JP6421037B2 - 呼吸器感染症アッセイ - Google Patents
呼吸器感染症アッセイ Download PDFInfo
- Publication number
- JP6421037B2 JP6421037B2 JP2014545362A JP2014545362A JP6421037B2 JP 6421037 B2 JP6421037 B2 JP 6421037B2 JP 2014545362 A JP2014545362 A JP 2014545362A JP 2014545362 A JP2014545362 A JP 2014545362A JP 6421037 B2 JP6421037 B2 JP 6421037B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- acid sequence
- seq
- identity
- probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000003556 assay Methods 0.000 title description 55
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 title description 5
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 title description 5
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 title 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 701
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 545
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 364
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 144
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 144
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 75
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 53
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 45
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 34
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 34
- 208000037797 influenza A Diseases 0.000 claims description 31
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims description 30
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 claims description 25
- 230000001932 seasonal effect Effects 0.000 claims description 11
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 claims description 10
- 241000342334 Human metapneumovirus Species 0.000 claims description 10
- 241000726041 Human respirovirus 1 Species 0.000 claims description 10
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 9
- 241000709744 Enterobacterio phage MS2 Species 0.000 claims description 6
- 241000712003 Human respirovirus 3 Species 0.000 claims description 6
- 108090000621 Ribonuclease P Proteins 0.000 claims description 6
- PGZUMBJQJWIWGJ-ONAKXNSWSA-N oseltamivir phosphate Chemical compound OP(O)(O)=O.CCOC(=O)C1=C[C@@H](OC(CC)CC)[C@H](NC(C)=O)[C@@H](N)C1 PGZUMBJQJWIWGJ-ONAKXNSWSA-N 0.000 claims description 6
- 229940061367 tamiflu Drugs 0.000 claims description 6
- 241000725643 Respiratory syncytial virus Species 0.000 claims description 5
- 238000007689 inspection Methods 0.000 claims description 5
- 241000124740 Bocaparvovirus Species 0.000 claims description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 4
- 241000598171 Human adenovirus sp. Species 0.000 claims description 4
- 241001559187 Human rubulavirus 2 Species 0.000 claims description 4
- 241001559186 Human rubulavirus 4 Species 0.000 claims description 4
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 claims description 4
- 208000037798 influenza B Diseases 0.000 claims description 4
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 claims description 3
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 3
- 241000589242 Legionella pneumophila Species 0.000 claims description 3
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 claims description 3
- 229940115932 legionella pneumophila Drugs 0.000 claims description 3
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 claims description 2
- 241000711467 Human coronavirus 229E Species 0.000 claims description 2
- 241000482741 Human coronavirus NL63 Species 0.000 claims description 2
- 241001428935 Human coronavirus OC43 Species 0.000 claims description 2
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 claims description 2
- 241000287531 Psittacidae Species 0.000 claims description 2
- 241000315672 SARS coronavirus Species 0.000 claims description 2
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 claims description 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 claims 10
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 22
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 19
- 238000007837 multiplex assay Methods 0.000 description 14
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 10
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 10
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 9
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 8
- 230000002391 anti-complement effect Effects 0.000 description 8
- 108010008730 anticomplement Proteins 0.000 description 8
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 8
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 7
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 5
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 5
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 5
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 5
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 5
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 4
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 4
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 3
- 208000003322 Coinfection Diseases 0.000 description 3
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 3
- 102000004167 Ribonuclease P Human genes 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 description 3
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 3
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 3
- 241000712461 unidentified influenza virus Species 0.000 description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 241001445332 Coxiella <snail> Species 0.000 description 2
- 241000713196 Influenza B virus Species 0.000 description 2
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 238000007397 LAMP assay Methods 0.000 description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 2
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 2
- 208000002606 Paramyxoviridae Infections Diseases 0.000 description 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 2
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 2
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 2
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- LLTDOAPVRPZLCM-UHFFFAOYSA-O 4-(7,8,8,16,16,17-hexamethyl-4,20-disulfo-2-oxa-18-aza-6-azoniapentacyclo[11.7.0.03,11.05,9.015,19]icosa-1(20),3,5,9,11,13,15(19)-heptaen-12-yl)benzoic acid Chemical compound CC1(C)C(C)NC(C(=C2OC3=C(C=4C(C(C(C)[NH+]=4)(C)C)=CC3=3)S(O)(=O)=O)S(O)(=O)=O)=C1C=C2C=3C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 LLTDOAPVRPZLCM-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 206010003757 Atypical pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 201000001178 Bacterial Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009015 Human TaqMan MicroRNA Assay kit Methods 0.000 description 1
- 241000711920 Human orthopneumovirus Species 0.000 description 1
- 241000589248 Legionella Species 0.000 description 1
- 208000007764 Legionnaires' Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000701076 Macacine alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 1
- 241000351643 Metapneumovirus Species 0.000 description 1
- 208000001572 Mycoplasma Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 description 1
- 201000008235 Mycoplasma pneumoniae pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- -1 R-phycoerythrin Chemical compound 0.000 description 1
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical compound [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 244000309464 bull Species 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000010382 chemical cross-linking Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 239000003431 cross linking reagent Substances 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000010460 detection of virus Effects 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 238000003771 laboratory diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002627 tracheal intubation Methods 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 244000052613 viral pathogen Species 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Virology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
A)試料を検査カードにアプライするステップであって、前記検査カードが6つの個別のウェル:
1)核酸配列GGCAATGCWG(配列番号1)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第1のプローブを含む第1のウェル;
2)核酸配列GAYGGGACCR(配列番号2)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第2のプローブを含む第2のウェル;
3)核酸配列CACCAGACAC(配列番号3)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第3のプローブを含む第3のウェル;
4)核酸配列GGTCATTGGR(配列番号4)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第4のプローブを含む第4のウェル;
5)核酸配列CACTGGGCAC(配列番号5)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第5のプローブを含む第5のウェル;
6)核酸配列RGTGTTCATT(配列番号6)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第6のプローブを含む第6のウェル
を含むステップと、
B)前記試料中に存在する核酸を前記ウェル中のプローブと接触させるステップと、
C)試料核酸が前記プローブのうちの1又は2以上に結合した結合核酸複合体の存在を検出するステップであって、
D)結合核酸複合体が存在することにより、前記6種の呼吸器感染症原因微生物のうちの1又は2以上由来の核酸が前記試料中に存在することが確認され、結合核酸複合体が存在しないことにより、前記6種の呼吸器感染症原因微生物の全て由来の核酸が前記試料中に存在しないことが確認されるステップと
を含む方法を提供する。
1)呼吸器合胞体ウイルス(RSV A及びB);
2)ライノウイルス;
3)ヒトメタニューモウイルス(hMPV);
4)B型インフルエンザ(Flu B Quad);
5)A型インフルエンザ(Flu A CDC DC);及び
6)A型インフルエンザ亜型H5(H5 FRET)
を高感度で検出することが可能になる。
7)核酸配列TTTCCAGGGG(配列番号7)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第7のプローブを含む第7のウェル;
8)核酸配列CCGCAAGTCA(配列番号8)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第8のプローブを含む第8のウェル;
9)核酸配列TTGCCTGGTG(配列番号9)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第9のプローブを含む第9のウェル;
10)核酸配列TAARGTAGGT(配列番号10)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第10のプローブを含む第10のウェル;
11)核酸配列CGGCRTCATY(配列番号11)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第11のプローブを含む第11のウェル;
12)核酸配列ATARTGRTAA(配列番号12)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第12のプローブを含む第12のウェル;
13)核酸配列ATAGTAATAA(配列番号13)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第13のプローブを含む第13のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル、及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
7)ヒトパラインフルエンザウイルス1型(HPIV1);
8)ヒトパラインフルエンザウイルス2型(HPIV2);
9)ヒトパラインフルエンザウイルス3型(HPIV3);
10)ヒトパラインフルエンザウイルス4型(HPIV4);
11)ヒトアデノウイルス#2;
12)A型インフルエンザH1 2009タミフル感受性;及び
13)A型インフルエンザH1 2009タミフル抵抗性
を高感度で検出することが可能になる。
14)核酸配列TACTGTGACA(配列番号14)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第14のプローブを含む第14のウェル;
15)核酸配列YRGCGGAACC(配列番号15)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第15のプローブを含む第15のウェル;
16)核酸配列TAACGAGTGT(配列番号16)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第16のプローブを含む第16のウェル;
17)核酸配列CGAATGAATG(配列番号17)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第17のプローブを含む第17のウェル;
18)核酸配列YTCTAAGCAT(配列番号18)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第18のプローブを含む第18のウェル;
19)核酸配列TTCTAAGCAT(配列番号19)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第19のプローブを含む第19のウェル;
20)核酸配列GAGTAYCTSA(配列番号20)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第20のプローブを含む第20のウェル;
21)核酸配列ACTGCATCCG(配列番号21)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第21のプローブを含む第21のウェル;
22)核酸配列TGTCACCTCT(配列番号22)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第22のプローブを含む第22のウェル;
23)核酸配列AGTGTGTYAC(配列番号23)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第23のプローブを含む第23のウェル;
24)核酸配列GAATTTCTGG(配列番号24)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第24のプローブを含む第24のウェル;
25)核酸配列TTGCCGGATG(配列番号25)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第25のプローブを含む第25のウェル;
26)核酸配列CAGCAACTGT(配列番号26)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第26のプローブを含む第26のウェル
27)核酸配列TGCTCCAGAA(配列番号27)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第27のプローブを含む第27のウェル;
28)核酸配列TNGCCATTGY(配列番号28)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第28のプローブを含む第28のウェル;
29)核酸配列GTYCCGTGRA(配列番号29)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第29のプローブを含む第29のウェル;
30)核酸配列CTGGARTCTG(配列番号30)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第30のプローブを含む第30のウェル;
31)核酸配列CRACTGTGTC(配列番号31)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第31のプローブを含む第31のウェル;
32)核酸配列GTGTCACCGC(配列番号32)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第32のプローブを含む第32のウェル;
33)核酸配列GAYGGRACCR(配列番号33)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第33のプローブを含む第33のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル、及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
14)呼吸器合胞体ウイルス(RSV#2);(RSV#3)
15)エンテロウイルス;
16)重症急性呼吸器症候群コロナウイルス(SARS);
17)第2群コロナウイルスOC43及びHKU1(GP2OC43/HKU1);
18)第1群コロナウイルスNL63(GP1 NL63);
19)第1群コロナウイルス229E(GP1 229E);
20)ヒトアデノウイルス;
21)ボカウイルス;
22)A型インフルエンザ(Flu A Quad);
23)A型インフルエンザH1 2009(H1 sw 2009);
24)A型インフルエンザN1 2009(N1 CFI);
25)季節性A型インフルエンザH1(季節性H1 CFI);
26)季節性A型インフルエンザH3(季節性H3 CFI);
27)A型インフルエンザH5(H5 CFI);
28)A型インフルエンザH7(H7);
29)A型インフルエンザH9(H9 a);
30)A型インフルエンザH9(H9 b);
31)ヒトパラインフルエンザウイルス1型(HPIV1#2);
32)ヒトパラインフルエンザウイルス3型(HPIV1#3);及び
33)ライノウイルス#2
を高感度で検出することが可能になる。
34)核酸配列AATTGGCTTT(配列番号34)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第34のプローブを含む第34のウェル;
35)核酸配列GGAGAGTGTG(配列番号35)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第35のプローブを含む第35のウェル;
36)核酸配列CAGACGCTGG(配列番号36)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第36のプローブを含む第36のウェル;
37)核酸配列CGGCGTTTAT(配列番号37)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第37のプローブを含む第37のウェル;
38)核酸配列CTTGGTGTGA(配列番号38)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第38のプローブを含む第38のウェル;
39)核酸配列CTTGGTGTGA(配列番号39)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第39のプローブを含む第39のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル、及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
34)レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophilia);
35)肺炎マイコプラズマ(Mycoplasma pneumoniae);
36)肺炎クラミジア(Chlamydiophilia pneumoniae);
37)Q熱コクシエラ(Coxiella burnetti);
38)オウム病クラミジア(Chlamydiophilia psittaci);及び
39)クラミドフィラ・アボルタス(Chlamydiophilia abortus)
を高感度で検出することが可能になる。
40)核酸配列AGATCAAGGT(配列番号40)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第40のプローブを含む第40のウェル;
41)核酸配列ACCTGAAGGC(配列番号41)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第41のプローブを含む第41のウェル
から選択される対応する1又は2以上の追加的な「対照」プローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
40)大腸菌(Escherichia coli)バクテリオファージMS2(MS2 IC);及び
41)ヒトリボヌクレアーゼP遺伝子(RNA分解酵素P)
を高感度で検出することが可能になる。
42)核酸配列GTGCARTTYG(配列番号338)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第42のプローブを含む第42のウェル;
43)核酸配列YGCYTCGGAR(配列番号339)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第43のプローブを含む第43のウェル;
44)核酸配列CTTGTGGANC(配列番号340)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第44のプローブを含む第44のウェル;
45)核酸配列CATTCCATTC(配列番号341)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第45のプローブを含む第45のウェル;
46)核酸配列WGTGTTTGCA(配列番号342)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第46のプローブを含む第46のウェル;
47)核酸配列ACCACGGGAT(配列番号343)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第47のプローブを含む第47のウェル
48)核酸配列GTCCTCGCTG(配列番号344)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第48のプローブを含む第48のウェル;
49)核酸配列GCCCGCGACG(配列番号345)に対して少なくとも80%の配列同一性を有する核酸配列を含む核酸配列を有する第49のプローブを含む第49のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル、及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む検査カードを使用し、上記のものと同じ方法ステップを用いる。
42)アデノウイルス
43)ADP17アデノウイルス;
44)パレコウイルス;
45)B型インフルエンザウイルス;
46)B型インフルエンザウイルス;
47)結核菌(Mycobacterium tuberculosis);
48)結核菌;
49)マイコバクテリア(一般的な)
を高感度で検出することが可能になる。
少なくとも80%の配列同一性への言及は、少なくとも82%、少なくとも84%、少なくとも86%、少なくとも88%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、及び100%の配列同一性(本明細書で提示されている核酸配列の各々及び/又は本明細書で提示されている配列番号の各々に対する)を包含する。
A アデニン
C シトシン
G グアニン
T チミン
U ウラシル
I イノシン
X イノシン
R グアニン又はアデニン
Y チミン又はシトシン
K グアニン又はチミン
M アデニン又はシトシン
S グアニン又はシトシン
W アデニン又はチミン
B アデニンではない
D シトシンではない
H グアニンではない
V チミンではない
N 任意の核酸塩基
を意味する。
パーセント同一性を決定するためには、これだけに限定することなく、全体的な方法、局所的な方法及びハイブリッド方法、例えば、セグメントアプローチ方法などを含めた種々の配列アラインメント方法のいずれを用いてもよい。パーセント同一性を決定するためのプロトコールは、当業者の力量の範囲内の常套的な手順である。全体的な方法では、分子の初めから終わりまで配列をアラインメントし、個々の残基対のスコアを合計することによって、及びギャップペナルティを課すことによって最良のアラインメントを決定する。非限定的な方法としては、例えば、以下のものが挙げられる。CLUSTAL W、例えば、Julie D. Thompson et al., CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting, Position- Specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice, 22 (22) Nucleic Acids Research 4673-4680 (1994)を参照されたい;及び反復改良、例えば、Osamu Gotoh, Significant Improvement in Accuracy of Multiple Protein. Sequence Alignments by Iterative Refinement as Assessed by Reference to Structural Alignments, 264(4) J. Mol. Biol. 823-838 (1996)を参照されたい。局所的な方法では、入力配列の全てに共有される1又は2以上の保存されたモチーフを同定することにより、配列をアラインメントする。非限定的な方法としては、例えば、以下のものが挙げられる。Match-box、例えば、Eric Depiereux and Ernest Feytmans, Match-Box: A Fundamentally New Algorithm for the Simultaneous Alignment of Several Protein Sequences, 8(5) CABIOS 501 -509 (1992)を参照されたい;ギブスサンプリング(Gibbs sampling)、例えば、C. E. Lawrence et al., Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment, 262 (5131) Science 208-214 (1993)を参照されたい;Align-M、例えば、Ivo Van Walle et al., Align-M-A New Algorithm for Multiple Alignment of Highly Divergent Sequences, 20 (9) Bioinformatics:1428-1435 (2004)を参照されたい。このように、パーセント配列同一性は従来の方法によって決定する。例えば、Altschul et al., Bull. Math. Bio. 48: 603-16, 1986及びHenikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-19, 1992を参照されたい。
我々のアッセイの正確度を確認するために、41ウェルを含有する検査カードを調製し、ウェルには、それぞれ、それぞれの第1〜第41のプローブをローディングした。
我々のアッセイの正確度を確認するために、実施例1の通り、41ウェルを含有する検査カードを調製し、ウェルに、それぞれ、我々のそれぞれの第1〜第41のプローブをローディングした。
オーストラリア、タスマニアの60歳の退職した教師が妻と一緒に2011年8月26日に香港に旅行した。彼は香港に5日間滞在した後、続けてUKに、2011年8月31に到着した。彼は2011年9月4日に病院を訪れたが、病気とはみられなかったので家に帰った。彼は、さらに具合が悪くなったので2011年9月8日に再度受診した。呼吸器検体(痰及び鼻/のどのスワブ)を2011年9月8日に取得した。
プローブ22(Flu A Quad)=26.3
プローブ5(Flu A CDC)=23.7
プローブ26(H3)=22.7
陽性対照:プローブ40(MS2ファージ)=32.0;プローブ41(RNA分解酵素P)=22.6
検査カード上の他のプローブは全て明白に陰性であった。
検査カードの結果:H5陰性、輸入季節性H3N2インフルエンザ
Flu A Quad=26.4
Flu A CDC=17.9
H3 CfI=19.7
常套的なマルチプレックスの結果:H5陰性、輸入季節性H3N2インフルエンザ
最近北ソマリア、ジブチ及びドバイを旅行した50歳の女性が、10/11/11に両側性肺炎(挿管を必要とする)の急性症例でLondon Hospitalを訪れた。検体(鼻/のどのスワブ)を本発明に従って検査し(全アッセイ時間=2時間)、検査カードの結果は以下に示されている。
プローブ3(hMPV)=31.0−これは検体において検出された唯一のウイルス実体であった
陽性対照:プローブ40(MS2ファージ)=31.0:プローブ41(RNA分解酵素P)=29.4
カード上の他のプローブは全て明白に陰性であった。
結果:トリH5インフルエンザウイルス陰性、患者はhMPV感染を有する
hMPV=25.0
結果:トリH5インフルエンザウイルス陰性、hMPV感染が確認された。
検査カードの性能を十分に評価するために、市販の外部の分子診断についての品質管理(QCMD, Quality Control for Molecular Diagnostics)パネル(www.qcmd.org)をさまざまな異なる病原体に対して検査し、それにより、検査カードの結果の品質、性能及び頑強性について国際的なベンチマークがもたらされた。
QCMD2010 パラインフルエンザウイルス RNA EQAプログラム 100%正確
QCMD2010 ライノウイルス及びコロナウイルス RNA EQAプログラム 100%正確
QCMD2011 エンテロウイルス RNA EQAプログラム 11/12が正確
QCMD2010 アデノウイルス DNA EQAプログラム 6/8が正確
QCMD2010 メタニューモウイルス及び呼吸器合胞体ウイルス 10/12が正確
QCMD2011 肺炎クラミジア及び肺炎マイコプラズマ 9/11が正確
アッセイカードの結果が下に示されている。
30のRSV陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
14のFlu B陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致(検体は2種の同時感染、hMPV及びRSVを含んだ)
54のFlu A陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致(検体はタミフル抵抗性分離株、及びFlu B同時感染を含んだ)
10のボカウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致(8/10がアッセイカードでは同時感染であることが見出された、高ボカウイルスウイルス負荷−Ct値の範囲15〜26)
31のヒトパラインフルエンザウイルス陽性検体(1型〜4型) 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
17のアデノウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
22のライノウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
11のエンテロウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
11のコロナウイルス陽性検体 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
16のヒトメタニューモウイルス 常套的なマルチプレックスアッセイと100%一致
Claims (17)
- 試料中に少なくとも6種の呼吸器感染症原因微生物のうちの1又は2以上が存在することを検出するため、又は前記試料中に前記呼吸器感染症原因微生物が存在しないことを検出するための定量的なユニプレックス方法であって、
A)試料を検査カードにアプライするステップであって、前記検査カードが6つの個別のウェル:
1)(i)核酸配列TAGGCAATGCWGC(配列番号124)からなる核酸配列を有する、呼吸器合胞体ウイルス(RSV A及びB)が存在すること又は存在しないことを検出するための第1のプローブ;並びに
(ii)核酸配列GGGWGGWGAAGCWGGATTCTACC(配列番号165)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第1のフォワードプライマー1f、及び核酸配列ACCTCTRTACTCTCCCATTATGCCTAG(配列番号166)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第1のリバースプライマー1r;
を含む第1のウェル;
2)(i)核酸配列TCYGGGAYGGGACCRACTA(配列番号125)からなる核酸配列を有する、ライノウイルスが存在すること又は存在しないことを検出するための第2のプローブ;並びに
(ii)核酸配列CGGCCCCTGAATGYGGCTAA(配列番号167)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第2のフォワードプライマー2f、及び核酸配列GAAACACGGACACCCAAAGTA(配列番号168)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第2のリバースプライマー2r;
を含む第2のウェル;
3)(i)核酸配列TCAGCACCAGACACACC(配列番号126)からなる核酸配列を有する、ヒトメタニューモウイルス(hMPV)が存在すること又は存在しないことを検出するための第3のプローブ;並びに
(ii)核酸配列CATCAGGTAAYATCCCACAAAAYCAG(配列番号169)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第3のフォワードプライマー3f、及び核酸配列GTGAATATTAARGCACCTACACATAATAARA(配列番号170)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第3のリバースプライマー3r;
を含む第3のウェル;
4)(i)核酸配列TCTGGTCATTGGRGCC(配列番号127)からなる核酸配列を有する、B型インフルエンザ(Flu B Quad)が存在すること又は存在しないことを検出するための第4のプローブ;並びに
(ii)核酸配列GCAGCTCTGATGTCCATCAAGCT(配列番号171)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第4のフォワードプライマー4f、及び核酸配列CAGCTTGCTTGCTTARAGCAATAGGTCT(配列番号172)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第4のリバースプライマー4r;
を含む第4のウェル;
5)(i)核酸配列CGCTCACTGGGCACGGT(配列番号128)からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザ(Flu A CDC DC)が存在すること又は存在しないことを検出するための第5のプローブ;並びに
(ii)核酸配列GACCRATCCTGTCACCTCTGAC(配列番号173)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第5のフォワードプライマー5f、及び核酸配列AGGGCATTYTGGACAAAKCGTCTA(配列番号174)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第5のリバースプライマー5r;
を含む第5のウェル;
6)(i)核酸配列AACTGRGTGTTCATTTTGT(配列番号129)からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザ亜型H5(H5 FRET)が存在すること又は存在しないことを検出するための第6のプローブ;並びに
(ii)核酸配列AGTGGRTACGCTGCAGAC(配列番号175)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第6のフォワードプライマー6f、及び核酸配列GTTCAGCATTATAAGTCCAGACATCTAG(配列番号176)に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第6のリバースプライマー6r;
を含む第6のウェル
を含むステップと、
B)前記試料中に存在する標的核酸を前記ウェル中のそれぞれのプライマーを使用して増幅させるステップと、
C)前記試料中に存在する核酸及び/又は増幅した標的核酸を前記ウェル中の前記プローブと接触させるステップと、
D)前記標的核酸及び/又は増幅した標的核酸が前記プローブのうちの配列番号124〜129の1又は2以上の核酸配列に結合した結合核酸複合体の存在を検出するステップであって、結合核酸複合体が存在することにより、前記6種の呼吸器感染症原因微生物のうちの1又は2以上由来の核酸が前記試料中に存在することが確認され、結合核酸複合体が存在しないことにより、前記6種の呼吸器感染症原因微生物の全て由来の核酸が前記試料中に存在しないことが確認されるステップと
を含む、前記方法。 - 検査カードが、
7)(i)配列番号130の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトパラインフルエンザウイルス1型(HPIV1)が存在すること又は存在しないことを検出するための第7のプローブ;並びに
(ii)配列番号177の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第7のフォワードプライマー7f、及び配列番号178の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第7のリバースプライマー7r;
を含む第7のウェル;
8)(i)配列番号131の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトパラインフルエンザウイルス2型(HPIV2)が存在すること又は存在しないことを検出するための第8のプローブ;並びに
(ii)配列番号179の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第8のフォワードプライマー8f、及び配列番号180の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第8のリバースプライマー8r;
を含む第8のウェル;
9)(i)配列番号132の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトパラインフルエンザウイルス3型(HPIV3)が存在すること又は存在しないことを検出するための第9のプローブ;並びに
(ii)配列番号181の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第9のフォワードプライマー9f、及び配列番号182の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第9のリバースプライマー9r;
を含む第9のウェル;
10)(i)配列番号133の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトパラインフルエンザウイルス4型(HPIV4)が存在すること又は存在しないことを検出するための第10のプローブ;並びに
(ii)配列番号183の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第10のフォワードプライマー10f、及び配列番号184の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第10のリバースプライマー10r;を含む第10のウェル;
11)(i)配列番号134の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトアデノウイルス#2が存在すること又は存在しないことを検出するための第11のプローブ;並びに
(ii)配列番号185の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第11のフォワードプライマー11f、及び配列番号186の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第11のリバースプライマー11r;を含む第11のウェル;
12)(i)配列番号135の核酸配列からなる核酸配列を有する、タミフル感受性A型インフルエンザH1 2009が存在すること又は存在しないことを検出するための第12のプローブ;並びに
(ii)配列番号187の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第12のフォワードプライマー12f、及び配列番号188の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第12のリバースプライマー12r;を含む第12のウェル;
13)(i)配列番号136の核酸配列からなる核酸配列を有する、タミフル抵抗性A型インフルエンザH1 2009が存在すること又は存在しないことを検出するための第13のプローブ;並びに
(ii)配列番号189の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第13のフォワードプライマー13f、及び配列番号190の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第13のリバースプライマー13r;を含む第13のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む、請求項1に記載の定量的な方法。 - 検査カードが、追加的な第7〜第13のウェル及び対応する第7〜第13の追加的なプローブのそれぞれを含む、請求項2に記載の定量的な方法。
- 検査カードが、
14)(i)配列番号137又は286の核酸配列からなる核酸配列を有する、呼吸器合胞体ウイルス(RSV#2);(RSV#3)が存在すること又は存在しないことを検出するための第14のプローブ;並びに
(ii)配列番号191の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第14のフォワードプライマー14f、及び配列番号192の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第14のリバースプライマー14r;を含む第14のウェル;
15)(i)配列番号138の核酸配列からなる核酸配列を有する、エンテロウイルスが存在すること又は存在しないことを検出するための第15のプローブ;並びに
(ii)配列番号193の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第15のフォワードプライマー15f、及び配列番号194の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第15のリバースプライマー15r;を含む第15のウェル;
16)(i)配列番号139の核酸配列からなる核酸配列を有する、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス(SARS)が存在すること又は存在しないことを検出するための第16のプローブ;並びに
(ii)配列番号195の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第16のフォワードプライマー16f、及び配列番号196の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第16のリバースプライマー16r;を含む第16のウェル;
17)(i)配列番号140の核酸配列からなる核酸配列を有する、第2群コロナウイルスOC43及びHKU1(GP2OC43/HKU1)が存在すること又は存在しないことを検出するための第17のプローブ;並びに
(ii)配列番号197の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第17のフォワードプライマー17f、及び配列番号198の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第17のリバースプライマー17r;を含む第17のウェル;
18)(i)配列番号141の核酸配列からなる核酸配列を有する、第1群コロナウイルスNL63(GP1 NL63)が存在すること又は存在しないことを検出するための第18のプローブ;並びに
(ii)配列番号199の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第18のフォワードプライマー18f、及び配列番号200の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第18のリバースプライマー18r;を含む第18のウェル;
19)(i)配列番号142の核酸配列からなる核酸配列を有する、第1群コロナウイルス229E(GP1 229E)が存在すること又は存在しないことを検出するための第19のプローブ;並びに
(ii)配列番号201の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第19のフォワードプライマー19f、及び配列番号202の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第19のリバースプライマー19r;を含む第19のウェル;
20)(i)配列番号143の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトアデノウイルスが存在すること又は存在しないことを検出するための第20のプローブ;並びに
(ii)配列番号203の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第20のフォワードプライマー20f、及び配列番号204の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第20のリバースプライマー20r;を含む第20のウェル;
21)(i)配列番号144の核酸配列からなる核酸配列を有する、ボカウイルスが存在すること又は存在しないことを検出するための第21のプローブ;並びに
(ii)配列番号205の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第21のフォワードプライマー21f、及び配列番号206の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第21のリバースプライマー21r;を含む第21のウェル;
22)(i)配列番号145の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザ(Flu A Quad)が存在すること又は存在しないことを検出するための第22のプローブ;並びに
(ii)配列番号207の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第22のフォワードプライマー22f、及び配列番号208の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第22のリバースプライマー22r;を含む第22のウェル;
23)(i)配列番号146の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザH1 2009(H1 sw 2009)が存在すること又は存在しないことを検出するための第23のプローブ;並びに
(ii)配列番号209の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第23のフォワードプライマー23f、及び配列番号210の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第23のリバースプライマー23r;を含む第23のウェル;
24)(i)配列番号147の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザN1 2009(N1 CFI)が存在すること又は存在しないことを検出するための第24のプローブ;並びに
(ii)配列番号211の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第24のフォワードプライマー24f、及び配列番号212の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第24のリバースプライマー24r;を含む第24のウェル;
25)(i)配列番号148の核酸配列からなる核酸配列を有する、季節性A型インフルエンザH1(季節性H1 CFI)が存在すること又は存在しないことを検出するための第25のプローブ;並びに
(ii)配列番号213の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第25のフォワードプライマー25f、及び配列番号214の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第25のリバースプライマー25r;を含む第25のウェル;
26)(i)配列番号149の核酸配列からなる核酸配列を有する、季節性A型インフルエンザH3(季節性H3 CFI)が存在すること又は存在しないことを検出するための第26のプローブ;並びに
(ii)配列番号215の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第26のフォワードプライマー26f、及び配列番号216の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第26のリバースプライマー26r;を含む第26のウェル;
27)(i)配列番号150の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザH5(H5 CFI)が存在すること又は存在しないことを検出するための第27のプローブ;並びに
(ii)配列番号217の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第27のフォワードプライマー27f、及び配列番号218の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第27のリバースプライマー27r;を含む第27のウェル;
28)(i)配列番号151又は255の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザH7(H7)が存在すること又は存在しないことを検出するための第28のプローブ;並びに
(ii)配列番号219の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第28のフォワードプライマー28f、及び配列番号220の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第28のリバースプライマー28r;を含む第28のウェル;
29)(i)配列番号152の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザH9(H9 a)が存在すること又は存在しないことを検出するための第29のプローブ;並びに
(ii)配列番号221の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第29のフォワードプライマー29f、及び配列番号222の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第29のリバースプライマー29r;を含む第29のウェル;
30)(i)配列番号153の核酸配列からなる核酸配列を有する、A型インフルエンザH9(H9 b)が存在すること又は存在しないことを検出するための第30のプローブ;並びに
(ii)配列番号223の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第30のフォワードプライマー30f、及び配列番号224の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第30のリバースプライマー30r;を含む第30のウェル;
31)(i)配列番号154の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトパラインフルエンザウイルス1型(HPIV1#2)が存在すること又は存在しないことを検出するための第31のプローブ;並びに
(ii)配列番号225の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第31のフォワードプライマー31f、及び配列番号226の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第31のリバースプライマー31r;を含む第31のウェル;
32)(i)配列番号155の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトパラインフルエンザウイルス3型(HPIV1#3)が存在すること又は存在しないことを検出するための第32のプローブ;並びに
(ii)配列番号227の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第32のフォワードプライマー32f、及び配列番号228の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第32のリバースプライマー32r;を含む第32のウェル;
33)(i)配列番号156の核酸配列からなる核酸配列を有する、ライノウイルス#2が存在すること又は存在しないことを検出するための第33のプローブ;並びに
(ii)配列番号229の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第33のフォワードプライマー33f、及び配列番号230の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第33のリバースプライマー33r;を含む第33のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む、請求項1〜3のいずれかに記載の定量的な方法。 - 検査カードが、追加的な第14〜第33のウェル及び対応する第14〜第33の追加的なプローブのそれぞれを含む、請求項4に記載の定量的な方法。
- 検査カードが、
34)(i)配列番号157の核酸配列からなる核酸配列を有する、レジオネラ・ニューモフィラが存在すること又は存在しないことを検出するための第34のプローブ;並びに
(ii)配列番号231の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第34のフォワードプライマー34f、及び配列番号232の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第34のリバースプライマー34r;を含む第34のウェル;
35)(i)配列番号158の核酸配列からなる核酸配列を有する、肺炎マイコプラズマが存在すること又は存在しないことを検出するための第35のプローブ;並びに
(ii)配列番号233の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第35のフォワードプライマー35f、及び配列番号234の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第35のリバースプライマー35r;を含む第35のウェル;
36)(i)配列番号159の核酸配列からなる核酸配列を有する、肺炎クラミジアが存在すること又は存在しないことを検出するための第36のプローブ;並びに
(ii)配列番号235の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第36のフォワードプライマー36f、及び配列番号236の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第36のリバースプライマー36r;を含む第36のウェル;
37)(i)配列番号160の核酸配列からなる核酸配列を有する、Q熱コクシエラが存在すること又は存在しないことを検出するための第37のプローブ;並びに
(ii)配列番号237の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第37のフォワードプライマー37f、及び配列番号238の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第37のリバースプライマー37r;を含む第37のウェル;
38)(i)配列番号161の核酸配列からなる核酸配列を有する、オウム病クラミジアが存在すること又は存在しないことを検出するための第38のプローブ;並びに
(ii)配列番号239の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第38のフォワードプライマー38f、及び配列番号240の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第38のリバースプライマー38r;を含む第38のウェル;
39)(i)配列番号162の核酸配列からなる核酸配列を有する、クラミドフィラ・アボルタスが存在すること又は存在しないことを検出するための第39のプローブ;並びに
(ii)配列番号241の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第39のフォワードプライマー39f、及び配列番号242の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第39のリバースプライマー39r;を含む第39のウェル
から選択される1又は2以上の追加的なウェル及び対応する1又は2以上の追加的なプローブを含む、請求項1〜5のいずれかに記載の定量的な方法。 - 検査カードが、追加的な第33〜第39のウェル及び対応する第33〜第39の追加的なプローブのそれぞれを含む、請求項6に記載の定量的な方法。
- 検査カードが、
40)(i)配列番号163の核酸配列からなる核酸配列を有する、大腸菌バクテリオファージMS2(MS2 IC)が存在すること又は存在しないことを検出するための第40のプローブ;並びに
(ii)配列番号243の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第40のフォワードプライマー40f、及び配列番号244の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第40のリバースプライマー40r;を含む第40のウェル;
41)(i)配列番号164の核酸配列からなる核酸配列を有する、ヒトリボヌクレアーゼP遺伝子(RNA分解酵素P)が存在すること又は存在しないことを検出するための第41のプローブ;並びに
(ii)配列番号245の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第41のフォワードプライマー41f、及び配列番号246の核酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有する核酸配列からなる第41のリバースプライマー41r;を含む第41のウェル
から選択される1又は2以上の追加的な対照ウェル及び対応する1又は2以上の追加的な対照プローブを含む、請求項1〜7のいずれかに記載の定量的な方法。 - 検査カードが、追加的な第40のウェル又は第41のウェル及び対応する第40〜第41の追加的なプローブの一方又は両方を含む、請求項8に記載の定量的な方法。
- 検出の前に核酸増幅ステップを含む、請求項1〜9のいずれかに記載の定量的な方法。
- 請求項1〜10のいずれかに記載の定量的な方法において使用するための検査カードであって、複数のウェルを含み、少なくとも6つのウェルが設けられ、第1のウェルが請求項1〜10に記載の本発明の第1のプローブを含み、第2のウェルが請求項1〜10に記載の本発明の第2のプローブを含み、第3のウェルが請求項1〜10に記載の本発明の第3のプローブを含み、第4のウェルが請求項1〜10に記載の本発明の第4のプローブを含み、第5のウェルが請求項1〜10に記載の本発明の第5のプローブを含み、第6のウェルが請求項1〜10に記載の本発明の第6のプローブを含む、前記検査カード。
- 追加的な第7〜第13のウェルのうちの1又は2以上をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第7〜第13のプローブを含有する、請求項11に記載の検査カード。
- 追加的な第14〜第33のウェルのうちの1又は2以上をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第14〜第33のプローブを含有する、請求項11又は12に記載の検査カード。
- 追加的な第34〜第39のウェルのうちの1又は2以上をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第34〜第39のプローブを含有する、請求項11〜13のいずれかに記載の検査カード。
- 追加的な第40のウェル及び第41のウェルの一方又は両方をさらに含み、前記ウェルがそれぞれの第40のプローブ及び第41のプローブを含有する、請求項11〜14のいずれかに記載の検査カード。
- プローブがそれぞれのウェルの表面に固定化されている、請求項11〜15のいずれかに記載の検査カード。
- プローブが、それぞれのウェルの表面に吸着した凍結乾燥形態で存在する、請求項16に記載の検査カード。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GB1121210.7 | 2011-12-09 | ||
GB201121210A GB201121210D0 (en) | 2011-12-09 | 2011-12-09 | Respiratory infection assay |
PCT/GB2012/053076 WO2013084010A1 (en) | 2011-12-09 | 2012-12-10 | Respiratory infection assay |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2015500027A JP2015500027A (ja) | 2015-01-05 |
JP6421037B2 true JP6421037B2 (ja) | 2018-11-07 |
Family
ID=45541492
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014545362A Active JP6421037B2 (ja) | 2011-12-09 | 2012-12-10 | 呼吸器感染症アッセイ |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10294534B2 (ja) |
EP (1) | EP2788503B1 (ja) |
JP (1) | JP6421037B2 (ja) |
CN (1) | CN104039981B (ja) |
AU (1) | AU2012349863B2 (ja) |
BR (1) | BR112014013825B1 (ja) |
CA (1) | CA2858009C (ja) |
GB (1) | GB201121210D0 (ja) |
RU (1) | RU2642304C2 (ja) |
WO (1) | WO2013084010A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2741508C1 (ru) * | 2020-06-19 | 2021-01-26 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ диагностики респираторной вирусной инфекции у детей |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB201315527D0 (en) * | 2013-08-30 | 2013-10-16 | Sec Dep For Health The | Assay for the detection of infection-causing e.coli strains |
CN111139317A (zh) * | 2020-03-13 | 2020-05-12 | 欧陆分析技术服务(苏州)有限公司 | 一种sars-cov-2病毒多重荧光定量pcr检测试剂盒及检测方法 |
US20230175080A1 (en) * | 2020-03-16 | 2023-06-08 | Seegene, Inc. | Sampling kit used in determination of respiratory infection |
CN114836580B (zh) * | 2022-06-02 | 2024-05-10 | 昆明理工大学 | 呼吸道感染性疾病病原体的多重qPCR检测引物组合 |
Family Cites Families (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6582908B2 (en) * | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
WO2000017391A1 (en) | 1998-09-24 | 2000-03-30 | Innogenetics N.V. | Identification of microorganisms causing acute respiratory tract infections (ari) |
US20050202414A1 (en) * | 2001-11-15 | 2005-09-15 | The Regents Of The University Of California | Apparatus and methods for detecting a microbe in a sample |
AU2003294533A1 (en) | 2002-12-19 | 2004-07-14 | Universite Laval | Molecular methods and compositions for detecting and quantifying respiratory viruses |
US20050136395A1 (en) * | 2003-05-08 | 2005-06-23 | Affymetrix, Inc | Methods for genetic analysis of SARS virus |
WO2005038427A2 (en) | 2003-06-05 | 2005-04-28 | Medical Gene Center Ltd. | Rapid identification of viruses of the upper respiratory tract infection including sars causing coronus viruses |
CN100510101C (zh) | 2003-07-14 | 2009-07-08 | 博奥生物有限公司 | 用于检测sars病毒和其它感染性物质的方法和组合物 |
SI1699919T1 (sl) * | 2003-12-24 | 2017-07-31 | De Staat der Nederlanden, Vertegenwoordigd Door de Minister Van Volksgezondheid, Welzijn | Respiratorni sincicijski virus z genomsko pomanjkljivostjo komplementarno v trans |
MXPA06011738A (es) | 2004-04-15 | 2007-01-25 | Allied Biotech Inc | Metodos y aparato para la deteccion de infeccion viral. |
WO2006073436A2 (en) * | 2004-04-29 | 2006-07-13 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Mass tag pcr for multiplex diagnostics |
ES2303395B1 (es) | 2004-12-24 | 2009-05-29 | Instituto De Salud Carlos Iii | Sondas y metodos para la deteccion e identificacion simultanea de multiples virus causantes de infecciones respiratorias en humanos. |
KR100738082B1 (ko) | 2004-12-24 | 2007-07-12 | 삼성전자주식회사 | 핵산 프라이머 세트, 핵산 프로브 세트 및 그들을 이용한호흡기 질환 바이러스의 검출방법 |
EP2471805A3 (en) | 2005-05-06 | 2013-01-16 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and assays to specifically detect nucleic acid of influenza virus A or B |
WO2008048269A2 (en) * | 2005-10-20 | 2008-04-24 | Combimatrix Corporation | Microarray for pathogen identification |
WO2008054830A2 (en) | 2006-01-18 | 2008-05-08 | Regents Of The University Of Colorado | Dna array analysis as a diagnostic for current and emerging strains of influenza |
WO2008042450A2 (en) | 2006-01-20 | 2008-04-10 | Lawrence Livermore National Security, Llc. | Multiplex detection of respiratory pathogens |
EP2021516B1 (en) | 2006-04-28 | 2010-10-20 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Nucleic acid primers and probes for detecting human and avian influenza viruses |
US20100105025A1 (en) | 2006-10-12 | 2010-04-29 | Engelhard Eric K | Devices for generating detectable polymers |
US7582433B2 (en) * | 2006-10-12 | 2009-09-01 | Fair Isaac Corporation | Devices for generating detectable polymers |
US20100086908A1 (en) | 2007-05-17 | 2010-04-08 | Prudent James R | Methods for the detection of respiratory viruses |
CA2693449A1 (en) * | 2007-07-17 | 2009-01-22 | Universite Laval | Nucleic acid sequences for the amplification and detection of respiratory viruses |
RU2361924C1 (ru) * | 2007-11-23 | 2009-07-20 | Государственное учреждение Научно-исследовательский институт вирусологии им. Д.И. Ивановского Российской академии медицинских наук | Способ обнаружения вируса гриппа а подтипа h5n1 |
EP2077337A1 (en) | 2007-12-26 | 2009-07-08 | Eppendorf Array Technologies SA | Amplification and detection composition, method and kit |
JP2010178687A (ja) | 2009-02-06 | 2010-08-19 | Japan Health Science Foundation | 病原体を検出するためのマイクロアレイ又はそれを含むキット |
EP2557178B1 (en) | 2010-03-31 | 2014-11-26 | Yamaguchi Technology Licensing Organization, Ltd. | Method for detecting pneumonia causative bacteria using nucleic acid chromatography |
CN102031314A (zh) | 2010-08-25 | 2011-04-27 | 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 | 一种用于检测人偏肺病毒核酸的引物和探针序列 |
CN101985664B (zh) * | 2010-11-01 | 2012-08-08 | 中华人民共和国北京出入境检验检疫局 | 检测a型流感病毒的核苷酸序列和试剂盒 |
-
2011
- 2011-12-09 GB GB201121210A patent/GB201121210D0/en not_active Ceased
-
2012
- 2012-12-10 CA CA2858009A patent/CA2858009C/en active Active
- 2012-12-10 JP JP2014545362A patent/JP6421037B2/ja active Active
- 2012-12-10 AU AU2012349863A patent/AU2012349863B2/en active Active
- 2012-12-10 EP EP12806635.4A patent/EP2788503B1/en active Active
- 2012-12-10 CN CN201280060710.2A patent/CN104039981B/zh active Active
- 2012-12-10 BR BR112014013825-7A patent/BR112014013825B1/pt active IP Right Grant
- 2012-12-10 RU RU2014127865A patent/RU2642304C2/ru active
- 2012-12-10 US US14/363,533 patent/US10294534B2/en active Active
- 2012-12-10 WO PCT/GB2012/053076 patent/WO2013084010A1/en active Application Filing
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2741508C1 (ru) * | 2020-06-19 | 2021-01-26 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Способ диагностики респираторной вирусной инфекции у детей |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2012349863B2 (en) | 2017-07-13 |
RU2014127865A (ru) | 2016-02-10 |
WO2013084010A1 (en) | 2013-06-13 |
BR112014013825A2 (pt) | 2020-11-03 |
CA2858009A1 (en) | 2013-06-13 |
EP2788503B1 (en) | 2015-11-25 |
AU2012349863A1 (en) | 2014-06-26 |
US20150099261A1 (en) | 2015-04-09 |
JP2015500027A (ja) | 2015-01-05 |
GB201121210D0 (en) | 2012-01-18 |
RU2642304C2 (ru) | 2018-01-24 |
CN104039981B (zh) | 2016-03-23 |
EP2788503A1 (en) | 2014-10-15 |
CN104039981A (zh) | 2014-09-10 |
BR112014013825B1 (pt) | 2022-06-21 |
CA2858009C (en) | 2021-05-25 |
US10294534B2 (en) | 2019-05-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN111254228B (zh) | 一种检测新型冠状病毒和流感病毒的试剂盒 | |
CN111321251B (zh) | 检测引起呼吸道感染的病原体并分型的组合物、试剂盒、方法及用途 | |
CN102803512B (zh) | 检测呼吸道病原体的方法和试剂盒 | |
US6881835B2 (en) | Detection of respiratory viruses | |
JP6421037B2 (ja) | 呼吸器感染症アッセイ | |
US7851148B2 (en) | Method and kit for primer based multiplex amplification of nucleic acids employing primer binding tags | |
CN110144422B (zh) | 同时检测四种人冠状病毒的四重荧光定量检测试剂盒 | |
KR20170022854A (ko) | Lamp를 이용한 인플루엔자 검출용 프라이머 및 그 용도 | |
BR112014000138A2 (pt) | Método para identificar a presença ou ausência de um ácido nucleico alvo | |
CN111074001B (zh) | 9种呼吸道病原体核酸协同多重pcr检测 | |
EP2839039B1 (en) | Hev assay | |
US20150133324A1 (en) | Multiplex real-time pcr detection of influenza viruses 2009 h1n1, influenza a and influenza b | |
CN110656163A (zh) | 一种双标记报告荧光多重病原体核酸检测方法 | |
Wang et al. | Development of a gold nanoparticle-based oligonucleotide microarray for simultaneous detection of seven swine viruses | |
US20150099654A1 (en) | Real time pcr detection of respiratory syncytial virus | |
CN113817870A (zh) | 同时检测七种呼吸道相关病毒的引物组合物及其应用 | |
Zhuang et al. | Tri-primer-enhanced strand exchange amplification combined with rapid lateral flow fluorescence immunoassay to detect SARS-CoV-2 | |
Diego et al. | A Simple, Affordable, Rapid, Stabilized, Colorimetric, Versatile RT-LAMP assay to detect SARS-CoV-2 | |
CN113584221A (zh) | 一种快速专一检测甲型流感病毒的试剂盒及其使用方法 | |
US20050239086A1 (en) | Multiplex systems, methods, and kits for detecting and identifying nucleic acids | |
JP2016533750A (ja) | 感染の原因となる大腸菌株を検出するためのアッセイ | |
CN109097497A (zh) | 一种人副流感病毒三联核酸检测试剂盒 | |
CN113549710A (zh) | 一种快速专一检测2019新型冠状病毒的试剂盒及其使用方法 | |
Wang et al. | Specific High-sensitivity Multiple-probe-assisted DNA Capture and Amplification Technology for Direct Detection of African Swine Fever Virus without DNA Extraction | |
Antonishyn et al. | Molecular diagnostic assays for detection of viral respiratory pathogens in institutional outbreaks |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A529 | Written submission of copy of amendment under article 34 pct |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A529 Effective date: 20140801 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20151109 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20160829 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20161101 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170130 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170601 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20170803 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20171023 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20171121 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20180402 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180801 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20180809 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20181009 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20181015 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6421037 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313113 |
|
R360 | Written notification for declining of transfer of rights |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R360 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |