JP2017506882A - 迅速かつ包括的なt細胞免疫モニタリング用の細胞プラットフォーム - Google Patents
迅速かつ包括的なt細胞免疫モニタリング用の細胞プラットフォーム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017506882A JP2017506882A JP2016546026A JP2016546026A JP2017506882A JP 2017506882 A JP2017506882 A JP 2017506882A JP 2016546026 A JP2016546026 A JP 2016546026A JP 2016546026 A JP2016546026 A JP 2016546026A JP 2017506882 A JP2017506882 A JP 2017506882A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- adjacent
- sequence
- amino acid
- cell
- peptide
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
- C12N15/867—Retroviral vectors
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- A61K38/177—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- A61K38/1774—Immunoglobulin superfamily (e.g. CD2, CD4, CD8, ICAM molecules, B7 molecules, Fc-receptors, MHC-molecules)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/62—DNA sequences coding for fusion proteins
- C12N15/625—DNA sequences coding for fusion proteins containing a sequence coding for a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56966—Animal cells
- G01N33/56972—White blood cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/52—Constant or Fc region; Isotype
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/30—Non-immunoglobulin-derived peptide or protein having an immunoglobulin constant or Fc region, or a fragment thereof, attached thereto
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
- G01N2333/08—RNA viruses
- G01N2333/15—Retroviridae, e.g. bovine leukaemia virus, feline leukaemia virus, feline leukaemia virus, human T-cell leukaemia-lymphoma virus
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
- G01N2333/08—RNA viruses
- G01N2333/15—Retroviridae, e.g. bovine leukaemia virus, feline leukaemia virus, feline leukaemia virus, human T-cell leukaemia-lymphoma virus
- G01N2333/155—Lentiviridae, e.g. visna-maedi virus, equine infectious virus, FIV, SIV
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
- Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Virology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Description
本出願は2014年1月21日に出願された米国特許仮出願第61/929,651号の利益を主張し、本内容は、参照により本明細書中に組み込まれる。
本発明は、NIGMS、国立衛生研究所により授与された認可番号3U54GM094662−02及び5U01GM094665−02の下で政府の支援によりなされた。政府は本発明における特定の権利を有する。
本出願を通して、様々な出版物が角括弧で参照される。これらの参考文献の完全な引用は、明細書の最後に見出すことができる。本発明が関連する先行技術をより十分に説明するために、これらの出版物、並びに本明細書において参照される全ての特許、特許出願公開、及び書籍の開示は、それらの全体が参照により本明細書中に組み込まれる。
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、8、9、10、11または12アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞を提供する。
これに隣接する8、9、10、11または12アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する蛍光タンパク質配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメイン
を含む。
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、8、9、10、11または12アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する蛍光タンパク質、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインを含む、組換え核酸が提供される。
懸濁適合細胞と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
回収したT細胞からDNAを回収する工程、
回収したDNAを配列決定する工程、
DNAにコードされた8、9、10、11または12アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法が提供される。
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、8、9、10、11または12アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞が提供される。
8、9、10、11または12アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメイン
を含む。
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、8、9、10、11または12アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメイン
を含む、組換え核酸が提供される。
懸濁適合細胞と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
回収したT細胞からDNAを回収する工程、
回収したDNAを配列決定する工程、
DNAにコードされた8、9、10、11または12アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピドープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法が提供される。
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞が提供される。
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む。
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む。
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、
これに隣接するウイルスパッケージング配列
を含む。
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸が提供される。
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞が提供される。
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチド
を含む異種核酸を含むウイルス、プラスミドまたはウイルスベクターにより形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞が提供される。
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸が提供される。
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収する工程、
回収したDNAを配列決定する工程、
DNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収する工程、
回収したDNAを配列決定する工程、
DNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。
複数の懸濁適合細胞と、複数のウイルス様粒子と、または複数のウイルスと複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収するか、またはウイルス様粒子またはウイルスからRNAを回収する工程、
回収したDNAまたはRNAを配列決定する工程、
DNAまたはRNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。
懸濁適合細胞と、膜部分に会合したウイルス様粒子と、または膜部分に会合したウイルスと複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収するか、またはウイルス様粒子またはウイルスからRNAを回収する工程、
回収したDNAまたはRNAを配列決定する工程、
DNAまたはRNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。
単離された懸濁適合細胞が提供され、細胞は、5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされる。
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされる。
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされる。
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する、第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列、
これに隣接する、第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む。
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、
これに隣接するウイルスパッケージング配列
を含む。
5〜20アミノ酸のペプチドをコードする1つのオリゴヌクレオチド配列または複数のオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンFcドメイン、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を有する。
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸が提供される。
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列に同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物貫通膜ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞が提供される。
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチド
を含む異種核酸を含むウイルス、プラスミド、またはウイルスベクターにより形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞が提供される。ウイルスパッケージング配列またはシグナルは、当該分野で公知であり、また、本明細書に記載されている。実施形態では、第3のアミノ酸リンカーは発現後に自己切断する。自己切断型リンカーは、ウイルスP2Aペプチドとして、本明細書に記載されている。
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸が提供される。
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収する工程、
回収したDNAを配列決定する工程、
DNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピドープのを同定する方法が提供される。
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収する工程、
回収したDNAの配列を決める工程、
DNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法が提供される。
複数の懸濁適合細胞と、ウイルス様粒子と、またはウイルスと複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収するか、またはウイルス様粒子若しくはウイルスからRNAを回収する工程、
回収したDNAまたはRNAを配列決定する工程、
DNAまたはRNAにコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法が提供される。
懸濁適合細胞と、膜部分に会合したウイルス様粒子と、または膜部分に会合しウイルスと複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
懸濁適合細胞からDNAを回収するか、またはウイルス様粒子若しくはウイルスからRNAを回収する工程、
回収したDNAまたはRNAを配列決定する工程、
DNAまたはRNAをコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法が提供される。
(n)xは、8、9、10、11または12アミノ酸をコードするヌクレオチド配列であり、xは、それぞれ24、27、30、33、または36ヌクレオチドである:
。実施形態では、24、27、30、33、または36ヌクレオチドは、それぞれ、8、9、10、11、または、12個のコドンまたは等価物で構成されている。
。(n)は、8、9、10、11、または12のいずれか1つ、あるいはその部分範囲であり得る。
である。一実施形態では、ウイルスパッケージング配列は、8〜20アミノ酸長である。一実施形態では、ウイルスパッケージング配列は、8アミノ酸長である。
本明細書において、患者試料の高スループットT細胞エピトープマッピングのための候補T細胞エピトープ(「epiCELL」)を提示するための、好ましくは、読み出し用として高感度かつ大量並列型の次世代シーケンシングを用いた新規な哺乳動物細胞ディスプレイプラットフォーム(免疫モニタリング)が記載されている。
epiCELLプールを、患者由来の末梢T細胞と混合して(標準的なプロトコールを使用して全血試料から精製[26])、TCRと、epiCELLプールによって発現されたそれらの同族sc−pMHCリガンドとが特異的に会合することによって複合体を形成することを可能にする。次いで、例えば、複数の患者の試料を同時に処理するための磁気分離、または単一の試料用のより一般的なフローサイトメトリー選別法により、複合体を回収する。濃縮されたプールメンバー由来のエピトープ配列を、PCR(ユニバーサルプライマーを使用する)により増幅させ、大規模な次世代シークエンシングに供して、取得プロセスにより濃縮されたエピトープを同定する。これらの濃縮されたエピトープにより、免疫優性のT細胞エピトープが直接同定される。更に、所望の場合、その後の検証を、生体外の方法(例えば、サイトカインELISpot、FACS)により、実行することができる[27]。この戦略によって、単一の患者試料から、すべての疾患に関連する免疫優性エピトープを迅速に同定することが可能になる。注目すべきことに、この手法を、インデックス付きのアダプタ、例えば、TruSeq(登録商標)の使用により多重化して、スループットを大幅に向上させてコストを削減することができる(例えば、複数の患者の試料は、NGSフローセルの単一レーン上で実行することができる)。
の4個の反復)。全体の構築物を、天然のクラス−I重鎖膜貫通ドメイン(HC TM)を介して膜に保持する。MHCクラス−I分子への抗原性ペプチドの共有結合は、十分に確立されており、生体外及び生体内の両方で非常に有効である[28〜30]。この戦略は、非共有結合ペプチド複合体の交換(交差提示)、特に弱く結合しているものの交換から生じる、意図しないT細胞結合/活性化に関連する困難さを排除する。更に、このモジュール設計は、所定のMHC対立遺伝子に関連する異なるペプチド配列をコードする大きなライブラリーの生成(及びその後の照合)のための高スループットの分子生物学的操作(例えば、クローニング/シークエンシング)に容易に受け入れられる。このプラットフォームは、一本鎖構造の「普遍的」な性質を利用する。このパラダイムでは、ライブラリーの中での唯一の違いは、九量体ペプチド自体をコードする27ヌクレオチドの配列である(例えば、エピトープ)。この非反復配列は、「ユニバーサルプライマー」(図2において順方向/逆方向として表示)を用いて増幅することができ、かつ、大規模シークエンシング、及びそれに続くT細胞投与後の翻訳によって、容易に識別されることができる[31〜34]。特に、「ユニバーサル」プライマーアニーリングのためのコンセンサス領域を形成するヌクレオチド配列は、内因性B2Mプールからバックグラウンド増幅を回避するために、天然B2Mヌクレオチド配列から離れて改変されている(すなわち、HEK細胞からのB2M)。
