JP2017506882A5

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Filing date: 2015-01-21
Publication date: 2018-03-01
Anticipated expiration: 2035-01-21

Description

Ｔ細胞と、それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を各々が発現する、少なくとも２つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、またはそのような細胞の膜部分に会合したウイルス様粒子若しくはウイルスとを接触させる工程であって、その発現産物の各々が、（ｉ）第１のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然Ｂ２Ｍペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第２のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第２のペプチド配列により結合された事前に選択された５〜２０アミノ酸のペプチドを含み、（ｉ）が、（ｉｉ）ＭＨＣ重鎖の配列、第４のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第５のアミノ酸リンカー、これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインを有するアミノ酸配列に、１つまたは複数のジスルフィド結合により結合されており、複数の単離された懸濁適合細胞、複数のウイルス様粒子、またはウイルスがそれらの細胞の中で、５〜２０アミノ酸のペプチドとＴ細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも２つの異なるコードされた５〜２０アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞と、膜部分に会合したウイルス様粒子と、または膜部分に会合したウイルスと複合体を形成しているＴ細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からＤＮＡを回収するか、またはウイルス様粒子またはウイルスからＲＮＡを回収する工程、
回収したＤＮＡまたはＲＮＡを配列決定する工程、
ＤＮＡまたはＲＮＡにコードされた５〜２０アミノ酸のペプチドを同定して、それによりＴ細胞エピトープを同定する工程
を含む、Ｔ細胞エピトープを同定する方法。
[本発明1001]
5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンＦｃドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞。
[本発明1002]
5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、本発明1001の単離された懸濁適合細胞。
[本発明1003]
5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、本発明1001の単離された懸濁適合細胞。
[本発明1004]
それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現する単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分であって、前記発現産物が、Ｎ末端からＣ末端の順に、
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンＦｃドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む、単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1005]
本発明1004の細胞の前記発現産物を発現する、膜結合部分。
[本発明1006]
微小胞またはエキソソームである、本発明1004または1005の細胞の膜結合部分。
[本発明1007]
前記細胞が、前記免疫グロブリンＦｃドメインの配列を含む前記発現産物を発現する、本発明1004、1005、1006、または1007のいずれかの、単離された懸濁適合細胞または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1008]
前記細胞が、前記蛍光タンパク質を含む前記発現産物を発現する、本発明1004、1005、または1006のいずれかの、単離された懸濁適合細胞または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1009]
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、本発明1001〜1008のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1010]
前記異種核酸が、前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、本発明1001〜1003、1007、1008、または1009のいずれかの単離された懸濁適合細胞。
[本発明1011]
前記発現産物が、前記哺乳動物膜貫通ドメインに関してＣ末端側であるウイルスパッケージング配列を更に含む、本発明1004〜1009のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1012]
ウイルス様粒子である、本発明1011の細胞の前記発現産物を発現する膜結合部分。
[本発明1013]
前記β2ミクログロブリンがヒトβ2ミクログロブリンと同一の配列を有する、本発明1001〜1012のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1014]
主要組織適合性複合体重鎖配列がヒトＨＬＡ−Ａ配列と同一の配列を有する、本発明1001〜1013のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1015]
膜貫通ドメインが、ヒト主要組織適合複合体Ｉ重鎖膜貫通ドメインと同一の配列を有する、本発明1001〜1014のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1016]
少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを含む、複数の本発明1001〜1015のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の複数の膜結合部分。
[本発明1017]
少なくとも100個の異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを含む、本発明1016の複数のもの。
[本発明1018]
コードされた前記ペプチドが、1つの九量体若しくは複数の九量体である、本発明1001〜1015のいずれかの単離された懸濁適合細胞、若しくは前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分、または、本発明1016若しくは1017の複数の単離された懸濁適合細胞若しくは膜結合部分。
[本発明1019]
コードされた1つのペプチド若しくは複数の前記ペプチドが前記細胞の細胞外表面上に提示される、本発明1001〜1015のいずれかの単離された懸濁適合細胞、若しくはその膜結合部分、または、本発明1016、1017、若しくは1018のいずれかの複数の単離された懸濁適合細胞若しくはその膜結合部分。
[本発明1020]
前記発現産物を発現する、本発明1001〜1019のいずれかの単離された懸濁適合細胞の膜結合部分。
[本発明1021]
本発明1001〜1019のいずれかの単離された懸濁適合細胞。
[本発明1022]
異種核酸が前記ウイルスパッケージング配列をコードし、かつ、前記細胞が、前記異種核酸を含むウイルス、プラスミド、またはウイルスベクターにより形質導入またはトランスフェクトされる、本発明1010〜1019、または1021のいずれかの単離された懸濁適合細胞。
[本発明1023]
それらに結合している細胞膜部分を介して哺乳動物膜貫通ドメインにより物理的に会合する、本発明1022の細胞により産生される（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルスであって、発現産物が、Ｎ末端からＣ末端の順に、
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンＦｃドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、
これに隣接するウイルスパッケージング配列
を含む、（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1024]
前記細胞がレトロウイルストランスフェクションシステムを用いてトランスフェクトされる、本発明1023の（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1025]
前記トランスフェクションがレンチウイルストランスフェクションシステムを用いて実施される、本発明1023の（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1026]
前記レトロウイルストランスフェクションシステムがパッケージングプラスミドを含み、前記パッケージングプラスミドがその中に、1つまたは複数のエンベロープタンパク質をコードする1つのオリゴヌクレオチド配列または複数のオリゴヌクレオチド配列の代わりに、
5〜20アミノ酸のペプチドをコードする1つのオリゴヌクレオチド配列または複数のオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンＦｃドメイン、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む、本発明1023、1024、または1025のいずれかの（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1027]
前記細胞から出芽した、本発明1023〜1026のいずれかの単離されたウイルス。
[本発明1028]
前記細胞から出芽した、本発明1023〜1026のいずれかの単離されたウイルス様粒子。
[本発明1029]
組換えレトロウイルスである、前記細胞から出芽した単離された本発明1027のウイルス。
[本発明1030]
複数の本発明1027または1029の単離されたウイルス。
[本発明1031]
複数の本発明1028の単離されたウイルス様粒子。
[本発明1032]
それらのコードされた5〜20アミノ酸のペプチドが異なっている複数のウイルスを含む、前記複数の単離されたウイルス。
[本発明1033]
それらのコードされた5〜20アミノ酸のペプチドが異なっている複数のウイルス様粒子を含む、前記複数の単離されたウイルス様粒子。
[本発明1034]
5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンＦｃドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸。
[本発明1035]
前記蛍光タンパク質をコードする前記オリゴヌクレオチド配列を含む、本発明1034の組換え核酸。
[本発明1036]
前記免疫グロブリンＦｃドメインをコードする前記オリゴヌクレオチド配列を含む、本発明1034の組換え核酸。
[本発明1037]
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、本発明1034、1035、若しくは1036のいずれかの組換え核酸。
[本発明1038]
前記組換え核酸が、前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、本発明1034〜1037のいずれかの組換え核酸。
[本発明1039]
ベクターである、本発明1034〜1038のいずれかの組換え核酸。
[本発明1040]
前記ベクターがウイルスベクターである、本発明1039の組換え核酸。
[本発明1041]
前記ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、本発明1040の組換え核酸。
[本発明1042]
前記ベクターがプラスミドである、本発明1041の組換え核酸。
[本発明1043]
前記核酸がｃＤＮＡを含む、本発明1001〜1015、1018、1019、1021、若しくは1022のいずれかの単離された懸濁適合細胞、または本発明1016および1017のいずれかの複数の単離された懸濁適合細胞、または本発明1034〜1042のいずれかの組換え核酸。
[本発明1044]
5'から3'の順に、
第1のＢ2Ｍリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のＢ2Ｍリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ＭＨＣ重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞。
[本発明1045]
それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現する単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分であって、前記発現産物が組換えポリペプチド構築物を含み、前記組換えポリペプチド構築物が、（ｉ）第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、（ｉ）が、（ｉｉ）ＭＨＣ重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンＦｃと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメインを有する、アミノ酸配列に、1つまたは複数のジスルフィド結合により結合されている、単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
[本発明1046]
5'から3'の順に、
第1のＢ2Ｍリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のＢ2Ｍリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ＭＨＣ重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチド
を含む異種核酸を含むウイルス、プラスミド、またはウイルスベクターにより形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞。
[本発明1047]
前記第3のアミノ酸リンカーが発現後に自己切断する、本発明1044または1046の単離された懸濁適合細胞。
[本発明1048]
それらに結合している細胞膜部分を介して哺乳動物膜貫通ドメインによって物理的に会合する、本発明1046の細胞により産生される（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルスであって、発現産物が、Ｎ末端からＣ末端の順に、組換えポリペプチド構築物を含み、前記組換えポリペプチド構築物が、（ｉ）第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、（ｉ）が、（ｉｉ）ＭＨＣ重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、これに隣接するウイルスパッケージング配列を有するアミノ酸配列に、一つまたは複数のジスルフィド結合により結合されている、（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1049]
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、本発明1044、1045、1046、若しくは1047のいずれかの単離された懸濁適合細胞または本発明1048の（ｉ）ウイルス様粒子若しくは（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1050]
前記異種核酸が、前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、本発明1044または1047の単離された懸濁適合細胞。
[本発明1051]
前記事前に選択された第2のペプチドが、Ｔ細胞調節ドメイン、抗体エピトープ、蛍光タンパク質、核酸結合タンパク質、または同時調節タンパク質である、本発明1044〜1047のいずれかの単離された懸濁適合細胞または本発明1048若しくは1049の（ｉ）ウイルス様粒子若しくは（ｉｉ）ウイルス。
[本発明1052]
5'から3'の順に、
第1のＢ2Ｍリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のＢ2Ｍリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ＭＨＣ重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸。
[本発明1053]
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、本発明1052の組換え核酸。
[本発明1054]
前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、本発明1052または1053の組換え核酸。
[本発明1055]
Ｔ細胞と、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、または発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分とを接触させる工程であって、各々の細胞または膜結合部分が、それらに形質導入またはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現し、前記発現産物の各々が、5〜20アミノ酸のペプチド、これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンＦｃドメイン、これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメインを含み、前記複数の単離された懸濁適合細胞または前記膜結合部分が前記細胞または前記膜結合部分の中で、5〜20アミノ酸のペプチドとＴ細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているＴ細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からＤＮＡを回収する工程、
回収した前記ＤＮＡを配列決定する工程、
前記ＤＮＡにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりＴ細胞エピトープを同定する工程
を含む、Ｔ細胞エピトープを同定する方法。
[本発明1056]
Ｔ細胞と、それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を各々が発現する、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、またはその膜結合部分とを接触させる工程であって、前記発現産物の各々が、（ｉ）第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、（ｉ）が、（ｉｉ）ＭＨＣ重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインを有するアミノ酸配列に、1つまたは複数のジスルフィド結合により結合されており、前記複数の単離された懸濁適合細胞またはその膜結合部分が前記細胞または前記部分の中で、5〜20アミノ酸のペプチドとＴ細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているＴ細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からＤＮＡを回収する工程、
回収した前記ＤＮＡを配列決定する工程、
前記ＤＮＡにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりＴ細胞エピトープを同定する工程
を含む、Ｔ細胞エピトープを同定する方法。
[本発明1057]
複合体を形成しているＴ細胞がフローサイトメトリーにより回収される、本発明1054または1056の方法。
[本発明1058]
配列決定する工程の前に、回収した前記ＤＮＡを増幅する工程を含む、本発明1055、1056、または1057のいずれかの方法。
[本発明1059]
前記増幅する工程が、1つ以上のユニバーサルプライマーを用いて行われる、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記ユニバーサルプライマーの1つ以上が、前記異種核酸の配列の一部に方向付けられているが、前記細胞の天然β2ミクログロブリン配列をコードする核酸に相補的ではない、本発明1059の方法。
[本発明1061]
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、本発明1055〜1060のいずれかの方法。
[本発明1062]
前記Ｔ細胞が、対象から得られた末梢Ｔ細胞を含む、本発明1055〜1061のいずれかの方法。
[本発明1063]
前記対象がヒトである、本発明1062の方法。
[本発明1064]
前記複数の単離された懸濁適合細胞の前記ＤＮＡにおける前記5〜20アミノ酸のペプチドの存在に比べて回収した前記ＤＮＡでは濃縮されている、前記ＤＮＡにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドのいずれかを同定して、それにより、1つ以上の免疫優性のＴ細胞エピトープを同定する工程を更に含む、本発明1055〜1063のいずれかの方法。
[本発明1065]
前記単離された懸濁適合細胞がＨＥＫ細胞である、本発明1055〜1064のいずれかの方法。
[本発明1066]
前記単離された懸濁適合細胞が使用される、本発明1055〜1065のいずれかの方法。
[本発明1067]
前記発現産物を発現する前記細胞である懸濁適合細胞の単離された前記膜結合部分が使用される、本発明1055〜1065のいずれかの方法。
[本発明1068]
Ｔ細胞と、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、またはそのような細胞の膜部分に会合したウイルス様粒子またはウイルスとを接触させる工程であって、前記細胞または前記膜結合部分が、それらに形質導入またはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現し、前記発現産物の各々が、5〜20アミノ酸のペプチド、これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンＦｃドメイン、これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、これに隣接するウイルスパッケージング配列を含み、前記複数の単離された懸濁適合細胞、または前記細胞の前記膜部分に会合した複数の前記ウイルス様粒子若しくは複数の前記ウイルスが前記細胞または前記ウイルス様粒子若しくは前記ウイルスの中で、5〜20アミノ酸のペプチドとＴ細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
複数の懸濁適合細胞と、複数のウイルス様粒子と、または複数のウイルスと複合体を形成しているＴ細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からＤＮＡを回収するか、前記ウイルス様粒子または前記ウイルスからＲＮＡを回収する工程、
回収した前記ＤＮＡまたは前記ＲＮＡを配列決定する工程、
前記ＤＮＡまたは前記ＲＮＡにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりＴ細胞エピトープを同定する工程
を含む、Ｔ細胞エピトープを同定する方法。
[本発明1069]
Ｔ細胞と、それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を各々が発現する、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、または、そのような細胞の膜部分に会合したウイルス様粒子若しくはウイルスとを接触させる工程であって、前記発現産物の各々が、（ｉ）第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然Ｂ2Ｍペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、（ｉ）が、（ｉｉ）ＭＨＣ重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンＦｃドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインを有するアミノ酸配列に、1つまたは複数のジスルフィド結合により結合されており、前記複数の単離された懸濁適合細胞、前記ウイルス様粒子、または前記ウイルスがそれらの細胞の中で、5〜20アミノ酸のペプチドとＴ細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞と、膜部分に会合したウイルス様粒子と、または膜部分に会合したウイルスと複合体を形成しているＴ細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からＤＮＡを回収するか、または、前記ウイルス様粒子若しくは前記ウイルスからＲＮＡを回収する工程、
回収した前記ＤＮＡまたは前記ＲＮＡを配列決定する工程、
前記ＤＮＡまたは前記ＲＮＡにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりＴ細胞エピトープを同定する工程
を含む、Ｔ細胞エピトープを同定する方法。
[本発明1070]
複合体を形成しているＴ細胞がフローサイトメトリーにより回収される、本発明1068または1069の方法。
[本発明1071]
配列決定する工程の前に、回収した前記ＤＮＡまたは前記ＲＮＡを増幅する工程を含む、本発明1068、1069、または1070のいずれかの方法。
[本発明1072]
前記増幅する工程が、1つ以上のユニバーサルプライマーを用いて行わる、本発明1071の方法。
[本発明1073]
前記ユニバーサルプライマーの1つ以上が、前記異種核酸の配列の一部に方向付けられているが、前記細胞の天然β2ミクログロブリン配列をコードする核酸に相補的ではない、本発明1072の方法。
[本発明1074]
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、本発明1068〜1073のいずれかの方法。
[本発明1075]
前記Ｔ細胞が、対象から得られた末梢Ｔ細胞を含む、本発明1068〜1074のいずれかの方法。
[本発明1076]
前記対象がヒトである、本発明1075の方法。
[本発明1077]
前記複数の単離された懸濁適合細胞の前記ＤＮＡにおける前記5〜20アミノ酸のペプチドの存在に比べて回収した前記ＤＮＡでは濃縮されている、前記ＤＮＡにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドのいずれかを同定し、それにより、1つ以上の免疫優性Ｔ細胞エピトープを同定する工程を更に含む、本発明1068〜1076のいずれかの方法。
[本発明1078]
前記ウイルスがレトロウイルスである、本発明1077の方法。
[本発明1079]
（ｉ）複合体を形成しているＴ細胞と、Ｔ細胞表面マーカー分子に対して作製された抗体または抗体フラグメントを磁気ビーズの外部表面に結合させた前記磁気ビーズとを接触させること、および（ｉｉ）前記磁気ビーズを回収するように前記ビーズに磁場を印加することにより、前記複合体を形成しているＴ細胞が回収される、本発明1055〜1078のいずれかの方法。
[本発明1080]
前記Ｔ細胞表面マーカー分子がＣＤ8分子である、本発明1079の方法。
[本発明1081]
前記懸濁適合細胞またはその膜部分が前記蛍光タンパク質を発現し、かつ複合体を形成しているＴ細胞が、前記蛍光タンパク質の蛍光に基づく蛍光活性化細胞選別により回収される、本発明1055〜1078のいずれかの方法。
[本発明1082]
前記ウイルス様粒子または前記ウイルスが、二次抗体ベースシステムにより回収され、前記二次抗体が、発現した前記構築物中のエピトープに対して作製されている、本発明1069〜1078のいずれかの方法。

Claims

（ｉ）ウイルス様粒子または（ｉｉ）ウイルスであって、前記ウイルス様粒子またはウイルスに会合している細胞膜部分および哺乳動物膜貫通ドメインを介して、発現産物に物理的に会合しており、前記発現産物が、Ｎ末端からＣ末端の順に、
５〜２０アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第１のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ２ミクログロブリン配列、
これに隣接する第２のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第３のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンＦｃドメインの配列、
これに隣接する第４のリンカーペプチド配列、
これに隣接する前記哺乳動物膜貫通ドメイン、
これに隣接するウイルスパッケージング配列
を含む、前記ウイルス様粒子またはウイルス。
複数の、請求項１に記載の単離されたウイルスまたは単離されたウイルス様粒子。
少なくとも１００個の異なるコードされた５〜２０アミノ酸のペプチドを含む、請求項２に記載の複数のもの。
５'から３'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、５〜２０アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第１のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β２ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第２のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第３のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンＦｃドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第４のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸。
それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現する単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分であって、前記発現産物が、Ｎ末端からＣ末端の順に、
５〜２０アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第１のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ２ミクログロブリン配列、
これに隣接する第２のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第３のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンＦｃドメインの配列、
これに隣接する第４のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、
これに隣接するウイルスパッケージング配列
を含む、前記単離された懸濁適合細胞または細胞の膜結合部分。
前記発現産物を含む、請求項５に記載の細胞の膜結合部分。
微小胞またはエキソソームである、請求項５または６に記載の細胞の膜結合部分。
前記細胞が、前記免疫グロブリンＦｃドメインの配列を含む前記発現産物を発現する、請求項５〜７のいずれか一項に記載の、単離された懸濁適合細胞または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
前記細胞が、前記蛍光タンパク質を含む前記発現産物を発現する、請求項５〜７のいずれか一項に記載の、単離された懸濁適合細胞または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項５〜９のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
少なくとも２つの異なるコードされた５〜２０アミノ酸のペプチドを含む、複数の請求項５〜１０のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の複数の膜結合部分であって、前記コードされた１つのペプチド若しくは複数の前記コードされたペプチドが前記細胞の細胞外表面上に提示される、前記複数の懸濁適合細胞または複数の膜結合部分。
少なくとも１００個の異なるコードされた５〜２０アミノ酸のペプチドを含む、請求項１１に記載の複数のもの。
Ｔ細胞と、少なくとも２つの細胞を含む、複数の請求項５〜１２のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞もしくは発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分とを、またはそのような細胞の膜部分に会合した請求項１〜３のいずれか一項に記載のウイルス様粒子もしくはウイルスとを接触させる工程、
懸濁適合細胞または膜結合部分と複合体を形成しているＴ細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からＤＮＡを回収する工程、
回収した前記ＤＮＡを配列決定する工程、および
前記ＤＮＡにコードされた５〜２０アミノ酸のペプチドを同定して、それによりＴ細胞エピトープを同定する工程
を含む、Ｔ細胞エピトープを同定する方法。
前記Ｔ細胞が、対象から得られた末梢Ｔ細胞を含む、請求項１３に記載の方法。
前記対象がヒト対象である、請求項１４に記載の方法。