JP2015500027A - 呼吸器感染症アッセイ - Google Patents
呼吸器感染症アッセイ Download PDFInfo
- Publication number
- JP2015500027A JP2015500027A JP2014545362A JP2014545362A JP2015500027A JP 2015500027 A JP2015500027 A JP 2015500027A JP 2014545362 A JP2014545362 A JP 2014545362A JP 2014545362 A JP2014545362 A JP 2014545362A JP 2015500027 A JP2015500027 A JP 2015500027A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- acid sequence
- seq
- probe
- sequence identity
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000003556 assay Methods 0.000 title description 55
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 title description 5
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 title description 5
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 title 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 578
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 363
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 140
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 140
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 72
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 66
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims abstract description 31
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 claims abstract description 26
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 10
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 428
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 34
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 34
- 238000007689 inspection Methods 0.000 claims description 8
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 4
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 abstract description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 abstract description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 22
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 19
- 208000037797 influenza A Diseases 0.000 description 17
- 238000007837 multiplex assay Methods 0.000 description 14
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 10
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 10
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 9
- 241000342334 Human metapneumovirus Species 0.000 description 8
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 8
- 230000002391 anti-complement effect Effects 0.000 description 8
- 108010008730 anticomplement Proteins 0.000 description 8
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 8
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 description 7
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 7
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 7
- 230000001932 seasonal effect Effects 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 241000709744 Enterobacterio phage MS2 Species 0.000 description 5
- 241000726041 Human respirovirus 1 Species 0.000 description 5
- 108090000621 Ribonuclease P Proteins 0.000 description 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 5
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 5
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 5
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 5
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 5
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 4
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- PGZUMBJQJWIWGJ-ONAKXNSWSA-N oseltamivir phosphate Chemical compound OP(O)(O)=O.CCOC(=O)C1=C[C@@H](OC(CC)CC)[C@H](NC(C)=O)[C@@H](N)C1 PGZUMBJQJWIWGJ-ONAKXNSWSA-N 0.000 description 4
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 4
- 229940061367 tamiflu Drugs 0.000 description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 4
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 3
- 241000124740 Bocaparvovirus Species 0.000 description 3
- 208000003322 Coinfection Diseases 0.000 description 3
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 241000712003 Human respirovirus 3 Species 0.000 description 3
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 3
- 241000725643 Respiratory syncytial virus Species 0.000 description 3
- 102000004167 Ribonuclease P Human genes 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 description 3
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 3
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 3
- 241000712461 unidentified influenza virus Species 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- 241001445332 Coxiella <snail> Species 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 241000598171 Human adenovirus sp. Species 0.000 description 2
- 241001559187 Human rubulavirus 2 Species 0.000 description 2
- 241001559186 Human rubulavirus 4 Species 0.000 description 2
- 241000713196 Influenza B virus Species 0.000 description 2
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 238000007397 LAMP assay Methods 0.000 description 2
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 2
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 2
- 208000002606 Paramyxoviridae Infections Diseases 0.000 description 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 2
- 208000037798 influenza B Diseases 0.000 description 2
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 2
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 2
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 2
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- LLTDOAPVRPZLCM-UHFFFAOYSA-O 4-(7,8,8,16,16,17-hexamethyl-4,20-disulfo-2-oxa-18-aza-6-azoniapentacyclo[11.7.0.03,11.05,9.015,19]icosa-1(20),3,5,9,11,13,15(19)-heptaen-12-yl)benzoic acid Chemical compound CC1(C)C(C)NC(C(=C2OC3=C(C=4C(C(C(C)[NH+]=4)(C)C)=CC3=3)S(O)(=O)=O)S(O)(=O)=O)=C1C=C2C=3C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 LLTDOAPVRPZLCM-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 206010003757 Atypical pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 201000001178 Bacterial Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 description 1
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 description 1
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009015 Human TaqMan MicroRNA Assay kit Methods 0.000 description 1
- 241000711467 Human coronavirus 229E Species 0.000 description 1
- 241000482741 Human coronavirus NL63 Species 0.000 description 1
- 241001428935 Human coronavirus OC43 Species 0.000 description 1
- 241000711920 Human orthopneumovirus Species 0.000 description 1
- 241000589248 Legionella Species 0.000 description 1
- 208000007764 Legionnaires' Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000701076 Macacine alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 1
- 241000351643 Metapneumovirus Species 0.000 description 1
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 description 1
- 208000001572 Mycoplasma Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 description 1
- 201000008235 Mycoplasma pneumoniae pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 241000287531 Psittacidae Species 0.000 description 1
- -1 R-phycoerythrin Chemical compound 0.000 description 1
- 241000315672 SARS coronavirus Species 0.000 description 1
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical compound [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000010382 chemical cross-linking Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 239000003431 cross linking reagent Substances 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000010460 detection of virus Effects 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 238000003771 laboratory diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002627 tracheal intubation Methods 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 244000052613 viral pathogen Species 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
Abstract
本発明は、リアルタイムＰＣＲ及び別々のウェル中に検出プローブを有する検査カードを使用して、生体試料を呼吸器感染症原因微生物の存在についてスクリーニングするための核酸産物、及び対応する方法を提供する。
Description
本発明は、生体試料を呼吸器感染症原因微生物の存在についてスクリーニングするための核酸産物、及び対応する方法に関する。
呼吸器感染症は、世界的にヒト疾患の最も一般的な原因の１つである（Murray and Lopez (1997) - Lancet, 349, pages 1269-1276を参照されたい）。障害をきたした個体（心臓系、肺系、免疫系）、高齢者及び乳児は特に、重篤な合併症を発症するリスクがある。歴史的に、呼吸器感染症の迅速な検査室診断が一連のマルチプレックス化されたリアルタイム（ＲＴ，Real-Time）ＰＣＲ ＴａｑＭａｎアッセイによって実施されてきた。しかし、このマルチプレックス化された手法に付随する重要な問題は、並行してスクリーニングアッセイを調製し、実行し、モニターする必要があることである。これは、実施される各アッセイにより、単一のアッセイと比べて消耗費用が倍加し、これらのアッセイを実施するために使用する費用のかかる設備の摩損に関して追加的な運用負担がかかるので、望ましくない財政的負担を示す。前記マルチプレックス化された手法では、多数のアッセイを実施することに付随して追加的な時間及び人的資源の負担も課される。
Murray and Lopez (1997) - Lancet, 349, pages 1269-1276
したがって、より効率的なスクリーニング系が必要とされている。
本発明は、単一の単離された試料中に多数の呼吸器感染症原因微生物が存在するかしないかを検出するための単純な１段階アッセイ（すなわちシングルプレックス形式）を実現することによって上記の問題のうちの１又は２以上を解決する。
より詳細には、本発明は、試料中に少なくとも６種の呼吸器感染症原因微生物のうちの１又は２以上が存在することを検出するため、又は前記試料中に前記微生物が存在しないことを検出するための方法であって、
Ａ）試料を検査カードにアプライするステップであって、前記検査カードが６つの個別のウェル：
１）核酸配列GGCAATGCWG（配列番号１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１のプローブを含む第１のウェル；
２）核酸配列GAYGGGACCR（配列番号２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２のプローブを含む第２のウェル；
３）核酸配列CACCAGACAC（配列番号３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３のプローブを含む第３のウェル；
４）核酸配列GGTCATTGGR（配列番号４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４のプローブを含む第４のウェル；
５）核酸配列CACTGGGCAC（配列番号５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第５のプローブを含む第５のウェル；
６）核酸配列RGTGTTCATT（配列番号６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第６のプローブを含む第６のウェル
を含むステップと、
Ｂ）前記試料中に存在する核酸を前記ウェル中のプローブと接触させるステップと、
Ｃ）試料核酸が前記プローブのうちの１又は２以上に結合した結合核酸複合体の存在を検出するステップであって、
Ｄ）結合核酸複合体が存在することにより、前記６種の呼吸器感染症原因微生物のうちの１又は２以上由来の核酸が前記試料中に存在することが確認され、結合核酸複合体が存在しないことにより、前記６種の呼吸器感染症原因微生物の全て由来の核酸が前記試料中に存在しないことが確認されるステップと
を含む方法を提供する。
Ａ）試料を検査カードにアプライするステップであって、前記検査カードが６つの個別のウェル：
１）核酸配列GGCAATGCWG（配列番号１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１のプローブを含む第１のウェル；
２）核酸配列GAYGGGACCR（配列番号２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２のプローブを含む第２のウェル；
３）核酸配列CACCAGACAC（配列番号３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３のプローブを含む第３のウェル；
４）核酸配列GGTCATTGGR（配列番号４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４のプローブを含む第４のウェル；
５）核酸配列CACTGGGCAC（配列番号５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第５のプローブを含む第５のウェル；
６）核酸配列RGTGTTCATT（配列番号６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第６のプローブを含む第６のウェル
を含むステップと、
Ｂ）前記試料中に存在する核酸を前記ウェル中のプローブと接触させるステップと、
Ｃ）試料核酸が前記プローブのうちの１又は２以上に結合した結合核酸複合体の存在を検出するステップであって、
Ｄ）結合核酸複合体が存在することにより、前記６種の呼吸器感染症原因微生物のうちの１又は２以上由来の核酸が前記試料中に存在することが確認され、結合核酸複合体が存在しないことにより、前記６種の呼吸器感染症原因微生物の全て由来の核酸が前記試料中に存在しないことが確認されるステップと
を含む方法を提供する。
出願人が対処した１つの重要な先行技術の問題は、アッセイ条件の単一セット（すなわちシングルプレックス形式）において相互に適合する（すなわち正確な結合特異性を保持する）頑強なプローブのセットを提供することである。本発明の方法に伴う１つの特定の利点はスピードである。例として、本発明の方法は、通常２．５時間以内、好ましくは２時間又は１．５時間以内に完了する。対照的に、現行のマルチプレックスアッセイでは、通常少なくとも４〜５時間、通常少なくとも５時間かかる。
本発明のユニプレックス（別名シングルプレックス）アッセイ方法に伴う別の利点は、感度が増大し、それにより、単に試料中に特定の病原体が存在するかしないかを決定することに加えて、試料中の微生物（例えば、ウイルス負荷及び／又は細菌負荷）を定量的に検出することが可能になることである。
試料中の微生物（例えば、ウイルス及び細菌）を、各微生物標的についての負荷較正に供すことができる。これにより、試料中の各微生物の特異的な負荷を定量化することが可能になる。有利に、本発明のこの特徴により、多数の微生物が存在する試料中で優勢な微生物（複数可）を決定することが可能になる。例えば、本発明のユニプレックスアッセイ方法により、多数のウイルスが存在する試料中で優勢なウイルスを確認することが可能になる。さらに、本発明の方法により、試料中のウイルスを経時的に定量的に検出することが可能になり、これは、特定のウイルスのウイルス負荷が変動する場合に特に有用である。
さらに、現行の系では膜上で実施するハイブリダイゼーションを用いるが、本発明のアッセイ方法は、クローズド（例えば滅菌された）システムで行い、したがってコンタミネーションの可能性が低下し、これにより別の利点がもたらされる。
プローブ１〜６により、それぞれ、
１）呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ Ａ及びＢ）；
２）ライノウイルス；
３）ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）；
４）Ｂ型インフルエンザ（Ｆｌｕ Ｂ Ｑｕａｄ）；
５）Ａ型インフルエンザ（Ｆｌｕ Ａ ＣＤＣ ＤＣ）；及び
６）Ａ型インフルエンザ亜型Ｈ５（Ｈ５ ＦＲＥＴ）
を高感度で検出することが可能になる。
１）呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ Ａ及びＢ）；
２）ライノウイルス；
３）ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）；
４）Ｂ型インフルエンザ（Ｆｌｕ Ｂ Ｑｕａｄ）；
５）Ａ型インフルエンザ（Ｆｌｕ Ａ ＣＤＣ ＤＣ）；及び
６）Ａ型インフルエンザ亜型Ｈ５（Ｈ５ ＦＲＥＴ）
を高感度で検出することが可能になる。
したがって、上で定義されている方法は、前記呼吸器感染症原因微生物のうちの任意の１又は２以上をユニプレックス（別名シングルプレックス）アッセイ形式で検出するための迅速なアッセイを提供する。同様に、前記方法は、前記呼吸器感染症原因微生物の全てが試料中に存在しないことを単一の（ユニプレックス）アッセイで確認するための迅速なアッセイを提供する。ユニプレックスアッセイとは、多数の個々の検出ウェルアッセイのそれぞれを同じアッセイ条件下で、及び／又は実質的に同時に実施することを意味する。使用時に、単一の試料を検査カードにアプライし、次いで、その試料を各検査ウェル中に投入する。
一実施形態では、該方法は、
７）核酸配列TTTCCAGGGG（配列番号７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第７のプローブを含む第７のウェル；
８）核酸配列CCGCAAGTCA（配列番号８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第８のプローブを含む第８のウェル；
９）核酸配列TTGCCTGGTG（配列番号９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第９のプローブを含む第９のウェル；
１０）核酸配列TAARGTAGGT（配列番号１０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１０のプローブを含む第１０のウェル；
１１）核酸配列CGGCRTCATY（配列番号１１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１１のプローブを含む第１１のウェル；
１２）核酸配列ATARTGRTAA（配列番号１２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１２のプローブを含む第１２のウェル；
１３）核酸配列ATAGTAATAA（配列番号１３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１３のプローブを含む第１３のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
７）核酸配列TTTCCAGGGG（配列番号７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第７のプローブを含む第７のウェル；
８）核酸配列CCGCAAGTCA（配列番号８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第８のプローブを含む第８のウェル；
９）核酸配列TTGCCTGGTG（配列番号９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第９のプローブを含む第９のウェル；
１０）核酸配列TAARGTAGGT（配列番号１０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１０のプローブを含む第１０のウェル；
１１）核酸配列CGGCRTCATY（配列番号１１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１１のプローブを含む第１１のウェル；
１２）核酸配列ATARTGRTAA（配列番号１２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１２のプローブを含む第１２のウェル；
１３）核酸配列ATAGTAATAA（配列番号１３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１３のプローブを含む第１３のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
一実施形態では、検査カードは、前記第７〜第１３のウェル（それに加えて、対応するプローブ）のうちの２若しくは３以上、３若しくは４以上、４若しくは５以上、５若しくは６以上、６若しくは７以上、又は７全てを含んでよい。
プローブ７〜１３により、それぞれ、
７）ヒトパラインフルエンザウイルス１型（ＨＰＩＶ１）；
８）ヒトパラインフルエンザウイルス２型（ＨＰＩＶ２）；
９）ヒトパラインフルエンザウイルス３型（ＨＰＩＶ３）；
１０）ヒトパラインフルエンザウイルス４型（ＨＰＩＶ４）；
１１）ヒトアデノウイルス＃２；
１２）Ａ型インフルエンザＨ１ ２００９タミフル感受性；及び
１３）Ａ型インフルエンザＨ１ ２００９タミフル抵抗性
を高感度で検出することが可能になる。
７）ヒトパラインフルエンザウイルス１型（ＨＰＩＶ１）；
８）ヒトパラインフルエンザウイルス２型（ＨＰＩＶ２）；
９）ヒトパラインフルエンザウイルス３型（ＨＰＩＶ３）；
１０）ヒトパラインフルエンザウイルス４型（ＨＰＩＶ４）；
１１）ヒトアデノウイルス＃２；
１２）Ａ型インフルエンザＨ１ ２００９タミフル感受性；及び
１３）Ａ型インフルエンザＨ１ ２００９タミフル抵抗性
を高感度で検出することが可能になる。
したがって、上で定義されている方法は、前記呼吸器感染症原因微生物のうちの任意の１又は２以上をユニプレックス形式アッセイで検出するための迅速なアッセイを提供する。同様に、前記方法は、前記呼吸器感染症原因微生物の全てが試料中に存在しないことをユニプレックス形式アッセイで確認するための迅速なアッセイを提供する。
一実施形態では、該方法は、
１４）核酸配列TACTGTGACA（配列番号１４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１４のプローブを含む第１４のウェル；
１５）核酸配列YRGCGGAACC（配列番号１５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１５のプローブを含む第１５のウェル；
１６）核酸配列TAACGAGTGT（配列番号１６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１６のプローブを含む第１６のウェル；
１７）核酸配列CGAATGAATG（配列番号１７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１７のプローブを含む第１７のウェル；
１８）核酸配列YTCTAAGCAT（配列番号１８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１８のプローブを含む第１８のウェル；
１９）核酸配列TTCTAAGCAT（配列番号１９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１９のプローブを含む第１９のウェル；
２０）核酸配列GAGTAYCTSA（配列番号２０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２０のプローブを含む第２０のウェル；
２１）核酸配列ACTGCATCCG（配列番号２１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２１のプローブを含む第２１のウェル；
２２）核酸配列TGTCACCTCT（配列番号２２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２２のプローブを含む第２２のウェル；
２３）核酸配列AGTGTGTYAC（配列番号２３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２３のプローブを含む第２３のウェル；
２４）核酸配列GAATTTCTGG（配列番号２４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２４のプローブを含む第２４のウェル；
２５）核酸配列TTGCCGGATG（配列番号２５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２５のプローブを含む第２５のウェル；
２６）核酸配列CAGCAACTGT（配列番号２６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２６のプローブを含む第２６のウェル
２７）核酸配列TGCTCCAGAA（配列番号２７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２７のプローブを含む第２７のウェル；
２８）核酸配列TNGCCATTGY（配列番号２８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２８のプローブを含む第２８のウェル；
２９）核酸配列GTYCCGTGRA（配列番号２９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２９のプローブを含む第２９のウェル；
３０）核酸配列CTGGARTCTG（配列番号３０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３０のプローブを含む第３０のウェル；
３１）核酸配列CRACTGTGTC（配列番号３１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３１のプローブを含む第３１のウェル；
３２）核酸配列GTGTCACCGC（配列番号３２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３２のプローブを含む第３２のウェル；
３３）核酸配列GAYGGRACCR（配列番号３３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３３のプローブを含む第３３のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
１４）核酸配列TACTGTGACA（配列番号１４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１４のプローブを含む第１４のウェル；
１５）核酸配列YRGCGGAACC（配列番号１５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１５のプローブを含む第１５のウェル；
１６）核酸配列TAACGAGTGT（配列番号１６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１６のプローブを含む第１６のウェル；
１７）核酸配列CGAATGAATG（配列番号１７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１７のプローブを含む第１７のウェル；
１８）核酸配列YTCTAAGCAT（配列番号１８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１８のプローブを含む第１８のウェル；
１９）核酸配列TTCTAAGCAT（配列番号１９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１９のプローブを含む第１９のウェル；
２０）核酸配列GAGTAYCTSA（配列番号２０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２０のプローブを含む第２０のウェル；
２１）核酸配列ACTGCATCCG（配列番号２１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２１のプローブを含む第２１のウェル；
２２）核酸配列TGTCACCTCT（配列番号２２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２２のプローブを含む第２２のウェル；
２３）核酸配列AGTGTGTYAC（配列番号２３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２３のプローブを含む第２３のウェル；
２４）核酸配列GAATTTCTGG（配列番号２４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２４のプローブを含む第２４のウェル；
２５）核酸配列TTGCCGGATG（配列番号２５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２５のプローブを含む第２５のウェル；
２６）核酸配列CAGCAACTGT（配列番号２６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２６のプローブを含む第２６のウェル
２７）核酸配列TGCTCCAGAA（配列番号２７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２７のプローブを含む第２７のウェル；
２８）核酸配列TNGCCATTGY（配列番号２８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２８のプローブを含む第２８のウェル；
２９）核酸配列GTYCCGTGRA（配列番号２９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２９のプローブを含む第２９のウェル；
３０）核酸配列CTGGARTCTG（配列番号３０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３０のプローブを含む第３０のウェル；
３１）核酸配列CRACTGTGTC（配列番号３１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３１のプローブを含む第３１のウェル；
３２）核酸配列GTGTCACCGC（配列番号３２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３２のプローブを含む第３２のウェル；
３３）核酸配列GAYGGRACCR（配列番号３３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３３のプローブを含む第３３のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
一実施形態では、検査カードは、前記第１４〜第３３のウェル（それに加えて、対応するプローブ）のうちの２若しくは３以上、３若しくは４以上、４若しくは５以上、５若しくは６以上、６又は７以上、７若しくは８以上、８若しくは９以上、９若しくは１０以上、１０若しくは１１以上、１１若しくは１２以上、１２若しくは１３以上、１３若しくは１４以上、１４若しくは１５以上、１５若しくは１６以上、１６若しくは１７以上、１７若しくは１８以上、１８若しくは１９以上、１９若しくは２０以上、又は２０全てを含んでよい。前記１又は２以上の第１４〜第３０のウェル（それに加えて、対応するプローブ）は、前記１又は２以上の第７〜第１３のウェル（それに加えて、対応するプローブ）と組み合わせて、又はその代わりに使用することができる。
プローブ１４〜３０により、それぞれ、
１４）呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ＃２）；（ＲＳＶ＃３）
１５）エンテロウイルス；
１６）重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（ＳＡＲＳ）；
１７）第２群コロナウイルスＯＣ４３及びＨＫＵ１（ＧＰ２ＯＣ４３／ＨＫＵ１）；
１８）第１群コロナウイルスＮＬ６３（ＧＰ１ ＮＬ６３）；
１９）第１群コロナウイルス２２９Ｅ（ＧＰ１ ２２９Ｅ）；
２０）ヒトアデノウイルス；
２１）ボカウイルス；
２２）Ａ型インフルエンザ（Ｆｌｕ Ａ Ｑｕａｄ）；
２３）Ａ型インフルエンザＨ１ ２００９（Ｈ１ ｓｗ ２００９）；
２４）Ａ型インフルエンザＮ１ ２００９（Ｎ１ ＣＦＩ）；
２５）季節性Ａ型インフルエンザＨ１（季節性Ｈ１ ＣＦＩ）；
２６）季節性Ａ型インフルエンザＨ３（季節性Ｈ３ ＣＦＩ）；
２７）Ａ型インフルエンザＨ５（Ｈ５ ＣＦＩ）；
２８）Ａ型インフルエンザＨ７（Ｈ７）；
２９）Ａ型インフルエンザＨ９（Ｈ９ ａ）；
３０）Ａ型インフルエンザＨ９（Ｈ９ ｂ）；
３１）ヒトパラインフルエンザウイルス１型（ＨＰＩＶ１＃２）；
３２）ヒトパラインフルエンザウイルス３型（ＨＰＩＶ１＃３）；及び
３３）ライノウイルス＃２
を高感度で検出することが可能になる。
１４）呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ＃２）；（ＲＳＶ＃３）
１５）エンテロウイルス；
１６）重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（ＳＡＲＳ）；
１７）第２群コロナウイルスＯＣ４３及びＨＫＵ１（ＧＰ２ＯＣ４３／ＨＫＵ１）；
１８）第１群コロナウイルスＮＬ６３（ＧＰ１ ＮＬ６３）；
１９）第１群コロナウイルス２２９Ｅ（ＧＰ１ ２２９Ｅ）；
２０）ヒトアデノウイルス；
２１）ボカウイルス；
２２）Ａ型インフルエンザ（Ｆｌｕ Ａ Ｑｕａｄ）；
２３）Ａ型インフルエンザＨ１ ２００９（Ｈ１ ｓｗ ２００９）；
２４）Ａ型インフルエンザＮ１ ２００９（Ｎ１ ＣＦＩ）；
２５）季節性Ａ型インフルエンザＨ１（季節性Ｈ１ ＣＦＩ）；
２６）季節性Ａ型インフルエンザＨ３（季節性Ｈ３ ＣＦＩ）；
２７）Ａ型インフルエンザＨ５（Ｈ５ ＣＦＩ）；
２８）Ａ型インフルエンザＨ７（Ｈ７）；
２９）Ａ型インフルエンザＨ９（Ｈ９ ａ）；
３０）Ａ型インフルエンザＨ９（Ｈ９ ｂ）；
３１）ヒトパラインフルエンザウイルス１型（ＨＰＩＶ１＃２）；
３２）ヒトパラインフルエンザウイルス３型（ＨＰＩＶ１＃３）；及び
３３）ライノウイルス＃２
を高感度で検出することが可能になる。
したがって、上で定義されている方法は、前記呼吸器感染症原因微生物のうちの任意の１又は２以上をユニプレックス形式アッセイで検出するための迅速なアッセイを提供する。同様に、前記方法は、前記呼吸器感染症原因微生物の全てが試料中に存在しないことをユニプレックス形式アッセイで確認するための迅速なアッセイを提供する。
一実施形態では、該方法は、１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードであって、前記追加的なプローブが非定型肺炎の原因物質に結合する（したがって、それを検出する）検査カードを使用する。非定型細菌性呼吸器感染症に感染した患者は従来の抗生物質に応答せず、多くの場合、その患者の状態は増悪し、医療財源が流出する。非定型細菌性肺炎に関連する生物体の従来の同定検査（laboratory identification）は難しく、時間及び費用がかかり、したがって、本発明はこの点について劇的な改善をもたらす。したがって、この実施形態では、１又は２以上の追加的なプローブを使用して、肺炎クラミジア（Chlamydophila pneumoniae）、オウム病クラミジア（Chlamydophila psittaci）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）、肺炎マイコプラズマ（Mycoplasma pneumonia）、及びＱ熱コクシエラ（Coxiella burnettii）のうちの１又は２以上を検出する。したがって、一実施形態では、本発明の方法は、
３４）核酸配列AATTGGCTTT（配列番号３４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３４のプローブを含む第３４のウェル；
３５）核酸配列GGAGAGTGTG（配列番号３５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３５のプローブを含む第３５のウェル；
３６）核酸配列CAGACGCTGG（配列番号３６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３６のプローブを含む第３６のウェル；
３７）核酸配列CGGCGTTTAT（配列番号３７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３７のプローブを含む第３７のウェル；
３８）核酸配列CTTGGTGTGA（配列番号３８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３８のプローブを含む第３８のウェル；
３９）核酸配列CTTGGTGTGA（配列番号３９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３９のプローブを含む第３９のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
３４）核酸配列AATTGGCTTT（配列番号３４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３４のプローブを含む第３４のウェル；
３５）核酸配列GGAGAGTGTG（配列番号３５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３５のプローブを含む第３５のウェル；
３６）核酸配列CAGACGCTGG（配列番号３６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３６のプローブを含む第３６のウェル；
３７）核酸配列CGGCGTTTAT（配列番号３７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３７のプローブを含む第３７のウェル；
３８）核酸配列CTTGGTGTGA（配列番号３８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３８のプローブを含む第３８のウェル；
３９）核酸配列CTTGGTGTGA（配列番号３９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３９のプローブを含む第３９のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
一実施形態では、検査カードは、前記第３４〜第３９のウェル（それに加えて、対応するプローブ）のうちの２若しくは３以上、３若しくは４以上、４若しくは５以上、５若しくは６以上、又は６全てを含んでよい。前記１又は２以上の第３４〜第３９のウェル（それに加えて、対応するプローブ）は、前記第１４〜第３３のウェル（それに加えて、対応するプローブ）と組み合わせて、若しくはその代わりに、及び／又は前記１又は２以上の第７〜第１３のウェル（それに加えて、対応するプローブ）と組み合わせて、若しくはその代わりに使用することができる。
プローブ３４〜３９により、それぞれ、
３４）レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophilia）；
３５）肺炎マイコプラズマ（Mycoplasma pneumoniae）；
３６）肺炎クラミジア（Chlamydiophilia pneumoniae）；
３７）Ｑ熱コクシエラ（Coxiella burnetti）；
３８）オウム病クラミジア（Chlamydiophilia psittaci）；及び
３９）クラミドフィラ・アボルタス（Chlamydiophilia abortus）
を高感度で検出することが可能になる。
３４）レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophilia）；
３５）肺炎マイコプラズマ（Mycoplasma pneumoniae）；
３６）肺炎クラミジア（Chlamydiophilia pneumoniae）；
３７）Ｑ熱コクシエラ（Coxiella burnetti）；
３８）オウム病クラミジア（Chlamydiophilia psittaci）；及び
３９）クラミドフィラ・アボルタス（Chlamydiophilia abortus）
を高感度で検出することが可能になる。
したがって、上で定義されている方法は、前記呼吸器感染症原因微生物のうちの任意の１又は２以上をユニプレックス形式アッセイで検出するための迅速なアッセイを提供する。同様に、前記方法は、前記呼吸器感染症原因微生物の全てが試料中に存在しないことをユニプレックス形式アッセイで確認するための迅速なアッセイを提供する。
一実施形態では、本発明の方法では、１又は２以上の追加的な「対照」ウェル、及び、
４０）核酸配列AGATCAAGGT（配列番号４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４０のプローブを含む第４０のウェル；
４１）核酸配列ACCTGAAGGC（配列番号４１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４１のプローブを含む第４１のウェル
から選択される対応する１又は２以上の追加的な「対照」プローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
４０）核酸配列AGATCAAGGT（配列番号４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４０のプローブを含む第４０のウェル；
４１）核酸配列ACCTGAAGGC（配列番号４１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４１のプローブを含む第４１のウェル
から選択される対応する１又は２以上の追加的な「対照」プローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
一実施形態では、検査カードは、前記第４０のウェル又は第４１のウェル（それに加えて、対応するプローブ）の一方又は両方を含んでよい。代替の「対照」プローブ／プローブ標的を用いることができる。前記「対照」プローブは、上記の実施形態のいずれかと組み合わせて使用することができる。
対照プローブ４０〜４１により、それぞれ、
４０）大腸菌（Escherichia coli）バクテリオファージＭＳ２（ＭＳ２ ＩＣ）；及び
４１）ヒトリボヌクレアーゼＰ遺伝子（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）
を高感度で検出することが可能になる。
４０）大腸菌（Escherichia coli）バクテリオファージＭＳ２（ＭＳ２ ＩＣ）；及び
４１）ヒトリボヌクレアーゼＰ遺伝子（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）
を高感度で検出することが可能になる。
１又は２以上の「対照」プローブが存在することにより、アッセイが他の点で正常に実施されていることを（実質的に同時に）確認することが可能になる。例えば、試料を、核酸を抽出する前に大腸菌バクテリオファージＭＳ２（ＭＳ２ ＩＣ）を用いてスパイクする。バクテリオファージＭＳ２プローブを使用して試料中のバクテリオファージＭＳ２核酸を検出することにより、ユニプレックスアッセイに伴う種々の段階が首尾よく完了したことを確認すること可能になる。バクテリオファージＭＳ２は、単に内部標準の１つの例を提供するものであり、任意の適切な代替物を本発明の方法と共に利用することができる。
一実施形態では、検査カードは、ヒトリボヌクレアーゼＰ遺伝子（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）の検出を可能にするプローブを含む。試料中にヒトＲＮＡ分解酵素Ｐ核酸が存在することにより、ヒト生物材料が採取されたことが示される。あるいは、他のヒトゲノムマーカーをプローブ標的として使用し、それらの対応するプローブを検査カードに含めることができる。
本発明のアッセイ方法は、核酸増幅ステップを含んでよく、その場合、本発明の各プローブを（フォワード及びリバース）プライマーの対と組み合わせて使用し、前記プライマー対が協同して標的核酸のひと続きが増幅され、次いでこれが検出ステップの間にプローブにより（それに結合することによって）認識される。例として、プライマー１ｆ（フォワード）及び１ｒ（リバース）は第１のプローブと協調し、使用時には３つの核酸配列全てが第１のウェルに含まれている。同じことがプライマー２ｆ及び２ｒと第２のプローブの組合せ（第２のウェル中）〜プライマー４１ｆ及び４１ｒと第４１のプローブの組合せ（第４１のウェル中）に当てはまる。
一実施形態では、該方法は、
４２）核酸配列GTGCARTTYG（配列番号３３８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４２のプローブを含む第４２のウェル；
４３）核酸配列YGCYTCGGAR（配列番号３３９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４３のプローブを含む第４３のウェル；
４４）核酸配列CTTGTGGANC（配列番号３４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４４のプローブを含む第４４のウェル；
４５）核酸配列CATTCCATTC（配列番号３４１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４５のプローブを含む第４５のウェル；
４６）核酸配列WGTGTTTGCA（配列番号３４２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４６のプローブを含む第４６のウェル；
４７）核酸配列ACCACGGGAT（配列番号３４３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４７のプローブを含む第４７のウェル
４８）核酸配列GTCCTCGCTG（配列番号３４４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４８のプローブを含む第４８のウェル；
４９）核酸配列GCCCGCGACG（配列番号３４５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４９のプローブを含む第４９のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
４２）核酸配列GTGCARTTYG（配列番号３３８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４２のプローブを含む第４２のウェル；
４３）核酸配列YGCYTCGGAR（配列番号３３９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４３のプローブを含む第４３のウェル；
４４）核酸配列CTTGTGGANC（配列番号３４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４４のプローブを含む第４４のウェル；
４５）核酸配列CATTCCATTC（配列番号３４１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４５のプローブを含む第４５のウェル；
４６）核酸配列WGTGTTTGCA（配列番号３４２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４６のプローブを含む第４６のウェル；
４７）核酸配列ACCACGGGAT（配列番号３４３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４７のプローブを含む第４７のウェル
４８）核酸配列GTCCTCGCTG（配列番号３４４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４８のプローブを含む第４８のウェル；
４９）核酸配列GCCCGCGACG（配列番号３４５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４９のプローブを含む第４９のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル、及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
プローブ４２〜４９により、それぞれ、
４２）アデノウイルス
４３）ＡＤＰ１７アデノウイルス；
４４）パレコウイルス；
４５）Ｂ型インフルエンザウイルス；
４６）Ｂ型インフルエンザウイルス；
４７）結核菌（Mycobacterium tuberculosis）；
４８）結核菌；
４９）マイコバクテリア（一般的な）
を高感度で検出することが可能になる。
４２）アデノウイルス
４３）ＡＤＰ１７アデノウイルス；
４４）パレコウイルス；
４５）Ｂ型インフルエンザウイルス；
４６）Ｂ型インフルエンザウイルス；
４７）結核菌（Mycobacterium tuberculosis）；
４８）結核菌；
４９）マイコバクテリア（一般的な）
を高感度で検出することが可能になる。
したがって、上で定義されている方法は、前記呼吸器感染症原因微生物のうちの任意の１又は２以上をユニプレックス形式アッセイで検出するための迅速なアッセイを提供する。同様に、前記方法は、前記呼吸器感染症原因微生物の全てが試料中に存在しないことをユニプレックス形式アッセイで確認するための迅速なアッセイを提供する。
プライマー１ｆは、AAGCWGGATTCTACC（配列番号４２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１ｒは、TCCCATTATGCCTAG（配列番号４３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２ｆは、CCTGAATGYGGCTAA（配列番号４４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２ｒは、CGGACACCCAAAGTA（配列番号４５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３ｆは、ATCCCACAAAAYCAG（配列番号４６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３ｒは、CTACACATAATAARA（配列番号４７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４ｆは、GATGTCCATCAAGCT（配列番号４８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４ｒは、TARAGCAATAGGTCT（配列番号４９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー５ｆは、CCTGTCACCTCTGAC（配列番号５０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー５ｒは、TGGACAAAKCGTCTA（配列番号５１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー６ｆは、GGRTACGCTGCAGAC（配列番号５２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー６ｒは、AGTCCAGACATCTAG（配列番号５３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー７ｆは、ATACTCAGAGACCCA（配列番号５４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー７ｒは、ATAYTGTTGCATAGC（配列番号５５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー８ｆは、TGCTCCTGATCARCC（配列番号５６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー８ｒは、TCCCACCATRGCATA（配列番号５７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー９ｆは、TATCCTCAGAGATCC（配列番号５８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー９ｒは、ACATACTGTTGCATG（配列番号５９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１０ｆは、CTTGTACAGGARATG（配列番号６０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー６ｒは、TCCCACCATRGCATA（配列番号６１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１１ｆは、RGTSGAYCCCATGGA（配列番号６２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１１ｒは、SGGYGTRCGSAGGTA（配列番号６３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１２ｆは、AGTCAAATCAGTCGA（配列番号６４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１２ｒは、CCCTGCAYACACATG（配列番号６５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１３ｆは、AGTCAAATCAGTCGA（配列番号６６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１３ｒは、CCCTGCAYACACATG（配列番号６７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１４ｆは、CATCTGYTTAACAAG（配列番号６８）又はGGARACATACGTGAA（配列番号２６０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１４ｒは、AAGAIACTGATCCTG（配列番号６９）又はATTGTAYTGAACAGC（配列番号２６１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１５ｆは、CCTGAATGYGGCTAA（配列番号７０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１５ｒは、CGGACACCCAAAGTA（配列番号７１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１６ｆは、TTATCCAAAATGTGA（配列番号７２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１６ｒは、GCATCACCGGATGAT（配列番号７３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１７ｆは、TTATCCTAARTGTGA（配列番号７４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１７ｒは、ATCACCACTRCTAGT（配列番号７５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１８ｆは、TTATCCCAAATGTGA（配列番号７６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１８ｒは、AGCRTCACCAGAAGT（配列番号７７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１９ｆは、CTATCCTAAGTGTGA（配列番号７８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１９ｒは、TGCATCACCAGAAGT（配列番号７９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２０ｆは、KCNTACATGCACATC（配列番号８０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２０ｒは、GGGRTTYCTRAACTT（配列番号８１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２１ｆは、CAGGAARTGACGTAT（配列番号８２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２１ｒは、TGTTCACTCGCCGGA（配列番号８３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２２ｆは、MGAGGTCGAAACGTA（配列番号８４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２２ｒは、CACGGTGAGCGTRAA（配列番号８５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２３ｆは、TGTAGACACAGTACT（配列番号８６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２３ｒは、ATGCTTGTCTTCTAG（配列番号８７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２４ｆは、ATCAGTTGGCTAACA（配列番号８８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２４ｒは、AGCCACTGCCCCATT（配列番号８９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２５ｆは、GCCCCCCTACAATTG（配列番号９０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２５ｒは、ATTCTGGGTTTCCTA（配列番号９１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２６ｆは、TGTTGAACGCAGCAA（配列番号９２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２６ｒは、GCAACTAGTGACCTA（配列番号９３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２７ｆは、ATGATGCMATMAAYT（配列番号９４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２７ｒは、CCATTGGAGTTTGAC（配列番号９５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２８ｆは、CTTCGGGGCRTCATG（配列番号９６）又はYAGYGGITACAARGA（配列番号２６２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２８ｒは、CYGCATGTTTCCRTT（配列番号９７）又はAIRAARCATGAYGCC（配列番号２６３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２９ｆは、IGGYYACCARTCAAC（配列番号９８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２９ｒは、YARCATYCCATTGTG（配列番号９９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３０ｆは、YGAYCARTGCATGGA（配列番号１００）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３０ｒは、GGCRACAGTIGAATA（配列番号１０１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３１ｆは、GGATGGAACCGTYAA（配列番号１０２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３１ｒは、TTGTTGTGACCTCAT（配列番号１０３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３２ｆは、RGCTTTCAGACAAGA（配列番号１０４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３２ｒは、GACCGCATGATTGAC（配列番号１０５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３３ｆは、CCTGAATGYGGCTAA（配列番号１０６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３３ｒは、CGGACACCCAAAGTA（配列番号１０７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３４ｆは、ATGCAAGACGCTATG（配列番号１０８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３４ｒは、GTCTTTCATTTGCTG（配列番号１０９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３５ｆは、GTGGCAGTTGGGTCA（配列番号１１０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３５ｒは、CTTGATCCGCCCACA（配列番号１１１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３６ｆは、TATAAAGGCGTTGCT（配列番号１１２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３６ｒは、GATGGTCGCAGACTT（配列番号１１３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３７ｆは、CATCGTTCCCGGCAG（配列番号１１４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３７ｒは、GTTTACTAATCCCCA（配列番号１１５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３８ｆは、TGGGAAGGTGCTTCA（配列番号１１６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３８ｒは、CGCGGATGCTAATGG（配列番号１１７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３９ｆは、TGGGAAGGTGCTTCA（配列番号１１８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３９ｒは、TCCTGCGCGGATGCT（配列番号１１９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４０ｆは、CTCTCCGTATTCACG（配列番号１２０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４０ｒは、GACCCCACGATGAC（配列番号１２１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４１ｆは、TTGGACCTGCGAGCG（配列番号１２２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４１ｒは、GCTGTCTCCACAAGT（配列番号１２３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４２ｆは、KCNTACATGCACATC（配列番号８０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４２ｒは、GGGRTTYCTRAACTT（配列番号８１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４３ｆは、ITACATGCAYATCKC（配列番号２６７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４３ｒは、GGCRAAYTGCACCAG（配列番号２６８）又はGGCAAACTGCACGAG（配列番号２６９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４４ｆは、AGATGGCGTRCCATA（配列番号２７２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４４ｒは、ACTAGAGGATGGCTG（配列番号２７３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４５ｆは、GCTATGAACACAGCA（配列番号２７６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４５ｒは、TTGGACGTCTTCTCC（配列番号２７７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４６ｆは、GATGTCCATCAAGCT（配列番号４８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４６ｒは、TARAGCAATAGGTCT（配列番号４９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４７ｆは、GTAACACGTGGGTGA（配列番号２８０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４７ｒは、ACCGCTAAAGCGCTT（配列番号２８１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４８ｆは、TTCGTCRTACGCAAT（配列番号２８４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４８ｒは、GGTCGGGACGGTGAG（配列番号２８５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４９ｆは、TTCGTCRTACGCAAT（配列番号２８４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４９ｒは、GGTCGGGACGGTGAG（配列番号２８５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
生体試料は、通常、患者から取得した試料（すなわち、エクスビボの試料及び／又は単離された試料）である。一実施形態では、核酸抽出ステップを試料上で実施することができる。従来の核酸抽出プロトコールは当技術分野で周知である。次いで、抽出された核酸試料を、ウェルのそれぞれ（したがって、前記ウェル中のプローブのそれぞれ）と接触するように検査カードにアプライする。
本発明の核酸「ハイブリダイゼーション反応」（一緒に作動するプローブ及びプライマーを含む）ステップは、通常、５０〜７０℃（例えば、５５〜６５℃又は５６〜６４℃又は５７〜６３℃又は５８〜６２℃又は５９〜６１℃又はおよそ６０℃）の温度で実施する。通常、前記温度を１０〜３０秒（例えば、１５〜２５秒又は１７〜２３秒又は１９〜２１秒又はおよそ２０秒）の間保持する。本発明の方法に核酸増幅ステップが含まれる場合、前記「ハイブリダイゼーション反応」（開始時に過剰に添加したプローブ及びプライマーを含む）ステップは、増幅ステップの各サイクルに含まれることが好ましい。
核酸増幅ステップを用いる場合、このステップは、通常、９０〜１００℃（例えば、９２〜９８℃又は９４〜９６℃又はおよそ９５℃程度）の温度で０．１〜１０秒（例えば、０．５〜５秒又は０．７〜２秒又はおよそ１秒）の典型的な時間にわたって、その後、温度を５０〜７０℃（例えば、５５〜６５℃又は５７〜６３℃又は５９〜６１℃又はおよそ６０℃）に低下させて１０〜３０秒（例えば、１５〜２５秒又は１７〜２３秒又は１９〜２１秒又はおよそ２０秒）にわたって実施する。核酸増幅ステップを用いる場合、前記ステップは、通常、３５〜５５サイクル（例えば、４０〜５０サイクル又は４４〜４６サイクル又はおよそ４５サイクル）を含む。通常、逆転写ステップを最初に４０〜６０℃（例えば、４５〜５５℃又は４８〜５２℃又はおよそ５０℃）の温度で３〜７分（例えば、４〜６分又はおよそ５分）にわたって用いる。
一実施形態では、該方法を、Applied Biosystems 7900HT（ハイスループット）計器で実施することができる。例として、前記計器では、例えば、単一の検査カード上に存在する８つの個別のカラムによって８つの異なる試料を並行して分析することを可能にする３８４ウェル検査カード（別名プレート）ＲＴ−ＰＣＲプラットフォームを使用することができる。図１を参照されたい。各カラムは、４８の個々の標的ウェルを含んでよく、それにより、各試料を（実質的に同時に）４８種の異なる呼吸器感染症原因微生物（２種の「対照」ウェルの４６種の呼吸器感染症原因微生物を使用することが有効である）についてスクリーニングすることが可能になる。代替の装置及び系（対応する検査カードを含む）が市販されており、本発明に関して同等に適用される。
一実施形態では、該方法は、ＲＴ−ＰＣＲなどのＰＣＲを使用する。
使用時に、試料（通常、抽出した核酸試料）を２倍〜５倍濃縮緩衝液（例えばＰＣＲ緩衝液；反応混合物とも称される）と混合する。例えば、Ｘμｌの試料を、同じ体積（Ｘμｌ）の２倍濃縮緩衝液と混合する。次いで、試料（緩衝液を含む）を検査カード（そして各ウェル）にアプライする。通常、０．１〜５０μｌ、又は０．５〜３０μｌ、又は０．５〜２０μｌ、又は０．５〜１０μｌ、又は１〜５μｌの範囲の体積が送達される。およそ０．５μｌ、１μｌ、２μｌ、３μｌ、４μｌ又は５μｌの試料（緩衝液を含む）が各ウェルに送達されることが好ましい。
円柱状配置のウェルを含む検査カード（例えば、図１を参照されたい）の場合では、試料（緩衝液を含む）を単に各カラムの上部にあるリザーバーにアプライし、次いで、検査カードを遠心分離機で回転させて試料とそれに加えて試薬ミックス（上で識別された体積の範囲）を各カラム中に形づくられたウェルのそれぞれに送達することができる。AB7900HT系の場合では、各ウェルは、通常４８ウェルを含み、したがって、試料は遠心性送達によって前記４８ウェルのそれぞれにアプライされる。より詳細には、最大８つの試料を、各カラムの上部にある８つのリザーバーにそれぞれ添加することができる（例えばフィンピペットを用いて）。図１に関して、小さなポッドは個別のアッセイウェルを示し、今度はそれに対応するプローブ（及び場合によって対応するプライマー）が含まれる。例示されている検査カードは、チャネル当たり４８ウェル（ポッドとも称される）が存在する構成を示し、使用時には、各ウェルは、通常、円柱状チャネルの下への遠心性送達によって最終的な反応体積１μｌを受ける。
各ウェルは、本発明の１種類の特定のプローブ型（及び場合によって対応するプライマー対）を含む。一実施形態では、前記プローブは、そのウェル中に凍結乾燥形態で存在する。したがって、液体試料がウェル表面にアプライされたら、凍結乾燥したプローブ（対応するプライマー対を含んでもよい）の水分が元に戻り始め、それにより、液体媒体内で検出ステップを進行させることが可能になる。
本発明のウェルは、前記ウェルにおいて実施されるアッセイに関連する液体体積（試料とそれに加えて緩衝液／反応混合物）よりもわずかに多くが保持されるように設計する。各ウェルは、単一のウェル中に単一のプローブ型を置き、それにより、該方法によって特異的な標的微生物が存在するかしないかを検出することを可能にするために、個別のものである。試料を検査カードにアプライした後、プローブ（複数可）を含有するウェルの全てを、１又は２以上のフィルム／シートを使用することによって密閉し、それにより、液体（及び潜在的にプローブ）がウェル間を偶発的に移動することを防止することができる。本発明のウェルは、検査カードと同じ水平面に位置づけることができるが、同等に、前記平面の上又は下に位置づけることもできる。
標準のマルチプレックス反応構成のバッテリーと比較して、本発明は、どちらの反応構成操作においても時間及び資源の節約をもたらし、また、多数の計器からのデータを照合することを可能にする。
本発明は、上記の方法において使用するための検査カードも提供する。一実施形態では、検査カードはプラスチック材料製である。使用者を補助するために、検査カードは、例えば、通常、正常使用中に使用者によって保持される実質的に水平な位置にある時に、カード（アプライされた試料を含む）の重量を支持するために十分な剛性を有するべきである。
検査カードは、複数のウェル（遠心性送達による試料のアプライを可能にするために円柱状に配置されていてもよい）を含み、少なくとも６つのウェルが設けられ、第１のウェルは本明細書において定義されている本発明の第１のプローブを含み、第２のウェルは本明細書において定義されている本発明の第２のプローブを含み、第３のウェルは本明細書において定義されている本発明の第３のプローブを含み、第４のウェルは本明細書において定義されている本発明の第４のプローブを含み、第５のウェルは本明細書において定義されている本発明の第５のプローブを含み、第６のウェルは本明細書において定義されている本発明の第６のプローブを含む。各ウェルは、通常、（複数の）ただ１種の本発明の特異的なプローブのみを含む。例として、一実施形態では、第１のプローブは第１のウェル中に存在し（通常、他のウェルのいずれにも存在しない）、第２のプローブは第２のウェル中に存在し（通常、他のウェルのいずれにも存在しない）、他のプローブも同様である。
各プローブには、その対応するプライマー対が付随していてもよい。したがって、第１のウェルは、第１のプローブに加えて、対応する第１のフォワードプライマー及びリバースプライマーの対を含んでよい。各ウェルは、通常、（複数の）ただ１種の本発明の特異的なプライマー対のみを含む。例として、一実施形態では、第１のプライマー対（及び第１のプローブ）は第１のウェル中に存在するが、通常、他のウェルのいずれにも存在せず、第２のプライマー対（及び第２のプローブ）は第２のウェル中に存在するが、通常、他のウェルのいずれにも存在せず、他のプライマー対も同様である。あるいは、単一のウェル中に２種以上のプローブ（及び場合によってその対応するプライマー対）が存在してもよい。
各プローブは、そのそれぞれのウェルの中に固定化することができる。前記固定化は恒久的なもの（例えば共有結合による連結を介するもの、任意の市販の化学的架橋試薬によって導入されたものであってよい）であっても、一過性のもの（例えば水素結合などの非共有結合を介するもの、又はイオン結合を介するもの）であってもよい。例えば、第１のプローブを第１のウェル中に固定化することができ、第２のプローブを第２のウェル中に固定化することができ、他のプローブも同様である。それぞれのプローブを固定化することにより、検査カードの取り扱いが容易になり、貯蔵安定性が改善され、また、ウェル間をプローブが移動するリスクが最小限になる。プローブは、ウェル中に存在する表面に、例えばウェルの壁などに単純に吸着させることによってウェル中に固定化することが好ましい。したがって、一実施形態では、プローブを含有する溶液を調製し、ウェルの表面にアプライし、次いで、ウェルの表面で乾燥させる。ウェル表面にアプライする前に、プローブを含有する溶液に従来の安定化化合物（例えば糖）を加えることができる。
検査カードは、本明細書に記載の第７のウェル〜第１３のウェル（それぞれ第７〜第１３のプローブを含む）から選択される１又は２以上の追加的なウェルを含んでよい。例えば、カードは、第７のウェル〜第１３のウェル（それぞれ第７〜第１３のプローブを含む）のそれぞれを含んでよい。
検査カードは、その代わりに又はそれに加えて、本明細書に記載の第１４のウェル〜第３３のウェル（それぞれ第１４〜第３３のプローブを含む）から選択される１又は２以上の追加的なウェルを含んでよい。例えば、カードは、第１４のウェル〜第３３のウェル（それぞれ第１４〜第３３のプローブを含む）のそれぞれを含んでよい。
上記の検査カード実施形態のそれぞれは、非定型微生物（例えば細菌）性呼吸器感染症原因物質を検出するための１又は２以上のウェルをさらに含んでよい。この実施形態では、検査カードは、本明細書に記載の第３４のウェル〜第３９のウェル（それぞれ第３４〜第３９のプローブを含む）から選択される１又は２以上の追加的なウェルをさらに含んでよい。例えば、カードは、第３４のウェル〜第３９のウェル（それぞれ第３４〜第３９のプローブを含む）のそれぞれを含んでよい。
上記の検査カード実施形態のそれぞれは、１又は２以上の「対照」ウェルをさらに含んでよい。この実施形態では、検査カードは、本明細書に記載の第４０のウェル及び第４１のウェル（それぞれ第４０のプローブ及び／又は第４１のプローブを含む）の一方又は両方をさらに含んでよい。
定義の節
少なくとも８０％の配列同一性への言及は、少なくとも８２％、少なくとも８４％、少なくとも８６％、少なくとも８８％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、及び１００％の配列同一性（本明細書で提示されている核酸配列の各々及び／又は本明細書で提示されている配列番号の各々に対する）を包含する。
少なくとも８０％の配列同一性への言及は、少なくとも８２％、少なくとも８４％、少なくとも８６％、少なくとも８８％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、及び１００％の配列同一性（本明細書で提示されている核酸配列の各々及び／又は本明細書で提示されている配列番号の各々に対する）を包含する。
本明細書全体を通して使用されているヌクレオチドについての１文字の参照コードは、
Ａ アデニン
Ｃ シトシン
Ｇ グアニン
Ｔ チミン
Ｕ ウラシル
Ｉ イノシン
Ｘ イノシン
Ｒ グアニン又はアデニン
Ｙ チミン又はシトシン
Ｋ グアニン又はチミン
Ｍ アデニン又はシトシン
Ｓ グアニン又はシトシン
Ｗ アデニン又はチミン
Ｂ アデニンではない
Ｄ シトシンではない
Ｈ グアニンではない
Ｖ チミンではない
Ｎ 任意の核酸塩基
を意味する。
Ａ アデニン
Ｃ シトシン
Ｇ グアニン
Ｔ チミン
Ｕ ウラシル
Ｉ イノシン
Ｘ イノシン
Ｒ グアニン又はアデニン
Ｙ チミン又はシトシン
Ｋ グアニン又はチミン
Ｍ アデニン又はシトシン
Ｓ グアニン又はシトシン
Ｗ アデニン又はチミン
Ｂ アデニンではない
Ｄ シトシンではない
Ｈ グアニンではない
Ｖ チミンではない
Ｎ 任意の核酸塩基
を意味する。
本明細書で提示されている全ての核酸配列は５’から３’（左から右）の方向で示されている。
本発明のプローブは、問題の標的呼吸器感染症原因微生物上に存在するそれらの標的核酸配列とハイブリダイズするように設計する。結合条件は、高レベルの特異性がもたらされる、すなわち、プローブのハイブリダイゼーションが「ストリンジェントな条件」下で起こるようなものであることが好ましい。通常、ストリンジェントな条件は、定義済みのイオン強度及びｐＨにおける特異的な配列についての熱的融点（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍとは、（定義済みのイオン強度及びｐＨの下で）標的（又は相補）配列の５０％が完全にマッチするプローブとハイブリダイズする温度である。この点について、ｐＨ７、約０．０２Ｍ以下の塩濃度での本発明のプローブのＴｍは、例えば、６０℃超、例えば、約７０℃などである。
予備混合された緩衝溶液が市販されており（例えば、CLONTECH Laboratories, Inc.社のEXPRESSHYB Hybridisation Solution）、ハイブリダイゼーションは、製造者の説明書に従って実施することができる。
本発明のプローブは、自己相補性及び二量体形成（プローブ−プローブ結合）を最小限にするためにスクリーニングし、ヒトＤＮＡとの相同性が最小になるように選択する。選択プロセスは、通常、候補プローブ配列をヒトＤＮＡと比較し、相同性が５０％を超える場合はそのプローブを棄却することを含む。この選択プロセスの目的は、プローブと混入しているヒトＤＮＡ配列とのアニーリングを減少させ、したがって、アッセイの特異性の改善を可能にすることである。
本明細書に記載のプローブはいずれも、タグ及び／又は標識を含んでよい。タグ及び／又は標識は、例えば、（互いに独立して）本明細書に記載のプローブの中央に向かって、又はその５’末端若しくは３’末端に向かって、又は５’末端若しくは３’末端に、例えば５’末端に位置してよい。
したがって、タグ付け／標識されたプローブと標的核酸のハイブリダイゼーション後に、タグ／標識が標的核酸に結びつく。あるいは、増幅ステップを用いる場合、プローブは本発明の方法の間にプライマーとしての機能を果たし得、したがって、プライマーが伸長するにしたがってタグ／標識を増幅産物中に組み入れることができる。
適切な標識の例としては、検出可能な標識、例えば、放射標識又は蛍光又は着色分子、酵素マーカー又は発色マーカーなど、例えば、プローブがハイブリダイズすると目に見える色の変化を生じる色素が挙げられる。例として、標識は、ジゴキシゲニン、フルオレセイン−イソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、Ｒ−フィコエリトリン、Alexa 532又はCy3であってよい。プローブは、Fam標識（例えば５’Fam標識）、及び／又は副溝結合物質（ＭＧＢ，minor groove binder）を含有することが好ましい。標識は、写真フィルム又はＸ線フィルムに露光することによってなどで直接検出されるレポーター分子であってよい。あるいは、標識は直接検出可能ではないが、間接的に、例えば、二相系で検出することができるものであってよい。間接的な標識検出の例は、抗体と標識の結合である。
適切なタグの例としては、「相補体／抗相補体対」が挙げられる。「相補体／抗相補体対」という用語は、適切な条件下で、非共有結合的に結びついた安定な対を形成する、同一でない部分を意味する。適切なタグの例としては、ビオチン及びストレプトアビジン（又はアビジン）が挙げられる。例として、ビオチンタグはストレプトアビジンを使用して捕捉することができ、ストレプトアビジンは、ビーズ（例えば磁気ビーズ）又は膜などの基材又は支持体上にコーティングされていてよい。同様に、ストレプトアビジンタグはビオチンを使用して捕捉することができ、ビオチンはビーズ（例えば磁気ビーズ）又は膜などの基材又は支持体上にコーティングされていてよい。他の例示的な相補体／抗相補体対としては、受容体／リガンド対、抗体／抗原（又はハプテン又はエピトープ）対などが挙げられる。別の例は、相補配列に結合する核酸配列タグである。後者は、それ自体を予め標識することもでき、別々に標識された表面（例えば、ビーズ）に付着させることもできる。後者の実施形態の例は周知のLuminex（登録商標）ビーズ系である。他の例示的なタグと捕捉分子の対としては、受容体／リガンド対及び抗体／抗原（又はハプテン又はエピトープ）対が挙げられる。後で相補体／抗相補体対を解離することが望ましい場合には、相補体／抗相補体対の結合親和性は、例えば、１０９Ｍ−１未満である。
本発明のプローブは異なる標識又はタグを用いて標識することができ、それにより、本発明の方法において使用する際に各プローブを別々に同定することが可能になる。
核酸タグを本発明のプローブに（例えば、プローブの５’末端の定義済みの結合領域に）付着させるために任意の従来の方法を用いることができる。あるいは、本発明の核酸プローブ（核酸タグを予め付着させた）は、商業的な提供者によって構築されたものであってよい。
試料は、例えば、糞便又は血液、痰、鼻及びのどのスワブ、気管支肺胞洗浄液、気管吸引液、鼻咽頭吸引液、肺組織試料、脳脊髄液、考古学的試料などの臨床試料であってよい（又は、臨床試料に由来してよい）。試料は、ヒト組織／試料又はそれに由来する試料（例えば、核酸抽出試料）であることが好ましい。
増幅ステップを用いる場合、このステップは、当技術分野で公知の方法及びプラットフォーム、例えば、ＰＣＲ（例えば、「Fast DNA Polymerase」、Life Technologies社製を使用して）、例えば、リアルタイムＰＣＲ、ブロックベースＰＣＲ（block-based ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応、ガラス毛細管、ループ媒介性等温増幅（Loop-Mediated Isothermal Amplification：ＬＡＭＰ）を含む等温増幅方法、ローリングサークル増幅、転写媒介性増幅、核酸配列に基づく増幅、ＲＮＡ技術のシグナル媒介性増幅、鎖置換増幅、等温多置換増幅、ヘリカーゼ依存性増幅、単一プライマー等温増幅、及び環状ヘリカーゼ依存性増幅などを用いて行うことができる。
用いる場合には、増幅は、任意の増幅プラットフォームを用いて行うことができる。そのように、アッセイのこの実施形態の利点は、独立しており、いかなる特定の計器にも縛られないプラットフォームであることである。
一実施形態では、一般的な増幅ステップ（例えば、検出前）を用いて、試料中に存在する標的核酸の量を増加させることができる。この実施形態では、通常ＰＣＲ増幅プライマーを使用して、本発明のヌクレオチド標的を含有する標的／相補的核酸のおよそ１００〜４００塩基対領域を増幅する。適切なポリメラーゼ及びＤＮＡ前駆体（ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）の存在下で、フォワードプライマー及びリバースプライマーが５’から３’の方向に伸長し、それにより、標的核酸の個々の鎖と相補的な新しい核酸鎖の合成が開始される。それにより、プライマーによって標的核酸配列の増幅が駆動され、それにより、前記標的核酸配列を含む増幅産物が生成する。
一実施形態では、本発明のプローブがプライマーとしての機能を果たす増幅ステップを用いることができる。この実施形態では、プローブ（プライマーとして働く）はそれらの３’末端から（すなわち５’から３’）の方向に伸長する。生じた増幅産物は、通常、標的／相補的核酸の１００〜４００塩基対領域を含む。この実施形態は、上記のものなどの一般的な増幅ステップと併せて用いることができる。
検出ステップは、任意の公知の手段によって行うことができる。この点について、プローブ又は増幅産物はタグ付け及び／又は標識されていてよく、したがって、検出方法は、前記タグ及び／又は標識を検出することを含んでよい。
一実施形態では、プローブ（複数可）はタグ及び／又は標識を含んでよい。したがって、一実施形態では、タグ付け／標識されたプローブと標的核酸のハイブリダイゼーションの後に、タグ／標識が標的核酸と結びつく。したがって、一実施形態では、アッセイは、タグ／標識を検出し、タグ／標識の存在と感染性微生物の核酸の存在を相関させることを含んでよい。
一実施形態では、タグ及び／又は標識は、プローブ（複数可）の伸長の間に組み入れることができる。その際には、増幅産物（複数可）がタグ付け／標識され、したがって、アッセイは、タグ／標識を検出し、タグ／標識の存在と増幅産物の存在、したがって感染性微生物の核酸の存在を相関させることを含む。
例として、一実施形態では、増幅プロセスの一部として増幅産物にタグ／標識を組み入れることができ（例えば、ビオチン−ｄＮＴＰなどのタグ付け／標識されたｄＮＴＰによって）、アッセイは、検出可能なタグ／標識（例えば、Ｒ−フィコエリトリンなどの蛍光標識）を含む前記タグと相補的な結合パートナー（例えば、ストレプトアビジン）の使用をさらに含んでよい。このように、増幅産物に検出可能なタグ／標識（例えば、Ｒ−フィコエリトリンなどの蛍光標識）を組み入れる。
一実施形態では、プローブ（複数可）及び／又は増幅産物（複数可）は、増幅産物（複数可）の捕捉を可能にするためにさらなるタグ／標識（相補体成分として）を含んでよい。
例として、抗相補体捕捉成分を前記さらなるタグ／標識（相補体成分）と結合させ、それによりプローブ（複数可）及び／又は増幅産物（複数可）の捕捉を可能にする「相補体／抗相補体」対合を用いることができる。適切な「相補体／抗相補体」パートナーの例は本明細書で以前記載されており、例えば、核酸配列の相補的な対、相補的な抗体−抗原対などである。抗相補体捕捉成分は、基材又は固体支持体に付着させる（例えば、コーティングする）ことができる。適切な基材／支持体の例としては、膜及び／又はビーズ（例えば、磁気ビーズ若しくは蛍光ビーズ）が挙げられる。捕捉方法は当技術分野で周知である。例えば、Luminex（登録商標）ビーズを用いることができる。あるいは、ビーズ（それに加えて、捕捉されるタグ付け／標識された増幅産物）は当技術分野で公知の従来の技法を用いて容易に濃縮し、試料から分離することができるので、磁気ビーズの使用が有利であり得る。
固定化により、抗相補体捕捉成分（又はプローブ）に物理的な位置がもたらされ、捕捉成分／プローブを所望の場所に固定し、及び／又はプローブの回収若しくは分離を容易にするために役立ち得る。支持体は、例えばガラス又はプラスチック製の剛性固体支持体、例えばビーズ（例えば、蛍光ビーズ又は磁気ビーズ）などであってよい。あるいは、支持体は、ナイロン膜又はニトロセルロース膜などの膜であってよい。３Ｄマトリックス、例えば、ポリアクリルアミド又はＰＥＧゲルも、本発明と共に用いるために適した支持体である。支持体／プラットフォームへの固定化は、種々の従来の手段によって実現することができる。例として、ナイロン膜などの支持体への固定化は、ＵＶ架橋によって実現することができる。あるいは、ビオチンで標識された分子を、ストレプトアビジンをコーティングした基材に結合させることができ（逆もまた同じである）、アミノリンカーを用いて調製した分子をシラン処理した表面に固定化することもできる。固定化の別の手段は、例えば３’末端又は５’末端のポリＴ尾部又はポリＣ尾部によるものである。前記固定化技法は、本発明のプローブ成分（及び、存在する場合にはプライマー対成分）にも同等に当てはまる。
一実施形態では、本発明のプローブは、核酸配列タグ／標識（例えば、各プローブに、標的／相補的核酸に結合するプローブの５’末端の定義済みの配列に付着させた）を含む。より詳細には、プローブのそれぞれに異なる核酸配列タグ／標識が設けられ、前記タグ／標識のそれぞれが、ビーズの表面に存在する相補的な核酸配列に（特異的に）結合する。異なるタグ／標識のそれぞれは、独自に同定可能なビーズ上に位置するその相補配列対応物に結合する（他のタグの相補配列対応物のいずれにも結合しない）。この点について、ビーズは、例えば、特定の波長における蛍光によって独自に同定可能である。したがって、使用時に、本発明のプローブは標的核酸（試料中に存在する場合）に結合する。その後、結合したプローブ（のみ）を１又は２以上の標識されたｄＮＴＰ（例えば、ビオチン−ｄＣＴＰなどのビオチンで標識されたｄＮＴＰ）の存在下で（３’方向に）伸長させることができる。
伸長したプライマーを、伸長したプライマーに組み入れられたばかりの標識されたｄＮＴＰに結合する、標識されたｄＮＴＰ（例えば、ストレプトアビジンで標識されたＲ−フィコエリトリンなどのストレプトアビジンで標識されたフルオロフォア）に対する結合パートナー対応物と接触させることができる。その後、標識された伸長したプライマーを、独自に同定可能なビーズ上に存在するそれらの核酸対応物と結合させることによって同定することができる。次いで、後者を「呼び出し」（例えば、波長の放出によって存在するビーズの種類を決定するために）、プライマー伸長の性質（したがって、存在する標的／相補的核酸の種類）を決定することができる。
第１のプローブは、TAGGCAATGCWGC（配列番号１２４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２のプローブは、TCYGGGAYGGGACCRACTA（配列番号１２５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３のプローブは、TCAGCACCAGACACACC（配列番号１２６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４のプローブは、TCTGGTCATTGGRGCC（配列番号１２７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第５のプローブは、CGCTCACTGGGCACGGT（配列番号１２８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第６のプローブは、AACTGRGTGTTCATTTTGT（配列番号１２９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第７のプローブは、ATARTTTCCAGGGGCAAA（配列番号１３０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第８のプローブは、CCATCCGCAAGTCAATG（配列番号１３１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第９のプローブは、ATAGTTGCCTGGTGCGAA（配列番号１３２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１０のプローブは、CTGATAARGTAGGTGCTT（配列番号１３３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１１のプローブは、CGCGGCRTCATYGA（配列番号１３４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１２のプローブは、CCTCATARTGRTAATTAG（配列番号１３５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１３のプローブは、CCTCATAGTAATAATTAG（配列番号１３６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１４のプローブは、ATGGTACTGTGACAATGC（配列番号１３７）又はCACGARGGCTCCACRTAC（配列番号２８６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１５のプローブは、TCTGYRGCGGAACCGACT（配列番号１３８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１６のプローブは、AGCTAACGAGTGTGCG（配列番号１３９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１７のプローブは、CTTGCGAATGAATGYGC（配列番号１４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１８のプローブは、TTGGGYTCTAAGCATGTTA（配列番号１４１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第１９のプローブは、TTAGGTTCTAAGCATGTCA（配列番号１４２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２０のプローブは、CYTCGGAGTAYCTSAGYCC（配列番号１４３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２１のプローブは、TCAGACTGCATCCGGTCT（配列番号１４４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２２のプローブは、TCYTGTCACCTCTGAC（配列番号１４５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２３のプローブは、ACAGAGTGTGTYACTGT（配列番号１４６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２４のプローブは、TTGGAATTTCTGGCCC（配列番号１４７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２５のプローブは、CGTTGCCGGATGGA（配列番号１４８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２６のプローブは、CCTACAGCAACTGTTACC（配列番号１４９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２７のプローブは、CATTGCTCCAGAAWAT（配列番号１５０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２８のプローブは、TTCTNGCCATTGYAA（配列番号１５１）又はTGGTTTAGCTTCGGG（配列番号２５５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第２９のプローブは、CAATGTYCCTGTRACACA（配列番号１５２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３０のプローブは、AARCTGGARTCTGARG（配列番号１５３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３１のプローブは、CCTTCRACTGTGTCTCC（配列番号１５４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３２のプローブは、CACTGTGTCACCGCTCA（配列番号１５５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３３のプローブは、TCYGGGAYGGRACCRACTA（配列番号１５６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３４のプローブは、CGCTCAATTGGCTTTAACC（配列番号１５７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３５のプローブは、CGTGGAGAGTGTGTG（配列番号１５８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３６のプローブは、CAACAGACGCTGGCG（配列番号１５９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３７のプローブは、TGTCGGCGTTTATTGG（配列番号１６０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３８のプローブは、CTACTTGGTGTGAYGC（配列番号１６１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第３９のプローブは、CTACTTGGTGTGAYGC（配列番号１６２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４０のプローブは、TCGATAGATCAAGGTGCCT（配列番号１６３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４１のプローブは、TTCTGACCTGAAGGCTCTG（配列番号１６４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４２のプローブは、CTGGTGCARTTYGCCCG（配列番号２４７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４３のプローブは、CAGGAYGCYTCGGARTACCT（配列番号２４８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４４のプローブは、CCAYGCTTGTGGANCTTATGC（配列番号２４９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４５のプローブは、TTYCCCATTCCATTCATTGT（配列番号２５０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４６のプローブは、CCCWGTGTTTGCAGTRGA（配列番号２５１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４７のプローブは、TAGGACCACGGGATGCA（配列番号２５２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４８のプローブは、AAGTTGTCCTCGCTGCCACTC（配列番号２５３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
第４９のプローブは、CAGTGCCCGCGACGGACG（配列番号２５４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１ｆは、GGGWGGWGAAGCWGGATTCTACC（配列番号１６５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１ｒは、ACCTCTRTACTCTCCCATTATGCCTAG（配列番号１６６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２ｆは、CGGCCCCTGAATGYGGCTAA（配列番号１６７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１ｒは、GAAACACGGACACCCAAAGTA（配列番号１６８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３ｆは、CATCAGGTAAYATCCCACAAAAYCAG（配列番号１６９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３ｒは、GTGAATATTAARGCACCTACACATAATAARA（配列番号１７０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４ｆは、GCAGCTCTGATGTCCATCAAGCT（配列番号１７１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４ｒは、CAGCTTGCTTGCTTARAGCAATAGGTCT（配列番号１７２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー５ｆは、GACCRATCCTGTCACCTCTGAC（配列番号１７３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー５ｒは、AGGGCATTYTGGACAAAKCGTCTA（配列番号１７４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー６ｆは、AGTGGRTACGCTGCAGAC（配列番号１７５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー６ｒは、GTTCAGCATTATAAGTCCAGACATCTAG（配列番号１７６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー７ｆは、GCYCCTTTYATATGTATACTCAGAGACCCA（配列番号１７７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー７ｒは、TGTTCTTCCAGTTACATAYTGTTGCATAGC（配列番号１７８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー８ｆは、AAGTGYATGACTGCTCCTGATCARCC（配列番号１７９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー８ｒは、TTGCCAATRTCTCCCACCATRGCATA（配列番号１８０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー９ｆは、GCTCCTTTYATCTGTATCCTCAGAGATCC（配列番号１８１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー９ｒは、TGATCTTCCCGTCACATACTGTTGCATG（配列番号１８２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１０ｆは、GGTTATAAGACAATTTCTTGTACAGGARATG（配列番号１８３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１０ｒは、TTTGCAATRTCTCCCACCATRGCATA（配列番号１８４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１１ｆは、ATGACTTTTGARGTSGAYCCCATGGA（配列番号１８５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１１ｒは、GCCGAGAASGGYGTRCGSAGGTA（配列番号１８６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１２ｆは、AGGGAAARATAGTCAAATCAGTCGA（配列番号１８７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１２ｒは、CAGTTATCCCTGCAYACACATG（配列番号１８８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１３ｆは、AGGGAAARATAGTCAAATCAGTCGA（配列番号１８９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１３ｒは、CAGTTATCCCTGCAYACACATG（配列番号１９０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１４ｆは、GAAGGGTCMAACATCTGYTTAACAAG（配列番号１９１）又はGGGCAAATATGGARACATACGTGAA（配列番号２５６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１４ｒは、GCTWGTGGGAARAAAGAIACTGATCCTG（配列番号１９２）又はTCTTTTTCTARGACATTGTAYTGAACAGC（配列番号２５７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１５ｆは、CGGCCCCTGAATGYGGCTAA（配列番号１９３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１５ｒは、GAAACACGGACACCCAAAGTA（配列番号１９４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１６ｆは、ATGGGTTGGGATTATCCAAAATGTGA（配列番号１９５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１６ｒは、AGCAGTTGTAGCATCACCGGATGAT（配列番号１９６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１７ｆは、ATGGGTTGGGATTATCCTAARTGTGA（配列番号１９７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１７ｒは、GCAGTAGTTGCATCACCACTRCTAGT（配列番号１９８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１８ｆは、ATGGGTTGGGATTATCCCAAATGTGA（配列番号１９９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１８ｒは、GCTGTACTAGCRTCACCAGAAGT（配列番号２００）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー１９ｆは、ATGGGATGGGACTATCCTAAGTGTGA（配列番号２０１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー１９ｒは、GCTGTAGTTGCATCACCAGAAGT（配列番号２０２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２０ｆは、GCCCCARTGGKCNTACATGCACATC（配列番号２０３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２０ｒは、GCCACIGTGGGRTTYCTRAACTT（配列番号２０４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２１ｆは、CACKCCCAGGAARTGACGTAT（配列番号２０５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２１ｒは、CCAGAGATGTTCACTCGCCGGA（配列番号２０６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２２ｆは、GAGTCTTCTAACMGAGGTCGAAACGTA（配列番号２０７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２２ｒは、GGGCACGGTGAGCGTRAA（配列番号２０８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２３ｆは、TCAACAGACACTGTAGACACAGTACT（配列番号２０９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２３ｒは、GTTTCCCGTTATGCTTGTCTTCTAG（配列番号２１０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２４ｆは、ATGGCATCAGTTGGCTAACA（配列番号２１１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２４ｒは、ACAGCCACTGCCCCATT（配列番号２１２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２５ｆは、GGAATAGCCCCCCTACAATTG（配列番号２１３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２５ｒは、AATTCGCATTCTGGGTTTCCTA（配列番号２１４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２６ｆは、CCTTTTTGTTGAACGCAGCAA（配列番号２１５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２６ｒは、CGGATGAGGCAACTAGTGACCTA（配列番号２１６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２７ｆは、GCCGAATGATGCMATMAAYT（配列番号２１７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２７ｒは、CGCACCCATTGGAGTTTGAC（配列番号２１８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２８ｆは、TGGTTTAGCTTCGGGGCRTCATG（配列番号２１９）又はGTNAAACTGAGYAGYGGITACAARGA（配列番号２５８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２８ｒは、AATRGTGCACYGCATGTTTCCRTT（配列番号２２０）又はGGCIAGAAGIAIRAARCATGAYGCC（配列番号２５９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー２９ｆは、TGCATIGGYYACCARTCAAC（配列番号２２１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー２９ｒは、GTTGCACAYARCATYCCATTGTG（配列番号２２２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３０ｆは、AATGTGAYGAYCARTGCATGGA（配列番号２２３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３０ｒは、GAGATGAGGCRACAGTIGAATA（配列番号２２４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３１ｆは、ATTCAGACAGGATGGAACCGTYAA（配列番号２２５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３１ｒは、GATACTAAGCTTTGTTGTGACCTCAT（配列番号２２６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３２ｆは、ACCCGATTRGARGCTTTCAGACAAGA（配列番号２２７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３２ｒは、CTGTTGRGACCGCATGATTGAC（配列番号２２８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３３ｆは、CGGCCCCTGAATGYGGCTAA（配列番号２２９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３３ｒは、GAAACACGGACACCCAAAGTA（配列番号２３０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３４ｆは、AAAGGCATGCAAGACGCTATG（配列番号２３１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３４ｒは、TGTTAAGAACGTCTTTCATTTGCTG（配列番号２３２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３５ｆは、CCTTTCGTGGCAGTTGGGTCA（配列番号２３３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３５ｒは、ACTGAGCTTGATCCGCCCACA（配列番号２３４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３６ｆは、CAAGGGCTATAAAGGCGTTGCT（配列番号２３５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３６ｒは、CATGATAATTGATGGTCGCAGACTT（配列番号２３６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３７ｆは、AATTTCATCGTTCCCGGCAG（配列番号２３７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３７ｒは、GCCGCGTTTACTAATCCCCA（配列番号２３８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３８ｆは、GCACTATGTGGGAAGGTGCTTCA（配列番号２３９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３８ｒは、CTGCGCGGATGCTAATGG（配列番号２４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー３９ｆは、GCACTATGTGGGAAGGTGCTTCA（配列番号２４１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー３９ｒは、GTAGTATCCTGCGCGGATGCT（配列番号２４２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４０ｆは、TGGCACTACCCCTCTCCGTATTCACG（配列番号２４３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４０ｒは、GTACGGGCGACCCCACGATGAC（配列番号２４４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４１ｆは、AGATTTGGACCTGCGAGCG（配列番号２４５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４１ｒは、GAGCGGCTGTCTCCACAAGT（配列番号２４６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４２ｆは、GCCCCARTGGKCNTACATGCACATC（配列番号２０３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４２ｒは、GCCACIGTGGGRTTYCTRAACTT（配列番号２０４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４３ｆは、CARTGGKCITACATGCAYATCKC（配列番号２６４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４３ｒは、GCRCGGGCRAAYTGCACCAG（配列番号２６５）又はGCGCGGGCAAACTGCACGAG（配列番号２６６）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４４ｆは、GGTGGYAGATGGCGTRCCATA（配列番号２７０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４４ｒは、TCTRACAAACTTACTAGAGGATGGCTG（配列番号２７１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４５ｆは、ATGGTYTCAGCTATGAACACAGCA（配列番号２７４）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４５ｒは、TGCCAGYTTTTGGACGTCTTCTCC（配列番号２７５）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４６ｆは、GCAGCTCTGATGTCCATCAAGCT（配列番号１７１）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４６ｒは、CAGCTTGCTTGCTTARAGCAATAGGTCT（配列番号１７２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４７ｆは、CGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGA（配列番号２７８）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４７ｒは、CTCATCCCACACCGCTAAAGCGCTT（配列番号２７９）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４８ｆは、GACGGGCCTCTTCGTCRTACGCAAT（配列番号２８２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４８ｒは、GAGTGCTAGGTCGGGACGGTGAG（配列番号２８３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
プライマー４９ｆは、GACGGGCCTCTTCGTCRTACGCAAT（配列番号２８２）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、プライマー４９ｒは、GAGTGCTAGGTCGGGACGGTGAG（配列番号２８３）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列を含む。
配列相同性／同一性
パーセント同一性を決定するためには、これだけに限定することなく、全体的な方法、局所的な方法及びハイブリッド方法、例えば、セグメントアプローチ方法などを含めた種々の配列アラインメント方法のいずれを用いてもよい。パーセント同一性を決定するためのプロトコールは、当業者の力量の範囲内の常套的な手順である。全体的な方法では、分子の初めから終わりまで配列をアラインメントし、個々の残基対のスコアを合計することによって、及びギャップペナルティを課すことによって最良のアラインメントを決定する。非限定的な方法としては、例えば、以下のものが挙げられる。CLUSTAL W、例えば、Julie D. Thompson et al., CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position- Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22 (22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994)を参照されたい；及び反復改良、例えば、Osamu Gotoh, Significant Improvement in Accuracy of Multiple Protein. Sequence Alignments by Iterative Refinement as Assessed by Reference to Structural Alignments, 264(4) J. Mol. Biol. 823-838 (1996)を参照されたい。局所的な方法では、入力配列の全てに共有される１又は２以上の保存されたモチーフを同定することにより、配列をアラインメントする。非限定的な方法としては、例えば、以下のものが挙げられる。Match-box、例えば、Eric Depiereux and Ernest Feytmans, Match-Box: A Fundamentally New Algorithm for the Simultaneous Alignment of Several Protein Sequences, 8(5) CABIOS 501 -509 (1992)を参照されたい；ギブスサンプリング（Gibbs sampling）、例えば、C. E. Lawrence et al., Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, 262 (5131) Science 208-214 (1993)を参照されたい；Align-M、例えば、Ivo Van Walle et al., Align-M-A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, 20 (9) Bioinformatics:1428-1435 (2004)を参照されたい。このように、パーセント配列同一性は従来の方法によって決定する。例えば、Altschul et al., Bull. Math. Bio. 48: 603-16, 1986及びHenikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-19, 1992を参照されたい。
パーセント同一性を決定するためには、これだけに限定することなく、全体的な方法、局所的な方法及びハイブリッド方法、例えば、セグメントアプローチ方法などを含めた種々の配列アラインメント方法のいずれを用いてもよい。パーセント同一性を決定するためのプロトコールは、当業者の力量の範囲内の常套的な手順である。全体的な方法では、分子の初めから終わりまで配列をアラインメントし、個々の残基対のスコアを合計することによって、及びギャップペナルティを課すことによって最良のアラインメントを決定する。非限定的な方法としては、例えば、以下のものが挙げられる。CLUSTAL W、例えば、Julie D. Thompson et al., CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position- Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22 (22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994)を参照されたい；及び反復改良、例えば、Osamu Gotoh, Significant Improvement in Accuracy of Multiple Protein. Sequence Alignments by Iterative Refinement as Assessed by Reference to Structural Alignments, 264(4) J. Mol. Biol. 823-838 (1996)を参照されたい。局所的な方法では、入力配列の全てに共有される１又は２以上の保存されたモチーフを同定することにより、配列をアラインメントする。非限定的な方法としては、例えば、以下のものが挙げられる。Match-box、例えば、Eric Depiereux and Ernest Feytmans, Match-Box: A Fundamentally New Algorithm for the Simultaneous Alignment of Several Protein Sequences, 8(5) CABIOS 501 -509 (1992)を参照されたい；ギブスサンプリング（Gibbs sampling）、例えば、C. E. Lawrence et al., Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, 262 (5131) Science 208-214 (1993)を参照されたい；Align-M、例えば、Ivo Van Walle et al., Align-M-A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, 20 (9) Bioinformatics:1428-1435 (2004)を参照されたい。このように、パーセント配列同一性は従来の方法によって決定する。例えば、Altschul et al., Bull. Math. Bio. 48: 603-16, 1986及びHenikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-19, 1992を参照されたい。
上でもたらされた特定の配列のバリアントは、その代わりに、バリアント配列と上でもたらされた特定の参照配列の間で異なるヌクレオチドの数を列挙することによって定義することができる。したがって、一実施形態では、配列は、上でもたらされた特異的な配列とは２ヌクレオチド以下の位置、例えば、１ヌクレオチド以下の位置が異なるヌクレオチド配列を含んでよい（又はそれからなってよい）。保存された置換が好ましい。
例として、バリアントプローブ配列は、定義済みの第１のプローブ（GGCAATGCWG；配列番号１）に対する、GGCAATGCIG（配列番号２８７）；GGCAATGCAG（配列番号２８８）；GGCAATGCTG（配列番号２８９）；AGGCAATGCW（配列番号２９０）又はGCAATGCWGCWCC（配列番号２９１）から選択される核酸配列を含んでよい。
バリアントプローブ配列のさらなる例は、定義済みの第２のプローブ（GAYGGGACCR；配列番号２）に対する、GAYGGRACCR（配列番号２９２）；GAYRGGACCR（配列番号２９３）；GATGGGACCR（配列番号２９４）；GACGGGACCR（配列番号２９５）；GAYGGGACCG（配列番号２９６）；GAYGGGACCA（配列番号２９７）；AYGGGACCRA（配列番号２９８）；GGAYGGGACC（配列番号２９９）；GAYGGGACCI（配列番号３００）；又はGAIGGGACCR（配列番号３０１）を含む。
バリアント配列の例は、定義済みの核酸配列（CACCAGACAC；配列番号３）を含むと定義される第３のプローブに対する、ACCAGACACA（配列番号３０２）；GCACCAGACA（配列番号３０３）；CACIAGACAC（配列番号３０４）；CACCAGAIAC（配列番号３０５）；CACCWGACAC（配列番号３０６）；CACCAGACWC（配列番号３０７）；又はCACCARACAC（配列番号３０８）も含む。
バリアントのさらなる例は、定義済みの核酸配列（GGTCATTGGR；配列番号４）を含む第４のプローブに対する、GGTCATYGGR（配列番号３０９）；GGTCATTGGG（配列番号３１０）；GGTCATTGGA（配列番号３１１）；GTCATTGGRG（配列番号３１２）；TGGTCATTGG（配列番号３１３）；GGTCATCGGR（配列番号３１４）；RGTCATTGGR（配列番号３１５）；AGTCATTGGR（配列番号３１６）；GGTIATTGGR（配列番号３１７）；又はGGTCATTIGR（配列番号３１８）を含む。
バリアントプローブ配列のさらなる例は、定義済みの核酸配列（CACTGGGCAC；配列番号５）を有する第５のプローブに対する、ACTGGGCACG（配列番号３１９）；TCACTGGGCA（配列番号３２０）；CRCTGGGCAC（配列番号３２１）；CGCTGGGCAC（配列番号３２２）；CACTGGGIAC（配列番号３２３）；CAITGGGCAC（配列番号３２４）；CACTGGRCAC（配列番号３２５）；CACTRGGCAC（配列番号３２６）；又はCACYGGGCAC（配列番号３２７）も含む。
定義済みの第６のプローブ（RGTGTTCATT；配列番号６）に対するバリアントプローブ配列の例は、GRGTGTTCAT（配列番号３２８）；GTGTTCATTT（配列番号３２９）；AGTGTTCATT（配列番号３３０）；GGTGTTCATT（配列番号３３１）；RGTGTTIATT（配列番号３３２）；RGTRTTCATT（配列番号３３３）；RGTGTTCAWT（配列番号３３４）；RGTGTWCATT（配列番号３３５）；RGTGTTCWTT（配列番号３３６）；又はRGIGTTCATT（配列番号３３７）を含む。
上記の配列（及び上で定義されたその配列バリアント）の断片、例えば、本明細書に記載の定義済みの配列の１０塩基対、９塩基対、８塩基対、７塩基対、６塩基対、５塩基対、４塩基対、３塩基対、２塩基対又は１塩基対を含む断片も使用することができる。
Ｈ５パネル検証
我々のアッセイの正確度を確認するために、４１ウェルを含有する検査カードを調製し、ウェルには、それぞれ、それぞれの第１〜第４１のプローブをローディングした。
我々のアッセイの正確度を確認するために、４１ウェルを含有する検査カードを調製し、ウェルには、それぞれ、それぞれの第１〜第４１のプローブをローディングした。
検査カードを公知のＨ５インフルエンザウイルス技能パネルで検証した。用いたプロトコールは以下のステップを含む：５０℃で５分（ＲＴ）；９５℃で２０秒；９５℃で１秒×４５；及び６０℃で２０秒。
表１（以下を参照されたい）を参照すると、予測されるＣｔ結果が左側の列に示されており、検査カードの結果が右端の列に示されている。リアルタイムＰＣＲアッセイでは、陽性反応を蛍光シグナルの蓄積によって検出する。Ｃｔ値（サイクル閾値）は、蛍光シグナルが閾値と交差する（すなわち、バックグラウンドレベルを超える）ために必要なサイクルの数と定義される。
検査カードの結果は、全ての検体について正確に呼び出された。特に、検査カードプローブにより、検体Ｇ＊におけるタミフル抵抗性／感受性混合物が正確に呼び出され、２つのＨ５Ｎ１分離株が３つの関連性のあるプローブ全てを用いて正確に呼び出された。また、検査カードプローブにより、全ての検体が季節性Ｈ１／Ｈ３及びＨ１ｖ２００９に正確に亜型分類された。他のプローブ結果は全て陰性であった。
Ｆｌｕ Ａ／Ｂパネル検証
我々のアッセイの正確度を確認するために、実施例１の通り、４１ウェルを含有する検査カードを調製し、ウェルに、それぞれ、我々のそれぞれの第１〜第４１のプローブをローディングした。
我々のアッセイの正確度を確認するために、実施例１の通り、４１ウェルを含有する検査カードを調製し、ウェルに、それぞれ、我々のそれぞれの第１〜第４１のプローブをローディングした。
ｆｌｕ Ａ／Ｂウイルス技能パネルで検査カードを検証した。表２（以下を参照されたい）を参照すると、予測されるＣｔ結果が左側の列に示されており、検査カードの結果が右端の列に示されている。再度、アレイにより、パネル内の検体のそれぞれが正確に呼び出された。
トリＨ５インフルエンザの疑いがある患者由来の検体を、従来のマルチプレックス検査と並行して、本発明に従って分析した
オーストラリア、タスマニアの６０歳の退職した教師が妻と一緒に２０１１年８月２６日に香港に旅行した。彼は香港に５日間滞在した後、続けてＵＫに、２０１１年８月３１に到着した。彼は２０１１年９月４日に病院を訪れたが、病気とはみられなかったので家に帰った。彼は、さらに具合が悪くなったので２０１１年９月８日に再度受診した。呼吸器検体（痰及び鼻／のどのスワブ）を２０１１年９月８日に取得した。
オーストラリア、タスマニアの６０歳の退職した教師が妻と一緒に２０１１年８月２６日に香港に旅行した。彼は香港に５日間滞在した後、続けてＵＫに、２０１１年８月３１に到着した。彼は２０１１年９月４日に病院を訪れたが、病気とはみられなかったので家に帰った。彼は、さらに具合が悪くなったので２０１１年９月８日に再度受診した。呼吸器検体（痰及び鼻／のどのスワブ）を２０１１年９月８日に取得した。
２０１１年９月１０日土曜日に、検体を本発明に従って検査し（アッセイは合計２時間で完了した）、検査カードの結果は以下に示されている。
プローブ２２（Ｆｌｕ Ａ Ｑｕａｄ）＝２６．３
プローブ５（Ｆｌｕ Ａ ＣＤＣ）＝２３．７
プローブ２６（Ｈ３）＝２２．７
陽性対照：プローブ４０（ＭＳ２ファージ）＝３２．０；プローブ４１（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）＝２２．６
検査カード上の他のプローブは全て明白に陰性であった。
検査カードの結果：Ｈ５陰性、輸入季節性Ｈ３Ｎ２インフルエンザ
プローブ２２（Ｆｌｕ Ａ Ｑｕａｄ）＝２６．３
プローブ５（Ｆｌｕ Ａ ＣＤＣ）＝２３．７
プローブ２６（Ｈ３）＝２２．７
陽性対照：プローブ４０（ＭＳ２ファージ）＝３２．０；プローブ４１（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）＝２２．６
検査カード上の他のプローブは全て明白に陰性であった。
検査カードの結果：Ｈ５陰性、輸入季節性Ｈ３Ｎ２インフルエンザ
並行して、従来のマルチプレックスアッセイを実施し（アッセイは合計４〜５時間で完了した）、結果が以下に提供される：
Ｆｌｕ Ａ Ｑｕａｄ＝２６．４
Ｆｌｕ Ａ ＣＤＣ＝１７．９
Ｈ３ ＣｆＩ＝１９．７
常套的なマルチプレックスの結果：Ｈ５陰性、輸入季節性Ｈ３Ｎ２インフルエンザ
Ｆｌｕ Ａ Ｑｕａｄ＝２６．４
Ｆｌｕ Ａ ＣＤＣ＝１７．９
Ｈ３ ＣｆＩ＝１９．７
常套的なマルチプレックスの結果：Ｈ５陰性、輸入季節性Ｈ３Ｎ２インフルエンザ
これらのデータにより、本発明のシングルプレックス検査カードアッセイは、アッセイ結果の送達において、はるかに速く（２倍以上の速さ）、さらにはより正確であった（より高いＣｔ値）ことが確認される。さらに、本発明のシングルプレックスアッセイカード手法により、従来のマルチプレックス手法よりもはるかに包括的なスクリーニング（検査する異なる病原体の数に関して）が可能になる（全て、はるかに短い時間枠で）。
第２のトリＨ５の疑いがある症例を、従来のマルチプレックス検査と並行して、本発明に従って分析した
最近北ソマリア、ジブチ及びドバイを旅行した５０歳の女性が、１０／１１／１１に両側性肺炎（挿管を必要とする）の急性症例でＬｏｎｄｏｎ Ｈｏｓｐｉｔａｌを訪れた。検体（鼻／のどのスワブ）を本発明に従って検査し（全アッセイ時間＝２時間）、検査カードの結果は以下に示されている。
プローブ３（ｈＭＰＶ）＝３１．０−これは検体において検出された唯一のウイルス実体であった
陽性対照：プローブ４０（ＭＳ２ファージ）＝３１．０：プローブ４１（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）＝２９．４
カード上の他のプローブは全て明白に陰性であった。
結果：トリＨ５インフルエンザウイルス陰性、患者はｈＭＰＶ感染を有する
最近北ソマリア、ジブチ及びドバイを旅行した５０歳の女性が、１０／１１／１１に両側性肺炎（挿管を必要とする）の急性症例でＬｏｎｄｏｎ Ｈｏｓｐｉｔａｌを訪れた。検体（鼻／のどのスワブ）を本発明に従って検査し（全アッセイ時間＝２時間）、検査カードの結果は以下に示されている。
プローブ３（ｈＭＰＶ）＝３１．０−これは検体において検出された唯一のウイルス実体であった
陽性対照：プローブ４０（ＭＳ２ファージ）＝３１．０：プローブ４１（ＲＮＡ分解酵素Ｐ）＝２９．４
カード上の他のプローブは全て明白に陰性であった。
結果：トリＨ５インフルエンザウイルス陰性、患者はｈＭＰＶ感染を有する
並行したマルチプレックスの結果（アッセイ時間＝４〜５時間）
ｈＭＰＶ＝２５．０
結果：トリＨ５インフルエンザウイルス陰性、ｈＭＰＶ感染が確認された。
ｈＭＰＶ＝２５．０
結果：トリＨ５インフルエンザウイルス陰性、ｈＭＰＶ感染が確認された。
これらのデータにより、本発明のシングルプレックス検査カード手法が従来のマルチプレックス検査よりも優れていることが証明され（より高いＣｔ値）、それよりも速く結果がもたらされ、それにより、結果が数時間早く送達され、患者が追加的なウイルス性病原体及び細菌性病原体についてスクリーニングされたことが確認される。
本発明の性能を、分子診断パネルについての品質管理を使用して評価した。
検査カードの性能を十分に評価するために、市販の外部の分子診断についての品質管理（ＱＣＭＤ, Quality Control for Molecular Diagnostics）パネル（ｗｗｗ．ｑｃｍｄ．ｏｒｇ）をさまざまな異なる病原体に対して検査し、それにより、検査カードの結果の品質、性能及び頑強性について国際的なベンチマークがもたらされた。
検査カードの性能を十分に評価するために、市販の外部の分子診断についての品質管理（ＱＣＭＤ, Quality Control for Molecular Diagnostics）パネル（ｗｗｗ．ｑｃｍｄ．ｏｒｇ）をさまざまな異なる病原体に対して検査し、それにより、検査カードの結果の品質、性能及び頑強性について国際的なベンチマークがもたらされた。
ＱＣＭＤ２０１１ レジオネラ・ニューモフィラ ＤＮＡ ＥＱＡプログラム １００％正確
ＱＣＭＤ２０１０ パラインフルエンザウイルス ＲＮＡ ＥＱＡプログラム １００％正確
ＱＣＭＤ２０１０ ライノウイルス及びコロナウイルス ＲＮＡ ＥＱＡプログラム １００％正確
ＱＣＭＤ２０１１ エンテロウイルス ＲＮＡ ＥＱＡプログラム １１／１２が正確
ＱＣＭＤ２０１０ アデノウイルス ＤＮＡ ＥＱＡプログラム ６／８が正確
ＱＣＭＤ２０１０ メタニューモウイルス及び呼吸器合胞体ウイルス １０／１２が正確
ＱＣＭＤ２０１１ 肺炎クラミジア及び肺炎マイコプラズマ ９／１１が正確
ＱＣＭＤ２０１０ パラインフルエンザウイルス ＲＮＡ ＥＱＡプログラム １００％正確
ＱＣＭＤ２０１０ ライノウイルス及びコロナウイルス ＲＮＡ ＥＱＡプログラム １００％正確
ＱＣＭＤ２０１１ エンテロウイルス ＲＮＡ ＥＱＡプログラム １１／１２が正確
ＱＣＭＤ２０１０ アデノウイルス ＤＮＡ ＥＱＡプログラム ６／８が正確
ＱＣＭＤ２０１０ メタニューモウイルス及び呼吸器合胞体ウイルス １０／１２が正確
ＱＣＭＤ２０１１ 肺炎クラミジア及び肺炎マイコプラズマ ９／１１が正確
これらのデータにより、本発明のシングルプレックス検査カード手法により、従来のマルチプレックスアッセイよりもはるかに短い時間枠で結論づけられたが（２時間対４〜５時間）、それに匹敵する感度及び性能の両方がもたらされたことが確認される。
種々のウイルスについて陽性である２１６の臨床検体を使用した、本発明と従来のマルチプレックス呼吸器アッセイの比較的な一対一評価。
アッセイカードの結果が下に示されている。
３０のＲＳＶ陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１４のＦｌｕ Ｂ陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致（検体は２種の同時感染、ｈＭＰＶ及びＲＳＶを含んだ）
５４のＦｌｕ Ａ陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致（検体はタミフル抵抗性分離株、及びＦｌｕ Ｂ同時感染を含んだ）
１０のボカウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致（８／１０がアッセイカードでは同時感染であることが見出された、高ボカウイルスウイルス負荷−Ｃｔ値の範囲１５〜２６）
３１のヒトパラインフルエンザウイルス陽性検体（１型〜４型） 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１７のアデノウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
２２のライノウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１１のエンテロウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１１のコロナウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１６のヒトメタニューモウイルス 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
アッセイカードの結果が下に示されている。
３０のＲＳＶ陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１４のＦｌｕ Ｂ陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致（検体は２種の同時感染、ｈＭＰＶ及びＲＳＶを含んだ）
５４のＦｌｕ Ａ陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致（検体はタミフル抵抗性分離株、及びＦｌｕ Ｂ同時感染を含んだ）
１０のボカウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致（８／１０がアッセイカードでは同時感染であることが見出された、高ボカウイルスウイルス負荷−Ｃｔ値の範囲１５〜２６）
３１のヒトパラインフルエンザウイルス陽性検体（１型〜４型） 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１７のアデノウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
２２のライノウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１１のエンテロウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１１のコロナウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
１６のヒトメタニューモウイルス 常套的なマルチプレックスアッセイと１００％一致
これらのデータにより、重ねて本発明のシングルプレックス検査カード手法が高度に特異的であり感度が高いだけでなく頑強であり、正確な病原体のみが検出されることが確認される。具体的には、検査カードで偽陽性は観察されなかった。唯一の偽陰性の結果は単一のコロナウイルス検体を用いたものであり、我々の常套的なリアルタイムマルチプレックスアッセイではＣｔ＞３２であり、アレイカードでは検出されなかった。検査カードを使用して同時感染も正確に同定された。３１の既知の陰性検体もカードによって処理し、標的のいずれについても偽陽性の結果は観察されなかった。
なし
Claims (16)
- 試料中に少なくとも６種の呼吸器感染症原因微生物のうちの１又は２以上が存在することを検出するため、又は前記試料中に前記呼吸器感染症原因微生物が存在しないことを検出するためのユニプレックス方法であって、
Ａ）試料を検査カードにアプライするステップであって、前記検査カードが６つの個別のウェル：
１）核酸配列GGCAATGCWG（配列番号１）に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１のプローブを含む第１のウェル；
２）核酸配列GAYGGGACCR（配列番号２）に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２のプローブを含む第２のウェル；
３）核酸配列CACCAGACAC（配列番号３）に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３のプローブを含む第３のウェル；
４）核酸配列GGTCATTGGR（配列番号４）に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４のプローブを含む第４のウェル；
５）核酸配列CACTGGGCAC（配列番号５）に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第５のプローブを含む第５のウェル；
６）核酸配列RGTGTTCATT（配列番号６）に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第６のプローブを含む第６のウェル
を含むステップと、
Ｂ）前記試料中に存在する核酸を前記ウェル中の前記プローブと接触させるステップと、
Ｃ）試料核酸が前記プローブのうちの１又は２以上に結合した結合核酸複合体の存在を検出するステップであって、結合核酸複合体が存在することにより、前記６種の呼吸器感染症原因微生物のうちの１又は２以上由来の核酸が前記試料中に存在することが確認され、結合核酸複合体が存在しないことにより、前記６種の呼吸器感染症原因微生物の全て由来の核酸が前記試料中に存在しないことが確認されるステップと
を含む方法。 - 検査カードが、
７）配列番号７の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第７のプローブを含む第７のウェル；
８）配列番号８の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第８のプローブを含む第８のウェル；
９）配列番号９の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第９のプローブを含む第９のウェル；
１０）配列番号１０の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１０のプローブを含む第１０のウェル；
１１）配列番号１１の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１１のプローブを含む第１１のウェル；
１２）配列番号１２の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１２のプローブを含む第１２のウェル；
１３）配列番号１３の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１３のプローブを含む第１３のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む、請求項１に記載の方法。 - 検査カードが、追加的な第７〜第１３のウェル及び対応する第７〜第１３の追加的なプローブのそれぞれを含む、請求項８に記載の方法。
- 検査カードが、
１４）配列番号１４の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１４のプローブを含む第１４のウェル；
１５）配列番号１５の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１５のプローブを含む第１５のウェル；
１６）配列番号１６の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１６のプローブを含む第１６のウェル；
１７）配列番号１７の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１７のプローブを含む第１７のウェル；
１８）配列番号１８の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１８のプローブを含む第１８のウェル；
１９）配列番号１９の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第１９のプローブを含む第１９のウェル；
２０）配列番号２０の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２０のプローブを含む第２０のウェル；
２１）配列番号２１の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２１のプローブを含む第２１のウェル；
２２）配列番号２２の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２２のプローブを含む第２２のウェル；
２３）配列番号２３の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２３のプローブを含む第２３のウェル；
２４）配列番号２４の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２４のプローブを含む第２４のウェル；
２５）配列番号２５の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２５のプローブを含む第２５のウェル；
２６）配列番号２６の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２６のプローブを含む第２６のウェル；
２７）配列番号２７の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２７のプローブを含む第２７のウェル；
２８）配列番号２８の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２８のプローブを含む第２８のウェル；
２９）配列番号２９の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第２９のプローブを含む第２９のウェル；
３０）配列番号３０の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３０のプローブを含む第３０のウェル；
３１）配列番号３１の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３１のプローブを含む第３１のウェル；
３２）配列番号３２の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３２のプローブを含む第３２のウェル；
３３）配列番号３３の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３３のプローブを含む第３３のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。 - 検査カードが、追加的な第１４〜第３３のウェル及び対応する第１４〜第３３の追加的なプローブのそれぞれを含む、請求項４に記載の方法。
- 検査カードが、
３４）配列番号３４の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３４のプローブを含む第３４のウェル；
３５）配列番号３５の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３５のプローブを含む第３５のウェル；
３６）配列番号３６の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３６のプローブを含む第３６のウェル；
３７）配列番号３７の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３７のプローブを含む第３７のウェル；
３８）配列番号３８の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３８のプローブを含む第３８のウェル；
３９）配列番号３９の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第３９のプローブを含む第３９のウェル
から選択される１又は２以上の追加的なウェル及び対応する１又は２以上の追加的なプローブを含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。 - 検査カードが、追加的な第３３〜第３９のウェル及び対応する第３３〜第３９の追加的なプローブのそれぞれを含む、請求項６に記載の方法。
- 検査カードが、
４０）配列番号４０の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４０のプローブを含む第４０のウェル；
４１）配列番号４１の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第４１のプローブを含む第４１のウェル
から選択される１又は２以上の追加的な対照ウェル及び対応する１又は２以上の追加的な対照プローブを含む、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。 - 検査カードが、追加的な第４０のウェル又は第４１のウェル及び対応する第４０〜第４１の追加的なプローブの一方又は両方を含む、請求項８に記載の方法。
- 検出の前に核酸増幅ステップを含む、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
- 請求項１〜１０のいずれかに記載の方法において使用するための検査カードであって、複数のウェルを含み、少なくとも６つのウェルが設けられ、第１のウェルが請求項１〜１０に記載の本発明の第１のプローブを含み、第２のウェルが請求項１〜１０に記載の本発明の第２のプローブを含み、第３のウェルが請求項１〜１０に記載の本発明の第３のプローブを含み、第４のウェルが請求項１〜１０に記載の本発明の第４のプローブを含み、第５のウェルが請求項１〜１０に記載の本発明の第５のプローブを含み、第６のウェルが請求項１〜１０に記載の本発明の第６のプローブを含む検査カード。
- 追加的な第７〜第１３のウェルのうちの１又は２以上（好ましくは全て）をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第７〜第１３のプローブを含有する、請求項１１に記載の検査カード。
- 追加的な第１４〜第３３のウェルのうちの１又は２以上（好ましくは全て）をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第１４〜第３３のプローブを含有する、請求項１１又は１２に記載の検査カード。
- 追加的な第３４〜第３９のウェルのうちの１又は２以上（好ましくは全て）をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第３４〜第３９のプローブを含有する、請求項１１〜１３のいずれかに記載の検査カード。
- 追加的な第４０のウェル及び第４１のウェルの一方又は両方（好ましくは両方）をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第４０のプローブ及び第４１のプローブを含有する、請求項１１〜１４のいずれかに記載の検査カード。
- プローブがそれぞれのウェルの表面に固定化されており、好ましくは、前記プローブが、前記それぞれのウェルのｑ表面に吸着した凍結乾燥形態で存在する、請求項１１〜１５のいずれかに記載の検査カード。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GB201121210A GB201121210D0 (en) | 2011-12-09 | 2011-12-09 | Respiratory infection assay |
| GB1121210.7 | 2011-12-09 | ||
| PCT/GB2012/053076 WO2013084010A1 (en) | 2011-12-09 | 2012-12-10 | Respiratory infection assay |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2015500027A true JP2015500027A (ja) | 2015-01-05 |
| JP6421037B2 JP6421037B2 (ja) | 2018-11-07 |
Family
ID=45541492
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2014545362A Active JP6421037B2 (ja) | 2011-12-09 | 2012-12-10 | 呼吸器感染症アッセイ |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US10294534B2 (ja) |
| EP (1) | EP2788503B1 (ja) |
| JP (1) | JP6421037B2 (ja) |
| CN (1) | CN104039981B (ja) |
| AU (1) | AU2012349863B2 (ja) |
| BR (1) | BR112014013825B1 (ja) |
| CA (1) | CA2858009C (ja) |
| GB (1) | GB201121210D0 (ja) |
| RU (1) | RU2642304C2 (ja) |
| WO (1) | WO2013084010A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201315527D0 (en) * | 2013-08-30 | 2013-10-16 | Sec Dep For Health The | Assay for the detection of infection-causing e.coli strains |
| CN111139317A (zh) * | 2020-03-13 | 2020-05-12 | 欧陆分析技术服务(苏州)有限公司 | 一种sars-cov-2病毒多重荧光定量pcr检测试剂盒及检测方法 |
| WO2021187824A1 (en) * | 2020-03-16 | 2021-09-23 | Seegene, Inc. | Sampling kit used in determination of respiratory infection |
| RU2741508C1 (ru) * | 2020-06-19 | 2021-01-26 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ диагностики респираторной вирусной инфекции у детей |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2006180878A (ja) * | 2004-12-24 | 2006-07-13 | Samsung Electronics Co Ltd | 呼吸器感染に関連したウイルスに特異的な核酸プライマーセットおよびプローブオリゴヌクレオチド |
| JP2009523451A (ja) * | 2006-01-18 | 2009-06-25 | リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ コロラド | 既存のおよび新興のインフルエンザ株の診断法としてのｄｎａアレイ解析の方法 |
| JP2010178687A (ja) * | 2009-02-06 | 2010-08-19 | Japan Health Science Foundation | 病原体を検出するためのマイクロアレイ又はそれを含むキット |
| WO2011122034A1 (ja) * | 2010-03-31 | 2011-10-06 | 有限会社山口ティー・エル・オー | 核酸クロマトグラフ法を利用した肺炎原因菌の検出方法 |
Family Cites Families (23)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6582908B2 (en) * | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
| DE69939388D1 (de) | 1998-09-24 | 2008-10-02 | Innogenetics Nv | Identizierung von microorganismen,die akute atemwegsinfektionen verursachen |
| US20050202414A1 (en) | 2001-11-15 | 2005-09-15 | The Regents Of The University Of California | Apparatus and methods for detecting a microbe in a sample |
| AU2003294533A1 (en) | 2002-12-19 | 2004-07-14 | Universite Laval | Molecular methods and compositions for detecting and quantifying respiratory viruses |
| US20050136395A1 (en) * | 2003-05-08 | 2005-06-23 | Affymetrix, Inc | Methods for genetic analysis of SARS virus |
| WO2005038427A2 (en) | 2003-06-05 | 2005-04-28 | Medical Gene Center Ltd. | Rapid identification of viruses of the upper respiratory tract infection including sars causing coronus viruses |
| CN100510101C (zh) | 2003-07-14 | 2009-07-08 | 博奥生物有限公司 | 用于检测sars病毒和其它感染性物质的方法和组合物 |
| US9107939B2 (en) * | 2003-12-24 | 2015-08-18 | De Staat Der Nederlanden, Vert. Door De Minister Van Vws | Respiratory syncytial virus with a genomic deficiency complemented in trans |
| AU2005250325A1 (en) | 2004-04-15 | 2005-12-15 | Allied Biotech, Inc. | Methods and apparatus for detection of viral infection |
| WO2006073436A2 (en) | 2004-04-29 | 2006-07-13 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Mass tag pcr for multiplex diagnostics |
| ES2303395B1 (es) | 2004-12-24 | 2009-05-29 | Instituto De Salud Carlos Iii | Sondas y metodos para la deteccion e identificacion simultanea de multiples virus causantes de infecciones respiratorias en humanos. |
| WO2006121773A2 (en) * | 2005-05-06 | 2006-11-16 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and assays to detect influenza virus a and b nucleic acids |
| US20070092871A1 (en) | 2005-10-20 | 2007-04-26 | Combimatrix Corporation | Microarray for pathogen identification |
| US8232058B2 (en) | 2006-01-20 | 2012-07-31 | Lawrence Livermore National Security, Llc | Multiplex detection of respiratory pathogens |
| JP2009535068A (ja) | 2006-04-28 | 2009-10-01 | シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・インコーポレーテッド | ヒトインフルエンザウイルスおよびトリインフルエンザウイルスを検出するための核酸プライマーおよびプローブ |
| US7582433B2 (en) * | 2006-10-12 | 2009-09-01 | Fair Isaac Corporation | Devices for generating detectable polymers |
| US20100105025A1 (en) * | 2006-10-12 | 2010-04-29 | Engelhard Eric K | Devices for generating detectable polymers |
| US20100086908A1 (en) | 2007-05-17 | 2010-04-08 | Prudent James R | Methods for the detection of respiratory viruses |
| CA2693449A1 (en) * | 2007-07-17 | 2009-01-22 | Universite Laval | Nucleic acid sequences for the amplification and detection of respiratory viruses |
| RU2361924C1 (ru) * | 2007-11-23 | 2009-07-20 | Государственное учреждение Научно-исследовательский институт вирусологии им. Д.И. Ивановского Российской академии медицинских наук | Способ обнаружения вируса гриппа а подтипа h5n1 |
| EP2077337A1 (en) * | 2007-12-26 | 2009-07-08 | Eppendorf Array Technologies SA | Amplification and detection composition, method and kit |
| CN102031314A (zh) * | 2010-08-25 | 2011-04-27 | 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 | 一种用于检测人偏肺病毒核酸的引物和探针序列 |
| CN101985664B (zh) * | 2010-11-01 | 2012-08-08 | 中华人民共和国北京出入境检验检疫局 | 检测a型流感病毒的核苷酸序列和试剂盒 |
-
2011
- 2011-12-09 GB GB201121210A patent/GB201121210D0/en not_active Ceased
-
2012
- 2012-12-10 CA CA2858009A patent/CA2858009C/en active Active
- 2012-12-10 WO PCT/GB2012/053076 patent/WO2013084010A1/en active Application Filing
- 2012-12-10 AU AU2012349863A patent/AU2012349863B2/en active Active
- 2012-12-10 JP JP2014545362A patent/JP6421037B2/ja active Active
- 2012-12-10 BR BR112014013825-7A patent/BR112014013825B1/pt active IP Right Grant
- 2012-12-10 CN CN201280060710.2A patent/CN104039981B/zh active Active
- 2012-12-10 EP EP12806635.4A patent/EP2788503B1/en active Active
- 2012-12-10 US US14/363,533 patent/US10294534B2/en active Active
- 2012-12-10 RU RU2014127865A patent/RU2642304C2/ru active
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2006180878A (ja) * | 2004-12-24 | 2006-07-13 | Samsung Electronics Co Ltd | 呼吸器感染に関連したウイルスに特異的な核酸プライマーセットおよびプローブオリゴヌクレオチド |
| JP2009523451A (ja) * | 2006-01-18 | 2009-06-25 | リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ コロラド | 既存のおよび新興のインフルエンザ株の診断法としてのｄｎａアレイ解析の方法 |
| JP2010178687A (ja) * | 2009-02-06 | 2010-08-19 | Japan Health Science Foundation | 病原体を検出するためのマイクロアレイ又はそれを含むキット |
| WO2011122034A1 (ja) * | 2010-03-31 | 2011-10-06 | 有限会社山口ティー・エル・オー | 核酸クロマトグラフ法を利用した肺炎原因菌の検出方法 |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| DIAGN. MICROBIOL. INFECT. DIS., 1999年, vol. Vol.34, JPN6016032829, pages 333 - 337 * |
| J. CLIN. VIROL., 2008年, vol. Vol.41, JPN6016032827, pages 53 - 56 * |
| J. VIROL. METHODS, 2009年, vol. Vol.162, No.1-2, JPN6017020146, pages 148 - 154 * |
| THORAX, 2006年, vol. Vpl.61, JPN6016032825, pages 75 - 79 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| GB201121210D0 (en) | 2012-01-18 |
| AU2012349863B2 (en) | 2017-07-13 |
| BR112014013825B1 (pt) | 2022-06-21 |
| US10294534B2 (en) | 2019-05-21 |
| CN104039981B (zh) | 2016-03-23 |
| US20150099261A1 (en) | 2015-04-09 |
| CA2858009C (en) | 2021-05-25 |
| WO2013084010A1 (en) | 2013-06-13 |
| BR112014013825A2 (pt) | 2020-11-03 |
| CA2858009A1 (en) | 2013-06-13 |
| EP2788503A1 (en) | 2014-10-15 |
| AU2012349863A1 (en) | 2014-06-26 |
| EP2788503B1 (en) | 2015-11-25 |
| RU2014127865A (ru) | 2016-02-10 |
| CN104039981A (zh) | 2014-09-10 |
| JP6421037B2 (ja) | 2018-11-07 |
| RU2642304C2 (ru) | 2018-01-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN111254228B (zh) | 一种检测新型冠状病毒和流感病毒的试剂盒 | |
| CN111321251B (zh) | 检测引起呼吸道感染的病原体并分型的组合物、试剂盒、方法及用途 | |
| CN102803512B (zh) | 检测呼吸道病原体的方法和试剂盒 | |
| US6881835B2 (en) | Detection of respiratory viruses | |
| CN110144422B (zh) | 同时检测四种人冠状病毒的四重荧光定量检测试剂盒 | |
| US7851148B2 (en) | Method and kit for primer based multiplex amplification of nucleic acids employing primer binding tags | |
| KR20170022854A (ko) | Lamp를 이용한 인플루엔자 검출용 프라이머 및 그 용도 | |
| BR112014000138A2 (pt) | Método para identificar a presença ou ausência de um ácido nucleico alvo | |
| JP6421037B2 (ja) | 呼吸器感染症アッセイ | |
| EP2839039B1 (en) | Hev assay | |
| US20150133324A1 (en) | Multiplex real-time pcr detection of influenza viruses 2009 h1n1, influenza a and influenza b | |
| CN113981143A (zh) | 包含新冠的8种呼吸道病原体检测试剂盒及其应用 | |
| CN110656163A (zh) | 一种双标记报告荧光多重病原体核酸检测方法 | |
| RU2478718C2 (ru) | Способ обнаружения респираторных вирусных агентов в образце | |
| KR101018407B1 (ko) | 인유두종 바이러스 진단용 프로브 및 그 유전자형 확인방법 | |
| CN113817870A (zh) | 同时检测七种呼吸道相关病毒的引物组合物及其应用 | |
| Zhuang et al. | Tri-primer-enhanced strand exchange amplification combined with rapid lateral flow fluorescence immunoassay to detect SARS-CoV-2 | |
| Diego et al. | A Simple, Affordable, Rapid, Stabilized, Colorimetric, Versatile RT-LAMP assay to detect SARS-CoV-2 | |
| CN113584221A (zh) | 一种快速专一检测甲型流感病毒的试剂盒及其使用方法 | |
| US8216810B2 (en) | Multiplex systems, methods, and kits for detecting and identifying nucleic acids | |
| JP2016533750A (ja) | 感染の原因となる大腸菌株を検出するためのアッセイ | |
| CN109097497A (zh) | 一种人副流感病毒三联核酸检测试剂盒 | |
| CN113549710A (zh) | 一种快速专一检测2019新型冠状病毒的试剂盒及其使用方法 | |
| Wang et al. | Specific High-sensitivity Multiple-probe-assisted DNA Capture and Amplification Technology for Direct Detection of African Swine Fever Virus without DNA Extraction | |
| CN116790815A (zh) | 检测偏肺病毒的试剂盒 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A529 | Written submission of copy of amendment under article 34 pct |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A529 Effective date: 20140801 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20151109 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20160829 |
|
| A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20161101 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170130 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170601 |
|
| A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20170803 |
|
| A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20171023 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20171121 |
|
| A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20180402 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180801 |
|
| A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20180809 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20181009 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20181015 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6421037 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313113 |
|
| R360 | Written notification for declining of transfer of rights |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R360 |
|
| R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |