JP2019527672A - 多様な大環状化合物のライブラリならびにその製造方法および使用方法 - Google Patents

多様な大環状化合物のライブラリならびにその製造方法および使用方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、創薬努力のための研究ツールとして有用な新規大環状化合物およびそのライブラリに関する。この開示はまた、これらの化合物およびライブラリを調製する方法ならびにハイスループットスクリーニングなどにおいてこれらのライブラリを使用する方法に関する。特に、これらのライブラリは既存の、および新しく同定された薬理学的に関連する標的、例えば、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、酵素、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用および核酸−タンパク質相互作用での生理活性の評価に有用である。そのようなものとして、これらのライブラリはある範囲の医学的状態の治療および防止のための新規医薬品のための探索に適用することができる。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2016年5月16日に出願された米国出願第62/336,996号の優先権を主張する。
開示の分野
本文書は、医薬品化学の分野に関する。より特定的には、これは、創薬努力のための研究ツールとして有用な新規大環状化合物およびライブラリに関する。本開示はまた、これらの化合物およびライブラリを調製する方法ならびにハイスループットスクリーニングなどにおいてこれらのライブラリを使用する方法に関する。特に、これらのライブラリは、既存の、および新しく同定された薬理学的に関連する標的、例えばGタンパク質共役受容体、核内受容体、酵素、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用および核酸−タンパク質相互作用での生理活性の評価に有用である。そのようなものとして、これらのライブラリはある範囲の医学的状態の治療および防止のための新規医薬品のための探索に適用することができる。
1990年代のその開始から、化学化合物ライブラリのハイスループットスクリーニング(HTS)は創薬プロセスの不可欠な部分となっており、多くのリード分子、臨床候補および市販医薬品の生成に成功している(Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 , 5, 273−284; Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 308−325; J. Biomol. Screen. 2006, 11, 864−869; Drug Disc. Today 2006, 11, 277−279; Nat. Rev. Drug Disc. 2011, 10, 188−195)。しかしながら、HTSのための分子の現在のコレクションには、公知の医薬品に関連する化合物が、しばしば過剰投入されており、化学的多様性を拡張し、スクリーニングコレクションの内容を改善することが必要とされ続けている(Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 289−298; Drug Disc. Today 2013, 18, 298−304)。実際、HTSのために使用されるライブラリコレクションにおいて利用可能な分子構造の多様性は劇的に改善される必要のあるエリアとして同定されてきた(Biochem. Pharmacol. 2009, 78, 217−223; Curr. Med. Chem. 2009, 16, 4374−4381 ; Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 289−298)。スクリーニングライブラリの構築での初期の努力は主として化合物の数に焦点が当てられてきたが、焦点は「ケミカルスペース」のより完全なサンプリングを可能にするより高い品質の分子を提供するすることにシフトされてきた(Fut. Med. Chem. 2014, 6, 497−502)。幸運にも、このスペースの推定される広大さを仮定すると(J. Chem. Info. Model. 2007, 47, 342−353)、望ましい生物活性に対する新規の、または未開の化合物クラスを作製し、探究するための重要な機会が存在する。
さらに考慮しなければならないこととして、HTSは、伝統的に、調べられる標的のタイプによって、成功率がかなり変動し、ある一定の標的クラス、例えばタンパク質−タンパク質相互作用(PPI)は特に難題であると同定されている。そのような困難な標的に効果的に対処するために、より広い範囲の化合物および化学種が探究される必要がある。この状況は、ゲノミクスおよびプロテオミクスの進歩が多数の新規可能性のある薬理学的標的の同定および特徴付けにつながるにつれ、悪化し(Nat. Rev. Drug Disc. 2002, 1 , 727−730; Drug Disc. Today 2005, 10, 1607−1610; Nat. Biotechnol. 2006, 24, 805−815)、それらの多くはこれらの困難なクラスに入る。
近年、大環状分子は、これらのより困難な標的に適していると考えられる特性を有する、未開のクラスの生物学的に関連した合成分子として同定されている(Nat. Rev. Drug Disc. 2008, 7, 608−624; J. Med. Chem. 2011, 54, 1961−2004; Fut. Med. Chem. 2012, 4, 1409−1438; Molecules 2013, 18, 6230−6268; J. Med. Chem. 2014, 57, 278−295; Eur. J. Med. Chem. 2015, 94, 471−479; Curr. Pharm. Design 2016, 22, 4086−4093)。大環状構造は生理活性天然産物中で広がっているが、合成到達性というかなりの難題が今日までスクリーニングコレクションにおけるそれらの存在を制限してきた。
大環状分子に対する関心は一部には、従来の小分子と生体分子、例えばタンパク質、ヌクレオチドおよび抗体の間のギャップを架橋するそれらの能力に起因する。それらはこれらの2つのブロードなクラス間の中間ケミカルスペースを埋めると考えられるが、各々の有利な特徴を有する:生体分子の高い効力および例外的な選択性、ならびに、小分子の製造および製剤化の容易さ、有利な薬物様特性および魅力的な商品原価。よって、大環状分子は、既存のスクリーニングコレクションが有効であると証明していない標的に対処する新規アプローチを提供する。
実際、大環状分子はかなりコンパクトな構造的枠組みにおいて密な官能性を示すが、依然として十分大きなトポロジー表面積を占め、PPIおよび他の困難な標的においてしばしば存在する異なる結合部位での相互作用を可能にする十分なフレキシビリティを有する。加えて、大環状分子は規定された立体配座を有し、それは相互作用する官能性を3次元空間の適切な領域中に事前に組織化することができ、よって、高い選択性および効力が初期ヒットにおいてでさえも達成可能になる。興味深いことに、ライブラリの設計における空間または形状多様性は広範囲の生物活性に対して重要因子として同定されている(J. Chem. Info. Comput. Sci. 2003, 43, 987−1003)。
合成および生合成起源の両方の環状ペプチドライブラリは調製されており、多少深いところまで研究されているが(J. Comput. Aided. Mol. Des. 2002, 16, 415−430; Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 571−580; Drug Discov Today. 2014, 19, 388−399; Curr. Opin. Chem. Biol. 2015, 24, 131−138)、大環状非ペプチドまたは半ペプチド構造のライブラリは、合成的に構築するにはより問題のあるままであり、それらの生理活性はなおざりに調査されているにすぎない(J. Med. Chem. 2011, 54, 1961−2004; J. Med. Chem. 2011, 54, 8305−8320; Macrocycles in Drug Discovery, J. Levin, ed., RSC Publishing, 2014, pp 398−486, ISBN 978−1−84973−701−2; J. Med. Chem. 2015, 58, 2855−2861)。
よって、開示の大環状化合物およびライブラリは前に知られているものとは異なる構造的足場を提供する。そのように、それらは、多種多様の疾患状態の防止または治療のための新規治療薬の探索に有用な新規化合物およびライブラリに対する、当技術分野における著しい要求を満たす。
1つの態様によれば、本開示で規定される式(I)および式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される2つ以上の大環状化合物のライブラリが提供される。
別の態様によれば、本開示で規定される式(I)および式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される、二(2)から一万(10,000)の大環状化合物を含むライブラリが提供される。
他の態様によれば、本開示で規定される式(I)および式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される別々の大環状化合物を含むライブラリ、ならびに本開示で規定される式(I)の化合物およびそれらの塩から選択される大環状化合物の混合物を含むライブラリが提供される。
追加の態様によれば、そのようなライブラリは生物学的標的を調節する大環状化合物の同定に有用となり得ることが見出された。
さらに他の態様によれば、溶媒に溶解された、本開示で規定される式(I)および式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される2つ以上の大環状化合物のライブラリ、ならびに、1つ以上の複数試料ホルダに分配された、本開示で規定される式(I)および式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される2つ以上の大環状化合物のライブラリが提供される。
さらなる態様によれば、本開示で規定される式(I)および式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される大環状化合物が提供される。
さらに別の態様によれば、本開示で規定されるライブラリまたは本開示で規定される化合物および1つ以上の複数試料ホルダを含むキットが提供される。
さらなる態様によれば、本開示によるライブラリまたは本開示の化合物を使用する方法が提供され、方法は、生物学的標的を調節する化合物(複数可)の同定を得るために、本開示で記載される任意の化合物を生物学的標的と接触させることを含む。
もう1つの態様によれば、本開示で規定される大環状化合物およびそのライブラリを調製するためのプロセスが提供される。
大環状化合物のそのようなライブラリは、ある範囲の疾患を治療または防止する新規治療薬のための創薬努力において研究ツールとして有用であることが見出された。
スキームの簡単な説明
開示のさらなる特徴および利点は、添付されたスキームにおいて例として示される特定の実施形態の下記記載からより容易に明らかになる。
スキーム1は、本開示のライブラリのための大環状化合物の合成のための一般的合成スキームを示す。
スキーム2は、本開示の4つのビルディングブロック要素を含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
スキーム3は、本開示の追加のビルディングブロックによる側鎖官能化を含む4つのビルディングブロック要素を含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
スキーム4は、本開示の5つのビルディングブロック要素を含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
スキーム5は、本開示の3つのビルディングブロック要素を含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
スキーム6は、本開示の4つのビルディングブロック要素を含む式(I)の大環状化合物の追加の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
スキーム7は、本開示の追加のビルディングブロックによる側鎖官能化を含む5つのビルディングブロック要素を含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
スキーム8は、3つのビルディングブロック要素を含む式(II)の大環状化合物の代表的なライブラリのための合成スキームを示す。
ある範囲の疾患のための新規医薬品の発見のための研究ツールとして有用である、新規大環状化合物およびそのライブラリが提供される。これらの化合物およびライブラリを調製するためのプロセス、ならびにライブラリを使用する方法もまた開発されており、この開示の一部を占める。
そのため、第1の態様では、開示は式(I)の化合物およびそれらの塩からなる群より選択される少なくとも2つの大環状化合物を含むライブラリに関する。
Figure 2019527672
式中:
はN、OおよびNR22からなる群より選択され、ここで、R22は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがNR22である場合、Xはまた、A中に存在すればRおよびRと一緒に、任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、XがNである場合、XはAと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
はOおよびNR23からなる群より選択され、ここで、R23は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがAまたはB中のカルボニル基に結合されていない場合、Xはまた、S(O)q1から選択することができ、ここでq1は0−2であり、R23はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、XがNR23である場合、Xはまた、A中に存在すればR10と、またはB中に存在すればR12aと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
はN、OおよびNR24からなる群より選択され、ここで、R24は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがNR24である場合、Xはまた、B中に存在すればR12b、またはD中に存在すればR15と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、XがNである場合、Xは、Dと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
はOおよびNR25からなる群より選択され、ここでR25は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがD中のカルボニル基に結合されていない場合、XはまたS(O)q2から選択することができ、ここでq2は0−2であり、R25はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、XがNR25である場合、Xはまた、D中に存在すればRまたはR20と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
Aは、XがOまたはNR22である場合、下記からなる群より選択され:
(X)−(CHn1a−(X)、(X)−(CHn1b−X−(CHn1c−(X)、
Figure 2019527672

Aは、XがNである場合、下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、n1aは2−10であり;n2、n3およびn4は独立して0−4であり;n5は0−3であり;n1bおよびn1cは独立して1−4であり;n6a、n6b、n6c、n7a、n7bおよびn7cは独立して2−4であり、X8a、X8b、X8c、X9a、X9bまたはX9cがCHである場合、n6a、n6b、n6c、n7a、n7bおよびn7cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
はO、CH=CH、S(O)q3およびNR26からなる群より選択され、ここでq3は0−2であり、R26は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
およびXは、OおよびNR27からなる群より独立して選択され、ここでR18は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XまたはXがNR27である場合、XおよびXはまた、それぞれ、RおよびRと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
8a、8b、X8c、X9a、9bおよびX9cはCH、OおよびNR28からなる群より独立して選択され、ここでR28は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z10、Z11およびZ12はN、N−OおよびCR29からなる群より独立して選択され、ここでR29は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、およびC−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z、Z、ZおよびZの群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z、Z、ZおよびZの群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに、ここで、Z、Z10、Z11およびZ12の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示し;
Bは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示し;
Dは、XがOまたはNR24である場合、下記からなる群より選択され:
(X)−(CHn8−(X)、(X)−(CHn9a−X10−(CHn9b−(X)、
Figure 2019527672
Dは、XがNである場合、下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、n8は2−10であり;n9aおよびn9bは独立して2−4であり;n10、n11およびn12は独立して0−4であり;n13は0−3であり;n14a、n14bおよびn14cは独立して0−4であり;n15a、n15b、n15c、n16a、n16b、n16c、n17a、n17b、n17c、n18a、n18b、n18c、n19a、n19bおよびn19cは独立して2−4であり、X13a、13b、X13c、X15a、15b、X15c、X16a、16b、X16c、X18a、18bまたはX18cがCHである場合、n15a、n15b、n15c、n17a、n17b、n17c、n18a、n18b、n18c、n19a、n19bおよびn19cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
10はO、CH=CH、S(O)q4およびNR30からなる群より選択され、ここでq4は0−2であり、R30は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
11およびX12はOおよびNR31からなる群より独立して選択され、ここでR31は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X11またはX12がNR28である場合、X11およびX12はまた、それぞれ、R16およびR19と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
13a、X13b、X13c、X15a、X15b、X15c、X16a、X16b、X16c、X18a、X18bおよびX18cはCH、OおよびNR32からなる群より独立して選択され、ここでR32は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
14a、X14bおよびX14cはOおよびNR33からなる群より独立して選択され、ここでR33は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
17a、X17bおよびX17cはO、S(O)q5NR34およびCR3536からなる群より独立して選択され、ここでq5は0−2であり、R34は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;R35は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;ならびにR36は水素およびC−Cアルキルからなる群より選択され;あるいは、R35およびR36は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はN、N−OおよびCR37からなる群より独立して選択され、ここでR37は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、C−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z13、Z14、Z15およびZ16の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z17、Z18、Z19およびZ20の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z21、Z22、Z23およびZ24の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z25、Z26、Z27およびZ28の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z29、Z30、Z31およびZ32の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにここで、Z33、Z34、Z35およびZ36の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示し;
、R、R、R、R、R、R、R、R、R10、R12a、R12b、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、およびR20は下記からなる群より独立して選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;p1、p2、p3、p4およびp5は独立して0−5であり;p6およびp7は独立して0−6であり;
は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
およびWは水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より独立して選択され;
は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
ここで、Rはまた、XがNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、
ここで、Rはまた、XがNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、Rはまた、XがNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R10はまた、XがNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R12aはまた、XがNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R12bはまた、XがNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R15はまた、XがNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R20はまた、XがNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
11a、R11b、R21aおよびR21bは水素、フッ素、C−C10アルキル、C−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。
1つの実施形態では、式(I)中のAは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す。
別の実施形態では、式(I)中のAは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
式中、n2は0であり;n3は0−2であり;XはNHおよびNCHからなる群より選択され;RおよびRは水素であり;R、RおよびRは下記からなる群より独立して選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す。
特定の実施形態では、式(I)中のAは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、XはNであり、(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す。
さらなる実施形態では、式(I)中のDは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
Figure 2019527672
ここで、(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す。
さらに別の実施形態では、式(I)中のDは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
式中、n10は0であり;n11は0−2であり;X11はNHおよびNCHからなる群より選択され;R14およびR17は水素であり;R13、R15およびR16は下記からなる群より独立して選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す。
別の特定の実施形態では、式(I)中のDは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、XはNであり、(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す。
追加の実施形態では、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z10、Z11およびZ12はCR29であり、R29は水素およびハロゲンからなる群より選択される。
他の実施形態では、Z13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はCR37であり、R37は水素およびハロゲンからなる群より選択される。
さらに別の実施形態では、R、R、R、R、R、R、R、R、R、R10、R12a、R12b、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、およびR20は下記からなる群より独立して選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示す。
追加の実施形態では、X、XおよびXはNHおよびNCHからなる群より独立して選択され、XはO、NHおよびNCHからなる群より選択される。
追加の態様として、開示は式(II)の化合物およびそれらの塩からなる群より選択される少なくとも2つの大環状化合物を含むライブラリに関する。
Figure 2019527672
式中:
21はN、OおよびNR49からなる群より選択され、ここでR49は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X21がNR49である場合、X21はまた、G中に存在すればR42と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X21がNである場合、X21は、Gと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
22はOおよびNR50からなる群より選択され、ここでR50は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X22がG中のカルボニル基に結合されていない場合、X22はまた、S(O)q21から選択することができ、ここでq21は0−2であり、R50はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ;
23はOおよびNR51からなる群より選択され、ここでR51は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X23がK中のカルボニル基に結合されていない場合、X23はまた、S(O)q22から選択することができ、ここで、q22は0−2であり、R51はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X23がNR51である場合、X23はまた、R41と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
Aは、X21がOまたはNR49である場合、下記からなる群より選択され:
(X21)−(CHn21a−(X22)、(X21)−(CHn21b−X24−(CHn21c−(X22)、
Figure 2019527672
Aは、X21がNである場合、下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、21aは2−10であり;n22およびn23は独立して0−3であり;n21bおよびn21cは独立して1−4であり;n24a、n24b、n24c、n25a、n25bおよびn25cは独立して2−4であり、X25a、X25b、X25c、X26a、26bまたはX26cがCHである場合、n24a、n24b、n24c、n25a、n25bおよびn25cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
24はO、CH=CH、S(O)q23およびNR52からなる群より選択され、ここでq23は0−2であり、R52は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
25a、X25b、X25c、X26a、X26bおよびX26cはCH、OおよびNR53からなる群より独立して選択され、ここでR53は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52はN、N−OおよびCR54からなる群より独立して選択され、ここでR54は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、C−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z41、Z42、Z43およびZ44の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z45、Z46、Z47およびZ48の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにここで、Z49、Z50、Z51およびZ52の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示し;
Kは、X22がOまたはNR50である場合、下記からなる群より選択され:
(X22)−(CHn26−(X23)、(X22)−(CHn27a−X27−(CHn27b−(X23)、
Figure 2019527672
Kは、X22がNである場合、下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、n26は2−10であり;n27aおよびn27bは独立して2−4であり;n28は0−4であり;n29は0−3であり;n30a、n30bおよびn30cは独立して0−4であり;n31a、n31b、n31c、n32a、n32b、n32c、n33a、n33b、n33c、n34a、n34b、n34c、n35a、n35bおよびn35cは独立して2−4であり、X28a、28b、X28c、X30a、30b、X30c、X31a、31b、X31c、X33a、33bまたはX33cがCHである場合、n31a、n31b、n31c、n33a、n33b、n33c、n34a、n34b、n34c、n35a、n35bおよびn35cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
27はO、CH=CH、S(O)q24およびNR55からなる群より選択され、ここでq24は0−2であり、R55は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
28a、X28b、X28c、X30a、X30b、X30c、X31a、X31b、X31c、X33a、X33bおよびX33cはCH、OおよびNR56からなる群より独立して選択され、ここでR56は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
29a、X29bおよびX29cはOおよびNR57からなる群より独立して選択され、ここでR57は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
32a、X32bおよびX32cはO、S(O)q25、NR58およびCR5960からなる群より独立して選択され、ここでq25は0−2であり、R58は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;R59は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;ならびにR60は水素およびC−Cアルキルからなる群より選択され;または、R59およびR60は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はN、N−OおよびCR61からなる群より独立して選択され、ここでR61は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、C−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z53、Z54、Z55およびZ56の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z57、Z58、Z59およびZ60の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z61、Z62、Z63およびZ64の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z65、Z66、Z67およびZ68の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z69、Z70、Z71およびZ72の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにここで、Z73、Z74、Z75およびZ76の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23への結合部位を示し;
41、R42、R43、R44、R46およびR47は下記からなる群より独立して選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;p11、p12、p13、p14およびp15は独立して0−5であり;p16およびp17は独立して0−6であり;
11は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
12は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
13およびW18は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より独立して選択され;
14は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
15は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
16は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
17は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
ここで、R41はまた、X23がNR51である場合、NR51と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
ここで、R42はまた、X21がNR49である場合、NR49と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
45a、R45b、R48aおよびR48bは水素、フッ素、C−C10アルキル、C−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。
特定の実施形態では、式(II)中のGは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
Figure 2019527672
ここで、(X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示す。
さらなる特定の実施形態では、式(II)中のGは下記であり:
Figure 2019527672
式中、n22は0であり;R44は水素であり、R43は下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示す。
追加の特定の実施形態では、式(II)中のKは下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
Figure 2019527672
ここで、(X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23への結合部位を示す。
さらに追加の特定の実施形態では、式(II)中のKは下記であり:
Figure 2019527672
式中、n28は0であり;R47は水素であり;R46は下記からなる群より選択され:
Figure 2019527672
ここで、(#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23へのKの結合部位を示す。
さらなる実施形態では、Z41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52はCR54であり、R54は水素およびハロゲンからなる群より選択される。
別の実施形態では、Z53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はCR61であり、R61は水素およびハロゲンからなる群より選択される。
追加の実施形態では、X21、X22およびX23はNHおよびNCHからなる群より独立して選択される。
さらに別の実施形態では、本開示のライブラリは、式(I)および式(II)のうちの1つのみから、または前記式の両方から選択される、少なくとも2つの大環状化合物から構成され得る。
関連実施形態では、本開示のライブラリは、二(2)という少数から一万(10,000)超のそのような大環状化合物を含み得る。
追加の実施形態では、ライブラリは、本明細書で規定される構造1401−3813を有するものから選択される大環状化合物から構成される。
さらに追加の実施形態では、ライブラリは、本明細書で規定される構造3816−3975を有するものから選択される大環状化合物から構成される。
さらなる実施形態では、ライブラリは、本明細書で規定される構造3976−4121を有するものから選択される大環状化合物から構成される。
好ましい実施形態では、ライブラリは、別々の個々の大環状化合物として、本明細書で記載される技術を使用して合成することができる。
さらに別の実施形態では、ライブラリは、少なくとも2つの大環状化合物の混合物として合成される。
さらなる実施形態では、ライブラリ内の大環状化合物は、それらが開示で記載される調製方法から得られるように、固体(粉末、塩、結晶、アモルファス材料など)、シロップまたは油として提供される。
異なる実施形態では、ライブラリ内の大環状化合物は、適切な有機、水性または混合溶媒、溶媒系またはバッファー中で溶解されて提供される。
好ましい実施形態では、ライブラリ内の大環状化合物を溶解するために使用される有機溶媒はDMSOである。DMSO中での化合物の得られた濃度は、0.001〜100mMであってもよい。
ライブラリの使用に関連する一実施形態では、大環状化合物は少なくとも1つの複数試料ホルダ、例えばマイクロタイタープレートまたは小型チップ中に分配される。ほとんどの使用について、この分配はHTSで使用される自動システムと適合可能なアレイフォーマットで実施される。
関連実施形態では、この分配は、少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料における単一の、別々の化合物として、または、少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の混合物として実施され得る。
さらなる実施形態では、少なくとも1つの複数試料ホルダは、96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートであり、それらはHTSにおいて典型的に使用されるサイズであるが、他の数のウェルもまた、専門的なアッセイまたは機器のために使用され得る。
別の態様では、開示は、本明細書で記載される大環状化合物のライブラリおよび少なくとも1つの複数試料ホルダを含むキットに関する。
一実施形態では、キット内の1つの複数試料ホルダは、96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである。
他の実施形態では、キット内のライブラリは、少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の個々の化合物として、または、少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の1を超える化合物として分配される。
追加の態様では、開示は、式(I)および式(II)により表される大環状化合物およびその塩に関する。
特定の実施形態では、開示で規定される構造1401−3813を有する大環状化合物およびそれらの薬学的に許容される塩が提供される。
他の特定の実施形態では、開示で規定される構造3816−3975を有する大環状化合物およびそれらの薬学的に許容される塩が提供される。
さらに追加の特定の実施形態では、開示で規定される構造3976−4121を有する大環状化合物およびそれらの薬学的に許容される塩が提供される。
さらなる態様では、開示は、生物学的標的を調節する特定の化合物の同定のために、ライブラリの化合物を前記標的と接触させることにより、式(I)および式(II)の大環状化合物およびそれらの塩のライブラリを使用する方法に関する。これは、ほとんどの場合HTSアッセイを使用して実施されるが、低または中スループットアッセイにおいて実施してもよい。開示のライブラリはこれらのアッセイにおいて全体としてまたは一部で試験することができ、他の化合物およびライブラリの試験と別々にまたは同時に試験することができる。
一実施形態では、生物学的標的は、任意の公知のクラスの薬理学的標的、例えば、限定はされないが、酵素、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用および核酸−タンパク質相互作用から選択される。酵素としては、プロテアーゼ、キナーゼ、エステラーゼ、アミダーゼ、デヒドロゲナーゼ、エンドヌクレアーゼ、ヒドロラーゼ、リパーゼ、ホスファターゼ、コンバターゼ、シンテターゼおよびトランスフェラーゼが挙げられるが、それらに限定されない。HTSアッセイはこれらの標的クラスの全てについて開発されてきたので、標的の性質は本開示のライブラリの使用における制限因子ではない。さらに、このレベルの経験が仮定されれば、創薬プログラムにおいて使用するために同定され、特徴付けられる新規標的のためにそのようなアッセイを開発するのは当業者の範囲内である。
さらなる実施形態では、ライブラリを使用する方法における調節は、特定の標的および関連疾患状態によって、対象となり得る活性のこれらの型の各々の受容体活性化作用、拮抗作用、受容体逆活性化作用、活性化、阻害または部分変形である。
他の実施形態では、ライブラリを使用する方法において研究される調節および生物学的標的は、広範囲の医学的状態の治療および防止への関連性を有し得る。そのようなものとして、本開示のライブラリは、新規医薬品の発見への広い適用性を有する。
追加の態様では、開示は、式(I)および式(II)の大環状化合物およびそのような大環状化合物のライブラリを調製するためのプロセスを提供する。
特定の実施形態では、プロセスは下記工程を含む:
個々の多官能性、保護ビルディングブロックの合成;
反応性官能基の選択的脱保護、続いて付着のサイクルを有する逐次様式での、3〜8つのビルディングブロックからの構築;
構築されたビルディングブロック構造の2つの反応性官能基の選択的脱保護、続いて環化;
環化生成物からの残りの全ての保護基の除去;ならびに
任意で、精製。
ライブラリに適用可能な別の実施形態では、プロセスは、最終大環状分子化合物の、スクリーニングに好適なフォーマット中への分配をさらに含む。
追加の実施形態では、上記工程の1つ以上は固相上で実施される。特に、ビルディングブロックの構築は優先的に固相上で実施される。
さらなる実施形態では、各個々のビルディングブロックの付着は、アミド結合形成、還元的アミノ化、光延反応およびその変形、例えば福山−光延反応、ならびに求核置換から独立して選択される反応を用いて実施される。
別に規定されない限り、本明細書で使用される全ての技術および科学用語は、この開示が属する分野の当業者により普通に理解されるのと同じ意味を有する。
「アルキル」という用語は、1〜20個の炭素原子、場合によっては1〜8個の炭素原子を有する、直鎖もしくは分枝鎖飽和または部分不飽和炭化水素基を示す。アルキル基の例としては、メチル、エチル、イソプロピル、tert−ブチル、3−ヘキセニル、および2−ブチニルが挙げられるが、それらに限定されない。「不飽和」により、1、2または3個の二重または三重結合、またはその2つの組み合わせの存在が意味される。そのようなアルキル基はまた、以下で記載されるように、任意で置換され得る。
添字がアルキル基または本明細書で規定される他の炭化水素基に関連して使用される場合、添字は、その基が含み得る炭素原子の数を示す。例えば、「C−Cアルキル」は、2、3または4個の炭素原子を有するアルキル基を示す。
「シクロアルキル」という用語は、環内に3〜15個、場合によっては3〜7個の炭素原子を有する飽和または部分不飽和環状炭化水素基、ならびに、前記環状炭化水素基を含むアルキル基を示す。シクロアルキル基の例としては、シクロプロピル、シクロプロピルメチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、2−(シクロヘキシル)エチル、シクロヘプチル、およびシクロヘキセニルが挙げられるが、それらに限定されない。本明細書で規定されるシクロアルキルはまた、複数の炭素環を有する基も含み、その各々は飽和または部分不飽和であってもよく、例えばデカリニル、[2.2.1]−ビシクロヘプタニルまたはアダマンタニルである。全てのそのようなシクロアルキル基はまた、以下で記載されるように、任意で置換され得る。
「芳香族」という用語は、4n+2電子を含む共役π電子系を有する不飽和環状炭化水素基を示し、ここで、nは1以上の整数である。芳香族分子は典型的には安定であり、交互になった二重結合と単結合から構成される共鳴構造を有する原子の平面環として描かれ、例えばベンゼンまたはナフタレンである。
「アリール」という用語は、6〜15個、場合によっては6〜10個の環原子を有する単一または縮合炭素環系の芳香族基、および前記芳香族基を含むアルキル基を示す。アリール基の例としては、フェニル、1−ナフチル、2−ナフチルおよびベンジルが挙げられるが、それらに限定されない。本明細書で規定されるアリールはまた、ナフチルおよびアントラセニルにおけるように縮合されてもよい、または、ビフェニルおよびテルフェニルにおけるように縮合されていない複数のアリール環を有する基を含む。アリールはまた、二環式または三環式炭素環を示し、ここで、環の1つは芳香族であり、その他のものは飽和、部分不飽和または芳香族であってもよく、例えば、インダニルまたはテトラヒドロナフチル(テトラリニル)である。全てのそのようなアリール基はまた、以下で記載されるように、任意で置換され得る。
「複素環」または「複素環式」という用語は、3〜15個、場合によっては3〜7個の原子を有し、環のうちの少なくとも1つにおいて少なくとも1つのヘテロ原子を有する、非芳香族飽和または部分不飽和環または環系を示し、前記ヘテロ原子はO、SまたはNから選択される。複素環基の各環は、1または2つのO原子、1または2つのS原子、1〜4つのN原子を含むことができ、ただし、各環内のヘテロ原子の総数が4以下であり、各環は少なくとも1つの炭素原子を含むことを条件とする。複素環基を完成する縮合環は、炭素原子だけを含んでもよく、および飽和または部分不飽和であってもよい。NおよびS原子は任意で酸化されてもよく、N原子は任意で四級化されてもよい。非芳香族複素環基の例としては、非制限的様式で、ピロリジニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、およびイミダゾリジニルが挙げられる。全てのそのような複素環基はまた、以下で記載されるように、任意で置換され得る。
「ヘテロアリール」という用語は、5〜15個、場合によっては5〜10個の環原子を有し、環の少なくとも1つにおいて少なくとも1つのヘテロ原子を有する、単一または縮合環系での芳香族基を示し、前記ヘテロ原子はO、SまたはNから選択される。ヘテロアリール基の各環は、1または2つのO原子、1または2つのS原子、1〜4つのN原子を含むことができ、ただし、各環内のヘテロ原子の総数は4以下であり、および、各環は少なくとも1つの炭素原子を含むことを条件とする。二環または三環基を完成する縮合環は炭素原子のみを含んでもよく、および、飽和、部分不飽和または芳香族であってもよい。窒素原子の孤立電子対が芳香族π電子系を完成させるのに関与していない構造では、N原子は任意で四級化され、またはN−オキシドに酸化されてもよい。ヘテロアリールはまた、前記環状基を含むアルキル基を示す。単環式ヘテロアリール基の例としては、ピロリル、ピラゾリル、ピラゾリニル、イミダゾリル、オキサゾリル、イソキサゾリル、チアゾリル、チアジアゾリル、イソチアゾリル、フラニル、チエニル、オキサジアゾリル、ピリジル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、およびトリアジニルが挙げられるが、それらに限定されない。二環式ヘテロアリール基の例としては、インドリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾキサゾリル、ベンゾチエニル、キノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、イソキノリニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾピラニル、インドリジニル、ベンゾフラニル、イソベンゾフラニル、クロモニル、クマリニル、ベンゾピラニル、シノリニル、キノキサリニル、インダゾリル、プリニル、ピロロピリジニル、フロピリジニル、チエノピリジニル、ジヒドロイソインドリル、およびテトラヒドロキノリニルが挙げられるが、それらに限定されない。三環式ヘテロアリール基の例としては、カルバゾリル、ベンズインドリル、フェナントロリニル、アクリジニル、フェナントリジニル、およびキサンテニルが挙げられるが、それらに限定されない。全てのそのようなヘテロアリール基はまた、以下で記載されるように、任意で置換され得る。
「アルコキシ」または「アルコキシル」という用語は、−OR基を示し、ここで、Rはアルキル、シクロアルキルまたは複素環である。例としてはメトキシ、エトキシ、tert−ブトキシ、シクロヘキシルオキシおよびテトラヒドロピラニルオキシが挙げられるが、それらに限定されない。
「アリールオキシ」という用語は、−OR基を示し、ここで、Rはアリールまたはヘテロアリールである。例としては、フェノキシ、ベンジルオキシおよび2−ナフチルオキシが挙げられるが、それらに限定されない。
「アシル」という用語は、−C(=O)−R基を示し、ここで、Rはアルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールである。例としては、アセチル、ベンゾイルおよびフロイルが挙げられるが、それらに限定されない。
「アミノアシル」という用語は、後で規定されるアミノ酸から誘導されるアシル基を示す。
「アミノ」という用語は、−NR基を示し、ここで、RおよびRは、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールおよびヘテロアリールからなる群より独立して選択される。あるいは、RおよびRは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意で、O、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。
「アミド」という用語は、−C(=O)−NR基を示し、ここで、RおよびRは、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールおよびヘテロアリールからなる群より独立して選択される。あるいは、RおよびRは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意で、O、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。
「アミジノ」という用語は、−C(=NR)NR基を示し、ここで、Rは水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールおよびヘテロアリールからなる群より選択され;ならびにRおよびRは、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールおよびヘテロアリールからなる群より独立して選択される。あるいは、RおよびRは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意で、O、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。
「カルボキシアルキル」という用語は、−CO基を示し、ここで、Rはアルキル、シクロアルキルまたは複素環である。
「カルボキシアリール」という用語は、−CO基を示し、ここで、Rはアリールまたはヘテロアリールである。
「オキソ」という用語は、二価基=Oを示し、これは同じ炭素上の2つの水素原子の代わりに置換され、カルボニル基を形成する。
「メルカプト」という用語は、−SR基を示し、ここで、Rは水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールである。
「スルフィニル」という用語は、−S(=O)R基を示し、ここで、Rはアルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールである。
「スルホニル」という用語は、−S(=O)q1基を示し、ここで、Rq1はアルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールである。
「アミノスルホニル」という用語は、−NRq2−S(=O)−Rq3基を示し、ここで、Rq2は、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールであり;ならびにRq3はアルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールである。
「スルホンアミド」という用語は、−S(=O)−NR基を示し、ここで、RおよびRは、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールからなる群より独立して選択される。あるいは、RおよびRは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意でO、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。
「カルバモイル」という用語は、式−N(R)−C(=O)−ORの基を示し、ここで、Rは水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールから選択され;ならびに、Rはアルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールから選択される。
「グアニジノ」という用語は、式−N(R)−C(=NR)−NRの基を示し、ここで、R、R、RおよびRは、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールから独立して選択される。あるいは、RおよびRは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意で、O、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。
「ウレイド」という用語は、式−N(R)−C(=O)−NRaabbの基を示し、ここで、R、RaaおよびRbbは、水素、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリールから独立して選択される。あるいは、RaaおよびRbbは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意で、O、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。
「任意で置換された」という表現は、任意的な置換基が明確に特定されない限り、特定の基が非置換であり、または1つ以上の好適な置換基により置換されたことを示すことが意図され、この場合、その用語は、基が非置換であり、または特定の置換基で置換されたことを示す。上記で規定されるように、本明細書で別記されない限り(例えば、特定の基が非置換であることを示すことにより)、様々な基は非置換であってもよく、または置換されてもよい(すなわち、それらは任意で置換される)。
「置換された」という用語は、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールおよびヘテロアリールという用語と使用される場合、基の水素原子の1つ以上が、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、ハロ、オキソ、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノ、ウレイドならびに式−NRccC(=O)Rdd、−NReeC(=NRff)Rgg、−OC(=O)NRhhii、−OC(=O)Rjj、−OC(=O)ORkk、−NRmmSOnn、または−NRppSONRqqrrの基から独立して選択される置換基により置き換えられている、アルキル、シクロアルキル、複素環、アリールまたはヘテロアリール基を示し、ここで、Rcc、Rdd、Ree、Rff、Rgg、Rhh、Rii、Rjj、Rmm、Rpp、RqqおよびRrrは、水素、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリールまたは非置換ヘテロアリールから独立して選択され;ならびにここで、RkkおよびRnnは、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリールまたは非置換ヘテロアリールから独立して選択される。あるいは、RggおよびRhh、RjjおよびRkkまたはRppおよびRqqは一緒に、任意で、非置換アルキル、非置換シクロアルキル、非置換複素環、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アミノ、アミド、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、メルカプト、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アミジノ、カルバモイル、グアニジノまたはウレイドで置換され、任意で、O、SまたはNから選択される1〜3つの追加のヘテロ原子を含む、3〜8員の複素環を形成する。加えて、アリールおよびヘテロアリール基についての「置換された」という用語は、選択肢として、基の水素原子の1つがシアノ、ニトロまたはトリフルオロメチルにより置き換えられていることを含む。
置換は、任意の原子の標準原子価を超えず、置換により安定化合物が得られるという条件で実施される。一般に、基の置換形態が存在する場合、そのような置換された基は、好ましくは、さらに置換されず、または、置換される場合、置換基は限られた数の置換基のみ、場合によっては1、2、3または4つのそのような置換基を含む。
任意の変数が本明細書内の任意の構成要素または任意の式において1回を超えて生じる場合、各事象でのその定義は、他の全ての事象でのその定義とは独立している。また、置換基および/または変数の組み合わせは、そのような組み合わせにより安定化合物が得られる場合のみ許容される。
「安定化合物」または「安定構造」は、有用な程度の純度までの単離および有効な治療薬への製剤化を耐え抜くのに十分頑強である化合物を示す。
「アミノ酸」という用語は、当業者に知られている、普通の天然(遺伝学的にコードされた)または合成アミノ酸およびその普通の誘導体を示す。アミノ酸に適用される場合、「標準」または「タンパク質原性」は、それらの天然立体配置の遺伝学的にコードされた20のアミノ酸を示す。同様に、アミノ酸に適用される場合、「非標準」、「非天然」または「異常」は、天然ではない、希な、または合成アミノ酸、例えばHunt, S.によりChemistry and Biochemistry of the Amino Acids, Barrett, G.C.,ed., Chapman and Hall: New York, 1985において記載されるものの広い選択を示す。
「アミノ酸側鎖」という用語は、標準または非天然アミノ酸由来の任意の側鎖を示し、RAAで示される。例えば、アラニンの側鎖はメチルであり、バリンの側鎖はイソプロピルであり、トリプトファンの側鎖は3インドリルメチルである。
「アクチベーター」という用語は、タンパク質、受容体、酵素、相互作用、などの正常活性を増加させる化合物を示す。
「アゴニスト」という用語は、タンパク質、受容体、酵素、相互作用、などの内在性リガンドの効果の少なくともいくらかを二倍にする化合物を示す。
「アンタゴニスト」という用語は、タンパク質、受容体、酵素、相互作用、などの内在性リガンドの効果の少なくともいくらかを低減させる化合物を示す。
「阻害剤」という用語は、タンパク質、受容体、酵素、相互作用、などの正常活性を低減させる化合物を示す。
「インバースアゴニスト」という用語は、構成的活性型受容体の活性をその基礎レベル未満に低減させる化合物を示す。
「ライブラリ」という用語は、化学化合物のコレクションを示す。
「モジュレーター」という用語は、生物または化学プロセスまたはメカニズムに効果を付与する化合物を示す。例えば、モジュレーターは、生物または化学プロセスまたはメカニズムを増加させる、促進する、上方制御する、活性化する、阻害する、減少させる、ブロックする、防止する、遅延させる、脱感作する、非活性化する、下方制御する、などしてもよい。したがって、モジュレーターは「アゴニスト」または「アンタゴニスト」とすることができる。モジュレーターにより影響される例示的な生物プロセスまたはメカニズムとしては、酵素結合、受容体結合およびホルモン放出または分泌が挙げられるが、それらに限定されない。モジュレーターにより影響される例示的な化学プロセスまたはメカニズムとしては、触媒作用および加水分解が挙げられるが、それらに限定されない。
「ペプチド」という用語は、アミド結合を使用して一緒に共有結合された少なくとも2つのアミノ酸を含む化学化合物を示す。「ペプチド性」という関連用語は、ペプチドの構造特性を有する化合物を示す。
「ペプチド模倣物」という用語は、ペプチドを模倣するように設計されたが、その活性または他の特性、例えば溶解度、代謝安定性、経口バイオアベイラビリティ、親油性、透過性、などを調節するために、ペプチドの1つ以上の官能基の付加または置き換えによる構造的差異を含む化学化合物を示す。これは、ペプチド結合の置き換え、側鎖修飾、トランケーション、官能基の付加、などを含むことができる。化学構造がペプチド由来ではないが、その活性を模倣している場合、それはしばしば、「非ペプチドペプチド模倣物」と呼ばれる。
「ペプチド結合」という用語は、アミド[−C(=O)−NH−]官能基を示し、これにより、個々のアミノ酸が典型的にはペプチド内で互いに共有結合される。
「保護基」という用語は、分子上の潜在的反応性官能基、例えばアミン、ヒドロキシルまたはカルボキシルが、化学変化がその分子内のどこかで起きている間、化学反応を受けないように防止するために使用され得る任意の化学化合物を示す。多くのそのような保護基は当業者に知られており、例はProtective Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. Wuts, eds., John Wiley & Sons, New York, 第4版, 2006, 1082 pp, ISBN 9780471697541において見出すことができる。アミノ保護基の例としては、フタルイミド、トリクロロアセチル、ベンジルオキシカルボニル、tertブトキシカルボニル、およびアダマンチル−オキシカルボニルが挙げられるが、それらに限定されない。いくつかの実施形態では、アミノ保護基はカルバメートアミノ保護基であり、それらは、アミノ基に結合されると、カルバメートを形成するアミノ保護基として規定される。他の実施形態では、アミノカルバメート保護基はアリルオキシカルボニル(Alloc)、ベンジルオキシカルボニル(Cbz)、9フルオレニルメトキシカルボニル(Fmoc)、tert−ブトキシカルボニル(Boc)およびα,αジメチル−3,5ジメトキシベンジルオキシカルボニル(Ddz)である。より新しい窒素保護基の最近の議論については、下記を参照されたい:Tetrahedron 2000, 56, 2339−2358。ヒドロキシル保護基の例としては、アセチル、tert−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、トリチル(Trt)、tert−ブチル、およびテトラヒドロピラニル(THP)が挙げられるが、それらに限定されない。カルボキシル保護基の例としては、メチルエステル、tert−ブチルエステル、ベンジルエステル、トリメチルシリルエチルエステル、および2,2,2−トリクロロエチルエステルが挙げられるが、それらに限定されない。保護基は本明細書ではPGとして指定され、同じ分子内に1を超えるものが存在する場合、または複数の保護基が特定の反応スキームにおいて使用される場合、添字を有する。後者の場合のみ、スキーム内の異なるPG指定が同じ保護基を示す可能性がある。
「オルソゴナル」という用語は、保護基に適用される場合、1つ以上の他の保護基の存在下で、同じ型の化学官能基を保護している場合であっても、選択的に脱保護させることができるものを示す。例えば、アリルエステルは、Pd(0)の使用により、他のエステル保護基の存在下で除去することができる。
「固相化学」という用語は、反応の1つの成分がポリマ材料(以下で規定される固体支持体)に共有結合されている、化学反応の実施を示す。固相上で化学を実施するための反応方法は、より広く知られるようになっており、ペプチドおよびオリゴヌクレオチド化学の伝統的分野の外で確立されている(Solid−Phase Synthesis: A Practical Guide, F. Albericio, ed., CRC Press, 2000, 848 pp, ISBN: 978−0824703592; Organic Synthesis on Solid Phase, 第2版, Florencio Zaragoza Dorwald, Wiley−VCH, 2002, 530 pp, ISBN: 3−527−30603−X; Solid−Phase Organic Synthesis: Concepts, Strategies, and Applications, P. H. Toy, Y. Lam, eds., Wiley, 2012, 568 pp, ISBN: 978−0470599143)。
「固体支持体」、「固相」または「樹脂」という用語は、固相化学を実施するために使用される機械的および化学的に安定なポリママトリクスを示す。これは「樹脂」、「P−」または下記シンボルにより示される:
Figure 2019527672
適切なポリマ材料の例としては下記が挙げられるが、それらに限定されない:ポリスチレン、ポリエチレン、ポリエチレングリコール(PEG、例えば、限定はされないが、ChemMatrix(登録商標)(Matrix Innovation, Quebec, Quebec, Canada; J. Comb. Chem. 2006, 8, 213−220))、ポリスチレンにグラフトまたは共有結合されたポリエチレングリコール(PEG−ポリスチレンとも呼ばれる、TentaGel(商標)、Rapp, W.; Zhang, L; Bayer, E. In Innovations and Perspectives in Solid Phase Synthesis. Peptides, Polypeptides and Oligonucleotides; Epton, R., ed.; SPCC Ltd.: Birmingham, UK; p 205)、ポリアクリレート(CLEAR(商標))、ポリアクリルアミド、ポリウレタン、PEGA[ポリエチレングリコールポリ(N,Nジメチル−アクリルアミド)コ−ポリマ、Tetrahedron Lett. 1992, 33, 3077−3080]、セルロース、など。これらの材料は、任意で、構造を機械的に安定化するために架橋結合を形成するための追加の化学薬品を含むことができ、例えば、ジビニルベンゼン(DVB、通常0.1−5%、好ましくは0.5−2%)と架橋されたポリスチレンである。この固体支持体は、非限定的な例として、アミノメチルポリスチレン、ヒドロキシメチルポリスチレン、ベンズヒドリルアミンポリスチレン(BHA)、メチルベンズヒドリルアミン(MBHA)ポリスチレン、およびさらなる誘導体化または反応のために、遊離化学官能基、最も典型的には、NHまたは−OHを含有する、他のポリマバックボーンを含むことができる。その用語はまた、これらの官能基の高い割合(「ローディング」)を有する「ウルトラレジン」、例えばポリエチレンイミンおよび架橋分子から調製されるものを含むことが意味される(J. Comb. Chem. 2004, 6, 340−349)。合成の終わりに、樹脂は典型的には廃棄されるが、それらはリサイクルすることができることが示されている(Tetrahedron Lett. 1975, 16, 3055)。
一般に、樹脂として使用される材料は不溶性ポリマであるが、ある一定のポリマは、溶媒によって異なる溶解度を有し、それらもまた固相化学のために使用され得る。例えば、ポリエチレングリコールはこのように使用することができ、というのも、それは化学反応を実施することができる多くの有機溶媒に可溶性であるが、ジエチルエーテルなどの他のものには不溶性であるからである。よって、反応は溶液中で均質に実施することができ、その後、ポリマ上の生成物はジエチルエーテルの添加により沈殿し、固体として処理される。これは「液相」化学と呼ばれている。
「リンカー」という用語は、固相化学に関連して使用される場合、典型的には、基質の固体支持体からの放出(切断)を可能にするために、固体支持体に共有結合され、支持体と基質の間に付着される化学基を示す。しかしながら、それはまた、固体支持体への結合に安定性を付与するため、または、単にスペーサ要素として使用することができる。多くの固体支持体はリンカーがすでに付着されて市販されている。
アミノ酸について使用される略語およびペプチドの指定は、J. Biol. Chem. 1972, 247, 977−983におけるIUPAC−IUBの生化学命名法委員会の規則に従う。この文書は更新されている: Biochem. J., 1984, 219, 345−373; Eur. J. Biochem., 1984, 138, 9−37; 1985, 152, 1; Int. J. Pept. Prot. Res., 1984, 24, p84以降; J. Biol. Chem., 1985, 260, 14−42; Pure Appl. Chem. 1984, 56, 595−624; Amino Acids and Peptides, 1985, 16, 387−410;およびBiochemical Nomenclature and Related Documents, 第2版, Portland Press, 1992, pp 39−67。規則の拡張はJCBN/NC−IUB Newsletter 1985, 1986, 1989において公開され;Biochemical Nomenclature and Related Documents, 第2版, Portland Press, 1992, pp 68−69を参照されたい。
本文書において使用される「本開示の化合物(複数可)および/または組成物(複数可)」という表現は、開示で提示される式(I)の化合物、その異性体、例えば立体異性体(例えば、鏡像異性体、ジアステレオ異性体、ラセミ混合物を含む)または互変異性体を、またはこれらの化合物の薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物および/またはプロドラッグ、これらの後者の化合物の異性体、またはこれらの後者の化合物のラセミ混合物を、および/または本開示で前に指示されたそのような化合物(複数可)と共に作られた組成物(複数可)を示す。「本開示の化合物(複数可)」という表現はまた、本段落で言及される様々な化合物または変形物の混合物を示す。「本開示のライブラリ(複数可)」という表現は、本開示の2つ以上の個々の化合物のコレクション、または本開示の化合物の2つ以上の混合物のコレクションを示す。
本開示は、その中で記載される化合物の異性体、ラセミ混合物、薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物およびプロドラッグならびに少なくとも2つのそのような実体を含む混合物を含むことが明確になる。
開示のライブラリを構成する大環状化合物は、少なくとも1つの不斉中心を有し得る。本文書による化合物が1を超える不斉中心を有する場合、それらはジアステレオマーとして存在し得る。全てのそのような異性体および任意の割合のそれらの混合物は本開示の範囲内に包含されることが理解されるべきである。本開示の化合物の立体化学は、本明細書で列挙される任意の所定の化合物について提供される通りとすることができるが、開示のそのような化合物は、ある一定量(例えば、30%未満、20%未満、10%未満、または5%未満)の、別の立体化学を有する本開示の化合物を含み得ることが理解されるべきである。
「薬学的に許容される」という表現は、被験体、例えば動物またはヒトの治療と適合可能であることを意味する。
「薬学的に許容される塩」という表現は、被験体、例えば動物またはヒトの治療に好適で、またはこれと適合可能である酸付加塩または塩基付加塩を意味する。
本明細書で使用される「薬学的に許容される酸付加塩」という表現は、本開示の任意の化合物、またはその中間体のいずれかの任意の無毒性有機または無機塩を意味する。好適な塩を形成する例示的な無機酸としては、塩酸、臭化水素酸、硫酸およびリン酸、ならびに金属塩、例えばオルトリン酸一水素ナトリウムおよび硫酸水素カリウムが挙げられる。好適な塩を形成する例示的な有機酸としては、モノ、ジ、およびトリカルボン酸、例えばグリコール酸、乳酸、ピルビン酸、マロン酸、コハク酸、グルタル酸、フマル酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、アスコルビン酸、マレイン酸、安息香酸、フェニル酢酸、桂皮酸およびサリチル酸、ならびにスルホン酸、例えばp−トルエンスルホン酸およびメタンスルホン酸が挙げられる。一または二酸塩のいずれかは形成することができ、そのような塩は、水和、溶媒和または実質的に無水形態のいずれかで存在し得る。一般に、本開示の化合物の酸付加塩は水および様々な親水性有機溶媒中でより可溶性であり、一般にそれらの遊離塩基形態と比べてより高い融点を示す。適切な塩の選択は当業者に知られている。他の非薬学的に許容される塩、例えばシュウ酸塩が、例えば、本開示の化合物の単離において、実験用に、または、薬学的に許容される酸付加塩へのその後の変換のために使用され得る。
本明細書で使用される「薬学的に許容される塩基付加塩」という用語は、開示の任意の酸化合物、またはその中間体のいずれかの任意の無毒性有機または無機塩基付加塩を意味する。塩基付加塩を形成し得る開示の酸性化合物としては、例えば、COHが官能基であるものが挙げられる。好適な塩を形成する例示的な無機塩基としては、水酸化リチウム、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムまたはバリウムが挙げられる。好適な塩を形成する例示的な有機塩基としては、脂肪族、脂環式または芳香族有機アミン、例えばメチルアミン、トリメチルアミンおよびピコリンまたはアンモニアが挙げられる。適切な塩の選択は当業者に知られている。他の非薬学的に許容される塩基付加塩が、例えば、本開示の化合物の単離において、実験用に、または、薬学的に許容される酸付加塩へのその後の変換のために使用され得る。
所望の化合物塩の形成は標準技術を使用して達成される。例えば、中性化合物は酸または塩基で好適な溶媒中にて処理され、形成された塩は、濾過、抽出または任意の他の好適な方法により単離される。
所望の化合物塩の形成は標準技術を使用して達成される。例えば、中性化合物は酸または塩基で好適な溶媒中にて処理され、形成された塩は、濾過、抽出または任意の他の好適な方法により単離される。
本明細書で使用される「溶媒和物」という用語は、本開示の化合物を意味し、ここで、好適な溶媒の分子が、結晶格子中に組み込まれている。好適な溶媒は、投与される投与量で生理的に容認される。好適な溶媒の例はエタノール、水などである。水が溶媒である場合、分子は「水和物」と呼ばれる。本開示の化合物の溶媒和物の形成は、化合物および溶媒和物によって変動する。一般に、溶媒和物は、化合物を適切な溶媒に溶解し、冷却またはアンチソルベントを使用することにより溶媒和物を単離することにより形成される。溶媒和物は典型的には周囲条件下で乾燥されまたは共沸混合される。
「適切な」および「好適な」という用語は、特別な基または条件の選択は、実施される特定の合成操作および分子のアイデンティティに依存するが、選択は十分、当技術分野における訓練を受けた人の技術の範囲内であることを意味する。本明細書で記載される全てのプロセス工程は、示される生成物を提供するのに好適な条件下で実施されるべきである。当業者であれば、例えば、反応溶媒、反応時間、反応温度、反応圧力、反応物比および反応が無水または不活性雰囲気下で実施されるべきか否かを含む全ての反応条件は、所望の生成物の収率を最適化するように変化させることができ、そのようにすることは、彼等の技術の範囲内であることを理解するであろう。
本開示の化合物はプロドラッグを含む。一般に、そのようなプロドラッグはこれらの化合物の官能性誘導体であり、それらはインビボで容易に、それが名目上そこから誘導された化合物に変換可能である。本開示の化合物のプロドラッグは、利用可能なヒドロキシ、またはアミノ基と共に形成された従来のエステルであってもよい。例えば、本開示の化合物中の利用可能なOHまたは窒素は、塩基の存在下、任意で、不活性溶媒中の活性酸(例えば、ピリジン中の酸塩化物)を使用してアシル化されてもよい。プロドラッグとして利用されてきたいくつかの普通のエステルは、フェニルエステル、脂肪族(C−C24)エステル、アシルオキシメチルエステル、カルバメートおよびアミノ酸エステルである。場合によっては、本開示の化合物のプロドラッグは、化合物中のヒドロキシ基の1つ以上がインビボでヒドロキシ基に変換させることができる基としてマスクされたものである。好適なプロドラッグの選択および調製のための従来の手順は、例えば、Design of Prodrugs, ed. H. Bundgaard, Elsevier Science Ltd., 1985, 370 pp, ISBN 978−0444806758に記載される。
本開示の化合物は放射標識形態、例えば、構造内にH、H、14C、15N、または放射性ハロゲン、例えば125Iを組み入れることにより標識された化合物を含む。本開示の化合物の放射標識化合物は、当技術分野で知られている標準方法を使用して調製され得る。
本明細書で使用される「被験体」という用語は、ヒトを含む動物界の全てのメンバーを含む。
本開示の化合物または組成物の「治療的有効量」、「有効量」または「十分量」という表現は、哺乳類、例えばヒトを含む被験体に投与された場合、有益なまたは所望の結果、例えば臨床結果を達成するのに十分な量であり、そのようなものとして、「有効量」またはその同義語はそれが適用される状況に依存する。例えば、癌の治療との関連では、例えば、それは、化合物または組成物の投与なしで得られる応答と比べて、癌のそのような治療を達成するのに十分な化合物または組成物の量である。有効量に対応する、本開示の所定の化合物または組成物の量は、様々な因子、例えば与えられる薬物または化合物、医薬製剤、投与経路、疾患または障害の型、治療される被験体または宿主のアイデンティティ、などによって変動するであろうが、それにもかかわらず、当業者によりルーチン的に決定することができる。また、本明細書で使用されるように、本開示の化合物または組成物の「治療的有効量」、「有効量」または「十分量」は、対照と比べて、被験体において、癌を阻害し、抑制し、または低減させる量である(例えば、臨床症状または癌細胞の量により決定される)。
本明細書で使用されるように、かつ当技術分野においてよく理解されるように、「治療」または「治療すること」は、有益なまたは所望の結果、例えば臨床結果を得るためのアプローチである。有益なまたは所望の臨床結果としては、1つ以上の症状または病状の軽減または寛解、疾患の程度の縮小、疾患の安定化(すなわち悪化なし)状態、疾患の蔓延の防止、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の寛解または緩和、および緩解(一部か全体かに関係なく)が挙げられるが、それらに限定されず、それは、検出可能か検出不能かに関係ない。「治療」または「治療すること」はまた、治療を受けない場合に予想される生存と比べて、生存を延長させることを意味することができる。
疾患または障害を「緩和すること」は、障害を治療しないのと比べて、障害または疾患状態の程度および/または望ましくない臨床症状が低下され、および/または、進行の時間経過が減速または長期化されることを意味する。
本明細書で使用される「その誘導体」という表現は、化合物に言及する場合、類似の反応性を有し、同じ所望の結果を得るためにその化合物の代わりとして使用することができる、その化合物の誘導体を意味する。
本開示の範囲の理解においては、本明細書で使用される「を含む」という用語およびその派生語は、明言された特徴、要素、成分、基、整数、および/または工程の存在を特定するが、他の明言されていない特徴、要素、成分、基、整数、および/または工程の存在を排除しない制約のない用語であることが意図される。前記はまた、同様の意味を有する単語、例えば、「含有する」、「有する」という用語およびそれらの派生語にも当てはまる。最後に、本明細書で使用される程度の用語、例えば「実質的に」、「約」および「およそ」は、修飾された用語の逸脱の合理的な量を意味し、そのため、最終結果は有意には変化されない。これらの程度の用語は、この逸脱が、それが修飾する単語の意味を無効にしない限り、修飾された用語の少なくとも±5%の逸脱を含むものとして解釈されるべきである。
本開示の大環状化合物およびライブラリのさらなる特徴および利点は、合成方法、分析手順および使用方法の下記記載からより容易に明らかになるであろう。
1.合成方法
A.一般的合成情報
試薬および溶媒は試薬品質またはそれ以上を有し、別記されない限り、様々な商業的供給元から得られたまま使用された。ある一定の試薬については、供給元の数が制限される場合、起源が示され得る。溶媒、例えばDMF、DCM、DMEおよびTHFは、DriSolv(登録商標)、OmniSolv(登録商標)(EMD Millipore, Darmstadt,ドイツ)、または、(i)脱保護、(ii)樹脂キャッピング反応および(iii)洗浄を除けば、等価の合成グレード品質を有する。カップリング反応のために使用されるNMPは分析グレードを有する。DMFは、使用前に、最低30分間真空下に置くことにより、十分脱ガスさせた。エーテルは、ジエチルエーテルを示す。アミノ酸、Boc−、Fmoc−およびAlloc−保護および側鎖−保護誘導体、例えば、N−メチルのものおよび非天然アミノ酸を、商業的供給元、例えば、AAPPTec (Louisville、KY、USA)、Advanced ChemTech(CreoSalusの一部、Louisville、KY)、Anaspec (Fremont、CA、USA)、AstaTech (Bristol、PA、USA)、Bachem (Bubendorf、スイス)、Chem−Impex International (Wood Dale、IL、USA)、Iris Biotech(Marktredwitz、ドイツ)、Matrix Scientific(Columbia、SC、USA)、Novabiochem(EMD Millipore)、PepTech(Bedford、MA、USA)から入手し、または、当業者に知られている標準方法により合成させた。アミノアルコールを、商業的に入手し、または対応するアミノ酸またはアミノエステルから、文献からの確立された手順を用いて合成させた(例えば、Tet. Lett. 1992, 33, 5517−5518; J. Org. Chem. 1993, 58, 3568−3571; Lett. Pept. Sci. 2003, 10, 79−82; Ind. J. Chem. 2006, 45B, 1880−1886; Synth. Comm. 2011, 41, 1276−1281)。ヒドロキシ酸を商業的供給元から入手し、または対応するアミノ酸から文献で記載されるように合成させた(Tetrahedron 1989, 45, 1639−1646; Tetrahedron 1990, 46, 6623−6632; J. Org. Chem. 1992, 57, 6239−6256.; J. Am. Chem. Soc. 1999, 121 , 6197−6205; Org. Lett. 2004, 6, 497−500; Chem. Comm. 2015, 51, 2828−2831)。固相合成のための樹脂を商業的供給元、例えばAAPTech、NovabiochemおよびRapp Polymere(Tubingen、ドイツ)から入手した。分析TLCを、蛍光指示薬を含むシリカゲルのプレコートプレート、例えば60F254(0.25mm厚さ)上で実施した。
NMRスペクトルをBruker 400MHzまたは500MHz分光計、または同等の機器で記録し、溶媒の残留プロトンシグナルに対して内部参照する。追加の構造情報または溶液中の分子の立体配座についての洞察は、当業者に知られている適切な二次元NMR技術を使用して得ることができる。
HPLC分析を、1mL/分で流れるWaters Allianceシステム上で、Zorbax SB−C18(4.6mm×30mm、2.5μm)、Xterra MS C18カラム(4.6mm×50mm、3.5μm)、または相当物を使用して実施した。Waters996PDAは純度評価のためのUVデータを提供した。データを獲得し、機器ソフトウェアパッケージを用いて処理した。MSスペクトルをWaters ZQまたはプラットフォーム IIシステム上で記録した。
分取HPLC精製を脱保護した大環状分子について、下記計測手段立体配置(または相当物)を使用して実施した:Waters2767サンプルマネージャ、Waters2545バイナリーグラジエントモジュール、Waters515 HPLCポンプ(2)、Watersフロースプリッター、30−100mL、5000:1、Waters2996フォトダイオード検出器、WatersマイクロマスZQ.、Atlantis Prep C18 OBD(19×100mm、5μm)またはXTerra MS C18カラム(19×100mm、5μm)上。質量分析計、HPLC、および質量に基づく分取はMassLynxソフトウェアバージョン4.0により、FractionLynxを用いて制御される。所望の純粋生成物を含むことがMS分析により示された画分を減圧下で、通常遠心エバポレータシステム[Genevac(SP Scientific)、SpeedVac(商標)(Thermo Scientific、Savant)または相当物]上で蒸発させ、あるいは、凍結乾燥させた。化合物をその後、純度評価およびアイデンティティ確認のためにLC−MS−UV分析により分析した。自動化中圧クロマトグラフィー精製をBiotage Isoleraシステム上で使い捨てシリカまたはC18カートリッジを用いて実施した。固相抽出を、PoraPak(商標)[Sigma−Aldrich(Supelco)、St. Louis、MO、USA]、SiliaSep(商標)、SiliaPrep(商標)およびSiliaPrepX(商標)(SiliCycle、Quebec、QC、カナダ)あるいは精製される化合物に適切な相当カラム、カートリッジ、プレートまたは媒体を用いて実施した。
「減圧下で濃縮/蒸発/除去」または「真空で濃縮/蒸発/除去」という表現は、ロータリー・エバポレーターを使用した、水アスピレーター圧または除去される溶媒に適切な機械式オイル真空ポンプにより提供されるより強い真空のいずれかの下での蒸発、または、同時に複数の試料では、遠心エバポレータシステムを使用した溶媒の蒸発を示す。「フラッシュクロマトグラフィー」は、そのようなものとして文献で記載される方法を示し(J. Org. Chem. 1978, 43, 2923−2925)、不純物(それらのいくつかは所望の材料とRが近接する可能性がある)を除去するために使用されるシリカゲル上でのクロマトグラフィー(230−400メッシュ、EMD Milliporeまたは等価物)に適用される。
本明細書で記載される合成手順の大半は固相に対するものであり(すなわち、樹脂上)、というのもこれは本開示のライブラリを作成するのにより適切であるからであるが、これらの同じ変換はまた、伝統的な溶液相プロセスに同様に適用可能なように改変することができることが当業者には認識されるであろう。主な改変は連続樹脂洗浄工程の代わりの標準水性有機ワークアッププロセスの代用および固相に比べて試薬についてより低い当量の使用である。
下記合成方法は、方法または手順を示す、数字1、続いて文字、すなわちFmoc脱保護のための方法1Fを用いることにより、開示のどこかで言及されるであろう。
B.大環状化合物のライブラリの合成のための一般的方法
溶液および固相技術を含む、異なる合成戦略が、開示の大環状化合物のライブラリを調製するために採用される。開示の化合物のライブラリの合成のための一般的戦略の概略はスキーム1において提供される。より大きなライブラリの合成については、固相手順の使用が典型的には好ましく、より効率的であることは、当業者に認識されるであろう。さらに、大環状化合物は混合物で、または別々の化合物として生成させることができる。どちらの場合にも、合成を追跡するための特定の戦略の利用、例えばタギング法の使用(すなわち、無線周波数、色分けまたは特定の化学官能基、レビューについては、J. Receptor Signal Transduction Res. 2001, 21, 409−445を参照されたい)、およびポリプロピレンメッシュ「ティー」バッグ(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 5131−5135)またはフロースルーカプセル(MiniKan, Biotechnol. Bioengineer. 2000, 71, 44−50)を使用した単一化合物を含む樹脂の隔離は有利となり得、それらは同じ反応槽中での複数の異なる個々の化合物の同時変換を可能にする。混合物では、そのようなタグはまた、混合物からの、スクリーニング中にヒットであると見出された活性構造(複数可)の「デコンボリューション」または同定を促進するために効果的に使用することができる。
ライブラリの大環状化合物の構成は下記相を含む:(i)立体配座の制御および定義のための生物学的標的および断片での相互作用のための要素、ならびに両方の機能を実施することができる部分を含む、個々の多官能性の、適切に保護された、ビルディングブロックの合成;(ii)典型的には選択的脱保護および付着のサイクルを有する逐次様式でのビルディングブロックの構築であるが、この工程はまた、標準化学変換、ならびに本明細書内の一般/標準手順および実施例においてより詳細に記載されるもの、例えばアミド結合形成、還元的アミノ化、光延反応およびその変形、および求核置換反応を使用して、収束様式で実施することができる;(iii)任意で、1つ以上の側鎖保護基の選択的除去は、ビルディングブロック構築中、または、構築が完了した後のいずれかに実施することができ、その後、分子はさらに1つ以上の追加のビルディングブロックと反応して、構造は、選択的に非保護官能基(複数可)で延長することができる;(iv)2つの官能基の選択的脱保護、続いて構築された線形化合物の環化(これは1つ以上の工程を含むことができる)により、大環状構造が形成される;ならびに(v)必要に応じて、全ての残りの保護基の除去、および、任意で、精製により、所望の最終大環状分子が得られる。
構築反応は、副反応を回避するために官能基の保護を必要とする。アミノ酸は採用されるビルディングブロックの型の1つにすぎないが、ペプチド化学の確立された戦略は、開示の大環状化合物およびライブラリに対して同様に有用性を有する(Meth. Mol. Biol. 2005, 298, 3−24)。特に、これらはFmoc/tBu戦略(IInt. J. Pept. Prot. Res. 1990, 35, 161−214)およびBoc/Bzl戦略(Meth. Mol. Biol. 2013, 1047, 65−80)を含むが、当業者であれば、多官能性ビルディングブロックにおける特定の部位での選択反応を可能にするには、他のオルソゴナル戦略、例えばアリル系保護基の使用が必要となり得ることを認識するであろう。
固相プロセスでは、環化は、2つの反応基が選択的に脱保護された後の、樹脂上の線形前駆体、および添加された環化のための適切な試薬を用いて実施することができる。この後、樹脂から切断され、これで、適切な条件の使用により、側鎖保護基の切断もまた可能となる。しかしながら、このいわゆる「環化−放出」プロセス(Comb. Chem. HTS 1998, 1, 185−214)を促進する特別なリンカーが使用される場合、樹脂切断と同時に環化させることもまた可能である。あるいは、構築された線形前駆体は樹脂から切断させ、その後、溶液中で環化させることができる。これには、同時保護基脱保護なしで、結合された基質の除去を可能にする樹脂の使用が必要とされる。Fmoc戦略では、2−クロロトリチル樹脂(Tetrahedron Lett. 1989, 30, 3943−3946; Tetrahedron Lett. 1989, 30, 3947−3950)および誘導体がこのために有効であるが、Bocアプローチでは、オキシム樹脂が同様に使用されてきた(J. Org. Chem. 1980, 45, 1295−1300)。あるいは、前駆体構築後のみに切断を容易にするために特別に活性化される樹脂を使用することができるが、それはそうでなければかなり安定であり、「安全性−捕捉」リンカーまたは樹脂と呼ばれる(Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 585−599)。溶液相中での環化では、構築された線形前駆体は、2つの反応官能基で選択的に脱保護され、その後、環化のための適切な反応条件に供される。典型的には、側鎖保護基は、精製または任意の生物学的試験の前に使用される方法に関係なく、合成の終わりに除去される。
単離および特徴付けで、ライブラリ化合物は個々にこのように得られた形態で(固体、シロップ、液体)保存することができ、または、適切な溶媒、例えばDMSOに溶解することができる。溶液であれば、化合物はまた、自動化スクリーニングアッセイにおいて、例えばマイクロプレート中、または小型チップ上で使いやすいように、適切なアレイフォーマットに分配させることができる。使用前に、ライブラリ化合物は、固体または溶液のいずれかとして、典型的には低温で保存され、確実に、化合物の完全性が時間と共に維持される。一例として、ライブラリは−70℃以下で100%DMSO中の10mM溶液として保存され、周囲温度まで温められ、最初に実用的な原液まで、その後、さらにHTSまたは他のアッセイにおいて使用するための適切な試験濃度まで、バッファーで希釈される。
C.固相化学のための一般的方法
これらの方法は、本開示の大環状化合物のライブラリを提供するために、化合物の混合物のコンビナトリアル合成または複数の個々の化合物のパラレル合成に同様にうまく適用することができる。混合物のコンビナトリアル合成の場合には、得られた活性化合物のアイデンティティが確認できるように、ライブラリのHTSから得られたデータをデコンボリューションするためにいくつかの型のコード化またはトラッキングメカニズムを含む必要がある(Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6, 632−639; Curr. Opin. Drug Discov. Develop. 2002, 5, 580−593; Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 374−379)。
固相化学では、単に、溶液化学において見られるように反応物を可溶化するためだけでなく、その上の全ての反応性部位にアクセスすることができるように樹脂を膨潤させるために、溶媒選択が重要である。ある一定の溶媒は、その性質によって、ポリママトリクスと異なって相互作用し、この膨潤特性に影響を与えることができる。一例として、ポリスチレン(DVB架橋あり)は非極性溶媒、例えばDCMおよびトルエン中で最も良好に膨潤し、アルコールのような極性溶媒に曝露されると収縮する。対照的に、PEG(例えば、ChemMatrix(登録商標))などの他の樹脂およびPEGがグラフトされたもの(例えば、TentaGel(登録商標))は、極性溶媒中であってもそれらの膨潤を維持する。本開示の反応では、適切な選択が当業者によりなされ得る。一般に、ポリスチレン−DVB樹脂は、共通溶媒としてDMF、DCMおよびNMPと共に使用される。必要とされる反応溶媒の体積は一般に100mgの樹脂あたり3−5mLである。「適切な量の溶媒」という用語が合成方法において使用される場合、それは、この量を示す。溶媒の推奨される量は大体、ビルディングブロック(典型的には樹脂の初期ローディングに対して5eqで使用される、アミノ酸、ヒドロキシ酸、アミノアルコール、二酸、ジアミン、およびその誘導体)の0.2M溶液に達する。反応化学量論は、開始樹脂の「ローディング」(供給者により、典型的にはmmol/gとして提供される活性官能部位の数を表す)に基づいて決定された。
反応は、任意の適切な容器、例えば丸底フラスコ、フリットフィルタおよび止め栓が備えられた固相反応槽、またはテフロンキャップ瓶中で実施することができる。容器サイズは、溶媒にとって十分な空間が存在し、かつ、ある一定の樹脂は、有機溶媒で処理すると、著しく膨潤する可能性があることを考慮して、樹脂が効果的に撹拌されるのに十分な余地があるようなものでなければならない。溶媒/樹脂混合物は容器の約60%を満たさなければならない。固相化学のための撹拌は、樹脂上での反応の成功に重要であると一般に認められる因子である十分な混合を確保するのにより好適な穏やかな機械的撹拌をスケールが利用するそれらの反応を除き、手作業で、またはオービタルシェーカー(例えば、Thermo Scientific、Formaモデル416または430)を用いて150−200rpmで実施することができた。
樹脂洗浄のために使用される溶媒の体積は、反応のために使用されるのと最低同じ体積であるが、過剰試薬および他の可溶性残留副産物(最小で0.05mL/mg樹脂)の完全除去を確保するために、より多くの量が一般に使用される。一般/標準手順および実施例で特定される樹脂洗浄の各々は少なくとも5分の持続期間の間、撹拌しながら(他に特に規定がなければ)列挙された順に実施されるべきである。洗浄の数は溶媒または溶液と一緒に「n×」で示され、ここで、nは整数である。混合溶媒洗浄系の場合、それらは一緒に列挙され、溶媒1/溶媒2と示される。洗浄後、「通常様式で乾燥される」という表現および類似の表現は、樹脂が最初、空気または窒素流中で20分−1時間の間、樹脂上での基質の酸化についての懸念がある場合後者を使用して、その後、真空下(通常、油ポンプ)で完全乾燥に達するまで(最低2時間〜一晩(o/n))乾燥されることを意味する。
本明細書で開示され、使用される代表的な大環状化合物のために使用される一般および特定合成方法および手順は以下で提示される。記載される方法は特定の保護基を示し得るが、当技術分野で知られている他の好適な保護もまた採用され得る。
D.第1のビルディングブロックの樹脂へのローディングのための一般手順
ある一定の樹脂は、第1のビルディングブロック(BB)、特にアミノ酸ビルディングブロックがすでに付着されて得ることができる。固体支持体上での他の場合では、ビルディングブロックは、当技術分野で知られている方法を使用して付着させることができる。一例として、第1の保護ビルディングブロックを2−クロロトリチルクロライド樹脂に付加するためには下記手順に従う。
樹脂をDCMにより予洗し(2×)、それから、通常様式で乾燥させる。好適な反応槽において、Fmoc−BB(2eq)をDCM(0.04mL/mg樹脂)に溶解し、DIPEA(4eq)を添加し、短時間撹拌し、その後、樹脂を添加する。o/nオービタルシェーカー上で撹拌し、溶媒を除去し、DMFで洗浄し(2×)、その後、全ての残りの反応性部位を、MeOH/DIPEA/DCM(2:1:17)を用いてキャッピングする(3×)。樹脂を順次、DCM(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから、通常様式で乾燥させる。
溶液相化学の場合、第1のビルディングブロックは典型的には、その後の反応に対して自由な1つの官能基で好適に保護された誘導体として使用される。
E.固相上での反応の進行をモニタリングするための標準手順
反応進行をモニタリングするために通常採用される方法(TLC、直接GCまたはHPLC)は固相反応では利用可能ではないので、2−クロロトリチル樹脂についての下記代表的な手順において記載されるものなどの、変換の進行を決定するために少量の材料を支持体から切断する必要がある。少量の樹脂(2、3のビーズで通常十分である)を反応槽から除去し、その後、DMF(2×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)により連続して洗浄し、乾燥させ、その後、200μLの20%ヘキサフルオロイソプロパノール(HFIP)/DCMで、10−20分間処理し、空気または窒素流で濃縮させる。得られた粗残渣に、200−400μLのMeOHを添加し(または、完全に保護された中間化合物を可溶化するためにDMSOまたはTHFを使用する)、45μmHPLCフィルタ、または綿栓に通して濾過し、濾液をHPLCまたはHPLC−MSにより分析する。
アミンを含む固相反応の進行は、様々な他の試験、例えば一級アミンのためのKaiser(ニンヒドリン)試験(Anal. Biochem. 1970, 34, 595−598; Meth. Enzymol. 1997, 289, 54)、2,4,6−トリニトロベンゼン−スルホン酸試験(Anal. Biochem. 1976, 71, 260−264)、ブロモフェノールブルー試験(Collect. Czech. Chem. Commun. 1988, 53, 2541−2548)、プロリンのためのイサチン試験(Meth. Enzymol. 1997, 289, 54−55)、および二級アミンのためのクロラニル(chloroanil)試験(Pept. Res. 1995, 8, 236−237)を使用してモニタすることもまた可能である。
F.Fmoc脱保護のための一般手順
適切な容器中で、20%ピペリジン(Pip)を含むDMFの溶液(0.04mL/mg樹脂)を調製した。樹脂を溶液に添加し、混合物を30分間撹拌させた。反応溶液を除去し、その後、この処理を繰り返した。この後、樹脂を下記で順次洗浄し:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、その後、樹脂を通常様式で乾燥させた。
N−アルキル化−アミノ酸がBB位に存在する場合、ジケトピペラジン形成の可能性を最小に抑えるために、50%Pip/DMFがBBのFmoc−脱保護のために使用され、手順は下記の通りに改変されることに注意されたい:溶液を樹脂に添加し、5−7分の間のみ撹拌し、溶媒を除去し、DMFを添加し、すぐに撹拌し、溶媒を除去し、その後以上で記載される残りの洗浄を再開する。
類似の手順を、溶液中で実施し、Fmoc基を除去する。N−Fmoc保護化合物を、20%ピペリジンを含むDMFの溶液に溶解し、30分間室温で撹拌し、その後、真空で濃縮する。残渣は典型的には次の化学反応工程で得られたまま使用されるが、結晶化により遊離塩基または塩として、水性−有機抽出またはフラッシュクロマトグラフィーにより、構造に適切に、精製することもできる。
G.アミンを酸に付着させるための一般手順
適切な反応槽に、酸ビルディングブロック(2.5−3.5eq)、カップリング剤(2.5−3.5eq)およびNMP(0.04mL/mg樹脂)を、続いてDIPEA(5−7eq)を添加する。混合物を激しく数秒間撹拌し、その後、アミン含有樹脂を添加する。あるいは、カップリング剤(3.5eq)を含むNMPの溶液を別に調製し、その後、この溶液を酸ビルディングブロック(2.5−3.5eq)に添加し、激しく撹拌する。DIPEA(5−7eq)を添加し、数秒撹拌し、その後、樹脂を添加する。HATU(1−[ビス(ジメチルアミノ)メチレン]−1H−1,2,3−トリアゾロ[4,5−b]ピリジニウム3−オキシドヘキサフルオロホスフェート)およびDEPBT(3−(ジエトキシホスホリルオキシ)−1,2,3−ベンゾトリアジン−4(3H)−オン)は採用される2つの典型的なカップリング剤であるが、多くの他の好適なものが知られており、これらも使用することができる(Chem. Rev. 2011, 111, 6557−6602)。反応混合物をo/n撹拌し、溶液を除去し、脱保護が直ちに実施される場合、樹脂を順次下記で洗浄し:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(2×)、その後、乾燥させる。脱保護が直ちに実施されない場合、順次DMF(2×);iPrOH(1×);DMF(1×);iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、その後、通常様式で乾燥させる。
BBおよびそれを超える付着では、5eqの酸ビルディングブロックおよびカップリング剤を10eqのDIPEAと共に使用する。酸ビルディングブロックが最適結果のために繰り返し処理を必要とすることが知られているもの、例えばN−アルキル化および他のヒンダードアミノ酸である場合、2つの処理の各々に対して示された当量の半分を使用する。
上記は、樹脂上のアミンおよび付加される新しいビルディングブロックとしての酸を記載しているが、逆もまた同様に実施することができ、固相上の酸成分を用い、アミンを付加成分とすることが当業者には認識されるであろう。
ビルディングブロックとしての酸の使用に加えて、Fmoc酸フッ化物(酸からフッ化シアヌルを使用して形成される、J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9651−9652)およびFmoc酸塩化物(酸からトリホスゲンを使用して形成される、J. Org. Chem. 1986, 51, 3732−3734)を、特に困難な付着のための代替物として使用することもまた可能である。
H.アルコールビルディングブロックのアルデヒドへの酸化のための一般手順
多くの異なる酸化方法が、還元的アミノ化によるビルディングブロックの付着において使用するために、アルコールをアルデヒドに変換するために使用することができる。下記は本開示の化合物のための最も適切な方法、および、それらが典型的に適用されるビルディングブロックの型を列挙する、
1)ベンジルアルデヒドのために使用されるMnO酸化(さらなる詳細については、実施例1Kを参照されたい)。
2)ベンジルおよびアルキルアルデヒドの両方のために使用されるスワーン酸化(DMSO、塩化オキサリル)。(Synthesis 1981, 165−185)
Figure 2019527672
3)ベンジルおよびアルキルアルデヒドの両方のために使用されるピリジン・SO(さらなる詳細については、実施例1Jを参照されたい)。
4)アルキルアルデヒドために使用されるデス・マーチン・ペルヨージナン(DMP、1,1,1−トリアセトキシ−1,1−ジヒドロ−1,2−ベンズヨードキソール−3(1H)−オン)(J. Am. Chem. Soc, 1991, 113, 7277−7287)
Figure 2019527672
下記は、対応するアルコールの酸化によりこれらの一般手順を使用して形成される、または、実施例で記載されるように調製される、本開示の代表的なアルデヒドビルディングブロックの構造である。
Figure 2019527672
Figure 2019527672
Figure 2019527672
生成物はH NMR(アルデヒドCHOを診断ツールとして使用する)およびLC−MSにより特徴付けられる。
I.還元的アミノ化による、BAPを用いたビルディングブロックの付着のための一般手順
N−保護アルデヒド(1.5eq)をMeOH/DCM/TMOF(オルトギ酸トリメチル)(2:1:1)またはMeOH/TMOF(3:1)(0.04mL/mg樹脂)に溶解し、得られた溶液を樹脂に添加し、0.5−1時間の間撹拌した。溶解度が問題となる場合、THFを、第1の溶媒混合物中でDCMの代わりに用いることができる。ボラン−ピリジン複合体(BAP、3eq)を添加し、15分間撹拌し、その後、注意深くたまった圧力を放出し、o/n撹拌し続ける。反応が完了しない場合、さらにBAP(2eq)を添加し、再びo/n撹拌する。溶媒の除去後、樹脂を順次、DMF(2×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、その後、通常様式で乾燥させた。
アルキルアルデヒドについては、反応物の量は1.4−1.5eqのアルデヒドおよび2−3eqのBAPを含むMeOH/DCM/TMOF(2:1:1)に、わずかに調整することができる。しかしながら、反応は、しばしば、ヒンダードアミンを用いて完了させるためには、最大3eqまでの還元剤を必要とすることに注意されたい。ベンジルアルデヒドでは、3eqのBAPを含む3:1のMeOH/TMOFの混合物を添加する。反応が完了しない場合、さらに2eqのBAPを添加し、再びo/n撹拌する。ある一定のアミノ酸、例えばGlyは二重アルキル化を容易に受ける(そのような場合、Nos−Glyを使用し、ビルディングブロックを、方法1Lを使用して付着させる)が、ヒンダードアミノ酸、例えばAibは、完了まで進行しない。後者の場合、Fmoc脱保護まで進む前に反応を入念にモニタし、完了しなければ、第2の処理を実施する。
J.還元的アミノ化による、ナトリウムトリアセトキシボロヒドリドを使用する、ビルディングブロックの付着のための一般手順
ベンジルアルデヒドに特に有用であることが見出された別の方法として、ナトリウムトリアセトキシボロヒドリドを、下記の通りの還元的アミノ化プロセスにおいて採用することができる。1.5−3eqのアルデヒドをDCM(0.4mL/mg樹脂)に溶解し、アミン含有樹脂を添加し、その後、2時間の間撹拌する。混合物に、NaBH(OAc)(4−5eq)を添加し、o/n撹拌する。反応が完了するとすぐに、溶媒を除去し、それから、樹脂を順次DMF(2×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、通常様式で乾燥させる。還元的アミノ化が完了しない場合、例えばProまたはN−アルキルアミノ酸を用いるとしばしば遭遇するように、追加のアルデヒドを第2の処理の一部として含めなければならないことにどうか注意されたい。
K.還元的アミノ化による連続シアノ水素化ホウ素ナトリウムおよびBAP処理を用いた、ビルディングブロックの付着のための一般手順
ある一定のベンジルアルデヒドについては、連続BorchおよびBAP還元プロセスが下記で記載されるように有益となり得る。第1の工程では、Fmoc−保護アルデヒド(3eq)を含む、0.5%氷酢酸を含むNMP/TMOF(1:1)(0.4mL/mg樹脂)を適切な反応槽内の樹脂に添加し、30分間撹拌する。混合物に、NaBHCN(10eq)を添加し、10分間撹拌し、それから圧力を解放し、o/n撹拌を続ける。溶媒を除去し、樹脂を順次下記で洗浄する:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)。インプロセスQC(方法1E)が不完全反応を示す場合、樹脂をMeOH/DCM/TMOF(2:1:1)に懸濁させることに進み、BAP(2−3eq)を添加し、4時間の間撹拌する。溶媒を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。ピリジン部分を含むビルディングブロックについては、第2の処理のために、MeOH/DCM(1:1)、TMOFなしを使用する。
代表的なビルディングブロックのための還元的アミノ化条件および試薬は下記表で順に並べられる。
Figure 2019527672
還元的アミノ化のための上記手順は、樹脂成分であるアミンおよび付加される新しいビルディングブロックとしてのアルデヒドを記載するが、逆もまた同様に実施することができ、固相上のアルデヒド成分を用い、アミンを付加成分とすることが当業者には認識されるであろう。
L.光延反応を使用するビルディングブロック付着のための標準手順
下記手順は、ビルディングブロックがその2−ニトロベンゼンスルホニル−誘導体(Nos、ノシル)として、福山−光延反応条件(Tet. Lett. 1995, 36, 6373−6374)を用いて付着され、それから次のビルディングブロックの付着のために使用されることを特定的に記載する。
工程1L−1.HATU(5eq)、または他の適切なカップリング剤を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)の溶液を、pHをモニタし、大体pH8に維持するように調整して調製し、それから、ノシル含有ビルディングブロック(5eq、下記1M方法を参照されたい)に添加し、激しく撹拌する。この溶液に、DIPEA(10eq)を添加し、短時間撹拌し、それから、樹脂に添加し、o/n撹拌する。繰り返し処理が計画され、または予測される場合、示された量の50%を使用する。完了すると、次の工程が直ちに実施される場合、樹脂を順次DMF(2×)、i−PrOH(1×)、DMF(2×)で洗浄し、それから、先に進む。そうでなければ、DMF(2×);i−PrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×)で洗浄し、最後の洗浄サイクルはその代わりにDCM(1×)、エーテル(1×)として実施することができ、それから樹脂を通常様式で乾燥させる。
工程1L−2.反応ヒドロキシ成分(アルコール、フェノール)(5eq)をTHFに溶解し(0.04mL/mg樹脂、0.2M)、PPh−DIAD付加物を添加し(5eq、下記方法1Oを参照されたい)、非常に短時間撹拌する(10−15秒)。あるいは、PPh(5eq)およびアルコール(5eq)を含むTHFの溶液を調製し、0℃まで冷却し、DIAD(5eq)を1滴ずつ添加する。15分間0℃で撹拌し、ノシル含有樹脂を添加し、o/n撹拌する。樹脂を濾過し、順次下記で洗浄し:THF(2×)、トルエン(1×)、EtOH(1×)、トルエン(1×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、THF(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、それから樹脂を通常様式で乾燥させる。添加の順は最良の結果には重要であることに注意されたい。
光延反応手順が下記ビルディングブロックを付着させるために優先的に使用される(最良変換のためには、これらの組み込みはビルディングブロックおよび試薬による第2の処理に供されることを必要とする可能性があることに注意されたい):PG−S7、PG−S8、PG−S9、PG−S10、PG−S13、PG−S15。
あるいは、ビルディングブロックはまた、最初に、そのFmoc、Bocまたは他のN−保護誘導体として付着させることができる。それらの場合、その保護は、適切な方法を使用して最初に除去されなければならず、それからノシル基が導入され、アルキル化(alkyation)が下記方法1Pにおいてより詳細に記載されるように実施される。電子求引性置換基を含む他のスルホンアミドもまたこの変換のために使用することができ、限定はされないが、4−ニトロ−ベンゼンスルホニル、2,4−ジニトロベンゼンスルホニル(Tet. Lett. 1997, 38, 5831−5834)、4−シアノベンゼンスルホニル(J. Org. Chem. 2017, 82, 4550−4560)およびBts(ベンゾチアゾリルスルホニル)(J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9796−9797; Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 4731−4735)基が挙げられる。
さらに、上記手順では、ノシル化アミンは樹脂上に存在し、ヒドロキシ/フェノール含有成分は付加される新しいビルディングブロック上に存在することを記載するが、逆配列もまた、同様に使用することができ、ヒドロキシ/フェノール含有成分が固相上に存在し、ノシル化アミンが付加されるビルディングブロック上に存在することが当業者には認識されるであろう。
M.ノシル保護のための標準手順
アミノ酸基質を、2−ニトロ−ベンゼンスルホニルクロリド(Nos−Cl、4eq)および2,4,6−コリジン(10eq)を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)の溶液に添加し、それから、反応物を1−2時間の間撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次下記で洗浄した:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DMF(2×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)。一級アミンの保護のために、Nos−Cl(1−1.2eq)および2,4,6−コリジン(2.5eq)を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)を30−45分間撹拌しながら使用した。よりヒンダードアミンを用いると、第2の処理が必要となり得る。類似の手順がこの反応を溶液中で実施するために使用される。
N.ノシル脱保護のための標準手順
2−メルカプトエタノール(10eq)、DBU(1,8−ジアザ−ビシクロ[5.4.0.]ウンデク−7−エン、5eq)を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)の溶液を調製し、樹脂に添加し、それから、混合物を8−15分間撹拌させた。よりヒンダードな基質では、より長い反応時間が必要とされるであろう。樹脂を濾過し、NMPで洗浄し、それから処理を繰り返した。樹脂を再び濾過し、順次下記で洗浄した:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)。
O.PPh−DIAD付加物の合成のための標準手順
この試薬を本質的にWO2004/111077号に記載されるように調製した。丸底フラスコ中窒素下で、DIAD(1eq)を、PPh(1eq)を含むTHF(0.4M)の溶液に1滴ずつ0℃で添加し、それから、反応物を30分間その温度で撹拌した。固体沈殿物を中多孔度ガラス−フリットフィルタ上で収集し、固体を冷THF(DriSolvグレードまたは等価物)で洗浄し全ての色を除去し、その後無水エーテルで洗浄した。得られた白色粉末を真空下で乾燥させ、窒素下、フリーザー中で保存した。これを目的用途の少し前に取り出す。
P.N−アルキル化のための標準手順
Figure 2019527672
ビルディングブロックがそのFmoc(図示)、Bocまたは他のN−保護誘導体として付着される場合、最初にその保護基を適切な脱保護方法を使用して除去し、方法1Mを使用してノシル基の導入を実施する。Nos基を適当な位置に置いて、上記工程1K−2の手順を使用して、福山−光延条件下で(Tet. Lett. 1995, 36, 6373−6374)、アルコール(R−OH)を用いて窒素をアルキル化する。この手順はN−メチル、および、各個々のビルディングブロックが市販されておらず、またはそうでなければアクセスするのが困難である他のN−アルキル成分を調製するために利用することができる。メチル化はまた、ジアゾメタンを樹脂上のノシル基質と共に使用して実施することができる(J Org Chem. 2007, 72, 3723−3728)。ノシル基は、方法1Nを使用して除去し、それから、次のビルディングブロックを付加し、または、ビルディングブロック構築が終了すると、前駆体を樹脂から切断し(または、溶液相であれば、第1のビルディングブロック上の適切な官能基を脱保護する)、大環状化反応に供する(方法1R)。
あるいは、当業者であれば認識できるように、分子中の他の官能基が、次のビルディングブロック反応のために使用される場合、ビルディングブロック構築の終わりまで、または大環状化後であっても、導入されたN−Nos基を残すことが有利となり得、というのも、それは本質的にバックボーンアミドの保護を提供し、その部位での副反応を防止し(J.Pept.Res.1997、49、273−279)、その時だけ切断を遅延させるからである。
Q.2−クロロトリチル樹脂からの切断のための一般手順
20%HFIP(ヘキサフルオロ−2−プロパノール)を含むDCM(0.03mL/mg樹脂)の溶液を樹脂に添加し、2時間の間撹拌する。樹脂を濾過し、それを20%HFIPを含むDCM(0.01mL/mg樹脂、2×)およびDCM(0.01mL/mg樹脂、1×)で洗浄する。濾液を真空下で蒸発させ乾燥させる。
R.大環状化のための一般手順
DEPBT(1.0−1.2eq)およびDIPEA(2.0−2.4eq)を含む25%NMP/THF(0.03mL/mg元の樹脂)の溶液を調製し、前の工程からの残渣に添加する。化合物が溶解しにくい可能性がある、ある一定の場合、残渣を最初にNMPに溶解し、その後、DEPBTおよびDIPEAを含むTHFを溶液に添加する。粗反応混合物を、1つ以上の固相抽出(SPE)カートリッジ(例えばPoraPak、PS−トリスアミン、Si−トリアミン、Si−カーボネート)に通して濾過し、それから、フラッシュクロマトグラフィーまたは分取HPLCによりさらに精製する。
S.最終保護基脱保護のための標準手順
脱保護の方法は、下記ガイドラインを用いて脱保護される大環状分子(複数可)の側鎖上の保護基の性質に依存する。
1)BocおよびtBu基のみの除去については、下記混合物を使用し:50%TFA/3%トリイソプロピルシラン(TIPS)/47%DCMまたは50%TFA/45%DCM/5%HO(2mL/cpd)、2時間の間撹拌し、それから、真空で濃縮する。二重結合を含むビルディングブロックについては、50%TFA/45%DCM/5%HOが、アルケンの還元を回避するために切断溶液として使用されるべきである。
2)tBuエステル/エーテルおよびトリチル基の除去については、75%TFA/22%DCM/3%TIPS(2mL/cpd)を使用し、2時間の間撹拌し、それから、真空で濃縮する。あるいは、75%4N HCl/ジオキサン/20%DCM/5%HO混合物を採用することができ、これは完全Ser(But)脱保護を確保するために特に上手く働く。また、大環状分子がThr、Ser、His、AsnまたはGlnビルディングブロック成分を含まない場合、75%TFA/20%DCM/5%HO(2mL/cpd)を他の切断混合物として使用することができる。
3)Pbf基の除去については、91%TFA/2%DCM/5%HO/2%TIPSの混合物(2mL/cpd)を使用し、2時間の間、周囲光から保護して撹拌し、それから、真空で濃縮する。
4)トリエチルシラン(TES)もまた、TIPSの代わりに、上記脱保護手順のために使用することができるが、Trpを含む化合物と共に使用されるべきではない。というのも、それはインドール部分を還元する可能性があるからである。
T.固相上での側鎖官能基を有するビルディングブロックの反応のための標準手順
側鎖反応性官能基上のオルソゴナル保護基を使用すると、選択的脱保護および遊離された基(複数可)の反応が可能になり、ペンダントビルディングブロックの付加により、大環状化合物のライブラリがさらに多様化される。下記手順の1つ以上を用いて誘導体化させることができる代表的な基はアミン、アルコール、フェノールおよびカルボン酸である。これは、典型的には、その構造が樹脂に依然として結合されている間、環化前に実施される。下記は、実施される代表的な型の変換である:
1)酸塩化物を用いたアミン、アルコールおよびフェノール
酸塩化物(3.5eq)を含むTHF、2,4,6−コリジン(5eq)の溶液を調製し、基質を樹脂上に添加し、室温でo/n撹拌する。反応混合物は約5分後乳白色になる。o/n後、溶液を除去し、樹脂を下記で洗浄し:DMF(2×)、DCM(1×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。
2)スルホニルクロリドを用いたアミン
スルホニルクロリド(アリールスルホニルクロリドについては4eqおよびアルキルスルホニルクロリドについては8eq)を樹脂および2,4,6−コリジン(2.5×スルホニルクロリドeq)を含むNMPの懸濁液に添加し、それから1−2時間の間撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから樹脂を通常様式で乾燥させる。
3)カルボン酸を用いたアミン、アルコールおよびフェノール
カルボン酸(5eq)、DIPEA(10eq)、HATU(5eq)を含むNMPの溶液に、樹脂を添加し、o/n撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから樹脂を通常様式で乾燥させる。
4)還元的アミノ化
二重アルキル化副産物を回避するために、1eqのアルデヒドのみを使用することを除き、以上で記載される標準手順(方法1I、1Jおよび1K)を還元的アミノ化について採用する。
5)アミンを用いたカルボン酸
6−Cl−HOBt(1eq)、EDAC(3−(((エチルイミノ)−メチレン)アミノ)−N,N−ジメチルプロパン−1−アミン塩酸塩、5eq)、およびDIPEA(1eq)を含むNMPの溶液を調製する。樹脂を添加し、15分間撹拌する。これに、アミン(5eq)を添加し、反応混合物をo/n撹拌させる。溶液を除去し、樹脂を順次DMF(2×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから、通常様式で乾燥させる。
6)アルコールを用いたアミンおよびフェノール
フェノールまたはノシル化アミンを含む樹脂をTHF(0.04mL/mg樹脂、0.2M)中に懸濁させ、PPh−DIAD付加物を添加し(5eq、下記方法1Oを参照されたい)、非常に短時間撹拌する(10−15秒)。あるいは、PPh(5eq)およびアルコール(5eq)を含むTHFの溶液を調製し、0℃まで冷却し、DIAD(5eq)を1滴ずつ添加する。どちらの場合にも、15分間0℃で撹拌し、それからo/n撹拌する。樹脂を濾過し、順次下記で洗浄し:THF(2×)、トルエン(1×)、EtOH(1×)、トルエン(1×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、THF(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、それから、通常様式で乾燥させる。添加の順は最良の結果には重要であることに注意されたい。
下記は、実施例で記載される通りの開示の大環状化合物およびライブラリの調製における上記変換のために使用される代表的な試薬ビルディングブロックの構造である。
Figure 2019527672
下記非限定的反応スキームは、さらに実施例で詳述される開示の大環状化合物およびライブラリの調製における、選択された官能基の誘導体化のための、特定のオルソゴナル保護基と併用したこれらの変換を示す[スキームにおけるRは1つ以上の保護部分を含み、それらはアリル(方法1BBおよび1CC)、Alloc(方法1AA)またはFmoc(方法1F)の選択的脱保護により影響されない]。
Figure 2019527672
U.Boc保護のための標準手順
二炭酸ジ−tert−ブチル(5eq)を樹脂上のアミン基質およびトリエチルアミン(5eq)を含むDCM(0.04mL/mg樹脂)に添加し、それから混合物を4時間の間撹拌させた。別の有機アミン塩基、炭酸ナトリウムまたは炭酸カリウムもまた、使用することができる。溶媒を除去し、樹脂を順次DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから樹脂を通常様式で乾燥させた。類似の方法を溶液相において使用することができる。
V.Boc脱保護のための標準手順
樹脂上のBoc含有基質を25%TFAを含むDCM(0.04mL/mg樹脂)で処理し、30分間撹拌させた。樹脂をDMF(2×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×)、エーテル(1×)で順次洗浄し、その後、通常様式で乾燥させた。同様の手順を溶液中でのBoc基の除去に適用するが、典型的にはより低い濃度のTFA(1−10%)を使用する。
W.Fmoc保護のための標準手順
遊離アミンまたはアミノ酸を水に溶解し、NaHCO(2eq)を添加する。得られた撹拌溶液に0℃で、Fmoc−OSuまたはFmoc−Cl(1.5eq)を含むジオキサンを徐々に添加する。反応混合物を0°で1時間の間維持し、それから、室温まで一晩温めさせる。水を添加し、水層をEtOAc(2×)で抽出する。有機層を飽和NaHCO(aq)(2×)で抽出する。水層を合わせ、pH1まで10%HClで酸性化し、それから、EtOAc(3×)で抽出する。有機層を合わせ、乾燥させ(無水MgSOまたはNaSO)、真空で濃縮する。得られた残渣をそれから、結晶化またはフラッシュクロマトグラフィーにより、必要に応じて精製する。抽出ワークアップなしだが、標準樹脂洗浄プロセスの追加ありの類似の手順は、固相上で使用することができる。
X.Alloc保護のための標準手順
アミンを水に溶解し、NaCO(2.7eq)を撹拌しながら添加する。得られた溶液を0°まで冷却し、クロロギ酸アリル(1.5eq)を含むジオキサンの冷却溶液を1滴ずつ添加する。得られた混合物を、0°で1時間の間撹拌し、それから、撹拌しながら一晩、室温まで温めさせる。水をその後添加し、水層をEtOAc(2×)で抽出する。有機層を飽和NaHCO(aq)(2×)で抽出する。水層を合わせ、10%HClの添加によりpH1まで酸性化し、それから、EtOAc(3×)で抽出する。有機層を合わせ、乾燥させ(MgSO4)、真空で濃縮する。得られた残渣をそれから、フラッシュクロマトグラフィーまたは結晶化により精製する。抽出ワークアップなしだが、標準樹脂洗浄プロセスの追加ありの類似の手順は、固相上で使用することができる。しかしながら、2−クロロトリチル樹脂のような酸感受性固体支持体を用いる場合、中性またはわずかに塩基性反応媒質をこのプロセス中で維持するように注意しなければならない。
Y.アリルエステル保護のための標準手順
カルボン酸を無水DCMに溶解し、アリルアルコール(1.1eq)を撹拌しながら添加する。混合物を0℃まで不活性雰囲気下で冷却し、ジシクロヘキシルカルボジイミド(DCC、1eq)を、続いてDMAP(0.05eq)を添加する。反応物を、TLCにより示されるように完了するまで(典型的には24−48時間)、室温まで温めさせる。EtOAcを添加し、得られた沈殿物を濾過により除去し、固体を追加のEtOAcで洗浄する。濾液を真空で濃縮し、残渣をフラッシュクロマトグラフィーまたは結晶化により必要に応じて精製する。
Z.アリルエーテル保護のための標準手順
PPh(1.5eq)およびアリルアルコール(1.2eq)を含むTHFの溶液を調製し、0℃まで冷却し、DIAD(1.5eq)を1滴ずつ添加する。15分間0℃で撹拌し、フェノール成分(例えばBoc−Tyr−OBut、1eq)を添加し、反応混合物を室温まで3時間にわたって温めさせる。あるいは、フェノール(1eq)をTHF(0.2M)に溶解し、PPh−DIAD付加物(1.5eq、方法1O)を撹拌しながら添加する。エーテル(THFと等体積)を添加し、沈殿した固体を濾過により除去し、エーテルで洗浄し、それから濾液と洗浄液を合わせ、HOおよび飽和NaCl(aq)で洗浄する。有機層を無水MgSO上で乾燥させ、それから乾燥剤を除去し、溶媒を減圧下で蒸発させる。残渣をフラッシュクロマトグラフィーにより精製し、保護生成物を得る。
AA.Alloc脱保護のための標準手順
樹脂をDCMに懸濁させ、窒素ガスを混合物に通して10分間通気させ、それからフェニルシラン(PhSiH)(10−24eq)を添加し、窒素を懸濁液に再び5分間通気させる。Pd(PPh(0.1eq)を添加し、窒素流をさらに5分間維持し、それから反応物を4時間の間光から保護して撹拌する。溶媒を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、DMF(1×)、0.5%ジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムを含むDMF(3×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。同様のプロセスは、適切な抽出ワークアップ手順、続いて結晶化またはフラッシュクロマトグラフィー精製の追加と共に、溶液中で適用することができる。
BB.Allyエステル脱保護のための標準手順
窒素をDCM中の樹脂に通して5分間通気させ、それから排気し、窒素でフラッシングし(3×)、窒素をさらに5分間通気させる。フェニルシラン(10−24eq)を添加し、窒素を5分間通気させ、それから、Pd(PPh(0.1eq)を添加し、窒素をさらに5分間通気し続ける。反応槽を密閉し、5時間の間光から保護して撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×);iPrOH(1×);DCM(1×);DMF(1×);0.5%ジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムを含むDMF(3×);DMF(1×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×);エーテル(1×)、通常様式で乾燥させる。同様のプロセスは、適切な抽出ワークアップ手順、続いて結晶化またはフラッシュクロマトグラフィー精製の追加と共に、溶液中で適用することができる。
CC.Allyエーテル脱保護のための標準手順
窒素をDCM中の樹脂に通して5分間通気させ、それから排気し、窒素(3×)でフラッシングし、窒素をさらに5分間通気させる。フェニルシラン(24eq)を添加し、窒素を5分間通気させ、それから、Pd(PPh(0.10−0.25eq)を添加し、窒素をさらに5分間通気し続け、反応槽を密閉し、室温で16時間の間(o/n)光から保護して撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×);iPrOH(1×);DCM(1×);DMF(1×);0.5%ジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムを含むDMF(3×);DMF(1×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×);エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。同様のプロセスは、適切な抽出ワークアップ手順、続いて結晶化またはフラッシュクロマトグラフィー精製の追加と共に、溶液中で適用することができる。
2.分析方法
開示のライブラリを構成する大環状化合物の定性および定量分析ならびに特徴付けのための下記の代表的な方法を、反応進行をモニタリングするため、ならびに得られた最終生成物を評価するために、ルーチン的に実施する。これらの分析方法は、方法または手順に関して、数字の2、続いて文字、すなわち分取的精製のための方法2Bを使用することにより、開示の他のどこかで言及されるであろう。
A.純度分析のための標準HPLC法
カラム:Zorbax SB−C18、4.6mm×30mm、2.5μm
溶媒A:水+0.1%TFA
溶媒B:CHCN+0.1%TFA
λ=220、254、280nmでのUVモニタリング
グラジエント法A1
Figure 2019527672
下記代表的な方法が開示のライブラリを構成する大環状化合物の分取HPLC精製のために採用される。
B.分取的精製のための標準HPLC方法
カラム:Atlantis Prep C18 OBD、19mm×100mm、5μm
溶媒A:水性バッファー(10mMギ酸アンモニウム、pH4)
溶媒B:MeOH
Figure 2019527672
Figure 2019527672
典型的には、試料が初期精製実行後に追加の精製を必要とする場合、方法P5、P6、P7、P8、P9およびP10が使用される。
グラジエントランタイムの同時延長と共に、より低い流速(すなわち20−25mL/分)を使用することができることに注意されたい。
ギ酸アンモニウムバッファーの使用により、大環状化合物が得られ、典型的には、それらのギ酸塩形態として得られる。
3.使用方法
本開示の大環状化合物のライブラリは、治療向けの多種多様の標的に対するハイスループットスクリーニング(HTS)における適用に有用である。公知の、ならびに新たに同定された、標的に対する適切なHTSアッセイの設計および開発は、当技術分野で確立されたプロセスであり(Methods Mol. Biol. 2009, 565, 1−32; Mol. Biotechnol. 2011, 47, 270−285)、そのようなアッセイは、任意の薬理学的標的クラスからの標的の照合に適用可能であることが見出されている。これらとしては、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、核内受容体、酵素、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用および核酸−タンパク質相互作用が挙げられる。これらの標的クラスのHTSのための方法は当業者に知られている(High Throughput Screening in Drug Discovery, J. Huser, ed., Wiley−VCH, 2006, pp 343, ISBN 978−3−52731−283−2; High Throughput Screening: Methods and Protocols, 第2版, W.P. Janzen, P. Bemasconi, eds., Springer, 2009, pp268, ISBN: 978−1−60327−257−5; Cell−Based Assays for High−Throughput Screening: Methods and Protocols, P.A. Clemons, N.J. Tolliday, B.K. Wagner, eds., Springer, 2009, pp 211, ISBN 978−1−60327−545−3)。これらの方法は、アゴニスト、アクチベーター、阻害剤、アンタゴニスト、およびインバースアゴニストを含む任意の型のモジュレーターを同定するために使用することができる。実施例は、本開示のライブラリが有用である代表的なHTSアッセイを記載する。標的としては、酵素、Gタンパク質共役受容体およびタンパク質−タンパク質相互作用が挙げられる。使用前に、ライブラリは典型的には−70℃以下で100%DMSO中の10mM原液として保存され(凍結)、室温まで温められ、それから、アリコートが適切な試験濃度、例えばバッファー中10μΜまで希釈される。
本開示の化合物のライブラリはこのように研究ツールとして、HTSからの生理活性ヒットの同定のために使用され、ひいては、ある範囲の医学的状態の防止および治療のための新しい治療薬に向けられる創薬努力を開始するように機能する。本明細書で使用されるように、「治療」は、これと関連する障害または症状の治癒または完全消滅を暗示することを必ずしも意味しない。
本開示のさらなる実施形態について以下、下記実施例を参照して記載する。これらの実施例は本開示の実施形態を説明することを目的とし、開示の範囲を制限しないことが認識されるべきである。
実施例1
ビルディングブロックの調製
商業ベンダーから得られない場合、保護ビルディングブロックS1、S2、(S)−S3、(R)−S3、(S)−S4、(R)−S4、S5、S6、S7、S8、(S)−S53、(R)−S53は、それぞれ、容易に市場で入手可能な材料2−アミノエタノール、2−メチルアミノエタノール、L−アラニノール、D−アラニノール、L−ロイシノール、D−ロイシノール、3−アミノプロパン−1−オール、4−アミノブタン−1−オール、5−アミノペンタン−1−オール、6−アミノヘキサン−1−オール、L−バリノールおよびD−バリノールのN−保護により、当業者に知られている方法および条件、例えばN−Boc誘導体についてはBocOおよびKCO(方法1U)、ならびにN−Fmoc誘導体についてはFmoc−OSu(方法1W、実施例1A)またはFmoc−ClおよびNaHCOまたはN−Alloc誘導体についてはクロロギ酸アリルおよびNaCO(方法1Xを参照されたい)を用いて調製した。同様に、S9、S11、S12、S13、S14、S23、S24およびS28の保護誘導体は、直接、下記で示される市販開始材料から調製することができる:
S9:2−(2−アミノエトキシ)エタノール(Alfa Aesar(Ward Hill、MA)、Cat.No.L18897);
S11:3−(ヒドロキシメチル)アゼチジン(SynQuest Laboratories(Alachua、FL)、Cat.No.4H56−1−NX);
S12:4−ピペリジニル−メタノール(Alfa Aesar、Cat.No.17964);
S13:[2−(アミノメチル)フェニル]メタノール(Ark Pharm、Cat.No.AK−41063);
S14:[3−(アミノメチル)フェニル]メタノール(Combi−Blocks(San Diego、CA),Cat.No.QB−3285);
S23:2−[2−(アミノメチル)フェニルチオ]ベンジルアルコール(Aldrich(Milwaukee、WI)、Cat.No.346314);
S24:cis−4−アミノシクロヘキシルメタノール(エナミン(Monmouth Junction、NJ)、Cat.No.EN300−105832);
S28:trans−4−アミノシクロヘキシルメタノール(エナミン、Cat.No.EN300−106767);
ビルディングブロックS10およびS21は、文献(それぞれ、J. Med. Chem. 2006, 49, 7190−7197, Supplementary Information; compounds 4g and 4b)に記載されるように合成する。
代案として、入手可能な場合には、対応するN−保護酸を、実施例1Iに記載される手順を使用してN−保護アルコールに変換することができる。
それらのN−保護誘導体、開示の大環状化合物およびライブラリの構築のために使用される通常種として提示される本開示の代表的なアミノアルコールビルディングブロックの構造は下記である:
Figure 2019527672
Figure 2019527672
A.Fmoc保護のための代表的な手順:ビルディングブロックS14の合成
Figure 2019527672
Fmoc−OSu(38.6g、115mmol)を、[3−(アミノ−メチル)フェニル]メタノール(S14、16.5g、121mmol)を含むTHF(150mL)、水(75mL)および重炭酸ナトリウム(20.3g、241mmol)の溶液に室温(rt)で添加し、反応物を一晩(o/n)撹拌した。その時点で、少量試料をMeOHで希釈し、1滴のHOAcで酸性化させ、LC−MSにより分析し、これは、Fmoc−OSu試薬のない所望の生成物を示した。反応物を1M HClで酸性化させ、酢酸エチル(EtOAc)で希釈し、2時間の間撹拌した。白色固体を濾過して除去し、水、それからEtOAcでよく洗浄し、3時間の間、一定重量に到達するまで空気乾燥させた。このように得られた生成物Fmoc−S14(15.3g)は、LC−MSにより、同定可能な有機不純物を含まないことが見出された。水層をEtOAc(2×)で抽出した。有機層を合わせ、HO(2×)およびブラインで洗浄し、それから無水MgSO上で乾燥させた。乾燥剤を濾過により除去し、濾液を減圧下で濃縮して、追加の量の所望の生成物を白色固体として得た(34.1g)。固体を合わせて酢酸エチルを用いて還流しながら数分間、それからo/n、室温でトリチュレートし、Fmoc−S14を88%収率で得た(38.1g)。
同様に、非天然アミノ酸、3−アゼチジンカルボン酸(3−Azi)、4−ピペリジンカルボン酸(4−Pip、イソニペコチン酸)およびcis−4−アミノシクロヘキサン−1−カルボン酸(cis−4−Ach)のFmoc−保護誘導体をこの方法を利用して調製する。
Figure 2019527672
保護材料はまた市販されている:Fmoc−3−Azi(ChemImpex、Cat.No.07330;Matrix Scientific Cat.No.059921)、Fmoc−4−Pip(ChemImpex、Cat.No、04987、Anaspec、Cat.No.AS−26202)、Fmoc−4−cis−Ach、(ChemImpex、Cat.No、11954、Anaspec、Cat.No.AS−26385)。
B.ビルディングブロックS14の合成のための別の手順
Figure 2019527672
3−ブロモベンズアルデヒド(14−1)のニトリルへの変換を、シアン化銅(I)を用いた芳香族求核置換により遂行した。カルボニルおよびニトリルの両方の水素化アルミニウムリチウム(LAH)を用いたその後の還元により、適切なワークアップ後にアミノアルコールを得、これをそれから、標準条件を使用してFmocで保護した(方法1W、実施例1A)。対応するBoc誘導体を、スキームの最後の工程で、BocOおよびKCOを代用することにより入手する。
C.ビルディングブロックS15およびS16の合成のための標準手順
Figure 2019527672
類似の手順を利用して、それぞれ、2−(2−アミノエチル)安息香酸(15−1、Ark Pharm、Cat.No.AK−32693)および3−(2−アミノエチル)安息香酸(16−1、Ark Pharm、Cat.No.AK−34290)から開始して、S15およびS16の保護誘導体を入手する。アミンを標準様式でBoc(方法1U)またはFmoc(方法1W、実施例1A)で保護し、15−2および16−2を得る。酸をそれから、混合無水物によりアルコールに還元し(実施例1Iを参照されたい)、PG−S15およびPG−S16を得た。
D.ビルディングブロックS17およびS19の合成のための標準手順
Figure 2019527672
同一の戦略を、S17およびS19の保護ビルディングブロックの調製のために採用する。前者は、2−(2−アミノメチル)−フェノール(Combi−Blocks、Cat.No.A−3525、HCl塩として)から開始し、一方、後者は2−(2−アミノエチル)フェノール(Ark Pharm、Cat.No.114741)から進行する。各々のアミンを通常様式でBocで保護し(方法1V)、それぞれ、17−1および19−1を得る。遊離フェノールを、光延反応を使用してトリフェニルホスフィンおよびアゾジカルボン酸ジイソプロピル(DIAD)をエチレングリコールのモノ−t−ブチルジメチルシリル(TBDMS)エーテル(17−A)と共に用いて、それから誘導体化し、続いてテトラブチルアンモニウムフルオリド(TBAF、1MのTHF溶液)によるシリル保護の除去によりBoc−S17およびBoc−S19を得る。これらは、示される脱保護−保護シーケンスにより、対応するFmoc類似体に変換させることができる。
これらの2つの分子への別のアプローチとして、フェノールは置換反応により、塩基(例えばKCO、NaH)およびヒドロキシルの代わりに脱離基(すなわちハロゲン化物、メシレート、トシレート、トリフレート)を含む17−Aの好適な誘導体を使用してアルキル化することができ、これは、17−Aから当業者に知られている手順を使用して調製することができる。
E.ビルディングブロックS18およびS20の合成のための標準手順
Figure 2019527672
本質的に同一の戦略を、保護ビルディングブロックS18およびS20の合成のために利用する。前者はサリチル酸メチル(18−1)から開始し、一方、後者は2−(2−ヒドロキシフェニル)酢酸メチル(20−1、Ark Pharm Cat.No.AK−76378)から開始する。これらの2つの材料のフェノールのBoc−2−アミノエタノール(Boc−S1)との光延条件下での反応は、それぞれ、18−2および20−2を与える。エステル基の水素化ジイソブチルアルミニウム(DIBAL)による還元はBoc−保護標的化合物を与える。BocからFmocへの保護基の変換はすでに記載されるように達成することができ、Fmoc−S17およびFmoc−S19を与える。
F.ビルディングブロックS22およびS27の合成のための標準手順
Figure 2019527672
カテコール(22−1)またはレゾルシノール(27−1)の2つのフェノールを順次、光延条件下で、最初に1eqのモノ−保護ジオール17−A、続いて1eqの適切なN−保護−2−アミノ−エタノール(PG−S1)を用いて反応させた。完全には反応しない材料は、水性塩基(よって、選択したPGはそのような条件に適合しなければならない)で抽出することができる。シリルエーテルの1M TBAFを含むTHFを用いた標準脱保護はPG−S22およびPG−S27を提供する。N−保護基は、すでに記載されるように、必要に応じて交換することができる。
G.ビルディングブロックS25の合成のための標準手順
Figure 2019527672
3−ヒドロキシベンズアルデヒド(25−1、100mg、0.819mmol)、PhP(215mg、0.819mmol)およびFmoc−3−アミノ−1−プロパノール(Fmoc−S5、256mg、0.860mmol)を含むTHF(30mL)の溶液に室温でDIAD(0.159mL、0.819mmol)を1滴ずつ添加した。混合物を室温で2日間撹拌し、それから真空で蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン:EtOAc:14分にわたって95:5〜50:50)により精製した。生成物を含む画分を減圧下で濃縮し、所望のカップリングさせた生成物、Fmoc−S45を白色固体として残し、H NMRおよびMSは構造と一致した。アルデヒドの水素化ホウ素ナトリウムによる標準条件下での還元によりFmoc−S25を得た。
H.ビルディングブロックS26の合成のための標準手順
Figure 2019527672
PG−S22およびPG−S27について上記で記載されたものと同様に、4−フルオロ−カテコール(26−1、Fluorochem(Hadfield、英国、Cat.No.306910)の2つのフェノール部分を順次、光延条件下で、最初に17−Aと、それからPG−S1と反応させた。最初の変換は、フッ素置換基に対してパラのフェノールについて位置選択的であり、最初の反応は、副産物の形成を最小に抑えるために、たった1当量の17−Aのみを使用する。シリルエーテルの1M TBAFを含むTHFによる標準脱保護は、PG−S26を提供する。
I.酸ビルディングブロックのアルコールへの還元のための標準手順
Figure 2019527672
アミノ酸ビルディングブロック(I−1)の対応するアミノアルコール(I−2)成分への変換については、保護アミノ酸(I−1、15mmol)を含むTHF(100mL)の溶液を、窒素下、氷塩浴中で冷却し、それからクロロギ酸イソブチル(IBCF、1.96mL、15.0mmol)および4−メチルモルホリン(NMM、1.64mL、15.0mmol)を1滴ずつ同時に、シリンジにより5分にわたって添加した。混合物を0℃で30分間、それから室温でさらに30分間撹拌した。形成した白色沈殿物を、予洗したセライト(登録商標)パッドに通して、500mLフラスコ中に濾過し、無水エーテル(70mL)ですすいだ。フラスコを窒素下、氷浴中に置き、水素化ホウ素ナトリウム(0.85g、22.5mmol)を含む水(10mL)の混合物を、フラスコの首を開けたままにして一気に添加した。著しいガス発生を観察し、反応混合物は懸濁液を形成した。追加の水(20mL)を添加し、氷浴を除去し、LC−MSおよびTLCによりモニタリングしながら反応物を急速に撹拌した。周囲温度で1時間後、LC−MS分析により、反応が完了したことが示された。追加の水をそれから添加し、有機層をEtOAc(2×150mL)で抽出した。有機層を合わせ、1Mクエン酸、NaHCO(sat.)、水、ブラインで順次洗浄し、無水MgSO上で乾燥させた。混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、I−2を60−80%収率で得た。このように得られた生成物は、その後の反応のためにさらに精製せずに使用するのに十分純粋であった。
J.三酸化硫黄ピリジン錯体を使用したアルコールビルディングブロックのアルデヒドへの酸化のための標準手順
Figure 2019527672
下記手順は、還元的アミノ化付着手順において使用するための、I−2などのFmoc−保護アミノアルコールビルディングブロックの対応するアミノアルデヒド成分(J−1)への変換のために提供される。250mL丸底フラスコ中で、I−2(10mmol)をCHCl(46.3mL)およびDMSO(10mL)に溶解させた。トリエチルアミン(TEA、5.58mL、40mmol)を添加し、溶液を0℃まで窒素下で冷却した。三酸化硫黄ピリジン錯体(pyr・SO、4.77g、30mmol)をDMSO(16.3mL)溶液として、20分にわたって添加し、反応をTLCおよびLC−MSにより完了するまでモニタした。4時間後、反応物を0℃まで氷浴中で冷却し、EtOAc/エーテル(1:1、150mL)を添加し、有機層を飽和NaHCO(1×150mL)で洗浄した。追加の水を必要に応じて添加し、全ての不溶性材料を溶解させた。水層をEtOAc/エーテル(1:1、3×150mL)で抽出した。有機抽出物を合わせ、1M KHSO(1×150mL)、飽和NHCl(2×120mL)、水(200mL)、ブライン(2×200mL)で順次洗浄し、無水MgSO上で乾燥させ、濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、J−1を、典型的には優れた90−95%収率で得た。このように得られた生成物は、その後の変換において、さらに精製せずに使用するのに許容された。
K.二酸化マンガンを用いたビルディングブロックのアルデヒドへの酸化のための代表的な手順
Figure 2019527672
Fmoc−S14(38g、106mmol)をDCM(151mL)およびTHF(151mL)に懸濁させた。二酸化マンガン(Strem(Newburyport、MA、USA)Cat.No.25−1360、92g、1.06mol)を添加し、反応物をo/n、オービタルシェーカー上で200rpmにて撹拌した。少量試料をTHFと共にMgSOに通して濾過し、LC−MSにより分析し、87%変換が示された。追加のMnO(23.0g、264mmol)を添加し、反応物をさらに16時間の間撹拌し、その時点で反応が、90%変換まで進行したことが見出された。別の量のMnO(23.0g、264mmol)を添加し、撹拌をさらに16時間続け、その後、LC−MSにより反応の完了が示された。反応混合物をMgSOに通して、濾紙を上に置いて濾過し、トラップした固体をTHFですすいだ。残留MnOをTHFと撹拌し、濾過し、THFで洗浄した。濾液を再びMgSOおよび複数の層の濾紙に通過させ、濾液は淡黄色でMnOはなかった。減圧下での濾液の蒸発で、淡黄色固体が残った。固体をエーテルでトリチュレートさせ、加熱して還流させ、徐々に撹拌しながら冷却させた。4時間の間撹拌した後、形成した白色固体を濾過し、Fmoc−S37を白色固体として得た(28.6g、80mmol、76.0%収率)。H−NMRおよびLC−MSは予想生成物と一致した。MnOをTHF(300mL)で再び、o/n撹拌しながら、洗浄し、続いて濾過し、濾液を真空で濃縮して、1.0gの粗生成物を得、これを上記トリチュレーションの母液から回収した2.0gと合わせ、この合わせた固体をエーテルでトリチュレートした。所望の生成物の第2の一団を、オフホワイト固体として単離した(1.60g、4.48mmol、4.2%追加収率)。
L.ビルディングブロックS50の合成のための標準手順
Figure 2019527672
工程S50−1.2−ヒドロキシベンズアルデヒド(50−1、10.0g、82mmol)を含むMeOH(100mL)の溶液に、室温で、7N水酸化アンモニウム(29.2mL、205mmol)を含むMeOHを添加した。溶液の色が黄色に変わった。均一溶液を室温で3時間の間撹拌し、その時点でTLCは新しい、より極性の生成物を示した。固体水素化ホウ素ナトリウム(1.73g、45.7mmol)を反応物に少量ずつ添加し、室温で2時間の間撹拌を続けた。反応を10%NaOHで停止させ、それからメタノールを真空で蒸発させた。得られた水溶液をEtOAc(50mL)で希釈し、層を分離させた。有機層を10%HCl(3×)で洗浄した。水性洗浄液を元の水層と合わせ、pHを10%NaOHで9に調整した。形成した白色固体を濾過により単離し、洗浄し、空気中で乾燥させた。この材料をBocO(19.0mL、82.0mmol)を含むDCMで処理し、室温で24時間の間撹拌した。反応混合物を水で希釈し、EtOAcで抽出し、有機層をMgSO上で乾燥させ、濾過し、それから真空で蒸発させると油が残り、これをフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン:EtOAc、9:1〜1:1)により精製して50−2を無色油として得た(65%収率)。
Figure 2019527672
工程S50−2.50−2(3.86g、17.29mmol)およびAlloc−S1(3.76g、25.9mmol)を含むTHF(200mL)の溶液に室温でPhP(6.80g、25.9mmol)を、それからDIAD(5.04mL、25.9mmol)を添加した。混合物を室温でo/n撹拌し、その時点でTLCにより、反応完了が示された。溶媒を真空で蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィーにより精製し(100gシリカ、ヘキサン:EtOAc:13分にわたって90:10〜70:30)、2つの画分を得た。主画分は主として所望の生成物を含んだが、微量画分は、かなりの量の固体ヒドラジン副産物で汚染されていた。微量画分をエーテル/ヘキサン混合物でトリチュレートさせ、それから濾過した。この濾過由来の母液の真空での濃縮からの残渣を主要画分と合わせ、第2のフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン:EtOAc:14分にわたって90:10〜60:40)に供し、二保護生成物、Alloc−S50(Boc)を無色油として得た(46%収率)。これを1%TFAで処理し、Boc基を除去し、Alloc−S50を得た。
M.ビルディングブロックS50の合成のための別の手順
Figure 2019527672
2−ヒドロキシベンズアルデヒド(50−1、605mg、4.96mmol)および(9H−フルオレン−9−イル)メチルカルバメート(593mg、2.48mmol)を含むトルエン(30mL)に、TFA(0.955mL、12.4mmol)を添加した。混合物を80℃で2日間撹拌し、それから室温まで冷却させ、真空で蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン:EtOAc:14分にわたって95:5〜50:50)により精製した。生成物を含む画分を減圧下で濃縮すると、50−3が固体として残り、H NMRおよびLC−MSは構造と一致し、0.39mg、46%収率と推定した。
別の代案として、2−(アミノメチル)フェノールは市販されており(Matrix Scientific Cat.No.009264;Apollo Scientific Cat.No.OR12317;Oakwood Cat.No.023454)、標準方法を使用してFmocで保護することができる(方法1W、実施例1A)。
50−2のために記載されるのと類似して、50−3は、Alloc−S50に、光延カップリング、続いて標準Fmoc脱保護(方法1F)を含む反応順序により変換することができる。
Figure 2019527672
N.ビルディングブロックS51の合成のための標準手順
Figure 2019527672
2−(2−ヒドロキシフェニル)アセトアミド(51−1、Fluorochem、Cat.No.375417、50.0mg、0.331mmol)、PhP(104mg、0.397mmol)およびFmoc−2−アミノエタノール(Fmoc−S1、122mg、0.430mmol)を含むTHF(4mL)の溶液に室温でDIAD(0.077ml、0.397mmol)を1滴ずつ添加した。混合物を室温で一晩撹拌し、それから真空で蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィーにより精製した。中間体アミド51−2をそれから、ボラン−ジメチルスルフィドで、0℃にて2時間の間処理し、それから注意深く水、続いて希酸で反応停止させた。生成物Fmoc−S51を標準ワークアップ後に単離した。2−アミノエタノール上での他の適切な窒素保護基の使用により、S51の別の保護誘導体が提供される。
Figure 2019527672
同様に、これらの材料への別経路として、サリチルアミド(50−3)から開始して、S50の様々な保護誘導体に到達することができる。
O.ビルディングブロックS52の合成のための標準手順
Figure 2019527672
商業的供給元から購入した、またはBocOを用いた標準条件下での処理により非保護前駆体から調製したBoc−L−フェニルアラニンアミド((S)−52−1)をボラン−ジメチルスルフィドで還元させて、モノ−保護ジアミン(S)−S52(Boc)を得た。一級アミンを通常様式で(方法1X)Alloc基で保護し、それからBoc基を標準条件を使用して除去し、Alloc−(S)−S52を得た。鏡像異性体、Alloc−(R)−S52を同様にD−フェニルアラニンアミドから合成する。そのような手順はまた、α−N−保護アミノ酸アミドからの他のジアミンの合成に適用可能である。
P.ビルディングブロックS57、S58、S59、S61およびS62の合成のための標準手順
Figure 2019527672
直鎖ジアミン(P−1、n=0−4)を標準条件下、文献の方法を使用して、Bocでモノ保護する(Synth. Comm. 1990, 20, 2559−2564; Synth. Comm. 2007, 37, 737−742; Org. Lett. 2015, 17, 422−425)。このように得られた生成物(P−2)をクロロギ酸アリルと塩基の存在下で反応させ、Alloc保護基を導入する。今、異なって二保護されたアミンを酸で処理し、Boc基を切断させ、所望のAlloc−保護ジアミンを得る[P−3:S57(n=0)、S58(n=1)、S59(n=2)、S61(n=3)、S62(n=4)]。
あるいは、Boc−モノ保護ジアミン(P−2)は市販されている:n=0(Alfa Aesar、Cat.No.L19974);n=1(Aldrich、Cat.No.436992);n=2(Aldrich、Cat.No.15404);n=3(Aldrich、Cat.No.15406);n=4(Aldrich、Cat.No.79229)。
Q.ビルディングブロックS60の合成のための標準手順
Figure 2019527672
Q−1の(S)および(R)−異性体は市販されている[それぞれ、Key Organics (Camelford, United Kingdom) Cat. No. GS−0920、Ark Pharm、Cat.No.AK−77631]。Alloc−モノ保護1,ω−ジアミンを調製するために今記載した方法の後者の部分は(S)−および(R)−Q−1に適用され、異なって保護されたジアミンQ−2の両方の異性体が提供される。Boc基の選択的除去により、Alloc−S60の鏡像異性体が提供される。
R.ビルディングブロックAlloc−S63の合成のための標準手順
Figure 2019527672
3−ヒドロキシベンズアルデヒド(25−1、1.99g、16.3mmol)および(9H−フルオレン−9−イル)メチルカルバメート(2.44g、10.2mmol)を含むトルエン(100mL)にTFA(2.36mL、30.6mmol)を添加した。混合物を80℃で2日間撹拌し、それから室温まで冷却させ、真空で蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン:EtOAc:14分にわたって95:5〜50:50)により精製した。生成物を含む画分を減圧下で濃縮すると、63−2が白色固体として残り、H NMRおよびLC−MS(M+H+346)は構造と一致し、2.50g、71%収率であった。
あるいは、3−(アミノメチル)フェノールは市販されおり(Matrix Scientific Cat.No.009265;Alfa AesarCat.No.H35708)、方法1W/実施例1Aを用いてFmocで保護される。
Figure 2019527672
S50についてすでに記載されるものと同様に、フェノールをAlloc−S1と光延条件下で反応させ、Alloc−S63(Fmoc)を得、これから、Fmocを切断させ、所望の生成物、Alloc−S63を得る。
S.ビルディングブロックS64の合成のための標準手順
Figure 2019527672
市販の3−(2−アミノエチル)フェノール(3−ヒドロキシフェネチル−アミン、AstaTech、Cat.No.51439;Ark Pharm、Cat.No.AK−41280)を標準方法(方法1U)を使用してBocで保護し、64−1を得る。Fmoc保護もまた採用することができる(方法1W、実施例1A)。S50およびS63についてすでに記載されたのと同様に、フェノールをAlloc−S1と光延条件下で反応させ、Alloc−S64(Boc)を得、これをそれから、Bocの除去のために酸処理に供し、所望の生成物、Alloc−S64を得る。
T.アリールエーテルビルディングブロックの合成のための標準手順
Figure 2019527672
アミノアリルエステル(T−1)を、対応するN−保護アミノ酸から方法1Yを使用して調製し、それから窒素保護を、適切な手順、例えばBocのための方法1Vを使用して除去した。T−1をそれからα−ヒドロキシエステル(T−2)に、α−ヒドロキシ酸のための文献に記載される手順を利用して変換する(Org. Lett. 2004, 4,497−500)。このプロセスは立体配置を保持して進行する。その後、T−2を保護フェノールアルコール(T−3)と光延条件下で反応させ、逆キラル中心を有するT−4を得る。図示されるシリルエーテルに対する別の保護基もまた、当業者に認識されるように採用することができる。このようにして調製された、本開示の代表的なアミノアルコールビルディングブロックの構造は下記である:
Figure 2019527672
適切な条件を用いたアルコールの脱保護に続いて、方法1Hを用いたアルデヒド(T−5)への酸化を実施し、この中では、これらの生成物の代表例の構造が提示される。
実施例2
4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム2において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物1401−2115のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、福山−光延アルキル化(方法1Pにおける手順を介する、スキーム2において図示されず)、またはアミドカップリング化学(方法1G)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を介して連結させ(方法1G)、それから最終ビルディングブロック(BB)を、再びFmoc除去後(方法1F)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化化学(方法1P手順、スキーム2において図示されず)を使用して付着させた。これに続いて、順次、選択的N末端脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基をそれから除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が表1Aに利用した特定のビルディングブロックと共に提供され、このように調製された化合物の個々の構造が表1Bにおいて提示される。
表1Aにおける化合物1831−1846および2002−2032については、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。同様に、化合物1799−1814および1941−1970については、方法1P手順を採用して、対応する非メチル化BBの付加後、メチル基を付着させたが、ある一定の場合には、保護N−Meアミノ酸自体、特にN−Me−Phe、N−Me−Val、N−Me−Leuのようなより単純な標準誘導体に直接商業的にアクセスし、BBの代わりに、代案として使用した。本開示で提示される表は非制限的な例を表す。
Figure 2019527672
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表1A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表1B
全ての化合物について、Fmoc−ProがBBである化合物(ここで、Rおよび(N)Rは表1BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する)を除き、Q=CH、R=HおよびR=Hである。類似して、Fmoc−ProがBBであるそれらの化合物については、Rおよび(N)Rは、表1BにおけるR−Rについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。加えて、BBがFmoc−4−Pipであるそれらの化合物については、(N)RおよびRは、表1BにおけるR−Rについて示されるように、窒素原子を含む6員環の一部である。また、BBがFmoc−3−Aziであるそれらの化合物については、(N)RおよびRは表1BにおけるR−Rについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。
実施例3
追加のビルディングブロックによる選択された側鎖官能化を含む、4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム3において提示される合成スキームを使用して、固体支持体上で大環状化合物2116−2328のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードした(方法1D)。この時点で、2つの任意的な工程のうちの第1を実行し、これにより、BBの側鎖上の保護を選択的に除去し、それから追加のビルディングブロックを、方法1Tに記載される一連の反応順序の1つを使用して付加する。この後、BBのα−N−保護の除去(切断される基に適切な方法1Fまたは方法1AA)を実施し、続いてアミドカップリング(方法1G)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、または福山−光延アルキル化(方法1Pにおける手順を使用する、スキーム3において図示されず)を介する次のビルディングブロック(BB)の付着を実施する。BBのFmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。第2の任意的な工程を、Fmoc脱保護後、再び、脱保護を含むBBの側鎖上での選択反応を、方法1T変換の1つと一緒に用いて実施する。BBのα−窒素上の保護を切断し(適用可能な場合、方法Fまたは方法1AA)、続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化化学(方法1Pの手順、スキーム3において図示されず)を使用して、BBを連結させる。次に、Fmoc脱保護(方法1F)、樹脂からの除去(方法1Q)、大環状化(方法1R)、および側鎖保護基の除去(方法1S)を順次実施した。得られた粗生成物を分取HPLCにより精製し(方法2B)、得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が、採用した特定のビルディングブロックと同様に表2Aで提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表2Bにおいて提示される。
さらに、任意的な工程について、少なくとも1つを表2Aに示されるように実行する。官能化が起きたことが示された場合、BBおよび/またはBBのオルソゴナル側鎖保護基を、Lys(Fmoc)については方法1F、Dap(Alloc)については方法1AA、Asp(OAllyl)およびGlu(OAllyl)については方法1BBまたはTyr(Allyl)については方法1CCを必要に応じて使用して除去し、それから、その後のBBの付加前に、遊離官能基を列挙されたビルディングブロック試薬と、示された実験的方法1T変換を使用して反応させる。しかしながら、効率を求めて、構造および保護戦略がそのように許可するならば、示された反応順序を実行する前に、1つ以上のビルディングブロックを付加することもまた可能であることは、当業者に認識されるであろう。
化合物2328では、BBは商業的に側鎖がすでに適切に誘導体化されて得られたが、それはFmoc−Tyr(Allyl)から試薬XT−10および方法1T−10を使用して合成することも可能であろう。
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表2A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表2B
表2Bにおける全ての化合物について、Q=CHおよびR=Hである。Fmoc−ProがBBである化合物(ここで、R1aおよび(N)RはR−Rについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する)を除き、R=Hである。同様に、Fmoc−ProがBBであるそれらの化合物を除き、R=Hであり、R3bおよび(N)Rは表2BにおけるR3b−Rについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。加えて、BBがFmoc−3−Aziであるそれらの化合物(ここで、(N)RおよびRは、表2BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である)を除き、R=Hであり、BBがFmoc−4−Pipであるそれらの化合物については、(N)RおよびRは表2BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む6員環の一部である。
実施例4
5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム4において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物2331−2593のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)をアミドカップリング化学(方法1G)を用いて連結させた。第3のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム4において図示されず)を介して付着させ、それから第4のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を使用して付加し(方法1G)、どちらも、個々のBB上でのFmoc保護の除去の後とした(方法1F)。還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化(方法1P、スキーム4において図示されず)による最後のビルディングブロック(BB)の連結に続いて選択的N末端脱保護(方法1F)、固体支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基を除去し(方法1S)、それから得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。利用したビルディングブロック、得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表3Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表3Bにおいて提示される。
化合物2416−2453、2561−2579および2581−2591については、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。
表3A中の2つの化合物は実際には追加のビルディングブロックを有する。第1の化合物2592では、BBのオルソゴナル側鎖保護基を、方法1CCを使用して除去し、それから遊離フェノールをXT−11と、方法1T−10を利用して反応させ、その後、BBを付加する。類似して、他の化合物2593では、BBのオルソゴナル側鎖保護基を、方法1Fを使用して切断し、それから遊離アミンを、方法1T−8に従いXT−6と反応させ、その後、BBを付加する。
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表3A

na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表3B


表3Bにおける全ての化合物について、R、RおよびR10は水素であり、QおよびQはCHである。また、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBBであるそれらの化合物では、Rおよび(N)Rは表3BにおけるR−Rについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。
実施例5
3または4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム5に図示される合成スキームに従い、固体支持体上で大環状化合物2595−2624のライブラリを調製し、一方、スキーム6における合成スキームを大環状化合物2625−2642のライブラリの固相調製のために使用した。化合物(2595−2624)の第1のライブラリについては、第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードした(方法1D)。そのアリルエステルとして保護した、第2のビルディングブロック(BB)の付着を還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)を用いて、BBのFmocの脱保護後(方法1F)、または、福山−光延アルキル化手順(方法1P、スキーム6において図示されず)を介して実施した。アリルエステルを除去し(方法1BB)、それから第3および最終のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を使用して連結させた(方法1G)。BBのAlloc保護の選択的切断(方法1AA)および樹脂からの除去(方法1Q)、続いて大環状化を実施した(方法1R)。次に、側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために利用したビルディングブロックおよび質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表4Aにおいて提供される。この経路を介して調製された個々の化合物の構造は表4Bにおいて提示される。
化合物(2625−2642)の第2のライブラリの調製は同様に進行した。最初に、第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、続いてアミド結合形成により、第2のビルディングブロックを付着させた(BB)。BBのFmoc保護を除去すると(方法1F)、第3のビルディングブロック(BB)をそのアリルエステルとして、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム6において図示されず)を介して連結させた。アリルエステルの切断(方法1BB)、続いてアミド結合形成(方法1G)を実施し、最終ビルディングブロック(BB)を付加させた。BBのAlloc保護基のその後の選択的除去(方法1AA)、樹脂切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を順次実施した。最後に、側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。表4Aはまた、利用したビルディングブロックおよび、同様に、この組の化合物についての最終大環状分子生成物のアイデンティティの確認を要約したものである。この経路を介して調製された個々の化合物構造は表4Cにおいて提示される。
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表4A 全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
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表4B

に結合されている2つのアミド窒素原子を区別するために、1つが星印()で指定されている。
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表4C
に結合されている2つのアミド窒素原子を区別するために、1つが、全体構造において星印()で指定されている。
実施例6
4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
スキーム2において提示される合成スキームに従って、固相上で大環状化合物2655−3166のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、福山−光延化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム2において図示されず)またはアミドカップリング化学(方法1G)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。次に、最終ビルディングブロック(BB)を、再びFmoc保護の除去後に(方法1F)、アミドカップリング(方法1G)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、または福山−光延アルキル化(方法1Pを介する、スキーム2において図示されず)を使用して付着させた。これに続いて選択的N末端脱保護(方法1F)、支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。それから、側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表5Aにおいて整列される。このようにして調製された化合物の個々の構造は表5Bにおいて提示される。
表5Aにおける化合物2655−2707については、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後、閉環前にメチル基を導入した。
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表5A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表5B
表5Bにおける全ての化合物について、化合物2708−2719(この場合、R=CHである)、化合物2769、2850、2926、2931、2999、3074(この場合、R=CHである)を除き、R=H、R=HおよびR=Hであり、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBBであるそれらの化合物では、Rおよび(N)RはRについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。加えて、BBがFmoc−3−Aziであるそれらの化合物では、(N)RおよびRは、表5BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。同様に、BBがFmoc−3−Aziであるそれらの化合物については、(N)RおよびRは、表5BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。最後に、BBがFmoc−4−Pipであるそれらの化合物については、(N)RおよびRは、表5BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む6員環の一部である。
実施例7
追加のビルディングブロックによる選択された側鎖官能化を含む、4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
スキーム3において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物3167−3300のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードした(方法1D)。この時点で、2つの任意的な工程のうちの第1を実行し、これにより、BB側鎖保護基を選択的に除去し、それから追加のビルディングブロックを、示される方法1Tに記載される一連の反応順序の1つを使用して付加する。この後、BBのα−N−保護の除去(方法1F)を実施し、続いて、アミド結合形成を介して次のビルディングブロック(BB)を連結させる。同様に、BBのFmocを切断すると、第3のビルディングブロック(BB)をアミドカップリングを介して付着させた(方法1G)。Fmoc脱保護後、第2の任意的な工程をこの段階で、再び、選択的脱保護、続いて示される方法1T変換を含む、BBの側鎖上での反応を用いて実施する。BBのα−窒素の脱保護(方法1F)に続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム3において図示されず)を使用して、BBを連結させる。次に、順次的なFmoc脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)、大環状化(方法1R)、および側鎖保護基の除去(方法1S)を実施した。得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。採用されたビルディングブロック、ならびに、入手可能な場合には、得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が表6Aで提供される。最後に、調製した化合物の個々の構造が表6Bにおいて提示される。
任意的な工程については、1つまたは両方を表6Aで、特定されるように実行する。官能化が起きたことが示された場合、BBおよび/またはBBのオルソゴナル側鎖保護基を、必要に応じて、Lys(Fmoc)については方法1F、Dap(Alloc)については方法1AA、Asp(OAllyl)およびGlu(OAllyl)については方法1BBまたはTyr(Allyl)については方法1CCを使用して切断し、それから遊離官能基を示されたビルディングブロック試薬と、列挙された実験的方法1T変換を使用して、その後のBBの付加前に反応させる。しかしながら、効率を求めて、構造および保護戦略がそのように許可するならば、1つ以上のビルディングブロックを付加し、その後に、示された反応順序を実行することもまた可能であることは、当業者に認識されるであろう。
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表6A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表6B
上記全ての化合物について、R=HおよびR=Hである。加えて、Fmoc−ProがBBであるそれらの化合物については、Rおよび(N)R3bは、表6BにおけるR3bについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。また、BBがFmoc−3−Aziであるそれらの化合物については、(N)RおよびRは、表6BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。
実施例8
5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
スキーム4において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物3301−3654のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム4において図示されず)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を介して連結させ(方法1G)、一方、最終ビルディングブロック(BB)を、再び、Fmocの除去後に(方法1F)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延化学(方法1Pを介する、スキーム4において図示されず)を使用して付着させた。Fmoc脱保護およびBB、最終成分のアミド結合カップリング(方法1G)により前駆体構築を完了した。それから、これに続いて選択的N末端脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。それから側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用された特定のビルディングブロック、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が表7Aにおいて与えられ、このように調製された化合物の個々の構造は表7Bにおいて提示される。得られた各大環状分子の量、それらのHPLC純度および質量分析(MS)によるそれらのアイデンティティの確認は表7Aにおいて提供される。このように調製された化合物の個々の構造は表7Bに描出される。
表7Aにおける化合物3315−3325、3336−3348、3365−3369および3551−3654については、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。しかしながら、化合物3365−3367および3369については、BBについて示されるN−Meアミノ酸は市販されており、一方、化合物3368については、方法1Pにおいて記載される手順を使用して、対応する非メチル化BBを組み込んだ後に、メチル基を付着させた。
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表7A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表7B
表7Bにおける全ての化合物について、Q=CHおよびQ=CHである。また、化合物3365−3369(この場合、R=CHである)を除き、化合物は全てR=Hを有し;化合物3375、3452、3552、3581(この場合、R=CHである)を除き、全て、R=Hを有し;化合物3358、3383、3388、3404、3418、3440、3463、3486、3496、3528、3539、3567、3589、3592、3635、3643(この場合、R=CHである)を除き、全て、R=Hを有する。
他の例外は、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBBであるそれらの化合物についてであり、この場合、Rおよび(N)Rは、表7BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。同様に、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBBであるそれらの化合物については、Rおよび(N)Rは、表7BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。
実施例9
追加のビルディングブロックによる選択された側鎖官能化を含む、5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム7において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物3655−3813のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードした(方法1D)。この時点で、2つの任意的な工程のうちの第1を実行することができ、これにより、BBの側鎖上の保護を選択的に除去し、それから、追加のビルディングブロックを、方法1Tに記載される一連の反応順序の1つを使用して付加する。BBからα−N−保護基切断後、第2のビルディングブロック(BB)をアミドカップリング化学(方法1G)を用いて組み入れる。ここで再び、別のビルディングブロックを付加するための、選択的側鎖脱保護および反応を含む第2の任意的な工程(方法1T)が起こり得る。この後、BBのα−N−保護の除去(切断される基に適切な方法1Fまたは方法1AA)を実施し、続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化(方法1Pにおける手順を介する、スキーム7において図示されず)を介して、次のビルディングブロック(BB)を付着させる。BBのFmoc保護基が除去されると、次のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。第3の任意的な工程を、再び、脱保護と一緒に、方法1T変換の1つを含む、BB側鎖上での選択的反応を用いてこの段階で実施する。BBのα−窒素上の保護を切断し(適用可能な場合、方法1Fまたは方法1AA)、続いて、BBを還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延化学(方法1Pを介する、スキーム7において図示されず)を使用して連結させる。次に、Fmoc脱保護(方法1F)、樹脂切断(方法1Q)、大環状化(方法1R)、および側鎖保護基の除去(方法1S)を順次実施した。このように得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用されたビルディングブロック成分、ならびに、入手可能な場合には、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表8Aにおいて提示される。このように調製された化合物の個々の構造は表8Bにおいて提供される。
さらに、任意的な工程について、1、2または3つ全てを表8Aに示されるように実施する。官能化が起きたことが示された場合、BBおよび/またはBBおよび/またはBBのオルソゴナル側鎖保護基を、Lys(Fmoc)については方法1F、Dap(Alloc)については方法1AA、Asp(OAllyl)およびGlu(OAllyl)については方法1BBまたはTyr(Allyl)については方法1CCを必要に応じて使用して除去し、それから、その後のBBの付加前に、遊離官能基を列挙されたビルディングブロック試薬と、示された方法1T反応を使用して反応させる。しかしながら、効率を求めて、構造および保護戦略がそのように許可するならば、示された側鎖反応順序を実行する前に、1つ以上のビルディングブロックを付加することもまた可能であることは、当業者に認識されるであろう。

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表8A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表8B
表8Bにおける全ての化合物について、化合物3667、3682、3685(ここでR=CHである)を除き、R=H、R=H、R=H、R=HおよびR10=Hである。加えて、Fmoc−ProがBBであるそれらの化合物については、R2bおよび(N)Rは、表8BにおけるR2bについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。同様に、Fmoc−D−ProがBBであるそれらの化合物については、R4cおよび(N)Rは、表8BにおけるR4cについて示されるように、窒素原子を含む環状5員環を形成する。
実施例10
C型肝炎ウイルスNS3プロテアーゼ阻害剤の同定のためのハイスループットスクリーニングアッセイ
C型肝炎ウイルス(HCV)の感染は慢性肝炎、肝硬変および肝細胞がんを引き起こす主な世界的な健康問題である。非構造ウイルスタンパク質は前駆体タンパク質から、隣接するNS4A補助因子を必要とするHCV NS3セリンプロテアーゼにより切断される。NS3プロテアーゼはタンパク質プロセシングにおいて極めて重要な役割を果たし、というのも、それはNS3/4A、NS4A/4B、NS4B/5A、およびNS5A/5B接合部でのタンパク質切断を指揮するからであり、よって、ウイルスの複製および感染性に必須である。
新しいHCV NS3プロテアーゼ阻害剤を同定するために、HTSについて最適化されたシンチレーション近接アッセイ(SPA)を文献(J. Biomol. Screen. 2000, 5, 153−158)に記載されるように実施する。アッセイのために使用したバッファーは62.5mM HEPES(pH7.5)、30mMジチオトレイトール、18.75%(v/v)グリセロール、0.062%(v/v)トリトンX−100である。HCV NS3プロテアーゼを、アッセイバッファー中5分間周囲温度で軽く撹拌しながらNS4A補助因子(1000:1補助因子:プロテアーゼ比)とインキュベートすることにより活性化させる。アッセイを96または384ウェルマイクロタイタープレートにおいて、50μLアッセイバッファー、15nMデュアルビオチンおよびトリチウム−標識プロテアーゼ基質(ビオチン−DRMEECASHLPYK[プロピオニル−H]−NH)、6mMビオチニル−プロテアーゼ基質、25nM HCV NS3プロテアーゼ、25μM NS4A補助因子ペプチド(HKKKGSVVIVGRIILSG−NH2)、およびライブラリ試験化合物を含む2.5μL DMSOを用いて実施する。反応を、10μLの酵素および補助因子の添加により開始させる。プレートを30分間周囲温度で穏やかに撹拌しながらインキュベートし、それから、100μLの適切な停止液(例えば、ストレプトアビジンコートYSi−SPAビーズを含むPBS)の添加により停止させる。SPAビーズに結合された放射活性の測定を、適切なマイクロプレートシンチレーションカウンターを用いて実施する(典型的には、1分のカウント時間を使用する)。このように得られたデータを、適切なソフトウェアパッケージ、例えばGraphPad Prism(La Jolla、CA)を使用して解析する。
実施例11
5−ヒドロキシトリプタミン受容体サブタイプ2A(5−HT2A)インバースアゴニストの同定のためのハイスループットスクリーニングアッセイ
臨床的に重要な抗精神病薬の大半は、ドパミンD2受容体でのそれらの拮抗作用に加えて、5−HT2A受容体では強力なインバースアゴニストとなることが見出されている。新しいそのようなCNS治療薬の同定については、文献(J. Pharm. Exp.Ther.2001, 299, 268−276)に記載される受容体選択および増幅アッセイが実施される。
細胞培養
アッセイのための調製において、適切な細胞(NIH−3T3またはその他)を、ローラーボトルまたは標準96ウェル組織培養プレートにおいて、10%子ウシ血清および1%PSG(ペニシリン/ストレプトマイシン/グルタミンが補充されたダルベッコ変法基本培地(DMEM)中で70−80%コンフルエンスまで増殖させる。次に、細胞のプラスミドDNA(クローン化受容体)による、標準方法を使用した、12−16時間(o/n)の間のトランスフェクションを実施した。Gqの同時発現を使用して5−HT2A受容体恒常的活性を増大させた。プレート内で、アッセイを、1〜50ng/ウェルクローン化受容体および20ng/ウェルβ−ガラクトシダーゼプラスミドDNAを用いて実施する。5−HT2A恒常的活性を支援するために、4−20ng/ウェルのGタンパク質もまた添加した。ローラーボトル中でのトランスフェクション後、細胞をトリプシン処理し、収集し、凍結させ、またはアッセイにおいて直ちに使用することができた。
アッセイ
アッセイについては、細胞を、0.5%子ウシ血清および2%cyto−sf3(Kemp Biotechnologies, Frederick, MD, USA)を有するDMEM中に入れ(または、前に凍結させた場合、急速解凍させ)、それから、ライブラリ由来の試験化合物、陰性対照または陽性対照(リタンセリン)を含むアッセイプレート(典型的に96または384ウェル)に添加した。あるいは、プレート中でのo/nトランスフェクション後に、培地を2%cyto−sf3および1%PSGおよび1つ(またはそれ以上)の濃度の試験ライブラリ化合物または対照を含む無血清DMEMと交換した。全ての場合において、細胞を5%周囲COを有する加湿雰囲気中で4−6日間増殖させた。培地の除去後、プレート中でのβ−ガラクトシダーゼ活性を標準方法を使用して、例えば、o−ニトロフェニルβ−D−ガラクトピラノシドをリン酸緩衝生理食塩水に添加して測定する。得られた比色反応をそれから、分光光度的プレートリーダーを、採用されたβ−ガラクトシダーゼ法に適切な波長で使用して測定した(例えば420nm)。データの解析を適切なソフトウェアパッケージ、例えばGraphPad Prismを使用して実施する。
実施例12
p53−MDM2相互作用の阻害剤の同定のための細胞ハイスループットスクリーニングアッセイ
p53転写因子は、DNA修復、分化、細胞周期阻害およびアポトーシスに関与する様々な遺伝子の発現を制御する強力な腫瘍抑制因子である。p53の機能はMDM2腫瘍性タンパク質によって、その転写の活性の直接阻害、およびまた、ユビキチン−プロテオソーム経路を介するその分解の増強により抑制される。多くのヒト腫瘍はMDM2を過剰発現し、効果的にp53媒介アポトーシスを損なう。よって、p53−MDM2相互作用を阻害することによるp53の安定化は、癌化学療法のためのアプローチを提供する。そのような阻害剤の同定のために、文献に記載される有効性が確認された細胞アッセイが採用される(J. Biomol. Screen. 2011, 16, 450−456)。これは、化合物への細胞毒性から誤ったヒットを排除する、デュアルルシフェラーゼレポーターシステムを利用する哺乳類ツーハイブリッド技術に基づく。
細胞培養
適切な細胞(例えば、HEK293、U2OS、MDA−MB−435)をATCC(Manassas、VA、USA)から入手し、10%ウシ胎仔血清(FBS)、100mg/Lペニシリン、および100mg/Lストレプトマイシンを有するDMEM中、37℃で、5%COの加湿雰囲気において維持した。約1×10の細胞をプラスミド(2−4μg)を含むトランスフェクションバッファー(200μL)と合わせ、電気穿孔を一過性トランスフェクションのために実行した。
アッセイ
哺乳類ツーハイブリッドシステム(Stratagene、La Jolla、CA)を、p53−MDM2相互作用を評価するために開発された細胞アッセイのために利用した。この戦略を達成するために、全長p53またはMDM2を、GAL4のDNA結合ドメイン(BD)またはNFκBの転写活性化ドメイン(AD)のC末端で挿入した。p53とMDM2の相互作用により、2つのドメイン(BDおよびAD)が近接し、よって、下流ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子が活性化される。特定的には、インフレームのヒトp53およびMDM2をコードする全長cDNAをADまたはBDと共に、N末端で、pCMV−ADおよびpCMV−BDベクターにクローン化させた。シングル−ルシフェラーゼ分析では、細胞をpCMV−AD−MDM2(または−p53)、pCMV−BD−p53(または−MDM2)、およびpFR−Lucホタルルシフェラーゼレポータープラスミドを用いて1:1:1の当量比でコトランスフェクトさせた。一方、デュアル−ルシフェラーゼ分析については、内部標準、ウミシイタケルシフェラーゼをコードするpRL−TKプラスミドを含めた。トランスフェクション後、細胞の播種を、およそ3×10細胞/ウェルの密度でマイクロプレート上に実施した(96ウェル)。様々な濃度のライブラリ試験化合物をトランスフェクション後16時間に添加する。ルシフェラーゼ活性を、追加の24時間後に、Dual−Gloルシフェラーゼシステム(Promega、Madison、WI、USA)および適切なマルチプレートリーダーを使用して測定した。化合物は典型的には、最初に10μM、20μMまたは50μMの単一濃度でスクリーニングし、それから、それらの化合物について得られた用量反応曲線は下記で規定されるヒットであることが見出した。各96−ウェルプレートでは、8ウェルを陽性対照として使用し(10μMの公知の阻害剤、例えばヌチリン(nutilin)−3、1% DMSO中)、別の8ウェルを陰性対照として使用した(1%DMSO)。ルシフェラーゼ活性を、それぞれ、DMSOおよび公知の阻害剤で処理したウェルにおいて、100%および0に正規化した。ルシフェラーゼ活性を30%未満まで低減させる化合物は一次スクリーニングにおいて「ヒット」と考えることができるが、他の値もまた選択することができる。GraphPad Prismソフトウェア、または他の適切なパッケージを使用して、データを解析し、非線形回帰分析を実施し、用量反応曲線を作成し、IC50値を計算する。
実施例13
4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
図2において提示される合成スキームに従って、固相上で大環状化合物3816−3951のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、福山−光延アルキル化(方法1Pの手順を使用する、スキーム2において図示されず)またはアミドカップリング化学(方法1G)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。次に、Fmoc保護の除去後(方法1F)、最終ビルディングブロック(BB)を、再び還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、アルキル化(方法1Pの手順を介する、スキーム2において図示されず)またはアミドカップリング(方法1G)を使用して付着させた。これに続いて、選択的N末端脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基をそれから除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表9Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表9Bにおいて提示される。
表9Aにおける化合物3823、3872および3907については、示された市販のN−Meアミノ酸を採用し、または、その代わりに、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。同様に、表9Aにおける化合物3824、3873、3908、3936、および3937ついては、方法1P手順を採用して、対応する非メチル化BBの付加後、メチル基を付着させたが、化合物3936については、Fmoc−S2を直接代案として使用することができた。また、表9Aにおける化合物3950については、示される市販のN−Meアミノ酸を採用し、または、その代わりに、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。最後に、表9Aにおける化合物3825、3874、3909、3943、3947および3949については、方法1P手順を採用して、対応する非メチル化BBの付加後、メチル基を付着させ、その後、大環状化を実施したが、化合物3943、3947および3949については、Fmoc−S2を直接代案として使用することができた。
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表9A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表9B全ての化合物について、化合物3938および3950(ここで、Q=C=O)、化合物3939(ここで、Q=C=O)、ならびに化合物3826および3956(ここでR=CH)を除き、Q=CH、Q=CHおよびR=Hである。化合物3938および3950では、BBはFmoc−S34であり、(N)RおよびRは、表9BにおけるR−Rについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。同様に、化合物3939については、BBはFmoc−S34であり、(N)RおよびRは、表9BにおけるR−Rについて示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。
実施例14
5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
図4において提示される合成スキームに従って、固相上で、大環状化合物3952−3975のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂に付着させ(方法1D)、それから、Fmoc保護を除去した後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)を、アミドカップリング化学を使用して付着させた(方法1G)。第3のビルディングブロック(BB)を、Fmoc基の脱保護に続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化(方法1Pの手順に従う、図4において図示されず)を使用して連結させた。次に、Fmoc保護の除去後(方法1F)、最後から2番目のビルディングブロック(BB)を、アミドカップリングを使用して付着させ(方法1G)、一方、第5および最終のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化手順(方法1P、図4において図示されず)を利用して連結させた。これに続いて、選択的N末端脱保護(方法1F)、固体支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基をそれから除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表10Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表10Bにおいて提示される。
表10Aにおける化合物3952および3953については、示される市販のN−Meアミノ酸を採用し、または、その代わりに、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。同様に、表10Aにおける化合物3954および3955については、示される市販のN−Meアミノ酸を採用し、または、その代わりに、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。同様に、表10Aにおける化合物3955、3959、3963、3967、3973および3975については、方法1Pを採用して、対応する非メチル化BBの付加後、メチル基を付着させたが、化合物3955、3959、3963、3967、3973については、Fmoc−S2を直接代案として使用することができた。最後に、表10Aにおける化合物3953、3957、3961、3965および3971ついては、方法1P手順を採用して、対応する非メチル化BBの付加後、メチル基を付着させ、その後、大環状化したが、これらの5つの化合物全てについて、Fmoc−S2を直接代案として使用することができた。
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表10A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表10B
表10Bにおける全ての化合物について、Q=CHおよびQ=CHである。また、化合物はすべてR=Hを有し;化合物3972および3973(ここでR=CH)を除き、すべてR=Hを有し;ならびに、化合物3954および3955(ここでR=CH)ならびに化合物3974および3975(ここでR=SO−(2−ニトロフェニル)またはノシル)を除き、すべてR=Hを有する。
他の例外は、Fmoc−ProがBBであるそれらの化合物(3968−3971)についてであり、Rおよび(N)Rは、表10BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。同様に、Fmoc−ProがBBであるそれらの化合物については(3972−3973)、表10BにおけるRについて示されるように、Rおよび(N)Rは窒素原子を含む5員環を形成する。
実施例15
3つのビルディングブロックを含む式(II)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
図8において提示される合成スキームに従って、固相上で大環状化合物3976−4121のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB)を、アミドカップリング化学(方法1G)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、図8において図示されず)を使用して付着させた。最終工程において、Fmoc保護基の除去後(方法1F)、第3のビルディングブロック(BB)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化化学(方法1Pを介する、図8において図示されず)を使用して付着させた。これに続いて、選択的N末端脱保護(方法1F)、固体支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基を除去し(方法1S)、それから得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、純度(UVまたはMS)および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表11Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表11Bにおいて提示される。
表11Aにおける化合物3983については、示される市販のN−Meアミノ酸を採用し、または、その代わりに、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入した。同様に、表11Aにおける化合物3984、4014、4015、4069、4070、4072、4073、4075、4089、4112および4113については、示される市販のN−Meアミノ酸を採用することができ、または、その代わりに、方法1Pにおいて記載される手順を採用して、BBの付加後メチル基を導入することができた。同様に、表11Aにおける化合物3985、4015、4077、4079、4081、4108および4109については、方法1Pを採用して、対応する非メチル化BBの付加後、大環状化前にメチル基を付着させることができるが、化合物4077、4079、4081については、Fmoc−S2を直接代案として使用することができた。
最後に、化合物3990については、BBを、側鎖がすでに適切に誘導体化されて商業的に入手したが、それはFmoc−Tyr(Allyl)から試薬XT−10および方法1T−10を使用してから合成することも可能である。
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表11A
na=入手不可能
全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
化合物3978、3979、3983、3984(これらの場合、MSから推定する)を除き、純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
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表11B
表11Bにおける全ての化合物について、Q=CHである。また、化合物3983(ここで、R=CH)を除き、化合物は全てR=Hを有する。加えて、化合物4037については、Fmoc−D−ProはBBであり、Rおよび(N)Rは、表11BにおけるRについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。

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開示についてその特定の実施形態と関連させて記載してきたが、さらなる改変が可能であり、本出願は、一般に、開示の原理に従う開示の全ての変更、使用または適合を包含し、開示が属する当技術分野において公知の実行、または慣行内にあり、以上で明記された本質的な特徴に適用可能であり、添付の特許請求の範囲において従う、本開示からのそのような逸脱を含むことが意図されることが理解されるであろう。

Claims (81)

  1. 式(I)の化合物およびそれらの塩から選択される少なくとも2つの大環状化合物を含むライブラリ:
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    式中:
    はN、OおよびNR22からなる群より選択され、ここでR22は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがNR22である場合、Xはまた、A中に存在すれば、RおよびRと一緒に、任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、XがNである場合、XはAと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
    はOおよびNR23からなる群より選択され、ここでR23は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがAまたはB中のカルボニル基に結合されていない場合、Xはまた、S(O)q1から選択することができ、ここでq1は0−2であり、R23はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、XがNR23である場合、Xはまた、A中に存在すればR10と、またはB中に存在すればR12aと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    はN、OおよびNR24からなる群より選択され、ここでR24は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがNR24である場合、Xはまた、B中に存在すればR12b、またはD中に存在すればR15と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、XがNである場合、Xは、Dと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
    はOおよびNR25からなる群より選択され、ここでR25は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XがD中のカルボニル基に結合されていない場合、XはまたS(O)q2から選択することができ、ここでq2は0−2であり、R25はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、XがNR25である場合、Xはまた、D中に存在すればRまたはR20と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    Aは、XがOまたはNR22である場合、下記からなる群より選択され:
    (X)−(CHn1a−(X)、(X)−(CHn1b−X−(CHn1c−(X)、
    Figure 2019527672
    Aは、XがNである場合、下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    ここで、n1aは2−10であり;n2、n3およびn4は独立して0−4であり;n5は0−3であり;n1bおよびn1cは独立して1−4であり;n6a、n6b、n6c、n7a、n7bおよびn7cは独立して2−4であり、X8a、8b、X8c、X9a、9bまたはX9cがCHである場合、n6a、n6b、n6c、n7a、n7bおよびn7cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
    はO、CH=CH、S(O)q3およびNR26からなる群より選択され、ここでq3は0−2であり、R26は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    およびXは、OおよびNR27からなる群より独立して選択され、ここでR18は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、XまたはXがNR27である場合、XおよびXはまた、それぞれ、RおよびRと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    8a、8b、X8c、X9a、9bおよびX9cはCH、OおよびNR28からなる群より独立して選択され、ここでR28は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
    、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z10、Z11およびZ12はN、N−OおよびCR29からなる群より独立して選択され、ここでR29は、水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、およびC−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z、Z、ZおよびZの群において、その群内の3つ以下がNであり;Z、Z、ZおよびZの群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ、Z10、Z11およびZ12の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
    (X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示し;
    Bは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    式中、(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示し、
    Aが
    Figure 2019527672
    である場合、Bは、
    Figure 2019527672
    であり;
    Dは、XがOまたはNR24である場合、下記からなる群より選択され:
    (X)−(CHn8−(X)、(X)−(CHn9a−X10−(CHn9b−(X)、
    Figure 2019527672
    Dは、XがNである場合、下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    n8は2−10であり;n9aおよびn9bは独立して2−4であり;n10、n11およびn12は独立して0−4であり;n13は0−3であり;n14a、n14bおよびn14cは独立して0−4であり;n15a、n15b、n15c、n16a、n16b、n16c、n17a、n17b、n17c、n18a、n18b、n18c、n19a、n19bおよびn19cは独立して2−4であり、X13a、13b、X13c、X15a、15b、X15c、X16a、16b、X16c、X18a、18bまたはX18cがCHである場合、n15a、n15b、n15c、n17a、n17b、n17c、n18a、n18b、n18c、n19a、n19bおよびn19cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
    10はO、CH=CH、S(O)q4およびNR30からなる群より選択され、ここでq4は0−2であり、R30は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    11およびX12はOおよびNR31からなる群より独立して選択され、ここでR31は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X11またはX12がNR28である場合、X11およびX12はまた、それぞれ、R16およびR19と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    13a、13b、X13c、X15a、15b、X15c、X16a、16b、X16c、X18a、18bおよびX18cはCH、OおよびNR32からなる群より独立して選択され、ここでR32は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
    14a、14bおよびX14cはOおよびNR33からなる群より独立して選択され、ここでR33は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
    17a、X17bおよびX17cはO、S(O)q5NR34およびCR3536からなる群より独立して選択され、ここでq5は0−2であり、R34は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;R35は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;ならびにR36は水素およびC−Cアルキルからなる群より選択され;あるいは、R35およびR36は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
    13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はN、N−OおよびCR37からなる群より独立して選択され、ここでR37は、水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、C−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z13、Z14、Z15およびZ16の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z17、Z18、Z19およびZ20の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z21、Z22、Z23およびZ24の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z25、Z26、Z27およびZ28の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z29、Z30、Z31およびZ32の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ33、Z34、Z35およびZ36の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
    (X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示し;
    、R、R、R、R、R、R、R、R、R10、R12a、R12b、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、およびR20は下記からなる群より独立して選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;p1、p2、p3、p4およびp5は独立して0−5であり;p6およびp7は独立して0−6であり;
    は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    およびWは水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より独立して選択され;
    は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
    は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
    は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    はまた、XがNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、
    はまた、XがNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    はまた、XがNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    10はまた、XがNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    12aはまた、XがNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    12bはまた、XがNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    15はまた、XがNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    20はまた、XがNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
    11a、R11b、R21aおよびR21bは水素、フッ素、C−C10アルキル、C−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。
  2. Aは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    (X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  3. Aは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    n2は0であり;n3は0−2であり;XはNHおよびNCHからなる群より選択され;RおよびRは水素であり;R、RおよびRは下記からなる群より独立して選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  4. はNであり、Aは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    (X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  5. Dは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    Figure 2019527672
    (X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  6. Dは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    n10は0であり;n11は0−2であり;X11はNHおよびNCHからなる群より選択され;R14およびR17は水素であり;R13、R15およびR16は下記からなる群より独立して選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  7. はNであり、Dは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    (X)および(X)は、それぞれ、式(I)のXおよびXへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  8. 、Z、Z、Z、Z、Z、Z、Z10、Z11およびZ12はCR29であり、R29は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項1に記載のライブラリ。
  9. 13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はCR37であり、R37は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項1に記載のライブラリ。
  10. 、R、R、R、R、R、R、R、R、R10、R12a、R12b、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、およびR20は下記からなる群より独立して選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示す、請求項1に記載のライブラリ。
  11. 、XおよびX4は、NHおよびNCHからなる群より独立して選択され、XはO、NHおよびNCHからなる群より選択される、請求項1に記載のライブラリ。
  12. 2〜25の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
  13. 25〜250の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
  14. 250〜1,000の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
  15. 1,000〜10,000の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
  16. 10,000を超える大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
  17. 構造1401−3813を有するものから選択される大環状化合物を含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載のライブラリ。
  18. 構造3816−3975を有するものから選択される大環状化合物を含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載のライブラリ。
  19. 別々の大環状化合物として合成される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
  20. 少なくとも2つの大環状化合物の混合物として合成される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
  21. 前記大環状化合物は溶解されていない固体、シロップまたは油として提供される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
  22. 前記大環状化合物は有機溶媒、水またはバッファー系に溶解されて提供される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
  23. 前記大環状化合物はDMSOに溶解されて提供される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
  24. 前記大環状化合物は0.001−100mMのDMSO溶液として提供される、請求項23に記載のライブラリ。
  25. 前記大環状化合物は0.01−10mMのDMSO溶液として提供される、請求項23に記載のライブラリ。
  26. 少なくとも1つの複数試料ホルダ中に配列される、請求項1〜25のいずれか一項に記載のライブラリ。
  27. 前記少なくとも1つの複数試料ホルダは、96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである、請求項26に記載のライブラリ。
  28. 前記化合物は前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の個々の化合物として分配される、請求項26に記載のライブラリ。
  29. 前記化合物は前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の1を超える化合物として分配される、請求項26に記載のライブラリ。
  30. 請求項1〜25のいずれか一項に記載のライブラリ;ならびに
    少なくとも1つの複数試料ホルダ
    を含む、キット。
  31. 前記少なくとも1つの複数試料ホルダは96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである、請求項30に記載のキット。
  32. 前記化合物は、前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の個々の化合物として分配される、請求項30に記載のキット。
  33. 前記化合物は、前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の1を超える化合物として分配される、請求項30に記載のライブラリ。
  34. 請求項1に記載の式(I)により表される大環状化合物、またはその塩。
  35. 構造1401−3813およびその薬学的に許容される塩からなる群より選択される、請求項34に記載の大環状化合物。
  36. 構造3816−3975およびその薬学的に許容される塩からなる群より選択される、請求項34に記載の大環状化合物。
  37. 生物学的標的を調節する化合物の同定のための、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項34、35または36に記載の少なくとも1つの化合物の使用。
  38. 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項37に記載の使用。
  39. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項37または38に記載の使用。
  40. 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項37、38または39に記載の使用。
  41. 生物学的標的を調節する化合物の同定において使用するための、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリ。
  42. 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項41に記載のライブラリ。
  43. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項41または42に記載のライブラリ。
  44. 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項41、42または43に記載のライブラリ。
  45. 生物学的標的を調節する化合物の同定において使用するための、請求項34、35または36に記載の化合物。
  46. 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項45に記載の化合物。
  47. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項45または46に記載の化合物。
  48. 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項45、46または47に記載の化合物。
  49. 生物学的標的を調節する化合物(複数可)の同定を得るために、請求項1〜29のいずれか一項に記載の前記ライブラリの前記化合物、あるいは請求項34、35または36に記載の前記化合物を生物学的標的と接触させることを含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項34、35または36に記載の化合物を使用する方法。
  50. 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項49に記載の方法。
  51. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項49または50に記載の方法。
  52. 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項49、50または51に記載の方法。
  53. エクスビボで実施される、請求項49〜52のいずれか一項に記載の方法。
  54. インビトロで実施される、請求項49〜52のいずれか一項に記載の方法。
  55. 前記個々の多官能性、保護ビルディングブロックの合成;
    ビルディングブロック側鎖上での反応を含む、反応性官能基の選択的脱保護、続いて付着のサイクルを有する逐次様式での、3〜8つのビルディングブロックからの構築;
    前記構築されたビルディングブロック構造の2つの反応性官能基の選択的脱保護、続いて環化;
    前記環化生成物からの残りの全ての保護基の除去;ならびに
    任意で、精製
    を含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリを調製するプロセス。
  56. 前記最終大環状分子化合物の、スクリーニングに好適なフォーマット中への分配をさらに含む、請求項55に記載のプロセス。
  57. 前記ビルディングブロックの前記構築は固相上で実施される、請求項55または56に記載のプロセス。
  58. 各個々のビルディングブロックの前記付着は、アミド結合形成、還元的アミノ化、光延反応およびその変形、ならびに求核置換から独立して選択される反応を用いて実施される、請求項55、56または57に記載のプロセス。
  59. 式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される少なくとも2つの大環状化合物を含むライブラリ:
    Figure 2019527672
    式中:
    21はN、OおよびNR49からなる群より選択され、ここでR49は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X21がNR49である場合、X21はまた、G中に存在すればR42と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X21がNである場合、X21は、Gと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
    22はOおよびNR50からなる群より選択され、ここでR50は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X22がG中のカルボニル基に結合されていない場合、X22はまた、S(O)q21から選択することができ、ここでq21は0−2であり、R50はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ;
    23はOおよびNR51からなる群より選択され、ここでR51は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され、X23がK中のカルボニル基に結合されていない場合、X23はまた、S(O)q22から選択することができ、ここでq22は0−2であり、R51はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X23がNR51である場合、X23はまた、R41と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
    Aは、X21がOまたはNR49である場合、下記からなる群より選択され:
    (X21)−(CHn21a−(X22)、(X21)−(CHn21b−X24−(CHn21c−(X22)、
    Figure 2019527672
    Aは、X21がNである場合、下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    n21aは2−10であり;n22およびn23は独立して0−3であり;n21bおよびn21cは独立して1−4であり;n24a、n24b、n24c、n25a、n25bおよびn25cは独立して2−4であり、X25a、25b、X25c、X26a、26bまたはX26cがCHである場合、n24a、n24b、n24c、n25a、n25bおよびn25cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
    24はO、CH=CH、S(O)q23およびNR52からなる群より選択され、ここで、q23は0−2であり、R52は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    25a、25b、X25c、X26a、26bおよびX26cはCH、OおよびNR53からなる群より独立して選択され、ここでR53は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
    41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52は、N、N−OおよびCR54からなる群より独立して選択され、ここでR54は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、C−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z41、Z42、Z43およびZ44の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z45、Z46、Z47およびZ48の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ49、Z50、Z51およびZ52の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
    (X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示し;
    Kは、X22がOまたはNR50である場合、下記からなる群より選択され:
    (X22)−(CHn26−(X23)、(X22)−(CHn27a−X27−(CHn27b−(X23)、
    Figure 2019527672
    Kは、X22がNである場合、下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    n26は2−10であり;n27aおよびn27bは独立して2−4であり;n28は0−4であり;n29は0−3であり;n30a、n30bおよびn30cは独立して0−4であり;n31a、n31b、n31c、n32a、n32b、n32c、n33a、n33b、n33c、n34a、n34b、n34c、n35a、n35bおよびn35cは独立して2−4であり、X28a、X28b、X28c、X30a、X30b、X30c、X31a、X31b、X31c、X33a、X33bまたはX33cがCHである場合、n31a、n31b、n31c、n33a、n33b、n33c、n34a、n34b、n34c、n35a、n35bおよびn35cは、それぞれ、0−1とすることもでき;
    27はO、CH=CH、S(O)q24およびNR55からなる群より選択され、ここでq24は0−2であり、R55は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    28a、X28b、X28c、X30a、X30b、X30c、X31a、X31b、X31c、X33a、X33bおよびX33cはCH、OおよびNR56からなる群より独立して選択され、ここでR56は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
    29a、X29bおよびX29cはOおよびNR57からなる群より独立して選択され、R57は水素、C−Cアルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
    32a、X32bおよびX32cはO、S(O)q25、NR58およびCR5960からなる群より独立して選択され、ここでq25は0−2であり、R58は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;R59は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;ならびにR60は水素およびC−Cアルキルからなる群より選択され;あるいはR59およびR60は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
    53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はN、N−OおよびCR61からなる群より独立して選択され、R61は、水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C−Cアルキル、C−Cシクロアルキル、C−C10複素環、C−C12アリール、C−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z53、Z54、Z55およびZ56の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z57、Z58、Z59およびZ60の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z61、Z62、Z63およびZ64の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z65、Z66、Z67およびZ68の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z69、Z70、Z71およびZ72の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ73、Z74、Z75およびZ76の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
    (X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23への結合部位を示し;
    41、R42、R43、R44、R46およびR47は下記からなる群より独立して選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;p11、p12、p13、p14およびp15は独立して0−5であり;p16およびp17は独立して0−6であり;
    11は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    12は、水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    13およびW18は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリールおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より独立して選択され;
    14は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
    15は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    16は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
    17は水素、C−C20アルキル、C−C15シクロアルキル、C−C14複素環、C−C15アリール、C−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC−C15シクロアルキル、C−C15アリールまたはC−C14ヘテロアリールで置換されたC−Cアルキルからなる群より選択され;
    41はまた、X23がNR51である場合、NR51と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
    42はまた、X21がNR49である場合、NR49と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
    45a、R45b、R48aおよびR48bは水素、フッ素、C−C10アルキル、C−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。
  60. Gは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    Figure 2019527672
    (X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示す、請求項59に記載のライブラリ。
  61. Gは下記であり:
    Figure 2019527672
    n22は0であり;R44は水素であり、R43は下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示す、請求項59に記載のライブラリ。
  62. Kは下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    Figure 2019527672
    (X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23への結合部位を示す、請求項59に記載のライブラリ。
  63. Kは下記であり:
    Figure 2019527672
    n28は0であり;R47は水素であり;R46は下記からなる群より選択され:
    Figure 2019527672
    (#)はその部分の構造の残りへの結合部位を示し;ならびに(X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23へのKの結合部位を示す、請求項59に記載のライブラリ。
  64. 41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52はCR54であり、R54は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項59に記載のライブラリ。
  65. 53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はCR61であり、R61は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項59に記載のライブラリ。
  66. Χ21、X22およびX23は、NHおよびNCHからなる群より独立して選択される、請求項59に記載のライブラリ。
  67. 構造3976−4121を有するものから選択される大環状化合物を含む、請求項59〜66のいずれか一項に記載のライブラリ。
  68. 少なくとも1つの複数試料ホルダ中に配列される、請求項59〜66のいずれか一項に記載のライブラリ。
  69. 請求項59〜66のいずれか一項に記載のライブラリ;ならびに
    少なくとも1つの複数試料ホルダ
    を含む、キット。
  70. 前記少なくとも1つの複数試料ホルダは96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである、請求項69に記載のキット。
  71. 請求項59に記載の式(II)により表される大環状化合物、またはその塩。
  72. 構造3976−4121およびその薬学的に許容される塩からなる群より選択される、請求項71に記載の大環状化合物。
  73. 生物学的標的を調節する化合物の同定のための、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項71または72に記載の少なくとも1つの化合物の使用。
  74. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項73に記載の使用。
  75. 生物学的標的を調節する化合物の同定において使用するための、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項71または72に記載の少なくとも1つの化合物。
  76. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項75に記載のライブラリ。
  77. 生物学的標的を調節する化合物の同定を得るために、請求項59〜68のいずれか一項に記載の前記ライブラリの前記化合物、あるいは請求項71または72に記載の前記少なくとも1つの化合物を、生物学的標的と接触させることを含む、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項71または72に記載の少なくとも1つの化合物を使用する方法。
  78. 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項77に記載の方法。
  79. 個々の多官能性、保護ビルディングブロックの合成;
    反応性官能基の選択的脱保護、続いて付着のサイクルを有する逐次様式での、3〜6個のビルディングブロックの構築;
    前記構築されたビルディングブロック構造の2つの反応性官能基の選択的脱保護、続いて環化;
    前記環化生成物からの残りの全ての保護基の除去;ならびに
    任意で、精製
    を含む、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリを調製するプロセス。
  80. 最終大環状分子化合物の、スクリーニングに好適なフォーマット中への分配をさらに含む、請求項79に記載のプロセス。
  81. 前記ビルディングブロックの前記構築は固相上で実施される、請求項79または80に記載のプロセス。
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