JP2021517560A - 細菌株を含む組成物 - Google Patents

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Abstract

本発明は、対象における免疫系の刺激に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。【選択図】なし

Description

本発明は、哺乳動物の消化管から単離された細菌株を含む組成物、及び疾患、特にがんの治療、及び特に疾患の治療における免疫系の刺激における、かかる組成物の使用の分野にある。
ヒト腸管は、子宮内で無菌と考えられているが、出生後直ぐに非常に多様な母体及び環境微生物に曝される。その後、微生物の定着及び連鎖の動的期間があるが、この定着及び連鎖は、分娩様式、環境、食事、及び宿主の遺伝子型などの因子により影響を受け、それらの因子は全て、特に幼少期において、腸内微生物叢の組成に影響を与える。その後、微生物叢は安定し、成体様になる［１］。ヒト腸内微生物叢は、５００〜１０００を超える様々な系統型を含んでおり、この系統型は本質的に２つの主要な細菌分類、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する［２］。細菌のヒト腸への定着から生じる共生関係が成功することにより、多種多様な代謝的、構造的、保護的、及び他の有益な機能がもたらされる。定着された腸の増強された代謝活性により、本来なら難消化性の食事成分が、副産物の放出と共に確実に分解され、重要な栄養源が宿主に与えられる。同様に、腸内微生物叢が免疫学的に重要であることも十分に認識されており、例えば、共生細菌株の導入後に機能的に再構成される免疫系に障害がある無菌動物において示されている［３〜５］。
微生物叢組成物の劇的な変化が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などの胃腸障害において記録されている。例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ細菌のレベルは、ＩＢＤ患者において低減しているが、Ｅ．ｃｏｌｉの数は増加しており、腸内の共生生物と病原性共生生物とのバランスがシフトしていることが示唆される［６〜９］。興味深いことに、この腸内細菌の不均衡は、Ｔエフェクター細胞集団における不均衡にも関連している。
ある特定の細菌株が動物の腸に与え得る潜在的な肯定的効果の認識において、様々な株が、様々な疾患の治療での使用のために提案されている（例えば、［１０〜１３］を参照されたい）。さらに、ある特定の株、例えば、ほとんどのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ株は、腸管と直接関連しない様々な炎症性疾患及び自己免疫疾患の治療に使用することが提案されている（［１４］及び［１５］の総説を参照されたい）。しかしながら、異なる疾患と異なる細菌株との間の関係、特定の細菌株が腸及び全身レベル並びに何らかの特定の種類の疾患へ与える正確な効果は、十分に特徴付けられていない。
ＷＯ２０１５０３８７３１は、抗菌剤またはプロバイオティック物質の投与によって、結腸バイオフィルムの破壊による結腸癌の治療方法を論じている。出願は、プロバイオティックで使用され得る多数の細菌を列挙しているが、結腸癌の治療において、いずれの細菌の効果についても明確に示していない。代わりに、この出願は、大腸癌におけるバイオフィルムの診断ポテンシャルに焦点を当てている。
ＥＭＢＬデータベース受託番号ＸＰ００２７８７３８３は、提案されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ種の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を提供する一方、ＥＭＢＬデータベース受託番号ＸＰ００２７８７３８４は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を提供する。これらの文書は、単離された株のゲノム解析を詳述しており、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａの治療効果へのガイダンスを提供していない。
Ａｈｍｅｄ ｅｔ ａｌ（Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅに提出）は、腸内微生物叢由来の細菌株のインビトロ特徴付けについて考えている。
疾患を治療する新しい方法が、当該技術分野において必要とされている。さらに、腸内細菌を使用した新しい治療を開発できるような腸内細菌の潜在的効果を特徴付けることが必要とされている。
本発明者らは、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に使用することができるＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む新しい組成物を開発した。
従って、本発明は、対象における免疫系の刺激に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種のものであるのが好ましい。
さらなる態様では、本発明は、がん、例えば、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経芽腫、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫及び／または胃癌の治療または予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。さらなる態様では、本発明は、がん、例えば、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
さらなる態様では、本発明は、免疫老化の治療、予防、または遅延に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
さらなる態様では、本発明は、ワクチンアジュバントとして使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
さらなる態様では、本発明は、細胞治療、例えば、ＣＡＲ−Ｔの強化に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
本発明で使用される細菌は、受託番号４２７８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株であるのが好ましい。
本発明のさらに多くの実施形態を以下に提供する：
１．対象における免疫系の刺激に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む、組成物。
２．転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経芽腫、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍などのがんの治療または予防に使用するための、実施形態１に記載の組成物。
３．前記組成物が、ヒストン脱アセチル化酵素阻害活性を有する、実施形態２に記載の使用のための組成物。
４．前記組成物が、炎症誘発性サイトカインを上方調節する、実施形態２または実施形態３に記載の使用のための組成物。
５．腸バリア透過性の低下に使用するための、実施形態２〜４のいずれか１項に記載の使用のための組成物。
６．免疫老化の治療、予防、または遅延に使用するための、実施形態１に記載の組成物。
７．ワクチンアジュバントとして使用するための、実施形態１に記載の組成物。
８．ＣＡＲ−Ｔなどの細胞治療の強化に使用するための、実施形態１に記載の組成物。
９．カスパーゼ３、ＭＡＰ２、ＩＬ−１β、ＩＬ−２３及び／またはＴＮＦ−αの発現レベル及び／または活性の増加に使用するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１０．細胞集団中のＴｒｅｇの数及び／または割合を選択的に減少させる方法に使用するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１１．前記細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１２．前記細菌株が、配列番号８、９、１０、１１または１２のいずれか１つに少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、または、前記細菌株が、配列番号８、９、１０、１１または１２のいずれか１つによって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１３．前記細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓのものである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１４．前記細菌株が、配列番号１に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、または、前記細菌株が、配列番号１によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１５．前記細菌株が、受託番号４２７８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１６．前記組成物が、経口投与用である、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１７．前記組成物が、１または２以上の薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１８．前記細菌株が凍結乾燥されている、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
１９．先行実施形態のいずれかで使用するための、先行実施形態のいずれかに記載の組成物を含む、食品。
２０．Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、免疫刺激の低下に関連する疾患または状態の治療または予防方法。
２１．前記細胞が、１または２以上の異種抗原を発現する、実施形態１〜１６のいずれかに定義の細菌株の細胞を含む、組成物。
２２．前記細胞が、前記１または２以上の異種抗原を提示する、実施形態２１に記載の組成物。
２３．ワクチンとして使用するための、実施形態２１または実施形態２２に記載の組成物。
２４．前記細胞が、１または２以上の異種抗原を発現する、実施形態１〜１８のいずれかに定義の細菌株の細胞。
２５．前記細胞が、前記１または２以上の異種抗原を提示する、実施形態２４に記載の細胞。
２６．ワクチンとして使用するための、実施形態２４または実施形態２５に記載の細胞。
２７．前記細菌株が、配列番号８、９、１０、１１または１２のいずれか１つに少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、治療に使用するための細菌株。
２８．治療に使用するための、配列番号８、９、１０、１１または１２のいずれか１つによって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、細菌株。
β３チューブリンの発現レベル：免疫染色及び細胞イメージング（図１Ａ）、免疫ブロッティング（図１Ｂ） ＭＡＰ２の発現レベル：免疫染色及び細胞イメージング ＭＡＰ２の発現レベル：免疫ブロッティング ＭＡＰ２の発現レベル：発現の倍数変化 ＤＲＤ２発現の変化 Ｃａｓｐ３発現の変化 細胞生存率の変化 ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞の細胞表現型検査。 ＣＤ４＋活性化細胞の細胞表現型検査。 Ｔｒｅｇ細胞の細胞表現型検査。 ＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞の細胞表現型検査。 ＣＤ８＋活性化細胞の細胞表現型検査。 Ｂ細胞の細胞表現型検査。 ＣＤ８／Ｔｒｅｇの比の細胞表現型検査。 活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇの比の細胞表現型検査。 ＩＬ−１βのサイトカイン分析。 ＴＮＦ−αのサイトカイン分析。 ＩＬ−２３のサイトカイン分析。 ＩＬ−６のサイトカイン分析。 ＭＩＰ−３αのサイトカイン分析。 ＣＸＣＬ９のサイトカイン分析。 ＭＣＰ−１のサイトカイン分析。 ＩＬ−１０のサイトカイン分析。 ＧＭ−ＣＳＦのサイトカイン分析。 図６で提示されるデータのフローサイトメトリーによって、免疫細胞（ＣＤ４、ＣＤ８及びＣＤ１９＋細胞）の異なる集団の分析に使用されるゲーティング戦略。 インターロイキン−８（ＩＬ−８））の分泌。 ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）活性の変化。 全細胞及び細胞溶解物ヒストン脱アセチル化酵素活性の株誘発変化。 株による代謝産物の産生。 ヒストン脱アセチル化酵素活性の酸誘発変化。 ＨＤＡＣ１阻害。 ＨＤＡＣ２阻害。 ＨＤＡＣ３阻害。 クラスＩ ＨＤＡＣの阻害。 ＨＤＡＣ１の阻害。 ＨＤＡＣ２の阻害。 ＨＤＡＣ３の阻害。 腸バリア機能に対する効果。 Ｔｏｌｌ様受容体４（ＴＬＲ−４）の海馬発現の変化。 ＴＮＦ−αの海馬発現の変化。 インターロイキン−１β（ＩＬ−１β）の海馬発現の変化。 インターロイキン−６（ＩＬ−６）の海馬発現の変化。 ＣＤ１１ｂの海馬発現の変化。 ＴＬＲ−４の扁桃体発現の変化。 ＣＤ１１ｂの扁桃体発現の変化。 ＩＬ−６の扁桃体発現の変化。 ＴＬＲ−４の前頭前皮質発現の変化。 ＣＤ１１ｂの前頭前皮質発現の変化。 ＩＬ−６の前頭前皮質発現の変化。 ＭＲｘ００２９を投与したマウス由来のマウス脾細胞からのインターフェロン−γ産生に対する効果。 ＭＲｘ００２９を投与したマウス由来のマウス脾細胞からのＩＬ−１β産生に対する効果。 ＭＲｘ００２９を投与したマウス由来のマウス脾細胞からのＩＬ−６産生に対する効果。 ＭＲｘ００２９を投与したマウス由来の脾細胞からのＴＮＦ−α産生に対する効果。 ＭＲｘ００２９を投与したマウス由来の脾細胞からのＣＸＣＬ１産生に対する効果。 ＧＡＰＤＨに比べて、様々な治療後のＳＫＭＥＬ２細胞株におけるＭＡＰ２の遺伝子発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ２細胞株のクローン原性生存率。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ２細胞株の軟寒天増殖。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ２細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達（リン酸化ＥＲＫ１及び２（ｐ４４及びｐ４２）／総ＥＲＫ）。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＧＡＰＤＨに比べて、様々な治療後のＳＫＭＥＬ２８細胞株におけるＭＡＰ２の遺伝子発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ２８細胞株のクローン原性生存率。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ２８細胞株の軟寒天増殖。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ２８細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達（リン酸化ＥＲＫ１及び２（ｐ４４及びｐ４２）／総ＥＲＫ）。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＧＡＰＤＨに比べて、様々な治療後のＳＫＭＥＬ３１細胞株におけるＭＡＰ２の遺伝子発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ３１細胞株のクローン原性生存率。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ３１細胞株の軟寒天増殖。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＳＫＭＥＬ３１細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達（リン酸化ＥＲＫ１及び２（ｐ４４及びｐ４２）／総ＥＲＫ）。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＧＡＰＤＨに比べて、様々な治療後の４５１Ｌｕ細胞株におけるＭＡＰ２の遺伝子発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後の４５１Ｌｕ細胞株のクローン原性生存率。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後の４５１Ｌｕ細胞株の軟寒天増殖。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後の４５１Ｌｕ細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達（リン酸化ＥＲＫ１及び２（ｐ４４及びｐ４２）／総ＥＲＫ）。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＧＡＰＤＨに比べて、様々な治療後のＨＴ−２９細胞株におけるＭＡＰ２の遺伝子発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＨＴ−２９細胞株のクローン原性生存率。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＨＴ−２９細胞株の軟寒天増殖。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＨＴ−２９細胞株の軟寒天増殖（寒天プレートの写真）。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ 様々な治療後のＨＴ２９細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達（リン酸化ＥＲＫ１及び２（ｐ４４及びｐ４２）／総ＥＲＫ）。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＭＡＰキナーゼ経路の概要（［７２］から）。 ＭＲｘ００２９に加えて、（Ａ）ホルボールミリスチン酸塩の処理無し、及び（Ｂ）処理有りの、分化Ｃａｃｏ−２細胞におけるＧＰＲ１０９ａ ＲＮＡ発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ （Ａ）条件培地によるＭＲｘ００２９、及び（Ｂ）ＭＲｘ００２９のみによるＨＴ２９細胞からのＩＬ−８分泌の誘発。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７の代謝物質分析。 ＭＲｘ００２９及び基準Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の上清における吉草酸産生。 ＭＲｘ００２９及び基準Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株による有機酸産生及び消費。 ＭＲＸ０２９によるＮＳＥ／エノラーゼ２の抑制。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、及びＮＣＩＭＢ ４３３８９による有機酸産生及び消費。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７及び他の寄託株によるＵ３７３細胞におけるＩＬ−６分泌の上方調節（ｎ＝３）。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、ＮＣＩＭＢ ４３３８９、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、及びＮＣＩＭＢ ４３３８７によるエノラーゼ２の抑制。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７及び他の寄託株によるＭＡＰ２発現の増加。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７によるサイトカインレベル及びＮＦκＢ−ＡＰ１プロモーターの調節。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７によるサイトカインレベル及びＮＦκＢ−ＡＰ１プロモーターの調節。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、酪酸、吉草酸及びヘキサン酸を産生する ＮＣＩＭＢ ４２７８７が産生した代謝産物の免疫刺激活性。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７の免疫刺激活性における代謝産物の役割の分析。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株ＮＣＩＭＢ ４３３８７は、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおける結腸ＩＤＯ−１ ｍＲＮＡ発現に影響を及ぼす。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株ＮＣＩＭＢ ４３３８５及びＮＣＩＭＢ ４３３８７は、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおける結腸Ｔｐｈ１ ｍＲＮＡ発現に影響を及ぼす。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株ＮＣＩＭＢ ４３３８５は、ＢＡＬＢ／ｃマウス由来の脾細胞のＣｏｎＡ刺激の際に、ＩＦＮγ及びＩＬ−６産生を調節する。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株ＮＣＩＭＢ ４３３８５は、ＢＡＬＢ／ｃマウスの脳におけるＩＬ−６及びＣＤ１１ｂ発現を調節する。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＢＡＬＢ／ｃマウスの扁桃体におけるＴＬＲ４発現を調節する。
細菌株
本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む。実施例は、この属の細菌が、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療に有用であることを示している。好ましい細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種のものである。
本発明において使用されるＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ種の例としては、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｉｎｄｉｃａ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｕｅｃｉｅｎｓｉｓ及びＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓが挙げられる。本発明において使用されるＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ種のさらなる例は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｈｅｘａｎｏｉｃａである。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａは、反芻及び非反芻哺乳動物、例えば、ヒトの偏性嫌気性、乳酸発酵、胃腸微生物である。
Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓの基準株は、ＮＰ３（＝ＣＳＵＲ Ｐ２４５＝ＤＳＭ ２６２２８）である［１６］。Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＰ３の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に対するＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＪＸ４２４７７２．１である。
実施例で試験したＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ細菌は、ＭＲｘ００２９株と本明細書で呼ばれる。試験したＭＲｘ００２９株に対する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１で提供される。
ＭＲｘ００２９株は、「Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９」として、２０１７年７月１３日に４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ｃｏｒｎｈｉｌｌ Ｒｏａｄ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって、国際寄託当局ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託され、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７が割り当てられた。
実施例で試験した株に近縁する細菌株はまた、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に有効であると期待される。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号1に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。本発明において使用される細菌株は、配列番号１によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するのが好ましい。
ＭＲｘ００２９株のバイオタイプである細菌株はまた、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に有効であると期待される。バイオタイプは、同じかまたは非常に類似の生理学的及び生化学的特性を有する近縁株である。
ＭＲｘ００２９株のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に適している株は、ＭＲｘ００２９株に対する他のヌクレオチド配列をシーケンシングすることで同定され得る。例えば、実質的に全ゲノムは、配列決定され得、及び本発明において使用されるバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％または９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有し得る。バイオタイプ株の同定に使用される他の適切な配列は、ｈｓｐ６０または反復配列、例えば、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、またはＲＥＰ、または［１７］を含んでいてよい。バイオタイプ株は、ＭＲｘ００２９株の対応する配列に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し得る。
あるいは、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプであり、本発明での使用に適している株は、ＭＲｘ００２９株及び制限断片分析及び／またはＰＣＲ分析を用いて、例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）−ＰＣＲフィンガープリンティング、またはタンパク質プロファイリング、または部分的１６Ｓまたは２３Ｓ ｒＤＮＡシーケンシングを用いて同定され得る。好ましい実施形態では、かかる技術を使用して、他のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株を同定してもよい。
ある特定の実施形態ではＭＲｘ００２９株のバイオタイプであり、本発明での使用に適している株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析した場合、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素を使用した場合、ＭＲｘ００２９株と同じパターンを提供する株である（例示の方法及びガイダンスについて、例えば、［１８］を参照されたい）。あるいは、バイオタイプ株は、ＭＲｘ００２９株と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として同定される。
本発明の組成物及び方法に有用である他のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株、例えば、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプは、任意の適切な方法または戦略、例えば、実施例に記載のアッセイを用いて同定され得る。例えば、本発明において使用される株は、細胞溶解物または全細胞に添加して、ＭＡＰ２発現、ＤＲＤ２発現、サイトカインレベルまたは細胞生存率について試験することによって同定され得る。特に、ＭＲｘ００２９株に対して同様の増殖パターン、代謝型及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明で有用であり得る。有用な株は、ＭＲｘ００２９株と同等の免疫調節活性を有する。特に、バイオタイプ株は、実施例に示すように、ＭＡＰ２発現、ＤＲＤ２発現、サイトカインレベルまたは細胞生存率に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。バイオタイプ株は、実施例に示すように、ヒストン脱アセチル化酵素阻害活性に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。
いくつかの実施形態では、本発明で有用な細菌株は、細菌株による代謝産物の産生及び消費を日常的にプロファイリングすることによって同定され得る。本発明者らは、実施例で使用した細菌株が、酪酸塩、吉草酸及びヘキサン酸を産生し、酢酸塩及びプロピオン酸塩を消費することを見出した（図５４〜５６を参照）。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株Ｒｅｆ １、Ｒｅｆ ２及びＲｅｆ ３もまた、これらの代謝産物を消費し、産生することが分かった（図５４〜５６を参照）。従って、いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、代謝産物である酪酸塩、吉草酸及びヘキサン酸のうちの１または２以上を産生する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、酢酸塩及びプロピオン酸塩の１つまたは両方を消費する。好ましい実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸塩、吉草酸及びヘキサン酸を産生し、酢酸塩及びプロピオン酸塩を消費する。
特に好ましい本発明の株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株である。これは、実施例で試験した例示の株であり、疾患の治療に有効であることを示す。従って、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９またはその派生物の細胞、例えば、単離細胞を提供する。また、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９またはその派生物の細胞を含む組成物を提供する。また、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９の生物学的に純粋な培養を提供する。また、本発明は、特に、本明細書に記載される疾患の治療に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９またはその派生物の細胞を提供する。
特に好ましい本発明の株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株である。これは、実施例で試験した例示のＭＲｘ００２９株であり、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に有効であることを示す。従って、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株またはその派生物の細胞、例えば、単離細胞を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含む組成物、またはその派生物を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の生物学的に純粋な培養を提供する。また、本発明は、特に、本明細書に記載される疾患の治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株またはその派生物の細胞を提供する。
本発明の株の派生物は、娘菌株（子孫）、または原株から培養（サブクローン）された株であり得る。本発明の株の派生物は、生物活性を除去することなく、例えば、遺伝子レベルで修飾してもよい。特に、本発明の株の派生物は、治療的に活性である。派生株は、ＭＲｘ００２９株と同等の免疫調節活性を有する。特に、派生株は、実施例に示すように、ＭＡＰ２発現、ＤＲＤ２発現、サイトカインレベルまたは細胞生存率に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。派生株は、実施例に示すように、ヒストン脱アセチル化酵素阻害活性に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。ＭＲｘ００２９株の派生物は、概して、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプである。
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株の細胞への言及は、株ＭＲｘ００２９と同じ安全性及び治療効果特性を有する任意の細胞を包含し、かかる細胞は、本発明に包含される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物における細菌株は、生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することができる。
本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株が、ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＭＩＰ−３α、ＩＬ−２３、ＩＬ−８及び／またはＩＬ−６などの炎症性サイトカインの活性化を増加させることを見出した。
本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株が、免疫細胞の活性化を増加させて、ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＭＩＰ−３α、ＩＬ−２３、ＩＬ−８及び／またはＩＬ−６などのサイトカインの分泌を強化することを見出した。
好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がん、最も好ましくは、神経芽腫などの脳癌の治療及び予防に使用されるのが好ましい。好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用されるのが好ましい。
好ましい実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することができる。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株４２７８７の細胞を含まない。
いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託された株ではなし。
いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託された株ではない。
これらの細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９）及びＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐｐ．（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６及びＮＣＩＭＢ ４３３８７）として、２０１９年５月６日に４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ｃｏｒｎｈｉｌｌ Ｒｏａｄ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって、国際寄託当局ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託された。したがって、別の実施形態では、本発明の組成物は、これらの細菌株またはそのバイオタイプもしくは派生物のうちの１または２以上を含む。疑いを避けるために、上記参照されたＲｅｆ １は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株、上記参照されたＲｅｆ ２は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株、及び上記参照されたＲｅｆ ３は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株である。
実施例で試験した株に近縁する細菌株はまた、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に有効であると期待される。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株である。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がん、最も好ましくは、神経芽腫などの脳癌の治療及び予防に使用されるのが好ましい。好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用されるのが好ましい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株ではない。
したがって、ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓである。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がん、最も好ましくは、神経芽腫などの脳癌の治療及び予防に使用されるのが好ましい。好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用されるのが好ましい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株ではない。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号９に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号９によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、配列番号９に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、配列番号９によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１０に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１０によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、配列番号１０に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、配列番号１０によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属のものである。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がん、最も好ましくは、神経芽腫などの脳癌の治療及び予防に使用されるのが好ましい。好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用されるのが好ましい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株ではない。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がん、最も好ましくは、神経芽腫などの脳癌の治療及び予防に使用されるのが好ましい。好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用されるのが好ましい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株ではない。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がん、最も好ましくは、神経芽腫などの脳癌の治療及び予防に使用されるのが好ましい。好ましい実施形態では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株またはその派生物もしくはバイオタイプを含む組成物を提供し、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍の治療または予防に使用されるのが好ましい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株ではない。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号８に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１１に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１２に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号８、１１または１２に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、配列番号８、１１または１２に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号８によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１１によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１２によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号８、１１または１２によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、配列番号８、１１または１２によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプである細菌株はまた、免疫系の刺激、及び疾患、特に、がんの治療及び予防に有効であると期待される。バイオタイプは、同じかまたは非常に類似の生理学的及び生化学的特性を有する近縁株である。
ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された細菌株またはそのバイオタイプを提供する。
受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に適している株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上に対する他のヌクレオチド配列をシーケンシングすることで同定され得る。例えば、実質的に全ゲノムは、配列決定され得、及び本発明において使用されるバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％または９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有し得る。バイオタイプ株の同定に使用される他の適切な配列は、ｈｓｐ６０または反復配列、例えば、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、またはＲＥＰを含み得る。バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上に対応する配列に少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し得る。
あるいは、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に適している株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上及び制限断片分析及び／またはＰＣＲ分析を用いて、例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）−ＰＣＲフィンガープリンティング、またはタンパク質プロファイリング、または部分的１６Ｓまたは２３Ｓ ｒＤＮＡシーケンシングを用いて同定され得る。好ましい実施形態では、かかる技術を使用して、他のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株を同定してもよい。
ある特定の実施形態では、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に適している株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析した場合、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素を使用した場合、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同じパターンを提供する株である。あるいは、バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として同定される。
本発明の組成物及び方法に有用である他の株、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプは、任意の適切な方法または戦略、例えば、実施例に記載のアッセイを用いて同定され得る。例えば、本発明において使用される株は、細胞溶解物または全細胞に添加して、ＭＡＰ２発現、ＤＲＤ２発現、サイトカインレベルまたは細胞生存率について試験することによって同定され得る。特に、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上に対して同様の増殖パターン、代謝型及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明で有用であり得る。有用な株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同等の免疫調節活性を有する。特に、バイオタイプ株は、実施例に示すように、ＭＡＰ２発現、ＤＲＤ２発現、サイトカインレベルまたは細胞生存率に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。バイオタイプ株は、実施例に示すように、ヒストン脱アセチル化酵素阻害活性に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。
ある特定の実施形態では、本発明の好ましい株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株である。これは、実施例で試験した例示の株であり、疾患の治療に有効であることを示す。従って、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上またはその派生物の細胞、例えば、単離細胞を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上の細胞を含む組成物、またはその派生物を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上の生物学的に純粋な培養を提供する。また、本発明は、治療に使用するための、特に、本明細書に記載される疾患の治療に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上またはその派生物の細胞を提供する。
本発明の株の派生物は、娘菌株（子孫）、または原株から培養（サブクローン）された株であり得る。本発明の株の派生物は、生物活性を除去することなく、例えば、遺伝子レベルで修飾してもよい。特に、本発明の株の派生物は、治療的に活性である。派生株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同等の治療活性を有する。特に、派生株は、実施例に示すように、ＭＡＰ２発現、ＤＲＤ２発現、サイトカインレベルまたは細胞生存率に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。派生株は、実施例に示すように、ヒストン脱アセチル化酵素阻害活性に対する同等の効果を引き出し、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを用いて同定され得る。受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上の派生物は、概して、それぞれ、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプである。
本発明者らは、実施例で使用した細菌株が、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、ギ酸を消費することを見出した（図５８を参照）。受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生することも分かった。加えて、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５及びＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株は、ギ酸を消費することも分かった。従って、いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、代謝産物である２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸のうちの１または２以上を産生する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、ギ酸を消費する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、ギ酸を消費する。好ましい実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸塩、吉草酸、ヘキサン酸、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、酢酸塩、プロピオン酸塩及びギ酸を消費する。
ある特定の実施形態では、酪酸塩及び／または吉草酸の産生は、ＩＬ−８分泌を生成する。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、酪酸塩及び／または吉草酸の産生を介して、免疫系を刺激し得る。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉを含まない。ある特定の実施形態では、本発明の組成物及び方法で有用な細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉではない。
治療用途
免疫系の刺激
実施例は、本発明の組成物の投与が、ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の免疫刺激をもたらすことができることを示す。本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣに対する免疫活性化作用を有することが示されたため、本発明の組成物は、疾患、特に、免疫活性化の低下によって特徴付けられる疾患及び免疫反応の増加によって治療可能な疾患の治療に有用であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、免疫系の刺激に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、免疫系を刺激することによって、疾患の治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、免疫反応の促進に使用される。
実施例は、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＴｒｅｇの割合の減少をもたらすことができることを示す（図６Ｃ）。サプレッサーＴ細胞としても知られるＴｒｅｇは、免疫反応を抑制するように機能するＴ細胞の集団である。Ｔｒｅｇは、細胞表面マーカーＣＤ２５の高発現及びＣＤ１２７の低発現によって特徴付けられる［１９］。本発明の組成物の投与が、Ｔｒｅｇの集団を選択的に低下させることを示したので（図６Ｃ）、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合の増加によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合の増加によって特徴付けられる疾患の治療または予防に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＣＤ１２７−細胞の割合の増加によって特徴付けられる疾患の治療または予防に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇによる免疫反応の抑制低下に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの選択的低下による免疫反応の刺激に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫刺激に使用され、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの数または割合を低下させる。
実施例は、本発明の組成物が、Ｂ細胞、ＣＤ４ Ｔ細胞またはＣＤ８ Ｔ細胞などの細胞に大きな影響を与えることなく、Ｔｒｅｇを選択的に標的にすることができ得ることを示す。従って、本発明の組成物は、試験した他の細胞型の割合に大きな影響を与えることなく、ＰＢＭＣ中のＴｒｅｇを選択的に低下させ得る。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの数または割合の選択的な低下に使用され、ＣＤ４ Ｔ細胞の数または割合は、有意に変化しない。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの数または割合の選択的な低下に使用され、ＣＤ８ Ｔ細胞の数または割合は、有意に変化しない。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの数または割合の選択的な低下に使用され、Ｂ細胞の数または割合は、有意に変化しない。さらなる実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの数または割合の選択的な低下に使用され、Ｂ細胞、ＣＤ４ Ｔ細胞及び／またはＣＤ８ Ｔ細胞の数または割合は、有意に変化しない。
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株は、酪酸塩を産生し、酪酸塩は、血中のＴｒｅｇ細胞レベルの増加、及びＴｒｅｇ活性の増加と関連しているため、Ｔｒｅｇの割合の減少は、特に驚くべきものであった［２０］。従って、本発明の組成物が、ＰＢＭＣ中のＴｒｅｇの割合の減少をもたらしたことは予想外であった。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＣＤ８細胞のＴｒｅｇ細胞に対する比の増加をもたらすことができることを示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞（ＣＤ８細胞）は、細胞傷害性Ｔ細胞であり、細胞内病原体に対する免疫防御に重要な役割を果たす。本発明の組成物の投与が、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞及び活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の両方の比を増加させることを示したので（図６Ｇ及び図６Ｈ）、本発明の組成物は、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ及び／または活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させて、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させて、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用され、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の増加は、免疫刺激をもたらす。別の実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させて、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させて、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用され、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の増加は、免疫刺激をもたらす。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、免疫反応の刺激に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、免疫反応の刺激に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＣＤ１９＋ＣＤ３−細胞の割合の増加をもたらすことができることを示す（図６Ｆ）。従って、本発明の組成物の投与は、細胞集団中のＢ細胞の割合の増加をもたらすことができる。本発明の組成物の投与が、Ｂ細胞の割合を増加させることを示したので、本発明の組成物は、Ｂ細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｂ細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１９＋ＣＤ３−細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＢ細胞の数または割合を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用され、Ｂ細胞の数または割合の増加は、免疫刺激をもたらす。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｂ細胞の数または割合を増加させることによって、免疫反応の刺激に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の割合の増加をもたらすことができることを示す（図６Ｄ）。従って、本発明の組成物の投与は、細胞集団中のＣＤ８ Ｔ細胞の割合の増加をもたらすことができる。本発明の組成物の投与が、ＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の割合を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の数または割合を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用され、ＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の数または割合の増加は、免疫刺激をもたらす。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８ Ｔ細胞障害性細胞の数または割合を増加させることによって、免疫反応の刺激に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＣＤ８＋活性化細胞の割合の増加をもたらすことができることを示す（図６Ｅ）。従って、本発明の組成物の投与は、細胞集団中のＣＤ８＋活性化細胞の割合の増加をもたらすことができる。本発明の組成物の投与が、ＣＤ８＋活性化細胞の割合を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ＣＤ８＋活性化細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８＋活性化細胞の数または割合の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＣＤ８＋活性化細胞の数または割合を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用され、ＣＤ８＋活性化細胞の数または割合の増加は、免疫刺激をもたらす。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８＋活性化細胞の数または割合を増加させることによって、免疫反応の刺激に使用される。
実施例は、本発明の組成物の投与は、ＰＢＭＣ中の炎症誘発性分子、例えば、炎症誘発性サイトカインの発現の増加をもたらすことができることを示す（図７及び図９）。本発明の組成物の投与の際に発現レベルの増加を示した免疫刺激性（例えば、炎症誘発性）分子の例としては、ＩＬ−２３、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＭＩＰ−３α、ＩＬ−８及びＩＬ−６が挙げられる。本発明の組成物の投与が、免疫刺激性（例えば、炎症誘発性）分子の発現の増加を示したので、本発明の組成物は、炎症誘発性分子、例えば、炎症誘発性サイトカインの発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、炎症誘発性分子の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患、特に、炎症誘発性サイトカインの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−２３、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＭＩＰ−３α及び／またはＩＬ−６の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−２３、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＭＩＰ−３α及び／またはＩＬ−６の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−２３、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＭＩＰ−３α及び／またはＩＬ−６の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＩＬ−１βの発現の増加をもたらすことができることを示す。ＩＬ−１βは、炎症誘発性サイトカインである［２１］。ＩＬ−１βの産生及び分泌は、炎症反応の活性化に関連するタンパク質複合体であるインフラマソームによって調節される［２２］。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−１βの発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＩＬ−１βの発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−１βの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−１βの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−１βの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−１βの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−１βの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−１βの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−２３の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＩＬ−２３は、炎症と関係している［２３、２４］。免疫反応におけるＩＬ−２３の提案された機能には、樹状細胞（ＤＣ）によるＣＤ４＋メモリーＴ細胞の増殖の促進及びＩＦＮ−γの分泌の促進が挙げられる［２５］。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−２３の発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＩＬ−２３の発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−２３の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−２３の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−２３の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−２３の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−２３の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−２３の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のマクロファージ炎症性タンパク質−３（ＭＩＰ３−α）またはＣＣＬ２０の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＭＩＰ３−αは、ＣＣＲ６受容体に結合する炎症性ケモカインであり、ＤＣ及びメモリーＴ細胞に対する化学誘引物質として機能する。ＭＩＰ３−αは、未成熟ＤＣを炎症部位に動員することによる適応免疫反応の惹起と関連する［２６］。ＭＩＰ３−αの調節不全発現は、炎症性腸疾患などの疾患と関連している［２７］。本発明の組成物の投与が、ＭＩＰ３−αの発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＭＩＰ３−αの発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＭＩＰ３−αの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＭＩＰ３−αの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＭＩＰ３−αの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＭＩＰ３−αの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＭＩＰ３−αの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＭＩＰ３−αの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例は、本発明の組成物の投与は、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＴＮＦ−αは、様々なシグナル伝達経路に関与して、細胞死を促進することが知られる炎症誘発性サイトカインである。ＴＮＦ−αは、その同族受容体であるＴＮＦＲ−１に結合することでアポトーシスを開始させて、アポトーシス経路における開裂事象のカスケードをもたらす［２８］。ＴＮＦ−αはまた、ＲＩＰキナーゼ依存性機構を介して壊死を惹起することができる［２９］。本発明の組成物の投与が、ＴＮＦ−α発現の増加を示すので、本発明の組成物は、疾患の治療に有用であり得、特に、ＴＮＦ−αの発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−α発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＩＬ−６の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＩＬ−６は、炎症中に産生される炎症誘発性サイトカインであり、未成熟ＣＤ４＋Ｔ細胞の細胞傷害性Ｔ細胞への分化、及びＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞傷害性Ｔ細胞への分化を促進する［３０］。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−６の発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＩＬ−６の発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−６の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−６の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−６の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
Ｂｅｔｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．［３１］は、ＩＬ−６が、Ｔｒｅｇの産生を阻害することを報告した。実施例は、本発明の組成物が、ＩＬ−６の発現を増加させることを示すので、本発明の組成物は、ＩＬ−６の発現を増加させることによって、Ｔｒｅｇの数または割合を選択的に減少させ得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６の発現を増加させることによって、免疫刺激に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの数または割合を減少させることによって、免疫刺激に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−６の発現を増加させることによって、免疫刺激に使用される。別の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、Ｔｒｅｇの数または割合を減少させることによって、免疫刺激に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−８の発現の増加をもたらすことができることを示す（実施例８を参照）。ＩＬ−８は、免疫刺激性作用を有する、マクロファージによって主に分泌される炎症誘発性サイトカインである。ＩＬ−８は、標的細胞中で、主に好中球中であるが他の顆粒球中においても走化性を誘発し、感染部位への移動を引き起こす。ＩＬ−８はまた、食作用を刺激する。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−８の発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−８の及び／またはＩＬ−８の活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−８の発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＩＬ−８の発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＣＤ１１ｂの発現の増加をもたらすことができることを示す（実施例１２を参照）。ＣＤ１１ｂは、免疫刺激性作用を有する炎症誘発性サイトカインである。ＣＤ１１ｂは、自然免疫系に関与する多くの白血球の表面上で発現され、白血球の付着及び移動を調節することによって炎症を媒介する。ＣＤ１１ｂは、いくつかの免疫過程、例えば、食作用、細胞媒介細胞傷害性、走化性及び細胞活性化に関与している。本発明の組成物の投与が、ＣＤ１１ｂの発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現の減少によって特徴付けられる疾患の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＣＤ１１ｂの発現及び／またはＣＤ１１ｂの活性の減少によって特徴付けられる疾患の治療に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性を増加させることによって、疾患の治療または予防に使用される。一実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＣＤ１１ｂの発現及び／または活性を増加させることによって、免疫反応の促進に使用される。
実施例は、本発明の組成物が、ＮＦ−κＢ−Ａｐ１プロモーター活性化を誘発することができることを示す（図６１を参照）。ＮＦ−κＢは、特に、炎症メディエーター及び免疫反応に関与するサイトカイン、例えば、ＩＬ−６の発現を刺激することによって、免疫反応の活性化に関与する。上記のように、ＩＬ−６の発現の増加は、免疫系の刺激を助けるため、ＮＦ−κＢ経路の活性化は、免疫刺激活性を有する。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＮＦ−κＢシグナル伝達を活性化させることによって、免疫系を刺激する。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＮＦ−κＢプロモーターの活性化を増加させることによって、炎症メディエーター及び免疫刺激サイトカインの発現を刺激する。
がん
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、脳癌、特に、神経芽腫の治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、黒色腫、特に、転移性黒色腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、脳癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、神経芽腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、黒色腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移性黒色腫の治療または予防に使用される。最も好ましい実施形態では、本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含み、脳癌、特に、神経芽腫の治療または予防に使用される。さらに最も好ましい実施形態では、本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含み、黒色腫、特に、転移性黒色腫の治療または予防に使用される。
実施例（実施例１）は、本発明の組成物の投与が、未分化神経芽腫細胞におけるクラスＩＩＩβチューブリン（β３チューブリン）発現の増加をもたらすことができることを示す。β３チューブリンは、ニューロンマーカーとして広く知られる［３２］。実施例はまた、本発明の組成物の投与が、未分化神経芽腫細胞における微小管関連タンパク質２（ＭＡＰ２）発現の増加をもたらすことができることを示す。ＭＡＰ２は、ニューロンで主に発現されて、微小管を安定化させて、樹状突起の発達及び神経突起伸長を促進するように機能する［３３］。ＭＡＰ２は、分化ニューロンのマーカーとして知られる。
細胞分化剤の投与は、腫瘍増殖の阻害と相関しているので、細胞分化を引き起こす薬剤は、癌治療薬と関連している［３４］。従って、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、細胞分化、特に、ニューロン分化を誘発することによって、がんの治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ニューロン分化を誘発することによって、脳癌の治療、特に、神経芽腫の治療に使用される。
さらに、ＭＡＰ２は、皮膚原発型の黒色腫で高発現されることが分かっているが、転移性黒色腫では発現が低下する［３５］。微小管安定化タンパク質の発現の増加、またはＭＡＰ２などの微小管安定化タンパク質による治療が、細胞分裂中に必要とされる微小管の動的不安定を干渉し得ることが提案されている。従って、ＭＡＰ２の上方調節は、細胞分裂を妨げ、がんの腫瘍増殖を遅らせると考えられる［３５］。従って、本発明の組成物は、がん、特に、転移性癌の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療方法に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＭＡＰ２発現を減少させることによって媒介されるがんの治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＭＡＰ２発現の減少または欠如によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、ＭＡＰ２発現の増加に使用される。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、黒色腫の治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移性黒色腫の治療または予防に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の治療的組み合わせは、黒色腫の治療または予防に使用される。いくつかの実施形態によれば、本発明の治療的組み合わせは、メラニン細胞に効果を有し、黒色腫の治療に有効であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の治療的組み合わせは、黒色腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
特に、実施例は、本発明の組成物の投与が、未分化神経芽腫細胞におけるＭＡＰ２発現の増加をもたらすことができることを示す。ＭＡＰ２は、分化ニューロンのマーカーとして広く知られており、かつ、その発現は、がんへの影響を有することが示されているので、本発明の組成物は、脳癌、例えば、神経芽腫の治療に特に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、脳癌の治療方法に使用される。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、神経芽腫の治療方法に使用される。
さらに、実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ドーパミン受容体Ｄ２（ＤＲＤ２）発現の大きな減少をもたらすことができることを示す（実施例２及び図３を参照）。ＤＲＤ２は、Ｇ−タンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）であり、ドーパミン受容体ファミリーの一部である。ＤＲＤ２は、細胞生存を促進するシグナル伝達経路に関与するため、がんと関連している。悪性細胞は、正常細胞と比較した場合に、ＤＲＤ２の発現の増加を示すため、ＤＲＤ２の過剰発現または上方調節は、いくつかの種類のがんに関与している［３６］。ＤＲＤ２特異的アンタゴニストを介したＤＲＤ２の阻害が、抗腫瘍作用を有することが示されている。ＤＲＤ２アンタゴニストは、乳癌［３７］［３８］、膠芽腫［３９］［４０］［４１］、神経芽腫［４２］、肝細胞癌［４３］、肺癌、前立腺癌［４４］、子宮頸癌［４５］、卵巣癌［４６］、リンパ腫［４７］及び胃癌［４８］を含む多くのがんにおいて抗腫瘍効果を有することが示されている。従って、ＤＲＤ２の発現レベルを減少させる組成物は、がんの治療に有用であり得る。本発明の組成物の投与が、ＤＲＤ２発現を減少させることを示したので、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得、特に、ＤＲＤ２発現の増加によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＤＲＤ２の発現及び／または活性の増加によって特徴付けられるがんの治療または予防に有用であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、ＤＲＤ２発現及び／または活性の減少に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、がん、特に、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、脳癌、特に、膠芽腫及び神経芽腫、癌腫、特に、肝細胞癌、肺癌、前立腺癌リンパ腫及び／または胃癌の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＤＲＤ２のレベル及び／または活性を減少させることによって、がんの治療または予防に有用であり得る。
Ｐｒａｂｈｕ ｅｔ ａｌ．は、ＤＲＤ２のアンタゴニストであるＯＮＣ２０１が、膠芽腫モデルにおける腫瘍を退縮させる効果を示したことを報告した。ＤＲＤ２発現は、膠芽腫腫瘍で上方調節されるため、ＤＲＤ２は、癌治療薬の魅力的な標的である［４９］。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、膠芽腫の治療または予防に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞におけるカスパーゼ３（Ｃａｓｐ３）発現の増加をもたらすことができることを示す。カスパーゼは、システインプロテアーゼファミリーの一部であり、アポトーシスを促進することが知られる。Ｃａｓｐ３は、「実行型カスパーゼ」として知られ、アポトーシス経路における細胞タンパク質の開裂カスケードに重要な役割を果たす。Ｃａｓｐ３発現の下方調節は、乳房、卵巣及び子宮頸腫瘍組織由来のがんで以前に示されており、Ｃａｓｐ３の発現の減少が、癌性組織における細胞生存を促進すると考えられる［５０］。従って、実行型カスパーゼ、特に、Ｃａｓｐ３の発現レベルを増加させる組成物は、がんの治療に有用であり得る。本発明の組成物の投与が、Ｃａｓｐ３発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得、特に、Ｃａｓｐ３発現によって媒介されるがんの治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｃａｓｐ３発現の減少または欠如によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、実行型カスパーゼ発現の減少または欠如によって特徴付けられるがんの治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｃａｓｐ３発現の減少または欠如によって特徴付けられるがんの治療または予防に有用であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、Ｃａｓｐ３発現の増加に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、がん、特に、乳癌、卵巣癌及び／または子宮頸癌の治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｃａｓｐ３のレベル及び／または活性を増加させることによって、がんの治療に有用であり得る。
さらに、カスパーゼは、細胞分化などの、アポトーシス以外のプロセスに関与することが報告されている［５１］。実施例（実施例１及び実施例３）は、本発明の組成物の投与が、ニューロンマーカーであるβ３チューブリン及びＭＡＰ２の発現の増加、及び未分化神経芽腫細胞におけるＣａｓｐ３の発現の増加をもたらすことができることを示す。本発明の組成物は、ニューロンマーカーと、細胞分化に役割を果たすことが知られるタンパク質との発現の増加をもたらすことができるので、本発明の組成物は、未分化細胞由来のニューロンの分化に有用であり得る。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、未分化神経芽腫細胞における細胞生存率の減少をもたらすことができることを示す（図５）。特に、実施例は、５％または１０％の濃度でのＭＲｘ００２９の投与が、細胞生存率における大きな用量依存的な減少を引き起こすことを示す（図５）。
癌性細胞の細胞生存率の減少または細胞死の増加は、癌治療の標的であることが知られる。［５２］。従って、がん細胞株、例えば、神経芽腫細胞株の細胞生存率を減少させる組成物は、がんの治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞生存率を減少させることによって、がんの治療に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、細胞死を増加させることによって、がんの治療に使用される。
さらに、実施例は、本発明の組成物が両方とも、Ｃａｓｐ３発現を増加させて、細胞生存率を減少させることを示すので（図４及び図５）、本発明の組成物は、アポトーシスを上方調節することによって、細胞生存率を減少させることが提案されている。一実施形態では、本発明の組成物は、アポトーシスの上方調節に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、細胞死を増加させることによって、特に、アポトーシスを増加させることによって、がんの治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞生存率を減少させることによって、がんの治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞生存率を減少させることによって、がんの治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、アポトーシスを上方調節することによって、がんの治療に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、アポトーシスを上方調節することによって、がんの治療に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、アポトーシスを上方調節することによって、Ｃａｓｐ３発現の減少または欠如によって特徴付けられるがんの治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、アポトーシスの増加に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、細胞生存率の減少に使用される。
実施例は、本発明の組成物が、Ｃａｓｐ３及びＭＡＰ２の両方の発現を増加させることを示す。従って、Ｃａｓｐ３上方調節及びＭＡＰ２上方調節は、関係し得る。
ヒストンアセチル化及び脱アセチル化は、遺伝子発現の重要なエピジェネティック制御因子である。エピジェネティック調節は、細胞機能の全ての態様を調節する強力なツールである。ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）は、ヒストン上のε−Ｎ−アセチルリジンアミノ酸からアセチル基を除去することによって、遺伝子発現を抑圧することで、ヒストンがＤＮＡをよりしっかりと包むことができ、ヌクレオソーム非アクセシビリティを介した転写の抑制をもたらす。ＨＤＡＣは、４つのクラス：クラスＩ、ＩＩ、ＩＩＩ及びＩＶに編成される１８個のアイソフォームを有する。ＨＤＡＣレベルの変更は、例えば、がん、感染症、炎症性疾患及び神経変性疾患を含む多くの病型で観察されている［５３、５４、５５］。
ＨＤＡＣ阻害剤（ＨＤＡＣｉ）は、様々ながん細胞株において、増殖停止、分化、アポトーシス、血管新生の低下、及び免疫反応の調節を引き起こすことが示されている新興クラスの有望な抗癌薬である［５６、５７、５８、５９］。これらの薬剤の臨床活性が媒介される正確なメカニズムは不明なままであるが、広範囲のＨＤＡＣｉが、潜在的な抗がん剤として現在調査されている。さらに、インビトロ及びインビボの両方の試験における明白な抗癌活性により、多くのＨＤＡＣｉは、単剤療法または他の抗がん剤との併用のいずれかで、臨床開発を通じて急速に進展している［６０］。その中で、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（商標））、ロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（商標））、及びベリノスタット（Ｂｅｌｅｏｄａｑ（商標））は、リンパ腫の治療用に米国ＦＤＡから承認を受けた。リンパ腫及び他の血液癌（血液癌または血液悪性腫瘍とも呼ばれる）は、ＨＤＡＣｉに特に敏感である。腸内微生物叢は、その非常に大きな多様性及び代謝能力を有し、ＨＤＡＣ活性に影響する可能性がある多種多様の分子の産生のための巨大な代謝リザーバーを表す。ＨＤＡＣを阻害することが示され、ハンチントン病における運動機能の改善に関連している酪酸塩以外の微生物由来の代謝産物のＨＤＡＣ阻害活性を評価した研究はほとんどない［６１］。
実施例は、本発明の組成物が、ＨＤＡＣ活性、特に、クラスＩ ＨＤＡＣ、例えば、ＨＤＡＣ２を阻害することを示す（実施例９及び１０）。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性を調節する。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣを阻害する。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣｉである。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩＩ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩＩＩ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩＶ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ１活性を低下させる。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ２活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ３活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、吉草酸の産生を介してＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、酪酸ナトリウムの産生を介してＨＤＡＣ活性を低下させる。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性の低下によって、がんの治療または予防に使用される。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ関連癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性の低下によって、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経芽腫、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、大腸癌、血液悪性腫瘍及び／または胃癌の治療または予防に使用される。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性の低下によって、血液悪性腫瘍の治療または予防に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害活性は、増殖停止をもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害活性は、細胞周期停止をもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害活性は、細胞分化をもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害活性は、アポトーシスをもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害活性は、血管新生の低下をもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害活性は、免疫反応の調節をもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、単剤療法としてＨＤＡＣ活性の低下に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、併用療法としてＨＤＡＣ活性の低下に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、別の抗がん剤と併用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、２つ以上の他の抗がん剤と併用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、化学療法剤と併用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、プロテアソーム阻害剤と併用される。さらなる態様では、本発明の組成物は、エピジェネティック制御因子である。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、エピジェネティック異常によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。
ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ活性を調節する。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣを阻害する。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣｉである。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、クラスＩＩ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、クラスＩＩＩ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、クラスＩＶ ＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ１活性を低下させる。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ２活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ３活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、吉草酸の産生を介してＨＤＡＣ活性を低下させる。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、酪酸ナトリウムの産生を介してＨＤＡＣ活性を低下させる。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ活性の低下によって、がんの治療または予防に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ関連癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ活性の低下によって、転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経芽腫、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、大腸癌、血液悪性腫瘍及び／または胃癌の治療または予防に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ＨＤＡＣ活性の低下によって、血液悪性腫瘍の治療または予防に使用される。
ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株のＨＤＡＣ阻害活性は、増殖停止をもたらす。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株のＨＤＡＣ阻害活性は、細胞周期停止をもたらす。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株のＨＤＡＣ阻害活性は、細胞分化をもたらす。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株のＨＤＡＣ阻害活性は、アポトーシスをもたらす。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、血管新生の低下をもたらす。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株のＨＤＡＣ阻害活性は、免疫反応の調節をもたらす。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、単剤療法としてＨＤＡＣ活性の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、併用療法としてＨＤＡＣ活性の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、別の抗がん剤と併用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、２つ以上の他の抗がん剤と併用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、化学療法剤と併用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、プロテアソーム阻害剤と併用される。さらなる態様では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、エピジェネティック制御因子である。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、エピジェネティック異常によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される。
本発明の組成物は、腸バリア機能に関与するタンパク質の発現及び局在化に関与する細胞内シグナル伝達を改変することによって、上皮透過性を制御することができる。特に、本発明の組成物は、オクルディン、ビリン、タイトジャンクション構成タンパク質１（ＴＪＰ１）及びタイトジャンクション構成タンパク質２（ＴＪＰ２）ｍＲＮＡ発現を強化する。従って、本発明の組成物は、腸バリア機能を増加させて、腸透過性を減少させるように機能する（実施例１１）。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸バリア機能の増加に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸透過性の低下に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸バリア機能の低下の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸透過性の増加の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸バリア機能の低下によって特徴付けられる疾患または状態の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸透過性の増加によって特徴付けられる疾患または状態の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、放射線療法または化学療法から生じる腸バリア機能の低下の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、放射線療法または化学療法から生じる腸透過性の増加の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸バリア機能を増加させることによって、悪液質の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腸透過性を低下させることによって、悪液質の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、悪液質は、がん悪液質である。
ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸バリア機能の増加に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸透過性の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸バリア機能の低下の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸透過性の増加の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸バリア機能の低下によって特徴付けられる疾患または状態の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸透過性の増加によって特徴付けられる疾患または状態の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、放射線療法または化学療法から生じる腸バリア機能の低下の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、放射線療法または化学療法から生じる腸透過性の増加の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸バリア機能を増加させることによって、悪液質の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腸透過性を低下させることによって、悪液質の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、悪液質は、がん悪液質である。
好ましい実施形態では、組成物は、放射線療法または化学療法を受けている患者におけるがんを治療するためのものである。かかる実施形態では、組成物は、放射線療法または化学療法の前、最中、または後に投与してもよい。放射線療法または化学療法を受けている患者には、腸管壁漏洩を誘発するいずれの薬剤も投与すべきではないが、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓは、腸バリア機能を促進するため［６２］、本発明の組成物は、放射線療法または化学療法を受けている患者の治療に特に適している。ＴＬＲ−５の活性化は、インビボでの放射線誘発上皮損傷を改善することを示している［６３］。本発明の組成物はまた、免疫系を活性化する。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、放射線療法誘発損傷の治療に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、放射線療法誘発損傷の治療に使用される。
いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、腫瘍増殖の低下をもたらすことができる。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物による治療は、腫瘍サイズの低下または腫瘍増殖の低下をもたらす。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腫瘍サイズの低下または腫瘍増殖の低下に使用される。本発明の組成物は、腫瘍サイズまたは増殖の低下に有効であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、固形腫瘍を有する患者に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、血管新生の低下または予防に使用される。本発明の組成物は、血管新生に中心的な役割を有する免疫系または炎症系に効果を有し得る。本発明の組成物は、抗転移活性を有し得る。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、抗転移活性を有し得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移の予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、転移の予防に使用される。
実施例は、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣ中のＴｒｅｇの割合の減少をもたらすことができることを示す（図６Ｃ）。Ｔｒｅｇは、がんに関与しており、Ｔｒｅｇの腫瘍組織への浸潤は、予後不良と関連している［６４］。本発明の組成物の投与が、Ｔｒｅｇの集団を選択的に低下させることを示したので（図６Ｃ）、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合の増加によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＣＤ１２７−細胞の割合の増加によって特徴付けられるがんの治療または予防に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、特に、癌性組織において、Ｔｒｅｇの数または割合を減少させることによって、がんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇの選択的低下によって、がんの治療に使用される。
Ｔｒｅｇの数を選択的に低下させて、エフェクターＴ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化させることは、癌治療に有効であることが提案されている［６４］。実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＣＤ８細胞のＴｒｅｇ細胞に対する比の増加をもたらすことができることを示す。本発明の組成物の投与が、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞及び活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の両方の比を増加させることを示したので（図６Ｇ及び図６Ｈ）、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ及び／または活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の減少によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の減少によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の減少によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させて、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、がんの治療または予防に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、細胞集団中のＴｒｅｇの割合を減少させて、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、がんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、がんの治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させることによって、がんの治療に使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−１βの発現の増加をもたらすことができることを示す。大腸炎関連癌では、腫瘍部位でのＩＬ−１βの発現の減少は、疾患の転帰及び罹患率の増加などの症状と関連している［６５］。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−１βの発現の増加を示したので、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−１βの発現の減少または欠如によって特徴付けられるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−１βの発現を増加させることによって、がんの治療または予防に使用される。
実施例は、本発明の組成物の投与が、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＴＮＦ−αは、様々なシグナル伝達経路に関与して、細胞死を促進することが知られる炎症誘発性サイトカインである。ＴＮＦ−αは、その同族受容体であるＴＮＦＲ−１に結合することでアポトーシスを開始させて、アポトーシス経路における開裂事象のカスケードをもたらす。ＴＮＦ−αはまた、ＲＩＰキナーゼ依存性機構を介して壊死を惹起することができる。多くの種類のがんが、欠陥のあるアポトーシス及びネクローシス経路を有し、かつ、ＴＮＦ−αは、これらの細胞死経路を媒介することが知られるので、ＴＮＦ−αは、癌治療の潜在的な標的である。本発明の組成物の投与が、ＴＮＦ−α発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得、特に、ＴＮＦ−α発現によって媒介されるがんの治療または予防に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−α発現によって媒介されるがん、特に、ＴＮＦ−αの発現及び／または活性の減少によるがんの治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療に有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−αのレベル及び／または活性を増加させることによって、がんの治療に有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、乳癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、乳癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、乳癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、乳癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、がんは、乳癌である。好ましい実施形態では、がんは、ステージＩＶの乳癌である。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、肺癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、肺癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、肺癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、肺癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、がんは、肺癌である。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、肝癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、肝癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、がんは、ヘパトーマ（肝細胞癌）である。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、黒色腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、黒色腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、黒色腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、黒色腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、黒色腫は、転移性黒色腫である。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、卵巣癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、卵巣癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、卵巣癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、卵巣癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、子宮頸癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、子宮頸癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、子宮頸癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、子宮頸癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、神経芽腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、神経芽腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、神経芽腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、神経芽腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、膠芽腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、膠芽腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、膠芽腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、膠芽腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、前立腺癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、前立腺癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、前立腺癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、前立腺癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、血液悪性腫瘍の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、血液悪性腫瘍の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、血液悪性腫瘍の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、血液悪性腫瘍の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、急性白血病である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、慢性白血病である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、急性骨髄性白血病である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、慢性骨髄性白血病である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、急性リンパ性白血病である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、慢性リンパ性白血病である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、リンパ腫である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、多発性骨髄腫である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、骨髄異形成症候群である。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、慢性リンパ性白血病の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、慢性リンパ性白血病の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、慢性リンパ性白血病の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、慢性リンパ性白血病の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、リンパ腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、リンパ腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、リンパ腫の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、リンパ腫の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、リンパ腫は、ホジキンリンパ腫である。ある特定の実施形態では、リンパ腫は、非ホジキンリンパ腫である。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、胃癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、胃癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、胃癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、胃癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、大腸癌の治療または予防に使用される。本発明の組成物は、結腸癌細胞に対する効果を有し得、結腸癌の治療に有効であり得る。本発明の組成物は、結腸癌細胞に対する効果を有し得、大腸癌の治療に有効であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、大腸癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、結腸癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、大腸癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、結腸癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、大腸癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。好ましい実施形態では、がんは、大腸腺癌である。
ある特定の実施形態では、本発明の治療的組み合わせは、腎臓癌（腎癌とも本明細書で呼ばれる）の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の治療的組み合わせは、腎癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腎臓癌（腎癌とも本明細書で呼ばれる）の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、腎癌の治療において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、または血管新生の低下に使用される。実施例は、本発明の治療的組み合わせが、腎癌細胞に効果を有し、腎癌の治療に有効であり得ることを示す。好ましい実施形態では、がんは、腎細胞癌または移行細胞癌である。いくつかの実施形態では、がんは、腸のものである。いくつかの実施形態では、がんは、腸ではない身体の一部のものである。いくつかの実施形態では、がんは、腸の癌ではない。いくつかの実施形態では、がんは、大腸癌ではない。いくつかの実施形態では、がんは、小腸の癌ではない。いくつかの実施形態では、治療または予防は、腸以外の部位で生じる。いくつかの実施形態では、治療または予防は、腸で生じ、腸以外の部位でも生じる。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、癌腫の治療または予防に使用される。本発明の組成物は、多くの種類の癌腫の治療に有効であり得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、非免疫原性癌の治療または予防に使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、癌腫の治療または予防に使用される。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、多くの種類の癌腫の治療に有効であり得る。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、非免疫原性癌の治療または予防に使用される。実施例は、本発明の組成物が、非免疫原性癌の治療に有効であり得ることを示す。
がんに対する本発明の組成物の治療効果は、炎症誘発メカニズムによって媒介され得る。多くの炎症誘発性サイトカインの発現は、ＭＲｘ００２９の投与後に増加し得る。炎症は、癌抑制効果を有し得［６６］、ＴＮＦ−αなどの炎症誘発性サイトカインは、癌治療として調査されている［６７］。実施例に示すＴＮＦ−αなどの遺伝子の上方調節は、本発明の組成物が、同様のメカニズムを介して、がんの治療に有用であり得ることを示し得る。ＣＸＣＬ９などのＣＸＣＲ３リガンドの上方調節は、本発明の組成物が、ＩＦＮγ型応答を引き出すことを示し得る。ＩＦＮγは、殺腫瘍性活性を刺激することができる強力なマクロファージ活性化因子であり［６８］、例えば、ＣＸＣＬ９もまた、抗癌作用を有する［６９〜７１］。実施例は、多くの炎症誘発性サイトカインの発現が、ＭＲｘ００２９の投与後に増加され得ることを示す。従って、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、炎症の促進に使用される。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療において、Ｔｈ１炎症の促進に使用される。Ｔｈ１細胞は、ＩＦＮγを産生し、強力な抗癌作用を有する［６６］。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、早期癌、例えば、転移していないがん、またはステージ０またはステージ１のがんの治療に使用される。炎症の促進は、早期癌に対してより有効であり得る［６６］。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、第２の抗がん剤の作用を強化するためのものである。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症を促進して、第２の抗がん剤の作用を強化するために使用される。ある特定の実施形態では、がんの治療または予防は、１または２以上のサイトカインの発現レベルの増加を含む。ある特定の実施形態では、がんの治療または予防は、１または２以上の炎症誘発性サイトカインの発現レベルの増加を含む。例えば、ある特定の実施形態では、がんの治療または予防は、ＩＬ−１β、ＩＬ−６、ＭＩＰ−３α、ＣＸＣＬ９、ＩＬ−２３、ＭＣＰ−１、ＧＭＣＳＦ及びＴＮＦ−αのうちの１または２以上の発現レベルの増加を含む。ある特定の実施形態では、がんの治療または予防は、ＩＬ−１β及びＭＩＰ−３αのうちの１または２以上の発現レベルの増加を含む。ＩＬ−１β、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αのいずれかの発現レベルの増加は、がんの治療において効果を示すことが知られる。
本明細書に記載される細菌株をリポ多糖（ＬＰＳ）と併用する場合、ＩＬ−１βを相乗的に増加させ得る。ＬＰＳは、炎症誘発性作用を引き出すことが知られる。従って、ある特定の実施形態では、治療または予防は、本明細書に記載される細菌株を、ＩＬ−１βを上方調節する薬剤と併用することを含む。ある特定の実施形態では、治療または予防は、本明細書に記載される細菌株を、ＬＰＳと併用することを含む。したがって、本発明の組成物は、ＩＬ−１βを上方調節する薬剤をさらに含み得る。したがって、本発明の組成物は、ＬＰＳをさらに含み得る。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、化学療法を以前に受けている患者の治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、化学療法治療に耐性がなかった患者の治療に使用される。本発明の組成物は、かかる患者に特に適し得る。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、再発の予防のためのものである。本発明の組成物は、長期投与に適し得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの進行の予防に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、非小細胞肺癌の治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、小細胞肺癌の治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、扁平細胞癌の治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腺癌の治療に使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、腺管腫瘍、カルチノイド腫瘍、または未分化癌の治療に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ウイルス感染から生じる肝芽腫、胆管癌、胆管細胞性嚢胞腺癌、または肝癌の治療に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、浸潤性乳管癌、インサイチュの乳管癌、または浸潤性小葉癌の治療に使用される。
さらなる実施形態では、本発明の組成物は、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹部神経膠腫、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉腫瘍、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖障害、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍、神経膠腫、小児視床下部性視路神経膠腫、ホジキンリンパ腫、黒色腫、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞癌、喉頭癌、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、咽頭癌、下垂体腺腫、形質細胞新生物、前立腺癌、腎細胞癌、網膜芽腫、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、または子宮癌の治療または予防に使用される。さらなる実施形態では、本発明の組成物は、血液悪性腫瘍、多発性骨髄腫、または骨髄異形成症候群の治療または予防に使用される。
本発明の組成物は、さらなる治療薬と併用した場合に特に有効であり得る。本発明の組成物の免疫調節効果は、より直接的な抗がん剤と組み合わせた場合に有効であり得る。従って、ある特定の実施形態では、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株と、抗がん剤とを含む、組成物を提供する。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む本発明の組成物は、がんを刺激して、第２の抗がん剤による治療に対する感受性を強化するために使用される。ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む本発明の組成物は、第２の抗がん剤による治療に対する感受性を強化することによって、がん、例えば、脳癌の治療に使用される。第２の抗がん剤は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物と同時に投与してもよく、または、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物の投与の、例えば、少なくとも１日、１週間、または１ヵ月後に投与してもよい。
好ましい実施形態では、抗がん剤は、免疫チェックポイント阻害剤、標的化抗体免疫療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞治療、腫瘍溶解性ウイルス、または細胞分裂阻害薬である。好ましい実施形態では、組成物は、Ｙｅｒｖｏｙ（イピリムマブ、ＢＭＳ）、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（ペムブロリズマブ、Ｍｅｒｃｋ）、Ｏｐｄｉｖｏ（ニボルマブ、ＢＭＳ）、ＭＥＤＩ４７３６（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トレメリムマブ（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）、ＢＭＳ−９８６０１５（リリルマブ、ＢＭＳ）、ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＳＢ−００１０７１８Ｃ（Ｍｅｒｃｋ）、ＰＦ−０５０８２５６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＭＥＤＩ６４６９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＢＭＳ−９８６０１６（ＢＭＳ）、ＢＭＳ−６６３５１３（ウレルマブ、ＢＭＳ）、ＩＭＰ３２１（Ｐｒｉｍａ Ｂｉｏｍｅｄ）、ＬＡＧ５２５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＲＧＸ−１１０（ａｒＧＥＮ−Ｘ）、ＰＦ−０５０８２４６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＣＤＸ−１１２７（バルリルマブ、ＣｅｌｌＤｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＴＲＸ−５１８（ＧＩＴＲ Ｉｎｃ．）、ＭＫ−４１６６（Ｍｅｒｃｋ）、ＪＴＸ−２０１１（Ｊｏｕｎｃｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＡＲＧＸ−１１５（ａｒＧＥＮ−Ｘ）、ＮＬＧ−９１８９（インドキシモド、ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＩＰＨ２２０１（Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／ＡＺ）、ＮＬＧ−９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、抗ＶＩＳＴＡ（ＪｎＪ）、エパカドスタット（Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ）（ＩＮＣＢ２４３６０、Ｉｎｃｙｔｅ）、Ｆ００１２８７（Ｆｌｅｘｕｓ／ＢＭＳ）、ＣＰ ８７０８９３（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）、ＭＧＡ２７１（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｘ）、エマクツズマブ（Ｅｍａｃｔｕｚｕｍａｂ）（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ガルニセルチブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ウロクプルマブ（ＢＭＳ）、ＢＫＴ１４０／ＢＬ８０４０（Ｂｉｏｋｉｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、バビツキシマブ（Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＣＣ ９０００２（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、８５２Ａ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＶＴＸ−２３３７（ＶｅｎｔｉＲｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＩＭＯ−２０５５（Ｈｙｂｒｉｄｏｎ、Ｉｄｅｒａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＬＹ２１５７２９９（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＥＷ−７１９７（Ｅｗｈａ Ｗｏｍｅｎ’ｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｋｏｒｅａ）、ベムラフェニブ（Ｐｌｅｘｘｉｋｏｎ）、ダブラフェニブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＧＳＫ）、ＢＭＳ−７７７６０７（ＢＭＳ）、ＢＬＺ９４５（Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ−Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｒｅ）、Ｕｎｉｔｕｘｉｎ（ジヌツキシマブ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、Ｂｌｉｎｃｙｔｏ（ブリナツモマブ、Ａｍｇｅｎ）、Ｃｙｒａｍｚａ（ラムシルマブ、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、Ｇａｚｙｖａ（オビヌツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｂｉｏｇｅｎ）、Ｋａｄｃｙｌａ（アドトラスツズマブエムタンシン、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｐｅｒｊｅｔａ（ペルツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ａｄｃｅｔｒｉｓ（ブレンツキシマブベドチン、Ｔａｋｅｄａ／Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ）、Ａｒｚｅｒｒａ（オファツムマブ、ＧＳＫ）、Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（パニツムマブ、Ａｍｇｅｎ）、Ａｖａｓｔｉｎ（ベバシズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｅｒｂｉｔｕｘ（セツキシマブ、ＢＭＳ／Ｍｅｒｃｋ）、Ｂｅｘｘａｒ（トシツモマブ−Ｉ１３１、ＧＳＫ）、Ｚｅｖａｌｉｎ（イブリツモマブチウキセタン、Ｂｉｏｇｅｎ）、Ｃａｍｐａｔｈ（アレムツズマブ、Ｂａｙｅｒ）、Ｍｙｌｏｔａｒｇ（ゲムツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（トラスツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｒｉｔｕｘａｎ（リツキシマブ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ）、ボロシキシマブ（Ａｂｂｖｉｅ）、エナバツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＢＴ−４１４（Ａｂｂｖｉｅ）、エロツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ／ＢＭＳ）、ＡＬＸ−０１４１（Ａｂｌｙｎｘ）、オザラリズマブ（Ｏｚａｒａｌｉｚｕｍａｂ）（Ａｂｌｙｎｘ）、アクチマブ−Ｃ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、アクチマブ−Ｐ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、ミラツズマブ−ドクス（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、Ｅｍａｂ−ＳＮ−３８（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、ナプツモマブエスタフェナトクス（Ａｃｔｉｖｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＡＦＭ１３（Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＦＭ１１（Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＧＳ−１６Ｃ３Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−１６Ｍ８Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−２２ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−１５ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＧＳ−６７Ｅ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＬＸＮ６０００（サマリズマブ、Ａｌｅｘｉｏｎ）、ＡＬＴ−８３６（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＡＬＴ−８０１（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＡＬＴ−８０３（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＡＭＧ７８０（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ２２８（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ８２０（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ１７２（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ５９５（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ１１０（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ２３２（アデカツムマブ、Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ２１１（Ａｍｇｅｎ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＢＡＹ２０−１０１１２（Ａｍｇｅｎ／Ｂａｙｅｒ）、リロツムマブ（Ａｍｇｅｎ）、デノスマブ（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＰ−５１４（Ａｍｇｅｎ）、ＭＥＤＩ５７５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ３６１７（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ６３８３（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ５５１（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、モキセツモマブパスドトクス（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ５６５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ０６３９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ５６２（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＡＶ−３８０（ＡＶＥＯ）、ＡＶ２０３（ＡＶＥＯ）、ＡＶ２９９（ＡＶＥＯ）、ＢＡＹ７９−４６２０（Ｂａｙｅｒ）、アネツマブラブタンシン（Ｂａｙｅｒ）、バンチクツマブ（Ｂａｙｅｒ）、ＢＡＹ９４−９３４３（Ｂａｙｅｒ）、シブロツズマブ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ）、ＢＩ−８３６８４５（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ）、Ｂ−７０１（ＢｉｏＣｌｉｎ）、ＢＩＩＢ０１５（Ｂｉｏｇｅｎ）、オビヌツズマブ（Ｂｉｏｇｅｎ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＢＩ−５０５（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）、ＢＩ−１２０６（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）、ＴＢ−４０３（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）、ＢＴ−０６２（Ｂｉｏｔｅｓｔ）ＢＩＬ−０１０ｔ（Ｂｉｏｓｃｅｐｔｒｅ）、ＭＤＸ−１２０３（ＢＭＳ）、ＭＤＸ−１２０４（ＢＭＳ）、ネシツムマブ（ＢＭＳ）、ＣＡＮ−４（Ｃａｎｔａｒｇｉａ ＡＢ）、ＣＤＸ−０１１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）、ＣＤＸ１４０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）、ＣＤＸ３０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）、Ｕ３−１５６５（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、パトリツマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、チガツズマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ニモツズマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＤＳ−８８９５（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＤＳ−８８７３（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＤＳ−５５７３（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＭＯＲａｂ−００４（Ｅｉｓａｉ）、ＭＯＲａｂ−００９（Ｅｉｓａｉ）、ＭＯＲａｂ−００３（Ｅｉｓａｉ）、ＭＯＲａｂ−０６６（Ｅｉｓａｉ）、ＬＹ３０１２２０７（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２８７５３５８（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２８１２１７６（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３０１２２１７（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２４９５６５５（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３０１２２１２（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３０１２２１１（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３００９８０６（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、シクスツムマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、フランボツマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＩＭＣ−ＴＲ１（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ラムシルマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、タバルマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ザノリムマブ（Ｅｍｅｒｇｅｎｔ Ｂｉｏｓｏｌｕｔｉｏｎ）、ＦＧ−３０１９（ＦｉｂｒｏＧｅｎ）、ＦＰＡ００８（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＦＰ−１０３９（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＦＰＡ１４４（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、カツマキソマブ（Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＩＭＡＢ３６２（Ｇａｎｙｍｅｄ）、ＩＭＡＢ０２７（Ｇａｎｙｍｅｄ）、ＨｕＭａｘ−ＣＤ７４（Ｇｅｎｍａｂ）、ＨｕＭａｘ−ＴＦＡＤＣ（Ｇｅｎｍａｂ）、ＧＳ−５７４５（Ｇｉｌｅａｄ）、ＧＳ−６６２４（Ｇｉｌｅａｄ）、ＯＭＰ−２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＧＳＫ）、マパツムマブ（ＧＳＫ）、ＩＭＧＮ２８９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＧＮ９０１（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＧＮ８５３（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＧＮ５２９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＭＵ−１３０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ミラツズマブ−ドクス（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１１５（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１０６（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１０２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、エプラツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、クリバツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＰＨ４１（Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ダラツムマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ／Ｇｅｎｍａｂ）、ＣＮＴＯ−９５（インテツムマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＣＮＴＯ−３２８（シルツキシマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＫＢ００４（ＫａｌｏＢｉｏｓ）、モガムリズマブ（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｉｒｒｉｎ）、ＫＷ−２８７１（エクロメキシマブ、Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ）、ソネプシズマブ（Ｌｐａｔｈ）、マルゲツキシマブ（Ｍａｒｇｅｔｕｘｉｍａｂ）（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、エノブリツズマブ（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＭＧＤ００６（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＭＧＦ００７（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＭＫ−０６４６（ダロツズマブ、Ｍｅｒｃｋ）、ＭＫ−３４７５（Ｍｅｒｃｋ）、Ｓｙｍ００４（Ｓｙｍｐｈｏｇｅｎ／Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ＤＩ１７Ｅ６（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ＭＯＲ２０８（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、ＭＯＲ２０２（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、Ｘｍａｂ５５７４（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、ＢＰＣ−１Ｃ（エンシツキシマブ、Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＴＡＳ２６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＬＦＡ１０２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＢＨＱ８８０（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、ＱＧＥ０３１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＨＣＤ１２２（ルカツムマブ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＬＪＭ７１６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＴ３５５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＯＭＰ−２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＯｎｃｏＭｅｄ）、ＯＭＰ５２Ｍ５１（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）、ＯＭＰ−５９Ｒ５（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）、バンチクツマブ（Ｏｎｃｏｍｅｄ／Ｂａｙｅｒ）、ＣＭＣ−５４４（イノツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＦ−０３４４６９６２（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＦ−０４８５６８８４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＳＭＡ−ＡＤＣ（Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＲＥＧＮ１４００（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、ＲＥＧＮ９１０（ネスバクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）、ＲＥＧＮ４２１（エノチクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）、ＲＧ７２２１、ＲＧ７３５６、ＲＧ７１５５、ＲＧ７４４４、ＲＧ７１１６、ＲＧ７４５８、ＲＧ７５９８、ＲＧ７５９９、ＲＧ７６００、ＲＧ７６３６、ＲＧ７４５０、ＲＧ７５９３、ＲＧ７５９６、ＤＣＤＳ３４１０Ａ、ＲＧ７４１４（パルサツズマブ）、ＲＧ７１６０（イムガ
ツズマブ）、ＲＧ７１５９（オビヌツズマブ）、ＲＧ７６８６、ＲＧ３６３８（オナルツズマブ）、ＲＧ７５９７（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＳＡＲ３０７７４６（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ５６６６５８（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ６５０９８４（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ１５３１９２（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ３４１９（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ２５６２１２（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＧＮ−ＬＩＶ１Ａ（リンツズマブ、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−ＣＤ３３Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−７５（ボルセツズマブマホドチン、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−１９Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）ＳＧＮ−ＣＤ７０Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＥＡ−ＣＤ４０（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、イブリツモマブチウキセタン（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ）、ＭＬＮ０２６４（Ｔａｋｅｄａ）、ガニツマブ（Ｔａｋｅｄａ／Ａｍｇｅｎ）、ＣＥＰ−３７２５０（Ｔｅｖａ）、ＴＢ−４０３（Ｔｈｒｏｍｂｏｇｅｎｉｃ）、ＶＢ４−８４５（Ｖｉｖｅｎｔｉａ）、Ｘｍａｂ２５１２（Ｘｅｎｃｏｒ）、Ｘｍａｂ５５７４（Ｘｅｎｃｏｒ）、ニモツズマブ（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、カルルマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＮＹ−ＥＳＯ ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）、ＭＡＧＥ−Ａ−１０ ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）、ＣＴＬ０１９（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＪＣＡＲ０１５（Ｊｕｎｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＫＴＥ−Ｃ１９ ＣＡＲ（Ｋｉｔｅ Ｐｈａｒｍａ）、ＵＣＡＲＴ１９（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）、ＢＰＸ−４０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＢＰＸ−６０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＡＴＴＣＫ２０（Ｕｎｕｍ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＣＡＲ−ＮＫＧ２Ｄ（Ｃｅｌｙａｄ）、Ｏｎｙｘ−０１５（Ｏｎｙｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、Ｈ１０１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｓｕｎｗａｙｂｉｏ）、ＤＮＸ−２４０１（ＤＮＡｔｒｉｘ）、ＶＣＮ−０１（ＶＣＮ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、Ｃｏｌｏ−Ａｄ１（ＰｓｉＯｘｕｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＰｒｏｓｔＡｔａｋ（Ａｄｖａｎｔａｇｅｎｅ）、Ｏｎｃｏｓ−１０２（Ｏｎｃｏｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＣＧ００７０（Ｃｏｌｄ Ｇｅｎｅｓｙｓ）、Ｐｅｘａ−ｖａｃ（ＪＸ−５９４、Ｊｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＧＬ−ＯＮＣ１（Ｇｅｎｅｌｕｘ）、Ｔ−ＶＥＣ（Ａｍｇｅｎ）、Ｇ２０７（Ｍｅｄｉｇｅｎｅ）、ＨＦ１０（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ）、ＳＥＰＲＥＨＶＩＲ（ＨＳＶ１７１６，Ｖｉｒｔｔｕ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＯｒｉｅｎＸ０１０（ＯｒｉｅｎＧｅｎｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、Ｒｅｏｌｙｓｉｎ（Ｏｎｃｏｌｙｔｉｃｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＳＶＶ−００１（Ｎｅｏｔｒｏｐｉｘ）、Ｃａｃａｔａｋ（ＣＶＡ２１、Ｖｉｒａｌｙｔｉｃｓ）、Ａｌｉｍｔａ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、シスプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フォリン酸、メトトレキサート、シクロホスファミド、５−フルオロウラシル、Ｚｙｋａｄｉａ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｔａｆｉｎｌａｒ（ＧＳＫ）、Ｘａｌｋｏｒｉ（Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｉｒｅｓｓａ（ＡＺ）、Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、Ｔａｒｃｅｖａ（Ａｓｔｅｌｌａｓ Ｐｈａｒｍａ）、Ｈａｌａｖｅｎ（Ｅｉｓａｉ Ｐｈａｒｍａ）、ベリパリブ（Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＺＤ９２９１（ＡＺ）、アレクチニブ（Ｃｈｕｇａｉ）、ＬＤＫ３７８（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ガネテスピブ（Ｓｙｎｔａ Ｐｈａｒｍａ）、テルジェンプマツセル−Ｌ（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＧＶ１００１（Ｋａｅｌ−ＧｅｍＶａｘ）、チバンチニブ（ＡｒＱｕｌｅ）、サイトキサン（ＢＭＳ）、オンコビン（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、アドリアマイシン（Ｐｆｉｚｅｒ）、ゲムザール（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、Ｘｅｌｏｄａ（Ｒｏｃｈｅ）、Ｉｘｅｍｐｒａ（ＢＭＳ）、Ａｂｒａｘａｎｅ（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、Ｔｒｅｌｓｔａｒ（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍ）、Ｔａｘｏｔｅｒｅ（Ｓａｎｏｆｉ）、Ｎｅｘａｖａｒ（Ｂａｙｅｒ）、ＩＭＭＵ−１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、Ｅ７４４９（Ｅｉｓａｉ）、Ｔｈｅｒｍｏｄｏｘ（Ｃｅｌｓｉｏｎ）、Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（Ｅｘｅｌｌｘｉｓ）、Ｌｏｎｓｕｒｆ（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＵＦＴ（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、及びＴＳ−１（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）からなる群から選択される抗がん剤を含む。
いくつかの実施形態では、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７６１として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓの細菌株は、本発明の組成物において唯一の治療的に活性な薬剤である。
本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属由来の細菌株が、発癌性の細胞外シグナル関連キナーゼ（ＥＲＫ）シグナル伝達を含むがんの治療または予防に特に有効であり得ることを特定した。細胞外シグナル関連キナーゼ（ＥＲＫ）は、全ての真核生物で見られる高度に保存されたシグナル伝達経路である分裂促進因子活性化タンパク質（ＭＡＰ）キナーゼ経路の下流エフェクターである［７２］。ＭＡＰキナーゼ経路は、細胞増殖、分化、生存率及びアポトーシスなどのプロセスを調節し、経路の異常な活性化は、がんの病因に密接に関連している。実施例に記載されるように、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株を含む組成物の投与は、がん細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達を阻害する。すなわち、総ＥＲＫタンパク質に対するリン酸化ＥＲＫの細胞レベルを低下させることができる。本発明者らはまた、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株による治療が、特に、黒色腫及び大腸癌細胞株における、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがん細胞株のクローン原性生存率を低下させることができることを特定した。本発明者らはまた、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株による治療が、微小管関連タンパク質２（ＭＡＰ２）の遺伝子発現を誘発することができることを特定し、これは、転移性癌の治療に特に有用であることを示す。
従って、ある特定の実施形態では、本発明は、がんの治療または予防方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含み、がんが発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含む、組成物を提供する。
本明細書で使用する場合、「発癌性ＥＲＫシグナル伝達」とは、ＭＡＰキナーゼ経路を介した、刺激に依存しないシグナル伝達などの調節不全の細胞シグナル伝達を含むがんを指し、その結果は、ＥＲＫ（ＥＲＫ１またはＥＲＫ２アイソフォームのいずれか、または両方）による過活動シグナル伝達であり、がん細胞の増殖及び／または生存率の増加をもたらす。ＥＲＫ１は、Ｔｈｒ２０２位及びＴｙｒ２０４位でリン酸化される場合に活性（すなわち、シグナル伝達）である。ＥＲＫ２は、Ｔｈｒ１７３位及びＴｙｒ１８５位でリン酸化される場合に活性（すなわち、シグナル伝達）である。したがって、「発癌性ＥＲＫシグナル伝達」は、（機能獲得型突然変異）における発癌性突然変異、またはＭＡＰキナーゼ経路における正の調節因子の過剰発現、または（機能喪失型突然変異）における発癌性突然変異、またはＭＡＰキナーゼ経路における負の調節因子の下方発現の存在から生じ得る。
あるいは、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんは、発癌性ＥＲＫシグナル伝達「を呈する」または「によって特徴付けられる」がんとして定義してもよい。あるいは、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんは、がんとして定義してもよく、悪性細胞の増殖及び／または生存は、ＥＲＫシグナル伝達によって、「刺激」、「誘発」、または「上方調節」される。あるいは、発癌性ＥＲＫを含むがんは、「刺激に依存しない」ＥＲＫシグナル伝達を含む、それを呈する、または、それによって特徴付けられるがんとして定義してもよい。
「発癌性突然変異」は、野生型タンパク質に対して、タンパク質における任意のアミノ酸変化を包含し、これは、置換（単一アミノ酸置換を含む）、挿入及び／または欠失を含むがこれらに限定されない、がん細胞の増殖及び／または生存を促進する。上記のように、発癌性突然変異は、ＭＡＰキナーゼ経路内のタンパク質及びその機能に応じて、機能喪失型または機能獲得型の突然変異であり得る。「過剰発現」または「下方発現」は、非癌性細胞に対して、癌性細胞中のタンパク質の発現の増加または減少をそれぞれ指す。
したがって、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんには、ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ、ＡＲＡＦ、ＣＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ４Ａ、ＫＲＡＳ４Ｂ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＥＲＫ１またはＥＲＫ２；例えば、ＢＲＡＦ、ＡＲＡＦ、ＣＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＨＲＡＳ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＥＲＫ１またはＥＲＫ２の発癌性突然変異または過剰発現を含むものが含まれる。これらのタンパク質は、ＭＡＰキナーゼ経路の正の調節因子（すなわち、癌タンパク質）である［７２］。例えば、がんは、ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ、ＡＲＡＦ、ＣＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＨＲＡＳ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＥＲＫ１またはＥＲＫ２における発癌性突然変異を含み得る。
発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんには、（代わりに、または上記の発癌性突然変異／過剰発現に加えて）ＲＳＫ、ＤＵＳＰ１、ＤＵＳＰ５、ＤＵＳＰ６またはＳＰＲＹの発癌性突然変異または下方発現を含むものも含まれる。これらのタンパク質は、ＭＡＰキナーゼ経路の負の調節因子（すなわち、腫瘍抑制タンパク質）である［７２］。
発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含む任意のがん、例えば、固形腫瘍または血液悪性腫瘍は、本発明の組成物を用いて治療または予防することができる。かかるがんとしては、大腸癌、黒色腫、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹部神経膠腫、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉腫瘍、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖障害、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍、神経膠腫、小児視床下部性視路神経膠腫、ホジキンリンパ腫、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞癌、喉頭癌、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、咽頭癌、下垂体腺腫、形質細胞新生物、前立腺癌、腎細胞癌、網膜芽腫、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、または子宮癌が挙げられるが、これらに限定されない。
発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含む任意のがんは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物によって治療または予防され得、大腸癌、黒色腫、前立腺癌、肺腺癌、例えば、非小細胞肺腺癌、膵癌、膀胱癌、白血病、例えば、有毛細胞白血病または急性骨髄性白血病、神経膠腫、毛様細胞性星細胞腫、卵巣癌、乳頭状または濾胞性甲状腺癌、精上皮腫、肝癌、骨髄異形成症候群、腎臓癌またはホジキン病が好ましい。
好ましい実施形態では、本発明は、ＢＲＡＦの発癌性突然変異を含むがんの治療または予防方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含み、任意選択で、がんがＢＲＡＦの過剰発現をさらに含む、組成物を提供する。本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株による治療が、クローン原性生存を阻害し、ＥＲＫシグナル伝達を阻害し、大腸癌及び黒色腫細胞株において、発癌性ＢＲＡＦ突然変異、特に、発癌性ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ突然変異を含むがん細胞株のＭＡＰ２遺伝子発現を上方調節することができることを特定した。従って、好ましい実施形態では、本発明はまた、ＢＲＡＦの６００位の発癌性突然変異、好ましくは、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含む、がんの治療または予防方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。特に好ましい実施形態では、がんは、大腸癌または黒色腫である。
ＢＲＡＦの６００位での発癌性突然変異（Ｖ６００Ｅなど）に加えてまたは代わりに、がんは、ＢＲＡＦ Ｋ６０１Ｅ、Ｇ４６９Ａ、Ｇ４６９Ｖ、Ｌ５９７Ｒ、Ｋ６０１Ｎ、Ｇ４６４Ｖ、Ｎ５８１Ｓ、Ｌ５９７Ｑ、Ａ５９８Ｖ、Ｇ４６４Ｒ、Ｇ４６６ＡまたはＧ４６９Ｅから選択される発癌性突然変異を含み得、任意選択で、がんは、大腸癌である。別の実施形態では、Ｖ６００Ｅ突然変異に加えてまたは代わりに、がんは、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｋ、Ｖ６００ＲまたはＶ６００Ｄから選択される発癌性突然変異を含み得、任意選択で、がんは、黒色腫である。
さらなる態様では、本発明はまた、大腸癌、例えば、転移性大腸癌の治療方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。実施例に示すように、本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株が、大腸癌細胞株におけるクローン原性生存及びＥＲＫシグナル伝達を阻害することができることを見出した。
さらなる態様では、本発明はまた、黒色腫、例えば、転移性黒色腫の治療方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。実施例に示すように、本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株が、黒色腫細胞株におけるクローン原性生存及びＥＲＫシグナル伝達を阻害することができることを見出した。さらに、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株が、黒色腫細胞株におけるＭＡＰ２遺伝子発現を誘発する能力は、転移性黒色腫に対する特定の効果を示す。
好ましい実施形態では、ＢＲＡＦ阻害剤は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物の投与に対して、同時に、別々に、または順次投与される。ＢＲＡＦ阻害剤は、ＢＲＡＦＶ６００Ｅの選択阻害剤であるのが好ましく、ベムラフェニブ、ダブラフィニブまたはエンコラフェニブから選択されるのが好ましい。ＢＲＡＦ阻害剤は、ベムラフェニブであるのがより好ましい。
さらなる態様では、本発明はまた、がんの治療または予防において同時、別々、または順次使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株と、ＢＲＡＦ阻害剤、好ましくは、上で定義したものとを含む組成物を提供する。
他の好ましい実施形態では、シチジンアナログは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物の投与に対して、同時に、別々に、または順次投与される。シチジンアナログは、アザシチジン−ｃ、デシタビン、またはゼブラリンから選択されるのが好ましい。シチジンアナログは、アザシチジン−ｃであるのがより好ましい。
さらなる態様では、本発明はまた、がんの治療または予防において同時、別々、または順次使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株と、シチジンアナログ、好ましくは、上で定義したものとを含む組成物を提供する。
他の好ましい実施形態では、チューブリン重合阻害剤またはチューブリン解重合阻害剤は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物の投与に対して、同時に、別々に、または順次投与される。チューブリン重合阻害剤またはチューブリン解重合阻害剤は、パクリタキセル、アブラキサン、ドセタキセル、エポチロン、（＋）−ディスコデルモリド、コルヒチン、コンブレタスタチン、２−メトキシエストラジオール、Ｅ７０１０、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビンまたはビンフルニンから選択されるのが好ましく、パクリタキセルがより好ましい。
さらなる態様では、本発明はまた、がんの治療または予防において同時、別々、または順次使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株と、チューブリン重合阻害剤またはチューブリン解重合阻害剤、好ましくは、上で定義したものとを含む組成物を提供する。さらなる態様では、本発明はまた、チューブリン重合または解重合阻害剤、好ましくは、上で定義したものに対するがんの感受性を増加させることによって、癌治療に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
さらなるかかる実施形態では、本発明は、以下を提供する：
１．がん、特に、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんの治療または予防方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む、組成物。
２．前記がんが、ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ、ＡＲＡＦ、ＣＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ４Ａ、ＫＲＡＳ４Ｂ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＥＲＫ１またはＥＲＫ２の発癌性突然変異または過剰発現を含む、実施形態１に記載の使用のための組成物。
３．前記がんが、ＲＳＫ、ＤＵＳＰ１、ＤＵＳＰ５、ＤＵＳＰ６またはＳＰＲＹの発癌性突然変異または下方発現を含む、先行実施形態のいずれか１項に記載の使用のための組成物。
４．前記がんが、ＢＲＡＦ、ＡＲＡＦ、ＣＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＨＲＡＳ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＥＲＫ１またはＥＲＫ２の発癌性突然変異または過剰発現を含む、実施形態２に記載の使用のための組成物。
５．前記がんが、ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ、ＡＲＡＦ、ＣＲＡＦ、ＥＧＦＲ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＨＲＡＳ、ＭＥＫ１、ＭＥＫ２、ＥＲＫ１またはＥＲＫ２の発癌性突然変異を含む、実施形態２に記載の使用のための組成物。
６．前記がんが、ＢＲＡＦまたはＮＲＡＳの発癌性突然変異を含み、任意選択で、前記がんが、ＢＲＡＦまたはＮＲＡＳの過剰発現をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
７．前記がんが、ＢＲＡＦの発癌性突然変異を含み、任意選択で、前記がんが、ＢＲＡＦの過剰発現をさらに含む、実施形態６に記載の使用のための組成物。
８．前記がんが、ＢＲＡＦの６００位での発癌性突然変異を含む、実施形態７に記載の使用のための組成物。
９．前記がんが、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、Ｋ６０１Ｅ、Ｇ４６９Ａ、Ｇ４６９Ｖ、Ｌ５９７Ｒ、Ｋ６０１Ｎ、Ｇ４６４Ｖ、Ｎ５８１Ｓ、Ｌ５９７Ｑ、Ａ５９８Ｖ、Ｇ４６４Ｒ、Ｇ４６６ＡまたはＧ４６９Ｅから選択される発癌性突然変異を含み、任意選択で、前記がんが、大腸癌である、実施形態６〜８のいずれかに記載の使用のための組成物。
１０．前記がんが、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、Ｖ６００Ｋ、Ｖ６００ＲまたはＶ６００Ｄから選択される発癌性突然変異を含み、任意選択で、前記がんが、黒色腫である、実施形態６〜８のいずれかに記載の使用のための組成物。
１１．前記がんが、発癌性突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含む、実施形態６〜１０のいずれかに記載の使用のための組成物。
１２．前記がんが、発癌性突然変異ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒを含み、任意選択で、前記がんが、黒色腫である、実施形態６〜１１のいずれかに記載の使用のための組成物。
１３．前記がんが、大腸癌、黒色腫、前立腺癌、肺腺癌、例えば、非小細胞肺腺癌、膵癌、膀胱癌、白血病、例えば、有毛細胞白血病または急性骨髄性白血病、神経膠腫、毛様細胞性星細胞腫、卵巣癌、乳頭状または濾胞性甲状腺癌、精上皮腫、肝癌、骨髄異形成症候群、腎臓癌またはホジキン病から選択される、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
１４．前記がんが、大腸癌である、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
１５．前記がんが、黒色腫である、実施形態１〜１３のいずれかに記載の使用のための組成物。
１６．前記細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種のものである、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
１７．前記がんの治療または予防において、ＥＲＫ１及び／またはＥＲＫ２シグナル伝達の阻害方法における、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
１８．前記がんの治療または予防において、ＥＲＫ１及び／またはＥＲＫ２リン酸化の阻害方法における、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
１９．前記がんの治療または予防において、ＭＡＰ２遺伝子発現の誘発方法における、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
２０．前記がんの治療または予防において、腫瘍サイズ、腫瘍増殖の低下、転移の予防または阻害、または血管新生の予防方法における、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
２１．前記がんの治療において、転移の阻害方法における、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
２２．前記方法が、前記組成物の投与に対して、ＢＲＡＦ阻害剤の同時、別々、または順次投与を含む、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
２３．前記ＢＲＡＦが、ＢＲＡＦＶ６００Ｅを選択的に阻害し、好ましくは、前記ＢＲＡＦ阻害剤が、ベムラフェニブ、ダブラフィニブまたはエンコラフェニブから選択される、実施形態２２に記載の使用のための組成物。
２４．前記ＢＲＡＦ阻害剤が、ベムラフェニブである、実施形態２３に記載の使用のための組成物。
２５．前記方法が、前記組成物の投与に対して、シチジンアナログの同時、別々、または順次投与を含む、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
２６．前記シチジンアナログが、アザシチジン−ｃ、デシタビン、またはゼブラリンから選択される、実施形態２５に記載の使用のための組成物。
２７．前記シチジンアナログが、アザシチジン−ｃである、実施形態２６に記載の使用のための組成物。
２８．前記方法が、前記組成物の投与に対して、チューブリン重合阻害剤またはチューブリン解重合阻害剤の同時、別々、または順次投与を含む、先行実施形態のいずれかに記載の使用のための組成物。
２９．前記チューブリン重合阻害剤またはチューブリン解重合阻害剤が、パクリタキセル、アブラキサン、ドセタキセル、エポチロン、（＋）−ディスコデルモリド、コルヒチン、コンブレタスタチン、２−メトキシエストラジオール、Ｅ７０１０、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビンまたはビンフルニンから選択される、実施形態２８に記載の使用のための組成物。
好ましくは、本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）を用いて治療または予防することができる、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんには、大腸癌、黒色腫、前立腺癌、肺腺癌、例えば、非小細胞肺腺癌、膵癌、膀胱癌、白血病、例えば、有毛細胞白血病または急性骨髄性白血病、神経膠腫、毛様細胞性星細胞腫、卵巣癌、乳頭状または濾胞性甲状腺癌、精上皮腫、肝癌、骨髄異形成症候群、腎臓癌及びホジキン病が挙げられるが、これらに限定されない。かかるがんは、過活動ＭＡＰキナーゼ経路（すなわち、発癌性ＥＲＫシグナル伝達）を含むものとして報告されている［７２］。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＢＲＡＦまたはＮＲＡＳの発癌性突然変異を含むがんの治療または予防に使用され、任意選択で、がんは、ＢＲＡＦまたはＮＲＡＳの過剰発現をさらに含む。本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）は、ＢＲＡＦの発癌性突然変異、及び任意選択で、ＢＲＡＦの過剰発現を含むがんの治療または予防に使用されるのが好ましい。
ＢＲＡＦの発癌性突然変異には、Ｖ６００Ｅ、Ｋ６０１Ｅ、Ｇ４６９Ａ、Ｇ４６９Ｖ、Ｌ５９７Ｒ、Ｋ６０１Ｎ、Ｇ４６４Ｖ、Ｎ５８１Ｓ、Ｌ５９７Ｑ、Ａ５９８Ｖ、Ｇ４６４Ｒ、Ｇ４６６ＡまたはＧ４６９Ｅが含まれ、これらは、大腸癌で同定されており［７３］、本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）を使用して、かかるがんを治療または予防し得る。ＢＲＡＦのさらなる発癌性突然変異には、Ｖ６００Ｅ、Ｖ６００Ｋ、Ｖ６００ＲまたはＶ６００Ｄが含まれ、これらは、黒色腫で同定されており［７４］、及び本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）を使用して、かかるがんを治療または予防し得る。ＢＲＡＦのアミノ酸は、ＵｎｉＰｒｏｔエントリーＰ１５０５６に従ってナンバリングされる［７５］（野生型ＢＲＡＦ）。
特に好ましい実施形態では、本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）は、突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含むがんの治療または予防に使用される。がん細胞株ＳＫＭＥＬ２８、４５１Ｌｕ及びＨＴ２９は、ＢＲＡＦ中にこの突然変異を含み、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａの株は、かかる細胞株において、クローン原性生存を阻害し、ＥＲＫシグナル伝達を阻害し、ＭＡＰ２遺伝子発現を誘発することが実施例で分かった。がんは、発癌性突然変異ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒをさらに含み得る。がん細胞株ＳＫＭＥＬ２は、ＮＲＡＳ中にこの突然変異を含み、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａの株は、この細胞株において、ＭＡＰ２遺伝子発現を誘発することが実施例で分かった。
実施例で使用されるＨＴ２９細胞株は、大腸癌細胞株であり、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａの株は、クローン原性生存を阻害し、この細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達を阻害することが分かった。従って、特に好ましい実施形態では、本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）は、大腸癌、例えば、突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含む大腸癌の治療または予防に使用される。
実施例で使用されるＳＫＭＥＬ２及びＳＫＭＥＬ２８及び４５１Ｌｕ細胞株は、黒色腫細胞株であり、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａの株は、クローン原性生存を阻害し、ＥＲＫシグナル伝達を阻害し、かかる細胞株におけるＭＡＰ２遺伝子発現を誘発することが分かった。従って、特に好ましい実施形態では、本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含むもの）は、黒色腫、例えば、突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含む黒色腫の治療または予防に使用される。
別の態様では、本発明の組成物は、大腸癌の治療方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む。別の態様では、本発明の組成物は、黒色腫の治療方法に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む。
上で詳述した態様及び実施形態のいずれかでは、本発明の組成物（特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物）は、転移性癌の治療に使用されるのが好ましい。実施例で報告されるように、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａの株は、ＭＡＰ２遺伝子発現を上方調節することが分かった。ＭＡＰ２は、皮膚原発型の黒色腫で高発現されることが分かっているが、転移性黒色腫では発現が低下する［７６］。微小管安定化タンパク質の発現の増加、またはＭＡＰ２などの微小管安定化タンパク質による治療が、細胞分裂中に必要とされる微小管の動的不安定を干渉し得ることが提案されている。従って、ＭＡＰ２の上方調節は、細胞分裂を妨げ、がんの腫瘍増殖を遅らせると考えられ［７６］、これは、本発明の組成物が、転移性癌の治療に特に有用であり得ることを示す。
実施例に示すように、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ株を含む本発明の組成物は、黒色腫及び大腸癌細胞株において、ＭＡＰ２遺伝子発現を誘発し、ＥＲＫシグナル伝達を阻害する効果を有する。従って、本発明の組成物は、上で定義したように、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんの治療または予防において、ＥＲＫシグナル伝達、例えば、ＥＲＫ１及び／またはＥＲＫ２シグナル伝達の阻害方法に有用である。本発明の組成物はまた、かかるがんの治療または予防において、ＥＲＫリン酸化、例えば、ＥＲＫ１及び／またはＥＲＫ２リン酸化の阻害方法に有用である。本発明の組成物はまた、かかるがんの治療または予防において、ＭＡＰ２遺伝子発現の誘発方法に有用である。ＭＡＰ２遺伝子発現は、微小管標的化化合物、例えば、パクリタキセルに対するがん感受性の増加と関連している［７７］。従って、本発明の組成物は、チューブリン重合または解重合阻害剤、特に、パクリタキセルに対するかかるがんの感受性を増加させるために使用され得る。本発明の組成物はまた、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むがんの治療または予防において、腫瘍サイズの低下、腫瘍増殖の低下、転移の予防または阻害、または血管新生の予防方法に有用である。実施例で示されたＭＡＰ２遺伝子発現に対する効果により、本発明の組成物は、かかるがんの治療において、転移の阻害方法に使用されるのが好ましい。
さらなる態様では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物は、がんの治療または予防において、ＥＲＫ１及び／またはＥＲＫ２シグナル伝達の阻害方法に使用される。さらなる態様では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物は、がんの治療または予防において、ＥＲＫ１及び／またはＥＲＫ２リン酸化の阻害方法に使用される。さらなる態様では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物は、がんの治療または予防において、ＭＡＰ２遺伝子発現の誘発方法に使用される。前述のさらなる態様では、上で詳述されるように特徴付けられるのが好ましい（「がん及びその特徴」）。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、小腸癌、例えば、小腸腺癌の治療に使用される。実施例で使用されるメトトレキサート処理ＨＴ２９細胞株は、小腸の上皮細胞に似ている表現型を有し、本発明の組成物は、かかる細胞に対して有用な効果を有することを示した。ある特定の実施形態では、本発明の組成物を使用して、がん、特に、小腸癌の治療または予防において、アポトーシスを促進する。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防において、ＧＰＲ１０９ａ遺伝子発現の誘発方法に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防において、ＩＬ−８レベルの増加方法に使用される。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、大腸癌、例えば、大腸腺癌の治療に使用される。実施例で使用されるＣａｃｏ−２細胞株は、大腸腺癌細胞株であり、本発明の組成物は、かかる細胞に対して有用な効果を有することを示した。
ある特定の実施形態では、組成物は、転移性黒色腫、小細胞肺癌または肺腺扁平上皮癌の治療または予防に使用される。実施例で示されるＮＳＥに対する効果は、本発明の組成物が、これらのがんに対して特に有効であり得ることを示唆する。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療に使用されない。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんではない疾患または障害の治療に使用される。
ワクチンアジュバントとしての使用
実施例は、本発明の組成物の投与が、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＴＮＦ−αは、ワクチン反応に重要であることが知られる。例えば、ＴＮＦ−αは、高齢者集団のインフルエンザワクチン接種において、効率的なワクチン反応に必要とされることが示されている［７８］。本発明の組成物の投与が、ＴＮＦ−α発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−αのレベル及び／または活性を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、インフルエンザ治療において、ワクチンアジュバントとして使用される。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、抗原に対する免疫反応の強化に使用される。ある特定の実施形態では、本発明は、抗原と組み合わせて投与される組成物を提供する。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ワクチン接種の直前または直後に患者に投与される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−６の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＩＬ−６発現の増加は、多くの疾患に対するワクチン反応と関連している。例えば、ＩＬ−６は、インフルエンザワクチンを成人に投与した後に、ＣＤ１４＋ＣＤ１６−炎症性単球によって産生され［７９］、より高レベルのＩＬ−６は、インフルエンザワクチンへのワクチン反応を達成することと関連していた［８０］。さらに、ＩＬ−６は、ＡＳ０３アジュバント系の注入後に産生され［８１］、マウスにおけるＩＬ−６の下方調節は、結核ワクチンの投与後に、ヘルパーＴ細胞応答を低下させることを示した［８２］。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−６発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６のレベル及び／または活性を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、結核治療において、ワクチンアジュバントとして使用される。
さらに、ＩＬ−６及びＴＮＦ−α発現は、治療用のＨＩＶワクチン［Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ］、結核ワクチン、及びクラミジアワクチンの効果と相関していることが示されている［８３］。Ｓｕ ｅｔ ａｌ．［８４］は、ＩＬ−６またはＴＮＦ−αとＦＭＤＶ ＤＮＡワクチンとの同時接種が、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮ−γ発現の増加、ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＩＬ−４のより高い発現、及びより高い抗原特異的細胞傷害反応をもたらしたことを示した。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−６及びＴＮＦ−α発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−αのレベル及び／または活性を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６のレベル及び／または活性を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦ−α及びＩＬ−６のレベル及び／または活性を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＨＩＶ治療において、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、クラミジア治療において、ワクチンアジュバントとして使用される。
実施例は、本発明の組成物の投与が、ＭＩＰ−３αの発現の増加をもたらすことができることを示す。ＭＩＰ−３αは、ＨＩＶワクチンへの反応を増加させることを示している［８５］。本発明の組成物の投与が、ＭＩＰ−３α発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−１βの発現の増加をもたらすことができることを示す。Ｌｉ ｅｔ ａｌ．［８６］は、アジュバントの水酸化アルミニウムが、ＩＬ−１βを活性化したことを示し、ＩＬ−β自体が、アジュバントとして作用し得ることを示唆した。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−１β発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。実施例は、本発明の組成物の投与が、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴｒｅｇに対する比を増加させ得ることを示す。アジュバントは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を刺激することが示されており［８７］、本発明の組成物の投与が、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴｒｅｇに対する比を増加させ得ることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴｒｅｇに対する比を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして使用される。
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−８の発現の増加をもたらすことができることを示す。ＩＬ−８発現の増加は、多くの疾患に対するワクチン反応と関連している。例えば、より高レベルのＩＬ−８は、鳥インフルエンザワクチンへのワクチン反応を達成することと関連していた［８８］。さらに、ＩＬ−８は、ＤＮＡワクチン接種モデルにおいて、分子アジュバントとして作用する［８９］。従って、ＩＬ−８は、例えば、鳥インフルエンザワクチンの免疫効能を強化するための免疫刺激剤として使用され得る。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−８発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−８のレベル及び／または活性を増加させることによって、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、インフルエンザ治療において、ワクチンアジュバントとして使用される。いくつかの実施形態では、ワクチンアジュバントとして使用する場合、本発明の組成物は、患者に別々に投与されている抗原に対するアジュバント効果をもたらすように、それら自体を投与する。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、経口投与される一方、抗原は、非経口注入される。
本発明の組成物は、任意の有用な抗原に対する免疫反応を強化するように使用され得る。本発明で使用される例示の抗原としては、ウイルス抗原、例えば、ウイルス表面タンパク質；細菌抗原、例えば、タンパク質及び／またはサッカリド抗原；真菌抗原；寄生虫抗原；及び腫瘍抗原が挙げられる。本発明は、インフルエンザウイルス、ＨＩＶ、鉤虫、Ｂ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス、狂犬病、呼吸器合胞体ウイルス、サイトメガロウイルス、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、クラミジア、ＳＡＲＳコロナウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ、エプスタイン・バール・ウイルス、ヒヒトパピローマウイルスなどに対するワクチンに特に有用である。本発明で使用されるさらなる抗原としては、糖タンパク質及びリポグリカン抗原、古細菌抗原、黒色腫抗原Ｅ（ＭＡＧＥ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ＭＵＣ−１、ＨＥＲ２、シアリル−Ｔｎ（ＳＴｎ）、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）、ウィルムス腫瘍遺伝子（ＷＴ１）、ＣＡ−１２５、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、エプスタイン・バール・ウイルス抗原、ネオアンチゲン、癌タンパク質、アミロイドβ、Ｔａｕ、ＰＣＳＫ９、及び習慣形成物質、例えば、ニコチン、アルコールまたはオピオイド系が挙げられる。
本発明で使用される好ましい抗原には、病原体抗原及び腫瘍抗原が含まれる。抗原は、病原体による感染に対する防御、または腫瘍への攻撃に有効である、抗原に特異的な免疫反応を誘発する。抗原は、例えば、ペプチド類または多糖類であり得る。
本発明はまた、患者において免疫反応を引き起こすための医薬品の製造において、（ｉ）抗原の水性調製物；及び（ｉｉ）Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属、好ましくは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物の使用を提供する。
これらの方法及び使用によって引き起こされる免疫反応は、一般的には、抗体反応、好ましくは、防御抗体反応を含む。
いくつかの実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株は、抗原を提示するように操作される。本発明の細菌株における抗原の提示は、免疫刺激活性を最大にし、抗原に対して生成される防御免疫反応をさらに強化し得る。加えて、本発明の抗原及び細菌を含む治療薬の製造及び送達は、抗原と、細菌株を含む組成物との各々を別々に製造して投与する場合よりも、効率的かつ効果的であり得る。従って、いくつかの実施形態では、本発明は、例えば、その細胞表面上に抗原を提示する、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、抗原を提示する細菌株を含む組成物は、ワクチン抗原として使用される。いくつかの実施形態では、抗原は、ＨＩＶ、鉤虫、Ｂ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス、狂犬病、呼吸器合胞体ウイルス、サイトメガロウイルス、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、クラミジア、ＳＡＲＳ コロナウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ、エプスタイン・バール・ウイルスまたはヒヒトパピローマウイルス由来である。いくつかの実施形態では、抗原は、糖タンパク質抗原、リポグリカン抗原、古細菌抗原、黒色腫抗原Ｅ（ＭＡＧＥ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ＭＵＣ−１、ＨＥＲ２、シアリル−Ｔｎ（ＳＴｎ）、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）、ウィルムス腫瘍遺伝子（ＷＴ１）、ＣＡ−１２５、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、エプスタイン・バール・ウイルス抗原、ネオアンチゲン、癌タンパク質、アミロイドβ、Ｔａｕ、ＰＣＳＫ９、または習慣形成物質、例えば、アルコール、オピオイド系などである。
いくつかの実施形態では、本発明の細菌は、１または２以上の抗原を発現する。一般的に、抗原は、組み換え的に発現されて、本発明の細菌に異種である。従って、本発明は、異種抗原を発現するＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を提供する。抗原は、細菌に相同な１または２以上のポリペプチドで発現される融合ポリペプチドの一部であり得る。いくつかの実施形態では、細菌は、非融合ポリペプチドとして抗原を発現する。いくつかの実施形態では、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の細胞を含み、細胞が異種抗原を発現する、組成物を提供する。いくつかの実施形態では、組成物は、ワクチンとして使用される。いくつかの実施形態では、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の細胞を提供し、細胞は、異種抗原を発現する。いくつかの実施形態では、細胞は、ワクチンとして使用される。
本発明で使用される例示の抗原としては、ウイルス抗原、例えば、ウイルス表面タンパク質；細菌抗原、例えば、タンパク質及び／またはサッカリド抗原；真菌抗原；寄生虫抗原；及び腫瘍抗原が挙げられる。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株で発現されるさらなる抗原としては、糖タンパク質及びリポグリカン抗原、古細菌抗原、黒色腫抗原Ｅ（ＭＡＧＥ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ＭＵＣ−１、ＨＥＲ２、シアリル−Ｔｎ（ＳＴｎ）、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）、ウィルムス腫瘍遺伝子（ＷＴ１）、ＣＡ−１２５、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、エプスタイン・バール・ウイルス抗原、ネオアンチゲン、癌タンパク質、アミロイドβ、Ｔａｕ、ＰＣＳＫ９、及び習慣形成物質、例えば、ニコチン、アルコール、オピオイド系などが挙げられる。
本発明はまた、アルツハイマー病及び他の神経変性障害などの非伝染性疾患に対するワクチンに対する反応の強化に有用であり得、その場合、本発明で使用される抗原は、アミロイドβまたはτであり得る。非伝染性疾患用の他のかかる抗原には、（高コレステロールの治療用の）ＰＣＳＫ９が含まれる。
本発明はまた、習慣形成物質、例えば、ニコチン、アルコールまたはオピオイド系に対するワクチンに対する反応の強化に有用であり得る。
細胞治療
キメラ抗原受容体Ｔ細胞（ＣＡＲ−Ｔ）治療
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＩＬ−６の発現の増加をもたらすことができることを示す。Ｉｌ−６発現の増加は、慢性リンパ性白血病のＣＤ１９ ＣＡＲ−Ｔ治療に対する反応と相関している。血清ＩＬ−６の増加は、ＣＡＲ−Ｔ細胞伸長と関連した一方、ＩＬ−６の阻害は、ＣＡＲ−Ｔ細胞増殖の阻害と関連した［９０］。本発明の組成物の投与が、ＩＬ−６発現を増加させることを示したので、本発明の組成物は、細胞治療、特に、ＣＡＲ−Ｔ細胞治療で有用であり得る。一実施形態では、本発明の組成物は、細胞治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、ＣＡＲ−Ｔ細胞治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、慢性リンパ性白血病の治療に使用される。
驚くべきことに、実施例はまた、本発明の組成物の投与が、ＰＢＭＣの集団においてＴｒｅｇの割合を選択的に低下させることを示す（図６Ｃ）。Ｔｒｅｇの選択的枯渇は、細胞傷害性リンパ球の作用を強化することが示されている［９１］。ＣＡＲ−Ｔ細胞は、細胞傷害性リンパ球のサブセットであるため、Ｔｒｅｇの選択的枯渇は、ＣＡＲ−Ｔ細胞治療に有効であると考えられる。本発明の組成物の投与が、Ｔｒｅｇを枯渇させることを示したので、本発明の組成物は、細胞治療、特に、ＣＡＲ−Ｔ細胞治療で有用であり得る。
従って、本発明の組成物は、細胞治療、特に、細胞治療に対する反応の強化に有用であり得る。
間葉系幹細胞（ＭＳＣ）治療
間葉系幹細胞（ＭＳＣ）治療は、免疫刺激特性を有することが報告されている。ＭＳＣをＬＰＳで治療する場合、ＭＳＣは、炎症誘発性サイトカインＩＬ−６及びＩＬ−８を上方調節し、Ｂ細胞増殖の増加を引き起こす［９２］。従って、本発明の組成物が、ＩＬ−６の発現の増加を示したので、本発明の組成物は、ＭＳＣ細胞治療と組み合わせて有用であり得る。
幹細胞移植治療
幹細胞移植治療において未分化幹細胞を用いる代わりに、幹細胞を移植前にある程度分化させることが有益であり得ることが報告されている。例えば、Ｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ．［９３］は、幹細胞の心筋芽細胞分化が、より高い生着効率、筋細胞の再生強化、及び心機能の回復増加によって有益であり得ることを報告した。本発明の組成物の投与が、未分化神経芽腫細胞におけるニューロン分化を開始させたので、本発明の組成物は、幹細胞移植治療における幹細胞分化に有用であり得る。
免疫老化
実施例はまた、本発明の組成物の投与が、Ｔｒｅｇを選択的に枯渇させて、Ｂ細胞数を増加させることができることを示す（図６Ｃ及び図６Ｆ）。Ｆｕｌｏｐ ｅｔ ａｌ．［９４］は、Ｔｒｅｇ細胞数の増加及びＢ細胞数の減少が、適応免疫系における老化と関連していることを特定した。従って、本発明の組成物は、免疫老化の予防または遅延に使用され得る。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の予防に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇ細胞数の増加によって特徴付けられる免疫老化の遅延に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、Ｂ細胞数の減少によって特徴付けられる免疫老化の遅延に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇ細胞数の増加及びＢ細胞数の減少によって特徴付けられる免疫老化の遅延に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇ細胞数を減少させることによって、免疫老化の遅延に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、Ｂ細胞数を増加させることによって、免疫老化の遅延に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇ細胞数を減少させて、Ｂ細胞数を増加させることによって、免疫老化の遅延に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化に起因する疾患の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の遅延及び／または予防によって、老化関連疾患の治療に使用される。
さらに、ワクチンアジュバントが、免疫老化を克服し得ることが提案されている［９５］。本発明の組成物が、ワクチンアジュバントとしての使用に適しているので、本発明の組成物は、免疫老化の予防または遅延に有用であり得る。別の実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして免疫老化の遅延及び／または予防に使用される。別の実施形態では、本発明の組成物は、ワクチンアジュバントとして使用され、組成物は、免疫老化を遅延及び／または予防する。
免疫老化に関連する疾患には、心血管疾患、神経変性疾患、例えば、アルツハイマー病及びパーキンソン病、がん、２型糖尿病［９６］及び自己免疫障害［９７］が含まれる。一実施形態では、本発明の組成物は、心血管疾患の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の遅延及び／または予防によって、心血管疾患の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、神経変性疾患の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の遅延及び／または予防によって、神経変性疾患、特に、アルツハイマー病及びパーキンソン病の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の遅延及び／または予防によって、がんの治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、２型糖尿病の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の遅延及び／または予防によって、２型糖尿病の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、自己免疫障害の治療に使用される。一実施形態では、本発明の組成物は、免疫老化の遅延及び／または予防によって、自己免疫障害の治療に使用される。
投与の形態
好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株による腸への送達及び／または腸への部分もしくは全体定着を可能にするために胃腸管に投与されるべきである。概して、本発明の組成物は、経口で投与されるが、これらは、経直腸的に、鼻腔内に、または頬側もしくは舌下経路を介して投与されてよい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、泡として、スプレーまたはゲルとして投与されてよい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、坐薬、例えば、肛門坐薬として、例えば、カカオ脂（ココアバター）、合成硬質脂肪（例えば、坐剤用基材、ウィテップゾール）、グリセロ−ゼラチン、ポリエチレングリコール、または石鹸グリセリン組成物の形態で投与されてよい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、チューブ、例えば、鼻腔栄養チューブ、経口胃チューブ、胃チューブ、経空腸チューブ（Ｊチューブ）、経皮的内視鏡下胃瘻造設術（ＰＥＧ）、またはポート、例えば、胃、空腸及び他の好適なアクセスポートへのアクセスを付与する胸壁ポートを介して胃腸管に投与される。
本発明の組成物は、一度で投与されてよく、または治療レジメンの部分として逐次的に投与されてよい。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、連日投与されるべきである。
本発明のある特定の実施形態では、本発明による治療は、患者の腸内微生物叢のアセスメントを伴う。治療は、本発明の株の送達及び／またはそれによる部分的もしくは全体的定着が達成されず、その結果、効能が観察されないことになるとき、繰り返されてよく、あるいは、治療は、送達及び／または部分的もしくは全体的定着が成功裏でありかつ効能が観察されるときに中止されてよい。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、妊娠した動物、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトに、その子宮内の胎児及び／または生まれた後の小児において発症するがんの可能性を低下させるために投与されてよい。
本発明の組成物は、免疫活性の低下によって媒介される疾患または状態と診断された、あるいは免疫活性の低下によって媒介される疾患または状態のリスクがあると同定された患者に投与されてよい。組成物は、健常な患者における免疫活性の低下によって媒介される疾患または状態の発症を予防するための予防対策として投与されてもよい。
本発明の組成物は、がんと診断された、あるいはがんのリスクがあると同定された患者に投与されてよい。例えば、患者は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、特に、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓによる定着が縮小しているか、または定着がないかであり得る。
本発明の組成物は、食品、例えば、栄養補助食品として投与されてよい。
概して、本発明の組成物は、ヒトの治療のためのものであるが、単胃哺乳動物、例えば、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマまたはウサギを含めた動物を治療するのに使用されてよい。本発明の組成物は、動物の成長及びパフォーマンスを向上させるのに有用であり得る。動物に投与されるとき、経口胃管栄養法が使用されてよい。
組成物
概して、本発明の組成物は、細菌を含む。本発明の好ましい実施形態では、組成物は、凍結乾燥形態で調合される。例えば、本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒またはゼラチンカプセル、例えば、硬質ゼラチンカプセルを含んでいてよい。
本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌を含むのが好ましい。細菌の凍結乾燥は、確立された手順であり、関連のガイダンスは、例えば、参照文献［９８、、１００］において入手可能である。
あるいは、本発明の組成物は、生きている、活性な細菌培養物を含んでいてよい。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、腸への細菌株の送達を可能にするようにカプセル化されている。カプセル化は、目標箇所に送達するまで、例えば、ｐＨの変化によって引き起こされる場合がある化学的または物理的刺激、例えば、圧力、酵素活性または物理的崩壊による破断を通しての劣化から組成物を保護する。いずれの適切なカプセル化方法が使用されてもよい。例示的なカプセル化技術として、多孔質マトリックス内への取り込み、固体担体表面への付着または吸着、凝集によるまたは架橋剤を用いた自己会合、及び微多孔膜またはマイクロカプセルの後の機械的拘束が挙げられる。本発明の組成物を調製するのに有用であり得るカプセル化についてのガイダンスは、例えば、参照文献［１０１］及び［１０２］において入手可能である。
組成物は、経口で投与されてよく、錠剤、カプセルまたは粉末の形態であってよい。カプセル化された製品が好ましい、なぜなら、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａが嫌気性生物であるからである。他の成分（例えば、ビタミンＣなど）が、インビボでの送達及び／または部分的もしくは全体的定着並びに生存を改善するように脱酸素剤及びプレバイオティック基質として含まれていてよい。あるいは、本発明のプロバイオティック組成物は、食品もしくは栄養製品、例えば、ミルクもしくはホエイベースの発酵乳製品として、または医薬製品として経口で投与されてよい。
組成物は、プロバイオティックとして調合されてよい。
本発明の組成物は、治療有効量の本発明の細菌株を含む。治療有効量の細菌株は、患者への有益な効果を発揮するのに十分である。治療有効量の細菌株は、患者の腸への送達及び／または部分的もしくは全体的定着を結果として生じさせるのに十分であり得る。
例えば、ヒト成人への細菌の好適な１日量は、約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位（ＣＦＵ）、例えば、約１×１０７〜約１×１０１０ＣＦＵ、別の例において、約１×１０６〜約１×１０１０ＣＦＵ、別の例において、約１×１０７〜約１×１０１１ＣＦＵ、別の例において、約１×１０８〜約１×１０１０ＣＦＵ、別の例において、約１×１０８〜約１×１０１１ＣＦＵであってよい。
ある特定の実施形態では、細菌の用量は、少なくとも１０９個の細胞／日、例えば、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、または少なくとも１０１２個の細胞／日である。
ある特定の実施形態では、組成物は、組成物の重量に対して約１×１０６〜約１×１０１１ＣＦＵ／ｇ、例えば約１×１０８〜約１×１０１０ＣＦＵ／ｇの量で細菌株を含有する。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ及び１０ｇであってよい。
ある特定の実施形態では、本発明は、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラム当たり約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位である、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、５００ｍｇ〜１０００ｍｇ、６００ｍｇ〜９００ｍｇ、７００ｍｇ〜８００ｍｇ、５００ｍｇ〜７５０ｍｇまたは７５０ｍｇ〜１０００ｍｇの用量で組成物を投与する、上記の医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、５００ｍｇ〜１０００ｍｇ、６００ｍｇ〜９００ｍｇ、７００ｍｇ〜８００ｍｇ、５００ｍｇ〜７５０ｍｇまたは７５０ｍｇ〜１０００ｍｇの用量で医薬組成物中の凍結乾燥した細菌を投与する、上記の医薬組成物を提供する。
典型的には、プロバイオティック、例えば本発明の組成物は、少なくとも１つの好適なプレバイオティック化合物と任意選択的に組み合わされる。プレバイオティック化合物は、通常、上部消化管において分解または吸収されない、非消化性炭水化物、例えば、オリゴ−もしくは多糖、または糖アルコールである。公知のプレバイオティクスとして、市販品、例えば、イヌリン及びトランスガラクト−オリゴ糖が挙げられる。
ある特定の実施形態では、本発明のプロバイオティック組成物は、組成物の合計重量に対して約１〜約３０重量％（例えば、５〜２０重量％）の量でプレバイオティック化合物を含む。炭水化物は、フラクト−オリゴ糖（またはＦＯＳ）、短鎖フラクト−オリゴ糖、インスリン、イソマルト−オリゴ糖、ペクチン、キシロ−オリゴ糖（またはＸＯＳ）、キトサン−オリゴ糖（またはＣＯＳ）、β−グルカン、アラビアガム変性及び耐性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ−タガトース、アカシアファイバ、イナゴマメ、オート麦、並びにシトラスファイバからなる群から選択されてよい。一態様では、プレバイオティクスは、短鎖フラクト−オリゴ糖（簡潔のために、以下本明細書においてＦＯＳｓ−ｃ．ｃと示す）であり；前述のＦＯＳｓ−ｃ．ｃ．は消化性炭水化物ではなく、テンサイ糖の転換によって一般に得られ、３つのグルコース分子が結合しているサッカロース分子を含んでいる。
本発明の組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含んでいてよい。かかる好適な賦形剤の例は、参照文献［１０３］において見出され得る。治療的使用のための許容可能な担体または希釈剤は、薬剤分野において周知されており、例えば、参照文献［１０４］において記載されている。好適な担体の例としては、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。好適な希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール及び水が挙げられる。医薬担体、賦形剤または希釈剤の選択は、意図する投与経路及び標準の薬務に関して選択され得る。医薬組成物は、上記担体、賦形剤または希釈剤として、またはこれに加えて、いずれの好適な結合剤（複数可）、潤滑剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、可溶化剤（複数可）を含んでいてもよい。好適な結合剤の例としては、デンプン、ゼラチン、天然糖、例えば、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、天然及び合成ガム、例えば、アカシア、トラガカントまたはアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース並びにポリエチレングリコールが挙げられる。好適な潤滑剤の例としては、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。防腐剤、安定剤、染料、及びさらなる香味剤が、医薬組成物において付与されていてよい。防腐剤の例としては、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、システイン、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられる。酸化予防剤及び懸濁剤が使用されてもよい。
本発明の組成物は、食品として調合されてよい。例えば、食品は、例えば、栄養補助食品において、本発明の治療効果に加えて、栄養的利益を付与してよい。同様に、食品は、本発明の組成物の風味を向上するように、または組成物を、医薬組成物よりもむしろ、一般食料とより類似することによって、消費するのにより魅力的であるようにするように調合されてよい。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ミルクベースの製品として調合される。用語「ミルクベースの製品」は、変動する脂肪分を有する、いずれの液体または半固体のミルク−またはホエイベースの製品も意味する。ミルクベースの製品は、例えば、ウシのミルク、ヤギのミルク、ヒツジのミルク、スキムミルク、ホールミルク、いずれの処理もしていない粉ミルク及びホエイからの還元ミルク、または加工品、例えば、ヨーグルト、凝固したミルク、カード、酸乳、酸全乳、バターミルク及び他の酸乳製品であり得る。別の重要な群としては、ミルク飲料、例えば、ホエイ飲料、発酵乳、コンデンスミルク、乳幼児ミルク；フレーバーミルク、アイスクリーム；ミルク含有食品、例えば、スイーツが挙げられる。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、単一細菌株または種を含有し、いずれの他の細菌株または種を含有しない。かかる組成物は、ほんの僅少なもしくは生物学的に関連のない量の他の細菌株または種を含んでいてよい。かかる組成物は、他の生物種を実質的に含まない培養であってもよい。
本発明による使用のための組成物は、販売承認を必要としてもしなくてもよい。
ある場合には、凍結乾燥されている細菌株は、投与前に再構成される。ある場合には、再構成は、本明細書に記載される希釈剤の使用による。
本発明の組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含んでいてよい。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株が、それを必要とする対象に投与した場合、障害の治療に十分な量であり、障害が、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌である、医薬組成物を提供する。さらなる実施形態では、がんは、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株；及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株が、ＭＡＰ２によって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、前述の疾患または状態は、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌である。さらなる実施形態では、がんは、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む医薬組成物であって、細菌株が、Ｂ３チューブリンによって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、前述の疾患または状態は、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌である。さらなる実施形態では、がんは、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、ＤＲＤ２によって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、前述の疾患または状態は、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌である。さらなる実施形態では、がんは、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、ＨＤＡＣによって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、前述の疾患または状態は、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、炎症誘発性サイトカイン、例えば、ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＭＩＰ−３α、ＩＬ−２３またはＩＬ−６によって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、ＴＮＦ−αによって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、ＩＬ−８によって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、ＣＤ１１ｂによって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、前述の疾患または状態は、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌である。さらなる実施形態では、前述のがんは、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤を含む、医薬組成物であって、細菌株が、Ｃａｓｐ３によって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、前述の疾患または状態は、がん、例えば、神経芽腫、脳癌、黒色腫、前立腺癌、大腸癌、乳癌、肺癌、肝癌または胃癌である。さらなる実施形態では、前述のがんは、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、癌腫、慢性リンパ性白血病、リンパ腫または血液悪性腫瘍である。
ある特定の実施形態では、本発明は、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラム当たり約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位である、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、１ｇ、３ｇ、５ｇまたは１０ｇの用量で投与される、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、経口、直腸、皮下、鼻、頬側、及び舌下からなる群から選択される方法によって投与される、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール及びソルビトールからなる群から選択される担体を含む、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、エタノール、グリセロール及び水からなる群から選択される希釈剤を含む、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、防腐剤、酸化予防剤及び安定剤の少なくとも１つをさらに含む、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群から選択される防腐剤を含む、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、前述の細菌株が凍結乾燥されている、上記の医薬組成物を提供する。
ある特定の実施形態では、本発明は、組成物が約４℃または約２５℃で密閉容器に貯蔵されて容器が５０％の相対湿度を有する雰囲気に置かれているとき、コロニー形成単位で測定される細菌株の少なくとも８０％が、少なくとも約１ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、１年、１．５年、２年、２．５年または３年の期間の後に残存している、上記の医薬組成物を提供する。
培養方法
本発明において使用される細菌株は、例えば、参照文献［１０５、１０７］に詳述されている標準の微生物学的技術を使用して培養され得る。
培養に使用される固体または液体培地は、ＹＣＦＡ寒天またはＹＣＦＡ培地であってよい。ＹＣＦＡ培地として（１００ｍｌ当たりの近似値）：Ｃａｓｉｔｏｎｅ（１．０ｇ）、酵母エキス（０．２５ｇ）、ＮａＨＣＯ３（０．４ｇ）、システイン（０．１ｇ）、Ｋ２ＨＰＯ４（０．０４５ｇ）、ＫＨ２ＰＯ４（０．０４５ｇ）、ＮａＣｌ（０．０９ｇ）、（ＮＨ４）２ＳＯ４（０．０９ｇ）、ＭｇＳＯ４・７Ｈ２Ｏ（０．００９ｇ）、ＣａＣｌ２（０．００９ｇ）、レザズリン（０．１ｍｇ）、ヘミン（１ｍｇ）、ビオチン（１μｇ）、コバラミン（１μｇ）、ｐ−アミノ安息香酸（３μｇ）、葉酸（５μｇ）、及びピリドキサミン（１５μｇ）を挙げることができる。
ワクチン組成物に使用される細菌株
本発明者らは、本発明の細菌株が、免疫活性の低下に関連する疾患または状態の治療または予防に有用であることを確認した。これは、本発明の細菌株が宿主免疫系に対して有する効果の結果である可能性が高い。従って、本発明の組成物は、ワクチン組成物として投与した場合、がんなどの疾患または状態の予防にも有用であり得る。ある特定のかかる実施形態では、本発明の細菌株は、殺傷、不活性化、または弱毒化されてよい。ある特定のかかる実施形態では、組成物は、ワクチンアジュバントを含んでよい。ある特定の実施形態では、組成物は、注射を介して、例えば、皮下注射を介して投与される。
ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ギ酸のレベルを低下させる。ギ酸は、シトクロム酸化酵素活性の阻害によるミトコンドリア電子輸送及びエネルギー産生の妨害に関与しているギ酸塩の共役塩基であり、電子伝達鎖の最終電子受容体である。したがって、ギ酸の還元によるギ酸塩は、活性酸素種の蓄積のいずれかのシトクロム酸化酵素阻害を介して、細胞死の発生を低下させる。したがって、ある特定の実施形態では、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株は、ギ酸のレベルを低下させることによって、疾患の治療において免疫系を刺激する。
総則
本発明の実施は、別途示さない限り、当業者の範囲内の、化学、生化学、分子生物、免疫学及び薬理学の従来の方法を用いる。かかる技術は、文献において完全に説明されている。例えば、参照文献［１０８］及び［１０９、１１５］などを参照されたい。
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、組成物がＸを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、Ｘから排他的になってもよく、またはさらなる何か、例えば、Ｘ＋Ｙを含んでいてもよい。
数値ｘに関係する用語「約」は、任意選択的であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。
語「実質的に」は、「完全に」を排除せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてよい。必要に応じて、語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてよい。
２つのヌクレオチド配列間の百分率の配列同一性への言及は、整列している場合、ヌクレオチドの百分率が、２つの配列を比較したときに同じであることを意味する。このアラインメント及びパーセント相同性または配列同一性は、当該技術分野において公知のソフトウェアプログラム、例えば、参照文献［１１６］のセクション７．７．１８に記載されているものを使用して決定され得る。好ましいアラインメントは、１２のギャップオープンペナルティ及び２のギャップエクステンションペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスによるアフィンギャップ検索を使用してＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参照文献［１１７］に開示されている。
特に記述されていない限り、多数のステップを含むプロセスまたは方法は、方法の開始及び終了時にさらなるステップを含んでいてよく、またはさらなる介在するステップを含んでいてよい。また、ステップは、適切な場合、組み合わされ、省略され、または代替の順序で実施されてよい。
本発明の様々な実施形態は本明細書に記載される。各実施形態では特定されている特徴は、他の特定されている特徴と組み合わされて、さらなる実施形態を付与してよいことが理解されよう。特に、好適な、典型的なまたは好ましいとして本明細書において強調されている実施形態は、互いに組み合わされてよい（これらが互いに排他的であるときを除く）。
本発明を実施するための形態
実施例１−ＭＲｘ００２９は、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞における成熟表現型を誘発する
導入
本発明者らは、神経芽腫細胞における神経分化マーカーのβ３チューブリン及びＭＡＰ２の発現に対するＭＲｘ００２９の効果を特定しようとした。β３チューブリンは、ニューロンの分化前のマーカーであり、ＭＡＰ２は、成熟（分化）ニューロンのマーカーである。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞
方法
ｑＰＣＲ
ＳＨ−ＳＹ５Ｙを、１０ｃｍのペトリ皿に、２×１０６個の細胞の密度で播種した。２４時間後、細胞を、１０％の細菌上清またはＹＣＦＡ＋、１０ｕＭのＲＡ、２００ｕＭのヘキサン酸または２００ｕＭのバルプロ酸を有する分化培地（ＲＡ無しで１％のＦＢＳを含有する増殖培地）で１７時間処理した。その後、代表的な画像を、位相差ＥＶＯＳ ＸＬコア顕微鏡を用いて、４０×／０．６５の倍率で撮影した。細胞を回収し、総ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って単離した。ｃＤＮＡは、高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて作製した。遺伝子発現は、ｑＰＣＲを用いて測定した。ＧＡＰＤＨは、内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）法に従って算出した。
免疫標識及び細胞イメージング
細胞を、５×１０４個の細胞／ウェルで８ウェルチャンバースライド（Ｍａｒｉｅｎｆｅｌｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｇｌａｓｓｗａｒｅ）上に一晩播種し、１０％の細菌上清と共に２４時間処理した。分化の場合、細胞を１０ｎＭのＲＡで５日間処理した後、無細胞細菌上清で２４時間処理した。
その後、細胞を、ＰＢＳ中の４％のパラホルムアルデヒドで、室温（ＲＴ）にて２０分間固定した。固定細胞をＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳ中の１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ−１００で１０分間透過性にした。ＰＢＳで洗浄後、スライドを、遮断緩衝液（４％のＢＳＡ／ＰＢＳ）で室温にて１時間インキュベートした後、１％のＢＳＡ／ＰＢＳで希釈した抗ＭＡＰ２抗体またはβ３−チューブリン（それぞれ、ｓｃ−７４４２１及びｓｃ−８０００５，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｃ）を４℃で１２時間添加した。次いで、それらをＰＢＳで２回洗浄した後、Ａｌｅｘａ Ｆｌｏｕｒ ４８８結合抗マウス（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ Ｉｎｃ）及びＡｌｅｘａ Ｆｌｏｕｒ ５９４結合ファロイジン（ａｂ１７６７５７、Ａｂｃａｍ）で室温にて１時間インキュベートした。ＰＢＳで３回洗浄後、スライドを、ＤＡＰＩで染色し、Ｖｅｃｔａｓｈｉｅｌｄ（登録商標）（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を載せた。使用した蛍光色素の検出に好適な６３×／１．２のＷ Ｋｏｒｒ対物レンズ及びフィルターセットを備えたＡｘｉｏｓｋｏｐ ５０顕微鏡（Ｚｅｉｓｓ）を用いて、スライドを観た。ＭＡＰ−２で免疫標識した画像のデジタル取得のためのマニュアル露出時間を一定に保つことで、異なるウェル及び治療間の比較をすることができた。ファロイジン（Ｆ−アクチン）及びＤＡＰＩ露出時間は、視野に適するように変更した。無作為視野は、Ｉｍａｇｅ Ｐｒｏ Ｐｌｕｓソフトウェアによって制御されたＱＩｍａｇｉｎｇカメラを用いて取得した。画像は、ＴＩＦＦファイルとして保存し、Ａｄｏｂｅ Ｐｈｏｔｏｓｈｏｐ ＣＣ ２０１５．１．２で開いた。その後、ＭＡＰ−２、ＤＡＰＩの画像、及びファロイジン画像のオーバーレイを重ねて、合成した。代表的な画像を選択し、調べたタンパク質の存在度及び位置の差を示した。
イムノブロット法
上述の示された条件下で培養したＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を、ＭＲｘ０００５及びＭＲｘ００２９で２４時間処理した後、プロテアーゼ阻害剤（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，ＵＫ）のカクテルを含有するＲＩＰＡ緩衝液で溶解した。タンパク質濃度は、ＢＣＡタンパク質アッセイキット（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）を用いて推定し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離し、ＰＶＤＦ膜に移した。その後、膜を、５％の脱脂粉乳または５％のＢＳＡで遮断し、一次抗体（それぞれ、ＭＡＰ２及びβ３−チューブリン）で４℃にて一晩インキュベートした。次いで、ブロットを適切な西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合二次抗体でインキュベートし、タンパク質を化学発光検出キット（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）で検出した。ＭＡＰ２及びβ３−チューブリンの両方とも、β−アクチンは、試料中のタンパク質ローディング変動性を監視するための対照として機能した。
結果
ＭＲｘ００２９は、未分化神経芽腫ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞において、β３チューブリンの発現を誘発する。図１は、ＭＲｘ００２９による処理が、未処理ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞と比較して、β３チューブリンの発現を増加させることを示す。
ＭＲｘ００２９は、未分化神経芽腫ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞において、ＭＡＰ２の発現を誘発する。図２は、ＭＲｘ００２９による処理が、未処理ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞と比較して、ＭＡＰ２の発現を有意に増加させたことを示す。
考察
ＭＲｘ００２９が、分化、特に、ニューロン分化の促進において、有効な組成物であり得ることを結果は示す。さらに、ＭＲｘ００２９が、脳癌、特に、神経芽腫、及び黒色腫、特に、転移性黒色腫の治療において、有効な組成物であり得ることを結果は示す。
実施例２−ＭＲｘ００２９は、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞中のＤＲＤ２の発現を減少させる
導入
本発明者らは、神経芽腫細胞において、ＤＲＤ２の発現に対するＭＲｘ００２９の効果を特定しようとした。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞
方法
本発明者らは、実施例１に記載されるのと同じ方法を用いて、神経芽腫細胞におけるＤＲＤ２発現の変化を測定した。
結果
ＭＲｘ００２９は、神経芽腫ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞において、ＤＲＤ２の発現を減少させる。図３は、ＭＲｘ００２９による処理が、未処理ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞と比較して、ＤＲＤ２の発現を有意に減少させたことを示す。
考察
これは、ＭＲｘ００２９が、がんの治療に有効な組成物であり得ることを示す。
実施例３−ＭＲｘ００２９は、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞におけるカスパーゼ３の上方調節を誘発する
導入
本発明者らは、神経芽腫細胞において、カスパーゼ３（Ｃａｓｐ３）の発現に対するＭＲｘ００２９の効果を特定しようとした。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞
方法
本発明者らは、神経芽腫細胞において、Ｃａｓｐ３発現の変化を測定した。
結果
ＭＲｘ００２９は、未分化神経芽腫ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞において、Ｃａｓｐ３の上方調節を誘発する。図４は、ＭＲｘ００２９による処理が、未処理ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞と比較して、Ｃａｓｐ３の発現を増加させることを示す。特に、図４は、対照と比較して、ＭＲｘ００２９の投与が、Ｃａｓｐ３閾値の発現を増加させたことを示す。
考察
未分化ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞において、ＭＲｘ００２９によるＣａｓｐ３遺伝子発現の増加は、細胞分化と、プログラム細胞死、例えば、アポトーシスの誘発との両方に関連付けることができた。
カスパーゼ３は、実行型カスパーゼであるため、アポトーシスと関連している。調節不全なアポトーシスは、がんに関与しているため、ＭＲｘ００２９は、がんの治療に有効な組成物であり得ることを結果は示す。
カスパーゼは、細胞分化に役割を有することが示されている。従って、ＭＲｘ００２９による処理後のＣａｓｐ３発現の増加は、ＭＲｘ００２９が、細胞分化を増加させるのに有効な組成物であり得ることを示す。
実施例４−ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞におけるＭＴＴアッセイ：
導入
本発明者らは、生存細胞の数を反映する細胞代謝活性を評価する方法に広く使用されるＭＴＴアッセイを用いて、神経芽腫細胞の生存に対するＭＲｘ００２９の効果を特定しようとした。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞
方法
ＭＴＴアッセイ
ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を１０，０００細胞／ウェルの播種密度で播種し、２４時間後に、静止期培養物由来の無細胞細菌上清の異なる濃度（割合ｖ／ｖとして表現）により、１００ｕｌの１％のＦＢＳ増殖培地中で細胞を２２時間処理した。その後、１０μｌのＭＴＴ溶液を加え、細胞をＣＯ２インキュベーター中で４時間インキュベートし、この時間の終わりに、０．０４ＨＣＬを有する１００μｌのイソプロパノールを各ウェルに加えた。吸光度を５６０ｎｍの波長及び６５５ｎｍの基準波長で測定した。ＭＴＴアッセイキットは、Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（カタログ番号ＣＴ０１）から購入した。
結果
ＭＲｘ００２９は、神経芽腫細胞生存に対する用量依存効果を示し、１０％のＭＲｘ００２９は、対照と比較して、生存率をおよそ７０％低下させた。１０％のＭＲｘ００２９無細胞細菌上清による処理は、細胞生存率の減少を示した。実験の結果を図５に示す。
考察
これは、ＭＲｘ００２９が、細胞死の増加に有効な組成物であり得ることを示すため、ＭＲｘ００２９は、がんの治療における使用に有効な組成物であり得る。
実施例５−健康なドナー由来のＰＢＭＣに対する基準的な細胞表現型検査
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
ＰＢＭＣ処理
凍結した健康なヒトＰＢＭＣは、Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ ＵＫ）から購入した。簡単に言えば、細胞を解凍し、ＣＯ２インキュベーター中の完全増殖培地（１０％のＦＢＳ、２ｍＭのＬ．グルタミン、５５μＭの２−メルカプトエタノール、及び１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを有するＲＰＭＩ １６４０）において３７℃で一晩静置した。実験用に、４８ウェルプレート中に７５０，０００個の細胞／ウェルの密度で細胞を播種し、１ｎｇ／ｍｌのＬＰＳの存在下または不在下で、１０％細菌上清を有する完全増殖培地中で処理した。細胞培養培地を未処理ウェルに加えた。細胞を７２時間静置した後、無細胞上清を回収し、１０，０００ｇで、４℃にて、３分間スピンダウンした。試料をサイトカイン分析用に−８０℃で保存した。
免疫表現型検査
１．５×１０６個の細胞／試料を細胞生死判定用色素（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で染色し、室温で１０分間、生細胞と死細胞を区別した。その後、基本的な免疫表現型検査（ＣＤ３／ＣＤ４／ＣＤ８／ＣＤ２５／ＣＤ１２７及びＣＤ１９）のために、以下に列挙された抗体のカクテル（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で細胞を染色し、室温で１０分間インキュベートした。
実験を実施して、以下の細胞集団の割合を測定した：
・ＣＤ４＋ＣＤ３＋細胞（ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞のマーカー）
・ＣＤ４＋ＣＤ２５＋細胞（ＣＤ４＋活性化細胞のマーカー）
・ＣＤ４＋細胞集団のうちのＣＤ２５＋＋ＣＤ１７−細胞（Ｔｒｅｇ細胞のマーカー）
・ＣＤ８＋ＣＤ３＋細胞（細胞傷害性Ｔ細胞のマーカー）
・ＣＤ２５＋ＣＤ８＋細胞（ＣＤ８＋活性化細胞のマーカー）
・ＣＤ１９＋ＣＤ３−細胞（Ｂ細胞のマーカー）
ＣＤ８＋／Ｔｒｅｇの比、及び活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を決定した。
抗体
Figure 2021517560
結果
実験の結果を図６に示す。
最も驚くべき結果は、Ｔｒｅｇ細胞を表すＣＤ２５＋＋ＣＤ１７−細胞割合に対するＭＲｘ００２９処理の効果である（図６Ｃを参照）。ＭＲｘ００２９は、ＰＢＭＣ集団におけるＴｒｅｇの割合を選択的に低下させた。ＭＲｘ００２９処理は、ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞、ＣＤ４＋活性化細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、ＣＤ８＋活性化細胞、またはＢ細胞の割合を有意に変化させなかった。
ＭＲｘ００２９による処理は、未処理細胞と比較して、ＣＤ８＋／Ｔｒｅｇの比、及び活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比を増加させた（図６Ｇ及び図６Ｈを参照）。
考察
ＭＲｘ００２９による処理が、Ｔｒｅｇの割合を選択的に減少させることで、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ及び活性化ＣＤ８／Ｔｒｅｇの比を増加させたという観察は、ＭＲｘ００２９が酪酸塩を産生するために驚くべきことであり、酪酸塩産生は、Ｔｒｅｇの集団の増加と関連している。
健康なドナー由来のＰＢＭＣ中のＭＲｘ００２９の基本的な免疫表現型検査プロファイルは、ＭＲｘ００２９による処理が、リンパ球集団におけるＴｒｅｇの相対的割合を減少させることを示唆し、ＣＤ８／Ｔｒｅｇ細胞の比の増加を反映する。
これは、ＭＲｘ００２９が、免疫反応の刺激、及びＴｒｅｇによる免疫抑制の減少に有効な組成物であり得ることを示す。ＭＲｘ００２９が、がんの治療における使用に有効な組成物であり得ることも結果は示す。
実施例６−健康なドナー由来のＰＢＭＣのサイトカイン分析
導入
本発明者らは、ＭＲｘ００２９によるＰＢＭＣインキュベーション後をさらに分析しようとした。本発明者らは、炎症誘発性サイトカインのＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、及びＩＬ−２３を含む、ＭＲｘ００２９による処理の際のＰＢＭＣからの特定のサイトカインの発現を分析した。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
ＰＢＭＣ処理
ＰＢＭＣは、実施例５に記載されるように処理した。
サイトカイン定量化
サイトカイン定量化は、製造元の推奨（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に従って、ＰｒｏｃａｒｔａＰｌｅｘマルチプレックスイムノアッセイを用いて実施した。簡単に言えば、５０μｌの無細胞共培養上清を使用して、ｘＰＯＮＥＮＴソフトウェア（Ｌｕｍｉｎｅｘ、Ａｕｓｔｉｎ、ＴＸ、ＵＳＡ）を備えるＭＡＧＰＩＸ（登録商標）ＭＩＬＬＩＰＬＥＸ（登録商標）システム（Ｍｅｒｃｋ）を用いてサイトカイン定量化を行った。５パラメーターロジスティック曲線及び背景差分を用いたＭＩＬＬＩＰＬＥＸ（登録商標）アナリストソフトウェア（Ｍｅｒｃｋ）を用いてデータを分析し、平均蛍光強度をｐｇ／ｍｌ値に変換した。
結果
健康なドナー由来のＰＢＭＣ培養におけるＭＲｘ００２９のサイトカイン分析の結果は、ＭＲｘ００２９の免疫刺激サインを示した。特に、ＭＲｘ００２９処理は、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β及びＩＬ−２３の発現を増加させた。
ＭＲｘ００２９による処理が、ＭＩＰ−３α、ＩＬ−６及びＩＬ−１０の発現を増加させたことも結果は示す。ＭＣＰ−１、ＣＸＣＬ９、及びＧＭＣＳＦの発現レベルは、対照と同様であった。
考察
これは、ＭＲｘ００２９が、免疫刺激特性を有し、免疫刺激に有効な組成物であり得ることを示す。ＭＲｘ００２９が、がんの治療に有効な組成物であり得ることも結果は示す。
実施例７−異なる細胞集団のフローサイトメトリー分析
導入
本発明者らは、ＭＲｘ００２９によるＰＢＭＣインキュベーション後をさらに分析しようとした。フローサイトメトリー分析を使用して、ＣＤ４細胞（ＣＤ４＋ＣＤ３＋）、Ｔｒｅｇ（ＣＤ２５＋＋ＣＤ１２７−）ＣＤ８細胞（ＣＤ８＋ＣＤ３＋）及びＢ細胞（ＣＤ１９＋ＣＤ３−）の割合を決定した。
方法
ＰＢＭＣ処理
ＰＢＭＣは、実施例５に記載されるように処理した。
異なる細胞集団のフローサイトメトリー分析
１．５×１０６個の細胞／試料を細胞生死判定用色素（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で染色し、室温で１０分間、生細胞と死細胞を区別した。その後、基本的な免疫表現型検査（ＣＤ３／ＣＤ４／ＣＤ８／ＣＤ２５／ＣＤ１２７及びＣＤ１９）のために、以下に列挙された抗体のカクテル（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で細胞を染色し、室温で１０分間インキュベートした。その後、細胞を洗浄し、ＰＢＳ中で再懸濁し、青色（４８８ｎｍ）、赤色（６３３ｎｍ）及び紫色（４０５ｎｍ）レーザーを備えたＦＡＣＳ Ａｒｉａ ＩＩを用いて直ちに分析した。ＦＭＯは、全ての実験を通じて含まれた。分析には、Ｆｌｏｗｊｏバージョン１０．４．２ソフトウェア（ＦｌｏｗＪｏ，ＬＬＣ）を使用した。
結果
フローサイトメトリー実験の結果を図８に示す。
図８Ａは、０．７３％のＰＢＭＣが、Ｔｒｅｇ（ＣＤ２５＋＋ＣＤ１２７−）であったことを示す。
考察
ＭＲｘ００２９が、Ｔｒｅｇの下方調節に有用であり得ることを結果は示す。さらに、ＭＲｘ００２９が、免疫反応の刺激、及びＴｒｅｇによる免疫抑制の減少に有効な組成物であり得ることを結果は示す。ＭＲｘ００２９が、がんの治療に使用に有効な組成物であり得ることも結果は示す。
実施例８−ＭＲｘ００２９は、ＭＧ Ｕ３７３細胞におけるＩＬ−８分泌を増加させる
導入
本発明者らは、神経芽腫細胞におけるＩＬ−８の分泌に対するＭＲｘ００２９の効果を特定しようとした。ヒト膠芽腫星状細胞腫細胞を、ＬＰＳと組み合わせて、ＭＲｘ００２９を含む組成物で処理し、ＩＬ−８のレベルを調節する能力について観察した。ＩＬ−８は、免疫刺激性作用を有する、マクロファージによって主に分泌される炎症誘発性サイトカインである。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ＭＧ Ｕ３７３は、悪性腫瘍由来のヒト膠芽腫星状細胞腫であり、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（カタログ番号０８０６１９０１−１ＶＬ）から購入した。ＭＧ Ｕ３７３ヒト膠芽腫星状細胞腫細胞を、１０％のＦＢＳ、１％のＰｅｎ Ｓｔｒｅｐ、４ｍＭのＬ−Ｇｌｕｔ、１×ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液、及び１×ピルビン酸ナトリウムを補充したＭＥＭ（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｍ−２２７９）中で増殖させた。
方法
増殖させた後、ＭＧ Ｕ３７３細胞を、１００，０００個の細胞／ウェルで２４ウェルプレートに播種した。細胞を、ＬＰＳ（１ｕｇ／ｍＬ）のみ、またはＭＲｘ００２９由来の１０％の細菌上清と共に２４時間処理した。ＬＰＳは、炎症誘発性サイトカイン、例えば、ＩＬ−８の公知の刺激物質である。その後、無細胞上清を回収し、４℃にて３分間、１０，０００ｇで遠心分離した。ＩＬ−８は、製造者の指示に従って、Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ製のヒトＩＬ−８ ＥＬＩＳＡキット（カタログ番号９００−Ｋ１８）を用いて測定した。
結果
これらの実験の結果を図９に示す。細菌株による細胞の処理は、ＬＰＳの存在に関係なく、ＩＬ−８分泌の増加をもたらす。
考察
ＭＲｘ００２９が、ＩＬ−８分泌の増加に有用であり得ることを結果は示す。従って、本発明の組成物は、疾患、特に、免疫活性化の低下によって特徴付けられる疾患、及び免疫反応の増加によって治療可能な疾患の治療に有用であり得る。
実施例９−ＭＲｘ００２９は、ＨＴ−２９細胞におけるヒストン脱アセチル化酵素活性のレベルを低下させる
導入
ＭＲｘ００２９を含む組成物がヒストン脱アセチル化酵素活性を変化させる能力を調査した。ＨＤＡＣｉは、様々ながん細胞株において、増殖停止、分化、アポトーシス、血管新生の低下、及び免疫反応の調節を引き起こすことが示されている。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
細胞株ＨＴ−２９を使用したのは、ヒストン脱アセチル化酵素が存在するからである。
方法
定常期細菌培養の無細胞上清は、遠心分離、及び０．２２ｕＭのフィルターの濾過によって単離した。ＨＴ−２９細胞をコンフルエンスの３日後に使用し、実験を開始する２４時間前に１ｍＬのＤＴＳにステップダウンした。ＨＴ−２９細胞を、ＤＴＳで希釈した１０％の無細胞上清でチャレンジし、これを放置して、４８時間インキュベートした。その後、ヌクレアーゼタンパク質を、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈヌクレアーゼ抽出キットを用いて抽出し、ＨＤＡＣ活性測定前に試料を急速凍結した。ＨＤＡＣ活性は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＫ）キットを用いて蛍光分析的に評価した。
結果
実験の結果を図１０に示す。図１０は、ＭＲｘ００２９が、ヒストン脱アセチル化酵素活性のレベルを減少させることができることを示す。
考察
ＭＲｘ００２９が、ＨＤＡＣ活性の阻害を介して、エピジェネティック異常によって特徴付けられる疾患の治療または予防に使用される有望な候補であることを結果は示す。がんは、エピジェネティック異常によって特徴付けられる疾患である。さらに、ＨＤＡＣ阻害剤（ＨＤＡＣｉ）は、様々ながん細胞株において、増殖停止、分化、アポトーシス、血管新生の低下、及び免疫反応の調節を引き起こすことが示されている新興クラスの有望な抗癌薬である。従って、本発明の組成物が、がんの治療または予防における使用に有効であり得ることを結果は示す。
実施例１０−ヒストン脱アセチル化阻害のメカニズムのさらなる分析
導入
腸内微生物叢は、その非常に大きな多様性及び代謝能力を有し、ＨＤＡＣ活性に影響する可能性がある多種多様の分子の産生のための巨大な代謝リザーバーを表す。従って、本発明者らは、どの代謝産物がＨＤＡＣ阻害の役割を担うのかを決定し、阻害が達成されるメカニズムをさらに解明しようとした。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
細菌培養及び無細胞上清回収
細菌の純粋培養は、それらの定常成長期に到達するまで、ＹＣＦＡ＋培養液中で嫌気的に増殖させた。培養を５，０００×ｇで５分間遠心分離し、０．２μＭのフィルター（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ＵＫ）を用いて、無細胞上清（ＣＦＳ）を濾過した。ＣＦＳの１ｍＬのアリコートを、使用するまで−８０℃で保存した。酪酸ナトリウム、ヘキサン酸、及び吉草酸は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＫ）から入手し、懸濁液をＹＣＦＡ＋培養液中で調製した。
細菌上清のＳＣＦＡ及びＭＣＦＡ定量化
細菌上清由来の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）を、以下のように、ＭＳ Ｏｍｉｃｓ ＡＰＳによって分析し、定量化した。試料を、塩酸を用いて酸性化し、重水素標識内部標準を添加した。全ての試料は、無作為順序で分析した。四重極検出器（５９９７７Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）に連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）に設置した高極性カラム（Ｚｅｂｒｏｎ（商標）ＺＢ−ＦＦＡＰ，ＧＣ Ｃａｐ．Ｃｏｌｕｍｎ ３０ｍ×０．２５ｍｍ×０．２５μｍ）を用いて分析を行った。システムは、ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）によって制御した。生データを、Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、ｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、データをインポートし、［１１８］に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
特異的ＨＤＡＣ活性分析
特異的ＨＤＡＣ阻害活性を、ＨＤＡＣの型ごとの蛍光発生アッセイキット（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，ＣＡ）を用いて、ＨＤＡＣ１、２、３、４、５、６、９について分析した。アッセイは、製造者の指示に従って実施し、各試料は、繰り返し行った。無細胞上清を１／１０に希釈し、キットに提供された特異的ＨＤＡＣタンパク質に暴露し、方法間の一貫性を維持した。
結果
ヒストン脱アセチル化酵素を阻害する腸内共生微生物代謝産物は、酪酸及び吉草酸である。
ＭＲｘ００２９（その上清は、ＨＴ２９全細胞及びＨＴ２９細胞溶解物の両方で、ＨＤＡＣ阻害を示した（図１１Ａを参照））は、それぞれ、５．０８ｍＭ及び１．６０ｍＭの平均濃度で、吉草酸及びヘキサン酸を産生した（図１１Ｂを参照）。
どの代謝産物が株誘発ＨＤＡＣ阻害の役割を担ったかを調査するため、異なる濃度のヘキサン酸、吉草酸及び酪酸ナトリウムを、ＨＴ−２９全細胞及びＨＴ−２９細胞溶解物上のそれらのＨＤＡＣ阻害について測定した。図１１Ｃの結果は、全細胞並びに細胞溶解物上で酪酸ナトリウムによるＨＤＡＣ活性の有意な（Ｐ＜０．０５）阻害を示す一方、ヘキサン酸は、大きな阻害活性を示さなかった。吉草酸は、全細胞並びに細胞溶解物のＨＤＡＣ活性も阻害した（＊（ｐ＜０．０５）、＊＊（ｐ＜０．００５）、＊＊＊（Ｐ＜０．００１）、＊＊＊＊（ｐ＜０．０００１））。
調査した強力な総ＨＤＡＣ阻害剤は、クラスＩ ＨＤＡＣを標的とする。
試験細菌株の特異的ＨＤＡＣ阻害プロファイルを調査した。特異的ＨＤＡＣ阻害アッセイ（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，ＣＡ）を、クラスＩ及びクラスＩＩ ＨＤＡＣに対して実施した。細菌株がＨＤＡＣ酵素を阻害する能力を、酪酸、ヘキサン酸、及び吉草酸と比較した。ＭＲｘ００２９が、クラス１ ＨＤＡＣ酵素（ＨＤＡＣ１、２及び３）非常に強力な阻害剤であることを結果は示す。クラスＩＩ ＨＤＡＣの阻害は、それほど重要ではない（データ不図示）。
考察
ＨＤＡＣ阻害活性を有する株は、相当量の吉草酸及びヘキサン酸、並びに相当量の酪酸ナトリウムを産生した（図１１Ｂ）。純粋な物質として試験した場合、吉草酸及び酪酸ナトリウムは、有意なＨＤＡＣ阻害をもたらした（ｐ＜０．０００１）。
興味深いことに、特異的ＨＤＡＣ活性の結果は、試験株が、クラスＩ ＨＤＡＣ、特に、ＨＤＡＣ２の強力な阻害剤であることを示す（図１２及び図１３）。クラスＩ ＨＤＡＣ（ＨＤＡＣ１、２、３及び８）は、核に存在し、いくつかのヒト細胞型で遍在的に発現される。ＨＤＡＣ１〜３は、５０％超の相同性を共有するが、別個の構造及び細胞機能を有する［１１９］。ＨＤＡＣ１〜３は、細胞生存、増殖、及び分化に主に関与するため、それらの阻害は、幅広い疾患に有用であり得る［１２０］、［１２１］、［１２２］、［１２３］、［１２４］。従って、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性が上方調節される疾患の治療に特に有用であり得る。特に、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性が上方調節されるがんの治療に特に有用であり得る。例えば、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ２活性が上方調節されるがんの治療に特に有用であり得る。
実施例１１−ＭＲｘ００２９による腸バリア機能及び腸透過性の調節
導入
ＭＲｘ００２９がいずれかの腸バリア機能不全を引き起こす能力を調査した。ＨＴ２９−ｍｔｘ上皮、ムチン産生細胞単層［１２５］をインビトロモデルとして使用し、ＭＲｘ００２９による処理を行った後に、腸バリア機能障害及び免疫刺激を評価した。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
ＲＮＡ抽出及びｑＰＣＲ分析
総ＲＮＡは、製造者の指示に従って、ＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｍａｎｃｈｅｓｔｅｒ，ＪＵＫ）を用いて抽出し、ＲＮＡ濃度は、分光光度計（ナノドロップＮＤ−１０００；Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＤＥ）を用いて、２６０／２８０ｎｍの吸光度で決定した。ｍＲＮＡ発現分析の場合、ｃＤＮＡは、製造者の指示に従って、高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＵＫ）を用いて、総ＲＮＡから調製した。逆転写反応は、２５℃で１０分間、３７℃で１２０分間、及び８５℃で５分間、Ｔｈｅｒｍｏ ｃｙｃｌｅｒ（Ｂｉｏｍｅｔｒａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で行い、４℃に保持した。得られたｃＤＮＡを、ＳＹＢＲ−Ｇｒｅｅｎ ＰＣＲアッセイによって複製して増幅し、プライマーに応じて、標準化プロファイル（サイクル前の熱変性：９５℃で１０分間、４０サイクル熱変性：９５℃で１５秒、及びアニーリング／伸長：６０／６５℃で６０秒）を用いて、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ６フレックスリアルタイムＰＣＲ機器（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＵＫ）で産生物を検出した。４０サイクル後に解離段階を加え、融解曲線を生成した。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏリアルタイムＰＣＲソフトウェアｖ１．２を用いて分析を行った。
結果
ホルボール１２−ミリステート−１３−酢酸塩（ＰＭＡ）に暴露された分化ＨＴ２９−ｍｔｘ細胞は、大量のＩＬ−８を分泌し、ＭＲｘ００２９細菌上清による２４時間のコントラスト処理において、未処理細胞及びＹＣＦＡ＋処理細胞の両方と比較して、さらに低分泌のＩＬ−８を誘発した（図１４Ａ）。
その後、発現に関与する細胞内シグナル伝達、及び腸バリア形成に関与するタンパク質の局在化を調節することによって、ＭＲｘ００２９が上皮透過性を調節する能力を調査した。
ＲＮＡを単離し、定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）分析を行って、ＭＲｘ００２９によるインキュベーション中のタイトジャンクション構成タンパク質の遺伝子発現の変化を特徴付けた。ＭＲｘ００２９の投与は、インキュベーションの２時間後に、オクルディン、ビリン、タイトジャンクション構成タンパク質１及び２（それぞれ、ＴＪＰ１及びＴＪＰ２）ｍＲＮＡ発現を強化した（図１４Ｂ）。
インビトロ結果を、ＭＲｘ００２９を供与したマウスの腸のエクスビボ並行分析からのデータと比較した。ＴＪＰ１及びオクルディンの遺伝子発現を、結腸及び回腸において定量化した。ＭＲｘ００２９が、ネズミ腸の結腸領域において、ＴＪＰ１及びオクルディンを有意に上方調節することができたので（ｐ＝０．０７３）、エクスビボデータは、インビトロデータを完全に映す（図１４Ｃ＋１４Ｄ）。ＭＲｘ００２９は、同じマウスの結腸における透過性機能を減少させることができた（図１４Ｆ）。
考察
ＭＲｘ００２９が、発現に関与する細胞内シグナル伝達、及び腸バリア機能に関与するタンパク質（例えば、オクルディン、ビリン、ＴＪＰ１及びＴＪＰ２）の局在化を調節することによって、上皮透過性を調節することができることを結果は示す。従って、ＭＲｘ００２９が、腸バリア機能を増加させて、腸透過性を低下させるように機能することを結果は示す。従って、本発明の組成物は、腸バリア機能の低下または腸透過性の増加によって特徴付けられる疾患または状態の治療または予防に有効である。
実施例１２
導入
本発明者らは、ＭＲｘ００２９を供与したマウスの海馬、扁桃体、及び前頭前皮質由来の脳組織における炎症マーカーの遺伝子発現を分析しようとした。本発明者らはまた、ＭＲｘ００２９を投与した同じマウスの脾臓からのサイトカイン産生に対する効果を調査した。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
動物
ＢＡＬＢｃ（Ｅｎｖｉｇｏ，ＵＫ）成体の雄のマウスを、１２時間の明暗サイクルの下でグループ収容し；標準的なげっ歯類の餌及び水は、自由に取れるようにした。全ての実験は、ユニバーシティカレッジコーク動物倫理実験委員会による承認後の欧州ガイドラインに従って行った。動物は、実験の開始時に８週齢であった。
研究デザイン
動物は、動物ユニットに到着した後、それらの保持室に１週間慣れさせた。動物は、１５：００〜１７：００に６日間連続で、１×１０９個のＣＦＵの用量で生きた生物学的治療薬の経口強制飼養（２００μＬ用量）を受ける。７日目に、動物を殺し、組織を実験用に収穫した。
組織回収
動物は、治療及び試験条件に関してランダムに犠牲にした；試料採取は、午前９．００から午後２：３０の間に行った。体幹の血液をカリウムＥＤＴＡ（エチレンジアミン四酢酸）チューブに回収し、４０００ｇで１５分間スピンした。血漿を単離し、−８０℃で保存し、さらなる分析を行った。脳を迅速に摘出し、解剖し、各脳領域をドライアイスで急速冷凍し、−８０℃で保存し、さらなる分析を行った。脾臓を切除し、５ｍＬのＲＰＭＩ培地（Ｌ−グルタミン及び重炭酸ナトリウム、Ｒ８７５８ Ｓｉｇｍａ＋１０％のＦＢＳ（Ｆ７５２４，Ｓｉｇｍａ）＋１％のＰｅｎ／Ｓｔｒｅｐ（Ｐ４３３３，Ｓｉｇｍａ）を有する）中で回収し、選別直後に処理し、エクスビボ免疫刺激を行った。腸組織（盲腸に最も近い回腸と結腸の２ ３ｃｍ切片を摘出し、盲腸から最も遠い１ｃｍ２ｃｍ組織を使用した）を、ウッシングチャンバーに載置し、腸透過性アッセイを行った。盲腸を切除し、秤量し、−８０℃で保存し、ＳＣＦＡ分析を行った。
脾臓サイトカインアッセイ
犠牲にした後、脾臓を５ｍＬのＲＰＭＩ培地中で直ちに回収し、直ちに培養した。脾臓細胞をこのＲＰＭＩ培地でまず均質化した後、１ｍＬのＲＢＣ溶解培養液（１１８１４３８９００１ ＲＯＣＨＥ，Ｓｉｇｍａ）で５分間インキュベートした。１０ｍＬのＲＰＭＩ培地をさらに添加した後、２００Ｇで５分間遠心分離した。その後、上清を、４０ｕｍ濾過器を通じて濾過した。細胞を計数し、（４，０００，０００／ｍＬ培地）播種した。適応の２．５時間後、細胞をリポ多糖（ＬＰＳ−２μｇ／ｍｌ）またはコンカナバリンＡ（ＣｏｎＡ−２．５μｇ／ｍｌ）で２４時間刺激した。刺激後、上清を収穫し、炎症性パネル１（マウス）Ｖ−ＰＬＥＸキット（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ｍａｒｙｌａｎｄ，ＵＳＡ）を用いて、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１０、ＩＬ−１β、インターフェロンγ、ＣＸＣＬ２、及びＩＬ６のサイトカイン放出を評価した。ＭＥＳＯ ＱｕｉｃｋＰｌｅｘ ＳＱ １２０、ＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ２４００、ＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６０００、ＳＥＣＴＯＲ Ｓ ６００を用いて、分析を行った。
遺伝子発現分析
総ＲＮＡを、製造者の推奨に従って、ｍｉｒＶａｎａ（商標）ｍｉＲＮＡ単離キット（Ａｍｂｉｏｎ／Ｌｌｉｆｅ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｉｓｌｅｙ，ＵＫ）を用いて抽出し、ＤＮａｓｅ処理した（Ｔｕｒｂｏ ＤＮＡ−ｆｒｅｅ，Ａｍｂｉｏｎ／ｌｉｆｅ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。ＲＮＡを、製造者の指示に従って、ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ．，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，Ｄｅｌａｗａｒｅ，ＵＳＡ）を用いて定量化した。ＲＮＡ品質を、製造者の手順に従って、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓｔｏｃｋｐｏｒｔ，ＵＫ）を用いて評価し、ＲＮＡ品質数値（ＲＩＮ）を算出した。ＲＩＮ値＞７を有するＲＮＡを、その後の実験に使用した。ＲＮＡを、製造者の指示に従って、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ高容量ｃＤＮＡキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｗａｒｒｉｎｇｔｏｎ，ＵＫ）を用いて、ｃＤＮＡに逆転写した。簡単に言うと、Ｍｕｌｔｉｓｃｒｉｂｅ逆転写酵素（５０Ｕ／μＬ）（１）（２）（１）（１０）を、ＲＴマスターミックスの一部として添加し、２５℃で１０分間、３７℃で２時間、８５℃で５分間インキュベートし、４℃で保存した。定量的ＰＣＲは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓによってマウス特異的標的遺伝子に対して設計されたプローブ（６カルボキシフルオレセイン−ＦＡＭ）を用いた一方、内在性対照としてβ−アクチンを用いて実行した。増幅反応は、１μｌのｃＤＮＡ、５μｌの２×ＰＣＲマスターミックス（Ｒｏｃｈｅ）、９００ｎＭの各プライマーを含有し、無ＲＮａｓｅ水を添加することで、合計で１０μｌにした。全ての反応は、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）４８０システム上で、９６ウェルプレートを用いて三連で行った。熱サイクル条件は、製造者（Ｒｏｃｈｅ）の推奨通りに、５５サイクルであった。アンプリコン汚染を確認するため、各ランは、使用したプローブごとに、テンプレート対照を三連で含まなかった。サイクル閾（Ｃｔ）値を記録した。β−アクチンを用いてデータを正規化し、２−ΔΔＣＴ法を用いて変換し、対照群に対する倍数変化として提示した。
統計分析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示し；ノンパラメトリックデータセットは、四分位範囲を有する中央値として提示する。独立両側ｔ検定を適用し、パラメトリックデータを分析し、マン・ホイットニー検定をノンパラメトリックに使用した。スピアマンの順位相関係数を、プールデータセットにおける相関分析に採用した。ｐ値＜０．０５は、全ての場合において有意と見なされた。
結果−遺伝子発現
海馬、扁桃体、及び前頭前皮質由来の脳組織における炎症マーカー［ＩＬ−１β、ＩＬ６、ＣＤ１１ｂ、ＴＮＦ−α、及びＴＬＲ−４］の遺伝子発現を分析した。図１５〜２５は、海馬、扁桃体、及び前頭前皮質におけるＭＲｘ００２９処理後の遺伝子発現の変化を示す。ＭＲｘ００２９による処理は、扁桃体におけるＴＬＲ−４の発現を有意に増加させた（図２０）。ＭＲｘ００２９による処理はまた、扁桃体におけるＣＤ１１ｂの発現を増加させた（図２１）。
結果−脾細胞由来のサイトカイン発現に対する効果
エクスビボ脾細胞アッセイは、脾細胞（脾臓−免疫防御に関与する主臓器から単離した細胞）を、細菌またはウイルス模倣体チャレンジでチャレンジすることを伴う。
ＭＲｘ００２９による処理は、ＬＰＳによるチャレンジ後に、インターフェロン−γ、インターロイキン−１β、及びインターロイキン−６の減少をもたらした（それぞれ、図２６、２７及び２８）。
ＭＲｘ００２９による処理は、化学誘引物質ＣＸＣＬ１のレベルの増加をもたらした（図３０）。
考察
ＭＲｘ００２９による処理は、扁桃体における炎症誘発性サイトカインＴＬＲ−４及びＣＤ１１ｂの発現を有意に増加させた。従って、本発明の組成物は、疾患、特に、免疫活性化の低下によって特徴付けられる疾患、及び免疫反応の増加によって治療可能な疾患の治療に有用であり得る。
実施例１３−安定性試験
本明細書に記載される少なくとも１つの細菌株を含有する本明細書に記載される組成物を、２５℃または４℃の密閉容器に貯蔵し、容器を３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％または９５％の相対湿度を有する雰囲気に置く。１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、１年、１．５年、２年、２．５年または３年後、標準のプロトコルによって決定されるコロニー形成単位で測定したとき、細菌株の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％が残存する。
実施例１４−ＥＲＫシグナル伝達経路に対するＭ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓの効果の分析
材料及び方法
ＲＮＡ抽出及びＭＡＰ２ ｑＰＣＲ分析
細胞を２×１０５個の細胞／ウェルの密度で１２ウェルプレートに播種した。２４時間後、１０％細菌上清の存在下またはその不在下（ＹＣＦＡ＋）において、ＤＭＳＯまたはベムラフェニブ（６６２００５；ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ；ＶＥＭＵ；ＳＫＭＥＬ２８、ＳＫＭＥＬ３１、４５１Ｌｕ、ＨＴ２９（１μＭ）ＳＫＭＥＬ２（１０μＭ）またはアザシチジン−Ｃ（Ａ３６５６；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ；ＡｚａＣ；５μｇ／ｍｌ）のいずれか、または両方の薬物（ＶＥＭＵ＋Ａｚａ）と一緒に、細胞を処理した。製造者の指示に従って、ＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｍａｎｃｈｅｓｔｅｒ、ＵＫ）を用いて、総ＲＮＡを抽出し、２６０／２８０ｎｍでの分光光度計（ＮａｎｏＤｒｏｐ ＮＤ−１０００；Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ）によって、ＲＮＡ濃度を決定した。ｍＲＮＡ発現分析のため、製造者の指示に従って、Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ逆転写キット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ）を用いて、ｃＤＮＡを２０００ｎｇの総ＲＮＡから調製した。逆転写反応を、２５℃で１０分間、３７℃で１２０分間、及び８５℃で５分間、サーモサイクラー（Ｂｉｏｍｅｔｒａ、Ｇｅｒｍａｎｙ）で行った。ＳＹＢＲ−Ｇｒｅｅｎ ＰＣＲアッセイによって、得られたｃＤＮＡを二重に増幅し、標準化プロファイル（最初の熱変性を９５℃で１０分間、その後、９５℃で１０秒の熱変性及び６５℃で３０秒のアニーリング／伸長を４０サイクル）を用いて、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ６ ｆｌｅｘリアルタイムＰＣＲマシン（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＵＫ）で生成物を検出した。４０サイクル後に解離段階を加えて、融解曲線を生成した。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏリアルタイムＰＣＲソフトウェアｖ１．２を用いて、分析を行った。ＧＡＰＤＨ及びＭＡＰ２のプライマー配列を以下に示す。
ウェスタンブロット分析
１０％の細菌上清の存在下または不在下（ＹＣＦＡ＋）のいずれかで適当な薬物による処理の２４時間後、プロテアーゼ阻害剤（完全プロテアーゼ阻害剤カクテルタブレット；Ｒｏｃｈｅ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）及び１ｍＭ／Ｌのオルトバナジウム酸ナトリウム、０．５ｍＭ／ＬのＰＭＳＦを補充したＲＩＰＡ緩衝液（Ｒ０２７８、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）中に細胞を溶解することで、タンパク質抽出物を得た。タンパク質定量化は、ＢＣＡタンパク質アッセイにより行った。その後、４〜１５％の勾配ゲル（ＢｉｏＲａｄ）上のＳＤＳ−ＰＡＧＥによって、等量の総タンパク質（２０μｇ／レーン）を分離し、ポリフッ化ビニリデン（ＰＶＤＦ）膜（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ）に移した。ＴＢＳＴ（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．５、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、０．５％のＴｗｅｅｎ ２０）中の５％のＢＳＡまたは脱脂粉乳で６０分間遮断した後、ホスホ−ＥＲＫ（９１０１Ｓ、１：１０００、細胞シグナル伝達、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ（ＵＫ））または総ＥＲＫ（４６９６Ｓ、１：１０００、細胞シグナル伝達、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ（ＵＫ））に対する一次抗体で膜を調査した。
対象のタンパク質を適当なＨＲＰ共役二次抗体（１：１０，０００、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ）で検出し、ＥＣＬウェスタンブロッティングＳｕｐｅｒ Ｓｉｇｎａｌ ＰｉｃｏＰｌｕｓ基質（３４５７７；Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ）で現像し、Ｃｈｅｍｉｄｏｃ ＸＲＳ Ｉｍａｇｅｒ（ＢｉｏＲａｄ）で視覚化した。
９６ウェルプレート中の足場非依存性増殖（軟寒天増殖アッセイ）
２０％のＦＢＳ、４ｍＭ Ｌ−Ｇｌｕ、２×ＮＥＡＡ、０．６％の重炭酸ナトリウム、２００Ｕ／ｍＬペニシリン／ストレプトマイシン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、及び２５μＬの予熱した（４７℃）１．２％のノーブル寒天（Ａ５４３１；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ）を含有する、２５μＬの予熱した（３７℃）２×適当な増殖培地（黒色腫細胞株にはＥＭＥＭ；ＨＴ２９にはＤＭＥＭ高グルコース）の混合物を９６ウェルマイクロプレートの各ウェル上に播種し、アッセイ用の予備層として機能させた。０〜２×１０３個の細胞を含有する１０μｌの細胞懸濁液を、９６ウェル丸底ポリプロピレンマイクロプレート中で２５μＬの２×増殖培地及び３５μＬの０．８％ノーブル寒天と混合し、固化した予備層を含有する９６ウェルマイクロプレートに移した。細胞を２日間増殖させた後、１０％の細菌上清またはＹＣＦＡ＋の存在下で、薬物を含有する培地を３日ごとに供与した。５％ＣＯ２による３７℃の加湿インキュベーター中で１〜２週間増殖させた後、製造元のプロトコルに従って、ＣｙｔｏＳｅｌｅｃｔ ９６ウェル細胞形質転換アッセイ（ＣＢＡ−１３０；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いて軟寒天増殖の得点を付けた。４８５ｎｍで励起し、５３０ｎｍで発光するＴｅｃａｎ Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｆ２００ Ｐｒｏ Ｓｅｒｉｅｓマルチウェルプレートリーダー（Ｔｅｃａｎ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、細胞増殖を測定した。
３２ｍｍプレート中の足場非依存性増殖（軟寒天増殖アッセイ）
プレート（０．４％の最終寒天）ごとに１ｍＬの予熱した（３７℃）２×適当な増殖培地（黒色腫細胞株にはＥＭＥＭ；ＨＴ２９にはＤＭＥＭ高グルコース）及び１ｍＬの予熱した（４７℃）０．８％のノーブル寒天の混合物を１ｍＬの細胞懸濁液と混合し、６ウェルプレート中の０．６％の寒天／細胞増殖予備層（２ｍＬ）上に播種した。５％ＣＯ２による３７℃の加湿インキュベーター中で２１〜２８日間、細胞を増殖させた。１０％の細菌上清の不在下（ＹＣＦＡ＋）または存在下で、薬物を３日ごとに供与した。Ｅｖｏｓ ＸＬ Ｃｏｒｅ顕微鏡（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｌｏｕｇｈｂｏｒｏｕｇｈ）を用いて、コロニーを写真撮影した。
クローン原性アッセイ
細胞をトリプシン処理し、２００個の細胞／ウェルを１２ウェルプレート中に播種した。４８時間後、１０％の細菌上清の不在下（ＹＣＦＡ＋）または存在下で、適当な薬物で細胞を処理し、細胞を３日ごとに再び供与した。播種後の２１日目に、細胞を氷冷メタノール中で固定し、クリスタルバイオレットブルーで染色した。コロニー（．５０細胞）を計数し、生存画分は、コロニーの数を、処理したコロニー形成細胞（コロニー形成率）の数で除し、対照のコロニー形成率で除したものとして計算した。
実施例１４Ａ−ＳＫＭＥＬ２黒色腫細胞株
ＳＫＭＥＬ２黒色腫細胞株（ＷＴ ＢＲＡＦ；ＮｒａｓのＮ６１Ｒ発癌性突然変異）について、以下の処理の効果を評価した：（１）ＭＲＸ００２９、（２）ＹＦＣＡ＋培地中のベムラフェニブ（ＶＥＭＵ）、（３）ＶＥＭＵ及びＭＲＸ０２９、（４）ＹＦＣＡ＋培地中のアザシチジン−Ｃ（Ａｚａ−ｃ）、（５）Ａｚａ−ｃ及びＭＲＸ０２９、（６）ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲＸ００２９。
ＳＫＭＥＬ２細胞株中のＭＡＰ２遺伝子発現は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３１に示す。ＭＲＸ０２９（単独またはＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃとの組み合わせ）による全処理は、両方の陰性対照（細胞株のみ、及びＹＣＦＡ＋）に比べて、ＭＡＰ２遺伝子発現を増加させた。ＳＫＭＥＬ２細胞株のクローン原性生存率は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３２に示す。ＳＫＭＥＬ２細胞株の軟寒天増殖は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３３に示す。ＶＥＭＵ＋Ａｚａ−ｃは、ＭＲＸ０２９による軟寒天増殖阻害を改善させた。ＳＫＭＥＬ２細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３４に示す（ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲＸ０２９は、評価しなかった）。
これらの結果は、ＭＲＸ００２９単独またはベムラフェニブ及び／またはアザシチジン−Ｃとの組み合わせは、黒色腫細胞株（ＳＫＭＥＬ２）中のＭＡＰ２遺伝子発現を誘発する効果を有し得ることを示す。さらに、ベムラフェニブ＋アザシチジン−Ｃは、ＭＲＸ００２９による軟寒天増殖阻害を強化した。これに基づいて、本発明の組成物は、様々ながん、特に、転移性癌、特に、転移性黒色腫の治療または予防に有用であることが期待される。
実施例１４Ｂ−ＳＫＭＥＬ２８黒色腫細胞株
ＳＫＭＥＬ２８黒色腫細胞株（ＢＲＡＦのＶ６００Ｅ発癌性突然変異）について、以下の処理の効果を評価した：（１）ＭＲｘ００２９；（２）ＹＣＦＡ＋培地中のベムラフェニブ（ＶＥＭＵ）；（３）ＶＥＭＵ及びＭＲｘ００２９；（４）ＹＣＦＡ＋培地中のアザシチジン−Ｃ（Ａｚａ−ｃ）；（５）Ａｚａ−ｃ及びＭＲＸ００２９；（６）ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９。
ＳＫＭＥＬ２８細胞株中のＭＡＰ２遺伝子発現は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３５に示す。ＳＫＭＥＬ２８細胞株のクローン原性生存率は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３６に示す。ＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃと組み合わせたＭＲｘ００２９は、両方の陰性対照（ＹＣＦＡ＋及び細胞株のみ）に比べて、クローン原性生存率を減少させた。ＳＫＭＥＬ２８細胞株の軟寒天増殖は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３７に示す。ＳＫＭＥＬ２８細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３８に示す（ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９は、評価しなかった）。ＭＲｘ００２９による全処理（単独またはＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃとの組み合わせ）は、陰性対照（ＹＦＣＡ＋）に比べて、ＥＲＫシグナル伝達を低下させた。
これらの結果は、ＭＲｘ００２９単独またはベムラフェニブ及び／またはアザシチジン−Ｃとの組み合わせが、ＥＲＫシグナル伝達を阻害し、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ突然変異（ＳＫＭＥＬ２８）を含む黒色腫細胞株のクローン原性生存率を減少させる効果を有し得ることを示す。これに基づいて、本発明の組成物は、がん、特に、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むもの、特に、黒色腫の治療または予防に有用であることが期待される。特に、本発明の組成物は、ＢＲＡＦ、特に、６００位に発癌性突然変異、特に、突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含むかかるがんの治療または予防に有用であることが期待される。
実施例１４Ｃ−ＳＫＭＥＬ３１黒色腫細胞株
ＳＫＭＥＬ３１黒色腫細胞株（ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅにはへテロ接合）について、以下の処理の効果を評価した：（１）ＭＲｘ００２９、（２）ＹＦＣＡ＋培地中のベムラフェニブ（ＶＥＭＵ）、（３）ＶＥＭＵ及びＭＲｘ００２９、（４）ＹＦＣＡ＋培地中のアザシチジン−Ｃ（Ａｚａ−ｃ）、（５）Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９、（６）ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９。
ＳＫＭＥＬ３１細胞株中のＭＡＰ２遺伝子発現は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図３９に示す。ＳＫＭＥＬ３１細胞株のクローン原性生存率は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４０に示す。ＳＫＭＥＬ３１細胞株の軟寒天増殖は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４１に示す。ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＶＥＭＵ＋Ａｚａ−ｃは、ＭＲｘ００２９による軟寒天増殖及びクローン原性生存率阻害を改善させた。ＳＫＭＥＬ３１細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４２に示す（ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９の組み合わせは、評価しなかった）。ＭＲｘ００２９による全処理（単独またはＶＥＭＵまたはＡｚａ−ｃとの組み合わせ）は、陰性対照（ＹＦＣＡ＋）に比べて、ＥＲＫシグナル伝達を低下させた。
実施例１４Ｄ−４５１Ｌｕ黒色腫細胞株
４５１Ｌｕ黒色腫細胞株（ＢＲＡＦのＶ６００Ｅ発癌性突然変異）について、以下の処理の効果を評価した：（１）ＭＲｘ００２９、（２）ＹＦＣＡ＋培地中のベムラフェニブ（ＶＥＭＵ）、（３）ＶＥＭＵ及びＭＲｘ００２９、（４）ＹＦＣＡ＋培地中のアザシチジン−Ｃ（Ａｚａ−ｃ）、（５）Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９、（６）ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９。
４５１Ｌｕ細胞株中のＭＡＰ２遺伝子発現は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４３に示す。ＭＲｘ００２９による全処理（単独またはＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃとの組み合わせ）は、細胞株のみの陰性対照に比べて、ＭＡＰ２遺伝子発現を増加させた。４５１Ｌｕ細胞株のクローン原性生存率は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４４に示す。ＭＲｘ００２９による全処理（単独またはＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃとの組み合わせ）は、両方の陰性対照（細胞株のみ及びＹＣＦＡ＋＋ＤＭＳＯ）に比べて、クローン原性生存率を減少させた。４５１Ｌｕ細胞株の軟寒天増殖は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４５に示す。アザシチジンＣは、ＭＲｘ００２９による軟寒天増殖阻害を強化した。４５１Ｌｕ細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４６に示す（ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９の組み合わせは、評価しなかった）。ＶＥＭＵまたはＡｚａ−ｃと組み合わせたＭＲｘ００２９は、陰性対照（ＹＦＣＡ＋＋ＤＭＳＯ）に比べて、ＥＲＫシグナル伝達を低下させた。
これらの結果は、ＭＲｘ００２９単独またはベムラフェニブ及び／またはアザシチジン−Ｃとの組み合わせが、ＭＡＰ２遺伝子発現を誘発し、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ発癌性突然変異（４５１Ｌｕ）を含む黒色腫細胞株のクローン原性生存率及び増殖を減少させる効果を有することを示す。これに基づいて、本発明の組成物は、がん、特に、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むもの、特に、黒色腫、例えば、転移性黒色腫の治療または予防に有用であることが期待される。特に、本発明の組成物は、ＢＲＡＦ、特に、６００位に発癌性突然変異、特に、突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含むかかるがんの治療または予防に有用であることが期待される。
実施例１４Ｅ−ＨＴ２９大腸癌細胞株
ＨＴ２９大腸癌細胞株（ＢＲＡＦのＶ６００Ｅ発癌性突然変異）について、以下の処理の効果を評価した：（１）ＭＲｘ００２９、（２）ＹＦＣＡ＋培地中のベムラフェニブ（ＶＥＭＵ）、（３）ＶＥＭＵ及びＭＲｘ００２９、（４）ＹＣＦＡ＋培地中のアザシチジン−Ｃ（Ａｚａ−ｃ）、（５）Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９、（６）ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９。
ＨＴ２９細胞株中のＭＡＰ２遺伝子発現は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４７に示す。ＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃと組み合わせたＭＲｘ００２９は、両方の陰性対照（細胞株のみ及びＹＣＦＡ＋）に比べて、ＭＡＰ２遺伝子発現を増加させた。ＨＴ２９細胞株のクローン原性生存率は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４８に示す。ＭＲｘ００２９による全処理（単独またはＶＥＭＵ及び／またはＡｚａ−ｃとの組み合わせ）は、両方の陰性対照（細胞株のみ、及びＹＣＦＡ＋＋ＤＭＳＯ）に比べて、クローン原性生存率を減少させた。Ａｚａ−ｃは、クローン原性生存率の阻害におけるＭＲｘ００２９の効果を改善させた。ＨＴ２９細胞株の軟寒天増殖は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図４９ａ及びｂに示す。ＨＴ２９細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達は、材料及び方法におけるプロトコルを用いて評価し、結果を図５０に示す（ＶＥＭＵ、Ａｚａ−ｃ及びＭＲｘ００２９の組み合わせは、評価しなかった）。ＭＲｘ００２９のみは、陰性対照（ＹＦＣＡ＋＋ＤＭＳＯ）に比べて、ＥＲＫシグナル伝達を。
これらの結果は、ＭＲｘ００２９単独またはベムラフェニブ及び／またはアザシチジン−Ｃとの組み合わせが、ＭＡＰ２遺伝子発現を誘発し、クローン原性生存率を減少させて、Ｖ６００Ｅ発癌性突然変異（ＨＴ２９）を含む細胞株におけるＥＲＫシグナル伝達を阻害させる効果を有することを示す。これに基づいて、本発明の組成物は、がん、特に、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むもの、特に、大腸癌、例えば、転移性大腸癌の治療または予防に有用であることが期待される。特に、本発明の組成物は、ＢＲＡＦ、特に、６００位に発癌性突然変異、特に、突然変異ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅを含むかかるがんの治療または予防に有用であることが期待される。
実施例１５−分化Ｃａｃｏ−２細胞におけるＧＰＲ１０９ａ ＲＮＡ発現
ＧＰＲ１０９ａは、結腸及び腸管上皮細胞の管腔に面する頂端膜で発現されるＧ−タンパク質共役型受容体である。ＧＰＲ１０９ａ発現サイレンシングは、結腸癌細胞株で見られ、その発現の誘発は、細菌発酵産物、例えば、酪酸塩の存在下で、腫瘍細胞アポトーシスを誘発することが報告されている［１２６］。
ＨＴ２９ｍｔｘ細胞を１２ウェルプレート上に播種し、１０日間分化させた後、１２時間血清飢餓にして、その後、静止期細菌由来の１０％上清に２４時間暴露した。細胞を回収し、総ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って単離した。ｃＤＮＡは、高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて作製した。遺伝子発現は、ｑＰＣＲによって測定した。βアクチンは、内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した［１２７］。使用したフォワード及びリバースプライマーの配列は、それぞれ、配列番号６及び７として提供される。
分化Ｃａｃｏ−２は、不浸透性で、小腸の上皮細胞に構造的かつ機能的に類似している、分極した頂端／粘膜及び側底／漿膜を形成する。ＭＲｘ００２９によるＣａｃｏ−２細胞の処理は、ＧＰＲ１０９ａの発現増加を誘発した（図５２Ａ）。また、ホルボール−１２−ミリステート−１３−酢酸塩（ＰＭＡ）上清で処理したＣａｃｏ−２は、ＰＭＡ単体による処理（またはＹＣＦＡ＋培地中のＰＭＡ）よりも大きなＧＰＲ１０９ａ ＲＮＡ発現を呈した−図５２Ｂを参照されたい。従って、これらのデータは、本発明の組成物が、がん、特に、転移性癌、特に、転移性大腸癌または小腸腺癌などの小腸癌、特に、発癌性ＥＲＫシグナル伝達を含むものの治療に有用であり得ることを示唆している。これらのデータは、本発明の組成物が、ＧＰＲ１０９ａ発現の結果として、アポトーシスを誘発するメカニズムを介してかかる治療に有効であり得ることも示唆している。
実施例１６−ＨＴ２９細胞株によるＩＬ−８分泌に対するＭＲｘ００２９の効果
分化ＨＴ２９細胞は、不浸透性で、小腸の上皮細胞に構造的かつ機能的に類似している、分極した頂端／粘膜及び側底／漿膜を形成する。
ＨＴ２９細胞を２００，０００個の細胞／ウェルの密度で１２ウェルプレート中に播種した。細胞を１０日間分化させた（２日ごとに培地を変えた）。実験の日に、細胞を嫌気性フードに載置し、嫌気性平衡ＨＡＮＫ溶液で洗浄した。その後、９００ｕｌの増殖培地（ＦＢＳ及び抗生物質を有さない）を細胞に加えた。細菌細胞を増殖培地（ＦＢＳ及び抗生物質を有さない）中に再懸濁した後、合計で１００ｕｌ中に１０７ＣＦＵで加えた。細胞を嫌気性フードで細菌と２時間共培養した。その後、ＦＢＳを有さないが抗生物質を含有する増殖培地中で細胞を洗浄した。細胞を１ｍｌのＴＨＰ１条件培地中に２４時間静置した。インキュベーションの２４時間後、上清を回収し、４℃で３分間、１０，０００ｇでスピンダウンした。試料を、さらに使用するまで−８０℃で凍結した。
ＴＨＰ１条件培地：ＴＨｐ１を４×１０６／フラスコの密度でＴ２５フラスコに播種した。１ｕｇ／ｍｌのＬＰＳまたはＬＰＳ＋５ｍＭ ＡＴＰ（ＡＴＰは、ＬＰＳの３時間後に加えた）を有するＲＰＭＩ培地（２ｍＭのＬ−グルタミンを含有するが、ＦＢＳを有さない）中で細胞を処理した。細胞を２４時間静置した。その後、細胞を、室温で５分間、２５０ｇでスピンダウンすることで、条件培地（ＣＭ）を回収した。異なるＣＭを使用して、ＨＴ２９細胞を処理した。ＥＬＩＳＡ用に小量を８０℃で凍結した。
異なる試料由来の上清を回収し、Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ社製のヒト ＩＬ−８ ＥＬＩＳＡキットを用いて、製造者の指示に従ってサイトカイン分析を行った。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ７を使用して、データをプロットし、分析した。
ＭＲｘ００２９は、強力な免疫刺激サイトカインであるＩＬ−８分泌を増加させた（図５３）。これらのデータは、ＭＲｘ００２９の免疫刺激活性を示す。
上記のように、ＩＬ−８の分泌は、Ｂ細胞増殖を増加させる。Ｂ細胞は、腫瘍への免疫反応の調節に関与している。実際に、Ｂ細胞による抗腫瘍抗体の分泌は、腫瘍制御の強力なメカニズムである。腫瘍特異的抗体の産生が、抗体の定常ドメインへのナチュラルキラー細胞の結合を惹起し、抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を介した腫瘍細胞溶解をもたらし得ることがよく知られている。従って、本発明の組成物は、Ｂ細胞応答の適当な調節により抗腫瘍免疫反応を確実に増加させることを介したがんの治療をもたらし得る。
大多数のがんの病理学のメカニズムが、宿主免疫系による監視の回避を伴うという事実に基づいて、免疫反応の刺激に関与する任意のメカニズムは、治療上有益な影響を有する。従って、本発明の組成物は、様々ながんの治療または予防に有用であることが期待される。
実施例１７−代謝産物分析
導入
腸内微生物叢は、その非常に大きな多様性及び代謝能力を有し、多種多様の分子の産生のための巨大な代謝リザーバーを表す。本発明者らは、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７、及び、Ｒｅｆ １、Ｒｅｆ ２、及びＲｅｆ ３として本明細書で同定された他のＭ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株によって、どの短鎖脂肪酸及び中鎖脂肪酸が産生され、消費されるのかを決定しようとした。
材料及び方法
細菌培養及び無細胞上清回収
細菌の純粋培養は、それらの定常成長期に到達するまで、ＹＣＦＡ＋培養液中で嫌気的に増殖させた。培養を５，０００×ｇで５分間遠心分離し、０．２μＭのフィルター（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ＵＫ）を用いて、無細胞上清（ＣＦＳ）を濾過した。ＣＦＳの１ｍＬのアリコートを、使用するまで−８０℃で保存した。酪酸ナトリウム、ヘキサン酸、及び吉草酸は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＫ）から入手し、懸濁液をＹＣＦＡ＋培養液中で調製した。
細菌上清のＳＣＦＡ及びＭＣＦＡ定量化
細菌上清由来の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）を、以下のように分析し、ＭＳ Ｏｍｉｃｓ ＡＰＳによって定量化した。塩酸を用いて試料を酸性化し、重水素標識内部標準を添加した。全ての試料をランダムな順序で分析した。四重極検出器（５９９７７Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）と連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）中に設置された高極性カラム（Ｚｅｂｒｏｎ（商標）ＺＢ−ＦＦＡＰ，ＧＣ Ｃａｐ．Ｃｏｌｕｍｎ ３０ｍ×０．２５ｍｍ×０．２５μｍ）を用いて、分析を行った。ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）によってシステムを制御した。Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、生データをｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、［１２８］に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、データをインポートし、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
結果
図５４〜５６に示すように、株４２７８７は、吉草酸、酪酸塩及びヘキサン酸を産生し、プロピオン酸塩及び酢酸塩を消費する。本発明者らはまた、吉草酸、ヘキサン酸及び酪酸塩を同程度のレベルで産生し、同量の酢酸塩及びプロピオン酸塩を消費する種Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓの他の株を見出した。
実施例１８−エノラーゼ２の抑制
図５７は、ＭＲｘ００２９が、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）／エノラーゼ２を抑制する統計的に有意な効果を有することを示す。ＮＳＥは、腫瘍細胞代謝要求の増加を支持し、ストレスの多い条件から腫瘍細胞を防御し、それらの浸潤及び遊走を促進することが考えられる［１２９］。転移性黒色腫の進行［１３０］、小細胞肺癌の生存及び進行［１３１］、及び肺腺扁平上皮癌の予後［１３２］にも関与している。従って、本発明の組成物は、がん、特に、転移性黒色腫、小細胞肺癌及び肺腺扁平上皮癌の治療及び予防に有効であることが期待される。
実施例１９−代謝物質分析
実施例１７で提供されたデータに加えて、図５８は、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７、及び受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された他の株によって、どの他の短鎖脂肪酸が産生され、消費されるかを示す。
Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ギ酸を低下させる一方、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸のレベルを増加させる（図５８）。従って、株ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、ギ酸を消費する。本発明者らはまた、他の寄託株が、同等レベルの２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、同様の量のギ酸を消費することを見出した。
実施例２０−ＩＬ−６の上方調節
導入
星状細胞腫細胞株Ｕ３７３によるＩＬ−６分泌の増加を惹起する細菌株の能力について調査した。
材料及び方法
ヒト膠芽腫星状細胞腫細胞株（Ｕ３７３）を、１０％の熱不活化ＦＢＳ、４ｍＭのＬ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン及び５μｇ／ｍｌのプラスモシン、１％の非必須アミノ酸、１％のピルビン酸ナトリウムを補充した、２５ｍｌのＭＥＭＥ ４．５ｇ／Ｌ Ｄ−グルコース中で維持した（完全増殖培地と呼ばれる）。
１ｍｌの完全増殖培地中で、１００，０００個の細胞／ウェルの密度で、２４ウェルプレート中で細胞を播種し、３７℃／５％のＣＯ２下で７２時間静置した。処理の日に、培地を各ウェルから除去し、細胞を０．５ｍｌの洗浄培地（無血清ＭＥＭＥ）、０．９ｍｌの刺激培地（２％のＦＢＳを含有するＭＥＭＥ培地）ですすいだ。１時間のプレインキュベーション後、細胞をＣＯ２インキュベーターから除去し、１００μｌの細菌上清で処理した。ＹＣＦＡ＋培地は、対照として使用した。次いで、細胞を３７℃／５％のＣＯ２でさらに２４時間インキュベートした後、無細胞上清を回収し、４℃で３分間、１０，０００ｇでスピンダウンした。試料を１．５ｍｌ微細管中でアリコートにし、ｈＩＬ−６ ＥＬＩＳＡ用に−８０℃で保存した。
結果及び結論
図５９は、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、未処理及びＹＣＦＡ＋対照と比較して、Ｕ３７３細胞におけるＩＬ−６分泌を上方調節することを示す。他の寄託株、特に、ＮＣＩＭＢ ４３３８９も、ＩＬ−６の分泌を増加させた。追加の寄託株は、ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、ＮＣＩＭＢ ４３３８６及びＮＣＩＭＢ ４３３８７である。
ＩＬ−６の分泌は、Ｂ細胞増殖を増加させる。上記のように、Ｂ細胞増殖の増加は、（例えば、抗体の産生及びＡＤＣＣの惹起を介して）がんに対する免疫反応を改善するための強力なメカニズムとして作用することができる。
実際に、免疫刺激活性は、寄託株だけでなく、関連寄託株によっても示される。従って、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の株またはそのバイオタイプを含む本発明の組成物は、様々ながんの治療または予防に有用であることが期待される。
実施例２１−エノラーゼ２の抑制
材料及び方法
神経芽腫細胞株ＳＨ−ＳＹ５Ｙを、２ｍＭのＬ−グルタミン、１０％の熱不活化ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充した、５０％のＭＥＭ及び５０％のＮｕｔｒｉｅｎｔ Ｍｉｘｔｕｒｅ Ｆ−１２ Ｈａｍ培地中で増殖させた。ＳＨ−ＳＹ５Ｙを０．５×１０６個の細胞の密度で６ウェルプレート中に播種した。２４時間後、１０％の細菌上清またはＹＣＦＡ＋を有する分化培地（１％のＦＢＳを含有する増殖培地）中で細胞を１７時間処理した。細胞を回収し、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って、総ＲＮＡを単離した。高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、ｃＤＮＡを作製した。遺伝子発現は、ｑＰＣＲによって測定した。ＧＡＰＤＨは、内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した。使用したプライマーセットは、配列番号２、３、１３及び１４として列挙する。
結果
図６０は、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）／エノラーゼ２を抑制する統計的に有意な効果を有することを示す。加えて、本発明者らはまた、寄託基準株が、ＹＣＦＡ＋培養対照と比較して、エノラーゼ２の統計的に有意な低下を惹起することを見出した。特に、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、ＮＣＩＭＢ ４３３８９、ＮＣＩＭＢ ４３３８６及びＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株は、エノラーゼ２の有意な抑制を引き起こした。
結論
したがって、上記の実施例１８でのコメントに照らして、ある特定の実施形態では、例示の基準株を含む本発明の組成物は、がん、特に、転移性黒色腫、小細胞肺癌及び肺腺扁平上皮癌の治療及び予防に有効であることが期待される。
実施例２２−ＭＡＰ２の上方調節
材料及び方法
神経芽腫細胞株ＳＨ−ＳＹ５Ｙを、２ｍＭのＬ−グルタミン、１０％の熱不活化ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充した、５０％のＭＥＭ及び５０％のＮｕｔｒｉｅｎｔ Ｍｉｘｔｕｒｅ Ｆ−１２ Ｈａｍ培地中で増殖させた。ＳＨ−ＳＹ５Ｙを０．５×１０６個の細胞の密度で６ウェルプレート中に播種した。２４時間後、１０％の細菌上清またはＹＣＦＡ＋を有する分化培地（１％のＦＢＳを含有する増殖培地）中で細胞を１７時間処理した。細胞を回収し、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って、総ＲＮＡを単離した。高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、ｃＤＮＡを作製した。遺伝子発現は、ｑＰＣＲによって測定した。ＧＡＰＤＨは、内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した。使用したプライマーセットは、配列番号２、３、４及び５として列挙する。
結果
図６１Ａは、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７及び他の寄託株が、対照（すなわち、陰性対照及び培地対照）と比較して、ＭＡＰ２発現の統計的に有意な増加を惹起することを示す。特に、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、ＮＣＩＭＢ ４３３８９、ＮＣＩＭＢ ４３３８６及びＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株は、ＭＡＰ２発現の有意な増加を引き起こした。これに基づいて、本発明の組成物は、様々ながん、特に、転移性癌、特に、転移性黒色腫の治療または予防に有用であることが期待される。
実施例２３−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７による処理の際にＴＮＦαに暴露したＨＭＣ３細胞におけるサイトカイン分泌の調節
導入
ＨＭＣ３細胞をＴＮＦαで処理し、ＩＬ−８の分泌は、ＮＣＩＭＢ ４２７８７の静止期培養由来の無細胞上清による処理の際に測定した。
材料及び方法
ヒトミクログリアＨＭＣ３細胞を、１５％の熱不活化ＦＢＳ及び１００Ｕ／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを含有するグルタミン補充ＥＭＥＭ培地中で増殖させた。ＨＭＣ３細胞を５０，０００個の細胞／ウェルの密度で２４ウェルプレート中に播種した。細胞をＣＯ２インキュベーター中に置いて、４８時間静置した。その後、細胞をブランクＥＭＥＭ中で洗浄し、１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦ−αを有する２％のＦＢＳ増殖培地で１時間前処理した。その後、ＮＣＩＭＢ ４２７８７静止増殖培養（上述のように単離された）の１０％無細胞細菌上清をＴＮＦ−α処理及び未処理ウェルに加え、ＣＯ２インキュベーター中で、３７℃で２４時間インキュベートした。無細胞上清を回収し、３分間４℃で、１０，０００×ｇで遠心分離した。試料を１．５ｍｌ微細管中でアリコートにし、ｈＩＬ−８ ＥＬＩＳＡ用に−８０℃で保存した。
ＩＬ−８の分泌は、上述したように処理したＨＭＣ３細胞由来の無細胞上清において、製造元のプロトコルに従って、ｈＩＬ−８標準ＥＬＩＳＡキットを用いて分析した。試料は、マイクロプレートリーダー（ｉＭａｒｋ，Ｂｉｏ−Ｒａｄ）上で補正波長を６５５ｎｍにした状態で、４０５ｎｍで測定した。生データをプロットし、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７ソフトウェアを用いて分析した。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、全ての場合において有意と見なした。
結果
ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、刺激の不在下で、ＩＬ−８分泌を誘発する（図６１Ｂ）。上記のように、ＩＬ−８は、特に、Ｂ細胞増殖の刺激によって、免疫系の活性化に関与する。
実施例２４−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＮＣＩＭＢ ４２７８７によるＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞におけるＮＦ−κＢプロモーター活性化
導入
ＮＣＩＭＢ ４２７８７による処理が、ＴＬＲ４の関与によって誘発されたＮＦ−κＢ−Ａｐ１プロモーター活性を誘発するかどうかを確認するため、ＮＣＩＭＢ ４２７８７単独またはＬＰＳとの組み合わせの無細胞細菌上清でＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞を処理した。
材料及び方法
ヒトＴＬＲ４（ＨＥＫ−ＴＬＲ４）を安定して発現するＨＥＫ２９３−Ｂｌｕｅレポーター細胞は、製造者の指示に従って培養した。簡単に言えば、ＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞は、１０％（ｖ／ｖ）熱不活化ＦＢＳ、４ｍＭのＬ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン、１００μｇ／ｍｌのノルモシン、１×ＨＥＫ−Ｂｌｕｅ選択培地を補充したＤＭＥＭ ４．５ｇ／Ｌ Ｄ−グルコース中で維持した。
簡単に言えば、細胞をＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳで解離し、増殖培地中で回収した。細胞を２５，０００個の細胞／ウェルの密度で９６ウェルプレート中に播種した。ＬＰＳ誘発ＮＦ−κＢプロモーター活性化に対する細菌株の効果を評価するため、１０％上清（上述のように単離された）の存在下または不在下で、細胞を１０ｎｇ／ｍｌのＬＰＳで処理し、ＣＯ２インキュベーター中でインキュベートした。処理は、３７℃及び５％のＣＯで２２時間進行させた後、製造者の指示に従って、ＱＵＡＮＴＩ−ブルー溶液を用いて、細胞培養上清由来の分泌型胚性アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）活性の検出を行った。簡単に言えば、２０μｌの無細胞上清を回収し、２００μｌの無菌濾過ＱＵＡＮＴＩ−Ｂｌｕｅ検出培地を混ぜることによって、ＳＥＡＰの存在について分析した。３７℃で２時間インキュベーション後、マイクロプレートリーダー（ｉＭａｒｋマイクロプレート，Ｂｉｏ−Ｒａｄ）で、６５５ｎｍにて光学密度を測定した。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、全ての場合において有意と見なした。
結果
ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、そのままでＮＦ−κＢ−Ａｐ１プロモーター活性化を誘発した（図６１Ｃ）。
ＮＦ−κＢは、特に、炎症メディエーター、及び免疫反応に関与するサイトカイン、例えば、ＩＬ−６の発現を刺激することによって、免疫反応の活性化に関与する。上記のように、ＩＬ−６の発現の増加は、免疫系の刺激に役立つため、ＮＦ−κＢ経路の活性化は、免疫刺激活性を有する。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＮＦ−κＢシグナル伝達を活性化させることで、免疫系を刺激する。
実施例２５−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株は、酪酸、吉草酸及びヘキサン酸を産生する
材料及び方法
ＹＣＦＡ＋、ＳＣＦＡ（４０ｍＭの酢酸及び２０ｍＭのギ酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸及びヘキサン酸）も標準混合でスパイクしたＹＣＦＡ＋、からのＳＣＦＡ抽出は、Ｄｅ Ｂａｅｒｅ ｅｔ ａｌ．１３３の方法に従って実施した。
ＳＣＦＡのＨＰＬＣ分析
ＳＣＦＡのＨＰＬＣ検出及び定量化は、少し変更を加えただけで、Ｄｅ Ｂａｅｒｅ ｅｔ ａｌ．１３３の方法に従って実施した。簡単に言えば、Ｗａｔｅｒｓ Ｐｈｏｔｏｄｉｏｄｅ Ａｒｒａｙ（ＰＤＡ）検出器２９９８を備えたＷａｔｅｒｓ ｅ２６９５ ＨＰＬＣ系（Ｗａｔｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｅｌｓｔｒｅｅ，ＵＫ）を用いて、ＨＰＬＣ分析を行った。ＭＲｘ０００５及びＭＲｘ００２９ ＢＣＦＳ及びＭＲｘ０００５及びＭＲｘ００２９ ヘキサン、ジエチルエーテル、酢酸エチル、アセトニトリル及びメタノール抽出物から抽出したＳＣＦＡであるＳＣＦＡ標準のＨＰＬＣ分析は、Ｘｓｅｌｅｃｔ（登録商標）ＨＳＳ Ｔ３ ３．５μｍ ４．６×１５０ｍｍ ＬＣカラム（Ｗａｔｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｅｌｓｔｒｅｅ，ＵＫ）を用いて行った。フォトダイオードアレイ検出器（ＰＤＡ）セットを用いて、ＬＣ分析を行い、２００〜８００ｎｍの波長を分析した。ＳＣＦＡ検出及び定量化は、２１０ｎｍで行った。移動相は、ＨＰＬＣ水（リン酸（Ａ）及びアセトニトリル（Ｂ）を用いて、ｐＨを３．０に調整した）中の２５ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液からなった。ＳＣＦＡ検出及び定量化のＬＣ方法は、以下の勾配：ｔ０’Ａ＝９５％、Ｂ＝５％；ｔ１０’Ａ＝９５％、Ｂ＝５％；ｔ３０’Ａ＝３０％、Ｂ＝７０％；ｔ３１’Ａ＝０％、Ｂ＝１００％；ｔ３６’Ａ＝０％、Ｂ＝１００％；ｔ３８’Ａ＝５％、Ｂ＝９５％；ｔ６０’Ａ＝５％、Ｂ＝９５％；流量＝１ｍｌ／分を有する溶媒系を用いて実行した。
ＳＣＦＡ（４０ｍＭの酢酸及び２０ｍＭのギ酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸及びヘキサン酸）の２倍連続希釈を２０μｌ注入することによって、ＳＣＦＡごとに７点の検量線を調製した。定量抽出効率は、以下の式を用いて計算した：
［スパイクし、抽出したＹＣＦＡ＋中のＳＣＦＡ］／［スパイクしたが、抽出しなかったＹＣＦＡ＋中のＳＣＦＡ］
抽出効率を用いて、各試料中の個々のＳＣＦＡの濃度を決定した。特異的ＳＣＦＡの生成は、スパイクしていない培地対照中に存在する対応するＳＣＦＡの量を差し引くことによって計算した。
標的化メタボロミクス：細菌代謝産物及び脂肪酸分析
試料分析は、ＭＳ−Ｏｍｉｃｓ（Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ，Ｄｅｎｍａｒｋ）によって行った。混合プール試料（ＱＣ試料）は、各試料からアリコートを採取することで作製した。配列全体を通じて、この試料を一定間隔で分析した。少なくとも２つのレベルでＱＣ試料をスパイクすることによって、定量化した化合物のマトリックス効果について試験した。
ＧＣ代謝産物分析では、Ｓｍａｒｔ ｅｔ ａｌ．１３４により記載のプロトコルを若干修正したバージョンを用いて、試料をクロロギ酸メチルで誘導体化した。全ての試料をランダムな順序で分析した。四重極検出器（５９９７７Ｂ、Ａｇｉｌｅｎｔ）と連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて分析を行った。生データを、Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、ｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、データをインポートし、Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１３５に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
ＳＣＦＡ分析のため、試料を、塩酸を用いて酸性化し、重水素標識内部標準を添加した。四重極検出器（５９９７７Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）に連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）に設置した高極性カラム（Ｚｅｂｒｏｎ（商標）ＺＢ−ＦＦＡＰ，ＧＣ Ｃａｐ．Ｃｏｌｕｍｎ ３０ｍ×０．２５ｍｍ×０．２５μｍ）を用いて分析を行った。生データを、Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、ｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、データをインポートし、Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．１３５に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
結果
標的化メタボロミクスを用いた脂肪酸分析により、ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ブタン酸（酪酸）、ペンタン酸（吉草酸）、及びヘキサン酸（カプロン酸）を、直鎖及び分枝鎖形態（Ｃ４〜Ｃ６）の両方で産生することが示された（図６２Ａ）。さらに、４−ヒドロキシ−フェニル酢酸：培地の比は、ＮＣＩＭＢ ４２７８７無細胞上清中で増加した。無細胞上清のＨＰＬＣ分析を用いて、ＮＣＩＭＢ ４２７８７による（関連ＳＣＦＡの保持時間及び吸光度スペクトルに基づく）ギ酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸、及びヘキサン酸の産生を監視した。ＳＣＦＡ用に抽出されたＮＣＩＭＢ ４２７８７無細胞上清に重ねたＳＣＦＡ標準の代表的なクロマトグラムを図６２Ｃで報告する。ＮＣＩＭＢ ４２７８７による酪酸、吉草酸及びヘキサン酸の産生が、ＨＰＬＣ分析により確認された。
実施例２６−酪酸塩及び吉草酸塩を含有するＭ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓメタノール画分は、Ｕ３７３細胞における免疫刺激活性を示す
ＩＬ−８の分泌低下におけるＳＣＦＡの役割を調べるため、酪酸ナトリウム（ＳＢ）、吉草酸ナトリウム（ＳＶ）及びヘキサン酸（ＨＡ）の濃度を増加させてＵ３７３細胞を処理した。
方法
Ｕ３７３細胞は、上述のように調製した。前述のＬＰＳ １μｇ／ｍｌで細胞を１時間前処理し、３７℃及び５％のＣＯ２でインキュベートした。１時間のプレインキュベーション後、細胞をＣＯ２インキュベーターから除去し、調製したての酪酸ナトリウム（ＳＢ）、吉草酸ナトリウム（ＳＶ）及びヘキサン酸（ＨＡ）の濃度を増加させて処理した。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、全ての場合において有意と見なした。
結果及び結論
試験した濃度は、異なる脂肪酸の無細胞上清で測定した濃度範囲を網羅し、１０％の上述の上清のみを細胞ベースアッセイで使用したという事実を考慮に入れた。ＳＢ及びＳＶは両方とも、同じ細胞におけるＩＬ−８のＬＰＳ誘発分泌を増加させ（図６３）、ＮＣＩＭＢ ４２７８７を培養に加えた場合に、両方のＳＣＦＡの存在が、ＩＬ−８誘発におそらく寄与したことを示唆した。ＨＡは、ＬＰＳによるチャレンジ後にＩＬ−８分泌を阻害しなかった。試験したＳＦＣＡはどれも、基礎レベル（未処理細胞対照）を上回るＩＬ−８の分泌をそれ自体誘発しなかった。３つのＳＣＦＡの再構成混合物は、ＬＰＳの存在下及び不在下の両方において、ＮＣＩＭＢ ４２７８７無細胞上清の生物活性を再現した。
したがって、ある特定の実施形態では、酪酸及び／または吉草酸は、ＩＬ−８の生成に関与するため、例えば、Ｂ細胞増殖を介した免疫系の刺激に重要である。従って、ある特定の実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸及び／または吉草酸の産生を介して免疫系を刺激する。
実施例２７−ＮＣＩＭＢ ４２７８７によって生成したＳＣＦＡは、免疫刺激活性に少なくともに部分的に関与する
導入
ＮＣＩＭＢ ４２７８７の活性が、少なくとも部分的にＳＣＦＡによるものであったかどうかさらに確認するために、極性を増した異なる溶媒で無細胞細菌上清を分画した。この株上清の除タンパク質粗抽出物（ヘキサン、Ｆ５；ジエチルエーテル、Ｆ４；酢酸エチル、Ｆ３；アセトニトリル、Ｆ４；メタノール、Ｆ１）のＨＰＬＣ分析を実施して、ＮＣＩＭＢ ４２７８７の静止期無細胞上清の生化学的複合物を分析し、並びに、極性及び溶解度に基づいて化合物を細分画した。
方法
順次溶媒抽出−粗抽出物の調製
ＮＣＩＭＢ ４２７８７株ＢＣＦＳ及びＹＣＦＡ＋（培地対照）の３つの生物学的反復を、ＨＰＬＣ等級ヘキサン（ＨＥＸ）、ジエチルエーテル（ＤＥ）、酢酸エチル（ＥｔＯＡｃ）、アセトニトリル（ＡＣＮ）及びメタノール（ＭｅＯＨ）で順次抽出した。簡単に言えば、２０ｍｌのＢＣＦＳをガラスバイアル中に載置し、ロータリーシェーカー（７０ｒｐｍ）で３０分間、２０ｍｌのＨＥＸ中で、室温（ＲＴ）で抽出した。合計で３つの抽出を各ＢＣＦＳ及びＹＣＦＡ＋培地対照で行った。その後、残りの水性層を、合計で３回、ＭＸ−ＲＤ−Ｐｒｏロータリーシェーカー（７０ｒｐｍ）で３０分間、２０ｍｌのＤＥ、ＥｔＯＡｃで、室温で抽出した。各試料の組み合わせた抽出物を、３０℃を超えない温度で、Ｖ−３００真空ポンプを備えたＲ−３００ロータリーエバポレーター（Ｂｕｃｈｉ，Ｆｌａｗｉｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）で減圧下乾燥させた。得られた抽出物を２ｍｌの対応する溶媒中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフ管（５００μｌは、各々、元の試料の５ｍｌに対応する）中にアリコートした。その後、残りの水性層を、合計で３回、ＭＸ−ＲＤ−Ｐｒｏロータリーシェーカー（７０ｒｐｍ）で３０分間、２０ｍｌのＤＥ、ＥｔＯＡｃで、室温で抽出した。各試料の組み合わせた抽出物を、３０℃を超えない温度で、Ｖ−３００真空ポンプを備えたＲ−３００ロータリーエバポレーター（Ｂｕｃｈｉ，Ｆｌａｗｉｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）で減圧下乾燥させた。得られた抽出物を２ｍｌの対応する溶媒中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフ管中にアリコートした（５００μｌは、各々、元の試料の５ｍｌに対応する）。
残りの水性層を、Ｒ−３００ロータリーエバポレーターを用いて蒸発乾燥させた。得られた乾燥抽出物を、合計で３回、２０ｍｌのＡＣＮ中で３０分間抽出した。ＡＣＮ抽出物を組み合わせて、ロータリーエバポレーターを用いて蒸発乾燥させ、２ｍｌのＡＣＮ中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフ管中にアリコートした（各５００μｌ）。その後、残りの乾燥抽出物（抽出物のＡＣＮ不溶部分）を、合計で３回、２０ｍｌのＭｅＯＨ中で３０分間抽出した。ＭｅＯＨ抽出物を組み合わせて、Ｒ−３００ロータリーエバポレーターを用いて蒸発乾燥させ、２ｍｌのＭｅＯＨ中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフ管中にアリコートした（各５００μｌ）。
粗抽出物のアリコートを−２０℃で一晩保ち、タンパク質性成分の沈殿を誘発させた。一晩沈殿後、各アリコートを１０，０００×ｇで６分間遠心分離し、新たな２ｍｌ管に移した。一晩沈殿を３回繰り返した後、抽出物をＲＶＣ ２−１８ ＣＤＰｌｕｓ ｓｐｅｅｄｖａｃ（Ｃｈｒｉｓｔ，Ｏｓｔｅｒｏｄｅ ａｍ Ｈａｒｚ，Ｇｅｒｍａｎｙ）中で乾燥させて、計量した。各抽出物の全ての乾燥アリコートをさらに使用するまで−８０℃で保存した。
処理
Ｕ３７３細胞は、上述のように調製した。上述のように、細胞を１μｇ／ｍｌのＬＰＳで１時間前処理した。その後、細胞をＣＯ２インキュベーターから外し、１００μｌの異なる画分で処理した。培地からの画分は、対照として使用した。無細胞上清を処理の２４時間後に回収し、ＩＬ−８分泌についてＥＬＩＳＡによって分析した（上記のように）。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、全ての場合において有意と見なした。
結果
ＨＰＬＣ分析により、除タンパク質上清に存在する化合物の選択的抽出及び粗画分が確認された。未分画ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＬＰＳの存在下及び不在下の両方において、Ｕ３７３細胞におけるＩＬ−８分泌を誘発し、メタノール性画分Ｆ１によって同じ活性が生成されたため、これらの細胞型によるＩＬ−８産生における酪酸及び吉草酸の重要な役割を繰り返した（図６４Ａ及びＢ）。
従って、上記のように、ある特定の実施形態では、酪酸及び／または吉草酸の産生は、免疫系を刺激した。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸及び／または吉草酸の産生を介して免疫系を刺激する。
実施例２８−Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ基準株ＮＣＩＭＢ ４３３８７は、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおける結腸ＩＤＯ−１ ｍＲＮＡ発現を有意に低下させる
図６５は、ＮＣＩＭＢ ４３３８７が、ビヒクル対照と比較して、ＢＡＬＢ／ｃマウスの結腸におけるＩＤＯ−１ ｍＲＮＡ発現の有意な低下（βアクチンに正規化したｑＰＣＲによって定量化した）を引き起こすことを示す。
ＩＤＯ−１は、炎症または感染に応答した免疫抑制の促進に関与している。したがって、ＩＤＯ−１発現の減少を推進することは、免疫刺激と関連している。さらに、ＩＤＯ−１の低下は、がん細胞の増殖及び遊走能力を低下させて、腫瘍に対する免疫監視を改善する。従って、ある特定の実施形態では、本発明の細菌株は、ＩＤＯ−１発現を低下させるのに役立つ。ある特定の実施形態では、免疫刺激は、ＩＤＯ−１発現の低下と関連している。加えて、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移性癌増殖を予防する。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移に対するそれらの活性に照らして、がん、特に、転移性黒色腫、小細胞肺癌及び肺腺扁平上皮癌の治療及び予防に有効である。
実施例２９−受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５及びＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株は、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおける結腸Ｔｐｈ−１ ｍＲＮＡ発現を低下させる
生バイオセラピューティックをＢＡＬＢ／ｃマウスに投与し、組織を単離して、ｑＰＣＲを用いて遺伝子発現を分析した。
図６６は、本発明の組成物が、ビヒクル対照と比較して、（βアクチンに正規化したｑＰＣＲによる定量化を用いて）Ｔｐｈ−１ ｍＲＮＡの発現を低下させる能力を示す。
Ｔｐｈ−１の減少は、がん耐性の増加、及びがん細胞の増殖低下と関連していることが知られる。加えて、Ｔｐｈ−１活性の減少は、マスト細胞が抗腫瘍免疫を推進するために、十分なレベルの必須アミノ酸トリプトファンを提供することによって免疫系を刺激する。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｐｈ−１発現のレベルを減少させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、免疫刺激を惹起して、Ｔｐｈ−１のレベルを低下させることによって、本明細書で開示の疾患を治療及び／または予防する。
実施例３０−受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株は、ＢＡＬＢ／ｃマウス由来の脾細胞のＣｏｎＡ刺激の際に、ＩＦＮγ及びＩＬ−６産生を増加させる
生バイオセラピューティック株は、ＢＡＬＢ／ｃマウスから単離されてＣｏｎＡで刺激した脾細胞における免疫マーカー産生の効果について、エクスビボでスクリーニングした。
図６７は、本発明の組成物が炎症誘発性サイトカインＩＦＮγ及びＩＬ−６の産生を有意に増加させる能力を示す。上記のように、これらのサイトカインは両方とも、免疫反応の刺激に関与する。さらに、ＩＦＮγは、有意な殺腫瘍性活性を有する。
したがって、上記のように、ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＦＮγ及び／またはＩＬ−６の産生を増加させるため、免疫反応の刺激をもたらす。したがって、ある特定の実施形態では、本発明の組成物の治療効果は、ＩＦＮγ及び／またはＩＬ−６産生の増加に関連している。
実施例３０−受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ基準株は、ＩＬ−６及びＣＤ１１ｂ発現を有意に増加させる
生バイオセラピューティックをＢＡＬＢ／ｃマウスに投与し、組織を単離して、ｑＰＣＲを用いて遺伝子発現を分析した。
図６８は、ＮＣＩＭＢ ４３３８５が、ビヒクル対照と比較して、ＢＡＬＢ／ｃマウスの海馬におけるＩＬ−６及びＣＤ１１ｂ発現を有意に増加させる能力を示す。
したがって、上記のように、本発明の組成物は、ある特定の実施形態では、免疫反応の刺激に関与する炎症誘発性サイトカイン、特に、ＩＬ−６及びＣＤ１１ｂの発現を増加させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６及びＣＤ１１ｂ発現の増加に照らして治療的に有効である。
実施例３１−ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＴＬＲ４発現を増加させる
生バイオセラピューティックをＢＡＬＢ／ｃマウスに投与し、組織を単離して、ｑＰＣＲを用いて遺伝子発現を分析した。
図６９は、ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ビヒクル対照と比較して、ＢＡＬＢ／ｃマウスの扁桃体におけるＴＬＲ４発現を有意に増加させる能力を示す。
ＴＬＲ４は、免疫反応の活性化と関連している。したがって、ＴＬＲ４発現の増加は、免疫刺激を改善させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＴＬＲ４の発現を増加させる。ある特定の実施形態では、ＴＬＲ４発現の増加は、免疫反応を増加させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、免疫反応を増加させて、ＴＬＲ４発現の増加を介して、本明細書に開示された疾患の治療において、治療的に有効である。
配列
配列番号１（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
ＴＧＡＧＡＡＧＣＴＴＧＣＴＴＣＴＴＡＴＣＧＡＴＴＣＴＡＧＴＧＧＣＡＡＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＧＣＧＴＡＡＧＣＡＡＣＣＴＧＣＣＣＴＴＣＡＧＡＴＧＧＧＧＡＣＡＡＣＡＧＣＴＧＧＡＡＡＣＧＧＣＴＧＣＴＡＡＴＡＣＣＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＴＴＴＣＣＧＣＣＧＣＡＴＧＡＣＧＧＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＧＧＧＡＧＧＣＣＴＴＣＧＧＧＣＴＴＴＣＧＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＧＧＣＴＴＧＣＧＴＣＴＧＡＴＴＡＧＣＴＡＧＴＴＧＧＡＧＧＧＧＴＡＡＣＧＧＣＣＣＡＣＣＡＡＧＧＣＧＡＣＧＡＴＣＡＧＴＡＧＣＣＧＧＴＣＴＧＡＧＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＡＡＴＣＴＴＣＣＧＣＡＡＴＧＧＡＣＧＡＡＡＧＴＣＴＧＡＣＧＧＡＧＣＡＡＣＧＣＣＧＣＧＴＧＡＡＣＧＡＴＧＡＣＧＧＣＣＴＴＣＧＧＧＴＴＧＴＡＡＡＧＴＴＣＴＧＴＴＡＴＡＴＧＧＧＡＣＧＡＡＣＡＧＧＡＣＡＴＣＧＧＴＴＡＡＴＡＣＣＣＧＧＴＧＴＣＴＴＴＧＡＣＧＧＴＡＣＣＧＴＡＡＧＡＧＡＡＡＧＣＣＡＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＧＧＴＧＧＣＡＡＧＣＧＴＴＧＴＣＣＧＧＡＡＴＴＡＴＴＧＧＧＣＧＴＡＡＡＧＧＧＣＧＣＧＣＡＧＧＣＧＧＣＡＴＣＧＣＡＡＧＴＣＧＧＴＣＴＴＡＡＡＡＧＴＧＣＧＧＧＧＣＴＴＡＡＣＣＣＣＧＴＧＡＧＧＧＧＡＣＣＧＡＡＡＣＴＧＴＧＡＡＧＣＴＣＧＡＧＴＧＴＣＧＧＡＧＡＧＧＡＡＡＧＣＧＧＡＡＴＴＣＣＴＡＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＡＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＧＡＡＡＧＣＧＧＣＴＴＴＣＴＧＧＡＣＧＡＣＡＡＣＴＧＡＣＧＣＴＧＡＧＧＣＧＣＧＡＡＡＧＣＣＡＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＣＧＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＣＧＧＴＡＧＴＣＣＴＧＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＧＡＴＡＣＴＡＧＧＴＧＴＡＧＧＡＧＧＴＡＴＣＧＡＣＴＣＣＴＴＣＴＧＴＧＣＣＧＧＡＧＴＴＡＡＣＧＣＡＡＴＡＡＧＴＡＴＣＣＣＧＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＧＣＣＧＣＡＡＧＧＣＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＧＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＴＧＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＣＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＡＧＣＣＴＴＧＡＣＡＴＴＧＡＴＴＧＣＴＡＣＧＧＡＡＡＧＡＧＡＴＴＴＣＣＧＧＴＴＣＴＴＣＴＴＣＧＧＡＡＧＡＣＡＡＧＡＡＡＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＣＧＧＣＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＧＴＴＧＣＣＡＧＣＡＣＣＴＣＧＧＧＴＧＧＧＧＡＣＴＣＡＧＡＡＧＡＧＡＣＴＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＡＴＧＣＧＧＡＧＧＡＡＧＧＣＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＧＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＧＣＴＴＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＡＣＴＡＣＡＡＴＧＧＣＴＣＴＴＡＡＴＡＧＡＧＧＧＡＡＧＣＧＡＡＧＧＡＧＣＧＡＴＣＣＧＧＡＧＣＡＡＡＣＣＣＣＡＡＡＡＡＣＡＧＡＧＴＣＣＣＡＧＴＴＣＧＧＡＴＴＧＣＡＧＧＣＴＧＣＡＡＣＴＣＧＣＣＴＧＣＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＡＡＴＣＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＡＧＧＴＣＡＧＣＡＴＡＣＴＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＣＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＡＣＣＡＣＧＡＡＡＧＴＣＡＴＴＣＡＣＡＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＧＴＧＡＧＧＣＡＡＣＣＧＣＡＡＧ
ｑＰＣＲに使用したプライマー
Figure 2021517560

配列番号８（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
ＧＧＣＴＧＧＴＴＣＣＴＴＧＣＧＧＴＴＧＣＣＴＣＡＣＣＧＧＣＴＴＣＧＧＧＴＧＴＧＡＡＴＧＡＣＴＴＴＣＧＴＧＧＴＧＴＧＡＣＧＧＧＣＧＧＴＧＴＧＴＡＣＡＡＧＧＣＣＣＧＧＧＡＡＣＧＴＡＴＴＣＡＣＣＧＣＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＣＣＴＧＣＧＡＴＴＡＣＴＡＧＣＧＡＴＴＣＣＴＧＣＴＴＣＡＴＧＣＡＧＧＣＧＡＧＴＴＧＣＡＧＣＣＴＧＣＡＡＴＣＣＧＡＡＣＴＧＧＧＡＣＴＣＴＧＴＴＴＴＴＧＧＧＧＴＴＴＧＣＴＣＣＧＧＡＴＣＧＣＴＣＣＴＴＣＧＣＴＴＣＣＣＴＣＴＡＴＴＡＡＧＡＧＣＣＡＴＴＧＴＡＧＴＡＣＧＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＡＡＧＣＣＡＴＡＡＧＧＧＧＣＡＴＧＡＴＧＡＣＴＴＧＡＣＧＴＣＡＴＣＣＣＣＧＣＣＴＴＣＣＴＣＣＧＣＡＴＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＡＧＴＣＴＣＴＴＣＴＧＡＧＴＣＣＣＣＡＣＣＣＴＴＡＧＴＧＣＴＧＧＣＡＡＣＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＧＧＴＴＧＣＧＣＴＣＧＴＴＧＣＧＧＧＡＣＴＴＡＡＣＣＣＡＡＣＡＴＣＴＣＡＣＧＡＣＡＣＧＡＧＣＴＧＡＣＧＡＣＡＧＣＣＧＴＧＣＡＣＣＡＣＣＴＧＴＴＴＴＣＴＴＧＴＣＴＴＣＣＧＡＡＧＡＡＧＡＡＣＣＧＧＡＡＡＴＣＴＣＴＴＴＣＣＧＴＡＧＣＡＡＴＣＡＡＴＧＴＣＡＡＧＧＣＴＴＧＧＴＡＡＧＧＴＴＣＴＴＣＧＣＧＴＴＧＣＧＴＣＧＡＡＴＴＡＡＡＣＣＡＣＡＴＡＣＴＣＣＡＣＣＧＣＴＴＧＴＧＣＧＧＧＣＣＣＣＣＧＴＣＡＡＴＴＣＣＴＴＴＧＡＧＴＴＴＣＡＧＣＣＴＴＧＣＧＧＣＣＧＴＡＣＴＣＣＣＣＡＧＧＣＧＧＧＡＴＡＣＴＴＡＴＴＧＣＧＴＴＡＡＣＴＣＣＧＧＣＡＣＡＧＡＡＧＧＡＧＴＣＧＡＴＡＣＣＴＣＣＴＡＣＡＣＣＴＡＧＴＡＴＣＣＡＴＣＧＴＴＴＡＣＧＧＣＣＡＧＧＡＣＴＡＣＣＧＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣＣＧＴＴＴＧＣＴＣＣＣＣＴＧＧＣＴＴＴＣＧＣＧＣＣＴＣＡＧＣＧＴＣＡＧＴＴＧＴＣＧＴＣＣＡＧＡＡＡＧＣＣＧＣＴＴＴＣＧＣＣＡＣＴＧＧＴＧＴＴＣＣＴＣＣＴＡＡＴＡＴＣＴＡＣＧＣＡＴＴＴＣＡＣＣＧＣＴＡＣＡＣＴＡＧＧＡＡＴＴＣＣＧＣＴＴＴＣＣＴＣＴＣＣＧＡＣＡＣＴＣＧＡＧＣＴＴＣＡＣＡＧＴＴＴＣＧＧＴＣＣＣＣＴＣＡＣＧＧＧＧＴＴＡＡＧＣＣＣＣＧＣＡＣＴＴＴＴＡＡＧＡＣＣＧＡＣＴＴＧＣＧＡＴＧＣＣＧＣＣＴＧＣＧＣＧＣＣＣＴＴＴＡＣＧＣＣＣＡＡＴＡＡＴＴＣＣＧＧＡＣＡＡＣＧＣＴＴＧＣＣＡＣＣＴＡＣＧＴＡＴＴＡＣＣＧＣＧＧＣＴＧＣＴＧＧＣＡＣＧＴＡＧＴＴＡＧＣＣＧＴＧＧＣＴＴＴＣＴＣＴＴＡＣＧＧＴＡＣＣＧＴＣＡＧＧＧＡＴＡＡＣＧＧＧＴＡＴＴＧＡＣＣＧＣＴＡＴＣＣＴＧＴＴＣＧＴＣＣＣＡＴＡＴＡＡＣＡＧＡＡＣＴＴＴＡＣＡＡＣＣＣＧＡＡＧＧＣＣＧＴＣＡＴＣＧＴＴＣＡＣＧＣＧＧＣＧＴＴＧＣＴＣＣＧＴＣＡＧＡＣＴＴＴＣＧＴＣＣＡＴＴＧＣＧＧＡＡＧＡＴＴＣＣＣＣＡＣＴＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴＣＴＧＧＧＣＣＧＴＧＴＣＴＣＡＧＴＣＣＣＡＡＴＧＴＧＧＣＣＧＴＴＣＡＴＣＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＧＧＣＴＡＣＴＧＡＴＣＧＴＣＧＣＣＴＴＧＧＴＧＧＧＣＣＧＴＴＡＣＣＣＣＴＣＣＡＡＣＴＡＧＣＴＡＡＴＣＡＧＡＣＧＣＡＡＧＣＣＣＣＴＣＣＴＣＣＡＧＣＧＡＡＡＧＣＣＣＧＡＡＧＧＣＣＴＣＣＣＴＴＴＣＴＴＣＡＴＣＣＣＧＴＣＡＴＧＣＧＧＣＧＧＡＡＡＧＡＡＣＧＴＡＴＴＣＧＧＴＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＧＴＴＴＣＣＡＧＣＴＧＴＴＧＴＣＣＣＣＡＴＣＴＧＡＡＧＧＧＣＡＧＧＴＴＧＣＴＴＡＣＧＣＧＴＴＡＣＴＣＡＣＣＣＧＴＴＴＧＣＣＡＣＴＣＧＡＡＴＴＧＡＴＡＡＧＡＡＧＣＡＡＧＣＴＴＣＴＣＡＴＣ
配列番号９（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｌｉｅｎｓｉｓ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
ＧＧＣＴＧＧＴＴＣＣＴＴＧＣＧＧＴＴＧＣＣＴＣＡＣＣＧＧＣＴＴＣＧＧＧＴＧＴＧＡＡＴＧＡＣＴＴＴＣＧＴＧＧＴＧＴＧＡＣＧＧＧＣＧＧＴＧＴＧＴＡＣＡＡＧＧＣＣＣＧＧＧＡＡＣＧＴＡＴＴＣＡＣＣＧＣＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＣＣＴＧＣＧＡＴＴＡＣＴＡＧＣＧＡＴＴＣＣＴＧＣＴＴＣＡＴＧＣＡＧＧＣＧＡＧＴＴＧＣＡＧＣＣＴＧＣＡＡＴＣＣＧＡＡＣＴＧＧＧＡＣＴＣＴＧＴＴＴＴＴＧＧＧＧＴＴＴＧＣＴＣＣＧＧＡＴＣＧＣＴＣＣＴＴＣＧＣＴＴＣＣＣＴＣＴＡＴＴＡＡＧＡＧＣＣＡＴＴＧＴＡＧＴＡＣＧＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＡＡＧＣＣＡＴＡＡＧＧＧＧＣＡＴＧＡＴＧＡＣＴＴＧＡＣＧＴＣＡＴＣＣＣＣＧＣＣＴＴＣＣＴＣＣＧＣＡＴＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＡＧＴＣＴＣＴＴＣＴＧＡＧＴＣＣＣＣＡＣＣＣＧＡＧＧＴＧＣＴＧＧＣＡＡＣＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＧＧＴＴＧＣＧＣＴＣＧＴＴＧＣＧＧＧＡＣＴＴＡＡＣＣＣＡＡＣＡＴＣＴＣＡＣＧＡＣＡＣＧＡＧＣＴＧＡＣＧＡＣＡＧＣＣＧＴＧＣＡＣＣＡＣＣＴＧＴＴＴＴＣＴＴＧＴＣＴＴＣＣＧＡＡＧＡＡＧＡＡＣＣＧＧＡＡＡＴＣＴＣＴＴＴＣＣＧＴＡＧＣＡＡＴＣＡＡＴＧＴＣＡＡＧＧＣＴＴＧＧＴＡＡＧＧＴＴＣＴＴＣＧＣＧＴＴＧＣＧＴＣＧＡＡＴＴＡＡＡＣＣＡＣＡＴＡＣＴＣＣＡＣＣＧＣＴＴＧＴＧＣＧＧＧＣＣＣＣＣＧＴＣＡＡＴＴＣＣＴＴＴＧＡＧＴＴＴＣＡＧＣＣＴＴＧＣＧＧＣＣＧＴＡＣＴＣＣＣＣＡＧＧＣＧＧＧＡＴＡＣＴＴＡＴＴＧＣＧＴＴＡＡＣＴＣＣＧＧＣＡＣＡＧＡＡＧＧＡＧＴＣＧＡＴＡＣＣＴＣＣＴＡＣＡＣＣＴＡＧＴＡＴＣＣＡＴＣＧＴＴＴＡＣＧＧＣＣＡＧＧＡＣＴＡＣＣＧＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣＣＧＴＴＴＧＣＴＣＣＣＣＴＧＧＣＴＴＴＣＧＣＧＣＣＴＣＡＧＣＧＴＣＡＧＴＴＧＴＣＧＴＣＣＡＧＡＡＡＧＣＣＧＣＴＴＴＣＧＣＣＡＣＴＧＧＴＧＴＴＣＣＴＣＣＴＡＡＴＡＴＣＴＡＣＧＣＡＴＴＴＣＡＣＣＧＣＴＡＣＡＣＴＡＧＧＡＡＴＴＣＣＧＣＴＴＴＣＣＴＣＴＣＣＧＡＣＡＣＴＣＧＡＧＣＴＴＣＡＣＡＧＴＴＴＣＧＧＴＣＣＣＣＴＣＡＣＧＧＧＧＴＴＡＡＧＣＣＣＣＧＣＡＣＴＴＴＴＡＡＧＡＣＣＧＡＣＴＴＧＣＧＡＴＧＣＣＧＣＣＴＧＣＧＣＧＣＣＣＴＴＴＡＣＧＣＣＣＡＡＴＡＡＴＴＣＣＧＧＡＣＡＡＣＧＣＴＴＧＣＣＡＣＣＴＡＣＧＴＡＴＴＡＣＣＧＣＧＧＣＴＧＣＴＧＧＣＡＣＧＴＡＧＴＴＡＧＣＣＧＴＧＧＣＴＴＴＣＴＣＴＴＡＣＧＧＴＡＣＣＧＴＣＡＡＡＧＡＣＡＣＣＧＧＧＴＡＴＴＡＡＣＣＧＡＴＧＴＣＣＴＧＴＴＣＧＴＣＣＣＡＴＡＴＡＡＣＡＧＡＡＣＴＴＴＡＣＡＡＣＣＣＧＡＡＧＧＣＣＧＴＣＡＴＣＧＴＴＣＡＣＧＣＧＧＣＧＴＴＧＣＴＣＣＧＴＣＡＧＡＣＴＴＴＣＧＴＣＣＡＴＴＧＣＧＧＡＡＧＡＴＴＣＣＣＣＡＣＴＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴＣＴＧＧＧＣＣＧＴＧＴＣＴＣＡＧＴＣＣＣＡＡＴＧＴＧＧＣＣＧＴＴＣＡＴＣＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＧＧＣＴＡＣＴＧＡＴＣＧＴＣＧＣＣＴＴＧＧＴＧＧＧＣＣＧＴＴＡＣＣＣＣＴＣＣＡＡＣＴＡＧＣＴＡＡＴＣＡＧＡＣＧＣＡＡＧＣＣＣＣＴＣＣＴＣＣＡＧＣＧＡＡＡＧＣＣＣＧＡＡＧＧＣＣＴＣＣＣＴＴＴＣＴＴＣＴＴＣＣＣＧＴＣＡＴＧＣＧＧＣＧＧＡＡＡＧＡＡＣＧＴＡＴＴＣＧＧＴＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＧＴＴＴＣＣＡＧＣＴＧＴＴＧＴＣＣＣＣＡＴＣＴＧＡＡＧＧＧＣＡＧＧＴＴＧＣＴＴＡＣＧＣＧＴＴＡＣＴＣＡＣＣＣＧＴＴＴＧＣＣＡＣＴＡＧＡＡＴＣＧＡＴＡＡＧＡＡＧＣＡＡＧＣＴＴＣＴＣＡＴＧＴＣＴＴＣＴ
配列番号１０（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｌｉｅｎｓｉｓ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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配列番号１１（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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配列番号１２（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
ＴＣＧＡＡＣＧＧＣＴＧＧＴＴＣＣＴＴＧＣＧＧＴＴＧＣＣＴＣＡＣＣＧＧＣＴＴＣＧＧＧＴＧＴＧＡＡＴＧＡＣＴＴＴＣＧＴＧＧＴＧＴＧＡＣＧＧＧＣＧＧＴＧＴＧＴＡＣＡＡＧＧＣＣＣＧＧＧＡＡＣＧＴＡＴＴＣＡＣＣＧＣＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＣＣＴＧＣＧＡＴＴＡＣＴＡＧＣＧＡＴＴＣＣＴＧＣＴＴＣＡＴＧＣＡＧＧＣＧＡＧＴＴＧＣＡＧＣＣＴＧＣＡＡＴＣＣＧＡＡＣＴＧＧＧＡＣＴＣＴＧＴＴＴＴＴＧＧＧＧＴＴＴＧＣＴＣＣＧＧＡＴＣＧＣＴＣＣＴＴＣＧＣＴＴＣＣＣＴＣＴＡＴＴＡＡＧＡＧＣＣＡＴＴＧＴＡＧＴＡＣＧＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＡＡＧＣＣＡＴＡＡＧＧＧＧＣＡＴＧＡＴＧＡＣＴＴＧＡＣＧＴＣＡＴＣＣＣＣＧＣＣＴＴＣＣＴＣＣＧＣＡＴＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＡＧＴＣＴＣＴＴＣＴＧＡＧＴＣＣＣＣＡＣＣＣＴＴＡＧＴＧＣＴＧＧＣＡＡＣＡＧＡＡＧＡＴＡＧＧＧＧＴＴＧＣＧＣＴＣＧＴＴＧＣＧＧＧＡＣＴＴＡＡＣＣＣＡＡＣＡＴＣＴＣＡＣＧＡＣＡＣＧＡＧＣＴＧＡＣＧＡＣＡＧＣＣＧＴＧＣＡＣＣＡＣＣＴＧＴＴＴＴＣＴＴＧＴＣＴＴＣＣＧＡＡＧＡＡＧＡＡＣＣＧＧＡＡＡＴＣＴＣＴＴＴＣＣＧＴＡＧＣＡＡＴＣＡＡＴＧＴＣＡＡＧＧＣＴＴＧＧＴＡＡＧＧＴＴＣＴＴＣＧＣＧＴＴＧＣＧＴＣＧＡＡＴＴＡＡＡＣＣＡＣＡＴＡＣＴＣＣＡＣＣＧＣＴＴＧＴＧＣＧＧＧＣＣＣＣＣＧＴＣＡＡＴＴＣＣＴＴＴＧＡＧＴＴＴＣＡＧＣＣＴＴＧＣＧＧＣＣＧＴＡＣＴＣＣＣＣＡＧＧＣＧＧＧＡＴＡＣＴＴＡＴＴＧＣＧＴＴＡＡＣＴＣＣＧＧＣＡＣＡＧＡＡＧＧＡＧＴＣＧＡＴＡＣＣＴＣＣＴＡＣＡＣＣＴＡＧＴＡＴＣＣＡＴＣＧＴＴＴＡＣＧＧＣＣＡＧＧＡＣＴＡＣＣＧＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣＣＧＴＴＴＧＣＴＣＣＣＣＴＧＧＣＴＴＴＣＧＣＧＣＣＴＣＡＧＣＧＴＣＡＧＴＴＧＴＣＧＴＣＣＡＧＡＡＡＧＣＣＧＣＴＴＴＣＧＣＣＡＣＴＧＧＴＧＴＴＣＣＴＣＣＴＡＡＴＡＴＣＴＡＣＧＣＡＴＴＴＣＡＣＣＧＣＴＡＣＡＣＴＡＧＧＡＡＴＴＣＣＧＣＴＴＴＣＣＴＣＴＣＣＧＡＣＡＣＴＣＧＡＧＣＴＴＣＡＣＡＧＴＴＴＣＧＧＴＣＣＣＣＴＣＡＣＧＧＧＧＴＴＡＡＧＣＣＣＣＧＣＡＣＴＴＴＴＡＡＧＡＣＣＧＡＣＴＴＧＣＧＡＴＧＣＣＧＣＣＴＧＣＧＣＧＣＣＣＴＴＴＡＣＧＣＣＣＡＡＴＡＡＴＴＣＣＧＧＡＣＡＡＣＧＣＴＴＧＣＣＡＣＣＴＡＣＧＴＡＴＴＡＣＣＧＣＧＧＣＴＧＣＴＧＧＣＡＣＧＴＡＧＴＴＡＧＣＣＧＴＧＧＣＴＴＴＣＴＣＴＴＡＣＧＧＴＡＣＣＧＴＣＡＧＧＧＡＴＡＡＣＧＧＧＴＡＴＴＧＡＣＣＧＣＴＡＴＣＣＴＧＴＴＣＧＴＣＣＣＡＴＡＴＡＡＣＡＧＡＡＣＴＴＴＡＣＡＡＣＣＣＧＡＡＧＧＣＣＧＴＣＡＴＣＧＴＴＣＡＣＧＣＧＧＣＧＴＴＧＣＴＣＣＧＴＣＡＧＡＣＴＴＴＣＧＴＣＣＡＴＴＧＣＧＧＡＡＧＡＴＴＣＣＣＣＡＣＴＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴＣＴＧＧＧＣＣＧＴＧＴＣＴＣＡＧＴＣＣＣＡＡＴＧＴＧＧＣＣＧＴＴＣＡＴＣＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＧＧＣＴＡＣＴＧＡＴＣＧＴＣＧＣＣＴＴＧＧＴＧＧＧＣＣＧＴＴＡＣＣＣＣＴＣＣＡＡＣＴＡＧＣＴＡＡＴＣＡＧＡＣＧＣＡＡＧＣＣＣＣＴＣＣＴＣＣＡＧＣＧＡＡＡＧＣＣＣＧＡＡＧＧＣＣＴＣＣＣＴＴＴＣＴＴＣＡＴＣＣＣＧＴＣＡＴＧＣＧＧＣＧＧＡＡＡＧＡＡＣＧＴＡＴＴＣＧＧＴＡＴＴＡＧＣＡＧＣＣＧＴＴＴＣＣＡＧＣＴＧＴＴＧＴＣＣＣＣＡＴＣＴＧＡＡＧＧＧＣＡＧＧＴＴＧＣＴＴＡＣＧＣＧＴＴＡＣＴＣＡＣＣＣＧＴＴＴＧＣＣＡＣＴＣＧＡＡＴＴＧＡＴＡＡＧＡＡＧＣＡＡＧＣＴＴＣＴＣＡＴＣＴＣＴＴＣＴＣＧＴＴＣＧＡＣＴＴＧＣＡ
エノラーゼのｑＰＣＲに使用したプライマー
Figure 2021517560

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［１１０］Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）
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［１１２］Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）．
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［１１４］Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ）（２００２）Ｓｈｏｒｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）．
［１１５］ＰＣＲ（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ Ｓｅｒｉｅｓ），２ｎｄ ｅｄ．（Ｎｅｗｔｏｎ ＆ Ｇｒａｈａｍ ｅｄｓ．，１９９７，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ）
［１１６］Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ３０
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［１１８］Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ（２０１７）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ Ａ．１５０３：５７−６４
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［１２１］Ａｎｇｉｏｌｉｌｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ，７６：２７７−２８５
［１２２］Ｇｏｎｎｅａｕｄ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｊ Ｉｎｆｌａｍｍ，１１：４３
［１２３］Ａｌｅｎｇｈａｔ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔｕｒｅ，５０４：１５３−１５７
［１２４］Ｆｅｌｉｃｅ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ａｉｌｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，４１：２６−３８
［１２５］Ｇａｇｎｏｎ ｅｔ ａｌ（２０１３）Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ．９４：２７４−２７９
［１２６］Ｔｈａｎｇａｒａｊｕ ｅｔ ａｌ．（２００９）．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６７，９：２８２６−２８３２
［１２７］Ｌｉｖａｋ ＆ Ｓｃｈｍｉｔｔｇｅｎ（２００１）．Ｍｅｔｈｏｄｓ．２５，４：４０２−８
［１２８］Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ（２０１７）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ Ａ．１５０３：５７−６４
［１２９］Ｖｉｚｉｎ ａｎｄ Ｋｏｓ（２０１５）Ｒａｄｉｏｌ Ｏｎｃｏｌ．４９（３）：２１７−２２６
［１３０］Ｓｅｌｖａｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）ＡＡＣＲ Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ Ａｐｒ １２−１６，２００８
［１３１］Ｂｏｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６：５９７−６０１
［１３２］Ｚｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．７（４０）：６４７９８−６４８０９
［１３３］Ｄｅ Ｂａｅｒｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｂｉｏｍｅｄ Ａｎａｌ，８０：１０７−１１５
［１３４］Ｓｍａｒｔ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ，５（１０），１７０９−１７２９
［１３５］Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ａ，１５０３，５７−６４
本発明者らは、実施例で使用した細菌株が、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、ギ酸を消費することを見出した（図５８を参照）。受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生することも分かった。加えて、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５及びＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株は、ギ酸を消費することも分かった。従って、いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、代謝産物である２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸のうちの１または２以上を産生する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、ギ酸を消費する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、ギ酸を消費する。好ましい実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸塩、吉草酸、ヘキサン酸、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、酢酸塩、プロピオン酸塩及びギ酸を消費する。
Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ギ酸を低下させる一方、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸のレベルを増加させる（図５８）。従って、株ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、ギ酸を消費する。本発明者らはまた、他の寄託株が、同等レベルの２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、同様の量のギ酸を消費することを見出した。

Claims (28)

  1. 対象における免疫系の刺激に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物。
  2. 転移性黒色腫、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経芽腫、膠芽腫、癌腫、肺癌、慢性リンパ性白血病、前立腺癌、リンパ腫、胃癌、大腸癌及び／または血液悪性腫瘍などのがんの治療もしくは予防に使用するための、請求項１に記載の組成物。
  3. 組成物が、ヒストン脱アセチル化酵素阻害活性を有する、請求項２に記載の、使用のための組成物。
  4. 組成物が、炎症誘発性サイトカインを上方調節する、請求項２または請求項３に記載の、使用のための組成物。
  5. 腸バリア透過性の低下に使用するための、請求項２〜４のいずれか１項に記載の、使用のための組成物。
  6. 免疫老化の治療、予防、または遅延に使用するための、請求項１に記載の組成物。
  7. ワクチンアジュバントとして使用するための、請求項１に記載の組成物。
  8. ＣＡＲ−Ｔなどの細胞治療の強化に使用するための、請求項１に記載の組成物。
  9. カスパーゼ３、ＭＡＰ２、ＩＬ−１β、ＩＬ−２３及び／もしくはＴＮＦ−αの発現レベル並びに／または活性の増加に使用するための、請求項１〜８のいずれかに記載の組成物。
  10. 細胞集団中のＴｒｅｇの数及び／または割合を選択的に減少させる方法に使用するための、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
  11. 細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項１〜１０のいずれかに記載の組成物。
  12. 細菌株が、
    配列番号８、９、１０、１１もしくは１２のいずれか１つに少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、あるいは、
    配列番号８、９、１０、１１もしくは１２のいずれか１つによって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、
    請求項１〜１１のいずれかに記載の組成物。
  13. 細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓのものである、請求項１〜１２のいずれかに記載の組成物。
  14. 細菌株が、
    配列番号１に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％もしくは９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、または、
    配列番号１によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、
    請求項１〜１３のいずれかに記載の組成物。
  15. 細菌株が、受託番号４２７８７としてＮＣＩＭＢに寄託された株である、請求項１〜１４のいずれかに記載の組成物。
  16. 組成物が、経口投与用である、請求項１〜１５のいずれかに記載の組成物。
  17. 組成物が、１もしくは２以上の薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含む、請求項１〜１６のいずれかに記載の組成物。
  18. 細菌株が凍結乾燥されている、請求項１〜１７のいずれかに記載の組成物。
  19. 請求項１〜１８のいずれかに記載の使用のための、請求項１〜１８のいずれかに記載の組成物を含む食品。
  20. Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、免疫刺激の低下に関連する疾患または状態の治療もしくは予防方法。
  21. 細胞が、１または２以上の異種抗原を発現する、請求項１〜１６のいずれかに定義した細菌株の細胞を含む組成物。
  22. 細胞が、１または２以上の異種抗原を提示する、請求項２１に記載の組成物。
  23. ワクチンとして使用するための、請求項２１または請求項２２に記載の組成物。
  24. 細胞が、１または２以上の異種抗原を発現する、請求項１〜１８のいずれかに定義した細菌株の細胞。
  25. 細胞が、１または２以上の異種抗原を提示する、請求項２４に記載の細胞。
  26. ワクチンとして使用するための、請求項２４または請求項２５に記載の細胞。
  27. 治療に使用するための細菌株であって、前記細菌株が、配列番号８、９、１０、１１もしくは１２のいずれか１つに少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、前記細菌株。
  28. 治療に使用するための、配列番号８、９、１０、１１または１２のいずれか１つによって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株。
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