この実験では、5個のMHCを保有する全てのepiCELL用のレンチウイルス(CMV、FLU、EBV、HIV、HTLV)を、個別に形質導入し、等しい比率でプールし、4個の同族TCRを有する細胞(RA14、JM22、AS01、A06)に対して別々に投与して、形成された複合体上で選別した。各プールからのゲノムDNAを抽出し、エピトープの周りの隣接領域を標的とするユニバーサルプライマーを用いてPCRの約30サイクル実施した。得られたPCRバンドは、図9(上部)に示されており、これらのアンプリコンは、ライブラリー調製のために提示し(例えば、多重TruSeq(登録商標)のインデックス付きアダプタの追加)、その後の次世代シークエンシング(NGS)を実施した(イルミナMiSeq)。ライブラリーの調製及びシークエンシングは、アルバート・アインシュタイン医科大学のエピゲノミクスのコア施設で実施した。NGSの実行から得られたFASTQファイルを分析して、エピトープを容易に同定した(図9、下部)。事前に選別された集団(ライブラリー)内で同定されたエピトープは、16〜23%の範囲内であった(データは図示せず)。TCR投与データセットのそれぞれでは、観察されたエピトープ配列の絶対数は、QCフィルターを通過する全ての観測されたNGS割合として計算して標準化し、事前に選別したプールから採取された平均及び標準偏差パラメータを用いて、Zスコアを計算するために使用した。これらの結果は、epiCELLプラットフォームの有用性を強調し、更には非最適化結合/洗浄プロトコールを使用するスクリーンの頑強性を示す。
epiCELLの有用性は、単一鎖構築物(Fc融合による二価の提示の有り及び無し)だけではなく、分割構築物(synTac)も含み、それによってepiCELLに関連する複合タンパク質またはペプチド断片の部分提示を可能にするように拡大することができる。また、epiCELLプール由来の断片を含有する小細胞膜(例えば、微小胞、エキソソーム、ウイルス様粒子[VLP]、及びレトロウイルス[例えば、レンチウイルスなど])の使用により、スクリーニングのための反応体積の大幅な減少が可能となっている(これらのウイルス粒子ベースの手法は、しばしば、本明細書において、「ビラトープ」と称される)。これらの発現プール(epiCELLまたはビラトープ)に、健康な患者、感染した患者、治療された患者、免疫を与えられた患者由来のT細胞を投与して、疾患、診断、治療、中和、並びに疾患の進行及び治療応答のモニタリングに直接関連するそれらのエピトープを同定する。
ペプチドエピトープ、またはインフルエンザ(FLU)由来の
ペプチドエピトープのいずれかである。採取したレンチウイルスを、超遠心分離により100倍濃縮して4℃で保存した。各ビラトーププールからのゲノムRNA(DNAとは対照的)は、抽出して、一連の逆転写(RT)を行い、続いて、エピトープの周囲の隣接領域を標的とするユニバーサルプライマーを用いてPCRを約30サイクル実施した。得られたPCRバンドは、図11Aに示されている。特に、PCRバンドは、最初のRTステップ(レーン1)の存在下でのみ観察され、逆転写酵素を省略したときは(レーン2)、存在せず、それによって、コンピテントな(例えば、RNAを負荷した)レトロウイルスの生成が実証される。これらのアンプリコンは、ライブラリーの調製のために提示され(例えば、多重化TruSeqのインデックス付きアダプタの追加)、及びその後の次世代シークエンシング(NGS)は、epiCELLスクリーニングとのプロセスの互換性を確保するために実施した(illumina MiSeq)。ライブラリー調製及びシークエンシングは、Einstein Epigenomicsのコア施設で実施した。NGSの実行から得られたFASTQファイルを分析して、エピトープを容易に同定した(図11B)。続いて、以前のepiCELL結合実験と同様に、ビラトープを、特定の、または、無関係のT細胞受容体(TCR)のいずれかでトランスフェクトしたHEK細胞に適合した。余分なビラトープ粒子を細胞から洗浄し、残りの細胞に結合したレンチウイルスは、PE結合抗FLAG抗体を介して検出した。無関係なエピトープではなく、同族体によりシュードタイプ化したビラトープは、特定のペプチドのMHC五量体による染色に匹敵する方法(図12)で、それぞれのTCR発現HEK細胞に結合し、それによって、特異性、及び、エピトープスクリーニングのためのepiCELLプール由来のビラトープ粒子の特異性及び一般的な有用性が実証された。
Claims (82)
- 5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞。 - 5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、請求項1に記載の単離された懸濁適合細胞。 - 5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、請求項1に記載の単離された懸濁適合細胞。 - それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現する単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分であって、前記発現産物が、N末端からC末端の順に、
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む、単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。 - 請求項4に記載の細胞の前記発現産物を発現する、膜結合部分。
- 微小胞またはエキソソームである、請求項4または5に記載の細胞の膜結合部分。
- 前記細胞が、前記免疫グロブリンFcドメインの配列を含む前記発現産物を発現する、請求項4、5、6、または7のいずれか一項に記載の、単離された懸濁適合細胞または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 前記細胞が、前記蛍光タンパク質を含む前記発現産物を発現する、請求項4、5、または6のいずれか一項に記載の、単離された懸濁適合細胞または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項1〜8のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 前記異種核酸が、前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項1〜3、7、8、または9のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞。
- 前記発現産物が、前記哺乳動物膜貫通ドメインに関してC末端側であるウイルスパッケージング配列を更に含む、請求項4〜9のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- ウイルス様粒子である、請求項11に記載の細胞の前記発現産物を発現する膜結合部分。
- 前記β2ミクログロブリンがヒトβ2ミクログロブリンと同一の配列を有する、請求項1〜12のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 主要組織適合性複合体重鎖配列がヒトHLA−A配列と同一の配列を有する、請求項1〜13のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 膜貫通ドメインが、ヒト主要組織適合複合体I重鎖膜貫通ドメインと同一の配列を有する、請求項1〜14のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを含む、複数の請求項1〜15のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の複数の膜結合部分。
- 少なくとも100個の異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを含む、請求項16に記載の複数のもの。
- コードされた前記ペプチドが、1つの九量体若しくは複数の九量体である、請求項1〜15のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、若しくは前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分、または、請求項16若しくは17に記載の複数の単離された懸濁適合細胞若しくは膜結合部分。
- コードされた1つのペプチド若しくは複数の前記ペプチドが前記細胞の細胞外表面上に提示される、請求項1〜15のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、若しくはその膜結合部分、または、請求項16、17、若しくは18のいずれか一項に記載の複数の単離された懸濁適合細胞若しくはその膜結合部分。
- 前記発現産物を発現する、請求項1〜19のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞の膜結合部分。
- 請求項1〜19のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞。
- 異種核酸が前記ウイルスパッケージング配列をコードし、かつ、前記細胞が、前記異種核酸を含むウイルス、プラスミド、またはウイルスベクターにより形質導入またはトランスフェクトされる、請求項10〜19、または21のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞。
- それらに結合している細胞膜部分を介して哺乳動物膜貫通ドメインにより物理的に会合する、請求項22に記載の細胞により産生される(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルスであって、発現産物が、N末端からC末端の順に、
5〜20アミノ酸のペプチド、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質、または免疫グロブリンFcドメインの配列、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、
これに隣接するウイルスパッケージング配列
を含む、(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルス。 - 前記細胞がレトロウイルストランスフェクションシステムを用いてトランスフェクトされる、請求項23に記載の(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルス。
- 前記トランスフェクションがレンチウイルストランスフェクションシステムを用いて実施される、請求項23に記載の(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルス。
- 前記レトロウイルストランスフェクションシステムがパッケージングプラスミドを含み、前記パッケージングプラスミドがその中に、1つまたは複数のエンベロープタンパク質をコードする1つのオリゴヌクレオチド配列または複数のオリゴヌクレオチド配列の代わりに、
5〜20アミノ酸のペプチドをコードする1つのオリゴヌクレオチド配列または複数のオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、
これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、
これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、
これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、
これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、
これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンFcドメイン、
これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、
これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン
を含む、請求項23、24、または25のいずれか一項に記載の(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルス。 - 前記細胞から出芽した、請求項23〜26のいずれか一項に記載の単離されたウイルス。
- 前記細胞から出芽した、請求項23〜26のいずれか一項に記載の単離されたウイルス様粒子。
- 組換えレトロウイルスである、前記細胞から出芽した単離された請求項27に記載のウイルス。
- 複数の請求項27または29に記載の単離されたウイルス。
- 複数の請求項28に記載の単離されたウイルス様粒子。
- それらのコードされた5〜20アミノ酸のペプチドが異なっている複数のウイルスを含む、前記複数の単離されたウイルス。
- それらのコードされた5〜20アミノ酸のペプチドが異なっている複数のウイルス様粒子を含む、前記複数の単離されたウイルス様粒子。
- 5'から3'の順に、
リーダーオリゴヌクレオチド配列をコードする配列、
これに隣接する、5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、β2ミクログロブリン配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、主要組織適合複合体重鎖配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、蛍光タンパク質をコードするかまたは免疫グロブリンFcドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のリンカーペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸。 - 前記蛍光タンパク質をコードする前記オリゴヌクレオチド配列を含む、請求項34に記載の組換え核酸。
- 前記免疫グロブリンFcドメインをコードする前記オリゴヌクレオチド配列を含む、請求項34に記載の組換え核酸。
- 前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項34、35、若しくは36のいずれか一項に記載の組換え核酸。
- 前記組換え核酸が、前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項34〜37のいずれか一項に記載の組換え核酸。
- ベクターである、請求項34〜38のいずれか一項に記載の組換え核酸。
- 前記ベクターがウイルスベクターである、請求項39に記載の組換え核酸。
- 前記ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、請求項40に記載の組換え核酸。
- 前記ベクターがプラスミドである、請求項41に記載の組換え核酸。
- 前記核酸がcDNAを含む、請求項1〜15、18、19、21、若しくは22のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞、または請求項16および17のいずれか一項に記載の複数の単離された懸濁適合細胞、または請求項34〜42のいずれか一項に記載の組換え核酸。
- 5'から3'の順に、
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む異種核酸により形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞。 - それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現する単離された懸濁適合細胞、または前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分であって、前記発現産物が組換えポリペプチド構築物を含み、前記組換えポリペプチド構築物が、(i)第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、(i)が、(ii)MHC重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンFcと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメインを有する、アミノ酸配列に、1つまたは複数のジスルフィド結合により結合されている、単離された懸濁適合細胞、または、前記発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分。
- 5'から3'の順に、
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチド
を含む異種核酸を含むウイルス、プラスミド、またはウイルスベクターにより形質導入またはトランスフェクトされた、単離された懸濁適合細胞。 - 前記第3のアミノ酸リンカーが発現後に自己切断する、請求項44または46に記載の単離された懸濁適合細胞。
- それらに結合している細胞膜部分を介して哺乳動物膜貫通ドメインによって物理的に会合する、請求項46に記載の細胞により産生される(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルスであって、発現産物が、N末端からC末端の順に、組換えポリペプチド構築物を含み、前記組換えポリペプチド構築物が、(i)第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、(i)が、(ii)MHC重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、これに隣接するウイルスパッケージング配列を有するアミノ酸配列に、一つまたは複数のジスルフィド結合により結合されている、(i)ウイルス様粒子または(ii)ウイルス。
- 前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項44、45、46、若しくは47のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞または請求項48に記載の(i)ウイルス様粒子若しくは(ii)ウイルス。
- 前記異種核酸が、前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項44または47に記載の単離された懸濁適合細胞。
- 前記事前に選択された第2のペプチドが、T細胞調節ドメイン、抗体エピトープ、蛍光タンパク質、核酸結合タンパク質、または同時調節タンパク質である、請求項44〜47のいずれか一項に記載の単離された懸濁適合細胞または請求項48若しくは49に記載の(i)ウイルス様粒子若しくは(ii)ウイルス。
- 5'から3'の順に、
第1のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第1のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のアミノ酸リンカー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、事前に選択された第2のペプチド配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第3のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第2のB2Mリーダー配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、MHC重鎖と同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第4のアミノ酸リンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、第5のリンカーをコードするオリゴヌクレオチド配列、
これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列
を含む、組換え核酸。 - 前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項52に記載の組換え核酸。
- 前記哺乳動物膜貫通ドメインをコードするオリゴヌクレオチド配列に関して3'側のウイルスパッケージング配列をコードするオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項52または53に記載の組換え核酸。
- T細胞と、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、または発現産物を発現するそのような細胞の膜結合部分とを接触させる工程であって、各々の細胞または膜結合部分が、それらに形質導入またはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現し、前記発現産物の各々が、5〜20アミノ酸のペプチド、これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンFcドメイン、これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメインを含み、前記複数の単離された懸濁適合細胞または前記膜結合部分が前記細胞または前記膜結合部分の中で、5〜20アミノ酸のペプチドとT細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からDNAを回収する工程、
回収した前記DNAを配列決定する工程、
前記DNAにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。 - T細胞と、それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を各々が発現する、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、またはその膜結合部分とを接触させる工程であって、前記発現産物の各々が、(i)第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、(i)が、(ii)MHC重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインを有するアミノ酸配列に、1つまたは複数のジスルフィド結合により結合されており、前記複数の単離された懸濁適合細胞またはその膜結合部分が前記細胞または前記部分の中で、5〜20アミノ酸のペプチドとT細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞とまたは膜結合部分と複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からDNAを回収する工程、
回収した前記DNAを配列決定する工程、
前記DNAにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。 - 複合体を形成しているT細胞がフローサイトメトリーにより回収される、請求項54または56に記載の方法。
- 配列決定する工程の前に、回収した前記DNAを増幅する工程を含む、請求項55、56、または57のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増幅する工程が、1つ以上のユニバーサルプライマーを用いて行われる、請求項58に記載の方法。
- 前記ユニバーサルプライマーの1つ以上が、前記異種核酸の配列の一部に方向付けられているが、前記細胞の天然β2ミクログロブリン配列をコードする核酸に相補的ではない、請求項59に記載の方法。
- 前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項55〜60のいずれか一項に記載の方法。
- 前記T細胞が、対象から得られた末梢T細胞を含む、請求項55〜61のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象がヒトである、請求項62に記載の方法。
- 前記複数の単離された懸濁適合細胞の前記DNAにおける前記5〜20アミノ酸のペプチドの存在に比べて回収した前記DNAでは濃縮されている、前記DNAにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドのいずれかを同定して、それにより、1つ以上の免疫優性のT細胞エピトープを同定する工程を更に含む、請求項55〜63のいずれか一項に記載の方法。
- 前記単離された懸濁適合細胞がHEK細胞である、請求項55〜64のいずれか一項に記載の方法。
- 前記単離された懸濁適合細胞が使用される、請求項55〜65のいずれか一項に記載の方法。
- 前記発現産物を発現する前記細胞である懸濁適合細胞の単離された前記膜結合部分が使用される、請求項55〜65のいずれか一項に記載の方法。
- T細胞と、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、またはそのような細胞の膜部分に会合したウイルス様粒子またはウイルスとを接触させる工程であって、前記細胞または前記膜結合部分が、それらに形質導入またはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を発現し、前記発現産物の各々が、5〜20アミノ酸のペプチド、これに隣接する第1のリンカーペプチド配列、これに隣接するβ2ミクログロブリン配列、これに隣接する第2のリンカーペプチド配列、これに隣接する主要組織適合複合体重鎖配列、これに隣接する第3のリンカーペプチド配列、これに隣接する蛍光タンパク質または免疫グロブリンFcドメイン、これに隣接する第4のリンカーペプチド配列、これに隣接する哺乳動物膜貫通ドメイン、これに隣接するウイルスパッケージング配列を含み、前記複数の単離された懸濁適合細胞、または前記細胞の前記膜部分に会合した複数の前記ウイルス様粒子若しくは複数の前記ウイルスが前記細胞または前記ウイルス様粒子若しくは前記ウイルスの中で、5〜20アミノ酸のペプチドとT細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
複数の懸濁適合細胞と、複数のウイルス様粒子と、または複数のウイルスと複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からDNAを回収するか、前記ウイルス様粒子または前記ウイルスからRNAを回収する工程、
回収した前記DNAまたは前記RNAを配列決定する工程、
前記DNAまたは前記RNAにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。 - T細胞と、それに形質導入若しくはトランスフェクトした異種核酸の発現産物を各々が発現する、少なくとも2つの細胞を含む複数の単離された懸濁適合細胞、または、そのような細胞の膜部分に会合したウイルス様粒子若しくはウイルスとを接触させる工程であって、前記発現産物の各々が、(i)第1のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、ヒト天然B2Mペプチド配列と同一の配列を含むアミノ酸配列、これに隣接する第2のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する事前に選択された第2のペプチド配列により結合された、事前に選択された5〜20アミノ酸のペプチドを含み、(i)が、(ii)MHC重鎖の配列、これに隣接する第4のアミノ酸リンカー配列、これに隣接する、免疫グロブリンFcドメインと同一のアミノ酸配列、これに隣接する第5のアミノ酸リンカー、これに隣接する、哺乳動物膜貫通ドメインを有するアミノ酸配列に、1つまたは複数のジスルフィド結合により結合されており、前記複数の単離された懸濁適合細胞、前記ウイルス様粒子、または前記ウイルスがそれらの細胞の中で、5〜20アミノ酸のペプチドとT細胞が結合することを可能にする条件下で、少なくとも2つの異なるコードされた5〜20アミノ酸のペプチドを発現する、工程、
懸濁適合細胞と、膜部分に会合したウイルス様粒子と、または膜部分に会合したウイルスと複合体を形成しているT細胞を回収する工程、
前記懸濁適合細胞からDNAを回収するか、または、前記ウイルス様粒子若しくは前記ウイルスからRNAを回収する工程、
回収した前記DNAまたは前記RNAを配列決定する工程、
前記DNAまたは前記RNAにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドを同定して、それによりT細胞エピトープを同定する工程
を含む、T細胞エピトープを同定する方法。 - 複合体を形成しているT細胞がフローサイトメトリーにより回収される、請求項68または69に記載の方法。
- 配列決定する工程の前に、回収した前記DNAまたは前記RNAを増幅する工程を含む、請求項68、69、または70のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増幅する工程が、1つ以上のユニバーサルプライマーを用いて行わる、請求項71に記載の方法。
- 前記ユニバーサルプライマーの1つ以上が、前記異種核酸の配列の一部に方向付けられているが、前記細胞の天然β2ミクログロブリン配列をコードする核酸に相補的ではない、請求項72に記載の方法。
- 前記哺乳動物膜貫通ドメインが主要組織適合複合体重鎖膜貫通ドメインである、請求項68〜73のいずれか一項に記載の方法。
- 前記T細胞が、対象から得られた末梢T細胞を含む、請求項68〜74のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象がヒトである、請求項75に記載の方法。
- 前記複数の単離された懸濁適合細胞の前記DNAにおける前記5〜20アミノ酸のペプチドの存在に比べて回収した前記DNAでは濃縮されている、前記DNAにコードされた前記5〜20アミノ酸のペプチドのいずれかを同定し、それにより、1つ以上の免疫優性T細胞エピトープを同定する工程を更に含む、請求項68〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ウイルスがレトロウイルスである、請求項77に記載の方法。
- (i)複合体を形成しているT細胞と、T細胞表面マーカー分子に対して作製された抗体または抗体フラグメントを磁気ビーズの外部表面に結合させた前記磁気ビーズとを接触させること、および(ii)前記磁気ビーズを回収するように前記ビーズに磁場を印加することにより、前記複合体を形成しているT細胞が回収される、請求項55〜78のいずれか一項に記載の方法。
- 前記T細胞表面マーカー分子がCD8分子である、請求項79記載の方法。
- 前記懸濁適合細胞またはその膜部分が前記蛍光タンパク質を発現し、かつ複合体を形成しているT細胞が、前記蛍光タンパク質の蛍光に基づく蛍光活性化細胞選別により回収される、請求項55〜78のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ウイルス様粒子または前記ウイルスが、二次抗体ベースシステムにより回収され、前記二次抗体が、発現した前記構築物中のエピトープに対して作製されている、請求項69〜78のいずれか一項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201461929651P | 2014-01-21 | 2014-01-21 | |
US61/929,651 | 2014-01-21 | ||
PCT/US2015/012160 WO2015112541A2 (en) | 2014-01-21 | 2015-01-21 | Cellular platform for rapid and comprehensive t-cell immunomonitoring |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017506882A true JP2017506882A (ja) | 2017-03-16 |
JP2017506882A5 JP2017506882A5 (ja) | 2018-03-01 |
JP6875126B2 JP6875126B2 (ja) | 2021-05-19 |
Family
ID=53682115
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016546026A Active JP6875126B2 (ja) | 2014-01-21 | 2015-01-21 | 迅速かつ包括的なt細胞免疫モニタリング用の細胞プラットフォーム |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20170176435A1 (ja) |
EP (1) | EP3096774B1 (ja) |
JP (1) | JP6875126B2 (ja) |
KR (1) | KR102488477B1 (ja) |
CN (1) | CN106132428B (ja) |
AU (1) | AU2015209540B2 (ja) |
BR (1) | BR112016016937A8 (ja) |
CA (1) | CA2936352A1 (ja) |
IL (1) | IL246685B (ja) |
SG (1) | SG11201605632SA (ja) |
WO (1) | WO2015112541A2 (ja) |
Families Citing this family (16)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
BR112015013557B1 (pt) | 2012-12-11 | 2021-12-14 | Albert Einstein College Of Medicine | Sistema, método, método para determinar o efeito de um resíduo de aminoácido predeterminado de uma primeira proteína sobre a ligação da primeira proteína a uma segunda proteína e polipeptídeo pd-l1 mutante |
KR20190019068A (ko) | 2016-05-18 | 2019-02-26 | 큐 바이오파마, 인크. | T-세포 조절 다량체 폴리펩타이드 및 이의 사용 방법 |
IL262606B2 (en) | 2016-05-18 | 2023-04-01 | Albert Einstein College Medicine Inc | pd-l1 variant polypeptides, T-cell modulatory multimeric polypeptides, and methods of using them |
DK3558339T3 (da) | 2016-12-22 | 2024-02-26 | Cue Biopharma Inc | T-celle-modulerende multimere polypeptider og fremgangsmåder til anvendelse deraf |
WO2018129474A1 (en) | 2017-01-09 | 2018-07-12 | Cue Biopharma, Inc. | T-cell modulatory multimeric polypeptides and methods of use thereof |
US20200010528A1 (en) | 2017-03-15 | 2020-01-09 | Cue Biopharma, Inc. | Methods for modulating an immune response |
WO2018187190A1 (en) * | 2017-04-06 | 2018-10-11 | Albert Einstein College Of Medicine, Inc. | Precision activation of hiv-specific ctls to eliminate reactived latent t cells |
GB201706121D0 (en) | 2017-04-18 | 2017-05-31 | Glaxosmithkline Ip Dev Ltd | Stable cell lines for retroviral production |
CN107099603A (zh) * | 2017-05-31 | 2017-08-29 | 成都克里斯博生物科技有限公司 | 肿瘤免疫t细胞检测试剂盒和检测方法 |
TW201920248A (zh) * | 2017-09-07 | 2019-06-01 | 美商信號生物製藥公司 | 多聚體t細胞調節多肽及其使用方法 |
EP3737689A4 (en) | 2018-01-09 | 2021-12-01 | Cue Biopharma, Inc. | MULTIMERIC T CELL-MODULATING POLYPEPTIDES AND METHOD OF USING THEREOF |
MX2021009640A (es) * | 2019-02-12 | 2021-10-13 | Pact Pharma Inc | Composiciones y metodos para la identificacion de celulas t especificas de antigenos. |
WO2020236263A1 (en) * | 2019-05-23 | 2020-11-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Ligand discovery and gene delivery via retroviral surface display |
CA3169949A1 (en) | 2020-05-12 | 2021-11-18 | Cue Biopharma, Inc. | Multimeric t-cell modulatory polypeptides and methods of use thereof |
WO2022159866A2 (en) * | 2021-01-25 | 2022-07-28 | The Regents Of The University Of California | Methods and compositions for the labeling and selection of antigen-specific t-cells |
CA3236366A1 (en) * | 2021-10-27 | 2023-05-04 | Xiaojun Lian | Universal stem cell and uses thereof |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004501364A (ja) * | 2000-05-25 | 2004-01-15 | スノル・モレキュラー・コーポレーション | T−細胞レセプター相互作用のモジュレーション |
JP2005506058A (ja) * | 2001-06-19 | 2005-03-03 | テクニオン・リサーチ・アンド・ディベロップメント・ファウンデーション・リミテッド | 癌の治療に特に有用な免疫擬装の方法及び薬学的組成物 |
US20080219947A1 (en) * | 2002-04-19 | 2008-09-11 | Linette Gerald P | Single chain trimers and uses therefor |
JP2009537175A (ja) * | 2006-05-19 | 2009-10-29 | テバ ファーマシューティカル インダストリーズ リミティド | 融合タンパク質、その使用、およびその製造方法 |
JP2015537043A (ja) * | 2012-11-30 | 2015-12-24 | ロシュ グリクアート アーゲー | 多機能タンパク質を含むがん細胞標的化mhcクラスiを用いた循環性ウイルス特異的細胞傷害性t細胞によるがん細胞の除去 |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR20040032105A (ko) * | 2001-06-04 | 2004-04-14 | 엠엘 래보러토리즈 피엘씨 | 재조합 단백질의 조성물 및 재조합 단백질의 고수준대규모 생산방법 |
AU2003901876A0 (en) * | 2003-04-17 | 2003-05-08 | The Macfarlane Burnet Institute For Medical Research And Public Health | Viral vector |
EP1773383B1 (en) * | 2004-05-27 | 2012-09-12 | Jon A. Weidanz | Antibodies as t cell receptor mimics, methods of production and uses thereof |
EP1889851A1 (en) * | 2006-08-18 | 2008-02-20 | Charite Universitätsmedizin-Berlin | PAX2 and PAX8 as targets for immunologic and molecular tumour treatment strategies |
EP2184070A1 (en) * | 2008-11-07 | 2010-05-12 | Hla-G Technologies | HLA-G proteins and pharmaceutical uses thereof |
WO2012127464A2 (en) * | 2011-03-23 | 2012-09-27 | Gavish-Galilee Bio Applications Ltd | Constitutively activated t cells for use in adoptive cell therapy |
-
2015
- 2015-01-21 CA CA2936352A patent/CA2936352A1/en active Pending
- 2015-01-21 KR KR1020167022488A patent/KR102488477B1/ko active IP Right Grant
- 2015-01-21 EP EP15740849.3A patent/EP3096774B1/en active Active
- 2015-01-21 BR BR112016016937A patent/BR112016016937A8/pt not_active Application Discontinuation
- 2015-01-21 JP JP2016546026A patent/JP6875126B2/ja active Active
- 2015-01-21 SG SG11201605632SA patent/SG11201605632SA/en unknown
- 2015-01-21 AU AU2015209540A patent/AU2015209540B2/en active Active
- 2015-01-21 US US15/110,384 patent/US20170176435A1/en not_active Abandoned
- 2015-01-21 CN CN201580011839.8A patent/CN106132428B/zh active Active
- 2015-01-21 WO PCT/US2015/012160 patent/WO2015112541A2/en active Application Filing
-
2016
- 2016-07-10 IL IL246685A patent/IL246685B/en active IP Right Grant
-
2022
- 2022-05-27 US US17/827,024 patent/US20230052675A1/en active Pending
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004501364A (ja) * | 2000-05-25 | 2004-01-15 | スノル・モレキュラー・コーポレーション | T−細胞レセプター相互作用のモジュレーション |
JP2005506058A (ja) * | 2001-06-19 | 2005-03-03 | テクニオン・リサーチ・アンド・ディベロップメント・ファウンデーション・リミテッド | 癌の治療に特に有用な免疫擬装の方法及び薬学的組成物 |
US20080219947A1 (en) * | 2002-04-19 | 2008-09-11 | Linette Gerald P | Single chain trimers and uses therefor |
JP2009537175A (ja) * | 2006-05-19 | 2009-10-29 | テバ ファーマシューティカル インダストリーズ リミティド | 融合タンパク質、その使用、およびその製造方法 |
JP2015537043A (ja) * | 2012-11-30 | 2015-12-24 | ロシュ グリクアート アーゲー | 多機能タンパク質を含むがん細胞標的化mhcクラスiを用いた循環性ウイルス特異的細胞傷害性t細胞によるがん細胞の除去 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
MARGALIT, A., ET AL.: "Induction of Antitumor Immunity by CTL Epitopes Genetically Linked to Membrane-Anchored β2-Microglo", J. IMMUNOL, vol. 176, JPN6018048564, 2006, pages 217 - 224, XP055394142, ISSN: 0004475776, DOI: 10.4049/jimmunol.176.1.217 * |
SPANG, HCL, ET AL.: "Heterodimeric Barnase-Barstar Vaccine Molecules: Influence of One versus Two Targeting Units Specifi", PLOS ONE, vol. 7(9), JPN6018048562, 2012, pages 45393, ISSN: 0004348510 * |
WEN, F., ET AL.: "Construction and Screening of an Antigen-Derived Peptide Library Displayed on Yeast Cell Surface for", IMMUNOPROTEOMICS, JPN6018048567, 2013, pages 245 - 264, XP009506613, ISSN: 0004475777, DOI: 10.1007/978-1-62703-589-7_15 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2015112541A2 (en) | 2015-07-30 |
EP3096774A2 (en) | 2016-11-30 |
KR20170002366A (ko) | 2017-01-06 |
WO2015112541A3 (en) | 2015-12-03 |
JP6875126B2 (ja) | 2021-05-19 |
AU2015209540B2 (en) | 2021-05-13 |
EP3096774A4 (en) | 2017-09-06 |
AU2015209540A8 (en) | 2016-08-18 |
IL246685B (en) | 2020-03-31 |
AU2015209540A1 (en) | 2016-07-28 |
BR112016016937A2 (pt) | 2017-08-08 |
CN106132428B (zh) | 2021-08-06 |
IL246685A0 (en) | 2016-08-31 |
US20170176435A1 (en) | 2017-06-22 |
WO2015112541A8 (en) | 2016-09-09 |
US20230052675A1 (en) | 2023-02-16 |
EP3096774B1 (en) | 2021-03-24 |
CA2936352A1 (en) | 2015-07-30 |
KR102488477B1 (ko) | 2023-01-13 |
CN106132428A (zh) | 2016-11-16 |
SG11201605632SA (en) | 2016-08-30 |
BR112016016937A8 (pt) | 2018-12-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6875126B2 (ja) | 迅速かつ包括的なt細胞免疫モニタリング用の細胞プラットフォーム | |
JP6695347B2 (ja) | レトロウイルスおよびレンチウイルスベクター | |
JP7048494B2 (ja) | 修飾t細胞に対する条件的活性型キメラ抗原受容体 | |
US20190201443A1 (en) | Signaling and antigen-presenting bifunctional receptors (sabr) | |
RU2729383C2 (ru) | Сконструированные высокоаффинные t-клеточные рецепторы человека | |
US8741814B2 (en) | T cell receptor display | |
JP6718450B2 (ja) | キメラ抗原受容体及びその使用方法 | |
JP2022185055A (ja) | 組換え受容体を発現している細胞を増大させるための試薬 | |
AU2019248644A1 (en) | Peptide-MHC compacts | |
Alonso-Camino et al. | CARbodies: human antibodies against cell surface tumor antigens selected from repertoires displayed on T cell chimeric antigen receptors | |
Truscott et al. | Disulfide bond engineering to trap peptides in the MHC class I binding groove | |
Yu et al. | Engineered cell entry links receptor biology with single-cell genomics | |
WO2022047417A1 (en) | Anti-idiotype compositions and methods of use thereof | |
EP3658683A1 (en) | Trogocytosis mediated epitope discovery | |
US10370427B2 (en) | Influenza-specific T-cell receptor and its uses in the detection, prevention and/or treatment of influenza | |
CN111826398A (zh) | 用于活细胞间膜蛋白展示和相互作用检测的工程质粒系统 | |
CA3238531A1 (en) | Methods and compositions for discovery of receptor-ligand specificity by engineered cell entry | |
US20230357436A1 (en) | Anti-idiotype compositions and methods of use thereof | |
EP4204004A1 (en) | Anti-idiotype compositions and methods of use thereof | |
Chour | Molecular Technologies for Antigen-Based Immunity |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20161011 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160720 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180116 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180116 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20181114 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20181210 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190308 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190604 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20191204 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200403 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20200403 |
|
C11 | Written invitation by the commissioner to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C11 Effective date: 20200413 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200512 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20200520 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20200521 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200917 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20201216 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210315 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20210331 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20210422 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6875126 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |