JP2018518992A - 染色体相互作用の部位を用いた検出法 - Google Patents
染色体相互作用の部位を用いた検出法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018518992A JP2018518992A JP2018518798A JP2018518798A JP2018518992A JP 2018518992 A JP2018518992 A JP 2018518992A JP 2018518798 A JP2018518798 A JP 2018518798A JP 2018518798 A JP2018518798 A JP 2018518798A JP 2018518992 A JP2018518992 A JP 2018518992A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- chromosomal
- disease
- interaction
- nucleic acids
- interactions
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/18—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for pancreatic disorders, e.g. pancreatic enzymes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
- A61P11/02—Nasal agents, e.g. decongestants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
- A61P13/08—Drugs for disorders of the urinary system of the prostate
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P15/00—Drugs for genital or sexual disorders; Contraceptives
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P19/00—Drugs for skeletal disorders
- A61P19/02—Drugs for skeletal disorders for joint disorders, e.g. arthritis, arthrosis
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
- A61P21/02—Muscle relaxants, e.g. for tetanus or cramps
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/02—Drugs for disorders of the nervous system for peripheral neuropathies
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
- A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
- A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P39/00—General protective or antinoxious agents
- A61P39/02—Antidotes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/70—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for mining of medical data, e.g. analysing previous cases of other patients
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
- C12Q2521/50—Other enzymatic activities
- C12Q2521/501—Ligase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
- C12Q2523/101—Crosslinking agents, e.g. psoralen
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/159—Reduction of complexity, e.g. amplification of subsets, removing duplicated genomic regions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
Abstract
Description
(a)上記の方法によって同定されている遺伝子座を、サブグループに特徴的なエピジェネティックな相互作用を有するものとして型付けする工程、および/または
(b)上記の方法によって同定されている染色体相互作用を、サブグループの特徴に関連するまたはそれと関連があるものとして型付けする工程、および/または
(c)好ましくは少なくとも5個の異なる遺伝子座における、少なくとも5種のエピジェネティックな染色体相互作用の有無を検出する工程であって、それは、
(i)特異的な治療および/または予防に(とくに、特異的な薬学的な治療および/または予防に)応答すること、および/または
(ii)特異的な病状になりやすい傾向、および/または
(iii)再発につながり得る残存疾患の存在、および/または
(iv)環境的変化への応答性、および/または
(v)遺伝的変化への応答、および/または
(vi)代謝系、免疫系、内分泌系、消化器系、外皮系、骨格系、筋肉系、リンパ系、呼吸器系、神経系、もしくは生殖器系の状態の変化もしくは差
によって特徴的である工程
を含み;任意で、該方法を行って、サブグループを規定する特徴に関連した医学的または非医学的な治療に対して個体を選択し、該治療は、任意で、領域が関連付けされる疾患とは無関係である。
−集団の種々のサブグループに関連した染色体相互作用を同定するための方法;
−特定の特徴を有するサブグループを選択する方法、および/または個体のサブグループを同定する方法;
−薬物によって引き起こされるエピジェネティックな染色体相互作用の変化を検出する工程を含む、薬物(例えば、薬学的治療用作用物質)の効果を判定する方法;および/または
−他方の遺伝子座における染色体相互作用に対する、一方の遺伝子座における遺伝子改変の効果を判定する方法;および/または
−他の核酸を有するライブラリーの形態にあり得る核酸
を含めた、いくつかの異なる局面を有する。
本発明は、疾患関連領域またはエピジェネティックに活性な領域における染色体相互作用の型付けに関する。そのような領域では、本明細書において言及される疾患状況のいずれかにおけるものなど、疾患の局面に影響を及ぼす染色体相互作用が生じると考えられる。染色体相互作用は、疾患への感受性、療法への応答性、または再発の可能性に影響を及ぼし得る。特異的な疾患特徴を参照して、特異的な染色体相互作用、遺伝子、および領域が、本明細書における表に開示される。一態様において、それらの染色体相互作用、またはそれらの遺伝子および領域における染色体相互作用を型付けして、非疾患特徴、または異なる疾患における特徴、または同じ疾患の異なる局面など、その表に対して本明細書において与えられる疾患特徴とは異なる特徴を検出し得る。
本明細書において使用するとき、「エピジェネティックな」相互作用という用語は、典型的に、染色体上の遺伝子座の遠位領域間での相互作用を指し、該相互作用は、染色体の領域の状態に応じて動的であり、かつ変容し、形成され、または壊れる。
エピジェネティックな染色体相互作用は、関連するまたは記載されていない遺伝子をコードすることが示された染色体の領域と重複し得かつ含み得るが、同様に遺伝子間領域にあり得る。さらに留意すべきは、本発明者らは、すべての領域におけるエピジェネティックな相互作用が、染色体座の状態を判定することにおいて同様に重要であることを発見したことである。これらの相互作用は、必ずしも遺伝子座に位置する特定の遺伝子のコード領域にあるわけではなく、遺伝子間領域にあり得る。
本発明の目的は、集団におけるサブグループを定義する特徴に関連する染色体相互作用の検出を可能にすることである。例えば、この技術は、医学的病状に関係する特異的表現型(例えば医薬的病状に関連する)に対するバイオマーカーに基づき、すなわち特定の染色体コンフォメーションシグネチャーおよび/またはその特定のシグネチャーの変化を認識することによって、層別化を可能にする。
本明細書において使用するとき、「サブグループ」とは、好ましくは、集団サブグループ(集団内のサブグループ)、より好ましくは特定の真核細胞または哺乳類(例えば、ヒト、非ヒト、非ヒト霊長類、または齧歯類、例えばマウスもしくはラット)または特定の線虫(例えば、シー・エレガンス(C. elegans))などの特定の動物の集団内のサブグループを指す。最も好ましくは、「サブグループ」とは、ヒト集団内のサブグループを指す。
本発明のある特定の態様は、ライゲーションした核酸、とくにライゲーションしたDNAを利用する。これらは、染色体相互作用において一体となる領域の両方由来の配列を含み、それゆえ、相互作用についての情報を提供する。本明細書において記載されるEpiSwitch(商標)法は、そのようなライゲーションした核酸の生成を用いて、染色体相互作用を検出する。
(i)染色体座に存在するエピジェネティックな染色体相互作用をインビトロ架橋する工程;
(ii)任意で、架橋したDNAを染色体座から単離する工程;
(iii)架橋したDNAを、例えば少なくとも1回それを切る酵素(とくに、該染色体座内で少なくとも1回切る酵素)による制限消化に供する工程;
(iv)(とくに、DNAループを形成するために、)架橋した切断されたDNA末端をライゲーションする工程;ならびに
(v)とくにPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)などの技法を用いて、ライゲーションしたDNAおよび/またはDNAループの存在を同定して、特異的な染色体相互作用の存在を同定する工程
を含む。
EpiSwitch(商標)技術は、表現型に特異的なエピジェネティックな染色体コンフォメーションシグネチャーの検出における、マイクロアレイEpiSwitch(商標)マーカーデータの使用に関係する。本発明者らは、EpiSwitch(商標)アレイプラットフォームが、健常対照に対して特定の不利な表現型サブグループに特異的なバイオマーカーの染色体シグネチャープールの発見にどのように用いられているかを本明細書において記載する。本発明者らは、アレイで検査されたコホート由来のサブグループの間での特異的ないくつかのマーカーの例を用いて、マイクロアレイからの染色体コンフォメーションシグネチャーの有効な使用およびPCRプラットフォームへの転換の例も提供する。
サンプルは、個体由来のDNAを含有すると考えられる。それは、通常細胞を含有すると考えられる。一態様において、サンプルは、最小限に侵襲的な手段によって獲得され、例えば血液であり得る。DNAは抽出され得、かつ標準的な制限酵素で細かく切られ得る。これは、どの染色体コンフォメーションが保持されかつEpiSwitch(商標)プラットフォームで検出されるかをあらかじめ判定し得る。サンプルが患者から以前に獲得された血液サンプルである一態様において、記載される方法は、手順が最小限に侵襲的であるため有利である。水平移動を含めた、組織と血液との間での染色体相互作用の同時性により、血液サンプルを用いて、疾患に関連した組織などの組織における染色体相互作用を検出し得る。癌などのある特定の病状に関しては、変異による遺伝子ノイズが、関連組織における染色体相互作用「シグナル」に影響を及ぼし得、それゆえ血液を用いることが有利である。
本発明は核酸を提供する。これらは、本明細書に記載された第1および第2の特性のいずれかと同じ、またはいずれかの特性を有する。本発明の核酸は、典型的に、染色体相互作用において一体となる染色体の2つの領域の一方由来の配列をそれぞれが含む2つの部分を含む。典型的に、それぞれの部分は、少なくとも8、10、15、20、30、または40ヌクレオチド長、例えば10〜40ヌクレオチド長である。好ましい核酸は、とくに核酸がいずれかの表に関連した病状に関連した態様において用いられる場合、表中で言及される遺伝子のいずれか由来の配列を含む。好ましい核酸は、特異的な病状、またはそのような配列のフラグメントおよび/またはホモログに対して、表中で言及される特異的プローブ配列を含む。好ましくは、核酸はDNAである。特異的配列が提供される場合、本発明は、特定の態様において必要に応じて相補的配列を用い得ると理解される。
第二の核酸配列のセットは、指標配列のセットであるという機能を有し、かつ本質的に、サブグループ特異的配列を同定するのに適している核酸配列のセットである。それらは、「バックグラウンド」染色体相互作用に相当し得、かつ何らかのやり方で選択され得るまたは選択され得ない。それらは、一般に、すべての考え得る染色体相互作用の部分集合である。
一つの特定の態様において、第二の核酸のセットには、少なくとも100種の異なる核酸配列、好ましくは少なくとも1000、2000、または5000種の異なる核酸配列、最大で100,000、1,000,000、または10,000,000種の異なる核酸配列が存在する。典型的な数は、1,000〜100,000種の異なる核酸配列など、100〜1,000,000種であると考えられる。これらのすべてまたは少なくとも90%もしくは少なくとも50%は、異なる染色体相互作用に当たると考えられる。一つの特定の態様において、第二の核酸のセットは、100〜10,000種の異なる遺伝子座または遺伝子など、少なくとも20種の異なる遺伝子座もしくは遺伝子、好ましくは少なくとも40種の異なる遺伝子座もしくは遺伝子、およびより好ましくは少なくとも100、少なくとも500、少なくとも1000、または少なくとも5000種の異なる遺伝子座もしくは遺伝子における染色体相互作用に相当する。第二の核酸のセットの長さは、それらが、ワトソン・クリック塩基対合に従って第一の核酸のセットに特異的にハイブリダイズして、サブグループに特異的な染色体相互作用の同定を可能にするのに適している。典型的に、第二の核酸のセットは、染色体相互作用において一体となる2つの染色体領域に配列が対応する2つの部分を含むと考えられる。第二の核酸のセットは、典型的に、長さが少なくとも10、好ましくは20、およびさらに好ましくは30塩基(ヌクレオチド)である核酸配列を含む。別の態様において、核酸配列は、長さが多くても500、好ましくは多くても100、およびさらに好ましくは多くても50塩基対であり得る。好ましい態様において、第二の核酸のセットは、17〜25塩基対の核酸配列を含む。一態様において、第二の核酸配列のセットの少なくとも100、80%、または50%は、上記で記載される長さを有する。好ましくは、異なる核酸は、いかなる重複する配列も有せず、例えば該核酸の少なくとも100%、90%、80%、または50%は、少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって同じ配列を有しない。
第一の核酸のセットは、通常、本明細書において言及される任意のそのような特徴など、コンパニオン診断に関連した特徴の有無によって規定される2つまたはそれを上回る数の個別のサブグループにあることが知られる個体由来である。第一の核酸は、本明細書において言及される第二の核酸のセットの特徴および特性のいずれかを有し得る。第一の核酸のセットは、通常、本明細書において記載される処置および処理、とくにEpiSwitch(商標)の架橋および切断工程を受けている個体由来のサンプルに由来する。典型的に、第一の核酸のセットは、個体から採取されたサンプルに存在する染色体相互作用のすべてまたは少なくとも80%もしくは50%に相当する。
本発明は、「第二」核酸などの本発明の、少なくとも200、少なくとも500、少なくとも1000、少なくとも5000、または少なくとも10,000種の異なる核酸のライブラリーを提供する。本発明は、典型的に少なくとも200種の異なる核酸を含む、核酸の特定のライブラリーを提供する。ライブラリーは、アレイに結合している核酸の形態にあり得る。
本発明は、第一の核酸のセットおよび第二の核酸のセット由来の全体的にまたは部分的に相補的な核酸配列がハイブリダイズするのを可能にするための手段を要する。一態様において、第一の核酸のセットのすべてと第二の核酸のセットのすべてとを単一アッセイで、すなわち単一ハイブリダイゼーション工程で接触させる。しかしながら、任意の適切なアッセイが用いられ得る。
本明細書において言及される核酸は、好ましくは成功するハイブリダイゼーションの検出を支援するフルオロフォア(蛍光分子)または放射性標識などの独立した標識を用いて標識され得る。ある特定の標識は、UV光の下で検出され得る。
本発明は、染色体相互作用、典型的には5〜20または5〜500種のそのような相互作用、好ましくは20〜300または50〜100種の相互作用の有無を検出して、個体における特徴の有無を判定する工程を含む方法を提供する。好ましくは、染色体相互作用は、本明細書において言及される遺伝子のいずれかにおけるものである。1つの態様において、例えば方法が、それらの表において規定される特徴の有無を判定する目的のためのものである場合、型付けされる染色体相互作用は、本明細書に開示された関連する表のいずれか1つ以上で開示される核酸によって表されるものである。
本発明の方法は、本明細書において言及される特異的な病状または特徴のいずれかの存在を検出するために用いられ得、そして好ましくは、
−(とくにヒトにおける)多発性硬化症患者におけるIFN−B(IFN−β)治療への応答性、および/または
−(とくにヒトにおける)再発寛解型多発性硬化症になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)一次性進行型多発性硬化症の可能性、および/または
−(とくにヒトにおける)筋萎縮性側索硬化症(ALS)の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)急速進行性筋萎縮性側索硬化症(ALS)の疾患状態になりやすい傾向、および/または(とくにヒトにおける)侵攻性2型糖尿病の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)2型糖尿病の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)前2型糖尿病の状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)1型糖尿病の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)全身性エリテマトーデス(SLE)の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)潰瘍性結腸炎の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−(とくにヒトにおける)潰瘍性結腸炎患者に対する結腸直腸癌の再発の可能性、および/または
−(とくにヒトにおける)神経線維腫症患者に対する悪性末梢神経鞘腫瘍の可能性、および/または
−(とくにヒトにおける)前立腺癌および/または侵攻性前立腺癌を発症する可能性、および/または
−とくにヒトにおける、神経変性の疾患もしくは病状、好ましくはアルツハイマー病、軽度認知障害、血管性認知症、レビー小体を有する認知症、前頭側頭型認知症などの認知症、もしくはより好ましくはアルツハイマー病、最も好ましくはβ−アミロイド凝集体誘導性アルツハイマー病を発症する可能性および/またはそれらになりやすい傾向;および/または
−とくに記憶および/または認知に関して、認知症患者(好ましくはアルツハイマー病患者、より好ましくはβ−アミロイド凝集体を有するアルツハイマー病患者)とアルツハイマー病を有しない認知障害患者との比較;および/または
−関節リウマチ患者におけるメトトレキサートへの応答性;および/または
−急性骨髄性白血病に対する療法への応答性;および/または
−黒色腫における再発の可能性;および/または
−黒色腫における抗PD−1治療への応答性
を検出するために用いられる。
−DLBCL_ABC:びまん性大細胞型B細胞リンパ腫亜型活性化B細胞
−DLBCL_GBC:びまん性大細胞型B細胞リンパ腫亜型胚中心B細胞
−HCC:肝細胞癌腫
−HCC_HEPB:B型肝炎ウイルスを有する肝細胞癌腫
−HCC_HEPC:C型肝炎ウイルスを有する肝細胞癌腫
−HEPB+R:寛解期にあるB型肝炎
−Pca_クラス3:前立腺癌ステージ3
−Pca_クラス2:前立腺癌ステージ2
−Pca_クラス1:前立腺癌ステージ1
−BrCa_Stg4:乳癌ステージ4
−BrCa_Stg3B:乳癌ステージ3B
−BrCa_Stg2A:乳癌ステージ2A
−BrCa_Stg2B:乳癌ステージ2B
−BrCa_Stg1A:乳癌ステージ1A
−BrCa_Stg1:乳癌ステージ1
検査される対象となる個体は、本明細書において言及される任意の疾患の病状または特徴の任意の症状を有しても有しなくてもよい。個体は、任意のそのような病状または特徴の危険性があり得る。個体は、病状または特徴から回復している可能性があるまたは回復する過程にあり得る。個体は、好ましくは霊長類、ヒト、非ヒト哺乳類または齧歯類などの哺乳類である。個体は、雄または雌であり得る。個体は、30歳またはそれよりも高齢であり得る。個体は、29歳またはそれよりも若齢であり得る。
ある特定の態様において、本発明の方法を行って、遺伝子改変に関連したまたはそれによって影響される染色体相互作用を検出し得る、すなわちサブグループは、遺伝子改変の点において異なり得る。明らかに、改変は、(非ヒト)生命体全体または細胞などの生命体の一部のものであり得る。第一の核酸のセットは、その一つは規定の遺伝子改変を有し、かつ一つは遺伝子改変を有しない少なくとも2つのサブグループ由来であり得、そして該方法は、どの染色体相互作用が遺伝子改変に関連しおよび/またはそれによって影響を受けるかを判定し得る。改変は、CRISPR技術を含めた任意の適切な手段によって達成され得る。
a)標的配列とハイブリダイズするCRISPR−CasシステムガイドRNAをコードする少なくとも1つのヌクレオチド配列に作動可能に連結された、真核細胞において作動可能な第一の調節エレメント、および
b)II型Cas9タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された、真核細胞において作動可能な第二の調節エレメント
を含む1種または複数種のベクターを含み、構成要素(a)および(b)は、該システムの同じまたは異なるベクター上に位置し、それによってガイドRNAは標的配列を標的にし、かつCas9タンパク質はDNA分子を切断し、それによって少なくとも1種の遺伝子産物の発現は変更され;そして、Cas9タンパク質およびガイドRNAは天然には一緒に生じず、好ましくは各RNAガイド型エンドヌクレアーゼは、Cas9タンパク質に由来しかつ少なくとも2つのヌクレアーゼドメインを含み、そして任意で、2種のRNAガイド型エンドヌクレアーゼのそれぞれのヌクレアーゼドメインの一方は、各RNAガイド型エンドヌクレアーゼが二本鎖配列の一方の鎖を切断するように改変され、そして2種のRNAガイド型エンドヌクレアーゼは、染色体配列に二本鎖断裂を一緒に導入し、それは、染色体配列が改変されるようなDNA修復方法によって修復される。
本発明のすべての局面に関して、好ましい遺伝子領域、遺伝子座、遺伝子、および染色体相互作用が表中で、例えば表1〜18、22、24、26、27、39〜41、43〜46、48〜49、および52で言及される。典型的に、本発明の方法の染色体相互作用は、表中で挙げられる関連遺伝子のうちの少なくとも1、3、10、20、30、または50種から検出される。好ましくは、本明細書における表の任意の1つにおけるプローブ配列によって表される関連する特異的染色体相互作用のうちの少なくとも1、3、10、20、30、または50種の有無が検出される。好ましくは、表のいずれか、例えば44、45、47、または52におけるプライマー配列によって表される関連する特異的染色体相互作用のうちの少なくとも1、3、10、20、30、または50種の有無が検出される。
本明細書における表は、病状(第一の言及される群)に存在しかつ対照群、典型的にしかしながら必ずではなく健常個体(第二の言及される群)に存在しない染色体相互作用に相当する、プローブ(Episwitch(商標)マーカー)データまたは遺伝子データを示している。プローブ配列は、染色体相互作用において一体となっている遺伝子領域の両方の部位から生成されるライゲーションした産物を検出するために用いられ得る配列を示している、すなわちプローブは、ライゲーションした産物における配列と相補的である配列を含むと考えられる。第一の2組の開始−終結箇所はプローブ箇所を示しており、そして第二の2組の開始−終結箇所は関連する4kb領域を示している。以下の情報は、プローブデータ表において提供される。
−HyperG_Stats:超幾何学的濃縮のパラメーターに基づく、遺伝子座における有意なEpiSwitch(商標)マーカーのその数を見出す確率に対するp値
−プローブカウント合計:遺伝子座における検査されたEpiSwitch(商標)コンフォメーションの合計数
−プローブカウントSig:遺伝子座における統計的に有意であると見出されたEpiSwitch(商標)コンフォメーションの数
−FDR HyperG:多重検定(偽発見率)補正された超幾何学的p値
−パーセントSig:遺伝子座における検査されたマーカーの数に対する、有意なEpiSwitch(商標)マーカーのパーセンテージ
−logFC:エピジェネティック比(FC)の2を底とする対数
−AveExpr:すべてのアレイおよびチャネルにわたるプローブに対する平均log2表現
−T:加減されたt統計量
−p値:生のp値
−adj.p値:調整されたp値またはq値
−B−B統計(ロッドまたはB)は、その遺伝子が差異的に発現するという対数オッズである。
−FC−非対数倍変化
−FC_1−ゼロを中心とする非対数倍変化
−LS−二元値、これはFC_1値に関係する。−1.1を下回るFC_1値、それは−1に設定され、かつFC_1値が1.1を上回る場合、それは1に設定される。それらの値の間で、値は0である。
開始1−フラグメント1上のTaqI部位の30塩基上流
終結1−フラグメント1上のTaqI制限部位
開始2−フラグメント2上のTaqI制限部位
終結2−フラグメント2上のTaqI部位の30塩基下流
4kb配列位置:
開始1−フラグメント1上のTaqI部位の4000塩基上流
終結1−フラグメント1上のTaqI制限部位
開始2−フラグメント2上のTaqI制限部位
終結2−フラグメント2上のTaqI部位の4000塩基下流
−GLMNET−lasso全体またはelastic−net正則化をフィッティングするための手順。0.5に設定されたλ(elastic−net)
−GLMNET_1−1に設定されたλ(lasso)
−FP−正確フィッシャー検定P値
−フィッシャーのP値−フィッシャーの正確検定P値
−Coef−ロジスティック回帰係数、e(e^X)を係数の力まで高めた場合、変数に対するオッズ比が得られる
−S.E.−標準誤差
−Wald−Wald方程式統計。Wald統計は、モデル係数の最大尤度概算は0に等しいというWald検定の一部である。該検定は、最大尤度概算と0との間の差は、漸近的に通常分布すると想定する。
−Pr(>|Z|)−ロジスティックモデル内のマーカーに対するP値。<0.05を下回る値は統計的に有意であり、かつロジスティックモデルにおいて用いられるべきである。
サンプルを調製する方法および染色体コンフォメーションを検出する方法が、本明細書において記載される。例えばこの節で記載されるように、これらの方法の最適化された(非従来的な)バージョンが用いられ得る。
本発明の方法は、種々のやり方で記載され得る。それは、(i)染色体相互作用において一体となっている染色体領域をインビトロ架橋する工程;(ii)架橋したDNAを切り取りまたは制限消化切断に供する工程;および(iii)架橋した切断されたDNA末端をライゲーションして、ライゲーションした核酸を形成する工程、を含むライゲーションした核酸を作製する方法であって、該ライゲーションした核酸の検出を用いて、遺伝子座における染色体状態を判定し得、そして好ましくは、
−遺伝子座は、本明細書において言及される遺伝子座、領域、もしくは遺伝子のいずれかであり得、
−かつ/あるいは、染色体相互作用は、本明細書において言及されるもしくは表中で開示されるプローブのいずれかに当たる染色体相互作用のいずれかであり得、かつ/あるいは
−ライゲーションした産物は、(i)本明細書において開示されるプローブ配列のいずれかと同じであるもしくは相同である配列;または(ii)(ii)と相補的である配列を有し得るまたは含み得る
方法として記載され得る。
−サブグループは、本明細書において言及される特徴の有無によって規定され、および/または
−染色体状態は、本明細書において言及される任意の遺伝子座、領域、もしくは遺伝子にあり得;および/または
−染色体相互作用は、本明細書において言及されるもの、もしくは本明細書において開示されるプローブのいずれかに当たるもののいずれかであり得る
方法として記載され得る。
種々の疾患状況の間で共有される相互作用についての知識を用いて、病状に対する新たな治療を同定し得る。ゆえに、共有される染色体相互作用が生じる遺伝子座に作用する、特定の病状に対する公知の療法を用いて、該染色体相互作用が関連する他の病状を治療し得る。ゆえに、一態様において、本発明は、その病状と関連がある染色体相互作用が、第二の病状とも関連があるかどうかを判定する工程、および、第一の病状を治療するための、第二の病状を治療しかつ該染色体相互作用が生じる遺伝子座に作用する薬物を選択する工程を含む、第一の病状を治療するための療法を選択する方法を含み、任意で、
−染色体相互作用は、本明細書における表の任意の1つにおいて規定されるものであり、および/または
−染色体相互作用は、本明細書において言及される方法によって同定され、および/または
−該遺伝子座は、本明細書における表で言及される任意の領域もしくは遺伝子であり、および/または
−該第一の病状および/または該第二の病状は、本明細書において言及される異なる病状である。
異なる病状に関連した染色体相互作用についての解析は、一部の相互作用がそれらの両方において生じ、かつ共通のメカニズムまたは原因など、根底にある共通の特徴に相当することを示している。そのような染色体相互作用を、「一般的」診断検査の基礎として用いて、同じ共通の特徴を有する病状を検出し得る。それゆえ、本発明は、方法が、多数の病状(2、3、4、5つ、またはそれを上回る数の病状など)の共通の特徴に対する一般的診断検査として行われる態様を提供し、1つ以上の病状に共通する染色体相互作用の存在が判定され、任意で、
−染色体相互作用は、異なる病状に対して本明細書における1つ以上の表で言及され、および/または
−共通の特徴は、自己免疫疾患および/または神経学的病状のものである。
ポリヌクレオチド/核酸(例えば、DNA)配列のホモログが、本明細書において触れられる。そのようなホモログは、典型的に、例えば少なくとも10、15、20、30、100個以上の連続ヌクレオチドの領域にわたって、または染色体相互作用に関与する染色体の領域由来である核酸の部分にわたり、少なくとも70%の相同性、好ましくは少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の相同性を有する。相同性は、ヌクレオチド同一性に基づいて算出され得る(時には、「厳密な相同性(hard homology)」と称される)。
第二の核酸のセットがアレイに結合され得、そして一態様において、好ましくは少なくとも300、900、2000、または5000個の遺伝子座に相当する、アレイに結合している少なくとも15,000、45,000、100,000、または250,000種の異なる第二の核酸が存在する。一態様において、第二の核酸の種々の集団のうちの1つ、または複数、またはすべては、アレイの1つを上回る数の個別の領域に結合され、事実上アレイで反復され、エラー検出を可能にする。アレイは、Agilent SurePrint G3 Custom CGHマイクロアレイプラットフォームに基づく。アレイへの第一の核酸の結合の検出は、二色システムによって実施され得る。
治療剤が本明細書において言及される。本発明は、関連する病状を阻止するまたは治療することにおける使用のためのそのような薬剤を提供する。これは、必要としている個体に治療上効果的な量の薬剤を投与する工程を含み得る。本発明は、疾患を阻止するまたは治療するための医薬の製造における薬剤の使用を提供する。本発明の方法を用いて、治療に対する個体を選択し得る。本発明の方法、とくにコンパニオンエピジェネティック検査を実行するための方法は、該方法によって同定された人に、次いで、関連する病状を阻止するまたは治療する薬剤を投与し得る治療工程を含み得る。
本明細書において言及される核酸または治療剤などの物質のいずれも、精製したまたは単離した形態にあり得る。それらは(The)、天然に見出されるものとは異なる形態にあり得、例えばそれらは、それらが天然ではともに生じない他の物質と組み合わせて存在し得る。核酸(本明細書において規定される配列の一部分を含む)は、天然に見出されるものと異なる配列を有し得、例えば、相同性に関する節で記載される配列において、少なくとも1、2、3、4個、またはそれを上回る数のヌクレオチド変化を有する。核酸は、5’または3’末端に異種配列を有し得る。核酸は、天然に見出されるものとは化学的に異なり得、例えばそれらは何らかのやり方で修飾され得るが、好ましくはなおもワトソン・クリック塩基対合が可能である。適当な場合には、核酸は、二重鎖または一本鎖の形態で提供される。本発明は、本明細書において言及される特異的核酸配列のすべてを一本鎖または二本鎖の形態で提供し、ゆえに開示される任意の配列に対する相補鎖を含む。
A.再発寛解型多発性硬化症(RRMS)になりやすい傾向
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇疾患修飾性療法(DMT):
●注射可能な医薬
・アボネックス(Avonex)(インターフェロンβ−1a)
・ベタセロン(Betaseron)(インターフェロンβ−1b)
・コパキソン(Copaxone)(グラチラマー酢酸塩)
・エクスタビア(Extavia)(インターフェロンβ−1b)
・グラトパ(Glatopa)(グラチラマー酢酸塩)
・プレグリディ(Plegridy)(ペグインターフェロンβ−1a)
・レビフ(Rebif)(インターフェロンβ−1a)
●経口医薬
・オーバジオ(Aubagio)(テリフルノミド)
・ジレニア(Gilenya)(フィンゴリモド)
・テクフィデラ(Tecfidera)(フマル酸ジメチル)
●点滴医薬
・レムトラダ(Lemtrada)(アレムツズマブ)
・ノバントロン(Novantrone)(ミトキサントロン)
・タイサブリ(Tysabri)(ナタリズマブ)
〇再発管理:
●高用量静脈内ソルメドロール(Solu-Medrol)(登録商標)(メチルプレドニゾロン)
●高用量経口デルタゾン(Deltasone)(登録商標)(プレドニゾン)
●H.P.アクサーゲル(H.P. Acthar Gel)(ACTH)
〇ステロイド
●メチルプレドニゾロン
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇ステロイド
〇全身リンパ節放射線療法、シクロスポリン、メトトレキサート、2−クロロデオキシアデノシン、シクロホスファミド、ミトキサントロン、アザチオプリン、インターフェロン、ステロイド、および免疫グロブリンなどの免疫抑制療法
〇コパキソン
〇オクレリズマブ(Genetech)
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇リルゾール
〇バクロフェン
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇メトホルミン
〇スルホニルウレア、例えば:
・グリベンクラミド(glibenclamide)
・グリクラジド(gliclazide)
・グリメピリド(glimepiride)
・グリピジド(glipizide)
・グリキドン(gliquidone)
〇グリタゾン(チアゾリジンジオン、TZD)
〇グリプチン(DPP−4阻害剤)、例えば:
・リナグリプチン(Linagliptin)
・サキサグリプチン(Saxagliptin)
・シタグリプチン(Sitagliptin)
・ビルダグリプチン(Vildagliptin)
〇GLP−1アゴニスト、例えば:
・エキセナチド(Exenatide)
・リラグルチド(Liraglutide)
〇アカルボース
〇ナテグリニドおよびレパグリニド
〇インスリン治療
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇ランタス(Lantus)皮下
〇ランタスソロスター(Solostar)皮下
〇レベミル(Levemir)皮下
〇ノボログフレックスペン(Novolog Flexpen)皮下
〇ノボログ皮下
〇ヒューマログ(Humalog)皮下
〇ノボログミックス70−30フレックスペン皮下
〇シムリンペン(SymlinPen)60皮下
〇ヒューマログクイックペン(KwikPen)皮下
〇シムリンペン120皮下
〇ノボリン(Novolin)R注射
〇Toujeoソロスター皮下
〇アピドラ(Apidra)皮下
〇ヒューマログミックス75−25皮下
〇ヒューマリン(Humulin)70/30皮下
〇ヒューマログミックス75−25クイックペン皮下
〇ノボリンN皮下
〇ヒューマリンR注射
〇ノボリン70/30皮下
〇インスリンデテミル(detemir)皮下
〇レベミルフレックスタッチ(FlexTouch)皮下
〇ヒューマリンN皮下
〇インスリングラルギン(glargine)皮下
〇アピドラソロスター皮下
〇インスリンリスプロ(lispro)皮下
〇インスリンレギュラーヒト注射
〇インスリンレギュラーヒト吸入
〇ヒューマログミックス50−50クイックペン皮下
○インスリンアスパルト(aspart)皮下
〇ノボログミックス70−30皮下
〇ヒューマログミックス50−50皮下
〇アフレッツァ(Afrezza)吸入
〇インスリンNPHヒト組換え(recomb)皮下
〇インスリンNPHおよびレギュラーヒト皮下
〇インスリンアスパルトプロタミン−インスリンアスパルト皮下
〇ヒューマリン70/30クイックペン皮下
〇ヒューマリンNクイックペン皮下
〇トレシーバ(Tresiba)フレックスタッチU−100皮下
〇トレシーバフレックスタッチU−200皮下
〇インスリンリスプロプロタミンおよびリスプロ皮下
〇プラムリンタイド(pramlintide)皮下
〇インスリングルリジン(glulisine)皮下
〇ノボログペンフィル(PenFill)皮下
〇インスリンデグルデク(degludec)皮下
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇非ステロイド性抗炎症薬(NSAIDS):イブプロフェン、ナプロキセン、およびジクロフェナク
〇ヒドロキシクロロキン
〇コルチコステロイド(Corticosteriod)
〇免疫抑制剤:アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノール酸モフェチル、およびシクロホスファミド
〇リツキシマブ
〇ベリムマブ
〇コルチコステロイド:プレドニゾン、コルチゾン、およびヒドロコルチゾン
〇NSAIDs:インドメタシン(インドシン(Indocin))、ナブメトン(レラフェン(Relafen))、およびセレコキシブ(セレブレックス(Celebrex))
〇抗炎症剤:アスピリンおよびアセトアミノフェン(タイレノール(Tylenol))
〇疾患修飾性抗リウマチ薬(DMARD):ヒドロキシクロロキン(プラケニル(Plaqenil))、シクロスポリン(ゲングラフ(Gengraf)、ネオーラル(Neoral)、サンディミュン(Sandimmune))、およびアザチオプリン(アザサン(Azasan)、イムラン(Imuran))
○抗マラリア剤:クロロキン(アラレン(Aralen))およびヒドロキシクロロキン(プラケニル)
〇BLyS特異的阻害剤またはモノクローナル抗体(MAbS):ベリムマブ(ベンリスタ(Benlysta))
〇免疫抑制性薬剤/免疫変調剤:アザチオプリン(イムラン)、メトトレキサート(リウマトレックス(Rheumatrex))、およびシクロホスファミド(シトキサン(Cytoxan))
〇抗凝固剤:低用量アスピリン、ヘパリン(カルシパリン(Calciparine)、リクエミン(Liquaemin)、およびワルファリン(クマジン(Coumadin))
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇抗炎症薬:アミノサリチレート−スルファサラジン(アザルフィジン(Azulfidine))、ならびにメサラミン(アサコール(Asacol)、リアルダ(Lialda)、ロワサ(Rowasa)、カナサ(Canasa)、他)、バルサラジド(コラザール(Colazal))、およびオルサラジン(ジペンタム(Dipentum))を含めたある特定の5−アミノサリチレート、ならびにコルチコステロイド−プレドニゾンおよびヒドロコルチゾン
〇免疫系抑制因子(supressor):アザチオプリン(アザサン、イムラン)、メルカプトプリン(プリントール(Purinethol)、プリキサム(Purixam))、シクロスポリン(ゲングラフ、ネオーラル、サンディミュン)、インフリキシマブ(レミケード(Remicade))、アダリムマブ(ヒュミラ(Humira))、ゴリムマブ(シンポニ(Simponi))、およびベドリズマブ(エンティビオ(Entyvio))
〇潰瘍性結腸炎の特異的症状を管理するための他の医薬
・抗生物質
・抗下痢医薬
・鎮痛剤
・鉄補給剤
■病状を治療するために用いられる薬物:
アミノサリチレート
UCステロイド
アザチオプリン
■治療
MPNSTに対する治療には、外科手術、放射線療法、および化学療法が含まれる。
■病状を治療するために用いられる薬物:
・黄体形成ホルモン放出ホルモン(LHRH)アゴニスト
・抗アンドロゲン治療
・組み合わせLHRHおよび抗アンドロゲン治療
〇ステロイド
〇他の医学的治療:
・アビラテロン(Abiraterone)
・エンザルタミド(Enzalutamide)
・ドセタキセル(タキソテール(Taxotere)(登録商標))
・カルボプラチンまたはシスプラチン化学療法
■病状を治療するために用いられる薬物:
〇ドネペジル(Donepezil)
〇リバスチグミン(Rivastigmine)
〇ガランタミン(Galantamine)
●メマンチン(Memantine)
本明細書において言及されるすべての刊行物の内容は、参照により本明細書に組み入れられ、そして本発明に関連する特質をさらに規定するために用いられ得る。
EpiSwitch(商標)プラットフォーム技術は、遺伝子座における正常および異常な病状の間での調節的変化についてのエピジェネティックな調節的シグネチャーを検出する。EpiSwitch(商標)プラットフォームは、染色体コンフォメーションシグネチャーとしても知られるヒト染色体の調節的高次構造と関連がある遺伝子調節の基本的なエピジェネティックレベルを同定しかつモニターする。染色体シグネチャーは、遺伝子脱調節のカスケードにおける個別の一次工程である。それらは、DNAメチル化およびRNAプロファイリングなど、後期エピジェネティックおよび遺伝子発現のバイオマーカーを利用するバイオマーカープラットフォームに対して、固有の一連の利点を有する高次バイオマーカーである。
カスタムEpiSwitch(商標)アレイスクリーニングプラットフォームは、15K、45K、100K、および250Kの固有の染色体コンフォメーションという4つの密度があり、それぞれのキメラフラグメントはアレイで4回反復され、それぞれ60K、180K、400K、および10万という効果的な密度を作製する。
15KのEpiSwitch(商標)アレイは、EpiSwitch(商標)バイオマーカー発見技術で詮索された300個前後の遺伝子座を含むゲノム全体をスクリーニングし得る。EpiSwitch(商標)アレイは、Agilent SurePrint G3 Custom CGHマイクロアレイプラットフォームに構築され;この技術は、60K、180K、400K、および10万個という4つの密度のプローブを付与する。各EpiSwitch(商標)プローブは四つ組として提示されるため、アレイあたりの密度は15K、45K、100K、および250Kに減り、ゆえに再現性についての統計的評価を可能にする。遺伝子座あたりの詮索される潜在的EpiSwitch(商標)マーカーの平均数は50であり;そのため、検討され得る遺伝子座の数は300、900、2000、および5000である。
EpiSwitch(商標)アレイは、1組のサンプルを有する二色システムであり、EpiSwitch(商標)ライブラリー生成の後、Cy5で標識され、かつ比較/解析される対象となるサンプル(対照)の他方はCy3で標識される。アレイは、Agilent SureScanスキャナーを用いてスキャンされ、かつ結果として生じた特質は、Agilent Feature Extractionソフトウェアを用いて抽出される。次いで、データは、RにおけるEpiSwitch(商標)アレイ処理スクリプトを用いて処理される。アレイは、RにおけるBioconductorにおける標準的な二色パッケージ:Limma*を用いて処理される。アレイの正規化は、Limma*におけるアレイ内正規化機能を用いてなされ、かつこれは、オンチップのAgilent陽性対照およびEpiSwitch(商標)陽性対照に対してなされる。データはAgilent Flagコールに基づいてフィルターにかけられ、Agilent対照プローブは除去され、かつ技術的複製プローブは平均化されて、それらはLimma*を用いて解析される。プローブは、比較されておりかつ次いで偽発見率(False Discover rate)を用いることによって補正されている2つのシナリオ間でのそれらの差に基づいてモデル化される。<1または>1でありかつp=0.01のFDR p値を通過する、<30%の変動係数(CV)を有するプローブが、さらなるスクリーニングに用いられる。プローブセットを縮小するために、さらなる多因子分析が、RにおけるFactorMineRパッケージを用いて実施される。
EpiSwitch(商標)スクリーニングアレイを、RにおけるEpiSwitch(商標)解析パッケージを用いて処理して、EpiSwitch(商標)PCRプラットフォームへの転換のための高い値のEpiSwitch(商標)マーカーを選択する。
プローブを、改変した線形回帰モデルの産物であるそれらの補正p値(偽発見率、FDR)に基づいて選択する。p値≦0.1より下のプローブが選択され、次いでそれらのエピジェネティック比(ER)によってさらに縮小され、さらなる解析に選択されるためにプローブERは≦−1.1または≧1.1でなければならない。最後のフィルターは変動係数(CV)であり、プローブは≦0.3より下でなければならない。
統計リストからの上位40種のマーカーが、PCR転換に対するマーカーとしての選択のためにそれらのERに基づいて選択される。最も高いの負のER負荷を有する上位20種のマーカー、および最も高い正のER負荷を有する上位20種のマーカーがリストを形成する。
工程1からの結果として生じたマーカーである統計的に有意なプローブが、超幾何学的濃縮(HE)を用いたエンリッチメント解析の基盤を形成する。この解析は、有意なプローブリストからのマーカー縮小を可能にし、かつ工程2からのマーカーとともに、EpiSwitch(商標)PCRプラットフォームに転換されるプローブのリストを形成する。
アレイの設計
1.遺伝子座をSIIソフトウェア(現在、v3.2)を用いて処理して、
a.これらの特異的遺伝子座におけるゲノムの配列(50kb上流および20kb下流を有する遺伝子配列)を取り出す。
b.この領域内の配列がCC’sに関与している確率を規定する。
c.特異的REを用いて配列を切る。
d.制限フラグメントが、ある特定の配向で相互作用する可能性があるかを判定する。
e.一緒に相互作用する種々のCC’sの可能性をランク付けする。
2.アレイサイズ、それゆえ利用可能なプローブ箇所の数(x)を判定する。
3.x/4個の相互作用を取り出す。
4.各相互作用に対して、パート1からの制限部位まで30bpかつパート2の制限部位まで30bpの配列を規定する。それらの領域が反復でないことをチェックし、そうであれば除外し、かつリストの下にある次の相互作用を選ぶ。両方の30bpをつなぎ合わせてプローブを規定する。
5.x/4個のプローブ、それに加えて規定の対照プローブのリストを創出し、かつ4回複製して、アレイ上に創出される対象となるリストを創出する。
6.カスタムCGHアレイに対するAgilent Sure designウェブサイトにプローブのリストをアップロードする。
7.プローブ群を用いて、AgilentカスタムCGHアレイを設計する。
1.鋳型産生のために、EpiSwitch(商標)SOPを用いてサンプルを処理する。
2.アレイ処理研究室によって、エタノール沈殿で浄化する。
3.Agilent SureTag complete DNA labelling kitのAgilent Oligonucleotide Array−based CGH for Genomic DNA Analysis Enzymatic labelling for Blood, Ceils or Tissuesのとおりサンプルを処理する。
4.Agilent feature extractionソフトウェアを用いたAgilent C Scannerを用いてスキャンする。
実施例1−筋萎縮性側索硬化症(ALS)
運動ニューロン疾患の筋萎縮性側索硬化症(ALSまたはルー・ゲーリック病)は、中枢神経系における一次運動ニューロンの進行性の死滅によって特徴付けされる致死性神経変性疾患である。症状には、筋肉の弱まりおよび筋肉消耗、嚥下困難および毎日の業務に取り組むことの困難が含まれる。疾患が進行するにつれて、呼吸に関わる筋肉は徐々に落ち、呼吸することの困難、そして最終的に死を引き起こす。ALSは、100,000人あたり2人という平均有病率を有するが、英国および米国ではより高く、最大100,000人あたり5人を有する。該病状を有する、米国には50,000人を上回る患者、そして英国には5,000人を上回る患者がいると概算される。ALS罹患者に関する死亡率は高く:ALSを有するという診断からの生存期間中央値(すなわち、患者の50%が死んでいる時点)は、種々の調査により変動するが、最も確実な(先入観のない)集団調査において、それは18〜30ヶ月の範囲を有して約22ヶ月である。公知の治癒法がなく、ALSの治療は支持ケアに焦点を合わせる。ALS患者に寿命のわずかな増加、しかしながら症状の最低限の改善を提供するリルゾールという、治療に現在認可された唯一の薬物がある。ALSの生物学的基礎の徹底的な研究にもかかわらず、治療の診断および方法、ならびに疾患進行のモニタリングは、依然として難題のままである。そのような予後検査は、臨床的不均一性の生物学的仲介因子に従った患者の下位層別化を可能にし、急速なおよび緩徐な進行因子を同定することによってより精密な予後およびケア計画を潜在的に可能にすることによって、ALS罹患者に大きな利益を与えるであろう。OBDは、ALS対健常対照、および急速進行性ALS対緩徐進行性ALSを層別化するための、ALSに対する診断的、予後的、および予測的なEpiSwitch(商標)バイオマーカーを開発しかつ検証するためのEpiSwitch(商標)マーカーを発見している。
2型糖尿病(T2DMとしても知られる)は、糖尿病の最もよく見られる形態である。糖尿病は、血中糖レベルを調節する十分なインスリンホルモンを産生しない膵臓、またはインスリン感度の低下によりそれが産生するホルモンを効果的に使用し得ていない身体、のいずれかにより生じ得る。最近まで、T2DMは成人においてのみ診断されていたが、それは今、子どもおよび若年成人において生じている。世界保健機構(WHO)によれば、糖尿病は、世界的に34,600万人の罹患者を有するパンデミックレベルに達し、そしてその発生率は2030年までに倍増すると予測される。2004年だけで、およそ340万人の人々が、糖尿病およびその合併症の結果として死亡しており、死亡の大多数は低所得および中所得の国で生じている。T2DMの発生率は、老齢人口、運動の不足および喫煙などの生活習慣の変化、ならびに食事および肥満が原因で増加している。T2DMはインスリン依存性ではなく、そして食事、運動などの生活習慣の変化によって制御され得、かつ医薬でさらに補助され得る。インスリンで治療された個体は、重度の低血糖症(低い血中グルコースレベル)を発症するより高い危険性があり、ゆえに彼らの医薬および血中グルコースレベルは、日常的モニタリングを要する。一般的に、確立されたT2DMを有するより高齢の個体ほど、心血管疾患(CVD)および他の合併症のより高い危険性があり、ゆえに通常、最近認識された疾患を有するより若年の成人よりも多くの治療を要する。英国では700万人の人々が、T2DMに進行する危険性を増加させる、前糖尿病の病状による影響を受けていると概算されている。そのような個体は、血中グルコースレベルの上昇によって特徴付けされるが、通常無症状性であり、ゆえに長年見過ごされ得、彼らの健康に徐々に影響を与える。本発明者らは、前糖尿病状態およびT2DMに対する予後的層別化を開発する。前糖尿病状態(前T2DM)対健常対照を層別化するEpiSwitch(商標)マーカー、ならびにT2DM対健常対照を層別化する発見のEpiSwitch(商標)マーカー、および侵攻性T2DM対緩徐型T2DMを層別化する予後マーカーが、本明細書において提示される。
糖尿病(DM)1型(T1DMとしても知られる;かつては、インスリン依存性糖尿病または若年性糖尿病)は、膵臓におけるインスリン産生β細胞の自己免疫破壊により生じる糖尿病の形態である。古典的症状は、多尿症(頻尿)、多飲症(口渇の増加)、多食症(空腹感の増加)、および体重減少である。とはいえ、T1DMは全糖尿病症例の5%を占め、それは、子どもの間で最もよく見られる内分泌系および代謝系の病状の一つである。その原因は不明であるが、遺伝因子および環境誘因の両方が関与していると思われる。世界的に、T1DMを有する人々の数は不明であるが、とはいえ、約80,000人の子どもが毎年該疾患を発症すると概算される。新たな症例の発症は、国および領域によって変動する。米国および北ヨーロッパは、1年あたり100,000件あたり8〜17件の新たな症例に収まる。糖尿病の治療は、血中グルコース、および血管に損傷を与える他の公知の危険因子のレベルを下げることを伴う。インスリンの投与は、生存に必須である。インスリン療法は永久に続けられなければならず、通常、普通の日常活動を損なわない。治療をしないと、糖尿病は、心臓病、脳卒中、腎不全、足部潰瘍、および目への損傷など、多くの深刻な長期合併症を引き起こし得る。急性合併症には、糖尿病性ケトアシドーシスおよび昏睡が含まれる。OBDの糖尿病プログラムは、T1DMの診断的および予後的な層別化のためのEpiSwitch(商標)バイオマーカーの開発に焦点を合わせる。
胃腸管の慢性炎症性疾患である潰瘍性結腸炎(UC)は、毎年100,000人あたり10人の発生率および100,000人あたり243人の有病率を有する、腸の炎症性疾患の最もよく見られるタイプである。とはいえ、UCは、任意の年齢の人々において生じ得、15〜30歳の年齢の間および60歳よりも高齢の人々において発症する可能性がより高い。潰瘍性結腸炎の正確な原因は不明である。しかしながら、過活動の腸管免疫系、家族歴、および環境因子(例えば、情緒的ストレス)が、UCを引き起こすことに役割を果たし得ると思われる。
円板状ループスまたは播種性エリテマトーデスとしても知られる全身性エリテマトーデス(SLE)は、皮膚、関節、腎臓、脳、および他の器官に影響を及ぼす自己免疫疾患である。「ループス」にはいくつか異なる疾患が含まれるものの、SLEはループスの最もよく見られるタイプである。SLEは、発疹、光過敏症、口腔内潰瘍、関節炎、肺および心臓を取り囲む内壁の炎症、腎臓の問題、発作および精神病、ならびに血液細胞異常を含めた、多岐にわたる臨床所見を有する疾患である。症状は、変動し得かつ経時的に変化し得、かつ疾患特異的ではなく、それが診断を困難にする。それは、15〜40歳の年齢でピークの発生を有して、幼児期から高齢までに生じる。集団におけるSLEの報告された有病率は、100,000人あたり20〜150件の症例である。女性では、有病率の割合が、100,000人あたり164人(白人)〜406人(アフリカ系アメリカ人)まで変動する。軽度の疾患の検出の改善により、発生率は、20世紀の過去40年間でほぼ三倍になった。概算される発生率の割合は、北アメリカ、南アメリカ、ヨーロッパ、およびアジアで100,000人あたり1〜25人である。SLEの正確な原因は不明であるが、いくつかの因子が該疾患と関連付けされている。ループスを有する人々は、しばしば、他の自己免疫病状を有する家族メンバーを有する。紫外線、ある特定の医薬、ウイルス、身体的または情緒的なストレス、および心的外傷のような環境誘因があり得る。SLEに対する治癒法はなく、治療は症状を緩和することである。これらは、発現した症状に応じて変動すると考えられ、そして抗炎症医薬、ステロイド、コルチコステロイド、および抗マラリア薬を含み得る。生存は改善してきており、より多くのまたはより軽度の症例が認識されつつあることを示唆する。OBDは、SLEに対する予後シグネチャーを開発している。
多発性硬化症(MS)は、脳および脊髄の両方に影響を及ぼす、中枢神経系(CNS)の後天的な慢性免疫介在性炎症病状である。MSの原因は不明である。遺伝的になりやすい傾向がある人々における環境誘因への異常な免疫応答が、免疫介在性の急性、次いで慢性の炎症をもたらすと思われる。炎症の初期位相の後に、神経系における影響を受けた細胞の進行性変性の位相が続く。MSは、ヨーロッパ、米国、カナダ、ニュージーランド、およびオーストラリアの一画における人々の間でより多く見られ、そしてアジアおよび熱帯地方ではあまり見られない。それは、英国においておよそ100,000人の人々に影響を及ぼす。米国では、MSを有する人々の数は、毎年診断されるおよそ10,000件の新たな症例を有して、約400,000人であると概算される。MSを有する人々は、典型的に20〜40歳の年齢で症状を発症し、視覚および知覚の乱れ、肢の弱まり、歩行の問題、ならびに膀胱および腸の症状を経験する。彼らは初めに部分的な回復を有し得るが、経時的に進行性の障碍を発症する。とはいえ、治癒法はなく、MSを治療しかつ管理するための多くの選択肢がある。それらには、薬物治療、運動および理学療法、食事療法および代替療法が含まれる。MSは、かなりの個人的、社会的、および経済的な重要性を有する、潜在的に非常に支障を来たす障碍である。MSを有する人々は、彼らの作業能に対するかなりの影響、ならびに彼らの生活の質および彼らの家族のそれに対する有害でかつしばしば非常に衰弱させる効果を有して、診断後に長年生存する。OBDのMSプログラムは、一次性進行型と再発寛解型MSとの間の予後的層別化に注目することを伴う。
NF1変異を有する患者において、悪性状態への形質転換は、それが患者のエピジェネティックな背景によって支配されるため、予測するのが困難である。NF2変異体において、疾患の予後は、非常に確実でありかつ遺伝学それ自体によって強く規定される。悪性末梢神経鞘腫瘍(MPNST)対良性叢状を層別化するEpiSwitch(商標)マーカーが本明細書において提示され、濃縮されたデータにおいて329種の上位プローブを示している。
個々の患者の安定したエピジェネティックプロファイルは、シグナル伝達経路の感度を変調し、遺伝子発現を調節し、疾患発症の道筋に影響し、かつ薬物の効果的な作用および治療への応答に関わる調節制御を無効の状態にし得る。ここで、本発明者らは、関節リウマチ(RA)患者のエピジェネティックプロファイルを解析して、メトトレキサート(MTX)治療への非応答者を規定することにおけるその役割を評価した。
スコットランド早期関節リウマチ(SERA)開始コホートに採用されたDMARDナイーブERA患者から、末梢血単核細胞(PBMC)を獲得した。この調査への包含は、中程度から高い疾患活動性(DAS28≧3.2)を有するRAの診断(2010 ACR/EULAR基準を満たす)、およびメトトレキサート(MTX)による後続の単一療法に基づいた。DAS28=28関節の疾患活動性スコア。EULAR=欧州リウマチ学会。ACR=米国リウマチ学会(American College of Rheumatology)。MTX応答性を、以下の基準:応答者−DAS28寛解(DAS28<2.6)または良好な応答(>1.2のDAS28改善、およびDAS28≦3.2)、非応答者−DAS28の改善なし(≦0.6)を用いて、6ヶ月の時点で規定した。4人のMTX応答者、4人のMTX非応答者、および4人の健常対照における染色体コンフォメーションシグネチャー(CCS)についての初回解析に、309個のRA関連遺伝子座を網羅する13,322種の一意的なプローブを含有するEpiSwitch(商標)アレイを用いて着手した。差別化CCSを、LIMMA*線形モデリング、後続の二元フィルタリング、およびクラスター分析によって規定した。30人のMTX応答者および30人の非応答者の検証コホートを、EpiSwitch(商標)PCRプラットフォームを用いて差別化CCSについてスクリーニングした。差別化シグネチャーを、二元スコアおよびロジスティック回帰モデリング、ならびにROC分析**によって判定されるモデルの精度および堅牢性を用いてさらに洗練させた。
*注記:LIMMAは、マイクロアレイ実験における差異的発現を査定するための線形モデルおよび経験ベイズ法である。Limmaは、マイクロアレイまたはRNA−Seqにより生じる遺伝子発現データの解析のためのRパッケージである。
**注記:ROCは、受信者動作特徴を意味しかつROC曲線を指す。ROC曲線は、その弁別閾値が変動するため、二元分類子システムの性能を図解する図式的プロットである。曲線は、様々な閾値設定で偽陽性率に対する真陽性率をプロットすることによって創出される。
患者を応答者(R)および非応答者(NR)に先験的に差別化する能力は、効果的な治療のより早期の導入につながる患者層別化のための貴重なツールであろう。本発明者らは、疾患状態およびMTX応答性を示す、血液由来の白血球における染色体コンフォメーションシグネチャー(CCS)を同定するために、EpiSwitch(商標)バイオマーカー発見プラットフォームを用いた。それによって、本発明者らは、治療ナイーブの早期RA(ERA)患者のMTX RおよびNRへの層別化を可能にする第一の予後分子シグネチャーを提供する、CXCL13、IFNAR1、IL−17A、IL−21R、およびIL−23遺伝子座に含有されるエピジェネティックなシグネチャーを同定した。重要なことには、この層別化モデルは、MTXへのNRに対して92%の感度の予測力を有した。このエピジェネティックなRAバイオマーカーシグネチャーは、ERAと健常対照(HC)との間で識別され得る。この組み合わせの予測的末梢血シグネチャーは、臨床におけるより積極的な療法のより早期の導入を支持し得、RAにおける個別化医療への道を開く。
表27Cおよび続きの表27Dは、とりわけ約54種のDNAプローブ(60マー)およびそれらのDNA配列のリストを示している。これらのプローブは、実施例9で用いられるプローブの一部に相当する。拘束されることなく、表27Cおよび27Dにおいて例証されるプローブのほとんどは、RA−MTX応答者とRA−MTX非応答者との間を層別化するのに重要である/有用である可能性が高いと思われる。示されたプローブを、PCRによってさらに検討した。P値=確率値;adj.=調整された。
結論として、R/NRについての有望な臨床査定に基づく、DMARDナイーブERA患者のエピジェネティックプロファイル分類についての本発明者らの調査は、MTX応答につながるおよびつながらないエピジェネティック状態を弁別する一貫したエピジェネティックなシグネチャーを同定した。これは、本発明者らの知る限りでは、(健常対照に対して)疾患関連であるように見えかつ第一線MTX療法への非応答性を予測し得る、早期RA患者における安定したかつ選択的に差別化する血液に基づくエピジェネティックバイオマーカーの最初の例である。このモデルは、臨床業務内で近い将来日常的に利用可能である可能性を有する、5種の条件付きCCSおよび産業用ISO−13485のEpiSwitch(商標)プラットフォームによるそれらの検出に基づく有効な分類子を有して、直接的かつ実際的な利益を付与する。重要なことには、この予測的シグネチャーを取り入れることによって、MTXナイーブERA患者をRおよびNRコホートに層別化することが可能であるはずである。これは、効果的な療法のより早期の使用を探求するERAに対する現在認可されている治療ストラテジーを通じた患者の進行を加速する可能性を付与し、それゆえ「個別化された」治療レジームにつながる。さらに、臨床においてファストトラックの生物学的治療レジームを正当化するために用いられ得る代替的CCSシグネチャーが、RA患者(および他の自己免疫疾患を有する患者)に存在すると考えられる。これは、遠大な社会経済的な意味合いを有すると考えられ、よりコスト効果がよくかつ堅牢な治療的手法を提供する。
RA患者集団
この調査におけるERA患者は、スコットランド早期関節リウマチ(SERA)開始コホートの一部である。人口統計学的な、臨床的な、および免疫学的な因子を、診断時および6ヶ月の時点で獲得した(表2)。開始コホートへの包含は、スコットランドにおける二次ケアリウマチ科での差別化されない多発性関節炎またはRAの臨床診断(≧1の関節腫脹)に基づいた。除外基準は、以前もしくは現在のDMARD/生物学的療法、および/または確立された代替診断(すなわち、乾癬性関節炎、反応性関節炎)であった。この調査への包含は、中程度から高い疾患活動性(DAS28≧3.2)を有するRAの診断(RAに対する2010 ACR/EULAR基準を満たす)、およびMTXによる後続の単一療法に基づいた。[DAS28=28関節の疾患活動性スコア。EULAR=欧州リウマチ学会。ACR=米国リウマチ学会]。応答者は、MTXを受けると、6ヶ月の時点でDAS28寛解(DAS28<2.6)または良好な応答(>1.2のDAS28改善、およびDAS28≦3.2)に達する患者として規定された。非応答者は、MTXを受けると、6ヶ月の時点でDAS28の改善を有しない(≦0.6)患者として規定された。血液サンプルを診断時(ベースライン)にEDTAチューブ内に回収し、かつ遠心分離してPBMCを含有するバフィー層を生成し、それを収集しかつ−80℃で保存した。地域倫理委員会は調査プロトコールを認可し、かつすべての患者は、調査への登録前にインフォームドコンセントを与えた。
パターン認識方法論を用いて、ヒトゲノムにおける転写単位に関係するヒトゲノムデータを解析した。独自のEpiSwitch(商標)パターン認識ソフトウェア18,20は、領域がクロマチン相互作用に関与する確率的スコアを提供する。123個の遺伝子座からの配列をダウンロードしかつ処理して、13,322種の最も起こりそうな染色体相互作用のリストを作成した。60マーのプローブを設計して、これらの潜在的相互作用を詮索し、かつAgilent SureDesignウェブサイトにカスタムアレイとしてアップロードした。ネステッドPCRにより潜在的マーカーをスクリーニングするための選定された部位で、Primer323を用いて配列特異的オリゴヌクレオチドを設計した。オリゴヌクレオチド特異的BLASTを用いて、オリゴヌクレオチドを特異性について検査した。
鋳型調製:50μlの各PBMCサンプルからのクロマチンを、メーカーの指示(Oxford BioDynamics Ltd)に従って、EpiSwitch(商標)アッセイを用いて抽出した。簡潔には、高次構造をホルムアルデヒドで固定し、クロマチンを抽出し、TaqIで消化し、分子内ライゲーションを最大限に高める条件での希釈およびライゲーション、ならびに後続のプロテイナーゼK処置。EpiSwitch(商標)マイクロアレイ:EpiSwitch(商標)マイクロアレイハイブリダイゼーションを、メーカーの指示(Agilent)に従って、Agilentシステムを用いたカスタムAgilent 8×60kアレイを用いて実施した。各アレイは、四つ組になった、EpiSwitch(商標)パターン認識ソフトウェアによって予測された13,322種の潜在的な染色体相互作用、それに加えてEpiSwitch(商標)およびAgilentの対照に相当する、55088個のプローブスポットを含有する。簡潔には、1μgのEpiSwitch(商標)鋳型を、Agilent SureTag標識キットを用いて標識した。標識されたDNAの処理を実施した。アレイ解析を、洗浄の直後に、Agilentスキャナーおよびソフトウェアを用いて実施した。すべての実験を比較するために、データをバックグラウンド補正しかつ正規化した。アレイにおける各スポットは四つ組で存在するため、アレイにおける各プローブの4つのスポットの中央値を算出し、かつそのlog2変換された値をさらなる解析に用いた。変動係数およびp値を、各プローブ複製物に対して算出した。EpiSwitch(商標)PCR検出:オリゴヌクレオチドを鋳型に対して検査して、各プライマーセットが正しく働いていることを確認した。技術的なおよび複製の変動に適応するために、各サンプルを4回処理した。これら4つの複製物からのすべての抽出物をプールし、かつ最終的なネステッドPCRを各サンプルに対して実施した。この手順は、限定されたコピー数の鋳型の検出をより高い精度で可能にした。PCR増幅されたすべてのサンプルを、LabChip DNA 1K Version2キット(Perkin Elmer)を用いて、Perkin Elmer製のLabChip(登録商標)GXにおける電気泳動によって可視化し、かつ内部DNAマーカーを、蛍光色素を用い、メーカーのプロトコールに従って、DNAチップにのせた。蛍光をレーザーによって検出し、かつエレクトロフェログラムの読み出しを、機器ソフトウェアを用いて、ゲル写真上のシミュレートされたバンドに転換した。陽性であると見なされる対象となるバンドに対して本発明者らが設定した閾値は、30蛍光単位およびそれより上であった。
GraphPad PrismおよびSPSSを、臨床データのすべての統計解析に用いた。カイ二乗検定およびフィッシャーの正確検定(カテゴリー変数に関して)、独立したサンプルに対するt検定(連続的な通常分布変数に関して)、ならびにマン・ホイットニーU検定(通常分布ではない連続変数に関して)を用いて、差を同定した。統計的有意性のレベルを0.05に設定し、かつすべての検定は両側であった。R(および適当なパッケージ)を、EpiSwitch(商標)データの評価に用いた。これには、カイ二乗検定およびGLM(ロジット)に対するStatsパッケージ、WEKA見込み率からのROC曲線に対するROCRパッケージ、ヒートマップに対するRにおけるgplotおよびstatsパッケージが含まれた。FactorMinerパッケージを、PCAおよび因子プロットに用いた。Wekaを、属性縮小、データの無作為化および再サンプリング、ロジスティックモデル分類子、AUC算出、ならびにモデル精度算出に用いた。
実施例1Aにおいて、本明細書における実施例の節の始まりにある「統計的パイプライン」の方法を用いて、生物統計学的超幾何学的解析を行って、MTX単一療法でのRA患者に対して、MTX応答者対MTX非応答者の間を層別化するさらに洗練されたDNAプローブを生成した。
薬力学的(PD)バイオマーカーとは、生命体内の標的に対する薬物効果の分子指示物である。PDバイオマーカーを用いて、薬物レジメン、標的効果、および生物学的腫瘍応答の間の結び付きを調べ得る。新たな薬物開発と、焦点を合わせたPDバイオマーカー測定とをつなげることにより、情報に基づく早期の決行/中止の決定をするための、標的薬剤の合理的組み合わせを選択するための、および組み合わせ薬物レジメンのスケジュールを最適化するための重大なデータが提供される。PD評価項目の使用は、ファースト・イン・ヒューマン試験の前臨床モデルにおけるリード化合物の選択から薬物開発までの合理性および仮説検定力も増強する(国立がん研究所)。
MV4−11細胞株に対するBET(ブロモドメインおよび追加末端(extra-terminal))阻害剤に関する仕事は、BET阻害が、主要な癌遺伝子BCL2、CDK6、およびC−MYCの転写抑制を引き起こすことを示した。LSD1阻害剤のようなBET阻害剤は、エピジェネティック療法であり、ヒストンのアセチル化およびメチル化の状態を標的にする。遺伝子座における位相的変化はいかなる調節的変化にも先行するため、EpiSwitch(商標)によるMYC遺伝子座における知見は、LSD1阻害による調節的変化の証拠を示している。MV4−11細胞株は、MLL−AF4およびFLT3−ITDを発現する転座を持し、一方でTHP−1のみがMLL−AF9を発現する。
EpiSwitch(商標)プラットフォームによって同定されたエピジェネティックバイオマーカーは、LSD1デメチラーゼのエピジェネティックなメカニズムを描出するのに、ならびに細胞株内および細胞株間でのLSD1阻害剤の種々の特異性の層別化によく適している。この仕事は、染色体コンフォメーションシグネチャーが、LSD1阻害におけるメカニズムに結び付いた予測的バイオマーカーとして用いられ得ることを実証する。標準的LSD1阻害剤がこの調査において検討される、トラニルシプロミン(TCP)。
細胞を1uMのトラニルシプロミン(TCP)で処置した。2種のAML(急性骨髄性白血病)細胞株THP−1およびMV4−11を上記の化合物で検査した。THP−1細胞におけるMYD88遺伝子の近くで同定された染色体シグネチャーが、表28に示されている。MV4−11細胞におけるMYD88遺伝子の近くで同定された染色体シグネチャーが、表29に示されている。それぞれの数の組み合わせは、個々の染色体相互作用を指し示す。遺伝子にわたる箇所が、制限部位、および検出の他の特質、およびプライマー効率に基づいて創出されかつ選択されており、次いで相互作用について解析された。表28および29における結果は、シグネチャー検出なしに相当する。シグネチャー検出は、番号1で表される。下記は、細胞株THP−1およびMV4−11に対する、MyD88遺伝子座に関するPCR EpiSwitch(商標)マーカー結果である。FACS解析を用いて、分化の指示物として、CD11b±細胞の発現について選別した。処置の主要な遺伝的ドライバーは72時間で変化するため、MyD88およびMYC遺伝子座を、以前に刊行された調査に基づいて選択した。
未処理の細胞と比べた、より遅い時点(72時間)で変化するコンフォメーションは、2種の細胞タイプの間で最高の一致を示している。これらは、THP−1データにおいて示される太い二重線より上のマーカーであり、かつMV4−11データにおける影付きの細胞によって強調されている。
MYCは、AML(急性骨髄性白血病)病理を駆動する標的遺伝子であるが、72時間の処置の時点で、倍変化は、マーカーにとって有意であるには小さすぎる。GEXデータに関する72時間の時点でのMYC遺伝子座における表30に見られる変化は、72時間の時点で同定されるコンフォメーション変化と相関する。未処理の細胞と比べたMYCにおける負のGEX変化は、MYC増生効果を混乱させる要件に即している。変化は、無数のシグナルカスケードによってこの遺伝子座上で誘発される厳格な制御にも即して小さい。
GEXデータに関する72時間の時点でのMyD88で見られる変化は、72時間の時点で同定されるコンフォメーション変化と相関する。GEX変化は、未処理の細胞と比べて正であり、それは、LSD1阻害剤による処置後のこれらのAML(急性骨髄性白血病)細胞において見られる差に即している。
メラノーマと関連がある44種の遺伝子の染色体シグネチャー、および次世代シーケンシングNGSによる任意の疾患特異的な長距離相互作用に対するゲノムの残りを検査した。ディープシーケンシングによる、メラノーマと関連がある染色体シグネチャーについての先入観のない査定は、2500種の候補マーカーをの初回プールを提供した。メラノーマ患者および対照としての非メラノーマ皮膚癌(NMSC)を有する患者からの血液サンプルの拡張セットに対するEpiSwitch(商標)プラットフォームによるさらなる解析は、候補マーカーの初回プールを150種に縮小した。表34に示されるように、サンプル数に対するさらなる拡張を用いると、それは32種に縮小されている。
非メラノーマ皮膚癌からメラノーマの層別化のために以前に同定された上位15種のマーカーは、TBx2 7/15、TYR 1/9、TYR 13/17、TYR 3/11、TYR 3/23、P16 11/19、P16 7/23、P16 9/29、MITF 35/51、MITF 43/61、MITF 49/55、BRAF 5/11、BRAF 27/31、BRAF 21/31、BRAF 13/21を含み、それは、合計8種の遺伝子:TBx2;TYR;BRAF;MiTF;p16;BRN2;p21;TBx3から選ばれた。
メラノーマ
悪性メラノーマは極めてまれであるが、最も進行性の形態の皮膚癌である。それは、暗い色素のメラニンの合成に関与する細胞であるメラニン細胞で生じる。悪性メラノーマの大多数は、太陽からの激しいUV曝露によって引き起こされる。新たなメラノーマ症例のほとんどは、太陽光およびサンベッドからUV曝露への行動変化に結び付いていると考えられる。世界的には、2012年、メラノーマは232,000人の人々で生じ、そして55,000人の死亡をもたらした。発生率の割合は、オーストラリアおよびニュージーランドで最も高い。世界規模の発生率は、他の任意の癌タイプよりも男性の間でより急激に増加しており、過去10年間にわたって女性の間で2番目に早い発生率増加を有する。生存率は、ステージ1および2のメラノーマを有する個体に関して非常に良好である。しかしながら、癌が遠く離れたリンパ節または身体の他の部分に広がっているメラノーマ患者のうち7〜19%のみが5年を上回る間生存する。現在、メラノーマを精確に診断する唯一のやり方は、疑わしいホクロに対して切除生検を実施することである。治療は、腫瘍の外科的除去を含む。英国にはメラノーマスクリーニングプログラムはないが、メラノーマの危険性および症状への意識を高めるための教育プログラムが創出されている。メラノーマ発生率が非常に高い国では、例えばオーストラリアでは、スクリーニングプログラムに対する高い需要がある。この仕事は、メラノーマ免疫療法に対する診断、予後、残存疾患モニタリング、およびコンパニオン診断のためのバイオマーカーに関する。
癌の治療において現在検査されるすべての免疫変調因子に関する主な課題は、それらの低い応答率である。後期メラノーマの場合、抗PD−1または抗PD−L1モノクローナル抗体に対して、客観的応答率はほんの30〜40%である。そのような療法は、応答者対非応答者を予測するバイオマーカーを強く必要としている。PD−1遺伝子座は、長距離染色体コンフォメーションシグネチャーの再設定により、エピジェネティックにサイトカインによって調節される。
EpiSwitch(商標)プラットフォーム技術は、免疫療法の前のおよびそれに応答したPD−1エピジェネティック状態の層別化に理想的に適している。EpiSwitch(商標)アレイは、メラノーマ患者における抗PD−1治療への応答の制御および変調に関わる>332個の遺伝子座の解析のために設計されている。
EpiSwitch(商標)アレイ解析を用いたバイオマーカー同定:
1.EpiSwitch(商標)パターン認識によって判定される332個の遺伝子位置に対する染色体コンフォメーション。
2.PD1スクリーニングアレイ上の14,000種のEpiSwitch(商標)マーカー。
すべての患者は、化学療法および抗CTLA−4療法を用いて以前に治療されている。2つの時点を、治療前(基準サンプル)および治療後(12週サンプル)と見なした。
・基準時における4人の応答者対4人の非応答者
・12週の時点における4人の応答者対4人の非応答者(マッチした)
アレイデータ解析の最後の工程として、超幾何学的解析を行って、調節的中心地、すなわち層別化のための潜在的な原因となる標的および好ましい遺伝子座であるものとしての最も密に調節された遺伝子を同定した。データを、R対R 12W(12W_FC_1)に関するエピジェネティック比によってランク付けし、BL二元における1は、応答者対非応答者において、しかしながら基準の応答者を12週の時点の応答者と比較した場合に、ループが存在することを示す。エピジェネティック比は、ループの存在が、12週の応答者患者サンプルにおいてより豊富であることを示す。これは、このシグネチャーの拡張が存在していることを示す。
潜在的な予測的かつ薬力学的なバイオマーカーについての抗PD1療法のエピジェネティックなスクリーニングは、事前の生物学的証拠と一致した大量の新たな調節的知識を提供する。仕事は、検証解析において使用するための予測的かつ薬力学的/応答EpiSwitch(商標)マーカーの豊かなプールを提供する。結果は、抗PD−1療法に対して寛容な規定のエピジェネティックプロファイルの存在を示している。抗PD1療法に対して寛容なエピジェネティックプロファイルは、基準時のナイーブ患者に存在しかつ12週の期間にわたる治療で強化される。
表39b.上位のプローブ−抗PD1(メラノーマ)−応答者−プローブ配列
表39c.上位のプローブ−抗PD1(メラノーマ)−応答者−遺伝子座
表39d.上位のプローブ−抗PD1(メラノーマ)−非応答者
表39e.上位のプローブ−抗PD1(メラノーマ)−非応答者
表39f.上位のプローブ−抗PD1(メラノーマ)−非応答者−プローブ配列および遺伝子座
表40a.抗PD1:薬力学的応答マーカー
表40b.抗PD1:薬力学的応答マーカー
表41a.抗PD1:薬力学的応答マーカー−基準の応答者および基準の非応答者において差はないが、12週の応答者において有意な変化を示している。
表41b.プローブ位置−抗PD1:薬力学的応答マーカー−基準の応答者および基準の非応答者において差はないが、12週の応答者において有意な変化を示している。
この仕事は、一般開業医によるメラノーマ診断の乏しさという課題に対処する、診断検査の基礎としてのEpiSwitch(商標)に関する。本物の臨床設定に相当する86人の患者サンプルの初回セットから、15種のリードEpiSwitch(商標)バイオマーカーをスクリーニングしかつ同定した。次いで、バイオマーカーを、2つの独立した患者コホート:オーストラリア由来のもの(395人の患者)およびメイヨークリニック由来のもの(119人の患者)において訓練しかつ検証した。
・119人の独立してかつ遡及的に注釈が付された血液サンプル
・59人のメラノーマサンプル
・60人の対照(20人のNMSC、20人の良性病状、20人の健常患者)
・米国における2つのクリニック収集物
表50は、特定の癌を有する個体における抗PD1への応答者(NR(非応答者)に関して別様に明記されていない限り)に存在する染色体相互作用のパターンを示している。表で用いられる専門用語は、下記で説明される。
DLBCL_GBC:びまん性大細胞型B細胞リンパ腫亜型胚中心B細胞
HCC:肝細胞癌腫
HCC_HEPB:B型肝炎ウイルスを有する肝細胞癌腫
HCC_HEPC:C型肝炎ウイルスを有する肝細胞癌腫
HEPB+R:寛解期にあるB型肝炎
Pca_クラス3:前立腺癌ステージ3
Pca_クラス2:前立腺癌ステージ2
Pca_クラス1:前立腺癌ステージ1
BrCa_Stg4:乳癌ステージ4
BrCa_Stg3B:乳癌ステージ3B
BrCa_Stg2A:乳癌ステージ2A
BrCa_Stg2B:乳癌ステージ2B
BrCa_Stg1A:乳癌ステージ1A
BrCa_Stg1:乳癌ステージ1
PD_1_R_メラノーマ:メラノーマ応答者
PD_1_NR_メラノーマ:メラノーマ非応答者
トップ100EpiSwitch(登録商標)マーカーのMSRR、MSPP、ALS重複
分析は、1つより多くの条件付でマーカーの存在で行った。結果は図3〜18および以下に提供する。
1_243635945_243637780_243655019_243656128_RR
1_243655019_243656128_243727939_243733240_RF
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
1_207229804_207242832_207319008_207321855_RF
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
11_36588999_36590845_36605543_36609927_FR
11_36583119_36588432_36605543_36609927_RR
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_FR
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
11_923549_925733_976127_979142_FR
7_55116799_55120169_55294211_55302386_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
10_98397707_98399014_98464393_98468588_FF
1_198588217_198596491_198704585_198718385_FF
5_7375991_7381724_7629788_7640118_RR
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
13_37349477_37354449_37379735_37382280_RF
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
X_19737340_19741050_19842803_19849464_FR
X_19753406_19760963_19778202_19779729_RF
7_55087969_55089963_55146890_55151406_RF
9_93524010_93529835_93546315_93549104_FF
「MSRR」および「MSPP」における4個の共通エレメント:
DNM2, IL1RAP, CD200, LCK
ADCY4
RAP1A
PANX1
IL5RA
C4BPA
CLIC4
RAG2;RAG1
TAB2
RAG1
PDGFRB
AP2A2
PIK3AP1
PRKCQ
B2M
RFXAP
CR1
ADCY8
ARHGEF7
DNM3
FCGR2B;FCGR3A
SH3KBP1
EGFR
PTPRC
CD36
ADCY2
PLD1
AKT3
CD96
SYK
PIK3CD
「MSRR」および「RA」における6個の共通エレメント:
1_25103555_25106841_25157633_25161851_RR
5_7375991_7381724_7459585_7461017_RF
3_112025276_112034935_112084448_112086795_RR
19_10341612_10343024_10406169_10407761_RF
19_55265127_55271536_55301130_55304400_FR
1_32680186_32682814_32702745_32706740_RF
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
1_207229804_207242832_207319008_207321855_RF
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
11_36588999_36590845_36605543_36609927_FR
11_36583119_36588432_36605543_36609927_RR
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_FR
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
11_923549_925733_976127_979142_FR
7_55116799_55120169_55294211_55302386_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
1_198588217_198596491_198704585_198718385_FF
5_7375991_7381724_7629788_7640118_RR
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
13_37349477_37354449_37379735_37382280_RF
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
X_19737340_19741050_19842803_19849464_FR
10_98397707_98399014_98464393_98468588_FF
16_68779378_68783974_68794947_68799115_RF
「MSRR」および「RA」における11個の共通エレメント:
IL6R
DNM2
LY86
CD200
ICAM1
PPAPDC1A
KIR2DL1;KIR2DL4;KIR3DL1;KIR2DL3
C1QBP
FGFR2
LCK
FYN
ADCY4
IL5RA
FCGR2B;FCGR3A
RAG2;RAG1
TAB2
RAG1
AP2A2
PRKCQ
PTPRC
B2M
RFXAP
CD96
CR1
ADCY8
ARHGEF7
RAP1A
PANX1
C4BPA
CLIC4
DNM3
SH3KBP1
PDGFRB
PIK3AP1
EGFR
CD36
ADCY2
PLD1
AKT3
CLTA
GRB2
PIK3CD
CDH1
GHR
「MSRR」および「UC」における5個の共通エレメント:
17_33876495_33878833_34051920_34057525_RF
17_33935188_33940329_34051920_34057525_RF
7_80058024_80060926_80168823_80173631_RF
3_112025276_112034935_112084448_112086795_RR
4_103425294_103430395_103544491_103547903_RR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
1_207229804_207242832_207319008_207321855_RF
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
11_36588999_36590845_36605543_36609927_FR
11_36583119_36588432_36605543_36609927_RR
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_FR
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
11_923549_925733_976127_979142_FR
7_55116799_55120169_55294211_55302386_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
10_98397707_98399014_98464393_98468588_FF
1_198588217_198596491_198704585_198718385_FF
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
13_37349477_37354449_37379735_37382280_RF
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
X_19737340_19741050_19842803_19849464_FR
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
5_7375991_7381724_7629788_7640118_RR
5_140023383_140027012_140050153_140052313_RF
X_30936113_30946116_31021869_31025150_RR
X_30990956_30994976_31021869_31025150_FR
7_55087969_55089963_55247129_55257611_RR
7_55087969_55089963_55146890_55151406_RF
1_9667841_9669456_9703942_9711781_RF
15_44994405_44997599_45023742_45026509_RR
5_7555754_7558020_7718590_7724759_RF
1_243774056_243776138_243987880_243989231_RR
20_39721652_39724494_39822701_39824051_FR
1_171770367_171771990_171988822_171992948_FR
X_19753406_19760963_19778202_19779729_RF
10_6593817_6595662_6632086_6637212_RR
「MSRR」および「UC」における10個の共通エレメント:
AP2B1
DNM2
IL1RAP
CD200
ICAM1
NFKB1
DLEU2
PPAPDC1A
FGFR2
FYN
RAP1A
C4BPA
RAG2;RAG1
RAG1
AP2A2
PIK3AP1
PTPRC
RFXAP
CR1
ADCY4
PANX1
IL5RA
CLIC4
DNM3
FCGR2B;FCGR3A
TAB2
SH3KBP1
PDGFRB
EGFR
PRKCQ
B2M
CD36
ADCY2
PLD1
AKT3
CD96
ADCY8
ARHGEF7
TAB3
CD14
PIK3CD
GRB2
PLCG1
GHR
「MSRR」および「SLE」における6個の共通エレメント:
1_25103555_25106841_25157633_25161851_RR
1_25103555_25106841_25142389_25144224_RR
6_149520737_149523801_149702218_149703624_FR
1_243635945_243637780_243655019_243656128_RR
19_55265127_55271536_55301130_55304400_FR
1_243655019_243656128_243727939_243733240_RF
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
11_36588999_36590845_36605543_36609927_FR
11_36583119_36588432_36605543_36609927_RR
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
11_923549_925733_976127_979142_FR
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
1_207229804_207242832_207319008_207321855_RF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
11_36531355_36534043_36605543_36609927_FR
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
7_55116799_55120169_55294211_55302386_RF
10_98397707_98399014_98464393_98468588_FF
1_198588217_198596491_198704585_198718385_FF
5_7375991_7381724_7629788_7640118_RR
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
13_37349477_37354449_37379735_37382280_RF
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
X_19737340_19741050_19842803_19849464_FR
1_243637780_243640834_243655019_243656128_RR
1_9667841_9669456_9703942_9711781_RF
13_111748012_111752622_111942125_111944243_RR
1_243774056_243776138_243987880_243989231_RR
20_39721652_39724494_39822701_39824051_FR
7_80060926_80068170_80299255_80301429_RF
13_111770092_111771830_111951910_111954429_RF
1_171770367_171771990_171988822_171992948_FR
15_44994405_44997599_45023742_45026509_RR
7_80060926_80068170_80168823_80173631_RF
7_80060926_80068170_80078955_80088693_RF
1_149704484_149706971_149741040_149747801_RR
1_25106841_25109990_25121474_25132059_RR
13_111770092_111771830_111933217_111937273_RF
「MSRR」および「SLE」における5個の共通エレメント:
AP2B1
DLEU2
PPAPDC1A
KIR2DL1;KIR2DL4;KIR3DL1;KIR2DL3
CD8A;CD8B
ADCY4
RAP1A
PANX1
IL5RA
CLIC4
DNM3
FCGR2B;FCGR3A
RAG2;RAG1
TAB2
RAG1
AP2A2
PTPRC
B2M
CD36
ADCY2
PLD1
AKT3
CD96
ADCY8
ARHGEF7
C4BPA
SH3KBP1
PDGFRB
PIK3AP1
EGFR
PRKCQ
RFXAP
CR1
PIK3CD
CLTA
PLCG1
CDH1
GHR
FCGR1A
「UC」および「SLE」における21個の共通エレメント:
7_45584884_45588878_45736475_45743273_RF
1_9667841_9669456_9703942_9711781_RF
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
16_31228760_31230406_31342509_31344379_FR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
15_44994405_44997599_45023742_45026509_RR
1_243774056_243776138_243987880_243989231_RR
20_39721652_39724494_39822701_39824051_FR
3_111054275_111073125_111172267_111189165_FR
1_172106365_172109446_172385900_172393629_RR
3_111125030_111133059_111172267_111189165_RR
10_122178140_122183869_122230047_122236854_RR
5_42686714_42692033_42731106_42735319_RR
17_33876495_33878833_34051920_34057525_FF
8_132007896_132011208_132073037_132077970_RF
1_171770367_171771990_171988822_171992948_FR
3_171302954_171312114_171346086_171352212_RR
13_50630337_50635930_50729702_50737025_RF
3_171346086_171352212_171415103_171427395_RF
1_171887726_171889817_171999901_172010156_RR
10_123310247_123312749_123354723_123356448_RF
3_112025276_112034935_112084448_112086795_RR
1_25103555_25106841_25157633_25161851_RR
19_55265127_55271536_55301130_55304400_FR
1_161153513_161156186_161177309_161180481_RR
3_136542667_136549480_136588981_136590172_FR
「UC」および「SLE」における13個の共通エレメント:
ADCY1
FCGR2B;FCGR3A
ADCY4
ITGAM
IL5RA
B2M
AP2B1
PLCG1
CD96
ARHGEF7
ADCY8
TAB2
DLEU2
PIK3CD
PANX1
DNM3
ADCY2
NCK1
RAPGEF4
AKT3
CD36
CLIC4
PPAPDC1A
GHR
PLD1
PDGFRB
EGFR
KIR2DL4;KIR3DL1
FGFR2
ICAM1
FYN
DNM2
CD200
GRB2
SH3KBP1
KLRG1
RAP1A
CLTA
KIR2DL1;KIR2DL4;KIR3DL1;KIR2DL3
CDH1
FCER1G
IGKV2-30
MKL1
「UC」、「SLE」および「T1DM」における10個の共通エレメント:
7_45584884_45588878_45736475_45743273_RF
1_9667841_9669456_9703942_9711781_RF
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
16_31228760_31230406_31342509_31344379_FR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
20_39721652_39724494_39822701_39824051_FR
5_42686714_42692033_42731106_42735319_RR
8_132007896_132011208_132073037_132077970_RF
1_171770367_171771990_171988822_171992948_FR
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
1_28562883_28566942_28578174_28579330_RR
19_10341612_10343024_10406169_10407761_FF
6_32135728_32138270_32149729_32154447_FF
19_10794793_10797168_10959326_10960538_RF
4_103425294_103430395_103544491_103547903_RR
7_80058024_80060926_80168823_80173631_RF
10_6593817_6595662_6632086_6637212_RR
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
15_44994405_44997599_45023742_45026509_RR
1_243774056_243776138_243987880_243989231_RR
3_111054275_111073125_111172267_111189165_FR
1_172106365_172109446_172385900_172393629_RR
3_111125030_111133059_111172267_111189165_RR
1_171887726_171889817_171999901_172010156_RR
10_122178140_122183869_122230047_122236854_RR
17_33876495_33878833_34051920_34057525_FF
3_171302954_171312114_171346086_171352212_RR
13_50630337_50635930_50729702_50737025_RF
3_171346086_171352212_171415103_171427395_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
11_923549_925733_976127_979142_FR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
1_243637780_243640834_243655019_243656128_RR
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
5_7602410_7603529_7797003_7800572_FR
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
16_31342509_31344379_31355595_31363682_RF
13_111748012_111752622_111942125_111944243_RR
6_149520737_149523801_149702218_149703624_FR
16_4065887_4067896_4109379_4115518_FR
11_1010876_1013083_964245_969445_FF
16_4065887_4067896_4204978_4209511_FF
16_4004273_4006715_4065887_4067896_RF
16_4065887_4067896_4209511_4211354_FF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
3_111054275_111073125_111238151_111244343_FF
3_111125030_111133059_111238151_111244343_FF
1_243635945_243637780_243680126_243690814_FF
16_4044767_4047085_4065887_4067896_RF
16_4065887_4067896_4145870_4149370_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
16_4065887_4067896_4169801_4171577_FF
16_4065887_4067896_4209511_4211354_FR
1_172053648_172060321_172083100_172087823_RR
16_23897953_23899994_24163000_24165736_FR
19_50479474_50480574_50495462_50498507_FF
16_23897953_23899994_24036714_24038516_FF
16_23897953_23899994_24182552_24187666_FR
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
1_25142389_25144224_25157633_25161851_FR
1_172279226_172284712_172385900_172393629_FR
1_172279226_172284712_172334213_172345064_FR
1_172106365_172109446_172279226_172284712_RF
1_25081210_25084028_25142389_25144224_RF
1_172151185_172154127_172279226_172284712_RF
5_7375991_7381724_7459585_7461017_RF
1_171988822_171992948_172279226_172284712_RF
1_171986876_171988822_172279226_172284712_RF
1_172078294_172080108_172279226_172284712_RF
1_172175295_172181349_172279226_172284712_RF
1_172122358_172130474_172279226_172284712_RF
1_172094882_172096647_172279226_172284712_RF
1_101147311_101152350_101179717_101183607_RR
1_172279226_172284712_172326854_172331636_FR
1_172279226_172284712_172307593_172312694_FF
1_25142389_25144224_25175737_25178274_FF
1_172279226_172284712_172396442_172399665_FF
1_171999901_172010156_172279226_172284712_FF
1_172151185_172154127_172279226_172284712_FF
1_172061602_172067357_172279226_172284712_FF
1_25103555_25106841_25142389_25144224_RF
1_101147311_101152350_101179717_101183607_RF
1_172097062_172100084_172279226_172284712_FF
1_101147311_101152350_101214083_101221298_RF
1_172279226_172284712_172334213_172345064_FF
1_25121474_25132059_25142389_25144224_RF
3_136606377_136608617_136635007_136640450_FF
1_25042248_25044726_25142389_25144224_RF
8_131926196_131933918_131968323_131971882_RR
1_154344343_154345343_154368833_154370339_RR
1_25022588_25025940_25142389_25144224_RF
10_6593817_6595662_6639985_6645189_RR
11_93832833_93843526_93903690_93907969_RR
15_44986846_44994405_45005395_45007515_RF
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
16_23839413_23844788_23965581_23969845_FR
5_7348279_7353422_7459585_7461017_RF
1_207643324_207649644_207825662_207833535_FF
1_154368833_154370339_154387111_154393080_FF
1_172122358_172130474_172279226_172284712_FF
17_73355519_73357935_73428595_73430537_RF
「UC」および「SLE」における5個の共通エレメント:
RAPGEF4
AP2B1
PPAPDC1A
PLD1
DLEU2
ADCY1
FCGR2B;FCGR3A
PIK3CD
ADCY4
PANX1
DNM3
ADCY2
ITGAM
NCK1
IL5RA
B2M
AKT3
PLCG1
CD36
CD96
CLIC4
ARHGEF7
GHR
ADCY8
TAB2
PDGFRB
ATPIF1
ICAM1
AGER
DNM2
GRB2
NFKB1
PRKCQ
RAP1A
AP2A2
RAG1
「T1DM」および「MSPP」における1個の共通エレメント:
1_28562883_28566942_28578174_28579330_RR
11_923549_925733_976127_979142_FR
1_9667841_9669456_9703942_9711781_RF
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
16_4065887_4067896_4109379_4115518_FR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_243637780_243640834_243655019_243656128_RR
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
16_4065887_4067896_4204978_4209511_FF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
16_4004273_4006715_4065887_4067896_RF
16_4065887_4067896_4209511_4211354_FF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
3_111054275_111073125_111238151_111244343_FF
13_111748012_111752622_111942125_111944243_RR
3_111125030_111133059_111238151_111244343_FF
16_4044767_4047085_4065887_4067896_RF
16_4065887_4067896_4145870_4149370_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
16_4065887_4067896_4169801_4171577_FF
16_4065887_4067896_4209511_4211354_FR
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
1_171770367_171771990_171988822_171992948_FR
1_172061602_172067357_172279226_172284712_FF
1_25121474_25132059_25142389_25144224_RF
10_6593817_6595662_6632086_6637212_RR
10_6593817_6595662_6639985_6645189_RR
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
20_39721652_39724494_39822701_39824051_FR
1_207643324_207649644_207825662_207833535_FF
X_19753406_19760963_19778202_19779729_RF
7_55087969_55089963_55146890_55151406_RF
9_93524010_93529835_93546315_93549104_FF
「T1DM」および「MSPP」における4個の共通エレメント:
ATPIF1
ITGAM
DNM2
NCK1
PIK3CD
ADCY2
AKT3
DNM3
FCGR2B;FCGR3A
CD96
CD36
AP2A2
IL5RA
RAP1A
ADCY9
PDGFRB
ADCY4
RAG1
TAB2
ARHGEF7
CLIC4
PRKCQ
GHR
ADCY8
PANX1
B2M
CR1
PLCG1
GRB2
SH3KBP1
EGFR
SYK
PLD1
PTPRC
「MSRR」および「MSPP」における2個の共通エレメント:
1_243635945_243637780_243655019_243656128_RR
1_243655019_243656128_243727939_243733240_RF
14_24795078_24798615_24825321_24828950_RR
14_24795078_24798615_24843066_24844509_RR
1_112077842_112081310_112249361_112251554_RF
11_93843526_93849067_93862654_93867672_RR
3_3117964_3119702_3187910_3199411_RF
1_112077842_112081310_112220594_112223184_RF
1_112077842_112081310_112243250_112249361_RF
1_112077842_112081310_112109631_112115280_RF
1_207229804_207242832_207319008_207321855_RF
1_112077842_112081310_112232549_112240074_RF
1_171811918_171813464_172083100_172087823_RF
1_161590754_161594100_161627152_161631654_RR
1_171887726_171889817_172083100_172087823_RF
11_36588999_36590845_36605543_36609927_FR
11_36583119_36588432_36605543_36609927_RR
1_172083100_172087823_172151185_172154127_FF
6_149520737_149523801_149659887_149661590_FF
6_149520737_149523801_149635378_149637900_FR
1_172061602_172067357_172083100_172087823_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_FR
11_36524913_36530925_36605543_36609927_FR
1_171936106_171939290_172083100_172087823_RF
1_172083100_172087823_172212232_172223166_FF
5_149542467_149546111_149560865_149574338_FF
11_923549_925733_976127_979142_FR
7_55116799_55120169_55294211_55302386_RF
11_36531355_36534043_36605543_36609927_RR
10_98397707_98399014_98464393_98468588_FF
1_198588217_198596491_198704585_198718385_FF
5_7375991_7381724_7629788_7640118_RR
1_25106841_25109990_25142389_25144224_RF
13_37349477_37354449_37379735_37382280_RF
1_207768357_207776157_207825662_207833535_FF
X_19737340_19741050_19842803_19849464_FR
X_19753406_19760963_19778202_19779729_RF
7_55087969_55089963_55146890_55151406_RF
9_93524010_93529835_93546315_93549104_FF
「MSRR」および「MSPP」における4個の共通エレメント:
DNM2
IL1RAP
CD200
LCK
DNM3
FCGR2B;FCGR3A
SH3KBP1
EGFR
PTPRC
CD36
ADCY2
PLD1
AKT3
CD96
ADCY4
RAP1A
PANX1
IL5RA
C4BPA
CLIC4
RAG2;RAG1
TAB2
RAG1
PDGFRB
AP2A2
PIK3AP1
PRKCQ
B2M
RFXAP
CR1
ADCY8
ARHGEF7
SYK
PIK3CD
術後の血液検査からの3種の予後染色体シグネチャーによる層別化に基づく、再発に対する治療後に2年間観察された224人のメラノーマ患者に対する交差検証。表17は、関連する混同表を示している。
Claims (25)
- サブグループ間を識別するコンパニオンエピジェネティック検査に関連するエピジェネティックな染色体相互作用を判定する方法であって、サブグループ由来の第一の核酸のセットと、染色体相互作用の指標集団に相当する第二の核酸のセットとを接触させる工程、および相補的配列をハイブリダイズさせる工程を含み、該第一および第二の核酸のセットにおける核酸が、エピジェネティックな染色体相互作用において一体となっている両方の染色体領域由来の配列を含むライゲーションした産物に相当し、かつ該第一および第二の核酸のセットの間でのハイブリダイゼーションのパターンが、エピジェネティックな染色体相互作用が集団内のサブグループに特異的であるという判定を可能にし、該サブグループが、コンパニオンエピジェネティック検査に関連した特徴の点で異なり、かつ任意で、該染色体相互作用が、ゲノムの規定の疾患関連領域に存在する方法。
- −サブグループが、ヒト集団内のサブグループである、および/または
−第一の核酸のセットが、少なくとも8個の個体由来である、および/または
−第一の核酸のセットが、第一のサブグループ由来の少なくとも4個の個体、および該第一のサブグループと好ましくは重複しない第二のサブグループ由来の少なくとも4個の個体由来である、および/または
−第二の核酸のセットが、染色体相互作用の非選択群に相当する、および/または
−第二の核酸のセットが、規定の位置でアレイに結合している、および/または
−第二の核酸のセットが、少なくとも100個の異なる遺伝子または遺伝子座における染色体相互作用に相当する、および/または
−第二の核酸のセットが、少なくとも1000種の異なるエピジェネティックな染色体相互作用に相当する少なくとも1000種の異なる核酸を含む、および/または
−第一の核酸のセットおよび第二の核酸のセットが、10〜100ヌクレオチド塩基の長さの核酸配列を含む、および/または
−第一の核酸のセットが少なくとも2つのサブグループ由来であり、その1つが規定した遺伝的改変を有しかつ1つが該遺伝的改変を有さず、かつ方法が、どの染色体相互作用が該遺伝的改変に関連するのか、および/または影響されるのかを判定し、かつ、任意には多細胞生物の場合、該遺伝的改変がインビトロで細胞にのみなされたものであり生物全体になされたものではない
請求項1記載の方法。 - −方法が、どの遺伝子座または遺伝子が、コンパニオンエピジェネティック検査に関連した前記特徴に関連するかを判定することを実施する;および/または
−第一または第二の核酸のセットが、疾患関連であるまたはゲノムの疾患関連領域内に存在する少なくとも1つの染色体相互作用に相当する
請求項1または2記載の方法。 - 人がどのサブグループにいるかを判定するコンパニオンエピジェネティック検査を行うための方法であって、該方法が、
(a)請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法によって同定されている遺伝子座を、サブグループに特徴的なエピジェネティックな相互作用を有するものとして型付けする工程、および/または
(b)請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法によって同定されている染色体相互作用を、サブグループの特徴に関連するまたはそれと関連があるものとして型付けする工程、および/または
(c)好ましくは少なくとも5個の異なる遺伝子座における、少なくとも5種のエピジェネティックな染色体相互作用の有無を検出する工程であって、それは、
(i)特異的な治療および/または予防に(とくに、特異的な薬学的な治療および/または予防に)応答すること、および/または
(ii)特異的な病状になりやすい傾向、および/または
(iii)再発につながり得る残存疾患の存在、および/または
(iv)環境的変化への応答性、および/または
(v)遺伝的変化への応答、および/または
(vi)代謝系、免疫系、内分泌系、消化器系、外皮系、骨格系、筋肉系、リンパ系、呼吸器系、神経系、もしくは生殖器系の状態の変化もしくは差
によって特徴的である工程
を含み;任意で、該方法を行って、サブグループを規定する特徴に関連した医学的または非医学的な治療に対して個体を選択し、該治療が、任意で、領域が関連付けされる疾患とは無関係である方法。 - 疾患関連領域が、
(i)本明細書中の表に挙げられた遺伝子のいずれかに相当する、および/または
(ii)本明細書中の表に挙げられたいずれかのプローブまたはプライマーペアにより表される染色体相互作用のいずれかに相当する、および/または
(iii)(i)または(ii)を含む、または(i)または(ii)に隣接する4,000塩基領域に相当する、および/または
(iv)疾患へのかかりやすさ、治療への応答性または病状の再発と関連付けられる
請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。 - 疾患関連領域および/または染色体相互作用が、
−環境的変化への応答性、および/または
−疾患状態になりやすい傾向、および/または
−残存疾患状態、および/または
−個体における遺伝的変化への応答、および/または
−治療および/または予防(とくに、薬学的な治療および/または予防)に関連する特徴
を判定する、または関連付られる請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。 - サブグループが、
(i)特異的な治療および/または予防に(とくに、特異的な薬学的な治療および/または予防に)応答すること、および/または
(ii)特異的な病状になりやすい傾向、および/または
(iii)任意に再発につながり得る残存疾患の存在、および/または
(iv)規定された遺伝的変化、または遺伝的変化への応答、および/または
(iv)代謝系、免疫系、内分泌系、消化器系、外皮系、骨格系、筋肉系、リンパ系、呼吸器系、神経系、もしくは生殖器系の状態の変化もしくは差、および/または
(v)非−疾患的特徴、および/または
(vi)染色体相互作用、任意には、本明細書中の表のいずれかのプローブまたはプライマーペアにより規定される染色体相互作用によって引き起こされる特徴、および/または
(vii)抗体を含む治療、および/または
(viii)免疫系またはがんに関連する状態
に関して異なる請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。 - (i)インビトロで染色体相互作用において一体となる染色体領域を架橋する工程;
(ii)該架橋されたDNAを酵素による制限消化切断に付す工程;および
(iii)該架橋され切断されたDNA末端をライゲートしてライゲートした核酸(とくにライゲートしたDNA)を形成する工程
を含む方法により
−第一の核酸のセットが生成され;および/または
−請求項4記載の染色体相互作用の型付けが行われる
請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。 - 任意に請求項4に規定される工程(a)を含み、
(1)遺伝子座が遺伝子であり、および/または
(2)単一ヌクレオチド多型(SNP)が(a)工程において型付けされ、および/または
(3)マイクロRNA(miRNA)が遺伝子座から発現され、および/または
(4)ノンコーディングRNA(ncRNA)が遺伝子座から発現され、および/または
(5)遺伝子座が、少なくとも10個の連続アミノ酸残基をコードする核酸配列を発現し、および/または
(6)遺伝子座は調節エレメントを発現し、および/または
(7)(a)工程において型付けする工程は、シーケンシングする工程もしくは遺伝子座からの発現のレベルを判定する工程を含む
請求項4〜8のいずれか1項に記載の方法。 - −請求項4に規定される工程(b)を含み、好ましくは少なくとも5個の異なる遺伝子座における、5〜500種、好ましくは20〜300種、より好ましくは50〜100種のエピジェネティックな染色体相互作用が型付けされる、および/または
−方法が、同じサブグループ内に相関する種々の疾患関連領域における染色体状態を検出するために少なくとも2、3、5または10回実施される、および/または
−方法が、本明細詩のいずれかの表における任意のプローブまたはプライマーペアに相当する染色体相互作用の型付けを含む
請求項4〜9のいずれか1項に記載の方法。 - コンパニオンエピジェネティック検査に関連する特徴が、
−関節リウマチ患者におけるメトトレキサート(または別の関節リウマチ薬)への応答性、および/または
−急性骨髄性白血病に対する療法への応答性、および/または
−メラノーマにおける再発の可能性、および/または
−メラノーマ患者における抗−PD−1療法への応答性、および/または
−好ましくは、メラノーマ、乳がん、前立腺癌、急性骨髄性白血病(AML)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、膵臓がん、甲状腺がん、鼻腔がん、肝臓がんまたは肺がんの治療における、抗−PD−1、抗−PD−L1療法、または抗−PD1−1/抗−PD−L1併用療法への応答性
−多発性硬化症患者におけるIFN−B(IFN−β)治療への応答性、および/または
−再発寛解型多発性硬化症になりやすい傾向、および/または
−一次性進行型多発性硬化症の可能性、および/または
−筋萎縮性側索硬化症(ALS)の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−急速進行性筋萎縮性側索硬化症(ALS)の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−侵攻性2型糖尿病の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−2型糖尿病の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−前2型糖尿病の状態になりやすい傾向、および/または
−1型糖尿病の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−全身性エリテマトーデス(SLE)の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−潰瘍性結腸炎の疾患状態になりやすい傾向、および/または
−潰瘍性結腸炎患者に対する結腸直腸癌の再発の可能性、および/または
−神経線維腫症患者に対する悪性末梢神経鞘腫瘍の可能性、および/または
−前立腺癌および/または侵攻性前立腺癌を発症する可能性、および/または
−神経変性の疾患もしくは病状、好ましくはアルツハイマー病、軽度認知障害、血管性認知症、レビー小体を有する認知症、前頭側頭型認知症などの認知症、もしくはより好ましくはアルツハイマー病、最も好ましくはβ−アミロイド凝集体誘導性アルツハイマー病を発症するおよび/またはそれらになりやすい傾向を有する可能性、および/または
−とくに記憶および/または認知に関して、認知症患者(好ましくはアルツハイマー病患者、より好ましくはβ−アミロイド凝集体を有するアルツハイマー病患者)とアルツハイマー病を有しない認知障害患者との比較
である請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。 - 個体における病状の治療および/または予防における使用のための治療剤であって、請求項4〜11のいずれか1項に記載の方法により、該個体が該治療剤を必要とするものであることが同定されている治療剤。
- 個体の疾患状態を第一の状態から第二の状態に変化させることのできる薬剤の同定方法であって、候補薬剤が、染色体相互作用を第一の状態に当たるものから第二の状態に当たる染色体相互作用に変化させ得るかどうかを判定する工程を含み、好ましくは該第一および第二の状態が、
(i)特異的な治療および/または予防(とくに、特異的な薬学的な治療および/または予防)への応答性、および/または
(ii)特異的な病状になりやすい傾向、および/または
(iii)再発につながり得る残存疾患、および/または
(iv)請求項1〜11のいずれか1項に規定されるコンパニオンエピジェネティック検査に関連する特徴
の有無に相当する方法。 - 薬物によって引き起こされるエピジェネティックな染色体相互作用の変化を検出する工程を含む、薬物を効果を判定する方法であって、該効果が、好ましくは薬物の作用機序または薬物の薬力学的特性であり、かつ染色体相互作用が、好ましくは、
(i)特異的な治療および/または予防(とくに、特異的な薬学的な治療および/または予防)への応答性、および/または
(ii)特異的な病状になりやすい傾向、および/または
(iii)再発につながり得る残存疾患、および/または
(iv)請求項1〜11のいずれか1項に規定されるコンパニオンエピジェネティック検査に関連する特徴
に相当する方法。 - ゲノムの第一の遺伝子座における配列への遺伝子改変が、該ゲノムの他の遺伝子座に影響を及ぼすかどうかを判定する方法であって、遺伝子改変の後に1つまたは複数の他の遺伝子座における染色体相互作用の有無を検出する工程を含み、好ましくは該遺伝子改変が系の特徴を変化させ、該系が、好ましくは代謝系、免疫系、内分泌系、消化器系、外皮系、骨格系、筋肉系、リンパ系、呼吸器系、神経系または生殖器系であり;
−染色体シグネチャーを検出する工程が、任意で、好ましくは請求項4〜11のいずれか1項に規定される、好ましくは5個以上(例えば、5個)の異なる遺伝子座における、5種以上(例えば、5種)の異なる染色体相互作用の有無を検出する工程を含む、および/または
−好ましくは、該染色体のシグネチャーまたは相互作用は、請求項1〜3のいずれかに規定されている方法により同定される、および/または
−改変された遺伝子座および/または染色体相互作用の有無が検出される染色体の1個以上の遺伝子座がCTCF結合部位を含む、および/または
−検出された染色体相互作用が請求項1〜11のいずれか1項に記載のコンパニオン診断に関連する特徴に相当する
方法。 - 前記遺伝子改変が、細胞内に、(a)2種以上種類のRNAガイド型エンドヌクレアーゼ、または2種以上のRNAガイド型エンドヌクレアーゼをコードする核酸、および(b)2種以上のガイドRNA、または2種以上のガイドRNAをコードするDNAを導入する工程を含み、各ガイドRNAが、RNAガイド型エンドヌクレアーゼの1つを、染色体配列における標的部位にガイドし、かつRNAガイド型エンドヌクレアーゼが、標的部位における染色体配列の少なくとも1本の鎖を切断する方法により達成される請求項15記載の方法。
- 前記遺伝的改変は、標的配列を有しかつ遺伝子産物をコードするDNA分子を含有しかつ発現する真核細胞内に、操作された天然には生じない、クラスター化した規則的にスペーサーが入った短い回文型リピート(CRISPR)−CRISPR関連(Cas)(CRISPR−Cas)システムを導入する工程を含み、少なくとも1種の遺伝子産物の発現を変更し、
a)標的配列とハイブリダイズするCRISPR−CasシステムガイドRNAをコードする少なくとも1つのヌクレオチド配列に作動可能に連結された、真核細胞において作動可能な第一の調節エレメント、および
b)II型Cas9タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された、真核細胞において作動可能な第二の調節エレメント
を含む1種以上のベクターを含み、構成要素(a)および(b)は、該システムの同じかまたは異なるベクター上に位置し、それによってガイドRNAは標的配列を標的にし、かつCas9タンパク質はDNA分子を切断し、それによって少なくとも1種の遺伝子産物の発現は変更され;そして、Cas9タンパク質およびガイドRNAは天然には一緒に生じず、好ましくは各RNAガイド型エンドヌクレアーゼは、Cas9タンパク質に由来しかつ少なくとも2つのヌクレアーゼドメインを含み、そして任意で、2種のRNAガイド型エンドヌクレアーゼのそれぞれのヌクレアーゼドメインの一方は、各RNAガイド型エンドヌクレアーゼが二本鎖配列の一方の鎖を切断するように改変され、そして2種のRNAガイド型エンドヌクレアーゼは、染色体配列に二本鎖断裂を一緒に導入し、それは、染色体配列が改変されるようなDNA修復過程によって修復される
請求項15記載の方法。 - 前記遺伝的改変が、少なくとも5、20、50、100、または1000塩基、好ましくは10,000または1000,000塩基までの、欠失、挿入または置換を含む請求項15〜17記載の方法。
- 疾患関連領域が、
−本明細書中のいずれかの表に規定された領域に相当する、および/または
−本明細書中の表示されるいずれかのプローブまたはプライマーより規定される染色体相互作用を含む、および/または
−本明細書中のいずれかの表に挙げられた遺伝子に相当する、および/または
−該サブグループがそれによって異なる特徴が、該対応する表に示されるものと同じでなく;かつ任意には、該特徴が、異なる疾患、同じ疾患の異なる側面または非−疾患的特徴に関連する
請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。 - 第一の部分および第二の部分を含むDNA分子であって、本明細書中の表に記載した特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも70%の同一性を有する、または本明細書中の表に記載した特異的プローブ配列のいずれかを含む、または本明細書中の表に記載した特異的プローブ配列のいずれかと同じであり、かつ好ましくは
−該部分がそれぞれ染色体相互作用において一体となる染色体の領域に相当する、および/または
−DNA分子が請求項8記載の方法により得られ得るライゲートされた分子に相当する
DNA分子。 - 請求項20に規定される少なくとも200種の異なるDNA分子を含むDNA分子のライブラリーであって、任意には、各DNA分子が異なる染色体相互作用に相当し、かつ該ライブラリーのDNA分子が任意に同じアレイに結合しているライブラリー。
- −任意には、少なくとも10、50、100または500種の遺伝子座における染色体相互作用を検出するため;および/または
−少なくとも1、10、50、100または500種の遺伝子座において染色体相互作用を検出する方法における
請求項20または21に規定されるDNA分子またはライブラリーの使用であって、
該DNA分子またはライブラリーを
(i)インビトロで染色体相互作用において一体となる染色体領域を架橋する工程;
(ii)該架橋されたDNAを切断または制限消化開裂に付す工程;および
(iii)該架橋され切断または開裂されたDNA末端をライゲートしてライゲートしDNA分子を形成する工程
を含む方法において作製されたライゲートされたDNA分子と接触させることを含む使用。 - その病状と関連がある染色体相互作用が、第二の病状とも関連があるかどうかを判定する工程、および、第一の病状を治療するための、第二の病状を治療しかつ該染色体相互作用が生じる遺伝子座に作用する薬物を選択する工程を含む、第一の病状を治療するための療法を選択する方法をであって、任意で、
−染色体相互作用が、本明細書における表のいずれかに規定されるものである、および/または
−染色体相互作用が、いずれの染色体相互作用が請求項1〜3のいずれか1項に記載のコンパニオンエピジェネティック検査に関連するかを判定する方法により同定される、および/または
−該遺伝子座は、本明細書における表に記載される任意の領域もしくは遺伝子である、および/または
−該第一の病状および/または該第二の病状は、本明細書に記載される異なる病状である
方法。 - 多数の病状の共通の特徴についての一般的な診断検査を行う請求項4〜11のいずれか1項に記載の方法であって、染色体相互作用の存在が決定され、複数の病状に共通し、任意には、
−該染色体相互作用が種々の病状について本明細書中の2以上の表に記載されている、および/または
−該共通の特徴が、病状が自己免疫疾患および/または神経学的病状であるものである
方法。 - 任意には、本明細書中のいずれかの表に定義される、または任意には、双方が該表に規定された任意のプライマペアに少なくとも70%同一性を有する、プライマペアの使用であって、
(i)インビトロで染色体相互作用において一体となる染色体領域を架橋する工程;
(ii)該架橋されたDNAを切断または制限消化開裂に付す工程;および
(iii)該架橋され切断または開裂されたDNA末端をライゲートしてライゲートしDNA分子を形成する工程
を含み、任意には、
−染色体相互作用が、本明細書中のいずれかの表に規定されたプローブ、遺伝子または領域により想到されるものである、および/または
−存在が検出されるライゲートされたDNA分子が、請求項20に定義されたものである、および/または本明細書中のいずれかの表由来の特異的プローブである
方法において作製されたライゲートされたDNA分子の存在を検出するためのPCR反応において該プライマーペアを使用することを含む方法において染色体相互作用を検出するための使用。
Applications Claiming Priority (7)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GB1511079.4 | 2015-06-24 | ||
GBGB1511080.2A GB201511080D0 (en) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | Epigenetic chromosome interactions |
GBGB1511079.4A GB201511079D0 (en) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | Detection of chromosome interactions |
GB1511080.2 | 2015-06-24 | ||
GBGB1519555.5A GB201519555D0 (en) | 2015-11-05 | 2015-11-05 | Detection of chromosome interactions |
GB1519555.5 | 2015-11-05 | ||
PCT/GB2016/051910 WO2016207661A1 (en) | 2015-06-24 | 2016-06-24 | Detection processes using sites of chromosome interaction |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020192590A Division JP7248641B2 (ja) | 2015-06-24 | 2020-11-19 | 染色体相互作用の部位を用いた検出法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018518992A true JP2018518992A (ja) | 2018-07-19 |
Family
ID=56263988
Family Applications (6)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018518797A Pending JP2018527016A (ja) | 2015-06-24 | 2016-06-24 | 染色体相互作用の検出 |
JP2018518796A Pending JP2018518203A (ja) | 2015-06-24 | 2016-06-24 | エピジェネティックな染色体相互作用 |
JP2018518798A Pending JP2018518992A (ja) | 2015-06-24 | 2016-06-24 | 染色体相互作用の部位を用いた検出法 |
JP2020192590A Active JP7248641B2 (ja) | 2015-06-24 | 2020-11-19 | 染色体相互作用の部位を用いた検出法 |
JP2020196529A Active JP7129459B2 (ja) | 2015-06-24 | 2020-11-27 | 染色体相互作用の検出 |
JP2021125965A Active JP7297015B2 (ja) | 2015-06-24 | 2021-07-30 | エピジェネティックな染色体相互作用 |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2018518797A Pending JP2018527016A (ja) | 2015-06-24 | 2016-06-24 | 染色体相互作用の検出 |
JP2018518796A Pending JP2018518203A (ja) | 2015-06-24 | 2016-06-24 | エピジェネティックな染色体相互作用 |
Family Applications After (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020192590A Active JP7248641B2 (ja) | 2015-06-24 | 2020-11-19 | 染色体相互作用の部位を用いた検出法 |
JP2020196529A Active JP7129459B2 (ja) | 2015-06-24 | 2020-11-27 | 染色体相互作用の検出 |
JP2021125965A Active JP7297015B2 (ja) | 2015-06-24 | 2021-07-30 | エピジェネティックな染色体相互作用 |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US11434522B1 (ja) |
EP (4) | EP3314015A1 (ja) |
JP (6) | JP2018527016A (ja) |
KR (3) | KR102622307B1 (ja) |
CN (3) | CN108377651A (ja) |
AU (4) | AU2016281772B2 (ja) |
CA (2) | CA2988674C (ja) |
HK (3) | HK1253313A1 (ja) |
MY (3) | MY188461A (ja) |
SG (1) | SG10201913628RA (ja) |
WO (3) | WO2016207653A1 (ja) |
ZA (2) | ZA201708231B (ja) |
Families Citing this family (58)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
MX364957B (es) | 2012-08-14 | 2019-05-15 | 10X Genomics Inc | Composiciones y metodos para microcapsulas. |
US9951386B2 (en) | 2014-06-26 | 2018-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US20150376609A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-31 | 10X Genomics, Inc. | Methods of Analyzing Nucleic Acids from Individual Cells or Cell Populations |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10221442B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
CA2894694C (en) | 2012-12-14 | 2023-04-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
CA2900481A1 (en) | 2013-02-08 | 2014-08-14 | 10X Genomics, Inc. | Polynucleotide barcode generation |
AU2014268710B2 (en) | 2013-05-23 | 2018-10-18 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Transposition into native chromatin for personal epigenomics |
AU2015243445B2 (en) | 2014-04-10 | 2020-05-28 | 10X Genomics, Inc. | Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same |
AU2015296029B2 (en) | 2014-08-01 | 2022-01-27 | Dovetail Genomics, Llc | Tagging nucleic acids for sequence assembly |
US20160122817A1 (en) | 2014-10-29 | 2016-05-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing |
US9975122B2 (en) | 2014-11-05 | 2018-05-22 | 10X Genomics, Inc. | Instrument systems for integrated sample processing |
SG11201705615UA (en) | 2015-01-12 | 2017-08-30 | 10X Genomics Inc | Processes and systems for preparing nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same |
SG11201706730XA (en) | 2015-02-17 | 2017-09-28 | Dovetail Genomics Llc | Nucleic acid sequence assembly |
EP3262407B1 (en) | 2015-02-24 | 2023-08-30 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
EP3262188B1 (en) | 2015-02-24 | 2021-05-05 | 10X Genomics, Inc. | Methods for targeted nucleic acid sequence coverage |
GB2554572B (en) | 2015-03-26 | 2021-06-23 | Dovetail Genomics Llc | Physical linkage preservation in DNA storage |
EP3314015A1 (en) | 2015-06-24 | 2018-05-02 | Oxford Biodynamics Limited | Detection of chromosome interactions |
AU2016341198B2 (en) | 2015-10-19 | 2023-03-09 | Dovetail Genomics, Llc | Methods for genome assembly, haplotype phasing, and target independent nucleic acid detection |
SG11201804086VA (en) | 2015-12-04 | 2018-06-28 | 10X Genomics Inc | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
KR20180116377A (ko) | 2016-02-23 | 2018-10-24 | 더브테일 제노믹스 엘엘씨 | 게놈 어셈블리를 위한 페이징된 판독 세트의 생성 및 반수체형 페이징 |
GB201608000D0 (en) * | 2016-05-06 | 2016-06-22 | Oxford Biodynamics Ltd | Chromosome detection |
WO2017197338A1 (en) | 2016-05-13 | 2017-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Microfluidic systems and methods of use |
IL262946B2 (en) | 2016-05-13 | 2023-03-01 | Dovetail Genomics Llc | Retrieving long-range grip information from preserved samples |
WO2018100381A1 (en) | 2016-12-01 | 2018-06-07 | Oxford Biodynamics Limited | Application of epigenetic chromsomal interactions in cancer diagnostics |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10011872B1 (en) | 2016-12-22 | 2018-07-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
WO2018115802A1 (en) * | 2016-12-23 | 2018-06-28 | Oxford Biodynamics Limited | Typing method |
EP4029939B1 (en) | 2017-01-30 | 2023-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
CN116064732A (zh) | 2017-05-26 | 2023-05-05 | 10X基因组学有限公司 | 转座酶可接近性染色质的单细胞分析 |
US10400235B2 (en) | 2017-05-26 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
CA3076450A1 (en) * | 2017-10-02 | 2019-04-11 | Oxford Biodynamics Limited | Biomarker |
WO2019084043A1 (en) | 2017-10-26 | 2019-05-02 | 10X Genomics, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS |
CA3078675A1 (en) * | 2017-11-03 | 2019-05-09 | Oxford Biodynamics Limited | Genetic regulation |
SG11201913654QA (en) | 2017-11-15 | 2020-01-30 | 10X Genomics Inc | Functionalized gel beads |
US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
WO2019157529A1 (en) | 2018-02-12 | 2019-08-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations |
SG11202009889VA (en) | 2018-04-06 | 2020-11-27 | 10X Genomics Inc | Systems and methods for quality control in single cell processing |
WO2019195854A1 (en) * | 2018-04-06 | 2019-10-10 | Camp4 Therapeutics Corporation | Compositions and methods for treating phenylketonuria |
US11746151B2 (en) | 2018-04-13 | 2023-09-05 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating cancer |
US11932899B2 (en) | 2018-06-07 | 2024-03-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules |
KR20210080516A (ko) * | 2018-10-22 | 2021-06-30 | 옥스포드 바이오다이나믹스 피엘씨 | 염색체 바이오마커 |
US11845983B1 (en) | 2019-01-09 | 2023-12-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for multiplexing of droplet based assays |
EP3924505A1 (en) | 2019-02-12 | 2021-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
US11467153B2 (en) | 2019-02-12 | 2022-10-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
AU2020268861B2 (en) * | 2019-05-08 | 2022-02-03 | Oxford BioDynamics PLC | Chromosome conformation markers of prostate cancer and lymphoma |
CN110222023B (zh) * | 2019-06-06 | 2022-09-16 | 桂林电子科技大学 | 基于Spark与蚁群优化的多目标并行属性约简方法 |
US20220293209A1 (en) * | 2019-07-01 | 2022-09-15 | Rutgers, The State University Of New Jersey | Genomic and epigenomic comparative, integrative pathway discovery |
TW202124726A (zh) * | 2019-09-11 | 2021-07-01 | 英商牛津生物力學公眾有限公司 | 診斷染色體標記 |
GB202008269D0 (en) * | 2020-06-02 | 2020-07-15 | Oxford Biodynamics Ltd | Detecting a chromosome marker |
JP2024504062A (ja) * | 2021-01-07 | 2024-01-30 | オックスフォード バイオダイナミックス ピーエルシー | 染色体相互作用 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009526543A (ja) * | 2006-02-17 | 2009-07-23 | イシス イノベーション リミテッド | 正常および異常遺伝子発現におけるdnaの立体構造(ループ構造) |
JP2011521633A (ja) * | 2008-06-02 | 2011-07-28 | オックスフォード バイオダイナミックス リミテッド | 長距離染色体相互作用を検出する方法 |
Family Cites Families (22)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP4242590B2 (ja) | 2002-01-11 | 2009-03-25 | 俊一 塩澤 | 慢性関節リウマチの疾患感受性遺伝子、及びその利用 |
WO2005118873A2 (en) | 2004-05-28 | 2005-12-15 | Cemines, Inc. | Compositions and methods for detecting open chromatin and for genome-wide chromatin state profiling |
KR100565698B1 (ko) * | 2004-12-29 | 2006-03-28 | 디지탈 지노믹스(주) | 급성골수성백혈병(aml), b-세포형 급성임파구성백혈병(b-all), t 세포형 급성임파구성백혈병(t-all) 진단용 마커 |
EP1848743A2 (en) | 2005-02-14 | 2007-10-31 | Wyeth | Interleukin-17f antibodies and other il-17f signaling antagonists and uses therefor |
EP1899488B1 (en) * | 2005-07-04 | 2015-09-16 | Erasmus University Medical Center | Chromosome conformation capture-on-chip (4c) assay |
US20070238094A1 (en) | 2005-12-09 | 2007-10-11 | Baylor Research Institute | Diagnosis, prognosis and monitoring of disease progression of systemic lupus erythematosus through blood leukocyte microarray analysis |
US9273309B2 (en) | 2006-08-24 | 2016-03-01 | University Of Massachusetts | Mapping of genomic interactions |
DK2121977T3 (en) | 2007-01-11 | 2017-09-18 | Erasmus Univ Medical Center | Capture (4C) OF CHROMOSOMES WITH CIRCULAR CONFORMATION |
EP2474629B1 (en) * | 2007-02-21 | 2015-04-22 | Oslo Universitetssykehus HF | New markers for cancer |
AU2008254582A1 (en) * | 2007-05-21 | 2008-11-27 | Genentech, Inc. | Methods and compositions for identifying and treating lupus |
EP2527471B1 (en) * | 2007-07-23 | 2020-03-04 | The Chinese University of Hong Kong | Diagnosing cancer using genomic sequencing |
ES2410930T3 (es) * | 2008-04-29 | 2013-07-03 | Pharnext | Nuevos enfoques terapéuticos para tratar la enfermedad de alzheimer y trastornos relacionados mediante la modulación de la respuesta de estrés celular |
GB0921329D0 (en) * | 2009-12-04 | 2010-01-20 | Univ Surrey | Biomarker |
CN103237901B (zh) * | 2010-03-01 | 2016-08-03 | 卡里斯生命科学瑞士控股有限责任公司 | 用于治疗诊断的生物标志物 |
EP2710146A2 (en) | 2011-05-18 | 2014-03-26 | Life Technologies Corporation | Chromosome conformation analysis |
ES2765573T3 (es) * | 2012-08-13 | 2020-06-09 | Univ Rockefeller | Tratamiento y diagnóstico de melanoma |
US10508303B2 (en) | 2013-07-19 | 2019-12-17 | Ludwig Institute For Cancer Research Ltd | Whole-genome and targeted haplotype reconstruction |
JP2015092853A (ja) * | 2013-11-12 | 2015-05-18 | 国立大学法人名古屋大学 | Als疾患関連遺伝子配列解析用の補足pcrプライマーセット、als疾患関連遺伝子配列の解析方法、及びals疾患の検査方法 |
GB201320351D0 (en) * | 2013-11-18 | 2014-01-01 | Erasmus Universiteit Medisch Ct | Method |
WO2015077414A1 (en) * | 2013-11-20 | 2015-05-28 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Kynurenine pathway biomarkers predictive of anti-immune checkpoint inhibitor response |
WO2016040643A1 (en) * | 2014-09-10 | 2016-03-17 | The Uab Research Foundation | Amyotrophic lateral sclerosis (als) biomarkers and uses thereof |
EP3314015A1 (en) | 2015-06-24 | 2018-05-02 | Oxford Biodynamics Limited | Detection of chromosome interactions |
-
2016
- 2016-06-24 EP EP16732727.9A patent/EP3314015A1/en active Pending
- 2016-06-24 EP EP20200717.5A patent/EP3822367A1/en active Pending
- 2016-06-24 MY MYPI2017704921A patent/MY188461A/en unknown
- 2016-06-24 MY MYPI2017704907A patent/MY194686A/en unknown
- 2016-06-24 KR KR1020187002147A patent/KR102622307B1/ko active IP Right Grant
- 2016-06-24 MY MYPI2017704893A patent/MY186113A/en unknown
- 2016-06-24 JP JP2018518797A patent/JP2018527016A/ja active Pending
- 2016-06-24 JP JP2018518796A patent/JP2018518203A/ja active Pending
- 2016-06-24 AU AU2016281772A patent/AU2016281772B2/en active Active
- 2016-06-24 US US15/738,476 patent/US11434522B1/en active Active
- 2016-06-24 KR KR1020187002360A patent/KR102622305B1/ko active IP Right Grant
- 2016-06-24 CN CN201680048728.9A patent/CN108377651A/zh active Pending
- 2016-06-24 EP EP16736558.4A patent/EP3314018A1/en not_active Withdrawn
- 2016-06-24 AU AU2016281766A patent/AU2016281766B2/en active Active
- 2016-06-24 CN CN201680048749.0A patent/CN108138223B/zh active Active
- 2016-06-24 CA CA2988674A patent/CA2988674C/en active Active
- 2016-06-24 CN CN201680037379.0A patent/CN108138222B/zh active Active
- 2016-06-24 KR KR1020187002196A patent/KR102622309B1/ko active IP Right Grant
- 2016-06-24 EP EP16732722.0A patent/EP3314014A1/en not_active Withdrawn
- 2016-06-24 WO PCT/GB2016/051900 patent/WO2016207653A1/en active Application Filing
- 2016-06-24 AU AU2016281776A patent/AU2016281776B2/en active Active
- 2016-06-24 CA CA2988673A patent/CA2988673A1/en active Pending
- 2016-06-24 WO PCT/GB2016/051910 patent/WO2016207661A1/en active Application Filing
- 2016-06-24 SG SG10201913628RA patent/SG10201913628RA/en unknown
- 2016-06-24 WO PCT/GB2016/051894 patent/WO2016207647A1/en active Application Filing
- 2016-06-24 US US15/738,457 patent/US11795496B2/en active Active
- 2016-06-24 US US15/738,469 patent/US11802305B2/en active Active
- 2016-06-24 JP JP2018518798A patent/JP2018518992A/ja active Pending
-
2017
- 2017-12-04 ZA ZA2017/08231A patent/ZA201708231B/en unknown
- 2017-12-04 ZA ZA2017/08230A patent/ZA201708230B/en unknown
-
2018
- 2018-10-02 HK HK18112606.1A patent/HK1253313A1/zh unknown
- 2018-10-02 HK HK18112607.0A patent/HK1253314A1/zh unknown
- 2018-10-02 HK HK18112605.2A patent/HK1253312A1/zh unknown
-
2019
- 2019-08-23 AU AU2019219864A patent/AU2019219864B2/en active Active
-
2020
- 2020-11-19 JP JP2020192590A patent/JP7248641B2/ja active Active
- 2020-11-27 JP JP2020196529A patent/JP7129459B2/ja active Active
-
2021
- 2021-07-30 JP JP2021125965A patent/JP7297015B2/ja active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009526543A (ja) * | 2006-02-17 | 2009-07-23 | イシス イノベーション リミテッド | 正常および異常遺伝子発現におけるdnaの立体構造(ループ構造) |
JP2011521633A (ja) * | 2008-06-02 | 2011-07-28 | オックスフォード バイオダイナミックス リミテッド | 長距離染色体相互作用を検出する方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
BYERS, R. J. ET AL: "Subtractive hybridization - genetic takeaways and the search for meaning", J. EXP. PATH., vol. 81, JPN6020017262, 2000, pages 391 - 404, XP002437331, ISSN: 0004449607, DOI: 10.1046/j.1365-2613.2000.00174.x * |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7248641B2 (ja) | 染色体相互作用の部位を用いた検出法 | |
EP4180531A2 (en) | Nasal epithelium gene expression signature and classifier for the prediction of lung cancer | |
JP2023082157A (ja) | 遺伝子調節 | |
JP2024504062A (ja) | 染色体相互作用 | |
JP7045086B2 (ja) | 分類法 | |
JP2022548249A (ja) | 診断用染色体マーカー | |
Zhang et al. | Comprehensive landscape of immune-based classifier related to early diagnosis and macrophage M1 in spinal cord injury | |
Yousefian-Jazi | Identification of Noncoding Disease-specific Risk Variants Using Machine Learning Techniques | |
JP2024511292A (ja) | 染色体相互作用マーカー | |
EP4341444A1 (en) | Cancer classification and prognosis based on silent and non-silent mutations | |
JP2023528621A (ja) | 線維症、例えば強皮症のためのマーカーとしての染色体コンフォメーションの検出 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
RD01 | Notification of change of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7426 Effective date: 20180222 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190527 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200623 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20200918 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20210302 |