JP2020048588A - キメラ抗原受容体 - Google Patents

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Abstract

【課題】設計の点でより大きな柔軟性を提供する代替的なCARを提供する。【解決手段】第1の態様では、本発明は、(i)抗原結合ドメインと、(ii)コイルドコイルスペーサードメインと、(iii)膜貫通ドメインと、(iv)エンドドメインとを含む、キメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチド/補助ポリペプチドを提供する。本発明の第2の態様は、コイルドコイルスペーサードメイン間またはCAR形成ポリペプチドおよび/もしくは補助ポリペプチド間の相互作用によって形成される多量体CARに関する。【選択図】なし

Description

本発明は、細胞表面において多量体キメラ抗原受容体(CAR)分子の形成をもたらす特定のスペーサードメインを含むCARに関する。多量体CAR分子は、「超感受性」であり得、低密度の標的細胞に発現する抗原への結合に応答して、T細胞活性化を誘導することができる。
キメラ抗原受容体(CAR)
従来、抗原特異性T細胞は、標的抗原に元々特異的である末梢血T細胞の選択的増殖によって生成されていた。しかしながら、ほとんどのがん抗原に特異的なT細胞を選択し、大量に増殖させることは、困難であり、不可能であることが非常に多い。組込みベクターを用いた遺伝子療法は、この問題の解決策を提供するが、これは、キメラ抗原受容体(CAR)のトランスジェニック発現により、末梢血T細胞のバルク集団に対するex vivoウイルスベクター形質導入によって、任意の表面抗原に特異的な大量のT細胞を生成することが可能となるためである。
キメラ抗原受容体は、モノクローナル抗体(mAb)などの抗原結合体(antigen binder)の特異性を、T細胞のエフェクター機能へ移したタンパク質である。それらの通常の形態は、抗原を認識するアミノ末端、スペーサー、膜貫通ドメインがすべて、T細胞生存および活性化シグナルを伝達する複合エンドドメインに接続された、I型膜貫通ドメインタンパク質の形態である(図1Aを参照されたい)。
これらの分子の最も一般的な形態は、標的抗原を認識するモノクローナル抗体由来の一本鎖可変断片(scFv)が、スペーサーおよび膜貫通ドメインを介してシグナル伝達エンドドメインに融合された融合体である。そのような分子は、scFVがその標的を認識することに応答して、T細胞の活性化をもたらす。T細胞がそのようなCARを発現すると、それらは、標的抗原を発現する標的細胞を認識し、殺滅させる。腫瘍関連抗原に対して複数のCARが開発されており、そのようなCAR発現T細胞を使用した養子移入アプローチは、現在、様々ながんの治療に関する臨床試験中である。
CARは、多くの場合、抗原結合ドメインと細胞膜との間に適切な距離を提供するため、ならびに好適な配向、到達範囲、およびリガンド結合時にホスファターゼからの分離を可能にするためのスペーサードメインを含む。
使用される一般的なスペーサーは、IgG1のFc、CD8αおよびCD28由来のストークであり、IgG1ヒンジ単独またはCD247のエクトドメインだけでも、抗原によっては十分な場合がある(図2b)。
これらの一般的なスペーサーは、機能性スペーサーを形成するためにはドメイン構造をすべて含有しなければならないため、または重度にグリコシル化されており、アミノ酸長の変化によりスペーサーのサイズに予測できない変化が生じるため、限定される。例えば、IgGスペーサーは、免疫グロブリンドメインを全数含有しなければならない。構造ドメインの全数に対するこの必要性は、スペーサーに対して行うことができる変更が限定されることを意味する。
加えて、上述のスペーサーは、典型的に、長い一次アミノ酸配列であり、これが、フォールディングされて、必要とされる二次および三次構造体が形成する。そのため、これらは、典型的に、長い核酸配列によってコードされる。この長い核酸配列の必要性は、CARをコードするベクターの構築にとって問題である。
古典的CARは、ある特定の設計上の限定を有する。古典的CARはホモ二量体であるため、一般に、2つの(同一な)結合特異性があり、抗原結合ドメイン対細胞内T細胞シグナル伝達ドメインの比が1:1である。これにより、特定の化学量論を課し、全体として系の柔軟性が限定される。
したがって、設計の点でより大きな柔軟性を提供する代替的なCARが必要とされている。
親和性の問題
CARの結合ドメインは、通常、既存の抗体またはライブラリから選択された抗体のいずれかの可変領域に由来する。結果として、選択されるCARはほとんどが、ナノモルの親和性で同起源のリガンドに結合する。対照的に、TCR:ペプチド:MHC(TCR−pMHC)結合の生物物理学的特性は、通常、10〜1uMである(親和性が数オーダー低い)。より高い親和性の相互作用が所与の受容体濃度におけるリガンドに対する特異性を向上させるが、T細胞が低密度の同起源のペプチドMHCを発現する標的細胞を検出することができるように、TCRは進化して低い親和性を有するようになったという証拠が出てきている。
T細胞が、10個ほどの少ない同起源のpMHCによって活性化され得ること、および1つのpMHCが、最大200個のTCR分子において生産的シグナルをトリガーし得ることが、報告されている。これは、連続トリガリングとして知られているプロセスを通じて達成されると考えられており、このプロセスでは、標的細胞に存在する1つの同起源のpMHCが、結合、トリガリング、および続くTCRからの解離のサイクルを、複数回行い、シグナルを効果的に増幅させることができる。結果として、生産的シグナルを伝達するためには、少数の同起源のpMHCのみを必要とする。
CARのより高い親和性は、相互作用の分子の解離に数分から数時間かかることを意味し、これは、典型的にはおよそ数秒のオーダーであるTCRとは異なる。この理由のため、CARのシグナル伝達は、有効な連続トリガリング応答を経験する可能性は低く、代わりに、より多くの受容体のライゲーションに依存する。これは、標的細胞に高密度で発現するリガンドを標的とするようにCARを限定し得る。高親和性のCARは、有効な殺滅応答を誘起するには、標的細胞が1万個を上回るリガンド分子を発現することを必要とすると推測されている。より具体的には、第1世代のCARを使用して、Jamesらは、最大の溶解活性をトリガーするために約30,000個の標的分子/標的細胞を要する(約20,000個のCAR分子のエンドサイトーシスを誘導する)ことを示している(S. Jamesら、The Journal of Immunology、184巻(8号)4284〜4294頁、2010年)。殺滅の閾値を下回るリガンドを発現する標的細胞は、検出を逃れる可能性があり、疾患を再確立し得ることが、動物モデルにより示されている(U. Anurathapanら、Molecular Therapy、22巻(3号)、623〜633頁、2014年)。
低密度リガンドに対するCARの感受性を向上させる1つの方法は、低親和性結合体ドメインを使用することであり、これにより、TCR−pMHC連続トリガリング応答を模倣することができる。しかしながら、このアプローチにはいくつかの限定がある。低親和性CARの使用は、現在のところ、共刺激性の疑似二量体(pseudodimer)形成および付着分子がTCR−pMHC連続トリガリング応答に及ぼす影響が未知であるため、予測不可能である。CAR療法において、これらの分子の相互作用は、標的細胞に応じて変動し、したがって、強力な連続トリガリング応答を得ることは困難である。さらに、TCRと同等までCARの親和性を低減させる方法は、通常、高親和性CARから出発し、その後でCDRを変異させることを伴う。これは、予測できない結果をもたらし、オフターゲットな(off target)結合の危険性を増加させる可能性のある、冗長であり、成功しないことの多いアプローチである。
低密度リガンドの存在下でのトリガーが可能なCARを操作することにより、この療法が、より多くのがんを標的とすること、およびがんを見逃す可能性を低減することも可能となるであろう。
S. Jamesら、The Journal of Immunology、184巻(8号)4284〜4294頁、2010年 U. Anurathapanら、Molecular Therapy、22巻(3号)、623〜633頁、2014年
したがって、上に概説した問題を伴わないCARが必要とされている。
第1の態様では、本発明は、
(i)抗原結合ドメインと、
(ii)コイルドコイルスペーサードメインと、
(iii)膜貫通ドメインと、
(iv)エンドドメインと
を含むキメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチドを提供する。
本発明はまた、
(i)コイルドコイルスペーサードメインと、
(iii)膜貫通ドメインと、
(iv)エンドドメインと
を含む補助ポリペプチド(accessory polypeptide)を提供する。
コイルドコイルドメインは、複数のCAR形成ポリペプチドおよび/または補助ポリペプチド、例えば、少なくとも3つのCAR形成ポリペプチド/補助ポリペプチドの多量体化により、多量体CARを形成することを可能にする。
コイルドコイルドメインは、以下の:軟骨オリゴマー基質タンパク質(COMP)、マンノース結合タンパク質A、コイルドコイルセリンリッチタンパク質1、ポリペプチド放出因子2、SNAP−25、SNARE、Lacリプレッサー、またはアポリポタンパク質Eのうちのいずれかに由来し得る。
コイルドコイルドメインは、配列番号1に示される配列もしくはその断片、または少なくとも80%の配列同一性を有するそのバリアントを含み得る。
エンドドメインは、CD3ゼータエンドドメイン、CD28エンドドメイン、41BBエンドドメイン、およびOX40エンドドメインのうちの少なくとも1つを含み得る。
エンドドメインは、配列番号7に示される配列、または少なくとも80%の配列同一性を有するそのバリアントを含み得る。
抗原結合ドメインは、標的細胞に低密度で発現する抗原に結合することができる。例えば、抗原結合ドメインは、ROR−1、Typr−1、またはBCMAに結合することができる。
CAR形成ポリペプチドは、別のCARと架橋を形成することができるエレメントを含み得る。
例えば、エレメントは、そのようなエレメントを含有する別のCARとのジスルフィド架橋の形成が可能であり得る。
本発明の第2の態様は、コイルドコイルスペーサードメイン間またはCAR形成ポリペプチド(複数可)および/もしくは補助ポリペプチド(複数可)間の相互作用によって形成される多量体CARに関する。
第2の態様の第1の実施形態では、本発明は、複数の、上に定義されるキメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチドを含む多量体CARを提供する。
本発明の第2の態様の第2の実施形態では、上に定義される1つまたは複数のキメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチドおよび1つまたは複数の補助ポリペプチドを含む多量体CARが提供される。
多量体CAR中のCAR形成ポリペプチド(複数可)および/または補助ポリペプチド(複数可)は、異なるエンドドメインを含み得る。
多量体CARが2つまたはそれ超のCAR形成ポリペプチドを含む場合、それらは、異なる抗原結合ドメイン、例えば、異なる特異性を有する抗原結合ドメインを有し得る。
CAR形成ポリペプチドおよび補助ポリペプチドのエンドドメインのうちの一方は、CD3ゼータエンドドメインを含み得、CAR形成ポリペプチドおよび補助ポリペプチドの他方のエンドドメインは、41BBエンドドメインを含み得る。2つの補助ポリペプチドがある場合、一方が41BBエンドドメインを含み得、他方がCD28エンドドメインを含み得る。
多量体CARは、例えば、二量体、三量体、四量体、五量体、六量体、または七量体であり得る。
五量体CARは、以下のCAR形成ポリペプチドと補助ポリペプチド鎖との組合せのうちのいずれかを含み得る。
多量体CARが、第1および第2の、本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチドを含む場合、第1のCARの抗原結合ドメインは、第2のCARの抗原結合ドメインとは異なるエピトープに結合し得る。
