JP2018521640A - 融合タンパク質を合成するための方法および製品 - Google Patents
融合タンパク質を合成するための方法および製品 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018521640A JP2018521640A JP2017563189A JP2017563189A JP2018521640A JP 2018521640 A JP2018521640 A JP 2018521640A JP 2017563189 A JP2017563189 A JP 2017563189A JP 2017563189 A JP2017563189 A JP 2017563189A JP 2018521640 A JP2018521640 A JP 2018521640A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- peptide linker
- protein
- seq
- peptide
- amino acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 title claims abstract description 280
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 title claims abstract description 279
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 144
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 title description 9
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 965
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 593
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 591
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 53
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 52
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 52
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 claims abstract description 35
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 claims abstract description 35
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims abstract description 23
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 14
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 claims description 572
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims description 184
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 107
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N aspartic acid group Chemical group N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 claims description 96
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 78
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 78
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 66
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 claims description 62
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 claims description 62
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 61
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims description 52
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 42
- 125000000613 asparagine group Chemical group N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)* 0.000 claims description 38
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 claims description 36
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 claims description 36
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 claims description 33
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 claims description 29
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 claims description 29
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 claims description 22
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 claims description 21
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 21
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 21
- -1 isopeptide bond Proteins 0.000 claims description 20
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 20
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 18
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 claims description 17
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 12
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 9
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 claims description 8
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 claims description 6
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 5
- 125000000341 threoninyl group Chemical group [H]OC([H])(C([H])([H])[H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims description 4
- 125000000741 isoleucyl group Chemical group [H]N([H])C(C(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[H])C(=O)O* 0.000 claims description 3
- 125000001500 prolyl group Chemical group [H]N1C([H])(C(=O)[*])C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 claims description 3
- 230000014616 translation Effects 0.000 abstract description 10
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 abstract description 8
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 abstract description 3
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 abstract description 3
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 630
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 49
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 38
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 37
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 34
- 235000018977 lysine Nutrition 0.000 description 33
- 101710175625 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein Proteins 0.000 description 31
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 31
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 28
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 27
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 26
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 26
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 25
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 24
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 23
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 23
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 23
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 23
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 21
- 239000003656 tris buffered saline Substances 0.000 description 21
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 20
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 19
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 18
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 17
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 17
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 17
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 17
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 17
- 230000006870 function Effects 0.000 description 16
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 14
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 14
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 14
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 14
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 13
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 13
- UYPYRKYUKCHHIB-UHFFFAOYSA-N trimethylamine N-oxide Chemical group C[N+](C)(C)[O-] UYPYRKYUKCHHIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 12
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 12
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 12
- 229960002160 maltose Drugs 0.000 description 12
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 11
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 11
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 11
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 11
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 11
- 101100409953 Drosophila melanogaster Psc gene Proteins 0.000 description 10
- 101100270594 Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) aroA gene Proteins 0.000 description 10
- 238000006664 bond formation reaction Methods 0.000 description 10
- 230000008859 change Effects 0.000 description 10
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 10
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 10
- 229920000856 Amylose Polymers 0.000 description 9
- 101710192606 Latent membrane protein 2 Proteins 0.000 description 9
- 101710109576 Terminal protein Proteins 0.000 description 9
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 9
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 8
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 8
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 8
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 7
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 description 7
- 239000000047 product Substances 0.000 description 7
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 7
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 6
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 6
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 6
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 6
- 108020001580 protein domains Proteins 0.000 description 6
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 6
- AXAVXPMQTGXXJZ-UHFFFAOYSA-N 2-aminoacetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol Chemical compound NCC(O)=O.OCC(N)(CO)CO AXAVXPMQTGXXJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108010006519 Molecular Chaperones Proteins 0.000 description 5
- 108010048586 SpyCatcher peptide Proteins 0.000 description 5
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 5
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 5
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 5
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 5
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 5
- 230000002427 irreversible effect Effects 0.000 description 5
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 5
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 5
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide Chemical compound CCN=C=NCCCN(C)C LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 108010000916 Fimbriae Proteins Proteins 0.000 description 4
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 4
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 4
- 108010092505 SpyTag peptide Proteins 0.000 description 4
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 4
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 4
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 4
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 4
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 4
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 238000003541 multi-stage reaction Methods 0.000 description 4
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 4
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 4
- DLZKEQQWXODGGZ-KCJUWKMLSA-N 2-[[(2r)-2-[[(2s)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]propanoyl]amino]acetic acid Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 DLZKEQQWXODGGZ-KCJUWKMLSA-N 0.000 description 3
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 3
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 3
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 3
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 3
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 3
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 3
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 3
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 3
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 3
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 3
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 3
- 125000005392 carboxamide group Chemical group NC(=O)* 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 3
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 3
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 3
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 3
- 108010037896 heparin-binding hemagglutinin Proteins 0.000 description 3
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 3
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 3
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 3
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 238000003498 protein array Methods 0.000 description 3
- 235000004252 protein component Nutrition 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 3
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 3
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 3
- CKAJHWFHHFSCDT-WHFBIAKZSA-N Asp-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O CKAJHWFHHFSCDT-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 2
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 description 2
- SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N Glutaraldehyde Chemical compound O=CCCCC=O SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010042653 IgA receptor Proteins 0.000 description 2
- 102000016844 Immunoglobulin-like domains Human genes 0.000 description 2
- 108050006430 Immunoglobulin-like domains Proteins 0.000 description 2
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical group SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- JPNRPAJITHRXRH-BQBZGAKWSA-N Lys-Asn Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O JPNRPAJITHRXRH-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- 108700020482 Maltose-Binding protein Proteins 0.000 description 2
- PYUSHNKNPOHWEZ-YFKPBYRVSA-N N-formyl-L-methionine Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC=O PYUSHNKNPOHWEZ-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 2
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 2
- 102100034014 Prolyl 3-hydroxylase 3 Human genes 0.000 description 2
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N Sodium azide Chemical compound [Na+].[N-]=[N+]=[N-] PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000005392 Spasm Diseases 0.000 description 2
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 description 2
- KKEYFWRCBNTPAC-UHFFFAOYSA-N Terephthalic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 KKEYFWRCBNTPAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108060008539 Transglutaminase Proteins 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 2
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 2
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 2
- 230000006287 biotinylation Effects 0.000 description 2
- 238000007413 biotinylation Methods 0.000 description 2
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 2
- 230000005465 channeling Effects 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 2
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 2
- 238000007306 functionalization reaction Methods 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000001641 gel filtration chromatography Methods 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000004554 glutamine Nutrition 0.000 description 2
- RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N glutathione Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 2
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 2
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 108700041430 link Proteins 0.000 description 2
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000012743 protein tagging Effects 0.000 description 2
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 2
- 238000007363 ring formation reaction Methods 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 239000002002 slurry Substances 0.000 description 2
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 2
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 2
- 238000000547 structure data Methods 0.000 description 2
- XOAAWQZATWQOTB-UHFFFAOYSA-N taurine Chemical compound NCCS(O)(=O)=O XOAAWQZATWQOTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007970 thio esters Chemical group 0.000 description 2
- 230000036962 time dependent Effects 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 102000003601 transglutaminase Human genes 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 2
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 2
- JWDFQMWEFLOOED-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-(pyridin-2-yldisulfanyl)propanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSSC1=CC=CC=N1 JWDFQMWEFLOOED-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003088 (fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- WNDKIGQUFDOYIB-UHFFFAOYSA-N 1-hydroxypyrrolidine-2,5-dione;propanoic acid Chemical compound CCC(O)=O.ON1C(=O)CCC1=O WNDKIGQUFDOYIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003923 2,5-pyrrolediones Chemical class 0.000 description 1
- SXGZJKUKBWWHRA-UHFFFAOYSA-N 2-(N-morpholiniumyl)ethanesulfonate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)CC[NH+]1CCOCC1 SXGZJKUKBWWHRA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CQWXKASOCUAEOW-UHFFFAOYSA-N 2-[2-(carboxymethoxy)ethoxy]acetic acid Chemical compound OC(=O)COCCOCC(O)=O CQWXKASOCUAEOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SJBOEHIKNDEHHO-UHFFFAOYSA-N 2-[2-aminoethyl(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound NCCN(CC(O)=O)CC(O)=O SJBOEHIKNDEHHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4,6-dichloropyrimidine-5-carbaldehyde Chemical group NC1=NC(Cl)=C(C=O)C(Cl)=N1 GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PATSVSPWVRVHIT-UHFFFAOYSA-N 2-aminoacetic acid;butanedioic acid;phosphoric acid Chemical compound NCC(O)=O.OP(O)(O)=O.OC(=O)CCC(O)=O PATSVSPWVRVHIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NEAQRZUHTPSBBM-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxy-3,3-dimethyl-7-nitro-4h-isoquinolin-1-one Chemical compound C1=C([N+]([O-])=O)C=C2C(=O)N(O)C(C)(C)CC2=C1 NEAQRZUHTPSBBM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZILQRIKYRNQQDE-UHFFFAOYSA-N 4-(2-piperidin-4-ylethyl)piperidine Chemical compound C1CNCCC1CCC1CCNCC1 ZILQRIKYRNQQDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ALYNCZNDIQEVRV-UHFFFAOYSA-N 4-aminobenzoic acid Chemical compound NC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 ALYNCZNDIQEVRV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GZVHQYZRBCSHAI-UHFFFAOYSA-N 5-oxopyrrolidine-3-carboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1CNC(=O)C1 GZVHQYZRBCSHAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 241000193755 Bacillus cereus Species 0.000 description 1
- 241001264766 Callistemon Species 0.000 description 1
- 102100033620 Calponin-1 Human genes 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 1
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 1
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 1
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 1
- 241000186227 Corynebacterium diphtheriae Species 0.000 description 1
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 1
- 241000192700 Cyanobacteria Species 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000000638 D-biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011665 D-biotin Substances 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 description 1
- 238000005698 Diels-Alder reaction Methods 0.000 description 1
- 108010016626 Dipeptides Proteins 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 241000672609 Escherichia coli BL21 Species 0.000 description 1
- 241000620209 Escherichia coli DH5[alpha] Species 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 1
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 108010024636 Glutathione Proteins 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 101000945318 Homo sapiens Calponin-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000652736 Homo sapiens Transgelin Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N L-Ornithine Chemical compound NCCC[C@H](N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710082149 Major fimbrial subunit Proteins 0.000 description 1
- PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N Maleimide Chemical compound O=C1NC(=O)C=C1 PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010026749 Mania Diseases 0.000 description 1
- 201000009906 Meningitis Diseases 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 1
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 1
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 description 1
- 102000036675 Myoglobin Human genes 0.000 description 1
- 108010062374 Myoglobin Proteins 0.000 description 1
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010029719 Nonspecific reaction Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- DKXNBNKWCZZMJT-UHFFFAOYSA-N O4-alpha-D-Mannopyranosyl-D-mannose Natural products O=CC(O)C(O)C(C(O)CO)OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O DKXNBNKWCZZMJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N Orn-delta-NH2 Natural products NCCCC(N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N Ornithine Natural products OC(=O)C(C)CCCN UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000029797 Prion Human genes 0.000 description 1
- 108091000054 Prion Proteins 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940124158 Protease/peptidase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010015521 Staphylococcus aureus adhesin Proteins 0.000 description 1
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 1
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 description 1
- 241000194026 Streptococcus gordonii Species 0.000 description 1
- 241000194046 Streptococcus intermedius Species 0.000 description 1
- 241000194019 Streptococcus mutans Species 0.000 description 1
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012505 Superdex™ Substances 0.000 description 1
- 108010076818 TEV protease Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- DPOPAJRDYZGTIR-UHFFFAOYSA-N Tetrazine Chemical compound C1=CN=NN=N1 DPOPAJRDYZGTIR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 description 1
- 208000007536 Thrombosis Diseases 0.000 description 1
- 108010034949 Thyroglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102000009843 Thyroglobulin Human genes 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 1
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- 229930003779 Vitamin B12 Natural products 0.000 description 1
- GKXVJHDEWHKBFH-UHFFFAOYSA-N [2-(aminomethyl)phenyl]methanamine Chemical compound NCC1=CC=CC=C1CN GKXVJHDEWHKBFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N acetic acid Substances CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 101150063416 add gene Proteins 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- 150000001335 aliphatic alkanes Chemical class 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 229960004050 aminobenzoic acid Drugs 0.000 description 1
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 1
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-L aspartate group Chemical group N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)[O-] CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-L 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical group [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- NXVYSVARUKNFNF-UHFFFAOYSA-N bis(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 2,3-dihydroxybutanedioate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)C(O)C(O)C(=O)ON1C(=O)CCC1=O NXVYSVARUKNFNF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VYLDEYYOISNGST-UHFFFAOYSA-N bissulfosuccinimidyl suberate Chemical compound O=C1C(S(=O)(=O)O)CC(=O)N1OC(=O)CCCCCCC(=O)ON1C(=O)C(S(O)(=O)=O)CC1=O VYLDEYYOISNGST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003139 buffering effect Effects 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- XQPRBTXUXXVTKB-UHFFFAOYSA-M caesium iodide Chemical compound [I-].[Cs+] XQPRBTXUXXVTKB-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 150000001735 carboxylic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000012412 chemical coupling Methods 0.000 description 1
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- AGVAZMGAQJOSFJ-WZHZPDAFSA-M cobalt(2+);[(2r,3s,4r,5s)-5-(5,6-dimethylbenzimidazol-1-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] [(2r)-1-[3-[(1r,2r,3r,4z,7s,9z,12s,13s,14z,17s,18s,19r)-2,13,18-tris(2-amino-2-oxoethyl)-7,12,17-tris(3-amino-3-oxopropyl)-3,5,8,8,13,15,18,19-octamethyl-2 Chemical compound [Co+2].N#[C-].[N-]([C@@H]1[C@H](CC(N)=O)[C@@]2(C)CCC(=O)NC[C@@H](C)OP(O)(=O)O[C@H]3[C@H]([C@H](O[C@@H]3CO)N3C4=CC(C)=C(C)C=C4N=C3)O)\C2=C(C)/C([C@H](C\2(C)C)CCC(N)=O)=N/C/2=C\C([C@H]([C@@]/2(CC(N)=O)C)CCC(N)=O)=N\C\2=C(C)/C2=N[C@]1(C)[C@@](C)(CC(N)=O)[C@@H]2CCC(N)=O AGVAZMGAQJOSFJ-WZHZPDAFSA-M 0.000 description 1
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 1
- 230000009918 complex formation Effects 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 125000000332 coumarinyl group Chemical group O1C(=O)C(=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 230000037029 cross reaction Effects 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 238000006352 cycloaddition reaction Methods 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003398 denaturant Substances 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000011026 diafiltration Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- GYZLOYUZLJXAJU-UHFFFAOYSA-N diglycidyl ether Chemical compound C1OC1COCC1CO1 GYZLOYUZLJXAJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZLFRJHOBQVVTOJ-UHFFFAOYSA-N dimethyl hexanediimidate Chemical compound COC(=N)CCCCC(=N)OC ZLFRJHOBQVVTOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- AFOSIXZFDONLBT-UHFFFAOYSA-N divinyl sulfone Chemical compound C=CS(=O)(=O)C=C AFOSIXZFDONLBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 238000000132 electrospray ionisation Methods 0.000 description 1
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002118 epoxides Chemical class 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- AEOCXXJPGCBFJA-UHFFFAOYSA-N ethionamide Chemical compound CCC1=CC(C(N)=S)=CC=N1 AEOCXXJPGCBFJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002270 exclusion chromatography Methods 0.000 description 1
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 102000034287 fluorescent proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006047 fluorescent proteins Proteins 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 102000034238 globular proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005896 globular proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-L glutamate group Chemical group N[C@@H](CCC(=O)[O-])C(=O)[O-] WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-L 0.000 description 1
- 229960002743 glutamine Drugs 0.000 description 1
- 229960003180 glutathione Drugs 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000002949 hemolytic effect Effects 0.000 description 1
- HYQBVSXBLGKEDT-UHFFFAOYSA-N hexane-1,4-diamine Chemical compound CCC(N)CCCN HYQBVSXBLGKEDT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 229940042795 hydrazides for tuberculosis treatment Drugs 0.000 description 1
- 125000001183 hydrocarbyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000017 hydrogel Substances 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 description 1
- 230000016507 interphase Effects 0.000 description 1
- 230000006662 intracellular pathway Effects 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000012948 isocyanate Substances 0.000 description 1
- 150000002513 isocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 1
- 230000009916 joint effect Effects 0.000 description 1
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 1
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 1
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 1
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- 230000005389 magnetism Effects 0.000 description 1
- 150000002692 maltoses Chemical class 0.000 description 1
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 125000000250 methylamino group Chemical group [H]N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- MGJXBDMLVWIYOQ-UHFFFAOYSA-N methylazanide Chemical compound [NH-]C MGJXBDMLVWIYOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 1
- 238000007857 nested PCR Methods 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 238000003499 nucleic acid array Methods 0.000 description 1
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 1
- 229960003104 ornithine Drugs 0.000 description 1
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011236 particulate material Substances 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- UCUUFSAXZMGPGH-UHFFFAOYSA-N penta-1,4-dien-3-one Chemical class C=CC(=O)C=C UCUUFSAXZMGPGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N phenylmethyl ester of formic acid Natural products O=COCC1=CC=CC=C1 UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NMHMNPHRMNGLLB-UHFFFAOYSA-N phloretic acid Chemical compound OC(=O)CCC1=CC=C(O)C=C1 NMHMNPHRMNGLLB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 229920000768 polyamine Polymers 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 239000002861 polymer material Substances 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 150000003141 primary amines Chemical class 0.000 description 1
- QLNJFJADRCOGBJ-UHFFFAOYSA-N propionamide Chemical compound CCC(N)=O QLNJFJADRCOGBJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940080818 propionamide Drugs 0.000 description 1
- 230000004853 protein function Effects 0.000 description 1
- 230000006916 protein interaction Effects 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 230000002787 reinforcement Effects 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012146 running buffer Substances 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 150000003335 secondary amines Chemical class 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 125000003607 serino group Chemical group [H]N([H])[C@]([H])(C(=O)[*])C(O[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 238000002764 solid phase assay Methods 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000013112 stability test Methods 0.000 description 1
- 238000012430 stability testing Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 108010051423 streptavidin-agarose Proteins 0.000 description 1
- JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate Chemical compound C1CC(CN2C(C=CC2=O)=O)CCC1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229960003080 taurine Drugs 0.000 description 1
- 230000002277 temperature effect Effects 0.000 description 1
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 description 1
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 description 1
- 229960002175 thyroglobulin Drugs 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000003146 transient transfection Methods 0.000 description 1
- 230000001960 triggered effect Effects 0.000 description 1
- 238000005199 ultracentrifugation Methods 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 description 1
- 229930195735 unsaturated hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 1
- 125000002987 valine group Chemical group [H]N([H])C([H])(C(*)=O)C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229920002554 vinyl polymer Polymers 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 239000011715 vitamin B12 Substances 0.000 description 1
- 235000019163 vitamin B12 Nutrition 0.000 description 1
- 238000002424 x-ray crystallography Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/315—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci
- C07K14/3156—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci from Streptococcus pneumoniae (Pneumococcus)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/315—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
- C07K1/04—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length on carriers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P21/00—Preparation of peptides or proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
- C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
- C40B40/10—Libraries containing peptides or polypeptides, or derivatives thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/90—Fusion polypeptide containing a motif for post-translational modification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pulmonology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
Description
a)第1のタンパク質と第2のタンパク質とを、これらのタンパク質間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることであって、該第1のタンパク質および該第2のタンパク質は、いずれもペプチドリンカーを含み、これらのペプチドリンカーは、(互いに)反応することによって、該第1のタンパク質を該第2のタンパク質に結合して結合タンパク質とするイソペプチド結合を形成するペプチドリンカー対である、第1のタンパク質と第2のタンパク質とを接触させることと、
b)前記(a)の結合タンパク質と第3のタンパク質とを、該第3のタンパク質と該結合タンパク質との間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることであって、該第3のタンパク質は、(a)の結合タンパク質のさらなるペプチドリンカーと反応するペプチドリンカーを含み、これらのペプチドリンカーは、(互いに)反応することによって、該第3のタンパク質を該結合タンパク質に結合して融合タンパク質とするイソペプチド結合を形成するペプチドリンカー対である、前記(a)の結合タンパク質と第3のタンパク質とを接触させることと、を含む、方法であって、
(a)の、または(a)において用いられる該ペプチドリンカー対は、(b)の、または(b)において用いられる前記ペプチドリンカー対に対して直交している、方法である。
a)第1のペプチドリンカーを含む第1のタンパク質を提供することと、
b)該第1のタンパク質と、第2のペプチドリンカーおよび第3のペプチドリンカーを含む第2のタンパク質とを、該第1のペプチドリンカーと該第2のペプチドリンカーとの間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させ、それによって該第1のタンパク質と該第2のタンパク質とを結合することと、
c)該結合された第1のタンパク質および第2のタンパク質と、第4のペプチドリンカーを含む第3のタンパク質とを、該第3のペプチドリンカーと該第4のペプチドリンカーがイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させ、それによって該第2のタンパク質と該第3のタンパク質とを結合して融合タンパク質を形成することと、を含む、方法であって、
該第1のペプチドリンカーと該第2のペプチドリンカーとが、該第3のペプチドリンカーと該第4のペプチドリンカーとからなるペプチドリンカー対に対して直交するペプチドリンカー対である、方法である。
a)第1のタンパク質と第2のタンパク質とを、これらのタンパク質間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることであって、該第1のタンパク質および該第2のタンパク質は、いずれもペプチドリンカーを含み、これらのペプチドリンカーは、(互いに)反応することによって、該第1のタンパク質を該第2のタンパク質に結合して結合タンパク質とするイソペプチド結合を形成するペプチドリンカー対である、第1のタンパク質と第2のタンパク質とを接触させることと、
b)前記(a)の結合タンパク質と第3のタンパク質とを、該第3のタンパク質と該結合タンパク質との間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることであって、該第3のタンパク質は、(a)の結合タンパク質のさらなるペプチドリンカーと反応するペプチドリンカーを含み、これらのペプチドリンカーは、(互いに)反応することによって、該第3のタンパク質を該結合タンパク質に結合して融合タンパク質とするイソペプチド結合を形成するペプチドリンカー対である、前記(a)の結合タンパク質と第3のタンパク質とを接触させることと、を含む、方法であって
(a)の該ペプチドリンカー対は、(b)の前記ペプチドリンカー対に対して直交しており、
前記結合タンパク質の前記さらなるペプチドリンカーは、ブロッキング基を含み、該第3のタンパク質と該結合タンパク質との間にイソペプチド結合を形成することができる条件は、前記結合タンパク質を処理して前記ブロッキング基を除去することを含む、方法である。
(i)配列番号1に示すアミノ酸配列、または配列番号1に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含む、配列、あるいは
(ii)配列番号2に示すアミノ酸配列、または配列番号2に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、55位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、94位にスレオニン残基を含み、100位にグリシン残基を含み、106位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列、
を有する、ペプチドリンカーである。
(i)配列番号5に示すアミノ酸配列、または配列番号5に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列、あるいは
(ii)配列番号6に示すアミノ酸配列、または配列番号6に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にリジン残基を含む、配列、
を有する、ペプチドリンカーである。
(i)配列番号9に示すアミノ酸配列、または配列番号9に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、17位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列、あるいは
(ii)配列番号10に示すアミノ酸配列、または配列番号10に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含み、70位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列、
を有する、ペプチドリンカーである。
(1)配列番号1および配列番号2のペプチドリンカー、または上述したような、例えば配列番号38および配列番号39である、その変異体、
(2)配列番号5および配列番号6のペプチドリンカー、または上述したような、例えば配列番号42および配列番号43である、その変異体、
(3)配列番号9および配列番号10のペプチドリンカー、または上述したような、例えば配列番号46および配列番号47である、その変異体、あるいは、
(4)配列番号109および配列番号10のペプチドリンカー、または上述したような、その変異体、
を含む、ペプチドリンカー対である。
(i)配列番号13に示すアミノ酸配列、または配列番号13に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、7位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列、あるいは、
(ii)配列番号14に示すアミノ酸配列、または配列番号14に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、56位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、10位にリジン残基を含む、配列、あるいは、
(iii)配列番号33に示すアミノ酸配列、または配列番号33に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にリジン残基を含む、配列、あるいは、
(iv)配列番号17に示すアミノ酸配列、または配列番号17に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、11位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列、あるいは、
(v)配列番号18に示すアミノ酸配列、または配列番号18に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、241位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、162位にリジン残基を含む、配列、
を有する、ペプチドリンカーである。
(5)配列番号13および配列番号14のペプチドリンカー、または上述したような、その変異体、
(6)配列番号13および配列番号33のペプチドリンカー、または上述したような、その変異体、あるいは
(7)配列番号17および配列番号18のペプチドリンカー、または上述したような、その変異体、
を含む、ペプチドリンカー対である。
(a)上述したペプチドリンカーを含む組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチド、および、
(b)(a)のポリペプチドのペプチドリンカーとイソペプチド結合を形成することができる、上述したペプチドリンカーを含む組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチド、および/または、
(c)上述したペプチドリンカーをコードする核酸分子、特にベクター、および/または、
(d)(b)の核酸分子にコードされているペプチドリンカーとイソペプチド結合を形成することができるペプチドリンカーをコードする核酸分子、特にベクター
を含むキットであって、
場合によっては、前記(a)および/または(b)の組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチドは、前記(a)および(b)のポリペプチドのペプチドリンカーに対して直交しているペプチドリンカー対の一部である、さらなるペプチドリンカーを含む。
(実施例1−自発的イソペプチド結合を形成する同系ペプチドリンカー対の設計および合成)
RrgA(配列番号21)は、ヒトにおいて敗血症、肺炎、および髄膜炎を引き起こし得るグラム陽性細菌である肺炎連鎖球菌(Streptococcus pneumoniae)由来のアドヘシンである。自発的なイソペプチド結合は、RrgAのD4免疫グロブリン様ドメインにおいて、Lys742残基とAsn854残基との間で形成される(図2)。発明者らは、D4ドメインを、スヌープタグと命名されたペプチドリンカー(734位の残基と748位の残基との間、配列番号1)の対と、スヌープキャッチャーと命名したタンパク質(749位の残基と860位の残基との間、配列番号2)とに分割した。
反応して自発的にイソペプチド結合を形成するペプチドタグおよび結合パートナーである、スパイタグおよびスパイキャッチャー(配列番号13および14)が、以前に開発されている(WO2011/098772)。
発明者らは、「スパイ」ペプチドリンカー対および「スヌープ」ペプチドリンカー対を用いることによって、このような直交したペプチドリンカー対を用いて、融合タンパク質の合成に成功できるということを実証した。
RrgAタグ/RrgAキャッチャーのペプチドリンカー対と比較して、活性が向上したペプチドリンカー対を作製することを目的として、実施例1で説明したRrgAタグに様々な改変を施した。
スヌープタグ/スヌープキャッチャーペプチドリンカー対およびスパイタグ/スパイキャッチャーペプチドリンカー対に対する、RrgAタグ2/RrgAキャッチャーペプチドリンカー対の交差反応性を、上記実施例3で説明したのと同様にして調べた。RrgAタグ2ペプチドリンカーを、実施例4で説明したように、SUMOに結合した融合タンパク質として発現させた。
<クローニング>
KODホットスタートDNAポリメラーゼ(ロシュ社(Roche))を用いて、全てのPCRおよび部位特異的変異の導入を行った。ギブソン・アセンブリ(Gibson Assembly)(登録商標)・マスターミックス(NEB社)を、製造元の説明書にしたがって用いた。コンストラクト(constructs)は、まず、化学的コンピテント大腸菌DH5α(ライフテクノロジー社(Life Technologies))にクローニングされた。
タンパク質は、大腸菌BL21 DE3 RIPL(アジレント社(Agilent))で発現させた。pET28aベクターの場合は、0.5mg/mLのカナマイシンを含有するLB中、pET21の場合は、0.1mg/mLアンピシリンを含有するLB中において、37℃で一晩、コロニーを増殖させた。一晩培養した培養液を、適切な抗生物質とともに0.8%のグルコースを含有するLBで1:100に希釈し、OD600が0.5〜0.6になるまで、200rpm、37℃で増殖させ、0.4mMのIPTGを用いて200rpm、30℃で4時間、誘導をかけた。標準的な方法を用いてタンパク質をNi−NTA(キアゲン社(Qiagen))で精製し、TBS(pH8.0の50mM トリス(Tris)HClおよび50mM NaCl)を用いて三度透析を行った。
エクセルシュアロック(XCell SureLock)ゲルコンテナ(ライフテクノロジー社)を用い、示したパーセントのポリアクリルアミドゲル上、200VでSDS−PAGEを行った。インスタントブルークマシーステイン(Instant Blue Coomassie stain)(トリプルレッド社(Triple Red Ltd.))を用いてゲルを染色し、ゲルドックXRイメージャー(Gel Doc XR imager)およびイメージラボ3.0ソフトウェア(Image Lab 3.0 software)(バイオ・ラッド社(Bio-Rad))を用いて濃度を測定することによって、バンドの解析を行った。高Mw物質の解像度を向上させるためにトリス−酢酸を用いた図9A以外は全て、ランニングバッファーとしてトリス−グリシンを用いた。
スヌープタグとスヌープキャッチャーとの間における共有結合の形成を評価するために、1.5M トリメチルアミンN−オキシド(TMAO;シグマ・アルドリッチ社(Sigma-Aldrich))を含有するpH8.0のTBSに、それぞれ10μMの最終濃度でタンパク質を混合した。TMAOは、化学シャペロンとして機能する。6×SDSローディングバッファー(pH6.8の0.23M トリス−HCl、24%v/v グリセロール、120μM ブロモフェノールブルー、0.23M SDS)を添加することによって、反応を止めた。次に、バイオ・ラッドC1000サーマルサイクラーを用いて、95℃で5分間、試料を加熱し、その後、16%ポリアクリルアミドゲルを用いてSDS−PAGEを行った。
20μMのスヌープタグ−MBPと20μMのスヌープキャッチャーとを、pH7.4のPBS中、25℃で2時間インキュベートした。マイクロマスLCT飛行時間型エレクトロスプレーイオン化MS(マイクロマス社(Micromass))を用いて質量分析を行い、最大エントロピーアルゴリズムおよびV4.00.00ソフトウェア(ウォーターズ社(Waters))を用いて、m/zスペクトルを分子質量に変換した。ExPASy ProtParamを用いて、タンパク質のアミノ酸配列に基づき、N末端をfMetで切断し、形成されたイソペプチド結合の17.0Daを除いた分子質量を予測した。大腸菌においてHis−タグを付加したタンパク質を発現させると、非酵素的なグルコニル化が観察されることが多く、178Daが付加される。同様に、大腸菌で発現させたタンパク質は、いくらかのアセチル化を受ける場合もある。
アミロース樹脂(NEB社)のスラリー40μLを1mLのポリ・プレップ(poly-prep)カラム(バイオ・ラッド社)に入れ、1mLのミリQ(MilliQ)水で洗浄し、pH8.0のTBS 1mLで平衡化した。最終体積が80μLのpH8.0のTBSに含まれる、320pmolの直列MBPx−スパイキャッチャーを樹脂に添加し、サーモミキサーコンフォート(ThermoMixer comfort)(エッペンドルフ社(Eppendorf))を用いて700rpmで振盪させながら、25℃で1時間インキュベートした。自然流下によって、未反応のタンパク質をカラムから除去し、1mLの洗浄バッファー(500mMのNaClを含有するpH8.0の50mMトリスHCl)を用いて樹脂を洗浄した。最終体積が80μLのpH8.0のTBSに含まれる、3nmolのスヌープタグ−Affi−スパイタグを樹脂に添加し、700rpmで振盪させながら、25℃で1時間インキュベートした。自然流下によって、未反応のスヌープタグ−Affi−スパイタグをカラムから除去し、1mLの洗浄バッファーを用いて樹脂を洗浄した。1.5MのTMAOを含有するpH8.0のTBSに含まれる、4nmolのスパイキャッチャー−スヌープキャッチャーを樹脂に添加し、700rpmで振盪させながら、25℃で2時間インキュベートした。自然流下によって、未反応のスパイキャッチャー−スヌープキャッチャーをカラムから除去し、1mLの洗浄バッファーを用いて樹脂を洗浄した。上述した条件にしたがって、スヌープタグ−Affi−スパイタグおよびスパイキャッチャー−スヌープキャッチャーを順次付加することによって、鎖を作製した。樹脂の洗浄後、50mMのD−マルトース(シグマ社(Sigma))を含有するpH8.0のTBS 40μLを添加し、700rpmで振盪させながら25℃で10分間インキュベートすることによって、鎖を溶出させた。カラムを、1.5mLのマイクロ遠心チューブに入れ、17,000gで10秒間遠心分離を行うことによって、鎖を回収した。スヌープタグ−mEGFP−スパイタグを含有する鎖、およびスヌープタグ−スパイタグ−Affi3を含有する鎖を、全く同様にして合成した。
スーパーデックス(Superdex)200GL 10/300カラム(ベッド体積は24mL)(GEヘルスケア社)を用いたゲルろ過クロマトグラフィによって、十量体鎖を解析した。ゲルろ過の基準(670kDaのチログロブリン、158kDaのIgG、44kDaのオボアルブミン、17kDaのミオグロビン、および1.35kDaのビタミンB12)(バイオ・ラッド社)を用いて、カラムを校正した。アクタ(AKTA)精製装置10(GEヘルスケア社)を用いて280nmの吸光度のグラフを測定しながら、500mMのNaClを含有するpH8.0の50mMトリスHClを0.4mL/minで流して試料を溶出させた。
温度安定性試験のために、最終体積が30μLのpH8.0の150mM 酢酸アンモニウムに含まれる、3μMの十量体鎖を、バイオ・ラッドC1000サーマルサイクラーを用いて25℃、37℃、50℃、60℃、または70℃で3分間インキュベートし、10℃になるまで1秒に3℃の割合で冷却した。その後、17,000g、4℃で30分間、試料をスピンダウンして凝集物を除去し、8%トリス−グリシンゲルを用い、クマシー染色を行ったSDS−PAGEによって、上清を解析した。時間依存的な安定性試験のために、0.1%のアジ化ナトリウム、1mMのフッ化フェニルメチルスルホニル(PMSF)、1mMのEDTA、およびEDTAフリー混合プロテアーゼ阻害剤(ロシュ社)を含有する最終体積が30μLのpH8.0の150mM 酢酸アンモニウムに含まれる、3μMの十量体鎖を、25℃で1日または4日インキュベートした。各時点において、17,000g、4℃で30分間、試料をスピンダウンし、8%トリス−グリシンゲルを用い、クマシー染色を行ったSDS−PAGEによって、上清を解析した。
Claims (44)
- 融合タンパク質を作製する方法であって、該方法は、
a)第1のタンパク質と第2のタンパク質とを、これらのタンパク質間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることであって、該第1のタンパク質および該第2のタンパク質は、いずれもペプチドリンカーを含み、これらのペプチドリンカーは、反応することによって、該第1のタンパク質を該第2のタンパク質に結合して結合タンパク質とするイソペプチド結合を形成するペプチドリンカー対である、第1のタンパク質と第2のタンパク質とを接触させることと、
b)前記(a)の結合タンパク質と第3のタンパク質とを、該第3のタンパク質と該結合タンパク質との間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることであって、該第3のタンパク質は、(a)の結合タンパク質のさらなるペプチドリンカーと反応するペプチドリンカーを含み、これらのペプチドリンカーは、反応することによって、該第3のタンパク質を該結合タンパク質に結合して融合タンパク質とするイソペプチド結合を形成するペプチドリンカー対である、前記(a)の結合タンパク質と第3のタンパク質とを接触させることと、を含む、方法であって、
(a)において用いられる該ペプチドリンカー対は、(b)において用いられる前記ペプチドリンカー対に対して直交している、方法。 - 融合タンパク質を作製する方法であって、該方法は、
a)第1のペプチドリンカーを含む第1のタンパク質を提供することと、
b)該第1のタンパク質と、第2のペプチドリンカーおよび第3のペプチドリンカーを含む第2のタンパク質とを、該第1のペプチドリンカーと該第2のペプチドリンカーとの間にイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させ、それによって該第1のタンパク質と該第2のタンパク質とを結合することと、
c)該結合された第1のタンパク質および第2のタンパク質と、第4のペプチドリンカーを含む第3のタンパク質とを、該第3のペプチドリンカーと該第4のペプチドリンカーがイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させ、それによって該第2のタンパク質と該第3のタンパク質とを結合して融合タンパク質を形成することと、を含む、方法であって、
該第1のペプチドリンカーと該第2のペプチドリンカーとが、該第3のペプチドリンカーと該第4のペプチドリンカーとからなるペプチドリンカー対に対して直交するペプチドリンカー対である、請求項1に記載の方法。 - 前記方法は、前記融合タンパク質を伸長させるステップをさらに含み、前記融合タンパク質に結合される前記新規タンパク質は、前記融合タンパク質中で先にイソペプチド結合を形成するのに用いられた前記ペプチドリンカー対に対して直交するペプチドリンカー対の一部を成すペプチドリンカーを含み、前記新規タンパク質のペプチドリンカーは、前記融合タンパク質中のタンパク質のペプチドリンカーとイソペプチド結合を形成することができる、方法であり、該方法は、該新規タンパク質と該融合タンパク質とを、該新規タンパク質が前記融合タンパク質のペプチドリンカーとイソペプチド結合を形成することができる条件下で接触させることを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 前記融合タンパク質は、分岐構造、直鎖構造、または環状構造を有している、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記融合タンパク質は、環状化可能である、請求項4に記載の方法。
- 前記ペプチドリンカー間における前記イソペプチド結合の形成は、自発的である、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ペプチドリンカー間における前記イソペプチド結合の形成は、前記反応に添加された成分によって誘導される、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ペプチドリンカー対は、それぞれイソペプチドタンパク質由来である、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ペプチドリンカー対は、それぞれ異なるイソペプチドタンパク質由来である、請求項8に記載の方法。
- 前記イソペプチドタンパク質は、配列番号21、23、25、27、29、または31のいずれか1つに示すアミノ酸配列を有しているか、あるいは配列番号21、23、25、27、29、または31のいずれか1つに示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有するタンパク質を含んでいる、請求項8または9に記載の方法。
- 前記ペプチドリンカー間における前記イソペプチド結合の形成を誘導する前記成分は、ペプチドリガーゼであり、好ましくは、該ペプチドリガーゼは、前記ペプチドリンカー間における前記イソペプチド結合の形成を誘導するグルタミン酸残基またはアスパラギン酸残基を含む、請求項7〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ペプチドリガーゼは、イソペプチドタンパク質由来であり、好ましくは、前記ペプチドリガーゼは、イソペプチド結合の形成を誘導する前記ペプチドリンカー対と同じイソペプチドタンパク質由来である、請求項11に記載の方法。
- 前記ペプチドリンカーの1つ以上が、ブロッキング基を有する、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ブロッキング基は、同系ペプチドリンカー対の間におけるイソペプチド結合の形成を防ぐ、請求項13に記載の方法。
- ペプチドリンカー対の各ペプチドリンカーは、アミノ酸を少なくとも6個含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 各対の一方のペプチドリンカーは、アミノ酸を6〜50個含み、該対のもう一方のペプチドリンカーは、アミノ酸を50〜300個含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
- 各対の一方のペプチドリンカーは、リジン残基を含み、該対のもう一方のペプチドリンカーは、アスパラギン残基またはアスパラギン酸残基を含み、これらの残基は、イソペプチド結合の形成に関わる、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ペプチドリガーゼは、アミノ酸を50〜300個含む、請求項11〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 前記直交したペプチドリンカー対は、
(1)配列番号1に示すアミノ酸配列、または配列番号1に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号2に示すアミノ酸配列、または配列番号2に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、55位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、94位にスレオニン残基を含み、100位にグリシン残基を含み、106位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、
(2)配列番号5に示すアミノ酸配列、または配列番号5に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号6に示すアミノ酸配列、または配列番号6に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にリジン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、
(3)配列番号9に示すアミノ酸配列、または配列番号9に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、17位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号10に示すアミノ酸配列、または配列番号10に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含み、70位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、
(4)配列番号109に示すアミノ酸配列、または配列番号109に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、17位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、11位にグリシン残基を含み、場合によっては20位にイソロイシン残基を含み、21位および22位にプロリン残基を含み、23位にリジン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号10に示すアミノ酸配列、または配列番号10に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含み、70位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、
(5)配列番号13に示すアミノ酸配列、または配列番号13に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、7位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号14に示すアミノ酸配列、または配列番号14に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、56位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、10位にリジン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、
(6)配列番号13に示すアミノ酸配列、または配列番号13に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、7位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号33に示すアミノ酸配列、または配列番号33に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にリジン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および、
(7)配列番号17に示すアミノ酸配列、または配列番号17に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、11位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、および配列番号18に示すアミノ酸配列、または配列番号18に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、241位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、162位にリジン残基を含む、配列を有するペプチドリンカー、
のいずれか1つから選択される、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。 - 前記直交したペプチドリンカー対は、(1)および(4)、(1)および(5)、(1)および(6)、(1)および(3)、(1)および(2)、(2)および(5)、(2)および(6)、(3)および(5)、(3)および(6)、(4)および(5)、または(4)および(6)を含む、請求項19に記載の方法。
- 前記方法は、固相上で行われる、請求項1〜20のいずれか1項に記載の方法。
- 前記融合タンパク質を、前記固相から溶出させるステップをさらに含む、請求項21に記載の方法。
- (i)配列番号1に示すアミノ酸配列、または配列番号1に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含む、配列、
(ii)配列番号2に示すアミノ酸配列、または配列番号2に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、55位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、94位にスレオニン残基を含み、100位にグリシン残基を含み、106位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列、
(iii)配列番号5に示すアミノ酸配列、または配列番号5に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にアスパラギン酸残基もしくはアスパラギン残基を含む、配列、
(iv)配列番号6に示すアミノ酸配列、または配列番号6に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、8位にリジン残基を含む、配列、
(v)配列番号9に示すアミノ酸配列、または配列番号9に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、17位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列であって、好ましくは、配列番号109に示すアミノ酸配列、または配列番号109に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、17位にアスパラギン残基もしくはアスパラギン酸残基を含み、11位にグリシン残基を含み、場合によっては20位にイソロイシン残基を含み、21位および22位にプロリン残基を含み、23位にリジン残基を含む、配列、あるいは、
(vi)配列番号10に示すアミノ酸配列、または配列番号10に示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有し、9位にリジン残基を含み、70位にグルタミン酸残基もしくはアスパラギン酸残基を含む、配列、
を有する、ペプチドリンカー。 - (a)前記(i)のペプチドリンカーは、配列番号38に示すアミノ酸配列を有し、かつ/または、
(b)前記(ii)のペプチドリンカーは、配列番号39に示すアミノ酸配列を有し、かつ/または、
(c)前記(iii)のペプチドリンカーは、配列番号42に示すアミノ酸配列を有し、かつ/または、
(d)前記(iv)のペプチドリンカーは、配列番号43に示すアミノ酸配列を有し、かつ/または、
(e)前記(v)のペプチドリンカーは、配列番号46に示すアミノ酸配列を有し、かつ/または、
(f)前記(vi)のペプチドリンカーは、配列番号47に示すアミノ酸配列を有する、
請求項23に記載のペプチドリンカー。 - 請求項23の(ii)に記載のアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができ、好ましくは、配列番号2に示すアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができる、請求項23の(i)に記載のペプチドリンカー。
- 請求項23の(i)に記載のアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができ、好ましくは、配列番号1に示すアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができる、請求項23の(ii)に記載のペプチドリンカー。
- 請求項23の(iv)に記載のアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができ、好ましくは、配列番号6に示すアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができる、請求項23の(iii)に記載のペプチドリンカー。
- 請求項23の(iii)に記載のアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができ、好ましくは、配列番号5に示すアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができる、請求項23の(iv)に記載のペプチドリンカー。
- 請求項23の(vi)に記載のアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができ、好ましくは、配列番号10に示すアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができる、請求項23の(v)に記載のペプチドリンカー。
- 請求項23の(v)に記載のアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができ、好ましくは、配列番号9または配列番号109に示すアミノ酸配列を有するペプチドリンカーと自発的にイソペプチド結合を形成することができる、請求項23の(vi)に記載のペプチドリンカー。
- 請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法で用いるペプチドリンカー対であって、該ペプチドリンカー対は、
(1)請求項23の(i)に記載のペプチドリンカーおよび請求項23の(ii)に記載のペプチドリンカー、
(2)請求項23の(iii)に記載のペプチドリンカーおよび請求項23の(iv)に記載のペプチドリンカー、または
(3)請求項23の(v)に記載のペプチドリンカーおよび請求項23の(vi)に記載のペプチドリンカー、
を含む、ペプチドリンカー対。 - ポリペプチドおよび請求項23〜30のいずれか1項に記載のペプチドリンカーを含む、組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドは、配列番号50〜59のいずれか1つに示すアミノ酸配列、または配列番号50〜59のいずれか1つに示すアミノ酸配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有する配列を有し、該ポリペプチドは、請求項23〜30のいずれか1項に記載のペプチドリンカーを含む、請求項32に記載のポリペプチド。
- 請求項23〜30のいずれか1項に記載のペプチドリンカーまたは請求項32または33に記載のポリペプチドをコードする核酸分子。
- 前記核酸分子は、配列番号3、4、7、8、11、12、40、41、44、45、48、49、もしくは60〜69に示すヌクレオチド配列、または配列番号3、4、7、8、11、12、40、41、44、45、48、49、もしくは60〜69に示す配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有する、請求項34に記載の核酸分子。
- 請求項34または35に記載の核酸分子を含む、ベクター。
- 請求項34〜36のいずれか1項に記載の核酸分子および/またはベクターを含有する、組み換え宿主細胞。
- (a)請求項23の(i)、(iii)、もしくは(v)、または請求項25、27もしくは29のいずれか1項に記載のペプチドリンカーを含む、組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチド、および
(b)請求項23の(ii)、(iv)、もしくは(vi)、または請求項26、28もしくは30のいずれか1項に記載のペプチドリンカーを含む、組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチド、および/または、
(c)請求項23の(i)、(iii)、もしくは(v)、または請求項25、27もしくは29のいずれか1項に記載のペプチドリンカーをコードする核酸分子、および/または、
(d)請求項23の(ii)、(iv)、もしくは(vi)、または請求項26、28もしくは30のいずれか1項に記載のペプチドリンカーもしくはポリペプチドリンカーをコードする核酸分子、
を含むキットであって、
場合によっては、前記(a)および/または(b)の組み換えポリペプチドまたは合成ポリペプチドは、前記(a)および(b)のポリペプチドのペプチドリンカーに対して直交しているペプチドリンカー対の一部である、さらなるペプチドリンカーを含む、キット。 - 請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法で得た、または得ることができる、融合タンパク質。
- 請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法で得た、または得ることができる、融合タンパク質を少なくとも1つ含む、固体基質。
- 前記基質は、アレイである、請求項40に記載の固体基質。
- 請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法で得た、または得ることができる、融合タンパク質を少なくとも2つ含む、融合タンパク質のライブラリ。
- 融合タンパク質を作製するための、少なくとも2つの直交したペプチドリンカー対の使用であって、各ペプチドリンカー対は、反応してイソペプチド結合を形成する、使用。
- 前記融合タンパク質、イソペプチド結合、ペプチドリンカー、およびペプチドリガーゼは、請求項1〜31のいずれか1項に記載されたものである、請求項43に記載の使用。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GBGB1509782.7A GB201509782D0 (en) | 2015-06-05 | 2015-06-05 | Methods and products for fusion protein synthesis |
GB1509782.7 | 2015-06-05 | ||
PCT/GB2016/051640 WO2016193746A1 (en) | 2015-06-05 | 2016-06-03 | Methods and products for fusion protein synthesis |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018521640A true JP2018521640A (ja) | 2018-08-09 |
JP2018521640A5 JP2018521640A5 (ja) | 2019-07-04 |
JP6883529B2 JP6883529B2 (ja) | 2021-06-09 |
Family
ID=53785013
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017563189A Active JP6883529B2 (ja) | 2015-06-05 | 2016-06-03 | 融合タンパク質を合成するための方法および製品 |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10526379B2 (ja) |
EP (1) | EP3303374B1 (ja) |
JP (1) | JP6883529B2 (ja) |
KR (1) | KR20180050640A (ja) |
CN (2) | CN108026148B (ja) |
AU (1) | AU2016272543B2 (ja) |
BR (1) | BR112017026042A2 (ja) |
CA (1) | CA2987821A1 (ja) |
DK (1) | DK3303374T3 (ja) |
ES (1) | ES2880336T3 (ja) |
GB (1) | GB201509782D0 (ja) |
WO (1) | WO2016193746A1 (ja) |
Families Citing this family (39)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2016207099C1 (en) | 2015-01-15 | 2021-02-04 | University Of Copenhagen | Virus-like particle with efficient epitope display |
ES2854726T3 (es) | 2015-10-30 | 2021-09-22 | The Univ Of Copenhagen | Partícula similar a virus con presentación eficiente de epítopos |
WO2018170362A2 (en) * | 2017-03-16 | 2018-09-20 | The Penn State Research Foundation | Versatile display scaffolds for proteins |
GB201705750D0 (en) * | 2017-04-10 | 2017-05-24 | Univ Oxford Innovation Ltd | Peptide ligase and use therof |
GB201706430D0 (en) | 2017-04-24 | 2017-06-07 | Univ Oxford Innovation Ltd | Proteins and peptide tags with enhanced rate of spontaneous isopeptide bond formation and uses thereof |
CN107299107A (zh) * | 2017-07-31 | 2017-10-27 | 北京大学 | 一种蛋白质层层组装功能材料的制备方法 |
WO2019081685A1 (en) | 2017-10-25 | 2019-05-02 | Abera Bioscience Ab | EXPOSURE OF HETEROLOGOUS MOLECULES TO BACTERIAL CELLS AND MEMBRANE VESICLES |
CN111954683A (zh) | 2018-04-05 | 2020-11-17 | 生物辐射Abd瑟罗泰克有限公司 | 感兴趣的蛋白质的展示系统 |
WO2019211630A2 (en) | 2018-05-04 | 2019-11-07 | SpyBiotech Limited | Vaccine composition |
WO2020041202A1 (en) * | 2018-08-20 | 2020-02-27 | The Regents Of The University Of California | Graphene oxide affinity sample grids for cryo-em |
CN111073925B (zh) * | 2018-10-19 | 2022-04-26 | 北京大学 | 一种基于无序蛋白偶联酶的高效多肽-多肽偶联系统和方法 |
GB201819850D0 (en) | 2018-12-05 | 2019-01-23 | Univ Oxford Innovation Ltd | Polypeptide and its use in affinity purification |
GB201903479D0 (en) | 2019-03-14 | 2019-05-01 | Univ Oxford Innovation Ltd | Polypeptide with enchanced rate of spontaneous isopeptide bond formation with it's peptide tag partner and uses thereof |
US20200299369A1 (en) * | 2019-03-18 | 2020-09-24 | Bio-Rad Abd Serotec Gmbh | Antigen binding fragments conjugated to a plurality of fc isotypes and subclasses |
CN113874518A (zh) * | 2019-03-18 | 2021-12-31 | 生物辐射Abd瑟罗泰克有限公司 | 保护含SpyTag的周质融合蛋白免于蛋白酶Tsp和OmpT降解 |
CN113811548A (zh) * | 2019-03-18 | 2021-12-17 | 生物辐射Abd瑟罗泰克有限公司 | 抗原结合蛋白 |
NL2023863B1 (en) | 2019-09-20 | 2021-05-25 | Univ Griffith | Protein particles and uses thereof |
GB201915905D0 (en) | 2019-11-01 | 2019-12-18 | Spybiotech Ltd | Viruses with modified capsid proteins |
EP3831843A1 (en) | 2019-12-08 | 2021-06-09 | Royal College Of Surgeons In Ireland | A hemostatic agent and uses thereof |
WO2021211633A2 (en) * | 2020-04-13 | 2021-10-21 | Mantra Bio, Inc. | Modular binding proteins for extracellular vesicles and uses thereof |
CN115698045A (zh) * | 2020-05-07 | 2023-02-03 | 阿戴普瓦克有限公司 | 肽标签和结合配偶体 |
WO2022076914A1 (en) | 2020-10-09 | 2022-04-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for profiling immune repertoire |
GB202019817D0 (en) | 2020-12-15 | 2021-01-27 | Univ Oxford Innovation Ltd | Ligand-binding polypeptides and uses thereof |
GB202104104D0 (en) * | 2021-03-24 | 2021-05-05 | Liliumx Ltd | Platform and method |
GB202104999D0 (en) | 2021-04-08 | 2021-05-26 | Univ Oxford Innovation Ltd | Polypeptides that interact with peptide tags at loops or termini and uses thereof |
CN113621031B (zh) * | 2021-04-23 | 2023-05-05 | 中山大学 | 一种利用自发异肽键进行蛋白共价自组装的肽链接头的组合 |
WO2022234276A1 (en) | 2021-05-04 | 2022-11-10 | SpyBiotech Limited | Adenoviral vectors and vaccines thereof |
GB202106361D0 (en) | 2021-05-04 | 2021-06-16 | Spybiotech Ltd | Viral vectored vaccines |
WO2023049774A1 (en) * | 2021-09-21 | 2023-03-30 | University Of Washington | Genetically encoded and exogenously triggered protein-protein ligation |
CN113862235A (zh) * | 2021-09-24 | 2021-12-31 | 苏州近岸蛋白质科技股份有限公司 | 一种嵌合酶及其在体外一步反应合成Cap0 mRNA的用途和方法 |
GB202117283D0 (en) | 2021-11-30 | 2022-01-12 | Univ Oxford Innovation Ltd | Switchable polypeptide and its use for gentle affinity purification |
WO2023102156A1 (en) | 2021-12-03 | 2023-06-08 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Mutant ace2 proteins and methods of using same |
EP4206674A1 (en) | 2021-12-28 | 2023-07-05 | Encodia, Inc. | High-throughput serotyping and antibody profiling assays |
CN114672505A (zh) * | 2022-03-15 | 2022-06-28 | 江苏省中国科学院植物研究所 | 一种功能性表达细胞色素p450酶的方法及其应用 |
CN114732898B (zh) * | 2022-04-01 | 2023-05-09 | 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 | 一种CpG佐剂与抗原定点共价结合方法 |
WO2024006532A2 (en) * | 2022-06-30 | 2024-01-04 | La Jolla Institute For Immunology | Kari nanoparticle |
WO2024064112A2 (en) * | 2022-09-19 | 2024-03-28 | The Rockefeller University | Affinity capturing and directly determining structures of proteins and other materials on superparamagnetic beads by cryo-electron microscopy single-particle analysis |
WO2024069180A2 (en) | 2022-09-28 | 2024-04-04 | LiliumX Ltd. | Multivalent proteins and screening methods |
CN116165377A (zh) * | 2023-04-21 | 2023-05-26 | 常州伯仪生物科技有限公司 | 一种通过竞争elisa法进行标签蛋白定量的方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002531055A (ja) * | 1998-07-27 | 2002-09-24 | マイクロビアル テクニクス リミティッド | 肺炎連鎖球菌のタンパク質及び核酸分子 |
WO2004031243A1 (ja) * | 2002-10-01 | 2004-04-15 | Kumamoto Technology & Industry Foundation | タンパク質ポリマー及びその製造方法 |
WO2011098772A1 (en) * | 2010-02-11 | 2011-08-18 | Isis Innovation Limited | Peptide tag systems that spontaneously form an irreversible link to protein partners via isopeptide bonds |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU530410B2 (en) | 1978-02-21 | 1983-07-14 | Sintef | Preparing aqueous emulsions |
US6936252B2 (en) * | 1998-07-27 | 2005-08-30 | Microbial Technics Limited | Streptococcus pneumoniae proteins and nucleic acid molecules |
DE10108263A1 (de) * | 2001-02-21 | 2002-09-05 | Max Planck Gesellschaft | Analyse von Modifizierungen und Demodifizierungen von Proteinen mit Ubiquitinverwandten Proteinen mittels FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer) |
EP1989220B1 (en) * | 2006-02-02 | 2011-12-14 | Trimeris, Inc. | Hiv fusion inhibitor peptides with improved biological properties |
MX2009012777A (es) * | 2007-05-25 | 2009-12-16 | Novartis Ag | Antigenos pilus de streptococcus pneumoniae. |
GB0714963D0 (en) * | 2007-08-01 | 2007-09-12 | Novartis Ag | Compositions comprising antigens |
CN101849005A (zh) * | 2007-11-05 | 2010-09-29 | 普罗梅加公司 | 杂合融合报道子及其应用 |
FR2973032A1 (fr) * | 2011-03-24 | 2012-09-28 | Commissariat Energie Atomique | Peptides aptes a former un complexe covalent et leurs utilisations |
US20120259101A1 (en) * | 2011-04-11 | 2012-10-11 | Li Tan | Isopeptide Bond Formation in Bacillus Species and Uses Thereof |
WO2014201265A1 (en) | 2013-06-14 | 2014-12-18 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Bis-biotinylation tags |
US10073087B2 (en) | 2014-01-15 | 2018-09-11 | Massachusetts Institute Of Technology | Biopolymer-mediated assembly of nanoparticles using genetically encoded proteins |
-
2015
- 2015-06-05 GB GBGB1509782.7A patent/GB201509782D0/en not_active Ceased
-
2016
- 2016-06-03 AU AU2016272543A patent/AU2016272543B2/en active Active
- 2016-06-03 CA CA2987821A patent/CA2987821A1/en active Pending
- 2016-06-03 CN CN201680037511.8A patent/CN108026148B/zh active Active
- 2016-06-03 WO PCT/GB2016/051640 patent/WO2016193746A1/en active Application Filing
- 2016-06-03 DK DK16728359.7T patent/DK3303374T3/da active
- 2016-06-03 EP EP16728359.7A patent/EP3303374B1/en active Active
- 2016-06-03 US US15/578,486 patent/US10526379B2/en active Active
- 2016-06-03 CN CN202211548024.1A patent/CN116199733A/zh active Pending
- 2016-06-03 ES ES16728359T patent/ES2880336T3/es active Active
- 2016-06-03 KR KR1020187000488A patent/KR20180050640A/ko not_active Application Discontinuation
- 2016-06-03 JP JP2017563189A patent/JP6883529B2/ja active Active
- 2016-06-03 BR BR112017026042A patent/BR112017026042A2/pt unknown
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002531055A (ja) * | 1998-07-27 | 2002-09-24 | マイクロビアル テクニクス リミティッド | 肺炎連鎖球菌のタンパク質及び核酸分子 |
WO2004031243A1 (ja) * | 2002-10-01 | 2004-04-15 | Kumamoto Technology & Industry Foundation | タンパク質ポリマー及びその製造方法 |
WO2011098772A1 (en) * | 2010-02-11 | 2011-08-18 | Isis Innovation Limited | Peptide tag systems that spontaneously form an irreversible link to protein partners via isopeptide bonds |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
DIXON EMMA K: "NONENZYMATIC ASSEMBLY OF BRANCHED POLYUBIQUITIN CHAINS FOR STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL STUDIES", BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, vol. VOL:21, NR:12, JPN5018003170, 15 March 2013 (2013-03-15), GB, pages 3421 - 3429, ISSN: 0004380653 * |
MICHAEL FAIRHEAD: "SPYAVIDIN HUBS ENABLE PRECISE AND ULTRASTABLE ORTHOGONAL NANOASSEMBLY", JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, vol. VOL:136, NR:35, JPN5018003171, 11 August 2014 (2014-08-11), pages 12355 - 12363, ISSN: 0004380654 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
DK3303374T3 (da) | 2021-07-05 |
CN108026148B (zh) | 2022-12-30 |
US20180244730A1 (en) | 2018-08-30 |
EP3303374A1 (en) | 2018-04-11 |
CN116199733A (zh) | 2023-06-02 |
CN108026148A (zh) | 2018-05-11 |
AU2016272543B2 (en) | 2020-08-13 |
GB201509782D0 (en) | 2015-07-22 |
BR112017026042A2 (pt) | 2018-08-14 |
KR20180050640A (ko) | 2018-05-15 |
WO2016193746A1 (en) | 2016-12-08 |
EP3303374B1 (en) | 2021-03-31 |
CA2987821A1 (en) | 2016-12-08 |
US10526379B2 (en) | 2020-01-07 |
JP6883529B2 (ja) | 2021-06-09 |
ES2880336T3 (es) | 2021-11-24 |
AU2016272543A1 (en) | 2018-01-04 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6883529B2 (ja) | 融合タンパク質を合成するための方法および製品 | |
US11161899B2 (en) | Method using split inteins to generate protein conjugates | |
US10527609B2 (en) | Peptide tag systems that spontaneously form an irreversible link to protein partners via isopeptide bonds | |
JP7075678B2 (ja) | ペプチドリガーゼ及びその使用 | |
KR102642896B1 (ko) | 자발적 이소펩타이드 결합 형성 속도가 향상된 단백질 및 펩타이드 태그 및 이의 용도 | |
Buldun et al. | SnoopLigase catalyzes peptide–peptide locking and enables solid-phase conjugate isolation | |
JP7054722B2 (ja) | 可溶性インテイン融合タンパク質、及び生体分子を精製する方法 | |
JP2022525160A (ja) | ペプチドタグパートナーとの自発的イソペプチド結合形成速度を高めたポリペプチド及びその使用 | |
Lander et al. | D‐peptide and d‐protein technology: recent advances, challenges, and opportunities | |
KR102669378B1 (ko) | 펩티드 리가아제 및 그의 용도 | |
JP2024513126A (ja) | ループまたは末端でペプチドタグと相互作用するポリペプチドおよびその使用 | |
WO2023099876A1 (en) | Switchable polypeptide and its use for gentle affinity purification | |
Dias | Exploring New Protein-Based Scaffolds for Bioengineering Applications | |
Son | Structural Investigation into Chemically Synthesized Peptides using Modern Biophysical Techniques |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190529 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190529 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20200325 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200428 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200721 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20201105 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210204 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20210318 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20210414 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20210510 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6883529 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |