RU2018102242A - Модифицированный фактор ix, а также композиции, способы и варианты применения переноса генов в клетки, органы и ткани - Google Patents
Модифицированный фактор ix, а также композиции, способы и варианты применения переноса генов в клетки, органы и ткани Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018102242A RU2018102242A RU2018102242A RU2018102242A RU2018102242A RU 2018102242 A RU2018102242 A RU 2018102242A RU 2018102242 A RU2018102242 A RU 2018102242A RU 2018102242 A RU2018102242 A RU 2018102242A RU 2018102242 A RU2018102242 A RU 2018102242A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- sequence
- protein
- sequence encoding
- vector
- factor
- Prior art date
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims 71
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 62
- 229960004222 factor ix Drugs 0.000 title claims 7
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims 2
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 claims 70
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 70
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims 44
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 39
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 35
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 35
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims 33
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 claims 32
- 102100022641 Coagulation factor IX Human genes 0.000 claims 30
- 229960000027 human factor ix Drugs 0.000 claims 30
- 108010076282 Factor IX Proteins 0.000 claims 27
- 239000013607 AAV vector Substances 0.000 claims 25
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims 20
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims 18
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 18
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims 17
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims 17
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims 17
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 claims 17
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 claims 16
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims 16
- 239000000945 filler Substances 0.000 claims 16
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims 15
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims 15
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 claims 14
- 101710197658 Capsid protein VP1 Proteins 0.000 claims 14
- 101710118046 RNA-directed RNA polymerase Proteins 0.000 claims 14
- 101710108545 Viral protein 1 Proteins 0.000 claims 14
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims 14
- 241000702423 Adeno-associated virus - 2 Species 0.000 claims 13
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims 10
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims 9
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 claims 8
- 241001655883 Adeno-associated virus - 1 Species 0.000 claims 6
- 241000202702 Adeno-associated virus - 3 Species 0.000 claims 6
- 241000580270 Adeno-associated virus - 4 Species 0.000 claims 6
- 241001634120 Adeno-associated virus - 5 Species 0.000 claims 6
- 241000972680 Adeno-associated virus - 6 Species 0.000 claims 6
- 241001164823 Adeno-associated virus - 7 Species 0.000 claims 6
- 241001164825 Adeno-associated virus - 8 Species 0.000 claims 6
- 241000649045 Adeno-associated virus 10 Species 0.000 claims 6
- 241000649046 Adeno-associated virus 11 Species 0.000 claims 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 6
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 claims 5
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 claims 5
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims 5
- 108010082126 Alanine transaminase Proteins 0.000 claims 4
- 101710095339 Apolipoprotein E Proteins 0.000 claims 4
- 102100029470 Apolipoprotein E Human genes 0.000 claims 4
- 108010003415 Aspartate Aminotransferases Proteins 0.000 claims 4
- 102000004625 Aspartate Aminotransferases Human genes 0.000 claims 4
- 102000003855 L-lactate dehydrogenase Human genes 0.000 claims 4
- 108700023483 L-lactate dehydrogenases Proteins 0.000 claims 4
- 101710081079 Minor spike protein H Proteins 0.000 claims 4
- 208000026578 Severe hemophilia B Diseases 0.000 claims 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims 4
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims 4
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims 4
- 101000805768 Banna virus (strain Indonesia/JKT-6423/1980) mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase Proteins 0.000 claims 3
- 101000686790 Chaetoceros protobacilladnavirus 2 Replication-associated protein Proteins 0.000 claims 3
- 101000864475 Chlamydia phage 1 Internal scaffolding protein VP3 Proteins 0.000 claims 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 3
- 101000803553 Eumenes pomiformis Venom peptide 3 Proteins 0.000 claims 3
- 101000583961 Halorubrum pleomorphic virus 1 Matrix protein Proteins 0.000 claims 3
- 101100172173 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) hcr-1 gene Proteins 0.000 claims 3
- 238000007792 addition Methods 0.000 claims 3
- 230000015271 coagulation Effects 0.000 claims 3
- 238000005345 coagulation Methods 0.000 claims 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims 3
- 208000009429 hemophilia B Diseases 0.000 claims 3
- 229940125721 immunosuppressive agent Drugs 0.000 claims 3
- 239000003018 immunosuppressive agent Substances 0.000 claims 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims 3
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 claims 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims 3
- 102100036475 Alanine aminotransferase 1 Human genes 0.000 claims 2
- 108090000565 Capsid Proteins Proteins 0.000 claims 2
- 102100023321 Ceruloplasmin Human genes 0.000 claims 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 claims 2
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 claims 2
- 208000032843 Hemorrhage Diseases 0.000 claims 2
