JP2020501563A - 細菌メタゲノム解析による胃癌診断方法 - Google Patents
細菌メタゲノム解析による胃癌診断方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020501563A JP2020501563A JP2019531914A JP2019531914A JP2020501563A JP 2020501563 A JP2020501563 A JP 2020501563A JP 2019531914 A JP2019531914 A JP 2019531914A JP 2019531914 A JP2019531914 A JP 2019531914A JP 2020501563 A JP2020501563 A JP 2020501563A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sample
- gastric cancer
- subject
- bacterial
- present
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 113
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 113
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 113
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 title claims abstract description 101
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title abstract description 52
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 title 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims abstract description 58
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 44
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 46
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 46
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 43
- 241000588769 Proteus <enterobacteria> Species 0.000 claims description 14
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 13
- 241001608234 Faecalibacterium Species 0.000 claims description 11
- 241000588923 Citrobacter Species 0.000 claims description 10
- 241001528480 Cupriavidus Species 0.000 claims description 9
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 claims description 9
- 241001112692 Peptostreptococcaceae Species 0.000 claims description 9
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 claims description 8
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 6
- 241000589291 Acinetobacter Species 0.000 claims description 6
- 241001655314 Brevibacteriaceae Species 0.000 claims description 6
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 claims description 6
- 241000605861 Prevotella Species 0.000 claims description 6
- 241000466670 Adlercreutzia Species 0.000 claims description 5
- 241000193818 Atopobium Species 0.000 claims description 5
- 241001655328 Bifidobacteriales Species 0.000 claims description 5
- 241000947912 Cardiobacteriales Species 0.000 claims description 5
- 241001600129 Delftia Species 0.000 claims description 5
- 241000305071 Enterobacterales Species 0.000 claims description 5
- 241000192041 Micrococcus Species 0.000 claims description 5
- 241001430197 Mollicutes Species 0.000 claims description 5
- 241000160321 Parabacteroides Species 0.000 claims description 5
- 241001466451 Stramenopiles Species 0.000 claims description 5
- 241000131694 Tenericutes Species 0.000 claims description 5
- 241001148134 Veillonella Species 0.000 claims description 5
- 210000003763 chloroplast Anatomy 0.000 claims description 5
- 241000702460 Akkermansia Species 0.000 claims description 4
- 241001430332 Bifidobacteriaceae Species 0.000 claims description 4
- 241000186000 Bifidobacterium Species 0.000 claims description 4
- 241001464948 Coprococcus Species 0.000 claims description 4
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 claims description 4
- 241001609976 Leuconostocaceae Species 0.000 claims description 4
- 241000589323 Methylobacterium Species 0.000 claims description 4
- 241000588656 Neisseriaceae Species 0.000 claims description 4
- 241000266824 Oscillospira Species 0.000 claims description 4
- 241000192001 Pediococcus Species 0.000 claims description 4
- 241000692843 Porphyromonadaceae Species 0.000 claims description 4
- 241000692844 Prevotellaceae Species 0.000 claims description 4
- 241000192031 Ruminococcus Species 0.000 claims description 4
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 claims description 4
- 241001493533 Streptophyta Species 0.000 claims description 4
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 4
- 241000589218 Acetobacteraceae Species 0.000 claims description 3
- 241001430266 Methylocystaceae Species 0.000 claims description 3
- 241000692845 Rikenellaceae Species 0.000 claims description 3
- 241000131972 Sphingomonadaceae Species 0.000 claims description 3
- 241001183271 Verrucomicrobiaceae Species 0.000 claims description 3
- 241000589519 Comamonas Species 0.000 claims 2
- 241001277521 Oxalobacteraceae Species 0.000 claims 2
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 claims 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 20
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract description 9
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 9
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 9
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 abstract description 8
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 abstract description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 6
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 abstract description 5
- 230000000235 effect on cancer Effects 0.000 abstract description 3
- 230000002265 prevention Effects 0.000 abstract description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 3
- 208000018522 Gastrointestinal disease Diseases 0.000 abstract 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 abstract 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 17
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 15
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 8
- 241000894007 species Species 0.000 description 7
- 102000004506 Blood Proteins Human genes 0.000 description 6
- 108010017384 Blood Proteins Proteins 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 6
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 4
- 241001468125 Exiguobacterium Species 0.000 description 4
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 4
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 4
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 4
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 4
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 3
- 241000588771 Morganella <proteobacterium> Species 0.000 description 3
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 3
- 241001212279 Neisseriales Species 0.000 description 3
- 241000589180 Rhizobium Species 0.000 description 3
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 3
- 244000005709 gut microbiome Species 0.000 description 3
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 3
- 210000000214 mouth Anatomy 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 3
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 3
- 238000012353 t test Methods 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 241000253389 Methylobacteriaceae Species 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 201000006585 gastric adenocarcinoma Diseases 0.000 description 2
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 description 2
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 230000009278 visceral effect Effects 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 241000607534 Aeromonas Species 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241001600130 Comamonadaceae Species 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 241000192132 Leuconostoc Species 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 241000785902 Odoribacter Species 0.000 description 1
- 241001112744 Planococcaceae Species 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000021712 Soft tissue sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 241001261005 Verrucomicrobia Species 0.000 description 1
- 241001183192 Verrucomicrobiae Species 0.000 description 1
- 241000202221 Weissella Species 0.000 description 1
- 239000003181 biological factor Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 231100000357 carcinogen Toxicity 0.000 description 1
- 239000003183 carcinogenic agent Substances 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 208000037976 chronic inflammation Diseases 0.000 description 1
- 230000006020 chronic inflammation Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 239000000104 diagnostic biomarker Substances 0.000 description 1
- 230000009982 effect on human Effects 0.000 description 1
- 238000001839 endoscopy Methods 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 201000011587 gastric lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 1
- 238000000703 high-speed centrifugation Methods 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008105 immune reaction Effects 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 244000005706 microflora Species 0.000 description 1
- 201000011591 microinvasive gastric cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000002504 physiological saline solution Substances 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 238000011277 treatment modality Methods 0.000 description 1
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 1
- 210000001835 viscera Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/113—PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
本発明は、細菌メタゲノム解析により胃癌診断に対する情報提供方法に関し,より詳しくは、被検者来由サンプルから分離した小胞に存在する遺伝子に対して細菌メタゲノム解析を行って特定細菌来由細胞外小胞の含量増減を解析することで胃癌の発病危険度予測及び胃癌を診断する測定方法に関する。環境に存在する細菌から分泌する細胞外小胞は体内に吸収されて癌発生に直接的な影響を及ぼすものであって、胃癌は国内で発病率及び死亡率が最も高い癌とされ、発病予測を介する予防及び早期診断が最も重要であるので、本発明による人体来由サンプルに存在する小胞から細菌メタゲノム解析により胃癌発病の危険度を事前に予測することで胃癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理を通じて発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、発病後にも早期診断できて胃癌の発病率を低下させ治療効果を高めることができる。また胃癌と診断された患者にメタゲノム解析によって原因因子の露出を避けるようにすることで胃癌の経過を良くさせたり、再発を防止することができる。【選択図】図１３
Description
本発明は、細菌メタゲノム解析により胃癌診断に対する情報提供方法に関し、より詳しくは被検者由来サンプルから分離した小胞に存在する遺伝体に対して細菌メタゲノム解析を行って特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することで胃癌の発病危険度の予測及び胃癌を診断する方法に関する。
胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）は、全世界で大韓民国、中国、日本などの東アジア地域で発生率が高く、アメリカ、ヨーロッパなどの西欧では相対的に発生率が低い癌である。大韓民国で胃癌は男女共に発生率１位、死亡率は肺癌に続いて２位を占めており、６０代で最も多い発病率を示す。胃癌は胃の粘膜上皮に発生する胃腺癌（ｇａｓｔｒｉｃ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）と粘膜下層に発生する悪性リンパ腫、軟部肉腫、及び間質性腫瘍などがあるが、胃腺癌が全体胃癌の９５％を占める。胃は食べ物が口から入ってから長時間接触する臓器であるので、食べ物に入っている因子が胃癌の原因となる確率が高いものと予想しており、動物実験により食べ物に入っている発癌物質が胃癌の最も重要な要因として知られている。ウイルス、細菌などの生物学的因子による慢性炎症が癌を引き起こすとの事実は以前から知られていた。最近臓内に生息する細菌から由来した毒素によるＴｈ１７免疫反応及びこれによる炎症反応によって大腸癌が発生することが報告されており（Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ． ２０１５ Ａｐｒ ２４； ６：６９５６）、胃に共生することが知られているヘリコバクターピロリ菌（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）により胃癌が発生することが知られている。
胃癌は、内視鏡などの定期検診により早期検出することができ、早期胃癌は適切な治療によって９０％程度の完治を期待することができるが、現在においても胃癌が既に進行した後に発見される場合が多く死亡率も高い癌として分類される実情である。したがって胃癌の発病可否を事前に予測可能にすることで、早期診断及び治療に対する対応方法を差別化させることが重要であって、これに対する研究及び技術開発が要求されている。
一方、人体に共生する微生物は１００兆に至っており人間細胞よりも１０倍多く、微生物の遺伝子数は人間遺伝子数の１００倍を上回ることが知られている。微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａあるいはｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ）は与えられた居住地に存在する細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）、古細菌（ａｒｃｈａｅａ）、真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）を含む微生物群（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）をいい、臓内の微生物叢は人の生理現象に重要な役割をし、人体細胞と相互作用によって人間の健康と疾病に大きな影響を及ぼすものとして知られている。人体に共生する細菌は他の細胞への遺伝子、蛋白質などの情報を交換するためにナノメータ大きさの小胞（ｖｅｓｉｃｌｅ）を分泌する。粘膜は２００ナノメータ（ｎｍ）大きさ以上の粒子は通過することができない物理的防御膜を形成して粘膜に共生する細菌の場合は粘膜を通過することができないが、細菌由来小胞は大きさがおおよそ１００ナノメータ以下であるので、比較的に自由に粘膜を通過して人体に吸収される。
環境遺伝体学と呼ばれるメタゲノム学は環境から採取したサンプルから得たメタゲノム情報を解析する学問ともいえる。最近１６ｓリボソームＲＮＡ（ｌ６ｓｒＲＮＡ）塩基配列を基盤とする方法で人間の微生物叢の細菌構成を系列化することが可能となり、シークエンシング技術の発展で、最近では１６ｓリボソームＲＮＡを次世代塩基配列解析（ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）プラットホームを用いて配列を解析する。しかし胃癌発病において、血液、大便、または尿などの人体由来物から細菌由来小胞に存在するメタゲノム解析により胃癌の原因因子を同定して胃癌を診断する方法については報告されていない。
本発明者は胃癌を診断するために、被検者由来サンプルである血液、尿、及び大便に存在する小胞から遺伝子を抽出し、これに対して細菌メタゲノム解析を行い、その結果、胃癌患者由来サンプルで有意に増加または減少して胃癌の原因因子及び診断バイオマーカとして作用することができる細菌由来細胞外小胞を同定したのち、これを基礎として本発明を完成した。
ここで、本発明は、細菌由来細胞外小胞に存在する遺伝子に対するメタゲノム解析により胃癌診断のための情報提供方法を提供することを目的とする。
しかし本発明が達成しようとする技術的課題は以上に言及した課題に制限されず、言及しないまた他の課題は下記の記載から当業者に明確に理解されるであろう。
上記のような本発明の目的を達成するために、本発明は下記の段階を含む、胃癌診断のための情報提供方法を提供する：
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
そして、本発明は下記の段階を含む、胃癌診断方法を提供する：
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を利用してＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を利用してＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
また、本発明は下記の段階を含む、胃癌の発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
本発明の一実施形態において、上記（ｃ）段階で被検者尿サンプルから分離したＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、被検者大便サンプルから分離したＴｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してもよい。
本発明の一実施形態において、上記（ｃ）段階で被検者尿サンプルから分離したＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、被検者大便サンプルから分離したＭｏｌｌｉｃｕｔｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してもよい。
本発明の一実施形態において、上記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、被検者尿サンプルから分離したＲＦ３９，Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ，Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ，Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ，Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ，及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ，被検者大便サンプルから分離したＲＦ３９，Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ，及びＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してもよい。
本発明の一実施形態において、上記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ，Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ，Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ，Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ，Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ，Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ，Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ被検者尿サンプルから分離したＥｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ，Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ，Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ，Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ，Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ，Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ，Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ及びＣｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ，被検者大便サンプルから分離したＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ，Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ，Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ，Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ，Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ，Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してもよい。
本発明の一実施形態において、上記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ，Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ，Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ，Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ，Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ，Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ，Ｄｅｌｆｔｉａ，Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ，被検者尿サンプルから分離したＭｏｒｇａｎｅｌｌａ，Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ，Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｐｒｏｔｅｕｓ，Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ，Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ，Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ，Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ，Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ，Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ，Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ，Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ，被検者大便サンプルから分離したＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ，Ｐｒｏｔｅｕｓ，Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ，Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較してもよい。
本発明の一実施形態において、前記被検者サンプルは血液、尿、または大便であってもよい。
本発明の一実施形態において、前記血液は、全血、血清、血漿、または血液蛋白球であってもよい。
環境に存在する細菌から分泌する細胞外小胞は、体内に吸収されて癌発生に直接的な影響を及ぼすものであって、胃癌は国内で発病率及び死亡率が最も高い癌であって発病予測により予防及び早期診断が最も重要であるので、本発明による人体由来サンプルに存在する小胞内の遺伝体に対する細菌メタゲノム解析により胃癌発病の危険度を事前に予測することで胃癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理によって発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、発病後にも早期診断できて胃癌の発病率を低下させ、治療効果を高めることができる。また、胃癌と診断された患者に対してメタゲノム解析により原因因子の露出を避けることで胃癌の経過を良くしたり再発を防止することができる。
本発明は、細菌メタゲノム解析による胃癌診断方法に関し、本発明者は血液、尿、及び大便などの被検者由来サンプルに存在する小胞から遺伝子を抽出し、これに対して細菌メタゲノム解析を行い、胃癌の原因因子として作用することができる細菌由来細胞外小胞を同定した。
ここで、本発明は、（ａ）被検者サンプルから分離した小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む胃癌診断のための情報提供方法を提供する。
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む胃癌診断のための情報提供方法を提供する。
本発明に用いる用語の「胃癌診断」は、患者に対して胃癌が発病する可能性があるか、胃癌が発病する可能性が相対的に高いか、または胃癌が既に発病したかの可否を判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対する胃癌発病危険度が高い患者であって、特別かつ適切な管理により発病時期を遅らせるか発病しないようにすることに用いられる。また、本発明の方法は、胃癌を早期に診断して最も適切な治療方式を選択することで、治療を決定するために臨床的に用いられる。
本発明に用いる用語の「メタゲノム（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ）」は、群遺伝体ともいい、土、動物の臓など孤立した地域内のすべてのウイルス、細菌、かびなどを含む遺伝体の総合を意味するもので、主に培養されない微生物を分析するために配列解析器を用いて一括で多くの微生物を同定することを説明する遺伝体の概念として用いられる。特に、メタゲノムは、一種のゲノムまたは遺伝体をいうのではなく、一環境単位のあらゆる種の遺伝体として一種の混合遺伝体をいう。これはオーミクス的に生物学が発展する過程において一種を定義する際に機能的に既存の一種だけでなく、多様な種が互いに相互作用して完全な種を作るという観点からの用語である。技術的には早い配列解析法を用いて、種に関係なくすべてのＤＮＡ、ＲＮＡを分析して、一環境内でのあらゆる種を同定し、相互作用、代謝作用を糾明する技法の対象である。本発明においては、好ましく血液及び尿から分離した小胞を用いて細菌メタゲノム解析を実施した。
本発明に用いる用語の「細菌由来小胞」は、細菌及び古細菌が分泌する膜で形成されたナノ大きさの物質として、小胞に細菌から由来する遺伝子を有している物質を総称する。
本発明において、前記被検者サンプルは血液、尿、または大便であってもよく、前記血液は、好ましくは全血、血清、血漿、または血液蛋白球であってもよいが、これに制限されない。
本発明の実施形態においては、前記細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム解析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、及び属（ｇｅｎｕｓ）水準でそれぞれ分析して実際に胃癌発生の原因因子あるいは抑制因子として作用することができる細菌由来小胞を同定した。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目水準で分析した結果、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ目細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ科の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ属の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例４参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ門の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ綱の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目水準で分析した結果、ＲＦ３９、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ目の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、及びＣｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ科の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来尿サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ属の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例５参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来大便サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを門水準で分析した結果、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ門の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来大便サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを綱水準で分析した結果、Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ綱の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来大便サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目水準で分析した結果、ＲＦ３９、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、及びＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ目の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来大便サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科水準で分析した結果、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
より詳しく本発明の一実施形態においては、被検者由来大便サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属水準で分析した結果、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属の細菌由来細胞外小胞の含量が胃癌患者と正常人の間で有意な差があった（実施例６参照）。
本発明は、上記のような実施例の結果により、被検者由来血液、大便、及び尿から分離した小胞に存在する遺伝子に対して細菌メタゲノム解析を実施することで正常人と比較して胃癌患者から含量が有意に変化した細菌由来小胞を同定しており、メタゲノム解析により前記各水準で細菌由来小胞の含量増減を分析することで胃癌の診断が可能であることを確認した。
以下に本発明の理解を深めるために好ましい実施例を提示する。しかし下記の実施例は本発明をより理解し易くするために提供するものであって、下記の実施例によって本発明の内容が限定されるのではない。
実施例１．臓内細菌及び細菌由来小胞の体内吸収、分布、及び排泄様相分析
臓内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身的に吸収されるかを評価するために次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に蛍光で表示した臓内細菌と臓内細菌由来小胞をそれぞれ５０μｇの容量で胃腸管に投与し、０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。マウスの全体イメージを観察した結果、図１ａに示すように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）の場合は全身的に吸収されなかったが、細菌由来小胞（ＥＶ）の場合は投与後５分に全身的に吸収され、投与３時間後には膀胱に蛍光が濃く観察されて小胞が泌尿器系に排泄されたことがわかった。また、小胞は投与１２時間まで体内に存在することがわかった。
臓内細菌と臓内細菌由来小胞が全身的に吸収された後、あらゆる臓器に浸潤された様相を評価するために、蛍光で表示した５０μｇの細菌と細菌由来小胞を上記方法のように投与した後１２時間目にマウスから血液（Ｂｌｏｏｄ）、心臓（Ｈｅａｒｔ）、肺（Ｌｕｎｇ）、肝臓（Ｌｉｖｅｒ）、腎臓（Ｋｉｄｎｅｙ）、脾臓（Ｓｐｌｅｅｎ）、脂肪組織（Ａｄｉｐｏｓｅｔｉｓｓｕｅ）、及び筋肉（Ｍｕｓｃｌｅ）を摘出した。前記摘出した組織から蛍光を観察した結果、図１ｂに示すように、前記臓内の細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）は各臓器に吸収されない一方、前記臓内細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）は血液、心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、脂肪組織、及び筋肉に分布していることを確認した。
実施例２．血液、大便、及び尿から小胞分離及びＤＮＡ抽出
実施例２．血液、大便、及び尿から小胞分離及びＤＮＡ抽出
血液、大便、及び尿から小胞を分離してＤＮＡを抽出するために、まずは１０ｍlチューブに血液、大便、または尿を注入し、遠心分離機（３，５００ｘｇ、１Ｏｍｉｎ、４℃）を実施して浮遊物を沈めて上澄液だけを回収した後、新しい１０ｍlチューブに移した。０．２２μｍフィルターを使用して前記回収した上澄液から細菌及び異物を除去した後、セントリプレップチューブ（ｃｅｎｔｒｉｐｒｅｉｇｕｇａｌ ｆｉｌｔｅｒｓ ５０ｋＤ）に移し、１５００ｘｇ、４℃から１５分間遠心分離して５０ｋＤよりも小さい物質は捨てて１０ｍlまで濃縮させた。再び０．２２μｍフィルターを使用してバクテリア及び異物を除去した後、Ｔｙｐｅ ９０ｔｉロータで１５０，０００ｘｇ、４℃で３時間、超高速遠心分離方法を使用して上澄液を捨てて固まったｐｅｌｌｅｔを生理食塩水（ＰＢＳ）で融かして小胞を収得した。
上記方法によって血液、大便、及び尿から分離した小胞１００μlを１００゜Ｃで沸かして内部のＤＮＡを脂質外に出るようにした後、氷で５分間冷やした。次に、残った浮遊物を除去するために１０，０００ｘｇ、４℃で３０分間遠心分離し、上澄液だけを集めた後、Ｎａｎｏｄｒｏｐを用いてＤＮＡ量を定量した。その後に、前記抽出したＤＮＡに細菌由来ＤＮＡが存在するかを確認するために下記表１に示した１６ｓ ｒＤＮＡ ｐｒｉｍｅｒでＰＣＲを行って前記抽出した遺伝子に細菌由来遺伝子が存在することを確認した。
実施例３．血液、大便、及び尿から抽出したＤＮＡを利用したメタゲノム解析
上記の実施例２の方法により遺伝子を抽出した後、上記１に示した１６Ｓ ｒＤＮＡプライマーを用いてＰＣＲを実施して遺伝子を増幅させ、シークエンシング（Ｉｌｌuｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ Ｆｌｏｗｇｒａｍ Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ ＦＬＸ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を用いてＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｑｕａｌｉｔｙ ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ ｃａｌｌ ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質の低い部分を除去した後、リード長が３００ｂｐｓ以上のものだけを用いていて（Ｓｉｃｋｌｅ ｖｅｒｓｉｏｎ １．３３）、結果分析のためにＯｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）は、ＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを用いてシークエンス類似度によりクロスターリングを行った。詳しくは、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シークエンス類似度を基準としてクロスターリングをし、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ ＤＮＡシークエンスデータベース（１０８，４５３シークエンス）を用いて９７％以上のシークエンス類似度を有する細菌を分析した（ＱＩＩＭＥ）。
実施例４．血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の胃癌診断模型
実施例４．血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の胃癌診断模型
上記の実施例３の方法において、胃癌患者６６人と年と性別をマッチングした正常人１９８人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間に２倍以上の差がある菌株を選定した後に、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
血液内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ目細菌バイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表２及び図２参照）。
血液内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表３及び図３参照）。
血液内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表４及び図４参照）。
実施例５．尿から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の胃癌診断模型
上記の実施例３の方法において、胃癌患者６１人と年と性別をマッチングした正常人１２０人の尿から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間に２倍以上の差がある菌株を選定した後に、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
尿内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ門細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表５及び図５参照）。
尿内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ綱細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表６及び図６参照）。
尿内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、ＲＦ３９、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ目細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表７及び図７参照）。
尿内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、及びＣｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表８及び図８参照）。
尿内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表９及び図９参照）。
実施例６．大便から分離した細菌由来小胞メタゲノム解析基盤の胃癌診断模型
上記の実施例３の方法において、胃癌患者６３人と年と性別をマッチングした正常人１２６人の大便から小胞を分離した後、メタゲノムシークエンシングを行った。診断模型開発は、まずｔ−ｔｅｓｔで２つの群の間のｐ値が０．０５以下であり、２つの群の間に２倍以上の差がある菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｃｕｒｖｅ）、敏感度、及び特異度を算出した。
大便内の細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）水準で分析した結果、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ門細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１０及び図１０参照）。
大便内の細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）水準で分析した結果、Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ綱細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１１及び図１１参照）。
大便内の細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）水準で分析した結果、ＲＦ３９、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、及びＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ目細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１２及び図１２参照）。
大便内の細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）水準で分析した結果、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１３及び図１３参照）。
大便内の細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）水準で分析した結果、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ属細菌から選択される一つ以上のバイオマーカで診断模型を開発したところ、胃癌に対する診断的性能が有意なものとして示された（表１４及び図１４参照）。
上述した本発明の説明は例示のためのものであって、本発明が属する技術分野の通常の知識を有する者は本発明の技術的思想や必須な特徴を変更しなくても他の詳しい形態に容易に変形可能であることを理解できるであろう。したがって、以上に記述した実施例はすべての面から例示的なものであって、限定的ではないものとして理解すべきである。
本発明による細菌メタゲノム解析により胃癌診断に対する情報を提供する方法は、被検者来由サンプルから分離した小胞に存在する遺伝体に対して細菌メタゲノム解析を行って特定細菌来由細胞外小胞の含量増減を分析することで胃癌の発病危険度を予測し、胃癌を診断することに用いられる。環境に存在する細菌から分泌する細胞外小胞は体内に吸収されて癌発生に直接的な影響を及ぼすものであって、胃癌は国内で発病率及び死亡率が最も高い癌として発病予測を介した予防及び早期診断が最も重要であるので、本発明による人体来由サンプルに存在する小胞内の遺伝体に対する細菌メタゲノム解析により胃癌発病の危険度を事前に予測することで胃癌の危険群を早期に診断及び予測して適切な管理によって胃癌の発病時期を遅らせるか発病を予防することができ、胃癌の発病後にも早期診断できて胃癌の発病率を低下させて治療効果を高めることができる。また、胃癌として診断された患者において、本発明による細菌メタゲノム解析は原因因子露出を避けられるようにことで胃癌の経過を良くしたり再発を防止するものとして用いられる。
Claims (16)
- 下記の段階を含むことを特徴とする、胃癌診断のための情報提供方法：
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。 - 前記（ｃ）段階で被検者尿サンプルから分離したＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、被検者大便サンプルから分離したＴｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者尿サンプルから分離したＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、被検者大便サンプルから分離したＭｏｌｌｉｃｕｔｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、被検者尿サンプルから分離したＲＦ３９、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、被検者大便サンプルから分離したＲＦ３９、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、及びＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、被検者尿サンプルから分離したＥｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、及びＣｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、被検者大便サンプルから分離したＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ、被検者尿サンプルから分離したＭｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、被検者大便サンプルから分離したＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記被検者サンプルは、血液、尿、または大便であることを特徴とする、請求項１に記載の情報提供方法。
- 前記血液は、全血、血清、血漿、または血液単核球であることを特徴とする、請求項７に記載の情報提供方法。
- 下記の段階を含むことを特徴とする、胃癌診断方法：
（ａ）被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１及び配列番号２のプライマー対を用いてＰＣＲを行う段階；及び
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列解析により正常人由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。 - 前記（ｃ）段階で被検者尿サンプルから分離したＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、被検者大便サンプルから分離したＴｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、及びＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群から選択される１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項９に記載の胃癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者尿サンプルから分離したＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ、及びＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ、被検者大便サンプルから分離したＭｏｌｌｉｃｕｔｅｓからなる群から選択される１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項９に記載の胃癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、被検者尿サンプルから分離したＲＦ３９、Ｓｔｒａｍｅｎｏｐｉｌｅｓ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ、及びＡｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、被検者大便サンプルから分離したＲＦ３９、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｌｅｓ、及びＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓからなる群から選択される１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項９に記載の胃癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＭｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔａｃｅａｅ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ、被検者尿サンプルから分離したＥｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、及びＣｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ、被検者大便サンプルから分離したＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ、及びＰｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅからなる群から選択される１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項９に記載の胃癌診断方法。
- 前記（ｃ）段階で被検者血液サンプルから分離したＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｄｅｌｆｔｉａ、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ、及びＬｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ、被検者尿サンプルから分離したＭｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、被検者大便サンプルから分離したＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒからなる群から選択される１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項９に記載の胃癌診断方法。
- 前記被検者サンプルは、血液、尿、または大便であることを特徴とする、請求項９に記載の胃癌診断方法。
- 前記血液は、全血、血清、血漿、または血液単核球であることを特徴とする、請求項１５に記載の胃癌診断方法。
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR20160172584 | 2016-12-16 | ||
| KR10-2016-0172584 | 2016-12-16 | ||
| KR10-2017-0072432 | 2017-06-09 | ||
| KR1020170072432A KR101833502B1 (ko) | 2016-12-16 | 2017-06-09 | 세균 메타게놈 분석을 통한 위암 진단방법 |
| PCT/KR2017/014860 WO2018111040A1 (ko) | 2016-12-16 | 2017-12-15 | 세균 메타게놈 분석을 통한 위암 진단방법 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2020501563A true JP2020501563A (ja) | 2020-01-23 |
| JP6846833B2 JP6846833B2 (ja) | 2021-03-24 |
Family
ID=61726998
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2019531914A Active JP6846833B2 (ja) | 2016-12-16 | 2017-12-15 | 細菌メタゲノム解析による胃癌診断方法 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20200157632A1 (ja) |
| JP (1) | JP6846833B2 (ja) |
| KR (1) | KR101833502B1 (ja) |
| CN (2) | CN108220410A (ja) |
| WO (1) | WO2018111040A1 (ja) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2020513799A (ja) * | 2018-02-21 | 2020-05-21 | エムディー ヘルスケア インコーポレイテッドＭｄ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｉｎｃ． | クプリアウィドゥス属細菌由来のナノ小胞及びその使用 |
Families Citing this family (19)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102095355B1 (ko) * | 2018-01-12 | 2020-03-31 | 주식회사 엠디헬스케어 | 모르가넬라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| WO2019139279A1 (ko) * | 2018-01-12 | 2019-07-18 | 주식회사 엠디헬스케어 | 모르가넬라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102122885B1 (ko) * | 2018-02-23 | 2020-06-15 | 주식회사 엠디헬스케어 | 엑시구오박테리움 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118199B1 (ko) * | 2018-02-26 | 2020-06-02 | 주식회사 엠디헬스케어 | 아토포비움 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118198B1 (ko) * | 2018-02-28 | 2020-06-02 | 주식회사 엠디헬스케어 | 리조비움 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118197B1 (ko) * | 2018-02-28 | 2020-06-02 | 주식회사 엠디헬스케어 | 마이크로코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118989B1 (ko) * | 2018-03-05 | 2020-06-05 | 주식회사 엠디헬스케어 | 엔히드로박터 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102101692B1 (ko) * | 2018-03-05 | 2020-04-20 | 주식회사 엠디헬스케어 | 락토바실러스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102185983B1 (ko) * | 2018-03-06 | 2020-12-03 | 주식회사 엠디헬스케어 | 콜린셀라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118993B1 (ko) * | 2018-03-06 | 2020-06-05 | 주식회사 엠디헬스케어 | 프레보텔라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102118996B1 (ko) * | 2018-03-06 | 2020-06-05 | 주식회사 엠디헬스케어 | 베일로넬라 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| CN109234187B (zh) * | 2018-08-15 | 2021-06-15 | 李晓明 | 一株莠去津降解菌及其应用 |
| KR102286042B1 (ko) * | 2019-01-09 | 2021-08-03 | 주식회사 엠디헬스케어 | 데이노코커스 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| JP7291424B2 (ja) * | 2019-01-09 | 2023-06-15 | エムディー ヘルスケア インコーポレイテッド | デイノコッカス属細菌由来ナノ小胞及びその用途 |
| KR102285335B1 (ko) * | 2019-02-14 | 2021-08-04 | 주식회사 엠디헬스케어 | 로치아 속 세균 유래 나노소포 및 이의 용도 |
| KR102379022B1 (ko) * | 2019-05-24 | 2022-03-28 | 주식회사 엠디헬스케어 | qPCR 분석을 통한 위암 진단방법 |
| CA3180044A1 (en) * | 2020-06-11 | 2021-12-16 | Evelo Biosciences, Inc. | Compositions and methods for treating diseases and disorders using oscillospiraceae microbial extracellular vesicles |
| KR102542476B1 (ko) | 2020-06-22 | 2023-06-12 | 한국생명공학연구원 | 오도리박터 스플란크니쿠스 또는 이의 배양액을 유효성분으로 포함하는 암 예방 또는 치료용 조성물 |
| CN115011710B (zh) * | 2022-02-09 | 2023-09-15 | 江苏省肿瘤医院 | 一种与胃癌预后相关的胃内菌群标志物及其应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2013503858A (ja) * | 2009-09-04 | 2013-02-04 | イオン メディックス インコーポレイテッド | グラム陽性細菌由来細胞外ベシクル及びその用途 |
| WO2016099076A1 (ko) * | 2014-12-16 | 2016-06-23 | 이화여자대학교 산학협력단 | 세균 유래의 나노소포체를 이용한 세균성 감염질환 원인균 동정방법 |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20120132183A (ko) * | 2011-05-27 | 2012-12-05 | 포항공과대학교 산학협력단 | 종양 조직에서 유래한 나노소포체 및 이를 이용한 암 백신 |
| US9939442B2 (en) | 2011-09-08 | 2018-04-10 | The Regents Of The University Of California | Salivary biomarkers for gastric cancer detection |
| KR101445243B1 (ko) | 2014-03-28 | 2014-09-29 | 서울대학교산학협력단 | 장내 세균의 군집과 기능의 변화를 이용한 대사성 및 염증성 질환의 조기진단 |
-
2017
- 2017-06-09 KR KR1020170072432A patent/KR101833502B1/ko active IP Right Grant
- 2017-08-31 CN CN201710769238.4A patent/CN108220410A/zh active Pending
- 2017-08-31 CN CN202210343775.3A patent/CN114717316A/zh active Pending
- 2017-12-15 JP JP2019531914A patent/JP6846833B2/ja active Active
- 2017-12-15 US US16/469,212 patent/US20200157632A1/en not_active Abandoned
- 2017-12-15 WO PCT/KR2017/014860 patent/WO2018111040A1/ko active Application Filing
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2013503858A (ja) * | 2009-09-04 | 2013-02-04 | イオン メディックス インコーポレイテッド | グラム陽性細菌由来細胞外ベシクル及びその用途 |
| WO2016099076A1 (ko) * | 2014-12-16 | 2016-06-23 | 이화여자대학교 산학협력단 | 세균 유래의 나노소포체를 이용한 세균성 감염질환 원인균 동정방법 |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| AVILES-JIMENEZ F. ET AL., SCIENTIFIC REPORTS, vol. 4: 4202 (2014), JPN6020024771, ISSN: 0004377806 * |
| DICKSVED J. ET AL., JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY, vol. 58 (2009), JPN6020024770, pages 509 - 516, ISSN: 0004377805 * |
| TSENG C. ET AL., SCIENTIFIC REPORTS, vol. 6: 20701 (2016 Feb), JPN6020024772, ISSN: 0004377807 * |
| YASIR M. ET AL., NUTRITION & DIABETES, vol. 5 (2015), JPN6020024769, pages 153, ISSN: 0004377804 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2020513799A (ja) * | 2018-02-21 | 2020-05-21 | エムディー ヘルスケア インコーポレイテッドＭｄ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｉｎｃ． | クプリアウィドゥス属細菌由来のナノ小胞及びその使用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108220410A (zh) | 2018-06-29 |
| WO2018111040A1 (ko) | 2018-06-21 |
| CN114717316A (zh) | 2022-07-08 |
| KR101833502B1 (ko) | 2018-03-05 |
| US20200157632A1 (en) | 2020-05-21 |
| JP6846833B2 (ja) | 2021-03-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6846833B2 (ja) | 細菌メタゲノム解析による胃癌診断方法 | |
| EP3564390B1 (en) | Method for diagnosing colon tumor via bacterial metagenomic analysis | |
| JP2020503028A (ja) | 細菌メタゲノム解析による肺癌診断方法 | |
| JP7116426B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したアルツハイマー型認知症の診断方法 | |
| JP7089807B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した脳卒中の診断方法 | |
| US20220267850A1 (en) | Inflammatory bowel disease diagnostic method by means of bacterial metagenomic analysis | |
| JP7152053B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したうつ病の診断方法 | |
| JP7084637B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通した前立腺疾患の診断方法 | |
| EP3636780B1 (en) | Method for diagnosing autism by analyzing bacterial metagenome | |
| US20200199655A1 (en) | Method for diagnosing ovarian cancer through microbial metagenome analysis | |
| KR101936006B1 (ko) | 미생물 메타게놈 분석을 통한 방광암 진단방법 | |
| KR102063196B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 과민성장증후군 진단방법 | |
| KR102007786B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 두경부암 진단방법 | |
| CN111630189B (zh) | 通过细菌性宏基因组分析来诊断胆管癌的方法 | |
| KR101995231B1 (ko) | 세균 메타게놈 분석을 통한 췌장암 진단방법 | |
| JP7112125B2 (ja) | 細菌メタゲノム分析を通したリンパ腫の診断方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190805 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20200629 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200715 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20201007 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20201030 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210119 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210122 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20210128 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20210222 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6846833 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |