JP2019527672A - 多様な大環状化合物のライブラリならびにその製造方法および使用方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2016年5月16日に出願された米国出願第62/336,996号の優先権を主張する。
本文書は、医薬品化学の分野に関する。より特定的には、これは、創薬努力のための研究ツールとして有用な新規大環状化合物およびライブラリに関する。本開示はまた、これらの化合物およびライブラリを調製する方法ならびにハイスループットスクリーニングなどにおいてこれらのライブラリを使用する方法に関する。特に、これらのライブラリは、既存の、および新しく同定された薬理学的に関連する標的、例えばGタンパク質共役受容体、核内受容体、酵素、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用および核酸−タンパク質相互作用での生理活性の評価に有用である。そのようなものとして、これらのライブラリはある範囲の医学的状態の治療および防止のための新規医薬品のための探索に適用することができる。
開示のさらなる特徴および利点は、添付されたスキームにおいて例として示される特定の実施形態の下記記載からより容易に明らかになる。
X1はN、OおよびNR22からなる群より選択され、ここで、R22は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X1がNR22である場合、X1はまた、A中に存在すればR2およびR5と一緒に、任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X1がNである場合、X1はAと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
X2はOおよびNR23からなる群より選択され、ここで、R23は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X2がAまたはB中のカルボニル基に結合されていない場合、X2はまた、S(O)q1から選択することができ、ここでq1は0−2であり、R23はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X2がNR23である場合、X2はまた、A中に存在すればR10と、またはB中に存在すればR12aと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
X3はN、OおよびNR24からなる群より選択され、ここで、R24は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X3がNR24である場合、X3はまた、B中に存在すればR12b、またはD中に存在すればR15と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X3がNである場合、X3は、Dと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
X4はOおよびNR25からなる群より選択され、ここでR25は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X4がD中のカルボニル基に結合されていない場合、X4はまたS(O)q2から選択することができ、ここでq2は0−2であり、R25はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X4がNR25である場合、X4はまた、D中に存在すればR1またはR20と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
Aは、X1がOまたはNR22である場合、下記からなる群より選択され:
(X1)−(CH2)n1a−(X2)、(X1)−(CH2)n1b−X5−(CH2)n1c−(X2)、
Aは、X1がNである場合、下記からなる群より選択され:
X5はO、CH=CH、S(O)q3およびNR26からなる群より選択され、ここでq3は0−2であり、R26は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X6およびX7は、OおよびNR27からなる群より独立して選択され、ここでR18は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X6またはX7がNR27である場合、X6およびX7はまた、それぞれ、R6およびR9と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
X8a、X8b、X8c、X9a、X9bおよびX9cはCH2、OおよびNR28からなる群より独立して選択され、ここでR28は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11およびZ12はN、N+−O−およびCR29からなる群より独立して選択され、ここでR29は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、およびC4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z1、Z2、Z3およびZ4の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z5、Z6、Z7およびZ8の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに、ここで、Z9、Z10、Z11およびZ12の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X1)および(X2)は、それぞれ、式(I)のX1およびX2への結合部位を示し;
Bは下記からなる群より選択され:
Dは、X3がOまたはNR24である場合、下記からなる群より選択され:
(X3)−(CH2)n8−(X4)、(X3)−(CH2)n9a−X10−(CH2)n9b−(X4)、
X10はO、CH=CH、S(O)q4およびNR30からなる群より選択され、ここでq4は0−2であり、R30は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X11およびX12はOおよびNR31からなる群より独立して選択され、ここでR31は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X11またはX12がNR28である場合、X11およびX12はまた、それぞれ、R16およびR19と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
X13a、X13b、X13c、X15a、X15b、X15c、X16a、X16b、X16c、X18a、X18bおよびX18cはCH2、OおよびNR32からなる群より独立して選択され、ここでR32は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X14a、X14bおよびX14cはOおよびNR33からなる群より独立して選択され、ここでR33は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X17a、X17bおよびX17cはO、S(O)q5NR34およびCR35R36からなる群より独立して選択され、ここでq5は0−2であり、R34は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;R35は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;ならびにR36は水素およびC1−C6アルキルからなる群より選択され;あるいは、R35およびR36は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
Z13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はN、N+−O−およびCR37からなる群より独立して選択され、ここでR37は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、C4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z13、Z14、Z15およびZ16の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z17、Z18、Z19およびZ20の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z21、Z22、Z23およびZ24の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z25、Z26、Z27およびZ28の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z29、Z30、Z31およびZ32の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにここで、Z33、Z34、Z35およびZ36の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X3)および(X4)は、それぞれ、式(I)のX3およびX4への結合部位を示し;
R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R12a、R12b、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、およびR20は下記からなる群より独立して選択され:
W1は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W2は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W3およびW8は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より独立して選択され;
W4は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
W5は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W6は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
W7は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
ここで、R1はまた、X4がNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、
ここで、R2はまた、X1がNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R5はまた、X1がNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R10はまた、X2がNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R12aはまた、X2がNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R12bはまた、X3がNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R15はまた、X3がNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
ここで、R20はまた、X4がNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
R11a、R11b、R21aおよびR21bは水素、フッ素、C1−C10アルキル、C6−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。
X21はN、OおよびNR49からなる群より選択され、ここでR49は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X21がNR49である場合、X21はまた、G中に存在すればR42と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X21がNである場合、X21は、Gと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
X22はOおよびNR50からなる群より選択され、ここでR50は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X22がG中のカルボニル基に結合されていない場合、X22はまた、S(O)q21から選択することができ、ここでq21は0−2であり、R50はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ;
X23はOおよびNR51からなる群より選択され、ここでR51は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X23がK中のカルボニル基に結合されていない場合、X23はまた、S(O)q22から選択することができ、ここで、q22は0−2であり、R51はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X23がNR51である場合、X23はまた、R41と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
Aは、X21がOまたはNR49である場合、下記からなる群より選択され:
(X21)−(CH2)n21a−(X22)、(X21)−(CH2)n21b−X24−(CH2)n21c−(X22)、
X24はO、CH=CH、S(O)q23およびNR52からなる群より選択され、ここでq23は0−2であり、R52は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X25a、X25b、X25c、X26a、X26bおよびX26cはCH2、OおよびNR53からなる群より独立して選択され、ここでR53は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
Z41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52はN、N+−O−およびCR54からなる群より独立して選択され、ここでR54は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、C4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z41、Z42、Z43およびZ44の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z45、Z46、Z47およびZ48の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにここで、Z49、Z50、Z51およびZ52の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示し;
Kは、X22がOまたはNR50である場合、下記からなる群より選択され:
(X22)−(CH2)n26−(X23)、(X22)−(CH2)n27a−X27−(CH2)n27b−(X23)、
X27はO、CH=CH、S(O)q24およびNR55からなる群より選択され、ここでq24は0−2であり、R55は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X28a、X28b、X28c、X30a、X30b、X30c、X31a、X31b、X31c、X33a、X33bおよびX33cはCH2、OおよびNR56からなる群より独立して選択され、ここでR56は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X29a、X29bおよびX29cはOおよびNR57からなる群より独立して選択され、ここでR57は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X32a、X32bおよびX32cはO、S(O)q25、NR58およびCR59R60からなる群より独立して選択され、ここでq25は0−2であり、R58は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;R59は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;ならびにR60は水素およびC1−C6アルキルからなる群より選択され;または、R59およびR60は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
Z53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はN、N+−O−およびCR61からなる群より独立して選択され、ここでR61は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、C4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、ここで、Z53、Z54、Z55およびZ56の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z57、Z58、Z59およびZ60の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z61、Z62、Z63およびZ64の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z65、Z66、Z67およびZ68の群において、その群内の3つ以下がNであり;ここで、Z69、Z70、Z71およびZ72の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにここで、Z73、Z74、Z75およびZ76の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23への結合部位を示し;
R41、R42、R43、R44、R46およびR47は下記からなる群より独立して選択され:
W11は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W12は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W13およびW18は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より独立して選択され;
W14は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
W15は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W16は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
W17は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
ここで、R41はまた、X23がNR51である場合、NR51と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
ここで、R42はまた、X21がNR49である場合、NR49と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
R45a、R45b、R48aおよびR48bは水素、フッ素、C1−C10アルキル、C6−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。
個々の多官能性、保護ビルディングブロックの合成;
反応性官能基の選択的脱保護、続いて付着のサイクルを有する逐次様式での、3〜8つのビルディングブロックからの構築;
構築されたビルディングブロック構造の2つの反応性官能基の選択的脱保護、続いて環化;
環化生成物からの残りの全ての保護基の除去;ならびに
任意で、精製。
A.一般的合成情報
試薬および溶媒は試薬品質またはそれ以上を有し、別記されない限り、様々な商業的供給元から得られたまま使用された。ある一定の試薬については、供給元の数が制限される場合、起源が示され得る。溶媒、例えばDMF、DCM、DMEおよびTHFは、DriSolv(登録商標)、OmniSolv(登録商標)(EMD Millipore, Darmstadt,ドイツ)、または、(i)脱保護、(ii)樹脂キャッピング反応および(iii)洗浄を除けば、等価の合成グレード品質を有する。カップリング反応のために使用されるNMPは分析グレードを有する。DMFは、使用前に、最低30分間真空下に置くことにより、十分脱ガスさせた。エーテルは、ジエチルエーテルを示す。アミノ酸、Boc−、Fmoc−およびAlloc−保護および側鎖−保護誘導体、例えば、N−メチルのものおよび非天然アミノ酸を、商業的供給元、例えば、AAPPTec (Louisville、KY、USA)、Advanced ChemTech(CreoSalusの一部、Louisville、KY)、Anaspec (Fremont、CA、USA)、AstaTech (Bristol、PA、USA)、Bachem (Bubendorf、スイス)、Chem−Impex International (Wood Dale、IL、USA)、Iris Biotech(Marktredwitz、ドイツ)、Matrix Scientific(Columbia、SC、USA)、Novabiochem(EMD Millipore)、PepTech(Bedford、MA、USA)から入手し、または、当業者に知られている標準方法により合成させた。アミノアルコールを、商業的に入手し、または対応するアミノ酸またはアミノエステルから、文献からの確立された手順を用いて合成させた(例えば、Tet. Lett. 1992, 33, 5517−5518; J. Org. Chem. 1993, 58, 3568−3571; Lett. Pept. Sci. 2003, 10, 79−82; Ind. J. Chem. 2006, 45B, 1880−1886; Synth. Comm. 2011, 41, 1276−1281)。ヒドロキシ酸を商業的供給元から入手し、または対応するアミノ酸から文献で記載されるように合成させた(Tetrahedron 1989, 45, 1639−1646; Tetrahedron 1990, 46, 6623−6632; J. Org. Chem. 1992, 57, 6239−6256.; J. Am. Chem. Soc. 1999, 121 , 6197−6205; Org. Lett. 2004, 6, 497−500; Chem. Comm. 2015, 51, 2828−2831)。固相合成のための樹脂を商業的供給元、例えばAAPTech、NovabiochemおよびRapp Polymere(Tubingen、ドイツ)から入手した。分析TLCを、蛍光指示薬を含むシリカゲルのプレコートプレート、例えば60F254(0.25mm厚さ)上で実施した。
溶液および固相技術を含む、異なる合成戦略が、開示の大環状化合物のライブラリを調製するために採用される。開示の化合物のライブラリの合成のための一般的戦略の概略はスキーム1において提供される。より大きなライブラリの合成については、固相手順の使用が典型的には好ましく、より効率的であることは、当業者に認識されるであろう。さらに、大環状化合物は混合物で、または別々の化合物として生成させることができる。どちらの場合にも、合成を追跡するための特定の戦略の利用、例えばタギング法の使用(すなわち、無線周波数、色分けまたは特定の化学官能基、レビューについては、J. Receptor Signal Transduction Res. 2001, 21, 409−445を参照されたい)、およびポリプロピレンメッシュ「ティー」バッグ(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 5131−5135)またはフロースルーカプセル(MiniKan, Biotechnol. Bioengineer. 2000, 71, 44−50)を使用した単一化合物を含む樹脂の隔離は有利となり得、それらは同じ反応槽中での複数の異なる個々の化合物の同時変換を可能にする。混合物では、そのようなタグはまた、混合物からの、スクリーニング中にヒットであると見出された活性構造(複数可)の「デコンボリューション」または同定を促進するために効果的に使用することができる。
これらの方法は、本開示の大環状化合物のライブラリを提供するために、化合物の混合物のコンビナトリアル合成または複数の個々の化合物のパラレル合成に同様にうまく適用することができる。混合物のコンビナトリアル合成の場合には、得られた活性化合物のアイデンティティが確認できるように、ライブラリのHTSから得られたデータをデコンボリューションするためにいくつかの型のコード化またはトラッキングメカニズムを含む必要がある(Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6, 632−639; Curr. Opin. Drug Discov. Develop. 2002, 5, 580−593; Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 374−379)。
ある一定の樹脂は、第1のビルディングブロック(BB1)、特にアミノ酸ビルディングブロックがすでに付着されて得ることができる。固体支持体上での他の場合では、ビルディングブロックは、当技術分野で知られている方法を使用して付着させることができる。一例として、第1の保護ビルディングブロックを2−クロロトリチルクロライド樹脂に付加するためには下記手順に従う。
反応進行をモニタリングするために通常採用される方法(TLC、直接GCまたはHPLC)は固相反応では利用可能ではないので、2−クロロトリチル樹脂についての下記代表的な手順において記載されるものなどの、変換の進行を決定するために少量の材料を支持体から切断する必要がある。少量の樹脂(2、3のビーズで通常十分である)を反応槽から除去し、その後、DMF(2×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)により連続して洗浄し、乾燥させ、その後、200μLの20%ヘキサフルオロイソプロパノール(HFIP)/DCMで、10−20分間処理し、空気または窒素流で濃縮させる。得られた粗残渣に、200−400μLのMeOHを添加し(または、完全に保護された中間化合物を可溶化するためにDMSOまたはTHFを使用する)、45μmHPLCフィルタ、または綿栓に通して濾過し、濾液をHPLCまたはHPLC−MSにより分析する。
適切な容器中で、20%ピペリジン(Pip)を含むDMFの溶液(0.04mL/mg樹脂)を調製した。樹脂を溶液に添加し、混合物を30分間撹拌させた。反応溶液を除去し、その後、この処理を繰り返した。この後、樹脂を下記で順次洗浄し:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、その後、樹脂を通常様式で乾燥させた。
適切な反応槽に、酸ビルディングブロック(2.5−3.5eq)、カップリング剤(2.5−3.5eq)およびNMP(0.04mL/mg樹脂)を、続いてDIPEA(5−7eq)を添加する。混合物を激しく数秒間撹拌し、その後、アミン含有樹脂を添加する。あるいは、カップリング剤(3.5eq)を含むNMPの溶液を別に調製し、その後、この溶液を酸ビルディングブロック(2.5−3.5eq)に添加し、激しく撹拌する。DIPEA(5−7eq)を添加し、数秒撹拌し、その後、樹脂を添加する。HATU(1−[ビス(ジメチルアミノ)メチレン]−1H−1,2,3−トリアゾロ[4,5−b]ピリジニウム3−オキシドヘキサフルオロホスフェート)およびDEPBT(3−(ジエトキシホスホリルオキシ)−1,2,3−ベンゾトリアジン−4(3H)−オン)は採用される2つの典型的なカップリング剤であるが、多くの他の好適なものが知られており、これらも使用することができる(Chem. Rev. 2011, 111, 6557−6602)。反応混合物をo/n撹拌し、溶液を除去し、脱保護が直ちに実施される場合、樹脂を順次下記で洗浄し:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(2×)、その後、乾燥させる。脱保護が直ちに実施されない場合、順次DMF(2×);iPrOH(1×);DMF(1×);iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、その後、通常様式で乾燥させる。
多くの異なる酸化方法が、還元的アミノ化によるビルディングブロックの付着において使用するために、アルコールをアルデヒドに変換するために使用することができる。下記は本開示の化合物のための最も適切な方法、および、それらが典型的に適用されるビルディングブロックの型を列挙する、
1)ベンジルアルデヒドのために使用されるMnO2酸化(さらなる詳細については、実施例1Kを参照されたい)。
2)ベンジルおよびアルキルアルデヒドの両方のために使用されるスワーン酸化(DMSO、塩化オキサリル)。(Synthesis 1981, 165−185)
4)アルキルアルデヒドために使用されるデス・マーチン・ペルヨージナン(DMP、1,1,1−トリアセトキシ−1,1−ジヒドロ−1,2−ベンズヨードキソール−3(1H)−オン)(J. Am. Chem. Soc, 1991, 113, 7277−7287)
N−保護アルデヒド(1.5eq)をMeOH/DCM/TMOF(オルトギ酸トリメチル)(2:1:1)またはMeOH/TMOF(3:1)(0.04mL/mg樹脂)に溶解し、得られた溶液を樹脂に添加し、0.5−1時間の間撹拌した。溶解度が問題となる場合、THFを、第1の溶媒混合物中でDCMの代わりに用いることができる。ボラン−ピリジン複合体(BAP、3eq)を添加し、15分間撹拌し、その後、注意深くたまった圧力を放出し、o/n撹拌し続ける。反応が完了しない場合、さらにBAP(2eq)を添加し、再びo/n撹拌する。溶媒の除去後、樹脂を順次、DMF(2×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、その後、通常様式で乾燥させた。
ベンジルアルデヒドに特に有用であることが見出された別の方法として、ナトリウムトリアセトキシボロヒドリドを、下記の通りの還元的アミノ化プロセスにおいて採用することができる。1.5−3eqのアルデヒドをDCM(0.4mL/mg樹脂)に溶解し、アミン含有樹脂を添加し、その後、2時間の間撹拌する。混合物に、NaBH(OAc)3(4−5eq)を添加し、o/n撹拌する。反応が完了するとすぐに、溶媒を除去し、それから、樹脂を順次DMF(2×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、通常様式で乾燥させる。還元的アミノ化が完了しない場合、例えばProまたはN−アルキルアミノ酸を用いるとしばしば遭遇するように、追加のアルデヒドを第2の処理の一部として含めなければならないことにどうか注意されたい。
ある一定のベンジルアルデヒドについては、連続BorchおよびBAP還元プロセスが下記で記載されるように有益となり得る。第1の工程では、Fmoc−保護アルデヒド(3eq)を含む、0.5%氷酢酸を含むNMP/TMOF(1:1)(0.4mL/mg樹脂)を適切な反応槽内の樹脂に添加し、30分間撹拌する。混合物に、NaBH3CN(10eq)を添加し、10分間撹拌し、それから圧力を解放し、o/n撹拌を続ける。溶媒を除去し、樹脂を順次下記で洗浄する:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)。インプロセスQC(方法1E)が不完全反応を示す場合、樹脂をMeOH/DCM/TMOF(2:1:1)に懸濁させることに進み、BAP(2−3eq)を添加し、4時間の間撹拌する。溶媒を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。ピリジン部分を含むビルディングブロックについては、第2の処理のために、MeOH/DCM(1:1)、TMOFなしを使用する。
下記手順は、ビルディングブロックがその2−ニトロベンゼンスルホニル−誘導体(Nos、ノシル)として、福山−光延反応条件(Tet. Lett. 1995, 36, 6373−6374)を用いて付着され、それから次のビルディングブロックの付着のために使用されることを特定的に記載する。
アミノ酸基質を、2−ニトロ−ベンゼンスルホニルクロリド(Nos−Cl、4eq)および2,4,6−コリジン(10eq)を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)の溶液に添加し、それから、反応物を1−2時間の間撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次下記で洗浄した:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DMF(2×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)。一級アミンの保護のために、Nos−Cl(1−1.2eq)および2,4,6−コリジン(2.5eq)を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)を30−45分間撹拌しながら使用した。よりヒンダードアミンを用いると、第2の処理が必要となり得る。類似の手順がこの反応を溶液中で実施するために使用される。
2−メルカプトエタノール(10eq)、DBU(1,8−ジアザ−ビシクロ[5.4.0.]ウンデク−7−エン、5eq)を含むNMP(0.04mL/mg樹脂)の溶液を調製し、樹脂に添加し、それから、混合物を8−15分間撹拌させた。よりヒンダードな基質では、より長い反応時間が必要とされるであろう。樹脂を濾過し、NMPで洗浄し、それから処理を繰り返した。樹脂を再び濾過し、順次下記で洗浄した:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(1×)、iPrOH(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)。
この試薬を本質的にWO2004/111077号に記載されるように調製した。丸底フラスコ中窒素下で、DIAD(1eq)を、PPh3(1eq)を含むTHF(0.4M)の溶液に1滴ずつ0℃で添加し、それから、反応物を30分間その温度で撹拌した。固体沈殿物を中多孔度ガラス−フリットフィルタ上で収集し、固体を冷THF(DriSolvグレードまたは等価物)で洗浄し全ての色を除去し、その後無水エーテルで洗浄した。得られた白色粉末を真空下で乾燥させ、窒素下、フリーザー中で保存した。これを目的用途の少し前に取り出す。
P.N−アルキル化のための標準手順
20%HFIP(ヘキサフルオロ−2−プロパノール)を含むDCM(0.03mL/mg樹脂)の溶液を樹脂に添加し、2時間の間撹拌する。樹脂を濾過し、それを20%HFIPを含むDCM(0.01mL/mg樹脂、2×)およびDCM(0.01mL/mg樹脂、1×)で洗浄する。濾液を真空下で蒸発させ乾燥させる。
DEPBT(1.0−1.2eq)およびDIPEA(2.0−2.4eq)を含む25%NMP/THF(0.03mL/mg元の樹脂)の溶液を調製し、前の工程からの残渣に添加する。化合物が溶解しにくい可能性がある、ある一定の場合、残渣を最初にNMPに溶解し、その後、DEPBTおよびDIPEAを含むTHFを溶液に添加する。粗反応混合物を、1つ以上の固相抽出(SPE)カートリッジ(例えばPoraPak、PS−トリスアミン、Si−トリアミン、Si−カーボネート)に通して濾過し、それから、フラッシュクロマトグラフィーまたは分取HPLCによりさらに精製する。
脱保護の方法は、下記ガイドラインを用いて脱保護される大環状分子(複数可)の側鎖上の保護基の性質に依存する。
1)BocおよびtBu基のみの除去については、下記混合物を使用し:50%TFA/3%トリイソプロピルシラン(TIPS)/47%DCMまたは50%TFA/45%DCM/5%H2O(2mL/cpd)、2時間の間撹拌し、それから、真空で濃縮する。二重結合を含むビルディングブロックについては、50%TFA/45%DCM/5%H2Oが、アルケンの還元を回避するために切断溶液として使用されるべきである。
2)tBuエステル/エーテルおよびトリチル基の除去については、75%TFA/22%DCM/3%TIPS(2mL/cpd)を使用し、2時間の間撹拌し、それから、真空で濃縮する。あるいは、75%4N HCl/ジオキサン/20%DCM/5%H2O混合物を採用することができ、これは完全Ser(But)脱保護を確保するために特に上手く働く。また、大環状分子がThr、Ser、His、AsnまたはGlnビルディングブロック成分を含まない場合、75%TFA/20%DCM/5%H2O(2mL/cpd)を他の切断混合物として使用することができる。
3)Pbf基の除去については、91%TFA/2%DCM/5%H2O/2%TIPSの混合物(2mL/cpd)を使用し、2時間の間、周囲光から保護して撹拌し、それから、真空で濃縮する。
4)トリエチルシラン(TES)もまた、TIPSの代わりに、上記脱保護手順のために使用することができるが、Trpを含む化合物と共に使用されるべきではない。というのも、それはインドール部分を還元する可能性があるからである。
側鎖反応性官能基上のオルソゴナル保護基を使用すると、選択的脱保護および遊離された基(複数可)の反応が可能になり、ペンダントビルディングブロックの付加により、大環状化合物のライブラリがさらに多様化される。下記手順の1つ以上を用いて誘導体化させることができる代表的な基はアミン、アルコール、フェノールおよびカルボン酸である。これは、典型的には、その構造が樹脂に依然として結合されている間、環化前に実施される。下記は、実施される代表的な型の変換である:
1)酸塩化物を用いたアミン、アルコールおよびフェノール
酸塩化物(3.5eq)を含むTHF、2,4,6−コリジン(5eq)の溶液を調製し、基質を樹脂上に添加し、室温でo/n撹拌する。反応混合物は約5分後乳白色になる。o/n後、溶液を除去し、樹脂を下記で洗浄し:DMF(2×)、DCM(1×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。
2)スルホニルクロリドを用いたアミン
スルホニルクロリド(アリールスルホニルクロリドについては4eqおよびアルキルスルホニルクロリドについては8eq)を樹脂および2,4,6−コリジン(2.5×スルホニルクロリドeq)を含むNMPの懸濁液に添加し、それから1−2時間の間撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから樹脂を通常様式で乾燥させる。
3)カルボン酸を用いたアミン、アルコールおよびフェノール
カルボン酸(5eq)、DIPEA(10eq)、HATU(5eq)を含むNMPの溶液に、樹脂を添加し、o/n撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから樹脂を通常様式で乾燥させる。
4)還元的アミノ化
二重アルキル化副産物を回避するために、1eqのアルデヒドのみを使用することを除き、以上で記載される標準手順(方法1I、1Jおよび1K)を還元的アミノ化について採用する。
5)アミンを用いたカルボン酸
6−Cl−HOBt(1eq)、EDAC(3−(((エチルイミノ)−メチレン)アミノ)−N,N−ジメチルプロパン−1−アミン塩酸塩、5eq)、およびDIPEA(1eq)を含むNMPの溶液を調製する。樹脂を添加し、15分間撹拌する。これに、アミン(5eq)を添加し、反応混合物をo/n撹拌させる。溶液を除去し、樹脂を順次DMF(2×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから、通常様式で乾燥させる。
6)アルコールを用いたアミンおよびフェノール
フェノールまたはノシル化アミンを含む樹脂をTHF(0.04mL/mg樹脂、0.2M)中に懸濁させ、PPh3−DIAD付加物を添加し(5eq、下記方法1Oを参照されたい)、非常に短時間撹拌する(10−15秒)。あるいは、PPh3(5eq)およびアルコール(5eq)を含むTHFの溶液を調製し、0℃まで冷却し、DIAD(5eq)を1滴ずつ添加する。どちらの場合にも、15分間0℃で撹拌し、それからo/n撹拌する。樹脂を濾過し、順次下記で洗浄し:THF(2×)、トルエン(1×)、EtOH(1×)、トルエン(1×)、THF(1×)、iPrOH(1×)、THF(1×)、THF/MeOH(3:1、1×)、DCM/MeOH(3:1、1×)、DCM(2×)、それから、通常様式で乾燥させる。添加の順は最良の結果には重要であることに注意されたい。
二炭酸ジ−tert−ブチル(5eq)を樹脂上のアミン基質およびトリエチルアミン(5eq)を含むDCM(0.04mL/mg樹脂)に添加し、それから混合物を4時間の間撹拌させた。別の有機アミン塩基、炭酸ナトリウムまたは炭酸カリウムもまた、使用することができる。溶媒を除去し、樹脂を順次DMF(2×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)で洗浄し、それから樹脂を通常様式で乾燥させた。類似の方法を溶液相において使用することができる。
樹脂上のBoc含有基質を25%TFAを含むDCM(0.04mL/mg樹脂)で処理し、30分間撹拌させた。樹脂をDMF(2×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×)、エーテル(1×)で順次洗浄し、その後、通常様式で乾燥させた。同様の手順を溶液中でのBoc基の除去に適用するが、典型的にはより低い濃度のTFA(1−10%)を使用する。
遊離アミンまたはアミノ酸を水に溶解し、NaHCO3(2eq)を添加する。得られた撹拌溶液に0℃で、Fmoc−OSuまたはFmoc−Cl(1.5eq)を含むジオキサンを徐々に添加する。反応混合物を0°で1時間の間維持し、それから、室温まで一晩温めさせる。水を添加し、水層をEtOAc(2×)で抽出する。有機層を飽和NaHCO3(aq)(2×)で抽出する。水層を合わせ、pH1まで10%HClで酸性化し、それから、EtOAc(3×)で抽出する。有機層を合わせ、乾燥させ(無水MgSO4またはNa2SO4)、真空で濃縮する。得られた残渣をそれから、結晶化またはフラッシュクロマトグラフィーにより、必要に応じて精製する。抽出ワークアップなしだが、標準樹脂洗浄プロセスの追加ありの類似の手順は、固相上で使用することができる。
アミンを水に溶解し、Na2CO3(2.7eq)を撹拌しながら添加する。得られた溶液を0°まで冷却し、クロロギ酸アリル(1.5eq)を含むジオキサンの冷却溶液を1滴ずつ添加する。得られた混合物を、0°で1時間の間撹拌し、それから、撹拌しながら一晩、室温まで温めさせる。水をその後添加し、水層をEtOAc(2×)で抽出する。有機層を飽和NaHCO3(aq)(2×)で抽出する。水層を合わせ、10%HClの添加によりpH1まで酸性化し、それから、EtOAc(3×)で抽出する。有機層を合わせ、乾燥させ(MgSO4)、真空で濃縮する。得られた残渣をそれから、フラッシュクロマトグラフィーまたは結晶化により精製する。抽出ワークアップなしだが、標準樹脂洗浄プロセスの追加ありの類似の手順は、固相上で使用することができる。しかしながら、2−クロロトリチル樹脂のような酸感受性固体支持体を用いる場合、中性またはわずかに塩基性反応媒質をこのプロセス中で維持するように注意しなければならない。
カルボン酸を無水DCMに溶解し、アリルアルコール(1.1eq)を撹拌しながら添加する。混合物を0℃まで不活性雰囲気下で冷却し、ジシクロヘキシルカルボジイミド(DCC、1eq)を、続いてDMAP(0.05eq)を添加する。反応物を、TLCにより示されるように完了するまで(典型的には24−48時間)、室温まで温めさせる。EtOAcを添加し、得られた沈殿物を濾過により除去し、固体を追加のEtOAcで洗浄する。濾液を真空で濃縮し、残渣をフラッシュクロマトグラフィーまたは結晶化により必要に応じて精製する。
PPh3(1.5eq)およびアリルアルコール(1.2eq)を含むTHFの溶液を調製し、0℃まで冷却し、DIAD(1.5eq)を1滴ずつ添加する。15分間0℃で撹拌し、フェノール成分(例えばBoc−Tyr−OBut、1eq)を添加し、反応混合物を室温まで3時間にわたって温めさせる。あるいは、フェノール(1eq)をTHF(0.2M)に溶解し、PPh3−DIAD付加物(1.5eq、方法1O)を撹拌しながら添加する。エーテル(THFと等体積)を添加し、沈殿した固体を濾過により除去し、エーテルで洗浄し、それから濾液と洗浄液を合わせ、H2Oおよび飽和NaCl(aq)で洗浄する。有機層を無水MgSO4上で乾燥させ、それから乾燥剤を除去し、溶媒を減圧下で蒸発させる。残渣をフラッシュクロマトグラフィーにより精製し、保護生成物を得る。
樹脂をDCMに懸濁させ、窒素ガスを混合物に通して10分間通気させ、それからフェニルシラン(PhSiH3)(10−24eq)を添加し、窒素を懸濁液に再び5分間通気させる。Pd(PPh3)4(0.1eq)を添加し、窒素流をさらに5分間維持し、それから反応物を4時間の間光から保護して撹拌する。溶媒を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×)、iPrOH(1×)、DCM(1×)、DMF(1×)、0.5%ジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムを含むDMF(3×)、DMF(1×)、iPrOH(1×)、DMF(1×)、DCM(2×)、エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。同様のプロセスは、適切な抽出ワークアップ手順、続いて結晶化またはフラッシュクロマトグラフィー精製の追加と共に、溶液中で適用することができる。
窒素をDCM中の樹脂に通して5分間通気させ、それから排気し、窒素でフラッシングし(3×)、窒素をさらに5分間通気させる。フェニルシラン(10−24eq)を添加し、窒素を5分間通気させ、それから、Pd(PPh3)4(0.1eq)を添加し、窒素をさらに5分間通気し続ける。反応槽を密閉し、5時間の間光から保護して撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×);iPrOH(1×);DCM(1×);DMF(1×);0.5%ジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムを含むDMF(3×);DMF(1×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×);エーテル(1×)、通常様式で乾燥させる。同様のプロセスは、適切な抽出ワークアップ手順、続いて結晶化またはフラッシュクロマトグラフィー精製の追加と共に、溶液中で適用することができる。
窒素をDCM中の樹脂に通して5分間通気させ、それから排気し、窒素(3×)でフラッシングし、窒素をさらに5分間通気させる。フェニルシラン(24eq)を添加し、窒素を5分間通気させ、それから、Pd(PPh3)4(0.10−0.25eq)を添加し、窒素をさらに5分間通気し続け、反応槽を密閉し、室温で16時間の間(o/n)光から保護して撹拌する。溶液を除去し、樹脂を順次、下記で洗浄し:DMF(2×);iPrOH(1×);DCM(1×);DMF(1×);0.5%ジエチルジチオカルバミン酸ナトリウムを含むDMF(3×);DMF(1×);iPrOH(1×);DMF(1×);DCM(2×);エーテル(1×)、それから、通常様式で乾燥させる。同様のプロセスは、適切な抽出ワークアップ手順、続いて結晶化またはフラッシュクロマトグラフィー精製の追加と共に、溶液中で適用することができる。
開示のライブラリを構成する大環状化合物の定性および定量分析ならびに特徴付けのための下記の代表的な方法を、反応進行をモニタリングするため、ならびに得られた最終生成物を評価するために、ルーチン的に実施する。これらの分析方法は、方法または手順に関して、数字の2、続いて文字、すなわち分取的精製のための方法2Bを使用することにより、開示の他のどこかで言及されるであろう。
カラム:Zorbax SB−C18、4.6mm×30mm、2.5μm
溶媒A:水+0.1%TFA
溶媒B:CH3CN+0.1%TFA
λ=220、254、280nmでのUVモニタリング
グラジエント法A1
B.分取的精製のための標準HPLC方法
カラム:Atlantis Prep C18 OBD、19mm×100mm、5μm
溶媒A:水性バッファー(10mMギ酸アンモニウム、pH4)
溶媒B:MeOH
グラジエントランタイムの同時延長と共に、より低い流速(すなわち20−25mL/分)を使用することができることに注意されたい。
ギ酸アンモニウムバッファーの使用により、大環状化合物が得られ、典型的には、それらのギ酸塩形態として得られる。
本開示の大環状化合物のライブラリは、治療向けの多種多様の標的に対するハイスループットスクリーニング(HTS)における適用に有用である。公知の、ならびに新たに同定された、標的に対する適切なHTSアッセイの設計および開発は、当技術分野で確立されたプロセスであり(Methods Mol. Biol. 2009, 565, 1−32; Mol. Biotechnol. 2011, 47, 270−285)、そのようなアッセイは、任意の薬理学的標的クラスからの標的の照合に適用可能であることが見出されている。これらとしては、Gタンパク質共役受容体(GPCR)、核内受容体、酵素、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用および核酸−タンパク質相互作用が挙げられる。これらの標的クラスのHTSのための方法は当業者に知られている(High Throughput Screening in Drug Discovery, J. Huser, ed., Wiley−VCH, 2006, pp 343, ISBN 978−3−52731−283−2; High Throughput Screening: Methods and Protocols, 第2版, W.P. Janzen, P. Bemasconi, eds., Springer, 2009, pp268, ISBN: 978−1−60327−257−5; Cell−Based Assays for High−Throughput Screening: Methods and Protocols, P.A. Clemons, N.J. Tolliday, B.K. Wagner, eds., Springer, 2009, pp 211, ISBN 978−1−60327−545−3)。これらの方法は、アゴニスト、アクチベーター、阻害剤、アンタゴニスト、およびインバースアゴニストを含む任意の型のモジュレーターを同定するために使用することができる。実施例は、本開示のライブラリが有用である代表的なHTSアッセイを記載する。標的としては、酵素、Gタンパク質共役受容体およびタンパク質−タンパク質相互作用が挙げられる。使用前に、ライブラリは典型的には−70℃以下で100%DMSO中の10mM原液として保存され(凍結)、室温まで温められ、それから、アリコートが適切な試験濃度、例えばバッファー中10μΜまで希釈される。
ビルディングブロックの調製
商業ベンダーから得られない場合、保護ビルディングブロックS1、S2、(S)−S3、(R)−S3、(S)−S4、(R)−S4、S5、S6、S7、S8、(S)−S53、(R)−S53は、それぞれ、容易に市場で入手可能な材料2−アミノエタノール、2−メチルアミノエタノール、L−アラニノール、D−アラニノール、L−ロイシノール、D−ロイシノール、3−アミノプロパン−1−オール、4−アミノブタン−1−オール、5−アミノペンタン−1−オール、6−アミノヘキサン−1−オール、L−バリノールおよびD−バリノールのN−保護により、当業者に知られている方法および条件、例えばN−Boc誘導体についてはBoc2OおよびK2CO3(方法1U)、ならびにN−Fmoc誘導体についてはFmoc−OSu(方法1W、実施例1A)またはFmoc−ClおよびNaHCO3またはN−Alloc誘導体についてはクロロギ酸アリルおよびNa2CO3(方法1Xを参照されたい)を用いて調製した。同様に、S9、S11、S12、S13、S14、S23、S24およびS28の保護誘導体は、直接、下記で示される市販開始材料から調製することができる:
S9:2−(2−アミノエトキシ)エタノール(Alfa Aesar(Ward Hill、MA)、Cat.No.L18897);
S11:3−(ヒドロキシメチル)アゼチジン(SynQuest Laboratories(Alachua、FL)、Cat.No.4H56−1−NX);
S12:4−ピペリジニル−メタノール(Alfa Aesar、Cat.No.17964);
S13:[2−(アミノメチル)フェニル]メタノール(Ark Pharm、Cat.No.AK−41063);
S14:[3−(アミノメチル)フェニル]メタノール(Combi−Blocks(San Diego、CA),Cat.No.QB−3285);
S23:2−[2−(アミノメチル)フェニルチオ]ベンジルアルコール(Aldrich(Milwaukee、WI)、Cat.No.346314);
S24:cis−4−アミノシクロヘキシルメタノール(エナミン(Monmouth Junction、NJ)、Cat.No.EN300−105832);
S28:trans−4−アミノシクロヘキシルメタノール(エナミン、Cat.No.EN300−106767);
B.ビルディングブロックS14の合成のための別の手順
C.ビルディングブロックS15およびS16の合成のための標準手順
D.ビルディングブロックS17およびS19の合成のための標準手順
E.ビルディングブロックS18およびS20の合成のための標準手順
F.ビルディングブロックS22およびS27の合成のための標準手順
G.ビルディングブロックS25の合成のための標準手順
H.ビルディングブロックS26の合成のための標準手順
I.酸ビルディングブロックのアルコールへの還元のための標準手順
J.三酸化硫黄ピリジン錯体を使用したアルコールビルディングブロックのアルデヒドへの酸化のための標準手順
K.二酸化マンガンを用いたビルディングブロックのアルデヒドへの酸化のための代表的な手順
L.ビルディングブロックS50の合成のための標準手順
M.ビルディングブロックS50の合成のための別の手順
O.ビルディングブロックS52の合成のための標準手順
P.ビルディングブロックS57、S58、S59、S61およびS62の合成のための標準手順
Q.ビルディングブロックS60の合成のための標準手順
R.ビルディングブロックAlloc−S63の合成のための標準手順
S.ビルディングブロックS64の合成のための標準手順
T.アリールエーテルビルディングブロックの合成のための標準手順
4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム2において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物1401−2115のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、福山−光延アルキル化(方法1Pにおける手順を介する、スキーム2において図示されず)、またはアミドカップリング化学(方法1G)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB3)を、アミド結合形成を介して連結させ(方法1G)、それから最終ビルディングブロック(BB4)を、再びFmoc除去後(方法1F)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化化学(方法1P手順、スキーム2において図示されず)を使用して付着させた。これに続いて、順次、選択的N末端脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基をそれから除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が表1Aに利用した特定のビルディングブロックと共に提供され、このように調製された化合物の個々の構造が表1Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
全ての化合物について、Fmoc−ProがBB1である化合物(ここで、R1および(N)R5は表1BにおけるR1について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する)を除き、Q2=CH2、R5=HおよびR8=Hである。類似して、Fmoc−ProがBB3であるそれらの化合物については、R3および(N)R7は、表1BにおけるR3−R7について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。加えて、BB2がFmoc−4−Pipであるそれらの化合物については、(N)R6およびR2は、表1BにおけるR2−R6について示されるように、窒素原子を含む6員環の一部である。また、BB2がFmoc−3−Aziであるそれらの化合物については、(N)R6およびR2は表1BにおけるR2−R6について示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。
追加のビルディングブロックによる選択された側鎖官能化を含む、4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム3において提示される合成スキームを使用して、固体支持体上で大環状化合物2116−2328のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードした(方法1D)。この時点で、2つの任意的な工程のうちの第1を実行し、これにより、BB1の側鎖上の保護を選択的に除去し、それから追加のビルディングブロックを、方法1Tに記載される一連の反応順序の1つを使用して付加する。この後、BB1のα−N−保護の除去(切断される基に適切な方法1Fまたは方法1AA)を実施し、続いてアミドカップリング(方法1G)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、または福山−光延アルキル化(方法1Pにおける手順を使用する、スキーム3において図示されず)を介する次のビルディングブロック(BB2)の付着を実施する。BB2のFmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB3)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。第2の任意的な工程を、Fmoc脱保護後、再び、脱保護を含むBB3の側鎖上での選択反応を、方法1T変換の1つと一緒に用いて実施する。BB3のα−窒素上の保護を切断し(適用可能な場合、方法Fまたは方法1AA)、続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化化学(方法1Pの手順、スキーム3において図示されず)を使用して、BB4を連結させる。次に、Fmoc脱保護(方法1F)、樹脂からの除去(方法1Q)、大環状化(方法1R)、および側鎖保護基の除去(方法1S)を順次実施した。得られた粗生成物を分取HPLCにより精製し(方法2B)、得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が、採用した特定のビルディングブロックと同様に表2Aで提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表2Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表2Bにおける全ての化合物について、Q2=CH2およびR8=Hである。Fmoc−ProがBB1である化合物(ここで、R1aおよび(N)R5はR1−R2について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する)を除き、R5=Hである。同様に、Fmoc−ProがBB3であるそれらの化合物を除き、R7=Hであり、R3bおよび(N)R7は表2BにおけるR3b−R7について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。加えて、BB2がFmoc−3−Aziであるそれらの化合物(ここで、(N)R6およびR2は、表2BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である)を除き、R6=Hであり、BB2がFmoc−4−Pipであるそれらの化合物については、(N)R6およびR2は表2BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む6員環の一部である。
5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム4において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物2331−2593のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)をアミドカップリング化学(方法1G)を用いて連結させた。第3のビルディングブロック(BB3)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム4において図示されず)を介して付着させ、それから第4のビルディングブロック(BB4)を、アミド結合形成を使用して付加し(方法1G)、どちらも、個々のBB上でのFmoc保護の除去の後とした(方法1F)。還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化(方法1P、スキーム4において図示されず)による最後のビルディングブロック(BB5)の連結に続いて選択的N末端脱保護(方法1F)、固体支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基を除去し(方法1S)、それから得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。利用したビルディングブロック、得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表3Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表3Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表3Bにおける全ての化合物について、R6、R7およびR10は水素であり、Q1およびQ2はCH2である。また、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBB1であるそれらの化合物では、R4および(N)R9は表3BにおけるR4−R9について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。
3または4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム5に図示される合成スキームに従い、固体支持体上で大環状化合物2595−2624のライブラリを調製し、一方、スキーム6における合成スキームを大環状化合物2625−2642のライブラリの固相調製のために使用した。化合物(2595−2624)の第1のライブラリについては、第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードした(方法1D)。そのアリルエステルとして保護した、第2のビルディングブロック(BB2)の付着を還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)を用いて、BB1のFmocの脱保護後(方法1F)、または、福山−光延アルキル化手順(方法1P、スキーム6において図示されず)を介して実施した。アリルエステルを除去し(方法1BB)、それから第3および最終のビルディングブロック(BB3)を、アミド結合形成を使用して連結させた(方法1G)。BB3のAlloc保護の選択的切断(方法1AA)および樹脂からの除去(方法1Q)、続いて大環状化を実施した(方法1R)。次に、側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために利用したビルディングブロックおよび質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表4Aにおいて提供される。この経路を介して調製された個々の化合物の構造は表4Bにおいて提示される。
4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
スキーム2において提示される合成スキームに従って、固相上で大環状化合物2655−3166のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、福山−光延化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム2において図示されず)またはアミドカップリング化学(方法1G)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB3)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。次に、最終ビルディングブロック(BB4)を、再びFmoc保護の除去後に(方法1F)、アミドカップリング(方法1G)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、または福山−光延アルキル化(方法1Pを介する、スキーム2において図示されず)を使用して付着させた。これに続いて選択的N末端脱保護(方法1F)、支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。それから、側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表5Aにおいて整列される。このようにして調製された化合物の個々の構造は表5Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表5Bにおける全ての化合物について、化合物2708−2719(この場合、R6=CH3である)、化合物2769、2850、2926、2931、2999、3074(この場合、R7=CH3である)を除き、R5=H、R6=HおよびR7=Hであり、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBB3であるそれらの化合物では、R3および(N)R7はR3について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。加えて、BB2がFmoc−3−Aziであるそれらの化合物では、(N)R6およびR2は、表5BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。同様に、BB4がFmoc−3−Aziであるそれらの化合物については、(N)R8およびR4は、表5BにおけるR4について示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。最後に、BB2がFmoc−4−Pipであるそれらの化合物については、(N)R6およびR2は、表5BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む6員環の一部である。
追加のビルディングブロックによる選択された側鎖官能化を含む、4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
スキーム3において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物3167−3300のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードした(方法1D)。この時点で、2つの任意的な工程のうちの第1を実行し、これにより、BB1側鎖保護基を選択的に除去し、それから追加のビルディングブロックを、示される方法1Tに記載される一連の反応順序の1つを使用して付加する。この後、BB1のα−N−保護の除去(方法1F)を実施し、続いて、アミド結合形成を介して次のビルディングブロック(BB2)を連結させる。同様に、BB2のFmocを切断すると、第3のビルディングブロック(BB3)をアミドカップリングを介して付着させた(方法1G)。Fmoc脱保護後、第2の任意的な工程をこの段階で、再び、選択的脱保護、続いて示される方法1T変換を含む、BB3の側鎖上での反応を用いて実施する。BB3のα−窒素の脱保護(方法1F)に続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム3において図示されず)を使用して、BB4を連結させる。次に、順次的なFmoc脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)、大環状化(方法1R)、および側鎖保護基の除去(方法1S)を実施した。得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。採用されたビルディングブロック、ならびに、入手可能な場合には、得られた各大環状分子の量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が表6Aで提供される。最後に、調製した化合物の個々の構造が表6Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
上記全ての化合物について、R5=HおよびR8=Hである。加えて、Fmoc−ProがBB3であるそれらの化合物については、R7および(N)R3bは、表6BにおけるR3bについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。また、BB2がFmoc−3−Aziであるそれらの化合物については、(N)R6およびR2は、表6BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む4員環の一部である。
5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
スキーム4において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物3301−3654のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、スキーム4において図示されず)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB3)を、アミド結合形成を介して連結させ(方法1G)、一方、最終ビルディングブロック(BB4)を、再び、Fmocの除去後に(方法1F)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延化学(方法1Pを介する、スキーム4において図示されず)を使用して付着させた。Fmoc脱保護およびBB5、最終成分のアミド結合カップリング(方法1G)により前駆体構築を完了した。それから、これに続いて選択的N末端脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。それから側鎖保護基を除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用された特定のビルディングブロック、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認が表7Aにおいて与えられ、このように調製された化合物の個々の構造は表7Bにおいて提示される。得られた各大環状分子の量、それらのHPLC純度および質量分析(MS)によるそれらのアイデンティティの確認は表7Aにおいて提供される。このように調製された化合物の個々の構造は表7Bに描出される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表7Bにおける全ての化合物について、Q1=CH2およびQ2=CH2である。また、化合物3365−3369(この場合、R6=CH3である)を除き、化合物は全てR6=Hを有し;化合物3375、3452、3552、3581(この場合、R7=CH3である)を除き、全て、R7=Hを有し;化合物3358、3383、3388、3404、3418、3440、3463、3486、3496、3528、3539、3567、3589、3592、3635、3643(この場合、R9=CH3である)を除き、全て、R9=Hを有する。
他の例外は、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBB2であるそれらの化合物についてであり、この場合、R2および(N)R7は、表7BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。同様に、Fmoc−ProまたはFmoc−D−ProがBB4であるそれらの化合物については、R4および(N)R9は、表7BにおけるR4について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。
追加のビルディングブロックによる選択された側鎖官能化を含む、5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
スキーム7において提示される合成スキームに従って、固体支持体上で大環状化合物3655−3813のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードした(方法1D)。この時点で、2つの任意的な工程のうちの第1を実行することができ、これにより、BB1の側鎖上の保護を選択的に除去し、それから、追加のビルディングブロックを、方法1Tに記載される一連の反応順序の1つを使用して付加する。BB1からα−N−保護基切断後、第2のビルディングブロック(BB2)をアミドカップリング化学(方法1G)を用いて組み入れる。ここで再び、別のビルディングブロックを付加するための、選択的側鎖脱保護および反応を含む第2の任意的な工程(方法1T)が起こり得る。この後、BB2のα−N−保護の除去(切断される基に適切な方法1Fまたは方法1AA)を実施し、続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化(方法1Pにおける手順を介する、スキーム7において図示されず)を介して、次のビルディングブロック(BB3)を付着させる。BB3のFmoc保護基が除去されると、次のビルディングブロック(BB4)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。第3の任意的な工程を、再び、脱保護と一緒に、方法1T変換の1つを含む、BB4側鎖上での選択的反応を用いてこの段階で実施する。BB4のα−窒素上の保護を切断し(適用可能な場合、方法1Fまたは方法1AA)、続いて、BB5を還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延化学(方法1Pを介する、スキーム7において図示されず)を使用して連結させる。次に、Fmoc脱保護(方法1F)、樹脂切断(方法1Q)、大環状化(方法1R)、および側鎖保護基の除去(方法1S)を順次実施した。このように得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用されたビルディングブロック成分、ならびに、入手可能な場合には、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表8Aにおいて提示される。このように調製された化合物の個々の構造は表8Bにおいて提供される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表8Bにおける全ての化合物について、化合物3667、3682、3685(ここでR7=CH3である)を除き、R6=H、R7=H、R8=H、R9=HおよびR10=Hである。加えて、Fmoc−ProがBB2であるそれらの化合物については、R2bおよび(N)R7は、表8BにおけるR2bについて示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。同様に、Fmoc−D−ProがBB4であるそれらの化合物については、R4cおよび(N)R9は、表8BにおけるR4cについて示されるように、窒素原子を含む環状5員環を形成する。
C型肝炎ウイルスNS3プロテアーゼ阻害剤の同定のためのハイスループットスクリーニングアッセイ
C型肝炎ウイルス(HCV)の感染は慢性肝炎、肝硬変および肝細胞がんを引き起こす主な世界的な健康問題である。非構造ウイルスタンパク質は前駆体タンパク質から、隣接するNS4A補助因子を必要とするHCV NS3セリンプロテアーゼにより切断される。NS3プロテアーゼはタンパク質プロセシングにおいて極めて重要な役割を果たし、というのも、それはNS3/4A、NS4A/4B、NS4B/5A、およびNS5A/5B接合部でのタンパク質切断を指揮するからであり、よって、ウイルスの複製および感染性に必須である。
5−ヒドロキシトリプタミン受容体サブタイプ2A(5−HT2A)インバースアゴニストの同定のためのハイスループットスクリーニングアッセイ
臨床的に重要な抗精神病薬の大半は、ドパミンD2受容体でのそれらの拮抗作用に加えて、5−HT2A受容体では強力なインバースアゴニストとなることが見出されている。新しいそのようなCNS治療薬の同定については、文献(J. Pharm. Exp.Ther.2001, 299, 268−276)に記載される受容体選択および増幅アッセイが実施される。
アッセイのための調製において、適切な細胞(NIH−3T3またはその他)を、ローラーボトルまたは標準96ウェル組織培養プレートにおいて、10%子ウシ血清および1%PSG(ペニシリン/ストレプトマイシン/グルタミンが補充されたダルベッコ変法基本培地(DMEM)中で70−80%コンフルエンスまで増殖させる。次に、細胞のプラスミドDNA(クローン化受容体)による、標準方法を使用した、12−16時間(o/n)の間のトランスフェクションを実施した。Gqの同時発現を使用して5−HT2A受容体恒常的活性を増大させた。プレート内で、アッセイを、1〜50ng/ウェルクローン化受容体および20ng/ウェルβ−ガラクトシダーゼプラスミドDNAを用いて実施する。5−HT2A恒常的活性を支援するために、4−20ng/ウェルのGqタンパク質もまた添加した。ローラーボトル中でのトランスフェクション後、細胞をトリプシン処理し、収集し、凍結させ、またはアッセイにおいて直ちに使用することができた。
アッセイについては、細胞を、0.5%子ウシ血清および2%cyto−sf3(Kemp Biotechnologies, Frederick, MD, USA)を有するDMEM中に入れ(または、前に凍結させた場合、急速解凍させ)、それから、ライブラリ由来の試験化合物、陰性対照または陽性対照(リタンセリン)を含むアッセイプレート(典型的に96または384ウェル)に添加した。あるいは、プレート中でのo/nトランスフェクション後に、培地を2%cyto−sf3および1%PSGおよび1つ(またはそれ以上)の濃度の試験ライブラリ化合物または対照を含む無血清DMEMと交換した。全ての場合において、細胞を5%周囲CO2を有する加湿雰囲気中で4−6日間増殖させた。培地の除去後、プレート中でのβ−ガラクトシダーゼ活性を標準方法を使用して、例えば、o−ニトロフェニルβ−D−ガラクトピラノシドをリン酸緩衝生理食塩水に添加して測定する。得られた比色反応をそれから、分光光度的プレートリーダーを、採用されたβ−ガラクトシダーゼ法に適切な波長で使用して測定した(例えば420nm)。データの解析を適切なソフトウェアパッケージ、例えばGraphPad Prismを使用して実施する。
p53−MDM2相互作用の阻害剤の同定のための細胞ハイスループットスクリーニングアッセイ
p53転写因子は、DNA修復、分化、細胞周期阻害およびアポトーシスに関与する様々な遺伝子の発現を制御する強力な腫瘍抑制因子である。p53の機能はMDM2腫瘍性タンパク質によって、その転写の活性の直接阻害、およびまた、ユビキチン−プロテオソーム経路を介するその分解の増強により抑制される。多くのヒト腫瘍はMDM2を過剰発現し、効果的にp53媒介アポトーシスを損なう。よって、p53−MDM2相互作用を阻害することによるp53の安定化は、癌化学療法のためのアプローチを提供する。そのような阻害剤の同定のために、文献に記載される有効性が確認された細胞アッセイが採用される(J. Biomol. Screen. 2011, 16, 450−456)。これは、化合物への細胞毒性から誤ったヒットを排除する、デュアルルシフェラーゼレポーターシステムを利用する哺乳類ツーハイブリッド技術に基づく。
適切な細胞(例えば、HEK293、U2OS、MDA−MB−435)をATCC(Manassas、VA、USA)から入手し、10%ウシ胎仔血清(FBS)、100mg/Lペニシリン、および100mg/Lストレプトマイシンを有するDMEM中、37℃で、5%CO2の加湿雰囲気において維持した。約1×106の細胞をプラスミド(2−4μg)を含むトランスフェクションバッファー(200μL)と合わせ、電気穿孔を一過性トランスフェクションのために実行した。
哺乳類ツーハイブリッドシステム(Stratagene、La Jolla、CA)を、p53−MDM2相互作用を評価するために開発された細胞アッセイのために利用した。この戦略を達成するために、全長p53またはMDM2を、GAL4のDNA結合ドメイン(BD)またはNFκBの転写活性化ドメイン(AD)のC末端で挿入した。p53とMDM2の相互作用により、2つのドメイン(BDおよびAD)が近接し、よって、下流ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子が活性化される。特定的には、インフレームのヒトp53およびMDM2をコードする全長cDNAをADまたはBDと共に、N末端で、pCMV−ADおよびpCMV−BDベクターにクローン化させた。シングル−ルシフェラーゼ分析では、細胞をpCMV−AD−MDM2(または−p53)、pCMV−BD−p53(または−MDM2)、およびpFR−Lucホタルルシフェラーゼレポータープラスミドを用いて1:1:1の当量比でコトランスフェクトさせた。一方、デュアル−ルシフェラーゼ分析については、内部標準、ウミシイタケルシフェラーゼをコードするpRL−TKプラスミドを含めた。トランスフェクション後、細胞の播種を、およそ3×104細胞/ウェルの密度でマイクロプレート上に実施した(96ウェル)。様々な濃度のライブラリ試験化合物をトランスフェクション後16時間に添加する。ルシフェラーゼ活性を、追加の24時間後に、Dual−Gloルシフェラーゼシステム(Promega、Madison、WI、USA)および適切なマルチプレートリーダーを使用して測定した。化合物は典型的には、最初に10μM、20μMまたは50μMの単一濃度でスクリーニングし、それから、それらの化合物について得られた用量反応曲線は下記で規定されるヒットであることが見出した。各96−ウェルプレートでは、8ウェルを陽性対照として使用し(10μMの公知の阻害剤、例えばヌチリン(nutilin)−3、1% DMSO中)、別の8ウェルを陰性対照として使用した(1%DMSO)。ルシフェラーゼ活性を、それぞれ、DMSOおよび公知の阻害剤で処理したウェルにおいて、100%および0に正規化した。ルシフェラーゼ活性を30%未満まで低減させる化合物は一次スクリーニングにおいて「ヒット」と考えることができるが、他の値もまた選択することができる。GraphPad Prismソフトウェア、または他の適切なパッケージを使用して、データを解析し、非線形回帰分析を実施し、用量反応曲線を作成し、IC50値を計算する。
4つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
図2において提示される合成スキームに従って、固相上で大環状化合物3816−3951のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、福山−光延アルキル化(方法1Pの手順を使用する、スキーム2において図示されず)またはアミドカップリング化学(方法1G)を使用して付着させた。Fmoc保護基が除去されると、第3のビルディングブロック(BB3)を、アミド結合形成を介して連結させた(方法1G)。次に、Fmoc保護の除去後(方法1F)、最終ビルディングブロック(BB4)を、再び還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)、アルキル化(方法1Pの手順を介する、スキーム2において図示されず)またはアミドカップリング(方法1G)を使用して付着させた。これに続いて、選択的N末端脱保護(方法1F)、樹脂からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基をそれから除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表9Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表9Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
5つのビルディングブロックを含む式(I)の大環状化合物の別の代表的なライブラリの合成
図4において提示される合成スキームに従って、固相上で、大環状化合物3952−3975のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂に付着させ(方法1D)、それから、Fmoc保護を除去した後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)を、アミドカップリング化学を使用して付着させた(方法1G)。第3のビルディングブロック(BB3)を、Fmoc基の脱保護に続いて、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化(方法1Pの手順に従う、図4において図示されず)を使用して連結させた。次に、Fmoc保護の除去後(方法1F)、最後から2番目のビルディングブロック(BB4)を、アミドカップリングを使用して付着させ(方法1G)、一方、第5および最終のビルディングブロック(BB4)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化手順(方法1P、図4において図示されず)を利用して連結させた。これに続いて、選択的N末端脱保護(方法1F)、固体支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基をそれから除去し(方法1S)、得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、HPLC純度および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表10Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表10Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表10Bにおける全ての化合物について、Q1=CH2およびQ2=CH2である。また、化合物はすべてR6=Hを有し;化合物3972および3973(ここでR7=CH3)を除き、すべてR7=Hを有し;ならびに、化合物3954および3955(ここでR9=CH3)ならびに化合物3974および3975(ここでR9=SO2−(2−ニトロフェニル)またはノシル)を除き、すべてR9=Hを有する。
他の例外は、Fmoc−ProがBB2であるそれらの化合物(3968−3971)についてであり、R2および(N)R7は、表10BにおけるR2について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。同様に、Fmoc−ProがBB4であるそれらの化合物については(3972−3973)、表10BにおけるR4について示されるように、R4および(N)R9は窒素原子を含む5員環を形成する。
3つのビルディングブロックを含む式(II)の大環状化合物の代表的なライブラリの合成
図8において提示される合成スキームに従って、固相上で大環状化合物3976−4121のライブラリを調製した。第1のビルディングブロックアミノ酸(BB1)を樹脂上にロードし(方法1D)、それから、Fmoc保護の除去後(方法1F)、次のビルディングブロック(BB2)を、アミドカップリング化学(方法1G)、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)または福山−光延アルキル化化学(方法1Pにおける手順を介する、図8において図示されず)を使用して付着させた。最終工程において、Fmoc保護基の除去後(方法1F)、第3のビルディングブロック(BBs)を、還元的アミノ化(方法1Iまたは1J)またはアルキル化化学(方法1Pを介する、図8において図示されず)を使用して付着させた。これに続いて、選択的N末端脱保護(方法1F)、固体支持体からの切断(方法1Q)および大環状化(方法1R)を実施した。側鎖保護基を除去し(方法1S)、それから得られた粗生成物を分取HPLCにより精製した(方法2B)。各大環状分子のために使用した特定のビルディングブロックと共に、得られた量、純度(UVまたはMS)および質量分析(MS)によるアイデンティティの確認は表11Aにおいて提供され、このように調製された化合物の個々の構造は表11Bにおいて提示される。
na=入手不可能
1全ての合成を固相上で、70−80mgの2−クロロトリチルクロライド樹脂から開始して実施した(典型的なローディング1.0mmol/g)。
2化合物3978、3979、3983、3984(これらの場合、MSから推定する)を除き、純度をLC−UVを用いた220nmでの分析により決定する。
表11Bにおける全ての化合物について、Q2=CH2である。また、化合物3983(ここで、R4=CH3)を除き、化合物は全てR4=Hを有する。加えて、化合物4037については、Fmoc−D−ProはBB1であり、R1および(N)R4は、表11BにおけるR1について示されるように、窒素原子を含む5員環を形成する。
Claims (81)
- 式(I)の化合物およびそれらの塩から選択される少なくとも2つの大環状化合物を含むライブラリ:
X1はN、OおよびNR22からなる群より選択され、ここでR22は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X1がNR22である場合、X1はまた、A中に存在すれば、R2およびR5と一緒に、任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X1がNである場合、X1はAと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
X2はOおよびNR23からなる群より選択され、ここでR23は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X2がAまたはB中のカルボニル基に結合されていない場合、X2はまた、S(O)q1から選択することができ、ここでq1は0−2であり、R23はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X2がNR23である場合、X2はまた、A中に存在すればR10と、またはB中に存在すればR12aと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
X3はN、OおよびNR24からなる群より選択され、ここでR24は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X3がNR24である場合、X3はまた、B中に存在すればR12b、またはD中に存在すればR15と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X3がNである場合、X3は、Dと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
X4はOおよびNR25からなる群より選択され、ここでR25は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X4がD中のカルボニル基に結合されていない場合、X4はまたS(O)q2から選択することができ、ここでq2は0−2であり、R25はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X4がNR25である場合、X4はまた、D中に存在すればR1またはR20と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
Aは、X1がOまたはNR22である場合、下記からなる群より選択され:
(X1)−(CH2)n1a−(X2)、(X1)−(CH2)n1b−X5−(CH2)n1c−(X2)、
X5はO、CH=CH、S(O)q3およびNR26からなる群より選択され、ここでq3は0−2であり、R26は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X6およびX7は、OおよびNR27からなる群より独立して選択され、ここでR18は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X6またはX7がNR27である場合、X6およびX7はまた、それぞれ、R6およびR9と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
X8a、X8b、X8c、X9a、X9bおよびX9cはCH2、OおよびNR28からなる群より独立して選択され、ここでR28は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11およびZ12はN、N+−O−およびCR29からなる群より独立して選択され、ここでR29は、水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、およびC4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z1、Z2、Z3およびZ4の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z5、Z6、Z7およびZ8の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ9、Z10、Z11およびZ12の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X1)および(X2)は、それぞれ、式(I)のX1およびX2への結合部位を示し;
Bは下記からなる群より選択され:
Aが
Dは、X3がOまたはNR24である場合、下記からなる群より選択され:
(X3)−(CH2)n8−(X4)、(X3)−(CH2)n9a−X10−(CH2)n9b−(X4)、
X10はO、CH=CH、S(O)q4およびNR30からなる群より選択され、ここでq4は0−2であり、R30は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X11およびX12はOおよびNR31からなる群より独立して選択され、ここでR31は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X11またはX12がNR28である場合、X11およびX12はまた、それぞれ、R16およびR19と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
X13a、X13b、X13c、X15a、X15b、X15c、X16a、X16b、X16c、X18a、X18bおよびX18cはCH2、OおよびNR32からなる群より独立して選択され、ここでR32は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X14a、X14bおよびX14cはOおよびNR33からなる群より独立して選択され、ここでR33は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X17a、X17bおよびX17cはO、S(O)q5NR34およびCR35R36からなる群より独立して選択され、ここでq5は0−2であり、R34は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;R35は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;ならびにR36は水素およびC1−C6アルキルからなる群より選択され;あるいは、R35およびR36は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
Z13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はN、N+−O−およびCR37からなる群より独立して選択され、ここでR37は、水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、C4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z13、Z14、Z15およびZ16の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z17、Z18、Z19およびZ20の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z21、Z22、Z23およびZ24の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z25、Z26、Z27およびZ28の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z29、Z30、Z31およびZ32の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ33、Z34、Z35およびZ36の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X3)および(X4)は、それぞれ、式(I)のX3およびX4への結合部位を示し;
R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R12a、R12b、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、およびR20は下記からなる群より独立して選択され:
W1は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W2は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W3およびW8は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より独立して選択され;
W4は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
W5は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W6は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
W7は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
R1はまた、X4がNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、
R2はまた、X1がNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
R5はまた、X1がNR22である場合、NR22と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
R10はまた、X2がNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
R12aはまた、X2がNR23である場合、NR23と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
R12bはまた、X3がNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
R15はまた、X3がNR24である場合、NR24と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
R20はまた、X4がNR25である場合、NR25と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
R11a、R11b、R21aおよびR21bは水素、フッ素、C1−C10アルキル、C6−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。 - Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7Z8、Z9Z10、Z11およびZ12はCR29であり、R29は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項1に記載のライブラリ。
- Z13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z24、Z25、Z26、Z27、Z28、Z29、Z30、Z31、Z32、Z33、Z34、Z35およびZ36はCR37であり、R37は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項1に記載のライブラリ。
- X1、X2およびX4は、NHおよびNCH3からなる群より独立して選択され、X3はO、NHおよびNCH3からなる群より選択される、請求項1に記載のライブラリ。
- 2〜25の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 25〜250の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 250〜1,000の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 1,000〜10,000の大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 10,000を超える大環状化合物を含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 構造1401−3813を有するものから選択される大環状化合物を含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 構造3816−3975を有するものから選択される大環状化合物を含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 別々の大環状化合物として合成される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 少なくとも2つの大環状化合物の混合物として合成される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記大環状化合物は溶解されていない固体、シロップまたは油として提供される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記大環状化合物は有機溶媒、水またはバッファー系に溶解されて提供される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記大環状化合物はDMSOに溶解されて提供される、請求項1〜18のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記大環状化合物は0.001−100mMのDMSO溶液として提供される、請求項23に記載のライブラリ。
- 前記大環状化合物は0.01−10mMのDMSO溶液として提供される、請求項23に記載のライブラリ。
- 少なくとも1つの複数試料ホルダ中に配列される、請求項1〜25のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記少なくとも1つの複数試料ホルダは、96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである、請求項26に記載のライブラリ。
- 前記化合物は前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の個々の化合物として分配される、請求項26に記載のライブラリ。
- 前記化合物は前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の1を超える化合物として分配される、請求項26に記載のライブラリ。
- 請求項1〜25のいずれか一項に記載のライブラリ;ならびに
少なくとも1つの複数試料ホルダ
を含む、キット。 - 前記少なくとも1つの複数試料ホルダは96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである、請求項30に記載のキット。
- 前記化合物は、前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の個々の化合物として分配される、請求項30に記載のキット。
- 前記化合物は、前記少なくとも1つの複数試料ホルダの各試料中の1を超える化合物として分配される、請求項30に記載のライブラリ。
- 請求項1に記載の式(I)により表される大環状化合物、またはその塩。
- 構造1401−3813およびその薬学的に許容される塩からなる群より選択される、請求項34に記載の大環状化合物。
- 構造3816−3975およびその薬学的に許容される塩からなる群より選択される、請求項34に記載の大環状化合物。
- 生物学的標的を調節する化合物の同定のための、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項34、35または36に記載の少なくとも1つの化合物の使用。
- 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項37に記載の使用。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項37または38に記載の使用。
- 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項37、38または39に記載の使用。
- 生物学的標的を調節する化合物の同定において使用するための、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項41に記載のライブラリ。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項41または42に記載のライブラリ。
- 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項41、42または43に記載のライブラリ。
- 生物学的標的を調節する化合物の同定において使用するための、請求項34、35または36に記載の化合物。
- 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項45に記載の化合物。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項45または46に記載の化合物。
- 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項45、46または47に記載の化合物。
- 生物学的標的を調節する化合物(複数可)の同定を得るために、請求項1〜29のいずれか一項に記載の前記ライブラリの前記化合物、あるいは請求項34、35または36に記載の前記化合物を生物学的標的と接触させることを含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリまたは請求項34、35または36に記載の化合物を使用する方法。
- 前記同定はハイスループット様式で実施される、請求項49に記載の方法。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項49または50に記載の方法。
- 前記調節は受容体活性化作用、拮抗作用、活性化、阻害または受容体逆活性化作用である、請求項49、50または51に記載の方法。
- エクスビボで実施される、請求項49〜52のいずれか一項に記載の方法。
- インビトロで実施される、請求項49〜52のいずれか一項に記載の方法。
- 前記個々の多官能性、保護ビルディングブロックの合成;
ビルディングブロック側鎖上での反応を含む、反応性官能基の選択的脱保護、続いて付着のサイクルを有する逐次様式での、3〜8つのビルディングブロックからの構築;
前記構築されたビルディングブロック構造の2つの反応性官能基の選択的脱保護、続いて環化;
前記環化生成物からの残りの全ての保護基の除去;ならびに
任意で、精製
を含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載のライブラリを調製するプロセス。 - 前記最終大環状分子化合物の、スクリーニングに好適なフォーマット中への分配をさらに含む、請求項55に記載のプロセス。
- 前記ビルディングブロックの前記構築は固相上で実施される、請求項55または56に記載のプロセス。
- 各個々のビルディングブロックの前記付着は、アミド結合形成、還元的アミノ化、光延反応およびその変形、ならびに求核置換から独立して選択される反応を用いて実施される、請求項55、56または57に記載のプロセス。
- 式(II)の化合物およびそれらの塩から選択される少なくとも2つの大環状化合物を含むライブラリ:
X21はN、OおよびNR49からなる群より選択され、ここでR49は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X21がNR49である場合、X21はまた、G中に存在すればR42と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ、X21がNである場合、X21は、Gと一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成し;
X22はOおよびNR50からなる群より選択され、ここでR50は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X22がG中のカルボニル基に結合されていない場合、X22はまた、S(O)q21から選択することができ、ここでq21は0−2であり、R50はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ;
X23はOおよびNR51からなる群より選択され、ここでR51は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され、X23がK中のカルボニル基に結合されていない場合、X23はまた、S(O)q22から選択することができ、ここでq22は0−2であり、R51はまた、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、アミジノ、カルボキシアルキル、カルボキシアリールおよびスルホンアミドからなる群より選択することができ、X23がNR51である場合、X23はまた、R41と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;
Aは、X21がOまたはNR49である場合、下記からなる群より選択され:
(X21)−(CH2)n21a−(X22)、(X21)−(CH2)n21b−X24−(CH2)n21c−(X22)、
X24はO、CH=CH、S(O)q23およびNR52からなる群より選択され、ここで、q23は0−2であり、R52は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X25a、X25b、X25c、X26a、X26bおよびX26cはCH2、OおよびNR53からなる群より独立して選択され、ここでR53は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
Z41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52は、N、N+−O−およびCR54からなる群より独立して選択され、ここでR54は水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、C4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z41、Z42、Z43およびZ44の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z45、Z46、Z47およびZ48の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ49、Z50、Z51およびZ52の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X21)および(X22)は、それぞれ、式(II)のX21およびX22への結合部位を示し;
Kは、X22がOまたはNR50である場合、下記からなる群より選択され:
(X22)−(CH2)n26−(X23)、(X22)−(CH2)n27a−X27−(CH2)n27b−(X23)、
X27はO、CH=CH、S(O)q24およびNR55からなる群より選択され、ここでq24は0−2であり、R55は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;
X28a、X28b、X28c、X30a、X30b、X30c、X31a、X31b、X31c、X33a、X33bおよびX33cはCH2、OおよびNR56からなる群より独立して選択され、ここでR56は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X29a、X29bおよびX29cはOおよびNR57からなる群より独立して選択され、R57は水素、C1−C4アルキル、ホルミル、アシルおよびスルホニルからなる群より選択され;
X32a、X32bおよびX32cはO、S(O)q25、NR58およびCR59R60からなる群より独立して選択され、ここでq25は0−2であり、R58は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;R59は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、メルカプト、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、グアニジノ、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C6アルキルからなる群より選択され;ならびにR60は水素およびC1−C6アルキルからなる群より選択され;あるいはR59およびR60は、それらに結合された炭素と一緒に任意で置換された3、4、5、6または7員環を形成し;
Z53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はN、N+−O−およびCR61からなる群より独立して選択され、R61は、水素、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、アミド、アミジノ、グアニジノ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、カルボキシ、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、トリフルオロメチル、C1−C6アルキル、C3−C7シクロアルキル、C2−C10複素環、C6−C12アリール、C4−C10ヘテロアリールからなる群より選択され、Z53、Z54、Z55およびZ56の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z57、Z58、Z59およびZ60の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z61、Z62、Z63およびZ64の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z65、Z66、Z67およびZ68の群において、その群内の3つ以下がNであり;Z69、Z70、Z71およびZ72の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびにZ73、Z74、Z75およびZ76の群において、その群内の3つ以下がNであり;ならびに
(X22)および(X23)は、それぞれ、式(II)のX22およびX23への結合部位を示し;
R41、R42、R43、R44、R46およびR47は下記からなる群より独立して選択され:
W11は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、アミノアシル、アミド、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W12は、水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、アミノアシルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W13およびW18は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリールおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より独立して選択され;
W14は水素、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシおよびメチルからなる群より選択され;
W15は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、ホルミル、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミド、アミジノ、スルホニル、スルホンアミドおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
W16は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、アシル、カルボキシアルキル、カルボキシアリール、アミドおよびスルホニルからなる群より選択され;ならびに
W17は水素、C1−C20アルキル、C3−C15シクロアルキル、C2−C14複素環、C6−C15アリール、C4−C14ヘテロアリール、スルホニルおよびC3−C15シクロアルキル、C6−C15アリールまたはC4−C14ヘテロアリールで置換されたC1−C8アルキルからなる群より選択され;
R41はまた、X23がNR51である場合、NR51と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
R42はまた、X21がNR49である場合、NR49と一緒に任意で置換された4、5、6または7員環を形成することができ;ならびに
R45a、R45b、R48aおよびR48bは水素、フッ素、C1−C10アルキル、C6−C12アリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アリールオキシおよびアミノからなる群より独立して選択される。 - Z41、Z42、Z42、Z44、Z45、Z46、Z47、Z48、Z49、Z50、Z51およびZ52はCR54であり、R54は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項59に記載のライブラリ。
- Z53、Z54、Z55、Z56、Z57、Z58、Z59、Z60、Z61、Z62、Z63、Z64、Z65、Z66、Z67、Z68、Z69、Z70、Z71、Z72、Z73、Z74、Z75およびZ76はCR61であり、R61は水素およびハロゲンからなる群より選択される、請求項59に記載のライブラリ。
- Χ21、X22およびX23は、NHおよびNCH3からなる群より独立して選択される、請求項59に記載のライブラリ。
- 構造3976−4121を有するものから選択される大環状化合物を含む、請求項59〜66のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 少なくとも1つの複数試料ホルダ中に配列される、請求項59〜66のいずれか一項に記載のライブラリ。
- 請求項59〜66のいずれか一項に記載のライブラリ;ならびに
少なくとも1つの複数試料ホルダ
を含む、キット。 - 前記少なくとも1つの複数試料ホルダは96、384、1536、3456、6144または9600ウェルを含むマイクロタイタープレートまたは小型チップである、請求項69に記載のキット。
- 請求項59に記載の式(II)により表される大環状化合物、またはその塩。
- 構造3976−4121およびその薬学的に許容される塩からなる群より選択される、請求項71に記載の大環状化合物。
- 生物学的標的を調節する化合物の同定のための、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項71または72に記載の少なくとも1つの化合物の使用。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項73に記載の使用。
- 生物学的標的を調節する化合物の同定において使用するための、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項71または72に記載の少なくとも1つの化合物。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項75に記載のライブラリ。
- 生物学的標的を調節する化合物の同定を得るために、請求項59〜68のいずれか一項に記載の前記ライブラリの前記化合物、あるいは請求項71または72に記載の前記少なくとも1つの化合物を、生物学的標的と接触させることを含む、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリあるいは請求項71または72に記載の少なくとも1つの化合物を使用する方法。
- 前記生物学的標的は酵素、Gタンパク質共役受容体、核内受容体、イオンチャネル、トランスポーター、転写因子、タンパク質−タンパク質相互作用または核酸−タンパク質相互作用である、請求項77に記載の方法。
- 個々の多官能性、保護ビルディングブロックの合成;
反応性官能基の選択的脱保護、続いて付着のサイクルを有する逐次様式での、3〜6個のビルディングブロックの構築;
前記構築されたビルディングブロック構造の2つの反応性官能基の選択的脱保護、続いて環化;
前記環化生成物からの残りの全ての保護基の除去;ならびに
任意で、精製
を含む、請求項59〜68のいずれか一項に記載のライブラリを調製するプロセス。 - 最終大環状分子化合物の、スクリーニングに好適なフォーマット中への分配をさらに含む、請求項79に記載のプロセス。
- 前記ビルディングブロックの前記構築は固相上で実施される、請求項79または80に記載のプロセス。
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