JP2021523895A - 細菌株を含む組成物 - Google Patents

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Abstract

本発明は、自己免疫性障害もしくは炎症性障害またはがんの治療または予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。【選択図】なし

Description

本発明は、哺乳動物の消化管から単離された細菌株を含む組成物、及び疾患の治療におけるかかる組成物の使用の分野である。
ヒト腸管は、子宮内で無菌と考えられているが、出生後直ぐに非常に多様な母体及び環境微生物に曝される。その後、微生物のコロニー形成及び連鎖の動的期間があるが、この定着及び連鎖は、分娩様式、環境、食事、及び宿主の遺伝子型などの因子により影響を受け、それらの因子はすべて、特に幼少期において、腸内微生物叢の組成に影響を与える。その後、微生物群は安定し、成体様になる［１］。ヒト腸の微生物群には、５００〜１０００を超える様々な系統型を含んでおり、この系統型は本質的に２つの主要な細菌分類、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する［２］。細菌のヒト腸へのコロニー形成から生じる共生関係が成功することにより、多種多様な代謝的、構造的、保護的、及び他の有益な機能がもたらされる。コロニー形成された腸の増強された代謝活性により、本来なら難消化性の食事成分が、副産物の放出と共に確実に分解され、重要な栄養源が宿主に与えられる。同様に、腸内微生物叢が免疫学的に重要であることも十分に認識されており、例えば、共生細菌株の導入後に機能的に再構成される免疫系に障害がある無菌動物において示されている［３〜５］。
微生物群組成の劇的な変化は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などの胃腸疾患において記録されている。例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ細菌のレベルは、ＩＢＤ患者において低減しているが、Ｅ．ｃｏｌｉの数は増加しており、腸内の共生生物と病原性共生生物とのバランスがシフトしていることが示唆される［６〜９］。興味深いことに、この腸内細菌の不均衡は、Ｔエフェクター細胞集団における不均衡にも関連している。
特定の細菌株が動物の腸に与え得る潜在的な肯定的効果の認識において、様々な株が、様々な疾患の治療での使用のために提案されている（例えば、［１０〜１３］を参照されたい）。さらに、特定の株、例えば、ほとんどのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ株は、腸管と直接関連しない様々な炎症性疾患及び自己免疫疾患の治療に使用することが提案されている（［１４］及び［１５］の総説を参照されたい）。しかしながら、異なる疾患と異なる細菌株との間の関係、特定の細菌株が腸及び全身レベルならびに何らかの特定の種類の疾患へ与える正確な効果は、十分に特徴付けられていない。
疾患を治療する新しい方法が、当該技術分野において必要とされている。さらに、腸内細菌を使用した新しい治療を開発できるような腸内細菌の潜在的効果を特徴付けることが必要とされている。
Ａｈｍｅｄ ｅｔ ａｌ（Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅに提出）は、腸内微生物由来細菌株のインビトロ特徴付けについて検討している。
本発明者らは、自己免疫性及び炎症性疾患ならびにがん、特に、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）活性によって媒介される自己免疫性及び炎症性疾患ならびにがんを治療及び予防するために使用することができる、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む新しい組成物を開発した。本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属からの細菌株が、ヒストン脱アセチル化酵素活性を低減するのに有効であり得ることを特定した。ヒストン脱アセチル化酵素活性は、限定されないが、移植片対宿主疾患（ＧＶＨＤ）、ならびに潰瘍性大腸炎及びクローン病などの炎症性腸疾患を含む、一連の自己免疫性または炎症性疾患及び状態における病理学的症状を媒介することが示されている。実施例に記載されるように、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓを含む組成物の投与は、疾患モデルにおけるヒストン脱アセチル化酵素の活性を低減させる。本発明者らはまた、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓによる治療が、ＬＰＳによるＮＦκＢ及びＩＬ−６などの炎症促進分子の活性化を低減させることができることも特定している。本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓによる治療が、インビトロで脂質過酸化を低減させることができ、細胞死及びアポトーシスを低減するのに役立ち得ることを特定している。本発明者らはまた、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓが、炎症及び酸化ストレスを減衰させることができるインドールを産生することができることも特定している。
ＨＤＡＣ活性はまた、様々ながんにおける病理学的メカニズムと関連している。したがって、ＨＤＡＣ活性の阻害は、がんの治療において治療的に有益であり得る。したがって、本発明の組成物は、がん、特に少なくとも部分的にＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんの治療または予防において多面的な利益を有し得る。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、または胃癌などのがんの治療または予防に使用するためのものであり、特にがんは、ＨＤＡＣ活性の増加によって媒介される。
本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属からの細菌株での治療が、ＨＤＡＣ活性を低減することができ、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患の治療に臨床的利益をもたらすことができることを特定している。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性の低減において特に有益であることが見出されている。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２、またはＨＤＡＣ３活性を低減させ得る。クラスＩ ＨＤＡＣは、広く発現され、最も一般的には、核内に存在する。クラスＩ ＨＤＡＣは、ヒストンリジン残基を脱アセチル化して、ヒストンへの正電荷を回復させ、それによって、ヒストンとＤＮＡとの間の静電結合を増加させる。したがって、ＨＤＡＣ活性は、クロマチン圧縮を増加させ、基礎となるＤＮＡ配列における遺伝子の発現の下方制御を引き起こす。したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物を使用して、標的遺伝子の発現を制御することができる。ＨＤＡＣはまた、非ヒストンタンパク質標的を修飾することによってさらなる制御性効果を有する。非ヒストンタンパク質標的のアセチル化の阻害は、クロマチン形態による遺伝子発現の制御に直接関係しない疾患の他の態様の治療または予防に有益であり得る。
本発明者らはまた、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物が、セロトニン輸送体（ＳＥＲＴ）遺伝子ＳＬＣ６Ａ４の発現を上方制御することを示している。ＳＥＲＴは、腸の内側を覆う上皮細胞によって発現され、間質腔からセロトニンを除去する。いくつかの文献参照文献［１６］で、セロトニンは、特定のシナリオ、例えば、胃腸管において炎症促進効果を有し得ることが報告されている。したがって、本発明の組成物は、炎症性疾患、特に、クローン病または潰瘍性大腸炎などの炎症性腸障害を治療するのに有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、胃腸管におけるセロトニン輸送を増加させることによって、例えば、セロトニン輸送体（ＳＥＲＴ）遺伝子ＳＬＣ６Ａ４の発現を上方制御することによって、炎症性腸疾患の治療に使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明は、喘息、関節炎、乾癬、糖尿病、同種移植片拒絶、移植片対宿主病、またはクローン病もしくは潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患、または前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、もしくは胃癌などのがんからなる群から選択される疾患または状態を治療または予防する方法で使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。ＨＤＡＣ活性に対するＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属からの細菌株について示される効果は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患及び状態、例えば上に列挙される疾患及び状態に対して治療上の利益を提供し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ発現の増加を伴う疾患または状態の治療において治療上の利益を提供し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性の増加を伴う疾患または状態の治療において治療上の利益を提供し得る。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される炎症性または自己免疫性疾患を治療または予防する方法において使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される炎症性または自己免疫性疾患の症状の治療または予防において有用であり得る。本発明者らは、本発明の株が、ＨＤＡＣ活性を阻害することを特定している。ヒストンアセチル化及び脱アセチル化は、遺伝子発現の重要なエピジェネティック制御因子である。ヒストンアセチル化不均衡は、喘息、関節炎、乾癬、糖尿病、同種移植片拒絶、移植片対宿主病、またはクローン病もしくは潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患などの炎症性または自己免疫性疾患の病因に関与している。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される炎症性腸疾患を治療または予防する方法において使用するためのＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。ＨＤＡＣ活性の阻害は、胃腸管における炎症促進性サイトカインの産生を抑制することが示されている。したがって、本発明の組成物は、炎症性疾患の治療に有用であり得る。特に、本発明の組成物は、増加した結腸炎症促進性サイトカイン発症に関連する状態の治療または予防に有用であり得る。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、炎症性腸疾患の治療または予防において使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、潰瘍性大腸炎の治療または予防に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、クローン病の治療または予防において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明は、炎症性疾患の治療または予防に使用するためのＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。好ましい実施形態では、本発明は、大腸炎の治療または予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属、好ましくはＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ属の細菌株を含む組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防において使用するためのものである。がんにおけるアセチル化経路の制御不全は、がん細胞生存及び腫瘍免疫回避に関与している。例えば、ｐ５３のＨＤＡＣ媒介性脱アセチル化は、ｐ５３の安定性及び半減期を低減する。アセチル化ｐ５３は、細胞周期制御性及びアポトーシス促進遺伝子と結合してその発現をより高い効果で制御し、がん細胞増殖を低減し、アポトーシスを促進する。したがって、ｐ５３の脱アセチル化は、がん細胞におけるアポトーシスを阻害し、がん細胞生存率を増加させ得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、非変異ｐ５３を有するがんの治療において使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、がん細胞のアポトーシスを増加させる方法で使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、腫瘍免疫回避を減少させる方法において使用するためである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性の増加を伴うがんの治療または予防において使用するためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、例えばがんの治療または予防において使用するためのアポトーシス促進薬として使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明は、がんの治療または予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属、好ましくはＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ属の細菌株を含む組成物を提供する。
さらなる好ましい実施形態では、本発明は、乳癌、肺癌、または肝臓癌などのがんを治療または予防する方法において使用するためのＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は、がんの治療における腫瘍サイズを低減するまたは腫瘍増殖を予防する方法において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明は、がんの治療において使用するためのＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、ヒストン脱アセチル化酵素活性によって媒介される疾患または病態の治療または予防におけるヒストン脱アセチル化酵素活性を低減する方法において使用するためのものである。
特定の実施形態では、組成物は、上昇したヒストン脱アセチル化酵素活性を有する患者において使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、上昇したクラスＩ ＨＤＡＣ活性を有する患者において使用するためのものである。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株について示されるヒストン脱アセチル化酵素活性に対する効果は、そのような患者にとって特に有益であり得る。
本発明の特定の実施形態では、組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓである。本発明の特定の実施形態では、組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓである。配列番号１と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する細菌株などの、密接に関連する株もまた使用され得る。好ましくは、本発明で使用するための細菌株は、配列番号１によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、経口投与用である。本発明の株の経口投与は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患及び状態を治療するのに有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の株の経口投与は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患及び状態を治療するのに有効であり得、また、経口投与は、患者及び開業医にとって都合がよく、腸への送達及び／または部分的もしくは完全なコロニー形成を可能にする。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、１または２以上の薬学的に許容される賦形剤または担体を含む。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、凍結乾燥された細菌株を含む。凍結乾燥は、細菌の送達を可能にする安定した組成物を調製するための効果的かつ便利な技術である。
特定の実施形態では、本発明は、上述の組成物を含む食品を提供する。
さらに、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を投与することを含む、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態を治療または予防する方法を提供する。
上記発明の開発において、本発明者らは、治療に特に有用な細菌株を特定し、特徴付けしている。本発明のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株は、ＧＶＨＤ及び大腸炎などの炎症性ならびに自己免疫性疾患などの本明細書に記載される疾患の治療に有効であることが示される。したがって、別の態様では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞、またはその派生物を提供する。本発明は、かかる細胞、またはかかる細胞の生物学的に純粋な培養物を含む組成物も提供する。本発明はまた、治療、特に本明細書に記載される疾患に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞、またはその派生物を提供する。
本発明のさらに番号付けされた実施形態を以下に提供する：
１．喘息、関節炎、乾癬、糖尿病、同種移植片拒絶（allograft rejection）、移植片対宿主病（graft-versus-host disease）、またはクローン病もしくは潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患、または前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、もしくは胃癌などのがんからなるリストから選択される疾患または状態の治療または予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物。
２．ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）活性によって媒介される疾患または状態の治療または予防に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
３．クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の治療または予防に使用するための、実施形態１に記載の組成物。
４．クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される状態におけるクラスＩ ＨＤＡＣ活性を阻害する方法に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
５．クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される状態の治療におけるクラスＩ ＨＤＡＣ活性を選択的に阻害する方法に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
６．組成物が、ＨＤＡＣ １、ＨＤＡＣ２、もしくはＨＤＡＣ３活性によって媒介される疾患または状態におけるＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２、もしくはＨＤＡＣ３の選択的阻害に使用するためのものである、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
７．組成物が、ＨＤＡＣ活性を阻害することが有益である疾患または状態の治療または予防に使用するためのものである、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
８．上昇したＨＤＡＣ活性を有する患者において使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
９．炎症性または自己免疫性または疾患の治療または予防に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１０．炎症性腸疾患の治療または予防に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１１．潰瘍性大腸炎の治療または予防に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１２．クローン病の治療または予防に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１３．がんの治療または予防に使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１４．がんが、前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、または胃癌からなるリストから選択される、実施形態１３に記載の使用のための組成物。
１５．細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９ ％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１６．細菌株が、配列番号１４、１５、１６、１７、もしくは１８のうちのいずれかと少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくは９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有するか、または細菌株が、配列番号１４、１５、１６、１７、または１８のうちのいずれかによって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１７．細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓである、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１８．細菌株が、配列番号１と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
１９．細菌株が、配列番号１によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２０．組成物が、経口投与用である、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２１．組成物が、１または２以上の薬学的に許容される賦形剤または担体を含む、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２２．細菌株が、凍結乾燥される、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２３．抗炎症性薬として使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２４．ヒストン脱アセチル化酵素阻害薬として使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２５．クラスＩヒストン脱アセチル化酵素阻害薬として使用するための、任意の先行する実施形態に記載の組成物。
２６．任意の先行する実施形態を使用するために、任意の先行する実施形態に記載の組成物を含む食品。
２７．ヒストン脱アセチル化酵素活性によって媒介される疾患または状態を治療または予防する方法であって、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株を含む組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、方法。
２８．受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞、またはその派生物。
２９．治療に使用するための、好ましくは実施形態１〜１４のいずれか１つに定義される疾患または状態の治療または予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞、またはその派生物。
３０．治療に使用するための細菌株であって、細菌株が、配列番号１４、１５、１６、１７、または１８のうちのいずれか１つと少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９ ％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、細菌株。
３１．治療に使用するための配列番号１４、１５、１６、１７、または１８のうちのいずれか１つによって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株。
総細胞のヒストン脱アセチル化酵素活性及び細胞溶解物のヒストン脱アセチル化酵素活性（図１Ａ）、ヒストン脱アセチル化酵素活性の酸誘導変化、ＭＲｘ００２９における代謝産物産生レベル クラスＩ ＨＤＡＣの阻害（図２Ａ）、ＨＤＡＣ１の阻害（図２Ｂ）、ＨＤＡＣ ２の阻害（図２Ｃ）、ＨＤＡＣ３の阻害（図２Ｄ） ＩＬ−６分泌のレベル ＬＰＳ誘導性ＮＦκＢプロモーター活性化の阻害 抗酸化能力の変化 脂質酸化の変化 インドール生産のレベル ＭＲｘ００２９の投与後の脳における神経伝達物質代謝産物のレベルを示す。 ＳＨ−ＳＹ５Ｙ神経芽腫細胞におけるトリプトファンヒドロキシラーゼ１及び２の発現の倍率変化を示す。細胞を１０％ ＭＲｘ００２９上清と共に２４時間インキュベートした。 ＳＨ−ＳＹ５Ｙ神経芽腫細胞におけるトリプトファンヒドロキシラーゼ１及び２の発現の倍率変化を示す。細胞を５％ ＭＲｘ００２９上清と共に７２時間インキュベートした。 ＳＨ−ＳＹ５Ｙ神経芽細胞腫細胞におけるＳＬＣ６Ａ４の発現の倍率変化を示す。細胞を１０％ ＭＲｘ００２９上清と共に２４時間インキュベートした。 ＳＨ−ＳＹ５Ｙ神経芽細胞腫細胞におけるＳＬＣ６Ａ４の発現の倍率変化を示す。細胞を５％ ＭＲｘ００２９上清と共に７２時間インキュベートした。 分化したＣａｃｏ２細胞におけるトリプトファンヒドロキシラーゼ１（ＴＰＨ１）の発現の倍率変化を示す。細胞を１０％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に２４時間インキュベートした。 分化したＣａｃｏ２細胞におけるＳＬＣ６Ａ４の発現の倍率変化を示す。細胞を１０％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に２４時間インキュベートした。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ４２７８７の代謝産物分析。 ＭＲｘ００２９及び参照Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の上清中の吉草酸産生。 ＭＲｘ００２９及び参照Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株による有機酸産生及び消費。 ＭＲｘ００２９に加えて、（Ａ）ホルボルミリステート処理を伴わない、及び（Ｂ）ホルボルミリステート処理を伴う、分化したＣａｃｏ−２細胞におけるＧＰＲ１０９ａＲＮＡ発現。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＭＲｘ００２９によるＮＳＥ／エノラーゼ２の抑制。「ＹＣＦＡ」＝ＹＣＦＡ＋ ＮＣＩＭＢ ４２７８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、及びＮＣＩＭＢ ４３３８９による有機酸の産生及び消費。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７及び他の寄託された株（ｎ＝３）によるＬＰＳ刺激されたＵ３７３細胞中のＩＬ−６分泌の下方制御。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７及び他の寄託された株（ｎ＝３）による刺激されたＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞におけるＮＦκＢ−ＡＰ１プロモーターの活性化の抑制。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、ＮＣＩＭＢ ４３３８９、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、及びＮＣＩＭＢ ４３３８７によるエノラーゼ２の抑制。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７によるサイトカインレベル及びＮＦκＢ−ＡＰ １プロモーターの調節 ＮＣＩＭＢ ４２７８７の抗酸化能力の概説。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、酪酸、吉草酸、ヘキサン酸を産生する。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７によって産生された代謝産物の抗炎症活性。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７の抗炎症活性における代謝産物の役割の分析。 ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＢＡＬＢ／ｃマウスから単離した刺激された脾細胞によるＴＮＦαの産生を調節する。 Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ参照株ＮＣＩＭＢ ４３３８５は、グルココルチコイド受容体の発現の増加を誘発する。
細菌株
本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む。実施例は、この属の細菌が、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫疾患ならびに状態を治療または予防するのに有用であることを示す。好ましい細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種のものである。
本発明において使用されるＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ種の例としては、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｉｎｄｉｃａ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｕｅｃｉｅｎｓｉｓ及びＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓが含まれる。本発明において使用されるＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ種のさらなる例は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｈｅｘａｎｏｉｃａである。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａは、反芻及び非反芻哺乳動物、例えば、ヒトの偏性嫌気性、乳酸発酵、胃腸微生物である。
Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓの基準株は、ＮＰ３（＝ＣＳＵＲ Ｐ２４５＝ＤＳＭ ２６２２８）である［１７］。Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＰ３の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に対するＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＪＸ４２４７７２．１である。
実施例で試験したＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ細菌は、ＭＲｘ００２９株と本明細書で称される。試験したＭＲｘ００２９株に対する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１で提供される。
ＭＲｘ００２９株は、「Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９」として、２０１７年７月１３日に４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ｃｏｒｎｈｉｌｌ Ｒｏａｄ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって、国際寄託当局ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託され、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７が割り当てられた。
実施例で試験した株と密接に関連する細菌株は、炎症性または自己免疫性疾患の治療または予防にも有効であることが期待される。特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用する細菌株は、配列番号１と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用する細菌株は、配列番号１によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
ＭＲｘ００２９株のバイオタイプである細菌株もまた、炎症性または自己免疫性疾患の治療または予防に有効であると期待される。バイオタイプは、同じかまたは非常に類似する生理学的及び生化学的特性を有する近縁株である。
ＭＲｘ００２９株のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に適している株は、ＭＲｘ００２９株に対する他のヌクレオチド配列をシーケンシングすることで特定され得る。例えば、実質的に全ゲノムは、配列決定され得、及び本発明において使用するバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％または９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有し得る。バイオタイプ株の特定に使用される他の好適な配列は、ｈｓｐ６０または反復配列、例えば、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、またはＲＥＰ、または［１８］を含み得る。バイオタイプ株は、ＭＲｘ００２９株の対応する配列に少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し得る。
あるいは、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプであり、本発明での使用に適している株は、ＭＲｘ００２９株及び制限断片分析及び／またはＰＣＲ分析を用いて、例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）−ＰＣＲフィンガープリンティング、またはタンパク質プロファイリング、または部分的１６Ｓまたは２３Ｓ ｒＤＮＡシーケンシングを用いて特定され得る。好ましい実施形態では、かかる技術を使用して、他のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株を特定し得る。
特定の実施形態では、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプであり、本発明での使用に好適な株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析した場合、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素を使用した場合、ＭＲｘ００２９株と同じパターンを提供する株である（例示の方法及びガイダンスについて、例えば、［１９］を参照されたい）。あるいは、バイオタイプ株は、ＭＲｘ００２９株と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として特定される。
本発明の組成物及び方法に有用である他のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株、例えば、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプは、任意の適切な方法または戦略、例えば、実施例に記載のアッセイを用いて特定され得る。例えば、本発明において使用する株は、細胞溶解物または総細胞に追加して、総またはクラスＩ ＨＤＡＣ活性を試験することによって特定され得る。特に、ＭＲｘ００２９株に対して同様の増殖パターン、代謝型及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明で有用であり得る。有用な株は、ＭＲｘ００２９株と同等の免疫調節活性を有する。特に、バイオタイプ株は、実施例に示されるようにＨＤＡＣ活性に対して同等の効果を引き起こし、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを使用することによって特定され得る。
いくつかの実施形態では、本発明で有用な細菌株は、細菌株による代謝産物の産生及び消費を日常的にプロファイリングすることによって特定され得る。本発明者らは、実施例で使用した細菌株が、酪酸塩、吉草酸及びヘキサン酸を産生し、酢酸塩、及びプロピオン酸塩を消費することを見出した（図１５〜１７を参照されたい）。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株Ｒｅｆ １、Ｒｅｆ ２、及びＲｅｆ ３もまた、これらの代謝産物を消費し、産生することが分かった（図１５〜１７を参照されたい）。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、代謝産物である酪酸塩、吉草酸、及びヘキサン酸のうちの１または２以上を産生する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、酢酸塩及びプロピオン酸塩の１つまたは両方を消費する。好ましい実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸塩、吉草酸、及びヘキサン酸を産生し、酢酸塩及びプロピオン酸塩を消費する。
特に好ましい本発明の株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株である。これは、実施例で試験した例示の株であり、疾患の治療に有効であることを示す。したがって、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９またはその派生物の細胞、例えば、単離細胞を提供する。また、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９またはその派生物の細胞を含む組成物を提供する。また、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９の生物学的に純粋な培養を提供する。また、本発明は、特に、本明細書に記載される疾患の治療に使用される、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９またはその派生物の細胞を提供する。
特に好ましい本発明の株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株である。これは、実施例で試験した例示のＭＲｘ００２９株であり、疾患の治療に有効であることを示す。従って、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株またはその派生物の細胞、例えば、単離細胞を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含む組成物、またはその派生物を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の生物学的に純粋な培養を提供する。また、本発明は、特に、本明細書に記載される疾患の治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株またはその派生物の細胞を提供する。
本発明の株の派生物は、娘菌株（子孫）、または原株から培養（サブクローン）された株であり得る。本発明の株の派生物は、生物活性を除去することなく、例えば、遺伝子レベルで修飾され得る。特に、本発明の株の派生物は、治療的に活性である。派生物株は、ＭＲｘ００２９株と同等の免疫調節活性を有する。特に、派生物株は、実施例に示されるようにＨＤＡＣ活性に対して同等の効果を引き起こし、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを使用することによって特定され得る。ＭＲｘ００２９株の派生物は、概して、ＭＲｘ００２９株のバイオタイプである。
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株の細胞への言及は、株ＭＲｘ００２９と同じ安全性及び治療効果特性を有する任意の細胞を包含し、かかる細胞は、本発明に包含される。
好ましい実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生存可能であり、腸に部分的または完全にコロニー形成することができる。
本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株が、ＩＬ−６などの炎症性サイトカインの活性化を低減させることを見出した。ＩＬ−６によって誘発される慢性炎症は、最終的には細胞死につながる可能性がある。したがって、本発明の細菌株は、炎症性または自己免疫性障害の治療または予防に特に有用である。いくつかの実施形態では、細菌株は、ＩＬ−６の活性化の増強によって特徴付けられる炎症性または自己免疫性疾患の治療において有用である。
好ましい実施形態では、本発明は、好ましくは炎症性疾患または自己免疫疾患の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７としてＮＣＩＭＢに寄託された菌株、またはその派生物またはバイオタイプを含む組成物を提供する。
好ましい実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、生存可能であり、腸に部分的または完全にコロニー形成することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株４２７８７の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託された株ではない。
いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託された株ではない。
実施例は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防に有用な他の細菌株をさらに示す。これらの細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９）及びＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｓｐｐ．（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、及びＮＣＩＭＢ ４３３８７）として、２０１９年５月６日に４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ｃｏｒｎｈｉｌｌ Ｒｏａｄ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって、国際寄託当局ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託された。したがって、別の実施形態では、本発明の組成物は、これらの細菌株またはそのバイオタイプもしくは派生物のうちの１または２以上を含む。疑いを避けるために、上記参照されたＲｅｆ １は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株、上記参照されたＲｅｆ ２は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株、及び上記参照されたＲｅｆ ３は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株である。
実施例で試験した株と密接に関連する細菌株はまた、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防にも有効であることが期待される。
ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株である。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。特定の実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株の細胞、またはその派生物を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、好ましくは炎症性疾患または自己免疫性疾患の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８でＮＣＩＭＢに寄託された菌株、またはその派生物またはバイオタイプを含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株ではない。
したがって、特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株である。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。特定の実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株の細胞、またはその派生物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、好ましくは炎症性疾患または自己免疫性疾患の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９としてＮＣＩＭＢに寄託された菌株、またはその派生物またはバイオタイプを含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株ではない。
特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、配列番号１５と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１５によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、配列番号１５と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、配列番号１５によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、配列番号１６と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１６によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、配列番号１６と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、配列番号１６によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属のものである。
特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。特定の実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５の下で寄託された株の細胞、またはその派生物を提供する。特定の実施形態では、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、好ましくは炎症性疾患または自己免疫性疾患の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５としてＮＣＩＭＢに寄託された菌株、またはその派生物またはバイオタイプを含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託された株ではない。
特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。特定の実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株の細胞、またはその派生物を提供する。特定の実施形態では、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、好ましくは炎症性疾患または自己免疫性疾患の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６としてＮＣＩＭＢに寄託された菌株、またはその派生物またはバイオタイプを含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託された株ではない。
特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株またはその派生物の細胞を提供する。特定の実施形態では、本発明は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株の細胞、またはその派生物を提供する。特定の実施形態では、本明細書に記載される疾患のうちのいずれか１つで使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株の細胞を提供する。
好ましい実施形態では、本発明は、好ましくは炎症性疾患または自己免疫性疾患の治療または予防に使用するために、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７としてＮＣＩＭＢに寄託された菌株、またはその派生物またはバイオタイプを含む組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株の細胞を含まない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７下で寄託された株ではない。いくつかの実施形態では、本発明の組成物中の細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の細菌株であり、細菌株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株ではない。
特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、配列番号１４と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、配列番号１７と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、配列番号１８と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用する細菌株は、配列番号１４、１７、または１８と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、配列番号１４、１７、１８と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１４によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１７によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１８によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明において使用される細菌株は、配列番号１４、１７、または１８によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、配列番号１４、１７、または１８によって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を提供する。
株のうちの１または２以上のバイオタイプである細菌株は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんならびに炎症性及び自己免疫性疾患ならびに状態の治療または予防にも有効であることが期待される。バイオタイプは、同じかまたは非常に類似する生理学的及び生化学的特性を有する近縁株である。
特定の実施形態では、本発明は、治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された細菌株またはそのバイオタイプを提供する。
受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に好適な株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上に対する他のヌクレオチド配列をシーケンシングすることで特定され得る。例えば、実質的に全ゲノムは、配列決定され得、及び本発明において使用するバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％または９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％の配列同一性を有し得る。バイオタイプ株の特定に使用される他の好適な配列は、ｈｓｐ６０または反復配列、例えば、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、またはＲＥＰを含み得る。バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上に対応する配列に少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し得る。
あるいは、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に好適な株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上及び制限断片分析及び／またはＰＣＲ分析を用いて、例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）−ＰＣＲフィンガープリンティング、またはタンパク質プロファイリング、または部分的１６Ｓまたは２３Ｓ ｒＤＮＡシーケンシングを用いて特定され得る。好ましい実施形態では、かかる技術を使用して、他のＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株を特定し得る。
特定の実施形態では、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプであり、かつ、本発明での使用に好適な株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析した場合、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素を使用した場合、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同じパターンを提供する株である。あるいは、バイオタイプ株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として特定される。
本発明の組成物及び方法に有用である他の株、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプは、任意の適切な方法または戦略、例えば、実施例に記載のアッセイを用いて特定され得る。例えば、本発明において使用する株は、細胞溶解物または総細胞に追加して、総またはクラスＩ ＨＤＡＣ活性を試験することによって特定され得る。特に、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上に対して同様の増殖パターン、代謝型及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明で有用であり得る。有用な株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同等の免疫調節活性を有する。特に、バイオタイプ株は、実施例に示されるようにＨＤＡＣ活性に対して同等の効果を引き起こし、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを使用することによって特定され得る。
特定の実施形態では、本発明の好ましい株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株である。これは、実施例で試験した例示の株であり、疾患の治療に有効であることを示す。したがって、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上またはその派生物の細胞、例えば、単離細胞を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上の細胞を含む組成物、またはその派生物を提供する。また、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上の生物学的に純粋な培養を提供する。また、本発明は、治療に使用される、特に、本明細書に記載される疾患の治療に使用される、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上またはその派生物の細胞を提供する。
本発明の株の派生物は、娘菌株（子孫）、または原株から培養（サブクローン）された株であり得る。本発明の株の派生物は、生物活性を除去することなく、例えば、遺伝子レベルで修飾され得る。特に、本発明の株の派生物は、治療的に活性である。誘導体株は、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上と同等の治療活性を有する。特に、派生物株は、実施例に示されるようにＨＤＡＣ活性に対して同等の効果を引き起こし、実施例に記載される培養及び投与プロトコルを使用することによって特定され得る。受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上の派生物は、概して、それぞれ、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、ＮＣＩＭＢ ４３３８７、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及び／またはＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株のうちの１または２以上のバイオタイプである。
本発明者らは、実施例で使用した細菌株が、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、ギ酸を消費することを見出した（図２０を参照されたい）。受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生することも見出した。加えて、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５及びＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株は、ギ酸を消費することも見出した。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、代謝産物である２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸のうちの１または２以上を産生する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、ギ酸を消費する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、ギ酸を消費する。好ましい実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸塩、吉草酸、ヘキサン酸、２−メチル−プロパン酸、及び３−メチル−プロパン酸を産生し、酢酸塩、プロピオン酸塩、及びギ酸を消費する。
特定の実施形態では、酪酸塩の産生は、ＩＬ−６分泌を阻害する。したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物は、酪酸塩の産生時のＩＬ−６の低減に照らして炎症を低減し得る。
特定の実施形態では、本発明の細菌株は、吉草酸を産生する。特定の実施形態では、本発明の細菌株は、吉草酸を産生するＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株である。吉草酸は、ＨＤＡＣ活性を阻害するため、自己免疫性及び炎症性障害の治療に有用である。したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物は、吉草酸の産生を増加させることにより、ＨＤＡＣ活性を阻害する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、吉草酸産生の増加及び吉草酸によるＨＤＡＣ活性の阻害に照らして、本明細書に開示される炎症性、自己免疫性、及び／または障害において治療的に有益である。
ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉを含まない。ある特定の実施形態では、本発明の組成物及び方法で有用な細菌株は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｅｌｓｄｅｎｉｉではない。
治療用途
実施例に示すように、本発明の細菌組成物は、ＨＤＡＣ活性を低減するのに有効である。特に、本発明の組成物での治療は、クラス１ ＨＤＡＣ活性の低減を達成する。特に、本発明の組成物での治療は、ＨＤＡＣ１、２、及び３活性の低減を達成する。特に、本発明の組成物での治療は、ＨＤＡＣ１及び２活性の低減を達成する。したがって、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態を治療または予防するために有用であり得る。状態は、疾患の症状であり得る。特に、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性の上昇したレベルによって媒介される疾患または状態を低減または予防するのに有用であり得る。特に、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性の上昇したレベルによって媒介される疾患または状態を低減または予防するのに有用であり得る。特に、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ１、２、及び３活性の上昇したレベルによって媒介される疾患または状態を低減または予防するのに有用であり得る。
ヒストン脱アセチル化酵素は、タンパク質標的からアセチル基を除去する酵素のクラスである。最も豊富なＨＤＡＣ標的はヒストンであるが、ＨＤＡＣは、非ヒストンタンパク質標的のリジン残基を脱アセチル化してタンパク質活性を一時的に制御することが知られている。したがって、ＨＤＡＣは、リジン脱アセチラーゼと称されることがある。現在、４つの主なクラスＩ（ＨＤＡＣ１、２、３、及び８）、クラスＩＩａ（ＨＤＡＣ４、５、７、及び９）及びクラスＩＩｂ（ＨＤＡＣ６及び１０）、クラスＩＩＩ（ｓｉｒｔ１−ｓｉｒｔ７）、ならびにクラスＩＶ（ＨＤＡＣ１１）に分類される１３の既知のＨＤＡＣが存在する［７］。各クラスは、概して、異なる組織発現パターン及び細胞内局在化を有する。
タンパク質アセチル化／脱アセチル化は、概して、タンパク質活性の翻訳後制御の機構として使用され、ヒストンアセチル化／脱アセチル化は、転写制御の確立された機構である。遺伝子制御は、ヒストンテールのリジンアミノ酸のε−Ｎ−アセチルからのアセチル基のヒストン脱アセチル化酵素媒介性切断によって引き起こされる。アセチル基を除去すると、ヒストンテールへの正電荷が回復し、負電荷ホスホジエステルＤＮＡ骨格へのより良好な結合をもたらす。結合の改善は、ヒストン脱アセチル化部位におけるタイトな染色体のコンパクション及び遺伝子発現の全体的な低減をもたらす。
ヒストン脱アセチル化酵素活性は、様々な疾患及び状態に関与している。ヒストン脱アセチル化酵素活性の阻害は、これらの疾患または状態を緩和または改善するために使用され得る。ヒストン脱アセチル化酵素のpan阻害剤は、ＨＤＡＣ媒介性疾患の治療または予防に有用であり得る。アイソフォーム特異的ＨＤＡＣ阻害剤は、特定のＨＤＡＣアイソフォーム活性によって媒介される疾患の治療または予防に有用であり得る。
ＨＤＡＣ活性の阻害は、確立された治療様式であり、いくつかのＨＤＡＣ阻害剤は、以下を含む承認された医薬品である：ボリノスタット（ＣＴＣＬ）、ロミデプシン（ＣＴＣＬ）、チダミド（ＰＴＣＬ）、パノビノスタット（多発性骨髄腫）、ベリノスタット（Ｔ細胞リンパ腫）、及び多くは、以下を含む臨床試験中である：パノビノスタット（ＣＴＣＬ）、バルプロ酸（子宮頸癌及び卵巣癌、脊髄筋萎縮）、モセチノスタット（濾胞性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、及び急性骨髄性白血病）、アベキシノスタット（肉腫）、エンチノスタット（ホジキンリンパ腫、肺癌、及び乳癌）、ＳＢ９３９（再発性または転移性前立腺癌）、レスミノスタット（ホジキンリンパ腫）、ギビノスタット（難治性白血病及び骨髄腫）、ＨＢＩ−８００（黒色腫、腎細胞癌（ＲＣＣ）、及び非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を含む進行性固形腫瘍）、ケベトリン（卵巣癌）、ＣＵＤＣ−１０１、ＡＲ−４２（再発性または治療抵抗性多発性骨髄腫、慢性リンパ性白血病またはリンパ腫）、ＣＨ−２８４５、ＣＨ−３９９６、４ＳＣ−２０２（進行性血液学的適応症）、ＣＧ２００７４５（固形腫瘍）、ＡＣＹ−１２１５（多発性骨髄腫）、ＭＥ−３４４（固形難治性腫瘍）、スルフォラファン、及びトリコスタチン（抗炎症）。
ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の例としては、喘息、関節炎、乾癬、糖尿病、同種移植片拒絶、移植片対宿主病、またはクローン病もしくは潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患などの炎症性もしくは自己免疫性疾患、ならびに前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、もしくは胃癌などのがんが含まれる。特定の実施形態では、本発明の組成物は、これらの疾患または状態のうちの１つを治療または予防するために使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるこれらの疾患または状態のうちの１つを治療または予防するために使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介されるこれらの疾患または状態のうちの１つを治療または予防するために使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ１、２、または３活性によって媒介されるこれらの疾患または状態のうちの１つを治療または予防するために使用される。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、治療において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の治療に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の治療または予防におけるＨＤＡＣ活性を低減する方法において使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の治療または予防において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性を阻害する方法において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患の治療または予防におけるクラスＩ ＨＤＡＣ活性を選択的に阻害する方法において使用するためのものである。本発明者らは、本発明の特定の組成物が、クラスＩ ＨＤＡＣを選択的に阻害することを特定している。本明細書で使用される場合、「選択的」とは、例えば、他のクラスからのＨＤＡＣのそれらの阻害効果と比較して、クラスＩのＨＤＡＣに対して最大の阻害効果を有する組成物を指す。ＨＤＡＣの選択的阻害は、治療剤の長期投与を必要とする疾患、例えば、疾患または状態を患者の生涯にわたって治療する必要がある疾患の治療に有利である。特定の実施形態では、クラスＩ ＨＤＡＣ選択的阻害剤である本発明の組成物は、クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の緩和治療または予防に使用するためのものである。選択的阻害剤は、他のクラスのＨＤＡＣの望ましくない阻害に関連する副作用を低減することによって、当該技術分野で既知の汎阻害剤よりも有利である。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ２選択的阻害剤である。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ１、２、または３活性を選択的に低減する方法において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ１、２、または３活性によって媒介される疾患の治療または予防に使用される。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、
ＧＰＲ１０９ａにおいて使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療に使用するためのものではない。特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんではない疾患または障害の治療に使用するためのものである。
炎症性及び自己免疫性障害
実施例は、本発明の組成物が、ＨＤＡＣ阻害活性を有することを示す。ＨＤＡＣ活性は、多くの炎症性及び自己免疫性障害の病理学の中心であり、ＨＤＡＣ阻害剤は、特定の状態に関連して以下に論じられるように、多くの炎症性及び自己免疫性障害の治療に有効であることが示されている（また、［２０］を参照されたい）。したがって、本発明の組成物は、炎症性及び自己免疫性障害、特に、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）活性によって媒介される炎症性及び自己免疫性障害の治療に有用であり得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性または自己免疫性障害を治療または予防する方法において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性または自己免疫性疾患の治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性または自己免疫疾患を有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。特定の実施形態では、患者は、慢性炎症性もしくは自己免疫性疾患もしくは状態と診断されているか、または本発明の組成物は、炎症性もしくは自己免疫性疾患もしくは状態が、慢性炎症性もしくは自己免疫性疾患もしくは状態へ発症するのを防ぐために使用され得る。特定の実施形態では、疾患または状態は、ＴＮＦ−α阻害剤による治療に応答しない場合がある。
ＨＤＡＣは、慢性炎症性及び自己免疫性疾患と関連付けられ得るため、本発明の組成物は、上記に列挙される慢性疾患または状態を治療または予防するために特に有用であり得る。特定の実施形態では、組成物は、慢性疾患を有する患者において使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、慢性疾患の発症を予防するために使用される。
本発明の組成物は、ＨＤＡＣによって媒介される疾患及び状態を治療し、ＨＤＡＣ活性化に対処するために有用であり得るため、本発明の組成物は、慢性疾患を治療もしくは予防する、他の療法（例えば、ＴＮＦ−α阻害剤による治療）に応答していない患者における疾患を治療もしくは予防する、ならびに／またはＨＤＡＣに関連する組織損傷及び症状を治療もしくは予防するために特に有用であり得る。
特定の好ましい実施形態では、本発明の組成物は、炎症促進性サイトカイン産生及び炎症を調節する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性状態を調節する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＬ−６産生及び分泌を減少させる。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＮＦκＢプロモーターの活性化を減少させる。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、強力な炎症促進性エンドトキシンリポ多糖（ＬＰＳ）によるＩＬ−６産生の活性化を調節することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、神経系に影響を及ぼさない、もしくは関与しない炎症性または自己免疫性疾患を治療するために使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、胃腸管、筋骨格系、呼吸器系、もしくは皮膚に影響を及ぼす炎症性または自己免疫性疾患を治療するために使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、神経変性障害ではない疾患を治療するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、進行性核上麻痺、進行性核上麻痺、スティール−リチャードソン−オルゼフスキー（Steele-Richardson-Olszewski）症候群、正常圧脳水腫、血管または動脈硬化性パーキンソニズム、及び薬物誘発性パーキンソニズムを含むパーキンソン病ではない疾患、ベンソン症候群を含むアルツハイマー病、ハンチントン病、筋萎縮性側索硬化症、ルー・ゲリッグ病、運動ニューロン病、プリオン病、脊髄小脳失調症、脊髄筋萎縮症、レビー小体型、血管性、及び前頭側頭型認知症を含む認知症、原発性進行性失語症、軽度認知障害、ＨＩＶ関連認知障害または皮質芽球変性を治療するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、健康な神経系を有する対象の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、多発性硬化症ではない疾患を治療するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、脳損傷ではない疾患を治療するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、神経変性障害ではなく、多発性硬化症ではなく、脳損傷でもない疾患を治療するためのものである。
実施例はまた、本発明の組成物が、炎症を抑制することが知られているＧＰＲ１０９ａを上方制御するのに有効であることを示す［６２］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性または自己免疫性疾患の治療におけるＧＰＲ１０９ａを上方制御するのに使用するためのものである。
実施例はまた、本発明の組成物が、炎症促進活性を有することが知られているエノラーゼを抑制するのに有効であることも示す［６９］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性または自己免疫性疾患の治療におけるエノラーゼの抑制に使用するためのものである。
−炎症性腸疾患
実施例は、本発明の組成物が、ＨＤＡＣ阻害活性を有することを示し、したがって、それらは炎症性腸疾患の治療に有用であり得る。異なるＨＤＡＣアイソフォームの過剰発現は、大腸炎を含む、様々な疾患病理に関与している。さらに、バルプロ酸は、ＤＳＳ−大腸炎マウスモデルにおけるクラスＩ ＨＤＡＣ阻害及び大腸炎の改善に関連している［２１］。本研究は、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１β、及びＴＮＦ−α抑制におけるＨＤＡＣクラスＩ阻害剤の役割を示唆し、大腸炎におけるＨＤＡＣ阻害及び有効性に機能性を割り当てた。したがって、実施例は、本発明の組成物が、炎症性腸疾患を治療するのに有用であり得ることを示す。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性腸疾患の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性腸疾患の治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性腸疾患を有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、複数の環境及び遺伝的要因によって引き起こされ得る複雑な疾患である。ＩＢＤの発症に寄与する要因としては、食事、微生物群、腸管透過性、及び腸感染に対する炎症応答の増加に対する遺伝的感受性が含まれる。炎症性腸疾患の症状としては、腹痛、嘔吐、下痢、直腸出血、骨盤領域の重度の内痙攣／筋肉痙攣、体重減少及び貧血が含まれる。特定の実施形態では、組成物は、ＩＢＤに関連する１または２以上の症状の軽減に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＢＤのうちの１または２以上の症状の予防に使用するためのものである。
ＩＢＤは、関節炎、壊疽性膿皮症、原発性硬化性胆管炎、非甲状腺疾患症候群、深部静脈血栓症、肺炎を組織する気管支炎閉塞症などの他の疾患または状態を伴い得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＢＤに付随する１または２以上の疾患または状態の治療または予防に使用するためのものである。
炎症性腸疾患は、一般に生検または結腸内視鏡検査によって診断される。糞便中のカルプロテクチンの測定は、ＩＢＤの予備診断に有用である。ＩＢＤの診断のための他の臨床検査には、完全な血球数、赤血球沈降速度、包括的な代謝パネル、便潜血検査、またはＣ反応性タンパク質検査が含まれる。通常、ＩＢＤの診断を確認するために、臨床検査及び生検／結腸内視鏡検査の組み合わせを使用する。特定の実施形態では、本発明の発明は、ＩＢＤと診断された対象において使用するためのものである。
特定の実施形態では、炎症性腸疾患は、潰瘍性大腸炎である。潰瘍性大腸炎は、浸潤Ｔ細胞を特徴とする自己免疫性炎症性腸疾患である。ＨＤＡＣ阻害剤は、ＤＳＳ−大腸炎マウスモデルで大腸炎を改善することが以前に示されている［２１］。さらに、本発明者らは、本発明の組成物が、大腸炎を有する動物の回腸中の白血球浸潤を低減することを示している。したがって、本発明の組成物は、潰瘍性大腸炎の治療または予防に使用することができる。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、潰瘍性大腸炎を有する対象の回腸中の白血球浸潤を低減することによって潰瘍性大腸炎の治療に使用することができる。
ＵＣは通常、直腸及び結腸に限定されるが、回腸を伴うことがある。本疾患は、胃腸管の関与の程度に応じて分類される。潰瘍性大腸炎の分類としては、直腸炎、直腸Ｓ状結腸炎、及び左側大腸炎などの遠位大腸炎、または汎大腸炎などの広範な大腸炎が含まれる。特定の実施形態では、組成物は、遠位大腸炎の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、頬炎の治療に使用するためのものである。特定の実施形態において、組成物は、直腸Ｓ状結腸の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、左側大腸炎の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、広範な大腸炎の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、汎大腸炎の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、潰瘍性大腸炎を発症するリスクのある対象における潰瘍性大腸炎の予防に使用するためのものである。
潰瘍性大腸炎は、内視鏡／結腸内視鏡検査、及び生検などの臨床検査ならびに手術の組み合わせによって診断される。潰瘍性大腸炎の診断を支援する例示的な臨床検査としては、全血球計算、完全な代謝パネル、肝機能検査、尿検査、便培養、赤血球沈降速度、及びＣ反応性タンパク質測定が含まれる。
潰瘍性大腸炎の症状の重症度は、Ｓｉｍｐｌｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｏｌｉｔｉｓ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ（ＳＣＣＡＩ）を使用して決定することができる［２２］。ＳＣＣＡＩはまた、潰瘍性大腸炎を治療または予防するために設計された療法の有効性を評価するための手段として使用することもできる。ＳＣＣＡＩは、潰瘍性大腸炎の症状の重症度を決定するために設計された以下の一連の質問を提示する：排便の頻度（昼）、排便の頻度（夜）、排便の緊急性、便中の血液、一般的な健康状態、結腸外の特徴（例えば、関節炎、ブドウ膜炎、またはＵＣに伴う他の状態）。各回答は、０〜１９のスコアを生成するスライドスケールで提供される。５を上回るスコアは、通常、潰瘍性大腸炎の存在を示す。
いくつかの実施形態では、組成物は、潰瘍性大腸炎と診断されている対象において使用するためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、潰瘍性大腸炎の１または２以上の症状を緩和または寛解するのに使用するためのものである。例えば、組成物は、ＳＣＣＡＩに対する１または２以上の回答のスコアを改善し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、排便の頻度を低減するために使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、排便の緊急性を低減するために使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、便中の血液を低減するために使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸外の特徴を低減するために使用され得る。これらの症状の緩和または寛解は、本発明の組成物の投与前及び投与後の対応するＳＣＣＡＩスコアの改善によって決定され得る。
潰瘍性大腸炎の追加の症状には、下痢、直腸出血、体重減少、及び貧血、腹痛、排便を伴う腹部痙攣が含まれる。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、潰瘍性大腸炎の１または２以上の追加の症状の治療または予防に使用するためのものである。
いくつかの事例では、潰瘍性大腸炎は、１または２以上の結腸外の特徴を伴う。結腸外の特徴は、潰瘍性大腸炎に伴い、結腸の外に現れる状態または疾患である。潰瘍性大腸炎の結腸外の特徴の例としては、アフタ性潰瘍、虹彩炎、ブドウ膜炎、上強膜炎、血清反応陰性関節炎、強直性脊椎炎、仙腸骨炎、結節性紅斑、グラングレノサム膿皮症、深部静脈血栓症及び肺塞栓症、自己免疫性溶血性貧血、ばち指、原発性硬化性胆管炎が含まれる。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、潰瘍性大腸炎の１または２以上の結腸外の特徴の治療または予防に使用するためのものである。
潰瘍性大腸炎は、スルファサラジン及びメサラジンなどの５−アミノサリチル酸、プレドニゾンなどのコルチコステロイド、アザチオプリンなどの免疫抑制剤、インフリキシマブ、アダリムマブ、及びゴリムマブなどの生物学的製剤、ベドリズマブ及びエトロリズマブ、ニコチン、または鉄などの複数の治療剤で治療され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、追加の治療剤と組み合わせて潰瘍性大腸炎の治療または予防に使用され、追加の治療剤は、潰瘍性大腸炎の治療または予防に使用するためのものである。
特定の実施形態では、炎症性腸疾患は、クローン病である。いくつかの研究では、クローン病患者の炎症性筋膜においていくつかのＨＤＡＣが上方制御されることが示されている。したがって、ＨＤＡＣ活性の阻害は、クローン病の治療に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クローン病の治療または予防に使用するためのものである。
クローン病は、遺伝的危険因子、食事、喫煙及びアルコール消費などの他のライフスタイル因子、ならびに微生物群組成物を含む、様々な考えられる原因を有する複雑な疾患である。クローン病は、胃腸管に沿ってどこにでも現れる可能性がある。
クローン病の胃腸症状は、軽度から重度まで様々で、腹痛、下痢、糞便血、回腸炎、排便の増加、鼓腸の増加、腸の狭窄、嘔吐、及び肛門周囲の不快感などを含む。本発明の組成物は、クローン病の１または２以上の胃腸症状の治療に使用することができる。
クローン病の全身症状としては、思春期に成長を維持することができない、食欲不振、発熱、及び体重減少などの成長障害が含まれる。クローン病の腸外の特徴としては、ブドウ膜炎、羞明、上強膜炎、胆石、血清反応陰性脊椎関節症、関節炎、腱付着部炎、結節性紅斑、壊疽性膿皮症、深部静脈血栓症、肺塞栓症、自己免疫性溶血性貧血、ばち指、骨粗鬆症が含まれる。腸外の特徴は、消化管の外側に現れるクローン病に関連する追加の状態である。クローン病を有する対象はまた、発作、脳卒中、筋障害、末梢神経障害、頭痛、及びうつ病などの神経学的合併症に対する感受性の増加を示す。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クローン病の１または２以上の全身症状の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クローン病の１または２以上の腸外の特徴の治療または予防に使用するためのものである。
クローン病の診断は、通常、胃鏡検査及び／または結腸内視鏡検査、及び典型的には回腸の生検、放射線検査、全血球計算、Ｃ反応性タンパク質検査、及び赤血球沈降速度などの複数の検査及び外科的処置を実施することを伴う。特定の実施形態では、本発明の組成物は、クローン病と診断された対象において使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、クローン病を有すると診断されている対象の治療に使用するためのものである。
クローン病は、影響を受ける消化管の領域の範囲に応じて分類される［２３］。回腸及び結腸の両方の疾患は、回結腸型クローン病に分類される。いくつかの実施形態では、組成物は、回結腸型クローン病の治療または予防に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、回結腸型クローン病／クローン病と診断された対象において使用するためのものであり、回腸のみが影響を受ける場合に分類される。結腸型クローン病は、結腸のみが影響を受ける場合に分類される。特定の実施形態では、組成物は、回腸型クローン病の治療または予防に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、回腸型クローン病と診断された対象において使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、結腸型クローン病の治療または予防に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、結腸型クローン病と診断された対象において使用するためのものである。
クローン病は、プレドニゾンなどのコルチコステロイド、アザチオプリンなどの免疫抑制剤、またはインフリキシマブ、アダリムマブ、及びゴリムマブなどの生物学的製剤、ベドリズマブ、ならびにエトロリズマブなどの複数の治療剤で治療され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、追加の治療剤と組み合わせてクローン病の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、追加の治療剤は、クローン病の治療または予防に使用するためのものである。
実施例はまた、本発明の組成物が、結腸炎症を抑制することが知られているＧＰＲ１０９ａを上方制御するのに有効であることを示す［６２］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、炎症性腸疾患の治療におけるＧＰＲ１０９ａを上方制御するのに使用するためのものである。
−関節炎
関節炎は、慢性関節炎を特徴とする疾患である。関節リウマチは、典型的に関節の腫脹及び痛みをもたらす慢性自己免疫疾患である。ＨＤＡＣ阻害は、サイトカイン産生に影響を与えること、Ｔ細胞分化を阻害すること、滑膜線維芽細胞の増殖を抑制すること、ならびに破骨細胞及び骨芽細胞に影響を与えることによって骨損失を低減することを含む、様々な機構によって関節リウマチを治療することが提案されている（Ｖｏｊｉｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｍｏｌ Ｍｅｄ，１７（５−６）３９７−４０３）。ＨＤＡＣ阻害は、関節炎のいくつかの動物モデルにおいて強力な抗炎症効果を有することが示されている（Ｊｏｏｓｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｍｏｌ Ｍｅｄ，１７（５−６），３９１−３９６）。したがって、本発明の組成物は、対象の関節炎を治療または予防するために有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、関節リウマチ（ＲＡ）の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、関節リウマチの治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、関節リウマチを有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
特定の実施形態では、本発明の組成物による治療は、関節の腫脹の低減をもたらす。特定の実施形態では、本発明の組成物は、関節の腫脹を有する患者、または関節の腫脹を有するリスクがあると特定された患者において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、関節の腫脹を低減する方法において使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物による治療は、軟骨損傷または骨損傷の低減をもたらす。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＲＡの治療における軟骨または骨損傷の低減または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、組成物は、軟骨または骨損傷のリスクがある重度のＲＡを有する患者の治療に使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＲＡの治療における骨浸食または軟骨損傷の予防に使用される。特定の実施形態では、組成物は、骨浸食もしくは軟骨損傷を示す患者、または骨浸食もしくは軟骨損傷のリスクがあると特定された患者の治療に使用するためのものである。
本発明の組成物は、患者の免疫系を調節するのに有用であり得るため、特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＲＡのリスクがあると特定されているか、または早期ＲＡと診断されている患者におけるＲＡを予防するために使用される。本発明の組成物は、ＲＡの発症を予防するために有用であり得る。
本発明の組成物は、関節リウマチを管理または緩和するために有用であり得る。本発明の組成物は、関節の腫脹または骨の破壊に関連する症状を低減するために特に有用であり得る。ＲＡの治療または予防は、例えば、症状の重症度の緩和、または患者にとって問題である増悪の頻度もしくはトリガーの範囲の低減を指し得る。
−喘息
喘息は、慢性炎症性呼吸器疾患である。ＨＤＡＣ阻害剤は、慢性喘息のマウスモデルにおいて気道炎症、気道リモデリング、及び気道過敏症を緩和する抗炎症作用を有することが示されている（Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｒｅｓ，６５，９９５−１００８）。したがって、本発明の組成物は、対象の喘息を治療または予防するために有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、喘息の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、喘息の治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、喘息を有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
特定の実施形態では、喘息は、好酸球性またはアレルギー性喘息である。好酸球性及びアレルギー性喘息は、末梢血及び気道分泌物中の好酸球数の増加を特徴とし、病理学的には基底膜ゾーンの肥厚と関連し、薬理学的にはコルチコステロイド応答性と関連している［２４］。好酸球の動員または活性化を低減または阻害する組成物は、好酸球性及びアレルギー性喘息の治療または予防に有用であり得る。好酸球性及びアレルギー性喘息はまた、Ｔヘルパー２型リンパ球（Ｔｈ２）プロセスによって媒介される炎症性事象のカスケードによって特徴付けられる。したがって、Ｔヘルパー２型リンパ球（Ｔｈ２）プロセスを低減または阻害する組成物は、好酸球性及びアレルギー性喘息の治療または予防に有用であり得る。
追加の実施形態では、本発明の組成物は、好中球性喘息（または非好酸球性喘息）の治療または予防に使用するためのものである。高い好中球数は、コルチコステロイド治療に不感受性であり得る重度の喘息と関連している。好中球動員または活性化を低減または阻害する組成物は、好中球性喘息の治療または予防に有用であり得る。
好酸球性喘息（Ｔｈ２−高喘息とも称される）及び好中球性喘息（Ｔｈ２−低または非Ｔｈ２喘息とも称される）は、異なる基礎となる病態生理学的機構を有し、異なる臨床的特徴を呈する。例えば、Ｔｈ２−高喘息は、一般に、早期発症を呈し、症状の季節的な変化を示すが、Ｔｈ２−低喘息は、典型的には４０歳前後のはるかに遅い発症を有する。Ｔｈ２−高喘息はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）血中レベルの増加によって特徴付けられるが、この特徴はＴｈ２−低喘息には存在しない。Ｔｈ２高喘息はまた、好酸球の高痰レベルによって特徴付けられる。対照的に、Ｔｈ２−低喘息は、痰好中球のレベルの上昇によって特徴付けられ得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｈ２−低または非Ｔｈ２喘息の治療に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｈ２−高喘息の治療に使用するためのものである。
好酸球性及び好中球性喘息は、相互排他的な状態ではなく、好酸球及び好中球応答のいずれかに対処するのに役立つ治療は、喘息の一般的な治療に有用であり得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、喘息の治療もしくは予防における好酸球性炎症応答を低減する方法、または喘息の治療もしくは予防における好中球性炎症応答を低減する方法において使用するためのものである。上述のように、喘息における高レベルの好酸球は、基底膜ゾーンの増厚と病理学的に関連しているため、喘息の治療または予防における好酸球性炎症応答の低減は、疾患のこの特徴に特異的に対処することができる場合がある。また、好中球の上昇は、好酸球の上昇と組み合わせて、またはそれらの不在下で、重度の喘息及び慢性気道狭窄と関連付けられる。したがって、好中球性炎症応答の低減は、重度の喘息に対処するために特に有用であり得る。
特定の実施形態では、組成物は、アレルギー喘息における気管支周囲浸潤を低減するか、またはアレルギー喘息の治療における気管支周囲浸潤を低減するために使用される。特定の実施形態では、組成物は、好中球性喘息における気管支周囲浸潤及び／もしくは血管周囲浸潤を低減するか、またはアレルギー性好中球性喘息の治療における気管支周囲浸潤及び／もしくは血管周囲浸潤を低減するために使用される。
特定の実施形態では、本発明の組成物による治療は、ＴＮＦ−αレベルの上昇の低減または予防を提供する。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、好酸球性及び／または好中球性炎症応答の低減をもたらす喘息を治療する方法において使用するためのものである。特定の実施形態では、治療される患者は、例えば、血液サンプリングまたは痰分析によって特定されるように、上昇した好中球または好酸球レベルを有するか、または以前に特定されている。
本発明の組成物は、新生児または妊婦に投与された場合に、新生児における喘息の発症を予防するのに有用であり得る。本組成物は、子供の喘息の発症を予防するために有用であり得る。本発明の組成物は、成人発症喘息の治療または予防に有用であり得る。本発明の組成物は、喘息の管理または緩和に有用であり得る。本発明の組成物は、ハウスダストダニなどのアレルゲンによって悪化する喘息に関連する症状を低減するために特に有用であり得る。
喘息の治療または予防は、例えば、症状の重症度の緩和、または患者にとって問題である増悪の頻度もしくはトリガーの範囲の低減を指し得る。
−乾癬
乾癬は、慢性炎症性皮膚疾患である。ＨＤＡＣ１の過剰発現は、乾癬の患者の皮膚生検で報告されており（Ｔｏｖａｒ−Ｃａｓｔｉｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，２００７，Ｉｎｔ Ｊ Ｄｅｒｍａｔｏｌ，４６，２３９−４６）、ＨＤＡＣ阻害剤は、Ｆｏｘｐ３＋ＴｒｅｇのＦｏｘｐ３−ＲＯＲγｔ＋ＩＬ−１７／Ｔｒｅｇ（乾癬疾患進行に関連する変化）への変換を遮断することが示されている（Ｂｏｖｅｎｓｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｊ Ｉｎｖｅｓｔ Ｄｅｒｍａｔｏｌ，１３１，１８５３−６０）。したがって、本発明の組成物は、対象の乾癬を治療または予防するために有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、乾癬の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、乾癬の治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、乾癬を有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
−全身性エリテマトーデス
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）は、自己免疫疾患である。ＨＤＡＣ阻害は、ＳＬＥの細胞培養及びマウスモデルに関する研究に基づいてＳＬＥを治療するための有望な治療アプローチであると考えられる（Ｒｅｉｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｍｏｌ Ｍｅｄ，１７（５−６），４１７−４２５）。したがって、本発明の組成物は、対象の全身性エリテマトーデスを治療または予防するために有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、ＳＬＥの治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＳＬＥの治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＳＬＥを有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
−同種移植片拒絶
同種移植片拒絶は、移植された組織がレシピエントの免疫系によって拒絶されるときに生じる。マウス心臓移植に関する研究は、ＨＤＡＣ阻害が移植片内ヒストン３アセチル化を増加させ、Ｆｏｘｐ３タンパク質（免疫応答の制御に関与するフォークヘッド転写ファミリーメンバー）の移植片内レベルの増加、組織構造の維持、及び対照と比較した慢性拒絶の紅斑の欠如と関連付けられることを示している（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，１−８）。したがって、本発明の組成物は、対象の同種移植片拒絶を治療または予防するために有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、同種移植片拒絶の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、同種移植片拒絶の治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、同種移植片拒絶を有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
−糖尿病
糖尿病は、低レベルのインスリン及び／または末梢インスリン抵抗性が高血糖をもたらす疾患の群である。ＨＤＡＣ阻害は、Ｐｄｘ１の脱抑制（Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１１８，２３１６−２４）、転写因子Ｎｇｎ３の発現を増強して内分泌前駆細胞のプールを増大すること（Ｈａｕｍａｉｔｒｅ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，２８，６３７３−８３）、ならびにインスリン発現を増強すること（Ｍｏｌｓｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２７８，１９６６０−６）などを含む様々な機構によって糖尿病を治療することが提案されている。ＨＤＡＣ阻害はまた、糖尿病性腎症及び網膜虚血などの後期糖尿病合併症の有望な治療でもある（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｍｏｌ Ｍｅｄ，１７（５−６），３７０−３９０）。したがって、本発明の組成物は、対象の糖尿病を治療または予防するために有用であり得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、糖尿病の治療または予防に使用するためのものである。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、Ｉ型糖尿病の治療または予防に使用するためのものである。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、ＩＩ型糖尿病の治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、糖尿病の治療または予防に使用するためのものであり、該治療または予防は、ＨＤＡＣ活性化を低減または予防することによって達成される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、糖尿病を有する患者の治療に使用するためのものであり、患者は、上昇したＨＤＡＣレベルまたは活性を有する。
−移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）
本発明の組成物は、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の治療または予防に使用することができる。ＧＶＨＤは、同種異系組織を対象に移植した後の医学的合併症である。ＧＶＨＤは、一般に、幹細胞または骨髄移植または固形臓器移植後に、特に移植片（すなわち、ドナー）及び宿主（すなわち、レシピエント）の遺伝的背景が異なる場合に生じる。
ＧＶＨＤの病態生理学は、３つの異なる段階を含む。まず、樹状細胞（ＤＣ）などの宿主抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、移植された組織を異物として認識した後に活性化される。ＡＰＣ活性化は、従来の細胞傷害性Ｔ細胞等のエフェクター免疫細胞の動員及び活性化に先行し、これは外来組織の破壊または拒絶につながる。
ＨＤＡＣ阻害は、ＧＶＨＤの治療または予防に有用な強力な多剤性抗炎症作用を媒介することが示されている。ＨＤＡＣ阻害は、ＧＶＨＤ病態生理学的カスケードの複数の点で阻害し得る。例えば、ＨＤＡＣ阻害は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼの発現をＳＴＡＴ−３依存的な方法で増強することによって、インビボでの同種異系組織に対する抗原提示細胞及び樹状細胞の活性化を予防する［２５］。また、ＳＴＡＴ−１活性のＨＤＡＣ阻害は、ＧＶＨＤの治療または予防に有益であることも示されている［２６］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＡＰＣ活性化を阻害することによってＧＶＨＤの治療または予防に使用され得る。
ＨＤＡＣ阻害はまた、インビボでＴｒｅｇ細胞集団及び活性を拡大することも示されている［２７］。Ｔｒｅｇ細胞活性のＨＤＡＣ阻害媒介性上方調節は、ＧＶＨＤ病態生理学的カスケードの第２相を抑制することによって、ＧＶＨＤの治療または予防に有用であり得る従来の細胞傷害性Ｔ細胞活性を抑制することが示されている。特定の実施形態では、本発明の組成物は、従来の細胞傷害性Ｔ細胞活性を低減させることによってＧＶＨＤの治療または予防に使用される。特定の実施形態では、本発明の組成物は、従来の細胞傷害性Ｔ細胞活性の低減に使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、Ｔｒｅｇ細胞活性を上方制御することによってＧＶＨＤの治療または予防に使用され得る。
ドナーＮＫ細胞は、宿主ＡＰＣを除去することによってＧＶＨＤを低減することが示されている。ＨＤＡＣ阻害は、ＮＫ細胞活性を増強することが示されている。したがって、本発明の組成物は、ＮＫ細胞活性を増加させるために使用することができ、ＡＰＣの除去を増強することによるＧＶＨＤの治療または予防に有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、宿主ＡＰＣの除去を増強することによるＧＶＨＤの治療または予防に使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＮＫ細胞活性を増強することによるＧＶＨＤの治療または予防に使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、宿主ＡＰＣのＮＫ細胞活性媒介性除去を増強することによるＧＶＨＤの治療または予防に使用され得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、宿主が移植を受けた後に投与され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、対象が移植を受ける前に宿主に投与され得る。移植を受ける前に本発明の組成物を投与することは、移植された組織に対して炎症性または自己免疫性応答を誘発しないように対象の免疫系をプライミングするのに有用であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＧＶＨＤの予防または発症を予防するために使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、予防的にＧＶＨＤの治療または予防に使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＧＶＨＤの予防に使用され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、対象における移植組織拒絶を予防する方法において使用され得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、急性ＧＶＨＤを治療、遅延、予防、または発症を予防するために有用であり得る。急性ＧＶＨＤの症状は、典型的には、移植の最初の１００日以内に現れる。急性ＧＶＨＤの遅延、治療、または予防は、移植手術の直後の対象の回復を助けるために特に有益であり得る。特定の実施形態では、組成物は、ＨＤＡＣ活性を阻害することによって、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。特定の実施形態では、組成物は、Ｔｒｅｇ細胞活性を上方制御することによって、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。組成物は、従来の細胞傷害性Ｔ細胞活性を阻害することにより、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。本発明の組成物は、ＮＫ細胞活性を増強することにより、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。本発明の組成物は、ＡＰＣ活性化を阻害することにより、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、移植後１００日以内に対象に投与される場合、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。特定の実施形態では、本発明の組成物は、対象に予防的に投与される場合、例えば、組成物が移植前に対象に投与される場合に、急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。特定の実施形態では、本発明の組成物は、移植後１００日を超えて発生または再発する急性ＧＶＨＤなどの持続性、遅発性または再発性の急性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、斑状丘疹状皮膚発疹、悪心、食欲不振、下痢、重度の腹痛、腸閉塞、及び胆汁うっ滞性高ビリルビン血症からなるリストから選択される急性ＧＶＨＤのうちの１または２以上の症状を治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、慢性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防するために有用であり得る。慢性ＧＶＨＤは、任意の臓器を伴うことができ、典型的には線維症によって特徴付けられる複雑な多システム障害である。慢性ＧＶＨＤは、急性ＧＶＨＤから進化し得るか、急性ＧＶＨＤの後の静止期間の後に出現し得るか、または新たに出現し得る。慢性ＧＶＨＤの症状は、移植後いつでも出現し得る。特定の実施形態では、組成物は、ＨＤＡＣ活性を阻害することによる慢性ＧＶＨＤを治療、予防、発症を予防、または発症を遅延するために有用であり得る。組成物は、Ｔｒｅｇ細胞活性を上方制御することによって、慢性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。組成物は、従来の細胞傷害性Ｔ細胞活性を阻害することにより、慢性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。本発明の組成物は、ＮＫ細胞活性を増強することにより、慢性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。本発明の組成物は、ＡＰＣ ＤＣ活性化を阻害することにより、慢性ＧＶＨＤを治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、幹細胞、骨髄、または固形臓器移植を近日中に受けている患者に投与するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、幹細胞、骨髄、または固形臓器移植を必要とする患者へ投与するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、色素沈着不全、新たに発症した脱毛症、多形皮膚萎縮症、地衣類の扁平上皮様の発疹または強膜の特徴、爪のジストロフィーまたは喪失、口内乾燥症、口内潰瘍（アフタ性口内炎など）、口腔内の地衣型特徴（苔癬硬化症など）、乾性角結膜炎、乾性症候群、瘢痕性結膜炎、筋膜炎、筋炎、関節硬化症、膣硬化症、潰瘍形成、食欲不振、体重減少、食道網、黄疸、経アミン炎、胸水、閉塞性細気管支炎、ネフローゼ症候群、心膜炎、血小板減少症、貧血、及び好中球減少症からなるリストから選択される慢性ＧＶＨＤのうちの１または２以上の症状を治療、発症を遅延、予防、または発症を予防することができる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＧＶＨＤの治療または予防のための１または２以上の薬理学的な薬剤と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態では、１または２以上の薬理学的な薬剤は、ＧＶＨＤの薬理学的な予防または治療のためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、１または２以上の該薬理学的な薬剤を受けている、受けた、または受けようとしている対象におけるＧＶＨＤの治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、１または２以上の薬理学的な薬剤は、スベロイルアニド、ボリスノスタット、ＩＴＦ２３５７シクロスポリン、シクロスポリン、シロリムス、ペントスタチン、リツキシマブ、イマチニブ、ミコフェノール酸モフェチル、タクロリムス、プレドニゾン、メトトレキサート、レメステムセル−Ｌ、及びプロキマールからなるリストから選択され、薬理学的な薬剤は、ＧＶＨＤの治療または予防のために治療有効量で投与される。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、体外光泳動を受けた、受けている、または受けようとしている対象におけるＧＶＨＤの治療に使用するためのものである。
がん
ＨＤＡＣの機能及び発現は、様々ながんで混乱しており、多くの場合、予後不良につながる。がんにおけるＨＤＡＣ機能は、細胞増殖及び腫瘍発生性表現型を促進する遺伝子の異常な発現または機能と関連付けられる。特定のがんにおいて、ＨＤＡＣは主にがんの発症を調節し、がん遺伝子として記載される。他のがんにおいて、腫瘍融合タンパク質は、細胞分化または細胞周期制御を調節する遺伝子の発現を抑制するためにクラスＩ ＨＤＡＣを動員し、細胞形質転換をもたらす。ＨＤＡＣ発現のノックダウンまたは阻害は、細胞周期停止、増殖の阻害、アポトーシス、分化及び老化、ならびに血管新生の破壊などの複数の抗がん効果を有することが示されている。したがって、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性を阻害することによって、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんの治療に有用であり得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性によって媒介されるがんの治療または予防に使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸直腸癌の治療または予防に使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物による治療は、腫瘍サイズの低減または腫瘍成長の低減をもたらす。特定の実施形態では、本発明の組成物は、腫瘍サイズの低減または腫瘍成長の低減に使用するためのものである。本発明の組成物は、腫瘍サイズまたは成長を低減させるのに有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、固形腫瘍を有する患者において使用するためのものである。特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療における血管新生の低減または予防に使用される。ＨＤＡＣによって調節される遺伝子は、血管新生において中心的な役割を有する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、転移を予防するのに使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、胃癌の治療または予防に使用するためのものである。ＨＤＡＣ２は、胃癌及び結腸直腸腫瘍形成の発症において機能的役割を果たすことが示されている［２８、２９］。結腸直腸癌のマウスモデルにおいて、ＨＤＡＣ２の阻害は、腫瘍発生の低減をもたらした。特定の実施形態では、ＨＤＡＣ２を選択的に阻害する本発明の組成物は、結腸直腸癌、特にＨＤＡＣ２活性によって媒介される結腸直腸癌の治療または予防に使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、乳癌の治療または予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、乳癌の治療に有効であり得、ＨＤＡＣは、乳癌において上方制御されることが示されている［３０］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、乳癌の治療における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、前立腺癌の治療または予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、ＨＤＡＣ活性が前立腺癌の発症において主要な役割を果たすため、前立腺癌の治療に有効であり得る［３１］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、前立腺癌の治療における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用するためのものである。特定の実施形態では、がんは、ホルモン難治性前立腺癌である。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、肺癌の治療または予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、肺癌の治療に有効であり得、ＨＤＡＣは、肺癌において上方制御されることが示されている［３２］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、肺癌の治療における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用するためのものである。好ましい実施形態では、がんは、肺癌である。好ましい実施形態では、組成物は、高レベルのＨＤＡＣ２の発現を有する肺癌の治療に使用するためのものである。特定の肺癌組織は、ＨＤＡＣ２を豊富に発現することが示されている。ＨＤＡＣ２の不活性化は、肺癌細胞の成長を抑制する。高レベルのＨＤＡＣ２活性は、ｐ５３活性を抑制することが示されている［３３］。活性ｐ５３は、細胞分裂を停止させ、最終的にアポトーシスの発症をもたらす。特定の実施形態では、ＨＤＡＣ２を阻害する本発明の組成物は、高レベルのＨＤＡＣ２活性を有する肺癌の治療に使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝臓癌の治療または予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、肝臓癌の治療に有効であり得、ＨＤＡＣは、肝臓癌において上方制御されることが示されている［３４］。特定の実施形態では、本発明の組成物は、肝臓癌の治療における腫瘍サイズの低減、腫瘍成長の低減、または血管新生の低減に使用するためのものである。好ましい実施形態では、がんは、肝腫（肝細胞癌）である。特定の実施形態では、がんは、低悪性度または早期腫瘍である。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、細胞種の治療または予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、細胞種を治療するために特に有効であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、非免疫原性癌の治療または予防に使用するためのものである。本発明の組成物は、非免疫原性癌の治療に有効であり得る。
さらなる実施形態では、本発明の組成物は、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹部神経膠腫、脳腫瘍、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉腫瘍、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖障害、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍、神経膠腫、小児視床下部性視路神経膠腫、ホジキンリンパ腫、黒色腫、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎細胞癌、喉頭癌、白血病、リンパ腫、中皮腫、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、咽頭癌、下垂体腺腫、形質細胞新生物、前立腺癌、腎細胞癌、網膜芽腫、肉腫、精巣癌、甲状腺癌、または子宮癌の治療または予防に使用するためのものである。
本発明の組成物は、さらなる治療薬と併用した場合に特に有効であり得る。本発明の組成物のＨＤＡＣ阻害効果は、より直接的な抗がん剤と組み合わせた場合に有効であり得る。したがって、特定の実施形態では、本発明は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株及び抗がん剤を含む組成物を提供する。好ましい実施形態では、抗がん剤は、免疫チェックポイント阻害剤、標的化抗体免疫療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞治療、腫瘍溶解性ウイルス、または細胞分裂阻害薬である。好ましい実施形態では、組成物は、Ｙｅｒｖｏｙ（イピリムマブ、ＢＭＳ）、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（ペムブロリズマブ、Ｍｅｒｃｋ）、Ｏｐｄｉｖｏ（ニボルマブ、ＢＭＳ）、ＭＥＤＩ４７３６（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トレメリムマブ（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）、ＢＭＳ−９８６０１５（リリルマブ、ＢＭＳ）、ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＳＢ−００１０７１８Ｃ（Ｍｅｒｃｋ）、ＰＦ−０５０８２５６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＭＥＤＩ６４６９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＢＭＳ−９８６０１６（ＢＭＳ）、ＢＭＳ−６６３５１３（ウレルマブ、ＢＭＳ）、ＩＭＰ３２１（Ｐｒｉｍａ Ｂｉｏｍｅｄ）、ＬＡＧ５２５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＲＧＸ−１１０（ａｒＧＥＮ−Ｘ）、ＰＦ−０５０８２４６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＣＤＸ−１１２７（バルリルマブ、ＣｅｌｌＤｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＴＲＸ−５１８（ＧＩＴＲ Ｉｎｃ．）、ＭＫ−４１６６（Ｍｅｒｃｋ）、ＪＴＸ−２０１１（Ｊｏｕｎｃｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＡＲＧＸ−１１５（ａｒＧＥＮ−Ｘ）、ＮＬＧ−９１８９（インドキシモド、ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＩＰＨ２２０１（Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／ＡＺ）、ＮＬＧ−９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、抗ＶＩＳＴＡ（ＪｎＪ）、エパカドスタット（Ｅｐａｃａｄｏｓｔａｔ）（ＩＮＣＢ２４３６０、Ｉｎｃｙｔｅ）、Ｆ００１２８７（Ｆｌｅｘｕｓ／ＢＭＳ）、ＣＰ ８７０８９３（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）、ＭＧＡ２７１（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｘ）、エマクツズマブ（Ｅｍａｃｔｕｚｕｍａｂ）（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ガルニセルチブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ウロクプルマブ（ＢＭＳ）、ＢＫＴ１４０／ＢＬ８０４０（Ｂｉｏｋｉｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、バビツキシマブ（Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＣＣ ９０００２（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、８５２Ａ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＶＴＸ−２３３７（ＶｅｎｔｉＲｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＩＭＯ−２０５５（Ｈｙｂｒｉｄｏｎ、Ｉｄｅｒａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＬＹ２１５７２９９（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＥＷ−７１９７（Ｅｗｈａ Ｗｏｍｅｎ’ｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｋｏｒｅａ）、ベムラフェニブ（Ｐｌｅｘｘｉｋｏｎ）、ダブラフェニブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＧＳＫ）、ＢＭＳ−７７７６０７（ＢＭＳ）、ＢＬＺ９４５（Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ−Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｒｅ）、Ｕｎｉｔｕｘｉｎ（ジヌツキシマブ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、Ｂｌｉｎｃｙｔｏ（ブリナツモマブ、Ａｍｇｅｎ）、Ｃｙｒａｍｚａ（ラムシルマブ、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、Ｇａｚｙｖａ（オビヌツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｂｉｏｇｅｎ）、Ｋａｄｃｙｌａ（アドトラスツズマブエムタンシン、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｐｅｒｊｅｔａ（ペルツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ａｄｃｅｔｒｉｓ（ブレンツキシマブベドチン、Ｔａｋｅｄａ／Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ）、Ａｒｚｅｒｒａ（オファツムマブ、ＧＳＫ）、Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（パニツムマブ、Ａｍｇｅｎ）、Ａｖａｓｔｉｎ（ベバシズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｅｒｂｉｔｕｘ（セツキシマブ、ＢＭＳ／Ｍｅｒｃｋ）、Ｂｅｘｘａｒ（トシツモマブ−Ｉ１３１、ＧＳＫ）、Ｚｅｖａｌｉｎ（イブリツモマブチウキセタン、Ｂｉｏｇｅｎ）、Ｃａｍｐａｔｈ（アレムツズマブ、Ｂａｙｅｒ）、Ｍｙｌｏｔａｒｇ（ゲムツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（トラスツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｒｉｔｕｘａｎ（リツキシマブ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ）、ボロシキシマブ（Ａｂｂｖｉｅ）、エナバツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＢＴ−４１４（Ａｂｂｖｉｅ）、エロツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ／ＢＭＳ）、ＡＬＸ−０１４１（Ａｂｌｙｎｘ）、オザラリズマブ（Ｏｚａｒａｌｉｚｕｍａｂ）（Ａｂｌｙｎｘ）、アクチマブ−Ｃ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、アクチマブ−Ｐ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、ミラツズマブ−ドクス（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、Ｅｍａｂ−ＳＮ−３８（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）、ナプツモマブエスタフェナトクス（Ａｃｔｉｖｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＡＦＭ１３（Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＦＭ１１（Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＧＳ−１６Ｃ３Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−１６Ｍ８Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−２２ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＧＳ−１５ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＧＳ−６７Ｅ（Ａｇｅｎｓｙｓ）、ＡＬＸＮ６０００（サマリズマブ、Ａｌｅｘｉｏｎ）、ＡＬＴ−８３６（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＡＬＴ−８０１（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＡＬＴ−８０３（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＡＭＧ７８０（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ２２８（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ８２０（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ１７２（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ５９５（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ１１０（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ２３２（アデカツムマブ、Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＧ２１１（Ａｍｇｅｎ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＢＡＹ２０−１０１１２（Ａｍｇｅｎ／Ｂａｙｅｒ）、リロツムマブ（Ａｍｇｅｎ）、デノスマブ（Ａｍｇｅｎ）、ＡＭＰ−５１４（Ａｍｇｅｎ）、ＭＥＤＩ５７５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ３６１７（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ６３８３（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ５５１（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、モキセツモマブパスドトクス（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ５６５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ０６３９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＭＥＤＩ５６２（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＡＶ−３８０（ＡＶＥＯ）、ＡＶ２０３（ＡＶＥＯ）、ＡＶ２９９（ＡＶＥＯ）、ＢＡＹ７９−４６２０（Ｂａｙｅｒ）、アネツマブラブタンシン（Ｂａｙｅｒ）、バンチクツマブ（Ｂａｙｅｒ）、ＢＡＹ９４−９３４３（Ｂａｙｅｒ）、シブロツズマブ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ）、ＢＩ−８３６８４５（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ）、Ｂ−７０１（ＢｉｏＣｌｉｎ）、ＢＩＩＢ０１５（Ｂｉｏｇｅｎ）、オビヌツズマブ（Ｂｉｏｇｅｎ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＢＩ−５０５（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）、ＢＩ−１２０６（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）、ＴＢ−４０３（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）、ＢＴ−０６２（Ｂｉｏｔｅｓｔ）ＢＩＬ−０１０ｔ（Ｂｉｏｓｃｅｐｔｒｅ）、ＭＤＸ−１２０３（ＢＭＳ）、ＭＤＸ−１２０４（ＢＭＳ）、ネシツムマブ（ＢＭＳ）、ＣＡＮ−４（Ｃａｎｔａｒｇｉａ ＡＢ）、ＣＤＸ−０１１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）、ＣＤＸ１４０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）、ＣＤＸ３０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）、Ｕ３−１５６５（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、パトリツマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、チガツズマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ニモツズマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＤＳ−８８９５（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＤＳ−８８７３（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＤＳ−５５７３（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、ＭＯＲａｂ−００４（Ｅｉｓａｉ）、ＭＯＲａｂ−００９（Ｅｉｓａｉ）、ＭＯＲａｂ−００３（Ｅｉｓａｉ）、ＭＯＲａｂ−０６６（Ｅｉｓａｉ）、ＬＹ３０１２２０７（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２８７５３５８（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２８１２１７６（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３０１２２１７（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２４９５６５５（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３０１２２１２（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３０１２２１１（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ３００９８０６（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、シクスツムマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、フランボツマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＩＭＣ−ＴＲ１（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ラムシルマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、タバルマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ザノリムマブ（Ｅｍｅｒｇｅｎｔ Ｂｉｏｓｏｌｕｔｉｏｎ）、ＦＧ−３０１９（ＦｉｂｒｏＧｅｎ）、ＦＰＡ００８（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＦＰ−１０３９（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＦＰＡ１４４（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、カツマキソマブ（Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＩＭＡＢ３６２（Ｇａｎｙｍｅｄ）、ＩＭＡＢ０２７（Ｇａｎｙｍｅｄ）、ＨｕＭａｘ−ＣＤ７４（Ｇｅｎｍａｂ）、ＨｕＭａｘ−ＴＦＡＤＣ（Ｇｅｎｍａｂ）、ＧＳ−５７４５（Ｇｉｌｅａｄ）、ＧＳ−６６２４（Ｇｉｌｅａｄ）、ＯＭＰ−２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＧＳＫ）、マパツムマブ（ＧＳＫ）、ＩＭＧＮ２８９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＧＮ９０１（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＧＮ８５３（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＧＮ５２９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）、ＩＭＭＵ−１３０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ミラツズマブ−ドクス（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１１５（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１０６（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＭＭＵ−１０２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、エプラツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、クリバツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＰＨ４１（Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ダラツムマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ／Ｇｅｎｍａｂ）、ＣＮＴＯ−９５（インテツムマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＣＮＴＯ−３２８（シルツキシマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＫＢ００４（ＫａｌｏＢｉｏｓ）、モガムリズマブ（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｉｒｒｉｎ）、ＫＷ−２８７１（エクロメキシマブ、Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ）、ソネプシズマブ（Ｌｐａｔｈ）、マルゲツキシマブ（Ｍａｒｇｅｔｕｘｉｍａｂ）（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、エノブリツズマブ（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＭＧＤ００６（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＭＧＦ００７（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＭＫ−０６４６（ダロツズマブ、Ｍｅｒｃｋ）、ＭＫ−３４７５（Ｍｅｒｃｋ）、Ｓｙｍ００４（Ｓｙｍｐｈｏｇｅｎ／Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ＤＩ１７Ｅ６（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ＭＯＲ２０８（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、ＭＯＲ２０２（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、Ｘｍａｂ５５７４（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、ＢＰＣ−１Ｃ（エンシツキシマブ、Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＴＡＳ２６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＬＦＡ１０２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＢＨＱ８８０（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）、ＱＧＥ０３１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＨＣＤ１２２（ルカツムマブ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＬＪＭ７１６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＴ３５５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＯＭＰ−２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＯｎｃｏＭｅｄ）、ＯＭＰ５２Ｍ５１（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）、ＯＭＰ−５９Ｒ５（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）、バンチクツマブ（Ｏｎｃｏｍｅｄ／Ｂａｙｅｒ）、ＣＭＣ−５４４（イノツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＦ−０３４４６９６２（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＦ−０４８５６８８４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＳＭＡ−ＡＤＣ（Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＲＥＧＮ１４００（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、ＲＥＧＮ９１０（ネスバクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）、ＲＥＧＮ４２１（エノチクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／





Ｓａｎｏｆｉ）、ＲＧ７２２１、ＲＧ７３５６、ＲＧ７１５５、ＲＧ７４４４、ＲＧ７１１６、ＲＧ７４５８、ＲＧ７５９８、ＲＧ７５９９、ＲＧ７６００、ＲＧ７６３６、ＲＧ７４５０、ＲＧ７５９３、ＲＧ７５９６、ＤＣＤＳ３４１０Ａ、ＲＧ７４１４（パルサツズマブ）、ＲＧ７１６０（イムガツズマブ）、ＲＧ７１５９（オビヌツズマブ）、ＲＧ７６８６、ＲＧ３６３８（オナルツズマブ）、ＲＧ７５９７（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＳＡＲ３０７７４６（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ５６６６５８（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ６５０９８４（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ１５３１９２（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ３４１９（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＡＲ２５６２１２（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＧＮ−ＬＩＶ１Ａ（リンツズマブ、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−ＣＤ３３Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−７５（ボルセツズマブマホドチン、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＧＮ−１９Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）ＳＧＮ−ＣＤ７０Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＳＥＡ−ＣＤ４０（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、イブリツモマブチウキセタン（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ）、ＭＬＮ０２６４（Ｔａｋｅｄａ）、ガニツマブ（Ｔａｋｅｄａ／Ａｍｇｅｎ）、ＣＥＰ−３７２５０（Ｔｅｖａ）、ＴＢ−４０３（Ｔｈｒｏｍｂｏｇｅｎｉｃ）、ＶＢ４−８４５（Ｖｉｖｅｎｔｉａ）、Ｘｍａｂ２５１２（Ｘｅｎｃｏｒ）、Ｘｍａｂ５５７４（Ｘｅｎｃｏｒ）、ニモツズマブ（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、カルルマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ）、ＮＹ−ＥＳＯ ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）、ＭＡＧＥ−Ａ−１０ ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）、ＣＴＬ０１９（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＪＣＡＲ０１５（Ｊｕｎｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＫＴＥ−Ｃ１９ ＣＡＲ（Ｋｉｔｅ Ｐｈａｒｍａ）、ＵＣＡＲＴ１９（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）、ＢＰＸ−４０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＢＰＸ−６０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＡＴＴＣＫ２０（Ｕｎｕｍ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＣＡＲ−ＮＫＧ２Ｄ（Ｃｅｌｙａｄ）、Ｏｎｙｘ−０１５（Ｏｎｙｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、Ｈ１０１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｓｕｎｗａｙｂｉｏ）、ＤＮＸ−２４０１（ＤＮＡｔｒｉｘ）、ＶＣＮ−０１（ＶＣＮ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、Ｃｏｌｏ−Ａｄ１（ＰｓｉＯｘｕｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＰｒｏｓｔＡｔａｋ（Ａｄｖａｎｔａｇｅｎｅ）、Ｏｎｃｏｓ−１０２（Ｏｎｃｏｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＣＧ００７０（Ｃｏｌｄ Ｇｅｎｅｓｙｓ）、Ｐｅｘａ−ｖａｃ（ＪＸ−５９４、Ｊｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＧＬ−ＯＮＣ１（Ｇｅｎｅｌｕｘ）、Ｔ−ＶＥＣ（Ａｍｇｅｎ）、Ｇ２０７（Ｍｅｄｉｇｅｎｅ）、ＨＦ１０（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ）、ＳＥＰＲＥＨＶＩＲ（ＨＳＶ１７１６，Ｖｉｒｔｔｕ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＯｒｉｅｎＸ０１０（ＯｒｉｅｎＧｅｎｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、Ｒｅｏｌｙｓｉｎ（Ｏｎｃｏｌｙｔｉｃｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＳＶＶ−００１（Ｎｅｏｔｒｏｐｉｘ）、Ｃａｃａｔａｋ（ＣＶＡ２１、Ｖｉｒａｌｙｔｉｃｓ）、Ａｌｉｍｔａ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、シスプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フォリン酸、メトトレキサート、シクロホスファミド、５−フルオロウラシル、Ｚｙｋａｄｉａ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、Ｔａｆｉｎｌａｒ（ＧＳＫ）、Ｘａｌｋｏｒｉ（Ｐｆｉｚｅｒ）、Ｉｒｅｓｓａ（ＡＺ）、Ｇｉｌｏｔｒｉｆ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、Ｔａｒｃｅｖａ（Ａｓｔｅｌｌａｓ Ｐｈａｒｍａ）、Ｈａｌａｖｅｎ（Ｅｉｓａｉ Ｐｈａｒｍａ）、ベリパリブ（Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＺＤ９２９１（ＡＺ）、アレクチニブ（Ｃｈｕｇａｉ）、ＬＤＫ３７８（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ガネテスピブ（Ｓｙｎｔａ Ｐｈａｒｍａ）、テルジェンプマツセル−Ｌ（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＧＶ１００１（Ｋａｅｌ−ＧｅｍＶａｘ）、チバンチニブ（ＡｒＱｕｌｅ）、サイトキサン（ＢＭＳ）、オンコビン（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、アドリアマイシン（Ｐｆｉｚｅｒ）、ゲムザール（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、Ｘｅｌｏｄａ（Ｒｏｃｈｅ）、Ｉｘｅｍｐｒａ（ＢＭＳ）、Ａｂｒａｘａｎｅ（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、Ｔｒｅｌｓｔａｒ（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍ）、Ｔａｘｏｔｅｒｅ（Ｓａｎｏｆｉ）、Ｎｅｘａｖａｒ（Ｂａｙｅｒ）、ＩＭＭＵ−１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、Ｅ７４４９（Ｅｉｓａｉ）、Ｔｈｅｒｍｏｄｏｘ（Ｃｅｌｓｉｏｎ）、Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（Ｅｘｅｌｌｘｉｓ）、Ｌｏｎｓｕｒｆ（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、Ｃａｍｐｔｏｓａｒ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＵＦＴ（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、及びＴＳ−１（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）からなる群から選択される抗がん剤を含む。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、がんの治療または予防におけるＧＰＲ１０９ａ遺伝子発現を誘導する方法において使用するためのものである。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、結腸直腸腺癌などの結腸直腸癌の治療に使用するためのものである。実施例で使用したＣａｃｏ−２細胞株は、結腸直腸腺癌細胞株であり、本発明の組成物は、かかる細胞に有用な効果を有することを示した。
特定の実施形態では、組成物は、転移性黒色腫、小細胞肺癌、または腺扁平上皮肺癌の治療または予防に使用するためのものである。実施例に示したＮＳＥに対する効果は、本発明の組成物が、これらのがんに対して特に有効であり得ることを示唆している。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、固有の抗酸化能力を示す。実際、抗酸化能力は、特に、がん発症に関連するそれらの種類のフリーラジカルが損傷することを回避することによって、がんの治療または予防に有用である。特定の実施形態では、本発明の組成物は、抗酸化能力を介してがんを治療または予防する。
投与の形態
好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株による腸への送達及び／または部分的もしくは完全なコロニー形成を可能にするために、胃腸管に投与される。概して、本発明の組成物は経口投与されるが、直腸、鼻腔内、または口腔もしくは舌下経路を介して投与され得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、発泡体、スプレー、またはゲルとして投与され得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、坐薬、例えば、肛門坐薬として、例えば、カカオ脂（ココアバター）、合成硬質脂肪（例えば、坐剤用基材、ウィテップゾール）、グリセロ−ゼラチン、ポリエチレングリコール、または石鹸グリセリン組成物の形態で投与され得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、チューブ、例えば、鼻腔栄養チューブ、経口胃チューブ、胃チューブ、経空腸チューブ（Ｊチューブ）、経皮的内視鏡下胃瘻造設術（ＰＥＧ）、またはポート、例えば、胃、空腸及び他の好適なアクセスポートへのアクセスを付与する胸壁ポートを介して胃腸管に投与される。
本発明の組成物は、１回投与され得るか、または治療レジメンの一部として連続して投与され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、毎日投与される。
本発明の特定の実施形態では、本発明による治療は、患者の腸微生物群の評価を伴う。本発明の株の送達及び／または部分的もしくは完全なコロニー形成が達成されず、有効性が観察されない場合、治療を繰り返すことができるか、または送達及び／または部分的もしくは完全なコロニー形成が成功し、有効性が観察される場合、治療を中止され得る。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、妊娠した動物、例えばヒトなどの哺乳動物に、子宮内及び／または生まれた後の小児において発症する炎症性または自己免疫疾患を予防するために投与され得る。
本発明の組成物は、ヒストン脱アセチル化酵素活性を媒介する疾患もしくは状態と診断されているか、またはヒストン脱アセチル化酵素活性によって媒介される疾患もしくは状態のリスクがあると特定されている患者に投与され得る。組成物は、健康な患者において、ヒストン脱アセチル化酵素活性によって媒介される疾患または状態の発症を予防するための予防措置として投与され得る。
本発明の組成物は、異常な腸微生物群を有すると特定されている患者に投与され得る。例えば、患者は、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、特にＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓによるコロニー形成が低減しているか、または存在しない可能性がある。
本発明の組成物は、食品、例えば栄養補助食品として投与され得る。
概して、本発明の組成物は、ヒトの治療のためのものであるが、それらは、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマ、またはウサギなどの単胃哺乳動物を含む動物を治療するために使用され得る。本発明の組成物は、動物の成長及び性能を増強するために有用であり得る。動物に投与される場合、経口胃管栄養法が使用され得る。
組成物
概して、本発明の組成物は、細菌を含む。本発明の好ましい実施形態では、組成物は、凍結乾燥形態で製剤化される。例えば、本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒またはゼラチンカプセル、例えば、硬質ゼラチンカプセルを含み得る。
好ましくは、本発明の組成物は、凍結乾燥細菌を含む。細菌の凍結乾燥は、確立された手順であり、関連するガイダンスは、例えば、参考文献［３５、３７］で入手可能である。
あるいは、本発明の組成物は、生きている、活性な細菌培養物を含み得る。
好ましい実施形態では、本発明の組成物は、腸への細菌株の送達を可能にするようにカプセル化されている。カプセル化は、目標箇所に送達するまで、例えば、ｐＨの変化によって引き起こされる場合がある化学的または物理的刺激、例えば、圧力、酵素活性または物理的崩壊による破断を通しての劣化から組成物を保護する。任意の適切なカプセル化方法が使用され得る。例示的なカプセル化技術として、多孔質マトリックス内への取り込み、固体担体表面への付着または吸着、凝集によるまたは架橋剤を用いた自己会合、及び微多孔膜またはマイクロカプセルの後の機械的拘束が含まれる。本発明の組成物を調製するのに有用であり得るカプセル化についてのガイダンスは、例えば、参照文献［３８］及び［３９］において入手可能である。
組成物は、経口で投与され得、錠剤、カプセルまたは粉末の形態であり得る。Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａは嫌気性であるため、カプセル化された製品が好ましい。他の成分（例えば、ビタミンＣなど）は、インビボでの送達及び／または部分的もしくは完全なコロニー形成ならびに生存を改善するために、酸素除去剤及びプレバイオティック基質として含まれ得る。あるいは、本発明のプロバイオティック組成物は、食品もしくは栄養製品、例えば、ミルクもしくはホエイベースの発酵乳製品として、または医薬製品として経口で投与され得る。
組成物は、プロバイオティックとして製剤化され得る。
本発明の組成物は、治療有効量の本発明の細菌株を含む。治療有効量の細菌株は、患者への有益な効果を発揮するのに十分である。治療有効量の細菌株は、患者の腸への送達及び／または部分的もしくは完全なコロニー形成をもたらすのに十分であり得る。
例えば、ヒト成人への細菌の好適な１日用量は、約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位（ＣＦＵ）、例えば、約１×１０７〜約１×１０１０ＣＦＵ、別の例において、約１×１０６〜約１×１０１０ＣＦＵ、別の例において、約１×１０７〜約１×１０１１ＣＦＵ、別の例において、約１×１０８〜約１×１０１０ＣＦＵ、別の例において、約１×１０８〜約１×１０１１ＣＦＵであり得る。
特定の実施形態では、細菌の用量は、少なくとも１０９個の細胞／日、例えば、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、または少なくとも１０１２個の細胞／日である。
特定の実施形態では、組成物は、組成物の重量に対して約１×１０６〜約１×１０１１ＣＦＵ／ｇ、例えば約１×１０８〜約１×１０１０ＣＦＵ／ｇの量で細菌株を含有する。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ、及び１０ｇであり得る。
特定の実施形態では、本発明は、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラム当たり約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位である、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、５００ｍｇ〜１０００ｍｇ、６００ｍｇ〜９００ｍｇ、７００ｍｇ〜８００ｍｇ、５００ｍｇ〜７５０ｍｇ、または７５０ｍｇ〜１０００ｍｇの用量で組成物を投与する、上記の薬学的組成物を提供する。特定の実施形態では、本発明は、５００ｍｇ〜１０００ｍｇ、６００ｍｇ〜９００ｍｇ、７００ｍｇ〜８００ｍｇ、５００ｍｇ〜７５０ｍｇ、または７５０ｍｇ〜１０００ｍｇの用量で医薬組成物中の凍結乾燥した細菌を投与する、上記の薬学的組成物を提供する。
典型的には、プロバイオティック、例えば本発明の組成物は、少なくとも１つの好適なプレバイオティック化合物と任意に組み合わされる。プレバイオティック化合物は、通常、上部消化管において分解または吸収されない、非消化性炭水化物、例えば、オリゴ−もしくは多糖、または糖アルコールである。公知のプレバイオティックとして、市販品、例えば、イヌリン及びトランスガラクト−オリゴ糖が含まれる。
特定の実施形態では、本発明のプロバイオティック組成物は、組成物の合計重量に対して約１〜約３０重量％（例えば、５〜２０重量％）の量でプレバイオティック化合物を含む。炭水化物は、フラクト−オリゴ糖（またはＦＯＳ）、短鎖フラクト−オリゴ糖、インスリン、イソマルト−オリゴ糖、ペクチン、キシロ−オリゴ糖（またはＸＯＳ）、キトサン−オリゴ糖（またはＣＯＳ）、β−グルカン、アラビアガム変性及び耐性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ−タガトース、アカシアファイバ、イナゴマメ、オート麦、ならびにシトラスファイバからなる群から選択され得る。一態様では、プレバイオティックは、短鎖フラクト−オリゴ糖（簡潔のために、以下本明細書においてＦＯＳｓ−ｃ．ｃと示す）であり；前述のＦＯＳｓ−ｃ．ｃ．は消化性炭水化物ではなく、テンサイ糖の転換によって一般に得られ、３つのグルコース分子が結合しているサッカロース分子を含む。
本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤または担体を含み得る。かかる好適な賦形剤の例は、参照文献［４０］において見出され得る。治療的使用のための許容される担体または希釈剤は、製薬技術分野で周知であり、例えば、参照文献［４１］に記載される。好適な担体の例としては、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが含まれる。好適な希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール及び水が含まれる。薬学的担体、賦形剤、または希釈剤の選択は、意図する投与経路及び標準的な薬学的実践に関して選択することができる。薬学的組成物は、担体、賦形剤または希釈剤として、またはこれに加えて、いずれの好適な結合剤（複数可）、潤滑剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、可溶化剤（複数可）を含み得る。好適な結合剤の例としては、デンプン、ゼラチン、天然糖、例えば、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、天然及び合成ガム、例えば、アカシア、トラガカントまたはアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースならびにポリエチレングリコールが含まれる。好適な潤滑剤の例としては、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが含まれる。防腐剤、安定剤、染料、及び均一な香味剤が、薬学的組成物中に提供され得る。防腐剤の例としては、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、システイン、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルが含まれる。抗酸化剤及び懸濁剤も使用され得る。
本発明の組成物は、食品として製剤化され得る。例えば、食品は、栄養補助食品などの本発明の治療効果に加えて栄養学的利益を提供し得る。同様に、食品は、薬学的組成物よりも一般的な食品アイテムとより類似することによって、本発明の組成物の味を増強するために、または組成物をより消費に魅力的にするために製剤化され得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ミルクベースの製品として製剤化される。用語「ミルクベースの製品」は、変動する脂肪分を有する、いずれの液体または半固体のミルク−またはホエイベースの製品も意味する。ミルクベースの製品は、例えば、ウシのミルク、ヤギのミルク、ヒツジのミルク、スキムミルク、ホールミルク、いずれの処理もしていない粉ミルク及びホエイからの還元ミルク、または加工品、例えば、ヨーグルト、凝固したミルク、カード、酸乳、酸全乳、バターミルク及び他の酸乳製品であり得る。別の重要な群としては、ミルク飲料、例えば、ホエイ飲料、発酵乳、コンデンスミルク、乳幼児ミルク；フレーバーミルク、アイスクリーム；ミルク含有食品、例えば、スイーツが含まれる。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、単一細菌株または種を含有し、いずれの他の細菌株または種を含有しない。かかる組成物は、最小限または生物学的に関連のない量の他の細菌株または種のみを含み得る。かかる組成物は、他の生物種を実質的に含まない培養物であり得る。
本発明による使用のための組成物は、販売承認を必要としてもしなくてもよい。
いくつかの事例では、凍結乾燥細菌株は、投与前に再構成される。いくつかの事例では、再構成は、本明細書に記載される希釈剤の使用によるものである。
本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含むことができる。
特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む薬学的組成物を提供し、細菌株は、それを必要とする対象に投与されるときに障害を治療するのに十分な量であり、障害は、クローン病または潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患、前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、または胃癌などのがんからなる群から選択される。
特定の実施形態では、本発明は、本発明の細菌株、及び薬学的に許容される賦形剤、担体、または希釈剤を含む、薬学的組成物であって、細菌株が、ＨＤＡＣによって媒介される疾患または状態の治療または予防に十分な量である、薬学的組成物を提供する。好ましい実施形態では、該疾患または状態は、喘息、関節炎、乾癬、糖尿病、同種移植片拒絶、移植片対宿主病、またはクローン病もしくは潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患などの炎症性もしくは自己免疫性疾患、または前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、もしくは胃癌などのがんからなる群から選択される。
特定の実施形態では、本発明は、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラム当たり約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位である、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、組成物は、１ｇ、３ｇ、５ｇ、または１０ｇの用量で投与される、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、組成物は、経口、直腸、皮下、鼻、口腔、及び舌下からなる群から選択される方法によって投与される、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、及びソルビトールからなる群から選択される担体を含む、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、エタノール、グリセロール、及び水からなる群から選択される希釈剤を含む、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、防腐剤、抗酸化剤、及び安定剤のうちの少なくとも１つをさらに含む、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群から選択される防腐剤を含む、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態において、本発明は、該細菌株が凍結乾燥されている、上記の薬学的組成物を提供する。
特定の実施形態では、本発明は、組成物が約４℃または約２５℃で密閉容器に貯蔵されて容器が５０％の相対湿度を有する雰囲気に置かれているとき、コロニー形成単位で測定される細菌株の少なくとも８０％が、少なくとも約１ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、１年、１．５年、２年、２．５年または３年の期間の後に残存している、上記の薬学的組成物を提供する。
培養する方法
本発明において使用される細菌株は、例えば、参考文献［４２、４４］に詳述されている標準の微生物学的技術を使用して培養され得る。
培養に使用される固体または液体培地は、ＹＣＦＡ寒天またはＹＣＦＡ培地であり得る。ＹＣＦＡ培地として（１００ｍｌ当たりの近似値）：Ｃａｓｉｔｏｎｅ（１．０ｇ）、酵母エキス（０．２５ｇ）、ＮａＨＣＯ３（０．４ｇ）、システイン（０．１ｇ）、Ｋ２ＨＰＯ４（０．０４５ｇ）、ＫＨ２ＰＯ４（０．０４５ｇ）、ＮａＣｌ（０．０９ｇ）、（ＮＨ４）２ＳＯ４（０．０９ｇ）、ＭｇＳＯ４・７Ｈ２Ｏ（０．００９ｇ）、ＣａＣｌ２（０．００９ｇ）、レザズリン（０．１ｍｇ）、ヘミン（１ｍｇ）、ビオチン（１μｇ）、コバラミン（１μｇ）、ｐ−アミノ安息香酸（３μｇ）、葉酸（５μｇ）、及びピリドキサミン（１５μｇ）を含み得る。
ワクチン組成物に使用するための細菌株
本発明者らは、本発明の細菌株が、ＨＤＡＣによって媒介される疾患または状態の治療または予防に有用であることを特定している。これは、本発明の細菌株が宿主免疫系に対して有する効果の結果である可能性が高い。したがって、本発明の組成物は、ワクチン組成物として投与される場合、ＨＤＡＣによって媒介される疾患または状態の予防にも有用であり得る。特定のかかる実施形態では、本発明の細菌株は、殺傷、不活性化、または弱毒化され得る。特定のかかる実施形態では、組成物は、ワクチンアジュバントを含み得る。特定の実施形態では、組成物は、注入を介して、例えば、皮下注入を介して投与される。
総則
本発明の実施は、別途示さない限り、当業者の範囲内の、化学、生化学、分子生物、免疫学、及び薬理学の従来の方法を用いる。かかる技術は、文献において完全に説明されている。例えば、参照文献［４５］及び［４６、５２］などを参照されたい。
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えば、組成物がＸを「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、Ｘから排他的になってもよく、またはさらなる何か、例えば、Ｘ＋Ｙを含んでいてもよい。
数値ｘに関係する用語「約」は、任意であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。
語「実質的に」は、「完全に」を排除せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてよい。必要に応じて、語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてよい。
２つのヌクレオチド配列間の百分率の配列同一性への言及は、整列している場合、ヌクレオチドの百分率が、２つの配列を比較したときに同じであることを意味する。このアラインメント及びパーセント相同性または配列同一性は、当該技術分野において公知のソフトウェアプログラム、例えば、参照文献［５３］のセクション７．７．１８に記載されているものを使用して決定され得る。好ましいアラインメントは、１２のギャップオープンペナルティ及び２のギャップエクステンションペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスによるアフィンギャップ検索を使用してＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参照文献［５４］に開示されている。
特に記述されていない限り、多数のステップを含むプロセスまたは方法は、方法の開始及び終了時にさらなるステップを含んでいてよく、またはさらなる介在するステップを含んでいてよい。また、ステップは、適切な場合、組み合わされ、省略され、または代替の順序で実施されてよい。
本発明の様々な実施形態は本明細書に記載される。各実施形態では特定されている特徴は、他の特定されている特徴と組み合わされて、さらなる実施形態を付与してよいことが理解されよう。特に、好適な、典型的なまたは好ましいとして本明細書において強調されている実施形態は、互いに組み合わされてよい（これらが互いに排他的であるときを除く）。
本発明を実施するための形態
実施例１−ヒストン脱アセチル化酵素活性に対する細菌の有効性
概要
本発明による細菌株を含む組成物がヒストン脱アセチル化酵素活性を変化させる能力を調査した。ヒストン脱アセチル化酵素の調節異常は、炎症性及び自己免疫性障害ならびにがんに関連する病因に関与している。
材料及び方法
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
細胞株ＨＴ−２９を使用したのは、ヒストン脱アセチル化酵素が存在するからである。
方法
定常期細菌培養の無細胞上清を、遠心分離、及び０．２２ｕＭのフィルターの濾過によって単離した。ＨＴ−２９細胞をコンフルエンスの３日後に使用し、実験を開始する２４時間前に１ｍＬのＤＴＳにステップダウンした。ＨＴ−２９細胞を、ＤＴＳで希釈した１０％の無細胞上清でチャレンジし、これを放置して、４８時間インキュベートした。その後、ヌクレアーゼタンパク質を、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈヌクレアーゼ抽出キットを用いて抽出し、ＨＤＡＣ活性測定前に試料を急速凍結した。ＨＤＡＣ活性は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＫ）キットを用いて蛍光分析的に評価した。
結果
実験の結果を図１Ａに示す。図１Ａは、ＭＲｘ００２９が、ヒストン脱アセチル化酵素活性のレベルを減少させることができることを示す。
実施例２−ヒストン脱アセチル化酵素活性に対する細菌のさらなる有効性の分析
導入
本発明者らは、ＨＤＡＣ阻害に対するＭＲＸ００２９及びその代謝産物の有効性の調査を試みた。
材料及び方法
細菌培養及び無細胞上清回収
ＭＲＸ００２９細菌の純粋な培養物を、それらの定常成長期に到達するまで、ＹＣＦＡ培養液中で嫌気的に増殖させた。培養を５，０００×ｇで５分間遠心分離し、０．２μＭのフィルター（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ＵＫ）を用いて、無細胞上清（ＣＦＳ）を濾過した。ＣＦＳの１ｍＬのアリコートを、使用するまで−８０℃で保存した。酪酸ナトリウム、ヘキサン酸、及び吉草酸は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＫ）から入手し、懸濁液をＹＣＦＡ培養液中で調製した。
細菌上清のＳＣＦＡ及びＭＣＦＡ定量化
細菌上清由来の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）を、以下のように分析し、ＭＳ Ｏｍｉｃｓ ＡＰＳによって定量化した。塩酸を用いて試料を酸性化し、重水素標識内部標準を添加した。すべての試料は、無作為順序で分析した。四重極検出器（５９９７７Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）と連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）中に設置された高極性カラム（Ｚｅｂｒｏｎ（商標）ＺＢ−ＦＦＡＰ，ＧＣ Ｃａｐ．Ｃｏｌｕｍｎ ３０ｍ×０．２５ｍｍ×０．２５μｍ）を用いて、分析を行った。ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）によってシステムを制御した。生データを、Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、ｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、データをインポートし、Ｊｏｈｎｓｅｎ，２０１７，Ｊ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ａ，１５０３，５７−６４に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
特異的ＨＤＡＣ活性分析
特異的ＨＤＡＣ阻害活性を、ＨＤＡＣの型ごとの蛍光発生アッセイキット（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，ＣＡ）を用いて、ＨＤＡＣ１、２、３、４、５、６、９について分析した。アッセイは、製造者の指示に従って実施し、各試料は、繰り返し行った。無細胞上清を１／１０に希釈し、キットに提供された特異的ＨＤＡＣタンパク質に暴露し、方法間の一貫性を維持した。
結果
ＭＲｘ００２９は、ＨＤＡＣ阻害代謝物である酪酸及び吉草酸を産生する
ＭＲｘ００２９上清は、強力なＨＤＡＣ阻害を示し、平均濃度５．０８ｍＭ及び１．６０ｍＭで吉草酸及びヘキサン酸を産生することを見出した（図１６ Ａ及びＣ）（図１Ｃ）。
どの代謝産物が株誘発ＨＤＡＣ阻害の役割を担ったかを調査するため、異なる濃度のヘキサン酸、吉草酸及び酪酸ナトリウムを、ＨＴ−２９総細胞及びＨＴ−２９細胞溶解物上のそれらのＨＤＡＣ阻害について測定した。図１Ｂの結果は、総細胞及び細胞溶解物上で酪酸ナトリウムによるＨＤＡＣ活性の有意な（Ｐ＜０．０５）阻害を示す一方、ヘキサン酸は、大きな阻害活性を示した。吉草酸は総ＨＤＡＣ活性を阻害した（＊（ｐ＜０．０５）、＊＊（ｐ＜０．００５）、＊＊＊（Ｐ＜０．００１）、＊＊＊＊（ｐ＜０．０００１））。
調査した強力な総ＨＤＡＣ阻害剤は、クラスＩ ＨＤＡＣを標的とする。
試験細菌株の特異的ＨＤＡＣ阻害プロファイルを調査した。特異的ＨＤＡＣ阻害アッセイ（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，ＣＡ）を、クラスＩ ＨＤＡＣに対して実施した。ＨＤＡＣ酵素を阻害する細菌株の能力を分析した。結果（図２）は、ＭＲＸ００２９がクラス１ ＨＤＡＣ酵素（ＨＤＡＣ１、２及び３）、特にＨＤＡＣ２の強力な阻害剤であることを示す。
考察
ＨＤＡＣ阻害活性を有する株は、相当量の吉草酸及びヘキサン酸、ならびに相当量の酪酸ナトリウムを産生した（図１Ｃ）。純粋な物質として試験した場合、吉草酸及び酪酸ナトリウムは、有意なＨＤＡＣ阻害をもたらした（図１Ｂ及び２）（ｐ＜０．０００１）。
興味深いことに、特異的ＨＤＡＣ活性の結果は、試験株が、クラスＩ ＨＤＡＣ、特に、ＨＤＡＣ２の強力な阻害剤であることを示す（図２）。クラスＩ ＨＤＡＣ（ＨＤＡＣ１、２、３及び８）は、核に存在し、いくつかのヒト細胞型で遍在的に発現される。ＨＤＡＣ１〜３は、５０％超の相同性を共有するが、別個の構造及び細胞機能を有する［５５］。ＨＤＡＣ１〜３は、細胞生存、増殖、及び分化に主に関与するため、それらの阻害は、幅広い疾患に有用であり得る［５６、５７、５８、５９、６０］。これらのデータは、本発明の組成物が、ＨＤＡＣによって媒介される疾患の治療に有用であり得ることを示す。
実施例３−ＩＬ−６分泌を低減するための細菌接種の有効性。
概要
炎症性サイトカインの活性化は、炎症性疾患の損傷に関連している。リポ多糖（ＬＰＳ）は、炎症促進性サイトカインＩＬ−６の既知の刺激因子である。ヒト神経膠芽腫星状細胞腫細胞を、ＬＰＳと組み合わせて本発明による細菌株を含む組成物で処理して、ＩＬ−６のレベルを調節するそれらの能力を観察した。
材料及び方法
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ＭＧ Ｕ３７３は、悪性腫瘍由来のヒト膠芽腫星状細胞腫であり、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（カタログ番号０８０６１９０１−１ＶＬ）から購入した。ＭＧ Ｕ３７３ヒト膠芽腫星状細胞腫細胞を、１０％のＦＢＳ、１％のＰｅｎ Ｓｔｒｅｐ、４ｍＭのＬ−Ｇｌｕｔ、１×ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液、及び１×ピルビン酸ナトリウムを補充したＭＥＭ（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｍ−２２７９）中で増殖させた。
方法
増殖させた後、ＭＧ Ｕ３７３細胞を、１００，０００個の細胞／ウェルで２４ウェルプレートに播種した。細胞を、ＬＰＳ（１ｕｇ／ｍＬ）のみ、またはＭＲｘ００２９由来の１０％の細菌上清と共に２４時間処理した。細胞を未処理培地中でインキュベートした対照も実施した。その後、無細胞上清を収集し、１０，０００ｇで、４℃で３分間遠心分離した。ＩＬ−６を、製造元の指示に従って、Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ（カタログ番号９００−Ｋ１６）のヒトＩＬ−６ ＥＬＩＳＡキットを使用して測定した。
結果
これらの実験の結果を図３に示す。ＬＰＳ及び細菌株を用いた細胞の処理は、分泌されるＩＬ−６のレベルの低減をもたらした。
実施例４−ＮＦ−κＢ活性化を低減するための細菌接種の有効性
概要
ＮＦ−κＢプロモーターの活性化は、ＩＬ−１β、ＩＬ−１α、ＩＬ−１８、ＴＮＦα、及びＩＬ−６を含む炎症促進性サイトカインの産生をもたらす。ＮＦ−κＢプロモーターは、ＴＬＲ４リガンドを刺激することによってα−シノヌクレイン及びＬＰＳによって活性化され得る。ＮＦ−κＢプロモーターの活性化を阻害する本発明による細菌株を含む組成物の能力を調査した。
材料及び方法
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
細胞株
ヒトＨＥＫブルーＴＬＲ４は、ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ（カタログ番号ｈｋｂ−ｈｔｌｒ４）から購入した。ヒトＨＥＫブルーＴＬＲ ４を、１０％のＦＢＳ、１％のＰｅｎ Ｓｔｒｅｐ、４ｍＭのＬ−Ｇｌｕｔ、ノルモシン、及び１Ｘ ＨＥＫＢｌｕｅ選択溶液を補充したＤＭＥＭ高グルコース（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｄ−６１７１）中で増殖させた。
方法
増殖させた後、ヒトＨＥＫブルー細胞を、９６ウェルプレートに２５，０００細胞／ウェルで４回繰り返して播種した。細胞を、ＬＰＳ（１０ｎｇ／ｍＬ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ ｓｅｒｏｔｙｐｅ Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｌ６１４３）のみ、またはＭＲｘ００２９由来の１０％の細菌上清と共に２２時間処理した。その後、細胞をスピンダウンし、２０ｕｌの上清を２００ｕｌのＱｕａｎｔｉ Ｂｌｕｅ試薬（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ、カタログ番号ｒｅｐ−ｑｂ２）と混合し、２時間インキュベートし、６５５ｎｍで吸光度読み取りを行った。
結果
これらの実験の結果を図４に示す。図４は、ＬＰＳによるＮＦκＢプロモーターの活性化がＭＲｘ００２９によって阻害されることを示す。
実施例５−酸化能力を変化させる細菌接種の有効性
概要
本発明による細菌株を含む組成物が抗酸化能力を変化させる能力。既知のＡＢＴＳ（２，２’−アジノ−ビス（３−エチルベンゾチアゾリン−６−スルホン酸））アッセイを使用して、細菌株の抗酸化能力を確立した。
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
細菌細胞（１０６個以上）を回収し、遠心分離した。それらをアッセイ緩衝液中に再懸濁した（ペレット体積の３倍を使用する）。懸濁液を氷上で５分間超音波処理し、次いで１２，０００×ｇで１０分間スピンダウンした。上清を除去し、製造元の指示に従って、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈによって製造されたＡＢＴＳアッセイキット（コードＣＳ０７９０）を使用して測定した。
結果
これらの実験の結果を図６に示す。図６は、ＭＲｘ００２９が、Ｔｒｏｌｏｘと比較しておよそ２ｍＭの抗酸化能力を有することを示す。
実施例６−脂質過酸化レベルを変化させる細菌接種の有効性
概要
本発明による細菌株を含む組成物が脂質過酸化レベルを変化させる能力を調査した。チオバルビツール酸反応性物質アッセイ（ＴＢＡＲ）を使用して、脂質過酸化の副産物を測定した。
材料及び方法
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
方法
細菌細胞（１０６個以上）を回収して遠心分離し、ペレットを塩化カリウムアッセイバッファーに再懸濁させる前に等張生理食塩水で洗浄ステップを行った。懸濁液を氷上で１０分間超音波処理し、次いで１０，０００×ｇで１０分間スピンダウンした。上清を除去し、脂質過酸化のレベルをチオバルビツール酸反応性物質アッセイを使用して評価した。
結果
実験の結果を図６に示す。図６は、ＭＲｘ０２９が、陽性対照のブチル化ヒドロキシトルエン（１％ｗ／ｖ）よりも高い抗酸化能力である約２０％の脂質過酸化を阻害できることを示す。
実施例７−細菌中のインドール産生レベル
概要
本発明の細菌がインドールを産生する能力を調査した。インドールは、炎症及び酸化ストレスの軽減に関与している。
材料及び方法
細菌株
Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９
ＡＴＣＣ １１７７５はインドールを産生することが知られている細菌参照株である。
方法
定常期の無傷な細菌細胞を、６ｍＭのトリプトファンと共に４８時間インキュベートした。酵素トリプトファナーゼを有する細菌種は、トリプトファンを基質として利用してインドールを産生する。４８時間のインキュベーション期間後、上清を除去し、インドールの定量化のためにＫｏｖａｃの試薬に添加した。標準、ストック溶液、及び試薬を、社内で検証した標準化された方法を使用して調製した。
結果
実験の結果を図７に示す。図７は、ＭＲｘ００２９が、およそ０．２ｍＭの濃度でトリプトファンからインドールを産生する能力を有することを示す。
実施例８−回腸における白血球浸潤の低減におけるＭＲｘ００２９の有効性
１．研究目的
本研究の目的は、繰り返し経口投与時に、ＤＳＳ誘発性大腸炎マウスモデルにおけるＭＲＸ０２９の予防的有効性を決定することであった。
２．材料及び方法
２．１．試験物質
−２．１．１試験物質
ＹＣＦＡを、予め還元したＹＣＦＡを含有するＨｕｎｇａｔｅチューブで容易に調製した
ＭＲｘ００２９を、凍結グリセロールストック形態で調製した。
−２．１．２参照物質
タクロリムス−（Ｓｉｇｍａ ＰＨＲ−１８０９−ロットＬＲＡＡ８７２３）
バルプロ酸（Ａｒｒｏｗ Ｇｅｎｅｒｉｑｕｅｓ−２００ｍｇ／ｍＬ−バッチ１０．１５−有効期限１１／２０２０）
−２．１．３追加試薬
ＤＳＳ（３６，０００〜５０，０００Ｄａ）、ＭＰ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、カタログ番号：０２１６０１１０９０
ＰＢＳ（Ｃａ／Ｍｇなし）、Ｇｉｂｃｏ、カタログ番号：１４１９０−０９４
Ｔｗｅｅｎ ８０、Ｓｉｇｍａ、カタログ番号：Ｐ４７８０−１００ＭＬ
ｏ滅菌０．９％ＮａＣｌ、Ｌａｖｏｉｓｉｅｒ カタログ番号：ＣＩＰ ３４００ ９６３ ３４０ ７６３
ｏ滅菌蒸留水、Ａｇｕｅｔｔａｎｔ カタログ番号：６００４９９
−２．１．４参照物質の調製
タクロリムスを、０．１ｍｇ／ｍＬの濃度で、滅菌１％ Ｔｗｅｅｎ８０、０．９％ ＮａＣｌ中で毎日調製した。
バルプロ酸を、２０ｍｇ／ｍＬの濃度（１／１０希釈）で、滅菌蒸留水中で毎日調製した。
２．１．５−細菌前培養
細菌前培養は、滅菌技術を使用して、以下のプロトコルを使用して調製した。−８０℃で保管した株ごとに１つのグリセロールストックを完全に解凍し、短時間ボルテックス混合した。培地の色が薄茶色／黄色である解凍ストックのみを使用した。解凍した培地の色が濃いまたは青色である場合、グリセロール原液を廃棄した。
０．８×４０ｍｍの針を有する１ｍＬシリンジを使用して、Ｈｕｎｇａｔｅチューブの隔壁を通して４００μＬのグリセロールストックを注入することによって、前培養物を調製した。チューブを反転によって混合し、第２のＨｕｎｇａｔｅチューブを二重に調製した。ｔ＝０で両方の接種されたＨｕｎｇａｔｅチューブのＯＤ６ｏｏを測定した（未接種のＨｕｎｇａｔｅチューブをブランクとして使用した）。次いで、Ｈｕｎｇａｔｅチューブを３７℃で２４時間インキュベートし、ＯＤを定期的に測定した。
−２．１．６マウス投与のための細菌主培養
より高いＯＤ６ｏｏを有する１ｍｌの前培養物を使用して、新鮮なＨｕｎｇａｔｅチューブに接種した。チューブを反転させて混合した。上記のように、複製接種物を調製し、培養した。ＯＤ６００を上述のように測定し、１６時間にわたって定期的に測定した。エンドポイントでより高いＯＤ６ｏｏを有するＨｕｎｇａｔｅチューブを投与に使用した。
２．２．治療用量
タクロリムスを１ｍｇ／ｋｇ／日で投与した
バルプロ酸を２００ｍｇ／ｋｇ／日で投与した
ＰＢＳ、ＹＣＦＡ、及び細菌培養物を２００μＬ／日で投与した
２．３．投与経路
ＰＢＳ、ＹＣＦＡ、及び生きた細菌を、２００μＬ／マウスの固定体積で、ｏｓ（ＰＯ）当たり毎日投与した。
タクロリムスを、１０ｍＬ／ｋｇの体積で毎日皮下（ＳＣ）投与した。
バルプロ酸を、１０ｍＬ／ｋｇの体積で、ｏｓ（ＰＯ）当たり毎日投与した。
２．４．動物
６３、６週齢の健康な雄Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスの各々を、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ（フランス）から入手し、個別に特定のコードで識別及び標識した。各処理群（９匹の動物／群）を、３つの異なるケージに収容した。
ＦＥＬＡＳＡガイドラインに従って動物をＳＰＦの健康状態に維持し、動物の飼育及び実験手順を、フランス及びヨーロッパの規制ならびに実験動物のケア及び使用のためのＮＲＣガイドに従って実現した。●動物の生存率及び行動を毎日記録した。
−２．４．１．飼育状態
動物は、管理された環境条件下で飼育室で維持した：温度：２２±２℃、湿度５５±１０％、Ｆ９フィルター付き空気、光周期（１２時間明／１２時間暗）、再循環なしで１時間当たり１５回以上の空気交換を伴う。
動物用囲いには、以下に記載するように、寝具材料、食品及び水、環境及び社会的充実（群飼育）を備えた適切なスペースを提供した：
●ポリカーボネートＥｕｒｏｓｔａｎｄａｒｄタイプＩＩＬまたはＩｌｌろ過トップケージ
●ポプラ寝具（ＴＯＰＬＩＴ ＳＥＬＥＣＴ ＦＩＮＥ、ＪＲＳ（登録商標）、ドイツ）
● Ａ０４管理された標準維持食（Ｓａｆｅ（登録商標）、フランス）、
●水道水、
●環境エンリッチメント＊
●ＢｉｏＳｅｒｖｉｃｅｓからのＳｉｚｚｌｅｎｅｓｔ及び小さな木製スティック−オランダ
●Ｐｌｅｘｘからのマウスイグルー−オランダ
３．実験設計及び治療
３．１．インビボ研究
体重に基づく処理群割り当ての前に動物無作為化を行った。相互汚染を防止するために、試験全体を通じて具体的な措置が講じられた。例えば、動物を取り扱うとき、手袋を交換し、汚染のリスクを最小限に抑えるために、各処理ケージ間に７０％エタノール溶液を噴霧した。さらに組織採取を、無菌条件下で実施した。簡潔に言うと、試料採取の前に、すべての工具、材料、及び採取エリアに７０％のエタノールを噴霧した。
また、概日性効果を防止し、群無作為を最適化し、偽陽性／陰性を回避するために、以下の特定の措置も講じた：
●同じ群が毎日同じ時間に処理されるのを防ぐために、治療を無作為に毎日交互に投与した
●同じ時点で同じ動物が扱われるのを防ぐために、動物の操作及び取り扱いを毎日交互に無作為に行った
●試料を取得する際に、各時点で群を無作為化した
３．２．動物への細菌の主培養の投与
シリンジ及び隔壁を通して注入された０．８×４０ｍｍの針を使用して、Ｈｕｎｇａｔｅチューブから投薬アリコートを抽出することによって動物に投薬した。投薬アリコートを抽出する前に、Ｈｕｎｇａｔｅチューブを反転させて混合した。最初の５０〜１００μ Ｌを胃管栄養針、及び各マウスに経口胃管栄養により２００μＬの培養物を投与した。
３．３．インビボ研究
以下の表は研究群を示す。
Figure 2021523895
処理を以下のように行った：
７日目〜１日目：上記処理表による細菌及び参照物質による処理
●ＰＢＳ、ＹＣＦ Ａ、または細菌の１日１回の経口投与−マウスあたり２００μＬ
●バルプロ酸を１日１回２００ｍｇ／ｋｇ／日で１０ｍＬ／ｋｇの体積で経口投与する
Ｏ日目〜＋７日目：ＤＳＳ投与
●飲料水中の３％ＤＳＳの投与
Ｏ日目〜＋６日目：細菌及び参照物質による処理
●ＰＢＳ、ＹＣＦＡ、または細菌の１日１回の経口投与−マウスあたり２００μＬ
●バルプロ酸の１日１回の経口投与−滅菌蒸留水中の２００ｍｇ／ｋｇ−１０ｍＬ／ｋｇ
●タクロリムスの１日１回のＳＣ投与−滅菌１％Ｔｗｅｅｎ８０、０．９％ＮａＣｌ中の１ｍｇ／ｋｇ−１０ｍＬ／ｋｇ
＋７日目：すべての群の犠牲及び組織採取
●動物の安楽死は、ガス麻酔（ルソフルラン）の下で行い、その後、摘出及び頚椎脱臼を行った。使用される安楽死法は、ヨーロッパ指令２０ Ｉ ０／６３／ＣＥによってマウス及びラットに推奨されるものであり、安楽死法を記載する手順は、ＩＡＣＵＣによって承認された。
●盲腸のすぐ上流（０．５ｃｍ以降）での開腹術及び回腸採取−すべてのマウス間の全く同じ領域から採取されたすべての組織：
●盲腸に最も近い１．５ｃｍのスイスロール回腸を組織学のために採取した
３．４．組織学
イレウムスイスロール検体をパラフィンに埋め込み、厚さ５μｍの切片を切断し、スーパーフロストウルトラにガラススライドを取り付けた。ＨＰ（ヘマトキシリン−フロキシン）染色及びＡＢ−ＰＡＳ（Ａｌｃｉａｎ Ｂｌｕｅ−Ｐｅｒｉｏｄｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｃｈｉｆｆ）染色を行って、組織形態学的変化を可視化した。以下の表における基準を使用して、各動物について浮腫、侵食、陰窩／杯細胞の喪失、及び浸潤に基づくスコアを確立した。
Figure 2021523895
４．結果
７つの処置群の各々における動物の各々の回腸組織学的スコアを以下の表に示す。
Figure 2021523895
Figure 2021523895

Figure 2021523895
処置群のいずれも、杯細胞の数または浮腫の減少を示さなかった。著しい上皮細胞損傷／浸食を検出しなかった。
ビヒクルのみの対照ＤＳＳ群（群３及び４）の動物の大多数は、非疾患群１及び２と比較して、白血球浸潤の軽度の増加を示した。既知の免疫抑制剤であるタクロリムスで処置したＤＳＳ動物は、対照と同等の白血球浸潤を低減した。バルプロ酸及び細菌処理群５及び６において同様の低減を観察した。これは、細菌が、既知の治療用タクロリムスと同等の回腸内の白血球浸潤の低減に有効であることを示す。
実施例９−安定性試験
本明細書に記載される少なくとも１つの細菌株を含有する本明細書に記載される組成物を、２５℃または４℃の密閉容器に貯蔵し、容器を３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％または９５％の相対湿度を有する雰囲気に置く。１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、１年、１．５年、２年、２．５年、または３年後、標準のプロトコルによって決定されるコロニー形成単位で測定したとき、細菌株の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％が残存する。
実施例１０−神経化学的産生−脳内の代謝産物
背景
神経学的プロセスで重要な役割を果たす神経化学的因子、神経ペプチド、及び神経伝達物質のレベルを、ＭＲｘ００２９を与えたマウスの脳組織でのエクスビボスクリーニング中に測定した。
方法
動物
ＢＡＬＢｃ（Ｅｎｖｉｇｏ，ＵＫ）成体の雄のマウスを、１２時間の明暗サイクルの下でグループ収容し；標準的なげっ歯類の餌及び水は、自由に取れるようにした。すべての実験は、ユニバーシティカレッジコーク動物倫理実験委員会による承認後の欧州ガイドラインに従って行った。動物は、実験の開始時に８週齢であった。
研究デザイン
動物は、動物ユニットに到着した後、それらの保持室に１週間慣れさせた。動物は、１５：００〜１７：００に６日間連続で、１×１０９個のＣＦＵの用量で生きた生物学的治療薬の経口強制飼養（２００μＬ用量）を受ける。７日目に、動物を殺し、組織を実験用に採取した。
組織回収
動物は、治療及び試験条件に関して無作為に犠牲にした；試料採取は、午前９．００から午後１：００の間に行った。体幹の血液をカリウムＥＤＴＡ（エチレンジアミン四酢酸）チューブに回収し、４０００ｇで１５分間スピンした。血漿を単離し、−８０℃で保存し、さらなる分析を行った。脳を迅速に摘出し、解剖し、各脳領域をドライアイスで急速冷凍し、−８０℃で保存し、さらなる分析を行った。
分析
神経化学的因子、神経ペプチド、及び神経伝達物質の濃度を、脳幹からの試料でのＨＰＬＣによって分析した。簡潔に言うと、脳幹組織を、４ｎｇ／４０μｌのＮ−メチル５−ＨＴ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，ＵＫ）を内部標準としてスパイクした５００μｌの冷却移動相中で超音波処理した。移動相は、０．１Ｍクエン酸、５．６ｍＭオクタン−１−スルホン酸（Ｓｉｇｍａ）、０．１Ｍリン酸二水素ナトリウム、０．０１ｍＭ ＥＤＴＡ（Ａｌｋｅｍ／Ｒｅａｇｅｃｏｎ、Ｃｏｒｋ）、及び９％（ｖ／ｖ）メタノール（Ａｌｋｅｍ／Ｒｅａｇｅｃｏｎ）を含有し、４Ｎ水酸化ナトリウム（Ａｌｋｅｍ／Ｒｅａｇｅｃｏｎ）を使用してｐＨ２．８に調整した。次いで、破砕物を、４℃で２２，０００×ｇで１５分間遠心分離し、４０μｌの上清を、ＳＣＬ１０−Ａｖｐシステムコントローラ、ＬＥＣＤ ６Ａ電気化学検出器（Ｓｉｍａｄｚｕ）、ＬＣ−１０ＡＳポンプ、ＣＴＯ−１０Ａオーブン、ＳＩＬ−１０Ａオートインジェクタ（試料クーラーを４０℃で維持した状態で）、及びオンラインガスターデガサー（ＩＳＳ、ＵＫ）からなるＨＰＬＣシステムに注入した。３０℃に維持した逆相カラム（Ｋｉｎｅｔｅｘ２．６ｕ Ｃ１８ １００×４．６ｍｍ、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）を分離に用いた（流速０．９ｍＬ／分）。Ａｇ／ＡｇＣｌ参照電極（Ｓｈｉｍｄａｚｕ）と組み合わせたガラス状炭素作用電極を＋０．８Ｖで動作し、生成したクロマトグラムをＣｌａｓｓ−ＶＰ５ソフトウェア（Ｓｈｉｍａｄｚｕ）を使用して分析した。神経伝達物質を、試料分析中に一定間隔で動作する標準注入によって決定されるように、それらの特徴的な保持時間によって特定した。分析物対内部標準物のピーク高さの比を測定し、標準注入と比較した。結果を、組織の新鮮重量当たりの神経伝達物質のｎｇとして表した。
結果−神経伝達物質の産生
結果を図８に示し、ＭＲｘ００２９を与えたマウスの脳において、ノルアドレナリン（ｐ＝０．０５０７）、セロトニン、及び５−ＨＩＡＡレベルが増加したことを示す。
実施例１１−トリプトファンヒドロキシラーゼ発現
背景
トリプトファンヒドロキシラーゼは、セロトニンの産生に関与する酵素である。したがって、本発明者らは、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＭＲｘ００２９が、ニューロン様細胞におけるトリプトファンヒドロキシラーゼ遺伝子ＴＰＨ１及びＴＰＨ２の上方制御発現を誘導することができるかの調査を試みた。これは、ＭＲｘ００２９がインビボでセロトニンのレベルをどのように増加させるかを説明することができる。
材料及び方法
神経芽腫ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を、２ｍＭのＬ−グルタミン、１０％の熱不活化ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充した、５０％のＭＥＭ、５０％のｎｕｔｒｉｅｎｔ ｍｉｘｔｕｒｅ Ｆ−１２ ｈａｍ培地中で増殖させた。細胞を、２×１０６細胞の密度で１０ｃｍの皿に播種した。２４時間の休止後、細胞を１０％ ＭＲｘ００２９上清またはＹＣＦＡ＋で２４時間増殖培地（１％ ＦＢＳを含む）中で処理した。次に、細胞を回収し、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って、総ＲＮＡを単離した。高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、ｃＤＮＡを作製した。プライマー配列を表１に示す。遺伝子発現をｑＰＣＲによって測定した。Β−アクチンは、内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した。
細胞を、０．５×１０６細胞／ウェルの密度で６ウェル皿に播種したことを除いて、類似の実験の第２のセットを実施した。２４時間の休止後、細胞を５％細菌上清またはＹＣＦＡ＋を含む増殖培地（１％ ＦＢＳを含む）中で７２時間処理した。総ＲＮＡを上述のように分析した。
細胞を未処理のままにするか、またはＹＣＦＡ＋培地中で同等の時間インキュベートしたいずれかの対照を、同時に実施した。ＹＣＦＡ＋培地は、以下の組成を有する：
Figure 2021523895
ミネラル溶液１：Ｋ２ＨＰＯ４−３．０ｇ；ｄ．総体積１ｌまでのＨ２Ｏ
ミネラル溶液２：ＫＨ２ＰＯ４−３．０ｇ；（ＮＨ４）２ＳＯ４−６．０ｇ；ＮａＣｌ−６．０ｇ；ＭｇＳＯ４−０．６ｇ；ＣａＣｌ２−０．６ｇ；ｄ．総体積１ｌまでのＨ２Ｏ
レザズリン溶液：蒸留水１００ｍｌ中０．１％粉末レザズリン。
短鎖脂肪酸溶液：酢酸−１７ｍｌ；プロピオン酸−６ｍｌ；ｎ−吉草酸−１ｍｌ；イソ−吉草酸−１ｍｌ；イソ−酪酸−１ｍｌ
ヘミン溶液：ＫＯＨ−０．２８ｇ エタノール９５％−２５ｍｌ；ヘミン−１００ｍｇ；ｄ．総体積１００ｌまでのＨ２Ｏ
ビタミン溶液１：ビオチン−１ｍｇ；コバラミン−１ｍｇ；ｐ−アミノ安息香酸−３ｍｇ；葉酸−５ｍｇ；ピリドキサミン−１５ｍｇ；ｄ．総体積１００ｌまでのＨ２Ｏ
ビタミン溶液２：チアミン−５ｍｇ、リボフラビン−５ｍｇ、ｄ．総体積１００ｌまでのＨ２Ｏ
結果
図９に示される結果は、細胞を１０％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に２４時間インキュベートすると、ＴＰＨ１の発現レベルが、未処置対照またはＹＣＦＡ＋処置対照と比較して５倍増加することを示す。ＴＰＨ２の発現レベルはまた、未処置対照と比較して３０倍増加する。
図１０に示される結果は、細胞を５％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に７２時間インキュベートすると、ＴＰＨ１の発現レベルが、未処置対照またはＹＣＦＡ＋処置対照と比較して５倍増加することを示す。ＴＰＨ２の発現レベルはまた、未処置対照と比較して３０倍増加する。
実施例１２−セロトニン輸送体発現
背景
ＳＬＣ６Ａ４遺伝子は、セロトニン輸送体をコードする。セロトニン輸送体は、分化血清毒性ニューロンのバイオマーカーである。セロトニン輸送体はまた、腸の内側を覆う上皮細胞によって発現され、間質腔からセロトニンを除去する。したがって、本発明者らは、Ｍ．ｍａｓｉｌｅｎｓｉｓ種の細菌株が、ニューロン様細胞におけるセロトニン作動性マーカーを上方制御することができるかを決定することを試みた。
材料及び方法
同一の実験セットを実施例２に記載されるように実施した。ＳＬＣ６Ａ４遺伝子のプライマー配列を表２に示す。
Figure 2021523895
結果
図１１に示される結果は、細胞を１０％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に２４時間インキュベートすると、ＳＬＣ６Ａ４の発現が、未処理の対照と比較して３倍上方制御するが、ＹＣＦＡ＋処理細胞との差はなかったことを示す。図１２に示される結果は、細胞を５％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に７２時間インキュベートすると、ＳＬＣ６Ａ４の発現が、未処理の対照と比較して３倍、及びＹＣＦＡ処理細胞と比較して約２倍上方制御することを示す。これらのデータは、本発明の組成物が、セロトニン輸送体発現を増加させ、セロトニンを胃腸管から除去することによって、炎症性腸疾患を治療するのに有効であり得ることを示す。
実施例１３−Ｃａｃｏ ２細胞におけるトリプトファンヒドロキシラーゼ及びセロトニン輸送体発現分析
導入
セロトニンの大部分は腸内で産生される。腸セロトニンは、腸と脳との間で重要なコミュニケーションの役割を果たすと考えられている。したがって、本発明者らは、ＭＲｘ００２９が腸様細胞におけるＴＰＨ １及びＳＬＣ６Ａ４の発現を増加させることができるかの決定を試みた。
この目的のために、本発明者らは、分化Ｃａｃｏ２細胞をＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共にインキュベートした。分化Ｃａｃｏ２細胞は、不浸透性で、小腸の上皮細胞に構造的かつ機能的に類似している、分極した頂端／粘膜及び側底／漿膜を形成する。
材料及び方法
Ｃａｃｏ２細胞を１２ウェルプレート上に播種し、１０日間分化させた後、１２時間血清飢餓にして、その後、定常期ＭＲｘ００２９由来の１０％上清に２４時間暴露した。細胞を回収し、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って、総ＲＮＡを単離した。高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、ｃＤＮＡを作製した。遺伝子発現をｑＰＣＲによって測定した。β−アクチンを内部対照として使用した。倍数変化は、２＾（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した。プライマー配列を以下に示す。
結果
図１３に示される結果は、分化Ｃａｃｏ２細胞を１０％ ＭＲｘ００２９細菌無細胞上清と共に２４時間インキュベートすると、ＴＰＨ１の発現が、未処置及びＹＣＦＡ＋処置対照と比較してほぼ３倍上方制御することを示す。図１４に示される結果は、インキュベーションが、未処理の対照と比較して、ＳＬＣ６Ａ４の発現を３倍以上増加することを示す。これらのデータは、本発明の組成物が、セロトニン輸送体発現を増加させ、セロトニンを胃腸管から除去することによって、炎症性腸疾患を治療するのに有効であり得ることを示す。
実施例１４−分化Ｃａｃｏ−２細胞におけるＧＰＲ１０９ａ ＲＮＡ発現
ＧＰＲ１０９ａは、結腸及び腸管上皮細胞の管腔に面する頂端膜で発現されるＧ−タンパク質共役型受容体である。ＧＰＲ１０９ａ発現サイレンシングは、結腸癌細胞株で見られ、その発現の誘発は、細菌発酵産物、例えば、酪酸塩の存在下で、腫瘍細胞アポトーシスを誘発することが報告されている［６１］。ＧＰＲ１０９ａはまた、炎症、特に結腸炎を抑制することができる［６２］。
ＨＴ２９ｍｔｘ細胞を１２ウェルプレート上に播種し、１０日間分化させた後、１２時間血清飢餓にして、その後、定常期細菌由来の１０％上清に２４時間暴露した。細胞を回収し、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って、総ＲＮＡを単離した。高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、ｃＤＮＡを作製した。遺伝子発現をｑＰＣＲによって測定した。βアクチンを内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した［６３］。使用したフォワード及びリバースプライマーの配列は、それぞれ、配列番号２及び３として提供される。
分化Ｃａｃｏ−２は、不浸透性で、小腸の上皮細胞に構造的かつ機能的に類似している、分極した頂端／粘膜及び側底／漿膜を形成する。ＭＲｘ００２９によるＣａｃｏ−２細胞の処理は、ＧＰＲ１０９ａの発現増加を誘発した（図１８Ａ）。また、ホルボール−１２−ミリステート−１３−酢酸塩（ＰＭＡ）上清で処理したＣａｃｏ−２は、ＰＭＡ単体による処理（またはＹＣＦＡ培地中のＰＭＡ）よりも大きなＧＰＲ１０９ａ ＲＮＡ発現を呈した−図１８Ｂを参照されたい。したがって、これらのデータは、本発明の組成物が、がん、特に転移性癌、特に転移性結腸直腸癌、または小腸腺癌などの小腸癌の治療に有用であり得ることを示唆する。これらのデータは、本発明の組成物が、ＧＰＲ１０９ａ発現の結果として、アポトーシスを誘発するメカニズムを介してかかる治療に有効であり得ることも示唆している。これらのデータはまた、ＭＲｘ００２９が抗炎症活性を有し、炎症性障害、特に炎症性腸疾患の治療に有用であり得ることを示唆する。
実施例１５−代謝産物分析
導入
腸内微生物叢は、その非常に大きな多様性及び代謝能力を有し、多種多様の分子の産生のための巨大な代謝リザーバーを表す。本発明者らは、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７、及び、Ｒｅｆ １、Ｒｅｆ ２、及びＲｅｆ ３として本明細書で同定された他のＭ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株によって、どの短鎖脂肪酸及び中鎖脂肪酸が産生され、消費されるのかの決定を試みた。
材料及び方法
細菌培養及び無細胞上清回収
細菌の純粋な培養物を、それらの定常成長期に到達するまで、ＹＣＦＡ培養液中で嫌気的に増殖させた。培養を５，０００×ｇで５分間遠心分離し、０．２μＭのフィルター（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ＵＫ）を用いて、無細胞上清（ＣＦＳ）を濾過した。ＣＦＳの１ｍＬのアリコートを、使用するまで−８０℃で保存した。酪酸ナトリウム、ヘキサン酸、及び吉草酸は、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＫ）から入手し、懸濁液をＹＣＦＡ培養液中で調製した。
細菌上清のＳＣＦＡ及びＭＣＦＡ定量化
細菌上清由来の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）及び中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）を、以下のように分析し、ＭＳ Ｏｍｉｃｓ ＡＰＳによって定量化した。塩酸を用いて試料を酸性化し、重水素標識内部標準を添加した。すべての試料を無作為化された順序で分析した。四重極検出器（５９９７７Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）と連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）中に設置された高極性カラム（Ｚｅｂｒｏｎ（商標）ＺＢ−ＦＦＡＰ，ＧＣ Ｃａｐ．Ｃｏｌｕｍｎ ３０ｍ×０．２５ｍｍ×０．２５μｍ）を用いて、分析を行った。ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）によってシステムを制御した。Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、生データをｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、［６４］に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、データをインポートし、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
結果
図１５〜１７に示すように、４２７８７株は、吉草酸、酪酸塩、及びヘキサン酸を産生し、プロピオン酸塩及び酢酸塩を消費する。本発明者らはまた、吉草酸、ヘキサン酸及び酪酸塩を同程度のレベルで産生し、同量の酢酸塩及びプロピオン酸塩を消費するＭ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ種の他の株を見出した。
実施例１６−エノラーゼ２の抑制
図１９は、ＭＲｘ００２９が、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）／エノラーゼ２を抑制する統計的に有意な効果を有することを示す。ＮＳＥは、腫瘍細胞代謝要求の増加を支持し、ストレスの多い条件から腫瘍細胞を防御し、それらの浸潤及び遊走を促進することが考えられる［６５］。転移性黒色腫の進行［６６］、小細胞肺癌の生存及び進行［６７］、及び肺腺扁平上皮癌の予後［６８］にも関与している。したがって、本発明の組成物は、がん、特に、転移性黒色腫、小細胞肺癌及び肺腺扁平上皮癌の治療及び予防に有効であることが期待される。
加えて、エノラーゼは炎症促進効果を有し得［６９］、したがって、これらのデータはまた、本発明の組成物が自己免疫性及び炎症性障害の治療または予防に有用であり得ることも示す。
実施例１７−代謝産物分析
実施例１７で提供されたデータに加えて、図２０は、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７、及び受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された他の株によって、どの他の短鎖脂肪酸が産生され、消費されるかを示す。
Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ギ酸を低下させる一方、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸のレベルを増加させる（図２０）。したがって、ＮＣＩＭＢ ４２７８７株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、ギ酸を消費する。本発明者らはまた、他の寄託株が、同等レベルの２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパン酸を産生し、同様の量のギ酸を消費することを見出した。
実施例１８−ＩＬ−６の下方調節
導入
細菌株を、免疫刺激剤ＬＰＳの存在下で、星細胞腫細胞株Ｕ３７３によるＩＬ−６の分泌を低減するそれらの能力について調査した。
材料及び方法
ヒト膠芽腫星状細胞腫細胞株（Ｕ３７３）を、１０％の熱不活化ＦＢＳ、４ｍＭのＬ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン及び５μｇ／ｍｌのプラスモシン、１％の非必須アミノ酸、１％のピルビン酸ナトリウムを補充した、２５ｍｌのＭＥＭＥ ４．５ｇ／Ｌ Ｄ−グルコース中で維持した（完全増殖培地と称される）。
１ｍｌの完全増殖培地中で、１００，０００個の細胞／ウェルの密度で、２４ウェルプレート中で細胞を播種し、３７℃／５％のＣＯ２下で７２時間静置した。処置の日に、培地を各ウェルから除去し、細胞を０．５ｍｌの洗浄培地（無血清ＭＥＭＥ）ですすぎ、１μｇ／ｍｌのＬＰＳを含む０．９ｍｌの刺激培地（２％ＦＢＳを含むＭＥＭＥ培地）を適切なウェルに添加し、３７℃及び５％ＣＯ２でインキュベートした。１時間のプレインキュベーション後、細胞をＣＯ２インキュベーターから除去し、１００μｌの細菌上清で処理した。ＹＣＦＡ＋培地は、対照として使用した。次いで、細胞を３７℃／５％のＣＯ２でさらに２４時間インキュベートした後、無細胞上清を回収し、４℃で３分間、１０，０００ｇでスピンダウンした。試料を１．５ｍｌのマイクロチューブに分注し、ｈＩＬ−６ ＥＬＩＳＡのために−８０℃で保管した。
結果及び結論
図２１は、Ｍ．ｍａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ＬＰＳ及びＬＰＳ培地対照と比較してＵ３７３細胞におけるＩＬ−６分泌の有意な抑制を引き起こすことを示す。本発明者らはまた、すべての寄託された株がＩＬ−６分泌の有意な低減を引き起こしたことも特定した。
実施例１９−ＮＦκＢ活性化の抑制
導入
細菌株を、ＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞におけるＮＦκＢ−ＡＰ１プロモーターの活性化を低減するそれらの能力について調査した。
材料及び方法
ヒトＴＬＲ４（ＨＥＫ−ＴＬＲ４）を安定して発現するＨＥＫ２９３−Ｂｌｕｅレポーター細胞は、製造者の指示に従って培養した。簡単に言えば、ＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞は、１０％（ｖ／ｖ）熱不活化ＦＢＳ、４ｍＭのＬ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン、１００μｇ／ｍｌのノルモシン、１×ＨＥＫ−Ｂｌｕｅ選択培地を補充したＤＭＥＭ ４．５ｇ／Ｌ Ｄ−グルコース中で維持した。
実験のために、細胞をＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳで解離し、増殖培地中で回収した。細胞を、ＨＥＫ−ＴＬＲ４について２５，０００個の細胞／ウェルの密度で９６ウェルプレート中に播種した。応答性を評価するために、細胞を、１０％（Ｖ／Ｖ）細菌上清の存在または不在下のいずれかで１０ｎｇ／ｍｌのＬＰＳで処理し、ＣＯ２インキュベーター内でインキュベートした。処理は、３７℃及び５％のＣＯで２２時間進行させた後、製造者の指示に従って、ＱＵＡＮＴＩ−ブルー溶液を用いて、細胞培養上清由来の分泌型胚性アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）活性の検出を行った。簡単に言えば、２０μｌの無細胞上清を回収し、２００μｌのＱＵＡＮＴＩ−Ｂｌｕｅ検出培地を混ぜることによって、ＳＥＡＰの存在について分析した。３７℃で２時間インキュベーション後、マイクロプレートリーダー（ｉＭａｒｋマイクロプレート，Ｂｉｏ−Ｒａｄ）で、６５５ｎｍにて光学密度を測定した。
結果
図２２は、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ＬＰＳ培地対照と比較して、ＬＰＳの存在下でＮＦκＢプロモーターの活性化を低減することを示す。加えて、本発明者らは、他の寄託された株が、ＮＦκＢプロモーターの活性化の低減に向かって同様の傾向を示したことを特定した。
実施例２０−エノラーゼ２の抑制
材料及び方法
神経芽腫細胞株ＳＨ−ＳＹ５Ｙを、２ｍＭのＬ−グルタミン、１０％の熱不活化ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充した、５０％のＭＥＭ及び５０％のＮｕｔｒｉｅｎｔ Ｍｉｘｔｕｒｅ Ｆ−１２ Ｈａｍ培地中で増殖させた。ＳＨ−ＳＹ５Ｙを０．５×１０６個の細胞の密度で６ウェルプレート中に播種した。２４時間後、１０％の細菌上清またはＹＣＦＡ＋を有する分化培地（１％のＦＢＳを含有する増殖培地）中で細胞を１７時間処理した。細胞を回収し、ＲＮｅａｓｙミニキットプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）に従って、総ＲＮＡを単離した。高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、ｃＤＮＡを作製した。遺伝子発現をｑＰＣＲによって測定した。ＧＡＰＤＨは、内部対照として使用した。倍数変化は、２（−ΔΔｃｔ）方法に従って計算した。使用したプライマーセットは、配列番号１９、２０、２１、及び２２として列挙する。
結果
図２３は、Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）／エノラーゼ２を抑制する統計的に有意な効果を有することを示す。加えて、本発明者らはまた、寄託された株が、ＹＣＦＡ培養対照と比較して、エノラーゼ２の統計的に有意な低減を惹起することを見出した。特に、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８、ＮＣＩＭＢ ４３３８９、ＮＣＩＭＢ ４３３８６、及びＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託された株は、エノラーゼ２の有意な抑制を引き起こした。
結論
したがって、上記の実施例１６でのコメントに照らして、ある特定の実施形態では、例示の寄託された’株を含む本発明の組成物は、がん、特に、転移性黒色腫、小細胞肺癌、及び肺腺扁平上皮癌の治療及び予防に有効であることが期待される。
実施例２１−Ｕ３７３膠芽腫星細胞腫細胞におけるＩＬ−６産生の低減
導入
受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の定常期細菌無細胞上清を、リポ多糖（ＬＰＳ）で処理した後にＵ３７３膠芽腫星細胞腫細胞株における抗炎症応答を誘導する能力についてスクリーニングした。
材料及び方法
Ｕ３７３は、ヒト膠芽腫星状細胞腫細胞株である。細胞（２０〜３７継代）を、１０％の熱不活化ＦＢＳ、４ｍＭのＬ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン及び５μｇ／ｍｌのプラスモシン、１％の非必須アミノ酸、１％のピルビン酸ナトリウムを補充した、２５ｍｌのＭＥＭＥ中で維持した（完全成長培地として全体的に称される）。１ｍｌの完全増殖培地中で、１００，０００個の細胞／ウェルの密度で、２４ウェルプレート中で細胞を播種し、３７℃及び５％のＣＯ２下で７２時間静置した。
ＢＣＦＳの単離
５０００×ｇで１０ｍｌの培養物を５分間遠心分離し、０．２μＭフィルター（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ＵＫ）を使用して濾過することによって、細菌性無細胞上清（ＢＣＦ）を定常期培養物（ストリーク冷凍ストックからのサブベッドコロニーの一晩培養物から接種）から得た。１ｍｌのアリコートの細菌無細胞上清を、使用するまで−８０℃で保管した。
細胞の処置
処置の日に、培地を各ウェルから除去し、細胞を０．５ｍｌの洗浄培地（無血清ＭＥＭＥ）ですすぎ、１μｇ／ｍｌのＬＰＳを含む０．９ｍｌの刺激培地（２％ＦＢＳを含むＭＥＭＥ培地）を適切なウェルに添加し、３７℃及び５％ＣＯ２でインキュベートした。細胞をＬＰＳで１時間前処理した。その後、細胞をＣＯ２インキュベーターから取り出し、ＮＣＩＭＢ ４２７８７の１００μｌの定常期細菌無細胞上清（すなわち１０％）で処理した。
各処理後、細胞を３７℃及び５％ＣＯ２で２４時間インキュベートした。その後、無細胞上清を回収し、４℃で３分間１０，０００×ｇで遠心分離した。試料を１☆５ｍｌ微細管中でアリコートにし、ｈＩＬ−６ ＥＬＩＳＡ用に−８０℃で保存した。
ＩＬ−６の分泌は、上述したように処理したＵ３７３細胞由来の無細胞上清において、製造元のプロトコルに従って、ｈＩＬ−６標準ＥＬＩＳＡキットを用いて分析した。試料は、マイクロプレートリーダー（ｉＭａｒｋ，Ｂｉｏ−Ｒａｄ）上で補正波長を６５５ｎｍにした状態で、４０５ｎｍで測定した。生データをプロットし、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７ソフトウェアを用いて分析した。
結果
ＮＣＩＭＢ４２７８７は、ＬＰＳで処理した後、Ｕ３７３細胞におけるＩＬ−６分泌の強い低減を示した（陽性対照と比較して約５０％低減した）（図２４Ａを参照されたい）。図２４Ｂは、ＬＰＳの存在下で、ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、培地対照と比較して、Ｕ３７３細胞におけるＩＬ−６の分泌の有意な低減を引き起こすことを示す。ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、培地対照と比較してＩＬ−６の基礎レベルを有意に増加させなかった。
実施例２２−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７による処理の際にＴＮＦαに暴露したＨＭＣ３細胞におけるサイトカイン分泌の調節
導入
ＨＭＣ３細胞をＴＮＦαで処理し、ＮＣＩＭＢ ４２７８７の定常期細菌無細胞上清で処理した際にＩＬ−６の分泌を測定した。
材料及び方法
ヒトミクログリアＨＭＣ３細胞を、１５％の熱不活化ＦＢＳ及び１００Ｕ／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを含有するグルタミン補充ＥＭＥＭ培地中で増殖させた。ＨＭＣ３細胞を５０，０００個の細胞／ウェルの密度で２４ウェルプレート中に播種した。細胞をＣＯ２インキュベーター中に置いて、４８時間静置した。その後、細胞をブランクＥＭＥＭ中で洗浄し、１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦ−αを有する２％のＦＢＳ増殖培地で１時間前処理した。その後、ＮＣＩＭＢ ４２７８７静止増殖培養（上述のように単離された）の１０％無細胞細菌上清をＴＮＦ−α処理及び未処理ウェルに加え、ＣＯ２インキュベーター中で、３７℃で２４時間インキュベートした。無細胞上清を回収し、３分間４℃で、１０，０００×ｇで遠心分離した。試料を１．５ｍｌのマイクロチューブ中でアリコートにし、ｈＩＬ−６ ＥＬＩＳＡ用に−８０℃で保管した（上記で概説したように実施した）。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、すべての場合において有意と見なした。
結果
ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＴＮＦ−α処置ＨＭＣ３細胞におけるＩＬ−６分泌を有意に低減する（図２４Ｃ）。興味深いことに、この株は、刺激の不在下でこれらの細胞によるＩＬ−６分泌を誘導しなかった（図２４Ｃ）。
したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物は、ヒトミクログリア細胞におけるＩＬ−６の分泌を低減する。したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物は、ニューロン炎症及び脳炎症性障害の治療に有用である。
実施例２３−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＮＣＩＭＢ ４２７８７によるＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞におけるＮＦ−κＢプロモーター活性化の阻害
導入
ＮＣＩＭＢ ４２７８７による処理が、ＴＬＲ４の関与によって誘発されたＮＦ−κＢ−Ａｐ１プロモーター活性に干渉することができるかを確認するため、ＮＣＩＭＢ ４２７８７単独またはＬＰＳとの組み合わせの無細胞細菌上清でＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞を処理した。
材料及び方法
ヒトＴＬＲ４（ＨＥＫ−ＴＬＲ４）を安定して発現するＨＥＫ２９３−Ｂｌｕｅレポーター細胞は、製造者の指示に従って培養した。簡単に言えば、ＨＥＫ−ＴＬＲ４細胞は、１０％（ｖ／ｖ）熱不活化ＦＢＳ、４ｍＭのＬ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン、１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン、１００μｇ／ｍｌのノルモシン、１×ＨＥＫ−Ｂｌｕｅ選択培地を補充したＤＭＥＭ ４．５ｇ／Ｌ Ｄ−グルコース中で維持した。
簡単に言えば、細胞をＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳで解離し、増殖培地中で回収した。細胞を２５，０００個の細胞／ウェルの密度で９６ウェルプレート中に播種した。ＬＰＳ誘発ＮＦ−κＢプロモーター活性化に対する細菌株の効果を評価するため、１０％上清（上述のように単離された）の存在下または不在下で、細胞を１０ｎｇ／ｍｌのＬＰＳで処理し、ＣＯ２インキュベーター中でインキュベートした。処理は、３７℃及び５％のＣＯで２２時間進行させた後、製造者の指示に従って、ＱＵＡＮＴＩ−ブルー溶液を用いて、細胞培養上清由来の分泌型胚性アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）活性の検出を行った。簡単に言えば、２０μｌの無細胞上清を回収し、２００μｌの無菌濾過ＱＵＡＮＴＩ−Ｂｌｕｅ検出培地を混ぜることによって、ＳＥＡＰの存在について分析した。３７℃で２時間インキュベーション後、マイクロプレートリーダー（ｉＭａｒｋマイクロプレート，Ｂｉｏ−Ｒａｄ）で、６５５ｎｍにて光学密度を測定した。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、すべての場合において有意と見なした。
結果及び結論
ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＬＰＳによって誘発されるＮＦ−κＢ−Ａｐ１プロモーター活性化を有意に阻害した（図２４Ｄ）。この株は、そのままでＮＦ−κＢ−Ａｐ１プロモーター活性化を誘発した。
アジュバントの存在下でのＮＦ−κＢプロモーター活性化の低減は、ＮＦ−κＢカスケードによって誘発される炎症応答を低減するであろう。
実施例２４−Ｍ．ｍａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株は、固有の抗酸化能力を示す
導入
ＮＣＩＭＢ ４２７８７上清中に存在する異なる分子間の相乗的相互作用及び酸化還元相互作用を捕捉するために、この株の抗酸化電位を特徴付けることを目的とする３つの生化学的アッセイ、インドール産生アッセイ、２，２−ジフェニル−１−ピクリルヒドラジル（ＤＰＨ）アッセイ、及びＴｒｏｌｏｘ等価抗酸化能力（ＴＥＡＣ）アッセイを使用した全ラジカルトラッピング抗酸化パラメータ（ＴＲＡＰ）を使用した。
インドール派生物は、抗酸化及び細胞保護活性を有する。インドール試験は、アミノ酸トリプトファンを変換してインドールを形成する生物の能力を決定するために使用される。抗酸化剤のフリーラジカル捕捉能力は、色の変化によって酸化剤を還元する抗酸化剤の能力を評価することにより、標準的な一電子ポテンシャルから予測することができる。ＴＥＡＣアッセイは、化合物または化合物の混合物の抗酸化能力を測定する。
材料及び方法
細菌株ＮＣＩＭＢ４２７８７は定常期まで増殖させた。ＢＣＦを上述のように調製した。
Ｌ−トリプトファンからの細菌インドール産生の定量化
細菌インドール産生を、前述のアッセイ７０を使用して定量化した。細菌を増殖の定常期まで培養した。ＹＣＦＡ＋培地中の０．５ｍＭインドールを、このアッセイにおいて陽性化学対照として使用した。インドールアッセイは、２４ウェル（非処理）アッセイプレートを使用して行った。ＨＣｌ中の１００ｍＭトリプトファン溶液を各ウェルに分配して、６ｍＭの最終濃度を得た。１ｍｌの定常期細菌培養液を各ウェルに添加し、さらに４８時間インキュベートした。アッセイプレートを室温で、３，５００×ｇで１０分間遠心分離した。上清を保持し、ペレットを廃棄した。９６ウェルプレート中で、１４０μｌの上清を３回に分けた。１４０μｌのＫｏｖａｃの試薬を添加し、ＢｉｏＲａｄ ｉＭａｒｋマイクロプレート吸光度リーダーを使用して５４０ｎｍで吸光度を読み取った。標準曲線は、最終インドール濃度（ｍＭ）の関数として吸光度をプロットすることによって調製した。試験試料のインドール濃度は、標準曲線の線形回帰から推定した方程式を使用して計算した。
２，２−ジフェニル−１−ピクリルヒドラジル（ＤＰＰＨ）フリーラジカルアッセイ
ＢＣＦを、使用前に約２時間、４℃で解凍した。すべての試料を、滅菌した５ｍＭのＰＢＳ ｐＨ７を使用して１：２で希釈し、最終体積１ｍｌを得た。５ｍＭのＰＢＳ（ｐＨ７）中の５００μＭのＴｒｏｌｏｘの原液を調製して、標準曲線を作製した。ラザロイド抗酸化剤Ｕ８３８３６Ｅを陽性対照として含む（１００％メタノール中２００μＭ）。ＤＰＰＨアッセイは、前述の通り９６ウェルプレート内で実施し７１、わずかな修正を加えた。簡潔に言うと、１０μｌの試料／標準／対照を、９６ウェルプレートの対応するウェルに３重に添加した。対照として、２００μｌの２００μｍｏｌ／Ｌ ＤＰＰＨ溶液を３つの空のウェルに添加した。１９０μｌの２００μｍｏｌ／Ｌ ＤＰＰＨを試料／標準／対照ウェルに添加し、暗闇中で室温で３０分間インキュベートした。ＢｉｏＲａｄ ｉＭａｒｋマイクロプレート吸光度リーダーを使用して５１５ｎｍで吸光度を読み取った。ＤＰＰＨラジカル除去活性を以下のように計算した：
ＤＰＰＨラジカル除去活性（％）＝［１−（Ａ試料−Ａブランク）／Ａ対照）］＊希釈係数＊ １００
式中、Ａ試料は試料＋２００μｍｏｌ／Ｌ ＤＰＰＨの平均吸光度であり、Ａ対照は試料を含まないメタノールＤＰＰＨの平均吸光度であり、ＡブランクはＹＣＦＡ培地ブランクの平均吸光度である。
２，２’−アジノ−ビス−３−エチルベンズチアゾリン−６−スルホン酸（ＡＢＴＳ）アッセイ
総抗酸化能アッセイを、製造元の指示に従って抗酸化アッセイキットを使用して実施した。簡潔に言うと、すべての試料を１×アッセイ緩衝液中で１：４で希釈した。９６ウェルプレートにおいて、１０μｌの標準／対照／試料を３重で添加した。２０μｌのミオグロビン作業溶液をすべての標準／対照／試料ウェルに添加した。１５０μｌのＡＢＴＳ基質溶液を各ウェルに添加し、ＢｉｏＲａｄｉＭａｒｋマイクロプレート吸光度リーダーを使用して４０５ｎｍで吸光度を測定した。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、すべての場合において有意と見なした。
結果
ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、明確なインドール形成能を示した（図２５Ａ）。加えて、ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ＤＰＰＨアッセイにおけるラジカルスカベンジャーとして機能し、ビタミンＥの水溶性抗酸化派生物であるＴｒｏｌｏｘの標準溶液と比較した場合、高い総抗酸化能力を有する（図２５Ｂ）。
実施例２５−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株は、酸化ストレスからＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を保護することを示す
導入
ＮＣＩＭＢ ４２７８７の細菌無細胞上清が、Ｔｅｒｔ−ブチルペルオキシド水素（ＴＢＨＰ）での処理によって生成された活性酸素種（ＲＯＳ）からＵ３７３、ＨＭＣ３、及びレチノイン酸（ＲＡ）分化ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を保護する能力を評価した。
材料及び方法
ＲＯＳ産生を評価するために、Ｕ３７３細胞及びＨＭＣ３を、１０，０００細胞／ウェルの密度で黒色９６ウェルプレート中に播種した。Ｕ３７３細胞を７２時間静置し、ＨＭＣ３を４８時間静置した。細胞を予熱したＰＢＳで洗浄し、２％ＦＢＳを含む増殖培地で１０μＭのＤＣＦＤＡ分子プローブで２０分間染色した。その後、細胞を予熱したＰＢＳで再度洗浄し、１０％ＢＣＦＳの存在下または非存在下で１００μのＭＴＢＨＰで２時間処理した。
神経芽腫ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を、２ｍＭのＬ−グルタミン、１０％の熱不活化ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを補充した、５０％のＭＥＭ及び５０％のＮｕｔｒｉｅｎｔ Ｍｉｘｔｕｒｅ Ｆ−１２ Ｈａｍ培地中で増殖させた。細胞を、５，０００細胞／ウェルで黒色９６ウェルプレートの増殖培地中に播種し、ＣＯ２インキュベーター中に配置した。２４時間後、培地を分化培地（１％ ＦＢＳを含有する増殖培地）及び１０μＭのレチノイン酸（ＲＡ）で置き換えた。分化培地を１日おきに交換し、分化の１０日後に細胞を使用した。１０日目に、細胞を予熱したＰＢＳで洗浄し、１％ＦＢＳを含む増殖培地で１０μＭのＤＣＦＤＡ分子プローブで２０分間染色した。次いで、細胞を予熱したＰＢＳで再度洗浄し、１０％ＢＣＦＳの存在下または非存在下で１００μのＭＴＢＨＰで２時間処理した。
蛍光強度は、励起４８５ｎｍ／発光５３０ｎｍでＴＥＣＡＮプレートリーダーを使用して測定した。生データをプロットし、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７ソフトウェアを用いて分析した。
結果
分化ＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞において、ＮＣＩＭＢ ４２７８７処理は、ＴＢＨＰによって誘発されるＲＯＳからの有意な保護をもたらした（図２５Ｆ）。
実施例２６−Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株は、酪酸、吉草酸、及びヘキサン酸を産生する
材料及び方法
ＹＣＦＡ＋及びＳＣＦＡ（４０ｍＭの酢酸及び２０ｍＭのギ酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸及びヘキサン酸）も標準混合でスパイクしたＹＣＦＡ＋、からのＳＣＦＡ抽出は、Ｄｅ Ｂａｅｒｅ ｅｔ ａｌ．７２の方法に従って実施した。
ＳＣＦＡのＨＰＬＣ分析
ＳＣＦＡのＨＰＬＣ検出及び定量化は、少し変更を加えただけで、Ｄｅ Ｂａｅｒｅ ｅｔ ａｌ．７２の方法に従って実施した。簡単に言えば、Ｗａｔｅｒｓ Ｐｈｏｔｏｄｉｏｄｅ Ａｒｒａｙ（ＰＤＡ）検出器２９９８を備えたＷａｔｅｒｓ ｅ２６９５ ＨＰＬＣ系（Ｗａｔｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｅｌｓｔｒｅｅ，ＵＫ）を用いて、ＨＰＬＣ分析を行った。ＭＲｘ０００５及びＭＲｘ００２９ ＢＣＦＳ及びＭＲｘ０００５及びＭＲｘ００２９ ヘキサン、ジエチルエーテル、酢酸エチル、アセトニトリル及びメタノール抽出物から抽出したＳＣＦＡであるＳＣＦＡ標準のＨＰＬＣ分析は、Ｘｓｅｌｅｃｔ（登録商標）ＨＳＳ Ｔ３ ３．５μｍ ４．６×１５０ｍｍ ＬＣカラム（Ｗａｔｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｅｌｓｔｒｅｅ，ＵＫ）を用いて行った。フォトダイオードアレイ検出器（ＰＤＡ）セットを用いて、ＬＣ分析を行い、２００〜８００ｎｍの波長を分析した。ＳＣＦＡ検出及び定量化は、２１０ｎｍで行った。移動相は、ＨＰＬＣ水（リン酸（Ａ）及びアセトニトリル（Ｂ）を用いて、ｐＨを３．０に調整した）中の２５ｍＭのリン酸ナトリウム緩衝液からなった。ＳＣＦＡ検出及び定量化のＬＣ方法は、以下の勾配：ｔ０’Ａ＝９５％、Ｂ＝５％；ｔ１０’Ａ＝９５％、Ｂ＝５％；ｔ３０’Ａ＝３０％、Ｂ＝７０％；ｔ３１’Ａ＝０％、Ｂ＝１００％；ｔ３６’Ａ＝０％、Ｂ＝１００％；ｔ３８’Ａ＝５％、Ｂ＝９５％；ｔ６０’Ａ＝５％、Ｂ＝９５％；流量＝１ｍｌ／分を有する溶媒系を用いて実行した。
ＳＣＦＡ（４０ｍＭの酢酸及び２０ｍＭのギ酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸及びヘキサン酸）の２倍連続希釈を２０μｌ注入することによって、ＳＣＦＡごとに７点の検量線を調製した。定量抽出効率は、以下の式を用いて計算した：
［スパイクし、抽出したＹＣＦＡ＋中のＳＣＦＡ］／［スパイクしたが、抽出しなかったＹＣＦＡ＋中のＳＣＦＡ］
抽出効率を用いて、各試料中の個々のＳＣＦＡの濃度を決定した。特異的ＳＣＦＡの生成は、スパイクしていない培地対照中に存在する対応するＳＣＦＡの量を差し引くことによって計算した。
標的化メタボロミクス：細菌代謝産物及び脂肪酸分析
試料分析は、ＭＳ−Ｏｍｉｃｓ（Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ、Ｄｅｎｍａｒｋ）によって行った。混合プール試料（ＱＣ試料）は、各試料からアリコートを採取することで作製した。配列全体を通じて、この試料を一定間隔で分析した。少なくとも２つのレベルでＱＣ試料をスパイクすることによって、定量化した化合物のマトリックス効果について試験した。
ＧＣ代謝産物分析では、Ｓｍａｒｔ ｅｔ ａｌ．７３により記載のプロトコルを若干修正したバージョンを用いて、試料をクロロギ酸メチルで誘導体化した。すべての試料を無作為化された順序で分析した。四重極検出器（５９９７７Ｂ、Ａｇｉｌｅｎｔ）と連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて分析を行った。Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、生データをｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．７４に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、データをインポートし、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
ＳＣＦＡ分析のため、試料を、塩酸を用いて酸性化し、重水素標識内部標準を添加した。四重極検出器（５９９７７Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）に連結したＧＣ（７８９０Ｂ，Ａｇｉｌｅｎｔ）に設置した高極性カラム（Ｚｅｂｒｏｎ（商標）ＺＢ−ＦＦＡＰ，ＧＣ Ｃａｐ．Ｃｏｌｕｍｎ ３０ｍ×０．２５ｍｍ×０．２５μｍ）を用いて分析を行った。Ｃｈｅｍｓｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて、生データをｎｅｔＣＤＦフォーマットに変換した後、Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．７４に記載されるＰＡＲＡＤＩＳｅソフトウェアを用いて、データをインポートし、Ｍａｔｌａｂ Ｒ２０１４ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．）で処理した。
結果
標的化メタボロミクスを用いた脂肪酸分析により、ＮＣＩＭＢ ４２７８７が、ブタン酸（酪酸）、ペンタン酸（吉草酸）、及びヘキサン酸（カプロン酸）を、直鎖及び分枝鎖形態（Ｃ４〜Ｃ６）の両方で産生することが示された（図２６Ａ）。さらに、４−ヒドロキシ−フェニル酢酸：培地の比は、ＮＣＩＭＢ ４２７８７無細胞上清中で増加した。無細胞上清のＨＰＬＣ分析を用いて、ＮＣＩＭＢ ４２７８７による（関連ＳＣＦＡの保持時間及び吸光度スペクトルに基づく）ギ酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、吉草酸、及びヘキサン酸の産生を監視した。ＳＣＦＡ用に抽出されたＮＣＩＭＢ ４２７８７無細胞上清に重ねたＳＣＦＡ標準の代表的なクロマトグラムを図２６Ｃで報告する。ＮＣＩＭＢ ４２７８７による酪酸、吉草酸及びヘキサン酸の産生が、ＨＰＬＣ分析により確認された。
実施例２７−酪酸塩を含有するＭ．ｍａｓｉｌｉｅｎｓｉｓメタノール画分は、Ｕ３７３細胞における抗炎症活性を示す
ＩＬ−６の分泌低下におけるＳＣＦＡの役割を調べるため、酪酸ナトリウム（ＳＢ）、吉草酸ナトリウム（ＳＶ）及びヘキサン酸（ＨＡ）の濃度を増加させてＵ３７３細胞を処理した。
方法
Ｕ３７３細胞は、上述のように調製した。前述のＬＰＳ １μｇ／ｍｌで細胞を１時間前処理し、３７℃及び５％のＣＯ２でインキュベートした。１時間のプレインキュベーション後、細胞をＣＯ２インキュベーターから除去し、調製したての酪酸ナトリウム（ＳＢ）、吉草酸ナトリウム（ＳＶ）及びヘキサン酸（ＨＡ）の濃度を増加させて処理した。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、すべての場合において有意と見なした。
結果及び結論
試験した濃度は、異なる脂肪酸の無細胞上清で測定した濃度範囲を網羅し、１０％の上述の上清のみを細胞ベースアッセイで使用したという事実を考慮に入れた。ＳＢのみが、濃度依存的な方法でＵ３７３細胞中のＩＬ−６のＬＰＳ誘発分泌を阻害した（図２７Ａ）。ＨＡは、ＬＰＳによるチャレンジ後にＩＬ−６分泌を阻害しなかった。試験したＳＦＣＡのいずれも、基礎レベル（未処理細胞対照）を上回るＩＬ−６の分泌をそれ自体誘発しなかった。ＳＢのみ（試験した最高濃度で）ＩＬ−６の基礎レベルを低減させた（図２７Ａ及びＢ）。３つのＳＣＦＡの再構成混合物は、ＬＰＳの存在下及び不在下の両方において、ＮＣＩＭＢ ４２７８７無細胞上清の生物活性を再現した。
したがって、特定の実施形態では、酪酸の産生は、ＩＬ−６分泌の低減を駆動する。このように、特定の実施形態では、本発明の細菌株は、ＩＬ−６分泌の低減を駆動する酪酸の産生を介した炎症性または自己免疫性疾患の治療に有用である。
実施例２８−ＮＣＩＭＢ ４２７８７によって生成したＳＣＦＡは、抗炎症活性に少なくとも部分的に関与する
導入
ＮＣＩＭＢ ４２７８７の抗炎症活性が、少なくとも部分的にＳＣＦＡによるものであったかどうかさらに確認するために、極性を増した異なる溶媒で無細胞細菌上清を分画した。この株上清の除タンパク質粗抽出物（ヘキサン、Ｆ５；ジエチルエーテル、Ｆ４；酢酸エチル、Ｆ３；アセトニトリル、Ｆ４；メタノール、Ｆ１）のＨＰＬＣ分析を実施して、ＮＣＩＭＢ ４２７８７の定常期無細胞上清の生化学的複合物を分析し、ならびに極性及び溶解度に基づいて化合物を細分画した。
方法
順次溶媒抽出−粗抽出物の調製
ＮＣＩＭＢ ４２７８７株ＢＣＦＳ及びＹＣＦＡ＋（培地対照）の３つの生物学的反復を、ＨＰＬＣ等級ヘキサン（ＨＥＸ）、ジエチルエーテル（ＤＥ）、酢酸エチル（ＥｔＯＡｃ）、アセトニトリル（ＡＣＮ）及びメタノール（ＭｅＯＨ）で順次抽出した。簡単に言えば、２０ｍｌのＢＣＦＳをガラスバイアル中に載置し、ロータリーシェーカー（７０ｒｐｍ）で３０分間、２０ｍｌのＨＥＸ中で、室温（ＲＴ）で抽出した。合計で３つの抽出を各ＢＣＦＳ及びＹＣＦＡ＋培地対照で行った。その後、残りの水性層を、合計で３回、ＭＸ−ＲＤ−Ｐｒｏロータリーシェーカー（７０ｒｐｍ）で３０分間、２０ｍｌのＤＥ、ＥｔＯＡｃで、室温で抽出した。各試料の組み合わせた抽出物を、３０℃を超えない温度で、Ｖ−３００真空ポンプを備えたＲ−３００ロータリーエバポレーター（Ｂｕｃｈｉ，Ｆｌａｗｉｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）で減圧下乾燥させた。得られた抽出物を２ｍｌの対応する溶媒中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフ管中にアリコートした（５００μｌは、各々、元の試料の５ｍｌに対応する）。その後、残りの水性層を、合計で３回、ＭＸ−ＲＤ−Ｐｒｏロータリーシェーカー（７０ｒｐｍ）で３０分間、２０ｍｌのＤＥ、ＥｔＯＡｃで、室温で抽出した。各試料の組み合わせた抽出物を、３０℃を超えない温度で、Ｖ−３００真空ポンプを備えたＲ−３００ロータリーエバポレーター（Ｂｕｃｈｉ，Ｆｌａｗｉｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）で減圧下乾燥させた。得られた抽出物を２ｍｌの対応する溶媒中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフ管中にアリコートした（５００μｌは、各々、元の試料の５ｍｌに対応する）。
残りの水性層を、Ｒ−３００ロータリーエバポレーターを用いて蒸発乾燥させた。得られた乾燥抽出物を、合計で３回、２０ｍｌのＡＣＮ中で３０分間抽出した。ＡＣＮ抽出物を組み合わせて、ロータリーエバポレーターを用いて蒸発乾燥させ、２ｍｌのＡＣＮ中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフチューブ中にアリコートした（各５００μｌ）。その後、残りの乾燥抽出物（抽出物のＡＣＮ不溶部分）を、合計で３回、２０ｍｌのＭｅＯＨ中で３０分間抽出した。ＭｅＯＨ抽出物を組み合わせて、Ｒ−３００ロータリーエバポレーターを用いて蒸発乾燥させ、２ｍｌのＭｅＯＨ中で再可溶化させて、４つの１．５ｍｌエッペンドルフチューブ中にアリコートした（各５００μｌ）。
粗抽出物のアリコートを−２０℃で一晩保ち、タンパク質性成分の沈殿を誘発させた。一晩沈殿後、各アリコートを１０，０００×ｇで６分間遠心分離し、新たな２ｍｌチューブに移した。一晩沈殿を３回繰り返した後、抽出物をＲＶＣ ２−１８ ＣＤＰｌｕｓ ｓｐｅｅｄｖａｃ（Ｃｈｒｉｓｔ，Ｏｓｔｅｒｏｄｅ ａｍ Ｈａｒｚ，Ｇｅｒｍａｎｙ）中で乾燥させて、計量した。各抽出物のすべての乾燥アリコートをさらに使用するまで−８０℃で保存した。
処理
Ｕ３７３細胞は、上述のように調製した。上述のように、細胞を１μｇ／ｍｌのＬＰＳで１時間前処理した。その後、細胞をＣＯ２インキュベーターから外し、１００μｌの異なる画分で処理した。培地からの画分は、対照として使用した。無細胞上清を処理の２４時間後に回収し、ＩＬ−６分泌についてＥＬＩＳＡによって分析した（上記のように）。
統計解析
正規分布データは、平均±ＳＥＭとして提示され；一元配置分散分析（シダックの多重比較検定）は、紙面で提示したデータの分析に使用した。ｐ値＜０．０５は、すべての場合において有意と見なした。
結果
ＨＰＬＣ分析により、除タンパク質上清に存在する化合物の選択的抽出及び粗画分が確認された。ＮＣＩＭＢ ４２７８７のメタノール画分Ｆ１は、ＩＬ−６産生を低減させ、未分画の上清の活性を再現しているようであり、酪酸塩の存在がこの株の抗炎症活性に関連していることをさらに示す（図２８ Ａを参照されたい）。
ＬＰＳの不在下では、未分画のＮＣＩＭＢ ４２７８７のみがＩＬ−６を誘発する能力を保持した（図２８Ｂ）。
実施例２９−ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、刺激された脾細胞によるＴＮＦαの産生を有意に低減する
生バイオセラピューティック株は、ＢＡＬＢ／ｃマウスから単離されてＬＰＳまたはＣｏｎＡで刺激した脾細胞における免疫マーカー産生の効果について、エクスビボでスクリーニングした。
図２９は、炎症促進性サイトカインＴＮＦαの産生を有意に減少させる本発明の組成物の能力を示す。ＴＮＦαは有意な炎症反応を誘発するため、このサイトカインの産生を低減する能力は炎症を低減する。
したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦαレベルの低減を駆動する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＴＮＦαの低減に照らして治療的に有効である。
実施例３０−受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株は、海馬及び扁桃腺におけるグルココルチコイド受容体の発現を有意に増加させる
ＢＡＬＢ／ｃマウスに生の生物療法を投与し、ｑＰＣＲを使用して遺伝子発現を分析するために組織を単離した。
図３０は、ＮＣＩＭＢ ４３３８５が、海馬及び扁桃腺の両方におけるグルココルチコイド受容体（Ｎｒ３ｃ１）の発現の増加を誘発することを示す。
慢性炎症状態の治療におけるグルココルチコイドの使用は、特に炎症促進性サイトカインを抑制するためのそれらの役割に照らして周知である。加えて、グルココルチコイド経路は、抗増殖性及び抗血管新生応答を誘発することができるため、がんにおいて治療的に利用されている。したがって、特定の実施形態では、本発明の組成物は、グルココルチコイド受容体の発現の増加を誘発する。他の実施形態では、本発明の組成物は、グルココルチコイド受容体の発現の増加に起因する炎症性障害を治療するために治療的に有益である。他の実施形態では、本発明の組成物は、抗増殖性及び／または抗血管新生応答を促進するグルココルチコイド受容体の発現の増加に起因するがんを治療するために治療的に有益である。
配列
配列番号１（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ ＭＲｘ００２９株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
ＴＧＡＧＡＡＧＣＴＴＧＣＴＴＣＴＴＡＴＣＧＡＴＴＣＴＡＧＴＧＧＣＡＡＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＧＣＧＴＡＡＧＣＡＡＣＣＴＧＣＣＣＴＴＣＡＧＡＴＧＧＧＧＡＣＡＡＣＡＧＣＴＧＧＡＡＡＣＧＧＣＴＧＣＴＡＡＴＡＣＣＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＴＴＴＣＣＧＣＣＧＣＡＴＧＡＣＧＧＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＧＧＧＡＧＧＣＣＴＴＣＧＧＧＣＴＴＴＣＧＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＧＧＣＴＴＧＣＧＴＣＴＧＡＴＴＡＧＣＴＡＧＴＴＧＧＡＧＧＧＧＴＡＡＣＧＧＣＣＣＡＣＣＡＡＧＧＣＧＡＣＧＡＴＣＡＧＴＡＧＣＣＧＧＴＣＴＧＡＧＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＡＡＴＣＴＴＣＣＧＣＡＡＴＧＧＡＣＧＡＡＡＧＴＣＴＧＡＣＧＧＡＧＣＡＡＣＧＣＣＧＣＧＴＧＡＡＣＧＡＴＧＡＣＧＧＣＣＴＴＣＧＧＧＴＴＧＴＡＡＡＧＴＴＣＴＧＴＴＡＴＡＴＧＧＧＡＣＧＡＡＣＡＧＧＡＣＡＴＣＧＧＴＴＡＡＴＡＣＣＣＧＧＴＧＴＣＴＴＴＧＡＣＧＧＴＡＣＣＧＴＡＡＧＡＧＡＡＡＧＣＣＡＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＧＧＴＧＧＣＡＡＧＣＧＴＴＧＴＣＣＧＧＡＡＴＴＡＴＴＧＧＧＣＧＴＡＡＡＧＧＧＣＧＣＧＣＡＧＧＣＧＧＣＡＴＣＧＣＡＡＧＴＣＧＧＴＣＴＴＡＡＡＡＧＴＧＣＧＧＧＧＣＴＴＡＡＣＣＣＣＧＴＧＡＧＧＧＧＡＣＣＧＡＡＡＣＴＧＴＧＡＡＧＣＴＣＧＡＧＴＧＴＣＧＧＡＧＡＧＧＡＡＡＧＣＧＧＡＡＴＴＣＣＴＡＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＡＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＧＡＡＡＧＣＧＧＣＴＴＴＣＴＧＧＡＣＧＡＣＡＡＣＴＧＡＣＧＣＴＧＡＧＧＣＧＣＧＡＡＡＧＣＣＡＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＣＧＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＣＧＧＴＡＧＴＣＣＴＧＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＧＡＴＡＣＴＡＧＧＴＧＴＡＧＧＡＧＧＴＡＴＣＧＡＣＴＣＣＴＴＣＴＧＴＧＣＣＧＧＡＧＴＴＡＡＣＧＣＡＡＴＡＡＧＴＡＴＣＣＣＧＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＧＣＣＧＣＡＡＧＧＣＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＧＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＴＧＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＣＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＡＧＣＣＴＴＧＡＣＡＴＴＧＡＴＴＧＣＴＡＣＧＧＡＡＡＧＡＧＡＴＴＴＣＣＧＧＴＴＣＴＴＣＴＴＣＧＧＡＡＧＡＣＡＡＧＡＡＡＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＣＧＧＣＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＧＴＴＧＣＣＡＧＣＡＣＣＴＣＧＧＧＴＧＧＧＧＡＣＴＣＡＧＡＡＧＡＧＡＣＴＧＣＣＧＣＡＧＡＣＡＡＴＧＣＧＧＡＧＧＡＡＧＧＣＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＧＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＧＣＴＴＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＡＣＴＡＣＡＡＴＧＧＣＴＣＴＴＡＡＴＡＧＡＧＧＧＡＡＧＣＧＡＡＧＧＡＧＣＧＡＴＣＣＧＧＡＧＣＡＡＡＣＣＣＣＡＡＡＡＡＣＡＧＡＧＴＣＣＣＡＧＴＴＣＧＧＡＴＴＧＣＡＧＧＣＴＧＣＡＡＣＴＣＧＣＣＴＧＣＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＡＡＴＣＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＡＧＧＴＣＡＧＣＡＴＡＣＴＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＣＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＡＣＣＡＣＧＡＡＡＧＴＣＡＴＴＣＡＣＡＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＧＴＧＡＧＧＣＡＡＣＣＧＣＡＡＧ
Figure 2021523895
Figure 2021523895
Figure 2021523895
配列番号１４（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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配列番号１５（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｌｉｅｎｓｉｓ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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配列番号１６（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｌｉｅｎｓｉｓ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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配列番号１７（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８６として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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配列番号１８（受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ株のコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）
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［６５］Ｖｉｚｉｎ ａｎｄ Ｋｏｓ（２０１５）Ｒａｄｉｏｌ Ｏｎｃｏｌ．４９（３）：２１７−２２６
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［６７］Ｂｏｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６：５９７−６０１
［６８］Ｚｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．７（４０）：６４７９８−６４８０９．
［６９］Ｂａｅ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１２ Ｊｕｌ １；１８９（１）：３６５−７２．
［７０］Ｓａｓａｋｉ−Ｉｍａｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ７６（１３），４２６０−４２６８
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［７２］Ｄｅ Ｂａｅｒｅ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｂｉｏｍｅｄ Ａｎａｌ，８０：１０７−１１５
［７３］Ｓｍａｒｔ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ，５（１０），１７０９−１７２９
［７４］Ｊｏｈｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ａ，１５０３，５７−６４
本発明者らは、実施例で使用した細菌株が、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、ギ酸を消費することを見出した（図２０を参照されたい）。受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５、ＮＣＩＭＢ ４３３８８及びＮＣＩＭＢ ４３３８９として寄託された株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生することも見出した。加えて、受託番号ＮＣＩＭＢ ４３３８５及びＮＣＩＭＢ ４３３８８として寄託された株は、ギ酸を消費することも見出した。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、代謝産物である２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸のうちの１または２以上を産生する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、ギ酸を消費する。いくつかの実施形態では、本発明の細菌株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、ギ酸を消費する。好ましい実施形態では、本発明の細菌株は、酪酸塩、吉草酸、ヘキサン酸、２−メチル−プロパン酸、及び３−メチル−ブタン酸を産生し、酢酸塩、プロピオン酸塩、及びギ酸を消費する。
炎症性腸疾患は、一般に生検または結腸内視鏡検査によって診断される。糞便中のカルプロテクチンの測定は、ＩＢＤの予備診断に有用である。ＩＢＤの診断のための他の臨床検査には、完全な血球数、赤血球沈降速度、包括的な代謝パネル、便潜血検査、またはＣ反応性タンパク質検査が含まれる。通常、ＩＢＤの診断を確認するために、臨床検査及び生検／結腸内視鏡検査の組み合わせを使用する。特定の実施形態では、本発明の組成物は、ＩＢＤと診断された対象において使用するためのものである。
Ｍ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株ＮＣＩＭＢ ４２７８７は、ギ酸を低下させる一方、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸のレベルを増加させる（図２０）。したがって、ＮＣＩＭＢ ４２７８７株は、２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−ブタン酸を産生し、ギ酸を消費する。本発明者らはまた、他の寄託株が、同等レベルの２−メチル−プロパン酸及び３−メチル−プロパンブタン酸を産生し、同様の量のギ酸を消費することを見出した。

Claims (19)

  1. 自己免疫性障害もしくは炎症性障害またはがんの治療もしくは予防に使用するための、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物。
  2. 喘息、関節炎、乾癬、糖尿病、同種移植片拒絶、移植片対宿主病、クローン病もしくは潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患、または前立腺癌、結腸直腸癌、乳癌、肺癌、肝臓癌、もしくは胃癌の治療に使用するための、請求項１に記載の組成物。
  3. クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される疾患または状態の治療または予防に使用するための、請求項１または２に記載の組成物。
  4. クラスＩ ＨＤＡＣ活性によって媒介される状態の治療におけるクラスＩ ＨＤＡＣ活性を選択的に阻害する方法に使用するための、請求項１〜３のいずれかに記載の組成物。
  5. 組成物が、ＨＤＡＣ １、ＨＤＡＣ２、もしくはＨＤＡＣ３活性によって媒介される疾患または状態におけるＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２、もしくはＨＤＡＣ３の選択的阻害に使用するためのものである、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
  6. 上昇したＨＤＡＣ活性を有する患者において使用するための、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
  7. 細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９ ％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項１〜６のいずれかに記載の組成物。
  8. 細菌株が、
    配列番号１４、１５、１６、１７、もしくは１８のうちのいずれかと少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくは９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有するか、または
    配列番号１４、１５、１６、１７、または１８のうちのいずれかによって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、請求項１〜７のいずれかに記載の組成物。
  9. 細菌株が、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓである、請求項１〜８のいずれかに記載の組成物。
  10. 細菌株が、
    配列番号１と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくは９９．９％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有するか、または
    配列番号１によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する、請求項１〜９のいずれかに記載の組成物。
  11. 組成物が、経口投与用である、請求項１〜１０のいずれかに記載の組成物。
  12. 組成物が、１または２以上の薬学的に許容される賦形剤または担体を含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の組成物。
  13. 細菌株が、凍結乾燥される、請求項１〜１２のいずれかに記載の組成物。
  14. 請求項１〜１３のいずれかの使用のための、請求項１〜１３のいずれかに記載の組成物を含む食品。
  15. ヒストン脱アセチル化酵素活性によって媒介される疾患または状態を治療もしくは予防する方法であって、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ属の細菌株を含む組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
  16. 受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞、またはその派生物。
  17. 治療に使用するための、好ましくは請求項１〜４のいずれか１項に定義される疾患または状態の治療もしくは予防に使用するための、受託番号ＮＣＩＭＢ ４２７８７として寄託されたＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ株の細胞、またはその派生物。
  18. 治療に使用するための細菌株であって、前記細菌株が、配列番号１４、１５、１６、１７、または１８のうちのいずれか１つと少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくは９９．９ ％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、前記細菌株。
  19. 治療に使用するための、配列番号１４、１５、１６、１７、または１８のうちのいずれか１つによって表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株。
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