JP2022502079A - がん関連抗体組成物および使用方法 - Google Patents
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Abstract
本明細書における開示は、がんの処置および診断に使用される新規ながん関連抗体に関する。本明細書に開示される抗体の完全なポリペプチドおよび核酸コンセンサス配列は、インシリコで再構築される。
Description
相互参照
[0001]本出願は、２０１８年９月１９日出願の米国仮特許出願第６２／７３３，４４４号、２０１８年９月１９日出願の米国仮特許出願第６２／７３３，４４３号、２０１８年９月１９日出願の米国仮特許出願第６２／７３３，４３５号の利益を主張し、これらはそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
[0001]本出願は、２０１８年９月１９日出願の米国仮特許出願第６２／７３３，４４４号、２０１８年９月１９日出願の米国仮特許出願第６２／７３３，４４３号、２０１８年９月１９日出願の米国仮特許出願第６２／７３３，４３５号の利益を主張し、これらはそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
[0002]がんに対する免疫応答の仲介における細胞傷害性Ｔ細胞の役割は十分に確立されているが、Ｂ細胞の役割はあまり知られていない。特に、がん患者において同定された抗体の効果は依然として不明である。一部の研究では、このような抗体が腫瘍の進行を促進する可能性が示唆されているが、他の研究では、抗腫瘍免疫を刺激する可能性があることが報告されている。
[0003]一態様では、本明細書には、相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片が提供され、ＣＤＲ−Ｈ１は配列番号８５〜９８のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２は配列番号５７〜７０のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３は配列番号２９〜４２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0004]一態様では、本明細書には、相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片が提供され、ＣＤＲ−Ｌ１は配列番号９９〜１１２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は配列番号７１〜８４のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３は配列番号４３〜５６のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0005]一態様では、本明細書には、相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）が配列番号８５〜９８のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５７〜７０のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号２９〜４２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３と、相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）が配列番号９９〜１１２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号７１〜８４のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号４３〜５６のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３とを含む抗体またはその抗原結合性断片が提供される。
[0006]一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、またはＩｇＭ抗体である。一部の実施形態では、ＩｇＧは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＧＡ１、またはＩｇＧＡ２である。一部の実施形態では、抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、モノクローナル抗体、脱免疫抗体、二特異性抗体、多特異性抗体、またはそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗体は多特異性抗体である。一部の実施形態では、抗体は多価抗体である。一部の実施形態では、抗原結合性断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、線状抗体、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ラクダ科ＶＨＨドメイン、または抗体断片から形成される多特異的抗体を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、組換えまたは合成である。
[0007]一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、酵素、基質、補因子、蛍光マーカー、化学発光マーカー、ペプチドタグ、磁性粒子、薬物、毒素、放射性核種、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、またはそれらの組み合わせをさらに含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍細胞またはがん細胞に対して細胞溶解性である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍成長またはがん細胞増殖を阻害する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、皮膚がんを治療するのに有用である。一部の実施形態では、皮膚がんは、基底細胞癌腫、扁平上皮癌腫、皮膚黒色腫、メルケル細胞癌腫、非定型線維黄色腫、皮膚リンパ腫、または皮膚線維肉腫である。一部の実施形態では、皮膚黒色腫は、表在性黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、爪下黒色腫、悪性黒子黒色腫、線維形成性黒色腫、粘膜黒色腫、またはポリープ状黒色腫である。
[0008]一態様では、本明細書には、（ａ）配列番号１〜１４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有する再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖、（ｂ）配列番号１５〜２８のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有する再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖を含む抗体またはその抗原結合性断片が提供される。
[0009]一態様では、本明細書には、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片を産生するハイブリドーマが提供される。
[0010]一態様では、本明細書には、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片を含む融合タンパク質が提供される。
[0010]一態様では、本明細書には、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片を含む融合タンパク質が提供される。
[0011]本明細書には、（ａ）上記に開示された態様のいずれか１つの抗原結合性断片、（ｂ）膜貫通ドメイン、および（ｃ）細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体またはＴ細胞受容体融合タンパク質が提供される。
[0012]本明細書には、（ｉ）上記に開示された態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片、および（ｉｉ）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットを含むＴ細胞受容体融合タンパク質が提供される。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトまたはヒト化抗がん抗原結合ドメインを含む。一部の実施形態では、ＴＣＲサブユニットは、（ｉ）ＴＣＲ細胞外ドメインの少なくとも一部、（ｉｉ）膜貫通ドメイン、および（ｉｉｉ）細胞内シグナル伝達ドメインからの刺激ドメインを含むＴＣＲ細胞内ドメインを含む。一部の実施形態では、ＴＣＲサブユニットの細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３イプシロンのみに由来するかまたはＣＤ３ガンマのみに由来する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片およびＴＣＲ細胞外ドメインは、リンカー配列によって連結される。一部の実施形態では、リンカー配列は、（Ｇ４Ｓ）ｎの配列を含み、Ｇはグリシンであり、Ｓはセリンであり、ｎ＝１〜４である。
[0013]本明細書には、上記の態様のいずれか１つのＴ細胞受容体融合タンパク質をコードする単離された核酸分子が提供される。
[0014]本明細書には、上記される単離された核酸分子を含むベクターが提供される。
[0014]本明細書には、上記される単離された核酸分子を含むベクターが提供される。
[0015]本明細書には、上記される単離された核酸分子またはベクターを含む宿主細胞が提供される。一部の実施形態では、宿主細胞はＴ細胞である。
[0016]一態様では、本明細書には、上記されるＴ細胞受容体融合タンパク質を発現するＴ細胞が提供される。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体融合タンパク質は、内因性Ｔ細胞受容体と機能的に統合される。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞である。
[0016]一態様では、本明細書には、上記されるＴ細胞受容体融合タンパク質を発現するＴ細胞が提供される。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体融合タンパク質は、内因性Ｔ細胞受容体と機能的に統合される。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞である。
[0017]本明細書には、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片、および治療剤を含むイムノコンジュゲートが提供される。
[0018]本明細書には、上記される抗体またはその抗原結合性断片および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物または医薬が提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は第２の治療剤をさらに含む。一部の実施形態では、第２の治療剤は、抗がん剤、細胞傷害剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、抗がん剤は、抗がん抗体または化学療法剤である。
[0018]本明細書には、上記される抗体またはその抗原結合性断片および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物または医薬が提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は第２の治療剤をさらに含む。一部の実施形態では、第２の治療剤は、抗がん剤、細胞傷害剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、抗がん剤は、抗がん抗体または化学療法剤である。
[0019]一部の実施形態では、医薬組成物は、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、筋肉内、脳室内、頭蓋内、腔内、または小脳内投与経路を介して投与するために製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、水性形態または凍結乾燥形態である。一部の実施形態では、医薬組成物は、シリンジ、先端を丸くしたシリンジ、カテーテル、および移植可能なポンプからなる群から選択される送達デバイスに含まれる。
[0020]本明細書には、がんを治療するための上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片の使用が提供される。一部の実施形態では、上記される抗体またはその抗原結合性断片のイムノコンジュゲートは、医薬の製造に使用される。一部の実施形態では、医薬は、がんの処置のためである。
[0021]一態様では、本明細書には、がんに罹患している対象を治療する方法が提供され、本方法は、上記の態様のいずれか１つの治療有効量の抗体またはその抗原結合性断片を対象に投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍細胞に対して細胞溶解性である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍成長を阻害する。一部の実施形態では、がんは皮膚がんである。一部の実施形態では、皮膚がんは、基底細胞癌腫、扁平上皮癌腫、皮膚黒色腫、メルケル細胞癌腫、非定型線維黄色腫、皮膚リンパ腫、または皮膚線維肉腫である。一部の実施形態では、皮膚黒色腫は、表在性黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、爪下黒色腫、悪性黒子黒色腫、線維形成性黒色腫、粘膜黒色腫、またはポリープ状黒色腫である。
[0022]一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、筋肉内または頭蓋内に投与される。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。一部の実施形態では、第２の治療剤は、抗がん剤、放射線療法、細胞傷害性剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、抗がん剤は、抗がん抗体または化学療法剤である。一部の実施形態では、第２の治療剤は、抗体またはその抗原結合性断片の投与の前、同時、または後に投与される。
[0023]本明細書には、（ａ）ＣＤＲ−Ｈ１をコードする核酸配列であって、配列番号１９７〜２１０から選択される核酸配列、（ｂ）ＣＤＲ−Ｈ２をコードする核酸配列であって、配列番号１６９〜１８２から選択される核酸配列、（ｃ）ＣＤＲ−Ｈ３をコードする核酸配列であって、配列番号１４１〜１５４から選択される核酸配列、（ｄ）ＣＤＲ−Ｌ１をコードする核酸配列であって、配列番号２１１〜２２４から選択される核酸配列、（ｅ）ＣＤＲ−Ｌ２をコードする核酸配列であって、配列番号１８３〜１９６から選択される核酸配列、および（ｆ）ＣＤＲ−Ｌ３をコードする核酸配列であって、配列番号１５５〜１６８から選択される核酸配列のうちの少なくとも１つを含む単離された核酸分子が提供される。
[0024]本明細書には、抗体の重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離された核酸分子が提供され、核酸配列は配列番号１１３〜１２６のいずれか１つから選択される。
[0025]本明細書には、抗体の軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離された核酸分子が提供され、核酸配列は配列番号１２７〜１４０のいずれか１つから選択される。
[0026]本明細書には、上記される単離された核酸分子を含むベクターが提供される。一部の実施形態では、単離された核酸分子は、調節制御配列に機能的に連結される。
[0027]本明細書には、上記されるベクターまたは単離された核酸分子を含む宿主細胞が提供される。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片を産生する方法であって、本方法は、（ａ）上記される宿主細胞を、単離された核酸分子によってコードされるポリペプチドの発現、および抗体またはその抗原結合性断片のアセンブルを可能にする条件下で、培地中で培養する工程、および（ｂ）抗体またはその抗原結合性断片を、培養細胞または細胞の培地から精製する工程を含む。
[0027]本明細書には、上記されるベクターまたは単離された核酸分子を含む宿主細胞が提供される。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片を産生する方法であって、本方法は、（ａ）上記される宿主細胞を、単離された核酸分子によってコードされるポリペプチドの発現、および抗体またはその抗原結合性断片のアセンブルを可能にする条件下で、培地中で培養する工程、および（ｂ）抗体またはその抗原結合性断片を、培養細胞または細胞の培地から精製する工程を含む。
[0028]本明細書には、（ａ）治療有効量の上記される抗体またはその抗原結合性断片のうちの少なくとも１つを含むキットが提供される。一部の実施形態では、キットは、治療有効量の第２の治療剤をさらに含む。一部の実施形態では、第２の治療剤は、抗がん剤、放射線療法、細胞傷害性剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、抗がん剤は、抗がん抗体または化学療法剤である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、凍結乾燥形態または水性形態である。一部の実施形態では、再構成溶液または希釈剤をさらに含む。
[0029]一態様では、本明細書には、（ａ）配列番号８５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号９９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む、イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）タンパク質またはそのバリアントを含有するＳｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメインに結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供される。
[0030]一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、可変軽鎖は配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＳＨＩＰ１、マウスＳＨＩＰ１、ラットＳＨＩＰ１、ウシＳＨＩＰ１、カニクイザルＳＨＩＰ１に結合する。一部の実施形態では、ヒトＳＨＩＰ１は、配列番号２８１の配列を含む。
[0031]一態様では、本明細書には、ＳＨＩＰ１に結合するために上記される抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体はヒトＳＨＩＰ１およびマウスＳＨＩＰ１に結合する。
[0032]一態様では、本明細書には、（ａ）配列番号８７の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５９のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０１の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７３のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４５のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む、クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）またはそのバリアントに結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供される。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＣＢＸ、マウスＣＢＸ、ラットＣＢＸ、ウシＣＢＸ、またはカニクイザルＣＢＸに結合する。
[0033]一部の実施形態では、クロモボックス（ＣＢＸ）タンパク質は、クロモボックスタンパク質ホモログ１、クロモボックスタンパク質ホモログ３、またはクロモボックスタンパク質ホモログ５である。一部の実施形態では、ＣＢＸタンパク質は、配列番号２８６の配列を含むヒトＣＢＸ１である。一部の実施形態では、ＣＢＸタンパク質は、配列番号２９１の配列を含むヒトＣＢＸ３である。一部の実施形態では、ＣＢＸタンパク質は、配列番号２９６の配列を含むヒトＣＢＸ５である。
[0034]本明細書には、ＣＢＸタンパク質への結合に関して、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体はヒトＣＢＸおよびマウスＣＢＸに結合する。
[0035]本明細書には、がん／精巣抗原１Ｂ（ＣＴＡＧ１Ａ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供され、（ａ）配列番号８９の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６１のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３３のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０３の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７５のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４７のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または（ｃ）（ａ）可変重鎖と（ｂ）可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＣＴＡＧ１Ａ、マウスＣＴＡＧ１Ａ、ラットＣＴＡＧ１Ａ、ウシＣＴＡＧ１Ａ、カニクイザルＣＴＡＧ１Ａと結合する。一部の実施形態では、ヒトＣＴＡＧ１Ａは、配列番号３０１の配列を含む。
[0036]一態様では、本明細書には、ＣＴＡＧ１Ａへの結合に関して、上記される抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であり、抗体はヒトＣＴＡＧ１ＡおよびマウスＣＴＡＧ１Ａに結合する。
[0037]一態様では、本明細書には、以下の少なくとも１つを含む、アルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質（ＡＡＧＡＢ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供される。
[0038]（ａ）配列番号９０の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６２のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３４のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０４の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７６のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４８のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＡＡＧＡＢ、マウスＡＡＧＡＢ、ラットＡＡＧＡＢ、ウシＡＡＧＡＢ、カニクイザルＡＡＧＡＢに結合する。一部の実施形態では、ヒトＡＡＧＡＢは、配列番号３０３の配列を含む。
[0039]本明細書には、ＡＡＧＡＢへの結合に関して、上記される抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体は、ヒトＡＡＧＡＢおよびマウスＡＡＧＡＢに結合する。
[0040]一態様では、本明細書には、キネシン軽鎖４タンパク質（ＫＬＣ４）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供され、（ａ）配列番号９１の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６３のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３５のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０５の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７７のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４９のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＫＬＣ４、マウスＫＬＣ４、ラットＫＬＣ４、ウシＫＬＣ４、カニクイザルＫＬＣ４に結合する。一部の実施形態では、ヒトＫＬＣ４は、配列番号３０８の配列を含む。
[0041]本明細書には、ＫＬＣ４への結合に関して、上記される抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体は、ヒトＫＬＣ４およびマウスＫＬＣ４に結合する。
[0042]本明細書には、黒色腫関連抗原３（ＭＡＧＥ−Ａ３）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供され、（ａ）配列番号９２の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６４のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３６のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０６の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７８のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５０のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＭＡＧＥ−Ａ３、マウスＭＡＧＥ−Ａ３、ラットＭＡＧＥ−Ａ３、ウシＭＡＧＥ−Ａ３、カニクイザルＭＡＧＥ−Ａ３に結合する。一部の実施形態では、ヒトＭＡＧＥ−Ａ３は、配列番号３１３の配列を含む。
[0043]一態様では、本明細書には、ＭＡＧＥ−Ａ３への結合に関して、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体は、ヒトＭＡＧＥ−Ａ３およびマウスＭＡＧＥ−Ａ３に結合する。
[0044]本明細書には、無機ピロホスファターゼ（ＰＰＡ１）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供され、（ａ）配列番号９４の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６６のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３８のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０８の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８０のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５２のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0045]一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＰＰＡ１、マウスＰＰＡ１、ラットＰＰＡ１、ウシＰＰＡ１、カニクイザルＰＰＡ１に結合する。一部の実施形態では、ヒトＰＰＡ１は、配列番号３１５の配列を含む。
[0046]本明細書には、ＰＰＡ１への結合に関して、上記の態様の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体はヒトＰＰＡ１およびマウスＰＰＡ１に結合する。
[0047]本明細書には、インターロイキン−１４Ａ（ＩＬ−１４Ａ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供され、（ａ）配列番号９５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は、配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＩＬ−１４Ａ、マウスＩＬ−１４Ａ、ラットＩＬ−１４Ａ、ウシＩＬ−１４Ａ、カニクイザルＩＬ−１４Ａに結合する。一部の実施形態では、ヒトＩＬ−１４Ａは、配列番号３１９の配列を含む。
[0048]本明細書には、ＩＬ−１４Ａへの結合に関して、上記の態様の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体は、ヒトＩＬ−１４ＡおよびマウスＩＬ−１４Ａに結合する。
[0049]本明細書には、Ｏ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）トランスフェラーゼ（ＯＧＴ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片が提供され、（ａ）配列番号９８の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号７０のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４２のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１１２の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８４のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５６のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＯＧＴ、マウスＯＧＴ、ラットＯＧＴ、ウシＯＧＴ、カニクイザルＯＧＴに結合する。一部の実施形態では、ヒトＯＧＴは、配列番号３２４の配列を含む。
[0050]本明細書には、ＯＧＴへの結合に関して、上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体が提供され、抗体は、ヒトＯＧＴおよびマウスＯＧＴに結合する。
[0051]一態様では、本明細書には、（ａ）抗体またはその抗原結合性断片と抗原との選択的結合を可能にする条件下で、試料を上記の態様のいずれか１つの抗体またはその抗原結合性断片と接触させて、抗体−抗原複合体を形成する工程と、（ｂ）免疫検出法によって抗体−抗原複合体の存在または不存在を検出する工程とを含む免疫組織化学アッセイが提供される。一部の実施形態では、試料は、血液試料または組織試料である。一部の実施形態では、試料は、がんに罹患していると疑われるかまたはがんと診断された対象由来である。
[0052]本明細書には、細胞、組織、臓器または対象におけるＳｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメイン含有イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）関連状態を診断または治療するための方法が提供され、以下を含む：
[0053]有効量の上記のいずれか１つの態様の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与すること。
[0053]有効量の上記のいずれか１つの態様の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与すること。
[0054]一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号８５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号９９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、可変軽鎖は、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0055]本明細書には、細胞、組織、臓器または対象において、クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）またはそのバリアントに関連する状態を診断または治療するための方法が提供され、以下を含む：
[0056]上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与すること。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号８７の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５９のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０１の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７３のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４５のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）は、クロモボックスタンパク質ホモログ１、クロモボックスタンパク質ホモログ３、またはクロモボックスタンパク質ホモログ５である。
[0056]上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与すること。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号８７の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５９のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０１の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７３のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４５のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。一部の実施形態では、クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）は、クロモボックスタンパク質ホモログ１、クロモボックスタンパク質ホモログ３、またはクロモボックスタンパク質ホモログ５である。
[0057]本明細書には、細胞、組織、臓器、または対象におけるがん／精巣抗原１Ｂ（ＣＴＡＧ１Ａ）に関連する状態を診断または治療するための方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号８９の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６１のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３３のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０３の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７５のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４７のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0058]本明細書には、細胞、組織、臓器または対象におけるアルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質（ＡＡＧＡＢ）に関連する状態を診断または治療するための方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号９０の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６２のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３４のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０４の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７６のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４８のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0059]本明細書には、細胞、組織、臓器、または対象におけるキネシン軽鎖４タンパク質（ＫＬＣ４）に関連する状態を診断または治療する方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器、もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号９１の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６３のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３５のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０５の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７７のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４９のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0060]本明細書には、細胞、組織、臓器、または対象における黒色腫関連抗原３（ＭＡＧＥ−Ａ３）に関連する状態を診断または治療する方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器、もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号９２の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６４のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３６のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０６の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７８のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５０のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0061]本明細書には、細胞、組織、臓器、または対象における無機ピロホスファターゼ（ＰＰＡ１）に関連する状態を診断または治療する方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号９４の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６６のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３８のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０８の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８０のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５２のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0062]本明細書では、細胞、組織、臓器または対象におけるインターロイキン−１４Ａ（ＩＬ−１４Ａ）に関連する状態を診断または治療するための方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号９５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１０９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
[0063]本明細書に、細胞、組織、臓器または対象におけるＯ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）転移酵素（ＯＧＴ）に関連する状態を診断または治療する方法が提供され、上記の態様のいずれか１つの、有効量の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器もしくは対象と接触させるかまたはそれに投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、（ａ）配列番号９８の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号７０のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４２のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域、（ｂ）配列番号１１２の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８４のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５６のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域、または（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、可変重鎖は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖は配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む。
参考文献による組み込み
[0064]本明細書に記載される全ての刊行物、特許および特許出願は、各個別の刊行物、特許または特許出願が、参照により組み込まれるように具体的であり、個別に示されたものと同じ範囲で参照により本明細書に組み込まれる。
[0064]本明細書に記載される全ての刊行物、特許および特許出願は、各個別の刊行物、特許または特許出願が、参照により組み込まれるように具体的であり、個別に示されたものと同じ範囲で参照により本明細書に組み込まれる。
[0065]本発明の新規な特徴を、特に添付した特許請求の範囲とともに説明する。本発明の原理を利用する実例的な実施形態を説明する以下の詳細な説明および添付した図面を参照することによって、本発明の特徴および利点をより良く理解することができる。
[0093]当然に、これらは変化し得るため、本出願は特定の製剤またはプロセスパラメータに限定されないことを理解されたい。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態のみを説明する目的で使用され、限定することを意図しないことも理解されたい。さらに、本発明の実施において、本明細書に記載されるものと類似または同等の多数の方法および材料を使用することができることが理解される。
[0094]本出願によれば、当該技術分野において十分に説明されているように、従来の分子生物学、微生物学、および組換えＤＮＡ技術を用いることができる。
[0095]以下の定義は、当該技術分野における定義を補足するものであり、現在の出願を対象としており、例えば、共通して所有されている特許または出願にいずれも関連または無関係の場合に帰属されるものではない。したがって、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態のみを説明する目的であり、限定することを意図しない。
[0095]以下の定義は、当該技術分野における定義を補足するものであり、現在の出願を対象としており、例えば、共通して所有されている特許または出願にいずれも関連または無関係の場合に帰属されるものではない。したがって、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態のみを説明する目的であり、限定することを意図しない。
[0096]本出願において、単数形の使用は、特に断らない限り、複数形を含む。本明細書で使用されるように、単数形「１つ（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が明確に別段の指示をしない限り、複数の指示対象を含むことに留意されたい。さらに、用語「含んでいる」、ならびに「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含んだ」などの他の形態の使用は、限定するものではない。
[0097]用語「および／または」および「それらの任意の組み合わせ」および本明細書で使用されるそれらの文法的同等物は、互換的に使用することができる。これらの用語は、任意の組み合わせが特に意図されていることを伝えることができる。例示の目的のためだけに、以下の語句「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」または「Ａ、Ｂ、Ｃ、またはそれらの任意の組み合わせ」は、「Ａ、個別に；Ｂ、個別に；Ｃ、個別に；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；ＡおよびＣ；ならびに、Ａ、ＢおよびＣ」を意味することができる。
[0098]用語「または」は、文脈が特に選言的使用に言及していない限り、結合的にまたは分離的に使用することができる。
[0099]用語「約」または「およそ」は、当業者によって決定される特定の値について許容可能な誤差範囲内を意味し、その値がどのように測定または決定されるか、すなわち、測定システムの限界に部分的に依存する。例えば、「約」とは、当該技術分野における実施ごとに、１標準偏差または１を超える標準偏差内を意味することができる。あるいは、「約」は、所与の値の最大２０％、最大１０％、最大５％、または最大１％の範囲を意味し得る。あるいは、特に生物システムまたはプロセスに関して、この用語は、値の１桁以内、好ましくは５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味することができる。特定の値が出願および請求項に記載されている場合、別段の記載がない限り、特定の値に対する許容可能な誤差範囲内を意味する「約」なる用語が仮定されるべきである。
[0099]用語「約」または「およそ」は、当業者によって決定される特定の値について許容可能な誤差範囲内を意味し、その値がどのように測定または決定されるか、すなわち、測定システムの限界に部分的に依存する。例えば、「約」とは、当該技術分野における実施ごとに、１標準偏差または１を超える標準偏差内を意味することができる。あるいは、「約」は、所与の値の最大２０％、最大１０％、最大５％、または最大１％の範囲を意味し得る。あるいは、特に生物システムまたはプロセスに関して、この用語は、値の１桁以内、好ましくは５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味することができる。特定の値が出願および請求項に記載されている場合、別段の記載がない限り、特定の値に対する許容可能な誤差範囲内を意味する「約」なる用語が仮定されるべきである。
[00100]本明細書および請求項（複数可）において使用される場合、「含んでいる」（「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」などの任意の形態を含む）、「有している」（「有する（ｈａｖｅ）」および「有する（ｈａｓ）」などの任意の形態を含む）、「含んでいる」（「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」などの任意の形態を含む）、または「含有している」（「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」および「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」などの任意の形態を含む）なる用語は、包括的または開放的であり、追加の引用されていないエレメントまたは方法工程を排除しない。本明細書において検討される任意の実施形態は、本発明の任意の方法または組成物に関して実施することができ、その逆も可能であることが企図される。さらに、本発明の組成物を使用して、本発明の方法を達成することができる。
[00101]本明細書で使用される場合、用語「から本質的になる」とは、所与の実施形態に必要とされるエレメントを指す。この用語は、本発明のその実施形態の基本的であり、新規なまたは機能的な特徴（複数可）に実質的に影響を及ぼさないエレメントの存在を可能にする。
[00102]本明細書で使用される場合、用語「からなる」は、本明細書に記載されるような組成物、方法、およびそれらの各成分を指し、実施形態のその説明に記載されていない任意のエレメントを排除する。
[00103]明細書において、「一部の実施形態」、「実施形態」、「一実施形態」または「他の実施形態」への言及は、実施形態に関連して記載された特定の特性、構造または特徴が、本発明の少なくとも一部の実施形態に含まれていることを意味するが、必ずしも全ての実施形態に含まれているわけではない。
[00104]用語「疾患」、「障害」、または「状態」は、本明細書においては互換的に使用され、身体の状態または臓器の一部における何らかの変化を指し、機能の遂行を中断するかもしくは妨げ、および／または不快感、機能不全、苦痛、または死亡のような症状を苦しんでいるヒトまたはヒトと接触しているヒトに引き起こす。疾患または障害はまた、ジステンパー、不調（ａｉｌｉｎｇ）、病気（ａｉｌｍｅｎｔ）、病気（ｍａｌａｄｙ）、障害、病気（ｓｉｃｋｎｅｓｓ）、病気（ｉｌｌｎｅｓｓ）、病状（ｃｏｍｐｌａｉｎｔ）、または病気（ａｆｆｅｃｔｉｏｎ）に関連し得る。
[00105]「それを必要とする」という用語は、治療的または予防的処置との関連で使用される場合、疾患を有すること、疾患と診断されること、または、例えば、疾患を発症するリスクがある者について、疾患を予防する必要があることを意味する。したがって、それを必要とする対象は、疾患を治療または予防することを必要とする対象であり得る。
[00106]本明細書で使用される場合、用語「投与する」とは、化合物（例えば、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片）を、所望の部位への薬剤の少なくとも部分的な送達をもたらす方法または経路によって対象に配置することを指す。本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片を含む医薬組成物は、限定されはないが、静脈内、動脈内、注射または組織実質への直接注入などを含む、対象に有効な処置をもたらす任意の適切な経路によって投与することができる。必要に応じてまたは場合により、投与には、例えば、脳室内（「ｉｃｖ」）投与、鼻腔内投与、頭蓋内投与、腔内投与、小脳内投与、またはくも膜下腔内投与が含まれ得る。
[00107]用語「がん」とは、異常細胞の急速であり、制御不能な増殖によって特徴付けられる疾患を指す。がん細胞は局所的に拡がることがあり、または血流およびリンパ系を介して生体の他の部位に拡がることがある。
[00108]用語「抗腫瘍効果」とは、種々の手段、例えば、限定されないが、腫瘍体積の減少、腫瘍細胞数の減少、転移数の減少、平均寿命の増加、腫瘍細胞増殖の減少、腫瘍細胞生存の減少、またはがん性状態に関連する種々の生理学的症状の改善によって発現し得る生物学的効果を指す。「抗腫瘍効果」はまた、本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、細胞および抗体の、そもそも腫瘍の発生を防止する能力によっても表すことができる。
[00109]本明細書で使用される場合、「対象」、「患者」、「個体」および類似の用語は、互換的に使用され、脊椎動物、哺乳動物、霊長類、またはヒトを指す。哺乳類には、限定されないが、ヒト、霊長類、げっ歯類、野生動物または家畜動物、例えば、野生化した動物、家畜、スポーツ動物およびペットが含まれる。霊長類には、例えば、チンパンジー、カニクイザル、クモサル、およびマカク、例えば、アカゲザルが含まれる。げっ歯類には、例えば、マウス、ラット、ウッドチャック、フェレット、ウサギおよびハムスターが含まれる。家畜および狩猟動物には、例えば、ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、バッファロー、ネコ種、例えば、家畜ネコ、およびイヌ種、例えば、イヌ、キツネ、オオカミ、トリ種、例えば、ニワトリ、エム、ダチョウ、および魚、例えば、マス、ナマズおよびサケが含まれる。用語「個人」、「患者」および「対象」は、本明細書において互換的に使用される。対象は、男性または女性であり得る。
[00110]一部の実施形態では、対象は、哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、またはウシであり得るが、これらの例に限定されない。ヒト以外の哺乳動物は、制御されない細胞増殖に関連する状態または障害（例えば、がん）の動物モデルを表す対象として有利に使用することができる。非限定的な例としては、マウス腫瘍モデルが挙げられる。さらに、本明細書に記載される組成物および方法は、家畜および／またはペットを治療するために使用することができる。対象は、以前にがんと診断されたかまたはがんに罹患していると同定された者であり得る。対象は、診断され、現在治療されているか、または既存の治療処置による処置、モニタリング、調整もしくは修正を求めているか、あるいは所与の障害（例えば、がん）を発症するリスクがある対象であり得る。
[00111]「細胞傷害剤」とは、細胞に対して細胞傷害効果および／または細胞増殖抑制効果を有する薬剤を指す。「細胞傷害効果」とは、標的細胞（複数可）の枯渇、除去および／または死滅を指す。「細胞増殖抑制効果」とは、細胞増殖の阻害を指す。
[00112]本明細書で使用される場合、用語「タンパク質」、「ペプチド」および「ポリペプチド」は、互換的に使用され、隣接残基のアルファ−アミノ基とカルボキシ基の間のペプチド結合によって互いに連結された一連のアミノ酸残基を指定する。用語「タンパク質」、「ペプチド」および「ポリペプチド」とは、そのサイズまたは機能にかかわらず、修飾されたアミノ酸（例えば、リン酸化された、糖化された、グリコシル化されたなど）およびアミノ酸アナログを含む、アミノ酸のポリマーを指す。「タンパク質」および「ポリペプチド」は、比較的大きなポリペプチドに関してしばしば使用され、一方、「ペプチド」という用語は、小さなポリペプチドに関してしばしば使用されるが、これらの用語の使用は重複している。用語「タンパク質」、「ペプチド」および「ポリペプチド」は、遺伝子産物およびその断片を参照する場合、本明細書で互換的に使用される。これらの用語は、例えば、タンパク質配列の天然および人工タンパク質、タンパク質断片およびポリペプチドアナログ（例えば、突然変異タンパク質、バリアント、および融合タンパク質）、ならびに翻訳後に、または他には共有結合的もしくは非共有結合的に修飾されたタンパク質を包含する。ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質は、モノマーまたはポリマーであり得る。ポリペプチドは、任意の哺乳動物由来の天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列を有することができる。このような天然配列ポリペプチドは、天然から単離することができるか、または組換えもしくは合成手段によって製造することができる。一部の実施形態では、ポリペプチドは、「バリアント」である。「バリアント」とは、配列をアラインさせ、ギャップを導入して、必要に応じて、配列同一性の最大パーセントを達成した後、配列同一性の一部としていずれもの保存的置換を考慮しないで、天然配列ポリペプチドと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する生物学的に活性なポリペプチドを意味する。このようなバリアントとしては、例えば、１つ以上のアミノ酸残基がポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に付加または欠失されるポリペプチドが挙げられる。一部の実施形態では、バリアントは、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、バリアントは、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、バリアントは、天然配列ポリペプチドと少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性を有する。ポリペプチドの「誘導体」は、例えば、別の化学的部分（例えば、ポリエチレングリコールまたはアルブミン、例えば、ヒト血清アルブミン）へのコンジュゲーション、リン酸化、およびグリコシル化を介して化学的に修飾されているポリペプチド（例えば、抗体）である。
[00113]用語「増加した」、「増加する」、または「増強する」は全て、本明細書では、一般的に、静的に有意な量による増加を意味し、疑義を避けるために、用語「増加した」、「増加する」、または「増強する」は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の増加を意味し、例えば、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％または最大そこまでの増加が挙げられ、あるいは参照レベルと比較して１００％の増加もしくは１０〜１００％の任意の増加、または参照レベルと比較して少なくとも約２倍、もしくは少なくとも約３倍、もしくは少なくとも約４倍、もしくは少なくとも約５倍、もしくは少なくとも約１０倍の増加、または２倍から１０倍もしくはそれを超える任意の増加が挙げられる。
[00114]用語「融合タンパク質」は、本明細書で使用される場合、抗体またはその断片のアミノ酸配列、および異種ポリペプチド（すなわち、無関係なポリペプチド）のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。
[00115]用語「減少する」、「低減する」、「低減」、「低下する」もしくは「低下」、または「阻害する」は全て、本明細書では、一般的に、統計的に有意な量だけ減少を意味するために使用される。例えば、「減少する」、「低減する」、「低減」、または「阻害する」とは、参照レベルと比較して少なくとも１０％の減少を意味し、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％または最大そこまでの減少が挙げられ、あるいは１００％の減少（例えば、処置前の参照レベルと比較した処置後の腫瘍サイズ）、または１０〜１００％の任意の減少が挙げられる。マーカーまたは症状との関連では、これらの用語は、このようなレベルにおける統計的に有意な減少を意味する。減少は、例えば、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％またはそれを超えることができ、好ましくは、所与の疾患を有さない個体について正常範囲内であると認められるレベルまで低下する。低減または阻害とは、例えば、処置される障害の症状、転移もしくは微小転移の存在またはサイズ、原発腫瘍のサイズ、休眠腫瘍の存在またはサイズを指すことができる。
[00116]用語「合成ポリヌクレオチド」、「合成遺伝子」または「合成ポリペプチド」とは、本明細書で使用される場合、対応するポリヌクレオチド配列もしくはその一部、またはそのアミノ酸配列もしくはその一部が、同等の天然に存在する配列と比較して、設計され、またはデノボ合成され、または修飾された配列に由来することを意味する。合成ポリヌクレオチド（抗体またはその抗原結合性断片）または合成遺伝子は、限定されないが、核酸またはアミノ酸配列の化学合成を含む、当該技術分野において公知である方法によって調製することができる。合成遺伝子は、典型的には、アミノ酸レベルまたはポリヌクレオチドレベルのいずれか（またはその両方）で、天然に存在する遺伝子とは異なるものであり、典型的には、合成発現制御配列との関連の中で位置される。合成遺伝子ポリヌクレオチド配列は、天然遺伝子と比較して、必ずしも異なるアミノ酸を有するタンパク質をコードするとは限らなくてもよいが、例えば、異なるコドンを取り込むが、同一のアミノ酸をコードする合成ポリヌクレオチド配列を包含することもできる（すなわち、ヌクレオチド変化はアミノ酸レベルでのサイレント突然変異を表す）。
抗体用語
[00117]本明細書で使用される場合、用語「抗体」とは、天然であるか、または部分的もしくは全体的に合成的で産生されるかを問わず、免疫グロブリン（Ｉｇ）を指す。この用語はまた、抗原結合ドメインであるかまたはそれと相同である結合ドメインを有する任意のポリペプチドまたはタンパク質を包含する。用語はさらに、「抗原結合性断片」および以下に記載される類似の結合断片についての他の交換可能な用語を含む。
[00117]本明細書で使用される場合、用語「抗体」とは、天然であるか、または部分的もしくは全体的に合成的で産生されるかを問わず、免疫グロブリン（Ｉｇ）を指す。この用語はまた、抗原結合ドメインであるかまたはそれと相同である結合ドメインを有する任意のポリペプチドまたはタンパク質を包含する。用語はさらに、「抗原結合性断片」および以下に記載される類似の結合断片についての他の交換可能な用語を含む。
[00118]抗体は、限定されないが、任意の特異的結合メンバー、免疫グロブリンクラスおよび／またはアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥおよびＩｇＭ）；ならびにその生物学的に関連する断片または特異的結合メンバーを含む。したがって、抗体は、例えば、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、組換え抗体、化学的に操作された抗体、脱免疫抗体、親和性成熟抗体、多特異性抗体（例えば、二特異性抗体および多反応性抗体）、ヘテロコンジュゲート抗体、抗体断片、およびそれらの組み合わせ（例えば、さらに脱免疫されたモノクローナル抗体、さらに脱免疫されたヒト化抗体など）を含む。
[00119]本開示は、がんの治療および／または診断において使用を見出すがん関連抗体を提供する。「がん関連抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、がん関連抗原に特異的な抗体を指す。一部の実施形態では、がん関連抗体は、がん関連抗原に特異的な少なくとも１つの抗原結合領域を含む。本明細書には、抗体の可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）の完全な再構築された核酸コンセンサス配列および完全な再構築されたポリペプチドコンセンサス配列が開示される。ＶＨおよびＶＬのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の核酸およびポリペプチド配列もまた提供される。
[00120]天然の抗体および天然の免疫グロブリンは、通常、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質であり、２つの同一の軽鎖（Ｌ）および２つの同一の重鎖（Ｈ）で構成される。各軽鎖は、典型的には、１つの共有結合ジスルフィド結合によって重鎖に連結され、一方、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で変動する。各重鎖および軽鎖はまた、規則的に間隔を置いた鎖内ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は、一端に可変ドメイン（「ＶＨ」）を有し、続いて多数の定常ドメイン（「ＣＨ」）を有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン（「ＶＬ」）および他端に定常ドメイン（「ＣＬ」）を有し；軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインとアラインされ、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインとアラインされる。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインの間に界面を形成すると考えられる。
[00121]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端における欠失を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に３つ以上のアミノ酸の欠失を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に７つ以下のアミノ酸の欠失を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に３、４、５、６、または７つのアミノ酸の欠失を含むことができる。
[00122]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖への挿入を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖への１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個、またはそれを超えるアミノ酸の挿入を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖への３つのアミノ酸の挿入を含むことができる。
[00123]本明細書で使用される場合、「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る、可能性のある天然に存在する突然変異を除き、同一である。モノクローナル抗体は非常に特異的であり、単一の抗原部位に対して指向される。さらに、典型的には、異なる決定基（エピトープ）に対して指向される異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向される。修飾語句の「モノクローナル」は、抗体の実質的に均一な集団から得られるものとしての抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものと解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、Kohler and Milstein, 1975, Nature, 256:495により最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製することができ、または組換えＤＮＡ法によって作製することができる。モノクローナル抗体はまた、例えば、McCafferty et al., 1990, Nature, 348:552-554に記載される技術を用いて生成されたファージライブラリーから単離することができる。
[00124]本明細書で使用される場合、「ヒト化」抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含む、特異的キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはそれらの断片（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合サブ配列）である非ヒト（例えば、マウス）抗体の形態を指す。ほとんどの場合、ヒト化抗体はヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）であり、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）由来の残基が、所望の特異性、親和性、および能力を有するマウス、ラット、またはウサギなどの非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲ由来の残基で置換される。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）残基が、対応する非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体またはインポートされたＣＤＲもしくはフレームワーク配列のいずれにも見出されないが、さらに精製し、抗体性能を最適化するために含まれる残基を含み得る。一般的に、ヒト化抗体は、ＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである、少なくとも１つ、および典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体はまた、免疫グロブリン定常領域またはドメイン（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものを最適に含む。ヒト化抗体の他の形態は、元の抗体に関して改変された１つ以上のＣＤＲ（１、２、３、４、５、６つ）を有し、これはまた、元の抗体由来の１つ以上のＣＤＲから「誘導された」１つ以上のＣＤＲと呼ばれる。
[00125]本明細書で使用される場合、「単離された抗体」は、その天然環境の成分から分離および／または回収された抗体である。天然環境の夾雑物成分は、抗体の診断的または治療的使用を妨げる物質であり、酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性成分を含み得る。好ましい実施形態では、抗体は、（１）Ｌｏｗｒｙ法によって決定された抗体の９５重量％超、最も好ましくは９９重量％超；（２）スピニングカップ配列決定装置の使用によってＮ末端または内部アミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度まで；または（３）還元条件下または非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥにより、およびクーマシーブルーまたは好ましくは銀染色を使用して示される均一性まで精製される。単離された抗体は、抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイチュ抗体を含む。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製工程によって調製される。
[00126]本明細書で使用される場合、用語「相補性決定領域」（ＣＤＲ、すなわち、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３）は、抗原結合に必要である抗体可変ドメインのアミノ酸残基を指す。各可変ドメインは、典型的には、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３として同定される３つのＣＤＲ領域を有する。可変重鎖のＣＤＲは、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３であり得る。可変軽鎖のＣＤＲは、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３であり得る。例示的な超可変ループは、アミノ酸残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、９１〜９６（Ｌ３）、２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、および９６〜１０１（Ｈ３）に存在する（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。典型的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２の５０〜５６、Ｌ３の８９〜９７、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜６５、およびＨ３の９５〜１０２に存在する（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed. (1991)）。したがって、ＨＶは、対応するＣＤＲ内に含まれ得、本明細書においてＶＨドメインおよびＶＬドメインの「超可変ループ」への言及は、別段の指示がない限り、対応するＣＤＲも包含するものとして解釈されるべきであり、またその逆もまた同様である。可変ドメインのより高度に保存された領域は、以下に定義されるように、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖および軽鎖の可変ドメインは、各々、４つのＦＲ（それぞれ、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４）を含み、主に、３つの超可変ループによって連結された［ベータ］シートコンフィギュレーションを採用している。各鎖の超可変ループは、ＦＲによって近接して一緒に保持され、他の鎖の超可変ループとともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する。抗体の構造解析は、配列と、相補性決定領域によって形成される結合部位の形状との間の関係を明らかにした（Chothia et al., J. Mol. Biol. 227: 799-817 (1992)）；Tramontano et al., J. Mol. Biol, 215: 175-182 (1990)）。配列のばらつきが大きいにもかかわらず、６つのループのうち５つは、「標準的構造」と呼ばれる小さなレパートリーの主鎖のコンホメーションをとっているにすぎない。これらのコンホメーションは、何よりもまず、ループの長さによって決まり、第２に、ループのパッキング、水素結合または異常な主鎖のコンホメーションをとる能力によってコンホメーションを決定するループ内およびフレームワーク領域内の特定の位置の重要な残基の存在によって決まる。
[00127]抗体の「可変領域」とは、単独でまたは組み合わせて、抗体軽鎖の可変領域または抗体重鎖の可変領域を指す。重鎖および軽鎖の可変領域は各々、超可変領域としても公知である３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）によって連結された４つのフレームワーク領域（ＦＲ）からなる。各鎖のＣＤＲは、ＦＲによって近接して一緒に保持され、他の鎖のＣＤＲとともに抗体の抗原結合部位の形成に寄与する。ＣＤＲを決定するために少なくとも２つの技術がある：（１）種間配列の変動に基づくアプローチ（すなわち、Kabat et al. Sequences of Proteins of Immunological Interest, (5th ed., 1991, National Institutes of Health, Bethesda Md.)）；および（２）抗原抗体複合体の結晶学的研究に基づくアプローチ（Allazikani et al (1997) J. Molec. Biol. 273:927-948)）。ＣＤＲは、いずれかのアプローチまたは両方のアプローチの組み合わせによって定義されるＣＤＲを指すことができる。
[00128]抗体の「定常領域」とは、単独でまたは組み合わせて、抗体軽鎖の定常領域または抗体重鎖の定常領域を指す。定常領域は、抗原特異性に関して変化しない。
[00129]本明細書で使用される場合、用語「重鎖領域」は、免疫グロブリン重鎖の定常ドメインに由来するアミノ酸配列を含む。重鎖領域を含むポリペプチドは、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ（例えば、上部、中部、および／または下部ヒンジ領域）ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、またはそれらのバリアントもしくは断片のうちの少なくとも１つを含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、免疫グロブリン重鎖（例えば、ヒンジ部分、ＣＨ２ドメイン、およびＣＨ３ドメイン）のＦｃ領域を含み得る。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、少なくとも定常ドメイン（例えば、ＣＨ２ドメインの全部または一部）の領域を欠いている。ある種の実施形態では、定常ドメインの少なくとも１つ、好ましくは全てが、ヒト免疫グロブリン重鎖に由来する。例えば、１つの好ましい実施形態では、重鎖領域は、完全ヒトヒンジドメインを含む。他の好ましい実施形態では、重鎖領域は、完全ヒトＦｃ領域（例えば、ヒト免疫グロブリン由来のヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ３ドメイン配列）を含む。ある種の実施形態では、重鎖領域の構成定常ドメインは、異なる免疫グロブリン分子に由来する。例えば、ポリペプチドの重鎖領域は、ＩｇＧ１分子に由来するドメイン、およびＩｇＧ３またはＩｇＧ４分子に由来するヒンジ領域を含み得る。他の実施形態では、定常ドメインは、異なる免疫グロブリン分子の領域を含むキメラドメインである。例えば、ヒンジは、ＩｇＧ１分子からの第１の領域、およびＩｇＧ３またはＩｇＧ４分子からの第２の領域を含み得る。上述したように、当業者には、重鎖領域の定常ドメインは、それらが天然に存在する（野生型）免疫グロブリン分子からアミノ酸配列が変化するように修飾され得ることが理解される。すなわち、本明細書に開示される本発明のポリペプチドは、重鎖定常ドメイン（ＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２またはＣＨ３）および／または軽鎖定常ドメイン（ＣＬ）の１つ以上に対する改変または修飾を含み得る。例示的な修飾は、１つ以上のドメインにおける１つ以上のアミノ酸の付加、欠失または置換を含む。
[00129]本明細書で使用される場合、用語「重鎖領域」は、免疫グロブリン重鎖の定常ドメインに由来するアミノ酸配列を含む。重鎖領域を含むポリペプチドは、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ（例えば、上部、中部、および／または下部ヒンジ領域）ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、またはそれらのバリアントもしくは断片のうちの少なくとも１つを含む。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、免疫グロブリン重鎖（例えば、ヒンジ部分、ＣＨ２ドメイン、およびＣＨ３ドメイン）のＦｃ領域を含み得る。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、少なくとも定常ドメイン（例えば、ＣＨ２ドメインの全部または一部）の領域を欠いている。ある種の実施形態では、定常ドメインの少なくとも１つ、好ましくは全てが、ヒト免疫グロブリン重鎖に由来する。例えば、１つの好ましい実施形態では、重鎖領域は、完全ヒトヒンジドメインを含む。他の好ましい実施形態では、重鎖領域は、完全ヒトＦｃ領域（例えば、ヒト免疫グロブリン由来のヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ３ドメイン配列）を含む。ある種の実施形態では、重鎖領域の構成定常ドメインは、異なる免疫グロブリン分子に由来する。例えば、ポリペプチドの重鎖領域は、ＩｇＧ１分子に由来するドメイン、およびＩｇＧ３またはＩｇＧ４分子に由来するヒンジ領域を含み得る。他の実施形態では、定常ドメインは、異なる免疫グロブリン分子の領域を含むキメラドメインである。例えば、ヒンジは、ＩｇＧ１分子からの第１の領域、およびＩｇＧ３またはＩｇＧ４分子からの第２の領域を含み得る。上述したように、当業者には、重鎖領域の定常ドメインは、それらが天然に存在する（野生型）免疫グロブリン分子からアミノ酸配列が変化するように修飾され得ることが理解される。すなわち、本明細書に開示される本発明のポリペプチドは、重鎖定常ドメイン（ＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２またはＣＨ３）および／または軽鎖定常ドメイン（ＣＬ）の１つ以上に対する改変または修飾を含み得る。例示的な修飾は、１つ以上のドメインにおける１つ以上のアミノ酸の付加、欠失または置換を含む。
[00130]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、長さが少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０アミノ酸の長さであるＣＤＲ３領域を含むことができる。本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、長さが少なくとも約１８アミノ酸であるＣＤＲ３領域を含むことができる。
[00131]本明細書で使用される場合、用語「ヒンジ領域」は、ＣＨ１ドメインをＣＨ２ドメインに接続する重鎖分子の領域を含む。ヒンジ領域はおよそ２５残基を含むことができ、可撓性であり、したがって、２つのＮ末端抗原結合領域が独立して移動することを可能にする。ヒンジ領域は、上部、中部、および下部のヒンジ領域の３つの異なるドメインに細分することができる（Roux et al. J. Immunol. 1998 161:4083）。
[00132]本明細書で使用される場合、用語「Ｆｖ」は、完全な抗原認識および結合部位を含む最小抗体断片である。この断片は、密接に非共有結合している１つの重鎖および１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。
[00133]これら２つのドメインのフォールディングから、抗原結合のためのアミノ酸残基に寄与し、抗体に対する抗原結合特異性を付与する６つの超可変ループ（Ｈ鎖とＬ鎖からそれぞれ３つのループ）が生じる。しかしながら、単一の可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、抗原を認識し、結合する能力を有するが、結合部位全体よりも低い親和性である。
[00134]抗体に関する「重鎖可変領域」または「ＶＨ」とは、フレームワーク領域として公知である隣接するストレッチ間に介在する３つのＣＤＲを含む重鎖の断片を指し、これらのフレームワーク領域は、一般的に、ＣＤＲよりも高度に保存され、ＣＤＲを支持する足場を形成する。
[00135]６つの超可変ループ（それぞれＨ鎖とＬ鎖から３つのループ）は抗原結合のためのアミノ酸残基に寄与し、抗体に対する抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、抗原を認識し、結合する能力を有するが、結合部位全体よりも低い親和性である。
[00136]「フレームワーク」またはＦＲ残基は、超可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。
[00137]抗体は、ジスルフィド結合によって相互連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖、またはその抗原結合部分を有する糖タンパク質であることが当該技術分野において理解される。重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）および重鎖定常領域（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）で構成される。軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）で構成される。重鎖と軽鎖の両方の可変領域は、フレームワーク領域（ＦＲまたはＦＷＲ）および超可変領域（ＨＶＲ）を含む。ＨＶＲは、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基である。超可変領域は、一般的に、最も高い配列変動性を有し、および／または抗原認識に関与する相補性決定領域（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含む。ＶＨ中のＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは、一般的に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲはまた、抗原と接触する残基である「特異性決定残基」または「ＳＤＲ」を含む。ＳＤＲは、略称ＣＤＲまたはａ−ＣＤＲと呼ばれるＣＤＲの領域内に含まれる。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、およびａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基３１〜３４、Ｌ２の５０〜５５、Ｌ３の８９〜９６、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜５８、およびＨ３の９５〜１０２に存在する（例えば、Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照されたい）。
[00137]抗体は、ジスルフィド結合によって相互連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖、またはその抗原結合部分を有する糖タンパク質であることが当該技術分野において理解される。重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）および重鎖定常領域（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）で構成される。軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）で構成される。重鎖と軽鎖の両方の可変領域は、フレームワーク領域（ＦＲまたはＦＷＲ）および超可変領域（ＨＶＲ）を含む。ＨＶＲは、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基である。超可変領域は、一般的に、最も高い配列変動性を有し、および／または抗原認識に関与する相補性決定領域（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含む。ＶＨ中のＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは、一般的に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲはまた、抗原と接触する残基である「特異性決定残基」または「ＳＤＲ」を含む。ＳＤＲは、略称ＣＤＲまたはａ−ＣＤＲと呼ばれるＣＤＲの領域内に含まれる。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、およびａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基３１〜３４、Ｌ２の５０〜５５、Ｌ３の８９〜９６、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜５８、およびＨ３の９５〜１０２に存在する（例えば、Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照されたい）。
[00138]別段の指示がない限り、可変ドメイン中のＨＶＲ残基および他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、本明細書では、Ｋａｂａｔら（前掲）に従って番号付けされる。可変領域は、抗原に対する抗体の結合に関与する抗体の重鎖または軽鎖のドメインである（例えば、Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., p.91 (2007)を参照されたい）。単一のＶＨまたはＶＬドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、抗原に結合する抗体からＶＨまたはＶＬドメインを用いて単離し、それぞれ相補的ＶＬまたはＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングすることができる（例えば、Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993)；Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)を参照されたい）。４つのＦＷＲ領域は、典型的には、より保存され、一方、ＣＤＲ領域（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）は、超可変領域を表し、以下：ＦＷＲ１、ＣＤＲ１、ＦＷＲ２、ＣＤＲ２、ＦＷＲ３、ＣＤＲ３およびＦＷＲ４のようにＮＨ２末端からＣＯＯＨ末端に配列される。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含み、一方、イソタイプに応じて、定常領域（複数可）は、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。抗体はまた、キメラ抗体、ヒト化抗体、および組換え抗体、トランスジェニック非ヒト動物から生成されたヒト抗体、ならびに当業者に利用可能な濃縮技術を使用してライブラリーから選択された抗体を含む。
[00139]用語「抗体重鎖」とは、天然に存在するコンホメーションで抗体分子中に存在し、通常、抗体が属するクラスを決定する２つのタイプのポリペプチド鎖のうち大きい方を指す。
[00140]用語「抗体軽鎖」とは、天然に存在するコンホメーションで抗体分子中に存在する２つのタイプのポリペプチド鎖のうちの小さい方を指す。カッパ（「κ」）およびラムダ（「λ」）軽鎖は、２つの主要な抗体軽鎖アイソタイプを指す。
[00141]抗体またはその抗原結合性断片は、それが非関連ポリペプチド上のエピトープに結合するよりも高い親和性および／または結合活性で結合する場合、標的に「特異的に結合する」または「優先的に結合する」。抗体もしくはその抗原結合性断片またはその一部の特異性は、親和性および／または結合活性に基づいて決定することができる。このような特異的結合を決定する方法は、当該技術分野において周知である。本開示のある種の実施形態によれば、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原に結合することができるが、他の種由来のがん抗原には結合することはできない。あるいは、ある種の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原、および１つ以上の非ヒト種由来のがん抗原に結合する。例えば、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原に結合することができ、場合に応じて、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、アレチネズミ、ブタ、ネコ、イヌ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、ウシ、ウマ、ラクダ、カニクイザル、マーモセット、アカゲザルまたはチンパンジーのがん抗原のうちの１つ以上に結合するかまたは結合しないことができる。
[00142]親和性は、抗原結合タンパク質を有する抗原の解離の平衡定数（ＫＤ）で表され、抗原決定基と抗原結合タンパク質上の抗原結合部位との結合強度の尺度である。ＫＤの値が小さいほど、抗原決定基と抗原結合分子の結合強度は強くなる。あるいは、親和性は、１／ＫＤである親和性定数（ＫＡ）として表すこともできる。当業者に明らかなように、親和性は、目的の特定の抗原に依存して、それ自体公知である方法で決定することができる。したがって、本明細書において定義される抗体またはその抗原結合性断片は、上記アミノ酸配列またはポリペプチドが別の標的またはポリペプチドに結合する親和性よりも少なくとも５０倍、例えば、少なくとも１００倍、好ましくは少なくとも１０００倍、および最大１０，０００倍またはそれを以上である親和性（上記され、例えば、ＫＤ値として適切に表される）で第１の抗原に結合する場合、第２の標的または抗原と比較して、第１の標的または抗原「に特異的」であると言われる。好ましくは、抗体またはその抗原結合性断片が、別の標的または抗原と比較して、標的または抗原「に特異的」である場合、それは標的または抗原に結合することができるが、他の標的または抗原には結合しない。しかしながら、当業者に理解されるように、一部の実施形態では、標的上の結合部位が複数の異なるリガンドによって共有されるかまたは部分的に共有される場合、抗体またはその抗原結合性断片は、がん関連抗原などの標的に特異的に結合することができ、例えば、腫瘍進行を阻害／防止する機能的効果を有することができる。
[00143]一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、約１μＭ、１００ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．５ｎＭ、０．１ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０１ｎＭ、もしくは０．００１ｎＭまたはそれ未満（例えば、１０−８Ｍまたはそれ未満、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）の解離定数（ＫＤ）を有する。本発明の別の態様は、その標的に対する増大した親和性を有する抗体またはその抗原結合性断片、例えば親和性成熟抗体を提供する。親和性成熟抗体は、変化を持たない親抗体と比較して、１つ以上の超可変領域（ＨＶＲ）における１つ以上の変化を有する抗体であり、このような変化は抗原に対する抗体の親和性の改善をもたらす。これらの抗体は、５×１０−９Ｍ、２×１０−９Ｍ、１×１０−９Ｍ、５×１０−１０Ｍ、２×１０−１０Ｍ、１×１０−１０Ｍ、５×１０−１１Ｍ、１×１０−１１Ｍ、５×１０−１２Ｍ、１×１０−１２Ｍ、またはそれ未満のＫＤで抗原に結合することができる。一部の実施形態では、本開示は、重鎖配列および軽鎖配列、またはその両方を含む生殖細胞系列抗体と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍またはそれを超える増大した親和性を有する抗体またはその抗原結合性断片を提供する。他の実施形態では、本明細書に記載される抗体と同じエピトープへの結合について競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、同一のエピトープに結合する、および／または抗体と同じエピトープに結合するために競合する抗体またはその抗原結合性断片は、例えば、ＡＤＣＣ活性を含むＦｃ媒介細胞傷害性などのエフェクター機能活性を示す。
[00144]ＫＤは、任意の適切なアッセイによって測定することができる。例えば、ＫＤは、放射性標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）（例えば、Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)；Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)）によって測定することができる。例えば、ＫＤは、表面プラズモン共鳴アッセイ（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００を使用する）を用いて測定することができる。例えば、ＫＤは競合ＥＬＩＳＡを用いて測定することができる。
[00145]結合活性は、抗原結合分子と関連抗原との結合の強さの尺度である。
結合活性は、抗原決定基と抗原結合分子上のその抗原結合部位との親和性、および抗原結合分子上に存在する関連結合部位の数の両方に関係する。典型的には、抗原結合タンパク質は、解離定数（１０−５〜１０−１２モル／リットル以下、好ましくは１０−７〜１０−１２モル／リットル以下、より好ましくは１０−８〜１０−１２モル／リットル以下のＫＤ（すなわち、１０５〜１０１２リットル／モル以上、好ましくは１０７〜１０１２リットル／モル以上、より好ましくは１０８〜１０１２リットル／モルの結合定数（ＫＡ）））で、それらのコグネートまたは特異的抗原に結合する。１０−４ｍｏｌ／リットルを超える任意のＫＤ値（または１０４Ｍ−１を下回る任意のＫＡ値）は、一般的に、非特異的結合を示すと考えられる。意味のある（例えば特異的である）と考えられる生物学的相互作用のためのＫＤは、典型的には、１０−１０Ｍ（０．１ｎＭ）〜１０−５Ｍ（１００００ｎＭ）の範囲である。相互作用が強いほど、ＫＤは低くなる。好ましくは、本明細書に記載される抗ＬＡＰ抗体またはその抗原結合性断片上の結合部位は、５００ｎＭ未満、好ましくは２００ｎＭ未満、より好ましくは１０ｎＭ未満、例えば５００ｐＭ未満の親和性で結合する。抗原結合タンパク質の抗原または抗原決定基への特異的結合は、例えば、スキャッチャード分析および／または競合結合アッセイ、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）およびサンドイッチ競合アッセイ、ならびに当該技術分野においてそれ自体公知である異なるバリアント、ならびに本明細書に記載される他の技術を含む、任意の適切なそれ自体公知の方法で決定することができる。
結合活性は、抗原決定基と抗原結合分子上のその抗原結合部位との親和性、および抗原結合分子上に存在する関連結合部位の数の両方に関係する。典型的には、抗原結合タンパク質は、解離定数（１０−５〜１０−１２モル／リットル以下、好ましくは１０−７〜１０−１２モル／リットル以下、より好ましくは１０−８〜１０−１２モル／リットル以下のＫＤ（すなわち、１０５〜１０１２リットル／モル以上、好ましくは１０７〜１０１２リットル／モル以上、より好ましくは１０８〜１０１２リットル／モルの結合定数（ＫＡ）））で、それらのコグネートまたは特異的抗原に結合する。１０−４ｍｏｌ／リットルを超える任意のＫＤ値（または１０４Ｍ−１を下回る任意のＫＡ値）は、一般的に、非特異的結合を示すと考えられる。意味のある（例えば特異的である）と考えられる生物学的相互作用のためのＫＤは、典型的には、１０−１０Ｍ（０．１ｎＭ）〜１０−５Ｍ（１００００ｎＭ）の範囲である。相互作用が強いほど、ＫＤは低くなる。好ましくは、本明細書に記載される抗ＬＡＰ抗体またはその抗原結合性断片上の結合部位は、５００ｎＭ未満、好ましくは２００ｎＭ未満、より好ましくは１０ｎＭ未満、例えば５００ｐＭ未満の親和性で結合する。抗原結合タンパク質の抗原または抗原決定基への特異的結合は、例えば、スキャッチャード分析および／または競合結合アッセイ、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）およびサンドイッチ競合アッセイ、ならびに当該技術分野においてそれ自体公知である異なるバリアント、ならびに本明細書に記載される他の技術を含む、任意の適切なそれ自体公知の方法で決定することができる。
[00146]用語「ｋｏｎ」は、本明細書で使用される場合、抗体またはその抗原結合性断片の抗原への結合の速度定数を指すことを意図する。
[00147]用語「Ｋｏｆｆ」は、本明細書で使用される場合、抗体／抗原複合体からの抗体またはその抗原結合性断片の解離の速度定数を指すことを意図する。
[00147]用語「Ｋｏｆｆ」は、本明細書で使用される場合、抗体／抗原複合体からの抗体またはその抗原結合性断片の解離の速度定数を指すことを意図する。
[00148]「組換えヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、組換え手段によって調製、発現、作製または単離された全てのヒト抗体、例えば、（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子に対してトランスジェニックもしくはトランスクロモソームである動物（例えば、マウス）またはそれらから調製されたハイブリドーマから単離された抗体（以下にさらに記載される）、（ｂ）ヒト抗体を発現するように形質転換された宿主細胞、例えば、トランスフェクトーマから単離された抗体、（ｃ）組換え、コンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体、および（ｄ）ヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のＤＮＡ配列にスプライシングすることを伴う任意の他の手段によって調製、発現、作製または単離された抗体を含む。このような組換えヒト抗体は、フレームワークおよびＣＤＲ領域が、本明細書に開示される再構築された免疫グロブリンコンセンサス配列に由来する可変領域を有する。しかしながら、ある種の実施形態では、このような組換えヒト抗体は、インビトロ突然変異誘発（または、ヒトＩｇ配列についてトランスジェニックな動物が使用される場合、インビボ体細胞突然変異誘発）に供することができ、したがって、組換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト免疫グロブリンＶＨおよびＶＬ配列から誘導され、それに関連するが、インビボではヒト抗体生殖細胞系列レパートリー内には天然に存在し得ない配列である。
[00149]抗体またはその抗原結合性断片との関連では、用語「特異性」または「に特異的な」は、特定の抗体またはその抗原結合性断片が結合することができる異なるタイプの抗原または抗原決定基の数を指す。抗体もしくはその抗原結合性断片またはその一部の特異性は、親和性および／または結合活性に基づいて決定することができる。親和性は、抗原結合タンパク質を有する抗原の解離の平衡定数（ＫＤ）で表され、抗原決定基と抗原結合タンパク質上の抗原結合部位との結合強度の尺度である。ＫＤの値が小さいほど、抗原決定基と抗原結合分子の結合強度は強くなる。あるいは、親和性は、１／ＫＤである親和性定数（ＫＡ）として表すこともできる。当業者に明らかなように、親和性は、目的の特定の抗原に依存して、それ自体公知である方法で決定することができる。したがって、本明細書において定義される抗体またはその抗原結合性断片は、上記アミノ酸配列またはポリペプチドが別の標的またはポリペプチドに結合する親和性よりも少なくとも５０倍、例えば、少なくとも１００倍、好ましくは少なくとも１０００倍、および最大１０，０００倍またはそれを以上である親和性（上記され、例えば、ＫＤ値として適切に表される）で第１の抗原に結合する場合、第２の標的または抗原と比較して、第１の標的または抗原「に特異的」であると言われる。好ましくは、抗体またはその抗原結合性断片が、別の標的または抗原と比較して、標的または抗原「に特異的」である場合、それは標的または抗原に結合することができるが、他の標的または抗原には結合しない。
[00150]しかしながら、当業者に理解されるように、一部の実施形態では、標的上の結合部位が複数の異なるリガンドによって共有されるかまたは部分的に共有される場合、抗体またはその抗原結合性断片は、がん関連抗原などの標的に特異的に結合することができ、例えば、腫瘍進行を阻害／防止する機能的効果を有することができる。
[00151]結合活性は、抗原結合分子と関連抗原との結合の強さの尺度である。結合活性は、抗原決定基と抗原結合分子上のその抗原結合部位との親和性、および抗原結合分子上に存在する関連結合部位の数の両方に関係する。典型的には、抗原結合タンパク質は、解離定数（１０−５〜１０−１２モル／リットル以下、好ましくは１０−７〜１０−１２モル／リットル以下、より好ましくは１０−８〜１０−１２モル／リットルのＫＤ（すなわち、１０５〜１０１２リットル／モル以上、好ましくは１０７〜１０１２リットル／モル以上、より好ましくは１０８〜１０１２リットル／モルの結合定数（ＫＡ）））で、それらのコグネートまたは特異的抗原に結合する。１０−４ｍｏｌ／リットルを超える任意のＫＤ値（または１０４Ｍ−１を下回る任意のＫＡ値）は、一般的に非特異的結合を示すと考えられる。意味のある（例えば、特異的である）と考えられる生物学的相互作用のためのＫＤは、典型的には、１０−１０Ｍ（０．１ｎＭ）〜１０−５Ｍ（１００００ｎＭ）の範囲である。相互作用が強くなるほど、ＫＤは低くなる。好ましくは、本明細書に記載される抗ＬＡＰ抗体またはその抗原結合性断片上の結合部位は、５００ｎＭ未満、好ましくは２００ｎＭ未満、より好ましくは１０ｎＭ未満、例えば５００ｐＭ未満の親和性で結合する。抗原結合タンパク質の抗原または抗原決定基への特異的結合は、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）およびサンドイッチ競合アッセイなどのスキャッチャード分析および／または競合結合アッセイ、および当該技術分野においてそれ自体が公知である異なるバリアント、ならびに本明細書に記載される他の技術を含む、それ自体が公知である任意の適切な方法で決定することができる。
[00152]用語「融合タンパク質」とは、本明細書で使用される場合、抗体またはその断片のアミノ酸配列、および異種ポリペプチド（すなわち、無関係なポリペプチド）のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。
[00153]本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され、記載されてきたが、このような実施形態が例示としてのみ提供されることは当業者には自明である。ここで、本発明から逸脱することなく、当業者に多くの変形、変化、および置換が生じる。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する種々の代替物が、本発明を実施する際に使用され得ることが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は、本発明の範囲を画定し、これらの特許請求の範囲およびそれらの同等物の範囲内の方法および構造が、それによってカバーされることが意図される。
[00154]一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、単一ドメイン抗体である。「単一ドメイン抗体」（ｓｄＡｂｓ）または「単一可変ドメイン（ＳＶＤ）抗体」という表現は、一般的に、抗体−抗原結合が付与され得る単一可変領域（ＶＨまたは’）を指す。言い換えると、単一可変ドメインは、別の可変領域と相互作用することによって標的抗原を認識する必要はない。単一ドメイン抗体モノマーは、各抗体可変領域（ＶＨ＊ＶＪ組成物によって結合する単一アーム抗原結合。単一ドメイン抗体の例としては、ラクダ科（ラクダおよびラマ）および軟骨魚（例えば、テンジクザメ）抗体由来のもの、ならびに組換え法によるヒトおよびマウス抗体由来の抗体（Ward et al, Nature (1989) 341: 544-546；Dooley and Flajnik, Dev Comp Immunol (2006) 30: 43-56；Muyldermans et, TrendBiochem Sci (2001) 26: 230-235；Holt et, Trends Biotechnol (2003): 21: 484-490；ＷＯ２００５／０３５５７２；ＴＯ０３／０３５６９４；Davies and Riechmann, Febs Lett (1994) 339: 285-290；ＷＯ００／２９００４；ＷＯ０２／０５１８７０）が挙げられ、抗体の単一可変領域は、単一ドメイン抗体可変領域以外であり得、可変ドメインは抗原結合アーム（例えば、ともにホモまたはヘテロ多量体）に存在する。
計算により再構築された抗体
[00155]本明細書には、がん関連抗体のための再構築されたポリペプチドおよび核酸コンセンサス配列が提供される。コンセンサス配列をインシリコで再構築する。用語「ポリペプチドコンセンサス配列」とは、本明細書で使用される場合、任意の特定のサブクラスまたはサブユニット構造の全ての免疫グロブリン中の各位置において最も頻繁に生じるアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を指す。ポリペプチドコンセンサス配列は、特定の種または多くの種の免疫グロブリンに基づくことができる。ポリペプチド「コンセンサス」配列、「コンセンサス」構造、または「コンセンサス」抗体は、本明細書に提供されるある種の実施形態に記載されるヒトポリペプチドコンセンサス配列を包含し、任意の特定のサブクラスまたはサブユニット構造の全てのヒト免疫グロブリン中の各位置において最も頻繁に生じるアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を指すと理解される。本明細書における実施形態は、コンセンサスヒト構造、およびヒトに加えて他の種を考慮するコンセンサス構造を提供する。
[00155]本明細書には、がん関連抗体のための再構築されたポリペプチドおよび核酸コンセンサス配列が提供される。コンセンサス配列をインシリコで再構築する。用語「ポリペプチドコンセンサス配列」とは、本明細書で使用される場合、任意の特定のサブクラスまたはサブユニット構造の全ての免疫グロブリン中の各位置において最も頻繁に生じるアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を指す。ポリペプチドコンセンサス配列は、特定の種または多くの種の免疫グロブリンに基づくことができる。ポリペプチド「コンセンサス」配列、「コンセンサス」構造、または「コンセンサス」抗体は、本明細書に提供されるある種の実施形態に記載されるヒトポリペプチドコンセンサス配列を包含し、任意の特定のサブクラスまたはサブユニット構造の全てのヒト免疫グロブリン中の各位置において最も頻繁に生じるアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を指すと理解される。本明細書における実施形態は、コンセンサスヒト構造、およびヒトに加えて他の種を考慮するコンセンサス構造を提供する。
[00156]用語「核酸コンセンサス配列」とは、本明細書で使用される場合、任意の特定のサブクラスまたはサブユニット構造の全ての免疫グロブリン核酸配列中の各位置において最も頻繁に生じるヌクレオチド残基を含む核酸配列を指す。核酸コンセンサス配列は、特定の種または多くの種の免疫グロブリンに基づくことができる。核酸「コンセンサス」配列、または「コンセンサス」構造は、本発明のある種の実施形態に記載されるヒト核酸コンセンサス配列を包含し、任意の特定のサブクラスまたはサブユニット構造の全てのヒト免疫グロブリン核酸中の各位置において最も頻繁に生じるヌクレオチド残基を含む核酸配列を指すと理解される。
[00157]本明細書には、コンセンサスヒト構造、およびヒトに加えて他の種のコンセンサス構造が提供される。ＲＮＡ配列データからコンセンサス配列を計算的に再構築する方法は、本明細書の実施例に記載される。完全長抗体レパートリーを再構築するための、当該技術分野において公知である計算ツールの非限定的な例としては、ＭＩＧＥＣ（Shugay et al. 2014）、ＰＲＥＳＴＯ（Vander Heiden et al. 2014), MiXCR (Bolotin et al. 2015)、およびＩＧＲＥＰＥＲＴＯＩＲＥＣＯＮＳＴＲＵＣＴＯＲ（Safonova et al. 2015）が挙げられる。一部の実施形態では、ＳｔｕｂｂｉｎｇｔｏｎおよびＴｅｉｃｈｍａｎｎによるＴｒａＣｅＲパイプラインが実施され、これは、国際免疫原性情報システム（ＩＭＧＴ）リポジトリー内の全ての公知のヒトＶおよびＪ遺伝子セグメント／対立遺伝子についてのインシリコでの組み合わせを含むカスタムデータベースに対する予備フィルタリング工程の後にデノボでアセンブリーを使用する。一部の実施形態では、ＴＣＲ遺伝子にマッピングし、続いてＴｒｉｎｉｔｙベースのアセンブリーを行うことによってリード中でフィルタリングする別のパイプラインであるＶＤＪＰｕｚｚｌｅが実施される；それによって、総リードは、次に、最初のマッピング工程において見逃されたリードを回収するためにアセンブリーにマッピングされ、その後、Ｔｒｉｎｉｔｙを用いてアセンブリーの別のラウンドが行われる。コンセンサス配列を計算的に再構築するための例示的な方法は、体細胞配列同定、手動ＩＧＶ調査、および（必要であれば）体細胞ｖｄｊ配列の修正、ならびに生殖細胞系列配列およびＣＤＲ領域の同定を含むことができる。
[00158]一部の実施形態では、患者、例えば、がん患者のために検索されたＲＮＡ−ｓｅｑ ＦＡＳＴＱファイルが記録され、分析される。一部の実施形態では、Ｋａｌｌｉｓｔｏ、ＢＷＡ、ＭｉＸＣＲまたは他の公知のツールを使用して、試料中に存在するレパートリーを同定するために、免疫グロブリンの参照Ｖ、ＤおよびＪ遺伝子に対するＲＮＡ−ｓｅｑ試料の第１のアラインメントを行うことができる。さらなる実施形態では、同一のＣＤＲ３配列が同定され、クロノタイプ（Bolotin DA et al., Nature Methods, 2015.；Bolotin DA et al. Nature biotechnology, 2017）にグループ化される。一部の実施形態では、ＶＤＪｔｏｏｌｓを使用して（Shugay M. et al. PLoS computational biology, 2015）、非機能性（非コード）クロノタイプをフィルタリングし、基本的な多様性統計を計算する。さらなる実施形態では、非機能性クロノタイプは、それらの受容体配列中に停止コドンまたはフレームシフトを含むものとして同定される。一部の実施形態では、Ｉｇレパートリーの多様性は、Ｓｈａｎｎｏｎ−Ｗｉｅｎｅｒエントロピーインデックス（MacArthur RH. Biological reviews. 1965）の指数として計算される種の有効数に基づいて得られる。
[00159]一部の実施形態では、試料中に存在する免疫グロブリンセグメントに対するさらなるアラインメントが、Ｖ、Ｄ、Ｊ遺伝子セグメントに沿った配列ミスマッチの頻度分布、特にＣＤＲ３領域の長さの統計について調べるために結果を一覧するために実施される。このアラインメント工程は、例えば、レパートリーを要約するとともに、個々のクエリー配列について再構成および領域アラインメントの詳細な一覧を提供するのに有用であり得る。アライメントおよびアセンブリーのための例示的方法は、本明細書の実施例に記載される。
[00160]一部の実施形態では、試料中に存在する免疫グロブリンセグメントは、ＩＭＧＴ参照ファイルまたは同等物を用いて同定される。場合によっては、重鎖Ｄセグメントおよび軽鎖Ｖ−Ｊジャンクション配列は、アセンブラーを用いてアセンブルすることができる。当該技術分野において公知であるアセンブラーの非限定的な例としては、ＴｒｉｎｉｔｙおよびＶ’ＤＪｅｒが挙げられる。一部の実施形態では、修正された重鎖Ｄおよび軽鎖Ｖ−Ｊジャンクション配列を有するＦＡＳＴＡファイルは各試料について生成することができる。アセンブルされたＦＡＳＴＡファイルに加えて、生殖細胞系列ＦＡＳＴファイルは、例えば、ＩｇＢＬＡＳＴ ｖ１．９．０（Ye J, et al Nucleic Acids Research, 2013）およびＩＭＧＴデータベースを使用することによって生成することができる。さらなる実施形態では、体細胞ＦＡＳＴＡ配列を、ＩｇＢＬＡＳＴに入力して、重鎖および軽鎖に対して最も近いセグメントｉｄを得ることができる。ＩＭＧＴデータベースから対応するセグメント配列をマージすることによって生殖細胞系列ＦＡＳＴＡを生成することができる。最終的にアセンブルされたＦＡＳＴＡ配列は、アラインメントおよび可視化工程のための「参照」配列として役立つことができる。
[00161]さらなる実施形態では、アセンブリー工程から生成された参照ファイルを使用して、ＦＡＳＴＱをＢｏｗＴｉｅ２デフォルトモードでアラインさせることができる。当技術分野で公知の他のアライメントツール、例えばＳＴＡＲまたはＴｏｐＨａｔ２もまた使用することができる。出力ＢＡＭファイルは、ＩＧＶの可視化に使用することができ、患者の突然変異を観察することができる。
[00162]さらなる実施形態では、最終的にアセンブルされたＦＡＳＴＡ配列からのＣＤＲ３領域および対応するＶ、Ｄ、およびＪ鎖の同定は、例えばＩｇＢＬＡＳＴを用いて行うことができる。バージョンｖ．１．９．０のＩｇＢＬＡＳＴを使用する標準化された出力は、場合によっては、デフォルトパラメーターでＩｇＢＬＡＳＴｎをラッピングすることによって得ることができる。他の例では、ＩｇＢＬＡＳＴサービスからの出力は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３ヌクレオチドおよびアミノ酸配列を抽出するように設計された目的構築パーサーツールを用いて抽出することができる。
例示的ながん関連抗体またはその抗原結合性断片
[00163]別の態様では、本開示は、インシリコで再構築されたコンセンサス配列を含むがん関連抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、がん細胞の溶解を誘導する。溶解は、例えば、エフェクター機能、例えばＣ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性の細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス、または細胞アポトーシスの直接誘導を媒介することによる、任意のメカニズムによって誘導することができる。
[00163]別の態様では、本開示は、インシリコで再構築されたコンセンサス配列を含むがん関連抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、がん細胞の溶解を誘導する。溶解は、例えば、エフェクター機能、例えばＣ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性の細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス、または細胞アポトーシスの直接誘導を媒介することによる、任意のメカニズムによって誘導することができる。
[00164]一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片は、操作されていない親抗体またはその抗原結合性断片と比較して、エフェクター機能の少なくとも１つの増加を有するように操作される。エフェクター機能は、抗体のアイソタイプによって変化する、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性である。抗体エフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性の細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシスが含まれる。例えば、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片は、糖操作されていない親と比較して、エフェクター機能の少なくとも１つの増加を有するように糖操作することができる。抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）は、抗体のＩｇＧ Ｆａｂ部分と細胞表面上のウイルスタンパク質との間の複合体の形成、およびエフェクター細胞上のＦｃ部分のＦｃ受容体（ＦｃγＲ）への結合の結果である。エフェクター機能の増加は、Ｆｃ受容体への結合親和性の増加、ＡＤＣＣの増加、細胞媒介性免疫の増加；細胞傷害性ＣＤ８ Ｔ細胞への結合の増加；ＮＫ細胞への結合の増加；マクロファージへの結合の増加；多形核細胞への結合の増加；単球への結合の増加；マクロファージへの結合の増加；大型顆粒リンパ球への結合の増加；顆粒球への結合の増加；アポトーシスを誘導する直接シグナル伝達；樹状細胞成熟の増加；またはＴ細胞プライミングの増加であり得る。
ＴＭＥＬ１００１−ＴＭＥＬ１０１４
[00165]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、および１４のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体は、親と同じ抗原（例えば、がん関連抗原）に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、および１４のいずれか１つのアミノ酸配列において置換され、挿入されおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の１つ以上の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、および９８のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、および７０のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、ならびに（ｃ）配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、および４２のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00165]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、および１４のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体は、親と同じ抗原（例えば、がん関連抗原）に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、および１４のいずれか１つのアミノ酸配列において置換され、挿入されおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の１つ以上の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、および９８のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、および７０のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、ならびに（ｃ）配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、および４２のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00166]一態様では、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、および２８のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合性断片が提供される。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、親と同じ抗原（例えば、がん関連抗原）に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、および２８のいずれか１つのアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、および２８のいずれか１つのＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、および１１２のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７１、７２、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、および８４のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；ならびに（ｃ）配列番号４３、４４、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、および５６のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00167]一態様では、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む抗体またはその抗原結合性断片が提供される。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＶＨおよびＶＬを含み、ＶＨは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、および１４のいずれか１つのアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、および２８のいずれか１つのアミノ酸配列を含み、場合により、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
[00168]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表１の任意のＶＨから選択されるＶＨを含む。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表１の任意のＶＬから選択されるＶＬを含む。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表１の任意のＶＨから選択されるＶＨ、および表１の任意のＶＬから選択されるＶＬを含む。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表１の任意のＶＨから選択されるＶＨ、および表１の任意のＶＬから選択されるＶＬを含み、選択されたＶＨおよびＶＬは表７に従って対合される。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表２の任意のＣＤＲ−Ｈ３から選択されるＣＤＲ−Ｈ３、および表２の任意のＣＤＲＬ３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３を含み、選択されたＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲＬ３は表７に従って対合される。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表２の任意のＣＤＲ−Ｈ２から選択されるＣＤＲ−Ｈ２、および表２の任意のＣＤＲ−Ｌ２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２を含み、選択されたＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｌ２は表７に従って対合される。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表２の任意のＣＤＲ−Ｈ１から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、および表２の任意のＣＤＲ−Ｌ１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１を含み、選択されたＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｌ１は表７に従って対合される。一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、表２の任意のＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３、ならびに表２の任意のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３を含み、選択されたＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３は表７に従って対合される。
ＴＭＥＬ１００１
[00169]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00169]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00170]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号９９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00171]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00172]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00173]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00174]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号９９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00175]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号９９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00176]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00177]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１５のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１５のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号９９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00178]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１５のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００２
[00179]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00179]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00180]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１００のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00181]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00182]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１００のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00183]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00184]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１００のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00185]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１００のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00186]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00187]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１６のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１６のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１００のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00188]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１６のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００３
[00189]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00189]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00190]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00191]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00192]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00193]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00194]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00195]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00196]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号３のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号３のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00197]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１７のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１７のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00198]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１７のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００４
[00199]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00199]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00200]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00201]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00202]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00203]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00204]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00205]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00206]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号４のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号４のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00207]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１８のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１８のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00208]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１８のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００５
[00209]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00209]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00210]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00211]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00212]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00213]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00214]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00215]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00216]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号５のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号５のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00217]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１９のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１９のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00218]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１９のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００６
[00219]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00219]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00220]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00221]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00222]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00223]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00224]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00225]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00226]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号６のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号６のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00227]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２０のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２０のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00228]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２０のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００７
[00229]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00229]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00230]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00231]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00232]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00233]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00234]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00235]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00236]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号７のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号７のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00237]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２１のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２１のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00238]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２１のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００８
[00239]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00239]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00240]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00241]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00242]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00243]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00244]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00245]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00246]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号８のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号８のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00247]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２２のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２２のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00248]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２２のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１００９
[00249]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00249]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00250]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00251]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00252]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00253]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00254]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00255]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00256]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号９のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00257]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２３のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２３のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00258]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２３のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１０１０
[00259]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00259]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00260]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00261]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00262]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号１０のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00263]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00264]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00265]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00266]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１０のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00267]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２４のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２４のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00268]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１０のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２４のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１０１１
[00269]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00269]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00270]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00271]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00272]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00273]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00274]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00275]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00276]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１１のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１１のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00277]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２５のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２５のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00278]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２５のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１０１２
[00279]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00279]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00280]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00281]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00282]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号１２のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00283]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00284]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00285]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00286]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１２のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１２のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00287]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２６のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２６のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00288]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１２のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２６のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１０１３
[00289]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00289]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00290]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00291]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00292]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00293]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00294]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00295]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00296]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１３のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１３のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00297]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２７のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２７のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２７のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00298]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２７のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
ＴＭＥＬ１０１４
[00299]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00299]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＨ、（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＶＬ、および（ｃ）それらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の可変領域を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00300]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00301]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および（ｄ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00302]一態様では、本開示は、（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；および配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＨから選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00303]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00304]一態様では、本明細書における開示は、（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。一態様では、本開示は、（ａ）配列番号９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00305]一態様では、本開示は、ＣＤＲ：（ａ）配列番号９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む抗体またはその抗原結合性断片を提供する。
[00306]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は、抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１４のアミノ酸配列において置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）において起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１４のアミノ酸配列のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号９８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00307]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入または欠失を含むが、抗体またはその抗原結合性断片は抗原に結合する能力を保持する配列を含む。一部の実施形態では、全部で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２８のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて置換され、挿入され、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（例えば、ＦＲ）で起こる。場合により、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２８のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
[00308]一態様では、抗体またはその抗原結合性断片が提供され、抗体またはその抗原結合性断片は、上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＨ、および上記に提供された実施形態のいずれかにおけるＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２８のＶＬ配列を含み、それらの配列の翻訳後修飾を含む。
抗体
[00309]上記されるように、本開示の抗体は、ＴＭＥＬ１００１、ＴＭＥＬ１００２、ＴＭＥＬ１００３、ＴＭＥＬ１００４、ＴＭＥＬ１００５、ＴＭＥＬ１００６、ＴＭＥＬ１００７、ＴＭＥＬ１００８、ＴＭＥＬ１００９、ＴＭＥＬ１０１０、ＴＭＥＬ１０１１、ＴＭＥＬ１０１２、ＴＭＥＬ１０１３、およびＴＭＥＬ１０１４と呼ばれる。特定の抗体およびそれらのＣＤＲについての個々のアミノ酸配列および核酸配列の同定を容易にする配列リストを本明細書中に提供する。表１〜４は、配列を開示し、個々の抗体についての配列の好ましい対合は、表７に要約される。本明細書には、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片の少なくとも１つを含み、例えば、特定のポリペプチド配列を含むか、または特定の配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上同一である配列を有する組成物、および核酸が提供される。本開示は、がんの治療、予防および／または診断における使用を見出すがん関連抗体を提供する。用語「がん関連抗体」とは、本明細書で使用される場合、がん関連抗原に特異的な抗体を指す。一部の実施形態では、がん関連抗体は、がん関連抗原に特異的な少なくとも１つの抗原結合領域を含む。本明細書には、抗体の可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）の完全な再構築された核酸コンセンサス配列および完全な再構築されたポリペプチドコンセンサス配列が開示される。ＶＨおよびＶＬのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３の核酸およびポリペプチド配列もまた提供される。
抗体
[00309]上記されるように、本開示の抗体は、ＴＭＥＬ１００１、ＴＭＥＬ１００２、ＴＭＥＬ１００３、ＴＭＥＬ１００４、ＴＭＥＬ１００５、ＴＭＥＬ１００６、ＴＭＥＬ１００７、ＴＭＥＬ１００８、ＴＭＥＬ１００９、ＴＭＥＬ１０１０、ＴＭＥＬ１０１１、ＴＭＥＬ１０１２、ＴＭＥＬ１０１３、およびＴＭＥＬ１０１４と呼ばれる。特定の抗体およびそれらのＣＤＲについての個々のアミノ酸配列および核酸配列の同定を容易にする配列リストを本明細書中に提供する。表１〜４は、配列を開示し、個々の抗体についての配列の好ましい対合は、表７に要約される。本明細書には、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片の少なくとも１つを含み、例えば、特定のポリペプチド配列を含むか、または特定の配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上同一である配列を有する組成物、および核酸が提供される。本開示は、がんの治療、予防および／または診断における使用を見出すがん関連抗体を提供する。用語「がん関連抗体」とは、本明細書で使用される場合、がん関連抗原に特異的な抗体を指す。一部の実施形態では、がん関連抗体は、がん関連抗原に特異的な少なくとも１つの抗原結合領域を含む。本明細書には、抗体の可変重鎖（ＶＨ）および可変軽鎖（ＶＬ）の完全な再構築された核酸コンセンサス配列および完全な再構築されたポリペプチドコンセンサス配列が開示される。ＶＨおよびＶＬのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３の核酸およびポリペプチド配列もまた提供される。
[00310]抗体は、例えば、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、組換え抗体、化学的に操作された抗体、脱免疫抗体、親和性成熟抗体、多特異性抗体（例えば、二特異性抗体および多反応性抗体）、ヘテロコンジュゲート抗体、抗体断片、およびそれらの組み合わせ（例えば、さらに脱免疫されたモノクローナル抗体、さらに脱免疫されたヒト化抗体など）を含む。抗体は、限定されないが、任意の特異的結合メンバー、免疫グロブリンクラスおよび／またはアイソタイプ（例えば、ＩｇＧｌ、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥおよびＩｇＭ）；ならびにそれらの生物学的に関連する断片または特異的結合メンバー、例えば、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖおよびｓｃＦｖ（一本鎖または関連実体）を含む。モノクローナル抗体は、実質的に均一な抗体の集団から得られ、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る、可能性のある天然に存在する突然変異を除き、同一である。ポリクローナル抗体とは、異なる決定因子（エピトープ）に対して指向される異なる抗体を含む調製物である。
[00311]抗体は、ジスルフィド結合によって相互連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖、またはその抗原結合部分を有する糖タンパク質であることが当該技術分野において理解される。重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）および重鎖定常領域（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）で構成される。軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）で構成される。重鎖と軽鎖の両方の可変領域は、フレームワーク領域（ＦＲまたはＦＷＲ）および超可変領域（ＨＶＲ）を含む。ＨＶＲは、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基である。超可変領域は、一般的に、最も高い配列変動性を有し、および／または抗原認識に関与する相補性決定領域（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含む。ＶＨ中のＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは、一般的に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲはまた、抗原と接触する残基である「特異性決定残基」または「ＳＤＲ」を含む。ＳＤＲは、略称ＣＤＲまたはａ−ＣＤＲと呼ばれるＣＤＲの領域内に含まれる。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、およびａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基３１〜３４、Ｌ２の５０〜５５、Ｌ３の８９〜９６、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜５８、およびＨ３の９５〜１０２に存在する（例えば、Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照されたい）。
[00312]別段の指示がない限り、可変ドメイン中のＨＶＲ残基および他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、本明細書では、Ｋａｂａｔら（前掲）に従って番号付けされる。可変領域は、抗原に対する抗体の結合に関与する抗体の重鎖または軽鎖のドメインである（例えば、Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., p.91 (2007)を参照されたい）。単一のＶＨまたはＶＬドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、抗原に結合する抗体からＶＨまたはＶＬドメインを用いて単離し、それぞれ相補的ＶＬまたはＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングすることができる（例えば、Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993)；Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)を参照されたい）。４つのＦＷＲ領域は、典型的には、より保存され、一方、ＣＤＲ領域（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）は、超可変領域を表し、以下：ＦＷＲ１、ＣＤＲ１、ＦＷＲ２、ＣＤＲ２、ＦＷＲ３、ＣＤＲ３およびＦＷＲ４のようにＮＨ２末端からＣＯＯＨ末端に配列される。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含み、一方、アイソタイプに応じて、定常領域（複数可）は、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。抗体はまた、キメラ抗体、ヒト化抗体、および組換え抗体、トランスジェニック非ヒト動物から生成されたヒト抗体、ならびに当業者に利用可能な濃縮技術を使用してライブラリーから選択された抗体を含む。
[00313]参照ポリペプチド配列に関する配列同一性パーセント（％）とは、配列をアラインさせ、ギャップを導入して、必要に応じて、配列同一性の最大パーセントを達成した後、配列同一性の一部として保存的置換を考慮しないで、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージである。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的でのアラインメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公衆に利用可能なコンピュータソフトウェアを用いて、当業者の範囲内にある種々の方法で達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大アラインメントを達成するのに必要とされる任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインさせるための適切なパラメーターを決定することができる。しかしながら、本明細書の目的のために、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．が著作者となり、ソースコードは、米国著作権登録第ＴＸＵ５１００８７号に基づいて登録されている、ワシントンＤ．Ｃ．、２０５５９の米国著作権局のユーザ文書に保管されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、カリフォルニア州サウスサンフランシスコのＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．から公開されて利用され得るか、またはソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで使用するためにコンパイルする必要がある。全ての配列比較パラメーターは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変更しない。
[00314]ＡＬＩＧＮ−２をアミノ酸配列比較に用いる状況において、所定のアミノ酸配列Ｂと、それと比較した、またはそれに対する所定のアミノ酸配列Ａのアミノ酸配列同一性％（所定のアミノ酸配列Ｂと、それと比較して、またはそれに対してある種のアミノ酸配列同一性％を有するかまたは含む所定のアミノ酸配列Ａとして代替的に表現することができる）は、以下：１００×分率Ｘ／Ｙのように計算され、Ｘは、配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２による、ＡとＢのプログラムアラインメントにおける同一の一致としてスコアリングされたアミノ酸残基の数であり、ＹはＢのアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＢとのＡのアミノ酸配列同一性％は、ＡとのＢのアミノ酸配列同一性％と等しくないことが理解される。特に断らない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性％値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを用いて、直前の段落に記載されているように得られる。
抗体特性
突然変異頻度
[00315]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、生殖細胞系列配列から少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％、またはそれより高い突然変異頻度を有する重鎖配列を含むことができる。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の再構築された生殖細胞系列ポリペプチド配列を表５から選択することができる。一部の実施形態では、可変重鎖の再構築された生殖細胞系列ポリペプチド配列は、配列番号２２５〜２３８に記載される配列から選択することができる。一部の実施形態では、可変軽鎖の再構築生殖細胞系列ポリペプチド配列は、配列番号２３９〜２５２から選択することができる。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の再構築された生殖細胞系列核酸配列を表６から選択することができる。一部の実施形態では、可変重鎖の再構築された生殖細胞系列核酸配列は、配列番号２５３〜２６６から選択することができる。一部の実施形態では、可変軽鎖の再構築された生殖細胞系列核酸配列は、配列番号２６７〜２８０から選択される。本開示の抗体は、生殖細胞系列配列から少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％、またはそれより高い突然変異頻度を有する軽鎖配列であるＣＤＲ３領域を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、生殖細胞系列配列から少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％、またはそれより高い突然変異頻度を有する重鎖および軽鎖配列を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、ＶＨファミリー４−５９のいずれか１つからなる群から選択されるＶＨファミリーからのＶＨ領域を含むことができる。
突然変異頻度
[00315]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、生殖細胞系列配列から少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％、またはそれより高い突然変異頻度を有する重鎖配列を含むことができる。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の再構築された生殖細胞系列ポリペプチド配列を表５から選択することができる。一部の実施形態では、可変重鎖の再構築された生殖細胞系列ポリペプチド配列は、配列番号２２５〜２３８に記載される配列から選択することができる。一部の実施形態では、可変軽鎖の再構築生殖細胞系列ポリペプチド配列は、配列番号２３９〜２５２から選択することができる。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の再構築された生殖細胞系列核酸配列を表６から選択することができる。一部の実施形態では、可変重鎖の再構築された生殖細胞系列核酸配列は、配列番号２５３〜２６６から選択することができる。一部の実施形態では、可変軽鎖の再構築された生殖細胞系列核酸配列は、配列番号２６７〜２８０から選択される。本開示の抗体は、生殖細胞系列配列から少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％、またはそれより高い突然変異頻度を有する軽鎖配列であるＣＤＲ３領域を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、生殖細胞系列配列から少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％、またはそれより高い突然変異頻度を有する重鎖および軽鎖配列を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、ＶＨファミリー４−５９のいずれか１つからなる群から選択されるＶＨファミリーからのＶＨ領域を含むことができる。
重鎖および軽鎖の長さ
[00316]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、長さが少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０アミノ酸の長さであるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３領域を含むことができる。本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、長さが少なくとも約１８アミノ酸であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３領域を含むことができる。
[00316]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、長さが少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０アミノ酸の長さであるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３領域を含むことができる。本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、長さが少なくとも約１８アミノ酸であるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３領域を含むことができる。
[00317]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に欠失を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に３つ以上のアミノ酸の欠失を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に７つ以下のアミノ酸の欠失を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖の末端に３、４、５、６、または７つのアミノ酸の欠失を含むことができる。
[00318]本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖への挿入を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖への１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個、またはそれを超えるアミノ酸の挿入を含むことができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、軽鎖への３つのアミノ酸の挿入を含むことができる。
親和性
[00319]親和性は、分子の単一結合部位（例えば、抗体）とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合相互作用の総和の強度である。別段の指示がない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」とは、結合対（例えば、抗体および抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸとそのパートナーのＹとの親和性は、一般的に解離定数（ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載されるものを含み、当該技術分野において公知である一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的に例証的であり、例示的な実施形態を以下に記載する。
[00319]親和性は、分子の単一結合部位（例えば、抗体）とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合相互作用の総和の強度である。別段の指示がない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」とは、結合対（例えば、抗体および抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸとそのパートナーのＹとの親和性は、一般的に解離定数（ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載されるものを含み、当該技術分野において公知である一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的に例証的であり、例示的な実施形態を以下に記載する。
[00320]一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、約１μＭ、１００ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．５ｎＭ、０．１ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０１ｎＭ、もしくは０．００１ｎＭ、またはそれ未満（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）の解離定数（ＫＤ）を有する。本発明の別の態様は、その標的に対する増加した親和性を有する抗体またはその抗原結合性断片、例えば親和性成熟抗体を提供する。親和性成熟抗体は、このような変化を持たない親抗体と比較して、１つ以上の超可変領域（ＨＶＲ）における１つ以上の変化を有する抗体であり、このような変化は、抗原に対する抗体の親和性の改善をもたらす。これらの抗体は、約５×１０−９Ｍ、２×１０−９Ｍ、１×１０−９Ｍ、５×１０−１０Ｍ、２×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、５×１０−１１Ｍ、１×１０−１１Ｍ、５×１０−１２Ｍ、１×１０−１２、またはそれ未満のＫＤで抗原に結合することができる。一部の実施形態では、本開示は、重鎖配列および軽鎖配列、またはその両方を含む生殖細胞系列抗体と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍またはそれを超える増加した親和性を有する抗体またはその抗原結合性断片を提供する。他の実施形態では、本明細書に記載される抗体と同じエピトープへの結合に対して競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、同一のエピトープに結合する、および／または抗体と同じエピトープへの結合に対して競合する抗体またはその抗原結合性断片は、例えば、ＡＤＣＣ活性を含むＦｃ媒介細胞傷害性などのエフェクター機能活性を示す。
[00321]ＫＤは、任意の適切なアッセイによって測定することができる。例えば、ＫＤは、放射性標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）（例えば、Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)；Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)を参照されたい）によって測定することができる。例えば、ＫＤは、表面プラズモン共鳴アッセイ（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００を使用する）を用いて測定することができる。
抗原結合性断片
[00322]用語「抗体断片」、「抗原結合性断片」、または「抗体結合ドメイン」は、抗原結合ドメイン、すなわち、抗原およびその画定されたエピトープなどの標的に対する抗体断片の認識および特異的結合を付与するのに十分である、インタクトな抗体の抗原決定可変領域を含む抗体の少なくとも１つの部分、またはその組換えバリアントを指す。抗原結合性断片の例としては、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、一本鎖（ｓｃ）Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）抗体断片、線状抗体、ｓｄＡｂ（ＶＬまたはＶＨのいずれか）などの単一ドメイン抗体、ラクダ科ＶＨＨドメイン、および抗体断片から形成される多特異性抗体が挙げられる。別の実施形態では、抗体は、完全長抗体、例えば、本明細書に記載されるインタクトなＩｇＧ１抗体または他の抗体クラスもしくはアイソタイプである（例えば、Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)；Pluckthiin, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, pp. 269-315 (1994)；Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照されたい）。全長抗体、インタクトな抗体、または全抗体は、天然抗体構造に実質的に類似する構造を有するか、または本明細書に定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体である。抗体断片は、種々の技術によって作製することができ、限定されないが、本明細書に記載されるように、インタクトな抗体のタンパク質分解消化、ならびに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌またはファージ）による産生が含まれる。
[00322]用語「抗体断片」、「抗原結合性断片」、または「抗体結合ドメイン」は、抗原結合ドメイン、すなわち、抗原およびその画定されたエピトープなどの標的に対する抗体断片の認識および特異的結合を付与するのに十分である、インタクトな抗体の抗原決定可変領域を含む抗体の少なくとも１つの部分、またはその組換えバリアントを指す。抗原結合性断片の例としては、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、一本鎖（ｓｃ）Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）抗体断片、線状抗体、ｓｄＡｂ（ＶＬまたはＶＨのいずれか）などの単一ドメイン抗体、ラクダ科ＶＨＨドメイン、および抗体断片から形成される多特異性抗体が挙げられる。別の実施形態では、抗体は、完全長抗体、例えば、本明細書に記載されるインタクトなＩｇＧ１抗体または他の抗体クラスもしくはアイソタイプである（例えば、Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)；Pluckthiin, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, pp. 269-315 (1994)；Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照されたい）。全長抗体、インタクトな抗体、または全抗体は、天然抗体構造に実質的に類似する構造を有するか、または本明細書に定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体である。抗体断片は、種々の技術によって作製することができ、限定されないが、本明細書に記載されるように、インタクトな抗体のタンパク質分解消化、ならびに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌またはファージ）による産生が含まれる。
[00323]Ｆｖは、完全な抗原認識部位および抗原結合部位を含む最小抗体断片である。この断片は、密接に非共有結合している１つの重鎖および１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体を含む。これら２つのドメインのフォールディングから、抗原結合のためのアミノ酸残基に寄与し、抗体に対する抗原結合特異性を付与する６つの超可変ループ（Ｈ鎖とＬ鎖からそれぞれ３つのループ）が生じる。しかしながら、単一の可変領域（または抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、抗原を認識し、結合する能力を有するが、結合部位全体よりも低い親和性である。
[00324]用語「ｓｃＦｖ」とは、軽鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体断片と、重鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体断片とを含む融合タンパク質を指し、軽鎖および重鎖可変領域は、短い可撓性ポリペプチドリンカーを介して隣接して連結され、単一のポリペプチド鎖として発現され得、ｓｃＦｖは、それが由来するインタクトな抗体の特異性を保持する。明記されていない限り、本明細書で使用される場合、ｓｃＦｖは、例えばポリペプチドのＮ末端およびＣ末端に関して、いずれかの順序でＶＬおよびＶＨ可変領域を有し得、ｓｃＦｖは、ＶＬ−リンカー−ＶＨを含み得、またはＶＨ−リンカー−ＶＬを含み得る。
[00325]ダイアボディは、Ｖドメインの鎖内ではなく、鎖間対合が達成され、二価断片を生じるように、ＶＨドメインとＶＬドメインの間に短いリンカー（約５〜１０残基）を有するｓＦｖ断片を構築することによって調製される小さな抗体断片である。二特異性二重体は、２つの抗体のＶＨおよびＶＬドメインが異なるポリペプチド鎖上に存在する２つのクロスオーバーｓＦｖ断片のヘテロ二量体である（例えば、Hollinger et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照されたい）。
[00326]完全にヒト型で産生され得るドメイン抗体（ｄＡｂｓ）は、約１１ｋＤａ〜約１５ｋＤａの範囲の抗体の最も小さい公知の抗原結合性断片である。ｄＡｂは免疫グロブリンの重鎖および軽鎖（それぞれＶＨおよびＶＬ）の頑強な可変領域である。それらは微生物細胞培養物中で高発現され、例えば、限定されないが、溶解度および温度安定性を含む好ましい生物物理学的特性を示し、例えばファージディスプレイなどのインビトロ選択系による選択および親和性成熟に十分に適している。ｄＡｂはモノマーとして生物活性があり、それらのサイズが小さく、固有の安定性があるため、より大きな分子にフォーマットすることができ、血清半減期の延長または他の薬理活性を有する薬物を作製することができる。
[00327]ＦｖとｓｃＦｖは、定常領域を持たないインタクトな結合部位を有する唯一の種である。したがって、それらは、インビボ使用中の還元型非特異的結合に適している。ｓｃＦｖ融合タンパク質は、ｓｃＦｖのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかでエフェクタータンパク質の融合を生じるように構築することができる。抗体断片はまた、「線状抗体」であり得る。このような線状抗体断片は、単特異性または二特異性であり得る。
キメラ抗体
[00328]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、キメラである。本明細書で使用される場合、用語「キメラ抗体」とは、重鎖および／または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来し、重鎖および／または軽鎖の残りが異なる供給源または種に由来する抗体を指す。１つの例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）およびヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変化している「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合性断片を含む。詳細については、例えば、Jones et al., Nature 321: 522-525 (1986)；Reichmann et al., Nature 332: 323-329 (1988)；Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2: 593-596 (1992)；Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)を参照されたい。
[00328]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、キメラである。本明細書で使用される場合、用語「キメラ抗体」とは、重鎖および／または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来し、重鎖および／または軽鎖の残りが異なる供給源または種に由来する抗体を指す。１つの例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）およびヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変化している「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合性断片を含む。詳細については、例えば、Jones et al., Nature 321: 522-525 (1986)；Reichmann et al., Nature 332: 323-329 (1988)；Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2: 593-596 (1992)；Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)を参照されたい。
ヒト化抗体
[00329]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ヒト化抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基およびヒトＦＲ由来のアミノ酸残基を含む抗体である。ある種の実施形態では、ヒト化抗体は、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全てまたは実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト抗体のものに対応する、少なくとも１つ、および典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、場合により、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含み得る。例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci.13:1619-1633 (2008)；Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988)；Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)；Padlan, Mol. Immunol.28:489-498 (1991)；Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005)；Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005)；Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)を参照されたい。
[00329]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ヒト化抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基およびヒトＦＲ由来のアミノ酸残基を含む抗体である。ある種の実施形態では、ヒト化抗体は、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全てまたは実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト抗体のものに対応する、少なくとも１つ、および典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、場合により、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含み得る。例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci.13:1619-1633 (2008)；Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988)；Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)；Padlan, Mol. Immunol.28:489-498 (1991)；Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005)；Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005)；Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)を参照されたい。
[00330]非ヒト抗体は、親非ヒト抗体の特異性および親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を減少させるためにヒト化することができる。ヒト化抗体は、非ヒト抗体に由来する１つ以上のＣＤＲ、またはその一部を含む１つ以上の可変ドメインを含むことができる。ヒト化抗体は、ヒト抗体配列に由来する１つ以上のＦＲ、またはその一部を含む１つ以上の可変ドメインを含むことができる。ヒト化抗体は、場合により、ヒト定常領域の少なくとも一部を含むことができる。一部の実施形態では、ヒト化抗体中の１つ以上のＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復または改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＣＤＲ残基が誘導される抗体）由来の対応する残基で置換される。
[00331]ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域には、限定されないが、「最良適合」方法を使用して選択されるフレームワーク領域；軽鎖可変領域または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域；ヒト成熟（体細胞突然変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系列フレームワーク領域；およびＦＲライブラリーのスクリーニングに由来するフレームワーク領域が含まれる（例えば、Sims et al., J. Immunol. 151:2296 (1993)；Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；Presta et al., J. Immunol.,151:2623 (1993)；Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)；Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照されたい）。
ヒト抗体
[00332]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野において公知である種々の技術を用いて産生することができる（例えば、van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)；Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)を参照されたい）。ヒト抗体は、ヒトもしくはヒト細胞により産生された抗体、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体をコードする配列を利用する非ヒト供給源由来の抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特異的に除外する。ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してインタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように修飾されたトランスジェニック動物に免疫原（例えば、がん細胞抗原）を投与することによって調製することができる（例えば、Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照されたい）。このような動物によって生成されたインタクトな抗体からのヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、さらに修飾され得る。
[00332]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野において公知である種々の技術を用いて産生することができる（例えば、van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)；Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)を参照されたい）。ヒト抗体は、ヒトもしくはヒト細胞により産生された抗体、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体をコードする配列を利用する非ヒト供給源由来の抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特異的に除外する。ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してインタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように修飾されたトランスジェニック動物に免疫原（例えば、がん細胞抗原）を投与することによって調製することができる（例えば、Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照されたい）。このような動物によって生成されたインタクトな抗体からのヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、さらに修飾され得る。
[00333]ヒト抗体はまた、ハイブリドーマに基づく方法によって作製することができる。例えば、ヒト抗体は、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術、および他の方法（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (1987)；Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)；Li et al., Proc. Natl. Acad., 103:3557-3562 (2006)；Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)；Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005)；Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)を参照されたい）を用いて、ヒト骨髄腫およびマウス−ヒト異種骨髄腫細胞系から産生することができる。ヒト抗体はまた、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。次に、このような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わせることができる。
脱免疫抗体
[00334]本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、場合により、免疫原性について評価することができ、必要に応じて、脱免疫することができる（すなわち、抗体は、１つ以上のＴ細胞エピトープを変化させることによって、より免疫反応性が低いようにされる）。本明細書で使用される場合、「脱免疫抗体」とは、抗体配列中の１つ以上のＴ細胞エピトープが、対象への抗体の投与後のＴ細胞応答が、脱免疫されていない抗体と比較して減少されるが、抗体がその結合活性を保持するように修飾されていることを意味する。本明細書に記載される抗体および抗原結合性断片に存在する免疫原性およびＴ細胞エピトープの分析は、当該技術分野において公知であるソフトウェアおよび特異的データベースの使用を介して行うことができる。例示的なソフトウェアおよびデータベースは、英国ケンブリッジのＡｎｔｉｔｏｐｅによって開発されたｉＴｏｐｅ（商標）を含む。ｉＴｏｐｅ（商標）は、ヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子へのペプチド結合を分析するためのインシリコ技術である。ｉＴｏｐｅ（商標）ソフトウェアは、ヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子へのペプチドの結合を予測し、それにより、このような「潜在的Ｔ細胞エピトープ」の位置について最初のスクリーニングを提供する。ｉＴｏｐｅ（商標）ソフトウェアは、３４個のヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子の結合溝内のペプチドのアミノ酸側鎖と特異的結合ポケットの間の好ましい相互作用を予測する。重要な結合残基の位置は、試験抗体可変領域配列にまたがる１つのアミノ酸によってオーバーラップする９マーのペプチドのインシリコ生成によって達成される。各９マーペプチドは、３４個のＭＨＣクラスＩＩアロタイプの各々に対して試験され得、それらの潜在的な「適合」およびＭＨＣクラスＩＩ結合溝との相互作用に基づいてスコア化され得る。５０％を超えるＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子に対して高い平均結合スコア（ｉＴｏｐｅ（商標）スコアリング機能において＞０．５５）をもたらすペプチドは、潜在的なＴ細胞エピトープと考えられる。このような領域では、ＭＨＣクラスＩＩ溝内のペプチド結合のためのコア９アミノ酸配列を分析して、ＭＨＣクラスＩＩポケット残基（Ｐ１、Ｐ４、Ｐ６、Ｐ７およびＰ９）および可能性のあるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）接触残基（Ｐ−１、Ｐ２、Ｐ３、Ｐ５、Ｐ８）を決定する。任意のＴ細胞エピトープの同定後、アミノ酸残基の変化、置換、付加および／または欠失を導入して、同定されたＴ細胞エピトープを除去することができる。このような変化は、同定されたエピトープを依然として除去しながら抗体の構造および機能を保存するようにすることができる。例示的な変化としては、限定されないが、保存的アミノ酸変化が挙げられる。
[00334]本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、場合により、免疫原性について評価することができ、必要に応じて、脱免疫することができる（すなわち、抗体は、１つ以上のＴ細胞エピトープを変化させることによって、より免疫反応性が低いようにされる）。本明細書で使用される場合、「脱免疫抗体」とは、抗体配列中の１つ以上のＴ細胞エピトープが、対象への抗体の投与後のＴ細胞応答が、脱免疫されていない抗体と比較して減少されるが、抗体がその結合活性を保持するように修飾されていることを意味する。本明細書に記載される抗体および抗原結合性断片に存在する免疫原性およびＴ細胞エピトープの分析は、当該技術分野において公知であるソフトウェアおよび特異的データベースの使用を介して行うことができる。例示的なソフトウェアおよびデータベースは、英国ケンブリッジのＡｎｔｉｔｏｐｅによって開発されたｉＴｏｐｅ（商標）を含む。ｉＴｏｐｅ（商標）は、ヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子へのペプチド結合を分析するためのインシリコ技術である。ｉＴｏｐｅ（商標）ソフトウェアは、ヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子へのペプチドの結合を予測し、それにより、このような「潜在的Ｔ細胞エピトープ」の位置について最初のスクリーニングを提供する。ｉＴｏｐｅ（商標）ソフトウェアは、３４個のヒトＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子の結合溝内のペプチドのアミノ酸側鎖と特異的結合ポケットの間の好ましい相互作用を予測する。重要な結合残基の位置は、試験抗体可変領域配列にまたがる１つのアミノ酸によってオーバーラップする９マーのペプチドのインシリコ生成によって達成される。各９マーペプチドは、３４個のＭＨＣクラスＩＩアロタイプの各々に対して試験され得、それらの潜在的な「適合」およびＭＨＣクラスＩＩ結合溝との相互作用に基づいてスコア化され得る。５０％を超えるＭＨＣクラスＩＩ対立遺伝子に対して高い平均結合スコア（ｉＴｏｐｅ（商標）スコアリング機能において＞０．５５）をもたらすペプチドは、潜在的なＴ細胞エピトープと考えられる。このような領域では、ＭＨＣクラスＩＩ溝内のペプチド結合のためのコア９アミノ酸配列を分析して、ＭＨＣクラスＩＩポケット残基（Ｐ１、Ｐ４、Ｐ６、Ｐ７およびＰ９）および可能性のあるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）接触残基（Ｐ−１、Ｐ２、Ｐ３、Ｐ５、Ｐ８）を決定する。任意のＴ細胞エピトープの同定後、アミノ酸残基の変化、置換、付加および／または欠失を導入して、同定されたＴ細胞エピトープを除去することができる。このような変化は、同定されたエピトープを依然として除去しながら抗体の構造および機能を保存するようにすることができる。例示的な変化としては、限定されないが、保存的アミノ酸変化が挙げられる。
多特異性抗体および抗原結合性断片
[00335]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、多特異性抗体、例えば、二特異性抗体である。多特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、結合特異性の一方は、がん関連抗原に対するものであり、他方は、任意の他の抗原に対するものである。一部の実施形態では、二特異性抗体は、抗原の２つの異なるエピトープに結合し得る。また、二特異性抗体を用いて、細胞傷害剤をがん細胞に局在化させることもできる。二特異性抗体は、全長抗体または抗体断片として調製することができる。
[00335]一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、多特異性抗体、例えば、二特異性抗体である。多特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、結合特異性の一方は、がん関連抗原に対するものであり、他方は、任意の他の抗原に対するものである。一部の実施形態では、二特異性抗体は、抗原の２つの異なるエピトープに結合し得る。また、二特異性抗体を用いて、細胞傷害剤をがん細胞に局在化させることもできる。二特異性抗体は、全長抗体または抗体断片として調製することができる。
[00336]多特異性抗体を作製するための例示的な技術は、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現、抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子を作製するための静電ステアリング効果の操作、２つ以上の抗体または断片の架橋、二特異性抗体断片を製造するためのロイシンジッパーの使用、二特異性抗体断片を産生するための「ダイアボディ」技術の使用、一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体の使用、三特異性抗体の調製、および「ノブ−イン−ホール」操作を含む（例えば、Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)；Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)；米国特許第４，６７６，９８０号および第５，７３１，１６８号；Brennan et al., Science, 229: 81 (1985)；Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)；Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)；Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)；およびTutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)を参照されたい）。３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体もまた意図される。
バリアント
[00337]別の態様では、本明細書には、抗体またはその抗原結合性断片のバリアントが提供される。
[00337]別の態様では、本明細書には、抗体またはその抗原結合性断片のバリアントが提供される。
置換、挿入、および欠失バリアント
一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが意図される。バリアントは、典型的には、１つ以上の置換、欠失、付加および／または挿入において、本明細書に具体的に開示されるポリペプチドと異なる。このようなバリアントは、天然に存在し得るか、または、例えば、本発明の上述のポリペプチド配列のうちの１つ以上を修飾し、本明細書に記載されるポリペプチドの１つ以上の生物学的活性を評価し、および／または当該技術分野において周知である多数の技術のいずれかを使用することによって、合成的に生成され得る。例えば、抗体の結合親和性および／または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合があり、抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製することができる。このような修飾には、例えば、抗体のアミノ酸配列からの欠失、および／またはその配列内の残基への挿入、および／または残基の置換が含まれる。最終構築物が所望の特徴、例えば抗原結合を有することを条件に、欠失、挿入、および置換の任意の組み合わせを行って最終構築物に到達させることができる。
一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが意図される。バリアントは、典型的には、１つ以上の置換、欠失、付加および／または挿入において、本明細書に具体的に開示されるポリペプチドと異なる。このようなバリアントは、天然に存在し得るか、または、例えば、本発明の上述のポリペプチド配列のうちの１つ以上を修飾し、本明細書に記載されるポリペプチドの１つ以上の生物学的活性を評価し、および／または当該技術分野において周知である多数の技術のいずれかを使用することによって、合成的に生成され得る。例えば、抗体の結合親和性および／または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合があり、抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製することができる。このような修飾には、例えば、抗体のアミノ酸配列からの欠失、および／またはその配列内の残基への挿入、および／または残基の置換が含まれる。最終構築物が所望の特徴、例えば抗原結合を有することを条件に、欠失、挿入、および置換の任意の組み合わせを行って最終構築物に到達させることができる。
[00338]一部の実施形態では、１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体バリアントまたはその抗原結合性断片が提供される。置換による突然変異誘発に関して目的の部位には、ＣＤＲおよびＦＲが含まれる。アミノ酸置換は、目的の抗体、および所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少された免疫原性、または改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣ機能についてスクリーニングされた生成物に導入され得る。
[00339]疎水性アミノ酸には、ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅが含まれる。中性親水性アミノ酸には、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、およびＧｌｎが含まれる。酸性アミノ酸には、ＡｓｐおよびＧｌｕが含まれる。塩基性アミノ酸には、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、およびＡｒｇが含まれる。鎖の配向に影響を及ぼす残基を有するアミノ酸には、ＧｌｙとＰｒｏが含まれる。芳香族アミノ酸には、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、およびＰｈｅが含まれる。
[00340]一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、１つ以上のＣＤＲ内で起こり得、置換、挿入、または欠失は、抗原に対する抗体結合を実質的に低減させない。例えば、結合親和性を実質的に低減させない保存的置換は、ＣＤＲにおいて作製することができる。このような変化は、ＣＤＲ「ホットスポット」またはＳＤＲの外側にある可能性がある。バリアントＶＨおよびＶＬ配列の一部の実施形態では、各々のＣＤＲは、変化していないか、または１、２もしくは３つ以下のアミノ酸置換を含むかのいずれかである。
[00341]変化（例えば、置換）は、ＣＤＲにおいて、例えば、抗体親和性を改善するために行われ得る。このような変化は、体細胞成熟の間に高い突然変異率を有するＣＤＲコード化コドンにおいてなされ得（例えば、Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照されたい）、および得られたバリアントを結合親和性について試験することができる。親和性成熟（例えば、エラー傾向にあるＰＣＲ、鎖シャフリング、ＣＤＲのランダム化、またはオリゴヌクレオチド指向性突然変異誘発を用いる）は、抗体親和性を改善するために使用され得る（例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (2001)を参照されたい）。抗原結合に関与するＣＤＲ残基は、例えば、アラニン走査突然変異誘発またはモデリングを用いて特異的に同定することができる（例えば、Cunningham and Wells Science, 244:1081-1085 (1989)を参照されたい）。特にＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｌ３が標的とされることが多い。あるいはまたはさらに、抗体と抗原の間の接触点を同定するための抗原−抗体複合体の結晶構造。このような接触残基および隣接残基は、置換のための候補として標的化され得るかまたは排除され得る。バリアントをスクリーニングして、それらが所望の特性を含むかどうかを決定することができる。
[00342]アミノ酸配列の挿入および欠失には、１残基から１００個以上の残基を含むポリペプチドまでの長さの範囲のアミノ末端および／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入および欠失が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入バリアントは、例えば、Ｎ末端またはＣ末端で、抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。用語「エピトープタグ化」とは、エピトープタグに融合された抗体を指す。エピトープタグポリペプチドは、そこの抗体が作製され得るエピトープを提供するのに十分な残基を有するが、抗体の活性を妨げないほど十分に短い。エピトープタグは、好ましくは、そこの抗体が他のエピトープと実質的に交差反応しないように十分に固有である。適切なタグポリペプチドは、一般的に、少なくとも６つのアミノ酸残基、通常は約８〜５０個のアミノ酸残基（好ましくは約９〜３０個の残基）を有する。例としては、インフルエンザＨＡタグポリペプチドおよびその抗体１２ＣＡ５［Field et al., Mal. Cell. Biol. 8: 2159-2165 (1988)］；ｃ−ｍｙｃタグ、およびそれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７および９Ｅ１０抗体［Evan et al., Mal. Cell. Biol. 5(12): 3610-3616 (1985)］；単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグおよびその抗体［Paborsky et al., Protein Engineering 3(6): 547-553 (1990)］が挙げられる。他の例示的なタグは、一般的に約６つのヒスチジン残基のポリヒスチジン配列であり、ニッケルキレート化を用いてそのように標識された化合物の単離を可能にする。本発明は、ＦＬＡＧ（登録商標）タグ（Ｅａｓｔｍａｎ Ｋｏｄａｋ、Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ、Ｎ．Ｙ．）などの、当該技術分野において周知であり、日常的に使用される他のラベルおよびタグを包含する。
[00343]抗体分子の他の挿入バリアントは、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴについて）または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの抗体のＮ末端またはＣ末端への融合を含む。抗体分子の配列内挿入バリアントの例には、軽鎖への３つのアミノ酸の挿入が含まれる。末端欠失の例としては、軽鎖の末端に７つ以下のアミノ酸の欠失を有する抗体が挙げられる。
グリコシル化バリアント
[00344]一部の実施形態では、抗体は、それらのグリコシル化を増加または減少させるように（例えば、１つ以上のグリコシル化部位が作製または除去されるようにアミノ酸配列を変化させることによって）変化される。抗体のＦｃ領域に結合した炭水化物は、変化され得る。哺乳動物細胞由来の天然の抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７へのＮ−結合によって結合された分枝した、二分岐オリゴ糖を含む（例えば、Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照されたい）。オリゴ糖は、種々の炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、二分岐オリゴ糖構造の幹中のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースであり得る。抗体中のオリゴ糖の修飾は、例えば、ある種の改善された特性を有する抗体バリアントを作製するために行うことができる。抗体グリコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ機能を有することができる。
[00344]一部の実施形態では、抗体は、それらのグリコシル化を増加または減少させるように（例えば、１つ以上のグリコシル化部位が作製または除去されるようにアミノ酸配列を変化させることによって）変化される。抗体のＦｃ領域に結合した炭水化物は、変化され得る。哺乳動物細胞由来の天然の抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７へのＮ−結合によって結合された分枝した、二分岐オリゴ糖を含む（例えば、Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照されたい）。オリゴ糖は、種々の炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、二分岐オリゴ糖構造の幹中のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースであり得る。抗体中のオリゴ糖の修飾は、例えば、ある種の改善された特性を有する抗体バリアントを作製するために行うことができる。抗体グリコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ機能を有することができる。
[00345]一部の実施形態では、Ｆｃ領域に（直接的または間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。例えば、このような抗体中のフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％、または２０％〜４０％であり得る。フコースの量は、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造の合計に対して、Ａｓｎ２９７における糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される（例えば、ＷＯ０８／０７７５４６を参照されたい）。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の約２９７位に位置するアスパラギン残基（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）を指す。しかしながら、Ａｓｎ２９７は、抗体におけるわずかな配列変化のために、２９７位の上流または下流、すなわち２９４位と３００位の間に位置する約±３アミノ酸であり得る。このようなフコシル化バリアントは、ＡＤＣＣ機能を改善することができる（例えば、Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)；Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)を参照されたい）。細胞系、例えば、ノックアウト細胞系およびそれらの使用方法を用いて、脱フコシル化抗体を産生することができ、例えば、Ｌｅｃ１３ ＣＨＯ細胞は、タンパク質フコシル化を欠損し、α−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子（ＦＵＴ８）ノックアウトＣＨＯ細胞である（例えば、Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)を参照されたい）。他の抗体グリコシル化バリアントもまた意図される。
[00346]さらに別の実施形態では、抗体のグリコシル化は修飾される。例えば、アグリコシル化抗体を作製することができる（すなわち、抗体はグリコシル化を欠く）。グリコシル化は、例えば、抗原に対する抗体の親和性を増加させるように変化させることができる。このような炭水化物修飾は、例えば、抗体配列内のグリコシル化の１つ以上の部位を変化させることによって達成することができる。例えば、１つ以上の可変領域フレームワークグリコシル化部位の排除をもたらし、それによってその部位におけるグリコシル化を排除する１つ以上のアミノ酸置換を行うことができる。このようなアグリコシル化は、抗原に対する抗体の親和性を増加させ得る。このようなアプローチは、Ｃｏらによる米国特許第５，７１４，３５０号および第６，３５０，８６１号にさらに詳細に記載される。保存的置換は、アミノ酸をそのクラスの別のメンバーで置換することを伴う。非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスのメンバーに置換することを伴う。
[00347]したがって、本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、１つ以上の外因性および／または高内因性グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する宿主細胞によって産生され得る。グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する遺伝子には、β（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩ）、α−マンノシダーゼＩＩ（ＭａｎＩＩ）、β（１，４）−ガラクトシルトランスフェラーゼ（ＧａｌＴ）、β（１，２）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩ（ＧｎＴＩ）およびβ（１，２）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩ（ＧｎＴＩＩ）が含まれる。グリコトランスフェラーゼは、ゴルジ局在ドメイン含む融合物を含み得る（例えば、Lifely et al., Glycobiology 318:813-22 (1995)；Schachter, Biochem. Cell Biol. 64:163-81 (1986)を参照されたい）。一部の実施形態では、抗体は、破壊されたまたは不活性化されたグリコシルトランスフェラーゼ遺伝子を含む宿主細胞において発現され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、（ａ）グリコシルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列を含む単離された核酸；および（ｂ）本開示の抗体またはその抗原結合性断片をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む宿主細胞に関する。一部の実施形態では、宿主細胞によって産生される修飾された抗体は、ＩｇＧ定常領域またはＦｃ領域を含むその断片を有する。別の特定の実施形態では、抗体は、ヒト化抗体またはＦｃ領域を含むその断片である。単離された核酸は、その天然環境の成分から分離された核酸分子である。単離された核酸は、通常、核酸分子を含有する細胞に含まれる核酸分子を含むが、核酸分子は、染色体外またはその天然の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する。
[00348]本発明の宿主細胞によって産生される、変化されたグリコシル化を有する抗体は、増大したＦｃ受容体結合親和性（例えば、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体などのＦｃγ活性化受容体への増大した結合）および／または増大したエフェクター機能を示すことができる。エフェクター機能の増加は、以下：抗体依存性細胞傷害性の増加、抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）の増加、サイトカイン分泌の増加、抗原提示細胞による免疫複合体媒介性抗原取り込みの増加、Ｆｃ媒介性細胞傷害性の増加、ＮＫ細胞への結合の増加、マクロファージへの結合の増加、多形核細胞（ＰＭＮ）への結合の増加、単球への結合の増加、標的結合抗体の架橋の増加、アポトーシスを誘導する直接シグナル伝達の増加、樹状細胞の成熟の増加、およびＴ細胞プライミングの増加のうちの１つ以上の増加であり得る。したがって、一態様では、本発明は、糖操作されていない抗体と比較して増大したエフェクター機能を有する抗体の糖型を提供する（例えば、Tang et al., J. Immunol. 179:2815-2823 (2007)を参照されたい）。
[00349]本開示はまた、（ａ）本開示による抗体の産生を可能にする条件下で、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする少なくとも１つの核酸を発現するように操作された宿主細胞を培養し、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを前記宿主細胞により産生される前記抗体のＦｃ領域中のオリゴ糖を修飾するのに十分な量で発現させる工程、および（ｂ）前記抗体を単離する工程を含む、修飾されたオリゴ糖を有する、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片を産生するための方法に関する。別の実施形態では、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する２つのポリペプチドが存在する。本発明の方法によって産生された抗体またはその抗原結合性断片は、Ｆｃ受容体結合親和性を増加させ、および／またはエフェクター機能を増加させることができる。
[00350]一部の実施形態では、抗体のＦｃ領域においてバイセクト型のＮ−結合型オリゴ糖のパーセンテージは、全オリゴ糖の少なくとも約１０％〜約１００％、具体的には少なくとも約５０％、より具体的には少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％〜９５％である。さらに別の実施形態では、本発明の方法によって産生された抗体は、本発明の方法によるそのオリゴ糖の修飾の結果として、Ｆｃ領域における非フコシル化オリゴ糖の割合が増加する。一部の実施形態では、非フコシル化オリゴ糖のパーセンテージは、少なくとも約２０％〜約１００％、具体的には少なくとも約５０％、少なくとも約６０％〜約７０％、より具体的には少なくとも約７５％である。非フコシル化オリゴ糖は、ハイブリッド型または複合型であり得る。さらに別の実施形態では、本発明の方法によって産生された抗体またはその抗原結合性断片は、本発明の方法によるそのオリゴ糖の修飾の結果として、Ｆｃ領域においてバイセクト型オリゴ糖の割合が増加する。一部の実施形態では、バイセクト型オリゴ糖のパーセンテージは、少なくとも約２０％〜約１００％、具体的には少なくとも約５０％、少なくとも約６０％〜約７０％、より具体的には少なくとも約７５％である。
[00351]別の実施形態では、本発明は、本開示の方法によって産生される、増大したエフェクター機能および／または増大したＦｃ受容体結合親和性を有するように操作された抗体またはその抗原結合性断片に関する。一部の実施形態では、抗体は、インタクトな抗体である。一部の実施形態では、抗体は、Ｆｃ領域を含む抗体断片、または免疫グロブリンのＦｃ領域に相当する領域を含む融合タンパク質である。
[00352]一態様では、本開示は、修飾されたグリコシル化パターンを有する本開示の抗体またはその抗原結合性断片の生成のための宿主細胞発現系を提供する。特に、本開示は、改善された治療価値を有する、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片の糖型の生成のための宿主細胞系を提供する。したがって、本開示は、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチドを発現するように選択または操作された宿主細胞発現系を提供する。一般的に、上記で検討された細胞系を含む任意のタイプの培養細胞系は、本発明の宿主細胞系を操作するためのバックグラウンドとして使用することができる。一部の実施形態では、ＣＨＯ細胞、ＢＨＫ細胞、ＮＳ０細胞、ＳＰ２／０細胞、ＹＯ骨髄腫細胞、Ｐ３Ｘ６３マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６細胞またはハイブリドーマ細胞、他の哺乳動物細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞が、本発明の操作された宿主細胞を生成するためのバックグラウンド細胞系として使用される。
[00353]本発明の抗体またはその抗原結合性断片のコード配列を含み、生物学的に活性な遺伝子産物を発現する宿主細胞は、少なくとも４つの一般的なアプローチ；（ａ）ＤＮＡ−ＤＮＡまたはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーション；（ｂ）「マーカー」遺伝子機能の存在または不存在；（ｃ）宿主細胞におけるそれぞれのｍＲＮＡ転写物の発現によって測定した場合の転写レベルの評価；および（ｄ）免疫アッセイまたはその生物活性によって測定した場合の遺伝子産物の検出によって同定することができる。
Ｆｃ領域バリアント
[00354]一部の実施形態では、１つ以上のアミノ酸修飾は、本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に導入され得、それによってＦｃ領域バリアントを生成することができる。Ｆｃ受容体結合部位内の残基の突然変異は、変化したＡＤＣＣ、ＣＤＣ活性、および／または変化した半減期などのエフェクター機能の変化をもたらすことができる。突然変異には、例えば、アラニンによる置換、保存的置換、非保存的置換、および／または異なるＩｇＧサブクラスからの同じ位置における対応するアミノ酸残基との置換（例えば、ＩｇＧ１残基をその位置の対応するＩｇＧ２残基と置換すること）を含む、上記でより詳細に記載される１つ以上の残基の挿入、欠失、および／または置換が含まれる。
[00354]一部の実施形態では、１つ以上のアミノ酸修飾は、本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に導入され得、それによってＦｃ領域バリアントを生成することができる。Ｆｃ受容体結合部位内の残基の突然変異は、変化したＡＤＣＣ、ＣＤＣ活性、および／または変化した半減期などのエフェクター機能の変化をもたらすことができる。突然変異には、例えば、アラニンによる置換、保存的置換、非保存的置換、および／または異なるＩｇＧサブクラスからの同じ位置における対応するアミノ酸残基との置換（例えば、ＩｇＧ１残基をその位置の対応するＩｇＧ２残基と置換すること）を含む、上記でより詳細に記載される１つ以上の残基の挿入、欠失、および／または置換が含まれる。
[00355]本明細書中のＦｃ領域は、定常領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域である。Ｆｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域およびバリアントＦｃ領域を含む。Ｆｃ領域バリアントは、１つ以上のアミノ酸位置におけるアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含み得る。
[00356]以前の研究は、ＦｃγＲに対するヒトおよびマウスＩｇＧ上の結合部位を、主にＩｇＧ残基２３３〜２３９で構成される下流のヒンジ領域にマッピングした。他の研究は、例えば、ヒトＦｃガンマ受容体ＩのＧｌｙ３１６〜Ｌｙｓ３３８、ヒトＦｃγ受容体ＩＩＩのＬｙｓ２７４〜Ａｒｇ３０１およびＴｙｒ４０７Ａｒｇ４１６などのさらなる広いセグメントが提唱したか、または例えば、マウスＦｃγ受容体ＩＩと相互作用するマウスＩｇＧ２ｂのＡｓｎ２９７およびＧｌｕ３１８などの下流のヒンジの外側に少数の特異的残基を見出した。ヒトＦｃγ受容体ＩＩＩＡを有するヒトＩｇＧ Ｆｃ断片の３．２−Ａ結晶構造の報告は、Ｆｃ受容体γＩＩＩＡへの結合に関与するＩｇＧ１残基Ｌｅｕ２３４〜Ｓｅｒ２３９、Ａｓｐ２６５〜Ｇｌｕ２６９、Ａｓｎ２９７〜Ｔｈｒ２９９、およびＡｌａ３２７〜Ｉｌｅ３３２を記述した。下流のヒンジ（Ｌｅｕ２３４〜Ｇｌｙ２３７）に加えて、ＩｇＧ ＣＨ２ドメインの残基、ループＦＧ（残基３２６〜３３０）およびＢＣ（残基２６５〜２７１）が、Ｆｃγ受容体ＩＩＡへの結合において役割を果たすことが結晶構造に基づいて示唆されている。Shields et al., J. Biol. Chem., 276(9):6591-6604 (2001)を参照されたい。Ｓｈｉｅｌｄｓらは、全てのヒトＦｃ受容体への結合に関与するＩｇＧ１残基は、ヒンジの近位のＣＨ２ドメインに位置し、以下の２つのカテゴリー：１）全てのＦｃＲと直接相互作用し得る位置は、Ｌｅｕ２３４〜Ｐｒｏ２３８、Ａｌａ３２７、およびＰｒｏ３２９（およびおそらくＡｓｐ２６５）；２）炭水化物の性質または位置に影響する位置は、Ａｓｐ２６５およびＡｓｎ２９７を含む、に分類されることを報告した。
[00357]一部の実施形態では、本発明は、全部ではないがいくつかのエフェクター機能を有する抗体バリアントを意図しており、それにより、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（補体およびＡＤＣＣなど）が不要または有害である用途の望ましい候補となる。インビトロおよび／またはインビボ細胞毒性アッセイを実施して、ＣＤＣおよび／またはＡＤＣＣ活性における１つ以上のＦｃアミノ酸修飾の効果を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実施して、抗体がＦｃγＲ結合を欠くが（したがって、ＡＤＣＣ活性を欠く可能性が高い）、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にすることができる。
Ｆｃガンマ受容体への結合が変化したＦｃバリアント
[00358]場合によっては、１つ以上のＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲ）に対する変化した親和性を示す。例えば、Ｆｃバリアントは、１つ以上のＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲ）に対する親和性の増加、１つ以上のＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲ）に対する親和性の減少、またはそれらの組み合わせを示す。一例として、Ｆｃバリアントは、増加したＡＤＣＣ活性を示す。さらに別の例では、Ｆｃ領域は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を媒介する抗体の能力を増加させるように修飾される。ヒトＩｇＧ１上のＦｃガンマＲＩ（ＦｃγＲＩ）、ＦｃガンマＲＩＩ（ＦｃγＲＩＩ）、ＦｃガンマＲＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩＩ）、およびＦｃＲｎの結合部位がマッピングされ、結合が変化したバリアントが記載される。このような修飾の非限定的な例は、例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；ＰｒｅｓｔａによるＰＣＴ公開番号ＷＯ００／４２０７２；Shields, R. L. et al. (2001) J. Biol. Chem. 276:6591-6604；米国特許第７，３３２，５８１号などに記載される。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の定常領域は、ＩＧＨＧ１で置換される。
[00358]場合によっては、１つ以上のＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲ）に対する変化した親和性を示す。例えば、Ｆｃバリアントは、１つ以上のＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲ）に対する親和性の増加、１つ以上のＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲ）に対する親和性の減少、またはそれらの組み合わせを示す。一例として、Ｆｃバリアントは、増加したＡＤＣＣ活性を示す。さらに別の例では、Ｆｃ領域は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を媒介する抗体の能力を増加させるように修飾される。ヒトＩｇＧ１上のＦｃガンマＲＩ（ＦｃγＲＩ）、ＦｃガンマＲＩＩ（ＦｃγＲＩＩ）、ＦｃガンマＲＩＩＩ（ＦｃγＲＩＩＩＩ）、およびＦｃＲｎの結合部位がマッピングされ、結合が変化したバリアントが記載される。このような修飾の非限定的な例は、例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；ＰｒｅｓｔａによるＰＣＴ公開番号ＷＯ００／４２０７２；Shields, R. L. et al. (2001) J. Biol. Chem. 276:6591-6604；米国特許第７，３３２，５８１号などに記載される。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の定常領域は、ＩＧＨＧ１で置換される。
[00359]一部の実施形態では、改善されたＡＤＣＣ活性を示す本明細書に提供されるＦｃバリアントは、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２９８、３３３、および／または３３４（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）における突然変異を有するＦｃ領域を含む。
[00360]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９４、２９５、２９６、２９８、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２４、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３４、４３５、４３７、４３８、および／または４３９（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）でヒトＩｇＧ Ｆｃ領域において少なくとも１つの突然変異を含む、変化させたエフェクターおよび／またはＦｃ−ガンマ−受容体結合を有するＦｃバリアントが提供され、バリアントは、変化させたＡＤＣＣまたはＣＤＣ活性に関連する受容体結合プロファイルを示す。
[00361]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、３２７、および／または３２９（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00362]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、２９２、２９４、２９５、２９８、３０３、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３７３、３７６、４１４、４１６、４１９、４３５、４３８、および／または４３９（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00363]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２５５、２５６、２５８、２６７、２６８、２７２、２７６、２８０、２８３、２８５、２８６、２９０、３０１、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２６、３３０、３３１、３３７、３４０、３７８、３９８、および／または４３０（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の増加を示すＦｃバリアントが提供される。
[00364]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ａｒｇ２５５、Ｔｈｒ２５６、Ｇｌｕ２５８、Ｈｉｓ２６８、Ｓｅｒ２６７、Ａｓｐ２７０、Ａｓｎ２７６、Ｇｌｕ２７２、Ａｓｐ２８０、Ｈｉｓ２８５、Ａｓｎ２８６、Ｌｙｓ２９０、Ａｒｇ２９２、Ｇｌｎ２９５、Ｓｅｒ２９８、Ａｒｇ３０１、Ｔｈｒ３０７、Ｌｅｕ３０９、Ａｓｎ３１５、Ｌｙｓ３２２、Ｌｙｓ３２６、Ｐｒｏ３３１、Ｓｅｒ３３７、Ａｌａ３３９、Ａｌａ３７８、および／またはＬｙｓ４１４（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含むＦｃγＲＩＩへの結合の変化を示すＦｃバリアントが提供される。
[00365]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ａ３２７Ｑ、Ａ３２７Ｓ、Ｐ３２９Ａ、Ｄ２６５Ａ、および／またはＤ２７０Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含むＦｃγＲＩＩへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00366]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９３、２９４、２９５、２９６、３０１、３０３、３２２、３２７、３２９、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１６、４３４、４３５、および／または４３７（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＩへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00367]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｔ２５６Ａおよび／またはＫ２９０Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の改善を示すＦｃバリアントが提供される。
[00368]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｄ２７０Ａ、Ｑ２９５Ａ、および／またはＡ３２７Ｓ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00369]一例として、本明細書には、アミノ酸位置（Ｋａｂａｔ番号付け）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の改善を示すが、ＦｃγＲＩＩＩＡに影響を及ぼさないＦｃバリアントが提供される。
[00370]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｓ２９８Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の減少、およびＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の改善を示すＦｃバリアントが提供される。
[00371]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｈ２６８Ａ、Ｒ３０１Ａ、および／またはＫ３２２Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の改善、およびＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00372]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｒ２９２Ａおよび／またはＫ４１４Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の低減を示すが、ＦｃγＲＩＩＩＡに影響を及ぼさないＦｃバリアントが提供される。
[00373]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｓ２３９Ａ、Ｅ２６９Ａ、Ｅ２９３Ａ、Ｖ２９６Ｆ、Ｖ３０３Ａ、Ａ３２７Ｇ、Ｋ３３８Ａ、および／またはＤ３７６Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩに影響を示さないが、ＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供させる。
[00374]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｅ３３３Ａ、Ｋ３３４Ａ、および／またはＡ３３９Ｔ（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の増加を示すＦｃバリアントが提供される。
[00375]ＦｃγＲへの結合の改善を示すＦｃバリアントはまた作製され得、アミノ酸位置２５５、２５６、２５８、２６７、２６８、２７２、２７６、２８０、２８３、２８５、２８６、２９０、２９８、３０１、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２６、３３０、３３１、３３３、３３４、３３７、３４０、３６０、３７８、３９８、および／または４３０（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含み得る。一例として、本明細書には、ＦｃγＲＩＩＩへの結合の改善を示し、場合によりＦｃγＲＩＩへの結合の低減をさらに示し得るＦｃバリアントが提供され、バリアントは、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２９８および／または３３３（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む。
[00376]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２５５、２５６、２５８、２６７、２６８、２７２、２７６、２８０、２８３、２８５、２８６、２９０、３０１、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２６、３３０、３３１、３３７、３４０、３７８、３９８および／または４３０（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の改善を示すＦｃバリアントが提供される。このようなバリアントは、それがアミノ酸位置２６８、２７２、２９８、３０１、３２２または３４０（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）のいずれか１つ以上でＦｃ領域アミノ酸修飾を含む場合、ＦｃγＲＩＩＩへの結合の減少をさらに示すことができる。
[00377]一例として、本明細書に記載されるバリアントは、アミノ酸位置２４０、２４３、２４５、２４７、２６２、２６３、２６６、２９９、３１３、３２５、３２８、および／または３３２（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）；またはアミノ酸位置２３４、２３５、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６、２６７、２６９、２９６、２９７、２９８、２９９、３１３、３２５、３２７、３２８、３２９、３３０、および／または３３２（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）における突然変異を含み、そのうちのアミノ酸位置２３４、２３５、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６、２６７、２６９、２９６、２９７、２９８、２９９、３１３、３２５、３２７、３２８、３２９、３３０、または３３２は、ＡＤＣＣ活性を低減させるかまたはＦｃガンマ受容体への結合を低減させ得る。一例として、本明細書に記載されるＦｃバリアントは、ＡＤＣＣ活性を増加させる、アミノ酸位置２３４、２３５、２３９、２４０、２４３、２６４、２６６、３２８、３３０、３３２、および／または３２５（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）における突然変異を含み、Ｆｃバリアントは、２３４Ｅ、２３４Ｙ、２３４Ｉ、２３５Ｄ、２３５Ｓ、２３５Ｙ、２３５Ｉ、２３９Ｄ、２３９Ｅ、２３９Ｎ、２３９Ｑ、２３９Ｔ、２４０Ｉ、２４０Ｍ、２４３Ｌ、２６４Ｉ、２６４Ｔ、２６４Ｙ、２６６Ｉ、３２８Ｍ、３２８Ｉ、３２８Ｑ、３２８Ｄ、３２８Ｖ、３２８Ｔ、３３０Ｙ、３３０Ｌ、３３０Ｉ、３３２Ｄ、３３２Ｅ、３３２Ｎ、３３２Ｑ、および３２５Ｔからなる群から選択される、少なくとも１つの置換を含む。
[00378]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ａｒｇ２５５、Ｔｈｒ２５６、Ｇｌｕ２５８、Ｈｉｓ２６８、Ｓｅｒ２６７、Ａｓｐ２７０、Ａｓｎ２７６、Ｇｌｕ２７２、Ａｓｐ２８０、Ｈｉｓ２８５、Ａｓｎ２８６、Ｌｙｓ２９０、Ａｒｇ２９２、Ｇｌｎ２９５、Ｓｅｒ２９８、Ａｒｇ３０１、Ｔｈｒ３０７、Ｌｅｕ３０９、Ａｓｎ３１５、Ｌｙｓ３２２、Ｌｙｓ３２６、Ｐｒｏ３３１、Ｓｅｒ３３７、Ａｌａ３３９、Ａｌａ３７８、および／またはＬｙｓ４１４（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の変化を示すＦｃバリアントが提供される。
[00379]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ａ３２７Ｑ、Ａ３２７Ｓ、Ｐ３２９Ａ、Ｄ２６５Ａ、および／またはＤ２７０Ａ（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00380]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｓｅｒ２３９、Ｓｅｒ２６７（Ｇｌｙのみ）、Ｈｉｓ２６８、Ｇｌｕ２９３、Ｇｌｎ２９５、Ｔｙｒ２９６、Ａｒｇ３０１、Ｖａ１３０３、Ｌｙｓ３３８、および／またはＡｓｐ３７６（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00381]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｌｙｓ４１４（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＡおよびＦｃγＲＩＩＢへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00382]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ａｒｇ４１６（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＡおよびＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00383]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｇｌｎ４１９（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＡおよびＦｃγＲＩＩＢへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00384]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｌｙｓ３６０（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃγＲＩＩＩＡへの結合の改善（増加）を示すＦｃバリアントが提供される。
[00385]Armour et al. (Mol Immunol. 2003; 40(9):585-93)は、活性化受容体であるＦｃγＲＩＩａと反応するＩｇＧ１バリアントを同定した。これは、野生型ＩｇＧ１の１０分の１以下の効率であるが、阻害受容体であるＦｃγＲＩＩｂへの結合は４分の１までしか低下していない。突然変異は、アミノ酸２３３〜２３６の領域、および／またはアミノ酸位置３２７、３３０および３３１においてなされた。ＷＯ９９／５８５７２も参照されたい。
[00386]目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、例えば、米国特許第５，５００，３６２号および第５，８２１，３３７号に記載される。あるいは、非放射性アッセイ法（例えば、ＡＣＴＩ（商標）およびＣＹＴＯＸ ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ）を使用することができる。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいはまたはさらに、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、動物モデル（例えば、Clynes et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)を参照されたい）においてインビボで評価することができる。
Ｃ１ｑ結合が減少したＦｃバリアント
[00387]別の例では、Ｆｃバリアントは、Ｃ１ｑ結合の低減を示す。Ｃ１ｑ結合アッセイはまた、抗体がＣ１ｑに結合することができかまたは結合することができず、したがってＣＤＣ活性を含有するかまたはそれらを欠くことを確認するために行うことができる（Idusogie et al., J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)）。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg, M. S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003)；Cragg et al., Blood 103:2738-2743 (2004)を参照されたい）。
[00387]別の例では、Ｆｃバリアントは、Ｃ１ｑ結合の低減を示す。Ｃ１ｑ結合アッセイはまた、抗体がＣ１ｑに結合することができかまたは結合することができず、したがってＣＤＣ活性を含有するかまたはそれらを欠くことを確認するために行うことができる（Idusogie et al., J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)）。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg, M. S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003)；Cragg et al., Blood 103:2738-2743 (2004)を参照されたい）。
[00388]別の例では、１つ以上のアミノ酸は、抗体が、Ｃｌｑ結合を変化させ、および／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）を減少もしくは消失させるように、異なるアミノ酸残基で置換することができる。このアプローチは、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらによる米国特許第６，１９４，５５１号においてさらに詳細に記載される。別の例では、１つ以上のアミノ酸残基が変化され、それによって抗体の補体結合能が変化する。このアプローチは、ＢｏｄｍｅｒらによるＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／２９３５１号においてさらに記載される。一例として、本明細書に提供されるＦｃバリアントは、アミノ酸位置３２９、３３１、および／または３２２（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）における突然変異を含むことができ、Ｃｌｑ結合および／またはＣＤＣ活性の低減を示す。場合によっては、抗体のＣｌｑ結合活性および／またはＣＤＣ活性は、重鎖のアミノ酸残基３１８、３２０、および／または３２２（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）を突然変異させることによって低減させることができ；残基２９７（Ａｓｎ）を置換することによって、抗体の溶解活性の除去をもたらすことができる。
[00389]ＩｇＧ１の細胞親和性活性は、その重鎖ＣＨ２ドメインの特性である。一例として、ＦｃバリアントがＩｇＧである場合、アミノ酸残基２３４〜２３７は、分子の細胞親和性活性を保存するために野生型として維持される。全ＥＬＬＧＧＰ配列（残基２３３〜２３８）を含むＩｇＧ２抗体は、場合によっては、野生型ＩｇＧ１よりも活性であり得る。
[00390]場合によっては、ＩｇＧ１抗体のＣｌｑ結合活性および／または溶解活性は、アミノ酸残基Ｐｒｏ３３１をＳｅｒに突然変異させることによって低減させることができる。他の例では、ＩｇＧ４抗体のＣｌｑ結合活性および／または溶解活性は、アミノ酸残基ＰｒｏをＳｅｒ３３１に突然変異させることによって低減させることができる（Xu et al., J Biol Chem. 1994; 269(5):3469-74）。
鎖間ジスルフィドが結合するＦｃバリアントまたは二重Ｆｃ領域
[00391]さらに別の実施形態では、例えば、がんを処置する際の抗体の有効性を高めるために、エフェクター機能に関して本発明の抗体を修飾することが望ましい場合がある。例えば、１つ以上のシステイン残基（複数可）がＦｃ領域に導入され得、それによって、この領域における鎖間ジスルフィド結合形成を可能にする。このようにして生成されたホモ二量体抗体は、改善された内在化能力、増加した補体媒介細胞死滅、および／または抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Caron et al., J. Exp Med. 176: 1191-1195 (1992)およびShapes, B. J. Immunol. 148: 2918-2922 (1992)を参照されたい。増強された抗腫瘍活性を有するホモ二量体抗体はまた、Wolff et al., Cancer Research 53: 2560-2565 (1993)に記載されるように、ヘテロ二官能性架橋剤を用いて調製することができる。
[00391]さらに別の実施形態では、例えば、がんを処置する際の抗体の有効性を高めるために、エフェクター機能に関して本発明の抗体を修飾することが望ましい場合がある。例えば、１つ以上のシステイン残基（複数可）がＦｃ領域に導入され得、それによって、この領域における鎖間ジスルフィド結合形成を可能にする。このようにして生成されたホモ二量体抗体は、改善された内在化能力、増加した補体媒介細胞死滅、および／または抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Caron et al., J. Exp Med. 176: 1191-1195 (1992)およびShapes, B. J. Immunol. 148: 2918-2922 (1992)を参照されたい。増強された抗腫瘍活性を有するホモ二量体抗体はまた、Wolff et al., Cancer Research 53: 2560-2565 (1993)に記載されるように、ヘテロ二官能性架橋剤を用いて調製することができる。
[00392]あるいは、二重Ｆｃ領域を有し、それによって増強された補体溶解および／またはＡＤＣＣ能力を有し得る抗体を操作することができる。Stevenson et al., Anti-Cancer Drug Design 3: 219-230 (1989)を参照されたい。
ＦｃＲｎ結合およびインビボ半減期が増加したＦｃバリアント
[00393]新生児受容体（ＦｃＲｎ）に対する変化させた結合親和性を有するＦｃ領域バリアントはまた、本明細書において意図される。ＦｃＲｎに対する改善された親和性を有するＦｃ領域バリアントは、より長い血清半減期を有することが予想され、このようなバリアントは、投与されたポリペプチドの長い半減期が望まれる、例えば、慢性疾患または障害を治療するための対象を処置する方法において有用である。逆に、ＦｃＲｎ結合親和性が減少したＦｃ領域バリアントは、より短い半減期を有することが予想され、このようなバリアントは、例えば、インビボ画像診断用、または血流中を長期間循環させたままである場合に、毒性の副作用を有する抗体に対してなど、循環時間の短縮が好ましい場合がある対象に投与することができる。
[00393]新生児受容体（ＦｃＲｎ）に対する変化させた結合親和性を有するＦｃ領域バリアントはまた、本明細書において意図される。ＦｃＲｎに対する改善された親和性を有するＦｃ領域バリアントは、より長い血清半減期を有することが予想され、このようなバリアントは、投与されたポリペプチドの長い半減期が望まれる、例えば、慢性疾患または障害を治療するための対象を処置する方法において有用である。逆に、ＦｃＲｎ結合親和性が減少したＦｃ領域バリアントは、より短い半減期を有することが予想され、このようなバリアントは、例えば、インビボ画像診断用、または血流中を長期間循環させたままである場合に、毒性の副作用を有する抗体に対してなど、循環時間の短縮が好ましい場合がある対象に投与することができる。
[00394]ＦｃＲｎに対する変化させた結合親和力を有するＦｃ領域バリアントは、アミノ酸位置２３８、２５２、２５３、２５４、２５５、２５６、２６５、２７２、２８６、２８８、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、３８６、３８８、４００、４１３、４１５、４２４、４３３、４３４、４３５、４３６、４３９、および／または４４７（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含むバリアントを含む。
[00395]ＦｃＲｎ結合親和性が減少したＦｃ領域バリアントは、胎盤を通過する可能性が低く、したがって、妊婦における疾患または障害の処置に利用することができる。一例として、本明細書には、アミノ酸位置２５２、２５３、２５４、２５５、２８８、３０９、３８６、３８８、４００、４１５、４３３、４３５、４３６、４３９、および／または４４７（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃＲｎへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00396]一例として、本明細書には、アミノ酸位置２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、および／または４３４（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）におけるアミノ酸修飾を含む、ＦｃＲｎへの結合の増加を示すＦｃバリアントが提供される。
[00397]一例として、本明細書には、Ｐｒｏ２３８Ａｌａ、Ｔｈｒ２５６Ａｌａ、Ｔｈｒ３０７Ａｌａ、Ｇｌｎ３１１Ａｌａ、Ａｓｐ３１２Ａｌａ、Ｇｌｕ３８０Ａｌａ、Ｇｌｕ３８２Ａｌａ、および／またはＡｓｎ４３４Ａｌａ（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）のアミノ酸を含む、ＦｃＲｎへの結合の増加を示すＦｃバリアントが提供される。
[00398]一例として、本明細書には、Ｇｌｕ２３３−Ｇｌｙ２３６、Ａｒｇ２５５、Ｌｙｓ２８８、Ｓｅｒ４１５、および／またはＨｉｓ４３３（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）のアミノ酸位置における修飾を含む、ＦｃＲｎへの結合の低減を示すＦｃバリアントが提供される。
[00399]一例として、本明細書には、アミノ酸位置Ｉｌｅ２５３、Ｓｅｒ２５４、Ｈｉｓ４３５、および／またはＴｙｒ４３６（Ｋａｂａｔ番号付けを利用する）における修飾を含む、ＦｃＲｎへの結合の破棄を示すＦｃバリアントが提供される。
[00400]Schuurman et al., Mol Immunol. 2001; 38(1):1-8は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、重鎖間結合形成に関与するヒンジシステインの１つであるＣｙｓ２２６をセリンに突然変異させると、より安定な重鎖間結合がもたらされたことを報告する。ＩｇＧ４ヒンジ配列Ｃｙｓ−Ｐｒｏ−Ｓｅｒ−ＣｙｓをＩｇＧ１ヒンジ配列Ｃｙｓ−Ｐｒｏ−Ｐｒｏ−Ｃｙｓに突然変異させると、重鎖間の共有結合相互作用も顕著に安定化する。Angal et al., Mol Immunol. 1993; 30(1):105-8は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、ＩｇＧ４中のアミノ酸位置２４１におけるセリンをプロリン（ＩｇＧ１およびＩｇＧ２中のその位置に見出される）に突然変異させることは、均一な抗体の産生をもたらし、ならびに血清半減期を延長し、元のキメラＩｇＧ４と比較して組織分布を改善することを報告する。Ｆｃ領域バリアントの他のこのような例も企図される（例えば、Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)；Chan CA and Carter PJ (2010) Nature Rev Immunol 10:301-316)；Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照されたい。
[00401]ＦｃＲｎ結合およびインビボでのクリアランス／半減期の測定は、当該技術分野において公知の方法を用いて行うことができる（例えば、Petkova, S. B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)）。
[00402]抗体断片のバリアントおよびサルベージ受容体結合エピトープ
[00403]本発明のある種の実施形態では、例えば、腫瘍浸透を増加させるために、インタクトな抗体ではなく、抗体断片を使用することが望ましい場合がある。この場合、その血清半減期を増加させるために抗体断片を修飾することが望ましく、例えば、半減期を増加させるために抗体断片にＰＥＧ、または多糖ポリマーを含む他の水溶性ポリマーなどの分子を添加することが望ましい場合がある。
[00403]本発明のある種の実施形態では、例えば、腫瘍浸透を増加させるために、インタクトな抗体ではなく、抗体断片を使用することが望ましい場合がある。この場合、その血清半減期を増加させるために抗体断片を修飾することが望ましく、例えば、半減期を増加させるために抗体断片にＰＥＧ、または多糖ポリマーを含む他の水溶性ポリマーなどの分子を添加することが望ましい場合がある。
[00404]これはまた、例えば、サルベージ受容体結合エピトープを抗体断片に取り込むことによって（例えば、抗体断片中の適切な領域の突然変異によって、またはエピトープをペプチドタグに取り込み、次に、いずれかの末端もしくは中央で抗体断片に融合されることによって、例えば、ＤＮＡまたはペプチド合成によって）達成することができる（例えば、ＷＯ９６／３２４７８を参照されたい）。サルベージ受容体結合エピトープは、好ましくは、Ｆｃドメインの１つまたは２つのループからの任意の１つ以上のアミノ酸残基が抗体断片の類似の位置に移動される領域を構成する。さらにより好ましくは、Ｆｃドメインの１つまたは２つのループからの３つ以上の残基が移動される。なおより好ましくは、エピトープは、Ｆｃ領域の（例えば、ＩｇＧの）ＣＨ２ドメインから取り出され、抗体のＣＨＩ、ＣＨ３、もしくはＶＨ領域、または１つ以上のこのような領域に移動される。あるいは、エピトープは、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインから取り出され、抗体断片のＣＬ領域もしくはＶＬ領域、またはその両方に移動される。ＷＯ９７／３４６３１および９６／３２４７８も参照されたい。
[00405]したがって、本発明の抗体は、Ｆｃサルベージ受容体と相互作用する能力を保持する、ヒトＦｃ部分、ヒトコンセンサスＦｃ部分、またはそのバリアントを含み得、バリアントは、ジスルフィドに関与するシステインが修飾もしくは除去され、および／またはＭｅｔがＮ末端に付加され、および／またはＮ末端の２０アミノ酸のうちの１つ以上が除去され、および／またはＣ１ｑ結合部位などの、補体と相互作用する領域が除去されているバリアントが含まれる。
[00406]Isaacs et al., J Immunol. 1998; 161(8):3862-9は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、ＦｃγＲ結合に重要なモチーフ内の突然変異（グルタミン酸２３３からプロリン、ロイシン／フェニルアラニン２３４からバリン、およびロイシン２３５からアラニン）は、標的細胞の枯渇を完全に防止することを報告する。グルタミン酸３１８からアラニンへの突然変異は、マウスＩｇＧ２ｂのエフェクター機能を排除し、ヒトＩｇＧ４の効力も低減させた。
システイン操作された抗体バリアント
[00407]一部の実施形態では、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作された抗体またはその抗原結合性断片、例えば「チオＭＡｂ」を作製することが望ましい場合がある。一部の実施形態では、置換残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。反応性チオール基は、他の部分、例えば薬剤部分またはリンカー−薬剤部分へのコンジュゲーションのための部位に配置して、イムノコンジュゲートを作製することができる。一部の実施形態では、以下の残基のうちのいずれか１つ以上が、システインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；および重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン操作された抗体は、記載されるように生成され得る。
システイン操作された抗体バリアント
[00407]一部の実施形態では、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作された抗体またはその抗原結合性断片、例えば「チオＭＡｂ」を作製することが望ましい場合がある。一部の実施形態では、置換残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。反応性チオール基は、他の部分、例えば薬剤部分またはリンカー−薬剤部分へのコンジュゲーションのための部位に配置して、イムノコンジュゲートを作製することができる。一部の実施形態では、以下の残基のうちのいずれか１つ以上が、システインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；および重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン操作された抗体は、記載されるように生成され得る。
[00408]モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはバリアント抗体の適切なコンホメーションの維持に関与しないシステイン残基はまた、分子の酸化的安定性を改善し、異常な架橋を防止するために、一般的にセリンで置換され得る。逆に、システイン結合（複数可）を抗体に加えて、その安定性を改善することができる（特に、抗体がＦｖ断片などの抗体断片である場合）。
抗体誘導体
[00409]一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体またはその抗原結合性断片は、当該技術分野において公知であり、容易に入手可能なさらなる非タンパク質性部分を含有するようにさらに修飾され得る。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーが挙げられる。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、およびデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／酸化エチレンコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、およびそれらの混合物が挙げられる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のため、製造において利点を有する可能性がある。ポリマーは、任意の分子量であり得、分枝または非分枝であり得る。抗体に結合したポリマーの数は様々であり、２つ以上のポリマーが結合している場合、それらは同一または異なる分子であり得る。
[00409]一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体またはその抗原結合性断片は、当該技術分野において公知であり、容易に入手可能なさらなる非タンパク質性部分を含有するようにさらに修飾され得る。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーが挙げられる。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、およびデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／酸化エチレンコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、およびそれらの混合物が挙げられる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のため、製造において利点を有する可能性がある。ポリマーは、任意の分子量であり得、分枝または非分枝であり得る。抗体に結合したポリマーの数は様々であり、２つ以上のポリマーが結合している場合、それらは同一または異なる分子であり得る。
[00410]別の実施形態では、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る抗体および非タンパク質性部分のコンジュゲートが提供される。一部の実施形態では、非タンパク質性部分は、カーボンナノチューブである（例えば、Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)を参照されたい）。放射線は、任意の波長であり得、限定されないが、通常の細胞を傷つけないが、抗体−非タンパク質性部分に近い細胞が死滅される温度まで非タンパク質性部分を加熱する波長を含む。
二特異性抗体
[00411]一部の実施形態では、少なくとも２つの異なるエピトープに対する結合特異性を有するモノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体またはバリアント抗体を含む多特異性（例えば、二特異性）モノクローナル抗体を作製することが望ましい場合がある。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は多特異性である。例示的な二特異性抗体は、抗原（例えば、がん関連抗原）の２つの異なるエピトープに結合し得る。あるいは、抗原結合領域は、細胞防御機構を抗原発現細胞に集中させるために、白血球上のトリガー分子、例えばＴ細胞受容体分子（例えば、ＣＤ２またはＣＤ３）、またはＩｇＧに対するＦｅ受容体（ＦｃｙＲ）、例えば、ＦｃｙＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃｙＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃｙＲＩＩＩ（ＣＤ１６）に結合する領域と組み合わせることができる。また、二特異性抗体を用いて、所望の抗原を発現する細胞に細胞傷害剤を局在化させることができる。これらの抗体は、抗原結合アーム、および細胞傷害剤（例えば、サポリン、抗インターフェロン−６０、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキサートまたは放射性同位体ハプテン）を結合するアームを有する。二特異性抗体は、全長抗体または抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二特異性抗体）として調製することができる。
[00411]一部の実施形態では、少なくとも２つの異なるエピトープに対する結合特異性を有するモノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体またはバリアント抗体を含む多特異性（例えば、二特異性）モノクローナル抗体を作製することが望ましい場合がある。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は多特異性である。例示的な二特異性抗体は、抗原（例えば、がん関連抗原）の２つの異なるエピトープに結合し得る。あるいは、抗原結合領域は、細胞防御機構を抗原発現細胞に集中させるために、白血球上のトリガー分子、例えばＴ細胞受容体分子（例えば、ＣＤ２またはＣＤ３）、またはＩｇＧに対するＦｅ受容体（ＦｃｙＲ）、例えば、ＦｃｙＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃｙＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃｙＲＩＩＩ（ＣＤ１６）に結合する領域と組み合わせることができる。また、二特異性抗体を用いて、所望の抗原を発現する細胞に細胞傷害剤を局在化させることができる。これらの抗体は、抗原結合アーム、および細胞傷害剤（例えば、サポリン、抗インターフェロン−６０、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキサートまたは放射性同位体ハプテン）を結合するアームを有する。二特異性抗体は、全長抗体または抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二特異性抗体）として調製することができる。
[00412]二特異性抗体を作製するための別のアプローチによれば、組換え細胞培養から回収されるヘテロ二量体のパーセンテージを最大にするように一対の抗体分子間の界面を操作することができる。好ましい界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３ドメインの少なくとも一部を含む。この方法では、第１の抗体分子の界面からの１つ以上の小さなアミノ酸側鎖が、より大きな側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）に置換される。大きな側鎖（複数可）と同一または類似の大きさの代償的な「空洞」は、大きなアミノ酸側鎖をより小さな側鎖（例えば、アラニンまたはスレオニン）で置換することによって、第２の抗体分子の界面上に生成される。これは、ホモ二量体などの他の望ましくない最終産物よりもヘテロ二量体の収率を増加させるメカニズムを提供する。
[00413]二特異性抗体には、架橋抗体または「ヘテロコンジュゲート」抗体が含まれる。例えば、ヘテロコンジュゲート中の抗体の１つは、アビジンにカップリングされ得、他方はビオチンにカップリングされ得る。ヘテロコンジュゲート抗体は、任意の便利な架橋方法を用いて作製することができる。適切な架橋剤が、多数の架橋技術とともに企図される。
[00414]抗体断片から二特異性抗体を作製するための技術もまた文献に記載される。例えば、二特異性抗体は、化学結合を用いて調製することができる。Brennan et al., Science 229: 81 (1985)は、インタクトな抗体をタンパク質分解的に切断して、Ｆ（ａｂ’）２断片を生成する方法を記載する。これらの断片は、ジチオール錯化剤亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元され、隣接ジチオールを安定化し、分子間ジスルフィド形成を防止する。次に、生成されたＦａｂ’断片はチオニトロ安息香酸（ＴＮＢ）誘導体に変換される。その後、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の１つをメルカプトエチルアミンで還元することによりＦａｂ’−チオールに再変換し、等モル量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合して、二特異性抗体を形成する。産生された二特異性抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用することができる。なおさらなる実施形態では、大腸菌から直接回収されたＦａｂ’−ＳＨ断片をインビトロで化学的にカップリングさせて、二特異性抗体を形成することができる。（Shalaby et al., J. Exp. Med. 175:217-225 (1992)）
モノクローナル抗体
[00415]一部の実施形態では、本開示の抗体はモノクローナルである。モノクローナル抗体は、Kohler et al., Nature, 256:495 (1975)により最初に記載されたハイブリドーマ法を用いて作製することができ、または組換えＤＮＡ法によって作製することができる。
モノクローナル抗体
[00415]一部の実施形態では、本開示の抗体はモノクローナルである。モノクローナル抗体は、Kohler et al., Nature, 256:495 (1975)により最初に記載されたハイブリドーマ法を用いて作製することができ、または組換えＤＮＡ法によって作製することができる。
[00416]ハイブリドーマ法では、マウスまたは他の適切な宿主動物、例えばハムスターまたはマカクザルを、本明細書に記載されるように免疫化して、免疫化に使用されるタンパク質に特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生することができるリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球をインビトロで免疫化することができる。次に、リンパ球をポリエチレングリコールなどの適切な融合剤を用いて骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成する（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp. 59-103 (Academic Press, 1986)）。
[00417]このようにして調製されたハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の親骨髄腫細胞の増殖または生存を阻害する１つ以上の物質を含有する適切な培地中に播種され、増殖される。例えば、親骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠いている場合、ハイブリドーマの培地は、典型的には、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の増殖を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジン（ＨＡＴ培地）を含む。好ましい骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定した高レベル産生を支持し、培地に感受性である細胞である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞系は、ヒトモノクローナル抗体の産生についても記載される（Kozbor, J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。例示的なマウス骨髄腫系は、米国カリフォルニア州サンディエゴのＳａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒから入手可能なＭＯＰ−２１およびＭ．Ｃ．−１１マウス腫瘍に由来するもの、ならびに米国メリーランド州ロックビルのＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手可能なＳＰ−２またはＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞を含む。ハイブリドーマ細胞が増殖している培地を、抗原に対するモノクローナル抗体の産生についてアッセイする。したがって、一態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片を産生するハイブリドーマを提供する。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降法、またはラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）もしくは酵素結合免疫吸収アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などのインビトロ結合アッセイによって決定される。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、スキャッチャード分析（Munson et al., Anal. Biochem., 107:220 (1980)）によって決定することができる。
[00418]所望の特異性、親和性、および／または活性を有する抗体を産生するハイブリドーマ細胞を同定した後、クローンを限定希釈法によりサブクローニングし、標準的方法（Goding, Monoclonal Anti- bodies: Principles and Practice, pp. 59-103 (Academic Press, 1986)）により増殖させることができる。この目的に適した培地としては、例えば、Ｄ−ＭＥＭまたはＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。さらに、ハイブリドーマ細胞は、動物において腹水腫瘍としてインビボで増殖され得る。サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ−セファロース、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィーなどの従来の免疫グロブリン精製法によって、培地、腹水、または血清から適切に分離される。
操作および修飾された抗体
[00419]本発明の少なくとも一部の実施形態による抗体は、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片、出発物質から誘導された１つ以上のＶＨおよび／またはＶＬ配列を有する抗体を用いて、修飾された抗体を操作するためにさらに調製することができ、これは出発抗体から変化させた特性を有し得る。本明細書には、本明細書に開示される抗体のＶＨおよびＶＬ鎖領域の完全に再構築されたアミノ酸配列および核酸コンセンサス配列が提供される。また、本明細書には、本明細書に記載される抗体のＶＨおよびＶＬのＣＤＲ３領域のアミノ酸配列および核酸配列が提供される。抗体は、例えば、１つ以上のＣＤＲ領域内および／または１つ以上のフレームワーク領域内で、１つまたは両方の可変領域（すなわち、ＶＨおよび／またはＶＬ）内の１つ以上の残基を修飾することによって操作することができる。さらにまたは代替的に、抗体は、定常領域内の残基を修飾することによって、例えば抗体のエフェクター機能を変化させることによって操作することができる。
[00419]本発明の少なくとも一部の実施形態による抗体は、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性断片、出発物質から誘導された１つ以上のＶＨおよび／またはＶＬ配列を有する抗体を用いて、修飾された抗体を操作するためにさらに調製することができ、これは出発抗体から変化させた特性を有し得る。本明細書には、本明細書に開示される抗体のＶＨおよびＶＬ鎖領域の完全に再構築されたアミノ酸配列および核酸コンセンサス配列が提供される。また、本明細書には、本明細書に記載される抗体のＶＨおよびＶＬのＣＤＲ３領域のアミノ酸配列および核酸配列が提供される。抗体は、例えば、１つ以上のＣＤＲ領域内および／または１つ以上のフレームワーク領域内で、１つまたは両方の可変領域（すなわち、ＶＨおよび／またはＶＬ）内の１つ以上の残基を修飾することによって操作することができる。さらにまたは代替的に、抗体は、定常領域内の残基を修飾することによって、例えば抗体のエフェクター機能を変化させることによって操作することができる。
[00420]実施可能な可変領域操作の１つのタイプはＣＤＲ移植である。抗体は、主に、６つの重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）に位置するアミノ酸残基を介して標的抗原と相互作用する。このため、ＣＤＲ内のアミノ酸配列は、ＣＤＲの外側の配列よりも個々の抗体間で多様である。ＣＤＲ配列はほとんどの抗体−抗原相互作用に関与するため、異なる特性を有する異なる抗体からのフレームワーク配列上に移植された特異的抗体（例えば、本明細書に開示される抗体）からＣＤＲ配列を含む発現ベクターを構築することによって、特異的抗体の特性を模倣する組換え抗体を発現することが可能である（例えば、Riechmann, L. et al. (1998) Nature 332:323-327；Jones, P. et al. (1986) Nature 321:522-525；Queen, C. et al. (1989) Proc. Natl. Acad. See. U.S.A. 86:10029-10033；Ｗｉｎｔｅｒによる米国特許第５，２２５，５３９号、Ｑｕｅｅｎらによる米国特許第５，５３０，１０１号；第５，５８５，０８９号；第５，６９３，７６２号および第６，１８０，３７０号を参照されたい）。
[00421]適切なフレームワーク配列は、生殖細胞系列抗体遺伝子配列を含む公開ＤＮＡデータベースまたは公開参考文献から得ることができる。例えば、ヒト重鎖および軽鎖可変領域遺伝子の生殖細胞系列ＤＮＡ配列は、「ＶＢａｓｅ」ヒト生殖細胞系列配列データベース（インターネット上で入手可能である）、ならびにKabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242；Tomlinson, I. M., et al. (1992) “The Repertoire of Human Germline VH Sequences Reveals about Fifty Groups of VH Segments with Different Hypervariable Loops” J. Mol. Biol. 227:776-798；Cox, J. P. L. et al. (1994) “A Directory of Human Germ-line VH Segments Reveals a Strong Bias in their Usage” Eur. J. Immunol. 24:827-836頁に見出すことができ、それら各々の内容は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
[00422]可変領域修飾の別のタイプは、ＶＨおよび／またはＶＬ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３領域内のアミノ酸残基を突然変異させ、それによって、目的の抗体の１つ以上の結合特性（例えば、親和性）を改善することである。部位特異的突然変異誘発またはＰＣＲ媒介突然変異誘発は、突然変異を導入するために行うことができ、抗体結合における効果または他の目的の機能的特性は、適切なインビトロまたはインビボアッセイにおいて評価することができる。好ましくは、保存的修飾（上記で検討される）を導入する。突然変異は、アミノ酸置換、付加または欠失であり得るが、好ましくは置換である。さらに、典型的には、ＣＤＲ領域内の１、２、３、４または５つ以下の残基が変化される。
[00423]本発明の少なくとも一部の実施形態による操作された抗体は、例えば抗体の特性を改善するために、ＶＨおよび／またはＶＬ内のフレームワーク残基に修飾がなされた抗体を含む。典型的には、このようなフレームワーク修飾は、抗体の免疫原性を減少させるために行われる。例えば、１つのアプローチは、１つ以上のフレームワーク残基を対応する生殖系列配列に「復帰突然変異」することである。より具体的には、体細胞突然変異を受けた抗体は、抗体が由来する生殖細胞系列配列とは異なるフレームワーク残基を含み得る。このような残基は、抗体フレームワーク配列を、抗体が由来する生殖細胞系列配列と比較することによって同定することができる。
[00424]フレームワークまたはＣＤＲ領域内でなされた修飾に加えてまたはそれに代わるものとして、本開示の少なくとも一部の実施形態による抗体は、典型的には、血清半減期、補体結合、Ｆｃ受容体結合、および／または抗原依存性細胞傷害などの抗体の１つ以上の機能的特性を変化させるように、Ｆｃ領域内の修飾を含むように操作され得る。さらに、本発明の少なくとも一部の実施形態による抗体は、化学的に修飾され得（例えば、１つ以上の化学部分が抗体に結合され得る）、または修飾されて、そのグリコシル化を変化させて、やはり、抗体の１つ以上の機能的特性を変化させることができる。このような実施形態は上記される。Ｆｃ領域の残基の番号付けは、ＫａｂａｔのＥＵインデックスのものである。
[00425]一実施形態では、ＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域におけるシステイン残基の数が変化するように、例えば、増加または減少するように修飾される。このアプローチは、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５，６７７，４２５号にさらに記載される。ＣＨ１のヒンジ領域におけるシステイン残基の数は、例えば、軽鎖および重鎖のアセンブリーを容易にするため、または抗体の安定性を増加もしくは減少させるために変化させる。別の実施形態では、抗体のＦｃヒンジ領域を突然変異させて、抗体の生物学的半減期を減少させる。より具体的には、１つ以上のアミノ酸変異は、抗体が天然のＦｃ−ヒンジドメインＳｐＡ結合と比較してブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）結合を損なうように、Ｆｃ−ヒンジ断片のＣＨ２−ＣＨ３ドメイン界面領域に導入される。このアプローチは、Ｗａｒｄらによる米国特許第６，１６５，７４５号にさらに詳細に記載される。
[00426]別の実施形態では、抗体は、その生物学的半減期を増加させるように修飾される。様々なアプローチが可能である。例えば、生物学的半減期を増加させるために、抗体は、Ｐｒｅｓｔａらによる米国特許第５，８６９，０４６号および第６，１２１，０２２号に記載されているように、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから取り出されたサルベージ受容体結合エピトープを含むように、ＣＨ１またはＣＬ領域内で変化させることができる。
[00427]さらに他の実施形態では、Ｆｃ領域は、抗体のエフェクター機能を変化させるために、少なくとも１つのアミノ酸残基を異なるアミノ酸残基で置換することによって変化させる。別の例では、抗体がＣ１ｑ結合を変化させ、および／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）を低減もしくは消失させるように、１つ以上のアミノ酸を異なるアミノ酸残基で置換することができる。このアプローチは、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらによる米国特許第６，１９４，５５１号にさらに詳細に記載される。別の例では、１つ以上のアミノ酸残基が変化され、それによって抗体の補体結合能が変化する。このアプローチは、ＢｏｄｍｅｒらによるＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／２９３５１にさらに記載される。
[00428]さらに別の例において、Ｆｃ領域は、抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を媒介する抗体の能力を増加させるため、および／または１つ以上のアミノ酸を修飾することによって、Ｆｃ受容体に対する抗体の親和性を増加させるために修飾される。このアプローチは、ＰｒｅｓｔａによるＰＣＴ公開番号ＷＯ００／４２０７２にさらに記載される。さらに、ＦｃガンマＲＩ、ＦｃガンマＲＩＩ、ＦｃガンマＲＩＩＩおよびＦｃＲｎに対するヒトＩｇＧ１上の結合部位がマッピングされ、改善された結合を有するバリアントが記載されている（Shields, R. L. et al. (2001) J. Biol. Chem. 276:6591-6604を参照されたい）。位置における特異的突然変異は、ＦｃγＲＩＩＩへの結合を改善することが示される。さらに、このような特異的突然変異は、ＦｃＲｎへの結合を改善し、抗体循環半減期を増加させ得る（Chan CA and Carter PJ (2010) Nature Rev Immunol 10:301-316を参照されたい）。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の定常領域は、ＩＧＨＧ１で置換される。
[00429]さらに別の実施形態では、抗体のグリコシル化は修飾される。例えば、アグリコシル化抗体を作製することができる（すなわち、抗体はグリコシル化を欠く）。グリコシル化は、例えば、抗原に対する抗体の親和性を増加させるために変化させることができる。このような炭水化物修飾は、例えば、抗体配列内のグリコシル化の１つ以上の部位を変化させることによって達成することができる。例えば、１つ以上の可変領域フレームワークグリコシル化部位の排除をもたらし、それによってその部位でのグリコシル化を排除する１つ以上のアミノ酸置換を行うことができる。このようなアグリコシル化は、抗原に対する抗体の親和性を増加させ得る。このようなアプローチは、Ｃｏらによる米国特許第５，７１４，３５０号および第６，３５０，８６１号にさらに詳細に記載される。保存的置換は、アミノ酸をそのクラスの別のメンバーで置換することを伴う。非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスのメンバーで置換することを伴う。
[00430]モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはバリアント抗体の適切なコンホメーションの維持に関与しない任意のシステイン残基は、分子の酸化的安定性を改善し、異常な架橋を防止するために、一般的にセリンで置換され得る。逆に、システイン結合（複数可）を抗体に加えて、その安定性を改善することができる（特に、抗体がＦｖ断片などの抗体断片である場合）。
[00431]抗体の他の修飾も意図される。例えば、エフェクター機能に関して本発明の抗体を修飾し、例えば、がんを処置する際の抗体の有効性を高めることが望ましい場合がある。例えば、システイン残基（複数可）は、Ｆｅ領域に導入され得、それによって、この領域における鎖間ジスルフィド結合形成を可能にする。このようにして生成されたホモ二量体抗体は、改善された内在化能力、ならびに／または増加した補体媒介細胞死滅および抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Caron et al., J. Exp Med. 176: 1191-1195 (1992)、およびShapes, B. J. Immunol. 148: 2918-2922 (1992)を参照されたい。増強された抗腫瘍活性を有するホモジマー抗体はまた、Wolff et al., Cancer Research 53: 2560-2565 (1993)に記載されるように、ヘテロ二官能性架橋剤を用いて調製することができる。あるいは、二重Ｆｅ領域を有し、それによって増強された補体溶解およびＡＤＣＣ能力を有する抗体を操作することができる。Stevenson et al., Anti-Cancer Drug Design 3: 219-230 (1989)を参照されたい。さらに、ＣＤＲ内の配列は、抗体をＭＨＣクラスＩＩに結合させ、望ましくないヘルパーＴ細胞応答を誘発する可能性があることが示されている。保存的置換により、抗体は結合活性を保持しながら、望ましくないＴ細胞応答を誘発する能力を失う可能性がある。また、マウス可変領域がヒトガンマ１、ガンマ２、ガンマ３、およびガンマ４定常領域と接続されたキメラ抗体を記載する、その全体が参照により本明細書に組み込まれるSteplewski et al., Proc Natl Acad Sci USA. 1988; 85(13):4852-6を参照されたい。
[00432]本発明のある種の実施形態では、例えば、腫瘍浸透を増加させるために、インタクトな抗体ではなく抗体断片を使用することが望ましい場合がある。この場合、その血清半減期を増加させるために抗体断片を修飾することが望ましく、例えば、半減期を増加させるために抗体断片に分子、例えば、ＰＥＧ、または多糖ポリマーなどの他の水溶性ポリマーを添加することが望ましい場合がある。これはまた、例えば、サルベージ受容体結合エピトープを抗体断片に組み込むことによって（例えば、抗体断片中の適切な領域の突然変異によって、またはエピトープをペプチドタグに組み込み、次に、いずれかの末端または中央で抗体断片に、例えば、ＤＮＡまたはペプチド合成によって融合させることによって）達成することができる（例えば、ＷＯ９６／３２４７８を参照されたい）。
[00433]サルベージ受容体結合エピトープは、好ましくは、Ｆｅドメインの１つまたは２つのループからの任意の１つ以上のアミノ酸残基が抗体断片の類似の位置に移動される領域を構成する。なおより好ましくは、Ｆｅドメインの１つまたは２つのループからの３つ以上の残基が移動される。さらにより好ましくは、エピトープは、Ｆｅ領域の（例えば、ｉｇＧの）ＣＨ２ドメインから取り出され、抗体のＣＨＩ、ＣＨ３、もしくはＶＨ領域、または１つ以上のこのような領域に移動される。あるいは、エピトープは、Ｆｅ領域のＣＨ２ドメインから取り出され、抗体断片のＣＬ領域またはＶＬ領域、またはその両方に移動される。Ｆｅバリアント、およびサルベージ受容体とのそれらの相互作用を記載するＷＯ９７／３４６３１および９６／３２４７８も参照されたい。
[00434]したがって、本発明の抗体は、ヒトＦｅ部分、ヒトコンセンサスＦｅ部分、またはＦｅサルベージ受容体と相互作用する能力を保持するそのバリアントを含み得、これには、ジスルフィド結合に関与するシステインが修飾もしくは除去されているバリアント、ならびに／またはｍｅｔがＮ末端で付加され、および／もしくはＮ末端の２０アミノ酸の１つ以上が除去され、および／もしくはＣ１ｑ結合部位などの補体と相互作用する領域が除去され、および／もしくはＡＤＣＣ部位が除去されているバリアントが含まれる［例えば、Malec. Immunol. 29 (5): 633-9 (1992)を参照されたい］。
[00435]以前の研究は、ＦｃＲに対するヒトおよびマウスＩｇＧ上の結合部位を、主にＩｇＧ残基２３３〜２３９で構成される下流のヒンジ領域にマッピングした。他の研究は、追加の広範なセグメント、例えば、ヒトＦｅ受容体ＩについてはＧｌｙ３１６−Ｌｙｓ３３８、ヒトＦｅ受容体ＩＩＩについてはＬｙｓ２７４−Ａｒｇ３０１およびＴｙｒ４０７−Ａｒｇ４１６を提案し、または下流のヒンジの外側に少数の特異的残基、例えば、マウスＦｅ受容体ＩＩと相互作用するマウスＩｇＧ２ｂについてはＡｓｎ２９７およびＧｌｕ３１８を見出した。ヒトＦｅ受容体ＩＩＩＡを有するヒトＩｇＧ Ｆｅ断片の３．２−Ａ結晶構造の報告は、Ｆｅ受容体ＩＩＩＡへの結合に関与するＩｇＧ１残基Ｌｅｕ２３４−Ｓｅｒ２３９、Ａｓｐ２６５−Ｇｌｕ２６９、Ａｓｎ２９７−Ｔｈｒ２９９、およびＡｌａ３２７−Ｉｌｅ３３２を示した。下流のヒンジ（Ｌｅｕ２３４−Ｇｌｙ２３７）に加えて、ＩｇＧ ＣＨ２ドメインループＦＧの残基（残基３２６〜３３０）およびＢＣの残基（残基２６５〜２７１）がＦｅ受容体ＩＩＡへの結合に役割を果たし得ることが結晶構造に基づいて示唆されている。その全体が参照により本明細書に組み込まれるShields et al., J. Biol. Chem., 276(9):6591-6604 (2001)を参照されたい。Ｆｅ受容体結合部位内の残基の突然変異は、ＡＤＣＣもしくはＣＤＣ活性の変化、または半減期の変化などのエフェクター機能の変化をもたらすことができる。上記されるように、潜在的突然変異には、１つ以上の残基の挿入、欠失または置換が含まれ、アラニンによる置換、保存的置換、非保存的置換、または異なるＩｇＧサブクラスからの同じ位置における対応するアミノ酸残基との置換（例えば、ＩｇＧ１残基をその位置で対応するＩｇＧ２残基と置換すること）を含む。
[00436]Ｓｈｉｅｌｄｓらは、全てのヒトＦｃ受容体への結合に関与するＩｇＧ１残基は、ヒンジの近位のＣＨ２ドメインに位置し、以下の２つのカテゴリー：１）全てのＦｃＲと直接相互作用し得る位置は、Ｌｅｕ２３４〜Ｐｒｏ２３８、Ａｌａ３２７、およびＰｒｏ３２９（およびおそらくＡｓｐ２６５）；２）炭水化物の性質または位置に影響する位置は、Ａｓｐ２６５およびＡｓｎ２９７を含む、に分類されることを報告した。Ｆｅ受容体ＩＩへの結合に影響を与えるさらなるＩｇＧ１残基は、以下の通りである：（最大効果）Ａｒｇ２５５、Ｔｈｒ２５６、Ｇｌｕ２５８、Ｓｅｒ２６７、Ａｓｐ２７０、Ｇｌｕ２７２、Ａｓｐ２８０、Ａｒｇ２９２、Ｓｅｒ２９８、および（より少ない効果）Ｈｉｓ２６８、Ａｓｎ２７６、Ｈｉｓ２８５、Ａｓｎ２８６、Ｌｙｓ２９０、Ｇｌｎ２９５、Ａｒｇ３０１、Ｔｈｒ３０７、Ｌｅｕ３０９、Ａｓｎ３１５、Ｌｙｓ３２２、Ｌｙｓ３２６、Ｐｒｏ３３１、Ｓｅｒ３３７、Ａｌａ３３９、Ａｌａ３７８、およびＬｙｓ４１４。Ａ３２７Ｑ、Ａ３２７Ｓ、Ｐ３２９Ａ、Ｄ２６５ＡおよびＤ２７０Ａは結合を低減させた。全てのＦｃＲについて上記で同定された残基に加えて、Ｆｅ受容体ＩＩＩＡへの結合を４０％以上低減させたさらなるＩｇＧ１残基は、以下の通りである：Ｓｅｒ２３９、Ｓｅｒ２６７（Ｇｌｙのみ）、Ｈｉｓ２６８、Ｇｌｕ２９３、Ｇｌｎ２９５、Ｔｙｒ２９６、Ａｒｇ３０１、Ｖａ１３０３、Ｌｙｓ３３８、およびＡｓｐ３７６である。ＦｃＲＩＩＩＡへの結合を改善するバリアントには、Ｔ２５６Ａ、Ｋ２９０Ａ、Ｓ２９８Ａ、Ｅ３３３Ａ、Ｋ３３４Ａ、およびＡ３３９Ｔが含まれる。
[00437]Ｌｙｓ４１４は、ＦｃＲＩＩＡおよびＦｃＲＩＩＢに対する結合が４０％低減することを示し、Ａｒｇ４１６は、ＦｃＲＩＩＡおよびＦｃＲＩＩＩＡに対して３０％低減し、Ｇｌｎ４１９は、ＦｃＲＩＩＡに対して３０％低減し、ＦｃＲＩＩＢに対して４０％低減し、Ｌｙｓ３６０は、ＦｃＲＩＩＩＡに対して２３％改善した。Presta et al., Biochem. Soc. Trans. (2001) 30, 487-490も参照されたい。
[00438]例えば、米国特許第６，１９４，５５１号は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、アミノ酸位置３２９、３２１または３２２（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）でのヒトＩｇＧ Ｆｅ領域における突然変異を含む変化させたエフェクター機能を有するバリアントを記載し、そのうちのいくつかはＣ１ｑ結合またはＣＤＣ活性の低減を示す。別の例として、米国特許第６，７３７，０５６号は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、アミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９４、２９５、２９６、２９８、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２４、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３４、４３５、４３７、４３８または４３９（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）でのヒトＩｇＧ Ｆｅ領域における突然変異を含む変化させたエフェクター機能またはＦｅガンマ受容体結合を有するバリアントを記載し、そのうちのいくつかは、ＡＤＣＣまたはＣＤＣ活性の低減と関連する受容体結合プロファイルを示す。これらのうち、アミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、３２７または３２９での突然変異は、ＦｃＲＩへの結合を低減させることが記載され、アミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、２９２、２９４、２９５、２９８、３０３、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３７３、３７６、４１４、４１６、４１９、４３５、４３８または４３９での突然変異は、ＦｃＲＩＩへの結合を低減させることが記載され、アミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９３、２９４、２９５、２９６、３０１、３０３、３２２、３２７、３２９、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１６、４３４、４３５または４３７での突然変異は、ＦｃＲＩＩＩへの結合を低減させることが記載される。
[00439]米国特許第５，６２４，８２１号は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、マウス抗体のＣ１ｑ結合活性が、重鎖のアミノ酸残基３１８、３２０または３２２を突然変異させることにより変化させることができ、残基２９７（Ａｓｎ）を置換することにより溶解活性が除去されることを報告する。
[00440]米国出願公開第２００４／０１３２１０１号は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、アミノ酸位置２４０、２４ ２４５、２４７、２６２、２６３、２６６、２９９、３１３、３２５、３２８、もしくは３３２（Ｋａｂａｔ番号付けを使用する）、または位置２３４、２３５、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６、２６７、２６９、２９６、２９７、２９８、２９９、３１３、３２５、３２７、３２８、３２９、３３０、もしくは３３２で突然変異を有するバリアントを記載し、そのうち位置２３４、２３５、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６、２６７、２６９、２９６、２９７、２９８、２９９、３１３、３２５、３２７、３２８、３２９、３３０、または３３２の突然変異は、ＡＤＣＣ活性を低減するかまたはＦｅガンマ受容体への結合を低減し得る。
[00441]Chappel et al., Proc Natl Acad Sci USA. 1991; 88(20):9036-40は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、ＩｇＧ１の細胞親和性活性がその重鎖ＣＨ２ドメインの固有の特性であることを報告する。ＩｇＧ１のアミノ酸残基２３４〜２３７のいずれかにおける単一点突然変異は、その活性を有意に低下させ、または消失させた。完全な結合活性を回復するためには、ＩｇＧ２およびＩｇＧ４への全てのＩｇＧ１残基２３４〜２３７（ＬＬＧＧ）の置換が必要であった。全ＥＬＬＧＧＰ配列（残基２３３〜２３８）を含むＩｇＧ２抗体は、野生型ＩｇＧ１よりも活性が高いことが観察された。
[00442]Isaacs et al., J Immunol. 1998; 161(8):3862-9は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、ＦｅガンマＲ結合に重要なモチーフ内の突然変異（グルタミン酸２３３からプロリン、ロイシン／フェニルアラニン２３４からバリン、およびロイシン２３５からアラニン）は、標的細胞の枯渇を完全に防止したことを報告する。グルタミン酸３１８からアラニンへの突然変異は、マウスＩｇＧ２ｂのエフェクター機能を排除し、さらにヒトＩｇＧ４の効力を低減させた。
[00443]Armour et al., Mol Immunol. 2003; 40(9):585-93は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、活性化受容体、ＦｃガンマＲＩＩａと反応するＩｇＧ １バリアントを同定し、これは野生型ＩｇＧ１の１０分の１以下の効率であるが、阻害受容体、ＦｃガンマＲＩＩｂへの結合は４分の１までしか低減していない。突然変異は、アミノ酸２３３〜２３６の領域、および／またはアミノ酸位置３２７、３３０および３３１において行われた。その全体が参照により本明細書に組み込まれるＷＯ９９／５８５７２も参照されたい。Xu et al., J Biol Chem. 1994; 269(5):3469-74は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、ＩｇＧ１ Ｐｒｏ３３１をＳｅｒに突然変異させると、Ｃ１ｑ結合が顕著に減少し、溶解活性が実質的に排除されたことを報告する。対照的に、ＩｇＧ４におけるＰｒｏのＳｅｒ３３１への置換は、ＩｇＧ４ Ｐｒｏ３３１バリアントに部分的溶解活性（４０％）を与えた。
[00444]Schuurman et al., Mol Immunol. 2001; 38(1):1-8は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、重鎖間結合形成に関与するヒンジシステインの１つであるＣｙｓ２２６をセリンに突然変異させると、より安定な重鎖間結合がもたらされたことを報告する。また、ＩｇＧ４ヒンジ配列Ｃｙｓ−Ｐｒｏ−Ｓｅｒ−ＣｙｓをＩｇＧ１ヒンジ配列Ｃｙｓ−Ｐｒｏ−Ｐｒｏ−Ｃｙｓに変異させると、重鎖間の共有結合相互作用を顕著に安定化する。Angal et al., Mol Immunol. 1993; 30(1):105-8は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、ＩｇＧ４中のアミノ酸位置２４１におけるセリンをプロリンに突然変異させること（ＩｇＧ１およびＩｇＧ２中のその位置に見出される）は、均一な抗体の産生をもたらし、血清半減期を延長し、元のキメラＩｇＧ４と比較して組織分布を改善したことを報告する。
親和性成熟
[00445]親和性成熟は、親抗体のＣＤＲ内に置換を有する抗体バリアントを調製およびスクリーニングし、親抗体に対する結合親和性などの改善された生物学的特性を有するバリアントを選択することを伴う。このような置換バリアントを生成するための便利な方法は、ファージディスプレイを用いる親和性成熟である。簡単に説明すると、いくつかの超可変領域部位（例えば、６〜７部位）が突然変異されて、各部位で可能性のある全てのアミノ置換が生成される。このようにして生成された抗体バリアントは、各粒子内にパッケージ化されたＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物への融合として、フィラメント状ファージ粒子から一価様式で提示される。次に、ファージ提示バリアントは、それらの生物活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
[00445]親和性成熟は、親抗体のＣＤＲ内に置換を有する抗体バリアントを調製およびスクリーニングし、親抗体に対する結合親和性などの改善された生物学的特性を有するバリアントを選択することを伴う。このような置換バリアントを生成するための便利な方法は、ファージディスプレイを用いる親和性成熟である。簡単に説明すると、いくつかの超可変領域部位（例えば、６〜７部位）が突然変異されて、各部位で可能性のある全てのアミノ置換が生成される。このようにして生成された抗体バリアントは、各粒子内にパッケージ化されたＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物への融合として、フィラメント状ファージ粒子から一価様式で提示される。次に、ファージ提示バリアントは、それらの生物活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
[00446]アラニンスキャニング突然変異誘発は、抗原結合に有意に寄与する超可変領域残基を同定するために行うことができる。あるいはまたはさらに、抗体と抗原の間の接触点を同定するために、抗原−抗体複合体の結晶構造を分析することが有益であり得る。このような接触残基および隣接残基は、本明細書に詳述された技術による置換の候補である。このようなバリアントが生成されると、バリアントのパネルは、本明細書に記載されるようにスクリーニングに供され、１つ以上の関連するアッセイにおいて優れた特性を有する抗体が、さらなる開発のために選択され得る。
グリコシル化の変化
[00447]さらにまたは代替的に、減少した量のフコシル残基を有する低フコシル化抗体、または増加したバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造を有する抗体などの、変化させたタイプのグリコシル化を有する抗体を作製することができる。このように変化させたグリコシル化パターンは、抗体のＡＤＣＣ能力を増加させることが示されている。グリコシル化抗体またはその抗原結合性断片を包含する実施形態は、上記のセクションに記載されている。このような炭水化物修飾は、例えば、変化させたグリコシル化機構を用いて宿主細胞中で抗体を発現させることによって達成することができる。変化させたグリコシル化機構を有する細胞は、当該技術分野で報告されており、本開示の少なくとも一部の実施形態に従って組換え抗体を発現させ、それによって変化させたグリコシル化を有する抗体を産生する宿主細胞として使用することができる。例えば、細胞系Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５、およびＭｓ７０９は、フコシルトランスフェラーゼ遺伝子ＦＵＴ８（アルファ（１，６）フコシルトランスフェラーゼ）を欠いており、その結果、Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５、およびＭｓ７０９細胞系において発現される抗体は、それらの炭水化物上にフコースを欠いている。Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５、およびＭｓ７０９ ＦＵＴ８．−／−細胞系は、２つの置換ベクターを用いて、ＣＨＯ／ＤＧ４４細胞中のＦＵＴ８遺伝子の標的化破壊によって作製される（Ｙａｍａｎｅらによる米国特許公開第２００４０１１０７０４号、およびYamane-Ohnuki et al. (2004) Biotechnol Bioeng 87:614-22を参照されたい）。別の例として、Ｈａｎａｉらにより欧州特許第１，１７６，１９５号は、フコシルトランスフェラーゼをコードする機能的に破壊されたＦＵＴ８遺伝子を有する細胞系を記載し、そのような細胞系で発現された抗体は、α１，６結合関連酵素を低減または排除することによって低フコシル化を示す。Ｈａｎａｉらはまた、抗体のＦｃ領域に結合するかまたは酵素活性を有さないＮ−アセチルグルコサミンにフコースを添加するための低い酵素活性を有する細胞系、例えばラット骨髄腫細胞系ＹＢ２／０（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６６２）を記載する。ＰｒｅｓｔａによるＰＣＴ公開番号ＷＯ０３／０３５８３５は、Ａｓｎ（２９７）結合型炭水化物にフコースを結合する能力が低下したバリアントＣＨＯ細胞系Ｌｅｃ１３細胞を記載し、さらに、その宿主細胞において発現される抗体の低フコシル化をもたらすことを記載する（Shields, R. L. et al. (2002) J. Biol. Chem. 277:26733-26740も参照されたい）。ＵｍａｎａらによるＰＣＴ公開番号ＷＯ９９／５４３４２は、操作された細胞系で発現された抗体が、抗体のＡＤＣＣ活性の増加をもたらすバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造の増加を示すように、糖タンパク質修飾グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、β（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ））を発現するように操作された細胞系を記載する（Umana et al. (1999) Nat. Biotech. 17:176-180も参照されたい）。あるいは、抗体のフコース残基は、フコシダーゼ酵素を使用して切断され得る。例えば、フコシダーゼアルファ−Ｌ−フコシダーゼは、抗体からフコシル残基を除去する（Tarentino, A. L. et al. (1975) Biochem. 14:5516-23）。
[00447]さらにまたは代替的に、減少した量のフコシル残基を有する低フコシル化抗体、または増加したバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造を有する抗体などの、変化させたタイプのグリコシル化を有する抗体を作製することができる。このように変化させたグリコシル化パターンは、抗体のＡＤＣＣ能力を増加させることが示されている。グリコシル化抗体またはその抗原結合性断片を包含する実施形態は、上記のセクションに記載されている。このような炭水化物修飾は、例えば、変化させたグリコシル化機構を用いて宿主細胞中で抗体を発現させることによって達成することができる。変化させたグリコシル化機構を有する細胞は、当該技術分野で報告されており、本開示の少なくとも一部の実施形態に従って組換え抗体を発現させ、それによって変化させたグリコシル化を有する抗体を産生する宿主細胞として使用することができる。例えば、細胞系Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５、およびＭｓ７０９は、フコシルトランスフェラーゼ遺伝子ＦＵＴ８（アルファ（１，６）フコシルトランスフェラーゼ）を欠いており、その結果、Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５、およびＭｓ７０９細胞系において発現される抗体は、それらの炭水化物上にフコースを欠いている。Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５、およびＭｓ７０９ ＦＵＴ８．−／−細胞系は、２つの置換ベクターを用いて、ＣＨＯ／ＤＧ４４細胞中のＦＵＴ８遺伝子の標的化破壊によって作製される（Ｙａｍａｎｅらによる米国特許公開第２００４０１１０７０４号、およびYamane-Ohnuki et al. (2004) Biotechnol Bioeng 87:614-22を参照されたい）。別の例として、Ｈａｎａｉらにより欧州特許第１，１７６，１９５号は、フコシルトランスフェラーゼをコードする機能的に破壊されたＦＵＴ８遺伝子を有する細胞系を記載し、そのような細胞系で発現された抗体は、α１，６結合関連酵素を低減または排除することによって低フコシル化を示す。Ｈａｎａｉらはまた、抗体のＦｃ領域に結合するかまたは酵素活性を有さないＮ−アセチルグルコサミンにフコースを添加するための低い酵素活性を有する細胞系、例えばラット骨髄腫細胞系ＹＢ２／０（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６６２）を記載する。ＰｒｅｓｔａによるＰＣＴ公開番号ＷＯ０３／０３５８３５は、Ａｓｎ（２９７）結合型炭水化物にフコースを結合する能力が低下したバリアントＣＨＯ細胞系Ｌｅｃ１３細胞を記載し、さらに、その宿主細胞において発現される抗体の低フコシル化をもたらすことを記載する（Shields, R. L. et al. (2002) J. Biol. Chem. 277:26733-26740も参照されたい）。ＵｍａｎａらによるＰＣＴ公開番号ＷＯ９９／５４３４２は、操作された細胞系で発現された抗体が、抗体のＡＤＣＣ活性の増加をもたらすバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造の増加を示すように、糖タンパク質修飾グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、β（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ））を発現するように操作された細胞系を記載する（Umana et al. (1999) Nat. Biotech. 17:176-180も参照されたい）。あるいは、抗体のフコース残基は、フコシダーゼ酵素を使用して切断され得る。例えば、フコシダーゼアルファ−Ｌ−フコシダーゼは、抗体からフコシル残基を除去する（Tarentino, A. L. et al. (1975) Biochem. 14:5516-23）。
ペグ化
[00448]本開示によって意図される本明細書中の抗体の別の修飾は、ペグ化である。抗体をペグ化して、例えば、抗体の生物学的（例えば血清）半減期を増加させることができる。抗体をペグ化するために、典型的には、１つ以上のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）基が抗体または抗体断片に結合するようになる条件下で、抗体またはその断片を、ＰＥＧの反応性エステルまたはアルデヒド誘導体などのＰＥＧと反応させる。好ましくは、ペグ化は、反応性ＰＥＧ分子（または類似の反応性水溶性ポリマー）とのアシル化反応またはアルキル化反応を介して行われる。本明細書で使用される場合、用語「ポリエチレングリコール」は、モノ（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ−もしくはアリールオキシ−ポリエチレングリコールまたはポリエチレングリコール−マレイミドなどの他のタンパク質を誘導体化するために使用されたＰＥＧの形態のいずれかを包含することが意図される。ある種の実施形態では、ペグ化される抗体は、アグリコシル化抗体である。タンパク質をペグ化するための方法は、当該技術分野において公知であり、本発明の少なくとも一部の実施形態に従って抗体に適用することができる。例えば、Ｎｉｓｈｉｍｕｒａらによる欧州特許第０１５４３１６号、およびＩｓｈｉｋａｗａらによる欧州特許第０４０１３８４号を参照されたい。
[00448]本開示によって意図される本明細書中の抗体の別の修飾は、ペグ化である。抗体をペグ化して、例えば、抗体の生物学的（例えば血清）半減期を増加させることができる。抗体をペグ化するために、典型的には、１つ以上のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）基が抗体または抗体断片に結合するようになる条件下で、抗体またはその断片を、ＰＥＧの反応性エステルまたはアルデヒド誘導体などのＰＥＧと反応させる。好ましくは、ペグ化は、反応性ＰＥＧ分子（または類似の反応性水溶性ポリマー）とのアシル化反応またはアルキル化反応を介して行われる。本明細書で使用される場合、用語「ポリエチレングリコール」は、モノ（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ−もしくはアリールオキシ−ポリエチレングリコールまたはポリエチレングリコール−マレイミドなどの他のタンパク質を誘導体化するために使用されたＰＥＧの形態のいずれかを包含することが意図される。ある種の実施形態では、ペグ化される抗体は、アグリコシル化抗体である。タンパク質をペグ化するための方法は、当該技術分野において公知であり、本発明の少なくとも一部の実施形態に従って抗体に適用することができる。例えば、Ｎｉｓｈｉｍｕｒａらによる欧州特許第０１５４３１６号、およびＩｓｈｉｋａｗａらによる欧州特許第０４０１３８４号を参照されたい。
他の共有結合修飾
[00449]抗体の共有結合修飾はまた、本発明の範囲内に含まれる。それらは、化学的合成によって、または、該当する場合、抗体の酵素的もしくは化学的切断によって行うことができる。抗体の他のタイプの共有結合修飾は、抗体の標的化アミノ酸残基を、選択された側鎖またはＮ末端もしくはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤と反応させることによって分子に導入される。
[00449]抗体の共有結合修飾はまた、本発明の範囲内に含まれる。それらは、化学的合成によって、または、該当する場合、抗体の酵素的もしくは化学的切断によって行うことができる。抗体の他のタイプの共有結合修飾は、抗体の標的化アミノ酸残基を、選択された側鎖またはＮ末端もしくはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤と反応させることによって分子に導入される。
[00450]システイニル残基は、ハロ酢酸（および対応するアミン）、例えばクロロ酢酸またはクロロアセトアミドと反応させて、カルボキシメチルまたはカルボキシアミドメチル誘導体を得るのが最も一般的である。システイニル残基はまた、ブロモトリフルオロアセトン、アルファ−ブロモ−（５−イミドゾイル）プロピオン酸、クロロアセチルホスフェート、Ｎ−アルキルマレイミド、３−ニトロ−２−ピリジルジスルフィド、メチル２−ピリジルジスルフィド、ｐ−クロロ水銀安息香酸塩、２−クロロ水銀−４−ニトロフェノール、またはクロロ−７−ニトロベンゾ−２−オキサ−１，３−ジアゾールとの反応によって誘導体化される。
[00451]ヒスチジル残基は、ｐＨ５．５〜７．０でジエチルピロカルボネートとの反応によって誘導体化される。これは、この薬剤がヒスチジル側鎖に対して比較的特異的であるためである。パラ−ブロモフェナシルブロミドもまた有用であり、反応は、好ましくは、ｐＨ６．０で０．１Ｍカコジル酸ナトリウム中で行われる。リジニルおよびアミノ末端残基は、コハク酸または他のカルボン酸無水物と反応させる。これらの薬剤による誘導体化は、リジン残基の電荷を逆転させる効果がある。アルファアミノ含有残基を誘導体化するための他の適切な試薬としては、イミドエステル、例えば、メチルピコリンイミデート、ピリドキサールリン酸、ピリドキサール、クロロホウ水素化物、トリニトロベンゼンスルホン酸、メチルイソウレア、２，４−ペンタンジオン、およびグリオキシレートとのトランスアミナーゼ触媒反応が挙げられる。
[00452]アルギニル残基は、１種または数種の慣用的試薬、それらのうち、フェニルグリオキサール、２，３−ブタンジオン、１，２−シクロヘキサンジオン、およびニンヒドリンとの反応によって修飾される。アルギニン残基の誘導体化には、グアニジン官能基のｐＫａが高いため、アルカリ性条件下で反応を行う必要がある。さらに、これらの試薬は、アルギニンイプシロン−アミノ基と同様にリジンの基と反応し得る。
[00453]チロシル残基の特異的修飾は、芳香族ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンとの反応によって、チロシル残基にスペクトル標識を導入することに特に関心を持って行うことができる。最も一般的には、Ｎ−アセチルイミジゾールおよびテトラニトロメタンが、それぞれ０−アセチルチロシル種および３−ニトロ誘導体を形成するために使用される。チロシル残基を１２５Ｉまたは１３１Ｉを用いてヨウ化し、ラジオイムノアッセイに使用するための標識タンパク質を調製する。カルボキシル側基（アスパルチルまたはグルタミル）は、カルボジイミド（Ｒ−Ｎ．ｄｂｄ．Ｃ．ｄｂｄ．Ｎ−Ｒ’）との反応によって選択的に修飾され、この場合、ＲおよびＲ’は、１−シクロヘキシル−３−（２−モルホリニル−４−エチル）カルボジイミドまたは１−エチル−３−（４−アゾニア−４，４−ジメチルペンチル）カルボジイミドなどの異なるアルキル基である。さらに、アスパルチルおよびグルタミル残基は、アンモニウムイオンとの反応によってアスパラギニルおよびグルタミニル残基に変換される。
[00454]グルタミニルおよびアスパラギニル残基は、それぞれ対応するグルタミルおよびアスパルチル残基に脱アミド化されることが多い。これらの残基は、中性または塩基性条件下で脱アミド化される。これらの残基の脱アミド化形態は、本発明の範囲内にある。他の修飾には、プロリンおよびリジンのヒドロキシル化、セリルまたはスレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖のアルファアミノ基のメチル化（T. E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp. 79-86 (1983)）、Ｎ末端アミンのアセチル化、および任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化が含まれる。
[00455]別のタイプの共有結合修飾は、グリコシドを抗体に化学的または酵素的にカップリングさせることを伴う。これらの手法は、Ｎ−結合型またはＯ−結合型グリコシル化のためのグリコシル化能力を有する宿主細胞における抗体の産生を必要としない点で有利である。使用されるカップリングモードに依存して、糖（複数可）は、（ａ）アルギニンおよびヒスチジン、（ｂ）遊離カルボキシル基、（ｃ）システインなどの遊離スルフヒドリル基、（ｄ）セリン、スレオニンまたはヒドロキシプロリンなどの遊離ヒドロキシル基、（ｅ）フェニルアラニン、チロシンまたはトリプトファンなどの芳香族残基、または（ｆ）グルタミンのアミド基に結合され得る。これらの方法は、１９８７年９月１１日に公開されたＷＯ８７／０５３３０およびAplin and Wriston, CRC Crit. Rev. Biochem., pp. 259-306 (1981)に記載される。
[00456]抗体上に存在する任意の炭水化物部分の除去は、化学的または酵素的に達成され得る。化学的脱グリコシル化には、化合物トリフルオロメタンスルホン酸または同等の化合物への抗体の曝露を必要とする。この処置は、連結糖（Ｎ−アセチルグルコサミンまたはＮ−アセチルガラクトサミン）を除くほとんどまたは全ての糖の切断をもたらし、抗体はインタクトなまま残る。化学的脱グリコシル化は、Hakimuddin, et al. Arch. Biochem. Biophys. 259: 52 (1987)およびEdge et al. Anal. Biochem., 118: 131 (1981)に記載される。抗体上の炭水化物部分の酵素的切断は、Thotakura et al. Meth. Enzymol. 138: 350 (1987)によって記載される種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼの使用によって達成することができる。
[00457]抗体の別のタイプの共有結合修飾は、抗体を種々の非タンパク質性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリオキシエチル化ポリオール、ポリオキシエチル化ソルビトール、ポリオキシエチル化グルコース、ポリオキシエチル化グリセロール、ポリオキシアルキレン、またはデキストランなどの多糖ポリマーの１つに連結させることを含む。このような方法は、当該技術分野において公知であり、例えば、米国特許第４，６４０，８３５号、第４，４９６，６８９号、第４，３０１，１４４号、第４，６７０，４１７号、第４，７９１，１９２号、第４，１７９，３３７号、第４，７６６，１０６号、第４，１７９，３３７号、第４，４９５，２８５号、第４，６０９，５４６号または欧州特許第３１５４５６号を参照されたい。
競合抗体
[00458]一部の実施形態では、特定の抗原（例えば、表９および表１０の抗原）への結合に関して本明細書に提供される抗体と競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、抗体は、特定の抗原上のエピトープに結合するために本明細書に提供される抗体と競合する。
[00458]一部の実施形態では、特定の抗原（例えば、表９および表１０の抗原）への結合に関して本明細書に提供される抗体と競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、抗体は、特定の抗原上のエピトープに結合するために本明細書に提供される抗体と競合する。
[00459]一部の実施形態では、競合アッセイを使用して、本明細書に記載される抗体と競合するモノクローナル抗体を同定することができる。競合アッセイを用いて、２つの抗体が、同一または立体的に重複するエピトープを認識することによって同一のエピトープに結合するか、または１つの抗体が別の抗体の抗原への結合を競合的に阻害するかを決定することができる。一部の実施形態では、このような競合する抗体は、本明細書に記載される抗体によって結合される同じエピトープに結合する。例示的な競合アッセイは、限定されないが、Harlow and Lane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual ch.14 (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.)に提供されるルーチンなアッセイを含む。抗体が結合するエピトープをマッピングするための詳細な例示的方法は、Morris (1996) “Epitope Mapping Protocols,” in Methods in Molecular Biology vol.66 (Humana Press, Totowa, N.J.)に提供されている。一部の実施形態では、２つの抗体は、各々が５０％以上、他方の結合をブロックする場合に、同一のエピトープに結合すると言われる。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体と競合する抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体である。一部の実施形態では、本明細書に記載されるキメラ、ヒト化またはヒト抗体と競合する抗体が提供される。
[00460]一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体が結合するエピトープのいずれか１つ以上に結合する抗体が提供される。一部の実施形態では、本抗体が結合するエピトープに結合し、重複する抗体が提供される。一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体の少なくとも１つと競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体の少なくとも２つと競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、本明細書に提供される抗体の少なくとも３つと競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、抗体は、本明細書の実施例に記載される抗体として、重複するエピトープに結合する。一部の実施形態では、全エピトープは、競合する抗体によって結合および／または妨害される。一部の実施形態では、エピトープの一部は、競合する抗体によって結合および／または妨害される。一部の実施形態では、競合する抗体のパラトープは、本明細書に提供される抗体のエピトープの少なくとも一部に結合する。一部の実施形態では、競合する抗体のパラトープは標的に結合し、競合する抗体の構造の異なるセクションは、本明細書に提供される抗体のエピトープの少なくとも一部を妨害する。
[00461]用語「競合」または「交差競合」は、抗体分子、例えば、標的への本発明の抗体の結合を妨げる抗体分子、例えば、表９および表１０の抗原の能力を指し、本明細書では互換的に使用される。結合への妨げは、（例えば、抗体分子または標的のアロステリック調節を介して）直接的であるかまたは間接的であり得る。抗体分子が標的への他の抗体分子の結合を妨げる程度、したがって、それらが競合し得るかどうかは、ＦＡＣＳ分析、ＥＬＩＳＡまたはＢＩＡＣＯＲＥ分析などの競合結合アッセイを用いて決定することができる。一部の実施形態では、競合結合アッセイは、定量的競合アッセイである。一部の実施形態では、第一の抗体分子は、二次抗体分子の抗体と比較して、１０％以上大きい、例えば２０％以上大きい（例えば、１０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、５５％以上、６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％、９９％を超える）標的への第１の抗体分子の結合を有する。
抗体を作製する方法
[00462]本開示の抗体またはその抗原結合性断片を、本明細書で開示されるがん関連抗体またはその抗原結合性断片のインシリコで再構築された完全な核酸配列およびアミノ酸配列を使用して得ることができる。いくつかの実施形態では、下記で説明する方法により調製された抗体またはその抗原結合性断片が提供される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は、宿主細胞中で調製される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は、宿主細胞から単離される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は、無細胞系で調製される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は精製される。本発明はまた、本発明の抗体分子を産生する方法であって、本発明の抗体の形成を可能にする条件下で、本発明の抗体分子をコードする核酸を含む発現ベクターを含む宿主細胞を培養する工程と；培養物から、この宿主細胞により発現された抗体分子を単離する工程と；任意選択で、本発明の抗体分子をさらに精製するおよび／または改変するおよび／または製剤化する工程とを全体として含む方法も提供する。
[00462]本開示の抗体またはその抗原結合性断片を、本明細書で開示されるがん関連抗体またはその抗原結合性断片のインシリコで再構築された完全な核酸配列およびアミノ酸配列を使用して得ることができる。いくつかの実施形態では、下記で説明する方法により調製された抗体またはその抗原結合性断片が提供される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は、宿主細胞中で調製される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は、宿主細胞から単離される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は、無細胞系で調製される。いくつかの実施形態では、この抗体またはその抗原結合性断片は精製される。本発明はまた、本発明の抗体分子を産生する方法であって、本発明の抗体の形成を可能にする条件下で、本発明の抗体分子をコードする核酸を含む発現ベクターを含む宿主細胞を培養する工程と；培養物から、この宿主細胞により発現された抗体分子を単離する工程と；任意選択で、本発明の抗体分子をさらに精製するおよび／または改変するおよび／または製剤化する工程とを全体として含む方法も提供する。
[00463]本開示の抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸分子は、例えば、成熟哺乳動物Ｂリンパ球から、またはハイブリドーマ培養物の一部として不死化細胞と融合している場合には、従来の手順を使用して（例えば、所望の抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを使用して）単離され得る。本開示は、抗体ポリペプチドまたはその抗原結合性断片をコードする核酸配列を含む単離された核酸分子を提供する。本明細書で開示される配列を含む単離された核酸分子は、当分野で公知であり、かつ後述するように、（ａ）組換え法、（ｂ）合成技術、（ｃ）精製技術、および／または（ｄ）それらの組み合わせを使用して調製され得る。
[00464]抗体またはその抗原結合性断片（例えば重鎖または軽鎖）をコードするメッセンジャーＲＮＡは、ＲＮＡ単離の標準的な技術を用いて、およびポリＡ ｍＲＮＡを分離するためのオリゴｄＴセルロースクロマトグラフィーの使用により、成熟Ｂ細胞またはハイブリドーマ培養物のいずれかの適切な供給源から単離され得る。場合によっては、このポリＡ ｍＲＮＡをさらに分画して、所望の抗体の軽鎖または重鎖のアミノ酸配列をコードするのに十分なサイズの配列を得ることができる。
[00465]例えば、ｃＤＮＡライブラリーは、ポリＡ＋ｍＲＮＡ（好ましくは膜関連ｍＲＮＡ）の逆転写により構築し得、このライブラリーは、適切なプライマー（好ましくは、所望のｃＤＮＡに特徴的な核酸配列）を使用してスクリーニングされ得る。そのようなプライマーは、配列が既知である場合には抗体のｃＤＮＡまたはアミノ酸配列に基づいて容易に仮定して合成され得、例えば、このプライマーは、本明細書で開示される抗体の核酸配列またはアミノ酸配列に基づいて合成され得る。
[00466]しかしながら、いくつかの実施形態では、前述したプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、目的の１つまたは複数の免疫グロブリン遺伝子セグメント（例えば軽鎖可変セグメント）をコードするｃＤＮＡ（または全長ｃＤＮＡの一部）を増幅させる。増幅された配列は、任意の適切なベクター（例えば、発現ベクター、ミニ遺伝子ベクター、またはファージディスプレイベクター）に容易にクローニングされ得る。いくつかの実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の核酸配列は、任意の適切なベクター（例えば、発現ベクター、ミニ遺伝子ベクター、またはファージディスプレイベクター）に容易にクローニングされ得る。クローニングは、標準的な技術（例えば、参照により本明細書に組み込まれるSambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Guide, Vols 1-3, Cold Spring Harbor Pressを参照されたい）を使用して実行する。目的の免疫グロブリンポリペプチドの一部の配列を決定することが可能である限りは、使用されるクローニングの具体的な方法は重要ではないことが理解されるだろう。
[00467]所望の抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸配列をクローニングして単離するために使用されるＲＮＡの供給源の１つは、この抗体を産生するＢ細胞を不死化細胞に融合させることにより生成されるハイブリドーマである。ハイブリドーマを使用する利点は、このハイブリドーマを容易にスクリーニングして、目的の抗体を産生するハイブリドーマを容易に選択し得ることである。或いは、ＲＮＡは、対象（例えば、ヒトまたは他の適切な動物）の末梢血、または好ましくは脾臓もしくはリンパ節、または全脾臓からの抗体産生細胞（例えばＢ細胞）から単離され得る。いくつかの実施形態では、このヒトまたは適切な動物は、標的抗原（例えば、表９および表１０の抗原）に対して免疫化されている。組換え抗原またはその断片を使用してマウスを免疫化し、本開示の抗体を産生するハイブリドーマを生成し得る。いくつかの実施形態では、抗体または本開示を生成するハイブリドーマが本明細書で提供される。抗原として、抗原性ポリペプチド、融合タンパク質、またはそれらのバリアントが挙げられ得る。ポリペプチドの性質（即ち、疎水性の割合、親水性の割合、安定性、正味電荷、等電点など）に応じて、この抗原を、免疫化される哺乳動物において免疫原性であることが既知のタンパク質にコンジュゲートすることが有用であり得る。本開示に関連して、この対象は、がんに罹患している対象であり得る。
[00468]がん関連抗体のインシリコで再構築された核酸配列およびアミノ酸配列に基づいて、がん関連抗体またはその抗原結合性断片をコードする単離された核酸分子は、公知の方法（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ他、上記参照、ＷＯ１９９９０１４３１８Ａ１を参照されたい）による直接化学合成によっても調製され得る。化学合成により、一般的には、一本鎖オリゴヌクレオチドが生成され、この一本鎖オリゴヌクレオチドを、相補配列とのハイブリダイゼーションによるか、またはこの一本鎖を鋳型として使用するＤＮＡポリメラーゼによる重合により、ｄｓＤＮＡにし得る。当業者は、ＤＮＡの化学合成は約１００個以上の塩基の配列に限定され得、より長い配列は、より短い配列のライゲーションに得られる場合があることを認識するだろう。
[00469]いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、抗体の重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列は、配列番号１１３〜１２６から選択される。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、抗体の軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列は、配列番号１２７〜１４０から選択される。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変重鎖のＣＤＲ１ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変重鎖のＣＤＲ２ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核分子は、可変重鎖のＣＤＲ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、可変重鎖のＣＤ１ポリペプチド（ＣＤＲ−Ｈ１）をコードする核酸配列は、配列番号１９７〜２１０から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変重鎖のＣＤ２ポリペプチド（ＣＤＲ−Ｈ２）をコードする核酸配列は、配列番号１６９〜１８２から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変重鎖のＣＤ３ポリペプチド（ＣＤＲ−Ｈ３）をコードする核酸配列は、配列番号１４１〜１５４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変軽鎖のＣＤＲ１ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変軽鎖のＣＤＲ２ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変軽鎖のＣＤＲ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、可変軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ１領域（ＣＤＲ−Ｌ１）をコードする核酸配列は、配列番号２１１〜２２４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ２領域（ＣＤＲ−Ｌ２）をコードする核酸配列は、配列番号１８３〜１９６から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ３領域（ＣＤＲ−Ｌ３）をコードする核酸配列は、配列番号１５５〜１６８から選択される配列を含む。
[00470]「核酸分子」、「核酸」、および「ポリヌクレオチド」という用語は、互換的に使用され得、ヌクレオチドのポリマーを指す。そのようなヌクレオチドのポリマーは、天然のおよび／または非天然のヌクレオチドを含有し得、ＤＮＡ、ＲＡＮ、およびＰＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。「核酸配列」は、ヌクレオチドの線状配列を指す。
[00471]本明細書で使用される場合、「単離された」核酸分子または「単離された」核酸配列は、（１）核酸の天然供給源において通常会合している少なくとも１種の夾雑核酸分子から同定されて分離されているか、または（２）クローン化され、増幅され、標識化され、もしくはそうでなければ、目的の核酸の配列が決定され得るようにバックグラウンド核酸から別の方法で区別されている核酸分子であり、単離されているとみなされる。単離された核酸分子は、自然界で見出される形態または設定以外で存在する。従って、単離された核酸分子は、天然細胞中に存在する核酸分子と区別される。しかしながら、単離された核酸分子には、抗体を通常発現する細胞に含有される核酸分子であって、例えば、この細胞では、この核酸分子が天然細胞とは異なる染色体上の位置に存在する、核酸分子が含まれる。「単離された核酸」は、本明細書で使用される場合、天然配列を天然に伴う他のゲノムＤＮＡ配列およびタンパク質または複合体（例えば、リボソームおよびポリメラーゼ）から実質的に分離されている核酸である。この用語は、その天然に存在する環境から取り出されている核酸配列を包含し、組換えＤＮＡ単離物またはクローン化ＤＮＡ単離物、および化学的に合成された類似体、または異種システムにより生物学的に合成された類似体を含む。実質的に純粋な核酸は、この核酸の単離形態を含む。当然のことながら、これは、最初に単離された核酸を指し、人の手により、この単離された核酸に後に追加された遺伝子または配列を除外しない。「ポリペプチド」という用語は、その従来の意味で使用され、即ち、アミノ酸の配列として使用される。
[00472]本開示の抗体、一部、またはポリペプチドをコードする単離された核酸分子は、従来の技術（ライゲーションのための平滑末端または互い違いの（ｓｔａｇｇｅｒｅｄ−ｅｎｄｅｄ）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じた粘着末端のフィルイン、望ましくない接合を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および適切なリガーゼとのライゲーションを含む）に従って、ベクターＤＮＡ（例えば発現ベクター）と組み換えられ得る。そのような操作のための技術は、例えば、Maniatis et al., Molecular Cloning, Lab. Manual (Cold Spring Harbor Lab. Press, NY, 1982および 1989)、およびAusubel, 1987, 1993により開示されており、抗体分子またはその抗原結合性領域をコードする核酸配列を構築するために使用され得る。従って、本開示は、本明細書に記載される単離された核酸を含むベクターまたは発現ベクターを提供する。一実施形態では、軽鎖をコードする核酸、および重鎖をコードする核酸は、先に概説の手順により別々に単離される。一実施形態では、軽鎖をコードする単離された核酸、および重鎖をコードする単離された核酸は、それぞれが適切なプロモータ下および翻訳制御下である限りにおいて、別々の発現プラスミドに挿入されてもよいし、同一のプラスミドに一緒に挿入されてもよい。
[00473]単離された核酸分子を発現ベクターに入れると、次いで、この発現ベクターを、他の手段では免疫グロブリンタンパク質を産生しない宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞、サルＣＯＳ細胞、ヒト胎児性腎臓２９３細胞（例えば２９３Ｅ細胞）、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞）にトランスフェクトして、組換え宿主細胞中での抗体またはその抗原結合性断片の合成を得る。抗体の組換え産生は、当分野で周知である。多くのベクターが利用可能である。ベクターの成分として、一般的には下記のうちの１つまたは複数が挙げられるが、これらに限定されない：シグナル配列、複製起点、１種または複数の選択マーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、および転写集結配列。
[00474]単離された核酸分子は、ベクターＤＮＡ中において、発現制御配列に作動可能に連結されている。発現制御配列は、特定の宿主生物において、作動可能に連結されたコード配列の発現に必要はＤＮＡ配列を指す。原核生物に適した制御配列として、例えば、プロモーター、任意選択のオペレーター配列、およびリボソーム結合部位が挙げられる。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、およびエンハンサーを利用することが知られている。「作動可能に連結された」または「転写制御」という用語は、制御配列と異種核酸配列との間の機能的連結であって、異種核酸配列の発現をもたらす機能的連結を指す。例えば、第１の核酸配列が第２の核酸配列との機能的関係に置かれている場合には、第１の核酸配列は、第２の核酸配列に作動可能に連結されている。例えば、プロモーターは、コード配列の転写または発現に影響を及ぼす場合には、このコード配列に作動可能に連結されている。作動可能に連結されたＤＮＡ配列は、互いに連続し得、例えば、２つのタンパク質コード領域を連結する必要がある場合には、同一のリーディングフレーム中に存在する。
[00475]核酸は、別の核酸配列との機能的関係に置かれている場合には、作動可能に連結れている。例えば、プロモーターまたはエンハンサーは、コード配列の転写に影響を及ぼす場合には、この配列に作動可能に連結されており、またはリボソーム結合部位は、転写を促進するように配置されている場合には、コード配列に作動可能に連結されている。一般的に、作動可能に連結されたは、連結されているＤＮＡ配列が連続していること、および／または連続しており、かつリーディングフェーズにあり得ることを意味する。しかしながら、エンハンサーは連続している必要がない。連結は、好都合な制限部位でのライゲーションにより達成される。そのような部位が存在しない場合には、従来の慣行に従って、合成オリゴヌクレオチドアダプターまたはリンカーを使用する。
[00476]細胞、細胞系、および細胞培養物は、互換的に使用されることが多く、本明細書でのそのような名称は全て、子孫を含む。形質転換体および形質転換細胞は、移入の回数に関係なく、初代の対象の細胞、およびこの細胞に由来する培養物を含む。意図的なまたは偶発的な変異に起因して、全ての子孫はＤＮＡの内容が正確に同一ではない可能性があることも理解される。最初に形質転換された細胞でスクリーニングされたのと同一の機能または生物活性を有する変異体子孫が含まれる。別々の名称が意図されている場合には、文脈から明らかになるだろう。代替実施形態では、適切なコード核酸配列は、目的の免疫グロブリンの既知のアミノ酸配列に基づいて、ユニバーサルコドン表に従って設計され得る。
[00477]コードＤＮＡに適切なヌクレオチド変化を導入することによるか、またはペプチド合成により、所望の抗体のアミノ酸配列バリアントを調製し得る。そのようなバリアントとして、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、および／またはこの残基への挿入、および／またはこの残基の置換が挙げられる。欠失、挿入、および置換を任意に組み合わせることにより、最終構築物に到達するが、但し、この最終構築物は、望ましい特性を有する。アミノ酸変化はまた、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはバリアント抗体の翻訳後のプロセスも変更し得、例えば、グリコシル化部位の数または位置を変化させる。
[00478]抗体のアミノ酸配列バリアントをコードする核酸分子は、様々な方法により調製する。これらの方法として、天然供給源からの単離（天然に存在するアミノ酸配列バリアントの場合）またはオリゴヌクレオチド媒介型（または部位特異的）変異誘発による調製、ＰＣＲ変異誘発、および抗体の先に調製されたバリアントまたは非バリアントバージョンのカセット変異誘発が挙げられるが、これらに限定されない。
[00479]本開示はまた、宿主細胞により認識される調節制御配列に任意選択で作動可能に連結された、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片をコードする単離された核酸分子、この核酸を含むベクターおよび宿主細胞、ならびにこの核酸が発現されるようにこの宿主細胞を培養すること、および任意選択で、宿主細胞培養物または培養培地から抗体を回収することを含み得る、抗体の産生のための組換え技術も提供する。
[00480]抗体またはその抗原結合性断片の組換え産生のために、抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸分子を単離し、さらなるクローニング（ＤＮＡの増幅）または発現のために複製可能なベクターに挿入し得る。従って、単離された抗体またはその抗原結合性断片が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、抗体または本開示、またはその抗原結合性断片は、組換え抗体であり得る。「組換え抗体」という用語は、抗体のコード配列を含む発現ベクター（または場合により複数種の発現ベクター、典型的には２種の発現ベクター）をトランスフェクトされた細胞または細胞系から発現される抗体であって、前記コード配列が、この細胞とは自然界では関連していない、抗体を指す。一実施形態では、組換え抗体は、自然界に存在した場合に同一の配列を有する抗体のグリコシル化パターンと異なるグリコシル化パターンを有する。一実施形態では、組換え抗体は、ヒト宿主細胞ではない哺乳動物宿主細胞中で発現させる。特に、個々の哺乳動物宿主細胞は、特有のグリコシル化パターンを有する。
[00481]いくつかの実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片は単離される。単離された抗体ポリペプチドまたは抗原結合性断片ポリペプチドに関して、「単離された」は、このポリペプチドが、このポリペプチドが産生された細胞（例えば宿主細胞）の成分の少なくとも一部から分離される場合を指す。ポリペプチドが発現後に宿主細胞から分泌される場合には、このポリペプチドを含有する上清を、産生した宿主細胞から物理的に分離することは、ポリペプチドを「単離する」と見なされる。「単離された」という用語は、他の細胞物質および／または化学物質を実質的に含まないタンパク質（例えば抗体）を指す。一実施形態では、単離された抗体は、同一種からの他のタンパク質を実質的に含まない。一実施形態では、単離された抗体は、異なる種からの細胞により発現され、且つこの異なる種からの他のタンパク質を実質的に含まない。タンパク質は、当分野で周知のタンパク質精製技術を使用して、単離により、自然界で関連する成分（または、抗体を産生するために使用される細胞発現系と関連する成分）を実質的に含まない状態にされ得る。
[00482]いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体またはその抗原結合性断片は、無細胞系で産生される。非限定的な例示の無細胞系は、例えば、Sitaraman et al., Methods Mol. Biol.498: 229-44 (2009); Spirin, Trends Biotechnol.22: 538-45 (2004); Endo et al., Biotechnol. Adv.21: 695-713 (2003)に記載される。そのような目的のために、このポリペプチドをコードする核酸を、ｍＲＮＡを生成するためにｉｎ ｖｉｔｒｏでの転写を可能にするように、および利用する特定の無細胞系（哺乳動物もしくは酵母無細胞翻訳系などの真核生物、または細菌無細胞翻訳系などの原核生物）でのこのｍＲＮＡの無細胞翻訳を可能にするように改変しなければならない。抗体ポリペプチドは、化学合成（例えば、Solid Phase Peptide Synthesis, 2nd ed., 1984, The Pierce Chemical Co., Rockford, Ill.に記載される方法）によっても生成され得る。タンパク質への改変は、化学合成によっても生じさせ得る。いくつかの実施形態では、本開示の抗体または抗原結合性断片は、合成である。本開示のポリペプチドは、タンパク質化学の分野で一般に知られているタンパク質の単離／精製方法により精製され得る。
[00483]ハイブリドーマ以外の供給源を使用して抗体を得る場合には、特異的な結合特性を有する免疫グロブリンまたは免疫グロブリンポリペプチドをコードする配列に関してスクリーニングすることが望ましい場合がある。そのようなスクリーニングの１つの方法は、ファージディスプレイ技術の使用である。ファージディスプレイは、例えば、Dower et al., McCafferty et al., およびCaton and Koprowski, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6450-6454 (1990)に記載されており、これらの各々は、参照により本明細書に組み込まれる。一実施形態では、ファージディスプレイ技術を使用して、免疫化されたトランスジェニックマウスからのｃＤＮＡ（例えば全脾臓ｃＤＮＡ）を単離し、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して、免疫グロブリンポリペプチドの一部（例えばＣＤＲ領域）をコードするｃＤＮＡ配列を増幅させ、増幅された配列を、ファージベクターに挿入する。目的のペプチド（例えば、所望の結合特性を有する可変領域ペプチド）をコードするｃＤＮＡは、パニングなどの標準的な技術により同定される。次いで、増幅されたかまたはクローニングされた核酸の配列を決定する。典型的には、免疫グロブリンポリペプチドの全可変領域をコードする配列が決定されるが、可変領域の一部（例えばＣＤＲコード部分）のみを配列決定することが適切な場合もある。典型的には、配列決定された部分は、少なくとも３０個の塩基の長さであり、より多くの場合には、可変領域の長さの約３分の１以下または約２分の１以下をコードする塩基を配列決定する。
[00484]配列決定は、ｃＤＮＡライブラリーから単離されたクローンで実行され得るか、またはＰＣＲを使用する場合には、増幅された配列のサブクローニング後に実行され得るか、または増幅されたセグメントの直接ＰＣＲ配列決定により実行され得る。配列決定は、標準的な技術を使用して実行される（例えば、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Guide, Vols 1-3, Cold Spring Harbor Press、およびSanger, F. et al. (1977) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5463-5467（参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。クローン化された核酸の配列と、ヒト免疫グロブリンの遺伝子およびｃＤＮＡの公開された配列とを比較することにより、当業者は、配列決定される領域に応じて、（ｉ）ハイブリドーマ免疫グロブリンポリペプチド（重鎖のアイソタイプを含む）の生殖細胞系列セグメントの使用、ならびに（ｉｉ）重鎖可変領域および軽鎖可変領域の配列（Ｎ領域の付加および体細胞突然変異のプロセスにより得られる配列を含む）を容易に決定し得る。免疫グロブリン遺伝子配列の情報源の１つは、National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Mdである。
宿主細胞の選択および形質転換
[00485]一態様では、本明細書に記載される単離された核酸分子を含む宿主細胞、または本明細書に記載される前記単離された核酸分子を含むベクターが本明細書で提供される。このベクターは、クローニングベクターまたは発現ベクターであり得る。本明細書でのベクター中のＤＮＡのクローニングまたは発現に適した宿主細胞は、前述した原核生物、酵母、または高等真核生物の細胞である。この目的に適した原核生物として下記が挙げられる：真正細菌（例えば、グラム陰性生物またはグラム陽性生物）、例えば、腸内細菌科、例えば、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、例えば、大腸菌、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、エルウィニア属（Ｅｒｗｉｎｉａ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、例えば、サルモネラ・チフィリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ）、例えば、セラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ）、およびシゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ならびに桿菌、例えば、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、およびＢ．リケニホルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）（例えば、１９８９年４月１２に公開されたＤＤ ２６６，７１０で開示されるＢ．リケニホルミス４１Ｐ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、例えば、Ｐ．エルギノーザ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、およびストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）。好ましい大腸菌クローニング宿主の１つは、大腸菌２９４（ＡＴＣＣ ３１，４４６）であるが、大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１ ７７６（ＡＴＣＣ ３１，５３７）、および大腸菌Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ ２７，３２５）などの他の株も適している。これらの例は、限定的ではなく例示的である。
[00485]一態様では、本明細書に記載される単離された核酸分子を含む宿主細胞、または本明細書に記載される前記単離された核酸分子を含むベクターが本明細書で提供される。このベクターは、クローニングベクターまたは発現ベクターであり得る。本明細書でのベクター中のＤＮＡのクローニングまたは発現に適した宿主細胞は、前述した原核生物、酵母、または高等真核生物の細胞である。この目的に適した原核生物として下記が挙げられる：真正細菌（例えば、グラム陰性生物またはグラム陽性生物）、例えば、腸内細菌科、例えば、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、例えば、大腸菌、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、エルウィニア属（Ｅｒｗｉｎｉａ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、例えば、サルモネラ・チフィリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ）、例えば、セラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ）、およびシゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ならびに桿菌、例えば、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、およびＢ．リケニホルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）（例えば、１９８９年４月１２に公開されたＤＤ ２６６，７１０で開示されるＢ．リケニホルミス４１Ｐ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、例えば、Ｐ．エルギノーザ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、およびストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）。好ましい大腸菌クローニング宿主の１つは、大腸菌２９４（ＡＴＣＣ ３１，４４６）であるが、大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１ ７７６（ＡＴＣＣ ３１，５３７）、および大腸菌Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ ２７，３２５）などの他の株も適している。これらの例は、限定的ではなく例示的である。
[00486]原核生物に加えて、糸状菌または酵母などの真核微生物は、抗体をコードするベクターの適切なクローニング宿主または発現宿主である。サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（即ち、一般的なパン酵母）は、下等真核宿主微生物の中でも最も一般に使用されている。しかしながら、他の属、種、および株のメンバーが一般に利用可能であり、かつ本明細書で有用であり、このメンバーとして下記が挙げられる：シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）；クリベロミセス属（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）宿主、例えば、Ｋ．ラクティス（Ｋ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｋ．フラギリス（Ｋ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）（ＡＴＣＣ １２，４２４）、Ｋ．ブルガリクス（Ｋ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）（ＡＴＣＣ １６，０４５）、Ｋ．ウィッケラミイ（Ｋ．ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ）（ＡＴＣＣ ２４，１７８）、Ｋ．ワルティイ（Ｋ．ｗａｌｔｉｉ）（ＡＴＣＣ ５６，５００）、Ｋ．ドロソフィラルム（Ｋ．ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ）（ＡＴＣＣ ３６，９０６）、Ｋ．サーモトレランス（Ｋ．ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、およびＫ．マルキシアナス（Ｋ．ｍａｒｘｉａｎｕｓ）；ヤロウイア属（ｙａｒｒｏｗｉａ）（ＥＰ ４０２，２２６）；ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｓ）（ＥＰ １８３，０７０）；カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）；トリコデルマ・リージア（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｉａ）（ＥＰ ２４４，２３４）；アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）；シュワニオミセス（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ）、例えば、シュワニオミセス・オクシデンタリス（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ）；ならびに糸状菌、例えば、アカパンカビ属（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、アオカビ属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、トリポクラディウム属（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）、およびアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）宿主、例えば、Ａ．ニデュランス（Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ）、およびＡ．ニガ−（Ａ．ｎｉｇｅｒ）。
[00487]グリコシル化抗体の発現に適した宿主細胞は、多細胞生物に由来する。無脊椎細胞の例として、植物細胞および昆虫細胞が挙げられる。スポドプテラ・フルギペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）（イモムシ）、ネッタイシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｅｇｙｐｔｉ）（カ）、ヒトスジシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ）（カ）、キイロショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）（ショウジョウバエ）、およびカイコ（Ｂｏｍｂｙｘ ｍｏｒｉ）などの宿主からの多数のバキュロウイルス株、およびバリアント、および対応する許容昆虫宿主細胞が同定されている。オートグラファ・カリホルニカ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）ＮＰＶのＬ−１バリアント、およびカイコＮＰ＼７のＢｍ−５株などのトランスフェクション用の様々なウイルス株が公的に利用可能であり、そのようなウイルスは、本発明に従って本明細書のウイルスとして使用し得、特に、スポドプテラ・フルギペルダ細胞のトランスフェクションに使用され得る。
[00488]ワタ、コム（ｃｏｍ）、ジャガイモ、ダイズ、ペチュニア属（ｐｅｔｕｎｉａ）、トマト、タバコ、アオウキクサ属（ｌｅｍｎａ）、および他の植物細胞の植物細胞培養物も、宿主として利用され得る。しかしながら、脊椎動物細胞への関心が最も高く、培養（組織培養）での脊椎動物細胞の増殖が日常的な手順となっている。有用な哺乳動物宿主細胞系の例は、ＣＨＯＫｌ細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ６１）、ＤＸＢ−１１、ＤＧ−４４、およびチャイニーズハムスター卵巣細胞／−ＤＨＦＲ（ＣＨＯ、Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 4216 (1980)）；ＳＶ４０で形質転換されたサル腎臓ＣＶ１系（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）；ヒト胚腎臓系（懸濁培養での増殖に関してサブクローニングされた２９３または２９３細胞、［Graham et al., J. Gen Viral. 36: 59 (1977)］；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ １０）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４、Mather, Biol. Reprod. 23: 243-251 (1980)）；サル腎細胞（ＣＶｌ ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲ０−７６、ＡＴＣＣ ＣＲＬ−１５８７）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ２）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ３４）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ ３Ａ、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２、ＨＢ ８０６５）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ ０６０５６２、ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）；ＴＲＩ細胞（Mather et al., Annals N.Y Acad. Sci. 383: 44-68 (1982)）；ＭＲＣ ５細胞；ＦＳ４細胞；およびヒト肝細胞腫系（Ｈｅｐ Ｇ２）を含む、チャイニーズハムスター卵巣細胞である。
[00489]宿主細胞を、前述した抗体産生用の発現ベクターまたはクローニングベクターで形質転換するかトランスフェクトし、プロモーターの誘導、形質転換体の選択、または所望の配列をコードする遺伝子の増幅に適したように改変された従来の栄養培地で培養する。加えて、選択マーカーにより分離された複数コピーの転写単位を有する新規のベクターおよびトランスフェクトされた細胞系は、本明細書に記載される抗体の発現に特に有用であり、かつ好ましい。
[00490]発現ベクターのトランスフェクション、および本明細書に記載されるキメラ抗体、ヒト化抗体、または複合ヒト抗体の産生の場合には、レシピエント細胞系は、骨髄腫細胞であり得る。骨髄腫細胞は、トランスフェクトされた免疫グロブリン核酸配列によりコードされる免疫グロブリンを合成し得、アセンブルし得、および分泌し得、免疫グロブリンのグリコシル化のメカニズムを有する。例えば、いくつかの実施形態では、このレシピエント細胞は、組換えＩｇ産生骨髄腫細胞ＳＰ２／０（ＡＴＣＣ ＃ＣＲＬ ８２８７）である。ＳＰ２／０は、トランスフェクト遺伝子によりコードされる免疫グロブリンのみを産生する。骨髄腫細胞は、培養でまたはマウスの腹腔中で増殖され得、分泌された免疫グロブリンを、腹水から得ることができる。他の適切なレシピエント細胞として、ヒト起源もしくは非ヒト起源のＢリンパ球などのリンパ系細胞、ヒト起源もしくは非ヒト起源のハイブリドーマ細胞、または種間ヘテロハイブリドーマ細胞が挙げられる。本明細書に記載されるキメラの、ヒト化された、または複合のヒト抗体構築物または抗体ポリペプチドを有する発現ベクターは、形質転換、トランスフェクション、コンジュゲーション、プロトプラスト融合、リン酸カルシウム沈殿、およびジエチルアミノエチル（ＤＥＡＥ）デキストランなどのポリカチオンによる適用などの生化学的手段、ならびに電気穿孔、直接マイクロインジェクション、およびマイクロプロジェクタイル照射（ｍｉｃｒｏｐｒｏｊｅｃｔｉｌｅ ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）などの機械的手段を含む、様々な適切な手段のいずれかにより適切な宿主細胞に導入され得る。当業者に公知のJohnston et al., 240 Science 1538 (1988)。
[00491]酵母は、免疫グロブリンのＨ鎖およびＬ鎖の産生に関して、細菌と比べてある特定の利点をもたらす。酵母は、グリコシル化を含む翻訳後ペプチド修飾を実行する。酵母中での所望のタンパク質の産生に使用され得る強力なプロモーター配列および高コピー数プラスミドを利用するいくつかの組換えＤＮＡ戦略が存在する。酵母は、クローン化された哺乳動物遺伝子産物のリーダー配列を認識し、リーダー配列を持つペプチド（即ちプレペプチド）を分泌する。Hitzman et al., 11th Intl. Conf. Yeast, Genetics & Molec. Biol. (Montpelier, France, 1982)。酵母遺伝子発現系を、抗体ポリペプチドまたはその抗原結合性断片ペプチド、ならびにアセンブルされたキメラ抗体、ヒト化抗体、または複合ヒト抗体、その断片および領域の産生、分泌、および安定性のレベルについて日常的に評価し得る。グルコースに富む培地中で酵母が増殖した場合に大量に産生された解糖酵素をコードする活発に発現された遺伝子からのプロモーターおよび終結エレメントを組み込む一連の酵母遺伝子発現系のうちのいずれかを利用し得る。既知の解糖遺伝子も、非常に効率的な転写制御シグナルを提供し得る。例えば、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）遺伝子のプロモーターシグナルおよびターミネーターシグナルを利用し得る。酵母中でのクローニングされた免疫グロブリンｃＤＮＡの発現に最適な発現プラスミドを評価するために、いくつかのアプローチが採用され得る。
[00492]細菌株（大腸菌Ｋ１２株、例えば大腸菌Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ ２７３２５）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の種、腸内細菌、例えば、サルモネラ・チフィリウムまたはセラチア・マルセセンス）も、本明細書に記載される抗体分子またはその断片の産生用の宿主として利用され得、様々なシュードモナス属の種を使用され得る。宿主細胞に適合する種に由来するレプリコン配列および制御配列を含有するプラスミドベクターを、これらの細菌宿主と共に使用する。このベクターは、複製部位、および形質転換された細胞中で表現型選択を行ない得る特定の遺伝子を有する。細菌中での、クローン化された免疫グロブリンｃＤＮＡまたはＣＤＲによりコードされるキメラ抗体、ヒト化抗体、または複合ヒト化抗体、およびその断片の産生に関する発現プラスミドの評価に、いくつかのアプローチが採用され得る（Glover, 1985；Ausubel, 1987, 1993；Sambrook, 1989；Colligan, 1992-1996を参照されたい）。
[00493]宿主哺乳動物細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで増殖され得る。哺乳動物細胞は、免疫グロブリンタンパク質分子への翻訳後改修飾（リーダーペプチドの除去、Ｈ鎖およびＬ鎖のフォールディングおよびアセンブリー、抗体分子のグリコシル化、ならびに機能性抗体タンパク質の分泌を含む）を提供する。抗体タンパク質の産生用の宿主として有用であり得る哺乳動物細胞として、上記のリンパ系起源の細胞に加えて、線維芽細胞起源の細胞、例えば、Ｖｅｒｏ細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８１）またはＣＨＯ−Ｋ１（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ６１）細胞が挙げられる。ポリペプチドを発現するために使用され得る例示的な真核生物細胞として、ＣＯＳ細胞、例えばＣＯＳ７細胞；２９３細胞、例えば２９３−Ｅ細胞；ＣＨＯ細胞、例えばＣＨＯ−Ｓ細胞およびＤＧ４４細胞；ＰＥＲ．Ｃ６．ＲＴＭ．細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）；ならびにＮＳＯ細胞が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、可変重鎖および／または可変軽鎖に所望の翻訳後改修飾を行なう能力に基づいて、特定の真核生物宿主細胞が選択される。例えば、いくつかの実施形態では、ＣＨＯ細胞は、２９３細胞中で産生された同一のポリペプチドより高レベルのシアル化を有するポリペプチドを産生する。
[00494]いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体またはその抗原結合性断片のポリペプチドは、任意の適切な方法に従って、このポリペプチドをコードする１つまたは複数の核酸分子で操作されているかまたはトランスフェクトされている動物中において、ｉｎ ｖｉｖｏで産生され得る。
[00495]いくつかの実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、無細胞系で産生される。非限定な例示の無細胞系は、例えば、Sitaraman et al., Methods Mol. Biol. 498: 229-44 (2009)；Spirin, Trends Biotechnol. 22: 538-45 (2004)；Endo et al., Biotechnol. Adv. 21: 695-713 (2003)に記載される。
[00496]哺乳動物細胞中でのＨ鎖核酸配列およびＬ鎖核酸配列の発現に、多くのベクター系が利用可能である（Glover, 1985を参照されたい）。完全なＨ２Ｌ２抗体を得るために、異なるアプローチが後に続き得る。上記で論じたように、同一の細胞中でＨ鎖およびＬ鎖を共発現させて、Ｈ鎖およびＬ鎖の細胞内での会合ならびに完全な４量体Ｈ２Ｌ２抗体および／または抗原結合性断片ペプチドへの連結を達成することが可能である。この共発現は、同一の宿物中で同一のまたは異なるプラスミドを使用することにより起こり得る。Ｈ鎖およびＬ鎖ならびに／またはＣＤ３領域のペプチドの遺伝子を、同一のプラスミドに配置し得、次いで、このプラスミドを細胞にトランスフェクトさせ、それにより、両鎖を発現する細胞が直接選択される。或いは、細胞にまず、１本の鎖（例えばＬ鎖）をコードするプラスミドをトランスフェクトし、続いて、得られた細胞系を、第２の選択可能なマーカーを含有するＨ鎖プラスミドをトランスフェクトし得る。抗原結合ペプチド断片および／またはＨ２Ｌ２分子を産生する細胞系に、いずれかの経路を介して、追加の選択可能なマーカーと共にペプチド、Ｈ鎖、Ｌ鎖、またはＨ＋Ｌ鎖の追加のコピーをコードするプラスミドをトランスフェクトして、特性が増強された細胞系が生成される可能性がある（例えば、アセンブルされたＨ２Ｌ２抗体分子のより高い産生、またはトランスフェクトされた細胞系の安定性の増強）。
[00497]加えて、植物は、微生物および動物細胞の大規模培養に基づく組換え抗体産生の主要な発現系に代わり、便利であり、安全であり、かつ経済的であるとして現れている。抗体は、植物の細胞培養物中でまたは従来の方法で成長した植物中で発現され得る。植物中での発現は、全身性であってもよいし、細胞内色素体に限定されてもよいし、種子（胚乳）に限定されてもよい。いくつかの植物由来抗体が、開発の進んだ段階に達している（例えば、Ｂｉｏｌｅｘ，ＮＣを参照されたい）。
[00498]いくつかの態様では、このヒト化抗体は、このヒト化抗体の軽鎖をコードする第１の発現ベクターで形質転換され、このヒト化抗体の重鎖をコードする第２の発現ベクターで形質転換された宿主を、各鎖が発現されるような条件下で維持すること、およびそのように発現された鎖のアセンブリーにより形成されたヒト化抗体を単離することを含むプロセスにより調製されるヒト化抗体の産生のための方法およびシステムが本明細書で提供される。第１の発現ベクターおよび第２の発現ベクターは、同一のベクターであり得る。ヒト化抗体の軽鎖または重鎖をコードするＤＮＡ配列、前記ＤＮＡ配列が組み込まれている発現ベクター、および前記発現ベクターで形質転換された宿主も本明細書で提供される。本明細書で提供される配列および情報からヒト化抗体を生成することは、過度に実験することなく当業者に実施され得る。一アプローチでは、モノクローナル抗体をヒト化するために、４つの全体的な工程が用いられる。これらは、（１）出発抗体の軽可変ドメインおよび重可変ドメインのヌクレオチド配列および予測されるアミノ酸配列を決定する工程；（２）ヒト化抗体を設計する工程、即ち、ヒト化プロセスの最中にどの抗体フレームワーク領域を使用するかを決定する工程；（３）実際のヒト化方法論／技術；ならびに（４）ヒト化抗体のトランスフェクションおよび発現である。
精製
[00499]「単離された」という用語は、天然状態から変更されたかまたは取り出されたことを意味する。例えば、生きている動物中に天然に存在する核酸またはポリペプチド（例えば、本明細書で開示される抗体またはその抗原結合性断片）は、「単離され」てはいないが、この核酸またはポリペプチドの天然状態の共存する物質から部分的にまたは完全に分離された同一の核酸またはポリペプチドは「単離され」ている。単離された核酸分子またはポリペプチドは、実質的に純粋な形態で存在し得るか、または例えば宿主細胞などの非天然環境中で存在し得る。単離されたポリペプチドは、このポリペプチドの天然環境の成分から分離されているおよび／または回収されているポリペプチドである。天然環境の夾雑物成分は、ポリペプチドの診断または治療での使用を妨げるであろう物質であり、酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性の成分を含み得る。いくつかの実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、適切な方法により精製され得る。好ましい実施形態では、ポリペプチドは（１）Ｌｏｗｒｙ法で決定されたポリペプチドの９５重量％超まで、最も好ましくは９９重量％超まで精製されるか、（２）スピニングカップ配列決定装置の使用により、Ｎ末端もしくは内部のアミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで精製されるか、または（３）還元条件下もしくは非還元条件下でのおよびクーマシーブルー（好ましくは銀染色）を使用するＳＤＳ−ＰＡＧＥにより示される均一性まで精製される。単離された抗体として、ポリペプチドの天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないであろうことから組換え細胞内のｉｎ ｓｉｔｕのポリペプチドが挙げられる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチドは、少なくとも１回の精製工程により調製されるだろう。一態様では、本明細書で開示されるのは、本明細書で提供される精製された抗体または抗原結合性断片である。
[00499]「単離された」という用語は、天然状態から変更されたかまたは取り出されたことを意味する。例えば、生きている動物中に天然に存在する核酸またはポリペプチド（例えば、本明細書で開示される抗体またはその抗原結合性断片）は、「単離され」てはいないが、この核酸またはポリペプチドの天然状態の共存する物質から部分的にまたは完全に分離された同一の核酸またはポリペプチドは「単離され」ている。単離された核酸分子またはポリペプチドは、実質的に純粋な形態で存在し得るか、または例えば宿主細胞などの非天然環境中で存在し得る。単離されたポリペプチドは、このポリペプチドの天然環境の成分から分離されているおよび／または回収されているポリペプチドである。天然環境の夾雑物成分は、ポリペプチドの診断または治療での使用を妨げるであろう物質であり、酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性の成分を含み得る。いくつかの実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、適切な方法により精製され得る。好ましい実施形態では、ポリペプチドは（１）Ｌｏｗｒｙ法で決定されたポリペプチドの９５重量％超まで、最も好ましくは９９重量％超まで精製されるか、（２）スピニングカップ配列決定装置の使用により、Ｎ末端もしくは内部のアミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで精製されるか、または（３）還元条件下もしくは非還元条件下でのおよびクーマシーブルー（好ましくは銀染色）を使用するＳＤＳ−ＰＡＧＥにより示される均一性まで精製される。単離された抗体として、ポリペプチドの天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないであろうことから組換え細胞内のｉｎ ｓｉｔｕのポリペプチドが挙げられる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチドは、少なくとも１回の精製工程により調製されるだろう。一態様では、本明細書で開示されるのは、本明細書で提供される精製された抗体または抗原結合性断片である。
[00500]発現されると、本発明の全抗体、それらの二量体、個々の軽鎖および重鎖、または他の免疫グロブリン形態は、既知の技術（例えば、免疫吸着または免疫親和性クロマトグラフィー、クロマトグラフィー法、例えばＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）、硫酸アンモニウム沈殿、ゲル電気泳動、またはこれらの任意の組み合わせ）により回収され精製され得る。Scopes, PROTEIN PURIF. (Springer-Verlag, NY, 1982)を全体的に参照されたい。少なくとも約９０％〜９５％の均一性の実質的に純粋の免疫グロブリン（９８％〜９９％またはより高い均一性を有する免疫グロブリンである）が、特に医薬品用途に有利である。組換え技術を使用する場合には、抗体は、細胞内で産生され得るか、細胞膜周辺腔中で産生され得るか、または微生物培養からの場合を含めて、培地に直接分泌され得る。抗体が細胞内で産生される場合には、最初の工程として、粒子デブリ（宿主細胞または溶解した断片のいずれか）を、例えば遠心分離または限外濾過により除去する。Better et al. Science 240: 1041-1043 (1988); ICSU Short Reports 10: 105 (1990)；およびProc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 457-461 (1993)は、大腸菌の細胞膜周辺腔に分泌される抗体を単離する手順を説明する（[Carter et al., Bio/Technology 10: 163-167 (1992)]も参照されたい）。
[00501]微生物細胞または哺乳動物細胞から単離された抗体組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーカチオンまたはトリ交換クロマトグラフィー（ａｖｉａｎ ｅｘｃｈａｎｇｅ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）、および親和性クロマトグラフィーを使用して精製され得、親和性クロマトグラフィーが好ましい精製技術である。親和性リガンドとしてのプロテインＡの適合性は、種、および抗体に存在する任意の免疫グロブリンＦｅドメインのアイソタイプに依存する。プロテインＡを使用して、ヒトｙ１、ｙ２、またはｙ４重鎖に基づく抗体を精製し得る（Lindmark et al., J. Immunol. Meth. 62: 1-13 (1983)）。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプおよびヒトｙ３に推奨されている（Guss et al., EMBO J. 5: 15671575 (1986)）。親和性リガンドが付着するマトリックスは、最も多くはアガロースであるが、他のマトリックスも利用可能である。細孔が制御されたガラスまたはポリ（スチレンジビニル）ベンゼンなどの機械的に安定したマトリックスは、アガロースにより達成され得るより速い流速および短い処理時間を可能にする。抗体がＣＨ３ドメインを含む場合には、精製にはＢａｋｅｒｂｏｎｄ ＡＢＸ（商標）樹脂（J. T. Baker, Phillipsburg, N.J.）が有用である。タンパク質精製のための他の技術（例えば、イオン交換カラムによる分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカによるクロマトグラフィー、アニオンまたはカチオン交換樹脂（例えばポリアスパラギン酸カラム）によるヘパリンＳＥＰＨＡＲＯＳＥ（商標）クロマトグラフィーによるクロマトグラフィー、等電点電気泳動、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、および硫酸アンモニウム沈殿）も、回収する抗体に応じて利用可能である。必要に応じて部分的にまたは均一に精製した後、ヒト化抗体または複合ヒト抗体を治療に使用し得るか、またはアッセイ手順、免疫グロブリン染色、および同類ものの開発および実施で使用し得る。Vols. I & II Immunol. Meth. (Lefkovits & Pernis, eds., Acad. Press, NY, 1979および 1981)を全体的に参照されたい。
[00502]本明細書で開示される抗体または抗原結合性断片の機能的活性。そのような機能的活性として、生物活性、およびがん細胞抗原に結合する能力が挙げられる。加えて、機能的活性を有するポリペプチドは、このポリペプチドが、用量依存性の有無にかかわらず、例えば生物学的アッセイなどの特定のアッセイで測定した場合に、本明細書に記載される抗体（成熟形態を含む）の活性と類似しているが必ずしも同一ではない活性を示すことを意味する。用量依存性が存在する場合には、この用量依存性は、本開示の抗体のものと同一である必要はなく、むしろ、本明細書に記載される抗体と比較した場合に、所与の活性における用量依存性と実質的に類似している（即ち、候補ポリペプチドは、本明細書に記載される抗体と比較してより高い活性を示すか、または約２５分の１、約１０分の１、もしくは約３分の１の活性を示すだろう）。
ライブラリー誘導
[00503]本開示の抗体またはその抗原結合性断片を、所望の活性（１または複数）を有する抗体に関するコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより単離し得る（例えば、Hoogenboom et al., Methods in Molecular Biology 178:1-37 (2001)；McCafferty et al., Nature 348:552-554；Clackson et al.,Nature 352: 624-628 (1991)；Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks and Bradbury, Methods in Molecular Biology 248:161-175 (2003)；Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；およびLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)を参照されたい）。ＶＨ遺伝子およびＶＬ遺伝子のレパートリーを、（例えばＰＣＲにより）別々にクローニングし得、ライブラリー（例えばファージライブラリー）中で無作為に再結合させ得、かつスクリーニングし得る（例えば、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)を参照されたい）。あるいは、ナイーブなレパートリーを、（例えばヒトから）クローニングして、いかなる免疫化も行なうことなく、広範囲な非自己抗原および自己抗原に対する抗体の単一供給源を提供し得る（例えば、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)を参照されたい）。あるいは、ランダムプライマーを使用して、幹細胞からのＣＤＲ３領域をコードする未再構成Ｖ遺伝子セグメントをクローニングするか、またはｉｎ ｖｉｔｒｏでＶ遺伝子セグメントを再構成することにより、ナイーブライブラリーを合成し得る（例えば、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)を参照されたい）。ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体または抗体断片は、本明細書ではヒト抗体またはヒト抗体断片とみなされる。
[00503]本開示の抗体またはその抗原結合性断片を、所望の活性（１または複数）を有する抗体に関するコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより単離し得る（例えば、Hoogenboom et al., Methods in Molecular Biology 178:1-37 (2001)；McCafferty et al., Nature 348:552-554；Clackson et al.,Nature 352: 624-628 (1991)；Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks and Bradbury, Methods in Molecular Biology 248:161-175 (2003)；Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；およびLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)を参照されたい）。ＶＨ遺伝子およびＶＬ遺伝子のレパートリーを、（例えばＰＣＲにより）別々にクローニングし得、ライブラリー（例えばファージライブラリー）中で無作為に再結合させ得、かつスクリーニングし得る（例えば、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)を参照されたい）。あるいは、ナイーブなレパートリーを、（例えばヒトから）クローニングして、いかなる免疫化も行なうことなく、広範囲な非自己抗原および自己抗原に対する抗体の単一供給源を提供し得る（例えば、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)を参照されたい）。あるいは、ランダムプライマーを使用して、幹細胞からのＣＤＲ３領域をコードする未再構成Ｖ遺伝子セグメントをクローニングするか、またはｉｎ ｖｉｔｒｏでＶ遺伝子セグメントを再構成することにより、ナイーブライブラリーを合成し得る（例えば、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)を参照されたい）。ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体または抗体断片は、本明細書ではヒト抗体またはヒト抗体断片とみなされる。
抗体をコードする核酸分子
[00504]本明細書で提供される情報（例えば、がん関連抗体の再構築された核酸配列およびアミノ酸配列）を使用して、抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸分子を得ることができる。そのような核酸分子を、例えば、当分野で開示される従来の方法を使用して得ることができる。本開示の核酸分子は、ＲＮＡの形態（例えば、ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｔＲＮＡ、または任意の他の形態）、またはＤＮＡの形態（限定されないが、クローニングにより得られたかもしくは合成により生成されたｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含む）、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。ＤＮＡは、三本鎖、二本鎖、もしくは一本鎖、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。ＤＮＡまたはＲＮＡの少なくとも１本の鎖の任意の部分は、センス鎖としても既知であるコード鎖であってもよいし、アンチセンス鎖としても既知であるアンチセンス鎖であり得る。
[00504]本明細書で提供される情報（例えば、がん関連抗体の再構築された核酸配列およびアミノ酸配列）を使用して、抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸分子を得ることができる。そのような核酸分子を、例えば、当分野で開示される従来の方法を使用して得ることができる。本開示の核酸分子は、ＲＮＡの形態（例えば、ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｔＲＮＡ、または任意の他の形態）、またはＤＮＡの形態（限定されないが、クローニングにより得られたかもしくは合成により生成されたｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含む）、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。ＤＮＡは、三本鎖、二本鎖、もしくは一本鎖、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。ＤＮＡまたはＲＮＡの少なくとも１本の鎖の任意の部分は、センス鎖としても既知であるコード鎖であってもよいし、アンチセンス鎖としても既知であるアンチセンス鎖であり得る。
[00505]「ポリヌクレオチド」または「核酸分子」は、本明細書で互換的に使用される場合、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。このヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、改変されたヌクレオチドもしくは塩基、および／またはこれらのアナログ、またはＤＮＡポリメラーゼもしくはＲＮＡポリメラーゼによりポリマーに組み込まれ得る任意の基質であり得る。核酸分子は、改変されたヌクレオチド（例えば、メチル化ヌクレオチドおよびそのアナログ）を含み得る。存在する場合には、ヌクレオチド構造に対する改変は、ポリマーのアセンブリーの前後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分により中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば標識成分とのコンジュゲーションにより、重合後にさらに改変され得る。他のタイプの改変として、例えば下記が挙げられる：「キャップ」、アナログによる天然に存在するヌクレオチドの１つまたは複数の置換、ヌクレオチド間改変、例えば、非荷電連結を有するもの（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）、および荷電連結を有するもの（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）、ペンダント部分を含有するもの、例えばタンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ−Ｌ−リジンなど）、インターカレーターを有するもの（例えば、アクリジン、ソラレンなど）、キレート剤を含有するもの（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属など）、アルキル化剤を含有すもの、改変連結を有するもの（例えば、アルファアノマー核酸など）、ならびにポリヌクレオチドの非改変形態。さらに、糖中に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかは、例えば、ホスホン酸基、リン酸基に置き換えられてもよいし、標準的な保護基により保護されてもよいし、活性化されて追加のヌクレオチドへの追加の連結が作られてもよいし、固体支持体にコンジュゲートされてもよい。５’末端および３’末端のＯＨは、リン酸化され得るか、またはアミンもしくは１〜２０個の炭素原子の有機キャッピング基部分に置換され得る。他のヒドロキシルも、標準的な保護基に誘導体化され得る。ポリヌクレオチドはまた、当分野で一般に既知であるリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含み得、この類似形態として例えば下記が挙げられる：２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−または２’−アジド−リボース、炭素環式糖アナログ、α−アノマー糖、エピマー糖、例えば、アラビノース、キシロース、またはリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式アナログ、および脱塩基ヌクレオシドアナログ、例えばメチルリボシド。１つまたは複数のホスホジエステル連結を、代替の連結基に置き換え得る。この代替連結基として下記が挙げられるが、これらに限定されない：リン酸塩がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、「（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ、またはＣＨ２（「ホルムアセタール」）に置き換えられており、各ＲまたはＲ’は、独立して、Ｈ、または置換されいているかもしくは非置換のアルキル（１〜２０個のＣ）であり、アルキルがエーテル（−Ｏ−）連結、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルを任意選択で含む実施形態。ポリヌクレオチド中の全ての連結が同一である必要はない。前述の説明は、本明細書で言及される全てのポリヌクレオチド（例えば、単離された核酸、ＲＮＡ、およびＤＮＡ）に当てはまる。
[00506]本発明の文脈では、通常存在する核酸塩基の下記の略語が使用される。「Ａ」は、アデノシンを指し、「Ｃ」は、シトシンを指し、「Ｇ」はグアノシンを指し、「Ｔ」は、チミジンを指し、「Ｕ」は、ウリジンを指す。いくつかの実施形態では、核酸分子は、単離された核酸を含む。
[00507]核酸は、全細胞に、細胞溶解物に、または部分的に精製されたかもしくは実質的に純粋な形態で存在し得る。核酸分子は、標準的な技術（限定されないが、アルカリ／ＳＤＳ処理、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動、および当分野で周知の他のものを含む）により、他の細胞成分または他の夾雑物（例えば、他の細胞核酸または細胞タンパク質）から精製された場合には、「単離された」かまたは「実質的に純粋になっている」。F. Ausubel, et al., ed. (1987) Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley Interscience, New Yorkを参照されたい。本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る核酸は、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得、かつイントロン配列を含んでもよいし含まなくてもよい。好ましい実施形態では、核酸は、ｃＤＮＡ分子である。
[00508]本開示の別の態様は、本明細書に記載される抗体ポリペプチドまたはその抗原結合性断片をコードする再構築されたコンセンサス核酸配列を含む核酸分子に関連する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、抗体の重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列は、配列番号１１３〜１２６から選択される。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、抗体の軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列は、配列番号１２７〜１４０から選択される。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変重鎖のＣＤＲ１ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変重鎖のＣＤＲ２ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核分子は、可変重鎖のＣＤＲ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、可変重鎖のＣＤＲ１ポリペプチド（ＣＤＲ−Ｈ１）をコードする核酸配列は、配列番号１９７〜２１０から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変重鎖のＣＤＲ２ポリペプチド（ＣＤＲ−Ｈ２）をコードする核酸配列は、配列番号１６９〜１８２から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変重鎖のＣＤＲ３ポリペプチド（ＣＤＲ−Ｈ３）をコードする核酸配列は、配列番号１４１〜１５４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変軽鎖のＣＤＲ１ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変軽鎖のＣＤＲ２ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、可変軽鎖のＣＤＲ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、可変軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ１領域（ＣＤＲ−Ｌ１）をコードする核酸配列は、配列番号２１１〜２２４から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ２領域（ＣＤＲ−Ｌ２）をコードする核酸配列は、配列番号１８３〜１９６から選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、可変軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ３領域（ＣＤＲ−Ｌ３）をコードする核酸配列は、配列番号１５５〜１６８から選択される配列を含む。
[00509]本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る核酸分子は、標準的な分子生物学技術を使用して得ることができる。ハイブリドーマ（例えば、下記でさらに説明するようにヒト免疫グロブリン遺伝子を担持するトランスジェニックマウスから調製されたハイブリドーマ）により発現された抗体の場合、このハイブリドーマにより作製された抗体の軽鎖および重鎖をコードするｃＤＮＡを、標準的なＰＣＲ増幅技術またはｃＤＮＡクローニング技術により得ることができる。（例えば、ファージディスプレイ技術を使用して）免疫グロブリン遺伝子ライブラリーから得られた抗体の場合には、この抗体をコードする核酸を、このライブラリーから回収し得る。
[00510]ＶＨセグメントおよびＶＬセグメントをコードするＤＮＡ断片が得られると、これらのＤＮＡ断片を、標準的な組換えＤＮＡ技術によりさらに操作して、例えば、可変領域遺伝子を、全長抗体鎖遺伝子へ、Ｆａｂ断片遺伝子へ、またはｓｃＦｖ遺伝子へ変換し得る。この操作では、ＶＬまたはＶＨをコードするＤＮＡ断片は、別のタンパク質（例えば、抗体定常領域または柔軟なリンカー）をコードする別のＤＮＡ断片に作動可能に連結される。「作動可能に連結した」という用語は、この文脈で使用される場合、２つのＤＮＡ断片が、これら２つのＤＮＡ断片によりコードされるアミノ酸配列がインフレームのままでるように連結されることを意味するように意図されている。ＶＨ領域をコードする単離されたＤＮＡを、このＶＨをコードするＤＮＡを、重鎖定常領域（ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３）をコードする別のＤＮＡ分子に作動可能に連結することにより、全長重鎖遺伝子へと変換し得る。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照されたい）、これらの領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により得ることができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１定常領域、ＩｇＧ２定常領域、ＩｇＧ３定常領域、ＩｇＧ４定常領域、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＭ定常領域、またはＩｇＤ定常領域であり得るが、最も好ましくは、ＩｇＧ１定常領域またはＩｇＧ４定常領域である。Ｆａｂ断片重鎖遺伝子の場合には、ＶＨをコードするＤＮＡは、重鎖ＣＨ１定常領域のみをコードする別のＤＮＡ分子に作動可能に連結され得る。
[00511]ＶＬ領域をコードする単離されたＤＮＡは、このＶＬをコードするＤＮＡを、軽鎖定常領域（ＣＬ）をコードする別のＤＮＡ分子に作動可能に連結させることにより、全長軽鎖遺伝子（およびＦａｂ軽鎖遺伝子）へと変換され得る。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照されたい）、これらの領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により得ることができる。軽鎖定常領域は、カッパ定常領域またはラムダ定常領域であり得るが、最も好ましくは、カッパ定常領域である。
[00512]ｓｃＦｖ遺伝子を作るために、ＶＨをコードするＤＮＡ断片およびＶＬをコードするＤＮＡ断片を、ＶＨ配列およびＶＬ配列が、ＶＬ領域およびＶＨ領域が柔軟なリンカーで連結されている連続した一本鎖タンパク質として発現され得るように、柔軟なリンカーをコードする（例えば、アミノ酸配列（Ｇｌｙ−４−Ｓｅｒ）３をコードする）別の断片に作動可能に連結させる（例えば、Bird et al. (1988) Science 242:423-426; Huston et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; McCafferty et al., (1990) Nature 348:552-554を参照されたい）。
[00513]本開示から単離された核酸分子として、任意選択で１つまたは複数のイントロンと共にオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む核酸分子が挙げられ得るが、例えば、限定されないが、少なくとも１本の軽鎖（例えば配列番号１２７〜１４０）または少なくとも１本の重鎖（例えば配列番号１１３〜１２６）の少なくともＣＤＲ（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３として）の少なくとも１つの特定の部分；本明細書で開示されるがん関連抗体または可変領域（例えば、軽鎖（配列番号１２７〜１４０）の可変領域および重鎖（配列番号１１３〜１２６）の可変領域）のコード配列を含む核酸分子；ならびに上述されたものとは実質的に異なるヌクレオチド配列を含むが、遺伝暗号の縮重に起因して、本明細書に記載されるおよび／または当分野で公知である抗体またはその抗原結合性断片を依然として少なくともコードする核酸分子が挙げられ得る。当然のことながら、遺伝暗号は、当分野で周知である。従って、当業者にとっては、本開示の特定の抗体をコードするそのような縮重核酸バリアントを生成することは日常的であるだろう。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ他、上記参照を参照されたい。そのような核酸バリアントは、本発明に含まれる。
[00514]抗体の１本または複数の鎖をコードする核酸配列を含む核酸分子が、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、抗体の重鎖または軽鎖をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、抗体の重鎖をコードする核酸配列と、抗体の軽鎖をコードする核酸配列子との両方を含む。いくつかの実施形態では、第１の核酸分子は、重鎖をコードする第１の核酸配列を含み、第２の核酸分子は、軽鎖をコードする第２の核酸配列を含む。
[00515]いくつかの実施形態では、重鎖および軽鎖は、１つの核酸分子から発現されるか、または２つの別々のポリペプチドとして２つの別々の核酸分子から発現される。いくつかの実施形態では、例えば、抗体がｓｃＦｖである場合には、単一の核酸配列が、一緒に連結された重鎖および軽鎖の両方を含む単一のポリペプチドをコードする。
[00516]いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体の重鎖または軽鎖をコードする核酸配列は、本明細書で提供されるＣＤＲのうちの少なくとも１つをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体の重鎖または軽鎖をコードする核酸配列は、本明細書で提供されるＣＤＲのうちの少なくとも３つをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体の重鎖または軽鎖をコードする核酸配列は、本明細書で提供されるＣＤＲのうちの少なくとも６つをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体の重鎖または軽鎖をコードする核酸配列は、翻訳された場合にはこの重鎖または軽鎖のＮ末端に位置するリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を含む。このリーダー配列は、天然の重鎖リーダー配列または軽鎖リーダー配列であってもよいし、別の異種リーダー配列であってもよい。「リーダー配列」という用語は、哺乳動物細胞からのポリペプチドの分泌を促進する、ポリペプチドのＮ末端に位置するアミノ酸残基の配列を指す。リーダー配列は、このポリペプチドの哺乳動物細胞からの排出時に切断され得、成熟タンパク質が形成される。リーダー配列は、天然または合成であり得、付着するタンパク質に対して異種または同種であり得る。
[00517]いくつかの実施形態では、核酸分子は、本明細書の表１〜２中の抗体のアミノ酸配列のうちのいずれかをコードするものである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、本明細書の表１〜２中の抗体のアミノ酸配列のうちのいずれかをコードする核酸と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一）のものである。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書で提供される核酸配列のうちのいずれか１つまたは複数にハイブリダイズするものである。実施形態のうちのいくつかでは、ハイブリダイゼーションは、中程度の条件下である。いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、高度にストリンジェントな条件（例えば、６５℃で少なくとも約６×ＳＳＣおよび１％ＳＤＳ、０．１×ＳＳＣ中の約２０％（ｖ／ｖ）のホルムアミドによる約４２℃での１０分にわたる最初の洗浄、ならびに６５℃での０．２×ＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳによるその後の洗浄）下である
[00518]核酸分子は、当分野で従来の組換えＤＮＡ技術を使用して構築され得る。いくつかの実施形態では、核酸分子を、選択された宿主細胞中での発現に適した発現ベクター中に配置される。
[00518]核酸分子は、当分野で従来の組換えＤＮＡ技術を使用して構築され得る。いくつかの実施形態では、核酸分子を、選択された宿主細胞中での発現に適した発現ベクター中に配置される。
[00519]本明細書の抗体または抗原結合性断片をコードする核酸分子を含むベクターが提供される。重鎖および／または軽鎖をコードする核酸分子を含むベクターも提供される。そのようなベクターとして、ＤＮＡベクター、ファージベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどが挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態では、軽鎖をコードする核酸および重鎖をコードする核酸は、上記で概説した手順により別々に単離される。一実施形態では、軽鎖をコードする単離された核酸、および重鎖をコードする単離された核酸は、別々の発現プラスミドに挿入されてもよいし、それぞれが適切なプロモーターおよび翻訳制御下にある限りにおいて同一のプラスミドに一緒に挿入されてもよい。いくつかの実施形態では、重鎖および軽鎖は、例えば抗体がｓｃＦＶなどである場合に、単一のポリペプチドの一部として発現される。
[00520]いくつかの実施形態では、第１のベクターは、重鎖をコードする核酸分子を含み、第２のベクターは、軽鎖をコードする核酸分子を含む。いくつかの実施形態では、第１のベクターおよび第２のベクターは、同様の量（例えば、同様のモル量または同様の質量）で宿主細胞にトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、第１のベクターおよび第２のベクターの５：１〜１：５の間のモル比または質量比を、宿主細胞にトランスフェクトする。いくつかの実施形態では、重鎖をコードするベクターおよび軽鎖をコードするベクターの１：１〜１：５の間の質量比を使用する。いくつかの実施形態では、重鎖をコードするベクターおよび軽鎖をコードするベクターの１：２の質量比を使用する。いくつかの実施形態では、ＣＨＯもしくはＣＨＯ由来細胞中でのまたはＮＳＯ細胞中でのポリペプチドの発現に最適化されたベクターが選択される。そのようなベクターの例が、例えばRunning Deer et al., Biotechnol. Prog.20:880-889 (2004)に記載される。
[00521]一態様では、本開示は、がんの治療または予防の方法であって、核酸分子を投与する工程を含み、この核酸分子が、ＶＨ、ＶＬ、ＶＨのＣＤＲ３領域、もしくはＶＬのＣＤＲ３領域、またはこれらの抗原結合性断片をコードし、遺伝子治療として本明細書（例えば表３または表４）で開示される配列を含む、方法を提供する。遺伝子治療は、発現されたかまたは発現可能な核酸の対象への投与により実施される治療を指す。本発明のこの実施形態では、核酸は、予防効果または治療効果を媒介する、この核酸によりコードされたタンパク質を生じる。当分野で利用可能な遺伝子治療の方法のうちのいずれかを、本明細書の実施形態に従って使用し得る。
[00522]遺伝子治療方法の一般的な概説に関して、Goldspiel et al., 1993, Clinical Pharmacy 12:488-505；Wu and Wu, 1991, Biotherapy 3:87-95；Tolstoshev, 1993, Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 32:573-596；Mulligan, 1993, Science 260:926-932；およびMorgan and Anderson, 1993, Ann. Rev. Biochem. 62:191-217; May, 1993, TIBTECH 11(5):155-215を参照されたい。使用され得る組換えＤＮＡ技術の当分野で一般に既知の方法が、Ausubel et al. (eds.), 1993, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY；およびKriegler, 1990, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NYに記載される。治療用抗体の適切な細胞への送達は、当分野で公知の任意の適切なアプローチの使用による（物理的なＤＮＡ移入方法（例えば、リポソームもしくは化学処理）の使用によるか、またはウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、またはレトロウイルス）の使用による場合を含む）ｅｘ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｓｉｔｕ、またはｉｎ ｖｉｖｏでの遺伝子治療により引き起こされ得る。例えば、ｉｎ ｖｉｖｏでの治療の場合には、所望の抗体をコードする核酸は、単独で、またはベクター、リボソーム、もしくは沈殿物と組み合わせて、対象に直接注射してもよく、いくつかの実施形態では、抗体化合物の発現が望まれる部位に注射してもよい。ｅｘ ｖｉｖｏでの処置の場合には、対象の細胞を取り出し、この細胞に核酸を導入し、改変された細胞を、対象に直接戻すか、または、例えば、患者に移植される多孔質膜内に封入する。例えば、米国特許第４，８９２，５３８号および同第５，２８３，１８７号を参照されたい。生存細胞に核酸を導入するのに利用可能な様々な技術が存在する。この技術は、核酸を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで培養細胞に移入するかまたは意図された宿主の細胞中でｉｎ ｖｉｖｏで移入するかに応じて変わる。ｉｎ ｖｉｔｒｏでの哺乳動物細胞への核酸の移入に適した技術として、リポソーム、電気穿孔、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、およびリン酸カルシウム沈殿の使用が挙げられる。核酸のｅｘ ｖｉｖｏでの送達に一般に使用されるベクターは、レトロウイルスである。
[00523]「宿主細胞」という用語は、本明細書で使用される場合、核酸分子をトランスフェクトされる特定の対象細胞、およびそのような細胞の後代または潜在的な後代を指す。そのような細胞の後代は、後続の世代で起こり得る突然変異もしくは環境の影響または核酸分子の宿主細胞ゲノムへの組み込みに起因して、核酸分子をトランスフェクトされた親細胞と同一ではない場合がある。
[00524]他のｉｎ ｖｉｖｏでの核酸移入技術として、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、単純ヘルペスＩ型ウイルス、またはアデノ随伴ウイルス）によるトランスフェクション、および脂質ベースのシステムが挙げられる。核酸およびトランスフェクション剤は、微粒子と任意選択で会合する。例示的なトランスフェクション剤として、下記が挙げられる：リン酸カルシウムまたは塩化カルシウムの共沈、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介性トランスフェクション、第４級アンモニウム両親媒性ＤＯＴＭＡ（（ジオレオイルオキシプロピル）トリメチルアンモニウムブロミド、ＧＩＢＣＯ−ＢＲＬよりＬｉｐｏｆｅｃｔｉｎとして商品化されている）（Felgner et al, (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 7413-7417；Malone et al. (1989) Proc. Natl Acad. Sci. USA 86 6077-6081）；ペンダントトリメチルアンモニウムヘッドを有する親油性グルタミン酸ジエステル（Ito et al. (1990) Biochem. Biophys. Acta 1023, 124-132）；カチオン性脂質であるジオクタデシルアミドグリシルスペルミン（ＤＯＧＳ、Ｔｒａｎｓｆｅｃｔａｍ、Ｐｒｏｍｅｇａ）およびジパルミトイルホスファチジルエタノールアミルスペルミン（ＤＰＰＥＳ）などの代謝可能な親脂質（J. P. Behr (1986) Tetrahedron Lett. 27, 5861-5864；J. P. Behr et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 6982-6986）；代謝可能な第４級アンモニウム塩（ＤＯＴＢ、Ｎ−（１−［２，３−ジオレオイルオキシ］プロピル）−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムメチルサルフェート（ＤＯＴＡＰ）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ）、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、ジオレオイルエステル、ＣｈｏＴＢ、ＣｈｏＳＣ、ＤＯＳＣ）（Leventis et al. (1990) Biochim. Inter. 22, 235-241）；３ベータ［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）カルバモイル］コレステロール（ＤＣ−Ｃｈｏｌ）、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）／３ベータ［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）カルバモイル］コレステロールＤＣ−Ｃｈｏｌの１対１混合物（Gao ct al., (1991) Biochim. Biophys. Acta 1065, 8-14）、スペルミン、スペルミジン、リポポリアミン（Behr et al., Bioconjugate Chem, 1994, 5: 382-389）、親油性ポリリジン（ＬＰＬＬ）（Zhou et al., (1991) Biochim. Biophys. Acta 939, 8-18）、過剰のホスファチジルコリン／コレステロールを有する［［（１，１，３，３ テトラメチルブチル）クレソキシ］エトキシ］エチル］ジメチルベンジルアンモニウムヒドロキシド（ＤＥＢＤＡヒドロキシド）（Ballas et al., (1988) Biochim. Biophys. Acta 939, 8-18）、セチルトリメチルアンモニウムブロミド（ＣＴＡＢ）／ＤＯＰＥ混合物（Pinnaduwage et al, (1989) Biochim. Biophys. Acta 985, 33-37）、ＤＯＰＥを有するグルタミン酸の親油性ジエステル（ＴＭＡＧ）、ＣＴＡＢ、ＤＥＢＤＡ、ジドデシルアンモニウムブロミド（ＤＤＡＢ）、およびステアリルアミンの、ホスファチジルエタノールアミンとの混合物（Rose et al., (1991) Biotechnique 10, 520-525)、ＤＤＡＢ／ＤＯＰＥ（ＴｒａｎｓｆｅｃｔＡＣＥ、ＧＩＢＣＯ ＢＲＬ）、ならびにオリゴガラクトース担持脂質。移入効率を高める例示的なトランスフェクションエンハンサー剤として、例えば下記が挙げられる：ＤＥＡＥ−デキストラン、ポリブレン、リソソーム破壊ペプチド（Ohmori N I et al, Biochem Biophys Res Commun Jun. 27, 1997; 235(3):726-9）、コンドロイタン系プロテオグリカン、硫酸化プロテオグリカン、ポリエチレンイミン、ポリリジン（Pollard H et al. J Biol Chem, 1998 273 (13):7507-11）、インテグリン結合ペプチドＣＹＧＧＲＧＤＴＰ、直鎖状デキストラン非糖類、グリセロール、オリゴヌクレオチドの３’末端インターヌクレオシドリンクに繋がれたコレステリル基（Letsinger, R. L. 1989 Proc Natl Acad Sci USA 86: (17):6553-6）、リゾホスファチド、リゾホスファチジルコリン、リゾホスファチジルエタノールアミン、および１−オレオイル リゾホスファチジルコリン。
[00525]状況によっては、核酸含有ベクターを標的細胞に誘導する薬剤により核酸を送達することが望ましい場合がある。そのような「標的化」分子として、標的細胞上の細胞表面膜タンパク質に特異的な抗体、または標的細胞上の受容体に対するリガンドが挙げられる。リポソームを用いる場合には、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質は、標的化および／または取り込みの促進に使用され得る。そのようなタンパク質の例として、下記が挙げられる：特定の細胞型に向性のキャプシドタンパク質およびその断片、循環中に内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、ならびに細胞内局在化を標的とし、かつ細胞内半減期を向上させるタンパク質。他の実施形態では、受容体媒介性エンドサイトーシスを使用し得る。そのような方法は、例えばWu et al., 1987またはWagner et al., 1990に記載される。現在知られている遺伝子マーキングおよび遺伝子治療プロトコールの概説に関しては、Anderson 1992を参照されたい。ＷＯ９３／２５６７３およびそこに引用された参考文献も参照されたい。
融合タンパク質
[00526]一態様では、本明細書で開示されている抗体または抗原結合性断片を含む融合タンパク質が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、本明細書で開示されている１種または複数の抗体またはその抗原結合性断片と、免疫調節剤または毒素部分とを含む。抗体融合タンパク質を作製する方法は公知である。インターロイキン−２部分を含む抗体融合タンパク質が、Boleti et al., Ann. Oneal. 6:945 (1995)、Nicolet et al., Cancer Gene Ther. 2:161 (1995)、Becker et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 93:7826 (1996)、Hank et al., Clin. Cancer Res. 2:1951 (1996)、およびHu et al., Cancer Res. 56:4998 (1996)により説明されている。加えて、Yang et al., Hum. Antibodies Hybridomas 6:129 (1995)では、Ｆ（ａｂ’）２断片と、腫瘍壊死因子アルファ部分とを含む融合タンパク質が記載される。
[00526]一態様では、本明細書で開示されている抗体または抗原結合性断片を含む融合タンパク質が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、本明細書で開示されている１種または複数の抗体またはその抗原結合性断片と、免疫調節剤または毒素部分とを含む。抗体融合タンパク質を作製する方法は公知である。インターロイキン−２部分を含む抗体融合タンパク質が、Boleti et al., Ann. Oneal. 6:945 (1995)、Nicolet et al., Cancer Gene Ther. 2:161 (1995)、Becker et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 93:7826 (1996)、Hank et al., Clin. Cancer Res. 2:1951 (1996)、およびHu et al., Cancer Res. 56:4998 (1996)により説明されている。加えて、Yang et al., Hum. Antibodies Hybridomas 6:129 (1995)では、Ｆ（ａｂ’）２断片と、腫瘍壊死因子アルファ部分とを含む融合タンパク質が記載される。
[00527]組換え分子が１種または複数の抗体成分と毒素または化学療法剤とを含む抗体−毒素融合タンパク質を作製する方法も、当業者に公知である。例えば、抗体−シュードモナス属外毒素Ａ融合タンパク質が、Chaudhary et al., Nature 339:394 (1989)、Brinkmann et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 88:8616 (1991)、Batra et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 89:5867 (1992)、Friedman et al., J. Immunol. 150:3054 (1993)、Weis et al., Int. J. Can. 60:137 (1995)、Fominaya et al., J. Biol. Chem. 271:10560 (1996)、Kuan et al., Biochemistry 35:2872 (1996)、およびSchmidt et al., Int. J. Can. 65:538 (1996)により説明される。ジフテリア毒素部分を含有する抗体−毒素融合タンパク質が、Kreitman et al., Leukemia 7:553 (1993)、Nicholls et al., J. Biol. Chem. 268:5302 (1993)、Thompson et al., J. Biol. Chem. 270:28037 (1995)、およびVallera et al., Blood 88:2342 (1996)により説明されている。Deonarain et al., Tumor Targeting 1:177 (1995)では、ＲＮアーゼ部分を有する抗体−毒素融合タンパク質が記載されており、Linardou et al., Cell Biophys. 24-25:243 (1994)では、ＤＮアーゼＩ成分を含む抗体−毒素融合タンパク質が産生される。ゲロニンが、Wang et al., Abstracts of the 209th ACS National Meeting, Anaheim, Calif., Apr. 2-6, 1995, Part 1, BIOT005の抗体−毒素融合タンパク質における毒素部分として使用された。さらなる例として、Dohlsten et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 91:8945 (1994)では、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌ）エンテロトキシン−Ａを含む抗体−毒素融合タンパク質が報告された。
[00528]そのようなコンジュゲートの調製で適切に用いられる毒素の例は、リシン、アブリン、リボヌクレアーゼ、ＤＮアーゼＩ、ブドウ球菌エンテロトキシン−Ａ、ヨウシュヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、ゲロニン、ジフテリア毒素、シュードモナス属外毒素、およびシュードモナス属（内毒素である。例えば、Pastan et al., Cell 47:641 (1986)、およびGoldenberg, C A-A Cancer Journal for Clinicians 44:43 (1994)を参照されたい。他の適切な毒素が、当業者に公知である。
[00529]本明細書で開示されている抗体またはその抗原結合性断片は、プロドラッグ（例えば、ペプチジル化学療法剤、ＷＯ８１／０１１４５を参照されたい）を活性の抗がん薬物へと変換するプロドラッグ活性化酵素に抗体をコンジュゲートさせることにより、ＡＤＥＰＴでも使用され得る。例えば、ＷＯ８８／０７３７８および米国特許第４，９７５，２７８号を参照されたい。ＡＤＥＰＴに有用なイムノコンジュゲートの酵素成分として、プロドラッグをより活性の細胞毒性形態に変換するような方法でプロドラッグに作用し得るあらゆる酵素が挙げられる。
[00530]本発明の方法で有用な酵素として下記が挙げられるが、これらに限定されない：リン酸塩含有プロドラッグの遊離薬物への変換に有用なアルカリホスファターゼ；硫酸塩含有プロドラッグの遊離薬物への変換に有用なアリールスルファターゼ；無毒な５−フルオロシトシンの抗がん薬物５−フルオロウラシルへの変換に有用なシトシンデアミナーゼ；ペプチド含有プロドラッグの遊離薬物への変換に有用なプロテアーゼ、例えば、セラチアプロテアーゼ、サーモリシン、スブチリシン、カルボキシペプチダーゼ、およびカテプシン（例えば、カテプシンＢおよびＬ）；Ｄ−アミノ酸置換基を含むプロドラッグの変換に有用なＤ−アラニルカルボキシペプチダーゼ；グリコシル化されたプロドラッグの遊離薬物への変換に有用な炭水化物切断酵素、例えば、ガラクトシダーゼおよびノイラミニダーゼ；ラクタムで誘導体化された薬物の遊離薬物への変換に有用なラクタマーゼ；およびそれぞれフェノキシアセチル基またはフェニルアセチル基によりアミン窒素で誘導体化された薬物の遊離薬物への変換に有用なペニシリンアミダーゼ、例えば、ペニシリンＶアミダーゼまたはペニシリンＧアミダーゼ。あるいは、酵素活性を有する抗体（当分野ではアブザイムとしても既知である）を使用して、本発明のプロドラッグを遊離活性薬物に変換し得る（例えば、Massey, Nature 328: 457-458 (1987)を参照されたい）。腫瘍細胞集団にアブザイムを送達するために、本明細書で説明されているように、抗体−アブザイムコンジュゲートを調製し得る。
[00531]本発明の酵素を、上述のヘテロ二官能性架橋試薬の使用などの当分野で周知の技術により、抗体に共有結合させ得る。あるいは、本発明の酵素の少なくとも機能的に活性な部分に連結された本発明の抗体の抗原結合領域を少なくとも含む融合タンパク質は、当分野で周知の組換えＤＮＡ技術を使用して構築し得る（例えば、Neuberger et al., Nature 312: 604-608 (1984)を参照されたい）。
キメラ抗原受容体
[00532]一態様では、本開示は、本明細書で開示されている抗原結合性断片、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体を提供する。「キメラ抗原受容体」（ＣＡＲ）、「人工Ｔ細胞受容体」、「キメラＴ細胞受容体」、または「キメラ免疫受容体」という用語は、本明細書で使用される場合、免疫エフェクター細胞上に任意の特異性を付与する操作された受容体を指す。ＣＡＲは、典型的には、抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内ドメイン（エンドドメイン）とを含む細胞外ドメイン（エクトドメイン）を有する。「シグナル伝達ドメイン」という用語は、細胞内で情報を伝達して、第２のメッセンジャーを生成することによるかまたはそのようなメッセンジャーに応答してエフェクターとして機能することにより、定義されたシグナル伝達経路を介して細胞活動を制御することにより作用するタンパク質の機能的部分を指す。
[00532]一態様では、本開示は、本明細書で開示されている抗原結合性断片、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体を提供する。「キメラ抗原受容体」（ＣＡＲ）、「人工Ｔ細胞受容体」、「キメラＴ細胞受容体」、または「キメラ免疫受容体」という用語は、本明細書で使用される場合、免疫エフェクター細胞上に任意の特異性を付与する操作された受容体を指す。ＣＡＲは、典型的には、抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内ドメイン（エンドドメイン）とを含む細胞外ドメイン（エクトドメイン）を有する。「シグナル伝達ドメイン」という用語は、細胞内で情報を伝達して、第２のメッセンジャーを生成することによるかまたはそのようなメッセンジャーに応答してエフェクターとして機能することにより、定義されたシグナル伝達経路を介して細胞活動を制御することにより作用するタンパク質の機能的部分を指す。
[00533]「細胞内シグナル伝達ドメイン」という用語は、本明細書で使用される場合、分子の細胞内部分を指す。細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＡＲ含有細胞（例えばＣＡＲＴ細胞）の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを生成する。例えばＣＡＲＴ細胞中での免疫エフェクター機能の例として、細胞溶解活性およびヘルパー活性（サイトカインの分泌を含む）が挙げられる。
[00534]ある実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインを含み得る。例示的な一次細胞内シグナル伝達ドメインとして、一次刺激または抗原依存性シミュレーションの原因となる分子に由来するものが挙げられる。ある実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激細胞内ドメインを含み得る。例示的な共刺激細胞内シグナル伝達ドメインとして、共刺激シグナルまたは抗原非依存性刺激の原因となる分子に由来するものが挙げられる。例えば、ＣＡＲＴの場合には、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞受容体の細胞質配列を含み得、共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共受容体または共刺激分子からの細胞質配列を含み得る。
[00535]一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして既知であるシグナル伝達モチーフを含み得る。ＩＴＡＭ含有一次細胞質シグナル伝達配列の例として、ＣＤ３ゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ならびにＣＤ６６ｄ ＤＡＰ１０およびＤＡＰ１２に由来するものが挙げられるが、これらに限定されない。
[00536]「ゼータ」、もしくは代替的に「ゼータ鎖」、「ＣＤ３−ゼータ」、もしくは「ＴＣＲ−ゼータ」という用語は、ＧｅｎＢａｎ Ａｃｃ．Ｎｏ．ＢＡＧ３６６６４．１として提供されるタンパク質と定義されるか、または非ヒト種（例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿、および同類のもの）からの同等の残基と定義され、「ゼータ刺激ドメイン」、または代替的に「ＣＤ３−ゼータ刺激ドメイン」もしくは「ＴＣＲ−ゼータ刺激ドメイン」は、Ｔ細胞活性化に必要な初期シグナルを機能的に伝達するのに十分なゼータ鎖の細胞質ドメインからのアミノ酸残基と定義される。一態様では、ゼータの細胞質ドメインは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＡＧ３６６６４．１の残基５２〜１６４を含むか、またはその機能的オルソログである非ヒト種（例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿、および同類のもの）からの同等の残基を含む。
[00537]「共刺激分子」という用語は、共刺激リガンドと特異的に結合し、それによりＴ細胞による共刺激応答（例えば、限定されないが、増殖）を媒介するＴ細胞上のコグネート結合パートナーを指す。共刺激分子は、効率的な免疫応答に必要な、抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子である。共刺激分子として、ＭＨＣクラスＩ分子、ＢＴＬＡおよびＴｏｌｌリガンド受容体、ならびにＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ５、ＩＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）および４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）が挙げられるが、これらに限定されない。
[00538]共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内部分に由来し得る。共刺激分子は、下記のタンパク質ファミリーで表現され得る：ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球活性化分子（ＳＬＡＭタンパク質）、および活性化ＮＫ細胞受容体。そのような分子の例として、下記が挙げられる：ＣＤ２７、ＣＤ２８、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＩＣＯＳ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、リンパ球機能関連抗原−１（ＬＦＡ−１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７−Ｈ３、およびＣＤ８３に特異的に結合するリガンド、および同類のもの。
[00539]細胞内シグナル伝達ドメインは、このドメインが由来する分子の細胞内タンパク質全体、もしくは天然細胞内シグナル伝達ドメイン全体、またはそれらの機能的断片を含み得る。
[00540]別の態様では、抗原結合性断片は、ヒト化抗体または抗体断片を含む。一実施形態では、抗原結合性断片は、本明細書に記載される抗体の１つまたは複数（例えば、１つ、２つ、または３つ全て）の軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｌ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲ−Ｌ２）、および軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲ−Ｌ３）と、本明細書に記載される抗体の１つまたは複数（例えば、１つ、２つ、または３つ全て）の重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｈ１）、重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲ−Ｈ２）、および重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲ−Ｈ３）とを含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は、配列番号９９〜１１２のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ２は、配列番号７１〜８４のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は、配列番号４３〜５６のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は、配列番号８５〜９８のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ２は、配列番号５７〜７０のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、配列番号２９〜４２のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、抗原結合性断片は、本明細書に記載される軽鎖可変領域および／または本明細書に記載される重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号１５〜２８のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号１〜１４のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、抗原結合性断片は、アミノ酸配列の軽鎖可変領域および重鎖可変領域（例えば、本明細書に記載される軽鎖可変領域および重鎖可変領域）を含むｓｃＦｖである。ある実施形態では、抗原結合性断片（例えばｓｃＦｖ）は、本明細書で提供される軽鎖可変領域のアミノ酸配列の少なくとも１個、２個、もしくは３個の改変（例えば置換）を有するが３０個、２０個、もしくは１０個以下の改変（例えば置換）を有するアミノ酸配列または本明細書で提供されるアミノ酸配列と８５〜９９％（例えば、９０〜９９％または９５〜９９％）の同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域；および／または本明細書で提供される重鎖可変領域のアミノ鎖配列の少なくとも１個、２個、もしくは３個の改変（例えば置換）を有するが３０個、２０個、もしくは１０個以下の改変（例えば置換）を有するアミノ酸配列または本明細書で提供されるアミノ酸配列と８５〜９９％（例えば、９０〜９９％または９５〜９９％）の同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
膜貫通ドメイン
[00541]膜貫通ドメインに関して、様々な実施形態では、ＣＡＲは、このＣＡＲの細胞外ドメインに付着している膜貫通ドメインを含むように設計され得る。膜貫通ドメインとして、膜貫通領域に隣接する１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、膜貫通が由来するタンパク質の細胞外領域と会合している１個または複数のアミノ酸（例えば、細胞外領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、最大１５個のアミノ酸））、および／または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域と会合している１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、細胞内領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、最大１５個のアミノ酸）が挙げられ得る。一態様では、膜貫通ドメインは、使用されるＣＡＲの他のドメインのうちの１つと会合しているものである。場合によっては、膜貫通ドメインは、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるために、同一のまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を避けるように選択され得るかまたはアミノ酸置換により改変され得る。一態様では、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ Ｔ細胞表面上の別のＣＡＲとホモ二量体化し得る。異なる態様では、膜貫通ドメインのアミノ鎖配列は、同一のＣＡＲ Ｔ細胞中に存在する天然結合パートナーの結合ドメインとの相互作用を最小限に抑えるように改変され得るかまたは置換され得る。
[00541]膜貫通ドメインに関して、様々な実施形態では、ＣＡＲは、このＣＡＲの細胞外ドメインに付着している膜貫通ドメインを含むように設計され得る。膜貫通ドメインとして、膜貫通領域に隣接する１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、膜貫通が由来するタンパク質の細胞外領域と会合している１個または複数のアミノ酸（例えば、細胞外領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、最大１５個のアミノ酸））、および／または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域と会合している１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、細胞内領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、最大１５個のアミノ酸）が挙げられ得る。一態様では、膜貫通ドメインは、使用されるＣＡＲの他のドメインのうちの１つと会合しているものである。場合によっては、膜貫通ドメインは、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるために、同一のまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を避けるように選択され得るかまたはアミノ酸置換により改変され得る。一態様では、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ Ｔ細胞表面上の別のＣＡＲとホモ二量体化し得る。異なる態様では、膜貫通ドメインのアミノ鎖配列は、同一のＣＡＲ Ｔ細胞中に存在する天然結合パートナーの結合ドメインとの相互作用を最小限に抑えるように改変され得るかまたは置換され得る。
[00542]膜貫通ドメインは、天然供給源に由来してもよいし、組換え供給源に由来してもよい。供給源が天然である場合には、このドメインは、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来し得る。一態様では、膜貫通ドメインは、ＣＡＲが標的に結合した場合は常に、細胞内ドメインにシグナル伝達し得る。膜貫通ドメインは、例えばＴ細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖、またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４の膜貫通領域を少なくとも含み得る。
[00543]場合によっては、膜貫通ドメインは、ヒンジ（例えば、ヒトタンパク質由来のヒンジ）を介して、ＣＡＲの細胞外領域（例えば、ＣＡＲの抗原結合ドメイン）に付着され得る。例えば、一実施形態では、このヒンジは、ヒトＩｇ（免疫グロブリン）ヒンジ、例えば、ＩｇＧ４ヒンジまたはＣＤ８ａヒンジであり得る。一態様では、このヒンジまたはスペーサーは、ＩｇＧ４ヒンジを含む。
細胞質ドメイン
[00544]ＣＡＲの細胞質ドメインまたは領域は、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、概して、ＣＡＲが導入されている免疫細胞の正常なエフェクター機能のうちの少なくとも１つの活性化に関与する。「エフェクター機能」という用語は、細胞の特殊な機能を指す。Ｔ細胞のエフェクター機能は、例えば、細胞溶解活性またはヘルパー活性（サイトカインの分泌を含む）であり得る。「細胞内シグナル伝達ドメイン」という用語は、タンパク質の、エフェクター機能シグナルを伝達して細胞に特殊な機能を実施させる部分を指す。通常、細胞内シグナル伝達ドメイン全体が用いられ得るが、多くの場合には、この鎖全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達ドメインのトランケートされた部分が使用される限りにおいて、そのようなトランケートされた部分は、エフェクター機能シグナルを伝達する限りにおいてインタクトな鎖の代わりに使用され得る。そのため、細胞内シグナル伝達ドメインという用語は、エフェクター機能シグナルを伝達するのに十分な細胞内シグナル伝達ドメインの任意のトランケートされた部分を含むことを意味する。
[00544]ＣＡＲの細胞質ドメインまたは領域は、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、概して、ＣＡＲが導入されている免疫細胞の正常なエフェクター機能のうちの少なくとも１つの活性化に関与する。「エフェクター機能」という用語は、細胞の特殊な機能を指す。Ｔ細胞のエフェクター機能は、例えば、細胞溶解活性またはヘルパー活性（サイトカインの分泌を含む）であり得る。「細胞内シグナル伝達ドメイン」という用語は、タンパク質の、エフェクター機能シグナルを伝達して細胞に特殊な機能を実施させる部分を指す。通常、細胞内シグナル伝達ドメイン全体が用いられ得るが、多くの場合には、この鎖全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達ドメインのトランケートされた部分が使用される限りにおいて、そのようなトランケートされた部分は、エフェクター機能シグナルを伝達する限りにおいてインタクトな鎖の代わりに使用され得る。そのため、細胞内シグナル伝達ドメインという用語は、エフェクター機能シグナルを伝達するのに十分な細胞内シグナル伝達ドメインの任意のトランケートされた部分を含むことを意味する。
[00545]本発明のＣＡＲで使用される細胞内シグナル伝達ドメインの例として、抗原受容体エンゲージメント後にシグナル伝達を開始するために共に作用するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）および共受容体の細胞質配列、ならびにこの配列の任意の誘導体またはバリアント、および同一の機能的能力を有する任意の組換え配列が挙げられる。
[00546]ＴＣＲのみを介して生成されたシグナルは、Ｔ細胞の完全な活性化には不十分であり、二次シグナルおよび／または共刺激シグナルも必要とされることが知られている。そのため、Ｔ細胞の活性化は、下記の２種の異なるクラスの細胞質シグナル伝達配列により媒介されると言われ得る：ＴＣＲを介して抗原依存性の一次活性化を開始するもの（一次細胞内シグナル伝達ドメイン）、および抗原非依存的に作用して、二次シグナルまたは共刺激シグナル（二次細胞質シグナル伝達ドメイン、例えば共刺激ドメイン）を提供するもの。
[00547]一次シグナル伝達ドメインは、刺激経路または阻害経路のいずれかで、ＴＣＲ複合体の一次活性化を制御する。刺激で作用する一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはＩＴＡＭとしても既知であるシグナル伝達モチーフを含有し得る。
[00548]本発明で特に使用されるＩＴＡＭ含有一次細胞内シグナル伝達ドメインの例として、ＴＣＲゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、およびＣＤ６６ｄのものが挙げられる。一実施形態では、本発明のＣＡＲ（例えばＣＡＲ）は、ＣＤ３−ゼータの細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば一次シグナル伝達ドメイン）を含む。一実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、改変されたＩＴＡＭドメイン、例えば、天然のＩＴＡＭドメインと比較した場合に活性が変更されている（例えば、増加しているかまたは減少している）突然変異ＩＴＡＭドメインを含む。一実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、改変されたＩＴＡＭ含有一次細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、最適化されたおよび／またはトランケートされたＩＴＡＭ含有一次細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある実施形態では、一次シグナル伝達ドメインは、１個、２個、３個、４個、またはより多くのＩＴＡＭモチーフを含む。
[00549]ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３−ゼータシグナル伝達ドメインそれ自体を含み得るか、または本発明のＣＡＲの文脈で有用な任意の他の所望の細胞内シグナル伝達ドメインと組み合わされ得る。例えば、ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータ鎖部分と、共刺激シグナル伝達ドメインとを含み得る。共刺激シグナル伝達ドメインは、ＣＡＲの、共刺激分子の細胞内ドメインを含む部分を指す。共刺激分子は、抗原に対するリンパ球の効率的な応答に必要な、抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子である。そのような分子の例として、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ−１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原−１（ＬＦＡ−１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７−Ｈ３、およびＣＤ８３に特異的に結合するリガンド、および同類のものが挙げられる。例えば、ＣＤ２７共刺激は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのヒトＣＡＲＴ細胞の増殖、エフェクター機能、および生存を増強し、ｉｎ ｖｉｖｏでのヒトＴ細胞の持続性および抗腫瘍活性を増加させることが実証されている（Song et al. Blood. 2012; 119(3):696-706）。
[00550]本発明のＣＡＲの細胞質部分内の細胞内シグナル伝達配列は、無作為にまたは特定の順序で互いに連結され得る。任意選択で、例えば２〜１０個の間のアミノ酸（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のアミノ酸）の長さの短いオリゴペプチドリンカーまたはポリペプチドリンカーが、細胞内シグナル伝達配列間の連結を形成し得る。一実施形態では、グリシン−セリンダブレットが、適切なリンカーとして使用され得る。一実施形態では、単一のアミノ酸（例えば、アラニン、グリシン）が、適切なリンカーとして使用され得る。
[00551]一態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、２個以上（例えば、２個、３個、４個、５個、またはより多く）の共刺激シグナル伝達ドメインを含むように設計されている。ある実施形態では、２個以上（例えば、２個、３個、４個、５個、またはより多く）の共刺激シグナル伝達ドメインは、リンカー分子（例えば、本明細書に記載されるリンカー分子）により分離されている。一実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、２つの共刺激シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、リンカー分子は、グリシン残基である。いくつかの実施形態では、リンカーは、アラニン残基である。
[00552]いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、実際には抗原全体を認識せず、代わりに、抗原の表面の一部（抗原決定基またはエピトープと呼ばれる領域）のみに結合する。
[00553]いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＣＡＲ（その機能的部分および機能的バリアントを含む）として、グリコシル化されたもの、アミド化されたもの、カルボキシル化されたもの、リン酸化されたもの、エステル化されたもの、Ｎ−アシル化されたもの、例えばジスルフィド架橋を介して環化されたもの、または酸付加塩に変換されたもの、および／または任意選択で二量体化されたかもしくは重合化されたもの、またはコンジュートされたものが挙げられる。
[00553]いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＣＡＲ（その機能的部分および機能的バリアントを含む）として、グリコシル化されたもの、アミド化されたもの、カルボキシル化されたもの、リン酸化されたもの、エステル化されたもの、Ｎ−アシル化されたもの、例えばジスルフィド架橋を介して環化されたもの、または酸付加塩に変換されたもの、および／または任意選択で二量体化されたかもしくは重合化されたもの、またはコンジュートされたものが挙げられる。
Ｔ細胞受容体融合タンパク質（ＴＦＰ）
[00554]本明細書で使用される場合、「Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）融合タンパク質」または「ＴＦＰ」は、ＴＣＲを含む様々なポリペプチドに由来する組換えポリペプチドであって、一般的に、ｉ）標的細胞上の表面に結合し得、およびｉｉ）典型的には、Ｔ細胞中にまたはＴ細胞の表面上に同時に配置された場合に、インタクトなＴＣＲ複合体の他のポリペプチド成分と相互作用し得る、組換えポリペプチドを含む。ＴＦＰの非限定的な例が、図１１〜１４に示される。
[00554]本明細書で使用される場合、「Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）融合タンパク質」または「ＴＦＰ」は、ＴＣＲを含む様々なポリペプチドに由来する組換えポリペプチドであって、一般的に、ｉ）標的細胞上の表面に結合し得、およびｉｉ）典型的には、Ｔ細胞中にまたはＴ細胞の表面上に同時に配置された場合に、インタクトなＴＣＲ複合体の他のポリペプチド成分と相互作用し得る、組換えポリペプチドを含む。ＴＦＰの非限定的な例が、図１１〜１４に示される。
[00555]一態様では、ヒトまたはヒト化抗がん抗原（抗ＣＡｇ）結合ドメインと、ＴＣＲ細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内ドメインとを含む単離されたＴＦＰ分子が本明細書で提供される。
[00556]一態様では、ヒトまたはヒト化抗ＣＡｇ結合ドメインと、ＴＣＲ細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインとを含む単離されたＴＦＰ分子であって、内因性ＴＣＲ複合体および／または少なくとも１種の内因性ＴＣＲポリペプチドと機能的に相互作用し得るＴＦＰ分子が本明細書で提供される。
[00557]一態様では、ヒトまたはヒト化抗ＣＡｇ結合ドメインと、ＴＣＲ細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内シグナル伝達ドメインとを含む単離されたＴＦＰ分子であって、内因性ＴＣＲ複合体に機能的に統合し得るＴＦＰ分子が本明細書で提供される。
[00558]場合によっては、単離されたＴＦＰ分子は、ヒトまたはヒト化抗ＣＡｇ結合ドメインと、ＴＣＲ細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内ドメインとを含む抗体または抗体断片を含む。場合によっては、抗ＣＡｇ結合ドメインは、ｓｃＦｖまたはＶＨドメインである。場合によっては、抗ＣＡｇ結合ドメインは、配列番号１〜１４のアミノ酸配列と９５〜１００％の同一性を有する重鎖、その機能的断片、または少なくとも１個であるが３０個以下である改変を有するそのアミノ酸配列を含む。場合によっては、抗ＣＡｇ結合ドメインは、配列番号１５〜２８のアミノ酸配列と９５〜１００％の同一性を有する軽鎖、その機能的断片、または少なくとも１個であるが３０個以下である改変を有するそのアミノ酸配列を含む。場合によっては、単離されたＴＦＰ分子は、ＴＣＲアルファ鎖、ＴＣＲベータ鎖、ＣＤ３イプシロンＴＣＲサブユニット、ＣＤ３ガンマＴＣＲサブユニット、ＣＤ３デルタＴＣＲサブユニット、それらの機能的断片、および少なくとも１個であるが２０個以下の改変を有するそれらのアミノ酸配列からなる群から選択されるタンパク質の細胞外ドメインまたはその一部を含むＴＣＲ細胞外ドメインを含む。場合によっては、抗ＣＡｇ結合ドメインは、リンカー配列によりＴＣＲ細胞外ドメインに接続されている。場合によっては、リンカー領域は、（Ｇ４Ｓ）ｎ（式中、ｎ＝１〜４）を含む。
[00559]一態様では、本明細書で提供されるＴＦＰをコードする核酸分子を含むベクターが本明細書で提供される。場合によっては、このベクターは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）ベクター、またはレトロウイルスベクターからなる群から選択される。場合によっては、このベクターは、プロモーターをさらに含む。場合によっては、このベクターは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで転写されたベクターである。場合によっては、このベクター中の核酸配列は、ポリ（Ａ）テールをさらに含む。場合によっては、このベクター中の核酸配列は、３’ＵＴＲをさらに含む。
[00560]一態様では、本明細書で提供されるベクターを含む宿主細胞が本明細書で提供される。場合によっては、この宿主細胞は、ヒトＴ細胞である。場合によっては、このＴ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＣＤ４＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、この宿主細胞は、ヒトエフェクター細胞である。「ヒトエフェクター細胞」は、１種または複数のＦｃＲを発現し、かつエフェクター機能を発揮する白血球である。いくつかの実施形態では、この細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、かつＡＤＣＣエフェクター機能を発揮する。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例として、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞、および好中球が挙げられる。エフェクター細胞は、天然の供給源（例えば血液）から単離され得る。場合によっては、宿主細胞は、細胞内シグナル伝達ドメインからのポジティブなシグナルを含む第２のポリペプチドと関連する、阻害分子の少なくとも一部を含む第１のポリペプチドを含む阻害分子をコードする核酸をさらに含む。場合によっては、阻害分子は、ＰＤ１の少なくとも一部を含む第１のポリペプチドと、共刺激ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第２のポリペプチドとを含む。
[00561]一態様では、ヒトまたはヒト化抗ＣＡｇ結合ドメインと、ＴＣＲ細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、細胞内ドメインとを含む、少なくとも２つのＴＦＰ分子を含むヒトＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞であって、ＴＦＰ分子が、ヒトＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞中で、この細胞の表面で、および／またはこの細胞の表面上で、内因性ＴＣＲ複合体および／または少なくとも１つの内因性ＴＣＲポリペプチドと機能的に相互作用し得る、Ｔ細胞が本明細書で提供される。
[00562]一態様では、ヒトまたはヒト化抗ＣＡｇ結合ドメイン、ＴＣＲ細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含むＴＦＰ分子と、少なくとも１種の内因性ＴＣＲ複合体とを含むタンパク質複合体が本明細書で提供される。
[00563]場合によっては、ＴＣＲは、ＴＣＲアルファ鎖、ＴＣＲベータ鎖、ＣＤ３イプシロンＴＣＲサブユニット、ＣＤ３ガンマＴＣＲサブユニット、およびＣＤ３デルタＴＣＲサブユニットからなる群から選択されるタンパク質の細胞外ドメインまたはその一部を含む。場合によっては、抗ＣＡｇ結合ドメインは、リンカー配列によりＴＣＲ細胞外ドメインに接続されている。場合によっては、リンカー領域は、（Ｇ４Ｓ）ｎ（式中、ｎ＝１〜４）を含む。
[00564]場合によっては、がん抗原発現と関連する疾患は、増殖性疾患、がん、悪性腫瘍、骨髄異形成、骨髄異形成症候群、前白血病、がん抗原の発現と関連する非がん性の関連する徴候からなる群から選択される。場合によっては、この疾患は、がんまたはその転移である。場合によっては、ＴＦＰ分子を発現する細胞は、ＴＦＰ分子を発現する細胞の有効性を増加させる薬剤と組み合わせて投与される。
[00565]一態様では、本明細書で提供される単離された核酸分子、本明細書で提供される単離されたポリペプチド分子、本明細書で提供される単離されたＴＦＰ、本明細書で提供される複合体、本明細書で提供されるベクター、または本明細書で提供される細胞は、医薬として使用されるためのものである。
[00566]「刺激」という用語は、刺激ドメインまたは刺激分子（例えばＴＣＲ／ＣＤ３複合体）とそのコグネートリガンドとの結合により誘発される一次反応を指し、それにより、シグナル伝達事象（例えば、限定されないが、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体によるシグナル伝達）が媒介される。刺激により、ある特定の分子の発現の変更、および／または細胞骨格構造の再構築、および同類のものが媒介され得る。
[00567]ＴＦＰを作製する方法、発現させる方法、および単離する方法は、当分野で例えば、米国付与前公表第２０１７０１６６６２２Ａ１号で公知であり、これにより参照により本明細書に組み込まれる。
抗原結合ドメイン
[00568]一態様では、本発明のＴＦＰは、抗原結合ドメインと別途称される標的特異的結合エレメントを含む。この部分の選択は、標的細胞の表面を定義する標的抗原のタイプおよび数に依存する。例えば、抗原結合ドメインは、特定の疾患状態と関連する標的細胞上の細胞表面マーカーとして作用する標的抗原を認識するように選択され得る。そのため、本発明のＴＦＰにおける抗原結合ドメインの標的抗原として作用し得る細胞表面マーカーの例として、がん性疾患（例えば悪性疾患）と関連するものが挙げられる。
[00568]一態様では、本発明のＴＦＰは、抗原結合ドメインと別途称される標的特異的結合エレメントを含む。この部分の選択は、標的細胞の表面を定義する標的抗原のタイプおよび数に依存する。例えば、抗原結合ドメインは、特定の疾患状態と関連する標的細胞上の細胞表面マーカーとして作用する標的抗原を認識するように選択され得る。そのため、本発明のＴＦＰにおける抗原結合ドメインの標的抗原として作用し得る細胞表面マーカーの例として、がん性疾患（例えば悪性疾患）と関連するものが挙げられる。
[00569]一態様では、ＴＦＰ媒介性Ｔ細胞応答は、所望の抗原に特異的に結合するＴＦＰへの抗原結合ドメインの操作により、目的の抗原に誘導され得る。一態様では、抗原結合ドメインを含む、ＴＦＰの部分は、がん抗原（ＣＡｇ）を標的とする抗原結合ドメインを含む。一態様では、この抗原結合ドメインは、ヒトＣＡｇを標的とする。
[00570]抗原結合ドメインは、ＣＡｇに結合する任意のドメイン（限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、およびこれらの機能的断片を含む（例えば、限定されないが、一本鎖抗体、例えば、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、およびラクダ由来ナノボディの可変ドメイン（ＶＨＨ）））、および抗原結合ドメインとして機能することが当分野で公知である代替足場に結合する任意のドメイン（例えば、組換えフィブロネクチンドメイン、アンチカリン、ＤＡＲＰＩＮ、および同類のもの）であり得る。同様に、標的ＣＡｇを特異的に認識して結合する天然または合成のリガンドは、ＴＦＰの抗原結合ドメインとして使用され得る。場合によっては、ＴＦＰが最終的に使用されるのと同一の種に抗原結合ドメインが由来することが有利である。例えば、ヒトでの使用の場合には、抗体または抗体断片の抗原結合ドメインのヒト残基またはヒト化残基をＴＦＰの抗原結合ドメインが含むことが有利であり得る。
[00571]抗体またはその抗体断片を含む、本発明のＴＦＰ組成物の部分は、抗原結合ドメインが、マウス抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体に由来する連続的なポリペプチド鎖（例えば、単一ドメイン抗体断片（ｓｄＡｂ）、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）を含む）の一部として発現される様々な形態で存在し得る（Harlow et al., 1999, In: Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y.；Harlow et al., 1989, In: Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, N.Y.；Houston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883；Bird et al., 1988, Science 242:423-426)。一態様では、本発明のＴＦＰ組成物の抗原結合ドメインは、抗体断片を含む。さらなる態様では、ＴＦＰは、ｓｃＦｖまたはｓｄＡｂを含む抗体断片を含む。
[00572]別の態様では、抗原結合ドメインは、ヒト化抗体または抗原結合ドメインを含む。一実施形態では、抗原結合ドメインは、本明細書に記載される抗体の１つまたは複数（例えば、１つ、２つ、または３つ全て）の軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｌ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲ−Ｌ２）、および軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲ−Ｌ３）と、本明細書に記載される抗体の１つまたは複数（例えば、１つ、２つ、または３つ全て）の重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｈ１）、重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲ−Ｈ２）、および重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲ−Ｈ３）とを含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は、配列番号９９〜１１２のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ２は、配列番号７１〜８４のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は、配列番号４３〜５６のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は、配列番号８５〜９８のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ２は、配列番号５７〜７０のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、配列番号２９〜４２のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、抗原結合ドメインは、本明細書に記載される軽鎖可変領域、および／または本明細書に記載される重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号１５〜２８のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号１〜１４のうちのいずれか１つから選択される配列を含む。一実施形態では、抗原結合ドメインは、アミノ酸配列の軽鎖可変領域および重鎖可変領域（例えば、本明細書に記載される軽鎖可変領域および重鎖可変領域）を含むｓｃＦｖである。ある実施形態では、抗原結合ドメイン（例えばｓｃＦｖ）は、本明細書で提供される軽鎖可変領域のアミノ酸配列の少なくとも１個、２個、もしくは３個の改変（例えば置換）を有するが３０個、２０個、もしくは１０個以下の改変（例えば置換）を有するアミノ酸配列、または本明細書で提供されるアミノ酸配列と８５〜９９％（例えば、９０〜９９％または９５〜９９％）の同一性を有する配列を含む軽鎖可変領域；および／または本明細書で提供される重鎖可変領域のアミノ鎖配列の少なくとも１個、２個、もしくは３個の改変（例えば置換）を有するが３０個、２０個、もしくは１０個以下の改変（例えば置換）を有するアミノ酸配列または本明細書で提供されるアミノ酸配列と８５〜９９％（例えば、９０〜９９％もしくは９５〜９９％）の同一性を有する配列を含む重鎖可変領域を含む。
[00573]「刺激分子」または「刺激ドメイン」という用語は、Ｔ細胞シグナル伝達経路の少なくともいくつかの態様に対して刺激的にＴＣＲ複合体の一次活性化を制御する一次細胞質シグナル伝達配列を生じるＴ細胞により発現される分子またはその一部を指す。一態様では、一次シグナルは、例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体と、ペプチドが含まれるＭＨＣ分子との結合により開始され、Ｔ細胞応答（限定されないが、増殖、活性化、分化、および同類のものを含む）が媒介される。刺激的に作用する一次細胞質シグナル伝達配列（「一次シグナル伝達ドメイン」とも称される）は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）として既知であるシグナル伝達モチーフを含有し得る。本発明で特に使用されるＩＴＡＭ含有一次細胞質シグナル伝達配列の例として、ＴＣＲゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ２７８（「ＩＣＯＳ」としても既知である）、およびＣＤ６６ｄに由来するものが挙げられるが、これらに限定されない。
[00574]「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」という用語は、その表面上で、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）と複合体化した外来抗原を提示する免疫系細胞（例えば、アクセサリー細胞（例えば、Ｂ細胞、樹状細胞、および同類のもの）を指す。Ｔ細胞は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を使用して、この複合体を認識し得る。ＡＰＣは、抗原をプロセシングしてＴ細胞に提示する。
[00575]「細胞内シグナル伝達ドメイン」という用語は、本明細書で使用される場合、分子の細胞内部分を指す。細胞内シグナル伝達ドメインは、ＴＦＰ含有細胞（例えば、ＴＦＰ発現Ｔ細胞）の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを生成する。例えばＴＦＰ発現Ｔ細胞中での免疫エフェクター機能の例として、細胞溶解活性およびＴヘルパー細胞活性（サイトカインの分泌を含む）が挙げられる。ある実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインを含み得る。例示的な一次細胞内シグナル伝達ドメインとして、一次刺激または抗原依存性シミュレーションの原因となる分子に由来するものが挙げられる。ある実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激細胞内ドメインを含み得る。例示的な共刺激細胞内シグナル伝達ドメインとして、共刺激シグナルまたは抗原非依存性刺激の原因となる分子に由来するものが挙げられる。
[00576]一次細胞内シグナル伝達ドメインは、ＩＴＡＭ（「免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ」）を含み得る。ＩＴＡＭ含有一次細胞質シグナル伝達配列の例として、ＣＤ３ゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ならびにＣＤ６６ｄ ＤＡＰ１０およびＤＡＰ１２に由来するものが挙げられるが、これらに限定されない。
[00577]「共刺激ドメイン」という用語は、共刺激リガンドに特異的に結合し、それによりＴ細胞による共刺激応答（例えば、限定されないが、増殖）を媒介するＴ細胞上のコグネート結合パートナーを指す。共刺激分子は、抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子であって、効率的な免疫応答に必要な分子である。共刺激分子として、ＭＨＣクラスＩ分子、ＢＴＬＡおよびＴｏｌｌリガンド受容体、ならびにＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ５、ＩＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）および４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）が挙げられるが、これらに限定されない。共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内部分であり得る。共刺激分子は、下記のタンパク質ファミリーで表現され得る：ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球活性化分子（ＳＬＡＭタンパク質）、および活性化ＮＫ細胞受容体。そのような分子の例として、下記が挙げられる：ＣＤ２７、ＣＤ２８、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＩＣＯＳ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ、リンパ球機能関連抗原−１（ＬＦＡ−１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７−Ｈ３、およびＣＤ８３に特異的に結合するリガンド、および同類のもの。細胞内シグナル伝達ドメインは、このドメインが由来する分子の細胞内タンパク質全体、または天然細胞内シグナル伝達ドメイン全体、またはこれらの機能的断片を含み得る。「４−１ＢＢ」という用語は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ６２４７８．２として提供されるアミノ酸配列を有するかまたは非ヒト種（例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿、および同類のもの）からの同等の残基を有するＴＮＦＲスーパーファミリのメンバーを指し、「４−１ＢＢ共刺激ドメイン」は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ６２４７８．２のアミノ酸残基２１４〜２５５と定義されるか、または非ヒト種（例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿、および同等のもの）からの同等の残基と定義される。
細胞外ドメイン
[00578]細胞外ドメインは、天然供給源に由来してもよいし、組換え供給源に由来してもよい。供給源が天然である場合には、このドメインは、任意のタンパク質に由来し得るが、特に膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来し得る。一態様では、細胞外ドメインは、膜貫通ドメインと会合し得る。本発明での特定の用途の細胞外ドメインは、例えばＴ細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖、もしくはゼータ鎖、またはＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、もしくはＣＤ３デルタ、または代替実施形態では、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４の細胞外領域を少なくとも含み得る。
[00578]細胞外ドメインは、天然供給源に由来してもよいし、組換え供給源に由来してもよい。供給源が天然である場合には、このドメインは、任意のタンパク質に由来し得るが、特に膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来し得る。一態様では、細胞外ドメインは、膜貫通ドメインと会合し得る。本発明での特定の用途の細胞外ドメインは、例えばＴ細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖、もしくはゼータ鎖、またはＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、もしくはＣＤ３デルタ、または代替実施形態では、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４の細胞外領域を少なくとも含み得る。
膜貫通ドメイン
[00579]一般に、ＴＦＰ配列は、単一ゲノム配列によりコードされる細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインを含有する。代替実施形態では、ＴＦＰは、このＴＦＰの細胞外ドメインに対して異種である膜貫通ドメインを含むように設計され得る。膜貫通ドメインとして、膜貫通領域に隣接する１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、膜貫通が由来したタンパク質の細胞外ドメインと会合している１個もしくは複数のアミノ酸（例えば、細胞外領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または最大１５個のアミノ酸））、および／または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域と会合している１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、細胞内領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または最大１５個のアミノ酸）が挙げられ得る。一態様では、膜貫通ドメインは、使用されるＴＦＰの他のドメインのうちの１つと会合しているものである。場合によっては、膜貫通ドメインは、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるために、同一のまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を避けるように選択され得るかまたはアミノ酸置換により改変され得る。一態様では、膜貫通ドメインは、ＴＦＰ−Ｔ細胞表面上の別のＴＦＰとホモ二量体化し得る。異なる態様では、膜貫通ドメインのアミノ鎖配列は、同一のＴＦＰ中に存在する天然結合パートナーの結合ドメインとの相互作用を最小限に抑えるように改変され得るかまたは置換され得る。
[00579]一般に、ＴＦＰ配列は、単一ゲノム配列によりコードされる細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインを含有する。代替実施形態では、ＴＦＰは、このＴＦＰの細胞外ドメインに対して異種である膜貫通ドメインを含むように設計され得る。膜貫通ドメインとして、膜貫通領域に隣接する１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、膜貫通が由来したタンパク質の細胞外ドメインと会合している１個もしくは複数のアミノ酸（例えば、細胞外領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または最大１５個のアミノ酸））、および／または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域と会合している１個もしくは複数の追加のアミノ酸（例えば、細胞内領域の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または最大１５個のアミノ酸）が挙げられ得る。一態様では、膜貫通ドメインは、使用されるＴＦＰの他のドメインのうちの１つと会合しているものである。場合によっては、膜貫通ドメインは、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるために、同一のまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を避けるように選択され得るかまたはアミノ酸置換により改変され得る。一態様では、膜貫通ドメインは、ＴＦＰ−Ｔ細胞表面上の別のＴＦＰとホモ二量体化し得る。異なる態様では、膜貫通ドメインのアミノ鎖配列は、同一のＴＦＰ中に存在する天然結合パートナーの結合ドメインとの相互作用を最小限に抑えるように改変され得るかまたは置換され得る。
[00580]膜貫通ドメインは、天然供給源に由来してもよいし、組換え供給源に由来してもよい。供給源が天然である場合には、このドメインは、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来し得る。一態様では、膜貫通ドメインは、ＴＦＰが標的に結合した場合は常に、細胞内ドメインにシグナル伝達し得る。本発明での特定の用途の膜貫通ドメインは、例えばＴ細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖、またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４の膜貫通領域を少なくとも含み得る。
[00581]場合によっては、膜貫通ドメインは、ヒンジ（例えば、ヒトタンパク質由来のヒンジ）を介して、ＴＦＰの細胞外領域（例えば、ＴＦＰの抗原結合ドメイン）に付着され得る。例えば、一実施形態では、このヒンジは、ヒト免疫グロブリン（Ｉｇ）ヒンジであり得、例えば、ＩｇＧ４ヒンジまたはＣＤ８ａヒンジであり得る。
リンカー
[00582]任意選択で、リンカーは、ＴＦＰの膜貫通ドメインと細胞質領域との間に連結を形成し得る。リンカーの配向およびサイズの例に関して、例えば、参照により本明細書に組み込まれるHollinger et al. 1993 Proc Natl Acad. Sci. U.S.A. 90:6444-6448、米国特許出願公開第２００５／０１００５４３号、同第２００５／０１７５６０６号、同第２００７／００１４７９４号、ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ２００６／０２０２５８およびＷＯ２００７／０２４７１５を参照されたい。
[00582]任意選択で、リンカーは、ＴＦＰの膜貫通ドメインと細胞質領域との間に連結を形成し得る。リンカーの配向およびサイズの例に関して、例えば、参照により本明細書に組み込まれるHollinger et al. 1993 Proc Natl Acad. Sci. U.S.A. 90:6444-6448、米国特許出願公開第２００５／０１００５４３号、同第２００５／０１７５６０６号、同第２００７／００１４７９４号、ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ２００６／０２０２５８およびＷＯ２００７／０２４７１５を参照されたい。
[00583]例えば、２〜１０個の間のアミノ酸の長さの短いオリゴペプチドリンカーまたはポリペプチドリンカーは、ＴＦＰの膜貫通ドメインと細胞質領域との間に連結を形成し得る。場合によっては、リンカーは、ＶＬ領域とＶＨ領域との間の約１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、または１５個超の残基であり得る。リンカー配列は、任意の天然に存在するアミノ酸を含み得る。リンカー長の変形形態は、活性を保持し得るかまたは増強し得、活性研究において優れた有効を生じる。
[00584]一態様では、リンカーは、長さおよび／またはアミノ酸組成が最適化されているアミノ酸グリシンおよびセリンを含む。リンカー長は、ポリペプチドの可変領域がどれくらいフォールドして相互作用するかに大きな影響を及ぼし得る。実際には、短いポリペプチドリンカー（例えば５〜１０個の間のアミノ酸）が用いられる場合には、鎖内フォールディングが妨げられる。鎖内フォールディングはまた、２つの可変領域をまとめて機能的エピトープ結合部位を形成するためにも必要である。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ（式中、ｎは、１以上の正の整数である）などのグリシンおよびセリンの繰り返しのセットを含む。場合によっては、リンカー配列は、長いリンカー（ＬＬ）配列を含む。場合によっては、長いリンカー配列は、（Ｇ４Ｓ）ｎ（式中、ｎ＝２〜４）を含む。場合によっては、リンカー配列は、短いリンカー（ＳＬ）配列を含む。場合によっては、短いリンカー配列は、（Ｇ４Ｓ）ｎ（式中、ｎ＝１〜３）を含む。グリシン−セリンダブレットは、特に適切なリンカーを提供する。例えば、一態様では、リンカーは、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＧＧＴＧＧＣＧＧＡＧＧＴＴＣＴＧＧＡＧＧＴＧＧＡＧＧＴＴＣＣのヌクレオチド配列によりコードされる。一実施形態では、リンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）４または（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３であり得る。
抗体を操作する方法
[00585]上記で論じたように、本明細書で開示されているＶＨ配列を有する抗体およびＶＬ配列を有する抗体をそれぞれ使用して、ＶＨ配列および／もしくはＶＬ配列またはこれらに付着している定常領域を改変することにより、新規の抗体を作製し得る。そのため、本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る別の態様では、本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る本明細書で開示されている抗体の構造的特徴をそれぞれ使用して、ヒトがん細胞抗原への結合などの本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る親抗体の少なくとも１つの機能的特性を保持する構造的に関連する抗体を作製する。例えば、本明細書で開示される１つの抗体の１つもしくは複数のＣＤＲ領域またはその突然変異を、上記で論じたように、既知のフレームワーク領域および／または他のＣＤＲとの組換えにより合わせて、本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る追加の組換えにより操作された抗体を作製し得る。改変の他のタイプとして、前節で説明されているものが挙げられる。この操作する方法のための出発材料は、本明細書で提供されるＶＨ配列および／もしくはＶＬ配列のうちの１つもしくは複数、またはそれらの１つもしくは複数のＣＤＲ領域、または本明細書で提供されるＣＤＲ１領域配列、ＣＤＲ２領域配列、およびＣＤＲ３領域配列のうちの１つもしくは複数である。操作された抗体を作製するために、本明細書で提供されるＶＨ配列および／もしくはＶＬ配列のうちの１つもしくは複数、またはそれらの１つもしくは複数のＣＤＲ領域を有する抗体を実際に調製する（即ち、タンパク質として発現させる）必要はない。むしろ、配列に含まれる情報を出発材料として使用して、元の配列に由来する「第二世代」配列を作製し、次いで、この「第二世代」配列を調製してタンパク質として発現させる。
[00585]上記で論じたように、本明細書で開示されているＶＨ配列を有する抗体およびＶＬ配列を有する抗体をそれぞれ使用して、ＶＨ配列および／もしくはＶＬ配列またはこれらに付着している定常領域を改変することにより、新規の抗体を作製し得る。そのため、本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る別の態様では、本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る本明細書で開示されている抗体の構造的特徴をそれぞれ使用して、ヒトがん細胞抗原への結合などの本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る親抗体の少なくとも１つの機能的特性を保持する構造的に関連する抗体を作製する。例えば、本明細書で開示される１つの抗体の１つもしくは複数のＣＤＲ領域またはその突然変異を、上記で論じたように、既知のフレームワーク領域および／または他のＣＤＲとの組換えにより合わせて、本開示の少なくともいくつかの実施形態に係る追加の組換えにより操作された抗体を作製し得る。改変の他のタイプとして、前節で説明されているものが挙げられる。この操作する方法のための出発材料は、本明細書で提供されるＶＨ配列および／もしくはＶＬ配列のうちの１つもしくは複数、またはそれらの１つもしくは複数のＣＤＲ領域、または本明細書で提供されるＣＤＲ１領域配列、ＣＤＲ２領域配列、およびＣＤＲ３領域配列のうちの１つもしくは複数である。操作された抗体を作製するために、本明細書で提供されるＶＨ配列および／もしくはＶＬ配列のうちの１つもしくは複数、またはそれらの１つもしくは複数のＣＤＲ領域を有する抗体を実際に調製する（即ち、タンパク質として発現させる）必要はない。むしろ、配列に含まれる情報を出発材料として使用して、元の配列に由来する「第二世代」配列を作製し、次いで、この「第二世代」配列を調製してタンパク質として発現させる。
[00586]標準的な分子生物技術を使用して、変更された抗体配列を調製して発現させ得る。好ましくは、変更された抗体配列によりコードされた抗体は、本明細書で提供される方法および配列によりそれぞれ産生された、本明細書で開示されている抗体の機能的特性のうちの１つ、いくつか、または全てを保持するものであり、この機能的特性として、特定のＫＤレベル以下でのがん細胞抗原への結合、および／または免疫刺激の調節、および／または例えばがん関連抗原を発現する所望の標的細胞への選択的結合が挙げられる。
[00587]変更された抗体の機能的特性を、当分野で利用可能なおよび／または本明細書に記載される標準的アッセイを使用して評価し得る。いくつかの実施形態では、突然変異を、本明細書で開示される抗体コード配列の全てまたは一部に沿って無作為にまたは選択的に導入し得、得られた改変抗体を、結合活性および／または他の所望の機能的特性に関してスクリーニングし得る。突然変異方法は、当分野で説明されている。例えば、ＳｈｏｒｔによるＰＣＴ公開番号ＷＯ０２／０９２７８０では、飽和変異誘発、合成ライゲーションアセンブリー、またはそれらの組み合わせを使用して抗体突然変異を作製してスクリーニングする方法が記載される。あるいは、Ｌａｚａｒ他によるＰＣＴ公開番号ＷＯ０３／０７４６７９では、抗体の生理化学的特性を最適化するためにコンピュータによるスクリーニング方法を使用する方法が記載される。
種選択性および種交差反応性
[00588]本開示のある特定の実施形態によれば、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原に結合し得るが、他の種からのがん抗原には結合し得ない。あるいは、ある特定の実施形態での抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原と、１種または複数の非ヒト種からのがん抗原とに結合する。例えば、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原に結合し得、場合によっては、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、スナネズミ、ブタ、ネコ、イヌ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、ウシ、ウマ、ラクダ、カニクイザル、マーモセット、アカゲザル、またはチンパンジーのがん抗原のうちの１つまたは複数に結合し得るかまたは結合し得ない。
[00588]本開示のある特定の実施形態によれば、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原に結合し得るが、他の種からのがん抗原には結合し得ない。あるいは、ある特定の実施形態での抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原と、１種または複数の非ヒト種からのがん抗原とに結合する。例えば、抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトがん抗原に結合し得、場合によっては、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、スナネズミ、ブタ、ネコ、イヌ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、ウシ、ウマ、ラクダ、カニクイザル、マーモセット、アカゲザル、またはチンパンジーのがん抗原のうちの１つまたは複数に結合し得るかまたは結合し得ない。
標的抗原の同定
スクリーニング方法
[00589]抗体は、当技術で公知の方法により結合親和性についてスクリーニングされ得る。たとえば、ゲルシフトアッセイ、ウェスタンブロット、放射線標識競合アッセイ、クロマトグラフィーによる共分別、共沈殿、架橋、ＥＬＩＳＡ、その他が使用でき、これらはたとえば参照によりその全体が本明細書に組み込まれるCurrent Protocols in Molecular Biology (1999) John Wiley & Sons, NYに記載されている。
スクリーニング方法
[00589]抗体は、当技術で公知の方法により結合親和性についてスクリーニングされ得る。たとえば、ゲルシフトアッセイ、ウェスタンブロット、放射線標識競合アッセイ、クロマトグラフィーによる共分別、共沈殿、架橋、ＥＬＩＳＡ、その他が使用でき、これらはたとえば参照によりその全体が本明細書に組み込まれるCurrent Protocols in Molecular Biology (1999) John Wiley & Sons, NYに記載されている。
[00590]抗原（たとえばがん関連抗原）上の所望のエピトープに結合する抗体について最初にスクリーニングするため、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow and David Lane (1988)に記載されているような通常の交差ブロッキングアッセイを実施することができる。通常の競合結合アッセイを使用することもでき、この場合、未知の抗体は本発明の抗原特異的抗体への抗原の結合を阻害する能力によって特徴付けられる。インタクトな抗原、その断片、または線状エピトープを使用することができる。エピトープマッピングはChampe et al., J. Biol. Chem. 270: 1388-1394 (1995)に記載されている。
[00591]本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、がんの予防または治療においても有用であり得る。がんの転移の予防または治療における候補抗体またはその抗原結合性断片の有効性は、Filderman et al., Cancer Res 52: 36616, 1992に記載されたヒト羊膜基底膜浸潤モデルを使用してスクリーニングされ得る。さらに、種々の型のがんの転移についての動物モデル系のいずれかも使用され得る。そのようなモデル系は、それだけに限らないが、Wenger et al., Clin. Exp. Metastasis 19: 169 73, 2002、Yi et al., Cancer Res. 62: 917 23, 2002、Tsutsumi et al., Cancer Lett 169: 77-85, 2001、Tsingotjidou et al., Anticancer Res. 21: 971 8, 2001、Wakabayashi et al., Oncology 59: 75 80, 2000、Culp and Kogerman, Front Biosci. 3:D672 83, 1998、Runge et al., Invest Radiol. 32: 212 7、Shioda et al., J. Surg. Oneal. 64: 122 6, 1997、Ma et al., Invest Ophthalmol Vis Sci. 37: 2293 301, 1996、Kuruppu et al., J Gastroenterol Hepatol. 11: 26 32, 1996に記載されたものを含む。効果的な抗体の存在下においては、がんの転移は防止され、または阻害されて転移が少なくおよび／または小さくなる。
[00592]特定の抗体、抗体の組み合わせ、またはそれらの断片は、好適な動物モデルを使用してｉｎ ｖｉｖｏで評価され得る。たとえば、ヒトリンパ腫細胞がヌードマウスまたはＳＣＩＤマウスなどの免疫機能が低下した動物に導入される異種リンパ腫がんモデルである。有効性は、腫瘍形成の阻害、腫瘍の縮退または転移、その他を測定するアッセイを使用して予測され得る。
[00593]ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの１つの変形形態では、本開示は、（ａ）固定化された抗原を候補抗体と接触させるステップ、および（ｂ）候補抗体の抗原への結合を検出するステップを含む方法を提供する。代替の実施形態では、候補抗体が固定化され、抗原の結合が検出される。固定化は、支持体、ビーズ、もしくはクロマトグラフィー用樹脂への共有結合ならびに抗体結合などの非共有、高親和性の相互作用、または固定化された化合物がビオチン部分を含むストレプトアビジン／ビオチン結合の使用を含む当技術で周知の方法のいずれかを使用して達成される。結合の検出は、（ｉ）固定化されていない化合物上の放射活性標識を使用して、（ｉｉ）固定化されていない化合物上の蛍光標識を使用して、（ｉｉｉ）固定化されていない化合物に対して免疫特異性の抗体を使用して、（ｉｖ）固定化された化合物が結合されている蛍光支持体を励起する固定化されていない化合物上の標識を使用して、ならびに当技術において周知で通常実施されている他の技術を使用して、達成することができる。
[00594]所望の標的の活性または発現をモジュレート（即ち増大、低減、またはブロック）する抗体は、想定されるモジュレーターを所望の標的を発現している細胞とインキュベートし、標的の活性または発現に対する想定されるモジュレーターの効果を判定することによって同定され得る。標的ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性をモジュレートする抗体の選択性は、標的ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対するその効果を、他の関連する化合物に対するその効果と比較することによって、評価することができる。選択的なモジュレーターは、たとえば抗体およびその他のタンパク質、ペプチド、または標的ポリペプチドもしくは標的ポリペプチドをコードする核酸に特異的に結合する有機分子を含み得る。標的活性のモジュレーターは、標的ポリペプチドの正常なまたは異常な活性が関与する疾患および生理学的病態の処置において治療のために有用である。標的は、たとえばがん関連抗原であり得るが、それだけに限定されない。
[00595]本発明はまた、抗原と相互作用し、または抗原の生物活性を阻害する（即ち酵素活性、結合活性、その他を阻害する）抗体を同定するための高スループットスクリーニング（ＨＴＳ）アッセイを包含する。ＨＴＳアッセイにより、多数の化合物を効率的にスクリーニングすることが可能になる。細胞系ＨＴＳシステムは、抗体とその標的抗原および結合パートナーとの間の相互作用を検討するために意図される。ＨＴＳアッセイは所望の特性を有する「ヒット」または「リード化合物」を同定するように設計され、これらから所望の特性を改善するように改変を設計することができる。「ヒット」または「リード化合物」の化学的改変は、「ヒット」と標的抗原との間の同定可能な構造／活性の関係に基づくことが多い。
[00596]本発明の別の態様は、標的抗原を抗体と接触させて、抗体が抗原の活性を改変するか否かを判定するステップを含む、標的抗原の活性をモジュレートする（即ち低減させる）抗体を同定する方法を指向している。試験抗体の存在下における活性は、試験抗体の非存在下における活性と比較される。試験抗体を含む試料の活性が試験抗体を含まない試料における活性より低ければ、抗体は活性を阻害したことになる。
[00597]当業者には周知の組換えポリペプチドの機能発現のために種々の異種系が利用可能である。そのような系は、細菌（Strosberg, et al., Trends in Pharmacological Sciences (1992) 13:95-98）、酵母（Pausch, Trends in Biotechnology (1997) 15:487-494）、数種類の昆虫細胞（Vanden Broeck, Int. Rev. Cytology (1996) 164:189-268)、両生類細胞（Jayawickreme et al., Current Opinion in Biotechnology (1997) 8: 629-634）、およびいくつかの哺乳動物細胞系（ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３、ＣＯＳ、その他、Gerhardt, et al., Eur. J. Pharmacology (1997) 334:1-23を参照）を含む。これらの例は、線虫から得られた細胞系（ＰＣＴ出願ＷＯ９８／３７１７７）を含むその他の可能な細胞発現系の使用を排除しない。
[00598]本発明の一実施形態では、標的抗原の活性をモジュレートする抗体をスクリーニングする方法は、抗体を標的抗原のポリペプチドと接触させて、抗体と標的抗原との間の複合体の存在をアッセイするステップを含む。そのようなアッセイでは、リガンドは典型的には標識される。好適なインキュベーションの後、遊離のリガンドは結合した形態で存在するものから分離され、遊離のまたは複合体化していない標識の量が、特定の抗体が標的抗原に結合する能力の尺度となる。
[00599]本開示は、標的抗原を同定し特徴付けるためのＨＴＳの使用を包含する。ＨＴＳはタンパク質アレイ（たとえば抗体アレイ、抗体マイクロアレイ、タンパク質マイクロアレイ）であり得る。アレイは、固体支持体上に固定化された本明細書で開示した１つもしくは複数の抗体またはその抗原結合性断片を含み得る。そのようなアレイを生成し使用する方法は当技術で周知である（たとえばBuessow et al., 1998、Lueking et al., 2003、Angenendt et al., 2002, 2003 a,b, 2004a, 2004b, 2006）。一部の実施形態では、極少量（たとえば１〜５００μｇ）の抗体またはその抗原結合性断片が固定化される。一部の実施形態では、１μｇ〜１００μｇ、１μｇ〜５０μｇ、１μｇ〜２０μｇ、３μｇ〜１００μｇ、３μｇ〜５０μｇ、３μｇ〜２０μｇ、５μｇ〜１００μｇ、５μｇ〜５０μｇ、５μｇ〜２０μｇの抗体が単一試料中に存在することになる。一態様では、複数の試料中の少なくとも１つの試料が１μｇ〜１００μｇ、１μｇ〜５０μｇ、１μｇ〜２０μｇ、３μｇ〜１００μｇ、３μｇ〜５０μｇ、３μｇ〜２０μｇ、５μｇ〜１００μｇ、５μｇ〜５０μｇ、５μｇ〜２０μｇで存在する抗体を有することになる。固体支持体は、抗体が直接または間接的に可逆的に結合することができ、それによりその抗体を望ましくない材料、たとえば過剰の試薬、夾雑物、および溶媒から分離することを可能にする不溶性の官能化材料を指す。固体支持体の例は、たとえば官能化されたポリマー材料、たとえばアガロースもしくはそのビーズ形態のセファロース（登録商標）、デキストラン、ポリスチレンおよびポリプロピレン、またはそれらの混合物、微小流体チャネル構造を含むコンパクトディスク、タンパク質アレイチップ、ピペットチップ、膜、たとえばニトロセルロースもしくはＰＶＤＦ膜、ならびに微粒子、たとえば常磁性もしくは非常磁性のビーズを含む。一部の実施形態では、親和性媒体が固体支持体に結合され、抗体は親和性媒体を介して間接的に固体支持体に結合されることになる。一態様では、固体支持体はプロテインＡ親和性媒体またはプロテインＧ親和性媒体を含む。「プロテインＡ親和性媒体」および「プロテインＧ親和性媒体」は、それぞれプロテインＡもしくはプロテインＧのＦｃ結合ドメイン、またはそれぞれプロテインＡもしくはプロテインＧのＦｃ結合ドメインの変異したバリアントまたは断片を含む天然または合成のタンパク質がその上に結合した固相をそれぞれ指し、そのバリアントまたは断片は抗体のＦｃ部分の親和性を保持している。抗体アレイは、組織化された高密度フォーマットで固体表面上に抗体を移送し、続いて化学的に固定化することによって作製することができる。アレイの作製のための代表的な手法は、光リソグラフィー、インクジェットおよび接触印刷、液体吐出、ならびにピエゾ電気を含む。抗体アレイのパターンおよび寸法は、それぞれの特定の用途によって決定すべきである。それぞれの抗体スポットの寸法は使用者によって容易に制御され得る。抗体は拡散、吸着／吸収、または共有架橋および親和性を介して種々の種類の表面に結合され得る。抗体は平坦なガラス表面上に直接スポットされ得る。印刷プロセスの間に抗体を湿潤環境中に保持するために、試料緩衝液中で高パーセント（たとえば３０〜４０％）のグリセロールを使用してよく、湿度を制御した環境中でスポッティングを実施する。
[00600]より良い結合容量を達成するために基材の表面が改質され得る。たとえば、ガラス表面を薄いニトロセルロース膜またはポリ−Ｌ−リシンでコートし、それにより改質した表面に抗体を非特異的相互作用によって受動的に吸着させることができる。抗体は共有結合または非共有結合による化学的ライゲーションによって支持体表面に固定化され得る。抗体を固体支持体上に共有結合によって固定化するために多くの公知の方法がある。たとえば、MacBeath et al., (1999) J. Am. Chem. Soc. 121:7967-7968)らはマイケル付加を使用して、チオール含有化合物をマレイミド誘導ガラススライドに連結し、小分子のマイクロアレイを形成している。また、Lam & Renil (2002) Current Opin. Chemical Biol. 6:353-358を参照されたい。潜在的な抗原が特定の型のがんに関連しているかに応じて、さらなるバイオマーカーに特異的な抗体が抗体アレイに含まれ得る。バイオマーカーの代表的な例は、ＴＲＯＰ／ＴＮＦＲＳＦ１９、ＩＬ−１ ｓＲＩ、ｕＰＡＲ、ＩＬ−１０、ＶＣＡＭ−１（ＣＤ１０６）、ＩＬ−１０受容体−β、ＶＥ−カドヘリン、ＩＬ−１３受容体−α１、ＶＥＧＦ、ＩＬ−１３受容体−α２、ＶＥＧＦ Ｒ２（ＫＤＲ）、ＩＬ−１７、ＶＥＧＦ Ｒ３を含む。
[00601]アレイは、単一抗体（標識ベース）検出または２抗体（サンドイッチ系）検出を採用することができる。一部の実施形態では、以下の標準的な手法に従う（抗体サンドイッチアッセイとしても公知である）ＥＬＩＳＡを実施し得る。固体支持体上に配置された（たとえばその上にコートされた）抗原に対する捕捉抗体として使用される抗体は次に少なくとも１回、（たとえば水および／またはＰＢＳ−ｔなどの緩衝液によって）洗浄され、次に標準的なブロッキング緩衝液で洗浄され、次いで少なくとももう１回洗浄される。次いで固体支持体は抗体−抗原複合体を形成させる条件で（たとえば約４℃〜約室温の温度で１時間〜約２４時間インキュベートする）試料／生体試料と接触させられる。本明細書で使用される場合、「生体試料」および「試料」は相互交換可能に使用され、対象から得られる流体（本明細書で流体試料および生体流体とも称される）および組織を包含する。本明細書で使用される用語「生体流体」は、血液試料、脳脊髄液（ＣＳＦ）、尿、および対象から得られるその他の液体などの生物学的流体試料、または細胞成分が溶解して細胞内容物を緩衝液またはその他の液体媒体中に放出しているそれらの流体の可溶化された調製物を指す。その定義は、その入手の後で試薬による処置、またはタンパク質もしくはポリヌクレオチドなどのある種の成分の富化などの何らかの方法で操作された試料をも含む。用語「血液試料」は、全血、血漿、および血清を包含する。固体組織試料は、生検検体および組織培養またはそれから誘導された細胞、ならびにそれらの子孫を含む。試料は単一細胞または単一を超える細胞を含み得る。生体試料は対象のヒトまたは動物から誘導された培養細胞の集団であってもよい。しかし、生体試料が細胞集団を含むときは常に、本方法は最初に細胞を溶解することによって細胞成分を可溶化して固体状の細胞デブリを除去し、それによりバイオマーカーの溶液を準備することを必要とする。試料は、溶解、分別、親和性精製を含む精製、ＦＡＣＳ、レーザー捕捉顕微解剖、または等密度遠心法などの当技術で公知の方法によって調製することができる。次いで支持体を少なくとも１回（たとえばＰＢＳ−ｔなどの緩衝液で）洗浄してよい。捕捉抗体と試料中に存在し得る抗原との間の複合体生成を検出するために、二次抗体とそれぞれのバイオマーカーとの間の複合体形成を可能にする条件（たとえば室温で少なくとも１時間）で、二次抗体または「検出」抗体を（たとえばブロッキング緩衝液で希釈された）固体支持体に加える。二次抗体は、抗原上の捕捉抗体とは異なるエピトープに結合するように選択される。捕捉および検出抗体の最適濃度は、「クリス−クロス」希釈法などの標準的な手法を使用して決定される。検出抗体は直接または間接的に、検出可能な標識にコンジュゲートされ得る。
[00602]本明細書で使用される用語「検出可能な標識」は、当技術で公知の標識部分を指す。前記部分は、たとえば放射標識（たとえば３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、３２Ｐ、その他）、検出可能な酵素（たとえばセイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ、その他）、色素（たとえば蛍光色素）、金コロイドまたは着色したガラスもしくはプラスチック（たとえばポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックス、その他）などの比色標識、ビーズ、または比色、蛍光、化学発光、もしくは電気化学発光（ＥＣＬ）シグナルなどの検出可能なシグナルを生成することができる任意の他の部分であってよい。本明細書で使用される用語「色素」は、その存在がその吸光特性または発光特性によって検出され得る任意のレポーター群を指す。たとえば、Ｃｙ５はシアニン色素ファミリーの反応性水溶性蛍光色素である。Ｃｙ５は赤色領域（約６５０〜約６７０ｎｍ）で蛍光性である。これは窒素側鎖の一方または両方に反応性基を有するように合成することができ、それによりこれらを核酸またはタンパク質の分子に化学的に連結することができる。標識は可視化および定量の目的のために行なわれる。Ｃｙ５は約６４９ｎｍで最大励起されて、スペクトルの遠赤部分である約６７０ｎｍで最大発光し、量子収率は０．２８（ＦＷ＝７９２）である。本開示のプローブのために適した蛍光分子（クロム）は、それだけに限定することを意図していないが、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ、緑色）、シアニン色素Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、Ｃｙ７．５（緑色〜近赤外の範囲）、テキサスレッド、その他から選択することができる。本開示の実施形態における使用のためのこれらの色素の誘導体としては、それだけに限らないが、Ｃｙ色素（Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒｓ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ Ｉｎｃ．社）、ＨＩＬＹＴＥ（商標）Ｆｌｕｏｒｓ（ＡｎａＳｐｅｃ社）、およびＤＹＬＩＴＥ（商標）Ｆｌｕｏｒｓ（Ｐｉｅｒｃｅ，Ｉｎｃ社）があり得る。一部の実施形態では、検出可能な標識はビオチンなどの発色性標識であり、この場合には検出抗体−ビオチンコンジュゲートはストレプトアビジン／セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）またはその等価物を使用して検出される。ストレプトアビジンは適切なブロックで希釈され、室温で３０分インキュベートされ得る。本発明における使用に適したその他の検出可能な標識は、蛍光標識および化学発光標識を含む。
[00603]次いで支持体が洗浄され、以下の発色システム（ＳＩＧＭＡ ＦＡＳＴ（商標）ＯＰＤシステム）、蛍光システム、または化学発光システムなどの標準的なプロトコールを使用して標識（たとえばストレプトアビジン上のＨＲＰ酵素コンジュゲート）が検出される。次いで試料中に存在する抗原の量がＥＬＩＳＡプレートリーダー（たとえばＳｐｅｃｔｒａＭａｘ３８４または等価物）で読み取られる。次いで抗原のそれぞれの濃度が（たとえば精製された抗原から生成した標準曲線を用い、標準的な曲線適合法に従って希釈倍率をかけることによって）逆算され、次いで（健常な対象から得られた組織試料から生成された）対照と比較され得る。
[00604]一実施形態では、生体試料、たとえば生体流体は、試料の構成成分の一部または全てに、特にバイオマーカーを含むそのタンパク質またはペプチド成分にビオチン部分を結合させることができる当技術で周知の試薬のシステムと接触させられる。このビオチニル化ステップに続いて、ビオチニル化された生体試料は、次に抗原のそれぞれに特異的な抗体のアレイを含む抗体アレイと接触させられる。
[00605]試料中に抗原があればそれがアレイの対応する抗体と結合することを可能にするように容易に選択される適切なインキュベーション期間の後、流体試料はアレイから洗浄される。次いでアレイは、（ＥＬＩＳＡに関連して上述した）検出可能な標識にコンジュゲートしたアビジンまたはストレプトアビジンなどのビオチン結合ポリペプチドと接触させられる。（対照に対する）アレイ上の標識の検出は、それぞれの抗体によって捕捉されたバイオマーカーのうちいずれが試料中に存在するかを指示することになる。
[00606]特定のアッセイフォーマットに関わらず、ビオチン標識に基づくアレイ方法はいくつかの見地から比較的有利である。ビオチン標識はシグナルの増幅として使用することができる。ビオチンはタンパク質を標識するための最も一般的な方法であり、標識プロセスは極めて効率的であり得る。さらに、ビオチンは蛍光ストレプトアビジンを使用して検出することができ、したがってレーザースキャナーまたは化学発光を用いるＨＲＰ−ストレプトアビジンを介して可視化することができる。ビオチン標識に基づく抗体アレイを使用して、大部分の標的タンパク質をｐｇ／ｍｌのレベルで検出することができる。本方法の検出感度は３−ＤＮＡ検出技術またはローリングサークル増幅を用いることによってさらに向上させることができる（Schweitzer et al., (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97:10113-10119、Horie et al., (1996) Int. J. Hematol. 63:303-309）。
[00607]本開示に関しては、試料は疾患（たとえばがん）を有する対象および健常な対象から得ることができる。
[00608]一部の実施形態では、公知の同一性を有するタンパク質抗原が捕捉分子として固体支持体上に固定化され、公知の抗原が候補抗体に結合するか否かを判定しようとする場合に、タンパク質アレイを使用することができる。固定化された抗体によって捕捉した後に検出または免疫沈降を可能にするタグによって抗原を標識することができる。タンパク質抗原は、たとえばがん患者またはがん細胞から得ることができる。いくつかの市販のタンパク質アレイ、たとえばＰｒｏｔｏＡｒｒａｙ（登録商標）、Ｋｉｎｅｘ（商標）、ＲａｙＢｉｏ（登録商標）Ｈｕｍａｎ ＲＴＫ Ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ａｒｒａｙが利用可能である。抗体−抗原複合体は当技術で公知の方法（たとえば免疫沈降またはウェスタンブロット）によって得ることができる。本研究において目的となり得るタンパク質アレイおよび抗体アレイに関する総説については、Reymond Sutandy, et al.. 2013、Liu, B. C.-S., et al. 2012; Haab BB, 2005を参照されたい。
[00608]一部の実施形態では、公知の同一性を有するタンパク質抗原が捕捉分子として固体支持体上に固定化され、公知の抗原が候補抗体に結合するか否かを判定しようとする場合に、タンパク質アレイを使用することができる。固定化された抗体によって捕捉した後に検出または免疫沈降を可能にするタグによって抗原を標識することができる。タンパク質抗原は、たとえばがん患者またはがん細胞から得ることができる。いくつかの市販のタンパク質アレイ、たとえばＰｒｏｔｏＡｒｒａｙ（登録商標）、Ｋｉｎｅｘ（商標）、ＲａｙＢｉｏ（登録商標）Ｈｕｍａｎ ＲＴＫ Ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ａｒｒａｙが利用可能である。抗体−抗原複合体は当技術で公知の方法（たとえば免疫沈降またはウェスタンブロット）によって得ることができる。本研究において目的となり得るタンパク質アレイおよび抗体アレイに関する総説については、Reymond Sutandy, et al.. 2013、Liu, B. C.-S., et al. 2012; Haab BB, 2005を参照されたい。
[00609]例示的な免疫沈降法では、抗原を含む試料に本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片を最初に添加し、インキュベートして、抗原−抗体複合体を形成させる。続いて、抗原−抗体複合体をプロテインＡ／Ｇコートビーズと混合して、ビーズに複合体を吸収させる。改変したアプローチでは、抗体またはその抗原結合性断片を組換えＤＮＡ手法によってＨｉｓタグまたはその他のタグ（たとえばＦＬＡＧタグ、ビオチンタグ）と融合させ、タグに対する抗体を使用して免疫沈降させる（プルダウンアッセイ）。次いでビーズを完全に洗浄し、酸性溶液またはＳＤＳによってビーズから抗原を溶出させる。溶出した試料を質量分析またはＳＤＳｐａｇｅを使用して分析し、抗原を同定し確認することができる。タンパク質マイクロアレイ上で形成された抗体−抗原複合体を分析して質量分析によって抗原を同定する方法は公知である。
[00610]一態様では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、がんの治療のための治療用抗体として意図されている。したがって、抗体またはその抗原結合性断片は、抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）アッセイおよび／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）アッセイにおいてさらにスクリーニングすることができる。「ＡＤＣＣ活性」は、ＡＤＣＣ反応を誘発する抗体の能力を指す。ＡＤＣＣはＦｃＲを発現する抗原非特異的細胞傷害性細胞（たとえばナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、およびマクロファージ）が標的細胞の表面に結合した抗体を認識し、続いて標的細胞（たとえばがん細胞）の溶解を惹起する（即ち「殺す」）細胞媒介反応である。一次メディエーター細胞はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞である。ＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現し、ＦｃγＲＩＩＩＡは活性化受容体であり、ＦｃγＲＩＩＩＢは阻害性受容体である。単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、およびＦｃγＲＩＩＩを発現する（Ravetch et al. (1991) Annu. Rev. Immunol., 9:457-92）。ＡＤＣＣ活性はｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ、たとえば実施例およびShields et al. (2001) J. Biol. Chem., 276:6591-6604に記載された末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）および／もしくはＮＫエフェクター細胞を使用する５１Ｃｒ放出アッセイ、または当技術で公知の別の好適な方法を用いて直接評価することができる。ＡＤＣＣ活性は標的細胞の溶解が最大値の半分になる抗体の濃度として表わし得る。したがって、一部の実施形態では、溶解レベルが野生型対照による最大半値の溶解レベルと同じになる本開示の抗体またはその抗原結合性断片の濃度は、野生型対照それ自体の濃度の２分の１、３分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、５０分の１、１００分の１以下である。
[00611]さらに、一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片は、野生型対照と比較してより高い最大標的細胞溶解を示し得る。たとえば、本発明の抗体またはＦｃ融合タンパク質の最大標的細胞溶解は、野生型対照のそれより１０％、１５％、２０％、２５％、またはそれ以上高くてよい。「補体依存性細胞傷害」または「ＣＤＣ」は、補体の存在下において標的（たとえばがん細胞）を溶解する分子の能力を指す。補体活性化の経路は、コグネート関連抗原と複合体を形成した分子（たとえば抗体）への補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）の結合によって開始される。補体の活性化を評価するため、たとえばGazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996)に記載されたＣＤＣアッセイが実施され得る。
エピトープマッピング
[00612]用語「エピトープ」は、本明細書で使用される場合、パラトープとして公知の抗体分子の可変領域における特定の抗原結合部位と相互作用する抗原決定基を指す。単一の抗原は２つ以上のエピトープを有し得る。したがって、異なる抗体は抗原の異なる区域に結合することができ、異なる生物学的効果を有し得る。エピトープはコンフォメーショナルでも、線状でもあり得る。コンフォメーショナルなエピトープは、線状のポリペプチド鎖の異なるセグメントから空間的に並置されたアミノ酸によって生成される。線状エピトープはポリペプチド鎖中の隣接するアミノ酸残基によって生成されるエピトープである。ある特定の状況では、エピトープは抗原上の糖類、ホスホリル基、またはスルホニル基の部分を含み得る。
[00612]用語「エピトープ」は、本明細書で使用される場合、パラトープとして公知の抗体分子の可変領域における特定の抗原結合部位と相互作用する抗原決定基を指す。単一の抗原は２つ以上のエピトープを有し得る。したがって、異なる抗体は抗原の異なる区域に結合することができ、異なる生物学的効果を有し得る。エピトープはコンフォメーショナルでも、線状でもあり得る。コンフォメーショナルなエピトープは、線状のポリペプチド鎖の異なるセグメントから空間的に並置されたアミノ酸によって生成される。線状エピトープはポリペプチド鎖中の隣接するアミノ酸残基によって生成されるエピトープである。ある特定の状況では、エピトープは抗原上の糖類、ホスホリル基、またはスルホニル基の部分を含み得る。
[00613]当業者には公知の種々の手法を用いて、抗体の抗原結合ドメインがポリペプチドまたはタンパク質中の「１つまたは複数のアミノ酸と相互作用する」か否かを判定することができる。例示的な手法は、たとえばAntibodies, Harlow and Lane (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harb., NY)に記載されている日常的な交差ブロックアッセイ、アラニンスキャンニング変異解析、ペプチドブロット解析（Reineke, 2004, Methods Mol Biol 248:443-463）、およびペプチド切断解析を含む。さらに、エピトープ切除、エピトープ抽出、および抗原の化学的改変などの方法を採用することができる（Tomer, 2000, Protein Science 9:487-496）。抗体の抗原結合ドメインが相互作用するポリペプチド内のアミノ酸を同定するために使用することができる別の方法は、質量分析によって検出される水素／重水素交換である。一般論としては、水素／重水素交換法は目的のタンパク質の重水素標識およびそれに続く重水素標識タンパク質への抗体の結合を含む。次にタンパク質／抗体複合体を水に移して、抗体によって保護された残基（これは重水素標識されたままである）を除く全ての残基において水素−重水素交換を起こさせる。抗体を解離した後、標的タンパク質をプロテアーゼ切断および質量分析に供し、それによって重水素標識残基を明示する。これは抗体が相互作用する特異的アミノ酸に対応する。たとえばEhring (1999) Analytical Biochemistry 267(2):252-259、Engen and Smith (2001) Anal. Chem. 73:256A-265Aを参照されたい。抗原／抗体複合体のＸ線結晶解析もエピトープマッピングの目的に使用され得る。
[00614]本明細書で開示した抗体または抗原結合性断片が結合する抗原上のエピトープは、抗原の３つまたはそれを超える（たとえば３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０またはそれを超える）アミノ酸の単一の連続した配列からなり得る。あるいは、エピトープは抗原の複数の非連続なアミノ酸（またはアミノ酸配列）からなり得る。
抗原
[00615]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、がん関連抗原を指向している。一部の実施形態では、がん関連抗原は腫瘍抗原、即ち腫瘍細胞中で発現され、細胞原形質、細胞表面、または細胞核から誘導され得るタンパク質またはペプチド、特に主として細胞内で、または腫瘍細胞の表面抗原として生じるタンパク質またはペプチドなどの腫瘍細胞の一部である。たとえば、腫瘍抗原は癌胎児性抗原、α１−フェトプロテイン、イソフェリチン、ならびに胎児性スルホ糖タンパク質、α２−Ｈ−フェロプロテインおよびγ−フェロプロテインを含む。本明細書で使用される用語「がん関連抗原」は、がんに関連し得る（たとえばがん細胞中で産生されもしくは過発現され、またはがんに関連することが当技術で公知である）任意の型のがん抗原であってよく、腫瘍細胞を含む細胞表面に見出される抗原ならびに可溶性がん抗原を含む。腫瘍および正常細胞の上のいくつかの細胞表面抗原は、可溶性の対応物を有している。がん関連抗原は、細胞表面抗原または腫瘍の微小環境内もしくはそれ以外に処置される腫瘍のごく近傍に存在する可溶性がん抗原であってよい。そのような抗原は、がん関連線維芽細胞（ＣＡＦ）、腫瘍内皮細胞（ＴＥＣ）、および腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の上で見出される抗原を含むが、これらに限定されない。がん関連線維芽細胞（ＣＡＦ）標的抗原の例は、炭酸脱水素酵素ＩＸ（ＣＡＩＸ）、線維芽細胞活性化タンパク質アルファ（ＦＡＰα）、ならびにＭＭＰ−２およびＭＭＰ−９を含むマトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）を含むが、これらに限定されない。腫瘍内皮細胞（ＴＥＣ）標的抗原の例は、ＶＥＧＦＲ−１、２、および３を含む血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、ＣＤ−１０５（エンドグリン）、ＴＥＭ１およびＴＥＭ８を含む腫瘍内皮マーカー（ＴＥＭ）、ＭＭＰ−２、サービビン、ならびに前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）を含むが、これらに限定されない。腫瘍関連マクロファージ抗原の例は、ＣＤ１０５、ＭＭＰ−９、ＶＥＧＦＲ−１、２、３、およびＴＥＭ−８を含むが、これらに限定されない。一実施形態では、がん関連抗原に特異的ながん関連抗体は、非腫瘍細胞上に位置するがん抗原、たとえばＶＥＧＦＲ−２、ＭＭＰ、サービビン、ＴＥＭ８、およびＰＭＳＡに特異的であり得る。がん関連抗原は、上皮がん抗原（たとえば乳房、胃腸、肺）、前立腺特異的がん抗原（ＰＳＡ）もしくは前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、膀胱がん抗原、肺（たとえば小細胞肺）がん抗原、結腸がん抗原、卵巣がん抗原、脳がん抗原、胃がん抗原、腎細胞癌抗原、膵がん抗原、肝がん抗原、食道がん抗原、または頭頚部がん抗原であり得る。がん抗原はまた、リンパ腫抗原（たとえば非ホジキンリンパ腫またはホジキンリンパ腫）、Ｂ細胞リンパ腫がん抗原、白血病抗原、骨髄腫（即ち多発性骨髄腫または原形質細胞骨髄腫）抗原、急性リンパ芽球性白血病抗原、慢性骨髄性白血病抗原、または急性骨髄性白血病抗原であり得る。本発明によれば、がん関連抗原は、好ましくは腫瘍もしくはがんならびに腫瘍細胞もしくはがん細胞の中で、必要に応じてそれらの型および／または発現レベルに関連する特徴を有して発現される任意の抗原を含む。一実施形態では、用語「腫瘍抗原」または「腫瘍関連抗原」または「がん抗原」または「がん関連抗原」は、正常な条件下で、限られた数の組織および／または臓器の中でまたは特定の発達段階において特異的に発現されるタンパク質を指し、たとえばがん関連抗原は正常な条件下で胃の組織、好ましくは胃粘膜で、生殖器官、たとえば精巣で、栄養膜組織、たとえば胎盤で、または生殖細胞系列の細胞で特異的に発現され、１つもしくは複数の腫瘍またはがん組織で発現されまたは異常に発現され得る。これに関して「限られた数」は、好ましくは３を超えず、より好ましくは２を超えない数を意味する。本発明の文脈におけるがん関連抗原は、たとえば分化抗原、好ましくは細胞型特異的分化抗原、即ちある分化の段階におけるある細胞型で、正常な条件下で特異的に発現されるタンパク質、がん／精巣抗原、即ち精巣および時には胎盤で、正常な条件下で特異的に発現されるタンパク質、ならびに生殖細胞系列特異的抗原を含む。好ましくは、がん関連抗原またはがん関連抗原の異常な発現によって、がん細胞が同定される。本発明の文脈において、対象、たとえばがん疾患に罹患している患者においてがん細胞によって発現されるがん関連抗原は、好ましくは前記対象の自己タンパク質である。好ましい実施形態では、本発明の文脈におけるがん関連抗原は、正常な条件下で、必須でない組織または臓器、即ち免疫系によって損傷を受けた場合に対象の死をもたらさない組織または臓器、または免疫系によってアクセスされないもしくは容易にアクセスされない臓器もしくは身体の構造において特異的に発現される。「がん関連抗原」は、本明細書で使用される場合、腫瘍細胞中で産生されまたは過発現される任意の抗原性物質であってよい。これは、たとえば宿主中で免疫応答を誘発し得る。あるいは、本開示の目的のため、がん関連抗原は健常細胞および腫瘍細胞の両方によって発現されるタンパク質であってよいが、これらはある種の腫瘍の型を同定するので、これらは好適な治療標的となり得る。がん関連抗原の非限定的な例としては、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３８、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＥＲＢＢ２、ＣＡ１２５、ＭＵＣ−１、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ４４表面接着分子、メソテリン、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、血管内皮増殖因子受容体−２（ＶＥＧＦＲ２）、高分子量黒色腫関連抗原（ＨＭＷ−ＭＡＡ）、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＩＬ−１３Ｒ−ａ２、ＧＤ２、またはそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、がん関連抗原は、１ｐ１９ｑ、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＡＰＣ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｃＫＩＴ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＲ、ＥＲＢＢ２（ＨＥＲ２）、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＬＴ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＨＥＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＪＡＫ２、ＫＤＲ（ＶＥＧＦＲ２）、ＫＲＡＳ、ＭＧＭＴ、ＭＧＭＴ−Ｍｅ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ、Ｐｇｐ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＲ、ＰＴＥＮ、ＲＥＴ、ＲＲＭ１、ＳＭＯ、ＳＰＡＲＣ、ＴＬＥ３、ＴＯＰ２Ａ、ＴＯＰＯ１、ＴＰ５３、ＴＳ、ＴＵＢＢ３、ＶＨＬ、ＣＤＨ１、ＥＲＢＢ４、ＦＢＸＷ７、ＨＮＦ１Ａ、ＪＡＫ３、ＮＰＭ１、ＰＴＰＮ１１、ＲＢ１、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＴＫ１、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＰＭＳ２、マイクロサテライトインスタビリティ（ＭＳＩ）、ＲＯＳ１、ＥＲＣＣ１、またはそれらの任意の組み合わせである。本発明によれば、用語「がん関連抗原」、「腫瘍抗原」、「腫瘍発現抗原」、「がん抗原」、「がん関連抗原」、および「がん発現抗原」は等価であり、本明細書において相互交換可能に用いられる。
[00615]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、がん関連抗原を指向している。一部の実施形態では、がん関連抗原は腫瘍抗原、即ち腫瘍細胞中で発現され、細胞原形質、細胞表面、または細胞核から誘導され得るタンパク質またはペプチド、特に主として細胞内で、または腫瘍細胞の表面抗原として生じるタンパク質またはペプチドなどの腫瘍細胞の一部である。たとえば、腫瘍抗原は癌胎児性抗原、α１−フェトプロテイン、イソフェリチン、ならびに胎児性スルホ糖タンパク質、α２−Ｈ−フェロプロテインおよびγ−フェロプロテインを含む。本明細書で使用される用語「がん関連抗原」は、がんに関連し得る（たとえばがん細胞中で産生されもしくは過発現され、またはがんに関連することが当技術で公知である）任意の型のがん抗原であってよく、腫瘍細胞を含む細胞表面に見出される抗原ならびに可溶性がん抗原を含む。腫瘍および正常細胞の上のいくつかの細胞表面抗原は、可溶性の対応物を有している。がん関連抗原は、細胞表面抗原または腫瘍の微小環境内もしくはそれ以外に処置される腫瘍のごく近傍に存在する可溶性がん抗原であってよい。そのような抗原は、がん関連線維芽細胞（ＣＡＦ）、腫瘍内皮細胞（ＴＥＣ）、および腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の上で見出される抗原を含むが、これらに限定されない。がん関連線維芽細胞（ＣＡＦ）標的抗原の例は、炭酸脱水素酵素ＩＸ（ＣＡＩＸ）、線維芽細胞活性化タンパク質アルファ（ＦＡＰα）、ならびにＭＭＰ−２およびＭＭＰ−９を含むマトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）を含むが、これらに限定されない。腫瘍内皮細胞（ＴＥＣ）標的抗原の例は、ＶＥＧＦＲ−１、２、および３を含む血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、ＣＤ−１０５（エンドグリン）、ＴＥＭ１およびＴＥＭ８を含む腫瘍内皮マーカー（ＴＥＭ）、ＭＭＰ−２、サービビン、ならびに前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）を含むが、これらに限定されない。腫瘍関連マクロファージ抗原の例は、ＣＤ１０５、ＭＭＰ−９、ＶＥＧＦＲ−１、２、３、およびＴＥＭ−８を含むが、これらに限定されない。一実施形態では、がん関連抗原に特異的ながん関連抗体は、非腫瘍細胞上に位置するがん抗原、たとえばＶＥＧＦＲ−２、ＭＭＰ、サービビン、ＴＥＭ８、およびＰＭＳＡに特異的であり得る。がん関連抗原は、上皮がん抗原（たとえば乳房、胃腸、肺）、前立腺特異的がん抗原（ＰＳＡ）もしくは前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、膀胱がん抗原、肺（たとえば小細胞肺）がん抗原、結腸がん抗原、卵巣がん抗原、脳がん抗原、胃がん抗原、腎細胞癌抗原、膵がん抗原、肝がん抗原、食道がん抗原、または頭頚部がん抗原であり得る。がん抗原はまた、リンパ腫抗原（たとえば非ホジキンリンパ腫またはホジキンリンパ腫）、Ｂ細胞リンパ腫がん抗原、白血病抗原、骨髄腫（即ち多発性骨髄腫または原形質細胞骨髄腫）抗原、急性リンパ芽球性白血病抗原、慢性骨髄性白血病抗原、または急性骨髄性白血病抗原であり得る。本発明によれば、がん関連抗原は、好ましくは腫瘍もしくはがんならびに腫瘍細胞もしくはがん細胞の中で、必要に応じてそれらの型および／または発現レベルに関連する特徴を有して発現される任意の抗原を含む。一実施形態では、用語「腫瘍抗原」または「腫瘍関連抗原」または「がん抗原」または「がん関連抗原」は、正常な条件下で、限られた数の組織および／または臓器の中でまたは特定の発達段階において特異的に発現されるタンパク質を指し、たとえばがん関連抗原は正常な条件下で胃の組織、好ましくは胃粘膜で、生殖器官、たとえば精巣で、栄養膜組織、たとえば胎盤で、または生殖細胞系列の細胞で特異的に発現され、１つもしくは複数の腫瘍またはがん組織で発現されまたは異常に発現され得る。これに関して「限られた数」は、好ましくは３を超えず、より好ましくは２を超えない数を意味する。本発明の文脈におけるがん関連抗原は、たとえば分化抗原、好ましくは細胞型特異的分化抗原、即ちある分化の段階におけるある細胞型で、正常な条件下で特異的に発現されるタンパク質、がん／精巣抗原、即ち精巣および時には胎盤で、正常な条件下で特異的に発現されるタンパク質、ならびに生殖細胞系列特異的抗原を含む。好ましくは、がん関連抗原またはがん関連抗原の異常な発現によって、がん細胞が同定される。本発明の文脈において、対象、たとえばがん疾患に罹患している患者においてがん細胞によって発現されるがん関連抗原は、好ましくは前記対象の自己タンパク質である。好ましい実施形態では、本発明の文脈におけるがん関連抗原は、正常な条件下で、必須でない組織または臓器、即ち免疫系によって損傷を受けた場合に対象の死をもたらさない組織または臓器、または免疫系によってアクセスされないもしくは容易にアクセスされない臓器もしくは身体の構造において特異的に発現される。「がん関連抗原」は、本明細書で使用される場合、腫瘍細胞中で産生されまたは過発現される任意の抗原性物質であってよい。これは、たとえば宿主中で免疫応答を誘発し得る。あるいは、本開示の目的のため、がん関連抗原は健常細胞および腫瘍細胞の両方によって発現されるタンパク質であってよいが、これらはある種の腫瘍の型を同定するので、これらは好適な治療標的となり得る。がん関連抗原の非限定的な例としては、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３８、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＥＲＢＢ２、ＣＡ１２５、ＭＵＣ−１、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ４４表面接着分子、メソテリン、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、血管内皮増殖因子受容体−２（ＶＥＧＦＲ２）、高分子量黒色腫関連抗原（ＨＭＷ−ＭＡＡ）、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＩＬ−１３Ｒ−ａ２、ＧＤ２、またはそれらの任意の組み合わせである。一部の実施形態では、がん関連抗原は、１ｐ１９ｑ、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＡＰＣ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｃＫＩＴ、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＲ、ＥＲＢＢ２（ＨＥＲ２）、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＬＴ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＨＥＲ２、ＨＲＡＳ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＪＡＫ２、ＫＤＲ（ＶＥＧＦＲ２）、ＫＲＡＳ、ＭＧＭＴ、ＭＧＭＴ−Ｍｅ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ、Ｐｇｐ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＲ、ＰＴＥＮ、ＲＥＴ、ＲＲＭ１、ＳＭＯ、ＳＰＡＲＣ、ＴＬＥ３、ＴＯＰ２Ａ、ＴＯＰＯ１、ＴＰ５３、ＴＳ、ＴＵＢＢ３、ＶＨＬ、ＣＤＨ１、ＥＲＢＢ４、ＦＢＸＷ７、ＨＮＦ１Ａ、ＪＡＫ３、ＮＰＭ１、ＰＴＰＮ１１、ＲＢ１、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＴＫ１、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＰＭＳ２、マイクロサテライトインスタビリティ（ＭＳＩ）、ＲＯＳ１、ＥＲＣＣ１、またはそれらの任意の組み合わせである。本発明によれば、用語「がん関連抗原」、「腫瘍抗原」、「腫瘍発現抗原」、「がん抗原」、「がん関連抗原」、および「がん発現抗原」は等価であり、本明細書において相互交換可能に用いられる。
イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）を含むＳｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメイン
[00616]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）ポリペプチドを含むＳｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメインに結合する。用語「ＳＨＩＰ１」は、本明細書で使用される場合、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＳＨＩＰ１ポリペプチドを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＳＨＩＰ１はホスファターゼ活性を有する酵素である。ＳＨＩＰ１は多数のドメインによって構成されており、Sandra Fernandes et al. Ann N Y Acad Sci. 2013 Mar; 1280(1): 6-10によって記述されているようにヒトのＩＮＰＰ５Ｄ遺伝子によってコードされている。本明細書で使用される用語「ＳＨＩＰ１」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１１８９アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＳＨＩＰ１」は、全長のＳＨＩＰ１ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＳＨＩＰ１ポリペプチドは、全長のヒトＦＧＦ１および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＳＨＩＰ１のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＳＨＩＰ１ポリペプチドは哺乳動物のＳＨＩＰ１ポリペプチドであり得る。ＳＨＩＰ１ポリペプチドは全長のＳＨＩＰ１の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00616]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）ポリペプチドを含むＳｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメインに結合する。用語「ＳＨＩＰ１」は、本明細書で使用される場合、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＳＨＩＰ１ポリペプチドを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＳＨＩＰ１はホスファターゼ活性を有する酵素である。ＳＨＩＰ１は多数のドメインによって構成されており、Sandra Fernandes et al. Ann N Y Acad Sci. 2013 Mar; 1280(1): 6-10によって記述されているようにヒトのＩＮＰＰ５Ｄ遺伝子によってコードされている。本明細書で使用される用語「ＳＨＩＰ１」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１１８９アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＳＨＩＰ１」は、全長のＳＨＩＰ１ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＳＨＩＰ１ポリペプチドは、全長のヒトＦＧＦ１および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＳＨＩＰ１のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＳＨＩＰ１ポリペプチドは哺乳動物のＳＨＩＰ１ポリペプチドであり得る。ＳＨＩＰ１ポリペプチドは全長のＳＨＩＰ１の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00617]一部の実施形態では、ＳＨＩＰ１ポリペプチドは、配列番号２８１の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１０１７９１５．１）を有するヒトＳＨＩＰ１を含みまたはこれから誘導される。ＳＨＩＰ１ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＳＨＩＰ１」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿０３４６９６．２、配列番号２８２）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿０６２１８４．１、配列番号２８３）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＮＰ＿００１０９５３５２．１、配列番号２８４）、またはサル（たとえばＥＨＨ２１７７５．１、配列番号２８５）などの非ヒト種からのＳＨＩＰ１をも指す。
[00618]用語「ＳＨＩＰ１」は、１１８９アミノ酸のヒトＳＨＩＰ１の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＳＨＩＰ１バリアント」は、天然のＳＨＩＰ１配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＳＨＩＰ１ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片の少なくとも１つは、ＳＨＩＰ１に結合する。一部の実施形態では、ＳＨＩＰ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号８５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２９のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、ＳＨＩＰ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４３のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、ＳＨＩＰ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、ＳＨＩＰ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
クロモボックスホモログ１
[00619]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質ホモログ１（ＣＢＸ１）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ１」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＢＸ１を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＢＸ１はタンパク質のＨＰ１ファミリーに属し、lombrek et al. Genome Biology volume 7, Article number: 228 (2006)に記載されているように、ヘテロクロマチンに局在化していることが公知である。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ１」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１８５アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＢＸ１」は、全長のＣＢＸ１ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＢＸ１ポリペプチドは、全長のヒトＣＢＸ１および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＢＸ１のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＢＸ１ポリペプチドは哺乳動物のＣＢＸ１ポリペプチドであり得る。ＣＢＸ１ポリペプチドは全長のＣＢＸ１の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00619]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質ホモログ１（ＣＢＸ１）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ１」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＢＸ１を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＢＸ１はタンパク質のＨＰ１ファミリーに属し、lombrek et al. Genome Biology volume 7, Article number: 228 (2006)に記載されているように、ヘテロクロマチンに局在化していることが公知である。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ１」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１８５アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＢＸ１」は、全長のＣＢＸ１ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＢＸ１ポリペプチドは、全長のヒトＣＢＸ１および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＢＸ１のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＢＸ１ポリペプチドは哺乳動物のＣＢＸ１ポリペプチドであり得る。ＣＢＸ１ポリペプチドは全長のＣＢＸ１の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00620]一部の実施形態では、ＣＢＸ１ポリペプチドは、配列番号２８６の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１１２０７００．１）を有するヒトＣＢＸ１を含みまたはこれから誘導される。ＣＢＸ１ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＣＢＸ１」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿００１３４９４８９．１、配列番号２８７）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿００１００８３１４．２、配列番号２８８）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＮＰ＿００１１９３３４４．１、配列番号２８９）、またはサル（たとえばＡＦＨ３０９００．１、配列番号２９０）などの非ヒト種からのＣＢＸ１をも指す。
[00621]用語「ＣＢＸ１」は、１８５アミノ酸のヒトＣＢＸ１の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ１バリアント」は、天然のＣＢＸ１配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＣＢＸ１ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。
クロモボックスホモログ３
[00622]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質ホモログ３（ＣＢＸ３）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ３」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＢＸ３を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＢＸ３はタンパク質のＨＰ１ファミリーに属し、lombrek et al. Genome Biology volume 7, Article number: 228 (2006)に記載されているように、ヘテロクロマチンに局在化していることが公知である。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ３」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１８３アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＢＸ３」は、全長のＣＢＸ３ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＢＸ３ポリペプチドは、全長のヒトＣＢＸ３および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＢＸ３のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＢＸ３ポリペプチドは哺乳動物のＣＢＸ３ポリペプチドであり得る。ＣＢＸ３ポリペプチドは全長のＣＢＸ３の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00622]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質ホモログ３（ＣＢＸ３）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ３」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＢＸ３を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＢＸ３はタンパク質のＨＰ１ファミリーに属し、lombrek et al. Genome Biology volume 7, Article number: 228 (2006)に記載されているように、ヘテロクロマチンに局在化していることが公知である。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ３」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１８３アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＢＸ３」は、全長のＣＢＸ３ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＢＸ３ポリペプチドは、全長のヒトＣＢＸ３および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＢＸ３のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＢＸ３ポリペプチドは哺乳動物のＣＢＸ３ポリペプチドであり得る。ＣＢＸ３ポリペプチドは全長のＣＢＸ３の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00623]一部の実施形態では、ＣＢＸ３ポリペプチドは、配列番号２９１の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００９２０７．２）を有するヒトＣＢＸ３を含みまたはこれから誘導される。ＣＢＸ３ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＣＢＸ３」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＡＡＨ５９８３１．１、配列番号２９２）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿００１００８３１４．２、配列番号２９３）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＡＡＩ４７９５６．１、配列番号２９４）、またはサル（たとえばＮＰ＿００１１８０５３６．１、配列番号２９５）などの非ヒト種からのＣＢＸ３をも指す。
[00624]用語「ＣＢＸ３」は、１８３アミノ酸のヒトＣＢＸ３の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ３バリアント」は、天然のＣＢＸ３配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＣＢＸ３ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。
クロモボックスホモログ５
[00625]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質ホモログ５（ＣＢＸ５）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ５」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＢＸ５を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＢＸ５はタンパク質のＨＰ１ファミリーに属し、lombrek et al. Genome Biology volume 7, Article number: 228 (2006)に記載されているように、ヘテロクロマチンに局在化していることが公知である。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ５」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１９１アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＢＸ５」は、全長のＣＢＸ５ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＢＸ５ポリペプチドは、全長のヒトＣＢＸ５および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＢＸ５のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＢＸ５ポリペプチドは哺乳動物のＣＢＸ５ポリペプチドであり得る。ＣＢＸ５ポリペプチドは全長のＣＢＸ５の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00625]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質ホモログ５（ＣＢＸ５）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ５」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＢＸ５を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＢＸ５はタンパク質のＨＰ１ファミリーに属し、lombrek et al. Genome Biology volume 7, Article number: 228 (2006)に記載されているように、ヘテロクロマチンに局在化していることが公知である。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ５」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１９１アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＢＸ５」は、全長のＣＢＸ５ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＢＸ５ポリペプチドは、全長のヒトＣＢＸ５および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＢＸ５のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＢＸ５ポリペプチドは哺乳動物のＣＢＸ５ポリペプチドであり得る。ＣＢＸ５ポリペプチドは全長のＣＢＸ５の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00626]一部の実施形態では、ＣＢＸ５ポリペプチドは、配列番号２９６の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１１２０７９３．１）を有するヒトＣＢＸ５を含みまたはこれから誘導される。ＣＢＸ５ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＣＢＸ５」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ： ＮＰ＿００１３４５８７９．１、配列番号２９７）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿００１１００２６７．１、配列番号２９８）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＮＰ＿００１１８０１４２．１、配列番号２９９）、またはサル（たとえばＮＰ＿００１２５３８４１．１、配列番号３００）などの非ヒト種からのＣＢＸ５をも指す。
[00627]用語「ＣＢＸ５」は、１９１アミノ酸のヒトＣＢＸ５の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＣＢＸ５バリアント」は、天然のＣＢＸ５配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＣＢＸ５ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。
一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、クロモボックスタンパク質（たとえばＣＢＸ１、ＣＢＸ２、ＣＢＸ３）に結合する。一部の実施形態では、クロモボックスタンパク質に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号８７の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５９のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、クロモボックスタンパク質に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０１の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７３のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４５のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、クロモボックスタンパク質に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、クロモボックスタンパク質に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
がん／精巣抗原１Ａ
[00628]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、がん／精巣抗原１Ａ（ＣＴＡＧ１Ａ）ポリペプチドに結合する。用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は本明細書で使用される「ＮＹ−ＥＳＯ−１」と相互交換可能に使用され、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＴＡＧ１Ａを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＴＡＧ１Ａはmartins et. al. Cancer Cell International volume 5, Article number: 4 (2005)に記載されているように、がん精巣抗原（ＣＴＡ）のファミリーに属するタンパク質である。本明細書で使用される用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１８０アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は、全長のＣＴＡＧ１Ａポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは、全長のヒトＣＴＡＧ１Ａおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＴＡＧ１Ａのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは哺乳動物のＣＴＡＧ１Ａポリペプチドであり得る。ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは全長のＣＴＡＧ１Ａの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00628]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、がん／精巣抗原１Ａ（ＣＴＡＧ１Ａ）ポリペプチドに結合する。用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は本明細書で使用される「ＮＹ−ＥＳＯ−１」と相互交換可能に使用され、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＣＴＡＧ１Ａを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＣＴＡＧ１Ａはmartins et. al. Cancer Cell International volume 5, Article number: 4 (2005)に記載されているように、がん精巣抗原（ＣＴＡ）のファミリーに属するタンパク質である。本明細書で使用される用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１８０アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は、全長のＣＴＡＧ１Ａポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは、全長のヒトＣＴＡＧ１Ａおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＣＴＡＧ１Ａのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは哺乳動物のＣＴＡＧ１Ａポリペプチドであり得る。ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは全長のＣＴＡＧ１Ａの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00629]一部の実施形態では、ＣＴＡＧ１Ａポリペプチドは、配列番号３０１の以下のアミノ酸配列（たとえば、その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿６４０３４３．１）を有するヒトＣＴＡＧ１Ａを含みまたはこれから誘導される。ＣＢＸ５ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿０８１５７８．１、配列番号３０２）、ラット、ウシ、またはサルなどの非ヒト種からのＣＴＡＧ１Ａをも指す。
[00630]用語「ＣＴＡＧ１Ａ」は、１８０アミノ酸のヒトＣＴＡＧ１Ａの切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＣＴＡＧ１Ａバリアント」は、天然のＣＴＡＧ１Ａ配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＣＴＡＧ１Ａポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＣＴＡＧ１Ａに結合する抗体または抗原結合性断片は、配列番号９０の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６２のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３４のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、ＣＴＡＧ１Ａに結合する抗体または抗原結合性断片は、配列番号１０３の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７５のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４７のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、ＣＴＡＧ１Ａに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、ＣＴＡＧ１Ａに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＣＴＡＧ１Ｂポリペプチドに結合する。
アルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質
[00631]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、アルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質（ＡＡＧＡＢ）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＡＡＧＡＢ」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＡＡＧＡＢを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＡＡＧＡＢは、Pohler et al. Nature Genet. 44: 1272-1276, 2012に記載されているように、ＡＰ１のガンマアダプチンサブユニットおよびＡＰ２のアルファアダプチンサブユニットと相互作用する。本明細書で使用される用語「ＡＡＧＡＢ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う２０６アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＡＡＧＡＢ」は、全長のＡＡＧＡＢポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＡＡＧＡＢポリペプチドは、全長のヒトＡＡＧＡＢおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＡＡＧＡＢのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＡＡＧＡＢポリペプチドは哺乳動物のＡＡＧＡＢポリペプチドであり得る。ＡＡＧＡＢポリペプチドは全長のＡＡＧＡＢの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00631]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、アルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質（ＡＡＧＡＢ）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＡＡＧＡＢ」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＡＡＧＡＢを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＡＡＧＡＢは、Pohler et al. Nature Genet. 44: 1272-1276, 2012に記載されているように、ＡＰ１のガンマアダプチンサブユニットおよびＡＰ２のアルファアダプチンサブユニットと相互作用する。本明細書で使用される用語「ＡＡＧＡＢ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う２０６アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＡＡＧＡＢ」は、全長のＡＡＧＡＢポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＡＡＧＡＢポリペプチドは、全長のヒトＡＡＧＡＢおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＡＡＧＡＢのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＡＡＧＡＢポリペプチドは哺乳動物のＡＡＧＡＢポリペプチドであり得る。ＡＡＧＡＢポリペプチドは全長のＡＡＧＡＢの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00632]一部の実施形態では、ＡＡＧＡＢポリペプチドは、配列番号３０３の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１２５８８１４．１）を有するヒトＡＡＧＡＢを含みまたはこれから誘導される。ＡＡＧＡＢならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＡＡＧＡＢ」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿００１３４４２５２．１、配列番号３０４）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿５９９２２５．１、配列番号３０５）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＮＰ＿００１０９２３６６．１、配列番号３０６）、またはサル（たとえばＸＰ＿０１４９９８０２８．１、配列番号３０７）などの非ヒト種からのＡＡＧＡＢをも指す。
[00633]用語「ＡＡＧＡＢ」は、２０６アミノ酸のヒトＡＡＧＡＢの切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＡＡＧＡＢバリアント」は、天然のＡＡＧＡＢ配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＡＡＧＡＢポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＡＡＧＡＢに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９０の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６２のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３４のＣＤＲ−Ｈ３を含む。
キネシン軽鎖４タンパク質
[00634]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、キネシン軽鎖４タンパク質（ＫＬＣ４）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＫＬＣ４」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＫＬＣ４を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。キネシンはオルガネラの輸送において役割を果たし得る微小管関連の力生成タンパク質である。軽鎖は重鎖への積荷の連結またはそのＡＴＰアーゼ活性のモジュレーションにおいて機能し得る。本明細書で使用される用語「ＫＬＣ４」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う６１９アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＫＬＣ４」は、全長のＫＬＣ４ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＫＬＣ４ポリペプチドは、全長のヒトＫＬＣ４および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＫＬＣ４のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＫＬＣ４ポリペプチドは哺乳動物のＫＬＣ４ポリペプチドであり得る。ＫＬＣ４ポリペプチドは全長のＫＬＣ４の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00634]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、キネシン軽鎖４タンパク質（ＫＬＣ４）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＫＬＣ４」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＫＬＣ４を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。キネシンはオルガネラの輸送において役割を果たし得る微小管関連の力生成タンパク質である。軽鎖は重鎖への積荷の連結またはそのＡＴＰアーゼ活性のモジュレーションにおいて機能し得る。本明細書で使用される用語「ＫＬＣ４」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う６１９アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＫＬＣ４」は、全長のＫＬＣ４ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＫＬＣ４ポリペプチドは、全長のヒトＫＬＣ４および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＫＬＣ４のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＫＬＣ４ポリペプチドは哺乳動物のＫＬＣ４ポリペプチドであり得る。ＫＬＣ４ポリペプチドは全長のＫＬＣ４の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00635]一部の実施形態では、ＫＬＣ４ポリペプチドは、配列番号３０８の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１２７５９６３．１）を有するヒトＫＬＣ４を含みまたはこれから誘導される。ＫＬＣ４ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＫＬＣ４」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿００１３４４０５９．１、配列番号３０９）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿００１００９６０１．１、配列番号３１０）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＸＰ＿０２４８３９７８９．１、配列番号３１１）、またはサル（たとえばＸＰ＿０２８７０３３８３．１、配列番号３１２）などの非ヒト種からのＫＬＣ４をも指す。
[00636]用語「ＫＬＣ４」は、６１９アミノ酸のヒトＫＬＣ４の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＫＬＣ４バリアント」は、天然のＫＬＣ４配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＫＬＣ４ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＫＬＣ４に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９１の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６３のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３５のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、ＫＬＣ４に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０５の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７７のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４９のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、ＫＬＣ４に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、ＫＬＣ４に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
黒色腫関連抗原３
[00637]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、黒色腫関連抗原３（ＭＡＧＥ−Ａ３）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＭＡＧＥ−Ａ３を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＭＡＧＥ−Ａ３は共通のＭＡＧＥホモロジードメインを共有するタンパク質の大きな高度に保存された群のメンバーである。本明細書で使用される用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う３１４アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、全長のＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは、全長のヒトＭＡＧＥ−Ａ３および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＭＡＧＥ−Ａ３のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは哺乳動物のＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドであり得る。ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは全長のＭＡＧＥ−Ａ３の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00637]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、黒色腫関連抗原３（ＭＡＧＥ−Ａ３）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＭＡＧＥ−Ａ３を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＭＡＧＥ−Ａ３は共通のＭＡＧＥホモロジードメインを共有するタンパク質の大きな高度に保存された群のメンバーである。本明細書で使用される用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う３１４アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、全長のＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは、全長のヒトＭＡＧＥ−Ａ３および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＭＡＧＥ−Ａ３のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは哺乳動物のＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドであり得る。ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは全長のＭＡＧＥ−Ａ３の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00638]一部の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドは、配列番号３１３の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００５３５３．１）を有するヒトＭＡＧＥ−Ａ３を含みまたはこれから誘導される。ＭＡＧＥＡ−３ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿０６４４０１．２、配列番号３１４）、ラット、ウシ、またはサルなどの非ヒト種からのＭＡＧＥ−Ａ３をも指す。
[00639]用語「ＭＡＧＥ−Ａ３」は、３１４アミノ酸のヒトＭＡＧＥ−Ａ３の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＭＡＧＥ−Ａ３バリアント」は、天然のＭＡＧＥ−Ａ３配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＭＡＧＥ−Ａ３ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ３に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９２の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６４のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３６のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ３に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０６の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７８のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５０のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ３に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、ＭＡＧＥ−Ａ３に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
無機ピロホスファターゼ
[00640]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、無機ピロホスファターゼ（ＰＰＡ１）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＰＰＡ１」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＰＰＡ１を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＰＰＡ１はピロホスフェートの１つのイオンの２つのホスフェートイオンへの変換を触媒する酵素である。本明細書で使用される用語「ＰＰＡ１」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う２８９アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＰＰＡ１」は、全長のＰＰＡ１ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＰＰＡ１ポリペプチドは、全長のヒトＰＰＡ１および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＰＰＡ１のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＰＰＡ１ポリペプチドは哺乳動物のＰＰＡ１ポリペプチドであり得る。ＰＰＡ１ポリペプチドは全長のＰＰＡ１の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00640]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、無機ピロホスファターゼ（ＰＰＡ１）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＰＰＡ１」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＰＰＡ１を指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＰＰＡ１はピロホスフェートの１つのイオンの２つのホスフェートイオンへの変換を触媒する酵素である。本明細書で使用される用語「ＰＰＡ１」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う２８９アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＰＰＡ１」は、全長のＰＰＡ１ポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＰＰＡ１ポリペプチドは、全長のヒトＰＰＡ１および／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＰＰＡ１のオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＰＰＡ１ポリペプチドは哺乳動物のＰＰＡ１ポリペプチドであり得る。ＰＰＡ１ポリペプチドは全長のＰＰＡ１の機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00641]一部の実施形態では、ＰＰＡ１ポリペプチドは、配列番号３１５の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０６６９５２．１）を有するヒトＰＰＡ１を含みまたはこれから誘導される。ＰＰＡ１ならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＰＰＡ１」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ： ＮＰ＿０８０７１４．２、配列番号３１６）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿００１０９４３０４．１、配列番号３１７）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＮＰ＿００１０６８５８６．１、配列番号３１８）、またはサル（たとえばＮＣＢＩ ＸＰ＿０１５００２９４２．１、配列番号３２９）などの非ヒト種からのＰＰＡ１をも指す。
[00642]用語「ＰＰＡ１」は、２８９アミノ酸のヒトＰＰＡ１の切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＰＰＡ１バリアント」は、天然のＰＰＡ１配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＰＰＡ１ポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＰＰＡ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９４の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６６のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３８のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、ＰＰＡ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０８の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８０のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５２のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、ＰＰＡ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、ＰＰＡ１に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
インターロイキン−１４Ａ
[00643]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、インターロイキン−１４Ａ（ＩＬ−１４Ａ）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＩＬ−１４Ａ」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＩＬ−１４Ａを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＩＬ−１４ＡはＢ細胞の増殖を誘起し、抗体の分泌を阻害し、選択されたＢ細胞サブグループを拡張するサイトカインである。本明細書で使用される用語「ＩＬ−１４Ａ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う５４６アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＩＬ−１４Ａ」は、全長のＩＬ−１４Ａポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＩＬ−１４Ａポリペプチドは、全長のヒトＩＬ−１４Ａおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＩＬ−１４Ａのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＩＬ−１４Ａポリペプチドは哺乳動物のＩＬ−１４Ａポリペプチドであり得る。ＩＬ−１４Ａポリペプチドは全長のＩＬ−１４Ａの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00643]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、インターロイキン−１４Ａ（ＩＬ−１４Ａ）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＩＬ−１４Ａ」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＩＬ−１４Ａを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＩＬ−１４ＡはＢ細胞の増殖を誘起し、抗体の分泌を阻害し、選択されたＢ細胞サブグループを拡張するサイトカインである。本明細書で使用される用語「ＩＬ−１４Ａ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う５４６アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＩＬ−１４Ａ」は、全長のＩＬ−１４Ａポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＩＬ−１４Ａポリペプチドは、全長のヒトＩＬ−１４Ａおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＩＬ−１４Ａのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＩＬ−１４Ａポリペプチドは哺乳動物のＩＬ−１４Ａポリペプチドであり得る。ＩＬ−１４Ａポリペプチドは全長のＩＬ−１４Ａの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00644]一部の実施形態では、ＩＬ−１４Ａポリペプチドは、配列番号３１９の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿７８７０４８．１）を有するヒトＩＬ−１４Ａを含みまたはこれから誘導される。ＩＬ−１４Ａならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＩＬ−１４Ａ」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿００１００５５０６．２、配列番号３２０）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿００１１２１１０５．１、配列番号３２１）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＸＰ＿０２４８５２９９６．１、配列番号３２２）、またはサル（たとえばＡＦＨ３１４１６．１、配列番号３２３）などの非ヒト種からのＩＬ−１４Ａをも指す。
[00645]用語「ＩＬ−１４Ａ」は、５４６アミノ酸のヒトＩＬ−１４Ａの切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＩＬ−１４Ａバリアント」は、天然のＩＬ−１４Ａ配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＩＬ−１４Ａポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＩＬ−１４Ａに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３９のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、ＩＬ−１４Ａに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１０９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５３のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、ＩＬ−１４Ａに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、ＩＬ−１４Ａに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
Ｏ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）トランスフェラーゼ
[00646]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、Ｏ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）トランスフェラーゼ（ＯＧＴ）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＯＧＴ」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＯＧＴを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＯＧＴは、Ｏ−グリコシドリンケージにおける単一のＮ−アセチルグルコサミンの、細胞内タンパク質のセリンまたはスレオニン残基への付加を触媒する。本明細書で使用される用語「ＯＧＴ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１０４６アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＯＧＴ」は、全長のＯＧＴポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＯＧＴポリペプチドは、全長のヒトＯＧＴおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＯＧＴのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＯＧＴポリペプチドは哺乳動物のＯＧＴポリペプチドであり得る。ＯＧＴポリペプチドは全長のＯＧＴの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00646]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、Ｏ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）トランスフェラーゼ（ＯＧＴ）ポリペプチドに結合する。本明細書で使用される用語「ＯＧＴ」は、任意の天然のまたは（天然であろうと合成であろうと）バリアントのＯＧＴを指す。用語「天然の配列」は、具体的には、天然に存在する切断されもしくは分泌された形態（たとえば細胞外ドメイン配列）、天然に存在するバリアントの形態（たとえば、あるいはスプライスされた形態）、および天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。ＯＧＴは、Ｏ−グリコシドリンケージにおける単一のＮ−アセチルグルコサミンの、細胞内タンパク質のセリンまたはスレオニン残基への付加を触媒する。本明細書で使用される用語「ＯＧＴ」は、天然に存在する対立遺伝子およびそのプロセシングされた形態を伴う１０４６アミノ酸ポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、用語「ＯＧＴ」は、全長のＯＧＴポリペプチドまたはその断片もしくは誘導体を指す。ＯＧＴポリペプチドは、全長のヒトＯＧＴおよび／またはその機能性断片、種ホモログおよび／またはその機能性断片、ヒトＯＧＴのオルソログおよび／またはその機能性断片であり得る。ＯＧＴポリペプチドは哺乳動物のＯＧＴポリペプチドであり得る。ＯＧＴポリペプチドは全長のＯＧＴの機能性アイソフォームまたはその断片であってもよい。
[00647]一部の実施形態では、ＯＧＴポリペプチドは、配列番号３２４の以下のアミノ酸配列（その全体が本明細書に組み込まれるＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿８５８０５８．１）を有するヒトＯＧＴを含みまたはこれから誘導される。ＯＧＴならびにヒト由来およびいくつかの動物のファミリーの他のメンバーのポリペプチドおよびコードする核酸配列は、たとえばＮＣＢＩのウェブサイトから公に利用可能である。用語「ＯＧＴ」は、マウス（たとえばＮＣＢＩ：ＮＰ＿００１２７７４６４．１、配列番号３２５）、ラット（たとえばＮＣＢＩ ｒｅｆ：ＮＰ＿０５８８０３．２、配列番号３２６）、ウシ（たとえばＮＣＢＩ ＮＰ＿００１０９１５３９．１、配列番号３２７）、またはサル（たとえばＸＰ＿０１４９８３１５３．１、配列番号３２８）などの非ヒト種からのＯＧＴをも指す。
[00648]用語「ＯＧＴ」は、１０４６アミノ酸のヒトＯＧＴの切断された形態を指すためにも使用される。本明細書で使用される用語「ＯＧＴバリアント」は、天然のＯＧＴ配列中の１つまたは複数のアミノ酸突然変異を含むＯＧＴポリペプチドを指す。必要に応じて、１つまたは複数のアミノ酸突然変異は、アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、ＯＧＴに結合する抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号９８の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号７０のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４２のＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１１２の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８４のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５６のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖を含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖を含む。
イムノコンジュゲート
[00649]本開示の一態様では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍に対する強力な免疫応答を開始することができ、および／または直接の細胞傷害の能力がある。これに関して、本明細書の抗体またはその抗原結合性断片は、補体媒介または抗体依存性の細胞傷害（ＡＤＣＣ）機構のいずれかによって腫瘍細胞の溶解を誘発することができ、それらは両方ともエフェクター細胞のＦｃ受容体部位または補体タンパク質との相互作用のために免疫グロブリン分子のインタクトなＦｃ部分を必要とする。さらに、腫瘍成長に対して直接の生物学的効果を発揮する抗体は、本開示の実施において有用である。そのような直接に細胞傷害性の抗体が作用する可能な機構は、細胞増殖の阻害、細胞分化の調節、腫瘍の血管形成因子のプロファイルの調節、およびアポトーシスの誘起を含む。本明細書で開示した特定の抗体またはその抗原結合性断片が抗腫瘍効果を発揮する機構は、ＡＤＣＣ、ＡＤＭＭＣ、補体媒介細胞溶解、その他を決定するように設計された、当技術で一般に公知の任意の数のｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを用いて評価し得る。
[00649]本開示の一態様では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍に対する強力な免疫応答を開始することができ、および／または直接の細胞傷害の能力がある。これに関して、本明細書の抗体またはその抗原結合性断片は、補体媒介または抗体依存性の細胞傷害（ＡＤＣＣ）機構のいずれかによって腫瘍細胞の溶解を誘発することができ、それらは両方ともエフェクター細胞のＦｃ受容体部位または補体タンパク質との相互作用のために免疫グロブリン分子のインタクトなＦｃ部分を必要とする。さらに、腫瘍成長に対して直接の生物学的効果を発揮する抗体は、本開示の実施において有用である。そのような直接に細胞傷害性の抗体が作用する可能な機構は、細胞増殖の阻害、細胞分化の調節、腫瘍の血管形成因子のプロファイルの調節、およびアポトーシスの誘起を含む。本明細書で開示した特定の抗体またはその抗原結合性断片が抗腫瘍効果を発揮する機構は、ＡＤＣＣ、ＡＤＭＭＣ、補体媒介細胞溶解、その他を決定するように設計された、当技術で一般に公知の任意の数のｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを用いて評価し得る。
[00650]本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、その「裸の」またはコンジュゲートしない形態で投与し得るか、またはそれらに治療剤をコンジュゲートし得る。一実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、放射増感剤として使用される。そのような実施形態では、抗体または抗原結合性断片は、放射増感剤にコンジュゲートされる。用語「放射増感剤」は、本明細書で使用される場合、治療有効量で動物に投与されて、放射増感される細胞の電磁放射に対する感度を増大させ、および／または電磁放射によって治療可能な疾患の治療を促進する分子、好ましくは低分子量の分子として定義される。電磁放射によって治療可能な疾患は、新生物疾患、良性および悪性の腫瘍、ならびにがん性細胞を含む。
[00651]本明細書で使用される用語「電磁放射」および「放射」は、１０〜２０ないし１００ｍの波長を有する放射を含むが、これに限定されない。本開示の好ましい実施形態は、たとえばガンマ放射（１０−２０〜１０−１３ｍ）、Ｘ線放射（１０−１２〜１０−９ｍ）、紫外光（１０ｎｍ〜４００ｎｍ）、可視光（４００ｎｍ〜７００ｎｍ）、赤外放射（７００ｎｍ〜１．０ｍｍ）、およびマイクロ波放射（１ｍｍ〜３０ｃｍ）の電磁放射を採用することができる。
[00652]放射増感剤は、電磁放射の毒性効果に対するがん性細胞の感度を増大させることが公知である。現在多くのがん治療プロトコールが、Ｘ線の電磁放射によって活性化される放射増感剤を採用している。Ｘ線活性化放射増感剤の例は、以下の、メトロニダゾール、ミソニダゾール、デスメチルミソニダゾール、ピモニダゾール、エタニダゾール、ニモラゾール、マイトマイシンＣ、ＲＳＵ １０６９、ＳＲ ４２３３、Ｅ０９、ＲＢ ６１４５、ニコチンアミド、５−ブロモデオキシウリジン（ＢＵｄＲ）、５−ヨードデオキシウリジン（ＩＵｄＲ）、ブロモデオキシシチジン、フルオロデオキシウリジン（ＦＵｄＲ）、ヒドロキシウレア、シスプラチン、ならびにそれらの治療に有効なアナログおよび誘導体を含むが、これらに限定されない。
[00653]がんの光線力学療法（ＰＤＴ）は、増感剤の放射活性化剤として可視光を採用する。光線力学放射増感剤の例は、以下の、ヘマトポルフィリン誘導体、Ｐｈｏｔｏｆｒｉｎ（登録商標）、ベンゾポルフィリン誘導体、ＮＰｅ６、スズエチオポルフィリン（ＳｎＥＴ２）、フェオボルバイド−ａ、バクテリオクロロフィル−ａ、ナフタロシアニン類、フタロシアニン類、亜鉛フタロシアニン、ならびにそれらの治療に有効なアナログおよび誘導体を含むが、これらに限定されない。
[00654]別の実施形態では、抗体は、腫瘍のプレターゲティングにおける使用のために受容体（ストレプトアビジンなど）にコンジュゲートされ得る。プレターゲティングでは抗体−受容体のコンジュゲートが患者に投与され、続いて除去剤の使用により未結合のコンジュゲートが循環から除去され、細胞傷害剤（たとえば放射性核種）にコンジュゲートしたリガンド（たとえばアビジン）が投与される。
[00655]本開示は、検出可能に標識した形態の上記の抗体またはその抗原結合性断片をさらに提供する。抗体は、放射性同位元素、親和性標識（ビオチン、アビジン、その他）、酵素標識（セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、その他）、蛍光もしくは発光もしくは生物発光標識（ＦＩＴＣまたはローダミンなど）、常磁性原子、その他の使用によって検出可能に標識することができる。そのような標識を達成するための手順は当技術で周知であり、たとえばSternberger, L. A. et al., J. Histochem. Cytochem. 18:315 (1970)、Bayer, E. A. et al., Meth. Enzym. 62:308 (1979)、Engval, E. et al., Immunol. 109:129 (1972)、Goding, J.W. J. Immunol. Meth. 13:215 (1976)を参照されたい。
[00656]「標識」は、抗体に直接または間接的にコンジュゲートされた検出可能な化合物または組成物を指す。標識はそれ自体、それ自体によって検出可能である（たとえば放射性同位元素標識または蛍光標識）か、酵素標識の場合には検出可能な基質化合物または組成物の化学的な改変を触媒することができる。あるいは、標識はそれ自体では検出可能でないが、検出可能な別の薬剤（たとえばエピトープタグまたはビオチン−アビジンなどの結合パートナー対の一方）によって結合される要素であってもよい。したがって、抗体はその単離を容易にする標識またはタグを含んでよく、抗体を同定するための本発明の方法は、標識またはタグとの相互作用によって抗原／抗体を単離するステップを含む。
[00657]例示的な治療用イムノコンジュゲートは、化学療法剤、毒物（たとえば細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素活性毒物、またはその断片）、または放射性同位元素（即ち放射性コンジュゲート）などの細胞傷害剤にコンジュゲートした本明細書に記載した抗体を含む。融合タンパク質については以下により詳細に述べる。
[00658]一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体およびその抗原結合性断片は、細胞増殖抑制剤または殺細胞剤（たとえばパクリタキソール、サイトカラシンＢもしくはジフテリア毒素、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、エチジウムブロマイド、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド類、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、およびプロマイシン、ならびにそれらのアナログまたはホモログ）、代謝拮抗物質（たとえばメトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、フルダラビン、５−フルオロウラシルデカルバジン）、アルキル化剤（たとえばメクロレタミン、チオエパ、クロラムブシル、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、およびｃｉｓ−ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）シスプラチン）、アントラサイクリン類（たとえばダウノルビシン（以前はダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生剤（たとえばダクチノマイシン（以前はアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（ＡＭＣ）、ならびに抗有糸分裂剤、血栓剤もしくは抗血管形成剤、または放射性標識などの化学療法用の細胞毒素などの治療剤にコンジュゲートすることができる。イムノコンジュゲートを形成するための好適な細胞傷害剤および化学療法剤の例は当技術で公知であり、たとえばＷＯ０５／１０３０８１を参照されたい。別の実施形態では、本明細書で開示した抗体およびその抗原結合性断片は、たとえば酵素、蛍光マーカー、化学発光マーカー、生物発光材料、または放射性材料などの検出可能な基質にコンジュゲートされる。本明細書に記載した態様の一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体およびその抗体断片は、毒素（たとえば細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素活性毒素、またはその断片）、小分子、ｓｉＲＮＡ、ナノ粒子、ターゲティング剤（たとえば微小泡）、または放射性同位元素（即ち放射性コンジュゲート）にコンジュゲートされる。そのようなコンジュゲートは、本明細書で「イムノコンジュゲート」と称される。そのようなイムノコンジュゲートは、たとえば診断、セラノスティクス、またはターゲティング法に使用することができる。
[00659]使用することができる酵素活性毒素およびその断片は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、エキソトキシンＡ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファ−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、およびトリコテセン類を含む。種々の放射性同位元素が放射コンジュゲート抗体の産生のために利用可能である。例は２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、および１８６Ｒｅを含むが、これらに限定されない。
[00660]本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片と細胞傷害剤とのコンジュゲートは、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステル類の二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣＬなど）、活性エステル類（ジスクシニミジルスベレートなど）、アルデヒド類（グルタルアルデヒドなど）、ビスアジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビスジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート類（トリエン−２，６−ジイソシアネートなど）、ならびにビス活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）などの種々の二官能性タンパク質カップリング剤のいずれかを使用して作製することができる。たとえば、リシン免疫毒素は、Vitetta et al., 238 Science 1098 (1987)に記載されているようにして調製することができる。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性核種のコンジュゲート化のための例示的なキレート化剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照されたい。
[00661]他の実施形態では、抗体またはその部分は、腫瘍のプレターゲティングにおける使用のために「受容体」（たとえばストレプトアビジン）にコンジュゲートされ得る。プレターゲティングでは抗体−受容体のコンジュゲートが対象に投与され、続いて除去剤の使用により未結合のコンジュゲートが循環から除去され、細胞傷害剤（たとえば放射性核種）にコンジュゲートした「リガンド」（たとえばアビジン）が投与される。一部の実施形態では、抗体またはその抗体断片がビオチンにコンジュゲートされ、ビオチンコンジュゲートされた抗体またはその抗体断片が、たとえば血管形成の分子イメージングにおける使用のために、ストレプトアビジンコート微小泡などのストレプトアビジンが結合された薬剤またはストレプトアビジンでコートされた薬剤に、さらにコンジュゲートまたは連結され得る。
[00662]そのような治療部分を抗体にコンジュゲートする手法は周知であり、たとえばAmon et al., "Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy", in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985)、Hellstrom et al., "Antibodies For Drug Delivery", in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987)、Thorpe, "Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review", in Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985)、"Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy", in Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), pp. 303-16 (Academic Press 1985)、およびThorpe et al., "The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates", Immunol. Rev., 62: 119-58 (1982)を参照されたい。
[00663]イムノコンジュゲートの生成は米国特許第６，３０６，３９３号に記載されている。イムノコンジュゲートは、抗体成分に治療剤を間接的にコンジュゲートすることによって調製することができる。一般的な手法は、Shih et al., Int. J. Cancer 41 :832-839 (1988)、Shih et al., Int.J. Cancer 46:1101-1106 (1990)、およびShih et al.,米国特許第５，０５７，３１３号に記載されている。一般的な方法は、酸化された炭水化物部分を有する抗体成分を、少なくとも１つの遊離アミン官能基を有し、複数の薬物、毒素、キレート化剤、ホウ素アデンド、またはその他の治療剤を担持した担体ポリマーと反応させるステップを含む。この反応は最初にシッフ塩基（イミン）リンケージをもたらし、これは二級アミンへの還元によって安定化されて最終のコンジュゲートを形成することができる。
[00664]担体ポリマーは好ましくはアミノデキストランまたは少なくとも５０アミノ酸残基のポリペプチドであるが、他の実質的に等価のポリマー担体を使用することもできる。好ましくは、治療における使用のための投与の容易さおよび効果的なターゲティングのために、最終のイムノコンジュゲートは哺乳動物血清などの水性溶液に可溶である。したがって、担体ポリマーへの可溶化機能が最終のイムノコンジュゲートの血清への溶解性を向上させることになる。特にアミノデキストランが好まれる。
[00665]アミノデキストラン担体を用いてイムノコンジュゲートを調製するプロセスは、典型的にはデキストランポリマー、有利には平均分子量が約１万〜約１０万のデキストランを用いて開始する。デキストランはその炭水化物環の部分の制御された酸化に影響する酸化剤を用いて反応させて、アルデヒド基を生成させる。酸化は従来の手順に従って、ＮａＩＯ４などの解糖作用のある化学的試薬によって都合よく影響される。
[00666]酸化されたデキストランを次にポリアミン、好ましくはジアミン、より好ましくはモノ−もしくはポリ−ヒドロキシジアミンと反応させる。好適なアミンはエチレンジアミン、プロピレンジアミン、またはその他の同様のポリメチレンジアミン類、ジエチレントリアミンまたは同様のポリアミン類、１，３−ジアミノ−２−ヒドロキシプロパン、またはその他の同様のヒドロキシル化ジアミン類、またはポリアミン類などを含む。アルデヒド官能基のシッフ塩基群への実質的に完全な変換を保証するために、デキストランのアルデヒド基に対して過剰のアミンを使用する。
[00667]得られるシッフ塩基中間体の還元的安定化をもたらすために、ＮａＢＨ４、ＮａＢＨ３ＣＮなどの還元剤を使用する。得られるアダクトは、従来のサイジングカラムを通して架橋デキストランを除去することによって精製することができる。デキストランを誘導体化してアミン官能基を導入する他の従来法、たとえばシアノゲンブロミドとの反応および引き続くジアミンとの反応も使用することができる。次にアミノデキストランを、活性化された形態、好ましくは従来の手段で、たとえばジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）またはその水溶性バリアントを使用して調製したカルボキシル活性化誘導体の形態の、特定の薬物、毒素、キレート化剤、免疫調節剤、ホウ素アデンド、または担持すべきその他の治療剤の誘導体と反応させて、中間アダクトを形成する。
[00668]あるいは、ヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質またはリシンＡ鎖などのポリペプチド毒素を、グルタルアルデヒド縮合によって、またはタンパク質の活性化されたカルボキシル基とアミノデキストランのアミンとの反応によって、アミノデキストランに連結することができる。放射性金属または磁気共鳴強化剤のためのキレート化剤は当技術で周知である。典型的なものは、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）およびジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）の誘導体である。これらのキレート化剤は、典型的にはキレート化剤がそれによって担体に結合できる基を側鎖上に有している。そのような基は、たとえばベンジルイソチオシアネートを含み、それによってＤＴＰＡまたはＥＤＴＡを担体のアミン基に連結することができる。あるいは、キレート化剤上のカルボキシル基またはアミン基を、全て周知の手段によって、活性化または予め誘導体化した後に連結して、担体に連結することができる。
[00669]カルボランなどのホウ素アデンドを従来の方法によって抗体成分に結合させることができる。たとえば、当技術で周知のように、カルボランはペンダント側鎖上のカルボキシル官能基によって調製することができる。そのようなカルボランの担体、たとえばアミノデキストランへの結合は、カルボランのカルボキシル基の活性化および担体上のアミンとの縮合によって中間コンジュゲートを産生させて達成することができる。そのような中間コンジュゲートを次に、以下に記載するように抗体成分に結合させて、治療に有用なイムノコンジュゲートを産生させる。
[00670]アミノデキストランの代わりにポリペプチド担体を使用することもできるが、ポリペプチド担体は鎖中に少なくとも５０アミノ酸残基、好ましくは１００〜５０００アミノ酸残基を有する必要がある。アミノ酸の少なくともいくつかはリジン残基またはグルタミン酸もしくはアスパラギン酸残基である必要がある。リジン残基のペンダントアミンならびにグルタミン酸およびアスパラギン酸のペンダントカルボキシレートは、薬物、毒素、免疫調節剤、キレート化剤、ホウ素アデンド、またはその他の治療剤を結合させるのに好都合である。好適なポリペプチド担体の例は、ポリリジン、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸、それらのコポリマー、ならびに得られる担持された担体およびイムノコンジュゲートに所望の溶解特性を付与するためのこれらのアミノ酸とその他、たとえばセリンとの混合ポリマーを含む。
[00671]中間コンジュゲートと抗体成分とのコンジュゲート化は、抗体成分の炭水化物部分を酸化し、得られるアルデヒド（およびケトン）カルボニルを、薬物、毒素、キレート化剤、免疫調節剤、ホウ素アデンド、またはその他の治療剤を担持させた後の担体上に残存しているアミン基と反応させることによって達成される。あるいは、中間コンジュゲートを、治療剤を担持させた後の中間コンジュゲートに導入したアミン基を介して、酸化された抗体成分に結合することができる。酸化はたとえばＮａＩＯ４もしくはその他の解糖試薬を用いて化学的に、またはたとえばニューラミニダーゼおよびガラクトースオキシダーゼを用いて酵素的に、都合よく達成される。アミノデキストラン担体の場合には、アミノデキストランのアミンの全ては典型的には治療剤を担持するために使用されない。アミノデキストランの残留アミンは酸化された抗体成分と縮合してシッフ塩基アダクトを形成し、これが次に通常は水素化ホウ素還元剤によって還元的に安定化される。
[00672]本発明による他のイムノコンジュゲートを産生するために類似の手順が用いられる。担持されたポリペプチド担体は、好ましくは抗体成分の酸化された炭水化物部分との縮合のために残存する遊離のリジン残基を有する。ポリペプチド担体上のカルボキシルは、必要であれば、たとえばＤＣＣによる活性化および過剰のジアミンとの反応によってアミンに変換することができる。
[00673]最終のイムノコンジュゲートは、Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ Ｓ−３００上のサイズクロマトグラフィーまたは１つもしくは複数のＣＤ８４Ｈｙエピトープを用いる親和性クロマトグラフィーなどの従来の手法を用いて精製される。あるいは、イムノコンジュゲートは、抗体成分を治療剤と直接コンジュゲート化することによって調製することができる。一般的な手順は、治療剤が酸化された抗体成分に直接結合されることを除いて、間接的なコンジュゲート化の方法に類似している。他の治療剤が本明細書に記載したキレート化剤を代替できることが認識されよう。当業者であれば、不必要な実験を行なわずにコンジュゲート化のスキームを考案することができる。
[00674]さらなる実例として、治療剤を、還元された抗体成分のヒンジ領域にジスルフィド結合の形成を介して結合することができる。たとえば、破傷風トキソイドペプチドを、ペプチドを抗体成分に結合するために使用される単一のシステイン残基によって構築することができる。代替案として、そのようなペプチドを、Ｎ−スクシニル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）などのヘテロ二官能性架橋剤を使用して抗体成分に結合することができる。Yu et al., Int. J. Cancer56:244 (1994)。そのようなコンジュゲート化の一般的な手法は当技術で周知である。たとえば、Wong, Chemistry Of Protein Conjugation and Cross-Linking (CRC Press 1991)、Upeslacis et al., "Modification of Antibodies by Chemical Methods," in Monoclonal Antibodies: Principles and Applications, Birch et al. (eds.), pages 187-230 (Wiley-Liss, Inc. 1995)、Price, "Production and Characterization of Synthetic Peptide-De- rived Antibodies," in Monoclonal Antibodies: Production, Engineering and Clinical Application, Ritter et al. (eds.), pages 60-84 (Cambridge University Press 1995)を参照されたい。
[00675]抗体と細胞傷害剤とのコンジュゲートは、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステル類の二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣＬなど）、活性エステル類（ジスクシニミジルスベレートなど）、アルデヒド類（グルタルアルデヒドなど）、ビスアジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビスジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート類（トリエン−２，６−ジイソシアネートなど）、ならびにビス活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）などの種々の二官能性タンパク質カップリング剤を使用して作製される。たとえば、リシン免疫毒素は、Vitetta et al., Science 238 :1098 (1987)に記載されているようにして調製することができる。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性核種のコンジュゲート化のための例示的なキレート化剤である（たとえばＷＯ９４／１１０２６を参照されたい）。
[00676]上述のように、抗体のＦｃ領域における炭水化物部分を使用して、治療剤をコンジュゲート化することができる。しかし、イムノコンジュゲートの抗体成分として抗体断片を使用する場合はＦｃ領域が存在しないことがある。それにも関わらず、炭水化物部分を抗体または抗体断片の軽鎖可変領域に導入することは可能である。たとえばLeung et al., J. Immunol. 154:5919 (1995)、Hansen et al.,米国特許第５，４４３，９５３号を参照されたい。次いで操作された炭水化物部分を使用して治療剤を結合する。[0404]さらに、当業者であれば、コンジュゲート法の数多くの可能な変形を認識することになる。たとえば、血液、リンパ、またはその他の細胞外流体中におけるインタクトな抗体またはその抗原結合性断片の半減期を延長するために、炭水化物部分を使用してポリエチレングリコールを結合することができる。さらに、治療剤を炭水化物部分および遊離のスルフヒドリル基に結合させることによって、「二価イムノコンジュゲート」を構築することが可能である。そのような遊離のスルフヒドリル基は、抗体成分のヒンジ領域に位置し得る。
一部の実施形態では、本明細書で開示した抗原（たとえば表９〜表１０に列挙した抗原）に関連する病態を診断しまたは治療する方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、抗原に関連する病態は、抗原の発現または生物活性の増大による結果である。一部の実施形態では、抗原に関連する病態は、抗原の発現または生物活性の低減による結果である。一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は抗原（たとえば表９〜表１０に列挙した抗原）に結合し、それにより、抗原の発現および／または少なくとも１つの生物活性を部分的にまたは実質的に阻害する。本明細書で開示した抗原の発現および／または少なくとも１つの生物活性を部分的にまたは好ましくは実質的に阻害する抗体またはその特定された部分もしくはバリアントは、タンパク質抗原またはその断片に結合することができ、それにより、抗原によって媒介される活性、たとえば１つもしくは複数の受容体または当技術で特定の抗原に結合することが公知のリガンドへの抗原の結合を阻害することができる。一部の実施形態では、抗体は抗原活性を約２０〜１２０％、好ましくは少なくとも約１０、２０、３０、４０、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００％またはそれ以上、阻害することができる。本明細書で開示した抗原の発現および／または少なくとも１つの生物活性を部分的にまたは好ましくは実質的に増大させる抗体またはその特定された部分もしくはバリアントは、タンパク質抗原またはその断片に結合することができ、それにより、抗原によって媒介される活性を増大させることができる。一部の実施形態では、抗体は抗原活性を約２０〜１２０％、好ましくは少なくとも約１０、２０、３０、４０、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００％またはそれ以上、増大させることができる。
[00677]抗原依存性活性を増大させる抗体の能力は、好ましくは本明細書に記載した、および／または当技術で公知の、少なくとも１つの好適なアッセイによって評価される。一部の実施形態では、抗原に関連する病態は、免疫関連疾患、心血管系疾患、感染疾患、悪性疾患、または神経疾患であり得る。
医薬組成物および医薬
[00678]本明細書に記載した抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、疾患のスクリーニング、疾患の存在もしくは重症度の検出、疾患の予後の提供、疾患の進行もしくは再発のモニタリング、ならびに治療の有効性および／または疾患、障害、もしくは病態の再発の評価、ならびに疾患の療法および／もしくは処置の選択、疾患のための所与の療法の最適化、疾患の治療のモニタリング、および／または特定の患者もしくは副集団のための治療の適合性の予測または患者もしくは副集団における治療製品の適切な用量の決定のために使用することができる。一部の実施形態では、疾患はがんである。
[00678]本明細書に記載した抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、疾患のスクリーニング、疾患の存在もしくは重症度の検出、疾患の予後の提供、疾患の進行もしくは再発のモニタリング、ならびに治療の有効性および／または疾患、障害、もしくは病態の再発の評価、ならびに疾患の療法および／もしくは処置の選択、疾患のための所与の療法の最適化、疾患の治療のモニタリング、および／または特定の患者もしくは副集団のための治療の適合性の予測または患者もしくは副集団における治療製品の適切な用量の決定のために使用することができる。一部の実施形態では、疾患はがんである。
[00679]本明細書に記載した方法の臨床使用のため、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の投与は、たとえば皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、筋肉内、頭蓋内、またはその他の投与経路への投与のための医薬組成物もしくは医薬製剤、または医薬への製剤化を含み得る。一部の実施形態では、本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、対象における効果的な治療をもたらす任意の薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤とともに投与することができる。したがって一態様では、本開示は１つもしくは複数の薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤と組み合わせた、本明細書に記載した１つもしくは複数の抗体またはその抗原結合性断片を含む医薬組成物を提供する。
[00680]語句「薬学的に許容される」は、適切な医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、またはその他の問題もしくは合併症を伴わず、妥当な利益／リスク比との釣り合いをもった、ヒトおよび動物の組織との接触における使用に適した化合物、材料、組成物、および／または剤型を指す。本明細書で使用される語句「薬学的に許容される担体」は、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の安定性、溶解性、または活性の維持に関与する液体もしくは固体のフィラー、希釈剤、賦形剤、溶媒、媒体、カプセル化材料、製造助剤（たとえば滑剤、タルクマグネシウム、カルシウムもしくは亜鉛のステアレート、またはステアリン酸）、または溶媒カプセル化材料などの薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを意味する。その例は、無菌リン酸緩衝食塩液、静菌水、その他のいくつかの標準的な薬学的担体のいずれかを含むが、これらに限定されない。種々の水性担体、たとえば水、緩衝された水、０．４％食塩水、０．３％グリシン、その他が使用でき、温和な化学的改変などに供されるアルブミン、リポタンパク質、グロブリンなどの安定性の向上のための他のタンパク質を含み得る。それぞれの担体は、製剤の他の成分と適合性であり、患者に傷害を与えないという意味で「許容され」なければならない。用語「賦形剤」、「担体」、「薬学的に許容される担体」などは、本明細書では相互交換可能に使用される。本開示の組成物は、移入、送達、耐性などを改善するために製剤に組み込まれる１つまたは複数の薬学的に許容される担体、賦形剤、およびその他の薬剤（本明細書ではまとめて「薬学的に許容される担体または希釈剤」と称する）をさらに含んでよい。多数の適切な製剤化を、全ての薬化学者に公知の処方集Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pa.で見出すことができる。これらの製剤化は、たとえば粉末、ペースト、軟膏、ジェリー、ワックス、油、脂質、ベシクル（たとえばＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（商標）を含む脂質（カチオン性またはアニオン性）、ＤＮＡコンジュゲート、無水吸収ペースト、水中油および油中水エマルジョン、エマルジョンカーボワックス（種々の分子量のポリエチレングリコール）、半固体ゲル、およびカルボワックスを含む半固体混合物を含む。またPowell et al. "Compendium of excipients for parenteral formulations" PDA, 1998, J Pharm Sci Technol 52:238-311を参照されたい。
[00681]許容される担体、賦形剤、または安定剤は、採用される用量および濃度でレシピエントに対して毒性がなく、リン酸塩、クエン酸塩、およびその他の有機酸などの緩衝剤、アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤、保存剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、ヘキサメトニウムクロリド、ベンザルコニウムクロリド、ベンゼトニウムクロリド、フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン類、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３−ペンタノール、およびｍ−クレゾールなど）、低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質、ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジンなどのアミノ酸、単糖、二糖、およびグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含むその他の炭水化物、ＥＤＴＡなどのキレート化剤、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖類、ナトリウムなどの塩形成カウンターイオン、金属複合体（たとえば亜鉛−タンパク質複合体）、ならびに／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン界面活性剤を含む。
[00682]必要に応じて、本明細書に記載した組成物を含む製剤は、薬学的に許容される塩、典型的にはたとえば塩化ナトリウムを、好ましくはほぼ生理学的濃度で含む。必要に応じて、本発明の製剤は、薬学的に許容される保存剤を含み得る。一部の実施形態では、保存剤の濃度は典型的にはｖ／ｖで０．１〜２．０％の範囲である。好適な保存剤は、薬学技術で公知のものを含む。ベンジルアルコール、フェノール、ｍ−クレゾール、メチルパラベン、およびプロピルパラベンは保存剤の例である。必要に応じて、本発明の製剤は薬学的に許容される界面活性剤を０．００５〜０．０２％の濃度で含み得る。
[00683]本明細書に記載した組成物は、以下（１）たとえば無菌の溶液もしくは懸濁液、または持続放出製剤としての、たとえば皮下、筋肉内、静脈内、または硬膜外の注射による非経口投与、（２）皮膚に適用される、たとえばクリーム、軟膏、もしくは制御放出用のパッチもしくはスプレーとしての局所的適用、（３）たとえばペッサリー、クリーム、もしくはフォームとしての膣内または直腸内、（４）眼内、（５）経皮、（６）経粘膜、または（７）経鼻のために適合されたものを含む固体、液体、またはゲル形態での抗体またはその抗原結合性断片の対象への投与のために特に製剤化することができる。さらに、本開示の抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、薬物送達システムを使用して患者にインプラントしまたは注射することができる。たとえばUrquhart et al., 24 Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 199 (1984)、Controlled Release of Pesticides & Pharmaceuticals (Lewis, ed., Plenum Press, New York, 1981)、米国特許第３、７７３、９１９号、第３、２７０、９６０号を参照されたい。
[00684]本明細書に記載した抗体または抗原結合性断片を含む本明細書に開示した組成物は、治療すべき特定の適応症に必要な２つ以上の活性化合物、好ましくは相互に有害に影響しない相補的な活性を有する化合物を含んでもよい。たとえば、組成物は細胞傷害剤、サイトカイン、増殖阻害剤、および／またはＶＥＧＦＲアンタゴニストなどの血管形成阻害剤をさらに含み得る。そのような分子は、意図した目的のために効果的な量で組み合わせ中に好適に存在する。本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物の活性成分は、たとえばコアセルベーション手法もしくは界面重合によって調製されたマイクロカプセル、たとえばそれぞれヒドロキシメチルセルロースもしくはゼラチンのマイクロカプセル、およびポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセルによって調製されたマイクロカプセル中に、コロイド状薬物送達システム（たとえばリポソーム、アルブミンマイクロスフィア、微粒子、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、およびナノカプセル）中に、またはマクロエマルジョン中に、トラップすることもできる。そのような手法はRemington's Pharmaceutical Sciences (16th ed., Osol, ed., 1980)に開示されている。医薬組成物はまた、ビシクル中、特にリポソーム中で送達することもできる（Langer 1990 Science 249:1527-1533、Treat et al. (1989) in Liposomes in the Therapy of Infectious Disease and Cancer, Lopez-Berestein and Fidler (eds.), Liss, New York, pp. 353-365、Lopez-Berestein, ibid., pp. 317-327を参照されたい；全般的なことに関しては前掲を参照されたい）。リポソームはエマルジョン、フォーム、ミセル、不溶性単層、リン脂質分散液、ラメラ層、その他を含み、Ｍ−ＣＳＦ抗体を特定の組織に標的させ、ならびに組成物の半減期を延長させるためのビヒクルとして働き得る。たとえば参照により本明細書に組み込まれる米国特許第４，８３７，０２８号および第５，０１９，３６９号に記載されているリポソームを調製するための種々の方法が利用可能である。
[00685]抗体を含むリポソームは、Epstein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 3688 (1985)、Hwang et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 77: 4030 (1980)、ならびに米国特許第４，４８５，０４５号および第４，５４４，５４５号に記載されているような当技術で公知の方法によって調製される。循環時間が延長されたリポソームは米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、およびＰＥＧ−誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む液体組成物を用いる逆相蒸発法によって生成することができる。リポソームを所定の孔径を有するフィルターから押し出すことによって、所望の直径を有するリポソームが得られる。本発明の抗体のＦａｂ’断片を、Martin et al., J. Biol. Chem. 257: 286-288 (1982) に記載されているように、ジスルフィド交換反応によってリポソームにコンジュゲート化することができる。化学療法剤（ドキソルビシンなど）を必要に応じてリポソーム中に含ませる（たとえばGabizon et al., J. National Cancer Inst. 81(19): 1484 (1989) を参照されたい）。
[00686]一部の実施形態では、持続放出調製物を使用することができる。持続放出調製物の好適な例は、本開示の抗体または抗原結合性断片を含む固体の疎水性ポリマーの半透性マトリックスを含み、そのマトリックスは賦形された物品の形態、たとえばフィルムまたはマイクロカプセルである。持続放出マトリックスの例は、ポリエステル、ヒドロゲル（たとえばポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド類（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とｙエチル−Ｌ−グルタメートとのコポリマー、非分解性のエチレン−酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮＤＥＰＯ（商標）などの分解性の乳酸−グリコール酸コポリマー（乳酸−グリコール酸コポリマーおよびリュープロライドアセテートから構成される注射可能なマイクロスフィア）、およびポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸を含む。エチレン−酢酸ビニルおよび乳酸−グリコール酸などのポリマーは１００日以上の分子の放出を可能にするが、ある種のヒドロゲルはタンパク質をより短い期間で放出する。抗体はカプセル化されると体内に長期間残留し、３７℃における水分への曝露の結果として変性し、または凝集することがあり、その結果、生物活性が失われ、免疫原性が変化する可能性がある。関与する機構に応じて安定化のために合理的な戦略を考案することができる。たとえば、凝集機構がチオジスルフィドの交換による分子間Ｓ−Ｓ結合の形成であることが発見されれば、スルフヒドリル残基を修飾し、酸性溶液から凍結乾燥し、水分含量を制御し、適切な添加剤を使用し、特定のポリマーマトリックス組成物を開発することによって、安定化を達成することができる。ある特定の状況では、医薬組成物を制御放出システムの中で送達することができる。一実施形態では、ポンプを用いてよい（Langer, 上記、Sefton 1987 CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201を参照されたい）。別の実施形態では、ポリマー材料を使用することができる。さらに別の実施形態では、制御放出システムを組成物の標的の近傍に設置し、それにより全身用量の一部のみが必要となるようにしてもよい。（たとえばGoodson, 1984, in Medical Applications of Controlled Release, supra, vol. 2, pp. 115-138を参照されたい）。
[00687]本開示の医薬組成物は、標準的な針およびシリンジを用いて、たとえば皮下または静脈内に送達することができる。さらに、皮下送達に関して、ペン送達デバイスは、本発明の医薬組成物の送達に容易に適用できる。そのようなペン送達デバイスは再使用可能でも使い捨てでもよい。再使用可能なペン送達デバイスは一般に、医薬組成物を含む置き換え可能なカートリッジを利用する。カートリッジ内の医薬組成物の全てが投与されてカートリッジが空になれば、空のカートリッジを容易に廃棄して、医薬組成物を含む新たなカートリッジに置き換えることができる。次いでペン送達デバイスを再使用することができる。使い捨てペン送達デバイスでは、置き換え可能なカートリッジは存在しない。むしろ、使い捨てペン送達デバイスは、デバイス内のリザーバーに保持された医薬組成物を充填済みで供給される。医薬組成物のリザーバーが空になれば、デバイス全体が廃棄される。数多くの再使用可能なペンおよびオートインジェクターの送達デバイスが、本発明の医薬組成物の皮下送達において用途を有している。その例は、二、三の例のみを挙げるとＡＵＴＯＰＥＮ（商標）（Ｏｗｅｎ Ｍｕｍｆｏｒｄ，Ｉｎｃ．社、Ｗｏｏｄｓｔｏｃｋ，ＵＫ）、ＤＩＳＥＴＲＯＮＩＣ（商標）ペン（Ｄｉｓｅｔｒｏｎｉｃ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ社、Ｂｕｒｇｈｄｏｒｆ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）、ＨＵＭＡＬＯＧ ＭＩＸ ７５／２５（商標）ペン、ＨＵＭＡＬＯＧ（商標）ペン、ＨＵＭＡＬＩＮ７０１３０（商標）ペン（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ ａｎｄ Ｃｏ．社、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，Ｉｎｄ．）、ＮＯＶＯＰＥＮ（商標）Ｉ、ＩＩ、およびＩＩＩ（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ社、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ，Ｄｅｎｍａｒｋ）、ＮＯＶＯＰＥＮ ＪＵＮＩＯＲ（商標）（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ社、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ，Ｄｅｎｍａｒｋ）、ＢＤ（商標）ペン（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ社、Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ，Ｎ．Ｊ．）、ＯＰＴＩＰＥＮ（商標）、ＯＰＴＩＰＥＮ ＰＲＯ（商標）、ＯＰＴＩＰＥＮ ＳＴＡＲＬＥＴ（商標）、およびＯＰＴＩＣＬＩＫ（商標）（Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ社、Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ，Ｇｅｒｍａｎｙを含むが、もちろんこれらに限定されない。医薬組成物の皮下送達における用途を有する使い捨てペン送達デバイスの例は、ＳＯＬＯＳＴＡＲ（商標）ペン（Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ社）、ＦＬＥＸＰＥＮ（商標）（Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ社）、およびＫＷＩＫＰＥＮ（商標）（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ社）を含むが、もちろんこれらに限定されない。
[00688]注射可能な調製物は、静脈内、皮下、皮内、および筋肉内の注射、滴下注入、その他のための剤形を含み得る。これらの注射可能な調製物は公知の方法によって調製され得る。たとえば、注射可能な調製物は、上記の抗体またはその塩を無菌の水性媒体または従来から注射用に使用されている油性媒体中に、たとえば溶解、懸濁、または乳濁することによって、調製され得る。注射用の水性媒体としては、たとえば生理的食塩水、グルコースおよびその他の補助剤を含む等浸透圧溶液があり、これらはアルコール（たとえばエタノール）、ポリアルコール（たとえばプロピレングリコール、ポリエチレングリコール）、非イオン性界面活性剤（たとえばポリソーベート８０、ＨＣＯ−５０（水素化ヒマシ油のポリオキシエチレン（５０モル）アダクト））、その他の適切な可溶化剤と組み合わせて使用され得る。油性媒体としては、たとえばゴマ油、大豆油、その他が使用され、これらは安息香酸ベンジル、ベンジルアルコール、その他の可溶化剤と組み合わせて使用し得る。このようにして調製された注射剤は、好ましくは適切なアンプルに充填される。
[00689]本開示の組成物は、たとえば顆粒、粉末、錠剤、カプセル、シロップ、坐剤、注射剤、エマルジョン、エリキシル、懸濁液、または溶液の形態であってよい。含まれる上記の抗体の量は、単位用量において剤形あたり約５〜約５００ｍｇであってよい。特に注射剤の形態においては、上記の抗体が他の剤形について約５〜約１００ｍｇ、および約１０〜約２５０ｍｇで含まれていることが好ましい。
[00690]経口、経頬、および舌下腺の投与のためには、粉末、懸濁液、顆粒、錠剤、ピル、カプセル、ゲルキャップ、およびキャプレットが固体剤形として許容される。これらは、たとえば本発明の１つもしくは複数の化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは互変異生体を、デンプンもしくは他の添加物などの少なくとも１つの添加物と混合することによって、調製することができる。好適な添加物は、スクロース、ラクトース、セルロース糖、マンニトール、マルチトール、デキストラン、デンプン、寒天、アルギネート、キチン、キトサン、ペクチン、トラガントガム、アラビアガム、ゼラチン、コラーゲン、カゼイン、アルブミン、合成もしくは半合成のポリマー、またはグリセリドである。必要に応じて、経口剤形は、不活性希釈剤、またはステアリン酸マグネシウムなどの滑剤、またはパラベンもしくはソルビン酸などの保存剤、またはアスコルビン酸、トコフェロール、もしくはシステインなどの抗酸化剤、崩壊剤、結合剤、増粘剤、緩衝剤、甘味剤、香味剤もしくは着香剤などの投与における補助のためのその他の成分を含み得る。錠剤およびピルは、当技術で公知の好適なコーティング材料でさらに処理してもよい。
[00691]経口投与のための液体剤形は、薬学的に許容されるエマルジョン、シロップ、エリキシル、懸濁液、および溶液の形態であってよく、これらは水などの不活性希釈剤を含み得る。一部の実施形態では、医薬製剤および医薬は、たとえば油、水、アルコール、およびこれらの組み合わせなどであるがこれらに限定されない無菌の液体を使用して液体懸濁液または水性溶液として調製され得る。一部の実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥された形態で調製され得る。凍結乾燥された調製物は当技術で公知の凍結保護剤を含み得る。本明細書で使用される用語「凍結保護剤」は一般に、凍結によって誘起されるストレスに対する安定性をタンパク質に提供する薬剤を含む。凍結保護剤の例は、たとえばマンニトールなどのポリオールを含み、たとえばスクロースなどの糖類を含み、たとえばポリソーベート、ポロキサマー、またはポリエチレングリコール、その他の界面活性剤を含む。凍結保護剤は製剤の浸透圧性にも寄与する。薬学的に好適な界面活性剤、懸濁剤、乳濁剤は、経口または非経口の投与のために添加され得る。
[00692]上で注記したように、懸濁液は油を含み得る。そのような油は、ピーナツ油、ゴマ油、綿実油、コーン油、およびオリーブ油を含むが、これらに限定されない。懸濁調整物は、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピルなどの脂肪酸エステル、脂肪酸グリセリド、およびアセチル化脂肪酸グリセリドを含んでもよい。懸濁製剤は、エタノール、イソプロピルアルコール、ヘキサデシルアルコール、グリセロール、およびプロピレングリコールなどであるがこれらに限定されないアルコール類を含み得る。ポリ（エチレングリコール）などであるがこれらに限定されないエーテル類、鉱油およびペトロラタムなどの石油系炭化水素、ならびに水も、懸濁製剤に使用し得る。
[00693]経鼻投与のために、医薬製剤および医薬は、適切な溶媒および必要に応じて安定剤、抗微生物剤、抗酸化剤、ｐＨ改質剤、界面活性剤、生物利用性改質剤、およびそれらの組み合わせなどであるがこれらに限定されない他の化合物を含むスプレーまたはエアロゾルであってよい。エアロゾル製剤のための噴射剤は、圧縮空気、窒素、二酸化炭素、または炭化水素系低沸点溶媒を含み得る。
[00694]注射可能な剤形は一般に、好適な分散剤または湿潤剤および懸濁剤を使用して調製され得る水性懸濁液または油性懸濁液を含む。注射可能な形態は溶液相または懸濁液の形態であり、これは溶媒または希釈剤を用いて調製され得る。許容される溶媒またはビヒクルは滅菌水、リンゲル液、または等張の水性食塩液を含む。あるいは、無菌の油を溶媒または懸濁剤として採用し得る。好ましくは、油または脂肪酸は非揮発性で、天然または合成の油、脂肪酸、モノ−、ジ−、もしくはトリ−グリセリドを含む。
[00695]注射のため、医薬製剤および／または医薬は、上記の適切な溶液での再構成に適した粉末であってよい。これらの例は、凍結乾燥された、回転乾燥もしくはスプレー乾燥された粉末、無定形粉末、顆粒、沈殿物、または粒子を含むが、これらに限定されない。注射のため、製剤は必要に応じて安定剤、ｐＨ改質剤、界面活性剤、生物利用性改質剤、およびこれらの組み合わせを含み得る。
[00696]直腸投与のため、医薬製剤および医薬は、腸、Ｓ字状結腸曲、および／または直腸における化合物の放出のための坐剤、軟膏、浣腸剤、錠剤、またはクリームの形態であってよい。直腸坐剤は、本発明の１つもしくは複数の化合物、または化合物の薬学的に許容される塩もしくは互変異生体と、許容されるビヒクル、たとえば通常の保存温度では固相で存在し、直腸内などの体内では薬物を放出するのに適した温度で液相で存在するココアバターまたはポリエチレングリコールとを混合することによって調製される。油は、軟ゼラチン型および坐剤の製剤の調製においても採用し得る。水、食塩液、水性のデキストロースおよび関連する糖の溶液、ならびにグリセロールは、ペクチン、カルボマー、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、またはカルボキシメチルセルロースなどの懸濁剤、ならびに緩衝剤および保存剤を含んでもよい懸濁液製剤の調製に採用し得る。
[00697]これらの組成物中の抗体またはその抗原結合性断片の濃度は広く、即ち重量で約１０％未満から、通常少なくとも約２５％から７５％または９０％もの高さまで、変動することができ、主として選択した特定の投与の様式に従って流体の体積、粘度、その他によって選択されることになる。経口、局所、および非経口で投与し得る組成物を調製するための実際の方法は、当業者には公知または明白であり、たとえば参照により本明細書に組み込まれるRemington's Pharmaceutical Science, 19th ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1995)に詳細に記載されている。
[00698]本発明の別の実施形態では、がんの治療を含む上述の疾患、障害、または病態の治療のために有用な材料を含む製造物品が提供される。製造物品は容器およびラベルを含む。好適な容器は、たとえば瓶、バイアル、シリンジ、および試験管を含む。容器はガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成され得る。容器は病態の治療に効果的な組成物を保持し、無菌のアクセスポートを有し得る（たとえば容器は皮下注射用の針で穿刺可能な栓を有する静脈内液体バッグまたはバイアルであってよい）。組成物中の活性剤は本発明の抗体である。容器上の、または容器に関連するラベルは、組成物が選択した病態を治療するために使用されることを表示している。製造物品は、リン酸緩衝食塩液、リンゲル液、およびデキストロース溶液などの薬学的に許容される緩衝液を含む第２の容器をさらに含み得る。容器は、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、および使用説明書を含む包装挿入物を含む販売および使用者の観点から望ましい他の材料をさらに含み得る。本明細書に記載した医薬組成物および医薬は、がん性疾患の治療に有用である。
治療の方法
[00699]本開示は、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片を、患者を処置するための有効量で患者に投与することによる、新生物、腫瘍、転移、または制御されない細胞増殖によって特徴付けられる疾患もしくは障害を含むが、これらに限定されないがんの治療または予防のための方法を提供する。
[00699]本開示は、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片を、患者を処置するための有効量で患者に投与することによる、新生物、腫瘍、転移、または制御されない細胞増殖によって特徴付けられる疾患もしくは障害を含むが、これらに限定されないがんの治療または予防のための方法を提供する。
[00700]一部の実施形態では、がんは癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、芽細胞腫、または黒色腫であり得る。一部の実施形態では、がんは膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸、歯茎、頭部、腎臓、肝臓、肺、鼻咽頭、頸部、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、または子宮からのがんであり得る。一部の実施形態では、がんは新生物、悪性癌腫、癌腫、未分化、巨細胞および紡錘細胞の癌腫、小細胞癌、乳頭癌、扁平上皮細胞癌、リンパ上皮細胞癌、基底細胞癌、ピロマトリックス癌、移行細胞癌、乳頭移行細胞癌、腺癌、ガストリノーマ、胆管癌、肝細胞癌、肝細胞癌と胆管癌の合併、索状腺癌、腺様嚢胞癌、腺腫性ポリープにおける腺癌、腺癌、家族性腺様ポリポーシス、固形癌、カルチノイド腫瘍、鰓肺胞腺癌、乳頭腺癌、嫌色素性癌、好酸性癌、好酸素性腺癌、好塩基性癌、明細胞腺癌、顆粒細胞癌、濾胞性腺癌、乳頭性および濾胞性の腺癌、非カプセル化硬化性癌、副腎皮質癌、内膜癌、皮膚付属物癌、アポクリン腺癌、脂肪質腺癌、耳垢腺癌、粘膜表皮癌、嚢胞腺癌、乳頭嚢胞腺癌、乳頭漿液嚢胞腺癌、粘液嚢胞腺癌、粘液腺癌、印環細胞癌、浸潤性導管癌、延髄癌、小葉癌、炎症性癌、パジェット病、乳腺腺房細胞癌、腺扁平上皮細胞癌、扁平上皮化生を伴う腺癌、胸腺腫、卵巣間質腫瘍、腱鞘腫、顆粒膜細胞腫瘍、アンドロブラストーマ、セルトリ細胞癌、レイディッヒ細胞腫瘍、脂肪細胞腫瘍、傍神経節腫、乳腺外傍神経節腫、褐色細胞腫、グロマンギオ肉腫、黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、粘膜黒色腫、結節性黒色腫、ポリープ状黒色腫、線維形成性黒色腫、皮膚黒色腫、メラニン欠乏性黒色腫、表在性瀰漫性黒色腫、巨大色素母斑における黒色腫、類上皮細胞黒色腫、青色母斑、肉腫、線維肉腫、線維性組織肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、胎児性横紋筋肉腫、肺胞性横紋筋肉腫、間質肉腫、混合腫瘍、ミュラー混合腫瘍、腎芽細胞腫、肝芽細胞腫、癌肉腫、間葉腫、ブレナー腫瘍、フィロデス腫瘍、滑膜肉腫、中皮腫、胚芽細胞腫、胚性癌腫、奇形腫、ストローマ卵巣腫、絨毛癌、中腎腫、血管肉腫、血管内皮腫、カポジ肉腫、血管周囲細胞腫、リンパ管肉腫、骨肉腫、皮質近傍骨肉腫、軟骨肉腫、軟骨芽細胞腫、間葉性軟骨肉腫、骨の巨大細胞腫瘍、ユーイング肉腫、歯原性腫瘍、骨髄芽球性歯肉腫、骨髄芽細胞腫、骨髄芽球性線維肉腫、松果体腫、脊索腫神経膠腫、上衣腫、星状細胞腫、原形質星状細胞腫、原線維性星状細胞腫、星状芽細胞腫、神経膠芽細胞腫、乏突起神経膠腫、乏突起膠芽腫、原始神経外胚葉性腫瘍、小脳肉腫、神経節芽細胞腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、嗅神経原腫瘍、髄膜腫、神経線維肉腫、神経膠腫、顆粒細胞腫瘍、悪性リンパ腫、ホジキン病、ホジキン傍肉芽腫、リンパ腫、小リンパ球性悪性リンパ腫、瀰漫性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、真菌性真菌症、その他の特定の非ホジキンリンパ腫、組織球症、多発性骨髄腫、マスト細胞肉腫、免疫増殖性小腸疾患、白血病、リンパ性白血病、形質細胞白血病 、赤白血病、リンパ肉腫細胞白血病、骨髄性白血病、好塩基性白血病、好酸球性白血病、単球性白血病、マスト細胞白血病、巨核芽球性白血病、骨髄性肉腫、または毛状細胞白血病であり得る。一部の実施形態では、がんは皮膚がんである。一部の実施形態では、皮膚がんは基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、皮膚黒色腫、メルケル細胞癌、異型線維黄色腫、皮膚リンパ腫、または皮膚線維肉腫である。一部の実施形態では、皮膚黒色腫は、表在性瀰漫性黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、爪下黒色腫、黒子型悪性黒色腫、線維形成性黒色腫、粘膜黒色腫、またはポリープ状黒色腫である。
[00701]本開示の抗体は、それ自体、または疾患、たとえばがんの治療または予防のための本明細書で開示した医薬組成物の形態で、対象に投与し得る。本明細書に記載した抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、単独で、またはがんを治療するために有用な第２の治療剤または療法と組み合わせて、投与し得る。がんを治療するために有用な第２の療法の例は、放射療法、凍結療法、抗体療法、化学療法、光線力学療法、手術、ホルモン療法、免疫療法、サイトカイン療法、または従来の薬物との組み合わせ療法を含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、第２の治療剤は細胞傷害性薬物、腫瘍ワクチン、ペプチド、ぺプチボディ、小分子、細胞傷害剤、細胞増殖抑制剤、免疫改質剤、インターフェロン、インターロイキン、免疫刺激増殖ホルモン、サイトカイン、ビタミン、ミネラル、アロマターゼ阻害剤、ＲＮＡｉ、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、がん化学療法剤、Ｔｒｅｇｓ標的薬剤、別の抗体、免疫刺激抗体、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、シスプラチン、イフォスファミド、パクリタキセル、タキサン類、トポイソメラーゼＩ阻害剤（たとえばＣＰＴ−１１、トポテカン、９−ＡＣ、およびＧＧ−２１１）、ゲムシタビン、ビノレルビン、オキサリプラチン、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、ビノレルビン、テモダール、およびタキソールであり得る。一部の実施形態では、第２の治療剤は白金系化合物、抗がん活性を有する抗生剤、アントラサイクリン類、アントラセンジオン類、アルキル化剤、代謝拮抗物質、抗有糸分裂剤、タキサン類、タキソイド類、微小管阻害剤、ビンカアルカロイド類、葉酸アンタゴニスト、トポイソメラーゼ阻害剤、抗エストロゲン類、抗アンドロゲン類、アロマターゼ阻害剤、ＧｎＲｈアナログ類、ならびに５α−リダクターゼ、ビホスホネート類の阻害剤からなる群から選択される化学療法剤である。
[00702]一部の実施形態では、第２の治療剤は、ＰＤ−１阻害剤、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤、プロテアソーム阻害剤、ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＪＡＫ２阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、ＰＩ３Ｋ阻害剤、プロテインキナーゼ阻害剤、セリン／スレオニンキナーゼの阻害剤、細胞内シグナル伝達の阻害剤、Ｒａｓ／Ｒａｆシグナル伝達の阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＡＫＴ阻害剤、生存シグナル伝達タンパク質の阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、治療用モノクローナル抗体、ＴＲＡＩＬ経路アゴニスト、抗血管形成剤、メタロプロテイナーゼ阻害剤、カテプシン阻害剤、ウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベーター受容体機能の阻害剤、イムノコンジュゲート、抗体薬物コンジュゲート、抗体断片二特異性抗体、二特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）であり得る。一部の実施形態では、別の抗体がセツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、リツキシマブ、オファツムマブ、ベルツズマブ、アレムツズマブ、ラベツズマブ、アデカツムマブ、オレゴボマブ、オナルツズマブ、アポマブ、マパツムマブ、レキサツムマブ、コナツムマブ、チガツズマブ、カツマキソマブ、ブリナツモマブ、イブリツモマブトリウキセタン、トシツモマブ、ブレンツキシマブベドチン、ゲムツズマブオゾガマイシン、クリバツズマブテトラキセタン、ペムツモマブ、トラスツズマブエムタンシン、ベバシズマブ、エタラシズマブ、ボロシキシマブ、ラムシルマブ、アフリベルセプトから選択される。さらに別の実施形態では、第２の治療剤は現在がんの治療に使用されている抗体であり得る。そのような抗体の例は、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）、Ｒｅｔｕｘａｎ（登録商標）、ＯｖａＲｅｘ、Ｐａｎｏｒｅｘ、ＢＥＣ２、ＩＭＣ−Ｃ２２５、Ｖｉｔａｘｉｎ、Ｃａｍｐａｔｈ Ｉ／Ｈ、Ｓｍａｒｔ ＭＩ９５、ＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ、Ｓｍａｒｔ Ｉ Ｄ１０、およびＯｎｃｏｌｙｍを含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、別の抗体は、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−１、ＰＤＬ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ３、ＶＩＳＴＡのうち１つもしくは複数を標的とするアンタゴニスト抗体、および／またはＣＤ４０、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳのうち１つもしくは複数を標的とするアゴニスト抗体、またはそれらの組み合わせから選択される免疫刺激抗体である。一部の実施形態では、免疫抑制細胞Ｔｒｅｇおよび／またはＭＤＳＣを標的とする第２の治療剤は、抗有糸分裂薬物、シクロホスファミド、ゲムシタビン、ミトキサントロン、フルダラビン、サリドマイド、サリドマイド誘導体、ＣＯＸ−２阻害剤、Ｔｒｅｇ細胞表面受容体の認識によってＴｒｅｇを直接標的とする欠乏抗体もしくは殺滅抗体、抗ＣＤ２５ダクリズマブ、バシリキシマブ、リガンド指向毒素、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ）（ヒトＩＬ−２とジフテリア毒素の融合タンパク質）、またはＬＭＢ−２（ＣＤ２５に対するｓｃＦｖとシュードモナス外毒素の融合）、Ｔｒｅｇ細胞表面受容体を標的とする抗体、ＴＬＲモジュレーター、アデノシン作動性経路に干渉する薬剤、エクトヌクレオチダーゼ阻害剤、またはＡ２Ａアデノシン受容体の阻害剤、ＴＧＦ−β阻害剤、ケモカイン受容体阻害剤、レチノイン酸、全トランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ）、ビタミンＤ３、ホスホジエステラーゼ５阻害剤、シルデナフィル、ＲＯＳ阻害剤、およびニトロアスピリンから選択される。一部の実施形態では、第２の治療剤は、以下の、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８およびＩＬ−２１、ＩＬ２３、ＩＬ−２７、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮα（インターフェロンアルファ）、ＩＦＮα−２ｂ、ＩＦＮβ、ＩＦＮγなどのサイトカインのうち１つもしくは複数から選択されるサイトカイン療法、および送達のためのそれらの異なる戦略である。一部の実施形態では、第２の治療剤は、腫瘍抗原に対する免疫原性応答を仕掛けるために使用されるタンパク質もしくはペプチドを含む外因性がんワクチン、腫瘍抗原をコードする組換えウイルスおよび細菌のベクター、腫瘍抗原をコードするＤＮＡ系ワクチン、樹状細胞系ワクチンを標的とするタンパク質、全腫瘍細胞ワクチン、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣＯＳ、および／またはＦｌｔ３リガンドを発現する遺伝子修飾腫瘍細胞、腫瘍溶解性ウイルスワクチンからなる群から選択される治療用がんワクチンである。
[00703]一部の実施形態では、第２の治療剤は、ＥＰＯ、Ｇ−ＣＳＦ、ガンシクロビル、抗生剤、リュープロライド、メペリジン、ジドブジン（ＡＺＴ）、変異体およびアナログを含むインターロイキン１〜１８、インターフェロンａなどのインターフェロンもしくはサイトカイン、および黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）およびアナログ、ならびにゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）などのｙホルモン類、トランスフォーミング増殖因子、線維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）、神経増殖因子（ＮＧＦ）、成長ホルモン放出因子（ＧＨＲＦ）、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、線維芽細胞増殖因子相同因子（ＦＧＦＨＦ）、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、およびインスリン増殖因子（ＩＧＦ）などの増殖因子、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）、侵襲阻害因子２（ＩＩＦ−２）、骨形成タンパク質１〜７（ＢＭＰ１〜７）、ソマトスタチン、チモシン−ａ−１、ｙ−グロブリン、スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）、補体因子、抗血管形成因子、抗原性物質、およびプロドラッグを含む。
[00704]プロドラッグは、親薬物と比較して腫瘍細胞に対する細胞傷害性が低いか細胞傷害性がなく、酵素によって活性化されまたは変換されて活性なまたはより活性な親形態になることができる薬学的に活性な物質の前駆体または誘導体の形態を指す。たとえばWilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Bel- fast (1986)、およびStella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985)を参照されたい。プロドラッグは、より活性な細胞傷害性遊離薬物に変換することができるリン酸塩含有プロドラッグ、チオリン酸塩含有プロドラッグ、硫酸塩含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、ラクタム含有プロドラッグ、必要に応じて置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ、または必要に応じて置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、５−フルオロシトシンおよびその他の５−フルオロウリジンプロドラッグを含むが、これらに限定されない。本明細書における使用のためのプロドラッグ形態に誘導体化することができる細胞傷害性薬物の例は上記の化学療法剤を含むが、これらに限定されない。
[00705]別の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、がんの予防または治療のために、第２の治療剤の前に（たとえば１分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、４時間、６時間、８時間、１２時間、２４時間、２日、または１週間前に）、第２の治療剤に続いて（たとえば１分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、４時間、６時間、８時間、１２時間、２４時間、２日、または１週間後に）、または第２の治療剤に付随して、投与される。別の実施形態では、第２の治療剤は、１つまたは複数のがん細胞抗原に対して免疫特異性の抗体であり得る。一部の実施形態では、がんは他の抗がん治療または第２の治療剤に対して難治性である。一部の実施形態では、がんは再発している。一部の実施形態では、本明細書で開示した１つもしくは複数の抗体またはその抗原結合性断片は動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトに投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片はがんの外科的切除の後に投与される。本開示の方法および組成物は、本明細書で開示した単一の抗体またはその抗原結合性断片、ならびに本明細書で開示した２つ以上の抗体またはその抗原結合性断片の組み合わせ、または「カクテル」を意図している。一部の実施形態では、２つ以上の抗体は、本明細書で開示した少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、全てで５つの抗体またはその抗原結合性断片を含む。そのような抗体のカクテルは、これらが異なるエフェクター機構を利用する抗体を含み、または直接的に細胞傷害性の抗体と免疫エフェクター機能に依存する抗体とを組み合わせているので、ある種の利点を有し得る。
抗体に基づく遺伝子療法
[00706]本開示の別の態様では、抗体またはその抗原結合性断片をコードする配列を含む核酸分子が、遺伝子療法によって疾患または障害を治療し、阻害し、または予防するために投与される。一部の実施形態では、疾患はがんである。一部の実施形態では、疾患は皮膚がんである。一部の実施形態では、疾患は皮膚黒色腫である。一部の実施形態では、疾患は抗体が結合する抗原の異常な発現および／または活性に関連している。遺伝子療法は、発現されたまたは発現可能な核酸分子を対象に投与することによって実施される療法を指す。本開示のこの実施形態では、核酸分子は、治療効果を媒介するそのコードされたタンパク質（たとえば本明細書で開示した抗体または抗原結合性断片）を産生する。利用可能な遺伝子療法の方法のいずれも、本発明に従って使用することができる。例示的な方法を以下に記載する。遺伝子療法の方法の一般的な総説については、Goldspiel et al., Clinical Pharmacy 12:488-505 (1993)、Wu and Wu, Biotherapy 3:87-95 (1991)を参照されたい。
[00706]本開示の別の態様では、抗体またはその抗原結合性断片をコードする配列を含む核酸分子が、遺伝子療法によって疾患または障害を治療し、阻害し、または予防するために投与される。一部の実施形態では、疾患はがんである。一部の実施形態では、疾患は皮膚がんである。一部の実施形態では、疾患は皮膚黒色腫である。一部の実施形態では、疾患は抗体が結合する抗原の異常な発現および／または活性に関連している。遺伝子療法は、発現されたまたは発現可能な核酸分子を対象に投与することによって実施される療法を指す。本開示のこの実施形態では、核酸分子は、治療効果を媒介するそのコードされたタンパク質（たとえば本明細書で開示した抗体または抗原結合性断片）を産生する。利用可能な遺伝子療法の方法のいずれも、本発明に従って使用することができる。例示的な方法を以下に記載する。遺伝子療法の方法の一般的な総説については、Goldspiel et al., Clinical Pharmacy 12:488-505 (1993)、Wu and Wu, Biotherapy 3:87-95 (1991)を参照されたい。
[00707]一態様では、核酸分子は抗体をコードする核酸配列を含み、前記核酸分子は、好適な宿主の中で抗体もしくは断片、またはキメラタンパク質、またはその重鎖もしくは軽鎖を発現する発現ベクターの部分である。特に、そのような核酸配列は抗体コード領域に作動可能に連結されたプロモーターを有しており、前記プロモーターは誘起可能または構造的であり、必要に応じて組織特異的である。
[00708]別の特定の実施形態では、核酸分子は、ゲノムの所望の部位において抗体コード配列およびその他の任意の所望の配列の傍に相同組換えを促進する領域が存在し、それにより抗体をコードする核酸の染色体内における発現が提供されるように使用される（Koller and Smithies, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:8932-8935 (1989)、Zijistra et al., Nature 342:435-438 (1989)）。一部の実施形態では、発現された抗体は一本鎖抗体である。あるいは、核酸配列は抗体の重鎖および軽鎖の両方、またはその断片をコードする配列を含む。
[00709]患者への核酸分子の送達は、直接でもよく、その場合には患者は核酸または核酸を運搬するベクターに直接曝露され、または間接でもよく、その場合には細胞が最初にｉｎ ｖｉｔｒｏで核酸によって形質転換され、次いで患者に移植される。これら２つのアプローチはそれぞれ、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏ遺伝子療法として公知である。
[00710]特定の実施形態では、核酸分子は直接ｉｎ ｖｉｖｏで投与され、これはコードされた産生物を産生するように発現される。これは当技術で公知の多くの方法のいずれかによって、たとえば適切な核酸発現ベクターの部分として核酸分子を構築し、たとえば欠如したもしくは弱毒化したレトロウイルスまたはその他のウイルスベクターを使用する感染（米国特許第４，９８０，２８６号を参照）、または裸のＤＮＡの直接注射、または微粒子衝撃（たとえば遺伝子銃、Ｂｉｏｌｉｓｔｉｃ、Ｄｕｐｏｎｔ社）の使用、または脂質もしくは細胞表面の受容体もしくはトランスフェクト剤によるコーティング、リポソーム、微粒子、もしくはマイクロカプセルへのカプセル化、または核に進入することが公知であるペプチドに連結された核酸分子を投与すること、受容体媒介エンドサイトーシスを受けるリガンドに連結された核酸分子を投与すること（たとえばWu and Wu, J. Biol. Chem. 262:4429-4432 (1987)を参照されたい）（これは受容体を特異的に発現している細胞型を標的とするために使用される）などにより、核酸分子が細胞内に入るように投与することによって、達成することができる。別の実施形態では、リガンドがエンドソームを破壊する融合性のウイルスペプチドを含み、それによって核酸がリソソーマル分解を回避することができる核酸−リガンド複合体を形成させることができる。さらに別の実施形態では、核酸は特定の受容体を標的とすることによって、細胞特異的な取り込みおよび発現のためにｉｎ ｖｉｖｏで標的とすることができる（たとえばＰＣＴ公開番号ＷＯ９２／０６１８０、ＷＯ９２／２２６３５、ＷＯ９２／２０３１６、ＷＯ９３／１４１８８、ＷＯ９３／２０２２１を参照されたい）。あるいは、核酸を細胞内に導入し、相同組換えによって発現のために宿主細胞ＤＮＡの中に組み込むことができる（Koller and Smithies, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:8932-8935 (1989)、Zijistra et al., Nature 342:435-438 (1989)）。
[00711]特定の実施形態では、本発明の抗体をコードする核酸配列を含むウイルスベクターが使用される。たとえば、レトロウイルスベクターを使用することができる（Miller et al., Meth. Enzymol. 217:581-599 (1993)を参照されたい）。これらのレトロウイルスベクターは、ウイルスゲノムの正しいパッケージングおよび宿主細胞ＤＮＡへの統合のために必要な成分を含んでいる。遺伝子療法において使用される抗体をコードする核酸分子は、患者への遺伝子の送達を容易にする１つまたは複数のベクターにクローニングされる。レトロウイルスベクターに関するさらなる詳細は、Boesen et al., Biotherapy 6:291-302 (1994)に見出すことができる。
[00712]本発明ではアデノウイルスも使用され得る。遺伝子療法への別のアプローチは、電気穿孔、リポフェクション、リン酸カルシウム媒介トランスフェクション、またはウイルス感染などの方法で遺伝子を組織培養中の細胞に移入するステップを含む。通常、移入の方法は選択可能なマーカーを細胞に移入することを含む。次いで細胞を選択に供し、移入された遺伝子を取り込んで発現している細胞を単離する。次いでこれらの細胞を患者に送達する。
[00713]本実施形態では、得られる組換え細胞をｉｎ ｖｉｖｏで投与する前に、核酸分子を細胞に導入する。そのような導入は、トランスフェクション、電気穿孔、マイクロインジェクション、核酸配列を含むウイルスまたはバクテリオファージのベクターによる感染、細胞融合、染色体媒介遺伝子移入、ミクロ細胞媒介遺伝子移入、スフェロプラスト融合、その他を含むが、これらに限定されない当技術で公知の任意の方法によって行なうことができる。外来遺伝子を細胞に導入するための数多くの手法が当技術で公知であり（たとえばLoeffler and Behr, Meth. Enzymol. 217:599-618 (1993)を参照されたい）、レシピエント細胞の必要な発生上および生理学的な機能が妨害されない限り、本発明に従って使用し得る。手法は核酸を安定的に細胞に移入し、それにより核酸は細胞によって発現され、好ましくはその細胞の子孫に遺伝され、発現され得る。得られる組換え細胞は当技術で公知の種々の方法によって患者に送達することができる。組換え血液細胞（たとえば造血幹細胞または前駆細胞）は、好ましくは静脈内投与される。使用を予測される細胞の量は所望の効果、患者の状態、その他により、当業者によって決定することができる。
[00714]遺伝子療法の目的のために核酸を導入することができる細胞は任意の所望の利用可能な細胞型を包含し、上皮細胞、内皮細胞、角化細胞、線維芽細胞、筋肉細胞、肝細胞、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、単球、マクロファージ、好中球、好酸球、巨核球、顆粒細胞などの血液細胞、種々の幹細胞もしくは前駆細胞、特にたとえば骨髄から得られる造血幹細胞もしくは造血前駆細胞、臍帯血、末梢血、胎児肝、その他を含むが、これらに限定されない。
[00715]一実施形態では、遺伝子療法に使用する細胞は患者と同種である。本発明の抗体をコードする核酸配列が細胞に導入され、それにより細胞またはその子孫によって抗体が発現可能になり、次いで治療効果のために組換え細胞がｉｎ ｖｉｖｏで投与される。特定の実施形態では、幹細胞または前駆細胞が使用される。ｉｎ ｖｉｔｒｏで単離され維持され得る任意の幹細胞および／または前駆細胞が本発明の実施形態に従って使用できる可能性がある（たとえばＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／０８５９８、Stemple and Anderson, Cell 71:973-985 (1992)、Rheinwald, Meth. Cell Bio. 21A:229 (1980)、およびPittelkow and Scott, Mayo Clinic Proc. 61:771 (1986)を参照されたい）。
投薬
[00716]がんの治療（予防を含む）のための抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態では、組成物は薬学的に許容される担体を含む医薬組成物である。組成物は、がんの治療（予防を含む）に効果的な量で投与される。一部の実施形態では、組成物（たとえば抗体もしくはその抗原結合性断片、または前記抗体もしくはその抗原結合性断片をコードする核酸分子）は、対象における免疫応答を強化するためおよび／またはＴ細胞の活性化を増大するために効果的な量で投与される。組成物は、任意の利用可能な手段、たとえば非経口投与によって対象にｉｎ ｖｉｖｏ投与するために使用される。対象への投与のため、本明細書に記載した組成物または抗体もしくはその抗原結合性断片を含む医薬は無菌であり得る。無菌は、無菌の濾過膜を通す濾過、またはその他の当業者には公知の方法によって容易に達成することができる。一実施形態では、組成物または医薬は、発熱性物質またはエンドトキシンが存在しないように処理されている。医薬組成物または医薬を発熱性物質またはエンドトキシンについて試験し、発熱性物質またはエンドトキシンが存在しない医薬組成物または医薬を調製すること、または臨床的に許容できるレベルでエンドトキシンを有する医薬組成物または医薬を調製することは、当業者にはよく理解されている。医薬組成物または医薬を発熱性物質またはエンドトキシンについて試験するための市販のキットが利用可能である。
[00716]がんの治療（予防を含む）のための抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態では、組成物は薬学的に許容される担体を含む医薬組成物である。組成物は、がんの治療（予防を含む）に効果的な量で投与される。一部の実施形態では、組成物（たとえば抗体もしくはその抗原結合性断片、または前記抗体もしくはその抗原結合性断片をコードする核酸分子）は、対象における免疫応答を強化するためおよび／またはＴ細胞の活性化を増大するために効果的な量で投与される。組成物は、任意の利用可能な手段、たとえば非経口投与によって対象にｉｎ ｖｉｖｏ投与するために使用される。対象への投与のため、本明細書に記載した組成物または抗体もしくはその抗原結合性断片を含む医薬は無菌であり得る。無菌は、無菌の濾過膜を通す濾過、またはその他の当業者には公知の方法によって容易に達成することができる。一実施形態では、組成物または医薬は、発熱性物質またはエンドトキシンが存在しないように処理されている。医薬組成物または医薬を発熱性物質またはエンドトキシンについて試験し、発熱性物質またはエンドトキシンが存在しない医薬組成物または医薬を調製すること、または臨床的に許容できるレベルでエンドトキシンを有する医薬組成物または医薬を調製することは、当業者にはよく理解されている。医薬組成物または医薬を発熱性物質またはエンドトキシンについて試験するための市販のキットが利用可能である。
[00717]本明細書に記載した方法におけるｉｎ ｖｉｖｏ投与、たとえば非経口投与のために使用すべき組成物は無菌であり得る。無菌は、無菌の濾過膜を通す濾過、またはその他の当業者には公知の方法によって容易に達成される。
[00718]本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、適正医療基準に合致する様式で製剤化され、投薬され、投与される。これに関して考慮すべき因子は、治療される特定の障害、治療される特定の対象、個別の対象の臨床病態、障害の原因、薬剤送達の部位、投与の方法、投与のスケジュール、および臨床医には公知の他の因子を含む。物質／分子、アゴニスト、またはアンタゴニストの「治療有効量」は、疾患の状態、個体の年齢、性別、および体重、ならびに物質／分子、アゴニスト、またはアンタゴニストが個体に所望の応答を誘発する能力などの因子に従って変動し得る。治療有効量は、物質／分子、アゴニスト、またはアンタゴニストの毒性または有害な効果があれば治療に有益な効果がそれを上回る量でもある。治療有効量は１回またはそれを超える投与で送達してよい。治療有効量は、所望の治療および／または予防の結果を達成するために必要な用量および時間で効果的な量を指す。投与すべき「治療有効量」は、そのような考慮によって左右され、がんを改善し、治療し、または安定化させて進行までの期間（無進行生存の継続期間）を延長し、または腫瘍、休眠腫瘍、もしくはミクロ転移の発生もしくは再発を治療しもしくは予防するために必要な最小の量を指す。本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、必要によりがんまたはがんを進行させるリスクを予防しまたは治療するために現在使用されている１つまたは複数の追加の治療剤とともに製剤化される。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する抗体もしくはその抗原結合性断片の量、障害または治療の型、および上で論じた他の因子による。これらは一般に、以前本明細書で使用した同じ用量および投与経路で、またはこれまでに採用した用量の約１〜９９％の用量で使用される。
[00719]抗体の用量は、投与される対象の年齢および大きさ、標的疾患、病態、投与経路、その他によって変動し得る。好ましい用量は、典型的には体重または体表面積に従って計算される。本明細書に開示した抗体またはその抗原結合性断片が成人患者の病態または疾患の治療に使用される場合には、本発明の抗体を通常、約０．０１〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重、より好ましくは約０．０２〜約７、約０．０３〜約５、または約０．０５〜約３ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約７．５ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ、または約１５ｍｇ／ｋｇ体重の単一用量で静脈内投与することが有利であり得る。病態の重症度に応じて、治療の頻度および継続期間を調整することができる。投与のための効果的な用量およびスケジュールは実験的に決定し得る。たとえば、定期的な評価によって患者の進行具合をモニターし、それに従って用量を調整することができる。さらに、当技術で周知の方法を用いて種の間の用量の増減を実施することができる（たとえばMordenti et al., 1991, Pharmaceut. Res. 8:1351）。
一部の実施形態では、本明細書の組成物は、たとえばがんのリスクのある、または疾患の初期段階にある対象に投与する際に、予防効果量を含み得る。「予防効果量」は、所望の予防的結果を達成するために必要な用量および期間で有効な量を指す。典型的には、予防的用量は疾患の前または初期段階で対象に使用されるので、予防的用量は治療用量より少ない。
[00720]有利には、上記の経口または非経口の使用のための医薬組成物は、活性成分の用量に適合させるのに適した単位用量で剤形に調製される。単位用量におけるそのような剤形は、たとえば錠剤、ピル、カプセル、注射液（アンプル）、坐剤、その他を含む。
[00721]投与は、たとえば１回もしくは複数の個別の投与、または連続注入であってよい。数日またはそれ以上にわたる繰り返し投与のため、病態に応じて、治療はたとえば当技術で公知の方法によって測定してがんが治療されるまで持続される。しかし他の投薬レジメンも有用であり得る。１つの非限定的な例では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は毎週１回、２週ごと、または３週ごとに、５ｍｇ／ｋｇ、７．５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、または１５ｍｇ／ｋｇを含むがこれらに限定されない約５ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇの用量範囲で投与される。本明細書に記載した方法の使用の進行は、従来の手法およびアッセイによって容易にモニターし得る。本明細書に記載した方法を使用する療法の継続期間は、医学的に指示される限り、または所望の治療効果（たとえば本明細書に記載した効果）が達成されるまで、継続される。ある特定の実施形態では、本明細書に記載した１つもしくは複数の抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物の投与は、１か月、２か月、４か月、６か月、８か月、１０か月、１年、２年、３年、４年、５年、１０年、２０年、または対象の寿命までの年の期間、継続される。
治療の有効性
[00722]本開示の抗体もしくはその抗原結合性断片または医薬組成物を投与するステップを含むがんの治療方法の有効性は、腫瘍の縮退、腫瘍の重量または寸法の縮小、進行までの期間、生存の継続期間、無進行生存、全体の応答率、応答の継続期間、および生活の質を含むがこれらに限定されない、がんの治療の評価に一般に用いられる種々のエンドポイントによって測定することができる。本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、薬物に対する臨床応答の特有の尺度および定義を必要とすることがある。がんの場合には、治療有効量の本明細書で開示した抗体、その抗原結合性断片またはこれらを含む組成物は、がん細胞の数を減少させ、腫瘍の寸法を低減させ、周囲臓器へのがん細胞の浸潤を阻害（即ちある程度遅く、好ましくは停止）し、腫瘍の転移を阻害（即ちある程度遅く、好ましくは停止）し、腫瘍の増殖をある程度阻害し、および／または障害に関連する症状の１つもしくは複数をある程度軽減することができる。本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片が増殖を防止しおよび／または存在するがん細胞を殺滅するように作用する程度に、これは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性であり得る。がん療法について、ｉｎ ｖｉｖｏにおける有効性は、たとえば生存の継続期間、無進行生存（ＰＦＳ）の継続期間、応答率（ＲＲ）、応答の継続期間、および／または生活の質を評価することによって測定することができる。
[00722]本開示の抗体もしくはその抗原結合性断片または医薬組成物を投与するステップを含むがんの治療方法の有効性は、腫瘍の縮退、腫瘍の重量または寸法の縮小、進行までの期間、生存の継続期間、無進行生存、全体の応答率、応答の継続期間、および生活の質を含むがこれらに限定されない、がんの治療の評価に一般に用いられる種々のエンドポイントによって測定することができる。本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、薬物に対する臨床応答の特有の尺度および定義を必要とすることがある。がんの場合には、治療有効量の本明細書で開示した抗体、その抗原結合性断片またはこれらを含む組成物は、がん細胞の数を減少させ、腫瘍の寸法を低減させ、周囲臓器へのがん細胞の浸潤を阻害（即ちある程度遅く、好ましくは停止）し、腫瘍の転移を阻害（即ちある程度遅く、好ましくは停止）し、腫瘍の増殖をある程度阻害し、および／または障害に関連する症状の１つもしくは複数をある程度軽減することができる。本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片が増殖を防止しおよび／または存在するがん細胞を殺滅するように作用する程度に、これは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性であり得る。がん療法について、ｉｎ ｖｉｖｏにおける有効性は、たとえば生存の継続期間、無進行生存（ＰＦＳ）の継続期間、応答率（ＲＲ）、応答の継続期間、および／または生活の質を評価することによって測定することができる。
[00723]皮膚がん（たとえば皮膚黒色腫）の治療または予防に関するこれらの実施形態では。黒色腫の症状は、存在するほくろの形状もしくは色の変化、または結節性黒色腫の場合には皮膚のいずれの場所でも新たなしこりの出現を含むがこれらに限定されない。後の段階では、ほくろはかゆみ、潰瘍化、または出血を生じ得る。黒色腫の初期の兆候は、非対称、境界（縁部および隅部を伴い不規則）、色（斑状）、直径（６ｍｍ（０．２４インチ）を超え、ほぼ字消しの寸法）、経時的な発達、奇妙な外観によってまとめられる。結節性黒色腫は、皮膚表面より高く出現し、触ると硬く、成長する。転移性黒色腫は、食欲の喪失、吐き気、嘔吐、および疲労を含む非特異的な腫瘍随伴性症状を惹起し得る。初期の黒色腫の転移はあり得るが、比較的まれであり、初期に診断された黒色腫の５分の１未満が転移する。転移黒色腫を有する患者の中では脳転移が特に一般的である。これは肝臓、骨、腹部、または遠位リンパ節にも広がり得る。一部の実施形態では、皮膚がん（たとえば皮膚黒色腫）の１つまたは複数の症状は、本明細書に記載した組成物および方法の使用によって阻害されまたは治療される。
[00724]他の実施形態では、がん、たとえば皮膚黒色腫などの皮膚がんに罹患しやすい、またはがんと診断されたヒト対象の無進行生存を増大するための方法を本明細書に記載する。疾患の進行までの時間は、薬物の投与から疾患の進行または死亡までの期間として定義される。好ましい実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片および１つまたは複数の化学療法剤を使用する本発明の組み合わせ治療は、化学療法単独による治療と比較して、少なくとも約１か月、１．２か月、２か月、２．４か月、２．９か月、３．５か月、約１〜約５か月など、無進行生存を顕著に増大し得る。別の実施形態では、本明細書に記載した方法は、種々の療法で治療したがんに罹患しやすい、またはがんと診断されたヒト対象の群における応答率を顕著に増大させ得る。応答率は、治療に応答した治療された対象のパーセンテージとして定義される。一実施形態では、本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片、たとえば組換え抗体またはその抗原結合性断片、および１つまたは複数の化学療法剤を使用する本明細書に記載した組み合わせ治療は、化学療法単独で治療した群と比較して、治療した対象群における応答率を顕著に増大させる。
[00725]本明細書で使用される場合、用語「治療する」、「治療」、「治療する」、または「改善」は、対象者が疾患または障害の進行またはそれに関連する病態の重症度を好転させ、軽減し、改善し、阻止し、遅らせ、または停止させるべき治療処置を指す。用語「治療する」は、慢性感染症またはがんなどであるが、これらに限定されない慢性的な免疫病態に関連する病態、疾患、または障害の少なくとも１つの有害影響または症状を低減しまたは軽減することを含む。１つまたは複数の症状または臨床的マーカーが低減すれば、治療は一般に「効果的」である。あるいは、疾患の進行が低減されまたは停止されれば、治療は「効果的」である。即ち、「治療」は症状またはマーカーの改善だけでなく、治療が存在しない場合に予想される症状の進行または悪化を少なくとも遅らせることの中断をも含む。有益なまたは望ましい臨床結果は、検出可能であっても検出不能であっても、１つもしくは複数の症状の軽減、疾患の程度の縮小、疾患の安定化（即ち悪化しない）状態、疾患の進行の遅延または遅らせること、疾患状態の改善または緩和、および寛解（部分的であっても全体的であっても）を含むが、これらに限定されない。用語、疾患の「治療」は、疾患の症状または副作用からの救済を提供することをも含む（緩和治療も含む）。
[00726]たとえば、一部の実施形態では、本明細書に記載した方法は、がんの症状を軽減するために、有効量の本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片を対象に投与することを含む。本明細書で使用される場合、「がんの症状を軽減する」は、がんに関連するいずれの病態または症状をも改善し低減することである。相当する未治療の対照と比較し、そのような低減または予防の程度は、任意の標準的な手法によって測定して、少なくとも５％、１０％、２０％、４０％、５０％、６０％、８０％、９０％、９５％、または１００％である。理想的には、がんは当技術で公知の任意の標準的な方法で検出して完全に除去され、その場合にはがんは治療されたと考えられる。がんについて治療される患者は、臨床医がそのような病態を有していると診断した者である。診断は任意の好適な手段であり得る。診断およびモニタリングは、たとえば生体試料（たとえば組織もしくはリンパ節の生検、血液検査、または尿検査）中のがん細胞のレベルの検出、生体試料中のがんの代理マーカーのレベルの検出、特定のがんに関連する症状の検出、またはそのようながんに典型的な免疫応答に関与する免疫細胞の検出を含み得る。
[00727]本明細書で使用される用語「有効量」は、疾患または障害の少なくとも１つもしくは複数の症状を軽減するために必要な抗体もしくはその抗原結合性断片またはこれらを含む組成物の量を指し、所望の効果を提供するための医薬組成物の十分な量に関連する。したがって、用語「治療有効量」は、典型的な対象に投与した際に特定の効果を及ぼすために十分な本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片の量を指す。本明細書で使用する有効量は、疾患の症状の進行を遅延させ、疾患の症状の経過を改変し（たとえば疾患の症状の進行を遅くするがそれだけに限定されない）、または疾患の症状を好転させるために十分な量をも含んでよい。したがって、正確な「有効量」を特定することは不可能である。しかし任意の所与の場合について、日常の実験のみを用いて当業者によって適切な「有効量」を決定することはできる。
[00728]有効量、毒性、および治療有効性は、たとえばＬＤ５０（集団の５０％に致死的な用量）およびＥＤ５０（集団の５０％に治療有効な用量）を決定するための細胞培養または実験動物における標準的な薬学的手順によって決定することができる。用量は、採用した剤形および利用した投与経路に応じて変動し得る。毒性効果と治療効果との間の用量の比が治療インデックスであり、比ＬＤ５０／ＥＤ５０として表わすことができる。大きな治療インデックスを示す組成物および方法が好ましい。治療有効用量は最初に細胞培養アッセイから推定することができる。また、用量を動物モデルで数式化して、細胞培養または適切な動物モデルで決定される症状の最大半値阻害を達成するＩＣ５０（即ち抗体またはその抗原結合性断片の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を達成することができる。血漿中のレベルは、たとえば高性能液体クロマトグラフィーによって測定することができる。任意の特定の用量の効果は、好適なバイオアッセイによってモニターすることができる。用量は医師によって決定し、必要に応じて治療の観察された効果に適合するように調節することができる。
[00729]がんの治療および／または予防は、がんに関連する症状の軽減、がんの進行の阻害、がんの縮退の促進、免疫応答の促進、腫瘍増殖の阻害、腫瘍寸法の阻害、転移の阻害、がん細胞の成長の阻害、がん細胞の増殖の阻害、またはがん細胞の死の惹起を含むが、これらに限定されない。
投与の様式
[00730]本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、対象に効果的な治療をもたらす任意の適切な経路で、それを必要とする対象に投与することができる。本明細書で使用される場合、用語「投与」および「導入」は相互交換可能に用いられ、所望の効果が生じるように、所望の部位、たとえば炎症またはがんの部位における薬剤の少なくとも部分的局在化をもたらす方法または経路によって抗体またはその抗体部分を対象に配置することを指す。
[00730]本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、対象に効果的な治療をもたらす任意の適切な経路で、それを必要とする対象に投与することができる。本明細書で使用される場合、用語「投与」および「導入」は相互交換可能に用いられ、所望の効果が生じるように、所望の部位、たとえば炎症またはがんの部位における薬剤の少なくとも部分的局在化をもたらす方法または経路によって抗体またはその抗体部分を対象に配置することを指す。
[00731]一部の実施形態では、本明細書に記載した抗体もしくはその抗原結合性断片またはこれらを含む組成物は、薬剤を全身的にまたは所望の表面もしくは標的に送達し、注射、注入、点滴、および吸入による投与を含み得るがこれらに限定されない任意の様式の投与によって阻害されるべきがんを有する対象に投与される。経口投与形態も本明細書で意図される。「注射」は、限定なく静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、心室内、関節包内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、関節包下、くも膜下、頭蓋内、脊椎内、脳脊椎内、および胸骨内の注射ならびに注入を含む。
[00732]本明細書で使用される語句「非経口投与」および「非経口的に投与される」は、経腸および局所の投与以外の投与の様式、通常は注射による投与を指す。本明細書で使用される語句「全身投与」、「全身的に投与される」、「末梢投与」、および「末梢に投与される」は、二特異性または多特異性のポリペプチド薬剤が対象の循環系に進入し、それにより代謝およびその他の同様のプロセスを受けるような、標的の部位、組織、または臓器、たとえば腫瘍部位へのそれらの薬剤の直接以外の投与を指す。
[00733]一部の実施形態では、本明細書に記載した抗体もしくはその抗原結合性断片またはこれらを含む組成物は、ボーラスとして、またはある期間にわたる連続的注入として、静脈内投与を介して、筋肉内、腹腔内、脳脊椎内、皮下、関節内、滑膜内、髄腔内、経口、局所、または吸入の経路によって、投与することができる。広範な副作用または毒性が本明細書に記載した抗体もしくはその抗原結合性断片またはこれらを含む組成物の使用に関連する場合には、たとえば血管形成が起こっている腫瘍またはがんの部位への局所投与が特に望ましい。一部の実施形態における治療用途には、ｅｘ ｖｉｖｏ戦略を用いることもできる。ｅｘ ｖｉｖｏ戦略は、対象から得た細胞を本明細書に開示した核酸配列でトラスフェクトまたは形質導入することを含む。トランスフェクトしたまたは形質導入された細胞は次いで対象に返される。細胞は限定なく造血細胞（たとえば骨髄細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、Ｔ細胞、またはＢ細胞）、線維芽細胞、上皮細胞、内皮細胞、角化細胞、または筋肉細胞を含む広範囲の型のいずれかであり得る。
[00734]一部の実施形態では、本明細書に開示した抗体もしくはその抗原結合性断片またはこれらを含む組成物は、非経口、皮下、腹腔内、肺内、および鼻内、ならびに局所免疫抑制治療のために望まれれば病巣内の投与を含む任意の好適な手段によって投与される。
[00735]非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下の投与を含む。一部の実施形態では、本開示の抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、パルス注入によって、特に抗体の用量を減少させながら好適に投与される。投薬は好ましくは注射、最も好ましくは静脈内または皮下の注射により、部分的に投与が一次的か長期かに応じて与えられる。一部の実施形態では、本開示の抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、障害または腫瘍の位置によってそれが可能であり、また注射を定期的に繰り返すことが可能である場合には、局所的に、たとえば直接注射によって投与される。一部の実施形態では、本開示の抗体もしくはその抗原結合性断片または組成物は、たとえば休眠腫瘍または微小転移の局所的再発または転移を防止しまたは低減するために、対象に全身的に、または腫瘍細胞に直接、たとえば腫瘍の外科的切除の後の腫瘍または腫瘍床に、送達することもできる。
[00736]本明細書で提供する抗体およびその抗原結合性断片を含む治療用組成物の有効性および能力を向上させるために、本明細書に記載した腫瘍を阻害するための方法の一部の実施形態における使用のための抗体標的ソノポレーション法が意図される。本明細書で使用される場合、「ソノポレーション」は、細胞原形質膜の透過性を一時的に改変するための、それにより大分子、たとえば治療剤の取り込みが可能になる、好ましくは超音波周波数における音、または超音波と造影剤（たとえば安定化された微小泡）との相互作用の使用を指す。ソノポレーションによって惹起される膜の透過性は一過性であり、超音波曝露の後で薬剤を細胞内にトラップさせたままにする。ソノポレーションは、大分子の送達を促進するために微小泡の音響キャビテーションを採用する。
[00737]したがって、本方法の一部の実施形態では、微小泡などの超音波造影剤と混合された本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、がんの治療を必要とする対象に局所的または全身的に注射することができ、超音波を定義された区域、たとえば腫瘍部位に連結し、集中さえさせて、標的送達を達成することができる。一部の実施形態では、本方法は標的送達を達成するために集中超音波法を用いる。本明細書で使用される場合、ＨＩＦＵまたは「高強度集中超音波」は、上にあるまたは周囲の健常な組織に損傷を与えずに悪性または病原性の組織を加熱して崩壊させる高強度の超音波を使用する非侵襲的治療法を指す。Khaibullina et al., 49 J. Nucl. Med. 295 (2008)およびＷＯ２０１０／１２７３６９に記載されているように、ＨＩＦＵは抗体またはその抗体断片などの治療剤の送達の手段としても使用することができる。
[00738]造影強化超音波（ＣＥＵＳ）を使用する方法は、本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片との使用についても意図される。造影強化超音波（ＣＥＵＳ）は、従来の医学的ソノグラフフィーへの超音波造影媒体および超音波造影剤の適用を指す。超音波造影剤は、音波が物質間の界面から反射される異なる様式に頼る薬剤を指す。本明細書に記載した組成物および方法とともに使用するために種々の微小泡造影剤が利用可能である。微小泡はその殻の構成、気体コアの構成、およびそれらが標的とされているかいないかにおいて異なり得る。血管形成性障害に特徴的な受容体に結合する標的リガンドを微小泡にコンジュゲートし、微小泡の複合体が目的の区域、たとえば疾患を有するまたは異常な組織に選択的に集積させることを可能にすることができる。標的された造影強化超音波として公知のこの形態の分子造影は、標的された微小泡が目的の区域に結合するならば、強い超音波シグナルのみを生成することになる。標的された造影強化超音波は、医学診断と医学治療の両方において多くの用途を有する。一部の実施形態では、本明細書に記載した抗体またはその抗原結合性断片は、標的超音波送達を用いて、がんまたは腫瘍の治療を必要とする対象に投与される。
診断およびその他の用途
[00739]抗原の発現（正常試料に対して増加しもしくは減少した、ならびに／または通常はエピトープの発現がない組織および／もしくは細胞における発現の存在などの不適切な発現）に関連する疾患、障害、または病態の検出、診断、およびモニタリングのための抗体の使用の方法が本明細書で提供される。患者が抗体療法に応答するか否かを判定する方法が本明細書で提供される。
[00739]抗原の発現（正常試料に対して増加しもしくは減少した、ならびに／または通常はエピトープの発現がない組織および／もしくは細胞における発現の存在などの不適切な発現）に関連する疾患、障害、または病態の検出、診断、およびモニタリングのための抗体の使用の方法が本明細書で提供される。患者が抗体療法に応答するか否かを判定する方法が本明細書で提供される。
[00740]一部の実施形態では、本方法は、患者が標的抗原を発現する細胞を有しているか否かを本明細書で開示した抗体を使用して検出するステップを含む。一部の実施形態では、検出の方法は、試料を本開示の抗体またはその抗原結合性断片と接触させ、結合のレベルが参照または比較の試料（たとえば対照）の結合のレベルと異なるか否かを決定するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、本明細書に記載した抗体またはポリペプチドが対象のための適切な治療であるか否かを判定するために有用であり得る。
[00741]一部の実施形態では、細胞または細胞／組織の溶解物が抗体と接触させられ、抗体と細胞との結合が決定される。試験細胞が同じ組織型の参照細胞と比較される結合活性を示せば、対象は抗体による治療から恩恵を受けることが指示され得る。一部の実施形態では、試験細胞はヒト組織からのものである。一部の実施形態では、試験細胞はヒト血液からのものである。
[00742]特定の抗体−抗原結合を検出するための当技術で公知の種々の方法を使用することができる。実施できる例示的なイムノアッセイは、蛍光分極イムノアッセイ（ＦＰＩＡ）、蛍光イムノアッセイ（ＦＩＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、ネフェロメトリー阻害イムノアッセイ（ＮＩＡ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、および放射イムノアッセイ（ＲＩＡ）を含む。指示部分または標識基は、対象の抗体に結合することができ、またアッセイ装置および適合性のあるイムノアッセイ手順の利用可能性によって決定付けられることが多い本方法の種々の使用の必要性に合致するように選択される。
[00743]適切な標識は、限定なく放射性核種（たとえば１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３Ｈ、または３２Ｐ）、酵素（たとえばアルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、またはβ−ガラクトシダーゼ）、蛍光部分もしくはタンパク質（たとえばフルオレセイン、ローダミン、フィコエリトリン、ＧＦＰ、またはＢＦＰ）、または発光部分（たとえばＱｕａｎｔｕｍ Ｄｏｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ社、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆ．から供給されているＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）を含む。上記の種々のイムノアッセイの実施において使用されるべき一般的な手法は当業者には公知である。
[00744]診断の目的のため、抗体およびその抗原結合性断片は、放射性同位元素、蛍光標識、および当技術で公知の種々の酵素−基質標識を含むがこれらに限定されない検出可能な部分で標識され得る。抗体に標識をコンジュゲートする方法は当技術で公知である。
[00745]一部の実施形態では、抗体は標識する必要がなく、その存在は、第１の抗体に結合する第２の標識抗体を使用して検出することができる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、がん関連抗原の親和性精製剤として、またはたとえば特定の細胞、組織、または血清中におけるその発現を検出することで、がん関連抗原タンパク質の診断アッセイにおいて使用され得る。本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片は、ｉｎ ｖｉｖｏ診断アッセイのためにも使用し得る。一般に、これらの目的のため、抗体は放射性核種（たとえば１１１Ｉｎ、９９Ｔｃ、１４Ｃ、１３１Ｉ、１２５Ｉ、３Ｈ、３２Ｐ、または３２Ｓ）によって標識され、それにより腫瘍はイムノシンチグラフィーによって位置が特定され得る。
[00746]本発明の抗体は任意の公知のアッセイ法、たとえば競合結合アッセイ、ＥＬＩＳＡなどの直接および間接のサンドイッチアッセイ、および免疫沈降アッセイにおいて採用され得る（Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, pp. 147-158 (CRC Press, Inc. 1987)）。抗体は、当技術で公知の方法を用いて腫瘍試料を標識する免疫組織化学でも使用され得る。便宜上、本発明の抗体はキット、即ち診断アッセイを実施するための使用説明書とともに包装された所定の量の試薬の組み合わせで提供され得る。抗体が酵素で標識される場合には、キットは酵素が必要とする基質およびコファクター（たとえば検出可能な発色基または蛍光基を提供する基質前駆体）を含むことになる。さらに、他の添加物、たとえば安定剤、緩衝剤（たとえばブロック緩衝剤または溶解緩衝剤）、その他が含まれてもよい。種々の試薬の相対量は、アッセイの感度を実質的に最適化する溶液中の試薬の濃度を提供するために広く変動し得る。特に、試薬は溶解に際して適切な濃度を有する試薬溶液を提供する賦形剤を含む、通常凍結された乾燥粉末として提供され得る。
キット
[00747]本明細書に記載した方法のいずれかにおける使用のためのキット、医薬、組成物、および単位剤形も本明細書で提供される。治療有効量の本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片のうち少なくとも１つを含むキットが本明細書で提供される。一部の実施形態では、キットは第２の治療剤（たとえば化学療法剤）をさらに含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、水性形態または凍結形態である。キットは希釈剤または再構成溶液をさらに含む。
[00747]本明細書に記載した方法のいずれかにおける使用のためのキット、医薬、組成物、および単位剤形も本明細書で提供される。治療有効量の本明細書で開示した抗体またはその抗原結合性断片のうち少なくとも１つを含むキットが本明細書で提供される。一部の実施形態では、キットは第２の治療剤（たとえば化学療法剤）をさらに含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、水性形態または凍結形態である。キットは希釈剤または再構成溶液をさらに含む。
[00748]キットは、抗体（または単位剤形および／もしくは製造物品）を含む１つまたは複数の容器を含み得る。一部の実施形態では、単位用量が抗体を含む所定量（たとえば治療有効量）の組成物を、１つまたは複数の追加の薬剤とともに、またはそれなしに含む単位用量が提供される。一部の実施形態では、そのような単位用量は、注射用の使い捨て充填済みシリンジの中で供給される。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片を含む組成物は、食塩液、スクロース、その他、リン酸塩などの緩衝剤、その他を含んでよく、および／または安定で効果的なｐＨ範囲内で製剤化され得る。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、適切な液体、たとえば無菌水の添加によって再構成され得る凍結乾燥粉末として提供され得る。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、スクロースおよびアルギニンを含むがこれらに限定されない、タンパク質の凝集を阻害する１つまたは複数の物質をさらに含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ヘパリンおよび／またはプロテオグリカンをさらに含む。
[00749]一部の実施形態では、キットは本明細書に記載した方法のいずれかによるがんの治療における使用のための使用説明書をさらに含む。キットは好適な個体または治療の選択に関する説明をさらに含み得る。キット中に供給される使用説明書は、典型的にはラベルまたは包装挿入物（たとえばキットに含まれる紙のシート）に書かれた使用説明書であるが、機械読み取り可能な使用説明書（たとえば磁気または光学の格納ディスクに搭載された使用説明書）も許容される。一部の実施形態では、キットは別の治療剤（たとえば抗がん抗体または化学療法剤）をさらに含む。
[00750]キットは好適な包装に入っている。好適な包装は、バイアル、瓶、ジャー、可撓性包装（たとえばシールされたマイラーまたはプラスチックの袋）、その他を含むがこれらに限定されない。キットは必要に応じて緩衝剤および説明情報などのさらなる成分を提供し得る。したがって本出願はバイアル（シールされたバイアルなど）、瓶、ジャー、可撓性包装、その他を含む製造物品をも提供する。
[00751]がん関連抗体のコンセンサス配列のインシリコ再構築のための例示的な方法が以下に提供される。免疫グロブリンのレパートリーの多様性の推定およびそのレパートリーの中に存在するクローン再構成された免疫グロブリンのＣＤＲ３配列の同定のためのコンピュータ解析アプローチも本明細書に記載されている。このアプローチは、前記免疫グロブリンの可変重鎖、可変軽鎖、およびそれぞれのＣＤＲ３の完全なコンセンサス配列の再構築のために意図される。
実施例１：免疫グロブリンのレパートリーの多様性の推定
[00752]ＴＣＧＡコンソーシウム（Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ，ＮＣＩ＆ＮＨＧＲＩ）によって収集された４７３名のＴＣＧＡ皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）患者についてのＲＮＡ−ｓｅｑ ＦＡＳＴＱファイルを記録し、解析した。試料中に存在するレパートリーを同定するためにＲＮＡ−ｓｅｑ試料（ｎ＝４７３）を免疫グロブリンの参照Ｖ、Ｄ、およびＪ遺伝子とアラインさせた。次いで同一のＣＤＲ３配列を同定し、クロノタイプに群別した。情報を、タブ区切りした理解可能なテキストファイル（図１）にエキスポートした。最初の４７３試料から、免疫グロブリンの重鎖遺伝子にアラインするリードがないか、またはリード数がダウンサンプリング閾値より低い１７８試料、およびリンパ節に対応するさらなる２５試料を除外した。全体として、黒色腫の２７０試料からの免疫グロブリン（Ｉｇ）の多様性に関する情報を収集して解析した。
[00752]ＴＣＧＡコンソーシウム（Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ，ＮＣＩ＆ＮＨＧＲＩ）によって収集された４７３名のＴＣＧＡ皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）患者についてのＲＮＡ−ｓｅｑ ＦＡＳＴＱファイルを記録し、解析した。試料中に存在するレパートリーを同定するためにＲＮＡ−ｓｅｑ試料（ｎ＝４７３）を免疫グロブリンの参照Ｖ、Ｄ、およびＪ遺伝子とアラインさせた。次いで同一のＣＤＲ３配列を同定し、クロノタイプに群別した。情報を、タブ区切りした理解可能なテキストファイル（図１）にエキスポートした。最初の４７３試料から、免疫グロブリンの重鎖遺伝子にアラインするリードがないか、またはリード数がダウンサンプリング閾値より低い１７８試料、およびリンパ節に対応するさらなる２５試料を除外した。全体として、黒色腫の２７０試料からの免疫グロブリン（Ｉｇ）の多様性に関する情報を収集して解析した。
[00753]ＶＤＪｔｏｏｌｓを使用して非機能的（非コーディング）クロノタイプをフィルタリングで除き、基礎的多様性統計を計算した。非機能的クロノタイプは、その受容体配列の中に停止コドンまたはフレームシフトを含むクロノタイプとして同定された。Ｉｇレパートリーの多様性は、種の頻度ｐ１、．．．ｐｉ．．．ｐｓを有するＳ種のコミュニティの場合、多様性（Ｄ）が式１
によって与えられるＳｈａｎｎｏｎ−Ｗｉｅｎｅｒエントロピーインデックス（Ｈ）の指数であるような、Ｓｈａｎｎｏｎ−Ｗｉｅｎｅｒエントロピーインデックスの指数として計算される種の有効数に基づいていた。
[00754]第１のアラインメントステップから得られたファイルにおいてＲソフトウェアを用いて、ＣＤＲ３配列の多様性と患者の全体の生存率との関係を解析した。２７０試料の中で、５０試料は腫瘍のステージについて情報がなく、２試料は生存期間についての情報がなかった。多変数Ｃｏｘ回帰を実施して、免疫グロブリンのレパートリーの多様性が共変量としての疾患の生存率、使用する年齢、性別、腫瘍のステージ、ならびにＭＺＢ１およびＦＯＸＭ１遺伝子の発現と相関するか否かを検討した。０．０５未満のＰ値を、全てのＣｏｘ回帰解析についての有意差と設定した（図２）。
実施例２：クローナル免疫グロブリン配列の同定
[00755]患者の免疫グロブリン配列をより詳細に検討するため、上位５０名の患者（高度にクローナルな患者）を選択した。免疫グロブリンの予測の手作業による精選および対応するリードアラインメントによって、さらにアラインメントを検討する１４名の患者を選択した。下の表８に、選択した患者についての臨床およびクローナル性の情報を示す。
[00755]患者の免疫グロブリン配列をより詳細に検討するため、上位５０名の患者（高度にクローナルな患者）を選択した。免疫グロブリンの予測の手作業による精選および対応するリードアラインメントによって、さらにアラインメントを検討する１４名の患者を選択した。下の表８に、選択した患者についての臨床およびクローナル性の情報を示す。
実施例３：アラインメントおよびＶＤＪ配列のアセンブリー
[00756]結果を一覧するために第１のアラインメントステップによって同定した免疫グロブリンセグメントに対してアラインメントを実施し、Ｖ、Ｄ、Ｊ遺伝子セグメントに沿った配列ミスマッチの頻度分布、特にＣＤＲ３領域の長さの統計について調べることを可能にした。このアラインメントステップは、レパートリーをまとめること、ならびに個別のクエリー配列について再構成および領域アラインメントの詳細な一覧を提供するために有用であった。アラインメントおよびアセンブリーの方法論に関するさらなる詳細を下の表５に示す。
[00756]結果を一覧するために第１のアラインメントステップによって同定した免疫グロブリンセグメントに対してアラインメントを実施し、Ｖ、Ｄ、Ｊ遺伝子セグメントに沿った配列ミスマッチの頻度分布、特にＣＤＲ３領域の長さの統計について調べることを可能にした。このアラインメントステップは、レパートリーをまとめること、ならびに個別のクエリー配列について再構成および領域アラインメントの詳細な一覧を提供するために有用であった。アラインメントおよびアセンブリーの方法論に関するさらなる詳細を下の表５に示す。
[00757]簡単に述べると、ＩＭＧＴからの第１のアラインメントステップによる同定されたセグメントを、ＢｒａＣｅＲツールにおいて提供された参照ファイルを使用して最初に準備した。次いで自家製のアセンブラーを使用して重鎖Ｄセグメントおよび軽鎖Ｖ−Ｊジャンクション配列を再構築した（詳細な説明については実施例５を参照されたい）。それぞれの試料について、補正した重鎖Ｄおよび軽鎖Ｖ−Ｊジャンクション配列を含むＦＡＳＴＡファイルを生成した。アセンブルしたＦＡＳＴＡファイルに加えて、ＩｇＢＬＡＳＴ ｖ１．９．０およびＩＭＧＴデータベースを使用する生殖細胞系列ＦＡＳＴＡファイルも生成した。体細胞ＦＡＳＴＡ配列をＩｇＢＬＡＳＴに入力して、重鎖および軽鎖について最も近いセグメントｉｄを得た。次いで、ＩＭＧＴデータベースからの対応するセグメント配列をマージすることによって生殖細胞系列ＦＡＳＴＡを生成した。最終的にアセンブルしたＦＡＳＴＡ配列は、アラインメントおよび以下に述べる可視化ステップのための「参照」配列として役立った。全ての最終的な「再構築」したヌクレオチドおよびアミノ酸のコンセンサス配列を本明細書に提供する（表１〜表４）。
品質管理およびアラインメントの視認確認
[00758]アセンブリーステップから生成した参照ファイルを使用して、ＦＡＳＴＱをＢｏｗＴｉｅ２デフォルトモードでアラインさせた。出力されたＢＡＭファイルはＩＧＶの可視化のために使用することができ、患者における突然変異を観察することができる。
[00758]アセンブリーステップから生成した参照ファイルを使用して、ＦＡＳＴＱをＢｏｗＴｉｅ２デフォルトモードでアラインさせた。出力されたＢＡＭファイルはＩＧＶの可視化のために使用することができ、患者における突然変異を観察することができる。
[00759]４名の例示的な患者についてのデフォルトパラメーターを含むＢｏｗＴｉｅ２を使用する例示のアラインメントおよび対応する超変異を図３Ａ〜３Ｊに示す。特製のローカルアセンブリーツールを使用して重鎖のＤセグメントを同定し、ＦＡＳＴＡファイルの対応する部分を編集した。したがって、ＩＧＶプロットのＤセグメントには突然変異は示されていない。
実施例４：再構成された免疫グロブリンＣＤＲ３アミノ酸配列の同定
[00760]最終的にアセンブルしたＦＡＳＴＡ配列からのＣＤＲ３領域および対応するＶ、Ｄ、およびＪ鎖の同定を、ＩｇＢＬＡＳＴによって達成した。ＩｇＢＬＡＳＴのバージョンｖ．１．９．０を使用する標準化された出力を、デフォルトパラメーターを含むＩｇＢＬＡＳＴｎをラッピングすることによって得た。ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３のヌクレオチドならびにアミノ酸配列を抽出するように設計された専用の構文解析ツールを使用してＩｇＢＬＡＳＴサービスからの出力を抽出した。選択した腫瘍試料についてのＣＤＲ３の同定されたヌクレオチドおよびアミノ酸コンセンサス配列のまとめを本明細書で提供する（たとえば表２および表４）。
[00760]最終的にアセンブルしたＦＡＳＴＡ配列からのＣＤＲ３領域および対応するＶ、Ｄ、およびＪ鎖の同定を、ＩｇＢＬＡＳＴによって達成した。ＩｇＢＬＡＳＴのバージョンｖ．１．９．０を使用する標準化された出力を、デフォルトパラメーターを含むＩｇＢＬＡＳＴｎをラッピングすることによって得た。ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３のヌクレオチドならびにアミノ酸配列を抽出するように設計された専用の構文解析ツールを使用してＩｇＢＬＡＳＴサービスからの出力を抽出した。選択した腫瘍試料についてのＣＤＲ３の同定されたヌクレオチドおよびアミノ酸コンセンサス配列のまとめを本明細書で提供する（たとえば表２および表４）。
実施例５：ＶＤＪ配列同定のワークフロー
[00761]ＶＤＪ配列同定のワークフローを使用して、所与の患者の体細胞および生殖細胞系列の配列ならびにＣＤＲ領域および変異率などの情報を決定した。例示的なパイプラインは以下の３つのステップを含んでいた（図４）。
[00761]ＶＤＪ配列同定のワークフローを使用して、所与の患者の体細胞および生殖細胞系列の配列ならびにＣＤＲ領域および変異率などの情報を決定した。例示的なパイプラインは以下の３つのステップを含んでいた（図４）。
１．体細胞の配列同定
２．手作業によるＩＧＶの検討および（必要であれば）体細胞ｖｄｊ配列の補正
３．生殖細胞系列の配列およびＣＤＲ領域の同定
[00762]ワークフローはそれぞれの標的患者について２つの入力を許容した。（１）ＴＣＧＡアーカイブファイル：患者のＴＣＧＡアーカイブファイル。全ての出力ファイルの接頭辞を、患者のアーカイブファイルのメタデータ（即ちアリコートｉｄ）に基づいて決定した。（２）予備的アラインメント出力ファイル：予備的アラインメントのＩＧクローン出力を使用して初期セグメントｉｄ予測を得た。このテキストファイルは重鎖および軽鎖の両方の結果を含んでいた。
２．手作業によるＩＧＶの検討および（必要であれば）体細胞ｖｄｊ配列の補正
３．生殖細胞系列の配列およびＣＤＲ領域の同定
[00762]ワークフローはそれぞれの標的患者について２つの入力を許容した。（１）ＴＣＧＡアーカイブファイル：患者のＴＣＧＡアーカイブファイル。全ての出力ファイルの接頭辞を、患者のアーカイブファイルのメタデータ（即ちアリコートｉｄ）に基づいて決定した。（２）予備的アラインメント出力ファイル：予備的アラインメントのＩＧクローン出力を使用して初期セグメントｉｄ予測を得た。このテキストファイルは重鎖および軽鎖の両方の結果を含んでいた。
[00763]パイプラインの３ステップ全てを完了することによって、以下の出力ファイルが得られた。
・体細胞配列：所与の患者の同定されたＶＤＪ配列についてのＦＡＳＴＡファイル
・生殖細胞系列の配列：ＩＭＧＴデータベースを使用する所与の患者の予測された生殖細胞系列の配列についてのＦＡＳＴＡファイル
・体細胞および生殖細胞系列のＦＡＳＴＡファイルのアミノ酸翻訳
・体細胞ＦＡＳＴＡファイルについてのＩｇＢＬＡＳＴ出力ログ：ＣＤＲ領域を含む。
・体細胞配列：所与の患者の同定されたＶＤＪ配列についてのＦＡＳＴＡファイル
・生殖細胞系列の配列：ＩＭＧＴデータベースを使用する所与の患者の予測された生殖細胞系列の配列についてのＦＡＳＴＡファイル
・体細胞および生殖細胞系列のＦＡＳＴＡファイルのアミノ酸翻訳
・体細胞ＦＡＳＴＡファイルについてのＩｇＢＬＡＳＴ出力ログ：ＣＤＲ領域を含む。
・アラインメントログ：体細胞配列の重鎖Ｄ領域および軽鎖Ｖ−Ｊジャンクションの可視テキスト表現（バリデーションの目的のため）
・パイルアップログ：内部品質管理基準として使用するセグメントの体細胞変異率ならびに重鎖および軽鎖のＶ−Ｃセグメントのカバレッジ比率を含む。
・パイルアップログ：内部品質管理基準として使用するセグメントの体細胞変異率ならびに重鎖および軽鎖のＶ−Ｃセグメントのカバレッジ比率を含む。
ステップ１：体細胞配列の同定
[00764]ＶＤＪ配列同定ワークフローの第１のステップは体細胞配列の同定であった。この目的のため、２つの入力を最初に取り出した。これらは、最初のアラインメントステップの間に同定されたＩＧセグメントｉｄ、および患者のＦＡＳＴＱファイルであった。体細胞配列の同定は３つのサブステージで実施した（図５）。
[00764]ＶＤＪ配列同定ワークフローの第１のステップは体細胞配列の同定であった。この目的のため、２つの入力を最初に取り出した。これらは、最初のアラインメントステップの間に同定されたＩＧセグメントｉｄ、および患者のＦＡＳＴＱファイルであった。体細胞配列の同定は３つのサブステージで実施した（図５）。
アセンブリーステージ
[00765]予備的なアラインメントステップの間、重鎖および軽鎖の両方についてｖｄｊｃセグメントｉｄを同定した。次いでセグメントｉｄおよびＩＭＧＴデータベースを使用し、セグメント配列を付加することによって重鎖および軽鎖の配列を生成し、Ｖ（Ｄ）ＪＣ構造を形成した。
[00765]予備的なアラインメントステップの間、重鎖および軽鎖の両方についてｖｄｊｃセグメントｉｄを同定した。次いでセグメントｉｄおよびＩＭＧＴデータベースを使用し、セグメント配列を付加することによって重鎖および軽鎖の配列を生成し、Ｖ（Ｄ）ＪＣ構造を形成した。
[00766]患者のＦＡＳＴＱを最初のアラインメントステップで生成した参照ＦＡＳＴＡとアラインさせたときに、重鎖のＤセグメント（図６Ａ）と軽鎖のＶ−Ｊジャンクション（図６Ｂ）が適正にアラインしないことがしばしば観察された。これらの区域で低いカバレッジが観察される１つの理由は、抗体構築における高い突然変異率であり得る。これら２つの領域における体細胞突然変異は十分高く、ＩＭＧＴ参照に対するアラインメントの間に、多くのリードが排除された。さらにリードのサイズはＴＣＧＡ患者について典型的には小さく（即ち黒色腫データセットについて５０ｂｐ）、困難な（変異した）領域にアラインさせることがより困難であった。
[00767]重鎖のＤおよび軽鎖のＶ−Ｊジャンクションにおける正しい配列を同定するために、特製のアセンブリーに基づくアルゴリズムを実行した。最初のアラインメントステップの間に同定されたＶＤＪセグメントから、Ｖセグメントの終端から２２ｂｐのシード配列を選択した。Ｖセグメントの終端から、リード長さを逆向きに読み取った。そのインデックスから、初期シードとして次の２２ｂｐを選択した。
[00768]シード配列が選択されれば、このシード配列を含むリードについて、ＦＡＳＴＱファイルを検索した。体細胞突然変異が起こり得るので、４編集距離ペナルティの一致を許容することによって、ファジーパターン検索アルゴリズム（即ちバイタップアルゴリズム）を使用した。
[00769]最初の反復でリードを選択した後、全体のリードをＶセグメントと比較することによって、関係のないリードを排除した。最初のアラインメントステップの間に同定されたリードとＶセグメントとの共通部分について一致率を検討した。一致率が０．８４未満であれば、そのリードは除去した。関係のないリードが除去されれば、リードをその一致率の低下順に分類し、最初の半分のリードをパイルアップ処理のために選択した。
[00770]選択したリードを使用して、塩基をパイルアップし、単一の配列を形成した。生成した配列から別の２２ｂｐシードを選択し、新たな反復を開始した。以下の反復では、最大の編集距離ペナルティを１に減少させ、最初の反復とは対照的にリード排除を実施しなかった。Ｊセグメントの半分を超えてカバーする十分に長い最終的にアセンブルされた配列が得られるまで、反復を継続した（図７）。
[00771]アセンブルした重鎖Ｄ領域および軽鎖Ｖ−Ｊジャンクションが得られれば、参照の対応する部分を編集し、アラインメントステージのための中間ＦＡＳＴＡファイルを生成した。
ｂ．アラインメントステージ
[00772]特製のアセンブリー法を使用して困難な領域（即ち重鎖Ｄおよび軽鎖Ｖ−Ｊジャンクション）を同定した後、目的は、リードをアラインさせ、続いてバリアントコーリング操作を行なう標準的なバリアントコーリングパイプラインを使用することによって、残存するバリアント（即ち図８に見られるバリアント）を補正することであった。この目的のため、デフォルトパラメーターを含むＢｏｗＴｉｅ２ ２．２．６を使用した。出力ＢＡＭファイルのサイズを小さくするため、アラインしなかったリードはＢＡＭファイルから廃棄した。その後、Ｓａｍｂａｍｂａ０．５．９を使用して出力ＢＡＭファイルを分類した。
[00772]特製のアセンブリー法を使用して困難な領域（即ち重鎖Ｄおよび軽鎖Ｖ−Ｊジャンクション）を同定した後、目的は、リードをアラインさせ、続いてバリアントコーリング操作を行なう標準的なバリアントコーリングパイプラインを使用することによって、残存するバリアント（即ち図８に見られるバリアント）を補正することであった。この目的のため、デフォルトパラメーターを含むＢｏｗＴｉｅ２ ２．２．６を使用した。出力ＢＡＭファイルのサイズを小さくするため、アラインしなかったリードはＢＡＭファイルから廃棄した。その後、Ｓａｍｂａｍｂａ０．５．９を使用して出力ＢＡＭファイルを分類した。
ｃ．パイルアップステージ
[00773]第３のステージでは、バリアントコーラーを使用するよりは、ＢＡＭファイルをアラインメントステージから使用してパイルアップ処理を行ない、参照ファイル中のバリアントを同定して補正した。アラインメントの中のそれぞれの位置について、ＳＮＰおよびＩＮＤＥＬを検討した。２０クォリティ閾値未満のリードは無視した。特定の位置におけるバリアントを同定するため、最小の比率として０．５を適用した。これは、全リードの少なくとも半分がその位置にそのバリアントを含むべきであることを意味している。全カバレッジが２００リード未満の位置におけるバリアントも無視した。Ｖセグメントの最初の数塩基対およびＣセグメントの最後の数塩基対における低いカバレッジ値が多くの場合に観察された。
[00773]第３のステージでは、バリアントコーラーを使用するよりは、ＢＡＭファイルをアラインメントステージから使用してパイルアップ処理を行ない、参照ファイル中のバリアントを同定して補正した。アラインメントの中のそれぞれの位置について、ＳＮＰおよびＩＮＤＥＬを検討した。２０クォリティ閾値未満のリードは無視した。特定の位置におけるバリアントを同定するため、最小の比率として０．５を適用した。これは、全リードの少なくとも半分がその位置にそのバリアントを含むべきであることを意味している。全カバレッジが２００リード未満の位置におけるバリアントも無視した。Ｖセグメントの最初の数塩基対およびＣセグメントの最後の数塩基対における低いカバレッジ値が多くの場合に観察された。
突然変異率の計算
[00774]最終配列が得られれば、その配列を、ＢＡＭファイルを生成した元の初期参照ファイルと比較した。突然変異率は、セグメント間のＬｅｖｅｎｓｈｔｅｉｎ距離をセグメントのアラインメント長さで除すことによって計算した（即ちＰｙｔｈｏｎ Ｌｅｖｅｎｓｈｔｅｉｎ比（ｓｅｑ１、ｓｅｑ２））。
[00774]最終配列が得られれば、その配列を、ＢＡＭファイルを生成した元の初期参照ファイルと比較した。突然変異率は、セグメント間のＬｅｖｅｎｓｈｔｅｉｎ距離をセグメントのアラインメント長さで除すことによって計算した（即ちＰｙｔｈｏｎ Ｌｅｖｅｎｓｈｔｅｉｎ比（ｓｅｑ１、ｓｅｑ２））。
ＶセグメントおよびＣセグメントの間のカバレッジ比率
[00775]患者が高度にクローナルであることを保証するための内部品質管理ステップとして両方の鎖のＶセグメントとＣセグメントの間の平均カバレッジを検討した。パイルアップログファイルにおいてカバレッジ比率が０．３を超えれば、これは高いクローナル性を示唆していた。高いＶ／Ｃ比は必ずしも患者が高度にクローナルであることを意味しない。しかし低いＶ／Ｃ比は低いクローナル性の強い兆候であり得る。
[00775]患者が高度にクローナルであることを保証するための内部品質管理ステップとして両方の鎖のＶセグメントとＣセグメントの間の平均カバレッジを検討した。パイルアップログファイルにおいてカバレッジ比率が０．３を超えれば、これは高いクローナル性を示唆していた。高いＶ／Ｃ比は必ずしも患者が高度にクローナルであることを意味しない。しかし低いＶ／Ｃ比は低いクローナル性の強い兆候であり得る。
ステップ２：手作業によるＩＧＶの調査および体細胞配列の補正
[00776]ステップ１によって体細胞ＦＡＳＴＡファイルが得られれば、ＩＧＶブラウザを使用して手作業によってＦＡＳＴＡファイルを調査した。ＩＧＶブラウザは体細胞参照ファイルにおいてバリアントを示すか否かのチェックであった。ステップ１のパイルアップステージにおけるリードの数が少ないために以前省略された塩基が大部分補正された。
[00776]ステップ１によって体細胞ＦＡＳＴＡファイルが得られれば、ＩＧＶブラウザを使用して手作業によってＦＡＳＴＡファイルを調査した。ＩＧＶブラウザは体細胞参照ファイルにおいてバリアントを示すか否かのチェックであった。ステップ１のパイルアップステージにおけるリードの数が少ないために以前省略された塩基が大部分補正された。
ステップ３：生殖細胞系列の配列およびＣＤＲ領域の同定
[00777]図９は、生殖細胞系列およびＣＤＲ配列の同定の詳細なスキームを図示する。最初の２つのステップで最終の体細胞配列が同定されれば、参照をＩｇＢＬＡＳＴツールに入力して、ＩＭＧＴデータベースから最も近いセグメントｉｄを同定した。最も近いｉｄが同定されれば、ＩＭＧＴデータベースからの配列をＶ（Ｄ）ＪＣ形態でマージすることによって生殖細胞系列の配列を生成した。
[00777]図９は、生殖細胞系列およびＣＤＲ配列の同定の詳細なスキームを図示する。最初の２つのステップで最終の体細胞配列が同定されれば、参照をＩｇＢＬＡＳＴツールに入力して、ＩＭＧＴデータベースから最も近いセグメントｉｄを同定した。最も近いｉｄが同定されれば、ＩＭＧＴデータベースからの配列をＶ（Ｄ）ＪＣ形態でマージすることによって生殖細胞系列の配列を生成した。
[00778]ＩｇＢＬＡＳＴは例示的な抗体のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列の位置も報告した。これらの位置を使用して、体細胞配列を切り取り、ＣＤＲ領域をそのアミノ酸翻訳とともに戻した。
[00779]最終ステップとして、再構築した完全な生殖細胞系列および体細胞のＶＤＪコンセンサス配列のアミノ酸翻訳を生成した。
[00780]可変重鎖、可変軽鎖、およびそれらの対応するＣＤＲ３の例示的な再構築されたアミノ酸および核酸のコンセンサス配列を以下に提供する。
[00780]可変重鎖、可変軽鎖、およびそれらの対応するＣＤＲ３の例示的な再構築されたアミノ酸および核酸のコンセンサス配列を以下に提供する。
実施例６：標的がん抗原の同定
大スケールのタンパク質アレイは、抗体の特異性の評価のための多用途で高感度のプラットフォームである。これらは、研究および臨床の用途に広く採用されているタンパク質の結合または親和性試薬の評価のために使用することができる。本発明者らの標的同定実験において使用されるマイクロアレイは、単一の顕微鏡スライド上における最大数で特有かつ全長の個別に精製されたヒトタンパク質を提供する。これにより、数千の相互作用を高いスループット様式でプロファイリングすることが可能になる。全長の組換えタンパク質を酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ中で発現し、精製し、一組の対照タンパク質（ＧＳＴ、ＢＳＡ、ヒストン類、ＩｇＧ、その他）とともにデュプリケートでガラススライド上に印刷する。そのようなマイクロアレイは特定の種類の表面コーティングに限定されないが、デフォルトは活性タンパク質の表面への非共有結合性であるが不可逆な捕捉のための超薄膜ニトロセルロースフィルムでコートされたガラスである。試料の抗体交差反応アッセイのために１４種のタンパク質アレイを使用した。抗体を１μｇ／ｍｌでアレイ上にプローブし、室温で１時間インキュベートした。プロービングの後、プロトコールに従ってアレイを洗浄し、シグナル検出に最適化された条件下でＡｌｅｘａ６４７抗ヒトＩｇＧ Ｆｃガンマ特異的二次抗体でプローブした。アレイ上に現れたそれぞれのタンパク質について抗体−抗原結合スコアを計算し、ｚスコアとして表わした。本明細書に記載した抗体のそれぞれについての結果を図１５Ａ〜２４Ｅに示す。
大スケールのタンパク質アレイは、抗体の特異性の評価のための多用途で高感度のプラットフォームである。これらは、研究および臨床の用途に広く採用されているタンパク質の結合または親和性試薬の評価のために使用することができる。本発明者らの標的同定実験において使用されるマイクロアレイは、単一の顕微鏡スライド上における最大数で特有かつ全長の個別に精製されたヒトタンパク質を提供する。これにより、数千の相互作用を高いスループット様式でプロファイリングすることが可能になる。全長の組換えタンパク質を酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ中で発現し、精製し、一組の対照タンパク質（ＧＳＴ、ＢＳＡ、ヒストン類、ＩｇＧ、その他）とともにデュプリケートでガラススライド上に印刷する。そのようなマイクロアレイは特定の種類の表面コーティングに限定されないが、デフォルトは活性タンパク質の表面への非共有結合性であるが不可逆な捕捉のための超薄膜ニトロセルロースフィルムでコートされたガラスである。試料の抗体交差反応アッセイのために１４種のタンパク質アレイを使用した。抗体を１μｇ／ｍｌでアレイ上にプローブし、室温で１時間インキュベートした。プロービングの後、プロトコールに従ってアレイを洗浄し、シグナル検出に最適化された条件下でＡｌｅｘａ６４７抗ヒトＩｇＧ Ｆｃガンマ特異的二次抗体でプローブした。アレイ上に現れたそれぞれのタンパク質について抗体−抗原結合スコアを計算し、ｚスコアとして表わした。本明細書に記載した抗体のそれぞれについての結果を図１５Ａ〜２４Ｅに示す。
[00781]標的抗原ならびに同定された標的抗原についての特異性および親和性を決定するため、単一アレイの上に最大のヒトタンパク質コレクションを含むＨｕＰｒｏｔ（商標）ヒトプロテオームアレイにおけるＨｉｇｈ−Ｓｐｅｃ（登録商標）交差反応性アレイを使用して、本明細書に記載した抗体を解析する。ＨｕＰｒｏｔ（商標）Ｈｕｍａｎ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙによって、抗体とプロファイリングすべき候補抗原タンパク質との相互作用が高いスループット様式で可能になる。全長の組換え候補抗原タンパク質を酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ中で発現し、精製し、一組の対照タンパク質（ＧＳＴ、ＢＳＡ、ヒストン類、ＩｇＧ、その他）とともにデュプリケートでガラススライド上に印刷する。ＨｕＰｒｏｔ（商標）マイクロアレイは特定の種類の表面コーティングに限定されないが、デフォルトは活性タンパク質の表面への非共有結合性であるが不可逆な捕捉のための超薄膜ニトロセルロースフィルムでコートされたガラスである。
[00782]抗体試料を１μｇ／ｍｌで未処理のＨｕＰｒｏｔアレイ上にプローブし、室温で１時間インキュベートする。プロービングの後、標準プロトコールに従ってアレイを洗浄し、シグナル検出に最適化された条件下でＡｌｅｘａ６４７抗ヒトＩｇＧ Ｆｃガンマ特異的二次抗体でプローブする。
データ解析
[00783]二次抗体に直接結合する非特異的ヒットは、試料の解析から除外する。アレイ上の特定の標的抗原タンパク質に対するそれぞれの個別の抗体試料の特異性を、Ｚスコアに基づいて定量する。
[00783]二次抗体に直接結合する非特異的ヒットは、試料の解析から除外する。アレイ上の特定の標的抗原タンパク質に対するそれぞれの個別の抗体試料の特異性を、Ｚスコアに基づいて定量する。
[00784]Ｚスコアは、所与のタンパク質のデュプリケートスポットの平均Ｚスコアである（それぞれのタンパク質をＨｕＰｒｏｔ（商標）アレイ上にデュプリケートで印刷する）。所与のアレイの上のそれぞれのスポットのＺスコアを式
式２．Ｚ＝［Ｆ６３５−Ｆ６３５（ａｖｇ）］／Ｆ６３５（ｓｔｄ）
に従って計算する。
式２．Ｚ＝［Ｆ６３５−Ｆ６３５（ａｖｇ）］／Ｆ６３５（ｓｔｄ）
に従って計算する。
[00785]Ｆ６３５（ａｖｇ）およびＦ６３５（ｓｔｄ）は、それぞれアレイ上の全てのスポットのＦ６３５値の平均および標準偏差である。Ｓスコアは、所与のタンパク質のＺスコアと、その１ランク隣のＺスコアとの差である。上位ヒットのＳスコアが３を超えれば、抗体は上位ヒットに対して高度に特異的であると考えられる。
[00786]Ｆ６３５は、検出チャネル（６３５ｎｍ）における所与のタンパク質の２つのリプリケートスポットの平均フォアグラウンドシグナル強度である。Ｂ６３５は、検出チャネル（６３５ｎｍ）における所与のタンパク質の２つのリプリケートスポットの平均バックグラウンドシグナル強度である。範囲は３つの数、即ち２つのリプリケートスポットのＦ６３５値およびそれらの差を含む。差が（Ｆ６３５値と比較して）あまりにも大きければ、これは２つのスポットが一致せず、ヒットの信頼性が低いことを示す。二次抗体が結合した非特異的ヒットは、試料の解析から除外する。
Claims (148)
- 相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片であって、ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号８５〜９８のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５７〜７０のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号２９〜４２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む、抗体またはその抗原結合性断片。
- 相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片であって、ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号９９〜１１２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号７１〜８４のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号４３〜５６のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む、抗体またはその抗原結合性断片。
- 相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）が配列番号８５〜９８のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５７〜７０のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号２９〜４２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３；ならびに
相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）が配列番号９９〜１１２のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号７１〜８４のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号４３〜５６のいずれか１つから選択される再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３
を含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 抗体がＩｇＧ、ＩｇＡ、またはＩｇＭ抗体である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＩｇＧが、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＧＡ１、またはＩｇＧＡ２である、請求項４に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 抗体が、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、モノクローナル抗体、脱免疫抗体、二特異性抗体、多特異性抗体、またはそれらの組み合わせである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 抗体がモノクローナル抗体である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 抗体が多特異性抗体である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 抗体が多価抗体である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 抗原結合性断片が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、線状抗体、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、ラクダ科ＶＨＨドメイン、または抗体断片から形成される多特異性抗体を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 組換えまたは合成である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 酵素、基質、補因子、蛍光マーカー、化学発光マーカー、ペプチドタグ、磁性粒子、薬物、毒素、放射性核種、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 腫瘍細胞またはがん細胞に対して細胞溶解性である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 腫瘍成長またはがん細胞増殖を阻害する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 皮膚がんの治療に有用である、請求項１３または請求項１４に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 皮膚がんが、基底細胞癌腫、扁平上皮癌腫、皮膚黒色腫、メルケル細胞癌腫、非定型線維黄色腫、皮膚リンパ腫、または皮膚線維肉腫である、請求項１５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- 皮膚黒色腫が、表在性黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、爪下黒色腫、悪性黒子黒色腫、線維形成性黒色腫、粘膜黒色腫、またはポリープ状黒色腫である、抗体またはその抗原結合性断片。
- （ａ）配列番号１〜１４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む可変重鎖；
（ｂ）配列番号１５〜２８のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有する再構築されたポリペプチドコンセンサス配列を含む可変軽鎖；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
を含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を産生するハイブリドーマ。
- 請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を含む融合タンパク質。
- （ａ）請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗原結合性断片と；
（ｂ）膜貫通ドメインと；
（ｃ）細胞内シグナル伝達ドメインと
を含むキメラ抗原受容体またはＴ細胞受容体融合タンパク質。 - （ｉ）請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と、
（ｉｉ）Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットと
を含むＴ細胞受容体融合タンパク質。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、ヒトまたはヒト化抗がん抗原結合ドメインを含む、請求項２２に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質。
- ＴＣＲサブユニットが、
（ｉ）ＴＣＲ細胞外ドメインの少なくとも一部と、
（ｉｉ）膜貫通ドメインと、
（ｉｉｉ）細胞内シグナル伝達ドメインからの刺激ドメインを含むＴＣＲ細胞内ドメインと
を含む、請求項２２〜２３のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質。 - ＴＣＲサブユニットの細胞外、膜貫通、および細胞内シグナル伝達ドメインが、ＣＤ３イプシロンのみに由来するかまたはＣＤ３ガンマのみに由来する、請求項２４に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質。
- 抗体またはその抗原結合性断片およびＴＣＲ細胞外ドメインが、リンカー配列によって連結されている、請求項２４〜２５のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質。
- リンカー配列が（Ｇ４Ｓ）ｎの配列を含み、Ｇはグリシンであり、Ｓはセリンであり、ｎ＝１〜４である、請求項２６に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質。
- 請求項２１〜２７のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質をコードする単離された核酸分子。
- 請求項２８に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
- 請求項２８に記載の単離された核酸分子または請求項２９に記載のベクターを含む宿主細胞。
- Ｔ細胞である、請求項３０に記載の宿主細胞。
- 請求項２１〜２７のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体融合タンパク質を発現するＴ細胞。
- Ｔ細胞受容体融合タンパク質が、内因性Ｔ細胞受容体と機能的に統合されている、請求項３２に記載のＴ細胞。
- ＣＤ８＋またはＣＤ４＋ Ｔ細胞である、請求項３２〜３３のいずれか一項に記載のＴ細胞。
- 請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と、治療剤とを含むイムノコンジュゲート。
- 請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物または医薬。
- 第２の治療剤をさらに含む、請求項３６に記載の医薬組成物。
- 第２の治療剤が、抗がん剤、細胞傷害剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３７に記載の医薬組成物。
- 抗がん剤が、抗がん抗体または化学療法剤である、請求項３８に記載の医薬組成物。
- 皮下、静脈内、皮内、腹腔内、筋肉内、脳室内、頭蓋内、腔内、または小脳内投与経路を介して投与するために製剤化された、請求項３６〜３９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 水性形態または凍結乾燥形態である、請求項３６〜４０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- シリンジ、先端を丸めたシリンジ、カテーテル、および移植可能なポンプからなる群から選択される送達デバイスに含まれる、請求項３６〜４１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- がんを治療するための、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片の使用。
- 医薬の製造における、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体もしくはその抗原結合性断片、または請求項３５に記載のイムノコンジュゲートの使用。
- 医薬ががんの治療のためである、請求項４４に記載の使用。
- 治療有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片を対象に投与する工程を含む、がんに罹患している対象を治療するための方法。
- 抗体またはその抗原結合性断片が腫瘍細胞に対して細胞溶解性である、請求項４６に記載の方法。
- 抗体またはその抗原結合性断片が腫瘍成長を阻害する、請求項４６または４７に記載の方法。
- がんが皮膚がんである、請求項４６〜４８のいずれか一項に記載の方法。
- 皮膚がんが、基底細胞がん、扁平上皮癌腫、皮膚黒色腫、メルケル細胞癌腫、非定型線維黄色腫、皮膚リンパ腫、または皮膚線維肉腫である、請求項４９に記載の方法。
- 皮膚黒色腫が、表在性黒色腫、結節性黒色腫、末端黒子型黒色腫、爪下黒色腫、悪性黒子黒色腫、線維形成性黒色腫、粘膜黒色腫、またはポリープ状黒色腫である、請求項５０に記載の方法。
- 抗体またはその抗原結合性断片が、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、筋肉内または頭蓋内に投与される、請求項４６〜５０のいずれか一項に記載の方法。
- 抗体またはその抗原結合性断片が、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される、請求項４６〜５２のいずれか一項に記載の方法。
- 第２の治療剤が、抗がん剤、放射線療法、細胞傷害剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせを含む、請求項５３に記載の方法。
- 抗がん剤が、抗がん抗体または化学療法剤である、請求項５４に記載の方法。
- 第２の治療剤が、抗体またはその抗原結合性断片の投与の前、同時、または投与後に投与される、請求項５３〜５５のいずれか一項に記載の方法。
- （ａ）配列番号１９７〜２１０から選択される、ＣＤＲ−Ｈ１をコードする核酸配列；
（ｂ）配列番号１６９〜１８２から選択される、ＣＤＲ−Ｈ２をコードする核酸配列；
（ｃ）配列番号１４１〜１５４から選択される、ＣＤＲ−Ｈ３をコードする核酸配列；
（ｄ）配列番号２１１〜２２４から選択される、ＣＤＲ−Ｌ１をコードする核酸配列；
（ｅ）配列番号１８３〜１９６から選択される、ＣＤＲ−Ｌ２をコードする核酸配列；および
（ｆ）配列番号１５５〜１６８から選択される、ＣＤＲ−Ｌ３をコードする核酸配列
のうちの少なくとも１つを含む単離された核酸分子。 - 抗体の重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離された核酸分子であって、核酸配列が配列番号１１３〜１２６のいずれか１つから選択される、単離された核酸分子。
- 抗体の軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離された核酸分子であって、核酸配列が配列番号１２７〜１４０のいずれか１つから選択される、単離された核酸分子。
- 請求項５７〜５９のいずれか一項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
- 単離された核酸分子が調節制御配列に作動可能に連結されている、請求項６０に記載のベクター。
- 請求項６０〜６１のいずれか一項に記載のベクター、または請求項５７〜５９のいずれか一項に記載の単離された核酸分子を含む宿主細胞。
- 抗体またはその抗原結合性断片を産生する方法であって、
（ａ）単離された核酸分子によってコードされるポリペプチドの発現、および抗体またはその抗原結合性断片の集合を可能にする条件下で、請求項６２に記載の宿主細胞を培地中で培養する工程と；
（ｂ）培養細胞または細胞の培地から抗体またはその抗原結合性断片を精製する工程と
を含む方法。 - （ａ）治療有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片のうちの少なくとも１つ
を含むキット。 - 治療有効量の第２の治療剤をさらに含むキット。
- 第２の治療剤が、抗がん剤、放射線療法、細胞傷害剤、ＮＳＡＩＤ、コルチコステロイド、抗酸化剤などの栄養補助剤、またはそれらの組み合わせである、請求項６５に記載のキット。
- 抗がん剤が、抗がん抗体または化学療法剤である、請求項６６に記載のキット。
- 抗体またはその抗原結合性断片が凍結乾燥形態または水性形態である、請求項６４〜６７のいずれか一項に記載のキット。
- 再構成溶液または希釈剤をさらに含む、請求項６４〜６８のいずれか一項に記載のキット。
- イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）タンパク質またはそのバリアントを含むＳｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメインに結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号８５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号９９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、可変軽鎖が配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項７０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＳＨＩＰ１、マウスＳＨＩＰ１、ラットＳＨＩＰ１、ウシＳＨＩＰ１、カニクイザルＳＨＩＰ１に結合する、請求項７０〜７１のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＳＨＩＰ１が配列番号２８１の配列を含む、請求項７２に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＳＨＩＰ１への結合に関して、請求項７０〜７２のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＳＨＩＰ１およびマウスＳＨＩＰ１に結合する抗体。
- クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）またはそのバリアントに結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号８７の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５９のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０１の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７３のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４５のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項７５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＣＢＸ、マウスＣＢＸ、ラットＣＢＸ、ウシＣＢＸ、またはカニクイザルＣＢＸに結合する、請求項７５〜７６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- クロモボックス（ＣＢＸ）タンパク質が、クロモボックスタンパク質ホモログ１、クロモボックスタンパク質ホモログ３、またはクロモボックスタンパク質ホモログ５である、請求項７５〜７７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＣＢＸタンパク質が配列番号２８６の配列を含むヒトＣＢＸ１である、請求項７７〜７８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＣＢＸタンパク質が配列番号２９１の配列を含むヒトＣＢＸ３である、請求項７７〜７８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＣＢＸタンパク質が配列番号２９６の配列を含むヒトＣＢＸ５である、請求項７７〜７８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＣＢＸタンパク質への結合に関して、請求項７５〜８２のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＣＢＸおよびマウスＣＢＸに結合する抗体。
- がん／精巣抗原１Ｂ（ＣＴＡＧ１Ａ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号８９の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６１のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３３のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０３の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７５のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４７のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項８３に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＣＴＡＧ１Ａ、マウスＣＴＡＧ１Ａ、ラットＣＴＡＧ１Ａ、ウシＣＴＡＧ１Ａ、カニクイザルＣＴＡＧ１Ａに結合する、請求項８３〜８４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＣＴＡＧ１Ａが配列番号３０１の配列を含む、請求項８５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＣＴＡＧ１Ａへの結合に関して、請求項８３〜８６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＣＴＡＧ１ＡおよびマウスＣＴＡＧ１Ａに結合する抗体。
- アルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質（ＡＡＧＡＢ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号９０の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６２のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３４のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０４の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７６のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４８のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項８８に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＡＡＧＡＢ、マウスＡＡＧＡＢ、ラットＡＡＧＡＢ、ウシＡＡＧＡＢ、カニクイザルＡＡＧＡＢに結合する、請求項８８〜８９のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＡＡＧＡＢが配列番号３０３の配列を含む、請求項９０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＡＡＧＡＢへの結合に関して、請求項８８〜９１のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＡＡＧＡＢおよびマウスＡＡＧＡＢに結合する抗体。
- キネシン軽鎖４タンパク質（ＫＬＣ４）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号９１の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６３のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３５のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０５の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７７のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４９のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項９３に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＫＬＣ４、マウスＫＬＣ４、ラットＫＬＣ４、ウシＫＬＣ４、カニクイザルＫＬＣ４に結合する、請求項９３〜９４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＫＬＣ４が配列番号３０８の配列を含む、請求項９５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＫＬＣ４への結合に関して、請求項９３〜９６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＫＬＣ４およびマウスＫＬＣ４に結合する抗体。
- 黒色腫関連抗原（ＭＡＧＥ−Ａ３）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号９２の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６４のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３６のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０６の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７８のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５０のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項９８に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＭＡＧＥ−Ａ３、マウスＭＡＧＥ−Ａ３、ラットＭＡＧＥ−Ａ３、ウシＭＡＧＥ−Ａ３、カニクイザルＭＡＧＥ−Ａ３に結合する、請求項９８〜９９のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＭＡＧＥ−Ａ３が配列番号３１３の配列を含む、請求項１００に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＭＡＧＥ−Ａ３への結合に関して、請求項９８〜１０１のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＭＡＧＥ−Ａ３およびマウスＭＡＧＥ−Ａ３に結合する抗体。
- 無機ピロホスファターゼ（ＰＰＡ１）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号９４の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６６のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３８のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）可配列番号１０８の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８０のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５２のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１０３に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＰＰＡ１、マウスＰＰＡ１、ラットＰＰＡ１、ウシＰＰＡ１、カニクイザルＰＰＡ１に結合する、請求項１０３〜１０４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＰＰＡ１が配列番号３１５の配列を含む、請求項１０５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＰＰＡ１への結合に関して、請求項１０３〜１０６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＰＰＡ１およびマウスＰＰＡ１に結合する抗体。
- インターロイキン−１４Ａ（ＩＬ−１４Ａ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号９５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）可配列番号１０９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１０８に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＩＬ−１４Ａ、マウスＩＬ−１４Ａ、ラットＩＬ−１４Ａ、ウシＩＬ−１４Ａ、カニクイザルＩＬ−１４Ａと結合する、請求項１０８〜１０９のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＩＬ−１４Ａが配列番号３１９の配列を含む、請求項１１０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＩＬ−１４Ａへの結合に関して、請求項１０８〜１１１のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＩＬ−１４ＡおよびマウスＩＬ−１４Ａに結合する抗体。
- Ｏ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）トランスフェラーゼ（ＯＧＴ）またはそのバリアントに選択的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号９８の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号７０のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４２のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１１２の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８４のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５６のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む抗体またはその抗原結合性断片。 - 可変重鎖が配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１１３に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＯＧＴ、マウスＯＧＴ、ラットＯＧＴ、ウシＯＧＴ、カニクイザルＯＧＴに結合する、請求項１１３〜１１４のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ヒトＯＧＴが配列番号３２４の配列を含む、請求項１１５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
- ＯＧＴへの結合に関して、請求項１１３〜１１６のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と競合する抗体であって、ヒトＯＧＴおよびマウスＯＧＴに結合する抗体。
- （ａ）抗体またはその抗原結合性断片と抗原との選択的結合を可能にする条件下で、試料を、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片と接触させて、抗体−抗原複合体を形成する工程と；
（ｂ）免疫検出法によって抗体−抗原複合体の有無を検出する工程と
を含む免疫組織化学アッセイ。 - 試料が血液試料または組織試料である、請求項１１８に記載の免疫組織化学アッセイ。
- 試料が、がんに罹患していると疑われるかまたはがんと診断された対象由来である、請求項１１８または請求項１１９に記載の免疫組織化学アッセイ。
- 細胞、組織、臓器または対象における、Ｓｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメイン含有イノシトールポリリン酸５−ホスファターゼ１（ＳＨＩＰ１）に関連した状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号８５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号９９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１２１に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、可変軽鎖が配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１２２に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）またはそのバリアントに関連した状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号８７の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号５９のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）可配列番号１０１の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７３のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４５のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１２４に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１２５に記載の方法。
- クロモボックスタンパク質（ＣＢＸ）が、クロモボックスタンパク質ホモログ１、クロモボックスタンパク質ホモログ３、またはクロモボックスタンパク質ホモログ５である、請求項１２４〜１２６のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、がん／精巣抗原１Ｂ（ＣＴＡＧ１Ａ）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号８９の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６１のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３３のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）可配列番号１０３の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７５のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４７のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１２８に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１２９に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、アルファおよびガンマアダプチン結合タンパク質（ＡＡＧＡＢ）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号９０の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６２のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３４のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０４の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７６のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４８のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖および（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１３１に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１３２に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、キネシン軽鎖４タンパク質（ＫＬＣ４）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号９１の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６３のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３５のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０５の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７７のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４９のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１３４に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１３５に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、黒色腫関連抗原３（ＭＡＧＥ−Ａ３）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号９２の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６４のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３６のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０６の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号７８のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５０のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１３７に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１３８に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、無機ピロホスファターゼ（ＰＰＡ１）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号９４の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６６のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３８のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０８の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８０のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５２のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１４０に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１４１に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、インターロイキン−１４Ａ（ＩＬ−１４Ａ）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号９５の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号６７のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３９のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１０９の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８１のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５３のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１４３に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１４４に記載の方法。
- 細胞、組織、臓器または対象における、Ｏ−結合型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）トランスフェラーゼ（ＯＧＴ）に関連する状態を診断または治療するための方法であって、
有効量の請求項１〜１８のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体またはその抗原結合性断片を細胞、組織、臓器または対象と接触させるかまたは投与する工程
を含む方法。 - 抗体またはその抗原結合性断片が、
（ａ）配列番号９８の相補性決定領域重鎖１（ＣＤＲ−Ｈ１）、配列番号７０のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４２のＣＤＲ−Ｈ３を含む可変重鎖領域；
（ｂ）配列番号１１２の相補性決定領域軽鎖１（ＣＤＲ−Ｌ１）、配列番号８４のＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５６のＣＤＲ−Ｌ３を含む可変軽鎖領域；または
（ｃ）（ａ）の可変重鎖と（ｂ）の可変軽鎖
のうちの少なくとも１つを含む、請求項１４６に記載の方法。 - 可変重鎖が配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含み、可変軽鎖が配列番号２８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドコンセンサス配列を含む、請求項１４７に記載の方法。
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