JP2016099570A - 顕微鏡システム - Google Patents
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Abstract
Description
第1に、工業系材料(金属、繊維等)を落射観察する場合、試料の表面形状、反射特性により異なるシェーディング補正を行うことは困難である。
第2に、蛍光色素で標識された蛍光観察を行う場合、標本の厚さに起因するシェーディング補正を行うことは困難である。また、蛍光色素や光学キューブ(励起フィルタ、ダイクロイックミラー、吸収フィルタで構成される)毎に、均一な蛍光標本を用意することは困難である。そもそも観察対象および測定対象の標本と類似した蛍光特性を有する均一な蛍光標本を用意すること自体が困難である。
第3に、透過観察する場合には、標本の厚さ、標本濃度等に起因するシェーディング補正を行うことは困難である。
すなわち、蛍光観察や暗視野観察といった背景が暗く多様な発現形態を示す観察法では、低輝度環境や長時間露光環境で適切な領域を探索および決定することになり、手間がかかる上に、最適な部位を目視選択することは困難である。更に、蛍光観察では領域探索時に、長時間の励起光照射を行うと標本が褪色してしまうという不都合もある。
本発明の一態様は、標本からの光を集光する対物レンズと、該対物レンズにより集光された光を撮影する撮像手段と、前記標本と前記対物レンズとを光軸に直交する方向に相対的に移動させる移動手段と、該移動手段により前記対物レンズと前記標本とを相対的に移動させつつ前記撮像手段により取得された複数枚の顕微鏡画像群を相互に結合してなるバーチャルスライド画像を生成するVS画像生成手段と、シェーディング補正データ作成用の補正用画像を取得する補正用領域を探索する補正用領域探索手段と、該補正用領域探索手段によって探索された前記補正用領域について前記撮像手段により補正用画像を取得させ、取得された補正用画像に基づいてシェーディング補正データを生成する補正データ生成手段と、該補正データ生成手段により生成されたシェーディング補正データを用いて、前記顕微鏡画像のシェーディングを補正するシェーディング補正手段とを備える顕微鏡システムを提供する。
このようにすることで、光学系や撮像形等の装置状態や標本状態が変化しても簡便かつ、より確実にムラのないバーチャルスライド画像を生成することができる。
このようにすることで、高倍バーチャルスライド画像のシェーディングを補正するための補正用領域が低倍バーチャルスライド画像から探索され、簡易に補正用領域を決定することができる。
このようにすることで、既に取得されているバーチャルスライド画像内の補正用領域においてシェーディング補正に適した画像情報を有する領域が見つからない場合においても、バーチャルスライド画像生成用の顕微鏡画像群を用いて補正用領域を探索することができる。
このようにすることで、基準となる補正用画像の中心区画の輝度値と、区画の大きさ分だけずらして取得された他の補正用画像の他の区画の輝度値との比率により簡易にシェーディング補正データを生成することができる。
このようにすることで、各区画の輝度値が大きい補正用領域においては、補正用画像の取得数を節約して、短時間にシェーディング補正データを生成することができる。一方、各区画の輝度値が小さい補正用領域の場合には、補正用画像の取得数を多くすることにより、時間はかかっても輝度値の大きな区画を有効利用して、精度よくシェーディング補正をすることができる。
蛍光観察や暗視野観察のように、取得される顕微鏡画像の輝度値が小さい観察法の場合には、補正用画像の取得数を多くし、明視野観察のように取得される顕微鏡画像の輝度値が大きい観察法の場合には、取得する補正用画像数を少なくして時間短縮を図ることができる。
このようにすることで、単一のスライドガラス上に配置された複数の標本について、スライドガラスを入れ替えることなく、効率的に、シェーディング補正がなされたバーチャルスライド画像を取得することができる。
このようにすることで、単一の補正用領域として、シェーディング補正に適した画像情報を有する領域が見つからない場合においても、複数の補正用領域の情報を集めて、精度よくシェーディングを補正するためのシェーディング補正データを生成することができる。
このようにすることで、単一の補正用領域として、シェーディング補正に適した画像情報を有する領域が見つからない場合においても、複数の補正用領域の情報を集めて平均することにより、精度よくシェーディングを補正するためのシェーディング補正データを生成することができる。
このようにすることで、全ての標本領域において実測に基づくシェーディング補正用データを生成せずに済み、短時間にシェーディング補正されたバーチャルスライド画像を取得することができる。
本実施形態に係る顕微鏡システム1は、図1に示されるように、顕微鏡装置100と処理装置200とを備えている。
顕微鏡装置100は、標本Aを載せる電動ステージ(移動手段)2と、標本Aの上方に対向して配置され標本Aからの光を集光する対物レンズ3a,3bと、標本Aの下方から照明光を入射させる透過照明用光学系4と、対物レンズ3a,3bを介して標本Aの上方から照明光を入射させる落射照明用光学系5と、対物レンズ3a,3bにより集光された光を検出する検出光学系6とを備えている。
透過照明用光学系4は、透過照明用光源8と、該透過照明用光源8の照明光を集光するコレクタレンズ9と、透過用フィルタユニット10と、透過シャッタ11と、透過視野絞り12と、透過開口絞り13と、コンデンサ光学素子ユニット14と、トップレンズユニットとを備えている。
検出光学系6は、標本Aからの光の波長を選択する光学フィルタユニット22と、該光学フィルタユニット22を透過した光を目視観察するための接眼レンズ23および撮影するためのカメラ(撮像手段)24と、接眼レンズ23側およびカメラ24側に光路を分岐するビームスプリッタ25とを備えている。
上述した各構成部品は、電動化されており、その動作は後述する顕微鏡コントローラ31によって制御されるようになっている。
また、ホストシステム30は、カメラ24から送られてきた顕微鏡画像を、画像データファイルとしてデータ記録部34に保存するようになっている。データ記録部34は、例えば、ハードディスクや大容量メモリ等である。
さらに、ホストシステム30は、カメラ24によって撮像された顕微鏡画像のコントラストに基づいて合焦動作を行う、いわゆるビデオAF機能も有している。
次に、本実施形態に係る顕微鏡システム1によるVS画像の構築処理について、図2および図3を参照して説明する。
VS画像の構築処理の詳細については本出願人による特許文献1〜3に記載されているので、ここでは概略を説明する。本実施形態においては、図2に示す標本AのVS画像構築処理について図3に示すフローチャートを用いて説明する。
透過明視野標本の観察においては、まず、電動ステージ2に載置されたスライドガラス38上の標本Aの全体像が取得される(ステップS100)。標本AはHE染色された透過明視野標本とする。
次いで、高精細VS画像を形成する範囲を、全体VS画像上で不図示のマウス操作にてオペレータが領域指定する(ステップS120)。
そして、ステップS130で選択されたフォーカス位置を実測する小区画に対して、標本像を入力してコントラスト評価することで実測による合焦位置(Z座標)を求める。
そして、入力した各小区画の画像をこれと隣接する小区画の画像と結合する。この画像入力処理および画像結合処理を、フォーカスマップ50に登録された全小区画に対して完了するまで繰り返すことで、高倍率の対物レンズ3bを用いた高精細な顕微鏡画像を相互に結合した、広視野かつ高精細な顕微鏡画像である高精細VS画像の作成が完了する。作成された高精細VS画像は全体VS画像と位置情報が関連づけられて、データ記録部34に画像データファイルとして格納される(ステップS160)。
ステップS100のスライドガラス標本40の全体像を取得する処理では、蛍光標識した標本Aは未励起状態では透明であり、通常の明視野観察では標本Aの位置を確認できない。
続いて、シェーディング補正処理の概要について図6〜図8を用いて説明する。
シェーディング補正処理としては、校正用試料を用いずに、観察対象および測定対象の標本A自体を用いて、所定の位置を視野中心で撮像した場合と視野周辺で撮像した場合の明るさの変化に基づいて、シェーディング補正用データ(以下、補正ゲインデータという。)を求める方法を用いることとし、その概要について図6を用いて以下で説明する(特許文献6参照。)。
図6に示すように、基準視野画像500とその周辺視野画像501を4枚、計5枚の標本Aの画像を撮像する。そして、基準視野画像500と1つの周辺視野画像501とを用いて、図6(F)に示す9区画のうち、2区画のシェーディング補正データを算出できる。
取得された標本Aの顕微鏡画像のシェーディング補正(ムラ除去)は、撮像画像データに補正ゲインデータを乗算することにより行われる。
2視野画像方式では、(N×N+1)/2で求まる回数(本実施形態では、分割数N=3なので、5回)の校正用画像データの取得で済み、撮像回数が少ないことが特徴である。反面、図7に示すように、中央区画Eを含んだ隣接5区画(上記と同様な計算式で求まる)で、なるべく一様な輝度情報を有し、かつ、情報欠落部位が少なければならないという制約が生じる。
この中央1/N方式は、図8(A)に示すように、基準視野画像500の中央領域502に該当する標本A上の領域のみを補正ゲインデータを求めるための評価領域とする方式である。
続いて、本実施形態のシェーディング補正(校正)用に用いる画像データを取得する方法について説明する。対象標本領域の決定方法としては、以下に示す3種類の方法がある。
(1)Scan領域を決定するために参照するナビ(低倍)画像から決定する(既存VS画像利用方式)。
(2)VS画像生成前のフォーカスマップ作成時のプレスキャン画像から決定する(プレスキャン方式)。
(3)VS画像生成用の隣接部位結合前の原画像から決定する(VS原画像利用方式)。
(B)透過明視野標本または蛍光標本において、Scan領域44bの高精細VS画像を生成する場合で、同一観察法で生成済みのScan領域44aの高精細VS画像を利用する場合。
更に、補正ゲインデータが作成できなかった場合には、他標本または校正用標本で以前に作成して、データ記録部34に保存されているVS画像の取得条件(観察法、対物レンズ、光学キューブ等)が同じ条件の補正ゲインデータを流用してもよい。
校正用画像取得部位を決定するための第一の方法である、既存VS画像利用方式について、図10を用いて以下に説明する。
まず、観察法に応じて処理を振り分ける(ステップS300,S301)。この観察法は図3に示すVS画像構築処理のステップS104において決定される。
続いて、観察法に応じてシェーディング補正データ取得方式を決定する。すなわち、観察法が落射暗視野観察および蛍光観察である場合には、「中央1/N方式」が選択され(ステップS310,S311)、その他の観察では「2視野画像方式」が選択される(ステップS312)。
優先領域の検索の結果、適切な標本部位が見つかった場合には処理を終了し(ステップS323〜S325)、見つからなかった場合には、優先領域以外の領域で検索を行う(ステップS330〜S332)。
例えば、透過明視野標本において、図2に示すScan領域44aの高精細VS画像を構築する場合で、ステップS100で生成した全体VS画像を利用する場合を例に挙げて説明する。
W=(Width/N)×(Mag1/Mag2) (1)
H=(Hight/N)×(Mag1/Mag2) (2)
W:小区画の横方向(X方向)の画素数、
H:小区画の縦方向(Y方向)の画素数、
Width:TVカメラ3の横方向(X方向)の画素数、
Hight:TVカメラ3の縦方向(Y方向)の画素数、
N:シェーディング補正処理で用いる撮像画像1視野の分割数、
Mag1:既存VS画像作成時に使用した対物レンズの倍率、
Mag2:作成予定のVS画像作成時に使用する対物レンズの倍率
である。
そして、適切な部位が存在しない場合は、図2に示す全体VS画像内の標本領域42内で上記検索処理範囲を除いた領域を検索する。検索処理については同じなので省略する。
例えば、蛍光標本において、図2に示すScan領域44bの高精細VS画像を生成する場合で、同一観察法で生成済みのScan領域44aの高精細VS画像を利用する場合である。すなわち、観察法を蛍光として10倍の対物レンズを用いてScan領域44aの高精細VS画像を作成し、同一観察法で40倍の対物レンズを用いてScan領域44bの高精細VS画像を作成する場合である。
小区画のサイズは、前述の式を当てはめてW=H=(1200/3)×(10/40)=100画素となる。そして、検索は、1区画のみの適格領域を求めればよいので、「2視野画像方式」と比較すると検索方法は単純であり、説明は省略する。
なお、小区画領域を式(1),(2)を用いて求めたが、さらに細分化することにより検索精度を高めることが可能である。例えば、蛍光の例で、小区画サイズを更に1/4の25画素に設定し、4×4の領域全体で評価する。検索する際は、1区画送りになるので、より精度よく適格部位を検索することが可能となる。また、「2視野画像方式」でも同様に小区画領域を細分化することが可能である。
また、蛍光観察では、標本Aの褪色を考慮すると、校正用画像の取得回数が少ない「2視野画像方式」が望ましい。そこで、最初に「2視野画像方式」で領域検索して適格部位が見つかった場合には、「2視野画像方式」で校正用の画像データを取得して補正ゲインデータを算出することにしてもよい。
また、「2視野画像方式」に合致する方法で最初にVS画像上の検索を実行して適格領域を求められなかった場合には、「中央1/N方式」に合致する方法でVS画像上を再検索することにしてもよい。
校正用画像取得部位を決定するための第二の方法である、プレスキャン方式について、図12を用いて以下に説明する。
プレスキャン方式は、任意に選択した複数部位から選択した標本A上の領域において作成予定のVS画像の取得条件で標本画像をサンプリング取得した画像を基に、校正用画像を取得するための標本部位を決定するものであり、どの画像を用いて領域検索を行うかが、前述の既存VS画像利用方式と基本的に異なる。観察法に基づいたシェーディング補正データ取得方式の決定は同様に行われる。
なお、蛍光観察の場合は、「中央1/N方式」が選択され、校正用画像取得部位を含め近傍領域でN×N回(本実施形態では9回)の画像取得が行われるので、蛍光の褪色が影響する場合がある。そこで、図8(A)〜(I)に示すように中央1カ所+その8近傍部位で画像を取得するのではなく、校正用画像の基準視野画像500を取得する部位を複数に分散することにより、同一標本部位への励起光照射時間を削減し、退色の影響を軽減することが出来る。
VS原画像利用方式は、基本的にプレスキャン方式と同様な処理となるので、校正用画像取得部位の決定方法についての説明は省略する。
プレスキャン方式が任意のサンプリングポイントで取得した画像を評価対象とするのに対して、VS原画像利用方式は、VS画像を作成するためにScan範囲内で取得した全画像が評価対象となる。したがって、サンプリングポイントの抽出が不適切なことに起因する校正用画像データ取得領域の検索エラー(適格領域が見つからない)を低減することができる。
病理診断においては、1つの検体包埋ブロックから連続的に薄切を行い、図13に示すように1枚のスライドガラス38上に複数の標本Aを載置するケースがある。また、生検による小型検体の場合では、複数の包埋ブロックから薄切した標本Aを同一スライドガラス38上に載置して診断を効率的に行えるようにする場合もある。すなわち、異なる複数の標本Aが1枚のスライドガラス38上に載置されるので、それぞれの標本Aに応じたシェーディング補正を行うことが望ましい。
したがって、図3に示すVS画像構築処理フローのステップS104で透過明視野法を選択し、ステップS110の対物レンズ選択で倍率20倍の対物レンズを選択する。また、ステップS120のScan範囲選択処理で、標本領域42の外接矩形間に所定以上(例えば2mm以上)の距離があれば別標本として判断し、標本領域42毎にScan領域を設定すれば、各々のScan領域でVS画像を構築することになる。透過明視野観察の場合には、Scan領域内で優先的にシェーディング補正データが算出されるので、各々の標本Aに応じたムラ補正が自動に行えるようになる。
図14(A)に例示するような標本サーチ範囲41をほぼ占有するような大きな標本Aの全体について高倍率でVS画像を作成する場合、すなわち、所定値以上の高さまたは幅を有するScan領域のVS画像を作成する場合には、電動ステージ2の移動量が大きくなることで光軸と標本Aとの直交度が変化することに起因するムラが生じる場合がある。
G=Σ(Gi/Li)/Σ(1/Li)
により求められる。
2 電動ステージ(移動手段)
3a,3b 対物レンズ
7 レボルバ(倍率変更手段)
24 カメラ(撮像手段)
30 ホストシステム(VS画像生成手段、補正用領域探索手段、補正データ生成手段、シェーディング補正手段、高倍VS画像領域指定手段)
42 標本領域
A 標本
Claims (14)
- 標本からの光を集光する対物レンズと、
該対物レンズにより集光された光を撮影する撮像手段と、
前記標本と前記対物レンズとを光軸に直交する方向に相対的に移動させる移動手段と、
該移動手段により前記対物レンズと前記標本とを相対的に移動させつつ前記撮像手段により取得された複数枚の顕微鏡画像群を相互に結合してなるバーチャルスライド画像を生成するVS画像生成手段と、
シェーディング補正データ作成用の補正用画像を取得する補正用領域を探索する補正用領域探索手段と、
該補正用領域探索手段によって探索された前記補正用領域について前記撮像手段により補正用画像を取得させ、取得された補正用画像に基づいてシェーディング補正データを生成する補正データ生成手段と、
該補正データ生成手段により生成されたシェーディング補正データを用いて、前記顕微鏡画像のシェーディングを補正するシェーディング補正手段とを備える顕微鏡システム。 - 前記補正データ生成手段が、前記VS画像生成手段による前記バーチャルスライド画像が生成される都度に、シェーディング補正データを生成する請求項1に記載の顕微鏡システム。
- 倍率を切り替える倍率変更手段と、
低倍率の顕微鏡画像群から生成された低倍バーチャルスライド画像を用いて、より高倍率の高倍バーチャルスライド画像を構築する標本領域を指定する高倍VS画像領域指定手段とを備え、
前記VS画像生成手段が、前記高倍VS画像領域指定手段により指定された標本領域について、前記高倍バーチャルスライド画像を生成する請求項1または請求項2に記載の顕微鏡システム。 - 前記補正用領域探索手段が、前記低倍バーチャルスライド画像から前記高倍バーチャルスライド画像のシェーディングを補正するための前記補正用領域を探索する請求項3に記載の顕微鏡システム。
- 前記補正用領域探索手段が、前記低倍バーチャルスライド画像から複数の候補領域を決定し、決定された複数の前記候補領域について、前記高倍バーチャルスライド画像用の顕微鏡画像を取得する倍率で前記撮像手段により画像を取得させ、取得された画像からシェーディング補正に適した画像情報を有する前記候補領域を前記補正用領域として選択する請求項3に記載の顕微鏡システム。
- 前記補正用領域探索手段が、前記低倍バーチャルスライド画像を構築する標本領域内、かつ、前記高倍バーチャルスライド画像を構築する標本領域外の領域から、前記高倍バーチャルスライド画像のシェーディングを補正するための前記補正用領域を探索する請求項3から請求項5のいずれかに記載の顕微鏡システム。
- 前記補正用領域探索手段が、バーチャルスライド画像生成用の顕微鏡画像群からシェーディング補正に適した画像情報を有する標本領域を前記補正用領域として選択する請求項1から請求項3のいずれかに記載の顕微鏡システム。
- 前記補正データ生成手段が、前記補正用領域内を複数区画に分割し、各区画の大きさ分だけずらして取得された複数の補正用画像間で、異なる2区画間の輝度値の比率によりシェーディング補正データを生成する請求項1から請求項7のいずれかに記載の顕微鏡システム。
- 前記補正データ生成手段は、各前記区画の輝度値が所定の閾値より大きいときに、取得する補正用画像の数がより少ないシェーディング補正データの生成方式を選択する請求項8に記載の顕微鏡システム。
- 前記補正データ生成手段が、観察法に応じて前記生成方式を選択する請求項9に記載の顕微鏡システム。
- 前記高倍VS画像領域指定手段が、前記低倍バーチャルスライド画像を用いて、高倍バーチャルスライド画像を構築する複数の標本領域を指定し、
前記シェーディング補正手段が、前記標本領域毎に、前記顕微鏡画像のシェーディングを補正する請求項3に記載の顕微鏡システム。 - 前記補正用領域探索手段が、複数の前記補正用領域を探索し、
前記補正データ生成手段が、探索された複数の前記補正用領域において、異なる区画のシェーディング補正部分データを生成し、生成されたシェーディング補正部分データを組み合わせてシェーディング補正データを生成する請求項8に記載の顕微鏡システム。 - 前記補正用領域探索手段が、複数の前記補正用領域を探索し、
前記補正データ生成手段が、探索された複数の前記補正用領域についてそれぞれ取得された補正用画像の輝度値を平均して得られた複数の平均補正用画像間で、異なる2区画間の輝度値の比率によりシェーディング補正データを生成する請求項8に記載の顕微鏡システム。 - 前記補正用領域探索手段が、複数の前記補正用領域を探索し、
前記補正データ生成手段が、探索された複数の前記補正用領域についてそれぞれシェーディング補正データを生成し、該シェーディング補正データが生成されていない標本領域については、近傍の補正用領域との距離に基づいて補間することによりシェーディング補正データを生成する請求項8に記載の顕微鏡システム。
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