JP2019534017A5

JP2019534017A5 -

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Publication number: JP2019534017A5
Application number: JP2019523633A
Authority: JP
Filing date: 2017-11-02
Publication date: 2020-12-17

Claims

対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、該試料は、非天然核酸および天然核酸を含み、該方法は、
ミスマッチ増幅に基づく定量アッセイから結果を得ること、および
該結果に基づいて試料中の非天然核酸の量を決定することを含み、ここで、決定することは、該結果を平均して該量を決定することを含み、および平均することは、中央値を採ることである、前記方法。
決定することが、または方法がさらに、ロバストな標準偏差および／またはロバストな変動係数を使用し、結果を分析することを含み、
任意にここで、決定することが、または方法がさらに、不一致な値を使用し、結果を分析することを含む、請求項１に記載の方法。
対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、該試料は、非天然核酸および天然核酸を含み、該方法は、
ミスマッチ増幅に基づく定量アッセイから結果を得ること、および
該結果に基づいて試料中の非天然核酸の量を決定することを含み、ここで、決定することは、ロバストな標準偏差および／またはロバストな変動係数を使用し、該結果を分析することを含み、任意にここで、決定することが、または方法がさらに、不一致な値を使用し、結果を分析することを含む、前記方法。
対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、該試料は、非天然核酸および天然核酸を含み、該方法は、
ミスマッチ増幅に基づく定量アッセイから結果を得ること、および
該結果に基づいて試料中の非天然核酸の量を決定することを含み、ここで、決定することは、不一致な値を使用し、該結果を分析することを含む、前記方法。
量が、レポートにおいて提供される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
対象からの１つ以上の試料中の非天然核酸の１つ以上の量に基づいて対象におけるリスクを評価する方法であって、該試料（単数または複数）は、非天然核酸および天然核酸を含み、該方法は、
対象からの１つ以上の試料中の非天然核酸の１つ以上の量を得ること、ここで、該量は、１つ以上のミスマッチ増幅に基づく定量アッセイの結果から決定される、および
非天然核酸の量（単数または複数）に基づいてリスクを評価することを含み、任意にここで、量（単数または複数）が、レポートから得られる、前記方法。
量（単数または複数）が、天然核酸または全核酸に対する非天然核酸の比または百分率であり、任意にここで、天然核酸または全核酸の量もまた決定される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
各々のミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイが、
複数の一塩基バリアント（ＳＮＶ）の標的の各々について、少なくとも２つのプライマー対で試料の核酸またはその一部の増幅を実施すること、ここで、各々のプライマー対は、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、ここで、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいて、ＳＮＶ標的の１つのアレルと比較して、３’末端から２番目であるミスマッチを含むが、ＳＮＶ標的の別のアレルと比較して、３’の２重ミスマッチを含み、およびＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、および少なくとも２つのプライマー対の別のものは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および
増幅から結果を得ることまたは提供することを含み、任意にここで、少なくとも２つのプライマー対の別のプライマー対が、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルと比較して３’末端から２番目であるミスマッチも含むが、ＳＮＶ標的の１つのアレルと比較して３’二重ミスマッチも含み、およびＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）結果が、増幅の情報提供的な結果である；
（ｉｉ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、増幅アッセイの情報提供的な結果を選択すること含む；
（ｉｉｉ）増幅の情報提供的な結果が、非天然核酸および／または天然核酸の遺伝子型に基づいて選択される；
（ｉｖ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、非天然核酸および／または天然核酸の遺伝子型を得ることを含む；
（ｖ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、複数のＳＮＶ標的を得ることを含む；
（ｖｉ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、複数のＳＮＶ標的の各々について少なくとも２つのプライマー対を得ることを含む；および／または
（ｖｉｉ）複数のＳＮＶ標的が、少なくとも９０のＳＮＶ標的であり、任意にここで、複数のＳＮＶ標的が、少なくとも９５のＳＮＶ標的である、および／または、複数のＳＮＶ標的が、１０５未満のＳＮＶ標的であるか、または１００未満のＳＮＶ標的である、
請求項８に記載の方法。
非天然核酸の遺伝子型が、未知または得られないとき、ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、
可能性の高い非天然遺伝子型の予測に基づき結果を評価することを含み、任意にここで、評価することが、期待値最大化アルゴリズムによって実施される、請求項８または９に記載の方法。
ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、天然遺伝子型、および可能性の高い非天然遺伝子型の予測に基づく情報提供的な結果を選択することを含み、任意にここで、期待値最大化が、可能性の高い非天然遺伝子型を予測するために使用される、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、天然核酸の遺伝子型を得ることを含む；
（ｉｉ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、複数のＳＮＶ標的を得ることを含む；
（ｉｉｉ）ミスマッチ増幅に基づく定量的アッセイがさらに、複数のＳＮＶ標的の各々について、少なくとも２つのプライマー対を得ることを含む；および／または
（ｉｖ）最大尤度が、非天然核酸の量を決定するために使用される、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）試料（単数または複数）が、無細胞ＤＮＡ試料を含み、および、量が、非天然無細胞ＤＮＡの量である；
（ｉｉ）対象が、移植レシピエントであり、および、非天然核酸の量が、ドナー特異的無細胞ＤＮＡの量であり、任意にここで、移植レシピエントが、心臓移植レシピエントである、および／または、任意にここで、移植レシピエントが、小児移植レシピエントである、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
増幅が、リアルタイムＰＣＲまたはデジタルＰＣＲなどの定量的ＰＣＲによるものである、請求項８〜１３のいずれか一項に記載の方法。
量（単数または複数）に基づいてリスクを決定することをさらに含む、請求項１〜５および７〜１４のいずれか一項に記載の方法。
リスクが、移植に関連するリスクであり、任意にここで、移植が、心臓移植である、および／または任意にここで、移植が、小児移植である、請求項６または１５に記載の方法。
方法がさらに、または評価することが、以下：
（ｉ）非天然核酸の量（単数または複数）に基づき、対象の処置を選択すること；
（ｉｉ）非天然核酸の量（単数または複数）に基づいて、対象を処置すること；
（ｉｉｉ）非天然核酸の量（単数または複数）に基づいて、対象への処置について情報を提供すること；
（ｉｖ）対象において経時的に非天然核酸の量（単数または複数）のモニタリングをすること、または、該モニタリングを提案すること；
（ｖ）後続の時点での対象における非天然核酸の量（単数または複数）を得ること；および／または
（ｖｉ）非天然核酸の量（単数または複数）に基づき、対象に投与された処置の効果を評価することを含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
処置が、抗拒絶反応療法または抗感染症療法である、請求項１７に記載の方法。
（ｉ）方法が、試料（単数または複数）またはその一部を提供すること、または得ることをさらに含む；
（ｉｉ）方法が、試料（単数または複数）から核酸を抽出することをさらに含む；
（ｉｉｉ）試料（単数または複数）が、血液、血漿または血清を含む；
（ｉｖ）試料（単数または複数）が、心臓移植などの移植から１０日以内の対象からのものである；
（ｖ）試料（単数または複数）が、心臓移植などの移植から２４時間以内の対象からのものである；および／または
（ｖｉ）試料（単数または複数）が、心臓移植などにおけるクロスクランプ除去から２４時間以内の対象からのものである、
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。