- 230000000740 bleeding effect Effects 0.000 claims 2
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 claims 2
- 108010013935 factor IX-Padua Proteins 0.000 claims 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 claims 2
- 239000013608 rAAV vector Substances 0.000 claims 2
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 claims 2
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 claims 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 claims 1
- 206010008111 Cerebral haemorrhage Diseases 0.000 claims 1
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 claims 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 claims 1
- 108010074864 Factor XI Proteins 0.000 claims 1
- 208000031220 Hemophilia Diseases 0.000 claims 1
- 208000009292 Hemophilia A Diseases 0.000 claims 1
- 101000823116 Homo sapiens Alpha-1-antitrypsin Proteins 0.000 claims 1
- 241000713666 Lentivirus Species 0.000 claims 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 208000026567 Mild hemophilia B Diseases 0.000 claims 1
- 208000032811 Moderate hemophilia B Diseases 0.000 claims 1
- 108020005091 Replication Origin Proteins 0.000 claims 1
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 claims 1
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 claims 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 claims 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 125000000637 arginyl group Chemical class N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)* 0.000 claims 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 claims 1
- 208000034158 bleeding Diseases 0.000 claims 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 claims 1
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 claims 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 claims 1
- 210000003890 endocrine cell Anatomy 0.000 claims 1
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 claims 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 claims 1
- 210000000594 epithelial cell of lung Anatomy 0.000 claims 1
- 210000001508 eye Anatomy 0.000 claims 1
- 230000023597 hemostasis Effects 0.000 claims 1
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 claims 1
- 102000051631 human SERPINA1 Human genes 0.000 claims 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 claims 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 claims 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims 1
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 claims 1
- 210000002894 multi-fate stem cell Anatomy 0.000 claims 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 claims 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 claims 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 claims 1
- 210000001778 pluripotent stem cell Anatomy 0.000 claims 1
- 238000009256 replacement therapy Methods 0.000 claims 1
- 210000001525 retina Anatomy 0.000 claims 1
- 230000002207 retinal effect Effects 0.000 claims 1
- 210000002955 secretory cell Anatomy 0.000 claims 1
- 210000000278 spinal cord Anatomy 0.000 claims 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 claims 1
- 210000003014 totipotent stem cell Anatomy 0.000 claims 1
- 238000002627 tracheal intubation Methods 0.000 claims 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 claims 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
- C12N9/50—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
- C12N9/64—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue
- C12N9/6421—Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue from mammals
- C12N9/6424—Serine endopeptidases (3.4.21)
- C12N9/644—Coagulation factor IXa (3.4.21.22)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- A61K38/36—Blood coagulation or fibrinolysis factors
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
- A61K38/46—Hydrolases (3)
- A61K38/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
- A61K38/482—Serine endopeptidases (3.4.21)
- A61K38/4846—Factor VII (3.4.21.21); Factor IX (3.4.21.22); Factor Xa (3.4.21.6); Factor XI (3.4.21.27); Factor XII (3.4.21.38)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
- A61P7/04—Antihaemorrhagics; Procoagulants; Haemostatic agents; Antifibrinolytic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/745—Blood coagulation or fibrinolysis factors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
- C12N15/864—Parvoviral vectors, e.g. parvovirus, densovirus
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
- C12N15/864—Parvoviral vectors, e.g. parvovirus, densovirus
- C12N15/8645—Adeno-associated virus
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y304/00—Hydrolases acting on peptide bonds, i.e. peptidases (3.4)
- C12Y304/21—Serine endopeptidases (3.4.21)
- C12Y304/21022—Coagulation factor IXa (3.4.21.22)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14132—Use of virus as therapeutic agent, other than vaccine, e.g. as cytolytic agent
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
- C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Virology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Diabetes (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Claims (141)
1. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX, где указанная нуклеиновая кислота содержит уменьшенное число динуклеотидов CpG по сравнению с последовательностью дикого типа, кодирующей человеческий фактор IX.
2. Вектор или плазмида экспрессии, содержащие последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок человеческого фактора IX, где указанная нуклеиновая кислота содержит уменьшенное число динуклеотидов CpG по сравнению с нативной последовательностью, кодирующей человеческий фактор IX, и/или где указанные вектор или плазмида могут содержать одну или несколько последовательностей, вспомогательных по отношению к нуклеотидной последовательности, кодирующей человеческий фактор IX, причем указанные вспомогательные последовательности необязательно содержат уменьшенное число динуклеотидов CpG по сравнению с нативной последовательностью или последовательностью дикого типа.
3. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX по п.1, вектор или плазмида экспрессии по п.2, или композиция по п.3, дополнительно содержащие интрон, элемент, регулирующий экспрессию, один или несколько инвертированных концевых повторов (ITR) аденоассоциированного вируса (AAV) и/или филлерную полинуклеотидную последовательность, необязательно, где указанный интрон, элемент, регулирующий экспрессию, инвертированные концевые повторы (ITR) аденоассоциированного вируса (AAV), и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат уменьшенное число динуклеотидов CpG по сравнению с соответствующими нативными последовательностями или последовательностями дикого типа элемента, регулирующего экспрессию, инвертированных концевых повторов (ITR) аденоассоциированного вируса (AAV) и/или филлерной полинуклеотидной последовательности.
4. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX по п.4, где интрон находится в последовательности, кодирующей белок человеческого фактора IX, или где элемент, регулирующий экспрессию, функционально связан с последовательностью, кодирующей белок человеческого фактора IX, или где ITR AAV фланкирует 5'- или 3'-конец последовательности, кодирующей человеческий фактор IX, или где филлерная полинуклеотидная последовательность фланкирует 5'- или 3'-конец последовательности, кодирующей белок человеческого фактора IX.
5. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 1-5 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
6. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 5-10 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
7. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 10-15 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
8. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 15-20 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
9. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 20-25 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
10. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 26-30 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
11. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 30-40 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
12. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность содержат на 40-55 динуклеотидов CpG меньше, чем нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX.
13. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, интрон, элемент, регулирующий экспрессию, ITR и/или филлерная полинуклеотидная последовательность совсем не содержат динуклеотиды CpG.
14. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, содержит последовательность, на 80% или более идентичную SEQ ID NO: 10, и кодирует функциональный фактор IX согласно анализу свертывания крови.
15. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, содержит последовательность, на 90% или более идентичную SEQ ID NO: 10, и кодирует функциональный фактор IX согласно анализу свертывания крови.
16. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, содержит последовательность, на 95% или более идентичную SEQ ID NO: 10, и кодирует функциональный фактор IX согласно анализу свертывания крови.
17. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, содержит SEQ ID NO: 10, 25 или 26.
18. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где нативная последовательность, кодирующая человеческий фактор IX, содержит последовательность, описанную в SEQ ID NO: 11.
19. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где интронная последовательность содержит последовательность, описанную в SEQ ID NO: 17.
20. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где элемент, регулирующий экспрессию, содержит энхансерную последовательность, содержащую последовательность, описанную в SEQ ID NO: 14.
21. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где элемент, регулирующий экспрессию, содержит промоторную последовательность, содержащую последовательность, описанную в SEQ ID NO: 15.
22. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где последовательность одного или нескольких инвертированных концевых повторов (ITR) аденоассоциированного вируса (AAV) содержит последовательность, описанную в SEQ ID NO: 13 и/или SEQ ID NO: 20.
23. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где филлерная полинуклеотидная последовательность содержит последовательность, описанную в SEQ ID NO: 21.
24. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, обладает пониженной способностью индуцировать иммунный ответ.
25. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, экспрессируется на уровнях, превышающих уровень, или сравнимых с уровнем нативной последовательности, кодирующей человеческий фактор IX, не содержащий уменьшенное число динуклеотидов CpG.
26. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX, по любому из пп.1-5, где элемент, регулирующий экспрессию, содержит конститутивный или регулируемый контролирующий элемент, или тканеспецифический элемент, регулирующий экспрессию, или промотор.
27. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX, по любому из пп.1-5, где элемент, регулирующий экспрессию, содержит элемент, обеспечивающий экспрессию в печени.
28. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5, где элемент, регулирующий экспрессию, содержит промотор человеческого α1-антитрипсина (hAAT) и/или энхансер аполипопротеина E (ApoE) HCR-1 и/или HCR-2.
29. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX, по любому из пп.1-5, дополнительно содержащая последовательность полиаденилирования, расположенную на 3'-конце нуклеотидной последовательности, кодирующей человеческий фактор IX.
30. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая белок человеческого фактора IX, по п.29, где последовательность полиаденилирования, расположенная на 3'-конце нуклеотидной последовательности, кодирующей человеческий фактор IX, содержит последовательность полиаденилирования bGH.
31. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX по п.29, где последовательность полиаденилирования, расположенная на 3'-конце нуклеотидной последовательности, кодирующей человеческий фактор IX, содержит последовательность полиаденилирования, содержащую все динуклеотиды CpG, удаленные из нее.
32. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по п.31, где последовательность полиаденилирования содержит последовательность, описанную в SEQ ID NO: 19.
33. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по п.4 или 5, где филлерная полинуклеотидная последовательность расположена на 3'-конце последовательности, кодирующей человеческий белок FIX.
34. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по п.4 или 5, где ITR AAV фланкируют 3'-конец последовательности, кодирующей человеческий белок FIX.
35. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по п.34, где филлерная полинуклеотидная последовательность расположена на 3'-конце ITR AAV, фланкирующих 3'-конец последовательности, кодирующей человеческий белок FIX.
36. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая человеческий белок FIX, по п.4 или 5, где филлерная полинуклеотидная последовательность содержит последовательность фага лямбда.
37. Плазмидная последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, содержащая последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую человеческий белок FIX, по любому из пп.1-36, и дополнительно содержащая одну или несколько точек начала репликации и/или нуклеиновую кислоту, кодирующую устойчивость к антибиотику.
38. Плазмидная последовательность, кодирующая человеческий белок FIX, содержащая SEQ ID NO: 12 или 26.
39. Вирусный вектор, содержащий последовательность, кодирующую человеческий белок FIX, или вектор экспрессии, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий белок FIX, по любому из пп.1-5.
40. Вирусный вектор по п.39, где указанный вирусный вектор представляет собой ленти- или аденовирусный вектор.
41. Вирусный вектор по п.39, где указанный вирусный вектор представляет собой вектор, полученный из аденоассоциированного вируса (AAV).
42. Вектор AAV по п.41, содержащий последовательность ITR любого из серотипов AAV: AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, Rh10, Rh74 или AAV-2i8.
43. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит капсидную последовательность VP1, VP2 и/или VP3, на 90% или более идентичную последовательности VP1, VP2 и/или VP3 AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, Rh10, Rh74 или AAV-2i8.
44. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит капсидную последовательность VP1, VP2 или VP3, выбранную из любого из серотипов AAV: AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, Rh10, Rh74 или AAV-2i8.
45. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит последовательность VP1, на 90% или более идентичную последовательности SEQ ID NO: 1, или содержит 1-50 аминокислотных замен, делеций или добавлений по отношению к указанной последовательности; последовательность VP2, на 90% или более идентичную последовательности SEQ ID NO: 2, или содержит 1-50 аминокислотных замен, делеций или добавлений по отношению к указанной последовательности; и/или последовательность VP3, на 90% или более идентичную последовательности SEQ ID NO: 3, или содержит 1-50 аминокислотных замен, делеций или добавлений по отношению к указанной последовательности.
46. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит аминокислотную замену в одном из аминокислотных положений 195, 199, 201 или 202 капсидной последовательности VP1, описанной в SEQ ID NO: 1, или аминокислотную замену аргинина на лизин в капсидной последовательности VP1, описанной в SEQ ID NO: 1.
47. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит остатки одной из аминокислот A, V, P или N в одном из аминокислотных положений 195, 199, 201 или 202 капсидной последовательности VP1, описанной в SEQ ID NO: 1.
48. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит остаток A в аминокислотном положении 195; остаток V в аминокислотном положении 199, остаток P в аминокислотном положении 201 или остаток N в аминокислотном положении 202 капсидной последовательности VP1, описанной в SEQ ID NO: 1.
49. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит два, три или четыре остатка А в аминокислотном положении 195; остаток V в аминокислотном положении 199, остаток P в аминокислотном положении 201 или остаток N в аминокислотном положении 202 капсидной последовательности VP1, описанной в SEQ ID NO: 4.
50. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит капсидную последовательность VP1, на 90% или более идентичную одной из последовательностей SEQ ID NO: 4-9.
51. Вектор AAV по п.41, где капсидная последовательность вектора содержит капсидную последовательность VP1, содержащую одну из последовательностей SEQ ID NO: 4-9.
52. Фармацевтическая композиция, содержащая последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую человеческий белок FIX, по любому из пп.1-38, и/или вирусный вектор по любому из пп.39-51.
53. Фармацевтическая композиция по п.52, дополнительно содержащая пустой капсид AAV.
54. Фармацевтическая композиция по п.53, где пустой капсид выбран из капсидов серотипов AAV AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10 и AAV11.
55. Вектор экспрессии, содержащий SEQ ID NO: 11 или SEQ ID NO: 25.
56. Вектор экспрессии по п.55, который дополнительно содержит энхансерную последовательность, содержащую последовательность, описанную в SEQ ID NO: 14.
57. Вектор экспрессии по п.55, который дополнительно содержит промоторную последовательность, содержащую последовательность, описанную в SEQ ID NO: 15.
58. Вектор экспрессии по п.55, дополнительно содержащий вышестоящий и/или нижестоящий ITR AAV2, как описано в SEQ ID NO: 12 или 26, где указанный вышестоящий ITR находится на 5'-конце энхансера и/или указанный нижестоящий ITR AAV2 находится на 3'-конце экзонов 2-8 hFIX, как описано в SEQ ID NO: 12 или 26.
59. Вектор экспрессии по п.55, дополнительно содержащий последовательность полиA, расположенную на 3'-конце экзонов 2-8 hFIX, как описано в SEQ ID NO: 12 или 26, и на 5'-конце нижестоящего ITR AAV2.
60. Вектор AAV, содержащий вектор экспрессии по любому из пп.55-59.
61. Вектор AAV по п. 60, где капсидная последовательность содержит капсидную последовательность VP1, содержащую одну из последовательностей SEQ ID NO: 4-9.
62. Способ доставки или переноса нуклеотидной последовательности в клетку, включающий приведение нуклеотидной последовательности, вектора экспрессии или вирусного вектора по любому из пп.1-61 в контакт с указанной клеткой млекопитающего в условиях, обеспечивающих трансдукцию указанной клетки, тем самым обеспечивая доставку или перенос нуклеотидной последовательности в клетку млекопитающего.
63. Способ доставки или переноса нуклеотидной последовательности в организм или клетку млекопитающего, включающий введение нуклеотидной последовательности, вектора экспрессии или вирусного вектора по любому из пп.1-61 в организм или клетку указанного млекопитающего, тем самым обеспечивая доставку или перенос нуклеотидной последовательности в организм или клетку млекопитающего.
64. Способ лечения млекопитающего, нуждающегося в белке фактора IX, включающий: (a) получение нуклеотидной последовательности, вектора экспрессии или вирусного вектора по любому из пп.1-61; и (b) введение млекопитающему количества нуклеотидной последовательности, вектора экспрессии или вирусного вектора по любому из пп.1-61, где указанный фактор IX экспрессируется в организме млекопитающего.
65. Способ по любому из пп.62-64, где указанный белок фактора XI экспрессируется в клетке, ткани или органе указанного млекопитающего.
66. Способ по п.65, где клетка включает секреторную клетку.
67. Способ по п.65, где клетка включает эндокринную клетку.
68. Способ по п.65, где клетка включает гепатоцит, нейронную клетку, глиальную клетку, клетку сетчатки, эпителиальную клетку, клетку легкого или тотипотентную, плюрипотентную или мультипотентную стволовую клетку.
69. Способ по п.65, где ткань или орган указанного млекопитающего включает печень, головной мозг, центральную нервную систему, спинной мозг, глаз, сетчатку или легкое.
70. Способ по любому из пп.62-69, где млекопитающее продуцирует недостаточное количество белка фактора IX, или дефектный или аберрантный белок фактора IX.
71. Способ по любому из пп.62-69, где млекопитающее страдает от гемофилии B.
72. Способ по любому из пп.62-69, где нуклеотидную последовательность, вектор экспрессии или вирусный вектор доставляют млекопитающему внутривенно, внутриартериально, внутримышечно, подкожно, перорально, путем интубации, через катетер, дермально, интракраниально, посредством ингаляции, внутрь полости или через слизистую оболочку.
73. Способ по любому из пп.62-69, где млекопитающее представляет собой человека.
74. Способ по любому из пп.62-69, где млекопитающее является сероположительным или сероотрицательным по серотипу AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11 или AAV-Rh74.
75. Способ по любому из пп.62-69, дополнительно включающий введение пустого капсида AAV.
76. Способ по любому из пп.62-69, дополнительно включающий введение пустого капсида AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11 и/или AAV-Rh74.
77. Способ по любому из пп.62-69, дополнительно включающий введение пустого капсида AAV, который относится к тому же серотипу, что и вектор AAV.
78. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX экспрессируется в организме млекопитающего на уровнях, обеспечивающих терапевтический эффект у млекопитающего.
79. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX экспрессируется в организме млекопитающего на уровнях, обеспечивающих терапевтический эффект в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 дней, недель или месяцев.
80. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX присутствует в организме млекопитающего на уровнях, соответствующих примерно 20% активности FIX или более 20% активности, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
81. Способ по любому из пп.62-69, где вирусный вектор вводят в дозе, находящейся в диапазоне примерно 1×1010-1×1011, 1×1011-1×1012, 1×1012-1×1013, или 1×1013-1×1014 векторных геномов на килограмм (вг/кг) млекопитающего.
82. Способ по любому из пп.62-69, где вирусный вектор вводят в дозе, составляющей менее 1×1012 векторных геномов на килограмм (вг/кг) тела млекопитающего, причем указанный белок фактора IX продуцируется в организме млекопитающего на уровнях, соответствующих примерно 20% активности или более 20% активности, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
83. Способ по любому из пп.62-69, где вирусный вектор вводят в дозе, составляющей менее 5×1011 векторных геномов на килограмм (вг/кг) тела млекопитающего, причем указанный белок фактора IX продуцируется в организме млекопитающего на уровнях, соответствующих примерно 20% активности или более 20% активности, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
84. Способ по любому из пп.62-69, где указанная нуклеотидная последовательность, вектор экспрессии или вирусный вектор при введении млекопитающему не вызывают значительного иммунного ответа против белка фактора IX и/или вирусного вектора.
85. Способ по любому из пп.62-69, в котором значительный иммунный ответ против белка фактора IX и/или вирусного вектора не индуцируется в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
86. Способ по любому из пп.62-69, где у млекопитающего отсутствует значительный иммунный ответ против белка фактора IX.
87. Способ по п.62-69, где у указанного млекопитающего не развивается иммунный ответ против белка фактора IX, достаточный для уменьшения или блокирования терапевтического эффекта белка фактора IX.
88. Способ по любому из пп.62-69, где у млекопитающего не развивается значительный иммунный ответ против белка фактора IX, достаточный для уменьшения или блокирования терапевтического эффекта белка фактора IX, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
89. Способ по любому из пп.62-69, где у указанного млекопитающего не развивается иммунный ответ против белка фактора IX, достаточный для уменьшения или блокирования терапевтического эффекта белка фактора IX, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
90. Способ по любому из пп.62-69, где у указанного млекопитающего не развивается иммунный ответ на вектор AAV, достаточный для уменьшения или блокирования терапевтического эффекта белка фактора IX.
91. Способ по любому из пп.62-69, где у указанного млекопитающего не развивается иммунный ответ на вектор AAV, достаточный для уменьшения или блокирования терапевтического эффекта белка фактора IX, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
92. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX экспрессируется в организме млекопитающим в количествах или на уровнях активности, обеспечивающих терапевтический эффект в отношении млекопитающего без введения иммуносупрессорного средства (например, стероида).
93. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX экспрессируется в организме млекопитающим в количествах или на уровнях активности, обеспечивающих терапевтический эффект в отношении млекопитающего без введения иммуносупрессорного средства (например, стероида), в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 дней, недель или месяцев.
94. Способ по любому из пп.62-69, где у указанного млекопитающего не наблюдаются аномально высокие уровни ферментов печени ALT, AST и/или LDH в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
95. Способ по любому из пп.62-69, где у указанного млекопитающего не наблюдаются аномально высокие, требующие использования иммуносупрессорного средства (например, стероида), уровни ферментов печени ALT, AST и/или LDH в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
96. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX экспрессируется у млекопитающего на уровнях, превышающих уровни FIX в кровотоке, необходимые для уменьшения продолжительности, тяжести или частоты спонтанных суставных кровотечений или мозгового кровотечения, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев.
97. Способ по любому из пп.62-69, где указанный белок фактора IX экспрессируется в организме млекопитающего в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев на уровнях, позволяющих избежать применения или введения рекомбинантного белка FIX после введения вектора AAV.
98. Рекомбинантный вектор AAV для лечения гемофилии B, содержащий капсид и геном, где указанный капсид содержит белок VP1, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4; а указанный геном является одноцепочечным и содержит следующие элементы в направлении от 5'-конца к 3'-концу:
(a) первый ITR AAV2,
(b) энхансер ApoE HCR-1,
(c) промотор AAT,
(d) кодон-оптимизированная нуклеиновая кислота, кодирующая человеческий фактор IX Padua, где нуклеиновая кислота не содержит по меньшей мере один динуклеотид CpG, который в противном случае присутствует,
(e) последовательность полиаденилирования; и
(f) второй ITR AAV2.
99. Вектор rAAV по п.98, где
(a) нуклеотидная последовательность первого ITR AAV2 состоит из нуклеотидов 1-141 последовательности SEQ ID NO: 12,
(b) нуклеотидная последовательность указанного энхансера ApoE HCR-1 состоит из нуклеотидов 152-472 последовательности SEQ ID NO: 12,
(с) нуклеотидная последовательность указанного промотора АТТ состоит из нуклеотидов 482-878 последовательности SEQ ID NO: 12,
(d) нуклеотидная последовательность указанной нуклеиновой кислоты, кодирующей вариант человеческого фактора IX Padua, состоит из нуклеотидов 908-3731 последовательности SEQ ID NO: 12,
(e) нуклеотидная последовательность указанной последовательности полиаденилирования состоит из нуклеотидов 3820-4047 последовательности SEQ ID NO: 12; и
(f) нуклеотидная последовательность указанного второго ITR AAV2 состоит из нуклеотидов 4097- 4204 последовательности SEQ ID NO: 12.
100. Вектор rAAV по п.99, где геном содержит нуклеотидную последовательность, соответствующую нуклеотидам 1-4204 последовательности SEQ ID NO: 12.
101. Способ лечения человека, страдающего от гемофилии В, включающий введение указанному индивидууму терапевтически эффективного количества вектора rAAV по любому из пп.98 или 99.
102. Способ по п.101, где индивидуум страдает от тяжелой гемофилии В, и где указанное лечение приводит к эффективному уменьшению симптомов гемофилии от тяжелой до умеренной или легкой формы гемофилии B.
103. Способ по п.101, где указанное лечение является эффективным в отношении достижения уровня активности FIX в плазме, составляющего по меньшей мере 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9% 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 31%, 32%, 33%, 34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49% или 50% от нормальной активности FIX.
104. Способ по п.103, где указанное лечение является эффективным в отношении достижения уровня активности FIX в плазме в течение продолжительного периода времени, составляющего по меньшей мере 3 месяца, 4 месяца, 5 месяцев, 6 месяцев, 7 месяцев, 8 месяцев, 9 месяцев, 10 месяцев, 11 месяцев, 12 месяцев, 13 месяцев, 14 месяцев, 15 месяцев, 16 месяцев, 17 месяцев, 1,5 года, 2 года, 2,5 года, 3 года, 3,5 года, 4 года, 4,5 года или 5 лет.
105. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 1% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев, 1 год, 2 года, 3 года, 4 года или 5 лет.
106. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 5% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев, 1 год, 2 года, 3 года, 4 года или 5 лет.
107. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 10% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев, 1 год, 2 года, 3 года, 4 года или 5 лет.
108. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 20% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев, 1 год, 2 года, 3 года, 4 года или 5 лет.
109. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 30% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев, 1 год, 2 года, 3 года, 4 года или 5 лет.
110. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 40% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев, 1 год, 2 года, 3 года, 4 года или 5 лет.
111. Способ по п.104, где указанное лечение является эффективным для достижения по меньшей мере 20% активности FIX в плазме в течение длительного периода, составляющего по меньшей мере 6 месяцев.
112. Способ по п. 111, где терапевтически эффективное количество указанного вектора AAV составляет примерно 5,0×1011 вг/кг.
113. Способ по п.101, где лечение приводит к эффективному уменьшению частоты, с которой среднему человеку с тяжелой гемофилией B требуется заместительная терапия белком FIX для поддержания адекватного гемостаза, примерно на 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 100%.
114. Способ по п.101, где лечение эффективно уменьшает частоту спонтанных кровотечений в суставах человека с тяжелой гемофилией В примерно на 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 100% по сравнению со средним человеком с тяжелой гемофилией B, не получающим лечение.
115. Способ по п.103, где указанный вектор AAV индуцирует титр антител против капсида, который не превышает 1:2, 1:3, 1:4, 1:5, 1:6, 1:7, 1:8, 1:9, 1:10, 1:11, 1:12, 1:13, 1:14, 1:15 или 1:20 при определении, по меньшей мере, через 4 недели после введения.
116. Способ по п.103, где указанный вектор AAV индуцирует Т-клеточный иммунный ответ против капсида, который при измерении с помощью анализа ELISPOT соответствует не более 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200, 300, 400 или 500 пятнообразующим единицам на 1 млн РВМС, если анализ проводят не менее чем через 4 недели после введения.
117. Способ по п.103, где указанный вектор AAV индуцирует повышение уровня фермента печени не более чем на 0%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 100%, 200%, 300%, 400% или 500% от верхнего предела нормального (ULN) значения для фермента.
118. Способ по п.117, где указанный фермент представляет собой аланинаминотрансферазу (ALT), аспартатаминотрансферазу (AST) или лактатдегидрогеназу (LDH).
119. Способ по п.101, где указанное лечение является эффективным для достижения средней активности FIX в плазме, которая составляет по меньшей мере 1%, 5%, 10%, 20%, 30% или 40% от нормальной, со стандартным отклонением менее 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 или 1, при измерении по меньшей мере через 8 недель после введения вектора.
120. Способ по любому из пп.101-119, где указанный вектор AAV вводят в составе фармацевтической композиции, содержащей пустые капсиды, где указанные пустые капсиды содержат белок VP1, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4.
121. Способ по п.120, где отношение пустых капсидов к указанному вектору AAV составляет примерно 2:1, 3:1, 4:1, 5:1, 6:1, 7:1, 8:1, 9:1 или 10:1.
122. Клетка-хозяин, содержащая непрерывную нуклеотидную последовательность, идентичную нуклеотидной последовательности, состоящей из нуклеотидов 1-4204 последовательности SEQ ID NO: 12.
123. Клетка-хозяин по п.122, дополнительно содержащая белок rep AAV, капсидный белок AAV и аденовирусный хелперный белок (белки).
124. Клетка-хозяин по п.123, где капсидный белок AAV содержит последовательность SEQ ID NO: 4, или последовательность, идентичную ей на 90% или более.
125. Клетка-хозяин по п.123, где клетка-хозяин экспрессирует белок FIX Padua.
126. Способ получения вектора AAV, содержащего нуклеотидную последовательность, состоящую из нуклеотидов 1-4204 SEQ ID NO: 12, который включает культивирование клетки-хозяина по п.123 в условиях, обеспечивающих упаковку нуклеотидной последовательности, состоящей из нуклеотидов 1-4204 SEQ ID NO: 12, в частицы AAV, с получением вектора AAV.
127. Способ по п.126, дополнительно включающий очистку или выделение полученного таким образом вектора AAV.
128. Вектор AAV, полученный способом по п.126.
129. Выделенный или очищенный вектор AAV, полученный способом по п.127.
Applications Claiming Priority (11)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562183599P | 2015-06-23 | 2015-06-23 | |
| US62/183,599 | 2015-06-23 | ||
| US201662315453P | 2016-03-30 | 2016-03-30 | |
| US62/315,453 | 2016-03-30 | ||
| US201662338315P | 2016-05-18 | 2016-05-18 | |
| US62/338,315 | 2016-05-18 | ||
| US201662348781P | 2016-06-10 | 2016-06-10 | |
| US62/348,781 | 2016-06-10 | ||
| US201662349572P | 2016-06-13 | 2016-06-13 | |
| US62/349,572 | 2016-06-13 | ||
| PCT/US2016/039075 WO2016210170A1 (en) | 2015-06-23 | 2016-06-23 | Modified factor ix, and compositions, methods and uses for gene transfer to cells, organs and tissues |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2023103235A Division RU2023103235A (ru) | 2015-06-23 | 2016-06-23 | Модифицированный фактор ix, а также композиции, способы и варианты применения переноса генов в клетки, органы и ткани |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018102242A true RU2018102242A (ru) | 2019-07-25 |
| RU2018102242A3 RU2018102242A3 (ru) | 2020-08-07 |
| RU2811445C2 RU2811445C2 (ru) | 2024-01-11 |
Family
ID=
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11896652B2 (en) | Modified factor IX, and compositions, methods and uses for gene transfer to cells, organs, and tissues | |
| US20180244727A1 (en) | Capsid-modified raav vector compositions having improved transduction efficiencies, and methods of use | |
| CA2904156C (en) | Vectors comprising stuffer/filler polynucleotide sequences and methods of use | |
| CN110606874B (zh) | 用于基因转移到细胞、器官和组织中的变异aav和组合物、方法及用途 | |
| US20220331409A1 (en) | Factor ix gene therapy | |
| Tal | Adeno-associated virus-based vectors in gene therapy | |
| BR112019013268A2 (pt) | meios e métodos para a preparação de vetores virais e usos dos mesmos | |
| US20230144834A1 (en) | Adeno-associated virus vectors encoding modified g6pc and uses thereof | |
| US20220306696A1 (en) | Isolated modified vp1 capsid protein of aav5 | |
| JP2023504735A (ja) | ヒトｍｅｃｐ２遺伝子を発現するように設計されたトランスジーンカセット | |
| CN112011571A (zh) | 一种用于治疗脊髓性肌萎缩的基因治疗药物 | |
| EP4323010A1 (en) | Recombinant adeno-associated virus encoding methyl-cpg binding protein 2 for treating pitt hopkins syndrome via intrathecal delivery | |
| JP2024505885A (ja) | リソソーム酸リパーゼ欠損症（ｌａｌ－ｄ）の治療のための材料及び方法 |