号4)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(iii)チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)のアミノ酸配列(配列番号6)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(iv)メラノーマ関連抗原4タンパク質(MAGEA4)のアミノ酸配列(配列番号8)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(v)成長ホルモン放出ホルモン(GHRH)のアミノ酸配列(配列番号10)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(vi)MART-1/メラン-A抗原(MART-1/Melan-A)のアミノ酸配列(配列番号12)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(vii)ガン・精巣抗原(NY-ESO-1)のアミノ酸配列(配列番号14)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(viii)ガン・精巣抗原II(NY-ESO-2)のアミノ酸配列(配列番号16)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(ix)PRAMEのアミノ酸配列(配列番号18)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(x)WT1のアミノ酸配列(配列番号20)と95%以上同一であるアミノ酸配列、
(xi)WT1のアミノ酸配列(配列番号22)と95%以上同一であるアミノ酸配列、及び
(xii)hTERTのアミノ酸配列(配列番号24)と95%以上同一であるアミノ酸配列、又は
(c)(a)及び(b)の組み合わせ
を含むワクチン。 - PSA、PSMA、STEAP、PSCA、MAGE A1、gp100、ウィルス抗原、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される1種又は複数種の抗原をコードする核酸を更に含む、請求項1に記載のワクチン。
- 前記ウィルス抗原がB型肝炎ウィルス(HBV)、C型肝炎ウィルス(HCV)、又はヒト乳頭腫ウィルス(HPV)由来の抗原である、請求項2に記載のワクチン。
- 前記HBV抗原がHBVコア抗原若しくはHBV表面抗原、又はそれらの組み合わせである、請求項3に記載のワクチン。
- 前記HCV抗原がHCV NS34A抗原、HCV NS5A抗原、HCV NS5B抗原、HCV NS4B抗原、又はそれらの組み合わせである、請求項3に記載のワクチン。
- 前記HPV抗原がHPV 6 E6型抗原、HPV 6 E7型抗原、HPV 11 E6型抗原、HPV 11 E7抗原、HPV 16 E6抗原、HPV 16 E7抗原、HPV 18 E6抗原、HPV 18 E7抗原、又はそれらの組み合わせである、請求項3に記載のワクチン。
- 抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫チェックポイント阻害剤を更に含む、請求項1に記載のワクチン。
- 前記核酸の分子が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、及び配列番号23からなる群より選択される1種又は複数種のヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載のワクチン。
- 前記核酸がプラスミドである、請求項1に記載のワクチン。
- 前記核酸が1種又は複数種のプラスミドである、請求項1に記載のワクチン。
- アジュバントを更に含む、請求項1に記載のワクチン。
- 前記アジュバントがIL-12、IL-15、IL-28、又はRANTESである、請求項11に記載のワクチン。
- それを必要とする対象におけるガンの治療方法であって、請求項1に記載のワクチンを前記対象に投与することを含む前記治療方法。
- 投与が電気穿孔ステップを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記対象に免疫チェックポイント阻害剤を投与することを更に含む、請求項13に記載の方法。
- 前記免疫チェックポイント阻害剤が抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項15に記載の方法。
- 前記ワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤が単一の製剤中で前記対象に投与される、請求項15に記載の方法。
- 前記ワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤が別個に前記対象に投与される、請求項15に記載の方法。
- 前記ガンが、メラノーマ、頭頚部ガン、前立腺ガン、肝ガン、子宮頸ガン、再発性呼吸器乳頭腫症(RRP)、肛門ガン、血液ガン、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項13に記載の方法。
- 配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号1と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号3と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号5と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号7と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号9と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号11と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号13と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号15と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号17と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号19と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号21と95%以上同一であるヌクレオチド配列、配列番号23と95%以上同一であるヌクレオチド配列、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される1種又は複数種のヌクレオチド配列を含む核酸分子。
- 前記ヌクレオチド配列がプラスミドである、請求項20に記載の核酸分子。
- 前記ヌクレオチド配列が1種又は複数種のプラスミドである、請求項21に記載の核酸分子。
- 配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号2と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号4と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号6と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号8と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号10と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号12と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号14と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号16と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号18と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号20と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号22と95%以上同一であるアミノ酸配列、配列番号24と95%以上同一であるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される1種又は複数種のアミノ酸配列を含むアミノ酸分子。
- それを必要とする対象におけるガンの予防又は治療方法であって、
(a)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、膠芽腫を治療若しくは予防するために、CMVガン抗原を含むワクチンを投与すること、又は前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、CMVガン抗原を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(b)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原PSA、PSMA、若しくはSTEAPの1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、前立腺ガンを治療若しくは予防するために、PSA、PSMA、若しくはSTEAPを、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(c)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(d)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原HPV 16 E6若しくはHPV 16 E7の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、頭頚部ガンを治療若しくは予防するために、HPV 16 E6若しくはHPV 16 E7を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(e)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、ガン抗原チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、メラノーマを治療若しくは予防するために、チロシナーゼ、PRAME、若しくはGP-100を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(f)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原HPV 6、HPV 11、若しくはHPV 16の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肛門ガンを治療若しくは予防するために、HPV 6、HPV 11、若しくはHPV 16を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(g)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、ガン抗原HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCV NS34A、HCV NS5A、HCV NS5B、若しくはHCV NS4Bの1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、肝臓を治療若しくは予防するために、HBVコア抗原、HBV表面抗原、HCV NS34A、HCV NS5A、HCV NS5B、若しくはHCV NS4Bを、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
(h)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原HPV 16 E6/E7若しくはHPV 18 E6/E7の1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、子宮頸ガンを治療若しくは予防するために、HPV 16 E6/E7若しくはHPV 18 E6/E7を、ガン抗原hTERT、NY-ESO-1、MAGE-A1若しくはWT1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、あるいは
(i)前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、ガン抗原PRAME、WT-1、若しくはhTERTの1種又は複数種を含むワクチンを投与すること、又は、前記予防又は治療方法を必要とする対象に対して、血液ガンを治療若しくは予防するために、PRAME、WT-1、若しくはhTERTを、ガン抗原NY-ESO-1若しくはMAGE-A1のいずれかの1種又は複数種との組み合わせで含むワクチンを投与すること、
を含み、
投与ステップ(a)~(i)を、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせることを更に含んでいてもよい、前記治療方法。
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