JP2018500004A5 - - Google Patents

Claims (13)

1. 細胞上で少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドの絶対的定量をする方法であって、
   ａ）前記少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドを提示する細胞を含んでなる生物学的サンプルから調製するステップと、
   ｂ）ステップａ）の前記調製品の細胞数を判定するステップと、
   ｃ）前記少なくとも１つのペプチドＭＨＣリガンドおよび／または定量化されるペプチドＭＨＣリガンド複合体の既知量をステップａ）の前記調製品に添加するステップと（「添加Ｉ」）、
   ｄ）ペプチド溶出液を得るために、少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドをステップｃ）の前記調製品から単離するステップと、
   ｅ）定量化される少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドの既知量を前記ペプチド溶出液に添加するステップと（「添加ＩＩ」）、
   ｆ）ａａ）ステップｄ）の単離効率のシグナル、
   ｂｂ）ステップｅ）で添加された前記少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドの既知量のシグナル、
   ｃｃ）ステップａ）の前記調製された細胞からの前記少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドのシグナル
   の少なくとも１つを生じさせるために、前記少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドに対して質量分析を実施するステップと、
   ｇ）ステップｆ）で得られたシグナルと
   ａａ）得られた細胞数、
   ｂｂ）ステップｃ）で添加された前記少なくとも１つのペプチドＭＨＣリガンドおよび／または定量化されるペプチドＭＨＣリガンド複合体の既知量、および
   ｃｃ）ステップｅ）で添加された定量化される少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドの既知量
   との比較に基づいて、前記少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドを定量化するステップと
   を含んでなり、それによって細胞上の少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドの絶対的定量が得られる、方法。
2. 前記少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドが、腫瘍関連ペプチド（ＴＡＡ）または疾患関連ペプチド（ＤＡＡ）から選択される、請求項１に記載の方法。
3. 前記細胞を含んでなる生物学的サンプルが、組織サンプル、血液サンプル、腫瘍サンプル、または感染組織のサンプルから選択される、請求項１または２に記載の方法。
4. 細胞を調製するステップが、組織の酵素消化、および／または細胞溶解を含んでなる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法、
5. 細胞核計数、光度分析ＤＮＡ定量、蛍光分析ＤＮＡ定量、または定量ＰＣＲから選択される方法を使用して、前記細胞数が判定される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
6. ステップａ）の前記調製品中の少なくとも１つのタイプのＨＬＡ分子の量を判定するステップをさらに含んでなる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
7. 添加される少なくとも１つのペプチドＭＨＣ複合体、および／または添加される少なくとも１つのＭＨＣペプチドリガンドが、同位体によって標識され、好ましくは示差的に標識される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
8. 単離するステップが、アフィニティクロマトグラフィーなどのクロマトグラフィーを含んでなる、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
9. 分析のために、過剰提示され、過剰発現されおよび／または腫瘍特異的である、ＭＨＣペプチドリガンドを選択するステップをさらに含んでなる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
10. ハイスループットベースで実施でき、または実施される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
11. 示されるステップからなる、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
12. 前記生物学的サンプルが、一個人、または同一疾患を患っている個人群に由来する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
13. 定量化された前記ＭＨＣペプチドリガンドに基づいて、個別化ＭＨＣリガンドプロファイル、好ましくは、個別化疾患特異的ＭＨＣリガンドプロファイルを作成するステップをさらに含んでなる、請求項１２に記載の方法。