JP2019514387A5

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Publication number: JP2019514387A5
Application number: JP2018556973A
Authority: JP
Filing date: 2017-04-29
Publication date: 2020-06-18

Claims

妊娠した対象からの試料中の胎児特異的核酸の量を評価する方法であって、試料が胎児特異的核酸および対象核酸を含み、方法が：
複数の一塩基バリアント（ＳＮＶ）標的のそれぞれについて、試料またはその一部に対して、少なくとも２つのプライマー対を用いたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイを実施すること、ここで各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および、
ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイからの結果を得るかまたは提供して、試料中の胎児特異的核酸の量を決定すること、
を含み、
任意に、方法がさらに、試料中の胎児特異的核酸の量を、結果に基づいて決定することを含む、または、結果が、試料中の胎児特異的核酸の量を含む、
前記方法。
妊娠した対象からの試料中の胎児特異的核酸の量を評価する方法であって、試料が胎児特異的核酸および対象核酸を含み、方法が：
複数の一塩基バリアント（ＳＮＶ）標的のそれぞれについて、試料またはその一部に対して実施した、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイからの結果を得ること、ここで少なくとも２つのプライマー対を用い、各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および、
胎児特異的核酸の量を、結果に基づいて評価すること、
を含み、
任意に、試料中の胎児特異的核酸の量が、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの結果に基づく、
前記方法。
少なくとも２つのプライマー対のもう１つのプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および／または
量が、全核酸に対する胎児特異的核酸の比率またはパーセンテージである、
請求項１または２に記載の方法。
結果が、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果であり、
任意に、量が、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果に基づいている、および／または、方法がさらに、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果を選択することを含む、任意に、選択された情報提供的結果が平均化されている、および／または、ＰＣＲ定量アッセイなどの増幅に基づく定量アッセイの情報提供的結果が、胎児特異的核酸および／または対象核酸の遺伝子型（または親の遺伝子型）に基づいて選択される、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
方法がさらに、
（ｉ）胎児特異的核酸および／または対象核酸の遺伝子型（または親の遺伝子型）を得ること；
（ｉｉ）複数のＳＮＶ標的を得ること；および／または
（ｉｉｉ）複数のＳＮＶ標的のそれぞれについて少なくとも２つのプライマー対を得ること
を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
複数のＳＮＶ標的が、少なくとも１８、２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９、７２、７５、７８、８１、８４、８７、９０、９３または９６のＳＮＶ標的である、任意に、複数のＳＮＶ標的が、１００、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１または９０未満のＳＮＶ標的である、または、複数のＳＮＶ標的が、７５未満のＳＮＶ標的である、または、
複数のＳＮＶ標的が情報提供的標的であり、複数のＳＮＶの情報提供的標的が、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１または３２のＳＮＶの情報提供的標的である、任意に、複数のＳＮＶの情報提供的標的が、３４、３３、３２、３１または３０未満のＳＮＶの情報提供的標的である、または、複数のＳＮＶの情報提供的標的が、２５未満のＳＮＶの情報提供的標的である、
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
試料中の胎児特異的核酸の量が１０％未満である、任意に、試料中の胎児特異的核酸の量が５％未満である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
親の遺伝子型が知られていないかまたは得られていない場合、方法がさらに、親の遺伝子型の予測に基づいて、結果を評価することを含み、任意に、評価が、期待値最大化アルゴリズムを用いて実施される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
胎児特異的核酸が、胎児特異的無細胞ＤＮＡであり、任意に、量を使用して、胎児へのリスクを決定する、および任意に、胎児へのリスクが、本明細書で提供されるいずれか１つの状態のリスクである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
複数のＰＣＲ定量アッセイが、リアルタイムＰＣＲアッセイまたはデジタルＰＣＲアッセイである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
方法がさらに、
（ｉ）対象に対する処置を、胎児特異的核酸の量に基づき選択すること；
（ｉｉ）胎児特異的核酸の量に基づき対象を処置すること；
（ｉｉｉ）胎児特異的核酸の量に基づき、対象への処置に関する情報を提供すること；
（ｉｖ）対象における胎児特異的核酸の量を、経時的にモニタリングすることまたはモニタリングを示唆すること；
（ｖ）対象における胎児特異的核酸の量を、その後の時点で評価すること；
（ｖｉ）対象に投与する処置の効果を、胎児特異的核酸の量に基づき評価すること；
（ｖｉｉ）試料またはその一部を提供するまたは取得すること；
（ｖｉｉｉ）核酸を試料から抽出すること；および／または
（ｉｘ）ＳＮＶ標的に対するプライマーを使用する増幅前ステップ
を含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
試料が、少なくとも妊娠１０週齢の対象からのものであり、任意に、１０％未満の胎児特異的核酸の量が、胎児苦痛を示す、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
試料が、血液、血漿または血清を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
組成物またはキットであって、
少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについてプライマー対を含み、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅する、
任意に、前記組成物またはキットは、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについて別のプライマー対をさらに含み、別のプライマー対は、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および／または、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的は、少なくとも７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１または３２のＳＮＶの情報提供的標的である、任意に、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的は、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６または２５未満のＳＮＶの情報提供的標的である、
前記組成物またはキット。
少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項１４に記載の組成物またはキット。
組成物またはキットであって、
少なくとも１８のＳＮＶ標的のそれぞれについてプライマー対を含み、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅する、
任意に、少なくとも１８のＳＮＶ標的のそれぞれについて別のプライマー対をさらに含み、ここで別のプライマー対が、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および／または、少なくとも１８のＳＮＶ標的が、少なくとも２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９、７１、７５、８０、８５、９０または９５のＳＮＶ標的である、任意に、少なくとも１８のＳＮＶ標的が、１００、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１または９０未満のＳＮＶ標的である、または、少なくとも１８のＳＮＶ標的が７５未満のＳＮＶ標的である、
前記組成物またはキット。
少なくとも１８のＳＮＶ標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項１６に記載の組成物またはキット。
（ｉ）緩衝剤
（ｉｉ）ポリメラーゼ
（ｉｉｉ）プローブ、任意に、蛍光プローブ、
（ｉｖ）使用説明書、任意に、使用説明書が、試料中の非天然核酸の量を決定するまたは評価するための説明書である、
をさらに含む、請求項１４〜１７のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法で使用するための、または、本明細書で提供される方法のいずれか１つで使用するための、請求項１４〜１８のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
方法であって、
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法に基づいて胎児特異的核酸の量を得ること、および
対象または胎児におけるリスクを、量に基づいて評価すること、
任意に、処置または処置もしくは無処置に関する情報が、評価されたリスクに基づいて対象について選択されるかまたは対象に提供される；および／または、方法がさらに、対象における胎児特異的核酸の量を経時的にモニタリングすること、またはモニタリングを示唆することを含み、任意に、対象が、妊娠期間１０週以降の間の１以上の時点でモニタリングされる、
前記方法。