JP2019518438A5

JP2019518438A5 -

Info

Publication number: JP2019518438A5
Application number: JP2018556983A
Authority: JP
Filing date: 2017-04-29
Publication date: 2020-06-18

Claims

対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、試料が非天然核酸および天然核酸を含み、方法が：
少なくとも６つの一塩基バリアント（ＳＮＶ）の情報提供的標的のそれぞれについて、試料またはその一部に対して、少なくとも２つのプライマー対を用いた増幅に基づく定量アッセイを実施すること、ここで各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および、
増幅に基づく定量アッセイからの結果を得るかまたは提供して、試料中の非天然核酸の量を決定すること、
を含み、
任意に、結果が、試料中の非天然核酸の量を含む、または、方法がさらに、試料中の非天然核酸の量を、結果に基づいて決定することを含む、前記方法。
対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、試料が非天然核酸および天然核酸を含み、方法が：
試料またはその一部に対して実施した、増幅に基づく定量アッセイからの結果を得ること、ここでアッセイは、少なくとも６つの一塩基バリアント（ＳＮＶ）の情報提供的標的の増幅を含み、情報提供的標的のそれぞれについて少なくとも２つのプライマー対を用い、各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’ 末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および、
非天然核酸の量を、結果に基づいて評価すること、
を含み、
任意に、試料中の非天然核酸の量が、増幅に基づく定量アッセイの結果に基づく、前記方法。
方法がさらに、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的を決定することを含む、および／または、方法がさらに、ＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについて少なくとも２つのプライマー対を得ることを含む、請求項１または２に記載の方法。
少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的が、少なくとも７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１または３２のＳＮＶの情報提供的標的である、
任意に、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的が、３５、３４、３３、３２、３１または３０未満のＳＮＶの情報提供的標的である、または、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的が、２５未満のＳＮＶの情報提供的標的である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、試料が非天然核酸および天然核酸を含み、方法が：
少なくとも１８の一塩基バリアント（ＳＮＶ）標的のそれぞれについて、試料またはその一部に対して、少なくとも２つのプライマー対を用いた増幅に基づく定量アッセイを実施すること、ここで各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および、
増幅に基づく定量アッセイからの結果を得るかまたは提供して、試料中の非天然核酸の量を決定すること、
を含み、
任意に、方法がさらに、試料中の非天然核酸の量を、結果に基づいて決定することを含む、および／または、結果が、試料中の非天然核酸の量を含む、前記方法。
対象からの試料中の非天然核酸の量を評価する方法であって、試料が非天然核酸および天然核酸を含み、方法が：
試料またはその一部に対して実施した、増幅に基づく定量アッセイからの結果を得ること、ここでアッセイは、少なくとも１８の一塩基バリアント（ＳＮＶ）標的の増幅を含み、標的のそれぞれについて少なくとも２つのプライマー対を用い、各プライマー対はフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、少なくとも２つのプライマー対の１つは、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマー対のもう１つは、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および、
非天然核酸の量を、結果に基づいて評価すること、
を含み、
任意に、試料中の非天然核酸の量が、増幅に基づく定量アッセイの結果に基づく、前記方法。
方法がさらに、（ｉ）少なくとも１８のＳＮＶ標的を決定すること、または、（ｉｉ）ＳＮＶ標的のそれぞれについて少なくとも２つのプライマー対を得ることを含み、
任意に、少なくとも１８のＳＮＶ標的が、少なくとも２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９、７１、７５、７８、８１、８４、８７、９０、９３または９６のＳＮＶ標的である、または、少なくとも１８のＳＮＶ標的が、１００、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８５または８０未満のＳＮＶ標的である、任意に、少なくとも１８のＳＮＶ標的が７５未満のＳＮＶ標的である、請求項５または６に記載の方法。
少なくとも２つのプライマー対のもう１つのプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（ｉ）量が、試料中の非天然核酸の絶対値である、または、（ｉｉ）量が、試料中の非天然核酸の相対値である、任意に、量が、天然核酸または全核酸に対する非天然核酸の比率またはパーセンテージである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
方法がさらに、非天然核酸および／または天然核酸の遺伝子型を得ることを含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
試料中の非天然核酸の量が、少なくとも１％または少なくとも１．３％または少なくとも１．５％または少なくとも２％である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
非天然核酸の遺伝子型が知られていないかまたは得られていない場合、方法がさらに
非天然の遺伝子型を予測すること、または、非天然の遺伝子型の予測に基づいて、結果を評価すること、
を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
試料が無細胞ＤＮＡ試料を含み、量が非天然無細胞ＤＮＡの量である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
対象が、（ｉ）移植レシピエント、任意に、非天然核酸の量がドナー特異的無細胞ＤＮＡの量である、または、（ｉｉ）妊娠した対象であり、非天然核酸の量が胎児特異的無細胞ＤＮＡの量である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
増幅に基づく定量アッセイが、リアルタイムＰＣＲアッセイまたはデジタルＰＣＲアッセイなどの定量的ＰＣＲアッセイである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
方法がさらに、（ｉ）対象におけるリスクを、試料中の非天然核酸の量に基づいて決定すること、（ｉｉ）対象に対する処置を、非天然核酸の量に基づき選択すること、（ｉｉｉ）非天然核酸の量に基づき対象を処置すること、（ｉｖ）非天然核酸の量に基づき、対象への処置に関する情報を提供すること、または、無処置を示唆すること、（ｖ）対象における非天然核酸の量を、経時的にモニタリングすることまたはモニタリングを示唆すること、（ｖｉ）対象における非天然核酸の量を、その後の時点で評価すること、（ｖｉｉ）対象に投与する処置の効果を、非天然核酸の量に基づき評価すること、（ｖｉｉｉ）試料またはその一部を提供するまたは取得すること、（ｉｘ）核酸を試料から抽出すること、および／または、（ｘ）ＳＮＶ標的に対するプライマーを使用する増幅前ステップを含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
試料が、血液、血漿または血清を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
組成物またはキットであって、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについてプライマー対を含み、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅する、前記組成物またはキット。
少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについて別のプライマー対をさらに含む、請求項１８に記載の組成物またはキットであって、別のプライマー対がＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および／または、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的が、少なくとも７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１または３２のＳＮＶの情報提供的標的である、任意に、少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的が、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６または２５未満のＳＮＶの情報提供的標的である、前記組成物またはキット。
少なくとも６つのＳＮＶの情報提供的標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項１８または１９に記載の組成物またはキット。
組成物またはキットであって、少なくとも１８のＳＮＶ標的のそれぞれについてプライマー対を含み、ここで各プライマー対は、プライマーにおいてＳＮＶ標的の１つのアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の別のアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅する、前記組成物またはキット。
少なくとも１８のＳＮＶ標的のそれぞれについて別のプライマー対をさらに含み、ここで別のプライマー対が、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、および／または、少なくとも１８のＳＮＶ標的が、少なくとも２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７、６０、６３、６６、６９、７１、７５、７８、８１、８４、８７、９０、９３または９６のＳＮＶ標的である、任意に、少なくとも１８のＳＮＶ標的が、１００、９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８５または８０未満のＳＮＶ標的である、または、少なくとも１８のＳＮＶ標的が７５未満のＳＮＶ標的である、請求項２１に記載の組成物またはキット。
少なくとも１８のＳＮＶ標的のそれぞれについて、別のプライマー対もまた、プライマーにおいてＳＮＶ標的の別のアレルに対して３’末端から２番目のミスマッチを、しかしＳＮＶ標的の１つのアレルに対しては３’二重ミスマッチを含み、かつＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、請求項２１または２２に記載の組成物またはキット。
（ｉ）緩衝剤、（ｉｉ）ポリメラーゼ、（ｉｉｉ）プローブ、任意に、蛍光プローブ、および／または、（ｉｖ）使用説明書をさらに含み、任意に、使用説明書が、試料中の非天然核酸の量を決定するまたは評価するための説明書であり、試料が移植レシピエント由来または妊娠した対象由来である、請求項１８〜２３のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法で使用するための、請求項１８〜２４のいずれか一項に記載の組成物またはキット。
方法であって、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法に基づいて非天然核酸の量を得ること、および
対象におけるリスクを、レベルまたは量に基づいて評価すること、
を含む、前記方法。