JP2015520385A5

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Publication number: JP2015520385A5
Application number: JP2015516253A
Authority: JP
Filing date: 2013-06-07
Publication date: 2016-07-07
Anticipated expiration: 2033-06-07

Claims

以下の工程を含む方法：
アプタマーを第１の固体支持体に曝露する工程、ここで、アプタマーは第一のタグを含み、第１の固体支持体は第一の補足要素を含み、第一のタグは第１の捕捉要素に対する親和性を有する；
第１のタグを第１の捕捉要素と会合させる工程；
凝集したアプタマーを解離させる１つ以上の溶液で第１の固体支持体を洗浄する工程；
アプタマーを試験試料と接触させる工程、ここで、標的分子が試験試料中に存在する場合、アプタマー−標的親和性複合体が形成される；
第１の固体支持体と会合していない１つ以上の成分を除去する工程；
第２のタグを、アプタマー−標的親和性複合体中の標的分子に付着させる工程、ここで、第２のタグは第２の捕捉要素に対する親和性を有する；
前記第１の固体支持体からアプタマー−標的親和性複合体を放出させる工程；
放出されたアプタマー−標的親和性複合体を、第２の捕捉要素を含む第２の固体支持体に曝露し、第２のタグを前記第２の捕捉要素と会合させる工程；
第２の固体支持体と会合していない１つ以上の成分を除去する工程；および
カオトロピック塩を含む１つ以上の緩衝化された溶液で第２の固体支持体からアプタマーを溶出する工程。
以下の工程を含む方法：
アプタマーを試験試料と接触させる工程、ここで、標的分子が試験試料中に存在する場合、アプタマー−標的親和性複合体が形成され、アプタマーは第一の固体支持体上に固定され、凝集したアプタマーを解離させる１つ以上の溶液で洗浄される；
第一の固体支持体と会合していない１つ以上の成分を除去する工程；
第２のタグを、アプタマー−標的親和性複合体中の標的分子に付着させる工程、ここで、第２のタグは第２の捕捉要素に対する親和性を有する；
前記第１の固体支持体からアプタマー−標的親和性複合体を放出させる工程；
放出されたアプタマー−標的親和性複合体を、第２の捕捉要素を含む第２の固体支持体に曝露し、第２のタグを前記第２の捕捉要素と会合させる工程；
第２の固体支持体と会合していない１つ以上の成分を除去する工程；および
カオトロピック塩を含む１つ以上の溶液で第２の固体支持体からアプタマーを溶出する工程。
前記アプタマー−標的親和性複合体のアプタマー部分を検出する工程をさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
アプタマーを定量化することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
アプタマーを第３の固体支持体にハイブリダイズさせることによりアプタマーを検出することをさらに含み、第３の固体支持体は複数のアドレス可能な特徴を含み、前記特徴のうちの少なくとも１つは、その上に配置された、前記アプタマー内に含有されるいずれかの配列に相補的な捕捉要素を含む、請求項２に記載の方法。
アプタマーが、Ｑ−ＰＣＲ、ＭＳ、次世代シーケンシング、およびハイブリダイゼーションからなる群から選択される方法を用いて検出され、任意選択的に定量化される、請求項２に記載の方法。
１つ以上の溶液のｐHが約１１である、請求項１または２に記載の方法。
１つ以上の緩衝溶液のｐHが中性である、請求項１または２に記載の方法。
前記カオトロピック塩は、過塩素酸ナトリウム、塩化リチウム、塩化マグネシウム、および塩化ナトリウムからなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
前記緩衝溶液のうちの１つ以上は、有機溶媒を含む、請求項１または２に記載の方法。
前記有機溶媒は、グリセロールである、請求項１０に記載の方法。
アプタマー−標的親和性複合体の解離速度（ｔ _１／２）は、３０分以上、６０分以上、９０分以上、１２０分以上、１５０分以上、１８０分以上、２１０分以上、および２４０分以上からなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
アプタマーが検出可能な部分を含み、該検出可能な部分は、色素、量子ドット、放射標識、電気化学的官能基、ならびに酵素および検出可能な酵素基質からなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
