JP2021525530A - キメラ抗原受容体細胞治療薬を用いたサイトカイン放出症候群の抑制 - Google Patents

キメラ抗原受容体細胞治療薬を用いたサイトカイン放出症候群の抑制 Download PDF

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Abstract

本明細書では、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR−T関連ニューロパチーを緩和するための、CAR−T細胞などのキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞から分泌されたサイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子編集または内在性抑制を行うための方法を開示する。これらの方法は、CARをサイトカイン遺伝子の遺伝子座に挿入して、そのサイトカイン遺伝子の発現を阻害することを含む。本明細書で更に開示するのは、サイトカイン遺伝子の遺伝子座に挿入されたCARを有する(CAR)保有免疫エフェクター細胞、ならびに、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR−T関連ニューロパチーの発症率の低い免疫治療薬を用いて疾患を治療するための方法である。【選択図】図1

Description

本出願は、2018年6月1日に出願された米国仮出願第62/679,597号の利益を主張するものであり、その開示全体は参照により本明細書に組み込まれる。
CAR−T細胞は、血液悪性腫瘍を治療するための有望な治療法として登場した。B細胞悪性腫瘍に対する注目すべき臨床効果にもかかわらず、CAR−T療法の成功は、患者の50%超に認められる重度の生命を脅かす毒性によって、限定的なものとなっている。これらの毒性により、臨床試験の早期終了につながる数名の死亡という結果となった。主にサイトカイン放出症候群(CRS、「サイトカインストーム」とも呼ばれる)として顕在化する毒性は、INFγ、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子、IL−10、及びIL−6を含むサイトカインの極端な上昇を特徴としている。これらサイトカインの上昇は、発熱、低血圧症、臓器機能障害、呼吸不全、及び凝血異常を含む多くの臨床症状の原因となる。CRSは致命的となり得る。加えて、CRSの初期症状が軽減した後であっても、神経毒性が現れることが多い。CRS及び関連神経毒性の病因に対する理解は不十分であり、メカニズムの更なる理解は、CAR−T療法の順調な移行において有用となり得る。その一方で、発現に利用可能なサイトカイン遺伝子のレベルを抑制することによってCRSの病因を阻害することは、症状を緩和するための1つの方法である。
本明細書では、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR−T関連ニューロパチーを緩和するための、CAR−T細胞などのキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞から分泌されたサイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子欠失及び内在性抑制を行うための方法を開示する。これらの遺伝子欠失法としては、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の遺伝子座にCARを挿入すること、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の発現を阻害すること、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、またはCRISPRを用いた遺伝子編集、小胞体(ER)内のサイトカインに結合して分泌を防止する、ERに結合するテザーを有するscFvの発現、及び、低分子ヘアピンRNA(shRNA)または低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクション、を挙げることができるがこれらに限定されない。本明細書ではまた、これら記載するサイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の欠失法を用いて修飾されたCAR保有免疫エフェクター細胞、ならびに、サイトカイン放出症候群(CRS)及び/またはCAR−T関連ニューロパチー(CAN)の発症率の低い免疫治療薬を用いて疾患を治療するための方法、を開示する。
図1は、サイトカインの翻訳を阻害することにより、サイトカインを欠失させるまたはサイトカインのレベルを低下させて、それにより、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR保有免疫エフェクター細胞関連ニューロパチー(CAR−T関連ニューロパチー)を予防または抑制するための、サイトカイン用の遺伝子にCARを挿入するコンセプトを示す。
図2は、本明細書で開示するCAR−T細胞を用いて血液悪性腫瘍を治療するための方法の時間表を示す。当業者は、示した期間にある程度の自由度が可能であることを理解するであろう。
図3は、CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのAAVドナー構築物を示す。
図4は、GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するために用いるWC40プラスミドベクターを示す。
図5は、GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのAAVドナー構築物を示す。
図6は、CAR19−GM−CSF PEBL−trCD34構築物を示す。
図7は、GM−CSFノックアウト、野生型、及び対照の、T細胞、iDC細胞、T細胞+iDC、T細胞+ビーズ、及びiDC+ビーズ+T細胞における、24時間時点のIL−6発現を示す。
図8は、CAR19 GM−CSFノックアウト、CAR19、及び対照の、CAR19、iDCのみ、活性化MQのみ、MCのみ、RAMOSのみ、CAR19+iDC、CAR19+活性化MQ、CAR19+MQ、CAR19+RAMOS、iDC+RAMOS+CAR−T、活性化MQ+RAMOS+CAR−T、及びMQ+RAMOS+CAR−Tにおける、24時間時点のIL−6発現を示す。
図9は、GM−CSFノックアウト、野生型、及び対照の、T細胞、iDC細胞、T細胞+iDC、T細胞+ビーズ、及びiDC+ビーズ+T細胞における、48時間時点のIL−6発現を示す。
図10は、CAR19 GM−CSFノックアウト、CAR19、及び対照の、CAR19、iDCのみ、活性化MQのみ、MCのみ、RAMOSのみ、CAR19+iDC、CAR19+活性化MQ、CAR19+MQ、CAR19+RAMOS、iDC+RAMOS+CAR−T、活性化MQ+RAMOS+CAR−T、及びMQ+RAMOS+CAR−Tにおける、48時間時点のIL−6発現を示す。
図11は、CAR−T細胞の特定のマーカーを検出するための、ELISAプレートのセットアップを示す。
図12aおよび図12bは、CAR−T細胞の特定のマーカーを検出するためのELISAアッセイの結果を示す。ELISAプレートの上半分を示す。行A〜Hのそれぞれにおける上から下にかけて、サブ行は、[450]試験、[540]参照、経路長、450、540、補正[450]、及び補正[540]を表す。
それゆえ、本明細書では、実施形態1として、サイトカイン放出症候群に関与するサイトカインもしくはケモカインまたは転写因子を欠損した、キメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞を開示する。
以下の開示は、サイトカイン欠損細胞の詳細な実施形態、選択肢、及び使用、ならびに、例えば、疾患を治療するための、免疫療法及び養子細胞移入におけるこのような細胞の使用である。それゆえ、本明細書では、以下の更なる実施形態を提供する。
実施形態2−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子をコードする遺伝子の欠失または抑制によりもたらされる、実施形態1に記載の細胞。
実施形態3−前記欠失または抑制は、前記CARを、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子の遺伝子座に挿入することによりもたらされる、実施形態1または実施形態2のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態4−前記CARは、選択マーカーもまた含む構築物の一部である、実施形態1から実施形態3のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態5−前記選択マーカーは、緑色蛍光(GFP)遺伝子、黄色蛍光(YFP)遺伝子、トランケートCD34(tCD34)遺伝子、またはトランケートEGFR(tEGFR)遺伝子を含む、実施形態1から実施形態4のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態6−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、またはClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集による、前記サイトカインまたはケモカインの遺伝子の欠失または抑制によりもたらされる、実施形態1から実施形態5のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態7−欠失または抑制は、CRISPRを使用することによりもたらされる、実施形態1から実施形態6のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態8−欠失または抑制は、Cas9−CRISPRを使用することによりもたらされる、実施形態1から実施形態7のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態9−前記Cas9は、mRNAまたはタンパク質として前記細胞内に送達される、実施形態1から実施形態8のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態10−前記Cas9は、mRNAとして前記細胞内に送達される、実施形態1から実施形態9のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態11−前記Cas9は、タンパク質として前記細胞内に送達される、実施形態1から実施形態10のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態12−欠失または抑制される前記遺伝子を標的とするガイドRNA(gRNA)は、前記Cas9と同時に送達される、実施形態1から実施形態11のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態13−前記送達はエレクトロポレーションによる、実施形態1から実施形態12のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態14−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、1種または複数種の低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションによる、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる、実施形態1から実施形態13のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態15−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、1種または複数種の短ヘアピンRNA(shRNA)の形質導入による、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる、実施形態1から実施形態14のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態16−少なくとも1種のCARを発現するキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞であって、
前記少なくとも1種のCARは、サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の、遺伝子または転写因子遺伝子の遺伝子座に挿入される、
前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、及びClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集、から選択される方法により欠失または抑制される、
前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、小胞体(ER)内の前記サイトカインまたはケモカインに結合して分泌を防止する、前記ERに結合するテザーを有するscFvの発現により抑制される、
前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物は、低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションにより抑制される、あるいは、
前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物は、短ヘアピンRNA(shRNA)の形質導入により抑制される、
前記キメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞。
実施形態17−キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)及びCAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)、またはCAR保有マクロファージ、から選択される、実施形態1から実施形態16のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態18−CAR−Tである、実施形態1から実施形態17のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態19−デュアルCAR−TまたはタンデムCAR−Tである、実施形態1から実施形態18のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態20−iNKT−CARである、実施形態1から実施形態17のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態21−デュアルiNKT−CARまたはタンデムiNKT−CARである、実施形態1から実施形態20のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態22−CARマクロファージである、実施形態1から実施形態17のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態23−デュアルCARマクロファージまたはタンデムCARマクロファージである、実施形態1から実施形態22のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態24−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、サイトカイン放出症候群の発症に寄与する、実施形態1から実施形態23のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態25−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、表10に記載のサイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の中から選択される、実施形態1から実施形態24のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態26−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、骨髄細胞を活性化または局在化するT細胞により産生される、実施形態1から実施形態25のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態27−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、骨髄細胞またはCAR−T細胞を活性化するT細胞表面受容体遺伝子である、実施形態1から実施形態26のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態28−欠失または抑制される前記遺伝子は、CAR−T細胞シグナル伝達に組み込まれたT細胞表面受容体である、実施形態1から実施形態27のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態29−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、T細胞/CAR−T細胞の分化を駆動する、実施形態1から実施形態28のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態30−前記サイトカインまたはケモカインは、T細胞/CAR−T細胞の分化を駆動する転写因子である、実施形態1から実施形態29のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態31−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、MCP1(CCL2)、MCP−2、GM−CSF、G−CSF、M−CSF、Il−4、及びIFNγから選択される、実施形態1から実施形態30のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態32−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子はGM−CSFである、実施形態1から実施形態31のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態33−GM−CSF欠損CAR−T細胞である、実施形態1から実施形態32のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態34−GM−CSF欠損iNKT−CAR細胞である、実施形態1から実施形態33のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態35−使用する前記免疫エフェクター細胞は、健康なドナーから採取される、実施形態1から実施形態34のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態36−前記ドナーはヒトである、実施形態1から実施形態35のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態37−前記キメラ抗原受容体(複数可)は、悪性細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、実施形態1から実施形態36のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態38−悪性細胞上に発現した前記1種または複数種の抗原は、BCMA、CS1、CD38、CD138、CD19、CD33、CD123、CD371、CD117、CD135、Tim−3、CD5、CD7、CD2、CD4、CD3、CD79A、CD79B、APRIL、CD56、及びCD1a、から選択される、実施形態1から実施形態37のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態39−前記キメラ抗原受容体は、悪性T細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、実施形態1から実施形態38のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態40−前記抗原は、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD7、TCRA、及びTCRβ、から選択される、実施形態1から実施形態39のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態41−前記キメラ抗原受容体は、悪性B細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、実施形態1から実施形態38のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態42−前記抗原は、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD25、CD27、CD38、及びCD45、から選択される、実施形態1から実施形態41のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態43−前記抗原は、CD19及びCD20から選択される、実施形態1から実施形態42のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態44−前記キメラ抗原受容体は、悪性中皮細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、実施形態1から実施形態38のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態45−前記抗原はメソテリンである、実施形態1から実施形態44のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態46−前記キメラ抗原受容体は、悪性形質細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、実施形態1から実施形態38のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態47−前記抗原は、BCMA、CS1、CD38、及びCD19、から選択される、実施形態1から実施形態46のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態48−前記キメラ抗原受容体は、BCMAとTACIの両方を効果的に共標的とする、BCMA及びTACIに対するリガンドである、前記APRILタンパク質の細胞外部分を発現する、実施形態1から実施形態47のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態49−前記CAR−T細胞は自殺遺伝子を更に含む、実施形態1から実施形態48のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態50−内在性T細胞受容体介在性シグナル伝達は、前記細胞内においてごくわずかである、実施形態1から実施形態49のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態51−アロ反応性または移植片対宿主病を誘導しない、実施形態1から実施形態50のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態52−同胞殺しを誘導しない、実施形態1から実施形態51のいずれか1つに記載の細胞。
実施形態53−実施形態1から実施形態52のいずれか1つに記載の細胞を投与することを含む、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR−T関連ニューロパチーの発症率が低い患者におけるがんを治療するための方法。
実施形態54−前記がんは血液悪性腫瘍である、実施形態53に記載の方法。
実施形態55−前記血液悪性腫瘍はT細胞悪性腫瘍である、実施形態53から実施形態54のいずれか1つに記載の方法。
実施形態56−前記T細胞悪性腫瘍はT細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)である、実施形態53から実施形態55のいずれか1つに記載の方法。
実施形態57−前記T細胞悪性腫瘍は非ホジキンリンパ腫である、実施形態53から実施形態56のいずれか1つに記載の方法。
実施形態58−前記血液悪性腫瘍は多発性骨髄腫である、実施形態53から実施形態57のいずれか1つに記載の方法。
実施形態59−前記血液悪性腫瘍はAMLである、実施形態53から実施形態58のいずれか1つに記載の方法。
実施形態60−前記がんは固形腫瘍である、実施形態53から実施形態59のいずれか1つに記載の方法。
実施形態61−前記がんは、子宮頸癌、膵臓癌、卵巣癌、中皮腫、及び肺癌である、実施形態53から実施形態60のいずれか1つに記載の方法。
実施形態62−キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)免疫治療薬、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)免疫治療薬、CAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)免疫治療薬、またはCAR保有マクロファージ(CARマクロファージ)免疫治療薬、を投与されている患者におけるサイトカイン放出症候群またはCAR−T関連ニューロパチーを予防または抑制するための方法であって、実施形態53から実施形態61のいずれか1つに記載の細胞を前記免疫治療薬として投与することを含む、前記方法。
実施形態63−前記患者はがんの治療を受けている、実施形態53から実施形態62のいずれか1つに記載の方法。
実施形態64−前記がんは血液悪性腫瘍である、実施形態53から実施形態63のいずれか1つに記載の方法。
実施形態65−前記血液悪性腫瘍はT細胞悪性腫瘍である、実施形態53から実施形態64のいずれか1つに記載の方法。
実施形態66−前記T細胞悪性腫瘍はT細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)である、実施形態53から実施形態65のいずれか1つに記載の方法。
実施形態67−前記T細胞悪性腫瘍は非ホジキンリンパ腫である、実施形態53から実施形態66のいずれか1つに記載の方法。
実施形態68−前記血液悪性腫瘍は多発性骨髄腫である、実施形態53から実施形態67のいずれか1つに記載の方法。
実施形態69−前記血液悪性腫瘍はAMLである、実施形態53から実施形態68のいずれか1つに記載の方法。
実施形態70−前記がんは固形腫瘍である、実施形態53から実施形態69のいずれか1つに記載の方法。
実施形態71−前記がんは、子宮頸癌、膵臓癌、卵巣癌、中皮腫、及び肺癌である、実施形態53から実施形態70のいずれか1つに記載の方法。
実施形態72−キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)、CAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)、またはCAR保有マクロファージ(CARマクロファージ)を用いて、サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の発現を阻害するための方法であって、前記サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の遺伝子座にCARを挿入することを含む、前記方法。
実施形態73−前記サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の前記発現を阻害することは、CAR−T細胞介在性殺傷を抑制しない、実施形態53から実施形態72のいずれか1つに記載の方法。
実施形態74−サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子を欠失または抑制することを含む、CRSまたはCAR−T関連ニューロパチー(CAN)を引き起こさない、または、前記CRSまたはCAR−T関連ニューロパチー(CAN)に寄与しない、CAR−T(免疫エフェクター)細胞、を作製するための方法。
実施形態75−前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子を欠失または抑制することは、CAR−T細胞介在性殺傷を抑制しない、実施形態53から実施形態74のいずれか1つに記載の方法。
実施形態76−前記欠失または抑制は、前記CARを、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子の遺伝子座に挿入することによりもたらされる、実施形態53から実施形態75のいずれか1つに記載の方法。
実施形態77−前記CARは、選択マーカーもまた含む構築物の一部である、実施形態53から実施形態76のいずれか1つに記載の方法。
実施形態78−前記選択マーカーは、緑色蛍光(GFP)遺伝子、YFP遺伝子、tCD34遺伝子、またはtEGFR遺伝子を含む、実施形態53から実施形態77のいずれか1つに記載の方法。
実施形態79−選択マーカーを有するCARを前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子に挿入することにより、TCR陰性細胞の単一工程精製が可能となる、実施形態53から実施形態78のいずれか1つに記載の方法。
実施形態80−選択マーカーを有するCARを前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子に挿入することにより、CAR+サイトカイン陰性細胞の単一工程精製が可能となる、実施形態53から実施形態79のいずれか1つに記載の方法。
実施形態81−前記欠失または抑制は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、またはClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集を使用することによりもたらされる、実施形態53から実施形態80のいずれか1つに記載の方法。
実施形態82−前記欠失または抑制は、CRISPRを使用することによりもたらされる、実施形態53から実施形態81のいずれか1つに記載の方法。
実施形態83−前記欠失または抑制は、Cas9−CRISPRを使用することによりもたらされる、実施形態53から実施形態82のいずれか1つに記載の方法。
実施形態84−前記Cas9は、mRNAまたはタンパク質として前記細胞内に送達される、実施形態53から実施形態83のいずれか1つに記載の方法。
実施形態85−前記Cas9は、mRNAとして前記細胞内に送達される、実施形態53から実施形態84のいずれか1つに記載の方法。
実施形態86−前記Cas9は、タンパク質として前記細胞内に送達される、実施形態53から実施形態85のいずれか1つに記載の方法。
実施形態87−欠失または抑制される前記遺伝子を標的とするガイドRNA(gRNA)は、前記Cas9と同時に送達される、実施形態53から実施形態86のいずれか1つに記載の方法。
実施形態88−前記送達はエレクトロポレーションによる、実施形態53から実施形態87のいずれか1つに記載の方法。
実施形態89−前記欠失または抑制は、1種または複数種の短ヘアピンRNA(shRNA)の形質導入による、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる、実施形態53から実施形態88のいずれか1つに記載の方法。
実施形態90−前記欠失または抑制は、タンパク質発現ブロッカー(PEBL)をコードする構築物を形質導入することによりもたらされる、実施形態53から実施形態89のいずれか1つに記載の方法。
実施形態91−前記構築物は、前記サイトカイン、ケモカイン、またはTFの遺伝子に特異的な、抗体由来単鎖可変フラグメントをコードする、実施形態53から実施形態90のいずれか1つに記載の方法。
実施形態92−前記サイトカイン、ケモカイン、または転写因子の遺伝子の欠失は、CAR−T介在性殺傷を抑制しない、実施形態53から実施形態91のいずれか1つに記載の方法。
実施形態93−挿入される前記CARは、ドナー鋳型を含む、実施形態53から実施形態92のいずれか1つに記載の方法。
実施形態94−ドナー鋳型は、アデノ随伴ウイルス(AAV)、一本鎖DNA、または二本鎖DNAを含む、実施形態53から実施形態93のいずれか1つに記載の方法。
本明細書で開示するのは、サイトカインを欠損したキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞である。
特定の実施形態では、サイトカインの欠損は、サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の除去によりもたらされる。
特定の実施形態では、除去は、CARを、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の遺伝子座に挿入することによりもたらされる。
特定の実施形態では、CARは、選択マーカーもまた含む構築物の一部である。
特定の実施形態では、サイトカインの欠損は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、またはClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集による、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の欠失または抑制によりもたらされる。
特定の実施形態では、サイトカインの欠損は、低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションによる、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる。
本明細書で更に開示するのは、少なくとも1種のCARを発現するキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞であり、
・少なくとも1種のCARは、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の遺伝子座に挿入される、
・サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、及びClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集、から選択される方法により欠失もしくは抑制される、
・サイトカインは、小胞体(ER)内のサイトカインに結合して分泌を防止する、ERに結合するテザーを有するscFvの発現により抑制される、または、
・サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子転写物は、低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションにより抑制される。
特定の実施形態では、細胞は、キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)、及びCAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)、から選択される。
特定の実施形態では、細胞はCAR−Tである。
特定の実施形態では、細胞はデュアルCAR−TまたはタンデムCAR−Tである。
特定の実施形態では、細胞はiNKT−CARである。
特定の実施形態では、細胞はデュアルiNKT−CARまたはタンデムiNKT−CARである。
特定の実施形態では、サイトカインは、サイトカイン放出症候群の発症に寄与する。
特定の実施形態では、サイトカインは、MCP1(CCL2)、MCP−2、GM−CSF、G−CSF、M−CSF、IL−4、及びIFNγ、から選択される。
特定の実施形態では、サイトカインはGM−CSFである。
特定の実施形態では、細胞はGM−CSF欠損CAR−T細胞である。
特定の実施形態では、細胞はGM−CSF欠損iNKT−CAR細胞である。
特定の実施形態では、キメラ抗原受容体は、悪性T細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する。
特定の実施形態では、抗原は、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD7、TCRA、及びTCRβ、から選択される。
特定の実施形態では、キメラ抗原受容体は、悪性B細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する。
特定の実施形態では、抗原は、CD19及びCD20から選択される。
特定の実施形態では、キメラ抗原受容体は、悪性中皮細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する。
特定の実施形態では、抗原はメソテリンである。
特定の実施形態では、キメラ抗原受容体は、悪性形質細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する。
特定の実施形態では、抗原は、BCMA、CS1、CD38、及びCD19、から選択される。
特定の実施形態では、キメラ抗原受容体は、BCMAとTACIの両方を効果的に共標的とする、BCMA及びTACIに対するリガンドである、APRILタンパク質の細胞外部分を発現する。
特定の実施形態では、CAR−T細胞は自殺遺伝子を更に含む。
特定の実施形態では、内在性T細胞受容体介在性シグナル伝達は、細胞内においてごくわずかである。
特定の実施形態では、細胞は、アロ反応性または移植片対宿主病を誘導しない。
特定の実施形態では、細胞は同胞殺しを誘導しない。
本明細書で更に開示するのは、本明細書で開示するキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞を投与することを含む、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR−T関連ニューロパチーの発症率が低い患者におけるがんを治療するための方法、である。
特定の実施形態では、がんは血液悪性腫瘍である。
特定の実施形態では、血液悪性腫瘍はT細胞悪性腫瘍である。
特定の実施形態では、T細胞悪性腫瘍はT細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)である。
特定の実施形態では、T細胞悪性腫瘍は非ホジキンリンパ腫である。
特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は多発性骨髄腫である。
特定の実施形態では、がんは固形腫瘍である。
特定の実施形態では、がんは、子宮頸癌、膵臓癌、卵巣癌、中皮腫、及び肺癌である。
本明細書で更に開示するのは、本明細書で開示するキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞を免疫治療薬として投与することを含む、キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)免疫治療薬、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)免疫治療薬、またはCAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)免疫治療薬、を投与されている患者におけるサイトカイン放出症候群、CAR−T関連ニューロパチーを予防または抑制するための方法、である。
本明細書で更に開示するのは、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の遺伝子座にCARを挿入することを含む、キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)、またはCAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)を用いて、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の発現を阻害するための方法、である。
CAR保有免疫エフェクター細胞
キメラ抗原受容体(CAR)は、1)細胞外リガンド結合ドメイン、すなわち、抗原認識ドメイン、2)膜貫通ドメイン、及び3)シグナル伝達ドメイン、を含む、組換え融合タンパク質である。
臨床グレードのCAR−T細胞集団のCAR設計、送達及び発現、ならびに製造を行うための方法は、当該技術分野において周知である。例えば、Lee et al.,Clin.Cancer Res.,2012,18(10):2780−90を参照されたい。CARをコードする遺伝子改変キメラ抗原受容体ポリヌクレオチドは、シグナルペプチド、抗原認識ドメイン、少なくとも1種の共刺激ドメイン、及びシグナル伝達ドメイン、を含む。
キメラ抗原受容体の抗原特異的細胞外ドメインは、抗原(一般的には、悪性腫瘍の表面に発現した抗原)を認識してそれに特異的に結合する。「抗原特異的細胞外ドメイン」(すなわち、「抗原結合ドメイン」)は抗原に特異的に結合するが、その際、例えば、約0.1pM〜約10μM、好ましくは約0.1pM〜約1μM、より好ましくは約0.1pM〜約100nMの親和性定数または相互作用(KD)の親和性で抗原に結合する。相互作用の親和性を測定するための方法は、当該技術分野において周知である。本開示のCARに用いるのに好適な抗原特異的細胞外ドメインは、任意の抗原結合ポリペプチドであってもよく、多種多様なそれらは、当技術分野において周知である。一部の例においては、抗原結合ドメインは一本鎖Fv(scFv)である。その他の抗体ベース認識ドメイン、cAb VHH(ラクダ科抗体可変ドメイン)及びそれらのヒト化型、IgNAR VH(サメ抗体可変ドメイン)及びそれらのヒト化型、sdAb VH(単一ドメイン抗体可変ドメイン)、ならびに、「ラクダ化」抗体可変ドメイン、が使用に好適である。一部の例においては、T細胞受容体(TCR)ベース認識ドメイン、例えば、一本鎖TCR(scTv、VαVβを含む一本鎖2ドメインTCR)などもまた、使用に好適である。
本開示のキメラ抗原受容体はまた、抗原特異的細胞外ドメインに抗原が結合すると、CAR保有免疫エフェクター細胞に細胞内シグナルをもたらす、「細胞内ドメイン」を含む。本開示のキメラ抗原受容体の細胞内シグナル伝達ドメインは、キメラ受容体を発現するT細胞における少なくとも1種のエフェクター機能の活性化に影響を及ぼす。用語「エフェクター機能」とは、iNKT細胞などの分化細胞における特殊機能のことを意味する。例えば、iNKT細胞のエフェクター機能は、NKのトランス活性化、T細胞の活性化及び分化、B細胞の活性化、樹状細胞の活性化及びクロスプレゼンテーション活性、ならびにマクロファージの活性化、であってもよい。それゆえ、用語「細胞内ドメイン」とは、抗原が細胞外ドメインに結合すると、エフェクター機能シグナルを伝達してiNKT細胞に特殊機能を実行させる、CARの部分のことを意味する。好適な細胞内ドメインの非限定例としては、T細胞受容体のζ鎖またはそのホモログ(例えば、η、δ、γ、またはε)のいずれか、MB1鎖、829、Fe Rill、Fe Rl、及びCD3ζとCD28などのシグナル伝達分子の組み合わせ、CD27、4−1 BB、DAP−10、OX40及びこれらの組み合わせ、ならびにその他の類似した分子及びフラグメント、が挙げられる。活性化タンパク質ファミリーのその他のメンバーの細胞内シグナル伝達部位、例えば、FcγRIII及びFcεRIなどを使用してもよい。通常は、完全な細胞内ドメインを採用するが、多くのケースでは、完全な細胞内ポリペプチドの使用は必須ではない。細胞内シグナル伝達ドメインのトランケート部分が有用となり得る範囲において、エフェクター機能シグナルをなおも伝達する限りにおいて、このようなトランケート部分をインタクト鎖の代わりに使用してもよい。それゆえ、用語「細胞内ドメイン」とは、エフェクター機能シグナルを伝達するのに十分な、細胞内ドメインの任意のトランケート部分を含むことを意味する。
通常、抗原特異的細胞外ドメインは、「膜貫通ドメイン」により、キメラ抗原受容体の細胞内ドメインに連結している。膜貫通ドメインは細胞膜を貫通し、CARをT細胞表面に固定し、細胞外ドメインを細胞内シグナル伝達ドメインに連結させることにより、T細胞表面上におけるCARの発現に影響を及ぼす。キメラ抗原受容体はまた、1種もしくは複数種の共刺激ドメイン及び/または1種もしくは複数種のスペーサーを更に含んでいてもよい。「共刺激ドメイン」は、in vivoにおけるサイトカインの産生、増殖、細胞傷害性、及び/または持続性を向上させる共刺激タンパク質の細胞内シグナル伝達ドメインから誘導される。「ペプチドヒンジ」は抗原特異的細胞外ドメインを膜貫通ドメインに連結させる。膜貫通ドメインは共刺激ドメインに融合し、任意選択的に、共刺激ドメインは第2の共刺激ドメインに融合し、共刺激ドメインは、CD3ζに限定されないシグナル伝達ドメインに融合する。例えば、抗原特異的細胞外ドメインと膜貫通ドメインの間、及び複数のscFv(タンデムCARの場合)間にスペーサードメインを設けて、抗原結合ドメイン(複数可)の柔軟性に影響を及ぼすことにより、CAR機能に影響を及ぼしてもよい。好適な膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及びスペーサーは、当該技術分野において周知である。
レトロウイルスを用いて遺伝子改変CARをCAR保有免疫エフェクター細胞内に導入してもよく、それにより、キメラ抗原受容体をコードする核酸配列を標的細胞ゲノム内に効率的かつ安定的に組み込むことが可能となる。当該技術分野において周知のその他の方法としては、レンチウイルス形質導入、トランスポゾンベースのシステム、直接的なRNAトランスフェクション、及びCRISPR/Casシステム(例えば、Cas3、Cas4、Cas5、Cas5e(すなわちCasD)、Cas6、Cas6e、Cas6f、Cas7、Cas8a1、Cas8a2、Cas8b、Cas8c、Cas9、Cas10、Cas10d、CasF、CasG、CasH、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1(すなわちCasA)、Cse2(すなわちCasB)、Cse3(すなわちCasE)、Cse4(すなわちCasC)、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx3、Csz1、Csx15、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、及びCu1966などの好適なCasタンパク質を用いたI型、II型、またはIII型のシステム)、が挙げられるがこれらに限定されない。ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)及び転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)もまた使用してもよい。例えば、Shearer RF and Saunders DN,“Experimental design for stable genetic manipulation in mammalian cell lines: lentivirus and alternatives,”Genes Cells 2015 Jan;20(1):1−10を参照されたい。
PI3Kシグナル伝達の操作を使用して、構成的なCARの自己シグナル伝達による変異CAR−T細胞の分化を防止してもよく、長命メモリーT細胞の発現を促進させてもよい。CAR−Tの製造中及びex vivo増殖中にPI3Kを薬理学的に阻害することにより、優先的なエフェクターT細胞の発現を阻害して、CAR−Tのエフェクター/メモリー比率を、空のベクターを形質導入したT細胞に認められる比率にまで回復させることができ、それにより、in vivoにおけるT細胞の持続性及び治療活性を向上させることができる。p110δ PI3Kを阻害することにより腫瘍特異的治療用CD8T細胞の有効性及び記憶を向上させることができる一方で、p110α PI3Kを阻害することによりサイトカイン産生及び抗腫瘍効果を向上させることができる。
T細胞の表面上にCARが存在することにより、リガンドがない場合であってもT細胞の活性化及び分化に変化が生じ得ることから、このPI3Kの阻害が提案されている。scFvフレームワークとシグナル伝達ドメインの両方に関連する、CARによる構成的な自己シグナル伝達により、分化の変異及び生存率の低下を含む、異所性のT細胞挙動がもたらされ得る。この異所性のT細胞挙動は、患者におけるCAR−T細胞の有効性がそれらCAR−T細胞のin vivo寿命と直接関係している場合に重要である。CD28共刺激ドメインが存在すると、持続的なCARの自己シグナル伝達が引き起こすCAR−T細胞の消耗が増加し、4−1BB共刺激ドメインの効果はより少ない。更に、CD3−zetaは、PI3K、AKT、mTOR及び解糖経路の構成的活性化を有意に向上させ、セントラル/ステムメモリー細胞よりも短命エフェクター細胞の形成を促進させる。例えば、Zhang W.et al.,“Modulation of PI3K signaling to improve CAR T cell function,”Oncotarget,2018 Nov 9;9(88):35807−35808を参照されたい。
CAR抗原。本明細書で開示するiNKT細胞を用いてゲノム編集される好適な抗原、及び本明細書で開示するiNKT−CARにおけるCARが認識する好適な抗原としては、血液悪性腫瘍に特異的な抗原が挙げられる。これら好適な抗原としては、T細胞特異的抗原、及び/またはT細胞に特異的ではない抗原を挙げることができる。抗原は、iNKT−CAR細胞のキメラ抗原受容体が特異的に結合する抗原であってもよく、iNKT−CAR細胞が欠損している抗原は、悪性T細胞上に発現した抗原、好ましくは、非悪性T細胞と比較して悪性T細胞上に過剰発現した抗原(すなわち、T細胞悪性腫瘍に由来するT細胞)である。このような抗原の例としては、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD7、TRAC、及びTCRβ、が挙げられる。
T細胞悪性腫瘍は、T細胞前駆細胞、成熟T細胞、またはナチュラルキラー細胞、に由来する悪性腫瘍を含む。T細胞悪性腫瘍の例としては、T細胞急性リンパ芽球性白血病/リンパ腫(T−ALL)、T細胞大顆粒リンパ球(LGL)性白血病、ヒトT細胞白血病ウイルス1型陽性(HTLV−1+)成人T細胞性白血病/リンパ腫(ATL)、T細胞前リンパ球性白血病(T−PLL)、ならびに、血管免疫芽球性T細胞リンパ腫(AITL)、ALK陽性未分化大細胞リンパ腫、及びALK陰性未分化大細胞リンパ腫を含むがこれらに限定されない、様々な末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)、が挙げられる。
好適なCAR抗原としてはまた、多発性骨髄腫細胞、すなわち、悪性形質細胞の表面上に認められる抗原、例えば、BCMA、CS1、CD38、及びCD19などを挙げることができる。代替的に、多発性骨髄腫を治療するための、BCMAとTACIの両方を効果的に共標的とする、BCMA及びTACIに対するリガンドである、APRILタンパク質の細胞外部分を発現するように、CARを設計してもよい。
本明細書で開示するiNKT細胞を用いてゲノム編集される好適な抗原、及び本明細書で開示するiNKT−CARにおけるCARが認識する好適な抗原の別の例については、以下の表1〜10に記載する。これらの抗原としては、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD7、TRAC、TCRβ、BCMA、CS1、及びCD38、が挙げられる。
同胞殺し抵抗性。本開示が包含するCAR−T、iNKT、NK、及びその他のCAR保有免疫エフェクター細胞は、キメラ抗原受容体が特異的に結合する1種または複数種の抗原を任意選択的に欠損しており、その結果、同胞殺し抵抗性である。一部の実施形態では、細胞の1種または複数種の抗原は、キメラ抗原受容体が1種または複数種の修飾抗原にもはや特異的に結合しないように、修飾されている。例えば、キメラ抗原受容体が認識する1種もしくは複数種の抗原のエピトープは、1つもしくは複数のアミノ酸変異(例えば、置換または欠失)によって修飾されていてもよく、または、エピトープは、抗原から欠失されていてもよい。その他の実施形態では、1種または複数種の抗原の発現は、細胞において、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、またはそれ以上低下する。タンパク質の発現を低下させるための方法は当技術分野において周知であり、タンパク質をコードする核酸配列に機能的に連結するプロモーターを修飾または置換することが挙げられるがこれらに限定されない。更にその他の実施形態では、細胞は、例えば、1種または複数種の抗原をコードする遺伝子を欠失または破壊することにより、1種または複数種の抗原が発現しないように修飾される。上記の実施形態のそれぞれでは、CAR保有免疫エフェクター細胞は、キメラ抗原受容体が特異的に結合する1種または好ましくは全ての抗原を欠損していてもよい。1種または複数種の抗原を欠損させる細胞を遺伝的に修飾するための方法は、当該技術分野において十分周知されており、非限定的な例については上に記載している。例示的な実施形態では、CRISPR/Cas9遺伝子編集を用いて、1種または複数種の抗原を欠損させる細胞を修飾してもよい。ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)及び転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)もまた使用してもよい。例えば、Shearer RF and Saunders DN,“Experimental design for stable genetic manipulation in mammalian cell lines: lentivirus and alternatives,”Genes Cells 2015 Jan;20(1):1−10を参照されたい。
同種異系の回避。本開示が包含するCAR−T、iNKT、NK、及びその他のCAR保有免疫エフェクター細胞は、T細胞受容体(TCR)−CD3複合体の一部を欠失させた結果として、内在性T細胞受容体(TCR)シグナル伝達を更に欠損していてもよい。様々な実施形態では、本明細書で開示するCAR保有免疫エフェクター細胞を用いて、内在性TCRシグナル伝達を除去または抑制することが望ましい場合がある。例えば、同種異系T細胞を用いてCAR−T細胞を作製する場合に、CAR−T細胞における内在性TCRシグナル伝達を抑制または除去することにより、移植片対宿主病(GvHD)を予防または抑制してもよい。内在性TCRシグナル伝達を除去または抑制するための方法は当該技術分野において周知であり、TCR−CD3受容体複合体の一部、例えば、TCR受容体α鎖(TRAC)、TCR受容体β鎖(TRBC)、CD3ε、CD3γ、CD3δ、及び/またはCD3ζ、を欠失させること、が挙げられるがこれらに限定されない。TCR受容体複合体の一部を欠失させることにより、TCR介在性シグナル伝達を阻害することができ、それにより、生命を脅かすGvHDを誘導することなく、CAR−T細胞の供給源として同種異系T細胞を安全に使用することを可能としてもよい。
自殺遺伝子。代替的にまたは加えて、本開示が包含するCAR保有免疫エフェクター細胞は、1種または複数種の自殺遺伝子を更に含んでいてもよい。本明細書で使用する場合、「自殺遺伝子」とは、活性化した場合に細胞の死をもたらす、当該技術分野において周知の標準的な方法を用いて細胞に導入された核酸配列のことを意味する。自殺遺伝子により、必要に応じ、in vivoにおけるCAR保有免疫エフェクター細胞の効果的な追跡及び除去を促進してもよい。自殺遺伝子を活性化させることにより促進された殺傷は、当該技術分野において周知の方法を用いて生じさせてもよい。当該技術分野において周知の好適な自殺遺伝子療法システムとしては、様々な単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSVtk)/ガンシクロビル(GCV)自殺遺伝子療法システム、または誘導性カスパーゼ9タンパク質、が挙げられるがこれらに限定されない。例示的な実施形態では、自殺遺伝子は、CD34/チミジンキナーゼキメラ自殺遺伝子である。
本明細書に記載のCAR内に含まれ得る構成要素については、以下の表1及び表2に記載する。
Figure 2021525530

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モノCAR−T細胞
特定の実施形態では、本開示は、抗原または細胞表面タンパク質に特異的に結合する単一のCARを含む遺伝子改変T細胞を提供し、T細胞は、その抗原または細胞表面タンパク質を任意選択的に欠損している(例えば、CD7CARTΔCD7細胞)。非限定的な例では、抗原または細胞表面タンパク質の欠損は、(a)キメラ抗原受容体が、修飾された抗原もしくは細胞表面タンパク質にもはや特異的に結合しないように、T細胞が発現する抗原もしくは細胞表面タンパク質を修飾すること(例えば、キメラ抗原受容体が認識する1種もしくは複数種の抗原のエピトープは、1つもしくは複数のアミノ酸変異(例えば、置換または欠失)によって修飾されていてもよく、または、エピトープは、抗原から欠失されていてもよい)、(b)抗原もしくは細胞表面タンパク質の発現が、T細胞において、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、もしくはそれ以上低下するように、T細胞を修飾すること、または(c)抗原もしくは細胞表面タンパク質が発現しないように、T細胞を修飾すること(例えば、抗原または細胞表面タンパク質をコードする遺伝子の欠失または破壊により)、によるものである。上記の実施形態のそれぞれでは、CAR−T細胞は、キメラ抗原受容体が特異的に結合する1種または好ましくは全ての抗原または細胞表面タンパク質を欠損していてもよい。1種または複数種の抗原または細胞表面タンパク質を欠損させるT細胞を遺伝的に修飾するための方法は、当該技術分野において十分周知されており、非限定的な例については本明細書に記載している。以下に記載する実施形態では、CRISPR−Cas9システムを用いて、1種または複数種の抗原を欠損させるT細胞を修飾する。これら実施形態のうちのいずれかは、本明細書で開示する方法を用いて実施してもよい。更なる実施形態では、T細胞は自殺遺伝子を含む。
例えば、商業的に合成された抗CD7一本鎖可変フラグメント(scFv)を、CD28及び/または4−1BB内部シグナル伝達ドメインを有する第3世代のCAR骨格にクローニングすることにより、CD7特異的CAR−T細胞用のCARを作製してもよい。P2Aペプチドの後に細胞外hCD34ドメインを加えて、ウイルス形質導入及び抗hCD34磁性ビーズを用いた精製の後における、CARによる両方の検出を可能としてもよい。その他の悪性T細胞抗原に特異的なCARを作製するために、同様の方法を続けてもよい。
本開示が包含するCAR−T細胞は、T細胞受容体(TCR)−CD3複合体の一部を欠失させた結果として、内在性T細胞受容体(TCR)シグナル伝達を更に欠損していてもよい。様々な実施形態では、本明細書で開示するCAR−T細胞を用いて、内在性TCRシグナル伝達を除去または抑制することが望ましい場合がある。例えば、同種異系T細胞を用いてCAR−T細胞を作製する場合に、CAR−T細胞における内在性TCRシグナル伝達を抑制または除去することにより、移植片対宿主病(GvHD)を予防または抑制してもよい。内在性TCRシグナル伝達を除去または抑制するための方法は当該技術分野において周知であり、TCR−CD3受容体複合体の一部、例えば、TCR受容体α鎖(TRAC)、TCR受容体β鎖(TCRβ)もしくはそのサブタイプ、TCRδ、TCRγ、CD3ε、CD3γ、及び/またはCD3δ、を欠失させること、が挙げられるがこれらに限定されない。TCR受容体複合体の一部を欠失させることにより、TCR介在性シグナル伝達を阻害することができ、それにより、生命を脅かすGvHDを誘導することなく、CAR−T細胞の供給源として同種異系T細胞を安全に使用することを可能としてもよい。
加えて、本開示が包含するCAR−T細胞は、本明細書に記載の1種または複数種の自殺遺伝子を更に含んでいてもよい。
類似の方法を用いて、その他のモノCAR−T細胞を構築してもよく、それらについては以下の表3に記載する。
Figure 2021525530

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Figure 2021525530
細胞傷害性T細胞、メモリーT細胞、またはガンマデルタ(γδ)T細胞に由来する、ゲノム編集されたCAR−T細胞の表面上に発現させることのできるCARアミノ酸配列の実施形態について開示する。
Figure 2021525530

Figure 2021525530

Figure 2021525530

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タンデムCAR−T細胞
タンデムCAR−T細胞(tCAR−T)は、2つの異なる細胞表面分子(例えば、抗原/タンパク質)と相互作用可能な2つの異なる細胞外リガンド結合(抗原/タンパク質認識)ドメインを含む単一キメラ抗原ポリペプチドを有するT細胞であり、細胞外リガンド結合ドメインは、1つまたは複数のフレキシブルリンカーによって互いに連結し、1種または複数種の共刺激ドメインを共有しており、第1または第2の細胞外リガンド結合ドメインの結合により、1種または複数種の共刺激ドメイン(複数可)、及びシグナル伝達ドメインにわたり、シグナルが伝達される。
特定の実施形態では、T細胞は、1種または複数種の抗原または細胞表面タンパク質(例えば、CD7*CD2−tCARΔCD7ΔCD2細胞用のCD7及びCD2、または、CD3*CD2−tCARΔCD3ΔCD2細胞用のCD2)を欠損している。非限定的な例では、抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)の欠損は、(a)キメラ抗原受容体が、修飾された抗原(複数可)もしくは細胞表面タンパク質(複数可)にもはや特異的に結合しないように、T細胞が発現する抗原もしくは細胞表面タンパク質を修飾すること(例えば、キメラ抗原受容体が認識する1種もしくは複数種の抗原のエピトープは、1つもしくは複数のアミノ酸変異(例えば、置換または欠失)によって修飾されていてもよく、または、エピトープは、抗原から欠失されていてもよい)、(b)抗原(複数可)もしくは細胞表面タンパク質(複数可)の発現が、T細胞において、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、もしくはそれ以上低下するように、T細胞を修飾すること、または(c)抗原(複数可)もしくは細胞表面タンパク質(複数可)が発現しないように、T細胞を修飾すること(例えば、抗原または細胞表面タンパク質をコードする遺伝子の欠失または破壊により)、によるものである。上記の実施形態のそれぞれでは、CAR−T細胞は、キメラ抗原受容体が特異的に結合する1種または好ましくは全ての抗原または細胞表面タンパク質を欠損していてもよい。1種または複数種の抗原または細胞表面タンパク質を欠損させるT細胞を遺伝的に修飾するための方法は、当該技術分野において十分周知されており、非限定的な例については本明細書に記載している。以下に記載する実施形態では、CRISPR−Cas9システムを用いて、1種または複数種の抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)を欠損させるT細胞を修飾する。これら実施形態のうちのいずれかは、本明細書で開示する方法を用いて実施してもよい。更なる実施形態では、T細胞は自殺遺伝子を含む。
ペプチドリンカーによって分離された、商業的に合成された抗CD2一本鎖可変フラグメント(scFv)及び抗CD3一本鎖可変フラグメント(scFv)を、例えば、CD28及び/または4−1BB内部シグナル伝達ドメインを有する第2または第3世代のCAR骨格を含有するレンチウイルスベクターにクローニングすることにより、ゲノム編集タンデムCAR−T細胞用のtCAR、すなわち、CD2*CD3−tCARTΔCD2ΔCD3εを作製してもよい。P2Aペプチドの後に細胞外hCD34ドメインを加えて、ウイルス形質導入及び抗hCD34磁性ビーズを用いた精製の後における、CARによる両方の検出を可能としてもよい。その他の悪性T細胞抗原に特異的なtCARを作製するために、同様の方法を続けてもよい。
タンデムCARは、異なるリンカー構造を有していてもよく、すなわち、直鎖状またはヘアピンであってもよく、ヘアピンリンカーは、(Cys=Cys)二本鎖結合(DSB)を任意選択的に含んでいてもよい。
直鎖状タンデムCAR−T細胞は、第1のシグナルペプチド、第1の細胞外リガンド結合ドメイン、第2の細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、1種または複数種の共刺激ドメイン、及びシグナル伝達ドメイン、を含む、キメラ抗原受容体(CAR)ポリペプチドを含み、第1の細胞外リガンド結合抗原認識ドメイン及び第2の細胞外リガンド結合抗原認識ドメインは、異なる細胞表面分子、すなわち、がん細胞、例えば、悪性T細胞、悪性B細胞、または悪性形質細胞上の抗原に対する親和性を有し、直鎖状タンデムCAR−T細胞は、直鎖状タンデムCAR−T細胞における細胞表面分子の発現低下をもたらす、1つまたは複数の遺伝子修飾、欠失、または破壊を有する。
別の実施形態では、シグナルペプチドは、ヒトCD8αに由来するシグナルペプチドである。
第3の実施形態では、第1の細胞外リガンド結合ドメインは、リンカー(例えば、GGGGS)により連結されたV1及びV1と呼ばれる重(V)鎖可変フラグメント及び軽(V)鎖可変フラグメント、を含む、一本鎖抗体フラグメント(scFv)を含む。一部の実施形態では、このリンカーペプチドは、2、3、4、5、または6回繰り返されている。一部の実施形態では、第1の抗原認識ドメインは、1)V1−(GGGGS)3〜4−V1、または2)V1−(GGGGS)3〜4−V1から選択することができる。
一部の実施形態では、第2の細胞外リガンド結合ドメインは、リンカー(例えば、GGGGS)により連結されたV2及びV2と呼ばれる重(V)鎖可変フラグメント及び軽(V)鎖可変フラグメント、を含む、一本鎖抗体フラグメント(scFv)を含む。一部の実施形態では、このリンカーペプチドは、2、3、4、5、または6回繰り返されている。一部の実施形態では、第1の抗原認識ドメインは、1)V2−(GGGGS)3〜4−V2、または2)V2−(GGGGS)3〜4−V2から選択することができる。
更なる実施形態では、第1の抗原認識ドメイン及び第2の抗原認識ドメインは、5アミノ酸(GGGGS)の短いリンカーペプチドにより連結されている。一部の実施形態では、このリンカーペプチドは、2、3、4、5、または6回繰り返されている。
タンデムCAR構築物
一実施形態では、第1の細胞外リガンド結合抗原認識ドメインは、リンカー(例えば、GGGGS)により連結されたV1及びV1と呼ばれる重(V)鎖可変フラグメント及び軽(V)鎖可変フラグメント、を含み、細胞表面分子、すなわち、悪性細胞上に発現した抗原を標的とする、一本鎖抗体フラグメント(scFv)を含む。
特定の実施形態では、V1及びV1と呼ばれる重(V)鎖可変フラグメント及び軽(V)鎖可変フラグメントは、BCMA、CS1、CD38、CD138、CD19、CD33、CD123、CD371、CD117、CD135、Tim−3、CD5、CD7、CD2、CD4、CD3、CD79A、CD79B、APRIL、CD56、及びCD1a、から選択される、悪性T細胞上に発現した抗原を標的とする。
特定の実施形態では、第2の細胞外リガンド結合抗原認識ドメインは、リンカー(例えば、GGGGS)により連結されたV2及びV2と呼ばれる重(V)鎖可変フラグメント及び軽(V)鎖可変フラグメント、を含み、細胞表面分子、すなわち、悪性細胞上に発現した抗原を標的とする、一本鎖抗体フラグメント(scFv)を含む。
特定の実施形態では、V2及びV2と呼ばれる重(V)鎖可変フラグメント及び軽(V)鎖可変フラグメントは、BCMA、CS1、CD38、CD138、CD19、CD33、CD123、CD371、CD117、CD135、Tim−3、CD5、CD7、CD2、CD4、CD3、CD79A、CD79B、APRIL、CD56、及びCD1a、から選択される、悪性T細胞上に発現した抗原を標的とし、CAR分子の第1の細胞外リガンド結合ドメインの可変重(V1)鎖配列及び可変軽(V1)鎖配列とは異なる。
タンデムCARの別の例については、以下の表5に記載する。
Figure 2021525530

Figure 2021525530

Figure 2021525530

Figure 2021525530
一部の実施形態では、例えば、CD2 scFv及びCD3 scFvのVドメイン及びVドメインを組み込んだ構築物を含むがこれらに限定されない、ヘアピンタンデムCAR構築物(表6)を本明細書において提供してもよい。
Figure 2021525530
デュアルCAR−T細胞
特定の実施形態では、本開示は、同一エフェクター細胞内に発現した異なる抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)に対する親和性を有する、2つの異なるキメラ抗原受容体ポリペプチドを有する遺伝子改変T細胞を提供し、それぞれのCAR機能は独立している。CARは、異なる抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)に特異的に結合する単一または複数のポリヌクレオチド配列から発現してもよく、T細胞は、CARが結合する抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)を欠損している(例えば、CD7*CD2−dCARΔCD7ΔCD2細胞)。非限定的な例では、抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)の欠損は、(a)キメラ抗原受容体が、修飾された抗原(複数可)もしくは細胞表面タンパク質(複数可)にもはや特異的に結合しないように、T細胞が発現する抗原もしくは細胞表面タンパク質を修飾すること(例えば、キメラ抗原受容体が認識する1種もしくは複数種の抗原のエピトープは、1つもしくは複数のアミノ酸変異(例えば、置換または欠失)によって修飾されていてもよく、または、エピトープは、抗原から欠失されていてもよい)、(b)抗原(複数可)もしくは細胞表面タンパク質(複数可)の発現が、T細胞において、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、もしくはそれ以上低下するように、T細胞を修飾すること、または(c)抗原(複数可)もしくは細胞表面タンパク質(複数可)が発現しないように、T細胞を修飾すること(例えば、抗原または細胞表面タンパク質をコードする遺伝子の欠失または破壊により)、によるものである。上記の実施形態のそれぞれでは、CAR−T細胞は、キメラ抗原受容体が特異的に結合する1種または好ましくは全ての抗原または細胞表面タンパク質を欠損していてもよい。1種または複数種の抗原または細胞表面タンパク質を欠損させるT細胞を遺伝的に修飾するための方法は、当該技術分野において十分周知されており、非限定的な例については本明細書に記載している。以下に記載する実施形態では、CRISPR−Cas9システムを用いて、1種または複数種の抗原(複数可)または細胞表面タンパク質(複数可)を欠損させるT細胞を修飾する。これら実施形態のうちのいずれかは、本明細書で開示する方法を用いて実施してもよい。更なる実施形態では、T細胞は自殺遺伝子を含む。
商業的に合成された抗CD2一本鎖可変フラグメントを、例えば、CD28及び/または4−1BB内部シグナル伝達ドメインを有する第2または第3世代のCAR骨格を含有するレンチウイルスベクターにクローニングしてから、商業的に合成された抗CD3ε一本鎖可変フラグメントを、CD28及び/または4−1BB内部シグナル伝達ドメインを有する別の第2または第3世代のCAR骨格を含有する同一レンチウイルスベクターにクローニングして、2種のCAR構築物が同一ベクターから発現するプラスミドを生じさせることにより、ゲノム編集デュアルCAR−T細胞用のdCAR、すなわち、CD2*CD3ε−dCARTΔCD2ΔCD3εを作製してもよい。P2Aペプチドの後に細胞外hCD34ドメインを加えて、ウイルス形質導入及び抗hCD34磁性ビーズを用いた精製の後における、CARによる両方の検出を可能としてもよい。その他の悪性T細胞抗原に特異的なtCARを作製するために、同様の方法を続けてもよい。
類似の方法を用いて、その他のデュアルCARを構築してもよく、それらについては以下の表5〜7に記載する。
一実施形態では、デュアルCAR−T細胞は、(i)第1のシグナルペプチド、第1の抗原認識ドメイン、第1のヒンジ領域、第1の膜貫通ドメイン、第1の共刺激ドメイン、及び第1のシグナル伝達ドメイン、を含む、第1のキメラ抗原受容体(CAR)ポリペプチド、ならびに、(ii)第2のシグナル伝達ペプチド、第2の抗原認識ドメイン、第2のヒンジ領域、第2の膜貫通ドメイン、第2の共刺激ドメイン、及び第2のシグナル伝達ドメイン、を含む、第2のキメラ抗原受容体ポリペプチド、を含み、第1の抗原認識ドメイン及び第2の抗原認識ドメインは、異なる標的抗原に対する親和性を有し、デュアルCAR−T細胞は、デュアルCAR−T細胞における標的抗原の発現低下をもたらす、1つまたは複数の遺伝子破壊を有する。
第2の実施形態では、第1のシグナルペプチドはCD8aシグナル配列である。
第3の実施形態では、第1の抗原認識ドメインは、5アミノ酸(GGGGS)の短いリンカーペプチドにより連結された、第1の抗原認識ドメイン用の、V1及びV1と呼ばれる免疫グロブリン重鎖及び軽鎖の可変領域の融合タンパク質である。一部の実施形態では、このリンカーペプチドは、3または4回繰り返されている。一部の実施形態では、第1の抗原認識ドメインは、V1−(GGGGS)3〜4−V1、またはV1−(GGGGS)3〜4−V1から選択することができる。
一部の実施形態では、第1のヒンジ領域はCD8aを含む。
一部の実施形態では、第1の膜貫通ドメインはCD8またはCD28である。
一部の実施形態では、第1の共刺激ドメインは、4−1BB、CD28、またはいずれかの順番の両方の組み合わせ、すなわち、4−1BB−CD28、もしくはCD28−4−1BBを含む。
一部の実施形態では、第1のシグナル伝達ドメインは、CD3ζ、またはCD3ζバイペプチド、すなわち、CD3ζ−CD3ζである。
一部の実施形態では、第2のシグナルペプチドは、配列番号:1のCD8aシグナル配列である。
一部の実施形態では、第2の抗原認識ドメインは、5アミノ酸(GGGGS)の短いリンカーペプチドにより連結された、第2の抗原認識ドメイン用の、V2及びV2と呼ばれる免疫グロブリン重鎖及び軽鎖の可変領域の融合タンパク質である。一部の実施形態では、このリンカーペプチドは、3または4回繰り返されている。一部の実施形態では、第2の抗原認識ドメインは、V2−(GGGGS)3〜4−V2、またはV2−(GGGGS)3〜4−V2から選択することができる。
一部の実施形態では、第2のヒンジ領域はCD8aを含む。
一部の実施形態では、第2の膜貫通ドメインはCD8またはCD28である。
一部の実施形態では、第2の共刺激ドメインは、4−1BB、CD28、またはいずれかの順番の両方の組み合わせ、すなわち、4−1BB−CD28、もしくはCD28−4−1BBを含む。
一部の実施形態では、第2のシグナル伝達ドメインは、CD3ζ、またはCD3ζバイペプチド、すなわち、CD3ζ−CD3ζである。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V1−(GGGGS)3〜4−V1の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV2−(GGGGS)3〜4−V2の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V1−(GGGGS)3〜4−V1の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV2−(GGGGS)3〜4−V2の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V2−(GGGGS)3〜4−V2の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV1−(GGGGS)3〜4−V1の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V2−(GGGGS)3〜4−V2の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV1−(GGGGS)3〜4−V1の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V1−(GGGGS)3〜4−V1の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV2−(GGGGS)3〜4−V2の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V1−(GGGGS)3〜4−V1の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV2−(GGGGS)3〜4−V2の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V2−(GGGGS)3〜4−V2の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV1−(GGGGS)3〜4−V1の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、V2−(GGGGS)3〜4−V2の第1の抗原認識ドメイン融合タンパク質、及びV1−(GGGGS)3〜4−V1の第2の抗原認識ドメイン融合タンパク質、を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは、少なくとも1つの高効率開裂部位を含み、その高効率開裂部位は、P2A、T2A、E2A、及びF2Aから選択される。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは自殺遺伝子を含む。
一部の実施形態では、CARポリペプチドは変異サイトカイン受容体を含む。
一部の実施形態では、デュアルCAR−T細胞は、CD5、CD7、CD2、CD4、CD3、CD33、CD123(IL3RA)、CD371(CLL−1、CLEC12A)、CD117(c−kit)、CD135(FLT3)、BCMA、CS1、CD38、CD79A、CD79B、CD138、及びCD19、APRIL、ならびにTACI、から選択される2種の抗原を標的とする。
デュアルCARの別の例については、以下の表7に記載する。
Figure 2021525530

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サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の欠失または抑制
サイトカイン放出症候群(CRS)は、免疫治療薬(またはその他の免疫学的刺激物)に応答した免疫細胞からの、大規模で急速なサイトカインの放出によって引き起こされる。それゆえ、放出されるサイトカインのレベルを低下させることにより、CRSの発症及び/または維持を予防または低下させることができる。これは、本明細書で開示するように、1つまたは複数のサイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子を修飾、破壊、または欠失することにより達成することができる。これを達成するための1つの方法は、遺伝子の配列情報を変化または欠失させることにより遺伝子発現をなくす、遺伝子の除去(遺伝子サイレンシング)である。これは、当該技術分野において周知の遺伝子操作ツール、例えば、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、CRISPRなどを用いることにより、また低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションによっても、達成することができる。
別の技術は、小胞体(ER)内のサイトカインに結合して分泌を防止する、ERに結合するテザーを有するscFvの発現である。タンパク質発現ブロッカー(PEBL)という名称の特定の構築物は、標的とするタンパク質の細胞膜への輸送を防止する。PEBL構築物は、免疫細胞をex vivo細胞処理するために、その他の遺伝子改変システムと容易に組み合わせることができる。短ヘアピンRNAまたは低分子ヘアピンRNA(shRNA/ヘアピンベクター)は、RNA干渉(RNAi)により標的遺伝子の発現(すなわち、抗原の)をサイレンシングするのに使用可能な、急なヘアピンの折り返しを有する人工RNA分子である。細胞におけるshRNAの発現は通常、プラスミドの送達、または、ウイルスベクターもしくは細菌ベクターにより達成される。
例えば、サイトカインの遺伝子配列にCARを標的形質導入することにより、本明細書で開示する免疫エフェクター細胞から欠失させることができるサイトカインまたはケモカインとしては、以下、XCL1、XCL2、CCL1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL7、CCL8、CCL11、CCL13、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL4、CXCL5、CXCL6、CXCL7、CXCL8、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL14、CX3CL1、IL−1α、IL−1β、IL−1RA、IL−18、IL−2、IL−4、IL−7、IL−9、IL−13、IL−15、IL−3、IL−5、GM−CSF、IL−6、IL−11、G−CSF、IL−12、LIF、OSM、IL−10、IL−20、IL−14、IL−16、IL−17、IFN−α、IFN−β、IFN−γ、CD154、LT−β、TNF−α、TNF−β、4−1BBL、APRIL、CD70、CD153、CD178、GITRL、LIGHT、OX40L、TALL−1、TRAIL、TWEAK、TRANCE、TGF−β1、TGF−β2、TGF−β3、Epo、Tpo、Flt−3L、SCF、M−CSF、MSP、A2M、ACKR1、ACKR2、ACKR3、ACVR1、ACVR2B、ACVRL1、ADIPOQ、AGER、AGRN、AIMP1、AREG、BMP1、BMP10、BMP15、BMP2、BMP3、BMP4、BMP5、BMP6、BMP7、BMP8A、BMP8B、BMPR2、C10orf99、C1QTNF4、C5、CCL28、CCR1、CCR2、CCR3、CCR5、CCR6、CCR7、CD109、CD36、CD4、CD40LG、CD74、CER1、CHRD、CKLF、CLCF1、CMTM1、CMTM2、CMTM3、CMTM4、CMTM5、CMTM6、CMTM7、CMTM8、CNTF、CNTFR、COPS5、CRLF1、CSF1、CSF1R、CSF2、CSF3、CSF3R、CTF1、CX3CR1、CXCL16、CXCL17、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、EBI3、EDN1、ELANE、ENG、FAM3B、FAM3C、FAM3D、FAS、FASLG、FGF2、FLT3LG、FZD4、GBP1、GDF1、GDF10、GDF11、GDF15、GDF2、GDF3、GDF5、GDF6、GDF7、GDF9、GPI、GREM1、GREM2、GRN、HAX1、HFE2、HMGB1、HYAL2、IFNA10、IFNA14、IFNA16、IFNA2、IFNA5、IFNA6、IFNA8、IFNAR1、IFNAR2、IFNB1、IFNE、IFNG、IFNGR1、IFNK、IFNL1、IFNL3、IFNW1、IL10RA、IL11RA、IL12A、IL12B、IL12RB1、IL17A、IL17B、IL17C、IL17D、IL17F、IL18BP、IL−19、IL1F10、IL1R1、IL1R2、IL1RAPL1、IL1RL1、IL1RN、IL20RA、IL20RB、IL21、IL22、IL22RA1、IL22RA2、IL23A、IL23R、IL24、IL25、IL26、IL27、IL2RA、IL2RB、IL2RG、IL31、IL31RA、IL32、IL33、IL34、IL36A、IL36B、IL36G、IL36RN、IL37、IL6R、IL6ST、INHA、INHBA、INHBB、INHBC、INHBE、ITGA4、ITGAV、ITGB1、ITGB3、KIT、KITLG、KLHL20、LEFTY1、LEFTY2、LIFR、LTA、LTB、LTBP1、LTBP3、LTBP4、MIF、MINOS1−、MSTN、NAMPT、NBL1、NDP、NLRP7、NODAL、NOG、NRG1、NRP1、NRP2、OSMR、PARK7、PDPN、PF4、PF4V1、PGLYRP1、PLP2、PPBP、PXDN、SCG2、SCGB3A1、SECTM1、SLURP1、SOSTDC1、SP100、SPP1、TCAP、TGFBR1、TGFBR2、TGFBR3、THBS1、THNSL2、THPO、TIMP1、TNF、TNFRSF11、TNFRSF1A、TNFRSF9、TNFRSF10、TNFSF11、TNFSF12、TNFSF12−、TNFSF13、TNFSF13B、TNFSF14、TNFSF15、TNFSF18、TNFSF4、TNFSF8、TNFSF9、TRIM16、TSLP、TWSG1、TXLNA、VASN、VEGFA、VSTM1、WFIKKN1、WFIKKN2、WNT1、WNT2、WNT5A、WNT7A、及びZFP36、が挙げられるがこれらに限定されない。
一部の実施形態では、サイトカインは、MCP1(CCL2)、MCP−2、GM−CSF、G−CSF、M−CSF、Il−4、及びIFNγ、から選択される。
特定の実施形態では、本明細書で開示する免疫エフェクター細胞から欠失させることができる転写因子としては、AHR、BCL6、FOXP3、GATA3、MAF、RORC、SPI1、及びTBX21、が挙げられる。
これらの遺伝子の配列は当該技術分野において周知かつ入手可能であり、例えば、表10に記載の配列を挙げることができる。
標的遺伝子の優先順位の選択
CRSを緩和するためにCAR−T細胞を用いて欠失または抑制(例えば、除去、ノックアウト、KO)するためのサイトカイン/ケモカイン遺伝子の個々の目的とする標的は、生物学的機能を基準としたグループに分類されている。CRSの発症は、CAR−T細胞の活性化及びそれに続くサイトカインの放出に左右されるが、それにより、CAR−T細胞療法のレシピエントにおける免疫機構の調節不全が誘導される。レシピエントにおける骨髄の活性化がCRSの発症に必須であることを、いくつかの研究が示している。
CAR−Tを用いてKOする第1グループの候補遺伝子は、正常な免疫応答において骨髄細胞と結合した際に骨髄細胞を活性化させる表面受容体(例えば、CD40L)である。第2グループは、骨髄細胞を活性化するCAR−T細胞から放出されるサイトカイン(例えば、GM−CSF)である。これらの分類の両方における目的は、レシピエントの骨髄細胞を活性化しCRSを誘導することになるCAR−T細胞のシグナル伝達を防止することである。
第3分類の標的は、CAR−T受容体に組み込まれた、T細胞活性を上昇させる(場合により、腫瘍標的の不在下で)内在性T細胞受容体(例えば、内在性CD28)である。目的は、非腫瘍相互作用、例えば、活性化T細胞上のCD28と結合し、その結果、T細胞サイトカイン産生及びそれに続く骨髄の活性化を増強し得る、活性化した骨髄細胞などによるCAR−Tの活性化を低下させることである。
第4及び第5分類の遺伝子KO標的は、CAR−T細胞分化及びそれに続く機能特性化を駆動する転写因子及びサイトカインである。正常な細胞傷害性T細胞(CTL、一般的に、CD8発現により識別される)に表現型が類似したCAR−T細胞は、T細胞介在性エフェクター機能により腫瘍の殺傷を命じることができる。CTLは、Tヘルパー細胞(CD4を発現している)によって支援及び維持されている。重要なことに、Tヘルパー細胞の亜型は、CTLを支援(すなわち、Th1細胞)または抑制(すなわち、Th2細胞)し得る。その他のT細胞、例えば、Tregなどはまた、CTLの発現及び機能を抑制し得る。目的は、非細胞傷害性T細胞集団へのCAR−Tの分化をもたらし得る、CAR−T集団におけるサイトカインまたは転写因子を標的とすることである。加えて、Th2細胞はサイトカイン(例えば、GM−CSF及びIL−4など)を産生するが、それらサイトカインは、CRSを示唆するマーカーである。腫瘍細胞の殺傷に最適となるはずのないCAR−Tの表現型が、CAR−T受容体により活性化されて、宿主におけるCRSを駆動するシグナルを生成し、腫瘍の殺傷に要する時間が長くなることによって、最適化「殺傷」生成物と比較してより多いCAR−T細胞用量が必要となるということが考えられる。それゆえ、転写因子(例えば、GATA3など)またはサイトカイン(例えば、IL−4など)をノックアウトまたは除去(または抑制)することにより、Th2バイアスが防止(または抑制)されCRSが抑制される。
骨髄を活性化させるサイトカインと最適化されたCAR−T細胞の分化の両方に関する別の目的は、CAR−Tの神経毒性を緩和する潜在能力についてである。CRSを有するCAR−Tレシピエントの小集団において神経毒性が生じている。神経毒性を発症するほどにまで進行したCRS患者において、IL−5レベル及びフェリチンレベルが高くなっていることを、研究が示している(Santomasso et al.,2017 and Philip et al.,2019)。これら2つのバイオマーカーは、肥満細胞の活性化がCNS合併症に関与し得るということを示している。IL−5は、Th2細胞、好酸球及び肥満細胞が産生する主要なサイトカインである。肥満細胞症、及び肥満細胞の調節異常を伴ういくつかの疾患において、過剰レベルのフェリチンが認められている。加えて、多くの肥満細胞疾患は神経の調節異常を伴う。一部の患者におけるIL−5、フェリチン、及び神経毒性のレベルの上昇を考慮すると、IL−5などのサイトカインを用いて肥満細胞の活性化を抑制すること、または、IL−5依存性の肥満細胞活性化を駆動するTh2細胞の発現を防止することもまた、CRSレシピエントに認められる神経合併症を緩和することになり得る。CNS合併症に関しては、CNSにおける高いT細胞負荷量がこれまでに示されていることから、CX3CR1及びOX40についても注目されている。CX3CR1は、主として、T細胞及び場合によりCAR−T細胞をCNSへと誘導する、T細胞ケモカイン受容体である。OX40は、好酸球及び肥満細胞上のOX40Lと細胞間相互作用することにより活性化を促進する、T細胞受容体である。
それゆえ、特定の実施形態では、サイトカインは、CCL2(MCP1)、MCP−2、GM−CSF、G−CSF、M−CSF、Il−4、及びIFNγから選択される。
適応症、及びCAR−T療法における標準治療
一部の実施形態では、本明細書で開示する及び/または本明細書で開示する方法を用いて作製されるゲノム編集免疫エフェクター細胞は、1種または複数種のキメラ抗原受容体(CAR)を発現し、医薬品として、すなわち、疾患の治療用に使用され得る。多くの実施形態では、細胞はCAR−T細胞である。
本明細書で開示する及び/または本明細書で開示する方法を用いて作製される細胞は、がん、自己免疫疾患、感染症、及びその他の症状を治療するために、または、がん、自己免疫疾患、感染症、及びその他の症状を治療するための医薬品を製造するために、免疫療法及び養子細胞移入に使用され得る。
がんは、血液悪性腫瘍または固形腫瘍であってもよい。血液悪性腫瘍としては、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、及びそれらの亜型、が挙げられる。リンパ腫は、様々な方法、多くの場合、悪性細胞の基本的なタイプに基づいて分類することができ、ホジキンリンパ腫(リードスタンバーグ細胞のがんであることが多いが、時としてB細胞から発生することもあり、全てのその他のリンパ腫は非ホジキンリンパ腫である)、B細胞リンパ腫、T細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、濾胞性リンパ腫、ならびに、本明細書で定義する及び当該技術分野において周知のその他のリンパ腫、が挙げられる。
B細胞リンパ腫としては、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、慢性リンパ性白血病(CLL)/小リンパ球性リンパ腫(SLL)、ならびに、本明細書で定義する及び当該技術分野において周知のその他のB細胞リンパ腫、が挙げられるがこれらに限定されない。
T細胞リンパ腫としては、T細胞急性リンパ芽球性白血病/リンパ腫(T−ALL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、T細胞慢性リンパ性白血病(T−CLL)、セザリー症候群、ならびに、本明細書で定義する及び当該技術分野において周知のその他のT細胞リンパ腫、が挙げられる。
白血病としては、急性骨髄性(myeloid)(または骨髄性(myelogenous))白血病(AML)、慢性骨髄性(または骨髄性)白血病(CML)、急性リンパ性(またはリンパ芽球性)白血病(ALL)、慢性リンパ性白血病(CLL)、毛様細胞性白血病(時として、リンパ腫に分類される)、ならびに、本明細書で定義する及び当該技術分野において周知のその他の白血病、が挙げられる。
形質細胞性悪性腫瘍としては、リンパ形質細胞性リンパ腫、形質細胞腫、及び多発性骨髄腫、が挙げられる。
一部の実施形態では、患者におけるがんを治療するために、とりわけ、固形腫瘍、例えば、黒色腫、神経芽細胞腫、神経膠腫など、または、がん、例えば、脳、頭頸部、乳房、肺(例えば、非小細胞肺癌、NSCLC)、生殖系(例えば、卵巣)、上部消化管、膵臓、肝臓、腎臓(renal)系(例えば、腎臓(kidney))、膀胱、前立腺、及び結腸直腸の腫瘍など、を治療するために、医薬品を使用してもよい。
別の実施形態では、患者におけるがんを治療するために、とりわけ、多発性骨髄腫及び急性骨髄性白血病(AML)から選択される血液悪性腫瘍、ならびに、T細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)、非ホジキンリンパ腫、及びT細胞慢性リンパ性白血病(T−CLL)から選択されるT細胞悪性腫瘍、を治療するために、医薬品を使用してもよい。
一部の実施形態では、自己免疫疾患、例えば、狼瘡、自己免疫(関節)リウマチ、多発性硬化症、移植拒絶反応、クローン病、潰瘍性大腸炎、皮膚炎などの治療に、細胞を使用してもよい。一部の実施形態では、細胞は、抗体フラグメントの代わりに抗原またはそのフラグメントを提示するキメラ自己抗体受容体T細胞、すなわちCAAR−Tであり、このタイプの養子細胞移入では、自己免疫疾患を引き起こすB細胞は、遺伝子改変T細胞を攻撃しようとし、遺伝子改変T細胞を殺傷することで反応する。
一部の実施形態では、HIV及び結核などの感染症の治療に、細胞を使用してもよい。
別の実施形態では、本開示のCAR−T細胞は、強力なin vivoT細胞増殖を受けてもよく、長時間にわたり持続し得る。
一部の実施形態では、本開示のCAR−T細胞を用いた患者の治療は、緩和、治癒的または予防的となり得る。その治療は、自家免疫療法治療の一部、または同種異系免疫療法治療の一部のいずれかであってもよい。自家とは、患者の治療に用いる細胞、細胞株、または細胞集団が、上記患者またはヒト白血球抗原(HLA)適合ドナーに由来するということを意味する。同種異系とは、患者の治療に用いる細胞または細胞集団が、その患者ではなくドナーに由来するということを意味する。
本開示のCAR−T細胞を用いたがんの治療は、抗体療法、化学療法、サイトカイン療法、樹状細胞療法、遺伝子療法、ホルモン療法、放射線療法、レーザー光線療法、及び放射線療法、から選択される1種または複数種の治療法と組み合わされてもよい。
本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団の投与は、エアロゾル吸入、注射、摂取、輸注、埋め込み、または移植、により実施される。本明細書に記載のCAR−T細胞組成物、すなわち、モノCAR、デュアルCAR、タンデムCARは、皮下、皮膚内、腫瘍内、節内、髄内、筋肉内、静脈内もしくはリンパ管内注射、または腹腔内で、患者に投与され得る。一実施形態では、本開示の細胞組成物は、静脈注射で投与されることが好ましい。
CAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団の投与は、体重1kgあたり10〜10の細胞、好ましくは、10〜10の細胞/kg(体重)(これらの範囲内の細胞数の全ての整数値を含む)、の投与で構成され得る。CAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、1回または複数回の投与で投与されてもよい。別の実施形態では、有効量のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、単回投与で投与される。別の実施形態では、有効量の細胞は、ある期間にわたり2回以上の投与で投与される。投与のタイミングは健康管理提供者の良識の範囲内であり、患者の臨床症状によって決まる。CAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、任意の供給源、例えば、血液銀行またはドナーなどから得てもよい。患者の要望は様々ではあるが、個々の疾患または症状のための、任意のCAR−T細胞集団(複数可)の有効量の至適範囲の算出は当業者の知るところである。有効量とは、治療効果または予防効果をもたらす量のことを意味する。投与量は、患者レシピエントの年齢、健康及び体重、併用治療の種類(ある場合、治療の頻度)、ならびに、望まれる効果の性質によって決まる。
別の実施形態では、有効量の、CAR−T細胞もしくはCAR−T細胞の集団、またはそれらCAR−T細胞を含む組成物は、非経口で投与される。投与は、静脈内投与であってもよい。CAR−T細胞もしくはCAR−T細胞の集団、またはそれらCAR−T細胞を含む組成物の投与は、腫瘍内への注射によって直接実施されてもよい。
本開示の一実施形態では、CAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、T細胞の増殖及び持続性を向上させる、サイトカイン、もしくはCAR−T内のサイトカインの発現を用いた治療、ならびに、IL−2、IL−7、及びIL−15を用いることを含むがこれらに限定されない治療、を含むがこれらに限定されない多くの関連治療モダリティと共に、例えば、その前に、それと同時に、またはその後に、患者に投与される。
第2の実施形態では、本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、TGF−β、インターロイキン10(IL−10)、アデノシン、VEGF、インドールアミン−2,3−ジオキシゲナーゼ1(IDO1)、インドールアミン−2,3−ジオキシゲナーゼ2(IDO2)、トリプトファン−2,3−ジオキシゲナーゼ(TDO)、乳酸、低酸素症、アルギナーゼ、及びプロスタグランジンE2の阻害剤、を含むがこれらに限定されない、免疫抑制経路を阻害する薬剤と組み合わせて使用してもよい。
別の実施形態では、本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、抗CTLA4(イピリムマブ)、抗PD1(ペンブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ)、抗PDL1(アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ)、抗PDL2、抗BTLA、抗LAG3、抗TIM3、抗VISTA、抗TIGIT、及び抗KIR、を含むがこれらに限定されないT細胞チェックポイント阻害薬、と組み合わせて使用してもよい。
別の実施形態では、本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、CD28、ICOS、OX−40、CD27、4−1BB、CD137、GITR、及びHVEMを刺激する抗体を含むがこれらに限定されないT細胞アゴニストと組み合わせて使用してもよい。
別の実施形態では、本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、レトロウイルス、ピコルナウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、レオウイルス、パルボウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、及びポックスウイルス、を含むがこれらに限定されない治療用腫瘍崩壊ウイルス、と組み合わせて使用してもよい。
別の実施形態では、本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、TLR3、TLR4、TLR7、及びTLR9アゴニスト、を含むがこれらに限定されない、Toll様受容体アゴニストなどの免疫活性化治療薬、と組み合わせて使用してもよい。
別の実施形態では、本開示のCAR−T細胞またはCAR−T細胞の集団は、環状GMP−AMPシンターゼ(cGAS)などのインターフェロン遺伝子刺激因子(STING)アゴニストと組み合わせて使用してもよい。
免疫エフェクター細胞無形成症、とりわけ、T細胞無形成症はまた、養子細胞移入療法後の懸念事である。治療する悪性腫瘍がT細胞悪性腫瘍でありCAR−T細胞がT細胞抗原を標的とする場合、抗原を発現する正常なT細胞及びその前駆細胞が枯渇し、免疫機構が損なわれる。それゆえ、これらの副作用を管理するための方法は、治療の案内係である。このような方法としては、後ほど、CAR−T細胞が枯渇または不活性化した後に、増殖させて患者に再注入するために、自家または同種異系(任意選択的に、拒絶反応を引き起こさないまたは拒絶されないように遺伝子改変された)のいずれかの、非悪性のT細胞または前駆細胞を選択及び保持することが挙げられる。代替的に、TCR保有細胞の亜型、例えば、正常及び悪性のTRBC1(しかし、TRBC2細胞ではない)、あるいは、TRBC2(しかし、TRBC1細胞ではない)などを認識して殺傷するCAR−T細胞を使用して、十分な正常T細胞を保持して正常な免疫機構の機能を維持しつつ、T細胞悪性腫瘍を根絶してもよい。
定義
本明細書で使用する場合、以下の用語は、示された意味を有する。本明細書の全体にわたり、その他の定義が現れる場合もある。
数値の範囲を開示する場合、また表記「n…〜n」または「n…〜nの間」を使用する場合、n及びnは数字であり、そのため、特に明記しない限り、この表記は、数字自体及びそれらの間の範囲を含むことを意図している。この範囲は、数字間における整数または連続であってもよく、末端の数値を含む。例えば、「2〜6個の炭素」の範囲は、炭素が整数単位で存在することから、2、3、4、5、及び6個の炭素を含むことを意図している。対照的に、例えば、「1〜3μM(マイクロモル)」の範囲は、1μM、3μM、及び、数字間における任意数の有効数字(例えば、1.255μM、2.1μM、2.9999μMなど)の全てを含むことを意図している。
用語「約」は、本明細書で使用する場合、その用語が修飾する数値を、このような数値が誤差の範囲内で変動することを表すように、限定することを意図している。誤差の範囲が特にない場合、例えば、データのグラフまたは表に記載された平均値に対する標準偏差が列挙されている場合などにおいて、用語「約」は、列挙された数値を包含し得る範囲、及び、同様に、有効数字を考慮して、その数値にまで切り上げるまたは切り下げることにより含まれ得る範囲を意味するものと理解すべきである。
細胞に関する用語「活性化」(及びその別の活用型)は通常、「刺激すること」と同義であると理解すべきであり、本明細書で使用する場合、細胞集団の増殖をもたらす細胞の処理のことを意味する。T細胞において、活性化は、CD2及びCD28(及び同様に、CD2の場合もある)アゴニスト、一般的には、任意選択的に、磁性ビーズ上にコーティングしたまたはコロイド状のポリマーマトリックスにコンジュゲートした、抗体、に曝露することによって達成されることが多い。
用語「抗原」は、本明細書で使用する場合、T細胞受容体またはキメラ抗原受容体が認識する(すなわち、T細胞受容体またはキメラ抗原受容体の標的である)細胞表面タンパク質である。古典的な意味において、抗原は、抗体が認識する物質、典型的にはタンパク質であるが、CARが、1種または複数種の抗原(複数可)を認識する軽(V)鎖及び重(V)鎖などの抗体由来ドメインを含む限りにおいて、定義は重複するものである。
用語「がん」とは、体内における悪性腫瘍、または細胞の異常増殖のことを意味する。多くの異なるがんが、特定の細胞表面タンパク質または分子によって特性決定または同定され得る。それゆえ、一般的な用語において、本開示によるがんは、本明細書に記載のCAR−T細胞などの免疫エフェクター細胞を用いて治療可能なあらゆる悪性腫瘍のことを意味し得、免疫エフェクター細胞は、がん細胞上の細胞表面タンパク質を認識してそれに結合する。本明細書で使用する場合、がんとは、血液悪性腫瘍、例えば、多発性骨髄腫、T細胞悪性腫瘍、またはB細胞悪性腫瘍などのことを意味し得る。T細胞悪性腫瘍としては、T細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)または非ホジキンリンパ腫を挙げることができるがこれらに限定されない。がんはまた、子宮頸癌、膵臓癌、卵巣癌、中皮腫、及び肺癌、を含むがこれらに限定されない固形腫瘍のことを意味し得る。
「細胞表面タンパク質」は、本明細書で使用する場合、細胞の表面上で少なくとも部分的に、細胞が発現するタンパク質(またはタンパク質複合体)である。細胞表面タンパク質の例としては、TCR(及びそのサブユニット)及びCD7が挙げられる。
用語「組み合わせ治療」とは、本開示に記載の治療症状または障害を治療するための、2種またはそれ以上の治療薬の投与のことを意味する。このような投与は、固定比率の活性成分を有する単一のカプセル剤、または、それぞれの活性成分用の複数の別々のカプセル剤などによる、これらの治療薬のほぼ同時の共投与を包含する。加えて、このような投与はまた、それぞれの種類の治療薬の連続的な使用を包含する。いずれの場合も、治療レジメンは、本明細書に記載の症状または障害の治療において、薬剤組み合わせの有益な効果をもたらす。
用語「組成物」とは、本明細書で使用する場合、1種または複数種の治療的に許容される担体と組み合わせた、免疫療法用の細胞集団のことを意味する。
用語「疾患」は、本明細書で使用する場合、全てが、正常な機能を損なっているヒトもしくは動物の体またはその部位の1つにおける、異常な状態を反映し、典型的には、徴候及び症状が際立つことにより顕在化し、またヒトまたは動物の寿命または生活の質を低下させるという点で、一般的に、用語「障害」、「症候群」及び「症状」(医学的症状と同様)と同義であり、それらと同じ意味で用いられることを意図している。
用語「ドナー鋳型」とは、相同組換え修復(HDR)DNA修復経路により二本鎖切断を修復するための鋳型として細胞が使用する基準ゲノム物質のことを意味する。ドナー鋳型は、ゲノム内へと挿入される、二本鎖切断部位の側面を狙う2本のホモロジーアームを有するDNAの断片(発現させる遺伝子、すなわち、CARまたはマーカーの遺伝子を含有している)を含有している。一部の実施形態では、ドナー鋳型は、アデノ随伴ウイルス、一本鎖DNA、または二本鎖DNA、であってもよい。
用語「同胞殺し」とは、本明細書で使用する場合、標的とされる細胞が、両方の細胞上のキメラ抗原受容体が特異的に認識する抗原を発現していることから、CAR−T細胞(またはその他のCAR保有免疫エフェクター細胞)が、そのCAR−T細胞の標的と同一のキメラ抗原受容体を含む別のCAR−T細胞の標的となる際、または別のCAR−T細胞によって殺傷される際に生じるプロセスのことを意味する。キメラ抗原受容体が特異的に結合する抗原を欠損したキメラ抗原受容体を含むCAR−Tは、「同胞殺し抵抗性」である。
用語「ゲノム編集」または「遺伝子編集」とは、本明細書で使用する場合、遺伝子、またはゲノムの一部が、非機能的となるように付加、欠失、または修飾(例えば、破壊)されているということを意味する。それゆえ、特定の実施形態では、「ゲノム編集T細胞」は、少なくとも1種の抗原を認識するCARなどの遺伝子を付加された、及び/または、CARが認識する抗原(複数可)の遺伝子(複数可)などの遺伝子を欠失された、及び/または、TCRもしくはそのサブユニットの遺伝子が破壊された、T細胞である。
「健康なドナー」は、本明細書で使用する場合、悪性腫瘍(とりわけ、血液悪性腫瘍、例えば、T細胞悪性腫瘍)を有していない健康なドナーである。
本明細書で使用する場合、「未成熟樹状細胞」すなわち「iDC」とは、未成熟な樹状細胞のことを意味する。
用語「治療的に許容される」とは、過度の毒性、炎症、及びアレルギー反応を伴わず、妥当な利益/リスク比に見合い、及び/または、その使用目的において有効である、患者の組織との接触に用いるのに適切な物質のことを意味する。
用語「治療的に有効」は、疾患もしくは障害の治療に使用する、または、臨床エンドポイントの効果に使用する、活性成分の量を適格とすることを意図している。
用語「患者」は一般的に、用語「対象」と同義であり、ヒトを含む全ての哺乳動物を含む。
「悪性B細胞」は、B細胞悪性腫瘍に由来するB細胞である。B細胞悪性腫瘍としては、(DLBCL)、慢性リンパ性白血病(CLL)/小リンパ球性リンパ腫(SLL)、及びB細胞前駆細胞急性リンパ芽球性白血病(ALL)、が挙げられるがこれらに限定されない。
用語「に曝露する」は、本明細書で使用する場合、目的の組成物(例えば、抗体など)を別の目的の組成物(例えば、細胞など)と密着させる状況において、「と培養する」と同義であることを意図しており、短い期間の接触は、用語「と培養する」の代わりに用語「に曝露する」を使用することを意図している。
「悪性T細胞」は、T細胞悪性腫瘍に由来するT細胞である。用語「T細胞悪性腫瘍」とは、T細胞前駆細胞、成熟T細胞、またはナチュラルキラー細胞に由来する、広く、極めて不均一なグループの悪性腫瘍のことを意味する。T細胞悪性腫瘍の非限定例としては、T細胞急性リンパ芽球性白血病/リンパ腫(T−ALL)、ヒトT細胞白血病ウイルス1型陽性(HTLV−1+)成人T細胞性白血病/リンパ腫(ATL)、T細胞前リンパ球性白血病(T−PLL)、成人T細胞リンパ腫/白血病(HTLV−1関連)、アグレッシブNK細胞性白血病、未分化大細胞リンパ腫(ALCL)、ALK陽性未分化大細胞リンパ腫(ALCL)、ALK陰性血管免疫芽球性T細胞リンパ腫(AITL)、乳房インプラント関連未分化大細胞リンパ腫、NK細胞の慢性リンパ増殖性障害、節外性鼻型NK/T細胞リンパ腫、腸疾患型T細胞リンパ腫、濾胞性T細胞リンパ腫、肝脾T細胞リンパ腫、GI管の無痛性T細胞リンパ増殖性障害、単形性上皮向性腸管T細胞リンパ腫、菌状息肉腫、TFH表現型を伴う節性末梢T細胞リンパ腫、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、NOS、原発性皮膚α/βT細胞リンパ腫、原発性皮膚CD8+アグレッシブ表皮向性細胞傷害性T細胞リンパ腫、原発性皮膚先端型CD8+T細胞リンパ腫、原発性皮膚CD4+小型/中型T細胞リンパ増殖性障害[原発性皮膚未分化大細胞リンパ腫(C−ALCL)、リンパ球様丘疹症]、セザリー症候群、皮下脂肪組織炎様T細胞リンパ腫、小児期の全身性EBV+T細胞リンパ腫、及びT細胞大顆粒リンパ球性白血病(LGL)、が挙げられる。
「悪性形質細胞」は、形質細胞性悪性腫瘍に由来する形質細胞である。用語「形質細胞性悪性腫瘍」とは、異常な形質細胞が過剰産生された悪性腫瘍のことを意味する。形質細胞性悪性腫瘍の非限定例としては、リンパ形質細胞性リンパ腫、形質細胞腫、及び多発性骨髄腫、が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「自殺遺伝子」とは、活性化した場合にCAR−T細胞の死をもたらす、当該技術分野において周知の標準的な方法を用いてCAR−T細胞に導入された核酸配列のことを意味する。必要に応じ、自殺遺伝子は、in vivoにおけるCAR−T細胞の追跡及び除去、すなわち、殺傷を促進し得る。自殺遺伝子を活性化することによりCAR−T細胞の殺傷を促進することは、当該技術分野において周知の標準的な方法を用いて実施することができる。当該技術分野において周知の自殺遺伝子システムとしては、いくつかの単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSVtk)/ガンシクロビル(GCV)自殺遺伝子療法システム、及び誘導性カスパーゼ9タンパク質、が挙げられるがこれらに限定されない。一実施形態では、自殺遺伝子はキメラCD34/チミジンキナーゼである。
本明細書で使用する場合、「免疫エフェクター細胞」は、免疫応答を調節することができる白血球である。免疫エフェクター細胞としては、T細胞、B細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、iNKT細胞(インバリアントT細胞受容体αナチュラルキラーT細胞)、及びマクロファージ、が挙げられる。T細胞受容体(TCR)保有免疫エフェクター細胞は、当然、T細胞を含むが、T細胞受容体を発現するように遺伝子改変された細胞もまた含む。免疫エフェクター細胞は、健康なドナー、末梢血単核球、臍帯血、及び人工多能性幹細胞(iPSC)、を含むがこれらに限定されない任意の適切な供給源から取得または誘導/産生してもよい。
本明細書で使用する場合、「CAR保有免疫エフェクター細胞」は、少なくとも1種のCARを形質導入された免疫エフェクター細胞である。「CAR−T細胞」は、少なくとも1種のCARを形質導入されたT細胞であり、CAR−T細胞は、モノ、デュアル、またはタンデムCAR−T細胞であってもよい。CAR−T細胞は、自家(対象自身の細胞から遺伝子改変されたことを意味する)であってもよく、または、同種異系(細胞が健康なドナーを供給源としていることを意味する)であってもよく、多くの場合、宿主対移植片反応、または移植片対宿主反応を引き起こさないように遺伝子改変されている。
「キメラ抗原受容体」すなわち「CAR」とは、本明細書で使用する場合、及び当該技術分野において一般的に使用する場合、細胞外リガンド結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び、細胞外リガンド結合ドメインが標的細胞上に存在する構成要素に結合すると、細胞に特殊機能を実行させるシグナル伝達ドメイン、を有する、組換え融合タンパク質のことを意味する。例えば、CARは、特定の抗標的細胞免疫活性を示すキメラタンパク質を産生するための、T細胞受容体を活性化させる細胞内ドメインを有し、所望の抗原(例えば、腫瘍抗原)に対する、抗体に基づいた特異性を有していてもよい。第1世代のCARは、細胞外リガンド結合ドメイン、及びシグナル伝達ドメイン(一般的には、CD3ζまたはFcεRIγ)を含む。第2世代のCARは、細胞内共刺激ドメイン(一般的には、4−1BBまたはCD28)を含ませることにより、第1世代のCAR構築物を土台に構築されている。これらの共刺激ドメインは、第1世代のCARと比較して、CAR−T細胞の傷害性及び増殖を向上させるのに役立つ。第3世代のCARは、主として、CAR−T細胞の増殖及び持続性を向上させるための、複数の共刺激ドメインを含む。キメラ抗原受容体は、MHC非依存性抗原に結合するその能力と、その細胞内ドメインを介して活性化シグナルを変換するその能力の両方により、その他の抗原結合因子とは区別される。
用語「CAR−iNKT細胞」(すなわち、iNKT−CAR)とは、キメラ抗原受容体を発現するiNKT細胞のことを意味する。デュアルiNKT−CAR細胞(すなわち、iNKT−dCAR)は、同一エフェクター細胞内に発現した異なる標的抗原に対する親和性を有する、2つの異なるキメラ抗原受容体ポリペプチドを発現するiNKT−CAR細胞であり、それぞれのCAR機能は独立している。CARは、単一または複数のポリヌクレオチド配列から発現してもよい。タンデムiNKT−CAR細胞(すなわち、iNKT−tCAR)は、異なる標的に対する親和性を有する、2つの異なる抗原認識ドメインを含有する単一キメラ抗原ポリペプチドを有するiNKT−CAR細胞であり、抗原認識ドメインは、ペプチドリンカーによって連結し、共通の共刺激ドメイン(複数可)を共有しており、いずれかの抗原認識ドメインの結合により、共通の共刺激ドメイン(複数可)、及びシグナル伝達ドメインにわたり、シグナルが伝達される。
用語「キメラ抗原受容体T細胞」(すなわち、CAR−T)とは、キメラ抗原受容体を発現するT細胞のことを意味する。
用語「デュアルCAR」(dCAR−T)とは、同一エフェクター細胞内に発現した異なる標的抗原に対する親和性を有する、2つの異なるキメラ抗原受容体ポリペプチドを発現するCAR−T細胞のことを意味し、それぞれのCAR機能は独立している。CARは、単一または複数のポリヌクレオチド配列から発現してもよい。
用語「タンデムCAR−T」(tCAR−T)とは、異なる標的に対する親和性を有する、2つの異なる抗原認識ドメインを含有する単一キメラ抗原ポリペプチドのことを意味し、抗原認識ドメインは、ペプチドリンカーによって連結し、共通の共刺激ドメイン(複数可)を共有しており、いずれかの抗原認識ドメインの結合により、共通の共刺激ドメイン(複数可)、及びシグナル伝達ドメインにわたり、シグナルが伝達される。
本明細書で使用する場合、「キメラ抗原受容体ナチュラルキラー(NK)細胞」(すなわち、NK−CAR)は、CAR−T及びiNKT−CARの定義と類似した意味を有し得る。
本明細書で使用する場合、「キメラ抗原受容体マクロファージ」(すなわち、CARマクロファージ)は、CAR−T、iNKT−CAR、及びNK−CARの定義と類似した意味を有し得る。
本明細書で使用する場合、用語「サイトカイン放出症候群」とは、いくつかの種類の免疫治療薬、例えば、モノクローナル抗体及びCAR−Tまたはその他のCAR保有免疫エフェクター細胞などを用いた治療後に生じ得る症状のことを意味する。サイトカイン放出症候群は、免疫治療薬の影響を受けた免疫細胞から血流への、大規模で急速なサイトカインの放出によって引き起こされる。CRSの症状としては、発熱、疲労、食欲不振、筋肉痛及び関節痛、悪心、嘔吐、下痢、発疹、呼吸促迫、頻拍、低血圧、発作、頭痛、混乱、譫妄、幻覚、振戦、ならびに運動感覚の低下、が挙げられる。CRSは、軽度から致死性の範囲に沿って顕在化し得、以下の重症度、
・グレード1:軽度の反応、注入中断の指示なし、介入の指示なし
・グレード2:治療または注入の中断の指示はあるが、対症治療(例えば、抗ヒスタミン薬、NSAID、麻酔薬、IV輸液)に対する迅速な応答があり、<=24時間の予防薬剤の指示あり
・グレード3:持続性(例えば、対症薬物療法に速やかに応答しない、及び/または、短期間の注入中断)、初期の改善後における症状の再発、臨床的続発症(例えば、腎機能障害、肺浸潤)による入院指示あり
・グレード4:生命を脅かす結果、昇圧または換気補助の指示あり
・グレード5:死亡
によりランク付けすることができる。
例えば、“Common Terminology Criteria for Adverse Events(CTCAE)Version v4.03,”National Institutes of Health and National Cancer Institute,June 14,2010;Lee DW et al.,“Current concepts in the diagnosis and management of cytokine release syndrome,”Blood 2014 124(2):188−95を参照されたい。
本明細書で使用する場合、用語「CAR−T関連ニューロパチー」とは、患者へのCAR−T治療薬の投与後、多くの場合、介入を行うサイトカイン放出症候群が発症して軽減した後に生じるニューロパチーのことを意味する。この用語は、CAR−T療法が比較的新しいことを主な理由として、比較的新しいものであり、例えば、Vasthie P and Breitbart WS,“Chimeric antigen receptor T−cell neuropsychiatric toxicity in acute lymphoblastic leukemia,”Palliat Support Care.2017 Aug;15(4):499−503を参照されたい。それゆえ、CAR−T関連ニューロパチーは、類似したニューロパチーが、例えば、iNKT−CARまたはNK−CARを用いた治療に起因して生じる可能性があることから、この時点において、用語「CAR保有免疫エフェクター細胞関連ニューロパチー」と等しいものと理解すべきである。
本明細書で使用する場合、「サイトカイン」は、免疫機構における特定の細胞が調節可能に合成及び分泌し、場合によっては、局所的に高濃度となり、別の細胞上の受容体に結合することにより、それら別の細胞へとシグナルを伝達して、それら別の細胞に影響を及ぼす、小さな(約5〜20kDa)、可溶性のシグナル伝達タンパク質の部類のうちの1つである。「ケモカイン」は、走化性サイトカイン、すなわち、近傍の応答性細胞の走化性を誘導することができるサイトカインの亜種である。
本明細書で使用する場合、サイトカインまたはタンパク質を「欠損」したとは、サイトカインまたはタンパク質がその正常な作用を誘導する上で、十分な量のサイトカインまたはタンパク質を欠いているということを意味する。GM−CSFを「欠損」した細胞、例えば、(「GM−CSF欠損」細胞)は、GM−CSFを完全に欠いていてもよいが、また、存在するGM−CSFが、サイトカイン放出症候群の発症または維持に対していかなる有効な形でも寄与し得ないほどに、ごくわずかな量のGM−CSFを発現し得る。
用語「欠失」とは、本明細書で使用する場合、遺伝子に対する編集効果またはそのタンパク質産物における効果に関し、タンパク質産物の発現が抑制または防止されるように、タンパク質をコードするDNA配列を改変または一部喪失させることを意味する。用語「抑制」とは、同一の文脈において、タンパク質産物の発現を低下させることを意味し、用語「除去」とは、同一の文脈において、タンパク質産物の発現をノックアウト(KO)または防止することを意味する。欠失は、抑制及び除去を包含する。
本明細書で使用する場合、「分泌可能なタンパク質」は、別の細胞に影響を及ぼす、細胞が分泌するタンパク質である。例えば、分泌可能なタンパク質としては、サイトカイン、ケモカイン、及び転写因子、が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「選択マーカー」とは、異なる細胞型間、例えば、CARが成功裏に挿入された細胞(すなわち、遺伝子編集または修飾された細胞)などを識別することを可能とするマーカーのことを意味する。選択マーカーは当該技術分野において周知であり、その使用のための原料及び方法は容易に入手可能である。一部の実施形態では、本開示による適切な選択マーカーは、緑色蛍光(GFP)遺伝子または黄色蛍光タンパク質(YFP)遺伝子を含むがこれらに限定されない蛍光タンパク質遺伝子であってもよい。一部の実施形態では、選択マーカーは、CD34遺伝子のスプライスバリアント、例えば、トランケートCD34(tCD34)遺伝子またはトランケートEGFR(tEGFR)遺伝子などであってもよい。一部の実施形態では、本明細書に記載の選択マーカー、例えば、GFPまたは当該技術分野において周知かつ入手可能なその他の選択マーカーなどを、本明細書に記載の遺伝子(すなわち、CARを有さない)に単独で挿入してもよく、または、選択マーカー及びCARを含む構築物の構成要素として挿入してもよい。
本明細書で使用する場合、「短ヘアピンRNA」または「低分子ヘアピンRNA(shRNA)」は、細胞内におけるsiRNAへのプロセシングの結果として遺伝子発現をノックダウンすることにより、標的遺伝子の発現をサイレンシングするのに使用可能で、多くの場合、約80塩基対長であり、急なヘアピンの折り返しを有する人工RNA分子である。shRNAをゲノムDNAに組み込んで、安定で長続きする発現をもたらしてもよい。
本明細書で使用する場合、「形質導入」は、ウイルス、またはプラスミドなどのウイルスベクターにより、例えば、短ヘアピンRNA(shRNA)を用いて、外来DNAを細胞に導入するプロセスであり、多くの場合、長続きするまたは永続的な遺伝子のサイレンシングをもたらす。形質導入は、エレクトロポレーションを含む当該技術分野において周知の方法を用いて実施することができる。
トランスフェクションは、精製した核酸、例えば、低分子干渉RNA(siRNA)を真核細胞に故意に導入するプロセスであり、mRNA転写物へのRNA干渉により、遺伝子の一過性サイレンシングをもたらす。形質導入は、ウイルス、またはプラスミドなどのウイルスベクターにより、例えば、短ヘアピンRNA(shRNA)を用いて、外来DNAを細胞に導入するプロセスであり、多くの場合、長続きするまたは永続的な遺伝子のサイレンシングをもたらす。トランスフェクションと形質導入の両方は、エレクトロポレーションを含む当該技術分野において周知の方法を用いて実施することができる。
以下の実施例により本発明を更に説明する。
実施例1−CARの挿入により遺伝子翻訳を阻害するための方法
図1は、Cas9/CRISPRを使用してサイトカイン遺伝子の遺伝子座を標的としてから、相同組換え修復を用いてCAS構築物を挿入することによる、サイトカイン遺伝子の欠失を示す。任意選択的に、CAS構築物は、マーカー、例えば、本明細書に記載の選択マーカーなどを含有し得る。このコンセプトに関する1つの課題は、サイトカイン/ケモカインをなおも発現している細胞から、編集された細胞を選択して分離することが困難な点である。この課題を克服するための1つの方法は、マーカーを含有するCAR構築物を、欠失された遺伝子に挿入することである。CAR19をTRAC遺伝子に挿入することにより、TRAC陰性、CAR陽性の細胞の選択が可能となることが、これまでに示されている。これにより、CARの発現と欠失したサイトカインの両方を示す細胞の分離が可能となり得る。別の代替法は、ゲノムを改変することなくサイトカイン用のRNAのコードを低下させ得るshRNAを、CAR構築物から発現させることであり得る。CAR構築物上のマーカー(例えば、トランケートCD34マーカーなど)を使用して、サイトカインを下方制御してCARを発現する(すなわち、CAR+ = サイトカイン陰性)細胞を選択してもよい。
図2に示すように、CAR保有免疫エフェクター細胞(例えば、CAR−T)は、標的サイトカイン遺伝子を欠失させてCARを形質導入する遺伝子編集の前の2日間にわたり活性化され得る。
実施例2−ゲノム編集CAR保有免疫エフェクター細胞を作製するための一般的な方法
CAR保有免疫エフェクター細胞を作製するための方法に関する更なる詳細は当該技術分野において周知であり、例えば、WO2018027036A1に開示されている。
以下の一般的な工程を採用してCAR保有免疫エフェクター細胞を得てもよい。当業者は理解するように、おそらく異なる効率をもたらすであろうが、ある特定の工程を、以下に記載する順で連続的に実施してもよく、または、順不同に実施してもよい。
工程1.例えば、細胞特異的タンパク質に結合する、標識抗体をコーティングした磁性ビーズ(例えば、Miltenyi Biotecから入手可能)を使用した、磁気選択を用いて、細胞を回収、単離、及び精製する。T細胞用には、抗CD3/CD28ビーズを使用してもよい。その他の精製技術は当該技術分野において周知であり、それらを使用してもよい。
工程3.その後、細胞を活性化させる。免疫エフェクター細胞を活性化させるための方法はいくつかある。例えば、ビーズを取り除く前の2日間にわたり抗CD3/CD28ビーズを使用して、T細胞を活性化させてもよい。代替的に、抗体を使用してもよい。
工程4.CARの標的である抗原を細胞表面から欠失させてもよく、または、その抗原の発現を抑制してそれに続く同胞殺しを防止してもよい。Cas9 mRNA、及び標的(複数可)に対するgRNAをエレクトロポレーションすることにより、標的の欠失を実施してもよい。しかしながら、その他の技術を使用して標的の発現を抑制してもよい。これらの技術としては、その他のゲノム編集技術、例えば、TALEN、ZFN、RNA干渉、及び、抗原の内部結合を生じさせて細胞表面発現を防止することなどが挙げられる。標的の欠失は、全ての状況において必須ということでなくてもよい。使用可能なgRNAの例としては、表8〜10に示すgRNAに加えて、当該技術分野において周知のその他のgRNAが挙げられる。
Figure 2021525530
工程5.次に、1種または複数種の抗原標的またはタンパク質標的を標的とする(すなわち、認識する)CAR、例えば、CAR構築物を含有するレンチウイルスを、細胞に形質導入してもよい。形質導入/トランスフェクションの任意のその他の好適な方法を用いてもよく、例えば、転移因子を含有する、DNAを組み込んだウイルスもしくは非ウイルスベクター、または、一過性発現の、非DNAを組み込んだポリヌクレオチド、例えば、mRNAなど、を使用したトランスフェクションを用いてもよく、あるいは、相同または非相同組換えを使用した、ヌクレアーゼ活性部位へのCARポリヌクレオチドの挿入を用いてもよい。
工程6.次に、CAR保有免疫エフェクター細胞を培養してその集団を増殖させる。
実施例3−ゲノム編集タンデムCAR保有免疫エフェクター細胞を作製するための方法
上記実施例における手順の変化形態では、2種の抗原を認識するtCAR細胞を作製してもよい。工程4では、細胞表面から2種の抗原を欠失させる、または、上記のとおり抑制してもよいが、2種の標的それぞれ用のgRNA、及びCas9 mRNAをエレクトロポレーションする。次に、工程5では、2種の標的を認識するCARを細胞に形質導入する。
実施例4−ゲノム編集デュアルCAR保有免疫エフェクター細胞を作製するための方法
上記実施例における手順の変化形態では、2種の抗原を認識するdCAR細胞を作製してもよい。この変化形態では、それぞれが異なる抗原を認識する2種の独立したCARを含有していてもよい。
実施例5−サイトカインまたはケモカインの発現を抑制したゲノム編集CAR−T細胞を作製及び試験するための方法
以下の工程を採用して、特定のサイトカインまたはケモカインの発現及び/または分泌を抑制したゲノム編集CAR−T細胞を得てもよい。本実施例では、GM−CSFの発現を欠損した、CD19を標的とするCAR−Tの作製について説明する。当業者は理解するように、おそらく異なる効率をもたらすであろうが、ある特定の工程を、以下に記載する順で連続的に実施してもよく、または、順不同に実施してもよい。
in vivo CRS実験を実施する場合、SCID−Beigeマウスに腫瘍(ルシフェラーゼを含有する3e6 Raji)を注入する。この腫瘍の注入は、CAR−Tをマウスに注入する3週間前に完了させる必要がある。
T細胞の活性化(0日目)。
Miltenyi ヒトPanT単離キットを使用して、ロイコフェレーシスチャンバーからT細胞を精製し、その後、培地に再懸濁させる。細胞をカウントして、3:1のビーズ:細胞比率を得るのに必要なヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズの数を求める。T細胞培地でビーズを2回洗浄してから、1.256細胞/mLとなるように、hXcyte培地中に細胞を希釈する。ヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズを加える。6ウェルプレートのそれぞれのウェルに、ウェルあたり、1.256細胞/mL溶液4mLをアリコートする。細胞を37℃で培養する。
CRISPR(2日目)。
Cas9 mRNA、及び標的(複数可)に対するgRNAをエレクトロポレーションすることにより、標的の欠失を実施してもよい。しかしながら、その他の技術を使用して標的の発現を抑制してもよい。これらの技術としては、その他のゲノム編集技術、例えば、TALEN、RNA干渉、及び、抗原の内部結合を生じさせて細胞表面発現を防止することなどが挙げられる。使用可能なgRNAの例としては、表8〜10に示すgRNAに加えて、当該技術分野において周知のその他のgRNAが挙げられる。
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*は、骨髄細胞を活性化または局在化するT細胞により産生されたサイトカイン/ケモカインを表す。
**は、骨髄細胞またはCAR−T細胞を活性化するT細胞表面受容体遺伝子を表す。
***は、CAR−T細胞シグナル伝達に組み込まれることにより内在性受容体が重複することになる、T細胞表面受容体を表す。
^は、T細胞/CAR−T細胞の分化を駆動するサイトカインを表す。
太字の行は、T細胞/CAR−T細胞の分化を駆動する転写因子を表す。
実施例6−手順−nucleofector 4Dを使用したヌクレオフェクション
反応あたり4×10の細胞を使用する。EO−115−100μlのトランスフェクション容量をプログラムし、全ての助剤をNucleofector(商標) Solution P3に加える。適切な数のウェルに望ましい容量の推奨培地(6ウェルプレートに2ml)を充填してから、加湿インキュベータ内、37℃/5%COで、プレートを予備培養/平衡化することにより、細胞培養プレートを調製する。ビーズを磁気で取り除き(完全な除去を確保するために2回)、その後、細胞をカウントし、細胞密度を測定する。必要な数の細胞を、室温、90×gで10分間、遠心分離にかけ、上清を完全に除去する。次に、細胞をPBS(1ml)中に再懸濁してから微量遠心チューブに移し、必要な数の細胞を、室温、90×gで10分間、遠心分離にかける。上清を完全に除去してから、完全に室温の4D Nucleofector(商標) Solution P3中に細胞ペレットを慎重に再懸濁する(100μlあたり4×10)。20μgのgRNA(gGM−CSF)を、それぞれのチューブの15μgのCas9 mRNAに加える。次に、100μlの細胞を、それぞれのチューブのCas9/gRNAに加え、軽く混合してから、全てをNucleocuvette(商標)に移す。キュベットを軽く叩いて気泡を除去する。プログラム(ヒトT細胞刺激EO−115)を使用してエレクトロポレーションを実施する。処理の完了後、専用のツールを使用して、保持器の容器からNucleocuvette(商標)を慎重に取り外す。予め温めた培地に細胞を再懸濁する。次に、目的ウェルから培地を除去し、キュベットに加え、2〜3回上下に優しくピペッティングする。次に、これをウェルに移す。同一ウェルの培地を用いてこの手順を繰り返し、37℃で培養する。
CARの形質導入(2日目)。
次に、1種または複数種の標的を標的とする(すなわち、認識する)1種または複数種のCAR、例えば、CAR構築物を含有するレンチウイルスを、ゲノム編集CAR−T細胞に形質導入してもよい。形質導入の任意のその他の好適な方法を用いてもよい。
レンチウイルスをT細胞に形質導入するための手順:それぞれのmlの培地用に1μlのポリブレンを加える(8mg/mlストック)。次に、必要量のウイルスを加えて、必要とされるM.O.I.を得る。細胞及びウイルスを混合し、37℃のインキュベータに戻す。
形質導入効率の評価(10日目)。
次に、それぞれの試料から5×10の細胞を取り出してフローサイトメトリーで解析することにより、形質導入効率について、細胞の試料を評価してもよい。試料をRBで洗浄してから、3μlの抗CD34 PE抗体を加える(構築物がヒトトランケートCD34を含有していることから、CARを検出するために)。その後、5μlのCD3 APCを加え、細胞を洗浄してから、フローサイトメトリーを実施する。CAR−T細胞は、CD3ε陽性、CD34陽性のはずである。
遺伝子の欠失の評価。
遺伝子の欠失を評価するために、それぞれの試料から5×10の細胞を回収し、それらのDNAを抽出する。TIDE解析またはディープシークエンシングを使用し、標的遺伝子座のターゲットシークエンシングを用いて、遺伝子編集効率を評価する。
全身腫瘍組織量及びサイトカインレベルの評価。
T細胞を回収する(11日目)。生物発光イメージングを用いて、マウスにおける全身腫瘍組織量のイメージングを行ってもよい。マウスあたり3×10のCAR−TをI.P.注射する。
例えば、Luminexマルチプレックスサイトカインプロファイリングアッセイを使用して、血清サイトカインレベル(12日目)を測定して、CRS関連サイトカインの上昇を確認する。標的細胞(Raji)に対する4時間のクロム放出アッセイを実施して、in vitro活性を評価してもよい(11日目)。
実施例7−CAR保有免疫エフェクター細胞の別の例
上記の方法を使用して、サイトカインを欠損した、いくつかのタイプのキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞を作製してもよい。以下の表11〜13に例を示す。
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実施例8−バイオアッセイ
以下のアッセイまたはその変形形態を使用して、本明細書で開示するサイトカイン欠損キメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞の有効性を評価してもよい。
T−ALL。T−ALLの異種モデルを用いた細胞の有効性試験:1×10のClick Beetle Redルシフェラーゼ(CBR)標識CCRF−CEM T−ALL(FACSにより99% CD7+)細胞をNSGレシピエントにI.V.注射してから、2×10〜1×10のCAR7保有免疫エフェクター細胞または非標的CAR19保有免疫エフェクター細胞対照細胞を+4日目にI.V.注入する。CART19保有免疫エフェクター細胞を投与されたマウスまたは腫瘍のみを注入されたマウスとは対照的に、CAR7保有免疫エフェクター細胞を投与されたマウスは、生物発光イメージングを用いて測定する際に、有意に長期間にわたる生存及び全身腫瘍組織量の低下を示す。
多発性骨髄腫。多発性骨髄腫の異種モデルを用いたiNKT−CAR−CS1の有効性試験:5×10のClick Beetle Redルシフェラーゼ(CBR)標識MM.1S(FACSにより99% CS1+)細胞をNSGレシピエントにI.V.注射してから、2×10〜1×10のiNKT−CAR−CS1または非標的iNKT−CAR19対照細胞を+4日目、または+14日目もしくは+28日目にI.V.注入する。iNKT−CAR19を投与されたマウスまたは腫瘍のみを注入されたマウスとは対照的に、iNKT−CAR−CS1を投与されたマウスは、生物発光イメージングを用いて測定する際に、有意に長期間にわたる生存及び全身腫瘍組織量の低下を示す。
サイトカイン放出症候群及び神経毒性のin vivoモデル。
CRSのin vivoマウスモデルについては、Giavridis et al.,“CAR T cell−induced cytokine release syndrome is mediated by macrophages and abated by IL−1 blockade,”Nat Med 2018 May 28に開示されている。例えば、モデル系でCRSを誘導するためには、腫瘍細胞を免疫欠損マウスに腹腔内注入してから腫瘍へと発達させる。次に、がん性細胞を標的とするCAR−T細胞をマウスに投与してから、CRSの発症が生じるのを数日間モニターし、その後、マウスを屠殺し、細胞及び組織を解析用に取得する。マウスはまた、CRSの治療を行ってから、治療の成功または失敗をモニターしてもよい(すなわち、サイトカインに対する抗体を投与して、CAR−T細胞の投与による結果を生じさせる)。
このようなモデルにおけるCRSをモニターするのに適切な解析法としては、CAR−T細胞投与後のマウスの体重変化、マウスの生存率、炎症性因子、すなわち、マウスSAA3(ヒトC反応性タンパク質に相当)の血清レベル、CAR−T細胞投与前後のサイトカインレベル、炎症性サイトカインの起源種(すなわち、ヒトサイトカイン対マウスサイトカイン)、及び/または、特定のサイトカインに対する抗体を投与された、CAR−T細胞で治療したマウスの生存率、をモニターすることを挙げることができる。
CRS症状または合併症により最終的に死亡するマウスを、重度のCRSを示すマウスに分類してもよく、一方で、生存しているが10%超の体重減少を経験するマウスを、重度ではないCRSを示すマウスに分類してもよい。このモデルを使用することにより、単球及びマクロファージが、CRSにおけるIL−6の主な供給源であることが判明した。
CRSとCAR−T関連ニューロパチーの両方を評価するのに有用な別のモデルについては、Norelli,“Monocyte−derived IL−1 and IL−6 are differentially required for cytokine−release syndrome and neurotoxicity due to CAR T cells,”Nat Med 2018 May 28に開示されている。このモデルでは、ヒト幹細胞、例えば、造血幹/前駆細胞(HSPC)などを、ヒト化NSGマウスに注射するが、これらのマウスは、ヒト幹細胞因子、GM−CSF、及びIL−3を発現して、注射されたヒト幹細胞による造血を補助して向上させる免疫低下トランスジェニックマウスである。続けて投与するCAR−T細胞の標的として機能する腫瘍細胞をマウスに投与してから、CRS症状をモニターする。CAR−T細胞の注射後、これらのマウスは、高熱、ならびに、CRSに関連する特定のサイトカイン、例えば、IL−1及び/またはIL−6などのレベル上昇、を含む、CRSの典型的な症状を示す。これらのマウスのCRSの対照については、例えば、抗体を使用してサイトカイン用の受容体を阻害すること、サイトカインを発現する細胞型を枯渇させること、または、サイトカインのアンタゴニストを投与すること、により、実施してもよい。上記のとおり、単球が、CRS前のサイトカインであるIL−6の主な供給源であり、単球を枯渇させるとCRSが解消されて、マウスがCRSにより死亡するのを防ぐことが確認された。
その他のCRS動物モデルは、当該技術分野において周知であり、適切とみなしてそれらを使用してもよい。
サイトカイン放出症候群を制御目的で誘導及び試験するための方法
1つのモデルでは、本明細書に記載するとおり、マウスまたはその他の動物モデルにIL−7を直接注射して、CRSを制御目的で誘導または引き起こしてもよい。更に別の例では、組換えまたは遺伝子組換えIL−7を細胞内で発現させて、IL−7のシグナル伝達上昇をもたらしてもよい。
なおも更なる例では、構成的にシグナル伝達を行っているサイトカイン受容体、例えば、IL−7受容体などを、免疫エフェクター細胞に導入して、その結果、免疫エフェクター細胞自体がIL−7のシグナル伝達をトリガーするが、細胞外IL−7には反応せず、周囲のリンパ球によるIL−7のシグナル伝達開始を回避するようにしてもよい。加えて、構成的にシグナル伝達を行っているIL−7受容体を、特定の疾患部または腫瘍抗原を認識するCARと共発現させることにより、T細胞増殖、生存率、及び抗腫瘍活性の上昇をもたらす。構成的に発現しているIL−7受容体は、IL−7Rαと共に、IL−7リガンド、または、天然IL−7受容体の構成要素である共通γ鎖を必要とすることなく、IL−7のシグナル伝達を伝えることができる。この伝達は、IL−7Rα鎖の膜貫通ドメインにシステイン及び/またはプロリンを導入することによって達成することができ、その結果、IL−7Rαのホモ二量体化、及びそれに続くJAK1/JAK1のリン酸化がもたらされ、次に、下流におけるIL−7のシグナル伝達が活性化される。
選択マーカーを遺伝子編集遺伝子座に挿入することによりCRSの誘導を欠損させたゲノム編集CAR−T細胞を作製及び試験するための方法の一例を以下に記載する。
実施例9−T細胞受容体遺伝子へのCARの挿入
CARまたは任意の目的のタンパク質をT細胞受容体用の遺伝子に挿入してもよい。MacLeod et al.(“Integration of a CD19 CAR into the TCR Alpha Chain Locus Streamlines Production of Allogeneic Gene−Edited CAR T Cells,”Molec Therapy 25(4):P949−961,2017)は、遺伝子改変ホーミングエンドヌクレアーゼ及びAAVドナー鋳型を使用して、天然TCRの遺伝子座を標的としてCAR導入遺伝子を直接挿入することによる、同種異系CART細胞の生成について報告している。この方法で作製された抗CD19CART細胞は、内在性の細胞表面TCRを発現せず、in vitroで強力なエフェクター機能を示し、in vivoマウスモデルにおけるCD19+腫瘍の排除を媒介する。得られた遺伝子編集CART細胞は、前臨床モデルにおいて、in vitro及びin vivoで強力な抗腫瘍活性を示し、CD19+血液悪性腫瘍を有する非血縁患者における養子細胞療法としての安全かつ有効な使用の可能性をこれらの細胞が有していることを示唆している。
実施例10−CRSを抑制するための抗サイトカイン/ケモカイン抗体
がんを治療するために免疫エフェクター細胞を患者または対象に導入すると、免疫エフェクター細胞によるサイトカイン及び/またはケモカインの産生及び分泌に起因して、CRSがもたらされる場合が多い。CRSを防止するための1つの方法は、血中サイトカイン/ケモカインの量が低下するように、特定のCRS誘導サイトカインまたはケモカインを認識する抗体を患者または対象に投与することである。例えば、Sachdeva et al.,(J Biol Chem 294(14):5430−5437,2019)が報告しているように、抗GMCSF抗体を投与するとGMCSF分泌が低下し、その結果として、CRSが効果的に抑制される。それゆえ、特定のサイトカイン及び/またはケモカインを認識する抗体を投与することにより、患者または対象におけるCRSの発症を予防または低下させることができる。
実施例11−GMCSF遺伝子へのCARの挿入
CRSを予防するための1つの例示的な方法は、CRSの誘導または持続に関与するサイトカインまたはケモカイン用の遺伝子にCARを挿入することである。CAR−T細胞またはその他の免疫エフェクター細胞におけるサイトカインまたはケモカインの遺伝子を破壊または除去すると、その特定のサイトカインまたはケモカインにより、CRSの誘導が予防される。CRSの誘導または持続に関与するその他の遺伝子もまた、本明細書に記載のこの方法または類似の方法で破壊してもよいが、このような遺伝子の1つの例はGMCSFである。GMCSF遺伝子の破壊については、少なくとも、Sachdeva et al.(J Biol Chem 294(14):5430−5437,2019)に記載されており、GM−CSF遺伝子へと挿入されたCAR−T細胞を作製及び試験するための説明については以下に記載する。要約すると、CAR−T細胞における選択したサイトカインまたはケモカインの遺伝子を標的とするように、TALENまたはその他の遺伝子編集酵素を設計または遺伝子改変して、当該技術分野において周知の方法を用いて、その遺伝子の発現をモニターしてもよい。サイトカインまたはケモカインの遺伝子の発現及び分泌におけるCAR−T細胞による有意な低下が報告されており、CRSの発症が抑制され得ることを示唆している。加えて、トランスウェルアッセイ及び連続殺傷アッセイを用いて評価すると、この手法により、CAR−T細胞の増殖能力と抗腫瘍活性の両方が同時に維持されることが判明した。
GM−CSFなどの遺伝子を欠失させるための遺伝子編集の使用に加えて、CRSを誘導するまたはCRSに寄与するサイトカインまたはケモカインに対する抗体もまた使用してもよい。例えば、CAR−T療法を受けている患者または対象に、GM−CSFタンパク質を認識する抗体を投与してもよい。この手法は、当該技術分野、とりわけ、IL−6Rアンタゴニストであるトシリズマブを使用したIL−6のシグナル伝達によって生じるCRSの抑制において周知であるが、サイトカインもしくはケモカインを認識するその他の抗体もしくはアンタゴニスト、または、サイトカインもしくはケモカインの受容体のアンタゴニストを、臨床医が適切とみなして使用してもよい。適切な抗体が血中のサイトカインまたはケモカインに結合し、アンタゴニストが、サイトカインまたはケモカイン用の天然の受容体に結合することにより、対象における下流のCRS促進活性が予防される。一部の例では、これら手法の両方、すなわち、サイトカインまたはケモカイン用の遺伝子にCARを挿入してその遺伝子を不活性化すること、及び、同一のサイトカインまたはケモカインに対する抗体を対象に投与すること、を対象に採用してもよい。この手法が、in vivoまたはin vitroにおけるCAR−T細胞の活性にマイナスの影響を与えずに、有効であることが示されている(Sterner et al.,“GM−CSF inhibition reduces cytokine release syndrome and neuroinflammation but enhances CAR−T cell function in xenografts,”Blood 133:697−709,2019)。
実施例12−選択マーカーを遺伝子編集遺伝子座に挿入することによりCRSの誘導を欠損させたゲノム編集CAR−T細胞を作製及び試験するための方法
in vivo CRS実験を実施する場合、SCID−Beigeマウスに腫瘍(ルシフェラーゼを含有する3e6 Raji)を注入する。この腫瘍の注入は、CAR−Tをマウスに注入する3週間前に完了させる必要がある。
以下の工程を採用して、本明細書で開示する選択マーカーを有する遺伝子編集遺伝子座からCARが発現している、ゲノム編集され、CRS抵抗性の、CAR−T細胞を得てもよい。内部タンパク質または分泌タンパク質をコードする遺伝子の欠失に基づいて編集細胞を選択及び精製することは不可能であることから、この遺伝子改変体を濃縮するには選択マーカーが必要となる。本実施例では、GM−CSFの欠失がCRSのリスクを緩和し、CD3εの欠失がTCRのシグナル伝達及び移植片対宿主病(GvHD)を予防する、CD19CARTΔGMCSFΔCD3ε細胞の作製について説明する。当業者は理解するように、おそらく異なる効率をもたらすであろうが、ある特定の工程を、以下に記載する順で連続的に実施してもよく、または、順不同に実施してもよい。
工程1:T細胞の活性化(0日目)
Miltenyi ヒトPanT単離キットを使用して、ロイコフェレーシスチャンバーからT細胞を精製する。培地に再懸濁させる。細胞をカウントする。3:1のビーズ:細胞比率を得るのに必要なヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズの数を求める。T細胞培地でビーズを2回洗浄する。1.256細胞/mLとなるように、hXcyte培地中に細胞を希釈する。ヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズを加える。6ウェルプレートに、ウェルあたり、1.256細胞/mL溶液4mLをアリコートする。細胞を37℃で培養する。
工程2:CRISPR(2日目)。
標的遺伝子を遺伝的に欠失させて、遺伝子編集遺伝子座にCARを挿入する。切断を修復して所望の配列を編集遺伝子座に挿入するためのドナー鋳型を使用した、相同組換え修復を用いて、DNAの二本鎖切断を修復してもよい。Cas9 mRNA、及び標的(複数可)に対するgRNAをエレクトロポレーションすることにより、標的の欠失を実施してもよい。ドナー鋳型は、二本鎖切断周りのDNAとの相同性を含有し、Cas9/gRNAと共にエレクトロポレーションされる、DNAプラスミド、または、二本鎖直鎖状DNA、もしくは一本鎖直鎖状DNAであってもよい。本実施例では、ホモロジーアームは、gRNA GM−CSFにより導入された二本鎖切断の両側に位置合わせされる。加えて、AAVなどのウイルスベクターをドナー鋳型の供給源として使用してもよい。しかしながら、その他の技術を使用してDNA二本鎖切断を導入してもよい。これらの技術としては、TALEN及びメガヌクレアーゼなどのその他のゲノム編集技術が挙げられる。
GM−CSF及びCD3ε用のgRNAの配列は、以下、
hGMCSF gRNA:5’_2′OMe(U(ps)A(ps)C(ps))UCAGGUUCAGGAGACGCGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGC2′OMe(U(ps)U(ps)U(ps)U_3’(配列番号:50)
CD3ε gRNA:5’_2′OMe(A(ps)G(ps)G(ps))GCAUGUCAAUAUUACUGGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGC2′OMe(U(ps)U(ps)U(ps) U 3’(配列番号:47)
のとおりである。
Figure 2021525530
nucleofector 4Dを使用したヌクレオフェクション:
上記(実施例6)のとおりに、それぞれのチューブの15μgのCas9 mRNAに対して20μgのそれぞれのgRNA(gGM−CSF及びgCD3ε)を使用して、ヌクレオフェクション手順を実施する。
工程3:HDR修復構築物を含有するAAVベクターをT細胞に形質導入して、CAR及び選択マーカーをGM−CSF遺伝子座に導入する。
ベクター構成要素用の本明細書に記載の配列を配列表に記載するが、これら配列としては、配列番号:3048〜3064が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、1×10〜1×10のMOIでのエレクトロポレーションの2〜4時間後に、ITR右ホモロジーアーム(配列番号:51)、EF1aプロモーター(配列番号:52)、CAR19 p2a trCD34(配列番号:53)、左ホモロジーアーム(配列番号:54)、ITR(配列番号:55)、を含有する組換えAAV6ドナーベクター(図3)を細胞培養液に加える。
工程4:CRISPR活性及びTd効率の評価(10日目)
それぞれの試料から5×10の細胞を取り出してフローサイトメトリーで解析する。試料をRBで洗浄する。3μlの抗CD34 PE抗体を加える(これにより、GM−CSF遺伝子座に挿入したTrCD34タグを検出する)。5μlのCD3 APC及び2μlの抗FAB BV421を加える(CARの形質導入を検出する)。洗浄する。フローサイトメトリーを実施する。細胞は、CD3ε陰性、CD34陽性、かつFAB+のはずである。T細胞を回収する(11日目)。
CAR−T細胞の精製。TCRa/b陰性選択を用いてTCR陰性細胞を精製し、TCR陽性細胞を除去してもよい。Miltenyi Automacs上のCD34陽性選択を用いてGM−CSF欠失細胞を濃縮してもよい。これにより、GM−SCF細胞が濃縮され、TCR+細胞が除去される。
工程5:in vivo CAR−T活性の評価
マウスあたり3×10のCAR−TをI.P.注射する。血清サイトカインレベルを評価する。(12日目、13日目、14日目)Luminexマルチプレックスサイトカインプロファイリングアッセイを使用して、血清サイトカインレベルを測定して、CRS関連サイトカインの上昇を確認する。標的細胞(Raji)に対する4時間のクロム放出アッセイを実施して、in vitro活性を評価する(11日目)。
実施例13−CD3eプロモーターの制御下、ジャーカットのCD3e遺伝子座に挿入したEGFPの、GFP発現の確認
以下で詳しく述べる方法を用いて、ジャーカット細胞株のCD3e遺伝子座へのGFPの直接挿入を実施してもよい。
数日前:プラスミドをPST1で消化する(図4)。消化により2つのフラグメント(3.5kb及び2.6kb)を生成する。ゲル抽出キット及びエタノール沈殿を使用して精製を行う。500ng/μlとなるように再懸濁する。これにより、以下の表のドナー鋳型「DNA」を作製する。
AAVを作製して力価を測定する。AAVの配列を図5に示し、配列番号:__−__で記載する。これにより、以下の表のドナー鋳型「AAV」を作製する。
ドナー鋳型「プラスミド」を以下の表に示す。
0日目:
ジャーカットを回収してカウントする。@100gで10分間、細胞を遠心沈殿する。1.5m微量遠心チューブに細胞を移して、PBSで洗浄する。@100×gで10分間、細胞を遠心沈殿する。予め温めた緩衝液SEに再懸濁する。gRNA/Cas9を入れたチューブに100μlを加える。nucleocuvetteに移して、4D上のジャーカットプログラムを使用して電気をかける。6ウェルプレートの予め温めた培地(それぞれの培地は2ml)に移す。インキュベータに戻して4日間増殖させる。
Figure 2021525530
4日目:GFP及びCD3 APC用の細胞をFACSにかける。CD3の低下により編集効率を評価し、GFP蛍光によりAAV−GFPドナーの挿入を評価する。
実施例14−CARをCD3e遺伝子座に挿入することによりゲノム編集CAR−T細胞を作製及び試験するための方法
以下の工程を採用して、本明細書で開示する遺伝子編集遺伝子座(CAR−T)からCARが発現している、ゲノム編集CAR−T細胞を得てもよい。本実施例では、CD7CARTΔCD7ΔCD3ε細胞の作製について説明する。当業者は理解するように、おそらく異なる効率をもたらすであろうが、ある特定の工程を、以下に記載する順で連続的に実施してもよく、または、順不同に実施してもよい。
工程1:T細胞の活性化(0日目)
Miltenyi ヒトPanT単離キットを使用して、ロイコフェレーシスチャンバーからT細胞を精製する。培地に再懸濁させる。細胞をカウントする。3:1のビーズ:細胞比率を得るのに必要なヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズの数を求める。T細胞培地でビーズを2回洗浄する。1.256細胞/mLとなるように、hXcyte培地中に細胞を希釈する。ヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズを加える。6ウェルプレートに、ウェルあたり、1.256細胞/mL溶液4mLをアリコートする。細胞を37℃で培養する。
工程2:CRISPR(2日目)。
標的遺伝子を遺伝的に欠失させて、遺伝子編集遺伝子座にCARを挿入する。切断を修復して所望の配列を編集遺伝子座に挿入するためのドナー鋳型を使用した、相同組換え修復を用いて、DNAの二本鎖切断を修復してもよい。Cas9 mRNA、及び標的(複数可)に対するgRNAをエレクトロポレーションすることにより、標的の欠失を実施してもよい。ドナー鋳型は、二本鎖切断周りのDNAとの相同性を含有し、Cas9/gRNAと共にエレクトロポレーションされる、DNAプラスミド、または、二本鎖直鎖状DNA、もしくは一本鎖直鎖状DNAであってもよい。加えて、AAVなどのウイルスベクターをドナー鋳型の供給源として使用してもよい。しかしながら、その他の技術を使用してDNA二本鎖切断を導入してもよい。これらの技術としては、TALEN及びメガヌクレアーゼなどのその他のゲノム編集技術が挙げられる。
Figure 2021525530
nucleofector 4Dを使用したヌクレオフェクション:
上記(実施例6)のとおりに、それぞれのチューブの15μgのCas9に対して20μgのそれぞれのgRNA(gCD7及びgCD3ε)を使用して、ヌクレオフェクション手順を実施する。
工程3:HDR修復構築物を含有するAAVベクターのT細胞への形質導入。
1×10〜1×10のMOIでのエレクトロポレーションの2〜4時間後に、組換えAAV6(またはその他の血清型のAAV)ドナーベクターを細胞培養液に加える。
工程4:CRISPR活性及びTd効率の評価(10日目)
それぞれの試料から5×10の細胞を取り出してフローサイトメトリーで解析する。試料をRBで洗浄する。3μlの抗CD34 PE抗体を加える(構築物がヒトトランケートCD34を含有していることから、これにより、CARを検出する)。5μlのCD3 APC及び2μlのCD7 BV421を加える。洗浄する。フローサイトメトリーを実施する。細胞は、CD3ε陰性、CD7陰性、かつCD34陽性のはずである。T細胞を回収する(11日目)。
CAR−T細胞の精製。Miltenyi Automacs上のCD34+細胞の陽性選択を用いて、CD34+(CAR+)かつTCR陰性の細胞を単一工程で精製してもよい。これにより、CAR+細胞が濃縮され、TCR+細胞が除去される(CARの挿入がTCRのシグナル伝達を阻害するため)。
工程5:in vivo CAR−T活性の評価
in vivoイメージング実験を実施する場合、NSGマウスに腫瘍(ルシフェラーゼを含有する、5×10のMOLT3またはHH)を注入する(7日目)。
生物発光イメージングを用いて、マウスにおける全身腫瘍組織量のイメージングを行う。マウスあたり2×10のCD34+CAR−Tを尾静脈I.V.注射する、または、標的細胞(MOLT3またはHH)に対する4時間のクロム放出アッセイを実施する(11日目)。当業者は、明記した期間にある程度の自由度が可能であることを理解するであろう。
実施例15−shRNAを用いたサイトカイン/ケモカインの遺伝子のサイレンシング
siRNAに類似した短ヘアピンRNAを使用して、免疫エフェクター細胞におけるサイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子の発現をノックダウンまたは除去してもよい。
Cherkassky et al.(“Human CAR T cells with cell−intrinsic PD−1 checkpoint blockade resist tumor−mediated inhibition,”J Clin Investig 2016;126:3130−3144)は、CD28メソテリン特異的CAR−T細胞における免疫チェックポイントPD−1の発現をノックダウンするためのshRNAの使用について報告しており、抗原刺激時の高い増殖能、高い細胞傷害性、及び高いサイトカイン分泌が示されている。加えて、CD19陽性B細胞リンパ腫に使用するために、PD−1 shRNAレンチウイルスカセットを有するCD19特異的CARの試験が行われている。有用なshRNA及びその配列の一覧を表15及び16に記載する。
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実施例16−タンパク質発現ブロッカー(PEBL)−CAR19−GM−CSF PEBLを用いて特定のサイトカイン発現を欠損した細胞を作製及び試験するための方法
in vivo CRS実験を実施する場合、SCID−Beigeマウスに腫瘍(ルシフェラーゼを含有する3e6 Raji)を注入する。この腫瘍の注入は、CAR−Tをマウスに注入する3週間前に完了させる必要がある。
以下の工程を採用してCRS抵抗性を得てもよい。サイトカインが分泌タンパク質であることから、この遺伝子改変体を濃縮するには選択マーカーが必要となる。本実施例では、GM−CSF分泌の阻害がCRSのリスクを緩和する、細胞CAR19−GM−CSF PEBLの作製について説明する。当業者は理解するように、おそらく異なる効率をもたらすであろうが、ある特定の工程を、以下に記載する順で連続的に実施してもよく、または、順不同に実施してもよい。
工程1:T細胞の活性化(0日目)
Miltenyi ヒトPanT単離キットを使用して、ロイコフェレーシスチャンバーからT細胞を精製する。培地に再懸濁させる。細胞をカウントする。3:1のビーズ:細胞比率を得るのに必要なヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズの数を求める。T細胞培地でビーズを2回洗浄する。1.256細胞/mLとなるように、hXcyte培地中に細胞を希釈する。ヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズを加える。6ウェルプレートに、ウェルあたり、1.256細胞/ml溶液4mlをアリコートする。37℃で培養する。
工程2:PEBL CARのT細胞への形質導入(1日目)
1種または複数種の抗原標的またはタンパク質標的を標的とする(すなわち、認識する)CAR、例えば、CD19を標的とするCAR構築物を含有するレンチウイルスを、抗GM−CSF PEBLと組み合わせて、T細胞に形質導入する。CD34発現がCAR発現とPEBL発現の両方を表すことを可能とするポリシストロン性ベクターからの発現が好ましい。しかしながら、CARとPEBLの両方を個別に発現する同一ウイルスベクターを用いて、または、CAR及びPEBLをそれぞれ含有する別々のベクターを用いた独立した形質導入により、発現を達成してもよい。形質導入を行うための任意のその他の好適な方法、例えば、AAV、レトロウイルスなどを使用してもよく、または、相同組換え修復及び構築物を含有するドナーベクターを用いて、ゲノムの標的位置にCAR PEBL複合体を直接挿入することにより、形質導入を行ってもよい。
工程3:Td効率の評価(10日目)
それぞれの試料から5×10の細胞を取り出してフローサイトメトリーで解析する。試料をRBで洗浄する。3μLの抗CD34 PE抗体を加える。5μLのCD3 APC及び2μLの抗FAB BV421を加える(CARの形質導入を検出する)。洗浄する。フローサイトメトリーを実施する。細胞は、ポリシストロン性ベクターからのCAR及びPEBLの発現を示すCD34陽性であるはずである。T細胞を回収する(11日目)。
CAR−T細胞の精製。Miltenyi Automacs上のCD34陽性選択を用いて、CAR+(CD34+)細胞及びGC−CSF欠損(PEBL+)細胞を濃縮してもよい。これにより、GC−CSF抑制細胞が濃縮され、CAR+細胞が濃縮される。
工程4:CAR−T活性の評価
マウスあたり3×10のCAR−T細胞をI.P.注射する。血清サイトカインレベルを評価する。(12日目、13日目、14日目)。Luminexマルチプレックスプロファイリングアッセイを使用して、血清サイトカインレベルを測定して、CRS関連サイトカインの上昇を確認する。標的細胞(Raji)に対する4時間のクロム放出アッセイを実施して、in vitro活性を評価する(11日目)。
GM−CSFを標的とするPEBL構築物を図6ならびに表17及び18に記載する。
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実施例17−CART19におけるGM−CSFの欠失後にCRSを誘導する効果を試験するためのin vitro CRSアッセイ
細胞株:CD19陽性B−ALL細胞株RAMOSを使用して、in vitroアッセイでCRSを評価した。アッセイの前に、レンチウイルス形質導入を用いて、RAMOS細胞にGFPを安定的にトランスフェクションし、RPMI+10%FBS+Pen/Strep中で培養した。
正常ドナーの単球及びT細胞の単離:正常で健康なヒトドナーから初代ヒトT細胞及び単球を単離した。CD4+CD8+選択(Miltenyi Biotec)を用いてPBMCからT細胞を単離し、製造業者の手順に従い、Miltenyi biotecの標準的な単球単離用ビーズを用いて単球を分離した。
T細胞培養及びCAR−T遺伝子編集:続けて、50U/mLのIL−2及び10ng/mlのIL−15を補足したXcyte培地中に、抗CD3/CD28ビーズ(ビーズ対細胞の比率3:1)の存在下、1×10細胞/mLの濃度でT細胞を再懸濁した。初回刺激の24時間後、ポリブレン(終濃度6μg/ml)の存在下、CD19 CAR構築物をコードするレンチウイルスベクターをT細胞にトランスフェクションした。2日目に刺激用ビーズを取り出した。4×10のT細胞でCART19細胞を懸濁し、nucleofector 4DのプログラムEO−115を用いて、15μgのspCas9 mRNA(Trilink CA.)及び20μgのGM−CSF gRNA(Trilink)を含む100μlの緩衝液P3中で、T細胞にエレクトロポレーションを行った。GM−CSF gRNAを含ませず、対照CAR19T細胞にエレクトロポレーションを行った。その後、6日目に、フローサイトメトリーを用いて、CD34(CAR−Tのバイシストロン性マーカー)及び細胞内GM−CSF発現についてT細胞を評価してから、共培養アッセイを行った。
単球系細胞の作製:iDCを生成するために、0.1mmol/LのMEM非必須アミノ酸、2mmol/LのL−グルタミン、100ユニット/mLのペニシリン、100μg/mLのストレプトマイシン(Life Technologies)、及び10%ウシ胎児血清(cR10)を補足した6mLのRPMI 1640中で、単球(1×10)を培養した。その後、0.2μg/mLのヒトIL−4(Peptotec)及び0.2μg/mLのGM−CSF(Peptotec)をcR10に補足した。
マクロファージ及び活性化マクロファージを生成するために、ウシ胎児血清の代わりに10%ヒトA/B血清(hR10)をcR10に補足した。活性化マクロファージ用に、30ng/mlのLPSをhR10培地に補足した。4日目に、サイトカイン及びLPSを補充した。単離後6日目に、2mmol/LのEDTAを用いて、マクロファージ、活性化マクロファージ、及びiDC(未成熟樹状細胞)を回収した。24時間後、2mmol/LのEDTAで細胞を回収してから、CD45、CD80、及びCD86で染色し、未成熟DC及び成熟DCの分化を確認した。
共培養アッセイ:以下の比率、12.5KのUCART−19(GM−CSF KOを伴うまたは伴わずに)、標的の、50KのRamos細胞(CD19+)及び単球由来細胞、1KのiDCまたは5Kのマクロファージもしくは5Kの活性化マクロファージで、96ウェルあたり200ulで、CAR−T細胞を混合した。
続いて、共培養液を37℃で培養し、24時間及び48時間時点で、100ulのアッセイ上清をサイトカイン解析用に回収した。
サイトカインレベルの測定
IL−6 ELISAプレート(R&D systems)を用いて、培養上清からのサイトカイン濃度測定を実施した。300g、4℃で10分間、上清を遠心分離にかけ、それに続き、アッセイ標準希釈剤を用いて1:10に希釈してから、上清を解析した。標準的な製品手順を用いて測定を実施した。
GM−CSF欠損CART19は、異なる単球系にわたる有意に低いIL−6発現を誘導した。図8及び図10。
実施例18−T細胞におけるGM−CSFの欠失後にCRSを誘導する効果を試験するためのin vitro CRSアッセイ
正常ドナーの単球及びT細胞の単離:正常で健康なヒトドナーから初代ヒトT細胞及び単球を単離した。CD4+CD8+選択(Miltenyi Biotec)を用いてPBMCからT細胞を単離し、製造業者の手順に従い、Miltenyi Biotecの標準的な単球単離用ビーズを用いて単球を分離した。
T細胞培養及び遺伝子編集:続けて、50U/mLのIL−2及び10ng/mlのIL−15を補足したXcyte培地中に、抗CD3/CD28ビーズ(ビーズ対細胞の比率3:1)(Life Technologies,カタログ#111.32D)の存在下、10細胞/mLの濃度でT細胞を再懸濁した。初回刺激の24時間後。2日目に刺激用ビーズを取り出した。nucleofector 4DのプログラムEO−115を用いて、15μgのspCas9 mRNA(Trilink CA.)及び20μgのTRAC gRNA(Trilink)を含む100μlの緩衝液P3中で、4×10のT細胞にエレクトロポレーションを行った。GM−CSF gRNAを含ませず、対照CAR19T細胞にエレクトロポレーションを行った。その後、6日目に、フローサイトメトリーを用いて、GM−CSF発現についてT細胞を評価してから、共培養アッセイを行った。
単球系細胞の作製:iDCを生成するために、0.1mmol/LのMEM非必須アミノ酸、2mmol/LのL−グルタミン、100ユニット/mLのペニシリン、100μg/mLのストレプトマイシン(Life Technologies)、及び10%ウシ胎児血清(cR10)を補足した6mLのRPMI 1640中で、単球(1×10)を培養した。その後、0.2μg/mLのヒトIL−4(Peptotec)及び0.2μg/mLのGM−CSF(Peptotec)をcR10に補足した。4日目に、サイトカイン及びLPSを補充した。単離後6日目に、2mmol/LのEDTAを用いて、iDC(未成熟樹状細胞)を回収した。
共培養アッセイ:以下の比率、12.5KのT細胞(GM−CSF KOを伴うまたは伴わずに)、50Kの抗CD3/CD28ビーズ、及び1KのiDCで、96ウェルあたり200ulで、T細胞を混合した。続いて、共培養液を37℃で培養し、24時間及び48時間時点で、100ulのアッセイ上清をサイトカイン解析用に回収した。
サイトカインレベルの測定:IL−6 ELISAプレート(R&D systems)を用いて、培養上清からのサイトカイン濃度測定を実施した。300×g、4℃で10分間、上清を遠心分離にかけ、それに続き、アッセイ標準希釈剤を用いて1:10に希釈してから、上清を解析した。標準的な製品手順を用いて測定を実施した。
GM−CSFを欠失させると、IL−6産生が、非編集T細胞と比較して、24時間時点で>3倍(図7及び図8)、48時間時点で>4倍(図9及び図10)低下した。
GM−CSF欠損T細胞は、異なる単球系にわたる有意に低いIL−6発現を誘導した。
実施例19−選択マーカーを遺伝子編集遺伝子座に挿入することによりCRSの誘導を欠損させたゲノム編集CAR−T細胞を作製及び試験するための方法
in vivo CRS実験を実施する場合、NSGマウスに原発性B−ALL(2×10)を注入する。この腫瘍の注入は、CAR−Tをマウスに注入する3週間前に完了させる必要がある。
以下の工程を採用して、ゲノム編集され、CRS抵抗性の、CAR−T細胞を得てもよい。本実施例では、GM−CSFの欠失がCRSのリスクを緩和し、CD3eの欠失がTCRのシグナル伝達及びGvHDを予防し、変異IL−7Rが、このモデルのCRSを誘導させるのに十分、CAR−Tの増殖を向上させる、CD19CARTΔGMCSFΔCD3ε変異IL−7R T細胞の作製について説明する。変異体をコードする配列、構成的に活性なIL−7R配列については、表19に記載されている、または、当該技術分野において見出すことができる。当業者は理解するように、おそらく異なる効率をもたらすであろうが、ある特定の工程を、以下に記載する順で連続的に実施してもよく、または、順不同に実施してもよい。
工程1:T細胞の活性化(0日目)
Miltenyi ヒトPanT単離キットを使用して、ロイコフェレーシスチャンバーからT細胞を精製する。培地に再懸濁させる。細胞をカウントする。3:1のビーズ:細胞比率を得るのに必要なヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズの数を求める。T細胞培地でビーズを2回洗浄する。1.256細胞/mLとなるように、hXcyte培地中に細胞を希釈する。ヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズを加える。6ウェルプレートに、ウェルあたり、1.256細胞/mL溶液4mLをアリコートする。細胞を37℃で培養する。
工程2:T細胞の形質導入(1日目)
次に、1種または複数種の標的を標的とする(すなわち、認識する)1種または複数種のCAR、例えば、CAR構築物を含有するレンチウイルスを、CAR−T細胞に形質導入してもよい。形質導入の任意のその他の好適な方法を用いてもよい。
工程3:CRISPR(2日目)。
CRS抵抗性CAR−T細胞では、サイトカイン/ケモカイン/転写因子の遺伝子または転写因子を欠失させて、サイトカインの分泌を誘導する因子の骨髄細胞からの分泌を防止してもよい。Cas9 mRNA、及び標的(複数可)に対するgRNAをエレクトロポレーションすることにより、欠失を実施してもよい。しかしながら、その他の技術を使用して標的の発現を抑制してもよい。これらの技術としては、その他のゲノム編集技術、例えば、TALEN、RNA干渉、及び、抗原の内部結合を生じさせて細胞表面発現を防止することなどが挙げられる。使用可能なgRNAの例としては、表8〜10に示すgRNA、及び、当該技術分野において周知のその他のgRNAが挙げられる。
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例えば、細胞特異的タンパク質に結合する、標識抗体をコーティングした磁性ビーズ(例えば、Miltenyi Biotecから入手可能)を使用した、磁気選択を用いて、細胞を回収、単離、及び精製する。T細胞用には、抗CD3/CD28ビーズを使用してもよい。その他の精製技術は当該技術分野において周知であり、それらを使用してもよい。
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手順−nucleofector 4Dを使用したヌクレオフェクション
上記(実施例6)のとおりに、それぞれのチューブの15μgのCas9 mRNAに対して20μgのそれぞれのgRNA(gGM−CSF及びgCD3ε)を使用して、ヌクレオフェクション手順を実施する。
工程4:CRISPR活性及びTd効率の評価(10日目)
それぞれの試料から5×10の細胞を取り出してフローサイトメトリーで解析する。試料をRBで洗浄する。5μlのCD3 APC及び2μlの抗FAB BV421を加える(CARの形質導入を検出する)。洗浄する。フローサイトメトリーを実施する。細胞は、CD3ε陰性、CD34陽性、かつFAB+のはずである。T細胞を回収する(11日目)。
CAR−T細胞の精製。TCRa/b陰性選択を用いてTCR陰性細胞を精製し、TCR陽性細胞を除去してもよい。
工程5:in vivo CAR−T活性の評価
マウスあたり5×10のCAR−TをI.V.注射する。血清サイトカインレベルを評価する(+1、+2、+3、+4、+5、+10、+15日目)。Luminexマルチプレックスサイトカインプロファイリングアッセイを使用して、血清サイトカインレベルを測定して、CRS関連サイトカインの上昇を確認する。標的細胞(Raji)に対する4時間のクロム放出アッセイを実施して、in vitro活性を評価する(11日目)。hCD45、CD19+細胞を検出するための血液のフローサイトメトリーを用いて、腫瘍の排除効果をモニターする。
T細胞CRISPR用の改変gRNA手順、及びUCART19のCAR−T形質導入について、以下に記載する。
0日目−T細胞の活性化:
Miltenyi ヒトPanT単離キットを使用して、ロイコフェレーシスチャンバーからT細胞を精製する。培地に再懸濁させる。細胞をカウントする。3:1のビーズ:細胞比率を得るのに必要なヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズの数を求める。T細胞培地でビーズを2回洗浄する。1.256細胞/mLとなるように、hXcyte培地中に細胞を希釈する。ヒトT細胞活性化CD3/CD28ビーズを加える。
次に、1種または複数種の標的を標的とする(すなわち、認識する)1種または複数種のCAR、例えば、CAR構築物を含有するレンチウイルスを、T細胞に形質導入してもよい。形質導入の任意のその他の好適な方法を用いてもよい。
2日目:反応あたり4×10の細胞を使用する。EO−115−100μlのトランスフェクション容量をプログラムし、全ての助剤をNucleofector(商標) Solution P3に加える。適切な数のウェルに望ましい容量の推奨培地(6ウェルプレートに2ml)を充填してから、加湿インキュベータ内、37℃/5%COで、プレートを予備培養/平衡化することにより、細胞培養プレートを調製する。ビーズを磁気で取り除き(完全な除去を確保するために2回)、その後、細胞をカウントし、細胞密度を測定する。必要な数の細胞を、室温、90×gで10分間、遠心分離にかけ、上清を完全に除去する。次に、細胞をPBS(1ml)中に再懸濁してから微量遠心チューブに移し、必要な数の細胞を、室温、90×gで10分間、遠心分離にかける。上清を完全に除去してから、完全に室温の4D Nucleofector(商標) Solution P3中に細胞ペレットを慎重に再懸濁する(100μlあたり4×10)。20μgのgRNA(gGM−CSF及びgTRAC)を、それぞれのチューブの15μgのCas9 mRNAに加える。次に、100μlの細胞を、それぞれのチューブのCas9/gRNAに加え、軽く混合してから、全てをNucleocuvette(商標)に移す。キュベットを軽く叩いて気泡を除去する。プログラム(ヒトT細胞刺激EO−115)を使用してエレクトロポレーションを実施する。処理の完了後、専用のツールを使用して、保持器の容器からNucleocuvette(商標)を慎重に取り外す。予め温めた培地に細胞を再懸濁する。次に、目的ウェルから培地を除去し、キュベットに加え、2〜3回上下に優しくピペッティングする。次に、これをウェルに移す。同一ウェルの培地を用いてこの手順を繰り返し、37℃で培養する。
5日目:CRISPR活性及びTd効率を評価する。次に、それぞれの試料から5×10の細胞を取り出してフローサイトメトリーで解析することにより、形質導入効率について、細胞の試料を評価してもよい。試料を固定して透過処理を行ってから、CD3、CD34、及び細胞内GM−CSFについて、FACSを用いて解析する。
遺伝子の欠失の評価。
GM−CSF及びTRACの遺伝子の欠失を評価するために、それぞれの試料から5×10の細胞を回収し、それらのDNAを抽出する。TIDE解析またはディープシークエンシングを使用し、標的遺伝子座のターゲットシークエンシングを用いて、遺伝子編集効率を評価する。
11日目
マウスの採血を行い全身腫瘍組織量を測定する。
CD3を枯渇させたT細胞をマウスに注射する。
5×10のCAR+T細胞/マウスをマウスに注射する。
マウス群を以下の表20に記載する。
Figure 2021525530
その後、0、1、2、3、5、7、14、及び21日目に、FACS及び血漿測定用にマウスの採血を行い、体重を量り、体温を測定する。
CAR−T細胞の特定のマーカーを検出するためのパネルは以下のとおりである。
Figure 2021525530
サイトカイン解析及びCRSの評価について、Millipore luminexマルチプレックスサイトカイン解析を用いて評価を行う。
本明細書に記載のベクターを調製するための配列としては、以下、
配列番号:3048−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターの左ITR
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
配列番号:3049−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターの左ホモロジーアーム
cctgagatggatgcagccacagccctggagccagcctgaagctcctggtgtcttctgggggctacatataggagtgtagtccgaacctcagaggggcaaacctgctctgcagagggaatcaaggttcacataaccagagaggggagtcactcaggaaggtggctccagagccaagagtcagactctgggtcccgacttgacccagccacaccccctctgaagcttgctgagagtggctgcagtctcgctgctggatgtgcacatggtggtcattccctctgctcacaggggcaggggtccccccttactggactgaggttgccccctgctccaggtcctgggtgggagcccatgtgaactgtcagtggggcaggtctgtgagagctcccctcacactcaagtctctcacagtggccagagaagaggaaggctggagtcagaatgaggcaccagggcgggcatagcctgcccaaaggcccctgggattacaggcaggatggggagccctatctaagtgtctcccacgccccaccccagccattccaggccaggaagtccaaactgtgcccctcagagggagggggcagcctcaggcccattcagactgcccagggagggctggagagccctcaggaaggcgggtgggtgggctgtcggttcttggaaaggttcattaatgaaaacccccaagcctgaccacctagggaaaaggctcaccgttcccatgtgtggctgataagggccaggagattccacagttcaggtagttcccccgcctccctggcattttgtggtcaccattaatcatttcctctgtgtatttaagagctcttttgccagtgagcccaGTACACAGAGAGAAAGGCTAAAGTTCTCTGGAGGATGTGGCTGCAGAGCCTGCTGCTCTTGGGCACTGTGGCCTGCAGCATCTCTGCACCCGCCCGCTCGCCCAGCCCCAGCACGCAGCCCTGGGAGCATGTGAATGCCATCCAGGAGGCCC
配列番号:3050−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターのEFSプロモーター
GGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGATCCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGG
配列番号:3051−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターのtrCD34
atgccgcggggctggaccgcgctttgcttgctgagtttgctgccttctgggttcatgagtcttgacaacaacggtactgctaccccagagttacctacccagggaacattttcaaatgtttctacaaatgtatcctaccaagaaactacaacacctagtacccttggaagtaccagcctgcaccctgtgtctcaacatggcaatgaggccacaacaaacatcacagaaacgacagtcaaattcacatctacctctgtgataacctcagtttatggaaacacaaactcttctgtccagtcacagacctctgtaatcagcacagtgttcaccaccccagccaacgtttcaactccagagacaaccttgaagcctagcctgtcacctggaaatgtttcagacctttcaaccactagcactagccttgcaacatctcccactaaaccctatacatcatcttctcctatcctaagtgacatcaaggcagaaatcaaatgttcaggcatcagagaagtgaaattgactcagggcatctgcctggagcaaaataagacctccagctgtgcggagtttaagaaggacaggggagagggcctggcccgagtgctgtgtggggaggagcaggctgatgctgatgctggggcccaggtatgctccctgctccttgcccagtctgaggtgaggcctcagtgtctactgctggtcttggccaacagaacagaaatttccagcaaactccaacttatgaaaaagcaccaatctgacctgaaaaagctggggatcctagatttcactgagcaagatgttgcaagccaccagagctattcccaaaagaccctgattgcactggtcacctcgggagccctgctggctgtcttgggcatcactggctatttcctgatgaatcgccgcagctggagccccatttaa
配列番号:3052−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターのhGMB Poly A
ACGGGTGGCATCCCTGTGACCCCTCCCCAGTGCCTCTCCTGGCCCTGGAAGTTGCCACTCCAGTGCCCACCAGCCTTGTCCTAATAAAATTAAGTTGCATCATTTTGTCTGACTAGGTGTCCTTCTATAATATTATGGGGTGGAGGGGGGTGGTATGGAGCAAGGGGCAAGTTGGGAAGACAACCTGTAGGGCCTGCGGGGTCTATTGGGAACCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGTTGGGATTCCAGGCATGCATGACCAGGCTCAGCTAATTTTTGTTTTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTAATCTCAGGTGATCTACCCACCTTGGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCTCCCTTCCCTGTCCTTCTGATTTTGTAGGTAACCACGTGCGGACCGA
配列番号:3053−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターのRHA
CGTCTCCTGAACCTGAGTAGAGACACTGCTGCTGAGATGgtaagtgagagaatgtgggcctgtgcctaggccacccagctggcccctgactggccacgcctgtcagcttgataacatgacattttccttttctacagAATGAAACAGTAGAAGTCATCTCAGAAATGTTTGACCTCCAGgtaagatgcttctctctgacatagctttccagaagcccctgccctggggtggaggtggggactccattttagatggcaccacacagggttgtccactttctctccagtcagctggctgcaggaggagggggtagcaactgggtgctcaagaggctgctggccgtgcccctatggcagtcacatgagctcctttatcagctgagcggccatgggcagacctagcattcaatggccaggagtcaccaggggacaggtggtaaagtgggggtcacttcatgagacaggagctgtgggtttggggcgctcactgtgccccgagaccaagtcctgttgagacagtgctgactacagagaggcacagaggggtttcaggaacaacccttgcccacccagcaggtccaggtgaggccccacccccctctccctgaatgatggggtgagagtcacctccttccctaaggctgggctcctctccaggtgccgctgagggtggcctgggcggggcagtgagaagggcaggttcgtgcctgccatggacagggcagggtctatgactggacccagcctgtgcccctcccaagccctactcctgggggctgggggcagcagcaaaaaggagtggtggagagttcttgtaccactgtgggcacttggccactgctcaccgacgaacgacattttccacagGAGCCGACCTGCCTACAGACCCGCCTGGAGCTGTACAAGCAGGGCCTGCGGGGCAGCCTCACCAAGCTCAAGGGCCCCTTGACCATGATGGCCAGCCACTACAAGCAGCACTGCCCTCCAACCCCGgtgagtgc
配列番号:51−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターの右ITR
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
配列番号:3054−CD34をGM−CSF遺伝子座に挿入するためのベクターの完全配列
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTcctgagatggatgcagccacagccctggagccagcctgaagctcctggtgtcttctgggggctacatataggagtgtagtccgaacctcagaggggcaaacctgctctgcagagggaatcaaggttcacataaccagagaggggagtcactcaggaaggtggctccagagccaagagtcagactctgggtcccgacttgacccagccacaccccctctgaagcttgctgagagtggctgcagtctcgctgctggatgtgcacatggtggtcattccctctgctcacaggggcaggggtccccccttactggactgaggttgccccctgctccaggtcctgggtgggagcccatgtgaactgtcagtggggcaggtctgtgagagctcccctcacactcaagtctctcacagtggccagagaagaggaaggctggagtcagaatgaggcaccagggcgggcatagcctgcccaaaggcccctgggattacaggcaggatggggagccctatctaagtgtctcccacgccccaccccagccattccaggccaggaagtccaaactgtgcccctcagagggagggggcagcctcaggcccattcagactgcccagggagggctggagagccctcaggaaggcgggtgggtgggctgtcggttcttggaaaggttcattaatgaaaacccccaagcctgaccacctagggaaaaggctcaccgttcccatgtgtggctgataagggccaggagattccacagttcaggtagttcccccgcctccctggcattttgtggtcaccattaatcatttcctctgtgtatttaagagctcttttgccagtgagcccaGTACACAGAGAGAAAGGCTAAAGTTCTCTGGAGGATGTGGCTGCAGAGCCTGCTGCTCTTGGGCACTGTGGCCTGCAGCATCTCTGCACCCGCCCGCTCGCCCAGCCCCAGCACGCAGCCCTGGGAGCATGTGAATGCCATCCAGGAGGCCCGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGATCCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGatgccgcggggctggaccgcgctttgcttgctgagtttgctgccttctgggttcatgagtcttgacaacaacggtactgctaccccagagttacctacccagggaacattttcaaatgtttctacaaatgtatcctaccaagaaactacaacacctagtacccttggaagtaccagcctgcaccctgtgtctcaacatggcaatgaggccacaacaaacatcacagaaacgacagtcaaattcacatctacctctgtgataacctcagtttatggaaacacaaactcttctgtccagtcacagacctctgtaatcagcacagtgttcaccaccccagccaacgtttcaactccagagacaaccttgaagcctagcctgtcacctggaaatgtttcagacctttcaaccactagcactagccttgcaacatctcccactaaaccctatacatcatcttctcctatcctaagtgacatcaaggcagaaatcaaatgttcaggcatcagagaagtgaaattgactcagggcatctgcctggagcaaaataagacctccagctgtgcggagtttaagaaggacaggggagagggcctggcccgagtgctgtgtggggaggagcaggctgatgctgatgctggggcccaggtatgctccctgctccttgcccagtctgaggtgaggcctcagtgtctactgctggtcttggccaacagaacagaaatttccagcaaactccaacttatgaaaaagcaccaatctgacctgaaaaagctggggatcctagatttcactgagcaagatgttgcaagccaccagagctattcccaaaagaccctgattgcactggtcacctcgggagccctgctggctgtcttgggcatcactggctatttcctgatgaatcgccgcagctggagccccatttaaACGGGTGGCATCCCTGTGACCCCTCCCCAGTGCCTCTCCTGGCCCTGGAAGTTGCCACTCCAGTGCCCACCAGCCTTGTCCTAATAAAATTAAGTTGCATCATTTTGTCTGACTAGGTGTCCTTCTATAATATTATGGGGTGGAGGGGGGTGGTATGGAGCAAGGGGCAAGTTGGGAAGACAACCTGTAGGGCCTGCGGGGTCTATTGGGAACCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGTTGGGATTCCAGGCATGCATGACCAGGCTCAGCTAATTTTTGTTTTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTAATCTCAGGTGATCTACCCACCTTGGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCTCCCTTCCCTGTCCTTCTGATTTTGTAGGTAACCACGTGCGGACCGACGTCTCCTGAACCTGAGTAGAGACACTGCTGCTGAGATGgtaagtgagagaatgtgggcctgtgcctaggccacccagctggcccctgactggccacgcctgtcagcttgataacatgacattttccttttctacagAATGAAACAGTAGAAGTCATCTCAGAAATGTTTGACCTCCAGgtaagatgcttctctctgacatagctttccagaagcccctgccctggggtggaggtggggactccattttagatggcaccacacagggttgtccactttctctccagtcagctggctgcaggaggagggggtagcaactgggtgctcaagaggctgctggccgtgcccctatggcagtcacatgagctcctttatcagctgagcggccatgggcagacctagcattcaatggccaggagtcaccaggggacaggtggtaaagtgggggtcacttcatgagacaggagctgtgggtttggggcgctcactgtgccccgagaccaagtcctgttgagacagtgctgactacagagaggcacagaggggtttcaggaacaacccttgcccacccagcaggtccaggtgaggccccacccccctctccctgaatgatggggtgagagtcacctccttccctaaggctgggctcctctccaggtgccgctgagggtggcctgggcggggcagtgagaagggcaggttcgtgcctgccatggacagggcagggtctatgactggacccagcctgtgcccctcccaagccctactcctgggggctgggggcagcagcaaaaaggagtggtggagagttcttgtaccactgtgggcacttggccactgctcaccgacgaacgacattttccacagGAGCCGACCTGCCTACAGACCCGCCTGGAGCTGTACAAGCAGGGCCTGCGGGGCAGCCTCACCAAGCTCAAGGGCCCCTTGACCATGATGGCCAGCCACTACAAGCAGCACTGCCCTCCAACCCCGgtgagtgcAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
配列番号:3048−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物の左ITR
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
配列番号:3055−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のクローニングレムナント
GCGGCCGCATCGATTGaattc
配列番号:3056−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のCD3 Lホモロジーアーム
AGGTAAGTCCACGAATCAGTGATTCAGTGGTGTGGAGAGCTTTATTTCTGAGAAGGCCAGTAGCGCTCCCTTCTGACAAGCAAATCTAAGACCTGGATGACAGATGACTTCCTGCATTTGGTTGGTTCTTTTGTCATTCATATCTATCTGTAATACAGTTCTGGCTAATTTAAGAGGATAAGCTTGAAGACCTCTGGAATTTTTCGGCTTTAGGACTTTAAGGCTTTCTGAGCTTCAGTAGATCTAGATCTAGGAGCTCATGCTGGTATATTCTGAATCCGATGTATCTGAGTTACATCTATGAGCTACTTAATAAATATATCTATGAGCTAAATCTCATAGGCTAAGCATGAACCTCACCTCCAAGACTCGGGGTTCCTAAATGGATGAGACCCTCTTTGGGAAGTCTTGTGGGCAGTGTCTAATTCCACTAGAAAAGTTTTACCTACAATTTAAACTTAAACCATGATATTTTCTTACTGCTGTTTCCTTTTTTCATTTTCAGGTGGTATTACACAGACACGTGAGTTTATTGGTCTTTTATTTATGCCCTGTCTGAGGATGCAGATTGGTGGGTAGATGAGAAGGAACTGATTGAGAGAGATTAACCCCAAGAACTGATATCTTCCCAGCATTGCATTCTCAACTCCATTTTAGAAAGGTTCCAAATAGGGACTTCTGTGGGTTTTTCTTTACATCCATCTTACCCTTCCCAAGTCCCCATGTCCCTGCGTAAACCCTAAAGCCACCTCTCAAAAGGTTCTCTAGTTCCCTTCAAGGTTCTCTAGTTCCCTTCATTCCACATATCTCCTCTTCCACACCCTCTAGCCAGTAGAGCTCCCTTCTGACAAGCAAGTCTAAGATCTAGATGACAGATGACTTCCTGCATTTGGGTGGTTCTTTTGTCACTAATTTGCCTTTTCTAAAATTGTCCTGGTTTCTTCTGCCAATTTCCCTTCTTTCTCCCCAGCATATAAAGTCTCCATCTCTGGAACCACA
配列番号:3057−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のCAR7
atggccttaccagtgaccgccttgctcctgccgctggccttgctgctccacgccgccaggccggatatccagatgacacagactacatcctccctgtctgcctctctgggagacagagtcaccatcagttgcagtgcaagtcagggcattagcaattatttaaactggtatcagcagaaaccagatggaactgttaaactcctgatctattacacatcaagtttacactcaggagtcccatcaaggttcagtggcagtgggtctgggacagattattctctcaccatcagcaacctggaacctgaagatattgccacttattattgtcagcagtatagcaagcttccgtacacgttcggaggggggaccaagctggaaataaaacgtggtggtggtggttctggtggtggtggttctggcggcggcggctccggtggtggtggatccgaggtgcaactggtggagtctgggggaggcttagtgaagcctggggggtccctgaaactctcctgtgcagcctctggactcactttcagtagctatgccatgtcttgggttcgccagactccagagaagaggctggagtgggtcgcatccattagtagtggtggtttcacctactatccagacagtgtgaagggccgattcaccatctccagagataatgccaggaacatcctgtatctgcaaatgagcagtctgaggtctgaggacacggccatgtattactgtgcaagagacgaggtacgggggtacctcgatgtctggggcgcagggaccacggtcaccgtttcccctaggGCTAGCaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcagcccctgtccctgcgcccagaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatttttgggtgctggtggtggttggtggagtcctggcttgctatagcttgctagtaacagtggcctttattattttctgggtgaggagtaagaggagcaggctcctgcacagtgactacatgaacatgactccccgccgccccgggcccacccgcaagcattaccagccctatgccccaccacgcgacttcgcagcctatcgctccagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcgtacaagcagggccagaaccagctctataacgagctcaatctaggacgaagagaggagtacgatgttttggacaagagacgtggccgggaccctgagatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcctgtacaatgaactgcagaaagataagatggcggaggcctacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttaccagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaggccctgccccctcgcCGGACCGATggaagcggagctactaacttcagcctgctgaagcaggctggagacgtggaggagaaccctggacctgtttctgaagccatgccgcggggctggaccgcgctttgcttgctgagtttgctgccttctgggttcatgagtcttgacaacaacggtactgctaccccagagttacctacccagggaacattttcaaatgtttctacaaatgtatcctaccaagaaactacaacacctagtacccttggaagtaccagcctgcaccctgtgtctcaacatggcaatgaggccacaacaaacatcacagaaacgacagtcaaattcacatctacctctgtgataacctcagtttatggaaacacaaactcttctgtccagtcacagacctctgtaatcagcacagtgttcaccaccccagccaacgtttcaactccagagacaaccttgaagcctagcctgtcacctggaaatgtttcagacctttcaaccactagcactagccttgcaacatctcccactaaaccctatacatcatcttctcctatcctaagtgacatcaaggcagaaatcaaatgttcaggcatcagagaagtgaaattgactcagggcatctgcctggagcaaaataagacctccagctgtgcggagtttaagaaggacaggggagagggcctggcccgagtgctgtgtggggaggagcaggctgatgctgatgctggggcccaggtatgctccctgctccttgcccagtctgaggtgaggcctcagtgtctactgctggtcttggccaacagaacagaaatttccagcaaactccaacttatgaaaaagcaccaatctgacctgaaaaagctggggatcctagatttcactgagcaagatgttgcaagccaccagagctattcccaaaagaccctgattgcactggtcacctcgggagccctgctggctgtcttgggcatcactggctatttcctgatgaatcgccgcagctggagccccatttaa
配列番号:3058−CD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のGFP
ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA
配列番号:3059−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のhGMB Poly A
ACGGGTGGCATCCCTGTGACCCCTCCCCAGTGCCTCTCCTGGCCCTGGAAGTTGCCACTCCAGTGCCCACCAGCCTTGTCCTAATAAAATTAAGTTGCATCATTTTGTCTGACTAGGTGTCCTTCTATAATATTATGGGGTGGAGGGGGGTGGTATGGAGCAAGGGGCAAGTTGGGAAGACAACCTGTAGGGCCTGCGGGGTCTATTGGGAACCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGTTGGGATTCCAGGCATGCATGACCAGGCTCAGCTAATTTTTGTTTTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTAATCTCAGGTGATCTACCCACCTTGGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCTCCCTTCCCTGTCCTTCTGATTTTGTAGGTAACCAC
配列番号:3060−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のCD3e Rホモロジーアーム
aGTAtaatattgacatgccctcagtatcctggatctgaaatactatggcaacacaatgataaaaacataggcggtgatgaggatgataaaaacataggcagtgatgaggatcacctgtcactgaaggaattttcagaattggagcaaagtggttattatgtctgctaccccagaggaagcaaaccagaagatgcgaacttttatctctacctgagggcaagagtgtgtgagaactgcatggagatggatgtgatgtcggtggccacaattgtcatagtggacatctgcatcactgggggcttgctgctgctggtttactactggagcaagaatagaaaggccaaggccaagcctgtgacacgaggagcgggtgctggcggcaggcaaaggggacaaaacaaggagaggccaccacctgttcccaacccagactatgagcccatccggaaaggccagcgggacctgtattctggcctgaatcagagacgcatctgaccctctggagaacactgcctcccgctggcccaggtctcctctccagtccccctgcgactccctgtttcctgggctagtcttggaccccacgagagagaatcgttcctcagcctcatggtgaactcgcgccctccagcctgatcccccgctccctcctccctgccttctctgctggtacccagtcctaaaatattgctgcttcctcttcctttgaagcatcatcagtagtcacaccctcacagctggcctgccctcttgccaggatatttatttgtgctattcactcccttccctttggatgtaacttctccgttcagttccctccttttcttgcatgtaagttgtcccccatcccaaagtattccatctacttttctatcgccgtccccttttgcagccctctctggggatggactgggtaaatgttgacagaggccctgccccgttcacagatcctggccctgagccagccctgtgctcctccctcccccaacactccctaccaacc
配列番号:3061−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のクローニングレムナント
GCGgacCGAGCGGCCGC
配列番号:3062−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物の右ITR
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
配列番号:3063−GFPをCD3ε遺伝子座に挿入するためのドナー構築物のクローニングレムナント
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCATCGATTGaattcAGGTAAGTCCACGAATCAGTGATTCAGTGGTGTGGAGAGCTTTATTTCTGAGAAGGCCAGTAGCGCTCCCTTCTGACAAGCAAATCTAAGACCTGGATGACAGATGACTTCCTGCATTTGGTTGGTTCTTTTGTCATTCATATCTATCTGTAATACAGTTCTGGCTAATTTAAGAGGATAAGCTTGAAGACCTCTGGAATTTTTCGGCTTTAGGACTTTAAGGCTTTCTGAGCTTCAGTAGATCTAGATCTAGGAGCTCATGCTGGTATATTCTGAATCCGATGTATCTGAGTTACATCTATGAGCTACTTAATAAATATATCTATGAGCTAAATCTCATAGGCTAAGCATGAACCTCACCTCCAAGACTCGGGGTTCCTAAATGGATGAGACCCTCTTTGGGAAGTCTTGTGGGCAGTGTCTAATTCCACTAGAAAAGTTTTACCTACAATTTAAACTTAAACCATGATATTTTCTTACTGCTGTTTCCTTTTTTCATTTTCAGGTGGTATTACACAGACACGTGAGTTTATTGGTCTTTTATTTATGCCCTGTCTGAGGATGCAGATTGGTGGGTAGATGAGAAGGAACTGATTGAGAGAGATTAACCCCAAGAACTGATATCTTCCCAGCATTGCATTCTCAACTCCATTTTAGAAAGGTTCCAAATAGGGACTTCTGTGGGTTTTTCTTTACATCCATCTTACCCTTCCCAAGTCCCCATGTCCCTGCGTAAACCCTAAAGCCACCTCTCAAAAGGTTCTCTAGTTCCCTTCAAGGTTCTCTAGTTCCCTTCATTCCACATATCTCCTCTTCCACACCCTCTAGCCAGTAGAGCTCCCTTCTGACAAGCAAGTCTAAGATCTAGATGACAGATGACTTCCTGCATTTGGGTGGTTCTTTTGTCACTAATTTGCCTTTTCTAAAATTGTCCTGGTTTCTTCTGCCAATTTCCCTTCTTTCTCCCCAGCATATAAAGTCTCCATCTCTGGAACCACAATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAAACGGGTGGCATCCCTGTGACCCCTCCCCAGTGCCTCTCCTGGCCCTGGAAGTTGCCACTCCAGTGCCCACCAGCCTTGTCCTAATAAAATTAAGTTGCATCATTTTGTCTGACTAGGTGTCCTTCTATAATATTATGGGGTGGAGGGGGGTGGTATGGAGCAAGGGGCAAGTTGGGAAGACAACCTGTAGGGCCTGCGGGGTCTATTGGGAACCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGTTGGGATTCCAGGCATGCATGACCAGGCTCAGCTAATTTTTGTTTTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTAATCTCAGGTGATCTACCCACCTTGGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCTCCCTTCCCTGTCCTTCTGATTTTGTAGGTAACCACaGTAtaatattgacatgccctcagtatcctggatctgaaatactatggcaacacaatgataaaaacataggcggtgatgaggatgataaaaacataggcagtgatgaggatcacctgtcactgaaggaattttcagaattggagcaaagtggttattatgtctgctaccccagaggaagcaaaccagaagatgcgaacttttatctctacctgagggcaagagtgtgtgagaactgcatggagatggatgtgatgtcggtggccacaattgtcatagtggacatctgcatcactgggggcttgctgctgctggtttactactggagcaagaatagaaaggccaaggccaagcctgtgacacgaggagcgggtgctggcggcaggcaaaggggacaaaacaaggagaggccaccacctgttcccaacccagactatgagcccatccggaaaggccagcgggacctgtattctggcctgaatcagagacgcatctgaccctctggagaacactgcctcccgctggcccaggtctcctctccagtccccctgcgactccctgtttcctgggctagtcttggaccccacgagagagaatcgttcctcagcctcatggtgaactcgcgccctccagcctgatcccccgctccctcctccctgccttctctgctggtacccagtcctaaaatattgctgcttcctcttcctttgaagcatcatcagtagtcacaccctcacagctggcctgccctcttgccaggatatttatttgtgctattcactcccttccctttggatgtaacttctccgttcagttccctccttttcttgcatgtaagttgtcccccatcccaaagtattccatctacttttctatcgccgtccccttttgcagccctctctggggatggactgggtaaatgttgacagaggccctgccccgttcacagatcctggccctgagccagccctgtgctcctccctcccccaacactccctaccaaccGCGgacCGAGCGGCCGCAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
配列番号:3064−GFPをCD3e遺伝子座に挿入するためのベクターの完全配列
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCATCGATTGaattcAGGTAAGTCCACGAATCAGTGATTCAGTGGTGTGGAGAGCTTTATTTCTGAGAAGGCCAGTAGCGCTCCCTTCTGACAAGCAAATCTAAGACCTGGATGACAGATGACTTCCTGCATTTGGTTGGTTCTTTTGTCATTCATATCTATCTGTAATACAGTTCTGGCTAATTTAAGAGGATAAGCTTGAAGACCTCTGGAATTTTTCGGCTTTAGGACTTTAAGGCTTTCTGAGCTTCAGTAGATCTAGATCTAGGAGCTCATGCTGGTATATTCTGAATCCGATGTATCTGAGTTACATCTATGAGCTACTTAATAAATATATCTATGAGCTAAATCTCATAGGCTAAGCATGAACCTCACCTCCAAGACTCGGGGTTCCTAAATGGATGAGACCCTCTTTGGGAAGTCTTGTGGGCAGTGTCTAATTCCACTAGAAAAGTTTTACCTACAATTTAAACTTAAACCATGATATTTTCTTACTGCTGTTTCCTTTTTTCATTTTCAGGTGGTATTACACAGACACGTGAGTTTATTGGTCTTTTATTTATGCCCTGTCTGAGGATGCAGATTGGTGGGTAGATGAGAAGGAACTGATTGAGAGAGATTAACCCCAAGAACTGATATCTTCCCAGCATTGCATTCTCAACTCCATTTTAGAAAGGTTCCAAATAGGGACTTCTGTGGGTTTTTCTTTACATCCATCTTACCCTTCCCAAGTCCCCATGTCCCTGCGTAAACCCTAAAGCCACCTCTCAAAAGGTTCTCTAGTTCCCTTCAAGGTTCTCTAGTTCCCTTCATTCCACATATCTCCTCTTCCACACCCTCTAGCCAGTAGAGCTCCCTTCTGACAAGCAAGTCTAAGATCTAGATGACAGATGACTTCCTGCATTTGGGTGGTTCTTTTGTCACTAATTTGCCTTTTCTAAAATTGTCCTGGTTTCTTCTGCCAATTTCCCTTCTTTCTCCCCAGCATATAAAGTCTCCATCTCTGGAACCACAatggccttaccagtgaccgccttgctcctgccgctggccttgctgctccacgccgccaggccggatatccagatgacacagactacatcctccctgtctgcctctctgggagacagagtcaccatcagttgcagtgcaagtcagggcattagcaattatttaaactggtatcagcagaaaccagatggaactgttaaactcctgatctattacacatcaagtttacactcaggagtcccatcaaggttcagtggcagtgggtctgggacagattattctctcaccatcagcaacctggaacctgaagatattgccacttattattgtcagcagtatagcaagcttccgtacacgttcggaggggggaccaagctggaaataaaacgtggtggtggtggttctggtggtggtggttctggcggcggcggctccggtggtggtggatccgaggtgcaactggtggagtctgggggaggcttagtgaagcctggggggtccctgaaactctcctgtgcagcctctggactcactttcagtagctatgccatgtcttgggttcgccagactccagagaagaggctggagtgggtcgcatccattagtagtggtggtttcacctactatccagacagtgtgaagggccgattcaccatctccagagataatgccaggaacatcctgtatctgcaaatgagcagtctgaggtctgaggacacggccatgtattactgtgcaagagacgaggtacgggggtacctcgatgtctggggcgcagggaccacggtcaccgtttcccctaggGCTAGCaccacgacgccagcgccgcgaccaccaacaccggcgcccaccatcgcgtcgcagcccctgtccctgcgcccagaggcgtgccggccagcggcggggggcgcagtgcacacgagggggctggacttcgcctgtgatttttgggtgctggtggtggttggtggagtcctggcttgctatagcttgctagtaacagtggcctttattattttctgggtgaggagtaagaggagcaggctcctgcacagtgactacatgaacatgactccccgccgccccgggcccacccgcaagcattaccagccctatgccccaccacgcgacttcgcagcctatcgctccagagtgaagttcagcaggagcgcagacgcccccgcgtacaagcagggccagaaccagctctataacgagctcaatctaggacgaagagaggagtacgatgttttggacaagagacgtggccgggaccctgagatggggggaaagccgagaaggaagaaccctcaggaaggcctgtacaatgaactgcagaaagataagatggcggaggcctacagtgagattgggatgaaaggcgagcgccggaggggcaaggggcacgatggcctttaccagggtctcagtacagccaccaaggacacctacgacgcccttcacatgcaggccctgccccctcgcCGGACCGATggaagcggagctactaacttcagcctgctgaagcaggctggagacgtggaggagaaccctggacctgtttctgaagccatgccgcggggctggaccgcgctttgcttgctgagtttgctgccttctgggttcatgagtcttgacaacaacggtactgctaccccagagttacctacccagggaacattttcaaatgtttctacaaatgtatcctaccaagaaactacaacacctagtacccttggaagtaccagcctgcaccctgtgtctcaacatggcaatgaggccacaacaaacatcacagaaacgacagtcaaattcacatctacctctgtgataacctcagtttatggaaacacaaactcttctgtccagtcacagacctctgtaatcagcacagtgttcaccaccccagccaacgtttcaactccagagacaaccttgaagcctagcctgtcacctggaaatgtttcagacctttcaaccactagcactagccttgcaacatctcccactaaaccctatacatcatcttctcctatcctaagtgacatcaaggcagaaatcaaatgttcaggcatcagagaagtgaaattgactcagggcatctgcctggagcaaaataagacctccagctgtgcggagtttaagaaggacaggggagagggcctggcccgagtgctgtgtggggaggagcaggctgatgctgatgctggggcccaggtatgctccctgctccttgcccagtctgaggtgaggcctcagtgtctactgctggtcttggccaacagaacagaaatttccagcaaactccaacttatgaaaaagcaccaatctgacctgaaaaagctggggatcctagatttcactgagcaagatgttgcaagccaccagagctattcccaaaagaccctgattgcactggtcacctcgggagccctgctggctgtcttgggcatcactggctatttcctgatgaatcgccgcagctggagccccatttaaACGGGTGGCATCCCTGTGACCCCTCCCCAGTGCCTCTCCTGGCCCTGGAAGTTGCCACTCCAGTGCCCACCAGCCTTGTCCTAATAAAATTAAGTTGCATCATTTTGTCTGACTAGGTGTCCTTCTATAATATTATGGGGTGGAGGGGGGTGGTATGGAGCAAGGGGCAAGTTGGGAAGACAACCTGTAGGGCCTGCGGGGTCTATTGGGAACCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGTTGGGATTCCAGGCATGCATGACCAGGCTCAGCTAATTTTTGTTTTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTAATCTCAGGTGATCTACCCACCTTGGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCTCCCTTCCCTGTCCTTCTGATTTTGTAGGTAACCACaGTAtaatattgacatgccctcagtatcctggatctgaaatactatggcaacacaatgataaaaacataggcggtgatgaggatgataaaaacataggcagtgatgaggatcacctgtcactgaaggaattttcagaattggagcaaagtggttattatgtctgctaccccagaggaagcaaaccagaagatgcgaacttttatctctacctgagggcaagagtgtgtgagaactgcatggagatggatgtgatgtcggtggccacaattgtcatagtggacatctgcatcactgggggcttgctgctgctggtttactactggagcaagaatagaaaggccaaggccaagcctgtgacacgaggagcgggtgctggcggcaggcaaaggggacaaaacaaggagaggccaccacctgttcccaacccagactatgagcccatccggaaaggccagcgggacctgtattctggcctgaatcagagacgcatctgaccctctggagaacactgcctcccgctggcccaggtctcctctccagtccccctgcgactccctgtttcctgggctagtcttggaccccacgagagagaatcgttcctcagcctcatggtgaactcgcgccctccagcctgatcccccgctccctcctccctgccttctctgctggtacccagtcctaaaatattgctgcttcctcttcctttgaagcatcatcagtagtcacaccctcacagctggcctgccctcttgccaggatatttatttgtgctattcactcccttccctttggatgtaacttctccgttcagttccctccttttcttgcatgtaagttgtcccccatcccaaagt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が挙げられるがこれらに限定されない。
本出願に列挙する全ての参照文献、米国または外国の特許または出願は、その全体が本明細書に記載されるかのように、参照により本明細書に組み込まれる。任意の矛盾が生じた場合には、本明細書で実際に開示する物質が優先される。
上記の記載内容から、当業者は、本発明の本質的な特徴を容易に見極めることができ、また、本発明の趣旨及び範囲を逸脱することなく本発明の様々な変更及び修正を行い、様々な用法及び条件に適合させることができる。

Claims (94)

  1. サイトカイン放出症候群に関与するサイトカインもしくはケモカインまたは転写因子を欠損した、キメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞。
  2. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子をコードする遺伝子の欠失または抑制によりもたらされる、請求項1に記載の細胞。
  3. 前記欠失または抑制は、前記CARを、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子の遺伝子座に挿入することによりもたらされる、請求項2に記載の細胞。
  4. 前記CARは、選択マーカーもまた含む構築物の一部である、請求項3に記載の細胞。
  5. 前記選択マーカーは、緑色蛍光(GFP)遺伝子、YFP遺伝子、tCD34遺伝子、またはtEGFR遺伝子を含む、請求項4に記載の細胞。
  6. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、またはClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集による、前記サイトカインまたはケモカインの遺伝子の欠失または抑制によりもたらされる、請求項1に記載の細胞。
  7. 欠失または抑制は、CRISPRを使用することによりもたらされる、請求項1に記載の細胞。
  8. 欠失または抑制は、Cas9−CRISPRを使用することによりもたらされる、請求項1に記載の細胞。
  9. 前記Cas9は、mRNAまたはタンパク質として前記細胞内に送達される、請求項8に記載の細胞。
  10. 前記Cas9は、mRNAとして前記細胞内に送達される、請求項8に記載の細胞。
  11. 前記Cas9は、タンパク質として前記細胞内に送達される、請求項8に記載の細胞。
  12. 欠失または抑制される前記遺伝子を標的とするガイドRNA(gRNA)は、前記Cas9と同時に送達される、請求項6から請求項11のいずれか1項に記載の細胞。
  13. 前記送達はエレクトロポレーションによる、請求項9から請求項12のいずれか1項に記載の細胞。
  14. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、1種または複数種の低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションによる、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる、請求項1に記載の細胞。
  15. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の欠損は、1種または複数種の短ヘアピンRNA(shRNA)の形質導入による、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる、請求項1に記載の細胞。
  16. 少なくとも1種のCARを発現するキメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞であって、
    前記少なくとも1種のCARは、サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の、遺伝子または転写因子遺伝子の遺伝子座に挿入される、
    前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、及びClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集、から選択される方法により欠失または抑制される、
    前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、小胞体(ER)内の前記サイトカインまたはケモカインに結合して分泌を防止する、前記ERに結合するテザーを有するscFvの発現により抑制される、
    前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物は、低分子干渉RNA(siRNA)のトランスフェクションにより抑制される、あるいは、
    前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物は、短ヘアピンRNA(shRNA)の形質導入により抑制される、
    前記キメラ抗原受容体(CAR)保有免疫エフェクター細胞。
  17. キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)及びCAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)、またはCAR保有マクロファージ、から選択される、請求項1から請求項15のいずれか1項に記載の細胞。
  18. CAR−Tである、請求項17に記載の細胞。
  19. デュアルCAR−TまたはタンデムCAR−Tである、請求項18に記載の細胞。
  20. iNKT−CARである、請求項17に記載の細胞。
  21. デュアルiNKT−CARまたはタンデムiNKT−CARである、請求項20に記載の細胞。
  22. CARマクロファージである、請求項17に記載の細胞。
  23. デュアルCARマクロファージまたはタンデムCARマクロファージである、請求項22に記載の細胞。
  24. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、サイトカイン放出症候群の発症に寄与する、請求項1から請求項23のいずれか1項に記載の細胞。
  25. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、表10に記載のサイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の中から選択される、請求項1に記載の細胞。
  26. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、骨髄細胞を活性化または局在化するT細胞により産生される、請求項25に記載の細胞。
  27. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、骨髄細胞またはCAR−T細胞を活性化するT細胞表面受容体遺伝子である、請求項25に記載の細胞。
  28. 欠失または抑制される前記遺伝子は、CAR−T細胞シグナル伝達に組み込まれたT細胞表面受容体である、請求項2に記載の細胞。
  29. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、T細胞/CAR−T細胞の分化を駆動する、請求項1に記載の細胞。
  30. 前記サイトカインまたはケモカインは、T細胞/CAR−T細胞の分化を駆動する転写因子である、請求項1に記載の細胞。
  31. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、MCP1(CCL2)、MCP−2、GM−CSF、G−CSF、M−CSF、Il−4、及びIFNγから選択される、請求項1に記載の細胞。
  32. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子は、GM−CSFである、請求項31に記載の細胞。
  33. GM−CSF欠損CAR−T細胞である、請求項32に記載の細胞。
  34. GM−CSF欠損iNKT−CAR細胞である、請求項32に記載の細胞。
  35. 使用する前記免疫エフェクター細胞は、健康なドナーから採取される、請求項1に記載の細胞。
  36. 前記ドナーはヒトである、請求項35に記載の細胞。
  37. 前記キメラ抗原受容体(複数可)は、悪性細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、請求項1に記載の細胞。
  38. 悪性細胞上に発現した前記1種または複数種の抗原は、BCMA、CS1、CD38、CD138、CD19、CD33、CD123、CD371、CD117、CD135、Tim−3、CD5、CD7、CD2、CD4、CD3、CD79A、CD79B、APRIL、CD56、及びCD1a、から選択される、請求項37に記載の細胞。
  39. 前記キメラ抗原受容体は、悪性T細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、請求項1から請求項38のいずれか1項に記載の細胞。
  40. 前記抗原は、CD2、CD3ε、CD4、CD5、CD7、TCRA、及びTCRβ、から選択される、請求項39に記載の細胞。
  41. 前記キメラ抗原受容体は、悪性B細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、請求項1から請求項38のいずれか1項に記載の細胞。
  42. 前記抗原は、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD25、CD27、CD38、及びCD45、から選択される、請求項41に記載の細胞。
  43. 前記抗原は、CD19及びCD20から選択される、請求項42に記載の細胞。
  44. 前記キメラ抗原受容体は、悪性中皮細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、請求項1から請求項38のいずれか1項に記載の細胞。
  45. 前記抗原はメソテリンである、請求項44に記載の細胞。
  46. 前記キメラ抗原受容体は、悪性形質細胞上に発現した少なくとも1種の抗原に特異的に結合する、請求項1から請求項38のいずれか1項に記載の細胞。
  47. 前記抗原は、BCMA、CS1、CD38、及びCD19、から選択される、請求項46に記載の細胞。
  48. 前記キメラ抗原受容体は、BCMAとTACIの両方を効果的に共標的とする、BCMA及びTACIに対するリガンドである、前記APRILタンパク質の細胞外部分を発現する、請求項37に記載の細胞。
  49. 前記CAR−T細胞は自殺遺伝子を更に含む、請求項1から請求項48のいずれか1項に記載の細胞。
  50. 内在性T細胞受容体介在性シグナル伝達は、前記細胞内においてごくわずかである、請求項1から請求項49のいずれか1項に記載の細胞。
  51. アロ反応性または移植片対宿主病を誘導しない、請求項50に記載の細胞。
  52. 同胞殺しを誘導しない、請求項1から請求項51のいずれか1項に記載の細胞。
  53. 請求項1から請求項52のいずれか1項に記載の細胞を投与することを含む、サイトカイン放出症候群及び/またはCAR−T関連ニューロパチーの発症率が低い患者におけるがんを治療するための方法。
  54. 前記がんは血液悪性腫瘍である、請求項53に記載の方法。
  55. 前記血液悪性腫瘍はT細胞悪性腫瘍である、請求項54に記載の方法。
  56. 前記T細胞悪性腫瘍はT細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)である、請求項55に記載の方法。
  57. 前記T細胞悪性腫瘍は非ホジキンリンパ腫である、請求項55に記載の方法。
  58. 前記血液悪性腫瘍は多発性骨髄腫である、請求項54に記載の方法。
  59. 前記血液悪性腫瘍はAMLである、請求項54に記載の方法。
  60. 前記がんは固形腫瘍である、請求項53に記載の方法。
  61. 前記がんは、子宮頸癌、膵臓癌、卵巣癌、中皮腫、及び肺癌である、請求項60に記載の方法。
  62. キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)免疫治療薬、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)免疫治療薬、CAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)免疫治療薬、またはCAR保有マクロファージ(CARマクロファージ)免疫治療薬、を投与されている患者におけるサイトカイン放出症候群またはCAR−T関連ニューロパチーを予防または抑制するための方法であって、請求項1から請求項52のいずれか1項に記載の細胞を前記免疫治療薬として投与することを含む、前記方法。
  63. 前記患者はがんの治療を受けている、請求項62に記載の方法。
  64. 前記がんは血液悪性腫瘍である、請求項63に記載の方法。
  65. 前記血液悪性腫瘍はT細胞悪性腫瘍である、請求項64に記載の方法。
  66. 前記T細胞悪性腫瘍はT細胞急性リンパ芽球性白血病(T−ALL)である、請求項65に記載の方法。
  67. 前記T細胞悪性腫瘍は非ホジキンリンパ腫である、請求項65に記載の方法。
  68. 前記血液悪性腫瘍は多発性骨髄腫である、請求項64に記載の方法。
  69. 前記血液悪性腫瘍はAMLである、請求項64に記載の方法。
  70. 前記がんは固形腫瘍である、請求項62に記載の方法。
  71. 前記がんは、子宮頸癌、膵臓癌、卵巣癌、中皮腫、及び肺癌である、請求項70に記載の方法。
  72. キメラ抗原受容体T細胞(CAR−T)、CAR保有iNKT細胞(iNKT−CAR)、CAR保有ナチュラルキラー(NK)細胞(NK−CAR)、またはCAR保有マクロファージ(CARマクロファージ)を用いて、サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の発現を阻害するための方法であって、前記サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の遺伝子座にCARを挿入することを含む、前記方法。
  73. 前記サイトカイン遺伝子もしくはケモカイン遺伝子または転写因子遺伝子の前記発現を阻害することは、CAR−T細胞介在性殺傷を抑制しない、請求項72に記載の方法。
  74. サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子を欠失または抑制することを含む、CRSまたはCAR−T関連ニューロパチー(CAN)を引き起こさない、または、前記CRSまたはCAR−T関連ニューロパチー(CAN)に寄与しない、CAR−T(免疫エフェクター)細胞、を作製するための方法。
  75. 前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子を欠失または抑制することは、CAR−T細胞介在性殺傷を抑制しない、請求項74に記載の方法。
  76. 前記欠失または抑制は、前記CARを、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子の遺伝子座に挿入することによりもたらされる、請求項74に記載の方法。
  77. 前記CARは、選択マーカーもまた含む構築物の一部である、請求項74に記載の方法。
  78. 前記選択マーカーは、緑色蛍光(GFP)遺伝子、YFP遺伝子、tCD34遺伝子、またはtEGFR遺伝子を含む、請求項78に記載の方法。
  79. 選択マーカーを有するCARを前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子に挿入することにより、TCR陰性細胞の単一工程精製が可能となる、請求項74に記載の方法。
  80. 選択マーカーを有するCARを前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子に挿入することにより、CAR+サイトカイン陰性細胞の単一工程精製が可能となる、請求項74に記載の方法。
  81. 前記欠失または抑制は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)編集、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)編集、またはClustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats(CRISPR)編集を使用することによりもたらされる、請求項74に記載の方法。
  82. 前記欠失または抑制は、CRISPRを使用することによりもたらされる、請求項74に記載の方法。
  83. 前記欠失または抑制は、Cas9−CRISPRを使用することによりもたらされる、請求項74に記載の方法。
  84. 前記Cas9は、mRNAまたはタンパク質として前記細胞内に送達される、請求項83に記載の方法。
  85. 前記Cas9は、mRNAとして前記細胞内に送達される、請求項83に記載の方法。
  86. 前記Cas9は、タンパク質として前記細胞内に送達される、請求項83に記載の方法。
  87. 欠失または抑制される前記遺伝子を標的とするガイドRNA(gRNA)は、前記Cas9と同時に送達される、請求項74に記載の方法。
  88. 前記送達はエレクトロポレーションによる、請求項74に記載の方法。
  89. 前記欠失または抑制は、1種または複数種の短ヘアピンRNA(shRNA)の形質導入による、前記サイトカインもしくはケモカインまたは転写因子の遺伝子転写物の抑制によりもたらされる、請求項74に記載の方法。
  90. 前記欠失または抑制は、タンパク質発現ブロッカー(PEBL)をコードする構築物を形質導入することによりもたらされる、請求項74に記載の方法。
  91. 前記構築物は、前記サイトカイン、ケモカイン、またはTFの遺伝子に特異的な、抗体由来単鎖可変フラグメントをコードする、請求項90に記載の方法。
  92. 前記サイトカイン、ケモカイン、または転写因子の遺伝子の欠失は、CAR−T介在性殺傷を抑制しない、請求項53から請求項91のいずれか1項に記載の方法。
  93. 挿入される前記CARは、ドナー鋳型を含む、請求項74に記載の方法。
  94. ドナー鋳型は、アデノ随伴ウイルス(AAV)、一本鎖DNA、または二本鎖DNAを含む、請求項93に記載の方法。
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