この実施形態では、第1のCARの抗原結合ドメインは、第2のCARの抗原結合ドメインとは異なる抗原に結合し得る。
本発明はまた、少なくとも2つの本発明の第2の態様による多量体CARを含む結合複合体(engaged complex)であって、第1の多量体CAR上の第1のCARが、第2の多量体CAR上の第2のCARと架橋を形成し、その結果、第1および第2の多量体CARが結合して複合体が形成される、結合複合体を提供する。
架橋は、ジスルフィド架橋または追加のコイルドコイル構造体であってもよい。
第3の態様では、本発明は、
(i)第1のヘテロ二量体化ドメインを含む、上に定義されるCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドを含む多量体CARと、
(ii)シグナル伝達ドメインおよび第2のヘテロ二量体化ドメインを含む細胞内シグナル伝達構成成分と
を含むキメラ抗原受容体(CAR)シグナル伝達系であって、
第1および第2のヘテロ二量体化ドメイン間のヘテロ二量体化が、多量体CARおよびシグナル伝達構成成分による機能性CAR複合体の形成をもたらす、キメラ抗原受容体(CAR)シグナル伝達系を提供する。
CAR形成ポリペプチド(複数可)もしくは補助ポリペプチド(複数可)、またはそのそれぞれは、複数のヘテロ二量体化ドメインを含んでもよく、その結果、単一のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドは、複数のシグナル伝達構成成分とヘテロ二量体化することができる可能性がある。
CARシグナル伝達系のシグナル伝達構成成分は、複数のシグナル伝達ドメインを含み得る。
第4の態様では、本発明は、本発明の第1の態様によるCARの形成ポリペプチドおよび/または上に定義される補助ポリペプチドをコードする核酸を提供する。
本発明の第5態様は、2つまたはそれ超の核酸配列を含む、核酸構築物に関する。
本発明の第5の態様の第1の実施形態では、2つまたはそれ超の、本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチドをコードする核酸構築物が提供される。
本発明の第5の態様の第2の実施形態では、上に定義される少なくとも1つのCAR形成ポリペプチドおよび少なくとも1つの補助ポリペプチドをコードする核酸構築物が提供される。
本発明の第5の態様の第1の実施形態では、
(i)本発明の第2の態様による多量体CARを形成する、本発明の第1の態様による少なくとも1つのCAR形成ポリペプチド、および
(ii)本発明の第5の態様に関連して定義される細胞内シグナル伝達構成成分
をコードする核酸構築物が提供される。
第6の態様では、本発明は、本発明の第4の態様による核酸配列または本発明の第5の態様による核酸構築物を含むベクターを提供する。
ベクターは、例えば、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターまたはトランスポゾンであり得る。
第7の態様では、本発明は、本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド、本発明の第2の態様による多量体CAR、本発明の第3の態様によるCARシグナル伝達系、または上に定義される結合複合体を発現する細胞を提供する。
細胞は、T細胞またはNK細胞であり得る。
第8の態様では、本発明は、本発明の第7の態様による細胞を含む医薬組成物を提供する。
第9の態様では、本発明は、疾患の治療に使用するための本発明の第7の態様による細胞に関する。
第10の態様では、本発明は、疾患を治療するための医薬品の製造における、本発明の第7の態様による細胞の使用に関する。
第11の態様では、本発明は、本発明の第7の態様による細胞を被験体に投与するステップを含む、疾患を治療するための方法に関する。
疾患は、がん、例えば、慢性リンパ球性白血病(CLL)、黒色腫、または骨髄腫であり得る。
第12の態様では、本発明は、本発明の第4の態様による核酸、本発明の第5の態様による核酸構築物、または本発明の第6の態様によるベクターを含む、キットに関する。
第13の態様では、本発明は、本発明の第7の態様による細胞を含むキットを提供する。
第14の態様では、本発明は、本発明の第7の態様による細胞を作製するための方法であって、本発明の第4の態様による核酸、本発明の第5の態様による核酸構築物、または本発明の第6の態様によるベクターを導入するステップを含む方法に関する。
細胞は、被験体から単離された試料に由来し得る。
CARにおいてスペーサーとしてコイルドコイルドメインを使用することにより、IgGに由来するFcドメインなどのこれまで使用されていたスペーサーに勝るいくつかの利点が提供される。
例えば、コイルドコイルドメインの使用により、スペーサーの寸法を0.15nm刻みで変化させることが可能となる。個々のアミノ酸またはいくつかのアミノ酸の付加または削減は、コイルドコイルスペーサーのサイズを徐々に変化させることができることを意味する。対照的に、IgGスペーサーの使用は、全免疫グロブリンドメインの付加または除去を可能にするだけである。これは、変化の最も小さな刻みが約4nm(すなわち、フォールディングされた免疫グロブリンドメインのサイズ)であることを意味する。
コイルドコイルドメインは、IgGに由来するFcドメイン(約700ヌクレオチド)と比較して、より小さなDNA断片(例えば、約100ヌクレオチド)によってコードされる。これにより、より小さなDNAベクターが可能となり、これは、ウイルス力価および形質導入効率を改善するのに重要である。
コイルドコイルスペーサーを使用することにより、他のコイルドコイルドメインと交差ハイブリダイズしない、多数のコイルドコイルスペーサーからの選択が可能となる。これは、スペーサーの選択肢数がより限定されている他のスペーサーとは対照的である。
コイルドコイルスペーサーを使用することはまた、古典的CARよりもCAR設計の点での柔軟性が大きい。例えば、ホモまたはヘテロオリゴマーCAR複合体の形成が可能となる。ヘテロオリゴマーCAR複合体は、CD28/OX40/41BBおよびTCRzエンドドメインを有する多重鎖CARを操作する際に、エンドドメインのそれぞれが、膜に対して最適な近傍性で配置され、所望される比率で存在することを確実にするのに有用である。
本発明者らは、結合体ドメインの生物物理学的特性を変化させることなく、高感受性CARを操作した。これは、CAR結合体の親和性を低減させる方法が、予測不可能であり、特徴付けられていない特異性を有することが多いため、望ましい。
高感受性CARは、CARの価数(valency)を増加させることによって提供される。具体的には、相互作用して、2つを上回るCARを含む多量体を形成することができるコイルドコイルスペーサードメインを使用することにより、ITAMの増加およびオリゴマーCAR複合体に対する結合活性(avidity)の増加に起因して、低密度リガンドを発現する標的に対する感受性が増加する。
感受性は、コイル−シグナル対scFv−コイルの比を増加させることによって増加し得、そうして、それぞれのscFvが、多数のシグナル伝達エレメントに結合する(図10cを参照されたい)。感受性は、多量体CARの複合体の形成によって増加し得る(図10f)。
本発明の多量体CARにおいて、シグナル伝達エンドドメインは、膜近傍の位置においてトランスに提供され、T細胞シグナル伝達ドメインの組合せの微調整を行うこと(図10aおよびb)、ならびに構造体が、第3世代CAR(図1d)よりも多くのエンドドメインシグナルを含むように、3つを上回る異なる細胞内シグナル伝達ドメインを組み込むこと(図10d)が可能である。
細胞内でCARとヘテロ二量体化する別個の細胞内シグナル伝達構成成分分子を使用することにより、抗原結合ドメイン1つ当たりのエンドドメインの数をさらに増幅させ、「超CAR」(図15)を生成することが可能である。
本発明の多量体CARは、1つを上回る抗原結合特異性を含み得、複数のエピトープまたは抗原を標的とすることが可能である(図10e)。
複数の結合ドメインを有する多量体CARは、古典的なホモ二量体CARよりも高い結合活性を有するであろう。これは、例えば、低い親和性を有する結合ドメインにとって重要であり得るが、これは、複数の親和性の強度が積み重なって高い特異性の結合がもたらされるためである。多量体CARは、複数の免疫グロブリンが共有結合して五量体または六量体構造を形成したものを含むIgMに類似の様式で抗原に結合し得る。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(i)抗原結合ドメインと、
(ii)コイルドコイルスペーサードメインと、
(iii)膜貫通ドメインと、
(iv)エンドドメインと
を含むキメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチド。
(項目2)
前記抗原結合ドメインが、標的細胞に低密度で発現する抗原に結合する、項目1に記載のCAR形成ポリペプチド。
(項目3)
前記抗原結合ドメインが、ROR−1、Typr−1、またはBCMAに結合する、項目2に記載のCAR形成ポリペプチド。
(項目4)
(i)コイルドコイルスペーサードメインと、
(iii)膜貫通ドメインと、
(iv)エンドドメインと
を含む補助ポリペプチド。
(項目5)
前記コイルドコイルスペーサードメインが、少なくとも3つのCAR形成ポリペプチド/補助ポリペプチドの多量体化を可能にする、項目1から3のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドまたは項目4に記載の補助ポリペプチド。
(項目6)
前記コイルドコイルスペーサードメインが、軟骨オリゴマー基質タンパク質(COMP)、マンノース結合タンパク質A、コイルドコイルセリンリッチタンパク質1、ポリペプチド放出因子2、SNAP−25、SNARE、Lacリプレッサー、またはアポリポタンパク質Eに由来する、項目5に記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目7)
前記コイルドコイルスペーサードメインが、配列番号1もしくは30〜42に示される配列のうちの1つ、もしくはその断片、または少なくとも80%の配列同一性を有するそのバリアントを含む、項目6に記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目8)
前記エンドドメインが、CD3ゼータエンドドメイン、CD28エンドドメイン、41BBエンドドメイン、およびOX40エンドドメインのうちの少なくとも1つを含む、先行項目のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目9)
前記エンドドメインが、配列番号7に示される配列、または少なくとも80%の配列同一性を有するそのバリアントを含む、先行項目のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目10)
前記エンドドメインが、細胞内シグナル伝達構成成分とヘテロ二量体化することができるヘテロ二量体化ドメインを含む、先行項目のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目11)
前記ヘテロ二量体化ドメインが、ロイシンジッパードメイン、DDD1またはAD1ドメイン、BarnaseまたはBarnstarドメイン、ヒト膵臓RNAseまたはSペプチドドメインのうちの1つを含む、項目10に記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目12)
別のCARと架橋を形成することができるエレメントを含む、先行項目のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目13)
前記エレメントが、そのようなエレメントを含有する別のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドとジスルフィド架橋を形成することができる、項目10に記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチド。
(項目14)
先行項目のいずれかに定義される複数のキメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチドを含む多量体CAR。
(項目15)
1つまたは複数の項目1から11のいずれかに定義されるキメラ抗原受容体(CAR)形成ポリペプチドと、1つまたは複数の項目1から11のいずれかに定義される補助ポリペプチドとを含む多量体CAR。
(項目16)
前記CAR形成ポリペプチド(複数可)および/または補助ポリペプチド(複数可)が、異なるエンドドメインを含む、項目12または13に記載の多量体CAR。
(項目17)
異なる抗原結合ドメインを有する少なくとも2つのCAR形成ポリペプチドを含む、項目12から14のいずれかに記載の多量体CAR。
(項目18)
第1および第2の、項目12から15のいずれかに記載の多量体CARを含む結合複合体であって、前記第1の多量体CARが、前記第2の多量体CARと架橋を形成し、その結果、前記第1および第2の多量体CARが結合して複合体が形成される、結合複合体。
(項目19)
前記架橋が、ジスルフィド架橋である、項目16に記載の結合複合体。
(項目20)
(i)第1のヘテロ二量体化ドメインを含む項目10または11に定義されるCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドを含む多量体CARと、
(ii)シグナル伝達ドメインおよび第2のヘテロ二量体化ドメインを含む細胞内シグナル伝達構成成分と
を含むキメラ抗原受容体(CAR)シグナル伝達系であって、
前記第1および第2のヘテロ二量体化ドメイン間のヘテロ二量体化が、前記多量体CARとシグナル伝達構成成分による機能性CAR複合体の形成をもたらす、キメラ抗原受容体(CAR)シグナル伝達系。
(項目21)
前記CAR形成ポリペプチド(複数可)もしくは補助ポリペプチド(複数可)、またはそのそれぞれが、複数のヘテロ二量体化ドメインを含み、その結果、単一のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドは、複数のシグナル伝達構成成分とヘテロ二量体化することができる、項目20に記載のCARシグナル伝達系。
(項目22)
各シグナル伝達構成成分が、複数のシグナル伝達ドメインを含む、項目20または21に記載のCARシグナル伝達系。
(項目23)
項目1から13のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドをコードする核酸。
(項目24)
2つまたはそれ超の、項目1から3および5から13のいずれかに定義されるCAR形成ポリペプチドをコードする核酸構築物。
(項目25)
少なくとも1つの、項目1から3および5から13のいずれかに定義されるCAR形成ポリペプチド、ならびに少なくとも1つの、項目4から13のいずれかに定義される補助ポリペプチドをコードする核酸構築物。
(項目26)
(i)項目20から22のいずれかに定義される多量体CARを形成する少なくとも1つの、項目1から3および5から13のいずれかに定義されるCAR形成ポリペプチド、ならびに
(ii)項目20から22のいずれかに定義される細胞内シグナル伝達構成成分
をコードする核酸構築物。
(項目27)
項目23に記載の核酸配列または項目24から26のいずれかに記載の核酸構築物を含むベクター。
(項目28)
レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターまたはトランスポゾンである、項目27に記載のベクター。
(項目29)
項目1から13のいずれかに記載のCAR形成ポリペプチドもしくは補助ポリペプチド、項目20から22のいずれかに記載のCARシグナル伝達系、項目14から17のいずれかに記載の多量体CAR、または項目18もしくは19に記載の結合複合体を発現する細胞。
(項目30)
T細胞またはNK細胞である、項目29に記載の細胞。
(項目31)
項目29または30に記載の細胞を含む医薬組成物。
(項目32)
疾患の治療に使用するための、項目30または31に記載の細胞。
(項目33)
疾患を治療するための医薬品の製造における、項目29または30に記載の細胞の使用。
(項目34)
項目29または30に記載の細胞を被験体に投与するステップを含む、疾患を治療するための方法。
(項目35)
前記疾患ががんである、項目32に記載の使用のための細胞、項目33に記載の使用、または項目34に記載の方法。
(項目36)
前記がんが、慢性リンパ球性白血病(CLL)、黒色腫、または骨髄腫である、項目35に記載の細胞、使用、または方法。
(項目37)
項目29または30に記載の細胞を作製する方法であって、項目23に記載の核酸、項目24から26のいずれかに記載の核酸構築物、または項目27もしくは28に記載のベクターを、前記細胞に導入するステップを含む方法。
(項目39)
前記細胞が、被験体から単離された試料に由来する、項目37に記載の方法。
a)古典的CARを示す概略図。(b)から(d):異なる世代のCARエンドドメインおよび並び替えられたCARエンドドメイン:(b)初期の設計は、FcεR1−γもしくはCD3ζエンドドメインを通じて単独でITAMシグナルを伝達したが、一方、後の設計は、さらに、同じ複合エンドドメインにおいて(c)1つ、または(d)2つの共刺激シグナルを伝達した。
a)古典的CARを示す概略図。b)一般的なCARスペーサーを示す概略図。「S」は、ジスルフィド結合を示す。
天然の二量体、三量体、および四量体のコイルドコイル構造体(Andrei N. LupasおよびMarkus Gruber、Adv Protein Chem.2005年;70巻:37〜78頁を改変)。
コラーゲンオリゴマー基質タンパク質(COMP)およびヒトIgG1由来の五量体コイルドコイルモチーフの結晶構造。個々の鎖が、異なる色で示されている。コイルドコイルCOMP構造体は、N末端からC末端が頁の中心に伸びた状態で、また、C末端を左側にし、N末端を右側にした外形により示されている。ヒトIgG1は、N末端(上)からC末端(下)の外形により示されている。
コイルドコイルスペーサーCAR。a)COMPに由来する五量体コイルドコイルスペーサーを有するCARを示す概略図。b)COMP CARおよび対照CARのORFを示す構築物マップ。c)抗CD33 COMP CARおよび抗ROR−1 COMP CARのORFのアミノ酸配列。d)抗CD33 COMP CARおよび抗ROR−1 COMP CARのORFのDNA配列。 コイルドコイルスペーサーCAR。a)COMPに由来する五量体コイルドコイルスペーサーを有するCARを示す概略図。b)COMP CARおよび対照CARのORFを示す構築物マップ。c)抗CD33 COMP CARおよび抗ROR−1 COMP CARのORFのアミノ酸配列。d)抗CD33 COMP CARおよび抗ROR−1 COMP CARのORFのDNA配列。 コイルドコイルスペーサーCAR。a)COMPに由来する五量体コイルドコイルスペーサーを有するCARを示す概略図。b)COMP CARおよび対照CARのORFを示す構築物マップ。c)抗CD33 COMP CARおよび抗ROR−1 COMP CARのORFのアミノ酸配列。d)抗CD33 COMP CARおよび抗ROR−1 COMP CARのORFのDNA配列。
コイルドコイルCARの表面発現レベル。a)マウスT細胞株に、抗CD33 COMP CARまたは抗CD33 IgG1 CARを形質導入した。これらの細胞を、次いで、マウスFc IgG2aに融合したキメラ可溶性CD33で染色した後、抗マウスIgG PEで二次染色した。b)マウスT細胞株に、抗ROR−1 COMP CARまたは抗ROR−1 IgG1 CARを形質導入した。これらの細胞を、次いで、可溶性HisタグROR−1で染色した後、抗His−ビオチンで二次染色し、続いてストレプトアビジン−APCで三次染色した。
固定化リガンドによる抗ROR−1 COMP CAR T細胞の刺激。形質導入を行ったマウスT細胞を、異なる濃度の可溶性HisタグROR−1上清で事前コーティングした抗Hisビーズとともに共培養した。共培養上清中のIL−2の量を、16〜24時間後にELISAによって分析した。
標的細胞上のROR−1の発現レベル。SKW細胞株は、天然に、低いレベルのROR−1を発現する。これらの細胞に、ROR−1を形質導入して、発現レベルを高めた。これらの細胞を、抗ROR−1 APCで染色し、未染色細胞と比較した。
ROR−1陽性SKW細胞による抗ROR−1 COMP CAR T細胞の刺激。形質導入を行ったマウスT細胞を、ROR−1リガンドを低密度または高密度で発現するSKW標的細胞とともに共培養した。T細胞を一定数に維持し、標的細胞の数を変化させた。共培養上清中のIL−2の量を、16〜24時間後にELISAによって分析した。灰色の網掛け領域は、その実験の標準曲線の範囲を示す。青色の破線は、PMAおよびイオノマイシンでの刺激からの平均のIL−2分泌である。赤色の破線は、T細胞のみ(刺激なし)の培養物から検出された平均のIL−2である。
コイルドコイルCARの設計。a)1つのCAR形成ポリペプチドおよび1つの補助ポリペプチドからなるCARを示す概略図。CAR形成ポリペプチドは、シグナル1をT細胞に提供し、N末端のscFv結合体、続いてCOMPスペーサー、膜貫通、およびTCRzからなる。補助ポリペプチドは、シグナル3をT細胞に提供し、N末端リガンド結合体がなく、COMPスペーサーで始まり、続いて膜貫通、および41BBのシグナル伝達モチーフからなる。b)1つのCAR形成ポリペプチドおよび2つの補助ポリペプチドを含む、別のコイルドコイルCAR系を示す概略図。CAR形成ポリペプチドは、シグナル1をT細胞に提供し、N末端のscFv結合体、続いてCOMPスペーサー、膜貫通、およびTCRzからなる。第1の補助ポリペプチドは、シグナル2をT細胞に提供し、N末端リガンド結合体がなく、COMPスペーサーで始まり、続いて膜貫通、およびCD28のシグナル伝達モチーフからなる。第2の補助ポリペプチドは、シグナル3をT細胞に提供し、N末端リガンド結合体がなく、COMPスペーサーで始まり、続いて膜貫通、および41BBのシグナル伝達モチーフからなる。「S」は、ジスルフィド結合を示す。この構成により、シグナル伝達エンドドメインが、膜近傍の位置においてトランスであり、より良好なシグナル伝達をもたらすことが可能となる。c)別のコイルドコイルCAR系を示す概略図であり、ここでは、scFv:コイルの比が、コイル:シグナルの比よりも大幅に低く、そのため各scFvが、多数のシグナル伝達エレメントに結合する。これは、増幅系であり、複合体1つ当たりのscFvを1つに限定することにより、結合したリガンドそれぞれが、5つのTCRz鎖を通じて(2つのリガンドが、10個のTCRzを通じて)シグナル伝達を行うことになる。これは、2つのリガンドが2つのTCRz鎖を通じてシグナル伝達を行う従来的な二量体CARとは対照的である。この系は、本質的に、トリガー力を5倍増加させる。d)第3世代のCARよりも多くのエンドドメインを含む、別のコイルドコイルCAR系を示す概略図。コイルドコイルスペーサーは、従来的な第3世代のCARに加えて、2つの追加のシグナル伝達ドメイン(「EXTRA」)の導入を可能にする。e)複数の標的を含む別のコイルドコイルCARシグナル伝達系を示す概略図(ここでは、1つがリガンドAに結合し、1つがリガンドBに結合する、2つの標的結合特異性が示されている)。この構成は、TanCARの代替的な構造である。f)別のコイルドコイルスペーサーCARと、ジスルフィド架橋などの連結を形成するエレメントを含み、scFv:シグナル伝達ドメインの価数をさらに増加させる結合複合体をもたらす、別のコイルドコイルCAR系を示す概略図。図10c)に示される構成と同様に、これは、増幅系である。結合複合体のそれぞれが、10個のTCRz鎖を通じてシグナル伝達を行うことになる。2つのTCRz鎖を通じてシグナル伝達を行う従来的な二量体CARとは対照的である。この系により、本質的に、トリガー力が5倍増加するであろう。IgGヒンジを三量体コイルドコイル構造体と置き換えることにより、これは8倍近く増加するが、四量体コイルドコイルでは10倍増加するであろう。 同上 同上
COMPスペーサーの切断。a)抗ROR−1 COMP CARを示す概略図であり、COMPスペーサーは、45個のアミノ酸のN末端から「x」アミノ酸まで切断した。 b)293T細胞に、切断型構築物をトランスフェクトし、FACSによって分析した。
実施例6において試験した多量体CARおよび古典的CARを示す概略図。
A)抗CD19抗原結合ドメイン、コイルドコイルスペーサードメイン、およびCD3ゼータエンドドメインを有するポリペプチド、ならびにコイルドコイルスペーサードメインおよび41BBエンドドメインを有する補助ポリペプチドを含む、ヘテロ多量体CAR。このCARは、構造:aCD19fmc63−COMP−CD28tmZ−2A−COMP−CD28tm−41BBを有するバイシストロン構築物によってコードされる。このCAR構造体において、41BBおよびTCRゼータシグナル伝達モチーフは、平行である。
B)抗CD19抗原結合ドメイン、コイルドコイルスペーサードメイン、および組合せ41BB/CD3ゼータエンドドメインを含むポリペプチドからなるホモ多量体CAR。このCARは、構造:aCD19fmc63−COMP−CD8TM−41BB−Zを有する構築物によってコードされる。このCAR構造体において、41BBおよびTCRゼータシグナル伝達モチーフは、連続である。
C)抗CD19抗原結合ドメイン、CD8ストークスペーサードメイン、および組合せ41BB/CD3ゼータエンドドメインを有する2つのポリペプチドを含む、古典的な第2世代のホモ二量体CAR。このCARは、バイシストロン構築物によってコードされ、これは、自殺遺伝子RQR8もコードする。この構築物は、構造:RQR8−2A−aCD19fmc63−CD8STK−41BBZを有する。
2日目における図12に示されるCARによるCD19+SupT1標的細胞の殺滅。
5日目における図12に示されるCARによるCD19+SupT1標的細胞の殺滅。
実施例7において試験したコイルドコイル超CAR構築物の概略図:aCD19−IgGFc−Z:1分子当たり2つのTCRz分子を含み、fmc63 aCD19結合体を有する、古典的ホモ二量体CAR。コイルドコイル超CARは、それぞれが4つの別個のAD1ドメインを含む5つのポリペプチドからなる。コイルドコイル超CARは、したがって、20個のAD1ドメインを含む。COMP_x4AD1:コイルドコイル超CARを、TCRゼータシグナル伝達ドメインのコピーを有さないシグナル伝達構成成分と組合せて試験した。これを、陰性対照として使用した。COMP_x4AD1+Z−DDD1−Z:コイルドコイル超CARを、TCRゼータシグナル伝達ドメインの2つのコピーを有するシグナル伝達構成成分と組合せて試験した。DDD1は2:1の化学量論でAD1に結合するため、このシグナル伝達ドメインは、5つのポリペプチドのコイルドコイルCAR標的成分のそれぞれに対して、TCRゼータドメインのコピーを80個提供する。
低、中、および高の異なる濃度で同起源の抗原(CD19)を発現する標的細胞でチャレンジした後のIL2の放出。
キメラ抗原受容体(CAR)
図1に概略図で示されている古典的なCARは、細胞外抗原認識ドメイン(結合体)を細胞内シグナル伝達ドメイン(エンドドメイン)に接続する、キメラI型膜貫通タンパク質である。結合体は、典型的に、モノクローナル抗体(mAb)由来の一本鎖可変断片(scFv)であるが、抗体様の、またはリガンドに基づく、抗原結合部位を含む他の形式に基づいていてもよい。膜貫通ドメインは、タンパク質を細胞膜に固定し、スペーサーをエンドドメインに接続する。
初期のCARの設計は、FcεR1のγ鎖またはCD3ζのいずれかの細胞内部分に由来するエンドドメインを有していた。結果として、これらの第1世代受容体は、免疫性シグナル1を伝達し、このシグナルは、T細胞による同起源の標的細胞の殺滅をトリガーするには十分であったが、T細胞を完全に活性化して増殖および生存させることはできなかった。この限定を克服するために、複合エンドドメインが構築されており、T細胞共刺激分子の細胞内部分を、CD3ζのものに融合させることにより、抗原認識後に活性化および共刺激のシグナルを同時に伝達することができる第2世代の受容体が得られる。最も一般的に使用されている共刺激ドメインは、CD28のものである。これは、最も強力な共刺激シグナル、すなわち、免疫性シグナル2を提供し、このシグナルが、T細胞増殖をトリガーする。生存シグナルを伝達する、関係性の深いOX40および41BBなど、TNF受容体ファミリーのエンドドメインを含むいくつかの受容体についても説明されている。現在では、活性化、増殖、および生存のシグナルを伝達することができるエンドドメインを有する、さらに強力な第3世代のCARについて説明されている。
CARをコードする核酸を、例えば、レトロウイルスベクターを使用して、T細胞に移入することができる。これにより、多数の抗原特異性T細胞を、養子細胞移入のために生成することができる。CARが標的抗原に結合する場合、CARが発現されるT細胞への活性化シグナルの伝達が生じる。したがって、CARは、T細胞の特異性および細胞傷害性を、標的抗原を発現する細胞へと向ける。
本CARは、抗原結合ドメインと、コイルドコイルスペーサードメインと、膜貫通ドメインと、エンドドメインとを含む。コイルドコイルスペーサードメインは、当該技術分野において既述のスペーサーよりも優れた多数の利点を提供する。
コイルドコイルドメイン
CARは、典型的に、抗原結合ドメインを膜貫通ドメインに接続するためのスペーサー配列を含む。スペーサーにより、抗原結合ドメインが、好適な配向および到達範囲を有することが可能となる。スペーサーはまた、リガンド結合時にホスファターゼからの分離を提供する。
本発明のCARは、コイルドコイルスペーサードメインを含む。
コイルドコイルは、2〜7個のアルファヘリックスが、ロープの撚り糸のように一緒に巻きついている、構造モチーフである(図3)。多くの内在性タンパク質は、コイルドコイルドメインを組み込んでいる。コイルドコイルドメインは、タンパク質のフォールディングに関与するか(例えば、同じタンパク質鎖内の複数のアルファヘリックスモチーフと相互作用する)、またはタンパク質間の相互作用を担う可能性がある。後者の場合において、コイルドコイルは、ホモまたはヘテロオリゴマー構造を開始し得る。
本明細書に使用されるとき、「多量体」および「多量体化」という用語は、「オリゴマー」および「オリゴマー化」と同義であり、互換可能である。
コイルドコイルドメインの構造は、当該技術分野で周知である。例えば、Lupas & Gruber(Advances in Protein Chemistry、2007年、70巻、37〜38頁)に記載されている。
コイルドコイルは、通常、疎水性(h)および荷電(c)アミノ酸残基の反復パターンhxxhcxcを含有し、7残基反復(heptad repeat)と呼ばれている。この7残基反復内の位置は、通常、abcdefgと標識され、ここで、aおよびdは、疎水性位置であり、イソロイシン、ロイシン、またはバリンが占めることが多い。この反復パターンを有する配列をアルファヘリックス二次構造体にフォールディングすることにより、疎水性残基が、左巻きで螺旋状に緩く巻いた「縞」として現れ、両親媒性構造が形成される。2つのこのようなヘリックスが細胞質内でそれらを配置する最も好ましい方法は、疎水性鎖を親水性アミノ酸の間に挟んで互いに巻きつけることである。したがって、疎水性表面を埋め込むことで、オリゴマー形成のための熱力学的駆動力が提供されている。コイルドコイルの接合面のつまり方は非常に緊密であり、a残基とd残基の側鎖間にはほぼ完全なファンデルワールス接触がある。
αヘリックスは、平行または逆平行であってもよく、通常、左巻きのスーパーコイルが用いられる。好ましくはないが、自然界および設計タンパク質において、いくつかの右巻きコイルドコイルも観察されている。
コイルドコイルドメインは、コイルドコイルドメインを含むCARまたは補助ポリペプチドの複合体が形成されるように、コイルドコイル多量体を形成することができる任意のコイルドコイルドメインであり得る。
コイルドコイルドメインの配列と最終的なフォールディングされた構造との間の関連性は、当該技術分野で十分に理解されている(Mahrenholzら、Molecular & Cellular Proteomics、2011年、10巻(5号):M110.004994)。このように、コイルドコイルドメインは、合成により生成されたコイルドコイルドメインであってもよい。
コイルドコイルドメインを含有するタンパク質の例としては、キネシンモータータンパク質、D型肝炎デルタ抗原、古細菌ボックスC/D sRNPコアタンパク質、軟骨オリゴマー基質タンパク質(COMP)、マンノース結合タンパク質A、コイルドコイルセリンリッチタンパク質1、ポリペプチド放出因子2、SNAP−25、SNARE、Lacリプレッサー、またはアポリポタンパク質Eが挙げられるがこれらに限定されない。
様々なコイルドコイルドメインの配列を、以下に示す。
キネシンモータータンパク質:平行型ホモ二量体(配列番号30)
D型肝炎デルタ抗原:平行型ホモ二量体(配列番号31)
古細菌ボックスC/D sRNPコアタンパク質:逆平行型ヘテロ二量体(配列番号32)
マンノース結合タンパク質A:平行型ホモ三量体(配列番号33)
コイルドコイルセリンリッチタンパク質1:平行型ホモ三量体(配列番号34)
ポリペプチド放出因子2:逆平行型ヘテロ三量体
SNAP−25およびSNARE:平行型ヘテロ四量体
Lacリプレッサー:平行型ホモ四量体
アポリポタンパク質E:逆平行型ヘテロ四量体
コイルドコイルドメインは、オリゴマー化することができる。ある特定の実施形態では、コイルドコイルドメインは、三量体、四量体、五量体、六量体、または七量体を形成することができる場合がある。
コイルドコイルドメインは、ロイシンジッパーとは異なる。ロイシンジッパーは、二量体化ドメインとして機能する超二次構造体である。それらの存在により、平行なアルファヘリックスに接着力が生じる。単一のロイシンジッパーは、およそ7残基間隔にある複数のロイシン残基からなり、これにより、疎水性領域が片側に並んだ両親媒性のアルファヘリックスが形成される。この疎水性領域が、二量体化のための領域を提供し、モチーフをひとまとめに「綴じる(zip)」ことが可能となる。ロイシンジッパーは、典型的に、長さが20〜40個のアミノ酸、例えば、およそ30個のアミノ酸である。
ロイシンジッパーは、典型的に、2つの異なる配列によって形成され、例えば、酸性ロイシンジッパーは、塩基性ロイシンジッパーとヘテロ二量体化する。ロイシンジッパーの例は、ドッキングドメイン(docking domain、DDD1)およびアンカードメイン(AD1)であり、これらは、以下により詳細に記載されている。
ロイシンジッパーは二量体を形成するが、本発明のコイルドコイルスペーサーは、多量体(三量体およびそれ超)を形成する。ロイシンジッパーは、配列の二量体化部分でヘテロ二量体化するが、コイルドコイルドメインは、ホモ二量体化する。
一実施形態では、本発明は、高感受性CARを提供する。
高感受性CARは、CARの価数を増加させることによって提供される。具体的には、相互作用して、2つを上回るコイルドコイルドメインを含む、したがって2つを上回るCARを含む多量体を形成することができるコイルドコイルスペーサードメインを使用することにより、存在するITAMの数の増加およびオリゴマーCAR複合体の結合活性の増加に起因して、低密度リガンドを発現する標的に対する感受性が増加する。
したがって、一実施形態では、本CAR形成ポリペプチドは、少なくとも3つのCAR形成ポリペプチドの多量体化を可能にするコイルドコイルスペーサードメインを含む。換言すると、CARは、コイルドコイルドメインの三量体、四量体、五量体、六量体、または七量体を形成することができるコイルドコイルドメインを含む。
2つを上回るコイルドコイルドメインを含む多量体を形成することができるコイルドコイルドメインの例としては、軟骨オリゴマー基質タンパク質(COMP)、マンノース結合タンパク質A、コイルドコイルセリンリッチタンパク質1、ポリペプチド放出因子2、SNAP−25、SNARE、Lacリプレッサー、またはアポリポタンパク質E由来のコイルドコイルドメインが挙げられるがこれらに限定されない(上述の配列番号30〜42を参照されたい)。
コイルドコイルドメインは、COMPコイルドコイルドメインであってもよい。
COMPは、自然界における最も安定なタンパク質複合体の1つであり(0℃〜100℃、広いpH範囲で安定である)、4〜6Mの塩酸グアニジンでしか変性することができない。COMPコイルドコイルドメインは、五量体を形成することができる。COMPはまた、細胞外空間に自然に発現する、内在的に発現するタンパク質でもある。これは、合成のスペーサーと比較して、免疫原性の危険性を低減させる。さらに、COMPコイルドコイルモチーフの結晶構造が判明しており、それにより、スペーサーの長さの正確な推測が得られる(図4)。COMP構造は、長さが約5.6nmである(約8.1nmであるヒトIgG由来のヒンジおよびCH2CH3ドメインと比較)。
コイルドコイルドメインは、配列番号1に示される配列またはその断片からなり得るか、またはそれを含み得る。
図11に示されるように、COMPコイルドコイルドメインをN末端で切断し、表面発現を保持することが可能である。コイルドコイルドメインは、したがって、N末端で切断された、配列番号1の切断型のものを含み得るか、またはそれからなってもよい。切断型COMPは、配列番号1のC末端の5個のアミノ酸、すなわち、配列CDACGを含み得る。切断型COMPは、5〜44個のアミノ酸、例えば、少なくとも5個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも35個、または少なくとも40個のアミノ酸を含み得る。切断型COMPは、配列番号1のC末端に対応し得る。例えば、20個のアミノ酸を含む切断型COMPは、配列QQVREITFLKNTVMECDACGを含み得る。切断型COMPは、多量体化に関与するシステイン残基(複数可)を保持し得る。切断型COMPは、多量体を形成する能力を保持し得る。
HIVに由来するgp41およびN. Zaccaiら(2011年)Nature Chem. Bio.、(7巻)935〜941頁)に記載の人工タンパク質設計型六量体コイルドコイルなど、六量体を形成する様々なコイルドコイルドメインが公知である。GCN4−p1ロイシンジッパーの変異形態は、七量体コイルドコイル構造を形成する(J. Liu.ら、(2006年)PNAS(103巻)15457〜15462頁)。
コイルドコイルドメインは、上述のコイルドコイルドメインのうちの1つのバリアントを含んでもよいが、ただし、バリアントの配列が、コイルドコイルオリゴマーを形成する能力を保持することを条件とする。例えば、コイルドコイルドメインは、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも98、または少なくとも99%の配列同一性を有する配列番号1または30〜42に示される配列のバリアントを含んでもよいが、ただし、バリアントの配列が、コイルドコイルオリゴマーを形成する能力を保持することを条件とする。
2つのポリペプチド配列間の同一性の割合は、http://blast.ncbi.nlm.nih.govから無料で入手可能なBLASTなどのプログラムによって容易に決定することができる。
抗原結合ドメイン
抗原結合ドメインは、抗原を認識する、古典的なCARの部分である。
抗体、抗体模倣体、およびT細胞受容体の抗原結合部位に基づくものを含む、多数の抗原結合ドメインが当該技術分野で公知である。例えば、抗原結合ドメインは、モノクローナル抗体由来の一本鎖可変断片(scFv)、標的抗原の天然のリガンド、標的に対して十分な親和性を有するペプチド、ラクダなどの単一ドメイン結合体、Darpinなどの人工結合単体(artificial binder single)、またはT細胞受容体に由来する一本鎖を含み得る。
以下の表1に示されるように、様々な腫瘍関連抗原(TAA)が公知である。本発明において使用される抗原結合ドメインは、表1に示されるTAAに結合することができるドメインであり得る。
ある特定の実施形態では、本発明は、標的細胞上に低密度で発現する抗原に応答して、細胞活性化を刺激することができる、高感受性CARを提供する。
抗原結合ドメインは、細胞、例えば、がん細胞上に低密度で発現するTAAに結合し得る。低密度で発現するTAAとは、例えば、細胞1つ当たり数十から数千個の分子のレベルで発現するTAAを指し得る。
ある特定のがんにおいて低密度で発現することが知られているTAAの例としては、CLLにおけるROR1、黒色腫におけるTypr−1、および骨髄腫におけるBCMAが挙げられるがこれらに限定されない。
これらのTAAに結合する抗原結合ドメイン(scFvまたはmAbなど)は、既に記載されており、例えば、以下の表に示されるものがある。
膜貫通ドメイン
膜貫通ドメインは、膜をまたぐCARの配列である。これは、疎水性アルファヘリックスを含んでもよい。膜貫通ドメインは、CD28に由来してもよく、それにより良好な受容体安定性が得られる。
シグナルペプチド
本発明のCAR形成ポリペプチドおよび/または補助ポリペプチドは、それがT細胞などの細胞に発現したときに、新生タンパク質が、小胞体、続いて細胞表面に向けられ、そこで発現するように、シグナルペプチドを含み得る。
シグナルペプチドのコアは、単一のアルファヘリックスを形成する傾向を有する、長いひと続きの疎水性アミノ酸を含有してもよい。シグナルペプチドは、短いひと続きの正に荷電したアミノ酸で始まっていてもよく、これは、移行の際にポリペプチドの適正なトポロジーを強制するのに役立つ。シグナルペプチドの末端には、典型的に、シグナルペプチダーゼによって認識され、切断される、ひと続きのアミノ酸がある。シグナルペプチダーゼは、移行の間またはその完了後のいずれかに、遊離シグナルペプチドおよび成熟タンパク質を生成するように切断することができる。遊離シグナルペプチドは、次いで、特異的なプロテアーゼによって消化される。
シグナルペプチドは、分子のアミノ末端にあってもよい。
シグナルペプチドは、配列番号2、3、もしくは4に示される配列、または5個、4個、3個、2個、もしくは1個のアミノ酸変異(挿入、置換、もしくは付加)を有するそのバリアントを含んでもよいが、ただし、シグナルペプチドが、依然として、CARの細胞表面発現をもたらすように機能することを条件とする。
配列番号2のシグナルペプチドは、小型かつ高効率であり、TCRベータ鎖に由来する。末端グリシンの後、約95%が切断され、シグナルペプチダーゼによる効率的な除去をもたらすことが予測される。
配列番号3のシグナルペプチドは、IgG1に由来する。
配列番号4のシグナルペプチドは、CD8aに由来する。
エンドドメイン
エンドドメインは、膜の細胞内の側に位置する、古典的なCARの部分である。
エンドドメインは、古典的なCARのシグナル伝達部分である。抗原結合ドメインによる抗原認識の後、個々のCAR分子がクラスタを形成し、天然のCD45およびCD148がシナプスから除外され、シグナルが細胞に伝達される。
コイルドコイルスペーサーCARのエンドドメインは、細胞内シグナル伝達ドメインであり得るか、またはそれを含み得る。代替的な実施形態では、本CARのエンドドメインは、細胞質に存在する細胞内シグナル伝達分子と相互作用し、シグナル伝達をもたらすことができる場合がある。
細胞内シグナル伝達ドメインまたは別個の細胞内シグナル伝達分子は、T細胞シグナル伝達ドメインであり得るか、またはそれを含み得る。
最も一般的に使用されているシグナル伝達ドメインは、CD3ゼータエンドドメインのものであり、これは、3つのITAMを含有する。これは、抗原が結合した後に、活性化シグナルをT細胞に伝達する。CD3ゼータは、完全に適格な活性化シグナルを提供しない場合があり、追加の共刺激シグナル伝達が必要な場合がある。例えば、キメラCD28およびOX40を、CD3ゼータとともに使用して、増殖/生存シグナルを伝達してもよく、または3つすべてを一緒に使用してもよい(図1Bに示される)。
本CARは、CD3ゼータエンドドメインを単独で、CD3ゼータエンドドメインをCD28もしくはOX40のいずれかのエンドドメインとともに、またはCD28エンドドメインとOX40およびCD3ゼータのエンドドメインとを含んでもよい(図1)。
エンドドメインは、ICOSエンドドメイン、CD27エンドドメイン、BTLAエンドドメイン、CD30エンドドメイン、GITRエンドドメイン、およびHVEMエンドドメインのうちの1つまたは複数を含み得る。
エンドメイン(endomain)は、配列番号5〜13に示される配列、または少なくとも80%の配列同一性を有するそのバリアントを含み得る。
配列番号5−CD3 Zエンドドメイン
配列番号6−CD28およびCD3ゼータエンドドメイン
配列番号7−CD28、OX40、およびCD3ゼータエンドドメイン
配列番号8−ICOSエンドドメイン
配列番号9−CD27エンドドメイン
配列番号10−BTLAエンドドメイン
配列番号11−CD30エンドドメイン
配列番号12−GITRエンドドメイン
配列番号13−HVEMエンドドメイン
バリアントの配列は、配列番号5〜13に対して少なくとも少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列同一性を有し得るが、ただし、配列が、有効な細胞内シグナル伝達ドメインを提供することを条件とする。
キメラ抗原受容体(CAR)
一態様では、本発明は、本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチド、ならびに(i)コイルドコイルスペーサードメインと、(ii)膜貫通ドメインと、(iii)エンドドメインとを含む補助ポリペプチドを含むCARを提供し、ここで、補助ポリペプチドのコイルドコイルスペーサードメインは、CAR形成ポリペプチドのコイルドコイルドメインと相互作用することができる。
CAR形成ポリペプチドは、抗原結合ドメインを提供し、したがって、抗原特異性を提供する。
補助ポリペプチドは、所望されるシグナル伝達応答を生成するために使用することができる、追加のエンドドメインを提供する。これは、それぞれのシグナル伝達ドメインが、その他のシグナル伝達ドメインからの妨げを受けない(unencumbered)ままであるため、複合シグナル伝達ドメインよりも有利である。加えて、これにより、それぞれのシグナル伝達ドメインが、膜に対してシグナル伝達に最適な近傍性で局在することが可能となる。
CAR形成ポリペプチドのエンドドメインは、少なくとも第1の細胞内シグナル伝達ドメインを含み得、補助ポリペプチドのエンドドメインは、少なくとも第2の細胞内シグナル伝達ドメインを含み得る。例えば、CAR形成ポリペプチドおよび補助ポリペプチドのエンドドメインのうちの一方は、CD3ゼータエンドドメインを含み得、CARおよび補助ポリペプチドの他方のエンドドメインは、41BBエンドドメインを含み得る。
別の実施形態では、本発明は、(i)コイルドコイルドメインと、(ii)膜貫通ドメインと、(iii)エンドドメインとを含む第2の補助ポリペプチドをさらに含む、本発明の第2の態様によるCARを提供し、ここで、第2の補助ポリペプチドのコイルドコイルドメインは、CAR形成ポリペプチドおよび第1の補助ポリペプチドのコイルドコイルドメインと相互作用することができる。
CAR形成ポリペプチドのエンドドメインは、少なくとも第1の細胞内シグナル伝達ドメインを含み得、第1の補助ポリペプチドのエンドドメインは、少なくとも第2の細胞内シグナル伝達ドメインを含み得、第2の補助ポリペプチドのエンドドメインは、少なくとも第3の細胞内シグナル伝達ドメインを含み得る。
例えば、CAR、第1の補助ポリペプチド、および第2の補助ポリペプチドのエンドドメインは、それらの間に、CD3ゼータエンドドメイン、41BBエンドドメイン、およびCD28エンドドメインを含み得る。
本発明はまた、本明細書に記載されるCARにおける使用に好適な補助ポリペプチドを提供する。
多量体CAR
本発明は、コイルドコイルスペーサードメイン間の相互作用に起因して複合体を形成する、複数の、本発明によるCAR形成ポリペプチドおよび必要に応じて補助ポリペプチド(複数可)を含む多量体CARを提供する。
多量体CARは、例えば、三量体、四量体、五量体、六量体、または七量体であり得る。
各種のCARにおける補助タンパク質に対するCAR形成ポリペプチドの数を、以下の表にまとめる。
三量体CAR:
四量体CAR:
五量体CAR:
細胞内でのCAR形成ポリペプチドと補助ポリペプチドとの会合はランダムであり、そのため、上の表に示した選択肢は、CAR形成ポリペプチドおよび補助ポリペプチドの数を正確に定義することができる、単一の多量体CARに言及したものであることも、細胞上に発現した複合体CARにおけるCAR形成ポリペプチドおよび補助ポリペプチドの平均数であることもある。補助ポリペプチド:CAR形成ポリペプチドの比が高い系の場合、補助ポリペプチド単独でできたいくつかの複合体が、細胞表面に発現する可能性がある。これは、細胞表面に発現した複合体のうちの少なくともいくつかが、CAR形成ポリペプチドを含む限りは、問題ではない。
複数のCAR形成ポリペプチドおよび必要に応じて補助ポリペプチド(複数可)は、同じエンドドメインを含んでもよい。
あるいは、複数のCAR形成ポリペプチドおよび必要に応じて補助ポリペプチド(複数可)は、異なるエンドドメインを含んでもよい。そうすることで、複数の異なるエンドドメインを、同時に活性化することができる。これは、それぞれのシグナル伝達ドメインが、その他のシグナル伝達ドメインからの妨げを受けないままであるため、複合シグナル伝達ドメインよりも有利である。加えて、これにより、それぞれのシグナル伝達ドメインが、膜に対してシグナル伝達に最適な近傍性で局在することが可能となる。
多量体CARが、複数の抗原結合ドメインを含む場合、これは、抗原結合の結合活性を増加させるであろう。多量体CARは、免疫グロブリンの五量体または六量体配置を含むIgMによる抗原結合を模倣し得る。
CARシグナル伝達系
本発明はまた、
(i)第1のヘテロ二量体化ドメインを含む、上に定義されるCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドを含む多量体CARと、
(ii)シグナル伝達ドメインおよび第2のヘテロ二量体化ドメインを含む細胞内シグナル伝達構成成分と
を含むキメラ抗原受容体(CAR)シグナル伝達系であって、
第1および第2のヘテロ二量体化ドメイン間のヘテロ二量体化が、多量体CARおよびシグナル伝達構成成分による機能性CAR複合体の形成をもたらす、キメラ抗原受容体(CAR)シグナル伝達系を提供する。
それぞれのCAR形成ポリペプチド(複数可)または補助ポリペプチド(複数可)は、複数のヘテロ二量体化ドメインを含み得、その結果、単一のCAR形成ポリペプチドまたは補助ポリペプチドは、複数のシグナル伝達構成成分とヘテロ二量体化することができる。そのような系の例は、図15に示されている。
シグナル伝達ドメイン:抗原結合ドメインをなおさらに増加させるために、それぞれのシグナル伝達構成成分は、複数のシグナル伝達ドメインを含んでもよい。
ヘテロ二量体化は、例えば、WO2016/030691に記載されるものといった系を使用して、小分子の存在下でのみ起こり得る。
あるいは、ヘテロ二量体化は、自発的に生じ得る。第1および第2のヘテロ二量体化ドメインは、互いに自発的に二量体化することができる。ヘテロ二量体化は、二量体化の「誘導物質」として作用する任意の別個の分子を必要とすることなく、第1および第2のヘテロ二量体化ドメイン単独で生じる。
本発明のシグナル伝達系は、特定のヘテロ二量体化ドメイン対の配置に限定されない。標的化構成成分(すなわち、多量体CAR)は、シグナル伝達構成成分が、標的化構成成分およびシグナル伝達構成成分が細胞膜に共局在することを可能にする同起源の相補的ドメインを含む限りは、ヘテロ二量体化ドメイン対に由来するいずれかのドメインを含めばよい。
本CAR系において使用するためのヘテロ二量体化ドメインは、1:1の比で相互作用するものに限定されない。例えば、ヘテロ二量体化ドメインは、相互作用して、多量体(例えば、三量体または四量体)を形成することができる。ドメインは、単一の第1のヘテロ二量体化ドメインを、複数の(例えば、2つまたは3つの)第2のヘテロ二量体化ドメインと共局在させる様式で、相互作用し得る。本明細書では、複数のシグナル伝達構成成分が単一の多量体CARと共局在し得るように、第2のヘテロ二量体化ドメインを含むシグナル伝達ドメインを有することが、有利であり得る。これは、例えば、抗原が多量体CARに結合する際に高いシグナル伝達レベルが必要とされる場合に、有利であり得る。
多量体CARは、複数のシグナル伝達構成成分と相互作用するように、複数のヘテロ二量体化ドメインを含んでもよい。例えば、多量体CARは、2つを上回るヘテロ二量体化ドメイン、例えば、3〜10個のヘテロ二量体化ドメインを含み得る。図15は、1つのCAR形成ポリペプチド/補助ポリペプチドにつき4個ずつ、20個のヘテロ二量体化ドメインを含む多量体CARを示す。
便宜上、ヘテロ二量体化ドメインという用語は、本明細書において、多量体CARとシグナル伝達構成成分との共局在を媒介するすべてのドメインに対して使用される。
非常に様々な適切なヘテロ二量体化ドメインが当該技術分野で公知であり、その例は、本明細書に提供される。
第1および第2のヘテロ二量体化ドメインは、ロイシンジッパーであってもよい。
ロイシンジッパーは、当該技術分野で周知である(例えば、Hakoshima、Encyclopedia of Life Sciences、2005年を参照されたい)。ロイシンジッパーは、二量体化ドメインとして機能する、超二次構造体である。その存在により、平行アルファヘリックスに接着力が生じる。単一のロイシンジッパーは、およそ7残基間隔にある複数のロイシン残基からなり、これにより、疎水性領域が片側に並んだ両親媒性のアルファヘリックスが形成される。この疎水性領域が、二量体化のための領域を提供し、モチーフをひとまとめに「綴じる」ことが可能となる。ロイシンジッパーは、典型的に、長さが20〜40個のアミノ酸、例えば、およそ30個のアミノ酸である。
第1および/または第2のヘテロ二量体化ドメインは、配列番号43または44として示される配列を含み得る。第1のヘテロ二量体化ドメインが、配列番号43として示される配列を含み得、第2のヘテロ二量体化ドメインが、配列番号44として示される配列を含み得、または逆も同様である。
ある特定の実施形態では、第1および第2のヘテロ二量体化ドメインは、酸性(例えば、配列番号43)または塩基性(例えば、配列番号44)のロイシンジッパーであり得る。具体的には、第1のヘテロ二量体化ドメインが酸性ロイシンジッパーである場合、第2のヘテロ二量体化は、塩基性ロイシンジッパーであり、逆もまた同様である。
第1および第2のヘテロ二量体化ドメインは、二量体化およびドッキングドメイン(DDD1)ならびにアンカードメイン(AD1)であり得る。これらのドメインおよびそれらの間の相互作用は、当該技術分野で公知である(Rossiら、PNAS、2006年、103巻(18号)、6841〜6846頁)。
DDD1は、プロテインキナーゼA(PKA)に由来する短いアルファヘリックス構造体である。AD1は、Aキナーゼアンカータンパク質(AKAP)に由来する短いアルファヘリックス構造体である。
DDD1ドメインは、配列番号45として示される配列を含み得る。
AD1ドメインは、配列番号46として示される配列を含み得る。
DDD1/AD1の相互作用は、三量体性であるため、CARエンドドメインに存在するAD1ドメインは、DDD1ドメインを含む3つのシグナル伝達ドメインをリクルートするであろう。したがって、特定の実施形態では、CARエンドドメインはAD1ドメインを含み、細胞内シグナル伝達構成成分はDDD1ドメインを含む。
ヘテロ二量体化ドメインは、細菌リボヌクレアーゼ(Barnase)およびBarnstarペプチドに由来し得る。
Barnaseは、Bacillus amyloliquefaciensリボヌクレアーゼタンパク質である。これは、110個のアミノ酸で構成される。Barnstarは、Barnaseのヌクレアーゼ活性を阻害するように機能し、したがって、非常に高い親和性でBarnstarに結合する(結合速度(on−rate)108s-1M-1)。
ヘテロ二量体化ドメインは、ヒト膵臓RNaseおよびSペプチドに由来してもよい。
ヒト膵臓RNaseは、ピリミジン特異的エンドヌクレアーゼである。Sペプチドは、RNase Aの酵素的に不活性なタンパク質分解断片であり、RNA結合部位を欠く。
本発明はまた、同起源のヘテロ二量体化ドメインと二量体化する能力を保持する、本明細書に記載されるヘテロ二量体化配列のバリアントを包含する。ヘテロ二量体化ドメインは、配列番号43、44、45、または46に示される配列と比較して、5個、4個、3個、2個、もしくは1個のアミノ酸変異(挿入、置換、もしくは付加)を有するか、または少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の配列性同一性を有する、バリアントであり得るが、ただし、それらが、依然としてCARとシグナル伝達構成成分との間でヘテロ二量体化をもたらすことを条件とする。
核酸
本発明はさらに、本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチドおよび/または本発明の第1の態様に定義される補助ポリペプチドをコードする核酸を提供する。
本明細書に使用されるとき、「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」、および「核酸」という用語は、互いに同義であることが意図される。
当業者であれば、多数の異なるポリヌクレオチドおよび核酸が、遺伝子コードの縮重の結果として、同じポリペプチドをコードし得ることを理解するであろう。加えて、当業者であれば、日常的な技法を使用して、本明細書に記載されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド配列に影響を及ぼすことなく、ポリペプチドが発現される任意の特定の宿主生物のコドン使用頻度を反映するように、ヌクレオチド置換を行うことができることが、理解する。
本発明による核酸は、DNAまたはRNAを含み得る。これらは、一本鎖であっても二本鎖であってもよい。これらはまた、それらの中に合成または修飾ヌクレオチドを含んだポリヌクレオチドであってもよい。オリゴヌクレオチドに対するいくつかの異なる種類の修飾が、当該技術分野で公知である。これらには、メチルホスホネートおよびホスホロチオエート骨格、分子の3’および/または5’末端へのアクリジンまたはポリリジン鎖の付加が含まれる。本明細書に記載される使用の目的で、ポリヌクレオチドが、当該技術分野で利用可能な任意の方法によって修飾されてもよいことを理解されたい。そのような修飾は、目的のポリヌクレオチドのin vivo活性または生存期間を強化するために行われ得る。
ヌクレオチド配列に関連して「バリアント」、「相同体」、または「誘導体」という用語には、配列から、または配列への、1つ(または複数)の核酸の任意の置換、変更、修飾、置き換え、欠失、または付加が含まれる。
本発明はまた、本発明の第2の態様によるCARにおいて使用するのに好適な補助ポリペプチドをコードする核酸配列を提供する。
核酸構築物
本発明はまた、複数の核酸配列をコードする核酸構築物を提供する。
例えば、核酸構築物は、2つまたはそれ超の本発明の第1の態様に定義されるCAR形成ポリペプチドをコードし得る。
この実施形態では、核酸構築物は、少なくとも2つの核酸配列:
(i)第1のCAR形成ポリペプチドをコードする第1の核酸配列、および
(ii)第2のCAR形成ポリペプチドをコードする第2の核酸配列
を含み得る。
核酸構築物は、少なくとも1つの本発明の第1の態様に定義されるCAR形成ポリペプチドおよび少なくとも1つの上に定義される補助ポリペプチドをコードし得る。
この実施形態では、核酸構築物は、少なくとも2つの核酸配列:
(i)CAR形成ポリペプチドをコードする第1の核酸配列、および
(ii)補助ポリペプチドをコードする第2の核酸配列
を含み得る。
核酸構築物は、
(i)本発明の第2の態様に定義される多量体CARを形成する少なくとも1つのCAR形成ポリペプチド、および
(ii)上に定義される細胞内シグナル伝達構成成分
をコードし得る。
この実施形態では、核酸構築物は、少なくとも2つの核酸配列:
(i)CAR形成ポリペプチドをコードする第1の核酸配列、および
(ii)細胞内シグナル伝達構成成分をコードする第2の核酸配列
を含み得る。
核酸構築物は、補助ポリペプチドをコードする第3の核酸配列を含み得る。
核酸構築物は、したがって、切断部位(複数可)によって接続された2つまたはそれ超のポリペプチド(複数可)を生成し得る。切断部位は、新生翻訳産物が生成されるときに、任意の外部切断活性を必要とすることなく、個々のポリペプチドに即座に切断されるように、自己切断型であり得る。
切断部位は、複数のCARおよび/または補助ポリペプチドを含むポリペプチドが分離することを可能にする、任意の配列であり得る。
「切断」という用語が、便宜上本明細書において使用されているが、切断部位は、ペプチドが古典的な切断以外の機構によって個々の実体に分離することをもたらし得る。例えば、口蹄疫ウイルス(FMDV)2A自己切断型ペプチド(以下を参照されたい)について、「切断」活性:宿主細胞のプロテイナーゼによるタンパク質分解、自己タンパク質分解または翻訳作用を説明する様々なモデルが提案されている(Donnellyら(2001年)、J. Gen. Virol. 82巻:1027〜1041頁)。このような「切断」の正確な機構は、切断部位が、タンパク質をコードする核酸配列の間に配置されたときに、タンパク質を別個の実体として発現させる限りは、本発明の目的にとって重要ではない。
切断部位は、フューリン切断部位であり得る。
フューリンは、スブチリシン様プロタンパク質変換酵素ファミリーに属する酵素である。このファミリーのメンバーは、潜在性前駆体タンパク質をプロセシングしてそれらの生物学的に活性な生成物にするプロタンパク質変換酵素である。フューリンは、前駆体タンパク質をそれらの対となる塩基性アミノ酸プロセシング部位で効率的に切断することができるカルシウム依存性セリンエンドプロテアーゼである。フューリン基質の例としては、プロ副甲状腺ホルモン、形質転換成長因子ベータ1前駆体、プロアルブミン、プロベータセクレターゼ、膜型マトリックスメタロプロテイナーゼ1、プロ神経成長因子のベータサブユニット、およびフォンヴィレブラント因子が挙げられる。フューリンは、塩基性アミノ酸の標的配列(標準的に、Arg−X−(Arg/Lys)−Arg’)のすぐ下流でタンパク質を切断し、ゴルジ体に豊富である。
切断部位は、タバコエッチ病ウイルス(TEV)切断部位であり得る。
TEVプロテアーゼは、高度に配列特異的なシステインプロテアーゼであり、これはキモトリプシン様プロテアーゼである。これは、その標的切断部位に非常に特異的であり、したがって、in vitroおよびin vivoの両方で、融合タンパク質の制御切断に使用されることが多い。コンセンサスTEV切断部位は、ENLYFQ\Sである(ここで、「\」は、切断されるペプチド結合を示す)。哺乳動物細胞、例えばヒト細胞は、TEVプロテアーゼを発現しない。したがって、本核酸構築物がTEV切断部位を含み、哺乳動物細胞に発現する実施形態では、外因性TEVプロテアーゼはまた、哺乳動物細胞に発現するはずである。
切断部位は、自己切断型ペプチドをコードし得る。
「自己切断型ペプチド」は、ポリペプチドおよび自己切断型ペプチドを含む新生生成物が生成されるときに、生成物が、任意の外部切断活性を必要とすることなく、即座に「切断」または分離されて、異なる別個の第1および第2のポリペプチドになるように機能するペプチドを指す。
自己切断型ペプチドは、アフトウイルスまたはカルジオウイルスに由来する2A自己切断型ペプチドであり得る。アフトウイルスおよびカルジオウイルスの一次2A/2B切断は、それ自体のC末端での2A「切断」によって媒介される。口蹄疫ウイルス(FMDV)およびウマ鼻炎Aウイルスなどのアフトウイルスの場合、2A領域は、約18個のアミノ酸の短い区画であり、これは、タンパク質2BのN末端残基(保存されたプロリン残基)とともに、それ自体のC末端での「切断」を媒介することができる自発的なエレメントを表す(上述のDonellyら(2001年))。
「2A様」配列が、アフトウイルスまたはカルジオウイルス以外のピコルナウイルス、「ピコルナウイルス様」の昆虫ウイルス、C型ロタウイルス、ならびにTrypanosoma sppおよび細菌配列内の反復配列に見出されている(上述のDonnellyら(2001年))。切断部位は、これらの2A様配列、例えば、
のうちの1つを含み得る。
切断部位は、配列番号19(RAEGRGSLLTCGDVEENPGP)に示される2A様配列を含み得る。
本発明はまた、本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチドおよび/または本発明の第2の態様によるCARを生成するのに好適な補助ポリペプチドをコードする1つまたは複数の核酸配列(複数可)を含むキットを提供する。
ベクター
本発明はまた、ベクター、または上に定義される1つまたは複数の核酸配列(複数可)または核酸構築物を含む、ベクターのキットを提供する。そのようなベクターは、宿主細胞が本発明の第1の態様によるCAR形成ポリペプチドもしくは補助ペプチドおよび/または本発明の第2の態様によるCARを発現するように、核酸配列(複数可)を宿主細胞に導入するために使用することができる。
ベクターは、例えば、プラスミドもしくはウイルスベクター、例えば、レトロウイルスベクターもしくはレンチウイルスベクター、またはトランスポゾンに基づくベクターもしくは合成mRNAであり得る。
ベクターは、T細胞またはNK細胞などの免疫細胞にトランスフェクトまたは形質導入することができてもよい。
細胞
本発明はまた、免疫細胞などの細胞であって、上述のCAR形成ポリペプチド、CAR、またはCARシグナル伝達系を含む細胞に関する。
細胞は、本発明の核酸、核酸構築物、またはベクターを含み得る。
細胞は、免疫細胞、特に、細胞溶解性免疫細胞、例えば、T細胞またはNK細胞であり得る。
T細胞またはTリンパ球は、細胞媒介型免疫において中心的な役割を果たす、リンパ球の一種である。それらは、細胞表面におけるT細胞受容体(TCR)の存在により、B細胞およびナチュラルキラー細胞(NK細胞)などの他のリンパ球とは区別され得る。以下に要約されるように、様々な種類のT細胞が存在する。
ヘルパーTヘルパー細胞(TH細胞)は、B細胞の形質細胞およびメモリーB細胞への成熟、ならびに細胞傷害性T細胞およびマクロファージの活性化を含む免疫学的プロセスにおいて、他の白血球を補助する。TH細胞は、それらの表面にCD4を発現する。TH細胞は、抗原提示細胞(APC)の表面上のMHCクラスII分子によって、それらにペプチド抗原が提示されると、活性化される。これらの細胞は、TH1、TH2、TH3、TH17、Th9、またはTFHを含む、複数のサブタイプのうちの1つに分化し得、これらは、異なる種類の免疫応答を促進する異なるサイトカインを分泌する。
細胞溶解性T細胞(TC細胞またはCTL)は、ウイルス感染した細胞および腫瘍細胞を破壊し、また移植片拒絶にも関係している。CTLは、それらの表面にCD8を発現する。これらの細胞は、すべての有核細胞の表面に存在するMHCクラスIと関連する抗原に結合することによって、それらの標的を認識する。制御性T細胞によって分泌されるIL−10、アデノシン、および他の分子を通じて、CD8+細胞は、不活性化されて免疫不応性状態となり得、これにより、実験的自己免疫性脳脊髄炎などの自己免疫疾患が予防される。
メモリーT細胞は、感染が解消した後に長期間存続する、抗原特異的T細胞のサブセットである。それらは、同起源の抗原に再び曝露されると急速に増殖して多数のエフェクターT細胞となり、したがって、過去の感染に対する「記憶」を免疫系にもたらす。メモリーT細胞は、セントラルメモリーT細胞(TCM細胞)、および2種類のエフェクターメモリーT細胞(TEM細胞およびTEMRA細胞)の3つのサブタイプを含む。メモリー細胞は、CD4+またはCD8+のいずれかであり得る。メモリーT細胞は、典型的に、細胞表面タンパク質CD45ROを発現する。
以前はサプレッサーT細胞として知られていた制御性T細胞(Treg細胞)は、免疫寛容の維持にとって非常に重要である。それらの主要な役割は、免疫反応の終盤にT細胞に媒介される免疫を停止させること、および胸腺における負の選択のプロセスをすり抜ける自己反応性T細胞を抑制することである。
内在性Treg細胞(naturally occurring Treg cell)および適応Treg細胞の2つの主要なクラスのCD4+Treg細胞が、記載されている。
内在性Treg細胞(CD4+CD25+FoxP3+Treg細胞としても知られている)は、胸腺において生じ、発生するT細胞と、TSLPで活性化されている骨髄(CD11c+)および形質細胞(CD123+)樹状細胞との両方との間の相互作用と関連付けられている。内在性Treg細胞は、FoxP3と称される細胞内分子の存在によって、他のT細胞と区別することができる。FOXP3遺伝子の変異は、制御性T細胞の発生を妨げ、死に至る自己免疫疾患IPEXを引き起こし得る。
適応Treg細胞(Tr1細胞またはTh3細胞としても知られている)は、通常の免疫応答の際に発生し得る。
細胞は、ナチュラルキラー細胞(またはNK細胞)であり得る。NK細胞は、先天的な免疫系の一部を形成する。NK細胞は、MHCから独立した様式で、ウイルス感染した細胞からの先天的なシグナルに対する急速な応答をもたらす。
NK細胞(自然リンパ系細胞のグループに属する)は、大きな顆粒性リンパ球(LGL)として定義され、BおよびTリンパ球を生じる一般的なリンパ系前駆体から分化する3種類目の細胞を構成する。NK細胞は、骨髄、リンパ節、脾臓、扁桃腺、および胸腺において分化および成熟することが公知であり、そこで、それらが、次いで、循環に入る。
本発明のCAR細胞は、上述の細胞の種類のうちのいずれかであり得る。
本発明によるCARまたはその構成成分を発現するT細胞またはNK細胞は、患者自身の末梢血(第1団)、またはドナー末梢血由来の造血幹細胞移植片の環境において(第2団)、または無関係のドナーに由来する末梢血(第3団)のいずれかから、ex vivoで作製することができる。
あるいは、本発明によるCARまたはその構成成分を発現するT細胞またはNK細胞は、誘導性前駆細胞または胚性前駆細胞のT細胞またはNK細胞へのex vivo分化に由来してもよい。あるいは、溶解機能を保持し、治療薬として作用し得る不死化T細胞株を使用してもよい。
これらの実施形態すべてにおいて、CAR細胞は、ウイルスベクターを用いる形質導入、DNAまたはRNAを用いるトランスフェクションを含む、多数の手段のうちの1つによって、本発明またはその構成成分(複数可)のCARもしくは1つの構成成分をコードするDNAまたはRNAを導入することによって生成される。
本発明のCAR細胞は、被験体に由来するex vivo T細胞またはNK細胞であり得る。T細胞またはNK細胞は、末梢血単核細胞(PBMC)試料に由来し得る。T細胞またはNK細胞は、例えば抗CD3モノクローナル抗体での処理によって本発明のCARまたはCARの構成成分(複数可)を提供する分子をコードする核酸を形質導入する前に、活性化および/または増殖し得る。
本発明のT細胞またはNK細胞は、
(i)被験体または上に列挙される他の供給源からT細胞またはNK細胞を含有する試料を単離すること、および
(ii)上述の1つまたは複数の核酸配列(複数可)または核酸構築物(複数可)をT細胞またはNK細胞に形質導入またはトランスフェクションすること
によって、作製することができる。
T細胞またはNK細胞は、次いで、精製、例えば、抗原結合ポリペプチドの抗原結合ドメインの発現に基づいて、選択され得る。
医薬組成物
本発明はまた、本発明によるCARまたはその構成成分を発現する複数の細胞を含有する、医薬組成物に関する。
医薬組成物は、薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤をさらに含んでもよい。医薬組成物は、必要に応じて、1つまたは複数のさらなる薬学的に活性なポリペプチドおよび/または化合物を含んでもよい。そのような製剤は、例えば、静脈内注入に好適な形態であり得る。
治療の方法
本発明は、疾患を治療および/または予防するための方法であって、(例えば、上述の医薬組成物中の)本発明の細胞を被験体に投与するステップを含む方法を提供する。
疾患を治療するための方法は、本発明の細胞の治療的使用に関する。本明細書において、細胞は、疾患と関連する少なくとも1つの症状を緩和、低減、もしくは改善するため、および/または疾患の進行を遅延、低減、もしくは遮断するために、既存の疾患または状態を有する被験体に投与され得る。
疾患を予防するための方法は、本発明の細胞の予防的使用に関する。本明細書において、このような細胞は、疾患の原因を予防もしくは減弱させるため、または疾患と関連する少なくとも1つの症状の発症を低減もしくは予防するために、まだ疾患を罹患していない被験体および/または疾患の症状をなんら示していない被験体に投与され得る。被験体は、疾患の素因を有し得るか、または疾患を発症する危険性にあると考えられ得る。

本方法は、
(i)T細胞またはNK細胞を含有する試料を単離するステップ、
(ii)そのような細胞に、本発明の核酸配列、核酸構築物、またはベクターを形質導入またはトランスフェクションするステップ、
(iii)(ii)由来の細胞を被験体に投与するステップ
を含み得る。
T細胞またはNK細胞を含有する試料は、被験体または他の供給源から、例えば上述のように、単離することができる。T細胞またはNK細胞は、被験体自身の末梢血(第1団)、またはドナー末梢血由来の造血幹細胞移植片の環境において(第2団)、または無関係のドナーに由来する末梢血(第3団)から、単離することができる。
本発明は、疾患の治療および/または予防において使用するための、本発明のCAR細胞を提供する。
本発明はまた、疾患の治療および/または予防のための医薬品の製造における、本発明のCAR細胞の使用に関する。
本発明の方法によって治療および/または予防される疾患は、がん疾患、例えば、膀胱がん、乳がん、結腸がん、子宮内膜がん、腎臓がん(腎がん)、白血病、肺がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、膵臓がん、前立腺がん、および甲状腺がんであり得る。
本発明のCAR細胞は、標的細胞、例えば、がん細胞を殺滅させることができる可能性がある。標的細胞は、TAAの発現、例えば、表1に上述のTAAの発現によって、認識可能であり得る。
本発明のCAR細胞は、低密度のTAAを発現する標的細胞、例えば、がん細胞を殺滅させることができる可能性がある。ある特定のがんにおいて低密度で発現することが知られているTAAの例としては、CLLにおけるROR1、黒色腫におけるTypr−1、および骨髄腫におけるBCMAが挙げられるがこれらに限定されない。
本発明のCAR細胞および医薬組成物は、上述の疾患の治療および/または予防において使用するためのものであり得る。
本発明のCAR細胞および医薬組成物は、上述の方法のいずれかにおいて使用するためのものであり得る。
本発明を、これより、実施例を用いてさらに説明するが、これらの実施例は、当業者が本発明を実施するのを補助するように機能することを意図し、決して本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
(実施例1)
細胞表面におけるCOMP CARの発現
マウスT細胞株に、抗CD33 COMP CAR(アミノ酸配列は図5cに示され、核酸配列は図5dに示される)または抗CD33 IgG1 CARを形質導入した。
これらの細胞を、次いで、マウスFc IgG2aに融合したキメラ可溶性CD33で染色した後、抗マウスIgG PEで二次染色した(図6a)。
マウスT細胞株に、抗ROR−1 COMP CAR CAR(アミノ酸配列は図5cに示され、核酸配列は図5dに示される)または抗ROR−1 IgG1 CARを形質導入した。
これらの細胞を、次いで、可溶性HisタグROR−1で染色した後、抗His−ビオチンで二次染色し、続いてストレプトアビジン−APCで三次染色した(図6b)。
4つすべてのCARは、細胞表面において首尾よく発現した。これらのデータはまた、CAR結合ドメインが、COMPスペーサーへの結合時にリガンドの結合を損なわないように配向していることを実証する。
(実施例2)
固定化リガンドによるCOMP CAR T細胞の刺激
固定化リガンドでコーティングしたビーズを伴うT細胞を使用して、COMP ROR−1 CAR T細胞を刺激した。これを達成するために、可溶性HisタグROR−1を構築し、発現させた。次いで、これらの可溶性リガンドを含有する上清を、固定数の抗Hisビーズとともに、様々な濃度でインキュベートした。続いて、ビーズを洗浄して、未結合のリガンドを除去し、これらのビーズを使用して、COMP CARプラットフォームまたはIgGスペーサーを有する同等のCARのいずれかを形質導入したT細胞を刺激した。
形質導入を行ったマウスT細胞を、異なる濃度の可溶性HisタグROR−1上清で事前コーティングした抗Hisビーズとともに共培養した。共培養上清中のIL−2の量を、16〜24時間後にELISAによって分析した(図7)。
(実施例3)
ROR−1標的細胞の発現レベル
SKW細胞株は、天然に、低いレベルのROR−1を発現する。これらの細胞に、ROR−1を形質導入して、発現レベルを高めた。これらの細胞を、抗ROR−1 APCで染色し、未染色細胞と比較した(図8)。
(実施例4)
ROR−1陽性SKW細胞による抗ROR−1 COMP CAR T細胞の刺激
形質導入を行ったマウスT細胞(実施例1および2に記載)を、ROR−1リガンドを低密度または高密度のいずれかで発現するSKW標的細胞とともに共培養した。T細胞を一定数に維持し、標的細胞は変化させた。共培養上清中のIL−2の量を、16〜24時間後にELISAによって分析した(図9)。
抗ROR−1 COMP CAR T細胞を、低密度のROR−1リガンドを発現するSKW標的細胞と共培養した場合に、抗ROR−1 IgG1 CARと比較してより高いレベルのIL−2を検出した。
いずれのCARも、高SKWの標的細胞で活性化応答を開始することができた。
(実施例5)
COMPスペーサーの切断
COMPスペーサーを有するaROR−1 CARを、その本来の長さである45個のアミノ酸から切断した。これらのCOMP切断型構築物を、293T細胞にトランスフェクトした後、CAR表面発現に関してsROR−1 Hisで染色し、続いて抗His−ビオチン、続いてストレプトアビジン−PE.Cy7で染色した。これらの細胞を、RQR8マーカーに関して抗CD34−FITC抗体でも染色した。これらのFACSプロットは、COMPスペーサーの様々な切断形態の安定な表面発現を示し、コイルドコイルスペーサーの長さを一度に1個から数個のアミノ酸で変化させる能力を示す(図11)。
(実施例6)
多量体コイルドコイルスペーサーCARと古典的二量体CARとの比較
本発明のCARのコイルドコイルスペーサーの機能を従来のCARと比較するために、同じ抗原結合ドメインおよび同等のエンドドメインを用いるが、異なるスペーサーを用いるため、完全に異なるCAR構造体となる一連の構築物を作製した。様々なCARを図12に示す。
すべてのCARは、fmc63に基づく抗CD19抗原結合ドメインならびに41BBおよびCD3ゼータエンドドメインを含む「第2世代」のエンドドメインを含んでいた。以下の形式を試験した:
a)抗CD19抗原結合ドメイン、コイルドコイルスペーサードメイン、およびCD3ゼータエンドドメインを有するポリペプチド、ならびにコイルドコイルスペーサードメインおよび41BBエンドドメインを有する補助ポリペプチドを含むヘテロ多量体CAR(図12A)、
b)抗CD19抗原結合ドメイン、コイルドコイルスペーサードメイン、および組合せ41BB/CD3ゼータエンドドメインを含むポリペプチドからなるホモ多量体CAR(図12B)、ならびに
c)抗CD19抗原結合ドメイン、CD8ストークスペーサードメイン、および組合せ41BB/CD3ゼータエンドドメインを有する2つのポリペプチドを含む、古典的な第2世代のホモ二量体CAR(図12C)。
図12に示されるCARをコードするベクターであった。
様々なCAR構造体をコードするRD114疑似タイプのレトロウイルスを生成した。
T細胞からCD56発現細胞を枯渇させ、同じ数のSupT1とともに共培養して、1:1のエフェクター:標的の比を達成した。フローサイトメトリーによる分析の前に、同じ数の蛍光計数ビーズを各共培養物に添加して、細胞数の標準化を可能にし、取り込み量における任意の差の把握を可能にした。CARに媒介される細胞傷害性を、フローサイトメトリーによって次のように評価した。T細胞を、FCSと対比してCD3の発現に関して染色することによって腫瘍細胞から区別し、腫瘍細胞を、CD3の欠如および高いFCSシグナルによって識別した。生存率を、死細胞排除色素7−AADで染色し、色素を取り込まなかったものを生存細胞として定義することによって、評価した。生存腫瘍細胞を、各共培養条件に関して列挙し、生存腫瘍細胞の数を、形質導入を行っていないPBMCを用いて行った共培養物から回収したもの(100%)に対して標準化することによって、細胞傷害性の割合を計算した。標的細胞の殺滅を、2日目および5日目に評価した。
結果を、図13(2日目)および図14(5日目)に示す。2日後に、3つのCAR構造体が、CD19+SupT1標的細胞の殺滅を示した。2つの多量体CARは、同等な古典的ホモ二量体CARよりも優れた殺滅を示した。ホモ多量体CAR(Fmc63−COMP−41BBz)が、最も高い殺滅を示した。5日目に、古典的ホモ二量体CAR(Fmc63−CD8STK−41BBz)では一部の残存標的細胞が残っていたが、いずれの多量体CARでも、生存標的細胞は事実上検出不可能であった。
(実施例7)
コイルドコイル超CARの生成および試験
CAR技術の主な課題は、標的細胞上に低密度で存在する抗原の検出である。この問題に対処するために、本発明者らは、各抗原相互作用のために複数のTCRゼータ鎖をリクルートするコイルドコイルスペーサー形式に基づく「超CAR」を設計した。
コイルドコイルCAR構造体を形成するポリペプチドの細胞内部分は、複数のヘテロ二量体化ドメインを含み、そのそれぞれが、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含む1つまたは複数の細胞内シグナル伝達構成成分と相互作用することができる。
図15に示される構築物において、細胞内二量体化は、二量体化およびドッキングドメイン(DDD1)とアンカードメイン(AD1)との間のものである。コイルドコイルスペーサーCARを形成するそれぞれのポリペプチドは、4つの別個のAD1ドメインを含む。5つのポリペプチドを含むコイルドコイルCARは、したがって、20個のAD1ドメインを含むことになる。
コイルドコイル超CARを、TCRゼータシグナル伝達ドメインのコピーを有さないか、または2つのTCRゼータシグナル伝達ドメインのコピーを有する、異なるシグナル伝達構成成分と組合せて試験した。DDD1は2:1の化学量論でAD1に結合するため、これらのシグナル伝達ドメインは、5つのポリペプチドコイルドコイルCAR標的構成成分それぞれに対して、それぞれ、0および80個のTCRゼータドメインのコピーを提供する。
対照として、同じ抗原結合ドメインを有する古典的なホモ二量体抗CD19 CARを使用した(図15、aCD19−IgGFc−Z)。
マウスT細胞株BW5に、各CARを形質導入し、低、中、および高の異なる濃度で、同起源の抗原(CD19)を発現するSupT1細胞でチャレンジを行った。これらのSupT1細胞は、最適以下のシグナルペプチドの使用、および/またはTyrp−1(膜の近傍に挿入)もしくはアデノウイルス由来の糖タンパク質E3−19k(C末端に挿入)に由来する細胞質保持モチーフの導入により、異なるレベルでCD19を発現するように操作した。IL−2放出を、抗原チャレンジ後に測定した。
結果を、図16に示す。5量体コイルドコイルCAR1つ当たり80個のTCRゼータのコピーを含むコイルドコイル超CARが、1つの分子当たり2つのTCRゼータのコピーを含む同等な古典的CARよりもはるかに高い、抗原に対する応答をもたらしたことがわかった。
上述の本明細書に言及されたすべての刊行物は、参照により本明細書に組み込まれる。本発明の範囲および趣旨を逸脱することなく、記載された本発明の方法および系の様々な修飾形態および変更形態が、当業者には明らかであろう。本発明は、特定の好ましい実施形態と関連して記載されているが、特許請求される本発明は、そのような特定の実施形態に不当に限定されるべきではないことが理解されるはずである。実際に、分子生物学、細胞生物学、または関連する分野の当業者には明白である本発明を実施するための記載された様式の様々な修飾形態は、以下の特許請求の範囲内であることが意図される。

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  1. 明細書に記載の発明。
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