アプタマーが、少なくとも１つのＣ−５修飾ヌクレオチドを含む、請求項１または２に記載の方法。
アプタマーが、リボース位置、デオキシリボース位置、ホスフェート位置、塩基位置から独立して選択される１つ以上の位置における化学置換、２’位糖修飾、２’−アミノ（２’−ＮＨ _２）、２’−フルオロ（２’−Ｆ）、２’−Ｏ−メチル（２’−ＯＭｅ）、５位ピリミジン修飾、８位プリン修飾、シトシン環外アミンにおける修飾、５−ブロモウラシルの置換、５−ブロモデオキシウリジンの置換、５−ブロモデオキシシチジンの置換、主鎖修飾、メチル化、３’キャップ、および５’キャップからなる群から選択される、少なくとも１つの化学修飾を含む、請求項１または２に記載の方法。
前記標的分子は、タンパク質、ペプチド、炭水化物、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝物、遷移状態類似体、補因子、阻害剤、薬物、色素、栄養素、増殖因子、組織、および制御基質からなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
前記試験試料は、血液、全血、白血球、末梢血単核細胞、血漿、血清、痰、息、尿、精液、唾液、髄膜液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引液、気管支吸引液、滑液、関節吸引液、細胞、細胞抽出物、糞便、組織、組織抽出物、組織生検、および脳脊髄液からなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
第１のタグによりアプタマーが第一の固体支持体上に固定される、請求項２に記載の方法。
前記第１のタグおよび前記第２のタグは、各々、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、Ｅｘｔｒａｖｉｄｉｎ、ニュートラビジン、Ｔｒａｐｔａｖｉｄｉｎ、金属、ヒスチジン、およびこれらの構造のいずれかの任意の部分からなる群から独立して選択される少なくとも１つの成分を含む、請求項１または１８に記載の方法。
前記第１の捕捉要素は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、Ｅｘｔｒａｖｉｄｉｎ、ニュートラビジン、Ｔｒａｐｔａｖｉｄｉｎ、金属、ヒスチジン、およびこれらの構造のいずれかの任意の部分から独立して選択される少なくとも１つの成分を含む、請求項１に記載の方法。
前記第２の捕捉要素は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、Ｅｘｔｒａｖｉｄｉｎ、ニュートラビジン、Ｔｒａｐｔａｖｉｄｉｎ、金属、ヒスチジン、およびこれらの構造のいずれかの任意の部分から独立して選択される少なくとも１つの成分を含む、請求項１または２に記載の方法。
前記第１のタグは、放出可能な部分を含む、請求項１または１８に記載の方法。
前記放出可能な部分は、光切断可能な部分を含む、請求項２２に記載の方法。
前記第１の固体支持体および第２の固体支持体は、各々、ポリマービーズ、アガロースビーズ、ポリスチレンビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、制御孔ビーズ、マイクロタイターウェル、シクロ−オレフィンコポリマー基質、膜、プラスチック基質、ナイロン、Ｌａｎｇｍｕｉｒ−Ｂｌｏｄｇｅｔｔフィルム、ガラス、ゲルマニウム基質、シリコン基質、シリコンウエハチップ、フロースルーチップ、マイクロビーズ、ナノ粒子、ポリテトラフルオロエチレン基質、ポリスチレン基質、ガリウムヒ素基質、金基質、および銀基質からなる群から独立して選択される、請求項１または２に記載の方法。
方法が複数のアプタマーをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
キットであって、
ａ）１つ以上のアプタマー、ここで、該１つ以上のアプタマーの各々が、１つ以上の標的に対する特異的な親和性を有する；
ｂ）１つ以上の固体支持体；
ｃ）１つ以上の分配試薬；
ｄ）アプタマー−標的親和性複合体からのアプタマーの放出のための１つ以上の試薬；
ｅ）有機溶媒を含む１つ以上の緩衝溶液；および
ｆ）カオトロピック塩を含む１つ以上の緩衝溶液、を備える、キット。
前記有機溶媒は、グリセロールである、請求項２６に記載のキット。
前記カオトロピック塩は、過塩素酸ナトリウムである、請求項２６に記載のキット。
前記１つ以上のアプタマーの切断可能な部分を切断するための試薬をさらに備える、請求項２６に記載のキット。