JP2014525586A5 - - Google Patents
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Description
他の実施形態において、本発明は、a)対象から試料を得ること;b)対象から得られた試料を、遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現を検出する1種以上の薬剤と接触させること;c)非癌性細胞をb)の1種以上の薬剤と接触させること;およびd)対象から得られた試料中の遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現レベルを、非癌性細胞中の遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現レベルと比較すること、を含み、ここで非癌性細胞に比較して試料中の遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現レベルが高ければ、対象が大腸癌を有すること、または対象癌が癌を有することが示される、対象における大腸癌を検出する方法を提供する。
幾つかの実施形態において、本発明は、a)対象から試料を得ること;b)対象から得られた試料を、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体から選択された遺伝子によりコードされたマーカーの1種以上の発現を検出する1種以上の薬剤と接触させること;c)非癌性細胞をb)の1種以上の薬剤と接触させること;およびd)対象から得られた試料中のSPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの1種以上の発現レベルを、非癌性細胞中のSPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの1種以上の発現レベルと比較すること、を含み、ここで非癌性細胞に比較して対象から得られた試料中のSPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの1種以上の発現レベルが高ければ、対象が大腸癌を有することが示される、対象における大腸癌を検出する方法を提供する。
特定の実施形態において、本発明は、a)試料を、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aから選択されるマーカーの少なくとも1種の発現を検出する1種以上の薬剤と接触させること;c)非癌性細胞をb)の1種以上の薬剤と接触させること;およびd)試料中の、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aから選択されるマーカーの1種以上の発現レベルを、非癌性細胞中のSPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aから選択されるマーカーの1種以上の発現レベルと比較すること、を含み、ここで非癌性細胞に比較して試料中のSPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aから選択される試料中のマーカーの1種以上の発現レベルが高ければ、試料が大腸癌細胞を有することが示される、試料中の大腸癌細胞を検出する方法を提供する。
更なる実施形態において、本発明は、大腸癌細胞により発現される分子のパネルに特異的に結合する、複数の抗体などの複数の蛋白質を含む物質の組成物を提供し、マーカーの該パネルは、遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体によりコードされた分子を含む。マーカーのパネルは、非癌性細胞内のマーカーのパネルのレベルよりも高いレベルで発現され得る。
更に別の実施形態において、本発明は、試料中の大腸癌細胞を検出するキットを提供する。該キットは、以下に開示される任意の「癌に関連する配列」の発現を検出する1種以上の薬剤を含んでいてもよい。該キットは、例えば蛋白質および/または核酸である薬剤を含んでいてもよい。一実施形態において、キットは、複数の薬剤を提供する。薬剤は、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aまたはその相補体を含む遺伝子によりコードされたマーカーのパネルを検出することができてもよい。
更に別の実施形態において、本発明は、遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10Aによりコードされた分子に特異的に結合する複数の薬剤を含む、試料中の大腸癌を検出するキットを提供する。
実施例9
qPCRを利用して、様々な癌、良性腫瘍および正常組織における以下の遺伝子:AMH_1038;ASCL1_1095;C12orf56;C2orf70_1010;COL10A1;DSCR6_1066;DSCR8_1036;LHX8_1283;MMP11;MMP12;NMU;SLC35Dの発現レベルを検討した。
qPCRを利用して、様々な癌、良性腫瘍および正常組織における以下の遺伝子:AMH_1038;ASCL1_1095;C12orf56;C2orf70_1010;COL10A1;DSCR6_1066;DSCR8_1036;LHX8_1283;MMP11;MMP12;NMU;SLC35Dの発現レベルを検討した。
COL10A1のフォワードプライマーは、GGGCCTCAATGGACCCACCG(SEQ ID NO:)、リバースプライマーは、CTGGGCCTTTGGCCTGCCTT(SEQ ID NO: 16)であった。SLC35Dのフォワードプライマーは、GCTATTTTGAAAATATGAGTTCTTAGC(SEQ ID NO:)、リバースプライマーは、CTTTACAGGTGGTCCCTCTTC(SEQ ID NO: 17)であった。
結果を図21〜22に示すが、それらはCOL10A1、SLC35D3マーカーの大腸癌における増加を示している。
実施例10
COLX(遺伝子COL10A1をコードする蛋白質)の発現を、結腸癌組織および正常な結腸組織で免疫細胞化学検査を実施することにより検討した。
COLX(遺伝子COL10A1をコードする蛋白質)の発現を、結腸癌組織および正常な結腸組織で免疫細胞化学検査を実施することにより検討した。
Claims (19)
- 試料中の大腸癌を検出する方法であって、a)前記試料を、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11から選択された遺伝子によりコードされた少なくとも1種のマーカーの発現を検出する1種以上の薬剤と接触させること;b)非癌性細胞をa)の前記1種以上の薬剤と接触させること;およびc)前記試料中の、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11から選択された遺伝子によりコードされた前記マーカーの1種以上の発現レベルを、前記非癌性細胞中の、SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11から選択された前記マーカーの1種以上の発現レベルと比較すること、を含み、ここで前記非癌性細胞に比較して前記試料中のSPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11から選択された遺伝子によりコードされた前記マーカーの1種以上の前記試料中での発現レベルが高ければ、前記試料が大腸癌細胞を有することが示される、方法。
- 前記試料が、対象から得られる、請求項1に記載の方法。
- 前記対象が、ヒトである、請求項2に記載の方法。
- 前記試料が、体液である、請求項3に記載の方法。
- 前記体液が、血清である、請求項4に記載の方法。
- 前記薬剤が、蛋白質である、請求項1に記載の方法。
- 前記薬剤が、抗体である、請求項6に記載の方法。
- 前記薬剤が、核酸である、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸が、DNA分子である、請求項8に記載の方法。
- 前記核酸分子が、約10〜500ヌクレオチドの長さである、請求項8に記載の方法。
- 前記薬剤が、それに結合された検出可能な物質を含む、請求項1に記載の方法。
- a)前記試料を、遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11によりコードされた前記マーカーの発現を検出する1種以上の薬剤と接触させること;b)非癌性細胞をa)の前記1種以上の薬剤と接触させること;およびc)前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記非癌性細胞中の前記マーカーの発現レベルと比較すること、を含み、ここで前記非癌性細胞に比較して前記試料中の遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11によりコードされた前記マーカーの少なくとも1種の発現レベルが高ければ、前記試料が癌細胞を有することが示される、請求項1に記載の方法。
- 遺伝子SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A1、SLC35D3、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A、MMP11によりコードされた分子に特異的に結合する複数の薬剤を含む、試料中の癌を検出するキット。
- 前記薬剤が、核酸分子である、請求項14に記載のキット。
- 前記核酸分子が、DNA分子である、請求項15に記載のキット。
- 前記薬剤が、蛋白質である、請求項14に記載のキット。
- 前記蛋白質が、抗体である、請求項17に記載のキット。
- 前記薬剤が、検出可能な物質で標識されている、請求項14に記載のキット。
- a)対象から試料を得ること;b)前記対象から得られた前記試料を、ホモサピエンスセリンペプチダーゼ阻害剤Kazak type4(SPINK4)、ホモサピエンスLINE−1 typeトランスポザーゼドメイン含有1(L1TD1)、ホモサピエンス溶質キャリアファミリー35メンバーD3(SLC35D3)、ホモサピエンスリンパ球抗原6複合体遺伝子座G6D(LY6G6D)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ12(マクロファージエラスターゼ)(MMP12)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ12(マクロファージエラスターゼ)(MMP12)、ホモサピエンスアポリポ蛋白質B mRNA編集酵素触媒ポリペプチド1(APOBEC1)、ホモサピエンスdickkopf相同体4(キセノパス・ラエビス(Xenopus laevis))(DKK4)、ホモサピエンスNADPHオキシダーゼ1(NOX1)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ11(ストロメリシン3)(MMP11)、ホモサピエンスリングフィンガー蛋白質43(RNF43)、AGENCOURT_10229596 NIH_MGC_141ホモサピエンスcDNAクローンIMAGE:6563923 5(BU536065)、ホモサピエンスKIAA1199(KIAA1199)、ホモサピエンス癌胎児性抗原関連接着分子5(CEACAM5)、ホモサピエンスアーケイトスクート複合体相同体2(ドロスフィラ)(Drosophila)(ASCL2)、ホモサピエンスビリン1(VIL1)、ホモサピエンスネイキッドキューティクル相同体1(ドロスフィラ)(NKD1)、プレディクティッド:ホモサピエンスハイポセティカルLOC729669(LOC729669)、ホモサピエンスムチン17細胞表面結合型(cell surface associated)(MUC17)、ホモサピエンスnotumペクチンアセチルエステラーゼ相同体(ドロソフィラ)(NOTUM)、ホモサピエンスコラーゲンXI型α1(COL11A1)、ホモサピエンスデフェンシンα5パネル細胞特異型(DEFA5)、ホモサピエンスnotumペクチンアセチルエステラーゼ相同体(ドロソフィラ)(NOTUM)、ホモサピエンスホスホリパーゼ阻害剤(LOC646627)、ホモサピエンスNADPHオキシダーゼオーガナイザー1(NOXO1)、ホモサピエンスリポカリン15(LCN15)、ホモサピエンスケモカイン(C−Cモチーフ)リガンド24(CCL24)、ホモサピエンスガストリン放出ペプチド(GRP)、ホモサピエンスプレグナンシー特異性β1糖蛋白質1(PSG1)、ホモサピエンスクラウディン2(CLDN2)、ホモサピエンスディフェンシンα6ぺネス細胞特異型(DEFA6)、ホモサピエンスニューロペプチドSレセプター1(NPSR1)、ホモサピエンスシスタチンSN(CST1)、ホモサピエンスケラチン23(ヒストンデアセチラーゼ誘導性)(KRT23)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ7(マトリライシン、ウテリン)(MMP7)、ホモサピエンス膜貫通4−ドメインサブファミリーA膜12(MS4A12)、ホモサピエンスケラチン20(KRT20)、またはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの1種以上の発現を検出する1周以上の薬剤と接触させること;c)非癌性細胞をb)の前記1種以上の薬剤と接触させること;およびd)前記非癌性細胞中の、ホモサピエンスセリンペプチダーゼ阻害剤Kazak type4(SPINK4)、ホモサピエンスLINE−1 typeトランスポザーゼドメイン含有1(L1TD1)、ホモサピエンス溶質キャリアファミリー35メンバーD3(SLC35D3)、ホモサピエンスリンパ球抗原6複合体遺伝子座G6D(LY6G6D)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ12(マクロファージエラスターゼ)(MMP12)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ12(マクロファージエラスターゼ)(MMP12)、ホモサピエンスアポリポ蛋白質B mRNA編集酵素触媒ポリペプチド1(APOBEC1)、ホモサピエンスdickkopf相同体4(キセノパス・ラエビス)(DKK4)、ホモサピエンスNADPHオキシダーゼ1(NOX1)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ11(ストロメリシン3)(MMP11)、ホモサピエンスリングフィンガー蛋白質43(RNF43)、AGENCOURT_10229596 NIH_MGC_141ホモサピエンスcDNAクローンIMAGE:6563923 5(BU536065)、ホモサピエンスKIAA1199(KIAA1199)、ホモサピエンス癌胎児性抗原関連接着分子5(CEACAM5)、ホモサピエンスアーケイトスクート複合体相同体2(ドロスフィラ)(ASCL2)、ホモサピエンスビリン1(VIL1)、ホモサピエンスネイキッドキューティクル相同体1(ドロスフィラ)(NKD1)、プレディクティッド:ホモサピエンスハイポセティカルLOC729669(LOC729669)、ホモサピエンスムチン17細胞表面結合型(MUC17)、ホモサピエンスnotumペクチンアセチルエステラーゼ相同体(ドロソフィラ)(NOTUM)、ホモサピエンスコラーゲンXI型α1(COL11A1)、ホモサピエンスデフェンシンα5パネル細胞特異型(DEFA5)、ホモサピエンスnotumペクチンアセチルエステラーゼ相同体(ドロソフィラ)(NOTUM)、ホモサピエンスホスホリパーゼ阻害剤(LOC646627)、ホモサピエンスNADPHオキシダーゼオーガナイザー1(NOXO1)、ホモサピエンスリポカリン15(LCN15)、ホモサピエンスケモカイン(C−Cモチーフ)リガンド24(CCL24)、ホモサピエンスガストリン放出ペプチド(GRP)、ホモサピエンスプレグナンシー特異性β1糖蛋白質1(PSG1)、ホモサピエンスクラウディン2(CLDN2)、ホモサピエンスディフェンシンα6ぺネス細胞特異型(DEFA6)、ホモサピエンスニューロペプチドSレセプター1(NPSR1)、ホモサピエンスシスタチンSN(CST1)、ホモサピエンスケラチン23(ヒストンデアセチラーゼ誘導性)(KRT23)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ7(マトリライシン、ウテリン)(MMP7)、ホモサピエンス膜貫通4−ドメインサブファミリーA膜12(MS4A12)、ホモサピエンスケラチン20(KRT20)、またはその相補体から選択される遺伝子によりコードされた前記マーカーの1種以上の発現レベルを比較すること、を含み、ここで前記非癌性細胞に比較して前記対象から得られた前記試料中の、ホモサピエンスセリンペプチダーゼ阻害剤Kazak type4(SPINK4)、ホモサピエンスLINE−1 typeトランスポザーゼドメイン含有1(L1TD1)、ホモサピエンス溶質キャリアファミリー35メンバーD3(SLC35D3)、ホモサピエンスリンパ球抗原6複合体遺伝子座G6D(LY6G6D)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ12(マクロファージエラスターゼ)(MMP12)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ12(マクロファージエラスターゼ)(MMP12)、ホモサピエンスアポリポ蛋白質B mRNA編集酵素触媒ポリペプチド1(APOBEC1)、ホモサピエンスdickkopf相同体4(キセノパス・ラエビス)(DKK4)、ホモサピエンスNADPHオキシダーゼ1(NOX1)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ11(ストロメリシン3)(MMP11)、ホモサピエンスリングフィンガー蛋白質43(RNF43)、AGENCOURT_10229596 NIH_MGC_141ホモサピエンスcDNAクローンIMAGE:6563923 5(BU536065)、ホモサピエンスKIAA1199(KIAA1199)、ホモサピエンス癌胎児性抗原関連接着分子5(CEACAM5)、ホモサピエンスアーケイトスクート複合体相同体2(ドロスフィラ)(ASCL2)、ホモサピエンスビリン1(VIL1)、ホモサピエンスネイキッドキューティクル相同体1(ドロスフィラ)(NKD1)、プレディクティッド:ホモサピエンスハイポセティカルLOC729669(LOC729669)、ホモサピエンスムチン17細胞表面結合型(MUC17)、ホモサピエンスnotumペクチンアセチルエステラーゼ相同体(ドロソフィラ)(NOTUM)、ホモサピエンスコラーゲンXI型α1(COL11A1)、ホモサピエンスデフェンシンα5パネル細胞特異型(DEFA5)、ホモサピエンスnotumペクチンアセチルエステラーゼ相同体(ドロソフィラ)(NOTUM)、ホモサピエンスホスホリパーゼ阻害剤(LOC646627)、ホモサピエンスNADPHオキシダーゼオーガナイザー1(NOXO1)、ホモサピエンスリポカリン15(LCN15)、ホモサピエンスケモカイン(C−Cモチーフ)リガンド24(CCL24)、ホモサピエンスガストリン放出ペプチド(GRP)、ホモサピエンスプレグナンシー特異性β1糖蛋白質1(PSG1)、ホモサピエンスクラウディン2(CLDN2)、ホモサピエンスディフェンシンα6ぺネス細胞特異型(DEFA6)、ホモサピエンスニューロペプチドSレセプター1(NPSR1)、ホモサピエンスシスタチンSN(CST1)、ホモサピエンスケラチン23(ヒストンデアセチラーゼ誘導性)(KRT23)、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ7(マトリライシン、ウテリン)(MMP7)、ホモサピエンス膜貫通4−ドメインサブファミリーA膜12(MS4A12)、ホモサピエンスケラチン20(KRT20)、またはその相補体から選択される遺伝子によりコードされた前記マーカーの1種以上の発現レベルが高ければ、前記対象が大腸癌を有することが示される、対象における大腸癌を検出する方法。
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