JP2018531290A6 - 性感染症ワクチン - Google Patents

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Abstract

本開示は、性感染症リボ核酸ワクチン及び混合ワクチン、ならびに、ワクチン及びワクチンを含む組成物の使用方法に関する。本発明は、例えば、性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、少なくとも１つのＳＴＤ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、カチオン性脂質ナノ粒子で製剤化された、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチンを提供する。一実施形態では、前記抗原ポリペプチドは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）及びＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドから選択される。
【選択図】図４

Description

関連出願
本出願は、２０１５年１０月２２日出願の米国仮出願番号６２／２４４，８８４、２０１５年１０月２８日出願の米国仮出願番号６２／２４７，４１８、２０１５年１０月２２日出願の米国仮出願番号６２／２４４，８２２、及び、２０１５年１０月２８日出願の米国仮出願番号６２／２４７，３７４に対する米国特許法１１９（ｅ）条に基づく利益を主張するものであり、それぞれの全体が参照により本明細書に組み込まれる。本出願はまた、２０１５年１０月２２日出願の米国仮出願番号６２／２４５，０３１に対する米国特許法１１９（ｅ）条に基づく利益を主張するものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
性感染症（ＳＴＤ）は、数百万人の男性、女性及び子供に重大な医学的及び心理学的影響を与える、急性疾患、不妊症、長期にわたる障害及び死亡の世界的な主原因である（Ｈａｆｎｅｒ Ｌ．ｅｔ ａｌ．Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００８）１，１１６−１３０）。
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）とは、パピローマウイルスファミリーに由来する１７０種超の小さなＤＮＡウイルス群である。最も一般的な性感染症であり、またほとんどのＨＰＶ感染症が無症状であるその一方で、ＨＰＶは、頸部癌の原因物質であり、世界中の癌罹患女性全体における死亡率の２番目に大きな原因となっている。ＨＰＶ関連癌は世界中の癌診断症例全体の５％超を占めており、その罹患率は発展途上国においてより高く、ＨＰＶ症例は年間約５００，０００件と推定されている。ＨＰＶへの高濃度曝露及び健康への影響により、ＨＰＶに対する安全なワクチン候補の開発が重要となっている。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染症は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）細菌によって引き起こされる。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染症は世界中で最も一般的な性感染症であり、全世界で約２１５百万人が罹患している。米国では、毎年約２．８百万件の新たなＣｈｌａｍｙｄｉａ症例が存在している。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓはまた、失明を招き得る疾患であるＣｈｌａｍｙｄｉａ結膜炎またはトラコーマの原因となる場合がある。世界中で約８０百万人が活動性感染を有しており、ほぼ２．２百万人が視覚障害及び失明となっている。Ｃｈｌａｍｙｄｉａに関連する世界的な健康への影響が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａに対する効果的かつ安全なワクチン候補開発の重要性を例示している。
単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）は、Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅファミリーにおける二本鎖直鎖状ＤＮＡウイルスである。単純ヘルペスウイルスファミリーのうち２つのメンバーはヒトに感染し、ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２として知られている。ＨＳＶ感染の症状としては、口腔の皮膚または粘膜、唇、及び／または、生殖器における疱疹形成が挙げられる。ＨＳＶは、感染個体においてウイルス再活性化による散発性の再発エピソードを引き起こし得る神経浸潤ウイルスである。ＨＳＶは、ウイルスの活性化期間中、皮膚の感染領域と接触することにより伝染する。
デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）ワクチン接種は、ＨＰＶ抗原、ＨＳＶ抗原及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原などの外来抗原に対する体液性及び細胞性の免疫応答を刺激するために使用される一種の技術である。遺伝子操作されたＤＮＡ（例えば、裸のプラスミドＤＮＡ）を生存宿主に直接注射することにより、少数の細胞から抗原を直接産生し、防御性の免疫応答を生じさせる。しかしながら、この技術には、癌遺伝子の活性化または腫瘍抑制遺伝子の阻害をもたらし得る挿入変異誘発の可能性を含めた潜在的な問題がある。
Ｈａｆｎｅｒ Ｌ．ｅｔ ａｌ．Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００８）１，１１６−１３０
本明細書で提供するリボ核酸（ＲＮＡ）ワクチンは、ＲＮＡ（例えば、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ））によって身体の細胞機構を安全に誘導し、天然タンパク質から抗体、さらには細胞内外で治療活性を有することができる他の全く新しいタンパク質構築物まで、ほぼいかなる目的とするタンパク質をも産生できるという知見に基づいている。本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを使用すると、例えば、挿入変異誘発のリスクを冒さずに、細胞性免疫と体液性免疫の両方を含む、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に対するバランスのとれた免疫応答を誘導することができる。本明細書においては、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａのことを「性感染症（ＳＴＤ）」と呼ぶ。それゆえ、用語「ＳＴＤ ＲＮＡワクチン」及び「ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ」は、ＨＰＶ ＲＮＡワクチン、ＨＳＶ ＲＮＡワクチン、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡワクチン、ならびに、少なくとも１つのＨＰＶ ＲＮＡワクチン及び少なくとも１つのＨＳＶ ＲＮＡワクチン、少なくとも１つのＨＰＶ ＲＮＡワクチン及び少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡワクチン、及び、少なくとも１つのＨＰＶ ＲＮＡワクチン、少なくとも１つのＨＳＶ ＲＮＡワクチン及び少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡワクチンを含む混合ワクチンを包含する。
本ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、感染の蔓延、またはアンメットメディカルニーズの程度もしくはレベルに応じて様々な状況で利用することができる。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを利用して、様々な遺伝子型、株、及び分離株のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａを治療及び／または予防することができる。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、市販の抗ウイルス治療薬よりもはるかに高い抗体価を生じさせ、より早く応答を引き起こすという点で優れた特性を有している。理論に束縛されるものではないが、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは天然の細胞機構を取り入れているため、ｍＲＮＡポリヌクレオチドであるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、翻訳時に適切なタンパク質の立体構造を生成するように良好に設計されると考えられる。ｅｘ ｖｉｖｏで製造され、望ましくない細胞応答を誘発する可能性のある従来型ワクチンとは異なり、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、より自然な方法で細胞系に提示される。
驚くべきことに、フラジェリンアジュバントと組み合わせる際に、特に、１つまたは複数の抗原コードｍＲＮＡをフラジェリンコードｍＲＮＡと組み合わせる際に、ｍＲＮＡワクチンの効果が有意に向上し得ることが分かっている。フラジェリンアジュバント（例えば、ｍＲＮＡコードフラジェリンアジュバント）と組み合わせたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、市販のワクチン製剤よりもはるかに高い抗体価を生じさせ、より早く応答を引き起こし得るという点で優れた特性を有している。
本開示におけるいくつかの実施形態は、少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、抗原ポリペプチドに対する免疫応答を誘導可能な免疫原性断片）をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチド、及び、フラジェリンアジュバントをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチド）を含む、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのフラジェリンポリペプチド（例えば、コードされたフラジェリンポリペプチド）はフラジェリンタンパク質である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのフラジェリンポリペプチド（例えば、コードされたフラジェリンポリペプチド）は免疫原性フラジェリン断片である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのフラジェリンポリペプチド及び少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、単一ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドによりコードされる。その他の実施形態では、少なくとも１つのフラジェリンポリペプチド及び少なくとも１つの抗原ポリペプチドはそれぞれ、別のＲＮＡポリヌクレオチドによりコードされる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのフラジェリンポリペプチドは、配列番号：３０１〜３０３の配列を有するフラジェリンポリペプチドに対して、少なくとも８０％の、少なくとも８５％の、少なくとも９０％の、または、少なくとも９５％の同一性を有する。
本明細書におけるいくつかの実施形態では、少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド、または上記抗原ポリペプチドのうち２つまたはそれ以上の任意の組み合わせをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むリボ核酸（ＲＮＡ）（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。本明細書において、用語「抗原ポリペプチド」の使用は、特に明記しない限り、抗原ポリペプチドの免疫原性断片（ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に対する免疫応答を誘導する（または誘導可能な）免疫原性断片）を包含する。
本明細書におけるいくつかの実施形態ではまた、シグナルペプチドに結合した少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＲＮＡポリヌクレオチドを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。
本明細書におけるいくつかの実施形態ではさらに、少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ）を提供する。
本明細書におけるいくつかの実施形態では、またさらに、対象内の免疫応答を誘導するための方法を提供し、その方法は、少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド、または上記抗原ポリペプチドのうち２つまたはそれ以上の任意の組み合わせをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むワクチンを対象に投与することを含む。
ＨＰＶ
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＨＰＶに対する免疫応答を誘導可能な免疫原性断片）をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、Ｌ１及びＬ２から選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６及びＥ７から選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、Ｅ６、Ｅ７、またはＥ６及びＥ７の組み合わせである。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、Ｌ１、Ｌ２、またはＬ１及びＬ２の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドはＬ１である。いくつかの実施形態では、Ｌ１タンパク質は、ＨＰＶ血清型６、１１、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６８、７３または８２から得られる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、Ｌ１、Ｌ２、またはＬ１及びＬ２の組み合わせ、ならびに、Ｅ６、Ｅ７、またはＥ６及びＥ７の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ株ＨＰＶ型１６（ＨＰＶ１６）、ＨＰＶ型１８（ＨＰＶ１８）、ＨＰＶ型２６（ＨＰＶ２６）、ＨＰＶ型３１（ＨＰＶ３１）、ＨＰＶ型３３（ＨＰＶ３３）、ＨＰＶ型３５（ＨＰＶ３５）、ＨＰＶ型４５（ＨＰＶ４５）、ＨＰＶ型５１（ＨＰＶ５１）、ＨＰＶ型５２（ＨＰＶ５２）、ＨＰＶ型５３（ＨＰＶ５３）、ＨＰＶ型５６（ＨＰＶ５６）、ＨＰＶ型５８（ＨＰＶ５８）、ＨＰＶ型５９（ＨＰＶ５９）、ＨＰＶ型６６（ＨＰＶ６６）、ＨＰＶ型６８（ＨＰＶ６８）、ＨＰＶ型８２（ＨＰＶ８２）、またはこれらの組み合わせに由来する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ株ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、またはこれらの組み合わせに由来する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ株ＨＰＶ型６（ＨＰＶ６）、ＨＰＶ型１１（ＨＰＶ１１）、ＨＰＶ型１３（ＨＰＶ１３）、ＨＰＶ型４０（ＨＰＶ４０）、ＨＰＶ型４２（ＨＰＶ４２）、ＨＰＶ型４３（ＨＰＶ４３）、ＨＰＶ型４４（ＨＰＶ４４）、ＨＰＶ型５４（ＨＰＶ５４）、ＨＰＶ型６１（ＨＰＶ６１）、ＨＰＶ型７０（ＨＰＶ７０）、ＨＰＶ型７２（ＨＰＶ７２）、ＨＰＶ型８１（ＨＰＶ８１）、ＨＰＶ型８９（ＨＰＶ８９）、またはこれらの組み合わせに由来する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ株ＨＰＶ型３０（ＨＰＶ３０）、ＨＰＶ型３４（ＨＰＶ３４）、ＨＰＶ型５５（ＨＰＶ５５）、ＨＰＶ型６２（ＨＰＶ６２）、ＨＰＶ型６４（ＨＰＶ６４）、ＨＰＶ型６７（ＨＰＶ６７）、ＨＰＶ型６９（ＨＰＶ６９）、ＨＰＶ型７１（ＨＰＶ７１）、ＨＰＶ型７３（ＨＰＶ７３）、ＨＰＶ型７４（ＨＰＶ７４）、ＨＰＶ型８３（ＨＰＶ８３）、ＨＰＶ型８４（ＨＰＶ８４）、ＨＰＶ型８５（ＨＰＶ８５）、またはこれらの組み合わせに由来する。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＨＰＶから得た少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、６、７または８つの）Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、Ｌ１及びＬ２タンパク質、またはこれらの組み合わせをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＨＰＶから得たＥ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６及びＥ７タンパク質、またはこれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５または６つの）ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＨＰＶから得たＥ６及びＥ７タンパク質、またはこれらの組み合わせから選択される少なくとも１つのポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＨＰＶから得たＬ１及びＬ２タンパク質、またはこれらの組み合わせから選択されるポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、感染細胞を構造的に修飾する抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、ＨＰＶウイルスカプシドの一部または全体を形成する抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、ウイルス様粒子へと自己組織化可能な抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、感染細胞へのＨＰＶの結合に影響を与える抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、網膜芽細胞腫タンパク質（ｐＲｂ）と相互作用する抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、ｐ５３と相互作用する抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜５９のアミノ酸配列（表２）を含む。いくつかの実施形態では、ＨＰＶ抗原ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号：３１〜５９のアミノ酸配列（表２）であるか、配列番号：３１〜５９のアミノ酸配列（表２）の断片であるか、または、配列番号：３１〜５９のアミノ酸配列（表２）に対して少なくとも８０％の（例えば、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の）同一性を有するホモログまたは変異体である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチドは、配列番号：１〜２８（表１）のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＨＰＶ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８（表１）のいずれか１つにより識別される核酸配列、または、配列番号：１〜２８（表１）のいずれか１つにより識別されるヌクレオチド配列の断片によりコードされる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＨＰＶ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、配列番号：４３１〜４６１（表１）のいずれか１つにより識別される核酸配列、または、配列番号：４３１〜４６１（表１）のいずれか１つにより識別されるヌクレオチド配列の断片を含む。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ、例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する免疫応答を誘導可能な免疫原性断片）をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰまたはＯｍｐＡ）またはその免疫原性断片である。ＭＯＭＰは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型（ｓｅｒｏｖａｒ）（血清型（ｓｅｒｏｔｙｐｅ））Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、ＪまたはＫ由来であってもよい。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、毒性関連外膜タンパク質ファミリー（ＯｍｐＡ、ＯｍｐＬ、ＯｍｐＦ、ＯｐｒＦなど）またはその免疫原性断片由来である。ＯＭＰは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓまたは任意のグラム陰性菌（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）由来であってもよい。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜７２または７３〜１８３（表５または表７）のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号：６５〜７２または７３〜１８３のアミノ酸配列（表５または表７）であるか、配列番号：６５〜７２または７３〜１８３のアミノ酸配列（表５または表７）の断片であるか、または、配列番号：６５〜７２または７３〜１８３のアミノ酸配列（表５または表７）に対して少なくとも８０％の（例えば、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の）同一性を有するホモログまたは変異体である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドは、配列番号：６２〜６４または１８４〜２９４（表４または表８）のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、配列番号：３１７〜３１９または３２０〜４３０（表４または表８）のいずれか１つにより識別される核酸配列、または、配列番号：３１７〜３１９または３２０〜４３０（表４または表８）のいずれか１つにより識別されるヌクレオチド配列の断片を含む。
ＨＳＶ
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、少なくとも１つの単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＨＳＶに対する免疫応答を誘導可能な免疫原性断片）をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｅ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｉである。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｅ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｉ、または、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）ＩＣＰ４タンパク質に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を有する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、非グリコーゲン性のポリペプチド、限定するわけではないが例えば、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）ＩＣＰ４タンパク質、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）ＩＣＰ０タンパク質、またはその免疫原性断片である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｅ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｉ、または、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）ＩＣＰ４タンパク質に対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を有する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃ及びＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄの組み合わせ、またはその免疫原性断片である。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、筋肉内注射用に製剤化される。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンのオープンリーディングフレームはコドン最適化されている。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）を含む少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードし、コドン最適化ｍＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、アジュバントをさらに含む。
表３及び表６に、目的の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）アクセッション番号を記載する。語句「表３及び表６のアミノ酸配列」は、表３及び表６に記載した１つまたは複数のＮＣＢＩアクセッション番号により識別されるアミノ酸配列のことを意味すると理解すべきである。表３及び表６のアクセッション番号に包含されるアミノ酸配列のそれぞれ、及びアミノ酸配列のそれぞれに対して９５％超の同一性または９８％超の同一性を有する変異体は、本開示の構築物（ポリヌクレオチド／ポリペプチド）の範囲に含まれる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４または１８４〜２９４（表１、表４及び表８）のいずれか１つにより識別される配列を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して８０％未満の同一性を有する核酸によりコードされる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４または１８４〜２９４（表１、表４及び表８）のいずれか１つにより識別される配列を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して７５％、８５％または９５％未満の同一性を有する核酸によりコードされる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４または１８４〜２９４（表１、表４及び表８）のいずれか１つにより識別される配列を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して５０〜８０％、６０〜８０％、４０〜８０％、３０〜８０％、７０〜８０％、７５〜８０％または７８〜８０％未満の同一性を有する核酸によりコードされる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４または１８４〜２９４（表１、表４及び表８）のいずれか１つにより識別される配列を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して４０〜８５％、５０〜８５％、６０〜８５％、３０〜８５％、７０〜８５％、７５〜８５％または８０〜８５％未満の同一性を有する核酸によりコードされる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４または１８４〜２９４（表１、表４及び表８）のいずれか１つにより識別される配列を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して４０〜９０％、５０〜９０％、６０〜９０％、３０〜９０％、７０〜９０％、７５〜９０％、８０〜９０％または８５〜９０％未満の同一性を有する核酸によりコードされる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して少なくとも８０％（例えば、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％）の同一性を有するが野生型ｍＲＮＡ配列を含まない、少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して９５％、９０％、８５％、８０％または７５％未満の同一性を有する少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）を含み、野生型ｍＲＮＡ配列に対して３０〜８０％、４０〜８０％、５０〜８０％、６０〜８０％、７０〜８０％、７５〜８０％、７８〜８０％、３０〜８５％、４０〜８５％、５０〜８０５％、６０〜８５％、７０〜８５％、７５〜８５％、７８〜８５％、３０〜９０％、４０〜９０％、５０〜９０％、６０〜９０％、７０〜９０％、７５〜９０％、８０〜９０％または８５〜９０％の同一性を有する少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有する少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）に対して９５％〜９９％の同一性を有する少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有し、膜融合活性を有する少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列（表２、表５または表７；表３及び表６のアミノ酸配列もまた参照されたい）に対して９５％〜９９％の同一性を有し、膜融合活性を有する少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、細胞受容体に結合する少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）をコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）をコードする。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、感染細胞へのウイルスの結合に影響を与える少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）をコードする。
本開示におけるいくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）、少なくとも１つの５´末端キャップ及び少なくとも１つの化学修飾をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのリボ核酸（ＲＮＡ）（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含み、脂質ナノ粒子内部に製剤化されたワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、５´末端キャップは７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐである。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの化学修飾は、シュードウリジン、Ｎ１−メチルシュードウリジン、Ｎ１−エチルシュードウリジン、２−チオウリジン、４’−チオウリジン、５−メチルシトシン、５−メチルウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、４−チオ−シュードウリジン、５−アザ−ウリジン、ジヒドロシュードウリジン、５−メトキシウリジン及び２’−Ｏ−メチルウリジンから選択される。いくつかの実施形態では、化学修飾はウラシルの５位にある。いくつかの実施形態では、化学修飾はＮ１−メチルシュードウリジンである。いくつかの実施形態では、化学修飾はＮ１−エチルシュードウリジンである。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、ＰＥＧ修飾脂質、ステロール及び非カチオン性脂質を含む。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質はイオン化カチオン性脂質であり、非カチオン性脂質は中性脂質であり、ステロールはコレステロールである。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、ジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）、（１２Ｚ，１５Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２−ノニルヘンイコサ−１２，１５−ジエン−１−アミン（Ｌ６０８）、及びＮ，Ｎ−ジメチル−１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］ヘプタデカン−８−アミン（Ｌ５３０）からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、脂質は、
である。
いくつかの実施形態では、脂質は、
である。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、以下に記載する式（Ｉ）及び／または式（ＩＩ）の化合物を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、以下に記載する化合物３、１８、２０、２５、２６、２９、３０、６０、１０８〜１１２または１２２を含む。
本開示におけるいくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供し、オープンリーディングフレーム内におけるウラシルの少なくとも８０％（例えば、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％）は化学修飾を有し、任意選択的に、ワクチンは脂質ナノ粒子で製剤化される（例えば、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、ＰＥＧ修飾脂質、ステロール及び非カチオン性脂質を含む）。
いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレーム内におけるウラシルの１００％は、化学修飾を有する。いくつかの実施形態では、化学修飾はウラシルの５位にある。いくつかの実施形態では、化学修飾はＮ１−メチルシュードウリジンである。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレーム内におけるウラシルの１００％は、ウラシルの５位にＮ１−メチルシュードウリジンを有する。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドのオープンリーディングフレームは、少なくとも２つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）をコードする。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレームは、少なくとも５つのまたは少なくとも１０の抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレームは、少なくとも１００の抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレームは、２〜１００の抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも２つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも５つのまたは少なくとも１０のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも１００のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する２〜１００のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）は、シグナルペプチドに融合する。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＨｕＩｇＧｋシグナルペプチド（ＭＥＴＰＡＱＬＬＦＬＬＬＬＷＬＰＤＴＴＧ；配列番号：３０４）、ＩｇＥ重鎖イプシロン−１シグナルペプチド（ＭＤＷＴＷＩＬＦＬＶＡＡＡＴＲＶＨＳ；配列番号：３０５）、日本脳炎ＰＲＭシグナル配列（ＭＬＧＳＮＳＧＱＲＶＶＦＴＩＬＬＬＬＶＡＰＡＹＳ；配列番号：３０６）、ＶＳＶｇタンパク質シグナル配列（ＭＫＣＬＬＹＬＡＦＬＦＩＧＶＮＣＡ；配列番号：３０７）、及び、日本脳炎ＪＥＶシグナル配列（ＭＷＬＶＳＬＡＩＶＴＡＣＡＧＡ；配列番号：３０８）から選択される。
いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドのＮ末端に融合する。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドのＣ末端に融合する。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原ポリペプチド（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）は、変異Ｎ−結合型グリコシル化部位を含む。
本明細書ではさらに、上記段落（例えば、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチド）のいずれか１つに記載の、ナノ粒子（例えば、脂質ナノ粒子）で製剤化されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、５０〜２００ｎｍの平均粒径を有する。いくつかの実施形態では、ナノ粒子は脂質ナノ粒子である。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、ＰＥＧ修飾脂質、ステロール及び非カチオン性脂質を含む。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、約２０〜６０％のカチオン性脂質、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質、２５〜５５％のステロール、及び２５％の非カチオン性脂質のモル比を含む。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質はイオン化カチオン性脂質であり、非カチオン性脂質は中性脂質であり、ステロールはコレステロールである。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、以下に記載する式（Ｉ）及び／または式（ＩＩ）の化合物を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、以下に記載する化合物３、１８、２０、２５、２６、２９、３０、６０、１０８〜１１２及び１２２から選択される化合物を含む脂質ナノ粒子で製剤化される。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、０．４未満（例えば、０．３、０．２または０．１未満）の多分散度の値を有する。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、中性ｐＨ値に正味の中性電荷を有する。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは多価である。
本開示におけるいくつかの実施形態では、本明細書で提供するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンのいずれかを、抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で対象に投与することを含む、対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＨＰＶワクチン、ＨＳＶワクチンまたはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ワクチンである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＨＰＶワクチン、ＨＳＶワクチン及びＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ワクチンの組み合わせを含む混合ワクチンである。
いくつかの実施形態では、抗原特異的免疫応答は、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答を含む。
いくつかの実施形態では、抗原特異的免疫応答を引き起こすための方法は、本開示の単回用量（ブースター用量ではない）のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＨＰＶワクチン、ＨＳＶワクチン及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ワクチンである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、上記ワクチンの任意の２つまたはそれ以上の組み合わせを含む混合ワクチンである。
いくつかの実施形態では、方法は、第２の（ブースター）用量のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを対象に投与することをさらに含む。追加用量のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与してもよい。
いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量のワクチンまたは第２の（ブースター）用量のワクチンの投与後、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％または少なくとも９５％）の抗体陽転率を示す。抗体陽転とは、血中において特定の抗体が発現する及び検出可能となる期間のことである。抗体陽転が起こった後では、抗体の血液検査でウイルスを検出することが可能となる。感染または免疫中、抗原が血中に入ると、免疫系が応答して抗体を産生する。抗体陽転前において、抗原自体は検出可能であってもなくてもよいが、抗体は存在しないと考えられている。抗体陽転中において、抗体は、存在しているがまだ検出可能ではない。抗体陽転後の任意の時点においては、抗体が血中において検出可能となり、感染前または感染中であることを示す。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、皮内注射で、筋肉内注射で、または鼻腔内投与で、対象へと投与される。
本開示におけるいくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で対象に投与することを含む、対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンのいずれかを対象に投与した後に、抗体価（ＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドに結合する抗体の力価）をアッセイすることによって、対象内の抗原特異的免疫応答を測定してもよい。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも１対数だけ増加する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して１〜３対数だけ増加する。
いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも２倍増加する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも５倍増加する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも１０倍増加する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して２〜１０倍増加する。
いくつかの実施形態では、対照は、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与されていない対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である。いくつかの実施形態では、対照は、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチン（例えば、Ｒｅｎ Ｊ．ｅｔ ａｌ．Ｊ ｏｆ Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．２０１５；９６：１５１５−１５２０を参照のこと）を投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価であり、または、対照は、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である。いくつかの実施形態では、対照は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａウイルス様粒子（ＶＬＰ）ワクチン（例えば、Ｃｏｘ ＲＧ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｖｉｒｏｌ．２０１４ Ｊｕｎ；８８（１１）：６３６８−６３７９を参照のこと）を投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である。
本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、有効量（免疫応答を誘導するのに有効な量）で対象に投与される。いくつかの実施形態では、有効量は、標準治療用量の組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンの少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも１０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍少ない用量に相当する用量であり、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、標準治療用量の、組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、精製ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、弱毒生ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチン、不活化ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチン、または、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ ＶＬＰワクチンを投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である。いくつかの実施形態では、有効量は、標準治療用量の組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンの２〜１０００倍少ない用量に相当する用量であり、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、標準治療用量の、組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、精製ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、弱毒生ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチン、不活化ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチン、または、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ ＶＬＰワクチンを投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である。
いくつかの実施形態では、対照は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａの構造タンパク質を含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で製剤化される。
いくつかの実施形態では、有効量は、２５μｇ〜１０００μｇまたは５０μｇ〜１０００μｇの総用量である。いくつかの実施形態では、有効量は、１００μｇの総用量である。いくつかの実施形態では、有効量は、対象に合計２回で投与される２５μｇの用量である。いくつかの実施形態では、有効量は、対象に合計２回で投与される１００μｇの用量である。いくつかの実施形態では、有効量は、対象に合計２回で投与される４００μｇの用量である。いくつかの実施形態では、有効量は、対象に合計２回で投与される５００μｇの用量である。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの効果（または有効性）は６０％超である。いくつかの実施形態では、ワクチンのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドである。
標準的な解析法を用いてワクチン効果を評価してもよい（例えば、Ｗｅｉｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．２０１０ Ｊｕｎ １；２０１（１１）：１６０７−１０を参照のこと）。例えば、二重盲検無作為臨床比較試験でワクチン効果を評価してもよい。以下の式を用いて、ワクチン効果を、ワクチン非接種（ＡＲＵ）研究コホートとワクチン接種（ＡＲＶ）研究コホートとの間の疾患発病率（ＡＲ）の減少比率として表してもよく、ワクチン接種群における疾患の相対リスク（ＲＲ）から計算することができる。
効果 ＝ （ＡＲＵ−ＡＲＶ）／ＡＲＵ ｘ １００、及び
効果 ＝ （１−ＲＲ） ｘ １００
同様に、標準的な解析法を用いてワクチン有効性を評価してもよい（例えば、Ｗｅｉｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．２０１０ Ｊｕｎ １；２０１（１１）：１６０７−１０を参照のこと）。ワクチン有効性とは、ワクチン（高いワクチン効果を有することが既に判明していてもよい）が集団内における疾患をどの程度抑制するかを評価することである。この指標を用いて、ワクチン自体だけでなく、ワクチン接種プログラムにおける効果と副作用との正味のバランスを評価することができる（コントロールされた臨床試験においてではなく自然条件下で）。ワクチン有効性は、ワクチン効果（力価）に比例するが、集団内における標的群がいかに良好に免疫されるかに加え、入院期間、通院回数または費用という「実際の」結果に影響するその他非ワクチン関連因子にもまた影響を受ける。例えば、感染症例及び適切な対照の集合におけるワクチン接種比率を比較する後ろ向き症例対照解析を用いてもよい。ワクチン接種にも関わらず感染を発症するオッズ比（ＯＲ）を用いて、ワクチン有効性を比率差として表してもよい。
有効性 ＝ （１−ＯＲ） ｘ １００
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの効果（または有効性）は、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％または少なくとも９０％である。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、対象をＨＰＶ、ＨＳＶ抗原ポリペプチド及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に対して最大２年間免疫する。いくつかの実施形態では、ワクチンは、対象をＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に対して２年間超、３年間超、４年間超または５〜１０年間免疫する。
いくつかの実施形態では、対象は、約５歳またはそれより若い。例えば、対象は、約１年〜約５年の年齢（例えば、約１、２、３、５または５年）、または、約６ヶ月〜約１年の年齢（例えば、約６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月）であってもよい。いくつかの実施形態では、対象は、約１２ヶ月またはそれより若い（例えば、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２ヶ月または１ヶ月）。いくつかの実施形態では、対象は、約６ヶ月またはそれより若い。
いくつかの実施形態では、対象は、満期（例えば、約３７〜４２週間）で生まれた。いくつかの実施形態では、対象は、早産で、例えば、妊娠約３６週またはそれより早期（例えば、約３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６または２５週）に生まれた。例えば、対象は、妊娠約３２週またはそれより早期に生まれてもよい。いくつかの実施形態では、対象は、妊娠約３２週〜約３６週に早産で生まれた。このような対象に対しては、生後しばらくしてから、例えば、約６ヶ月〜約５年の年齢またはそれより歳をとってから、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与してもよい。
いくつかの実施形態では、対象は、約２０歳〜約５０歳（例えば、約２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０歳）の年齢の若年成人である。
いくつかの実施形態では、対象は、約６０歳、約７０歳またはそれより歳をとった（例えば、約６０、６５、７０、７５、８０、８５または９０歳）高齢の対象である。
いくつかの実施形態では、対象は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に曝されており、対象は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に感染しており、または、対象は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）に感染するリスクがある。
いくつかの実施形態では、対象は免疫不全状態である（免疫系に障害がある、例えば、免疫異常または自己免疫異常を有する）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸ワクチンは化学修飾される。その他の実施形態では、核酸ワクチンは非修飾である。
さらなるその他の態様では、第１の呼吸器ウイルス抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを対象に投与することを含む、対象にワクチン接種を行うための組成物及び方法を提供し、ＲＮＡポリヌクレオチドは安定化要素を含まず、アジュバントはワクチンと合剤とされないかまたは共投与されない。
本発明のその他の態様は、第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを対象に投与することを含む、対象にワクチン接種を行うための組成物または方法であり、１０μｇ／ｋｇ〜４００μｇ／ｋｇ用量の核酸ワクチンを対象に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、投与あたり、１〜５μｇ、５〜１０μｇ、１０〜１５μｇ、１５〜２０μｇ、１０〜２５μｇ、２０〜２５μｇ、２０〜５０μｇ、３０〜５０μｇ、４０〜５０μｇ、４０〜６０μｇ、６０〜８０μｇ、６０〜１００μｇ、５０〜１００μｇ、８０〜１２０μｇ、４０〜１２０μｇ、４０〜１５０μｇ、５０〜１５０μｇ、５０〜２００μｇ、８０〜２００μｇ、１００〜２００μｇ、１２０〜２５０μｇ、１５０〜２５０μｇ、１８０〜２８０μｇ、２００〜３００μｇ、５０〜３００μｇ、８０〜３００μｇ、１００〜３００μｇ、４０〜３００μｇ、５０〜３５０μｇ、１００〜３５０μｇ、２００〜３５０μｇ、３００〜３５０μｇ、３２０〜４００μｇ、４０〜３８０μｇ、４０〜１００μｇ、１００〜４００μｇ、２００〜４００μｇまたは３００〜４００μｇである。いくつかの実施形態では、核酸ワクチンは、皮内注射または筋肉内注射で対象へと投与される。いくつかの実施形態では、核酸ワクチンは、０日目に対象に投与される。いくつかの実施形態では、核酸ワクチンの第２の用量は、２１日目に対象に投与される。
いくつかの実施形態では、２５マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、１００マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、５０マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、７５マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、１５０マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、４００マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、２００マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドの用量は、対象に投与される核酸ワクチン中に含まれる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、遠位リンパ節と比較して、局所リンパ節に１００倍以上の濃度で蓄積する。その他の実施形態では、核酸ワクチンは化学修飾され、その他の実施形態では、核酸ワクチンは化学修飾されない。
本発明の態様では、第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを提供し、ＲＮＡポリヌクレオチドは安定化要素及び医薬的に許容される担体または添加剤を含まず、アジュバントはワクチンに含まれない。いくつかの実施形態では、安定化要素はヒストンステムループである。いくつかの実施形態では、安定化要素は、野生型配列と比較してＧＣ含有量が多い核酸配列である。
本発明の態様では、第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを提供し、ＲＮＡポリヌクレオチドは宿主へのインビボ投与用製剤中に存在し、ヒト対象に許容される割合の第１の抗原に、セロプロテクション基準よりも優れた抗体価を付与する。いくつかの実施形態では、本発明のｍＲＮＡワクチンにより生じる抗体価は、中和抗体価である。いくつかの実施形態では、中和抗体価は、タンパク質ワクチンよりも高い。その他の実施形態では、本発明のｍＲＮＡワクチンにより生じる中和抗体価は、アジュバントを加えたタンパク質ワクチンよりも高い。さらにその他の実施形態では、本発明のｍＲＮＡワクチンにより生じる中和抗体価は、１，０００〜１０，０００、１，２００〜１０，０００、１，４００〜１０，０００、１，５００〜１０，０００、１，０００〜５，０００、１，０００〜４，０００、１，８００〜１０，０００、２０００〜１０，０００、２，０００〜５，０００、２，０００〜３，０００、２，０００〜４，０００、３，０００〜５，０００、３，０００〜４，０００または２，０００〜２，５００である。中和力価は通常、血小板数を５０％減少させるのに必要な血清希釈の最高倍率として表される。
第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンもまた提供し、ＲＮＡポリヌクレオチドは、安定化要素を有するかまたはアジュバントを加えて製剤化されて第１の抗原ポリペプチドをコードするｍＲＮＡワクチンにより誘導された抗体価と比較して、より長く持続する高抗体価を誘導させるために、宿主へのインビボ投与用製剤中に存在する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、単回投与の１週間以内に中和抗体を生じさせるために製剤化される。いくつかの実施形態では、アジュバントは、カチオン性ペプチド及び免疫刺激性核酸から選択される。いくつかの実施形態では、カチオン性ペプチドはプロタミンである。
態様は、少なくとも１つの化学修飾を含むまたは任意選択的に化学修飾を含まないオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを提供し、オープンリーディングフレームは第１の抗原ポリペプチドをコードし、ＲＮＡポリヌクレオチドは、宿主内における抗原発現レベルが、安定化要素を有するかまたはアジュバントを加えて製剤化されて第１の抗原ポリペプチドをコードするｍＲＮＡワクチンにより生じる抗原発現レベルを著しく上回るように、宿主へのインビボ投与用製剤中に存在する。
その他の態様は、少なくとも１つの化学修飾を含むまたは任意選択的に化学修飾を含まないオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを提供し、オープンリーディングフレームは第１の抗原ポリペプチドをコードし、ワクチンは、非修飾ｍＲＮＡワクチンが同等の抗体価を生じさせるのに必要とするよりも少なくとも１０倍少ないＲＮＡポリヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、２５〜１００マイクログラムの用量中に存在する。
本発明の態様はまた、少なくとも１つの化学修飾を含むまたは任意選択的に化学修飾を含まないオープンリーディングフレームを有する１０ｕｇ〜４００ｕｇの１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む使用単位ワクチンを提供し、オープンリーディングフレームは第１の抗原ポリペプチドをコードし、ヒト対象に送達するために配合された薬学的に許容される担体または添加剤を提供する。いくつかの実施形態では、ワクチンは、カチオン性脂質ナノ粒子をさらに含む。
本発明の態様では、個体または個体集団における呼吸器ウイルス株に対する抗原メモリーを作製、維持または再生させるための方法を提供し、方法は、（ａ）少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチド及び（ｂ）任意選択的に薬学的に許容される担体または添加剤を含む抗原メモリーブースター核酸ワクチンを、上記個体または集団に投与することを含み、上記ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含むまたは任意選択的に化学修飾を含まず、また２つまたはそれ以上のコドン最適化オープンリーディングフレームを含み、上記オープンリーディングフレームは、一対の参照抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、筋肉内投与、皮膚内投与及び皮下投与からなる群から選択される経路を介して、ワクチンを個体に投与する。いくつかの実施形態では、投与工程は、対象の筋組織に、組成物を注入するのに好適な器具を接触させることを含む。いくつかの実施形態では、投与工程は、エレクトロポレーションと組み合わせて、対象の筋組織に、組成物を注入するのに好適な器具を接触させることを含む。
本発明の態様では、第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む２５ｕｇ／ｋｇ〜４００ｕｇ／ｋｇの単回用量核酸ワクチンを、対象にワクチン接種を行うのに有効な量で対象に投与することを含む、対象にワクチン接種を行うための方法を提供する。
その他の態様は、少なくとも１つの化学修飾を含むオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを提供し、オープンリーディングフレームは第１の抗原ポリペプチドをコードし、ワクチンは、非修飾ｍＲＮＡワクチンが同等の抗体価を生じさせるのに必要とするよりも少なくとも１０倍少ないＲＮＡポリヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、２５〜１００マイクログラムの用量中に存在する。
その他の態様は、修飾を含まない（非修飾）オープンリーディングフレームを有するＬＮＰ製剤化ＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを提供し、オープンリーディングフレームは第１の抗原ポリペプチドをコードし、ワクチンは、ＬＮＰで製剤化されていない非修飾ｍＲＮＡワクチンが同等の抗体価を生じさせるのに必要とするよりも少なくとも１０倍少ないＲＮＡポリヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、２５〜１００マイクログラムの用量中に存在する。
実施例において提供するデータは、本発明の製剤を用いることで免疫応答が有意に向上することを示している。データは、本発明における化学修飾ＲＮＡワクチン及び化学非修飾ＲＮＡワクチンの両方の有効性を示している。驚くべきことに、担体で製剤化された化学非修飾ｍＲＮＡをワクチン製造に用いることが好ましいと報告している従来技術とは対照的に、本発明において、非修飾ｍＲＮＡと比較して化学修飾ｍＲＮＡ−ＬＮＰワクチンがはるかに少ない有効ｍＲＮＡ用量を必要とすること、すなわち、ＬＮＰ以外の担体で製剤化する際に、非修飾ｍＲＮＡの１０倍未満を必要とすることが発見された。本発明における化学修飾ＲＮＡワクチン及び化学非修飾ＲＮＡワクチンの両方は、異なる脂質担体で製剤化されたｍＲＮＡワクチンよりも優れた免疫応答を生じさせる。
本発明のその他の態様は、呼吸器ウイルス抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを、対象にワクチン接種を行うのに有効な量で対象に投与することを含む、６０歳またはそれより歳をとった高齢の対象を治療するための方法を包含する。
本発明のその他の態様は、呼吸器ウイルス抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを、対象にワクチン接種を行うのに有効な量で対象に投与することを含む、１７歳またはそれより若い若年の対象を治療するための方法を包含する。
本発明のその他の態様は、呼吸器ウイルス抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する１つまたは複数のＲＮＡポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンを、対象にワクチン接種を行うのに有効な量で対象に投与することを含む、成人対象を治療するための方法を包含する。
本発明のいくつかの態様は、呼吸器抗原をコードする少なくとも２つの核酸配列を含む混合ワクチンを用いて、対象にワクチン接種を行うための方法であり、ワクチンの用量は混合治療用量であり、抗原をコードする個々の核酸それぞれの用量は治療量以下の用量である。いくつかの実施形態では、混合用量は、対象に投与される核酸ワクチン中における２５マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、混合用量は、対象に投与される核酸ワクチン中における１００マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、混合用量は、対象に投与される核酸ワクチン中における５０マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、混合用量は、対象に投与される核酸ワクチン中における７５マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、混合用量は、対象に投与される核酸ワクチン中における１５０マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、混合用量は、対象に投与される核酸ワクチン中における４００マイクログラムのＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、抗原をコードする個々の核酸それぞれにおける治療量以下の用量は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０マイクログラムである。その他の実施形態では、核酸ワクチンは化学修飾され、その他の実施形態では、核酸ワクチンは化学修飾されない。
ＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４、１８４〜２９４、４３１〜４６１のうちの１つであり、少なくとも１つの化学修飾を含む。その他の実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４、１８４〜２９４、４３１〜４６１のうちの１つであり、ヌクレオチド修飾を何ら含まないかまたは非修飾である。さらにその他の実施形態では、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれかの抗原タンパク質をコードし、少なくとも１つの化学修飾を含む。その他の実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１〜５９、６５〜７２または７３〜１８３のいずれかの抗原タンパク質をコードし、ヌクレオチド修飾を何ら含まないかまたは非修飾である。
好ましい態様では、本発明のワクチン（例えば、ＬＮＰ封入ｍＲＮＡワクチン）は、ワクチン接種を行った対象の血液または血清中における抗原特異的抗体の予防的及び／または治療的に有効なレベル、濃度及び／または力価をもたらす。本明細書で定義するとおり、用語「抗体価」とは、対象、例えばヒト対象内において産生される抗原特異的抗体の量のことを意味する。例示的な実施形態では、抗体価は、陽性結果がなおも認められる最大希釈（系列希釈法による）の逆数として表される。例示的な実施形態では、抗体価は、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）により決定または測定される。例示的な実施形態では、抗体価は、中和アッセイ、例えば、マイクロ中和アッセイにより決定または測定される。特定の態様では、抗体価の測定値は、例えば、１：４０、１：１００などの比率として表される。
本発明における例示的な実施形態では、有効なワクチンは、１：４０より大きい、１：１００より大きい、１：４００より大きい、１：１０００より大きい、１：２０００より大きい、１：３０００より大きい、１：４０００より大きい、１：５００より大きい、１：６０００より大きい、１：７５００より大きい、１：１００００より大きい抗体価をもたらす。例示的な実施形態では、ワクチン接種の１０日後までに、ワクチン接種の２０日後までに、ワクチン接種の３０日後までに、ワクチン接種の４０日後までに、またはワクチン接種の５０日後以降までに、抗体価がもたらされるかまたは抗体価に達する。例示的な実施形態では、対象に単回用量のワクチンを投与した後に、力価がもたらされるかまたは力価に達する。その他の実施形態では、複数回用量後に、例えば、第１の用量及び第２の用量（例えば、ブースター用量）の後に、力価がもたらされるかまたは力価に達する。
本発明における例示的な態様では、抗原特異的抗体は、μｇ／ｍｌ単位で、ＩＵ／Ｌ（リットルあたりの国際単位）単位で、または、ｍＩＵ／ｍｌ（ｍｌあたりのミリ国際単位）単位で測定される。本発明における例示的な実施形態では、有効なワクチンは、＞０．５μｇ／ｍｌ、＞０．１μｇ／ｍｌ、＞０．２μｇ／ｍｌ、＞０．３５μｇ／ｍｌ、＞０．５μｇ／ｍｌ、＞１μｇ／ｍｌ、＞２μｇ／ｍｌ、＞５μｇ／ｍｌまたは＞１０μｇ／ｍｌをもたらす。本発明における例示的な実施形態では、有効なワクチンは、＞１０ｍＩＵ／ｍｌ、＞２０ｍＩＵ／ｍｌ、＞５０ｍＩＵ／ｍｌ、＞１００ｍＩＵ／ｍｌ、＞２００ｍＩＵ／ｍｌ、＞５００ｍＩＵ／ｍｌまたは＞１０００ｍＩＵ／ｍｌをもたらす。例示的な実施形態では、ワクチン接種の１０日後までに、ワクチン接種の２０日後までに、ワクチン接種の３０日後までに、ワクチン接種の４０日後までに、またはワクチン接種の５０日後以降までに、抗体レベルまたは濃度がもたらされるかまたは抗体レベルまたは濃度に達する。例示的な実施形態では、対象に単回用量のワクチンを投与した後に、レベルまたは濃度がもたらされるかまたはレベルまたは濃度に達する。その他の実施形態では、複数回用量後に、例えば、第１の用量及び第２の用量（例えば、ブースター用量）の後に、レベルまたは濃度がもたらされるかまたはレベルまたは濃度に達する。例示的な実施形態では、抗体レベルまたは濃度は、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）により決定または測定される。例示的な実施形態では、抗体レベルまたは濃度は、中和アッセイ、例えば、マイクロ中和アッセイにより決定または測定される。
本開示における様々な実施形態の詳細については、以下の説明で記載する。本開示のその他の特徴、目的及び利点は、「発明を実施するための形態」及び「特許請求の範囲」により明らかとなるであろう。
図１Ａは、候補ｍＲＮＡワクチンがコードするＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原（Ｃｔ０８９、Ｃｔ８５８及びＣｔ８７５）のインビトロ発現を示すウェスタンブロット図である。 図１Ｂは、候補ｍＲＮＡワクチンがコードするＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原（Ｃｔ０８９、Ｃｔ８５８及びＣｔ８７５）のインビトロ発現を示すウェスタンブロット図である。 図２Ａは、ＨＥＫ２９３Ｋ細胞の濃縮または希釈上清におけるこれら抗原の発現を示す図である。Ｃｔ８７５及びＣｔ０８９の発現が上清に検出された。候補ｍＲＮＡワクチンがコードするＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のインビトロ発現を示すウェスタンブロット図である。試験した全ての抗原は、ＨＥＫ２９３Ｆ細胞内で発現した。ＨＥＫ２９３Ｋ細胞の濃縮上清におけるＰｍＰＧ＿ｐｄ、Ｃｔ４６０及びＣｔ６２２の発現を示す。 図２Ｂは、ＨＥＫ２９３Ｆ細胞溶解物におけるこれら抗原の発現を示す図である。Ｃｔ８５８及びＣｔ０８９の発現が細胞溶解物に検出された。候補ｍＲＮＡワクチンがコードするＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のインビトロ発現を示すウェスタンブロット図である。試験した全ての抗原は、ＨＥＫ２９３Ｆ細胞内で発現した。ＨＥＫ２９３Ｆ細胞溶解物におけるＣｔａ１の発現を示す。 候補ｍＲＮＡワクチンがコードするＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原（Ｃｔ４４３及びＣｔ８１２ｐｄ＿Ｄ）のインビトロ発現を示すウェスタンブロット図である。Ｃｔ４４３及びＣｔ８１２ｐｄ＿Ｄの発現が細胞溶解物に検出された。 Ｃｔ０８９ｍＲＮＡ、Ｃｔ０８９ＮＧＭ ｍＲＮＡまたはｒＣｔ０８９の投与後、２１日目に採血したマウス（プライム後、左のグラフ）及び３５日目に採血したマウス（ブースト後、右のグラフ）から血清を採取し、Ｅ．ｃｏｌｉ内で産生したｒＣｔ０８９を抗原として用いてＣｔ０８９に対するＩｇＧ抗体価を解析したＥＬＩＳＡデータを示す図である。
いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原ポリペプチド、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）抗原ポリペプチド、及び／または、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。いくつかの実施形態では、本開示はまた、ＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドから選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドをコードする少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む混合ワクチンを提供する。本明細書はまた、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与するための方法、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを製造するための方法、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを含む組成物（例えば、医薬組成物）、及び、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ）を提供する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、本明細書で提供するフラジェリンアジュバントなどのアジュバントを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン（例えば、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａＲＮＡワクチン）を用いて、ＤＮＡワクチン接種に関連するリスクの多くを伴わずに、細胞性免疫及び体液性免疫の両方を含むバランスのとれた免疫応答を誘導してもよい。
国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０２７４０の全内容は、参照として本明細書に組み込まれる。
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）
主要カプシドタンパク質Ｌ１は、Ｔ＝７対称性及び５０ｎｍの直径を有する正二十面体のカプシドを形成する。カプシドは、ジスルフィド結合で互いに結合した７２個の五量体で構成され、Ｌ２タンパク質と結合している。ＨＰＶカプシドタンパク質は、標的細胞の基底膜上のヘパラン硫酸プロテオグリカンに結合して、標的細胞への初期ビリオン吸着をもたらす。基底膜は上皮外傷後にのみ露出される。さらに、β１インテグリンまたはβ４インテグリンのいずれか一方と複合体を形成したα６インテグリンは、Ｌ１が認識する共受容体として機能する。一旦結合すると、ビリオンは、クラスリン介在性エンドサイトーシスにより宿主細胞内へと入り、宿主核へとゲノムＤＮＡを放出する。ビリオンの集合は細胞核内部で生じる。Ｌ１タンパク質は、Ｌ２タンパク質と共にゲノムＤＮＡを封入する。
ＨＰＶワクチンは、例えば、配列番号：３５〜５９（表２）により識別される少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含んでいてもよい。
ＨＰＶワクチンは、例えば、配列番号：１〜２８（表１）により識別される核酸（例えば、ＤＮＡ）によりコードされる少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含んでいてもよい。
本開示は特定のＨＰＶ株に限定されない。ワクチンに用いるＨＰＶ株は、任意のＨＰＶ株であってもよい。ＨＰＶ株の非限定例については、本明細書の他の箇所で提供する。
いくつかの実施形態では、ＨＰＶワクチンは、ＨＰＶ Ｌ１活性またはＨＰＶ Ｌ２活性と少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一の活性を有し、ＨＰＶ Ｌ１活性またはＨＰＶ Ｌ２活性をそれぞれ有するＨＰＶ抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
例えば、タンパク質が基底膜上のヘパラン硫酸プロテオグリカンに結合し、標的細胞への初期ビリオン吸着をもたらす場合、そのタンパク質は、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質活性を有するとみなされる。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ
本開示の実施形態は、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（偏性細胞内ヒト病原体）は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属の４つの細菌種のうちの１つである。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓはグラム陰性細菌であり、卵形である。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓは、３つのヒト次亜種（変異原核細胞株）、（１）血清型（ｓｅｒｏｖａｒｓ）（または血清型（ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ））Ａｂ、Ｂ、Ｂａ及びＣ（眼のトラコーマ感染症を引き起こし、失明につながり得る）、（２）血清型Ｄ〜Ｋ（尿道炎、骨盤炎症性疾患、子宮外妊娠、新生児肺炎及び新生児結膜炎を引き起こす）、及び（３）血清型Ｌ１、Ｌ２及びＬ３（性病性リンパ肉芽腫症を引き起こす）を含む。
主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）は細菌の主要表面タンパク質（外膜の総タンパク質質量の６０％を占める）であり、５つの定常ドメインの間に点在する４つの可変ドメインから構成される。４つの可変ドメインは血清型特異的エピトープを含有し、５つの定常ドメインは異なる血清型間で高く保存されており、いくつかの保存ＣＤ４Ｔ細胞エピトープ及びＣＤ８Ｔ細胞エピトープを含んでいる。
ＭＯＭＰは、その天然の三量体構造が保存されている場合、動物にＣｈｌａｍｙｄｉａ感染に対する保護をもたらす（Ｋａｒｉ Ｌ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００９；１８２：８０６３−７０）。
したがって、いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、Ｊ及びＫのいずれか１つまたはそれらのうち少なくとも２つの任意の組み合わせをコードするＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）、血清型Ｈをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｆをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｅをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｄをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｉをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｇをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｊをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＭＯＭＰ血清型Ｋをコードする少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ワクチンは、例えば、配列番号：６２〜６４または１８４〜２９４（表４または表８）により識別される核酸配列によりコードされる、または、配列番号：６２〜６４または１８４〜２９４（表４または表８）により識別される核酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するその変異体によりコードされる、少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓワクチンは、例えば、配列番号：６５〜１８３（表５または表７）のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列をコードする、または、配列番号：６５〜１８３（表５または表７）のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するその変異体をコードする、少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含んでいてもよい。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａの特定の株または血清型に本開示が限定されることを意図するものではないと理解すべきである。本明細書で提供し用いるＣｈｌａｍｙｄｉａの株または血清型は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａの任意の株または血清型であってもよく、例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＭＯＭＰの可変ドメインをコードするＲＮＡポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示のＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＭＯＭＰの可変ドメインの血清型特異的エピトープをコードするＲＮＡポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａワクチンは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）ＭＯＭＰ血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、Ｊ及びＫに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性、及び、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＭＯＭＰ血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、Ｊ及びＫ活性をそれぞれ有するＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
例えば、タンパク質がポーリン形成を促進し、外膜の構造剛性を維持する場合、そのタンパク質は主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）活性を有するとみなされる。ＭＯＭＰは、細胞内網様体膜を介した特定の溶質拡散を可能とする。基本小体（ＥＢ、感染段階、宿主細胞外で生存可能）において、ＭＯＭＰは、小さなシステインリッチタンパク質及び大きなシステインリッチペリプラズムタンパク質とのジスルフィド架橋により、外側エンベロープの構造的完全性をもたらす。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓでは、タンパク質は、対称的に間隔をおいて配置された４つの可変ドメイン（ＶＤ Ｉ〜ＩＶ）を含む。ＭＯＭＰ分子及びその他構成成分の内部、及び、ＭＯＭＰ分子とその他構成成分との間のジスルフィド結合相互作用により、基本殻の高分子量オリゴマーが形成される。タンパク質により異なる血清型が決まり、機能的に同等のペプチドグリカンとして機能する。
単純ヘルペスウイルス
ＨＳＶは、Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅにおける二本鎖、直鎖状ＤＮＡウイルスである。単純ヘルペスウイルスファミリーのうち２つのメンバーはヒトに感染し、ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２として知られている。ＨＳＶ感染の症状としては、口腔の皮膚または粘膜、唇、及び／または、生殖器における疱疹形成が挙げられる。ＨＳＶは、感染個体においてウイルス再活性化による散発性の再発エピソードを引き起こし得る神経浸潤ウイルスである。ＨＳＶは、ウイルスの活性化期間中、皮膚の感染領域と接触することにより伝染する。ＨＳＶは、最も一般的には、口腔粘膜または生殖器粘膜を介して感染し、層状扁平上皮内で複製され、その後、層状扁平上皮内部の分枝した無髄知覚神経内へと取り込まれる。ウイルスはそれから、脊髄神経節内のニューロンの細胞体へと輸送され、潜伏性の細胞感染を持続させる（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ＡＬ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２００６）１９４（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ １）：Ｓ１１−Ｓ１８）。
単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１及びＨＳＶ−２）のゲノムには、ＨＳＶが少なくとも８５の固有タンパク質を産生可能なように、約８５のオープンリーディングフレームが含まれている。これらの遺伝子は、４つの主要クラスタンパク質、（１）ＨＳＶの最も外側の脂質二重層（エンベロープ）に結合するタンパク質、（２）内側のタンパク質外殻（カプシド）、（３）エンベロープをカプシド外殻と結合させる中間複合体（外被）、及び（４）複製及び感染を担うタンパク質をコードする。
エンベロープタンパク質の例としては、ＵＬ１（ｇＬ）、ＵＬ１０（ｇＭ）、ＵＬ２０、ＵＬ２２、ＵＬ２７（ｇＢ）、ＵＬ４３、ＵＬ４４（ｇＣ）、ＵＬ４５、ＵＬ４９Ａ、ＵＬ５３（ｇＫ）、ＵＳ４（ｇＧ）、ＵＳ５（ｇＪ）、ＵＳ６（ｇＤ）、ＵＳ７（ｇＩ）、ＵＳ８（ｇＥ）及びＵＳ１０が挙げられる。カプシドタンパク質の例としては、ＵＬ６、ＵＬ１８、ＵＬ１９、ＵＬ３５及びＵＬ３８が挙げられる。外被タンパク質としては、ＵＬ１１、ＵＬ１３、ＵＬ２１、ＵＬ３６、ＵＬ３７、ＵＬ４１、ＵＬ４５、ＵＬ４６、ＵＬ４７、ＵＬ４８、ＵＬ４９、ＵＳ９及びＵＳ１０が挙げられる。その他のＨＳＶタンパク質としては、ＵＬ２、ＵＬ３、ＵＬ４、ＵＬ５、ＵＬ７、ＵＬ８、ＵＬ９、ＵＬ１２、ＵＬ１４、ＵＬ１５、ＵＬ１６、ＵＬ１７、ＵＬ２３、ＵＬ２４、ＵＬ２５、ＵＬ２６、ＵＬ２６．５、ＵＬ２８、ＵＬ２９、ＵＬ３０、ＵＬ３１、ＵＬ３２、ＵＬ３３、ＵＬ３４、ＵＬ３９、ＵＬ４０、ＵＬ４２、ＵＬ５０、ＵＬ５１、ＵＬ５２、ＵＬ５４、ＵＬ５５、ＵＬ５６、ＵＳ１、ＵＳ２、ＵＳ３、ＵＳ８１、ＵＳ１１、ＵＳ１２、ＩＣＰ０及びＩＣＰ４が挙げられる。
エンベロープ（ＨＳＶ粒子の最も外側の部分）が最初に標的細胞に遭遇するため、本開示は、免疫原性物質としてエンベロープに結合する抗原ポリペプチドを包含する。端的に言えば、表面タンパク質及び膜タンパク質（糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）、糖タンパク質Ｂ（ｇＢ）、糖タンパク質Ｈ（ｇＨ）、糖タンパク質Ｌ（ｇＬ））を、単独抗原として、または、アジュバントと組み合わせてまたは組み合わせずに、ＨＳＶワクチン抗原として使用してもよい。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質ＤをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質ＢをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ及び糖タンパク質ＣをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ及び糖タンパク質Ｅ（または糖タンパク質Ｉ）をコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂ及び糖タンパク質ＣをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂ及び糖タンパク質Ｅ（または糖タンパク質Ｉ）をコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有し、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｄ活性を有するＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有し、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｃ活性を有するＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有し、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｂ活性を有するＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｅに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有し、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｅ活性を有するＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶワクチンは、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｉに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性を有し、ＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）糖タンパク質Ｉ活性を有するＨＳＶ（ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２）抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。
本開示の糖タンパク質「活性」については、以下で説明する。
糖タンパク質Ｃ（ｇＣ）は、宿主細胞へのウイルス吸着に関与する糖タンパク質であり、例えば、宿主の接着受容体（すなわち、細胞表面ヘパラン硫酸及び／または細胞表面コンドロイチン硫酸）へのＨＳＶ−２ウイルス結合を媒介する吸着タンパク質として機能する。ｇＣは、宿主の補体カスケードの活性化を阻害することにより、宿主免疫逃避（別名、ウイルス免疫逃避）における役割を果たす。特に、ｇＣは、宿主の補対成分Ｃ３ｂに結合、及び／または、Ｃ３ｂと相互作用し、この相互作用が、補体カスケードを逆抑制することにより、宿主の免疫応答を阻害する（例えば、宿主の補体Ｃ３ｂに結合してウイルスの中和を妨げる）。
糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）は、細胞表面受容体に結合する、及び／または、ウイルス侵入を促進するポリオウイルス受容体関連タンパク質及び／またはヘルペスウイルス侵入仲介因子を介した細胞吸着に関与するエンベロープ糖タンパク質である。ｇＤは、潜在的な宿主細胞侵入受容体（腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー１４（ＴＮＦＲＳＦ１４）／ヘルペスウイルス侵入仲介因子（ＨＶＥＭ）、ポリオウイルス受容体関連タンパク質１（ＰＶＲＬ１）、及び／または、ポリオウイルス受容体関連タンパク質２（ＰＶＲＬ２））と結合して、例えば、ｇＢ及びｇＨ／ｇＬで構成される融合機構を動員することにより、宿主膜との融合誘導を引き起こす。ｇＤは、宿主細胞受容体ＴＮＦＲＳＦ１４及び／またはＰＶＲＬ１及び／またはＰＶＲＬ２と相互作用し、（１）プロフュージョンドメイン（ｐｒｏｆｕｓｉｏｎ ｄｏｍａｉｎ）を介してｇＢと相互作用し（関連ＨＳＶ糖タンパク質、例えば、ｇＨ及び／またはｇＬの不在下で生じ得る相互作用）、（２）ｇＤは、プロフュージョンドメインを介してｇＨ／ｇＬヘテロ二量体と相互作用する（ｇＢの不在下で生じ得る相互作用）。このように、ｇＤは、ｇＢ−ｇＨ／ｇＬ−ｇＤ複合体と結合する。ｇＤはまた、Ｃ末端を介してＵＬ１１外被タンパク質と相互作用する。
糖タンパク質Ｂ（ｇＢ）は、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）のウイルス細胞活性に関与するウイルス糖タンパク質であり、ＨＳＶエンベロープが細胞膜と融合するのに必要となる。糖タンパク質Ｂは、全ての表面糖タンパク質のうち最も高く保存されているものであり、主に融合タンパク質（中心的な融合機構を構成する）として機能する。ｇＢ（クラスＩＩＩ膜融合糖タンパク質）は、５つの構造ドメインからなる１型膜貫通タンパク質三量体である。ドメインＩは、２つの内部融合ループを含み、ウイルス−細胞融合中に細胞膜を貫通する。ドメインＩＩは融合プロセス中にｇＨ／ｇＬと相互作用すると思われ、ドメインＩＩＩは細長いαヘリックスを含み、ドメインＩＶは細胞受容体と相互作用する。
上皮細胞において、新生ビリオンを細胞間結合部に局在化させることで細胞から細胞へとウイルスを拡散させるのに、ヘテロ二量体糖タンパク質Ｅ／糖タンパク質Ｉ（ｇＥ／ｇＩ）が必要となる。一旦ウイルスが細胞間結合部に到達すると、ウイルス粒子は、これら結合部に集積する細胞受容体との相互作用により、隣接細胞へと極めて急速に拡散することが可能となる。類似性としては、分極細胞における基底外側拡散に関係している。神経細胞において、ｇＥ／ｇＩは、宿主神経系全体にわたり感染が順行性拡散するのに不可欠である。ＵＳ９と共に、ヘテロ二量体ｇＥ／ｇＩは、ウイルス構成成分を軸索先端部へと局在化及び輸送することに関与する。ヘテロ二量体ｇＥ／ｇＩは、宿主ＩｇＧのＦｃ部分の受容体として機能する。ＩｇＧからのｇＥ／ｇＩの解離は酸性ｐＨで起こるため、抗ＨＳＶ抗体の双極性架橋、それに続く細胞内におけるエンドサイトーシス及び分解に関与し、それにより宿主のＩｇＧ介在性免疫応答に干渉し得る。ｇＥ／ｇＩは、Ｃ末端を介してＶＰ２２外被タンパク質と相互作用する（この相互作用は、ＶＰ２２のゴルジ体への動員及びビリオンへのＶＰ２２のパッケージングに必須である）。
混合ワクチン
本開示の実施形態はまた、混合ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。本開示の「混合ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン」とは、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド（例えば、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、Ｌ１及びＬ２から選択される）、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド（例えば、糖タンパク質Ｄ、糖タンパク質Ｂ、糖タンパク質Ｃ及び糖タンパク質Ｅから選択される）、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド（例えば、ＭＯＭＰ血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、Ｊ及びＫから選択される）の組み合わせ、または、上記抗原ポリペプチドのうち２つまたはそれ以上の任意の組み合わせをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つの（例えば、少なくとも２、３、４または５つの）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むワクチンのことを意味する。
本明細書に記載のｍＲＮＡワクチンは、いくつかの方式において従来型ワクチンよりも優れていることが発見されている。第一に、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）送達は、文献に記載されているプロタミンベース手法を含むその他の製剤よりも優れており、追加のアジュバントを必要としない。ＬＮＰを用いることにより、化学修飾ｍＲＮＡワクチンまたは化学非修飾ｍＲＮＡワクチンの効果的な送達が可能となる。さらに、本明細書において、修飾及び非修飾の両方のＬＮＰ製剤化ｍＲＮＡワクチンが、従来型ワクチンよりもかなりの程度優れていたことが示されている。いくつかの実施形態では、本発明のｍＲＮＡワクチンは、従来型ワクチンよりも少なくとも１０倍、２０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍または１，０００倍優れている。
ｍＲＮＡワクチン及び自己複製ＲＮＡワクチンを含む機能的ＲＮＡワクチンを製造するための試みが行われてきたが、これらＲＮＡワクチンの治療効果はまだ完全には確立されていない。実に驚くべきことに、本発明者は、本発明の態様に従い、ｍＲＮＡワクチンをインビボで送達するための製剤の部類が、著しく向上し、多くの点において、高い抗原産生、及び中和能を有する機能的抗体の産生を含む免疫応答に対して相乗的となることを発見した。その他脂質ベース製剤の部類に用いるｍＲＮＡ用量と比較して極めて少ない用量のｍＲＮＡを投与する場合であったとしても、これらの効果を得ることができる。本発明の製剤は、予防薬及び治療薬としての機能的ｍＲＮＡワクチンの効果を確立するのに十分な、極めて予想外なインビボ免疫応答を示している。さらに、自己複製ＲＮＡワクチンは、十分な量のＲＮＡを細胞へと送達して免疫原性応答を引き起こすためのウイルス複製経路に依存する。本発明の製剤は、十分な量のタンパク質を産生して強い免疫応答をもたらすためのウイルス複製を必要としない。それゆえ、本発明のｍＲＮＡは、自己複製ＲＮＡではなく、ウイルス複製に必要な構成成分を含まない。
いくつかの態様において本発明は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）製剤が、化学修飾ｍＲＮＡワクチン及び化学非修飾ｍＲＮＡワクチンを含むｍＲＮＡワクチンの有効性を著しく向上させるという驚くべき発見を含む。ＬＮＰで製剤化されたｍＲＮＡワクチンの効果について、いくつかの異なる抗原を用いてインビボで試験した。本明細書で提供する結果は、その他の市販ワクチンと比較して、ＬＮＰで製剤化されたｍＲＮＡワクチンが予想外に優れた効果を有することを示している。
高い免疫応答を提供することに加えて、本発明の製剤は、試験したその他のワクチンよりも少ない用量でより急速な免疫応答を引き起こす。本発明のｍＲＮＡ−ＬＮＰ製剤はまた、異なる担体で製剤化されたワクチンと比較して、量的及び質的により優れた免疫応答をもたらす。
本明細書に記載の研究に用いたＬＮＰは、様々な動物モデルに加えてヒトにおいて、ｓｉＲＮＡを送達するために以前から用いられている。ＬＮＰ製剤によるｓｉＲＮＡ送達と関連させて行われた観察を考慮すると、ＬＮＰがワクチンにおいて有用であるという事実は実に驚くべきことである。ＬＮＰで製剤化されたｓｉＲＮＡの治療的送達により、一過性のＩｇＭ応答に関連し、通常は抗原産生の低下及び免疫応答障害をもたらす望ましくない炎症反応が生じるということが観察された。ｓｉＲＮＡにおいて観察された発見とは対照的に、本発明のＬＮＰ−ｍＲＮＡ製剤は、本明細書において、一過性のＩｇＭ応答ではなく、予防法及び治療法に十分な高濃度のＩｇＧが生じることを示している。
核酸／ポリヌクレオチド
本明細書で提供するＳＴＤワクチンは、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つの（１つまたは複数の）リボ核酸（ＲＮＡ）（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。用語「核酸」は、ヌクレオチド（ヌクレオチドモノマー）のポリマーを含む任意の化合物及び／または物質を含む。これらポリマーはポリヌクレオチドと呼ばれる。それゆえ、用語「核酸」及び「ポリヌクレオチド」は同じ意味で用いられる。
核酸は、例えば、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ、β−Ｄ−リボ配置を有するＬＮＡ、α−Ｌ−リボ配置を有するα−ＬＮＡ（ＬＮＡのジアステレオマー）、２’−アミノ官能基を有する２’−アミノ−ＬＮＡ、及び、２’−アミノ官能基を有する２’−アミノ−α−ＬＮＡを含む）、エチレン核酸（ＥＮＡ）、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、またはこれらのキメラもしくはこれらの組み合わせであってもよく、または、含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）として機能する。「メッセンジャーＲＮＡ」（ｍＲＮＡ）とは、（少なくとも１つの）ポリペプチド（天然の、非天然の、または、修飾した、アミノ酸のポリマー）をコードし、翻訳されて、コードされたポリペプチドをインビトロ、インビボ、ｉｎ ｓｉｔｕまたはｅｘ ｖｉｖｏで産生可能な任意のポリヌクレオチドのことを意味する。別途明記する場合を除いて、本出願に記載のポリヌクレオチド配列は代表的なＤＮＡ配列における「Ｔ」を示すが、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を表す配列の場合、「Ｔ」は「Ｕ」に置き換えられるということを当業者は理解するであろう。それゆえ、特定の配列識別番号により識別されるＤＮＡがコードするＲＮＡポリヌクレオチドのいずれかはまた、ＤＮＡによりコードされる対応するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）配列を含んでいてもよく、ＤＮＡ配列におけるそれぞれの「Ｔ」は「Ｕ」に置き換えられる。
ｍＲＮＡ分子の基本構成要素としては通常、少なくとも１つのコード領域、５´非翻訳領域（ＵＴＲ）、３´ＵＴＲ、５´キャップ、及びポリＡ尾部が挙げられる。本開示のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡとして機能してもよいが、それらの機能的設計及び／または構造的設計の特徴から野生型ｍＲＮＡと区別することができ、核酸ベース医薬品を用いた効果的なポリペプチド発現に関する従来の課題の克服に貢献する。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンのＲＮＡポリヌクレオチドは、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９または９〜１０の抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＴＤワクチンのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００の抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＴＤワクチンのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、少なくとも１００または少なくとも２００の抗原ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、ＳＴＤワクチンのＲＮＡポリヌクレオチドは、１〜１０、５〜１５、１０〜２０、１５〜２５、２０〜３０、２５〜３５、３０〜４０、３５〜４５、４０〜５０、１〜５０、１〜１００、２〜５０または２〜１００の抗原ポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチドはコドン最適化されている。コドン最適化法は当技術分野において周知であり、本明細書で提供するように用いてもよい。いくつかの実施形態では、標的生物及び宿主生物のコドン頻度を揃えて適切なフォールディングを確保するために、ＧＣ含有量にバイアスをかけてｍＲＮＡ安定性を高めるまたは二次構造を縮小するために、遺伝子合成または遺伝子発現を低下させ得るタンデムリピートコドンまたは塩基配列を最小限とするために、転写制御領域及び翻訳制御領域をカスタマイズするために、タンパク質輸送配列を挿入または除去するために、コードされたタンパク質内の翻訳後修飾部位（例えば、グリコシル化部位）を除去／付加するために、タンパク質ドメインを付加、除去または再編成させるために、制限部位を挿入または欠失させるために、リボソーム結合部位及びｍＲＮＡ分解部位を修飾するために、翻訳速度を調節してタンパク質の様々なドメインが適切に折り畳まれるように、または、ポリヌクレオチドの二次構造の課題を減少または解消するために、コドン最適化を用いてもよい。コドン最適化用のツール、アルゴリズム及びサービスは、当技術分野において周知であり、非限定例としては、ＧｅｎｅＡｒｔ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ＤＮＡ２．０（Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ ＣＡ）が提供するサービス、及び／または、所有権のある方法が挙げられる。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列は、最適化アルゴリズムを用いて最適化される。
いくつかの実施形態では、コドン最適化配列は、天然配列または野生型配列（例えば、目的のポリペプチドまたはタンパク質（例えば、抗原タンパク質または抗原ポリペプチド）をコードする天然ｍＲＮＡ配列または野生型ｍＲＮＡ配列）に対して９５％未満の配列同一性、９０％未満の配列同一性、８５％未満の配列同一性、８０％未満の配列同一性または７５％未満の配列同一性を共有する。
いくつかの実施形態では、コドン最適化配列は、天然配列または野生型配列（例えば、目的のポリペプチドまたはタンパク質（例えば、抗原タンパク質または抗原ポリペプチド）をコードする天然ｍＲＮＡ配列または野生型ｍＲＮＡ配列）に対して、６５％〜８５％（例えば、約６７％〜約８５％または約６７％〜約８０％）の配列同一性を共有する。いくつかの実施形態では、コドン最適化配列は、天然配列または野生型配列（例えば、目的のポリペプチドまたはタンパク質（例えば、抗原タンパク質または抗原ポリペプチド）をコードする天然ｍＲＮＡ配列または野生型ｍＲＮＡ配列）に対して、６５％〜７５％、または約８０％の配列同一性を共有する。
いくつかの実施形態では、コドン最適化ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、例えば、Ｇ／Ｃの濃度が高いＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）であってもよい。核酸分子のＧ／Ｃ含有量は、ＲＮＡの安定性に影響を与え得る。大量のグアニン（Ｇ）残基及び／またはシトシン（Ｃ）残基を有するＲＮＡは、大量のアデニン（Ａ）ヌクレオチド及びチミン（Ｔ）ヌクレオチドまたはウラシル（Ｕ）ヌクレオチドを含む核酸と比較して、機能的により安定であってもよい。ＷＯ０２／０９８４４３は、翻訳領域の配列を修飾することで安定化させたｍＲＮＡを含有する医薬組成物について開示している。遺伝子コードの縮重により、得られるアミノ酸を変化させることなくより高いＲＮＡ安定性を促進する修飾のため、従来のコドンを置換することによって修飾が機能する。この手法は、ＲＮＡのコード領域に限定される。
抗原／抗原ポリペプチド
いくつかの実施形態では、抗原ポリペプチド（例えば、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）は、２５アミノ酸よりも長く、５０アミノ酸よりも短い。ポリペプチドとしては、遺伝子産物、天然ポリペプチド、合成ポリペプチド、ホモログ、オルソログ、パラログ、断片及びその他の等価物、変異体、ならびに、上記の類似体が挙げられる。ポリペプチドは、単一分子であってもよく、または、二量体、三量体または四量体など複数分子からなる複合体であってもよい。ポリペプチドはまた、単鎖ポリペプチド、または、抗体またはインスリンなどの多連鎖ポリペプチドを含んでいてもよく、互いに結合または連結していてもよい。最も一般的には、ジスルフィド結合が多連鎖ポリペプチド内に見られる。用語「ポリペプチド」をまた、少なくとも１つのアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の合成化学類似体であるアミノ酸ポリマーに対して用いてもよい。
「ポリペプチド変異体」とは、天然配列または参照配列と比較してそのアミノ酸配列が異なる分子である。アミノ酸配列変異体は、天然配列または参照配列と比較して、アミノ酸配列内の特定の位置に、置換、欠失、挿入、または前述のうちいずれか２つまたは３つの組み合わせを有していてもよい。通常、変異体は、天然配列または参照配列に対して少なくとも５０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、変異体は、天然配列または参照配列に対して少なくとも８０％の同一性または少なくとも９０％の同一性を共有する。
いくつかの実施形態では、「変異模倣体」を提供する。「変異模倣体」は、活性化配列を模倣する少なくとも１つのアミノ酸を含有する。例えば、グルタミン酸は、ホスホロ−スレオニン及び／またはホスホロ−セリンの模倣体として機能する。あるいは、変異模倣体は、脱活性化をもたらすか、または、模倣体を含有する不活性産物となる場合がある。例えば、フェニルアラニンは、チロシンの不活性置換基として機能する場合があり、アラニンは、セリンの不活性置換基として機能する場合がある。
「オルソログ」とは、種分化により共通の先祖遺伝子から進化した異なる種の遺伝子のことを意味する。通常、オルソログは、進化の過程において同一機能を保持している。オルソログの同定は、新たにシークエンスしたゲノムの遺伝子機能の確実な予測にとって重要である。
「類似体」とは、１つまたは複数のアミノ酸改変（例えば、親ポリペプチドまたは出発ポリペプチドの１つまたは複数の性質をなおも維持するアミノ酸残基の置換、付加または欠失）が異なる、ポリペプチド変異体を含むことを意味する。
本開示は、変異体及び誘導体を含むポリヌクレオチドベースまたはポリペプチドベースである、いくつかのタイプの組成物を提供する。これらとしては、例えば、置換の、挿入の、欠失の及び共有結合の、変異体及び誘導体が挙げられる。用語「誘導体」は用語「変異体」と同義であり、通常は、参照分子または出発分子に対して任意の方法で修飾及び／または改変を行った分子のことを意味する。
したがって、参照配列に対して置換、挿入及び／または付加、欠失ならびに共有結合修飾を含むペプチドまたはポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、特に、本明細書にて開示したポリペプチド配列は、本開示の範囲内に含まれる。例えば、配列タグまたはアミノ酸、例えば、１つまたは複数のリジンなどを、ペプチド配列（例えば、Ｎ末端またはＣ末端）に付加することができる。配列タグをペプチドの検出、精製または局在に用いることができる。リジンを用いて、ペプチドの溶解性を高めてもよく、または、ビオチン化させてもよい。あるいは、ペプチドまたはタンパク質におけるアミノ酸配列のカルボキシ及びアミノ末端領域に位置するアミノ酸残基を任意選択的に欠失させて、トランケート配列を提供してもよい。配列の用途に応じて、例えば、可溶性であるかまたは固体支持体に結合した長い配列の一部としての配列の発現用に、特定のアミノ酸（例えば、Ｃ末端残基またはＮ末端残基）を代わりに欠失させてもよい。
ポリペプチドに言及する場合、「置換変異体」とは、天然配列または出発配列内の少なくとも１つのアミノ酸残基を除去して、異なるアミノ酸をその同一位置に挿入したようなものである。置換は、単一であってもよく（分子内における１個のみのアミノ酸が置換されている）、または、複数であってもよい（同一分子内における２つまたはそれ以上（例えば、３、４または５）のアミノ酸が置換されている）。
本明細書で使用する場合、用語「保存的アミノ酸置換」とは、サイズ、電荷または極性が同一である異なるアミノ酸を有する配列中に通常は存在するアミノ酸の置換のことを意味する。保存的置換の例としては、非極性（疎水性）残基、例えば、イソロイシン、バリン及びロイシンなどを別の非極性残基に置換することを含む。同様に、保存的置換の例としては、ある極性（親水性）残基を、別の残基に置換すること、例えば、アルギニンとリジンとの間で、グルタミンとアスパラギンとの間で、及び、グリシンとセリンとの間で置換することを含む。さらに、１つの塩基性残基（例えば、リジン、アルギニンまたはヒスチジンなど）を別の塩基性残基に置換すること、または、１つの酸性残基（例えば、アスパラギン酸またはグルタミン酸など）を別の酸性残基に置換することは、保存的置換の追加例である。非保存的置換の例としては、非極性（疎水性）アミノ酸残基、例えば、イソロイシン、バリン、ロイシン、アラニン、メチオニンなどを、極性（親水性）残基、例えば、システイン、グルタミン、グルタミン酸またはリジンなどに置換すること、及び／または、極性残基を非極性残基に置換することを含む。
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに言及する場合、「特徴」とは、異なるアミノ酸配列ベースの分子構成要素またはヌクレオチドベースの分子構成要素としてそれぞれ定義される。ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの特徴としては、表面発現、局所的なコンホメーション形状、フォールディング、ループ、ハーフループ、ドメイン、ハーフドメイン、部位、末端、及びこれらの任意の組み合わせ（複数可）が挙げられる。
本明細書で使用しポリペプチドに言及する場合、用語「ドメイン」とは、１つまたは複数の識別可能な構造的または機能的な特徴または性質（例えば、タンパク質−タンパク質相互作用において部位に働く結合能）を有するポリペプチドのモチーフのことを意味する。
本明細書で使用しポリペプチドに言及する場合、アミノ酸ベースの実施形態に関する用語「部位」は、「アミノ酸残基」及び「アミノ酸側鎖」の同意語として使用される。本明細書で使用しポリヌクレオチドに言及する場合、ヌクレオチドベースの実施形態に関する用語「部位」は、「ヌクレオチド」の同意語として使用される。部位とは、ポリペプチドベースの分子またはポリヌクレオチドベースの分子内において修飾、操作、改変、誘導体化または変更され得る、ペプチド、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド内における位置を表す。
本明細書で使用しポリペプチドまたはポリヌクレオチドに言及する場合、用語「末端（ｔｅｒｍｉｎｉ）」または「末端（ｔｅｒｍｉｎｕｓ）」とは、ポリペプチドの先端またはポリヌクレオチドの先端のことをそれぞれ意味する。このような先端は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの最初の部位または最後の部位のみに限定されず、末端領域における別のアミノ酸またはヌクレオチドを含んでいてもよい。ポリペプチドベースの分子は、Ｎ末端（遊離アミノ基（ＮＨ２）を有するアミノ酸で末端処理）及びＣ末端（遊離カルボキシル基（ＣＯＯＨ）を有するアミノ酸で末端処理）の両方を有することを特徴としていてもよい。いくつかの例において、タンパク質は、複数のポリペプチド鎖がジスルフィド結合または非共有結合力により共に結合して形成されている（多量体、オリゴマー）。これらのタンパク質は、複数のＮ末端及びＣ末端を有している。あるいは、臨機応変に、非ポリペプチドベースの部分（有機複合体など）で始まるまたは終わるように、ポリペプチドの末端を修飾してもよい。
当業者は理解するであろうが、タンパク質断片、機能性タンパク質ドメイン、及び相同タンパク質もまた目的のポリペプチドの範囲内とみなされる。例えば、本明細書では、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００の長さの、または１００よりも長いアミノ酸を有する参照タンパク質における任意のタンパク質断片（参照ポリペプチド配列と比較して、少なくとも１つのアミノ酸残基分短いか、あるいは同一なポリペプチド配列のことを意味する）を提供する。別の例においては、本明細書に記載の配列のいずれかに対して４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％同一な２０、３０、４０、５０または１００の（隣接）アミノ酸のストレッチを含む任意のタンパク質を、本開示に従い利用することができる。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、本明細書で提供または参照する配列のいずれかに示すように、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の変異体を含む。別の例においては、本明細書に記載の配列のいずれかに対して８０％超、９０％超、９５％超または１００％同一な２０、３０、４０、５０または１００のアミノ酸のストレッチを含む任意のタンパク質を、本開示に従い利用することができる（タンパク質は、本明細書に記載の配列のいずれかに対して８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％〜６０％同一な５、１０、１５、２０、２５または３０のアミノ酸のストレッチを有している）。
本開示のポリペプチド分子またはポリヌクレオチド分子は、参照分子（例えば、参照ポリペプチドまたは参照ポリヌクレオチド）、例えば、技術分野における分子（例えば、遺伝子操作または設計した分子、または野生型分子）に対してある程度の配列類似性または配列同一性を共有していてもよい。用語「同一性」とは、当該技術分野において周知のとおり、配列同士を比較することで測定した、２つまたはそれ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの間の関係性を意味する。当該技術分野において、同一性はまた、２つまたはそれ以上のアミノ酸残基または核酸残基の配列間のマッチ数を測定した、２つの配列間における配列の相関度合いのことを意味する。同一性とは、特定の数学的モデルまたはコンピュータプログラム（例えば、「アルゴリズム」）を用いて、ギャップアライメント（ある場合）を有する２つまたはそれ以上の短い配列間における同一マッチ率を測定することである。関連ペプチドの同一性については、周知の方法を用いて容易に計算することができる。ポリペプチド配列またはポリヌクレオチド配列に対して用いる場合の「％同一性」は、配列をアラインしてギャップを導入した後において、第２の配列のアミノ酸配列または核酸配列中の残基と同一である候補アミノ酸配列または核酸配列中の残基（アミノ酸残基または核酸残基）の割合として定義され、必要に応じて、最大のパーセント同一性を得てもよい。アライメント用の方法及びコンピュータプログラムは、当該技術分野において周知である。同一性はパーセント同一性の計算によって決まるが、計算に導入したギャップ及びペナルティにより数値が異なっていてもよい。一般に、特定のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変異体は、本明細書に記載及び当業者に周知の配列アライメントプログラム及びパラメータを用いて測定する際、特定の参照ポリヌクレオチドまたは参照ポリペプチドに対して少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％であるが１００％未満の配列同一性を有している。アライメントに用いるこのようなツールとしては、ＢＬＡＳＴ ｓｕｉｔｅのようなツールが挙げられる（Ｓｔｅｐｈｅｎ Ｆ．Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９７）．「Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ ａｎｄ ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ ｎｅｗ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ ｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒａｍｓ」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２）。別の一般的なローカルアライメント技術は、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムに基づいている（Ｓｍｉｔｈ，Ｔ．Ｆ．＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ｍ．Ｓ．（１９８１）「Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｍｍｏｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１４７：１９５−１９７）。ダイナミックプログラミングに基づいた一般的なグローバルアライメント技術は、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムである（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ，Ｓ．Ｂ．＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｃ．Ｄ．（１９７０）「Ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｍｅｔｈｏｄ ａｐｐｌｉｃａｂｌｅ ｔｏ ｔｈｅ ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｉｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｗｏ ｐｒｏｔｅｉｎｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３−４５３）。ごく最近では、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムを含むその他の最適なグローバルアライメント法よりも速く、ヌクレオチド配列及びタンパク質配列のグローバルアライメントを作成するといわれている、Ｆａｓｔ Ｏｐｔｉｍａｌ Ｇｌｏｂａｌ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ（ＦＯＧＳＡＡ）が開発された。その他のツールについては、特に、本明細書における以下、「同一性」の定義において説明する。
本明細書で使用する場合、用語「相同性」とは、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）間における、及び／または、ポリペプチド分子間における全体の相関性のことを意味する。マッチ残基のアライメントにより測定した、閾値レベルの類似性または同一性を共有するポリマー分子（例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）及び／またはポリペプチド分子）は、相同といわれる。相同性とは、分子間の関係を説明する定性的な用語であり、定量的な類似性または同一性に基づいていてもよい。類似性または同一性とは、２つの比較配列間における配列のマッチ度合いを定義する定量的な用語である。いくつかの実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％同一または類似している場合、互いに「相同」であるとみなされる。用語「相同」とは、必然的に、少なくとも２つの配列（ポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列）間の比較を意味する。２つのポリヌクレオチド配列は、それらがコードするポリペプチドが、少なくとも２０アミノ酸の少なくとも１つのストレッチに対して、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％またはさらに９９％である場合、相同であるとみなされる。いくつかの実施形態では、相同ポリヌクレオチド配列は、少なくとも４〜５の固有に特定されたアミノ酸のストレッチをコードする機能を特徴とする。長さが６０ヌクレオチド未満のポリヌクレオチド配列において、相同性は、少なくとも４〜５の固有に特定されたアミノ酸のストレッチをコードする機能により測定される。２つのタンパク質配列は、それらタンパク質が、少なくとも２０アミノ酸の少なくとも１つのストレッチに対して、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一である場合、相同であるとみなされる。
相同性は、比較配列が、進化において共通の起源から分岐したことを意味している。用語「ホモログ」とは、第１のアミノ酸配列または核酸配列（例えば、遺伝子（ＤＮＡまたはＲＮＡ）配列またはタンパク質配列）が、共通の先祖配列から遺伝していることから、第２のアミノ酸配列または核酸配列と関連していることを意味する。用語「ホモログ」を、種分化現象によって分岐した遺伝子間及び／またはタンパク質間の関係性に対して用いてもよく、または、遺伝的複製現象によって分岐した遺伝子間及び／またはタンパク質間の関係性に対して用いてもよい。「オルソログ」とは、種分化により共通の先祖遺伝子（またはタンパク質）から進化した異なる種の遺伝子（またはタンパク質）のことである。通常、オルソログは、進化の過程において同一機能を保持している。「パラログ」とは、ゲノム内部の複製により関連している遺伝子（またはタンパク質）のことである。オルソログは、進化の過程において同一機能を保持しているが、それに対してパラログは、新たな機能を進化させている（これらの機能が起源の機能と関連していたとしても）。
用語「同一性」とは、ポリマー分子間、例えば、ポリヌクレオチド分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）間における、及び／または、ポリペプチド分子間における全体の相関性のことを意味する。２つのポリ核酸配列におけるパーセント同一性の計算は、例えば、最適比較目的で２つの配列をアラインすることにより行うことができる（例えば、最適アライメントのために第１の核酸配列及び第２の核酸配列の一方または両方にギャップを導入してもよく、比較目的で同一でない配列を無視してもよい）。特定の実施形態では、比較目的でアラインした配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または１００％である。それから、対応するヌクレオチド位置におけるヌクレオチドを比較する。第１の配列内の位置に、第２の配列内の対応する位置にあるものと同じヌクレオチドが存在する場合、その分子はその位置において同一である。２つの配列間のパーセント同一性は、ギャップ数及び各ギャップの長さを考慮して、配列により共有される同一位置の数の関数であり、２つの配列の最適なアライメントを導くのに必要である。配列の比較及び２つの配列間のパーセント同一性測定については、数学的アルゴリズムを用いて実施することができる。例えば、２つの核酸配列間のパーセント同一性は、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．，ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ， Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ Ｉ，Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；及び、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．，Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；に記載されるような方法を用いて測定することができる（それぞれの内容は参照として本明細書に組み込まれる）。例えば、２つの核酸配列間のパーセント同一性は、Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）のアルゴリズムを用いて測定することができ、そのアルゴリズムは、ＰＡＭ１２０重み付け残基テーブル、ギャップ長ペナルティ１２及びギャップペナルティ４を用いるＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれている。あるいは、２つの核酸配列間のパーセント同一性は、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを用いるＧＣＧソフトウェアパッケージ内のＧＡＰプログラムを用いて測定することができる。配列間のパーセント同一性を測定するために通常用いられる方法としては、Ｃａｒｉｌｌｏ，Ｈ．，ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．，ＳＩＡＭ Ｊ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ．，４８：１０７３（１９８８）に開示されている方法が挙げられるがこれらに限定されない（参照として本明細書に組み込まれる）。同一性を測定するための技術は、一般に利用可能なコンピュータプログラムに分類されている。２つの配列間の相同性を測定するための例示的なコンピュータソフトウェアとしては、ＧＣＧプログラムパッケージ、Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１２，３８７（１９８４）、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、及びＦＡＳＴＡ Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．，２１５，４０３（１９９０）が挙げられるがこれらに限定されない。
多タンパク質ワクチン及び多成分ワクチン
本開示は、それぞれが単一の抗原ポリペプチドをコードする複数のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むＳＴＤワクチンに加え、複数の抗原ポリペプチド（例えば、融合ポリペプチドとして）をコードする単一のＲＮＡポリヌクレオチドを含むＳＴＤワクチンを包含する。それゆえ、第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチド、及び、第２の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むワクチン組成物は、（ａ）第１の抗原ポリペプチドをコードする第１のＲＮＡポリヌクレオチド、及び、第２の抗原ポリペプチドをコードする第２のＲＮＡポリヌクレオチドを含むワクチン、及び、（ｂ）第１及び第２の抗原ポリペプチド（例えば、融合ポリペプチドとして）をコードする単一のＲＮＡポリヌクレオチドを含むワクチンを包含する。いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、そのそれぞれが異なる抗原ポリペプチド（または、２〜１０またはそれ以上の異なる抗原ポリペプチドをコードする単一のＲＮＡポリヌクレオチド）をコードするオープンリーディングフレームを有する２〜１０（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９または１０）、またはそれ以上のＲＮＡポリヌクレオチドを含む。抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド及びＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドから選択してもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤワクチンは、ウイルスカプシドタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチド、ウイルス前駆膜タンパク質／膜タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチド、及び、ウイルスエンベロープタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＳＴＤワクチンは、ウイルス融合（Ｆ）タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチド、及び、ウイルス主要表面糖タンパク質（Ｇタンパク質）をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ウイルスＦタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ウイルスＧタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＨＮタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを有するＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、多成分ワクチンは、シグナルペプチド（例えば、配列番号：３０４〜３０７）に融合した少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードする少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。シグナルペプチドは、抗原ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合してもよい。シグナルペプチドに融合した抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド及びＣｈｌａｍｙｄｉａ（例えば、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原ポリペプチドから選択してもよい。
シグナルペプチド及びリーダー配列
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドによりコードされる抗原ポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。シグナルペプチド（タンパク質のＮ末端１５〜６０アミノ酸を含む）は通常、分泌経路上の膜を介した移行に必要なものであるため、真核生物及び原核生物の両方において、ほとんどのタンパク質の分泌経路への進入を広く制御する。シグナルペプチドは通常、３つの領域、異なる長さのＮ末端領域（通常、正に荷電したアミノ酸を含む）、疎水性領域、及び、短いカルボキシ末端ペプチド領域を含む。真核生物において、新生前駆体タンパク質（プレタンパク質）のシグナルペプチドは、リボソームを粗面小胞体（ＥＲ）膜へと向かわせ、成長ペプチド鎖の輸送（プロセシングのために小胞体を通過）を開始させる。ＥＲプロセシングにより成熟タンパク質が産生され、通常は、宿主細胞のＥＲ常在性シグナルペプチダーゼにより前駆体タンパク質からシグナルペプチドが開裂するか、または、シグナルペプチドは、開裂せずに膜アンカーとして機能する。シグナルペプチドはまた、細胞膜へのタンパク質のターゲティングを促進してもよい。しかしながら、シグナルペプチドは、成熟タンパク質の最終目的地に影響を与えない。自身の配列内に追加のアドレスタグがない分泌タンパク質は、デフォルトで外部環境へと分泌される。近年では、シグナルペプチドに関するより進んだ見方が発展しており、特定のシグナルペプチドにおける機能及び免疫優性が、これまで予想されていたよりはるかに多機能であることを示している。
いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドは、抗原ポリペプチドの細胞表面発現を促進させるためのリーダー配列を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＭＯＭＰ抗原ポリペプチドは、ＭＯＭＰの細胞表面発現を促進させるリーダー配列を含む。例えば、Ｊｏｎｅｓ ＨＭ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ．２０００，２５８：１７３−１８１；及び、Ｆｉｎｄｌａｙ ＨＥ，ｅｔ ａｌ．ＢＭＣ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．２００５，５：５を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチド（例えば、ＭＯＭＰ抗原ポリペプチド）は、配列番号：３０１〜３１６のいずれか１つにより識別されるアミノ酸を含むリーダー配列を含む（に結合する）。本明細書で提供する任意の抗原ポリペプチド（例えば、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）はリーダー配列を含んでいてもよいということを理解すべきである。
本開示のＳＴＤワクチンは、例えば、合成シグナルペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含んでいてもよく、シグナルペプチドコード配列は、抗原ポリペプチドのコード配列と機能的に連結し、また抗原ポリペプチドのコード配列とインフレームである。それゆえ、いくつかの実施形態では、本開示のＳＴＤワクチンは、シグナルペプチドに融合した抗原ポリペプチド（例えば、ＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）を産生する。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、抗原ポリペプチドのＮ末端に融合する。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、抗原ポリペプチドのＣ末端に融合する。
いくつかの実施形態では、抗原ポリペプチドに融合したシグナルペプチドは、合成シグナルペプチドである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンによりコードされる抗原ポリペプチドに融合した合成シグナルペプチドは、免疫グロブリンタンパク質、例えば、ＩｇＥシグナルペプチドまたはＩｇＧシグナルペプチドから得られる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンによりコードされる抗原ポリペプチドに融合したシグナルペプチドは、ＭＤＷＴＷＩＬＦＬＶＡＡＡＴＲＶＨＳ；配列番号：３０５の配列を有するＩｇ重鎖イプシロン−１シグナルペプチド（ＩｇＥ ＨＣ ＳＰ）である。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンによりコードされる抗原ポリペプチドに融合したシグナルペプチドは、ＭＥＴＰＡＱＬＬＦＬＬＬＬＷＬＰＤＴＴＧ；配列番号：３０４の配列を有するＩｇＧｋ鎖Ｖ−ＩＩＩ領域ＨＡＨシグナルペプチド（ＩｇＧｋ ＳＰ）である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、日本脳炎ＰＲＭシグナル配列（ＭＬＧＳＮＳＧＱＲＶＶＦＴＩＬＬＬＬＶＡＰＡＹＳ；配列番号：３０６）、ＶＳＶｇタンパク質シグナル配列（ＭＫＣＬＬＹＬＡＦＬＦＩＧＶＮＣＡ；配列番号：３０７）、及び、日本脳炎ＪＥＶシグナル配列（ＭＷＬＶＳＬＡＩＶＴＡＣＡＧＡ；配列番号：３０８）から選択される。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンによりコードされる抗原ポリペプチドは、−１９（表８）のいずれか１つにより識別されるシグナルペプチドに融合した８、１２〜１４、２４〜３４、４７〜５０または５４〜５６（表３、表６、表１１、表１４または表１７；表４、表７、表１２または表１５のアミノ酸配列もまた参照されたい）のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む。本明細書で開示した例は限定を意図したものではなく、プロセシングのためのＥＲへのタンパク質のターゲティング、及び／または、細胞膜へのタンパク質のターゲティングを促進する当該技術分野において周知のあらゆるシグナルペプチドを、本開示に従い用いてもよい。
シグナルペプチドは、１５〜６０アミノ酸の長さを有していてもよい。例えば、シグナルペプチドは、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０アミノ酸の長さを有していてもよい。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、２０〜６０、２５〜６０、３０〜６０、３５〜６０、４０〜６０、４５〜６０、５０〜６０、５５〜６０、１５〜５５、２０〜５５、２５〜５５、３０〜５５、３５〜５５、４０〜５５、４５〜５５、５０〜５５、１５〜５０、２０〜５０、２５〜５０、３０〜５０、３５〜５０、４０〜５０、４５〜５０、１５〜４５、２０〜４５、２５〜４５、３０〜４５、３５〜４５、４０〜４５、１５〜４０、２０〜４０、２５〜４０、３０〜４０、３５〜４０、１５〜３５、２０〜３５、２５〜３５、３０〜３５、１５〜３０、２０〜３０、２５〜３０、１５〜２５、２０〜２５または１５〜２０アミノ酸の長さを有する。
シグナルペプチドは通常、ＥＲプロセシング中、開裂ジャンクションにおいて新生ポリペプチドから開裂する。本開示のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンにより産生される成熟抗原ポリペプチドは通常、シグナルペプチドを含まない。
化学修飾
いくつかの実施形態では、本開示のＳＴＤワクチンは、少なくとも１つの化学修飾を含む少なくとも１つの抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくともＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む。
用語「化学修飾（ｃｈｅｍｉｃａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）」及び「化学修飾（ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ ｍｏｄｉｆｉｅｄ）」とは、アデノシン（Ａ）、グアノシン（Ｇ）、ウリジン（Ｕ）、チミジン（Ｔ）またはシチジン（Ｃ）リボヌクレオシドまたはデオキシリボヌクレオシドに対する修飾（それらの位置、型、割合または群のうち少なくとも１つにおける）のことを意味する。通常、これらの用語は、天然５´末端ｍＲＮＡキャップ部分におけるリボヌクレオチド修飾のことを意味しない。ポリペプチドに関し、用語「修飾」とは、標準的な２０種のアミノ酸セットに対する修飾のことを意味する。本明細書で提供するポリペプチドはまた、アミノ酸置換、アミノ酸挿入、または、置換及び挿入の組み合わせを含んで「修飾」されるとみなされる。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、様々な（複数の）異なる修飾を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの特定の領域は、１つの、２つのまたはそれ以上の（任意選択的に、異なる）ヌクレオシド修飾またはヌクレオチド修飾を含む。いくつかの実施形態では、細胞または生物に導入された修飾ＲＮＡポリヌクレオチド（例えば、修飾ｍＲＮＡポリヌクレオチド）は、非修飾ポリヌクレオチドと比較して、細胞または生物内それぞれにおいて分解抑制を示す。いくつかの実施形態では、細胞または生物に導入された修飾ＲＮＡポリヌクレオチド（例えば、修飾ｍＲＮＡポリヌクレオチド）は、細胞または生物内それぞれにおいて免疫原性抑制（例えば、生得的反応抑制）を示してもよい。
ポリヌクレオチドの修飾としては、本明細書に記載の修飾が挙げられるがこれらに限定されない。ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、天然または非天然の修飾を含んでいてもよく、または、ポリヌクレオチドは、天然修飾及び非天然修飾の組み合わせを含んでいてもよい。ポリヌクレオチドは、任意の有用な修飾、例えば、糖による修飾、核酸塩基による修飾、または、ヌクレオシド間結合部（例えば、リン酸エステル結合部、ホスホジエステル結合部、または、ホスホジエステル主鎖への）による修飾を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、所望の機能または性質を得るためのポリヌクレオチド合成中または合成後に導入される非天然修飾ヌクレオチドを含む。修飾は、ヌクレオチド間結合部上、プリン塩基もしくはピリミジン塩基上、または、糖上に存在していてもよい。化学合成またはポリメラーゼ酵素を用いて、分子鎖末端または分子鎖中の他の箇所に修飾を導入してもよい。ポリヌクレオチド領域のいずれかは、化学修飾されていてもよい。
本開示は、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）の修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオチドを提供する。「ヌクレオシド」とは、有機塩基（例えば、プリンまたはピリミジン）またはその誘導体（本明細書ではまた、「核酸塩基」と呼ぶ）と組み合わせた、糖分子（例えば、ペントースまたはリボース）またはその誘導体を含有する化合物のことを意味する。「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドのことを意味し、リン酸基を含む。任意の有用な方法、例えば、化学的方法、酵素的方法または組換え方法などを用いて、１つ又は複数の修飾ヌクレオシドまたは非天然ヌクレオシドを含むように修飾ヌクレオチドを合成してもよい。ポリヌクレオチドは、ヌクレオシドが結合した１つの領域または複数の領域を含んでいてもよい。このような領域は、調節可能な主鎖結合を有していてもよい。結合は標準的なホスホジエステル結合であってもよく、その場合、ポリヌクレオチドはヌクレオチド領域を含む。
修飾ヌクレオチド塩基対は、標準的なアデノシン−チミン塩基対、アデノシン−ウラシル塩基対、またはグアノシン−シトシン塩基対だけでなく、非標準的な塩基または修飾塩基を含むヌクレオチド及び／または修飾ヌクレオチド間で形成された塩基対もまた包含し、水素結合供与体及び水素結合受容体の配置により、非標準的な塩基と標準的な塩基との間、または、２つの相補的で非標準的な塩基構造間の水素結合が可能となる。このような非標準的な塩基対における１つの例は、修飾ヌクレオチド、イノシン及びアデニン、シトシンまたはウラシル間の塩基対である。塩基／糖またはリンカーの任意の組み合わせを、本開示のポリヌクレオチドに組み込んでもよい。
本開示のワクチンに有用なポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）の修飾としては、以下、２−メチルチオ−Ｎ６−（シス−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−メチルアデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６−グリシニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、Ｎ６−メチルアデノシン、Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、１，２’−Ｏ−ジメチルアデノシン、１−メチルアデノシン、２’−Ｏ−メチルアデノシン、２’−Ｏ−リボシルアデノシン（ホスフェート）、２−メチルアデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン、２'−Ｏ−メチルアデノシン、２'−Ｏ−リボシルアデノシン（ホスフェート）、イソペンテニルアデノシン、Ｎ６−（シス−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６，２'−Ｏ−ジメチルアデノシン、Ｎ６，２'−Ｏ−ジメチルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６，２'−Ｏ−トリメチルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６−ジメチルアデノシン、Ｎ６−アセチルアデノシン、Ｎ６−ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン、Ｎ６−メチル−Ｎ６−スレオニルカルバモイルアデノシン、２−メチルアデノシン、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン、７−デアザ−アデノシン、Ｎ１−メチル−アデノシン、Ｎ６，Ｎ６（ジメチル）アデニン、Ｎ６−シス−ヒドロキシ−イソペンテニル−アデノシン、α−チオ−アデノシン、２（アミノ）アデニン、２（アミノプロピル）アデニン、２（メチルチオ）Ｎ６（イソペンテニル）アデニン、２−（アルキル）アデニン、２−（アミノアルキル）アデニン、２−（アミノプロピル）アデニン、２−（ハロ）アデニン、２−（ハロ）アデニン、２−（プロピル）アデニン、２'−アミノ−２'−デオキシ−ＡＴＰ、２'−アジド−２'−デオキシ−ＡＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−アミノアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２’−α−アジドアデノシンＴＰ、６（アルキル）アデニン、６（メチル）アデニン、６−（アルキル）アデニン、６−（メチル）アデニン、７（デアザ）アデニン、８（アルケニル）アデニン、８（アルキニル）アデニン、８（アミノ）アデニン、８（チオアルキル）アデニン、８−（アルケニル）アデニン、８−（アルキル）アデニン、８−（アルキニル）アデニン、８−（アミノ）アデニン、８−（ハロ）アデニン、８−（ヒドロキシル）アデニン、８−（チオアルキル）アデニン、８−（チオール）アデニン、８−アジド−アデノシン、アザアデニン、デアザアデニン、Ｎ６（メチル）アデニン、Ｎ６−（イソペンチル）アデニン、７−デアザ−８−アザ−アデノシン、７−メチルアデニン、１−デアザアデノシンＴＰ、２'フルオロ−Ｎ６−Ｂｚ−デオキシアデノシンＴＰ、２'−ＯＭｅ−２−アミノ−ＡＴＰ、２'Ｏ−メチル−Ｎ６−Ｂｚ−デオキシアデノシンＴＰ、２'ーα−エチニルアデノシンＴＰ、２−アミノアデニン、２−アミノアデノシンＴＰ、２−アミノ−ＡＴＰ、２'−α−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ、２−アジドアデノシンＴＰ、２'−β−エチニルアデノシンＴＰ、２−ブロモアデノシンＴＰ、２'−β−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ、２−クロロアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'，２'−ジフルオロアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−メルカプトアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−チオメトキシアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アミノアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アジドアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ブロモアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−クロロアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−フルオロアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ヨードアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−メルカプトアデノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−チオメトキシアデノシンＴＰ、２−フルオロアデノシンＴＰ、２−ヨードアデノシンＴＰ、２−メルカプトアデノシンＴＰ、２−メトキシ−アデニン、２−メチルチオ−アデニン、２−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ、３−デアザ−３−ブロモアデノシンＴＰ、３−デアザ−３−クロロアデノシンＴＰ、３−デアザ−３−フルオロアデノシンＴＰ、３−デアザ−３−ヨードアデノシンＴＰ、３−デアザアデノシンＴＰ、４'−アジドアデノシンＴＰ、４'−炭素環式アデノシンＴＰ、４’−エチニルアデノシンＴＰ、５'−ホモ−アデノシンＴＰ、８−アザ−ＡＴＰ、８−ブロモ−アデノシンＴＰ、８−トリフルオロメチルアデノシンＴＰ、９−デアザアデノシンＴＰ、２−アミノプリン、７−デアザ−２，６−ジアミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２−アミノプリン、２，６−ジアミノプリン、７−デアザ−８−アザ−アデニン、７−デアザ−２−アミノプリン、２−チオシチジン、３−メチルシチジン、５−ホルミルシチジン、５−ヒドロキシメチルシチジン、５−メチルシチジン、Ｎ４−アセチルシチジン、２'−Ｏ−メチルシチジン、２'−Ｏ−メチルシチジン、５，２'−Ｏ−ジメチルシチジン、５−ホルミル−２'−Ｏ−メチルシチジン、リシジン、Ｎ４，２’−Ｏ−ジメチルシチジン、Ｎ４−アセチル−２'−Ｏ−メチルシチジン、Ｎ４−メチルシチジン、Ｎ４，Ｎ４−ジメチル−２'−ＯＭｅ−シチジンＴＰ、４−メチルシチジン、５−アザ−シチジン、シュード−イソ−シチジン、ピロロ−シチジン、α−チオ−シチジン、２−（チオ）シトシン、２'−アミノ−２'−デオキシ−CＴＰ、２'−アジド−２'−デオキシ−CＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−アミノシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−アジドシチジンＴＰ、３（デアザ）５（アザ）シトシン、３（メチル）シトシン、３−（アルキル）シトシン、３−（デアザ）５（アザ）シトシン、３−（メチル）シチジン、４，２'−Ｏ−ジメチルシチジン、５（ハロ）シトシン、５（メチル）シトシン、５（プロピニル）シトシン、５（トリフルオロメチル）シトシン、５−（アルキル）シトシン、５−（アルキニル）シトシン、５−（ハロ）シトシン、５−（プロピニル）シトシン、５−（トリフルオロメチル）シトシン、５−ブロモ−シチジン、５−ヨード−シチジン、５−プロピニルシトシン、６−（アゾ）シトシン、６−アザ−シチジン、アザシトシン、デアザシトシン、Ｎ４（アセチル）シトシン、１−メチル−１−デアザ−シュードイソシチジン、１−メチル−シュードイソシチジン、２−メトキシ−５−メチル−シチジン、２−メトキシ−シチジン、２−チオ−５−メチル−シチジン、４−メトキシ−１−メチル−シュードイソシチジン、４−メトキシ−シュードイソシチジン、４−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードイソシチジン、４−チオ−１−メチル−シュードイソシチジン、４−チオ−シュードイソシチジン、５−アザ−ゼブラリン、５−メチル−ゼブラリン、ピロロ−シュードイソシチジン、ゼブラリン、（Ｅ）−５−（２−ブロモ−ビニル）シチジンＴＰ、２，２'−無水−シチジンＴＰヒドロクロリド、２'フルオロ−Ｎ４−Ｂｚ−シチジンＴＰ、２'フルオロ−Ｎ４−アセチル−シチジンＴＰ、２'−Ｏ−メチル−Ｎ４−アセチル−シチジンＴＰ、２'Ｏ−メチル−Ｎ４−Ｂｚ−シチジンＴＰ、２'−α−エチニルシチジンＴＰ、２'−α−トリフルオロメチルシチジンＴＰ、２'−β−エチニルシチジンＴＰ、２'−β−トリフルオロメチルシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'，２'−ジフルオロシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−メルカプトシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−チオメトキシシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アミノシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アジドシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ブロモシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−クロロシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−フルオロシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ヨードシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−メルカプトシチジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−チオメトキシシチジンＴＰ、２'−Ｏ−メチル−５−（１−プロピニル）シチジンＴＰ、３’−エチニルシチジンＴＰ、４'−アジドシチジンＴＰ、４'−炭素環式シチジンＴＰ、４’−エチニルシチジンＴＰ、５−（１−プロピニル）アラ−シチジンＴＰ、５−（２−クロロフェニル）−２−チオシチジンＴＰ、５−（４−アミノフェニル）−２−チオシチジンＴＰ、５−アミノアリル−CＴＰ、５−シアノシチジンＴＰ、５−エチニルアラ−シチジンＴＰ、５−エチニルシチジンＴＰ、５'−ホモ−シチジンＴＰ、５−メトキシシチジンＴＰ、５−トリフルオロメチル−シチジンＴＰ、Ｎ４−アミノ−シチジンＴＰ、Ｎ４−ベンゾイル−シチジンＴＰ、シュードイソシチジン、７−メチルグアノシン、Ｎ２，２’−Ｏ−ジメチルグアノシン、Ｎ２−メチルグアノシン、ワイオシン、１，２'−Ｏ−ジメチルグアノシン、１−メチルグアノシン、２'−Ｏ−メチルグアノシン、２'−Ｏ−リボシルグアノシン（ホスフェート）、２'−Ｏ−メチルグアノシン、２'−Ｏ−リボシルグアノシン（ホスフェート）、７−アミノメチル−７−デアザグアノシン、７−シアノ−７−デアザグアノシン、アルカエオシン、メチルワイオシン、Ｎ２，７−ジメチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２，２’−Ｏ−トリメチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２，７−トリメチルグアノシン、Ｎ２，Ｎ２−ジメチルグアノシン、Ｎ２，７，２'−Ｏ−トリメチルグアノシン、６−チオ−グアノシン、７−デアザ−グアノシン、８−オキソ−グアノシン、Ｎ１−メチル−グアノシン、α−チオ−グアノシン、２（プロピル）グアニン、２−（アルキル）グアニン、２'−アミノ−２'−デオキシ−GＴＰ、２'−アジド−２'−デオキシ−GＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−アミノグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−アジドグアノシンＴＰ、６（メチル）グアニン、６−（アルキル）グアニン、６−（メチル）グアニン、６−メチル−グアノシン、７（アルキル）グアニン、７（デアザ）グアニン、７（メチル）グアニン、７−（アルキル）グアニン、７−（デアザ）グアニン、７−（メチル）グアニン、８（アルキル）グアニン、８（アルキニル）グアニン、８（ハロ）グアニン、８（チオアルキル）グアニン、８−（アルケニル）グアニン、８−（アルキル）グアニン、８−（アルキニル）グアニン、８−（アミノ）グアニン、８−（ハロ）グアニン、８−（ヒドロキシル）グアニン、８−（チオアルキル）グアニン、８−（チオール）グアニン、アザグアニン、デアザグアニン、Ｎ（メチル）グアニン、Ｎ−（メチル）グアニン、１−メチル−６チオグアノシン、６−メトキシ−グアノシン、６−チオ−７−デアザ−８−アザ−グアノシン、６−チオ−７−デアザ−グアノシン、６−チオ−７−メチル−グアノシン、７−デアザ−８−アザ−グアノシン、７−メチル−８−オキソ−グアノシン、Ｎ２，Ｎ２−ジメチル−６−チオ−グアノシン、Ｎ２−メチル−６−チオ−グアノシン、１−Ｍｅ−ＧＴＰ、２'フルオロ−Ｎ２−イソブチル−グアノシンＴＰ、２'Ｏ−メチル−Ｎ２−イソブチル−グアノシンＴＰ、２'−α−エチニルグアノシンＴＰ、２'−α−トリフルオロメチルグアノシンＴＰ、２'−β−エチニルグアノシンＴＰ、２'−β−トリフルオロメチルグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'，２'−ジフルオログアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−メルカプトグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−チオメトキシグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アミノグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アジドグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ブロモグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−クロログアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−フルオログアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ヨードグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−メルカプトグアノシンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−チオメトキシグアノシンＴＰ、４'−アジドグアノシンＴＰ、４'−炭素環式グアノシンＴＰ、４’−エチニルグアノシンＴＰ、５'−ホモ−グアノシンＴＰ、８−ブロモ−グアノシンＴＰ、９−デアザグアノシンＴＰ、Ｎ２−イソブチ



ル−グアノシンＴＰ、１−メチルイノシン、イノシン、１，２'−Ｏ−ジメチルイノシン、２'−Ｏ−メチルイノシン、７−メチルイノシン、２'−Ｏ−メチルイノシン、エポキシクエオシン、ガラクトシル−クエオシン、マンノシルクエオシン、クエオシン、アリルアミノチミジン、アザチミジン、デアザチミジン、デオキシチミジン、２'−Ｏ−メチルウリジン、２−チオウリジン、３−メチルウリジン、５−カルボキシメチルウリジン、５−ヒドロキシウリジン、５−メチルウリジン、５−タウリノメチル−２−チオウリジン、５−タウリノメチルウリジン、ジヒドロウリジン、シュードウリジン、（３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジン、１−メチル−３−（３−アミノ−５−カルボキシプロピル）シュードウリジン、１−メチルシュードウリジン、１−メチル−シュードウリジン、２'−Ｏ−メチルウリジン、２'−Ｏ−メチルシュードウリジン、２'−Ｏ−メチルウリジン、２−チオ−２'−Ｏ−メチルウリジン、３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジン、３，２'−Ｏ−ジメチルウリジン、３−メチル−シュード−ウリジンＴＰ、４−チオウリジン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジンメチルエステル、５，２'−Ｏ−ジメチルウリジン、５，６−ジヒドロ−ウリジン、５−アミノメチル−２−チオウリジン、５−カルバモイルメチル−２'−Ｏ−メチルウリジン、５−カルバモイルメチルウリジン、５−カルボキシヒドロキシメチルウリジン、５−カルボキシヒドロキシメチルウリジンメチルエステル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２'−Ｏ−メチルウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、５−カルバモイルメチルウリジンＴＰ、５−メトキシカルボニルメチル−２'−Ｏ−メチルウリジン、５−メトキシカルボニルメチル−２−チオウリジン、５−メトキシカルボニルメチルウリジン、５−メトキシウリジン、５−メチル−２−チオウリジン、５−メチルアミノメチル−２−セレノウリジン、５−メチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−メチルアミノメチルウリジン、５−メチルジヒドロウリジン、５−オキシ酢酸−ウリジンＴＰ、５−オキシ酢酸−メチルエステル−ウリジンＴＰ、Ｎ１−メチル−シュードウリジン、ウリジン５−オキシ酢酸、ウリジン５−オキシ酢酸メチルエステル、３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）−ウリジンＴＰ、５−（イソ−ペンテニルアミノメチル）−２−チオウリジンＴＰ、５−（イソ−ペンテニルアミノメチル）−２'−Ｏ−メチルウリジンＴＰ、５−（イソ−ペンテニルアミノメチル）ウリジンＴＰ、５−プロピニルウラシル、α−チオ−ウリジン、１（アミノアルキルアミノ−カルボニルエチレニル）−２（チオ）−シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）−２，４−（ジチオ）シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）−４（チオ）シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）−シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）−２（チオ）−シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）−２，４−（ジチオ）シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）−４（チオ）シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）−シュードウラシル、１置換２（チオ）−シュードウラシル、１置換２，４−（ジチオ）シュードウラシル、１置換４（チオ）シュードウラシル、１置換シュードウラシル、１−（アミノアルキルアミノ−カルボニルエチレニル）−２−（チオ）−シュードウラシル、１−メチル−３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）シュードウリジンＴＰ、１−メチル−３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）シュード−ＵＴＰ、１−メチル−シュード−ＵＴＰ、２（チオ）シュードウラシル、２’デオキシウリジン、２’フルオロウリジン、２−（チオ）ウラシル、２，４−（ジチオ）シュードウラシル、２’メチル，２'アミノ，２'アジド，２'フルオロ−グアノシン、２'−アミノ−２'−デオキシ−ＵＴＰ、２'−アジド−２'−デオキシ−ＵＴＰ、２'−アジド−デオキシウリジンＴＰ、２'−Ｏ−メチルシュードウリジン、２’デオキシウリジン、２’フルオロウリジン、２'−デオキシ−２'−α−アミノウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−アジドウリジンＴＰ、２−メチルシュードウリジン、３（３アミノ−３カルボキシプロピル）ウラシル、４（チオ）シュードウラシル、４−（チオ）シュードウラシル、４−（チオ）ウラシル、４−チオウラシル、５（１，３−ジアゾール−１−アルキル）ウラシル、５（２−アミノプロピル）ウラシル、５（アミノアルキル）ウラシル、５（ジメチルアミノアルキル）ウラシル、５（グアニジウムアルキル）ウラシル、５（メトキシカルボニルメチル）−２−（チオ）ウラシル、５（メトキシカルボニル−メチル）ウラシル、５（メチル）２（チオ）ウラシル、５（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル、５（メチル）４（チオ）ウラシル、５（メチルアミノメチル）−２（チオ）ウラシル、５（メチルアミノメチル）−２，４（ジチオ）ウラシル、５（メチルアミノメチル）−４（チオ）ウラシル、５（プロピニル）ウラシル、５（トリフルオロメチル）ウラシル、５−（２−アミノプロピル）ウラシル、５−（アルキル）−２−（チオ）シュードウラシル、５−（アルキル）−２，４（ジチオ）シュードウラシル、５−（アルキル）−４（チオ）シュードウラシル、５−（アルキル）シュードウラシル、５−（アルキル）ウラシル、５−（アルキニル）ウラシル、５−（アリルアミノ）ウラシル、５−（シアノアルキル）ウラシル、５−（ジアルキルアミノアルキル）ウラシル、５−（ジメチルアミノアルキル）ウラシル、５−（グアニジウムアルキル）ウラシル、５−（ハロ）ウラシル、５−（１，３−ジアゾール−l−アルキル）ウラシル、５−（メトキシ）ウラシル、５−（メトキシカルボニルメチル）−２−（チオ）ウラシル、５−（メトキシカルボニル−メチル）ウラシル、５−（メチル）２（チオ）ウラシル、５−（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル、５−（メチル）４（チオ）ウラシル、５−（メチル）−２−（チオ）シュードウラシル、５−（メチル）−２，４（ジチオ）シュードウラシル、５−（メチル）−４（チオ）シュードウラシル、５−（メチル）シュードウラシル、５−（メチルアミノメチル）−２（チオ）ウラシル、５−（メチルアミノメチル）−２，４（ジチオ）ウラシル、５−（メチルアミノメチル）−４−（チオ）ウラシル、５−（プロピニル）ウラシル、５−（トリフルオロメチル）ウラシル、５−アミノアリル−ウリジン、５−ブロモ−ウリジン、５−ヨード−ウリジン、５−ウラシル、６（アゾ）ウラシル、６−（アゾ）ウラシル、６−アザ−ウリジン、アリルアミノウラシル、アザウラシル、デアザウラシル、Ｎ３（メチル）ウラシル、シュード−ＵＴＰ−１−２−エタン酸、シュードウラシル、４−チオ−シュード−ＵＴＰ、１−カルボキシルメチル−シュードウリジン、１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、１−プロピニル−ウリジン、１−タウリノメチル−１−メチル−ウリジン、１−タウリノメチル−４チオ−ウリジン、１−タウリノメチル−シュードウリジン、２−メトキシ−４チオ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−２チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、４−チオ−シュードウリジン、５−アザ−ウリジン、ジヒドロシュードウリジン、(±)１−（２−ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ、(２Ｒ)−１−（２−ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ、(２Ｓ)−１−（２−ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ、(Ｅ)−５−（２−ブロモ−ビニル）アラ−ウリジンＴＰ、(Ｅ)−５−（２−ブロモ−ビニル）ウリジンＴＰ、(Ｚ)−５−（２−ブロモ−ビニル）アラ−ウリジンＴＰ、(Ｚ)−５−（２−ブロモ−ビニル）ウリジンＴＰ、１−（２，２，２−トリフルオロエチル）−シュード−ＵＴＰ、１−（２，２，３，３，３−ペンタフルオロプロピル）シュードウリジンＴＰ、１−（２，２−ジエトキシエチル）シュードウリジンＴＰ、１−（２，４，６−トリメチルベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（２，４，６−トリメチル−ベンジル）シュード−ＵＴＰ、１−（２，４，６−トリメチル−フェニル）シュード−ＵＴＰ、１−（２−アミノ−２−カルボキシエチル）シュード−ＵＴＰ、１−（２−アミノエチル）シュード−ＵＴＰ、１−（２−ヒドロキシエチル）シュードウリジンＴＰ、１−（２−メトキシエチル）シュードウリジンＴＰ、１−（３，４−ビス−トリフルオロメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（３，４−ジメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）シュード−ＵＴＰ、１−（３−アミノプロピル）シュード−ＵＴＰ、１−（３−シクロプロピル−プロプ−２−イニル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−アミノ−４−カルボキシブチル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−アミノベンジル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−アミノ−ブチル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−アミノフェニル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−アジドベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−ブロモベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−クロロベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−フルオロベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−ヨードベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−メタンスルホニルベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−メトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−メトキシベンジル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−メトキシフェニル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−メチルベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−メチルベンジル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−ニトロベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−ニトロ−ベンジル）シュード−ＵＴＰ、１（４−ニトロ−フェニル）シュード−ＵＴＰ、１−（４−チオメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−トリフルオロメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（４−トリフルオロメチルベンジル）シュードウリジンＴＰ、１−（５−アミノ−ペンチル）シュード−ＵＴＰ、１−（６−アミノ−ヘキシル）シュード−ＵＴＰ、１，６−ジメチル−シュード−ＵＴＰ、１−［３−（２−｛２−［２−（２−アミノエトキシ）−エトキシ］−エトキシ｝−エトキシ）−プロピオニル］シュードウリジンＴＰ、１−｛３−［２−（２−アミノエトキシ）−エトキシ］−プロピオニル｝シュードウリジンＴＰ、１−アセチルシュードウリジンＴＰ、１−アルキル−６−（１−プロピニル）−シュード−ＵＴＰ、１−アルキル−６−（２−プロピニル）−シュード−ＵＴＰ、１−アルキル−６−アリルシュード−ＵＴＰ、１−アルキル−６−エチニルシュード−ＵＴＰ、１−アルキル−６−ホモアリルシュード−ＵＴＰ、１−アルキル−６−ビニルシュード−ＵＴＰ、１−アリルシュードウリジンＴＰ、１−アミノメチル−シュード−ＵＴＰ、１−ベンゾイルシュードウリジンＴＰ、１−ベンジルオキシメチルシュードウリジンＴＰ、１−ベンジル−シュード−ＵＴＰ、１−ビオチニル−ＰＥＧ２−シュードウリジンＴＰ、１−ビオチニルシュードウリジンＴＰ、１−ブチル−シュード−ＵＴＰ、１−シアノメチルシュードウリジンＴＰ、１−シクロブチルメチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロブチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロヘプチルメチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロヘプチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロヘキシルメチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロヘキシル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロオクチルメチル



−シュード−ＵＴＰ、１−シクロオクチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロペンチルメチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロペンチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロプロピルメチル−シュード−ＵＴＰ、１−シクロプロピル−シュード−ＵＴＰ、１−エチル−シュード−ＵＴＰ、１−ヘキシル−シュード−ＵＴＰ、１−ホモアリルシュードウリジンＴＰ、１−ヒドロキシメチルシュードウリジンＴＰ、１−イソ−プロピル−シュード−ＵＴＰ、１−Ｍｅ−２−チオ−シュード−ＵＴＰ、１−Ｍｅ−４−チオ−シュード−ＵＴＰ、１−Ｍｅ−α−チオ−シュード−ＵＴＰ、１−メタンスルホニルメチルシュードウリジンＴＰ、１−メトキシメチルシュードウリジンＴＰ、１−メチル−６−（２，２，２−トリフルオロエチル）シュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−（４−モルホリノ）−シュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−（４−チオモルホリノ）−シュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−（置換フェニル）シュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−アミノシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−アジドシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ブロモシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ブチルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−クロロシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−シアノシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ジメチルアミノシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−エトキシシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−エチルカルボキシレートシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−エチルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−フルオロシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ホルミルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ヒドロキシアミノ−シュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ヒドロキシシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ヨードシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−イソ−プロピルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−メトキシシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−メチルアミノシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−フェニルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−プロピルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−ｔｅｒｔ−ブチルシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−トリフルオロメトキシシュード−ＵＴＰ、１−メチル−６−トリフルオロメチルシュード−ＵＴＰ、１−モルホリノメチルシュードウリジンＴＰ、１−ペンチル−シュード−ＵＴＰ、１−フェニル−シュード−ＵＴＰ、１−ピバロイルシュードウリジンＴＰ、１−プロパルギルシュードウリジンＴＰ、１−プロピル−シュード−ＵＴＰ、１−プロピニル−シュードウリジン、１−p−トリル−シュード−ＵＴＰ、１−ｔｅｒｔ−ブチル−シュード−ＵＴＰ、１−チオメトキシメチルシュードウリジンＴＰ、１−チオモルホリノメチルシュードウリジンＴＰ、１−トリフルオロアセチルシュードウリジンＴＰ、１−トリフルオロメチル−シュード−ＵＴＰ、１−ビニルシュードウリジンＴＰ、２，２'−無水−ウリジンＴＰ、２'−ブロモ−デオキシウリジンＴＰ、２'−F−５−メチル−２'−デオキシ−ＵＴＰ、２'−ＯＭｅ−５−Ｍｅ−ＵＴＰ、２'−ＯＭｅ−シュード−ＵＴＰ、２'−α−エチニルウリジンＴＰ、２'−α−トリフルオロメチルウリジンＴＰ、２'−β−エチニルウリジンＴＰ、２'−β−トリフルオロメチルウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'，２'−ジフルオロウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−メルカプトウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−α−チオメトキシウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アミノールイジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−アジドウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ブロモウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−クロロウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−フルオロウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−ヨードウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−メルカプトウリジンＴＰ、２'−デオキシ−２'−β−チオメトキシウリジンＴＰ、２−メトキシ−４チオウリジン、２−メトキシウリジン、２'−Ｏ−メチル−５−（１−プロピニル）ウリジンＴＰ、３−アルキル−シュード−ＵＴＰ、４'−アジドウリジンＴＰ、４'−炭素環式ウリジンＴＰ、４’−エチニルウリジンＴＰ、５−（１−プロピニル）アラ−ウリジンＴＰ、５−（２−フラニル）ウリジンＴＰ、５−シアノウリジンＴＰ、５−ジメチルアミノウリジンＴＰ、５'−ホモ−ウリジンＴＰ、５−ヨード−２'−フルオロ−デオキシウリジンＴＰ、５−フェニルエチニルウリジンＴＰ、５−トリジュウテロメチル−６−ジュウテロウリジンＴＰ、５−トリフルオロメチル−ウリジンＴＰ、５−ビニルアラウリジンＴＰ、６−（２，２，２−トリフルオロエチル）−シュード−ＵＴＰ、６−（４−モルホリノ）−シュード−ＵＴＰ、６−（４−チオモルホリノ）−シュード−ＵＴＰ、６−（置換−フェニル）−シュード−ＵＴＰ、６−アミノ−シュード−ＵＴＰ、６−アジド−シュード−ＵＴＰ、６−ブロモシュード−ＵＴＰ、６−ブチル−シュード−ＵＴＰ、６−クロロ−シュード−ＵＴＰ、６−シアノ−シュード−ＵＴＰ、６−ジメチルアミノ−シュード−ＵＴＰ、６−エトキシ−シュード−ＵＴＰ、６−エチルカルボキシレート−シュード−ＵＴＰ、６−エチル−シュード−ＵＴＰ、６−フルオロ−シュード−ＵＴＰ、６−ホルミル−シュード−ＵＴＰ、６−ヒドロキシアミノ−シュード−ＵＴＰ、６−ヒドロキシ−シュード−ＵＴＰ、６−ヨード−シュード−ＵＴＰ、６−イソ−プロピル−シュード−ＵＴＰ、６−メトキシ−シュード−ＵＴＰ、６−メチルアミノ−シュード−ＵＴＰ、６−メチル−シュード−ＵＴＰ、６−フェニル−シュード−ＵＴＰ、６−フェニル−シュード−ＵＴＰ、６−プロピル−シュード−ＵＴＰ、６−ｔｅｒｔ−ブチル−シュード−ＵＴＰ、６−トリフルオロメトキシ−シュード−ＵＴＰ、６−トリフルオロメチル−シュード−ＵＴＰ、α−チオ−シュード−ＵＴＰ、シュードウリジン１−（４−メチルベンゼンスルホン酸）ＴＰ、シュードウリジン１−（４−メチル安息香酸）ＴＰ、シュードウリジンＴＰ１−［３−（２−エトキシ）］プロピオン酸、シュードウリジンＴＰ１−［３−｛２−（２−［２−（２−エトキシ）−エトキシ］−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸、シュードウリジンＴＰ１−［３−｛２−（２−［２−｛２（２−エトキシ）−エトキシ｝−エトキシ］−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸、シュードウリジンＴＰ１−［３−｛２−（２−［２−エトキシ］−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸、シュードウリジンＴＰ１−［３−｛２−（２−エトキシ）−エトキシ｝］プロピオン酸、シュードウリジンＴＰ１−メチルホスホン酸、シュードウリジンＴＰ１−メチルホスホン酸ジエチルエステル、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−３−プロピオン酸、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−４−ブタン酸、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−５−ペンタン酸、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−６−ヘキサン酸、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−７−ヘプタン酸、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−メチル−p−安息香酸、シュード−ＵＴＰ−Ｎ１−p−安息香酸、ワイブトシン、ヒドロキシワイブトシン、イソワイオシン、ペルオキシワイブトシン、未修飾ヒドロキシワイブトシン、４−脱メチルワイオシン、２，６−（ジアミノ）プリン、１−（アザ）−２−（チオ）−３−（アザ）−フェノキサジン−１−イル、１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェニルチアジン−１−イル、１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノキサジン−１−イル、１，３，５−（トリアザ）−２，６−（ジオキサ）−ナフタレン、２（アミノ）プリン、２，４，５−（トリメチル）フェニル、２'メチル，２'アミノ，２'アジド，２'フルオロ−シチジン、２'メチル，２'アミノ，２'アジド，２'フルオロ−アデニン、２'メチル，２'アミノ，２'アジド，２'フルオロ−ウリジン、２'−アミノ−２'−デオキシリボース、２−アミノ−６−クロロ−プリン、２−アザ−イノシニル、２'−アジド−２'−デオキシリボース、２'フルオロ−２'−デオキシリボース、２'−フルオロ−修飾塩基、２'−Ｏ−メチル−リボース、２−オキソ−７−アミノピリドピリミジン−３−イル、２−オキソ−ピリドピリミジン−３−イル、２−ピリジノン、３ニトロピロール、３−（メチル）−７−（プロピニル）イソカルボスチリル、３−（メチル）イソカルボスチリル、４−（フルオロ）−６−（メチル）ベンゾイミダゾール、４−（メチル）ベンゾイミダゾール、４−（メチル）インドリル、４，６−（ジメチル）インドリル、５ニトロインドール、５置換ピリミジン、５−（メチル）イソカルボスチリル、５−ニトロインドール、６−（アザ）ピリミジン、６−（アゾ）チミン、６−（メチル）−７−（アザ）インドリル、６−クロロ−プリン、６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２ーオン−３−イル、７−（アミノアルキルヒドロキシ）−１−（アザ）−２−（チオ）−３、−（アザ）−フェノチアジン−１−イル、７−（アミノアルキルヒドロキシ）−１−（アザ）−２−（チオ）−３−（アザ）−フェノキサジン−１−イル、７−（アミノアルキルヒドロキシ）−１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノキサジン−１−イル、７−（アミノアルキルヒドロキシ）−１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノチアジン−１−イル、７−（アミノアルキルヒドロキシ）−１，３（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノキサジン−１−イル、７−（アザ）インドリル、７−（グアニジウムアルキルヒドロキシ）−１−（アザ）−２−（チオ）−３−（アザ）−フェノキサジン−イル、７−（グアニジウムアルキルヒドロキシ）−１−（アザ）−２−（チオ）−３−（アザ）−フェノチアジン−１−イル、７−（グアニジウムアルキルヒドロキシ）−１−（アザ）−２−（チオ）−３−（アザ）−フェノキサジン−１−イル、７−（グアニジウムアルキルヒドロキシ）−１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノキサジン−１−イル、７−（グアニジウムアルキルヒドロキシ）−１，３（ジアザ）−２（オキソ）−フェノチアジン−１−イル、７−（グアニジウムアルキルヒドロキシ）−１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノキサジン−１−イル、７−（プロピニル）イソカルボスチリル、７−（プロピニル）イソカルボスチリル、プロピニル−７−（アザ）インドリル、７−デアザ−イノシニル、７−置換１−（アザ）−２−（チオ）−３−（アザ）−フェノキサジン−１−イル、７−置換１，３−（ジアザ）−２−（オキソ）−フェノキサジン−１−イル、９−（メチル）−イミジゾピリジニル、アミノインドリル、アントラセニル、ビス−オルト−（アミノアルキルヒドロキシ）−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ビス−オルト−置換−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ジフルオロトリル、ヒポキサンチン、イミジゾピリジニル、イノシニル、イソカルボスチリル、イソグアニジン、Ｎ２−置換プリン、Ｎ６−メチル−２−アミノプリン、Ｎ６−置換プリン、Ｎ−アルキル化誘導体、ナフタレニル、ニトロベンズイミダゾリル、ニトロイミダゾリル、ニトロインダゾリル、ニトロピラゾリル、ヌブラリン、Ｏ６−置換プリン、Ｏ−アルキル化誘導体、オルト−（アミノアルキルヒドロキシ）−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、オルト−置換−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、オキソフォルマイシンＴＰ、パラ−（アミノアルキルヒドロキシ）−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２ーオン−３−イル、パラ−置換−６−フェニル−ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ペンタセニル、フェナントラセニル、フェニル、プロピニル−７−（アザ）インドリル、ピレニル、ピリドピリミジン−３−イル、ピリドピリミジン−３−イル、２−オキソ−７−アミノ−ピリドピリミジン−３−イル、ピロロ−ピリミジン−２−オン−３−イル、ピロロピリミジニル、ピロロピリジニル、スチルベンジル、置換１，２，４−トリアゾール、テトラセニル、ツベルシジン、キサンチン、キサントシン−５'−ＴＰ、２−チオ−ゼブラリン、５−アザ−２チオゼブラリン、７−デアザ−２−アミノプリン、ピリジン−４−オンリボヌクレオシド、２−アミノ−リボシド−ＴＰ、ホルマイシンＡＴＰ、ホルマイシンＢＴＰ、ピロロシンＴＰ、２'−ＯＨ−アラ−アデ



ノシンＴＰ、２'−ＯＨ−アラ−シチジンＴＰ、２'−ＯＨ−アラ−ウリジンＴＰ、２'−ＯＨ−アラ−グアノシンＴＰ、５−（２−カルボメトキシビニル）ウリジンＴＰ、及びＮ６−（１９−アミノ−ペンタオキサノナデシル）アデノシンＴＰが挙げられるがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）としては、上記修飾核酸塩基の少なくとも２つ（例えば、２、３、４つまたはそれ以上）の組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）内の修飾核酸塩基は、シュードウリジン（ψ）、Ｎ１−メチルシュードウリジン（ｍ１ψ）、Ｎ１−エチルシュードウリジン、２−チオウリジン、４’−チオウリジン、５−メチルシトシン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、４−チオ−シュードウリジン、５−アザ−ウリジン、ジヒドロシュードウリジン、５−メトキシウリジン及び２’−Ｏ−メチルウリジンからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）としては、上記修飾核酸塩基の少なくとも２つ（例えば、２、３、４つまたはそれ以上）の組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）内の修飾核酸塩基は、１−メチル−シュードウリジン（ｍ１ψ）、５−メトキシ−ウリジン（ｍｏ５Ｕ）、５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）、シュードウリジン（ψ）、α−チオ−グアノシン及びα−チオ−アデノシンからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドとしては、上記修飾核酸塩基の少なくとも２つ（例えば、２、３、４つまたはそれ以上）の組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、シュードウリジン（ψ）及び５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、１−メチル−シュードウリジン（ｍ１ψ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、１−メチル−シュードウリジン（ｍ１ψ）及び５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、２−チオウリジン（ｓ２Ｕ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、２−チオウリジン及び５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、メトキシ−ウリジン（ｍｏ５Ｕ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、５−メトキシ−ウリジン（ｍｏ５Ｕ）及び５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、２’−Ｏ−メチルウリジンを含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、２’−Ｏ−メチルウリジン及び５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、Ｎ６−メチル−アデノシン（ｍ６Ａ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、Ｎ６−メチル−アデノシン（ｍ６Ａ）及び５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）を含む。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチドなどのＲＮＡポリヌクレオチド）は、特定の修飾のため均一に修飾（例えば、完全に修飾、全配列にわたり修飾）される。例えば、ポリヌクレオチドは５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）で均一に修飾することができ、それは、ｍＲＮＡ配列中の全てのシトシン残基が５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）で置換されることを意味する。同様に、ポリヌクレオチドは、上記したような修飾残基で置換することにより、配列中に存在する任意の型のヌクレオシド残基で均一に修飾することができる。
修飾シトシンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、Ｎ４−アセチル−シチジン（ａｃ４Ｃ）、５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）、５−ハロ−シチジン（例えば、５−ヨード−シチジン）、５−ヒドロキシメチル−シチジン（ｈｍ５Ｃ）、１−メチル−シュードイソシチジン、２−チオ−シチジン（ｓ２Ｃ）及び２−チオ−５−メチル−シチジンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾ウリジンである。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾シトシンである。修飾ウリジンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、５−シアノウリジン及び４’−チオウリジンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾アデニンである。修飾アデニンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、７−デアザ−アデニン、１−メチル−アデノシン（ｍ１Ａ）、２−メチル−アデニン（ｍ２Ａ）及びＮ６−メチル−アデノシン（ｍ６Ａ）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾グアニンである。修飾グアニンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、イノシン（Ｉ）、１−メチル−イノシン（ｍ１Ｉ）、ワイオシン（ｉｍＧ）、メチルワイオシン（ｍｉｍＧ）、７−デアザ−グアノシン、７−シアノ−７−デアザ−グアノシン（ｐｒｅＱ０）、７−アミノメチル−７−デアザ−グアノシン（ｐｒｅＱ１）、７−メチル−グアノシン（ｍ７Ｇ）、１−メチル−グアノシン（ｍ１Ｇ）、８−オキソ−グアノシン、７−メチル−８−オキソ−グアノシンが挙げられる。
本開示のポリヌクレオチドは、分子の全長にわたり部分的にまたは完全に修飾されてもよい。例えば、１つもしくは複数のもしくは全てのまたは任意の型のヌクレオチド（例えば、プリンもしくはピリミジン、または、Ａ、Ｇ、Ｕ、Ｃのうち任意の１つもしくは複数種もしくはその全て）は、本開示のポリヌクレオチドまたはその任意の所定配列領域（例えば、ポリＡ尾部を含むまたは除くｍＲＮＡ内）において均一に修飾されてもよい。いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド内における（またはその任意の配列領域内における）全てのヌクレオチドＸは、修飾ヌクレオチドであり、Ｘは、ヌクレオチドＡ、Ｇ、Ｕ、Ｃのいずれかであってもよく、または、Ａ＋Ｇ、Ａ＋Ｕ、Ａ＋Ｃ、Ｇ＋Ｕ、Ｇ＋Ｃ、Ｕ＋Ｃ、Ａ＋Ｇ＋Ｕ、Ａ＋Ｇ＋Ｃ、Ｇ＋Ｕ＋ＣまたはＡ＋Ｇ＋Ｃの組み合わせのいずれかであってもよい。
ポリヌクレオチドは、約１％〜約１００％の修飾ヌクレオチド（全ヌクレオチド含有量に対して、または、１つまたは複数のヌクレオチド、すなわち、Ａ、Ｇ、ＵまたはＣのいずれか１つまたは複数に対してのいずれか）、または、任意の間の割合（例えば、１％〜２０％、１％〜２５％、１％〜５０％、１％〜６０％、１％〜７０％、１％〜８０％、１％〜９０％、１％〜９５％、１０％〜２０％、１０％〜２５％、１０％〜５０％、１０％〜６０％、１０％〜７０％、１０％〜８０％、１０％〜９０％、１０％〜９５％、１０％〜１００％、２０％〜２５％、２０％〜５０％、２０％〜６０％、２０％〜７０％、２０％〜８０％、２０％〜９０％、２０％〜９５％、２０％〜１００％、５０％〜６０％、５０％〜７０％、５０％〜８０％、５０％〜９０％、５０％〜９５％、５０％〜１００％、７０％〜８０％、７０％〜９０％、７０％〜９５％、７０％〜１００％、８０％〜９０％、８０％〜９５％、８０％〜１００％、９０％〜９５％、９０％〜１００％及び９５％〜１００％）を含んでいてもよい。任意の残りの割合は、非修飾Ａ、Ｇ、ＵまたはＣの存在により占められる。
ポリヌクレオチドは、最低１％〜最大１００％の修飾ヌクレオチド、または、任意の間の割合、例えば、少なくとも５％の修飾ヌクレオチド、少なくとも１０％の修飾ヌクレオチド、少なくとも２５％の修飾ヌクレオチド、少なくとも５０％の修飾ヌクレオチド、少なくとも８０％の修飾ヌクレオチドまたは少なくとも９０％の修飾ヌクレオチドなどを含んでいてもよい。例えば、ポリヌクレオチドは、修飾ウラシルまたは修飾シトシンなどの修飾ピリミジンを含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド内のウラシルの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または１００％は、修飾ウラシル（例えば、５−置換ウラシル）で置換される。単一の固有構造を有する化合物で修飾ウラシルを置換することも可能であり、または、別々の構造（例えば、２、３、４つまたはそれ以上の固有構造）を有する複数の化合物で修飾ウラシルを置換することも可能である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド内のシトシンの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または１００％は、修飾シトシン（例えば、５−置換シトシン）で置換される。単一の固有構造を有する化合物で修飾シトシンを置換することも可能であり、または、別々の構造（例えば、２、３、４つまたはそれ以上の固有構造）を有する複数の化合物で修飾シトシンを置換することも可能である。
したがって、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、５’ＵＴＲエレメント、任意選択的にコドン最適化オープンリーディングフレーム、３’ＵＴＲエレメント、ポリ（Ａ）配列及び／またはポリアデニル化シグナルを含み、ＲＮＡは化学修飾されない。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾ウラシルである。修飾ウラシルを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、シュードウリジン（ψ）、ピリジン−４−オンリボヌクレオシド、５−アザ−ウリジン、６−アザ−ウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオ−ウリジン（ｓ２Ｕ）、４−チオ−ウリジン（ｓ４Ｕ）、４−チオ−シュードウリジン、２−チオ−シュードウリジン、５−ヒドロキシ−ウリジン（ｈｏ５Ｕ）、５−アミノアリル−ウリジン、５−ハロ−ウリジン（例えば、５−ヨード−ウリジンまたは５−ブロモ−ウリジン）、３−メチル−ウリジン（ｍ３Ｕ）、５−メトキシ−ウリジン（ｍｏ５Ｕ）、ウリジン５−オキシ酢酸（ｃｍｏ５Ｕ）、ウリジン５−オキシ酢酸メチルエステル（ｍｃｍｏ５Ｕ）、５−カルボキシメチル−ウリジン（ｃｍ５Ｕ）、１−カルボキシメチル−シュードウリジン、５−カルボキシヒドロキシメチル−ウリジン（ｃｈｍ５Ｕ）、５−カルボキシヒドロキシメチル−ウリジンメチルエステル（ｍｃｈｍ５Ｕ）、５−メトキシカルボニルメチル−ウリジン（ｍｃｍ５Ｕ）、５−メトキシカルボニルメチル−２−チオ−ウリジン（ｍｃｍ５ｓ２Ｕ）、５−アミノメチル−２−チオ−ウリジン（ｎｍ５ｓ２Ｕ）、５−メチルアミノメチル−ウリジン（ｍｎｍ５Ｕ）、５−メチルアミノメチル−２−チオ−ウリジン（ｍｎｍ５ｓ２Ｕ）、５−メチルアミノメチル−２−セレノ−ウリジン（ｍｎｍ５ｓｅ２Ｕ）、５−カルバモイルメチル−ウリジン（ｎｃｍ５Ｕ）、５−カルボキシメチルアミノメチル−ウリジン（ｃｍｎｍ５Ｕ）、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオ−ウリジン（ｃｍｎｍ５ｓ２Ｕ）、５−プロピニル−ウリジン、１−プロピニル−シュードウリジン、５−タウリノメチル−ウリジン（τｍ５Ｕ）、１−タウリノメチル−シュードウリジン、５−タウリノメチル−２−チオ−ウリジン（τｍ５ｓ２Ｕ）、１−タウリノメチル−４−チオ−シュードウリジン、５−メチル−ウリジン（ｍ５Ｕ、すなわち、核酸塩基デオキシチミンを有する）、１−メチル−シュードウリジン（ｍ１ψ）、５−メチル−２−チオ−ウリジン（ｍ５ｓ２Ｕ）、１−メチル−４−チオ−シュードウリジン（ｍ１ｓ４ψ）、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、３−メチル−シュードウリジン（ｍ３ψ）、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、ジヒドロウリジン（Ｄ）、ジヒドロシュードウリジン、５，６−ジヒドロウリジン、５−メチル−ジヒドロウリジン（ｍ５Ｄ）、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−メトキシ−ウリジン、２−メトキシ−４−チオ−ウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−メトキシ−２−チオ−シュードウリジン、Ｎ１−メチル−シュードウリジン、３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）ウリジン（ａｃｐ３Ｕ）、１−メチル−３−（３−アミノ−３−カルボキシプロピル）シュードウリジン（ａｃｐ３ψ）、５−（イソペンテニルアミノメチル）ウリジン（iｎｍ５Ｕ）、５−（イソペンテニルアミノメチル）−２−チオ−ウリジン（iｎｍ５ｓ２Ｕ）、α−チオ−ウリジン、２’−Ｏ−メチル−ウリジン（Ｕｍ）、５，２’−Ｏ−ジメチル−ウリジン（ｍ５Ｕｍ）、２’−Ｏ−メチル−シュードウリジン（ψｍ）、２−チオ−２’−Ｏ−メチル−ウリジン（ｓ２Ｕｍ）、５−メトキシカルボニルメチル−２’−Ｏ−メチル−ウリジン（ｍｃｍ５Ｕｍ）、５−カルバモイルメチル−２’−Ｏ−メチル−ウリジン（ｎｃｍ５Ｕｍ）、５−カルボキシメチルアミノメチル−２’−Ｏ−メチル−ウリジン（ｃｍｎｍ５Ｕｍ）、３，２’−Ｏ−ジメチル−ウリジン（ｍ３Ｕｍ）、及び、５−（イソペンテニルアミノメチル）−２’−Ｏ−メチル−ウリジン（iｎｍ５Ｕｍ）、１−チオ−ウリジン、デオキシチミジン、２’−Ｆ−アラ−ウリジン、２’−Ｆ−ウリジン、２’−ＯＨ−アラ−ウリジン、５−（２−カルボメトキシビニル）ウリジン、ならびに、５−［３−（１−Ｅ−プロペニルアミノ）］ウリジンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾シトシンである。修飾シトシンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、５−アザ−シチジン、６−アザ−シチジン、シュードイソシチジン、３−メチル−シチジン（ｍ３Ｃ）、Ｎ４−アセチル−シチジン（ａｃ４Ｃ）、５−ホルミル−シチジン（ｆ５Ｃ）、Ｎ４−メチル−シチジン（ｍ４Ｃ）、５−メチル−シチジン（ｍ５Ｃ）、５−ハロ−シチジン（例えば、５−ヨード−シチジン）、５−ヒドロキシメチル−シチジン（ｈｍ５Ｃ）、１−メチル−シュードイソシチジン、ピロロ−シチジン、ピロロ−シュードイソシチジン、２−チオ−シチジン（ｓ２Ｃ）、２−チオ−５−メチル−シチジン、４−チオ−シュードイソシチジン、４−チオ−１−メチル−シュードイソシチジン、４−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードイソシチジン、１−メチル−１−デアザ−シュードイソシチジン、ゼブラリン、５−アザ−ゼブラリン、５−メチル−ゼブラリン、５−アザ−２−チオ−ゼブラリン、２−チオ−ゼブラリン、２−メトキシ−シチジン、２−メトキシ−５−メチル−シチジン、４−メトキシ−シュードイソシチジン、４−メトキシ−１−メチル−シュードイソシチジン、リシジン（ｋ２Ｃ）、α−チオ−シチジン、２’−Ｏ−メチル−シチジン（Ｃｍ）、５,２’−Ｏ−ジメチル−シチジン（ｍ５Ｃｍ）、Ｎ４−アセチル−２’−Ｏ−メチル−シチジン（ａｃ４Ｃｍ）、Ｎ４,２’−Ｏ−ジメチル−シチジン（ｍ４Ｃｍ）、５−ホルミル−２’−Ｏ−メチル−シチジン（ｆ５Ｃｍ）、Ｎ４,Ｎ４,２’−Ｏ−トリメチル−シチジン（ｍ４ ２Ｃｍ）、１−チオ−シチジン、２’−Ｆ−アラ−シチジン、２’−Ｆ−シチジン、及び２’−ＯＨ−アラ−シチジンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾アデニンである。修飾アデニンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、２−アミノ−プリン、２,６−ジアミノプリン、２−アミノ−６−ハロ−プリン（例えば、２−アミノ−６−クロロ−プリン）、６−ハロ−プリン（例えば、６−クロロ−プリン）、２−アミノ−６−メチル−プリン、８−アジド−アデノシン、７−デアザ−アデニン、７−デアザ−８−アザ−アデニン、７−デアザ−２−アミノ−プリン、７−デアザ−８−アザ−２−アミノ−プリン、７−デアザ−２,６−ジアミノプリン、７−デアザ−８−アザ−２,６−ジアミノプリン、１−メチル−アデノシン（ｍ１Ａ）、２−メチル−アデニン（ｍ２Ａ）、Ｎ６−メチル−アデノシン（ｍ６Ａ）、２−メチルチオ−Ｎ６−メチル−アデノシン（ｍｓ２ｍ６Ａ）、Ｎ６−イソペンテニル−アデノシン（ｉ６Ａ）、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニル−アデノシン（ｍｓ２ｉ６Ａ）、Ｎ６−（シス−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン（ｉｏ６Ａ）、２−メチルチオ−Ｎ６−（シス−ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン（ｍｓ２ｉｏ６Ａ）、Ｎ６−グリシニルカルバモイル−アデノシン（ｇ６Ａ）、Ｎ６−スレオニルカルバモイル−アデノシン（ｔ６Ａ）、Ｎ６−メチル−Ｎ６−スレオニルカルバモイル−アデノシン（ｍ６ｔ６Ａ）、２−メチルチオ−Ｎ６−スレオニルカルバモイル−アデノシン（ｍｓ２ｇ６Ａ）、Ｎ６,Ｎ６−ジメチル−アデノシン（ｍ６ ２Ａ）、Ｎ６−ヒドロキシノルバリルカルバモイル−アデノシン（ｈｎ６Ａ）、２−メチルチオ−Ｎ６−ヒドロキシノルバリルカルバモイル−アデノシン（ｍｓ２ｈｎ６Ａ）、Ｎ６−アセチル−アデノシン（ａｃ６Ａ）、７−メチル−アデニン、２−メチルチオ−アデニン、２−メトキシ−アデニン、α−チオ−アデノシン、２’−Ｏ−メチル−アデノシン（Ａｍ）、Ｎ６,２’−Ｏ−ジメチル−アデノシン（ｍ６Ａｍ）、Ｎ６,Ｎ６,２’−Ｏ−トリメチル−アデノシン（ｍ６ ２Ａｍ）、１,２’−Ｏ−ジメチル−アデノシン（ｍ１Ａｍ）、２’−Ｏ−リボシルアデノシン（ホスフェート）（Ａｒ（ｐ））、２−アミノ−Ｎ６−メチル−プリン、１−チオ−アデノシン、８−アジド−アデノシン、２’−Ｆ−アラ−アデノシン、２’−Ｆ−アデノシン、２’−ＯＨ−アラ−アデノシン、及びＮ６−（１９−アミノ−ペンタオキサノナデシル）−アデノシンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は修飾グアニンである。修飾グアニンを有する例示的な核酸塩基及びヌクレオシドとしては、イノシン（Ｉ）、１−メチル−イノシン（ｍ１Ｉ）、ワイオシン（ｉｍＧ）、メチルワイオシン（ｍｉｍＧ）、４−脱メチル−ワイオシン（ｉｍＧ−１４）、イソワイオシン（ｉｍＧ２）、ワイブトシン（ｙＷ）、ペルオキシワイブトシン（ｏ２ｙＷ）、ヒドロキシワイブトシン（ＯｈｙＷ）、未修飾ヒドロキシワイブトシン（ＯｈｙＷ＊）、７−デアザ−グアノシン、クエウオシン（Ｑ）、エポキシクエウオシン（ｏＱ）、ガラクトシル−クエウオシン（ｇａｌＱ）、マンノシル−クエウオシン（ｍａｎＱ）、７−シアノ−７−デアザ−グアノシン（ｐｒｅＱ０）、７−アミノメチル−７−デアザ−グアノシン（ｐｒｅＱ１）、アルカエオシン（Ｇ＋）、７−デアザ−８−アザ−グアノシン、６−チオ−グアノシン、６−チオ−７−デアザ−グアノシン、６−チオ−７−デアザ−８−アザ−グアノシン、７−メチル−グアノシン（ｍ７Ｇ）、６−チオ−７−メチル−グアノシン、７−メチル−イノシン、６−メトキシ−グアノシン、１−メチル−グアノシン（ｍ１Ｇ）、Ｎ２−メチル−グアノシン（ｍ２Ｇ）、Ｎ２，Ｎ２−ジメチル−グアノシン（ｍ２ ２Ｇ）、Ｎ２，７−ジメチル−グアノシン（ｍ２，７Ｇ）、Ｎ２，Ｎ２，７−ジメチル−グアノシン（ｍ２，２，７Ｇ）、８−オキソ−グアノシン、７−メチル−８−オキソ−グアノシン、１−メチル−６−チオ−グアノシン、Ｎ２−メチル−６−チオ−グアノシン、Ｎ２，Ｎ２−ジメチル−６−チオ−グアノシン、α−チオ−グアノシン、２’−Ｏ−メチル−グアノシン（Ｇｍ）、Ｎ２−メチル−２’−Ｏ−メチル−グアノシン（ｍ２Ｇｍ）、Ｎ２，Ｎ２−ジメチル−２’−Ｏ−メチル−グアノシン（ｍ２ ２Ｇｍ）、１−メチル−２’−Ｏ−メチル−グアノシン（ｍ１Ｇｍ）、Ｎ２，７−ジメチル−２’−Ｏ−メチル−グアノシン（ｍ２，７Ｇｍ）、２’−Ｏ−メチル−イノシン（Ｉｍ）、１，２’−Ｏ−ジメチル−イノシン（ｍ１Ｉｍ）、２’−Ｏ−リボシルグアノシン（ホスフェート）（Ｇｒ（ｐ））、１−チオ−グアノシン、Ｏ６−メチル−グアノシン、２’−Ｆ−アラ−グアノシン、及び２’−Ｆ−グアノシンが挙げられる。
Ｎ−結合型グリコシル化部位変異体
ウイルスタンパク質のＮ−結合型グリカンは、免疫応答の調節に重要な役割を果たす。グリカンは、適切な抗原構造の維持及び潜在的中和エピトープの遮蔽に重要となる場合があり、またタンパク質のタンパク質分解感受性を変化させ得る。いくつかのウイルスは、推定上のＮ−結合型グリコシル化部位を有している。Ｎ−結合型グリコシル化部位の欠失または修飾により、免疫応答が高まる場合がある。それゆえ、いくつかの実施形態では、本開示は、１つまたは複数のＮ−結合型グリコシル化部位の欠失または修飾を含む抗原ポリペプチドをコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。
ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）のインビトロ転写
本開示のＳＴＤワクチンは、少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチド、例えば、ｍＲＮＡ（例えば、修飾ｍＲＮＡ）などを含む。例えば、ｍＲＮＡは、「インビトロ転写鋳型」と呼ばれる鋳型ＤＮＡからインビトロで転写される。いくつかの実施形態では、インビトロ転写鋳型は５´非翻訳（ＵＴＲ）領域をコードし、オープンリーディングフレームを含み、また３´ＵＴＲ及びポリＡ尾部をコードする。特定の核酸配列組成物及びインビトロ転写鋳型の長さは、その鋳型によりコードされるｍＲＮＡによって決まる。
「５´非翻訳領域」（５´ＵＴＲ）とは、ポリペプチドをコードしない開始コドン（すなわち、リボソームにより翻訳されたｍＲＮＡ転写物の第１コドン）のすぐ上流（すなわち、５´）にあるｍＲＮＡの領域のことを意味する。
「３´非翻訳領域」（３´ＵＴＲ）とは、ポリペプチドをコードしない終止コドン（すなわち、翻訳の終了を指示するｍＲＮＡ転写物のコドン）のすぐ下流（すなわち、３´）にあるｍＲＮＡの領域のことを意味する。
「オープンリーディングフレーム」は、開始コドン（例えば、メチオニン（ＡＴＧ））で始まり終止コドン（例えば、ＴＡＡ、ＴＡＧまたはＴＧＡ）で終わるＤＮＡの連続ストレッチであり、ポリペプチドをコードする。
「ポリＡ尾部」は、複数の連続したアデノシン一リン酸を含む３´ＵＴＲの下流、例えば、すぐ下流（すなわち、３´）にあるｍＲＮＡの領域である。ポリＡ尾部は、１０〜３００個のアデノシン一リン酸を含んでいてもよい。例えば、ポリＡ尾部は、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０または３００個のアデノシン一リン酸を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、ポリＡ尾部は、５０〜２５０個のアデノシン一リン酸を含む。適切な生物学的状況（例えば、細胞内、インビボ）において、ポリ（Ａ）尾部は、例えば細胞質内において、ｍＲＮＡを酵素分解から保護するように機能し、転写終了、ｍＲＮＡの核外輸送、及び翻訳に役立つ。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、２００〜３，０００個のヌクレオチドを含む。例えば、ポリヌクレオチドは、２００〜５００、２００〜１０００、２００〜１５００、２００〜３０００、５００〜１０００、５００〜１５００、５００〜２０００、５００〜３０００、１０００〜１５００、１０００〜２０００、１０００〜３０００、１５００〜３０００または２０００〜３０００個のヌクレオチドを含んでいてもよい。
フラジェリンアジュバント
フラジェリンは、重合して細菌運動に関わる鞭毛を形成する、約５００アミノ酸の単量体タンパク質である。フラジェリンは、様々な有鞭毛細菌（例えば、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）に加え無鞭毛細菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉなど）において発現する。自然免疫系細胞（樹状細胞、マクロファージなど）によるフラジェリンの認識には、Ｔｏｌｌ様受容体５（ＴＬＲ５）に加えＮｏｄ様受容体（ＮＬＲ）Ｉｐａｆ及びＮａｉｐ５が関与している。ＴＬＲ及びＮＬＲは、自然免疫応答及び適応免疫応答の活性化に役割を果たしていることが確認されている。それゆえ、フラジェリンは、ワクチンにアジュバント効果をもたらす。
既知のフラジェリンポリペプチドをコードするヌクレオチド及びアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋデータベースにおいて一般に利用可能である。とりわけ、Ｓ．Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｈ．Ｐｙｌｏｒｉ、Ｖ．Ｃｈｏｌｅｒａ、Ｓ．ｍａｒｃｅｓｅｎｓ、Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｔ．Ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｅｉ、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｒ．ｍｅｌｉｌｏｔｉ、Ａ．ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒ．ｌｕｐｉｎｉ、Ｂ．ｃｌａｒｒｉｄｇｅｉａｅ、Ｐ．Ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｕｓ、Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ及びＥ．ｃｏｌｉ由来のフラジェリン配列が周知である。
本明細書で使用する場合、フラジェリンポリペプチドとは、全長フラジェリンタンパク質、その免疫原性断片、及び、フラジェリンタンパク質またはその免疫原性断片に対して少なくとも５０％の配列同一性を有するペプチドのことを意味する。例示的なフラジェリンタンパク質としては、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ（ＵｎｉＰｒｏ登録番号：Ｑ５６０８６）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ（Ａ０Ａ０Ｃ９ＤＧ０９）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ（Ａ０Ａ０Ｃ９ＢＡＢ７）及びＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ（Ｑ６Ｖ２Ｘ８）、ならびに、−５６（表１７）由来のフラジェリンが挙げられる。いくつかの実施形態では、フラジェリンポリペプチドは、フラジェリンタンパク質またはその免疫原性断片に対して、少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、フラジェリンポリペプチドは免疫原性断片である。免疫原性断片は、免疫応答を誘導するフラジェリンタンパク質の一部である。いくつかの実施形態では、免疫応答はＴＬＲ５免疫応答である。免疫原性断片の１つの例は、ヒンジ領域の全てまたは一部が欠失しているかまたはその他のアミノ酸に置換されているフラジェリンタンパク質である。例えば、抗原ポリペプチドは、ヒンジ領域内に挿入されていてもよい。ヒンジ領域は、フラジェリンの超可変領域である。フラジェリンのヒンジ領域はまた、「Ｄ３ドメインまたはＤ３領域」、「プロペラドメインまたはプロペラ領域」、「超可変ドメインまたは超可変領域」及び「可変ドメインまたは可変領域」とも呼ばれる。本明細書で使用する場合、「ヒンジ領域の少なくとも一部」とは、フラジェリンのヒンジ領域における任意の一部、または、ヒンジ領域の全体のことを意味する。その他の実施形態では、フラジェリンの免疫原性断片は、フラジェリンの２０、２５、３０、３５または４０アミノ酸Ｃ末端断片である。
フラジェリン単量体は、ドメインＤ０〜Ｄ３により形成される。Ｄ０及びＤ１（幹を形成）は、タンデム状の長いアルファへリックスで構成されており、異なる細菌にわたり高く保存されている。Ｄ１ドメインは、ＴＬＲ５の活性化に有用なアミノ酸のいくつかのストレッチを含む。完全なＤ１ドメイン、または、ドメイン内における１つまたは複数の活性化領域は、フラジェリンの免疫原性断片である。Ｄ１ドメイン内における免疫原性領域の例としては、残基８８〜１１４及び残基４１１〜４３１（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ ＦｌｉＣフラジェリン内）が挙げられる。８８〜１００領域内の１３アミノ酸において、ＴＬＲ５活性化をなおも保存しているＳａｌｍｏｎｅｌｌａフラジェリンとその他フラジェリンとの間に少なくとも６つの置換が許容される。それゆえ、フラジェリンの免疫原性断片としては、ＴＬＲ５を活性化させ、また、ＦｌｉＣの８８〜１００内のＳａｌｍｏｎｅｌｌａ配列（ＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮ；配列番号：４６２）に対して５３％またはそれ以上同一である１３アミノ酸モチーフを含む、フラジェリン様配列が挙げられる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、フラジェリン及び１つまたは複数の抗原ポリペプチドの融合タンパク質をコードするＲＮＡを含む。本明細書で使用する場合、「融合タンパク質」とは、構築物の２つの構成成分の結合のことを意味する。いくつかの実施形態では、抗原ポリペプチドのカルボキシ末端は、フラジェリンポリペプチドのアミノ末端に融合または結合する。その他の実施形態では、抗原ポリペプチドのアミノ末端は、フラジェリンポリペプチドのカルボキシ末端に融合または結合する。融合タンパク質としては、例えば、１、２、３、４、５、６個またはそれ以上の抗原ポリペプチドに結合した１、２、３、４、５、６個またはそれ以上のフラジェリンポリペプチドが挙げられる。２個またはそれ以上のフラジェリンポリペプチド及び／または２個またはそれ以上の抗原ポリペプチドは結合し、このような構築物は「多量体」と呼ばれることもある。
融合タンパク質の構成成分のそれぞれは、互いに直接結合してもよく、または、リンカーを介して結合してもよい。例えば、リンカーはアミノ酸リンカーであってもよい。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンによりコードされる、融合タンパク質の構成成分を結合させるためのアミノ酸リンカーとしては、例えば、リジン残基、グルタミン酸残基、セリン残基及びアルギニン残基からなる群から選択される少なくとも１つの構成要素を挙げてもよい。いくつかの実施形態では、リンカーは、１〜３０、１〜２５、１〜２５、５〜１０、５、１５または５〜２０アミノ酸長である。
その他の実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、一方は１つまたは複数の抗原ポリペプチドをコードし、もう一方はフラジェリンポリペプチドをコードする、少なくとも２つの別々のＲＮＡポリヌクレオチドを含む。少なくとも２つのＲＮＡポリヌクレオチドを、脂質ナノ粒子などの担体で合剤としてもよい。
広域スペクトルＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン
状況によっては、ＨＰＶ株、ＨＳＶ株及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ株の複数に人が感染する危険性に曝される場合がある。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）治療用ワクチンは、混合ワクチン接種方法に特に適しているが、これは、製造の迅速性、認識された地理的脅威に適応するようにワクチンを迅速に調整できることなどを含むが、これらに限定されない多数の要因を理由とする。さらに、ＲＮＡワクチンは人体を利用して抗原タンパク質を産生するため、ヒト対象において適切な折り畳み、表面発現、抗原提示などが可能である、大型で、より複雑な抗原タンパク質の産生に適している。ＨＰＶ株、ＨＳＶ株及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ株の複数から防御するため、第１のＳＴＤウイルスの少なくとも１つの抗原ポリペプチドタンパク質（またはその抗原部分）をコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を含み、第２のＳＴＤウイルスの少なくとも１つの抗原ポリペプチドタンパク質（またはその抗原部分）をコードするＲＮＡをさらに含む混合ワクチンを投与することができる。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、例えば、単一の脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中で合剤にすることも、または別々のＬＮＰで製剤化して共投与することもできる。
治療方法
本明細書では、ヒト及びその他哺乳動物におけるＳＴＤを予防及び／または治療するための組成物（例えば、医薬組成物）、方法、キット及び試薬を提供する。ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、単独でまたはその他のワクチン（複数可）と組み合わせて、治療薬または予防薬として用いてもよい。ＳＴＤを予防及び／または治療するための薬物に、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを用いてもよい。例示的な態様では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを用いて、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する予防的防御を提供する。本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの投与後に、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する予防的防御を得ることができる。本開示のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを用いて、２つまたはそれ以上のＳＴＤ感染を含むウイルス「重感染」を治療または予防してもよい。ワクチンを１回、２回、３回、４回またはそれ以上の回数で投与してもよいが、ワクチンの投与は１回（任意選択的に、続けて単回のブースター）で十分であると考えられる。あまり望ましいことではないが、感染個体にワクチンを投与して治療応答を得ることも可能である。適宜、投与量の調整が必要となる場合がある。
本開示の態様では、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する対象内の免疫応答を誘導するための方法を提供する。方法は、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを対象に投与することにより、対象内に、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片に特異的な免疫応答を誘導することを含み、ワクチン接種後、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する予防的有効量の従来型ワクチンを接種した対象内の抗抗原ポリペプチド抗体価と比較して、対象内の抗抗原ポリペプチド抗体価は増加する。「抗抗原ポリペプチド抗体」は、抗原ポリペプチドに対して特異的に結合する血清抗体である。
いくつかの実施形態では、免疫応答を誘導可能なＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン（例えば、ＨＰＶ ＲＮＡワクチン、ＨＳＶ ＲＮＡワクチン、または、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡワクチン）を、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物（例えば、化合物３、１８、２０、２５、２６、２９、３０、６０、１０８〜１１２、または１２２）を含む組成物を介して、筋肉内投与または鼻腔内投与する。
予防的有効量とは、臨床的に許容されるレベルでウイルス感染を予防する治療的有効量のことである。いくつかの実施形態では、治療的有効量とは、ワクチンの添付文書に記載した用量のことである。本発明で使用する場合、「従来型ワクチン」とは、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン以外のワクチンのことを意味する。例えば、従来型ワクチンとしては、生／弱毒微生物ワクチン、死菌／不活化微生物ワクチン、サブユニットワクチン、タンパク質抗原ワクチン、ＤＮＡワクチン、ＶＬＰワクチンなどが挙げられるがこれらに限定されない。例示的な実施形態では、従来型ワクチンとは、規制認可を受けた、及び／または、国内の薬物規制機関、例えば、米国内の食品医薬品局（ＦＤＡ）または欧州医薬品庁（ＥＭＡ）に登録されているワクチンである。
いくつかの実施形態では、対象内の抗抗原ポリペプチド抗体価は、ワクチン接種後、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する予防的有効量の従来型ワクチンを接種した対象内の抗抗原ポリペプチド抗体価と比較して、１対数〜１０対数増加する。
いくつかの実施形態では、対象内の抗抗原ポリペプチド抗体価は、ワクチン接種後、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する予防的有効量の従来型ワクチンを接種した対象内の抗抗原ポリペプチド抗体価と比較して、１対数、２対数、３対数、５対数または１０対数増加する。
本開示のその他の態様では、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する対象内の免疫応答を誘導するための方法を提供する。方法は、少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを対象に投与することにより、対象内に、ＨＰＶ抗原ポリペプチド、ＨＳＶ抗原ポリペプチド、及び／または、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片に特異的な免疫応答を誘導することを含み、対象内の免疫応答は、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンと比較して２倍〜１００倍の投与濃度で、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内の免疫応答と同等である。
いくつかの実施形態では、対象内の免疫応答は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンと比較して２、３、４、５、１０、５０、１００倍の投与濃度で、従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内の免疫応答と同等である。
いくつかの実施形態では、対象内の免疫応答は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンと比較して１０〜１００倍または１００〜１０００倍の投与濃度で、従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内の免疫応答と同等である。
いくつかの実施形態では、対象内の［タンパク質］抗体価を測定することにより免疫応答を評価する。
本開示のいくつかの態様は、少なくとも１つのＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含むＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを対象に投与することにより、対象内に、抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片に特異的な免疫応答を誘導して、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンと比較して２、３、４、５、１０、５０、１００倍の投与濃度で従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内の免疫応答と同等である、対象内の免疫応答を誘導するための方法を提供し、対象内の免疫応答は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する予防的有効量の従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内に誘導された免疫応答と比較して、２日〜１０週早く誘導される。いくつかの実施形態では、対象内の免疫応答は、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンと比較して２倍〜１００倍の投与濃度で、予防的有効量の従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内において誘導される。
いくつかの実施形態では、対象内の免疫応答は、予防的有効量の従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内に誘導された免疫応答と比較して、２日早くまたは３日早く誘導される。
いくつかの実施形態では、対象内の免疫応答は、予防的有効量の従来型ワクチンを用いてワクチン接種を行った対象内に誘導された免疫応答と比較して、１週、２週、３週、５週または１０週早く誘導される。
本明細書ではまた、第１の抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有するＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを対象に投与することにより、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａに対する対象内の免疫応答を誘導するための方法を提供し、ＲＮＡポリヌクレオチドは安定化要素を含まず、アジュバントはワクチンと合剤とされないかまたは共投与されない。
治療組成物及び予防組成物
本明細書では、例えば、ヒト及びその他哺乳動物におけるＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａを予防、治療または診断するための組成物（例えば、医薬組成物）、方法、キット及び試薬を提供する。ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを治療薬または予防薬として用いてもよい。感染症を予防及び／または治療するための薬物に、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを用いてもよい。いくつかの実施形態では、本開示の呼吸器ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、免疫エフェクター細胞の初回免疫を行うために、例えば、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）をｅｘ ｖｉｖｏで活性化させるために用いられる（その後、対象内へと注入（再注入）される）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含有するＳＴＤワクチンを対象（例えば、哺乳動物の対象、例えば、ヒト対象など）に投与して、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドをインビボで翻訳し抗原ポリペプチドを産生させてもよい。
細胞、組織または生物内のポリペプチド（例えば、抗原または免疫原）を翻訳するために、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを誘導してもよい。このような翻訳はｅｘ ｖｉｖｏ、培地またはインビトロで生じ得るが、いくつかの実施形態では、このような翻訳はインビボで生じる。いくつかの実施形態では、細胞、組織または生物を、抗原ポリペプチドをコードする少なくとも１つの翻訳可能領域を有するポリヌクレオチドを含有するＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを含有する有効量の組成物と接触させる。
標的組織、標的細胞型、投与方法、ポリヌクレオチドの物理的特性（例えば、修飾ヌクレオシドのサイズ及び長さ）、及びワクチンのその他構成成分、ならびに、その他の決定因子の少なくとも一部に基づいた、「有効量」のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを提供する。通常、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、好ましくは、同一抗原またはペプチド抗原をコードする対応する非修飾ポリヌクレオチドを含有する組成物よりも効率的に、細胞内の抗原を産生する役割を果たす誘導免疫応答またはブースター免疫応答をもたらす。細胞トランスフェクションの向上（ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンにトランスフェクションした細胞の割合）、ポリヌクレオチドからのタンパク質翻訳の増加、核酸分解の抑制（例えば、修飾ポリヌクレオチドからのタンパク質翻訳の期間増加により実証される）、または宿主細胞の抗原特異的免疫応答の変化により、抗原産生の亢進を実証してもよい。
いくつかの実施形態では、本開示によるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン（そのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む）を、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａの治療に用いてもよい。
能動免疫法の一部として、健康な個体に、または、培養期間中の、または症状発症後、活動性感染中の感染初期段階の個体に、呼吸器ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを予防的または治療的に投与してもよい。いくつかの実施形態では、細胞、組織または対象に提供する本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの量は、免疫予防に有効な量であってもよい。
その他の予防用化合物または治療用化合物と共に、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与してもよい。非限定例として、予防用化合物または治療用化合物は、アジュバントまたはブースターであってもよい。本明細書で使用し、ワクチンなどの予防用組成物に言及する場合、用語「ブースター」とは、予防用（ワクチン）組成物の追加投与のことを意味する。最初に予防用組成物を投与した後に、ブースター（またはブースターワクチン）を投与してもよい。最初の予防用組成物投与とブースター投与との間の投与間隔は、限定するわけではないが、１分間、２分間、３分間、４分間、５分間、６分間、７分間、８分間、９分間、１０分間、１５分間、２０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日間、３６時間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、１週間、１０日間、２週間、３週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、４ヶ月間、５ヶ月間、６ヶ月間、７ヶ月間、８ヶ月間、９ヶ月間、１０ヶ月間、１１ヶ月間、１年間、１８ヶ月間、２年間、３年間、４年間、５年間、６年間、７年間、８年間、９年間、１０年間、１１年間、１２年間、１３年間、１４年間、１５年間、１６年間、１７年間、１８年間、１９年間、２０年間、２５年間、３０年間、３５年間、４０年間、４５年間、５０年間、５５年間、６０年間、６５年間、７０年間、７５年間、８０年間、８５年間、９０年間、９５年間または９９年間以上であってもよい。いくつかの実施形態では、最初の予防用組成物投与とブースター投与との間の投与間隔は、限定するわけではないが、１週間、２週間、３週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、６ヶ月間または１年間であってもよい。
いくつかの実施形態では、当該技術分野において周知の不活化ワクチンの投与と同様、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、筋肉内に、皮膚内にまたは鼻腔内に投与してもよい。
ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、感染の蔓延、またはアンメットメディカルニーズの程度もしくはレベルに応じて様々な状況で利用することができる。非限定例として、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを利用して、様々なＳＴＤを治療及び／または予防してもよい。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、市販の抗ウイルス薬／組成物よりもはるかに高い抗体価を生じさせ、より早く応答を引き起こすという点で優れた特性を有している。
本明細書では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物、及び／または、任意選択的に１つまたは複数の薬学的に許容される添加剤と組み合わせた複合体を含む医薬組成物を提供する。
ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを製剤化してもよく、または、単剤でまたは１つまたは複数のその他構成成分と共に投与してもよい。例えば、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン（ワクチン組成物）は、アジュバントを含むがこれらに限定されないその他構成成分を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンはアジュバントを含まない（アジュバントフリー）。
ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを製剤化してもよく、または、１つまたは複数の薬学的に許容される添加剤と共に投与してもよい。いくつかの実施形態では、ワクチン組成物は、少なくとも１つの追加活性物質、例えば、治療用活性物質、予防用活性物質、または両者の組み合わせなどを含む。ワクチン組成物は、滅菌、発熱性物質非含有であってもよく、または、滅菌及び発熱性物質非含有の両方であってもよい。薬剤（ワクチン組成物など）の配合及び／または製造に関する一般的な検討については、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２１ｓｔ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，２００５を参考にしてもよい（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、ヒト、ヒト患者またはヒト対象に投与する。本開示の目的において、語句「活性成分」とは通常、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンまたはその中に含まれるポリヌクレオチド、例えば、抗原ポリペプチドをコードするＲＮＡポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチド）のことを意味する。
本明細書に記載のＳＴＤワクチン組成物の製剤は、薬理学分野において周知の任意の方法または今後開発される方法を用いて調製することができる。通常、このような調製方法は、活性成分（例えば、ｍＲＮＡポリヌクレオチド）を添加剤及び／または１つまたは複数のその他補助成分と結合させてから、必要に応じて及び／または望ましい場合、その生成物に対して分離、成形及び／または包装を施して所望の単回用量単位または複数回用量単位とする工程を含む。
本開示による医薬組成物中における活性成分、薬学的に許容される添加剤、及び／または、任意の追加成分の相対量は、治療する対象の個性、サイズ及び症状に応じて変化し、さらに、組成物の投与経路に応じて変化する。例として、組成物は、０．１％〜１００％、例えば、０．５〜５０％、１〜３０％、５〜８０％、少なくとも８０％（重量／重量）の活性成分を含んでいてもよい。
安定性を向上させるために、細胞トランスフェクションを向上させるために、持続性放出または遅延放出（例えば、デポー製剤から）を可能とするために、体内分布（例えば、特定の組織または細胞型を標的とする）を変化させるために、コードされたタンパク質のインビボ翻訳を増加させるために、及び／または、コードされたタンパク質（抗原）のインビボ放出特性を変化させるために、１つまたは複数の添加剤を用いて、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを製剤化してもよい。全ての溶媒、分散媒、希釈剤またはその他液体溶媒、分散助剤または懸濁助剤、界面活性剤、等張化剤、増粘剤または乳化剤、防腐剤など通常の添加剤に加えて、添加剤としては、リピドイド、リポソーム、脂質ナノ粒子、ポリマー、リポプレックス、コアシェルナノ粒子、ペプチド、タンパク質、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンをトランスフェクションした細胞（例えば、対象に移植するための）、ヒアルロニダーゼ、ナノ粒子模倣体、及びこれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。
安定化要素
真核細胞の天然ｍＲＮＡ分子は、その５´末端（５´ＵＴＲ）及び／またはその３´末端（３´ＵＴＲ）の非翻訳領域（ＵＴＲ）に加え、その他の構造的特徴（５´キャップ構造または３´ポリ（Ａ）尾部など）を含むがこれらに限定されない安定化要素を含むことが分かっている。５´ＵＴＲ及び３´ＵＴＲの両方は通常、ゲノムＤＮＡから転写され、また未成熟ｍＲＮＡの要素である。成熟ｍＲＮＡに固有な構造的特徴、例えば、５´キャップ及び３´ポリ（Ａ）尾部などは通常、ｍＲＮＡプロセシング中に転写（未成熟）ｍＲＮＡへと付加される。３´ポリ（Ａ）尾部とは通常、転写済みｍＲＮＡの３´末端に付加されたアデニンヌクレオチドのストレッチのことである。３´ポリ（Ａ）尾部は、最大約４００個のアデニンヌクレオチドを含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、３´ポリ（Ａ）尾部の長さは、個々のｍＲＮＡの安定性における不可欠な要素であってもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、１つまたは複数の安定化要素を含んでいてもよい。安定化要素としては、例えば、ヒストンステムループを挙げてもよい。ステムループ結合タンパク質（ＳＬＢＰ）（３２ｋＤａのタンパク質）が同定されている。ステムループ結合タンパク質は、核内及び細胞質内の両方におけるヒストンメッセージの３´末端において、ヒストンステムループと結合している。ステムループ結合タンパク質の発現レベルは細胞周期により制御され、ヒストンｍＲＮＡレベルもまた上昇するＳ期中にピークに達する。ステムループ結合タンパク質は、Ｕ７ ｓｎＲＮＰによる効率的な、ヒストンプレｍＲＮＡの３´末端プロセシングに不可欠であることが分かっている。ＳＬＢＰはプロセシング後もステムループとの結合を維持し、その後、細胞質内において、成熟ヒストンｍＲＮＡのヒストンタンパク質への翻訳を促進する。ＳＬＢＰのＲＮＡ結合ドメインは後生動物及び原生動物全体に保存されており、ヒストンステムループへのその結合性はループ構造によって決まる。最小の結合部位としては、ステムループに対して少なくとも３つのヌクレオチド５´及び２つのヌクレオチド３´が挙げられる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、コード領域、少なくとも１つのヒストンステムループ、及び任意選択的に、ポリ（Ａ）配列またはポリアデニル化シグナルを含む。ポリ（Ａ）配列またはポリアデニル化シグナルは通常、コードされたタンパク質の発現レベルを高めるはずである。いくつかの実施形態では、コードされたタンパク質は、ヒストンタンパク質、レポータータンパク質（例えば、ルシフェラーゼ、ＧＦＰ、ＥＧＦＰ、β−ガラクトシダーゼ）、または、マーカータンパク質もしくは選択タンパク質（例えば、α−グロビン、ガラクトキナーゼ及びキサンチン：グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＧＰＴ））ではない。
いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列またはポリアデニル化シグナル、及び、少なくとも１つのヒストンステムループの組み合わせは、本質的に両方とも代替的な機構ではあるが、相乗的に作用して、個々の要素のいずれかにおいて観察されるレベル以上にタンパク質発現を増加させる。ポリ（Ａ）及び少なくとも１つのヒストンステムループの組み合わせによる相乗効果はポリ（Ａ）配列の要素順または長さに依存しないということが分かっている。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ヒストン下流要素（ＨＤＥ）を含まない。「ヒストン下流要素」（ＨＤＥ）は、Ｕ７ ｓｎＲＮＡの結合部位である、天然ステムループにおける約１５〜２０ヌクレオチド３´のプリンリッチなポリヌクレオチドストレッチを含み、ヒストンプレｍＲＮＡの成熟ヒストンｍＲＮＡへのプロセシングに関与する。理想的には、本発明の核酸はイントロンを含まない。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、エンハンサー配列及び／またはプロモーター配列を含んでいてもいなくてもよく、修飾されていても非修飾されていてもよく、または、活性化していても不活化していてもよい。いくつかの実施形態では、ヒストンステムループは通常、ヒストン遺伝子に由来しており、構造体のループを形成する短配列を含む（例えば、短配列からなる）スペーサーにより分離された、部分的または完全に逆相補である２本の隣接配列の分子内塩基対を含む。不対ループ領域は通常、ステムループ要素の一方と塩基対合することができない。ヒストンステムループは、ＲＮＡにおいてより頻繁に生じる（ほとんどのＲＮＡ二次構造における主要構成要素）が、一本鎖ＤＮＡにおいても同様に存在し得る。ステムループ構造の安定性は通常、長さ、ミスマッチまたはバルジの数、及び対領域の塩基組成に依存する。いくつかの実施形態では、ゆらぎ塩基対（非ワトソンクリック型塩基対）が生じ得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのヒストンステムループ配列は、１５〜４５ヌクレオチドの長さを含む。
その他の実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、１つまたは複数のＡＵリッチ配列を除去していてもよい。ＡＵＲＥＳと呼ばれることもあるこれらの配列は、３´ＵＴＲ内に見られる不安定化配列である。ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンからＡＵＲＥＳを除去してもよい。あるいは、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン内にＡＵＲＥＳを残しておいてもよい。
ナノ粒子製剤
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ナノ粒子で製剤化される。いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、脂質ナノ粒子で製剤化される。いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、カチオン性脂質ナノ粒子と呼ばれる脂質−ポリカチオン複合体で製剤化される。非限定例として、ポリカチオンとしては、カチオン性ペプチドまたはカチオン性ポリペプチド（限定するわけではないが例えば、ポリリジン、ポリオルニチン及び／またはポリアルギニンなど）を挙げてもよい。いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、非カチオン性脂質（限定するわけではないが例えば、コレステロールまたはジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）など）を含む脂質ナノ粒子で製剤化される。
脂質ナノ粒子製剤は、限定するわけではないが、カチオン性脂質構成成分の選択、カチオン性脂質の飽和度、ＰＥＧ化の特性、全構成成分の比率、及び、生物物理パラメータ（サイズなど）に影響を受ける場合がある。Ｓｅｍｐｌｅ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２０１０ ２８：１７２−１７６）による１つの例において、脂質ナノ粒子製剤は、５７．１％のカチオン性脂質、７．１％のジパルミトイルホスファチジルコリン、３４．３％のコレステロール、及び、１．４％のＰＥＧ−ｃ−ＤＭＡで構成される。別の例においては、カチオン性脂質の組成物を変えることにより、様々な抗原提示細胞へとより効果的にｓｉＲＮＡを送達することが可能となっている（Ｂａｓｈａ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０１１ １９：２１８６−２２００）。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、３５〜４５％のカチオン性脂質、４０％〜５０％のカチオン性脂質、５０％〜６０％のカチオン性脂質、及び／または、５５％〜６５％のカチオン性脂質を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子中における脂質とＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）の比率は、５：１〜２０：１、１０：１〜２５：１、１５：１〜３０：１、及び／または、少なくとも３０：１であってもよい。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤中におけるＰＥＧの比率を増加または減少させてもよく、及び／または、ＰＥＧ脂質の炭素鎖長をＣ１４からＣ１８に調節して脂質ナノ粒子製剤の薬物動態及び／または体内分布を変化させてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子製剤は、カチオン性脂質、ＤＳＰＣ及びコレステロールと比較して、０．５％〜３．０％、１．０％〜３．５％、１．５％〜４．０％、２．０％〜４．５％、２．５％〜５．０％及び／または３．０％〜６．０％の脂質モル比のＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧ（Ｒ−３−［（ω−メトキシ−ポリ（エチレングリコール）２０００）カルバモイル）］−１，２−ジミリスチルオキシプロピル−３−アミン）（本明細書ではまた、ＰＥＧ−ＤＯＭＧと呼ぶ）を含有していてもよい。いくつかの実施形態では、ＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧをＰＥＧ脂質で、限定するわけではないが例えば、ＰＥＧ−ＤＳＧ（１、２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロール、メトキシポリエチレングリコール）、ＰＥＧ−ＤＭＧ（１，２−ジミリストイル−ｓｎ−グリセロール）、及び／または、ＰＥＧ−ＤＰＧ（１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロール、メトキシポリエチレングリコール）で置換してもよい。カチオン性脂質は、当該技術分野において周知の任意の脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、Ｃ１２−２００及びＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡから選択してもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン製剤は、少なくとも１つの脂質を含むナノ粒子である。脂質は、限定するわけではないが、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ、９８Ｎ１２−５、Ｃ１２−２００、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＯＤＭＡ、ＰＬＧＡ、ＰＥＧ、ＰＥＧ−ＤＭＧ、ＰＥＧ化脂質及びアミノアルコール脂質から選択してもよい。いくつかの実施形態では、脂質は、カチオン性脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−Ｄ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＯＤＭＡ及びアミノアルコール脂質であってもよい。アミノアルコールカチオン性脂質は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１５０６２５に記載の脂質、及び／または、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１５０６２５に記載の方法で調製される脂質であってもよい（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。非限定例として、カチオン性脂質は、２−アミノ−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ，２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物１）、２−アミノ−３−［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物２）、２−アミノ−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−［（オクチルオキシ）メチル］プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物３）、及び、２−（ジメチルアミノ）−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物４）、または任意の薬学的に許容される塩もしくはその立体異性体であってもよい。
脂質ナノ粒子製剤は通常、脂質、特に、イオン化カチオン性脂質、例えば、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、または、ジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）を含み、さらに、中性脂質、ステロール、及び、粒子の凝集を緩和することができる分子、例えば、ＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、（ｉ）２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）からなる群から選択される少なくとも１つの脂質、（ｉｉ）ＤＳＰＣ、ＤＰＰＣ、ＰＯＰＣ、ＤＯＰＥ及びＳＭから選択される中性脂質、（ｉｉｉ）ステロール、例えば、コレステロール、及び、（ｉｖ）ＰＥＧ脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ、から本質的になる（２０〜６０％のカチオン性脂質、５〜２５％の中性脂質、２５〜５５％のステロール、０．５〜１５％のＰＥＧ脂質のモル比）。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される、モル基準で２５％〜７５％の、例えば、モル基準で３５〜６５％、４５〜６５％、６０％、５７．５％、５０％または４０％のカチオン性脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で０．５％〜１５％の、例えば、モル基準で３〜１２％、５〜１０％、５〜１５％、１０％または７．５％の中性脂質を含む。中性脂質の例としては、ＤＳＰＣ、ＰＯＰＣ、ＤＰＰＣ、ＤＯＰＥ及びＳＭが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、製剤は、モル基準で５％〜５０％の、例えば、モル基準で１５〜４５％、２０〜４０％、４０％、３８．５％、３５％または３１％のステロールを含む。ステロールの非限定例はコレステロールである。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で０．５％〜２０％の、例えば、モル基準で０．５〜１０％、０．５〜５％、１．５％、０．５％、１．５％、３．５％または５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。いくつかの実施形態では、ＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質は、平均分子量２，０００ＤａのＰＥＧ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質は、平均分子量２，０００未満の、例えば、約１，５００Ｄａ、約１，０００Ｄａまたは約５００ＤａのＰＥＧ分子を含む。ＰＥＧ修飾脂質の非限定例としては、ＰＥＧ−ジステアロイルグリセロール（ＰＥＧ−ＤＭＧ）（本明細書ではまた、ＰＥＧ−Ｃ１４またはＣ１４−ＰＥＧと呼ぶ）、ＰＥＧ−ｃＤＭＡ（Ｒｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，１０７，２７６−２８７（２００５）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）においてさらに記載されている）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される２５〜７５％のカチオン性脂質、０．５〜１５％の中性脂質、５〜５０％のステロール、及び、０．５〜２０％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される３５〜６５％のカチオン性脂質、３〜１２％の中性脂質、１５〜４５％のステロール、及び、０．５〜１０％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される４５〜６５％のカチオン性脂質、５〜１０％の中性脂質、２５〜４０％のステロール、及び、０．５〜１０％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される６０％のカチオン性脂質、７．５％の中性脂質、３１％のステロール、及び、１．５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される５０％のカチオン性脂質、１０％の中性脂質、３８．５％のステロール、及び、１．５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される５０％のカチオン性脂質、１０％の中性脂質、３５％のステロール、４．５％または５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質、及び、０．５％のターゲティング脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される４０％のカチオン性脂質、１５％の中性脂質、４０％のステロール、及び、５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される５７．２％のカチオン性脂質、７．１％の中性脂質、３４．３％のステロール、及び、１．４％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、モル基準で、ＰＥＧ脂質、ＰＥＧ−ｃＤＭＡ（ＰＥＧ−ｃＤＭＡは、Ｒｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，１０７，２７６−２８７（２００５）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）においてさらに記載されている）から選択される５７．５％のカチオン性脂質、７．５％の中性脂質、３１．５％のステロール、及び、３．５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、２０〜７０％のカチオン性脂質、５〜４５％の中性脂質、２０％〜５５％のコレステロール、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比の脂質混合物から本質的になる。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、２０〜６０％のカチオン性脂質、５〜２５％の中性脂質、２５％〜５５％のコレステロール、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比の脂質混合物から本質的になる。
いくつかの実施形態では、脂質モル比は、５０／１０／３８．５／１．５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧ、ＰＥＧ−ＤＳＧまたはＰＥＧ−ＤＰＧ）、５７．２／７．１１３４．３／１．４（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＰＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ｃＤＭＡ）、４０／１５／４０／５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧ）、５０／１０／３５／４．５／０．５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＳＧ）、５０／１０／３５／５（カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧ）、４０／１０／４０／１０（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ）、３５／１５／４０／１０（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ）、または、５２／１３／３０／５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ）である。
脂質ナノ粒子組成物及びそれらの調製方法についての非限定例は、例えば、Ｓｅｍｐｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２８：１７２−１７６；Ｊａｙａｒａｍａ ｅｔ ａｌ．（２０１２），Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．，５１：８５２９−８５３３；及び、Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ２１，１５７０−１５７８に記載されている（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を含んでいてもよく、また任意選択的に、非カチオン性脂質を含んでいてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子は、４０〜６０％のカチオン性脂質、５〜１５％の非カチオン性脂質、１〜２％のＰＥＧ脂質、及び、３０〜５０％の構造脂質を含んでいてもよい。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質、１０％の非カチオン性脂質、１．５％のＰＥＧ脂質、及び、３８．５％の構造脂質を含んでいてもよい。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５５％のカチオン性脂質、１０％の非カチオン性脂質、２．５％のＰＥＧ脂質、及び、３２．５％の構造脂質を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、本明細書に記載する任意のカチオン性脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ及びＬ３１９であってもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子製剤は、４構成成分の脂質ナノ粒子であってもよい。脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を含んでいてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子は、４０〜６０％のカチオン性脂質、５〜１５％の非カチオン性脂質、１〜２％のＰＥＧ脂質、及び、３０〜５０％の構造脂質を含んでいてもよい。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質、１０％の非カチオン性脂質、１．５％のＰＥＧ脂質、及び、３８．５％の構造脂質を含んでいてもよい。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５５％のカチオン性脂質、１０％の非カチオン性脂質、２．５％のＰＥＧ脂質、及び、３２．５％の構造脂質を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、本明細書に記載する任意のカチオン性脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ及びＬ３１９であってもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子製剤は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を含んでいてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、１．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＯＭＧ、及び、３８．５％の構造脂質コレステロールを含む。非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、１．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＯＭＧ、及び、３８．５％の構造脂質コレステロールを含む。非限定例として、脂質ナノ粒子は、５０％のカチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、１．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＭＧ、及び、３８．５％の構造脂質コレステロールを含む。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、５５％のカチオン性脂質Ｌ３１９、１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、２．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＭＧ、及び、３２．５％の構造脂質コレステロールを含む。
ワクチン組成物中における活性成分、薬学的に許容される添加剤、及び／または、任意の追加成分の相対量は、治療する対象の個性、サイズ及び症状に応じて変化してもよく、さらに、組成物の投与経路に応じて変化してもよい。例えば、組成物は、０．１％〜９９％（重量／重量）の活性成分を含んでいてもよい。例として、組成物は、０．１％〜１００％、例えば、０．５〜５０％、１〜３０％、５〜８０％、少なくとも８０％（重量／重量）の活性成分を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、ＭＣ３、コレステロール、ＤＳＰＣ及びＰＥＧ２０００−ＤＭＧを含む脂質ナノ粒子で製剤化された本明細書に記載のポリヌクレオチド、クエン酸三ナトリウム緩衝液、スクロース、ならびに、注射用蒸留水を含んでいてもよい。非限定例として、組成物は、２．０ｍｇ／ｍＬの薬物、２１．８ｍｇ／ｍＬのＭＣ３、１０．１ｍｇ／ｍＬのコレステロール、５．４ｍｇ／ｍＬのＤＳＰＣ、２．７ｍｇ／ｍＬのＰＥＧ２０００−ＤＭＧ、５．１６ｍｇ／ｍＬのクエン酸三ナトリウム、７１ｍｇ／ｍＬのスクロース、及び、１．０ｍＬの注射用蒸留水を含む。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子（例えば、脂質ナノ粒子）は、１０〜５００ｎｍ、２０〜４００ｎｍ、３０〜３００ｎｍ、４０〜２００ｎｍの平均粒径を有する。いくつかの実施形態では、ナノ粒子（例えば、脂質ナノ粒子）は、５０〜１５０ｎｍ、５０〜２００ｎｍ、８０〜１００ｎｍまたは８０〜２００ｎｍの平均粒径を有する。
リポソーム、リポプレックス及び脂質ナノ粒子
本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、１つまたは複数のリポソーム、リポプレックスまたは脂質ナノ粒子を用いて製剤化することができる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの医薬組成物はリポソームを含む。リポソームは、主に脂質二重層で構成され得る人工的に調製されたベシクルであり、栄養素及び医薬品製剤を投与するための送達媒体として用いてもよい。リポソームは、異なるサイズであってもよく、限定するわけではないが例えば、マルチラメラベシクル（ＭＬＶ）（直径数百ナノメートルであってもよく、狭い水性区画により隔てられた一連の同心二重層を含んでいてもよい）、スモールユニセルラーベシクル（ＳＵＶ）（直径５０ｎｍ未満であってもよい）、及び、ラージユニラメラベシクル（ＬＵＶ）（直径５０〜５００ｎｍであってもよい）であってもよい。リポソーム設計としては、限定するわけではないが、病的組織へのリポソーム吸着性を向上させるための、または、限定するわけではないが例えば、エンドサイトーシスなどの現象を活性化させるための、オプソニンまたはリガンドを挙げてもよい。リポソームは、医薬品製剤の送達を向上させるために、低ｐＨまたは高ｐＨを含んでいてもよい。
リポソームの形成は、物理化学的特性（限定するわけではないが例えば、取り込んだ医薬品製剤、及びリポソーム成分）、脂質ベシクルが分散する溶媒の性質、取り込んだ薬物の効果的な濃度及びその潜在的毒性、ベシクルの投与及び／または送達中に関わる任意の別のプロセス、目的用途におけるベシクルの最適化サイズ、多分散度及び有効期間、ならびに、安全かつ効率的なリポソーム製品におけるバッチ間再現性及び大量生産の実現性に依存し得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物としては、１，２−ジオレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）リポソーム、Ｍａｒｉｎａ Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｂｏｔｈｅｌｌ，ＷＡ）製のＤｉＬａ２リポソーム、１，２−ジリノレイルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ−ＤＭＡ）、２，２−ジリノレイル−４−（２−ジメチルアミノエチル）−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、及びＭＣ３（ＵＳ２０１００３２４１２０；その全体は本明細書に参照として組み込まれる）などから形成されるようなリポソーム、ならびに、小分子薬物を送達可能なリポソーム（限定するわけではないが例えば、Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｈｏｒｓｈａｍ，ＰＡ）製のＤＯＸＩＬ（登録商標））を挙げてもよいがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物としては、上で記載し、インビトロ及びインビボでのオリゴヌクレオチド送達に好適であることが分かっている安定化プラスミド−脂質粒子（ＳＰＬＰ）または安定化核酸脂質粒子（ＳＮＡＬＰ）の合成から形成されるようなリポソームを挙げてもよいがこれらに限定されない（Ｗｈｅｅｌｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ．１９９９ ６：２７１−２８１；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ．１９９９ ６：１４３８−１４４７；Ｊｅｆｆｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ．２００５ ２２：３６２−３７２；Ｍｏｒｒｉｓｓｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５ ２：１００２−１００７；Ｚｉｍｍｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２００６ ４４１：１１１−１１４；Ｈｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｏｎｔｒ Ｒｅｌ．２００５ １０７：２７６−２８７；Ｓｅｍｐｌｅ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２０１０ ２８：１７２−１７６；Ｊｕｄｇｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２００９ １１９：６６１−６７３；ｄｅＦｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２００８ １９：１２５−１３２；米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１２２１０４を参照されたい（それら全体は参照として本明細書に組み込まれる））。Ｗｈｅｅｌｅｒ ｅｔ ａｌ．による当初の製造方法は界面活性剤透析法であり、後にＪｅｆｆｓ ｅｔ ａｌ．により改良され、自発的ベシクル形成法と呼ばれている。リポソーム製剤は、３〜４種類の脂質構成成分に加えてポリヌクレオチドで構成される。１つの例として、限定するわけではないが、リポソームは、Ｊｅｆｆｓ ｅｔ ａｌ．が記載しているように、５５％のコレステロール、２０％のジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、１０％のＰＥＧ−Ｓ−ＤＳＧ、及び、１５％の１，２−ジオレイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）を含んでいてもよい。別の例としては、特定のリポソーム製剤は、限定するわけではないが、４８％のコレステロール、２０％のＤＳＰＣ、２％のＰＥＧ−ｃ−ＤＭＡ、及び、３０％のカチオン性脂質を含んでいてもよく、カチオン性脂質は、Ｈｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．が記載しているように、１，２−ジステアロイルオキシ−Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノプロパン（ＤＳＤＭＡ）、ＤＯＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、または、１，２−ジリノレニルオキシ−３−ジメチルアミノプロパン（ＤＬｅｎＤＭＡ）であってもよい。
いくつかの実施形態では、リポソーム製剤は、約２５．０％のコレステロール〜約４０．０％のコレステロール、約３０．０％のコレステロール〜約４５．０％のコレステロール、約３５．０％のコレステロール〜約５０．０％のコレステロール、及び／または、約４８．５％のコレステロール〜約６０％のコレステロールを含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、製剤は、２８．５％、３１．５％、３３．５％、３６．５％、３７．０％、３８．５％、３９．０％及び４３．５％からなる群から選択されるコレステロールの割合を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、製剤は、約５．０％〜約１０．０％のＤＳＰＣ、及び／または、約７．０％〜約１５．０％のＤＳＰＣを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン医薬組成物は、限定するわけではないが例えば、ＤｉＬａ２リポソーム（Ｍａｒｉｎａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｂｏｔｈｅｌｌ，ＷＡ）、ＳＭＡＲＴＩＣＬＥＳ（登録商標）（Ｍａｒｉｎａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｂｏｔｈｅｌｌ，ＷＡ）、中性ＤＯＰＣ（１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン）ベースのリポソーム（例えば、卵巣癌用のｓｉＲＮＡ送達（Ｌａｎｄｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ＆ Ｔｈｅｒａｐｙ ２００６ ５（１２）１７０８−１７１３）（その全体は本明細書に参照として組み込まれる））、及び、ヒアルロナン被覆リポソーム（Ｑｕｉｅｔ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｓｒａｅｌ）などのリポソームで製剤化されてもよい。
いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、米国特許出願番号２０１３００９０３７２に記載されるもののような低分子量のカチオン性脂質であってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは脂質ベシクルで製剤化されてもよく、その脂質ベシクルは官能化脂質二重層間に架橋を有していてもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、脂質−ポリカチオン複合体で製剤化されてもよい。脂質−ポリカチオン複合体の形成は、当該技術分野において周知の方法、及び／または、米国公開番号２０１２０１７８７０２に記載の方法を用いて実施されてもよい（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。非限定例として、ポリカチオンとしては、カチオン性ペプチドまたはカチオン性ポリペプチド（限定するわけではないが例えば、ポリリジン、ポリオルニチン及び／またはポリアルギニンなど）を挙げてもよい。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは脂質−ポリカチオン複合体で製剤化されてもよく、その脂質−ポリカチオン複合体は、限定するわけではないが例えば、コレステロールまたはジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）などの非カチオン性脂質をさらに含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）製剤中におけるＰＥＧの比率を増加または減少させてもよく、及び／または、ＰＥＧ脂質の炭素鎖長をＣ１４からＣ１８に調節してＬＮＰ製剤の薬物動態及び／または体内分布を変化させてもよい。非限定例として、ＬＮＰ製剤は、カチオン性脂質、ＤＳＰＣ及びコレステロールと比較して、約０．５％〜約３．０％、約１．０％〜約３．５％、約１．５％〜約４．０％、約２．０％〜約４．５％、約２．５％〜約５．０％、及び／または、約３．０％〜約６．０％の脂質モル比のＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧ（Ｒ−３−［（ω−メトキシ−ポリ（エチレングリコール）２０００）カルバモイル）］−１，２−ジミリスチルオキシプロピル−３−アミン）（本明細書ではまた、ＰＥＧ−ＤＯＭＧと呼ぶ）を含有していてもよい。いくつかの実施形態では、ＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧをＰＥＧ脂質で、限定するわけではないが例えば、ＰＥＧ−ＤＳＧ（１、２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロール，メトキシポリエチレングリコール）、ＰＥＧ−ＤＭＧ（１，２−ジミリストイル−ｓｎ−グリセロール）、及び／または、ＰＥＧ−ＤＰＧ（１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロール，メトキシポリエチレングリコール）で置換してもよい。カチオン性脂質は、当該技術分野において周知の任意の脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、Ｃ１２−２００及びＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡから選択してもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、脂質ナノ粒子で製剤化されてもよい。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン製剤は、少なくとも１つの脂質を含み得るナノ粒子である。脂質は、限定するわけではないが、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−Ｋ−ＤＭＡ、９８Ｎ１２−５、Ｃ１２−２００、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＯＤＭＡ、ＰＬＧＡ、ＰＥＧ、ＰＥＧ−ＤＭＧ、ＰＥＧ化脂質及びアミノアルコール脂質から選択してもよい。別の態様では、脂質は、カチオン性脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−Ｄ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＯＤＭＡ及びアミノアルコール脂質であってもよい。アミノアルコールカチオン性脂質は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１５０６２５に記載の脂質、及び／または、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１５０６２５に記載の方法で調製される脂質であってもよい（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。非限定例として、カチオン性脂質は、２−アミノ−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ，２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物１）、２−アミノ−３−［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物２）、２−アミノ−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−［（オクチルオキシ）メチル］プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物３）、及び、２−（ジメチルアミノ）−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−２−｛［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］メチル｝プロパン−１−オール（ＵＳ２０１３０１５０６２５の化合物４）、または任意の薬学的に許容される塩もしくはその立体異性体であってもよい。
脂質ナノ粒子製剤は通常、脂質、特に、イオン化カチオン性脂質、例えば、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、または、ジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）を含み、さらに、中性脂質、ステロール、及び、粒子の凝集を緩和することができる分子、例えば、ＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、（ｉ）２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）からなる群から選択される少なくとも１つの脂質、（ｉｉ）ＤＳＰＣ、ＤＰＰＣ、ＰＯＰＣ、ＤＯＰＥ及びＳＭから選択される中性脂質、（ｉｉｉ）ステロール、例えば、コレステロール、及び、（ｉｖ）ＰＥＧ脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ、から本質的になる（約２０〜６０％のカチオン性脂質、５〜２５％の中性脂質、２５〜５５％のステロール、０．５〜１５％のＰＥＧ脂質のモル比）。
いくつかの実施形態では、製剤は、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される、モル基準で約２５％〜約７５％の、例えば、モル基準で約３５〜約６５％、約４５〜約６５％、約６０％、約５７．５％、約５０％または約４０％のカチオン性脂質を含む。
いくつかの実施形態では、製剤は、モル基準で約０．５％〜約１５％の、例えば、モル基準で約３〜約１２％、約５〜約１０％、約５〜約１５％、約１０％または約７．５％の中性脂質を含む。中性脂質の例としては、ＤＳＰＣ、ＰＯＰＣ、ＤＰＰＣ、ＤＯＰＥ及びＳＭが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、製剤は、モル基準で約５％〜約５０％の、例えば、モル基準で約１５〜約４５％、約２０〜約４０％、約４０％、約３８．５％、約３５％または約３１％のステロールを含む。例示的なステロールはコレステロールである。いくつかの実施形態では、製剤は、モル基準で約０．５％〜約２０％の、例えば、モル基準で約０．５〜約１０％、約０．５〜約５％、約１．５％、約０．５％、約１．５％、約３．５％または約５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。いくつかの実施形態では、ＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質は、平均分子量２，０００ＤａのＰＥＧ分子を含む。その他の実施形態では、ＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質は、平均分子量２，０００未満の、例えば、約１，５００Ｄａ、約１，０００Ｄａまたは約５００ＤａのＰＥＧ分子を含む。ＰＥＧ修飾脂質の例としては、ＰＥＧ−ジステアロイルグリセロール（ＰＥＧ−ＤＭＧ）（本明細書ではまた、ＰＥＧ−Ｃ１４またはＣ１４−ＰＥＧと呼ぶ）、ＰＥＧ−ｃＤＭＡ（Ｒｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，１０７，２７６−２８７（２００５）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）においてさらに記載されている）が挙げられるがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される２５〜７５％のカチオン性脂質、０．５〜１５％の中性脂質、５〜５０％のステロール、及び、０．５〜２０％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される３５〜６５％のカチオン性脂質、３〜１２％の中性脂質、１５〜４５％のステロール、及び、０．５〜１０％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される４５〜６５％のカチオン性脂質、５〜１０％の中性脂質、２５〜４０％のステロール、及び、０．５〜１０％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される約６０％のカチオン性脂質、約７．５％の中性脂質、約３１％のステロール、及び、約１．５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される約５０％のカチオン性脂質、約１０％の中性脂質、約３８．５％のステロール、及び、約１．５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される約５０％のカチオン性脂質、約１０％の中性脂質、約３５％のステロール、約４．５％または約５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質、及び、約０．５％のターゲティング脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される約４０％のカチオン性脂質、約１５％の中性脂質、約４０％のステロール、及び、約５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される約５７．２％のカチオン性脂質、約７．１％の中性脂質、約３４．３％のステロール、及び、約１．４％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の製剤は、モル基準で、ＰＥＧ脂質、ＰＥＧ−ｃＤＭＡ（Ｒｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，１０７，２７６−２８７（２００５）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）においてさらに記載されている）から選択される約５７．５％のカチオン性脂質、約７．５％の中性脂質、約３１．５％のステロール、及び、約３．５％のＰＥＧまたはＰＥＧ修飾脂質を含む。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子製剤は、約２０〜７０％のカチオン性脂質、５〜４５％の中性脂質、２０〜５５％のコレステロール、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比の、より好ましくは、約２０〜６０％のカチオン性脂質、５〜２５％の中性脂質、２５〜５５％のコレステロール、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比の脂質混合物から本質的になる。
いくつかの実施形態では、脂質モル比は、概算で、５０／１０／３８．５／１．５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧ、ＰＥＧ−ＤＳＧまたはＰＥＧ−ＤＰＧ）、５７．２／７．１１３４．３／１．４（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＰＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ｃＤＭＡ）、４０／１５／４０／５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧ）、５０／１０／３５／４．５／０．５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＳＧ）、５０／１０／３５／５（カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧ）、４０／１０／４０／１０（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ）、３５／１５／４０／１０（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ）、または、５２／１３／３０／５（モル％、カチオン性脂質／中性脂質、例えば、ＤＳＰＣ／Ｃｈｏｌ／ＰＥＧ修飾脂質、例えば、ＰＥＧ−ＤＭＧまたはＰＥＧ−ｃＤＭＡ）である。
脂質ナノ粒子組成物及びそれらの調製方法についての例は、例えば、Ｓｅｍｐｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２８：１７２−１７６；Ｊａｙａｒａｍａ ｅｔ ａｌ．（２０１２），Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．，５１：８５２９−８５３３；及び、Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ ２１，１５７０−１５７８に記載されている（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子製剤は、カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を含んでいてもよく、任意選択的に、非カチオン性脂質を含んでいてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子は、約４０〜６０％のカチオン性脂質、約５〜１５％の非カチオン性脂質、約１〜２％のＰＥＧ脂質、及び、約３０〜５０％の構造脂質を含んでいてもよい。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５０％のカチオン性脂質、約１０％の非カチオン性脂質、約１．５％のＰＥＧ脂質、及び、約３８．５％の構造脂質を含んでいてもよい。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５５％のカチオン性脂質、約１０％の非カチオン性脂質、約２．５％のＰＥＧ脂質、及び、約３２．５％の構造脂質を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、本明細書に記載する任意のカチオン性脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ及びＬ３１９であってもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子製剤は、４構成成分の脂質ナノ粒子であってもよい。脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を含んでいてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子は、約４０〜６０％のカチオン性脂質、約５〜１５％の非カチオン性脂質、約１〜２％のＰＥＧ脂質、及び、約３０〜５０％の構造脂質を含んでいてもよい。別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５０％のカチオン性脂質、約１０％の非カチオン性脂質、約１．５％のＰＥＧ脂質、及び、約３８．５％の構造脂質を含んでいてもよい。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５５％のカチオン性脂質、約１０％の非カチオン性脂質、約２．５％のＰＥＧ脂質、及び、約３２．５％の構造脂質を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、本明細書に記載する任意のカチオン性脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ及びＬ３１９であってもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子製剤は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を含んでいてもよい。非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５０％のカチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ、約１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、約１．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＯＭＧ、及び、約３８．５％の構造脂質コレステロールを含む。非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５０％のカチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、約１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、約１．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＯＭＧ、及び、約３８．５％の構造脂質コレステロールを含む。非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５０％のカチオン性脂質ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、約１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、約１．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＭＧ、及び、約３８．５％の構造脂質コレステロールを含む。さらに別の非限定例として、脂質ナノ粒子は、約５５％のカチオン性脂質Ｌ３１９、約１０％の非カチオン性脂質ＤＳＰＣ、約２．５％のＰＥＧ脂質ＰＥＧ−ＤＭＧ、及び、約３２．５％の構造脂質コレステロールを含む。
非限定例として、カチオン性脂質は、（２０Ｚ，２３Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルノナコサ−２０，２３−ジエン−１０−アミン、（１７Ｚ，２０Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘキサコサ−１７，２０−ジエン−９−アミン、（１Ｚ，１９Ｚ）−Ｎ５Ｎ−ジメチルペンタコサ−１６，１９−ジエン−８−アミン、（１３Ｚ，１６Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルドコサ−１３，１６−ジエン−５−アミン、（１２Ｚ，１５Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘンイコサ−１２，１５−ジエン−４−アミン、（１４Ｚ，１７Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルトリコサ−１４，１７−ジエン−６−アミン、（１５Ｚ，１８Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルテトラコサ−１５，１８−ジエン−７−アミン、（１８Ｚ，２１Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘプタコサ−１８，２１−ジエン−１０−アミン、（１５Ζ，１８Ζ）−Ν，Ν−ジメチルテトラコサ−１５，１８−ジエン−５−アミン、（１４Ｚ，１７Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルトリコサ−１４，１７−ジエン−４−アミン、（１９Ｚ，２２Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルオクタコサ−１９，２２−ジエン−９−アミン、（１８Ｚ，２１Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘプタコサ−１８，２１−ジエン−８−アミン、（１７Ｚ，２０Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘキサコサ−１７，２０−ジエン−７−アミン、（１６Ｚ，１９Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルペンタコサ−１６，１９−ジエン−６−アミン、（２２Ｚ，２５Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘントリアコンタ−２２，２５−ジエン−１０−アミン、（２１Ｚ，２４Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルトリアコンタ−２１，２４−ジエン−９−アミン、（１８Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘプタコス−１８−エン−１０−アミン、（１７Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘキサコス−１７−エン−９−アミン、（１９Ｚ，２２Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルオクタコサ−１９，２２−ジエン−７−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチルヘプタコサン−１０−アミン、（２０Ｚ，２３Ｚ）−Ｎ−エチル−Ｎ−メチルノナコサ−２０，２３−ジエン−１０−アミン、１−［（１１Ｚ，１４Ｚ）−１−ノニルイコサ−１１，１４−ジエン−１−イル］ピロリジン、（２０Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘプタコス−２０−エン−１０−アミン、（１５Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルエプタコス−１５−エン−１０−アミン、（１４Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルノナコス−１４−エン−１０−アミン、（１７Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルノナコス−１７−エン−１０−アミン、（２４Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルトリトリアコンタ−２４−エン−１０−アミン、（２０Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルノナコス−２０−エン−１０−アミン、（２２Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルヘントリアコンタ−２２−エン−１０−アミン、（１６Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルペンタコサ−１６−エン−８−アミン、（１２Ｚ，１５Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２−ノニルヘンイコサ−１２，１５−ジエン−１−アミン、（１３Ｚ，１６Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−ノニルドコサ−１３，１６−ジエン−１−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］エプタデカン−８−アミン、１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−ヘキシルシクロプロピル］−Ｎ，Ｎ−ジメチルノナデカン−１０−アミン、Ν，Ν−ジメチル−１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］ノナデカン−１０−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−２１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］ヘンイコサン−１０−アミン，Ν，Ν−ジメチル−１−［（１Ｓ，２Ｓ）−２−｛［（１Ｒ，２Ｒ）−２−ペンチルシクロプロピル］メチル｝シクロプロピル］ノナデカン−１０−アミン，Ν，Ν−ジメチル−１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］ヘキサデカン−８−アミン、Ν，Ν−ジメチル−［（１Ｒ，２Ｓ）−２−ウンデシルシクロプロピル］テトラデカン−５−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−｛７−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］ヘプチル｝ドデカン−１−アミン、１−［（１Ｒ，２Ｓ）−２−ヘプチルシクロプロピル］−Ν，Ν−ジメチルオクタデカン−９−アミン、１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−デシルシクロプロピル］−Ｎ，Ｎ−ジメチルペンタデカン−６−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−［（１Ｓ，２Ｒ）−２−オクチルシクロプロピル］ペンタデカン−８−アミン、Ｒ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、Ｓ−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、１−｛２−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−１−［（オクチルオキシ）メチル］エチル｝ピロリジン、（２Ｓ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−３−［（５Ｚ）−オクタ−５−エン−１−イルオキシ］プロパン−２−アミン、１−｛２−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］−１−［（オクチルオキシ）メチル］エチル｝アゼチジン、（２Ｓ）−１−（ヘキシルオキシ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］プロパン−２−アミン、（２Ｓ）−１−（ヘプチルオキシ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］プロパン−２−アミン、Ν，Ν−ジメチル−１−（ノニルオキシ）−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］プロパン−２−アミン、Ν，Ν−ジメチル−１−［（９Ｚ）−オクタデカ−９−エン−１−イルオキシ］−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、（２Ｓ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−［（６Ｚ，９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−６，９，１２−トリエン−１−イルオキシ］−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、（２Ｓ）−１−［（１１Ｚ，１４Ｚ）−イコサ−１１，１４−ジエン−１−イルオキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−（ペンチルオキシ）プロパン−２−アミン、（２Ｓ）−１−（ヘキシルオキシ）−３−［（１１Ｚ，１４Ｚ）−イコサ−１１，１４−ジエン−１−イルオキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチルプロパン−２−アミン、１−［（１１Ｚ，１４Ｚ）−イコサ−１１，１４−ジエン−１−イルオキシ］−Ν，Ν−ジメチル−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、１−［（１３Ｚ，１６Ｚ）−ドコサ−１３，１６−ジエン−１−イルオキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、（２Ｓ）−１−［（１３Ｚ，１６Ｚ）−ドコサ−１３，１６−ジエン−１−イルオキシ］−３−（ヘキシルオキシ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルプロパン−２−アミン、（２Ｓ）−１−［（１３Ｚ）−ドコサ−１３−エン−１−イルオキシ］−３−（ヘキシルオキシ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルプロパン−２−アミン、１−［（１３Ｚ）−ドコサ−１３−エン−１−イルオキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、１−［（９Ｚ）−ヘキサデカ−９−エン−１−イルオキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、（２Ｒ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−Ｈ（１−メチルオクチル）オキシ］−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］プロパン−２−アミン、（２Ｒ）−１−［（３，７−ジメチルオクチル）オキシ］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−［（９Ｚ，１２Ｚ）−オクタデカ−９，１２−ジエン−１−イルオキシ］プロパン−２−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−（オクチルオキシ）−３−（｛８−［（１Ｓ，２Ｓ）−２−｛［（１Ｒ，２Ｒ）−２−ペンチルシクロプロピル］メチル｝シクロプロピル］オクチル｝オキシ）プロパン−２−アミン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−｛［８−（２−オクチルシクロプロピル）オクチル］オキシ｝−３−（オクチルオキシ）プロパン−２−アミン、及び（１１Ｅ，２０Ｚ，２３Ｚ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルノナコサ−１１，２０，２−トリエン−１０−アミン、または薬学的に許容される塩もしくはその立体異性体から選択してもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンのＬＮＰ製剤は、３％の脂質モル比のＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧを含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンのＬＮＰ製剤は、１．５％の脂質モル比のＰＥＧ−ｃ−ＤＯＭＧを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの医薬組成物は、国際公開番号ＷＯ２０１２０９９７５５に記載されているＰＥＧ化脂質のうち少なくとも１つを含んでいてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ２０００（１，２−ジミリストイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホホエタノールアミン−Ｎ−［メトキシ（ポリエチレングリコール）−２０００）を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ２０００、当該技術分野において周知のカチオン性脂質、及び、少なくとも１つのその他構成成分を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ２０００、当該技術分野において周知のカチオン性脂質、ＤＳＰＣ及びコレステロールを含んでいてもよい。非限定例として、ＬＮＰ製剤は、ＰＥＧ−ＤＭＧ２０００、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＳＰＣ及びコレステロールを含んでいてもよい。別の非限定例として、ＬＮＰ製剤は、２：４０：１０：４８のモル比で、ＰＥＧ−ＤＭＧ２０００、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＳＰＣ及びコレステロールを含んでいてもよい（例えば、Ｇｅａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｏｎｖｉｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｓｅｌｆ−ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ ＲＮＡ（ｅ．ｇ．，ｍＲＮＡ）ｖａｃｃｉｎｅｓ，ＰＮＡＳ ２０１２；ＰＭＩＤ：２２９０８２９４を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
本明細書に記載の脂質ナノ粒子は、滅菌環境で製造されてもよい。
いくつかの実施形態では、ＬＮＰ製剤は、核酸脂質粒子などのナノ粒子で製剤化されてもよい。非限定例として、脂質粒子は、１つまたは複数の活性薬または治療薬、粒子中に存在する総脂質の約５０モル％〜約８５モル％を含む１つまたは複数のカチオン性脂質、粒子中に存在する総脂質の約１３モル％〜約４９．５モル％を含む１つまたは複数の非カチオン性脂質、及び、粒子中に存在する総脂質の約０．５モル％〜約２モル％を含み粒子の凝集を阻害する１つまたは複数の脂質複合体を含んでいてもよい。
ナノ粒子製剤はリン酸複合体を含んでいてもよい。リン酸複合体は、インビボ循環時間を長くすることができ、及び／または、ナノ粒子の標的化送達を向上させることができる。非限定例として、リン酸複合体は、国際出願番号ＷＯ２０１３０３３４３８に記載されている式のいずれか１つの化合物を含んでいてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
ナノ粒子製剤はポリマー複合体を含んでいてもよい。ポリマー複合体は水溶性複合体であってもよい。ポリマー複合体は、米国特許出願番号２０１３００５９３６０に記載の構造を有していてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチドを有するポリマー複合体は、米国特許出願番号２０１３００７２７０９に記載されている方法及び／またはセグメント化ポリマー試薬を用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、ポリマー複合体は、環部分を含むペンダント側鎖を有していてもよく、限定するわけではないが例えば、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１９６９４８に記載されているポリマー複合体を有していてもよい（その内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
ナノ粒子製剤は、対象内において本開示のナノ粒子の送達を向上させるための複合体を含んでいてもよい。さらに、複合体は、対象内において、食細胞によるナノ粒子の除去を阻害することができる。１つの態様では、複合体は、ヒト膜タンパク質ＣＤ４７から設計した「自己」ペプチド（例えば、Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３ ３３９，９７１−９７５）に記載の「自己」粒子）であってもよい（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．が示しているが、自己ペプチドは、マクロファージが介在するナノ粒子の除去を遅らせて、ナノ粒子の送達を向上させる。別の態様では、複合体は、膜タンパク質ＣＤ４７であってもよい（例えば、Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３ ３３９，９７１−９７５を参照のこと）（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．は、「自己」ペプチドと同様、スクランブルペプチド及びＰＥＧ被覆ナノ粒子と比較して、ＣＤ４７が対象内における循環粒子比率を増加させ得ることを示している。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、対象内において本開示のナノ粒子の送達を向上させるための複合体を含むナノ粒子で製剤化される。複合体はＣＤ４７膜であってもよく、または、上記の「自己」ペプチドなどのＣＤ４７膜タンパク質から複合体を誘導してもよい。いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、ＰＥＧ、及び、ＣＤ４７複合体、またはその誘導体を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、上記の「自己」ペプチド、及び、膜タンパク質ＣＤ４７の両方を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のとおり、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを送達するために、「自己」ペプチド及び／またはＣＤ４７タンパク質をウイルス様粒子またはシュードビリオンにコンジュゲートしてもよい。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン医薬組成物は、本開示のポリヌクレオチド、及び、分解可能な結合部を有していてもよい複合体を含む。複合体の非限定例としては、イオン化水素原子、スペーサー部分及び水溶性ポリマーを含む芳香族部分が挙げられる。非限定例として、分解可能な結合部を有する複合体を含む医薬組成物、及び、このような医薬組成物を送達するための方法は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１８４４４３に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
ナノ粒子製剤は、炭水化物担体及びＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを含む炭水化物ナノ粒子であってもよい。非限定例として、炭水化物担体としては、限定するわけではないが、無水物修飾フィトグリコーゲンまたはグリコーゲン型物質、フィトグリコーゲンオクテニルサクシネート、フィトグリコーゲンベータ−デキストリン、無水物修飾フィトグリコーゲンベータ−デキストリンを挙げてもよい（例えば、国際公開番号ＷＯ２０１２１０９１２１を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
粒子の送達を向上させるために、本開示のナノ粒子製剤を界面活性剤またはポリマーで被覆してもよい。いくつかの実施形態では、限定するわけではないが例えば、ＰＥＧコーティング、及び／または、中性表面電荷を有するコーティングなどの親水性コーティングでナノ粒子を被覆してもよい。親水性コーティングは、大きなペイロード（限定するわけではないが例えば、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンなど）を含むナノ粒子を中枢神経系内部へと送達するのに役立ち得る。非限定例として、親水性コーティングを含むナノ粒子、及び、このようなナノ粒子を調製するための方法は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１８３２４４に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示の脂質ナノ粒子は親水性ポリマー粒子であってもよい。親水性ポリマー粒子及び親水性ポリマー粒子の調製方法に関する非限定例は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０２１０９９１に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示の脂質ナノ粒子は疎水性ポリマー粒子であってもよい。
カチオン性脂質を生分解性のカチオン性脂質（急速排出性脂質ナノ粒子（ｒｅＬＮＰ）として周知）に置き換えることにより、脂質ナノ粒子製剤を改良してもよい。イオン化カチオン性脂質（限定するわけではないが例えば、ＤＬｉｎＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ及びＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）は、血漿中及び組織中に徐々に蓄積することが分かっており、潜在的な毒性源となる場合がある。急速排出性脂質の急速な代謝により、忍容性を向上させることができ、また、ラットにおいて、脂質ナノ粒子の治療指数を１ｍｇ／ｋｇ用量〜１０ｍｇ／ｋｇ用量オーダーだけ改善することができる。酵素的に分解するエステル結合を組み込むことにより、ｒｅＬＮＰ製剤の活性を維持させつつ、カチオン性構成成分の分解プロファイル及び代謝プロファイルを改善することができる。エステル結合は脂質鎖の内部に位置していてもよく、または、脂質鎖の末端に位置していてもよい。脂質鎖内において、内部エステル結合で任意の炭素を置換してもよい。
いくつかの実施形態では、内部エステル結合は、飽和炭素の片側上に位置していてもよい。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子、ポリマー及び免疫原を含んでいてもよい脂質ナノ粒子を送達することにより、免疫応答を誘導してもよい（米国公開番号２０１２０１８９７００及び国際公開番号ＷＯ２０１２０９９８０５）（それぞれの開示内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。ポリマーでナノ粒子を被包してもよく、または、ナノ粒子を部分的に被包してもよい。免疫原は、本明細書に記載の組換えタンパク質、修飾ＲＮＡ及び／またはポリヌクレオチドであってもよい。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、限定するわけではないが例えば、病原体に対するワクチンに用いるために製剤化されてもよい。
脂質ナノ粒子が粘膜関門を貫通できるように、脂質ナノ粒子を設計して粒子の表面特性を変化させてもよい。粘液は、限定するわけではないが例えば、口腔（例えば、口内膜及び食道膜、ならびに、扁桃組織）、眼、胃腸（例えば、胃、小腸、大腸、結腸、直腸）、鼻、呼吸器（例えば、鼻膜、咽頭膜、気管膜及び気管支膜）、生殖器（例えば、膣膜、子宮頚膜及び尿道膜）などの粘膜組織上に存在する。薬物封入率が高く、幅広く様々な薬物の持続性送達を可能とするのに好ましい、１０〜２００ｎｍより大きなナノ粒子は、粘膜関門を通過して急速に拡散するには大き過ぎると考えられている。ほとんどの捕捉粒子を数秒または数時間以内に粘膜組織から除去できるように、粘液は、連続的に分泌、流出、廃棄または消化及び再循環している。低分子量ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）で高密度に被覆した大きなポリマーナノ粒子（直径２００ｎｍ〜５００ｎｍ）は、水中に拡散する同一粒子と比較して、わずか４分の１〜６分の１だけ粘液を通過して拡散した（Ｌａｉ ｅｔ ａｌ．ＰＮＡＳ ２００７ １０４：１４８２−４８７；Ｌａｉ ｅｔ ａｌ．Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．２００９ ６１：１５８−１７１）（それぞれの開示内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。浸透率及び／または蛍光顕微鏡技術（光退色後蛍光回復（ＦＲＡＰ）及び高解像度多粒子追跡（ＭＰＴ）を含むがこれらに限定されない）を用いて、ナノ粒子の輸送を測定してもよい。非限定例として、粘膜関門を貫通できる組成物を、米国特許番号８，２４１，６７０または国際特許公開番号ＷＯ２０１３１１００２８に記載されているとおりに調製してもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
粘液を貫通するように設計した脂質ナノ粒子は、ポリマー物質（すなわち、ポリマーコア）及び／またはポリマー−ビタミン複合体及び／またはトリブロックコポリマーを含んでいてもよい。ポリマー物質としては、ポリアミン、ポリエーテル、ポリアミド、ポリエステル、ポリカルバメート、ポリ尿素、ポリカーボネート、ポリ（スチレン）、ポリイミド、ポリスルホン、ポリウレタン、ポリアセチレン、ポリエチレン、ポリエチレンイミン、ポリイソシアネート、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリアクリロニトリル及びポリアリレートを挙げてもよいがこれらに限定されない。ポリマー物質は、生分解性及び／または生体適合性であってもよい。生体適合性ポリマーの非限定例については、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１１６８０４に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。ポリマー物質に対して、さらに照射を行ってもよい。非限定例として、ポリマー物質に対してガンマ照射を行ってもよい（例えば、国際出願番号ＷＯ２０１２８２１６５を参照のこと）（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。特定ポリマーの非限定例としては、ポリ（カプロラクトン）（ＰＣＬ）、エチレンビニルアセテートポリマー（ＥＶＡ）、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）、ポリ（Ｌ−乳酸）（ＰＬＬＡ）、ポリ（グリコール酸）（ＰＧＡ）、ポリ（乳酸−グリコール酸コポリマー）（ＰＬＧＡ）、ポリ（Ｌ−乳酸−グリコール酸コポリマー）（ＰＬＬＧＡ）、ポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド）（ＰＤＬＡ）、ポリ（Ｌ−ラクチド）（ＰＬＬＡ）、ポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−カプロラクトンコポリマー）、ポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−カプロラクトン−グリコリドコポリマー）、ポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−ＰＥＯ−Ｄ，Ｌ−ラクチドコポリマー）、ポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−ＰＰＯ−Ｄ，Ｌ−ラクチドコポリマー）、ポリアルキルシアノアクリレート、ポリウレタン、ポリ−Ｌ−リジン（ＰＬＬ）、ヒドロキシプロピルメタクリレート（ＨＰＭＡ）、ポリエチレングリコール、ポリ−Ｌ−グルタミン酸、ポリ（ヒドロキシ酸）、ポリ無水物、ポリオルトエステル、ポリ（エステルアミド）、ポリアミド、ポリ（エステルエーテル）、ポリカーボネート、ポリアルキレン、例えば、ポリエチレン及びポリプロピレンなど、ポリアルキレングリコール、例えば、ポリ（エチレン）グリコール（ＰＥＧ）など、ポリアルキレンオキシド（ＰＥＯ）、ポリアルキレンテレフタレート、例えば、ポリ（エチレンテレフタレート）など、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリビニルエーテル、ポリビニルエステル、例えば、ポリ（ビニルアセテート）など、ポリビニルハライド、例えば、ポリ（ビニルクロリド）（ＰＶＣ）など、ポリビニルピロリドン、ポリシロキサン、ポリスチレン（ＰＳ）、ポリウレタン、誘導体化セルロース、例えば、アルキルセルロース、ヒドロキシアルキルセルロース、セルロースエーテル、セルロースエステル、ニトロセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロースなど、アクリル酸のポリマー、例えば、ポリ（メチル（メタ）アクリレート）（ＰＭＭＡ）、ポリ（エチル（メタ）アクリレート）、ポリ（ブチル（メタ）アクリレート）、ポリ（イソブチル（メタ）アクリレート）、ポリ（ヘキシル（メタ）アクリレート）、ポリ（イソデシル（メタ）アクリレート）、ポリ（ラウリルメタ）アクリレート）、ポリ（フェニル（メタ）アクリレート）、ポリ（メチルアクリレート）、ポリ（イソプロピルアクリレート）、ポリ（イソブチルアクリレート）、ポリ（オクタデシルアクリレート）及びコポリマーならびにこれらの混合物など、ポリジオキサノン及びそのコポリマー、ポリヒドロキシアルカノエート、ポリプロピレンフマレート、ポリオキシメチレン、ポロキサマー、ポリ（オルト）エステル、ポリ（酪酸）、ポリ（吉草酸）、ポリ（ラクチド−カプロラクトンコポリマー）、ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧ及びトリメチレンカーボネート、ポリビニルピロリドンが挙げられる。脂質ナノ粒子をコポリマーで、限定するわけではないが例えば、ブロックコポリマー（国際公開番号ＷＯ２０１３０１２４７６に記載の分枝ポリエーテル−ポリアミドブロックコポリマーなど）（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）、及び、（ポリ（エチレングリコール））−（ポリ（プロピレンオキシド））−（ポリ（エチレングリコール））トリブロックコポリマー（例えば、米国公開２０１２０１２１７１８、米国公開２０１００００３３３７及び米国特許番号８，２６３，６６５を参照のこと）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）で被覆または結合させてもよい。コポリマーはｇｅｎｅｒａｌｌｙ ｒｅｇａｒｄｅｄ ａｓ ｓａｆｅ（ＧＲＡＳ）のポリマーであってもよく、脂質ナノ粒子の形成は新規化学成分が生成されないような方法でなされてもよい。例えば、脂質ナノ粒子は、なおもヒト粘液を急速に貫通可能であるが新規化学成分を形成しないポロキサマー被覆ＰＬＧＡナノ粒子を含んでいてもよい（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．２０１１ ５０：２５９７−２６００）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。ヒト粘液を貫通可能なナノ粒子を調製するための非限定的でスケーラブルな方法については、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．が記載している（例えば、Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ ２０１３，１７０：２７９−８６を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
ポリマー−ビタミン複合体のビタミンは、ビタミンＥであってもよい。複合体のビタミン部分は、その他の好適な構成成分、限定するわけではないが例えば、ビタミンＡ、ビタミンＥ、その他のビタミン類、コレステロール、疎水性部分、または、その他界面活性剤の疎水性構成成分（例えば、ステロール鎖、脂肪酸、炭化水素鎖及びアルキレンオキシド鎖）で置換されてもよい。
粘液を貫通させるために設計した脂質ナノ粒子としては、表面改質剤、限定するわけではないが例えば、ポリヌクレオチド、アニオン性タンパク質（例えば、ウシ血清アルブミン）、界面活性剤（例えば、カチオン性界面活性剤、例えば、ジメチルジオクタデシル−アンモニウムブロミドなど）、糖または糖誘導体（例えば、シクロデキストリン）、核酸、ポリマー（例えば、ヘパリン、ポリエチレングリコール及びポロキサマー）、粘液溶解剤（例えば、Ｎ−アセチルシステイン、ヨモギ、ブロメライン、パパイン、クレロデンドルム、アセチルシステイン、ブロムヘキシン、カルボシステイン、エプラジノン、メスナ、アンブロキソール、ソブレロール、ドミオドール、レトステイン、ステプロニン、チオプロニン、ゲルソリン、チモシンβ４ドルナーゼα、ネルテネキシン、エルドステイン）、及び、ｒｈＤＮａｓｅを含む様々なＤＮａｓｅを挙げてもよい。粒子表面に表面改質剤を埋め込みまたはからませてもよく、または、脂質ナノ粒子の表面上に表面改質剤を配置してもよい（例えば、被覆、吸着、共有結合またはその他の処理によって）（例えば、米国公開２０１００２１５５８０、米国公開２００８０１６６４１４及びＵＳ２０１３０１６４３４３を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、粘液貫通脂質ナノ粒子は、本明細書に記載の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含んでいてもよい。ポリヌクレオチドを脂質ナノ粒子内部に封入してもよく、及び／または、粒子の表面上に配置してもよい。ポリヌクレオチドを脂質ナノ粒子と共有結合させてもよい。粘液貫通脂質ナノ粒子製剤は、複数のナノ粒子を含んでいてもよい。さらに、製剤は、粘液と相互作用し周囲粘液の構造特性及び／または粘着特性を変化させて粘膜付着を抑制させ得る粒子を含んでいてもよく、それにより、粘液貫通脂質ナノ粒子の粘膜組織への送達が向上し得る。
いくつかの実施形態では、粘液貫通脂質ナノ粒子は、粘膜貫通促進コーティング剤を含む低張製剤であってもよい。製剤は、製剤を送達する上皮に対して低張性であってもよい。低張製剤の非限定例については、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１１００２８に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、粘膜関門を通過させる送達を向上させるために、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン製剤は低張液を含んでいてもよいか、または、低張液であってもよい。低張液は、粘液不活性粒子、限定するわけではないが例えば、粘液貫通粒子が膣上皮表面に到達可能となる比率を向上させることが分かっている（例えば、Ｅｎｓｉｇｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ ２０１３ ３４（２８）：６９２２−９を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、リポプレックスとして、限定するわけではないが例えば、ＡＴＵＰＬＥＸＴＭシステム、ＤＡＣＣシステム、ＤＢＴＣシステム、及び、Ｓｉｌｅｎｃｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ（Ｌｏｎｄｏｎ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ）社のその他ｓｉＲＮＡ−リポプレックス技術、ＳＴＥＭＧＥＮＴ（登録商標）（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）社のＳＴＥＭＦＥＣＴ（商標）、ならびに、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）またはプロタミンをベースとした核酸の標的化送達及び非標的化送達として製剤化される（Ａｌｅｋｕ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２００８ ６８：９７８８−９７９８；Ｓｔｒｕｍｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１２ ５０：７６−７８；Ｓａｎｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ２００６ １３：１２２２−１２３４；Ｓａｎｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ２００６ １３：１３６０−１３７０；Ｇｕｔｂｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｕｌｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１０ ２３：３３４−３４４；Ｋａｕｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｉｃｒｏｖａｓｃ Ｒｅｓ ２０１０ ８０：２８６−２９３Ｗｅｉｄｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２００９ ３２：４９８−５０７；Ｗｅｉｄｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２００８ ３１：１８０−１８８；Ｐａｓｃｏｌｏ Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．４：１２８５−１２９４；Ｆｏｔｉｎ−Ｍｌｅｃｚｅｋ ｅｔ ａｌ．，２０１１ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ３４：１−１５；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５，２３：７０９−７１７；Ｐｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２００７ ６；１０４：４０９５−４１００；ｄｅＦｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２００８ １９：１２５−１３２）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、このような製剤はまた、肝細胞、免疫細胞、腫瘍細胞、内皮細胞、抗原提示細胞及び白血球を含むがこれらに限定されない異なる細胞型へとインビボで製剤を受動的または能動的に向かわせるように、製造されてもよく、または、組成物を変化させてもよい（Ａｋｉｎｃ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０１０ １８：１３５７−１３６４；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５ ２３：７０９−７１７；Ｊｕｄｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２００９ １１９：６６１−６７３；Ｋａｕｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｃｒｏｖａｓｃ Ｒｅｓ ２０１０ ８０：２８６−２９３；Ｓａｎｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ２００６ １３：１２２２−１２３４；Ｓａｎｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ２００６ １３：１３６０−１３７０；Ｇｕｔｂｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｕｌｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１０ ２３：３３４−３４４；Ｂａｓｈａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１１ １９：２１８６−２２００；Ｆｅｎｓｋｅ ａｎｄ Ｃｕｌｌｉｓ，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．２００８ ５：２５−４４；Ｐｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ． ２００８ ３１９：６２７−６３０；Ｐｅｅｒ ａｎｄ Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０１１ １８：１１２７−１１３３）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。肝細胞への製剤の受動的ターゲティングにおける１つの例としては、ＤＬｉｎ−ＤＭＡ、ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ及びＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡベースの脂質ナノ粒子製剤が挙げられ、それら脂質ナノ粒子製剤は、インビボでアポリポタンパク質Ｅに結合して、これら製剤の肝細胞への結合及び取り込みを促進することが分かっている（Ａｋｉｎｃ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０１０ １８：１３５７−１３６４）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。リガンド表面上における異なるリガンドの発現（限定するわけではないが例えば、フォレート、トランスフェリン、Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ））により、また抗体標的化手法を用いて、製剤をまた選択的に標的化させることができる（Ｋｏｌｈａｔｋａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｅｃｈｎｏｌ．２０１１ ８：１９７−２０６；Ｍｕｓａｃｃｈｉｏ ａｎｄ Ｔｏｒｃｈｉｌｉｎ，Ｆｒｏｎｔ Ｂｉｏｓｃｉ．２０１１ １６：１３８８−１４１２； Ｙｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｍｅｍｂｒ Ｂｉｏｌ．２０１０ ２７：２８６−２９８；Ｐａｔｉｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｒｉｔ Ｒｅｖ Ｔｈｅｒ Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔ．２００８ ２５：１−６１；Ｂｅｎｏｉｔ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１１ １２：２７０８−２７１４； Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．２００８ ５：３０９−３１９；Ａｋｉｎｃ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０１０ １８：１３５７−１３６４；Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１２ ８２０：１０５−１１６；Ｂｅｎ−Ａｒｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１２ ７５７：４９７−５０７；Ｐｅｅｒ ２０１０ Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ．２０：６３−６８；Ｐｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２００７ １０４：４０９５−４１００；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１１ ７２１：３３９−３５３；Ｓｕｂｒａｍａｎｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０１０ １８：２０２８−２０３７；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５ ２３：７０９−７１７；Ｐｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００８ ３１９：６２７−６３０；Ｐｅｅｒ ａｎｄ Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０１１ １８：１１２７−１１３３）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、固体脂質ナノ粒子で製剤化される。固体脂質ナノ粒子（ＳＬＮ）は、１０〜１０００ｎｍの平均粒径を有する球形であってもよい。ＳＬＮは、親油性分子を溶解可能な固体脂質コアマトリックスを有しており、界面活性剤及び／または乳化剤により安定化させてもよい。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は自己組織化脂質−ポリマーナノ粒子であってもよい（Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＡＣＳ Ｎａｎｏ，２００８，２，ｐｐ １６９６−１７０２を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、ＳＬＮは、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１０５１０１に記載のＳＬＮであってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。別の非限定例として、ＳＬＮは、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１０５１０１に記載の方法またはプロセスを用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
リポソーム、リポプレックスまたは脂質ナノ粒子を用いて、これら製剤がＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンによる細胞トランスフェクションを向上させること、及び／または、コードされたタンパク質の翻訳を増加させることが可能となり得るように、タンパク質産生を目的としたポリヌクレオチドの効果を向上させてもよい。このような例の１つは、ポリプレックスプラスミドＤＮＡを効果的に全身送達可能とするための脂質封入の使用に関連している（Ｈｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２００７ １５：７１３−７２０）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。リポソーム、リポプレックスまたは脂質ナノ粒子をまた用いて、ポリヌクレオチドの安定性を向上させてもよい。
いくつかの実施形態では、制御放出及び／または標的化送達用に、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを製剤化してもよい。本明細書で使用する場合、「制御放出」とは、治療効果をもたらすために特定の放出パターンに従った医薬組成物放出特性または医薬化合物放出特性のことを意味する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、制御放出及び／または標的化送達用として本明細書に記載の及び／または当該技術分野において周知の送達物質内に封入してもよい。本明細書で使用する場合、用語「封入する」とは、密閉する、囲むまたは包むことを意味する。本開示の化合物製剤に関して、封入は実質的に、完全または部分的であってもよい。用語「実質的に封入された」とは、本開示の医薬組成物または医薬化合物のうち、少なくとも５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、９９．９、９９．９９％超、または、９９．９９９％超が、送達物質内に密閉され得る、囲まれ得るまたは包まれ得ることを意味する。「部分的な封入」とは、本開示の医薬組成物または医薬化合物のうち、１０、１０、２０、３０、４０、５０未満またはそれ以下が、送達物質内に密閉され得る、囲まれ得るまたは包まれ得ることを意味する。有利なことに、本開示の医薬組成物または医薬化合物の脱離または活性を、蛍光顕微鏡写真及び／または電子顕微鏡写真を用いて測定することにより、封入を同定することができる。例えば、本開示の医薬組成物または医薬化合物のうち、少なくとも１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、９９．９、９９．９９％超、または、９９．９９９％超が、送達物質内に封入される。
いくつかの実施形態では、制御放出製剤は、トリブロックコポリマーを含んでいてもよいがこれらに限定されない。非限定例として、製剤は、２つの異なるタイプのトリブロックコポリマーを含んでいてもよい（国際公開番号ＷＯ２０１２１３１１０４及びＷＯ２０１２１３１１０６）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、脂質ナノ粒子内または急速排出性脂質ナノ粒子内に封入してもよく、またそれから、脂質ナノ粒子または急速排出性脂質ナノ粒子を、本明細書に記載の及び／または当該技術分野において既知のポリマー内、ハイドロゲル内、及び／または、手術用シーラント内に封入してもよい。非限定例として、ポリマー、ハイドロゲルまたは手術用シーラントは、ＰＬＧＡ、エチレンビニルアセテート（ＥＶＡ）、ポロキサマー、ＧＥＬＳＩＴＥ（登録商標）（Ｎａｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．Ａｌａｃｈｕａ，ＦＬ）、ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）（Ｈａｌｏｚｙｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ ＣＡ）、手術用シーラント、例えば、フィブリノゲンポリマー（Ｅｔｈｉｃｏｎ Ｉｎｃ．Ｃｏｒｎｅｌｉａ，ＧＡ）、ＴＩＳＳＥＬＬ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ）、ＰＥＧベースのシーラント、及び、ＣＯＳＥＡＬ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ）などであってもよい。
いくつかの実施形態では、対象内に注入する際にゲルを形成し得る、当該技術分野において周知の任意のポリマー内に、脂質ナノ粒子を封入してもよい。別の非限定例として、生分解性であり得るポリマーマトリックス内に、脂質ナノ粒子を封入してもよい。
いくつかの実施形態では、制御放出及び／または標的化送達用のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン製剤はまた、少なくとも１つの制御放出コーティング剤を含んでいてもよい。制御放出コーティング剤としては、ＯＰＡＤＲＹ（登録商標）、ポリビニルピロリドン／ビニルアセテートコポリマー、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ＥＵＤＲＡＧＩＴ ＲＬ（登録商標）、ＥＵＤＲＡＧＩＴ ＲＳ（登録商標）、及び、セルロース誘導体、例えば、エチルセルロース水性分散液（ＡＱＵＡＣＯＡＴ（登録商標）及びＳＵＲＥＬＥＡＳＥ（登録商標））などが挙げられるがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン制御放出及び／または標的化送達製剤は、ポリカチオン側鎖を含み得る少なくとも１つの分解性ポリエステルを含んでいてもよい。分解性ポリエステルとしては、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−Ｌ−リジンコポリマー）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）及びこれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、分解性ポリエステルは、ＰＥＧ化ポリマーを形成するためのＰＥＧ複合体を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン制御放出及び／または標的化送達製剤は、米国特許番号８，４０４，２２２に記載の少なくとも１つのＰＥＧ及び／またはＰＥＧ関連ポリマー誘導体を含んでいてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン制御放出送達製剤は、ＵＳ２０１３０１３０３４８に記載の制御放出ポリマーシステムであってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、治療用ナノ粒子内に封入されていてもよく、本明細書においては「治療用ナノ粒子ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン」と呼ぶ。本明細書に記載の方法及び当該技術分野において周知の方法、限定するわけではないが例えば、国際公開番号ＷＯ２０１０００５７４０、ＷＯ２０１００３０７６３、ＷＯ２０１０００５７２１、ＷＯ２０１０００５７２３、ＷＯ２０１２０５４９２３、米国公開番号ＵＳ２０１１０２６２４９１、ＵＳ２０１００１０４６４５、ＵＳ２０１０００８７３３７、ＵＳ２０１０００６８２８５、ＵＳ２０１１０２７４７５９、ＵＳ２０１０００６８２８６、ＵＳ２０１２０２８８５４１、ＵＳ２０１３０１２３３５１及びＵＳ２０１３０２３０５６７、ならびに、米国特許番号８，２０６，７４７、８，２９３，２７６、８，３１８，２０８及び８，３１８，２１１を用いて、治療用ナノ粒子を製剤化してもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、米国公開番号ＵＳ２０１２０１４０７９０に記載の方法を用いて、治療用ポリマーナノ粒子を同定してもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを持続性放出用に製剤化してもよい。本明細書で使用するとき、「持続性放出」とは、特定の期間にわたりある放出速度に従った医薬組成物または医薬化合物のことを意味する。その期間としては、時間、日、週、月及び年を挙げてもよいがこれらに限定されない。非限定例として、持続放出ナノ粒子は、ポリマー及び治療薬、限定するわけではないが例えば、本開示のポリヌクレオチドを含んでいてもよい（国際公開番号２０１００７５０７２、ならびに、米国公開番号ＵＳ２０１００２１６８０４、ＵＳ２０１１０２１７３７７及びＵＳ２０１２０２０１８５９を参照のこと）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。別の非限定的な例では、持続放出製剤は、持続的な生物学的利用能、限定するわけではないが例えば、結晶、高分子ゲル、及び／または、粒子懸濁液を可能とする物質を含んでいてもよい（米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１５０２９５を参照のこと）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを特異的標的化となるように製剤化してもよい。非限定例として、治療用ナノ粒子はコルチコステロイドを含んでいてもよい（国際公開番号ＷＯ２０１１０８４５１８を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、国際公開番号ＷＯ２００８１２１９４９、ＷＯ２０１０００５７２６、ＷＯ２０１０００５７２５、ＷＯ２０１１０８４５２１、ならびに、米国公開番号ＵＳ２０１０００６９４２６、ＵＳ２０１２０００４２９３及びＵＳ２０１００１０４６５５に記載のナノ粒子で、治療用ナノ粒子を製剤化してもよい（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のナノ粒子は、ポリマーマトリックスを含んでいてもよい。非限定例として、ナノ粒子は、２つまたはそれ以上のポリマー、限定するわけではないが例えば、ポリエチレン、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフマレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、ポリリジン、ポリ（エチレンイミン）、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−Ｌ−リジンコポリマー）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）、またはこれらの組み合わせを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子はジブロックコポリマーを含む。いくつかの実施形態では、ジブロックコポリマーとしては、限定するわけではないが例えば、ポリエチレン、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフマレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、ポリリジン、ポリ（エチレンイミン）、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−Ｌ−リジンコポリマー）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）、またはこれらの組み合わせなどのポリマーと組み合わせたＰＥＧを挙げてもよい。さらに別の実施形態では、ジブロックコポリマーは、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１２００５２に記載されるもののような高Ｘジブロックコポリマーであってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
非限定例として、治療用ナノ粒子はＰＬＧＡ−ＰＥＧブロックコポリマーを含む（米国公開番号ＵＳ２０１２０００４２９３及び米国特許番号８，２３６，３３０を参照のこと）（それぞれの開示内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。別の非限定的な例では、治療用ナノ粒子は、ＰＥＧ及びＰＬＡのジブロックコポリマーまたはＰＥＧ及びＰＬＧＡのジブロックコポリマーを含むステルスナノ粒子である（米国特許番号８，２４６，９６８及び国際公開番号ＷＯ２０１２１６６９２３を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。さらに別の非限定例では、治療用ナノ粒子は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６に記載のステルスナノ粒子または標的特異的ステルスナノ粒子である（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子はマルチブロックコポリマーを含んでいてもよい（例えば、米国特許番号８，２６３，６６５及び８，２８７，９１０、ならびに、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１９５９８７を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
さらに別の非限定例では、脂質ナノ粒子は、ブロックコポリマーＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧを含む（例えば、ｔｈｅ ｔｈｅｒｍｏｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｈｙｄｒｏｇｅｌ（ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧ） ｗａｓ ｕｓｅｄ ａｓ ａ ＴＧＦ−ｂｅｔａ１ ｇｅｎｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｖｅｈｉｃｌｅ ｉｎ Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅｒｍｏｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｈｙｄｒｏｇｅｌ ａｓ ａ ＴＧＦ−β１ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｖｅｈｉｃｌｅ Ｅｎｈａｎｃｅｓ Ｄｉａｂｅｔｉｃ Ｗｏｕｎｄ Ｈｅａｌｉｎｇ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３ ２０（１２）：１９９５−２０００；ａｓ ａ ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ｇｅｎｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ Ｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍ Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｔｈｅｒｍｏｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ Ｈｙｄｒｏｇｅｌ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２００３ ２０：８８４−８８８； ａｎｄ Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｏｎ−ｉｏｎｉｃ ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧ ｃｏｐｏｌｙｍｅｒ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｇｅｎｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｉｎ ｒａｔ ｓｋｅｌｅｔａｌ ｍｕｓｃｌｅ．Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ．２００７ １１８：２４５−２５３を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ＰＥＧ−ＰＬＧＡ−ＰＥＧブロックコポリマーを含む脂質ナノ粒子で製剤化されてもよい。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子はマルチブロックコポリマーを含んでいてもよい（例えば、米国特許番号８，２６３，６６５及び８，２８７，９１０、ならびに、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１９５９８７を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のブロックコポリマーは、非高分子ミセル及びブロックコポリマーを含むポリイオンコンプレックス中に含まれてもよい（例えば、米国出願番号２０１２００７６８３６を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子は、少なくとも１つのアクリルポリマーを含んでいてもよい。アクリルポリマーとしては、アクリル酸、メタクリル酸、アクリル酸及びメタクリル酸のコポリマー、メチルメタクリレートコポリマー、エトキシエチルメタクリレート、シアノエチルメタクリレート、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、ポリシアノアクリレート、及びこれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子は、少なくとも１つのポリ（ビニルエステル）ポリマーを含んでいてもよい。ポリ（ビニルエステル）ポリマーは、ランダムコポリマーなどのコポリマーであってもよい。非限定例として、ランダムコポリマーは、国際出願番号ＷＯ２０１３０３２８２９または米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１２１９５４に記載されるもののような構造を有していてもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、ポリ（ビニルエステル）ポリマーは、本明細書に記載のポリヌクレオチドにコンジュゲートしていてもよい。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子は、少なくとも１つのジブロックコポリマーを含んでいてもよい。ジブロックコポリマーは、限定するわけではないが、ポリ（乳）酸−ポリ（エチレン）グリコールコポリマーであってもよい（例えば、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０４４２１９を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、治療用ナノ粒子を用いて癌を治療してもよい（国際公開番号ＷＯ２０１３０４４２１９を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子は、本明細書に記載の及び／または当該技術分野において周知の少なくとも１つのカチオン性ポリマーを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子は、少なくとも１つのアミン含有ポリマー、限定するわけではないが例えば、ポリリジン、ポリエチレンイミン、ポリ（アミドアミン）デンドリマー、ポリ（ベータ−アミノエステル）、及びこれらの組み合わせを含んでいてもよい（例えば、米国特許番号８，２８７，８４９を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のナノ粒子は、国際特許出願番号ＷＯ２０１３０５９４９６に記載されるもののようなアミンカチオン性脂質を含んでいてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、アミノ−アミン部分またはアミノ−アミド部分を有していてもよい。
いくつかの実施形態では、治療用ナノ粒子は、ポリカチオン側鎖を有し得る少なくとも１つの分解性ポリエステルを含んでいてもよい。分解性ポリエステルとしては、ポリ（セリンエステル）、ポリ（Ｌ−ラクチド−Ｌ−リジン）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）及びこれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、分解性ポリエステルは、ＰＥＧ化ポリマーを形成するためのＰＥＧ複合体を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、合成ナノ担体の送達によって免疫応答を高めるための免疫刺激物質を含んでいてもよい。非限定例として、合成ナノ担体はＴｈ１免疫刺激物質を含んでいてもよく、そのＴｈ１免疫刺激物質は免疫系のＴｈ１系応答を高めてもよい（国際公開番号ＷＯ２０１０１２３５６９及び米国公開番号ＵＳ２０１１０２２３２０１を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、標的化放出用に製剤化されてもよい。いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、特定のｐＨで及び／または所望の期間後にポリヌクレオチドを放出するように製剤化される。非限定例として、合成ナノ粒子は、２４時間後及び／またはｐＨ４．５でＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを放出するように製剤化されてもよい（国際公開番号ＷＯ２０１０１３８１９３及びＷＯ２０１０１３８１９４、ならびに、米国公開番号ＵＳ２０１１００２０３８８及びＵＳ２０１１００２７２１７を参照のこと）（それぞれの内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、本明細書に記載するポリヌクレオチドの制御放出及び／または持続性放出用に製剤化されてもよい。非限定例として、持続性放出用の合成ナノ担体は、当該技術分野において周知の方法、本明細書に記載の方法、及び／または、国際公開番号ＷＯ２０１０１３８１９２及び米国公開番号２０１００３０３８５０に記載の方法を用いて製剤化されてもよい（それぞれの開示内容全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、制御放出及び／または持続性放出用に製剤化されてもよく、その製剤は、結晶性側鎖（ＣＹＳＣ）ポリマーである少なくとも１つのポリマーを含む。ＣＹＳＣポリマーについては、米国特許番号８，３９９，００７に記載されている（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、ワクチンとして用いるために製剤化されてもよい。いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、少なくとも１つの抗原をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを封入してもよい。非限定例として、合成ナノ担体は、少なくとも１つの抗原及びワクチン剤形用の賦形剤を含んでいてもよい（国際公開番号ＷＯ２０１１１５０２６４及び米国公開番号ＵＳ２０１１０２９３７２３を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。別の非限定例として、ワクチン剤形としては、同一のまたは異なる抗原を含有する少なくとも２つの合成ナノ担体、及び、賦形剤を挙げてもよい（国際公開番号ＷＯ２０１１１５０２４９及び米国公開番号ＵＳ２０１１０２９３７０１を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。本明細書に記載の方法、当該技術分野において周知の方法、及び／または、国際公開番号ＷＯ２０１１１５０２５８及び米国公開番号ＵＳ２０１２００２７８０６に記載の方法を用いて、ワクチン剤形を選択してもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、少なくとも１つのアジュバントをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含んでいてもよい。非限定例として、アジュバントは、ジメチルジオクタデシルアンモニウム−ブロミド、ジメチルジオクタデシルアンモニウム−クロリド、ジメチルジオクタデシルアンモニウム−ホスフェートまたはジメチルジオクタデシルアンモニウム−アセテート（ＤＤＡ）、及び、マイコバクテリウム脂質抽出物全体における無極性部分またはその無極性部分の一部を含んでいてもよい（例えば、米国特許番号８，２４１，６１０を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、少なくとも１つのポリヌクレオチド及びアジュバントを含んでいてもよい。非限定例として、含まれる合成ナノ担体、及び、アジュバントは、国際公開番号ＷＯ２０１１１５０２４０及び米国公開番号ＵＳ２０１１０２９３７００に記載の方法を用いて製剤化されてもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、合成ナノ担体は、ウイルス由来のペプチド、断片または領域をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを封入してもよい。非限定例として、合成ナノ担体としては、国際公開番号ＷＯ２０１２０２４６２１、ＷＯ２０１２０２６２９、ＷＯ２０１２０２４６３２、ならびに、米国公開番号ＵＳ２０１２００６４１１０、ＵＳ２０１２００５８１５３及びＵＳ２０１２００５８１５４に記載されているナノ担体のいずれかを挙げてもよいがこれらに限定されない（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、体液性応答及び／または細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を誘発可能なポリヌクレオチドに合成ナノ担体を結合させてもよい（例えば、国際公開番号ＷＯ２０１３０１９６６９を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、両性イオン脂質内に封入してもよく、両性イオン脂質と結合してもよく、及び／または、両性イオン脂質と会合させてもよい。両性イオン脂質及び両性イオン脂質の使用方法に関する非限定例は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０２１６６０７に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの態様では、本明細書に記載のリポソーム及び脂質ナノ粒子に両性イオン脂質を使用してもよい。
いくつかの実施形態では、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１９７１００に記載のコロイドナノ担体でＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを製剤化してもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子を経口投与用に最適化してもよい。ナノ粒子は、少なくとも１つのカチオン性バイオポリマー、限定するわけではないが例えば、キトサンまたはその誘導体を含んでいてもよい。非限定例として、ナノ粒子は、米国公開番号２０１２０２８２３４３に記載の方法を用いて製剤化されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＬＮＰは、脂質ＫＬ５２（米国出願公開番号２０１２／０２９５８３２に開示されているアミノ脂質）を含む（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。このような脂質を組み込むことによって、ＬＮＰ投与の活性及び／または安全性（例えば、ＡＬＴ／ＡＳＴ、白血球数及びサイトカイン誘導の１つまたは複数を実施することにより測定）を向上させてもよい。ＫＬ５２を含むＬＮＰを静脈内投与してもよく、及び／または、１回または複数回の用量で投与してもよい。いくつかの実施形態では、ＫＬ５２を含むＬＮＰを投与することにより、ＭＣ３を含むＬＮＰの場合と比較して、同等または向上したｍＲＮＡ発現及び／またはタンパク質発現となる。
いくつかの実施形態では、より小さなＬＮＰを用いてＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを送達してもよい。このような粒子は、例えば、限定するわけではないが、０．１ｕｍ未満、１．０ｕｍ未満、５ｕｍ未満、１０ｕｍ未満、１５ｕｍ未満、２０ｕｍ未満、２５ｕｍ未満、３０ｕｍ未満、３５ｕｍ未満、４０ｕｍ未満、５０ｕｍ未満、５５ｕｍ未満、６０ｕｍ未満、６５ｕｍ未満、７０ｕｍ未満、７５ｕｍ未満、８０ｕｍ未満、８５ｕｍ未満、９０ｕｍ未満、９５ｕｍ未満、１００ｕｍ未満、１２５ｕｍ未満、１５０ｕｍ未満、１７５ｕｍ未満、２００ｕｍ未満、２２５ｕｍ未満、２５０ｕｍ未満、２７５ｕｍ未満、３００ｕｍ未満、３２５ｕｍ未満、３５０ｕｍ未満、３７５ｕｍ未満、４００ｕｍ未満、４２５ｕｍ未満、４５０ｕｍ未満、４７５ｕｍ未満、５００ｕｍ未満、５２５ｕｍ未満、５５０ｕｍ未満、５７５ｕｍ未満、６００ｕｍ未満、６２５ｕｍ未満、６５０ｕｍ未満、６７５ｕｍ未満、７００ｕｍ未満、７２５ｕｍ未満、７５０ｕｍ未満、７７５ｕｍ未満、８００ｕｍ未満、８２５ｕｍ未満、８５０ｕｍ未満、８７５ｕｍ未満、９００ｕｍ未満、９２５ｕｍ未満、９５０ｕｍ未満、９７５ｕｍ未満または１０００ｕｍ未満など、最小０．１ｕｍ〜最大１００ｎｍの粒径を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、より小さなＬＮＰを用いてＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを送達してもよく、約１ｎｍ〜約１００ｎｍ、約１ｎｍ〜約１０ｎｍ、約１ｎｍ〜約２０ｎｍ、約１ｎｍ〜約３０ｎｍ、約１ｎｍ〜約４０ｎｍ、約１ｎｍ〜約５０ｎｍ、約１ｎｍ〜約６０ｎｍ、約１ｎｍ〜約７０ｎｍ、約１ｎｍ〜約８０ｎｍ、約１ｎｍ〜約９０ｎｍ、約５ｎｍ〜約１００ｎｍ、約５ｎｍ〜約１０ｎｍ、約５ｎｍ〜約２０ｎｍ、約５ｎｍ〜約３０ｎｍ、約５ｎｍ〜約４０ｎｍ、約５ｎｍ〜約５０ｎｍ、約５ｎｍ〜約６０ｎｍ、約５ｎｍ〜約７０ｎｍ、約５ｎｍ〜約８０ｎｍ、約５ｎｍ〜約９０ｎｍ、約１０〜約５０ｎｍ、約２０〜約５０ｎｍ、約３０〜約５０ｎｍ、約４０〜約５０ｎｍ、約２０〜約６０ｎｍ、約３０〜約６０ｎｍ、約４０〜約６０ｎｍ、約２０〜約７０ｎｍ、約３０〜約７０ｎｍ、約４０〜約７０ｎｍ、約５０〜約７０ｎｍ、約６０〜約７０ｎｍ、約２０〜約８０ｎｍ、約３０〜約８０ｎｍ、約４０〜約８０ｎｍ、約５０〜約８０ｎｍ、約６０〜約８０ｎｍ、約２０〜約９０ｎｍ、約３０〜約９０ｎｍ、約４０〜約９０ｎｍ、約５０〜約９０ｎｍ、約６０〜約９０ｎｍ及び／または約７０〜約９０ｎｍの粒径を含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、このようなＬＮＰは、マイクロ流体ミキサーを含む方法を用いて合成される。マイクロ流体ミキサーの例としては、Ｍｉｃｒｏｉｎｎｏｖａ（Ａｌｌｅｒｈｅｉｌｉｇｅｎ ｂｅｉ Ｗｉｌｄｏｎ，Ａｕｓｔｒｉａ）製のマイクロ流体ミキサー及び／またはスタガードヘリンボーンマイクロミキサー（ＳＨＭ）を含むがこれらに限定されない、スリット型インターデジタルマイクロミキサーを挙げることができるがこれらに限定されない（Ｚｈｉｇａｌｔｓｅｖ，Ｉ．Ｖ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｏｔｔｏｍ−ｕｐ ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｌｉｍｉｔ ｓｉｚｅ ｌｉｐｉｄ ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅ ｓｙｓｔｅｍｓ ｗｉｔｈ ａｑｕｅｏｕｓ ａｎｄ ｔｒｉｇｌｙｃｅｒｉｄｅ ｃｏｒｅｓ ｕｓｉｎｇ ｍｉｌｌｉｓｅｃｏｎｄ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｍｉｘｉｎｇ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ（Ｌａｎｇｍｕｉｒ．２０１２．２８：３６３３−４０；Ｂｅｌｌｉｖｅａｕ，Ｎ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｈｉｇｈｌｙ ｐｏｔｅｎｔ ｌｉｍｉｔ−ｓｉｚｅ ｌｉｐｉｄ ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｆｏｒ ｉｎ ｖｉｖｏ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｓｉＲＮＡ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ−Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ．２０１２．１：ｅ３７；Ｃｈｅｎ，Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｒａｐｉｄ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ ｐｏｔｅｎｔ ｓｉＲＮＡ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｌｉｐｉｄ ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｅｎａｂｌｅｄ ｂｙ ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ．Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．２０１２．１３４（１６）：６９４８−５１）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、ＳＨＭを含むＬＮＰ生成方法は、少なくとも２つの入力ストリームの混合をさらに含み、混合は細構造誘導性カオス移流（ＭＩＣＡ）により生じる。この方法によれば、流体ストリームは、回転流を発生させ流体を互いに巻き込むヘリンボーンパターン中に存在するチャネルを流れる。この方法はまた、流体を混合させるための表面を含んでいてもよく、その表面は、流体循環中にその方向を変化させる。ＳＨＭを用いてＬＮＰを生成するための方法としては、米国出願公開番号２００４／０２６２２２３及び２０１２／０２７６２０９に開示するようなものが挙げられる（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、限定するわけではないが例えば、Ｉｎｓｔｉｔｕｔ ｆｕｒ Ｍｉｋｒｏｔｅｃｈｎｉｋ Ｍａｉｎｚ ＧｍｂＨ（Ｍａｉｎｚ Ｇｅｒｍａｎｙ）製のＳｌｉｔ Ｉｎｔｅｒｄｉｇｉｔａｌ Ｍｉｃｒｏｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ Ｍｉｘｅｒ（ＳＩＭＭ−Ｖ２）、Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｓｌｉｔ Ｉｎｔｅｒｄｉｇｉｔａｌ Ｍｉｃｒｏ Ｍｉｘｅｒ（ＳＳＩＭＭ）、Ｃａｔｅｒｐｉｌｌａｒ（ＣＰＭＭ）またはＩｍｐｉｎｇｉｎｇ−ｊｅｔ（ＩＪＭＭ）などのマイクロミキサーを用いて生成した脂質ナノ粒子で製剤化されてもよい。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、マイクロ流体技術を用いて生成した脂質ナノ粒子で製剤化されてもよい（例えば、Ｗｈｉｔｅｓｉｄｅｓ，Ｇｅｏｒｇｅ Ｍ．Ｔｈｅ Ｏｒｉｇｉｎｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｆｕｔｕｒｅ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ．Ｎａｔｕｒｅ，２００６ ４４２：３６８−３７３；及び、Ａｂｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．Ｃｈａｏｔｉｃ Ｍｉｘｅｒ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｃｈａｎｎｅｌｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００２ ２９５：６４７−６５１を参照のこと）（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、制御マイクロ流体製剤は、低レイノルズ数のマイクロチャネル内を一定圧力で流れるストリームを混合するための受動的方法を含む（例えば、Ａｂｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ．Ｃｈａｏｔｉｃ Ｍｉｘｅｒ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｃｈａｎｎｅｌｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００２ ２９５：６４７−６５１を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、マイクロミキサーチップ、限定するわけではないが例えば、Ｈａｒｖａｒｄ Ａｐｐａｒａｔｕｓ（Ｈｏｌｌｉｓｔｏｎ，ＭＡ）製またはＤｏｌｏｍｉｔｅ Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ（Ｒｏｙｓｔｏｎ，ＵＫ）製のマイクロミキサーチップを用いて生成した脂質ナノ粒子で製剤化されてもよい。２つまたはそれ以上の流体ストリームを分割合流機構で急速混合させるために、マイクロミキサーチップを用いることができる。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０６３４６８または米国特許番号８，４４０，６１４に記載の薬物封入微粒子を用いた送達用に製剤化されてもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。微粒子は、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０６３４６８に記載される、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）または（ＶＩ）の化合物を含んでいてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、脂質（ＡＰＰＬ）は、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを細胞へと送達するのに有用である（国際特許公開番号ＷＯ２０１３０６３４６８を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、約１０〜約１００ｎｍ、限定するわけではないが例えば、約１０〜約２０ｎｍ、約１０〜約３０ｎｍ、約１０〜約４０ｎｍ、約１０〜約５０ｎｍ、約１０〜約６０ｎｍ、約１０〜約７０ｎｍ、約１０〜約８０ｎｍ、約１０〜約９０ｎｍ、約２０〜約３０ｎｍ、約２０〜約４０ｎｍ、約２０〜約５０ｎｍ、約２０〜約６０ｎｍ、約２０〜約７０ｎｍ、約２０〜約８０ｎｍ、約２０〜約９０ｎｍ、約２０〜約１００ｎｍ、約３０〜約４０ｎｍ、約３０〜約５０ｎｍ、約３０〜約６０ｎｍ、約３０〜約７０ｎｍ、約３０〜約８０ｎｍ、約３０〜約９０ｎｍ、約３０〜約１００ｎｍ、約４０〜約５０ｎｍ、約４０〜約６０ｎｍ、約４０〜約７０ｎｍ、約４０〜約８０ｎｍ、約４０〜約９０ｎｍ、約４０〜約１００ｎｍ、約５０〜約６０ｎｍ、約５０〜約７０ｎｍ、約５０〜約８０ｎｍ、約５０〜約９０ｎｍ、約５０〜約１００ｎｍ、約６０〜約７０ｎｍ、約６０〜約８０ｎｍ、約６０〜約９０ｎｍ、約６０〜約１００ｎｍ、約７０〜約８０ｎｍ、約７０〜約９０ｎｍ、約７０〜約１００ｎｍ、約８０〜約９０ｎｍ、約８０〜約１００ｎｍ及び／または約９０〜約１００ｎｍの粒径を有する脂質ナノ粒子で製剤化されてもよい。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、約１０〜５００ｎｍの粒径を有していてもよい。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、１００ｎｍ超、１５０ｎｍ超、２００ｎｍ超、２５０ｎｍ超、３００ｎｍ超、３５０ｎｍ超、４００ｎｍ超、４５０ｎｍ超、５００ｎｍ超、５５０ｎｍ超、６００ｎｍ超、６５０ｎｍ超、７００ｎｍ超、７５０ｎｍ超、８００ｎｍ超、８５０ｎｍ超、９００ｎｍ超、９５０ｎｍまたは１０００ｎｍ超の粒径を有していてもよい。
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０５９９２２に記載の限界サイズ脂質ナノ粒子であってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。限界サイズ脂質ナノ粒子は、水性コアまたは疎水性コアを取り囲む脂質二重層を含んでいてもよく、その脂質二重層は、リン脂質、限定するわけではないが例えば、ジアシルホスファチジルコリン、ジアシルホスファチジルエタノールアミン、セラミド、スフィンゴミエリン、ジヒドロスフィンゴミエリン、ケファリン、セレブロシド、Ｃ８〜Ｃ２０脂肪酸ジアシルホスファチジルコリン、及び、１−パルミトイル−２−オレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、限界サイズ脂質ナノ粒子は、ポリエチレングリコール−脂質、限定するわけではないが例えば、ＤＬＰＥ−ＰＥＧ、ＤＭＰＥ−ＰＥＧ、ＤＰＰＣ−ＰＥＧ及びＤＳＰＥ−ＰＥＧを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０６３５３０に記載の送達方法を用いて、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを特定の部位に送達、局在及び／または集中させてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、対象にＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを送達する前、送達すると同時、または、送達後に、空のポリマー粒子を対象に投与してもよい。空のポリマー粒子は一旦対象と接触すると容積が変化し、対象内の特定の部位に収容、埋め込み、固定または取り込まれる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、活性物質放出システムで製剤化されてもよい（例えば、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１０２５４５を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。活性物質放出システムは、１）触媒的に活性な核酸とハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド阻害剤ストランドに結合した少なくとも１つのナノ粒子、及び、２）治療的に活性な物質（例えば、本明細書に記載のポリヌクレオチド）に結合した少なくとも１つの基質分子に結合した化合物を含んでいてもよく、治療的に活性な物質は、触媒的に活性な核酸による基質分子開裂により放出される。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、非細胞物質を含む内部コア及び細胞膜を含む外部表面を含むナノ粒子で製剤化されてもよい。細胞膜は、細胞、または、ウイルス由来の膜から誘導してもよい。非限定例として、ナノ粒子は、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０５２１６７に記載の方法を用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。別の非限定例として、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０５２１６７に記載のナノ粒子を用いて、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを送達してもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、多孔性ナノ粒子で支持した脂質二重層（原細胞）で製剤化されてもよい。原細胞については、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０５６１３２に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、米国特許番号８，４２０，１２３及び８，５１８，９６３、ならびに、欧州特許番号ＥＰ２０７３８４８Ｂ１に記載のポリマーナノ粒子で、または、米国特許番号８，４２０，１２３及び８，５１８，９６３、ならびに、欧州特許番号ＥＰ２０７３８４８Ｂ１に記載の方法で調製されたポリマーナノ粒子で、製剤化されてもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、ポリマーナノ粒子は、米国特許番号８，５１８，９６３に記載のナノ粒子、または、米国特許番号８，５１８，９６３に記載の方法を用いて調製されたナノ粒子などのような、高いガラス転移温度を有していてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。別の非限定例として、経口製剤及び非経口製剤用のポリマーナノ粒子は、欧州特許番号ＥＰ２０７３８４８Ｂ１に記載の方法を用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、イメージングに用いるナノ粒子で製剤化されてもよい。ナノ粒子は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１２９６３６に記載されるもののようなリポソームナノ粒子であってもよい（その全体は本明細書に参照として組み込まれる）。非限定例として、リポソームは、ガドリニウム（ＩＩＩ）２−｛４，７−ビス−カルボキシメチル−１０−［（Ｎ，Ｎ−ジステアリルアミドメチル）−Ｎ’−アミド−メチル］−１，４，７，１０−テトラ−アザシクロドデカン−１−イル｝酢酸、及び、中性で完全に飽和したリン脂質成分を含んでいてもよい（例えば、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１２９６３６を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示に用いてもよいナノ粒子は、米国特許出願番号ＵＳ２０１３０１３０３４８に記載の方法を用いて形成される（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
本開示のナノ粒子は、栄養素（限定するわけではないが例えば、その栄養素が欠乏すると貧血による健康障害、神経管欠損につながる恐れがある）をさらに含んでいてもよい（例えば、国際特許公開番号ＷＯ２０１３０７２９２９に記載のナノ粒子を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定例として、栄養素は、鉄（ＩＩ）塩、鉄（ＩＩＩ）塩または元素鉄形態の鉄、ヨウ素、葉酸、ビタミンまたは微量栄養素であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、膨潤性ナノ粒子で製剤化されてもよい。膨潤性ナノ粒子は、限定するわけではないが、米国特許番号８，４４０，２３１に記載されるようなものであってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。非限定実施形態として、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを肺系へと送達するために、膨潤性ナノ粒子を用いてもよい（例えば、米国特許番号８，４４０，２３１を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、ポリ無水物ナノ粒子、限定するわけではないが例えば、米国特許番号８，４４９，９１６に記載されるようなポリ無水物ナノ粒子で製剤化されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
本開示のナノ粒子及びマイクロ粒子を幾何学的に設計して、マクロファージ及び／または免疫応答を調節してもよい。いくつかの実施形態では、幾何学的に設計した粒子は、本開示のポリヌクレオチドを取り込んで標的化送達、限定するわけではないが例えば、肺送達するための様々な形状、サイズ及び／または表面電荷を有していてもよい（例えば、国際公開番号ＷＯ２０１３０８２１１１を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。その他の物理的特徴に関して、幾何学的に設計した粒子は、限定するわけではないが、穿孔、角度のついたアーム、非対称性及び表面粗さ、細胞及び組織との相互作用を変化させ得る電荷を有していてもよい。非限定例として、本開示のナノ粒子は、国際公開番号ＷＯ２０１３０８２１１１に記載の方法を用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のナノ粒子は、水溶性ナノ粒子、限定するわけではないが例えば、国際特許番号ＷＯ２０１３０９０６０１に記載されているような水溶性ナノ粒子であってもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。ナノ粒子は、良好な水溶性を示すためのコンパクトで両性イオン性のリガンドを有する無機ナノ粒子であってもよい。ナノ粒子はまた、小さな流体力学的直径（ＨＤ）、経時安定性、ｐＨ及び塩度、ならびに、低レベルの非特異的タンパク質結合を有していてもよい。
いくつかの実施形態では、本開示のナノ粒子は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６に記載の方法を用いて開発されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、本開示のナノ粒子は、ステルスナノ粒子または標的特異的ステルスナノ粒子、限定するわけではないが例えば、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６に記載されているようなステルスナノ粒子または標的特異的ステルスナノ粒子である（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。本開示のナノ粒子は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１７２４０６に記載の方法を用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ステルスナノ粒子または標的特異的ステルスナノ粒子は、ポリマーマトリックスを含んでいてもよい。ポリマーマトリックスは、２つまたはそれ以上のポリマー、限定するわけではないが例えば、ポリエチレン、ポリカーボネート、ポリ無水物、ポリヒドロキシ酸、ポリプロピルフマレート、ポリカプロラクトン、ポリアミド、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリシアノアクリレート、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリアミン、またはこれらの組み合わせを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、高密度核酸層を有するナノ粒子−核酸ハイブリッド構造体であってもよい。非限定例として、ナノ粒子−核酸ハイブリッド構造体は、米国特許公開番号ＵＳ２０１３０１７１６４６に記載の方法を用いて調製されてもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。ナノ粒子は、核酸、限定するわけではないが例えば、本明細書に記載の及び／または当該技術分野において周知のポリヌクレオチドを含んでいてもよい。
本開示のナノ粒子の少なくとも１つは、コア内、ナノ構造体内に埋め込まれていてもよく、または、ナノ構造体の内部またはその表面上に少なくとも１つのペイロードを輸送または結合させることが可能な低密度の多孔性３Ｄ構造体またはコーティング剤で被覆されていてもよい。少なくとも１つのナノ粒子を含むナノ構造体の非限定例については、国際特許公開番号ＷＯ２０１３１２３５２３に記載されている（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、カチオン性化合物またはポリカチオン性化合物（プロタミン、ヌクレオリン、スペルミンまたはスペルミジンを含む）、または、その他のカチオン性ペプチドもしくはカチオン性タンパク質、例えば、ポリ−Ｌ−リジン（ＰＬＬ）、ポリアルギニン、塩基性ポリペプチド、細胞貫通ペプチド（ＣＰＰ）（ＨＩＶ結合ペプチド、ＨＩＶ−１、Ｔａｔ（ＨＩＶ）、Ｔａｔ由来ペプチド、ペネトラチン、ＶＰ２２由来ペプチドまたは類似体ペプチド、ペスチウイルス、Ｅｒｎｓ、ＨＳＶ、ＶＰ２２（単純ヘルペス）、ＭＡＰ、ＫＡＬＡまたはタンパク質トランスダクションドメイン（ＰＴＤ）、ＰｐＴ６２０、プロリンリッチペプチド、アルギニンリッチペプチド、リジンリッチペプチド、ＭＰＧペプチド（複数可）、Ｐｅｐ−１、Ｌ−オリゴマー、カルシトニンペプチド（複数可）、アンテナペディア由来ペプチド（特にショウジョウバエアンテナペディア由来）、ｐＡｎｔｐ、ｐＩｓｌ、ＦＧＦ、ラクトフェリン、トランスポータン、ブフォリン−２、Ｂａｃ７１５−２４、ＳｙｎＢ、ＳｙｎＢ、ｐＶＥＣ、ｈＣＴ由来ペプチド、ＳＡＰ、ヒストンを含む）など、カチオン性多糖、例えば、キトサン、ポリブレン、カチオン性ポリマー、例えば、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、カチオン性脂質、例えば、ＤＯＴＭＡ、［１−（２，３−シオレイルオキシ）プロピル）］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド、ＤＭＲＩＥ、ジ−Ｃ１４−アミジン、ＤＯＴＩＭ、ＳＡＩＮＴ、ＤＣ−Ｃｈｏｌ、ＢＧＴＣ、ＣＴＡＰ、ＤＯＰＣ、ＤＯＤＡＰ、ＤＯＰＥ：ジオレイルホスファチジルエタノール−アミン、ＤＯＳＰＡ、ＤＯＤＡＢ、ＤＯＩＣ、ＤＭＥＰＣ、ＤＯＧＳ：ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン、ＤＩＭＲＩ：ジミリストオキシプロピルジメチルヒドロキシエチルアンモニウムブロミド、ＤＯＴＡＰ：ジオレオイルオキシ−３−（トリメチルアンモニオ）プロパン、ＤＣ−６−１４：Ｏ，Ｏ−ジテトラデカノイル−Ｎ−α−トリメチルアンモニオアセチル）ジエタノールアミンクロリド、ＣＬＩＰ １：ｒａｃ−［（２，３−ジオクタデシルオキシプロピル）（２−ヒドロキシエチル）］−ジメチルアンモニウムクロリド、ＣＬＩＰ６：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピルオキシメチルオキシ）エチル］−トリメチルアンモニウム、ＣＬＩＰ９：ｒａｃ−［２（２，３−ジヘキサデシルオキシプロピルオキシサクシニルオキシ）エチル］−トリメチルアンモニウム、オリゴフェクタミン、または、カチオン性ポリマーもしくはポリカチオン性ポリマー、例えば、修飾ポリアミノ酸、例えば、β−アミノ酸ポリマーまたは置換ポリアミドなど、修飾ポリエチレン、例えば、ＰＶＰ（ポリ（Ｎ−エチル−４−ビニルピリジニウムブロミド））など、修飾アクリレート、例えば、ｐＤＭＡＥＭＡ（ポリ（ジメチルアミノエチルメチルアクリレート））など、修飾アミドアミン、例えば、ｐＡＭＡＭ（ポリ（アミドアミン））など、修飾ポリβアミノエステル（ＰＢＡＥ）、例えば、ジアミン末端修飾１，４−ブタンジオールジアクリレート−ｃｏ−５−アミノ−１−ペンタノールポリマーなど、デンドリマー、例えば、ポリプロピルアミンデンドリマーまたはｐＡＭＡＭベースデンドリマーなど、ポリイミン（複数可）、例えば、ＰＥＩ：ポリ（エチレンイミン）、ポリ（プロピレンイミン）など、ポリアリルアミン、糖主鎖ベースポリマー、例えば、シクロデキストリンベースポリマー、デキストランベースポリマー、キトサンなど、シラン主鎖ベースポリマー、例えば、ＰＭＯＸＡ−ＰＤＭＳコポリマーなど、１つまたは複数のカチオン性ブロック（例えば、上記カチオン性ポリマーから選択される）及び１つまたは複数の親水性ブロックまたは疎水性ブロック（例えば、ポリエチレングリコール）の組み合わせからなるブロックポリマーなどと結合させてもよい。
その他の実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、カチオン性化合物またはポリカチオン性化合物と結合しない。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、式（Ｉ）の化合物、
、または塩もしくはその異性体を含み、式中、
Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、炭素環、複素環、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ及び−Ｃ（Ｒ）Ｎ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲから選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、
それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択される。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物のサブセットは、Ｒ４が−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲまたは−ＣＱ（Ｒ）２であるとき、（ｉ）ｎが１、２、３、４または５の場合、Ｑは−Ｎ（Ｒ）２ではない化合物、または、（ｉｉ）ｎが１または２の場合、Ｑは５、６または７員環ヘテロシクロアルキルではない化合物を含む。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物の別のサブセットは、化合物、
Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、Ｃ３−６炭素環、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環ヘテロアリール、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＣＲＮ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ、ならびに、オキソ（＝Ｏ）、ＯＨ、アミノ、モノまたはジアルキルアミノ及びＣ１−３アルキルから選択される１個または複数個の置換基で置換されたＮ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環ヘテロシクロアルキルから選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、
それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
または塩もしくはその異性体を含む。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物の別のサブセットは、化合物、
Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、Ｃ３−６炭素環、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環複素環、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＣＲＮ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ及び−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２から選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、Ｑが５〜１４員環複素環、また（ｉ）Ｒ４が、ｎは１または２である−（ＣＨ２）ｎＱ、（ｉｉ）Ｒ４が、ｎは１である−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、または（ｉｉｉ）Ｒ４が−ＣＨＱＲ及び−ＣＱ（Ｒ）２であるとき、Ｑは、５〜１４員環ヘテロアリールまたは８〜１４員環ヘテロシクロアルキルのいずれかであり、
それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
または塩もしくはその異性体を含む。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物の別のサブセットは、化合物、
Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、Ｃ３−６炭素環、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環ヘテロアリール、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＣＲＮ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ及び−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２から選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、
それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
または塩もしくはその異性体を含む。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物の別のサブセットは、化合物、
Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ２−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎＱまたは−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲであり、式中、Ｑは−Ｎ（Ｒ）２であり、ｎは、３、４及び５から選択され、
それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ１−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
または塩もしくはその異性体を含む。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物の別のサブセットは、化合物、
Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
Ｒ２及びＲ３は、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ及び−ＣＱ（Ｒ）２からなる群から選択され、式中、Ｑは−Ｎ（Ｒ）２であり、ｎは、１、２、３、４及び５から選択され、
それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ１−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
または塩もしくはその異性体を含む。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物のサブセットは、式（ＩＡ）の化合物、
、または塩もしくはその異性体を含み、式中、ｌは、１、２、３、４及び５から選択され、ｍは、５、６、７、８及び９から選択され、Ｍ１は結合またはＭ’であり、Ｒ４は、非置換Ｃ１−３アルキルまたは−（ＣＨ２）ｎＱであり、式中、Ｑは、ＯＨ、−ＮＨＣ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−ＮＨＣ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＮＨＣ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、ヘテロアリールまたはヘテロシクロアルキルであり、Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル及びＣ２−１４アルケニルからなる群から独立して選択される。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物のサブセットは、式（ＩＩ）の化合物、
または塩もしくはその異性体を含み、式中、ｌは、１、２、３、４及び５から選択され、Ｍ１は結合またはＭ’であり、Ｒ４は、非置換Ｃ１−３アルキルまたは−（ＣＨ２）ｎＱであり、式中、ｎは、２、３または４であり、Ｑは、ＯＨ、−ＮＨＣ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−ＮＨＣ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＮＨＣ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、ヘテロアリールまたはヘテロシクロアルキルであり、Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル及びＣ２−１４アルケニルからなる群から独立して選択される。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物のサブセットは、式（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、または（ＩＩｅ）の化合物、
、または塩もしくはその異性体を含み、式中、Ｒ４は、本明細書に記載のとおりである。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物のサブセットは、式（ＩＩｄ）の化合物、
、または塩もしくはその異性体を含み、式中、ｎは２、３または４であり、ｍ、Ｒ’、Ｒ’’及びＲ２〜Ｒ６は、本明細書に記載のとおりである。例えば、Ｒ２及びＲ３のそれぞれは、Ｃ５−１４アルキル及びＣ５−１４アルケニルからなる群から独立して選択されてもよい。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、
、からなる群から選択される。
さらなる実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、
からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、
、ならびに塩及びその異性体からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子は、以下の化合物、
または塩及びその異性体を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載の化合物（例えば、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物）を含む脂質構成成分を含むナノ粒子組成物を特徴とする。
いくつかの実施形態では、本開示は、上記実施形態に従うナノ粒子組成物及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を特徴とする。医薬組成物は例えば、保管及び／または輸送のために冷蔵または冷凍される（例えば、４℃以下の温度、例えば、約−１５０℃〜約０℃または約−８０℃〜約−２０℃の温度（例えば、約−５℃、−１０℃、−１５℃、−２０℃、−２５℃、−３０℃、−４０℃、−５０℃、−６０℃、−７０℃、−８０℃、−９０℃、−１３０℃または−１５０℃）で保管される）。例えば、医薬組成物は、保管及び／または輸送のために、例えば、約−２０℃、−３０℃、−４０℃、−５０℃、−６０℃、−７０℃または−８０℃で冷蔵される液剤である。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞（例えば、哺乳動物細胞）へと治療薬及び／または予防薬（例えば、ｍＲＮＡなどのＲＮＡ）を送達するための方法を提供する。この方法は、（ｉ）リン脂質（多価不飽和脂質など）、ＰＥＧ脂質、構造脂質、及び、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を含む脂質構成成分、ならびに、（ｉｉ）治療薬及び／または予防薬を含むナノ粒子組成物を、対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）に投与する工程を含み、投与することは、細胞をナノ粒子組成物と接触させることを含み、治療薬及び／または予防薬は細胞へと送達される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞（例えば、哺乳動物細胞）内において目的のポリペプチドを産生するための方法を提供する。方法は、細胞を、（ｉ）リン脂質（多価不飽和脂質など）、ＰＥＧ脂質、構造脂質、及び、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を含む脂質構成成分、ならびに、（ｉｉ）目的のポリペプチドをコードするｍＲＮＡを含むナノ粒子組成物と接触させる工程を含み、ｍＲＮＡを細胞内で翻訳してポリペプチドを産生させることが可能である。
いくつかの実施形態では、本開示は、それを必要とする哺乳動物（例えば、ヒト）における疾患または障害を治療するための方法を提供する。方法は、（ｉ）リン脂質（多価不飽和脂質など）、ＰＥＧ脂質、構造脂質、及び、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を含む脂質構成成分、ならびに、（ｉｉ）治療薬及び／または予防薬（例えば、ｍＲＮＡ）を含む治療有効量のナノ粒子組成物を、哺乳動物に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、疾患または障害は、機能不全タンパク質もしくは異常タンパク質、または、ポリペプチド活性によって特徴付けられる。例えば、疾患または障害は、希少疾患、感染症、癌及び増殖性疾患、遺伝性疾患（例えば、嚢胞性線維症）、自己免疫疾患、糖尿病、神経変性病、心血管疾患及び腎血管疾患、ならびに、代謝性疾患からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、本開示は、治療薬及び／または予防薬を、哺乳動物の器官（例えば、肝臓、脾臓、肺または大腿骨）へと送達（例えば、特異的に送達）するための方法を提供する。この方法は、（ｉ）リン脂質、ＰＥＧ脂質、構造脂質、及び、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を含む脂質構成成分、ならびに、（ｉｉ）治療薬及び／または予防薬（例えば、ｍＲＮＡ）を含むナノ粒子組成物を、対象（例えば、哺乳動物）に投与する工程を含み、投与することは、細胞をナノ粒子組成物と接触させることを含み、治療薬及び／または予防薬は標的器官（例えば、肝臓、脾臓、肺または大腿骨）へと送達される。
いくつかの実施形態では、本開示は、治療薬及び／または予防薬（例えば、ｍＲＮＡ）の標的組織（例えば、肝臓、脾臓、肺または大腿骨）への送達を向上させるための方法を特徴とする。この方法は、ナノ粒子組成物を対象（例えば、哺乳動物）に投与することを含み、組成物は、（ｉ）式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を含む脂質構成成分、リン脂質、構造脂質及びＰＥＧ脂質、ならびに、（ｉｉ）治療薬及び／または予防薬を含み、投与することは、標的組織をナノ粒子組成物と接触させることを含み、治療薬及び／または予防薬は標的組織へと送達される。
いくつかの実施形態では、本開示は、本開示のナノ粒子組成物を細胞内へと導入することを含む、免疫原性を低下させるための方法を特徴とし、ナノ粒子組成物は、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物の代わりに参照脂質を含む参照組成物により誘導された細胞内の細胞性免疫応答の誘導と比較して、ナノ粒子組成物に対する細胞の細胞性免疫応答の誘導を抑制する。例えば、細胞性免疫応答は、自然免疫応答、適応免疫応答、またはその両方である。
本開示はまた、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を合成するための方法、及び、式（Ｉ）、（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、（ＩＩｄ）または（ＩＩｅ）の化合物を含む脂質構成成分を含むナノ粒子組成物を調製するための方法を含む。
ワクチン投与方法
治療上有効な結果をもたらす任意の経路で、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与してもよい。これらの経路としては、皮膚内投与、筋肉内投与、鼻腔内投与、及び／または皮下投与が挙げられるがこれらに限定されない。本開示は、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを、それを必要とする対象に投与することを含む方法を提供する。必要とされる正確な量は対象間で異なり、対象の種、年齢及び全身状態、疾患の重症度、個々の組成物、その投与方法、その活性化様式などに依存する。ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は通常、投与し易くかつ用量を均一とするために投与単位形態で製剤化される。しかしながら、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物の総１日用量は、適切な医学的良識の範囲内において主治医が決定してもよいということが理解されるであろう。任意の個々の患者における個々の治療有効投与濃度、予防有効投与濃度または適切なイメージング投与濃度は、治療する疾患及びその疾患の重症度、用いる個々の化合物の活性、用いる個々の組成物、患者の年齢、体重、全身健康、性別及び栄養、用いる個々の化合物の投与期間、投与経路及び排出速度、治療期間、用いる個々の化合物と組み合わせてまたは同時に使用する薬物、ならびに、医学分野において周知の類似の因子を含む様々な因子によって決まる。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、所望の治療効果、診断効果、予防効果またはイメージング効果を得るために、１日１回、１日１回または複数回、週に１回、月に１回などで、対象の体重あたり０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ、０．００１ｍｇ／ｋｇ〜０．０５ｍｇ／ｋｇ、０．００５ｍｇ／ｋｇ〜０．０５ｍｇ／ｋｇ、０．００１ｍｇ／ｋｇ〜０．００５ｍｇ／ｋｇ、０．０５ｍｇ／ｋｇ〜０．５ｍｇ／ｋｇ、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜４０ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ〜３０ｍｇ／ｋｇ、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇまたは１ｍｇ／ｋｇ〜２５ｍｇ／ｋｇを送達するのに十分な投与濃度で投与されてもよい（例えば、国際公開番号ＷＯ２０１３０７８１９９に記載の単位用量範囲を参照のこと）（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。所望の用量は、１日３回、１日２回、１日１回、１日おきに、２日おきに、毎週、１週間おきに、２週間おきに、３週間おきに、１ヶ月おきに、２ヶ月おきに、５ヶ月おきになどで送達されてもよい。いくつかの実施形態では、所望の用量は、複数回投与（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４またはそれ以上の回数の投与）を用いて送達されてもよい。複数回投与を用いる場合、本明細書に記載するような分割投与レジメンを用いてもよい。例示的な実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、０．０００５ｍｇ／ｋｇ〜０．０１ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．０００５ｍｇ／ｋｇ〜約０．００７５ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．０００５ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ、約０．００２ｍｇ／ｋｇ、約０．００３ｍｇ／ｋｇ、約０．００４ｍｇ／ｋｇまたは約０．００５ｍｇ／ｋｇを送達するのに十分な投与濃度で投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、０．０２５ｍｇ／ｋｇ〜０．２５０ｍｇ／ｋｇ、０．０２５ｍｇ／ｋｇ〜０．５００ｍｇ／ｋｇ、０．０２５ｍｇ／ｋｇ〜０．７５０ｍｇ／ｋｇまたは０．０２５ｍｇ／ｋｇ〜１．０ｍｇ／ｋｇを送達するのに十分な投与濃度で、１回または２回（またはそれ以上）投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、０．０１００ｍｇ、０．０２５ｍｇ、０．０５０ｍｇ、０．０７５ｍｇ、０．１００ｍｇ、０．１２５ｍｇ、０．１５０ｍｇ、０．１７５ｍｇ、０．２００ｍｇ、０．２２５ｍｇ、０．２５０ｍｇ、０．２７５ｍｇ、０．３００ｍｇ、０．３２５ｍｇ、０．３５０ｍｇ、０．３７５ｍｇ、０．４００ｍｇ、０．４２５ｍｇ、０．４５０ｍｇ、０．４７５ｍｇ、０．５００ｍｇ、０．５２５ｍｇ、０．５５０ｍｇ、０．５７５ｍｇ、０．６００ｍｇ、０．６２５ｍｇ、０．６５０ｍｇ、０．６７５ｍｇ、０．７００ｍｇ、０．７２５ｍｇ、０．７５０ｍｇ、０．７７５ｍｇ、０．８００ｍｇ、０．８２５ｍｇ、０．８５０ｍｇ、０．８７５ｍｇ、０．９００ｍｇ、０．９２５ｍｇ、０．９５０ｍｇ、０．９７５ｍｇまたは１．０ｍｇの総用量で、または、上記総用量を送達するのに十分な投与濃度で、２回（例えば、０日目及び７日目、０日目及び１４日目、０日目及び２１日目、０日目及び２８日目、０日目及び６０日目、０日目及び９０日目、０日目及び１２０日目、０日目及び１５０日目、０日目及び１８０日目、０日目及び３ヶ月後、０日目及び６ヶ月後、０日目及び９ヶ月後、０日目及び１２ヶ月後、０日目及び１８ヶ月後、０日目及び２年後、０日目及び５年後、または、０日目及び１０年後）投与されてもよい。上記と比較した、高用量及び低用量ならびに高投与頻度及び低投与頻度は、本開示に包含される。例えば、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、３回または４回投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン組成物は、０．０１０ｍｇ、０．０２５ｍｇ、０．１００ｍｇまたは０．４００ｍｇの総用量で、または、上記総用量を送達するのに十分な投与濃度で、２回（例えば、０日目及び７日目、０日目及び１４日目、０日目及び２１日目、０日目及び２８日目、０日目及び６０日目、０日目及び９０日目、０日目及び１２０日目、０日目及び１５０日目、０日目及び１８０日目、０日目及び３ヶ月後、０日目及び６ヶ月後、０日目及び９ヶ月後、０日目及び１２ヶ月後、０日目及び１８ヶ月後、０日目及び２年後、０日目及び５年後、または、０日目及び１０年後）投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、対象にワクチン接種を行うための方法に用いるＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、１０μｇ／ｋｇ〜４００μｇ／ｋｇの単回用量核酸ワクチンで対象に投与される（対象にワクチン接種を行うのに有効な量で）。いくつかの実施形態では、対象にワクチン接種を行うための方法に用いるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、１０μｇ〜４００μｇの単回用量核酸ワクチンで対象に投与される（対象にワクチン接種を行うのに有効な量で）。いくつかの実施形態では、対象にワクチン接種を行うための方法に用いるＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、２５〜１０００μｇの単回用量（例えば、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原をコードする単回用量ｍＲＮＡ）で対象に投与される。いくつかの実施形態では、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、２５、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０または１０００μｇの単回用量で対象に投与される。例えば、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、２５〜１００、２５〜５００、５０〜１００、５０〜５００、５０〜１０００、１００〜５００、１００〜１０００、２５０〜５００、２５０〜１０００、または、５００〜１０００μｇの単回投与で対象に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、対象にワクチン接種を行うための方法に用いるＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、２回の用量で対象に投与され、それらの合計は、２５〜１０００μｇのＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンに等しい。
本明細書に記載するＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン医薬組成物は、本明細書に記載の剤形、例えば、鼻腔内用、気管内用または注射用など（例えば、静脈内、眼内、硝子体内、筋肉内、皮膚内、心腔内、腹腔内、鼻腔内及び皮下）で製剤化してもよい。
ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチン製剤及びその使用方法
本開示のいくつかの態様は、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの製剤を提供し、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で製剤化される（例えば、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチドに特異的な抗体の産生）。「有効量」とは、抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効なＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンの用量のことである。本明細書ではまた、対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法を提供する。
いくつかの実施形態では、抗原特異的免疫応答は、本明細書で提供するＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与した対象内で生じる抗ＨＰＶ、抗ＨＳＶ及び／または抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド抗体価を測定することにより特徴付けられる。抗体価とは、対象内における抗体量、例えば、特定の抗原（例えば、抗ＨＰＶ、抗ＨＳＶ及び／または抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）または抗原のエピトープに特異的な抗体量の測定値のことである。抗体価は通常、陽性結果をもたらす最大希釈の逆数として表される。酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）は、例えば、抗体価を測定するための一般的なアッセイである。
いくつかの実施形態では、対象が感染しているかどうかを評価するために、または、免疫化が必要であるかどうかを決定するために、抗体価を用いる。いくつかの実施形態では、自己免疫応答の強度を測定するために、ブースター免疫が必要であるかどうかを決定するために、先に投与したワクチンが有効であるかどうかを決定するために、及び、直近または以前の任意の感染を同定するために、抗体価を用いる。本開示に従い、ＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンにより対象内で生じた免疫応答の強度を測定するために、抗体価を用いてもよい。
いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価は、対照と比較して少なくとも１対数だけ増加する。例えば、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５または少なくとも３対数だけ増加し得る。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して１、１．５、２、２．５または３対数だけ増加する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して１〜３対数だけ増加する。例えば、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して１〜１．５、１〜２、１〜２．５、１〜３、１．５〜２、１．５〜２．５、１．５〜３、２〜２．５、２〜３、または、２．５〜３対数だけ増加し得る。
いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価は、対照と比較して少なくとも２倍増加する。例えば、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または、少なくとも１０倍増加し得る。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して２、３、４、５、６、７、８、９または１０倍増加する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して２〜１０倍増加する。例えば、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、または、９〜１０倍増加し得る。
いくつかの実施形態では、対照は、本開示のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与されていない対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価である。いくつかの実施形態では、対照は、弱毒生ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価である。弱毒化ワクチンとは、生存ウイルス（生）の毒性を低下させて製造したワクチンのことである。弱毒化ウイルスとは、生存未変異ウイルスと比較して、無害または低毒性となるように変異させたウイルスのことである。いくつかの実施形態では、対照は、不活化ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与された対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価である。いくつかの実施形態では、対照は、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンを投与された対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価である。組換えタンパク質ワクチンとしては通常、異種発現系（例えば、細菌または酵母菌）で産生したタンパク質抗原、または、大量の病原性微生物から精製したタンパク質抗原、のいずれかが挙げられる。いくつかの実施形態では、対照は、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａウイルス様粒子（ＶＬＰ）ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価である。
いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンとは、標準治療用量の組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンと比較して、少ない用量のことである。本明細書で提供する場合、「標準治療」とは、医学的または心理的な治療ガイドラインのことを意味し、一般的なものまたは特別なものであってもよい。「標準治療」は、科学的根拠、及び、任意の病態の治療に関わる医療専門家間の共同研究に基づいた適切な治療を規定する。診断プロセス及び治療プロセスとは、特定タイプの患者、疾患または臨床環境において、医師／臨床医が従うべきプロセスのことである。本明細書で提供する場合、「標準治療用量」とは、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａまたは関連病態を治療または予防するための標準治療ガイドラインに従いながら、ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａまたは関連病態を治療または予防するために、医師／臨床医またはその他医療専門家が対象に投与する、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンの用量、または、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンの用量のことを意味する。
いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与された対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、抗ＨＳＶ、及び／または、抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価は、標準治療用量の、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、または、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与された対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド（例えば、抗ＨＰＶ、抗ＨＳＶ、及び／または抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原ポリペプチド）抗体価と同等である。
いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンとは、標準治療用量の組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンに対して、少なくとも２倍少ない用量に相当する用量のことである。例えば、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、標準治療用量の組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンに対して、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または、少なくとも１０倍少ない用量に相当する用量であってもよい。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンとは、標準治療用量の組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンに対して、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または、少なくとも１０００倍少ない用量に相当する用量のことである。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンとは、標準治療用量の組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンに対して、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、１００、２５０、５００または１０００倍少ない用量に相当する用量のことである。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンを投与された対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、標準治療用量の、組換えまたはタンパク質ＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、または、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与された対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、標準治療用量の組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンに対して、２倍〜１０００倍（例えば、２倍〜１００倍、１０倍〜１０００倍）少ない用量に相当する用量であり、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、標準治療用量の、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、または、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与された対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である。
いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、標準治療用量の組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンの、２〜１０００、２〜９００、２〜８００、２〜７００、２〜６００、２〜５００、２〜４００、２〜３００、２〜２００、２〜１００、２〜９０、２〜８０、２〜７０、２〜６０、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０００、３〜９００、３〜８００、３〜７００、３〜６００、３〜５００、３〜４００、３〜３〜００、３〜２００、３〜１００、３〜９０、３〜８０、３〜７０、３〜６０、３〜５０、３〜４０、３〜３０、３〜２０、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０００、４〜９００、４〜８００、４〜７００、４〜６００、４〜５００、４〜４００、４〜４〜００、４〜２００、４〜１００、４〜９０、４〜８０、４〜７０、４〜６０、４〜５０、４〜４０、４〜３０、４〜２０、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、４〜４、５〜１０００、５〜９００、５〜８００、５〜７００、５〜６００、５〜５００、５〜４００、５〜３００、５〜２００、５〜１００、５〜９０、５〜８０、５〜７０、５〜６０、５〜５０、５〜４０、５〜３０、５〜２０、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０００、６〜９００、６〜８００、６〜７００、６〜６００、６〜５００、６〜４００、６〜３００、６〜２００、６〜１００、６〜９０、６〜８０、６〜７０、６〜６０、６〜５０、６〜４０、６〜３０、６〜２０、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０００、７〜９００、７〜８００、７〜７００、７〜６００、７〜５００、７〜４００、７〜３００、７〜２００、７〜１００、７〜９０、７〜８０、７〜７０、７〜６０、７〜５０、７〜４０、７〜３０、７〜２０、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０００、８〜９００、８〜８００、８〜７００、８〜６００、８〜５００、８〜４００、８〜３００、８〜２００、８〜１００、８〜９０、８〜８０、８〜７０、８〜６０、８〜５０、８〜４０、８〜３０、８〜２０、８〜１０、８〜９、９〜１０００、９〜９００、９〜８００、９〜７００、９〜６００、９〜５００、９〜４００、９〜３００、９〜２００、９〜１００、９〜９０、９〜８０、９〜７０、９〜６０、９〜５０、９〜４０、９〜３０、９〜２０、９〜１０、１０〜１０００、１０〜９００、１０〜８００、１０〜７００、１０〜６００、１０〜５００、１０〜４００、１０〜３００、１０〜２００、１０〜１００、１０〜９０、１０〜８０、１０〜７０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２０、２０〜１０００、２０〜９００、２０〜８００、２０〜７００、２０〜６００、２０〜５００、２０〜４００、２０〜３００、２０〜２００、２０〜１００、２０〜９０、２０〜８０、２０〜７０、２０〜６０、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０、３０〜１０００、３０〜９００、３０〜８００、３０〜７００、３０〜６００、３０〜５００、３０〜４００、３０〜３００、３０〜２００、３０〜１００、３０〜９０、３０〜８０、３０〜７０、３０〜６０、３０〜５０、３０〜４０、４０〜１０００、４０〜９００、４０〜８００、４０〜７００、４０〜６００、４０〜５００、４０〜４００、４０〜３００、４０〜２００、４０〜１００、４０〜９０、４０〜８０、４０〜７０、４０〜６０、４０〜５０、５０〜１０００、５０〜９００、５０〜８００、５０〜７００、５０〜６００、５０〜５００、５０〜４００、５０〜３００、５０〜２００、５０〜１００、５０〜９０、５０〜８０、５０〜７０、５０〜６０、６０〜１０００、６０〜９００、６０〜８００、６０〜７００、６０〜６００、６０〜５００、６０〜４００、６０〜３００、６０〜２００、６０〜１００、６０〜９０、６０〜８０、６０〜７０、７０〜１０００、７０〜９００、７０〜８００、７０〜７００、７０〜６００、７０〜５００、７０〜４００、７０〜３００、７０〜２００、７０〜１００、７０〜９０、７０〜８０、８０〜１０００、８０〜９００、８０〜８００、８０〜７００、８０〜６００、８０〜５００、８０〜４００、８０〜３００、８０〜２００、８０〜１００、８０〜９０、９０〜１０００、９０〜９００、９０〜８００、９０〜７００、９０〜６００、９０〜５００、９０〜４００、９０〜３００、９０〜２００、９０〜１００、１００〜１０００、１００〜９００、１００〜８００、１００〜７００、１００〜６００、１００〜５００、１００〜４００、１００〜３００、１００〜２００、２００〜１０００、２００〜９００、２００〜８００、２００〜７００、２００〜６００、２００〜５００、２００〜４００、２００〜３００、３００〜１０００、３００〜９００、３００〜８００、３００〜７００、３００〜６００、３００〜５００、３００〜４００、４００〜１０００、４００〜９００、４００〜８００、４００〜７００、４００〜６００、４００〜５００、５００〜１０００、５００〜９００、５００〜８００、５００〜７００、５００〜６００、６００〜１０００、６００〜９００、６００〜８００、６００〜７００、７００〜１０００、７００〜９００、７００〜８００、８００〜１０００、８００〜９００、または、９００〜１０００倍少ない用量に相当する。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、標準治療用量の、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、または、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与された対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である。いくつかの実施形態では、有効量とは、標準治療用量の組換えＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチンの、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２8０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７6０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０または１０００倍少ない用量に相当する（または、に少なくとも相当する）用量のことである。いくつかの実施形態では、対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、標準治療用量の、組換えまたは精製のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質ワクチン、または、弱毒生または不活化のＨＰＶ、ＨＳＶ及び／またはＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを投与された対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である。
いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、５０〜１０００μｇの総用量である。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、５０〜１０００、５０〜９００、５０〜８００、５０〜７００、５０〜６００、５０〜５００、５０〜４００、５０〜３００、５０〜２００、５０〜１００、５０〜９０、５０〜８０、５０〜７０、５０〜６０、６０〜１０００、６０〜９００、６０〜８００、６０〜７００、６０〜６００、６０〜５００、６０〜４００、６０〜３００、６０〜２００、６０〜１００、６０〜９０、６０〜８０、６０〜７０、７０〜１０００、７０〜９００、７０〜８００、７０〜７００、７０〜６００、７０〜５００、７０〜４００、７０〜３００、７０〜２００、７０〜１００、７０〜９０、７０〜８０、８０〜１０００、８０〜９００、８０〜８００、８０〜７００、８０〜６００、８０〜５００、８０〜４００、８０〜３００、８０〜２００、８０〜１００、８０〜９０、９０〜１０００、９０〜９００、９０〜８００、９０〜７００、９０〜６００、９０〜５００、９０〜４００、９０〜３００、９０〜２００、９０〜１００、１００〜１０００、１００〜９００、１００〜８００、１００〜７００、１００〜６００、１００〜５００、１００〜４００、１００〜３００、１００〜２００、２００〜１０００、２００〜９００、２００〜８００、２００〜７００、２００〜６００、２００〜５００、２００〜４００、２００〜３００、３００〜１０００、３００〜９００、３００〜８００、３００〜７００、３００〜６００、３００〜５００、３００〜４００、４００〜１０００、４００〜９００、４００〜８００、４００〜７００、４００〜６００、４００〜５００、５００〜１０００、５００〜９００、５００〜８００、５００〜７００、５００〜６００、６００〜１０００、６００〜９００、６００〜９００、６００〜７００、７００〜１０００、７００〜９００、７００〜８００、８００〜１０００、８００〜９００、または、９００〜１０００μｇの総用量である。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０または１０００μｇの総用量である。いくつかの実施形態では、有効量は、対象に合計２回で投与される２５〜５００μｇの用量である。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、対象に合計２回で投与される２５〜５００、２５〜４００、２５〜３００、２５〜２００、２５〜１００、２５〜５０、５０〜５００、５０〜４００、５０〜３００、５０〜２００、５０〜１００、１００〜５００、１００〜４００、１００〜３００、１００〜２００、１５０〜５００、１５０〜４００、１５０〜３００、１５０〜２００、２００〜５００、２００〜４００、２００〜３００、２５０〜５００、２５０〜４００、２５０〜３００、３００〜５００、３００〜４００、３５０〜５００、３５０〜４００、４００〜５００、または、４５０〜５００μｇの用量である。いくつかの実施形態では、有効量のＳＴＤ ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ワクチンは、対象に合計２回で投与される２５、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００μｇの総用量である。
別の実施形態
１．性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
少なくとも１つのヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原ポリペプチド及び少なくとも１つの単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、任意選択的に、約２０〜６０％のカチオン性脂質、約５〜２５％の非カチオン性脂質、約２５〜５５％のステロール、及び、約０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比を有するカチオン性脂質ナノ粒子で製剤化され、任意選択的に、前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
２．性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
少なくとも１つのヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原ポリペプチド及び少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、任意選択的に、約２０〜６０％のカチオン性脂質、約５〜２５％の非カチオン性脂質、約２５〜５５％のステロール、及び、約０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比を有するカチオン性脂質ナノ粒子で製剤化され、任意選択的に、前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
３．性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
少なくとも１つの単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）抗原ポリペプチド及び少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、任意選択的に、約２０〜６０％のカチオン性脂質、約５〜２５％の非カチオン性脂質、約２５〜５５％のステロール、及び、約０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質のモル比を有するカチオン性脂質ナノ粒子で製剤化され、任意選択的に、前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
４．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択され、任意選択的に、前記ＨＰＶ血清型は、ＨＰＶ血清型６、１１、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６８、７３及び８２から選択される、条項１または条項２に記載のワクチン。
５．前記ワクチンは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む、条項１、条項２または条項４に記載のワクチン。
６．条項１、条項２、条項４または条項５に記載のワクチンであって、前記ワクチンは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択される少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも２つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、前記オープンリーディングフレームの一方によりコードされる前記ＨＰＶ抗原ポリペプチドは、前記オープンリーディングフレームの他方によりコードされる前記ＨＰＶ抗原ポリペプチドとは異なる、前記ワクチン。
７．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、条項１、条項２または条項４から条項６のいずれか１項に記載のワクチン。
８．前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：１〜３０のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる、及び／または、前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：４３１〜４６１のいずれか１つにより識別される核酸配列を含む、条項１、条項２または条項４から条項７のいずれか１項に記載のワクチン。
９．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、条項１、条項２または条項４から条項８のいずれか１項に記載のワクチン。
１０．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して９５％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、条項１、条項２または条項４から条項９のいずれか１項に記載のワクチン。
１１．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、条項１、条項２または条項４から条項１０のいずれか１項に記載のワクチン。
１２．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のアミノ酸配列に対して９０％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、条項１、条項２または条項４から条項１１のいずれか１項に記載のワクチン。
１３．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）またはその免疫原性断片であり、任意選択的に、血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、Ｊ及びＫから選択されるＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型を有する、条項２から条項１２のいずれか１項に記載のワクチン。
１４．前記ワクチンは、血清型ＨのＭＯＭＰ、血清型ＦのＭＯＭＰ、血清型ＥのＭＯＭＰ、血清型ＤのＭＯＭＰ、血清型ＩのＭＯＭＰ、血清型ＧのＭＯＭＰ、血清型ＪのＭＯＭＰ及び血清型ＫのＭＯＭＰから選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む、条項２から条項１３のいずれか１項に記載のワクチン。
１５．前記ワクチンは、血清型ＨのＭＯＭＰ、血清型ＦのＭＯＭＰ、血清型ＥのＭＯＭＰ、血清型ＤのＭＯＭＰ、血清型ＩのＭＯＭＰ、血清型ＧのＭＯＭＰ、血清型ＪのＭＯＭＰ及び血清型ＫのＭＯＭＰから選択される少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも２つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、前記オープンリーディングフレームの一方によりコードされる前記抗原ポリペプチドは、前記オープンリーディングフレームの他方によりコードされる前記抗原ポリペプチドとは異なる、条項２から条項１４のいずれか１項に記載のワクチン。
１６．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、条項２から条項１５のいずれか１項に記載のワクチン。
１７．前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：６２〜６４または１８４〜２９４のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる、及び／または、前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：３１７〜４３０のいずれか１つにより識別される核酸配列を含む、条項２から条項１６のいずれか１項に記載のワクチン。
１８．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、条項２から条項１７のいずれか１項に記載のワクチン。
１９．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して９５％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、条項２から条項１８のいずれか１項に記載のワクチン。
２０．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、条項２から条項１９のいずれか１項に記載のワクチン。
２１．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のアミノ酸配列に対して９０％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、条項２から条項２０のいずれか１項に記載のワクチン。
２２．前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、野生型ｍＲＮＡ配列に対して８０％未満の同一性を有する、条項１から条項２１のいずれか１項に記載のワクチン。
２３．少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、野生型ｍＲＮＡ配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するが野生型ｍＲＮＡ配列を含まない、条項１から条項２１のいずれか１項に記載のワクチン。
２４．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、条項１から条項２３のいずれか１項に記載のワクチン。
２５．前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含む、条項１から条項２４のいずれか１項に記載のワクチン。
２６．前記化学修飾は、シュードウリジン、Ｎ１−メチルシュードウリジン、Ｎ１−エチルシュードウリジン、２−チオウリジン、４’−チオウリジン、５−メチルシトシン、５−メチルウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、４−チオ−シュードウリジン、５−アザ−ウリジン、ジヒドロシュードウリジン、５−メトキシウリジン及び２’−Ｏ−メチルウリジンから選択される、条項１から条項２５に記載のワクチン。
２７．前記化学修飾は、前記ウラシルの５位にある、条項１から条項２６に記載のワクチン。
２８．前記化学修飾は、Ｎ１−メチルシュードウリジンまたはＮ１−エチルシュードウリジンである、条項１から条項２７のいずれか１項に記載のワクチン。
２９．前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの少なくとも８０％は、化学修飾を有する、条項１から条項２８のいずれか１項に記載のワクチン。
３０．前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの少なくとも９０％は、化学修飾を有する、条項１から条項２９のいずれか１項に記載のワクチン。
３１．前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの１００％は、化学修飾を有する、条項１から条項３０のいずれか１項に記載のワクチン。
３２．少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの５´末端キャップをさらにコードする、条項１から条項３１のいずれか１項に記載のワクチン。
３３．前記５´末端キャップは７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐである、条項３２に記載のワクチン。
３４．少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、ＨｕＩｇＧｋシグナルペプチド（ＭＥＴＰＡＱＬＬＦＬＬＬＬＷＬＰＤＴＴＧ；配列番号：３０４）、ＩｇＥ重鎖イプシロン−１シグナルペプチド（ＭＤＷＴＷＩＬＦＬＶＡＡＡＴＲＶＨＳ；配列番号：３０５）、日本脳炎ＰＲＭシグナル配列（ＭＬＧＳＮＳＧＱＲＶＶＦＴＩＬＬＬＬＶＡＰＡＹＳ；配列番号：３０６）、ＶＳＶｇタンパク質シグナル配列（ＭＫＣＬＬＹＬＡＦＬＦＩＧＶＮＣＡ；配列番号：３０７）、及び、日本脳炎ＪＥＶシグナル配列（ＭＷＬＶＳＬＡＩＶＴＡＣＡＧＡ；配列番号：３０８）から選択されるシグナルペプチドに融合する、条項１から条項３３のいずれか１項に記載のワクチン。
３５．前記シグナルペプチドは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドのＮ末端に融合する、条項３４に記載のワクチン。
３６．前記シグナルペプチドは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドのＣ末端に融合する、条項３４に記載のワクチン。
３７．前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、変異Ｎ−結合型グリコシル化部位を含む、条項１から条項３６のいずれか１項に記載のワクチン。
３８．ナノ粒子で製剤化された、条項１から条項３７のいずれか１項に記載のワクチン。
３９．前記ナノ粒子は脂質ナノ粒子である、条項３８に記載のワクチン。
４０．前記ナノ粒子は、５０〜２００ｎｍの平均粒径を有する、条項１から条項３９のいずれか１項に記載のワクチン。
４１．前記脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、ＰＥＧ修飾脂質、ステロール及び非カチオン性脂質を含む、条項１から条項４０のいずれか１項に記載のワクチン。
４２．前記脂質ナノ粒子担体は、約２０〜６０％のカチオン性脂質、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質、２５〜５５％のステロール、及び２５％の非カチオン性脂質のモル比を含む、条項４１に記載のワクチン。
４３．前記カチオン性脂質はイオン化カチオン性脂質であり、前記非カチオン性脂質は中性脂質であり、前記ステロールはコレステロールである、条項４１または条項４２に記載のワクチン。
４４．前記カチオン性脂質は、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される、条項４１から条項４３のいずれか１項に記載のワクチン。
４５．前記脂質ナノ粒子は、式（Ｉ）の化合物、任意選択的に、３、１８、２０、２５、２６、２９、３０、６０、１０８〜１１２、または１２２の化合物を含む、条項１から条項４４のいずれか１項に記載のワクチン。
４６．前記脂質ナノ粒子は式（ＩＩ）の化合物を含む、条項１から条項４５のいずれか１項に記載のワクチン。
４７．前記ナノ粒子は、０．４未満の多分散度の値を有する、条項１から条項４６のいずれか１項に記載のワクチン。
４８．前記ナノ粒子は、中性ｐＨ値に正味の中性電荷を有する、条項１から条項４７のいずれか１項に記載のワクチン。
４９．アジュバントをさらに含む、条項１から条項４８のいずれか１項に記載のワクチン。
５０．前記アジュバントは、フラジェリンタンパク質またはフラジェリンペプチドである、条項４９に記載のワクチン。
５１．前記フラジェリンタンパク質またはフラジェリンペプチドは、配列番号：３０１〜３０３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、条項５０に記載のワクチン。
５２．前記オープンリーディングフレームはコドン最適化されている、条項１から条項５１のいずれか１項に記載のワクチン。
５３．前記ワクチンは多価である、条項１から条項５２のいずれか１項に記載のワクチン。
５４．抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で製剤化される、条項１から条項５３のいずれか１項に記載のワクチン。
５５．対象内の免疫応答を誘導するための方法であって、前記方法は、条項１から条項５４のいずれか１項に記載の前記ワクチンを、前記対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で前記対象に投与することを含む、前記方法。
５６．前記抗原特異的免疫応答は、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答を含む、条項５５に記載の方法。
５７．前記対象は、単回用量の前記ワクチンを投与される、条項５５または条項５６に記載の方法。
５８．前記対象は、ブースター用量の前記ワクチンを投与される、条項５５または条項５６に記載の方法。
５９．前記ワクチンは、皮内注射または筋肉内注射により前記対象に投与される、条項５５から条項５８のいずれか１項に記載の方法。
６０．前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも１対数だけ増加する、条項５５から条項５９のいずれか１項に記載の方法。
６１．前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して１〜３対数だけ増加する、条項５５から条項６０のいずれか１項に記載の方法。
６２．前記対象内で生じる前記抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも２倍増加する、条項５５から条項６１のいずれか１項に記載の方法。
６３．前記対象内で生じる前記抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して２〜１０倍増加する、条項５５から条項６２のいずれか１項に記載の方法。
６４．前記対照は、前記ウイルスに対するワクチンを投与されていない対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、条項６０から条項６３のいずれか１項に記載の方法。
６５．前記対照は、前記ウイルスに対する弱毒生ワクチンまたは不活化ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、条項６０から条項６３のいずれか１項に記載の方法。
６６．前記対照は、前記ウイルスに対する組換えタンパク質ワクチンまたは精製タンパク質ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、条項６０から条項６３のいずれか１項に記載の方法。
６７．前記対照は、前記ウイルスに対するＶＬＰワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、条項６０から条項６３のいずれか１項に記載の方法。
６８．前記有効量は、前記ウイルスに対する標準治療用量の組換えタンパク質ワクチンまたは精製タンパク質ワクチンの少なくとも２倍少ない用量に相当する用量であり、前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、前記ウイルスに対する標準治療用量の組換えタンパク質ワクチンまたは精製タンパク質ワクチンをそれぞれ投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である、条項５５から条項６７のいずれか１項に記載の方法。
６９．前記有効量は、前記ウイルスに対する標準治療用量の弱毒生ワクチンまたは不活化ワクチンの少なくとも２倍少ない用量に相当する用量であり、前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、前記ウイルスに対する標準治療用量の弱毒生ワクチンまたは不活化ワクチンをそれぞれ投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である、条項５５から条項６７のいずれか１項に記載の方法。
７０．前記有効量は、前記ウイルスに対する標準治療用量のＶＬＰワクチンの少なくとも２倍少ない用量に相当する用量であり、前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、前記ウイルスに対する標準治療用量のＶＬＰワクチンを投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である、条項５５から条項６７のいずれか１項に記載の方法。
７１．前記有効量は、５０μｇ〜１０００μｇの総用量である、条項５５から条項７０のいずれか１項に記載の方法。
７２．前記有効量は、前記対象に合計２回で投与される、２５μｇ、１００μｇ、４００μｇまたは５００μｇの用量である、条項５５から条項７１に記載の方法。
７３．前記ウイルスに対する前記ワクチンの効果は６５％超である、条項５５から条項７２のいずれか１項に記載の方法。
７４．前記ウイルスに対する前記ワクチンの効果は８０％超である、条項５５から条項７３のいずれか１項に記載の方法。
７５．前記ワクチンは、前記対象を前記ウイルスに対して最大２年間免疫する、条項５５から条項７４のいずれか１項に記載の方法。
７６．前記ワクチンは、前記対象を前記ウイルスに対して２年間超免疫する、条項５５から条項７４のいずれか１項に記載の方法。
７７．前記対象は約１２歳〜約５０歳の年齢である、条項５５から条項７６のいずれか１項に記載の方法。
７８．前記対象は前記ウイルスに曝されている、前記対象は前記ウイルスに感染している、または、前記対象は前記ウイルスに感染するリスクがある、条項５５から条項７７のいずれか１項に記載の方法。
７９．前記対象は免疫不全状態である、条項５５から条項７８のいずれか１項に記載の方法。
８０．対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法に用いる条項１から条項５４のいずれか１項に記載のワクチンであって、前記方法は、前記対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で前記ワクチンを前記対象に投与することを含む、前記ワクチン。
８１．対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法に用いる薬物の製造における条項１から条項５４のいずれか１項に記載のワクチンの使用であって、前記方法は、前記対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で前記ワクチンを前記対象に投与することを含む、前記使用。
８２．条項１から条項５４のいずれか１項に記載のワクチンの少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドをコードする遺伝子改変核酸。
８３．熱帯病ワクチンであって、
５´末端キャップを有する少なくとも１つのメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチド、少なくとも１つの熱帯病抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレーム、及び、３´ポリＡ尾部を含む、前記熱帯病ワクチン。
８４．前記少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１〜２８のいずれか１つにより識別される配列によりコードされる、条項１に記載のワクチン。
８５．前記少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：４３１〜４６１のいずれか１つにより識別される配列を含む、条項１に記載のワクチン。
８６．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別される配列を含む、条項１に記載のワクチン。
８７．前記少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：６２〜６４のいずれか１つにより識別される配列によりコードされる、条項１に記載のワクチン。
８８．前記少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３１７〜３１９のいずれか１つにより識別される配列を含む、条項１に記載のワクチン。
８９．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜７２のいずれか１つにより識別される配列を含む、条項１に記載のワクチン。
９０．前記少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：１８４〜２９４のいずれか１つにより識別される配列によりコードされる、条項１に記載のワクチン。
９１．前記少なくとも１つのｍＲＮＡポリヌクレオチドは、配列番号：３２０〜４３０のいずれか１つにより識別される配列を含む、条項１に記載のワクチン。
９２．前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：７３〜１８３のいずれか１つにより識別される配列を含む、条項１に記載のワクチン。
９３．前記５´末端キャップは、７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐであるか、または、７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐを含む、条項８３から条項９２のいずれか１項に記載のワクチン。
９４．前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの１００％は、修飾されて、前記ウラシルの５位にＮ１−メチルシュードウリジンを含む、条項８３から条項９３のいずれか１項に記載のワクチン。
９５．前記ワクチンは、ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、コレステロール、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＳＰＣ）、及び、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）２０００−ＤＭＧを含む脂質ナノ粒子で製剤化された、条項８３から条項９４のいずれか１項に記載のワクチン。
９６．前記脂質ナノ粒子は、クエン酸三ナトリウム緩衝液、スクロース及び水をさらに含む、条項９５に記載のワクチン。
９７．性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
５´末端キャップ７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐ、配列番号：４３１〜４６１により識別される配列、及び３´ポリＡ尾部を有する少なくとも１つのメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含み、配列番号：４３１〜４６１により識別される前記配列の前記ウラシルヌクレオチドは、修飾されて、前記ウラシルヌクレオチドの５位にＮ１−メチルシュードウリジンを含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
９８．性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
５´末端キャップ７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐ、配列番号：３１７〜３１９により識別される配列、及び３´ポリＡ尾部を有する少なくとも１つのメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含み、配列番号：３１７〜３１９により識別される前記配列の前記ウラシルヌクレオチドは、修飾されて、前記ウラシルヌクレオチドの５位にＮ１−メチルシュードウリジンを含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
９９．性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
５´末端キャップ７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐ、配列番号：３２０〜４３０により識別される配列、及び３´ポリＡ尾部を有する少なくとも１つのメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含み、配列番号：３２０〜４３０により識別される前記配列の前記ウラシルヌクレオチドは、修飾されて、前記ウラシルヌクレオチドの５位にＮ１−メチルシュードウリジンを含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
１００．ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ、コレステロール、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＳＰＣ）、及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）２０００−ＤＭＧを含む、脂質ナノ粒子で製剤化された条項Ｘに記載のワクチン。
本開示はその適用において、以下の説明に記載するまたは図面に示す合成の詳細及び構成成分の配合に限定されない。本開示はその他の実施形態においても可能であり、また様々な方法で実施または実行可能である。同様に、本明細書で使用される表現及び専門用語は、説明を目的としたものであり、限定としてみなされるべきではない。本明細書において使用する、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」、「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」、または「有する」、「ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ（含む）」、「ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ（含む）」及びその変形形態は、その後に列記される要素及びそれらの均等物、ならびにさらなる要素を包含することを意味する。
実施例１：ポリヌクレオチドの調製
本開示に従い、「Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ＲＮＡ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ」と題されている国際公開ＷＯ２０１４／１５２０２７が教示する方法を利用して、ポリヌクレオチド及び／またはその部分または領域の調製を実施してもよい（その内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
精製方法としては、国際公開ＷＯ２０１４／１５２０３０及び国際公開ＷＯ２０１４／１５２０３１において教示されているような方法を挙げてもよい（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
国際公開ＷＯ２０１４／１４４０３９において教示されているようなポリヌクレオチドの検出方法及びキャラクタリゼーション方法を実施してもよい（その全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
ポリヌクレオチドマッピング、逆転写酵素シークエンシング、電荷分布解析、ＲＮＡ不純物の検出、または、上記２つまたはそれ以上の任意の組み合わせを用いて、本開示のポリヌクレオチドのキャラクタリゼーションを実施してもよい。「キャラクタライズ」は、例えば、ＲＮＡ転写配列を決定すること、ＲＮＡ転写物の純度を測定すること、または、ＲＮＡ転写物の電荷不均一性を測定することを含む。このような方法は、例えば、国際公開ＷＯ２０１４／１４４７１１及び国際公開ＷＯ２０１４／１４４７６７において教示されている（それぞれの内容全体は参照として本明細書に組み込まれる）。
実施例２：キメラポリヌクレオチドの合成
本開示に従い、三リン酸化学反応を用いて、キメラポリヌクレオチドの２つの領域または部分を結合またはライゲートさせてもよい。１００ヌクレオチド以下の第１の領域または部分を、例えば、５´一リン酸及び末端３´ｄｅｓＯＨまたは保護ＯＨと化学合成する。領域が８０ヌクレオチドよりも長い場合、ライゲーション用の２本のストランドとして合成してもよい。
インビトロ転写（ＩＶＴ）を用いて、第１の領域または部分を非位置的に修飾した領域または部分として合成する場合、続けて、５´一リン酸を続く３´末端のキャッピングで変換してもよい。
一リン酸保護基は、当該技術分野において周知の保護基のいずれかから選択してもよい。
化学合成法またはＩＶＴ法の一方を用いて、キメラポリヌクレオチドの第２の領域または部分を合成してもよい。ＩＶＴ法としては、修飾キャップ含有プライマーを利用できるＲＮＡポリメラーゼを挙げてもよい。あるいは、最大１３０ヌクレオチドのキャップを化学合成してＩＶＴ領域または部分に結合させてもよい。
ライゲーション法では、ＤＮＡＴ４リガーゼでライゲーションを行い、続いてＤＮａｓｅで処理することにより、速やかに連結を回避する必要がある。
全てのキメラポリヌクレオチドがリン酸−糖主鎖を有するように調製される必要はない。領域または部分の１つがポリペプチドをコードする場合、このような領域または部分は、リン酸−糖主鎖を含んでいてもよい。
それから、周知のクリックケミストリー、オルトクリックケミストリー、ソルリンクのいずれか、または、当業者に周知のその他バイオコンジュゲートケミストリーを用いて、ライゲーションを行う。
合成経路
キメラポリヌクレオチドは、一連の出発部分を用いて調製してもよい。このような部分としては、以下のものが挙げられる。
（ａ）通常の３´ＯＨを含む、キャップ及び保護した５´部分（ＳＥＧ．１）
（ｂ）ポリペプチドのコード領域及び通常の３´ＯＨを含み得る、５´三リン酸部分（ＳＥＧ．２）
（ｃ）コルジセピンを含むかまたは３´ＯＨを含まないキメラポリヌクレオチドの３´末端（例えば、尾部）のための５´一リン酸部分（ＳＥＧ．３）
合成（化学またはＩＶＴ）後、部分３（ＳＥＧ．３）をコルジセピンに続いてピロホスファターゼで処理して、５´一リン酸を生成してもよい。
それから、ＲＮＡリガーゼを用いて、部分２（ＳＥＧ．２）をＳＥＧ．３にライゲートしてもよい。その後、ライゲートしたポリヌクレオチドを精製してから、ピロホスファターゼで処理して二リン酸を開裂させる。続いて、処理したＳＥＧ．２−ＳＥＧ．３構築物を精製し、ＳＥＧ．１を５´末端にライゲートしてもよい。キメラポリヌクレオチドに対して、さらなる精製工程を行ってもよい。
キメラポリヌクレオチドがポリペプチドをコードする場合、ライゲートまたは結合した部分を、５´ＵＴＲ（ＳＥＧ．１）、オープンリーディングフレームまたはＯＲＦ（ＳＥＧ．２）、及び、３´ＵＴＲ＋ポリＡ（ＳＥＧ．３）と表してもよい。
それぞれの工程における収率は、９０〜９５％ほどであってもよい。
実施例３：ｃＤＮＡ生成用ＰＣＲ
Ｋａｐａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｗｏｂｕｒｎ，ＭＡ）製の２ｘ ＫＡＰＡ ＨＩＦＩ（商標） ＨｏｔＳｔａｒｔ ＲｅａｄｙＭｉｘを用いて、ｃＤＮＡ調製用ＰＣＲ手順を実施してもよい。このシステムは、２ｘ ＫＡＰＡ ＲｅａｄｙＭｉｘ（１２．５μｌ）、フォワードプライマー（１０μＭ）（０．７５μｌ）、リバースプライマー（１０μＭ）（０．７５μｌ）、鋳型ｃＤＮＡ（１００ｎｇ）、及び、２５．０μｌまで希釈したｄＨ２Ｏを含む。反応条件は、９５℃で５分間であってもよい。９８℃で２０秒間、５８℃で１５秒間、７２℃で４５秒間、７２℃で５分間を２５サイクル行い反応させて、４℃で反応を停止させてもよい。
Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ’ｓ ＰＵＲＥＬＩＮＫ（商標） ＰＣＲ Ｍｉｃｒｏ Ｋｉｔ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を製造業者の取扱説明書に従って用い（最大５μｇ）、反応液を洗浄してもよい。より多い反応液を扱う歳には、大容量の製品を用いた洗浄が必要な場合がある。洗浄後、ＮＡＮＯＤＲＯＰ（商標）を用いてｃＤＮＡを定量してもよく、また、ｃＤＮＡが予想したサイズであることを確認するためにアガロースゲル電気泳動で解析してもよい。その後、インビトロ転写反応に進む前に、ｃＤＮＡをシークエンシング解析にかけてもよい。
実施例４：インビトロ転写（ＩＶＴ）
インビトロ転写反応によりＲＮＡポリヌクレオチドを生成する。このようなポリヌクレオチドは、本開示のポリヌクレオチドの領域または部分を含んでいてもよく、例えば、化学修飾ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドが挙げられる。化学修飾ＲＮＡポリヌクレオチドは、均一に修飾されたポリヌクレオチドであってもよい。インビトロ転写反応では、ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）のカスタム混合物を利用する。ＮＴＰは、化学修飾ＮＴＰ、天然ＮＴＰ及び化学修飾ＮＴＰの混合物、または、天然ＮＴＰを含んでいてもよい。
通常のインビトロ転写反応は以下のものを含む。
１）鋳型ｃＤＮＡ １．０μｇ
２）１０ｘ転写緩衝液 ２．０μｌ
（４００ｍＭ トリス−ＨＣｌ ｐＨ８．０、１９０ｍＭ
ＭｇＣｌ２、５０ｍＭ ＤＴＴ、１０ｍＭ スペルミジン）
３）カスタムＮＴＰ（それぞれ２５ｍＭ） ０．２μｌ
４）ＲＮａｓｅ阻害剤 ２０Ｕ
５）Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ ３０００Ｕ
６）ｄＨ２Ｏ 最大２０．０μｌ、及び、
７）３７℃で３時間〜５時間のインキュベーション
次の日に洗浄するために、粗ＩＶＴ混合物を４℃で一晩保管してもよい。１ＵのＲＮａｓｅフリーＤＮａｓｅを用いてオリジナル鋳型を消化してもよい。３７℃で１５分間インキュベートした後、Ａｍｂｉｏｎ’ｓ ＭＥＧＡＣＬＥＡＲ（商標） Ｋｉｔ（Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）を製造業者の取扱説明書に従い用いてｍＲＮＡを精製してもよい。このキットは、最大５００μｇのＲＮＡを精製することができる。洗浄後、ＮａｎｏＤｒｏｐを用いてＲＮＡポリヌクレオチドを定量してもよく、また、ＲＮＡポリヌクレオチドが適度なサイズでありＲＮＡ分解が生じていないことを確認するためにアガロースゲル電気泳動で解析してもよい。
実施例５：酵素キャッピング
ＲＮＡポリヌクレオチドのキャッピングは以下のとおりに行う（混合物は、ＩＶＴ ＲＮＡ（６０μｇ〜１８０μｇ）及びｄＨ２Ｏ（最大７２μｌ）を含む）。混合物を６５℃で５分間インキュベートしてＲＮＡを変性させてから、すぐに氷上に移す。
プロトコルは、１０ｘキャッピング緩衝液（０．５Ｍ トリス−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）、６０ｍＭ ＫＣｌ、１２．５ｍＭ ＭｇＣｌ２）（１０．０μｌ）、２０ｍＭ ＧＴＰ（５．０μｌ）、２０ｍＭ Ｓ−アデノシルメチオニン（２．５μｌ）、ＲＮａｓｅ阻害剤（１００Ｕ）、２´−Ｏ−メチルトランスフェラーゼ（４００Ｕ）、ワクシニアキャッピング酵素（グアニリルトランスフェラーゼ）（４０Ｕ）、ｄＨ２Ｏ（最大２８μｌ）の混合、及び、６０μｇのＲＮＡに対する３７℃で３０分間のインキュベーション、または、１８０μｇのＲＮＡに対する３７℃で最大２時間のインキュベーションを含む。
その後、Ａｍｂｉｏｎ’ｓ ＭＥＧＡＣＬＥＡＲ（商標） Ｋｉｔ（Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）を製造業者の取扱説明書に従い用いてＲＮＡポリヌクレオチドを精製してもよい。洗浄後、ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を用いてＲＮＡを定量してもよく、また、ＲＮＡポリヌクレオチドが適度なサイズでありＲＮＡ分解が生じていないことを確認するためにアガロースゲル電気泳動で解析してもよい。逆転写ＰＣＲにかけてシークエンシング用のｃＤＮＡを生成することによって、ＲＮＡポリヌクレオチド産物をまたシークエンスしてもよい。
実施例６：ポリＡテーリング反応
ｃＤＮＡ内にポリＴがない場合、最終産物を洗浄する前にポリＡテーリング反応を行う必要がある。この反応は、キャップＩＶＴ ＲＮＡ（１００μｌ）、ＲＮａｓｅ阻害剤（２０Ｕ）、１０ｘテーリング緩衝液（０．５Ｍ トリス−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）、２．５Ｍ ＮａＣｌ、１００ｍＭ ＭｇＣｌ２）（１２．０μｌ）、２０ｍＭ ＡＴＰ（６．０μｌ）、ポリＡポリメラーゼ（２０Ｕ）、ｄＨ２Ｏ最大１２３．５μｌを混合して、３７℃で３０分間インキュベートすることにより行われる。ポリＡ尾部が既に転写物内に存在する場合、テーリング反応をスキップして、Ａｍｂｉｏｎ’ｓ ＭＥＧＡＣＬＥＡＲ（商標） ｋｉｔ（Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）（最大５００μｇ）を用いた洗浄に直接進めてもよい。ポリＡポリメラーゼは、酵母菌内で発現する組換え酵素であってもよい。
ポリＡテーリング反応の進行性または結合性が常に厳密なサイズのポリＡ尾部をもたらすとは限らないということを理解すべきである。それゆえ、約４０〜２００、例えば、約４０、５０、６０、７０、８０、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１５０〜１６５、１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、１６３、１６４または１６５ヌクレオチドのポリＡ尾部は本開示の範囲内である。
実施例７：天然５´キャップ及び５´キャップ類似体
製造業者のプロトコルに従い５´グアノシンキャップ構造を生成するため、以下の化学ＲＮＡキャップ類似体、３´−Ｏ−Ｍｅ−ｍ７Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ｇ［ＡＲＣＡキャップ］、Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ａ、Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ｇ、ｍ７Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ａ、ｍ７Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ｇ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を用いたインビトロ転写反応中に、ポリヌクレオチドの５´キャッピングを同時に完了させてもよい。「キャップ０」構造、ｍ７Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ｇ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を生成するため、ワクシニアウイルスキャッピング酵素を用いた転写後に、修飾ＲＮＡの５´キャッピングを完了させてもよい。ｍ７Ｇ（５´）ｐｐｐ（５´）Ｇ−２’−Ｏ−メチルを生成するため、ワクシニアウイルスキャッピング酵素及び２´−Ｏ−メチルトランスフェラーゼの両方を用いて、キャップ１構造を生成してもよい。２´−Ｏ−メチルトランスフェラーゼを用いた５´末端から３番目のヌクレオチドにおける２´−Ｏ−メチル化に続き、キャップ１構造からキャップ２構造を生成してもよい。２´−Ｏ−メチルトランスフェラーゼを用いた５´末端から４番目のヌクレオチドにおける２´−Ｏ−メチル化に続き、キャップ２構造からキャップ３構造を生成してもよい。組換え源から酵素を誘導することが好ましい。
修飾ｍＲＮＡは、哺乳動物細胞内にトランスフェクションする際、１２〜１８時間または１８時間以上の安定性、例えば、２４、３６、４８、６０、７２時間または７２時間超の安定性を有する。
実施例８：キャッピングアッセイ
タンパク質発現アッセイ
本明細書で教示するキャップのいずれかを含有する、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）を、等濃度で細胞内にトランスフェクションしてもよい。培地内へと分泌されたタンパク質の量を、トランスフェクションの６、１２、２４及び／または３６時間後に、ＥＬＩＳＡでアッセイしてもよい。高濃度のタンパク質を培地内へと分泌する合成ポリヌクレオチドは、翻訳能の高いキャップ構造を有する合成ポリヌクレオチドに相当する。
純度解析合成
変性アガロース−尿素ゲル電気泳動またはＨＰＬＣ分析を用いて、本明細書で教示するキャップのいずれかを含有する、ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドの純度を比較してもよい。電気泳動において単一で明瞭なバンドを示すＲＮＡポリヌクレオチドは、複数のバンドまたはストリーキングバンドを示すポリヌクレオチドと比較して、高純度産物に相当する。単一ＨＰＬＣピークを示す化学修飾ＲＮＡポリヌクレオチドもまた、高純度産物に相当する。より効率の高いキャッピング反応は、より純度の高いポリヌクレオチド群をもたらす。
サイトカイン解析
本明細書で教示するキャップのいずれかを含有する、ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを、複数の濃度で細胞内にトランスフェクションしてもよい。培地内へと分泌された炎症性サイトカイン（ＴＮＦ−α及びＩＦＮ−βなど）の量を、トランスフェクションの６、１２、２４及び／または３６時間後に、ＥＬＩＳＡでアッセイしてもよい。培地内への高濃度炎症性サイトカインの分泌をもたらすＲＮＡポリヌクレオチドは、免疫活性化キャップ構造を含有するポリヌクレオチドに相当する。
キャッピング反応効率
本明細書で教示するキャップのいずれかを含有する、ポリペプチドをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドのキャッピング反応効率を、ヌクレアーゼ処理後にＬＣ−ＭＳで解析してもよい。キャップポリヌクレオチドのヌクレアーゼ処理により、ＬＣ−ＭＳを用いて検出可能な、遊離ヌクレオチド及びキャップ５´−５三リン酸キャップ構造の混合物が生じる。ＬＣ−ＭＳスペクトルにおけるキャップ産物の量は、反応による総ポリヌクレオチドに対する割合で表すことができ、キャッピング反応効率に相当する。ＬＣ−ＭＳによると、キャッピング反応効率の高いキャップ構造がより多いキャップ産物を示している。
実施例９：修飾ＲＮＡまたはＲＴ ＰＣＲ産物のアガロースゲル電気泳動
製造業者のプロトコルに従い、個々のＲＮＡポリヌクレオチド（２０μｌ容量中２００〜４００ｎｇ）または逆転写ＰＣＲ産物（２００〜４００ｎｇ）を非変性１．２％ Ａｇａｒｏｓｅ Ｅ−Ｇｅｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）上のウェル内へと充填して、１２〜１５分間泳動してもよい。
実施例１０：Ｎａｎｏｄｒｏｐによる修飾ＲＮＡの定量及びＵＶスペクトルデータ
ＴＥ緩衝液（１μｌ）中の化学修飾ＲＮＡポリヌクレオチドをＮａｎｏｄｒｏｐ ＵＶ吸光度計に用いて、化学合成またはインビトロ転写反応によるそれぞれのポリヌクレオチドの収量を定量する。
実施例１１：リピドイドを用いた修飾ｍＲＮＡの製剤化
ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドは、インビトロ実験で、細胞に加える前に、ポリヌクレオチドを一定の比率でリピドイドと混合することにより製剤化されてもよい。インビボ製剤化には、全身循環を促進させるための追加成分の添加が必要となり得る。これらリピドイドがインビボ効果に好適な粒子を形成する能力を試験するために、ｓｉＲＮＡ−リピドイド製剤に用いられる標準的な製剤化プロセスを基盤として用いてもよい。粒子の形成後、ポリヌクレオチドを加えて複合体を形成させる。標準的な色素排除アッセイを用いて封入効率を測定する。
実施例１２：ＨＰＶ免疫原性試験
本試験は、ＨＰＶ血清型６、１１、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６８、７３または８２から得たＨＰＶ Ｌ１タンパク質をコードする化学修飾または非修飾ｍＲＮＡポリヌクレオチドを含む候補ＨＰＶワクチンのマウスにおける免疫原性を試験するために設計されている。
候補ワクチンを用い、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）または皮膚内（ＩＤ）でマウスを免疫する。最大３回の免疫処置を３週間のインターバル（すなわち、０、３、６及び９週目に）で行い、３３〜５１週までそれぞれの免疫処置後に血清を採取する。ＨＰＶ Ｌ１タンパク質に対する血清抗体価をＥＬＩＳＡで測定する。
実施例１３：ＨＰＶ誘発
本試験は、ＨＰＶ血清型６、１１、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６８、７３または８２から得たＨＰＶ Ｌ１タンパク質をコードする化学修飾または非修飾ｍＲＮＡを含むＨＰＶワクチンを用いた致死誘発に対する候補ＨＰＶワクチンのモルモットにおける効果を試験するために設計されている。致死量のＨＰＶを用いて動物の免疫性試験を行う。
候補ＨＰＶワクチン（アジュバント含有及びアジュバント非含有）を用い、０週目及び３週目に、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）または皮膚内（ＩＤ）で動物を免疫する。その後、７週間目に、致死量のＨＰＶを用いてＩＶ、ＩＭまたはＩＤで動物の免疫性試験を行う。エンドポイントを感染後１３日、死亡または安楽死とする。＞３０％の体重減少、極度の昏睡または麻痺により確認される重篤な疾患を示す動物は安楽死させる。体温及び体重を毎日測定して記録する。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）製剤を用いる実験において、製剤は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を５０：１０：１．５：３８．５の比率で含んでいてもよい。例えば、カチオン性脂質はＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ（５０モル％）またはＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ（５０モル％）であり、非カチオン性脂質はＤＳＰＣ（１０モル％）であり、ＰＥＧ脂質はＰＥＧ−ＤＯＭＧ（１．５モル％）であり、また構造脂質はコレステロール（３８．５モル％）である。
ＨＰＶ誘発に対するＨＰＶワクチン候補の効果を、Ｇａｒｄａｓｉｌ（登録商標）（Ｈｕｍａｎ Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ Ｑｕａｄｒｉｖａｌｅｎｔ（Ｔｙｐｅｓ ６，１１，１６，ａｎｄ １８）Ｖａｃｃｉｎｅ，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ，Ｍｅｒｃｋ）による動物のワクチン接種効果と比較する。
実施例１４：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ免疫原性試験
本試験は、異なるＣｈｌａｍｙｄｉａ Ｃｔ０８９ｍＲＮＡワクチンを投与したＣ５７ＢＬ／６マウスの免疫原性を試験するために設計した。Ｃｔ０８９ｍＲＮＡタンパク質、Ｃｔ０８９ＮＧＭ ｍＲＮＡ（Ｎ−グリコシル化）タンパク質、または、ｒＣｔ０８９タンパク質（Ａｄｄｖａｘ中）と呼ばれる候補ワクチンを用い、筋肉内（ＩＭ）でマウス（ｎ＝１０）を免疫した。０日目及び２１日目（ブースト）に、５０μｌ容量中の２μｇまたは１０μｇ用量をマウスに投与した。使用したＭＣ３／ｍＲＮＡの濃度は、１０μｇ用量では０．２ｍｇ／ｍｌ、または、２μｇ用量では０．０４ｍｇ／ｍｌであった。血清を調製するため、３、２１及び３５日目にマウスの採血を行った。Ｅ．ｃｏｌｉ内で産生したｒＣｔ０８９を抗原として用いて、血清中の抗Ｃｔ０８９抗体価を測定した。２１日目及び３５日目に測定した抗体価を図４に示す。
天然Ｃｔ０８９ｍＲＮＡにおいて、良好なＩｇＧ価が検出された（単回用量後に現れ、第２の用量後にブースト）。低用量免疫化による用量滴定が観察されたが、２μｇ及び１０μｇ用量の両方で陽性価が認められた。１０μｇ Ｃｔ０８９ｍＲＮＡ反応は、１０μｇ ｒＣｔ０８９タンパク質対照を上回った。
Ｎ−グリコシル化変異体Ｃｔ０８９（Ｃｔ０８９ＮＧＭ）ｍＲＮＡもまた免疫原性であったが、わずかに弱かった。
Ｃｔ０８９は、有望なＣｔワクチン抗原候補である。Ｃｔ０８９は、哺乳動物細胞内で発現する際、Ｎ−グリコシル化及びＯ−グリコシル化の両方を示した。Ｃｔ０８９に観察される一定の広範囲にわたるグリコシル化において、哺乳動物細胞内におけるｍＲＮＡコード細菌タンパク質の哺乳動物型グリコシル化は、免疫エピトープを遮蔽しない、または免疫原性を阻害しないと思われる。
実施例１５：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓげっ歯類誘発
本試験は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、ＪまたはＫから得たＭＯＭＰをコードする化学修飾または非修飾ｍＲＮＡを含むＣｈｌａｍｙｄｉａワクチンを用いた致死誘発に対する候補Ｃｈｌａｍｙｄｉａワクチンのモルモットにおける効果を試験するために設計されている。致死量のＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを用いてマウスの免疫性試験を行う。
候補Ｃｈｌａｍｙｄｉａワクチン（アジュバント含有及びアジュバント非含有）を用い、０週目及び３週目に、膣内（ＩＧ）、筋肉内（ＩＭ）または皮膚内（ＩＤ）で動物を免疫する。その後、７週間目に、致死量のＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓを用いてＩＧ、ＩＭまたはＩＤ経路で動物の免疫性試験を行う。エンドポイントを感染後１３日、死亡または安楽死とする。＞３０％の体重減少、極度の昏睡または麻痺により確認される重篤な疾患を示す動物は安楽死させる。体温及び体重を毎日測定して記録する。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）製剤を用いる実験において、製剤は、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、ＰＥＧ脂質及び構造脂質を５０：１０：１．５：３８．５の比率で含んでいてもよい。例えば、カチオン性脂質はＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ（５０モル％）であり、非カチオン性脂質はＤＳＰＣ（１０モル％）であり、ＰＥＧ脂質はＰＥＧ−ＤＯＭＧ（１．５モル％）であり、また構造脂質はコレステロール（３８．５モル％）である。
実施例１６：候補ｍＲＮＡワクチン由来Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のインビトロ発現
本試験は、候補ｍＲＮＡワクチン由来Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のインビトロ発現を試験するために設計された。ＭＯＭＰ、Ｃｔ８７５、Ｃｔ８５８、Ｃｔ０８９、ＰｍＰＧ＿ｐｄ、Ｃｔ４６０、Ｃｔ６２２、Ｃｔａ１、Ｃｔ４４３またはＣｔ８１２ｐｄ＿Ｄをコードする候補ｍＲＮＡワクチンについて試験を行った。ＭＯＭＰをコードする候補ｍＲＮＡワクチンをＨｅｌａ細胞にトランスフェクションした。マウス抗ＭＯＭＰ抗体を用いてトランスフェクションＨｅｌａ細胞を染色することで、Ｈｅｌａ細胞内におけるＭＯＭＰの発現を免疫蛍光法で可視化した。蛍光顕微鏡画像は、抗ＭＯＭＰ抗体及びＨｅｌａ細胞の共存を示した（データは図示せず）。Ｃｔ８７５、Ｃｔ８５８、Ｃｔ０８９、ＰｍＰＧ＿ｐｄ、Ｃｔ４６０、Ｃｔ６２２、Ｃｔａ１、Ｃｔ４４３またはＣｔ８１２ｐｄ＿ＤをコードするｍＲＮＡワクチン構築物を、ＨＥＫ２９３Ｆ細胞にトランスフェクションした。トランスフェクションから２０時間後、細胞培養上清（濃縮または希釈）またはＨＥＫ２９３Ｆ細胞溶解物を回収して、抗原の発現をウェスタンブロットで解析した。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原をＨｉｓＸ６タグで標識した。マウス抗６ＸＨｉｓ抗体を一次抗体として用い、抗マウスＡｌ６４７抗体を二次抗体として用いた。細胞ＧＡＰＤＨもまた対照として検出した。ウサギ抗ＧＡＰＤＨ抗体を一次抗体として用い、抗ウサギＣｙ３抗体を二次抗体として用いた。ウェスタンブロットの結果を図１Ａ〜図１Ｂ、図２Ａ〜図２Ｂ、図３、及び表１４に示す。
本明細書に記載の配列それぞれは、化学修飾配列、または、修飾を含まない非修飾配列を包含する。
＊全てのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｍＲＮＡワクチンは、標準的な５´ＵＴＲ配列及び３´ＵＴＲ配列ならびにＧ５キャップを含有する。
５´ＵＴＲ：
ＴＣＡＡＧＣＴＴＴＴＧＧＡＣＣＣＴＣＧＴＡＣＡＧＡＡＧＣＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＡＡＴＡＡＧＡＧＡＧＡＡＡＡＧＡＡＧＡＧＴＡＡＧＡＡＧＡＡＡＴＡＴＡＡＧＡＧＣＣＡＣＣ（配列番号：２９５）
プロモーター配列を含まない５´ＵＴＲ：
ＧＧＧＡＡＡＴＡＡＧＡＧＡＧＡＡＡＡＧＡＡＧＡＧＴＡＡＧＡＡＧＡＡＡＴＡＴＡＡＧＡＧＣＣＡＣＣ（配列番号：２９６）
３´ＵＴＲ：
ＴＧＡＴＡＡＴＡＧＧＣＴＧＧＡＧＣＣＴＣＧＧＴＧＧＣＣＡＴＧＣＴＴＣＴＴＧＣＣＣＣＴＴＧＧＧＣＣＴＣＣＣＣＣＣＡＧＣＣＣＣＴＣＣＴＣＣＣＣＴＴＣＣＴＧＣＡＣＣＣＧＴＡＣＣＣＣＣＧＴＧＧＴＣＴＴＴＧＡＡＴＡＡＡＧＴＣＴＧＡＧＴＧＧＧＣＧＧＣ（配列番号：２９７）
＊全てのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｍＲＮＡワクチンは、標準的な５´ＵＴＲ配列及び３´ＵＴＲ配列ならびにＧ５キャップを含有する。
５´ＵＴＲ：
ＴＣＡＡＧＣＴＴＴＴＧＧＡＣＣＣＴＣＧＴＡＣＡＧＡＡＧＣＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＡＡＴＡＡＧＡＧＡＧＡＡＡＡＧＡＡＧＡＧＴＡＡＧＡＡＧＡＡＡＴＡＴＡＡＧＡＧＣＣＡＣＣ（配列番号：２９５）
プロモーター配列を含まない５´ＵＴＲ：
ＧＧＧＡＡＡＴＡＡＧＡＧＡＧＡＡＡＡＧＡＡＧＡＧＴＡＡＧＡＡＧＡＡＡＴＡＴＡＡＧＡＧＣＣＡＣＣ（配列番号：２９６）
３´ＵＴＲ：
ＴＧＡＴＡＡＴＡＧＧＣＴＧＧＡＧＣＣＴＣＧＧＴＧＧＣＣＡＴＧＣＴＴＣＴＴＧＣＣＣＣＴＴＧＧＧＣＣＴＣＣＣＣＣＣＡＧＣＣＣＣＴＣＣＴＣＣＣＣＴＴＣＣＴＧＣＡＣＣＣＧＴＡＣＣＣＣＣＧＴＧＧＴＣＴＴＴＧＡＡＴＡＡＡＧＴＣＴＧＡＧＴＧＧＧＣＧＧＣ（配列番号：２９７）
等価物
本明細書に記載の本開示の具体的な実施形態に対する多くの等価物について、当業者は理解し、または、通常の実験を行うだけで確認することが可能であろう。このような等価物は、以下の特許請求の範囲に包含されることを目的としている。
本明細書で開示する特許文献を含む全ての参照文献は、その全体が参照として組み込まれる。

Claims (103)

  1. 性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
    少なくとも１つのＳＴＤ抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、カチオン性脂質ナノ粒子で製剤化された、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
  2. 前記抗原ポリペプチドは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）及びＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドから選択される、請求項１に記載のＳＴＤワクチン。
  3. ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）ワクチンであって、
    少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのリボ核酸（ＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む、前記ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）ワクチン。
  4. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択され、任意選択的に、前記ＨＰＶ血清型は、ＨＰＶ血清型６、１１、１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６８、７３及び８２から選択される、請求項３に記載のワクチン。
  5. 前記ワクチンは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む、請求項３または請求項４に記載のワクチン。
  6. 前記ワクチンは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択される少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも２つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、前記オープンリーディングフレームの一方によりコードされる前記ＨＰＶ抗原ポリペプチドは、前記オープンリーディングフレームの他方によりコードされる前記ＨＰＶ抗原ポリペプチドとは異なる、請求項３から請求項５のいずれか１項に記載のワクチン。
  7. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、請求項３から請求項６のいずれか１項に記載のワクチン。
  8. 前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：１〜３０のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる、及び／または、前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：４３１〜４６１のいずれか１つにより識別される核酸配列を含む、請求項３から請求項７のいずれか１項に記載のワクチン。
  9. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項３から請求項８のいずれか１項に記載のワクチン。
  10. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して９５％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項３から請求項９のいずれか１項に記載のワクチン。
  11. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項３から請求項１０のいずれか１項に記載のワクチン。
  12. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１のアミノ酸配列に対して９０％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項３から請求項１１のいずれか１項に記載のワクチン。
  13. Ｃｈｌａｍｙｄｉａワクチンであって、
    少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのリボ核酸（ＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む、前記Ｃｈｌａｍｙｄｉａワクチン。
  14. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、主要外膜タンパク質（ＭＯＭＰ）またはその免疫原性断片であり、任意選択的に、血清型Ｈ、Ｆ、Ｅ、Ｄ、Ｉ、Ｇ、Ｊ及びＫから選択されるＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型を有する、請求項１３に記載のワクチン。
  15. 前記ワクチンは、血清型ＨのＭＯＭＰ、血清型ＦのＭＯＭＰ、血清型ＥのＭＯＭＰ、血清型ＤのＭＯＭＰ、血清型ＩのＭＯＭＰ、血清型ＧのＭＯＭＰ、血清型ＪのＭＯＭＰ及び血清型ＫのＭＯＭＰから選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む、請求項１３または請求項１４に記載のワクチン。
  16. 前記ワクチンは、血清型ＨのＭＯＭＰ、血清型ＦのＭＯＭＰ、血清型ＥのＭＯＭＰ、血清型ＤのＭＯＭＰ、血清型ＩのＭＯＭＰ、血清型ＧのＭＯＭＰ、血清型ＪのＭＯＭＰ及び血清型ＫのＭＯＭＰから選択される少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも２つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、前記オープンリーディングフレームの一方によりコードされる前記抗原ポリペプチドは、前記オープンリーディングフレームの他方によりコードされる前記抗原ポリペプチドとは異なる、請求項１３から請求項１５のいずれか１項に記載のワクチン。
  17. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、請求項１３から請求項１６のいずれか１項に記載のワクチン。
  18. 前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：６２〜６４または１８４〜２９４のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる、及び／または、前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：３１７〜４３０のいずれか１つにより識別される核酸配列を含む、請求項１３から請求項１７のいずれか１項に記載のワクチン。
  19. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項１３から請求項１８のいずれか１項に記載のワクチン。
  20. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して９５％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項１３から請求項１９のいずれか１項に記載のワクチン。
  21. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項１３から請求項２０のいずれか１項に記載のワクチン。
  22. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：６５〜１８３のアミノ酸配列に対して９０％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項１３から請求項２１のいずれか１項に記載のワクチン。
  23. 性感染症（ＳＴＤ）ワクチンであって、
    ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片、及び、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片から選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのリボ核酸（ＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む、前記性感染症（ＳＴＤ）ワクチン。
  24. 少なくとも１つのＨＰＶ抗原ポリペプチドは、ＨＰＶ Ｅ１タンパク質、ＨＰＶ Ｅ２タンパク質、ＨＰＶ Ｅ４タンパク質、ＨＰＶ Ｅ５タンパク質、ＨＰＶ Ｅ６タンパク質、ＨＰＶ Ｅ７タンパク質、ＨＰＶ Ｌ１タンパク質及びＨＰＶ Ｌ２タンパク質から選択される、及び／または、少なくとも１つのＨＳＶ抗原ポリペプチドは、糖タンパク質Ｂ、ＨＳＶ糖タンパク質Ｃ、ＨＳＶ糖タンパク質Ｄ、ＨＳＶ糖タンパク質Ｅ及びＨＳＶ（糖タンパク質Ｉ）から選択される、及び／または、少なくとも１つのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドは、ＭＯＭＰ抗原ポリペプチドである、請求項２３に記載のワクチン。
  25. 前記ワクチンは、ＨＰＶ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片、ＨＳＶ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片、及び、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片から選択される少なくとも２つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームを有する少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドを含む、請求項２３に記載のワクチン。
  26. 前記ワクチンは、ＨＰＶ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片、ＨＳＶ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片、及び、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片から選択される少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするオープンリーディングフレームをそれぞれが有する少なくとも２つのＲＮＡポリヌクレオチドを含み、前記オープンリーディングフレームの一方によりコードされる前記抗原ポリペプチドは、前記オープンリーディングフレームの他方によりコードされる前記抗原ポリペプチドとは異なる、請求項２３から請求項２５のいずれか１項に記載のワクチン。
  27. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１または６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、請求項２３から請求項２６のいずれか１項に記載のワクチン。
  28. 前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：１〜２８、６２〜６４または１８４〜２９４のいずれか１つにより識別される核酸配列によりコードされる、及び／または、前記少なくとも１つのＲＮＡポリペプチドは、配列番号：３１７〜３１９または３２０〜４６１のいずれか１つにより識別される核酸配列を含む、請求項２３から請求項２７のいずれか１項に記載のワクチン。
  29. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１または６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項２３から請求項２５のいずれか１項に記載のワクチン。
  30. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１または６５〜１８３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列に対して９５％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項２３から請求項２５のいずれか１項に記載のワクチン。
  31. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１または６５〜１８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項２３から請求項２５のいずれか１項に記載のワクチン。
  32. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、配列番号：３１〜６１または６５〜１８３のアミノ酸配列に対して９０％〜９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項２３から請求項２５のいずれか１項に記載のワクチン。
  33. 前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、野生型ｍＲＮＡ配列に対して８０％未満の同一性を有する、請求項１から請求項３２のいずれか１項に記載のワクチン。
  34. 少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、野生型ｍＲＮＡ配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するが野生型ｍＲＮＡ配列を含まない、請求項１から請求項３２のいずれか１項に記載のワクチン。
  35. 前記少なくとも１つの抗原ポリペプチドは、細胞受容体に結合して、ウイルス膜と細胞膜の融合を引き起こす、及び／または、感染細胞への前記ウイルスの結合に影響を与える膜融合活性を有する、請求項１から請求項３４のいずれか１項に記載のワクチン。
  36. 前記少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの化学修飾を含む、請求項１から請求項３５のいずれか１項に記載のワクチン。
  37. 前記化学修飾は、シュードウリジン、Ｎ１−メチルシュードウリジン、Ｎ１−エチルシュードウリジン、２−チオウリジン、４’−チオウリジン、５−メチルシトシン、５−メチルウリジン、２−チオ−１−メチル−１−デアザ−シュードウリジン、２−チオ−１−メチル−シュードウリジン、２−チオ−５−アザ−ウリジン、２−チオ−ジヒドロシュードウリジン、２−チオ−ジヒドロウリジン、２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−２−チオ−シュードウリジン、４−メトキシ−シュードウリジン、４−チオ−１−メチル−シュードウリジン、４−チオ−シュードウリジン、５−アザ−ウリジン、ジヒドロシュードウリジン、５−メトキシウリジン及び２’−Ｏ−メチルウリジンから選択される、請求項３６に記載のワクチン。
  38. 前記化学修飾は、前記ウラシルの５位にある、請求項３６または請求項３７に記載のワクチン。
  39. 前記化学修飾は、Ｎ１−メチルシュードウリジンまたはＮ１−エチルシュードウリジンである、請求項３６から請求項３８のいずれか１項に記載のワクチン。
  40. 前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの少なくとも８０％は、化学修飾を有する、請求項３６から請求項３９のいずれか１項に記載のワクチン。
  41. 前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの少なくとも９０％は、化学修飾を有する、請求項４０に記載のワクチン。
  42. 前記オープンリーディングフレーム内における前記ウラシルの１００％は、化学修飾を有する、請求項４１に記載のワクチン。
  43. 少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの５´末端キャップをさらにコードする、請求項１から請求項４２のいずれか１項に記載のワクチン。
  44. 前記５´末端キャップは７ｍＧ（５´）ｐｐｐ（５´）ＮｌｍｐＮｐである、請求項４３に記載のワクチン。
  45. 少なくとも１つの抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、ＨｕＩｇＧｋシグナルペプチド（ＭＥＴＰＡＱＬＬＦＬＬＬＬＷＬＰＤＴＴＧ；配列番号：３０４）、ＩｇＥ重鎖イプシロン−１シグナルペプチド（ＭＤＷＴＷＩＬＦＬＶＡＡＡＴＲＶＨＳ；配列番号：３０５）、日本脳炎ＰＲＭシグナル配列（ＭＬＧＳＮＳＧＱＲＶＶＦＴＩＬＬＬＬＶＡＰＡＹＳ；配列番号：３０６）、ＶＳＶｇタンパク質シグナル配列（ＭＫＣＬＬＹＬＡＦＬＦＩＧＶＮＣＡ；配列番号：３０７）、及び、日本脳炎ＪＥＶシグナル配列（ＭＷＬＶＳＬＡＩＶＴＡＣＡＧＡ；配列番号：３０８）から選択されるシグナルペプチドに融合する、請求項１から請求項４４のいずれか１項に記載のワクチン。
  46. 前記シグナルペプチドは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドのＮ末端に融合する、請求項４５に記載のワクチン。
  47. 前記シグナルペプチドは、少なくとも１つの抗原ポリペプチドのＣ末端に融合する、請求項４５に記載のワクチン。
  48. 前記抗原ポリペプチドまたはその免疫原性断片は、変異Ｎ−結合型グリコシル化部位を含む、請求項１から請求項４７のいずれか１項に記載のワクチン。
  49. ナノ粒子で製剤化された、請求項３から請求項４８のいずれか１項に記載のワクチン。
  50. 前記ナノ粒子は脂質ナノ粒子である、請求項４９に記載のワクチン。
  51. 前記ナノ粒子は５０〜２００ｎｍの平均粒径を有する、請求項１、請求項２、請求項５０または請求項５１に記載のワクチン。
  52. 前記脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、ＰＥＧ修飾脂質、ステロール及び非カチオン性脂質を含む、請求項１、請求項２、請求項５０または請求項５１に記載のワクチン。
  53. 前記脂質ナノ粒子担体は、約２０〜６０％のカチオン性脂質、０．５〜１５％のＰＥＧ修飾脂質、２５〜５５％のステロール、及び２５％の非カチオン性脂質のモル比を含む、請求項５２に記載のワクチン。
  54. 前記カチオン性脂質はイオン化カチオン性脂質であり、前記非カチオン性脂質は中性脂質であり、前記ステロールはコレステロールである、請求項５２または請求項５３に記載のワクチン。
  55. 前記カチオン性脂質は、２，２−ジリノレイル−４−ジメチルアミノエチル−［１，３］−ジオキソラン（ＤＬｉｎ−ＫＣ２−ＤＭＡ）、ジリノレイル−メチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ−ＭＣ３−ＤＭＡ）、及びジ（（Ｚ）−ノン−２−エン−１−イル）９−（（４−（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される、請求項５３または請求項５４のいずれか１項に記載のワクチン。
  56. 前記脂質ナノ粒子は、式（Ｉ）の化合物、任意選択的に、３、１８、２０、２５、２６、２９、３０、６０、１０８〜１１２、または１２２の化合物を含む、請求項１、請求項２、請求項５０から請求項５５のいずれか１項に記載のワクチン。
  57. 前記脂質ナノ粒子は式（ＩＩ）の化合物を含む、請求項１、請求項２、請求項５０から請求項５５のいずれか１項に記載のワクチン。
  58. 前記ナノ粒子は、０．４未満の多分散度の値を有する、請求項１から請求項５７のいずれか１項に記載のワクチン。
  59. 前記ナノ粒子は、中性ｐＨ値に正味の中性電荷を有する、請求項１から請求項５８のいずれか１項に記載のワクチン。
  60. アジュバントをさらに含む、請求項１から請求項５９のいずれか１項に記載のワクチン。
  61. 前記アジュバントは、フラジェリンタンパク質またはフラジェリンペプチドである、請求項６０に記載のワクチン。
  62. 前記フラジェリンタンパク質またはフラジェリンペプチドは、配列番号：３０１〜３０３のいずれか１つにより識別されるアミノ酸配列を含む、請求項６１に記載のワクチン。
  63. 前記オープンリーディングフレームはコドン最適化されている、請求項１から請求項６２のいずれか１項に記載のワクチン。
  64. 前記ワクチンは多価である、請求項１から請求項６３のいずれか１項に記載のワクチン。
  65. 抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で製剤化される、請求項１から請求項６４のいずれか１項に記載のワクチン。
  66. 対象内の免疫応答を誘導するための方法であって、前記方法は、請求項１から請求項６５のいずれか１項に記載の前記ワクチンを、前記対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で前記対象に投与することを含む、前記方法。
  67. 前記抗原特異的免疫応答は、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答を含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記対象は、単回用量の前記ワクチンを投与される、請求項６６または請求項６７に記載の方法。
  69. 前記対象は、ブースター用量の前記ワクチンを投与される、請求項６６または請求項６７に記載の方法。
  70. 前記ワクチンは、皮内注射または筋肉内注射により前記対象に投与される、請求項６６から請求項６９のいずれか１項に記載の方法。
  71. 前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも１対数だけ増加する、請求項６６から請求項７０のいずれか１項に記載の方法。
  72. 前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して１〜３対数だけ増加する、請求項６６から請求項７１のいずれか１項に記載の方法。
  73. 前記対象内で生じる前記抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して少なくとも２倍増加する、請求項６６から請求項７２のいずれか１項に記載の方法。
  74. 前記対象内で生じる前記抗抗原ポリペプチド抗体価は、対照と比較して２〜１０倍増加する、請求項６６から請求項７３のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記対照は、前記ウイルスに対するワクチンを投与されていない対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、請求項７１から請求項７４のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記対照は、前記ウイルスに対する弱毒生ワクチンまたは不活化ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、請求項７１から請求項７４のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記対照は、前記ウイルスに対する組換えタンパク質ワクチンまたは精製タンパク質ワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、請求項７１から請求項７４のいずれか１項に記載の方法。
  78. 前記対照は、前記ウイルスに対するＶＬＰワクチンを投与されている対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価である、請求項７１から請求項７４のいずれか１項に記載の方法。
  79. 前記有効量は、前記ウイルスに対する標準治療用量の組換えタンパク質ワクチンまたは精製タンパク質ワクチンの少なくとも２倍少ない用量に相当する用量であり、前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、前記ウイルスに対する標準治療用量の組換えタンパク質ワクチンまたは精製タンパク質ワクチンをそれぞれ投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である、請求項６６から請求項７８のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記有効量は、前記ウイルスに対する標準治療用量の弱毒生ワクチンまたは不活化ワクチンの少なくとも２倍少ない用量に相当する用量であり、前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、前記ウイルスに対する標準治療用量の弱毒生ワクチンまたは不活化ワクチンをそれぞれ投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である、請求項６６から請求項７８のいずれか１項に記載の方法。
  81. 前記有効量は、前記ウイルスに対する標準治療用量のＶＬＰワクチンの少なくとも２倍少ない用量に相当する用量であり、前記対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価は、前記ウイルスに対する標準治療用量のＶＬＰワクチンを投与した対照対象内で生じる抗抗原ポリペプチド抗体価と同等である、請求項６６から請求項７８のいずれか１項に記載の方法。
  82. 前記有効量は、５０μｇ〜１０００μｇの総用量である、請求項６６から請求項８１のいずれか１項に記載の方法。
  83. 前記有効量は、前記対象に合計２回で投与される、２５μｇ、１００μｇ、４００μｇまたは５００μｇの用量である、請求項８２に記載の方法。
  84. 前記ウイルスに対する前記ワクチンの効果は６５％超である、請求項６６から請求項８３のいずれか１項に記載の方法。
  85. 前記ワクチンは、前記対象を前記ウイルスに対して最大２年間免疫する、請求項６６から請求項８４のいずれか１項に記載の方法。
  86. 前記ワクチンは、前記対象を前記ウイルスに対して２年間超免疫する、請求項６６から請求項８４のいずれか１項に記載の方法。
  87. 前記対象は約１２歳〜約５０歳の年齢である、請求項６６から請求項８６のいずれか１項に記載の方法。
  88. 前記対象は前記ウイルスに曝されている、前記対象は前記ウイルスに感染している、または、前記対象は前記ウイルスに感染するリスクがある、請求項６６から請求項８７のいずれか１項に記載の方法。
  89. 前記対象は免疫不全状態である、請求項６６から請求項８８のいずれか１項に記載の方法。
  90. 対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法に用いる請求項１から請求項６５のいずれか１項に記載のワクチンであって、前記方法は、前記対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で前記ワクチンを前記対象に投与することを含む、前記ワクチン。
  91. 対象内の抗原特異的免疫応答を誘導するための方法に用いる薬物の製造における請求項１から請求項６５のいずれか１項に記載のワクチンの使用であって、前記方法は、前記対象内の抗原特異的免疫応答を引き起こすのに有効な量で前記ワクチンを前記対象に投与することを含む、前記使用。
  92. 請求項１から請求項６５のいずれか１項に記載のワクチンの少なくとも１つのＲＮＡポリヌクレオチドをコードする遺伝子改変核酸。
  93. 性感染症抗原をコードする有効量のｍＲＮＡを含む、対象のワクチン接種に用いる医薬組成物であって、
    前記有効量は、投与後１〜７２時間における前記対象の血清を用いて測定する際、検出可能な抗原濃度をもたらすのに十分である、前記医薬組成物。
  94. 前記抗原のカットオフインデックスは１〜２である、請求項９３に記載の組成物。
  95. 性感染症抗原をコードする有効量のｍＲＮＡを含む、対象のワクチン接種に用いる医薬組成物であって、
    前記有効量は、投与後１〜７２時間における前記対象の血清を用いて測定する際、前記抗原に対する中和抗体によりもたらされる１，０００〜１０，０００の中和力価を示すのに十分である、前記医薬組成物。
  96. 式（Ｉ）の化合物、
    、または塩もしくはその異性体を含む脂質ナノ粒子で製剤化された、性感染症抗原をコードするｍＲＮＡを含むワクチンであって、式中、
    Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
    Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
    Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、炭素環、複素環、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ及び−Ｃ（Ｒ）Ｎ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲから選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、
    それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
    Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
    Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
    それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
    ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択される、
    前記ワクチン。
  97. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、Ｒ４が−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲまたは−ＣＱ（Ｒ）２であるとき、（ｉ）ｎが１、２、３、４または５の場合、Ｑは−Ｎ（Ｒ）２ではない化合物、または、（ｉｉ）ｎが１または２の場合、Ｑは５、６または７員環ヘテロシクロアルキルではない化合物を含む、請求項９６に記載のワクチン。
  98. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、化合物、
    Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
    Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
    Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、Ｃ３−６炭素環、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環ヘテロアリール、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＣＲＮ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ、ならびに、オキソ（＝Ｏ）、ＯＨ、アミノ、モノまたはジアルキルアミノ及びＣ１−３アルキルから選択される１個または複数個の置換基で置換されたＮ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環ヘテロシクロアルキルから選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、
    それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
    Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
    Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
    それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
    ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
    または塩もしくはその異性体を含む、請求項９６に記載のワクチン。
  99. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、化合物、
    Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
    Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
    Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、Ｃ３−６炭素環、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環複素環、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＣＲＮ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ及び−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２から選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、Ｑが５〜１４員環複素環、また（ｉ）Ｒ４が、ｎは１または２である−（ＣＨ２）ｎＱ、（ｉｉ）Ｒ４が、ｎは１である−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、または（ｉｉｉ）Ｒ４が−ＣＨＱＲ及び−ＣＱ（Ｒ）２であるとき、Ｑは、５〜１４員環ヘテロアリールまたは８〜１４員環ヘテロシクロアルキルのいずれかであり、
    それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
    Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
    Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
    それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
    ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
    または塩もしくはその異性体を含む、請求項９６に記載のワクチン。
  100. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、化合物、
    Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
    Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
    Ｒ４は、Ｃ３−６炭素環、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ、−ＣＱ（Ｒ）２及び非置換Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、式中、Ｑは、Ｃ３−６炭素環、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１個または複数個のヘテロ原子を有する５〜１４員環ヘテロアリール、−ＯＲ、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮ（Ｒ）２、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ、−ＣＸ３、−ＣＸ２Ｈ、−ＣＸＨ２、−ＣＮ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＣＲＮ（Ｒ）２Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＲ、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（ＯＲ）Ｃ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）ＯＲ及び−Ｃ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２から選択され、それぞれのｎは、１、２、３、４及び５から独立して選択され、
    それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
    Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
    Ｒ８は、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    Ｒ９は、Ｈ、ＣＮ、ＮＯ２、Ｃ１−６アルキル、−ＯＲ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）２、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６炭素環及び複素環からなる群から選択され、
    それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ２−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
    それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
    ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
    または塩もしくはその異性体を含む、請求項９６に記載のワクチン。
  101. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、化合物、
    Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
    Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ２−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
    Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎＱまたは−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲであり、式中、Ｑは−Ｎ（Ｒ）２であり、ｎは、３、４及び５から選択され、
    それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
    Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
    それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ１−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
    それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
    ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
    または塩もしくはその異性体を含む、請求項９６に記載のワクチン。
  102. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、化合物、
    Ｒ１は、Ｃ５−３０アルキル、Ｃ５−２０アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ’’Ｍ’Ｒ’からなる群から選択され、
    Ｒ２及びＲ３は、Ｃ１−１４アルキル、Ｃ２−１４アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及び−Ｒ＊ＯＲ’’からなる群から独立して選択され、または、Ｒ２及びＲ３は、それらが結合している原子と共に複素環または炭素環を形成し、
    Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎＱ、−（ＣＨ２）ｎＣＨＱＲ、−ＣＨＱＲ及び−ＣＱ（Ｒ）２からなる群から選択され、式中、Ｑは−Ｎ（Ｒ）２であり、ｎは、１、２、３、４及び５から選択され、
    それぞれのＲ５は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ６は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）Ｓ−、−ＳＣ（Ｓ）−、−ＣＨ（ＯＨ）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、
    Ｒ７は、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から選択され、
    それぞれのＲは、Ｃ１−３アルキル、Ｃ２−３アルケニル及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’は、Ｃ１−１８アルキル、Ｃ２−１８アルケニル、−Ｒ＊ＹＲ’’、−ＹＲ’’及びＨからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ’’は、Ｃ３−１４アルキル及びＣ３−１４アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＲ＊は、Ｃ１−１２アルキル及びＣ１−１２アルケニルからなる群から独立して選択され、
    それぞれのＹは、独立してＣ３−６炭素環であり、
    それぞれのＸは、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ及びＩからなる群から独立して選択され、
    ｍは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２及び１３から選択され、
    または塩もしくはその異性体を含む、請求項９６に記載のワクチン。
  103. 式（Ｉ）の化合物のサブセットは、式（ＩＡ）の化合物、
    、または塩もしくはその異性体を含み、式中、ｌは、１、２、３、４及び５から選択され、ｍは、５、６、７、８及び９から選択され、Ｍ１は結合またはＭ’であり、Ｒ４は、非置換Ｃ１−３アルキルまたは−（ＣＨ２）ｎＱであり、式中、Ｑは、ＯＨ、−ＮＨＣ（Ｓ）Ｎ（Ｒ）２、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｓ（Ｏ）２Ｒ、−Ｎ（Ｒ）Ｒ８、−ＮＨＣ（＝ＮＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＮＨＣ（＝ＣＨＲ９）Ｎ（Ｒ）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、−Ｎ（Ｒ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ、ヘテロアリールまたはヘテロシクロアルキルであり、Ｍ及びＭ’は、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ’）Ｏ−、−Ｓ−Ｓ−、アリール基及びヘテロアリール基から独立して選択され、Ｒ２及びＲ３は、Ｈ、Ｃ１−１４アルキル及びＣ２−１４アルケニルからなる群から独立して選択される、請求項９６に記載のワクチン。
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