JP2021087431A - 修飾された第ix因子、並びに、細胞、器官及び組織への遺伝子導入のための組成物、方法及び使用 - Google Patents

修飾された第ix因子、並びに、細胞、器官及び組織への遺伝子導入のための組成物、方法及び使用 Download PDF

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Abstract

【課題】第IX因子の発現(転写)のための細胞、組織又は器官に対する第IX因子核酸を目的とする、修飾された第IX因子をコードする配列、発現カセット、ウイルス(例えば、レンチウイルス又はアデノ随伴ウイルス)ベクター等のようなベクター、及び、遺伝子導入する方法を提供する。【解決手段】ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列であって、核酸は、ヒト第IX因子をコードする野生型配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有する核酸配列である。【選択図】なし

Description

関連出願
この特許出願は、2015年6月23日に提出された米国特許出願第62/183,599号、2016年3月30日に提出された米国特許出願第62/315,453号、2016年5月18日に提出された米国特許出願第62/338,315号、2016年6月10日に提出された米国特許出願第62/348,781号、及び、2016年6月13日に提出された米国特許出願第62/349,572号の利益を主張する。これらの全出願の全体が参照よりに明示的に本明細書に組み込まれる。

イントロダクション
望ましい遺伝子欠損若しくは欠乏(機能の損失)、又は、望ましくない遺伝子若しくは欠陥遺伝子の発現(機能の獲得)によって生じる遺伝障害は、様々な疾病に至る。機能喪失の遺伝疾患の一例は、凝固VIII因子(FVIII、血友病A)又は第IX因子(FIX、血友病B)のいずれかの欠失によって生じる遺伝性出血性疾患である血友病である。機能獲得の遺伝疾患の一例は、特に基底核及び大脳皮質の中に蓄積し、ニューロンの徐々の破壊に結びつく変異タンパクをコードする病的「HTT」遺伝子(ハンチンチンタンパクをコードする)によって引き起こされる疾病であるハンチントン病である。
血友病の現行の治療は、出血が生じた場合に必要に応じて又は予防的に、組み換え凝固因子を静脈内に投与することにある。しかしながら、この治療のアプローチは、繰り返される注入の必要、治療のコスト、抗治療因子免疫反応を発達させるリスク、及び、潜在的に致命的な出血のリスク等のいくつかの欠点を有する。これらの限界は、血友病のための遺伝子をベースとした治療の開発を促した。この目的のために、血友病は、1)治療濃度域が非常に広く、正常の1%を超えるレベルは既に重篤から中程度に表現型を変化させることができ、100%のレベルはいかなる副作用を伴わず、2)治療導入遺伝子の組織特異的発現は厳密に必要ではなく、3)治療効力の終了点の測定に多くの経験があるので、遺伝子導入をベースとした治療に理想的である。
現在、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターは、インビボでの遺伝子送達のための最良の安全性及び効能プロフィールを有するので、遺伝子導入ベクターとして最適なものと認識されている。今までに単離されたAAV血清型のうち、AAV2とAAV8は、重度の血友病Bに罹患したヒトの肝臓をターゲットとするために使用されてきた。
要約
本発明は、核酸配列、発現ベクター(例えば、ベクターゲノム)及びプラスミド、組成物、並びに、ウイルスベクターであって、その核酸が第IX因子(例えばヒト第IX因子)をコードするものを提供する。第IX因子をコードする核酸は、FIXをコードする配列と比較して、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数が減るように修飾されている。特別な実施形態において、第IX因子をコードする修飾された核酸は、ヒト第IX因子をコードする野生型又は天然の配列と比較して、減少した数のCpGジヌクレオチドを有する。
CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸は、ウイルスベクター等のベクターに含まれていてもよい。代表的なウイルスベクターは、例えば、他の細胞種の中でも、肝臓の肝
細胞をターゲットとするレンチウイルスベクター及びパーボウイルスベクター(例えば、アデノウイルスベクター又はアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター)を含む。核酸配列送達のためのベクターとして、AAVベクターは、細胞中でポリヌクレオチドを発現させる。第IX因子をコードする修飾された核酸等のような、タンパクをコードするポリヌクレオチドは、投与した後に、任意に治療レベルで発現されることができる。
従って、第IX因子をコードする修飾された核酸を含むベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜、包んでいる)組み換えAAVベクターが提供される。特定の実施形態において、組み換えAAV粒子は、ベクターゲノムをキャプシドで包膜しているか又は包んでいる。そのような発明の組み換えAAV粒子は、異種起源のポリヌクレオチド配列(例えば、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIX等のような第IX因子をコードする修飾された核酸)を含むウイルスベクターゲノムを含む。ある実施形態において、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIX等のような、第IX因子をコードする修飾された核酸を含むベクターゲノムは、AAVキャプシド又はAAVキャプシド変異体によってキャプシドで包膜されているか又は包まれている。
本発明の組み換えAAVベクターにおいて、異種起源ポリヌクレオチド配列は、転写され、続いて、タンパクに翻訳されることができる。様々な態様において、異種起源ポリヌクレオチド配列は、治療用タンパクをコードする。特別な態様において、タンパクは、血液凝固因子(例えば、第IX因子、第XIII因子、X因子、第VIII因子、第VIIa因子、又は、プロテインC)である。さらなる特別な態様において、ベクターは第IX因子をコードする修飾された核酸(例えばCpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)を含む。
AAV及びキャプシド変異体等のAAVの変異体は、望ましい又は治療上の利益を提供するポリヌクレオチド及び/又はタンパクを届けることができ、それによって、様々な疾病を治療する。例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74若しくはAAV−2i8、及び、これらの変異体、並びに、AAVキャプシド変異体(例えば、4−1)は、血友病A、B等を治療するための治療遺伝子(例えば、第IX因子)を、細胞、組織及び器官に届けるために有用なベクターである。
ベクターゲノム(ウイルス又はAAV)を含む(キャプシドで包膜する、包む)本発明の組み換えウイルス及びAAVベクターは、シス又はトランスで機能するさらなる因子を含む。特定の実施形態において、ベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)組み換えのウイルスの(例えばAAV)ベクターは、さらに;(例えば、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIX等の第IX因子をコードする修飾された核酸)異種起源ポリヌクレオチド配列の5’末端又は3’末端に隣接する1つ以上の逆方向末端反復(ITR)配列;構造的因子又は制御可能な制御因子等のような、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)を転写させる発現制御因子(例えば、プロモーター又はエンハンサー)、又は、組織特異的発現制御因子;イントロン配列、スタッファー又はフィラーポリヌクレオチド配列;及び/又は、異種起源ポリヌクレオチド配列の3’に位置するポリアデニル化配列を有する。
従って、ベクターは、さらに、イントロン、発現制御因子(例えば、構造的因子若しくは制御可能な制御因子、又は、組織特異的発現制御因子若しくはプロモーター(例えば、
ヒトα1−抗トリプシン(hAAT)プロモーター、及び/又は、アポリポタンパクE(
ApoE)HCR−1、及び/又は、HCR−2エンハンサー等の肝臓発現のためのもの))、1つ以上のアデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)(例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のAAV血清型のいずれかのITR配列)、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列を含むことができる。そのようなさらなる因子の位置は変わってもよい。特別な態様において、イントロンは、ヒトFIXタンパクをコードする配列中に存在し、及び/又は、発現制御因子は、ヒトFIXタンパクをコードする配列に作用可能に連結され、及び/又は、AAV ITRは、ヒトFIXタンパクをコードする配列の5’又は3’に隣接し、及び/又は、前記フィラーポリヌクレオチド配列の末端は、ヒトFIXタンパクをコードする配列の5’末端又は3’末端に隣接する。
いくつかの実施形態において、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIX核酸は、ヒト第IX因子をコードする天然の配列又は野生型の配列よりも、1〜5個少ない、5〜10個少ない、10〜15個少ない、15〜20個少ない、20〜25個少ない、25〜30個少ない、30〜40個少ない、40−55個少ない、55−75個少ない、75−100個少ない、100−150個少ない、150−200個少ないCpGジヌクレオチドを有していてもよい。特別な態様において、本明細書に記載されている修飾されたFIX核酸は、CpGジヌクレオチドの数が減少していないヒト第IX因子をコードする野生型の配列又は天然の配列よりも多いか又は同等のレベルで発現されるヒトFIXタンパクをコードする
さらなる実施形態において、イントロン、発現制御因子(例えば、構造的因子若しくは制御可能な制御因子、又は、組織特異的発現制御因子若しくはプロモーター(例えば、ヒトα1−抗トリプシン(hAAT)プロモーター、及び/又は、アポリポタンパクE(A
poE)HCR−1、及び/又は、HCR−2エンハンサー等の肝臓発現のためのもの))、1又はそれ以上のアデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)(例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のAAV血清型のいずれかのITR配列)、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、同等の天然又は野生型の発現制御因子、アデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列と比較して、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されていてもよい。特別な態様において、発現制御因子、アデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、天然又は野生型の同等配列より、1〜5個少ない、5〜10個少ない、10〜15個少ない、15〜20個少ない、20〜25個少ない、25〜30個少ない、30〜40個少ない、40−55個少ない、55−75個少ない、75−100個少ない、100−150個少ない、150−200個少ないCpGジヌクレオチドを有する。
典型的なAAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74若しくはAAV−2i8のいずれかのAAVキャプシド配列、又は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74若しくはAAV−2i8のキャプシド変異体を含む。また、本発明の組み換えAAV粒子は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74、若しくは、AAV−2i8、並びに、これらの変異体を含む。特別なキャプシド変異体は、アミノ酸の置換、欠損又は挿入/付加を有するキャプシド配列等のような、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8等のキャプシド変異体を含む。特別な態様において、置換は、Rh74 VP1キャプシド配列(配列番号:1)において、例えば、アミノ酸位置195、199、201又は202のいずれか1つでなされる。さらなる特別な態様において、置換された残基は、Rh74 VP1キャプシド配列のアミノ酸位置195、199、201又は202のいずれか1つにおけるA、V、P又はNのアミノ酸に対応する。さらに特別な態様において、キャプシド配列は、Rh74 VP1キャプシド配列のアミノ酸位置195のA残基;アミノ酸位置199のV残基、アミノ酸位置201のP残基、又は、アミノ酸位置202のN残基を有する。さらなる特別な態様において、キャプシド配列は、Rh74 VP1キャプシド配列のアミノ酸位置195のA残基、アミノ酸位置199のV残基、アミノ酸位置201のP残基、又は、アミノ酸位置202のN残基の任意の2つ、3つ、又は、4つすべてを有する。
さらなる特別な態様において、キャプシド変異体は、配列番号4−9のいずれかを含む。さらなる実施形態において、AAVベクターは、任意のAAV血清型の任意のVP1、VP2及び/又VP3に対して、90%又はより高い配列同一性を有する、AAV VP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列を有するキャプシド配列を有する。特別な態様において、AAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のVP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列に対して90%又はより高い同一性を有する、VP1キャプシド配列、VP2キャプシド配列又はVP3キャプシド配列を有するキャプシド配列を有する。さらなる特別な態様において、AAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のAAV血清型のいずれかより選択される、VP1キャプシド配列、VP2キャプシド配列又はVP3キャプシド配列を有するキャプシド配列を有する。
さらなる実施形態において、組み換えベクターゲノムは、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数を減らすように修飾されたFIX等のような、第IX因子をコードする修飾された核酸と、フィラーポリヌクレオチド配列若しくはスタッファポリヌクレオチド配列を含む。特別な態様において、第IX因子をコードする修飾された核酸は、約4.7kb未満の長さを有する。さらに特別な態様において、第IX因子をコードする修飾された核酸は、4.7kb未満の長さを有し、1つ以上のAAV ITRに隣接しているか、又は、2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列内に配置されている。さらなる特別な態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、第IX因子をコードする修飾された核酸と結合した場合に、第IX因子をコードする核酸配列と、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列との合計の結合した長さが概ね3.0kb〜5.5kbの間、概ね4.0kb〜5.0kb、又は、概ね4.3kb〜4.8kbの間となる長さを有する。
フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、そのベクターの機能又は活性を阻害しないベクター配列中のいかなる所望の位置に配置されることができる。一態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数が減少したFIX等のような第IX因子コード核酸配列のそれぞれの5’及び/又は3’の末端に隣接する5’及び/又は3’のITR(例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のITR及びそれらの変異体)の間に配置されている。別の態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIX等のような第IX因
子コード核酸配列のそれぞれの5’及び/又は3’の末端に隣接する5’及び/又は3’のITRの内部に配置されている。さらなる態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子コード核酸配列のそれぞれの5’及び/又は3’末端に隣接する5’及び/又は3’のITRに隣接して配置されている。さらなる一態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された(例えば、ゲノム核酸内のイントロンと類似した)核酸の内部に配置されている。
従って、様々な実施形態において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、AAV ITR配列に隣接して配置され;2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列内に配置され;2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列の外部に配置され;又は、2つのフィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列が存在し、第1のフィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列が、2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列の内部に配置され、第2のフィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列が、2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列の外部に配置される。
さらなる特別な態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列の内部に配置されている場合、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸と結合したときに、その異種起源ポリヌクレオチド配列と、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列との合計の結合した長さが、概ね3.0kb〜5.5kb、概ね4.0kb〜5.0kb又は概ね4.3kb〜4.8kbとなるような長さを有する。さらに別の特別な態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、2つのアデノ随伴ウイルス(AAV)ITR配列の外部に配置されている場合、4.7kbを超える、概ね5.0kb〜10.0kb又は概ね6.0kb〜8.0kbの長さを有する。
典型的に、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、不活性であるか又は無毒性であり、また、機能又は活性を有しない。様々な特別な態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列はバクテリアのポリヌクレオチド配列ではなく、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列はタンパクをコードする配列ではなく、又は、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、第IX因子をコードする修飾された核酸)、AAV逆方向末端反復(ITR)配列、発現制御因子、複製開始点、選択可能なマーカー又はポリアデニル化(ポリA)シグナル配列のいずれからも区別される配列である。
様々な追加的な特別な態様において、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)と関係がある又は関係がないイントロン配列である。特別な態様において、イントロン配列は、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)の内部に配置される。他の特別な態様において、イントロンが、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、第IX因子をコードする修飾された核酸)によってもコードされるタンパクをコードするゲノムDNAのようなゲノムDNA中に存在するように、イントロン配列は、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)と関係がある。
AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のような組み換えレンチウイルス及びパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター、並びに、組み換えAAVベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)キャプシド変異体(例えば、4−1)粒子のような変異体が、細胞内に含まれていてもよい。そのような実施形態において、細胞は、ウイルス(AAV)粒子を生産することができる、若しくは、溶解してウイルス(AAV)粒子を生産することができるパッケージング細胞で構成されてもよいし、又は、異種起源ポリヌクレオチド配列を発現することが望まれる標的細胞で構成されてもよい。従って、CpGジヌクレオチド数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸のベクター、並びに、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のようなレンチウイルス及びパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター及び変異体(例えば、4−1等)の粒子を含む細胞が提供される。
さらなる実施形態において、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列であって、ヒト第IX因子をコードする天然の配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有する核酸、又は、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列を含む発現ベクター又はプラスミドであって、ヒト第IX因子をコードする天然の配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有する核酸が、組成物中に含まれる。特別な態様において、そのような核酸配列は、医薬組成物中に含まれていてもよい。従って、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のように組み換えのレンチウイルス及びパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター、並びに、ベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)変異体(例えば、4−1等)粒子が、医薬組成物中に含まれてもよい。そのような組成物は、組換えベクター(例えば、AAV)、及び、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のようなウイルス粒子、並びに、ベクター(例えば、AAV)ゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)変異体(例えば4−1)の被検体への投与に有用である。
AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のような組み換えレンチウイルス及びパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター、並びに、ベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)変異体(例えば、4−1等)粒子は、様々な方法及び用途において使用することができる。従って、哺乳動物又は哺乳動物の細胞のような生物又は細胞中に、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸)を届け又は移すための方法及び使用が提供される。
一実施形態において、方法又は使用は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のようなレンチウイルス若しくはパーボウイルス(例えば、AAV)のベクター、又は、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸)粒子をベクターゲノム中に含む(キャプシドで包膜する、包む)変異体を適切な条件下で哺乳動物又は哺乳動物の細胞に投与して、哺乳動物又は哺乳動物の細胞中に異種起源ポリヌクレオチド配列を届け又は移すことを含む。一態様において、この方法又は使用は、哺乳動物及び/又は細胞中に異種起源のポリヌクレオチド(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)を移し/届ける。別の態様において、この方法は、異種起源のポリヌクレオチド(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)の細胞中への転送/送達、続いて起こる転写物を形成する転写、及び、続いて起こる遺伝子産物(例えば第IX因子)を形成する翻訳を可能にする。
さらなる実施形態において、方法又は使用は、タンパクの発現又は機能の欠乏又はタンパクの発現又は機能の必要性のある被検体(例えば、哺乳動物)を治療するためのものであり、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のようなレンチウイルス若しくはパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター若しくは変異体、複数のそのようなウイルス(例えば、AAV)粒子、又は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74若しくはAAV−2i8のようなレンチウイルス若しくはパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター若しくは変異体、粒子、若しくは、複数のそのようなウイルス(例えばAAV)粒子の医薬組成物を提供すること;及び、ウイルス粒子、複数のウイルス粒子、又は、ウイルス粒子若しくは複数のウイルス粒子の医薬組成物を被検体(例えば哺乳動物)に投与することを含む。そのように投与された異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)は、続いて被検体(例えば、哺乳動物)中で発現されることができる。
投与又は送達のための方法及び用途は、被検体に適合するあらゆるモードを含む。特定の実施形態において、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のようなレンチウイルス又はパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター及び変異体、又は、複数のそのようなウイルス粒子は、静脈内に、動脈内に、筋肉内に、皮下に又はカテーテル経由等のように、非経口的に投与又は送達される。
被検体は、ヒト及び非ヒト(例えば、霊長類)等のような哺乳動物を含む。特定の実施形態において、被検体は、異種起源ポリヌクレオチド配列の発現から利益を受け、又は、異種起源ポリヌクレオチド配列の発現を必要とするであろう。さらなる特別な実施形態において、被検体は、例えば、低減された量の第IX因子を発現する血友病Bに罹患した被検体のような被検体等のように、第IX因子の発現又は機能から利益を得るだろう。
本発明に従って、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のような組み換えのレンチウイルス及びパーボウイルス(例えば、AAV)ベクター、並びに、ベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)変異体を生産する方法が提供される。ある実施形態において、1つの方法は、増殖性のウイルス感染を生じさせるために、パッケージング細胞中に組換えベクター(例えば、AAV)プラスミドを導入すること;及び、組み換えウイルス粒子を生産する条件下でパッケージング細胞をインキュベートすることを含む。別の一実施形態において、組み換えウイルスベクターが混入核酸を含み、低減された量の組み換えウイルス粒子を有する組み換えウイルス又はAAV粒子を生産する方法であって、前記方法は、パッケージング細胞中に組換えベクター(例えばAAV)プラスミドを導入すること;及び、組み換えウイルス粒子を生産する条件下で前記パッケージング細胞をインキュベートすることであって、生産される組み換えウイルス粒子が、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列が組み換えウイルスベクターに存在しない状態で生産される混入核酸を含むウイルス粒子の数と比較して、混入核酸を含むベクターゲノムを有するウイルス粒子の数が減少していることを含む。特別な態様において、混入核酸は、バクテリアの核酸であるか;又は、前記異種起源ポリヌクレオチド配列若しくはITR、プロモーター、エンハンサー、複製開始点、ポリA配列、又は、選択可能なマーカー以外の配列である。
パッケージング細胞は哺乳動物細胞を含む。特定の実施形態において、パッケージング細胞は、(異種起源のポリヌクレオチド)配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸)、発現ベクター(例えば、ベクターゲノム)をウイルス粒子(例えば、AAV粒子)中にパッケージするためのヘルパー(例えばAAV)機能を含む。特別な態様において、パッケージング細胞は、AAV Repタンパク及び/又はCapタンパク(例えば、Rep78、及び/又は、Rep68タンパク)を提供し;パッケージング細胞は、Repタンパク配列及び/又はCapタンパク配列をコードするポリヌクレオチドが安定的に又は一時的に導入され;及び/又は、パッケージング細胞は、Rep78及び/又はRep68タンパクポリヌクレオチドコード配列を安定的に又は一時的に導入される。
本発明において、組み換えレンチウイルス又はパーボウイルス(例えばAAV)ベクター、及び、それに伴うシス(例えば、発現制御因子、ITR、polyA)因子、又は、トランス(例えば、キャプシドタンパク、Rep/Capタンパク等のパッケージ機能)因子は、任意の生物、種、株又は血清型をベースとしてもよい。組み換えウイルス(例えばAAV)粒子は、典型的には、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8並びに変異体をベースとするが、異なる複数の血清型のハイブリッド又はキメラを含む。代表的なAAV血清型は、限定されるものではないが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8の血清型を含む。従って、ベクターゲノムを含む組み換えウイルス(例えばAAV)粒子は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8の血清型のVP1、VP2又はVP3キャプシドタンパクのような異なる血清型、複数の血清型の混合、又は、異なる複数の血清型のハイブリッド若しくはキメラに由来するキャプシドタンパクを含んでいてもよい。更に、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8のような組み換えレンチウイルス又はパーボウイルス(例えばAAV)ベクター、配列、プラスミド、ベクターゲノムは、いずれか1つの血清型、血清型の混合、又は、異なる複数の血清型のハイブリッド若しくはキメラに由来する因子を含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、組み換えAAVベクターは、ITR、Cap、Rep、及び/又は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及び/若しくはAAV−2i8血清型、又は、前述のAAV血清型の混合、ハイブリッド若しくはキメラに由来する配列を含む。
図1はRh74 VP1のアミノ酸配列を示す。
図2はRh74 VP2のアミノ酸配列を示す。
図3は、Rh74 VP3のアミノ酸配列を示す。
図4は、キャプシド変異体4−1 VP1タンパクのアミノ酸配列を示す。
図5は、キャプシド変異体15−1のアミノ酸配列を示す。
図6は、キャプシド変異体15−2のアミノ酸配列を示す。
図7は、キャプシド変異体15−3/15−5のアミノ酸配列を示す。
図8は、キャプシド変異体15−4のアミノ酸配列を示す。
図9は、キャプシド変異体15−6のアミノ酸配列を示す。
図10は、FIX39の核酸配列を示す。
図11は、FIX19の核酸配列を示す。
図12Aは、FIX39プラスミドの配列を示す。
図12Bは、phFIX39v2プラスミドの配列を示す。
図13は、FIX39プラスミドのマップを示す。
図14はイントロンA核酸配列を示す。
図15は、FIX39+イントロンAの核酸配列を示す。
図16は、インビトロセッティングにおいて分析された、AAV−4−1キャプシド変異体(配列番号:4)の形質導入効率を示す。
図17は、AAV−FIX39−Padua(四角/円)及びAAV−FIX19−Padua(ダイヤモンド/六角形)を1×1011又は1×1012vg/kgのいずれか第8週に静脈内注射した後の野生型マウスの血漿中のhFIXのレベルを示す。ヒトFIX血漿中濃度は、ELISAによって分析され、試験期間中に動物の同じグループを続けて出血させることによって得た複数の測定を示している。エラーバーは標準誤差を示す。
図18は、5μgのpFIX19−Paduaプラスミド又はpFIX39−Paduaプラスミドの水圧尾静脈注入の24時間後のマウス血漿中のヒトFIXの血中濃度を示す。P=0.3337
図19は、本発明によるAAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた4人のヒト血友病B患者のデータ要約、及び、その後の評価期間(それぞれ、183日、102日、69日及び50日)に亘るFIX活性(%)を示す。
図20Aは、183日間の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第1のヒト血友病B患者のFIX活性(%)データを示す。
図20Bは、183日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第1のヒト血友病B患者の肝臓機能検査(ALT酵素、AST酵素及びLDH酵素)データを示す。プロットされているLDH値(LDH1)は、ALT値及びAST値と共に示すために10で除されている。
図21Aは、102日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第2のヒト血友病B患者のFIX活性(%)
データを示す。
図21Bは、102日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第2のヒト血友病B患者の肝臓機能検査(ALT酵素、AST酵素及びLDH酵素)データを示す。プロットされているLDH値(LDH1)は、ALT値及びAST値と共に示すために10で除されている。
図22Aは、69日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第3のヒト血友病B患者のFIX活性(%)データを示す。
図22Bは、69日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第3のヒト血友病B患者の肝臓機能検査(ALT酵素、AST酵素及びLDH酵素)データを示す。プロットされているLDH値(LDH1)は、ALT値及びAST値と共に示すために10で除されている。
図23Aは、50日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第4のヒト血友病B患者のFIX活性(%)データを示す。
図23Bは、50日の評価期間に亘る、AAV−FIX Padua変異体(FIX39)を有するベクターの単独注入を受けた第4のヒト血友病B患者の肝臓機能検査(ALT酵素、AST酵素及びLDH酵素)データを示す。プロットされているLDH値(LDH1)は、ALT値及びAST値と共に示すために10で除されている。
図24Aは、ヒト被検体中のAAV−FIX39 Paduaの相対的な免疫原性プロフィールを示す。
図24Bは、ヒト被検体のAAV−FIX39パドヴァ及びAAV8−FIX19の相対的な免疫原性プロフィールを示す。
詳細な説明
本発明は、ヒトFIXタンパクのような、タンパクをコードする修飾された核酸配列の開発に少なくとも一部分において基づいている。いくつかの実施形態において、修飾された核酸は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列のような、第IX因子をコードする基準核酸配列と比較して、CpG(シトシン・グアニン)ジヌクレオチドの数が減少している。さらなる実施形態において、核酸(例えば、ヒト第IX因子をコードする天然の配列)をコードする基準第IX因子と比較して、CpGジヌクレオチドの数が減少したそのような修飾された核酸は、発現ベクター(例えば、ベクターゲノム)又はプラスミド中に含まれている。
本発明は、さらにヒトFIXをコードする修飾された核酸配列を含む組成物のような組成物を含む。そのような組成物において、修飾された核酸は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)配列のような参照配列に対してCpGジヌクレオチドの数が減少している。また、組成物は、発現ベクター(例えば、ウイルスベクター/ベクターゲノム)、及び、CpGジヌクレオチドの数が減少したヒトFIXタンパクをコードするそのような修飾された核酸配列を含むプラスミドを含む。
特別な態様において、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列は、ヒト第IX因子をコードする天然の配列より1〜5個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第I
X因子をコードする天然(野生型)の配列より5〜10個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列より10〜15個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列より15〜20個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列より20〜25個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列より25〜30個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列より30〜40個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、ヒト第IX因子をコードする天然(野生型)の配列より40〜55個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、あらゆるCpGジヌクレオチドが完全に欠けている。
CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸は、1つ以上のさらなるシス因子をさらに含んでいてもよい。代表的なシス因子は、限定されるものではないが、発現制御因子、イントロン、ITR、停止コドン、polyA配列及び/又はフィラーポリヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態において、そのようなシス作用因子は修飾されていてもよい。例えば、発現制御因子、イントロン、ITR、ポリA配列及び/又はフィラーポリヌクレオチド配列のようなシス作用エレメントは、CpGジヌクレオチドの減少した数を有していてもよい。1つの態様において、発現制御因子、イントロン、ITR、ポリA配列及び/又はフィラーポリヌクレオチド配列のような1つ以上のシス作用因子は、CpGジヌクレオチドが欠けている。特別な態様において、発現制御因子、イントロン、ITR、ポリA配列及び/又はフィラーポリヌクレオチド配列のような1つ以上のシス作用因子は、対照標準シス作用エレメントより1〜5個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス作用エレメントより5〜10個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス作用エレメントより10〜15個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス作用因子より15〜20個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス作用因子より20〜25個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス作用因子より25〜30個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス作用因子より30〜40個少ないCpGジヌクレオチドを有し;又は、対照標準シス要素より40〜55の少数のCpGジヌクレオチドを有し;又は、あらゆるCpGジヌクレオチドが欠けている。
本発明は、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、ヒトFIXタンパクをコードする修飾された核酸配列を含むウイルスベクターを含む。特定の実施形態において、ベクターは、アデノウイルスベクターのような、レンチウイルスベクター又はパーボウイルスベクターを含む。より特別な実施形態において、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのようなヒトFIXタンパクをコードする修飾された核酸配列は、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターに含まれる。
さらに特別な実施形態において、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8に由来するキャプシド、並びに、それらの変異体(例えば、アミノ酸の挿入、付加及び置換等のキャプシド変異体)を含む。当業者に理解されるように、AAVキャプシドは、典型的には、VP1タンパクと、本質的にVP1のアミノ末端基切断であるVP2及びVP3と呼ばれる2つのより短いタンパクとを含む。キャプシド及び当業者に知られている他の要因に依存して、3つのキャプシドタンパク、VP1、VP2及びVP3は、典型的には、それぞれ1:1:10に接近する比率でキャプシド中に存在する。ただし、この比率、特にVP3の比率は、著しく変わる場合があり、いかなる態様においても限定するものとして解釈してはならない。
AAV変異体は、AAV−Rh74変異体(例えば、Rh74 VP1キャプシド配列、配列番号:1、図1のAAVキャプシド変異体)を含み、これらに限定されるものではないが、表1に示されている変異体4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び15−6を含む。Rh74 VP2及びRh74 VP3アミノ酸配列は、それぞれ、配列番号:2(図2)及び配列番号:3(図3)において提供される。
Figure 2021087431
4−1変異体(配列番号:4)は、VP1キャプシドの、アミノ酸位置195、199、201及び202において、それぞれ、アラニン、バリン、プロリン及びアスパラギンの置換を有していた。下線及び太字になっている置換された残基a、v、p及びnを有する4−1変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列は、図4(配列番号:4)に示されている。変異体4−1については、それぞれ、VP2配列が配列番号27からなり、VP3配列が配列番号3からなる。
15−1、15−2、15−3、15−4、15−5及び15−6変異体もまた、VP1キャプシドのアミノ酸位置195、199、201及び202において、それぞれ、ラニン、バリン、プロリン及びアスパラギンの置換を有していた。さらに、これらの変異体は、様々な位置においてリジンのアルギニン置換を多数有していた。15−1変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:5)は、図5に示されており;15−2変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:6)は、図6に示されており;15−3/15−5変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:7)は、図7に示されており;15−4変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:8)は、図8に示されており;また、15−6変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:9)は、図9に示されている。ここで使用することができるキャプシドの例は、限定されるものではないが。米国特許出願公報第2015/0023924号に開示されているものを含む。
従って、AAVベクターのようなレンチウイルスベクター及びパーボウイルスベクター、並びに、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、ヒトFIXタンパクをコードする修飾された核酸配列を含むベクターゲノムを含む(キャプシドで包膜する、包む)AAV変異体(例えば、4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び15−6のようなキャプシド変異体)のようなウイルスベクター変異体が提供され
る。
例示的研究において、AAV−Rh74は、他のいくつかの血清型より有意に高い、遺伝子の導入/送達で生成されるタンパク発現レベルを媒介した。特に、AAV−Rh74ベクター及びキャプシド変異体(例えば、4−1)の肝臓に対する送達のための標的遺伝子は、肝臓への遺伝子導入のための究極の判断基準である、血友病Bのイヌ及び/又はマウス及び/又はマカクにおけるAAV8に少なくとも匹敵する効率を有する。
本明細書に開示されているように、AAV血清型及び変異体を含む、レンチウイルス及びパーボウイルスベクターのようなウイルスベクターは、エクスビボ、インビトロ及びインビボにおいてポリヌクレオチド配列を細胞中に送達するための手段を提供し、そのポリヌクレオチド配列は、タンパクをコードすることができ、そのコードされるタンパクを細胞が発現することができる。例えば、組み換えAAVベクターは、望まれるタンパク又はペプチド(例えば、第IX因子)をコードする異種起源のポリヌクレオチドを含んでいてもよい。従って、被検体(例えば、哺乳動物)に対するベクター送達又は投与は、コードされたタンパク及びペプチドを被検体に提供する。従って、AAV血清型とキャプシド変異体(例えば、4−1)のような変異体を含む、レンチウイルス及びパーボウイルスベクターのようなウイルスベクターは、発現のための及び任意に様々な疾病の治療のための異種起源のポリヌクレオチドを移動/送達するために使用することができる。
特定の実施形態において、組換えベクター(例えばAAV)は、パルボウイルスベクターである。パルボウイルスは一本鎖DNAゲノムを有する小さいウイルスである。「アデノ随伴ウイルス」(AAV)はパルボウイルスファミリーに属する。
AAVを含むパルボウイルスは、細胞に浸透することができ、核酸/遺伝物質を導入することができ、その核酸/遺伝物質が細胞中に安定して維持されるので、遺伝子治療ベクターとして有用なウイルスである。さらに、これらのウイルスは、例えば、染色体19における特定部位のように、特定部位に核酸/遺伝物質を導入することができる。AAVはヒトにおいて病原性疾病に関係していないので、AAVベクターは、本質的なAAV発病又は疾病を引き起こすことなく、ヒト患者に異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、治療タンパク及び治療剤)を届けることができる。
AAV及びAAV変異体(例えば、4−1のようなキャプシド変異体)の血清型(例えば、VP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列)は、例えば、AAV1−AAV11、Rh74又はRh10を含む他のAAV血清型とは異なっていてもよい(例えば、AAV1−AAV11、Rh74又はRh10血清型のいずれかのVP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列とは異なっていてもよい)し、異なっていなくてもよい。
本明細書で使用されているように、「血清型」という用語は、他のAAV血清型とは血清学的に区別されるキャプシドを有するAAVを表すために使用される区別である。他のAAVと比較して、血清学的独自性は、1つのAAVに対する抗体間の交差反応性の欠如に基づいて決定される。そのような交差反応性の差は、通常、キャプシドタンパク配列/抗原決定基群の差による(例えば、AAV血清型のVP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列差による)。キャプシド変異体を含むAAV変異体が対照標準AAV又は他のAAV血清型とは血清学的に区別できないかもしれない可能性にもかかわらず、AAV変異体は、対照標準又は他のAAV血清型と比較して、少なくとも1つのヌクレオチド又はアミノ酸残基が異なる。
従来の定義の下では、血清型は、中和活性に関して区別されたすべての既存の血清型に特異的な漿液に対して、対象とするウイルスを試験し、対象とするウイルスを中和する抗
体が見つからなかったことを意味する。より多くの天然ウイルス分離株が発見され、及び/又は、より多くのキャプシド変異体が生成されても、現在存在する血清型のいずれかと血清学的な違いがあってもよいし、なくてもよい。従って、新しいウイルス(例えば、AAV)が血清学的な違いを有しない場合、この新しいウイルス(例えば、AAV)は対応する血清型のサブグループ又は変異体であろう。多くの場合、キャプシド配列修飾を有する変異ウイルスに対しては、それらが血清型の従来の定義に従って別の血清型のものであるかを判断するための、中和活性に関する血清学的試験がまだおこなわれていない。従って、便宜のために、また、繰り返しを避けるために、「血清型」という用語は、血清学的に区別されるウイルス(例えば、AAV)及び血清学的に区別されないウイルス(例えば、AAV)であって、所定の血清型のサブグループ又は変異体に属することができるものの両方を広く表す。
組換えベクター(例えば、AAV)プラスミド、ベクター(例えば、AAV)ゲノム、並びに、方法及び使用は、あらゆるウイルス株又は血清型を含む。非限定的な例として、組換えベクター(例えば、AAV)プラスミド又はベクター(例えば、AAV)ゲノムは、例えば、AAV−1、−2、−3、−4、−5、−6、−7、−8、−9、−10、−11、−rh74、−rh10又はAAV−2i8のような任意のAAVゲノムをベースとするものであってもよい。そのようなベクターは、同じ株又は血清型(あるいは、サブグループ又は変異体)をベースとしていてもよいし、又は、互いに異なっていてもよい。非限定的な例として、1つの血清型ゲノムをベースとした組換えベクター(例えば、AAV)プラスミド又はベクター(例えば、AAV)ゲノムは、そのベクターを包むキャプシドタンパクの1つ以上と同一であってもよい。さらに、組換えベクター(例えば、AAV)プラスミド又はベクター(例えば、AAV)のゲノムは、そのベクターを包むキャプシドタンパクの1つ以上とは異なるAAV(例えば、AAV2)血清型ゲノムをベースとしていてもよく、その場合、3つのキャプシドタンパクの少なくとも1つは、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74若しくはAAV−2i8、又は、AAV−Rh74変異体(例えば、4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び15−6のようなキャプシド変異体)のような変異体であってもよい。
従って、AAVベクターは、特定の血清型に特徴的な遺伝子/タンパク配列と同一の遺伝子/タンパク配列を含む。ここで使用されているように、「AAV1と関係するAAVベクター」は、1つ以上のAAVタンパク(例えば、VP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列)であって、AAV1を構成する1つ以上のポリヌクレオチド配列又はポリペプチド配列に対する本質的な配列同一性を有するものを表す。同様に、「AAV8と関係するAAVベクター」は、1つ以上のAAVタンパク(例えば、VP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列)であって、AAV8を構成する1つ以上のポリヌクレオチド配列又はポリペプチド配列に対する本質的な配列同一性を有するものを表す。「AAV−Rh74と関係するAAVベクター」は、1つ以上のAAVタンパク(例えば、VP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列)であって、AAV−Rh74を構成する1つ以上のポリヌクレオチド配列又はポリペプチド配列に対する本質的な配列同一性を有するものを表す(例えば、図1ないし図3のVP1、VP2、VP3を参照されたい)。従って、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8等の他の血清型に関連づけられたそのようなAAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74及びAAV−2i8とは区別される1つ以上の配列を有していてもよいが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8の1つ以上の遺伝子及び/若しくはタンパクに対する本質的な配列同一性を示すものであってもよいし、並びに/又は、それらの1つ以上の機能的特性(例えば、細胞/組織指向性等)を有していてもよい。典型的な非限定的なAAV−Rh74のようなAAV−Rh74若しくは関連AAV、又は、(例えば、4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び15−6のようなキャプシド変異体)のようなAAV−Rh74変異体及び関連AAV変異体の配列は、例えば、図1ないし図9に記載されているVP1、VP2及び/又はVP3を含む。
様々な典型的な実施形態において、対照標準血清型と関係するAAVベクターは、1つ以上のAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8(例えば、図1ないし図9に記載されているAAV−Rh74 VP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列等)に対して少なくとも80%以上(例えば、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%等)同一の配列を含むか又は当該配列からなるポリヌクレオチド、ポリペプチド、又は、その部分配列を有する。
本発明の方法及び使用は、AAV配列(ポリペプチド及びヌクレオチド)、AAV−Rh74配列(ポリペプチド及びヌクレオチド)、及び、それらの部分配列であって、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10又はAAV−2i8、例えば、AAV−Rh74の遺伝子又はタンパク配列(例えば、図1〜図9に記載されているVP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列)のような対照標準AAV血清型に対して100%未満の配列同一性を示すが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74AAV−2i8の遺伝子又はタンパクのような既知のAAV遺伝子又はタンパクから区別され、同一でないものを含む。一実施形態において、AAVポリペプチド又はその部分配列は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のような任意の対照標準AAV配列又はその部分配列(例えば、図1〜図9に記載されているVP1配列、VP2配列及び/又はVP3配列)に対して少なくとも80%以上(例えば、85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、つまり、最大100%)同一の配列を含むか又は当該配列からなる。特別な態様において、AAV変異体は、4個のアミノ酸置換のうちの1個、2個、3個又は4個を有する(例えば、キャプシド変異体4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び15−6)。
AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8、並びに、変異体、関連するハイブリッド配列及びキメラ配列を含む組換えベクター(例えば、AAV)は、機能する1つ以上のAAV ITR配列が隣接した1つ以上の異種起源ポリヌクレオチド配列(遺伝子組み換え)を含むために、当業者に知られている組み換え技術を使用して構築することができる。そのようなベクターは、野性型AAV遺伝子の1つ以上の全体又は一部分(例えば、Rep遺伝子及び/又はCap遺伝子)が削除されていてもよいが、救助、複製、及び、AAVベクター粒子中への組換えベクターのパッケージングに必要であるので、少なくとも1つの機能する隣接ITR配列を保持していてもよい。従って、AAVベクターゲノムは、複製及びパッケージングのためにシスにおいて必要とされる配列(例えば、機能するITR配列)を含むであろう。
「ポリヌクレオチド」との用語及び「核酸」との用語は、デオキシリボ核酸(DNA)及びリボ核酸(RNA)を含む、オリゴヌクレオチド、核酸のすべての形態を表すために交換可能に用いられる。ポリヌクレオチドは、ゲノムDNA、cDNA及びアンチセンス
DNA、並びに、スプライシングされた若しくはスプライシングされていないmRNA、rRNA、tRNA、及び、阻害性のDNA若しくはRNA(RNAi、例えば、小さい又は短いヘアピン(sh)RNA、マイクロRNA(miRNA)、小さい又は短い干渉(si)RNA、トランススプライシングRNA、又は、アンチセンスRNA)を含む。ポリヌクレオチドは、天然の、合成の、及び、意図的に修飾若しくは変更された(例えば、CpGジヌクレオチドが減少した)ポリヌクレオチドを含む。ポリヌクレオチドは、単鎖、二重鎖、若しくは、三重鎖、線状、又は、環状であってもよく、また、任意の長さであってもよい。ポリヌクレオチドについて議論する際には、特定のポリヌクレオチドの配列又は構造は、5’から3’の方向に配列を提供する慣例に従って本明細書に記載されている。
「異種起源」のポリヌクレオチドは、細胞中へのポリヌクレオチドのベクターを介した移入/送達の目的のためのベクター(例えば、AAV)中に挿入されたポリヌクレオチドを表す。異種起源のポリヌクレオチドは、ベクター(例えば、AAV)核酸とは典型的に異なる。つまり、異種起源のポリヌクレオチドは、ウイルス(例えば、AAV)の核酸に対しては外来種である。細胞中に移され/届けられると、ベクター中に含まれる異種起源のポリヌクレオチドは、発現することができる(例えば、適切な場合には、転写され、翻訳される)。あるいは、ベクター中に含まれ、細胞中の移された又は届けられた異種起源のポリヌクレオチドは、発現される必要はない。「異種起源」という用語は、本明細書において必ずしもポリヌクレオチドに関して使用されるとは限らないが、「異種起源」との修飾がないポリヌクレオチドへの言及が、その省略にもかかわらず異種起源のポリヌクレオチドを含むように意図されている。異種起源配列の一例は、対照標準核酸配列と比較してCpGジヌクレオチドの数が減少した核酸等のような、第IX因子をコードする核酸(例えば、第IX因子をコードする修飾された核酸)であろう。
「ポリヌクレオチド配列」によってコードされる「ポリペプチド」、「タンパク」及び「ペプチド」は、天然のタンパクのような全長の天然配列のみならず、機能する部分配列、修飾された形態又は配列変異体であって、天然の全長のタンパクの機能性をある程度保持している部分配列、修飾された形態又は配列変異体を含む。本発明の方法及び使用において、ポリヌクレオチド配列によってコードされるそのようなポリペプチド、タンパク及びペプチドは、不完全である内因性タンパク、又は、治療される哺乳動物においてその発現が不十分であるか若しくは欠乏している内因性タンパクと同一であってもよいが、同一である必要はない。
本発明において、アデノウイルスベクターのような、また、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8及びAAV−Rh74変異体のような関連AAV変異体(例えば、4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び15−6のようなキャプシド変異体)を含むAAVベクターのようなレンチウイルスベクター及びパーボウイルスベクターは、細胞及びその後代にポリヌクレオチドを安定的に又は一時的に導入/送達するために使用することができる。本明細書において、「導入遺伝子」との用語は、細胞又は生命体の中に導入された又は導入されるように意図された異種起源のポリヌクレオチドを便宜的に表すために使用される。導入遺伝子は、ポリペプチド又はタンパク(例えば、第IX因子)をコードする遺伝子のような、あらゆるポリヌクレオチドを含む。
例えば、導入遺伝子を有する細胞において、導入遺伝子は、AAVのようなベクター、細胞の「形質導入」又は「トランスフェクション」によって導入/移動される。「形質導入する」との用語及び「トランスフェクトする」との用語は、細胞又はホスト生物の中へのポリヌクレオチドのような分子の導入を表す。
導入遺伝子が導入された細胞は「形質導入細胞」と呼ばれる。従って、「形質導入された」細胞(例えば、細胞又は組織又は器官細胞のような哺乳動物中のもの)は、外因性分子(例えば、細胞中へのポリヌクレオチド又はタンパク(例えば、導入遺伝子))の取り込み後の細胞における遺伝的変化を意味する。従って、「形質導入された」細胞は、例えば、外因性分子が導入された細胞又はその後代である。その細胞は増殖させることができ、導入されたタンパクは発現され、又は、導入された核酸が転写される。遺伝子治療の使用及び方法に関して、形質導入される細胞が被検体中に存在していてもよい。
導入されるポリヌクレオチドは、レシピエントの細胞又は生物の核酸中に統合されてもよいし、統合されなくてもよい。導入されるポリヌクレオチドがレシピエントの細胞又は生物の核酸(ゲノムDNA)中に統合される場合、その導入されるポリヌクレオチドは、その細胞又は生物で維持され、さらに、そのレシピエントの細胞又は生物の子孫の細胞又は生物に受け継がれるか又は継承される。最後に、導入される核酸は、レシピエントの細胞又はホスト生物に一時的にだけ存在してもよい。
遺伝子導入することができる細胞は、あらゆる起原(例えば、中胚葉、外胚葉又は内胚葉)のあらゆる組織種又は器官種の細胞を含む。細胞の非限定的な例は、肝臓(例えば、肝細胞、類洞内皮細胞)、膵臓(例えば、ベータ島細胞)、肺、脳(例えば、神経、神経膠、又は、上衣細胞)若しくは脊椎のような中枢神経系若しくは末梢神経系、腎臓、眼(例えば、レチナール、細胞成分)、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心臓(心臓)、筋肉若しくは腰筋、腸(例えば、内分泌腺)、脂肪組織(白、褐色又はベージュ)、筋肉(例えば、繊維芽細胞)、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞、又は、造血細胞(例えば、血液又はリンパ)を含む。さらなる例は、肝臓(例えば、肝細胞、類洞内皮細胞)、膵臓(例えば、ベータ島細胞)、肺、脳(例えば、神経、神経膠、又は、上衣細胞)若しくは脊椎のような中枢神経系若しくは末梢神経系、腎臓、眼(例えば、レチナール、細胞成分)、脾臓、皮膚、胸腺、精巣、肺、横隔膜、心臓(心臓)、筋肉若しくは腰筋、腸(例えば、内分泌腺)、脂肪組織(白、褐色又はベージュ)、筋肉(例えば、繊維芽細胞)、滑膜細胞、軟骨細胞、破骨細胞、上皮細胞、内皮細胞、唾液腺細胞、内耳神経細胞、又は、造血細胞(例えば、血液又はリンパ)に進化又は分化することができる多能性又は分化多能性の前駆細胞のような幹細胞を含む。
一実施形態における「治療分子」は、細胞又は被検体におけるタンパクの欠如又は不足に起因する症状を緩和又は低減することができるペプチドかタンパクである。あるいは、導入遺伝子によってコードされる「治療」用のペプチド又はタンパクは、例えば、遺伝子(発現又は機能的)欠陥を修正し、遺伝子欠損を修正するように、被検体に利益を与えるものである。
本発明に従った有用な遺伝子産物(例えば、治療用タンパク)をコードする異種起源のポリヌクレオチドの非限定的な例は、血友病A、血友病B、サラセミア病及び貧血のような血液凝固疾患を含むが、これらに限定されない疾病又は疾患の治療において使用できるものを含む。
本明細書に開示されている非限定的な遺伝子及びタンパクを含む、遺伝子産物をコードするポリヌクレオチドの哺乳類及び哺乳類以外の形式のすべては、既知であっても既知でなくても、明示的に含まれる。従って、本発明は、非哺乳動物、非ヒト哺乳動物、及び、ヒトに由来する遺伝子及びタンパクであって、本明細書に記載されているヒトの遺伝子及びタンパクと実質的に同様の態様で機能する遺伝子及びタンパクを含む。非ヒト哺乳類の第IX因子配列の非限定的な例は、Yoshitakeら, 1985, supra; Kurachi ら, 1995, supr
a; Jallatら,1990, supra; Kurachi ら, 1982,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79:6461-6464; Jayeら, 1983, Nucl. Acids Res. 11:2325-2335; Ansonら,1984, EMBO J. 3: 1053-1060; Wuら,1990, Gene 86:275-278; Evansら, Proc Natl Acad Sci USA 86:10095 (1989), Blood 74:207-212; Pendurthiら, 1992, Thromb.Res. 65:177-186; Sakar et al., 1990, Genomics 1990, 6:133-143; 及び、Katayamaら, 1979, Proc. Natl. Acad. Sci.USA 76:4990-4994に記載されている。
ポリヌクレオチド、ポリペプチド及びそれらの部分配列は、修飾された形態及び変異体形態を含む。本明細書で使用されているように、「修飾する」との用語又は「変異体」との用語並びにそれらの文法的な変形は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、又は、それらの部分配列が参照配列から逸脱していることを意味する。従って、修飾された配列及び変異体配列は、基準配列と実質的に同じ、より大きい、又は、より小さい活性又は機能を有していてもよいが、少なくとも基準配列の部分な活性又は機能を保持していてもよい。特別な実施形態において、修飾された核酸は、第IX因子をコードし、対照標準の第IX因子をコードする核酸(例えば、ヒト又は他の哺乳類の第IX因子遺伝子配列のような野生型の第IX因子配列)と比較して、CpGジヌクレオチドの数が少なくなるように修飾されている。
また、変異体は、機能の獲得又は損失した変異体を含む。例えば、野生型のヒト第IX因子DNA塩基配列であって、そのタンパクの変異体又は変種が、活性を保持し、又は、治療的に有効であるか、又は、変異体ではないヒト第IX因子と同等に又はさらに治療的に活性であるものが、本発明の方法及び使用に含まれる。天然のヒト第IX因子変異体の非限定的な一例において、「Padua」と呼ばれるヒト第IX因子は、位置338においてR(アルギニン)に代えてL(ロイシン)を有する。Padua FIXは、Padua変異がないヒト第IX因子と比較して、より大きい触媒活性及び凝固活性を有する。ヒト第IX因子の残基338をアルギニンからアラニンに変更することは、触媒活性の向上を生じさせる(Changら、J.Biol.Chem.、273:12089−94、1998)。他の特別な一例において、コラーゲンIVは、第IX因子を捕捉する役割を果たし、哺乳動物の筋組織中に導入されたときに、筋組織中の間質腔内に保持されるので、第IX因子のうちのいくらかが血液凝固への関与には利用可能でないことを意味する。コラーゲンIVに対する結合が減少したタンパクが生じる第IX因子の配列の変異(例えば、機能の損失)は、例えば、血友病の治療のために有用な変異である。そのような変異体第IX因子遺伝子の一例は、成熟タンパクの始めから5番目のアミノ酸位置のリジンに代えてアミノ酸アラニンを有するヒトFIXタンパクをコードする。
修飾の非限定的な例は、導入遺伝子において他のジヌクレオチドによりCpGを置換すること(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXコード遺伝子のような、第IX因子コード遺伝子)のような、1つ以上のヌクレオチド又はアミノ酸(例えば、1〜3個、3〜5個、5〜10個、10〜15個、15〜20個、20〜25個、25〜30個、30〜40個、40〜50個又は50〜100個以上のヌクレオチド又は残基)の置換を含む。アミノ酸置換の一例は、キャプシド配列の保存アミノ酸の置換である。アミノ酸置換の他の一例は、リジン残基に代えたアルギニン(例えば、4−1、15−1、15−2、15−3/15−5、15−4及び/又は15−6のいずれかに記載されているリジンのアルギニン置換の1つ以上)である。さらなる修飾は、基準配列への付加(例えば、1〜3個、3〜5個、5〜10個、10〜15個、15〜20個、20〜25個、25〜30個、30〜40個、40〜50個又は50〜100個以上のヌクレオチド又は残基の挿入)、及び、基準配列の欠損(例えば、部分配列又はフラグメント)を含む。特別な実施形態において、修飾された配列又は変異体配列は、修飾されていない配列の機能又は活性の少なくとも一部を保持している。そのような修飾された形態及び変異体は、例えば、本明細書に記載されている基準配列と同じ、より少ない、又は、より大きいが、少なくとも部分的な機能又は活性を有していてもよい。
本明細書に記載されているように、変異体は、1つ以上の非保存的な又は保存的なアミノ酸配列の相違若しくは修飾又はその両方を有していてもよい。「保存的置換」は、生物学的、化学的又は構造的に類似の残基による1つのアミノ酸の置換である。生物学的類似は、その置換が生物活性を破壊しないことを意味する。構造的類似は、それらのアミノ酸が、アラニン、グリシン及びセリンのように、同様の長さの側鎖を有するか、又は、同様のサイズを有することを意味する。化学的類似は、それらの残基が同じ電荷を有しているか、又は、いずれもが親水性若しくは疎水性であることを意味する。特別な例は、イソロイシン、バリン、ロイシン又はメチオニンを他の1つに置換するような、1つの疎水性残基の置換を他の1つの残基に置換すること、又は、リジンに代えたアルギニンによる置換、アスパラギン酸に代えたグルタミン酸による置換、アスパラギンに代えたグルタミンによる置換、トレオニンに代えたセリンによる置換などのように、1つの極性残基を他の1つの残基に置換することを含む。保存的置換の特別な一例は、イソロイシン、バリン、ロイシン若しくはメチオニンを他の1つに置換すること、及び、リジンに代えたアルギニンによる置換、アスパラギン酸に代えたグルタミン酸による置換、アスパラギンに代えたグルタミンによる置換、トレオニンに代えたセリンによる置換などのような、1つの極性残基を他の1つの残基に置換することを含む。例えば、保存アミノ酸置換は、典型的には、以下のグループ:グリシン、アラニン;バリン、イソロイシン、ロイシン;アスパラギン酸、グルタミン酸;アスパラギン、グルタミン;セリン、トレオニン;リジン、アルギニン;及び、フェニルアラニン、チロシンの範囲内での置換を含む。また、「保存的置換」は、置換されていない親アミノ酸に代えて置換されるアミノ酸の使用を含む。
従って、本発明は、1つ以上の生物活性(例えば、血液凝固等の機能)を保持する(例えば、本明細書に記載されているタンパクをコードするポリヌクレオチドの)遺伝子変異体及びタンパク変異体を含む。変異体は、天然のポリヌクレオチド、タンパク又はペプチドのような基準配列と異なっていてもよい。ポリヌクレオチド、タンパク又はポリペプチドのそのような変異体は、そのポリヌクレオチド、タンパク又はポリペプチドが変更された特性又はさらなる特性を有するように組み換えDNA技術を使用して修飾された又は修飾することができるタンパク又はポリペプチドを含む。
ヌクレオチド配列レベルでは、天然の変異体遺伝子と非天然の変異体遺伝子は、基準遺伝子に対して、典型的には少なくとも約50%、より典型的には約70%、さらに典型的には約80%同一である。従って、例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIX遺伝子は、野生型のFIX遺伝子に対して80%以上の同一性、又は、野生型のFIX遺伝子に対して、80%〜85%、85%〜90%、90%〜95%、又は、より高い(例えば、野生型のFIX遺伝子に対して96%、97%、98%、99%の)同一性を有していてもよい。
アミノ酸配列レベルでは、天然の変異体タンパク又は非天然の変異体タンパクは、基準タンパクに対して、典型的には少なくとも約70%同一であり、より典型的には約80%同一であり、さらに典型的には約90%又はそれ以上同一である。とはいえ、非同一性の本質的部位は、非保存領域に存在することが許される(例えば、60%未満、50%未満又は40%未満のような70%のより小さい同一性)。他の実施形態において、配列は、基準配列に対して少なくとも60%、70%、75%又はそれより高い同一性(例えば、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又はより高い同一性)を有する。
「同一性」、「相同」及びそれらの文法的変形は、2つ以上の言及されている構成要素が、「整列された」配列である場合に、同じであることを意味する。従って、例として、
2つのポリペプチド配列が同一である場合、それらのポリペプチド配列は、少なくとも参照された領域又は部分の範囲内において同じアミノ酸配列を有する。2つのポリヌクレオチド配列が同一である場合、それらのポリヌクレオチド配列は、少なくとも参照された領域又は部分の範囲内において同じアミノ酸配列を有する。同一性は、配列の明らかにされているエリア(領域又はドメイン)に亘るものであってもよい。同一性の「エリア」又は「領域」は、参照される2つ以上の同一の構成要素の一部分を表す。従って、2つのタンパク又は核酸配列が配列の1つ以上のエリア又は領域に亘って同一である場合、それらのタンパク又は核酸配列は、その領域内での同一性を共有する。「整列された」配列は、複数のポリヌクレオチド又はタンパク(アミノ酸)の配列を表し、多くの場合、基準配列と比較して欠損した又は付加された塩基又はアミノ酸(ギャップ)のための訂正を含む。
同一性は、配列の全長又は一部分に亘るものであってもよい。特別な態様において、同一性パーセンテージを共有する配列の長さは、2個、3個、4個、5個又はそれ以上の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸(例えば、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個等の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸)である。さらなる特別な態様において、同一性を共有する配列の長さは、21個又はそれ以上の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸(例えば、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、31個、32個、33個、34個、35個、36個、37個、38個、39個、40個の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸)である。さらなる特別な態様において、同一性を共有する配列の長さは、41個又はそれ以上の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸(例えば、42個、43個、44個、45個、45個、47個、48個、49個、50個の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸)である。またさらなる特別な態様において、同一性を共有する配列の長さは、50個又はそれ以上の連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸(例えば、50個〜55個、55個〜60個、60個〜65個、65個〜70個、70個〜75個、75個〜80個、80個〜85個、85個〜90個、90個〜95個、95個〜100個、100個〜110個等のような連続するポリヌクレオチド又はアミノ酸)である。
「相同の」との用語又は「相同性」との用語は、言及されている2つ以上の構成要素が、所定の領域又は部分に亘って少なくとも部分的な同一性を共有することを意味する。相同性又は同一性の「エリア、領域又はドメイン」は、言及されている2つ以上の構成要素の一部が、相同性を共有するか又は同一であることを意味する。従って、2つの配列が1つ以上の配列領域に亘って同一である場合、それらの2つの配列は、それらの領域において同一性を共有する。「本質的な相同性」は、1つの分子が、該1つの分子が相同性を共有している対照標準分子又は該対照標準分子の関連する/対応する領域若しくは部分の構造又は機能(例えば、生物学的機能又は活性)の1つ以上の部分的な構造又は機能を少なくとも有する又は有すると期待されるように構造的に又は機能的に保存されていることを意味する。
2つの配列間の同一性(相同性)の程度は、コンピュータプログラム及び/又は数学アルゴリズムを使用して確認することができる。配列の同一性(相同性)パーセンテージを計算するアルゴリズムは、一般的に、比較する領域又はエリアに亘って配列ギャップ及びミスマッチを説明する。例えば、BLAST(例えば、BLAST2.0)サーチアルゴリズム(例えば、Altschulら、J. Mol. Biol. 215:403 (1990)、NCBIにより公開されているものを参照されたい。)は:ミスマッチ−2;ギャップオープン5;ギャップエクステンション2のような典型的なサーチパラメーターを有する。ポリペプチド配列比較のために、BLASTPアルゴリズムは、典型的には、PAM100、PAM250、BLOSUM62又はBLOSUM50のようなスコアリングマトリックスと組み合わせて使用される。FASTA(例えば、FASTA2及
びFASTA3)及びSSEARCH配列比較プログラムもまた、同一性の程度を定量するために使用される(Pearsonら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988); Pearson, Methods Mol Biol. 132:185 (2000); and Smithら、J. Mol. Biol. 147:195 (1981))。ドローネーをベースとした位相写像を使用してタンパク構造の類似性を定量するためのプログラムも開発されている(Bostickら、Biochem Biophys Res Commun. 304:320 (2003))。
ポリヌクレオチドは、付加及び挿入(例えば、1つ以上の異種起源ドメイン)を含む。付加(例えば、異種起源ドメイン)は、合成物に対する任意の種類の分子の共有結合又は非共有結合であってもよい。典型的に、付加及び挿入(例えば、異種起源ドメイン)は、補完的な又は別個の機能又は活性を付与する。
付加及び挿入は、キメラ配列又は融合配列を含み、対照標準の天然(野性型)の配列に通常は存在せず、配列に共有結合により結合した1つ又はそれ以上の分子を有するポリヌクレオチド又はタンパクの配列である。「融合」との用語又は「キメラ」との用語並びにそれらの文法的変形は、1つの分子に関して使用された場合、当該1つの分子の一部又は部分が、その分子とは区別される(異種の)異なる構成要素を含み、それらが典型的には天然では一緒に存在しないことを意味する。すなわち、例えば、融合又はキメラの1つの部分は、天然には一緒に存在しない部分を含むか又は当該部分からなり、また、構造的に区別されるものである。
「ベクター」との用語は、プラスミド、ウイルス(例えば、AAVベクター)又は他の輸送手段であって、ポリヌクレオチドの挿入又は組み込みによって操作されることができるものを表す。そのようなベクターは、細胞中にポリヌクレオチドを導入/移動し、並びに、細胞中の挿入されたポリヌクレオチドを転写若しくは翻訳するために、遺伝子操作(つまり、「クローニングベクター」)用に使用することができる。ベクター核酸配列は、一般的に、細胞中での増殖のための複製開始点を少なくとも含み、任意に、異種起源ポリヌクレオチド配列、発現制御因子(例えば、プロモーター、エンハンサー)、イントロン、ITR、選択可能なマーカー(例えば、抗生物質耐性)、ポリアデニン(ポリアデニル化とも呼ばれる)配列のようなさらなる因子を含む。
ウイルスベクターは、ウイルスゲノムを含む1つ以上の核酸因子に由来し又は該核酸因子をベースとしたものである。特別なウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターのようなレンチウイルス及びパーボウイルスベクターを含む。
本明細書で使用されているように、「組み換え」との用語は、組み換えレンチウイルス又は組み換えパーボウイルス(例えば、AAV)ベクターのように、ウイルスベクターの修飾語として、並びに、組み換えポリヌクレオチド及び組み換えポリペプチドのように、配列の修飾後として、その構成(例えば、AAV又は配列)が、通常天然には生じない態様で操作されている(つまり、変更されている)ことを意味する。AAVベクターのような組換えベクターの特別な一例は、野生型ウイルス(例えば、AAV)のゲノム中に通常は存在しないポリヌクレオチドが、そのウイルスゲノム中に挿入されている場合であろう。例えば、組み換えポリヌクレオチドの一例は、タンパクをコードする異種起源のポリヌクレオチド(例えば、遺伝子)がベクター中にクローンされた場合であって、5’、3’領域及び/又はイントロン領域の有無にかかわらず、その遺伝子が通常はそのウイルス(例えば、AAV)のゲノムの内部に結びついている場合であろう。「組み換え」との用語は、本明細書において必ずしも、ウイルス及びAAVベクターのようなベクター、並びに、ポリヌクレオチド及びポリペプチドのような配列に関して使用されるとは限られないが、ウイルス、AAV、並びに、ポリヌクレオチド及びポリペプチドを含む配列の組み換え形態は、あらゆるそのような省略にもかかわらず、明示的に含まれる。
組み換えウイルスの「ベクター」又は「AAVベクター」は、ウイルス(例えば、AAV)から野性型ゲノムを取り除くための分子法を使用すること及び非天然の核酸で置換することによるAAVのように、また、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、ヒトFIXをコードする修飾された核酸配列)のように、ウイルスの野性型ゲノムに由来する。AAVに関して、典型的には、AAVゲノムの1つ又は両方の逆方向末端反復(ITR)配列は、AAVベクター中に保持される。「組み換え」ウイルスベクター(例えば、AAV)は、そのウイルスゲノムのすべて又は一部が、異種起源ポリヌクレオチド配列(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、ヒトFIXをコードする修飾された核酸配列)のように、ウイルス(例えば、AAV)のゲノムの核酸に対して非天然である配列で置換されているので、ウイルス(例えば、AAV)のゲノムとは区別される。従って、非天然の配列の組み込み(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、ヒトFIXをコードする修飾された核酸配列)は、そのウイルスベクター(例えば、AAV)を「組み換え」ベクターとして定義し、AAVの場合には、「rAAVベクター」と称することができる。
組換えベクター(例えば、レンチ、パーボ、AAV)配列は、その後のエクスビボ、インビトロ又はインビボにおける細胞の感染(遺伝子導入)のために、本明細書において「粒子」と呼ばれるものに包まれてもよい。組換えベクター配列がAAV粒子中にキャプシド包膜又される又は包まれる場合、その粒子を「rAAV」と呼ぶことができる。そのような粒子は、ベクターゲノムをキャプシド包膜する又は包むタンパクを含む。特別な例は、ウイルスエンベロープタンパクを含み、AAVの場合には、キャプシドタンパクを含む。
組み換えプラスミドに関して、ベクター「ゲノム」は、組み換えプラスミド配列の部分であって、最終的に包まれるか又はキャプシド包膜されてウイルス(例えば、AAV)粒子を形成する部分を表す。組み換えベクターを構築又は製造するために組み換えプラスミドが使用される場合、ベクターゲノムは、その組み換えプラスミドのベクターゲノム配列に対応しない「プラスミド」の部分を含まない。組み換えプラスミドのこの非ベクターゲノム部分は、「プラスミド骨格」と呼ばれ、増殖及び組み替えウイルス生産に必要とされるプロセスである、プラスミドのクローニング及び増殖にとって重要であるが、それ自体は、ウイルス(例えば、AAV)粒子中に包まれ又はキャプシド包膜されない。
従って、ベクター「ゲノム」は、ウイルス(例えば、AAV)によって包まれる又はキャプシド包膜され、異種起源ポリヌクレオチド配列を含むベクタープラスミドの部分を表す。組み換えプラスミドの非ベクターゲノム部分は、「プラスミド骨格」であり、そのプラスミド骨格は、プラスミドのクローニング及び増殖にとって重要であり、例えば、カナマイシンのような選択可能なマーカーを有するが、組み換えプラスミドの非ベクターゲノム部分は、ウイルス(例えば、AAV)によってそれ自体が包まれ又はキャプシド包膜されない。
ベクターゲノムをキャプシド包膜する/包むrAAVの量は、例えば、定量的PCRによって測定することができる。例えば、この分析は、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応によって、包まれているベクターゲノムの物理的な数を測定し、例えば、バルクAAVベクター及び最終生産物に対して、製造/精製工程の様々な段階で行うことができる。
組み換えベクター配列は、ポリヌクレオチドの挿入又は組み込みによって操作される。
本明細書に開示されているように、ベクタープラスミドは、一般に、細胞における増殖のための複製開始点と、1つ又はそれ以上の発現制御因子とを少なくとも含む。
AAVベクターを含むベクター配列は、1つ以上の「発現制御因子」を含んでいてもよい。典型的には、発現制御因子は、作用可能に連結したポリヌクレオチドの発現に影響を及ぼす核酸配列である。プロモーター及びエンハンサーのような本明細書に記載されている発現制御因子を含む、ベクター内に現在する制御因子は、適切な異種起源ポリヌクレオチドの転写、及び、適切な場合には、翻訳を促進するために含まれている(例えば、プロモーター、エンハンサー、イントロンのためのスプライシングシグナル、mRNAのインフレーム翻訳を可能にする遺伝子の正確なリーディングフレームのメンテナンス、及び、停止コドン等)。そのような因子は、典型的にはシスで作用し、「シス作用する」因子と呼ばれるが、トランスで作用してもよい。
発現制御は、転写、翻訳、スプライシング、メッセージ安定性などのレベルで達成することができる。典型的には、転写を調整する発現制御因子は、転写されるポリヌクレオチドの(例えば、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸の)5’末端の近く(つまり、「上流に」)に配置される。発現制御因子は、転写配列の3’端末(つまり、「下流」)に配置されてもよいし、又は、転写物内に(例えば、イントロン中に)配置されてもよい。発現制御因子は、転写配列と隣接して配置されてもよいし、又は、距離を置いて(例えば、そのポリヌクレオチドから、1〜10個、10〜25個、25〜50個、50〜100個、100〜500個、又は、それより多いヌクレオチド)、かなりの距離をおいて配置されていてもよい。しかしながら、AAVベクターのような特定のベクターのポリヌクレオチド長さ制約のために、そのような発現制御因子は、典型的には、転写されるポリヌクレオチドから1〜1000個のヌクレオチドの範囲内に存在するであろう。
機能的に、作用可能に連鎖した異種起源ポリヌクレオチドの発現は、その因子(例えば、プロモーター)がポリヌクレオチドの転写、及び、必要に応じて、転写物の翻訳を調整するように、その因子によって少なくとも部分的には制御可能である。発現制御因子の具体例は、通常は転写配列の5’に配置されるプロモーターである。発現制御因子の他の一例は、転写配列の5’、3’に、又は、転写配列内に配置されることができるエンハンサーである。
本明細書で使用されているように、「プロモーター」は、組み換え産物をコードするポリヌクレオチド配列と隣接した位置にある核酸(例えば、DNA)配列を表すことができる。プロモーターは、典型的には、隣接した配列(例えば、異種起源ポリヌクレオチド、例えば第IX因子をコードする修飾された核酸)に作用可能に連結されている。プロモーターは、典型的には、プロモーターが存在しない場合に発現される量と比較して、異種起源のポリヌクレオチドから発現される量を増加させる。
本明細書で使用されているように、「エンハンサー」は、異種起源のポリヌクレオチドと隣接した位置にある配列を表すことができる。エンハンサーは、典型的にはプロモーター因子の上流に位置するが、DNA配列(例えば、異種起源ポリヌクレオチド)の下流に又は該DNA配列内に配置されることも可能であり、機能する。従って、エンハンサーは、異種起源のポリヌクレオチドの100塩基対、200塩基対又は300塩基対以上上流又は下流に配置されることが可能である。エンハンサーは、典型的には、プロモーター因子によって与えられる発現増加を超えて、発現される異種起源のポリヌクレオチドを増加させる。
発現制御因子(例えば、プロモーター)は、特定の組織種又は細胞種において活性なも
のを含み、本明細書において「組織特異的発現制御因子/プロモーター」と呼ばれる。組織特異的な発現制御因子は、典型的には、特定の細胞又は組織(例えば、肝臓、脳、中枢神経系、脊髄、目、網膜、硬骨、筋肉、肺、膵臓、心臓、腎臓細胞等)において活性である。発現制御因子は、その発現制御因子が、特定の細胞種、組織種又は器官種に対してユニークである転写活性化因子タンパク又は転写の他の制御因子によって認識されるので、典型的にはこれらの細胞、組織又は器官において活性である。
骨格筋において活性なプロモーターの例は、骨格α−アクチン、ミオシン軽鎖2A、ジストロフィン、筋クレアチンキナーゼをコードする遺伝子に由来するプロモーター、及び、天然のプロモーターより高い活性を有する合成筋肉プロモーターを含む(例えば、Liら、Nat.Biotech、17:241−245(1999)参照)。肝臓に対して組織特異的であるプロモーターの例は、ヒト・アルファ1抗トリプシン(hAAT)プロモーターである;特に、albumin, Miyatake, et al. J. Virol., 71:5124−32 (1997); hepatitis B virus core promoter, Sandig,ら、Gene Ther. 3:1002−9 (1996); alpha−fetoprotein (AFP), Arbuthnot, ら、Hum. Gene. Ther., 7:1503−14 (1996)], bone (osteocalcin, Stein,ら、Mol. Biol. Rep., 24:185−96 (1997); bone sialoprotein, Chen, ら、J. Bone Miner. Res. 11 :654−64 (1996)), lymphocytes (CD2, Hansal, ら、J. Immunol., 161:1063−8 (1998); immunoglobulin heavy chain; T cell receptor a chain), neuronal (neuron−specific enolase (NSE) promoter, Andersen, ら、Cell. Mol. Neurobiol., 13:503−15 (1993); neurofilament light−chain gene, Piccioli, ら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:5611−5 (1991); the neuron−specific vgf gene, Piccioli, ら、Neuron, 15:373−84 (1995)参照。肝臓において活性なエンハンサーの一例は、アポリポタンパクE(apoE)HCR−1及びHCR−2である(Allanら、J. Biol. Chem. 272:29113−19 (1997))。
発現制御因子は、さらに多くの異種細胞タイプ中でポリヌクレオチドの発現を駆り立てることができる、遍在か乱雑なプロモーター/エンハンサーを含む。そのような因子は、サイトメガロウイルス(CMV)即初期プロモーター/エンハンサー配列、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター/エンハンサー配列及び様々な哺乳動物細胞タイプにおいて活性な他のウイルスプロモーター/エンハンサー、又は、天然には存在しない合成因子(例えば、Boshartら、Cell、41:521−530(1985))、SV40プロモーター、ジヒドロ葉還元酵素プロモーター、細胞質β−アクチン・プロモーター、及び、ホスホ・グリセロール・キナーゼ(PGK)プロモーターを含むが、これらに限定されるものではない。
発現制御因子は、制御可能な態様で発現を与えることができる。すなわち、シグナル又は刺激は、作用可能に連鎖した異種起源ポリヌクレオチドの発現を増加又は減少させる。シグナル又は刺激に応じて作用可能に連結したポリヌクレオチドの発現を増加させる制御可能な因子は、「誘導可能な因子」と呼ばれる(つまり、シグナルによって誘導されるものである)。特別な例は、ホルモン(例えば、ステロイド)誘導プロモーターを含むが、それに限定されるものではない。シグナル又は刺激に応じて作用可能に連結したポリヌク
レオチドの発現を減少させる制御可能な因子は、「抑制性因子」と呼ばれる(つまり、そのシグナルは、そのシグナルが除去又は不存在であるときに、発現が増加するように、発現を減少させる)。典型的には、そのような因子によって与えられる増加又は減少は、存在するシグナル又は刺激の量に比例し;シグナル又は刺激の量が多いほど、発現の増加又は減少が大きい。特別な非限定的な例は、亜鉛誘導性のヒツジ・メタロチオネイン(MT)プロモーター;ステロイドホルモン誘導性のマウス乳腺腫瘍ウイルス(MMTV)プロモーター;T7ポリメラーゼ・プロモーター・システム(WO98/10088);テトラサイクリン抑制システム(Gossenら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:5547−5551 (1992));テトラサイクリン誘導系;(Gossenら、Science、268:1766−1769(1995);Harveyら、Curr. Opin. Chem. Biol. 2:512−518 (1998))も参照;RU486誘導系(Wangら、Nat.Biotech.15:239−243(1997)、及び、Wangら、Gene Ther. 4:432−441 (1997);及び、ラパマイシン誘導系(Magariら、J. Clin. Invest. 100:2865−2872(1997);Riveraら、Nat. Medicine. 2:1028−1032 (1996)。この文脈において有用な他の制御可能な制御因子は、特定の生理的状態(例えば、体温、急性期、発生)によって制御されるものである。
また、発現制御因子は、異種起源のポリヌクレオチドのための天然の因子を含む。異種起源のポリヌクレオチドの発現が天然の発現を模倣することが望まれる場合、天然の制御因子(例えば、プロモーター)を使用することができる。異種起源のポリヌクレオチドの発現が、一時的に若しくは発展的に、又は、組織特異的な態様で、又は、特定の転写刺激に応じて、制御されることになる場合、天然の因子を使用することができる。イントロン、ポリアデニル化部位又はKozakコンセンサス配列のような他の天然の発現制御因子を使用することもできる。
本明細書で使用されているように、「作用可能な連結」又は「作用可能に連結された」との用語は、複数の構成要素の物理的又は機能的な隣接配置であって、意図した態様でそれらが機能することを可能にするものを表す。核酸との作用可能な連結における発現制御因子の例において、その関係は、制御因子が核酸の発現を調整する状態である。より詳しくは、例えば、作用可能に連結した2つのDNA塩基配列は、2つのDNAが、それらのDNA塩基配列の少なくとも1つが他の配列に対して生理的影響を及ぼすことができる関係で配置されている(シス又はトランス)ことを意味する。
従って、ヒトFIXタンパクをコードする修飾された核酸配列、並びに、AAVベクターを含むレンチウイルスベクター及びパルボウイルスベクターのようなウイルスベクターを含むベクター及びプラスミドに加えて、それらの組成物は、さらなる核酸因子を含んでいてもよい。これらの因子は、限定されるものではないが、AAV ITR配列、発現制御(例えば、プロモーター/エンハンサー)因子、転写終結シグナル若しくは停止コドン、ポリヌクレオチドに隣接する配列5’若しくは3’の非翻訳領域(例えば、ポリアデニル化(polyA)配列)、又は、ゲノムヒト第IX因子(配列番号:13)のイントロンIのすべて又は一部分のようなイントロンの1つ又は以上のコピーを含む。
核酸因子は、例えば、詰め込みを改良して混入核酸の存在を減らすために(例えば、プラスミド骨格の詰め込みを減らすために)、例えば、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列をさらに含む。本明細書に開示されているように、AAVベクターは、典型的には、一般には約4kb〜約5.2kb又はそれよりわずかに大きい定義された範囲のサイズを有するDNAの挿入物を取り込む。従って、より短い配列については、ウイルス粒子中に詰め込むAAVベクターのために許容できるウイルスゲノム配列の正常なサイ
ズに又はそれに近いサイズになるように長さを調節するために、挿入物フラグメント中にスタッファー又はフィラーを含めてもよい。いくつかの実施形態において、フィラー核酸配列/スタッファー核酸配列は、核酸の翻訳されない(タンパクをコードしない)セグメントである。AAVベクターの特定の実施形態において、異種起源ポリヌクレオチド配列は、4.7kb未満の長さを有し、フィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列は、その異種起源ポリヌクレオチド配列と結合した(例えば、ベクターに挿入された)場合、概ね3.0kb〜5.5kb、又は、概ね4.0kb〜5.0kb、又は、概ね4.3kb〜4.8Kbの全体長さを有する。
イントロンは、ウイルス粒子中に詰め込むAAVベクターの長さを達成するためのフィラー配列又はスタッファポリヌクレオチド配列として機能することもできる。フィラーポリヌクレオチド配列又はスタッファポリヌクレオチド配列としての機能するイントロン及びイントロンフラグメント(例えば、FIXのイントロンIの一部分)は、発現を増大させることもできる。イントロン因子の包含は、イントロン因子が存在しない状態における発現と比較して、発現を増大させることができる(Kurachiら、1995、supra)。
イントロンの使用は、第IX因子イントロンI配列の包含に限定されるものではないが、他のイントロンも含み、そのイントロンは、同じ遺伝子に関係していてもよいし(例えば、核酸が第IX因子をコードする場合、イントロンは、第IX因子のゲノムの配列中に存在するイントロンに由来する)、又は、完全に異なる遺伝子若しくは他のDNA塩基配列と関連していてもよい。また、従って、同族の(関連する)遺伝子(異種起源ポリヌクレオチド配列が、ゲノムの配列によってコードされる同じタンパクのすべて又は一部分をコードする)、及び、非同族の(無関係な)遺伝子(異種起源ポリヌクレオチド配列が、ゲノム配列によってコードされるタンパクとは区別されるタンパクをコードする)に由来するゲノム配列に見られるイントロンのような、核酸の他の翻訳されていない(タンパクをコードしない)領域は、本発明に従ってフィラーポリヌクレオチド配列又はスタッファポリヌクレオチド配列として機能することもできる。
本明細書で用いられているように、「イントロンIの一部分」は、約0.1kbから約1.7kbまでのヌクレオチド長さを有するイントロンIの領域であって、イントロンIの一部分が存在しない状態でのFIXの発現と比較したときに、典型的には、プラスミド又はウイルスベクターのテンプレート上での第IX因子の発現を約1.5倍又はそれ以上増大させる領域を意味する。より特殊な一部分は、イントロンIの1.3kbの部分である。第IX因子イントロンIの配列の非限定的な一例は、配列番号:13に記載されているFIX第1のイントロンの5’部分及び3’部分で構成されたキメラである、イントロンAである。
発現制御因子、ITR、ポリA配列、フィラー配列、又は、スタッファポリヌクレオチド配列は、長さが変わっていてもよい。特別な態様において、発現制御因子、ITR、polyA、又は、フィラーポリヌクレオチド配列若しくはスタッファポリヌクレオチド配列は、概ね、1〜10、10〜20、20〜30、30〜40、40〜50、50〜60、60〜75、75〜100、100〜150、150〜200、200〜250、250〜300、300〜400、400〜500、500〜750、750〜1000、1000〜1,500、1500〜2000、又は、2000〜2500のヌクレオチド長さの配列である。
非限定的な一実施形態によれば、AAVベクターは、4−1キャプシド変異体VP1タンパク(配列番号:4)含むAAVキャプシドと、形質導入された哺乳動物細胞において異種遺伝子を発現するためのゲノムとを含む。
このベクターのキャプシドは、4−1キャプシド変異体に由来するVP2タンパク及びVP3タンパクを含む(それぞれ、配列番号:27及び配列番号:3)。特定の非限定的な実施形態によれば、VP1タンパク及びVP2タンパクは、概ね1:1(又は、また別の比率)の理論混合比で存在し、VP3タンパクは、VP1若しくはVP2のいずれかに対して、又は、VP1及びVP2の両社に対して、概ね、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1、11:1、12:1、13:1、14:1、15:1、16:1、17:1、18:1、19:1、20:1に近い比率で、又は、また別の比率で存在する。
いくつかの実施例において、4−1キャプシド変異体タンパク(VP1、VP2、VP3)を含むキャプシドを有するものを含むが、それに限定されないAAVベクターのゲノムは、ヒト第IX因子(FIX)タンパクをコードする異種起源の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、FIXタンパクは、野性型であり、他の実施形態においては、FIXタンパクは、そのタンパクの活性を変化させる置換変異又は他の変異を含む。いくつかの実施形態において、変異は、FIX触媒活性、及び/又は、凝固促進剤としてのそのタンパクの活性を増大させる。いくつかの実施形態において、FIXタンパクは、Padua FIXタンパクであり、FIXタンパクの位置338に対応するアミノ酸におけるアルギニンからアラニンへの置換を有する。いくつかの実施形態によれば、ヒトFIX(FIX Paduaを含む)をコードする遺伝子は、例えば、CpGジヌクレオチドを短縮又は除去することにより、最適化されたコドンである。他のタイプのコドン最適化は同様に可能である。
いくつかの実施形態において、AAVベクターのゲノムは、ゲノムの左端及び右端(つまり、それぞれ、5’末端及び3’末端)に配置されている、AAV2に由来する逆方向末端反復(ITR)をさらに含む。いくつかの実施形態において、左のITRは、配列番号:12に由来するヌクレオチド1〜141(本明細書に配列番号:13として開示されている)を含むか若しくは該ヌクレオチドからなり、また、右のITRは、配列番号12に由来するヌクレオチド4097〜4204(本明細書に配列番号:20として開示されている)を含むか若しくは該ヌクレオチドからなる。各ITRは、可変長の核酸配列によって、ベクターゲノム中の他の因子から隔てられていてもよい。
他の実施形態において、AAVベクターのゲノムは、プロモーターを含む発現制御因子をさらに含み、また、任意にエンハンサーをさらに含む。いくつかの実施形態において、AAVベクターゲノムは、プロモーターとエンハンサーの両者を含み、それらは、恒常的、誘導性、又は、組織特異的であってもよい。いくつかの実施形態において、プロモーター、エンハンサー、又は、両方は、組織特異的である。典型的な実施形態によれば、エンハンサーとプロモーターの両方は、他の特定の細胞種と比較して、肝細胞において選択的に活性である。一実施形態によれば、エンハンサーは、ヒトApoE HCR−1エンハンサーの全体又は一部分であり、また、プロモーターは、ヒト・アルファ−1抗トリプシン(AAT)プロモーターの全体又は一部分である。いくつかの実施形態において、AAVベクターゲノムは、配列番号:12に由来するヌクレオチド152〜472(本明細書に配列番号:14として開示されている)を含むか又は当該ヌクレオチドからなるApoE HCR−1エンハンサーを含み、また、配列番号:12に由来するヌクレオチド482〜878(本明細書に配列番号:15として開示されている)を含むか又は該ヌクレオチドからなるAATプロモーターを含む。いくつかの実施形態において、ApoE HCR−1エンハンサーは、AATプロモーターの5’に配置されており、それらの配列は、隣接していてもよいし又は他のヌクレオチド配列によって隔てられていてもよい。いくつかの実施形態によれば、エンハンサーとプロモーターは、第IX因子をコードする核酸配列の5’に配置されており、また、第IX因子遺伝子の第1のエクソンに隣接して結合されていてもよいし、又は、ヒト第IX因子遺伝子に由来する5’非翻訳配列(UTR)若しくはスペーサーとして機能するある他の配列によってそこから隔てられていてもよい。典型的な非限定的一実施形態において、5’UTR配列は、配列番号:12に由来するヌクレオチド879〜907を含むか又は当該ヌクレオチドからなる。
いくつかの実施例において、天然のFIX Paduaを含む、FIXをコードする遺伝子は、ヒト第IX因子のゲノム配列中に存在する1つ又はそれ以上のイントロンを含む。他の実施形態において、すべてのイントロンが除外されていてもよく、その一例は、配列番号:10の核酸配列として開示されており、また、本明細書において「FIX39」のためのコーディング配列と呼ばれる。存在する場合、イントロンは、本明細書に記載されているように、スタッファー配列又はフィラー配列として作用することができる。遺伝子全体が、CpGジヌクレオチドを減少又は除去するように、コドン最適化されていてもよい。
特別の非限定的一実施形態において、AAVベクター中で使用されるヒト第IX因子をコードする遺伝子は、配列番号:12に由来するヌクレオチド908〜3731を含むか又は当該ヌクレオチドからなり、そのヌクレオチドは、FIX Paduaをコードし、CpGジヌクレオチドを除去するようにコドン最適化されている。この配列は、エクソン1(配列番号:12に由来するヌクレオチド908〜995)、第1のイントロン(時々イントロンIとして知られている;配列番号:12に由来するヌクレオチド996〜2433)、及び、エクソン2〜8(配列番号:12に由来するヌクレオチド2434−3731)を含む。
ある実施形態において、第IX因子をコードする遺伝子は、その3’端末に、ヒト第IX因子遺伝子に由来する3’UTR配列(配列番号:12に由来するヌクレオチド3732〜3779のような、これに限定されないもの)、及び/又は、第IX因子遺伝子若しくは他の遺伝子に由来するポリアデニレート(polyA)配列が、繋がっていてもよい。非限定的な一例において、polyA配列は、ウシ成長ホルモン(bGH)遺伝子に由来してもよく、また、配列番号:12に由来するヌクレオチド3820〜4047を含むか又は当該ヌクレオチドからなるものであってもよい。いくつかの実施形態において、3’UTRは、ヌクレオチドの介在配列によってpolyA配列から可変的に間隔を置いて配置されていてもよい。
いくつかの実施形態において、上述されている因子は、1つのAAVベクターゲノム中に組み合わされてもよい。非限定的な一例によれば、AAVベクターは、5’から3’の順序で、左のAAV ITR、ApoE HCR−1エンハンサー(又はその一部分)、hAATプロモーター(又はその一部分)、ヒト第IX因子5’UTRの一部分、ヒト第IX因子Paduaをコードする核酸(イントロンIのような、1つ以上のイントロンを任意に含む)、ヒト第IX因子3’UTRの一部分、bGHに由来するpolyA配列(又は、その一部分)、及び、右のAAV2 ITRを含むゲノムを有していてもよい。これらの実施形態のいくつかにおいて、左のAAV2 ITRは、配列番号:13の核酸配列を有し;ApoE HCR−1エンハンサーは、配列番号:14の核酸配列を有し;hAATプロモーターは、配列番号:15の核酸配列を有し;5’UTRは、配列番号:16の核酸配列を有し;FIX Paduaをコードする遺伝子(イントロンIを含む)は、配列番号:10の核酸配列によってコードされるFIXタンパクをコードし;3’UTRは、配列番号:18の核酸配列を有し;polyA領域は、配列番号:19の核酸配列を有し;また、右のAAV2 ITRは、配列番号:20の核酸配列を有する。
ある実施形態によれば、AAVベクターのゲノムは、配列番号:12に由来するヌクレオチド1〜4204、又は、当該ヌクレオチドに対して少なくとも95%、96%、97
%、98%又は99%同一である配列を含むか、又は、当該ヌクレオチド若しくは配列からなる。これらの実施形態のいくつかにおいて、キャプシドは、4−1 VP1キャプシドタンパク変異体(配列番号:4)及び対応するVP2及びVP2キャプシドタンパクを含む。AAVベクターの特定の非限定的一実施形態において、本明細書において「AAV−FIX39Padua」と呼ばれ、そのベクターは、4−1キャプシド変異体タンパク(VP1、VP2、VP3)から形成されたキャプシド、及び、配列番号:12に由来するヌクレオチド1〜4204に対応する核酸配列を含む単鎖のゲノムを含む。
本明細書で用いられているように、AAV「空キャプシド」は、AAVベクターゲノムを含む「キャプシドを含むゲノム」とは対照的に、ベクターゲノムを含んでいない(従って、「中空」との用語)。空キャプシドは、完全な(AAVベクターを含むゲノム)ウイルスと反応する1つ又はそれ以上の抗体と反応するという点でウイルス様粒子である。
空キャプシドは、AAVベクター調合物中に含まれていてもよい。もし望まれれば、AAV空キャプシドは、AAVベクター調合物中に加えられてもよいし、又は、本明細書中の方法に従って被検体に別々に投与されてもよい。
理論によって拘束されることを意図しないが、AAV空キャプシドは、AAVベクターに対する抗体と結合又は反応し、それによって、AAVベクターの不活性化を減らすためのおとりとして機能すると信じられている。そのようなおとりは、AAVベクターを対象とする抗体を吸収するように作用し、それによって、細胞のAAVベクター導入遺伝子の形質導入(導入遺伝子の導入)を増加又は改良し、次に、転写物及び/又はコードされるタンパクの細胞発現を増加させる。
空キャプシドは、生成して所定の品質に精製することができ、その量を決定することができる。例えば、空キャプシドの濃度滴定は、(Sommerら、Mol. Ther.
2003 Jan;7(1):122−8に基づいて)280nmの波長における光学密度による吸光度測定法によって測定することができる。
空のAAV又は空キャプシドは、時々、AAVベクター調合物中に天然に見つかる。そのような天然の混合物は、本発明に従って使用することができ、又は、もし望まれれば、空キャプシド及び/又はベクターの量を増加又は減少させるために操作されてもよい。例えば、空キャプシドの量は、任意に、被検体中でのベクターを介した遺伝子導入に使用されるように意図されているAAVベクターと反応する抗体の阻害作用を減らすと予想される量に調節されてもよい。空キャプシドの使用は、米国公報2014/0336245に記載されている。
いくつかの実施形態において、AAV空キャプシドは、AAVベクターと共に調剤され、及び/又は、被検体に投与される。特別な態様において、AAV空キャプシドは、より少ない量又は同じ量のベクターと共に(例えば、AAV空キャプシドに対して1.5倍〜100倍のAAVベクター、又は、AAV空キャプシドに対するAAVベクターの比率が約1:1で)調剤される。他の特別な態様において、AAVベクターは、過剰なAAV空キャプシド(例えば、AAVベクターに対して1倍超のAAV空キャプシド、例えば、AAVベクターに対して1.5倍〜100倍のAAV空キャプシド)と共に調剤される。任意に、低位からネガティブまでの滴定濃度AAV中和抗体を有する被検体は、より小さい量の空キャプシド(AAVベクターに対して1〜10倍のAAV空キャプシド、AAVベクターに対して2〜6倍のAAV空キャプシド、又は、AAVベクターに対して約4〜5倍のAAV空キャプシド)を受け取ることができる。
ある実施形態によれば、AAVベクターを含む医薬組成物は、組成物中に、4−1キャ
プシド変異体タンパク(VP1、VP2及びVP3)を含むものを含み、AAVベクター(つまり、ベクターゲノムを含むもの)の濃度より多い過剰な空キャプシドを含む。AAVベクターに対する空キャプシドの比率は、概ね、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10〜1であってもよいし、又は、また別の比率であってもよい。
いくつかの実施形態において、空キャプシドは、AAVベクター中に存在するのと同じVP1キャプシドタンパク、VP2キャプシドタンパク及びVP3キャプシドタンパクを含む。他の実施形態において、空キャプシドは、AAVベクターでみられるものとは異なるアミノ酸配列を有するVP1タンパク、VP2タンパク及びVP3タンパクを含む。必ずではないが、典型的には、空キャプシドのキャプシドタンパクとAAVベクターのキャプシドのキャプシドタンパクとが配列同一でない場合、それらは同じ血清型のものであろう。
いくつかの実施形態によれば、組成物は、AAV−FIX39 Padua(又は、同じキャプシドを有するもの、及び、少なくとも95%、96%、97%、98%、又は、99%同一のゲノム配列を有するもの)のような本明細書に記載されているAAVベクターと、任意に、同じキャプシドタンパクを含む過剰の空キャプシドとを含み、AAVベクターに対する前記空キャプシドの比率は、概ね、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10〜1、又は、また別の比率である。いくつかの実施形態において、組成物中の空キャプシドに対するAAV−FIX39 Paduaの比率は、約1:5である。他の実施形態において、AAV−FIX39 Paduaと空キャプシドとを含む組成物は、重度の、中程度の、又は、軽度の血友病Bを含む血友病Bを有するヒト被検体に投与される。
「選択可能な標識遺伝子」は、発現された場合、遺伝子導入された細胞に抗生物質耐性(例えば、カナマイシン)のような選択可能な表現型を与える遺伝子を表す。「リポーター」遺伝子は、検出できるシグナルを提供するものである。レポーター遺伝子の非限定的な一例は、ルシフェラーゼ遺伝子である。
修飾された形態を含む、核酸、ポリヌクレオチド、発現ベクター(例えば、ベクターゲノム)、プラスミドは、様々な標準クローニング、組み換えDNA技術)を使用して、細胞発現によって又はインビトロにおける翻訳と化学合成技術によって作ることができる。ポリヌクレオチドの純度は、シーケンシング、ゲル電気泳動などによって測定することが
できる。例えば、核酸は、ハイブリダイゼーション、又は、コンピュータをベースとしたデータベーススクリーニング手法を使用して分離することができる。そのような技術は、以下のものを含むが、それらに限定されるものではない。
(1)複数の相同なヌクレオチド配列を検出するためのプローブを有するゲノムDNA又はcDNAライブラリーのハイブリダイゼーション
(2)例えば、発現ライブラリーを使用した、共有された構造的特徴を有する複数のポリペプチドを検出する抗体スクリーニング
(3)対象とする核酸配列にアニールすることができるプライマーを使用したゲノムDNA又はcDNAに対するポリメラーゼ連鎖反応(PCR)
(4)関連配列に関する配列データベースのコンピュータ調査
(5)サブトラクション核酸ライブラリーのディファレンシャルスクリーニング
「分離された」との用語は、組成物の修飾語として使用された場合、その組成物が、人の手によって作られたこと、又は、それが自然発生したインビボ環境から完全に若しくは少なくとも部分的に分離されたことを意味する。一般に、分離された組成物は、それらの組成物が自然状態では通常伴う1つ又はそれ以上の物質(例えば、1つ又はそれ以上のタンパク、核酸、脂肪、炭水化物、細胞膜)を実質的に含まない。「分離された」との用語は、例えば、組み換えベクター配列(例えば、rAAV)、又は、ベクターゲノムを包む若しくはキャプシド包膜するウイルス粒子と医薬製剤等のような、人の手によって作られた組み合わせを除外しない。また、「分離された」との用語は、ハイブリッド/キメラ、マルチマー/オリゴマー、修飾(例えば、リン酸化、グリコシレーション、脂質付加)若しくは誘導された形式のような組成物の代替的物理的形態、又は、人の手によって作られたホスト細胞において発現される形態を除外しない。
本発明の方法及び用途は、分裂細胞及び/又は非分裂細胞を含む、ホスト細胞中に異種起源ポリヌクレオチド(導入遺伝子)を届ける(遺伝子導入する)ための手段を提供する。本発明の組み換えベクター(例えば、rAAV)配列、ベクターゲノム、組み替えウイルス粒子、方法、使用、及び、医薬製剤は、治療方法として、核酸又はタンパクをその必要のある被検体に送達、投与又は提供する方法においてさらに有用である。このように、核酸は転写され、タンパクは被検体中でインビボにおいて生産されることができる。被検体が核酸若しくはタンパクの欠乏を有するので、又は、被検体における核酸若しくはタンパクの生産が、治療法として若しくはそうでなくても、いくつかの治療効果を与えることができるので、被検体は、核酸若しくはタンパクから利益を得ることができ、又は、核酸若しくはタンパクを必要とすることができる。
一般に、組み換えたレンチウイルス又はパーボウイルスベクター(例えば、AAV)の配列、ベクターゲノム、組み替えウイルス粒子、方法及び使用は、不充分な又は望ましくない遺伝子発現に関連したあらゆる疾患に伴う1つ又はそれ以上の症状を治療又は改善する生物学的作用を有するあらゆる異種起源ポリヌクレオチド(導入遺伝子)を届けるために使用することができる。組み換えたレンチウイルス又はパーボウイルスベクター(例えば、AAV)の配列、プラスミド、ベクターゲノム、組み替えウイルス粒子、方法及び使用は、様々な病状に療法を提供するために使用することができる。
本発明の核酸、ベクター、組み換えベクター(例えば、rAAV)、ベクターゲノム及び組み替えウイルス粒子、方法及び使用は、遺伝子疾患の治療を可能にする。一般に、病状は、たいていは酵素の、一般に劣性遺伝する欠乏状態と、少なくとも時々は制御タンパク又は構造的タンパクを含み、優性遺伝するアンバランス状態との2つのクラスに分類される。欠乏状態の病気については、置換療法として正常な遺伝子を罹患した組織にもたらすために、及び、アンチセンス変異を使用したその病気のための動物モデルを作成するために、遺伝子導入を使用することができる。アンバランス状態の病気については、モデル
系において病状を作るために遺伝子導入を使用することができ、その後、病状を打ち消すための取り組みにおいてそのモデル系を使用することができる。さらに、欠乏を治療するための核酸配列の部位特異的な組み込みを使用することもできる。
病状の説明に役立つ例は、血友病A、血友病B、サラセミア及び貧血のような先天性血液凝固因子疾患を含むが、それらに限定されるものではない。
本発明に従って、治療の方法及び使用であって、本発明の核酸、ベクター、組み換えベクター(例えば、rAAV)、ベクターゲノム、及び、組み替えウイルス粒子を含むものが提供される。本発明の方法及び用途は、遺伝子の発現又は機能、例えば、遺伝子の追加又は置換を提供し、又は、増加させ若しくは促進することに広く適用可能である。
ある実施形態において、本発明の方法又は使用は:
(a)ベクター又はベクターゲノムなどにおいてCpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸を提供するステップであって、
前記修飾された核酸配列が、前記配列の転写を与える発現制御因子に作用可能に連結されているステップと;
(b)第IX因子が哺乳動物中で発現されるように、修飾された核酸の所定量を当該哺乳動物に投与するステップを含む。
別の一実施形態において、本発明の方法又は使用は、ベクターゲノムを含むウイルス(例えば、AAV)粒子又は複数のウイルス(例えば、AAV)粒子(例えば、キャプシド変異体(例えば4−1)等)を哺乳動物又は哺乳動物の細胞に投与することによって、減少した数のCpGジヌクレオチドを有するFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸配列を哺乳動物又は哺乳動物の細胞の中に届け又は移すステップであって、前記ベクターゲノムが、減少した数のCpGジヌクレオチド(及び、任意にITR、イントロン、polyA、フィラーポリヌクレオチド配列/スタッファポリヌクレオチド配列)を有するFIXのような、第IX因子をコードする修飾された核酸を含み、それによって哺乳動物又は哺乳動物の細胞の中に第IX因子をコードする修飾された核酸を届け又は移すステップを含む。
本発明の特別な態様において、本明細書に開示されている方法及び使用は、核酸の発現は、哺乳動物(例えば、ヒト)に治療的利益を提供する。より特別な態様において、第IX因子の発現は、血友病Bを有する哺乳動物のような哺乳動物(例えば、ヒト)に治療的利益を提供する。様々なさらなる特別な態様において、CpGジヌクレオチドの数が減少したFIXのような第IX因子をコードする修飾された核酸と結合した長さが、概ね3.0Kb〜5.5Kb、又は、概ね4.0Kb〜5.0Kb、又は、概ね4.3Kb〜4.8kbの全体長さを有するように、フィラーポリヌクレオチド配列/スタッファポリヌクレオチド配列がベクター配列中に含まれている。
本発明の方法及び用途は、あらゆる治療的効果又は有利な効果をもたらす治療方法を含む。様々な発明の方法及び用途において、その病気によって引き起こされる又はその病気に関連した1つ又はそれ以上の不都合な(例えば、物理的)症状、疾患、疾病、病気又は合併症を抑制、減少又は低減することがさらに含まれる。血友病のような出血性疾患については、治療的効果又は有利な効果は、低減された傷、低減された血液凝固時間、低減された出血症状(継続期間、重症度、頻度)を含むが、それらに限定されるものではない。例えば、関節又は大脳(脳)の出血症状の継続期間、重症度又は頻度を低減した。血友病のような出血性疾患については、治療的効果又は有利な効果は、補足的凝固因子タンパク(例えば、第IX因子タンパク)の低減された量、又は、補足的凝固因子タンパク(例えば、第IX因子タンパク)の投与の廃止をさらに含むが、それらに限定されるものではな
い。
従って、治療の治療的効果又は有利な効果は、特定の被検体に対して提供されるあらゆる客観的又は主観的な測定可能な又は検出可能な改良又は利益である。治療的効果又は有利な効果は、病気のすべて又は任意の特定の不都合な症状、疾病、疾患、又は、合併症の完全な除去であってもよいが、必ずしもそうである必要はない。従って、満足な臨床的終了点は、短期間又は長期間(数時間、数日、数週、数か月等)に亘って、病気によって引き起こされる若しくは病気に伴う不都合な症状、疾患、疾病若しくは合併症における漸進的な改善若しくは部分的低下が存在する場合、又は、その病気によって引き起こされる若しくはその病気に伴う1つ以上の不都合な症状、疾患、疾病若しくは合併症の悪化若しくは進行の抑制、低減、抑止、抑制、予防、限定若しくは制御が存在するときに達成される。
核酸、ベクター、組み換えベクター(例えば、rAAV)、ベクターゲノム、及び、ベクターゲノムを含む組み替えウイルス粒子のような、本発明の組成物、方法、及び、使用は、その必要がある被検体に対して充分な又は有効な量で投与することができる。「有効な量」又は「充分な量」は、一回投与又は複数回投与で、単独で又は組み合わされて、1つ又はそれ以上の他の組成物(薬剤のような治療剤)、治療、プロトコル又は治療療法剤と共に、任意の継続時間(長期間又は短期間)の検出可能なレスポンス、被検体における期待される若しくは望まれる結果、又は、任意の測定可能な若しくは検出可能な程度の若しくは任意の継続時間(例えば、数分、数時間、数日、数か月、数年、又は、治療された)に亘る利益を被検体に提供する量を表す。
当業者は、一回のrAAV/ベクター用量の投与が充分であるか、又は、rAAV/ベクターの複数回投与が必要であるかを判断することができる。例えば、FIXが前もって定めたレベルよりも低い(例えば、治療的利益を提供する最小よりも少ない)場合、当業者は、適切であれば、rAAV/ベクターの追加用量を投与することを決定することができる。
治療効果を達成する用量、例えば、体重1キログラム当たりのベクターゲノムの用量(vg/kg)は、投与経路、治療効果を達成するために必要とされる異種起源ポリヌクレオチド発現のレベル、治療される特定の疾患、ウイルスベクターに対する任意の宿主免疫反応、異種起源のポリヌクレオチド又は発現産物(タンパク)に対する宿主免疫反応、及び、発現されるタンパクの安定性を含むが、それらに限定されないいくつかの要因によって変化するであろう。当業者は、前述の要因及び他の要因に基づいて、特定の疾病又は疾患を有する患者を治療するためのrAAV/ベクターゲノムの用量範囲を決定することができる。一般に、用量は、治療効果を達成するために、被検体の重量1キログラム当たり、少なくとも1×108又はそれ以上、例えば、1×109、1×1010、1×1011、1×1012、1×1013又は1×1014又はそれ以上のベクターゲノム(vg/kg)であろう。
いくつかの実施形態において、AAVベクター(例えば、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それと少なくとも95%、96%、97%、98%又は99%同一のゲノム配列を有するものを含む)の治療的有効量は、血友病B又は他の第IX因子活性欠損を有する被検体(例えば、ヒト)に投与された場合に、重度の血友病Bを軽度又は中程度の血友病Bに転換するか又は明らかに病気でない状態にするのに充分な量である。他の実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、血友病Bを有するヒト被検体が、第IX因子置換療法を完全に見合わせること又は適切な止血を維持するために置換FIXが投与される頻度を減らすことを可能にするのに充分な量である。当業者に理解されるように、因子置換療法は、血友病Bのための医療の現在のスタンダードで
あるが、患者が充分なレベルの機能する凝固因子を生産する能力の欠如を補うためには、組み換え技術によって生成されたヒト第IX因子の頻繁な注射を必要とする。
重度の血友病Bが、多くの場合は自然な(先行する外傷がなく)、被検体の筋肉又は関節の中への、頻繁な出血(例えば、一週間に少なくとも1回又は2回)を特徴とすること
は、一般的に認められている。健康なヒトにみられるFIX活性の1%未満は、重度の血友病Bに関係している。中程度の血友病Bを有する人は、重度の血友病Bを有する人よりも少ない頻度(例えば、1か月当たり約1回)で出血するが、手術、外傷、又は、歯の作業の後に正常な人よりも長い期間に亘って出血するであろうことが、一般的に認められている。中程度の疾病を有するヒトが自然に頻繁には出血しないことは一般的に認められている。正常に対して1%〜5%のFIX活性は、一般的に中程度の血友病Bに関係しており、中程度の血友病Bを有するヒト被検体は、仮にあっても、外科手術又は大きい外傷の結果としてだけ、過度に出血する。一般的に、軽度の血友病は、正常に対して6%〜40%のFIX活性と関係している。一般的に、血友病Bの症状を有しない、健康であると考えられる個体は、正常に対して約50%から150%の範囲のFIX活性を有する。さらなる情報は、Fijnvandraatら、Diagnosis and management of hemophilia, Br. Med. J., 344:36−40 (2012)で見ることができる。
第IX因子活性は、当業者に知られている様々な方法で測定することができる。例えば、1つの典型的な非限定的分析は、被検体から得られた血漿サンプル中のFIX凝固活性を測定するための、一段階活性化部分トロンボプラスチン時間(activated partial thromboplastin time、APTT)分析である。FIX活性は、多くの場合、国際単位(IU)で表される。1IUは、正常なドナーから得た1mlのプール血漿中に存在するFIX凝固活性として定義される。この慣例を用いると、重度の血友病Bは、0.01 IU/ml未満のFIXレベルに関係しており、中程度の病気は、0.02〜0.05 IU/mlのFIXレベルに関係しており、軽度の病気は、0.06−0.40 IU/mlのFIXレベルに関係しており、また、病気がないことは、0.50−1.50 IU/mlのFIXレベルに関係している。
当業者によって理解されるように、天然に生じるFIX Padua変異体のような第IX因子変異体であって、野生型ヒトFIXと比較してより高い触媒活性を有するものは、「非Padua」FIXと比較して、より低い濃度の活性タンパクでFIX活性の所定のレベル(例えば、1 IU/ml)を作ることができる。
ある実施形態において、AAVベクター(例えば、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%又は99%同一のゲノム配列とを有するものを含む)の治療的有効量は、重度の、中程度の、又は、軽度の血友病Bを有する被検体(例えば、ヒト)に投与された場合に、正常なFIX活性の概ね、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、若しくは、50%、又は、それ以上の血漿FIX活性を達成するのに充分な量である。他の実施形態において、治療的有効量は、他の点でそのような活性を欠いている被検体において1%又はそれ以上(例えば、被検体のFIX活性の1.5%〜10%、10%〜15%、15%〜20%、20%〜25%、25%〜30%以上)のFIX活性を達成する量である。
血友病Bを有する被検体の治療に関して、AAVベクター(例えば、AAV−FIX3
9Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%又は99%同一のゲノム配列とを有するものを含む)の治療的有効量は、希望の治療効果を達成するために、被検体の重量の1キログラム当たり少なくとも1×1010ベクターゲノム(vg)(vg/kg)、又は、被検体の重量の概ね1×1010〜1×1011vg/kg若しくは被検体の重量の概ね1×1011〜1×1012vg/kg(例えば、概ね1×1011〜2×1011vg/kg、又は、概ね2×1011〜3×1011vg/kg、又は、概ね3×1011〜4×1011vg/kg、又は、概ね4×1011〜5×1011vg/kg、又は、概ね5×1011〜6×1011vg/kg、又は、概ね6×1011〜7×1011vg/kg、又は、概ね7×1011〜8×1011vg/kg、概ね8×1011〜9×1011vg/kg、又は、概ね9×1011〜1×1012vg/kg)、又は、被検体の体重の概ね1×1012〜1×1013vg/kgであってもよい。さらなる用量は、希望の治療効果を達成するために、被検体の重量1キログラム(vg/kg)当たり概ね5×1010〜1×1010のベクターゲノム(vg)の範囲内、又は、被検体の重量1キログラム当たり概ね1×1010〜5×1011vg/kgの範囲内、又は、被検体の重量1キログラム当たり概ね5×1011〜1×1012vg/kgの範囲内、又は、被検体の重量1キログラム当たり概ね1×1012〜5×1013vg/kgの範囲内であってもよい。他の実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、概ね、2.0×1011vg/kg、2.1×1011vg/kg、2.2×1011vg/kg、2.3×1011vg/kg、2.4×1011vg/kg、2.5×1011vg/kg、2.6×1011vg/kg、2.7×1011vg/kg、2.8×1011vg/kg、2.9×1011vg/kg、3.0×1011vg/kg、3.1×1011vg/kg、3.2×1011vg/kg、3.3×1011vg/kg、3.4×1011vg/kg、3.5×1011vg/kg、3.6×1011vg/kg、3.7×1011vg/kg、3.8×1011vg/kg、3.9×1011vg/kg、4.0×1011vg/kg、4.1×1011vg/kg、4.2×1011vg/kg、4.3×1011vg/kg 4.4×1011vg/kg、4.5×1011vg/kg、4.6×1011vg/kg、4.7×1011vg/kg、4.8×1011vg/kg、4.9×1011vg/kg、5.0×1011vg/kg、5.1×1011vg/kg、5.2×1011vg/kg、5.3×1011vg/kg、5.4×1011vg/kg、5.5×1011vg/kg、5.6×1011vg/kg、5.7×1011vg/kg、5.8×1011vg/kg、5.9×1011vg/kg、6.0×1011vg/kg、6.1×1011vg/kg、6.2×1011vg/kg、6.3×1011vg/kg、6.4×1011vg/kg、6.5×1011vg/kg、6.6×1011vg/kg、6.7×1011vg/kg、6.8×1011vg/kg、6.9×1011vg/kg、7.0×1011vg/kg、7.1×1011vg/kg、7.2×1011vg/kg、7.3×1011vg/kg、7.4×1011vg/kg、7.5×1011vg/kg、7.6×1011vg/kg、7.7×1011vg/kg、7.8×1011vg/kg、7.9×1011vg/kg、若しくは、8.0×1011vg/kg又は他の用量である。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%又は99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中に単独で被検体に投与されてもよいし、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共に、ベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1又は他の比率として被検体に投与されてもよい。
病気の進行又は悪化を減少、低減、阻害、抑制、限定又は制御することが満足な結果ではあるが、治療のための(例えば、緩和するための、又は、治療的利益若しくは改善を提供するための)「有効な量」又は「充分な量」の用量は、典型的には、1つ、複数又はすべての病気の不都合な症状、結果又は合併症、例えば、病気によって引き起こされる又はその病気に関連する1つ以上の不都合な症状、疾患、病気、病理又は合併症に対する反応を測定可能な程度で提供するために有効である。
有効な量又は充分な量は、1回の投与で提供されてもよいが、提供する必要はなく、複数回の投与を必要としてもよく、また、単独で、又は、他の組成物(例えば、薬剤)、治療、プロトコル若しくは治療計画と組み合わせて投与されてもよいが、必ずしもそうする必要はない。例えば、その量は、被検体の必要性、治療される疾病又は(もしあれば)治療の副作用の種類、状態及び重症度によって示されるのにつれて比例して増加してもよい。さらに、所定の被検体において有効若しくは充分であると考えられるために、そのような用量より多い上回るさらなる用量、量若しくは投与期間、又は、さらなる組成(例えば、医薬品又は作用物質)、治療、プロトコル若しくは治療計画が含まれてもよいので、有効な量又は充分な量は、もし第2の組成(例えば、他の薬剤又は作用物質)、治療、プロトコル又は治療計画を伴わずに1回の投与又は複数回の投与で与えられたときに有効である必要はない。また、有効であると考えられる量は、凝固障害(例えば、血友病A又は血友病B)の治療のための組み換え凝固因子タンパクの投与のような、他の治療、治療計画又はプロトコルの使用の低減をもたらす量を含む。
有効な量又は充分な量は、治療されるすべてのあらゆる被検体において有効である必要はなく、また、所定のグループ又は集団の治療される被検体の大多数において有効である必要もない。有効な量又は充分な量は、グループ又は一般人口ではなく、特定の被検体における有効性又は充分さを意味する。そのような方法には典型的であるように、与えられる治療の方法又は使用に対して、より大きい反応を示す被検体もあれば、より少ない反応を示すか又は反応を示さない被検体もある。
「緩和する」との用語は、被検体の疾病又はその症状における検出可能な又は測定可能な改善、又は、根底にある細胞反応を意味する。検出可能な又は測定可能な改善は、病気の発生、頻度、重症度、進行若しくは継続期間における主観的若しくは客観的な減少、低下、阻害、抑制、限定若しくは制御、又は、その病気によって引き起こされる若しくはその病気に関連する合併症、又は、その病気の症状、根底にある原因若しくは結果における改善、又は、その病気の回復を含む。
従って、成功した治療的成果は、被検体において、病気、又は、その病気の1つ以上の不都合な症状若しくは根本的原因若しくは結果の発生、頻度、重症度、進行若しくは持続期間を減少、低減、阻害、抑制、限定、制御又は予防することの「治療的効果」又は「利益」に結びつくことができる。従って、病気の根本原因又は不都合な症状の1つ以上に作用する治療の方法及び使用は、有益であると考えられる。また、病気を安定化すること等のような、悪化における又はその不都合な症状における減少又は低減は、成功した治療的成果である。
従って、治療的な利益又は改善は、その病気の、又は、その病気と関連する不都合な症状、合併症、結果若しくは根本原因のいずれか1つ、大部分若しくはすべての、完全な除去である必要はない。従って、被検体の病気における漸進的な改善、又は、病気の発生、頻度、重症度、進行若しくは継続期間における部分的な減少、低減、阻害、抑制、限定、制御若しくは予防、又は、病気の阻害若しくは回復(例えば、1つ以上の症状又は合併症を安定化すること)が、短期間又は長期間(数時間、数日、数週、数か月等)に亘って存在するときに、満足な終了点が達成される。潜在的な治療的利益又は病気の改善を提供する治療等のような方法又は使用の有効性は、凝血形成時間等のような様々な方法によって確認することができる。
いくつかの実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、血友病Bを有するヒト被検体に投与された場合、一定時間に亘ってあるレベル以上のFIX活性をもたらすのに充分な量である。これらの実施形態のいくつかにおいて、AAVベクターの有効量は、
少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月、17か月、1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年又はそれ以上の持続時間に亘って、血友病Bを有するヒト被検体の少なくとも1%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも5%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも10%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも15%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも20%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも25%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも30%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも35%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも40%の正常なFIX活性をもたらす。他の実施形態において、AAVベクターの有効量は、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月若しくは17か月、又は、少なくとも1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年、5年、5.5年、6年、6.5年、7年、7.5年、8年、8.5年、9年、9.5年、10年若しくはそれ以上の持続時間に亘って少なくとも45%の正常なFIX活性をもたらす。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成中に単独で被検体に投与されてもよいし、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共に、ベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として被検体に投与されてもよい。
他の実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、重症の又は中程度の血友病Bを有するヒト被検体に投与された場合、正常に対して少なくとも20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%又は45%であるFIX活性を少なくとも6か月の持続時間に亘ってもたらすのに充分な量である。いくつかの実施例において、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものの用量は、約5.0×1011vg/kgであり、薬学的に許容できる組成中に単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共に、ベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、投与されてもよい。
治療的有用量のAAVベクター(例えば、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものを含む)を摂取したいくつかのヒト被検体においては、ベクターに起因するFIX活性が、長い期間(例えば、数か月又は数年)の間に、もはや充分であると考えられないレベルに低下することが理解されるであろう(例えば、被検体は、中程度の又は重度の血友病Bの症状及び/又はFIX活性特性を示す。)そのような状況では、最初の治療と同じタイプのAAVベクターを再び被検体に投薬することができる。他の実施形態においては、特に、被検体が最初のベクターに対して免疫反応を発達させた場合には、標的細胞においてFIXを発現するが、最初のAAVベクターと比較して免疫反応性が小さい、異なる又は変異体の血清型のキャプシドを有するように設計されたAAVベクターをその患者に与えることができる。
ある実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、血友病Bを有するヒト被検体に投与された場合、適切な止血を維持するための、被検体の組み換えのヒト第IX因子置換療法の必要性を低減又は除去するのに充分な量である。従って、いくつかの実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、適切な止血を維持するために、中程度の又は重度の血友病Bを有する平均的なヒト被検体がFIX置換療法を必要とする頻度を、概ね、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%低減することができる。関連する実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、適切な止血を維持するために中程度の又は重度の血友病Bの有する平均的なヒト被検体が必要とする組み換えヒト第IX因子の用量を、概ね、5%10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%減らすことができる。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
他の実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、重度の血友病Bを有するヒト被検体に投与された場合、関節中への自然出血を軽減する又はなくすのに充分な量である。従って、いくつかの実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、重度の血友病Bを有するヒト被検体の関節中への自然出血の頻度を、重度の血友病Bを有する治療されていない平均的なヒト被検体と比較して、概ね、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%低減することができる。関節中への出血は、関節の磁気共鳴画像若しくは超音波検査、又は、当業者によく知られている他の技術を用いて検出することができる。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
血友病を治療するためのAAVベクターを開発する先の努力は、成功したものではなく、少なくとも一部において、先の臨床試験においてAAVキャプシドに対する頑強な免疫反応のせいであると考えられている(例えば、Nathwaniら、NEJM 2011; 365(25):2357−2365; 及び、Mannoら、Nat Med 2006; 12(3):342−347参照)。進行中の臨床試験は、AAVベクターのある実施形態が、重度の血友病Bを有するヒト被検体において、AAVベクターを投与した6か月後(実施例5)にも免疫反応を生じさせないか又は最小限の免疫反応生じさせる一方で、高いレベルのFIX活性を作ることができることを実証した。従って、ある実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、重度の又は中程度の血友病Bを有する被検体に投与された場合に、意味のある期間に亘って、免疫反応を生じないか又は最小限の免疫反応を生じさせる一方で、止血を維持するのに適切なFIX活性をもたらす濃度である。ある実施形態において、免疫反応は、先天性免疫応答、体液性免疫反応、若しくは、細胞性免疫反応であってもよいし、又は、3つのタイプすべての免疫反応であってもよい。いくつかの実施形態において、免疫反応は、キャプシド、ベクターゲノム、及び/又は、形質導入細胞から生産される第IX因子タンパクを対象とするものであってもよい。
ある実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、キャプシド、ゲノム及び/又は形質導入細胞から生産された第IX因子タンパクに対して免疫反応を生じないか又は最小限の免疫反応(つまり、抗体)を生じさせる一方で、血友病Bを有する被検体において止血を維持するのに適切なFIX活性をもたらす。ウイルス、又はAAVベクターのようなウイルス様粒子に対する抗体応答は、被検体の漿液又は血漿中の抗体価を測定することによって、又は、免疫学の当業者によく知られている技術を用いて、測定することができる。キャプシドタンパクのようなAAVベクターの任意の構成要素、又は、第IX因子Padua(若しくは他のFIX変異体)のようなベクターゲノムによってコードされる遺伝子産物及び形質導入細胞において生産される遺伝子産物に対する抗体価は、そのような技術を使用して測定することができる。抗体価は、典型的には、抗体の存在を検出するために使用されている特定の分析においてもはやその抗体シグナルを検知できなくなる前の希釈倍率を示す比率として表される。例えば、2倍、5倍、10倍又は他のある希釈比
のような、異なる希釈比を使用することができる。例えば、WO2015/006743に記載されているようなELISA、FACS又はレポーター遺伝子分析のような、抗体の存在に関するあらゆる適切な分析を用いることができるが、限定されるものではない。さらに、当業者の知識に従って、他の分析を使用することもできる。抗体価は、AAVベクターの最初投与後に異なる回数で測定することができる。
ある実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、被検体がAAVベクターを投与されてから1週間後、2週間後、3週間後、4週間後、5週間後、6週間後、7週間後、8週間後、3か月後、4か月後、5か月後、6か月後、7か月後、8か月後、9か月後、10か月後、11か月後、12か月後、18か月後、2年後、3年後、4年後、5年後又はより長い期間の後に測定した場合に、キャプシド、ゲノム及び/又は形質導入細胞から生産される第IX因子タンパク(FIXパドヴァ等)に対して作る抗体価が1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:11、1:12、1:13、1:14、1:15、1:20、1:30、1:40、1:50、1:60、1:70、1:80、1:90、1:100、1:200、1:300、1:400、1:500又はそれ以上である一方で、血友病Bを有する被検体において少なくとも1%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%又はそれ以上のFIX活性をもたらす。典型的な非限定的一実施形態によれば、AAVベクターは、いずれもAAVベクターが投与された時から6か月後に、キャプシド及び/又は形質導入細胞によって生産される第IX因子に対する抗体価を1:2、1:3又は1:4以下であるように誘導する一方で、重度の血友病Bを有する被検体において少なくとも20%のFIX活性をもたらす。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
上述したように、血友病Bのための、AAVを介した遺伝子治療を用いた先の試みは、免疫抑制を引き起こす高容量のステロイドの必要性がなく、意味のある期間に亘って自己制限的免疫反応がその治療を有効でないものとすることを防いだ。重要な要因は、研究下のAAVベクターにより遺伝子導入された肝細胞を除去した細胞免疫反応であったと考えられる。この結果は、肝損傷を示唆する肝酵素の上昇、及び、被検体中のキャプシド特異的T細胞の存在の両方から検出することができた。
ある実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、キャプシド及び/又は形質導入細胞から生産される第IX因子タンパクに対して細胞免疫反応を生じさせないか又は最小限の細胞免疫反応を生じさせる一方で、血友病Bを有する被検体において止血を維持するのに適切なFIX活性をもたらす。細胞免疫反応は、キャプシドタンパク若しくは第IX因子に対して特異的なT細胞活性に関する分析、及び、肝細胞に対するダメージを示す上昇した肝酵素値の存在に関する試験の少なくとも2つの方法で決定することができる。
いくつかの実施形態において、細胞免疫反応は、キャプシドタンパク及び/又は遺伝子導入された肝細胞によって生産される第IX因子タンパクに対して特異的なT細胞活性について分析することによって決定される。T細胞反応のための異なるいくつかの分析が当業界で知られている。典型的な非限定的一実施形態において、T細胞反応は、血友病Bの治療のためにAAVベクターによって以前に治療された被検体から末梢血単核細胞(PBMC)を回収することによって決定される。その後、その細胞は、ベクター中に使用され
たVP1キャプシドタンパクに由来するペプチド、及び/又は、FIX Paduaのような遺伝子導入された肝細胞によって生産された第IX因子タンパクと共にインキュベートされる。キャプシドタンパク又は第IX因子タンパクを特異的に認識するT細胞は、刺激されてインターフェロンγ又は他のサイトカイン等のようなサイトカインを放出し、その後、それは、ELISPOT分析を使用して又は当業者によく知られている他の分析を使用して検出及び定量することができる(例えば、Mannoら、Nat Med 2006; 12(3):342−347を参照されたい。)。血友病Bを治療するためのAAVベクターの用量を被検体が摂取する前、及び、摂取した後に異なる時点で、例えば、週1回、月1回又はその他の間隔で、T細胞反応を監視することができる。従って、ある実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、毎週、毎月、若しくは、他の間隔で、又は、AAVベクターの投与後から2週間後、1か月後、2か月後、3か月後、6か月後、9か月後、1年後、2年後若しくは他の期間の後に測定した場合に、分析した100万個のPBMC当たりに、10、20、30、40、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000又はそれ以上を超えないスポット・フォーミング・ユニットである、ELISPOTを使用して測定されるT細胞反応を生じさせる一方で、血友病Bを有する被検体において止血を維持するのに適切なFIX活性(例えば、少なくとも1%、5%、10%、20%、30%又はそれ以上のFIX活性)をもたらす。これらの実施形態のいくつかにおいて、ELISPOT分析は、AAVベクター・キャプシドタンパクに由来するペプチドによって促進されたインターフェロンγ(又は他のサイトカイン)生産、及び、遺伝子導入された肝細胞によって生産される第IX因子タンパク(FIXPadua又は異なる変異体を含む)を検出するように設計されている。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
遺伝子導入された肝細胞に対する細胞免疫反応用の代用物として、標準的方法を使用して、正常より大きい肝臓酵素の存在を分析することができる。理論に拘束されることを意図するものではないが、先の臨床試験において使用されたもののような、特定のAAVベクターに対して特異的なT細胞は、遺伝子導入された肝細胞を攻撃して殺すことができ、循環中へ肝臓酵素一時的に放出させる。典型的な肝酵素は、アラニンアミノトランスフェラーゼ(ALT)、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ(AST)、及び、乳酸脱水素酵素(LDH)を含むが、肝臓ダメージを示す他の酵素をモニターすることもできる。循環におけるこれらの酵素の正常値は、典型的には、それを超えて酵素レベルが上昇し、それによって肝臓ダメージを示すと考えられる値を有する範囲として定義される。正常な範囲は、一部分において、分析を行う臨床研究室によって使用される基準に依存する。ある実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、上昇したレベルの循環肝臓酵素(ALT、AST又はLDH等)を生じさせる一方で、血友病Bを有する被検体中において止血を維持するのに適切なFIX活性(例えば、少なくとも1%、5%、10%、20%、30%又はそれより高いFIX活性)をもたらし、該上昇したレベルの循環肝臓酵素は、平均で、各範囲の正常な値の上限(ULN)の0%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%、1500%、2000%以下であるか、又は、AAVベクター投与後の異なる時点(例えば、毎週又は毎月の間隔)の治療下の同じ被検体から抽出した複数のサンプルにおいて測定される最高レベルの0%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%、1500%、2000%以下である。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
血友病Bを治療するためにAAVベクターを使用した先の臨床試験において、調査者は、治療を受ける被検体が、第IX因子タンパクを生産する遺伝子導入細胞を除去する免疫反応を開始するのを防ぐために、ステロイド等のような免疫抑制剤を併用投与する必要があった。しかしながら、特定のAAVベクターを用いた試験的治療を受けた被検体で見られた低減された免疫反応により、免疫抑制剤の併用投与は必要ではないかもしれない。従って、特定の実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、(ステロイド又は他の免疫抑制薬等のような)免疫抑制剤の併用投与(前に、同時に、又は、後に)の必要がなく、重度の又は中程度の血友病Bを有する被検体において適切な止血を維持するのに充分な量である。しかしながら、すべての被検体において免疫反応が予測可能ではないので、血友病Bのための治療の本発明における方法は、免疫抑制剤と共に併用投与されるAAVベクターを含む。AAVベクターが血友病Bを有する被検体に投与される前に、投与と同時に、又は、投与の後に、免疫抑制剤の併用投与が存在してもよい。いくつかの実施例において、免疫抑制剤は、血友病Bを治療するためにAAVベクターを投与された後に、数日、数週間又は数か月の期間に亘って被検体に投与される。典型的な免疫抑制剤は、ステロイド(例えば、限定されるものではないが、プレドニゾン又はプレドニゾロン)、及び、シクロスポリン、ラパマイシン等の非ステロイド免疫抑制剤を含む。いかなる薬剤用量及び治療時間が充分な免疫抑制を達成するのに必要とされるかは、治療を受ける各被検体に特有な要因に依存するが、用量及び治療時間は当業者の技術の範囲内であろう。いくつかの実施例において、免疫抑制薬は、1回以上投与される必要があるかもしれない。
ある実施形態によれば、AAVベクターの治療的有効量は、重度の又は中程度の血友病Bを有するヒト被検体の集団に投与された場合に、FIX活性の一貫した上昇をもたらす。一貫性は、平均及び標準偏差(SD)又は当業者によく知られている他の統計的手法のような統計的手法を使用してヒト被検体の集団における反応の変動を計算することにより決定することができる。いくつかの実施形態において、AAVベクターの治療的有効量は、重度の又は中程度の血友病Bを有するヒト被検体の集団に投与された場合に、投与後3か月、6か月、9か月、12か月、15か月、18か月、21か月又は21か月において、15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で1%〜5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で2.5%〜7.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で5%〜10%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で7.5%〜12.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で10%〜15%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で12.5%〜17.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で15%〜20%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で17.5%〜22.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で20%〜25%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で22.5%〜27.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で25%〜30%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で27.5%〜32.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で30%〜35%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で32.5%〜37.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で35%〜40%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で37.5%〜42.5%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で40%〜45%の平均FIX活性;15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で42.5%〜47.5%の平均FIX活性;又は、15未満、14未満、13未満、12未満、11未満、10未満、9未満、8未満、7未満、6未満、5未満、4未満、3未満、2未満又は1未満の標準偏差で45%〜50%の平均FIX活性をもたらす。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
本発明の方法及び使用は、望まれる治療的な、有益な、付加的な、相乗的な又は相補的な活性又は効力を有する任意の化合物、作用物質、薬剤、治療又は他の治療計画若しくはプロトコルと組み合わされてもよい。典型的な組み合わせの組成及び治療は、生物製剤(タンパク)、作用物質及び医薬品等のような第2の活性成分を含む。そのような生物製剤(タンパク)、作用物質、医薬品、治療及び療法は、任意の他の方法又は本発明の使用(例えば、血液凝固疾病について被検体を治療する治療方法)に先立って、それと実質的に同時に、又は、その後に投与又は実行することができる。
化合物、作用物質、薬、治療又は他の治療計画若しくは治療プロトコルは、組み合わせ組成として投与されてもよいし、又は、核酸、ベクター、組み換えベクター(例えば、rAAV)、ベクターゲノム若しくは組み替えウイルス粒子の送達若しくは投与(に先立って、又は、の後で)と同時に若しくは順番に若しくは連続して別々に投与することができる。従って、本発明は、本発明の方法か使用が、本明細書に記載されている又は当業者に知られている任意の化合物、作用物質、薬剤、治療計画、治療プロトコル、プロセス、治療薬又は組成物と組み合わされた組み合わせを提供する。その化合物、作用物質、薬剤、
治療計画、治療プロトコル、プロセス、治療薬又は組成物は、被検体に対する本発明の核酸、ベクター、組み換えベクター(例えば、rAAV)、ベクターゲノム又は組み替えウイルス粒子の投与に先立って、該投与と実質的に同時に、又は、該投与の後で、投与又は実行することができる。
ある実施形態において、1つの組み合わせ組成は、1つ以上の免疫抑制剤を含む。ある実施形態において、1つの方法は、哺乳動物に対して1つ以上の免疫抑制剤を投与するか又は届けることを含む。ある実施形態において、1つの組み合わせ組成物は、AAV−FIX粒子と1つ以上の免疫抑制剤を含む。ある実施形態において、1つの方法は、哺乳動物に対してAAV−FIX粒子を投与又は届けること、及び、哺乳動物に対して免疫抑制剤を投与すること含む。当業者は、1つ以上の免疫抑制物質を有するそのような組み合わせ組成、及び、哺乳動物に対して免疫抑制剤を投与することの適切な必要性又はタイミングを決定することができる。
また、本発明の方法及び使用は、特に、他の化合物、作用物質、薬剤、治療計画、治療プロトコル、プロセス又は治療薬の必要性又は使用を減らす方法及び使用を含む。例えば、血液凝固疾病について、本発明の方法又は使用は、所定の被検体において、被検体中の不充分な又は不完全な(異常な又は変異な)内因性凝固因子を補完するための、組み換え凝固因子タンパクの投与のより少ない頻度の又は低減した用量又は廃止を有する場合、治療的利益を有する。従って、本発明に従って、他の治療又は療法の必要性又は使用を減らす方法及び使用が提供される。
本発明は、ヒト及び動物の医学的応用を含む動物において有用である。従って、適切な被検体は、ヒト等の哺乳動物、及び、ヒト以外の哺乳動物を含む。「被検体」との用語は、動物を表し、典型的には、ヒト等の哺乳動物、ヒト以外の霊長類(類人猿、テナガザル、ゴリラ、チンパンジー、オランウータン、マカク)、家庭動物(イヌ及びネコ)、家畜動物(ニワトリ及びカモ等の飼鳥類、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ等)、及び、実験動物(マウス、ラット、ラビット、モルモット)を表す。ヒト被検体は、胎児、新生児、幼児、若年者、及び、成人の被検体を含む。被検体は、動物の疾病モデル(例えば、血液凝固疾病のマウス及び他の動物モデル、並びに、当業者に知られている他の動物モデル)を含む。
治療するのに適切な被検体は、機能する遺伝子生成物(タンパク)の生産量が不充分であるか若しくは欠損している若しくはそのようなリスクのある者、又は、異常な、部分的にしか機能しない若しくは機能しない遺伝子産物(タンパク)であって、病気に至り得るものを生産する者を含む。本発明に従った治療に適切な被検体は、病気に結びつく異常な又は不完全な(変異体の)遺伝子産物(タンパク)を有するか又は作るリスクがあり、その異常な又は不完全な(変異体の)遺伝子産物(タンパク)の量、発現又は機能を減少させることが、その病気の治療に結びつくか又は1つ以上の症状を低減するか若しくはその病気を緩和することになる者をさらに含む。従って、ターゲット被検体は、血友病患者(例えば、血友病B)等のような、異常な若しくは不充分な血液凝固因子を作り、又は、血液凝固因子を作らない被検体を含む。
本発明に従った治療のために適切な被検体は、補助タンパク(例えば、血友病を治療するためのFIX等のような組み換え血液凝固因子)で以前に又は現在治療されている者をさらに含む。本発明に従った治療に適切な被検体は、FIXタンパクに対して本質的な若しくは検出可能な免疫反応を発達させていない、又は、FIXをベースとした遺伝子治療を妨害若しくは阻害する抗FIXタンパクの阻害抗体の量を発達させていない者をさらに含む。
他の実施形態において、(例えば、遺伝子型決定によって)血友病Bを有すると決定されたが、まだ血友病Bの症状のいずれをも示していない小児のヒト被験体は、最初の段階でいかなるそのような症状が生じることを防ぐために、又は、他の実施形態においては、治療しない状態であればそうでなると考えられるのと同じくらい重度になることを防ぐために、AAVベクターによって予防的に治療することができる。いくつかの実施例において、このように予防的に治療されるヒト被検体は、止血を維持し、ひいては、血友病Bの1つ以上の症状の重症度を防止又は低減するのに適切なFIX活性を生産及び維持するためにAAVベクターが投与される場合、少なくとも3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月、17か月、18か月又はそれ以上の年齢である。これらの実施形態のいずれかにおいて、AAVベクターは、AAV−FIX39Padua、又は、それと同じキャプシドと、それに対して少なくとも95%、96%、97%、98%若しくは99%同一のゲノム配列とを有するものであってもよく、薬学的に許容できる組成物中で単独で、又は、同じキャプシド種の空キャプシドと共にベクターに対する空キャプシドの比率を概ね2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1若しくは他の比率として、被検体に投与されてもよい。
被検体に対する投与又はインビボ送達は、その病気によって引き起こされる又はその病気に関連する不都合な症状、病状、合併症等の発生に先立って行われてもよい。例えば、選抜(例えば、遺伝子的)は、そのような被検体を、本発明の組成、方法及び用途のための候補と確認するために使用されてもよい。従って、そのような被検体は、機能する遺伝子生成物(タンパク)の量が不充分であるか若しくは欠損していること、又は、異常な、部分的にしか機能しない若しくは機能しない遺伝子産物(タンパク)の生産についてポジティブであると選抜された者を含む。
本発明の方法及び用途は、全身的な、局所的な若しくは部分的な、又は、任意の経路(例えば、注射又は注入による)の送達及び投与を含む。そのような送達及び投与は、非経口、例えば、血管内、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮内、皮下、又は口腔粘膜内の送達及び投与を含む。典型的な投与及び送達の経路は、静脈内(i.v.)、腹腔内(i.p.)、動脈内、皮下、胸膜腔内、挿管、肺内、腔内、イオン導入、臓器内、リンパ管内への投与及び送達を含む。
代替的に又は付加的に、AAVベクターは、門脈を経由して肝臓に届けられてもよい。他の選択肢において、肝動脈経由で肝臓にAAVベクターを届けるために、大腿動脈中に導入されたカテーテルを使用することができる。肝臓にAAVベクターを直接届けるために、内視鏡的逆行性胆道膵管造影(ERCP)等のような外科以外の手段を使用することもでき、それによって血流及びAAV中和抗体を回避することができる。抗AAV抗体を発達させる又は先在する抗AAV抗体を有する被検体中にAAVベクターを届けるために入り口として、顎下腺の管等のような他の送管システムを使用することもできる。
用量は、変わってもよく、その治療が対象としている病気の種類、発病、進行、重症度、頻度、持続期間若しくは見込み、望まれる臨床的終了点、以前の若しくは同時に行う治療、被検体の健康状態、年齢、性別、人種若しくは免疫適格性、並びに、当業者によって理解される要因に依存してもよい。治療又は療法の任意の不都合な副作用、合併症又は他の危険因子、並びに、被検体の状態によって示されるのに釣り合うように、用量、数、頻度又は継続期間を増加又は減少させることができる。当業者は、治療的な又は予防的な利益を提供するのに充分な量を提供するために必要となる用量及びタイミングに影響する可能性がある要因を理解するであろう。
本発明の方法及び使用は、本明細書に記載されているように、被験者が、その治療が対
象としている病気を有することが確認されたか、その病気の1つ以上の症状を有しているか、又は、その被験者がその病気の1つ以上の症状を有していないが、本明細書に記載されているように陽性であると選抜されて確認された後、1〜2時間、2〜4時間、4〜12時間、12〜24時間又は24〜72時間以内に実行することができる。もちろん、本発明の方法及び使用は、被験者が、その治療が対象としている病気を有することが確認されたか、その病気の1つ以上の症状を有しているか、又は、その被験者がその病気の1つ以上の症状を有していないが、本明細書に記載されているように陽性であると選抜されて確認された後、1〜7日、7〜14日、14〜21日、21〜48日、若しくは、それ以上の日数、数ヶ月、又は、数年の期間内に実行することができる。
本発明の核酸、ベクター、組み換えベクター(例えば、rAAV)、ベクターゲノム及び組み替えウイルス粒子、並びに、他の組成物、作用物質、医薬品、生物製剤(タンパク)は、医薬的組成(例えば、薬学的に許容できる担体、賦形剤)の中に組み込まれてもよい。そのような医薬組成は、特に、被検体に対するインビボ又はエクスビボでの投与及び送達のために有用である。
本明細書で使用されているように、「薬学的に許容できる」との用語及び「生理的に許容できる」との用語は、気体、液体若しくは固体又はそれらの混合物の、生物学的に許容できる製剤形態であり、その製剤形態が、インビボでの送達又は接触の1本以上の投与経路に適していることを意味する。「薬学的に許容できる」又は「生理的に許容できる」組成は、生物学的に又は他の点において望ましくないものではない材料であり、例えば、その材料は、望ましくない生物学的作用を本質的に引き起こさずに、被検体に投与できる。従って、そのような医薬組成は、例えば、被検体にウイルスベクター又はウイルス粒子を投与することにおいて使用されてもよい。
そのような組成は、医薬投与又はインビボでの接触若しくは送達と適合する、溶剤(水性又は非水性)、溶液(水性又は非水性)、乳剤(例えば、水中油又は油中水)、懸濁液、シロップ剤、エリキシル剤、分散液及び懸濁液、コーティング、等張剤、並びに、吸収促進剤及び吸収遅延剤を含む。水性溶剤及び非水性溶剤、溶液並びに懸濁液は、懸濁化剤と増粘剤を含んでいてもよい。そのような薬学的に許容できる担体は、錠剤(コーティングされた又はコーティングされていない)、カプセル剤(堅い又は軟らかい)、マイクロビーズ、パウダー、果粒剤及び結晶を含む。補助活性化合物(例えば、保存剤、抗菌剤、抗ウイルス剤、及び、抗真菌剤)を組成中に組み込むこともできる
医薬組成は、本明細書に記載されているように又は当業者に知られているように、特定の投与経路又は送達に適合するように調剤されてもよい。従って、医薬組成は、様々なルートによる投与に適した担体、希釈剤又は賦形剤を含む。
非経口適用に適した組成物は、活性化合物の水性溶液、非水性溶液、懸濁液又は乳濁液を含み、その調合薬は、典型的には無菌であり、意図されているレシピエントの血液と等張であってもよい。非限定的な説明に役立つ例は、水、食塩水、デキストロース、フルクトース、エタノール、動物油、野菜油、又は、合成油を含む。
共溶媒及び補助薬が剤形態に加えられてもよい。共溶媒の非限定的な例は、例えば、イソプロピルアルコール等のようなアルコール;プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル等のようなグリコール;グリセロール;ポリオキシエチレンアルコール、ポリオキシエチレン脂肪酸エステルのように、水酸基又は他の極性基を含む。
補助薬は、例えば、大豆レシチン及びオレイン酸等のような界面活性剤;ソルビタントリオレエート等のようなソルビタンエステル;及び、ポリビニルピロリドンを含む。
本発明の組成物、方法及び用途に適切な医薬組成及び送達システムは、当業界において知られている(例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy (2003) 20th ed., Mack Publishing Co., Easton, PA; Remington’s Pharmaceutical Sciences (1990) 18th ed., Mack Publishing Co., Easton, PA; The Merck Index (1996) 12th ed., Merck Publishing Group, Whitehouse, NJ; Pharmaceutical Principles of Solid Dosage Forms (1993),
Technonic Publishing Co., Inc., Lancaster, Pa.; Ansel and Stoklosa, Pharmaceutical Calculations (2001) 11th ed., Lippinc
ott Williams & Wilkins, Baltimore, MD; 及び、Poznanskyら, Drug Delivery Systems (1980), R. L. Juliano, ed., Oxford, N.Y., pp. 253−315を参照されたい。)。
本明細書で使用されているように、「ユニット投薬形態」という用語は、治療される被検体のための単一量として適した物理的に分離した単位を表す。各単位は、任意に薬剤担体(賦形剤、希釈剤、媒体又は充満剤)を伴って、1又はそれ以上の用量で投与された場合に、所望の効果(例えば、予防的効果又は治療的効果)を生じさせると計算される所定の量を含む。単位用量形態は、例えば、アンプル及びバイアル中に存在していてもよい。単位用量形態は、液状組成物を含んでいてもよいし、又は、フリーズドライ又は凍結乾燥された状態の組成物を含んでいてもよい。例えば、インビボでの投与又は送達に先立って無菌の液状担体が加えられてもよい。個別の単位量形態は、複数用量キット又は包装容器中に含められてもよい。組み換えベクター(例えばrAAV)配列、組み替えウイルス粒子、及び、それらの医薬組成物は、投与のしやすさ及び容量の均一性のために、単一の単位用量又は複数の単位用量でパッケージされてもよい。
本発明は、パッケージング材及びその中の1つ以上の成分を有するキットを提供する。キットは、典型的には、成分の説明又は成分のインビトロ、インビボ、エスクビボでの使用説明書を含む、ラベル又はパッケージング挿入物を含む。キットは、例えば、核酸、組換え型のベクター、ウイルス(例えば、AAV)ベクター又はウイルス粒子等のそのような成分の集合物と、任意に、他の化合物、作用物質、薬剤又は組成物等のような第2の活性成分を含んでいてもよい。
キットは、当該キットの1つ以上の成分を収容する物理構造を表す。パッケージング材は、その成分を無菌的に維持することができ、そのような目的のために一般的に使用される材料からなるものであってもよい(例えば、紙、波形のファイバー、ガラス、プラスチック、箔、アンプル、バイアル、チューブ等)。
ラベル又は挿入物は、1つ以上の成分、用量、(作用機序、薬物動態学及び薬動力学を含む)有効成分の臨床薬理学を特定する情報を含んでいてもよい。ラベル又は挿入物は、製造業者、ロット番号、製造業者の居所及び日付、使用期限を特定する情報を含んでいてもよい。ラベル又は挿入物は、製造業者情報、ロット番号、製造業者の居所及び日付を特定する情報を含んでいてもよい。ラベル又は挿入物は、キットの成分を使用することができる疾病に関する情報を含んでいてもよい。ラベル又は挿入物は、方法、使用、又は、治療プロトコル若しくは治療規制の1つ以上においてキット成分を使用するための、臨床医又は被検体のための指示書を含んでいてもよい。指示書は、用量、頻度又は期間、及び、
本明細書に記載されている、用途、治療プロトコル、又は、予防計画若しくは治療計画のいずれかを実行するための指示を含んでいてもよい。
ラベル又は挿入物は、予防的利益又は治療的利益等のような、成分が提供することができるあらゆる利益に関する情報を含んでいてもよい。ラベル又は挿入物は、特定の組成物を使用することが適切でない状況に関する被検体又は臨床医に対する警告等のような、潜在的な不都合な副作用、合併症又は反応に関する情報を含んでいてもよい。被検体が、組成物と適合しない可能性がある1つ以上の他の薬物を有し、将来的に有し、若しくは、現在摂取している場合、又は、被検体が、組成物と適合しない他の治療プロトコル又は治療計画を有し、将来的に受け、若しくは、現在受けている場合、副作用又は合併症がさらに生じる可能性があり、従って、指示書は、そのような不適合性に関する情報を含んでいてもよい。
ラベル又は挿入物は、「印刷物」、例えば、紙、厚紙であって、成分、キット若しくはパッケージ材料(例えば、箱)と分離した若しくは添付された、又は、キット成分を含むアンプル、チューブ若しくはバイアルに添付されたものを含む。ラベル又は挿入物は、バーコード付きのプリントされたラベル、ディスク、CD−若しくはDVD−ROM/RAM、DVD等の光ディスク、MP3、磁気テープ、又は、RAM、ROM等の電気的記憶媒体、又は、磁気/光記憶媒体、FLASHメディア又はメモリ型カード等のハイブリッド、等のコンピュータ読取り可能なメディアをさらに含んでいてもよい。
別段の定めがない限り、本明細書で使用されている技術的用語及び科学用語のすべては、この発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似又は等価の方法及び材料を本発明の実行又は試験において使用することができるが、適切な方法及び材料は本明細書に記載されている
本明細書で引用されているすべての特許、特許出願、刊行物及び他の参考文献、GenBank引用並びにATCC引用は、参照することによってそれらの全体が組み込まれている。抵触する場合には、定義を含む明細書が規定する。
本明細書に開示されているすべての特徴はあらゆる組み合わせで組み合わせられてもよい。本明細書に開示されている各特徴は、同じ、等価、又は、類似の目的を果たす代替的特徴に置換されてもよい。従って、明示的に別段の記載が無い限り、開示されている特徴(例えば、核酸変異体、ベクタープラスミド、組換え型のベクター(例えばrAAV)配列又は組み替え型のウイルス粒子)は、等価な又は同様の特徴の属の例である。
本明細書で使用されているように、明示的に別段の定めがない限り、「1つの」(a)及び「その」(the)という単数形は、複数の指示物を含む。従って、例えば、「核酸」(a nucleic acid)への言及は複数のそのような核酸を含む。「ベクター」(a vector)への言及は複数のそのようなベクターを含む。「ウイルス」(a virus)又は「粒子」(a particle)への言及は複数のそのようなウイルス/粒子を含む。
本明細書で使用されているように、明示的に別段の定めがない限り、数値又は数値範囲は、すべてそのような範囲内の整数と、範囲内の値又は整数の一部を含む。従って、説明のために、80%又はそれ以上の同一性への言及は、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%等、並びに、81.1%、81.2%、81.3%、81.4%、81.5%等、82.1%、82.2%、82.3%、82.4%、82.5%等を含む。
「より多い(より大きな)」又は「より少ない」を伴う整数への言及は、参照値より大きい任意の数又は参照値より小さい任意の数をそれぞれ含む。例えば、従って、「100より小さい」への言及は、99、98、97等、数1(1)に至る途中のすべての数を含む。また、「10より小さい」は、9、8、7等、数1(1)に至る途中のすべての数を含む。
本明細書で使用されているように、明示的に別段の定めがない限り、すべての数値又は範囲は、そのような範囲内の値及び整数の一部、並びに、そのような範囲内の整数の一部を含む。従って、説明のために、1−10のような数値範囲への言及は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等、及び、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5等を含む。従って、1−50の範囲への言及は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20等、最大で50まで、かつ、50を含み、また、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5等、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5等を含む。
連続した範囲への言及は、その連続における異なる範囲の境界の値を組み合わせた範囲を含む。従って、連続した範囲への言及を説明するために、例えば、1−10、10−20、20−30、30−40、40−50、50−60、60−75、75−100、100−150、150−200、200−250、250−300、300−400、400−500、500−750、750−850は、1−20、1−30、1−40、1−50、1−60、10−30、10−40、10−50、10−60、10−70、10−80、20−40、20−50、20−60、20−70、20−80、20−90、50−75、50−100、50−150、50−200、50−250、100−200、100−250、100−300、100−350、100−400、100−500、150−250、150−300、150−350、150−400、150−450、150−500等の範囲を含む。
本発明は、多数の実施形態及び態様について記載するために、本明細書中において断定的な言葉を使用して一般的に開示されている。また、本発明は、物質又は材料、方法ステップ及び条件、プロトコル又は手続等の特定の主題が、全部又は一部分において除外された実施形態を特に含む。例えば、本発明のある実施形態又は態様において、材料及び/又は方法ステップが除外される。従って、本発明が含んでいないものという観点では、たとえ本発明が本明細書中に一般に表現されていなくても、本発明において明示的に除外されていない態様はそれにも拘わらず本明細書に開示されている。
本発明の多くの実施形態が記載されている。しかし、当業者は、本発明の趣旨及び範囲から逸脱せずに、様々な使用法及び状況に本発明を適応させるために、本発明に様々な変更及び修飾を加えることができる。従って、以下の実施例は、説明するように意図されており、いかなる態様においても特許請求の範囲に記載された発明の範囲を限定するものではない。
従って、以下の実施例は、本発明の範囲を説明するが、特許請求の範囲に記載されている本発明の範囲を制限しないように意図されている。

実施例1 ベクター設計/調製
338L Padua変異(Simioni Pら、N Engl J Med 2009、361:1671)を有する高い特異的活性のヒト第IX因子タンパクをコードする新規な第IX因子核酸を設計した(「FIX39−Padua」、配列番号:10、図10)。FIX39Paduaは、FIXコード配列及びイントロン配列の中のCpGジ
ヌクレオチドを完全に欠損している。比較試験のために、FIX19(Mingozziら、Sci. Transl Med. 2013)が調製され、FIX Paduaに起因するあらゆる潜在的な混乱させる結果を除外するために、FIX Paduaを含むように修飾された(「FIX19−Padua」、配列番号:11、図11)。
プラスミド(「pAAV−ApoE_hAAT−FIX39」、11125塩基対、配列番号:12、図12A)が合成され、そのプラスミドは、FIX39 Padua発現カセット及び表2に記載されている因子を含んでいた。pAAV−ApoE_hAAT−FIX39のマップは図13に示されている。
Figure 2021087431
FIX39Paduaをコードする配列及びイントロンAの配列は、配列番号:25に記載されている(図15)。また、FIX19PaduaCDS及び同じ制御因子、同じアデノ随伴逆方向末端反復(ITR)、並びに、pAAV−ApoE_hAATFIX39と同じ肝臓特異的ApoE/hAATプロモーターを含むプラスミドも合成した。
FIX39Padua(「AAV−FIX39Padua」)導入遺伝子及びFIX19Padua(「AAV−FIX19Padua」)導入遺伝子のために、トリプル・トランスフェクション・プロセス、及び、その後の二重塩化セシウム勾配遠心分離(Ayuso E, Metら、Gene Ther 2010、17:503)を使用して、4−1キャプシド変異(配列番号:4)を有するAAVベクターを調製した。標準物質として線状化したプラスミドを使用して、定量的PCRによって、ベクターを滴定した。実施例3に記載されている研究のために、尾静脈注入用として、マウス1匹当たり200μLの最終体積となるように、PBS、5%ソルビトール、0.001%のF68によってベクターを希釈した。

実施例2 インビトロにおけるAAV変異体4−1の遺伝子導入
細胞1個当たり500から62500ベクターゲノムの範囲内の4つの異なる感染多重度(MOI)でルシフェラーゼを発現する4−1変異体キャプシド(配列番号:4)を用いて、カニクイザル及びヒトから得た初代肝細胞を形質導入した。遺伝子導入の72時間後に、ルシフェラーゼ発現を分析した。図16に示されているように、遺伝子導入されたヒト肝細胞の比率は、非ヒト霊長類の肝細胞と比較して、使用したMOIに依存して、0.8〜1.5の範囲内であった。インビトロで生成されたこれらのデータは、カニクイザル及びヒトの被検体において凝固IX因子の発現を比較したとき、以前のインビボでの観察と一致しているようにみえる。

実施例3 効果研究
マウスにおいて、AAV−FIX39PaduaとAAV−FIX19Paduaの効果を比較評価するための研究を行った。5つのグループのマウスに、8〜10週齢で、1×1011vg/kg又は1×1012vg/kgのいずれかのAAV−FIX39Padua及びAAV−FIX19Paduaを注入した。ベクターの投与後に、ヘパリン処理されたキャピラリーチューブを使用して、眼窩後出血によって血液を回収した。血漿を4℃、10分間の9000rpmの遠心分離によって分離し、分析するまで−80℃で冷凍保存した。
hFIX導入遺伝子の発現を評価するために、回収された血漿を使用した。ELISAキット(Affinity Biologicals、Ancaster、ON、カナダ)を使用して、血漿中のヒトFIXレベルを測定した。
活性化部分トロンボプラスチン時間(aPTT)分析によって、ヒトFIXの活性レベルを測定した。サンプル血漿を、ヒトFIX欠損血漿(George King Biomedical社)及びaPTT試薬(Trinity Biotech)と1:1:1の体積比で混合し、その後に37℃で180秒間インキュベーションをすることによって、aPTT分析を実行した。25mM塩化カルシウムを加えることによって凝固を開始した。STart4凝析装置(Diagnostica Stago)を使用して、血栓形成時間を測定した。TBS pH7.4(48μl+192μl)による1:5の希釈から始まり、その後の1:2の連続希釈(120μl+120μl)を伴う、ジョージ・キングから得た正常なプール血漿を用いて、標準曲線を生成した。ベクター投与後第17週に各サンプルの活性を計算するためにそのヒト標準曲線を使用した。2匹の治療していないマウスにおいても活性を測定した。治療していないマウスにおけるFIX活性を平均し、次に、その平均値を、FIXPaduaタンパクに起因する追加的(つまり、ヒト)活性を計算するために、治療されたサンプルから引いた。
図17に示されているように、AAV−FIX39Padua及びAAV−FIX19Paduaは、実質的に等しいレベルのFIXを発現するようにみえる。
ベクター投与の17週間後に、1×1012vg/kgのベクター用量で治療されたマウスにおいてヒトFIX活性を測定した。抗原に対する活性の比率は、5.2〜7.5の範囲内であり、FIX19Paduaグループ及びFIX39Paduaグループの両方について平均は6.4であった(表3)。
Figure 2021087431
これらの結果は、両方の発現カセットの効力が実質的に類似していることを示唆しているが、プラスミド流体尾静脈注入の設定においてもその2つの構築物を分析した。裸のDNAのインビボでの投与に由来するFIXレベルの評価の理論的根拠は、AAV滴定、ベクター製造等における差の潜在的干渉がない状態において、両方の発現カセットを比較することであった。
図18に示されているように、両方の裸の発現カセットは、FIXを発現させることにおいて同程度の効力があり、そのことは、AAVセッティングにおいて得られたデータを確かにしていた。これらの結果は、FIX19Padua及びFIX39Padua発現カセットが同様の効力を有することを示す。

実施例4 AAV−FIX39Padua遺伝子治療
AAV−FIX39Paduaの単独の静脈注入の安全性及び動態を決定するために臨床研究を行う。使用したAAV4−1キャプシド変異体は、前臨床試験において、優れた安全性及び効力(1×1012vg/kgのベクター注入の3か月後に、NHPにおいて最大35%の保持されたFIX活性レベルを達成する能力)を有することが示された。AAV4−1キャプシド変異体に対してクロス反応する中和抗体(Ab)は、AAV8よりも約10%少なく広まっている。この研究の設計は表4に提供されている。

Figure 2021087431

Figure 2021087431

実施例5 臨床結果
血友病Bを有する4つの被検体に、AAV−FIX39Paduaベクターを単独で静脈注射により投与した。最初の2人の被検体は、それぞれ、23歳と18歳であり、肝臓病の既往歴を有しておらず、一方、第3の被検体は、47歳で、HCV感染の既往歴を有していたが、自然になくなっていた。4人全員の被検体は、新規なAAVキャプシドに対する中和抗体で選抜されており、ネガティブであることがわかった。
被検体に、1時間以内の期間に亘って5×1011vg/kgのAAV−FIX39Paduaベクターを静脈内に注入した。
各被検体に投与されたすべてのAAV−FIX39Paduaベクターが図20〜図23に示されており、示されているAAV空キャプシドの量と合計されている。
図19〜図23は研究結果を示しており、AAV−FIX39Paduaベクターが0日目に投与された。全研究評価期間を通じて増加したFIX活性によって反映されているように、その結果は、4つの被検体すべてにおいて増加した第IX因子の生産を示す。
概ね0日目から3日目におけるFIX活性の最初の増加は、100IU/kgのAlprolix(商標)又はBeneFIX(商標)の投与によるものであり、これらは、約82時間の近似半減期を有する組み換えFIX−Fc融合タンパクである。AAV−FIX39Paduaベクターに起因する第IX因子活性は、AAVベクター注入後の概ね6日〜8日目後に始まる。
図19に要約されているように、また、図20、図21A、図22A及び図23Aにおける個々の被検体について示されているように、4つの被検体すべてについて、第IX因子活性は、徐々に増加し、183日、102日、69日及び50日の評価期間の間に亘って安定していると思われる。これらのデータは、5×1011vg/kgのAAV−FIX39Paduaベクターの1回の注入が、血友病B患者に、充分なかつ保持された第IX因子の生産及び活性をもたらし、止血を提供するための意味がありかつ有益な血液凝固活性を提供することを示す。
図19、20A、21A、22A及び23Aに示されているように、第IX因子活性レベルは、注入後183日、102日、69日及び50日において、被検体1−4のそれぞれについて、それぞれ、正常値の28%、41%、26%及び33%であった。半減期が延長された生成物を有する被検体#3は、ベクター注入の2日後に足首出血が疑われ、自
分自身を治療したが、それ以外には、評価期間中に因子は注入せず、出血も無かった。
免疫抑制剤(ステロイド)は、被検体のいずれにも投与されていない。さらに、概して、正常値の上限を超えてトランスアミナーゼが持続的に上昇することはなく、治療の悪影響を示さなかった(図20B、図21B、図22B及び図23)。
4つの被検体すべてにおいて、AAVに対する及びFIXに対するT細胞応答をモニターするためにELISPOTを使用した。反応は無いか又は非常に低かった。注目すべきことに、第IX因子レベルが安定レベルまで上昇する時間経過は、著しく日数と一致している(図19)。第IX因子Padua変異体の特異的活性が8倍増加したと仮定すると、抗原レベルの穏やかな変動は、活性レベルにおけるより大きい変化をもたらす。
公表されているデータ(Nathwaniら、N Engl J Med. 371(21):1994−2004(2014))は、野生型の第IX因子を発現するAAV8ベクターを注入した血友病B患者における第IX因子の長期的発現を示している。しかしながら、発現のレベルは、最小用量(2×1011ベクターゲノム[vg]/kg体重)における正常値の1.4%〜2.2、及び、最高用量(2×1012vg/kg)における2.9%〜7.2%と低い範囲内であった。さらに、最高用量を注入した4/6の被検体は、最高用量に関連して増加するトランスアミナーゼ(しかし、2×1011又は6×1011vg/kgの低用量では観察されなかった)を低減するために、免疫抑制薬(プレドニゾロン)の経過を必要とした。血友病患者の自然の歴史研究からのデータは、自然に起こる関節出血の年間回数をゼロまで減らすためには、〜12%のFIXの血中濃度を必要とすることを示唆している(den Uijlら、Haemophilia 17(1):41−4 (2011))。
これらは、高い特異的活性の第IX因子導入遺伝子を発現する、生物工学によって作られた新規なAAVキャプシドを使用した、最初の臨床結果である。被検体1−4において見られた、正常値の28%、41%、26%及び33%である第IX因子活性レベルは、先の研究において見られた、公表されているデータに基づいたものよりも実質的に高い循環因子IXレベルであり、また、自然に生じる関節出血の年間回数をゼロにまで減らすために必要とされる循環因子IXレベルを超える。
更に、この研究においてみられた本質的な第IX因子活性レベルは、ベクター注入以後に組み換え因子IXを使用することなく、また、免疫抑制剤(ステロイド)を使用することなく達成された。これらの結果は、その結果、免疫抑制が必要でないという、肝臓を対象とした遺伝子治療のための重要なゴールを可能にする、低薬量のAAVベクター投与で高いレベルの凝固因子発現を導くことができるAAV−FIXベクターの開発を示している。この研究において観察された第IX因子活性レベルは、この研究期間の間に亘って保持された。

実施例6 AAV−FIX39Paduaベクターの低減された免疫原性
現在のフェーズI/II研究のために、有効化されたインターフェロン−ガンマ(IFNg)エンザイム・リンクド・イムノスポット(ELISPOT)アッセイを用いて、AAVベクターに対する潜在的な免疫反応について、5×11vg/kgのAAV−FIX39Paduaを摂取した4つの被検体をモニターした。毎週の採血から分離した精製されたPBMCを、インターフェロンγELISPOT分析で調べた。24〜25個のペプチドをそれぞれ含む6個のAAVキャプシドペプチドプールを、2e5細胞中においてトリプリケートでインキュベートした。T細胞応答は、IFNgに対するビオチン化抗体を使用して検出され、その後の比色定量現像により、100万個の細胞当たりのスポット・
フォーミング・ユニット(SFU)として報告された。各時点において最も高い応答をするプールが、SFU/100万細胞として示されている。ポジティブとして歴史的に用いられている臨界点は、50超のSFUとメディアコントロールの3倍(青線)である。被検体840−003−001、840−001−002、840−001−004及び840−001−005(黒で示されている)は、26週間、14週間、11週間及び8週間を超えるまでモニターした。ELISPOTは、2つの被検体、CP−16及びPT17が、1e12vg/kgのAAV8−FIX19ベクターを摂取し、1つの被検体が、2e12vg/kgのAAV8−FIX19を摂取した以前の試みから得たものであり、赤で示されている。
ポジティブなT細胞反応に関する基準として、歴史的に受け入れられている50超のSFU及びバックグラウンド(メディア)コントロールの3倍の値を使用すると、注入後26週間を過ぎても、3つの被検体における反応は、ほとんど無いか又はまったくなかった(図24A)。これは、3人の被検体にFIX導入遺伝子カセットを届けるためにコドン最適化されたAAV8ベクターを使用し、第2週の時点で早くも頑強なIFNg T細胞応答が観察された、我々のグループによる公開されていない以前の研究(図24B)とはまったく対照的である。AAV−2(Mannoら、2006 Nat Med)を用いた以前に公表されている他の研究、及び、AAV−8自己相補的ベクター(Nathwaniら、2011 NEJM)を用いた以前に公表されている他の研究は、同様に、AAVキャプシドに対する初期のT細胞応答の証拠を示している。重要なことに、導入遺伝子の産物に対する反応は、この試みにおいて観察されていない。
AAVキャプシドT細胞エピトープを提示する、遺伝子導入された肝細胞に対する免疫反応を介したT細胞の活性化は、導入遺伝子の発現が長続きせず、最終的に失われる被検体において役割を果たしている可能性があるという仮説が立つ。従って、AAV−FIX39Paduaベクターの低減された免疫原性プロファイルは、全面的効力に向けた有望な改良を意味する。

Rh74 VP1アミノ酸配列(配列番号:1)
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVESPVKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPIGEPPAGPSGLGSGTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYNFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAPIVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTEGTYSEPRPIGTRYLTRNL


Rh74 VP2アミノ酸(配列番号:2)
TAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPIGEPPAGPSGLGSGTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYNFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAPIVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTEGTYSEPRPIGTRYLTRNL

Rh74 VP3アミノ酸(配列番号:3)
MAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYNFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAPIVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTEGTYSEPRPIGTRYLTRNL

4−1変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:4)
1 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDNGRGLVLPGYKYLGPFNGLD
61 KGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQ
121 AKKRVLEPLGLVESPVKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDS
181 ESVPDPQPIGEPPAPSGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRV
241 ITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQ
301 RLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSA
361 HQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAV GRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYNFED
421 VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGG
TAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNW
481 LPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHKDDEERFFPSS
541 GVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAPIVGAVNS
601 QGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADP
661 PTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTE
721 GTYSEPRPIGTRYLTRNL

4−1変異体VP2キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:27)
TAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPIGEPPAPSGPN
MAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTS
GGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEG
TKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCL
EYFPSQMLRTGNNFEFSYNFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLF
SQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMAT
HKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAP
IVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPP
TTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTEGTYSEPRPI
GTRYLTRNL

4−1変異体VP3キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:3)
MAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTS
GGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEG
TKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCL
EYFPSQMLRTGNNFEFSYNFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLF
SQAGPNNMSAQAKNWLPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMAT
HKDDEERFFPSSGVLMFGKQGAGKDNVDYSSVMLTSEEEIKTTNPVATEQYGVVADNLQQQNAAP
IVGAVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPP
TTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTEGTYSEPRPI
GTRYLTRNL

15−1の変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:5)
1 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQRQDNGRGLVLPGYRYLGPFNGLD
61 KGEPVNAADAAALEHDRAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQ
121 AKKRVLEPLGLVESPVRTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDS
181 ESVPDPQPIGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRV
241 ITTSTRTWALPTYNNHLYRQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQ
301 RLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTRTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSA
361 HQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYNFED
421 VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGPNNMSAQAKNW
481 LPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHRDDEERFFPSS
541 GVLMFGRQGAGRDNVDYSSVMLTSEEEIRTTNPVATEQYGVVADNLQQQN AAPIVGAVNS
601 QGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADP
661 PTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTNVDFAVNTE
721 GTYSEPRPIGTRYLTRNL

15−2変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:6)
1 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQRQD NGRGLVLPGY RYLGPFNGLD
61 KGEPVNAADAAALEHDRAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEF QERLQEDTSF GGNLGRAVFQ
121 AKKRVLEPLGLVESPVRTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGI GKRGQQPARK RLNFGQTGDS
181 ESVPDPQPIGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGAD GVGSSSGNWH CDSTWLGDRV
241 ITTSTRTWALPTYNNHLYRQISNGTSGGSTNDNTYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ
301 RLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTRTIANNLT STIQVFTDSE YQLPYVLGSA
361 HQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEY FPSQMLRTGN NFEFSYNFED
421 VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGT QQLLFSQAGP NNMSAQAKNW
481 LPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLV NPGVAMATHR DDEERFFPSS
541 GVLMFGKQGAGRDNVDYSSVMLTSEEEIRTTNPVATEQYG VVADNLQQQN AAPIVGAVNS
601 QGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPL
MGGF GLKHPPPQIL IKNTPVPADP
661 PTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPE IQYTSNYYKS TNVDFAVNTE
721 GTYSEPRPIGTRYLTRNL

15−3/15−5変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:7)
1 MAADGYLPDWLEDNLSEGIR EWWDLKPGAPKPKANQQRQD NGRGLVLPGY RYLGPFNGLD
61 KGEPVNAADAAALEHDRAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEF QERLQEDTSF GGNLGRAVFQ
121 AKKRVLEPLGLVESPVRTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGI GKRGQQPAKK RLNFGQTGDS
181 ESVPDPQPIGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGAD GVGSSSGNWH CDSTWLGDRV
241 ITTSTRTWALPTYNNHLYRQISNGTSGGSTNDNTYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ
301 RLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTRTIANNLT STIQVFTDSE YQLPYVLGSA
361 HQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEY FPSQMLRTGN NFEFSYNFED
421 VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGT QQLLFSQAGP NNMSAQAKNW
481 LPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLV NPGVAMATHR DDEERFFPSS
541 GVLMFGRQGAGRDNVDYSSVMLTSEEEIRTTNPVATEQYG VVADNLQQQN AAPIVGAVNS
601 QGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGF GLKHPPPQIL IKNTPVPADP
661 PTTFNQAKLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPE IQYTSNYYKS TNVDFAVNTE
721 GTYSEPRPIGTRYLTRNL

15−4変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:8)
1 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAP KPKANQQRQD NGRGLVLPGY RYLGPFNGLD
61 KGEPVNAADAAALEHDRAYDQQLQAGDNPY LRYNHADAEF QERLQEDTSF GGNLGRAVFQ
121 AKKRVLEPLGLVESPVRTAPGKKRPVEPSP QRSPDSSTGI GKRGQQPAKK RLNFGQTGDS
181 ESVPDPQPIGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGA PMADNNEGAD GVGSSSGNWH CDSTWLGDRV
241 ITTSTRTWALPTYNNHLYRQISNGTSGGST NDNTYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ
301 RLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNE GTRTIANNLT STIQVFTDSE YQLPYVLGSA
361 HQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAV GRSSFYCLEY FPSQMLRTGN NFEFSYNFED
421 VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSR TQSTGGTAGT QQLLFSQAGP NNMSAQAKNW
481 LPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATK YHLNG
RDSLV NPGVAMATHR DDEERFFPSS
541 GVLMFGKQGAGRDNVDYSSVMLTSEEEIRT TNPVATEQYG VVADNLQQQN AAPIVGAVNS
601 QGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGN FHPSPLMGGF GLKHPPPQIL IKNTPVPADP
661 PTTFNQARLASFITQYSTGQVSVEIEWELQ KENSKRWNPE IQYTSNYYKS TNVDFAVNTE
721 GTYSEPRPIGTRYLTRNL

15−6変異体VP1キャプシド・アミノ酸配列(配列番号:9)
1 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQRQDNGRGLVLPGY RYLGPFNGLD
61 KGEPVNAADAAALEHDRAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSF GGNLGRAVFQ
121 AKKRVLEPLGLVESPVRTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPAKK RLNFGQTGDS
181 ESVPDPQPIGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWH CDSTWLGDRV
241 ITTSTRTWALPTYNNHLYRQISNGTSGGSTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ
301 RLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTQNEGTRTIANNLTSTIQVFTDSE YQLPYVLGSA
361 HQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGN NFEFSYNFED
421 VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQSTGGTAGTQQLLFSQAGP NNMSAQAKNW
481 LPGPCYRQQRVSTTLSQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGVAMATHR DDEERFFPSS
541 GVLMFGRQGAGRDNVDYSSVMLTSEEEIRTTNPVATEQYGVVADNLQQQN AAPIVGAVNS
601 QGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQIL IKNTPVPADP
661 PTTFNQARLASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKS TNVDFAVNTE
721 GTYSEPRPIGTRYLTRNL

FIX39核酸配列(配列番号:10)
ATGCAGAGGGTGAACATGATCATGGCTGAGAGCCCTGGCCTGATCACCATCTGCCTGCTGGGCTACCTGCTGTCTGCTGAATGTACAGTTTTTCTTGATCATGAAAATGCCAACAAAATTCTGAATAGACCAAAGAGGTATAACTCTGGCAAGCTTGAAGAGTTTGTACAGGGGAATCTGGAGAGAGAGTGTATGGAAGAGAAGTGCAGCTTTGAGGAAGCCAGAGAAGTGTTTGAAAATACAGAGAGAACAACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTGGATGGTGATCAATGTGAGAGCAATCCCTGCTTGAATGGGGGGAGCTGTAAAGATGATATCAACAGCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGATTTGAGGGGAAAAACTGTGAGCTTGATGTGACCTGTAATATCAAGAATGGCAGGTGTGAGCAATTTTGCAAGAATTCTGCTGATAACAAAGTGGTCTGTAGCTGCACTGAGGGATATAGGCTGGCTGAAAACCAGAAGAGCTGTGAACCTGCAG
TGCCTTTTCCCTGTGGGAGAGTGTCTGTGAGCCAAACCAGCAAGCTGACTAGGGCTGAAGCAGTCTTTCCTGATGTAGATTATGTGAATAGCACTGAGGCTGAGACAATCCTTGACAATATCACTCAGAGCACACAGAGCTTCAATGACTTCACCAGGGTGGTAGGAGGGGAGGATGCCAAGCCTGGGCAGTTCCCCTGGCAGGTAGTGCTCAATGGAAAAGTGGATGCCTTTTGTGGAGGTTCAATTGTAAATGAGAAGTGGATTGTGACTGCAGCCCACTGTGTGGAAACTGGAGTCAAGATTACTGTGGTGGCTGGAGAGCACAATATTGAGGAAACTGAGCACACTGAGCAGAAGAGGAATGTGATCAGGATTATCCCCCACCACAACTACAATGCTGCTATCAACAAGTACAACCATGACATTGCCCTCCTGGAACTGGATGAACCCCTGGTCTTGAACAGCTATGTGACACCCATCTGTATTGCTGATAAAGAGTACACCAACATCTTCTTGAAATTTGGGTCTGGATATGTGTCTGGCTGGGGCAGGGTGTTCCATAAAGGCAGGTCTGCCCTGGTATTGCAGTATTTGAGGGTGCCTCTGGTGGATAGAGCAACCTGCTTGCTGAGCACCAAGTTTACAATCTACAACAATATGTTCTGTGCAGGGTTCCATGAAGGTGGTAGAGACAGCTGCCAGGGAGATTCTGGGGGTCCCCATGTGACTGAGGTGGAGGGAACCAGCTTCCTGACTGGGATTATCAGCTGGGGTGAGGAGTGTGCTATGAAGGGAAAGTATGGGATCTACACAAAAGTATCCAGATATGTGAACTGGATTAAGGAGAAAACCAAGCTGACTTGA

FIX19核酸配列(配列番号:11)
ATGCAGCGCGTGAACATGATCATGGCCGAGAGCCCTGGCCTGATTACCATCTGCCTGTTAGGATATCTACTCAGTGCTGAATGTACAGTTTTTCTTGATCATGAAAACGCCAACAAAATCCTGAACCGGCCCAAGCGGTACAACTCAGGCAAGCTGGAAGAGTTCGTGCAGGGCAACCTGGAACGGGAGTGCATGGAAGAGAAGTGCAGCTTCGAGGAAGCCCGGGAGGTGTTCGAGAACACCGAGCGGACCACCGAGTTCTGGAAGCAGTACGTGGACGGCGACCAGTGCGAGTCAAACCCCTGCCTGAACGGCGGCAGCTGCAAGGACGATATCAACAGCTACGAGTGCTGGTGCCCCTTCGGCTTCGAGGGCAAGAACTGCGAGCTGGACGTGACCTGCAACATCAAGAACGGCCGCTGCGAGCAGTTCTGCAAGAACAGCGCCGACAACAAGGTGGTGTGCTCATGCACTGAGGGCTACCGGCTGGCCGAGAACCAGAAGAGCTGCGAGCCCGCCGTGCCCTTCCCCTGCGGCAGAGTGTCCGTGAGCCAGACCAGCAAGCTGACCAGGGCCGAGGCCGTGTTCCCTGACGTGGACTACGTGAACTCAACCGAGGCCGAGACAATCCTGGACAACATCACCCAGAGCACCCAGTCCTTCAACGACTTCACCCGGGTGGTGGGCGGCGAGGACGCCAAGCCCGGCCAGTTCCCTTGGCAGGTGGTGCTGAACGGCAAGGTGGACGCCTTCTGCGGCGGCTCAATCGTGAACGAGAAGTGGATCGTGACAGCCGCCCACTGCGTGGAGACAGGCGTGAAGATCACCGTGGTGGCCGGCGAACACAATATCGAGGAAACCGAGCACACCGAGCAGAAACGGAACGTGATCCGGATTATCCCCCACCACAACTACAACGCCGCCATCAACAAGTACAACCACGATATCGCCCTGCTGGAACTGGACGAGCCTCTGGTGCTGAATTCATACGTGACCCCCATCTGTATCGCCGACAAAGAGTACACCAACATCTTTCTGAA
GTTCGGCAGCGGCTACGTGTCCGGCTGGGGCAGGGTGTTCCACAAGGGCCGCAGCGCCCTGGTGCTGCAGTACCTGCGGGTGCCCCTGGTGGACAGAGCCACCTGCCTGCGGTCAACCAAGTTCACCATCTACAACAACATGTTCTGCGCCGGCTTCCACGAGGGCGGCAGGGACAGCTGCCAGGGCGACAGCGGCGGACCCCACGTGACCGAGGTGGAGGGCACCAGCTTTCTGACCGGCATCATCTCATGGGGCGAGGAATGCGCCATGAAGGGCAAGTACGGAATCTACACTAAGGTGTCAAGATACGTGAACTGGATCAAAGAGAAAACCAAGCTGACCTGA

pAAV−ApoE_hAAT−FIX39(配列番号:12)

LOCUS FIX39 11125
bp DNA circular UNA
DEFINITION AKA FIX39 Step 4.
ACCESSION urn.local...e−3um3omk
VERSION urn.local...e−3um3omk
KEYWORDS .
SOURCE
ORGANISM

FEATURES Location/Qualifiers
repeat_region 1..141
/Imported_from="<a
href=""http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper"">Pla
sMapper</a>"
/Transferred_From="
LAAV−2_ITR"
/Transferred_Similarity="100.00%"
/modified_by="User"
/label="AAV2 ITR"
enhancer 152..472
/created_by="User"
/modified_by="User"
/Transferred_From="
ApoE HCR−1"
/Transferred_Similarity="100.00%"
/label="ApoE HCR−1"
promoter 482..878
/vntifkey=21
/ApEinfo_fwdcolor=
"#ffff00"
/ApEinfo_revcolor="
#0080ff"
/Transferred_From="
hAAT Promoter"
/Transferred_Simila
rity="100.00%"
/modified_by="User"
/label="hAAT Promot
er"
5'UTR 879..907
/created_by="User"
/label="FIX 5'UTR"
CDS order(908..995,2434..3731)
/created_by="User"
/Transferred_From="
hFIX CDS"
/Transferred_Similarity="79.22%"
/modified_by="User"
/label="hFIX CDS"
intron 996..2433
/created_by="User"
/Transferred_From="
hFIX Intron"
/Transferred_Similarity="100.00%"
/modified_by="User"
/label="hFIX Intron"
3'UTR 3732..3779
/created_by="User"
/label="hF9 3' UTR"
Terminator 3820..4047
/Imported_from="<a
href=""http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper"">Pla
sMapper</a>"
/Transferred_From="
bGH_PA term"
/Transferred_Similarity="100.00%"
/label="bGH_PA term"
repeat_region complement(4097..4204)
/modified_by="User"
/label="AAV2 ITR"
misc_feature 4219..8579
/modified_by="User"
/label="Lambda Stuf
fer"
Gene complement(8491..8580)
/Imported_from="<a
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cosN"
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/label="Kan R"
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/label="pUC Ori"
ORIGIN
1 cctgcaggca gctgcgcgct cgctcgctca ctgaggccgc ccgggcaaag cccgggcgtc
61 gggcgacctt tggtcgcccg gcctcagtga gcgagcgagc gcgcagagag ggagtggcca
121 actccatcac taggggttcc tgcggcctag taggctcaga ggcacacagg agtttctggg
181 ctcaccctgc ccccttccaa cccctcagtt cccatcctcc agcagctgtt tgtgtgctgc
241 ctctgaagtc cacactgaac aaacttcagc ctactcatgt ccctaaaatg ggcaaacatt
301 gcaagcagca aacagcaaac acacagccct ccctgcctgc tgaccttgga gctggggcag
361 aggtcagaga cctctctggg cccatgccac ctccaacatc cactcgaccc cttggaattt
421 cggtggagag gagcagaggt tgtcctggcg tggtttaggt agtgtgagag gggtacccgg
481 ggatcttgct accagtggaa cagccactaa ggattctgca gtgagagcag agggccagct
541 aagtggtact ctcccagaga ctgtctgact cacgccaccc cctccacctt ggacacagga
601 cgctgtggtt tctgagccag gtacaatgac tcctttcggt aagtgcagtg gaagctgtac
661 actgcccagg caaagcgtcc gggcagcgta ggcgggcgac tcagatccca gccagtggac
721 ttagcccctg tttgctcctc cgataactgg ggtgaccttg gttaatattc accagcagcc
781 tcccccgttg cccctctgga tccactgctt aaatacggac gaggacaggg ccctgtctcc
841 tcagcttcag gcaccaccac tgacctggga cagtgaatac cactttcaca atctgctagc
901 aaaggttatg cagagggtga acatgatcat ggctgagagc cctggcctga tcaccatctg
961 cctgctgggc tacctgctgt ctgctgaa
tg tacaggtttg tttccttttt tataatacat
1021 tgagtatgct tgccttttag atatagaaat atctgattct gtcttcttca ctaaattttg
1081 attacatgat ttgacagcaa tattgaagag tctaacagcc agcacccagg ttggtaagta
1141 ctggttcttt gttagctagg ttttcttctt cttcactttt aaaactaaat agatggacaa
1201 tgcttatgat gcaataaggt ttaataaaca ctgttcagtt cagtatttgg tcatgtaatt
1261 cctgttaaaa aacagtcatc tccttggttt aaaaaaatta aaagtgggaa aacaaagaaa
1321 tagcagaata tagtgaaaaa aaataaccac agtatttttg tttggactta ccactttgaa
1381 atcaaattgg gaaacaaaag cacaaacagt ggccttattt acacaaaaag tctgatttta
1441 agatatgtga caattcaagg tttcagaagt atgtaaggag gtgtgtctct aattttttaa
1501 attatatatc ttcaatttaa agttttagtt aaaacataaa gattaacctt tcattagcaa
1561 gctgttagtt atcaccaaag cttttcatgg attaggaaaa aatcattttg tctctatctc
1621 aaacatcttg gagttgatat ttggggaaac acaatactca gttgagttcc ctaggggaga
1681 aaagcaagct taagaattga cacaaagagt aggaagttag ctattgcaac atatatcact
1741 ttgttttttc acaactacag tgactttatt tatttcccag aggaaggcat acagggaaga
1801 aattatccca tttggacaaa cagcatgttc tcacagtaag cacttatcac acttacttgt
1861 caactttcta gaatcaaatc tagtagctga cagtaccagg atcaggggtg ccaaccctaa
1921 gcacccccag aaagctgact ggccctgtgg ttcccactcc agacatgatg tcagctgtga
1981 aatccacctc cctggaccat aattaggctt ctgttcttca ggagacattt gttcaaagtc
2041 atttgggcaa ccatattctg aaaacagccc agccagggtg atggatcact ttgcaaagat
2101 cctcaatgag ctattttcaa gtgatgacaa agtgtgaagt taagggctca tttgagaact
2161 ttctttttca tccaaagtaa attcaaatat gattagaaat ctgacctttt attactggaa
2221 ttctcttgac taaaagtaaa attgaatttt aattcctaaa tctccatgtg tatacagtac
2281 tgtgggaaca tcacagattt tggctccatg ccctaaagag aaattggctt tcagattatt
2341 tggattaaaa acaaagactt tcttaagaga tgtaaaattt tcatgatgtt ttcttttttg
2401 ctaaaactaa agaattattc ttttacattt cagtttttct tgatcatgaa aatgccaaca
2461 aaattctgaa tagaccaaag aggtataa
ct ctggcaagct tgaagagttt gtacagggga
2521 atctggagag agagtgtatg gaagagaagt gcagctttga ggaagccaga gaagtgtttg
2581 aaaatacaga gagaacaact gaattttgga agcagtatgt ggatggtgat caatgtgaga
2641 gcaatccctg cttgaatggg gggagctgta aagatgatat caacagctat gaatgttggt
2701 gtccctttgg atttgagggg aaaaactgtg agcttgatgt gacctgtaat atcaagaatg
2761 gcaggtgtga gcaattttgc aagaattctg ctgataacaa agtggtctgt agctgcactg
2821 agggatatag gctggctgaa aaccagaaga gctgtgaacc tgcagtgcct tttccctgtg
2881 ggagagtgtc tgtgagccaa accagcaagc tgactagggc tgaagcagtc tttcctgatg
2941 tagattatgt gaatagcact gaggctgaga caatccttga caatatcact cagagcacac
3001 agagcttcaa tgacttcacc agggtggtag gaggggagga tgccaagcct gggcagttcc
3061 cctggcaggt agtgctcaat ggaaaagtgg atgccttttg tggaggttca attgtaaatg
3121 agaagtggat tgtgactgca gcccactgtg tggaaactgg agtcaagatt actgtggtgg
3181 ctggagagca caatattgag gaaactgagc acactgagca gaagaggaat gtgatcagga
3241 ttatccccca ccacaactac aatgctgcta tcaacaagta caaccatgac attgccctcc
3301 tggaactgga tgaacccctg gtcttgaaca gctatgtgac acccatctgt attgctgata
3361 aagagtacac caacatcttc ttgaaatttg ggtctggata tgtgtctggc tggggcaggg
3421 tgttccataa aggcaggtct gccctggtat tgcagtattt gagggtgcct ctggtggata
3481 gagcaacctg cttgctgagc accaagttta caatctacaa caatatgttc tgtgcagggt
3541 tccatgaagg tggtagagac agctgccagg gagattctgg gggtccccat gtgactgagg
3601 tggagggaac cagcttcctg actgggatta tcagctgggg tgaggagtgt gctatgaagg
3661 gaaagtatgg gatctacaca aaagtatcca gatatgtgaa ctggattaag gagaaaacca
3721 agctgacttg atgaaagatg gatttccaag gttaattcat tggaattgaa aattaacaga
3781 gatctagagc tgaattcctg cagccagggg gatcagcctc tactgtgcct tctagttgcc
3841 agccatctgt tgtttgcccc tcccccttgc cttccttgac cctggaaggt gccactccca
3901 ctgtcctttc ctaataaaat gaggaaattg catcacattg tctgagtagg tgtcattcta
3961 ttctgggggg tggggtgggg caggacag
ca agggggagga ttgggaagac aatagcaggc
4021 atgctgggga tgcagtgggc tctatggctt ctgaggcaga aagaaccagc tggggctcga
4081 gatccactag ggccgcagga acccctagtg atggagttgg ccactccctc tctgcgcgct
4141 cgctcgctca ctgaggccgc ccgggctttg cccgggcggc ctcagtgagc gagcgagcgc
4201 gcagctgcct gcaggggcag cttgaaggaa atactaaggc aaaggtactg caagtgctcg
4261 caacattcgc ttatgcggat tattgccgta gtgccgcgac gccgggggca agatgcagag
4321 attgccatgg tacaggccgt gcggttgata ttgccaaaac agagctgtgg gggagagttg
4381 tcgagaaaga gtgcggaaga tgcaaaggcg tcggctattc aaggatgcca gcaagcgcag
4441 catatcgcgc tgtgacgatg ctaatcccaa accttaccca acccacctgg tcacgcactg
4501 ttaagccgct gtatgacgct ctggtggtgc aatgccacaa agaagagtca atcgcagaca
4561 acattttgaa tgcggtcaca cgttagcagc atgattgcca cggatggcaa catattaacg
4621 gcatgatatt gacttattga ataaaattgg gtaaatttga ctcaacgatg ggttaattcg
4681 ctcgttgtgg tagtgagatg aaaagaggcg gcgcttacta ccgattccgc ctagttggtc
4741 acttcgacgt atcgtctgga actccaacca tcgcaggcag agaggtctgc aaaatgcaat
4801 cccgaaacag ttcgcaggta atagttagag cctgcataac ggtttcggga ttttttatat
4861 ctgcacaaca ggtaagagca ttgagtcgat aatcgtgaag agtcggcgag cctggttagc
4921 cagtgctctt tccgttgtgc tgaattaagc gaataccgga agcagaaccg gatcaccaaa
4981 tgcgtacagg cgtcatcgcc gcccagcaac agcacaaccc aaactgagcc gtagccactg
5041 tctgtcctga attcattagt aatagttacg ctgcggcctt ttacacatga ccttcgtgaa
5101 agcgggtggc aggaggtcgc gctaacaacc tcctgccgtt ttgcccgtgc atatcggtca
5161 cgaacaaatc tgattactaa acacagtagc ctggatttgt tctatcagta atcgacctta
5221 ttcctaatta aatagagcaa atccccttat tgggggtaag acatgaagat gccagaaaaa
5281 catgacctgt tggccgccat tctcgcggca aaggaacaag gcatcggggc aatccttgcg
5341 tttgcaatgg cgtaccttcg cggcagatat aatggcggtg cgtttacaaa aacagtaatc
5401 gacgcaacga tgtgcgccat tatcgcctag ttcattcgtg accttctcga cttcgccgga
5461 ctaagtagca atctcgctta tataacga
gc gtgtttatcg gctacatcgg tactgactcg
5521 attggttcgc ttatcaaacg cttcgctgct aaaaaagccg gagtagaaga tggtagaaat
5581 caataatcaa cgtaaggcgt tcctcgatat gctggcgtgg tcggagggaa ctgataacgg
5641 acgtcagaaa accagaaatc atggttatga cgtcattgta ggcggagagc tatttactga
5701 ttactccgat caccctcgca aacttgtcac gctaaaccca aaactcaaat caacaggcgc
5761 cggacgctac cagcttcttt cccgttggtg ggatgcctac cgcaagcagc ttggcctgaa
5821 agacttctct ccgaaaagtc aggacgctgt ggcattgcag cagattaagg agcgtggcgc
5881 tttacctatg attgatcgtg gtgatatccg tcaggcaatc gaccgttgca gcaatatctg
5941 ggcttcactg ccgggcgctg gttatggtca gttcgagcat aaggctgaca gcctgattgc
6001 aaaattcaaa gaagcgggcg gaacggtcag agagattgat gtatgagcag agtcaccgcg
6061 attatctccg ctctggttat ctgcatcatc gtctgcctgt catgggctgt taatcattac
6121 cgtgataacg ccattaccta caaagcccag cgcgacaaaa atgccagaga actgaagctg
6181 gcgaacgcgg caattactga catgcagatg cgtcagcgtg atgttgctgc gctcgatgca
6241 aaatacacga aggagttagc tgatgctaaa gctgaaaatg atgctctgcg tgatgatgtt
6301 gccgctggtc gtcgtcggtt gcacatcaaa gcagtctgtc agtcagtgcg tgaagccacc
6361 accgcctccg gcgtggataa tgcagcctcc ccccgactgg cagacaccgc tgaacgggat
6421 tatttcaccc tcagagagag gctgatcact atgcaaaaac aactggaagg aacccagaag
6481 tatattaatg agcagtgcag atagagttgc ccatatcgat gggcaactca tgcaattatt
6541 gtgagcaata cacacgcgct tccagcggag tataaatgcc taaagtaata aaaccgagca
6601 atccatttac gaatgtttgc tgggtttctg ttttaacaac attttctgcg ccgccacaaa
6661 ttttggctgc atcgacagtt ttcttctgcc caattccaga aacgaagaaa tgatgggtga
6721 tggtttcctt tggtgctact gctgccggtt tgttttgaac agtaaacgtc tgttgagcac
6781 atcctgtaat aagcagggcc agcgcagtag cgagtagcat ttttttcatg gtgttattcc
6841 cgatgctttt tgaagttcgc agaatcgtat gtgtagaaaa ttaaacaaac cctaaacaat
6901 gagttgaaat ttcatattgt taatatttat taatgtatgt caggtgcgat gaatcgtcat
6961 tgtattcccg gattaactat gtccacag
cc ctgacgggga acttctctgc gggagtgtcc
7021 gggaataatt aaaacgatgc acacagggtt tagcgcgtac acgtattgca ttatgccaac
7081 gccccggtgc tgacacggaa gaaaccggac gttatgattt agcgtggaaa gatttgtgta
7141 gtgttctgaa tgctctcagt aaatagtaat gaattatcaa aggtatagta atatctttta
7201 tgttcatgga tatttgtaac ccatcggaaa actcctgctt tagcaagatt ttccctgtat
7261 tgctgaaatg tgatttctct tgatttcaac ctatcatagg acgtttctat aagatgcgtg
7321 tttcttgaga atttaacatt tacaaccttt ttaagtcctt ttattaacac ggtgttatcg
7381 ttttctaaca cgatgtgaat attatctgtg gctagatagt aaatataatg tgagacgttg
7441 tgacgtttta gttcagaata aaacaattca cagtctaaat cttttcgcac ttgatcgaat
7501 atttctttaa aaatggcaac ctgagccatt ggtaaaacct tccatgtgat acgagggcgc
7561 gtagtttgca ttatcgtttt tatcgtttca atctggtctg acctccttgt gttttgttga
7621 tgatttatgt caaatattag gaatgttttc acttaatagt attggttgcg taacaaagtg
7681 cggtcctgct ggcattctgg agggaaatac aaccgacaga tgtatgtaag gccaacgtgc
7741 tcaaatcttc atacagaaag atttgaagta atattttaac cgctagatga agagcaagcg
7801 catggagcga caaaatgaat aaagaacaat ctgctgatga tccctccgtg gatctgattc
7861 gtgtaaaaaa tatgcttaat agcaccattt ctatgagtta ccctgatgtt gtaattgcat
7921 gtatagaaca taaggtgtct ctggaagcat tcagagcaat tgaggcagcg ttggtgaagc
7981 acgataataa tatgaaggat tattccctgg tggttgactg atcaccataa ctgctaatca
8041 ttcaaactat ttagtctgtg acagagccaa cacgcagtct gtcactgtca ggaaagtggt
8101 aaaactgcaa ctcaattact gcaatgccct cgtaattaag tgaatttaca atatcgtcct
8161 gttcggaggg aagaacgcgg gatgttcatt cttcatcact tttaattgat gtatatgctc
8221 tcttttctga cgttagtctc cgacggcagg cttcaatgac ccaggctgag aaattcccgg
8281 accctttttg ctcaagagcg atgttaattt gttcaatcat ttggttagga aagcggatgt
8341 tgcgggttgt tgttctgcgg gttctgttct tcgttgacat gaggttgccc cgtattcagt
8401 gtcgctgatt tgtattgtct gaagttgttt ttacgttaag ttgatgcaga tcaattaata
8461 cgatacctgc gtcataattg attatttg
ac gtggtttgat ggcctccacg cacgttgtga
8521 tatgtagatg ataatcatta tcactttacg ggtcctttcc ggtgatccga caggttacgg
8581 ggcggcgacc tgcctgatgc ggtattttct ccttacgcat ctgtgcggta tttcacaccg
8641 catacgtcaa agcaaccata gtacgcgccc tgtagcggcg cattaagcgc ggcgggtgtg
8701 gtggttacgc gcagcgtgac cgctacactt gccagcgcct tagcgcccgc tcctttcgct
8761 ttcttccctt cctttctcgc cacgttcgcc ggctttcccc gtcaagctct aaatcggggg
8821 ctccctttag ggttccgatt tagtgcttta cggcacctcg accccaaaaa acttgatttg
8881 ggtgatggtt cacgtagtgg gccatcgccc tgatagacgg tttttcgccc tttgacgttg
8941 gagtccacgt tctttaatag tggactcttg ttccaaactg gaacaacact caactctatc
9001 tcgggctatt cttttgattt agacctgcag gcatgcaagc ttggcactgg ccgtcgtttt
9061 acaacgtcgt gactgggaaa accctggcgt tacccaactt aatcgccttg cagcacatcc
9121 ccctttcgcc agctggcgta atagcgaaga ggcccgcacc gatcgccctt cccaacagtt
9181 gcgcagcctg aatggcgaat gcgatttatt caacaaagcc gccgtcccgt caagtcagcg
9241 taatgctctg ccagtgttac aaccaattaa ccaattctga ttagaaaaac tcatcgagca
9301 tcaaatgaaa ctgcaattta ttcatatcag gattatcaat accatatttt tgaaaaagcc
9361 gtttctgtaa tgaaggagaa aactcaccga ggcagttcca taggatggca agatcctggt
9421 atcggtctgc gattccgact cgtccaacat caatacaacc tattaatttc ccctcgtcaa
9481 aaataaggtt atcaagtgag aaatcaccat gagtgacgac tgaatccggt gagaatggca
9541 aaagcttatg catttctttc cagacttgtt caacaggcca gccattacgc tcgtcatcaa
9601 aatcactcgc atcaaccaaa ccgttattca ttcgtgattg cgcctgagcg agacgaaata
9661 cgcgatcgct gttaaaagga caattacaaa caggaatcga atgcaaccgg cgcaggaaca
9721 ctgccagcgc atcaacaata ttttcacctg aatcaggata ttcttctaat acctggaatg
9781 ctgttttccc ggggatcgca gtggtgagta accatgcatc atcaggagta cggataaaat
9841 gcttgatggt cggaagaggc ataaattccg tcagccagtt tagtctgacc atctcatctg
9901 taacatcatt ggcaacgcta cctttgccat gtttcagaaa caactctggc gcatcgggct
9961 tcccatacaa tcgatagatt gtcgcacc
tg attgcccgac attatcgcga gcccatttat
10021 acccatataa atcagcatcc atgttggaat ttaatcgcgg cttcgagcaa gacgtttccc
10081 gttgaatatg gctcataaca ccccttgtat tactgtttat gtaagcagac agttttattg
10141 ttcatgatga tatattttta tcttgtgcaa tgtaacatca gagattttga gacacaacgt
10201 ggctttgttg aataaatcga acttttgctg agttgaagga tcagatcacg catcttcccg
10261 acaacgcaga ccgttccgtg gcaaagcaaa agttcaaaat caccaactgg tccacctaca
10321 acaaagctct catcaaccgt ggctccctca ctttctggct ggatgatggg gcgattcagg
10381 cctggtatga gtcagcaaca ccttcttcac gaggcagacc tctcgacgga gttccactga
10441 gcgtcagacc ccgtagaaaa gatcaaagga tcttcttgag atcctttttt tctgcgcgta
10501 atctgctgct tgcaaacaaa aaaaccaccg ctaccagcgg tggtttgttt gccggatcaa
10561 gagctaccaa ctctttttcc gaaggtaact ggcttcagca gagcgcagat accaaatact
10621 gttcttctag tgtagccgta gttaggccac cacttcaaga actctgtagc accgcctaca
10681 tacctcgctc tgctaatcct gttaccagtg gctgctgcca gtggcgataa gtcgtgtctt
10741 accgggttgg actcaagacg atagttaccg gataaggcgc agcggtcggg ctgaacgggg
10801 ggttcgtgca cacagcccag cttggagcga acgacctaca ccgaactgag atacctacag
10861 cgtgagctat gagaaagcgc cacgcttccc gaagggagaa aggcggacag gtatccggta
10921 agcggcaggg tcggaacagg agagcgcacg agggagcttc cagggggaaa cgcctggtat
10981 ctttatagtc ctgtcgggtt tcgccacctc tgacttgagc gtcgattttt gtgatgctcg
11041 tcaggggggc ggagcctatg gaaaaacgcc agcaacgcgg cctttttacg gttcctggcc
11101 ttttgctggc cttttgctca catgt

phFIX39v2(配列番号:26)

LOCUS phFIX39v2 11199
bp DNA circular UNA

FEATURES Location/Qualifiers
repeat_region 1..141
/label="AAV2 ITR"
enhancer 152..472
/label="ApoE HCR−1"
promoter 482..878
/label="hAAT Promot
er"
CDS order(908..995,2434..3731)
/label="hFIX CDS"
intron 996..2433
/label="hFIX Intron"
3'UTR 3732..3779
/label="hF9 3' UTR"

Terminator 3820..4047
/label="bGH_PA term"
repeat_region complement(4097..4237)
/label="AAV2 ITR"
misc_feature 4248..8713
/label="Eukaryotic
Stuffer"
rep_origin 8754..9060
/label="F1 Ori"
CDS complement(9355..10170)
/label="Kanamycin r
esistance"
rep_origin complement(10527..11194)
/label="pUC Ori"
ORIGIN
1 cctgcaggca gctgcgcgct cgctcgctca ctgaggccgc ccgggcaaag cccgggcgtc
61 gggcgacctt tggtcgcccg gcctcagtga gcgagcgagc gcgcagagag ggagtggcca
121 actccatcac taggggttcc tgcggcctag taggctcaga ggcacacagg agtttctggg
181 ctcaccctgc ccccttccaa cccctcagtt cccatcctcc agcagctgtt tgtgtgctgc
241 ctctgaagtc cacactgaac aaacttcagc ctactcatgt ccctaaaatg ggcaaacatt
301 gcaagcagca aacagcaaac acacagccct ccctgcctgc tgaccttgga gctggggcag
361 aggtcagaga cctctctggg cccatgccac ctccaacatc cactcgaccc cttggaattt
421 cggtggagag gagcagaggt tgtcctggcg tggtttaggt agtgtgagag gggtacccgg
481 ggatcttgct accagtggaa cagccactaa ggattctgca gtgagagcag agggccagct
541 aagtggtact ctcccagaga ctgtctgact cacgccaccc cctccacctt ggacacagga
601 cgctgtggtt tctgagccag gtacaatgac tcctttcggt aagtgcagtg gaagctgtac
661 actgcccagg caaagcgtcc gggcagcgta ggcgggcgac tcagatccca gccagtggac
721 ttagcccctg tttgctcctc cgataactgg ggtgaccttg gttaatattc accagcagcc
781 tcccccgttg cccctctgga tccactgctt aaatacggac gaggacaggg ccctgtctcc
841 tcagcttcag gcaccaccac tgacctggga cagtgaatac cactttcaca atctgctagc
901 aaaggttatg cagagggtga acatgatcat ggctgagagc cctggcctga tcaccatctg
961 cctgctgggc tacctgctgt ctgctgaatg tacaggtttg tttccttttt tataatacat
1021 tgagtatgct tgccttttag atatagaaat atctgattct gtcttcttca ctaaattttg
1081 attacatgat ttgacagcaa tattgaagag tctaacagcc agcacccagg ttggtaagta
1141 ctggttcttt gttagctagg ttttcttctt cttcactttt aaaactaaat agatggacaa
1201 tgcttatgat gcaataaggt ttaataaaca ctgttcagtt cagtatttgg tcatgtaatt
1261 cctgttaaaa aacagtcatc tccttggttt aaaaaaatta aaagtgggaa aacaaagaaa
1321 tagcagaata tagtgaaaaa aaataaccac agtatttttg tttggactta ccactttgaa
1381 atcaaattgg gaaacaaaag cacaaacagt ggccttattt acacaaaaag tctgatttta
1441 agatatgtga caattcaagg tttcagaagt atgtaaggag gtgtgtctct aattttttaa
1501 attatatatc ttcaatttaa agttttagtt aaaacataaa gattaacctt tcattagcaa

2101 cctcaatgag ctattttcaa gtgatgacaa agtgtgaagt taagggctca tttgagaact
2161 ttctttttca tccaaagtaa attcaaatat gattagaaat ctgacctttt attactggaa
2221 ttctcttgac taaaagtaaa attgaatttt aattcctaaa tctccatgtg tatacagtac
2281 tgtgggaaca tcacagattt tggctccatg ccctaaagag aaattggctt tcagattatt
2341 tggattaaaa acaaagactt tcttaagaga tgtaaaattt tcatgatgtt ttcttttttg
2401 ctaaaactaa agaattattc ttttacattt cagtttttct tgatcatgaa aatgccaaca
2461 aaattctgaa tagaccaaag aggtataact ctggcaagct tgaagagttt gtacagggga
2521 atctggagag agagtgtatg gaagagaagt gcagctttga ggaagccaga gaagtgtttg
2581 aaaatacaga gagaacaact gaattttgga agcagtatgt ggatggtgat caatgtgaga
2641 gcaatccctg cttgaatggg gggagctg
ta aagatgatat caacagctat gaatgttggt
2701 gtccctttgg atttgagggg aaaaactgtg agcttgatgt gacctgtaat atcaagaatg
2761 gcaggtgtga gcaattttgc aagaattctg ctgataacaa agtggtctgt agctgcactg
2821 agggatatag gctggctgaa aaccagaaga gctgtgaacc tgcagtgcct tttccctgtg
2881 ggagagtgtc tgtgagccaa accagcaagc tgactagggc tgaagcagtc tttcctgatg
2941 tagattatgt gaatagcact gaggctgaga caatccttga caatatcact cagagcacac
3001 agagcttcaa tgacttcacc agggtggtag gaggggagga tgccaagcct gggcagttcc
3061 cctggcaggt agtgctcaat ggaaaagtgg atgccttttg tggaggttca attgtaaatg
3121 agaagtggat tgtgactgca gcccactgtg tggaaactgg agtcaagatt actgtggtgg
3181 ctggagagca caatattgag gaaactgagc acactgagca gaagaggaat gtgatcagga
3241 ttatccccca ccacaactac aatgctgcta tcaacaagta caaccatgac attgccctcc
3301 tggaactgga tgaacccctg gtcttgaaca gctatgtgac acccatctgt attgctgata
3361 aagagtacac caacatcttc ttgaaatttg ggtctggata tgtgtctggc tggggcaggg
3421 tgttccataa aggcaggtct gccctggtat tgcagtattt gagggtgcct ctggtggata
3481 gagcaacctg cttgctgagc accaagttta caatctacaa caatatgttc tgtgcagggt
3541 tccatgaagg tggtagagac agctgccagg gagattctgg gggtccccat gtgactgagg
3601 tggagggaac cagcttcctg actgggatta tcagctgggg tgaggagtgt gctatgaagg
3661 gaaagtatgg gatctacaca aaagtatcca gatatgtgaa ctggattaag gagaaaacca
3721 agctgacttg atgaaagatg gatttccaag gttaattcat tggaattgaa aattaacaga
3781 gatctagagc tgaattcctg cagccagggg gatcagcctc tactgtgcct tctagttgcc
3841 agccatctgt tgtttgcccc tcccccttgc cttccttgac cctggaaggt gccactccca
3901 ctgtcctttc ctaataaaat gaggaaattg catcacattg tctgagtagg tgtcattcta
3961 ttctgggggg tggggtgggg caggacagca agggggagga ttgggaagac aatagcaggc
4021 atgctgggga tgcagtgggc tctatggctt ctgaggcaga aagaaccagc tggggctcga
4081 gatccactag ggccgcagga acccctagtg atggagttgg ccactccctc tctgcgcgct
4141 cgctcgctca ctgaggccgg gcgaccaa
ag gtcgcccgac gcccgggctt tgcccgggcg
4201 gcctcagtga gcgagcgagc gcgcagctgc ctgcaggggc ccatgggcag atgcaccacc
4261 tgtctcagtg caaagccctg cctaagtagg ctggtcataa gaccatgtgt ctggctgtaa
4321 ctccaattga ttgtcagcat caataaaact tggccaacac tgttatatac tggtattgat
4381 agttacaact gaacatattt gtttaagcaa ttggaattaa gaattcacat gcaatgatat
4441 cagggtcctt ctcctctggt tagtgtattg gggggaaatt ggacatctct cagctcagta
4501 ggctagttag gccaggatgg atgacatcca cagcccctgg gcagagagat tatgatgtag
4561 ctagtctgac tcctgacaaa gacttgcttc ctggagcttc tactactttc tggtggatgg
4621 ctaagaaata tggttgtgtt cttttaagtc tgaagagcat tatttttgcc aacccctgac
4681 caaacatcct tgccaaggaa aaggcctaaa atatatttgc atttaaagat attacaaact
4741 acttggtttt ggaatgtttg gcctttcagg atcatagcta tcaaaatatt agctatttgg
4801 ggtatgagat gtctgcttgg tcaaggacaa gttcttaaag acatcatgtt ggggaataat
4861 ggggaaaatg ggaaggctta tgctctgagt aagacatctg agttatcatc tgtcaaacat
4921 ttttgttagt catagtctaa tgggagcctg ttttccctct ttaatataca ttcacatctg
4981 aatttatgct cttcattgac aatgccagcc cagaacaaca gctcttaccc tttggttttc
5041 ttcctaacct ttaactccaa tgtaaccatt acctgccatt tcagtaaaac cattattctc
5101 cctacttacc cacccaagtt gtacaataaa gagtgtttgc tctcactcat atacaaagca
5161 aattcatttg tttgtgatgt acagcttgct atgcccacag atgtggtttg cctagtcctt
5221 tgctctaggt catttgactg ggaacagatg ggatgctcac tttggttttt aatggttaac
5281 tagtcattga aatgcatttc atcaaataat cttagaggat aattgtttaa atgtctgtcc
5341 agactagctt tgtagagcca ggtgccatta cacatgtcac cttcttattt ctcttaattg
5401 aatttttatc atctgagata ggaataatag agggcttttt caagtgaaga tattactata
5461 gtctaaagac cttagtgtaa catcctggcc cctaaggaaa aacaagttct ggttcataca
5521 tataataact ttgcatgtta tctgccactg agatgtgtcc taatccaaca gaaaggattg
5581 aatctctgta gctaggtgta cagggcaaga gctgtacagg gaacctttaa agatagcttc
5641 aggccaaagc tgaggaaagt ggatggag
ac tggggaaaat gctaagacat tttaaagatt
5701 ttctttaggt caaaaataga ataagaaata gaccatttcc ctggacattt tctgtaggtt
5761 aatactgtta actattggta aatgcatatg ctacaactta atatgtctgc tttgtgagtt
5821 tagcattgtc tccttgtcat tccagaaatg aaatggcaaa tacatttaaa tcagaactaa



5881 aaaggggaac agggtataaa ggctcaattt agtcacatca tttccctttc tcacccaccc
5941 cctttaaacc agatgtttgc caatgcatta acaatgcaga tgtttcctga aagaaagttt
6001 agtaactcaa gcagacacct tattttcttt tcaagcagaa aagactatga gatggtggtt
6061 gtggttgttc tgggagggag aagatataaa tgatacacat tatttcaaat catttcatga
6121 cctcactgca cacttatagt tattgtacct gttgtctttt tgctgtcaag cctagctaag
6181 atcatttgga atgttcaaga tcactcatac atgcatgtgc acacatacac atgcacatat
6241 gttcactccc tatttcatcc acatgaacta agattactga tgtgtacaga ttcaaagcac
6301 ttttattctt ttccaaaggc aagaagctga gctactttcc agaatagttg tgaaagaccc
6361 tgtcatactt ctgcattgtt tcctccacac cacctccatc cagttcctta tgaatggtta
6421 ctggttttca aaaatatgag ataaattgag tgtataaaag tcatttttag acaaaatgaa
6481 acaggaaatg aaagaaacca gaatctctcc tcatttgtgg atgggccagc tccaccatgt
6541 catggttaat ctgcagggag gaaatactag atttgattgc agatcagact gcagcaaacc
6601 tgctgtgact aaggcatcaa gagaaagcaa gcaacagctg gggcttcagt ggtgaaaaca
6661 ttatatatct agctttgaaa tatgaaatac tgtttagcag tgtcacctag aaaagagtgt
6721 ttcaaaatgc tgatgcttca taagaacctt tctcttcaga gttgtttctt ttatctttca
6781 aattagccag ggtgggaaat aaagtgatca cttggtgaag aaatctcaca aagaagaaca
6841 tagagagttc actttcatct ggagtaatga acagattgaa caaactagaa atggttagtc
6901 tgttaaagaa aaggtgtagg tgagctgttt gcaagagcca caagggaaag gggaagacaa
6961 cttctttgtg gacttaaggg tgaaagttgc aagcaggcaa gaccattctg acctccatta
7021 agaaagccct ttccaaccaa caaccactgg gttggttact caggttgggc agcattggga
7081 gcaaatgttg attgaacaaa tgtttgtcag aattgttgac ttaaagagct gttctgtcac
7141 tggggacagc agcagctaga tagccccatt cagggagagg gcatttgttc acctggccag
7201 agatcagagc aggctaaggg actgctggga tcctgtccag ctttgagacc ctacagagcc
7261 atgttcacct agcaggtatc ccttctgagg tcactctcat ttcttacctt attccagggc
7321 tttcacctca gcttgccagg ctggagccaa gggccaaggc agcctcacct tgttggctat
7381 ggtagcttcc caggagcccc ctatggttca ggaacagctc tgcctgcccc atcctgtttg
7441 ctacctccta aagccaaagg cactggtggg ccaggccagc ttctaaagtc acacaaggtt
7501 agaaggttcc tgacaggaag ggcttgaggc caatggaagg aggtacttca gtttccctcc
7561 agatgcccag tgatgggctc agagctcctt gagaacttgg gaaaggaagc agggtctctg
7621 aagaaatact tcaggagtag aaagaggaag ctagagggtt aaatgcacta cacaggaaca
7681 gaaatgagtt tttcttagag ttagtatatg tctagaggtg tagtaaacta aaacaagtct
7741 tgaattgcat acagccactt agggaagaaa tgaaaacctt tgaatattag tgaaaaaagg
7801 gaaactgcaa cccctgtatt actagatagc tttcatcaac agctcaaaac agacagattt
7861 ttataggttt actgtgtgca ctttaataca agggcagtgg ttcagaacta gtcaggtcct
7921 gaaaaggatt taccaaatgt tgagtgtgcc ctctagtgtt cacacttccc agctttcttc
7981 ctataaaggt ggatcaaggc acttgcttac aactggaact gaaatcctcc aagtggaact
8041 agacattgag atggagaaaa tattcattgt ccactgtaat tatgcaagga atatccagtt
8101 gagataatgg acttgcctct tatctaataa tacccaggct caatgggtca ctgctttgtc
8161 cactttgccc aaaattcaag cacagctaag ttgatatttt aggacaaagg cagcttacta
8221 tccagccaga ggggagtaga atatggttaa gagagagtgg aaagaatgaa tgagccctgc
8281 tattcctcac tgcctggatg gctataagca cagcccttat ggaggcctta ggtcttgctt
8341 cataatattc cagtttgaaa agggtttgaa aagacctcct agaaaaatca gtagtttttc
8401 tcttttgagt aacatgtagc aaaaaaaatt tcatcatgta ggtacaggga acaccctaat
8461 aactattaat ctcaaggagt caagccagtg tgtttcctaa tgtatctgct gtatccccat
8521 gaagcaaatt ttgccatcag agaaactgac tcatggggaa aaaatccaag gacctcaaat
8581 caccaaaaga agccattcct cagatttgcc taagcttaag cttccctgtc tctcattgtg
8641 tgttgctttc aatgcagtta cataaatggc ttttttgttt atgcaccaaa aacactaatt
8701 catctgcaaa gctataggtc aaagcaacca tagtatgcac cctgctagct ggcgcattaa
8761 gcgcggcggg tgtggtggtt acgcgcagcg tgaccgctac acttgccagc gccttagcgc
8821 ccgctccttt cgctttcttc ccttcctttc tcgccacgtt cgccggcttt ccccgtcaag
8881 ctctaaatcg ggggctccct ttagggttcc gatttagtgc tttacggcac ctcgacccca
8941 aaaaacttga tttgggtgat ggttcacgta gtgggccatc gccctgatag acggtttttc
9001 gccctttgac gttggagtcc acgttcttta atagtggact cttgttccaa actggaacaa
9061 cactcaactc tatctcgggc tattcttttg atttagacct gcaggcatgc aagcttggca
9121 ctggccgtcg ttttacaacg tcgtgactgg gaaaaccctg gcgttaccca acttaatcgc
9181 cttgcagcac atcccccttt cgccagctgg cgtaatagcg aagaggcccg caccgatcgc
9241 ccttcccaac agttgcgcag cctgaatggc gaatgcgatt tattcaacaa agccgccgtc
9301 ccgtcaagtc agcgtaatgc tctgccagtg ttacaaccaa ttaaccaatt ctgattagaa
9361 aaactcatcg agcatcaaat gaaactgcaa tttattcata tcaggattat caataccata
9421 tttttgaaaa agccgtttct gtaatgaagg agaaaactca ccgaggcagt tccataggat
9481 ggcaagatcc tggtatcggt ctgcgattcc gactcgtcca acatcaatac aacctattaa
9541 tttcccctcg tcaaaaataa ggttatcaag tgagaaatca ccatgagtga cgactgaatc
9601 cggtgagaat ggcaaaagct tatgcatttc tttccagact tgttcaacag gccagccatt



9661 acgctcgtca tcaaaatcac tcgcatcaac caaaccgtta ttcattcgtg attgcgcctg
9721 agcgagacga aatacgcgat cgctgttaaa aggacaatta caaacaggaa tcgaatgcaa
9781 ccggcgcagg aacactgcca gcgcatcaac aatattttca cctgaatcag gatattcttc
9841 taatacctgg aatgctgttt tcccggggat cgcagtggtg agtaaccatg catcatcagg
9901 agtacggata aaatgcttga tggtcggaag aggcataaat tccgtcagcc agtttagtct
9961 gaccatctca tctgtaacat cattggca
ac gctacctttg ccatgtttca gaaacaactc
10021 tggcgcatcg ggcttcccat acaatcgata gattgtcgca cctgattgcc cgacattatc
10081 gcgagcccat ttatacccat ataaatcagc atccatgttg gaatttaatc gcggcttcga
10141 gcaagacgtt tcccgttgaa tatggctcat aacacccctt gtattactgt ttatgtaagc
10201 agacagtttt attgttcatg atgatatatt tttatcttgt gcaatgtaac atcagagatt
10261 ttgagacaca acgtggcttt gttgaataaa tcgaactttt gctgagttga aggatcagat
10321 cacgcatctt cccgacaacg cagaccgttc cgtggcaaag caaaagttca aaatcaccaa
10381 ctggtccacc tacaacaaag ctctcatcaa ccgtggctcc ctcactttct ggctggatga
10441 tggggcgatt caggcctggt atgagtcagc aacaccttct tcacgaggca gacctctcga
10501 cggagttcca ctgagcgtca gaccccgtag aaaagatcaa aggatcttct tgagatcctt
10561 tttttctgcg cgtaatctgc tgcttgcaaa caaaaaaacc accgctacca gcggtggttt
10621 gtttgccgga tcaagagcta ccaactcttt ttccgaaggt aactggcttc agcagagcgc
10681 agataccaaa tactgttctt ctagtgtagc cgtagttagg ccaccacttc aagaactctg
10741 tagcaccgcc tacatacctc gctctgctaa tcctgttacc agtggctgct gccagtggcg
10801 ataagtcgtg tcttaccggg ttggactcaa gacgatagtt accggataag gcgcagcggt
10861 cgggctgaac ggggggttcg tgcacacagc ccagcttgga gcgaacgacc tacaccgaac
10921 tgagatacct acagcgtgag ctatgagaaa gcgccacgct tcccgaaggg agaaaggcgg
10981 acaggtatcc ggtaagcggc agggtcggaa caggagagcg cacgagggag cttccagggg
11041 gaaacgcctg gtatctttat agtcctgtcg ggtttcgcca cctctgactt gagcgtcgat
11101 ttttgtgatg ctcgtcaggg gggcggagcc tatggaaaaa cgccagcaac gcggcctttt
11161 tacggttcct ggccttttgc tggccttttg ctcacatgt
//





イントロンA核酸配列(配列番号:17)
GTTTGTTTCCTTTTTTATAATACATTGAGTATGCTTGCCTTTTAGATATAGAAATATCTGATTCTGTCTTCTTCACTAAA
TTTTGATTACATGATTTGACAGCAATATTGAAGAGTCTAACAGCCAGCACCCAGGTTGGTAAGTACTGGTTCTTTGTTAGCTAGGTTTTCTTCTTCTTCACTTTTAAAACTAAATAGATGGACAATGCTTATGATGCAATAAGGTTTAATAAACACTGTTCAGTTCAGTATTTGGTCATGTAATTCCTGTTAAAAAACAGTCATCTCCTTGGTTTAAAAAAATTAAAAGTGGGAAAACAAAGAAATAGCAGAATATAGTGAAAAAAAATAACCACAGTATTTTTGTTTGGACTTACCACTTTGAAATCAAATTGGGAAACAAAAGCACAAACAGTGGCCTTATTTACACAAAAAGTCTGATTTTAAGATATGTGACAATTCAAGGTTTCAGAAGTATGTAAGGAGGTGTGTCTCTAATTTTTTAAATTATATATCTTCAATTTAAAGTTTTAGTTAAAACATAAAGATTAACCTTTCATTAGCAAGCTGTTAGTTATCACCAAAGCTTTTCATGGATTAGGAAAAAATCATTTTGTCTCTATCTCAAACATCTTGGAGTTGATATTTGGGGAAACACAATACTCAGTTGAGTTCCCTAGGGGAGAAAAGCAAGCTTAAGAATTGACACAAAGAGTAGGAAGTTAGCTATTGCAACATATATCACTTTGTTTTTTCACAACTACAGTGACTTTATTTATTTCCCAGAGGAAGGCATACAGGGAAGAAATTATCCCATTTGGACAAACAGCATGTTCTCACAGTAAGCACTTATCACACTTACTTGTCAACTTTCTAGAATCAAATCTAGTAGCTGACAGTACCAGGATCAGGGGTGCCAACCCTAAGCACCCCCAGAAAGCTGACTGGCCCTGTGGTTCCCACTCCAGACATGATGTCAGCTGTGAAATCCACCTCCCTGGACCATAATTAGGCTTCTGTTCTTCAGGAGACATTTGTTCAAAGTCATTTGGGCAACCATATTCTGAAAACAGCCCAGCCAGGGTGATGGATCACTTTGCAAAGATCCTCAATGAGCTATTTTCAAGTGATGACAAAGTGTGAAGTTAAGGGCTCATTTGAGAACTTTCTTTTTCATCCAAAGTAAATTCAAATATGATTAGAAATCTGACCTTTTATTACTGGAATTCTCTTGACTAAAAGTAAAATTGAATTTTAATTCCTAAATCTCCATGTGTATACAGTACTGTGGGAACATCACAGATTTTGGCTCCATGCCCTAAAGAGAAATTGGCTTTCAGATTATTTGGATTAAAAACAAAGACTTTCTTAAGAGATGTAAAATTTTCATGATGTTTTCTTTTTTGCTAAAACTAAAGAATTATTCTTTTACATTTCAG
図15
イントロンAを含むFIX39核酸配列(イントロンAに下線)(配列番号:25)
ATGCAGAGGGTGAACATGATCATGGCTGAGAGCCCTGGCCTGATCACCATCTGCCTGCTGGGCTACCTGCTGTCTGCTGAATGTACAGGTTTGTTTCCTTTTTTATAATACATTGAGTATGCTTGCCTTTTAGATATAGAAATATCTGATTCTGTCTTCTTCACTAAATTTTGATTACATGATTTGACAGCAATATTGAAGAGTCTAACAGCCAGCACCCAGGTTGGTAAGTACTGGTTCTTTGTTAGCTAGGTTTTCTTCTTCTTCACTTTTAAAACTAAATAGATGGACAATGCTTATGATGCAATAAGGTTTAATAAACACTGTTCAGTTCAGTATTTGGTCATGTAATTCCTGTTAAAAAACAGTCATCTCCTTGGTTTAAAAAAATTAAAAGTGGGAAAACAAAGAAATAGCAGAATATAGTGAAAAAAAATAACCACAGTATTTTTGTTTGGACTTACCACTTTGAAATCAAATTGGGAAACAAAAGCACAAACAGTGGCCTTATTTACACAAAAAGTCTGATTTTAAGATATGTGACAATTCAAGGTTTCAGA
AGTATGTAAGGAGGTGTGTCTCTAATTTTTTAAATTATATATCTTCAATTTAAAGTTTTAGTTAAAACATAAAGATTAACCTTTCATTAGCAAGCTGTTAGTTATCACCAAAGCTTTTCATGGATTAGGAAAAAATCATTTTGTCTCTATCTCAAACATCTTGGAGTTGATATTTGGGGAAACACAATACTCAGTTGAGTTCCCTAGGGGAGAAAAGCAAGCTTAAGAATTGACACAAAGAGTAGGAAGTTAGCTATTGCAACATATATCACTTTGTTTTTTCACAACTACAGTGACTTTATTTATTTCCCAGAGGAAGGCATACAGGGAAGAAATTATCCCATTTGGACAAACAGCATGTTCTCACAGTAAGCACTTATCACACTTACTTGTCAACTTTCTAGAATCAAATCTAGTAGCTGACAGTACCAGGATCAGGGGTGCCAACCCTAAGCACCCCCAGAAAGCTGACTGGCCCTGTGGTTCCCACTCCAGACATGATGTCAGCTGTGAAATCCACCTCCCTGGACCATAATTAGGCTTCTGTTCTTCAGGAGACATTTGTTCAAAGTCATTTGGGCAACCATATTCTGAAAACAGCCCAGCCAGGGTGATGGATCACTTTGCAAAGATCCTCAATGAGCTATTTTCAAGTGATGACAAAGTGTGAAGTTAAGGGCTCATTTGAGAACTTTCTTTTTCATCCAAAGTAAATTCAAATATGATTAGAAATCTGACCTTTTATTACTGGAATTCTCTTGACTAAAAGTAAAATTGAATTTTAATTCCTAAATCTCCATGTGTATACAGTACTGTGGGAACATCACAGATTTTGGCTCCATGCCCTAAAGAGAAATTGGCTTTCAGATTATTTGGATTAAAAACAAAGACTTTCTTAAGAGATGTAAAATTTTCATGATGTTTTCTTTTTTGCTAAAACTAAAGAATTATTCTTTTACATTTCAGTTTTTCTTGATCATGAAAATGCCAACAAAATTCTGAATAGACCAAAGAGGTATAACTCTGGCAAGCTTGAAGAGTTTGTACAGGGGAATCTGGAGAGAGAGTGTATGGAAGAGAAGTGCAGCTTTGAGGAAGCCAGAGAAGTGTTTGAAAATACAGAGAGAACAACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTGGATGGTGATCAATGTGAGAGCAATCCCTGCTTGAATGGGGGGAGCTGTAAAGATGATATCAACAGCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGATTTGAGGGGAAAAACTGTGAGCTTGATGTGACCTGTAATATCAAGAATGGCAGGTGTGAGCAATTTTGCAAGAATTCTGCTGATAACAAAGTGGTCTGTAGCTGCACTGAGGGATATAGGCTGGCTGAAAACCAGAAGAGCTGTGAACCTGCAGTGCCTTTTCCCTGTGGGAGAGTGTCTGTGAGCCAAACCAGCAAGCTGACTAGGGCTGAAGCAGTCTTTCCTGATGTAGATTATGTGAATAGCACTGAGGCTGAGACAATCCTTGACAATATCACTCAGAGCACACAGAGCTTCAATGACTTCACCAGGGTGGTAGGAGGGGAGGATGCCAAGCCTGGGCAGTTCCCCTGGCAGGTAGTGCTCAATGGAAAAGTGGATGCCTTTTGTGGAGGTTCAATTGTAAATGAGAAGTGGATTGTGACTGCAGCCCACTGTGTGGAAACTGGAGTCAAGATTACTGTGGTGGCTGGAGAGCACAATATTGAGGAAACTGAGCACACTGAGCAGAAGAGGAATGTGATCAGGATTATCCCCCACCACAACTACAATGCTGCTATCAACAAGTACAACCATGACATTGCCCTCCTGGAACTGGATGAACCCCTGGTCTTGAACAGCTATGTGACACCCATCTGTATTGCTGATAAAGAGTACACCAACATCTTCTTGAAATTTGGGTCTGGATATGTGTCTGGCTGGGGCAGGGTGTTCCATAAAGGCAGGTCTGCCCTGGTATTGCAGTATTTGAGGGTG
CCTCTGGTGGATAGAGCAACCTGCTTGCTGAGCACCAAGTTTACAATCTACAACAATATGTTCTGTGCAGGGTTCCATGAAGGTGGTAGAGACAGCTGCCAGGGAGATTCTGGGGGTCCCCATGTGACTGAGGTGGAGGGAACCAGCTTCCTGACTGGGATTATCAGCTGGGGTGAGGAGTGTGCTATGAAGGGAAAGTATGGGATCTACACAAAAGTATCCAGATATGTGAACTGGATTAAGGAGAAAACCAAGCTGACTTGA

Claims (129)

  1. ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列であって、
    前記核酸は、ヒト第IX因子をコードする野生型配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有する核酸配列。
  2. ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列を含む発現ベクター又はプラスミドであって、
    前記核酸は、ヒト第IX因子をコードする天然の配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有し、及び/又は、ヒト第IX因子をコードする核酸配列に1つ以上のさらなる配列が、前記ベクター又は前記プラスミドの中に存在する場合に、前記さらなる配列は、任意に、同等の天然の又は野生型の配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有する、発現ベクター又はプラスミド。
  3. イントロン、発現制御因子、1つ以上のアデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列をさらに含み、
    任意に、前記イントロン、前記発現制御因子、前記アデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)、及び/又は、前記フィラーポリヌクレオチド配列は、同等の天然の又は野生型の発現制御因子、同等の天然の又は野生型のアデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)、及び/又は、同等の天然の又は野生型のフィラーポリヌクレオチド配列と比較して減少した数のCpGジヌクレオチドを有する、請求項1に記載の、ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列、請求項2に記載の発現ベクター若しくはプラスミド、又は、請求項3に記載の組成物。
  4. 前記イントロンが、前記ヒト第IX因子タンパクをコードする配列内に存在するか、又は、
    前記発現制御因子が、前記ヒト第IX因子タンパクをコードする配列と作用可能に連結されているか、又は、
    前記AAVITRが、前記ヒト第IX因子タンパクをコードする配列の5’末端又は3’末端に隣接しているか、又は、
    前記フィラーポリヌクレオチド配列は、前記ヒト第IX因子タンパクをコードする配列の5’末端又は3’末端に隣接している、
    請求項4に記載の、ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列。
  5. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より1〜5個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  6. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より5〜10個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  7. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より10〜15個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  8. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より15〜20個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  9. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より20〜25個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  10. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より25〜30個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  11. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より30〜40個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  12. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、ヒト第IX因子をコードする天然配列より40〜55個少ない数のCpGジヌクレオチドを有する、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  13. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列、イントロン、発現制御因子、ITR、及び/又は、フィラーポリヌクレオチド配列は、すべてのCpGジヌクレオチドを欠損している、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  14. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列は、配列番号:10に対して80%又はそれ以上の同一性を有する配列を含み、凝固分析によって測定される機能する因子IXをコードする、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  15. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列は、配列番号:10に対して90%又はそれ以上の同一性を有する配列を含み、凝固分析によって測定される機能する因子IXをコードする、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  16. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列は、配列番号:10に対して95%又はそれ以上の同一性を有する配列を含み、凝固分析によって測定される機能する因子IXをコードする、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  17. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列は、配列番号:10、配列番号:25又は配列番号:26を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  18. 前記ヒト第IX因子をコードする天然配列は、配列番号:11に記載されている配列を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  19. 前記イントロン配列は、配列番号:17に記載されている配列を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  20. 前記発現制御因子は、配列番号:14に記載されている配列を含むエンハンサー配列を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  21. 前記発現制御因子は、配列番号:15に記載されている配列を含むプロモーター配列を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  22. 前記1つ以上のアデノ随伴ウイルス(AAV)逆方向末端反復(ITR)の配列は、配列番号:13及び/又は配列番号:20に記載されている配列を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  23. 前記フィラーポリヌクレオチド配列は、配列番号:21に記載されている配列を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  24. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列は、免疫反応を誘導する能力を低下させる、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  25. 前記ヒトFIXタンパクをコードする配列は、CpGジヌクレオチドの数が減少していないヒト第IX因子をコードする天然配列よりも高いレベル又は該天然配列と同等のレベルで発現される、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  26. 前記発現制御因子は、恒常的な若しくは制御可能な制御因子、又は、組織特異的な発現制御因子若しくはプロモーターを含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  27. 前記発現制御因子は、肝臓において発現を与える因子を含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  28. 前記発現制御因子は、ヒトα1−抗トリプシン(hAAT)プロモーター、アポリポタンパクE(ApoE)HCR−1、及び/又は、HCR−2エンハンサーを含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  29. 前記ヒト第IX因子をコードする核酸配列の3’に配置されたポリアデニル化配列をさらに含む、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  30. 前記ヒト第IX因子をコードする核酸配列の3’に配置された前記ポリアデニル化配列は、bGHポリアデニル化配列を含む、
    請求項29に記載の、ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列。
  31. 前記ヒト第IX因子をコードする核酸配列の3’に配置された前記ポリアデニル化配列は、すべてのCpGジヌクレオチドが除去されたポリアデニル化配列を含む、
    請求項29に記載の、ヒト第IX因子タンパクをコードする核酸配列。
  32. 前記ポリアデニル化配列は、配列番号:19に記載されている配列を含む、
    請求項31に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  33. 前記フィラーポリヌクレオチド配列は、前記ヒトFIXタンパクをコードする配列の3’に配置されている、
    請求項4又は請求項5に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  34. 前記AAVは、前記ヒトFIXタンパクをコードする配列の3’末端に隣接する、
    請求項4又は請求項5に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  35. 前記フィラーポリヌクレオチド配列は、前記ヒトFIXタンパクをコードする配列の3’末端に隣接するAAV ITRの3’に配置されている、
    請求項34に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  36. 前記フィラーポリヌクレオチド配列は、ラムダファージ配列を含む、
    請求項4又は請求項5に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列。
  37. 請求項1〜請求項36のいずれかに記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列を含む、ヒトFIXタンパクをコードするプラスミド配列であって、
    1つ以上の複製開始点及び/又は抗生物質に対する耐性をコードする核酸をさらに含む、プラスミド配列。
  38. 配列番号:12又は配列番号:26を含むヒトFIXタンパクをコードするプラスミド配列。
  39. ヒトFIXタンパク又は発現ベクターをコードする配列を含むウイルスベクターであって、
    請求項1〜5のいずれか1項に記載の、ヒトFIXタンパクをコードする核酸配列を含む、
    ウイルスベクター。
  40. 前記ウイルスベクターが、レンチウイルスベクター又はアデノウイルスベクターである、請求項39に記載のウイルスベクター。
  41. 前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、請求項39に記載のウイルスベクター。
  42. 以下のいずれか:
    AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74又はAAV−2i8のAAV血清型のITR配列を含む請求項41に記載のAAVベクター。
  43. 前記ベクターのキャプシド配列は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74、又は、AAV−2i8のVP1配列、VP2配列又はVP3に対して90%以上の同一性を有するVP1キャプシド配列、VP2キャプシド配列及び/又はVP3キャプシド配列を含む、
    請求項41に記載のAAVベクター。
  44. 前記ベクターのキャプシド配列は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74、又は、AAV−2i8のAAV血清型から選択されるVP1キャプシド配列、VP2キャプシド配列又はVP3キャプシド配列を含む、請求項41に記載のAAVベクター。
  45. 前記ベクターのキャプシド配列は、配列番号:1に対して90%以上の配列同一性を有し、若しくは、当該配列において1〜50個のアミノ酸が置換、欠損若しくは付加されたVP1配列;
    配列番号:2に対して90%以上の配列同一性を有し、若しくは、当該配列において1〜50個のアミノ酸が置換、欠損若しくは付加されたVP2配列;及び/又は、
    配列番号:3に対して90%以上の配列同一性を有し、若しくは、当該配列において1〜50個のアミノ酸が置換、欠損若しくは付加されたVP3配列を含む、
    請求項41に記載のAAVベクター。
  46. 配列ベクターの前記キャプシドは、配列番号:1に記載されているVP1キャプシド配列のアミノ酸位置195、199、201又は202のいずれか1つにおいてアミノ酸置換を有し、又は、
    配列番号:1に記載されているVP1キャプシド配列のリジンがアルギニンに置換されたアミノ酸置換を有する、請求項41に記載のAAVベクター。
  47. 前記ベクターのキャプシド配列は、配列番号:1に記載されているVP1キャプシド配列のアミノ酸位置195、199、201又は202のいずれか1つにおいてA、V、P又はNアミノ酸のいずれかの残基を有する、請求項41に記載のAAVベクター。
  48. 前記ベクターのキャプシド配列は、配列番号:1に記載されているVP1キャプシド配列のアミノ酸位置195のA残基、アミノ酸位置199のV残基、アミノ酸位置201のP残基、又は、アミノ酸位置202のN残基を有する、
    請求項41に記載のAAVベクター。
  49. 前記ベクターのキャプシド配列は、配列番号:4として記載されたVP1キャプシド配列のアミノ酸位置195のA残基、アミノ酸位置199のV残基、アミノ酸位置201のP残基、又は、アミノ酸位置202のN残基のいずれか2つ、3つ又は4つを有する、
    請求項41に記載のAAVベクター。
  50. 前記ベクターのキャプシド配列は、配列番号:4−9のいずれかに対して90%以上の同一性を有するVP1キャプシド配列を含む、
    請求項41に記載のAAVベクター。
  51. 前記ベクターのキャプシド配列は、配列番号:4−9のいずれか含むVP1キャプシド配列を含む、
    請求項41に記載のAAVベクター。
  52. 請求項1〜38のいずれか一項に記載のヒトFIXタンパクをコードする核酸配列、及び/又は、請求項39〜51のいずれか一項に記載のウイルスベクターを含む医薬組成物。
  53. 空キャプシドAAVをさらに含む、請求項52に記載の医薬組成物。
  54. 前記空キャプシドが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10及びAAV11の血清型AAVから選択される、
    請求項53に記載の医薬組成物。
  55. 配列番号:11又は配列番号:25を含む発現ベクター。
  56. 配列番号:14に記載されている配列を含むエンハンサー配列をさらに含む、
    請求項55に記載の発現ベクター。
  57. 配列番号:15に記載されている配列を含むプロモーター配列をさらに含む、
    請求項55に記載の発現ベクター。
  58. 配列番号:12又は配列番号:26に記載されている上流の及び/又は下流のAAV2
    ITRをさらに含み、
    前記上流のITRが、前記エンハンサーの5’に配置されており、及び/又は、前記下 流のAAV2 ITRが、配列番号12又は26に記載されているhFIXエクソン2〜8の3’に配置されている、
    請求項55に記載の発現ベクター。
  59. 配列番号:12又は26に記載されているhFIXエクソン2〜8の3’に配置され、かつ、前記下流のAAV2 ITRの5’に配置されたpolyA配列をさらに含む、
    請求項55に記載の発現ベクター。
  60. 請求項55〜59のいずれか1項に記載の発現ベクターを含むAAVベクター。
  61. 前記キャプシド配列は、配列番号:4−9のいずれかを含むVP1キャプシド配列を含む、
    請求項60に記載のAAVベクター。
  62. 細胞中に核酸配列を届け又は移す方法であって、
    前記細胞の遺伝子導入を可能にする条件下で、請求項1〜61のいずれかに記載の核酸配列、発現ベクター又はウイルスベクターを哺乳動物細胞と接触させ、それによって前記哺乳動物細胞中に核酸配列を届け又は移すステップを含む、方法。
  63. 哺乳動物又は哺乳動物の細胞の中に核酸配列を届け又は移す方法であって、
    請求項1〜61のいずれかに記載の核酸配列、発現ベクター、又は、ウイルスベクターを哺乳動物又は哺乳動物の細胞に投与し、それによって前記哺乳動物又は前記哺乳動物の細胞の中に前記核酸配列を届け又は移すステップを含む、方法。
  64. 第IX因子タンパクの必要がある哺乳動物を治療する方法であって、
    (a)核酸配列、発現ベクター又はウイルスベクターを提供するステップと、
    (b)請求項1〜61のいずれかに記載の核酸配列、発現ベクター又はウイルスベクターの所定量を前記哺乳動物に投与するステップを含み、
    前記第IX因子が前記哺乳動物中で発現される、方法。
  65. 前記哺乳動物の細胞、組織又は器官において前記第XI因子タンパクが発現される、
    請求項62〜64のいずれかに記載の方法。
  66. 前記細胞が分泌細胞を含む、請求項65に記載の方法。
  67. 前記細胞が内分泌細胞を含む、請求項65に記載の方法。
  68. 前記細胞が、肝細胞、神経系細胞、膠細胞、網膜細胞、上皮細胞、肺細胞、又は、分化全能性の、複数分化性の若しくは多能性の幹細胞を含む、
    請求項65に記載の方法。
  69. 前記哺乳動物の組織又は器官が、肝臓、脳、中枢神経系、脊髄、目、網膜又は肺を含む、請求項65に記載の方法。
  70. 前記哺乳動物が、不充分な量の第IX因子タンパク、又は、不完全な若しくは異常な第IX因子タンパクを生産する、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  71. 前記哺乳動物が血友病Bを有する、請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  72. 前記核酸配列、発現ベクター又はウイルスベクターは、
    静脈内、動脈内、筋肉内、皮下、経口、挿管によって、カテーテルによって、皮膚、頭蓋内、吸入によって、腔内、又は、粘膜の経路で哺乳動物に届けられる、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  73. 前記哺乳動物がヒトである、請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  74. 前記哺乳動物は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11又はAAV−Rh74の血清型に対して血清反応ポジティブ又は血清反応ネガティブである、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  75. 空キャプシドAAVを投与するステップをさらに含む、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  76. AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11及び/又はAAV−Rh74の血清型の空キャプシドを投与するステップをさらに含む、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  77. 投与されたAAVベクターと同じ血清型の空キャプシドAAVを投与するステップをさらに含む、請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  78. 前記第IX因子タンパクが、前記哺乳動物に対して治療効果を有するレベルで前記哺乳動物において発現される、請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  79. 前記の第IX因子タンパクは、哺乳動物において、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日、数週間、又は、数ヶ月間に亘って治療効果を有するレベルで発現される、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  80. 前記第IX因子タンパクは、哺乳動物において、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日の連続した日、数週間、又は、数か月に亘って、約20%のFIX活性又は20%を超える活性のレベルで存在する、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  81. 前記ウイルスベクターは、哺乳動物1キログラム当たり、概ね、1×1010〜1×1011、1×1011〜1×1012、1×1012〜1×1013、又は、1×1013〜1×1014のベクターゲノム(vg/kg)の範囲内の用量で投与される、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  82. 前記ウイルスベクターは、哺乳動物1キログラム(vg/kg)当たり1×1012ベクターゲノム未満の用量で投与され、その哺乳動物において、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日の連続した日、数週間又は数ヶ月間に亘って、約20%の活性又は20%を超える活性のレベルで第IX因子タンパクが生産される、
    請求項62〜69のいずれかに記載の方法。
  83. 前記ウイルスベクターは、哺乳動物1キログラム(vg/kg)当たり約5×1011ベクターゲノムの用量で投与され、その哺乳動物において、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日、数週間又は数ヶ月間に亘って、約20%の活性又は20%を超える活性のレベル第IX因子タンパクが生産される、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  84. 前記哺乳動物に投与される核酸配列、発現ベクター又はウイルスベクターは、第IX因子タンパク及び/又はウイルスベクターに対する本質的な免疫反応を生じない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  85. 第IX因子タンパク及び/又は前記ウイルスベクターに対する本質的な免疫反応は、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日の連続した日、数週間又は数ヶ月間に亘って生じない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  86. 前記哺乳動物は、第IX因子タンパクに対する本質的な免疫反応を生じない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  87. 前記哺乳動物は、第IX因子タンパク治療効果を低減又はブロックするのに充分な、第IX因子タンパクに対する免疫反応を発達させない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  88. 前記哺乳動物は、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日、数週間又は数ヶ月間に亘って、第IX因子タンパク治療効果を低減又はブロックするのに充分な第IX因子タンパクに対する本質的な免疫反応を生じない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  89. 前記の哺乳動物は、少なくとも1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13若しくは14日の連続した日、数週間又は数ヶ月に亘って、第IX因子タンパク治療効果を低減又はブロックするのに充分な第IX因子タンパクに対する免疫反応を発達させない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  90. 前記哺乳動物は、第IX因子タンパク治療効果を低減又はブロックするのに充分なAAVベクターに対する免疫反応を発達させない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  91. 前記哺乳動物は、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日の連続した日、数週間、又は、数ヶ月間に亘って、第IX因子タンパク治療効果を低減又はブロックするのに充分なAAVベクターに対する免疫反応を発達させない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  92. 前記第IX因子タンパクは、前記哺乳動物において、免疫抑制剤(例えば、ステロイド)を投与することなく、前記哺乳動物に治療効果を有する量又は活性レベルで発現される、請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  93. 前記第IX因子タンパクは、前記哺乳動物において、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13若しくは14日、数週間又は数ヶ月に亘って、免疫抑制剤(例えば、ステロイド)を投与することなく、治療効果を有する量で又は活性レベルで発現される、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  94. 前記哺乳動物は、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日の連続した日、数週間又は数ヶ月間に亘って、肝臓のALT酵素、AST酵素及び/又はLDH酵素の異常に高い値を生じない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  95. 前記哺乳動物は、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日の連続した日、数週間又は数ヶ月間に亘って、免疫抑制剤(例えば、ステロイド)を使用することを必要とする肝臓のALT酵素、AST酵素及び/又はLDH酵素の異常に高い値を生じない、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  96. 前記第IX因子タンパクは、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日、数週間又は数ヶ月間に亘って、自然に生じる間接出血又は脳出血の期間、重症度又は頻度を低減するために必要とされるFIXの血中濃度より高いレベルで哺乳動物において発現される、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  97. 前記第IX因子タンパクは、少なくとも、1日、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日若しくは14日、数週間又は数ヶ月間に亘って、AAVベクター投与後に組み換えFIXタンパクを必要とすることがない又は投与されることないレベルで哺乳動物において発現される、
    請求項62〜69のいずれか1項に記載の方法。
  98. 血友病Bを治療するための組み換えAAVベクターであって、
    前記組み換えAAVベクターは、キャプシド及びゲノムを含み、
    前記キャプシドは配列番号:4のアミノ酸配列を有するVP1タンパクを含み、
    前記ゲノムは単鎖であり、5’から3’の順序で、
    (a)第1のAAV2 ITR
    (b)ApoE HCR−1エンハンサー
    (c)AATプロモーター
    (d)ヒト第IX因子Paduaをコードするコドン最適化された核酸であって、前記核
    酸は、少なくとも1つのCpGジヌクレオチドを欠損しているか、そうでなければ存在しているもの
    (e)ポリアデニル化配列
    (f)第2のAAV2 ITR
    の因子を含む、組み換えAAVベクター。
  99. 請求項98に記載のrAAVベクターであって、
    (a)第1のAAV2 ITRの核酸配列は、配列番号:12のヌクレオチド1〜141からなり、
    (b)ApoE HCR−1エンハンサーの核酸配列は、配列番号:12のヌクレオチド152〜472からなり、
    (c)ATTプロモーターの核酸配列は、配列番号:12のヌクレオチド482〜878からなり、
    (d)ヒト第IX因子Padua変異体をコードする前記核酸の核酸配列は、配列番号:12のヌクレオチド908〜3731からなり、
    (e)前記のポリアデニル化配列の核酸配列は、配列番号:12のヌクレオチド3820〜4047からなり、
    (f)前記第2のAAV2 ITRの核酸配列は、配列番号:12のヌクレオチド4097〜4204からなる。
  100. 前記ゲノムが、配列番号:12のヌクレオチド1〜4204に対応する核酸配列を含む、請求項99に記載のrAAVベクター。
  101. 請求項98又は99のいずれか1項に記載の治療的有効量のrAAVベクターを前記被検体に投与するステップを含む、血友病Bを有するヒト被検体を治療する方法。
  102. 前記の被検体が重度の血友病Bを有し、前記治療が血友病Bの症状を重度から中程度又は軽度に緩和するのに有効である、請求項101に記載の方法。
  103. 前記治療は、少なくとも、正常なFIX活性の1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%又は50%である血漿FIX活性のレベルを達成するのに有効である、請求項101に記載の方法。
  104. 前記治療は、少なくとも、3か月、4か月、5か月、6か月、7か月、8か月、9か月、10か月、11か月、12か月、13か月、14か月、15か月、16か月、17か月、1.5年、2年、2.5年、3年、3.5年、4年、4.5年又は5年の持続時間に亘って、血漿FIX活性の前記レベルを達成するのに有効である、請求項103に記載の方法。
  105. 前記治療は、少なくとも、6か月、1年、2年、3年、4年又は5年の持続時間に亘って少なくとも1%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  106. 前記治療は、少なくとも、6か月、1年、2年、3年、4年又は5年の持続時間に亘って少なくとも5%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  107. 前記治療は、少なくとも、6か月、1年、2年、3年、4年又は5年の持続時間に亘って少なくとも10%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  108. 前記治療は、少なくとも、6か月、1年、2年、3年、4年又は5年の持続時間に亘って少なくとも20%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  109. 前記治療は、少なくとも、6か月、1年、2年、3年、4年又は5年の持続時間に亘って少なくとも30%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  110. 前記の治療は、少なくとも、6か月、1年、2年、3年、4年又は5年の持続時間に亘って少なくとも40%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  111. 前記治療は、少なくとも、6か月の持続時間に亘って少なくとも20%の血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項104に記載の方法。
  112. 前記AAVベクターの治療的有効量が、約5.0×1011vg/kgである請求項111に記載の方法。
  113. 前記治療は、重度の血友病Bを有する平均的ヒト被検体が、適切な止血を維持するためのFIXタンパク置換療法を必要とする頻度を、概ね、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%低減するのに有効である、請求項101に記載の方法。
  114. 前記治療は、重度の血友病Bを有する治療されていない平均的ヒト被検体と比較して、重度の血友病Bを有するヒト被検体の関節中への自然出血の頻度を、概ね、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%低減するのに有効である、請求項101に記載の方法。
  115. 前記AAVベクターは、投与の少なくとも4週間後に測定した場合、キャプシドに対して、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:11、1:12、1:13、1:14、1:15又は1:20以下の抗体価をもたらす、請求項103に記載の方法。
  116. 前記AAVベクターは、ELISPOT分析を使用して測定したときに、投与の少なくとも4週以降に測定した場合、キャプシドに対するT細胞免疫反応が、100万PBMC当たり、10、20、30、40、50、100、200、300、400又は500以下のスポット・フォーミング・ユニットをもたらす、請求項103に記載の方法。
  117. 前記AAVベクターは、肝臓酵素の上限の正常(ULN)値の0%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%又は500%以下の上昇した肝臓酵素レベルをもたらす、請求項103に記載の方法。
  118. 前記酵素は、アラニンアミノトランスフェラーゼ(ALT)、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ(AST)又は乳酸脱水素酵素(LDH)である、請求項117に記載の方法。
  119. 前記治療は、ベクターを投与した後少なくとも8週間以降に測定した場合、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1未満の標準偏差で、少なくとも、正常値の1%、5%、10%、20%、30%又は40%である平均血漿FIX活性を達成するのに有効である、請求項101に記載の方法。
  120. 前記のAAVベクターが、空キャプシドを含む医薬組成物の中に投与され、
    前記空キャプシドが、配列番号:4のアミノ酸配列を有するVP1タンパクを含む、
    請求項101−119のいずれか1項に記載の方法。
  121. 前記AAVベクターに対する前記空キャプシドの比率は、概ね、2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1又は10:1である、請求項120に記載の方法。
  122. 配列番号:12の1〜4204から得た核酸配列と同一の隣接する核酸配列を含むホスト細胞。
  123. AAV Repタンパク、AAVキャプシドタンパク、及び、アデノウイルス・ヘルパー・タンパクをさらに含む、請求項122に記載のホスト細胞。
  124. 前記AAVキャプシドタンパクが、配列番号:4を含む又は当該配列番号に対して90%以上の同一性を有する配列を含む、請求項123に記載の宿主細胞。
  125. 前記ホスト細胞がFIXPaduaタンパクを発現する、請求項123に記載のホスト細胞。
  126. 配列番号:12の1〜4204の核酸配列を含むAAVベクターを生産する方法であって、
    配列番号:12の1〜4204に由来する核酸配列をAAV粒子中に詰め込むことを可能にする条件下で請求項123に記載のホスト細胞をインキュベートし、それによってAAVベクターを生産するステップを含む、方法。
  127. そのように生産されたAAVベクターを、精製又は分離するステップをさらに含む、請求項126に記載の方法。
  128. 請求項126に記載の方法によって生産されたAAVベクター。
  129. 請求項127に記載の方法によって生産、分離又は精製されたAAVベクター。
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